Date: 2019-12-26 00:26:13 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 16910 306
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.990 | 0.995 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 0.947 | 0.967 | 0.983 | * | |
| MAD:skmeans | 6 | 0.941 | 0.900 | 0.949 | * | 3 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.934 | 0.924 | 0.968 | * | 2 |
| CV:NMF | 3 | 0.914 | 0.923 | 0.966 | * | |
| SD:skmeans | 6 | 0.913 | 0.894 | 0.944 | * | |
| CV:skmeans | 3 | 0.907 | 0.892 | 0.959 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.900 | 0.934 | 0.972 | * | |
| SD:NMF | 2 | 0.840 | 0.908 | 0.962 | ||
| SD:mclust | 5 | 0.800 | 0.817 | 0.900 | ||
| MAD:mclust | 5 | 0.797 | 0.825 | 0.906 | ||
| CV:pam | 4 | 0.780 | 0.859 | 0.929 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.752 | 0.877 | 0.947 | ||
| CV:mclust | 5 | 0.749 | 0.840 | 0.898 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.742 | 0.882 | 0.949 | ||
| ATC:pam | 3 | 0.733 | 0.814 | 0.925 | ||
| SD:pam | 2 | 0.731 | 0.863 | 0.940 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.709 | 0.849 | 0.923 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.665 | 0.762 | 0.910 | ||
| ATC:NMF | 4 | 0.589 | 0.756 | 0.836 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.487 | 0.603 | 0.722 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.445 | 0.699 | 0.844 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.289 | 0.682 | 0.844 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.234 | 0.629 | 0.815 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.840 0.908 0.962 0.495 0.504 0.504
#> CV:NMF 2 0.790 0.881 0.952 0.501 0.498 0.498
#> MAD:NMF 2 0.900 0.934 0.972 0.501 0.499 0.499
#> ATC:NMF 2 0.444 0.650 0.819 0.429 0.595 0.595
#> SD:skmeans 2 0.725 0.865 0.943 0.501 0.498 0.498
#> CV:skmeans 2 0.579 0.733 0.899 0.502 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 0.718 0.872 0.945 0.502 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.967 0.987 0.500 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.578 0.883 0.927 0.315 0.700 0.700
#> CV:mclust 2 0.298 0.805 0.867 0.363 0.664 0.664
#> MAD:mclust 2 0.493 0.814 0.903 0.346 0.680 0.680
#> ATC:mclust 2 1.000 0.990 0.995 0.333 0.668 0.668
#> SD:kmeans 2 0.709 0.849 0.923 0.487 0.504 0.504
#> CV:kmeans 2 0.665 0.762 0.910 0.495 0.501 0.501
#> MAD:kmeans 2 0.742 0.882 0.949 0.499 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 0.947 0.967 0.983 0.455 0.534 0.534
#> SD:pam 2 0.731 0.863 0.940 0.496 0.503 0.503
#> CV:pam 2 0.553 0.835 0.917 0.493 0.498 0.498
#> MAD:pam 2 0.752 0.877 0.947 0.490 0.505 0.505
#> ATC:pam 2 0.528 0.810 0.893 0.344 0.704 0.704
#> SD:hclust 2 0.225 0.608 0.754 0.391 0.595 0.595
#> CV:hclust 2 0.289 0.682 0.844 0.427 0.536 0.536
#> MAD:hclust 2 0.234 0.629 0.815 0.413 0.573 0.573
#> ATC:hclust 2 0.459 0.694 0.866 0.368 0.680 0.680
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.575 0.525 0.760 0.265 0.814 0.654
#> CV:NMF 3 0.914 0.923 0.966 0.307 0.737 0.525
#> MAD:NMF 3 0.596 0.734 0.840 0.275 0.790 0.609
#> ATC:NMF 3 0.436 0.689 0.818 0.383 0.566 0.392
#> SD:skmeans 3 0.667 0.826 0.898 0.288 0.797 0.614
#> CV:skmeans 3 0.907 0.892 0.959 0.306 0.767 0.568
#> MAD:skmeans 3 0.924 0.914 0.960 0.292 0.802 0.623
#> ATC:skmeans 3 0.934 0.924 0.968 0.271 0.814 0.647
#> SD:mclust 3 0.360 0.638 0.805 0.917 0.580 0.431
#> CV:mclust 3 0.351 0.744 0.819 0.586 0.443 0.330
#> MAD:mclust 3 0.320 0.633 0.706 0.727 0.597 0.434
#> ATC:mclust 3 0.840 0.924 0.945 0.839 0.644 0.490
#> SD:kmeans 3 0.437 0.542 0.743 0.302 0.671 0.439
#> CV:kmeans 3 0.465 0.702 0.812 0.297 0.793 0.608
#> MAD:kmeans 3 0.446 0.613 0.772 0.286 0.663 0.429
#> ATC:kmeans 3 0.887 0.905 0.963 0.357 0.655 0.451
#> SD:pam 3 0.547 0.655 0.856 0.313 0.647 0.422
#> CV:pam 3 0.660 0.770 0.847 0.304 0.723 0.500
#> MAD:pam 3 0.604 0.614 0.803 0.342 0.688 0.458
#> ATC:pam 3 0.733 0.814 0.925 0.723 0.603 0.470
#> SD:hclust 3 0.257 0.589 0.755 0.457 0.609 0.433
#> CV:hclust 3 0.267 0.523 0.665 0.388 0.893 0.803
#> MAD:hclust 3 0.283 0.249 0.630 0.348 0.735 0.604
#> ATC:hclust 3 0.445 0.699 0.844 0.593 0.660 0.519
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.657 0.769 0.873 0.1368 0.807 0.550
#> CV:NMF 4 0.709 0.632 0.818 0.1072 0.887 0.693
#> MAD:NMF 4 0.708 0.755 0.875 0.1297 0.826 0.570
#> ATC:NMF 4 0.589 0.756 0.836 0.2107 0.832 0.605
#> SD:skmeans 4 0.781 0.769 0.878 0.1231 0.874 0.665
#> CV:skmeans 4 0.800 0.844 0.921 0.1334 0.868 0.642
#> MAD:skmeans 4 0.815 0.748 0.891 0.1263 0.868 0.649
#> ATC:skmeans 4 0.860 0.881 0.949 0.1414 0.883 0.689
#> SD:mclust 4 0.623 0.795 0.866 0.1166 0.744 0.450
#> CV:mclust 4 0.525 0.651 0.783 0.1937 0.843 0.648
#> MAD:mclust 4 0.562 0.723 0.836 0.1608 0.736 0.422
#> ATC:mclust 4 0.648 0.756 0.893 0.0815 0.661 0.361
#> SD:kmeans 4 0.621 0.594 0.753 0.1483 0.810 0.515
#> CV:kmeans 4 0.730 0.852 0.884 0.1416 0.803 0.508
#> MAD:kmeans 4 0.764 0.821 0.860 0.1514 0.820 0.536
#> ATC:kmeans 4 0.755 0.760 0.899 0.1827 0.788 0.502
#> SD:pam 4 0.661 0.799 0.849 0.1285 0.794 0.503
#> CV:pam 4 0.780 0.859 0.929 0.1296 0.826 0.551
#> MAD:pam 4 0.806 0.868 0.935 0.1280 0.779 0.459
#> ATC:pam 4 0.729 0.790 0.905 0.2114 0.752 0.465
#> SD:hclust 4 0.385 0.567 0.766 0.1614 0.881 0.719
#> CV:hclust 4 0.388 0.352 0.688 0.1389 0.786 0.571
#> MAD:hclust 4 0.369 0.478 0.731 0.1822 0.704 0.482
#> ATC:hclust 4 0.508 0.587 0.798 0.1576 0.896 0.739
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.769 0.798 0.897 0.0719 0.904 0.684
#> CV:NMF 5 0.783 0.795 0.886 0.0635 0.899 0.671
#> MAD:NMF 5 0.838 0.804 0.910 0.0638 0.901 0.667
#> ATC:NMF 5 0.557 0.535 0.704 0.0809 0.900 0.683
#> SD:skmeans 5 0.858 0.849 0.917 0.0797 0.889 0.627
#> CV:skmeans 5 0.878 0.793 0.883 0.0609 0.910 0.674
#> MAD:skmeans 5 0.883 0.839 0.914 0.0697 0.887 0.618
#> ATC:skmeans 5 0.822 0.813 0.910 0.0654 0.907 0.687
#> SD:mclust 5 0.800 0.817 0.900 0.1722 0.836 0.522
#> CV:mclust 5 0.749 0.840 0.898 0.1499 0.851 0.535
#> MAD:mclust 5 0.797 0.825 0.906 0.1401 0.864 0.581
#> ATC:mclust 5 0.633 0.710 0.833 0.0975 0.689 0.329
#> SD:kmeans 5 0.836 0.808 0.887 0.0789 0.861 0.537
#> CV:kmeans 5 0.801 0.634 0.810 0.0675 0.931 0.753
#> MAD:kmeans 5 0.839 0.790 0.879 0.0661 0.924 0.715
#> ATC:kmeans 5 0.696 0.642 0.803 0.0726 0.887 0.620
#> SD:pam 5 0.716 0.732 0.838 0.0625 0.861 0.546
#> CV:pam 5 0.756 0.713 0.854 0.0571 0.944 0.796
#> MAD:pam 5 0.727 0.715 0.834 0.0532 0.890 0.626
#> ATC:pam 5 0.790 0.808 0.876 0.0790 0.904 0.680
#> SD:hclust 5 0.487 0.603 0.722 0.0775 0.940 0.830
#> CV:hclust 5 0.476 0.580 0.681 0.0898 0.790 0.456
#> MAD:hclust 5 0.525 0.605 0.744 0.1226 0.843 0.583
#> ATC:hclust 5 0.538 0.515 0.719 0.0731 0.953 0.845
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.812 0.822 0.907 0.0563 0.875 0.541
#> CV:NMF 6 0.820 0.823 0.892 0.0564 0.909 0.643
#> MAD:NMF 6 0.819 0.821 0.910 0.0521 0.883 0.560
#> ATC:NMF 6 0.623 0.543 0.719 0.0471 0.886 0.594
#> SD:skmeans 6 0.913 0.894 0.944 0.0301 0.959 0.812
#> CV:skmeans 6 0.892 0.890 0.930 0.0350 0.957 0.799
#> MAD:skmeans 6 0.941 0.900 0.949 0.0309 0.963 0.833
#> ATC:skmeans 6 0.829 0.732 0.880 0.0314 0.953 0.800
#> SD:mclust 6 0.713 0.639 0.815 0.0285 0.969 0.854
#> CV:mclust 6 0.734 0.760 0.828 0.0253 0.982 0.912
#> MAD:mclust 6 0.764 0.726 0.808 0.0289 0.964 0.830
#> ATC:mclust 6 0.728 0.629 0.801 0.0934 0.872 0.570
#> SD:kmeans 6 0.797 0.714 0.822 0.0395 0.932 0.706
#> CV:kmeans 6 0.821 0.776 0.852 0.0400 0.886 0.575
#> MAD:kmeans 6 0.790 0.653 0.764 0.0375 0.938 0.719
#> ATC:kmeans 6 0.730 0.655 0.797 0.0469 0.894 0.582
#> SD:pam 6 0.777 0.664 0.818 0.0412 0.922 0.679
#> CV:pam 6 0.824 0.798 0.875 0.0507 0.919 0.675
#> MAD:pam 6 0.794 0.662 0.800 0.0437 0.850 0.456
#> ATC:pam 6 0.736 0.593 0.788 0.0464 0.948 0.785
#> SD:hclust 6 0.516 0.437 0.706 0.0327 0.936 0.794
#> CV:hclust 6 0.572 0.609 0.740 0.0622 0.908 0.623
#> MAD:hclust 6 0.628 0.597 0.771 0.0427 0.975 0.903
#> ATC:hclust 6 0.638 0.649 0.779 0.0765 0.842 0.500
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.225 0.608 0.754 0.3913 0.595 0.595
#> 3 3 0.257 0.589 0.755 0.4574 0.609 0.433
#> 4 4 0.385 0.567 0.766 0.1614 0.881 0.719
#> 5 5 0.487 0.603 0.722 0.0775 0.940 0.830
#> 6 6 0.516 0.437 0.706 0.0327 0.936 0.794
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609361 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609362 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609363 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609366 2 0.1633 0.72896 0.024 0.976
#> SRR1609367 2 0.9754 0.44736 0.408 0.592
#> SRR1609368 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.8555 0.63476 0.280 0.720
#> SRR1609370 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609371 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609372 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609373 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.1414 0.72905 0.020 0.980
#> SRR1609375 2 0.1633 0.72896 0.024 0.976
#> SRR1609377 2 0.8608 0.63199 0.284 0.716
#> SRR1609376 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.8813 0.61692 0.300 0.700
#> SRR1609382 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609381 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609384 2 0.8327 0.64788 0.264 0.736
#> SRR1609386 2 0.7674 0.67430 0.224 0.776
#> SRR1609385 2 0.8763 0.62007 0.296 0.704
#> SRR1609387 2 0.9170 0.58064 0.332 0.668
#> SRR1609388 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609390 2 0.9427 0.54177 0.360 0.640
#> SRR1609393 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609395 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609396 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609398 2 0.7674 0.67430 0.224 0.776
#> SRR1609399 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609400 2 0.9754 0.44736 0.408 0.592
#> SRR1609397 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.8327 0.64788 0.264 0.736
#> SRR1609404 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.8608 0.63059 0.284 0.716
#> SRR1609410 2 0.8555 0.63539 0.280 0.720
#> SRR1609411 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.9129 0.58149 0.328 0.672
#> SRR1609412 2 0.9635 0.49072 0.388 0.612
#> SRR1609414 1 0.9522 0.38275 0.628 0.372
#> SRR1609415 1 0.9087 0.50282 0.676 0.324
#> SRR1609416 1 0.5629 0.71932 0.868 0.132
#> SRR1609417 1 0.7528 0.66572 0.784 0.216
#> SRR1609418 2 0.8713 0.62276 0.292 0.708
#> SRR1609419 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.8608 0.63120 0.284 0.716
#> SRR1609421 2 0.9427 0.54307 0.360 0.640
#> SRR1609422 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609423 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.8386 0.64528 0.268 0.732
#> SRR1609426 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.9608 0.50371 0.384 0.616
#> SRR1609430 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609432 2 0.0938 0.72906 0.012 0.988
#> SRR1609433 1 0.5629 0.71932 0.868 0.132
#> SRR1609434 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.7950 0.65145 0.760 0.240
#> SRR1609436 1 0.8081 0.64136 0.752 0.248
#> SRR1609437 2 0.7528 0.68165 0.216 0.784
#> SRR1609438 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609440 2 0.9732 0.45531 0.404 0.596
#> SRR1609441 2 0.9248 0.57013 0.340 0.660
#> SRR1609442 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.9000 0.52338 0.684 0.316
#> SRR1609444 2 0.9608 0.50371 0.384 0.616
#> SRR1609445 2 0.9460 0.53593 0.364 0.636
#> SRR1609446 2 0.9427 0.54333 0.360 0.640
#> SRR1609447 1 0.7950 0.65145 0.760 0.240
#> SRR1609448 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609449 2 0.8909 0.60577 0.308 0.692
#> SRR1609450 2 0.0938 0.72906 0.012 0.988
#> SRR1609451 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.9833 0.40599 0.424 0.576
#> SRR1609453 2 0.9933 0.33357 0.452 0.548
#> SRR1609454 2 0.5946 0.71102 0.144 0.856
#> SRR1609455 2 0.8661 0.62742 0.288 0.712
#> SRR1609456 2 0.9491 0.52888 0.368 0.632
#> SRR1609457 1 0.9896 0.13048 0.560 0.440
#> SRR1609458 1 0.9710 0.29508 0.600 0.400
#> SRR1609459 2 0.9963 0.29307 0.464 0.536
#> SRR1609460 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609461 1 0.9896 0.13120 0.560 0.440
#> SRR1609462 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609463 2 0.9983 0.25401 0.476 0.524
#> SRR1609465 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609466 2 0.7139 0.68463 0.196 0.804
#> SRR1609467 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.1184 0.72810 0.016 0.984
#> SRR1609470 2 0.9552 0.51458 0.376 0.624
#> SRR1609472 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609471 2 0.8713 0.62332 0.292 0.708
#> SRR1609474 2 0.6343 0.70412 0.160 0.840
#> SRR1609473 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609476 2 0.9922 0.35088 0.448 0.552
#> SRR1609477 2 0.9933 0.32720 0.452 0.548
#> SRR1609479 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609480 2 0.9944 0.31717 0.456 0.544
#> SRR1609482 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.7815 0.67403 0.232 0.768
#> SRR1609483 1 0.0672 0.73751 0.992 0.008
#> SRR1609486 1 0.6973 0.68845 0.812 0.188
#> SRR1609485 1 0.6973 0.68845 0.812 0.188
#> SRR1609487 2 0.8608 0.63199 0.284 0.716
#> SRR1609488 1 0.8327 0.61931 0.736 0.264
#> SRR1609489 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.7745 0.67201 0.228 0.772
#> SRR1609491 2 0.9552 0.51500 0.376 0.624
#> SRR1609492 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609494 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609495 2 0.9933 0.33916 0.452 0.548
#> SRR1609496 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.7528 0.67802 0.784 0.216
#> SRR1609498 1 0.7815 0.65995 0.768 0.232
#> SRR1609499 2 0.0938 0.72906 0.012 0.988
#> SRR1609500 1 0.8081 0.64136 0.752 0.248
#> SRR1609501 2 0.9522 0.52447 0.372 0.628
#> SRR1609502 2 0.7056 0.69136 0.192 0.808
#> SRR1609503 2 0.5178 0.69450 0.116 0.884
#> SRR1609504 1 0.7950 0.65145 0.760 0.240
#> SRR1609505 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.6887 0.69884 0.816 0.184
#> SRR1609508 2 0.5737 0.71234 0.136 0.864
#> SRR1609509 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609512 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0938 0.72952 0.988 0.012
#> SRR1609513 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609515 2 0.0376 0.72753 0.004 0.996
#> SRR1609516 2 0.9963 0.29307 0.464 0.536
#> SRR1609517 2 0.9000 0.59603 0.316 0.684
#> SRR1609518 2 0.8713 0.62332 0.292 0.708
#> SRR1609519 1 0.0376 0.73718 0.996 0.004
#> SRR1609520 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609524 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.9552 0.51458 0.376 0.624
#> SRR1609527 2 0.9000 0.59592 0.316 0.684
#> SRR1609529 1 0.9087 0.50660 0.676 0.324
#> SRR1609528 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609530 1 0.6801 0.69411 0.820 0.180
#> SRR1609531 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.9427 0.54351 0.360 0.640
#> SRR1609534 1 0.7602 0.66121 0.780 0.220
#> SRR1609535 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609537 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.9998 -0.12495 0.508 0.492
#> SRR1609538 2 0.0938 0.72906 0.012 0.988
#> SRR1609539 2 1.0000 0.16810 0.500 0.500
#> SRR1609540 1 0.9963 0.03498 0.536 0.464
#> SRR1609541 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609542 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.9209 0.46996 0.664 0.336
#> SRR1609545 1 0.6712 0.70361 0.824 0.176
#> SRR1609546 2 0.9998 0.18307 0.492 0.508
#> SRR1609547 1 0.9460 0.39529 0.636 0.364
#> SRR1609548 2 0.9635 0.49072 0.388 0.612
#> SRR1609549 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609551 2 0.9983 0.25401 0.476 0.524
#> SRR1609552 1 0.8081 0.62885 0.752 0.248
#> SRR1609553 1 0.9000 0.52212 0.684 0.316
#> SRR1609554 2 0.9608 0.50202 0.384 0.616
#> SRR1609555 1 0.9795 0.23097 0.584 0.416
#> SRR1609556 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.9580 0.51089 0.380 0.620
#> SRR1609558 2 0.9661 0.48450 0.392 0.608
#> SRR1609559 2 0.9460 0.53781 0.364 0.636
#> SRR1609560 2 0.8443 0.64192 0.272 0.728
#> SRR1609561 1 0.6973 0.69001 0.812 0.188
#> SRR1609562 2 0.8443 0.64192 0.272 0.728
#> SRR1609563 2 0.7745 0.67201 0.228 0.772
#> SRR1609564 1 0.9087 0.50282 0.676 0.324
#> SRR1609565 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.8763 0.62074 0.296 0.704
#> SRR1609569 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0376 0.73474 0.996 0.004
#> SRR1609572 1 0.2603 0.73524 0.956 0.044
#> SRR1609573 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.4690 0.72697 0.900 0.100
#> SRR1609575 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0938 0.72906 0.012 0.988
#> SRR1609578 2 0.9460 0.53697 0.364 0.636
#> SRR1609577 2 0.9427 0.54276 0.360 0.640
#> SRR1609579 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609580 2 0.9993 0.20669 0.484 0.516
#> SRR1609582 1 0.7745 0.66433 0.772 0.228
#> SRR1609581 2 0.9608 0.50124 0.384 0.616
#> SRR1609583 2 0.9815 0.42442 0.420 0.580
#> SRR1609584 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.3879 0.73200 0.924 0.076
#> SRR1609586 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.9922 0.08225 0.552 0.448
#> SRR1609588 2 0.9608 0.50124 0.384 0.616
#> SRR1609589 2 0.8861 0.61136 0.304 0.696
#> SRR1609590 1 0.0672 0.73750 0.992 0.008
#> SRR1609592 2 0.9460 0.53781 0.364 0.636
#> SRR1609591 2 0.9209 0.57868 0.336 0.664
#> SRR1609593 2 0.9954 0.30930 0.460 0.540
#> SRR1609594 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609596 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609599 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609600 1 0.7376 0.68200 0.792 0.208
#> SRR1609601 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609602 2 0.7219 0.63486 0.200 0.800
#> SRR1609603 2 0.8499 0.63858 0.276 0.724
#> SRR1609604 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.9427 0.54503 0.360 0.640
#> SRR1609606 2 0.9358 0.55598 0.352 0.648
#> SRR1609607 1 0.9922 0.08225 0.552 0.448
#> SRR1609608 1 0.9998 -0.12495 0.508 0.492
#> SRR1609609 2 0.9460 0.53633 0.364 0.636
#> SRR1609610 1 0.9922 0.09026 0.552 0.448
#> SRR1609611 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0376 0.72754 0.004 0.996
#> SRR1609612 1 0.9795 0.23097 0.584 0.416
#> SRR1609614 1 0.7453 0.67900 0.788 0.212
#> SRR1609615 2 0.8713 0.62332 0.292 0.708
#> SRR1609616 2 0.9944 0.31197 0.456 0.544
#> SRR1609617 2 0.6247 0.67970 0.156 0.844
#> SRR1609618 2 0.9988 0.22355 0.480 0.520
#> SRR1609619 2 0.9000 0.59825 0.316 0.684
#> SRR1609620 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.5629 0.71932 0.868 0.132
#> SRR1609624 2 0.9129 0.58149 0.328 0.672
#> SRR1609625 2 0.9460 0.52663 0.364 0.636
#> SRR1609626 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.8327 0.64840 0.264 0.736
#> SRR1609628 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.9896 0.13120 0.560 0.440
#> SRR1609630 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609631 2 0.9393 0.53588 0.356 0.644
#> SRR1609632 2 0.8443 0.64192 0.272 0.728
#> SRR1609633 2 0.9754 0.44736 0.408 0.592
#> SRR1609634 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0376 0.73474 0.996 0.004
#> SRR1609636 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.8955 0.52880 0.688 0.312
#> SRR1609638 2 0.7745 0.67201 0.228 0.772
#> SRR1609639 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9129 0.58149 0.328 0.672
#> SRR1609642 2 0.9323 0.56326 0.348 0.652
#> SRR1609643 2 0.9775 0.44389 0.412 0.588
#> SRR1609644 2 0.8555 0.63476 0.280 0.720
#> SRR1609645 1 0.9795 0.23097 0.584 0.416
#> SRR1609646 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609649 1 0.7453 0.67863 0.788 0.212
#> SRR1609648 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.7674 0.67388 0.224 0.776
#> SRR1609650 2 0.9833 0.40599 0.424 0.576
#> SRR1609652 1 0.0000 0.73703 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.3431 0.72678 0.064 0.936
#> SRR1609655 2 1.0000 0.16810 0.500 0.500
#> SRR1609657 2 0.9710 0.46457 0.400 0.600
#> SRR1609656 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609658 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 1.0000 -0.18151 0.500 0.500
#> SRR1609661 2 0.9998 0.18307 0.492 0.508
#> SRR1609662 2 0.0000 0.72687 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.9970 -0.00178 0.532 0.468
#> SRR1609664 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609665 2 0.0672 0.72833 0.008 0.992
#> SRR1609666 2 0.1184 0.72923 0.016 0.984
#> SRR1609667 1 0.7950 0.65145 0.760 0.240
#> SRR1609668 2 0.5629 0.69743 0.132 0.868
#> SRR1609669 2 0.8608 0.63059 0.284 0.716
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609361 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609362 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609363 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609364 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609365 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609366 2 0.5363 0.65871 0.000 0.724 0.276
#> SRR1609367 3 0.7147 0.66570 0.076 0.228 0.696
#> SRR1609368 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609369 3 0.6255 0.58165 0.012 0.320 0.668
#> SRR1609370 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609371 2 0.1585 0.75539 0.008 0.964 0.028
#> SRR1609372 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609373 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609374 2 0.5327 0.66715 0.000 0.728 0.272
#> SRR1609375 2 0.5431 0.64235 0.000 0.716 0.284
#> SRR1609377 3 0.6396 0.58531 0.016 0.320 0.664
#> SRR1609376 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609378 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609379 3 0.6445 0.60220 0.020 0.308 0.672
#> SRR1609382 2 0.1636 0.74423 0.016 0.964 0.020
#> SRR1609383 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609381 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609384 3 0.6357 0.55782 0.012 0.336 0.652
#> SRR1609386 3 0.6228 0.49291 0.004 0.372 0.624
#> SRR1609385 3 0.6473 0.59395 0.020 0.312 0.668
#> SRR1609387 3 0.6556 0.63281 0.032 0.276 0.692
#> SRR1609388 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609390 3 0.6668 0.64915 0.040 0.264 0.696
#> SRR1609393 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609394 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609392 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609391 2 0.1585 0.75539 0.008 0.964 0.028
#> SRR1609395 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609396 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609398 3 0.6228 0.49291 0.004 0.372 0.624
#> SRR1609399 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609400 3 0.7147 0.66570 0.076 0.228 0.696
#> SRR1609397 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609401 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609402 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609405 3 0.6427 0.54337 0.012 0.348 0.640
#> SRR1609404 2 0.1636 0.74423 0.016 0.964 0.020
#> SRR1609406 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609408 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609403 3 0.6228 0.58654 0.012 0.316 0.672
#> SRR1609410 3 0.6255 0.58155 0.012 0.320 0.668
#> SRR1609411 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609407 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609413 3 0.6793 0.61995 0.036 0.292 0.672
#> SRR1609412 3 0.4618 0.68632 0.024 0.136 0.840
#> SRR1609414 3 0.6129 0.42008 0.284 0.016 0.700
#> SRR1609415 3 0.6843 0.33519 0.332 0.028 0.640
#> SRR1609416 1 0.6228 0.54770 0.624 0.004 0.372
#> SRR1609417 1 0.6682 0.26080 0.504 0.008 0.488
#> SRR1609418 3 0.6369 0.59361 0.016 0.316 0.668
#> SRR1609419 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609420 3 0.6255 0.58554 0.012 0.320 0.668
#> SRR1609421 3 0.4749 0.67880 0.012 0.172 0.816
#> SRR1609422 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609423 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609424 2 0.1751 0.75423 0.012 0.960 0.028
#> SRR1609425 3 0.6427 0.54717 0.012 0.348 0.640
#> SRR1609426 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609427 1 0.3619 0.83086 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609428 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609429 3 0.5850 0.69124 0.040 0.188 0.772
#> SRR1609430 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609431 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609432 2 0.4842 0.75375 0.000 0.776 0.224
#> SRR1609433 1 0.6228 0.54770 0.624 0.004 0.372
#> SRR1609434 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609435 3 0.6495 -0.07299 0.460 0.004 0.536
#> SRR1609436 3 0.6267 -0.04815 0.452 0.000 0.548
#> SRR1609437 3 0.6345 0.42760 0.004 0.400 0.596
#> SRR1609438 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609439 1 0.3272 0.84051 0.892 0.004 0.104
#> SRR1609440 3 0.6981 0.66631 0.068 0.228 0.704
#> SRR1609441 3 0.5156 0.66532 0.008 0.216 0.776
#> SRR1609442 2 0.3941 0.81851 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609443 3 0.6648 0.22357 0.364 0.016 0.620
#> SRR1609444 3 0.5850 0.69124 0.040 0.188 0.772
#> SRR1609445 3 0.4575 0.68181 0.012 0.160 0.828
#> SRR1609446 3 0.4755 0.67868 0.008 0.184 0.808
#> SRR1609447 3 0.6495 -0.07299 0.460 0.004 0.536
#> SRR1609448 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609449 3 0.6659 0.60666 0.028 0.304 0.668
#> SRR1609450 2 0.4654 0.77383 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609451 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609452 3 0.4945 0.67988 0.056 0.104 0.840
#> SRR1609453 3 0.5817 0.66240 0.100 0.100 0.800
#> SRR1609454 2 0.6267 0.11037 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609455 3 0.6422 0.58547 0.016 0.324 0.660
#> SRR1609456 3 0.4805 0.68087 0.012 0.176 0.812
#> SRR1609457 3 0.6678 0.54381 0.216 0.060 0.724
#> SRR1609458 3 0.7831 0.47949 0.280 0.088 0.632
#> SRR1609459 3 0.4821 0.64939 0.088 0.064 0.848
#> SRR1609460 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609461 3 0.6542 0.55273 0.204 0.060 0.736
#> SRR1609462 1 0.3116 0.84015 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609464 1 0.2537 0.83928 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609463 3 0.2448 0.59017 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609465 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609466 2 0.7685 0.07841 0.052 0.564 0.384
#> SRR1609467 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609469 2 0.2187 0.71562 0.028 0.948 0.024
#> SRR1609470 3 0.4453 0.68425 0.012 0.152 0.836
#> SRR1609472 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609471 3 0.6369 0.59471 0.016 0.316 0.668
#> SRR1609474 2 0.6299 -0.01113 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609473 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609475 2 0.1170 0.73920 0.016 0.976 0.008
#> SRR1609478 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609476 3 0.8576 0.62133 0.160 0.240 0.600
#> SRR1609477 3 0.5505 0.66449 0.088 0.096 0.816
#> SRR1609479 2 0.3941 0.81851 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609481 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609480 3 0.5585 0.66214 0.092 0.096 0.812
#> SRR1609482 1 0.2537 0.83928 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609484 3 0.6298 0.44590 0.004 0.388 0.608
#> SRR1609483 1 0.3500 0.83749 0.880 0.004 0.116
#> SRR1609486 1 0.6305 0.30706 0.516 0.000 0.484
#> SRR1609485 1 0.6305 0.30706 0.516 0.000 0.484
#> SRR1609487 3 0.6396 0.58531 0.016 0.320 0.664
#> SRR1609488 3 0.6754 0.00926 0.432 0.012 0.556
#> SRR1609489 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609490 3 0.6154 0.42063 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609491 3 0.4602 0.68531 0.016 0.152 0.832
#> SRR1609492 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609493 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609494 2 0.4121 0.81689 0.000 0.832 0.168
#> SRR1609495 3 0.8716 0.61131 0.172 0.240 0.588
#> SRR1609496 1 0.2959 0.84155 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609497 1 0.6825 0.22824 0.500 0.012 0.488
#> SRR1609498 3 0.6299 -0.13868 0.476 0.000 0.524
#> SRR1609499 2 0.4654 0.77383 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609500 3 0.6267 -0.04815 0.452 0.000 0.548
#> SRR1609501 3 0.4575 0.68252 0.012 0.160 0.828
#> SRR1609502 3 0.6267 0.27181 0.000 0.452 0.548
#> SRR1609503 2 0.7618 0.41887 0.068 0.628 0.304
#> SRR1609504 3 0.6495 -0.07299 0.460 0.004 0.536
#> SRR1609505 1 0.3752 0.82552 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609506 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609507 1 0.6295 0.29279 0.528 0.000 0.472
#> SRR1609508 2 0.6235 0.16704 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609509 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609510 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609512 1 0.2959 0.84155 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609511 1 0.3293 0.82960 0.900 0.012 0.088
#> SRR1609513 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609514 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609515 2 0.4555 0.78258 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609516 3 0.4821 0.64939 0.088 0.064 0.848
#> SRR1609517 3 0.5502 0.62405 0.008 0.248 0.744
#> SRR1609518 3 0.6369 0.59471 0.016 0.316 0.668
#> SRR1609519 1 0.3941 0.81719 0.844 0.000 0.156
#> SRR1609520 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609521 1 0.3752 0.82672 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609522 1 0.2165 0.83277 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609523 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609524 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609526 1 0.2165 0.83277 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609525 3 0.4453 0.68425 0.012 0.152 0.836
#> SRR1609527 3 0.6744 0.61285 0.032 0.300 0.668
#> SRR1609529 3 0.6750 0.29396 0.336 0.024 0.640
#> SRR1609528 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609530 1 0.6299 0.32559 0.524 0.000 0.476
#> SRR1609531 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609532 1 0.2537 0.83928 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609533 3 0.4700 0.67552 0.008 0.180 0.812
#> SRR1609534 1 0.6683 0.23996 0.500 0.008 0.492
#> SRR1609535 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609537 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609536 3 0.4960 0.61317 0.128 0.040 0.832
#> SRR1609538 2 0.4654 0.77383 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609539 3 0.2878 0.57665 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609540 3 0.7297 0.61419 0.188 0.108 0.704
#> SRR1609541 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609542 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609543 1 0.3619 0.83086 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609544 3 0.9024 0.03238 0.420 0.132 0.448
#> SRR1609545 1 0.6244 0.38836 0.560 0.000 0.440
#> SRR1609546 3 0.6425 0.63443 0.140 0.096 0.764
#> SRR1609547 3 0.6284 0.34601 0.304 0.016 0.680
#> SRR1609548 3 0.4618 0.68632 0.024 0.136 0.840
#> SRR1609549 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609550 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609551 3 0.2448 0.59017 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609552 3 0.6291 -0.16577 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609553 3 0.6839 0.25330 0.352 0.024 0.624
#> SRR1609554 3 0.4615 0.68591 0.020 0.144 0.836
#> SRR1609555 3 0.6423 0.51223 0.228 0.044 0.728
#> SRR1609556 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609557 3 0.4353 0.68428 0.008 0.156 0.836
#> SRR1609558 3 0.4683 0.68828 0.024 0.140 0.836
#> SRR1609559 3 0.4805 0.67688 0.012 0.176 0.812
#> SRR1609560 3 0.6333 0.56977 0.012 0.332 0.656
#> SRR1609561 1 0.6305 0.30029 0.516 0.000 0.484
#> SRR1609562 3 0.6333 0.56977 0.012 0.332 0.656
#> SRR1609563 3 0.6140 0.42921 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609564 3 0.6843 0.33519 0.332 0.028 0.640
#> SRR1609565 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609566 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609567 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609568 3 0.6313 0.59819 0.016 0.308 0.676
#> SRR1609569 1 0.3340 0.83718 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609570 1 0.2165 0.83277 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609571 1 0.2301 0.82118 0.936 0.004 0.060
#> SRR1609572 1 0.4409 0.80152 0.824 0.004 0.172
#> SRR1609573 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609574 1 0.5835 0.60962 0.660 0.000 0.340
#> SRR1609575 2 0.1636 0.74423 0.016 0.964 0.020
#> SRR1609576 2 0.4605 0.77908 0.000 0.796 0.204
#> SRR1609578 3 0.4589 0.68090 0.008 0.172 0.820
#> SRR1609577 3 0.6303 0.65430 0.032 0.248 0.720
#> SRR1609579 1 0.3272 0.84043 0.892 0.004 0.104
#> SRR1609580 3 0.5722 0.65002 0.112 0.084 0.804
#> SRR1609582 3 0.6302 -0.15436 0.480 0.000 0.520
#> SRR1609581 3 0.4679 0.68824 0.020 0.148 0.832
#> SRR1609583 3 0.5810 0.68855 0.072 0.132 0.796
#> SRR1609584 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609585 1 0.5178 0.70736 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609586 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609587 3 0.4634 0.55814 0.164 0.012 0.824
#> SRR1609588 3 0.4679 0.68824 0.020 0.148 0.832
#> SRR1609589 3 0.5404 0.63739 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609590 1 0.4062 0.81167 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609592 3 0.4805 0.67688 0.012 0.176 0.812
#> SRR1609591 3 0.5269 0.67224 0.016 0.200 0.784
#> SRR1609593 3 0.2584 0.59745 0.064 0.008 0.928
#> SRR1609594 2 0.0983 0.73634 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609595 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609596 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609597 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609598 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609599 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609600 3 0.6308 -0.20793 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609601 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609602 2 0.8013 0.38502 0.112 0.636 0.252
#> SRR1609603 3 0.6282 0.57682 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609604 2 0.1636 0.74423 0.016 0.964 0.020
#> SRR1609605 3 0.4861 0.67565 0.008 0.192 0.800
#> SRR1609606 3 0.4808 0.66744 0.008 0.188 0.804
#> SRR1609607 3 0.4692 0.55546 0.168 0.012 0.820
#> SRR1609608 3 0.4960 0.61317 0.128 0.040 0.832
#> SRR1609609 3 0.4840 0.68541 0.016 0.168 0.816
#> SRR1609610 3 0.6348 0.54603 0.212 0.048 0.740
#> SRR1609611 2 0.1636 0.74423 0.016 0.964 0.020
#> SRR1609613 2 0.4452 0.79237 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609612 3 0.6423 0.51223 0.228 0.044 0.728
#> SRR1609614 3 0.6305 -0.18906 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609615 3 0.6369 0.59471 0.016 0.316 0.668
#> SRR1609616 3 0.7447 0.68595 0.120 0.184 0.696
#> SRR1609617 3 0.7470 0.02826 0.052 0.336 0.612
#> SRR1609618 3 0.5863 0.64506 0.120 0.084 0.796
#> SRR1609619 3 0.6388 0.63557 0.024 0.284 0.692
#> SRR1609620 2 0.1585 0.75539 0.008 0.964 0.028
#> SRR1609621 2 0.3941 0.81851 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609622 1 0.3030 0.84142 0.904 0.004 0.092
#> SRR1609623 1 0.6209 0.55457 0.628 0.004 0.368
#> SRR1609624 3 0.6793 0.61995 0.036 0.292 0.672
#> SRR1609625 3 0.7607 0.63348 0.076 0.280 0.644
#> SRR1609626 1 0.3030 0.84142 0.904 0.004 0.092
#> SRR1609627 3 0.6490 0.52717 0.012 0.360 0.628
#> SRR1609628 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609629 3 0.6542 0.55273 0.204 0.060 0.736
#> SRR1609630 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609631 3 0.7666 0.62473 0.076 0.288 0.636
#> SRR1609632 3 0.6333 0.56977 0.012 0.332 0.656
#> SRR1609633 3 0.7147 0.66570 0.076 0.228 0.696
#> SRR1609634 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609635 1 0.2301 0.82118 0.936 0.004 0.060
#> SRR1609636 2 0.1482 0.74945 0.012 0.968 0.020
#> SRR1609637 3 0.8624 0.03132 0.424 0.100 0.476
#> SRR1609638 3 0.6154 0.42063 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609639 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609640 1 0.2959 0.84155 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609641 3 0.6793 0.61995 0.036 0.292 0.672
#> SRR1609642 3 0.6105 0.64861 0.024 0.252 0.724
#> SRR1609643 3 0.6034 0.69213 0.068 0.152 0.780
#> SRR1609644 3 0.6255 0.58165 0.012 0.320 0.668
#> SRR1609645 3 0.6423 0.51223 0.228 0.044 0.728
#> SRR1609646 1 0.2261 0.83470 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609647 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609649 3 0.6307 -0.18818 0.488 0.000 0.512
#> SRR1609648 2 0.4121 0.81689 0.000 0.832 0.168
#> SRR1609651 3 0.6180 0.40085 0.000 0.416 0.584
#> SRR1609650 3 0.4945 0.67988 0.056 0.104 0.840
#> SRR1609652 1 0.2959 0.84155 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609653 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609654 2 0.5619 0.52601 0.012 0.744 0.244
#> SRR1609655 3 0.2878 0.57665 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609657 3 0.6895 0.66581 0.064 0.228 0.708
#> SRR1609656 2 0.4953 0.64058 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609658 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609659 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609660 3 0.2878 0.57665 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609661 3 0.6425 0.63443 0.140 0.096 0.764
#> SRR1609662 2 0.4062 0.82064 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609663 3 0.6372 0.58804 0.176 0.068 0.756
#> SRR1609664 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609665 2 0.4796 0.75703 0.000 0.780 0.220
#> SRR1609666 2 0.4782 0.65538 0.016 0.820 0.164
#> SRR1609667 3 0.6489 -0.06086 0.456 0.004 0.540
#> SRR1609668 3 0.7001 -0.00164 0.032 0.340 0.628
#> SRR1609669 3 0.6228 0.58654 0.012 0.316 0.672
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609361 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609362 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609363 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609366 2 0.3539 0.5477 0.176 0.820 0.000 0.004
#> SRR1609367 1 0.4358 0.7069 0.824 0.124 0.036 0.016
#> SRR1609368 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.4632 0.6660 0.740 0.244 0.004 0.012
#> SRR1609370 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609371 2 0.3710 0.4639 0.004 0.804 0.000 0.192
#> SRR1609372 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609373 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.3494 0.5541 0.172 0.824 0.000 0.004
#> SRR1609375 2 0.3626 0.5355 0.184 0.812 0.000 0.004
#> SRR1609377 1 0.4475 0.6686 0.748 0.240 0.004 0.008
#> SRR1609376 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.5771 0.4781 0.028 0.460 0.000 0.512
#> SRR1609379 1 0.4464 0.6767 0.760 0.224 0.004 0.012
#> SRR1609382 2 0.6011 -0.4433 0.040 0.484 0.000 0.476
#> SRR1609383 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609381 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609384 1 0.4813 0.6456 0.716 0.268 0.004 0.012
#> SRR1609386 1 0.5093 0.5588 0.640 0.348 0.000 0.012
#> SRR1609385 1 0.4673 0.6721 0.748 0.232 0.008 0.012
#> SRR1609387 1 0.4544 0.6961 0.780 0.192 0.012 0.016
#> SRR1609388 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3997 0.7013 0.816 0.164 0.008 0.012
#> SRR1609393 4 0.5771 0.4781 0.028 0.460 0.000 0.512
#> SRR1609394 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3710 0.4639 0.004 0.804 0.000 0.192
#> SRR1609395 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609396 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609398 1 0.5110 0.5547 0.636 0.352 0.000 0.012
#> SRR1609399 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609400 1 0.4358 0.7069 0.824 0.124 0.036 0.016
#> SRR1609397 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.5022 0.6234 0.684 0.300 0.004 0.012
#> SRR1609404 2 0.5861 -0.4306 0.032 0.492 0.000 0.476
#> SRR1609406 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.4600 0.6688 0.744 0.240 0.004 0.012
#> SRR1609410 1 0.4664 0.6632 0.736 0.248 0.004 0.012
#> SRR1609411 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.4497 0.6848 0.776 0.200 0.008 0.016
#> SRR1609412 1 0.3166 0.7130 0.888 0.080 0.020 0.012
#> SRR1609414 1 0.5088 0.5056 0.700 0.020 0.276 0.004
#> SRR1609415 1 0.5415 0.4409 0.668 0.016 0.304 0.012
#> SRR1609416 3 0.5204 0.4605 0.376 0.000 0.612 0.012
#> SRR1609417 3 0.5811 0.1585 0.468 0.012 0.508 0.012
#> SRR1609418 1 0.4600 0.6734 0.744 0.240 0.004 0.012
#> SRR1609419 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.4664 0.6684 0.736 0.248 0.004 0.012
#> SRR1609421 1 0.3403 0.7083 0.864 0.112 0.004 0.020
#> SRR1609422 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609423 4 0.5996 0.4919 0.040 0.448 0.000 0.512
#> SRR1609424 2 0.5284 0.2580 0.040 0.696 0.000 0.264
#> SRR1609425 1 0.4875 0.6314 0.692 0.296 0.004 0.008
#> SRR1609426 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.2918 0.7951 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR1609428 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3551 0.7256 0.856 0.120 0.016 0.008
#> SRR1609430 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609431 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609432 2 0.2469 0.6531 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.5204 0.4605 0.376 0.000 0.612 0.012
#> SRR1609434 4 0.5771 0.4781 0.028 0.460 0.000 0.512
#> SRR1609435 1 0.5366 0.0792 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1609436 1 0.5524 0.1147 0.552 0.004 0.432 0.012
#> SRR1609437 1 0.6004 0.5283 0.648 0.276 0.000 0.076
#> SRR1609438 4 0.5771 0.4781 0.028 0.460 0.000 0.512
#> SRR1609439 3 0.1743 0.8061 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1609440 1 0.4170 0.7079 0.832 0.124 0.028 0.016
#> SRR1609441 1 0.3945 0.6963 0.828 0.144 0.004 0.024
#> SRR1609442 2 0.0927 0.7262 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1609443 1 0.5412 0.3379 0.624 0.016 0.356 0.004
#> SRR1609444 1 0.3551 0.7256 0.856 0.120 0.016 0.008
#> SRR1609445 1 0.3071 0.7109 0.884 0.096 0.008 0.012
#> SRR1609446 1 0.3345 0.7141 0.860 0.124 0.004 0.012
#> SRR1609447 1 0.5366 0.0792 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1609448 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.4719 0.6802 0.752 0.224 0.008 0.016
#> SRR1609450 2 0.2216 0.6693 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0336 0.7941 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609452 1 0.4291 0.7043 0.844 0.076 0.048 0.032
#> SRR1609453 1 0.4327 0.7026 0.836 0.064 0.084 0.016
#> SRR1609454 2 0.5137 -0.0556 0.452 0.544 0.000 0.004
#> SRR1609455 1 0.4571 0.6673 0.736 0.252 0.004 0.008
#> SRR1609456 1 0.3317 0.7118 0.868 0.112 0.008 0.012
#> SRR1609457 1 0.4834 0.6074 0.764 0.024 0.200 0.012
#> SRR1609458 1 0.5523 0.5388 0.696 0.032 0.260 0.012
#> SRR1609459 1 0.4701 0.6873 0.824 0.056 0.080 0.040
#> SRR1609460 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609461 1 0.4715 0.6147 0.776 0.024 0.188 0.012
#> SRR1609462 3 0.2342 0.8054 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR1609464 3 0.0707 0.8021 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609463 1 0.5848 0.5654 0.728 0.036 0.048 0.188
#> SRR1609465 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609466 1 0.7478 -0.2361 0.444 0.104 0.020 0.432
#> SRR1609467 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609469 4 0.5970 0.5655 0.052 0.348 0.000 0.600
#> SRR1609470 1 0.2940 0.7119 0.892 0.088 0.008 0.012
#> SRR1609472 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609471 1 0.4600 0.6740 0.744 0.240 0.004 0.012
#> SRR1609474 2 0.5143 -0.0922 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1609473 4 0.5996 0.4919 0.040 0.448 0.000 0.512
#> SRR1609475 4 0.6003 0.4779 0.040 0.456 0.000 0.504
#> SRR1609478 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609476 1 0.6230 0.6481 0.704 0.144 0.136 0.016
#> SRR1609477 1 0.4175 0.7033 0.844 0.056 0.084 0.016
#> SRR1609479 2 0.0927 0.7262 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1609481 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609480 1 0.4391 0.6997 0.836 0.056 0.084 0.024
#> SRR1609482 3 0.0707 0.8021 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609484 1 0.5953 0.5311 0.656 0.268 0.000 0.076
#> SRR1609483 3 0.2053 0.8032 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1609486 3 0.5461 0.1620 0.480 0.008 0.508 0.004
#> SRR1609485 3 0.5461 0.1620 0.480 0.008 0.508 0.004
#> SRR1609487 1 0.4475 0.6686 0.748 0.240 0.004 0.008
#> SRR1609488 1 0.5193 0.1616 0.580 0.000 0.412 0.008
#> SRR1609489 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.5004 0.5066 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1609491 1 0.3069 0.7131 0.888 0.088 0.012 0.012
#> SRR1609492 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609494 2 0.0817 0.7293 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.6368 0.6352 0.692 0.144 0.148 0.016
#> SRR1609496 3 0.1716 0.8091 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609497 1 0.5464 -0.1205 0.496 0.004 0.492 0.008
#> SRR1609498 1 0.5388 0.0130 0.532 0.000 0.456 0.012
#> SRR1609499 2 0.2216 0.6693 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.5524 0.1147 0.552 0.004 0.432 0.012
#> SRR1609501 1 0.3158 0.7092 0.880 0.096 0.004 0.020
#> SRR1609502 1 0.5339 0.4867 0.600 0.384 0.000 0.016
#> SRR1609503 4 0.1543 0.4848 0.008 0.032 0.004 0.956
#> SRR1609504 1 0.5366 0.0792 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1609505 3 0.2647 0.7931 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1609506 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.5565 0.1737 0.464 0.004 0.520 0.012
#> SRR1609508 2 0.5097 0.0268 0.428 0.568 0.000 0.004
#> SRR1609509 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609512 3 0.1716 0.8091 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609511 3 0.2111 0.7879 0.044 0.000 0.932 0.024
#> SRR1609513 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609514 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609515 2 0.1940 0.6837 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.4701 0.6873 0.824 0.056 0.080 0.040
#> SRR1609517 1 0.4644 0.6307 0.748 0.228 0.000 0.024
#> SRR1609518 1 0.4600 0.6740 0.744 0.240 0.004 0.012
#> SRR1609519 3 0.2647 0.7896 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1609520 4 0.5996 0.4919 0.040 0.448 0.000 0.512
#> SRR1609521 3 0.2976 0.7927 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR1609522 3 0.0000 0.7909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609524 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.7909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 1 0.2940 0.7119 0.892 0.088 0.008 0.012
#> SRR1609527 1 0.4458 0.6822 0.772 0.208 0.008 0.012
#> SRR1609529 1 0.4991 0.4092 0.672 0.008 0.316 0.004
#> SRR1609528 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609530 3 0.5454 0.1920 0.468 0.008 0.520 0.004
#> SRR1609531 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0707 0.8021 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609533 1 0.3497 0.7040 0.852 0.124 0.000 0.024
#> SRR1609534 3 0.5909 0.1623 0.460 0.016 0.512 0.012
#> SRR1609535 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609537 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.5037 0.6554 0.800 0.048 0.112 0.040
#> SRR1609538 2 0.2216 0.6693 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.6053 0.5606 0.724 0.036 0.068 0.172
#> SRR1609540 1 0.5159 0.6601 0.764 0.052 0.172 0.012
#> SRR1609541 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609542 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.2918 0.7951 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR1609544 1 0.6718 0.1075 0.524 0.044 0.408 0.024
#> SRR1609545 3 0.5360 0.3004 0.436 0.000 0.552 0.012
#> SRR1609546 1 0.3924 0.6739 0.840 0.028 0.124 0.008
#> SRR1609547 1 0.5979 0.4250 0.652 0.012 0.292 0.044
#> SRR1609548 1 0.3166 0.7130 0.888 0.080 0.020 0.012
#> SRR1609549 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.5848 0.5654 0.728 0.036 0.048 0.188
#> SRR1609552 1 0.6112 -0.0427 0.500 0.020 0.464 0.016
#> SRR1609553 1 0.4937 0.3690 0.660 0.004 0.332 0.004
#> SRR1609554 1 0.3234 0.7113 0.884 0.084 0.012 0.020
#> SRR1609555 1 0.4894 0.5806 0.748 0.024 0.220 0.008
#> SRR1609556 3 0.0336 0.7941 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609557 1 0.3182 0.7073 0.876 0.096 0.000 0.028
#> SRR1609558 1 0.3166 0.7143 0.888 0.080 0.020 0.012
#> SRR1609559 1 0.3668 0.7029 0.852 0.116 0.004 0.028
#> SRR1609560 1 0.4661 0.6562 0.724 0.264 0.004 0.008
#> SRR1609561 3 0.5461 0.1548 0.480 0.008 0.508 0.004
#> SRR1609562 1 0.4661 0.6562 0.724 0.264 0.004 0.008
#> SRR1609563 1 0.4991 0.5130 0.608 0.388 0.000 0.004
#> SRR1609564 1 0.5415 0.4409 0.668 0.016 0.304 0.012
#> SRR1609565 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.4499 0.6749 0.756 0.228 0.004 0.012
#> SRR1609569 3 0.2546 0.8025 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR1609570 3 0.0000 0.7909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.1004 0.7805 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609572 3 0.2976 0.7766 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR1609573 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609574 3 0.4999 0.5496 0.328 0.000 0.660 0.012
#> SRR1609575 2 0.6082 -0.4487 0.044 0.480 0.000 0.476
#> SRR1609576 2 0.2149 0.6739 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.3172 0.7126 0.872 0.112 0.004 0.012
#> SRR1609577 1 0.4241 0.7075 0.808 0.164 0.012 0.016
#> SRR1609579 3 0.1970 0.8058 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1609580 1 0.3914 0.6869 0.848 0.040 0.104 0.008
#> SRR1609582 1 0.5392 -0.0042 0.528 0.000 0.460 0.012
#> SRR1609581 1 0.2933 0.7146 0.896 0.080 0.012 0.012
#> SRR1609583 1 0.3896 0.7127 0.860 0.068 0.056 0.016
#> SRR1609584 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609585 3 0.3942 0.6817 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1609586 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609587 1 0.4955 0.6169 0.792 0.024 0.140 0.044
#> SRR1609588 1 0.2933 0.7146 0.896 0.080 0.012 0.012
#> SRR1609589 1 0.3978 0.6859 0.796 0.192 0.000 0.012
#> SRR1609590 3 0.2760 0.7851 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1609592 1 0.3668 0.7029 0.852 0.116 0.004 0.028
#> SRR1609591 1 0.3831 0.7130 0.836 0.140 0.012 0.012
#> SRR1609593 1 0.5873 0.5612 0.716 0.040 0.036 0.208
#> SRR1609594 4 0.5771 0.4781 0.028 0.460 0.000 0.512
#> SRR1609595 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609596 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609599 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609600 1 0.5573 -0.0508 0.508 0.004 0.476 0.012
#> SRR1609601 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609602 4 0.6380 0.5916 0.228 0.020 0.080 0.672
#> SRR1609603 1 0.4785 0.6560 0.720 0.264 0.004 0.012
#> SRR1609604 2 0.5938 -0.4365 0.036 0.488 0.000 0.476
#> SRR1609605 1 0.3606 0.7071 0.844 0.132 0.000 0.024
#> SRR1609606 1 0.3907 0.6924 0.828 0.140 0.000 0.032
#> SRR1609607 1 0.5004 0.6144 0.788 0.024 0.144 0.044
#> SRR1609608 1 0.5037 0.6554 0.800 0.048 0.112 0.040
#> SRR1609609 1 0.3505 0.7159 0.864 0.108 0.012 0.016
#> SRR1609610 1 0.4606 0.6082 0.772 0.020 0.200 0.008
#> SRR1609611 2 0.5938 -0.4365 0.036 0.488 0.000 0.476
#> SRR1609613 2 0.1867 0.6885 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.4894 0.5806 0.748 0.024 0.220 0.008
#> SRR1609614 1 0.5672 -0.0304 0.512 0.004 0.468 0.016
#> SRR1609615 1 0.4600 0.6740 0.744 0.240 0.004 0.012
#> SRR1609616 1 0.4787 0.7169 0.796 0.108 0.092 0.004
#> SRR1609617 2 0.8239 0.1846 0.236 0.440 0.020 0.304
#> SRR1609618 1 0.3943 0.6846 0.844 0.036 0.112 0.008
#> SRR1609619 1 0.4153 0.7016 0.784 0.204 0.004 0.008
#> SRR1609620 2 0.3710 0.4639 0.004 0.804 0.000 0.192
#> SRR1609621 2 0.0927 0.7262 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1609622 3 0.1398 0.8063 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1609623 3 0.5189 0.4692 0.372 0.000 0.616 0.012
#> SRR1609624 1 0.4497 0.6848 0.776 0.200 0.008 0.016
#> SRR1609625 1 0.5241 0.6882 0.756 0.184 0.044 0.016
#> SRR1609626 3 0.1489 0.8067 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1609627 1 0.4809 0.6189 0.684 0.308 0.004 0.004
#> SRR1609628 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.4715 0.6147 0.776 0.024 0.188 0.012
#> SRR1609630 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.5281 0.6823 0.752 0.188 0.044 0.016
#> SRR1609632 1 0.4631 0.6579 0.728 0.260 0.004 0.008
#> SRR1609633 1 0.4358 0.7069 0.824 0.124 0.036 0.016
#> SRR1609634 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1004 0.7805 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609636 2 0.5130 0.1483 0.020 0.668 0.000 0.312
#> SRR1609637 1 0.6034 0.1371 0.556 0.020 0.408 0.016
#> SRR1609638 1 0.5004 0.5066 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1609639 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.1716 0.8091 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609641 1 0.4497 0.6848 0.776 0.200 0.008 0.016
#> SRR1609642 1 0.4376 0.7060 0.796 0.176 0.012 0.016
#> SRR1609643 1 0.3769 0.7148 0.864 0.072 0.052 0.012
#> SRR1609644 1 0.4632 0.6660 0.740 0.244 0.004 0.012
#> SRR1609645 1 0.4894 0.5806 0.748 0.024 0.220 0.008
#> SRR1609646 3 0.0188 0.7936 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609647 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609649 1 0.5571 -0.0273 0.512 0.004 0.472 0.012
#> SRR1609648 2 0.0707 0.7318 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.5088 0.4484 0.572 0.424 0.000 0.004
#> SRR1609650 1 0.4291 0.7043 0.844 0.076 0.048 0.032
#> SRR1609652 3 0.1716 0.8091 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609653 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.7919 -0.3451 0.324 0.352 0.000 0.324
#> SRR1609655 1 0.6053 0.5606 0.724 0.036 0.068 0.172
#> SRR1609657 1 0.4225 0.7086 0.828 0.128 0.028 0.016
#> SRR1609656 4 0.7205 0.6203 0.252 0.200 0.000 0.548
#> SRR1609658 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609660 1 0.6053 0.5606 0.724 0.036 0.068 0.172
#> SRR1609661 1 0.3924 0.6739 0.840 0.028 0.124 0.008
#> SRR1609662 2 0.0592 0.7349 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.4476 0.6405 0.800 0.032 0.160 0.008
#> SRR1609664 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609665 2 0.2530 0.6461 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.7224 0.6177 0.236 0.216 0.000 0.548
#> SRR1609667 1 0.5360 0.0919 0.552 0.000 0.436 0.012
#> SRR1609668 2 0.7641 0.2054 0.216 0.440 0.000 0.344
#> SRR1609669 1 0.4600 0.6688 0.744 0.240 0.004 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609361 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609362 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609363 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609366 2 0.3109 0.58469 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.1441 0.60549 0.956 0.024 0.008 0.004 0.008
#> SRR1609368 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.2719 0.61092 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609370 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609371 2 0.3074 0.58923 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609372 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609373 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.3074 0.59370 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.3242 0.55346 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2956 0.61158 0.848 0.140 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609376 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4287 0.54125 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609379 1 0.2439 0.61592 0.876 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609382 4 0.4449 0.49556 0.004 0.484 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609383 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609381 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609384 1 0.2970 0.59437 0.828 0.168 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609386 1 0.3662 0.52127 0.744 0.252 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609385 1 0.2660 0.61356 0.864 0.128 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609387 1 0.2237 0.62639 0.904 0.084 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609388 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1857 0.62162 0.928 0.060 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609393 4 0.4287 0.54125 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609394 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3074 0.58923 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609395 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609396 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609398 1 0.3689 0.51777 0.740 0.256 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609399 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609400 1 0.1441 0.60549 0.956 0.024 0.008 0.004 0.008
#> SRR1609397 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3266 0.58240 0.796 0.200 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609404 4 0.4306 0.48230 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1609406 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2674 0.61309 0.856 0.140 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609410 1 0.2763 0.60599 0.848 0.148 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609411 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.2352 0.61973 0.896 0.092 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609412 1 0.7092 0.59383 0.552 0.068 0.000 0.200 0.180
#> SRR1609414 1 0.7737 0.43011 0.520 0.016 0.220 0.152 0.092
#> SRR1609415 1 0.5944 0.36839 0.640 0.008 0.232 0.108 0.012
#> SRR1609416 3 0.6082 0.46119 0.344 0.000 0.540 0.108 0.008
#> SRR1609417 3 0.6958 0.14345 0.356 0.000 0.484 0.064 0.096
#> SRR1609418 1 0.2753 0.61815 0.856 0.136 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609419 2 0.0290 0.90252 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2843 0.61472 0.848 0.144 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609421 1 0.7345 0.58134 0.536 0.096 0.000 0.184 0.184
#> SRR1609422 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609423 4 0.4533 0.55227 0.008 0.448 0.000 0.544 0.000
#> SRR1609424 2 0.4046 0.31325 0.008 0.696 0.000 0.296 0.000
#> SRR1609425 1 0.3611 0.58676 0.780 0.208 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609426 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.3693 0.77160 0.124 0.000 0.824 0.044 0.008
#> SRR1609428 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.6353 0.64313 0.660 0.084 0.004 0.148 0.104
#> SRR1609430 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609432 2 0.2536 0.73225 0.128 0.868 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609433 3 0.6082 0.46119 0.344 0.000 0.540 0.108 0.008
#> SRR1609434 4 0.4287 0.54125 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609435 1 0.6141 0.01676 0.516 0.000 0.368 0.108 0.008
#> SRR1609436 1 0.6088 0.04923 0.520 0.000 0.360 0.116 0.004
#> SRR1609437 1 0.7207 0.45974 0.540 0.240 0.000 0.100 0.120
#> SRR1609438 4 0.4287 0.54125 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609439 3 0.2437 0.78729 0.032 0.000 0.904 0.060 0.004
#> SRR1609440 1 0.1153 0.60884 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609441 1 0.7347 0.58170 0.548 0.128 0.000 0.164 0.160
#> SRR1609442 2 0.0579 0.89795 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609443 1 0.7596 0.25180 0.480 0.008 0.292 0.148 0.072
#> SRR1609444 1 0.6353 0.64313 0.660 0.084 0.004 0.148 0.104
#> SRR1609445 1 0.7094 0.60119 0.564 0.084 0.000 0.188 0.164
#> SRR1609446 1 0.7153 0.60484 0.568 0.108 0.000 0.156 0.168
#> SRR1609447 1 0.6141 0.01676 0.516 0.000 0.368 0.108 0.008
#> SRR1609448 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2833 0.62335 0.864 0.120 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609450 2 0.2233 0.77168 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609451 3 0.0324 0.77713 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1609452 1 0.7561 0.57114 0.504 0.064 0.008 0.224 0.200
#> SRR1609453 1 0.7825 0.60271 0.528 0.060 0.044 0.220 0.148
#> SRR1609454 1 0.5527 0.12659 0.476 0.472 0.000 0.012 0.040
#> SRR1609455 1 0.3154 0.61600 0.836 0.148 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609456 1 0.7039 0.60096 0.576 0.092 0.000 0.156 0.176
#> SRR1609457 1 0.7886 0.50615 0.508 0.016 0.156 0.212 0.108
#> SRR1609458 1 0.6403 0.44113 0.624 0.004 0.208 0.124 0.040
#> SRR1609459 1 0.7819 0.55429 0.484 0.040 0.032 0.220 0.224
#> SRR1609460 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609461 1 0.7892 0.51576 0.508 0.016 0.144 0.216 0.116
#> SRR1609462 3 0.2699 0.78577 0.100 0.000 0.880 0.012 0.008
#> SRR1609464 3 0.0865 0.78613 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1609463 1 0.6408 0.41741 0.452 0.000 0.012 0.120 0.416
#> SRR1609465 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609466 1 0.6558 -0.03809 0.548 0.012 0.004 0.272 0.164
#> SRR1609467 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4434 0.59793 0.008 0.348 0.000 0.640 0.004
#> SRR1609470 1 0.7065 0.59330 0.560 0.072 0.000 0.184 0.184
#> SRR1609472 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609471 1 0.2864 0.61947 0.852 0.136 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609474 1 0.5258 0.14956 0.488 0.472 0.000 0.004 0.036
#> SRR1609473 4 0.4533 0.55227 0.008 0.448 0.000 0.544 0.000
#> SRR1609475 4 0.4542 0.54231 0.008 0.456 0.000 0.536 0.000
#> SRR1609478 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609476 1 0.3839 0.52384 0.824 0.040 0.120 0.004 0.012
#> SRR1609477 1 0.7790 0.58917 0.516 0.048 0.040 0.224 0.172
#> SRR1609479 2 0.0579 0.89795 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609481 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609480 1 0.7838 0.58272 0.508 0.048 0.040 0.228 0.176
#> SRR1609482 3 0.0865 0.78613 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1609484 1 0.7492 0.45167 0.508 0.244 0.000 0.128 0.120
#> SRR1609483 3 0.2775 0.78351 0.036 0.000 0.884 0.076 0.004
#> SRR1609486 3 0.6512 0.15139 0.404 0.000 0.480 0.064 0.052
#> SRR1609485 3 0.6512 0.15139 0.404 0.000 0.480 0.064 0.052
#> SRR1609487 1 0.2956 0.61158 0.848 0.140 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609488 1 0.6930 0.10489 0.464 0.000 0.340 0.172 0.024
#> SRR1609489 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.4938 0.47612 0.648 0.308 0.000 0.004 0.040
#> SRR1609491 1 0.7065 0.59512 0.560 0.072 0.000 0.184 0.184
#> SRR1609492 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609494 2 0.0510 0.89415 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.3978 0.50870 0.812 0.040 0.132 0.004 0.012
#> SRR1609496 3 0.1704 0.79254 0.068 0.000 0.928 0.004 0.000
#> SRR1609497 3 0.6891 0.11346 0.388 0.000 0.424 0.168 0.020
#> SRR1609498 1 0.6208 -0.03938 0.496 0.000 0.384 0.112 0.008
#> SRR1609499 2 0.2233 0.77168 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609500 1 0.6125 0.05146 0.516 0.000 0.360 0.120 0.004
#> SRR1609501 1 0.7191 0.58615 0.548 0.080 0.000 0.184 0.188
#> SRR1609502 1 0.5816 0.45024 0.592 0.320 0.000 0.020 0.068
#> SRR1609503 5 0.3838 0.04911 0.000 0.004 0.000 0.280 0.716
#> SRR1609504 1 0.6179 0.01916 0.512 0.000 0.368 0.112 0.008
#> SRR1609505 3 0.3012 0.77966 0.124 0.000 0.852 0.024 0.000
#> SRR1609506 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.5921 -0.19636 0.456 0.000 0.452 0.088 0.004
#> SRR1609508 2 0.5426 -0.07958 0.456 0.496 0.000 0.008 0.040
#> SRR1609509 2 0.0290 0.90252 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609512 3 0.1544 0.79214 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2604 0.76918 0.012 0.000 0.896 0.072 0.020
#> SRR1609513 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609515 2 0.1732 0.80972 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.7819 0.55429 0.484 0.040 0.032 0.220 0.224
#> SRR1609517 1 0.8015 0.46421 0.448 0.216 0.000 0.172 0.164
#> SRR1609518 1 0.2753 0.61868 0.856 0.136 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609519 3 0.2873 0.77518 0.128 0.000 0.856 0.016 0.000
#> SRR1609520 4 0.4533 0.55227 0.008 0.448 0.000 0.544 0.000
#> SRR1609521 3 0.3740 0.77013 0.128 0.000 0.820 0.044 0.008
#> SRR1609522 3 0.0000 0.77372 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609524 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.77372 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 1 0.7065 0.59330 0.560 0.072 0.000 0.184 0.184
#> SRR1609527 1 0.2233 0.61854 0.892 0.104 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609529 1 0.7733 0.30181 0.444 0.000 0.272 0.200 0.084
#> SRR1609528 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609530 3 0.6352 0.17555 0.404 0.000 0.492 0.056 0.048
#> SRR1609531 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0703 0.78502 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609533 1 0.7415 0.57616 0.532 0.108 0.000 0.176 0.184
#> SRR1609534 3 0.6846 0.13669 0.368 0.000 0.484 0.060 0.088
#> SRR1609535 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609537 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.8048 0.54196 0.472 0.024 0.072 0.212 0.220
#> SRR1609538 2 0.2233 0.77168 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609539 1 0.6804 0.42983 0.452 0.000 0.032 0.124 0.392
#> SRR1609540 1 0.6155 0.56298 0.688 0.020 0.128 0.120 0.044
#> SRR1609541 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609542 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.3693 0.77160 0.124 0.000 0.824 0.044 0.008
#> SRR1609544 1 0.4919 -0.05994 0.592 0.004 0.384 0.012 0.008
#> SRR1609545 3 0.6160 0.30409 0.404 0.000 0.484 0.104 0.008
#> SRR1609546 1 0.7718 0.56963 0.536 0.020 0.096 0.200 0.148
#> SRR1609547 1 0.8327 0.32691 0.380 0.000 0.244 0.184 0.192
#> SRR1609548 1 0.7092 0.59383 0.552 0.068 0.000 0.200 0.180
#> SRR1609549 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0290 0.90252 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.6408 0.41741 0.452 0.000 0.012 0.120 0.416
#> SRR1609552 3 0.6884 0.07457 0.364 0.000 0.460 0.028 0.148
#> SRR1609553 1 0.7693 0.26100 0.436 0.000 0.288 0.200 0.076
#> SRR1609554 1 0.7172 0.58750 0.544 0.072 0.000 0.196 0.188
#> SRR1609555 1 0.8126 0.47800 0.480 0.016 0.168 0.208 0.128
#> SRR1609556 3 0.0324 0.77713 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1609557 1 0.7241 0.58142 0.540 0.080 0.000 0.180 0.200
#> SRR1609558 1 0.7134 0.59777 0.560 0.064 0.004 0.192 0.180
#> SRR1609559 1 0.7575 0.57449 0.524 0.104 0.004 0.184 0.184
#> SRR1609560 1 0.3289 0.60344 0.816 0.172 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609561 3 0.6506 0.15088 0.404 0.000 0.480 0.068 0.048
#> SRR1609562 1 0.3289 0.60344 0.816 0.172 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609563 1 0.5053 0.47943 0.644 0.304 0.000 0.004 0.048
#> SRR1609564 1 0.5944 0.36839 0.640 0.008 0.232 0.108 0.012
#> SRR1609565 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0290 0.90252 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0290 0.90252 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.2536 0.61656 0.868 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609569 3 0.3131 0.78233 0.104 0.000 0.860 0.028 0.008
#> SRR1609570 3 0.0000 0.77372 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.1168 0.76341 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609572 3 0.3684 0.75883 0.056 0.000 0.824 0.116 0.004
#> SRR1609573 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.5870 0.53954 0.296 0.000 0.592 0.104 0.008
#> SRR1609575 4 0.4559 0.49973 0.008 0.480 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609576 2 0.2179 0.77820 0.100 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609578 1 0.7056 0.60544 0.576 0.096 0.000 0.160 0.168
#> SRR1609577 1 0.1901 0.62691 0.928 0.056 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609579 3 0.2888 0.78488 0.056 0.000 0.880 0.060 0.004
#> SRR1609580 1 0.7431 0.58043 0.548 0.012 0.076 0.204 0.160
#> SRR1609582 1 0.6214 -0.04582 0.492 0.000 0.388 0.112 0.008
#> SRR1609581 1 0.6985 0.60025 0.568 0.068 0.000 0.184 0.180
#> SRR1609583 1 0.7720 0.60652 0.540 0.064 0.036 0.204 0.156
#> SRR1609584 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.4267 0.65639 0.232 0.000 0.736 0.028 0.004
#> SRR1609586 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 1 0.7746 0.50261 0.460 0.000 0.092 0.216 0.232
#> SRR1609588 1 0.6985 0.60025 0.568 0.068 0.000 0.184 0.180
#> SRR1609589 1 0.6385 0.58493 0.624 0.160 0.000 0.044 0.172
#> SRR1609590 3 0.3146 0.77126 0.128 0.000 0.844 0.028 0.000
#> SRR1609592 1 0.7575 0.57449 0.524 0.104 0.004 0.184 0.184
#> SRR1609591 1 0.6644 0.62264 0.624 0.104 0.000 0.116 0.156
#> SRR1609593 1 0.6287 0.40141 0.444 0.004 0.004 0.112 0.436
#> SRR1609594 4 0.4287 0.54125 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609595 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609596 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609599 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609600 1 0.6125 -0.08996 0.480 0.000 0.404 0.112 0.004
#> SRR1609601 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609602 4 0.2217 0.44852 0.012 0.000 0.024 0.920 0.044
#> SRR1609603 1 0.2930 0.60415 0.832 0.164 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609604 4 0.4450 0.48922 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> SRR1609605 1 0.7310 0.58685 0.548 0.116 0.000 0.148 0.188
#> SRR1609606 1 0.7651 0.55090 0.504 0.128 0.000 0.180 0.188
#> SRR1609607 1 0.7785 0.49964 0.456 0.000 0.096 0.216 0.232
#> SRR1609608 1 0.8048 0.54196 0.472 0.024 0.072 0.212 0.220
#> SRR1609609 1 0.7230 0.59762 0.552 0.096 0.000 0.164 0.188
#> SRR1609610 1 0.7857 0.50430 0.516 0.016 0.148 0.204 0.116
#> SRR1609611 4 0.4450 0.48922 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> SRR1609613 2 0.1732 0.80875 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.8126 0.47800 0.480 0.016 0.168 0.208 0.128
#> SRR1609614 1 0.6220 -0.07759 0.476 0.000 0.396 0.124 0.004
#> SRR1609615 1 0.2753 0.61868 0.856 0.136 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609616 1 0.5850 0.62072 0.724 0.048 0.056 0.128 0.044
#> SRR1609617 5 0.6022 0.89154 0.020 0.396 0.000 0.068 0.516
#> SRR1609618 1 0.7688 0.58025 0.540 0.024 0.084 0.204 0.148
#> SRR1609619 1 0.4280 0.64445 0.800 0.120 0.000 0.032 0.048
#> SRR1609620 2 0.3074 0.58923 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609621 2 0.0579 0.89795 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609622 3 0.2152 0.78996 0.032 0.000 0.920 0.044 0.004
#> SRR1609623 3 0.6070 0.46924 0.340 0.000 0.544 0.108 0.008
#> SRR1609624 1 0.2249 0.61907 0.896 0.096 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609625 1 0.3704 0.62545 0.848 0.088 0.032 0.016 0.016
#> SRR1609626 3 0.2227 0.78948 0.032 0.000 0.916 0.048 0.004
#> SRR1609627 1 0.3815 0.57996 0.764 0.220 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609628 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.7892 0.51576 0.508 0.016 0.144 0.216 0.116
#> SRR1609630 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3424 0.61864 0.856 0.092 0.032 0.004 0.016
#> SRR1609632 1 0.3250 0.60456 0.820 0.168 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609633 1 0.1441 0.60549 0.956 0.024 0.008 0.004 0.008
#> SRR1609634 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1168 0.76341 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609636 2 0.3949 0.18124 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1609637 1 0.4657 -0.00606 0.604 0.000 0.380 0.008 0.008
#> SRR1609638 1 0.4938 0.47612 0.648 0.308 0.000 0.004 0.040
#> SRR1609639 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.1704 0.79264 0.068 0.000 0.928 0.004 0.000
#> SRR1609641 1 0.2352 0.61973 0.896 0.092 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609642 1 0.2054 0.62965 0.916 0.072 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609643 1 0.7769 0.61202 0.548 0.068 0.044 0.188 0.152
#> SRR1609644 1 0.2719 0.61092 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609645 1 0.8126 0.47800 0.480 0.016 0.168 0.208 0.128
#> SRR1609646 3 0.0162 0.77652 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609649 1 0.6083 -0.08222 0.488 0.000 0.400 0.108 0.004
#> SRR1609648 2 0.0404 0.89834 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.5056 0.44204 0.620 0.336 0.000 0.004 0.040
#> SRR1609650 1 0.7561 0.57114 0.504 0.064 0.008 0.224 0.200
#> SRR1609652 3 0.1544 0.79214 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 1 0.8000 -0.27769 0.372 0.288 0.000 0.252 0.088
#> SRR1609655 1 0.6804 0.42983 0.452 0.000 0.032 0.124 0.392
#> SRR1609657 1 0.1243 0.60971 0.960 0.028 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609656 4 0.5805 0.52267 0.308 0.104 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609658 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 1 0.6804 0.42983 0.452 0.000 0.032 0.124 0.392
#> SRR1609661 1 0.7718 0.56963 0.536 0.020 0.096 0.200 0.148
#> SRR1609662 2 0.0162 0.90609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.7593 0.53635 0.520 0.004 0.116 0.216 0.144
#> SRR1609664 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609665 2 0.2424 0.72886 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.5903 0.52832 0.292 0.120 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609667 1 0.6132 0.02916 0.520 0.000 0.364 0.108 0.008
#> SRR1609668 5 0.5415 0.94187 0.020 0.396 0.000 0.028 0.556
#> SRR1609669 1 0.2674 0.61309 0.856 0.140 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.2854 0.61013 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.1317 0.40905 0.956 0.016 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.2333 0.43802 0.872 0.120 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609371 2 0.2823 0.58373 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2823 0.61833 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2969 0.58153 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2500 0.43670 0.868 0.116 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3843 0.53209 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.2051 0.44067 0.896 0.096 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609382 4 0.4093 0.48509 0.000 0.476 0.000 0.516 0.008 0.000
#> SRR1609383 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609384 1 0.2584 0.43038 0.848 0.144 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609386 1 0.3276 0.37690 0.764 0.228 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609385 1 0.2006 0.44108 0.892 0.104 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1327 0.43596 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1367 0.42756 0.944 0.044 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609393 4 0.3843 0.53209 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.2823 0.58373 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609396 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609398 1 0.3302 0.37419 0.760 0.232 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609399 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609400 1 0.1317 0.40905 0.956 0.016 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.2913 0.41375 0.812 0.180 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609404 4 0.3866 0.47188 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2288 0.43883 0.876 0.116 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.2377 0.43694 0.868 0.124 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.1732 0.43727 0.920 0.072 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609412 1 0.5114 -0.44355 0.468 0.056 0.000 0.004 0.468 0.004
#> SRR1609414 1 0.6802 -0.21667 0.480 0.012 0.196 0.028 0.276 0.008
#> SRR1609415 1 0.5934 0.09503 0.612 0.008 0.208 0.028 0.140 0.004
#> SRR1609416 3 0.6257 0.43235 0.332 0.000 0.488 0.028 0.148 0.004
#> SRR1609417 3 0.6344 -0.00994 0.300 0.000 0.464 0.004 0.216 0.016
#> SRR1609418 1 0.2643 0.43505 0.868 0.108 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1609419 2 0.0146 0.91318 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2543 0.43633 0.868 0.116 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1609421 1 0.5409 -0.41224 0.460 0.084 0.000 0.004 0.448 0.004
#> SRR1609422 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609423 4 0.4062 0.54165 0.000 0.440 0.000 0.552 0.008 0.000
#> SRR1609424 2 0.3672 0.29800 0.000 0.688 0.000 0.304 0.008 0.000
#> SRR1609425 1 0.3277 0.40052 0.792 0.188 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609426 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.4268 0.73026 0.116 0.000 0.776 0.028 0.076 0.004
#> SRR1609428 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.5049 -0.11333 0.600 0.072 0.004 0.000 0.320 0.004
#> SRR1609430 3 0.0405 0.74877 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609432 2 0.2400 0.76971 0.116 0.872 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1609433 3 0.6257 0.43235 0.332 0.000 0.488 0.028 0.148 0.004
#> SRR1609434 4 0.3843 0.53209 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.6246 0.03856 0.500 0.000 0.316 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609436 1 0.6277 0.05413 0.500 0.000 0.308 0.028 0.160 0.004
#> SRR1609437 1 0.6878 0.06258 0.500 0.228 0.000 0.076 0.188 0.008
#> SRR1609438 4 0.3843 0.53209 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.2688 0.75351 0.024 0.000 0.884 0.020 0.068 0.004
#> SRR1609440 1 0.1059 0.41041 0.964 0.016 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609441 1 0.6003 -0.32218 0.476 0.116 0.000 0.016 0.384 0.008
#> SRR1609442 2 0.0405 0.90872 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.6799 -0.12124 0.448 0.004 0.256 0.028 0.256 0.008
#> SRR1609444 1 0.5049 -0.11333 0.600 0.072 0.004 0.000 0.320 0.004
#> SRR1609445 1 0.5279 -0.36923 0.492 0.072 0.000 0.004 0.428 0.004
#> SRR1609446 1 0.5493 -0.32930 0.492 0.096 0.000 0.004 0.404 0.004
#> SRR1609447 1 0.6246 0.03856 0.500 0.000 0.316 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609448 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2356 0.43798 0.884 0.096 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1609450 2 0.2051 0.80288 0.096 0.896 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609451 3 0.0862 0.75277 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016 0.000
#> SRR1609452 5 0.5441 0.50256 0.436 0.056 0.000 0.004 0.484 0.020
#> SRR1609453 1 0.5830 -0.40951 0.496 0.048 0.032 0.012 0.408 0.004
#> SRR1609454 1 0.5031 0.14684 0.476 0.460 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1609455 1 0.2946 0.42848 0.848 0.120 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR1609456 1 0.5343 -0.34594 0.504 0.080 0.000 0.004 0.408 0.004
#> SRR1609457 1 0.6099 -0.34001 0.448 0.008 0.132 0.008 0.400 0.004
#> SRR1609458 1 0.5528 0.05491 0.596 0.000 0.172 0.004 0.224 0.004
#> SRR1609459 5 0.6088 0.56589 0.412 0.032 0.020 0.016 0.484 0.036
#> SRR1609460 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609461 1 0.5955 -0.36061 0.444 0.008 0.124 0.004 0.416 0.004
#> SRR1609462 3 0.3220 0.75082 0.096 0.000 0.840 0.004 0.056 0.004
#> SRR1609464 3 0.1138 0.75784 0.024 0.000 0.960 0.004 0.012 0.000
#> SRR1609463 5 0.6500 0.54222 0.364 0.000 0.004 0.016 0.380 0.236
#> SRR1609465 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609466 1 0.6717 0.02715 0.544 0.004 0.004 0.220 0.116 0.112
#> SRR1609467 3 0.0291 0.74864 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4062 0.58786 0.000 0.344 0.000 0.640 0.012 0.004
#> SRR1609470 1 0.5158 -0.41476 0.480 0.060 0.000 0.004 0.452 0.004
#> SRR1609472 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609471 1 0.2730 0.43164 0.864 0.108 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1609474 1 0.4832 0.16321 0.492 0.460 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1609473 4 0.4062 0.54165 0.000 0.440 0.000 0.552 0.008 0.000
#> SRR1609475 4 0.4072 0.53190 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008 0.000
#> SRR1609478 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609476 1 0.2790 0.35633 0.856 0.020 0.116 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609477 5 0.5502 0.49336 0.444 0.040 0.028 0.004 0.480 0.004
#> SRR1609479 2 0.0405 0.90872 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609480 5 0.5500 0.49839 0.440 0.040 0.028 0.004 0.484 0.004
#> SRR1609482 3 0.1138 0.75784 0.024 0.000 0.960 0.004 0.012 0.000
#> SRR1609484 1 0.7048 -0.00772 0.464 0.232 0.000 0.076 0.220 0.008
#> SRR1609483 3 0.2932 0.75114 0.028 0.000 0.868 0.020 0.080 0.004
#> SRR1609486 3 0.6080 0.07837 0.332 0.000 0.460 0.004 0.200 0.004
#> SRR1609485 3 0.6080 0.07837 0.332 0.000 0.460 0.004 0.200 0.004
#> SRR1609487 1 0.2500 0.43670 0.868 0.116 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1609488 1 0.6583 -0.03361 0.432 0.000 0.292 0.024 0.248 0.004
#> SRR1609489 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.4350 0.29484 0.660 0.292 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609491 1 0.5158 -0.41381 0.480 0.060 0.000 0.004 0.452 0.004
#> SRR1609492 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609494 2 0.0405 0.90689 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.2920 0.34655 0.844 0.020 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609496 3 0.2380 0.76199 0.068 0.000 0.892 0.004 0.036 0.000
#> SRR1609497 3 0.6639 0.02979 0.356 0.000 0.376 0.024 0.240 0.004
#> SRR1609498 1 0.6334 -0.02569 0.476 0.000 0.332 0.028 0.160 0.004
#> SRR1609499 2 0.2051 0.80288 0.096 0.896 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609500 1 0.6302 0.05105 0.496 0.000 0.308 0.028 0.164 0.004
#> SRR1609501 1 0.5247 -0.41069 0.476 0.068 0.000 0.004 0.448 0.004
#> SRR1609502 1 0.5459 0.18163 0.568 0.312 0.000 0.012 0.108 0.000
#> SRR1609503 5 0.6086 -0.41480 0.000 0.000 0.000 0.276 0.376 0.348
#> SRR1609504 1 0.6272 0.04028 0.496 0.000 0.316 0.028 0.156 0.004
#> SRR1609505 3 0.3492 0.74821 0.112 0.000 0.816 0.008 0.064 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.6214 -0.17807 0.436 0.000 0.404 0.028 0.128 0.004
#> SRR1609508 2 0.4983 -0.12263 0.456 0.484 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1609509 2 0.0146 0.91318 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609512 3 0.2492 0.76190 0.068 0.000 0.888 0.008 0.036 0.000
#> SRR1609511 3 0.2872 0.72440 0.004 0.000 0.868 0.024 0.088 0.016
#> SRR1609513 3 0.0291 0.74864 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609515 2 0.1674 0.83614 0.068 0.924 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609516 5 0.6088 0.56589 0.412 0.032 0.020 0.016 0.484 0.036
#> SRR1609517 5 0.6146 0.32917 0.372 0.204 0.000 0.004 0.416 0.004
#> SRR1609518 1 0.2643 0.43404 0.868 0.108 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1609519 3 0.3285 0.75026 0.116 0.000 0.820 0.000 0.064 0.000
#> SRR1609520 4 0.4062 0.54165 0.000 0.440 0.000 0.552 0.008 0.000
#> SRR1609521 3 0.4299 0.72960 0.124 0.000 0.772 0.028 0.072 0.004
#> SRR1609522 3 0.0692 0.73866 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1609523 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609524 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0692 0.73866 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1609525 1 0.5158 -0.41476 0.480 0.060 0.000 0.004 0.452 0.004
#> SRR1609527 1 0.2009 0.43931 0.904 0.084 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1609529 5 0.6258 0.28303 0.356 0.000 0.240 0.004 0.396 0.004
#> SRR1609528 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609530 3 0.6021 0.11531 0.332 0.000 0.472 0.004 0.188 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.1251 0.75672 0.024 0.000 0.956 0.008 0.012 0.000
#> SRR1609533 1 0.5517 -0.40650 0.456 0.096 0.000 0.004 0.440 0.004
#> SRR1609534 3 0.6306 0.00314 0.316 0.000 0.480 0.008 0.180 0.016
#> SRR1609535 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609537 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.6375 0.59248 0.376 0.016 0.060 0.012 0.492 0.044
#> SRR1609538 2 0.2051 0.80288 0.096 0.896 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609539 5 0.6808 0.55206 0.364 0.000 0.024 0.016 0.384 0.212
#> SRR1609540 1 0.5128 0.08937 0.664 0.012 0.112 0.000 0.208 0.004
#> SRR1609541 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609542 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.4268 0.73026 0.116 0.000 0.776 0.028 0.076 0.004
#> SRR1609544 1 0.5001 -0.04398 0.584 0.000 0.352 0.008 0.052 0.004
#> SRR1609545 3 0.6355 0.27595 0.384 0.000 0.432 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609546 1 0.5689 -0.41233 0.468 0.008 0.080 0.004 0.432 0.008
#> SRR1609547 5 0.7072 0.44558 0.308 0.000 0.224 0.016 0.408 0.044
#> SRR1609548 1 0.5114 -0.44355 0.468 0.056 0.000 0.004 0.468 0.004
#> SRR1609549 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0146 0.91318 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.6500 0.54222 0.364 0.000 0.004 0.016 0.380 0.236
#> SRR1609552 3 0.6691 -0.08974 0.300 0.000 0.436 0.008 0.228 0.028
#> SRR1609553 5 0.6294 0.25766 0.348 0.000 0.256 0.004 0.388 0.004
#> SRR1609554 5 0.5344 0.43185 0.460 0.060 0.000 0.004 0.464 0.012
#> SRR1609555 1 0.6264 -0.34739 0.424 0.008 0.144 0.012 0.408 0.004
#> SRR1609556 3 0.0862 0.75277 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016 0.000
#> SRR1609557 1 0.5510 -0.45565 0.456 0.068 0.000 0.004 0.456 0.016
#> SRR1609558 1 0.5194 -0.43380 0.476 0.052 0.004 0.004 0.460 0.004
#> SRR1609559 1 0.5707 -0.43245 0.448 0.092 0.004 0.004 0.444 0.008
#> SRR1609560 1 0.2936 0.42456 0.836 0.144 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609561 3 0.6080 0.08017 0.332 0.000 0.460 0.004 0.200 0.004
#> SRR1609562 1 0.2936 0.42456 0.836 0.144 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609563 1 0.4581 0.28820 0.652 0.288 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1609564 1 0.5934 0.09503 0.612 0.008 0.208 0.028 0.140 0.004
#> SRR1609565 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0146 0.91318 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0146 0.91318 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.2149 0.44070 0.888 0.104 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609569 3 0.3686 0.74470 0.100 0.000 0.816 0.016 0.064 0.004
#> SRR1609570 3 0.0692 0.73866 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1609571 3 0.1793 0.71951 0.000 0.000 0.928 0.032 0.036 0.004
#> SRR1609572 3 0.4013 0.72671 0.048 0.000 0.796 0.036 0.116 0.004
#> SRR1609573 3 0.0291 0.74864 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.6120 0.50840 0.276 0.000 0.540 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609575 4 0.4091 0.48914 0.000 0.472 0.000 0.520 0.008 0.000
#> SRR1609576 2 0.2001 0.80851 0.092 0.900 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609578 1 0.5383 -0.34111 0.500 0.084 0.000 0.004 0.408 0.004
#> SRR1609577 1 0.1010 0.42240 0.960 0.036 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609579 3 0.3245 0.75231 0.052 0.000 0.852 0.044 0.052 0.000
#> SRR1609580 5 0.5528 0.44896 0.452 0.008 0.064 0.004 0.464 0.008
#> SRR1609582 1 0.6341 -0.03238 0.472 0.000 0.336 0.028 0.160 0.004
#> SRR1609581 1 0.5109 -0.40990 0.488 0.056 0.000 0.004 0.448 0.004
#> SRR1609583 1 0.5452 -0.40654 0.496 0.052 0.024 0.000 0.424 0.004
#> SRR1609584 3 0.0291 0.74864 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.4525 0.63006 0.220 0.000 0.700 0.008 0.072 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.6411 0.57985 0.364 0.000 0.080 0.016 0.484 0.056
#> SRR1609588 1 0.5109 -0.40990 0.488 0.056 0.000 0.004 0.448 0.004
#> SRR1609589 1 0.5584 -0.07053 0.572 0.148 0.000 0.004 0.272 0.004
#> SRR1609590 3 0.3646 0.74655 0.116 0.000 0.804 0.008 0.072 0.000
#> SRR1609592 1 0.5707 -0.43245 0.448 0.092 0.004 0.004 0.444 0.008
#> SRR1609591 1 0.5209 -0.18163 0.560 0.092 0.000 0.000 0.344 0.004
#> SRR1609593 5 0.6472 0.52491 0.360 0.004 0.000 0.012 0.368 0.256
#> SRR1609594 4 0.3843 0.53209 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609596 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609599 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609600 1 0.6344 -0.07357 0.460 0.000 0.352 0.028 0.156 0.004
#> SRR1609601 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609602 4 0.3463 0.43730 0.000 0.000 0.008 0.748 0.240 0.004
#> SRR1609603 1 0.2544 0.43353 0.852 0.140 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609604 4 0.3995 0.47831 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004 0.000
#> SRR1609605 1 0.5577 -0.37238 0.468 0.104 0.000 0.004 0.420 0.004
#> SRR1609606 5 0.5933 0.41850 0.420 0.116 0.000 0.004 0.444 0.016
#> SRR1609607 5 0.6451 0.57788 0.364 0.000 0.084 0.016 0.480 0.056
#> SRR1609608 5 0.6375 0.59248 0.376 0.016 0.060 0.012 0.492 0.044
#> SRR1609609 1 0.5577 -0.38237 0.484 0.084 0.000 0.004 0.416 0.012
#> SRR1609610 1 0.6118 -0.33357 0.464 0.008 0.124 0.012 0.388 0.004
#> SRR1609611 4 0.3995 0.47831 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004 0.000
#> SRR1609613 2 0.1501 0.83006 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.6264 -0.34739 0.424 0.008 0.144 0.012 0.408 0.004
#> SRR1609614 1 0.6402 -0.06298 0.456 0.000 0.344 0.028 0.168 0.004
#> SRR1609615 1 0.2643 0.43404 0.868 0.108 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1609616 1 0.4661 0.21263 0.704 0.036 0.044 0.000 0.216 0.000
#> SRR1609617 6 0.5263 0.95174 0.008 0.120 0.000 0.016 0.188 0.668
#> SRR1609618 1 0.5503 -0.42243 0.480 0.016 0.068 0.004 0.432 0.000
#> SRR1609619 1 0.3658 0.38231 0.808 0.092 0.000 0.004 0.092 0.004
#> SRR1609620 2 0.2823 0.58373 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0405 0.90872 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.2447 0.75639 0.024 0.000 0.900 0.020 0.052 0.004
#> SRR1609623 3 0.6248 0.44050 0.328 0.000 0.492 0.028 0.148 0.004
#> SRR1609624 1 0.1788 0.43818 0.916 0.076 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609625 1 0.3498 0.42074 0.836 0.072 0.024 0.004 0.064 0.000
#> SRR1609626 3 0.2510 0.75583 0.024 0.000 0.896 0.020 0.056 0.004
#> SRR1609627 1 0.3371 0.39201 0.780 0.200 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.5955 -0.36061 0.444 0.008 0.124 0.004 0.416 0.004
#> SRR1609630 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3053 0.43189 0.864 0.072 0.024 0.004 0.036 0.000
#> SRR1609632 1 0.2896 0.42638 0.840 0.140 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609633 1 0.1317 0.40905 0.956 0.016 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1867 0.71939 0.000 0.000 0.924 0.036 0.036 0.004
#> SRR1609636 2 0.3578 0.17130 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.4846 0.01397 0.592 0.000 0.344 0.000 0.060 0.004
#> SRR1609638 1 0.4486 0.29201 0.656 0.292 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.2563 0.76137 0.068 0.000 0.884 0.008 0.040 0.000
#> SRR1609641 1 0.1732 0.43727 0.920 0.072 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609642 1 0.1141 0.42881 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.5686 -0.38592 0.496 0.056 0.028 0.004 0.412 0.004
#> SRR1609644 1 0.2333 0.43802 0.872 0.120 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609645 1 0.6264 -0.34739 0.424 0.008 0.144 0.012 0.408 0.004
#> SRR1609646 3 0.0291 0.74864 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609649 1 0.6314 -0.06445 0.468 0.000 0.348 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609648 2 0.0260 0.90934 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.4528 0.27951 0.636 0.316 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1609650 5 0.5441 0.50256 0.436 0.056 0.000 0.004 0.484 0.020
#> SRR1609652 3 0.2492 0.76190 0.068 0.000 0.888 0.008 0.036 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 1 0.7907 -0.22586 0.368 0.272 0.000 0.224 0.088 0.048
#> SRR1609655 5 0.6808 0.55206 0.364 0.000 0.024 0.016 0.384 0.212
#> SRR1609657 1 0.1148 0.41229 0.960 0.020 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609656 4 0.4887 0.50720 0.324 0.080 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.6808 0.55206 0.364 0.000 0.024 0.016 0.384 0.212
#> SRR1609661 1 0.5689 -0.41233 0.468 0.008 0.080 0.004 0.432 0.008
#> SRR1609662 2 0.0000 0.91626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.5699 0.38842 0.440 0.000 0.096 0.004 0.448 0.012
#> SRR1609664 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609665 2 0.2234 0.76166 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609666 4 0.5042 0.51777 0.308 0.100 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.6236 0.05033 0.504 0.000 0.312 0.028 0.152 0.004
#> SRR1609668 6 0.4760 0.99659 0.008 0.120 0.000 0.004 0.160 0.708
#> SRR1609669 1 0.2288 0.43883 0.876 0.116 0.000 0.004 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.709 0.849 0.923 0.4866 0.504 0.504
#> 3 3 0.437 0.542 0.743 0.3020 0.671 0.439
#> 4 4 0.621 0.594 0.753 0.1483 0.810 0.515
#> 5 5 0.836 0.808 0.887 0.0789 0.861 0.537
#> 6 6 0.797 0.714 0.822 0.0395 0.932 0.706
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609364 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609367 1 0.7219 0.7228 0.800 0.200
#> SRR1609368 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609369 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609370 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609373 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609374 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609375 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609377 2 0.3274 0.9229 0.060 0.940
#> SRR1609376 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.3431 0.8760 0.064 0.936
#> SRR1609381 1 0.9993 0.0477 0.516 0.484
#> SRR1609384 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609386 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609385 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609387 2 0.9661 0.3887 0.392 0.608
#> SRR1609388 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609390 1 0.9993 0.0477 0.516 0.484
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609396 1 0.9710 0.3316 0.600 0.400
#> SRR1609398 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609399 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609400 1 0.7219 0.7228 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609401 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609402 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609405 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609408 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609403 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609410 2 0.7674 0.7398 0.224 0.776
#> SRR1609411 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609407 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609413 2 0.7674 0.7398 0.224 0.776
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609419 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609420 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609421 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609422 2 0.8955 0.5237 0.312 0.688
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609426 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609429 2 0.7056 0.7844 0.192 0.808
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.8016 0.7260 0.244 0.756
#> SRR1609432 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.1843 0.8997 0.972 0.028
#> SRR1609440 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609441 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.9944 0.1546 0.544 0.456
#> SRR1609445 1 0.9998 -0.1012 0.508 0.492
#> SRR1609446 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609449 1 0.9170 0.4995 0.668 0.332
#> SRR1609450 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 1.0000 0.1091 0.500 0.500
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609455 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609456 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0672 0.9160 0.992 0.008
#> SRR1609460 2 0.7883 0.7374 0.236 0.764
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.7883 0.7374 0.236 0.764
#> SRR1609466 1 0.9460 0.5420 0.636 0.364
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609472 1 0.8499 0.6457 0.724 0.276
#> SRR1609471 2 0.3733 0.9148 0.072 0.928
#> SRR1609474 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.8713 0.6178 0.708 0.292
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609481 2 0.7056 0.7308 0.192 0.808
#> SRR1609480 1 0.1843 0.8997 0.972 0.028
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.3274 0.9229 0.060 0.940
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609490 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609491 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609492 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609493 2 0.8016 0.7260 0.244 0.756
#> SRR1609494 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609495 1 0.7219 0.7228 0.800 0.200
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609502 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609503 2 0.8555 0.5889 0.280 0.720
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609509 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609510 2 0.7056 0.7308 0.192 0.808
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.2603 0.8860 0.956 0.044
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.6048 0.8162 0.852 0.148
#> SRR1609515 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609518 2 0.9460 0.4641 0.364 0.636
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.8081 0.7204 0.248 0.752
#> SRR1609524 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609527 1 0.8608 0.5951 0.716 0.284
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.9732 0.3679 0.596 0.404
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.7815 0.7376 0.232 0.768
#> SRR1609537 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.6247 0.8083 0.844 0.156
#> SRR1609542 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.6148 0.7750 0.848 0.152
#> SRR1609549 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609550 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.7453 0.7691 0.212 0.788
#> SRR1609558 1 0.1184 0.9100 0.984 0.016
#> SRR1609559 2 0.9170 0.5762 0.332 0.668
#> SRR1609560 2 0.3274 0.9229 0.060 0.940
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609563 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609566 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609567 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609568 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.2603 0.8860 0.956 0.044
#> SRR1609572 1 0.1843 0.8997 0.972 0.028
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609578 2 0.3733 0.9148 0.072 0.928
#> SRR1609577 1 0.9970 0.1108 0.532 0.468
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609583 2 0.9732 0.4255 0.404 0.596
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609589 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.8327 0.6968 0.264 0.736
#> SRR1609591 2 0.9000 0.5784 0.316 0.684
#> SRR1609593 2 0.9881 0.3216 0.436 0.564
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.8016 0.7260 0.244 0.756
#> SRR1609596 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609597 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609598 1 0.6801 0.7815 0.820 0.180
#> SRR1609599 1 0.6247 0.8083 0.844 0.156
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.6247 0.8083 0.844 0.156
#> SRR1609602 1 0.6247 0.8083 0.844 0.156
#> SRR1609603 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609606 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.2778 0.9300 0.048 0.952
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.7815 0.7429 0.232 0.768
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.4161 0.9052 0.084 0.916
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.8713 0.6239 0.292 0.708
#> SRR1609625 1 0.8386 0.6231 0.732 0.268
#> SRR1609626 1 0.2236 0.8929 0.964 0.036
#> SRR1609627 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609628 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609631 1 0.9944 0.1549 0.544 0.456
#> SRR1609632 2 0.3584 0.9177 0.068 0.932
#> SRR1609633 1 0.7453 0.7079 0.788 0.212
#> SRR1609634 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609635 1 0.2603 0.8860 0.956 0.044
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609639 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.8386 0.6684 0.268 0.732
#> SRR1609642 1 0.9993 0.0477 0.516 0.484
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.3274 0.9229 0.060 0.940
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7883 0.7374 0.236 0.764
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609651 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609650 2 1.0000 0.1091 0.500 0.500
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.9710 0.3316 0.600 0.400
#> SRR1609656 2 0.9922 0.0155 0.448 0.552
#> SRR1609658 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609659 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.8016 0.7260 0.244 0.756
#> SRR1609665 2 0.2603 0.9321 0.044 0.956
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.7219 0.7194 0.200 0.800
#> SRR1609669 2 0.3274 0.9229 0.060 0.940
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 2 0.6299 -0.2566 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609361 2 0.6244 -0.2140 0.000 0.560 0.440
#> SRR1609362 2 0.5058 0.2754 0.000 0.756 0.244
#> SRR1609363 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609364 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609365 2 0.5529 0.1571 0.000 0.704 0.296
#> SRR1609366 2 0.5706 0.7608 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609367 3 0.7715 0.1705 0.428 0.048 0.524
#> SRR1609368 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609369 3 0.4504 0.4568 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609370 3 0.7860 0.2146 0.416 0.056 0.528
#> SRR1609371 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609372 3 0.7841 0.2371 0.408 0.056 0.536
#> SRR1609373 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609374 2 0.5706 0.7608 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609375 2 0.5706 0.7608 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609377 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609376 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609378 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609379 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609382 2 0.0592 0.5761 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609383 3 0.7293 0.3050 0.028 0.476 0.496
#> SRR1609381 3 0.7653 0.5595 0.176 0.140 0.684
#> SRR1609384 2 0.6225 0.6018 0.000 0.568 0.432
#> SRR1609386 3 0.6307 -0.4256 0.000 0.488 0.512
#> SRR1609385 3 0.4504 0.4568 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609387 3 0.7562 0.5517 0.148 0.160 0.692
#> SRR1609388 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609390 3 0.7603 0.5595 0.172 0.140 0.688
#> SRR1609393 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609394 2 0.5621 0.7604 0.000 0.692 0.308
#> SRR1609392 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609391 2 0.0237 0.5795 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609395 3 0.7860 0.2146 0.416 0.056 0.528
#> SRR1609396 3 0.8080 0.5519 0.232 0.128 0.640
#> SRR1609398 3 0.6308 -0.4338 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609399 3 0.7860 0.2146 0.416 0.056 0.528
#> SRR1609400 3 0.7438 0.1594 0.428 0.036 0.536
#> SRR1609397 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609401 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609402 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609405 3 0.6308 -0.4338 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609404 2 0.0237 0.5795 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609406 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609408 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609403 3 0.4346 0.4768 0.000 0.184 0.816
#> SRR1609410 3 0.4782 0.4991 0.016 0.164 0.820
#> SRR1609411 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609407 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609413 3 0.6435 0.5304 0.076 0.168 0.756
#> SRR1609412 3 0.5431 0.3801 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609414 1 0.6154 0.3917 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609415 3 0.6244 0.0859 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609416 1 0.5591 0.5504 0.696 0.000 0.304
#> SRR1609417 1 0.0747 0.8248 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609418 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609419 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609420 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609421 3 0.2261 0.5820 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609422 2 0.8450 -0.2332 0.088 0.484 0.428
#> SRR1609423 2 0.5810 0.0999 0.000 0.664 0.336
#> SRR1609424 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609425 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609426 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609429 3 0.0592 0.6113 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609430 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 3 0.5780 0.5034 0.080 0.120 0.800
#> SRR1609432 2 0.5835 0.7334 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609433 1 0.2711 0.7993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609434 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609435 3 0.6244 0.0859 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609436 1 0.6026 0.4316 0.624 0.000 0.376
#> SRR1609437 3 0.5363 0.2876 0.000 0.276 0.724
#> SRR1609438 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609439 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 3 0.7860 0.2146 0.416 0.056 0.528
#> SRR1609441 3 0.2261 0.5820 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609442 2 0.5621 0.7604 0.000 0.692 0.308
#> SRR1609443 1 0.5529 0.5564 0.704 0.000 0.296
#> SRR1609444 3 0.2866 0.6239 0.076 0.008 0.916
#> SRR1609445 3 0.0892 0.6171 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609446 3 0.1411 0.6013 0.000 0.036 0.964
#> SRR1609447 1 0.4346 0.7316 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609448 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609449 3 0.4629 0.5546 0.188 0.004 0.808
#> SRR1609450 2 0.6079 0.6565 0.000 0.612 0.388
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.5020 0.5649 0.108 0.056 0.836
#> SRR1609453 3 0.5760 0.2717 0.328 0.000 0.672
#> SRR1609454 3 0.5926 0.0554 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609455 3 0.4121 0.4950 0.000 0.168 0.832
#> SRR1609456 3 0.0592 0.6109 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609457 1 0.6286 0.2937 0.536 0.000 0.464
#> SRR1609458 3 0.6252 0.0756 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609459 3 0.5560 0.4005 0.300 0.000 0.700
#> SRR1609460 3 0.6850 0.3434 0.072 0.208 0.720
#> SRR1609461 1 0.6215 0.3587 0.572 0.000 0.428
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.6500 0.3051 0.532 0.004 0.464
#> SRR1609465 3 0.7065 0.2956 0.072 0.228 0.700
#> SRR1609466 3 0.8291 0.3788 0.100 0.320 0.580
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.6252 -0.1323 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609470 3 0.0592 0.6109 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609472 3 0.9520 0.2293 0.200 0.340 0.460
#> SRR1609471 3 0.1031 0.6074 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609474 3 0.5291 0.3309 0.000 0.268 0.732
#> SRR1609473 2 0.3412 0.4779 0.000 0.876 0.124
#> SRR1609475 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609478 3 0.9847 0.1295 0.256 0.340 0.404
#> SRR1609476 3 0.6252 0.0742 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609477 1 0.6215 0.3657 0.572 0.000 0.428
#> SRR1609479 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609481 2 0.8037 -0.0525 0.076 0.572 0.352
#> SRR1609480 3 0.9009 -0.0793 0.404 0.132 0.464
#> SRR1609482 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.6295 -0.1705 0.000 0.528 0.472
#> SRR1609483 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609488 1 0.4291 0.7308 0.820 0.000 0.180
#> SRR1609489 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609490 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609491 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609492 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609493 3 0.5096 0.5463 0.080 0.084 0.836
#> SRR1609494 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609495 3 0.5926 0.2605 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.2165 0.8106 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609498 1 0.3816 0.7610 0.852 0.000 0.148
#> SRR1609499 2 0.5835 0.7334 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609500 1 0.5988 0.4502 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609501 3 0.1860 0.5927 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609502 3 0.5465 0.2911 0.000 0.288 0.712
#> SRR1609503 2 0.8250 -0.1492 0.080 0.528 0.392
#> SRR1609504 3 0.6244 0.0859 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609509 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609510 2 0.8130 -0.1528 0.072 0.528 0.400
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.2998 0.7730 0.916 0.068 0.016
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 3 0.9880 0.1091 0.268 0.332 0.400
#> SRR1609515 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609516 3 0.6026 0.2169 0.376 0.000 0.624
#> SRR1609517 3 0.4504 0.3998 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609518 3 0.4830 0.6108 0.084 0.068 0.848
#> SRR1609519 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.5678 0.1432 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 3 0.5181 0.5448 0.084 0.084 0.832
#> SRR1609524 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609526 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.1860 0.5927 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609527 3 0.4974 0.5069 0.236 0.000 0.764
#> SRR1609529 1 0.2165 0.8106 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609528 3 0.9766 0.1633 0.236 0.348 0.416
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609532 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 3 0.2537 0.5719 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609534 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 3 0.7558 0.1487 0.072 0.284 0.644
#> SRR1609537 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609536 1 0.6280 0.3039 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609538 2 0.5733 0.7561 0.000 0.676 0.324
#> SRR1609539 1 0.1643 0.8107 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609540 3 0.6026 0.2077 0.376 0.000 0.624
#> SRR1609541 3 0.9997 -0.0278 0.324 0.332 0.344
#> SRR1609542 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.5733 0.5140 0.676 0.000 0.324
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.6204 0.0405 0.424 0.000 0.576
#> SRR1609547 1 0.4062 0.7416 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609548 3 0.3412 0.6020 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609549 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609550 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609551 1 0.6495 0.3131 0.536 0.004 0.460
#> SRR1609552 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.3551 0.7717 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609554 3 0.1289 0.6193 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609555 1 0.6140 0.3980 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.1860 0.5927 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609558 3 0.1163 0.6183 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609559 3 0.3554 0.5838 0.036 0.064 0.900
#> SRR1609560 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609561 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609563 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609564 3 0.6244 0.0859 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609565 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609566 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609567 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609568 3 0.4399 0.4703 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.3482 0.7218 0.872 0.128 0.000
#> SRR1609572 1 0.2165 0.8106 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609573 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609576 2 0.5733 0.7561 0.000 0.676 0.324
#> SRR1609578 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609577 3 0.7966 0.5632 0.220 0.128 0.652
#> SRR1609579 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.6309 0.1978 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609582 1 0.3752 0.7619 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609581 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609583 3 0.0892 0.6171 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609587 1 0.5098 0.6613 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609588 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609589 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609590 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.3045 0.5915 0.020 0.064 0.916
#> SRR1609591 3 0.0661 0.6131 0.004 0.008 0.988
#> SRR1609593 3 0.5153 0.5522 0.100 0.068 0.832
#> SRR1609594 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609595 3 0.5848 0.4978 0.080 0.124 0.796
#> SRR1609596 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609597 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609598 3 0.9804 0.1466 0.248 0.336 0.416
#> SRR1609599 3 0.9952 0.0531 0.292 0.332 0.376
#> SRR1609600 1 0.0592 0.8292 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609601 3 0.9641 0.1802 0.224 0.324 0.452
#> SRR1609602 3 0.9952 0.0531 0.292 0.332 0.376
#> SRR1609603 3 0.4504 0.4568 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609604 2 0.0424 0.5818 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609605 3 0.2261 0.5820 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609606 3 0.3752 0.4962 0.000 0.144 0.856
#> SRR1609607 1 0.3412 0.7673 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609608 1 0.6295 0.2712 0.528 0.000 0.472
#> SRR1609609 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609610 1 0.6267 0.2783 0.548 0.000 0.452
#> SRR1609611 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609613 2 0.5706 0.7608 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609612 3 0.6215 0.0334 0.428 0.000 0.572
#> SRR1609614 1 0.2165 0.8106 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609615 3 0.2356 0.5782 0.000 0.072 0.928
#> SRR1609616 3 0.5905 0.2666 0.352 0.000 0.648
#> SRR1609617 3 0.3826 0.5321 0.008 0.124 0.868
#> SRR1609618 3 0.5810 0.2576 0.336 0.000 0.664
#> SRR1609619 3 0.0424 0.6118 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609620 2 0.0237 0.5795 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609621 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609622 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.1860 0.8157 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609624 3 0.6463 0.5363 0.080 0.164 0.756
#> SRR1609625 3 0.4931 0.5100 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609626 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 3 0.4504 0.4568 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609628 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609629 1 0.6252 0.2870 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609630 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609631 3 0.5901 0.6017 0.176 0.048 0.776
#> SRR1609632 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609633 3 0.7860 0.2146 0.416 0.056 0.528
#> SRR1609634 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609635 1 0.4345 0.7039 0.848 0.136 0.016
#> SRR1609636 2 0.0424 0.5781 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609637 1 0.5591 0.5601 0.696 0.000 0.304
#> SRR1609638 3 0.4291 0.4830 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609639 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 3 0.6380 0.5348 0.076 0.164 0.760
#> SRR1609642 3 0.7653 0.5595 0.176 0.140 0.684
#> SRR1609643 3 0.4235 0.5575 0.176 0.000 0.824
#> SRR1609644 3 0.4504 0.4568 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609645 1 0.6252 0.3426 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 3 0.7065 0.2956 0.072 0.228 0.700
#> SRR1609649 1 0.2878 0.7960 0.904 0.000 0.096
#> SRR1609648 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609651 2 0.6140 0.6312 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609650 3 0.5020 0.5649 0.108 0.056 0.836
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8323 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609654 2 0.6168 -0.0031 0.000 0.588 0.412
#> SRR1609655 1 0.6081 0.5469 0.652 0.004 0.344
#> SRR1609657 3 0.8517 0.4678 0.288 0.128 0.584
#> SRR1609656 3 0.7460 0.3467 0.036 0.440 0.524
#> SRR1609658 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609659 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609660 1 0.6587 0.3764 0.568 0.008 0.424
#> SRR1609661 3 0.5988 0.1879 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609662 2 0.5678 0.7648 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609663 1 0.5859 0.5470 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609664 3 0.5639 0.5141 0.080 0.112 0.808
#> SRR1609665 2 0.5733 0.7561 0.000 0.676 0.324
#> SRR1609666 2 0.0747 0.5741 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609667 1 0.4702 0.7035 0.788 0.000 0.212
#> SRR1609668 2 0.8261 -0.1577 0.080 0.524 0.396
#> SRR1609669 3 0.4399 0.4703 0.000 0.188 0.812
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.5097 0.2725 0.568 0.004 0.000 0.428
#> SRR1609361 1 0.5039 0.2975 0.592 0.004 0.000 0.404
#> SRR1609362 1 0.7154 0.1610 0.440 0.132 0.000 0.428
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.6696 0.1994 0.484 0.088 0.000 0.428
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3123 0.6161 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609371 2 0.5398 0.5762 0.016 0.580 0.000 0.404
#> SRR1609372 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609379 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.5466 0.5408 0.016 0.548 0.000 0.436
#> SRR1609383 1 0.4925 0.2748 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1609381 1 0.3621 0.6332 0.860 0.068 0.072 0.000
#> SRR1609384 1 0.4994 0.0683 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.4992 0.0803 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.3157 0.6218 0.852 0.144 0.000 0.004
#> SRR1609387 1 0.3621 0.6332 0.860 0.068 0.072 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3621 0.6332 0.860 0.068 0.072 0.000
#> SRR1609393 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.5090 0.6473 0.016 0.660 0.000 0.324
#> SRR1609395 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609396 1 0.3617 0.6326 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR1609398 1 0.4996 0.0568 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609400 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.4961 0.0941 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.5376 0.5836 0.016 0.588 0.000 0.396
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2973 0.6229 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3771 0.6337 0.856 0.088 0.052 0.004
#> SRR1609412 1 0.6313 -0.4956 0.488 0.004 0.048 0.460
#> SRR1609414 4 0.7626 0.4901 0.336 0.000 0.216 0.448
#> SRR1609415 1 0.5321 0.5215 0.748 0.000 0.140 0.112
#> SRR1609416 1 0.5681 0.2427 0.568 0.000 0.404 0.028
#> SRR1609417 3 0.1767 0.8767 0.044 0.000 0.944 0.012
#> SRR1609418 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.3157 0.6218 0.852 0.144 0.000 0.004
#> SRR1609421 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609422 4 0.2760 0.5392 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1609423 4 0.4144 0.4356 0.104 0.068 0.000 0.828
#> SRR1609424 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609425 1 0.3219 0.6114 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3659 0.3901 0.840 0.024 0.000 0.136
#> SRR1609430 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609431 4 0.6500 0.5968 0.328 0.092 0.000 0.580
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.4100 0.7675 0.076 0.000 0.832 0.092
#> SRR1609434 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609435 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609436 3 0.7009 0.0406 0.392 0.000 0.488 0.120
#> SRR1609437 1 0.6663 -0.3487 0.556 0.100 0.000 0.344
#> SRR1609438 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609439 3 0.0927 0.8998 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1609440 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609441 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.7899 -0.3677 0.324 0.000 0.372 0.304
#> SRR1609444 1 0.2131 0.5467 0.936 0.008 0.016 0.040
#> SRR1609445 1 0.6442 -0.5122 0.480 0.056 0.004 0.460
#> SRR1609446 1 0.6874 -0.5413 0.456 0.088 0.004 0.452
#> SRR1609447 3 0.5195 0.5645 0.276 0.000 0.692 0.032
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.1637 0.6053 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609452 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609453 1 0.5750 -0.4338 0.532 0.000 0.028 0.440
#> SRR1609454 1 0.7883 -0.3610 0.376 0.288 0.000 0.336
#> SRR1609455 1 0.2647 0.6222 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1609456 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609457 4 0.7236 0.5500 0.396 0.000 0.144 0.460
#> SRR1609458 1 0.5266 0.5264 0.752 0.000 0.140 0.108
#> SRR1609459 4 0.8199 0.5857 0.360 0.072 0.096 0.472
#> SRR1609460 4 0.7001 0.5303 0.196 0.224 0.000 0.580
#> SRR1609461 4 0.7236 0.5500 0.396 0.000 0.144 0.460
#> SRR1609462 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.6549 0.5798 0.356 0.000 0.088 0.556
#> SRR1609465 4 0.6976 0.5191 0.180 0.240 0.000 0.580
#> SRR1609466 4 0.5408 -0.1833 0.488 0.000 0.012 0.500
#> SRR1609467 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609469 4 0.2928 0.4775 0.108 0.012 0.000 0.880
#> SRR1609470 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609472 4 0.2530 0.4932 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1609471 1 0.0817 0.5805 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.3810 0.6603 0.188 0.804 0.000 0.008
#> SRR1609473 4 0.5599 -0.0277 0.040 0.316 0.000 0.644
#> SRR1609475 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609478 4 0.2805 0.4898 0.100 0.000 0.012 0.888
#> SRR1609476 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609477 4 0.7026 0.5653 0.404 0.000 0.120 0.476
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0336 0.4852 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609480 4 0.6068 0.5508 0.448 0.000 0.044 0.508
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.3853 0.5149 0.160 0.020 0.000 0.820
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.2973 0.6229 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.5052 0.5682 0.244 0.000 0.720 0.036
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.3356 0.6012 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.6618 -0.5275 0.468 0.068 0.004 0.460
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.6462 0.5968 0.332 0.088 0.000 0.580
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.2868 0.6119 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1609496 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609497 3 0.1209 0.8962 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1609498 3 0.3653 0.7856 0.128 0.000 0.844 0.028
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.6932 0.0454 0.396 0.000 0.492 0.112
#> SRR1609501 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609502 1 0.7344 0.1799 0.504 0.316 0.000 0.180
#> SRR1609503 4 0.0804 0.4794 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1609504 1 0.3999 0.5939 0.824 0.000 0.140 0.036
#> SRR1609505 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.2976 0.5409 0.120 0.008 0.000 0.872
#> SRR1609512 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609511 3 0.2313 0.8638 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR1609513 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609514 4 0.2805 0.4898 0.100 0.000 0.012 0.888
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.7961 0.5758 0.360 0.032 0.136 0.472
#> SRR1609517 4 0.7203 0.5705 0.384 0.124 0.004 0.488
#> SRR1609518 1 0.1807 0.6067 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4786 0.3973 0.104 0.108 0.000 0.788
#> SRR1609521 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.6462 0.5968 0.332 0.088 0.000 0.580
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609527 1 0.1867 0.6096 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609529 3 0.1576 0.8812 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1609528 4 0.2530 0.4932 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609534 3 0.1118 0.8877 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609535 4 0.6681 0.4758 0.120 0.292 0.000 0.588
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.7264 0.5507 0.392 0.000 0.148 0.460
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.4784 0.6789 0.112 0.000 0.788 0.100
#> SRR1609540 1 0.2450 0.6004 0.912 0.000 0.072 0.016
#> SRR1609541 4 0.2741 0.4729 0.012 0.000 0.096 0.892
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609544 1 0.4888 0.2363 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1609545 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609546 4 0.6755 0.5222 0.448 0.000 0.092 0.460
#> SRR1609547 4 0.7040 0.3061 0.120 0.000 0.420 0.460
#> SRR1609548 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.6494 0.5865 0.340 0.000 0.088 0.572
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.4100 0.7645 0.076 0.000 0.832 0.092
#> SRR1609554 1 0.6618 -0.5275 0.468 0.068 0.004 0.460
#> SRR1609555 4 0.7702 0.4499 0.360 0.000 0.224 0.416
#> SRR1609556 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609557 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609558 1 0.6618 -0.5275 0.468 0.068 0.004 0.460
#> SRR1609559 4 0.6856 0.5636 0.420 0.088 0.004 0.488
#> SRR1609560 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.3024 0.6207 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.4914 0.5388 0.748 0.208 0.000 0.044
#> SRR1609564 1 0.3907 0.5963 0.828 0.000 0.140 0.032
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.2973 0.6229 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.1807 0.8714 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1609572 3 0.1722 0.8882 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR1609573 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609574 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609575 2 0.5398 0.5762 0.016 0.580 0.000 0.404
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.6442 -0.5122 0.480 0.056 0.004 0.460
#> SRR1609577 1 0.2198 0.6149 0.920 0.008 0.072 0.000
#> SRR1609579 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609580 4 0.6843 0.5285 0.440 0.000 0.100 0.460
#> SRR1609582 3 0.3224 0.8050 0.120 0.000 0.864 0.016
#> SRR1609581 1 0.6421 -0.4692 0.508 0.056 0.004 0.432
#> SRR1609583 1 0.6442 -0.5122 0.480 0.056 0.004 0.460
#> SRR1609584 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609585 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.7607 0.5338 0.292 0.000 0.236 0.472
#> SRR1609588 1 0.6421 -0.4692 0.508 0.056 0.004 0.432
#> SRR1609589 1 0.6484 -0.4747 0.504 0.060 0.004 0.432
#> SRR1609590 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609592 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609591 1 0.5871 -0.3955 0.556 0.028 0.004 0.412
#> SRR1609593 4 0.6462 0.5968 0.332 0.088 0.000 0.580
#> SRR1609594 2 0.5452 0.5516 0.016 0.556 0.000 0.428
#> SRR1609595 4 0.6500 0.5968 0.328 0.092 0.000 0.580
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.2805 0.4898 0.100 0.000 0.012 0.888
#> SRR1609599 4 0.3088 0.4897 0.060 0.000 0.052 0.888
#> SRR1609600 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609601 4 0.0592 0.4862 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1609602 4 0.3081 0.4872 0.048 0.000 0.064 0.888
#> SRR1609603 1 0.3074 0.6187 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.5110 0.6443 0.016 0.656 0.000 0.328
#> SRR1609605 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609606 4 0.7351 0.5675 0.364 0.144 0.004 0.488
#> SRR1609607 3 0.6595 0.2753 0.120 0.000 0.604 0.276
#> SRR1609608 4 0.7202 0.5522 0.396 0.000 0.140 0.464
#> SRR1609609 4 0.6874 0.5409 0.448 0.088 0.004 0.460
#> SRR1609610 4 0.7252 0.4443 0.420 0.000 0.144 0.436
#> SRR1609611 2 0.5387 0.5799 0.016 0.584 0.000 0.400
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.6323 -0.4728 0.500 0.000 0.060 0.440
#> SRR1609614 3 0.2036 0.8765 0.032 0.000 0.936 0.032
#> SRR1609615 1 0.0817 0.5805 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.2965 0.5841 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1609617 4 0.6500 0.5968 0.328 0.092 0.000 0.580
#> SRR1609618 1 0.6506 -0.5156 0.468 0.000 0.072 0.460
#> SRR1609619 1 0.1004 0.5778 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1609620 2 0.4748 0.6930 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0804 0.9026 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1609623 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609624 1 0.3587 0.6339 0.860 0.088 0.052 0.000
#> SRR1609625 1 0.1867 0.6096 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609626 3 0.0927 0.8998 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1609627 1 0.3123 0.6161 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.7369 -0.4196 0.432 0.000 0.160 0.408
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1867 0.6096 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609632 1 0.2921 0.6241 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.2921 0.6110 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2737 0.8274 0.008 0.000 0.888 0.104
#> SRR1609636 2 0.5398 0.5762 0.016 0.580 0.000 0.404
#> SRR1609637 1 0.4679 0.3439 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1609638 1 0.3356 0.6012 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609641 1 0.3587 0.6339 0.860 0.088 0.052 0.000
#> SRR1609642 1 0.3621 0.6332 0.860 0.068 0.072 0.000
#> SRR1609643 1 0.6006 -0.4746 0.508 0.012 0.020 0.460
#> SRR1609644 1 0.3074 0.6187 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.7436 0.5500 0.364 0.000 0.176 0.460
#> SRR1609646 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609647 4 0.6950 0.5216 0.180 0.236 0.000 0.584
#> SRR1609649 3 0.3051 0.8311 0.088 0.000 0.884 0.028
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.6873 0.5454 0.444 0.088 0.004 0.464
#> SRR1609652 3 0.0188 0.9154 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.6262 -0.0485 0.400 0.060 0.000 0.540
#> SRR1609655 4 0.6852 0.5788 0.320 0.000 0.124 0.556
#> SRR1609657 1 0.3052 0.6130 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1609656 1 0.4877 0.2957 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.6187 0.5943 0.336 0.000 0.068 0.596
#> SRR1609661 1 0.6197 -0.4633 0.508 0.000 0.052 0.440
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.7573 0.5428 0.332 0.000 0.208 0.460
#> SRR1609664 4 0.6500 0.5968 0.328 0.092 0.000 0.580
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9034 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.7621 -0.1394 0.376 0.204 0.000 0.420
#> SRR1609667 3 0.5511 0.4505 0.332 0.000 0.636 0.032
#> SRR1609668 4 0.0188 0.4827 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609669 1 0.2973 0.6229 0.856 0.144 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3906 0.5842 0.292 0.000 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609361 4 0.4150 0.4411 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609362 4 0.4217 0.5991 0.280 0.012 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4037 0.5896 0.288 0.004 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609370 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609371 4 0.3895 0.6254 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1609372 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0290 0.9594 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609377 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3796 0.6479 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1609379 1 0.0960 0.8950 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609382 4 0.3906 0.6539 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609383 4 0.3969 0.5792 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR1609381 1 0.0727 0.8959 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609384 1 0.2069 0.8240 0.912 0.076 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609386 1 0.2305 0.8059 0.896 0.092 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609385 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609387 1 0.0740 0.8963 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0740 0.8963 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609393 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4161 0.1628 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609395 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.0727 0.8959 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609398 1 0.3427 0.6739 0.796 0.192 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609399 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609400 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.4617 0.1639 0.436 0.552 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609404 4 0.4242 0.4246 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0960 0.8950 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609410 1 0.0960 0.8950 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0727 0.8959 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> SRR1609412 5 0.1571 0.8505 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609414 5 0.2005 0.8451 0.056 0.000 0.016 0.004 0.924
#> SRR1609415 1 0.4244 0.6191 0.712 0.000 0.016 0.004 0.268
#> SRR1609416 1 0.6471 0.3364 0.508 0.000 0.300 0.004 0.188
#> SRR1609417 3 0.0613 0.9343 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1609418 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609421 5 0.1357 0.8507 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1609422 5 0.3928 0.6392 0.004 0.000 0.000 0.296 0.700
#> SRR1609423 4 0.4509 0.7101 0.000 0.096 0.000 0.752 0.152
#> SRR1609424 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609425 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.4659 -0.0217 0.488 0.000 0.000 0.012 0.500
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.4152 0.6544 0.012 0.000 0.000 0.296 0.692
#> SRR1609432 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609433 3 0.3968 0.7164 0.024 0.000 0.768 0.004 0.204
#> SRR1609434 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609435 1 0.1386 0.8776 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1609436 5 0.4838 0.4384 0.336 0.000 0.028 0.004 0.632
#> SRR1609437 5 0.3909 0.7069 0.216 0.000 0.000 0.024 0.760
#> SRR1609438 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609439 3 0.1074 0.9259 0.016 0.000 0.968 0.004 0.012
#> SRR1609440 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609441 5 0.1809 0.8496 0.060 0.000 0.000 0.012 0.928
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.5775 0.1123 0.076 0.000 0.424 0.004 0.496
#> SRR1609444 1 0.4152 0.5856 0.692 0.000 0.000 0.012 0.296
#> SRR1609445 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609446 5 0.1877 0.8480 0.064 0.000 0.000 0.012 0.924
#> SRR1609447 1 0.6516 0.3300 0.504 0.000 0.292 0.004 0.200
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0693 0.8946 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609450 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.1124 0.8476 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609453 5 0.1638 0.8494 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR1609454 5 0.4784 0.6999 0.096 0.132 0.000 0.016 0.756
#> SRR1609455 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609456 5 0.1914 0.8481 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> SRR1609457 5 0.1717 0.8497 0.052 0.000 0.008 0.004 0.936
#> SRR1609458 1 0.4291 0.6071 0.704 0.000 0.016 0.004 0.276
#> SRR1609459 5 0.1369 0.8449 0.028 0.000 0.008 0.008 0.956
#> SRR1609460 5 0.4249 0.6385 0.000 0.016 0.000 0.296 0.688
#> SRR1609461 5 0.1717 0.8497 0.052 0.000 0.008 0.004 0.936
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.4086 0.6650 0.012 0.000 0.000 0.284 0.704
#> SRR1609465 5 0.4249 0.6385 0.000 0.016 0.000 0.296 0.688
#> SRR1609466 4 0.4882 0.3793 0.444 0.000 0.000 0.532 0.024
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3480 0.6367 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1609470 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609472 4 0.4465 0.5893 0.024 0.000 0.000 0.672 0.304
#> SRR1609471 1 0.1012 0.8898 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1609474 2 0.2624 0.7906 0.116 0.872 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609473 4 0.4589 0.6988 0.000 0.212 0.000 0.724 0.064
#> SRR1609475 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609478 4 0.4181 0.6280 0.020 0.000 0.000 0.712 0.268
#> SRR1609476 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609477 5 0.1243 0.8440 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2806 0.5759 0.004 0.000 0.000 0.844 0.152
#> SRR1609480 5 0.1282 0.8441 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.4517 0.0639 0.008 0.000 0.000 0.436 0.556
#> SRR1609483 3 0.0162 0.9376 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609486 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609485 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609487 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609488 5 0.6649 0.1830 0.208 0.000 0.324 0.004 0.464
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609491 5 0.1697 0.8506 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.4130 0.6578 0.012 0.000 0.000 0.292 0.696
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.3086 0.7674 0.000 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1609498 3 0.6362 0.3646 0.284 0.000 0.532 0.004 0.180
#> SRR1609499 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609500 1 0.6373 0.4041 0.532 0.000 0.184 0.004 0.280
#> SRR1609501 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609502 5 0.4204 0.6959 0.216 0.020 0.000 0.012 0.752
#> SRR1609503 4 0.2270 0.6375 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> SRR1609504 1 0.3819 0.6890 0.772 0.000 0.016 0.004 0.208
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609508 2 0.0162 0.9630 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.3816 0.6382 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.1173 0.9203 0.020 0.000 0.964 0.004 0.012
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4292 0.6220 0.024 0.000 0.000 0.704 0.272
#> SRR1609515 2 0.0162 0.9630 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609516 5 0.1243 0.8448 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1609517 5 0.1124 0.8476 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609518 1 0.0671 0.8934 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609519 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609520 4 0.4528 0.7218 0.000 0.144 0.000 0.752 0.104
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.4130 0.6578 0.012 0.000 0.000 0.292 0.696
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609527 1 0.0693 0.8946 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609529 3 0.3814 0.6430 0.000 0.000 0.720 0.004 0.276
#> SRR1609528 4 0.4268 0.6255 0.024 0.000 0.000 0.708 0.268
#> SRR1609530 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.1357 0.8507 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1609534 3 0.0451 0.9354 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1609535 5 0.4249 0.6385 0.000 0.016 0.000 0.296 0.688
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.1492 0.8488 0.040 0.000 0.008 0.004 0.948
#> SRR1609538 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609539 5 0.4565 0.3499 0.000 0.000 0.408 0.012 0.580
#> SRR1609540 1 0.4016 0.6212 0.716 0.000 0.012 0.000 0.272
#> SRR1609541 4 0.4335 0.6261 0.020 0.000 0.004 0.708 0.268
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.3949 0.4899 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.0613 0.9330 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1609546 5 0.1410 0.8511 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609547 5 0.1952 0.7973 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1609548 5 0.1357 0.8507 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.4109 0.6647 0.012 0.000 0.000 0.288 0.700
#> SRR1609552 3 0.0162 0.9376 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609553 3 0.3814 0.6430 0.000 0.000 0.720 0.004 0.276
#> SRR1609554 5 0.1410 0.8511 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609555 5 0.2103 0.8437 0.056 0.000 0.020 0.004 0.920
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.1357 0.8507 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1609558 5 0.1410 0.8511 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609559 5 0.1124 0.8476 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609560 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609561 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609562 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609563 5 0.4173 0.7032 0.212 0.020 0.000 0.012 0.756
#> SRR1609564 1 0.3648 0.7097 0.792 0.000 0.016 0.004 0.188
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0960 0.8950 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.1012 0.9197 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1609572 3 0.3538 0.7726 0.016 0.000 0.804 0.004 0.176
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.1430 0.8994 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1609575 4 0.3837 0.6397 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609576 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609578 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609577 1 0.0727 0.8959 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.1571 0.8505 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609582 3 0.5927 0.4605 0.272 0.000 0.592 0.004 0.132
#> SRR1609581 5 0.1981 0.8462 0.064 0.000 0.000 0.016 0.920
#> SRR1609583 5 0.1571 0.8509 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.1525 0.8305 0.012 0.000 0.036 0.004 0.948
#> SRR1609588 5 0.1981 0.8462 0.064 0.000 0.000 0.016 0.920
#> SRR1609589 5 0.1981 0.8462 0.064 0.000 0.000 0.016 0.920
#> SRR1609590 3 0.0324 0.9368 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609592 5 0.1357 0.8507 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1609591 5 0.2006 0.8416 0.072 0.000 0.000 0.012 0.916
#> SRR1609593 5 0.4086 0.6643 0.012 0.000 0.000 0.284 0.704
#> SRR1609594 4 0.3816 0.6457 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609595 5 0.4152 0.6544 0.012 0.000 0.000 0.296 0.692
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4268 0.6255 0.024 0.000 0.000 0.708 0.268
#> SRR1609599 4 0.4335 0.6261 0.020 0.000 0.004 0.708 0.268
#> SRR1609600 3 0.0671 0.9298 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1609601 4 0.3278 0.5703 0.020 0.000 0.000 0.824 0.156
#> SRR1609602 4 0.4335 0.6261 0.020 0.000 0.004 0.708 0.268
#> SRR1609603 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609604 2 0.4182 0.1372 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609605 5 0.1697 0.8505 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932
#> SRR1609606 5 0.1124 0.8476 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609607 5 0.3160 0.7138 0.000 0.000 0.188 0.004 0.808
#> SRR1609608 5 0.1492 0.8488 0.040 0.000 0.008 0.004 0.948
#> SRR1609609 5 0.1809 0.8496 0.060 0.000 0.000 0.012 0.928
#> SRR1609610 5 0.1924 0.8460 0.064 0.000 0.008 0.004 0.924
#> SRR1609611 4 0.3949 0.6081 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.1638 0.8494 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR1609614 3 0.3612 0.7511 0.016 0.000 0.796 0.004 0.184
#> SRR1609615 1 0.1012 0.8898 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1609616 1 0.3910 0.6227 0.720 0.000 0.008 0.000 0.272
#> SRR1609617 5 0.4130 0.6578 0.012 0.000 0.000 0.292 0.696
#> SRR1609618 5 0.1410 0.8511 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609619 1 0.4251 0.5197 0.672 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR1609620 2 0.3274 0.6368 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0451 0.9344 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1609623 3 0.2881 0.8217 0.012 0.000 0.860 0.004 0.124
#> SRR1609624 1 0.0740 0.8963 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609625 1 0.1168 0.8834 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1609626 3 0.0960 0.9257 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1609627 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.2054 0.8415 0.072 0.000 0.008 0.004 0.916
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0693 0.8946 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609632 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609633 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1012 0.9197 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1609636 4 0.3857 0.6361 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1609637 1 0.1043 0.8736 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0740 0.8963 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609642 1 0.0727 0.8959 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609643 5 0.1410 0.8511 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609644 1 0.0960 0.8950 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609645 5 0.1492 0.8488 0.040 0.000 0.008 0.004 0.948
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.4249 0.6385 0.000 0.016 0.000 0.296 0.688
#> SRR1609649 3 0.4690 0.7115 0.092 0.000 0.744 0.004 0.160
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0404 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609650 5 0.1124 0.8476 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4947 0.4212 0.396 0.004 0.000 0.576 0.024
#> SRR1609655 5 0.4109 0.6647 0.012 0.000 0.000 0.288 0.700
#> SRR1609657 1 0.0671 0.8946 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609656 4 0.4166 0.5242 0.348 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3906 0.6511 0.004 0.000 0.000 0.292 0.704
#> SRR1609661 5 0.1571 0.8505 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.1828 0.8380 0.028 0.000 0.032 0.004 0.936
#> SRR1609664 5 0.4152 0.6544 0.012 0.000 0.000 0.296 0.692
#> SRR1609665 2 0.0290 0.9594 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609666 4 0.4252 0.6000 0.280 0.020 0.000 0.700 0.000
#> SRR1609667 1 0.5870 0.5336 0.620 0.000 0.208 0.004 0.168
#> SRR1609668 4 0.1831 0.6394 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR1609669 1 0.1074 0.8944 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.3670 0.6490 0.240 0.000 0.000 0.736 0.024 0.000
#> SRR1609361 4 0.3950 0.3684 0.432 0.000 0.000 0.564 0.004 0.000
#> SRR1609362 4 0.3081 0.6578 0.220 0.000 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3290 0.6440 0.252 0.000 0.000 0.744 0.004 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609371 4 0.2996 0.6915 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609376 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609378 4 0.2912 0.6989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0146 0.8948 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2664 0.7040 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.3812 0.6357 0.264 0.000 0.000 0.712 0.024 0.000
#> SRR1609381 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609384 1 0.0436 0.8920 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609386 1 0.1080 0.8704 0.960 0.032 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.8954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609393 4 0.2912 0.6989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3843 0.0302 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609396 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609398 1 0.1674 0.8336 0.924 0.068 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609399 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609400 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3665 0.4835 0.696 0.296 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609404 4 0.3684 0.4756 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0146 0.8960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609411 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609412 5 0.5579 0.6023 0.008 0.000 0.000 0.124 0.532 0.336
#> SRR1609414 5 0.2989 0.5118 0.008 0.000 0.000 0.004 0.812 0.176
#> SRR1609415 5 0.3950 -0.1459 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564 0.000
#> SRR1609416 5 0.5708 -0.1258 0.360 0.000 0.148 0.004 0.488 0.000
#> SRR1609417 3 0.3288 0.7677 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1609418 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609421 5 0.5986 0.5856 0.004 0.000 0.000 0.196 0.428 0.372
#> SRR1609422 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 4 0.1353 0.6551 0.000 0.012 0.000 0.952 0.024 0.012
#> SRR1609424 4 0.2762 0.7029 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.2442 0.7814 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.1285 0.8471 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.6299 0.3449 0.356 0.000 0.000 0.196 0.428 0.020
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0837 0.9391 0.020 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609433 3 0.4227 0.5447 0.008 0.000 0.500 0.004 0.488 0.000
#> SRR1609434 4 0.2912 0.6989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3405 0.6620 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272 0.000
#> SRR1609436 5 0.3536 0.4660 0.040 0.000 0.032 0.004 0.832 0.092
#> SRR1609437 5 0.6895 0.5229 0.056 0.000 0.000 0.232 0.368 0.344
#> SRR1609438 4 0.2912 0.6989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.3351 0.7696 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1609440 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609441 5 0.6312 0.5860 0.020 0.000 0.000 0.200 0.428 0.352
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.3098 0.4156 0.016 0.000 0.100 0.004 0.852 0.028
#> SRR1609444 5 0.5833 0.3301 0.364 0.000 0.000 0.192 0.444 0.000
#> SRR1609445 5 0.6079 0.5881 0.008 0.000 0.000 0.196 0.428 0.368
#> SRR1609446 5 0.6307 0.5852 0.020 0.000 0.000 0.200 0.432 0.348
#> SRR1609447 5 0.5932 -0.1058 0.332 0.000 0.196 0.004 0.468 0.000
#> SRR1609448 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609449 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609450 2 0.2971 0.7646 0.020 0.832 0.000 0.144 0.004 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.5462 0.5873 0.000 0.000 0.000 0.128 0.496 0.376
#> SRR1609453 5 0.3667 0.5386 0.008 0.000 0.000 0.032 0.776 0.184
#> SRR1609454 5 0.7135 0.5342 0.060 0.012 0.000 0.200 0.384 0.344
#> SRR1609455 1 0.2402 0.7855 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000
#> SRR1609456 5 0.6312 0.5860 0.020 0.000 0.000 0.200 0.428 0.352
#> SRR1609457 5 0.2948 0.5209 0.008 0.000 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR1609458 5 0.3728 0.1157 0.344 0.000 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1609459 5 0.4985 0.5727 0.000 0.000 0.000 0.076 0.548 0.376
#> SRR1609460 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 5 0.3539 0.5394 0.008 0.000 0.000 0.016 0.768 0.208
#> SRR1609462 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.0508 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1609465 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 4 0.5722 0.3411 0.404 0.000 0.000 0.432 0.164 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.1074 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1609470 5 0.6075 0.5889 0.008 0.000 0.000 0.196 0.432 0.364
#> SRR1609472 4 0.3298 0.5996 0.000 0.000 0.000 0.756 0.236 0.008
#> SRR1609471 1 0.2234 0.8014 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1609474 2 0.3528 0.7581 0.084 0.816 0.000 0.092 0.008 0.000
#> SRR1609473 4 0.0806 0.6597 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1609475 4 0.2823 0.7018 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.3445 0.6017 0.000 0.000 0.000 0.744 0.244 0.012
#> SRR1609476 1 0.2994 0.7288 0.788 0.000 0.000 0.004 0.208 0.000
#> SRR1609477 5 0.4808 0.5807 0.004 0.000 0.000 0.060 0.604 0.332
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.3803 0.5543 0.000 0.000 0.000 0.184 0.056 0.760
#> SRR1609480 5 0.4852 0.5835 0.004 0.000 0.000 0.068 0.612 0.316
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.5952 -0.3371 0.008 0.000 0.000 0.500 0.292 0.200
#> SRR1609483 3 0.2631 0.8187 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1609486 3 0.2793 0.8092 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609485 3 0.2793 0.8092 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609487 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609488 5 0.3208 0.4004 0.016 0.000 0.132 0.004 0.832 0.016
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.3680 0.7039 0.784 0.000 0.000 0.144 0.072 0.000
#> SRR1609491 5 0.6075 0.5889 0.008 0.000 0.000 0.196 0.432 0.364
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1075 0.8840 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.3975 0.5754 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452 0.000
#> SRR1609498 5 0.5848 -0.3416 0.172 0.000 0.356 0.004 0.468 0.000
#> SRR1609499 2 0.2766 0.7940 0.020 0.852 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1609500 5 0.4820 0.2303 0.256 0.000 0.088 0.004 0.652 0.000
#> SRR1609501 5 0.6075 0.5889 0.008 0.000 0.000 0.196 0.432 0.364
#> SRR1609502 5 0.7284 0.5099 0.120 0.000 0.000 0.200 0.380 0.300
#> SRR1609503 4 0.5465 0.3509 0.000 0.000 0.000 0.508 0.132 0.360
#> SRR1609504 1 0.3971 0.3968 0.548 0.000 0.000 0.004 0.448 0.000
#> SRR1609505 3 0.1863 0.8387 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.3862 0.6790 0.000 0.000 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR1609508 2 0.1900 0.8777 0.008 0.916 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2854 0.7846 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3802 0.5953 0.000 0.000 0.000 0.676 0.312 0.012
#> SRR1609515 2 0.0951 0.9347 0.008 0.968 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1609516 5 0.5029 0.5737 0.000 0.000 0.000 0.080 0.544 0.376
#> SRR1609517 5 0.5859 0.5824 0.000 0.000 0.000 0.196 0.432 0.372
#> SRR1609518 1 0.0146 0.8961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609519 3 0.2378 0.8286 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1609520 4 0.0820 0.6580 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1609521 3 0.2362 0.8267 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.6075 0.5889 0.008 0.000 0.000 0.196 0.432 0.364
#> SRR1609527 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609529 5 0.3014 0.3769 0.000 0.000 0.184 0.012 0.804 0.000
#> SRR1609528 4 0.3368 0.6008 0.000 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR1609530 3 0.2527 0.8234 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.5986 0.5856 0.004 0.000 0.000 0.196 0.428 0.372
#> SRR1609534 3 0.2454 0.8256 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609535 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4617 0.5753 0.004 0.000 0.000 0.048 0.624 0.324
#> SRR1609538 2 0.1401 0.9164 0.020 0.948 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1609539 6 0.5970 0.2132 0.000 0.000 0.300 0.004 0.220 0.476
#> SRR1609540 1 0.5535 0.1359 0.436 0.000 0.000 0.132 0.432 0.000
#> SRR1609541 4 0.3802 0.5956 0.000 0.000 0.000 0.676 0.312 0.012
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0790 0.8479 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609544 1 0.5597 0.4167 0.568 0.000 0.204 0.004 0.224 0.000
#> SRR1609545 3 0.3890 0.6572 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1609546 5 0.5747 0.6075 0.008 0.000 0.000 0.152 0.520 0.320
#> SRR1609547 5 0.3831 0.5357 0.000 0.000 0.012 0.008 0.712 0.268
#> SRR1609548 5 0.5911 0.5903 0.004 0.000 0.000 0.180 0.444 0.372
#> SRR1609549 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.0146 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609552 3 0.2362 0.8319 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1609553 5 0.3014 0.3769 0.000 0.000 0.184 0.012 0.804 0.000
#> SRR1609554 5 0.5999 0.5955 0.008 0.000 0.000 0.180 0.448 0.364
#> SRR1609555 5 0.2848 0.5147 0.008 0.000 0.000 0.000 0.816 0.176
#> SRR1609556 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.5986 0.5856 0.004 0.000 0.000 0.196 0.428 0.372
#> SRR1609558 5 0.6009 0.5989 0.008 0.000 0.000 0.184 0.452 0.356
#> SRR1609559 5 0.5629 0.5890 0.000 0.000 0.000 0.152 0.472 0.376
#> SRR1609560 1 0.1471 0.8561 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR1609561 3 0.2964 0.8060 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204 0.000
#> SRR1609562 1 0.1411 0.8592 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609563 5 0.7284 0.5124 0.124 0.000 0.000 0.196 0.388 0.292
#> SRR1609564 1 0.3819 0.5286 0.624 0.000 0.000 0.004 0.372 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0547 0.8503 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.2178 0.7710 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1609572 5 0.3995 -0.5667 0.000 0.000 0.480 0.004 0.516 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.3966 0.6111 0.000 0.000 0.552 0.004 0.444 0.000
#> SRR1609575 4 0.2762 0.7029 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0436 0.9531 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609578 5 0.6155 0.5889 0.012 0.000 0.000 0.196 0.432 0.360
#> SRR1609577 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609579 3 0.1075 0.8494 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609580 5 0.5051 0.5893 0.008 0.000 0.000 0.076 0.600 0.316
#> SRR1609582 5 0.5794 -0.3964 0.156 0.000 0.388 0.004 0.452 0.000
#> SRR1609581 5 0.6537 0.5836 0.036 0.000 0.000 0.200 0.428 0.336
#> SRR1609583 5 0.6003 0.5930 0.008 0.000 0.000 0.180 0.444 0.368
#> SRR1609584 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.3819 0.6837 0.000 0.000 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.4673 0.5715 0.000 0.000 0.004 0.052 0.620 0.324
#> SRR1609588 5 0.6537 0.5836 0.036 0.000 0.000 0.200 0.428 0.336
#> SRR1609589 5 0.6485 0.5834 0.032 0.000 0.000 0.200 0.428 0.340
#> SRR1609590 3 0.2823 0.8078 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1609592 5 0.5968 0.5874 0.004 0.000 0.000 0.192 0.432 0.372
#> SRR1609591 5 0.6669 0.5864 0.048 0.000 0.000 0.200 0.432 0.320
#> SRR1609593 6 0.0146 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609594 4 0.2912 0.6989 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3802 0.5953 0.000 0.000 0.000 0.676 0.312 0.012
#> SRR1609599 4 0.3883 0.5923 0.000 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> SRR1609600 3 0.3950 0.6239 0.000 0.000 0.564 0.004 0.432 0.000
#> SRR1609601 6 0.4643 0.4240 0.000 0.000 0.000 0.184 0.128 0.688
#> SRR1609602 4 0.3883 0.5923 0.000 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> SRR1609603 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609604 2 0.3868 -0.1077 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.6173 0.5871 0.012 0.000 0.000 0.200 0.428 0.360
#> SRR1609606 5 0.5859 0.5824 0.000 0.000 0.000 0.196 0.432 0.372
#> SRR1609607 5 0.4534 0.5163 0.000 0.000 0.052 0.008 0.672 0.268
#> SRR1609608 5 0.4782 0.5795 0.004 0.000 0.000 0.056 0.600 0.340
#> SRR1609609 5 0.6241 0.5862 0.016 0.000 0.000 0.200 0.432 0.352
#> SRR1609610 5 0.3372 0.5282 0.008 0.000 0.000 0.020 0.796 0.176
#> SRR1609611 4 0.2996 0.6915 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.2848 0.5147 0.008 0.000 0.000 0.000 0.816 0.176
#> SRR1609614 3 0.3998 0.5467 0.000 0.000 0.504 0.004 0.492 0.000
#> SRR1609615 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609616 1 0.5364 0.3998 0.560 0.000 0.000 0.140 0.300 0.000
#> SRR1609617 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 5 0.5772 0.6074 0.008 0.000 0.000 0.180 0.540 0.272
#> SRR1609619 5 0.6760 0.3149 0.368 0.000 0.000 0.200 0.380 0.052
#> SRR1609620 2 0.3428 0.4934 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.1444 0.8482 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609623 3 0.3991 0.5792 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472 0.000
#> SRR1609624 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609625 1 0.2858 0.7983 0.844 0.000 0.000 0.124 0.032 0.000
#> SRR1609626 3 0.2260 0.8288 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609627 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.2884 0.5077 0.008 0.000 0.000 0.004 0.824 0.164
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609632 1 0.0291 0.8937 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609633 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2653 0.7649 0.000 0.000 0.844 0.012 0.144 0.000
#> SRR1609636 4 0.2969 0.6941 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.3852 0.7063 0.764 0.000 0.052 0.004 0.180 0.000
#> SRR1609638 1 0.4535 0.5831 0.704 0.000 0.000 0.144 0.152 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609642 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609643 5 0.5989 0.5992 0.008 0.000 0.000 0.180 0.456 0.356
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.3081 0.5307 0.004 0.000 0.000 0.000 0.776 0.220
#> SRR1609646 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 5 0.5077 -0.5193 0.064 0.000 0.464 0.004 0.468 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0951 0.9373 0.020 0.968 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1609650 5 0.5462 0.5873 0.000 0.000 0.000 0.128 0.496 0.376
#> SRR1609652 3 0.0000 0.8502 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4076 0.4213 0.396 0.000 0.000 0.592 0.012 0.000
#> SRR1609655 6 0.0146 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609657 1 0.0547 0.8969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609656 4 0.3917 0.6169 0.284 0.000 0.000 0.692 0.024 0.000
#> SRR1609658 2 0.0146 0.9608 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0146 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609661 5 0.4747 0.5741 0.008 0.000 0.000 0.108 0.692 0.192
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.3739 0.5435 0.004 0.000 0.004 0.020 0.752 0.220
#> SRR1609664 6 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0260 0.9569 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.3221 0.6583 0.220 0.004 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1609667 5 0.5316 -0.2436 0.440 0.000 0.088 0.004 0.468 0.000
#> SRR1609668 6 0.4495 0.3595 0.000 0.000 0.000 0.256 0.072 0.672
#> SRR1609669 1 0.0146 0.8948 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.725 0.865 0.943 0.5014 0.498 0.498
#> 3 3 0.667 0.826 0.898 0.2875 0.797 0.614
#> 4 4 0.781 0.769 0.878 0.1231 0.874 0.665
#> 5 5 0.858 0.849 0.917 0.0797 0.889 0.627
#> 6 6 0.913 0.894 0.944 0.0301 0.959 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.358 0.883 0.068 0.932
#> SRR1609361 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609368 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609371 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609373 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.980 0.215 0.416 0.584
#> SRR1609381 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609384 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.996 0.220 0.536 0.464
#> SRR1609388 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609393 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609396 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609398 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609400 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609410 2 0.871 0.544 0.292 0.708
#> SRR1609411 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.876 0.535 0.296 0.704
#> SRR1609412 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609419 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609422 2 0.971 0.359 0.400 0.600
#> SRR1609423 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 1.000 -0.106 0.500 0.500
#> SRR1609430 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.738 0.732 0.208 0.792
#> SRR1609432 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609441 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.653 0.783 0.832 0.168
#> SRR1609445 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609450 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.876 0.554 0.704 0.296
#> SRR1609453 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609461 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609466 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609467 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.563 0.823 0.132 0.868
#> SRR1609472 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609471 2 0.913 0.464 0.328 0.672
#> SRR1609474 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.343 0.873 0.936 0.064
#> SRR1609476 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609480 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.985 0.234 0.572 0.428
#> SRR1609492 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.891 0.568 0.308 0.692
#> SRR1609494 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609496 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.358 0.887 0.068 0.932
#> SRR1609502 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.971 0.359 0.400 0.600
#> SRR1609504 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609512 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609519 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.971 0.359 0.400 0.600
#> SRR1609524 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.634 0.791 0.160 0.840
#> SRR1609527 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609529 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.745 0.698 0.788 0.212
#> SRR1609530 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.563 0.823 0.132 0.868
#> SRR1609534 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609537 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.975 0.283 0.592 0.408
#> SRR1609558 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.895 0.522 0.688 0.312
#> SRR1609560 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609569 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.939 0.509 0.644 0.356
#> SRR1609577 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609579 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609583 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609589 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.904 0.505 0.680 0.320
#> SRR1609591 1 0.204 0.903 0.968 0.032
#> SRR1609593 1 0.929 0.452 0.656 0.344
#> SRR1609594 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.895 0.561 0.312 0.688
#> SRR1609596 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.689 0.763 0.184 0.816
#> SRR1609607 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.295 0.899 0.052 0.948
#> SRR1609616 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609618 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609620 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.917 0.454 0.332 0.668
#> SRR1609625 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609626 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.929 0.526 0.656 0.344
#> SRR1609632 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609633 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1609634 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.917 0.454 0.332 0.668
#> SRR1609642 1 0.971 0.404 0.600 0.400
#> SRR1609643 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.722 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609649 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.876 0.554 0.704 0.296
#> SRR1609652 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.966 0.423 0.608 0.392
#> SRR1609656 1 0.844 0.651 0.728 0.272
#> SRR1609658 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.821 0.661 0.256 0.744
#> SRR1609665 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.000 0.946 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.000 0.926 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.745 0.726 0.212 0.788
#> SRR1609669 2 0.000 0.946 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.0592 0.7534 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609361 1 0.0592 0.7534 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609362 1 0.5216 0.4440 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.4842 0.5161 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609370 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609371 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609372 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609379 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609382 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609383 1 0.0661 0.7551 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609381 1 0.4912 0.8271 0.796 0.008 0.196
#> SRR1609384 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609386 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609385 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609387 1 0.4912 0.8271 0.796 0.008 0.196
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.4912 0.8271 0.796 0.008 0.196
#> SRR1609393 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609395 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609396 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609398 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609399 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609400 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.6252 0.0133 0.444 0.556 0.000
#> SRR1609404 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609410 1 0.4784 0.7770 0.796 0.200 0.004
#> SRR1609411 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.5200 0.8283 0.796 0.020 0.184
#> SRR1609412 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609415 3 0.3752 0.7659 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609416 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609417 3 0.0237 0.9409 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609418 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609421 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609422 2 0.9625 0.1400 0.204 0.408 0.388
#> SRR1609423 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609424 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609425 2 0.4702 0.6305 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.5810 0.6104 0.664 0.336 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609431 2 0.5219 0.6966 0.016 0.788 0.196
#> SRR1609432 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609434 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609435 1 0.4605 0.8213 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609437 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609438 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609441 2 0.4399 0.7832 0.188 0.812 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609444 1 0.4605 0.8213 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609445 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609446 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 3 0.0592 0.9323 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609450 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609452 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609453 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.5431 0.6886 0.716 0.284 0.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 3 0.0592 0.9323 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609459 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609460 2 0.5167 0.7016 0.016 0.792 0.192
#> SRR1609461 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609463 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609465 2 0.4953 0.7206 0.016 0.808 0.176
#> SRR1609466 1 0.5070 0.5697 0.772 0.004 0.224
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609469 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609470 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609472 3 0.4555 0.7818 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609471 1 0.5115 0.8279 0.796 0.016 0.188
#> SRR1609474 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609475 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609478 3 0.4555 0.7818 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609476 1 0.4605 0.8213 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609477 3 0.4504 0.7854 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.8608 0.5750 0.204 0.604 0.192
#> SRR1609480 3 0.4555 0.7818 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609484 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609487 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.4931 0.5941 0.232 0.768 0.000
#> SRR1609491 2 0.6683 -0.0165 0.008 0.500 0.492
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.5219 0.6966 0.016 0.788 0.196
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.3030 0.8032 0.904 0.004 0.092
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609501 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.9304 0.4414 0.204 0.516 0.280
#> SRR1609504 3 0.6260 -0.0823 0.448 0.000 0.552
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.8608 0.5750 0.204 0.604 0.192
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609511 3 0.4452 0.7871 0.192 0.000 0.808
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609514 3 0.4504 0.7835 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609517 2 0.0747 0.8806 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609518 1 0.4912 0.8271 0.796 0.008 0.196
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609520 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609523 2 0.6667 0.4162 0.016 0.616 0.368
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609525 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609527 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609528 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609533 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609534 3 0.0237 0.9409 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609535 2 0.5947 0.7127 0.052 0.776 0.172
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609538 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609540 1 0.6026 0.5834 0.624 0.000 0.376
#> SRR1609541 3 0.4555 0.7818 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609544 1 0.6192 0.4934 0.580 0.000 0.420
#> SRR1609545 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609546 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609547 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609548 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609552 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609554 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609555 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609557 3 0.6584 0.3742 0.012 0.380 0.608
#> SRR1609558 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609559 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609560 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609561 3 0.0237 0.9409 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609562 1 0.5760 0.6237 0.672 0.328 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.6126 0.5280 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609571 3 0.4399 0.7884 0.188 0.000 0.812
#> SRR1609572 3 0.0892 0.9300 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609575 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.6754 0.2030 0.012 0.556 0.432
#> SRR1609577 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609580 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609582 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609581 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 3 0.1529 0.9178 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609588 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609592 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609591 1 0.6286 0.3737 0.536 0.000 0.464
#> SRR1609593 3 0.5115 0.7000 0.016 0.188 0.796
#> SRR1609594 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609595 2 0.5219 0.6966 0.016 0.788 0.196
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.4555 0.7818 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609599 3 0.4504 0.7835 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609601 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609602 3 0.4504 0.7835 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609603 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609604 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609605 2 0.0424 0.8833 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609606 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609607 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609608 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609609 2 0.0592 0.8815 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609610 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609611 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609615 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609616 1 0.4842 0.8034 0.776 0.000 0.224
#> SRR1609617 2 0.5167 0.7016 0.016 0.792 0.192
#> SRR1609618 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609619 1 0.5020 0.8277 0.796 0.012 0.192
#> SRR1609620 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609624 1 0.5020 0.8277 0.796 0.012 0.192
#> SRR1609625 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.5254 0.7137 0.736 0.264 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609632 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609633 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.4452 0.7871 0.192 0.000 0.808
#> SRR1609636 2 0.4452 0.7814 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609637 1 0.4605 0.8213 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609638 2 0.6204 0.0799 0.424 0.576 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609641 1 0.5020 0.8277 0.796 0.012 0.192
#> SRR1609642 1 0.4912 0.8271 0.796 0.008 0.196
#> SRR1609643 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609644 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609645 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609647 2 0.6258 0.6816 0.052 0.752 0.196
#> SRR1609649 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9419 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.6079 0.5536 0.388 0.612 0.000
#> SRR1609655 3 0.0592 0.9378 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609657 1 0.4784 0.8254 0.796 0.004 0.200
#> SRR1609656 1 0.0661 0.7564 0.988 0.004 0.008
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.4605 0.7791 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609661 3 0.0237 0.9409 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0424 0.9396 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609664 2 0.5219 0.6966 0.016 0.788 0.196
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8869 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.5216 0.4440 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609667 3 0.4796 0.6295 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609668 2 0.8649 0.5695 0.204 0.600 0.196
#> SRR1609669 1 0.4605 0.7754 0.796 0.204 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.4933 0.250 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609361 4 0.4933 0.250 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609362 4 0.6135 0.361 0.376 0.056 0.000 0.568
#> SRR1609363 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.5681 0.309 0.404 0.028 0.000 0.568
#> SRR1609366 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609371 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609372 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609379 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609383 4 0.4933 0.250 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609381 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609384 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609393 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609394 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609395 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609396 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609398 1 0.0707 0.918 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609400 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.3024 0.705 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609406 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609412 3 0.2730 0.856 0.016 0.000 0.896 0.088
#> SRR1609414 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609415 3 0.3486 0.726 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609418 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.5444 0.437 0.016 0.560 0.000 0.424
#> SRR1609422 4 0.0672 0.543 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1609423 4 0.4855 0.581 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609424 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609425 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3933 0.660 0.792 0.200 0.000 0.008
#> SRR1609430 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609432 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609435 1 0.3801 0.686 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609438 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609439 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609441 2 0.3726 0.538 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1609442 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.2675 0.832 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1609445 3 0.4327 0.734 0.016 0.000 0.768 0.216
#> SRR1609446 2 0.1510 0.842 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1609447 3 0.2216 0.838 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.5435 0.470 0.016 0.000 0.564 0.420
#> SRR1609453 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.3486 0.689 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1609456 2 0.1798 0.833 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1609457 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609458 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609459 3 0.4980 0.629 0.016 0.000 0.680 0.304
#> SRR1609460 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609461 3 0.0779 0.910 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609462 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 3 0.5435 0.466 0.016 0.000 0.564 0.420
#> SRR1609465 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609466 4 0.5756 0.293 0.400 0.000 0.032 0.568
#> SRR1609467 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4855 0.581 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609470 2 0.4290 0.672 0.016 0.772 0.000 0.212
#> SRR1609472 4 0.4331 0.451 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1609471 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609475 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609478 4 0.4522 0.416 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609476 1 0.4454 0.558 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1609477 3 0.2222 0.875 0.016 0.000 0.924 0.060
#> SRR1609479 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0336 0.546 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609480 3 0.4999 0.073 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609482 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4916 0.570 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1609483 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 2 0.5739 0.608 0.016 0.716 0.056 0.212
#> SRR1609492 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609494 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.4290 0.672 0.016 0.772 0.000 0.212
#> SRR1609502 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.0336 0.546 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609504 1 0.4907 0.321 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0336 0.546 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609512 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0657 0.910 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1609513 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4855 0.308 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609515 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.5435 0.470 0.016 0.000 0.564 0.420
#> SRR1609517 2 0.5444 0.437 0.016 0.560 0.000 0.424
#> SRR1609518 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4855 0.581 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609521 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609524 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.4290 0.672 0.016 0.772 0.000 0.212
#> SRR1609527 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.3311 0.543 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1609530 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.5435 0.442 0.016 0.564 0.000 0.420
#> SRR1609534 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609535 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609537 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.1975 0.883 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR1609538 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.2662 0.859 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR1609540 3 0.4697 0.402 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1609541 4 0.4454 0.430 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609542 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.4134 0.624 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.1610 0.895 0.016 0.000 0.952 0.032
#> SRR1609547 3 0.1798 0.888 0.016 0.000 0.944 0.040
#> SRR1609548 3 0.4748 0.677 0.016 0.000 0.716 0.268
#> SRR1609549 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.5444 0.460 0.016 0.000 0.560 0.424
#> SRR1609552 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4468 0.717 0.016 0.000 0.752 0.232
#> SRR1609555 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.5746 0.427 0.016 0.552 0.008 0.424
#> SRR1609558 3 0.4290 0.738 0.016 0.000 0.772 0.212
#> SRR1609559 4 0.3743 0.439 0.016 0.000 0.160 0.824
#> SRR1609560 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.3801 0.632 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.4790 0.425 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0707 0.907 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609572 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609576 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.5985 0.589 0.016 0.700 0.068 0.216
#> SRR1609577 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0927 0.908 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1609582 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0336 0.868 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609583 3 0.4567 0.704 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR1609584 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.2300 0.871 0.016 0.000 0.920 0.064
#> SRR1609588 2 0.0336 0.868 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609589 2 0.1211 0.845 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609590 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.3836 0.433 0.016 0.000 0.168 0.816
#> SRR1609591 3 0.6389 0.555 0.264 0.040 0.656 0.040
#> SRR1609593 4 0.7958 -0.142 0.016 0.384 0.176 0.424
#> SRR1609594 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609595 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609596 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4730 0.368 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609599 4 0.4776 0.351 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1609600 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.0817 0.550 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609602 4 0.4776 0.351 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1609603 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609605 2 0.3743 0.725 0.016 0.824 0.000 0.160
#> SRR1609606 2 0.5459 0.428 0.016 0.552 0.000 0.432
#> SRR1609607 3 0.1888 0.885 0.016 0.000 0.940 0.044
#> SRR1609608 3 0.3547 0.805 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR1609609 2 0.4290 0.672 0.016 0.772 0.000 0.212
#> SRR1609610 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609611 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609613 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4917 0.512 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR1609617 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609618 3 0.0927 0.908 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1609619 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609620 4 0.4948 0.555 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609621 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609625 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.3024 0.754 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609632 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3688 0.687 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609636 4 0.4933 0.569 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609637 1 0.2760 0.806 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609638 2 0.1389 0.828 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609642 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609643 3 0.3547 0.807 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR1609644 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609649 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.5435 0.470 0.016 0.000 0.564 0.420
#> SRR1609652 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.7085 0.576 0.200 0.232 0.000 0.568
#> SRR1609655 3 0.5444 0.460 0.016 0.000 0.560 0.424
#> SRR1609657 1 0.0592 0.925 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609656 4 0.4933 0.250 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609658 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.5444 0.460 0.016 0.000 0.560 0.424
#> SRR1609661 3 0.0927 0.908 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1609662 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0592 0.911 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609664 2 0.5760 0.416 0.016 0.544 0.008 0.432
#> SRR1609665 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.6290 0.380 0.364 0.068 0.000 0.568
#> SRR1609667 3 0.3569 0.716 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609668 4 0.0336 0.546 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609669 1 0.0592 0.921 0.984 0.016 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609361 4 0.3752 0.6060 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1609362 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609383 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.1608 0.8703 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.4192 0.5327 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.1792 0.8565 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0609 0.9508 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3636 0.7428 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.2230 0.7487 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609415 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 5 0.3774 0.7420 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1609423 4 0.3109 0.7660 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609424 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3586 0.6513 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609435 1 0.3586 0.6056 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609438 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.6261 0.2634 0.000 0.536 0.000 0.200 0.264
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.3586 0.6513 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1609445 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.3949 0.4572 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1609447 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.2074 0.8224 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.3508 0.5710 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609458 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.1851 0.7884 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609460 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609461 3 0.1851 0.8734 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609465 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609466 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3109 0.7660 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.3109 0.6376 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609475 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609478 4 0.3513 0.6606 0.000 0.000 0.180 0.800 0.020
#> SRR1609476 3 0.3109 0.7279 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.3395 0.6549 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.3684 0.2466 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609480 4 0.4030 0.4472 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4717 0.7156 0.000 0.120 0.000 0.736 0.144
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.6598 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 3 0.3895 0.5208 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.3966 0.0830 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3109 0.6549 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.3109 0.7660 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.3109 0.6376 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3949 0.5292 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.5505 -0.1179 0.000 0.000 0.484 0.064 0.452
#> SRR1609540 3 0.0404 0.9455 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.3109 0.6549 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.3508 0.6484 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.4045 0.4103 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609547 3 0.3074 0.7188 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609548 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.3452 0.6136 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.3966 0.4875 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.4171 0.3366 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1609582 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.3586 0.6187 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1609583 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.3336 0.6622 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609588 2 0.3586 0.6187 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1609589 5 0.4219 0.2422 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 5 0.2471 0.7282 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1609593 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609594 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609595 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3109 0.6549 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609599 4 0.3109 0.6549 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.2179 0.5615 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609602 4 0.3109 0.6549 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4192 0.5327 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609605 5 0.0404 0.8204 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609606 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.4256 0.1352 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1609608 5 0.3452 0.6521 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1609609 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609611 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4086 0.6245 0.736 0.000 0.240 0.000 0.024
#> SRR1609617 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609618 3 0.3586 0.6311 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1609619 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.4114 0.1803 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.2929 0.7222 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3109 0.7127 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609636 4 0.3586 0.7517 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609637 3 0.4302 0.0874 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.1270 0.9100 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.1410 0.7929 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0609 0.9387 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609649 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.0000 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4495 0.6993 0.200 0.064 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609655 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609661 3 0.3612 0.6252 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0963 0.9256 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609664 5 0.3586 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.3586 0.6398 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609667 3 0.0000 0.9564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.2179 0.5615 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.2597 0.751 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.3607 0.553 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.2597 0.751 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.2793 0.738 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.2762 0.782 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.2793 0.738 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0458 0.942 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3765 0.487 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.1444 0.878 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3309 0.695 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0146 0.901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609414 3 0.1151 0.947 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609415 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609416 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609417 3 0.1151 0.948 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609418 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609423 4 0.0865 0.798 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609425 2 0.1387 0.908 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609428 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.3690 0.537 0.288 0.000 0.000 0.000 0.700 0.012
#> SRR1609430 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609431 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609432 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609434 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.4019 0.480 0.652 0.000 0.332 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609436 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609437 4 0.2664 0.791 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.1151 0.948 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609440 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.2743 0.725 0.000 0.008 0.000 0.164 0.828 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609444 1 0.4253 0.395 0.608 0.000 0.008 0.000 0.372 0.012
#> SRR1609445 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609448 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609452 5 0.0146 0.901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609453 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609454 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.1700 0.860 0.916 0.080 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609458 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609459 5 0.2942 0.769 0.000 0.000 0.132 0.032 0.836 0.000
#> SRR1609460 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609461 5 0.4293 0.616 0.000 0.000 0.248 0.032 0.704 0.016
#> SRR1609462 3 0.0260 0.948 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609464 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609463 6 0.0405 0.943 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1609465 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609466 4 0.2793 0.738 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609469 4 0.0865 0.798 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.0291 0.782 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.0865 0.798 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.2491 0.801 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0146 0.783 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609476 3 0.2573 0.808 0.132 0.000 0.856 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609477 5 0.3242 0.750 0.000 0.000 0.148 0.032 0.816 0.004
#> SRR1609479 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0632 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609480 4 0.3592 0.383 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1609482 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609484 4 0.2669 0.732 0.000 0.008 0.000 0.836 0.156 0.000
#> SRR1609483 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609486 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609485 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609487 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609489 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609494 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1787 0.877 0.920 0.000 0.004 0.068 0.000 0.008
#> SRR1609496 3 0.0858 0.949 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609497 3 0.0993 0.949 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1609498 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609499 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609501 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 2 0.0146 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609503 4 0.3756 0.356 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609504 3 0.3724 0.616 0.268 0.000 0.716 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609505 3 0.0363 0.946 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609506 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0146 0.947 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.0632 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609512 3 0.0858 0.949 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609511 3 0.1151 0.948 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609513 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609514 4 0.0260 0.782 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.0935 0.881 0.000 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0858 0.949 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609520 4 0.0865 0.798 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609521 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609522 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609523 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609524 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609525 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609528 4 0.0291 0.782 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1609530 3 0.0858 0.949 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609533 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609534 3 0.1151 0.948 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609535 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609537 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3352 0.719 0.000 0.000 0.176 0.032 0.792 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.4637 0.472 0.000 0.000 0.612 0.032 0.012 0.344
#> SRR1609540 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609541 4 0.0260 0.782 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609544 3 0.2884 0.765 0.164 0.000 0.824 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609545 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609546 5 0.0551 0.897 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1609547 3 0.3712 0.713 0.000 0.000 0.760 0.032 0.204 0.004
#> SRR1609548 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609552 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609553 3 0.1245 0.947 0.000 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR1609554 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 3 0.0993 0.948 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1609556 3 0.0972 0.950 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1609557 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 6 0.3309 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1609560 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0935 0.948 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609562 1 0.2664 0.714 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0260 0.982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609564 3 0.4289 0.172 0.444 0.000 0.540 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609565 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609570 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609571 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609572 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609573 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609574 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609575 4 0.2762 0.782 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609580 5 0.3164 0.759 0.000 0.000 0.140 0.032 0.824 0.004
#> SRR1609582 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609581 5 0.0632 0.884 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609583 5 0.0146 0.901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609584 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609585 3 0.0363 0.946 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609586 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.3242 0.750 0.000 0.000 0.148 0.032 0.816 0.004
#> SRR1609588 5 0.0632 0.884 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609589 5 0.0363 0.894 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609590 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609592 5 0.0146 0.901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609591 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609594 4 0.2527 0.800 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609596 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0260 0.782 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0363 0.782 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.0146 0.947 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609601 6 0.2562 0.772 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609602 4 0.0363 0.782 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3747 0.505 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609606 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609607 5 0.4651 0.160 0.000 0.000 0.448 0.032 0.516 0.004
#> SRR1609608 5 0.3352 0.719 0.000 0.000 0.176 0.032 0.792 0.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609610 3 0.1151 0.947 0.000 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1609611 4 0.2762 0.782 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0622 0.944 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609614 3 0.0146 0.947 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4204 0.526 0.676 0.000 0.296 0.004 0.012 0.012
#> SRR1609617 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609618 5 0.0862 0.891 0.000 0.000 0.008 0.004 0.972 0.016
#> SRR1609619 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.3737 0.185 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609623 3 0.0405 0.946 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609624 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609627 1 0.2491 0.746 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609630 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3201 0.754 0.000 0.000 0.780 0.208 0.000 0.012
#> SRR1609636 4 0.2762 0.782 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609637 3 0.3154 0.743 0.184 0.000 0.800 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609638 2 0.1141 0.926 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0713 0.950 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0551 0.897 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1609644 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.4063 0.689 0.000 0.000 0.740 0.032 0.212 0.016
#> SRR1609646 3 0.1074 0.949 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1609647 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609649 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609648 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.0146 0.901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609652 3 0.0858 0.949 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.2793 0.738 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609655 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609657 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.2793 0.738 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609661 5 0.0870 0.890 0.000 0.000 0.012 0.004 0.972 0.012
#> SRR1609662 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.4533 0.387 0.000 0.000 0.376 0.032 0.588 0.004
#> SRR1609664 6 0.0632 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609665 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.2762 0.740 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609667 3 0.0508 0.944 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609668 6 0.2562 0.772 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609669 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.731 0.863 0.940 0.4956 0.503 0.503
#> 3 3 0.547 0.655 0.856 0.3131 0.647 0.422
#> 4 4 0.661 0.799 0.849 0.1285 0.794 0.503
#> 5 5 0.716 0.732 0.838 0.0625 0.861 0.546
#> 6 6 0.777 0.664 0.818 0.0412 0.922 0.679
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.5519 0.8147 0.128 0.872
#> SRR1609361 2 0.1414 0.9163 0.020 0.980
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.2948 0.9083 0.948 0.052
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.8327 0.6264 0.264 0.736
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.7219 0.7486 0.800 0.200
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.7950 0.7047 0.760 0.240
#> SRR1609381 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.3733 0.8940 0.928 0.072
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609396 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609400 1 0.2948 0.9083 0.948 0.052
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.7219 0.7486 0.800 0.200
#> SRR1609410 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.7219 0.7486 0.800 0.200
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.9491 0.4630 0.632 0.368
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.8861 0.6099 0.304 0.696
#> SRR1609422 2 0.9170 0.5595 0.332 0.668
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.2948 0.9087 0.948 0.052
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.8955 0.5979 0.312 0.688
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609441 2 0.0938 0.9229 0.012 0.988
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.2236 0.9177 0.964 0.036
#> SRR1609445 1 0.0376 0.9336 0.996 0.004
#> SRR1609446 2 0.5629 0.8197 0.132 0.868
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.2236 0.9177 0.964 0.036
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.9460 0.3873 0.636 0.364
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0938 0.9228 0.012 0.988
#> SRR1609456 2 0.8144 0.6735 0.252 0.748
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.7139 0.7619 0.196 0.804
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.6887 0.7757 0.184 0.816
#> SRR1609466 1 0.9491 0.4242 0.632 0.368
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.9881 0.3077 0.436 0.564
#> SRR1609472 1 0.9710 0.2816 0.600 0.400
#> SRR1609471 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.9922 0.2723 0.448 0.552
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.5842 0.8215 0.140 0.860
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.9732 0.2852 0.404 0.596
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.5408 0.8300 0.876 0.124
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.9833 0.3464 0.424 0.576
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.8813 0.6153 0.300 0.700
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.7219 0.7580 0.200 0.800
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7139 0.7619 0.196 0.804
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.8861 0.5324 0.696 0.304
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.2948 0.8916 0.052 0.948
#> SRR1609518 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9044 0.5829 0.320 0.680
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.8861 0.6099 0.304 0.696
#> SRR1609527 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.9000 0.5906 0.316 0.684
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.8861 0.6099 0.304 0.696
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.5519 0.8325 0.128 0.872
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.9710 0.2816 0.600 0.400
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.5178 0.8344 0.884 0.116
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.6048 0.8010 0.852 0.148
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.8813 0.5568 0.700 0.300
#> SRR1609560 1 0.9427 0.4813 0.640 0.360
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.9661 0.4059 0.608 0.392
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.5294 0.8347 0.880 0.120
#> SRR1609577 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.7056 0.7659 0.808 0.192
#> SRR1609583 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609588 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR1609589 2 0.8144 0.6735 0.252 0.748
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.9896 0.1678 0.560 0.440
#> SRR1609591 1 0.0376 0.9336 0.996 0.004
#> SRR1609593 1 0.4690 0.8551 0.900 0.100
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.8955 0.5979 0.312 0.688
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.9710 0.2816 0.600 0.400
#> SRR1609599 1 0.7219 0.7220 0.800 0.200
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.9686 0.2940 0.604 0.396
#> SRR1609603 2 0.8267 0.6162 0.260 0.740
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.2236 0.9059 0.036 0.964
#> SRR1609606 2 0.8713 0.6301 0.292 0.708
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.9998 0.0553 0.492 0.508
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.8909 0.6036 0.308 0.692
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.3733 0.8940 0.928 0.072
#> SRR1609625 1 0.1184 0.9281 0.984 0.016
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609632 1 0.9491 0.4638 0.632 0.368
#> SRR1609633 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.3431 0.9006 0.936 0.064
#> SRR1609642 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.9775 0.3551 0.588 0.412
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7219 0.7580 0.200 0.800
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.7674 0.6850 0.776 0.224
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.3274 0.9036 0.940 0.060
#> SRR1609656 1 0.3114 0.9062 0.944 0.056
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.8955 0.5979 0.312 0.688
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9309 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9355 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.7299 0.7533 0.204 0.796
#> SRR1609669 1 0.9896 0.2715 0.560 0.440
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.6192 0.21980 0.420 0.000 0.580
#> SRR1609361 3 0.8310 0.31195 0.088 0.368 0.544
#> SRR1609362 3 0.6309 0.00871 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609363 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 3 0.6280 0.12765 0.000 0.460 0.540
#> SRR1609366 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609368 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609370 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609371 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609373 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 3 0.6267 0.16134 0.452 0.000 0.548
#> SRR1609381 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609384 2 0.5926 0.41655 0.000 0.644 0.356
#> SRR1609386 2 0.6026 0.36816 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609385 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609387 3 0.2878 0.68851 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609388 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609393 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609396 3 0.3482 0.67030 0.128 0.000 0.872
#> SRR1609398 2 0.5621 0.51701 0.000 0.692 0.308
#> SRR1609399 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609400 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609397 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 3 0.6026 0.30584 0.000 0.376 0.624
#> SRR1609404 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609410 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609411 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609412 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609414 1 0.4346 0.69353 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609415 3 0.6280 0.14631 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609416 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609417 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609419 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609421 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609422 3 0.5428 0.67499 0.064 0.120 0.816
#> SRR1609423 2 0.4062 0.75394 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609424 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609432 2 0.4452 0.72466 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609433 3 0.6291 0.13073 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609434 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609436 1 0.3482 0.75961 0.872 0.000 0.128
#> SRR1609437 3 0.3551 0.68325 0.000 0.132 0.868
#> SRR1609438 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609441 3 0.3340 0.68831 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609442 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.6309 -0.07415 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609444 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609445 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609446 3 0.2448 0.70517 0.000 0.076 0.924
#> SRR1609447 1 0.5948 0.34232 0.640 0.000 0.360
#> SRR1609448 2 0.0237 0.93774 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609449 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609450 2 0.6274 0.17246 0.000 0.544 0.456
#> SRR1609451 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.6176 0.65258 0.100 0.120 0.780
#> SRR1609453 3 0.2356 0.70451 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609454 3 0.3686 0.67920 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609455 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609456 3 0.3340 0.68831 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609457 3 0.6280 0.11658 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609458 1 0.6309 -0.07415 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609459 3 0.8837 0.14641 0.424 0.116 0.460
#> SRR1609460 3 0.6159 0.62634 0.048 0.196 0.756
#> SRR1609461 3 0.6274 0.12693 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609462 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 3 0.5760 0.40519 0.328 0.000 0.672
#> SRR1609465 3 0.6962 0.44538 0.036 0.316 0.648
#> SRR1609466 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609467 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.5216 0.59882 0.000 0.740 0.260
#> SRR1609470 3 0.4821 0.68396 0.040 0.120 0.840
#> SRR1609472 3 0.8710 0.27128 0.380 0.112 0.508
#> SRR1609471 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609474 3 0.0424 0.71579 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609473 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 1 0.8871 -0.11043 0.472 0.120 0.408
#> SRR1609476 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609477 3 0.8734 0.14976 0.424 0.108 0.468
#> SRR1609479 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.6172 0.48511 0.012 0.680 0.308
#> SRR1609480 3 0.5178 0.53920 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609482 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 3 0.5835 0.40954 0.000 0.340 0.660
#> SRR1609483 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.6140 0.28528 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609489 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609491 3 0.1411 0.71185 0.036 0.000 0.964
#> SRR1609492 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.2903 0.70944 0.048 0.028 0.924
#> SRR1609494 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609496 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0237 0.85011 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609498 1 0.3340 0.76644 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609499 2 0.6274 0.17246 0.000 0.544 0.456
#> SRR1609500 1 0.5706 0.43920 0.680 0.000 0.320
#> SRR1609501 3 0.4930 0.68292 0.044 0.120 0.836
#> SRR1609502 3 0.3340 0.68831 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609503 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609504 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609505 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.6252 0.20379 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609509 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.6661 0.31479 0.012 0.400 0.588
#> SRR1609512 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 3 0.6309 0.06542 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609515 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.6421 0.18669 0.424 0.004 0.572
#> SRR1609517 3 0.4708 0.68478 0.036 0.120 0.844
#> SRR1609518 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609519 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.1753 0.89434 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609521 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 3 0.6322 0.64637 0.108 0.120 0.772
#> SRR1609524 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609527 3 0.1289 0.70986 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609529 1 0.2796 0.76237 0.908 0.000 0.092
#> SRR1609528 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609530 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609534 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 3 0.6404 0.39906 0.012 0.344 0.644
#> SRR1609537 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.6274 0.12693 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609538 2 0.5431 0.56844 0.000 0.716 0.284
#> SRR1609539 1 0.2796 0.75981 0.908 0.000 0.092
#> SRR1609540 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609541 1 0.6949 0.57683 0.732 0.112 0.156
#> SRR1609542 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609545 1 0.3267 0.76961 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609546 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609547 1 0.3038 0.75009 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609548 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609549 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.6252 0.15589 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609552 1 0.1289 0.82455 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609553 1 0.2448 0.80290 0.924 0.000 0.076
#> SRR1609554 3 0.1860 0.70819 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609555 3 0.6291 0.09461 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609556 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609558 3 0.4818 0.68755 0.048 0.108 0.844
#> SRR1609559 3 0.4165 0.69953 0.048 0.076 0.876
#> SRR1609560 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609563 3 0.3340 0.68831 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609564 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609565 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609569 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.4062 0.71966 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609573 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 3 0.6168 0.25152 0.412 0.000 0.588
#> SRR1609579 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.6204 0.18749 0.424 0.000 0.576
#> SRR1609582 1 0.3340 0.76644 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609581 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609584 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.1964 0.88946 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609587 1 0.6280 0.01319 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609588 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.4964 0.68382 0.048 0.116 0.836
#> SRR1609591 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609593 3 0.7923 0.50914 0.228 0.120 0.652
#> SRR1609594 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609596 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.6308 0.08653 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609599 1 0.6309 -0.07415 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609600 1 0.3340 0.76644 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609601 1 0.6309 -0.08647 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609602 1 0.6308 -0.06421 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609603 3 0.3973 0.68536 0.088 0.032 0.880
#> SRR1609604 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 3 0.3340 0.68831 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609606 3 0.5558 0.66199 0.048 0.152 0.800
#> SRR1609607 1 0.5465 0.43422 0.712 0.000 0.288
#> SRR1609608 3 0.6274 0.12693 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609609 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.6309 -0.07415 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609611 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.2537 0.70143 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609614 1 0.3551 0.75577 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609615 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609616 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609617 3 0.3573 0.68834 0.004 0.120 0.876
#> SRR1609618 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609619 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.4291 0.69868 0.820 0.000 0.180
#> SRR1609624 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609625 3 0.3192 0.68064 0.112 0.000 0.888
#> SRR1609626 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.5591 0.45269 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609630 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 3 0.3192 0.68071 0.112 0.000 0.888
#> SRR1609632 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609633 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609634 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609638 3 0.0000 0.71541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609642 3 0.3340 0.67608 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609643 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609644 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609645 3 0.6274 0.12693 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609646 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 3 0.4291 0.65224 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609649 1 0.3551 0.75574 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609648 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.6168 0.28230 0.000 0.588 0.412
#> SRR1609650 3 0.5863 0.66376 0.084 0.120 0.796
#> SRR1609652 1 0.0000 0.85261 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 3 0.3267 0.68997 0.000 0.116 0.884
#> SRR1609655 1 0.7021 0.03373 0.544 0.020 0.436
#> SRR1609657 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609656 3 0.6274 0.15384 0.456 0.000 0.544
#> SRR1609658 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.7159 0.13652 0.448 0.024 0.528
#> SRR1609661 3 0.1753 0.70891 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609662 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.6280 0.11658 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609664 3 0.5036 0.68185 0.048 0.120 0.832
#> SRR1609665 2 0.0000 0.94111 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.3879 0.76795 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609667 3 0.6280 0.14631 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609668 3 0.7357 0.46124 0.048 0.332 0.620
#> SRR1609669 3 0.2711 0.69193 0.088 0.000 0.912
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.1557 0.71801 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609361 1 0.0000 0.75800 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 1 0.6069 0.02462 0.588 0.356 0.000 0.056
#> SRR1609363 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.2363 0.70135 0.920 0.024 0.000 0.056
#> SRR1609366 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3048 0.77554 0.876 0.016 0.000 0.108
#> SRR1609370 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609371 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609372 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.4406 0.68843 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1609376 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609379 1 0.2704 0.77238 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609382 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609383 1 0.1557 0.71801 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609381 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609384 1 0.3024 0.73501 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.3219 0.72983 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.2704 0.77238 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609387 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609393 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609394 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609396 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609398 1 0.4643 0.54809 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609400 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4522 0.59585 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609406 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609410 1 0.2831 0.77474 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1609411 2 0.2704 0.84218 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609407 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609412 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609414 4 0.7820 0.10430 0.276 0.000 0.312 0.412
#> SRR1609415 1 0.5962 0.76508 0.692 0.000 0.128 0.180
#> SRR1609416 1 0.2760 0.79353 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.2704 0.77238 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609419 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.4406 0.68843 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1609421 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609422 4 0.1474 0.84752 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609423 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609424 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609425 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609426 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0188 0.95442 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4543 0.66161 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1609430 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609432 2 0.2589 0.85052 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609433 1 0.4431 0.67971 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1609434 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609435 1 0.2760 0.79353 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609436 1 0.4741 0.64950 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR1609437 4 0.5070 0.63568 0.192 0.060 0.000 0.748
#> SRR1609438 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609439 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609441 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609442 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.6039 0.76036 0.684 0.000 0.128 0.188
#> SRR1609444 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609445 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609446 4 0.1888 0.84530 0.016 0.044 0.000 0.940
#> SRR1609447 1 0.4477 0.67083 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.5874 0.76878 0.700 0.000 0.124 0.176
#> SRR1609450 2 0.4431 0.56113 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1609451 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609453 1 0.6167 0.74772 0.668 0.000 0.124 0.208
#> SRR1609454 4 0.3679 0.78981 0.084 0.060 0.000 0.856
#> SRR1609455 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609456 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609457 4 0.1722 0.83250 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR1609458 1 0.5962 0.76508 0.692 0.000 0.128 0.180
#> SRR1609459 4 0.3877 0.78601 0.000 0.048 0.112 0.840
#> SRR1609460 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609461 4 0.1854 0.83188 0.048 0.000 0.012 0.940
#> SRR1609462 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.7924 0.11516 0.336 0.000 0.328 0.336
#> SRR1609465 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609466 1 0.0188 0.75877 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609470 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609472 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609471 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609474 1 0.5508 0.70249 0.692 0.056 0.000 0.252
#> SRR1609473 2 0.6469 0.60104 0.124 0.628 0.000 0.248
#> SRR1609475 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609478 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609476 1 0.2760 0.79353 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609477 4 0.1474 0.84752 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609479 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609480 4 0.2647 0.78215 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1609482 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609483 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.4406 0.68843 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1609488 1 0.5582 0.60051 0.620 0.000 0.348 0.032
#> SRR1609489 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609491 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609492 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.1767 0.83564 0.044 0.012 0.000 0.944
#> SRR1609494 2 0.2647 0.84641 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609495 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.1637 0.90050 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609498 1 0.4661 0.62465 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1609499 2 0.4431 0.56113 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1609500 1 0.4543 0.65646 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1609501 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609502 4 0.5496 0.55301 0.232 0.064 0.000 0.704
#> SRR1609503 4 0.2888 0.77842 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR1609504 1 0.5923 0.76725 0.696 0.000 0.128 0.176
#> SRR1609505 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.3444 0.77006 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609509 2 0.0188 0.94053 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609510 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609512 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.6469 0.50952 0.124 0.000 0.628 0.248
#> SRR1609513 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.2888 0.77842 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR1609515 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.1722 0.83250 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR1609517 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609518 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.7119 -0.09102 0.128 0.428 0.000 0.444
#> SRR1609521 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609524 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609527 1 0.5063 0.79662 0.768 0.000 0.124 0.108
#> SRR1609529 3 0.2973 0.79900 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1609528 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609530 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609534 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609537 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.4100 0.76946 0.048 0.000 0.128 0.824
#> SRR1609538 2 0.2704 0.84218 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609539 3 0.4356 0.54250 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1609540 1 0.5913 0.76627 0.696 0.000 0.124 0.180
#> SRR1609541 4 0.5834 0.59991 0.124 0.000 0.172 0.704
#> SRR1609542 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.2760 0.79353 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609545 3 0.4134 0.51341 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609546 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609547 4 0.4761 0.42643 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609548 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609549 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0336 0.93808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609551 4 0.4956 0.69163 0.056 0.000 0.188 0.756
#> SRR1609552 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.4880 0.67848 0.052 0.000 0.760 0.188
#> SRR1609554 4 0.1722 0.83250 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR1609555 4 0.7835 0.08826 0.268 0.000 0.336 0.396
#> SRR1609556 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609558 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609559 4 0.1820 0.84390 0.020 0.036 0.000 0.944
#> SRR1609560 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609561 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609563 1 0.5857 0.62319 0.636 0.056 0.000 0.308
#> SRR1609564 1 0.5923 0.76725 0.696 0.000 0.128 0.176
#> SRR1609565 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.3032 0.81912 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR1609572 4 0.6170 0.44361 0.068 0.000 0.332 0.600
#> SRR1609573 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.2704 0.88021 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.3052 0.75318 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1609577 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 4 0.1854 0.83188 0.048 0.000 0.012 0.940
#> SRR1609582 1 0.4661 0.62465 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1609581 4 0.4250 0.50871 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609583 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609584 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.3942 0.65820 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1609588 4 0.4222 0.51799 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1609589 1 0.4500 0.67054 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1609590 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609591 1 0.4454 0.68047 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1609593 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609594 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609595 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609596 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.2888 0.77842 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR1609599 4 0.2888 0.77842 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR1609600 1 0.6970 0.26786 0.444 0.000 0.444 0.112
#> SRR1609601 4 0.5174 0.68146 0.124 0.000 0.116 0.760
#> SRR1609602 4 0.4428 0.73477 0.124 0.000 0.068 0.808
#> SRR1609603 1 0.2958 0.77572 0.876 0.004 0.004 0.116
#> SRR1609604 2 0.2704 0.88021 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1609605 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609606 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609607 4 0.4843 0.37182 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609608 4 0.2197 0.83047 0.048 0.000 0.024 0.928
#> SRR1609609 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609610 4 0.6686 0.31312 0.276 0.000 0.128 0.596
#> SRR1609611 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609613 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.7093 0.40828 0.476 0.000 0.128 0.396
#> SRR1609614 1 0.4624 0.63561 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1609615 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609616 1 0.5913 0.76627 0.696 0.000 0.124 0.180
#> SRR1609617 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609618 4 0.1743 0.82892 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1609619 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609620 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.4624 0.63561 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1609624 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609625 1 0.5913 0.76627 0.696 0.000 0.124 0.180
#> SRR1609626 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.5874 0.70822 0.700 0.124 0.000 0.176
#> SRR1609628 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.6229 0.74883 0.664 0.000 0.132 0.204
#> SRR1609630 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.5006 0.79732 0.772 0.000 0.124 0.104
#> SRR1609632 1 0.4406 0.68843 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1609633 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.4205 0.78149 0.124 0.000 0.820 0.056
#> SRR1609636 2 0.4205 0.84484 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1609637 1 0.2760 0.79353 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609638 1 0.4431 0.68505 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1609639 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609642 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609643 4 0.1557 0.82956 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609644 1 0.2831 0.77474 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1609645 4 0.5773 0.49000 0.048 0.000 0.320 0.632
#> SRR1609646 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609649 1 0.4564 0.65136 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.3032 0.83722 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1609650 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609652 3 0.0000 0.95886 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.6222 -0.00705 0.412 0.056 0.000 0.532
#> SRR1609655 4 0.4516 0.63283 0.000 0.012 0.252 0.736
#> SRR1609657 1 0.2704 0.79460 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609656 1 0.1557 0.71801 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609658 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.5036 0.69437 0.036 0.012 0.192 0.760
#> SRR1609661 4 0.4250 0.50871 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609662 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.5031 0.66680 0.048 0.000 0.212 0.740
#> SRR1609664 4 0.1557 0.84768 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609665 2 0.0000 0.94285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5936 0.64609 0.324 0.620 0.000 0.056
#> SRR1609667 1 0.4454 0.67540 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1609668 4 0.2704 0.77969 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609669 1 0.2704 0.77238 0.876 0.000 0.000 0.124
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.4182 0.4551 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609361 1 0.2732 0.5924 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609362 4 0.4675 0.4785 0.380 0.020 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4182 0.4551 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3055 0.6392 0.840 0.016 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609370 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.4161 0.4594 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609383 4 0.4182 0.4551 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.4182 0.2171 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.3932 0.4266 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.2997 0.6384 0.840 0.012 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609387 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.3109 0.6580 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4235 0.2801 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4273 0.4429 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 5 0.4182 0.3627 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 1 0.6720 0.5665 0.596 0.000 0.200 0.140 0.064
#> SRR1609415 1 0.5384 0.6666 0.664 0.000 0.000 0.140 0.196
#> SRR1609416 1 0.2471 0.7243 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1609417 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609418 1 0.2329 0.6679 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609419 2 0.2329 0.7774 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609420 1 0.4161 0.4594 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609421 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609423 4 0.5522 0.5907 0.000 0.092 0.000 0.600 0.308
#> SRR1609424 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609425 5 0.2127 0.7809 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.1270 0.8889 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.1908 0.7911 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609432 5 0.4249 0.3094 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609433 1 0.5290 0.6321 0.676 0.000 0.184 0.140 0.000
#> SRR1609434 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609435 1 0.2471 0.7243 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1609436 1 0.6663 0.5684 0.600 0.000 0.200 0.140 0.060
#> SRR1609437 5 0.1965 0.7894 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609438 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609439 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609440 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.5791 0.6245 0.600 0.000 0.000 0.140 0.260
#> SRR1609444 5 0.2074 0.7859 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1609445 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609447 1 0.6483 0.5761 0.612 0.000 0.200 0.140 0.048
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.4028 0.6986 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176
#> SRR1609450 5 0.2127 0.7609 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0162 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609453 1 0.5811 0.6217 0.596 0.000 0.000 0.140 0.264
#> SRR1609454 5 0.1341 0.8073 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1609455 1 0.4283 0.3461 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1609456 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609457 5 0.4139 0.6511 0.084 0.000 0.000 0.132 0.784
#> SRR1609458 1 0.5748 0.6311 0.608 0.000 0.000 0.140 0.252
#> SRR1609459 5 0.2338 0.7536 0.000 0.000 0.112 0.004 0.884
#> SRR1609460 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609461 5 0.2516 0.7380 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.5316 0.6017 0.588 0.000 0.000 0.348 0.064
#> SRR1609465 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609466 1 0.2329 0.6731 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.5094 0.5425 0.000 0.048 0.000 0.600 0.352
#> SRR1609470 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.4182 0.5004 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609471 1 0.3752 0.6295 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609474 5 0.3493 0.7584 0.108 0.060 0.000 0.000 0.832
#> SRR1609473 4 0.5904 0.6435 0.000 0.200 0.000 0.600 0.200
#> SRR1609475 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609478 4 0.4171 0.5034 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1609476 1 0.2020 0.7343 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609477 5 0.0162 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2516 0.5778 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1609480 4 0.4201 0.4443 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.1197 0.8008 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609483 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609486 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609485 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609487 1 0.4150 0.4674 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609488 1 0.7713 0.4717 0.496 0.000 0.200 0.140 0.164
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.2127 0.7809 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609491 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609494 5 0.4262 0.2874 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1609495 1 0.1043 0.7389 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.6356 0.6060 0.160 0.000 0.640 0.140 0.060
#> SRR1609498 1 0.6663 0.5684 0.600 0.000 0.200 0.140 0.060
#> SRR1609499 5 0.2127 0.7609 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609500 1 0.6483 0.5761 0.612 0.000 0.200 0.140 0.048
#> SRR1609501 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 5 0.1965 0.7892 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609503 4 0.2471 0.5791 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609504 1 0.5224 0.6795 0.684 0.000 0.000 0.140 0.176
#> SRR1609505 3 0.1792 0.8725 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.6170 0.6199 0.160 0.000 0.652 0.140 0.048
#> SRR1609508 5 0.3661 0.5634 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609509 2 0.0162 0.9632 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609510 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.3237 0.8191 0.000 0.000 0.848 0.104 0.048
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3857 0.5517 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1609515 2 0.3857 0.4180 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1609516 5 0.0162 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609517 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609520 4 0.6011 0.6507 0.004 0.176 0.000 0.600 0.220
#> SRR1609521 3 0.4634 0.7124 0.120 0.000 0.744 0.136 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.3586 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.3409 0.7249 0.836 0.000 0.000 0.052 0.112
#> SRR1609529 3 0.5604 0.7213 0.068 0.000 0.712 0.140 0.080
#> SRR1609528 4 0.4171 0.5034 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1609530 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609535 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4262 0.6707 0.000 0.000 0.124 0.100 0.776
#> SRR1609538 5 0.4182 0.3627 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1609539 3 0.2450 0.8730 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1609540 1 0.5375 0.6663 0.664 0.000 0.000 0.136 0.200
#> SRR1609541 4 0.5489 0.4437 0.000 0.000 0.216 0.648 0.136
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.1792 0.7318 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609545 1 0.7088 0.3059 0.476 0.000 0.336 0.140 0.048
#> SRR1609546 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 5 0.4933 0.5848 0.000 0.000 0.200 0.096 0.704
#> SRR1609548 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.2891 0.6844 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609551 5 0.4547 0.6596 0.000 0.000 0.044 0.252 0.704
#> SRR1609552 3 0.1357 0.8940 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1609553 3 0.7126 0.3586 0.264 0.000 0.528 0.140 0.068
#> SRR1609554 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 1 0.7533 0.4995 0.520 0.000 0.200 0.140 0.140
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.4227 0.4192 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1609561 3 0.2149 0.8812 0.000 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR1609562 1 0.4283 0.3461 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1609563 5 0.1965 0.7892 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609564 1 0.5184 0.6810 0.688 0.000 0.000 0.136 0.176
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0162 0.9053 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.6690 0.5633 0.596 0.000 0.204 0.140 0.060
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.6024 0.6453 0.144 0.000 0.668 0.140 0.048
#> SRR1609575 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.4171 0.0924 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1609577 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.1270 0.8889 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1609580 5 0.0162 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609582 1 0.6663 0.5684 0.600 0.000 0.200 0.140 0.060
#> SRR1609581 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609583 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.6170 0.6199 0.160 0.000 0.652 0.140 0.048
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.3462 0.6614 0.000 0.000 0.196 0.012 0.792
#> SRR1609588 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609589 5 0.1965 0.7892 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609590 3 0.2946 0.8512 0.000 0.000 0.868 0.088 0.044
#> SRR1609592 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 5 0.1965 0.7892 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609593 5 0.3534 0.7073 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609594 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609595 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3999 0.5398 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609599 4 0.3957 0.5679 0.008 0.000 0.000 0.712 0.280
#> SRR1609600 1 0.6717 0.5575 0.592 0.000 0.208 0.140 0.060
#> SRR1609601 4 0.1282 0.5835 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> SRR1609602 4 0.4678 0.5730 0.000 0.000 0.064 0.712 0.224
#> SRR1609603 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4201 0.5241 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609605 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609606 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.3994 0.7923 0.000 0.000 0.792 0.140 0.068
#> SRR1609608 5 0.2411 0.7557 0.000 0.000 0.008 0.108 0.884
#> SRR1609609 5 0.1197 0.8096 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609610 1 0.5811 0.6217 0.596 0.000 0.000 0.140 0.264
#> SRR1609611 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.6210 0.4072 0.456 0.000 0.000 0.140 0.404
#> SRR1609614 1 0.6663 0.5684 0.600 0.000 0.200 0.140 0.060
#> SRR1609615 1 0.4249 0.3917 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1609616 1 0.4883 0.6759 0.708 0.000 0.000 0.092 0.200
#> SRR1609617 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609618 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.4278 0.3558 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.6483 0.5761 0.612 0.000 0.200 0.140 0.048
#> SRR1609624 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.4424 0.6727 0.728 0.000 0.000 0.048 0.224
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.5681 0.5006 0.608 0.124 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.5083 0.5103 0.160 0.000 0.000 0.140 0.700
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2074 0.7262 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1609632 1 0.3366 0.6698 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1609633 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.4171 0.3079 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609636 4 0.4182 0.5386 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609637 1 0.1792 0.7318 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609638 5 0.2127 0.7809 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.6879 0.4363 0.076 0.000 0.200 0.140 0.584
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.3561 0.7045 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609649 1 0.6483 0.5761 0.612 0.000 0.200 0.140 0.048
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 5 0.4300 0.1811 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1609650 5 0.0162 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 5 0.2852 0.7208 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1609655 5 0.4615 0.6606 0.000 0.000 0.048 0.252 0.700
#> SRR1609657 1 0.0000 0.7397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.4182 0.4551 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.4015 0.6473 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1609661 5 0.1121 0.8059 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.5375 0.5519 0.000 0.000 0.200 0.136 0.664
#> SRR1609664 5 0.3586 0.7031 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.6041 0.4907 0.356 0.128 0.000 0.516 0.000
#> SRR1609667 1 0.5354 0.6237 0.668 0.000 0.192 0.140 0.000
#> SRR1609668 4 0.2516 0.5778 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1609669 1 0.0162 0.7385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.0000 0.43735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.4318 -0.48073 0.448 0.000 0.000 0.532 0.000 0.020
#> SRR1609362 4 0.0713 0.45675 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.0363 0.43358 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609368 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.6361 0.54334 0.448 0.008 0.000 0.388 0.036 0.120
#> SRR1609370 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609371 4 0.3756 0.49474 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609373 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0146 0.96004 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.6952 0.40072 0.440 0.000 0.000 0.132 0.308 0.120
#> SRR1609376 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609382 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.0363 0.43358 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609384 4 0.7273 -0.36087 0.292 0.200 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609386 2 0.5480 0.29764 0.016 0.596 0.000 0.268 0.000 0.120
#> SRR1609385 1 0.6361 0.54332 0.448 0.008 0.000 0.388 0.036 0.120
#> SRR1609387 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609388 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609393 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609396 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609398 2 0.5156 0.48956 0.048 0.696 0.000 0.136 0.000 0.120
#> SRR1609399 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609400 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609397 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.6991 0.25048 0.416 0.332 0.000 0.132 0.000 0.120
#> SRR1609404 4 0.3838 0.39896 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609410 1 0.5547 0.57266 0.488 0.000 0.000 0.388 0.004 0.120
#> SRR1609411 5 0.3756 0.29182 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609412 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0603 0.58443 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609415 1 0.0291 0.58808 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609416 1 0.0000 0.58899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609418 1 0.6137 0.55251 0.456 0.000 0.000 0.388 0.036 0.120
#> SRR1609419 2 0.2178 0.77243 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1609420 1 0.6411 0.30634 0.448 0.000 0.000 0.132 0.368 0.052
#> SRR1609421 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609423 4 0.4580 0.42345 0.000 0.052 0.000 0.612 0.336 0.000
#> SRR1609424 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.3330 0.61080 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609432 5 0.3817 0.21269 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.58899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.58899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609437 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609438 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.0260 0.93305 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609440 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609441 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609444 5 0.0363 0.82197 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609445 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609447 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609448 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.4560 0.52528 0.692 0.000 0.000 0.108 0.200 0.000
#> SRR1609450 5 0.0363 0.81792 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609453 1 0.0603 0.58443 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609454 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609455 5 0.3828 0.10476 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609456 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609457 5 0.3797 0.33318 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609458 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609459 5 0.0713 0.80484 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609460 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609461 5 0.3915 0.34188 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609462 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.3911 0.50591 0.368 0.000 0.000 0.000 0.008 0.624
#> SRR1609465 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609466 1 0.3869 0.46494 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3727 0.35349 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.3727 0.35349 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609471 5 0.3867 -0.03911 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609474 5 0.1882 0.76393 0.008 0.060 0.000 0.012 0.920 0.000
#> SRR1609473 4 0.5225 0.52301 0.000 0.184 0.000 0.612 0.204 0.000
#> SRR1609475 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.3727 0.35349 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.58899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.0363 0.81778 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.2092 0.75458 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609480 4 0.5480 0.35858 0.308 0.000 0.000 0.540 0.152 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.0363 0.81900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609483 3 0.0260 0.93305 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609486 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609485 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609487 1 0.6944 0.40681 0.444 0.000 0.000 0.132 0.304 0.120
#> SRR1609488 1 0.2668 0.44677 0.828 0.000 0.000 0.000 0.168 0.004
#> SRR1609489 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609494 5 0.3823 0.20144 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1609495 1 0.3428 0.58373 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.4274 -0.15897 0.552 0.000 0.432 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609498 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609499 5 0.0363 0.81792 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609500 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609501 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609503 4 0.3747 0.15553 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609504 1 0.0146 0.58881 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609505 3 0.3081 0.71188 0.220 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609506 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.4189 -0.16695 0.552 0.000 0.436 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609508 5 0.2941 0.57863 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609509 2 0.0146 0.96016 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609510 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609512 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2070 0.84317 0.000 0.000 0.892 0.100 0.008 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3945 0.37787 0.380 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000
#> SRR1609515 2 0.3515 0.42588 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1609516 5 0.0146 0.82295 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.5483 0.57418 0.496 0.000 0.000 0.388 0.004 0.112
#> SRR1609519 3 0.0767 0.92395 0.012 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609520 4 0.5227 0.52534 0.000 0.188 0.000 0.612 0.200 0.000
#> SRR1609521 1 0.3862 -0.24193 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609524 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.4676 0.58628 0.724 0.000 0.000 0.136 0.020 0.120
#> SRR1609529 1 0.4378 -0.21115 0.528 0.000 0.452 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609528 4 0.3727 0.35349 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609530 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609534 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609535 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609537 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3915 0.34188 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609538 5 0.3756 0.29182 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609539 6 0.5908 0.30708 0.176 0.000 0.324 0.000 0.008 0.492
#> SRR1609540 1 0.0291 0.58808 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609541 4 0.5869 0.40064 0.240 0.000 0.100 0.612 0.028 0.020
#> SRR1609542 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.1663 0.86359 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.3175 0.58569 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.3023 0.42990 0.808 0.000 0.180 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609546 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.3999 -0.22494 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1609548 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.2697 0.67807 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1609551 6 0.5063 0.59421 0.284 0.000 0.000 0.000 0.112 0.604
#> SRR1609552 3 0.0405 0.93188 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609553 1 0.4302 0.06640 0.628 0.000 0.344 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609554 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.2191 0.49968 0.876 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR1609556 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609560 5 0.4318 0.03572 0.448 0.000 0.000 0.020 0.532 0.000
#> SRR1609561 3 0.1477 0.89320 0.048 0.000 0.940 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609562 5 0.5682 -0.18105 0.440 0.000 0.000 0.016 0.444 0.100
#> SRR1609563 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609564 1 0.0146 0.58881 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609569 3 0.0363 0.93037 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0665 0.58337 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609573 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.4195 -0.17657 0.548 0.000 0.440 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609575 4 0.3756 0.49474 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.3499 0.40574 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1609577 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609579 3 0.2416 0.79205 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.0508 0.81488 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1609582 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609581 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.4189 -0.16695 0.552 0.000 0.436 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609586 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.2883 0.60173 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609588 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609589 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609590 3 0.2920 0.76175 0.168 0.000 0.820 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609592 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609591 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609593 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609594 4 0.3727 0.51076 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609596 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4660 0.39976 0.328 0.000 0.000 0.612 0.060 0.000
#> SRR1609599 4 0.3727 0.37309 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0964 0.57739 0.968 0.000 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609601 6 0.2092 0.75458 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609602 4 0.3945 0.37369 0.380 0.000 0.000 0.612 0.000 0.008
#> SRR1609603 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609604 4 0.3774 0.48039 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609606 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609607 3 0.4310 0.30997 0.472 0.000 0.512 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609608 5 0.3915 0.34188 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609609 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609610 1 0.0603 0.58443 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609611 4 0.3756 0.49474 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.2838 0.42253 0.808 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004
#> SRR1609614 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609615 5 0.4636 -0.00156 0.444 0.000 0.000 0.040 0.516 0.000
#> SRR1609616 1 0.2823 0.51743 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1609617 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609618 5 0.0291 0.82062 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1609619 5 0.3833 0.09387 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0405 0.58615 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609624 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609625 1 0.3816 0.44047 0.688 0.000 0.000 0.016 0.296 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.8054 0.40823 0.444 0.116 0.000 0.124 0.196 0.120
#> SRR1609628 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.3966 -0.10899 0.552 0.000 0.000 0.000 0.444 0.004
#> SRR1609630 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.6770 0.53583 0.488 0.000 0.000 0.272 0.120 0.120
#> SRR1609632 1 0.6821 0.45951 0.488 0.000 0.000 0.132 0.260 0.120
#> SRR1609633 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609634 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3747 0.33854 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.3756 0.49474 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.2260 0.59215 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.0260 0.82369 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609642 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609643 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609645 1 0.3995 -0.18931 0.516 0.000 0.000 0.000 0.480 0.004
#> SRR1609646 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609649 1 0.0508 0.58601 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609648 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 5 0.4083 0.11946 0.000 0.460 0.000 0.008 0.532 0.000
#> SRR1609650 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.93598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 5 0.2560 0.71378 0.092 0.000 0.000 0.036 0.872 0.000
#> SRR1609655 6 0.2357 0.88229 0.012 0.000 0.000 0.000 0.116 0.872
#> SRR1609657 1 0.5418 0.57257 0.492 0.000 0.000 0.388 0.000 0.120
#> SRR1609656 4 0.0458 0.43135 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.2266 0.88542 0.012 0.000 0.000 0.000 0.108 0.880
#> SRR1609661 5 0.0000 0.82470 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.3915 0.34188 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609664 6 0.2092 0.89671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609665 2 0.0000 0.96526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.3500 0.32377 0.120 0.052 0.000 0.816 0.000 0.012
#> SRR1609667 1 0.0291 0.58808 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609668 6 0.2092 0.75458 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609669 1 0.5547 0.57028 0.488 0.000 0.000 0.388 0.004 0.120
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.578 0.883 0.927 0.3154 0.700 0.700
#> 3 3 0.360 0.638 0.805 0.9166 0.580 0.431
#> 4 4 0.623 0.795 0.866 0.1166 0.744 0.450
#> 5 5 0.800 0.817 0.900 0.1722 0.836 0.522
#> 6 6 0.713 0.639 0.815 0.0285 0.969 0.854
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609361 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609362 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609363 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609364 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609365 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609366 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609368 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609369 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609372 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609373 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609374 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609376 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609378 2 0.7056 0.914 0.192 0.808
#> SRR1609379 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.6887 0.917 0.184 0.816
#> SRR1609383 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609381 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609388 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609390 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609394 1 0.3733 0.888 0.928 0.072
#> SRR1609392 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609391 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609395 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609397 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609401 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609402 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609405 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609406 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609408 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609403 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609411 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609407 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609413 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.6531 0.747 0.832 0.168
#> SRR1609417 1 0.6438 0.754 0.836 0.164
#> SRR1609418 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609419 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609420 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609421 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609422 2 0.5408 0.791 0.124 0.876
#> SRR1609423 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609424 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609425 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609427 2 0.5519 0.886 0.128 0.872
#> SRR1609428 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609429 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.9129 0.581 0.672 0.328
#> SRR1609431 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609432 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609433 2 0.7376 0.906 0.208 0.792
#> SRR1609434 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609435 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609437 1 0.9922 -0.110 0.552 0.448
#> SRR1609438 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609439 2 0.7219 0.851 0.200 0.800
#> SRR1609440 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609441 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609442 2 0.8207 0.842 0.256 0.744
#> SRR1609443 1 0.6438 0.754 0.836 0.164
#> SRR1609444 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609445 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609446 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609448 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609449 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609450 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609451 1 0.9044 0.596 0.680 0.320
#> SRR1609452 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609453 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609454 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609456 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609460 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609461 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.7602 0.740 0.780 0.220
#> SRR1609464 1 0.9129 0.581 0.672 0.328
#> SRR1609463 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609465 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609466 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609467 1 0.8016 0.712 0.756 0.244
#> SRR1609469 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609470 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609472 2 0.7056 0.914 0.192 0.808
#> SRR1609471 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609475 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609478 2 0.6887 0.917 0.184 0.816
#> SRR1609476 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.6343 0.760 0.840 0.160
#> SRR1609479 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609481 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.9460 0.681 0.364 0.636
#> SRR1609482 1 0.8016 0.712 0.756 0.244
#> SRR1609484 2 0.9460 0.672 0.364 0.636
#> SRR1609483 1 0.9286 0.550 0.656 0.344
#> SRR1609486 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609489 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609490 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609492 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609493 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609494 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609495 2 0.9522 0.665 0.372 0.628
#> SRR1609496 1 0.5629 0.827 0.868 0.132
#> SRR1609497 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609500 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609502 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609506 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609507 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609508 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609509 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609510 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.6801 0.777 0.820 0.180
#> SRR1609511 2 0.1414 0.822 0.020 0.980
#> SRR1609513 1 0.8443 0.674 0.728 0.272
#> SRR1609514 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609515 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609516 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609517 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609518 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.3431 0.890 0.936 0.064
#> SRR1609520 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609521 1 0.6531 0.790 0.832 0.168
#> SRR1609522 1 0.9000 0.603 0.684 0.316
#> SRR1609523 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609524 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609526 1 0.9286 0.550 0.656 0.344
#> SRR1609525 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.6887 0.917 0.184 0.816
#> SRR1609530 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609531 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609532 1 0.9286 0.550 0.656 0.344
#> SRR1609533 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609534 1 0.6801 0.777 0.820 0.180
#> SRR1609535 1 0.7376 0.762 0.792 0.208
#> SRR1609537 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609536 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609538 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609540 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609542 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609543 1 0.9358 0.533 0.648 0.352
#> SRR1609544 1 0.7453 0.672 0.788 0.212
#> SRR1609545 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.6801 0.781 0.820 0.180
#> SRR1609548 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609549 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609550 1 0.1184 0.931 0.984 0.016
#> SRR1609551 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609552 1 0.6801 0.777 0.820 0.180
#> SRR1609553 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.8144 0.702 0.748 0.252
#> SRR1609557 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609558 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.1843 0.926 0.972 0.028
#> SRR1609560 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609565 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609566 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609567 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609568 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.9129 0.581 0.672 0.328
#> SRR1609571 2 0.1414 0.822 0.020 0.980
#> SRR1609572 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609573 1 0.9286 0.550 0.656 0.344
#> SRR1609574 1 0.6438 0.754 0.836 0.164
#> SRR1609575 2 0.6887 0.917 0.184 0.816
#> SRR1609576 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609579 1 1.0000 0.101 0.504 0.496
#> SRR1609580 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.8955 0.610 0.688 0.312
#> SRR1609585 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609587 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609588 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.0672 0.933 0.992 0.008
#> SRR1609592 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609591 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609594 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609595 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609596 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609597 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609598 2 0.6148 0.906 0.152 0.848
#> SRR1609599 2 0.0376 0.821 0.004 0.996
#> SRR1609600 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609601 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609605 1 0.0672 0.935 0.992 0.008
#> SRR1609606 1 0.0938 0.933 0.988 0.012
#> SRR1609607 1 0.5178 0.843 0.884 0.116
#> SRR1609608 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609613 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR1609612 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609617 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609618 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609621 1 0.6801 0.749 0.820 0.180
#> SRR1609622 2 0.8207 0.815 0.256 0.744
#> SRR1609623 1 0.6048 0.777 0.852 0.148
#> SRR1609624 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.4161 0.861 0.084 0.916
#> SRR1609627 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609629 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609631 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609634 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609635 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.6801 0.917 0.180 0.820
#> SRR1609637 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609639 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609640 1 0.6801 0.777 0.820 0.180
#> SRR1609641 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.8016 0.712 0.756 0.244
#> SRR1609647 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> SRR1609649 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609648 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609651 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609650 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609652 1 0.6801 0.777 0.820 0.180
#> SRR1609653 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609654 2 0.8144 0.860 0.252 0.748
#> SRR1609655 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609657 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609658 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609659 1 0.1414 0.929 0.980 0.020
#> SRR1609660 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609661 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609662 1 0.0376 0.936 0.996 0.004
#> SRR1609663 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1609665 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.7219 0.911 0.200 0.800
#> SRR1609667 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.820 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.938 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609361 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609362 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609363 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609364 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609365 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609366 2 0.3879 0.6797 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609367 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609368 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609369 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609370 2 0.6308 0.0986 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609371 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609372 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609373 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609374 2 0.3267 0.6833 0.000 0.884 0.116
#> SRR1609375 3 0.6308 -0.1321 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609377 2 0.6308 0.1168 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609376 2 0.5016 0.6096 0.000 0.760 0.240
#> SRR1609378 1 0.5740 0.7950 0.804 0.100 0.096
#> SRR1609379 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609382 1 0.5817 0.7939 0.800 0.100 0.100
#> SRR1609383 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609381 2 0.6309 0.0833 0.000 0.504 0.496
#> SRR1609384 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609386 2 0.6305 0.1280 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609385 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609387 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609388 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609390 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609393 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609394 2 0.9326 0.3399 0.204 0.512 0.284
#> SRR1609392 2 0.5216 0.5875 0.000 0.740 0.260
#> SRR1609391 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609395 2 0.6309 0.0833 0.000 0.504 0.496
#> SRR1609396 2 0.6307 0.1127 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609398 2 0.6305 0.1280 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609399 2 0.6307 0.1127 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609400 3 0.6274 0.1033 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609397 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609401 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609402 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609405 2 0.6305 0.1280 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609404 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609406 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609408 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609403 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609410 2 0.6308 0.1065 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609411 3 0.3192 0.7098 0.000 0.112 0.888
#> SRR1609407 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609413 2 0.6308 0.0986 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609412 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609415 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609416 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609417 1 0.5595 0.8012 0.756 0.016 0.228
#> SRR1609418 3 0.5678 0.5198 0.000 0.316 0.684
#> SRR1609419 2 0.6168 0.3644 0.000 0.588 0.412
#> SRR1609420 3 0.5678 0.5198 0.000 0.316 0.684
#> SRR1609421 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 1 0.0237 0.7816 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609423 1 0.5740 0.7950 0.804 0.100 0.096
#> SRR1609424 1 0.5811 0.7924 0.800 0.108 0.092
#> SRR1609425 3 0.6204 -0.0695 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609426 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609427 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609428 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609429 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609430 1 0.6562 0.7888 0.744 0.072 0.184
#> SRR1609431 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609432 2 0.3482 0.6840 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609433 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609434 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609435 3 0.4931 0.6613 0.000 0.232 0.768
#> SRR1609436 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609437 1 0.5965 0.7928 0.792 0.100 0.108
#> SRR1609438 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609439 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609440 2 0.6307 0.1127 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609441 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609443 1 0.6719 0.8010 0.744 0.096 0.160
#> SRR1609444 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609445 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609448 2 0.5016 0.6151 0.000 0.760 0.240
#> SRR1609449 3 0.4399 0.7125 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609450 3 0.6111 0.0303 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609451 1 0.5597 0.7595 0.764 0.020 0.216
#> SRR1609452 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 3 0.0237 0.8106 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609454 3 0.2959 0.7185 0.000 0.100 0.900
#> SRR1609455 3 0.4575 0.6004 0.004 0.184 0.812
#> SRR1609456 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609459 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609461 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 1 0.8297 0.5844 0.560 0.092 0.348
#> SRR1609464 1 0.7323 0.7775 0.700 0.104 0.196
#> SRR1609463 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609465 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609466 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609467 1 0.5873 0.6497 0.684 0.004 0.312
#> SRR1609469 1 0.5407 0.8143 0.804 0.040 0.156
#> SRR1609470 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 1 0.4555 0.8110 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609471 3 0.4399 0.6576 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609474 3 0.5621 0.3221 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609473 1 0.5817 0.7939 0.800 0.100 0.100
#> SRR1609475 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609478 1 0.4504 0.8115 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609476 3 0.4755 0.7138 0.008 0.184 0.808
#> SRR1609477 1 0.6189 0.6595 0.632 0.004 0.364
#> SRR1609479 2 0.5785 0.5396 0.004 0.696 0.300
#> SRR1609481 1 0.0237 0.7805 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609480 1 0.5012 0.8104 0.788 0.008 0.204
#> SRR1609482 1 0.8288 0.6162 0.572 0.096 0.332
#> SRR1609484 1 0.4605 0.8101 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609483 1 0.6111 0.8175 0.784 0.104 0.112
#> SRR1609486 3 0.0424 0.8063 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609485 3 0.0424 0.8063 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609487 2 0.6307 0.1233 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609488 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609489 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609490 3 0.6204 -0.0695 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609491 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609493 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609494 3 0.5926 0.2340 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609495 1 0.5318 0.7934 0.780 0.204 0.016
#> SRR1609496 3 0.8445 -0.2521 0.424 0.088 0.488
#> SRR1609497 3 0.2537 0.7774 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609498 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609499 2 0.5988 0.5030 0.000 0.632 0.368
#> SRR1609500 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609501 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 3 0.2537 0.7431 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609503 1 0.0424 0.7804 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609504 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609505 3 0.8194 0.1011 0.340 0.088 0.572
#> SRR1609506 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609507 3 0.5804 0.6768 0.112 0.088 0.800
#> SRR1609508 3 0.3038 0.7159 0.000 0.104 0.896
#> SRR1609509 2 0.5178 0.5921 0.000 0.744 0.256
#> SRR1609510 1 0.0000 0.7804 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609512 1 0.8465 0.3413 0.460 0.088 0.452
#> SRR1609511 1 0.3112 0.8118 0.900 0.004 0.096
#> SRR1609513 1 0.5817 0.7417 0.744 0.020 0.236
#> SRR1609514 1 0.4504 0.8115 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609515 3 0.5244 0.4981 0.004 0.240 0.756
#> SRR1609516 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 3 0.5678 0.5198 0.000 0.316 0.684
#> SRR1609519 3 0.4206 0.7526 0.040 0.088 0.872
#> SRR1609520 1 0.5740 0.7950 0.804 0.100 0.096
#> SRR1609521 3 0.6622 0.6016 0.164 0.088 0.748
#> SRR1609522 1 0.4840 0.7911 0.816 0.016 0.168
#> SRR1609523 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609524 2 0.3267 0.6812 0.000 0.884 0.116
#> SRR1609526 1 0.4277 0.8072 0.852 0.016 0.132
#> SRR1609525 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 2 0.6307 0.1188 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609529 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609528 1 0.4555 0.8110 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609530 3 0.3129 0.7703 0.008 0.088 0.904
#> SRR1609531 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609532 1 0.5815 0.8191 0.800 0.096 0.104
#> SRR1609533 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.3183 0.7731 0.076 0.016 0.908
#> SRR1609535 3 0.5178 0.6545 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609537 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609536 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 3 0.6307 -0.2344 0.000 0.488 0.512
#> SRR1609539 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609540 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609541 1 0.0000 0.7804 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609543 1 0.6111 0.8175 0.784 0.104 0.112
#> SRR1609544 1 0.5318 0.7934 0.780 0.204 0.016
#> SRR1609545 3 0.2945 0.7714 0.004 0.088 0.908
#> SRR1609546 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0424 0.8094 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609548 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609550 2 0.5254 0.5860 0.000 0.736 0.264
#> SRR1609551 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609552 3 0.2878 0.7638 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609553 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609554 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609556 1 0.5928 0.6742 0.696 0.008 0.296
#> SRR1609557 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.0237 0.8090 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609560 3 0.6225 -0.0638 0.000 0.432 0.568
#> SRR1609561 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609562 3 0.6204 -0.0695 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609563 3 0.2959 0.7300 0.000 0.100 0.900
#> SRR1609564 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609565 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609566 2 0.5859 0.4812 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609567 2 0.5560 0.5413 0.000 0.700 0.300
#> SRR1609568 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609569 1 0.8440 0.4327 0.492 0.088 0.420
#> SRR1609570 1 0.4840 0.7911 0.816 0.016 0.168
#> SRR1609571 1 0.2682 0.8089 0.920 0.004 0.076
#> SRR1609572 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609573 1 0.3832 0.8122 0.880 0.020 0.100
#> SRR1609574 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609575 1 0.5811 0.7924 0.800 0.108 0.092
#> SRR1609576 2 0.3482 0.6830 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609578 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609579 1 0.6111 0.8175 0.784 0.104 0.112
#> SRR1609580 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609581 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 1 0.5597 0.7595 0.764 0.020 0.216
#> SRR1609585 3 0.2945 0.7715 0.004 0.088 0.908
#> SRR1609586 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609587 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609590 3 0.8113 0.2068 0.312 0.092 0.596
#> SRR1609592 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609593 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609594 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609595 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609596 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609597 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609598 1 0.4700 0.8178 0.812 0.008 0.180
#> SRR1609599 1 0.0000 0.7804 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.3129 0.7703 0.008 0.088 0.904
#> SRR1609601 1 0.0424 0.7804 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.7804 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609604 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609605 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.0237 0.8105 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609608 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609611 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609613 2 0.3192 0.6846 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609612 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 3 0.3129 0.7703 0.008 0.088 0.904
#> SRR1609615 3 0.5650 0.5278 0.000 0.312 0.688
#> SRR1609616 3 0.0424 0.8096 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609617 3 0.4121 0.7264 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 3 0.2878 0.7235 0.000 0.096 0.904
#> SRR1609620 1 0.5804 0.7906 0.800 0.112 0.088
#> SRR1609621 1 0.8666 0.5710 0.584 0.152 0.264
#> SRR1609622 1 0.6181 0.8167 0.780 0.104 0.116
#> SRR1609623 1 0.7815 0.7185 0.644 0.096 0.260
#> SRR1609624 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609625 3 0.4452 0.7107 0.000 0.192 0.808
#> SRR1609626 1 0.6111 0.8170 0.784 0.104 0.112
#> SRR1609627 3 0.6215 -0.0716 0.000 0.428 0.572
#> SRR1609628 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609629 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609630 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609631 2 0.6308 0.1065 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609632 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609633 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609634 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609635 1 0.0237 0.7804 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609636 1 0.5731 0.7927 0.804 0.108 0.088
#> SRR1609637 3 0.5384 0.7008 0.024 0.188 0.788
#> SRR1609638 3 0.5560 0.3481 0.000 0.300 0.700
#> SRR1609639 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609640 1 0.8465 0.3365 0.460 0.088 0.452
#> SRR1609641 2 0.6307 0.1127 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609642 2 0.6307 0.1127 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609643 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609645 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 1 0.5873 0.6497 0.684 0.004 0.312
#> SRR1609647 3 0.4842 0.6873 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609649 3 0.2945 0.7714 0.004 0.088 0.908
#> SRR1609648 2 0.5560 0.5413 0.000 0.700 0.300
#> SRR1609651 3 0.6225 -0.0914 0.000 0.432 0.568
#> SRR1609650 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.6252 0.3793 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609653 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609654 1 0.5062 0.7936 0.800 0.184 0.016
#> SRR1609655 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609657 3 0.5706 0.5163 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609656 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609658 2 0.5678 0.5213 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609659 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609660 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609661 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.3116 0.6845 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609663 3 0.0000 0.8113 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 3 0.4555 0.7057 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609665 2 0.3482 0.6830 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609666 1 0.5122 0.7926 0.788 0.200 0.012
#> SRR1609667 3 0.2711 0.7722 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609668 1 0.0000 0.7804 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609669 2 0.6305 0.1248 0.000 0.516 0.484
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609361 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609362 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609363 2 0.1302 0.88662 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.1211 0.88954 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609366 2 0.4948 0.30368 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3266 0.81299 0.024 0.108 0.000 0.868
#> SRR1609372 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1302 0.88662 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2345 0.85582 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2002 0.88213 0.936 0.020 0.044 0.000
#> SRR1609376 2 0.4464 0.65608 0.024 0.768 0.208 0.000
#> SRR1609378 4 0.3991 0.79861 0.120 0.048 0.000 0.832
#> SRR1609379 1 0.1388 0.89116 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1609382 4 0.3427 0.81245 0.020 0.104 0.008 0.868
#> SRR1609383 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609381 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0336 0.89966 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609388 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3219 0.81395 0.020 0.112 0.000 0.868
#> SRR1609394 4 0.8347 0.27393 0.036 0.176 0.364 0.424
#> SRR1609392 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.4035 0.77600 0.020 0.176 0.000 0.804
#> SRR1609395 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.1389 0.88363 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4153 0.77891 0.048 0.132 0.000 0.820
#> SRR1609406 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0921 0.89253 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609411 3 0.5632 0.76901 0.092 0.196 0.712 0.000
#> SRR1609407 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.3051 0.87639 0.088 0.028 0.884 0.000
#> SRR1609414 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609415 3 0.4164 0.73115 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609416 3 0.1635 0.84393 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1609417 3 0.1936 0.86618 0.032 0.028 0.940 0.000
#> SRR1609418 1 0.1610 0.88794 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR1609419 2 0.3554 0.73483 0.020 0.844 0.136 0.000
#> SRR1609420 1 0.5237 0.34015 0.628 0.016 0.356 0.000
#> SRR1609421 3 0.4036 0.86685 0.088 0.076 0.836 0.000
#> SRR1609422 3 0.5384 0.45172 0.004 0.008 0.568 0.420
#> SRR1609423 4 0.3492 0.81746 0.004 0.092 0.036 0.868
#> SRR1609424 4 0.3751 0.76994 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609425 1 0.3652 0.81187 0.856 0.092 0.052 0.000
#> SRR1609426 2 0.1389 0.88505 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1609427 4 0.5610 0.66524 0.032 0.008 0.292 0.668
#> SRR1609428 2 0.1211 0.89016 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1609429 3 0.5279 0.75158 0.232 0.052 0.716 0.000
#> SRR1609430 3 0.0524 0.84846 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1609431 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609432 2 0.2647 0.81219 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.5622 0.39919 0.036 0.008 0.676 0.280
#> SRR1609434 4 0.3219 0.81395 0.020 0.112 0.000 0.868
#> SRR1609435 1 0.3123 0.78096 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1609436 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609437 3 0.5451 0.77637 0.016 0.124 0.764 0.096
#> SRR1609438 4 0.3105 0.81234 0.012 0.120 0.000 0.868
#> SRR1609439 3 0.5345 0.00345 0.004 0.008 0.584 0.404
#> SRR1609440 1 0.0188 0.90063 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609441 3 0.4285 0.86212 0.104 0.076 0.820 0.000
#> SRR1609442 4 0.8270 0.40515 0.044 0.168 0.296 0.492
#> SRR1609443 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609444 3 0.4800 0.79960 0.196 0.044 0.760 0.000
#> SRR1609445 3 0.3810 0.87116 0.092 0.060 0.848 0.000
#> SRR1609446 3 0.4364 0.85625 0.092 0.092 0.816 0.000
#> SRR1609447 3 0.4916 0.37899 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1609448 2 0.2796 0.79643 0.016 0.892 0.092 0.000
#> SRR1609449 1 0.3172 0.77918 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609450 2 0.5875 0.53126 0.104 0.692 0.204 0.000
#> SRR1609451 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609452 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609453 3 0.2408 0.87202 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1609454 3 0.5010 0.82695 0.108 0.120 0.772 0.000
#> SRR1609455 3 0.5159 0.80543 0.156 0.088 0.756 0.000
#> SRR1609456 3 0.4036 0.86553 0.088 0.076 0.836 0.000
#> SRR1609457 3 0.2861 0.87511 0.096 0.016 0.888 0.000
#> SRR1609458 3 0.3873 0.76786 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609459 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609460 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609461 3 0.2949 0.87663 0.088 0.024 0.888 0.000
#> SRR1609462 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609464 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609463 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609465 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609466 4 0.4413 0.78817 0.140 0.008 0.040 0.812
#> SRR1609467 3 0.1256 0.84545 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1609469 4 0.3439 0.81479 0.000 0.084 0.048 0.868
#> SRR1609470 3 0.3894 0.86868 0.088 0.068 0.844 0.000
#> SRR1609472 4 0.4532 0.76510 0.000 0.052 0.156 0.792
#> SRR1609471 3 0.6187 0.23442 0.432 0.052 0.516 0.000
#> SRR1609474 3 0.7508 0.39293 0.272 0.232 0.496 0.000
#> SRR1609473 4 0.3462 0.81452 0.004 0.116 0.020 0.860
#> SRR1609475 4 0.2944 0.80935 0.004 0.128 0.000 0.868
#> SRR1609478 4 0.3793 0.79480 0.000 0.044 0.112 0.844
#> SRR1609476 3 0.3123 0.85482 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609477 3 0.3831 0.85980 0.036 0.036 0.868 0.060
#> SRR1609479 2 0.4423 0.70871 0.036 0.788 0.176 0.000
#> SRR1609481 4 0.0336 0.79283 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609480 3 0.5462 0.66921 0.008 0.052 0.724 0.216
#> SRR1609482 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609484 3 0.6846 0.42096 0.004 0.116 0.580 0.300
#> SRR1609483 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609486 3 0.3182 0.87578 0.096 0.028 0.876 0.000
#> SRR1609485 3 0.3182 0.87578 0.096 0.028 0.876 0.000
#> SRR1609487 1 0.1888 0.88376 0.940 0.016 0.044 0.000
#> SRR1609488 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609489 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.6189 0.50775 0.640 0.092 0.268 0.000
#> SRR1609491 3 0.3745 0.87042 0.088 0.060 0.852 0.000
#> SRR1609492 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609494 2 0.4284 0.62134 0.012 0.764 0.224 0.000
#> SRR1609495 3 0.7418 0.25859 0.156 0.008 0.528 0.308
#> SRR1609496 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609497 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609498 3 0.4072 0.74561 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609499 2 0.4724 0.67122 0.096 0.792 0.112 0.000
#> SRR1609500 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609501 3 0.4036 0.86685 0.088 0.076 0.836 0.000
#> SRR1609502 3 0.4727 0.83812 0.100 0.108 0.792 0.000
#> SRR1609503 4 0.0336 0.79283 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609504 1 0.4989 -0.02398 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1609505 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609506 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609508 3 0.6850 0.42573 0.108 0.376 0.516 0.000
#> SRR1609509 2 0.0592 0.87433 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.5392 0.01876 0.004 0.008 0.424 0.564
#> SRR1609512 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609511 4 0.4539 0.64676 0.000 0.008 0.272 0.720
#> SRR1609513 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609514 4 0.4274 0.77202 0.000 0.044 0.148 0.808
#> SRR1609515 2 0.6701 0.36622 0.120 0.584 0.296 0.000
#> SRR1609516 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609517 3 0.4988 0.85686 0.088 0.080 0.804 0.028
#> SRR1609518 1 0.1854 0.88269 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR1609519 3 0.0592 0.85366 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609520 4 0.3389 0.81706 0.004 0.104 0.024 0.868
#> SRR1609521 3 0.0524 0.84846 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1609522 3 0.1151 0.84623 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1609523 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609524 2 0.0921 0.88859 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.1256 0.84545 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1609525 3 0.3333 0.87621 0.088 0.040 0.872 0.000
#> SRR1609527 1 0.1890 0.87850 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1609529 3 0.3182 0.87578 0.096 0.028 0.876 0.000
#> SRR1609528 4 0.4485 0.76842 0.000 0.052 0.152 0.796
#> SRR1609530 3 0.2216 0.87253 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609531 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609533 3 0.4036 0.86685 0.088 0.076 0.836 0.000
#> SRR1609534 3 0.2861 0.87594 0.092 0.004 0.892 0.012
#> SRR1609535 3 0.5499 0.77319 0.072 0.000 0.712 0.216
#> SRR1609537 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.3149 0.87628 0.088 0.032 0.880 0.000
#> SRR1609538 2 0.2647 0.81219 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609540 3 0.2999 0.86462 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.79302 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.1377 0.83919 0.008 0.008 0.964 0.020
#> SRR1609544 3 0.3523 0.79288 0.136 0.008 0.848 0.008
#> SRR1609545 3 0.1792 0.87090 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1609546 3 0.3215 0.87618 0.092 0.032 0.876 0.000
#> SRR1609547 3 0.3607 0.87632 0.088 0.032 0.868 0.012
#> SRR1609548 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609549 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0469 0.87414 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609552 3 0.3700 0.87523 0.088 0.012 0.864 0.036
#> SRR1609553 3 0.3080 0.87569 0.096 0.024 0.880 0.000
#> SRR1609554 3 0.3149 0.87628 0.088 0.032 0.880 0.000
#> SRR1609555 3 0.2741 0.87456 0.096 0.012 0.892 0.000
#> SRR1609556 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609557 3 0.3667 0.87397 0.088 0.056 0.856 0.000
#> SRR1609558 3 0.3149 0.87628 0.088 0.032 0.880 0.000
#> SRR1609559 3 0.5141 0.85178 0.088 0.044 0.800 0.068
#> SRR1609560 1 0.3392 0.83435 0.872 0.072 0.056 0.000
#> SRR1609561 3 0.2949 0.87663 0.088 0.024 0.888 0.000
#> SRR1609562 1 0.3243 0.82526 0.876 0.088 0.036 0.000
#> SRR1609563 3 0.5066 0.82705 0.120 0.112 0.768 0.000
#> SRR1609564 1 0.3688 0.71654 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1609565 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0592 0.87774 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.4500 0.68607 0.032 0.776 0.192 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609570 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609571 4 0.3636 0.76482 0.000 0.008 0.172 0.820
#> SRR1609572 4 0.5281 0.40418 0.000 0.008 0.464 0.528
#> SRR1609573 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609574 3 0.0672 0.84703 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1609575 4 0.3933 0.76873 0.008 0.200 0.000 0.792
#> SRR1609576 2 0.1792 0.87068 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.3885 0.86952 0.092 0.064 0.844 0.000
#> SRR1609577 1 0.0921 0.88886 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609579 3 0.1007 0.84519 0.008 0.008 0.976 0.008
#> SRR1609580 3 0.3051 0.87639 0.088 0.028 0.884 0.000
#> SRR1609582 3 0.3123 0.84410 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609581 3 0.4071 0.86547 0.104 0.064 0.832 0.000
#> SRR1609583 3 0.3372 0.87639 0.096 0.036 0.868 0.000
#> SRR1609584 3 0.0672 0.84768 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1609585 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609586 2 0.0469 0.87711 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609588 3 0.4010 0.86559 0.100 0.064 0.836 0.000
#> SRR1609589 3 0.4292 0.85770 0.100 0.080 0.820 0.000
#> SRR1609590 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609592 3 0.3587 0.87474 0.088 0.052 0.860 0.000
#> SRR1609591 3 0.3486 0.87252 0.092 0.044 0.864 0.000
#> SRR1609593 3 0.6139 0.79128 0.088 0.024 0.712 0.176
#> SRR1609594 4 0.3219 0.81395 0.020 0.112 0.000 0.868
#> SRR1609595 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609596 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3082 0.80669 0.000 0.032 0.084 0.884
#> SRR1609599 4 0.0469 0.79914 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609600 3 0.2149 0.87271 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1609601 4 0.0336 0.79283 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609602 4 0.0000 0.79302 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4163 0.75965 0.020 0.188 0.000 0.792
#> SRR1609605 3 0.4362 0.85722 0.096 0.088 0.816 0.000
#> SRR1609606 3 0.4219 0.86645 0.088 0.076 0.832 0.004
#> SRR1609607 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609608 3 0.3333 0.87594 0.088 0.040 0.872 0.000
#> SRR1609609 3 0.3820 0.86951 0.088 0.064 0.848 0.000
#> SRR1609610 3 0.2741 0.87456 0.096 0.012 0.892 0.000
#> SRR1609611 4 0.3852 0.76877 0.008 0.192 0.000 0.800
#> SRR1609613 2 0.1302 0.88763 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.2611 0.87392 0.096 0.008 0.896 0.000
#> SRR1609614 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609615 1 0.5306 0.39309 0.632 0.020 0.348 0.000
#> SRR1609616 3 0.5808 0.32510 0.424 0.032 0.544 0.000
#> SRR1609617 3 0.6159 0.79951 0.088 0.032 0.720 0.160
#> SRR1609618 3 0.3215 0.87643 0.092 0.032 0.876 0.000
#> SRR1609619 3 0.3840 0.86387 0.104 0.052 0.844 0.000
#> SRR1609620 4 0.4244 0.76638 0.032 0.168 0.000 0.800
#> SRR1609621 3 0.7399 0.46777 0.044 0.288 0.580 0.088
#> SRR1609622 3 0.5247 0.24354 0.008 0.008 0.644 0.340
#> SRR1609623 3 0.1302 0.84726 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3498 0.77459 0.832 0.008 0.160 0.000
#> SRR1609626 4 0.4647 0.69407 0.000 0.008 0.288 0.704
#> SRR1609627 1 0.2919 0.85169 0.896 0.060 0.044 0.000
#> SRR1609628 2 0.0707 0.88332 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609630 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1938 0.88053 0.936 0.012 0.052 0.000
#> SRR1609632 1 0.1888 0.88376 0.940 0.016 0.044 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.1022 0.89064 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.1356 0.80423 0.000 0.008 0.032 0.960
#> SRR1609636 4 0.3342 0.81141 0.032 0.100 0.000 0.868
#> SRR1609637 1 0.1940 0.85678 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609638 1 0.6446 0.34715 0.584 0.088 0.328 0.000
#> SRR1609639 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0336 0.84921 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.3486 0.87562 0.092 0.044 0.864 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.3051 0.87639 0.088 0.028 0.884 0.000
#> SRR1609646 3 0.0804 0.84747 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1609647 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609649 3 0.2281 0.87210 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609648 2 0.0592 0.88035 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.5408 0.07925 0.488 0.500 0.012 0.000
#> SRR1609650 3 0.3421 0.87560 0.088 0.044 0.868 0.000
#> SRR1609652 3 0.0927 0.84729 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1609653 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.8099 0.28759 0.132 0.040 0.376 0.452
#> SRR1609655 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609657 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609658 2 0.5321 0.52805 0.032 0.672 0.296 0.000
#> SRR1609659 2 0.1118 0.89105 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609661 3 0.3182 0.87578 0.096 0.028 0.876 0.000
#> SRR1609662 2 0.1474 0.88194 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.3051 0.87639 0.088 0.028 0.884 0.000
#> SRR1609664 3 0.5609 0.78363 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR1609665 2 0.4331 0.61563 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.3610 0.75614 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609667 3 0.4916 0.37899 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1609668 4 0.0336 0.79283 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609669 1 0.0000 0.90137 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3231 0.79656 0.196 0.000 0.004 0.800 0.000
#> SRR1609361 4 0.3109 0.79407 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609362 4 0.3109 0.79407 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0290 0.96227 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3109 0.79407 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609366 2 0.2732 0.80590 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.2989 0.84577 0.008 0.132 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0794 0.94908 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2237 0.88483 0.916 0.040 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609376 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3627 0.84419 0.092 0.064 0.008 0.836 0.000
#> SRR1609379 1 0.1365 0.90006 0.952 0.004 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609382 4 0.3305 0.84925 0.004 0.112 0.008 0.852 0.024
#> SRR1609383 4 0.3318 0.79893 0.192 0.000 0.008 0.800 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0451 0.90552 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609388 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0162 0.90606 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609393 4 0.2989 0.84577 0.008 0.132 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609394 2 0.0510 0.95309 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609392 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3074 0.80551 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3419 0.81118 0.016 0.180 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0955 0.90278 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1609411 5 0.3317 0.74181 0.004 0.188 0.004 0.000 0.804
#> SRR1609407 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 5 0.4294 -0.00478 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609415 1 0.5805 0.53939 0.612 0.000 0.172 0.000 0.216
#> SRR1609416 3 0.1818 0.83083 0.000 0.000 0.932 0.044 0.024
#> SRR1609417 3 0.2516 0.78048 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1609418 1 0.1365 0.90006 0.952 0.004 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609419 2 0.0404 0.95953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609420 1 0.1710 0.89683 0.940 0.016 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609421 5 0.0404 0.88611 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609422 4 0.2020 0.76525 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609423 4 0.3624 0.85090 0.004 0.076 0.028 0.852 0.040
#> SRR1609424 4 0.4009 0.82875 0.004 0.152 0.008 0.800 0.036
#> SRR1609425 1 0.3593 0.82857 0.824 0.060 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609426 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.4182 0.29304 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609428 2 0.0290 0.96146 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609429 5 0.4885 0.19394 0.400 0.028 0.000 0.000 0.572
#> SRR1609430 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609432 2 0.0898 0.95067 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609433 3 0.4276 0.34374 0.000 0.000 0.616 0.380 0.004
#> SRR1609434 4 0.2989 0.84577 0.008 0.132 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609435 1 0.3283 0.81114 0.832 0.000 0.140 0.000 0.028
#> SRR1609436 3 0.4268 0.28313 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609437 4 0.5901 0.21117 0.012 0.068 0.000 0.476 0.444
#> SRR1609438 4 0.2911 0.84397 0.004 0.136 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609439 3 0.4979 -0.18577 0.000 0.000 0.492 0.480 0.028
#> SRR1609440 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 4 0.3231 0.80296 0.004 0.196 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609443 3 0.0794 0.84801 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609444 1 0.5205 0.46511 0.592 0.044 0.004 0.000 0.360
#> SRR1609445 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.0794 0.87341 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609447 1 0.6206 0.36122 0.532 0.000 0.296 0.000 0.172
#> SRR1609448 2 0.0290 0.96146 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609449 1 0.1770 0.89637 0.936 0.008 0.008 0.000 0.048
#> SRR1609450 2 0.1608 0.90388 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1609451 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0609 0.88400 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609453 5 0.3366 0.62679 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609454 5 0.1410 0.85181 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609455 1 0.3584 0.83561 0.832 0.056 0.004 0.000 0.108
#> SRR1609456 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 1 0.5758 0.53774 0.600 0.000 0.132 0.000 0.268
#> SRR1609459 5 0.0771 0.88327 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1609460 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609461 5 0.0510 0.88584 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609462 3 0.0162 0.85880 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609464 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609463 5 0.3764 0.80282 0.000 0.000 0.044 0.156 0.800
#> SRR1609465 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609466 4 0.3055 0.82142 0.144 0.000 0.016 0.840 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3269 0.82741 0.000 0.016 0.020 0.852 0.112
#> SRR1609470 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.3419 0.78468 0.000 0.000 0.016 0.804 0.180
#> SRR1609471 1 0.3427 0.84400 0.844 0.056 0.004 0.000 0.096
#> SRR1609474 2 0.5344 0.61431 0.168 0.672 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609473 4 0.3675 0.82373 0.000 0.032 0.016 0.828 0.124
#> SRR1609475 4 0.3279 0.84903 0.004 0.116 0.012 0.852 0.016
#> SRR1609478 4 0.3155 0.82041 0.000 0.008 0.020 0.852 0.120
#> SRR1609476 1 0.4897 0.10423 0.516 0.000 0.460 0.000 0.024
#> SRR1609477 5 0.0510 0.88527 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609479 2 0.0162 0.96309 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.82908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 4 0.4339 0.61498 0.000 0.000 0.020 0.684 0.296
#> SRR1609482 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609484 4 0.4403 0.48022 0.000 0.008 0.000 0.608 0.384
#> SRR1609483 3 0.0162 0.85880 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609486 3 0.3966 0.55365 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609485 3 0.3966 0.55365 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609487 1 0.2075 0.88930 0.924 0.032 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609488 3 0.4210 0.33837 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1609489 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.3868 0.80807 0.800 0.060 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609491 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0404 0.96064 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0290 0.96127 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609495 4 0.6944 0.17873 0.168 0.000 0.364 0.444 0.024
#> SRR1609496 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609497 3 0.3366 0.70333 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1609498 3 0.4024 0.70917 0.028 0.000 0.752 0.000 0.220
#> SRR1609499 2 0.1608 0.90343 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1609500 3 0.3534 0.67923 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609501 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 5 0.1410 0.85186 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609503 4 0.0000 0.82908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.3612 0.77626 0.800 0.000 0.172 0.000 0.028
#> SRR1609505 3 0.2813 0.76550 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609506 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609508 2 0.4264 0.38746 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376
#> SRR1609509 2 0.0404 0.95953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609510 4 0.0162 0.82857 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609512 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609511 4 0.1502 0.83082 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1609513 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3372 0.82689 0.000 0.008 0.052 0.852 0.088
#> SRR1609515 2 0.0898 0.95067 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609516 5 0.0703 0.88307 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609517 5 0.0960 0.88392 0.000 0.008 0.016 0.004 0.972
#> SRR1609518 1 0.1365 0.90006 0.952 0.004 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609519 3 0.0404 0.85849 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609520 4 0.3624 0.85108 0.004 0.076 0.028 0.852 0.040
#> SRR1609521 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609524 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.1443 0.89905 0.948 0.004 0.004 0.000 0.044
#> SRR1609529 5 0.2280 0.80300 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609528 4 0.3556 0.79211 0.000 0.004 0.020 0.808 0.168
#> SRR1609530 3 0.3305 0.70529 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1609531 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609533 5 0.0510 0.88527 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609534 3 0.3969 0.60393 0.000 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1609535 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609537 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0510 0.88527 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609538 2 0.0992 0.94829 0.008 0.968 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609539 5 0.3821 0.80205 0.000 0.000 0.052 0.148 0.800
#> SRR1609540 1 0.3921 0.81264 0.800 0.000 0.072 0.000 0.128
#> SRR1609541 4 0.1270 0.83030 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0162 0.85660 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609544 3 0.5716 0.46952 0.144 0.000 0.616 0.240 0.000
#> SRR1609545 3 0.0162 0.85880 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609546 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 5 0.2230 0.85742 0.000 0.000 0.044 0.044 0.912
#> SRR1609548 5 0.0162 0.88638 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609549 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0404 0.95953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609551 5 0.3821 0.80205 0.000 0.000 0.052 0.148 0.800
#> SRR1609552 5 0.5731 0.03102 0.000 0.000 0.436 0.084 0.480
#> SRR1609553 5 0.4192 0.17615 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1609554 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 5 0.3274 0.66553 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609556 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0404 0.88611 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609558 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.2339 0.86033 0.000 0.008 0.028 0.052 0.912
#> SRR1609560 1 0.2949 0.86402 0.876 0.052 0.004 0.000 0.068
#> SRR1609561 3 0.4307 0.10281 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609562 1 0.2927 0.85932 0.872 0.060 0.000 0.000 0.068
#> SRR1609563 5 0.1732 0.83895 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1609564 1 0.3574 0.78112 0.804 0.000 0.168 0.000 0.028
#> SRR1609565 2 0.0290 0.96190 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0290 0.96146 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609567 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0162 0.85880 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609570 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.3039 0.75487 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609572 4 0.3885 0.66301 0.000 0.000 0.268 0.724 0.008
#> SRR1609573 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0794 0.84801 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609575 4 0.3439 0.80800 0.004 0.188 0.000 0.800 0.008
#> SRR1609576 2 0.1117 0.94600 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609578 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0162 0.90567 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.3876 0.56208 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1609581 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.3109 0.73445 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609586 2 0.0162 0.96277 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609587 5 0.0703 0.88307 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609588 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 5 0.0880 0.87114 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1609590 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609592 5 0.0510 0.88527 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609591 5 0.1041 0.87030 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964
#> SRR1609593 5 0.3779 0.80431 0.000 0.000 0.052 0.144 0.804
#> SRR1609594 4 0.2989 0.84577 0.008 0.132 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609595 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609596 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3009 0.83306 0.000 0.008 0.052 0.876 0.064
#> SRR1609599 4 0.1270 0.83030 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609600 3 0.1671 0.83128 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1609601 4 0.1043 0.83083 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609602 4 0.1270 0.83030 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3109 0.80202 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609605 5 0.0404 0.88611 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609606 5 0.0671 0.88485 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1609607 5 0.1408 0.87086 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1609608 5 0.0609 0.88400 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609609 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 5 0.4030 0.34211 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1609611 4 0.3109 0.80202 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609613 2 0.0510 0.95805 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.0703 0.88442 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609614 3 0.2690 0.77654 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1609615 1 0.2459 0.88059 0.904 0.040 0.004 0.000 0.052
#> SRR1609616 1 0.4799 0.67114 0.692 0.040 0.008 0.000 0.260
#> SRR1609617 5 0.3881 0.80966 0.000 0.008 0.052 0.128 0.812
#> SRR1609618 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 5 0.6919 -0.12027 0.412 0.056 0.096 0.000 0.436
#> SRR1609620 4 0.3109 0.80202 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609621 2 0.3196 0.71024 0.004 0.804 0.000 0.192 0.000
#> SRR1609622 3 0.0579 0.85699 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1609623 3 0.0609 0.85286 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609624 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3804 0.81933 0.812 0.052 0.004 0.000 0.132
#> SRR1609626 4 0.3318 0.74519 0.000 0.000 0.192 0.800 0.008
#> SRR1609627 1 0.2153 0.88315 0.916 0.044 0.000 0.000 0.040
#> SRR1609628 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.3895 0.43894 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1609630 2 0.0162 0.96309 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1492 0.89934 0.948 0.008 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609632 1 0.1492 0.89934 0.948 0.008 0.004 0.000 0.040
#> SRR1609633 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.1270 0.83030 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609636 4 0.2989 0.84577 0.008 0.132 0.008 0.852 0.000
#> SRR1609637 1 0.1478 0.88001 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.3390 0.83974 0.840 0.060 0.000 0.000 0.100
#> SRR1609639 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0290 0.85889 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609641 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.0609 0.88400 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609646 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609649 3 0.2230 0.80624 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609648 2 0.0162 0.96277 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609651 2 0.3958 0.73632 0.184 0.776 0.000 0.000 0.040
#> SRR1609650 5 0.0510 0.88527 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609652 3 0.0000 0.85788 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4371 0.81861 0.120 0.036 0.004 0.800 0.040
#> SRR1609655 5 0.3821 0.80205 0.000 0.000 0.052 0.148 0.800
#> SRR1609657 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3109 0.79407 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3821 0.80205 0.000 0.000 0.052 0.148 0.800
#> SRR1609661 5 0.0000 0.88623 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0510 0.95805 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0404 0.88619 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609664 5 0.3109 0.80110 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609665 2 0.1300 0.94017 0.028 0.956 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609666 4 0.3109 0.79407 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609667 1 0.3565 0.77608 0.800 0.000 0.176 0.000 0.024
#> SRR1609668 4 0.0000 0.82908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.90637 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609364 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609365 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.5783 0.03816 0.212 0.496 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609367 1 0.2048 0.44939 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609368 2 0.0000 0.93705 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3101 0.30031 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1609370 1 0.2135 0.45080 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609371 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609372 1 0.0547 0.46280 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609373 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609374 2 0.1700 0.88448 0.004 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609375 1 0.5184 -0.18749 0.572 0.112 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1609377 1 0.4126 -0.33625 0.512 0.004 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1609376 2 0.0405 0.93503 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609378 4 0.3468 0.81174 0.068 0.128 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.3789 0.15311 0.668 0.004 0.000 0.000 0.004 0.324
#> SRR1609382 4 0.2790 0.82531 0.000 0.132 0.000 0.844 0.024 0.000
#> SRR1609383 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.2048 0.44939 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609384 1 0.3076 0.30445 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1609386 1 0.3390 0.21487 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1609385 1 0.3547 0.34815 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1609387 1 0.3189 0.43617 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1609388 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609390 1 0.0858 0.45876 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1609393 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609394 2 0.1078 0.92080 0.000 0.964 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR1609392 2 0.0000 0.93705 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.2793 0.78987 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.2219 0.45064 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1609396 1 0.2178 0.45098 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1609398 1 0.3390 0.21487 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1609399 1 0.2048 0.44939 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609400 1 0.2260 0.45017 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609397 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609401 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609402 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609405 1 0.3482 0.17440 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1609404 4 0.2838 0.79821 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1609406 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609408 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609403 1 0.0000 0.46344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.3738 0.17860 0.680 0.004 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1609411 5 0.4865 0.58636 0.000 0.248 0.000 0.004 0.652 0.096
#> SRR1609407 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609413 1 0.2048 0.44939 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609412 5 0.0603 0.80499 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609414 3 0.4344 0.39444 0.000 0.000 0.612 0.000 0.356 0.032
#> SRR1609415 3 0.5567 0.58601 0.172 0.000 0.656 0.000 0.068 0.104
#> SRR1609416 3 0.1610 0.80303 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.4667 0.68720 0.000 0.000 0.720 0.096 0.164 0.020
#> SRR1609418 1 0.4076 -0.15100 0.564 0.004 0.000 0.000 0.004 0.428
#> SRR1609419 2 0.0603 0.93229 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609420 1 0.4411 -0.20064 0.544 0.004 0.012 0.000 0.004 0.436
#> SRR1609421 5 0.1908 0.80370 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1609422 4 0.4382 0.37264 0.000 0.000 0.000 0.676 0.264 0.060
#> SRR1609423 4 0.2843 0.82734 0.000 0.116 0.000 0.848 0.036 0.000
#> SRR1609424 4 0.3441 0.81831 0.000 0.136 0.000 0.812 0.044 0.008
#> SRR1609425 6 0.4861 0.38175 0.456 0.016 0.000 0.000 0.028 0.500
#> SRR1609426 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609427 3 0.3706 0.38112 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0458 0.93357 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609429 5 0.6685 -0.04119 0.120 0.004 0.092 0.000 0.504 0.280
#> SRR1609430 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609431 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609432 2 0.1444 0.90029 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1609433 3 0.3499 0.51148 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609435 1 0.2793 0.24279 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.5003 0.50365 0.000 0.000 0.608 0.000 0.288 0.104
#> SRR1609437 4 0.5088 0.71429 0.000 0.100 0.000 0.684 0.184 0.032
#> SRR1609438 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609439 3 0.4033 0.24879 0.000 0.000 0.588 0.404 0.004 0.004
#> SRR1609440 1 0.2482 0.44711 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR1609441 5 0.0405 0.80511 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1609442 4 0.3073 0.78352 0.000 0.204 0.000 0.788 0.000 0.008
#> SRR1609443 3 0.0622 0.82066 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1609444 5 0.7343 -0.35443 0.208 0.004 0.112 0.000 0.400 0.276
#> SRR1609445 5 0.0000 0.80669 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.0603 0.80329 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609447 3 0.4538 0.66511 0.144 0.000 0.736 0.000 0.020 0.100
#> SRR1609448 2 0.0603 0.93229 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609449 1 0.4740 -0.24072 0.528 0.004 0.024 0.000 0.008 0.436
#> SRR1609450 2 0.3066 0.77673 0.000 0.832 0.000 0.000 0.124 0.044
#> SRR1609451 3 0.1957 0.82221 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609452 5 0.2346 0.79721 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1609453 5 0.4620 0.12602 0.000 0.000 0.428 0.000 0.532 0.040
#> SRR1609454 5 0.1261 0.79647 0.000 0.024 0.000 0.000 0.952 0.024
#> SRR1609455 1 0.5155 -0.31203 0.508 0.008 0.024 0.000 0.024 0.436
#> SRR1609456 5 0.0692 0.80282 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1609457 5 0.1444 0.79424 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1609458 3 0.6302 0.52266 0.108 0.000 0.572 0.000 0.212 0.108
#> SRR1609459 5 0.2600 0.79673 0.000 0.000 0.008 0.008 0.860 0.124
#> SRR1609460 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609461 5 0.0622 0.80628 0.000 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609462 3 0.1957 0.82221 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609464 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609463 5 0.4003 0.73035 0.000 0.000 0.124 0.072 0.784 0.020
#> SRR1609465 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609466 4 0.2915 0.77620 0.184 0.000 0.008 0.808 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609469 4 0.2709 0.79517 0.000 0.020 0.000 0.848 0.132 0.000
#> SRR1609470 5 0.0363 0.80565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609472 4 0.2697 0.75999 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1609471 1 0.4740 -0.24072 0.528 0.004 0.024 0.000 0.008 0.436
#> SRR1609474 2 0.6654 -0.03686 0.072 0.444 0.000 0.000 0.140 0.344
#> SRR1609473 4 0.3227 0.81854 0.000 0.084 0.000 0.828 0.088 0.000
#> SRR1609475 4 0.2790 0.82535 0.000 0.132 0.000 0.844 0.024 0.000
#> SRR1609478 4 0.2983 0.79085 0.000 0.000 0.032 0.832 0.136 0.000
#> SRR1609476 3 0.4050 0.58025 0.236 0.000 0.716 0.000 0.000 0.048
#> SRR1609477 5 0.2520 0.80106 0.000 0.000 0.012 0.008 0.872 0.108
#> SRR1609479 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609481 4 0.0363 0.79407 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609480 4 0.4313 0.60816 0.000 0.000 0.048 0.668 0.284 0.000
#> SRR1609482 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609484 4 0.3515 0.58493 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1609483 3 0.1957 0.82221 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609486 3 0.3774 0.46584 0.000 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1609485 3 0.3774 0.46584 0.000 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1609487 1 0.4124 -0.32262 0.516 0.004 0.000 0.000 0.004 0.476
#> SRR1609488 3 0.4793 0.55723 0.000 0.000 0.648 0.000 0.252 0.100
#> SRR1609489 2 0.0000 0.93705 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 6 0.6044 0.51927 0.332 0.120 0.000 0.000 0.036 0.512
#> SRR1609491 5 0.0547 0.80380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609492 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609493 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609494 2 0.0603 0.93229 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609495 4 0.6547 0.34287 0.160 0.000 0.284 0.500 0.004 0.052
#> SRR1609496 3 0.0547 0.82467 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609497 3 0.3150 0.77029 0.000 0.000 0.832 0.000 0.064 0.104
#> SRR1609498 3 0.3351 0.77048 0.016 0.000 0.832 0.000 0.048 0.104
#> SRR1609499 2 0.2513 0.77049 0.000 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR1609500 3 0.3206 0.76607 0.000 0.000 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR1609501 5 0.0363 0.80528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609502 5 0.3214 0.70219 0.068 0.008 0.000 0.000 0.840 0.084
#> SRR1609503 4 0.0363 0.79407 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609504 1 0.5071 -0.00288 0.488 0.000 0.444 0.000 0.004 0.064
#> SRR1609505 3 0.2121 0.79779 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR1609506 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609507 3 0.0363 0.82051 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609508 2 0.4064 0.37895 0.000 0.624 0.000 0.000 0.360 0.016
#> SRR1609509 2 0.0458 0.93357 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609510 4 0.2538 0.70383 0.000 0.000 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR1609512 3 0.1141 0.82578 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1609511 4 0.3373 0.65844 0.000 0.000 0.248 0.744 0.000 0.008
#> SRR1609513 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609514 4 0.2784 0.78657 0.000 0.000 0.124 0.848 0.028 0.000
#> SRR1609515 2 0.1003 0.92091 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1609516 5 0.2600 0.79673 0.000 0.000 0.008 0.008 0.860 0.124
#> SRR1609517 5 0.2402 0.79718 0.000 0.000 0.000 0.012 0.868 0.120
#> SRR1609518 1 0.4088 -0.17368 0.556 0.004 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR1609519 3 0.2146 0.82127 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1609520 4 0.2784 0.82670 0.000 0.124 0.000 0.848 0.028 0.000
#> SRR1609521 3 0.1141 0.81459 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1609522 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609523 5 0.4745 0.71432 0.000 0.000 0.000 0.188 0.676 0.136
#> SRR1609524 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609526 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609525 5 0.0865 0.80926 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1609527 1 0.4298 -0.15132 0.564 0.004 0.008 0.000 0.004 0.420
#> SRR1609529 5 0.3052 0.61806 0.000 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1609528 4 0.2697 0.75999 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1609530 3 0.2482 0.73466 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1609531 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609532 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609533 5 0.1471 0.80819 0.000 0.000 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR1609534 5 0.4263 0.11839 0.000 0.000 0.480 0.000 0.504 0.016
#> SRR1609535 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609537 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609536 5 0.1471 0.80897 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR1609538 2 0.1610 0.89284 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1609539 5 0.5434 0.70258 0.000 0.000 0.132 0.068 0.676 0.124
#> SRR1609540 3 0.6714 -0.32093 0.384 0.004 0.388 0.000 0.044 0.180
#> SRR1609541 4 0.2234 0.78335 0.000 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR1609542 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609543 3 0.2146 0.78066 0.000 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR1609544 3 0.4949 0.52074 0.144 0.000 0.648 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.1814 0.79882 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1609546 5 0.0146 0.80724 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609547 5 0.4640 0.73142 0.000 0.000 0.124 0.020 0.728 0.128
#> SRR1609548 5 0.2191 0.79892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> SRR1609549 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609550 2 0.0458 0.93357 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609551 5 0.5448 0.70664 0.000 0.000 0.124 0.072 0.676 0.128
#> SRR1609552 5 0.5764 0.42418 0.000 0.000 0.336 0.048 0.544 0.072
#> SRR1609553 5 0.5274 0.02598 0.000 0.000 0.408 0.000 0.492 0.100
#> SRR1609554 5 0.0000 0.80669 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 5 0.5232 0.18892 0.000 0.000 0.360 0.000 0.536 0.104
#> SRR1609556 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609557 5 0.1858 0.80435 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904 0.092
#> SRR1609558 5 0.0000 0.80669 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 5 0.4402 0.76560 0.000 0.000 0.068 0.048 0.764 0.120
#> SRR1609560 1 0.4204 -0.22919 0.540 0.004 0.000 0.000 0.008 0.448
#> SRR1609561 5 0.4499 0.26932 0.000 0.000 0.428 0.000 0.540 0.032
#> SRR1609562 6 0.4227 0.27298 0.488 0.004 0.000 0.000 0.008 0.500
#> SRR1609563 5 0.5255 0.27934 0.000 0.140 0.000 0.000 0.588 0.272
#> SRR1609564 1 0.4514 0.06194 0.588 0.000 0.372 0.000 0.000 0.040
#> SRR1609565 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609566 2 0.0458 0.93357 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609567 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609568 1 0.0000 0.46344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0363 0.82051 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609570 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609571 4 0.2902 0.72763 0.000 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR1609572 4 0.3862 0.14222 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609574 3 0.1007 0.82569 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609575 4 0.3288 0.80186 0.000 0.176 0.000 0.800 0.016 0.008
#> SRR1609576 2 0.1267 0.90450 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609578 5 0.0603 0.80348 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609577 1 0.3852 0.33795 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1609579 3 0.2053 0.82239 0.000 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1609580 5 0.0777 0.80965 0.000 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609582 3 0.4518 0.63823 0.000 0.000 0.696 0.000 0.200 0.104
#> SRR1609581 5 0.1155 0.79660 0.000 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036
#> SRR1609583 5 0.0291 0.80703 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609584 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609585 3 0.2350 0.79276 0.000 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR1609586 2 0.0458 0.93357 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609587 5 0.2488 0.79804 0.000 0.000 0.008 0.004 0.864 0.124
#> SRR1609588 5 0.1080 0.79831 0.000 0.004 0.004 0.000 0.960 0.032
#> SRR1609589 5 0.1082 0.79597 0.000 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040
#> SRR1609590 3 0.0547 0.82445 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609592 5 0.2146 0.79937 0.000 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR1609591 5 0.2126 0.77013 0.000 0.004 0.020 0.000 0.904 0.072
#> SRR1609593 5 0.5179 0.71658 0.000 0.000 0.124 0.052 0.696 0.128
#> SRR1609594 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609595 5 0.4745 0.71432 0.000 0.000 0.000 0.188 0.676 0.136
#> SRR1609596 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609597 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609598 4 0.2706 0.78658 0.000 0.000 0.124 0.852 0.024 0.000
#> SRR1609599 4 0.2234 0.78335 0.000 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR1609600 3 0.1010 0.81696 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1609601 4 0.2100 0.78971 0.000 0.000 0.112 0.884 0.000 0.004
#> SRR1609602 4 0.2234 0.78335 0.000 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR1609603 1 0.3240 0.29891 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1609604 4 0.2793 0.78987 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0146 0.80708 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609606 5 0.2346 0.79721 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1609607 5 0.4372 0.73643 0.000 0.000 0.124 0.008 0.740 0.128
#> SRR1609608 5 0.1588 0.80740 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1609609 5 0.0260 0.80613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609610 5 0.4576 0.19152 0.000 0.000 0.400 0.000 0.560 0.040
#> SRR1609611 4 0.2902 0.79276 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1609613 2 0.1387 0.89802 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1609612 5 0.3999 0.53186 0.000 0.000 0.272 0.000 0.696 0.032
#> SRR1609614 3 0.1196 0.81567 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1609615 1 0.4740 -0.24072 0.528 0.004 0.024 0.000 0.008 0.436
#> SRR1609616 1 0.6978 -0.25722 0.452 0.004 0.072 0.000 0.216 0.256
#> SRR1609617 5 0.5159 0.71816 0.000 0.000 0.124 0.056 0.700 0.120
#> SRR1609618 5 0.0603 0.80499 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609619 6 0.7426 0.27188 0.196 0.004 0.164 0.000 0.212 0.424
#> SRR1609620 4 0.2793 0.78987 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.2786 0.82178 0.000 0.864 0.000 0.100 0.024 0.012
#> SRR1609622 3 0.2278 0.76922 0.000 0.000 0.868 0.128 0.000 0.004
#> SRR1609623 3 0.0363 0.82051 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609624 1 0.0146 0.46390 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609625 1 0.4316 -0.18797 0.552 0.004 0.004 0.000 0.008 0.432
#> SRR1609626 4 0.2793 0.72701 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.4126 -0.33625 0.512 0.004 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1609628 2 0.0000 0.93705 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.5313 0.01166 0.000 0.000 0.412 0.000 0.484 0.104
#> SRR1609630 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609631 1 0.4088 -0.17368 0.556 0.004 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR1609632 1 0.4088 -0.17368 0.556 0.004 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR1609633 1 0.2092 0.45030 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609634 2 0.0000 0.93705 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.2346 0.78251 0.000 0.000 0.124 0.868 0.000 0.008
#> SRR1609636 4 0.2709 0.82536 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020 0.000
#> SRR1609637 1 0.4305 0.09646 0.544 0.000 0.436 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609638 6 0.5677 0.51862 0.364 0.108 0.000 0.000 0.016 0.512
#> SRR1609639 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609640 3 0.0146 0.82262 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.0547 0.46280 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609642 1 0.1010 0.45527 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1609643 5 0.0603 0.80499 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609644 1 0.2454 0.38917 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609645 5 0.0363 0.80754 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609646 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609647 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609649 3 0.2070 0.79710 0.000 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR1609648 2 0.0260 0.93579 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609651 2 0.5606 0.05676 0.164 0.512 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1609650 5 0.2346 0.79721 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1609652 3 0.2003 0.82202 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609653 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609654 4 0.3197 0.75268 0.008 0.004 0.000 0.800 0.004 0.184
#> SRR1609655 5 0.5418 0.70636 0.000 0.000 0.124 0.064 0.676 0.136
#> SRR1609657 1 0.2048 0.44939 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609656 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0405 0.93503 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609659 2 0.0146 0.93731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609660 5 0.5444 0.71024 0.000 0.000 0.116 0.072 0.676 0.136
#> SRR1609661 5 0.1092 0.79989 0.000 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR1609662 2 0.0260 0.93546 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609663 5 0.0405 0.80842 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1609664 5 0.4709 0.71559 0.000 0.000 0.000 0.188 0.680 0.132
#> SRR1609665 2 0.3547 0.51826 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1609666 4 0.2793 0.76790 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609667 3 0.4525 0.55708 0.228 0.000 0.684 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609668 4 0.0363 0.79407 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609669 1 0.3215 0.31510 0.756 0.000 0.000 0.000 0.004 0.240
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.840 0.908 0.962 0.4951 0.504 0.504
#> 3 3 0.575 0.525 0.760 0.2646 0.814 0.654
#> 4 4 0.657 0.769 0.873 0.1368 0.807 0.550
#> 5 5 0.769 0.798 0.897 0.0719 0.904 0.684
#> 6 6 0.812 0.822 0.907 0.0563 0.875 0.541
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0672 0.9588 0.008 0.992
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.9087 0.4968 0.324 0.676
#> SRR1609381 1 0.9922 0.2434 0.552 0.448
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609387 2 0.8909 0.5326 0.308 0.692
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609390 2 0.9977 0.0428 0.472 0.528
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609396 1 0.9000 0.5715 0.684 0.316
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609400 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609410 2 0.2423 0.9301 0.040 0.960
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.2043 0.9376 0.032 0.968
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.9427 0.4512 0.360 0.640
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.0672 0.9587 0.008 0.992
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.6801 0.7695 0.180 0.820
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.9866 0.2920 0.568 0.432
#> SRR1609445 1 0.9998 0.0282 0.508 0.492
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.7299 0.7555 0.796 0.204
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.9963 0.1564 0.464 0.536
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609472 1 0.0938 0.9427 0.988 0.012
#> SRR1609471 2 0.1184 0.9520 0.016 0.984
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609491 2 0.0376 0.9620 0.004 0.996
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.7219 0.7415 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.6973 0.7747 0.812 0.188
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609518 2 0.8813 0.5500 0.300 0.700
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.7299 0.7361 0.204 0.796
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.0672 0.9452 0.992 0.008
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.1843 0.9296 0.972 0.028
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.1414 0.9370 0.980 0.020
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609558 1 0.4161 0.8800 0.916 0.084
#> SRR1609559 2 0.6887 0.7712 0.184 0.816
#> SRR1609560 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609578 2 0.0938 0.9554 0.012 0.988
#> SRR1609577 1 0.9866 0.2927 0.568 0.432
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609583 2 0.9248 0.5012 0.340 0.660
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.4431 0.8811 0.092 0.908
#> SRR1609591 2 0.8499 0.6052 0.276 0.724
#> SRR1609593 2 0.9635 0.3837 0.388 0.612
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.6048 0.8116 0.148 0.852
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.0376 0.9620 0.004 0.996
#> SRR1609616 1 0.1633 0.9334 0.976 0.024
#> SRR1609617 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.3733 0.8983 0.072 0.928
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.5059 0.8532 0.112 0.888
#> SRR1609625 1 0.7299 0.7555 0.796 0.204
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.9608 0.4224 0.616 0.384
#> SRR1609632 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609633 1 0.7219 0.7606 0.800 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.5408 0.8386 0.124 0.876
#> SRR1609642 2 0.9977 0.0426 0.472 0.528
#> SRR1609643 1 0.1414 0.9371 0.980 0.020
#> SRR1609644 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 1.0000 -0.0199 0.504 0.496
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.8386 0.6589 0.732 0.268
#> SRR1609656 1 0.7674 0.7277 0.776 0.224
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.6531 0.7857 0.168 0.832
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9510 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.5737 0.8262 0.136 0.864
#> SRR1609669 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.5591 0.00147 0.696 0.304 0.000
#> SRR1609361 1 0.5497 0.02568 0.708 0.292 0.000
#> SRR1609362 1 0.6307 -0.32076 0.512 0.488 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.6126 -0.18282 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609368 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.1860 0.80319 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609370 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609371 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609372 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609373 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.0892 0.82290 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609379 2 0.4235 0.69102 0.176 0.824 0.000
#> SRR1609382 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609383 1 0.3340 0.27389 0.880 0.120 0.000
#> SRR1609381 1 0.8440 0.32599 0.492 0.088 0.420
#> SRR1609384 2 0.0892 0.82290 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609386 2 0.0592 0.82693 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609385 2 0.4702 0.64986 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609387 3 0.9806 -0.22857 0.348 0.244 0.408
#> SRR1609388 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.8943 0.15693 0.480 0.392 0.128
#> SRR1609393 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.6305 0.33690 0.484 0.516 0.000
#> SRR1609395 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609396 1 0.7392 0.37107 0.500 0.032 0.468
#> SRR1609398 2 0.0424 0.82875 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609399 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609400 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609397 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0424 0.82875 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609404 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 2 0.4702 0.64986 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609410 2 0.5024 0.63580 0.220 0.776 0.004
#> SRR1609411 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 2 0.5988 0.51402 0.304 0.688 0.008
#> SRR1609412 3 0.0661 0.66066 0.004 0.008 0.988
#> SRR1609414 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609415 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609416 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609417 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 2 0.1964 0.80012 0.056 0.944 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 2 0.1031 0.82406 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609421 2 0.6045 0.38928 0.000 0.620 0.380
#> SRR1609422 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609423 2 0.6825 0.30981 0.492 0.496 0.012
#> SRR1609424 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609428 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609430 3 0.3619 0.58540 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609431 2 0.6274 0.19868 0.000 0.544 0.456
#> SRR1609432 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609434 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609435 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609436 3 0.3267 0.60331 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609437 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609438 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609439 3 0.0592 0.65776 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609440 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609441 2 0.1964 0.80094 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609442 2 0.4555 0.68277 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609443 3 0.4931 0.43200 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609444 2 0.5404 0.50433 0.004 0.740 0.256
#> SRR1609445 3 0.0892 0.65126 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609446 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609448 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 3 0.9243 -0.21214 0.340 0.168 0.492
#> SRR1609450 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.6302 -0.34055 0.480 0.000 0.520
#> SRR1609452 3 0.5845 0.31612 0.004 0.308 0.688
#> SRR1609453 3 0.0747 0.65572 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609454 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.0592 0.82706 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609456 2 0.2356 0.78950 0.000 0.928 0.072
#> SRR1609457 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 3 0.4654 0.47945 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609459 3 0.1031 0.64711 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609460 2 0.3619 0.73651 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609461 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 3 0.4605 0.48652 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609464 3 0.2261 0.63369 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609463 3 0.0237 0.66281 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609465 2 0.3619 0.73648 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609466 1 0.6305 0.39339 0.516 0.000 0.484
#> SRR1609467 3 0.4178 0.54220 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609469 1 0.8440 -0.23487 0.492 0.420 0.088
#> SRR1609470 2 0.5810 0.48350 0.000 0.664 0.336
#> SRR1609472 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609471 2 0.6379 0.24116 0.008 0.624 0.368
#> SRR1609474 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 1 0.7583 -0.29601 0.492 0.468 0.040
#> SRR1609475 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609478 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609476 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609477 3 0.4887 0.44243 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609479 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 1 0.9335 -0.09306 0.492 0.324 0.184
#> SRR1609480 3 0.6307 0.18066 0.488 0.000 0.512
#> SRR1609482 3 0.3340 0.59849 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609484 1 0.8836 -0.19456 0.492 0.388 0.120
#> SRR1609483 3 0.3340 0.59849 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609486 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609487 2 0.0892 0.82290 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609488 3 0.1163 0.65483 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609489 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609491 2 0.6260 0.22492 0.000 0.552 0.448
#> SRR1609492 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.6154 0.31979 0.000 0.592 0.408
#> SRR1609494 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0592 0.27158 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609496 3 0.3412 0.59595 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609497 3 0.2959 0.61486 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609498 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609499 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.6111 -0.07360 0.396 0.000 0.604
#> SRR1609501 2 0.4702 0.65428 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609502 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609504 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609505 3 0.4002 0.55735 0.160 0.000 0.840
#> SRR1609506 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.4931 0.43563 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609508 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 1 0.8995 -0.17175 0.492 0.372 0.136
#> SRR1609512 3 0.3551 0.58974 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609511 3 0.0424 0.66003 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609513 3 0.3941 0.56313 0.156 0.000 0.844
#> SRR1609514 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609515 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0237 0.66184 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609517 2 0.3551 0.74025 0.000 0.868 0.132
#> SRR1609518 2 0.9659 -0.17575 0.220 0.440 0.340
#> SRR1609519 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609520 2 0.6683 0.31604 0.492 0.500 0.008
#> SRR1609521 1 0.6309 0.37669 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609522 3 0.3619 0.58540 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609523 3 0.6309 -0.07870 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609524 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.3551 0.58866 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609525 2 0.6308 0.09787 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609527 3 0.8210 -0.34295 0.460 0.072 0.468
#> SRR1609529 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609528 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609530 3 0.0892 0.65778 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609531 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.3412 0.59546 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609533 2 0.4121 0.70386 0.000 0.832 0.168
#> SRR1609534 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609535 2 0.3619 0.73645 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609537 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 3 0.9442 -0.15642 0.288 0.216 0.496
#> SRR1609541 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609542 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.6309 -0.38442 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609544 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609545 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609546 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.2165 0.60643 0.000 0.064 0.936
#> SRR1609549 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609554 3 0.6215 0.13595 0.000 0.428 0.572
#> SRR1609555 3 0.0237 0.66281 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609556 3 0.5785 0.16474 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609557 3 0.6309 -0.07996 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609558 3 0.6095 0.23013 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609559 3 0.5902 0.30678 0.004 0.316 0.680
#> SRR1609560 2 0.0424 0.82875 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609565 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 2 0.4702 0.64986 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609569 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609570 3 0.3686 0.58168 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609571 3 0.3551 0.58866 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609572 3 0.6192 0.29366 0.420 0.000 0.580
#> SRR1609573 3 0.3752 0.57771 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609574 3 0.3551 0.58866 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609575 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.2878 0.77098 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609577 3 0.8322 -0.31790 0.428 0.080 0.492
#> SRR1609579 3 0.6126 -0.08297 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609580 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.4702 0.47203 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609581 2 0.1964 0.80072 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609583 3 0.1525 0.63810 0.004 0.032 0.964
#> SRR1609584 3 0.3879 0.56822 0.152 0.000 0.848
#> SRR1609585 3 0.3686 0.58168 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609586 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 2 0.1289 0.81571 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609589 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.2448 0.62900 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609592 3 0.5690 0.33759 0.004 0.288 0.708
#> SRR1609591 2 0.0424 0.82931 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609593 3 0.6307 -0.05648 0.000 0.488 0.512
#> SRR1609594 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609595 2 0.6286 0.17742 0.000 0.536 0.464
#> SRR1609596 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609599 1 0.6154 -0.13997 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609600 3 0.4235 0.53630 0.176 0.000 0.824
#> SRR1609601 3 0.6308 0.17775 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609602 1 0.6111 -0.12158 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609603 2 0.2261 0.79140 0.068 0.932 0.000
#> SRR1609604 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609605 2 0.1964 0.80093 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609606 2 0.5835 0.47909 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609607 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 2 0.3412 0.74738 0.000 0.876 0.124
#> SRR1609610 3 0.0237 0.66292 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609611 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0237 0.66281 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609614 3 0.4504 0.49867 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609615 2 0.1129 0.82148 0.020 0.976 0.004
#> SRR1609616 3 0.9442 -0.10614 0.216 0.288 0.496
#> SRR1609617 2 0.4062 0.70855 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609618 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 2 0.6513 -0.06518 0.004 0.520 0.476
#> SRR1609620 2 0.6302 0.34213 0.480 0.520 0.000
#> SRR1609621 2 0.0592 0.82706 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609622 3 0.0592 0.66218 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609623 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609624 2 0.6033 0.46874 0.336 0.660 0.004
#> SRR1609625 3 0.9626 -0.14912 0.268 0.260 0.472
#> SRR1609626 3 0.3619 0.59909 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609627 2 0.0424 0.82875 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.1163 0.65466 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609630 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 3 1.0000 -0.20303 0.332 0.332 0.336
#> SRR1609632 2 0.2625 0.77865 0.084 0.916 0.000
#> SRR1609633 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609634 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.6062 0.27608 0.384 0.000 0.616
#> SRR1609636 2 0.6308 0.32660 0.492 0.508 0.000
#> SRR1609637 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609638 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.3686 0.58165 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609641 2 0.6894 0.51808 0.256 0.692 0.052
#> SRR1609642 1 0.9842 0.21577 0.412 0.328 0.260
#> SRR1609643 3 0.0747 0.65606 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609644 2 0.4555 0.66433 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609645 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 3 0.3686 0.58165 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609647 2 0.2878 0.77113 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609649 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609648 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.6008 0.29050 0.004 0.332 0.664
#> SRR1609652 3 0.3551 0.58952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609653 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.6307 0.33438 0.488 0.512 0.000
#> SRR1609655 3 0.0237 0.66184 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609657 1 0.6683 0.38995 0.500 0.008 0.492
#> SRR1609656 1 0.0424 0.27152 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0424 0.66000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609661 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.66358 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 2 0.6154 0.31895 0.000 0.592 0.408
#> SRR1609665 2 0.0000 0.83209 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.6309 -0.33121 0.504 0.496 0.000
#> SRR1609667 1 0.6308 0.39774 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609668 3 0.6521 0.17333 0.492 0.004 0.504
#> SRR1609669 2 0.4062 0.70438 0.164 0.836 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.5030 0.8121 0.060 0.188 0.000 0.752
#> SRR1609361 4 0.4328 0.8482 0.008 0.244 0.000 0.748
#> SRR1609362 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4220 0.8493 0.004 0.248 0.000 0.748
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.2281 0.8151 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4103 0.8445 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.1661 0.8511 0.052 0.944 0.000 0.004
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609379 2 0.4907 0.1956 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609383 4 0.5257 0.7354 0.144 0.104 0.000 0.752
#> SRR1609381 1 0.0336 0.8196 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0188 0.8799 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.4643 0.5191 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.3486 0.7023 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.2814 0.7565 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.4356 0.7997 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4103 0.8445 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.4898 0.3552 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.4500 0.5578 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0469 0.8789 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3873 0.6671 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.1902 0.8516 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR1609414 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609415 1 0.0524 0.8195 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609416 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609418 2 0.4961 0.0730 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609420 2 0.4098 0.6484 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR1609421 3 0.6360 0.0593 0.000 0.420 0.516 0.064
#> SRR1609422 3 0.4406 0.6552 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1609423 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609424 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609425 2 0.0469 0.8794 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.2048 0.8492 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1609430 3 0.3498 0.8044 0.160 0.000 0.832 0.008
#> SRR1609431 2 0.7587 0.3211 0.000 0.480 0.276 0.244
#> SRR1609432 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.0921 0.8096 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609434 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.3142 0.8274 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1609437 4 0.4072 0.8483 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1609438 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609439 3 0.2542 0.8532 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3653 0.7609 0.000 0.844 0.128 0.028
#> SRR1609442 4 0.4977 0.4814 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609443 1 0.5406 -0.0166 0.508 0.000 0.480 0.012
#> SRR1609444 2 0.0927 0.8750 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1609445 3 0.0524 0.8810 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1609446 2 0.1398 0.8604 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1609447 1 0.0188 0.8215 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609448 2 0.1637 0.8546 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609449 1 0.3400 0.7087 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.1109 0.8718 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1609451 1 0.0376 0.8204 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609452 3 0.1022 0.8726 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609453 3 0.3032 0.8107 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR1609454 2 0.0524 0.8778 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609455 2 0.1389 0.8426 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609456 2 0.3400 0.8085 0.000 0.872 0.064 0.064
#> SRR1609457 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609458 1 0.5016 0.3071 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1609459 3 0.1302 0.8660 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609460 2 0.6442 0.5489 0.000 0.632 0.124 0.244
#> SRR1609461 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609462 1 0.5236 0.1775 0.560 0.000 0.432 0.008
#> SRR1609464 3 0.2675 0.8462 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR1609463 3 0.4008 0.7087 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1609465 2 0.6442 0.5489 0.000 0.632 0.124 0.244
#> SRR1609466 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.3725 0.7848 0.180 0.000 0.812 0.008
#> SRR1609469 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609470 2 0.6033 0.4929 0.000 0.620 0.316 0.064
#> SRR1609472 4 0.3975 0.6407 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609471 1 0.5463 0.1427 0.504 0.484 0.008 0.004
#> SRR1609474 2 0.0336 0.8800 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609473 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609475 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609478 4 0.3975 0.6407 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609476 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2197 0.6748 0.000 0.048 0.024 0.928
#> SRR1609480 4 0.4103 0.6263 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609482 3 0.3142 0.8274 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1609484 4 0.4262 0.8454 0.000 0.236 0.008 0.756
#> SRR1609483 3 0.3196 0.8246 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1609486 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609485 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609487 2 0.0336 0.8793 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0524 0.8818 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0524 0.8778 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609491 2 0.5901 0.2680 0.000 0.532 0.432 0.036
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.6860 0.4964 0.000 0.592 0.164 0.244
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.3636 0.6712 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR1609496 3 0.3142 0.8274 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1609497 3 0.3157 0.8202 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1609498 1 0.3311 0.7135 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1609499 2 0.1042 0.8735 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1609500 1 0.3539 0.7113 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1609501 2 0.5180 0.6687 0.000 0.740 0.196 0.064
#> SRR1609502 2 0.0524 0.8778 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609503 4 0.4103 0.8443 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609504 1 0.0524 0.8195 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609505 3 0.5085 0.4443 0.376 0.000 0.616 0.008
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.4977 0.2210 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.1716 0.8531 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609510 4 0.1356 0.6726 0.000 0.008 0.032 0.960
#> SRR1609512 3 0.3196 0.8246 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1609511 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609513 3 0.4857 0.5635 0.324 0.000 0.668 0.008
#> SRR1609514 4 0.3975 0.6407 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0817 0.8766 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609517 2 0.5050 0.6909 0.000 0.756 0.176 0.068
#> SRR1609518 1 0.3837 0.6684 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609520 4 0.4008 0.8502 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1609521 1 0.0707 0.8164 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609522 3 0.3196 0.8246 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1609523 3 0.5910 0.6143 0.000 0.084 0.672 0.244
#> SRR1609524 2 0.0707 0.8759 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609526 3 0.3196 0.8246 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1609525 3 0.0779 0.8765 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1609527 1 0.2704 0.7595 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609528 4 0.3975 0.6407 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609530 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.3196 0.8246 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR1609533 2 0.4893 0.7019 0.000 0.768 0.168 0.064
#> SRR1609534 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609535 2 0.6296 0.5628 0.000 0.644 0.112 0.244
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609538 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.3172 0.7830 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609540 1 0.3937 0.6984 0.800 0.188 0.012 0.000
#> SRR1609541 4 0.3975 0.6407 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.3172 0.7256 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609546 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609547 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609548 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0469 0.8789 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609551 3 0.4008 0.7087 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1609552 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609553 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609554 3 0.0895 0.8768 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1609555 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609556 1 0.4295 0.6209 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1609557 3 0.0779 0.8785 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1609558 3 0.0376 0.8816 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609559 3 0.3024 0.7984 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1609560 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609562 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.2048 0.8492 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0707 0.8759 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.4713 0.4878 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3311 0.7135 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1609570 3 0.3249 0.8216 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1609571 3 0.3300 0.8183 0.144 0.000 0.848 0.008
#> SRR1609572 4 0.4103 0.6252 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609573 3 0.3972 0.7586 0.204 0.000 0.788 0.008
#> SRR1609574 3 0.4539 0.6599 0.272 0.000 0.720 0.008
#> SRR1609575 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.3946 0.7381 0.000 0.812 0.168 0.020
#> SRR1609577 1 0.2216 0.7804 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.4406 0.5235 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1609580 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609582 1 0.4608 0.5244 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1609581 2 0.1389 0.8542 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1609583 3 0.0469 0.8810 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609584 3 0.4295 0.7101 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1609585 3 0.3893 0.7682 0.196 0.000 0.796 0.008
#> SRR1609586 2 0.1637 0.8546 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609587 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.1118 0.8622 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1609589 2 0.2048 0.8492 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1609590 3 0.2976 0.8352 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR1609592 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609591 2 0.2413 0.8425 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR1609593 3 0.4008 0.7087 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1609594 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609595 2 0.7244 0.4255 0.000 0.544 0.212 0.244
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3975 0.6443 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609599 4 0.3873 0.6495 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1609600 3 0.4972 0.2256 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1609601 4 0.1118 0.6876 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1609602 4 0.4920 0.6693 0.052 0.000 0.192 0.756
#> SRR1609603 2 0.4761 0.3285 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4072 0.8483 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1609605 2 0.4356 0.7497 0.000 0.812 0.124 0.064
#> SRR1609606 2 0.6474 0.3566 0.000 0.536 0.388 0.076
#> SRR1609607 3 0.0336 0.8821 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609608 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609609 2 0.4565 0.7328 0.000 0.796 0.140 0.064
#> SRR1609610 3 0.1004 0.8788 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1609611 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0921 0.8745 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609614 1 0.5028 0.2877 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1609615 2 0.3172 0.7232 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1609616 2 0.5438 0.1084 0.452 0.536 0.008 0.004
#> SRR1609617 2 0.6621 0.5284 0.000 0.616 0.140 0.244
#> SRR1609618 3 0.0188 0.8824 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609619 2 0.2665 0.8081 0.088 0.900 0.008 0.004
#> SRR1609620 4 0.4103 0.8445 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609621 2 0.0592 0.8713 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609622 3 0.2918 0.8376 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR1609623 1 0.0336 0.8205 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609624 1 0.2868 0.7445 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.5365 0.3288 0.576 0.412 0.008 0.004
#> SRR1609626 3 0.3948 0.8126 0.136 0.000 0.828 0.036
#> SRR1609627 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.1211 0.8664 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609629 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3649 0.6884 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609632 2 0.3486 0.7090 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2973 0.8340 0.020 0.000 0.884 0.096
#> SRR1609636 4 0.4040 0.8512 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0524 0.8778 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.4049 0.7490 0.212 0.000 0.780 0.008
#> SRR1609641 1 0.4134 0.6304 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.2216 0.7834 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.0524 0.8804 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1609644 2 0.4948 0.1278 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609646 3 0.3351 0.8151 0.148 0.000 0.844 0.008
#> SRR1609647 2 0.6080 0.5856 0.000 0.664 0.100 0.236
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.0707 0.8782 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609652 3 0.2918 0.8377 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4624 0.7297 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609655 3 0.3837 0.7272 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.4040 0.6099 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.3942 0.7165 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1609661 3 0.0188 0.8823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.8826 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.6745 0.5126 0.000 0.604 0.152 0.244
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8819 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.4072 0.8483 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8221 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.0469 0.6832 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609669 2 0.4955 0.1134 0.444 0.556 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3019 0.84709 0.048 0.088 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609361 4 0.3053 0.83456 0.008 0.164 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609362 4 0.2732 0.83889 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.2813 0.83268 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.1270 0.88323 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3074 0.80509 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.1082 0.90054 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.2732 0.83889 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609379 2 0.4235 0.21719 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2179 0.85635 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1609383 4 0.3281 0.82396 0.092 0.060 0.000 0.848 0.000
#> SRR1609381 1 0.0404 0.84803 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0162 0.91752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.3895 0.57491 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.2966 0.74883 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.2329 0.79974 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2561 0.84842 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609394 2 0.0162 0.91752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4287 -0.04914 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.2929 0.82262 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.3274 0.71215 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.3274 0.71384 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0290 0.91616 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609407 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3039 0.73960 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.5084 0.69825 0.000 0.004 0.712 0.140 0.144
#> SRR1609414 3 0.5437 0.70471 0.024 0.000 0.704 0.160 0.112
#> SRR1609415 1 0.2017 0.81439 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1609416 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0162 0.88845 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609418 2 0.3752 0.55573 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0290 0.91542 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609420 2 0.4528 0.13252 0.444 0.548 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609421 5 0.5385 0.72542 0.000 0.016 0.120 0.164 0.700
#> SRR1609422 5 0.0451 0.84185 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1609423 4 0.1608 0.85031 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1609424 4 0.1792 0.85346 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1609425 2 0.0404 0.91304 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.3085 0.79598 0.000 0.852 0.000 0.116 0.032
#> SRR1609430 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609432 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.4161 0.39222 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609434 4 0.2329 0.85518 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609435 1 0.0162 0.84851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609436 3 0.3006 0.76287 0.156 0.000 0.836 0.004 0.004
#> SRR1609437 4 0.2771 0.85295 0.000 0.128 0.000 0.860 0.012
#> SRR1609438 4 0.2377 0.85439 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1609439 3 0.1544 0.87283 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4067 0.59038 0.000 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR1609442 2 0.0880 0.89588 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609443 3 0.4021 0.79642 0.052 0.000 0.780 0.168 0.000
#> SRR1609444 2 0.4305 0.74109 0.088 0.780 0.000 0.128 0.004
#> SRR1609445 3 0.3359 0.81356 0.000 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR1609446 2 0.1544 0.86702 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1609447 1 0.0290 0.84793 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609448 2 0.0162 0.91807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609449 1 0.1043 0.84196 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0404 0.91315 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609451 1 0.3086 0.75374 0.816 0.000 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609452 5 0.3983 0.77536 0.000 0.000 0.052 0.164 0.784
#> SRR1609453 5 0.5688 0.73214 0.080 0.000 0.056 0.168 0.696
#> SRR1609454 2 0.1732 0.85498 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1609455 2 0.0404 0.91196 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609456 2 0.3980 0.73677 0.000 0.796 0.000 0.128 0.076
#> SRR1609457 3 0.2890 0.82648 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR1609458 1 0.6108 -0.00494 0.452 0.000 0.444 0.096 0.008
#> SRR1609459 5 0.4057 0.78116 0.000 0.000 0.088 0.120 0.792
#> SRR1609460 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609461 3 0.2233 0.85756 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1609462 3 0.1892 0.83821 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004
#> SRR1609464 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.0290 0.84462 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609465 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609466 1 0.1792 0.82345 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0162 0.88745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609469 4 0.1270 0.83970 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1609470 3 0.8014 0.11036 0.000 0.292 0.408 0.124 0.176
#> SRR1609472 4 0.1197 0.80467 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609471 2 0.5968 -0.08787 0.444 0.448 0.000 0.108 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.1341 0.84254 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609475 4 0.1671 0.85166 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1609478 4 0.1608 0.80027 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.2806 0.83200 0.000 0.000 0.844 0.152 0.004
#> SRR1609479 2 0.0162 0.91752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609481 5 0.1121 0.81358 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1609480 4 0.0162 0.78375 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0290 0.79666 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609483 3 0.0290 0.88801 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0404 0.91342 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.5687 0.66339 0.028 0.000 0.684 0.124 0.164
#> SRR1609489 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0794 0.90170 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609491 3 0.6043 0.60208 0.000 0.140 0.676 0.068 0.116
#> SRR1609492 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.0162 0.84392 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609494 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.4118 0.41533 0.660 0.004 0.000 0.336 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.2074 0.85930 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1609498 1 0.2890 0.76540 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1609499 2 0.0880 0.89864 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609500 1 0.3323 0.77145 0.844 0.000 0.036 0.116 0.004
#> SRR1609501 5 0.7435 0.48882 0.000 0.256 0.084 0.160 0.500
#> SRR1609502 2 0.0963 0.89558 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609503 4 0.4227 0.44159 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609504 1 0.1764 0.82358 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1609505 3 0.4009 0.48859 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1609506 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.5009 0.57290 0.288 0.000 0.652 0.060 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0693 0.91048 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1609510 5 0.0510 0.83704 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609512 3 0.0162 0.88745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609511 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0162 0.88745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609514 4 0.1197 0.80467 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609515 2 0.0162 0.91752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609516 5 0.4262 0.77164 0.000 0.000 0.100 0.124 0.776
#> SRR1609517 5 0.5714 0.58318 0.000 0.212 0.000 0.164 0.624
#> SRR1609518 1 0.2424 0.79471 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.1410 0.84489 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609521 1 0.0162 0.84851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609522 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.0324 0.84504 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1609524 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.2833 0.83846 0.000 0.004 0.852 0.140 0.004
#> SRR1609527 1 0.1121 0.84044 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.1410 0.80365 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.4772 0.73513 0.000 0.092 0.008 0.156 0.744
#> SRR1609534 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609537 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.2439 0.84962 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1609538 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 5 0.0880 0.83776 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609540 1 0.7394 0.42762 0.504 0.152 0.260 0.084 0.000
#> SRR1609541 4 0.1270 0.80204 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0955 0.84119 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609544 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.2674 0.78057 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004
#> SRR1609546 3 0.2763 0.83468 0.000 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1609547 3 0.2388 0.86520 0.000 0.000 0.900 0.072 0.028
#> SRR1609548 3 0.2674 0.83936 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004
#> SRR1609549 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.0290 0.84462 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609552 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.2170 0.86368 0.000 0.004 0.904 0.088 0.004
#> SRR1609555 3 0.2921 0.84021 0.000 0.000 0.856 0.124 0.020
#> SRR1609556 3 0.3579 0.63870 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> SRR1609557 3 0.2825 0.84222 0.000 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR1609558 3 0.2286 0.85568 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1609559 5 0.3449 0.78520 0.000 0.000 0.024 0.164 0.812
#> SRR1609560 2 0.0703 0.90510 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.2616 0.82222 0.000 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR1609564 1 0.0290 0.84793 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609565 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0162 0.91807 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609567 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.3730 0.62869 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3607 0.69291 0.752 0.000 0.244 0.000 0.004
#> SRR1609570 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.0880 0.79808 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0162 0.88726 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.2280 0.85584 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.3605 0.80054 0.000 0.844 0.016 0.080 0.060
#> SRR1609577 1 0.1608 0.82993 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.3177 0.71142 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.5284 0.62791 0.688 0.000 0.204 0.100 0.008
#> SRR1609581 2 0.0162 0.91783 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609583 5 0.5931 0.52986 0.000 0.000 0.248 0.164 0.588
#> SRR1609584 3 0.0162 0.88745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609585 3 0.0290 0.88625 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0703 0.90706 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609587 3 0.2127 0.85814 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1609588 2 0.0162 0.91783 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609589 2 0.3647 0.75820 0.000 0.816 0.000 0.132 0.052
#> SRR1609590 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.6330 0.23525 0.000 0.000 0.364 0.164 0.472
#> SRR1609591 2 0.3059 0.80516 0.000 0.860 0.004 0.108 0.028
#> SRR1609593 5 0.0290 0.84462 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609594 4 0.2377 0.85439 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1609595 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609596 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0703 0.79888 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609599 4 0.1798 0.80284 0.004 0.000 0.064 0.928 0.004
#> SRR1609600 1 0.5635 0.50995 0.620 0.000 0.252 0.128 0.000
#> SRR1609601 4 0.4192 0.40940 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609602 4 0.1082 0.80375 0.008 0.000 0.028 0.964 0.000
#> SRR1609603 2 0.3932 0.47899 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3003 0.81506 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609605 2 0.6244 0.12894 0.000 0.504 0.000 0.160 0.336
#> SRR1609606 5 0.3888 0.77998 0.000 0.064 0.008 0.112 0.816
#> SRR1609607 3 0.0609 0.88591 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609608 3 0.3400 0.82362 0.000 0.000 0.828 0.136 0.036
#> SRR1609609 2 0.4469 0.72639 0.000 0.784 0.076 0.120 0.020
#> SRR1609610 3 0.1608 0.87217 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609611 4 0.2561 0.84842 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.6296 0.25254 0.000 0.000 0.360 0.160 0.480
#> SRR1609614 1 0.4587 0.68885 0.744 0.000 0.096 0.160 0.000
#> SRR1609615 2 0.3109 0.71361 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 2 0.5756 0.12246 0.408 0.512 0.000 0.076 0.004
#> SRR1609617 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609618 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.2011 0.84615 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> SRR1609620 4 0.4278 0.35801 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609621 2 0.0162 0.91752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.2020 0.81606 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.5554 0.48918 0.592 0.316 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609626 3 0.2648 0.79120 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.2536 0.84553 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR1609630 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2732 0.76518 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 2 0.3816 0.53198 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0794 0.87668 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1609636 4 0.2773 0.83592 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.1197 0.88502 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.1704 0.84743 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.3109 0.73157 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.2068 0.82049 0.904 0.092 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609643 3 0.6264 0.22019 0.000 0.000 0.496 0.160 0.344
#> SRR1609644 2 0.4256 0.17556 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.5864 0.41012 0.000 0.000 0.572 0.128 0.300
#> SRR1609646 3 0.0162 0.88745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609647 5 0.0290 0.84425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609649 1 0.0290 0.84763 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.4675 0.74721 0.000 0.000 0.100 0.164 0.736
#> SRR1609652 3 0.0000 0.88865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.0771 0.90496 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609655 5 0.0290 0.84462 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609657 1 0.0000 0.84902 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3238 0.78749 0.136 0.028 0.000 0.836 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.0290 0.84462 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609661 3 0.3759 0.80634 0.000 0.000 0.808 0.136 0.056
#> SRR1609662 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.1732 0.86895 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1609664 5 0.0162 0.84392 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609665 2 0.0000 0.91957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.2852 0.82908 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609667 1 0.0162 0.84851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609668 4 0.4262 0.32540 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1609669 2 0.3774 0.54871 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.0146 0.9187 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.2664 0.7757 0.016 0.136 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.0458 0.9121 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609364 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609365 4 0.2454 0.7550 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0146 0.9174 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609369 2 0.2340 0.7986 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3659 0.4292 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609374 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609375 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609377 2 0.4882 0.6128 0.188 0.660 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1609376 2 0.0713 0.9140 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609378 4 0.0363 0.9150 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.3464 0.5837 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.0146 0.9180 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.1007 0.8246 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0291 0.9171 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609386 2 0.0260 0.9171 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 2 0.3684 0.3735 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.2416 0.7650 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9178 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1610 0.8099 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0363 0.9150 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0146 0.9174 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609392 2 0.0146 0.9174 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609391 2 0.2118 0.8402 0.000 0.888 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0146 0.8317 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0260 0.9171 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609401 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609402 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609405 2 0.0405 0.9175 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609404 4 0.3584 0.5671 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004 0.000
#> SRR1609406 2 0.0547 0.9160 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609408 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609403 1 0.3050 0.6972 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.2562 0.7546 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.4769 0.3849 0.000 0.576 0.000 0.000 0.364 0.060
#> SRR1609407 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609413 1 0.2941 0.7131 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.1900 0.8379 0.000 0.008 0.008 0.000 0.916 0.068
#> SRR1609414 5 0.2812 0.8320 0.040 0.000 0.084 0.004 0.868 0.004
#> SRR1609415 1 0.2969 0.6914 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.3828 0.2788 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.2048 0.8561 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1609420 1 0.3782 0.3602 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.1501 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1609422 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0291 0.9171 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1609425 2 0.3050 0.7395 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1609426 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0547 0.9160 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609429 5 0.1327 0.8270 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.0260 0.9804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609432 2 0.1501 0.8980 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609433 4 0.3867 -0.0293 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.3884 0.6253 0.240 0.000 0.724 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609437 4 0.0260 0.9172 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.0146 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609439 3 0.0260 0.9467 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.2199 0.8134 0.000 0.020 0.000 0.088 0.892 0.000
#> SRR1609442 2 0.1462 0.8854 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR1609443 5 0.2939 0.7891 0.120 0.000 0.016 0.016 0.848 0.000
#> SRR1609444 5 0.2000 0.8298 0.032 0.048 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1609445 5 0.1858 0.8423 0.000 0.000 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR1609446 5 0.2941 0.7013 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609447 1 0.0291 0.8296 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609448 2 0.3065 0.8101 0.000 0.820 0.000 0.000 0.152 0.028
#> SRR1609449 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.3390 0.6269 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1609451 3 0.3175 0.6273 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.1765 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609453 5 0.3159 0.7878 0.084 0.000 0.000 0.004 0.840 0.072
#> SRR1609454 5 0.2581 0.7937 0.000 0.128 0.000 0.000 0.856 0.016
#> SRR1609455 2 0.1245 0.9061 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1609456 5 0.1471 0.8297 0.000 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1609457 5 0.2219 0.8232 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609458 5 0.4697 0.4076 0.324 0.000 0.064 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609459 5 0.2664 0.7761 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1609460 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609461 5 0.2092 0.8296 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609462 3 0.0790 0.9239 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609465 6 0.0260 0.9804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609466 1 0.1765 0.8039 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.2001 0.8474 0.000 0.008 0.068 0.000 0.912 0.012
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.4979 0.5103 0.604 0.080 0.000 0.004 0.312 0.000
#> SRR1609474 2 0.2697 0.7867 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.5149 0.6228 0.000 0.000 0.192 0.184 0.624 0.000
#> SRR1609479 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609481 6 0.0405 0.9749 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609480 4 0.1444 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0458 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.2384 0.8573 0.084 0.884 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609488 5 0.1972 0.8458 0.024 0.000 0.056 0.000 0.916 0.004
#> SRR1609489 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609490 5 0.3868 -0.0274 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1609491 5 0.3219 0.8270 0.000 0.040 0.112 0.000 0.836 0.012
#> SRR1609492 2 0.0458 0.9167 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609493 6 0.0260 0.9804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609494 2 0.1204 0.9050 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609495 1 0.2219 0.7424 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 5 0.4619 0.6649 0.088 0.000 0.244 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609498 1 0.1141 0.8129 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.3797 0.2486 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609500 1 0.3101 0.6667 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1609501 5 0.1334 0.8459 0.000 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR1609502 5 0.3076 0.6744 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1609503 2 0.3659 0.3981 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.2454 0.7536 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609505 3 0.2416 0.7860 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609507 1 0.3916 0.5422 0.680 0.000 0.020 0.000 0.300 0.000
#> SRR1609508 2 0.3221 0.6779 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1609509 2 0.1753 0.8851 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1609510 6 0.0405 0.9785 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0146 0.9492 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0363 0.9168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609516 5 0.3833 0.3376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609517 5 0.1812 0.8330 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1609518 1 0.1204 0.8214 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609524 2 0.1075 0.9064 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.1714 0.8422 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.1610 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609537 2 0.0146 0.9178 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609536 5 0.2178 0.8257 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609538 2 0.0790 0.9146 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609539 6 0.1074 0.9578 0.000 0.000 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1609540 1 0.5277 0.5031 0.616 0.036 0.060 0.000 0.288 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0146 0.9178 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609543 1 0.2003 0.7739 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.1610 0.7946 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.2191 0.8315 0.000 0.000 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1609547 5 0.4096 0.2133 0.000 0.000 0.484 0.000 0.508 0.008
#> SRR1609548 5 0.2058 0.8437 0.000 0.000 0.036 0.000 0.908 0.056
#> SRR1609549 2 0.1501 0.8910 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609550 2 0.2048 0.8593 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1609551 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.2510 0.8461 0.000 0.008 0.080 0.000 0.884 0.028
#> SRR1609555 5 0.1753 0.8440 0.000 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1609556 3 0.1663 0.8619 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.2669 0.8141 0.000 0.000 0.156 0.000 0.836 0.008
#> SRR1609558 5 0.1863 0.8385 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1609559 5 0.2178 0.8142 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1609560 2 0.3852 0.7249 0.176 0.760 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.1461 0.9044 0.016 0.940 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609563 5 0.1858 0.8161 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609566 2 0.0260 0.9184 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609567 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609568 1 0.3547 0.5464 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3833 0.2403 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.0146 0.9186 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609576 2 0.0632 0.9156 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609578 5 0.3840 0.7693 0.000 0.136 0.064 0.000 0.788 0.012
#> SRR1609577 1 0.1714 0.8057 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.3634 0.4167 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.4158 0.3458 0.572 0.000 0.008 0.000 0.416 0.004
#> SRR1609581 2 0.3773 0.7393 0.000 0.752 0.044 0.000 0.204 0.000
#> SRR1609583 5 0.2265 0.8291 0.000 0.000 0.024 0.008 0.900 0.068
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0363 0.9426 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.2346 0.8545 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1609587 5 0.3198 0.7052 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609588 2 0.3512 0.7642 0.000 0.772 0.032 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609589 5 0.1411 0.8304 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.2213 0.8292 0.000 0.000 0.008 0.004 0.888 0.100
#> SRR1609591 5 0.1949 0.8230 0.000 0.088 0.004 0.000 0.904 0.004
#> SRR1609593 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609594 4 0.0260 0.9172 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609596 2 0.0937 0.9118 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609597 2 0.0363 0.9175 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.4168 0.3494 0.584 0.000 0.016 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609601 6 0.2260 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9195 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.2996 0.6846 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.2402 0.7820 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004 0.000
#> SRR1609605 5 0.1967 0.8325 0.000 0.012 0.000 0.000 0.904 0.084
#> SRR1609606 5 0.2302 0.8186 0.000 0.008 0.000 0.000 0.872 0.120
#> SRR1609607 3 0.1501 0.8734 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609608 5 0.2509 0.8332 0.000 0.000 0.036 0.000 0.876 0.088
#> SRR1609609 5 0.2189 0.8368 0.000 0.032 0.004 0.000 0.904 0.060
#> SRR1609610 3 0.3126 0.5946 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1609611 4 0.0692 0.9075 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR1609613 2 0.0146 0.9178 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609612 5 0.1572 0.8454 0.000 0.000 0.028 0.000 0.936 0.036
#> SRR1609614 1 0.3309 0.6161 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1609615 1 0.3634 0.5001 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 5 0.4649 0.1436 0.400 0.036 0.000 0.000 0.560 0.004
#> SRR1609617 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609619 5 0.2747 0.8035 0.028 0.108 0.000 0.004 0.860 0.000
#> SRR1609620 2 0.1584 0.8762 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR1609621 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.1910 0.7971 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3935 0.5914 0.688 0.016 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR1609626 3 0.2738 0.7697 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004 0.000
#> SRR1609627 2 0.1657 0.9012 0.016 0.928 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609628 2 0.0260 0.9181 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609629 5 0.1814 0.8398 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1609630 2 0.1075 0.9076 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609631 1 0.0622 0.8312 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609632 1 0.3899 0.4754 0.628 0.364 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.1141 0.9045 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1609635 3 0.0790 0.9245 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.1219 0.8804 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.3330 0.6040 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1609639 2 0.0363 0.9176 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.2793 0.7302 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.1204 0.8214 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.1950 0.8469 0.000 0.000 0.064 0.000 0.912 0.024
#> SRR1609644 2 0.3547 0.4783 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.2383 0.8409 0.000 0.000 0.096 0.000 0.880 0.024
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609649 1 0.0547 0.8274 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609648 2 0.0363 0.9170 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609651 2 0.1075 0.9064 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609650 5 0.1714 0.8300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0260 0.9171 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609654 2 0.3564 0.6301 0.000 0.724 0.000 0.264 0.012 0.000
#> SRR1609655 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609657 1 0.0146 0.8317 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.0363 0.9143 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0865 0.9112 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609659 2 0.0146 0.9174 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609660 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609661 5 0.1444 0.8451 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1609662 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609663 5 0.3446 0.6423 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609664 6 0.0363 0.9821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609665 2 0.0363 0.9173 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609666 4 0.3215 0.6539 0.000 0.240 0.000 0.756 0.004 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 6 0.2092 0.8502 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609669 2 0.3706 0.3509 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.289 0.682 0.844 0.4266 0.536 0.536
#> 3 3 0.267 0.523 0.665 0.3879 0.893 0.803
#> 4 4 0.388 0.352 0.688 0.1389 0.786 0.571
#> 5 5 0.476 0.580 0.681 0.0898 0.790 0.456
#> 6 6 0.572 0.609 0.740 0.0622 0.908 0.623
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609361 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609362 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609363 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609366 2 0.8267 0.606 0.260 0.740
#> SRR1609367 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609368 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.9732 0.242 0.404 0.596
#> SRR1609370 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609371 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609373 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.8267 0.606 0.260 0.740
#> SRR1609375 2 0.8443 0.585 0.272 0.728
#> SRR1609377 2 0.9000 0.496 0.316 0.684
#> SRR1609376 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.9815 0.450 0.580 0.420
#> SRR1609382 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.9998 -0.154 0.492 0.508
#> SRR1609381 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609384 2 0.9732 0.242 0.404 0.596
#> SRR1609386 2 0.8909 0.516 0.308 0.692
#> SRR1609385 2 0.9732 0.242 0.404 0.596
#> SRR1609387 1 0.9909 0.384 0.556 0.444
#> SRR1609388 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609393 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609396 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609398 2 0.8909 0.516 0.308 0.692
#> SRR1609399 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609400 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609397 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.9129 0.471 0.328 0.672
#> SRR1609404 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.9896 0.396 0.560 0.440
#> SRR1609410 2 0.9170 0.460 0.332 0.668
#> SRR1609411 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.9815 0.450 0.580 0.420
#> SRR1609412 2 0.7528 0.718 0.216 0.784
#> SRR1609414 1 0.8327 0.666 0.736 0.264
#> SRR1609415 1 0.6438 0.741 0.836 0.164
#> SRR1609416 1 0.5842 0.752 0.860 0.140
#> SRR1609417 1 0.7219 0.683 0.800 0.200
#> SRR1609418 1 0.9795 0.459 0.584 0.416
#> SRR1609419 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.8499 0.590 0.276 0.724
#> SRR1609421 2 0.7453 0.716 0.212 0.788
#> SRR1609422 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609423 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.8443 0.593 0.272 0.728
#> SRR1609426 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609427 1 0.1843 0.749 0.972 0.028
#> SRR1609428 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.9686 0.345 0.396 0.604
#> SRR1609430 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609432 2 0.4562 0.791 0.096 0.904
#> SRR1609433 1 0.5842 0.752 0.860 0.140
#> SRR1609434 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.5842 0.749 0.860 0.140
#> SRR1609436 1 0.4161 0.757 0.916 0.084
#> SRR1609437 2 0.2423 0.819 0.040 0.960
#> SRR1609438 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.7528 0.685 0.784 0.216
#> SRR1609440 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609441 2 0.6973 0.739 0.188 0.812
#> SRR1609442 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.6887 0.734 0.816 0.184
#> SRR1609444 2 0.9686 0.345 0.396 0.604
#> SRR1609445 2 0.7528 0.714 0.216 0.784
#> SRR1609446 2 0.7453 0.718 0.212 0.788
#> SRR1609447 1 0.5519 0.752 0.872 0.128
#> SRR1609448 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609449 1 0.9775 0.468 0.588 0.412
#> SRR1609450 2 0.4939 0.784 0.108 0.892
#> SRR1609451 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.7674 0.704 0.224 0.776
#> SRR1609453 1 0.8386 0.665 0.732 0.268
#> SRR1609454 2 0.2423 0.818 0.040 0.960
#> SRR1609455 2 0.7602 0.675 0.220 0.780
#> SRR1609456 2 0.7299 0.723 0.204 0.796
#> SRR1609457 2 0.9661 0.377 0.392 0.608
#> SRR1609458 1 0.6623 0.740 0.828 0.172
#> SRR1609459 2 0.8327 0.655 0.264 0.736
#> SRR1609460 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609461 2 0.9909 0.209 0.444 0.556
#> SRR1609462 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609463 2 0.8144 0.661 0.252 0.748
#> SRR1609465 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609466 2 0.9170 0.474 0.332 0.668
#> SRR1609467 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.6973 0.736 0.188 0.812
#> SRR1609472 2 0.4161 0.805 0.084 0.916
#> SRR1609471 2 0.9044 0.515 0.320 0.680
#> SRR1609474 2 0.2948 0.815 0.052 0.948
#> SRR1609473 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.4161 0.805 0.084 0.916
#> SRR1609476 1 0.9850 0.438 0.572 0.428
#> SRR1609477 2 0.8267 0.659 0.260 0.740
#> SRR1609479 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609480 2 0.7056 0.738 0.192 0.808
#> SRR1609482 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.3431 0.811 0.064 0.936
#> SRR1609483 1 0.7528 0.690 0.784 0.216
#> SRR1609486 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.8955 0.506 0.312 0.688
#> SRR1609488 1 0.8713 0.639 0.708 0.292
#> SRR1609489 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609490 2 0.5519 0.772 0.128 0.872
#> SRR1609491 2 0.7674 0.707 0.224 0.776
#> SRR1609492 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609494 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.9850 0.438 0.572 0.428
#> SRR1609496 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.8608 0.650 0.716 0.284
#> SRR1609498 1 0.2778 0.753 0.952 0.048
#> SRR1609499 2 0.4939 0.784 0.108 0.892
#> SRR1609500 1 0.3879 0.757 0.924 0.076
#> SRR1609501 2 0.7528 0.711 0.216 0.784
#> SRR1609502 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609503 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.6247 0.744 0.844 0.156
#> SRR1609505 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.3431 0.751 0.936 0.064
#> SRR1609508 2 0.2423 0.818 0.040 0.960
#> SRR1609509 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609512 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.7299 0.679 0.796 0.204
#> SRR1609513 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.3431 0.812 0.064 0.936
#> SRR1609515 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609516 2 0.8386 0.648 0.268 0.732
#> SRR1609517 2 0.2236 0.817 0.036 0.964
#> SRR1609518 1 0.9732 0.484 0.596 0.404
#> SRR1609519 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.1843 0.749 0.972 0.028
#> SRR1609522 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609524 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.3733 0.739 0.928 0.072
#> SRR1609525 2 0.6973 0.736 0.188 0.812
#> SRR1609527 1 0.9795 0.460 0.584 0.416
#> SRR1609529 1 0.7602 0.671 0.780 0.220
#> SRR1609528 2 0.4161 0.805 0.084 0.916
#> SRR1609530 1 0.4298 0.733 0.912 0.088
#> SRR1609531 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609532 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.7299 0.722 0.204 0.796
#> SRR1609534 1 0.6343 0.728 0.840 0.160
#> SRR1609535 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609537 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609536 2 0.8443 0.641 0.272 0.728
#> SRR1609538 2 0.4939 0.784 0.108 0.892
#> SRR1609539 2 0.8386 0.641 0.268 0.732
#> SRR1609540 1 0.8386 0.667 0.732 0.268
#> SRR1609541 2 0.3274 0.812 0.060 0.940
#> SRR1609542 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609543 1 0.1843 0.749 0.972 0.028
#> SRR1609544 1 0.9795 0.461 0.584 0.416
#> SRR1609545 1 0.1633 0.747 0.976 0.024
#> SRR1609546 2 0.8327 0.654 0.264 0.736
#> SRR1609547 2 0.9710 0.346 0.400 0.600
#> SRR1609548 2 0.6438 0.755 0.164 0.836
#> SRR1609549 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609550 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609551 2 0.8267 0.651 0.260 0.740
#> SRR1609552 1 0.0672 0.741 0.992 0.008
#> SRR1609553 1 0.5294 0.748 0.880 0.120
#> SRR1609554 2 0.8267 0.658 0.260 0.740
#> SRR1609555 1 0.8661 0.645 0.712 0.288
#> SRR1609556 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.8327 0.655 0.264 0.736
#> SRR1609558 2 0.7299 0.722 0.204 0.796
#> SRR1609559 2 0.7219 0.725 0.200 0.800
#> SRR1609560 2 0.8861 0.524 0.304 0.696
#> SRR1609561 1 0.6048 0.734 0.852 0.148
#> SRR1609562 2 0.8861 0.524 0.304 0.696
#> SRR1609563 2 0.3114 0.814 0.056 0.944
#> SRR1609564 1 0.6438 0.741 0.836 0.164
#> SRR1609565 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.9815 0.450 0.580 0.420
#> SRR1609569 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.3879 0.740 0.924 0.076
#> SRR1609572 1 0.7815 0.689 0.768 0.232
#> SRR1609573 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.4431 0.754 0.908 0.092
#> SRR1609575 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.3274 0.807 0.060 0.940
#> SRR1609578 2 0.7528 0.715 0.216 0.784
#> SRR1609577 1 0.9909 0.384 0.556 0.444
#> SRR1609579 1 0.4298 0.754 0.912 0.088
#> SRR1609580 1 0.8443 0.619 0.728 0.272
#> SRR1609582 1 0.3431 0.755 0.936 0.064
#> SRR1609581 2 0.7745 0.703 0.228 0.772
#> SRR1609583 2 0.7745 0.700 0.228 0.772
#> SRR1609584 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609587 2 0.8608 0.623 0.284 0.716
#> SRR1609588 2 0.7745 0.703 0.228 0.772
#> SRR1609589 2 0.7602 0.710 0.220 0.780
#> SRR1609590 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.7376 0.719 0.208 0.792
#> SRR1609591 2 0.7815 0.699 0.232 0.768
#> SRR1609593 2 0.7219 0.728 0.200 0.800
#> SRR1609594 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609596 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609597 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.3431 0.812 0.064 0.936
#> SRR1609599 2 0.3274 0.812 0.060 0.940
#> SRR1609600 1 0.5408 0.752 0.876 0.124
#> SRR1609601 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609602 2 0.3274 0.812 0.060 0.940
#> SRR1609603 1 0.9896 0.396 0.560 0.440
#> SRR1609604 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.2236 0.817 0.036 0.964
#> SRR1609606 2 0.7602 0.708 0.220 0.780
#> SRR1609607 1 0.7056 0.716 0.808 0.192
#> SRR1609608 2 0.8443 0.641 0.272 0.728
#> SRR1609609 2 0.5408 0.785 0.124 0.876
#> SRR1609610 1 0.9922 0.326 0.552 0.448
#> SRR1609611 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609612 2 0.9775 0.315 0.412 0.588
#> SRR1609614 1 0.6531 0.741 0.832 0.168
#> SRR1609615 2 0.8955 0.530 0.312 0.688
#> SRR1609616 1 0.8207 0.677 0.744 0.256
#> SRR1609617 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609618 2 0.8555 0.637 0.280 0.720
#> SRR1609619 2 0.7139 0.732 0.196 0.804
#> SRR1609620 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.5294 0.724 0.880 0.120
#> SRR1609623 1 0.4562 0.756 0.904 0.096
#> SRR1609624 1 0.9710 0.496 0.600 0.400
#> SRR1609625 1 0.8861 0.629 0.696 0.304
#> SRR1609626 1 0.7139 0.698 0.804 0.196
#> SRR1609627 2 0.8861 0.524 0.304 0.696
#> SRR1609628 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609629 1 0.9710 0.415 0.600 0.400
#> SRR1609630 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609631 1 0.9710 0.493 0.600 0.400
#> SRR1609632 2 0.8955 0.506 0.312 0.688
#> SRR1609633 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609634 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.3879 0.740 0.924 0.076
#> SRR1609636 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.9522 0.542 0.628 0.372
#> SRR1609638 2 0.5519 0.772 0.128 0.872
#> SRR1609639 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.9815 0.450 0.580 0.420
#> SRR1609642 1 0.9896 0.396 0.560 0.440
#> SRR1609643 2 0.8144 0.672 0.252 0.748
#> SRR1609644 1 0.9896 0.396 0.560 0.440
#> SRR1609645 2 0.9850 0.253 0.428 0.572
#> SRR1609646 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609649 1 0.6343 0.745 0.840 0.160
#> SRR1609648 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609651 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609650 2 0.7745 0.699 0.228 0.772
#> SRR1609652 1 0.0000 0.739 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609655 2 0.8386 0.641 0.268 0.732
#> SRR1609657 1 0.9686 0.504 0.604 0.396
#> SRR1609656 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609658 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1609660 2 0.8386 0.641 0.268 0.732
#> SRR1609661 2 0.8327 0.654 0.264 0.736
#> SRR1609662 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609663 2 0.9933 0.189 0.452 0.548
#> SRR1609664 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609665 2 0.0376 0.825 0.004 0.996
#> SRR1609666 2 0.9922 0.056 0.448 0.552
#> SRR1609667 1 0.5737 0.750 0.864 0.136
#> SRR1609668 2 0.0376 0.824 0.004 0.996
#> SRR1609669 1 0.9896 0.396 0.560 0.440
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609361 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609362 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609363 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609366 2 0.6388 0.0956 0.284 0.692 0.024
#> SRR1609367 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609368 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.7835 -0.5445 0.456 0.492 0.052
#> SRR1609370 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609371 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609372 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609373 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.6355 0.1104 0.280 0.696 0.024
#> SRR1609375 2 0.6512 0.0412 0.300 0.676 0.024
#> SRR1609377 2 0.7013 -0.1774 0.364 0.608 0.028
#> SRR1609376 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609379 1 0.8882 0.8189 0.540 0.316 0.144
#> SRR1609382 2 0.4178 0.5708 0.172 0.828 0.000
#> SRR1609383 1 0.7912 0.7316 0.536 0.404 0.060
#> SRR1609381 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609384 2 0.7819 -0.5071 0.440 0.508 0.052
#> SRR1609386 2 0.6843 -0.1026 0.332 0.640 0.028
#> SRR1609385 2 0.7832 -0.5354 0.452 0.496 0.052
#> SRR1609387 1 0.8984 0.8060 0.524 0.328 0.148
#> SRR1609388 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609393 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609395 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609396 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609398 2 0.6843 -0.1026 0.332 0.640 0.028
#> SRR1609399 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609400 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609397 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.7023 -0.1597 0.344 0.624 0.032
#> SRR1609404 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.8720 0.8143 0.540 0.336 0.124
#> SRR1609410 2 0.7141 -0.2286 0.368 0.600 0.032
#> SRR1609411 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.8882 0.8189 0.540 0.316 0.144
#> SRR1609412 2 0.8962 0.4840 0.288 0.548 0.164
#> SRR1609414 3 0.9223 0.3889 0.324 0.172 0.504
#> SRR1609415 3 0.8277 0.1696 0.460 0.076 0.464
#> SRR1609416 3 0.7807 0.5480 0.336 0.068 0.596
#> SRR1609417 3 0.6222 0.6224 0.132 0.092 0.776
#> SRR1609418 1 0.9231 0.7671 0.516 0.300 0.184
#> SRR1609419 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 2 0.6867 -0.0405 0.336 0.636 0.028
#> SRR1609421 2 0.8967 0.4724 0.324 0.528 0.148
#> SRR1609422 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609423 2 0.4291 0.5726 0.180 0.820 0.000
#> SRR1609424 2 0.4178 0.5707 0.172 0.828 0.000
#> SRR1609425 2 0.6570 0.0896 0.308 0.668 0.024
#> SRR1609426 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609427 3 0.5397 0.6402 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609428 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.9471 0.0530 0.376 0.440 0.184
#> SRR1609430 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609431 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609432 2 0.3030 0.5519 0.092 0.904 0.004
#> SRR1609433 3 0.7807 0.5480 0.336 0.068 0.596
#> SRR1609434 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609435 3 0.7980 0.3837 0.400 0.064 0.536
#> SRR1609436 3 0.6855 0.6006 0.316 0.032 0.652
#> SRR1609437 2 0.3896 0.6110 0.128 0.864 0.008
#> SRR1609438 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609439 3 0.6544 0.6260 0.164 0.084 0.752
#> SRR1609440 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609441 2 0.8668 0.5014 0.304 0.564 0.132
#> SRR1609442 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.8390 0.4908 0.340 0.100 0.560
#> SRR1609444 2 0.9471 0.0530 0.376 0.440 0.184
#> SRR1609445 2 0.8976 0.4747 0.316 0.532 0.152
#> SRR1609446 2 0.8847 0.4866 0.300 0.552 0.148
#> SRR1609447 3 0.7551 0.4890 0.372 0.048 0.580
#> SRR1609448 2 0.0424 0.6312 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609449 1 0.9322 0.7656 0.504 0.304 0.192
#> SRR1609450 2 0.3454 0.5450 0.104 0.888 0.008
#> SRR1609451 3 0.0747 0.7103 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609452 2 0.9047 0.4550 0.344 0.508 0.148
#> SRR1609453 3 0.9335 0.3469 0.324 0.184 0.492
#> SRR1609454 2 0.3213 0.6175 0.092 0.900 0.008
#> SRR1609455 2 0.6301 0.2812 0.260 0.712 0.028
#> SRR1609456 2 0.8726 0.4894 0.296 0.564 0.140
#> SRR1609457 2 0.9918 0.2161 0.340 0.384 0.276
#> SRR1609458 3 0.8338 0.3729 0.400 0.084 0.516
#> SRR1609459 2 0.9425 0.4233 0.312 0.488 0.200
#> SRR1609460 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609461 2 0.9996 0.0668 0.336 0.344 0.320
#> SRR1609462 3 0.4702 0.6766 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609464 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609463 2 0.9593 0.3740 0.380 0.420 0.200
#> SRR1609465 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609466 2 0.7395 -0.3696 0.476 0.492 0.032
#> SRR1609467 3 0.0424 0.7103 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609469 2 0.4555 0.5691 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609470 2 0.8637 0.4978 0.308 0.564 0.128
#> SRR1609472 2 0.8206 0.4656 0.448 0.480 0.072
#> SRR1609471 2 0.8034 -0.1065 0.336 0.584 0.080
#> SRR1609474 2 0.2749 0.6099 0.064 0.924 0.012
#> SRR1609473 2 0.4291 0.5726 0.180 0.820 0.000
#> SRR1609475 2 0.4291 0.5726 0.180 0.820 0.000
#> SRR1609478 2 0.8206 0.4656 0.448 0.480 0.072
#> SRR1609476 1 0.9502 0.7477 0.480 0.308 0.212
#> SRR1609477 2 0.9572 0.3779 0.388 0.416 0.196
#> SRR1609479 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609480 2 0.8984 0.4308 0.432 0.440 0.128
#> SRR1609482 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609484 2 0.5708 0.5868 0.204 0.768 0.028
#> SRR1609483 3 0.6595 0.6333 0.180 0.076 0.744
#> SRR1609486 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609485 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609487 2 0.6994 -0.1597 0.360 0.612 0.028
#> SRR1609488 3 0.8972 0.3248 0.412 0.128 0.460
#> SRR1609489 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609490 2 0.4514 0.5181 0.156 0.832 0.012
#> SRR1609491 2 0.8995 0.4676 0.320 0.528 0.152
#> SRR1609492 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.9502 0.7477 0.480 0.308 0.212
#> SRR1609496 3 0.0592 0.7110 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609497 3 0.8836 0.3801 0.388 0.120 0.492
#> SRR1609498 3 0.5873 0.6144 0.312 0.004 0.684
#> SRR1609499 2 0.3454 0.5450 0.104 0.888 0.008
#> SRR1609500 3 0.6651 0.6025 0.320 0.024 0.656
#> SRR1609501 2 0.8995 0.4691 0.320 0.528 0.152
#> SRR1609502 2 0.3551 0.6235 0.132 0.868 0.000
#> SRR1609503 2 0.6045 0.5269 0.380 0.620 0.000
#> SRR1609504 3 0.8208 0.2145 0.452 0.072 0.476
#> SRR1609505 3 0.4842 0.6718 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609506 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.6452 0.6534 0.264 0.032 0.704
#> SRR1609508 2 0.3213 0.6175 0.092 0.900 0.008
#> SRR1609509 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609512 3 0.0592 0.7110 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609511 3 0.6286 0.6192 0.136 0.092 0.772
#> SRR1609513 3 0.0424 0.7104 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609514 2 0.7839 0.4698 0.464 0.484 0.052
#> SRR1609515 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 2 0.9390 0.4242 0.320 0.488 0.192
#> SRR1609517 2 0.5178 0.6157 0.164 0.808 0.028
#> SRR1609518 1 0.9319 0.7475 0.508 0.296 0.196
#> SRR1609519 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609520 2 0.4291 0.5726 0.180 0.820 0.000
#> SRR1609521 3 0.5431 0.6377 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609522 3 0.0000 0.7078 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609523 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.2448 0.6729 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609525 2 0.8637 0.4978 0.308 0.564 0.128
#> SRR1609527 1 0.8910 0.8181 0.540 0.312 0.148
#> SRR1609529 3 0.7724 0.5601 0.164 0.156 0.680
#> SRR1609528 2 0.8206 0.4656 0.448 0.480 0.072
#> SRR1609530 3 0.4982 0.6873 0.096 0.064 0.840
#> SRR1609531 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609532 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609533 2 0.8882 0.4791 0.316 0.540 0.144
#> SRR1609534 3 0.6295 0.6506 0.164 0.072 0.764
#> SRR1609535 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 2 0.9390 0.4188 0.320 0.488 0.192
#> SRR1609538 2 0.3375 0.5417 0.100 0.892 0.008
#> SRR1609539 2 0.9693 0.3535 0.380 0.404 0.216
#> SRR1609540 1 0.9086 0.1860 0.496 0.148 0.356
#> SRR1609541 2 0.7757 0.4734 0.464 0.488 0.048
#> SRR1609542 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609543 3 0.5397 0.6402 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609544 1 0.9323 0.7722 0.500 0.312 0.188
#> SRR1609545 3 0.5497 0.6293 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609546 2 0.9390 0.4175 0.320 0.488 0.192
#> SRR1609547 1 0.9975 -0.1995 0.364 0.332 0.304
#> SRR1609548 2 0.8479 0.5149 0.300 0.580 0.120
#> SRR1609549 2 0.0424 0.6312 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 2 0.9645 0.3645 0.380 0.412 0.208
#> SRR1609552 3 0.1765 0.7120 0.040 0.004 0.956
#> SRR1609553 3 0.6348 0.6670 0.188 0.060 0.752
#> SRR1609554 2 0.9319 0.4202 0.340 0.484 0.176
#> SRR1609555 3 0.8820 0.3654 0.408 0.116 0.476
#> SRR1609556 3 0.0747 0.7103 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609557 2 0.9355 0.4287 0.320 0.492 0.188
#> SRR1609558 2 0.8882 0.4801 0.316 0.540 0.144
#> SRR1609559 2 0.8872 0.4789 0.324 0.536 0.140
#> SRR1609560 2 0.6934 -0.0915 0.348 0.624 0.028
#> SRR1609561 3 0.6062 0.6589 0.160 0.064 0.776
#> SRR1609562 2 0.6934 -0.0915 0.348 0.624 0.028
#> SRR1609563 2 0.2845 0.6066 0.068 0.920 0.012
#> SRR1609564 3 0.8277 0.1696 0.460 0.076 0.464
#> SRR1609565 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.8882 0.8189 0.540 0.316 0.144
#> SRR1609569 3 0.4842 0.6718 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609570 3 0.0000 0.7078 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609571 3 0.2537 0.6727 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609572 3 0.8372 0.5610 0.336 0.100 0.564
#> SRR1609573 3 0.0000 0.7078 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609574 3 0.6805 0.6468 0.268 0.044 0.688
#> SRR1609575 2 0.2796 0.6138 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609576 2 0.2301 0.5838 0.060 0.936 0.004
#> SRR1609578 2 0.8930 0.4754 0.316 0.536 0.148
#> SRR1609577 1 0.8984 0.8060 0.524 0.328 0.148
#> SRR1609579 3 0.6737 0.6455 0.272 0.040 0.688
#> SRR1609580 3 0.8309 0.4959 0.188 0.180 0.632
#> SRR1609582 3 0.6282 0.5999 0.324 0.012 0.664
#> SRR1609581 2 0.9040 0.4642 0.320 0.524 0.156
#> SRR1609583 2 0.9083 0.4588 0.320 0.520 0.160
#> SRR1609584 3 0.0000 0.7078 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609585 3 0.5058 0.6589 0.244 0.000 0.756
#> SRR1609586 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609587 2 0.9455 0.4163 0.304 0.488 0.208
#> SRR1609588 2 0.9040 0.4642 0.320 0.524 0.156
#> SRR1609589 2 0.8311 0.4853 0.252 0.616 0.132
#> SRR1609590 3 0.0237 0.7096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609592 2 0.8955 0.4696 0.332 0.524 0.144
#> SRR1609591 2 0.8641 0.4700 0.248 0.592 0.160
#> SRR1609593 2 0.8918 0.4560 0.380 0.492 0.128
#> SRR1609594 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609595 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609596 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 2 0.7838 0.4723 0.460 0.488 0.052
#> SRR1609599 2 0.7757 0.4734 0.464 0.488 0.048
#> SRR1609600 3 0.7448 0.5795 0.332 0.052 0.616
#> SRR1609601 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609602 2 0.7757 0.4734 0.464 0.488 0.048
#> SRR1609603 1 0.8720 0.8143 0.540 0.336 0.124
#> SRR1609604 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609605 2 0.5178 0.6157 0.164 0.808 0.028
#> SRR1609606 2 0.8971 0.4661 0.336 0.520 0.144
#> SRR1609607 3 0.6710 0.6270 0.196 0.072 0.732
#> SRR1609608 2 0.9408 0.4214 0.316 0.488 0.196
#> SRR1609609 2 0.5884 0.5824 0.148 0.788 0.064
#> SRR1609610 1 0.9541 -0.1136 0.452 0.200 0.348
#> SRR1609611 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609613 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609612 2 0.9929 0.1804 0.312 0.392 0.296
#> SRR1609614 3 0.8222 0.5177 0.332 0.092 0.576
#> SRR1609615 2 0.7925 -0.1106 0.344 0.584 0.072
#> SRR1609616 1 0.9030 0.1720 0.492 0.140 0.368
#> SRR1609617 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609618 2 0.9440 0.4190 0.308 0.488 0.204
#> SRR1609619 2 0.8175 0.4857 0.236 0.632 0.132
#> SRR1609620 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609621 2 0.0424 0.6296 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609622 3 0.4790 0.6742 0.096 0.056 0.848
#> SRR1609623 3 0.6912 0.5589 0.344 0.028 0.628
#> SRR1609624 1 0.9008 0.8142 0.540 0.296 0.164
#> SRR1609625 1 0.9547 0.4995 0.468 0.212 0.320
#> SRR1609626 3 0.6435 0.6450 0.168 0.076 0.756
#> SRR1609627 2 0.6975 -0.1239 0.356 0.616 0.028
#> SRR1609628 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609629 3 0.9753 0.2051 0.372 0.228 0.400
#> SRR1609630 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609631 1 0.9313 0.7467 0.512 0.288 0.200
#> SRR1609632 2 0.7013 -0.1565 0.364 0.608 0.028
#> SRR1609633 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609634 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2537 0.6727 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609636 2 0.3816 0.5628 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609637 1 0.9125 0.7779 0.540 0.268 0.192
#> SRR1609638 2 0.4453 0.5239 0.152 0.836 0.012
#> SRR1609639 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.4842 0.6718 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609641 1 0.8882 0.8189 0.540 0.316 0.144
#> SRR1609642 1 0.8720 0.8143 0.540 0.336 0.124
#> SRR1609643 2 0.9286 0.4351 0.312 0.504 0.184
#> SRR1609644 1 0.8720 0.8143 0.540 0.336 0.124
#> SRR1609645 1 0.9964 -0.1417 0.372 0.328 0.300
#> SRR1609646 3 0.0000 0.7078 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609647 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609649 3 0.8034 0.5225 0.336 0.080 0.584
#> SRR1609648 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609651 2 0.0424 0.6312 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609650 2 0.9159 0.4519 0.328 0.508 0.164
#> SRR1609652 3 0.0424 0.7103 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609653 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.2959 0.6144 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609655 2 0.9693 0.3535 0.380 0.404 0.216
#> SRR1609657 1 0.9050 0.8132 0.536 0.296 0.168
#> SRR1609656 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609658 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.6313 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 2 0.9693 0.3535 0.380 0.404 0.216
#> SRR1609661 2 0.9390 0.4175 0.320 0.488 0.192
#> SRR1609662 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609663 3 0.9998 -0.0693 0.324 0.336 0.340
#> SRR1609664 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609665 2 0.0237 0.6294 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609666 1 0.7657 0.6585 0.508 0.448 0.044
#> SRR1609667 3 0.7919 0.4308 0.380 0.064 0.556
#> SRR1609668 2 0.5785 0.5673 0.332 0.668 0.000
#> SRR1609669 1 0.8720 0.8143 0.540 0.336 0.124
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609361 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609362 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609363 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609366 2 0.4877 0.0721 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.4331 0.5103 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609371 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609372 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.4830 0.1135 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.4981 -0.0933 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.4948 0.3052 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609379 1 0.2469 0.6287 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.4372 0.3933 0.004 0.728 0.000 0.268
#> SRR1609383 1 0.3569 0.5878 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609384 1 0.4500 0.4892 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.4994 0.2315 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.4356 0.5069 0.708 0.292 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.4501 0.6224 0.816 0.128 0.016 0.040
#> SRR1609388 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609393 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609394 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609395 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609398 1 0.4994 0.2315 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609400 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4992 0.2427 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609406 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2760 0.6255 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.4925 0.3359 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0188 0.5933 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609407 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.2469 0.6287 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1609412 2 0.8644 -0.2249 0.132 0.472 0.088 0.308
#> SRR1609414 1 0.9455 -0.0583 0.328 0.100 0.268 0.304
#> SRR1609415 1 0.6712 0.2969 0.632 0.004 0.200 0.164
#> SRR1609416 1 0.8547 0.0151 0.444 0.040 0.288 0.228
#> SRR1609417 3 0.5922 0.6040 0.032 0.068 0.732 0.168
#> SRR1609418 1 0.6018 0.6026 0.740 0.128 0.040 0.092
#> SRR1609419 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.5636 0.2723 0.544 0.436 0.004 0.016
#> SRR1609421 2 0.8628 -0.2633 0.120 0.444 0.088 0.348
#> SRR1609422 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609423 2 0.4428 0.3870 0.004 0.720 0.000 0.276
#> SRR1609424 2 0.4372 0.3924 0.004 0.728 0.000 0.268
#> SRR1609425 2 0.5461 -0.1075 0.480 0.508 0.004 0.008
#> SRR1609426 2 0.0336 0.5924 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.7876 -0.2092 0.368 0.000 0.352 0.280
#> SRR1609428 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.9291 -0.3219 0.344 0.316 0.084 0.256
#> SRR1609430 3 0.0804 0.7646 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1609431 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609432 2 0.2469 0.5296 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.8547 0.0151 0.444 0.040 0.288 0.228
#> SRR1609434 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609435 1 0.7227 0.1762 0.548 0.000 0.228 0.224
#> SRR1609436 1 0.8322 -0.1284 0.392 0.020 0.352 0.236
#> SRR1609437 2 0.5512 0.4607 0.128 0.744 0.004 0.124
#> SRR1609438 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609439 3 0.6461 0.5858 0.056 0.064 0.700 0.180
#> SRR1609440 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609441 2 0.8370 -0.1930 0.104 0.484 0.084 0.328
#> SRR1609442 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.8667 -0.0345 0.396 0.036 0.288 0.280
#> SRR1609444 1 0.9291 -0.3219 0.344 0.316 0.084 0.256
#> SRR1609445 2 0.8697 -0.2377 0.132 0.452 0.088 0.328
#> SRR1609446 2 0.8667 -0.2136 0.132 0.464 0.088 0.316
#> SRR1609447 1 0.7539 0.0809 0.492 0.000 0.252 0.256
#> SRR1609448 2 0.0524 0.5912 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609449 1 0.6040 0.6051 0.740 0.128 0.044 0.088
#> SRR1609450 2 0.3236 0.5066 0.136 0.856 0.004 0.004
#> SRR1609451 3 0.3653 0.7186 0.028 0.000 0.844 0.128
#> SRR1609452 2 0.8715 -0.3123 0.132 0.416 0.084 0.368
#> SRR1609453 1 0.9433 -0.0201 0.348 0.100 0.264 0.288
#> SRR1609454 2 0.4640 0.5050 0.116 0.804 0.004 0.076
#> SRR1609455 2 0.5906 0.1885 0.376 0.588 0.008 0.028
#> SRR1609456 2 0.8463 -0.2030 0.108 0.476 0.088 0.328
#> SRR1609457 4 0.9666 0.4958 0.172 0.300 0.180 0.348
#> SRR1609458 1 0.7891 0.1641 0.520 0.020 0.240 0.220
#> SRR1609459 2 0.8995 -0.3572 0.124 0.404 0.120 0.352
#> SRR1609460 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609461 4 0.9818 0.5122 0.188 0.272 0.208 0.332
#> SRR1609462 3 0.7497 0.4131 0.240 0.000 0.500 0.260
#> SRR1609464 3 0.0000 0.7646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.8006 0.4559 0.032 0.348 0.144 0.476
#> SRR1609465 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609466 1 0.6835 0.4211 0.600 0.264 0.004 0.132
#> SRR1609467 3 0.0657 0.7652 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1609469 2 0.4608 0.3626 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR1609470 2 0.8381 -0.1972 0.120 0.480 0.072 0.328
#> SRR1609472 4 0.6625 0.3733 0.036 0.340 0.036 0.588
#> SRR1609471 1 0.7344 0.2744 0.500 0.396 0.040 0.064
#> SRR1609474 2 0.3932 0.5052 0.128 0.836 0.004 0.032
#> SRR1609473 2 0.4428 0.3870 0.004 0.720 0.000 0.276
#> SRR1609475 2 0.4428 0.3870 0.004 0.720 0.000 0.276
#> SRR1609478 4 0.6625 0.3733 0.036 0.340 0.036 0.588
#> SRR1609476 1 0.6550 0.5773 0.712 0.116 0.064 0.108
#> SRR1609477 4 0.8766 0.5042 0.116 0.276 0.124 0.484
#> SRR1609479 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609480 4 0.8153 0.4639 0.104 0.296 0.076 0.524
#> SRR1609482 3 0.0000 0.7646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.5911 0.3165 0.032 0.648 0.016 0.304
#> SRR1609483 3 0.7083 0.5761 0.100 0.060 0.660 0.180
#> SRR1609486 3 0.0188 0.7650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609485 3 0.0188 0.7650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609487 1 0.4955 0.2959 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR1609488 4 0.8716 -0.0386 0.352 0.040 0.244 0.364
#> SRR1609489 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.5051 0.3928 0.244 0.724 0.004 0.028
#> SRR1609491 2 0.8744 -0.2462 0.132 0.448 0.092 0.328
#> SRR1609492 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609494 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.6550 0.5773 0.712 0.116 0.064 0.108
#> SRR1609496 3 0.2089 0.7605 0.020 0.000 0.932 0.048
#> SRR1609497 4 0.8639 -0.0750 0.340 0.032 0.268 0.360
#> SRR1609498 1 0.7812 -0.1554 0.396 0.000 0.348 0.256
#> SRR1609499 2 0.3236 0.5066 0.136 0.856 0.004 0.004
#> SRR1609500 1 0.8127 -0.1133 0.408 0.012 0.344 0.236
#> SRR1609501 2 0.8667 -0.2614 0.120 0.444 0.092 0.344
#> SRR1609502 2 0.4969 0.4887 0.088 0.772 0.000 0.140
#> SRR1609503 2 0.5168 0.0552 0.004 0.504 0.000 0.492
#> SRR1609504 1 0.6893 0.2754 0.612 0.004 0.204 0.180
#> SRR1609505 3 0.7661 0.3699 0.264 0.000 0.464 0.272
#> SRR1609506 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.8617 0.2305 0.324 0.032 0.380 0.264
#> SRR1609508 2 0.4640 0.5050 0.116 0.804 0.004 0.076
#> SRR1609509 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609512 3 0.2197 0.7597 0.024 0.000 0.928 0.048
#> SRR1609511 3 0.5968 0.6061 0.036 0.068 0.732 0.164
#> SRR1609513 3 0.1059 0.7643 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1609514 4 0.5874 0.3556 0.008 0.344 0.032 0.616
#> SRR1609515 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 2 0.8993 -0.3608 0.132 0.400 0.112 0.356
#> SRR1609517 2 0.5079 0.4020 0.072 0.768 0.004 0.156
#> SRR1609518 1 0.6150 0.5939 0.732 0.132 0.044 0.092
#> SRR1609519 3 0.0188 0.7650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609520 2 0.4428 0.3870 0.004 0.720 0.000 0.276
#> SRR1609521 1 0.7868 -0.2025 0.372 0.000 0.352 0.276
#> SRR1609522 3 0.0188 0.7637 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609523 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609524 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.2216 0.7344 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609525 2 0.8381 -0.1972 0.120 0.480 0.072 0.328
#> SRR1609527 1 0.2654 0.6281 0.888 0.108 0.004 0.000
#> SRR1609529 3 0.8102 0.3596 0.108 0.120 0.584 0.188
#> SRR1609528 4 0.6625 0.3733 0.036 0.340 0.036 0.588
#> SRR1609530 3 0.5162 0.6590 0.036 0.056 0.792 0.116
#> SRR1609531 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.7646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.8574 -0.2377 0.116 0.456 0.088 0.340
#> SRR1609534 3 0.6793 0.5353 0.080 0.060 0.680 0.180
#> SRR1609535 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609537 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 2 0.9024 -0.3697 0.136 0.396 0.112 0.356
#> SRR1609538 2 0.3052 0.5075 0.136 0.860 0.004 0.000
#> SRR1609539 4 0.8154 0.4744 0.036 0.336 0.156 0.472
#> SRR1609540 1 0.7650 0.3740 0.592 0.048 0.132 0.228
#> SRR1609541 4 0.5787 0.3506 0.008 0.344 0.028 0.620
#> SRR1609542 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.7876 -0.2092 0.368 0.000 0.352 0.280
#> SRR1609544 1 0.5049 0.6023 0.800 0.108 0.036 0.056
#> SRR1609545 1 0.7869 -0.1868 0.380 0.000 0.340 0.280
#> SRR1609546 2 0.8993 -0.3449 0.128 0.404 0.116 0.352
#> SRR1609547 4 0.9588 0.5366 0.144 0.252 0.224 0.380
#> SRR1609548 2 0.8172 -0.1582 0.112 0.500 0.064 0.324
#> SRR1609549 2 0.0524 0.5912 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609550 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.8140 0.4649 0.036 0.344 0.152 0.468
#> SRR1609552 3 0.2281 0.7413 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609553 3 0.7100 0.5565 0.160 0.024 0.632 0.184
#> SRR1609554 2 0.8934 -0.3699 0.128 0.392 0.108 0.372
#> SRR1609555 4 0.8689 -0.0536 0.340 0.036 0.260 0.364
#> SRR1609556 3 0.3335 0.7232 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1609557 2 0.8960 -0.3535 0.128 0.404 0.112 0.356
#> SRR1609558 2 0.8524 -0.2399 0.120 0.456 0.080 0.344
#> SRR1609559 2 0.8542 -0.2445 0.116 0.452 0.084 0.348
#> SRR1609560 1 0.5378 0.2659 0.540 0.448 0.000 0.012
#> SRR1609561 3 0.6610 0.5555 0.080 0.052 0.692 0.176
#> SRR1609562 1 0.5378 0.2659 0.540 0.448 0.000 0.012
#> SRR1609563 2 0.3932 0.5066 0.128 0.836 0.004 0.032
#> SRR1609564 1 0.6712 0.2969 0.632 0.004 0.200 0.164
#> SRR1609565 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.2469 0.6287 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.7661 0.3699 0.264 0.000 0.464 0.272
#> SRR1609570 3 0.0657 0.7643 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1609571 3 0.2281 0.7328 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609572 3 0.8846 0.3149 0.228 0.052 0.364 0.356
#> SRR1609573 3 0.0188 0.7637 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609574 3 0.8681 0.2355 0.312 0.036 0.384 0.268
#> SRR1609575 2 0.3024 0.5062 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1609576 2 0.2011 0.5518 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.8723 -0.2331 0.136 0.452 0.088 0.324
#> SRR1609577 1 0.4501 0.6224 0.816 0.128 0.016 0.040
#> SRR1609579 3 0.8643 0.2038 0.332 0.032 0.364 0.272
#> SRR1609580 3 0.8503 0.2081 0.108 0.144 0.540 0.208
#> SRR1609582 1 0.7745 -0.1092 0.420 0.000 0.340 0.240
#> SRR1609581 2 0.8779 -0.2552 0.136 0.444 0.092 0.328
#> SRR1609583 2 0.8749 -0.2773 0.124 0.436 0.096 0.344
#> SRR1609584 3 0.0779 0.7642 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609585 3 0.7660 0.3430 0.276 0.000 0.464 0.260
#> SRR1609586 2 0.0921 0.5845 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609587 2 0.9116 -0.3738 0.132 0.400 0.128 0.340
#> SRR1609588 2 0.8779 -0.2552 0.136 0.444 0.092 0.328
#> SRR1609589 2 0.8615 -0.0952 0.168 0.508 0.084 0.240
#> SRR1609590 3 0.0188 0.7650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609592 2 0.8603 -0.2691 0.116 0.440 0.088 0.356
#> SRR1609591 2 0.8860 -0.1909 0.168 0.476 0.096 0.260
#> SRR1609593 4 0.8166 0.3218 0.076 0.404 0.084 0.436
#> SRR1609594 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609595 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609596 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.5874 0.3513 0.008 0.344 0.032 0.616
#> SRR1609599 4 0.5787 0.3506 0.008 0.344 0.028 0.620
#> SRR1609600 1 0.8641 -0.1128 0.384 0.036 0.336 0.244
#> SRR1609601 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609602 4 0.5787 0.3506 0.008 0.344 0.028 0.620
#> SRR1609603 1 0.2760 0.6255 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609605 2 0.5079 0.4020 0.072 0.768 0.004 0.156
#> SRR1609606 2 0.8642 -0.2957 0.124 0.428 0.084 0.364
#> SRR1609607 3 0.7075 0.4741 0.080 0.060 0.648 0.212
#> SRR1609608 2 0.9026 -0.3643 0.132 0.400 0.116 0.352
#> SRR1609609 2 0.6793 0.3231 0.152 0.684 0.048 0.116
#> SRR1609610 4 0.9304 0.3466 0.292 0.124 0.176 0.408
#> SRR1609611 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609613 2 0.0336 0.5924 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609612 4 0.9781 0.4958 0.184 0.292 0.196 0.328
#> SRR1609614 1 0.8668 -0.0557 0.392 0.036 0.304 0.268
#> SRR1609615 1 0.7209 0.2800 0.508 0.396 0.036 0.060
#> SRR1609616 1 0.7391 0.3748 0.608 0.036 0.132 0.224
#> SRR1609617 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609618 2 0.9156 -0.3518 0.128 0.408 0.140 0.324
#> SRR1609619 2 0.8782 -0.1188 0.196 0.492 0.088 0.224
#> SRR1609620 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609621 2 0.0469 0.5890 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609622 3 0.4704 0.7000 0.028 0.048 0.816 0.108
#> SRR1609623 1 0.7732 -0.0324 0.444 0.000 0.288 0.268
#> SRR1609624 1 0.2149 0.6228 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.7157 0.4899 0.660 0.068 0.104 0.168
#> SRR1609626 3 0.6796 0.6042 0.088 0.060 0.684 0.168
#> SRR1609627 1 0.5132 0.2771 0.548 0.448 0.000 0.004
#> SRR1609628 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609629 4 0.9802 0.2563 0.284 0.164 0.236 0.316
#> SRR1609630 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.6024 0.5975 0.744 0.116 0.048 0.092
#> SRR1609632 1 0.5119 0.2951 0.556 0.440 0.000 0.004
#> SRR1609633 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2281 0.7328 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609636 2 0.4188 0.4029 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1609637 1 0.2156 0.6057 0.928 0.060 0.008 0.004
#> SRR1609638 2 0.4920 0.4108 0.228 0.740 0.004 0.028
#> SRR1609639 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.7661 0.3699 0.264 0.000 0.464 0.272
#> SRR1609641 1 0.2469 0.6287 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.2760 0.6255 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609643 2 0.8972 -0.3181 0.128 0.420 0.116 0.336
#> SRR1609644 1 0.2760 0.6255 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.9739 0.5365 0.184 0.244 0.208 0.364
#> SRR1609646 3 0.0779 0.7642 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609647 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609649 1 0.8557 -0.0163 0.424 0.036 0.304 0.236
#> SRR1609648 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0524 0.5912 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609650 2 0.8767 -0.3038 0.124 0.424 0.096 0.356
#> SRR1609652 3 0.1004 0.7656 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609653 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.4840 0.4938 0.116 0.784 0.000 0.100
#> SRR1609655 4 0.8154 0.4744 0.036 0.336 0.156 0.472
#> SRR1609657 1 0.2334 0.6221 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1609656 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609658 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.5942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.8154 0.4744 0.036 0.336 0.156 0.472
#> SRR1609661 2 0.8993 -0.3449 0.128 0.404 0.116 0.352
#> SRR1609662 2 0.0336 0.5924 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.9702 0.5210 0.144 0.276 0.244 0.336
#> SRR1609664 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609665 2 0.0188 0.5931 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.4472 0.5653 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1609667 1 0.7348 0.1431 0.528 0.000 0.232 0.240
#> SRR1609668 2 0.5016 0.1093 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR1609669 1 0.2760 0.6255 0.872 0.128 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609361 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609362 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609363 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609364 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609365 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609366 1 0.6516 0.1730 0.472 0.312 0.000 0.000 0.216
#> SRR1609367 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609368 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609369 1 0.3734 0.6655 0.812 0.060 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609370 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609371 2 0.2067 0.4788 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1609372 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609373 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609374 1 0.6569 0.0930 0.448 0.336 0.000 0.000 0.216
#> SRR1609375 1 0.6195 0.3910 0.552 0.240 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609377 1 0.5602 0.5587 0.640 0.164 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609376 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609378 2 0.2142 0.4649 0.000 0.920 0.004 0.048 0.028
#> SRR1609379 1 0.0566 0.6830 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609382 2 0.2605 0.4484 0.000 0.896 0.004 0.056 0.044
#> SRR1609383 1 0.2688 0.6928 0.904 0.032 0.004 0.024 0.036
#> SRR1609381 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609384 1 0.4255 0.6532 0.776 0.096 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609386 1 0.5820 0.5134 0.612 0.196 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609385 1 0.3798 0.6640 0.808 0.064 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609387 1 0.3255 0.6467 0.868 0.024 0.000 0.068 0.040
#> SRR1609388 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609390 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609393 2 0.2142 0.4649 0.000 0.920 0.004 0.048 0.028
#> SRR1609394 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609392 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609391 2 0.2067 0.4788 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1609395 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609396 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609398 1 0.5820 0.5134 0.612 0.196 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609399 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609400 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609397 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609401 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609402 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609405 1 0.5787 0.5187 0.616 0.204 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609404 2 0.2227 0.4675 0.000 0.916 0.004 0.048 0.032
#> SRR1609406 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609408 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609403 1 0.0898 0.6908 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609410 1 0.5372 0.5814 0.668 0.152 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609411 2 0.4283 0.7115 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609407 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609413 1 0.0566 0.6830 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609412 5 0.5374 0.6772 0.068 0.104 0.024 0.048 0.756
#> SRR1609414 4 0.7738 0.6051 0.164 0.004 0.092 0.472 0.268
#> SRR1609415 4 0.6294 0.5478 0.396 0.000 0.032 0.500 0.072
#> SRR1609416 4 0.6631 0.7434 0.240 0.000 0.072 0.592 0.096
#> SRR1609417 3 0.5622 0.6433 0.008 0.012 0.676 0.092 0.212
#> SRR1609418 1 0.4799 0.5428 0.760 0.036 0.000 0.148 0.056
#> SRR1609419 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609420 1 0.5934 0.5228 0.616 0.144 0.000 0.008 0.232
#> SRR1609421 5 0.4362 0.7115 0.056 0.072 0.032 0.020 0.820
#> SRR1609422 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609423 2 0.2747 0.4413 0.000 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR1609424 2 0.2609 0.4482 0.000 0.896 0.004 0.052 0.048
#> SRR1609425 1 0.6259 0.3753 0.540 0.212 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609426 2 0.4482 0.7096 0.016 0.636 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609427 4 0.4704 0.7061 0.116 0.000 0.104 0.764 0.016
#> SRR1609428 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609429 5 0.7989 0.3388 0.260 0.092 0.024 0.140 0.484
#> SRR1609430 3 0.1492 0.7918 0.004 0.000 0.948 0.040 0.008
#> SRR1609431 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609432 2 0.5811 0.6160 0.116 0.568 0.000 0.000 0.316
#> SRR1609433 4 0.6631 0.7434 0.240 0.000 0.072 0.592 0.096
#> SRR1609434 2 0.2142 0.4649 0.000 0.920 0.004 0.048 0.028
#> SRR1609435 4 0.6183 0.7025 0.300 0.000 0.048 0.588 0.064
#> SRR1609436 4 0.6018 0.7534 0.148 0.000 0.112 0.676 0.064
#> SRR1609437 2 0.6930 0.3858 0.164 0.504 0.004 0.024 0.304
#> SRR1609438 2 0.2142 0.4649 0.000 0.920 0.004 0.048 0.028
#> SRR1609439 3 0.6030 0.6088 0.012 0.012 0.644 0.116 0.216
#> SRR1609440 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609441 5 0.4882 0.6884 0.052 0.116 0.032 0.020 0.780
#> SRR1609442 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609443 4 0.7380 0.7128 0.208 0.000 0.088 0.524 0.180
#> SRR1609444 5 0.7989 0.3388 0.260 0.092 0.024 0.140 0.484
#> SRR1609445 5 0.4760 0.7048 0.068 0.080 0.032 0.024 0.796
#> SRR1609446 5 0.4949 0.6950 0.072 0.096 0.032 0.020 0.780
#> SRR1609447 4 0.6072 0.7542 0.224 0.000 0.064 0.644 0.068
#> SRR1609448 2 0.4457 0.6903 0.012 0.620 0.000 0.000 0.368
#> SRR1609449 1 0.4862 0.5373 0.760 0.036 0.004 0.152 0.048
#> SRR1609450 2 0.6109 0.5717 0.148 0.532 0.000 0.000 0.320
#> SRR1609451 3 0.3421 0.6483 0.008 0.000 0.788 0.204 0.000
#> SRR1609452 5 0.3857 0.7175 0.064 0.040 0.032 0.016 0.848
#> SRR1609453 4 0.7828 0.6136 0.184 0.008 0.084 0.472 0.252
#> SRR1609454 2 0.6476 0.4602 0.132 0.472 0.000 0.012 0.384
#> SRR1609455 1 0.6871 0.0584 0.412 0.280 0.000 0.004 0.304
#> SRR1609456 5 0.4633 0.6942 0.064 0.096 0.032 0.012 0.796
#> SRR1609457 5 0.5966 0.5746 0.096 0.004 0.080 0.124 0.696
#> SRR1609458 4 0.7050 0.6883 0.288 0.000 0.060 0.520 0.132
#> SRR1609459 5 0.4290 0.7144 0.056 0.024 0.048 0.044 0.828
#> SRR1609460 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609461 5 0.6568 0.4811 0.096 0.004 0.092 0.172 0.636
#> SRR1609462 4 0.5922 0.4872 0.100 0.000 0.320 0.572 0.008
#> SRR1609464 3 0.1012 0.7993 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1609463 5 0.5681 0.6134 0.040 0.016 0.108 0.112 0.724
#> SRR1609465 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609466 1 0.5931 0.5800 0.664 0.156 0.000 0.032 0.148
#> SRR1609467 3 0.1202 0.7959 0.004 0.000 0.960 0.032 0.004
#> SRR1609469 2 0.3584 0.3961 0.000 0.840 0.008 0.076 0.076
#> SRR1609470 5 0.4524 0.6933 0.056 0.096 0.028 0.016 0.804
#> SRR1609472 5 0.6850 0.2553 0.000 0.408 0.024 0.148 0.420
#> SRR1609471 1 0.7365 0.4551 0.528 0.116 0.008 0.084 0.264
#> SRR1609474 2 0.6253 0.4653 0.148 0.464 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609473 2 0.2747 0.4413 0.000 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR1609475 2 0.2747 0.4413 0.000 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR1609478 5 0.6850 0.2553 0.000 0.408 0.024 0.148 0.420
#> SRR1609476 1 0.5922 0.3342 0.668 0.020 0.024 0.220 0.068
#> SRR1609477 5 0.7313 0.4593 0.044 0.188 0.048 0.132 0.588
#> SRR1609479 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609481 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609480 5 0.6826 0.5144 0.052 0.208 0.024 0.100 0.616
#> SRR1609482 3 0.1012 0.7993 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1609484 2 0.5952 0.2414 0.024 0.620 0.008 0.064 0.284
#> SRR1609483 3 0.6504 0.5475 0.016 0.008 0.592 0.172 0.212
#> SRR1609486 3 0.1216 0.8009 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1609485 3 0.1216 0.8009 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1609487 1 0.5631 0.5532 0.636 0.164 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609488 4 0.8172 0.5242 0.180 0.004 0.120 0.388 0.308
#> SRR1609489 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609490 2 0.6755 0.3043 0.264 0.376 0.000 0.000 0.360
#> SRR1609491 5 0.4905 0.7063 0.072 0.080 0.032 0.028 0.788
#> SRR1609492 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609493 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609494 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609495 1 0.5922 0.3342 0.668 0.020 0.024 0.220 0.068
#> SRR1609496 3 0.2393 0.7667 0.016 0.000 0.900 0.080 0.004
#> SRR1609497 4 0.8354 0.5094 0.192 0.004 0.140 0.356 0.308
#> SRR1609498 4 0.5310 0.7344 0.140 0.000 0.104 0.724 0.032
#> SRR1609499 2 0.6109 0.5717 0.148 0.532 0.000 0.000 0.320
#> SRR1609500 4 0.5952 0.7569 0.164 0.000 0.104 0.676 0.056
#> SRR1609501 5 0.4238 0.7098 0.056 0.064 0.032 0.020 0.828
#> SRR1609502 2 0.6269 0.4501 0.116 0.524 0.000 0.012 0.348
#> SRR1609503 2 0.5841 0.1017 0.008 0.660 0.012 0.116 0.204
#> SRR1609504 4 0.6367 0.5864 0.372 0.000 0.036 0.516 0.076
#> SRR1609505 4 0.5767 0.5522 0.112 0.000 0.280 0.604 0.004
#> SRR1609506 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609507 4 0.5937 0.7250 0.124 0.000 0.116 0.688 0.072
#> SRR1609508 2 0.6411 0.4730 0.124 0.480 0.000 0.012 0.384
#> SRR1609509 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609510 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609512 3 0.2511 0.7612 0.016 0.000 0.892 0.088 0.004
#> SRR1609511 3 0.5660 0.6440 0.008 0.012 0.676 0.100 0.204
#> SRR1609513 3 0.1770 0.7878 0.008 0.000 0.936 0.048 0.008
#> SRR1609514 2 0.7167 -0.2521 0.008 0.412 0.024 0.160 0.396
#> SRR1609515 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609516 5 0.4420 0.7140 0.064 0.024 0.044 0.048 0.820
#> SRR1609517 5 0.5138 -0.1882 0.028 0.396 0.000 0.008 0.568
#> SRR1609518 1 0.5273 0.5181 0.736 0.048 0.004 0.152 0.060
#> SRR1609519 3 0.1216 0.8009 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1609520 2 0.2747 0.4413 0.000 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR1609521 4 0.4750 0.7108 0.120 0.000 0.104 0.760 0.016
#> SRR1609522 3 0.0807 0.7979 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1609523 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609524 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609526 3 0.2344 0.7746 0.000 0.000 0.904 0.064 0.032
#> SRR1609525 5 0.4524 0.6933 0.056 0.096 0.028 0.016 0.804
#> SRR1609527 1 0.0807 0.6810 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609529 3 0.7246 0.3564 0.076 0.004 0.512 0.112 0.296
#> SRR1609528 5 0.6850 0.2553 0.000 0.408 0.024 0.148 0.420
#> SRR1609530 3 0.4964 0.6728 0.036 0.000 0.740 0.052 0.172
#> SRR1609531 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609532 3 0.1012 0.7993 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1609533 5 0.4165 0.7073 0.056 0.072 0.032 0.012 0.828
#> SRR1609534 3 0.6287 0.5343 0.036 0.000 0.600 0.104 0.260
#> SRR1609535 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609537 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609536 5 0.4552 0.7126 0.068 0.024 0.044 0.052 0.812
#> SRR1609538 2 0.6063 0.5794 0.144 0.540 0.000 0.000 0.316
#> SRR1609539 5 0.5583 0.6229 0.040 0.012 0.112 0.108 0.728
#> SRR1609540 1 0.7478 -0.3946 0.416 0.028 0.028 0.392 0.136
#> SRR1609541 2 0.7142 -0.2467 0.008 0.420 0.024 0.156 0.392
#> SRR1609542 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609543 4 0.4704 0.7061 0.116 0.000 0.104 0.764 0.016
#> SRR1609544 1 0.4738 0.5012 0.760 0.004 0.016 0.156 0.064
#> SRR1609545 4 0.4735 0.7069 0.132 0.000 0.100 0.756 0.012
#> SRR1609546 5 0.4816 0.7125 0.064 0.048 0.044 0.044 0.800
#> SRR1609547 5 0.6536 0.5188 0.076 0.016 0.140 0.108 0.660
#> SRR1609548 5 0.4669 0.6689 0.052 0.112 0.024 0.020 0.792
#> SRR1609549 2 0.4457 0.6903 0.012 0.620 0.000 0.000 0.368
#> SRR1609550 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609551 5 0.5583 0.6162 0.040 0.012 0.108 0.112 0.728
#> SRR1609552 3 0.3058 0.7658 0.000 0.000 0.860 0.044 0.096
#> SRR1609553 3 0.7382 0.3798 0.104 0.004 0.548 0.144 0.200
#> SRR1609554 5 0.4488 0.7180 0.068 0.036 0.052 0.028 0.816
#> SRR1609555 4 0.8288 0.5021 0.180 0.004 0.136 0.364 0.316
#> SRR1609556 3 0.3132 0.6839 0.008 0.000 0.820 0.172 0.000
#> SRR1609557 5 0.4360 0.7148 0.064 0.028 0.044 0.040 0.824
#> SRR1609558 5 0.4279 0.7074 0.056 0.072 0.028 0.020 0.824
#> SRR1609559 5 0.3994 0.7109 0.056 0.068 0.032 0.008 0.836
#> SRR1609560 1 0.5779 0.5305 0.616 0.172 0.000 0.000 0.212
#> SRR1609561 3 0.6222 0.5471 0.036 0.000 0.612 0.104 0.248
#> SRR1609562 1 0.5779 0.5305 0.616 0.172 0.000 0.000 0.212
#> SRR1609563 2 0.6257 0.4697 0.148 0.460 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609564 4 0.6294 0.5478 0.396 0.000 0.032 0.500 0.072
#> SRR1609565 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609566 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609567 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609568 1 0.0566 0.6830 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609569 4 0.5767 0.5522 0.112 0.000 0.280 0.604 0.004
#> SRR1609570 3 0.1444 0.7942 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1609571 3 0.2426 0.7736 0.000 0.000 0.900 0.064 0.036
#> SRR1609572 4 0.7906 0.4749 0.096 0.008 0.212 0.476 0.208
#> SRR1609573 3 0.1012 0.7979 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1609574 4 0.6654 0.7171 0.132 0.000 0.144 0.624 0.100
#> SRR1609575 2 0.3848 0.5417 0.004 0.800 0.004 0.028 0.164
#> SRR1609576 2 0.5584 0.6432 0.092 0.584 0.000 0.000 0.324
#> SRR1609578 5 0.4847 0.7027 0.076 0.084 0.032 0.020 0.788
#> SRR1609577 1 0.3255 0.6467 0.868 0.024 0.000 0.068 0.040
#> SRR1609579 4 0.6286 0.7327 0.132 0.000 0.112 0.660 0.096
#> SRR1609580 3 0.7280 0.2901 0.064 0.004 0.464 0.116 0.352
#> SRR1609582 4 0.5780 0.7547 0.172 0.000 0.100 0.684 0.044
#> SRR1609581 5 0.4929 0.7078 0.072 0.076 0.032 0.032 0.788
#> SRR1609583 5 0.4394 0.7147 0.064 0.060 0.032 0.024 0.820
#> SRR1609584 3 0.1329 0.7932 0.004 0.000 0.956 0.032 0.008
#> SRR1609585 4 0.6056 0.5558 0.124 0.000 0.292 0.576 0.008
#> SRR1609586 2 0.5016 0.6846 0.044 0.608 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609587 5 0.4697 0.7112 0.064 0.024 0.052 0.056 0.804
#> SRR1609588 5 0.4929 0.7078 0.072 0.076 0.032 0.032 0.788
#> SRR1609589 5 0.6173 0.6033 0.148 0.132 0.032 0.016 0.672
#> SRR1609590 3 0.1216 0.8009 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1609592 5 0.3909 0.7144 0.056 0.056 0.032 0.012 0.844
#> SRR1609591 5 0.6091 0.6383 0.128 0.112 0.028 0.036 0.696
#> SRR1609593 5 0.4706 0.6953 0.068 0.028 0.028 0.076 0.800
#> SRR1609594 2 0.2142 0.4649 0.000 0.920 0.004 0.048 0.028
#> SRR1609595 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609596 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609597 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609598 2 0.7164 -0.2447 0.008 0.420 0.024 0.160 0.388
#> SRR1609599 2 0.7142 -0.2467 0.008 0.420 0.024 0.156 0.392
#> SRR1609600 4 0.6932 0.7411 0.180 0.000 0.092 0.588 0.140
#> SRR1609601 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609602 2 0.7142 -0.2467 0.008 0.420 0.024 0.156 0.392
#> SRR1609603 1 0.0898 0.6908 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609604 2 0.2227 0.4675 0.000 0.916 0.004 0.048 0.032
#> SRR1609605 5 0.5138 -0.1882 0.028 0.396 0.000 0.008 0.568
#> SRR1609606 5 0.3972 0.7174 0.064 0.052 0.032 0.012 0.840
#> SRR1609607 3 0.6461 0.4903 0.036 0.000 0.568 0.108 0.288
#> SRR1609608 5 0.4489 0.7131 0.064 0.024 0.044 0.052 0.816
#> SRR1609609 5 0.6556 0.1837 0.152 0.272 0.016 0.004 0.556
#> SRR1609610 5 0.8345 -0.0163 0.148 0.044 0.104 0.224 0.480
#> SRR1609611 2 0.2227 0.4675 0.000 0.916 0.004 0.048 0.032
#> SRR1609613 2 0.4482 0.7096 0.016 0.636 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609612 5 0.6477 0.5286 0.116 0.008 0.080 0.140 0.656
#> SRR1609614 4 0.7249 0.7235 0.200 0.000 0.088 0.544 0.168
#> SRR1609615 1 0.7207 0.4628 0.536 0.116 0.004 0.080 0.264
#> SRR1609616 1 0.7363 -0.4199 0.424 0.028 0.028 0.400 0.120
#> SRR1609617 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609618 5 0.5679 0.7066 0.072 0.068 0.080 0.036 0.744
#> SRR1609619 5 0.6111 0.6054 0.188 0.088 0.032 0.020 0.672
#> SRR1609620 2 0.2067 0.4788 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1609621 2 0.4201 0.7061 0.008 0.664 0.000 0.000 0.328
#> SRR1609622 3 0.4785 0.7277 0.012 0.008 0.768 0.108 0.104
#> SRR1609623 4 0.5639 0.7522 0.176 0.000 0.076 0.696 0.052
#> SRR1609624 1 0.1106 0.6766 0.964 0.012 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609625 1 0.6559 -0.1290 0.524 0.028 0.016 0.364 0.068
#> SRR1609626 3 0.6420 0.5749 0.020 0.008 0.612 0.164 0.196
#> SRR1609627 1 0.5692 0.5436 0.628 0.168 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609628 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609629 5 0.7634 -0.1524 0.148 0.000 0.096 0.304 0.452
#> SRR1609630 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609631 1 0.5081 0.5057 0.736 0.036 0.000 0.164 0.064
#> SRR1609632 1 0.5659 0.5479 0.632 0.164 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609633 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609634 2 0.4313 0.7052 0.008 0.636 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609635 3 0.2426 0.7736 0.000 0.000 0.900 0.064 0.036
#> SRR1609636 2 0.2067 0.4788 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1609637 1 0.2151 0.6303 0.912 0.004 0.004 0.076 0.004
#> SRR1609638 2 0.6715 0.3331 0.248 0.392 0.000 0.000 0.360
#> SRR1609639 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609640 4 0.5767 0.5522 0.112 0.000 0.280 0.604 0.004
#> SRR1609641 1 0.0566 0.6830 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609642 1 0.0898 0.6908 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609643 5 0.4993 0.7121 0.068 0.064 0.044 0.036 0.788
#> SRR1609644 1 0.0898 0.6908 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609645 5 0.6627 0.4897 0.104 0.012 0.124 0.108 0.652
#> SRR1609646 3 0.1329 0.7932 0.004 0.000 0.956 0.032 0.008
#> SRR1609647 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609649 4 0.6957 0.7460 0.208 0.000 0.084 0.576 0.132
#> SRR1609648 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609651 2 0.4457 0.6903 0.012 0.620 0.000 0.000 0.368
#> SRR1609650 5 0.3999 0.7166 0.056 0.040 0.032 0.028 0.844
#> SRR1609652 3 0.1560 0.8001 0.004 0.000 0.948 0.028 0.020
#> SRR1609653 2 0.4283 0.7135 0.008 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609654 2 0.6534 0.4643 0.164 0.520 0.000 0.012 0.304
#> SRR1609655 5 0.5583 0.6229 0.040 0.012 0.112 0.108 0.728
#> SRR1609657 1 0.1195 0.6756 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609656 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609658 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609659 2 0.4268 0.7129 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1609660 5 0.5583 0.6229 0.040 0.012 0.112 0.108 0.728
#> SRR1609661 5 0.4816 0.7125 0.064 0.048 0.044 0.044 0.800
#> SRR1609662 2 0.4482 0.7096 0.016 0.636 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609663 5 0.6509 0.5233 0.072 0.008 0.160 0.112 0.648
#> SRR1609664 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609665 2 0.4387 0.7117 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609666 1 0.3536 0.6884 0.860 0.048 0.004 0.032 0.056
#> SRR1609667 4 0.6074 0.7263 0.276 0.000 0.048 0.612 0.064
#> SRR1609668 5 0.5053 0.4559 0.016 0.164 0.000 0.092 0.728
#> SRR1609669 1 0.0898 0.6908 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 1 0.1368 0.7235 0.956 0.016 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609361 1 0.1368 0.7235 0.956 0.016 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609362 1 0.1368 0.7235 0.956 0.016 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.1368 0.7235 0.956 0.016 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609366 2 0.3997 -0.1176 0.488 0.508 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609367 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3073 0.6951 0.816 0.164 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609370 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609371 4 0.3991 0.3409 0.000 0.472 0.000 0.524 0.004 0.000
#> SRR1609372 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.3986 -0.0247 0.464 0.532 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609375 1 0.3937 0.3657 0.572 0.424 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609377 1 0.3835 0.5773 0.668 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609376 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3930 0.4039 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1609379 1 0.1806 0.7427 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1609382 4 0.4301 0.4227 0.000 0.392 0.000 0.584 0.024 0.000
#> SRR1609383 1 0.0837 0.7294 0.972 0.000 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609381 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609384 1 0.3401 0.6749 0.776 0.204 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609386 1 0.3782 0.5158 0.636 0.360 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609385 1 0.3109 0.6930 0.812 0.168 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609387 1 0.3384 0.6919 0.820 0.016 0.000 0.000 0.032 0.132
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609393 4 0.3930 0.4039 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1609394 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3991 0.3409 0.000 0.472 0.000 0.524 0.004 0.000
#> SRR1609395 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609396 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609398 1 0.3782 0.5158 0.636 0.360 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609399 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609400 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3769 0.5219 0.640 0.356 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609404 4 0.3944 0.3971 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.1845 0.7459 0.916 0.008 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1609410 1 0.3547 0.6069 0.696 0.300 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609411 2 0.0260 0.8459 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.1806 0.7427 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1609412 5 0.4681 0.7008 0.016 0.332 0.000 0.000 0.620 0.032
#> SRR1609414 6 0.6469 0.5519 0.084 0.052 0.032 0.000 0.284 0.548
#> SRR1609415 6 0.4986 0.5586 0.304 0.000 0.000 0.000 0.096 0.600
#> SRR1609416 6 0.4544 0.7335 0.152 0.000 0.004 0.004 0.116 0.724
#> SRR1609417 3 0.4702 0.6527 0.000 0.000 0.644 0.012 0.296 0.048
#> SRR1609418 1 0.4763 0.5606 0.696 0.024 0.000 0.000 0.068 0.212
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.4632 0.5552 0.640 0.308 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR1609421 5 0.3799 0.7571 0.000 0.280 0.000 0.008 0.704 0.008
#> SRR1609422 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609423 4 0.4343 0.4305 0.000 0.380 0.000 0.592 0.028 0.000
#> SRR1609424 4 0.4371 0.4215 0.000 0.392 0.000 0.580 0.028 0.000
#> SRR1609425 1 0.4468 0.3658 0.560 0.408 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609426 2 0.0291 0.8456 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609427 6 0.1509 0.7047 0.024 0.000 0.012 0.008 0.008 0.948
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.7246 0.3269 0.236 0.180 0.000 0.000 0.432 0.152
#> SRR1609430 3 0.0790 0.8084 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1609431 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609432 2 0.2218 0.7459 0.104 0.884 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609433 6 0.4544 0.7335 0.152 0.000 0.004 0.004 0.116 0.724
#> SRR1609434 4 0.3930 0.4039 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1609435 6 0.4403 0.6988 0.196 0.000 0.000 0.000 0.096 0.708
#> SRR1609436 6 0.3897 0.7417 0.048 0.012 0.028 0.000 0.100 0.812
#> SRR1609437 2 0.6797 0.1845 0.168 0.508 0.000 0.212 0.112 0.000
#> SRR1609438 4 0.3930 0.4039 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1609439 3 0.5002 0.6248 0.000 0.000 0.616 0.012 0.304 0.068
#> SRR1609440 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609441 5 0.4214 0.7185 0.004 0.320 0.000 0.012 0.656 0.008
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 6 0.4976 0.7011 0.092 0.000 0.012 0.000 0.240 0.656
#> SRR1609444 5 0.7246 0.3269 0.236 0.180 0.000 0.000 0.432 0.152
#> SRR1609445 5 0.4063 0.7543 0.020 0.280 0.000 0.000 0.692 0.008
#> SRR1609446 5 0.4184 0.7406 0.028 0.296 0.000 0.000 0.672 0.004
#> SRR1609447 6 0.3748 0.7531 0.108 0.000 0.000 0.000 0.108 0.784
#> SRR1609448 2 0.0858 0.8272 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609449 1 0.4631 0.5554 0.700 0.020 0.000 0.000 0.060 0.220
#> SRR1609450 2 0.2783 0.6959 0.148 0.836 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609451 3 0.3109 0.6755 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224
#> SRR1609452 5 0.3558 0.7561 0.000 0.212 0.000 0.028 0.760 0.000
#> SRR1609453 6 0.6595 0.5772 0.108 0.056 0.028 0.000 0.260 0.548
#> SRR1609454 2 0.4991 0.5710 0.104 0.712 0.000 0.048 0.136 0.000
#> SRR1609455 2 0.5417 -0.0446 0.424 0.472 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1609456 5 0.4035 0.7460 0.020 0.296 0.000 0.000 0.680 0.004
#> SRR1609457 5 0.5651 0.6670 0.028 0.148 0.028 0.004 0.680 0.112
#> SRR1609458 6 0.5221 0.7007 0.164 0.004 0.004 0.000 0.184 0.644
#> SRR1609459 5 0.4314 0.7636 0.000 0.232 0.004 0.012 0.716 0.036
#> SRR1609460 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609461 5 0.6160 0.5930 0.028 0.128 0.044 0.004 0.636 0.160
#> SRR1609462 6 0.4210 0.4981 0.024 0.000 0.248 0.008 0.008 0.712
#> SRR1609464 3 0.0603 0.8136 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609463 5 0.6676 0.1672 0.000 0.096 0.060 0.324 0.496 0.024
#> SRR1609465 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609466 1 0.5273 0.6010 0.700 0.116 0.000 0.120 0.060 0.004
#> SRR1609467 3 0.0713 0.8124 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609469 4 0.5339 0.4388 0.008 0.352 0.004 0.556 0.080 0.000
#> SRR1609470 5 0.3565 0.7397 0.000 0.304 0.000 0.004 0.692 0.000
#> SRR1609472 4 0.5359 0.1747 0.008 0.032 0.004 0.540 0.392 0.024
#> SRR1609471 1 0.6307 0.4680 0.552 0.268 0.000 0.004 0.096 0.080
#> SRR1609474 2 0.4301 0.6024 0.136 0.740 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1609473 4 0.4343 0.4305 0.000 0.380 0.000 0.592 0.028 0.000
#> SRR1609475 4 0.4353 0.4283 0.000 0.384 0.000 0.588 0.028 0.000
#> SRR1609478 4 0.5359 0.1747 0.008 0.032 0.004 0.540 0.392 0.024
#> SRR1609476 1 0.5067 0.3410 0.596 0.004 0.000 0.000 0.088 0.312
#> SRR1609477 5 0.5870 0.4981 0.008 0.076 0.020 0.176 0.664 0.056
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609480 5 0.5155 0.4979 0.008 0.084 0.004 0.196 0.688 0.020
#> SRR1609482 3 0.0603 0.8136 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609484 2 0.6662 -0.2981 0.008 0.396 0.004 0.328 0.252 0.012
#> SRR1609483 3 0.5539 0.5603 0.000 0.000 0.564 0.008 0.292 0.136
#> SRR1609486 3 0.1003 0.8152 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1609485 3 0.1003 0.8152 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1609487 1 0.3852 0.5710 0.664 0.324 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609488 6 0.6496 0.4081 0.072 0.016 0.056 0.004 0.396 0.456
#> SRR1609489 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609490 2 0.4841 0.4723 0.260 0.648 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1609491 5 0.4194 0.7573 0.024 0.272 0.000 0.000 0.692 0.012
#> SRR1609492 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.5067 0.3410 0.596 0.004 0.000 0.000 0.088 0.312
#> SRR1609496 3 0.1858 0.7896 0.012 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076
#> SRR1609497 6 0.6586 0.4016 0.068 0.008 0.084 0.004 0.400 0.436
#> SRR1609498 6 0.2596 0.7323 0.044 0.000 0.016 0.004 0.044 0.892
#> SRR1609499 2 0.2783 0.6959 0.148 0.836 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609500 6 0.3689 0.7457 0.052 0.008 0.024 0.000 0.092 0.824
#> SRR1609501 5 0.3650 0.7593 0.000 0.272 0.000 0.004 0.716 0.008
#> SRR1609502 2 0.5761 0.4629 0.108 0.648 0.000 0.140 0.104 0.000
#> SRR1609503 4 0.3842 0.4011 0.000 0.100 0.000 0.784 0.112 0.004
#> SRR1609504 6 0.4951 0.5998 0.276 0.000 0.000 0.000 0.104 0.620
#> SRR1609505 6 0.3870 0.5527 0.024 0.000 0.212 0.008 0.004 0.752
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 6 0.3169 0.7204 0.024 0.000 0.020 0.008 0.096 0.852
#> SRR1609508 2 0.4903 0.5812 0.096 0.720 0.000 0.048 0.136 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609512 3 0.1967 0.7849 0.012 0.000 0.904 0.000 0.000 0.084
#> SRR1609511 3 0.4724 0.6571 0.000 0.000 0.648 0.012 0.288 0.052
#> SRR1609513 3 0.1007 0.8068 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609514 4 0.5169 0.2071 0.008 0.032 0.004 0.568 0.372 0.016
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.4299 0.7537 0.000 0.212 0.000 0.032 0.728 0.028
#> SRR1609517 2 0.3521 0.4546 0.004 0.724 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR1609518 1 0.5049 0.5330 0.672 0.036 0.000 0.000 0.068 0.224
#> SRR1609519 3 0.1003 0.8152 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1609520 4 0.4343 0.4305 0.000 0.380 0.000 0.592 0.028 0.000
#> SRR1609521 6 0.1705 0.7090 0.024 0.000 0.012 0.008 0.016 0.940
#> SRR1609522 3 0.0291 0.8104 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609523 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609524 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.2290 0.7924 0.000 0.000 0.892 0.004 0.084 0.020
#> SRR1609525 5 0.3565 0.7397 0.000 0.304 0.000 0.004 0.692 0.000
#> SRR1609527 1 0.1908 0.7418 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1609529 3 0.6491 0.2732 0.012 0.044 0.448 0.000 0.384 0.112
#> SRR1609528 4 0.5359 0.1747 0.008 0.032 0.004 0.540 0.392 0.024
#> SRR1609530 3 0.4260 0.6677 0.000 0.000 0.700 0.004 0.248 0.048
#> SRR1609531 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609532 3 0.0603 0.8136 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609533 5 0.3426 0.7561 0.000 0.276 0.000 0.004 0.720 0.000
#> SRR1609534 3 0.5490 0.4914 0.000 0.000 0.532 0.016 0.364 0.088
#> SRR1609535 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4505 0.7543 0.004 0.212 0.000 0.028 0.720 0.036
#> SRR1609538 2 0.2623 0.7133 0.132 0.852 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609539 5 0.6520 0.2301 0.000 0.088 0.060 0.296 0.532 0.024
#> SRR1609540 6 0.6282 0.4192 0.340 0.032 0.000 0.000 0.160 0.468
#> SRR1609541 4 0.5159 0.2117 0.008 0.032 0.004 0.572 0.368 0.016
#> SRR1609542 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609543 6 0.1509 0.7047 0.024 0.000 0.012 0.008 0.008 0.948
#> SRR1609544 1 0.4330 0.5436 0.696 0.000 0.000 0.000 0.068 0.236
#> SRR1609545 6 0.1711 0.7046 0.040 0.000 0.008 0.008 0.008 0.936
#> SRR1609546 5 0.4104 0.7658 0.008 0.236 0.004 0.000 0.724 0.028
#> SRR1609547 5 0.5374 0.6224 0.008 0.096 0.088 0.012 0.720 0.076
#> SRR1609548 5 0.3728 0.6957 0.000 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR1609549 2 0.0858 0.8272 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.6580 0.1958 0.000 0.088 0.060 0.316 0.512 0.024
#> SRR1609552 3 0.3290 0.7605 0.000 0.000 0.820 0.004 0.132 0.044
#> SRR1609553 3 0.6051 0.3630 0.016 0.000 0.488 0.000 0.324 0.172
#> SRR1609554 5 0.4256 0.7632 0.004 0.228 0.012 0.012 0.728 0.016
#> SRR1609555 6 0.6593 0.3838 0.064 0.012 0.080 0.004 0.404 0.436
#> SRR1609556 3 0.2668 0.7236 0.000 0.000 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR1609557 5 0.4153 0.7547 0.000 0.212 0.000 0.028 0.736 0.024
#> SRR1609558 5 0.3606 0.7554 0.000 0.284 0.000 0.004 0.708 0.004
#> SRR1609559 5 0.3468 0.7591 0.000 0.264 0.000 0.008 0.728 0.000
#> SRR1609560 1 0.4196 0.5482 0.640 0.332 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609561 3 0.5453 0.5130 0.000 0.000 0.548 0.016 0.348 0.088
#> SRR1609562 1 0.4196 0.5482 0.640 0.332 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609563 2 0.4175 0.6207 0.136 0.752 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR1609564 6 0.4986 0.5586 0.304 0.000 0.000 0.000 0.096 0.600
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0260 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.1806 0.7427 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1609569 6 0.3841 0.5561 0.024 0.000 0.208 0.008 0.004 0.756
#> SRR1609570 3 0.1155 0.8106 0.000 0.000 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1609571 3 0.2342 0.7919 0.000 0.000 0.888 0.004 0.088 0.020
#> SRR1609572 6 0.6397 0.4753 0.040 0.000 0.140 0.004 0.340 0.476
#> SRR1609573 3 0.0405 0.8110 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609574 6 0.4116 0.7103 0.028 0.000 0.056 0.004 0.128 0.784
#> SRR1609575 2 0.4950 -0.1274 0.020 0.540 0.000 0.408 0.032 0.000
#> SRR1609576 2 0.1866 0.7724 0.084 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609578 5 0.4087 0.7532 0.028 0.276 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR1609577 1 0.3384 0.6919 0.820 0.016 0.000 0.000 0.032 0.132
#> SRR1609579 6 0.3534 0.7245 0.028 0.000 0.024 0.004 0.124 0.820
#> SRR1609580 5 0.6671 -0.1477 0.008 0.060 0.400 0.004 0.424 0.104
#> SRR1609582 6 0.3316 0.7459 0.056 0.000 0.020 0.000 0.084 0.840
#> SRR1609581 5 0.4281 0.7578 0.024 0.272 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR1609583 5 0.3831 0.7657 0.008 0.244 0.000 0.004 0.732 0.012
#> SRR1609584 3 0.0632 0.8089 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609585 6 0.4364 0.5698 0.032 0.000 0.220 0.008 0.016 0.724
#> SRR1609586 2 0.0935 0.8228 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609587 5 0.4683 0.7511 0.000 0.212 0.008 0.032 0.712 0.036
#> SRR1609588 5 0.4281 0.7578 0.024 0.272 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR1609589 5 0.5460 0.6427 0.104 0.324 0.000 0.000 0.560 0.012
#> SRR1609590 3 0.1003 0.8152 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1609592 5 0.3536 0.7618 0.000 0.252 0.000 0.008 0.736 0.004
#> SRR1609591 5 0.5522 0.6807 0.084 0.312 0.000 0.000 0.576 0.028
#> SRR1609593 5 0.5987 0.5528 0.000 0.228 0.000 0.240 0.520 0.012
#> SRR1609594 4 0.3930 0.4039 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1609595 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609596 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609597 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.5149 0.2138 0.008 0.032 0.004 0.576 0.364 0.016
#> SRR1609599 4 0.5159 0.2117 0.008 0.032 0.004 0.572 0.368 0.016
#> SRR1609600 6 0.4218 0.7363 0.068 0.000 0.008 0.000 0.184 0.740
#> SRR1609601 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609602 4 0.5159 0.2117 0.008 0.032 0.004 0.572 0.368 0.016
#> SRR1609603 1 0.1845 0.7459 0.916 0.008 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1609604 4 0.3944 0.3971 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004 0.000
#> SRR1609605 2 0.3521 0.4546 0.004 0.724 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR1609606 5 0.3566 0.7576 0.000 0.236 0.000 0.020 0.744 0.000
#> SRR1609607 3 0.5613 0.4316 0.000 0.000 0.500 0.020 0.392 0.088
#> SRR1609608 5 0.4370 0.7530 0.000 0.212 0.000 0.032 0.724 0.032
#> SRR1609609 2 0.5647 -0.1489 0.120 0.504 0.000 0.004 0.368 0.004
#> SRR1609610 5 0.6218 0.1928 0.024 0.052 0.072 0.000 0.564 0.288
#> SRR1609611 4 0.3944 0.3971 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004 0.000
#> SRR1609613 2 0.0291 0.8456 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609612 5 0.6000 0.6278 0.044 0.148 0.028 0.000 0.644 0.136
#> SRR1609614 6 0.4813 0.7174 0.088 0.000 0.012 0.000 0.220 0.680
#> SRR1609615 1 0.6218 0.4777 0.560 0.268 0.000 0.004 0.096 0.072
#> SRR1609616 6 0.6088 0.4400 0.332 0.024 0.000 0.000 0.152 0.492
#> SRR1609617 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609618 5 0.5227 0.7530 0.024 0.248 0.044 0.000 0.660 0.024
#> SRR1609619 5 0.5586 0.6454 0.148 0.280 0.000 0.000 0.564 0.008
#> SRR1609620 4 0.3991 0.3409 0.000 0.472 0.000 0.524 0.004 0.000
#> SRR1609621 2 0.0547 0.8311 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.3829 0.7396 0.000 0.000 0.760 0.000 0.180 0.060
#> SRR1609623 6 0.3194 0.7494 0.076 0.000 0.008 0.004 0.064 0.848
#> SRR1609624 1 0.1910 0.7373 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1609625 6 0.5614 0.1371 0.444 0.016 0.000 0.000 0.092 0.448
#> SRR1609626 3 0.5426 0.5883 0.000 0.000 0.584 0.008 0.280 0.128
#> SRR1609627 1 0.3969 0.5558 0.652 0.332 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609628 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609629 5 0.6477 0.0505 0.052 0.068 0.032 0.000 0.500 0.348
#> SRR1609630 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609631 1 0.4863 0.5220 0.676 0.020 0.000 0.000 0.072 0.232
#> SRR1609632 1 0.4018 0.5667 0.656 0.324 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609633 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609634 2 0.0458 0.8372 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609635 3 0.2342 0.7919 0.000 0.000 0.888 0.004 0.088 0.020
#> SRR1609636 4 0.3991 0.3409 0.000 0.472 0.000 0.524 0.004 0.000
#> SRR1609637 1 0.2632 0.6938 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR1609638 2 0.4800 0.4929 0.244 0.660 0.000 0.004 0.092 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 6 0.3870 0.5527 0.024 0.000 0.212 0.008 0.004 0.752
#> SRR1609641 1 0.1806 0.7427 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1609642 1 0.1845 0.7459 0.916 0.008 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1609643 5 0.4199 0.7666 0.012 0.248 0.004 0.000 0.712 0.024
#> SRR1609644 1 0.1845 0.7459 0.916 0.008 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1609645 5 0.5970 0.6048 0.024 0.100 0.072 0.012 0.680 0.112
#> SRR1609646 3 0.0632 0.8089 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609647 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609649 6 0.4498 0.7435 0.096 0.000 0.008 0.000 0.176 0.720
#> SRR1609648 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609651 2 0.0858 0.8272 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609650 5 0.3642 0.7644 0.000 0.236 0.000 0.012 0.744 0.008
#> SRR1609652 3 0.1245 0.8152 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8487 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.5514 0.4650 0.164 0.652 0.000 0.140 0.044 0.000
#> SRR1609655 5 0.6520 0.2301 0.000 0.088 0.060 0.296 0.532 0.024
#> SRR1609657 1 0.1957 0.7363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609656 1 0.1368 0.7235 0.956 0.016 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609658 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0146 0.8468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.6520 0.2301 0.000 0.088 0.060 0.296 0.532 0.024
#> SRR1609661 5 0.4104 0.7658 0.008 0.236 0.004 0.000 0.724 0.028
#> SRR1609662 2 0.0291 0.8456 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609663 5 0.6077 0.6244 0.012 0.132 0.108 0.004 0.648 0.096
#> SRR1609664 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609665 2 0.0146 0.8470 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609666 1 0.1456 0.7228 0.952 0.020 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609667 6 0.4220 0.7195 0.172 0.000 0.000 0.000 0.096 0.732
#> SRR1609668 4 0.6251 0.1917 0.000 0.320 0.000 0.340 0.336 0.004
#> SRR1609669 1 0.1732 0.7447 0.920 0.004 0.000 0.000 0.004 0.072
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.665 0.762 0.910 0.4949 0.501 0.501
#> 3 3 0.465 0.702 0.812 0.2973 0.793 0.608
#> 4 4 0.730 0.852 0.884 0.1416 0.803 0.508
#> 5 5 0.801 0.634 0.810 0.0675 0.931 0.753
#> 6 6 0.821 0.776 0.852 0.0400 0.886 0.575
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.9833 0.3003 0.576 0.424
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0376 0.9146 0.004 0.996
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.9427 0.3729 0.360 0.640
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.9896 0.1399 0.440 0.560
#> SRR1609381 1 0.9998 0.0984 0.508 0.492
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609387 2 0.9732 0.2535 0.404 0.596
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.9933 0.2257 0.548 0.452
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609396 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609400 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.9710 0.2648 0.400 0.600
#> SRR1609410 2 0.9754 0.2416 0.408 0.592
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.9775 0.2294 0.412 0.588
#> SRR1609412 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.9129 0.4496 0.328 0.672
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.3114 0.8731 0.056 0.944
#> SRR1609422 2 0.9754 0.2340 0.408 0.592
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.9491 0.4047 0.632 0.368
#> SRR1609430 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.5737 0.7843 0.136 0.864
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.9944 0.2161 0.544 0.456
#> SRR1609445 1 0.9209 0.4570 0.664 0.336
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.9998 0.0786 0.508 0.492
#> SRR1609453 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.8081 0.5995 0.752 0.248
#> SRR1609460 2 0.2236 0.8907 0.036 0.964
#> SRR1609461 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR1609466 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.4562 0.8323 0.096 0.904
#> SRR1609472 1 0.9996 0.0917 0.512 0.488
#> SRR1609471 2 0.9427 0.3747 0.360 0.640
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.9944 0.0888 0.456 0.544
#> SRR1609476 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.7376 0.6545 0.792 0.208
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.2236 0.8907 0.036 0.964
#> SRR1609480 1 0.6531 0.7038 0.832 0.168
#> SRR1609482 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.8763 0.5178 0.296 0.704
#> SRR1609488 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.0938 0.8523 0.988 0.012
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.5737 0.7843 0.136 0.864
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.9815 0.3095 0.580 0.420
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.3733 0.8578 0.072 0.928
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.2236 0.8907 0.036 0.964
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.9754 0.3055 0.592 0.408
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.0672 0.9120 0.008 0.992
#> SRR1609518 1 0.9977 0.1666 0.528 0.472
#> SRR1609519 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9754 0.2340 0.408 0.592
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.7139 0.6969 0.196 0.804
#> SRR1609527 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609529 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.9996 0.0917 0.512 0.488
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.3733 0.8578 0.072 0.928
#> SRR1609534 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.2423 0.8873 0.040 0.960
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.9996 0.0917 0.512 0.488
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.7219 0.6778 0.800 0.200
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609548 2 0.9922 0.1148 0.448 0.552
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.9710 0.3246 0.600 0.400
#> SRR1609558 1 0.9993 0.1042 0.516 0.484
#> SRR1609559 2 0.5946 0.7738 0.144 0.856
#> SRR1609560 2 0.7376 0.6739 0.208 0.792
#> SRR1609561 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.9710 0.2648 0.400 0.600
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.3274 0.8176 0.940 0.060
#> SRR1609577 1 0.9988 0.1404 0.520 0.480
#> SRR1609579 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.3584 0.8618 0.068 0.932
#> SRR1609583 1 0.9970 0.1504 0.532 0.468
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.3733 0.8578 0.072 0.928
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.9909 0.1273 0.444 0.556
#> SRR1609591 2 0.7139 0.7232 0.196 0.804
#> SRR1609593 1 0.9815 0.2774 0.580 0.420
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.4022 0.8501 0.080 0.920
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.9996 0.0917 0.512 0.488
#> SRR1609599 1 0.9983 0.1284 0.524 0.476
#> SRR1609600 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.9815 0.2774 0.580 0.420
#> SRR1609603 2 0.9000 0.4761 0.316 0.684
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.6973 0.7097 0.188 0.812
#> SRR1609607 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.1633 0.9003 0.024 0.976
#> SRR1609610 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.8909 0.4932 0.308 0.692
#> SRR1609616 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.2423 0.8873 0.040 0.960
#> SRR1609618 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.9954 0.0687 0.460 0.540
#> SRR1609625 1 0.9795 0.3185 0.584 0.416
#> SRR1609626 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609632 2 0.8763 0.5178 0.296 0.704
#> SRR1609633 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.3114 0.8195 0.944 0.056
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9896 0.1399 0.440 0.560
#> SRR1609642 1 0.9866 0.2814 0.568 0.432
#> SRR1609643 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.9286 0.4123 0.344 0.656
#> SRR1609645 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.1633 0.9002 0.024 0.976
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.9988 0.1164 0.520 0.480
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.9909 0.2486 0.556 0.444
#> SRR1609656 2 0.6048 0.7633 0.148 0.852
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.3431 0.8660 0.064 0.936
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8609 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.5737 0.7843 0.136 0.864
#> SRR1609669 2 0.9044 0.4674 0.320 0.680
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.5216 0.7280 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609361 1 0.5254 0.7227 0.736 0.264 0.000
#> SRR1609362 2 0.5926 0.3160 0.356 0.644 0.000
#> SRR1609363 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609364 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609365 2 0.6180 0.1445 0.416 0.584 0.000
#> SRR1609366 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609367 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609368 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609369 1 0.5529 0.7530 0.704 0.296 0.000
#> SRR1609370 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609371 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609372 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609373 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609374 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609375 2 0.3619 0.6796 0.136 0.864 0.000
#> SRR1609377 1 0.5216 0.7925 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609376 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609378 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609379 1 0.5058 0.8041 0.756 0.244 0.000
#> SRR1609382 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609383 1 0.6458 0.8272 0.752 0.176 0.072
#> SRR1609381 1 0.6458 0.8272 0.752 0.176 0.072
#> SRR1609384 1 0.6140 0.6008 0.596 0.404 0.000
#> SRR1609386 1 0.6126 0.6063 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609385 1 0.5733 0.7170 0.676 0.324 0.000
#> SRR1609387 1 0.6106 0.8266 0.756 0.200 0.044
#> SRR1609388 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609390 1 0.6458 0.8272 0.752 0.176 0.072
#> SRR1609393 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609394 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609392 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609391 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609395 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609396 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609398 1 0.6126 0.6063 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609399 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609400 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609397 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609401 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609402 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609405 1 0.6062 0.6328 0.616 0.384 0.000
#> SRR1609404 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609406 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609408 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609403 1 0.5639 0.8129 0.752 0.232 0.016
#> SRR1609410 1 0.5378 0.8098 0.756 0.236 0.008
#> SRR1609411 2 0.0747 0.8208 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609407 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609413 1 0.6255 0.8250 0.748 0.204 0.048
#> SRR1609412 3 0.5254 0.7156 0.264 0.000 0.736
#> SRR1609414 3 0.5016 0.7392 0.240 0.000 0.760
#> SRR1609415 1 0.4121 0.6555 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609416 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609417 3 0.0747 0.7747 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609418 1 0.5058 0.8041 0.756 0.244 0.000
#> SRR1609419 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609420 1 0.5733 0.7144 0.676 0.324 0.000
#> SRR1609421 2 0.7495 0.6241 0.248 0.668 0.084
#> SRR1609422 2 0.9785 0.2455 0.336 0.420 0.244
#> SRR1609423 2 0.3412 0.7829 0.124 0.876 0.000
#> SRR1609424 2 0.3116 0.7873 0.108 0.892 0.000
#> SRR1609425 2 0.6302 -0.2843 0.480 0.520 0.000
#> SRR1609426 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609427 3 0.4235 0.6728 0.176 0.000 0.824
#> SRR1609428 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609429 1 0.3623 0.6934 0.896 0.072 0.032
#> SRR1609430 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609431 2 0.8013 0.5783 0.296 0.612 0.092
#> SRR1609432 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609433 1 0.6309 -0.2910 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609434 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609435 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609436 3 0.4605 0.7545 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609437 2 0.4931 0.7095 0.232 0.768 0.000
#> SRR1609438 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609439 3 0.0592 0.7747 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609440 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609441 2 0.7176 0.6372 0.248 0.684 0.068
#> SRR1609442 2 0.0424 0.8221 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609443 3 0.5254 0.7185 0.264 0.000 0.736
#> SRR1609444 1 0.3481 0.7079 0.904 0.052 0.044
#> SRR1609445 3 0.9557 0.4425 0.268 0.248 0.484
#> SRR1609446 2 0.7557 0.6094 0.264 0.656 0.080
#> SRR1609447 1 0.6180 -0.0027 0.584 0.000 0.416
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.5085 0.7711 0.836 0.092 0.072
#> SRR1609450 2 0.0592 0.8193 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609451 3 0.2537 0.7537 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609452 3 0.9667 0.3921 0.264 0.272 0.464
#> SRR1609453 1 0.6280 -0.3640 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609454 2 0.0747 0.8215 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609455 2 0.5431 0.4792 0.284 0.716 0.000
#> SRR1609456 2 0.7479 0.6130 0.264 0.660 0.076
#> SRR1609457 3 0.5098 0.7276 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609458 3 0.5926 0.6118 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609459 3 0.6761 0.6983 0.252 0.048 0.700
#> SRR1609460 2 0.7860 0.5957 0.284 0.628 0.088
#> SRR1609461 3 0.4702 0.7487 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609462 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609464 3 0.0592 0.7738 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609463 3 0.5497 0.7067 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609465 2 0.7599 0.6215 0.260 0.656 0.084
#> SRR1609466 1 0.7672 0.1128 0.488 0.468 0.044
#> SRR1609467 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609469 2 0.5578 0.7047 0.240 0.748 0.012
#> SRR1609470 2 0.7916 0.5902 0.264 0.636 0.100
#> SRR1609472 3 0.9623 0.4213 0.304 0.232 0.464
#> SRR1609471 1 0.4228 0.7825 0.844 0.148 0.008
#> SRR1609474 2 0.2066 0.7886 0.060 0.940 0.000
#> SRR1609473 2 0.3267 0.7841 0.116 0.884 0.000
#> SRR1609475 2 0.3116 0.7873 0.108 0.892 0.000
#> SRR1609478 3 0.9698 0.3840 0.288 0.256 0.456
#> SRR1609476 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609477 3 0.5690 0.7156 0.288 0.004 0.708
#> SRR1609479 2 0.0424 0.8221 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609481 2 0.7949 0.6036 0.308 0.608 0.084
#> SRR1609480 3 0.6155 0.6831 0.328 0.008 0.664
#> SRR1609482 3 0.2165 0.7616 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609484 2 0.5517 0.6940 0.268 0.728 0.004
#> SRR1609483 3 0.0892 0.7789 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609486 3 0.0000 0.7746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.7746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609487 1 0.5216 0.7925 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609488 3 0.4750 0.7503 0.216 0.000 0.784
#> SRR1609489 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609490 2 0.3192 0.7450 0.112 0.888 0.000
#> SRR1609491 3 0.7633 0.6534 0.264 0.084 0.652
#> SRR1609492 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609493 2 0.8013 0.5783 0.296 0.612 0.092
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.5695 0.7959 0.804 0.120 0.076
#> SRR1609496 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609497 3 0.4121 0.7667 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609498 3 0.4178 0.6779 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609499 2 0.0424 0.8213 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609500 3 0.5835 0.6314 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609501 2 0.7778 0.5982 0.264 0.644 0.092
#> SRR1609502 2 0.0892 0.8207 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609503 2 0.5982 0.6977 0.228 0.744 0.028
#> SRR1609504 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609505 3 0.2537 0.7537 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609506 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609507 3 0.2537 0.7573 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.7997 0.5966 0.316 0.600 0.084
#> SRR1609512 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609511 3 0.2356 0.7588 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609513 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609514 3 0.9299 0.4883 0.324 0.180 0.496
#> SRR1609515 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609516 3 0.4796 0.7451 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609517 2 0.7665 0.6046 0.268 0.648 0.084
#> SRR1609518 1 0.6245 0.8294 0.760 0.180 0.060
#> SRR1609519 3 0.2261 0.7600 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609520 2 0.3267 0.7841 0.116 0.884 0.000
#> SRR1609521 3 0.4121 0.6829 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609522 3 0.0592 0.7738 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609523 2 0.8622 0.5249 0.296 0.572 0.132
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.7746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609525 2 0.8111 0.5807 0.264 0.624 0.112
#> SRR1609527 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609529 3 0.0237 0.7751 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609528 3 0.9581 0.4308 0.288 0.236 0.476
#> SRR1609530 3 0.2165 0.7616 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609531 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609532 3 0.0592 0.7738 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609533 2 0.7778 0.5982 0.264 0.644 0.092
#> SRR1609534 3 0.0592 0.7747 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609535 2 0.7446 0.6348 0.260 0.664 0.076
#> SRR1609537 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609536 3 0.4796 0.7451 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609538 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609539 3 0.4291 0.7600 0.180 0.000 0.820
#> SRR1609540 1 0.3686 0.6619 0.860 0.000 0.140
#> SRR1609541 3 0.9581 0.4316 0.288 0.236 0.476
#> SRR1609542 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609543 3 0.4121 0.6774 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609544 1 0.4679 0.6904 0.832 0.020 0.148
#> SRR1609545 3 0.5678 0.4454 0.316 0.000 0.684
#> SRR1609546 3 0.6337 0.7022 0.264 0.028 0.708
#> SRR1609547 3 0.4002 0.7641 0.160 0.000 0.840
#> SRR1609548 2 0.9917 -0.0563 0.272 0.376 0.352
#> SRR1609549 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.5722 0.7060 0.292 0.004 0.704
#> SRR1609552 3 0.0000 0.7746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609553 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609554 3 0.5216 0.7185 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609555 3 0.5016 0.7486 0.240 0.000 0.760
#> SRR1609556 3 0.2537 0.7537 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609557 3 0.7983 0.6340 0.264 0.104 0.632
#> SRR1609558 3 0.9559 0.4412 0.264 0.252 0.484
#> SRR1609559 2 0.8132 0.5767 0.284 0.612 0.104
#> SRR1609560 1 0.5178 0.7954 0.744 0.256 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.7746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609562 1 0.5431 0.7668 0.716 0.284 0.000
#> SRR1609563 2 0.2625 0.7707 0.084 0.916 0.000
#> SRR1609564 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609565 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609568 1 0.5420 0.8081 0.752 0.240 0.008
#> SRR1609569 3 0.4062 0.6822 0.164 0.000 0.836
#> SRR1609570 3 0.2165 0.7616 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609571 3 0.1643 0.7619 0.044 0.000 0.956
#> SRR1609572 3 0.3267 0.7793 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609573 3 0.2261 0.7600 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609574 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609575 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609576 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609578 3 0.7778 0.6444 0.264 0.092 0.644
#> SRR1609577 1 0.6405 0.8274 0.756 0.172 0.072
#> SRR1609579 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609580 3 0.2261 0.7711 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609582 3 0.4605 0.6926 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609581 2 0.7983 0.5861 0.264 0.632 0.104
#> SRR1609583 3 0.9581 0.4369 0.268 0.252 0.480
#> SRR1609584 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609585 3 0.2537 0.7537 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609586 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609587 3 0.4002 0.7638 0.160 0.000 0.840
#> SRR1609588 2 0.7983 0.5861 0.264 0.632 0.104
#> SRR1609589 2 0.7557 0.6094 0.264 0.656 0.080
#> SRR1609590 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609592 2 0.9919 -0.0741 0.272 0.372 0.356
#> SRR1609591 2 0.9547 0.3329 0.292 0.480 0.228
#> SRR1609593 3 0.8543 0.5888 0.292 0.128 0.580
#> SRR1609594 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609595 2 0.8013 0.5783 0.296 0.612 0.092
#> SRR1609596 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.9672 0.4029 0.304 0.240 0.456
#> SRR1609599 3 0.9515 0.4583 0.304 0.216 0.480
#> SRR1609600 3 0.4121 0.7667 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609601 3 0.7085 0.6459 0.356 0.032 0.612
#> SRR1609602 3 0.9455 0.4739 0.304 0.208 0.488
#> SRR1609603 1 0.5216 0.7925 0.740 0.260 0.000
#> SRR1609604 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609605 2 0.7590 0.6084 0.268 0.652 0.080
#> SRR1609606 2 0.7951 0.6018 0.260 0.636 0.104
#> SRR1609607 3 0.2625 0.7782 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609608 3 0.4931 0.7381 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609609 2 0.7778 0.5976 0.264 0.644 0.092
#> SRR1609610 3 0.5591 0.7172 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609611 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609613 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609612 3 0.5254 0.7156 0.264 0.000 0.736
#> SRR1609614 3 0.5216 0.7233 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609615 1 0.4974 0.8068 0.764 0.236 0.000
#> SRR1609616 1 0.3851 0.6623 0.860 0.004 0.136
#> SRR1609617 2 0.7944 0.5828 0.296 0.616 0.088
#> SRR1609618 3 0.5098 0.7276 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609619 1 0.8158 0.2035 0.556 0.364 0.080
#> SRR1609620 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609621 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609622 3 0.0592 0.7738 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609623 1 0.6308 -0.2815 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609624 1 0.6304 0.8291 0.752 0.192 0.056
#> SRR1609625 1 0.4921 0.7630 0.844 0.084 0.072
#> SRR1609626 3 0.0592 0.7738 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609627 1 0.5465 0.7629 0.712 0.288 0.000
#> SRR1609628 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609629 3 0.5178 0.7299 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609630 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609631 1 0.6318 0.8279 0.760 0.172 0.068
#> SRR1609632 1 0.5178 0.7954 0.744 0.256 0.000
#> SRR1609633 1 0.6435 0.8263 0.756 0.168 0.076
#> SRR1609634 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609635 3 0.2066 0.7595 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609636 2 0.2165 0.7970 0.064 0.936 0.000
#> SRR1609637 1 0.4413 0.6726 0.832 0.008 0.160
#> SRR1609638 2 0.3267 0.7416 0.116 0.884 0.000
#> SRR1609639 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609640 3 0.2537 0.7537 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609641 1 0.6304 0.8291 0.752 0.192 0.056
#> SRR1609642 1 0.6405 0.8274 0.756 0.172 0.072
#> SRR1609643 3 0.5656 0.7111 0.264 0.008 0.728
#> SRR1609644 1 0.5098 0.8020 0.752 0.248 0.000
#> SRR1609645 3 0.4796 0.7451 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609646 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609647 2 0.7728 0.6146 0.276 0.640 0.084
#> SRR1609649 3 0.5968 0.5988 0.364 0.000 0.636
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.1031 0.8116 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609650 3 0.9667 0.3964 0.268 0.268 0.464
#> SRR1609652 3 0.2448 0.7563 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609653 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609654 2 0.3879 0.7522 0.152 0.848 0.000
#> SRR1609655 3 0.4346 0.7592 0.184 0.000 0.816
#> SRR1609657 1 0.6458 0.8272 0.752 0.176 0.072
#> SRR1609656 1 0.4346 0.8002 0.816 0.184 0.000
#> SRR1609658 2 0.0237 0.8223 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609659 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609660 3 0.5325 0.7368 0.248 0.004 0.748
#> SRR1609661 3 0.5254 0.7156 0.264 0.000 0.736
#> SRR1609662 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609663 3 0.3879 0.7659 0.152 0.000 0.848
#> SRR1609664 2 0.8013 0.5783 0.296 0.612 0.092
#> SRR1609665 2 0.0237 0.8225 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609666 2 0.5926 0.2928 0.356 0.644 0.000
#> SRR1609667 1 0.4062 0.6611 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609668 2 0.8155 0.5779 0.332 0.580 0.088
#> SRR1609669 1 0.5098 0.8020 0.752 0.248 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.4924 0.820 0.800 0.064 0.020 0.116
#> SRR1609361 1 0.4751 0.830 0.812 0.064 0.020 0.104
#> SRR1609362 2 0.7520 0.226 0.364 0.500 0.020 0.116
#> SRR1609363 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.7386 0.385 0.544 0.320 0.020 0.116
#> SRR1609366 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609368 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.2081 0.906 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609371 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609372 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609373 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0817 0.935 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2081 0.906 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609379 1 0.1716 0.916 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609383 1 0.1807 0.917 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1609381 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609384 1 0.2921 0.866 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.2868 0.870 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.2011 0.909 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1824 0.917 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609388 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609393 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609394 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609395 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609396 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609398 1 0.2408 0.892 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609400 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609397 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3219 0.844 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609406 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.1824 0.917 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.1824 0.917 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609411 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609407 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.1824 0.917 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609412 4 0.4348 0.801 0.024 0.000 0.196 0.780
#> SRR1609414 4 0.5169 0.717 0.032 0.000 0.272 0.696
#> SRR1609415 1 0.2385 0.887 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR1609416 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609417 3 0.2760 0.825 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609418 1 0.1716 0.916 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2081 0.906 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609421 4 0.4284 0.805 0.020 0.200 0.000 0.780
#> SRR1609422 4 0.1474 0.781 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1609423 2 0.3956 0.846 0.012 0.836 0.020 0.132
#> SRR1609424 2 0.3791 0.854 0.012 0.848 0.020 0.120
#> SRR1609425 1 0.4040 0.738 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.3587 0.857 0.104 0.000 0.856 0.040
#> SRR1609428 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4697 0.431 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609430 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609431 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609432 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.4337 0.774 0.808 0.000 0.140 0.052
#> SRR1609434 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609435 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609436 3 0.3400 0.865 0.064 0.000 0.872 0.064
#> SRR1609437 4 0.4711 0.749 0.020 0.176 0.020 0.784
#> SRR1609438 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609439 3 0.3266 0.787 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1609440 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609441 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609442 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 4 0.4939 0.773 0.040 0.000 0.220 0.740
#> SRR1609444 1 0.2868 0.834 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1609445 4 0.5313 0.835 0.024 0.084 0.112 0.780
#> SRR1609446 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609447 1 0.3587 0.834 0.860 0.000 0.088 0.052
#> SRR1609448 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2040 0.898 0.936 0.004 0.012 0.048
#> SRR1609450 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609452 4 0.5313 0.835 0.024 0.084 0.112 0.780
#> SRR1609453 4 0.5657 0.684 0.244 0.000 0.068 0.688
#> SRR1609454 2 0.0376 0.937 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1609455 1 0.4072 0.729 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1609456 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609457 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609458 1 0.6585 0.524 0.632 0.000 0.188 0.180
#> SRR1609459 4 0.4426 0.803 0.020 0.004 0.196 0.780
#> SRR1609460 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609461 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609462 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609464 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609463 4 0.4083 0.800 0.068 0.000 0.100 0.832
#> SRR1609465 4 0.4015 0.799 0.052 0.116 0.000 0.832
#> SRR1609466 1 0.6754 0.593 0.616 0.080 0.020 0.284
#> SRR1609467 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609469 4 0.5631 0.490 0.016 0.304 0.020 0.660
#> SRR1609470 4 0.4747 0.815 0.024 0.180 0.016 0.780
#> SRR1609472 4 0.3769 0.803 0.020 0.024 0.096 0.860
#> SRR1609471 1 0.1890 0.897 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1609474 2 0.0707 0.937 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.3847 0.851 0.012 0.844 0.020 0.124
#> SRR1609475 2 0.3791 0.854 0.012 0.848 0.020 0.120
#> SRR1609478 4 0.3974 0.798 0.016 0.040 0.092 0.852
#> SRR1609476 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609477 4 0.4059 0.799 0.012 0.000 0.200 0.788
#> SRR1609479 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2142 0.770 0.056 0.000 0.016 0.928
#> SRR1609480 4 0.3597 0.817 0.016 0.000 0.148 0.836
#> SRR1609482 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609484 4 0.3795 0.773 0.016 0.112 0.020 0.852
#> SRR1609483 3 0.1978 0.901 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1609486 3 0.0817 0.922 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609485 3 0.0817 0.922 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609487 1 0.2011 0.909 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.4614 0.772 0.064 0.000 0.792 0.144
#> SRR1609489 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.4888 0.204 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1609491 4 0.5277 0.832 0.024 0.072 0.124 0.780
#> SRR1609492 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609494 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.2040 0.898 0.936 0.004 0.012 0.048
#> SRR1609496 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609497 3 0.3658 0.812 0.020 0.000 0.836 0.144
#> SRR1609498 3 0.3525 0.860 0.100 0.000 0.860 0.040
#> SRR1609499 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.5515 0.729 0.116 0.000 0.732 0.152
#> SRR1609501 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609502 2 0.0524 0.936 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609503 4 0.5605 0.456 0.012 0.320 0.020 0.648
#> SRR1609504 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609505 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609506 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.1913 0.912 0.020 0.000 0.940 0.040
#> SRR1609508 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.2142 0.770 0.056 0.000 0.016 0.928
#> SRR1609512 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609511 3 0.4522 0.435 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609513 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609514 4 0.3675 0.802 0.020 0.016 0.104 0.860
#> SRR1609515 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609517 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609518 1 0.2170 0.905 0.936 0.016 0.012 0.036
#> SRR1609519 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609520 2 0.3847 0.851 0.012 0.844 0.020 0.124
#> SRR1609521 3 0.2983 0.886 0.068 0.000 0.892 0.040
#> SRR1609522 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609523 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609524 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0817 0.922 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609525 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609527 1 0.2040 0.898 0.936 0.004 0.012 0.048
#> SRR1609529 3 0.1022 0.916 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609528 4 0.3720 0.803 0.016 0.024 0.100 0.860
#> SRR1609530 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609531 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609533 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609534 3 0.1022 0.916 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609535 4 0.3840 0.803 0.052 0.104 0.000 0.844
#> SRR1609537 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609538 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609539 4 0.4015 0.792 0.052 0.000 0.116 0.832
#> SRR1609540 1 0.2256 0.889 0.924 0.000 0.020 0.056
#> SRR1609541 4 0.3917 0.799 0.016 0.032 0.100 0.852
#> SRR1609542 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.1792 0.895 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1609544 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609545 3 0.3172 0.802 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609546 4 0.4489 0.804 0.024 0.004 0.192 0.780
#> SRR1609547 4 0.3801 0.786 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1609548 4 0.5327 0.835 0.024 0.100 0.096 0.780
#> SRR1609549 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.4083 0.800 0.068 0.000 0.100 0.832
#> SRR1609552 3 0.1022 0.916 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609553 3 0.0779 0.931 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609554 4 0.4348 0.801 0.024 0.000 0.196 0.780
#> SRR1609555 4 0.5442 0.615 0.028 0.000 0.336 0.636
#> SRR1609556 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609557 4 0.5241 0.831 0.024 0.064 0.132 0.780
#> SRR1609558 4 0.5313 0.835 0.024 0.084 0.112 0.780
#> SRR1609559 4 0.4814 0.817 0.024 0.176 0.020 0.780
#> SRR1609560 1 0.2011 0.909 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0817 0.922 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609562 1 0.2081 0.906 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.1388 0.919 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1609564 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609565 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.1824 0.917 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1609569 3 0.1792 0.895 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1609570 3 0.0779 0.930 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609571 3 0.0592 0.923 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609572 3 0.3672 0.792 0.012 0.000 0.824 0.164
#> SRR1609573 3 0.0779 0.930 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609574 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609575 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609576 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.5277 0.832 0.024 0.072 0.124 0.780
#> SRR1609577 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609579 3 0.1174 0.927 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1609580 4 0.4877 0.519 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609582 3 0.3818 0.847 0.108 0.000 0.844 0.048
#> SRR1609581 4 0.4673 0.814 0.024 0.184 0.012 0.780
#> SRR1609583 4 0.5313 0.835 0.024 0.084 0.112 0.780
#> SRR1609584 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609585 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609586 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.3801 0.786 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1609588 4 0.4673 0.814 0.024 0.184 0.012 0.780
#> SRR1609589 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609590 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609592 4 0.5313 0.833 0.024 0.112 0.084 0.780
#> SRR1609591 4 0.5346 0.832 0.032 0.120 0.068 0.780
#> SRR1609593 4 0.4583 0.814 0.068 0.048 0.052 0.832
#> SRR1609594 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609595 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609596 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3966 0.799 0.020 0.032 0.096 0.852
#> SRR1609599 4 0.3966 0.799 0.020 0.032 0.096 0.852
#> SRR1609600 3 0.2973 0.869 0.020 0.000 0.884 0.096
#> SRR1609601 4 0.1792 0.789 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1609602 4 0.3966 0.799 0.020 0.032 0.096 0.852
#> SRR1609603 1 0.1716 0.916 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609605 4 0.4348 0.807 0.024 0.196 0.000 0.780
#> SRR1609606 4 0.4356 0.806 0.016 0.200 0.004 0.780
#> SRR1609607 3 0.4730 0.319 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1609608 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609609 4 0.4747 0.815 0.024 0.180 0.016 0.780
#> SRR1609610 4 0.5359 0.691 0.036 0.000 0.288 0.676
#> SRR1609611 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609613 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609612 4 0.4348 0.801 0.024 0.000 0.196 0.780
#> SRR1609614 3 0.5288 0.673 0.068 0.000 0.732 0.200
#> SRR1609615 1 0.1938 0.900 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1609616 1 0.2255 0.886 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1609617 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609618 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609619 4 0.6851 0.430 0.344 0.116 0.000 0.540
#> SRR1609620 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609621 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609623 1 0.4337 0.776 0.808 0.000 0.140 0.052
#> SRR1609624 1 0.1890 0.917 0.936 0.056 0.008 0.000
#> SRR1609625 1 0.2040 0.898 0.936 0.004 0.012 0.048
#> SRR1609626 3 0.0804 0.930 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1609627 1 0.2081 0.906 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609629 4 0.4538 0.786 0.024 0.000 0.216 0.760
#> SRR1609630 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2188 0.907 0.936 0.020 0.012 0.032
#> SRR1609632 1 0.1792 0.914 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609634 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1474 0.902 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1609636 2 0.3734 0.857 0.012 0.852 0.020 0.116
#> SRR1609637 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609638 1 0.4509 0.666 0.708 0.288 0.000 0.004
#> SRR1609639 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609641 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609642 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609643 4 0.4589 0.807 0.024 0.008 0.188 0.780
#> SRR1609644 1 0.1716 0.916 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.4284 0.799 0.020 0.000 0.200 0.780
#> SRR1609646 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609647 4 0.3778 0.803 0.052 0.100 0.000 0.848
#> SRR1609649 1 0.5874 0.631 0.700 0.000 0.176 0.124
#> SRR1609648 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.5313 0.835 0.024 0.084 0.112 0.780
#> SRR1609652 3 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609653 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.6264 0.694 0.160 0.704 0.020 0.116
#> SRR1609655 4 0.4015 0.792 0.052 0.000 0.116 0.832
#> SRR1609657 1 0.1938 0.917 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR1609656 1 0.4867 0.823 0.804 0.064 0.020 0.112
#> SRR1609658 2 0.0336 0.941 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.4055 0.796 0.060 0.000 0.108 0.832
#> SRR1609661 4 0.4348 0.801 0.024 0.000 0.196 0.780
#> SRR1609662 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.3801 0.786 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1609664 4 0.4083 0.807 0.068 0.100 0.000 0.832
#> SRR1609665 2 0.0469 0.943 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.7520 0.226 0.364 0.500 0.020 0.116
#> SRR1609667 1 0.2300 0.889 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1609668 4 0.2142 0.770 0.056 0.000 0.016 0.928
#> SRR1609669 1 0.1716 0.916 0.936 0.064 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.4249 0.4293 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.4015 0.5326 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 2 0.4126 -0.1301 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609364 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609365 2 0.4297 -0.3369 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609367 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609368 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609371 2 0.0162 0.4843 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609372 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609373 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609374 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609375 4 0.6296 -0.5912 0.160 0.360 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609377 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609376 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609378 2 0.0162 0.4843 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0324 0.4763 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609383 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0162 0.8857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609384 1 0.0510 0.8774 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609386 1 0.0404 0.8802 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609390 1 0.0162 0.8857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609393 2 0.0162 0.4843 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609394 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609392 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609391 2 0.1608 0.5165 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609395 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609396 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609398 1 0.0290 0.8829 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609399 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609400 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609397 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609401 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609402 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609405 1 0.1502 0.8404 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609404 2 0.0290 0.4864 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609406 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609408 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.4297 0.7125 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1609407 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609414 4 0.5044 -0.5060 0.000 0.000 0.032 0.504 0.464
#> SRR1609415 1 0.3814 0.6452 0.720 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1609416 1 0.2732 0.7891 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609417 3 0.3013 0.7446 0.000 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR1609418 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609420 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609421 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609422 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609423 2 0.0955 0.4551 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1609424 2 0.0162 0.4793 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609425 1 0.5555 0.4417 0.644 0.204 0.000 0.152 0.000
#> SRR1609426 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609427 3 0.3013 0.8104 0.008 0.000 0.832 0.160 0.000
#> SRR1609428 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609429 4 0.6530 0.0694 0.380 0.000 0.000 0.424 0.196
#> SRR1609430 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609431 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609432 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609433 1 0.4240 0.6213 0.700 0.000 0.012 0.284 0.004
#> SRR1609434 2 0.0162 0.4793 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609435 1 0.2690 0.7923 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1609436 4 0.6490 -0.0676 0.148 0.000 0.376 0.468 0.008
#> SRR1609437 2 0.6128 -0.1747 0.000 0.560 0.000 0.188 0.252
#> SRR1609438 2 0.0000 0.4820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.4555 0.3935 0.000 0.000 0.636 0.344 0.020
#> SRR1609440 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609441 5 0.4238 0.7775 0.000 0.004 0.000 0.368 0.628
#> SRR1609442 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609443 4 0.5042 -0.4977 0.004 0.000 0.024 0.512 0.460
#> SRR1609444 1 0.5501 0.0681 0.492 0.000 0.000 0.444 0.064
#> SRR1609445 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609446 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609447 1 0.3838 0.6417 0.716 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR1609448 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609449 1 0.0290 0.8845 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609450 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609451 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609452 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609453 4 0.5747 -0.3862 0.088 0.000 0.000 0.504 0.408
#> SRR1609454 2 0.4644 0.7040 0.000 0.528 0.000 0.460 0.012
#> SRR1609455 1 0.3670 0.6754 0.792 0.012 0.000 0.188 0.008
#> SRR1609456 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609457 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609458 4 0.5527 -0.1323 0.472 0.000 0.012 0.476 0.040
#> SRR1609459 5 0.4497 0.7778 0.000 0.000 0.016 0.352 0.632
#> SRR1609460 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609461 5 0.4640 0.7215 0.000 0.000 0.016 0.400 0.584
#> SRR1609462 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.0162 0.5764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609465 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609466 1 0.5415 0.4137 0.556 0.396 0.000 0.028 0.020
#> SRR1609467 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609469 2 0.5887 -0.1474 0.000 0.592 0.000 0.252 0.156
#> SRR1609470 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609472 2 0.6545 -0.3949 0.000 0.448 0.000 0.344 0.208
#> SRR1609471 1 0.2230 0.8130 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1609474 2 0.4659 0.6984 0.012 0.496 0.000 0.492 0.000
#> SRR1609473 2 0.0324 0.4763 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609475 2 0.0324 0.4763 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609478 2 0.6394 -0.3545 0.000 0.476 0.000 0.344 0.180
#> SRR1609476 1 0.2690 0.7923 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1609477 5 0.4511 0.7763 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609479 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609481 5 0.3039 0.3614 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1609480 5 0.4567 0.7769 0.000 0.004 0.012 0.356 0.628
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.6226 -0.3202 0.000 0.504 0.000 0.340 0.156
#> SRR1609483 3 0.3430 0.7269 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1609486 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609485 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609487 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609488 4 0.7420 0.1602 0.092 0.000 0.296 0.484 0.128
#> SRR1609489 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609490 4 0.5795 -0.6395 0.092 0.412 0.000 0.496 0.000
#> SRR1609491 5 0.4341 0.7798 0.000 0.000 0.008 0.364 0.628
#> SRR1609492 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609493 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609494 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609495 1 0.0404 0.8836 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609496 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609497 3 0.4627 0.3612 0.000 0.000 0.544 0.444 0.012
#> SRR1609498 3 0.5236 0.6363 0.152 0.000 0.684 0.164 0.000
#> SRR1609499 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609500 4 0.7008 -0.0683 0.236 0.000 0.352 0.400 0.012
#> SRR1609501 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609502 2 0.4632 0.6803 0.000 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1609503 2 0.2890 0.2907 0.000 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR1609504 1 0.3242 0.7333 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1609505 3 0.0963 0.8819 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1609506 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609507 3 0.2852 0.8107 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1609508 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609509 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609510 5 0.0510 0.5650 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1609512 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609511 3 0.4588 0.6309 0.000 0.000 0.748 0.136 0.116
#> SRR1609513 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609514 2 0.6545 -0.3949 0.000 0.448 0.000 0.344 0.208
#> SRR1609515 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609516 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609517 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609518 1 0.0162 0.8847 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609519 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609520 2 0.0671 0.4671 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609521 3 0.2930 0.8100 0.004 0.000 0.832 0.164 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609524 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609526 3 0.0290 0.8918 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609525 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609527 1 0.0162 0.8857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609529 3 0.3196 0.7055 0.000 0.000 0.804 0.192 0.004
#> SRR1609528 2 0.6545 -0.3949 0.000 0.448 0.000 0.344 0.208
#> SRR1609530 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609531 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609532 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609533 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609534 3 0.0566 0.8885 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1609535 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609537 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609536 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609538 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609539 5 0.0324 0.5771 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609540 1 0.4182 0.5080 0.644 0.000 0.000 0.352 0.004
#> SRR1609541 2 0.6394 -0.3545 0.000 0.476 0.000 0.344 0.180
#> SRR1609542 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609543 3 0.2848 0.8148 0.004 0.000 0.840 0.156 0.000
#> SRR1609544 1 0.0404 0.8836 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609545 3 0.5408 0.6056 0.180 0.000 0.664 0.156 0.000
#> SRR1609546 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609547 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609548 5 0.4225 0.7806 0.000 0.000 0.004 0.364 0.632
#> SRR1609549 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609550 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609551 5 0.0000 0.5777 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609553 3 0.2930 0.7885 0.000 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1609554 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609555 4 0.5111 -0.5077 0.000 0.000 0.036 0.500 0.464
#> SRR1609556 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609557 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609558 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609559 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609560 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609561 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609562 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609563 4 0.4705 -0.7110 0.008 0.484 0.000 0.504 0.004
#> SRR1609564 1 0.2732 0.7891 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609565 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609566 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609567 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.2439 0.8384 0.004 0.000 0.876 0.120 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0290 0.8918 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609572 3 0.4747 0.2325 0.000 0.000 0.496 0.488 0.016
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8924 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.2648 0.8218 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.4820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609578 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609577 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.2690 0.8194 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1609580 5 0.5773 0.6615 0.000 0.000 0.100 0.356 0.544
#> SRR1609582 3 0.5962 0.4931 0.168 0.000 0.584 0.248 0.000
#> SRR1609581 5 0.4101 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609583 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609584 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609585 3 0.1197 0.8765 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1609586 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609587 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609588 5 0.4101 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609589 5 0.4101 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609590 3 0.0162 0.8926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609592 5 0.4225 0.7806 0.000 0.000 0.004 0.364 0.632
#> SRR1609591 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609593 5 0.0000 0.5777 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.4820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609596 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609597 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609598 2 0.6394 -0.3545 0.000 0.476 0.000 0.344 0.180
#> SRR1609599 2 0.6378 -0.3514 0.000 0.476 0.000 0.348 0.176
#> SRR1609600 3 0.4147 0.6255 0.000 0.000 0.676 0.316 0.008
#> SRR1609601 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609602 2 0.6378 -0.3514 0.000 0.476 0.000 0.348 0.176
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0290 0.4864 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609605 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609606 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609607 5 0.6461 0.4878 0.000 0.000 0.196 0.332 0.472
#> SRR1609608 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609609 5 0.4088 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609610 5 0.4989 0.6668 0.000 0.000 0.032 0.416 0.552
#> SRR1609611 2 0.0162 0.4843 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609613 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609612 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609614 4 0.6925 0.0943 0.160 0.000 0.312 0.496 0.032
#> SRR1609615 1 0.0290 0.8844 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609616 1 0.4276 0.4455 0.616 0.000 0.000 0.380 0.004
#> SRR1609617 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609618 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609619 5 0.5447 0.6392 0.064 0.000 0.000 0.400 0.536
#> SRR1609620 2 0.1608 0.5165 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609621 2 0.4297 0.7125 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1609622 3 0.0290 0.8918 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609623 1 0.4468 0.6222 0.696 0.000 0.024 0.276 0.004
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2605 0.7985 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1609626 3 0.0290 0.8918 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609627 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609628 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609629 4 0.4746 -0.5382 0.000 0.000 0.016 0.504 0.480
#> SRR1609630 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609631 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609632 1 0.0162 0.8848 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609633 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609634 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609635 3 0.0807 0.8854 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1609636 2 0.0162 0.4843 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609637 1 0.0671 0.8807 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1609638 1 0.6081 0.0987 0.496 0.128 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609639 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609640 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609643 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609646 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609647 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609649 1 0.4608 0.5190 0.644 0.000 0.012 0.336 0.008
#> SRR1609648 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609651 2 0.4656 0.7080 0.012 0.508 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609650 5 0.4327 0.7810 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1609652 3 0.0162 0.8927 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609653 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609654 2 0.3160 0.2860 0.188 0.808 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609655 5 0.0162 0.5764 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609657 1 0.0162 0.8857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609656 1 0.4138 0.4883 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.4300 0.7137 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609659 2 0.4446 0.7146 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609660 5 0.0000 0.5777 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 5 0.4511 0.7767 0.000 0.000 0.016 0.356 0.628
#> SRR1609662 2 0.4448 0.7130 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609663 5 0.4525 0.7743 0.000 0.000 0.016 0.360 0.624
#> SRR1609664 5 0.0162 0.5760 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609665 2 0.4559 0.7109 0.008 0.512 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609666 2 0.4126 -0.1260 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.2690 0.7923 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1609668 5 0.2813 0.3917 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.4841 0.2376 0.412 0.000 0.000 0.536 0.004 0.048
#> SRR1609361 1 0.4829 0.1475 0.544 0.000 0.000 0.404 0.004 0.048
#> SRR1609362 4 0.4910 0.5211 0.272 0.024 0.000 0.656 0.004 0.044
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4737 0.4632 0.308 0.008 0.000 0.636 0.004 0.044
#> SRR1609366 2 0.0547 0.9461 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0806 0.8526 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1609370 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3351 0.7089 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0547 0.9461 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.3139 0.7668 0.120 0.836 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR1609377 1 0.1225 0.8474 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609376 2 0.0260 0.9527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609378 4 0.3288 0.7168 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0260 0.8560 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3457 0.7308 0.000 0.232 0.000 0.752 0.016 0.000
#> SRR1609383 1 0.1777 0.8350 0.928 0.000 0.000 0.024 0.004 0.044
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.2352 0.8239 0.900 0.004 0.000 0.040 0.004 0.052
#> SRR1609386 1 0.1483 0.8440 0.944 0.008 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609385 1 0.1605 0.8348 0.936 0.000 0.000 0.016 0.004 0.044
#> SRR1609387 1 0.0458 0.8554 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3330 0.7126 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3737 0.5501 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.1483 0.8440 0.944 0.008 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609399 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3011 0.7590 0.852 0.100 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609404 4 0.3371 0.7047 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0458 0.8554 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.1757 0.8939 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0603 0.8149 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1609414 5 0.5197 0.5320 0.000 0.000 0.004 0.196 0.632 0.168
#> SRR1609415 1 0.6235 0.5591 0.576 0.000 0.000 0.192 0.072 0.160
#> SRR1609416 1 0.5257 0.6295 0.624 0.000 0.000 0.180 0.004 0.192
#> SRR1609417 3 0.4649 0.4153 0.000 0.000 0.632 0.020 0.320 0.028
#> SRR1609418 1 0.0891 0.8525 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2340 0.8237 0.896 0.000 0.000 0.044 0.004 0.056
#> SRR1609421 5 0.0935 0.8063 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609422 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609423 4 0.4219 0.7042 0.000 0.104 0.000 0.760 0.124 0.012
#> SRR1609424 4 0.3394 0.7304 0.000 0.236 0.000 0.752 0.012 0.000
#> SRR1609425 2 0.5549 0.1405 0.412 0.496 0.000 0.072 0.008 0.012
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.6466 0.6032 0.044 0.000 0.576 0.188 0.024 0.168
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.4332 0.6627 0.124 0.000 0.000 0.060 0.768 0.048
#> SRR1609430 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609431 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609432 2 0.0806 0.9418 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1609433 1 0.6638 0.5218 0.520 0.000 0.000 0.196 0.084 0.200
#> SRR1609434 4 0.3330 0.7126 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.4890 0.6421 0.660 0.000 0.000 0.180 0.000 0.160
#> SRR1609436 5 0.6962 0.4551 0.048 0.000 0.048 0.200 0.536 0.168
#> SRR1609437 4 0.4719 0.5308 0.000 0.020 0.000 0.640 0.304 0.036
#> SRR1609438 4 0.3330 0.7126 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609439 5 0.4930 0.1134 0.000 0.000 0.448 0.020 0.504 0.028
#> SRR1609440 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.1370 0.8011 0.000 0.004 0.000 0.036 0.948 0.012
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.5548 0.5161 0.008 0.000 0.004 0.196 0.608 0.184
#> SRR1609444 5 0.4934 0.6221 0.140 0.000 0.000 0.068 0.720 0.072
#> SRR1609445 5 0.0692 0.8119 0.000 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR1609446 5 0.1464 0.8003 0.000 0.004 0.000 0.036 0.944 0.016
#> SRR1609447 1 0.6471 0.5506 0.568 0.000 0.008 0.192 0.072 0.160
#> SRR1609448 2 0.0260 0.9527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609449 1 0.0777 0.8560 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1609450 2 0.1757 0.9087 0.000 0.928 0.000 0.052 0.008 0.012
#> SRR1609451 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609452 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609453 5 0.5248 0.5300 0.008 0.000 0.000 0.188 0.636 0.168
#> SRR1609454 2 0.3405 0.8004 0.000 0.832 0.000 0.084 0.068 0.016
#> SRR1609455 5 0.5996 0.1469 0.392 0.000 0.000 0.084 0.476 0.048
#> SRR1609456 5 0.1268 0.8027 0.000 0.004 0.000 0.036 0.952 0.008
#> SRR1609457 5 0.0951 0.8122 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968 0.008
#> SRR1609458 5 0.6594 0.4443 0.096 0.000 0.000 0.196 0.536 0.172
#> SRR1609459 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609460 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609461 5 0.1138 0.8108 0.000 0.000 0.004 0.024 0.960 0.012
#> SRR1609462 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609464 3 0.0260 0.8438 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609463 6 0.3445 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.008 0.260 0.732
#> SRR1609465 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609466 4 0.5118 0.1084 0.452 0.000 0.000 0.484 0.012 0.052
#> SRR1609467 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609469 4 0.3721 0.6436 0.000 0.016 0.000 0.752 0.220 0.012
#> SRR1609470 5 0.0935 0.8063 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609472 4 0.4343 0.4902 0.000 0.000 0.000 0.592 0.380 0.028
#> SRR1609471 1 0.3077 0.8055 0.860 0.000 0.000 0.068 0.040 0.032
#> SRR1609474 2 0.2282 0.8857 0.000 0.900 0.000 0.068 0.012 0.020
#> SRR1609473 4 0.4122 0.7254 0.000 0.172 0.000 0.752 0.068 0.008
#> SRR1609475 4 0.3570 0.7305 0.000 0.228 0.000 0.752 0.016 0.004
#> SRR1609478 4 0.4118 0.5941 0.000 0.000 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1609476 1 0.4921 0.6409 0.656 0.000 0.000 0.180 0.000 0.164
#> SRR1609477 5 0.0653 0.8159 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.4008 0.9084 0.000 0.000 0.000 0.064 0.196 0.740
#> SRR1609480 5 0.0436 0.8160 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1609482 3 0.0260 0.8438 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609484 4 0.3437 0.6363 0.000 0.008 0.000 0.752 0.236 0.004
#> SRR1609483 3 0.5304 0.6744 0.000 0.000 0.680 0.164 0.100 0.056
#> SRR1609486 3 0.0717 0.8423 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609485 3 0.0717 0.8423 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609487 1 0.1225 0.8474 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609488 5 0.6591 0.4799 0.032 0.000 0.040 0.196 0.564 0.168
#> SRR1609489 2 0.0260 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.3659 0.8086 0.016 0.832 0.000 0.072 0.060 0.020
#> SRR1609491 5 0.0405 0.8167 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609494 2 0.0632 0.9403 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1693 0.8426 0.932 0.000 0.000 0.020 0.004 0.044
#> SRR1609496 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609497 5 0.6837 0.4083 0.000 0.000 0.124 0.196 0.508 0.172
#> SRR1609498 3 0.7997 0.3499 0.204 0.000 0.400 0.192 0.040 0.164
#> SRR1609499 2 0.1578 0.9152 0.000 0.936 0.000 0.048 0.004 0.012
#> SRR1609500 1 0.8325 0.0865 0.312 0.000 0.052 0.200 0.268 0.168
#> SRR1609501 5 0.0935 0.8063 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609502 2 0.4779 0.6059 0.000 0.712 0.000 0.116 0.152 0.020
#> SRR1609503 4 0.4259 0.6833 0.000 0.072 0.000 0.752 0.160 0.016
#> SRR1609504 1 0.5929 0.5845 0.600 0.000 0.000 0.192 0.048 0.160
#> SRR1609505 3 0.2491 0.7872 0.000 0.000 0.868 0.020 0.000 0.112
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.6140 0.6083 0.004 0.000 0.580 0.200 0.044 0.172
#> SRR1609508 2 0.1225 0.9257 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609509 2 0.0260 0.9518 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.3534 0.9735 0.000 0.000 0.000 0.016 0.244 0.740
#> SRR1609512 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609511 3 0.4436 0.5281 0.000 0.000 0.680 0.020 0.272 0.028
#> SRR1609513 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609514 4 0.4362 0.4743 0.000 0.000 0.000 0.584 0.388 0.028
#> SRR1609515 2 0.0260 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.0692 0.8141 0.000 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR1609517 5 0.1194 0.8056 0.000 0.004 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR1609518 1 0.0458 0.8554 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0405 0.8444 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609520 4 0.4166 0.7203 0.000 0.148 0.000 0.760 0.080 0.012
#> SRR1609521 3 0.5927 0.6242 0.008 0.000 0.608 0.188 0.032 0.164
#> SRR1609522 3 0.0260 0.8438 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609523 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609524 2 0.0260 0.9527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609526 3 0.0972 0.8390 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1609525 5 0.0935 0.8063 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 5 0.4730 0.1116 0.000 0.000 0.468 0.020 0.496 0.016
#> SRR1609528 4 0.4353 0.4838 0.000 0.000 0.000 0.588 0.384 0.028
#> SRR1609530 3 0.0405 0.8444 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0603 0.8431 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609533 5 0.0935 0.8063 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1609534 3 0.3626 0.6775 0.000 0.000 0.780 0.020 0.184 0.016
#> SRR1609535 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0951 0.8122 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968 0.008
#> SRR1609538 2 0.1225 0.9298 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609539 6 0.3421 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.008 0.256 0.736
#> SRR1609540 1 0.7157 0.4127 0.460 0.000 0.000 0.192 0.180 0.168
#> SRR1609541 4 0.4118 0.5941 0.000 0.000 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.5133 0.6536 0.008 0.000 0.652 0.176 0.000 0.164
#> SRR1609544 1 0.2113 0.8214 0.896 0.000 0.000 0.008 0.004 0.092
#> SRR1609545 3 0.7719 0.3629 0.208 0.000 0.416 0.192 0.020 0.164
#> SRR1609546 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609547 5 0.0951 0.8122 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968 0.008
#> SRR1609548 5 0.0858 0.8094 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR1609549 2 0.0405 0.9523 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609550 2 0.0146 0.9537 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.3337 0.9816 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> SRR1609552 3 0.0717 0.8428 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609553 5 0.6279 0.0692 0.000 0.000 0.396 0.044 0.436 0.124
#> SRR1609554 5 0.0603 0.8149 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1609555 5 0.4068 0.6573 0.000 0.000 0.004 0.080 0.756 0.160
#> SRR1609556 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609557 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609558 5 0.0291 0.8159 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1609559 5 0.0858 0.8078 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1609560 1 0.1686 0.8357 0.924 0.000 0.000 0.064 0.000 0.012
#> SRR1609561 3 0.0603 0.8431 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609562 1 0.1625 0.8363 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR1609563 2 0.2923 0.8441 0.000 0.868 0.000 0.052 0.060 0.020
#> SRR1609564 1 0.4890 0.6421 0.660 0.000 0.000 0.180 0.000 0.160
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.4841 0.6737 0.004 0.000 0.680 0.156 0.000 0.160
#> SRR1609570 3 0.0260 0.8438 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609571 3 0.0972 0.8390 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1609572 5 0.7313 0.2493 0.000 0.000 0.176 0.196 0.428 0.200
#> SRR1609573 3 0.0260 0.8438 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609574 3 0.5589 0.6408 0.000 0.000 0.612 0.192 0.020 0.176
#> SRR1609575 4 0.3349 0.7291 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008 0.000
#> SRR1609576 2 0.0806 0.9418 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1609578 5 0.0603 0.8154 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1609577 1 0.1390 0.8442 0.948 0.000 0.000 0.016 0.004 0.032
#> SRR1609579 3 0.5532 0.6472 0.000 0.000 0.620 0.192 0.020 0.168
#> SRR1609580 5 0.1666 0.7962 0.000 0.000 0.036 0.020 0.936 0.008
#> SRR1609582 3 0.8392 0.2955 0.208 0.000 0.360 0.192 0.076 0.164
#> SRR1609581 5 0.1442 0.8033 0.000 0.004 0.000 0.040 0.944 0.012
#> SRR1609583 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609584 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609585 3 0.2662 0.7809 0.000 0.000 0.856 0.024 0.000 0.120
#> SRR1609586 2 0.0547 0.9476 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.1053 0.8117 0.000 0.000 0.004 0.020 0.964 0.012
#> SRR1609588 5 0.1442 0.8033 0.000 0.004 0.000 0.040 0.944 0.012
#> SRR1609589 5 0.1644 0.7938 0.000 0.004 0.000 0.052 0.932 0.012
#> SRR1609590 3 0.0405 0.8444 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609592 5 0.0508 0.8144 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1609591 5 0.1268 0.8059 0.000 0.004 0.000 0.036 0.952 0.008
#> SRR1609593 6 0.3337 0.9816 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> SRR1609594 4 0.3330 0.7126 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4118 0.5941 0.000 0.000 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1609599 4 0.4118 0.5941 0.000 0.000 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1609600 3 0.7195 0.4432 0.000 0.000 0.452 0.200 0.180 0.168
#> SRR1609601 6 0.3163 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1609602 4 0.4118 0.5941 0.000 0.000 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1609603 1 0.0632 0.8541 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3371 0.7047 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.1194 0.8056 0.000 0.004 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR1609606 5 0.1003 0.8084 0.000 0.004 0.000 0.028 0.964 0.004
#> SRR1609607 5 0.3452 0.6658 0.000 0.000 0.176 0.024 0.792 0.008
#> SRR1609608 5 0.0951 0.8122 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968 0.008
#> SRR1609609 5 0.1194 0.8055 0.000 0.004 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR1609610 5 0.3183 0.7177 0.000 0.000 0.004 0.040 0.828 0.128
#> SRR1609611 4 0.3351 0.7089 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0547 0.9461 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.0748 0.8150 0.000 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR1609614 5 0.6980 0.4527 0.040 0.000 0.056 0.200 0.532 0.172
#> SRR1609615 1 0.1716 0.8440 0.932 0.000 0.000 0.036 0.004 0.028
#> SRR1609616 1 0.7134 0.4136 0.464 0.000 0.000 0.192 0.180 0.164
#> SRR1609617 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609618 5 0.0551 0.8174 0.000 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> SRR1609619 5 0.2302 0.7771 0.008 0.000 0.000 0.060 0.900 0.032
#> SRR1609620 4 0.3737 0.5501 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.1075 0.9148 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0972 0.8390 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1609623 1 0.6499 0.5490 0.564 0.000 0.008 0.192 0.072 0.164
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3807 0.7244 0.756 0.000 0.000 0.192 0.000 0.052
#> SRR1609626 3 0.0972 0.8390 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1609627 1 0.1225 0.8474 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609628 2 0.0260 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.5197 0.5320 0.000 0.000 0.004 0.196 0.632 0.168
#> SRR1609630 2 0.0260 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0547 0.8559 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.1225 0.8474 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609633 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0260 0.9527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609635 3 0.0972 0.8390 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1609636 4 0.3330 0.7126 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.1462 0.8321 0.936 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1609638 2 0.6191 0.4501 0.216 0.608 0.000 0.072 0.084 0.020
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0146 0.8569 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0291 0.8164 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.1036 0.8115 0.000 0.000 0.004 0.024 0.964 0.008
#> SRR1609646 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609647 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609649 1 0.6735 0.4950 0.520 0.000 0.000 0.200 0.112 0.168
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.1334 0.9280 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1609650 5 0.0146 0.8161 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609652 3 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4577 0.6724 0.116 0.068 0.000 0.764 0.040 0.012
#> SRR1609655 6 0.3468 0.9745 0.000 0.000 0.000 0.008 0.264 0.728
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8570 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.4886 -0.0731 0.480 0.000 0.000 0.468 0.004 0.048
#> SRR1609658 2 0.0260 0.9527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.3337 0.9816 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> SRR1609661 5 0.0748 0.8150 0.000 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR1609662 2 0.0260 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0951 0.8122 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968 0.008
#> SRR1609664 6 0.3314 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.004 0.256 0.740
#> SRR1609665 2 0.0806 0.9418 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1609666 4 0.4948 0.5076 0.280 0.024 0.000 0.648 0.004 0.044
#> SRR1609667 1 0.4974 0.6306 0.648 0.000 0.000 0.192 0.000 0.160
#> SRR1609668 6 0.3892 0.9327 0.000 0.000 0.000 0.048 0.212 0.740
#> SRR1609669 1 0.0260 0.8560 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.579 0.733 0.899 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.907 0.892 0.959 0.3061 0.767 0.568
#> 4 4 0.800 0.844 0.921 0.1334 0.868 0.642
#> 5 5 0.878 0.793 0.883 0.0609 0.910 0.674
#> 6 6 0.892 0.890 0.930 0.0350 0.957 0.799
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609371 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.2948 0.8327 0.052 0.948
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609382 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.9993 0.1023 0.516 0.484
#> SRR1609381 1 0.9983 0.1289 0.524 0.476
#> SRR1609384 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609387 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.9732 0.3323 0.596 0.404
#> SRR1609393 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609396 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609398 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609400 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609410 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609411 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609412 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.9686 0.3343 0.396 0.604
#> SRR1609422 2 0.9815 0.2754 0.420 0.580
#> SRR1609423 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609432 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609441 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.8327 0.5818 0.736 0.264
#> SRR1609445 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609450 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609453 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.4939 0.7829 0.108 0.892
#> SRR1609457 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.3584 0.8104 0.932 0.068
#> SRR1609460 2 0.8016 0.6144 0.244 0.756
#> SRR1609461 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.6531 0.7163 0.168 0.832
#> SRR1609466 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609472 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609471 1 0.9881 0.2493 0.564 0.436
#> SRR1609474 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609476 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.2603 0.8329 0.956 0.044
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.7453 0.6605 0.212 0.788
#> SRR1609480 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.9686 0.2833 0.396 0.604
#> SRR1609488 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.9686 0.3499 0.604 0.396
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.9686 0.3343 0.396 0.604
#> SRR1609502 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7528 0.6550 0.216 0.784
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.9608 0.3147 0.616 0.384
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.7602 0.6501 0.220 0.780
#> SRR1609518 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609519 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9833 0.2649 0.424 0.576
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609527 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609529 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.9686 0.3343 0.396 0.604
#> SRR1609534 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.7299 0.6711 0.204 0.796
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.7219 0.6704 0.800 0.200
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.7056 0.6646 0.808 0.192
#> SRR1609558 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609559 2 0.9909 0.2092 0.444 0.556
#> SRR1609560 2 0.9580 0.3208 0.380 0.620
#> SRR1609561 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.9732 0.3323 0.596 0.404
#> SRR1609579 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609583 1 0.1843 0.8470 0.972 0.028
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609589 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609591 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609594 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609599 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609600 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609603 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609604 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609607 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 1.0000 -0.0255 0.504 0.496
#> SRR1609610 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609616 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.7950 0.6205 0.240 0.760
#> SRR1609618 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.0672 0.8716 0.008 0.992
#> SRR1609620 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609625 1 0.7219 0.6701 0.800 0.200
#> SRR1609626 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609632 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609633 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.1633 0.8509 0.976 0.024
#> SRR1609638 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609642 1 0.9710 0.3418 0.600 0.400
#> SRR1609643 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609645 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.6531 0.7163 0.168 0.832
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.9710 0.2776 0.600 0.400
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.9732 0.3323 0.596 0.404
#> SRR1609656 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.8779 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8694 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.9710 0.3254 0.400 0.600
#> SRR1609669 2 0.9710 0.2737 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 1 0.6295 0.0898 0.528 0.472 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.6062 0.3542 0.616 0.384 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.4555 0.7399 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609415 1 0.0747 0.9334 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 3 0.6280 0.1406 0.000 0.460 0.540
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.6295 0.1458 0.528 0.472 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.6305 0.1269 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4555 0.7013 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609431 2 0.4555 0.7471 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.6308 0.0992 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.5926 0.3841 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609452 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 3 0.5650 0.5570 0.312 0.000 0.688
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.6154 0.2972 0.408 0.592 0.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 3 0.5678 0.5499 0.316 0.000 0.684
#> SRR1609459 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609461 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609463 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609466 1 0.5560 0.5440 0.700 0.300 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 3 0.6299 0.0501 0.000 0.476 0.524
#> SRR1609472 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 3 0.1289 0.9115 0.000 0.032 0.968
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609491 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.4555 0.7471 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609498 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.5706 0.5426 0.320 0.000 0.680
#> SRR1609501 2 0.1031 0.9463 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609514 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609523 3 0.6168 0.2884 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609525 2 0.4974 0.6918 0.000 0.764 0.236
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609528 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609533 2 0.0424 0.9618 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.6309 0.0862 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609546 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609554 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609557 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.3412 0.8108 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609581 2 0.6008 0.4210 0.000 0.628 0.372
#> SRR1609583 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 2 0.5678 0.5476 0.000 0.684 0.316
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609592 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609593 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 2 0.3752 0.8177 0.000 0.856 0.144
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609601 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609602 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609606 2 0.5497 0.5973 0.000 0.708 0.292
#> SRR1609607 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 2 0.6302 0.0967 0.000 0.520 0.480
#> SRR1609610 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4062 0.7566 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609617 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609623 1 0.6291 0.0310 0.532 0.000 0.468
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609649 3 0.5988 0.4476 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.1860 0.9208 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609655 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.9423 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 2 0.2878 0.8715 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9691 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.6286 0.1176 0.536 0.464 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.4452 0.7587 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9486 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.3569 0.7537 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609361 1 0.3569 0.7537 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609362 1 0.7609 -0.0567 0.404 0.396 0.000 0.200
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.6790 0.5128 0.608 0.192 0.000 0.200
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2530 0.8295 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609383 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3569 0.8120 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.3569 0.8120 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.4697 0.3655 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.4998 0.0466 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609422 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.4477 0.6890 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609424 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609425 2 0.4477 0.5541 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.1716 0.8787 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3801 0.6860 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.3266 0.8117 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.1716 0.8787 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609434 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609438 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3688 0.8048 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609446 2 0.0469 0.9179 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609447 3 0.3569 0.7235 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.1792 0.8205 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609453 3 0.1557 0.8862 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.4919 0.7672 0.152 0.772 0.000 0.076
#> SRR1609456 2 0.3610 0.6919 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609457 3 0.4713 0.3497 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1609458 3 0.0188 0.9262 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609459 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609460 4 0.3311 0.8100 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609461 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.4888 0.4270 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609465 4 0.3311 0.8100 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609466 1 0.4579 0.7184 0.768 0.032 0.000 0.200
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.4877 0.5177 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609470 4 0.3610 0.7931 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609472 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.3801 0.7939 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1609475 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609478 4 0.1022 0.8090 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 4 0.4222 0.7050 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.4564 0.6656 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 3 0.0188 0.9260 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.3311 0.8100 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.1557 0.8862 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.1557 0.8862 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609501 4 0.3610 0.7931 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609502 2 0.0592 0.9188 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609503 4 0.1302 0.7994 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1609504 1 0.0188 0.9304 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.3486 0.7118 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3569 0.6640 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609517 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.4477 0.6890 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609521 3 0.1557 0.8862 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.3266 0.8117 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.1022 0.8090 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.3610 0.7931 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 4 0.3266 0.8117 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.4888 0.1851 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 4 0.4564 0.6079 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1609540 1 0.4941 0.2212 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.1716 0.8787 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.3569 0.7235 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609546 4 0.3764 0.7675 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1609547 4 0.4564 0.6079 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1609548 4 0.3486 0.7878 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.3569 0.7834 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4477 0.4769 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1609555 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609558 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609559 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.1637 0.8826 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.3569 0.8120 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.4776 0.3046 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609582 3 0.1637 0.8826 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609581 2 0.3444 0.7285 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1609583 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.3688 0.7747 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1609588 2 0.3528 0.7172 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1609589 2 0.0188 0.9239 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 4 0.5378 0.3062 0.000 0.012 0.448 0.540
#> SRR1609593 4 0.3569 0.7834 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609594 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609595 4 0.3311 0.8100 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.3649 0.6526 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609602 4 0.0921 0.8103 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3569 0.8120 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609605 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609606 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609607 3 0.4250 0.5526 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1609608 4 0.4522 0.6218 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609609 4 0.3610 0.7931 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609610 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.4564 0.4388 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4855 0.3236 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609617 4 0.3266 0.8117 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.3311 0.7794 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609620 2 0.3569 0.8120 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.3528 0.7285 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3356 0.7306 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1609636 2 0.3610 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.4948 0.0763 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0707 0.9130 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 3 0.1557 0.8862 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.3356 0.7936 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.3791 0.8071 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR1609655 4 0.3610 0.7806 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.3569 0.7537 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.3569 0.7834 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1609661 3 0.4040 0.6104 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.9290 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 4 0.3569 0.7962 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9268 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.7589 -0.0625 0.404 0.400 0.000 0.196
#> SRR1609667 1 0.0336 0.9269 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.8162 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9338 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.4182 0.3190 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609361 4 0.4201 0.3033 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609362 4 0.4505 0.3512 0.384 0.012 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4171 0.3260 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.1671 0.8449 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.4182 0.6310 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0609 0.9268 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.4192 0.3478 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.1792 0.8660 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609422 5 0.2605 0.5020 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1609423 4 0.4415 0.6397 0.000 0.388 0.000 0.604 0.008
#> SRR1609424 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609425 2 0.2813 0.6971 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4310 0.3494 0.604 0.000 0.004 0.392 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609435 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.5871 0.6096 0.000 0.184 0.000 0.604 0.212
#> SRR1609438 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609439 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.3305 0.5804 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.1571 0.8857 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1609445 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609446 5 0.6671 0.5255 0.000 0.232 0.000 0.372 0.396
#> SRR1609447 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609453 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.3476 0.7325 0.076 0.836 0.000 0.088 0.000
#> SRR1609456 4 0.6705 -0.5207 0.000 0.244 0.000 0.392 0.364
#> SRR1609457 3 0.6390 -0.0472 0.000 0.000 0.436 0.396 0.168
#> SRR1609458 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609460 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 3 0.6390 -0.0449 0.000 0.000 0.436 0.396 0.168
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609463 5 0.1478 0.6186 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609465 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 4 0.4201 0.3033 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4415 0.6397 0.000 0.388 0.000 0.604 0.008
#> SRR1609470 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609472 4 0.0290 0.3195 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609475 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609478 4 0.0404 0.3224 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609476 1 0.1671 0.8739 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 5 0.3274 0.3856 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1609480 4 0.4030 -0.5003 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1609482 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609484 4 0.3210 0.6113 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609483 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609486 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609485 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609502 2 0.0404 0.9451 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609503 4 0.5810 0.5792 0.000 0.152 0.000 0.604 0.244
#> SRR1609504 1 0.1851 0.8584 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.3274 0.3856 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3690 0.4217 0.000 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609517 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4415 0.6397 0.000 0.388 0.000 0.604 0.008
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609523 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609525 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609528 4 0.0290 0.3195 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609530 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609533 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609534 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609535 5 0.1043 0.6378 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4630 0.7938 0.000 0.000 0.016 0.396 0.588
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 1 0.4278 0.2210 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.1671 0.3614 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.1544 0.8811 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.0162 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609547 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609548 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609553 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609554 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609555 3 0.3074 0.7247 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609558 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609559 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.5602 0.4587 0.000 0.000 0.640 0.196 0.164
#> SRR1609582 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.5639 0.1057 0.000 0.524 0.000 0.396 0.080
#> SRR1609583 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609588 2 0.5639 0.1057 0.000 0.524 0.000 0.396 0.080
#> SRR1609589 2 0.6334 -0.1259 0.000 0.452 0.000 0.388 0.160
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609591 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609593 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609595 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.1908 0.3692 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609599 4 0.5733 0.4381 0.000 0.000 0.256 0.608 0.136
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 5 0.4060 0.0707 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1609602 4 0.5798 0.4419 0.000 0.000 0.236 0.608 0.156
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609605 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609606 5 0.4161 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609607 3 0.6458 -0.0847 0.000 0.000 0.424 0.396 0.180
#> SRR1609608 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609609 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609610 3 0.1671 0.8652 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609611 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.5330 0.7554 0.000 0.000 0.056 0.396 0.548
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4171 0.3676 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1609617 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 3 0.4171 0.3990 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609619 1 0.4150 0.2771 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1609620 4 0.4182 0.6310 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0162 0.9320 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0451 0.9267 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1609636 4 0.4171 0.6371 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.6413 -0.0580 0.000 0.000 0.432 0.396 0.172
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.1197 0.6296 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1609649 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.4171 0.8071 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4505 0.6395 0.012 0.384 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609655 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.4201 0.3033 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 3 0.6499 -0.1107 0.000 0.000 0.416 0.396 0.188
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.6390 -0.0449 0.000 0.000 0.436 0.396 0.168
#> SRR1609664 5 0.0000 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.4505 0.3512 0.384 0.012 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609667 1 0.2329 0.8146 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1609668 5 0.4074 0.0599 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.3409 0.6073 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.3774 0.4127 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.2793 0.7035 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.2854 0.6985 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.2793 0.8191 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2631 0.7197 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0146 0.9159 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3620 0.6246 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0146 0.9159 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.2762 0.6892 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.2823 0.8161 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609414 3 0.1788 0.9063 0.000 0.000 0.916 0.076 0.004 0.004
#> SRR1609415 1 0.5557 0.4726 0.572 0.000 0.240 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609416 1 0.5116 0.6000 0.644 0.000 0.168 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609417 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609422 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609423 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609425 2 0.2697 0.7195 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4426 0.3418 0.580 0.000 0.004 0.016 0.396 0.004
#> SRR1609430 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609431 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609434 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3329 0.7642 0.792 0.000 0.020 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609436 3 0.0935 0.9177 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609437 4 0.2948 0.6803 0.000 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188
#> SRR1609438 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.3290 0.7005 0.000 0.016 0.000 0.776 0.208 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609444 1 0.3839 0.7548 0.776 0.000 0.012 0.176 0.032 0.004
#> SRR1609445 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.1007 0.9244 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609447 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0146 0.9167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.1010 0.9160 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR1609452 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609453 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.5132 -0.1363 0.084 0.500 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.0363 0.9543 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609457 5 0.1155 0.9390 0.000 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR1609458 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609459 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609460 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609461 5 0.1296 0.9331 0.000 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004
#> SRR1609462 3 0.0291 0.9261 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609464 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609463 6 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1609465 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609466 4 0.3765 0.4204 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609469 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609472 4 0.3014 0.7090 0.000 0.000 0.012 0.804 0.184 0.000
#> SRR1609471 1 0.0632 0.9049 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.3426 0.7242 0.000 0.000 0.068 0.808 0.124 0.000
#> SRR1609476 1 0.5086 0.6054 0.648 0.000 0.164 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609477 5 0.1226 0.9361 0.000 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609480 5 0.2810 0.7925 0.000 0.000 0.008 0.156 0.832 0.004
#> SRR1609482 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609484 4 0.3003 0.7272 0.000 0.016 0.000 0.812 0.172 0.000
#> SRR1609483 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609486 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609485 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.2738 0.8647 0.000 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0458 0.9537 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0146 0.9167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609497 3 0.0436 0.9256 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1609498 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609501 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609502 2 0.3330 0.4999 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.3316 0.8016 0.000 0.136 0.000 0.812 0.000 0.052
#> SRR1609504 1 0.3409 0.7608 0.788 0.000 0.024 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609505 3 0.0603 0.9220 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609512 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609511 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609513 3 0.0291 0.9261 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609514 4 0.3037 0.6965 0.000 0.000 0.176 0.808 0.016 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.0146 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609517 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609520 4 0.2697 0.8231 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1609521 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609522 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609523 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609525 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609528 4 0.3468 0.7225 0.000 0.000 0.068 0.804 0.128 0.000
#> SRR1609530 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609533 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609534 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609535 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.1226 0.9361 0.000 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 6 0.0363 0.9856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609540 1 0.5725 0.3822 0.532 0.000 0.280 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609541 4 0.3247 0.7180 0.000 0.000 0.036 0.808 0.156 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609544 1 0.2558 0.7687 0.840 0.000 0.156 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609546 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 5 0.0653 0.9528 0.000 0.000 0.012 0.004 0.980 0.004
#> SRR1609548 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.0146 0.9945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609552 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609553 3 0.0622 0.9272 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1609554 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 3 0.2879 0.8003 0.000 0.000 0.816 0.004 0.176 0.004
#> SRR1609556 3 0.0436 0.9256 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1609557 5 0.0146 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609558 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609560 1 0.0146 0.9159 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609562 1 0.0146 0.9159 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.3329 0.7642 0.792 0.000 0.020 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.2595 0.8719 0.000 0.000 0.836 0.160 0.000 0.004
#> SRR1609570 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609571 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609572 3 0.1700 0.9073 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004 0.000
#> SRR1609573 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609574 3 0.0291 0.9261 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609575 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.2378 0.8766 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.3302 0.7114 0.000 0.000 0.232 0.004 0.760 0.004
#> SRR1609582 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609581 5 0.1245 0.9405 0.000 0.016 0.032 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609583 5 0.0260 0.9595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609584 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609585 3 0.0436 0.9256 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.1226 0.9361 0.000 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR1609588 5 0.1245 0.9405 0.000 0.016 0.032 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609589 5 0.0547 0.9490 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609590 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609592 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609591 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 6 0.0260 0.9940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609594 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3210 0.7206 0.000 0.000 0.036 0.812 0.152 0.000
#> SRR1609599 4 0.2664 0.6931 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609601 6 0.0260 0.9935 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609602 4 0.2748 0.7136 0.000 0.000 0.120 0.856 0.016 0.008
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.2854 0.8128 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609606 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609607 5 0.1615 0.9155 0.000 0.000 0.064 0.004 0.928 0.004
#> SRR1609608 5 0.1155 0.9383 0.000 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR1609609 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609610 3 0.0806 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1609611 4 0.2793 0.8191 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.0146 0.9589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609614 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.5475 0.5067 0.588 0.000 0.224 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609617 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609618 5 0.2946 0.7766 0.000 0.000 0.184 0.004 0.808 0.004
#> SRR1609619 1 0.4434 0.0913 0.544 0.000 0.000 0.428 0.028 0.000
#> SRR1609620 4 0.3659 0.6018 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0146 0.9752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609623 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2805 0.7801 0.812 0.000 0.004 0.184 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609627 1 0.0146 0.9159 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.2772 0.8628 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0146 0.9167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0653 0.9267 0.000 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609636 4 0.2762 0.8214 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0520 0.9104 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0436 0.9256 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.1152 0.9357 0.000 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1609646 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609647 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609649 3 0.2805 0.8604 0.000 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.0363 0.9588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609652 3 0.0508 0.9273 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.3501 0.7960 0.080 0.116 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609655 6 0.0146 0.9945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3774 0.4127 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0146 0.9945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609661 5 0.0146 0.9589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.2946 0.7766 0.000 0.000 0.184 0.004 0.808 0.004
#> SRR1609664 6 0.0291 0.9974 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.2823 0.7014 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.3409 0.7608 0.788 0.000 0.024 0.184 0.000 0.004
#> SRR1609668 6 0.0260 0.9935 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.553 0.835 0.917 0.4934 0.498 0.498
#> 3 3 0.660 0.770 0.847 0.3042 0.723 0.500
#> 4 4 0.780 0.859 0.929 0.1296 0.826 0.551
#> 5 5 0.756 0.713 0.854 0.0571 0.944 0.796
#> 6 6 0.824 0.798 0.875 0.0507 0.919 0.675
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 1 0.9732 0.491 0.596 0.404
#> SRR1609361 1 0.9775 0.475 0.588 0.412
#> SRR1609362 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1609363 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609365 1 0.9775 0.475 0.588 0.412
#> SRR1609366 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609368 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609369 1 0.9775 0.475 0.588 0.412
#> SRR1609370 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609371 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609373 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.9732 0.275 0.404 0.596
#> SRR1609376 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.8608 0.668 0.716 0.284
#> SRR1609382 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.8661 0.664 0.712 0.288
#> SRR1609381 1 0.8016 0.721 0.756 0.244
#> SRR1609384 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1609386 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609385 1 0.9775 0.475 0.588 0.412
#> SRR1609387 1 0.8661 0.664 0.712 0.288
#> SRR1609388 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.8386 0.689 0.732 0.268
#> SRR1609393 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609396 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609398 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609400 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609397 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.9732 0.143 0.404 0.596
#> SRR1609404 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.9460 0.566 0.636 0.364
#> SRR1609410 1 0.8608 0.668 0.716 0.284
#> SRR1609411 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.9522 0.554 0.628 0.372
#> SRR1609412 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.8608 0.668 0.716 0.284
#> SRR1609419 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0938 0.908 0.012 0.988
#> SRR1609421 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609422 2 0.9460 0.537 0.364 0.636
#> SRR1609423 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.1414 0.907 0.020 0.980
#> SRR1609426 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.8499 0.680 0.724 0.276
#> SRR1609430 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.5178 0.861 0.116 0.884
#> SRR1609432 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.1414 0.892 0.980 0.020
#> SRR1609436 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609438 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609441 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609442 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.8555 0.673 0.720 0.280
#> SRR1609445 2 0.8144 0.724 0.252 0.748
#> SRR1609446 2 0.4431 0.876 0.092 0.908
#> SRR1609447 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609450 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.8713 0.663 0.292 0.708
#> SRR1609453 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.3114 0.893 0.056 0.944
#> SRR1609455 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609456 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609457 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.9775 0.441 0.412 0.588
#> SRR1609460 2 0.4690 0.872 0.100 0.900
#> SRR1609461 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609466 1 0.9000 0.619 0.684 0.316
#> SRR1609467 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.3733 0.886 0.072 0.928
#> SRR1609470 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1609472 2 0.7299 0.780 0.204 0.796
#> SRR1609471 1 0.8555 0.673 0.720 0.280
#> SRR1609474 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.7376 0.776 0.208 0.792
#> SRR1609476 1 0.0376 0.898 0.996 0.004
#> SRR1609477 2 0.9775 0.441 0.412 0.588
#> SRR1609479 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.0672 0.895 0.992 0.008
#> SRR1609482 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.4298 0.878 0.088 0.912
#> SRR1609483 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.9000 0.622 0.684 0.316
#> SRR1609488 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609491 2 0.9209 0.567 0.336 0.664
#> SRR1609492 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1609494 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609496 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609502 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609503 2 0.1414 0.907 0.020 0.980
#> SRR1609504 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.4298 0.879 0.088 0.912
#> SRR1609512 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.6623 0.749 0.828 0.172
#> SRR1609515 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609516 2 0.9775 0.441 0.412 0.588
#> SRR1609517 2 0.4690 0.872 0.100 0.900
#> SRR1609518 1 0.7745 0.737 0.772 0.228
#> SRR1609519 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9248 0.581 0.340 0.660
#> SRR1609524 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1609527 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609529 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.9393 0.553 0.356 0.644
#> SRR1609530 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.4690 0.872 0.100 0.900
#> SRR1609534 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.4298 0.878 0.088 0.912
#> SRR1609537 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609541 2 0.7453 0.771 0.212 0.788
#> SRR1609542 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0376 0.898 0.996 0.004
#> SRR1609545 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609546 2 0.9754 0.449 0.408 0.592
#> SRR1609547 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609548 2 0.5519 0.853 0.128 0.872
#> SRR1609549 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0672 0.897 0.992 0.008
#> SRR1609555 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.8016 0.726 0.244 0.756
#> SRR1609558 2 0.7056 0.794 0.192 0.808
#> SRR1609559 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1609560 1 0.9944 0.276 0.544 0.456
#> SRR1609561 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.6623 0.797 0.172 0.828
#> SRR1609563 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609564 1 0.3114 0.875 0.944 0.056
#> SRR1609565 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.8955 0.637 0.688 0.312
#> SRR1609569 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.2603 0.880 0.956 0.044
#> SRR1609577 1 0.8207 0.705 0.744 0.256
#> SRR1609579 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.5408 0.852 0.124 0.876
#> SRR1609583 2 0.8608 0.672 0.284 0.716
#> SRR1609584 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609587 2 0.9815 0.422 0.420 0.580
#> SRR1609588 2 0.4690 0.871 0.100 0.900
#> SRR1609589 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609590 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.7950 0.737 0.240 0.760
#> SRR1609591 1 0.8661 0.664 0.712 0.288
#> SRR1609593 2 0.9775 0.441 0.412 0.588
#> SRR1609594 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.9998 0.157 0.492 0.508
#> SRR1609596 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.8861 0.645 0.304 0.696
#> SRR1609599 1 0.3274 0.866 0.940 0.060
#> SRR1609600 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.2948 0.871 0.948 0.052
#> SRR1609603 1 0.9522 0.554 0.628 0.372
#> SRR1609604 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609606 2 0.4690 0.872 0.100 0.900
#> SRR1609607 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.4690 0.871 0.100 0.900
#> SRR1609610 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.8555 0.673 0.720 0.280
#> SRR1609616 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609617 2 0.4562 0.874 0.096 0.904
#> SRR1609618 1 0.5408 0.797 0.876 0.124
#> SRR1609619 1 0.9000 0.619 0.684 0.316
#> SRR1609620 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.8327 0.695 0.736 0.264
#> SRR1609625 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609626 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> SRR1609628 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.7299 0.762 0.796 0.204
#> SRR1609632 1 0.8813 0.645 0.700 0.300
#> SRR1609633 1 0.4815 0.849 0.896 0.104
#> SRR1609634 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0376 0.898 0.996 0.004
#> SRR1609638 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609639 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.8608 0.668 0.716 0.284
#> SRR1609642 1 0.4939 0.846 0.892 0.108
#> SRR1609643 1 0.1633 0.886 0.976 0.024
#> SRR1609644 1 0.9522 0.554 0.628 0.372
#> SRR1609645 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.4431 0.877 0.092 0.908
#> SRR1609649 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609650 2 0.9522 0.522 0.372 0.628
#> SRR1609652 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.4161 0.881 0.084 0.916
#> SRR1609655 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> SRR1609657 1 0.7950 0.724 0.760 0.240
#> SRR1609656 1 0.8763 0.653 0.704 0.296
#> SRR1609658 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.8144 0.594 0.748 0.252
#> SRR1609661 1 0.2236 0.878 0.964 0.036
#> SRR1609662 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.5946 0.838 0.144 0.856
#> SRR1609665 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.899 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.6973 0.798 0.188 0.812
#> SRR1609669 1 0.9522 0.554 0.628 0.372
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.6205 0.4887 0.656 0.336 0.008
#> SRR1609361 1 0.6205 0.4887 0.656 0.336 0.008
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.1031 0.9342 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.7944 0.6468 0.656 0.212 0.132
#> SRR1609370 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.6379 0.7584 0.624 0.008 0.368
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.6828 0.7778 0.656 0.032 0.312
#> SRR1609381 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.7250 0.5752 0.656 0.288 0.056
#> SRR1609387 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609396 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609400 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.6793 0.4831 0.292 0.672 0.036
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.8022 0.6702 0.656 0.184 0.160
#> SRR1609410 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609411 2 0.1643 0.9205 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.7988 0.6570 0.656 0.200 0.144
#> SRR1609412 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 1 0.6235 0.6949 0.564 0.000 0.436
#> SRR1609415 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609416 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609417 3 0.5859 0.5472 0.344 0.000 0.656
#> SRR1609418 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 2 0.1289 0.9309 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609421 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609422 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.5621 0.5238 0.000 0.692 0.308
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 2 0.4605 0.6982 0.000 0.796 0.204
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.4178 0.7265 0.828 0.000 0.172
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 3 0.5591 0.1332 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609430 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609431 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609432 2 0.0892 0.9404 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609433 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609436 1 0.5810 0.7888 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609437 2 0.5216 0.5906 0.000 0.740 0.260
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.5465 0.6081 0.288 0.000 0.712
#> SRR1609440 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609441 3 0.2537 0.7830 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609444 1 0.5988 0.7638 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609445 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 3 0.0892 0.8291 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609447 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609448 2 0.0892 0.9404 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609449 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609450 2 0.1031 0.9373 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609451 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609454 3 0.5621 0.5374 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609455 3 0.9594 -0.1390 0.280 0.244 0.476
#> SRR1609456 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609457 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609459 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 3 0.2537 0.7830 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609461 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.3038 0.5835 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609463 1 0.5810 0.7888 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609465 3 0.3192 0.7637 0.000 0.112 0.888
#> SRR1609466 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609467 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609469 3 0.5591 0.5480 0.000 0.304 0.696
#> SRR1609470 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609472 3 0.0237 0.8369 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609471 1 0.5988 0.7638 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609474 2 0.4531 0.7463 0.008 0.824 0.168
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609477 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 3 0.6260 0.1827 0.000 0.448 0.552
#> SRR1609480 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609484 3 0.3879 0.7275 0.000 0.152 0.848
#> SRR1609483 1 0.3192 0.6160 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609486 3 0.5948 0.5361 0.360 0.000 0.640
#> SRR1609485 3 0.5988 0.5295 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609487 1 0.5988 0.7638 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609488 1 0.6244 0.6834 0.560 0.000 0.440
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.5988 0.3489 0.000 0.632 0.368
#> SRR1609491 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609496 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609497 1 0.6225 0.6908 0.568 0.000 0.432
#> SRR1609498 1 0.5810 0.7888 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609499 2 0.1031 0.9373 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609500 1 0.5835 0.7894 0.660 0.000 0.340
#> SRR1609501 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609502 3 0.2711 0.7764 0.000 0.088 0.912
#> SRR1609503 3 0.6180 0.2795 0.000 0.416 0.584
#> SRR1609504 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609505 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.5785 0.7882 0.668 0.000 0.332
#> SRR1609508 2 0.1031 0.9373 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.4750 0.6631 0.000 0.216 0.784
#> SRR1609512 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609511 3 0.5835 0.5575 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609513 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609514 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0424 0.8341 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609517 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609518 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609519 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.4346 0.7315 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609522 1 0.2625 0.6026 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609523 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.5968 0.5329 0.364 0.000 0.636
#> SRR1609525 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609529 3 0.5178 0.6331 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609528 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 1 0.2796 0.5954 0.908 0.000 0.092
#> SRR1609533 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609534 3 0.5497 0.6045 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609535 3 0.4062 0.7179 0.000 0.164 0.836
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.1031 0.9373 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609539 3 0.5178 0.6331 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609540 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609541 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609545 1 0.4555 0.7379 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609546 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0424 0.8341 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609548 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.5988 0.5295 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609553 1 0.4504 0.6436 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609554 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.6154 -0.2980 0.408 0.000 0.592
#> SRR1609556 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609560 1 0.6379 0.7584 0.624 0.008 0.368
#> SRR1609561 3 0.5988 0.5295 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609562 1 0.7874 0.7060 0.568 0.064 0.368
#> SRR1609563 2 0.6026 0.3309 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609564 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.7713 0.7376 0.656 0.096 0.248
#> SRR1609569 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609571 3 0.5988 0.5295 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609572 1 0.5363 0.7703 0.724 0.000 0.276
#> SRR1609573 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609574 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.0237 0.8355 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609577 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609579 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.3267 0.7558 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609582 1 0.5810 0.7888 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609581 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609585 1 0.0000 0.6410 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.1031 0.9373 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609587 3 0.4555 0.6824 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609588 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609589 3 0.2537 0.7830 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609590 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609592 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 3 0.2537 0.7579 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609593 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.2173 0.7934 0.048 0.008 0.944
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.1585 0.8141 0.028 0.008 0.964
#> SRR1609599 3 0.3038 0.7345 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609600 1 0.5810 0.7888 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609601 3 0.6302 -0.4616 0.480 0.000 0.520
#> SRR1609602 3 0.2959 0.7391 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609603 1 0.7960 0.6503 0.656 0.208 0.136
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 3 0.2590 0.7876 0.004 0.072 0.924
#> SRR1609606 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609607 3 0.5178 0.6331 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609608 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609610 3 0.6225 -0.4013 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609615 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609616 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609617 3 0.2066 0.8000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.5988 0.7638 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 1 0.4002 0.5122 0.840 0.000 0.160
#> SRR1609623 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609624 1 0.6333 0.7863 0.656 0.012 0.332
#> SRR1609625 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609626 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609627 2 0.9319 -0.1450 0.368 0.464 0.168
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.6260 0.6808 0.552 0.000 0.448
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609632 1 0.5968 0.7686 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609633 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.5988 0.5295 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609638 2 0.5988 0.3489 0.000 0.632 0.368
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.1289 0.6298 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609641 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609642 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609643 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.7988 0.6570 0.656 0.200 0.144
#> SRR1609645 3 0.0424 0.8341 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609646 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609647 3 0.2537 0.7830 0.000 0.080 0.920
#> SRR1609649 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.1411 0.9265 0.000 0.964 0.036
#> SRR1609650 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.2537 0.6060 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.6308 -0.0297 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609655 3 0.4654 0.6769 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609657 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609656 1 0.7308 0.7624 0.656 0.060 0.284
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0424 0.8341 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609661 3 0.0000 0.8375 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0424 0.8341 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609664 3 0.0424 0.8360 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.5859 0.7898 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609668 3 0.4235 0.7061 0.000 0.176 0.824
#> SRR1609669 1 0.7988 0.6570 0.656 0.200 0.144
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 2 0.2345 0.8608 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.3942 0.7239 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0817 0.9241 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2647 0.8431 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1609377 4 0.4283 0.6868 0.256 0.004 0.000 0.740
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.3764 0.7468 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.3893 0.7632 0.196 0.796 0.000 0.008
#> SRR1609385 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.3893 0.7632 0.196 0.796 0.000 0.008
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.7458 0.3722 0.240 0.508 0.000 0.252
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.4998 0.0108 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 1 0.4008 0.8030 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1609415 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609416 1 0.3123 0.8557 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609417 3 0.1389 0.9419 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609418 1 0.2973 0.8574 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 4 0.5944 0.6654 0.140 0.164 0.000 0.696
#> SRR1609421 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.1211 0.9077 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 4 0.5109 0.6877 0.052 0.212 0.000 0.736
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.4444 0.8348 0.808 0.000 0.072 0.120
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 4 0.1474 0.8846 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.3610 0.7286 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609433 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3123 0.8557 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609436 1 0.3649 0.8415 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609437 4 0.2530 0.8386 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.2216 0.9054 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.3649 0.8415 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609444 4 0.2408 0.8376 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1609445 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609448 2 0.3486 0.7453 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609449 1 0.3569 0.8461 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609450 4 0.4431 0.5649 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.3688 0.8377 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609454 4 0.2760 0.8226 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1609455 4 0.2060 0.8790 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR1609456 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609459 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.3649 0.8415 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609465 4 0.0469 0.9131 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609466 1 0.1302 0.8570 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4941 0.2127 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1609470 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 4 0.2408 0.8376 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1609474 4 0.5227 0.6247 0.040 0.256 0.000 0.704
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.3123 0.8557 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609477 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.4679 0.4619 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1609480 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609483 3 0.4337 0.7987 0.140 0.000 0.808 0.052
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 4 0.4164 0.6792 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1609488 4 0.2469 0.8333 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 4 0.2908 0.8552 0.040 0.064 0.000 0.896
#> SRR1609491 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1940 0.8590 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.3975 0.8069 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1609498 1 0.3791 0.8434 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1609499 4 0.4431 0.5649 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609500 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609501 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 4 0.0921 0.9039 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609503 2 0.4643 0.4831 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609504 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.3791 0.8434 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1609508 2 0.4008 0.6635 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0592 0.9106 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2149 0.9094 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.3219 0.8556 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.4937 0.8276 0.764 0.000 0.064 0.172
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.1637 0.9329 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.1557 0.9362 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609535 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 4 0.4948 0.2322 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609539 3 0.2408 0.8934 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1609540 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.3975 0.6927 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.4182 0.8466 0.796 0.000 0.024 0.180
#> SRR1609546 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.3616 0.8433 0.036 0.000 0.852 0.112
#> SRR1609554 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 1 0.4989 0.3533 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 4 0.2611 0.8425 0.096 0.008 0.000 0.896
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 4 0.2676 0.8447 0.092 0.012 0.000 0.896
#> SRR1609563 4 0.2530 0.8467 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR1609564 1 0.3569 0.8461 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.4072 0.6779 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.3978 0.8457 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.4008 0.6877 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.0707 0.9077 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1609577 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.3975 0.6927 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1609580 4 0.2345 0.8319 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1609582 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609581 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.3219 0.7845 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1609586 2 0.4477 0.5291 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609587 4 0.3528 0.7114 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1609588 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 4 0.1118 0.8968 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609593 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.4916 -0.0042 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1609600 1 0.3649 0.8415 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609601 1 0.4134 0.7844 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1609602 4 0.4999 -0.2680 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609605 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.1716 0.9299 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1609608 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.4925 0.4698 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609615 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609616 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609617 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 4 0.2408 0.8376 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 4 0.5798 0.6604 0.208 0.096 0.000 0.696
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 4 0.2149 0.8529 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1637 0.8585 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609632 1 0.4961 0.0885 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 4 0.2908 0.8552 0.040 0.064 0.000 0.896
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.3610 0.8442 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.5404 0.0374 0.012 0.512 0.000 0.476
#> SRR1609650 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.5290 0.3234 0.012 0.404 0.000 0.584
#> SRR1609655 4 0.4877 0.2787 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9418 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0188 0.9386 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.2704 0.8396 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.3569 0.8461 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609668 4 0.1867 0.8666 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.4161 0.37377 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609361 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 2 0.5861 0.51203 0.100 0.500 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609363 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 5 0.6669 -0.49224 0.232 0.368 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609366 2 0.0703 0.82598 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609372 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2230 0.75376 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 5 0.6368 0.49908 0.164 0.000 0.000 0.400 0.436
#> SRR1609376 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609379 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609383 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.3074 0.67312 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.2732 0.71192 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609394 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0162 0.83937 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609395 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.2732 0.71192 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.2280 0.75022 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.3274 0.73005 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1609406 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 4 0.6691 -0.05493 0.000 0.360 0.000 0.400 0.240
#> SRR1609407 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609414 1 0.3242 0.82203 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1609415 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609416 1 0.2732 0.84234 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609417 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.2605 0.84474 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609419 2 0.0794 0.82308 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609420 4 0.7544 -0.39295 0.100 0.116 0.000 0.400 0.384
#> SRR1609421 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609422 4 0.4182 0.32164 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609423 2 0.4201 0.59752 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609424 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609425 5 0.6661 0.44233 0.012 0.156 0.000 0.400 0.432
#> SRR1609426 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.3291 0.84144 0.840 0.000 0.040 0.000 0.120
#> SRR1609428 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609430 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609432 2 0.0794 0.82292 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609433 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609434 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609435 1 0.2690 0.84313 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609436 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609437 4 0.3983 -0.24151 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609438 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609439 3 0.2424 0.84763 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609440 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609442 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609444 5 0.4331 0.80400 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609445 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609446 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609447 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609448 2 0.4182 0.26713 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609449 1 0.3143 0.83067 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609450 4 0.6603 -0.34098 0.000 0.212 0.000 0.400 0.388
#> SRR1609451 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609453 1 0.3242 0.82203 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1609454 5 0.5550 0.67449 0.000 0.072 0.000 0.400 0.528
#> SRR1609455 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609456 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609457 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609458 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609459 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609460 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609461 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609462 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.4182 -0.07170 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609465 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609466 1 0.1121 0.85079 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609467 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 5 0.1792 0.17940 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1609470 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609472 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 5 0.4331 0.80400 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609474 4 0.6555 -0.37169 0.000 0.200 0.000 0.400 0.400
#> SRR1609473 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609475 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609478 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.2732 0.84234 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609477 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609479 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.4182 0.32164 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609480 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.0162 0.29822 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1609483 3 0.3039 0.77770 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1609486 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 5 0.6531 0.48661 0.168 0.004 0.000 0.396 0.432
#> SRR1609488 5 0.4446 0.79856 0.008 0.000 0.000 0.400 0.592
#> SRR1609489 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609491 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609492 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.3876 0.44867 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1609495 1 0.1671 0.85096 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1609496 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.3274 0.81797 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1609498 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609499 4 0.6603 -0.34098 0.000 0.212 0.000 0.400 0.388
#> SRR1609500 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609501 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609502 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609503 5 0.3895 -0.19394 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1609504 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609505 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609508 2 0.5691 0.04152 0.000 0.516 0.000 0.400 0.084
#> SRR1609509 2 0.4015 0.38040 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1609510 4 0.4182 0.32164 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609512 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.4192 0.50299 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609513 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.2966 0.66427 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1609516 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609517 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609518 1 0.2773 0.84276 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609519 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609521 1 0.3650 0.83345 0.796 0.000 0.028 0.000 0.176
#> SRR1609522 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609527 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0510 0.94806 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609528 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609534 3 0.0404 0.95240 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609535 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609538 4 0.6646 -0.02281 0.000 0.380 0.000 0.396 0.224
#> SRR1609539 4 0.4182 -0.12253 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1609540 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609541 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.3177 0.73490 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.3456 0.83453 0.800 0.000 0.016 0.000 0.184
#> SRR1609546 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609547 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609548 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609549 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.4171 0.27612 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1609551 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.2074 0.83770 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609554 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609555 1 0.4278 0.41291 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609556 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609558 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609559 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609560 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609561 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609563 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609564 1 0.3109 0.83220 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609565 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3177 0.73490 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.3462 0.83092 0.792 0.000 0.012 0.000 0.196
#> SRR1609573 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.3210 0.73031 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609576 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609577 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.3177 0.73490 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.5901 0.62559 0.000 0.000 0.104 0.400 0.496
#> SRR1609582 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609581 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609583 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609584 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.2773 0.76890 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.4517 0.26708 0.000 0.600 0.000 0.388 0.012
#> SRR1609587 5 0.6537 0.42705 0.000 0.000 0.196 0.400 0.404
#> SRR1609588 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609589 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609590 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609591 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609593 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609594 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609595 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 5 0.0000 0.30341 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 5 0.1908 0.19015 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1609600 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609601 4 0.4182 -0.07170 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609602 5 0.3636 -0.06269 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1609603 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609605 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609606 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609607 3 0.0510 0.94806 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609608 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609609 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609610 1 0.4210 0.51134 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1609611 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609613 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609614 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609615 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609616 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609617 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609618 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609619 5 0.4331 0.80400 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609620 2 0.2852 0.75809 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609621 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609624 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3143 0.83069 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609626 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 4 0.7386 -0.41130 0.160 0.056 0.000 0.396 0.388
#> SRR1609628 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609630 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1410 0.85121 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609632 1 0.6347 0.00372 0.524 0.000 0.000 0.228 0.248
#> SRR1609633 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3109 0.76618 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609636 2 0.4182 0.60663 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609637 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.4331 0.80405 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR1609639 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609644 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609646 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609649 1 0.3177 0.82890 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609648 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.6348 -0.06084 0.008 0.480 0.000 0.384 0.128
#> SRR1609650 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609652 3 0.0000 0.96427 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 5 0.0693 0.28026 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1609655 4 0.0510 0.56601 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609661 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609662 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.4182 0.80849 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609664 4 0.0000 0.57233 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.84084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5159 0.67038 0.124 0.688 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609667 1 0.3143 0.83067 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609668 4 0.4182 0.32164 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609669 1 0.0000 0.84853 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.3695 0.445 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.5046 0.588 0.224 0.144 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4278 0.485 0.336 0.032 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.2003 0.778 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.1501 0.785 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3672 0.632 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0146 0.765 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.3050 0.614 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 5 0.3659 0.514 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.3672 0.439 0.368 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.3659 0.444 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1267 0.781 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0146 0.906 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0458 0.769 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.3659 0.444 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0260 0.767 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0458 0.769 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.3531 0.494 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.3126 0.514 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 5 0.3151 0.641 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0547 0.848 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609414 1 0.4131 0.816 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020 0.000
#> SRR1609415 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609416 1 0.3874 0.821 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR1609417 3 0.0291 0.950 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609418 1 0.2346 0.795 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008 0.000
#> SRR1609419 2 0.2562 0.658 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1609420 5 0.4255 0.633 0.224 0.068 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1609421 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 4 0.4408 0.664 0.000 0.320 0.000 0.636 0.044 0.000
#> SRR1609424 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.2830 0.754 0.020 0.144 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.3874 0.819 0.636 0.000 0.008 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.2454 0.760 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0713 0.876 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609433 1 0.3899 0.819 0.628 0.000 0.000 0.364 0.008 0.000
#> SRR1609434 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3769 0.821 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004 0.000
#> SRR1609436 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609437 5 0.3565 0.598 0.000 0.000 0.000 0.004 0.692 0.304
#> SRR1609438 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.3054 0.804 0.000 0.000 0.828 0.136 0.036 0.000
#> SRR1609440 1 0.1610 0.788 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.3899 0.819 0.628 0.000 0.000 0.364 0.008 0.000
#> SRR1609444 5 0.2454 0.760 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1609445 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609448 5 0.3838 0.304 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1609449 1 0.3954 0.822 0.636 0.000 0.000 0.352 0.012 0.000
#> SRR1609450 5 0.2697 0.720 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609453 1 0.4131 0.818 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020 0.000
#> SRR1609454 5 0.2743 0.738 0.000 0.164 0.000 0.008 0.828 0.000
#> SRR1609455 5 0.3020 0.782 0.000 0.076 0.000 0.080 0.844 0.000
#> SRR1609456 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609458 1 0.4131 0.818 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020 0.000
#> SRR1609459 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609460 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609465 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.2048 0.793 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609471 5 0.3198 0.658 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1609474 5 0.3201 0.691 0.012 0.208 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609473 4 0.4452 0.666 0.000 0.316 0.000 0.636 0.048 0.000
#> SRR1609475 4 0.4408 0.662 0.000 0.320 0.000 0.636 0.044 0.000
#> SRR1609478 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609476 1 0.3874 0.821 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR1609477 5 0.0547 0.846 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609483 3 0.4539 0.706 0.112 0.000 0.752 0.040 0.096 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 5 0.3807 0.506 0.368 0.004 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1609488 5 0.3330 0.630 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.2454 0.746 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 5 0.3864 0.208 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1609495 1 0.3634 0.821 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.4193 0.817 0.624 0.000 0.000 0.352 0.024 0.000
#> SRR1609498 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609499 5 0.2631 0.728 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1609500 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 5 0.1714 0.805 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609503 4 0.3927 0.619 0.000 0.012 0.000 0.644 0.344 0.000
#> SRR1609504 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609508 5 0.3499 0.536 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1609509 5 0.3838 0.307 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1609510 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.4341 0.307 0.000 0.000 0.564 0.412 0.024 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609515 2 0.3221 0.494 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1609516 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.3874 0.821 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4300 0.663 0.000 0.324 0.000 0.640 0.036 0.000
#> SRR1609521 1 0.4052 0.817 0.628 0.000 0.016 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.2823 0.805 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0937 0.923 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609528 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0146 0.854 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609534 3 0.1049 0.923 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000
#> SRR1609535 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609538 5 0.3592 0.497 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1609539 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 1 0.4131 0.818 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020 0.000
#> SRR1609541 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.4392 0.811 0.628 0.000 0.040 0.332 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.3288 0.818 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.3967 0.818 0.632 0.000 0.012 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609547 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609548 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 5 0.3747 0.408 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609551 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.2278 0.813 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128 0.000
#> SRR1609554 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.5409 0.548 0.540 0.000 0.000 0.136 0.324 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609560 5 0.2956 0.776 0.000 0.040 0.000 0.120 0.840 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 5 0.3045 0.771 0.100 0.060 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609563 5 0.2454 0.746 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609564 1 0.3874 0.821 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.4637 0.803 0.628 0.000 0.064 0.308 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.3807 0.819 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.5005 0.669 0.628 0.000 0.248 0.124 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.3684 0.625 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.1501 0.785 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.4869 0.787 0.628 0.000 0.096 0.276 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.1007 0.831 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609582 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609581 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.2491 0.751 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 5 0.3797 0.370 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609587 5 0.1462 0.821 0.000 0.000 0.056 0.008 0.936 0.000
#> SRR1609588 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609589 5 0.1765 0.808 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609591 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3634 0.610 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1609599 4 0.3620 0.612 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1609600 1 0.3979 0.819 0.628 0.000 0.000 0.360 0.012 0.000
#> SRR1609601 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609602 4 0.3244 0.608 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3684 0.625 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609606 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609607 3 0.1643 0.888 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068 0.000
#> SRR1609608 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.4002 0.441 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404 0.000
#> SRR1609611 4 0.3684 0.625 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609615 1 0.4193 0.817 0.624 0.000 0.000 0.352 0.024 0.000
#> SRR1609616 1 0.4131 0.818 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020 0.000
#> SRR1609617 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 5 0.1501 0.821 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1609620 2 0.2562 0.672 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.3899 0.819 0.628 0.000 0.000 0.364 0.008 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3967 0.820 0.632 0.000 0.000 0.356 0.012 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 5 0.4076 0.501 0.364 0.016 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.3309 0.635 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3563 0.822 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.4808 -0.013 0.536 0.000 0.000 0.056 0.408 0.000
#> SRR1609633 1 0.1444 0.785 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2793 0.745 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.3659 0.637 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.3634 0.821 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.3170 0.779 0.016 0.032 0.000 0.112 0.840 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0146 0.765 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.4052 0.819 0.628 0.000 0.000 0.356 0.016 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.5178 -0.013 0.088 0.488 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1609650 5 0.0260 0.853 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.5781 0.635 0.120 0.068 0.000 0.632 0.180 0.000
#> SRR1609655 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.1556 0.785 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 5 0.1387 0.828 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0146 0.854 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609664 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5601 0.260 0.248 0.544 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.3967 0.820 0.632 0.000 0.000 0.356 0.012 0.000
#> SRR1609668 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.764 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.298 0.805 0.867 0.3626 0.664 0.664
#> 3 3 0.351 0.744 0.819 0.5857 0.443 0.330
#> 4 4 0.525 0.651 0.783 0.1937 0.843 0.648
#> 5 5 0.749 0.840 0.898 0.1499 0.851 0.535
#> 6 6 0.734 0.760 0.828 0.0253 0.982 0.912
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609361 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609362 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609363 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609364 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609365 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609366 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609367 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609368 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609369 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609370 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609371 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609372 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609373 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609374 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609375 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609377 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609376 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609378 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609379 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609382 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609383 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609381 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609384 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609386 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609385 1 0.9933 0.0773 0.548 0.452
#> SRR1609387 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609388 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609390 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609393 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609394 1 0.4431 0.8282 0.908 0.092
#> SRR1609392 1 0.2236 0.8421 0.964 0.036
#> SRR1609391 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609395 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609396 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609398 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609399 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609400 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609397 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609401 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609402 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609405 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609404 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609406 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609408 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609403 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609410 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609411 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609407 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609413 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609412 1 0.0672 0.8421 0.992 0.008
#> SRR1609414 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609415 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609416 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609417 1 0.8909 0.7335 0.692 0.308
#> SRR1609418 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609419 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609420 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609421 1 0.1633 0.8372 0.976 0.024
#> SRR1609422 2 0.0376 0.7864 0.004 0.996
#> SRR1609423 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609424 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609425 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609427 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609428 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609429 1 0.0672 0.8438 0.992 0.008
#> SRR1609430 1 0.8763 0.7437 0.704 0.296
#> SRR1609431 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609432 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609433 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609434 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609435 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609436 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609437 2 0.4690 0.8533 0.100 0.900
#> SRR1609438 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609439 2 0.3274 0.8244 0.060 0.940
#> SRR1609440 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609441 1 0.3879 0.8353 0.924 0.076
#> SRR1609442 1 0.9988 -0.0700 0.520 0.480
#> SRR1609443 1 0.6712 0.7993 0.824 0.176
#> SRR1609444 1 0.5059 0.8268 0.888 0.112
#> SRR1609445 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609446 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609448 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609449 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609450 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.6887 0.8040 0.816 0.184
#> SRR1609452 1 0.6973 0.7201 0.812 0.188
#> SRR1609453 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609454 1 0.1843 0.8428 0.972 0.028
#> SRR1609455 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609456 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609457 1 0.7056 0.8020 0.808 0.192
#> SRR1609458 1 0.6623 0.8061 0.828 0.172
#> SRR1609459 1 0.6973 0.7201 0.812 0.188
#> SRR1609460 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609461 1 0.3584 0.8155 0.932 0.068
#> SRR1609462 1 0.7950 0.7820 0.760 0.240
#> SRR1609464 1 0.9209 0.7083 0.664 0.336
#> SRR1609463 1 0.8386 0.7140 0.732 0.268
#> SRR1609465 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609466 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609467 1 0.8861 0.7369 0.696 0.304
#> SRR1609469 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609470 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609472 2 0.7219 0.9063 0.200 0.800
#> SRR1609471 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609474 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609475 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609478 2 0.6887 0.8980 0.184 0.816
#> SRR1609476 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609477 1 0.9661 0.4127 0.608 0.392
#> SRR1609479 1 0.1414 0.8433 0.980 0.020
#> SRR1609481 2 0.0376 0.7864 0.004 0.996
#> SRR1609480 2 0.3879 0.8389 0.076 0.924
#> SRR1609482 1 0.9044 0.7232 0.680 0.320
#> SRR1609484 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609483 2 0.9170 0.5122 0.332 0.668
#> SRR1609486 1 0.8016 0.7234 0.756 0.244
#> SRR1609485 1 0.8144 0.7231 0.748 0.252
#> SRR1609487 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609488 1 0.6438 0.8084 0.836 0.164
#> SRR1609489 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609490 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.1414 0.8386 0.980 0.020
#> SRR1609492 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609493 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609494 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609495 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609496 1 0.8909 0.7335 0.692 0.308
#> SRR1609497 1 0.7056 0.8040 0.808 0.192
#> SRR1609498 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609499 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609500 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609501 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609502 1 0.3274 0.8384 0.940 0.060
#> SRR1609503 2 0.0938 0.7923 0.012 0.988
#> SRR1609504 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609505 1 0.7674 0.7901 0.776 0.224
#> SRR1609506 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609507 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609508 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609509 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609510 2 0.1414 0.7860 0.020 0.980
#> SRR1609512 1 0.8909 0.7335 0.692 0.308
#> SRR1609511 2 0.0938 0.7923 0.012 0.988
#> SRR1609513 1 0.8661 0.7500 0.712 0.288
#> SRR1609514 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609515 1 0.0376 0.8435 0.996 0.004
#> SRR1609516 1 0.7056 0.7161 0.808 0.192
#> SRR1609517 1 0.4562 0.7937 0.904 0.096
#> SRR1609518 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609519 1 0.8861 0.7369 0.696 0.304
#> SRR1609520 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609521 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609522 1 0.9000 0.7267 0.684 0.316
#> SRR1609523 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609524 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609526 2 0.7376 0.7013 0.208 0.792
#> SRR1609525 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609529 1 0.7056 0.7161 0.808 0.192
#> SRR1609528 2 0.6801 0.8959 0.180 0.820
#> SRR1609530 1 0.7745 0.7718 0.772 0.228
#> SRR1609531 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609532 2 0.9522 0.2704 0.372 0.628
#> SRR1609533 1 0.1633 0.8372 0.976 0.024
#> SRR1609534 1 0.6887 0.7243 0.816 0.184
#> SRR1609535 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609537 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609536 1 0.6148 0.7534 0.848 0.152
#> SRR1609538 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609539 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609540 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609541 2 0.0938 0.7923 0.012 0.988
#> SRR1609542 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609543 2 0.9996 0.2050 0.488 0.512
#> SRR1609544 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609545 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609546 1 0.0938 0.8411 0.988 0.012
#> SRR1609547 1 0.7056 0.7161 0.808 0.192
#> SRR1609548 1 0.2423 0.8296 0.960 0.040
#> SRR1609549 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609550 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609551 1 0.7376 0.7105 0.792 0.208
#> SRR1609552 1 0.6887 0.7240 0.816 0.184
#> SRR1609553 1 0.7219 0.7291 0.800 0.200
#> SRR1609554 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0938 0.8411 0.988 0.012
#> SRR1609556 1 0.8661 0.7500 0.712 0.288
#> SRR1609557 1 0.1184 0.8399 0.984 0.016
#> SRR1609558 1 0.1414 0.8386 0.980 0.020
#> SRR1609559 1 0.7056 0.7217 0.808 0.192
#> SRR1609560 1 0.6048 0.8149 0.852 0.148
#> SRR1609561 1 0.6048 0.7563 0.852 0.148
#> SRR1609562 1 0.5842 0.8178 0.860 0.140
#> SRR1609563 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609565 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609566 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609567 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609568 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609569 1 0.7056 0.8020 0.808 0.192
#> SRR1609570 1 0.8813 0.7404 0.700 0.300
#> SRR1609571 2 0.3431 0.8270 0.064 0.936
#> SRR1609572 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609573 2 0.7056 0.7392 0.192 0.808
#> SRR1609574 1 0.9129 0.6006 0.672 0.328
#> SRR1609575 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609576 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609578 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609579 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609580 1 0.6887 0.7244 0.816 0.184
#> SRR1609582 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609581 1 0.1633 0.8372 0.976 0.024
#> SRR1609583 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.8861 0.7369 0.696 0.304
#> SRR1609585 1 0.8661 0.7500 0.712 0.288
#> SRR1609586 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609587 1 0.6438 0.8230 0.836 0.164
#> SRR1609588 1 0.1414 0.8386 0.980 0.020
#> SRR1609589 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.8861 0.7369 0.696 0.304
#> SRR1609592 1 0.0672 0.8439 0.992 0.008
#> SRR1609591 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609594 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609595 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609596 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609597 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609598 2 0.5946 0.8783 0.144 0.856
#> SRR1609599 2 0.7139 0.9043 0.196 0.804
#> SRR1609600 1 0.6623 0.8062 0.828 0.172
#> SRR1609601 2 0.0376 0.7864 0.004 0.996
#> SRR1609602 2 0.0938 0.7923 0.012 0.988
#> SRR1609603 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609604 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609605 1 0.0938 0.8412 0.988 0.012
#> SRR1609606 1 0.6623 0.7348 0.828 0.172
#> SRR1609607 1 0.7056 0.7161 0.808 0.192
#> SRR1609608 1 0.7056 0.7161 0.808 0.192
#> SRR1609609 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.2778 0.8442 0.952 0.048
#> SRR1609611 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609613 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609612 1 0.1414 0.8386 0.980 0.020
#> SRR1609614 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609615 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609616 1 0.6623 0.8062 0.828 0.172
#> SRR1609617 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609618 1 0.6048 0.7570 0.852 0.148
#> SRR1609619 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609620 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609621 2 0.7745 0.8824 0.228 0.772
#> SRR1609622 2 0.3431 0.8270 0.064 0.936
#> SRR1609623 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609624 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609625 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609626 2 0.4022 0.8370 0.080 0.920
#> SRR1609627 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609628 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609629 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609630 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609631 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609632 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609633 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609634 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609635 2 0.0672 0.7895 0.008 0.992
#> SRR1609636 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609637 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609638 1 0.2603 0.8417 0.956 0.044
#> SRR1609639 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609640 1 0.8386 0.7646 0.732 0.268
#> SRR1609641 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609642 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609643 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609645 1 0.4022 0.8081 0.920 0.080
#> SRR1609646 1 0.8713 0.7468 0.708 0.292
#> SRR1609647 1 0.8555 0.6448 0.720 0.280
#> SRR1609649 1 0.7056 0.8020 0.808 0.192
#> SRR1609648 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609651 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609650 1 0.6973 0.7201 0.812 0.188
#> SRR1609652 1 0.9427 0.6831 0.640 0.360
#> SRR1609653 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609654 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609655 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609657 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609656 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609658 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609659 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609660 1 0.7453 0.7114 0.788 0.212
#> SRR1609661 1 0.0000 0.8430 1.000 0.000
#> SRR1609662 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609663 1 0.5059 0.7851 0.888 0.112
#> SRR1609664 1 0.7219 0.7080 0.800 0.200
#> SRR1609665 1 0.0376 0.8425 0.996 0.004
#> SRR1609666 2 0.7299 0.9081 0.204 0.796
#> SRR1609667 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
#> SRR1609668 2 0.0376 0.7864 0.004 0.996
#> SRR1609669 1 0.6531 0.8066 0.832 0.168
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609361 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609362 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609363 2 0.4504 0.818 0.000 0.804 0.196
#> SRR1609364 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609365 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609366 1 0.8375 0.612 0.608 0.260 0.132
#> SRR1609367 1 0.7535 0.690 0.692 0.132 0.176
#> SRR1609368 2 0.4277 0.801 0.016 0.852 0.132
#> SRR1609369 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609370 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609371 1 0.4605 0.655 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609372 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609373 2 0.4504 0.818 0.000 0.804 0.196
#> SRR1609374 2 0.2939 0.754 0.072 0.916 0.012
#> SRR1609375 1 0.8231 0.631 0.636 0.208 0.156
#> SRR1609377 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609376 2 0.5921 0.791 0.032 0.756 0.212
#> SRR1609378 1 0.1031 0.785 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609379 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609382 1 0.3941 0.704 0.844 0.156 0.000
#> SRR1609383 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609381 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609384 1 0.4563 0.780 0.852 0.036 0.112
#> SRR1609386 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609385 1 0.0661 0.787 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609387 1 0.7382 0.698 0.700 0.116 0.184
#> SRR1609388 2 0.4750 0.813 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609390 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609393 1 0.4605 0.655 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609394 2 0.7835 0.661 0.112 0.656 0.232
#> SRR1609392 2 0.8250 0.611 0.140 0.628 0.232
#> SRR1609391 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609395 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609396 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609398 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609399 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609400 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609397 2 0.4346 0.825 0.000 0.816 0.184
#> SRR1609401 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609402 2 0.3482 0.834 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609405 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609404 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609406 2 0.2066 0.824 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609408 2 0.0424 0.801 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609403 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609410 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609411 2 0.7847 0.544 0.068 0.588 0.344
#> SRR1609407 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609413 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609412 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609414 1 0.3619 0.771 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609415 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609416 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609417 1 0.3532 0.786 0.884 0.008 0.108
#> SRR1609418 1 0.6886 0.717 0.728 0.088 0.184
#> SRR1609419 2 0.5921 0.791 0.032 0.756 0.212
#> SRR1609420 1 0.2680 0.792 0.924 0.008 0.068
#> SRR1609421 3 0.3340 0.863 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609422 1 0.5061 0.663 0.784 0.008 0.208
#> SRR1609423 1 0.3295 0.747 0.896 0.096 0.008
#> SRR1609424 1 0.2066 0.771 0.940 0.060 0.000
#> SRR1609425 1 0.8444 0.609 0.612 0.236 0.152
#> SRR1609426 2 0.0892 0.807 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609427 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609428 2 0.5277 0.820 0.024 0.796 0.180
#> SRR1609429 1 0.6608 0.252 0.560 0.008 0.432
#> SRR1609430 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609431 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609432 2 0.1289 0.812 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609433 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609434 1 0.4555 0.660 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609435 1 0.4915 0.758 0.804 0.012 0.184
#> SRR1609436 1 0.3816 0.764 0.852 0.000 0.148
#> SRR1609437 1 0.3896 0.766 0.864 0.008 0.128
#> SRR1609438 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609439 1 0.2625 0.783 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609440 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609441 1 0.5595 0.671 0.756 0.016 0.228
#> SRR1609442 1 0.6872 0.617 0.680 0.276 0.044
#> SRR1609443 1 0.2384 0.792 0.936 0.008 0.056
#> SRR1609444 1 0.6229 0.512 0.652 0.008 0.340
#> SRR1609445 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609446 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609447 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609448 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609449 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609450 2 0.7529 0.628 0.060 0.624 0.316
#> SRR1609451 1 0.2959 0.788 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609452 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609453 1 0.3816 0.764 0.852 0.000 0.148
#> SRR1609454 1 0.8399 0.520 0.608 0.136 0.256
#> SRR1609455 1 0.3454 0.785 0.888 0.008 0.104
#> SRR1609456 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609457 1 0.2486 0.793 0.932 0.008 0.060
#> SRR1609458 1 0.4110 0.762 0.844 0.004 0.152
#> SRR1609459 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609460 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609461 3 0.4399 0.861 0.188 0.000 0.812
#> SRR1609462 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609464 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609463 3 0.5327 0.551 0.272 0.000 0.728
#> SRR1609465 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609466 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609467 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609469 1 0.2774 0.761 0.920 0.072 0.008
#> SRR1609470 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609472 1 0.0848 0.785 0.984 0.008 0.008
#> SRR1609471 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609474 2 0.9048 0.277 0.184 0.548 0.268
#> SRR1609473 1 0.2625 0.757 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609475 1 0.4002 0.698 0.840 0.160 0.000
#> SRR1609478 1 0.1170 0.783 0.976 0.008 0.016
#> SRR1609476 1 0.2955 0.790 0.912 0.008 0.080
#> SRR1609477 1 0.2384 0.792 0.936 0.008 0.056
#> SRR1609479 2 0.6067 0.774 0.028 0.736 0.236
#> SRR1609481 1 0.4963 0.658 0.792 0.008 0.200
#> SRR1609480 1 0.4353 0.746 0.836 0.008 0.156
#> SRR1609482 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609484 1 0.3832 0.780 0.888 0.076 0.036
#> SRR1609483 1 0.2537 0.792 0.920 0.000 0.080
#> SRR1609486 1 0.5706 0.569 0.680 0.000 0.320
#> SRR1609485 1 0.5859 0.546 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609487 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609488 1 0.3879 0.762 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609489 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609490 1 0.9249 0.253 0.508 0.180 0.312
#> SRR1609491 3 0.4842 0.855 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609492 2 0.3038 0.834 0.000 0.896 0.104
#> SRR1609493 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609494 2 0.5285 0.790 0.004 0.752 0.244
#> SRR1609495 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609496 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609497 1 0.4399 0.762 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609498 1 0.4228 0.764 0.844 0.008 0.148
#> SRR1609499 2 0.7676 0.705 0.112 0.672 0.216
#> SRR1609500 1 0.4228 0.764 0.844 0.008 0.148
#> SRR1609501 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609502 1 0.6723 0.624 0.704 0.048 0.248
#> SRR1609503 1 0.4228 0.703 0.844 0.008 0.148
#> SRR1609504 1 0.4915 0.758 0.804 0.012 0.184
#> SRR1609505 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609506 2 0.2448 0.829 0.000 0.924 0.076
#> SRR1609507 1 0.2584 0.791 0.928 0.008 0.064
#> SRR1609508 2 0.6522 0.719 0.032 0.696 0.272
#> SRR1609509 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609510 1 0.4963 0.658 0.792 0.008 0.200
#> SRR1609512 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609511 1 0.3682 0.758 0.876 0.008 0.116
#> SRR1609513 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609514 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609515 2 0.8544 0.571 0.152 0.600 0.248
#> SRR1609516 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609517 3 0.2711 0.853 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609518 1 0.4473 0.763 0.828 0.008 0.164
#> SRR1609519 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609520 1 0.3670 0.746 0.888 0.092 0.020
#> SRR1609521 1 0.2680 0.791 0.924 0.008 0.068
#> SRR1609522 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609523 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609524 2 0.3482 0.834 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609526 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609525 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609527 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609529 3 0.2711 0.850 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609528 1 0.0661 0.785 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609530 1 0.5760 0.561 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609531 2 0.4452 0.822 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609532 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609533 3 0.3551 0.866 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609534 1 0.6308 0.138 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609535 3 0.1411 0.807 0.036 0.000 0.964
#> SRR1609537 2 0.2878 0.833 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609536 3 0.4452 0.861 0.192 0.000 0.808
#> SRR1609538 2 0.5335 0.804 0.008 0.760 0.232
#> SRR1609539 3 0.1411 0.807 0.036 0.000 0.964
#> SRR1609540 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609541 1 0.4228 0.703 0.844 0.008 0.148
#> SRR1609542 2 0.2537 0.830 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609543 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609544 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609545 1 0.3129 0.788 0.904 0.008 0.088
#> SRR1609546 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609547 3 0.2711 0.850 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609548 3 0.3686 0.864 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609549 2 0.1289 0.812 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609550 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609551 3 0.1529 0.807 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609552 1 0.6244 0.403 0.560 0.000 0.440
#> SRR1609553 3 0.4235 0.860 0.176 0.000 0.824
#> SRR1609554 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609555 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609556 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609557 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR1609558 3 0.4842 0.855 0.224 0.000 0.776
#> SRR1609559 3 0.3116 0.838 0.108 0.000 0.892
#> SRR1609560 1 0.8557 0.619 0.608 0.212 0.180
#> SRR1609561 1 0.5988 0.499 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609562 1 0.8271 0.631 0.632 0.212 0.156
#> SRR1609563 2 0.8179 0.485 0.084 0.564 0.352
#> SRR1609564 1 0.4915 0.758 0.804 0.012 0.184
#> SRR1609565 2 0.4750 0.813 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609566 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609567 2 0.6183 0.765 0.032 0.732 0.236
#> SRR1609568 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609569 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609570 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609571 1 0.2280 0.771 0.940 0.008 0.052
#> SRR1609572 1 0.0000 0.785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.2959 0.786 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609574 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609575 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609576 2 0.1337 0.797 0.016 0.972 0.012
#> SRR1609578 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609577 1 0.2173 0.794 0.944 0.008 0.048
#> SRR1609579 1 0.0000 0.785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.3686 0.865 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609582 1 0.3295 0.786 0.896 0.008 0.096
#> SRR1609581 3 0.4399 0.866 0.188 0.000 0.812
#> SRR1609583 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609584 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609585 1 0.3412 0.786 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609586 2 0.4235 0.826 0.000 0.824 0.176
#> SRR1609587 1 0.6018 0.498 0.684 0.008 0.308
#> SRR1609588 3 0.4605 0.863 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609589 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609590 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609592 3 0.5541 0.810 0.252 0.008 0.740
#> SRR1609591 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609593 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609594 1 0.4605 0.655 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609595 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609596 2 0.3192 0.835 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609597 2 0.4605 0.819 0.000 0.796 0.204
#> SRR1609598 1 0.3129 0.752 0.904 0.008 0.088
#> SRR1609599 1 0.1289 0.779 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609600 1 0.2165 0.791 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609601 1 0.4555 0.659 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609602 1 0.3038 0.741 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609603 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609604 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609605 3 0.4702 0.860 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609606 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609607 3 0.2878 0.854 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609608 3 0.2711 0.850 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609609 3 0.5247 0.845 0.224 0.008 0.768
#> SRR1609610 3 0.5560 0.744 0.300 0.000 0.700
#> SRR1609611 1 0.4654 0.651 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609613 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609612 3 0.4702 0.859 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609614 1 0.2584 0.791 0.928 0.008 0.064
#> SRR1609615 1 0.4291 0.762 0.840 0.008 0.152
#> SRR1609616 1 0.4453 0.761 0.836 0.012 0.152
#> SRR1609617 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609618 3 0.3116 0.860 0.108 0.000 0.892
#> SRR1609619 1 0.3532 0.783 0.884 0.008 0.108
#> SRR1609620 1 0.4452 0.665 0.808 0.192 0.000
#> SRR1609621 1 0.6965 0.654 0.696 0.244 0.060
#> SRR1609622 1 0.2165 0.777 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609623 1 0.2384 0.792 0.936 0.008 0.056
#> SRR1609624 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609625 1 0.4915 0.758 0.804 0.012 0.184
#> SRR1609626 1 0.1860 0.771 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609627 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609628 2 0.0237 0.800 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609629 1 0.3941 0.760 0.844 0.000 0.156
#> SRR1609630 2 0.0592 0.802 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609631 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609632 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609633 1 0.8522 0.625 0.612 0.204 0.184
#> SRR1609634 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609635 1 0.4353 0.701 0.836 0.008 0.156
#> SRR1609636 1 0.4605 0.655 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609637 1 0.4805 0.762 0.812 0.012 0.176
#> SRR1609638 1 0.6318 0.476 0.636 0.008 0.356
#> SRR1609639 2 0.0237 0.800 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609640 1 0.3267 0.786 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609641 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609642 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609643 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609644 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
#> SRR1609645 3 0.4654 0.860 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609646 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609647 3 0.4291 0.711 0.152 0.008 0.840
#> SRR1609649 1 0.3038 0.790 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609648 2 0.4702 0.814 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609651 2 0.7821 0.371 0.176 0.672 0.152
#> SRR1609650 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609652 1 0.3879 0.777 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609653 2 0.2537 0.831 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609654 1 0.0747 0.786 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609655 3 0.1411 0.807 0.036 0.000 0.964
#> SRR1609657 1 0.4945 0.777 0.840 0.056 0.104
#> SRR1609656 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609658 2 0.6141 0.775 0.032 0.736 0.232
#> SRR1609659 2 0.4346 0.823 0.000 0.816 0.184
#> SRR1609660 3 0.3340 0.763 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609661 3 0.4931 0.850 0.232 0.000 0.768
#> SRR1609662 2 0.0829 0.802 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609663 3 0.4504 0.860 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609664 3 0.1289 0.808 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609665 2 0.1015 0.801 0.008 0.980 0.012
#> SRR1609666 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609667 1 0.4755 0.760 0.808 0.008 0.184
#> SRR1609668 1 0.4963 0.658 0.792 0.008 0.200
#> SRR1609669 1 0.8600 0.617 0.604 0.212 0.184
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609361 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609366 1 0.7843 0.45261 0.580 0.180 0.048 0.192
#> SRR1609367 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609368 2 0.3870 0.64673 0.208 0.788 0.004 0.000
#> SRR1609369 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609370 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609371 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609372 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2149 0.83052 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609375 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609377 1 0.5180 0.55085 0.740 0.000 0.064 0.196
#> SRR1609376 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3658 0.73703 0.144 0.020 0.000 0.836
#> SRR1609379 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609382 4 0.4591 0.73143 0.084 0.116 0.000 0.800
#> SRR1609383 4 0.3688 0.44318 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1609381 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609384 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609386 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609385 1 0.4406 0.48269 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1609387 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609388 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609393 4 0.3751 0.66550 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609394 2 0.8026 -0.00317 0.372 0.476 0.080 0.072
#> SRR1609392 2 0.6426 0.20186 0.352 0.568 0.080 0.000
#> SRR1609391 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609395 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609396 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609398 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609399 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609400 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.5356 0.55199 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609404 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609406 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609410 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609411 2 0.7363 0.12787 0.176 0.492 0.332 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609412 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609414 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609415 1 0.2654 0.60645 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1609416 1 0.4730 0.32971 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609417 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609418 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609419 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.5628 0.55712 0.704 0.000 0.080 0.216
#> SRR1609421 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609422 1 0.7877 0.19000 0.388 0.000 0.304 0.308
#> SRR1609423 4 0.4194 0.73228 0.172 0.028 0.000 0.800
#> SRR1609424 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609425 1 0.9109 0.47156 0.472 0.204 0.132 0.192
#> SRR1609426 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 4 0.4948 0.33700 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1609428 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4697 0.35802 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1609430 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609431 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 4 0.4981 0.26283 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1609434 4 0.3937 0.67389 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR1609435 1 0.2281 0.55851 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1609436 1 0.6074 0.57023 0.668 0.000 0.228 0.104
#> SRR1609437 1 0.5877 0.48188 0.656 0.000 0.068 0.276
#> SRR1609438 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609439 1 0.5300 0.43974 0.664 0.000 0.028 0.308
#> SRR1609440 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609441 1 0.4957 0.43804 0.668 0.000 0.320 0.012
#> SRR1609442 1 0.7815 0.08450 0.444 0.224 0.004 0.328
#> SRR1609443 1 0.6236 0.60294 0.668 0.000 0.180 0.152
#> SRR1609444 1 0.5195 0.50711 0.692 0.000 0.276 0.032
#> SRR1609445 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609446 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609447 1 0.4100 0.61195 0.832 0.000 0.092 0.076
#> SRR1609448 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.3266 0.53773 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1609450 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.6243 0.59194 0.668 0.000 0.160 0.172
#> SRR1609452 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609453 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609454 1 0.7843 0.46424 0.548 0.120 0.284 0.048
#> SRR1609455 1 0.6267 0.60733 0.664 0.000 0.188 0.148
#> SRR1609456 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609457 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609458 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609459 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609460 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609461 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609462 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609464 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609463 3 0.2589 0.68053 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1609465 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609466 4 0.2011 0.72043 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1609467 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609469 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609470 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609472 4 0.4898 0.40481 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1609471 1 0.4869 0.60481 0.780 0.000 0.088 0.132
#> SRR1609474 2 0.6004 0.60966 0.072 0.716 0.024 0.188
#> SRR1609473 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609475 4 0.4332 0.73476 0.160 0.040 0.000 0.800
#> SRR1609478 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609476 1 0.3024 0.56604 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609477 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609479 2 0.5989 0.44690 0.264 0.656 0.080 0.000
#> SRR1609481 4 0.7860 0.04662 0.340 0.000 0.276 0.384
#> SRR1609480 1 0.6080 0.52925 0.664 0.000 0.100 0.236
#> SRR1609482 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609484 1 0.5657 0.43282 0.644 0.000 0.044 0.312
#> SRR1609483 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609486 1 0.7253 -0.02563 0.432 0.000 0.424 0.144
#> SRR1609485 1 0.7083 0.34026 0.528 0.000 0.328 0.144
#> SRR1609487 1 0.3751 0.52900 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR1609488 1 0.4972 -0.01465 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.8941 -0.12405 0.336 0.412 0.084 0.168
#> SRR1609491 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 4 0.4500 0.15511 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1609496 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609497 1 0.6353 0.58692 0.652 0.000 0.208 0.140
#> SRR1609498 1 0.6086 0.60930 0.680 0.000 0.188 0.132
#> SRR1609499 2 0.2081 0.80594 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609501 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609502 1 0.7386 0.54707 0.612 0.056 0.240 0.092
#> SRR1609503 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609504 1 0.2197 0.60158 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1609505 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609506 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609508 2 0.4673 0.66811 0.132 0.792 0.076 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 1 0.7894 0.11118 0.372 0.000 0.296 0.332
#> SRR1609512 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609511 1 0.4843 0.23552 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1609513 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609514 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609515 2 0.6307 0.44193 0.256 0.652 0.084 0.008
#> SRR1609516 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609517 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609518 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609519 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609520 4 0.4139 0.73112 0.176 0.024 0.000 0.800
#> SRR1609521 1 0.5993 0.60910 0.692 0.000 0.160 0.148
#> SRR1609522 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609523 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 1 0.6240 0.58956 0.668 0.000 0.156 0.176
#> SRR1609525 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609527 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609529 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609528 4 0.3942 0.69470 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1609530 1 0.6936 0.42916 0.564 0.000 0.292 0.144
#> SRR1609531 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609533 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609534 3 0.6552 0.64510 0.228 0.000 0.628 0.144
#> SRR1609535 3 0.2813 0.69055 0.080 0.024 0.896 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0707 0.72650 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609540 1 0.6187 0.60712 0.672 0.000 0.184 0.144
#> SRR1609541 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609542 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.4804 0.27596 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609544 4 0.4522 0.34953 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1609545 1 0.4424 0.60984 0.812 0.000 0.088 0.100
#> SRR1609546 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609547 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609548 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.1474 0.71962 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1609552 1 0.7023 0.38639 0.544 0.000 0.312 0.144
#> SRR1609553 3 0.4382 0.75951 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1609554 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609555 3 0.4134 0.81766 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609556 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609557 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609558 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609559 3 0.4500 0.73179 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1609560 1 0.5339 0.57439 0.744 0.000 0.100 0.156
#> SRR1609561 3 0.7007 0.46554 0.308 0.000 0.548 0.144
#> SRR1609562 1 0.5653 0.56069 0.712 0.000 0.096 0.192
#> SRR1609563 2 0.2345 0.81895 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609564 1 0.0336 0.57455 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609565 2 0.0921 0.88444 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.1792 0.84047 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609569 1 0.5140 0.60300 0.760 0.000 0.096 0.144
#> SRR1609570 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609571 4 0.4250 0.65271 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609572 1 0.4948 0.07116 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1609573 1 0.6074 0.54693 0.668 0.000 0.104 0.228
#> SRR1609574 1 0.6205 0.57521 0.668 0.000 0.136 0.196
#> SRR1609575 4 0.7553 0.26634 0.344 0.200 0.000 0.456
#> SRR1609576 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609577 1 0.4193 0.52019 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609579 1 0.4605 0.38617 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1609580 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609582 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609581 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609583 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609584 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609585 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609586 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.7175 0.32305 0.360 0.000 0.496 0.144
#> SRR1609588 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609589 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609590 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609592 3 0.4925 0.45892 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1609591 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609593 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609594 4 0.3751 0.66550 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609595 3 0.0469 0.72840 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609599 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609600 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609601 4 0.7645 0.14394 0.360 0.000 0.212 0.428
#> SRR1609602 4 0.3610 0.72114 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609603 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609604 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609605 3 0.4040 0.83618 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1609606 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609607 3 0.4290 0.86146 0.212 0.000 0.772 0.016
#> SRR1609608 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609609 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609610 3 0.4382 0.75951 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1609611 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609613 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609614 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609615 1 0.5352 0.58633 0.740 0.000 0.092 0.168
#> SRR1609616 1 0.3486 0.58047 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1609617 3 0.0469 0.72840 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609618 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609619 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609620 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609621 1 0.8784 0.21699 0.444 0.200 0.064 0.292
#> SRR1609622 1 0.5070 0.29379 0.620 0.000 0.008 0.372
#> SRR1609623 1 0.5066 0.60139 0.764 0.000 0.088 0.148
#> SRR1609624 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609625 1 0.2197 0.60172 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1609626 4 0.4941 0.35689 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1609627 1 0.5448 0.55551 0.724 0.000 0.080 0.196
#> SRR1609628 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.5047 0.44435 0.668 0.000 0.316 0.016
#> SRR1609630 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609632 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609633 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.4584 0.62021 0.300 0.000 0.004 0.696
#> SRR1609636 4 0.3610 0.66104 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609637 1 0.4564 0.50646 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1609638 1 0.8737 0.48196 0.516 0.200 0.112 0.172
#> SRR1609639 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609641 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609642 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609643 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609644 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609645 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609646 1 0.6224 0.60641 0.668 0.000 0.188 0.144
#> SRR1609647 3 0.4761 0.13627 0.332 0.004 0.664 0.000
#> SRR1609649 1 0.6231 0.60776 0.668 0.000 0.184 0.148
#> SRR1609648 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.3852 0.70671 0.008 0.800 0.000 0.192
#> SRR1609650 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609652 1 0.6260 0.60610 0.664 0.000 0.192 0.144
#> SRR1609653 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.0592 0.68861 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1609655 3 0.1151 0.72598 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1609657 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609656 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.4163 0.63378 0.096 0.000 0.828 0.076
#> SRR1609661 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.3610 0.88835 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609664 3 0.0000 0.72776 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.91073 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.0000 0.67898 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0336 0.57455 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609668 4 0.7707 0.20887 0.320 0.000 0.240 0.440
#> SRR1609669 1 0.3610 0.52608 0.800 0.000 0.000 0.200
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609361 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609362 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609366 2 0.3231 0.74959 0.196 0.800 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609367 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3231 0.77675 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1609372 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.1270 0.90598 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4372 0.83652 0.020 0.072 0.004 0.800 0.104
#> SRR1609379 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3888 0.83472 0.000 0.064 0.000 0.800 0.136
#> SRR1609383 4 0.3242 0.74935 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.3366 0.63073 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3318 0.77989 0.000 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR1609394 2 0.2732 0.76138 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.2561 0.78175 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609407 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609414 3 0.2909 0.86417 0.012 0.000 0.848 0.000 0.140
#> SRR1609415 1 0.3934 0.77139 0.800 0.000 0.076 0.000 0.124
#> SRR1609416 4 0.5460 0.74349 0.028 0.000 0.140 0.708 0.124
#> SRR1609417 3 0.1478 0.87212 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609418 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0162 0.90002 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609422 4 0.0290 0.78416 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609423 4 0.3352 0.82592 0.000 0.004 0.004 0.800 0.192
#> SRR1609424 4 0.3318 0.82448 0.000 0.000 0.008 0.800 0.192
#> SRR1609425 2 0.5886 0.41972 0.272 0.584 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609426 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 4 0.5753 0.66007 0.016 0.000 0.204 0.656 0.124
#> SRR1609428 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.1211 0.88530 0.016 0.000 0.024 0.000 0.960
#> SRR1609430 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609432 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 4 0.4845 0.78194 0.016 0.000 0.108 0.752 0.124
#> SRR1609434 4 0.3456 0.78744 0.000 0.184 0.000 0.800 0.016
#> SRR1609435 1 0.1836 0.88665 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1609436 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609437 4 0.3656 0.82549 0.000 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR1609438 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609439 3 0.6115 0.40241 0.000 0.000 0.552 0.280 0.168
#> SRR1609440 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0404 0.89895 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609442 2 0.4305 -0.13430 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1609443 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609444 5 0.4455 0.56792 0.260 0.000 0.036 0.000 0.704
#> SRR1609445 5 0.0162 0.89942 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609446 5 0.0290 0.89947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609447 3 0.4312 0.80895 0.104 0.000 0.772 0.000 0.124
#> SRR1609448 2 0.0162 0.94382 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609449 1 0.1800 0.88491 0.932 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1609450 2 0.1478 0.89194 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609451 3 0.2230 0.87541 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609452 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609453 3 0.2966 0.86717 0.016 0.000 0.848 0.000 0.136
#> SRR1609454 5 0.6422 -0.00804 0.000 0.196 0.000 0.316 0.488
#> SRR1609455 1 0.4546 0.72400 0.756 0.000 0.012 0.056 0.176
#> SRR1609456 5 0.0290 0.89947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609457 3 0.4302 0.26945 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1609458 3 0.2953 0.86460 0.012 0.000 0.844 0.000 0.144
#> SRR1609459 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609460 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609461 5 0.0880 0.89180 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609462 3 0.0162 0.87269 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609464 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.5848 0.61075 0.000 0.000 0.192 0.200 0.608
#> SRR1609465 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609466 4 0.3632 0.77796 0.176 0.000 0.020 0.800 0.004
#> SRR1609467 3 0.0162 0.87275 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609469 4 0.3109 0.82372 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609470 5 0.0000 0.89868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.3456 0.82739 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609471 1 0.3048 0.78181 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR1609474 2 0.2438 0.86693 0.040 0.900 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609473 4 0.3352 0.82603 0.000 0.004 0.004 0.800 0.192
#> SRR1609475 4 0.3456 0.82915 0.000 0.016 0.000 0.800 0.184
#> SRR1609478 4 0.3456 0.82739 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609476 1 0.3413 0.80181 0.832 0.000 0.044 0.000 0.124
#> SRR1609477 5 0.4967 0.58718 0.000 0.000 0.192 0.104 0.704
#> SRR1609479 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.78499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 4 0.3994 0.81364 0.000 0.000 0.040 0.772 0.188
#> SRR1609482 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.3231 0.82537 0.000 0.004 0.000 0.800 0.196
#> SRR1609483 3 0.2813 0.84739 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609486 3 0.0162 0.87244 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609485 3 0.0162 0.87244 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609487 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609489 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.3535 0.73957 0.028 0.808 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609491 5 0.0404 0.89924 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609492 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 4 0.3421 0.75947 0.204 0.000 0.008 0.788 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.2864 0.86697 0.012 0.000 0.852 0.000 0.136
#> SRR1609498 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609499 2 0.2929 0.74723 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609500 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609501 5 0.0000 0.89868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 4 0.4658 0.44262 0.000 0.004 0.008 0.556 0.432
#> SRR1609503 4 0.3456 0.82663 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609504 1 0.3688 0.78805 0.816 0.000 0.060 0.000 0.124
#> SRR1609505 3 0.0162 0.87269 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609506 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609508 2 0.0162 0.94414 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609509 2 0.0290 0.94048 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609510 4 0.0000 0.78499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.4819 0.76948 0.000 0.000 0.092 0.716 0.192
#> SRR1609513 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3456 0.82494 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609515 2 0.0162 0.94414 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609516 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609517 5 0.0404 0.90001 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609518 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.3352 0.82592 0.000 0.004 0.004 0.800 0.192
#> SRR1609521 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609522 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609524 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0162 0.87244 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609525 5 0.0510 0.89889 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609527 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 5 0.2561 0.81168 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609528 4 0.3513 0.82680 0.000 0.000 0.020 0.800 0.180
#> SRR1609530 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0162 0.90002 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609534 3 0.3003 0.83445 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609535 5 0.3177 0.78790 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1609537 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609538 2 0.0671 0.93302 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609539 5 0.6254 0.47061 0.000 0.000 0.268 0.196 0.536
#> SRR1609540 1 0.3476 0.76955 0.804 0.000 0.020 0.000 0.176
#> SRR1609541 4 0.3318 0.82476 0.000 0.000 0.008 0.800 0.192
#> SRR1609542 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.5941 0.56879 0.016 0.000 0.628 0.232 0.124
#> SRR1609544 4 0.4495 0.79746 0.136 0.000 0.060 0.780 0.024
#> SRR1609545 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609546 5 0.0404 0.89924 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609547 5 0.0404 0.89958 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609548 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609549 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609552 3 0.3160 0.83403 0.000 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR1609553 3 0.4030 0.48087 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1609554 5 0.0000 0.89868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 5 0.3424 0.61048 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1609556 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.89868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0404 0.89924 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609559 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609560 1 0.2891 0.78509 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609561 3 0.1478 0.87596 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609562 1 0.2732 0.79950 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609563 2 0.3003 0.73281 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609564 1 0.3622 0.79214 0.820 0.000 0.056 0.000 0.124
#> SRR1609565 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.2179 0.87615 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609570 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.3455 0.76308 0.000 0.000 0.208 0.784 0.008
#> SRR1609572 4 0.6124 0.52120 0.012 0.000 0.276 0.584 0.128
#> SRR1609573 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.2286 0.87670 0.004 0.000 0.888 0.000 0.108
#> SRR1609575 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609576 2 0.1117 0.92207 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609578 5 0.0579 0.89696 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1609577 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.5103 0.73715 0.012 0.000 0.724 0.136 0.128
#> SRR1609580 5 0.2127 0.84404 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1609582 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609581 5 0.0162 0.89989 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609583 5 0.0000 0.89868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0404 0.87426 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609586 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.2424 0.79126 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609588 5 0.0162 0.89989 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609589 5 0.0451 0.89878 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1609590 3 0.0162 0.87269 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609592 5 0.0162 0.90002 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609591 5 0.0693 0.89445 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1609593 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609594 4 0.3318 0.78065 0.000 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR1609595 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609596 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3456 0.82494 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609599 4 0.3456 0.82494 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR1609600 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609601 4 0.0609 0.78122 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609602 4 0.3565 0.82582 0.000 0.000 0.024 0.800 0.176
#> SRR1609603 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609605 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609606 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609607 3 0.3752 0.71410 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1609608 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609609 5 0.0290 0.89947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609610 5 0.1851 0.83890 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609611 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609614 3 0.2771 0.87116 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1609615 1 0.2773 0.79576 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609616 1 0.3663 0.74233 0.776 0.000 0.016 0.000 0.208
#> SRR1609617 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609618 5 0.0609 0.89706 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609619 1 0.8049 -0.09420 0.380 0.000 0.120 0.320 0.180
#> SRR1609620 4 0.3511 0.78419 0.004 0.184 0.000 0.800 0.012
#> SRR1609621 4 0.3242 0.75808 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1609622 3 0.0703 0.86134 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609623 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609624 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2890 0.79592 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160
#> SRR1609626 4 0.4793 0.68991 0.004 0.000 0.256 0.692 0.048
#> SRR1609627 1 0.0162 0.92486 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609628 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.4323 0.61585 0.012 0.000 0.656 0.000 0.332
#> SRR1609630 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.3760 0.82052 0.000 0.000 0.028 0.784 0.188
#> SRR1609636 4 0.3109 0.77286 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.6336 0.11905 0.368 0.468 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609639 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.87095 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0290 0.89947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609644 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.0510 0.89913 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609646 3 0.0404 0.87426 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609647 5 0.3796 0.70888 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1609649 3 0.2825 0.87181 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> SRR1609648 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.2331 0.86839 0.080 0.900 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609650 5 0.0290 0.90023 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609652 3 0.3010 0.84490 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1609653 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.3656 0.82791 0.032 0.000 0.000 0.800 0.168
#> SRR1609655 5 0.4433 0.76696 0.000 0.000 0.060 0.200 0.740
#> SRR1609657 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.94673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3863 0.78160 0.000 0.000 0.028 0.200 0.772
#> SRR1609661 5 0.0290 0.89947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609662 2 0.0162 0.94430 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0703 0.89498 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609664 5 0.3109 0.79188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609665 2 0.0912 0.92802 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609666 4 0.3109 0.76262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609667 1 0.3688 0.78805 0.816 0.000 0.060 0.000 0.124
#> SRR1609668 4 0.0000 0.78499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.92789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.4573 0.6513 0.196 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609361 4 0.4560 0.6500 0.200 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609362 4 0.4596 0.6536 0.188 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609363 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609365 4 0.4573 0.6513 0.196 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609366 2 0.4738 0.4294 0.336 0.600 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609367 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609368 2 0.0547 0.9251 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609369 1 0.0000 0.7837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609370 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609371 4 0.4358 0.7077 0.000 0.196 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR1609372 1 0.2996 0.7659 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609373 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609374 2 0.2786 0.8221 0.100 0.864 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1609375 1 0.2752 0.7547 0.856 0.036 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609377 1 0.2491 0.7478 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609376 2 0.0260 0.9288 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609378 4 0.3980 0.7734 0.012 0.040 0.000 0.808 0.100 NA
#> SRR1609379 1 0.0000 0.7837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609382 4 0.4842 0.7588 0.000 0.044 0.000 0.724 0.136 NA
#> SRR1609383 4 0.3993 0.5578 0.300 0.000 0.000 0.676 0.000 NA
#> SRR1609381 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609384 1 0.1838 0.7629 0.916 0.000 0.000 0.068 0.000 NA
#> SRR1609386 1 0.2416 0.7509 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609385 1 0.3737 0.2752 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000 NA
#> SRR1609387 1 0.1267 0.7859 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609388 2 0.0260 0.9288 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609390 1 0.3050 0.7641 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609393 4 0.4358 0.7077 0.000 0.196 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR1609394 2 0.3651 0.6795 0.000 0.772 0.000 0.180 0.000 NA
#> SRR1609392 2 0.1124 0.9152 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1609391 4 0.4386 0.7062 0.000 0.200 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR1609395 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609396 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609398 1 0.2340 0.7539 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609399 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609400 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609397 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609405 1 0.2454 0.7495 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609404 4 0.4386 0.7062 0.000 0.200 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609403 1 0.2527 0.7763 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609410 1 0.0363 0.7833 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609411 2 0.3042 0.8238 0.000 0.852 0.000 0.020 0.100 NA
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609413 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609412 5 0.1458 0.8786 0.000 0.000 0.016 0.020 0.948 NA
#> SRR1609414 3 0.3990 0.8030 0.000 0.000 0.784 0.020 0.128 NA
#> SRR1609415 1 0.6663 0.1187 0.428 0.000 0.340 0.020 0.016 NA
#> SRR1609416 4 0.5750 0.5579 0.012 0.000 0.196 0.616 0.016 NA
#> SRR1609417 3 0.1714 0.8396 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 NA
#> SRR1609418 1 0.0790 0.7818 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609419 2 0.0653 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1609420 1 0.3139 0.6774 0.812 0.000 0.000 0.160 0.000 NA
#> SRR1609421 5 0.0146 0.8835 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 NA
#> SRR1609422 4 0.2318 0.7187 0.000 0.000 0.064 0.892 0.000 NA
#> SRR1609423 4 0.2848 0.7680 0.000 0.008 0.000 0.828 0.160 NA
#> SRR1609424 4 0.4270 0.7593 0.000 0.004 0.004 0.748 0.156 NA
#> SRR1609425 1 0.7167 0.4814 0.520 0.172 0.000 0.028 0.104 NA
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609427 4 0.5763 0.4947 0.004 0.000 0.232 0.588 0.016 NA
#> SRR1609428 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609429 5 0.4872 0.7136 0.128 0.000 0.068 0.020 0.744 NA
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609431 5 0.3422 0.7822 0.000 0.000 0.000 0.168 0.792 NA
#> SRR1609432 2 0.0146 0.9291 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1609433 4 0.5327 0.6141 0.004 0.000 0.164 0.656 0.016 NA
#> SRR1609434 4 0.4548 0.7191 0.000 0.176 0.000 0.720 0.012 NA
#> SRR1609435 1 0.4382 0.7315 0.680 0.000 0.004 0.020 0.016 NA
#> SRR1609436 3 0.4157 0.8192 0.000 0.000 0.772 0.020 0.084 NA
#> SRR1609437 4 0.3757 0.7620 0.000 0.000 0.036 0.784 0.164 NA
#> SRR1609438 4 0.4358 0.7077 0.000 0.196 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR1609439 3 0.5695 0.3843 0.000 0.000 0.552 0.272 0.168 NA
#> SRR1609440 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609441 5 0.2065 0.8567 0.000 0.000 0.004 0.052 0.912 NA
#> SRR1609442 2 0.4639 -0.0897 0.000 0.512 0.000 0.448 0.000 NA
#> SRR1609443 3 0.4676 0.8072 0.004 0.000 0.752 0.068 0.060 NA
#> SRR1609444 1 0.6302 0.1713 0.476 0.000 0.056 0.020 0.388 NA
#> SRR1609445 5 0.0725 0.8826 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976 NA
#> SRR1609446 5 0.1341 0.8786 0.000 0.000 0.000 0.024 0.948 NA
#> SRR1609447 3 0.4213 0.8104 0.016 0.000 0.744 0.020 0.016 NA
#> SRR1609448 2 0.0725 0.9217 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR1609449 1 0.2747 0.7518 0.868 0.000 0.000 0.020 0.016 NA
#> SRR1609450 2 0.3114 0.7964 0.004 0.848 0.000 0.024 0.108 NA
#> SRR1609451 3 0.2492 0.8501 0.004 0.000 0.888 0.008 0.020 NA
#> SRR1609452 5 0.0291 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA
#> SRR1609453 3 0.4480 0.8116 0.012 0.000 0.764 0.020 0.104 NA
#> SRR1609454 4 0.6846 0.2592 0.000 0.248 0.000 0.352 0.352 NA
#> SRR1609455 1 0.6414 0.3342 0.556 0.000 0.024 0.260 0.120 NA
#> SRR1609456 5 0.1168 0.8801 0.000 0.000 0.000 0.016 0.956 NA
#> SRR1609457 3 0.4127 0.5173 0.000 0.000 0.620 0.012 0.364 NA
#> SRR1609458 3 0.4493 0.8036 0.004 0.000 0.752 0.020 0.112 NA
#> SRR1609459 5 0.0291 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA
#> SRR1609460 5 0.3422 0.7822 0.000 0.000 0.000 0.168 0.792 NA
#> SRR1609461 5 0.1577 0.8764 0.000 0.000 0.016 0.008 0.940 NA
#> SRR1609462 3 0.0363 0.8503 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609463 3 0.6551 0.1444 0.000 0.000 0.440 0.168 0.344 NA
#> SRR1609465 5 0.3284 0.7824 0.000 0.000 0.000 0.168 0.800 NA
#> SRR1609466 4 0.3454 0.7197 0.124 0.000 0.000 0.812 0.004 NA
#> SRR1609467 3 0.0146 0.8506 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1609469 4 0.2664 0.7660 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 NA
#> SRR1609470 5 0.0260 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1609472 4 0.2902 0.7656 0.000 0.000 0.004 0.800 0.196 NA
#> SRR1609471 1 0.3919 0.6869 0.796 0.000 0.000 0.040 0.120 NA
#> SRR1609474 2 0.6178 0.5956 0.072 0.640 0.000 0.032 0.104 NA
#> SRR1609473 4 0.4460 0.7571 0.000 0.008 0.004 0.736 0.160 NA
#> SRR1609475 4 0.4608 0.7581 0.000 0.024 0.000 0.732 0.148 NA
#> SRR1609478 4 0.2980 0.7665 0.000 0.000 0.008 0.800 0.192 NA
#> SRR1609476 1 0.5987 0.5091 0.596 0.000 0.208 0.020 0.016 NA
#> SRR1609477 5 0.5695 -0.0650 0.000 0.000 0.400 0.104 0.480 NA
#> SRR1609479 2 0.0865 0.9194 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609481 4 0.1141 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR1609480 4 0.4840 0.6754 0.000 0.000 0.152 0.680 0.164 NA
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609484 4 0.3384 0.7684 0.000 0.008 0.000 0.800 0.168 NA
#> SRR1609483 3 0.3048 0.7931 0.000 0.000 0.824 0.020 0.152 NA
#> SRR1609486 3 0.1349 0.8336 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 NA
#> SRR1609485 3 0.1219 0.8369 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR1609487 1 0.2491 0.7478 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609488 3 0.4084 0.8029 0.000 0.000 0.776 0.020 0.132 NA
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609490 2 0.7659 0.1576 0.272 0.416 0.000 0.032 0.108 NA
#> SRR1609491 5 0.0260 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609493 5 0.3487 0.7817 0.000 0.000 0.000 0.168 0.788 NA
#> SRR1609494 2 0.0725 0.9249 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1609495 4 0.5196 0.6685 0.156 0.000 0.056 0.692 0.000 NA
#> SRR1609496 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609497 3 0.4014 0.7991 0.000 0.000 0.780 0.020 0.136 NA
#> SRR1609498 3 0.3890 0.8180 0.004 0.000 0.760 0.020 0.016 NA
#> SRR1609499 2 0.3412 0.7426 0.000 0.812 0.000 0.032 0.144 NA
#> SRR1609500 3 0.3860 0.8196 0.004 0.000 0.764 0.020 0.016 NA
#> SRR1609501 5 0.0820 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 NA
#> SRR1609502 4 0.5057 0.2725 0.000 0.008 0.004 0.492 0.452 NA
#> SRR1609503 4 0.3043 0.7651 0.000 0.000 0.004 0.796 0.196 NA
#> SRR1609504 1 0.4914 0.6672 0.712 0.000 0.068 0.020 0.016 NA
#> SRR1609505 3 0.0632 0.8509 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR1609506 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609507 3 0.3798 0.8220 0.004 0.000 0.772 0.020 0.016 NA
#> SRR1609508 2 0.1693 0.9077 0.000 0.936 0.000 0.012 0.020 NA
#> SRR1609509 2 0.1074 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 NA
#> SRR1609510 4 0.1921 0.7205 0.000 0.000 0.012 0.920 0.012 NA
#> SRR1609512 3 0.0146 0.8495 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1609511 4 0.5705 0.5118 0.000 0.000 0.268 0.552 0.172 NA
#> SRR1609513 3 0.0260 0.8497 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1609514 4 0.2932 0.7658 0.000 0.000 0.016 0.820 0.164 NA
#> SRR1609515 2 0.1693 0.9077 0.000 0.936 0.000 0.012 0.020 NA
#> SRR1609516 5 0.1285 0.8706 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944 NA
#> SRR1609517 5 0.0622 0.8842 0.000 0.000 0.012 0.000 0.980 NA
#> SRR1609518 1 0.0858 0.7822 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1609519 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609520 4 0.3018 0.7701 0.000 0.012 0.000 0.816 0.168 NA
#> SRR1609521 3 0.3829 0.8206 0.004 0.000 0.768 0.020 0.016 NA
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609523 5 0.3284 0.7824 0.000 0.000 0.000 0.168 0.800 NA
#> SRR1609524 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609526 3 0.1010 0.8395 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 NA
#> SRR1609525 5 0.0717 0.8819 0.000 0.000 0.008 0.016 0.976 NA
#> SRR1609527 1 0.0000 0.7837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609529 5 0.3313 0.7945 0.000 0.000 0.124 0.000 0.816 NA
#> SRR1609528 4 0.2980 0.7665 0.000 0.000 0.008 0.800 0.192 NA
#> SRR1609530 3 0.0291 0.8497 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR1609531 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609533 5 0.0146 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1609534 3 0.4099 0.7664 0.000 0.000 0.748 0.004 0.176 NA
#> SRR1609535 5 0.3450 0.7725 0.000 0.000 0.000 0.188 0.780 NA
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609536 5 0.1699 0.8763 0.000 0.000 0.016 0.016 0.936 NA
#> SRR1609538 2 0.1657 0.8930 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1609539 3 0.6836 0.3839 0.000 0.000 0.492 0.168 0.236 NA
#> SRR1609540 1 0.6872 0.3766 0.532 0.000 0.232 0.020 0.124 NA
#> SRR1609541 4 0.2902 0.7648 0.000 0.000 0.004 0.800 0.196 NA
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609543 3 0.5920 0.4814 0.004 0.000 0.544 0.288 0.016 NA
#> SRR1609544 4 0.5694 0.6809 0.080 0.000 0.120 0.680 0.016 NA
#> SRR1609545 3 0.3890 0.8172 0.004 0.000 0.760 0.020 0.016 NA
#> SRR1609546 5 0.0146 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1609547 5 0.2393 0.8474 0.000 0.000 0.040 0.004 0.892 NA
#> SRR1609548 5 0.0291 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609550 2 0.0363 0.9267 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1609551 5 0.3551 0.7797 0.000 0.000 0.000 0.168 0.784 NA
#> SRR1609552 3 0.4089 0.7740 0.000 0.000 0.756 0.008 0.168 NA
#> SRR1609553 3 0.3876 0.6610 0.000 0.000 0.700 0.000 0.276 NA
#> SRR1609554 5 0.1036 0.8817 0.000 0.000 0.004 0.008 0.964 NA
#> SRR1609555 5 0.4928 -0.0389 0.000 0.000 0.444 0.020 0.508 NA
#> SRR1609556 3 0.0260 0.8497 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1609557 5 0.0146 0.8832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR1609559 5 0.0146 0.8835 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 NA
#> SRR1609560 1 0.5059 0.6426 0.684 0.000 0.000 0.024 0.120 NA
#> SRR1609561 3 0.3384 0.8050 0.000 0.000 0.812 0.000 0.120 NA
#> SRR1609562 1 0.5113 0.6466 0.684 0.000 0.000 0.032 0.108 NA
#> SRR1609563 2 0.4470 0.5393 0.000 0.660 0.000 0.028 0.296 NA
#> SRR1609564 1 0.4374 0.7066 0.768 0.000 0.056 0.020 0.016 NA
#> SRR1609565 2 0.0363 0.9277 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609566 2 0.0964 0.9190 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 NA
#> SRR1609567 2 0.0632 0.9239 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609568 1 0.2996 0.7659 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609569 3 0.2617 0.8480 0.000 0.000 0.872 0.012 0.016 NA
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609571 4 0.3725 0.6224 0.000 0.000 0.316 0.676 0.000 NA
#> SRR1609572 4 0.6209 0.3176 0.004 0.000 0.336 0.504 0.116 NA
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8496 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609574 3 0.2924 0.8425 0.000 0.000 0.868 0.024 0.068 NA
#> SRR1609575 4 0.3221 0.7257 0.000 0.188 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR1609576 2 0.1493 0.8815 0.004 0.936 0.000 0.000 0.056 NA
#> SRR1609578 5 0.1737 0.8752 0.000 0.000 0.008 0.020 0.932 NA
#> SRR1609577 1 0.3595 0.6633 0.780 0.000 0.004 0.180 0.000 NA
#> SRR1609579 3 0.5282 0.6975 0.004 0.000 0.660 0.180 0.016 NA
#> SRR1609580 5 0.2221 0.8444 0.000 0.000 0.072 0.000 0.896 NA
#> SRR1609582 3 0.3829 0.8206 0.004 0.000 0.768 0.020 0.016 NA
#> SRR1609581 5 0.1010 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960 NA
#> SRR1609583 5 0.0622 0.8832 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 NA
#> SRR1609584 3 0.0146 0.8495 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1609585 3 0.1152 0.8500 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 NA
#> SRR1609586 2 0.0508 0.9258 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1609587 5 0.4593 0.3538 0.000 0.000 0.324 0.000 0.620 NA
#> SRR1609588 5 0.1010 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960 NA
#> SRR1609589 5 0.1749 0.8754 0.000 0.000 0.008 0.024 0.932 NA
#> SRR1609590 3 0.0146 0.8505 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1609592 5 0.0146 0.8832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1609591 5 0.2130 0.8698 0.008 0.000 0.008 0.020 0.916 NA
#> SRR1609593 5 0.3487 0.7807 0.000 0.000 0.000 0.168 0.788 NA
#> SRR1609594 4 0.4437 0.7127 0.000 0.188 0.000 0.716 0.004 NA
#> SRR1609595 5 0.3487 0.7817 0.000 0.000 0.000 0.168 0.788 NA
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609597 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609598 4 0.2932 0.7658 0.000 0.000 0.016 0.820 0.164 NA
#> SRR1609599 4 0.2981 0.7665 0.000 0.000 0.020 0.820 0.160 NA
#> SRR1609600 3 0.3632 0.8276 0.004 0.000 0.792 0.020 0.016 NA
#> SRR1609601 4 0.2706 0.7009 0.000 0.000 0.104 0.860 0.000 NA
#> SRR1609602 4 0.3025 0.7671 0.000 0.000 0.024 0.820 0.156 NA
#> SRR1609603 1 0.0000 0.7837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609604 4 0.4490 0.7042 0.000 0.196 0.000 0.700 0.000 NA
#> SRR1609605 5 0.1350 0.8785 0.000 0.000 0.008 0.020 0.952 NA
#> SRR1609606 5 0.0291 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA
#> SRR1609607 3 0.4694 0.6607 0.000 0.000 0.656 0.004 0.268 NA
#> SRR1609608 5 0.1959 0.8729 0.000 0.000 0.024 0.020 0.924 NA
#> SRR1609609 5 0.1737 0.8752 0.000 0.000 0.008 0.020 0.932 NA
#> SRR1609610 5 0.3804 0.6743 0.000 0.000 0.196 0.020 0.764 NA
#> SRR1609611 4 0.4358 0.7077 0.000 0.196 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609612 5 0.1364 0.8791 0.000 0.000 0.016 0.020 0.952 NA
#> SRR1609614 3 0.3829 0.8206 0.004 0.000 0.768 0.020 0.016 NA
#> SRR1609615 1 0.3702 0.7034 0.812 0.000 0.000 0.028 0.108 NA
#> SRR1609616 1 0.6439 0.5242 0.604 0.000 0.132 0.020 0.156 NA
#> SRR1609617 5 0.3487 0.7817 0.000 0.000 0.000 0.168 0.788 NA
#> SRR1609618 5 0.0146 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1609619 4 0.7884 0.2490 0.288 0.000 0.152 0.372 0.156 NA
#> SRR1609620 4 0.4407 0.7191 0.000 0.184 0.000 0.720 0.004 NA
#> SRR1609621 4 0.4348 0.5661 0.000 0.320 0.000 0.640 0.000 NA
#> SRR1609622 3 0.1411 0.8273 0.000 0.000 0.936 0.060 0.000 NA
#> SRR1609623 3 0.3919 0.8163 0.004 0.000 0.756 0.020 0.016 NA
#> SRR1609624 1 0.3076 0.7630 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609625 1 0.3664 0.7060 0.812 0.000 0.000 0.020 0.108 NA
#> SRR1609626 4 0.4537 0.4628 0.000 0.000 0.392 0.576 0.024 NA
#> SRR1609627 1 0.2841 0.7439 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609629 3 0.4419 0.7069 0.000 0.000 0.700 0.020 0.244 NA
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609631 1 0.0260 0.7833 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609632 1 0.2092 0.7618 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609633 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609635 4 0.4944 0.6898 0.000 0.000 0.148 0.676 0.168 NA
#> SRR1609636 4 0.4386 0.7062 0.000 0.200 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR1609637 1 0.3445 0.7578 0.732 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1609638 1 0.7695 0.2392 0.404 0.284 0.000 0.032 0.112 NA
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609640 3 0.0458 0.8505 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR1609641 1 0.3076 0.7630 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609642 1 0.3023 0.7651 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609643 5 0.1434 0.8781 0.000 0.000 0.008 0.020 0.948 NA
#> SRR1609644 1 0.0000 0.7837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609645 5 0.1844 0.8741 0.000 0.000 0.016 0.016 0.928 NA
#> SRR1609646 3 0.0622 0.8528 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 NA
#> SRR1609647 5 0.3978 0.6929 0.000 0.000 0.000 0.268 0.700 NA
#> SRR1609649 3 0.3882 0.8216 0.004 0.000 0.768 0.020 0.020 NA
#> SRR1609648 2 0.0405 0.9281 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1609651 2 0.6293 0.4766 0.204 0.576 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1609650 5 0.0291 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 NA
#> SRR1609652 3 0.2831 0.8062 0.000 0.000 0.840 0.024 0.136 NA
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9298 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609654 4 0.3337 0.7629 0.032 0.000 0.000 0.832 0.112 NA
#> SRR1609655 5 0.6949 0.3447 0.000 0.000 0.268 0.168 0.460 NA
#> SRR1609657 1 0.3101 0.7619 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609656 4 0.4560 0.6500 0.200 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609658 2 0.0458 0.9262 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609659 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1609660 5 0.5212 0.7295 0.000 0.000 0.060 0.168 0.688 NA
#> SRR1609661 5 0.1262 0.8794 0.000 0.000 0.008 0.020 0.956 NA
#> SRR1609662 2 0.0436 0.9272 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1609663 5 0.1285 0.8706 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944 NA
#> SRR1609664 5 0.3354 0.7825 0.000 0.000 0.000 0.168 0.796 NA
#> SRR1609665 2 0.1367 0.8938 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1609666 4 0.4605 0.6545 0.184 0.000 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR1609667 1 0.6236 0.4530 0.556 0.000 0.224 0.020 0.016 NA
#> SRR1609668 4 0.1124 0.7250 0.000 0.000 0.008 0.956 0.000 NA
#> SRR1609669 1 0.0713 0.7858 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.790 0.881 0.952 0.5015 0.498 0.498
#> 3 3 0.914 0.923 0.966 0.3066 0.737 0.525
#> 4 4 0.709 0.632 0.818 0.1072 0.887 0.693
#> 5 5 0.783 0.795 0.886 0.0635 0.899 0.671
#> 6 6 0.820 0.823 0.892 0.0564 0.909 0.643
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.7299 0.7380 0.796 0.204
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.7602 0.7168 0.780 0.220
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.9552 0.4351 0.624 0.376
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.9087 0.4912 0.324 0.676
#> SRR1609381 2 0.9732 0.2806 0.404 0.596
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609387 2 0.1633 0.9297 0.024 0.976
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609390 2 0.9833 0.2180 0.424 0.576
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.8713 0.6053 0.708 0.292
#> SRR1609396 1 0.9754 0.3555 0.592 0.408
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.7219 0.7429 0.800 0.200
#> SRR1609400 1 0.7219 0.7429 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609410 2 0.0376 0.9464 0.004 0.996
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.0672 0.9433 0.008 0.992
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.7056 0.7514 0.192 0.808
#> SRR1609422 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.3431 0.8911 0.936 0.064
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.9909 0.2318 0.444 0.556
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.8555 0.6259 0.720 0.280
#> SRR1609441 2 0.0376 0.9465 0.004 0.996
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.9427 0.4728 0.640 0.360
#> SRR1609445 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.7219 0.7429 0.800 0.200
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.1414 0.9337 0.020 0.980
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.6887 0.7627 0.184 0.816
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.2043 0.9234 0.032 0.968
#> SRR1609466 1 0.9686 0.3865 0.604 0.396
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.8713 0.5954 0.292 0.708
#> SRR1609472 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.9909 0.2535 0.556 0.444
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.7219 0.7408 0.200 0.800
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609493 1 0.9970 0.0757 0.532 0.468
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.7219 0.7429 0.800 0.200
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.7139 0.7461 0.196 0.804
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7219 0.7408 0.200 0.800
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.2603 0.9129 0.044 0.956
#> SRR1609518 1 0.9635 0.4065 0.612 0.388
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609523 1 0.4298 0.8635 0.912 0.088
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.9286 0.4903 0.344 0.656
#> SRR1609527 1 0.8016 0.6828 0.756 0.244
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.7219 0.7408 0.200 0.800
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.7219 0.7408 0.200 0.800
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.2236 0.9153 0.964 0.036
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609560 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609577 2 1.0000 -0.0513 0.496 0.504
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.7674 0.7107 0.224 0.776
#> SRR1609583 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.7602 0.7149 0.220 0.780
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609591 1 0.0376 0.9411 0.996 0.004
#> SRR1609593 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609595 1 0.7528 0.6976 0.784 0.216
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609606 1 0.6623 0.7627 0.828 0.172
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.6247 0.7989 0.844 0.156
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.5059 0.8408 0.112 0.888
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.7528 0.7190 0.216 0.784
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.9686 0.3037 0.396 0.604
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.6801 0.7526 0.180 0.820
#> SRR1609625 1 0.6801 0.7677 0.820 0.180
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.9754 0.3558 0.592 0.408
#> SRR1609632 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609633 1 0.9087 0.5461 0.676 0.324
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0672 0.9380 0.992 0.008
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.8608 0.5756 0.284 0.716
#> SRR1609642 2 0.9998 -0.0354 0.492 0.508
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.5408 0.8328 0.124 0.876
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.9866 0.2880 0.568 0.432
#> SRR1609656 1 0.9922 0.2392 0.552 0.448
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.9881 0.2561 0.436 0.564
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000
#> SRR1609668 1 0.9970 0.0756 0.532 0.468
#> SRR1609669 2 0.0000 0.9495 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 1 0.6140 0.331 0.596 0.404 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.0424 0.955 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609371 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609372 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609373 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609377 2 0.6252 0.148 0.444 0.556 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609379 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609382 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609384 2 0.3038 0.872 0.104 0.896 0.000
#> SRR1609386 2 0.0592 0.960 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0424 0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609393 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609395 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609398 2 0.0424 0.962 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609399 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609400 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0592 0.955 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609415 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609416 1 0.0424 0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609417 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.3851 0.834 0.860 0.136 0.004
#> SRR1609419 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 2 0.4002 0.801 0.160 0.840 0.000
#> SRR1609421 3 0.0892 0.950 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609422 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609424 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609428 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.4702 0.724 0.000 0.788 0.212
#> SRR1609430 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609431 3 0.3482 0.845 0.000 0.128 0.872
#> SRR1609432 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.0424 0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609434 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609435 1 0.0747 0.958 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609436 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609437 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609438 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0424 0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609441 2 0.0237 0.963 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609442 2 0.0424 0.963 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609443 1 0.4235 0.799 0.824 0.000 0.176
#> SRR1609444 2 0.1129 0.950 0.004 0.976 0.020
#> SRR1609445 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 2 0.0237 0.963 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609447 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609448 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609450 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609452 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 3 0.5058 0.665 0.244 0.000 0.756
#> SRR1609454 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609456 2 0.2959 0.867 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609457 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 3 0.6126 0.314 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609459 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 2 0.6095 0.345 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609461 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 3 0.1753 0.924 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609464 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609463 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609465 2 0.3340 0.844 0.000 0.880 0.120
#> SRR1609466 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609469 2 0.1482 0.950 0.020 0.968 0.012
#> SRR1609470 3 0.0892 0.950 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609472 3 0.0592 0.957 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609471 1 0.1964 0.917 0.944 0.056 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609475 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609478 3 0.0892 0.952 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609476 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609477 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.5988 0.409 0.000 0.632 0.368
#> SRR1609480 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609484 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609487 1 0.6062 0.407 0.616 0.384 0.000
#> SRR1609488 3 0.0237 0.961 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609489 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609491 3 0.0592 0.956 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609492 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.4654 0.746 0.000 0.208 0.792
#> SRR1609494 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609498 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609499 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.1529 0.943 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609501 3 0.1289 0.941 0.000 0.032 0.968
#> SRR1609502 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609504 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609505 3 0.4121 0.783 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609506 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609508 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.5926 0.438 0.000 0.644 0.356
#> SRR1609512 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609513 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609514 3 0.0747 0.954 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609515 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 3 0.6062 0.389 0.000 0.384 0.616
#> SRR1609518 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609519 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609520 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609521 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609522 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609523 3 0.0747 0.953 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609524 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609525 3 0.0892 0.950 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609527 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609529 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609528 3 0.0592 0.957 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609530 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609533 3 0.4346 0.781 0.000 0.184 0.816
#> SRR1609534 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609535 2 0.4750 0.715 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609537 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609541 3 0.0747 0.954 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609542 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609544 1 0.0424 0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609545 1 0.4346 0.787 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609546 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0592 0.956 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609549 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609554 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609556 3 0.6252 0.177 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609557 3 0.0424 0.959 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609558 3 0.0592 0.956 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609559 3 0.0592 0.956 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609560 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0747 0.958 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609565 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609570 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609575 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.4555 0.764 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609580 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 1 0.2796 0.894 0.908 0.000 0.092
#> SRR1609581 3 0.3038 0.871 0.000 0.104 0.896
#> SRR1609583 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609585 3 0.0424 0.958 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609586 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 3 0.4931 0.709 0.000 0.232 0.768
#> SRR1609589 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609592 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 3 0.4974 0.698 0.000 0.236 0.764
#> SRR1609593 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609594 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609595 3 0.1163 0.945 0.000 0.028 0.972
#> SRR1609596 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.0892 0.952 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609599 3 0.0892 0.952 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609600 1 0.5431 0.623 0.716 0.000 0.284
#> SRR1609601 3 0.0592 0.957 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609602 3 0.0892 0.952 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609603 1 0.0237 0.957 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609604 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609606 3 0.0892 0.950 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609607 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 3 0.4399 0.772 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609610 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609611 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609614 1 0.5098 0.688 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609615 1 0.3500 0.854 0.880 0.116 0.004
#> SRR1609616 1 0.3941 0.823 0.844 0.000 0.156
#> SRR1609617 2 0.6286 0.115 0.000 0.536 0.464
#> SRR1609618 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 2 0.0892 0.952 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609620 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609623 1 0.0747 0.958 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609624 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609625 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609626 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609632 1 0.0892 0.951 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609633 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0.000
#> SRR1609637 1 0.0592 0.959 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609638 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0747 0.952 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609641 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609643 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609645 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609647 2 0.4291 0.769 0.000 0.820 0.180
#> SRR1609649 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609648 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.0892 0.957 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609655 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 3 0.6154 0.326 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609665 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.1031 0.954 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609667 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609668 3 0.1015 0.952 0.012 0.008 0.980
#> SRR1609669 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.6487 0.0275 0.428 0.072 0.000 0.500
#> SRR1609361 1 0.5511 0.1532 0.500 0.016 0.000 0.484
#> SRR1609362 4 0.6265 0.4343 0.056 0.444 0.000 0.500
#> SRR1609363 2 0.1792 0.6557 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609364 2 0.1211 0.6772 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609365 4 0.7458 0.3573 0.288 0.212 0.000 0.500
#> SRR1609366 2 0.2530 0.6047 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.2408 0.6152 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609369 1 0.0469 0.9009 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1792 0.6557 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609374 2 0.1211 0.6772 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609375 2 0.2530 0.6047 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609377 2 0.4543 0.3525 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609378 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609383 1 0.4967 0.2724 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.6941 -0.0281 0.360 0.520 0.000 0.120
#> SRR1609386 2 0.2868 0.5913 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.2345 0.6203 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609394 2 0.2921 0.5628 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1609392 2 0.3074 0.5440 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609391 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.2408 0.6299 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1716 0.6593 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609401 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609402 2 0.0469 0.6919 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609405 2 0.2546 0.6492 0.092 0.900 0.000 0.008
#> SRR1609404 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609406 2 0.1557 0.6866 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609408 2 0.0707 0.6946 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.2408 0.6644 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609407 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.5994 0.6006 0.000 0.156 0.692 0.152
#> SRR1609414 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.2973 0.7476 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0921 0.6936 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609420 2 0.7171 -0.0955 0.400 0.464 0.000 0.136
#> SRR1609421 3 0.7706 0.1891 0.000 0.300 0.448 0.252
#> SRR1609422 3 0.4992 0.3497 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609423 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609424 4 0.4998 0.4478 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1609425 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609426 2 0.1637 0.6626 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0336 0.6932 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609429 2 0.6457 0.3449 0.000 0.644 0.200 0.156
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.6693 -0.1010 0.000 0.424 0.088 0.488
#> SRR1609432 2 0.2149 0.6730 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.4304 0.4163 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609438 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609439 3 0.0336 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4244 0.5084 0.000 0.800 0.032 0.168
#> SRR1609442 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609443 1 0.5167 0.4681 0.644 0.000 0.340 0.016
#> SRR1609444 2 0.3754 0.6374 0.064 0.852 0.000 0.084
#> SRR1609445 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609446 2 0.3219 0.6496 0.000 0.868 0.020 0.112
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.3873 0.5528 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609451 1 0.1389 0.8797 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609452 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609453 1 0.5466 0.2253 0.548 0.000 0.436 0.016
#> SRR1609454 2 0.0707 0.6928 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609455 2 0.5070 -0.2538 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR1609456 2 0.5100 0.5292 0.000 0.756 0.076 0.168
#> SRR1609457 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609458 1 0.5250 0.2281 0.552 0.000 0.440 0.008
#> SRR1609459 3 0.1059 0.8787 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1609460 2 0.5512 0.1735 0.000 0.496 0.016 0.488
#> SRR1609461 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609462 3 0.2469 0.8007 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.7535 -0.1979 0.072 0.044 0.400 0.484
#> SRR1609465 2 0.5512 0.1735 0.000 0.496 0.016 0.488
#> SRR1609466 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609470 3 0.7304 0.1068 0.000 0.400 0.448 0.152
#> SRR1609472 3 0.4776 0.4729 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609471 1 0.4253 0.6271 0.776 0.208 0.000 0.016
#> SRR1609474 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609473 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609475 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609478 3 0.4776 0.4506 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609479 2 0.3311 0.5094 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1609481 4 0.2973 0.3147 0.000 0.096 0.020 0.884
#> SRR1609480 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609483 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.4761 0.2820 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.2531 0.8525 0.024 0.032 0.924 0.020
#> SRR1609489 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609490 2 0.1637 0.6854 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609491 3 0.6054 0.5154 0.000 0.256 0.656 0.088
#> SRR1609492 2 0.0592 0.6904 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609493 4 0.6275 -0.1522 0.000 0.460 0.056 0.484
#> SRR1609494 2 0.0188 0.6942 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609495 1 0.0188 0.9072 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609496 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609498 1 0.2081 0.8453 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609499 2 0.3024 0.6370 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1609500 1 0.0336 0.9050 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609501 2 0.7558 0.1355 0.000 0.480 0.296 0.224
#> SRR1609502 2 0.2345 0.6387 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609503 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.4925 0.1873 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1609506 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609507 1 0.0707 0.8975 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.6949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.3074 0.6312 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609510 4 0.3862 0.2754 0.000 0.152 0.024 0.824
#> SRR1609512 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0188 0.8837 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609514 3 0.4790 0.4668 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1609515 2 0.3801 0.4071 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1609516 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609517 2 0.4998 0.2001 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4996 0.4491 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.7253 -0.0921 0.000 0.152 0.364 0.484
#> SRR1609524 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.2376 0.8380 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 3 0.4624 0.5088 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609530 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.1389 0.6716 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.7458 0.1750 0.000 0.500 0.212 0.288
#> SRR1609534 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.5512 0.1735 0.000 0.496 0.016 0.488
#> SRR1609537 2 0.0592 0.6904 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609536 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609538 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609539 3 0.4454 0.5866 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1609540 1 0.3443 0.7814 0.848 0.000 0.136 0.016
#> SRR1609541 3 0.4643 0.5253 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609542 2 0.0188 0.6942 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.1389 0.8782 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609546 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609547 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609548 3 0.0779 0.8820 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1609549 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609550 2 0.2149 0.6730 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609551 3 0.5163 0.3379 0.000 0.004 0.516 0.480
#> SRR1609552 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4940 0.7046 0.000 0.128 0.776 0.096
#> SRR1609555 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609556 1 0.4992 0.1404 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1609557 3 0.1059 0.8787 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1609558 3 0.1059 0.8787 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1609559 3 0.4880 0.7163 0.000 0.052 0.760 0.188
#> SRR1609560 2 0.2281 0.6478 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.1256 0.6911 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1609563 2 0.3528 0.5975 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1716 0.6593 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609566 2 0.2704 0.6521 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609567 2 0.1792 0.6557 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.2149 0.8461 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0817 0.8805 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609576 2 0.0000 0.6949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.2730 0.8205 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.4776 0.4183 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.2345 0.8298 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609581 3 0.4431 0.5271 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1609583 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609584 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0469 0.8800 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609586 2 0.3266 0.6168 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609587 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609588 3 0.4925 0.2907 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1609589 2 0.3649 0.5850 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609590 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609591 2 0.7178 0.1641 0.000 0.520 0.324 0.156
#> SRR1609593 4 0.5938 -0.3093 0.000 0.036 0.480 0.484
#> SRR1609594 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609595 4 0.6602 -0.1177 0.000 0.436 0.080 0.484
#> SRR1609596 2 0.0188 0.6954 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609597 2 0.0469 0.6919 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609598 3 0.4955 0.3536 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609599 3 0.4955 0.3406 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609600 1 0.4072 0.6560 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1609601 4 0.4222 0.1532 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1609602 3 0.4877 0.4202 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1609603 1 0.0921 0.8878 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609605 2 0.4103 0.5243 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609606 3 0.6954 0.4441 0.000 0.152 0.568 0.280
#> SRR1609607 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609608 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609609 2 0.6656 0.3378 0.000 0.620 0.160 0.220
#> SRR1609610 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609611 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609613 2 0.0336 0.6932 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609612 3 0.3959 0.7777 0.000 0.068 0.840 0.092
#> SRR1609614 1 0.4053 0.6857 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1609615 1 0.2973 0.7453 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.6051 0.6237 0.696 0.072 0.216 0.016
#> SRR1609617 4 0.5861 -0.1822 0.000 0.480 0.032 0.488
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.6262 0.0297 0.400 0.540 0.000 0.060
#> SRR1609620 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609621 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609622 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0336 0.9052 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609626 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.2814 0.6119 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.2868 0.6440 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1609629 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609630 2 0.1211 0.6912 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.1474 0.8650 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.1637 0.6853 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609635 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0524 0.6956 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609639 2 0.1792 0.6824 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609640 3 0.1557 0.8480 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.1510 0.8689 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609646 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.5512 0.1735 0.000 0.496 0.016 0.488
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.1792 0.6560 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609651 2 0.1022 0.6929 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609650 3 0.0592 0.8829 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609652 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.1022 0.6821 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609654 2 0.5000 -0.4642 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609655 3 0.4643 0.5391 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.4888 0.3568 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1609658 2 0.0592 0.6904 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609659 2 0.1792 0.6557 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609660 3 0.4661 0.5336 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1609661 3 0.2706 0.8252 0.000 0.080 0.900 0.020
#> SRR1609662 2 0.1022 0.6821 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609663 3 0.0336 0.8842 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609664 2 0.5696 0.1669 0.000 0.492 0.024 0.484
#> SRR1609665 2 0.0336 0.6932 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609666 4 0.5000 0.4421 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.2868 0.3377 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9096 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3496 0.6210 0.200 0.012 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609361 4 0.3890 0.5848 0.252 0.012 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609362 4 0.3266 0.7581 0.004 0.200 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609363 2 0.1357 0.8678 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1609364 2 0.0963 0.8721 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609365 4 0.4119 0.7391 0.068 0.152 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609366 2 0.1197 0.8665 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.1544 0.8526 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1609369 1 0.1671 0.8686 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3752 0.7071 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1197 0.8665 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609374 2 0.0963 0.8721 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609375 2 0.1197 0.8665 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609377 2 0.3209 0.7171 0.180 0.812 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609376 2 0.0771 0.8766 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609378 4 0.3143 0.7582 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3177 0.7580 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1609383 4 0.3579 0.5840 0.240 0.004 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.5006 0.4277 0.328 0.624 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609386 2 0.1725 0.8606 0.044 0.936 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609385 1 0.0324 0.9374 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.1341 0.8616 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.3210 0.7574 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609394 2 0.1792 0.8386 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609392 2 0.2179 0.8102 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1609391 4 0.4015 0.6246 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.1990 0.8613 0.040 0.928 0.000 0.028 0.004
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609401 2 0.0865 0.8760 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609402 2 0.1205 0.8716 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1609405 2 0.1560 0.8678 0.028 0.948 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609404 4 0.3586 0.7326 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609406 2 0.0771 0.8772 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609408 2 0.0771 0.8766 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0290 0.8753 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609407 2 0.0865 0.8760 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.6252 0.6926 0.000 0.052 0.636 0.204 0.108
#> SRR1609414 3 0.3355 0.8164 0.000 0.000 0.804 0.184 0.012
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0566 0.9305 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609419 2 0.0290 0.8752 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609420 1 0.6135 0.2452 0.560 0.192 0.000 0.248 0.000
#> SRR1609421 3 0.8354 0.1839 0.000 0.168 0.356 0.200 0.276
#> SRR1609422 5 0.2189 0.8752 0.000 0.000 0.012 0.084 0.904
#> SRR1609423 4 0.2286 0.7381 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1609424 4 0.2852 0.7574 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609425 2 0.1626 0.8562 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1609426 2 0.0880 0.8735 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.5284 0.6095 0.008 0.688 0.000 0.204 0.100
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.0740 0.9238 0.000 0.004 0.008 0.008 0.980
#> SRR1609432 2 0.0566 0.8733 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609433 1 0.0880 0.9174 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609434 4 0.3266 0.7575 0.000 0.200 0.000 0.796 0.004
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0854 0.8501 0.004 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1609437 4 0.3756 0.5310 0.000 0.008 0.000 0.744 0.248
#> SRR1609438 4 0.3143 0.7582 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.5994 0.3042 0.000 0.532 0.084 0.372 0.012
#> SRR1609442 4 0.4171 0.5280 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609443 3 0.6619 0.2325 0.396 0.000 0.416 0.184 0.004
#> SRR1609444 2 0.5939 0.5726 0.104 0.656 0.000 0.204 0.036
#> SRR1609445 3 0.4007 0.8063 0.000 0.012 0.776 0.192 0.020
#> SRR1609446 2 0.4719 0.6394 0.000 0.736 0.056 0.196 0.012
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.2249 0.8266 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.1568 0.8585 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1609451 1 0.3003 0.7496 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.4458 0.7898 0.000 0.004 0.748 0.192 0.056
#> SRR1609453 1 0.6213 0.4798 0.624 0.008 0.168 0.188 0.012
#> SRR1609454 2 0.1894 0.8286 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR1609455 2 0.2230 0.8088 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1609456 2 0.5210 0.5992 0.000 0.680 0.000 0.200 0.120
#> SRR1609457 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609458 3 0.3659 0.6812 0.220 0.000 0.768 0.012 0.000
#> SRR1609459 3 0.6003 0.6109 0.000 0.000 0.584 0.192 0.224
#> SRR1609460 5 0.0740 0.9226 0.000 0.008 0.004 0.008 0.980
#> SRR1609461 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609462 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.0693 0.9233 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1609465 5 0.0613 0.9213 0.000 0.008 0.004 0.004 0.984
#> SRR1609466 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0865 0.6789 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1609470 3 0.7454 0.5096 0.000 0.192 0.516 0.200 0.092
#> SRR1609472 4 0.2127 0.6050 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1609471 1 0.3123 0.7368 0.812 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1609474 2 0.1469 0.8608 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1609473 4 0.2286 0.7381 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1609475 4 0.0955 0.6827 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1609478 4 0.3707 0.5609 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.3355 0.8164 0.000 0.000 0.804 0.184 0.012
#> SRR1609479 2 0.2179 0.8102 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1609481 5 0.1956 0.8833 0.000 0.000 0.008 0.076 0.916
#> SRR1609480 4 0.3728 0.4086 0.000 0.000 0.244 0.748 0.008
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0671 0.6647 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609483 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.3353 0.7013 0.196 0.796 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609488 3 0.4453 0.7951 0.004 0.008 0.752 0.200 0.036
#> SRR1609489 2 0.0404 0.8767 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609490 2 0.0609 0.8717 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609491 3 0.3210 0.8303 0.000 0.036 0.868 0.076 0.020
#> SRR1609492 2 0.0794 0.8745 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609493 5 0.0740 0.9238 0.000 0.004 0.008 0.008 0.980
#> SRR1609494 2 0.0162 0.8770 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.3391 0.8161 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.1597 0.8526 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1609500 1 0.0963 0.9113 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.7361 0.3667 0.000 0.532 0.096 0.204 0.168
#> SRR1609502 2 0.3563 0.6930 0.000 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1609503 4 0.3210 0.7574 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.3143 0.6555 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0510 0.8764 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609507 1 0.0609 0.9268 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.1549 0.8583 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR1609510 5 0.1697 0.8960 0.000 0.000 0.008 0.060 0.932
#> SRR1609512 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.2286 0.6075 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004
#> SRR1609515 2 0.2891 0.7239 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1609516 3 0.6003 0.6095 0.000 0.000 0.584 0.192 0.224
#> SRR1609517 5 0.5664 0.5161 0.000 0.168 0.000 0.200 0.632
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.1571 0.7088 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.0579 0.9228 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609524 2 0.0671 0.8765 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.4261 0.7995 0.000 0.032 0.764 0.192 0.012
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.3913 0.5229 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.6698 0.0478 0.000 0.424 0.004 0.204 0.368
#> SRR1609534 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 5 0.0740 0.9226 0.000 0.008 0.004 0.008 0.980
#> SRR1609537 2 0.0880 0.8735 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609536 3 0.3391 0.8155 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR1609538 2 0.0162 0.8759 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609539 5 0.1608 0.8751 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609540 1 0.5009 0.6202 0.716 0.000 0.112 0.168 0.004
#> SRR1609541 4 0.2806 0.5625 0.000 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR1609542 2 0.0794 0.8746 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609547 3 0.3355 0.8164 0.000 0.000 0.804 0.184 0.012
#> SRR1609548 3 0.3814 0.8098 0.000 0.012 0.784 0.192 0.012
#> SRR1609549 2 0.0671 0.8765 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609550 2 0.0290 0.8753 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609551 5 0.0693 0.9233 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1609552 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4446 0.7923 0.000 0.040 0.752 0.196 0.012
#> SRR1609555 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609556 3 0.1043 0.8282 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.3705 0.8115 0.000 0.008 0.788 0.192 0.012
#> SRR1609558 3 0.3814 0.8098 0.000 0.012 0.784 0.192 0.012
#> SRR1609559 5 0.6295 0.3714 0.000 0.012 0.208 0.196 0.584
#> SRR1609560 2 0.2304 0.8053 0.100 0.892 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.1549 0.8560 0.040 0.944 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609563 2 0.4681 0.6507 0.000 0.728 0.000 0.188 0.084
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609566 2 0.0579 0.8765 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1609567 2 0.0880 0.8738 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.2966 0.7548 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.4440 -0.2822 0.004 0.000 0.468 0.528 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.3210 0.7574 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.4583 0.7912 0.000 0.016 0.748 0.192 0.044
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.4150 0.2910 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0865 0.9218 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1609581 3 0.3940 0.6500 0.000 0.208 0.768 0.016 0.008
#> SRR1609583 3 0.5344 0.7337 0.000 0.004 0.680 0.192 0.124
#> SRR1609584 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.1942 0.8437 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1609587 3 0.3209 0.8183 0.000 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR1609588 3 0.4749 0.3903 0.000 0.348 0.628 0.016 0.008
#> SRR1609589 2 0.5365 0.5801 0.000 0.664 0.000 0.204 0.132
#> SRR1609590 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.3621 0.8114 0.000 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1609591 2 0.6029 0.5393 0.000 0.648 0.112 0.204 0.036
#> SRR1609593 5 0.0404 0.9209 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609594 4 0.3143 0.7582 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609595 5 0.0693 0.9233 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1609596 2 0.0162 0.8769 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609597 2 0.0880 0.8735 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609598 4 0.1768 0.6293 0.000 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR1609599 4 0.3366 0.6117 0.000 0.000 0.212 0.784 0.004
#> SRR1609600 1 0.3774 0.5433 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1609601 5 0.2909 0.8150 0.000 0.000 0.012 0.140 0.848
#> SRR1609602 4 0.2179 0.6091 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1609603 1 0.2127 0.8256 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3707 0.7166 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1609605 2 0.6343 0.3068 0.000 0.516 0.000 0.200 0.284
#> SRR1609606 3 0.6683 0.6489 0.000 0.064 0.600 0.200 0.136
#> SRR1609607 3 0.1410 0.8465 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1609608 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609609 2 0.6365 0.5332 0.000 0.632 0.080 0.204 0.084
#> SRR1609610 3 0.2361 0.8401 0.000 0.000 0.892 0.096 0.012
#> SRR1609611 4 0.3508 0.7400 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609613 2 0.0609 0.8760 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609612 3 0.5864 0.7217 0.000 0.036 0.664 0.200 0.100
#> SRR1609614 1 0.4171 0.7151 0.784 0.000 0.104 0.112 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.5422 0.3554 0.580 0.348 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609617 5 0.0740 0.9226 0.000 0.008 0.004 0.008 0.980
#> SRR1609618 3 0.0162 0.8512 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609619 2 0.4687 0.6604 0.052 0.736 0.000 0.200 0.012
#> SRR1609620 4 0.3966 0.6453 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1609621 2 0.4297 -0.1471 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0912 0.9245 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609626 3 0.0162 0.8502 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609627 2 0.1956 0.8290 0.076 0.916 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609628 2 0.1725 0.8651 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> SRR1609629 3 0.3427 0.8143 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1609630 2 0.0162 0.8760 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.2648 0.7694 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0404 0.8763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609635 3 0.0404 0.8468 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609636 4 0.3336 0.7518 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0865 0.8693 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609639 2 0.0771 0.8772 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609640 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.5023 0.7587 0.000 0.004 0.708 0.192 0.096
#> SRR1609644 1 0.0404 0.9343 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.3621 0.8114 0.000 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1609646 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.0740 0.9226 0.000 0.008 0.004 0.008 0.980
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.1341 0.8617 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609651 2 0.0290 0.8752 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609650 3 0.4032 0.8039 0.000 0.004 0.772 0.192 0.032
#> SRR1609652 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609654 4 0.3949 0.6517 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609655 5 0.0703 0.9158 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3636 0.5500 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1609658 2 0.0880 0.8735 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609659 2 0.1270 0.8642 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1609660 5 0.0912 0.9212 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1609661 3 0.4676 0.7882 0.000 0.020 0.744 0.192 0.044
#> SRR1609662 2 0.0963 0.8721 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609663 3 0.2411 0.8385 0.000 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1609664 5 0.0451 0.9212 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1609665 2 0.0162 0.8769 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609666 4 0.3607 0.7441 0.004 0.244 0.000 0.752 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 5 0.2629 0.8218 0.000 0.000 0.004 0.136 0.860
#> SRR1609669 1 0.0162 0.9401 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.2653 0.7405 0.144 0.012 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.3803 0.6352 0.252 0.020 0.000 0.724 0.004 0.000
#> SRR1609362 4 0.2491 0.8077 0.020 0.112 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.1007 0.8604 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3649 0.7763 0.084 0.112 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1609366 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609368 2 0.1204 0.8538 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3248 0.6776 0.768 0.224 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609371 4 0.3482 0.6368 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0865 0.8632 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.5467 0.5778 0.248 0.628 0.000 0.048 0.076 0.000
#> SRR1609376 2 0.0777 0.8657 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1609378 4 0.2300 0.8002 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0291 0.9338 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609382 4 0.1806 0.8133 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR1609383 4 0.3136 0.6633 0.228 0.004 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609384 2 0.2279 0.8285 0.048 0.900 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1609386 2 0.1003 0.8635 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0436 0.9333 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609387 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.1075 0.8584 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609393 4 0.2562 0.7867 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.1204 0.8538 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.1387 0.8460 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3428 0.4953 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0806 0.8654 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609400 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609397 2 0.1007 0.8604 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0632 0.8650 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.1218 0.8644 0.004 0.956 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1609404 4 0.3244 0.7062 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0909 0.8643 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1609408 2 0.0935 0.8647 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1609403 1 0.0146 0.9337 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.0291 0.9331 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.3212 0.7742 0.000 0.800 0.000 0.016 0.180 0.004
#> SRR1609407 2 0.0713 0.8647 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609412 5 0.2345 0.8363 0.000 0.012 0.052 0.028 0.904 0.004
#> SRR1609414 5 0.3314 0.8220 0.004 0.000 0.076 0.092 0.828 0.000
#> SRR1609415 1 0.0790 0.9233 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609416 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0260 0.9506 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609418 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.2088 0.8408 0.000 0.904 0.000 0.028 0.068 0.000
#> SRR1609420 1 0.3885 0.6474 0.736 0.044 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.2358 0.8369 0.000 0.016 0.012 0.044 0.908 0.020
#> SRR1609422 6 0.0260 0.9916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609423 4 0.1757 0.8017 0.000 0.008 0.000 0.928 0.052 0.012
#> SRR1609424 4 0.1867 0.8150 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020 0.000
#> SRR1609425 2 0.4581 0.6375 0.000 0.652 0.000 0.056 0.288 0.004
#> SRR1609426 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0622 0.8654 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1609429 5 0.1720 0.8055 0.000 0.040 0.000 0.032 0.928 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.3618 0.7612 0.000 0.768 0.000 0.040 0.192 0.000
#> SRR1609433 1 0.1610 0.8721 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.2165 0.8100 0.000 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR1609435 1 0.0632 0.9270 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609436 3 0.4301 0.1024 0.024 0.000 0.584 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609437 4 0.2912 0.6729 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1609438 4 0.2191 0.8080 0.000 0.120 0.000 0.876 0.000 0.004
#> SRR1609439 3 0.2842 0.7917 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.3023 0.7303 0.000 0.004 0.000 0.212 0.784 0.000
#> SRR1609442 2 0.3428 0.4984 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.4664 0.5482 0.280 0.000 0.000 0.076 0.644 0.000
#> SRR1609444 5 0.1148 0.8203 0.004 0.020 0.000 0.016 0.960 0.000
#> SRR1609445 5 0.2744 0.8357 0.000 0.000 0.064 0.072 0.864 0.000
#> SRR1609446 5 0.3680 0.7464 0.000 0.148 0.016 0.040 0.796 0.000
#> SRR1609447 1 0.0632 0.9270 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609448 2 0.4313 0.7557 0.000 0.756 0.000 0.056 0.156 0.032
#> SRR1609449 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.4504 0.6151 0.000 0.652 0.000 0.048 0.296 0.004
#> SRR1609451 3 0.2964 0.6955 0.204 0.000 0.792 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609452 5 0.2568 0.8405 0.000 0.000 0.068 0.056 0.876 0.000
#> SRR1609453 5 0.2892 0.7774 0.020 0.000 0.004 0.136 0.840 0.000
#> SRR1609454 5 0.4334 0.2236 0.000 0.408 0.000 0.024 0.568 0.000
#> SRR1609455 2 0.4660 0.6447 0.052 0.708 0.000 0.208 0.032 0.000
#> SRR1609456 5 0.1668 0.8172 0.000 0.060 0.000 0.008 0.928 0.004
#> SRR1609457 5 0.3616 0.7960 0.000 0.000 0.076 0.132 0.792 0.000
#> SRR1609458 1 0.6211 0.2848 0.492 0.012 0.228 0.004 0.264 0.000
#> SRR1609459 5 0.2492 0.8454 0.000 0.000 0.068 0.036 0.888 0.008
#> SRR1609460 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 5 0.3385 0.7924 0.000 0.000 0.180 0.032 0.788 0.000
#> SRR1609462 3 0.0146 0.9515 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609465 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609467 3 0.0146 0.9515 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.2058 0.7959 0.000 0.012 0.000 0.908 0.072 0.008
#> SRR1609470 5 0.2394 0.8341 0.000 0.032 0.048 0.020 0.900 0.000
#> SRR1609472 4 0.2699 0.7613 0.000 0.000 0.012 0.856 0.124 0.008
#> SRR1609471 1 0.5277 0.2724 0.528 0.000 0.000 0.108 0.364 0.000
#> SRR1609474 2 0.3771 0.7505 0.000 0.764 0.000 0.056 0.180 0.000
#> SRR1609473 4 0.1820 0.8019 0.000 0.012 0.000 0.924 0.056 0.008
#> SRR1609475 4 0.1755 0.8101 0.000 0.032 0.000 0.932 0.028 0.008
#> SRR1609478 4 0.2537 0.7785 0.000 0.000 0.024 0.880 0.088 0.008
#> SRR1609476 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609477 5 0.4546 0.7098 0.000 0.000 0.104 0.204 0.692 0.000
#> SRR1609479 2 0.1267 0.8514 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0260 0.9916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609480 4 0.4141 0.1247 0.000 0.000 0.012 0.556 0.432 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.2320 0.7653 0.000 0.004 0.000 0.864 0.132 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609485 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609487 2 0.5310 0.5198 0.292 0.612 0.000 0.048 0.048 0.000
#> SRR1609488 5 0.2007 0.8278 0.008 0.012 0.040 0.016 0.924 0.000
#> SRR1609489 2 0.0806 0.8608 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1609490 2 0.4294 0.6366 0.000 0.672 0.000 0.048 0.280 0.000
#> SRR1609491 5 0.4363 0.6621 0.000 0.024 0.272 0.020 0.684 0.000
#> SRR1609492 2 0.0865 0.8631 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.2489 0.8206 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128 0.000
#> SRR1609495 1 0.0363 0.9324 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 5 0.2996 0.7584 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609498 1 0.0547 0.9259 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.4671 0.3265 0.000 0.532 0.000 0.044 0.424 0.000
#> SRR1609500 1 0.0891 0.9231 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609501 5 0.1465 0.8336 0.000 0.020 0.004 0.024 0.948 0.004
#> SRR1609502 5 0.2679 0.8076 0.000 0.096 0.000 0.040 0.864 0.000
#> SRR1609503 4 0.2048 0.8087 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.1007 0.9165 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609505 3 0.1967 0.8554 0.084 0.000 0.904 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609506 2 0.0622 0.8647 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1609507 1 0.0436 0.9336 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609508 2 0.2664 0.8102 0.000 0.848 0.000 0.016 0.136 0.000
#> SRR1609509 2 0.3315 0.7835 0.000 0.804 0.000 0.040 0.156 0.000
#> SRR1609510 6 0.0260 0.9916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0260 0.9506 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.2468 0.7774 0.000 0.000 0.016 0.880 0.096 0.008
#> SRR1609515 2 0.2494 0.8045 0.000 0.864 0.000 0.120 0.016 0.000
#> SRR1609516 5 0.3068 0.8320 0.000 0.000 0.124 0.016 0.840 0.020
#> SRR1609517 5 0.4067 0.7185 0.000 0.032 0.000 0.032 0.764 0.172
#> SRR1609518 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609520 4 0.1858 0.8019 0.000 0.012 0.000 0.924 0.052 0.012
#> SRR1609521 1 0.0260 0.9328 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.1391 0.8545 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.2461 0.8440 0.000 0.004 0.064 0.044 0.888 0.000
#> SRR1609527 1 0.0405 0.9337 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.3528 0.7396 0.000 0.000 0.084 0.816 0.092 0.008
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.1075 0.8584 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.1787 0.8201 0.000 0.032 0.000 0.020 0.932 0.016
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3858 0.7505 0.000 0.000 0.216 0.044 0.740 0.000
#> SRR1609538 2 0.3279 0.7766 0.000 0.796 0.000 0.028 0.176 0.000
#> SRR1609539 6 0.0458 0.9811 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1609540 1 0.3734 0.6200 0.716 0.000 0.020 0.000 0.264 0.000
#> SRR1609541 4 0.3390 0.7193 0.000 0.000 0.028 0.804 0.160 0.008
#> SRR1609542 2 0.0935 0.8647 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1609543 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609545 1 0.0146 0.9336 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.2506 0.8416 0.000 0.000 0.068 0.052 0.880 0.000
#> SRR1609547 5 0.3531 0.6295 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609548 5 0.2789 0.8412 0.000 0.000 0.088 0.044 0.864 0.004
#> SRR1609549 2 0.2106 0.8412 0.000 0.904 0.000 0.032 0.064 0.000
#> SRR1609550 2 0.3139 0.7873 0.000 0.812 0.000 0.028 0.160 0.000
#> SRR1609551 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.4533 0.7741 0.000 0.032 0.188 0.044 0.732 0.004
#> SRR1609555 5 0.1477 0.8452 0.000 0.004 0.048 0.008 0.940 0.000
#> SRR1609556 3 0.0547 0.9349 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.2622 0.8427 0.000 0.004 0.104 0.024 0.868 0.000
#> SRR1609558 5 0.1829 0.8460 0.000 0.004 0.064 0.012 0.920 0.000
#> SRR1609559 5 0.2629 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.068 0.872 0.060
#> SRR1609560 2 0.5954 0.5625 0.120 0.576 0.000 0.048 0.256 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.4826 0.6817 0.032 0.676 0.000 0.048 0.244 0.000
#> SRR1609563 5 0.4234 0.5124 0.000 0.280 0.000 0.044 0.676 0.000
#> SRR1609564 1 0.0632 0.9270 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609565 2 0.1007 0.8604 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.1682 0.8492 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000
#> SRR1609567 2 0.1010 0.8641 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1609568 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609569 1 0.4254 0.3072 0.576 0.000 0.404 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609572 4 0.5784 0.4303 0.020 0.000 0.168 0.576 0.236 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609575 4 0.1556 0.8145 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.2039 0.8419 0.000 0.904 0.000 0.020 0.076 0.000
#> SRR1609578 5 0.2488 0.8468 0.000 0.016 0.072 0.016 0.892 0.004
#> SRR1609577 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609579 3 0.3982 0.1030 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.2001 0.8871 0.912 0.000 0.008 0.012 0.068 0.000
#> SRR1609581 5 0.5357 0.5340 0.000 0.136 0.272 0.004 0.588 0.000
#> SRR1609583 5 0.2309 0.8267 0.000 0.000 0.028 0.084 0.888 0.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.3823 0.7478 0.000 0.760 0.000 0.044 0.192 0.004
#> SRR1609587 5 0.4052 0.5605 0.000 0.000 0.356 0.016 0.628 0.000
#> SRR1609588 5 0.5931 0.3886 0.000 0.216 0.292 0.004 0.488 0.000
#> SRR1609589 5 0.2138 0.7997 0.000 0.052 0.000 0.036 0.908 0.004
#> SRR1609590 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609592 5 0.2962 0.8297 0.000 0.000 0.068 0.084 0.848 0.000
#> SRR1609591 5 0.3133 0.8052 0.000 0.072 0.032 0.040 0.856 0.000
#> SRR1609593 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 4 0.2234 0.8070 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR1609595 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.1757 0.8504 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1609597 2 0.1082 0.8632 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1609598 4 0.2308 0.7749 0.000 0.000 0.004 0.880 0.108 0.008
#> SRR1609599 4 0.2162 0.7828 0.000 0.000 0.004 0.896 0.088 0.012
#> SRR1609600 1 0.1082 0.9063 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609601 6 0.0458 0.9848 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609602 4 0.2456 0.7771 0.004 0.000 0.004 0.880 0.100 0.012
#> SRR1609603 1 0.3457 0.6616 0.752 0.232 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609604 4 0.2823 0.7670 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.2669 0.8179 0.000 0.032 0.000 0.016 0.880 0.072
#> SRR1609606 5 0.3547 0.8203 0.000 0.024 0.044 0.024 0.844 0.064
#> SRR1609607 3 0.2631 0.7122 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1609608 5 0.4037 0.7692 0.000 0.000 0.196 0.024 0.752 0.028
#> SRR1609609 5 0.3306 0.8103 0.000 0.068 0.028 0.032 0.856 0.016
#> SRR1609610 5 0.3789 0.4433 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1609611 4 0.2664 0.7804 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0806 0.8655 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1609612 5 0.1562 0.8427 0.000 0.004 0.032 0.024 0.940 0.000
#> SRR1609614 1 0.2163 0.8497 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096 0.000
#> SRR1609615 1 0.0520 0.9315 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.5981 0.0491 0.440 0.080 0.000 0.048 0.432 0.000
#> SRR1609617 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609619 5 0.3919 0.7864 0.044 0.040 0.000 0.120 0.796 0.000
#> SRR1609620 4 0.3684 0.5255 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.3409 0.5062 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0291 0.9504 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609623 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.1793 0.8986 0.928 0.012 0.000 0.012 0.048 0.000
#> SRR1609626 3 0.1074 0.9229 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR1609627 2 0.4918 0.7216 0.060 0.704 0.000 0.052 0.184 0.000
#> SRR1609628 2 0.1478 0.8610 0.000 0.944 0.000 0.020 0.032 0.004
#> SRR1609629 5 0.2527 0.8428 0.000 0.000 0.084 0.040 0.876 0.000
#> SRR1609630 2 0.2147 0.8408 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR1609631 1 0.0363 0.9317 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609632 1 0.2507 0.8540 0.884 0.072 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR1609633 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609634 2 0.1245 0.8563 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1609635 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609636 4 0.2762 0.7723 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609638 2 0.4667 0.4237 0.004 0.576 0.000 0.040 0.380 0.000
#> SRR1609639 2 0.0717 0.8643 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1609640 3 0.0146 0.9515 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609642 1 0.0260 0.9328 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609643 5 0.2146 0.8431 0.000 0.004 0.044 0.044 0.908 0.000
#> SRR1609644 1 0.1714 0.8519 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.2219 0.8312 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0146 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.1921 0.8604 0.000 0.916 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR1609651 2 0.2221 0.8383 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072 0.000
#> SRR1609650 5 0.2568 0.8405 0.000 0.000 0.068 0.056 0.876 0.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9542 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.3972 0.6251 0.012 0.320 0.000 0.664 0.004 0.000
#> SRR1609655 6 0.0291 0.9900 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1609657 1 0.0291 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609656 4 0.2941 0.6705 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.1075 0.8584 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0000 0.9955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 5 0.1401 0.8414 0.000 0.004 0.028 0.020 0.948 0.000
#> SRR1609662 2 0.0937 0.8619 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.3828 0.4126 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609664 6 0.0260 0.9899 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609665 2 0.1398 0.8562 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1609666 4 0.3101 0.7342 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.0547 0.9286 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609668 6 0.0458 0.9848 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.234 0.629 0.815 0.4125 0.573 0.573
#> 3 3 0.283 0.249 0.630 0.3483 0.735 0.604
#> 4 4 0.369 0.478 0.731 0.1822 0.704 0.482
#> 5 5 0.525 0.605 0.744 0.1226 0.843 0.583
#> 6 6 0.628 0.597 0.771 0.0427 0.975 0.903
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609361 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609362 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609363 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609366 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609367 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609368 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.8813 0.6376 0.300 0.700
#> SRR1609370 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609371 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609372 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609373 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.8713 0.6462 0.292 0.708
#> SRR1609376 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.9044 0.6174 0.320 0.680
#> SRR1609382 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609381 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609384 2 0.8555 0.6544 0.280 0.720
#> SRR1609386 2 0.7453 0.6995 0.212 0.788
#> SRR1609385 2 0.8861 0.6341 0.304 0.696
#> SRR1609387 2 0.9393 0.5723 0.356 0.644
#> SRR1609388 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609390 2 0.9460 0.5602 0.364 0.636
#> SRR1609393 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609395 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609396 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609398 2 0.7453 0.6995 0.212 0.788
#> SRR1609399 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609400 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609397 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.8267 0.6679 0.260 0.740
#> SRR1609404 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.8955 0.6255 0.312 0.688
#> SRR1609410 2 0.8713 0.6462 0.292 0.708
#> SRR1609411 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.9087 0.6116 0.324 0.676
#> SRR1609412 2 0.9795 0.4236 0.416 0.584
#> SRR1609414 1 0.9000 0.5239 0.684 0.316
#> SRR1609415 1 0.8861 0.5367 0.696 0.304
#> SRR1609416 1 0.3879 0.7763 0.924 0.076
#> SRR1609417 1 0.7376 0.6925 0.792 0.208
#> SRR1609418 2 0.8955 0.6266 0.312 0.688
#> SRR1609419 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.8909 0.6306 0.308 0.692
#> SRR1609421 2 0.9661 0.4758 0.392 0.608
#> SRR1609422 2 0.7674 0.6786 0.224 0.776
#> SRR1609423 2 0.0672 0.7331 0.008 0.992
#> SRR1609424 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.8661 0.6497 0.288 0.712
#> SRR1609426 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.9580 0.5358 0.380 0.620
#> SRR1609430 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609432 2 0.1633 0.7355 0.024 0.976
#> SRR1609433 1 0.3879 0.7763 0.924 0.076
#> SRR1609434 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.5946 0.7563 0.856 0.144
#> SRR1609436 1 0.6048 0.7529 0.852 0.148
#> SRR1609437 2 0.5294 0.7297 0.120 0.880
#> SRR1609438 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0376 0.7726 0.996 0.004
#> SRR1609440 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609441 2 0.9427 0.5298 0.360 0.640
#> SRR1609442 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.7139 0.7119 0.804 0.196
#> SRR1609444 2 0.9552 0.5438 0.376 0.624
#> SRR1609445 2 0.9795 0.4327 0.416 0.584
#> SRR1609446 2 0.9661 0.4884 0.392 0.608
#> SRR1609447 1 0.5737 0.7600 0.864 0.136
#> SRR1609448 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609449 2 0.9000 0.6243 0.316 0.684
#> SRR1609450 2 0.0938 0.7348 0.012 0.988
#> SRR1609451 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.9909 0.3411 0.444 0.556
#> SRR1609453 1 0.9993 -0.1046 0.516 0.484
#> SRR1609454 2 0.5178 0.7312 0.116 0.884
#> SRR1609455 2 0.8909 0.6324 0.308 0.692
#> SRR1609456 2 0.9710 0.4677 0.400 0.600
#> SRR1609457 1 0.9044 0.5102 0.680 0.320
#> SRR1609458 1 0.9209 0.4556 0.664 0.336
#> SRR1609459 2 0.9996 0.1795 0.488 0.512
#> SRR1609460 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609461 1 0.9170 0.4819 0.668 0.332
#> SRR1609462 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.9988 -0.0791 0.520 0.480
#> SRR1609465 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609466 2 0.7950 0.6577 0.240 0.760
#> SRR1609467 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.4815 0.7134 0.104 0.896
#> SRR1609470 2 0.9795 0.4269 0.416 0.584
#> SRR1609472 2 0.9580 0.4050 0.380 0.620
#> SRR1609471 2 0.9000 0.6243 0.316 0.684
#> SRR1609474 2 0.3879 0.7355 0.076 0.924
#> SRR1609473 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609476 2 0.9608 0.5272 0.384 0.616
#> SRR1609477 2 0.9954 0.2879 0.460 0.540
#> SRR1609479 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609480 2 0.9970 0.2594 0.468 0.532
#> SRR1609482 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.6801 0.7026 0.180 0.820
#> SRR1609483 1 0.0938 0.7736 0.988 0.012
#> SRR1609486 1 0.5408 0.7629 0.876 0.124
#> SRR1609485 1 0.5408 0.7629 0.876 0.124
#> SRR1609487 2 0.8713 0.6462 0.292 0.708
#> SRR1609488 1 0.7299 0.6995 0.796 0.204
#> SRR1609489 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.6801 0.7107 0.180 0.820
#> SRR1609491 2 0.9795 0.4322 0.416 0.584
#> SRR1609492 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.7674 0.6786 0.224 0.776
#> SRR1609494 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609495 2 0.9552 0.5412 0.376 0.624
#> SRR1609496 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.6973 0.7151 0.812 0.188
#> SRR1609498 1 0.5629 0.7621 0.868 0.132
#> SRR1609499 2 0.0938 0.7348 0.012 0.988
#> SRR1609500 1 0.6048 0.7529 0.852 0.148
#> SRR1609501 2 0.9833 0.4092 0.424 0.576
#> SRR1609502 2 0.6343 0.7220 0.160 0.840
#> SRR1609503 2 0.6623 0.6758 0.172 0.828
#> SRR1609504 1 0.5946 0.7563 0.856 0.144
#> SRR1609505 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.4431 0.7751 0.908 0.092
#> SRR1609508 2 0.5059 0.7316 0.112 0.888
#> SRR1609509 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609512 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.1843 0.7738 0.972 0.028
#> SRR1609513 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609515 2 0.0376 0.7338 0.004 0.996
#> SRR1609516 2 0.9996 0.1795 0.488 0.512
#> SRR1609517 2 0.9635 0.4848 0.388 0.612
#> SRR1609518 2 0.9000 0.6243 0.316 0.684
#> SRR1609519 1 0.1184 0.7747 0.984 0.016
#> SRR1609520 2 0.0672 0.7331 0.008 0.992
#> SRR1609521 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.7674 0.6786 0.224 0.776
#> SRR1609524 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.9815 0.4170 0.420 0.580
#> SRR1609527 2 0.9209 0.5989 0.336 0.664
#> SRR1609529 1 0.7883 0.6625 0.764 0.236
#> SRR1609528 2 0.9580 0.4050 0.380 0.620
#> SRR1609530 1 0.4690 0.7696 0.900 0.100
#> SRR1609531 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.9635 0.4848 0.388 0.612
#> SRR1609534 1 0.7056 0.7082 0.808 0.192
#> SRR1609535 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609537 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.9686 0.3055 0.604 0.396
#> SRR1609538 2 0.0938 0.7348 0.012 0.988
#> SRR1609539 1 0.9933 0.0557 0.548 0.452
#> SRR1609540 1 0.9286 0.4378 0.656 0.344
#> SRR1609541 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609542 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.7602 0.6714 0.780 0.220
#> SRR1609545 1 0.5178 0.7690 0.884 0.116
#> SRR1609546 1 0.9635 0.3197 0.612 0.388
#> SRR1609547 1 0.7950 0.6504 0.760 0.240
#> SRR1609548 2 0.9795 0.4236 0.416 0.584
#> SRR1609549 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.9988 -0.0791 0.520 0.480
#> SRR1609552 1 0.7883 0.6638 0.764 0.236
#> SRR1609553 1 0.7139 0.7083 0.804 0.196
#> SRR1609554 2 0.9775 0.4332 0.412 0.588
#> SRR1609555 1 0.9000 0.5166 0.684 0.316
#> SRR1609556 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.9795 0.4217 0.416 0.584
#> SRR1609558 2 0.9815 0.4170 0.420 0.580
#> SRR1609559 2 0.9635 0.4848 0.388 0.612
#> SRR1609560 2 0.8661 0.6497 0.288 0.712
#> SRR1609561 1 0.5629 0.7581 0.868 0.132
#> SRR1609562 2 0.8661 0.6497 0.288 0.712
#> SRR1609563 2 0.6801 0.7107 0.180 0.820
#> SRR1609564 1 0.8861 0.5367 0.696 0.304
#> SRR1609565 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.8955 0.6255 0.312 0.688
#> SRR1609569 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0938 0.7738 0.988 0.012
#> SRR1609573 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.3274 0.7760 0.940 0.060
#> SRR1609575 2 0.0376 0.7337 0.004 0.996
#> SRR1609576 2 0.0938 0.7348 0.012 0.988
#> SRR1609578 2 0.9686 0.4797 0.396 0.604
#> SRR1609577 2 0.9491 0.5538 0.368 0.632
#> SRR1609579 1 0.0376 0.7726 0.996 0.004
#> SRR1609580 2 0.9988 0.2554 0.480 0.520
#> SRR1609582 1 0.5519 0.7641 0.872 0.128
#> SRR1609581 2 0.9795 0.4322 0.416 0.584
#> SRR1609583 2 0.9970 0.2913 0.468 0.532
#> SRR1609584 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.3431 0.7770 0.936 0.064
#> SRR1609586 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.9635 0.3257 0.612 0.388
#> SRR1609588 2 0.9795 0.4322 0.416 0.584
#> SRR1609589 2 0.8909 0.6234 0.308 0.692
#> SRR1609590 1 0.1184 0.7747 0.984 0.016
#> SRR1609592 2 0.9635 0.4848 0.388 0.612
#> SRR1609591 2 0.9129 0.6026 0.328 0.672
#> SRR1609593 2 0.9954 0.2910 0.460 0.540
#> SRR1609594 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609596 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609599 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609600 1 0.4939 0.7716 0.892 0.108
#> SRR1609601 2 0.7602 0.6802 0.220 0.780
#> SRR1609602 2 0.9552 0.4122 0.376 0.624
#> SRR1609603 2 0.8763 0.6410 0.296 0.704
#> SRR1609604 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.9661 0.4890 0.392 0.608
#> SRR1609606 2 0.9635 0.4848 0.388 0.612
#> SRR1609607 1 0.9608 0.3382 0.616 0.384
#> SRR1609608 1 0.9686 0.3055 0.604 0.396
#> SRR1609609 2 0.9775 0.4332 0.412 0.588
#> SRR1609610 1 0.7602 0.6782 0.780 0.220
#> SRR1609611 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.9000 0.5166 0.684 0.316
#> SRR1609614 1 0.4815 0.7726 0.896 0.104
#> SRR1609615 2 0.9000 0.6243 0.316 0.684
#> SRR1609616 2 0.9732 0.4911 0.404 0.596
#> SRR1609617 2 0.7815 0.6710 0.232 0.768
#> SRR1609618 2 0.9977 0.2798 0.472 0.528
#> SRR1609619 2 0.9460 0.5649 0.364 0.636
#> SRR1609620 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0376 0.7726 0.996 0.004
#> SRR1609623 1 0.3879 0.7763 0.924 0.076
#> SRR1609624 2 0.9087 0.6116 0.324 0.676
#> SRR1609625 2 0.9286 0.5898 0.344 0.656
#> SRR1609626 1 0.0376 0.7726 0.996 0.004
#> SRR1609627 2 0.8608 0.6528 0.284 0.716
#> SRR1609628 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.9170 0.4819 0.668 0.332
#> SRR1609630 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609631 2 0.9248 0.5946 0.340 0.660
#> SRR1609632 2 0.8661 0.6497 0.288 0.712
#> SRR1609633 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609634 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.7139 0.7020 0.804 0.196
#> SRR1609638 2 0.6801 0.7107 0.180 0.820
#> SRR1609639 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9087 0.6116 0.324 0.676
#> SRR1609642 2 0.9393 0.5731 0.356 0.644
#> SRR1609643 1 1.0000 -0.1835 0.504 0.496
#> SRR1609644 2 0.8763 0.6410 0.296 0.704
#> SRR1609645 1 0.9000 0.5166 0.684 0.316
#> SRR1609646 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609649 1 0.4939 0.7716 0.892 0.108
#> SRR1609648 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.6712 0.7119 0.176 0.824
#> SRR1609650 2 0.9909 0.3411 0.444 0.556
#> SRR1609652 1 0.0000 0.7713 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.2778 0.7346 0.048 0.952
#> SRR1609655 1 0.9988 -0.0791 0.520 0.480
#> SRR1609657 2 0.9552 0.5404 0.376 0.624
#> SRR1609656 2 0.4562 0.7319 0.096 0.904
#> SRR1609658 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.9988 -0.0791 0.520 0.480
#> SRR1609661 1 0.9635 0.3197 0.612 0.388
#> SRR1609662 2 0.0000 0.7333 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.9248 0.4617 0.660 0.340
#> SRR1609664 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609665 2 0.0376 0.7338 0.004 0.996
#> SRR1609666 2 0.4298 0.7324 0.088 0.912
#> SRR1609667 1 0.5737 0.7600 0.864 0.136
#> SRR1609668 2 0.7453 0.6865 0.212 0.788
#> SRR1609669 2 0.8955 0.6255 0.312 0.688
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609361 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609362 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609363 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609364 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609365 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609366 2 0.6095 -0.0342 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609367 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609368 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609369 2 0.2550 0.3060 0.056 0.932 0.012
#> SRR1609370 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609371 2 0.6299 -0.1053 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609372 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609373 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609374 2 0.6095 -0.0342 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609375 2 0.6095 -0.0342 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609377 2 0.2229 0.3032 0.044 0.944 0.012
#> SRR1609376 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609378 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609379 2 0.2496 0.3125 0.068 0.928 0.004
#> SRR1609382 2 0.6308 -0.1432 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609383 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609381 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609384 2 0.2663 0.2946 0.044 0.932 0.024
#> SRR1609386 2 0.3752 0.2275 0.020 0.884 0.096
#> SRR1609385 2 0.2550 0.3061 0.056 0.932 0.012
#> SRR1609387 2 0.2959 0.3101 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609388 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609390 2 0.3454 0.3074 0.104 0.888 0.008
#> SRR1609393 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609394 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609392 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609391 2 0.6299 -0.1053 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609395 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609396 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609398 2 0.3752 0.2275 0.020 0.884 0.096
#> SRR1609399 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609400 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609397 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609401 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609402 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609405 2 0.3369 0.2727 0.040 0.908 0.052
#> SRR1609404 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609406 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609408 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609403 2 0.2301 0.3110 0.060 0.936 0.004
#> SRR1609410 2 0.2063 0.3045 0.044 0.948 0.008
#> SRR1609411 2 0.6274 -0.0612 0.000 0.544 0.456
#> SRR1609407 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609413 2 0.2590 0.3126 0.072 0.924 0.004
#> SRR1609412 2 0.8042 0.1111 0.136 0.648 0.216
#> SRR1609414 2 0.7909 -0.2945 0.448 0.496 0.056
#> SRR1609415 2 0.6489 -0.2675 0.456 0.540 0.004
#> SRR1609416 1 0.5244 0.7678 0.756 0.240 0.004
#> SRR1609417 1 0.7112 0.6188 0.648 0.308 0.044
#> SRR1609418 2 0.1964 0.3110 0.056 0.944 0.000
#> SRR1609419 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609420 2 0.2384 0.3093 0.056 0.936 0.008
#> SRR1609421 2 0.8007 0.0916 0.116 0.640 0.244
#> SRR1609422 3 0.6659 0.4510 0.008 0.460 0.532
#> SRR1609423 3 0.6305 0.1627 0.000 0.484 0.516
#> SRR1609424 2 0.6309 -0.1558 0.000 0.504 0.496
#> SRR1609425 2 0.2269 0.2980 0.040 0.944 0.016
#> SRR1609426 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609427 1 0.2625 0.7966 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609428 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609429 2 0.5639 0.2475 0.112 0.808 0.080
#> SRR1609430 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609431 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609432 2 0.6204 -0.0519 0.000 0.576 0.424
#> SRR1609433 1 0.5244 0.7678 0.756 0.240 0.004
#> SRR1609434 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609435 1 0.6148 0.6867 0.640 0.356 0.004
#> SRR1609436 1 0.6879 0.6649 0.616 0.360 0.024
#> SRR1609437 2 0.7044 -0.0983 0.032 0.620 0.348
#> SRR1609438 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609439 1 0.2749 0.7905 0.924 0.064 0.012
#> SRR1609440 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609441 2 0.7872 0.0755 0.112 0.652 0.236
#> SRR1609442 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609443 1 0.7263 0.5890 0.568 0.400 0.032
#> SRR1609444 2 0.5481 0.2531 0.108 0.816 0.076
#> SRR1609445 2 0.7666 0.1339 0.128 0.680 0.192
#> SRR1609446 2 0.7216 0.1446 0.112 0.712 0.176
#> SRR1609447 1 0.6104 0.6945 0.648 0.348 0.004
#> SRR1609448 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609449 2 0.2486 0.3108 0.060 0.932 0.008
#> SRR1609450 2 0.6235 -0.0520 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609451 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609452 2 0.8436 0.0903 0.160 0.616 0.224
#> SRR1609453 2 0.8405 0.1369 0.264 0.604 0.132
#> SRR1609454 2 0.5216 0.0515 0.000 0.740 0.260
#> SRR1609455 2 0.2384 0.3091 0.056 0.936 0.008
#> SRR1609456 2 0.7462 0.1419 0.124 0.696 0.180
#> SRR1609457 2 0.8113 -0.2560 0.428 0.504 0.068
#> SRR1609458 2 0.7570 -0.1697 0.404 0.552 0.044
#> SRR1609459 2 0.8913 0.0641 0.208 0.572 0.220
#> SRR1609460 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609461 2 0.8093 -0.2190 0.416 0.516 0.068
#> SRR1609462 1 0.2356 0.7957 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609464 1 0.0424 0.7689 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609463 2 0.9191 0.0129 0.208 0.536 0.256
#> SRR1609465 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609466 2 0.7931 -0.0162 0.092 0.624 0.284
#> SRR1609467 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609469 3 0.6509 0.2125 0.004 0.472 0.524
#> SRR1609470 2 0.7860 0.1231 0.132 0.664 0.204
#> SRR1609472 3 0.9007 0.3645 0.180 0.268 0.552
#> SRR1609471 2 0.2486 0.3108 0.060 0.932 0.008
#> SRR1609474 2 0.5560 0.0247 0.000 0.700 0.300
#> SRR1609473 3 0.6309 0.1306 0.000 0.500 0.500
#> SRR1609475 3 0.6309 0.1301 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609478 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609476 2 0.3826 0.3021 0.124 0.868 0.008
#> SRR1609477 2 0.8926 0.0405 0.192 0.568 0.240
#> SRR1609479 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609481 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609480 2 0.9019 0.0435 0.224 0.560 0.216
#> SRR1609482 1 0.0424 0.7689 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609484 2 0.7809 -0.1685 0.060 0.568 0.372
#> SRR1609483 1 0.3045 0.7890 0.916 0.064 0.020
#> SRR1609486 1 0.6262 0.7240 0.696 0.284 0.020
#> SRR1609485 1 0.6262 0.7240 0.696 0.284 0.020
#> SRR1609487 2 0.2229 0.3032 0.044 0.944 0.012
#> SRR1609488 1 0.7736 0.5713 0.548 0.400 0.052
#> SRR1609489 2 0.6260 -0.0535 0.000 0.552 0.448
#> SRR1609490 2 0.4615 0.2067 0.020 0.836 0.144
#> SRR1609491 2 0.7620 0.1370 0.128 0.684 0.188
#> SRR1609492 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609493 3 0.6659 0.4510 0.008 0.460 0.532
#> SRR1609494 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609495 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609496 1 0.2261 0.7947 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609497 1 0.7640 0.6301 0.592 0.352 0.056
#> SRR1609498 1 0.6081 0.6991 0.652 0.344 0.004
#> SRR1609499 2 0.6235 -0.0520 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609500 1 0.6879 0.6649 0.616 0.360 0.024
#> SRR1609501 2 0.7816 0.1286 0.132 0.668 0.200
#> SRR1609502 2 0.5268 0.0909 0.012 0.776 0.212
#> SRR1609503 3 0.2200 0.3339 0.004 0.056 0.940
#> SRR1609504 1 0.6148 0.6867 0.640 0.356 0.004
#> SRR1609505 1 0.2356 0.7958 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609506 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609507 1 0.5588 0.7513 0.720 0.276 0.004
#> SRR1609508 2 0.5291 0.0413 0.000 0.732 0.268
#> SRR1609509 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609510 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609512 1 0.2261 0.7947 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609511 1 0.5075 0.7504 0.836 0.068 0.096
#> SRR1609513 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609514 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609515 2 0.6252 -0.0537 0.000 0.556 0.444
#> SRR1609516 2 0.8913 0.0641 0.208 0.572 0.220
#> SRR1609517 2 0.7944 0.0926 0.112 0.644 0.244
#> SRR1609518 2 0.2486 0.3108 0.060 0.932 0.008
#> SRR1609519 1 0.3349 0.7952 0.888 0.108 0.004
#> SRR1609520 3 0.6305 0.1627 0.000 0.484 0.516
#> SRR1609521 1 0.2356 0.7957 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609522 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609523 3 0.6659 0.4510 0.008 0.460 0.532
#> SRR1609524 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609526 1 0.0475 0.7664 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609525 2 0.7918 0.1229 0.136 0.660 0.204
#> SRR1609527 2 0.2772 0.3117 0.080 0.916 0.004
#> SRR1609529 1 0.7868 0.5020 0.524 0.420 0.056
#> SRR1609528 3 0.9007 0.3645 0.180 0.268 0.552
#> SRR1609530 1 0.5899 0.7462 0.736 0.244 0.020
#> SRR1609531 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609532 1 0.0424 0.7689 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609533 2 0.7944 0.0926 0.112 0.644 0.244
#> SRR1609534 1 0.7234 0.6034 0.640 0.312 0.048
#> SRR1609535 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609537 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609536 2 0.8924 -0.0271 0.336 0.524 0.140
#> SRR1609538 2 0.6235 -0.0520 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609539 2 0.9324 0.0195 0.272 0.516 0.212
#> SRR1609540 2 0.7546 -0.1473 0.396 0.560 0.044
#> SRR1609541 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609542 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609543 1 0.2625 0.7966 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609544 1 0.6587 0.5739 0.568 0.424 0.008
#> SRR1609545 1 0.5929 0.7196 0.676 0.320 0.004
#> SRR1609546 2 0.8685 0.0269 0.328 0.548 0.124
#> SRR1609547 1 0.8720 0.4743 0.540 0.336 0.124
#> SRR1609548 2 0.8042 0.1111 0.136 0.648 0.216
#> SRR1609549 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609550 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609551 2 0.9191 0.0129 0.208 0.536 0.256
#> SRR1609552 1 0.7411 0.4839 0.548 0.416 0.036
#> SRR1609553 1 0.7726 0.5947 0.572 0.372 0.056
#> SRR1609554 2 0.8005 0.1063 0.128 0.648 0.224
#> SRR1609555 2 0.7969 -0.2754 0.432 0.508 0.060
#> SRR1609556 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609557 2 0.8063 0.1064 0.132 0.644 0.224
#> SRR1609558 2 0.7918 0.1229 0.136 0.660 0.204
#> SRR1609559 2 0.7944 0.0926 0.112 0.644 0.244
#> SRR1609560 2 0.2116 0.3005 0.040 0.948 0.012
#> SRR1609561 1 0.7337 0.6824 0.644 0.300 0.056
#> SRR1609562 2 0.2116 0.3005 0.040 0.948 0.012
#> SRR1609563 2 0.4741 0.2002 0.020 0.828 0.152
#> SRR1609564 2 0.6489 -0.2675 0.456 0.540 0.004
#> SRR1609565 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609566 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609567 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609568 2 0.2301 0.3110 0.060 0.936 0.004
#> SRR1609569 1 0.2356 0.7957 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609570 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609571 1 0.2486 0.7320 0.932 0.008 0.060
#> SRR1609572 1 0.3445 0.7938 0.896 0.088 0.016
#> SRR1609573 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609574 1 0.5220 0.7780 0.780 0.208 0.012
#> SRR1609575 2 0.6295 -0.1243 0.000 0.528 0.472
#> SRR1609576 2 0.6244 -0.0524 0.000 0.560 0.440
#> SRR1609578 2 0.7283 0.1434 0.116 0.708 0.176
#> SRR1609577 2 0.3532 0.3071 0.108 0.884 0.008
#> SRR1609579 1 0.2486 0.7897 0.932 0.060 0.008
#> SRR1609580 2 0.8478 0.1324 0.204 0.616 0.180
#> SRR1609582 1 0.6033 0.7071 0.660 0.336 0.004
#> SRR1609581 2 0.7620 0.1370 0.128 0.684 0.188
#> SRR1609583 2 0.8216 0.1429 0.172 0.640 0.188
#> SRR1609584 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609585 1 0.4555 0.7726 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609586 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609587 2 0.9108 -0.0132 0.316 0.520 0.164
#> SRR1609588 2 0.7620 0.1370 0.128 0.684 0.188
#> SRR1609589 2 0.5793 0.1952 0.084 0.800 0.116
#> SRR1609590 1 0.3349 0.7952 0.888 0.108 0.004
#> SRR1609592 2 0.7944 0.0926 0.112 0.644 0.244
#> SRR1609591 2 0.5722 0.2020 0.084 0.804 0.112
#> SRR1609593 2 0.9008 -0.0114 0.164 0.540 0.296
#> SRR1609594 3 0.6308 0.1331 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609595 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609596 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609597 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609598 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609599 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609600 1 0.5815 0.7350 0.692 0.304 0.004
#> SRR1609601 3 0.6647 0.4600 0.008 0.452 0.540
#> SRR1609602 3 0.8939 0.3739 0.176 0.264 0.560
#> SRR1609603 2 0.2703 0.3042 0.056 0.928 0.016
#> SRR1609604 2 0.6308 -0.1432 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609605 2 0.7283 0.1473 0.116 0.708 0.176
#> SRR1609606 2 0.7944 0.0926 0.112 0.644 0.244
#> SRR1609607 2 0.9125 -0.0279 0.320 0.516 0.164
#> SRR1609608 2 0.8924 -0.0271 0.336 0.524 0.140
#> SRR1609609 2 0.8005 0.1063 0.128 0.648 0.224
#> SRR1609610 1 0.7809 0.5486 0.548 0.396 0.056
#> SRR1609611 2 0.6308 -0.1432 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609613 2 0.6244 -0.0528 0.000 0.560 0.440
#> SRR1609612 2 0.7969 -0.2754 0.432 0.508 0.060
#> SRR1609614 1 0.5785 0.7376 0.696 0.300 0.004
#> SRR1609615 2 0.2486 0.3108 0.060 0.932 0.008
#> SRR1609616 2 0.4779 0.2800 0.124 0.840 0.036
#> SRR1609617 3 0.7067 0.4237 0.020 0.468 0.512
#> SRR1609618 2 0.8353 0.1339 0.192 0.628 0.180
#> SRR1609619 2 0.5319 0.2696 0.104 0.824 0.072
#> SRR1609620 2 0.6299 -0.1053 0.000 0.524 0.476
#> SRR1609621 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609622 1 0.2584 0.7908 0.928 0.064 0.008
#> SRR1609623 1 0.5244 0.7678 0.756 0.240 0.004
#> SRR1609624 2 0.2590 0.3126 0.072 0.924 0.004
#> SRR1609625 2 0.2945 0.3088 0.088 0.908 0.004
#> SRR1609626 1 0.2584 0.7908 0.928 0.064 0.008
#> SRR1609627 2 0.2269 0.2979 0.040 0.944 0.016
#> SRR1609628 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609629 2 0.8093 -0.2190 0.416 0.516 0.068
#> SRR1609630 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609631 2 0.2860 0.3093 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609632 2 0.2116 0.3005 0.040 0.948 0.012
#> SRR1609633 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609634 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609635 1 0.2486 0.7320 0.932 0.008 0.060
#> SRR1609636 2 0.6305 -0.1195 0.000 0.516 0.484
#> SRR1609637 1 0.6498 0.6237 0.596 0.396 0.008
#> SRR1609638 2 0.4615 0.2067 0.020 0.836 0.144
#> SRR1609639 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609640 1 0.2261 0.7947 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609641 2 0.2590 0.3126 0.072 0.924 0.004
#> SRR1609642 2 0.3295 0.3087 0.096 0.896 0.008
#> SRR1609643 2 0.8557 0.1364 0.212 0.608 0.180
#> SRR1609644 2 0.2703 0.3042 0.056 0.928 0.016
#> SRR1609645 2 0.7969 -0.2754 0.432 0.508 0.060
#> SRR1609646 1 0.0237 0.7666 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609647 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609649 1 0.5815 0.7350 0.692 0.304 0.004
#> SRR1609648 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609651 2 0.5036 0.1806 0.020 0.808 0.172
#> SRR1609650 2 0.8436 0.0903 0.160 0.616 0.224
#> SRR1609652 1 0.2261 0.7947 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609653 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609654 2 0.6379 -0.0775 0.008 0.624 0.368
#> SRR1609655 2 0.9197 0.0161 0.212 0.536 0.252
#> SRR1609657 2 0.3682 0.3050 0.116 0.876 0.008
#> SRR1609656 2 0.5502 0.0732 0.008 0.744 0.248
#> SRR1609658 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609659 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609660 2 0.9197 0.0161 0.212 0.536 0.252
#> SRR1609661 2 0.8685 0.0269 0.328 0.548 0.124
#> SRR1609662 2 0.6267 -0.0536 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609663 2 0.8526 -0.1487 0.376 0.524 0.100
#> SRR1609664 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609665 2 0.6235 -0.0520 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609666 2 0.5325 0.0663 0.004 0.748 0.248
#> SRR1609667 1 0.6126 0.6920 0.644 0.352 0.004
#> SRR1609668 3 0.6274 0.4633 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609669 2 0.2301 0.3110 0.060 0.936 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609361 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609362 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609363 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609366 2 0.2281 0.80392 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609368 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.6493 0.46428 0.588 0.336 0.068 0.008
#> SRR1609370 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609371 2 0.1118 0.86275 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609372 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609373 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2216 0.80766 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2281 0.80392 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.6397 0.46039 0.588 0.344 0.060 0.008
#> SRR1609376 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.3831 0.74239 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1609379 1 0.6386 0.47931 0.612 0.312 0.068 0.008
#> SRR1609382 2 0.4088 0.77345 0.040 0.820 0.000 0.140
#> SRR1609383 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609381 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609384 1 0.6518 0.43466 0.568 0.360 0.064 0.008
#> SRR1609386 2 0.6249 -0.21275 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR1609385 1 0.6493 0.46704 0.588 0.336 0.068 0.008
#> SRR1609387 1 0.6188 0.48515 0.648 0.276 0.068 0.008
#> SRR1609388 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.6176 0.48334 0.656 0.264 0.072 0.008
#> SRR1609393 2 0.3831 0.74239 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1609394 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.1118 0.86275 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609395 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609396 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609398 1 0.6249 0.19824 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR1609399 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609400 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609397 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.6270 0.36700 0.536 0.404 0.060 0.000
#> SRR1609404 2 0.3791 0.74634 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR1609406 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.6442 0.47725 0.600 0.324 0.068 0.008
#> SRR1609410 1 0.6397 0.46115 0.588 0.344 0.060 0.008
#> SRR1609411 2 0.0188 0.87741 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.6429 0.47972 0.612 0.308 0.072 0.008
#> SRR1609412 1 0.5043 0.22564 0.796 0.112 0.024 0.068
#> SRR1609414 1 0.6203 0.06917 0.592 0.040 0.356 0.012
#> SRR1609415 1 0.7129 -0.00951 0.492 0.116 0.388 0.004
#> SRR1609416 3 0.4535 0.64085 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609417 3 0.5872 0.37863 0.356 0.004 0.604 0.036
#> SRR1609418 1 0.6360 0.47952 0.608 0.320 0.064 0.008
#> SRR1609419 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.6493 0.47387 0.588 0.336 0.068 0.008
#> SRR1609421 1 0.4888 0.20974 0.784 0.140 0.004 0.072
#> SRR1609422 1 0.7670 -0.20655 0.448 0.232 0.000 0.320
#> SRR1609423 2 0.5723 0.61514 0.072 0.684 0.000 0.244
#> SRR1609424 2 0.3913 0.77887 0.028 0.824 0.000 0.148
#> SRR1609425 1 0.6454 0.44328 0.572 0.360 0.060 0.008
#> SRR1609426 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.2011 0.72168 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.6181 0.45239 0.680 0.232 0.072 0.016
#> SRR1609430 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609431 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609432 2 0.1637 0.84049 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.4535 0.64085 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609434 2 0.3831 0.74239 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1609435 3 0.5060 0.51870 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609436 3 0.5648 0.46353 0.428 0.012 0.552 0.008
#> SRR1609437 2 0.6788 0.03422 0.424 0.480 0.000 0.096
#> SRR1609438 2 0.3831 0.74239 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1609439 3 0.2675 0.70228 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR1609440 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609441 1 0.6033 0.21941 0.712 0.188 0.020 0.080
#> SRR1609442 2 0.0188 0.87925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609443 1 0.6014 -0.31623 0.488 0.020 0.480 0.012
#> SRR1609444 1 0.6275 0.45621 0.672 0.236 0.076 0.016
#> SRR1609445 1 0.5126 0.27329 0.792 0.116 0.028 0.064
#> SRR1609446 1 0.5219 0.28974 0.780 0.136 0.024 0.060
#> SRR1609447 3 0.5039 0.52889 0.404 0.000 0.592 0.004
#> SRR1609448 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.6341 0.48159 0.612 0.316 0.064 0.008
#> SRR1609450 2 0.1022 0.86370 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609452 1 0.5630 0.18647 0.772 0.096 0.052 0.080
#> SRR1609453 1 0.5657 0.27046 0.744 0.072 0.164 0.020
#> SRR1609454 2 0.5355 0.24867 0.360 0.620 0.000 0.020
#> SRR1609455 1 0.6396 0.48018 0.600 0.328 0.064 0.008
#> SRR1609456 1 0.5191 0.28436 0.784 0.132 0.028 0.056
#> SRR1609457 1 0.6270 0.13182 0.604 0.036 0.340 0.020
#> SRR1609458 1 0.7019 0.15159 0.552 0.108 0.332 0.008
#> SRR1609459 1 0.6047 0.13152 0.748 0.068 0.100 0.084
#> SRR1609460 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609461 1 0.6200 0.16543 0.620 0.036 0.324 0.020
#> SRR1609462 3 0.1716 0.72193 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609464 3 0.1004 0.69649 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609463 1 0.6321 0.01395 0.704 0.024 0.116 0.156
#> SRR1609465 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609466 1 0.8410 0.05680 0.496 0.248 0.048 0.208
#> SRR1609467 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609469 2 0.7272 0.18333 0.160 0.496 0.000 0.344
#> SRR1609470 1 0.5335 0.25296 0.780 0.116 0.028 0.076
#> SRR1609472 4 0.7540 0.88993 0.420 0.040 0.076 0.464
#> SRR1609471 1 0.6226 0.48305 0.616 0.320 0.056 0.008
#> SRR1609474 2 0.4896 0.47441 0.280 0.704 0.004 0.012
#> SRR1609473 2 0.4524 0.72573 0.028 0.768 0.000 0.204
#> SRR1609475 2 0.4175 0.73929 0.016 0.784 0.000 0.200
#> SRR1609478 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609476 1 0.6220 0.48315 0.660 0.252 0.080 0.008
#> SRR1609477 1 0.6755 0.05993 0.696 0.072 0.092 0.140
#> SRR1609479 2 0.0188 0.87925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609481 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609480 1 0.6993 0.05516 0.680 0.072 0.124 0.124
#> SRR1609482 3 0.1004 0.69649 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609484 1 0.7047 0.01512 0.444 0.436 0.000 0.120
#> SRR1609483 3 0.2919 0.69461 0.060 0.000 0.896 0.044
#> SRR1609486 3 0.5173 0.56386 0.320 0.000 0.660 0.020
#> SRR1609485 3 0.5173 0.56386 0.320 0.000 0.660 0.020
#> SRR1609487 1 0.6397 0.46039 0.588 0.344 0.060 0.008
#> SRR1609488 1 0.5508 -0.28823 0.508 0.000 0.476 0.016
#> SRR1609489 2 0.0188 0.87855 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.5897 -0.14138 0.468 0.504 0.020 0.008
#> SRR1609491 1 0.5126 0.27219 0.792 0.116 0.028 0.064
#> SRR1609492 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 1 0.7670 -0.20655 0.448 0.232 0.000 0.320
#> SRR1609494 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.6095 0.48401 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609496 3 0.1302 0.71896 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609497 3 0.5788 0.37598 0.452 0.008 0.524 0.016
#> SRR1609498 3 0.5028 0.53506 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1609499 2 0.1022 0.86370 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.5648 0.46353 0.428 0.012 0.552 0.008
#> SRR1609501 1 0.5142 0.25952 0.792 0.112 0.028 0.068
#> SRR1609502 1 0.5780 0.16323 0.496 0.476 0.000 0.028
#> SRR1609503 4 0.1824 0.44317 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR1609504 3 0.5060 0.51870 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR1609505 3 0.1637 0.72153 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.4741 0.62011 0.328 0.000 0.668 0.004
#> SRR1609508 2 0.5271 0.30528 0.340 0.640 0.000 0.020
#> SRR1609509 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609512 3 0.1302 0.71896 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609511 3 0.4688 0.60614 0.080 0.000 0.792 0.128
#> SRR1609513 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609514 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609515 2 0.0592 0.87229 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.6047 0.13152 0.748 0.068 0.100 0.084
#> SRR1609517 1 0.4804 0.20365 0.780 0.148 0.000 0.072
#> SRR1609518 1 0.6341 0.48159 0.612 0.316 0.064 0.008
#> SRR1609519 3 0.2530 0.71904 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1609520 2 0.5723 0.61514 0.072 0.684 0.000 0.244
#> SRR1609521 3 0.1792 0.72226 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1609522 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609523 1 0.7670 -0.20655 0.448 0.232 0.000 0.320
#> SRR1609524 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0921 0.69336 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609525 1 0.5280 0.25017 0.784 0.112 0.028 0.076
#> SRR1609527 1 0.6345 0.48313 0.628 0.292 0.072 0.008
#> SRR1609529 1 0.5876 -0.18877 0.528 0.008 0.444 0.020
#> SRR1609528 4 0.7540 0.88993 0.420 0.040 0.076 0.464
#> SRR1609530 3 0.4882 0.60264 0.272 0.000 0.708 0.020
#> SRR1609531 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.1004 0.69649 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1609533 1 0.4756 0.20905 0.784 0.144 0.000 0.072
#> SRR1609534 3 0.5920 0.36769 0.348 0.004 0.608 0.040
#> SRR1609535 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609537 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.6151 0.06779 0.688 0.024 0.228 0.060
#> SRR1609538 2 0.1022 0.86370 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.6528 -0.00314 0.684 0.024 0.176 0.116
#> SRR1609540 1 0.7066 0.18077 0.556 0.116 0.320 0.008
#> SRR1609541 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609542 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.2011 0.72168 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1609544 3 0.5292 0.35850 0.480 0.000 0.512 0.008
#> SRR1609545 3 0.4920 0.57854 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1609546 1 0.6705 0.22968 0.664 0.060 0.224 0.052
#> SRR1609547 1 0.6673 -0.23270 0.464 0.004 0.460 0.072
#> SRR1609548 1 0.5043 0.22564 0.796 0.112 0.024 0.068
#> SRR1609549 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.6312 0.00214 0.704 0.024 0.112 0.160
#> SRR1609552 3 0.6417 0.17088 0.472 0.012 0.476 0.040
#> SRR1609553 3 0.5771 0.31338 0.472 0.004 0.504 0.020
#> SRR1609554 1 0.5080 0.21701 0.788 0.120 0.016 0.076
#> SRR1609555 1 0.5998 0.11994 0.616 0.028 0.340 0.016
#> SRR1609556 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609557 1 0.5021 0.21605 0.796 0.108 0.020 0.076
#> SRR1609558 1 0.5267 0.26126 0.784 0.116 0.028 0.072
#> SRR1609559 1 0.4706 0.21151 0.788 0.140 0.000 0.072
#> SRR1609560 1 0.6427 0.45248 0.580 0.352 0.060 0.008
#> SRR1609561 3 0.5742 0.47436 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR1609562 1 0.6427 0.45248 0.580 0.352 0.060 0.008
#> SRR1609563 2 0.5892 -0.11668 0.460 0.512 0.020 0.008
#> SRR1609564 1 0.7129 -0.00951 0.492 0.116 0.388 0.004
#> SRR1609565 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.6424 0.47624 0.604 0.320 0.068 0.008
#> SRR1609569 3 0.1716 0.72193 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609570 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609571 3 0.2530 0.63867 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1609572 3 0.3612 0.69173 0.100 0.000 0.856 0.044
#> SRR1609573 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609574 3 0.5021 0.66091 0.240 0.000 0.724 0.036
#> SRR1609575 2 0.4356 0.76959 0.064 0.812 0.000 0.124
#> SRR1609576 2 0.0817 0.86870 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.5292 0.28758 0.776 0.136 0.024 0.064
#> SRR1609577 1 0.6085 0.48519 0.664 0.260 0.068 0.008
#> SRR1609579 3 0.2660 0.70677 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1609580 1 0.5981 0.25562 0.752 0.088 0.096 0.064
#> SRR1609582 3 0.4991 0.55200 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1609581 1 0.5126 0.27219 0.792 0.116 0.028 0.064
#> SRR1609583 1 0.5371 0.29348 0.788 0.092 0.064 0.056
#> SRR1609584 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609585 3 0.3831 0.68127 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1609586 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 1 0.6291 0.02890 0.684 0.016 0.208 0.092
#> SRR1609588 1 0.5126 0.27219 0.792 0.116 0.028 0.064
#> SRR1609589 1 0.5472 0.35094 0.724 0.224 0.028 0.024
#> SRR1609590 3 0.2593 0.71867 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR1609592 1 0.4706 0.21151 0.788 0.140 0.000 0.072
#> SRR1609591 1 0.5179 0.36004 0.760 0.184 0.020 0.036
#> SRR1609593 1 0.6671 0.02360 0.688 0.052 0.084 0.176
#> SRR1609594 2 0.3831 0.74239 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1609595 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609596 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609599 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609600 3 0.4889 0.59187 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR1609601 1 0.7681 -0.23152 0.432 0.224 0.000 0.344
#> SRR1609602 4 0.7464 0.90363 0.416 0.036 0.076 0.472
#> SRR1609603 1 0.6392 0.45559 0.584 0.344 0.068 0.004
#> SRR1609604 2 0.3948 0.77922 0.036 0.828 0.000 0.136
#> SRR1609605 1 0.5292 0.29079 0.776 0.136 0.024 0.064
#> SRR1609606 1 0.4804 0.20365 0.780 0.148 0.000 0.072
#> SRR1609607 1 0.6178 0.03966 0.688 0.012 0.208 0.092
#> SRR1609608 1 0.6151 0.06779 0.688 0.024 0.228 0.060
#> SRR1609609 1 0.5080 0.21701 0.788 0.120 0.016 0.076
#> SRR1609610 1 0.6117 -0.25899 0.484 0.016 0.480 0.020
#> SRR1609611 2 0.3948 0.77922 0.036 0.828 0.000 0.136
#> SRR1609613 2 0.0469 0.87465 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.5998 0.11994 0.616 0.028 0.340 0.016
#> SRR1609614 3 0.4872 0.59673 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR1609615 1 0.6341 0.48159 0.612 0.316 0.064 0.008
#> SRR1609616 1 0.6571 0.47284 0.644 0.244 0.100 0.012
#> SRR1609617 1 0.7601 -0.19465 0.472 0.232 0.000 0.296
#> SRR1609618 1 0.5724 0.26585 0.768 0.088 0.084 0.060
#> SRR1609619 1 0.6146 0.47240 0.680 0.236 0.068 0.016
#> SRR1609620 2 0.1118 0.86275 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609621 2 0.0188 0.87925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609622 3 0.2500 0.70360 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1609623 3 0.4535 0.64085 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1609624 1 0.6429 0.47972 0.612 0.308 0.072 0.008
#> SRR1609625 1 0.6467 0.48173 0.620 0.292 0.080 0.008
#> SRR1609626 3 0.2500 0.70360 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1609627 1 0.6335 0.43763 0.572 0.364 0.060 0.004
#> SRR1609628 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.6200 0.16543 0.620 0.036 0.324 0.020
#> SRR1609630 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.6488 0.48102 0.616 0.296 0.080 0.008
#> SRR1609632 1 0.6427 0.45248 0.580 0.352 0.060 0.008
#> SRR1609633 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609634 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2530 0.63867 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1609636 2 0.2125 0.83868 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1609637 3 0.5273 0.41632 0.456 0.000 0.536 0.008
#> SRR1609638 2 0.5897 -0.14138 0.468 0.504 0.020 0.008
#> SRR1609639 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.1302 0.71896 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609641 1 0.6429 0.47972 0.612 0.308 0.072 0.008
#> SRR1609642 1 0.6188 0.48611 0.648 0.276 0.068 0.008
#> SRR1609643 1 0.5968 0.28426 0.752 0.088 0.100 0.060
#> SRR1609644 1 0.6509 0.45871 0.584 0.340 0.068 0.008
#> SRR1609645 1 0.5998 0.11994 0.616 0.028 0.340 0.016
#> SRR1609646 3 0.0817 0.69385 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609647 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609649 3 0.4905 0.58743 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR1609648 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.5576 -0.03599 0.444 0.536 0.020 0.000
#> SRR1609650 1 0.5630 0.18647 0.772 0.096 0.052 0.080
#> SRR1609652 3 0.1302 0.71896 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.7091 0.20300 0.356 0.508 0.000 0.136
#> SRR1609655 1 0.6269 0.00569 0.708 0.024 0.112 0.156
#> SRR1609657 1 0.6095 0.48294 0.668 0.252 0.072 0.008
#> SRR1609656 1 0.7325 0.14568 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR1609658 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 1 0.6269 0.00569 0.708 0.024 0.112 0.156
#> SRR1609661 1 0.6705 0.22968 0.664 0.060 0.224 0.052
#> SRR1609662 2 0.0000 0.88043 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.6510 0.19586 0.636 0.036 0.284 0.044
#> SRR1609664 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609665 2 0.0817 0.86827 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.7349 0.12387 0.456 0.384 0.000 0.160
#> SRR1609667 3 0.5050 0.52424 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1609668 1 0.7722 -0.20684 0.428 0.236 0.000 0.336
#> SRR1609669 1 0.6442 0.47725 0.600 0.324 0.068 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609361 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609362 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609366 2 0.2648 0.7451 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.1792 0.7889 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609371 2 0.1310 0.8607 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1609372 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2605 0.7497 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2648 0.7451 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2358 0.7808 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4372 0.6981 0.000 0.756 0.000 0.172 0.072
#> SRR1609379 1 0.1410 0.7914 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.4260 0.7355 0.004 0.784 0.000 0.124 0.088
#> SRR1609383 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609381 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609384 1 0.2230 0.7742 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.3707 0.6029 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.1792 0.7889 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1153 0.7787 0.964 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0404 0.7722 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.4372 0.6981 0.000 0.756 0.000 0.172 0.072
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.1310 0.8607 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1609395 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609396 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609398 1 0.3707 0.6029 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609400 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.2929 0.7249 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.4313 0.7027 0.000 0.760 0.000 0.172 0.068
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.1608 0.7906 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.1908 0.7855 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0162 0.8806 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.1341 0.7904 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.4427 0.6593 0.128 0.088 0.008 0.000 0.776
#> SRR1609414 5 0.7137 0.1048 0.312 0.008 0.284 0.004 0.392
#> SRR1609415 1 0.5041 0.0722 0.636 0.000 0.316 0.004 0.044
#> SRR1609416 3 0.4955 0.6324 0.328 0.000 0.632 0.004 0.036
#> SRR1609417 3 0.5555 0.2424 0.056 0.000 0.556 0.008 0.380
#> SRR1609418 1 0.1942 0.7923 0.920 0.068 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2248 0.7890 0.900 0.088 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609421 5 0.4457 0.6500 0.124 0.116 0.000 0.000 0.760
#> SRR1609422 5 0.6334 0.3097 0.004 0.200 0.000 0.248 0.548
#> SRR1609423 2 0.5627 0.5627 0.004 0.652 0.000 0.184 0.160
#> SRR1609424 2 0.3906 0.7617 0.004 0.812 0.000 0.104 0.080
#> SRR1609425 1 0.2660 0.7674 0.864 0.128 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.2833 0.7140 0.140 0.000 0.852 0.004 0.004
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.5458 0.3437 0.616 0.076 0.004 0.000 0.304
#> SRR1609430 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609432 2 0.1952 0.8178 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609433 3 0.4955 0.6324 0.328 0.000 0.632 0.004 0.036
#> SRR1609434 2 0.4372 0.6981 0.000 0.756 0.000 0.172 0.072
#> SRR1609435 3 0.5249 0.4724 0.452 0.000 0.508 0.004 0.036
#> SRR1609436 3 0.6033 0.4428 0.428 0.000 0.468 0.004 0.100
#> SRR1609437 2 0.7668 -0.0820 0.204 0.392 0.000 0.064 0.340
#> SRR1609438 2 0.4372 0.6981 0.000 0.756 0.000 0.172 0.072
#> SRR1609439 3 0.3089 0.6874 0.040 0.000 0.872 0.012 0.076
#> SRR1609440 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609441 5 0.5995 0.5902 0.200 0.136 0.004 0.016 0.644
#> SRR1609442 2 0.0162 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609443 3 0.7002 0.3193 0.316 0.004 0.408 0.004 0.268
#> SRR1609444 1 0.5583 0.3802 0.628 0.076 0.012 0.000 0.284
#> SRR1609445 5 0.4829 0.6527 0.200 0.068 0.008 0.000 0.724
#> SRR1609446 5 0.5054 0.6383 0.216 0.084 0.004 0.000 0.696
#> SRR1609447 3 0.5242 0.4876 0.444 0.000 0.516 0.004 0.036
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2046 0.7920 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609450 2 0.1357 0.8516 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609451 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.4426 0.6556 0.116 0.072 0.016 0.004 0.792
#> SRR1609453 5 0.6455 0.5121 0.304 0.032 0.108 0.000 0.556
#> SRR1609454 2 0.6381 0.2211 0.276 0.512 0.000 0.000 0.212
#> SRR1609455 1 0.2511 0.7871 0.892 0.080 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609456 5 0.5090 0.6431 0.212 0.080 0.008 0.000 0.700
#> SRR1609457 5 0.6769 0.2298 0.296 0.004 0.252 0.000 0.448
#> SRR1609458 1 0.5853 0.1558 0.612 0.000 0.244 0.004 0.140
#> SRR1609459 5 0.4248 0.6436 0.104 0.044 0.036 0.004 0.812
#> SRR1609460 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609461 5 0.6724 0.2620 0.296 0.004 0.240 0.000 0.460
#> SRR1609462 3 0.2646 0.7148 0.124 0.000 0.868 0.004 0.004
#> SRR1609464 3 0.0162 0.6678 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.4362 0.5973 0.092 0.000 0.048 0.056 0.804
#> SRR1609465 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609466 1 0.8173 0.2666 0.504 0.080 0.048 0.172 0.196
#> SRR1609467 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.6739 0.1064 0.004 0.460 0.000 0.256 0.280
#> SRR1609470 5 0.4648 0.6575 0.172 0.072 0.008 0.000 0.748
#> SRR1609472 5 0.4403 0.1299 0.000 0.004 0.012 0.316 0.668
#> SRR1609471 1 0.2554 0.7838 0.892 0.072 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609474 2 0.5594 0.3902 0.284 0.608 0.000 0.000 0.108
#> SRR1609473 2 0.4785 0.6766 0.004 0.732 0.000 0.176 0.088
#> SRR1609475 2 0.4604 0.6934 0.004 0.748 0.000 0.168 0.080
#> SRR1609478 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609476 1 0.1016 0.7600 0.972 0.004 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609477 5 0.6094 0.6279 0.140 0.040 0.052 0.064 0.704
#> SRR1609479 2 0.0162 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609481 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609480 5 0.6542 0.6155 0.144 0.040 0.080 0.064 0.672
#> SRR1609482 3 0.0162 0.6678 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.7450 0.1739 0.156 0.368 0.000 0.064 0.412
#> SRR1609483 3 0.3321 0.6771 0.040 0.000 0.856 0.012 0.092
#> SRR1609486 3 0.6309 0.4742 0.208 0.000 0.528 0.000 0.264
#> SRR1609485 3 0.6309 0.4742 0.208 0.000 0.528 0.000 0.264
#> SRR1609487 1 0.2358 0.7808 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609488 1 0.6682 -0.3366 0.396 0.000 0.368 0.000 0.236
#> SRR1609489 2 0.0162 0.8807 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.5376 0.5099 0.612 0.308 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609491 5 0.4763 0.6543 0.192 0.068 0.008 0.000 0.732
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.6334 0.3097 0.004 0.200 0.000 0.248 0.548
#> SRR1609494 2 0.0162 0.8810 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0775 0.7645 0.980 0.004 0.004 0.004 0.008
#> SRR1609496 3 0.2127 0.7137 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.6700 0.3670 0.332 0.000 0.416 0.000 0.252
#> SRR1609498 3 0.5299 0.4985 0.436 0.000 0.520 0.004 0.040
#> SRR1609499 2 0.1357 0.8516 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609500 3 0.6033 0.4428 0.428 0.000 0.468 0.004 0.100
#> SRR1609501 5 0.4661 0.6577 0.180 0.068 0.008 0.000 0.744
#> SRR1609502 2 0.6801 -0.2552 0.292 0.360 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609503 4 0.0609 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609504 3 0.5249 0.4724 0.452 0.000 0.508 0.004 0.036
#> SRR1609505 3 0.2723 0.7163 0.124 0.000 0.864 0.000 0.012
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.5256 0.6046 0.356 0.000 0.592 0.004 0.048
#> SRR1609508 2 0.6177 0.3122 0.232 0.556 0.000 0.000 0.212
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609512 3 0.2127 0.7137 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.4397 0.5846 0.012 0.000 0.780 0.072 0.136
#> SRR1609513 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609515 2 0.0880 0.8644 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.4248 0.6436 0.104 0.044 0.036 0.004 0.812
#> SRR1609517 5 0.4410 0.6447 0.112 0.124 0.000 0.000 0.764
#> SRR1609518 1 0.2236 0.7909 0.908 0.068 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609519 3 0.3284 0.7159 0.148 0.000 0.828 0.000 0.024
#> SRR1609520 2 0.5627 0.5627 0.004 0.652 0.000 0.184 0.160
#> SRR1609521 3 0.2694 0.7146 0.128 0.000 0.864 0.004 0.004
#> SRR1609522 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.6334 0.3097 0.004 0.200 0.000 0.248 0.548
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0162 0.6637 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609525 5 0.4589 0.6575 0.172 0.068 0.008 0.000 0.752
#> SRR1609527 1 0.1282 0.7875 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609529 5 0.6773 -0.0842 0.276 0.000 0.344 0.000 0.380
#> SRR1609528 5 0.4403 0.1299 0.000 0.004 0.012 0.316 0.668
#> SRR1609530 3 0.6035 0.5448 0.204 0.000 0.580 0.000 0.216
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0162 0.6678 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.4458 0.6483 0.120 0.120 0.000 0.000 0.760
#> SRR1609534 3 0.5193 0.2764 0.052 0.000 0.584 0.000 0.364
#> SRR1609535 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4939 0.5821 0.096 0.008 0.152 0.004 0.740
#> SRR1609538 2 0.1430 0.8483 0.052 0.944 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609539 5 0.4624 0.5863 0.084 0.000 0.116 0.024 0.776
#> SRR1609540 1 0.6120 0.1541 0.596 0.004 0.240 0.004 0.156
#> SRR1609541 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.2833 0.7140 0.140 0.000 0.852 0.004 0.004
#> SRR1609544 1 0.5099 -0.2667 0.528 0.000 0.440 0.004 0.028
#> SRR1609545 3 0.5258 0.5414 0.408 0.000 0.548 0.004 0.040
#> SRR1609546 5 0.6541 0.4821 0.272 0.024 0.148 0.000 0.556
#> SRR1609547 5 0.5696 0.1858 0.056 0.000 0.400 0.012 0.532
#> SRR1609548 5 0.4427 0.6593 0.128 0.088 0.008 0.000 0.776
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.4252 0.5962 0.084 0.000 0.048 0.056 0.812
#> SRR1609552 5 0.5728 0.0899 0.084 0.000 0.432 0.000 0.484
#> SRR1609553 3 0.6796 0.2625 0.316 0.000 0.380 0.000 0.304
#> SRR1609554 5 0.4203 0.6556 0.128 0.092 0.000 0.000 0.780
#> SRR1609555 5 0.6798 0.2004 0.308 0.004 0.252 0.000 0.436
#> SRR1609556 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.4205 0.6564 0.124 0.084 0.004 0.000 0.788
#> SRR1609558 5 0.4661 0.6578 0.180 0.068 0.008 0.000 0.744
#> SRR1609559 5 0.4458 0.6482 0.120 0.120 0.000 0.000 0.760
#> SRR1609560 1 0.2513 0.7751 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609561 3 0.6531 0.3363 0.208 0.000 0.456 0.000 0.336
#> SRR1609562 1 0.2513 0.7751 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609563 1 0.5409 0.5001 0.604 0.316 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609564 1 0.5041 0.0722 0.636 0.000 0.316 0.004 0.044
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.1544 0.7901 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.2646 0.7148 0.124 0.000 0.868 0.004 0.004
#> SRR1609570 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.2144 0.6371 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR1609572 3 0.4045 0.6790 0.052 0.000 0.808 0.016 0.124
#> SRR1609573 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.5176 0.6777 0.236 0.000 0.688 0.016 0.060
#> SRR1609575 2 0.4702 0.7214 0.020 0.768 0.000 0.108 0.104
#> SRR1609576 2 0.1282 0.8550 0.044 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609578 5 0.5025 0.6413 0.212 0.084 0.004 0.000 0.700
#> SRR1609577 1 0.0740 0.7688 0.980 0.008 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609579 3 0.3086 0.6964 0.060 0.000 0.876 0.016 0.048
#> SRR1609580 5 0.5476 0.6442 0.200 0.056 0.048 0.000 0.696
#> SRR1609582 3 0.5347 0.5159 0.424 0.000 0.528 0.004 0.044
#> SRR1609581 5 0.4763 0.6543 0.192 0.068 0.008 0.000 0.732
#> SRR1609583 5 0.5292 0.6020 0.276 0.052 0.016 0.000 0.656
#> SRR1609584 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.4301 0.6832 0.260 0.000 0.712 0.000 0.028
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.4416 0.5858 0.084 0.000 0.132 0.008 0.776
#> SRR1609588 5 0.4763 0.6543 0.192 0.068 0.008 0.000 0.732
#> SRR1609589 5 0.6126 0.5118 0.300 0.128 0.008 0.000 0.564
#> SRR1609590 3 0.3370 0.7160 0.148 0.000 0.824 0.000 0.028
#> SRR1609592 5 0.4458 0.6482 0.120 0.120 0.000 0.000 0.760
#> SRR1609591 5 0.5770 0.3892 0.388 0.080 0.004 0.000 0.528
#> SRR1609593 5 0.5234 0.5948 0.088 0.024 0.028 0.100 0.760
#> SRR1609594 2 0.4372 0.6981 0.000 0.756 0.000 0.172 0.072
#> SRR1609595 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609599 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609600 3 0.5343 0.5639 0.388 0.000 0.560 0.004 0.048
#> SRR1609601 5 0.6430 0.2635 0.004 0.188 0.000 0.288 0.520
#> SRR1609602 5 0.4288 0.1036 0.000 0.000 0.012 0.324 0.664
#> SRR1609603 1 0.1965 0.7853 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.4158 0.7427 0.004 0.792 0.000 0.120 0.084
#> SRR1609605 5 0.4995 0.6434 0.208 0.084 0.004 0.000 0.704
#> SRR1609606 5 0.4410 0.6447 0.112 0.124 0.000 0.000 0.764
#> SRR1609607 5 0.4524 0.5850 0.092 0.000 0.132 0.008 0.768
#> SRR1609608 5 0.4939 0.5821 0.096 0.008 0.152 0.004 0.740
#> SRR1609609 5 0.4203 0.6556 0.128 0.092 0.000 0.000 0.780
#> SRR1609610 3 0.6818 0.2064 0.328 0.000 0.356 0.000 0.316
#> SRR1609611 2 0.4158 0.7427 0.004 0.792 0.000 0.120 0.084
#> SRR1609613 2 0.0609 0.8722 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.6798 0.2004 0.308 0.004 0.252 0.000 0.436
#> SRR1609614 3 0.5384 0.5723 0.380 0.000 0.564 0.004 0.052
#> SRR1609615 1 0.2236 0.7909 0.908 0.068 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609616 1 0.3640 0.7303 0.844 0.040 0.028 0.000 0.088
#> SRR1609617 5 0.6246 0.3502 0.008 0.200 0.000 0.212 0.580
#> SRR1609618 5 0.5399 0.6427 0.208 0.056 0.040 0.000 0.696
#> SRR1609619 1 0.4190 0.6341 0.768 0.060 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609620 2 0.1310 0.8607 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1609621 2 0.0162 0.8814 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609622 3 0.2965 0.6893 0.040 0.000 0.880 0.012 0.068
#> SRR1609623 3 0.4955 0.6324 0.328 0.000 0.632 0.004 0.036
#> SRR1609624 1 0.1341 0.7904 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2270 0.7868 0.916 0.052 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609626 3 0.2965 0.6893 0.040 0.000 0.880 0.012 0.068
#> SRR1609627 1 0.2864 0.7609 0.852 0.136 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.6724 0.2620 0.296 0.004 0.240 0.000 0.460
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2173 0.7879 0.920 0.052 0.012 0.000 0.016
#> SRR1609632 1 0.2513 0.7751 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609633 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2144 0.6371 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR1609636 2 0.2228 0.8326 0.000 0.912 0.000 0.048 0.040
#> SRR1609637 1 0.5045 -0.3385 0.508 0.000 0.464 0.004 0.024
#> SRR1609638 1 0.5376 0.5099 0.612 0.308 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.2127 0.7137 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.1341 0.7904 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0865 0.7776 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609643 5 0.5812 0.6033 0.260 0.052 0.048 0.000 0.640
#> SRR1609644 1 0.1851 0.7872 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.6798 0.2004 0.308 0.004 0.252 0.000 0.436
#> SRR1609646 3 0.0000 0.6644 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609649 3 0.5403 0.5634 0.388 0.000 0.556 0.004 0.052
#> SRR1609648 2 0.0162 0.8810 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.5550 0.4085 0.548 0.376 0.000 0.000 0.076
#> SRR1609650 5 0.4426 0.6556 0.116 0.072 0.016 0.004 0.792
#> SRR1609652 3 0.2127 0.7137 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.8035 0.0239 0.280 0.380 0.000 0.096 0.244
#> SRR1609655 5 0.4115 0.5998 0.084 0.000 0.048 0.048 0.820
#> SRR1609657 1 0.0162 0.7629 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609656 1 0.7525 0.3267 0.508 0.164 0.000 0.104 0.224
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.4115 0.5998 0.084 0.000 0.048 0.048 0.820
#> SRR1609661 5 0.6541 0.4821 0.272 0.024 0.148 0.000 0.556
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.6502 0.3502 0.288 0.004 0.200 0.000 0.508
#> SRR1609664 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609665 2 0.1043 0.8601 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.7636 0.3022 0.492 0.184 0.000 0.104 0.220
#> SRR1609667 3 0.5246 0.4803 0.448 0.000 0.512 0.004 0.036
#> SRR1609668 5 0.6473 0.2680 0.004 0.200 0.000 0.280 0.516
#> SRR1609669 1 0.1608 0.7906 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609361 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609362 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609366 2 0.2597 0.7205 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.1010 0.7790 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609371 2 0.1327 0.8559 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.2562 0.7255 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.2597 0.7205 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.1524 0.7722 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.3405 0.6588 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1609379 1 0.0458 0.7790 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.3514 0.6977 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR1609383 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609381 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609384 1 0.1531 0.7677 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.3189 0.6006 0.760 0.236 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.1010 0.7791 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1523 0.7738 0.940 0.008 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1609388 2 0.0146 0.8889 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1007 0.7685 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.3405 0.6588 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.1327 0.8559 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609398 1 0.3189 0.6006 0.760 0.236 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609400 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.2402 0.7168 0.856 0.140 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.3244 0.6688 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0713 0.7796 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.1075 0.7766 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0260 0.8861 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0363 0.7782 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.2935 0.5808 0.048 0.052 0.004 0.016 0.876 0.004
#> SRR1609414 5 0.7631 0.1068 0.264 0.004 0.220 0.108 0.392 0.012
#> SRR1609415 1 0.5802 0.1174 0.584 0.000 0.280 0.100 0.028 0.008
#> SRR1609416 3 0.5794 0.5989 0.272 0.000 0.588 0.108 0.020 0.012
#> SRR1609417 3 0.6116 0.1901 0.024 0.000 0.504 0.108 0.352 0.012
#> SRR1609418 1 0.1088 0.7804 0.960 0.024 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.1480 0.7785 0.940 0.040 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609421 5 0.2876 0.5719 0.056 0.080 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1609422 5 0.5672 0.3254 0.000 0.140 0.000 0.008 0.528 0.324
#> SRR1609423 2 0.4545 0.4785 0.000 0.616 0.000 0.344 0.032 0.008
#> SRR1609424 2 0.3333 0.7353 0.000 0.784 0.000 0.192 0.024 0.000
#> SRR1609425 1 0.1913 0.7616 0.908 0.080 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.3604 0.6802 0.120 0.000 0.812 0.056 0.004 0.008
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4527 0.2798 0.604 0.028 0.000 0.008 0.360 0.000
#> SRR1609430 3 0.0951 0.6228 0.000 0.000 0.968 0.020 0.004 0.008
#> SRR1609431 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609432 2 0.1958 0.8086 0.100 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609433 3 0.5794 0.5989 0.272 0.000 0.588 0.108 0.020 0.012
#> SRR1609434 2 0.3405 0.6588 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1609435 3 0.6043 0.4357 0.396 0.000 0.472 0.100 0.020 0.012
#> SRR1609436 3 0.6762 0.4070 0.384 0.000 0.428 0.088 0.088 0.012
#> SRR1609437 2 0.7464 -0.2210 0.212 0.332 0.000 0.144 0.312 0.000
#> SRR1609438 2 0.3405 0.6588 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1609439 3 0.3386 0.6466 0.032 0.000 0.848 0.072 0.040 0.008
#> SRR1609440 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609441 5 0.5105 0.4652 0.152 0.096 0.000 0.052 0.700 0.000
#> SRR1609442 2 0.0146 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.7721 0.2897 0.264 0.004 0.344 0.104 0.272 0.012
#> SRR1609444 1 0.4691 0.3189 0.616 0.028 0.004 0.012 0.340 0.000
#> SRR1609445 5 0.3023 0.5760 0.140 0.032 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609446 5 0.3453 0.5633 0.164 0.044 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1609447 3 0.6102 0.4465 0.388 0.000 0.472 0.108 0.020 0.012
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.1257 0.7806 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609450 2 0.1349 0.8524 0.056 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609451 3 0.1036 0.6231 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609452 5 0.3123 0.5641 0.036 0.048 0.000 0.048 0.864 0.004
#> SRR1609453 5 0.6238 0.4153 0.236 0.012 0.068 0.076 0.600 0.008
#> SRR1609454 2 0.6309 0.0556 0.304 0.436 0.000 0.008 0.248 0.004
#> SRR1609455 1 0.1723 0.7752 0.928 0.036 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609456 5 0.3210 0.5697 0.152 0.036 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609457 5 0.7400 0.2353 0.252 0.004 0.184 0.112 0.440 0.008
#> SRR1609458 1 0.6689 0.1762 0.552 0.000 0.196 0.112 0.132 0.008
#> SRR1609459 5 0.3449 0.5438 0.028 0.036 0.000 0.080 0.844 0.012
#> SRR1609460 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609461 5 0.7339 0.2659 0.252 0.004 0.172 0.112 0.452 0.008
#> SRR1609462 3 0.3283 0.6826 0.108 0.000 0.836 0.044 0.004 0.008
#> SRR1609464 3 0.0976 0.6281 0.000 0.000 0.968 0.016 0.008 0.008
#> SRR1609463 5 0.3803 0.4978 0.020 0.000 0.000 0.088 0.804 0.088
#> SRR1609465 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609466 1 0.6941 0.2567 0.484 0.048 0.044 0.340 0.012 0.072
#> SRR1609467 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609469 4 0.5190 -0.0899 0.000 0.452 0.000 0.484 0.036 0.028
#> SRR1609470 5 0.2706 0.5791 0.104 0.036 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1609472 4 0.4414 0.8231 0.000 0.004 0.000 0.628 0.336 0.032
#> SRR1609471 1 0.1789 0.7714 0.924 0.032 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609474 2 0.5762 0.2555 0.320 0.532 0.000 0.008 0.136 0.004
#> SRR1609473 2 0.4014 0.6241 0.000 0.696 0.000 0.276 0.024 0.004
#> SRR1609475 2 0.3724 0.6505 0.000 0.716 0.000 0.268 0.012 0.004
#> SRR1609478 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609476 1 0.1983 0.7578 0.916 0.000 0.012 0.060 0.012 0.000
#> SRR1609477 5 0.5132 0.4810 0.080 0.016 0.024 0.132 0.732 0.016
#> SRR1609479 2 0.0146 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609481 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609480 5 0.5509 0.4639 0.076 0.016 0.032 0.164 0.696 0.016
#> SRR1609482 3 0.0976 0.6245 0.000 0.000 0.968 0.016 0.008 0.008
#> SRR1609484 5 0.7203 -0.0853 0.144 0.324 0.000 0.144 0.388 0.000
#> SRR1609483 3 0.3663 0.6344 0.032 0.000 0.828 0.088 0.044 0.008
#> SRR1609486 3 0.6745 0.3716 0.128 0.000 0.476 0.072 0.316 0.008
#> SRR1609485 3 0.6745 0.3716 0.128 0.000 0.476 0.072 0.316 0.008
#> SRR1609487 1 0.1524 0.7722 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609488 1 0.7608 -0.2908 0.360 0.000 0.300 0.120 0.208 0.012
#> SRR1609489 2 0.0146 0.8888 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.5001 0.5006 0.644 0.236 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1609491 5 0.2901 0.5786 0.128 0.032 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.5672 0.3254 0.000 0.140 0.000 0.008 0.528 0.324
#> SRR1609494 2 0.0260 0.8869 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1769 0.7624 0.924 0.000 0.004 0.060 0.012 0.000
#> SRR1609496 3 0.2501 0.6782 0.108 0.000 0.872 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609497 3 0.7578 0.3359 0.296 0.000 0.348 0.120 0.228 0.008
#> SRR1609498 3 0.6133 0.4547 0.384 0.000 0.476 0.104 0.024 0.012
#> SRR1609499 2 0.1349 0.8524 0.056 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609500 3 0.6762 0.4070 0.384 0.000 0.428 0.088 0.088 0.012
#> SRR1609501 5 0.2752 0.5804 0.108 0.036 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609502 5 0.6387 0.1734 0.296 0.284 0.000 0.008 0.408 0.004
#> SRR1609503 6 0.2854 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609504 3 0.6043 0.4357 0.396 0.000 0.472 0.100 0.020 0.012
#> SRR1609505 3 0.3303 0.6840 0.112 0.000 0.836 0.036 0.008 0.008
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.6169 0.5646 0.304 0.000 0.544 0.100 0.040 0.012
#> SRR1609508 2 0.6175 0.1572 0.260 0.484 0.000 0.008 0.244 0.004
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609512 3 0.2501 0.6782 0.108 0.000 0.872 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609511 3 0.4593 0.5300 0.000 0.000 0.748 0.120 0.088 0.044
#> SRR1609513 3 0.0951 0.6228 0.000 0.000 0.968 0.020 0.004 0.008
#> SRR1609514 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609515 2 0.0865 0.8691 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.3449 0.5438 0.028 0.036 0.000 0.080 0.844 0.012
#> SRR1609517 5 0.2789 0.5658 0.044 0.088 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR1609518 1 0.1421 0.7794 0.944 0.028 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609519 3 0.3721 0.6811 0.128 0.000 0.808 0.024 0.036 0.004
#> SRR1609520 2 0.4545 0.4785 0.000 0.616 0.000 0.344 0.032 0.008
#> SRR1609521 3 0.3471 0.6814 0.108 0.000 0.824 0.056 0.004 0.008
#> SRR1609522 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609523 5 0.5672 0.3254 0.000 0.140 0.000 0.008 0.528 0.324
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.1138 0.6204 0.000 0.000 0.960 0.024 0.004 0.012
#> SRR1609525 5 0.2658 0.5789 0.100 0.036 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609527 1 0.0146 0.7747 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609529 5 0.7490 -0.0437 0.224 0.000 0.276 0.112 0.380 0.008
#> SRR1609528 4 0.4414 0.8231 0.000 0.004 0.000 0.628 0.336 0.032
#> SRR1609530 3 0.6614 0.4655 0.128 0.000 0.528 0.076 0.260 0.008
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0976 0.6249 0.000 0.000 0.968 0.016 0.008 0.008
#> SRR1609533 5 0.2866 0.5697 0.052 0.084 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1609534 3 0.5450 0.2357 0.016 0.000 0.552 0.056 0.364 0.012
#> SRR1609535 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4537 0.4668 0.012 0.008 0.092 0.120 0.760 0.008
#> SRR1609538 2 0.1411 0.8487 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609539 5 0.4204 0.4905 0.012 0.000 0.064 0.088 0.796 0.040
#> SRR1609540 1 0.6948 0.1686 0.532 0.004 0.192 0.112 0.152 0.008
#> SRR1609541 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.3604 0.6802 0.120 0.000 0.812 0.056 0.004 0.008
#> SRR1609544 1 0.5915 -0.2467 0.464 0.000 0.416 0.092 0.016 0.012
#> SRR1609545 3 0.6027 0.4951 0.360 0.000 0.504 0.104 0.020 0.012
#> SRR1609546 5 0.6533 0.3850 0.220 0.012 0.108 0.072 0.580 0.008
#> SRR1609547 5 0.6506 0.1258 0.024 0.000 0.348 0.140 0.468 0.020
#> SRR1609548 5 0.2935 0.5808 0.048 0.052 0.004 0.016 0.876 0.004
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.3627 0.4971 0.012 0.000 0.000 0.088 0.812 0.088
#> SRR1609552 5 0.5294 0.2123 0.016 0.000 0.380 0.056 0.544 0.004
#> SRR1609553 3 0.7601 0.2295 0.276 0.000 0.312 0.112 0.292 0.008
#> SRR1609554 5 0.2676 0.5788 0.056 0.056 0.000 0.004 0.880 0.004
#> SRR1609555 5 0.7463 0.2092 0.260 0.004 0.180 0.120 0.428 0.008
#> SRR1609556 3 0.1036 0.6231 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609557 5 0.2201 0.5746 0.048 0.052 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1609558 5 0.2848 0.5800 0.104 0.036 0.000 0.004 0.856 0.000
#> SRR1609559 5 0.2803 0.5679 0.048 0.084 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR1609560 1 0.1838 0.7672 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609561 3 0.7023 0.2391 0.128 0.000 0.404 0.084 0.372 0.012
#> SRR1609562 1 0.1838 0.7672 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609563 1 0.5045 0.4888 0.636 0.244 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1609564 1 0.5802 0.1174 0.584 0.000 0.280 0.100 0.028 0.008
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0632 0.7790 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.3216 0.6826 0.108 0.000 0.840 0.040 0.004 0.008
#> SRR1609570 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609571 3 0.2711 0.5872 0.000 0.000 0.872 0.084 0.008 0.036
#> SRR1609572 3 0.4594 0.6395 0.040 0.000 0.760 0.112 0.080 0.008
#> SRR1609573 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609574 3 0.5749 0.6306 0.176 0.000 0.640 0.136 0.040 0.008
#> SRR1609575 2 0.4063 0.6860 0.016 0.740 0.000 0.212 0.032 0.000
#> SRR1609576 2 0.1219 0.8586 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609578 5 0.3417 0.5651 0.160 0.044 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609577 1 0.1563 0.7656 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012 0.000
#> SRR1609579 3 0.3621 0.6583 0.032 0.000 0.824 0.108 0.028 0.008
#> SRR1609580 5 0.3971 0.5569 0.128 0.024 0.036 0.008 0.800 0.004
#> SRR1609582 3 0.6122 0.4680 0.376 0.000 0.484 0.104 0.024 0.012
#> SRR1609581 5 0.2901 0.5786 0.128 0.032 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609583 5 0.4209 0.5047 0.216 0.020 0.012 0.016 0.736 0.000
#> SRR1609584 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609585 3 0.4884 0.6395 0.244 0.000 0.676 0.056 0.016 0.008
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.4188 0.4689 0.012 0.000 0.076 0.104 0.788 0.020
#> SRR1609588 5 0.2901 0.5786 0.128 0.032 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609589 5 0.4487 0.4735 0.264 0.068 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609590 3 0.4075 0.6805 0.128 0.000 0.788 0.044 0.036 0.004
#> SRR1609592 5 0.2803 0.5679 0.048 0.084 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR1609591 5 0.4530 0.4050 0.356 0.044 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609593 5 0.4456 0.5099 0.012 0.024 0.000 0.068 0.764 0.132
#> SRR1609594 2 0.3405 0.6588 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1609595 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609599 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609600 3 0.6236 0.5208 0.336 0.000 0.512 0.104 0.036 0.012
#> SRR1609601 5 0.6018 0.2869 0.000 0.128 0.000 0.028 0.496 0.348
#> SRR1609602 4 0.4234 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.644 0.324 0.032
#> SRR1609603 1 0.1219 0.7773 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3404 0.7064 0.000 0.760 0.000 0.224 0.016 0.000
#> SRR1609605 5 0.3370 0.5733 0.148 0.048 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609606 5 0.2789 0.5658 0.044 0.088 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR1609607 5 0.4366 0.4637 0.016 0.000 0.076 0.112 0.776 0.020
#> SRR1609608 5 0.4537 0.4668 0.012 0.008 0.092 0.120 0.760 0.008
#> SRR1609609 5 0.2676 0.5788 0.056 0.056 0.000 0.004 0.880 0.004
#> SRR1609610 5 0.7583 -0.1948 0.288 0.000 0.288 0.108 0.308 0.008
#> SRR1609611 2 0.3404 0.7064 0.000 0.760 0.000 0.224 0.016 0.000
#> SRR1609613 2 0.0547 0.8800 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.7463 0.2092 0.260 0.004 0.180 0.120 0.428 0.008
#> SRR1609614 3 0.6275 0.5299 0.328 0.000 0.516 0.104 0.040 0.012
#> SRR1609615 1 0.1421 0.7794 0.944 0.028 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609616 1 0.2958 0.7303 0.872 0.008 0.012 0.020 0.080 0.008
#> SRR1609617 5 0.5555 0.3622 0.000 0.140 0.000 0.008 0.564 0.288
#> SRR1609618 5 0.3883 0.5534 0.148 0.024 0.028 0.008 0.792 0.000
#> SRR1609619 1 0.3470 0.6297 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609620 2 0.1327 0.8559 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0146 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.3245 0.6476 0.032 0.000 0.856 0.072 0.032 0.008
#> SRR1609623 3 0.5794 0.5989 0.272 0.000 0.588 0.108 0.020 0.012
#> SRR1609624 1 0.0363 0.7782 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.1368 0.7783 0.956 0.012 0.004 0.004 0.016 0.008
#> SRR1609626 3 0.3245 0.6476 0.032 0.000 0.856 0.072 0.032 0.008
#> SRR1609627 1 0.2199 0.7539 0.892 0.088 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.7339 0.2659 0.252 0.004 0.172 0.112 0.452 0.008
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.1223 0.7790 0.960 0.012 0.004 0.000 0.016 0.008
#> SRR1609632 1 0.1838 0.7672 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609633 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.2813 0.5851 0.000 0.000 0.864 0.092 0.008 0.036
#> SRR1609636 2 0.1957 0.8226 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.5887 -0.3178 0.444 0.000 0.440 0.088 0.016 0.012
#> SRR1609638 1 0.5001 0.5006 0.644 0.236 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.2587 0.6786 0.108 0.000 0.868 0.020 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.0363 0.7782 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.1500 0.7721 0.936 0.012 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.4363 0.5014 0.204 0.020 0.040 0.004 0.732 0.000
#> SRR1609644 1 0.1082 0.7783 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.7463 0.2092 0.260 0.004 0.180 0.120 0.428 0.008
#> SRR1609646 3 0.1036 0.6212 0.000 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1609647 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609649 3 0.6294 0.5204 0.336 0.000 0.508 0.104 0.040 0.012
#> SRR1609648 2 0.0146 0.8889 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.5255 0.3879 0.572 0.320 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR1609650 5 0.3123 0.5641 0.036 0.048 0.000 0.048 0.864 0.004
#> SRR1609652 3 0.2501 0.6782 0.108 0.000 0.872 0.016 0.000 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 1 0.7631 -0.1111 0.316 0.292 0.000 0.276 0.104 0.012
#> SRR1609655 5 0.3473 0.5010 0.012 0.000 0.000 0.088 0.824 0.076
#> SRR1609657 1 0.1471 0.7604 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1609656 1 0.5200 0.3107 0.552 0.088 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3473 0.5010 0.012 0.000 0.000 0.088 0.824 0.076
#> SRR1609661 5 0.6533 0.3850 0.220 0.012 0.108 0.072 0.580 0.008
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.6840 0.3106 0.244 0.004 0.156 0.072 0.516 0.008
#> SRR1609664 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609665 2 0.1007 0.8646 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.5382 0.2888 0.536 0.108 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR1609667 3 0.6106 0.4389 0.392 0.000 0.468 0.108 0.020 0.012
#> SRR1609668 5 0.5516 0.2976 0.000 0.140 0.000 0.000 0.504 0.356
#> SRR1609669 1 0.0713 0.7796 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.742 0.882 0.949 0.4991 0.499 0.499
#> 3 3 0.446 0.613 0.772 0.2861 0.663 0.429
#> 4 4 0.764 0.821 0.860 0.1514 0.820 0.536
#> 5 5 0.839 0.790 0.879 0.0661 0.924 0.715
#> 6 6 0.790 0.653 0.764 0.0375 0.938 0.719
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.5408 0.831 0.124 0.876
#> SRR1609361 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609368 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609371 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609382 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.9909 0.285 0.556 0.444
#> SRR1609381 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1609384 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1609388 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1609393 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609396 1 0.8443 0.661 0.728 0.272
#> SRR1609398 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609400 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609410 2 0.6887 0.748 0.184 0.816
#> SRR1609411 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.8861 0.527 0.304 0.696
#> SRR1609412 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609419 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.9686 0.357 0.396 0.604
#> SRR1609423 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.7219 0.723 0.200 0.800
#> SRR1609430 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609432 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609441 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.7299 0.755 0.796 0.204
#> SRR1609445 1 0.3584 0.878 0.932 0.068
#> SRR1609446 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609450 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.9815 0.263 0.580 0.420
#> SRR1609453 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.2778 0.894 0.952 0.048
#> SRR1609460 2 0.5629 0.830 0.132 0.868
#> SRR1609461 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.4939 0.857 0.108 0.892
#> SRR1609466 1 0.7299 0.755 0.796 0.204
#> SRR1609467 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609472 1 0.2603 0.897 0.956 0.044
#> SRR1609471 2 0.7219 0.723 0.200 0.800
#> SRR1609474 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.5842 0.806 0.860 0.140
#> SRR1609476 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.5737 0.825 0.136 0.864
#> SRR1609480 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609491 2 0.0672 0.951 0.008 0.992
#> SRR1609492 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609496 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.7602 0.714 0.220 0.780
#> SRR1609504 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.6148 0.806 0.152 0.848
#> SRR1609512 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.9754 0.386 0.592 0.408
#> SRR1609519 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.8713 0.593 0.292 0.708
#> SRR1609524 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609529 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.9909 0.186 0.556 0.444
#> SRR1609530 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.4939 0.857 0.108 0.892
#> SRR1609537 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.4562 0.852 0.904 0.096
#> SRR1609549 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.1184 0.918 0.984 0.016
#> SRR1609555 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.4431 0.874 0.092 0.908
#> SRR1609558 1 0.4562 0.852 0.904 0.096
#> SRR1609559 1 0.9970 0.101 0.532 0.468
#> SRR1609560 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609561 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609569 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609578 2 0.5946 0.805 0.144 0.856
#> SRR1609577 1 0.9460 0.490 0.636 0.364
#> SRR1609579 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609583 1 0.8267 0.633 0.740 0.260
#> SRR1609584 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.9732 0.337 0.404 0.596
#> SRR1609591 1 0.9209 0.561 0.664 0.336
#> SRR1609593 2 0.9732 0.336 0.404 0.596
#> SRR1609594 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609596 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR1609616 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.4939 0.857 0.108 0.892
#> SRR1609618 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.9460 0.370 0.364 0.636
#> SRR1609620 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.9833 0.191 0.424 0.576
#> SRR1609625 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609626 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.8207 0.686 0.744 0.256
#> SRR1609632 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1609633 1 0.7219 0.760 0.800 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9815 0.205 0.420 0.580
#> SRR1609642 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1609643 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.5737 0.825 0.136 0.864
#> SRR1609649 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.9815 0.263 0.580 0.420
#> SRR1609652 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.8207 0.686 0.744 0.256
#> SRR1609656 1 0.7528 0.740 0.784 0.216
#> SRR1609658 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609665 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1609669 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.3454 0.5813 0.008 0.104 0.888
#> SRR1609361 3 0.4629 0.5198 0.004 0.188 0.808
#> SRR1609362 3 0.5988 0.2326 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 3 0.5706 0.3450 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 3 0.7787 0.4335 0.348 0.064 0.588
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609370 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609371 2 0.4654 0.7086 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609372 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609379 3 0.6513 0.4983 0.008 0.400 0.592
#> SRR1609382 2 0.4974 0.6893 0.000 0.764 0.236
#> SRR1609383 3 0.3293 0.5883 0.012 0.088 0.900
#> SRR1609381 3 0.8337 0.5003 0.296 0.112 0.592
#> SRR1609384 2 0.5291 0.4723 0.000 0.732 0.268
#> SRR1609386 2 0.5431 0.4322 0.000 0.716 0.284
#> SRR1609385 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609387 3 0.8404 0.5104 0.288 0.120 0.592
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 3 0.8371 0.5054 0.292 0.116 0.592
#> SRR1609393 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4452 0.7184 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609395 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609396 3 0.8222 0.4870 0.308 0.100 0.592
#> SRR1609398 2 0.4842 0.5547 0.000 0.776 0.224
#> SRR1609399 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609400 3 0.7787 0.4335 0.348 0.064 0.588
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.4842 0.5547 0.000 0.776 0.224
#> SRR1609404 2 0.4555 0.7133 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 3 0.6513 0.4983 0.008 0.400 0.592
#> SRR1609410 3 0.7424 0.5322 0.044 0.364 0.592
#> SRR1609411 2 0.0237 0.8717 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 3 0.7828 0.5501 0.068 0.340 0.592
#> SRR1609412 3 0.6079 0.2668 0.388 0.000 0.612
#> SRR1609414 1 0.5138 0.5894 0.748 0.000 0.252
#> SRR1609415 3 0.6308 0.0988 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609416 1 0.0592 0.8497 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609417 1 0.1643 0.8274 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609418 3 0.6513 0.4983 0.008 0.400 0.592
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609421 3 0.6448 0.5395 0.012 0.352 0.636
#> SRR1609422 3 0.7388 0.4554 0.136 0.160 0.704
#> SRR1609423 3 0.5785 0.2856 0.000 0.332 0.668
#> SRR1609424 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609425 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 3 0.5335 0.6210 0.008 0.232 0.760
#> SRR1609430 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 3 0.8239 0.4507 0.080 0.388 0.532
#> SRR1609432 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609435 3 0.6008 0.3706 0.372 0.000 0.628
#> SRR1609436 1 0.5431 0.5362 0.716 0.000 0.284
#> SRR1609437 3 0.6274 0.4121 0.000 0.456 0.544
#> SRR1609438 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609439 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609441 3 0.5926 0.5378 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.4399 0.6795 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609444 3 0.6490 0.5854 0.172 0.076 0.752
#> SRR1609445 3 0.7036 0.6394 0.096 0.184 0.720
#> SRR1609446 3 0.5968 0.5347 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609447 1 0.2625 0.7977 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 3 0.6539 0.4866 0.288 0.028 0.684
#> SRR1609450 2 0.0237 0.8706 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.9178 0.5272 0.220 0.240 0.540
#> SRR1609453 3 0.5650 0.4181 0.312 0.000 0.688
#> SRR1609454 2 0.6192 -0.1428 0.000 0.580 0.420
#> SRR1609455 3 0.6045 0.5199 0.000 0.380 0.620
#> SRR1609456 3 0.5926 0.5452 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609457 1 0.5988 0.4318 0.632 0.000 0.368
#> SRR1609458 3 0.6215 0.2743 0.428 0.000 0.572
#> SRR1609459 3 0.9130 0.3261 0.356 0.152 0.492
#> SRR1609460 3 0.7993 0.3154 0.060 0.456 0.484
#> SRR1609461 1 0.6045 0.4077 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.6111 0.3885 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609465 2 0.7990 -0.2381 0.060 0.488 0.452
#> SRR1609466 3 0.4094 0.5507 0.100 0.028 0.872
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 3 0.5397 0.3779 0.000 0.280 0.720
#> SRR1609470 3 0.5785 0.5676 0.000 0.332 0.668
#> SRR1609472 3 0.5431 0.3097 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609471 3 0.5551 0.6256 0.016 0.224 0.760
#> SRR1609474 2 0.6126 -0.1177 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609473 2 0.5859 0.5473 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609475 2 0.4796 0.7007 0.000 0.780 0.220
#> SRR1609478 3 0.5733 0.2334 0.324 0.000 0.676
#> SRR1609476 3 0.6008 0.3706 0.372 0.000 0.628
#> SRR1609477 1 0.6280 0.1902 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 3 0.7864 0.1772 0.072 0.332 0.596
#> SRR1609480 3 0.6267 0.0647 0.452 0.000 0.548
#> SRR1609482 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 3 0.5138 0.4263 0.000 0.252 0.748
#> SRR1609483 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609488 1 0.2261 0.8134 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609491 3 0.4887 0.6198 0.000 0.228 0.772
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.8143 0.4937 0.080 0.360 0.560
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.6651 0.4538 0.320 0.024 0.656
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.1964 0.8216 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609499 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.2625 0.8008 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609501 3 0.5968 0.5347 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609502 2 0.6192 -0.1859 0.000 0.580 0.420
#> SRR1609503 3 0.7683 0.3027 0.080 0.280 0.640
#> SRR1609504 3 0.6008 0.3706 0.372 0.000 0.628
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.7277 0.3130 0.060 0.280 0.660
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.3116 0.7719 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 3 0.5785 0.2145 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.7188 0.0325 0.488 0.024 0.488
#> SRR1609517 3 0.6235 0.4186 0.000 0.436 0.564
#> SRR1609518 3 0.7680 0.6005 0.188 0.132 0.680
#> SRR1609519 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 3 0.6140 0.0805 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 3 0.8516 0.5217 0.112 0.328 0.560
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.5968 0.5347 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609527 3 0.6630 0.4761 0.300 0.028 0.672
#> SRR1609529 1 0.1753 0.8304 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609528 3 0.6452 0.3345 0.264 0.032 0.704
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 3 0.6483 0.4992 0.008 0.392 0.600
#> SRR1609534 1 0.0424 0.8521 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609535 2 0.7866 -0.0123 0.060 0.552 0.388
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.6286 0.1724 0.536 0.000 0.464
#> SRR1609538 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.2711 0.7897 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609540 3 0.5859 0.4109 0.344 0.000 0.656
#> SRR1609541 3 0.6180 -0.0321 0.416 0.000 0.584
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.4062 0.6812 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.6291 0.0519 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609547 1 0.3941 0.7337 0.844 0.000 0.156
#> SRR1609548 3 0.9033 0.4779 0.272 0.180 0.548
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.6267 0.2545 0.548 0.000 0.452
#> SRR1609552 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.2625 0.8084 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609554 3 0.7807 0.6167 0.144 0.184 0.672
#> SRR1609555 1 0.5291 0.5702 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.6696 0.5467 0.020 0.348 0.632
#> SRR1609558 3 0.7750 0.6178 0.140 0.184 0.676
#> SRR1609559 3 0.8760 0.5657 0.176 0.240 0.584
#> SRR1609560 3 0.6359 0.4937 0.004 0.404 0.592
#> SRR1609561 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609563 3 0.6280 0.4294 0.000 0.460 0.540
#> SRR1609564 3 0.6008 0.3706 0.372 0.000 0.628
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 3 0.6513 0.4983 0.008 0.400 0.592
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.5024 0.6231 0.004 0.220 0.776
#> SRR1609577 3 0.8082 0.5015 0.296 0.096 0.608
#> SRR1609579 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.6302 0.0158 0.480 0.000 0.520
#> SRR1609582 1 0.2066 0.8189 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609581 3 0.4931 0.6189 0.000 0.232 0.768
#> SRR1609583 3 0.7085 0.6381 0.096 0.188 0.716
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 1 0.5621 0.5434 0.692 0.000 0.308
#> SRR1609588 3 0.4931 0.6189 0.000 0.232 0.768
#> SRR1609589 3 0.4931 0.6189 0.000 0.232 0.768
#> SRR1609590 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.7951 0.6021 0.104 0.260 0.636
#> SRR1609591 3 0.5414 0.6285 0.016 0.212 0.772
#> SRR1609593 3 0.8924 0.5563 0.172 0.268 0.560
#> SRR1609594 2 0.4750 0.7038 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609595 3 0.8239 0.4507 0.080 0.388 0.532
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.5760 0.2241 0.328 0.000 0.672
#> SRR1609599 3 0.6079 0.0605 0.388 0.000 0.612
#> SRR1609600 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 3 0.5431 0.2758 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609602 3 0.6111 0.0349 0.396 0.000 0.604
#> SRR1609603 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609604 2 0.4555 0.7133 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609605 3 0.5926 0.5378 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609606 3 0.6410 0.4308 0.004 0.420 0.576
#> SRR1609607 1 0.3551 0.7550 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609608 1 0.6286 0.1724 0.536 0.000 0.464
#> SRR1609609 3 0.5178 0.6117 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609610 1 0.6140 0.2233 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609611 2 0.4654 0.7086 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.6308 0.0617 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609614 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 3 0.5797 0.5993 0.008 0.280 0.712
#> SRR1609616 3 0.5760 0.4288 0.328 0.000 0.672
#> SRR1609617 3 0.6617 0.4729 0.012 0.388 0.600
#> SRR1609618 3 0.5835 0.3691 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609619 3 0.5268 0.6273 0.012 0.212 0.776
#> SRR1609620 2 0.4452 0.7184 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609621 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 3 0.8518 0.5893 0.136 0.272 0.592
#> SRR1609625 3 0.6630 0.4761 0.300 0.028 0.672
#> SRR1609626 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.5465 0.5277 0.712 0.000 0.288
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 3 0.7616 0.5028 0.292 0.072 0.636
#> SRR1609632 3 0.6513 0.4983 0.008 0.400 0.592
#> SRR1609633 3 0.7944 0.4352 0.348 0.072 0.580
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 1 0.4178 0.6994 0.828 0.000 0.172
#> SRR1609636 2 0.4654 0.7086 0.000 0.792 0.208
#> SRR1609637 1 0.5327 0.5023 0.728 0.000 0.272
#> SRR1609638 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 3 0.8404 0.5825 0.120 0.288 0.592
#> SRR1609642 3 0.8311 0.5061 0.292 0.112 0.596
#> SRR1609643 3 0.5722 0.4408 0.292 0.004 0.704
#> SRR1609644 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609645 1 0.6026 0.4169 0.624 0.000 0.376
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7997 -0.2849 0.060 0.472 0.468
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0424 0.8669 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609650 3 0.9178 0.5272 0.220 0.240 0.540
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 3 0.5859 0.3107 0.000 0.344 0.656
#> SRR1609655 1 0.6111 0.4069 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609657 3 0.8181 0.4812 0.312 0.096 0.592
#> SRR1609656 3 0.5004 0.5835 0.088 0.072 0.840
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 1 0.6291 0.2081 0.532 0.000 0.468
#> SRR1609661 3 0.6225 0.1680 0.432 0.000 0.568
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.5926 0.4583 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609664 3 0.8215 0.4639 0.080 0.380 0.540
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8752 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5948 0.5547 0.000 0.640 0.360
#> SRR1609667 1 0.3192 0.7674 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609668 3 0.7226 0.4028 0.080 0.228 0.692
#> SRR1609669 3 0.6154 0.4889 0.000 0.408 0.592
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.1637 0.6154 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609361 1 0.1716 0.6183 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609362 1 0.2401 0.5831 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.2011 0.5975 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609370 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609371 2 0.5690 0.7010 0.268 0.672 0.000 0.060
#> SRR1609372 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609379 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609382 2 0.7190 0.5145 0.272 0.544 0.000 0.184
#> SRR1609383 1 0.1716 0.6183 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609381 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609384 1 0.4277 0.6257 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.4277 0.6257 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609387 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609393 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.2797 0.8705 0.068 0.900 0.000 0.032
#> SRR1609395 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609396 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609398 1 0.4331 0.6126 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609400 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4977 0.2543 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.5136 0.7475 0.224 0.728 0.000 0.048
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609410 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.5716 0.8672 0.728 0.036 0.036 0.200
#> SRR1609412 4 0.2089 0.8198 0.048 0.000 0.020 0.932
#> SRR1609414 4 0.5408 0.2922 0.016 0.000 0.408 0.576
#> SRR1609415 1 0.6653 0.6816 0.568 0.000 0.104 0.328
#> SRR1609416 3 0.3123 0.7843 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609417 3 0.1211 0.9046 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1609418 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609421 4 0.1545 0.8316 0.008 0.040 0.000 0.952
#> SRR1609422 4 0.3569 0.7227 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1609423 4 0.4277 0.6815 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1609424 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609425 1 0.5486 0.8555 0.720 0.080 0.000 0.200
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4543 0.7689 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.1211 0.8322 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609435 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609436 3 0.5384 0.4682 0.028 0.000 0.648 0.324
#> SRR1609437 4 0.4540 0.5796 0.196 0.032 0.000 0.772
#> SRR1609438 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609441 4 0.1584 0.8318 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.4539 0.6007 0.008 0.000 0.720 0.272
#> SRR1609444 1 0.4222 0.8269 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1609445 4 0.1968 0.8237 0.044 0.008 0.008 0.940
#> SRR1609446 4 0.2032 0.8279 0.028 0.036 0.000 0.936
#> SRR1609447 3 0.2002 0.8903 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.5179 0.8608 0.728 0.000 0.052 0.220
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.1624 0.8352 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR1609453 4 0.2216 0.7869 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1609454 4 0.4284 0.6641 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR1609455 1 0.5325 0.8605 0.728 0.068 0.000 0.204
#> SRR1609456 4 0.2131 0.8258 0.032 0.036 0.000 0.932
#> SRR1609457 4 0.2737 0.7955 0.008 0.000 0.104 0.888
#> SRR1609458 1 0.6402 0.7706 0.624 0.000 0.108 0.268
#> SRR1609459 4 0.1722 0.8308 0.000 0.008 0.048 0.944
#> SRR1609460 4 0.2973 0.7649 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609461 4 0.2805 0.7964 0.012 0.000 0.100 0.888
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.4079 0.7123 0.020 0.000 0.180 0.800
#> SRR1609465 4 0.3688 0.7063 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609466 1 0.4304 0.2615 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4277 0.6815 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1609470 4 0.2131 0.8258 0.032 0.036 0.000 0.932
#> SRR1609472 4 0.4250 0.6836 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609471 1 0.4222 0.8269 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1609474 2 0.3900 0.7000 0.020 0.816 0.000 0.164
#> SRR1609473 4 0.6873 0.5288 0.272 0.148 0.000 0.580
#> SRR1609475 2 0.6040 0.6769 0.272 0.648 0.000 0.080
#> SRR1609478 4 0.4539 0.6812 0.272 0.000 0.008 0.720
#> SRR1609476 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609477 4 0.1474 0.8288 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.4164 0.6855 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1609480 4 0.1118 0.8320 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4134 0.6942 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609488 3 0.3813 0.7480 0.024 0.000 0.828 0.148
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.5548 0.8528 0.716 0.084 0.000 0.200
#> SRR1609491 4 0.2089 0.8202 0.048 0.020 0.000 0.932
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.1398 0.8320 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.1629 0.9012 0.024 0.000 0.952 0.024
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.4095 0.7094 0.024 0.000 0.804 0.172
#> SRR1609501 4 0.2131 0.8258 0.032 0.036 0.000 0.932
#> SRR1609502 4 0.6928 0.2487 0.268 0.156 0.000 0.576
#> SRR1609503 4 0.4193 0.6827 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1609504 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.3569 0.7227 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2149 0.8634 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4511 0.6837 0.268 0.000 0.008 0.724
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.1994 0.8276 0.008 0.004 0.052 0.936
#> SRR1609517 4 0.1545 0.8316 0.008 0.040 0.000 0.952
#> SRR1609518 1 0.4988 0.8536 0.728 0.000 0.036 0.236
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4594 0.6763 0.280 0.008 0.000 0.712
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.1211 0.8322 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.1913 0.8294 0.020 0.040 0.000 0.940
#> SRR1609527 1 0.5325 0.8650 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1609529 3 0.3172 0.7773 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609528 4 0.4250 0.6836 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.1913 0.8294 0.020 0.040 0.000 0.940
#> SRR1609534 3 0.1118 0.9083 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1609535 4 0.4839 0.7054 0.052 0.184 0.000 0.764
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.1890 0.8257 0.008 0.000 0.056 0.936
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.2149 0.8598 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609540 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609541 4 0.4635 0.6823 0.268 0.000 0.012 0.720
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.5088 0.1973 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1609545 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609546 4 0.1888 0.8273 0.016 0.000 0.044 0.940
#> SRR1609547 4 0.4543 0.5412 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1609548 4 0.1721 0.8341 0.008 0.012 0.028 0.952
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.1474 0.8287 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.4360 0.6519 0.008 0.000 0.744 0.248
#> SRR1609554 4 0.2186 0.8211 0.048 0.008 0.012 0.932
#> SRR1609555 4 0.5696 0.0297 0.024 0.000 0.480 0.496
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.1929 0.8290 0.024 0.036 0.000 0.940
#> SRR1609558 4 0.2186 0.8211 0.048 0.008 0.012 0.932
#> SRR1609559 4 0.1174 0.8352 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1609560 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609563 1 0.6732 0.6601 0.556 0.108 0.000 0.336
#> SRR1609564 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.1970 0.8137 0.060 0.008 0.000 0.932
#> SRR1609577 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 4 0.1807 0.8269 0.008 0.000 0.052 0.940
#> SRR1609582 3 0.2021 0.8862 0.024 0.000 0.936 0.040
#> SRR1609581 4 0.2402 0.8006 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR1609583 4 0.1994 0.8192 0.052 0.008 0.004 0.936
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.2530 0.7993 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1609588 4 0.2402 0.8006 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR1609589 4 0.2402 0.8006 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.1674 0.8332 0.012 0.032 0.004 0.952
#> SRR1609591 4 0.4011 0.6066 0.208 0.008 0.000 0.784
#> SRR1609593 4 0.1211 0.8322 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609594 2 0.5916 0.6864 0.272 0.656 0.000 0.072
#> SRR1609595 4 0.1211 0.8322 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4511 0.6837 0.268 0.000 0.008 0.724
#> SRR1609599 4 0.4635 0.6823 0.268 0.000 0.012 0.720
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.4088 0.7038 0.232 0.000 0.004 0.764
#> SRR1609602 4 0.4635 0.6823 0.268 0.000 0.012 0.720
#> SRR1609603 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609604 2 0.4638 0.7846 0.180 0.776 0.000 0.044
#> SRR1609605 4 0.1677 0.8311 0.012 0.040 0.000 0.948
#> SRR1609606 4 0.1637 0.8240 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609607 3 0.4356 0.5661 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1609608 4 0.1890 0.8257 0.008 0.000 0.056 0.936
#> SRR1609609 4 0.2131 0.8258 0.032 0.036 0.000 0.932
#> SRR1609610 4 0.4838 0.6051 0.024 0.000 0.252 0.724
#> SRR1609611 2 0.5716 0.6980 0.272 0.668 0.000 0.060
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 4 0.2586 0.8157 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.4222 0.8269 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1609616 1 0.5325 0.8650 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1609617 4 0.1211 0.8322 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609618 4 0.2089 0.8198 0.048 0.000 0.020 0.932
#> SRR1609619 1 0.4331 0.8122 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1609620 2 0.0707 0.9232 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.5712 0.8675 0.728 0.032 0.040 0.200
#> SRR1609625 1 0.5325 0.8650 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.5600 0.3495 0.028 0.000 0.596 0.376
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.5325 0.8650 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1609632 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609633 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1118 0.9091 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609636 2 0.5716 0.6980 0.272 0.668 0.000 0.060
#> SRR1609637 3 0.5132 0.1346 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR1609638 1 0.5548 0.8528 0.716 0.084 0.000 0.200
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.5712 0.8675 0.728 0.032 0.040 0.200
#> SRR1609642 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609643 4 0.2021 0.8161 0.056 0.000 0.012 0.932
#> SRR1609644 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
#> SRR1609645 4 0.2542 0.8081 0.012 0.000 0.084 0.904
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.4839 0.7054 0.052 0.184 0.000 0.764
#> SRR1609649 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.1624 0.8352 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9369 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 1 0.4605 0.1117 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1609655 4 0.1389 0.8297 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1609657 1 0.5356 0.8654 0.728 0.000 0.072 0.200
#> SRR1609656 1 0.1716 0.6183 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.1302 0.8307 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1609661 4 0.2466 0.8116 0.056 0.000 0.028 0.916
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.2611 0.8018 0.008 0.000 0.096 0.896
#> SRR1609664 4 0.1398 0.8320 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.2443 0.5982 0.916 0.024 0.000 0.060
#> SRR1609667 3 0.2965 0.8489 0.072 0.000 0.892 0.036
#> SRR1609668 4 0.4164 0.6855 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1609669 1 0.5356 0.8607 0.728 0.072 0.000 0.200
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.4268 0.2060 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1609361 1 0.4074 0.3347 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1609362 4 0.4892 0.3090 0.392 0.012 0.000 0.584 0.012
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4936 0.2742 0.412 0.012 0.000 0.564 0.012
#> SRR1609366 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609367 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609370 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609371 4 0.4306 0.2232 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1609372 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0404 0.9732 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609375 2 0.0510 0.9700 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609377 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609379 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609382 4 0.5048 0.4517 0.000 0.380 0.000 0.580 0.040
#> SRR1609383 4 0.4278 0.1949 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609381 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609384 1 0.1117 0.8892 0.964 0.020 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609386 1 0.1117 0.8892 0.964 0.020 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609385 1 0.0960 0.8952 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609387 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609393 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0794 0.9504 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609395 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609396 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609398 1 0.1626 0.8673 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609399 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609400 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3906 0.5967 0.744 0.240 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609404 2 0.4227 0.0642 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609410 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0775 0.8968 0.980 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR1609412 5 0.2689 0.8157 0.016 0.000 0.012 0.084 0.888
#> SRR1609414 5 0.2735 0.8050 0.000 0.000 0.036 0.084 0.880
#> SRR1609415 1 0.5465 0.5519 0.664 0.000 0.012 0.088 0.236
#> SRR1609416 3 0.3968 0.8307 0.076 0.000 0.820 0.088 0.016
#> SRR1609417 3 0.1300 0.9067 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR1609418 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609421 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609422 5 0.4422 0.6085 0.012 0.000 0.004 0.320 0.664
#> SRR1609423 4 0.4474 0.5347 0.004 0.012 0.000 0.652 0.332
#> SRR1609424 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609425 1 0.1372 0.8867 0.956 0.024 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4958 0.3952 0.592 0.000 0.000 0.036 0.372
#> SRR1609430 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609432 2 0.0671 0.9661 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609433 3 0.2293 0.8856 0.016 0.000 0.900 0.084 0.000
#> SRR1609434 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609435 1 0.2166 0.8472 0.912 0.000 0.012 0.072 0.004
#> SRR1609436 5 0.6344 0.5371 0.164 0.000 0.104 0.084 0.648
#> SRR1609437 5 0.4028 0.7329 0.084 0.016 0.000 0.084 0.816
#> SRR1609438 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609439 3 0.0671 0.9127 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1609440 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609441 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.5844 0.3867 0.008 0.000 0.556 0.084 0.352
#> SRR1609444 1 0.5322 0.4470 0.608 0.000 0.000 0.072 0.320
#> SRR1609445 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609446 5 0.1106 0.8425 0.024 0.012 0.000 0.000 0.964
#> SRR1609447 3 0.4612 0.7332 0.180 0.000 0.736 0.084 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0510 0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609450 2 0.0671 0.9661 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609451 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609453 5 0.2570 0.8149 0.028 0.000 0.000 0.084 0.888
#> SRR1609454 5 0.2201 0.8233 0.032 0.040 0.000 0.008 0.920
#> SRR1609455 1 0.1179 0.8925 0.964 0.004 0.000 0.016 0.016
#> SRR1609456 5 0.1074 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.004 0.968
#> SRR1609457 5 0.2570 0.8109 0.000 0.000 0.028 0.084 0.888
#> SRR1609458 1 0.5500 0.5058 0.640 0.000 0.008 0.084 0.268
#> SRR1609459 5 0.0451 0.8433 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1609460 5 0.4795 0.6145 0.012 0.012 0.004 0.320 0.652
#> SRR1609461 5 0.2570 0.8109 0.000 0.000 0.028 0.084 0.888
#> SRR1609462 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609463 5 0.4965 0.6040 0.012 0.000 0.016 0.384 0.588
#> SRR1609465 5 0.4795 0.6145 0.012 0.012 0.004 0.320 0.652
#> SRR1609466 4 0.5560 0.2700 0.412 0.000 0.004 0.524 0.060
#> SRR1609467 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4286 0.5272 0.004 0.004 0.000 0.652 0.340
#> SRR1609470 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609472 4 0.4410 0.4240 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> SRR1609471 1 0.0798 0.8951 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1609474 2 0.2026 0.8971 0.044 0.928 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609473 4 0.5255 0.5608 0.000 0.072 0.000 0.624 0.304
#> SRR1609475 4 0.4367 0.4048 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR1609478 4 0.4288 0.4935 0.004 0.000 0.000 0.612 0.384
#> SRR1609476 1 0.2102 0.8507 0.916 0.000 0.012 0.068 0.004
#> SRR1609477 5 0.0510 0.8432 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.3686 0.4501 0.012 0.000 0.004 0.780 0.204
#> SRR1609480 5 0.0162 0.8419 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609482 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4278 0.3886 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609483 3 0.0566 0.9130 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1609486 3 0.1195 0.9085 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1609485 3 0.1195 0.9085 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1609487 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609488 3 0.5285 0.7455 0.052 0.000 0.736 0.084 0.128
#> SRR1609489 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609490 1 0.1701 0.8804 0.944 0.028 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609491 5 0.1200 0.8444 0.016 0.012 0.000 0.008 0.964
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609496 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.1952 0.8907 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR1609498 3 0.4094 0.7928 0.128 0.000 0.788 0.084 0.000
#> SRR1609499 2 0.0510 0.9700 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609500 3 0.5430 0.7047 0.180 0.000 0.704 0.084 0.032
#> SRR1609501 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609502 5 0.3458 0.7499 0.120 0.024 0.000 0.016 0.840
#> SRR1609503 4 0.2890 0.5060 0.004 0.000 0.000 0.836 0.160
#> SRR1609504 1 0.4535 0.7012 0.772 0.000 0.012 0.088 0.128
#> SRR1609505 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.1952 0.8907 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 5 0.4552 0.5664 0.012 0.000 0.004 0.352 0.632
#> SRR1609512 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.1522 0.8966 0.000 0.000 0.944 0.012 0.044
#> SRR1609513 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4426 0.4978 0.004 0.000 0.004 0.612 0.380
#> SRR1609515 2 0.0404 0.9732 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609516 5 0.0404 0.8425 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609517 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609518 1 0.0510 0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609519 3 0.0671 0.9129 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1609520 4 0.4474 0.5347 0.004 0.012 0.000 0.652 0.332
#> SRR1609521 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609523 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609525 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609527 1 0.0566 0.8964 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609529 3 0.5475 0.4672 0.000 0.000 0.596 0.084 0.320
#> SRR1609528 4 0.4288 0.4935 0.004 0.000 0.000 0.612 0.384
#> SRR1609530 3 0.0771 0.9122 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609533 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609534 3 0.0912 0.9089 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1609535 5 0.4829 0.6055 0.012 0.012 0.004 0.328 0.644
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.2172 0.8218 0.000 0.000 0.016 0.076 0.908
#> SRR1609538 2 0.0671 0.9661 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609539 3 0.4829 -0.0606 0.000 0.000 0.500 0.020 0.480
#> SRR1609540 1 0.4930 0.5653 0.684 0.000 0.000 0.072 0.244
#> SRR1609541 4 0.4426 0.4978 0.004 0.000 0.004 0.612 0.380
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.5458 0.3278 0.380 0.000 0.552 0.068 0.000
#> SRR1609545 3 0.2189 0.8875 0.012 0.000 0.904 0.084 0.000
#> SRR1609546 5 0.1518 0.8424 0.016 0.000 0.012 0.020 0.952
#> SRR1609547 5 0.3804 0.7171 0.000 0.000 0.160 0.044 0.796
#> SRR1609548 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.4790 0.6149 0.012 0.000 0.016 0.332 0.640
#> SRR1609552 3 0.0807 0.9109 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1609553 3 0.5409 0.5020 0.000 0.000 0.612 0.084 0.304
#> SRR1609554 5 0.1612 0.8434 0.016 0.012 0.000 0.024 0.948
#> SRR1609555 5 0.2889 0.8002 0.000 0.000 0.044 0.084 0.872
#> SRR1609556 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609558 5 0.1518 0.8439 0.016 0.012 0.000 0.020 0.952
#> SRR1609559 5 0.0000 0.8406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.1074 0.8946 0.968 0.004 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609561 3 0.1195 0.9085 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1609562 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609563 5 0.3774 0.7260 0.140 0.028 0.000 0.016 0.816
#> SRR1609564 1 0.3023 0.8143 0.872 0.000 0.012 0.088 0.028
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609569 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0566 0.9061 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1609572 3 0.1952 0.8901 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1609573 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.1952 0.8907 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR1609575 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609576 2 0.0510 0.9700 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609578 5 0.0898 0.8435 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609577 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609579 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.2026 0.8354 0.016 0.000 0.012 0.044 0.928
#> SRR1609582 3 0.4183 0.7842 0.136 0.000 0.780 0.084 0.000
#> SRR1609581 5 0.1799 0.8370 0.028 0.012 0.000 0.020 0.940
#> SRR1609583 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609584 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.1952 0.8907 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR1609586 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609587 5 0.1568 0.8372 0.000 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR1609588 5 0.1799 0.8370 0.028 0.012 0.000 0.020 0.940
#> SRR1609589 5 0.1612 0.8382 0.024 0.012 0.000 0.016 0.948
#> SRR1609590 3 0.1430 0.9038 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR1609592 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609591 5 0.3277 0.7899 0.068 0.004 0.000 0.072 0.856
#> SRR1609593 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609594 4 0.4227 0.3989 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609595 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609596 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4426 0.4978 0.004 0.000 0.004 0.612 0.380
#> SRR1609599 4 0.4426 0.4978 0.004 0.000 0.004 0.612 0.380
#> SRR1609600 3 0.1952 0.8907 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR1609601 4 0.4737 0.0633 0.016 0.000 0.004 0.600 0.380
#> SRR1609602 4 0.4426 0.4978 0.004 0.000 0.004 0.612 0.380
#> SRR1609603 1 0.1074 0.8930 0.968 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609604 2 0.3586 0.5470 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1609605 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609606 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609607 5 0.4254 0.6547 0.000 0.000 0.220 0.040 0.740
#> SRR1609608 5 0.1670 0.8345 0.000 0.000 0.012 0.052 0.936
#> SRR1609609 5 0.0912 0.8437 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1609610 5 0.2792 0.8136 0.016 0.000 0.016 0.084 0.884
#> SRR1609611 4 0.4306 0.2232 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1609613 2 0.0404 0.9732 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609612 5 0.2689 0.8157 0.016 0.000 0.012 0.084 0.888
#> SRR1609614 3 0.2077 0.8892 0.008 0.000 0.908 0.084 0.000
#> SRR1609615 1 0.0671 0.8953 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609616 1 0.4707 0.6128 0.716 0.000 0.000 0.072 0.212
#> SRR1609617 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609618 5 0.1612 0.8415 0.016 0.000 0.012 0.024 0.948
#> SRR1609619 1 0.4552 0.1503 0.524 0.000 0.000 0.008 0.468
#> SRR1609620 2 0.0703 0.9553 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0324 0.9133 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609623 3 0.2077 0.8892 0.008 0.000 0.908 0.084 0.000
#> SRR1609624 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609625 1 0.0510 0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609626 3 0.0451 0.9133 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609627 1 0.1179 0.8919 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609628 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609629 5 0.3310 0.7940 0.016 0.000 0.040 0.084 0.860
#> SRR1609630 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609631 1 0.0510 0.8955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609632 1 0.1074 0.8938 0.968 0.012 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609633 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0912 0.8992 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1609636 4 0.4235 0.3906 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1609637 1 0.5410 0.3134 0.584 0.000 0.344 0.072 0.000
#> SRR1609638 1 0.1806 0.8781 0.940 0.028 0.000 0.016 0.016
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609642 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609643 5 0.1564 0.8414 0.024 0.000 0.004 0.024 0.948
#> SRR1609644 1 0.0727 0.8965 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609645 5 0.2570 0.8109 0.000 0.000 0.028 0.084 0.888
#> SRR1609646 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.4829 0.6055 0.012 0.012 0.004 0.328 0.644
#> SRR1609649 3 0.2293 0.8856 0.016 0.000 0.900 0.084 0.000
#> SRR1609648 2 0.0162 0.9780 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609651 2 0.0671 0.9661 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609650 5 0.0404 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609652 3 0.0162 0.9138 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.6319 0.4089 0.332 0.024 0.000 0.544 0.100
#> SRR1609655 5 0.4721 0.6176 0.012 0.000 0.016 0.316 0.656
#> SRR1609657 1 0.0727 0.8964 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609656 1 0.4307 -0.0824 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.4403 0.6130 0.012 0.000 0.004 0.316 0.668
#> SRR1609661 5 0.2689 0.8157 0.016 0.000 0.012 0.084 0.888
#> SRR1609662 2 0.0290 0.9759 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609663 5 0.2570 0.8109 0.000 0.000 0.028 0.084 0.888
#> SRR1609664 5 0.4777 0.6189 0.012 0.012 0.004 0.316 0.656
#> SRR1609665 2 0.0510 0.9700 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609666 4 0.4798 0.3075 0.396 0.024 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609667 3 0.5010 0.6706 0.224 0.000 0.688 0.088 0.000
#> SRR1609668 4 0.3280 0.4955 0.012 0.000 0.004 0.824 0.160
#> SRR1609669 1 0.0968 0.8948 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.3998 0.46913 0.340 0.000 0.000 0.644 0.000 0.016
#> SRR1609361 1 0.3881 0.22470 0.600 0.000 0.000 0.396 0.000 0.004
#> SRR1609362 4 0.3853 0.50927 0.304 0.000 0.000 0.680 0.000 0.016
#> SRR1609363 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3898 0.47532 0.336 0.000 0.000 0.652 0.000 0.012
#> SRR1609366 2 0.0405 0.96170 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609367 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609368 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0820 0.89118 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1609370 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609371 4 0.3727 0.45671 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609373 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0146 0.96674 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609375 2 0.0870 0.94979 0.012 0.972 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609377 1 0.0909 0.88951 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609376 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3244 0.62427 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0260 0.89587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4201 0.65517 0.000 0.176 0.000 0.740 0.080 0.004
#> SRR1609383 4 0.4167 0.46596 0.344 0.000 0.000 0.632 0.000 0.024
#> SRR1609381 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609384 1 0.1053 0.88781 0.964 0.004 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609386 1 0.1053 0.88781 0.964 0.004 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609385 1 0.0260 0.89587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609388 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609393 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.1556 0.89285 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609396 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609398 1 0.1053 0.88781 0.964 0.004 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609399 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609400 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609397 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3181 0.71679 0.824 0.144 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609404 4 0.3817 0.35786 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0260 0.89587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.89655 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609412 5 0.1644 0.73748 0.004 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR1609414 5 0.3996 0.23206 0.004 0.000 0.000 0.000 0.512 0.484
#> SRR1609415 6 0.5501 0.16850 0.336 0.000 0.000 0.000 0.144 0.520
#> SRR1609416 6 0.5279 -0.16796 0.056 0.000 0.404 0.000 0.020 0.520
#> SRR1609417 3 0.3023 0.69841 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1609418 1 0.0725 0.89234 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1609419 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0909 0.88951 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609421 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 6 0.6052 0.17878 0.000 0.000 0.000 0.256 0.364 0.380
#> SRR1609423 4 0.3368 0.61702 0.000 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR1609424 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.3469 0.74148 0.816 0.000 0.000 0.032 0.132 0.020
#> SRR1609426 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0865 0.81588 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609428 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.4187 0.34110 0.356 0.000 0.000 0.004 0.624 0.016
#> SRR1609430 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609432 2 0.2038 0.91089 0.032 0.920 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1609433 6 0.4091 -0.28850 0.008 0.000 0.472 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609434 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3620 0.50868 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1609436 6 0.5143 -0.06142 0.012 0.000 0.056 0.000 0.420 0.512
#> SRR1609437 5 0.3801 0.59541 0.040 0.000 0.000 0.152 0.788 0.020
#> SRR1609438 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.2562 0.74799 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609440 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609441 5 0.0603 0.76517 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609442 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 6 0.5336 0.02724 0.004 0.000 0.096 0.000 0.384 0.516
#> SRR1609444 5 0.5037 0.34367 0.304 0.000 0.000 0.004 0.604 0.088
#> SRR1609445 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609446 5 0.0603 0.76517 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609447 6 0.5440 -0.06608 0.132 0.000 0.348 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609448 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609450 2 0.4293 0.71839 0.036 0.780 0.000 0.032 0.132 0.020
#> SRR1609451 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0363 0.76726 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609453 5 0.3991 0.25531 0.004 0.000 0.000 0.000 0.524 0.472
#> SRR1609454 5 0.1837 0.73368 0.012 0.004 0.000 0.032 0.932 0.020
#> SRR1609455 1 0.2798 0.78970 0.860 0.000 0.000 0.012 0.108 0.020
#> SRR1609456 5 0.0603 0.76517 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609457 5 0.3890 0.38304 0.004 0.000 0.000 0.000 0.596 0.400
#> SRR1609458 6 0.5731 0.20110 0.260 0.000 0.000 0.000 0.224 0.516
#> SRR1609459 5 0.1814 0.71598 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609460 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609461 5 0.3852 0.40803 0.004 0.000 0.000 0.000 0.612 0.384
#> SRR1609462 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.5731 0.19562 0.000 0.000 0.000 0.204 0.288 0.508
#> SRR1609465 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609466 4 0.5415 0.33911 0.396 0.000 0.000 0.504 0.008 0.092
#> SRR1609467 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3368 0.61702 0.000 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR1609470 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609472 4 0.4889 0.54494 0.000 0.000 0.000 0.604 0.312 0.084
#> SRR1609471 1 0.1275 0.88375 0.956 0.000 0.000 0.012 0.016 0.016
#> SRR1609474 2 0.3994 0.76731 0.036 0.808 0.000 0.032 0.104 0.020
#> SRR1609473 4 0.3163 0.61823 0.000 0.004 0.000 0.764 0.232 0.000
#> SRR1609475 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.4810 0.56237 0.000 0.000 0.000 0.624 0.292 0.084
#> SRR1609476 1 0.3684 0.46856 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1609477 5 0.2219 0.69248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609479 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.5607 -0.03021 0.000 0.000 0.000 0.448 0.144 0.408
#> SRR1609480 5 0.2219 0.69248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609482 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.3866 0.25866 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1609483 3 0.2048 0.78158 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609486 3 0.3126 0.68253 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609485 3 0.3126 0.68253 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609487 1 0.0909 0.88951 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609488 6 0.5731 0.19038 0.000 0.000 0.212 0.000 0.276 0.512
#> SRR1609489 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.3469 0.74148 0.816 0.000 0.000 0.032 0.132 0.020
#> SRR1609491 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609494 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.1765 0.85466 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1609496 3 0.0146 0.82198 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609497 3 0.3866 0.34091 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609498 6 0.5205 -0.12880 0.096 0.000 0.384 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609499 2 0.3756 0.78696 0.032 0.824 0.000 0.028 0.096 0.020
#> SRR1609500 6 0.6643 0.13612 0.132 0.000 0.240 0.000 0.108 0.520
#> SRR1609501 5 0.0291 0.76892 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1609502 5 0.2459 0.70850 0.052 0.000 0.000 0.032 0.896 0.020
#> SRR1609503 4 0.3586 0.40594 0.000 0.000 0.000 0.720 0.012 0.268
#> SRR1609504 6 0.4916 -0.00780 0.416 0.000 0.000 0.000 0.064 0.520
#> SRR1609505 3 0.2631 0.74031 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609506 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.3866 0.34091 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609508 2 0.1434 0.93757 0.000 0.948 0.000 0.024 0.008 0.020
#> SRR1609509 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.6051 0.18056 0.000 0.000 0.000 0.256 0.360 0.384
#> SRR1609512 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.2416 0.76654 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609513 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.5170 0.54559 0.000 0.000 0.000 0.620 0.176 0.204
#> SRR1609515 2 0.1334 0.93752 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1609516 5 0.1765 0.71876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609517 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.0713 0.89803 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609519 3 0.2597 0.75523 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609520 4 0.3271 0.61716 0.000 0.000 0.000 0.760 0.232 0.008
#> SRR1609521 3 0.2260 0.76576 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609522 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.6053 0.17134 0.000 0.000 0.000 0.256 0.372 0.372
#> SRR1609524 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609527 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609529 6 0.5492 0.00672 0.000 0.000 0.128 0.000 0.400 0.472
#> SRR1609528 4 0.4827 0.55871 0.000 0.000 0.000 0.620 0.296 0.084
#> SRR1609530 3 0.2597 0.75300 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609531 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0146 0.76814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609534 3 0.2178 0.78107 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1609535 6 0.6051 0.18056 0.000 0.000 0.000 0.256 0.360 0.384
#> SRR1609537 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.2416 0.67495 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609538 2 0.2188 0.90275 0.036 0.912 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1609539 3 0.5918 0.00795 0.000 0.000 0.436 0.004 0.380 0.180
#> SRR1609540 6 0.5901 0.18827 0.292 0.000 0.000 0.000 0.240 0.468
#> SRR1609541 4 0.5170 0.54559 0.000 0.000 0.000 0.620 0.176 0.204
#> SRR1609542 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0547 0.81962 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609544 6 0.6100 -0.01983 0.312 0.000 0.304 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609545 6 0.3866 -0.30798 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609546 5 0.0508 0.76902 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1609547 5 0.4837 0.41713 0.000 0.000 0.088 0.000 0.624 0.288
#> SRR1609548 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.5767 0.12926 0.000 0.000 0.000 0.176 0.376 0.448
#> SRR1609552 3 0.2135 0.78320 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609553 6 0.5492 0.00672 0.000 0.000 0.128 0.000 0.400 0.472
#> SRR1609554 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609555 5 0.3996 0.23206 0.004 0.000 0.000 0.000 0.512 0.484
#> SRR1609556 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609558 5 0.0291 0.76999 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1609559 5 0.0260 0.76638 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609560 1 0.1167 0.88602 0.960 0.000 0.000 0.012 0.008 0.020
#> SRR1609561 3 0.3126 0.68253 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609562 1 0.0909 0.88951 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609563 5 0.2394 0.71227 0.048 0.000 0.000 0.032 0.900 0.020
#> SRR1609564 1 0.4405 0.19888 0.504 0.000 0.000 0.000 0.024 0.472
#> SRR1609565 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0260 0.89587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.1556 0.79731 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609570 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.1327 0.77402 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609572 3 0.3867 0.33733 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1609573 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.3866 0.34091 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609575 4 0.3360 0.62549 0.000 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004
#> SRR1609576 2 0.1503 0.93404 0.008 0.944 0.000 0.032 0.000 0.016
#> SRR1609578 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609577 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609579 3 0.0146 0.82198 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609580 5 0.0692 0.76720 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1609582 6 0.5040 -0.17056 0.076 0.000 0.408 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609581 5 0.1464 0.74438 0.036 0.000 0.000 0.004 0.944 0.016
#> SRR1609583 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.3866 0.34091 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609586 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.2416 0.67785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609588 5 0.1464 0.74438 0.036 0.000 0.000 0.004 0.944 0.016
#> SRR1609589 5 0.1390 0.74616 0.032 0.000 0.000 0.004 0.948 0.016
#> SRR1609590 3 0.3747 0.49115 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1609592 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609591 5 0.0820 0.76218 0.016 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1609593 5 0.6044 -0.20182 0.000 0.000 0.000 0.252 0.376 0.372
#> SRR1609594 4 0.3266 0.62184 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609596 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.5170 0.54559 0.000 0.000 0.000 0.620 0.176 0.204
#> SRR1609599 4 0.5134 0.53816 0.000 0.000 0.000 0.620 0.152 0.228
#> SRR1609600 3 0.3866 0.34091 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609601 6 0.5666 0.03056 0.000 0.000 0.000 0.388 0.156 0.456
#> SRR1609602 4 0.5124 0.53652 0.000 0.000 0.000 0.620 0.148 0.232
#> SRR1609603 1 0.0820 0.89118 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1609604 2 0.3706 0.30098 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0146 0.76814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609606 5 0.0000 0.76877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609607 5 0.4929 0.40693 0.000 0.000 0.100 0.000 0.620 0.280
#> SRR1609608 5 0.2340 0.68130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1609609 5 0.0146 0.76978 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609610 5 0.3975 0.28991 0.004 0.000 0.000 0.000 0.544 0.452
#> SRR1609611 4 0.3672 0.47532 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.3995 0.24043 0.004 0.000 0.000 0.000 0.516 0.480
#> SRR1609614 6 0.3866 -0.30798 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609615 1 0.0725 0.89234 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1609616 1 0.5618 0.34198 0.540 0.000 0.000 0.000 0.252 0.208
#> SRR1609617 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609618 5 0.0603 0.76801 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609619 5 0.4002 0.44885 0.284 0.000 0.000 0.008 0.692 0.016
#> SRR1609620 2 0.1075 0.92902 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.1387 0.80940 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1609623 6 0.3866 -0.30798 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609624 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609625 1 0.1408 0.89001 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 0.036
#> SRR1609626 3 0.1267 0.81071 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609627 1 0.0909 0.88951 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1609628 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.3997 0.22514 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508 0.488
#> SRR1609630 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609632 1 0.0820 0.89118 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1609633 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609634 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1444 0.76643 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1609636 4 0.3371 0.60815 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.5592 0.16747 0.484 0.000 0.148 0.000 0.000 0.368
#> SRR1609638 1 0.4006 0.58953 0.716 0.000 0.000 0.012 0.252 0.020
#> SRR1609639 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0260 0.82195 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609641 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609642 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609643 5 0.0291 0.76999 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1609644 1 0.0260 0.89587 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.3862 0.40176 0.004 0.000 0.000 0.000 0.608 0.388
#> SRR1609646 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.6051 0.18056 0.000 0.000 0.000 0.256 0.360 0.384
#> SRR1609649 6 0.3866 -0.30798 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609648 2 0.0547 0.95856 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.2188 0.90275 0.036 0.912 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1609650 5 0.0363 0.76726 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609652 3 0.0000 0.82210 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.5097 0.58689 0.224 0.000 0.000 0.656 0.104 0.016
#> SRR1609655 5 0.6044 -0.20182 0.000 0.000 0.000 0.252 0.376 0.372
#> SRR1609657 1 0.0865 0.89789 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609656 4 0.4439 0.28092 0.432 0.000 0.000 0.540 0.000 0.028
#> SRR1609658 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.6053 -0.20714 0.000 0.000 0.000 0.256 0.372 0.372
#> SRR1609661 5 0.3508 0.52993 0.004 0.000 0.000 0.000 0.704 0.292
#> SRR1609662 2 0.0000 0.96891 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.3668 0.48719 0.004 0.000 0.000 0.000 0.668 0.328
#> SRR1609664 6 0.6053 0.17476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.368 0.376
#> SRR1609665 2 0.1426 0.92978 0.028 0.948 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609666 4 0.3774 0.47895 0.328 0.000 0.000 0.664 0.000 0.008
#> SRR1609667 6 0.5647 0.01370 0.184 0.000 0.296 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609668 4 0.5353 0.03343 0.000 0.000 0.000 0.472 0.108 0.420
#> SRR1609669 1 0.0725 0.89234 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.718 0.872 0.945 0.5018 0.498 0.498
#> 3 3 0.924 0.914 0.960 0.2922 0.802 0.623
#> 4 4 0.815 0.748 0.891 0.1263 0.868 0.649
#> 5 5 0.883 0.839 0.914 0.0697 0.887 0.618
#> 6 6 0.941 0.900 0.949 0.0309 0.963 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.8555 0.5712 0.280 0.720
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.9732 0.3976 0.596 0.404
#> SRR1609381 1 0.9552 0.4650 0.624 0.376
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.9686 0.4175 0.604 0.396
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.9491 0.4830 0.632 0.368
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609396 1 0.8144 0.6900 0.748 0.252
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609400 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609410 2 0.8443 0.5869 0.272 0.728
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.8763 0.5376 0.296 0.704
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609422 2 0.9710 0.3868 0.400 0.600
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.9970 0.2092 0.532 0.468
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.7602 0.7269 0.220 0.780
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.1184 0.9225 0.984 0.016
#> SRR1609445 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.8207 0.6239 0.744 0.256
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609466 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.6343 0.7981 0.160 0.840
#> SRR1609472 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609471 2 0.9988 -0.0273 0.480 0.520
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.0672 0.9278 0.992 0.008
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609491 2 0.6531 0.7905 0.168 0.832
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.8861 0.5945 0.304 0.696
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.6623 0.7851 0.172 0.828
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.9323 0.5077 0.348 0.652
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.2603 0.9074 0.044 0.956
#> SRR1609518 1 0.9323 0.5252 0.652 0.348
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9686 0.3969 0.396 0.604
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.6712 0.7806 0.176 0.824
#> SRR1609527 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.8207 0.6240 0.744 0.256
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.9686 0.3981 0.396 0.604
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.8081 0.6380 0.752 0.248
#> SRR1609560 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.9775 0.3770 0.588 0.412
#> SRR1609577 1 0.8443 0.6602 0.728 0.272
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609583 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.8909 0.5203 0.692 0.308
#> SRR1609591 1 0.0376 0.9311 0.996 0.004
#> SRR1609593 1 0.9775 0.2446 0.588 0.412
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.8661 0.6228 0.288 0.712
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.6973 0.7669 0.188 0.812
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.4431 0.8654 0.092 0.908
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.7299 0.7068 0.204 0.796
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.9087 0.5718 0.676 0.324
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.9866 0.1607 0.432 0.568
#> SRR1609625 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.7299 0.7529 0.796 0.204
#> SRR1609632 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609633 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.9833 0.1886 0.424 0.576
#> SRR1609642 1 0.9427 0.5003 0.640 0.360
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7219 0.7524 0.200 0.800
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.8207 0.6239 0.744 0.256
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.7815 0.7176 0.768 0.232
#> SRR1609656 1 0.7219 0.7576 0.800 0.200
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.7602 0.7269 0.220 0.780
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.7602 0.7269 0.220 0.780
#> SRR1609669 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.0424 0.943 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609361 1 0.0747 0.941 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609362 1 0.6111 0.327 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.5706 0.512 0.680 0.320 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609368 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609370 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609371 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609372 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609373 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609379 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609382 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609384 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609386 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609385 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609387 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609388 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609393 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609395 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609396 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609398 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609399 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609400 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609397 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.6026 0.377 0.376 0.624 0.000
#> SRR1609404 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609410 1 0.0592 0.945 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609411 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0829 0.945 0.984 0.012 0.004
#> SRR1609412 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609415 3 0.4887 0.710 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609416 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609417 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609421 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609422 2 0.6633 0.252 0.008 0.548 0.444
#> SRR1609423 2 0.0848 0.946 0.008 0.984 0.008
#> SRR1609424 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609425 2 0.5968 0.406 0.364 0.636 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609428 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0747 0.944 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609430 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609431 2 0.5156 0.734 0.008 0.776 0.216
#> SRR1609432 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609434 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609435 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609436 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609437 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609438 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609439 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609440 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609441 2 0.0661 0.948 0.008 0.988 0.004
#> SRR1609442 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609444 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609445 3 0.0237 0.967 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609446 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609447 3 0.4750 0.730 0.216 0.000 0.784
#> SRR1609448 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609450 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609452 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609453 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609454 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609455 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609458 3 0.4121 0.801 0.168 0.000 0.832
#> SRR1609459 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609460 2 0.2945 0.879 0.004 0.908 0.088
#> SRR1609461 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609462 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609464 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609463 3 0.0424 0.971 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609465 2 0.1129 0.941 0.004 0.976 0.020
#> SRR1609466 1 0.6204 0.245 0.576 0.000 0.424
#> SRR1609467 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609469 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609470 2 0.0747 0.944 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609472 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609471 1 0.0475 0.946 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609474 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0661 0.948 0.008 0.988 0.004
#> SRR1609475 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609478 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609476 1 0.0892 0.938 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609477 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609479 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.2774 0.893 0.008 0.920 0.072
#> SRR1609480 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609482 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609484 2 0.0848 0.946 0.008 0.984 0.008
#> SRR1609483 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609486 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609485 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609487 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609488 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609489 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.5810 0.472 0.336 0.664 0.000
#> SRR1609491 2 0.5859 0.493 0.000 0.656 0.344
#> SRR1609492 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.5115 0.720 0.004 0.768 0.228
#> SRR1609494 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609496 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609497 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609498 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609499 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609501 2 0.0747 0.944 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609502 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.5292 0.718 0.008 0.764 0.228
#> SRR1609504 1 0.6095 0.335 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609505 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609506 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609508 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.4755 0.773 0.008 0.808 0.184
#> SRR1609512 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609511 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609513 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609514 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609515 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609518 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609519 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609520 2 0.0848 0.946 0.008 0.984 0.008
#> SRR1609521 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609522 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609523 2 0.6540 0.356 0.008 0.584 0.408
#> SRR1609524 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609525 2 0.0747 0.944 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609527 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609529 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609528 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609530 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609531 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609533 2 0.0747 0.944 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609534 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609535 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609537 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609540 1 0.4235 0.765 0.824 0.000 0.176
#> SRR1609541 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609542 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609544 1 0.6260 0.188 0.552 0.000 0.448
#> SRR1609545 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609546 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609549 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.0424 0.971 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609553 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609554 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609556 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609557 3 0.6204 0.238 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609558 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609560 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609561 3 0.0424 0.971 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609562 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.4504 0.730 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609565 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609569 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609570 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609571 3 0.0892 0.971 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609572 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609573 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609574 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609575 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.6140 0.296 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609577 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609579 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609580 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609581 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609585 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609586 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0237 0.967 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609588 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609592 3 0.0661 0.962 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609591 3 0.5397 0.599 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609593 3 0.0848 0.959 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609594 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609595 2 0.5156 0.734 0.008 0.776 0.216
#> SRR1609596 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609599 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609600 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609601 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609602 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609603 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609604 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609605 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609606 2 0.1170 0.941 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609607 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 2 0.0747 0.944 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609610 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609611 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609614 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609615 1 0.0747 0.944 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609616 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609617 2 0.3896 0.836 0.008 0.864 0.128
#> SRR1609618 3 0.0237 0.970 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609619 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609620 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609623 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609624 1 0.0475 0.946 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609625 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609626 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609627 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609630 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609632 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609633 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609634 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609636 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609637 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609638 2 0.5882 0.459 0.348 0.652 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609641 1 0.0475 0.946 0.992 0.004 0.004
#> SRR1609642 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609643 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609645 3 0.0237 0.970 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609646 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609647 2 0.4755 0.773 0.008 0.808 0.184
#> SRR1609649 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609648 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609652 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609653 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.4346 0.767 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609655 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609657 1 0.0424 0.946 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609656 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609661 3 0.0747 0.972 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609662 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 2 0.4978 0.736 0.004 0.780 0.216
#> SRR1609665 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.5835 0.469 0.660 0.340 0.000
#> SRR1609667 3 0.6062 0.383 0.384 0.000 0.616
#> SRR1609668 2 0.5156 0.734 0.008 0.776 0.216
#> SRR1609669 1 0.1031 0.941 0.976 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.4804 0.50633 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609361 1 0.4730 0.53450 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609362 1 0.6592 0.36576 0.524 0.084 0.000 0.392
#> SRR1609363 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.5339 0.48480 0.600 0.016 0.000 0.384
#> SRR1609366 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609372 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609379 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609383 1 0.4804 0.50633 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609381 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609394 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.4382 0.54908 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1609395 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0188 0.86858 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.4804 0.43572 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609406 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.2011 0.86779 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609414 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609415 3 0.3569 0.71309 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 4 0.4830 0.46768 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1609422 4 0.0188 0.58204 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609423 4 0.4855 0.05865 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609424 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609425 2 0.0336 0.86475 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0376 0.91274 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1609430 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609432 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609435 1 0.3907 0.63707 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.4804 0.43572 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609438 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609439 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3266 0.70712 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609442 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.1398 0.87628 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1609445 4 0.4989 0.12149 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1609446 2 0.1211 0.83021 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609447 3 0.2814 0.79720 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.4730 0.37289 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609453 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609456 2 0.1557 0.81077 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609457 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609458 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609459 4 0.4843 0.31694 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609460 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609461 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 3 0.0469 0.92926 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609465 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609466 1 0.7358 0.26857 0.448 0.000 0.160 0.392
#> SRR1609467 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.4804 0.10064 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1609470 2 0.4977 -0.14881 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609472 4 0.0469 0.58053 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609471 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.4996 -0.17550 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609475 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609478 4 0.0188 0.58123 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609476 3 0.4776 0.40719 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1609477 3 0.4585 0.44284 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1609479 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0188 0.58204 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609480 4 0.4697 0.31358 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609482 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4985 -0.13591 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1609483 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0336 0.86475 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609491 2 0.4830 0.08646 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609492 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609494 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609501 4 0.4981 0.33260 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1609502 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.0188 0.58204 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609504 3 0.4843 0.34167 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0188 0.58204 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609512 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4855 0.21868 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609515 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.4830 0.32184 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609517 4 0.4761 0.49394 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1609518 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4855 0.05865 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609521 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609524 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.4989 0.31490 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1609527 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.58066 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.4830 0.46768 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1609534 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 4 0.4746 0.49977 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609537 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.1716 0.88223 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1609538 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0188 0.93554 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609540 3 0.4193 0.61071 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1609541 4 0.1867 0.56941 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1609542 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.2814 0.79745 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.2081 0.86440 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1609547 3 0.1211 0.90525 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1609548 4 0.4866 0.29879 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609549 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.4994 -0.00199 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1609552 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4790 0.33117 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1609555 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.4991 0.47343 0.000 0.388 0.004 0.608
#> SRR1609558 3 0.4817 0.30945 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1609559 4 0.0336 0.58389 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609560 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0188 0.91512 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 3 0.4981 0.14276 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.4804 0.43572 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609576 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.7676 0.45482 0.000 0.308 0.240 0.452
#> SRR1609577 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.1716 0.88352 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1609582 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0188 0.86878 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609583 4 0.4866 0.29879 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609584 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.3801 0.67375 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1609588 2 0.0188 0.86878 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609589 2 0.1557 0.81077 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609590 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0336 0.58389 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609591 3 0.3754 0.80340 0.084 0.000 0.852 0.064
#> SRR1609593 4 0.5127 0.51095 0.000 0.356 0.012 0.632
#> SRR1609594 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609595 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609596 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4697 0.30736 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1609599 4 0.4830 0.23530 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609600 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.1637 0.57298 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1609602 4 0.4746 0.28489 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1609603 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.4730 0.46105 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609605 2 0.4967 -0.12977 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1609606 4 0.4830 0.46768 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1609607 3 0.1637 0.88706 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609608 3 0.2973 0.78788 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1609609 2 0.4817 0.09946 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609610 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.4804 0.43572 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609613 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4008 0.61936 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1609617 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609618 3 0.1637 0.88835 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609619 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.1302 0.83423 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609621 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.4830 0.42465 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609637 1 0.4967 0.13850 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1609638 2 0.3569 0.61448 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.2704 0.81756 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1609644 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609649 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.4730 0.37289 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1609652 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.7125 0.20928 0.132 0.476 0.000 0.392
#> SRR1609655 4 0.4843 0.31694 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1609657 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.4804 0.50633 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609658 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.4761 0.36172 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609661 3 0.0188 0.93536 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609662 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.93860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 4 0.4905 0.50523 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1609665 2 0.0000 0.87210 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.6574 0.37967 0.532 0.084 0.000 0.384
#> SRR1609667 3 0.3688 0.69647 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1609668 4 0.0188 0.58204 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609669 1 0.0000 0.91904 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.4192 0.3837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609361 4 0.4210 0.3674 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1609362 4 0.4331 0.3909 0.400 0.004 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4192 0.3837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609383 4 0.4192 0.3837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3074 0.6527 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.4210 0.5422 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609415 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609423 4 0.3109 0.6558 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609424 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4192 0.3566 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609435 1 0.4182 0.3087 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609438 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.6523 -0.0268 0.000 0.372 0.000 0.196 0.432
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.4182 0.3655 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609445 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.1608 0.7699 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609447 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609458 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609461 3 0.0703 0.9463 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 3 0.4964 0.6225 0.000 0.000 0.700 0.204 0.096
#> SRR1609465 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609466 4 0.3274 0.5680 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.3109 0.6558 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.3109 0.5027 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.4182 0.5612 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609475 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609478 4 0.3074 0.5047 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1609476 3 0.1341 0.9098 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2648 0.3419 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609480 4 0.4397 0.1759 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.5441 0.4427 0.000 0.080 0.000 0.596 0.324
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.5436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 3 0.3274 0.7108 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.2648 0.3419 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.3109 0.5459 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.3109 0.6558 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609521 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.4192 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.3109 0.5027 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609530 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3336 0.6199 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.2280 0.8445 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609540 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.2813 0.5559 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.1121 0.9228 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.2605 0.6804 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1609547 3 0.2230 0.8492 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609548 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.4455 0.6535 0.000 0.000 0.008 0.404 0.588
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.4192 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 3 0.4262 0.2155 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.0290 0.8269 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609582 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.4210 0.2962 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1609583 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 2 0.4210 0.2962 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1609589 5 0.1608 0.7682 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609593 5 0.4192 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609594 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609595 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.3074 0.5479 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1609599 4 0.3074 0.5479 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1609600 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.0000 0.5436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609602 4 0.2966 0.5519 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3949 0.2828 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1609605 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.3336 0.6893 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1609608 5 0.3336 0.6199 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609609 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609611 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4161 0.3306 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1609617 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609618 3 0.4210 0.3308 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1609619 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0162 0.9634 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609636 4 0.4192 0.5579 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609637 3 0.2929 0.7681 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.3109 0.6497 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609649 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.0000 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.5877 0.6322 0.160 0.244 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609655 5 0.4192 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.4192 0.3837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.4192 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609661 3 0.4210 0.3308 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0703 0.9463 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609664 5 0.4210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.4331 0.3909 0.400 0.004 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609667 3 0.0000 0.9669 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.5436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.3756 0.428 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3717 0.540 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.2793 0.768 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2793 0.768 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.2730 0.706 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0146 0.974 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3756 0.507 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.1531 0.898 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1609414 3 0.1556 0.924 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609415 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609418 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609422 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609423 4 0.1663 0.777 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609425 2 0.0405 0.973 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.3899 0.268 0.404 0.000 0.000 0.004 0.592 0.000
#> SRR1609430 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609431 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609432 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3563 0.491 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.2823 0.764 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609440 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0717 0.913 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.3626 0.589 0.704 0.000 0.004 0.004 0.288 0.000
#> SRR1609445 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609446 5 0.0405 0.920 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1609447 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.1531 0.898 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1609453 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609457 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609458 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.1753 0.889 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609460 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609461 5 0.4977 0.482 0.000 0.000 0.300 0.084 0.612 0.004
#> SRR1609462 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0922 0.951 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609463 6 0.0260 0.947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1609465 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609466 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609469 4 0.1663 0.777 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609472 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609471 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609474 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.1663 0.777 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609476 3 0.0458 0.945 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.1753 0.885 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609479 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0146 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609480 4 0.4122 -0.103 0.000 0.000 0.472 0.520 0.004 0.004
#> SRR1609482 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609484 4 0.2762 0.675 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609483 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609486 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609485 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609487 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609492 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609494 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0603 0.954 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1609497 3 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609498 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609502 2 0.0405 0.973 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1609503 6 0.3765 0.256 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1609504 3 0.2823 0.725 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 6 0.0146 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609512 3 0.0458 0.954 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609513 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.1753 0.889 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609517 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609518 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609520 4 0.1663 0.777 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609521 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0922 0.951 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609523 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609524 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0922 0.951 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609525 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609527 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609528 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609530 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609533 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609534 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609535 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609537 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3678 0.737 0.000 0.000 0.128 0.084 0.788 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.2988 0.877 0.000 0.000 0.852 0.084 0.004 0.060
#> SRR1609540 3 0.0146 0.952 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.0458 0.945 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.1531 0.896 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1609547 3 0.4313 0.707 0.000 0.000 0.728 0.084 0.184 0.004
#> SRR1609548 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609549 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609552 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609553 3 0.1753 0.920 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR1609554 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609555 3 0.1387 0.931 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609558 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609559 6 0.3756 0.295 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609560 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609562 1 0.0291 0.972 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0858 0.950 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1609564 3 0.3747 0.331 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609571 3 0.0922 0.951 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609572 3 0.0692 0.953 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1609573 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609574 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.3684 0.564 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609577 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.1753 0.885 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609582 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.0405 0.920 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1609583 5 0.0291 0.925 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609584 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609585 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.1753 0.885 0.000 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1609588 5 0.0405 0.920 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1609589 5 0.0291 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609590 3 0.0603 0.954 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1609592 5 0.0291 0.925 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609591 5 0.0291 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609593 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609594 4 0.2762 0.770 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609596 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 6 0.0260 0.949 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609602 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3756 0.140 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609606 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609607 3 0.5253 0.168 0.000 0.000 0.504 0.084 0.408 0.004
#> SRR1609608 5 0.3678 0.737 0.000 0.000 0.128 0.084 0.788 0.000
#> SRR1609609 5 0.0146 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609610 3 0.1753 0.920 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR1609611 4 0.3756 0.507 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0547 0.953 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609614 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.2964 0.697 0.792 0.000 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609617 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609618 5 0.0146 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609619 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0922 0.951 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609623 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0837 0.952 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1609627 1 0.0291 0.972 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.1897 0.919 0.000 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1609636 4 0.2793 0.768 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609637 3 0.0458 0.945 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.2902 0.688 0.196 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0458 0.954 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0260 0.923 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.4343 0.700 0.000 0.000 0.724 0.084 0.188 0.004
#> SRR1609646 3 0.0748 0.953 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1609647 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609649 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.1531 0.898 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1609652 3 0.0603 0.954 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.3351 0.741 0.160 0.040 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609655 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609657 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609661 5 0.1531 0.897 0.000 0.000 0.004 0.068 0.928 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.4993 0.473 0.000 0.000 0.304 0.084 0.608 0.004
#> SRR1609664 6 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609665 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.2793 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609667 3 0.0000 0.954 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 6 0.0260 0.949 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609669 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.752 0.877 0.947 0.4895 0.505 0.505
#> 3 3 0.604 0.614 0.803 0.3417 0.688 0.458
#> 4 4 0.806 0.868 0.935 0.1280 0.779 0.459
#> 5 5 0.727 0.715 0.834 0.0532 0.890 0.626
#> 6 6 0.794 0.662 0.800 0.0437 0.850 0.456
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 1 0.7745 0.6942 0.772 0.228
#> SRR1609361 2 0.5059 0.8207 0.112 0.888
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.9129 0.5414 0.328 0.672
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.4298 0.8826 0.912 0.088
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.1414 0.9503 0.980 0.020
#> SRR1609381 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609396 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609400 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.7219 0.7370 0.800 0.200
#> SRR1609410 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.7219 0.7370 0.800 0.200
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.7299 0.7317 0.796 0.204
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609422 2 0.9833 0.3689 0.424 0.576
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609441 2 0.6887 0.7574 0.184 0.816
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0376 0.9597 0.996 0.004
#> SRR1609445 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.9608 0.4520 0.384 0.616
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.0672 0.9576 0.992 0.008
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.7815 0.6698 0.768 0.232
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.8813 0.5987 0.300 0.700
#> SRR1609456 2 0.9635 0.4437 0.388 0.612
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.7219 0.7435 0.200 0.800
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.5408 0.8216 0.124 0.876
#> SRR1609466 1 0.8016 0.6568 0.756 0.244
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.9963 0.2584 0.464 0.536
#> SRR1609472 1 0.7815 0.6697 0.768 0.232
#> SRR1609471 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.9815 0.3795 0.420 0.580
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.4298 0.8533 0.088 0.912
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.9815 0.2762 0.420 0.580
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609493 1 0.9922 0.0561 0.552 0.448
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.0938 0.9555 0.988 0.012
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.9710 0.4251 0.400 0.600
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.7376 0.7348 0.208 0.792
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.7219 0.7435 0.200 0.800
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.7219 0.7240 0.800 0.200
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.1843 0.8983 0.028 0.972
#> SRR1609518 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.9775 0.3994 0.412 0.588
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609527 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.9754 0.4093 0.408 0.592
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.3431 0.8725 0.064 0.936
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.8661 0.5560 0.712 0.288
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.2948 0.9160 0.948 0.052
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.1414 0.9476 0.980 0.020
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.0672 0.9566 0.992 0.008
#> SRR1609560 1 0.7299 0.7317 0.796 0.204
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.8443 0.6163 0.728 0.272
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.1414 0.9506 0.980 0.020
#> SRR1609583 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609588 1 0.2948 0.9228 0.948 0.052
#> SRR1609589 2 0.9635 0.4437 0.388 0.612
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.7602 0.6910 0.780 0.220
#> SRR1609591 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.7299 0.7175 0.796 0.204
#> SRR1609599 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.7376 0.7110 0.792 0.208
#> SRR1609603 2 0.9710 0.3277 0.400 0.600
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.9608 0.4520 0.384 0.616
#> SRR1609606 2 0.9427 0.5084 0.360 0.640
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.8713 0.5619 0.708 0.292
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609632 1 0.7139 0.7430 0.804 0.196
#> SRR1609633 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609642 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.9635 0.3561 0.612 0.388
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.7219 0.7435 0.200 0.800
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.6247 0.7900 0.844 0.156
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609656 1 0.1184 0.9532 0.984 0.016
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.9732 0.4187 0.404 0.596
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9168 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.9358 0.5234 0.352 0.648
#> SRR1609669 1 0.9686 0.3354 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.4702 0.2556 0.788 0.000 0.212
#> SRR1609361 1 0.8264 -0.2206 0.556 0.088 0.356
#> SRR1609362 2 0.7085 0.4735 0.356 0.612 0.032
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.7489 -0.2206 0.496 0.468 0.036
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 3 0.6318 0.5873 0.356 0.008 0.636
#> SRR1609370 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.2878 0.4328 0.904 0.000 0.096
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.3482 0.3923 0.872 0.000 0.128
#> SRR1609381 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609384 2 0.7084 0.5000 0.336 0.628 0.036
#> SRR1609386 2 0.7037 0.5131 0.328 0.636 0.036
#> SRR1609385 3 0.6521 0.4104 0.496 0.004 0.500
#> SRR1609387 1 0.6267 -0.3329 0.548 0.000 0.452
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609396 1 0.4002 0.3418 0.840 0.000 0.160
#> SRR1609398 2 0.6124 0.6731 0.220 0.744 0.036
#> SRR1609399 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609400 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.7368 0.6132 0.200 0.696 0.104
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.6286 -0.3549 0.536 0.000 0.464
#> SRR1609410 3 0.6309 0.4116 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609412 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609414 1 0.5948 0.6611 0.640 0.000 0.360
#> SRR1609415 1 0.4750 0.5568 0.784 0.000 0.216
#> SRR1609416 1 0.3412 0.5050 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609417 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609418 3 0.6309 0.4116 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609421 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609422 3 0.2200 0.6464 0.004 0.056 0.940
#> SRR1609423 2 0.3802 0.8449 0.032 0.888 0.080
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.5785 0.6762 0.668 0.000 0.332
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609430 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609431 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609432 2 0.0424 0.9512 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609433 1 0.4887 0.5983 0.772 0.000 0.228
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609436 1 0.6095 0.6419 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609437 3 0.7637 0.5948 0.320 0.064 0.616
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609440 1 0.3192 0.4137 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609441 3 0.7491 0.5957 0.324 0.056 0.620
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.6079 0.6446 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609444 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609445 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609446 3 0.7262 0.5953 0.332 0.044 0.624
#> SRR1609447 1 0.5835 0.6549 0.660 0.000 0.340
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609450 3 0.6204 0.2987 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609451 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609452 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609453 3 0.3116 0.5889 0.108 0.000 0.892
#> SRR1609454 3 0.8230 0.5864 0.280 0.112 0.608
#> SRR1609455 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609456 3 0.7491 0.5957 0.324 0.056 0.620
#> SRR1609457 3 0.3551 0.4664 0.132 0.000 0.868
#> SRR1609458 1 0.5905 0.6309 0.648 0.000 0.352
#> SRR1609459 3 0.1919 0.6189 0.020 0.024 0.956
#> SRR1609460 3 0.2261 0.6422 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609461 3 0.2356 0.5599 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609462 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609464 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609463 3 0.4346 0.4581 0.184 0.000 0.816
#> SRR1609465 3 0.4178 0.6004 0.000 0.172 0.828
#> SRR1609466 1 0.3412 0.4021 0.876 0.000 0.124
#> SRR1609467 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609469 2 0.8876 -0.1185 0.120 0.468 0.412
#> SRR1609470 3 0.2384 0.6511 0.008 0.056 0.936
#> SRR1609472 3 0.6203 0.3363 0.184 0.056 0.760
#> SRR1609471 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609474 3 0.7262 0.5914 0.332 0.044 0.624
#> SRR1609473 2 0.1860 0.9052 0.000 0.948 0.052
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 3 0.6402 0.2911 0.200 0.056 0.744
#> SRR1609476 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609477 3 0.1482 0.6259 0.012 0.020 0.968
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 3 0.6154 0.3143 0.000 0.408 0.592
#> SRR1609480 3 0.3267 0.5441 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609482 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609484 3 0.8562 0.5572 0.184 0.208 0.608
#> SRR1609483 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609486 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609485 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609487 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609488 3 0.5591 -0.0200 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609491 3 0.4504 0.6276 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.1399 0.6398 0.028 0.004 0.968
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609496 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609497 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609498 1 0.6079 0.6718 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609499 3 0.6204 0.2987 0.000 0.424 0.576
#> SRR1609500 1 0.6045 0.6505 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609501 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609502 3 0.7577 0.5950 0.324 0.060 0.616
#> SRR1609503 3 0.4194 0.5864 0.064 0.060 0.876
#> SRR1609504 1 0.3482 0.5024 0.872 0.000 0.128
#> SRR1609505 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609508 3 0.6299 0.1632 0.000 0.476 0.524
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.2878 0.6355 0.000 0.096 0.904
#> SRR1609512 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609511 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609513 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609514 1 0.6274 0.5778 0.544 0.000 0.456
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0892 0.6164 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609517 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609518 1 0.6280 -0.3477 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609519 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609520 2 0.1031 0.9350 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609521 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609522 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609523 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609525 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609527 3 0.6180 0.5403 0.416 0.000 0.584
#> SRR1609529 3 0.6260 -0.4188 0.448 0.000 0.552
#> SRR1609528 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609530 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609533 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609534 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609535 3 0.4842 0.5701 0.000 0.224 0.776
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.3340 0.4873 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609538 2 0.0592 0.9474 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609539 1 0.6309 0.4846 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609540 1 0.3482 0.3923 0.872 0.000 0.128
#> SRR1609541 1 0.7841 0.5656 0.536 0.056 0.408
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609544 1 0.2165 0.4648 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609545 1 0.6045 0.6745 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609546 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609547 1 0.6309 0.4846 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609548 3 0.2200 0.6464 0.004 0.056 0.940
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.2796 0.5312 0.092 0.000 0.908
#> SRR1609552 1 0.6045 0.6578 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609553 1 0.6154 0.6551 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609554 3 0.0237 0.6275 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609555 3 0.6045 -0.2586 0.380 0.000 0.620
#> SRR1609556 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609557 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609558 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609559 3 0.2297 0.6483 0.020 0.036 0.944
#> SRR1609560 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609561 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609562 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609563 3 0.7491 0.5957 0.324 0.056 0.620
#> SRR1609564 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 3 0.6309 0.4116 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609569 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609570 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609571 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609572 1 0.5859 0.6681 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609573 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609574 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609577 1 0.3482 0.3923 0.872 0.000 0.128
#> SRR1609579 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609580 3 0.0592 0.6224 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609582 1 0.6062 0.6729 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609581 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609583 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609584 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609585 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.2356 0.5726 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609588 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609589 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609590 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609592 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609591 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609593 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.2200 0.6464 0.004 0.056 0.940
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 1 0.6252 0.5921 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609599 1 0.6079 0.6446 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609600 1 0.5968 0.6788 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609601 3 0.6045 -0.1703 0.380 0.000 0.620
#> SRR1609602 1 0.6045 0.6500 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609603 1 0.6955 -0.4113 0.496 0.016 0.488
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 3 0.7491 0.5957 0.324 0.056 0.620
#> SRR1609606 3 0.2261 0.6422 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609607 3 0.5621 0.0310 0.308 0.000 0.692
#> SRR1609608 3 0.3619 0.4587 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609609 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609610 1 0.6235 0.6015 0.564 0.000 0.436
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.3879 0.4986 0.152 0.000 0.848
#> SRR1609614 1 0.5905 0.6647 0.648 0.000 0.352
#> SRR1609615 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609616 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609617 3 0.3356 0.6552 0.036 0.056 0.908
#> SRR1609618 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609619 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609622 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609623 1 0.5760 0.6609 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609624 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609625 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609626 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609627 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.3038 0.5135 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609632 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609633 1 0.2261 0.4625 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.1753 0.4729 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609638 3 0.5926 0.5891 0.356 0.000 0.644
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609641 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609642 1 0.6252 -0.3183 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609643 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609644 3 0.6309 0.4116 0.496 0.000 0.504
#> SRR1609645 3 0.4002 0.4200 0.160 0.000 0.840
#> SRR1609646 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609647 3 0.5260 0.6452 0.080 0.092 0.828
#> SRR1609649 1 0.6062 0.6729 0.616 0.000 0.384
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.6309 -0.0939 0.000 0.504 0.496
#> SRR1609650 3 0.1964 0.6486 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609652 1 0.5926 0.6805 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 3 0.7577 0.5950 0.324 0.060 0.616
#> SRR1609655 3 0.3412 0.4994 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609657 1 0.2878 0.4333 0.904 0.000 0.096
#> SRR1609656 1 0.2625 0.4466 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.2959 0.5211 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609661 3 0.1289 0.6382 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.1643 0.5958 0.044 0.000 0.956
#> SRR1609664 3 0.2200 0.6464 0.004 0.056 0.940
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5816 0.6875 0.224 0.752 0.024
#> SRR1609667 1 0.4796 0.5936 0.780 0.000 0.220
#> SRR1609668 3 0.2400 0.6425 0.004 0.064 0.932
#> SRR1609669 3 0.6309 0.4116 0.496 0.000 0.504
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 1 0.4877 0.224 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2760 0.847 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609376 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609383 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.1118 0.856 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.1211 0.860 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.3569 0.749 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.3610 0.747 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 1 0.7748 0.271 0.440 0.000 0.276 0.284
#> SRR1609415 1 0.3521 0.850 0.864 0.000 0.052 0.084
#> SRR1609416 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.2589 0.852 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609421 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609426 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3074 0.833 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1609430 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.3172 0.790 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609436 1 0.5272 0.622 0.680 0.000 0.288 0.032
#> SRR1609437 4 0.4072 0.617 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1609438 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.3539 0.775 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1609444 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609445 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.4331 0.647 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2589 0.853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609450 2 0.2921 0.827 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1609451 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.3528 0.799 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609454 4 0.1867 0.856 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609455 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609456 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 4 0.2921 0.792 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609458 1 0.3217 0.845 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR1609459 4 0.2704 0.808 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609460 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 4 0.1792 0.864 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1609462 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.6412 0.498 0.592 0.000 0.320 0.088
#> SRR1609465 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609474 1 0.3324 0.840 0.852 0.012 0.000 0.136
#> SRR1609473 2 0.3266 0.792 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609475 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609477 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.2589 0.852 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609488 1 0.4643 0.561 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609491 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.4522 0.601 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1609499 2 0.2921 0.827 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1609500 1 0.4331 0.647 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1609501 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 4 0.7572 0.230 0.288 0.232 0.000 0.480
#> SRR1609503 4 0.0469 0.905 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609504 1 0.3047 0.851 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1609505 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0188 0.986 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609509 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.4855 0.297 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609513 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0469 0.905 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609515 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.4040 0.648 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609521 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.2469 0.850 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609528 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.2868 0.796 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1609538 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.4761 0.374 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1609540 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609541 4 0.2921 0.792 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609542 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609545 3 0.4761 0.279 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1609546 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 4 0.4522 0.526 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609548 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.3400 0.747 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609552 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.5121 0.729 0.120 0.000 0.764 0.116
#> SRR1609554 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 1 0.7732 0.271 0.444 0.000 0.288 0.268
#> SRR1609556 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609557 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609561 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609563 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609564 1 0.2741 0.859 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR1609565 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.6008 0.211 0.496 0.000 0.464 0.040
#> SRR1609573 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 4 0.4730 0.304 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1609577 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 1 0.4522 0.601 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1609581 4 0.4916 0.102 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1609583 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.2760 0.803 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1609588 4 0.4855 0.188 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1609589 1 0.3486 0.802 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609590 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 1 0.3074 0.833 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1609593 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0469 0.905 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609599 4 0.0469 0.905 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609600 3 0.2530 0.833 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1609601 4 0.2647 0.814 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1609602 4 0.2814 0.801 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1609603 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609605 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 4 0.4543 0.519 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1609608 4 0.2868 0.796 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1609609 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.5039 0.453 0.592 0.000 0.004 0.404
#> SRR1609611 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.6641 0.535 0.600 0.000 0.124 0.276
#> SRR1609614 1 0.4522 0.601 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1609615 1 0.2760 0.847 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609616 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609617 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609620 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.4643 0.561 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2760 0.847 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609626 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.2589 0.852 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609628 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.6121 0.715 0.680 0.000 0.156 0.164
#> SRR1609630 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0336 0.874 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609632 1 0.2530 0.853 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609633 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609638 1 0.2921 0.841 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609639 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.4331 0.585 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1609646 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609647 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.4522 0.601 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4730 0.370 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1609655 4 0.3444 0.743 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1609657 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.2921 0.792 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609661 4 0.4855 0.188 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1609662 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.4134 0.632 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1609664 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.4008 0.713 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.4134 0.685 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.912 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.874 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.4182 0.16863 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609361 1 0.0162 0.78505 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609362 4 0.4708 0.24696 0.436 0.016 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.4287 0.19742 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0162 0.78485 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4305 0.34487 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.2424 0.74266 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1609376 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609383 1 0.0404 0.78124 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.4138 0.26522 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.4297 0.14173 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0162 0.78532 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609387 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.3752 0.45374 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4101 0.36535 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0609 0.91867 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 5 0.4305 0.09588 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1609407 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0404 0.78237 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609414 1 0.7100 0.49208 0.540 0.000 0.236 0.160 0.064
#> SRR1609415 1 0.6205 0.68299 0.660 0.000 0.072 0.156 0.112
#> SRR1609416 1 0.2561 0.75513 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1609417 3 0.1914 0.88622 0.000 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609418 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0703 0.90934 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609420 1 0.2329 0.74713 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609421 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 5 0.4291 0.41647 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1609423 4 0.5330 0.46941 0.000 0.056 0.000 0.548 0.396
#> SRR1609424 4 0.4305 0.34487 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609425 5 0.2605 0.71338 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609426 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0290 0.90443 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.2561 0.71681 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1609430 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3752 0.64790 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1609432 2 0.4300 0.00759 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1609433 1 0.5562 0.61287 0.644 0.000 0.200 0.156 0.000
#> SRR1609434 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609435 1 0.2561 0.75513 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1609436 1 0.7100 0.49208 0.540 0.000 0.236 0.160 0.064
#> SRR1609437 5 0.1608 0.76426 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609438 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609439 3 0.1845 0.88823 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> SRR1609440 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609442 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 1 0.6889 0.54648 0.576 0.000 0.200 0.160 0.064
#> SRR1609444 5 0.2561 0.71681 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1609445 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609447 1 0.6932 0.50581 0.552 0.000 0.236 0.160 0.052
#> SRR1609448 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.3389 0.75029 0.836 0.000 0.000 0.048 0.116
#> SRR1609450 5 0.2605 0.66923 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609451 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0510 0.78118 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609453 1 0.5941 0.60049 0.584 0.000 0.000 0.160 0.256
#> SRR1609454 5 0.1597 0.77019 0.048 0.012 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609455 1 0.3707 0.61990 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1609456 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609457 5 0.5122 0.54886 0.000 0.000 0.200 0.112 0.688
#> SRR1609458 1 0.5941 0.60049 0.584 0.000 0.000 0.160 0.256
#> SRR1609459 5 0.3562 0.63180 0.000 0.000 0.196 0.016 0.788
#> SRR1609460 5 0.3752 0.64790 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1609461 5 0.2890 0.69179 0.000 0.000 0.004 0.160 0.836
#> SRR1609462 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.7089 0.54244 0.540 0.000 0.156 0.240 0.064
#> SRR1609465 5 0.4025 0.64355 0.000 0.008 0.000 0.292 0.700
#> SRR1609466 1 0.4270 0.61294 0.748 0.000 0.000 0.204 0.048
#> SRR1609467 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.5281 0.46509 0.000 0.052 0.000 0.548 0.400
#> SRR1609470 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.4278 0.41372 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609471 1 0.3612 0.63674 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609474 5 0.2763 0.71273 0.148 0.004 0.000 0.000 0.848
#> SRR1609473 4 0.6144 0.55839 0.000 0.172 0.000 0.548 0.280
#> SRR1609475 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609478 4 0.4278 0.41372 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1609476 1 0.1732 0.77570 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1609477 5 0.0510 0.78118 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609479 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.2732 0.48854 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609480 4 0.4256 0.41863 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609482 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.1557 0.75540 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR1609483 3 0.1701 0.89107 0.000 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1609486 3 0.2036 0.88618 0.000 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1609485 3 0.1943 0.88738 0.000 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1609487 1 0.2280 0.74881 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609488 1 0.7100 0.49208 0.540 0.000 0.236 0.160 0.064
#> SRR1609489 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.2605 0.71338 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609491 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3752 0.64790 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1609494 2 0.4219 0.17778 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1609495 1 0.1478 0.77892 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.4293 0.79942 0.004 0.000 0.772 0.160 0.064
#> SRR1609498 1 0.7046 0.49606 0.544 0.000 0.236 0.160 0.060
#> SRR1609499 5 0.2605 0.66923 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609500 1 0.7046 0.49606 0.544 0.000 0.236 0.160 0.060
#> SRR1609501 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 5 0.2127 0.74493 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609503 4 0.2561 0.49052 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1609504 1 0.4789 0.71796 0.728 0.000 0.000 0.156 0.116
#> SRR1609505 3 0.2471 0.84779 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.4231 0.80277 0.004 0.000 0.776 0.160 0.060
#> SRR1609508 5 0.4249 0.22295 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609509 2 0.0162 0.93611 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609510 5 0.3857 0.63313 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1609512 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.4298 0.73356 0.000 0.000 0.756 0.184 0.060
#> SRR1609513 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.4242 0.42909 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1609515 2 0.2377 0.74279 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609516 5 0.0510 0.78118 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609517 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0955 0.90019 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1609520 4 0.6036 0.55384 0.000 0.144 0.000 0.548 0.308
#> SRR1609521 3 0.2583 0.84762 0.004 0.000 0.864 0.132 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 5 0.3837 0.64378 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609524 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.4535 0.77968 0.000 0.000 0.748 0.160 0.092
#> SRR1609528 4 0.4256 0.42199 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1609530 3 0.1845 0.88823 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> SRR1609531 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.1914 0.88622 0.000 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609535 5 0.4025 0.64355 0.000 0.008 0.000 0.292 0.700
#> SRR1609537 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.4670 0.57741 0.000 0.000 0.200 0.076 0.724
#> SRR1609538 5 0.4305 0.09588 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1609539 3 0.2193 0.88349 0.000 0.000 0.912 0.028 0.060
#> SRR1609540 1 0.5452 0.65756 0.656 0.000 0.000 0.144 0.200
#> SRR1609541 4 0.5716 0.35209 0.000 0.000 0.240 0.616 0.144
#> SRR1609542 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.2471 0.75839 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1609545 3 0.7429 -0.04465 0.372 0.000 0.408 0.160 0.060
#> SRR1609546 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 5 0.5520 0.26064 0.000 0.000 0.364 0.076 0.560
#> SRR1609548 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.5177 0.56827 0.000 0.000 0.180 0.132 0.688
#> SRR1609552 3 0.1845 0.88823 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> SRR1609553 3 0.6927 0.59675 0.124 0.000 0.596 0.160 0.120
#> SRR1609554 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 1 0.7202 0.48404 0.532 0.000 0.236 0.160 0.072
#> SRR1609556 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.0510 0.78118 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609560 1 0.3039 0.70444 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609561 3 0.3336 0.84919 0.000 0.000 0.844 0.096 0.060
#> SRR1609562 1 0.3661 0.62847 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1609563 5 0.2561 0.71681 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1609564 1 0.4428 0.73401 0.760 0.000 0.000 0.144 0.096
#> SRR1609565 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.1043 0.89597 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.7387 0.32810 0.464 0.000 0.312 0.160 0.064
#> SRR1609573 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.3484 0.82871 0.004 0.000 0.820 0.152 0.024
#> SRR1609575 4 0.4305 0.34487 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.4304 -0.15966 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609577 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.0703 0.77870 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1609582 1 0.7100 0.49208 0.540 0.000 0.236 0.160 0.064
#> SRR1609581 5 0.1608 0.76426 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609583 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.4166 0.80610 0.004 0.000 0.780 0.160 0.056
#> SRR1609586 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.3970 0.58879 0.000 0.000 0.236 0.020 0.744
#> SRR1609588 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609589 5 0.2280 0.73559 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1609590 3 0.3130 0.85675 0.000 0.000 0.856 0.096 0.048
#> SRR1609592 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 5 0.2329 0.73254 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1609593 5 0.3707 0.65539 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1609594 4 0.4278 0.41342 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609595 5 0.3816 0.64496 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1609596 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.4527 0.45241 0.012 0.000 0.000 0.596 0.392
#> SRR1609599 4 0.4047 0.47950 0.000 0.000 0.004 0.676 0.320
#> SRR1609600 3 0.6113 0.67108 0.116 0.000 0.664 0.160 0.060
#> SRR1609601 1 0.5964 0.50766 0.536 0.000 0.000 0.340 0.124
#> SRR1609602 4 0.5301 0.38081 0.000 0.000 0.176 0.676 0.148
#> SRR1609603 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.3366 0.55808 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1609605 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609606 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 3 0.4138 0.80259 0.000 0.000 0.776 0.160 0.064
#> SRR1609608 5 0.4637 0.58209 0.000 0.000 0.196 0.076 0.728
#> SRR1609609 5 0.1410 0.76866 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609610 1 0.6166 0.58130 0.564 0.000 0.004 0.160 0.272
#> SRR1609611 4 0.4305 0.34487 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.8137 0.37588 0.416 0.000 0.176 0.160 0.248
#> SRR1609614 1 0.7100 0.49208 0.540 0.000 0.236 0.160 0.064
#> SRR1609615 1 0.2852 0.71909 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609616 1 0.4528 0.67631 0.728 0.000 0.000 0.060 0.212
#> SRR1609617 5 0.2690 0.73763 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1609618 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.3636 0.63279 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1609620 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.7012 0.47920 0.536 0.000 0.252 0.160 0.052
#> SRR1609624 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3551 0.73927 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR1609626 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.2280 0.74881 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609628 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.2890 0.69024 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> SRR1609630 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0290 0.78576 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609632 1 0.2179 0.75251 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609633 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3109 0.71067 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609636 4 0.4305 0.34487 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609637 1 0.2561 0.75513 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1609638 5 0.2605 0.71338 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609639 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.78515 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.5656 0.47059 0.000 0.000 0.236 0.140 0.624
#> SRR1609646 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.4025 0.64355 0.000 0.008 0.000 0.292 0.700
#> SRR1609649 1 0.7046 0.49606 0.544 0.000 0.236 0.160 0.060
#> SRR1609648 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.3336 0.55678 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1609650 5 0.0510 0.78118 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609652 3 0.0000 0.90571 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 5 0.6153 -0.17691 0.132 0.000 0.000 0.408 0.460
#> SRR1609655 5 0.4571 0.65536 0.000 0.000 0.076 0.188 0.736
#> SRR1609657 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.3143 0.58737 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3837 0.64433 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609661 5 0.2020 0.74281 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1609662 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.4987 0.53410 0.000 0.000 0.236 0.080 0.684
#> SRR1609664 5 0.3837 0.64378 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609665 2 0.0000 0.94117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.2966 0.62707 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.5947 0.56277 0.604 0.000 0.236 0.156 0.004
#> SRR1609668 4 0.2732 0.48854 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609669 1 0.0000 0.78679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 1 0.4167 0.2630 0.708 0.000 0.000 0.056 0.000 0.236
#> SRR1609361 1 0.4371 0.7248 0.620 0.000 0.000 0.344 0.000 0.036
#> SRR1609362 1 0.3175 0.1596 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 1 0.3151 0.1644 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.5956 0.3243 0.324 0.440 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609372 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0363 0.8616 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.5574 0.5818 0.504 0.000 0.000 0.344 0.152 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609379 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609383 1 0.5974 0.5357 0.428 0.000 0.000 0.336 0.000 0.236
#> SRR1609381 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.4547 0.4712 0.656 0.276 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.4105 0.3671 0.632 0.348 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4561 0.2800 0.568 0.392 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.5625 0.5135 0.540 0.244 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0458 0.8622 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609411 5 0.3828 0.1361 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0363 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609414 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609415 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609416 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0547 0.8555 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609420 1 0.4606 0.7060 0.604 0.000 0.000 0.344 0.052 0.000
#> SRR1609421 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609422 6 0.2631 0.8132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609423 5 0.6041 0.0507 0.344 0.000 0.000 0.000 0.400 0.256
#> SRR1609424 2 0.5956 0.3243 0.324 0.440 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609425 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.2941 0.6886 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609432 5 0.3862 0.0272 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1609433 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609435 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609436 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609438 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609439 3 0.0363 0.8957 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609445 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 4 0.3806 0.4287 0.048 0.000 0.000 0.752 0.200 0.000
#> SRR1609450 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609453 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609454 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 5 0.4092 0.3161 0.020 0.000 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1609456 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 4 0.3847 0.2259 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1609458 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.0547 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609460 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609461 4 0.3607 0.4287 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1609462 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 4 0.3737 0.2704 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609465 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609466 4 0.7056 -0.2557 0.336 0.000 0.000 0.356 0.072 0.236
#> SRR1609467 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 5 0.6041 0.0507 0.344 0.000 0.000 0.000 0.400 0.256
#> SRR1609470 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 5 0.6041 0.0507 0.344 0.000 0.000 0.000 0.400 0.256
#> SRR1609471 5 0.4092 0.3161 0.020 0.000 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1609474 5 0.0405 0.7932 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609473 1 0.7023 -0.2244 0.344 0.064 0.000 0.000 0.336 0.256
#> SRR1609475 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609478 5 0.6041 0.0507 0.344 0.000 0.000 0.000 0.400 0.256
#> SRR1609476 4 0.0547 0.6879 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1609477 5 0.0547 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0000 0.6601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.7602 -0.2061 0.344 0.000 0.000 0.220 0.196 0.240
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.1204 0.8783 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.4493 0.7133 0.612 0.000 0.000 0.344 0.044 0.000
#> SRR1609488 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609491 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609494 2 0.3851 0.1523 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609495 4 0.2793 0.3707 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 4 0.3592 0.3310 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1609498 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 6 0.3592 0.3825 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1609504 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609505 3 0.3789 0.3163 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 4 0.3592 0.3310 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1609508 5 0.3634 0.2594 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1609509 2 0.0146 0.8691 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609510 6 0.3076 0.8411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609512 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.3626 0.7437 0.084 0.000 0.812 0.012 0.000 0.092
#> SRR1609513 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.7127 -0.2210 0.344 0.000 0.000 0.076 0.324 0.256
#> SRR1609515 2 0.2527 0.6841 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1609516 5 0.0547 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609517 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.3847 0.5937 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.2135 0.8172 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609520 1 0.7500 -0.2158 0.344 0.144 0.000 0.000 0.256 0.256
#> SRR1609521 3 0.3695 0.3994 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.3737 0.6967 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1609529 4 0.3714 0.3363 0.000 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000
#> SRR1609528 5 0.6041 0.0507 0.344 0.000 0.000 0.000 0.400 0.256
#> SRR1609530 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609534 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609535 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 4 0.3607 0.4287 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1609538 5 0.3828 0.1361 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609539 3 0.5366 0.3870 0.000 0.000 0.564 0.144 0.000 0.292
#> SRR1609540 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.7764 -0.2118 0.344 0.000 0.180 0.172 0.012 0.292
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.1327 0.8639 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609544 4 0.0790 0.6761 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1609545 4 0.1610 0.6749 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 4 0.5575 0.3611 0.000 0.000 0.172 0.532 0.296 0.000
#> SRR1609548 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 4 0.5498 -0.0414 0.000 0.000 0.000 0.488 0.132 0.380
#> SRR1609552 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609553 4 0.3541 0.4885 0.000 0.000 0.260 0.728 0.012 0.000
#> SRR1609554 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609555 4 0.0146 0.7013 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609556 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 5 0.0146 0.8000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609560 5 0.4493 0.2860 0.044 0.000 0.000 0.344 0.612 0.000
#> SRR1609561 3 0.2854 0.7258 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1609562 5 0.5574 0.0364 0.152 0.000 0.000 0.344 0.504 0.000
#> SRR1609563 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.2300 0.7953 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.1267 0.6850 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 4 0.3634 0.3170 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.5956 0.3243 0.324 0.440 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.3975 0.2877 0.008 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000
#> SRR1609577 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0146 0.8991 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.2219 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1609582 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 4 0.3592 0.3310 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 5 0.2178 0.6449 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1609588 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609589 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.3634 0.4640 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609591 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 6 0.3445 0.8410 0.000 0.000 0.000 0.012 0.244 0.744
#> SRR1609594 2 0.6041 0.2725 0.344 0.400 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609595 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 1 0.7255 -0.1805 0.344 0.000 0.000 0.296 0.092 0.268
#> SRR1609599 4 0.6108 0.0673 0.344 0.000 0.000 0.364 0.000 0.292
#> SRR1609600 4 0.3221 0.4903 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1609601 6 0.2669 0.6116 0.008 0.000 0.000 0.156 0.000 0.836
#> SRR1609602 4 0.6108 0.0673 0.344 0.000 0.000 0.364 0.000 0.292
#> SRR1609603 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.4276 0.6412 0.104 0.728 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1609605 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609606 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609607 3 0.3847 0.2180 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1609608 4 0.3607 0.4287 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609610 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.5956 0.3243 0.324 0.440 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 4 0.1814 0.6664 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609614 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 5 0.5721 -0.0375 0.176 0.000 0.000 0.344 0.480 0.000
#> SRR1609616 4 0.2830 0.5462 0.020 0.000 0.000 0.836 0.144 0.000
#> SRR1609617 6 0.3737 0.6274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1609618 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 5 0.4092 0.3161 0.020 0.000 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 4 0.0508 0.6975 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609625 4 0.4038 0.3694 0.044 0.000 0.000 0.712 0.244 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.4551 0.7100 0.608 0.000 0.000 0.344 0.048 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 4 0.3592 0.4333 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.3927 0.7384 0.644 0.000 0.000 0.344 0.012 0.000
#> SRR1609632 1 0.4493 0.7133 0.612 0.000 0.000 0.344 0.044 0.000
#> SRR1609633 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.3566 0.7170 0.104 0.000 0.800 0.000 0.000 0.096
#> SRR1609636 2 0.5956 0.3243 0.324 0.440 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609637 4 0.0632 0.6848 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609645 4 0.3592 0.4333 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.3175 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1609649 4 0.0000 0.7014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.3330 0.5087 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1609650 5 0.0260 0.7968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 5 0.5127 0.2761 0.300 0.000 0.000 0.000 0.588 0.112
#> SRR1609655 6 0.4165 0.7481 0.000 0.000 0.000 0.128 0.128 0.744
#> SRR1609657 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1609656 1 0.5703 0.4636 0.524 0.000 0.000 0.240 0.000 0.236
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.4165 0.7481 0.000 0.000 0.000 0.128 0.128 0.744
#> SRR1609661 5 0.0363 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 4 0.3862 0.1710 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1609664 6 0.3445 0.8410 0.000 0.000 0.000 0.012 0.244 0.744
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8725 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 1 0.4424 0.7122 0.632 0.044 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1609667 4 0.0363 0.6960 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609668 6 0.0000 0.6601 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.3592 0.7466 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.493 0.814 0.903 0.3457 0.680 0.680
#> 3 3 0.320 0.633 0.706 0.7269 0.597 0.434
#> 4 4 0.562 0.723 0.836 0.1608 0.736 0.422
#> 5 5 0.797 0.825 0.906 0.1401 0.864 0.581
#> 6 6 0.764 0.726 0.808 0.0289 0.964 0.830
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609361 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609362 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609363 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609364 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609365 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609366 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609368 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609373 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609374 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609376 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609378 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609383 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609388 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609394 1 0.9129 0.3823 0.672 0.328
#> SRR1609392 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609391 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609397 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609401 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609402 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609405 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609406 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609408 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609411 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609407 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609414 1 0.3879 0.8647 0.924 0.076
#> SRR1609415 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609416 1 0.8763 0.4632 0.704 0.296
#> SRR1609417 1 0.9944 0.2338 0.544 0.456
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609419 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609421 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609422 2 0.0376 0.8008 0.004 0.996
#> SRR1609423 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609424 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609425 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609427 2 0.0376 0.8001 0.004 0.996
#> SRR1609428 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609429 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609430 1 0.9963 0.2577 0.536 0.464
#> SRR1609431 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609432 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609433 2 0.9323 0.6797 0.348 0.652
#> SRR1609434 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609435 1 0.0376 0.9057 0.996 0.004
#> SRR1609436 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609437 1 0.8608 0.4934 0.716 0.284
#> SRR1609438 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609439 2 0.6438 0.7324 0.164 0.836
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609441 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609442 1 0.9323 0.3193 0.652 0.348
#> SRR1609443 1 0.8081 0.5756 0.752 0.248
#> SRR1609444 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609445 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609446 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609447 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609448 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609449 1 0.0376 0.9057 0.996 0.004
#> SRR1609450 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609451 1 0.9963 0.2577 0.536 0.464
#> SRR1609452 1 0.5059 0.8404 0.888 0.112
#> SRR1609453 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609454 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609455 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609456 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609457 1 0.2603 0.8862 0.956 0.044
#> SRR1609458 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609459 1 0.6973 0.7747 0.812 0.188
#> SRR1609460 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609461 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609462 1 0.9850 0.3647 0.572 0.428
#> SRR1609464 1 0.9963 0.2577 0.536 0.464
#> SRR1609463 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609465 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609466 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609467 1 0.9850 0.3647 0.572 0.428
#> SRR1609469 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609470 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609472 2 0.5946 0.8396 0.144 0.856
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609475 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609478 2 0.3431 0.8214 0.064 0.936
#> SRR1609476 1 0.2778 0.8749 0.952 0.048
#> SRR1609477 1 0.8909 0.5143 0.692 0.308
#> SRR1609479 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609481 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.8016 0.7271 0.244 0.756
#> SRR1609482 1 0.9833 0.3752 0.576 0.424
#> SRR1609484 2 0.9460 0.6473 0.364 0.636
#> SRR1609483 2 0.9248 0.4278 0.340 0.660
#> SRR1609486 1 0.5629 0.8214 0.868 0.132
#> SRR1609485 1 0.5842 0.8148 0.860 0.140
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.4690 0.8470 0.900 0.100
#> SRR1609489 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609490 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609492 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609493 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609494 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609495 2 0.9427 0.6585 0.360 0.640
#> SRR1609496 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609497 1 0.3431 0.8731 0.936 0.064
#> SRR1609498 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609499 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609500 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609501 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609502 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609505 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609506 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609507 1 0.7139 0.7637 0.804 0.196
#> SRR1609508 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609509 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609510 2 0.0376 0.8008 0.004 0.996
#> SRR1609512 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609511 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.9866 0.3536 0.568 0.432
#> SRR1609514 2 0.1633 0.8092 0.024 0.976
#> SRR1609515 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609516 1 0.6623 0.7864 0.828 0.172
#> SRR1609517 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609520 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609521 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609522 1 0.9963 0.2577 0.536 0.464
#> SRR1609523 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609524 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609526 2 0.9686 0.2645 0.396 0.604
#> SRR1609525 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.1414 0.9004 0.980 0.020
#> SRR1609528 2 0.4562 0.8296 0.096 0.904
#> SRR1609530 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609531 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609532 2 0.9998 -0.1142 0.492 0.508
#> SRR1609533 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609534 1 0.7453 0.7486 0.788 0.212
#> SRR1609535 1 0.8443 0.6842 0.728 0.272
#> SRR1609537 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609536 1 0.3879 0.8647 0.924 0.076
#> SRR1609538 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609539 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609540 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609541 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609542 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609543 1 0.9998 0.1589 0.508 0.492
#> SRR1609544 2 0.9209 0.6991 0.336 0.664
#> SRR1609545 1 0.5519 0.8250 0.872 0.128
#> SRR1609546 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609547 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609548 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609549 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609550 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609551 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609552 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609553 1 0.1414 0.9004 0.980 0.020
#> SRR1609554 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609555 1 0.3584 0.8704 0.932 0.068
#> SRR1609556 1 0.9850 0.3647 0.572 0.428
#> SRR1609557 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609558 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609559 1 0.7453 0.7524 0.788 0.212
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0376 0.9057 0.996 0.004
#> SRR1609564 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609565 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609566 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609567 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.8081 0.7101 0.752 0.248
#> SRR1609570 1 0.9963 0.2577 0.536 0.464
#> SRR1609571 2 0.0376 0.8001 0.004 0.996
#> SRR1609572 2 0.5519 0.7657 0.128 0.872
#> SRR1609573 2 0.9983 -0.0485 0.476 0.524
#> SRR1609574 1 0.8763 0.4632 0.704 0.296
#> SRR1609575 2 0.8267 0.7937 0.260 0.740
#> SRR1609576 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609577 1 0.0376 0.9049 0.996 0.004
#> SRR1609579 2 0.7376 0.6826 0.208 0.792
#> SRR1609580 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609582 1 0.6343 0.7973 0.840 0.160
#> SRR1609581 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609583 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609584 1 0.9944 0.2829 0.544 0.456
#> SRR1609585 1 0.1633 0.8983 0.976 0.024
#> SRR1609586 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609587 1 0.4815 0.8439 0.896 0.104
#> SRR1609588 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609589 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609590 1 0.8813 0.6076 0.700 0.300
#> SRR1609592 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609591 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609593 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609594 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609595 1 0.7883 0.7266 0.764 0.236
#> SRR1609596 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609597 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609598 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609601 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.8144 0.8016 0.252 0.748
#> SRR1609605 1 0.0938 0.9046 0.988 0.012
#> SRR1609606 1 0.1184 0.9039 0.984 0.016
#> SRR1609607 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609608 1 0.5842 0.8149 0.860 0.140
#> SRR1609609 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609610 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609611 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609613 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609612 1 0.1414 0.9004 0.980 0.020
#> SRR1609614 1 0.3274 0.8757 0.940 0.060
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609617 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609618 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609619 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609620 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609621 1 0.6247 0.7470 0.844 0.156
#> SRR1609622 2 0.7299 0.6878 0.204 0.796
#> SRR1609623 1 0.7815 0.6096 0.768 0.232
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.0376 0.8001 0.004 0.996
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609629 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609630 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609634 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609635 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.7139 0.8456 0.196 0.804
#> SRR1609637 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609638 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609639 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609640 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.5946 0.8113 0.856 0.144
#> SRR1609646 1 0.9850 0.3647 0.572 0.428
#> SRR1609647 1 0.8327 0.6944 0.736 0.264
#> SRR1609649 1 0.7139 0.7637 0.804 0.196
#> SRR1609648 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609651 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609650 1 0.4939 0.8436 0.892 0.108
#> SRR1609652 1 0.7528 0.7448 0.784 0.216
#> SRR1609653 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609654 2 0.8661 0.7652 0.288 0.712
#> SRR1609655 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609658 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609659 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609660 1 0.8016 0.7173 0.756 0.244
#> SRR1609661 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609662 1 0.0376 0.9054 0.996 0.004
#> SRR1609663 1 0.2778 0.8836 0.952 0.048
#> SRR1609664 1 0.7376 0.7548 0.792 0.208
#> SRR1609665 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.7219 0.8447 0.200 0.800
#> SRR1609667 1 0.0672 0.9050 0.992 0.008
#> SRR1609668 2 0.0000 0.8003 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9059 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609361 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609362 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609363 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609364 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609365 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609366 2 0.5138 0.6616 0.000 0.748 0.252
#> SRR1609367 2 0.2945 0.6040 0.004 0.908 0.088
#> SRR1609368 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609369 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609370 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609371 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609372 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609373 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609374 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609375 2 0.3116 0.6166 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609377 2 0.2537 0.6035 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609376 2 0.5431 0.6615 0.000 0.716 0.284
#> SRR1609378 1 0.4555 0.7555 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609379 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609382 1 0.4555 0.7555 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609383 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609381 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609384 2 0.2945 0.6036 0.004 0.908 0.088
#> SRR1609386 2 0.2711 0.6063 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609385 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609387 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609388 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609390 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609393 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609394 2 0.8202 0.2701 0.328 0.580 0.092
#> SRR1609392 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609391 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609395 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609396 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609398 2 0.2625 0.6065 0.000 0.916 0.084
#> SRR1609399 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609400 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609397 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609401 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609402 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609405 2 0.2625 0.6065 0.000 0.916 0.084
#> SRR1609404 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609406 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609408 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609403 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609410 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609411 2 0.7699 -0.6013 0.052 0.560 0.388
#> SRR1609407 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609413 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609412 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609414 3 0.6505 0.8625 0.004 0.468 0.528
#> SRR1609415 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609416 1 0.7140 0.7658 0.632 0.040 0.328
#> SRR1609417 1 0.8464 0.7098 0.592 0.128 0.280
#> SRR1609418 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609419 3 0.6140 -0.1853 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609420 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609421 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609422 1 0.0000 0.7573 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609423 1 0.4555 0.7555 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609424 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609425 2 0.0237 0.5807 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609426 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609427 1 0.7140 0.7658 0.632 0.040 0.328
#> SRR1609428 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609429 2 0.6308 -0.8588 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609430 1 0.6955 0.7432 0.636 0.032 0.332
#> SRR1609431 3 0.9717 0.7006 0.220 0.384 0.396
#> SRR1609432 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609433 1 0.7140 0.7658 0.632 0.040 0.328
#> SRR1609434 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609435 2 0.5178 0.1808 0.000 0.744 0.256
#> SRR1609436 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609437 1 0.5588 0.7171 0.720 0.276 0.004
#> SRR1609438 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609439 1 0.7186 0.7564 0.624 0.040 0.336
#> SRR1609440 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609441 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609442 1 0.6617 0.3476 0.556 0.436 0.008
#> SRR1609443 1 0.8834 0.6023 0.544 0.140 0.316
#> SRR1609444 2 0.6308 -0.8588 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609445 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609446 3 0.6521 0.8680 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609447 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609448 2 0.5988 0.6026 0.000 0.632 0.368
#> SRR1609449 2 0.6154 -0.4312 0.000 0.592 0.408
#> SRR1609450 2 0.2959 0.5780 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609451 1 0.6881 0.7437 0.648 0.032 0.320
#> SRR1609452 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609453 3 0.6442 0.8399 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609454 2 0.6314 -0.6331 0.004 0.604 0.392
#> SRR1609455 2 0.0237 0.5813 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609456 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609457 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609458 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609459 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609460 3 0.9792 0.6882 0.236 0.372 0.392
#> SRR1609461 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609462 1 0.8324 0.6324 0.540 0.088 0.372
#> SRR1609464 1 0.7459 0.7263 0.584 0.044 0.372
#> SRR1609463 2 0.9651 -0.7136 0.208 0.400 0.392
#> SRR1609465 3 0.9792 0.6882 0.236 0.372 0.392
#> SRR1609466 1 0.5734 0.7741 0.788 0.048 0.164
#> SRR1609467 1 0.7666 0.6739 0.636 0.076 0.288
#> SRR1609469 1 0.5793 0.7839 0.800 0.116 0.084
#> SRR1609470 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609472 1 0.5804 0.7791 0.800 0.088 0.112
#> SRR1609471 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609474 2 0.4887 -0.0351 0.000 0.772 0.228
#> SRR1609473 1 0.4555 0.7555 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609475 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609478 1 0.5731 0.7802 0.804 0.088 0.108
#> SRR1609476 2 0.9061 -0.0596 0.348 0.504 0.148
#> SRR1609477 1 0.8750 0.6218 0.580 0.164 0.256
#> SRR1609479 2 0.5797 0.6568 0.008 0.712 0.280
#> SRR1609481 1 0.0000 0.7573 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609480 1 0.6462 0.7706 0.764 0.120 0.116
#> SRR1609482 1 0.8486 0.5829 0.548 0.104 0.348
#> SRR1609484 1 0.6728 0.7629 0.748 0.128 0.124
#> SRR1609483 1 0.7044 0.7411 0.620 0.032 0.348
#> SRR1609486 3 0.7072 0.8635 0.020 0.476 0.504
#> SRR1609485 3 0.7389 0.8529 0.032 0.464 0.504
#> SRR1609487 2 0.2625 0.6029 0.000 0.916 0.084
#> SRR1609488 3 0.6386 0.8233 0.004 0.412 0.584
#> SRR1609489 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609490 2 0.0424 0.5733 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609491 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609492 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609493 3 0.9674 0.7047 0.212 0.392 0.396
#> SRR1609494 2 0.5431 0.6549 0.000 0.716 0.284
#> SRR1609495 1 0.8259 0.7451 0.632 0.152 0.216
#> SRR1609496 3 0.8616 0.6826 0.148 0.264 0.588
#> SRR1609497 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609498 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609499 2 0.5327 0.6341 0.000 0.728 0.272
#> SRR1609500 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609501 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609502 2 0.5835 -0.4832 0.000 0.660 0.340
#> SRR1609503 1 0.0237 0.7579 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609504 3 0.6410 0.8137 0.004 0.420 0.576
#> SRR1609505 3 0.7363 0.8109 0.040 0.372 0.588
#> SRR1609506 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609507 3 0.8452 0.6739 0.140 0.256 0.604
#> SRR1609508 2 0.6180 -0.4277 0.008 0.660 0.332
#> SRR1609509 2 0.6204 0.5394 0.000 0.576 0.424
#> SRR1609510 1 0.0000 0.7573 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609512 3 0.8703 0.5013 0.244 0.168 0.588
#> SRR1609511 1 0.4062 0.7848 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609513 1 0.6906 0.7375 0.644 0.032 0.324
#> SRR1609514 1 0.6079 0.7817 0.784 0.088 0.128
#> SRR1609515 2 0.0892 0.5914 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609516 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609517 3 0.6822 0.8671 0.012 0.480 0.508
#> SRR1609518 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609519 3 0.7459 0.8127 0.044 0.372 0.584
#> SRR1609520 1 0.4555 0.7555 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609521 3 0.8748 0.6436 0.172 0.244 0.584
#> SRR1609522 1 0.6714 0.7446 0.672 0.032 0.296
#> SRR1609523 2 0.9651 -0.7119 0.208 0.396 0.396
#> SRR1609524 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609526 1 0.6772 0.7423 0.664 0.032 0.304
#> SRR1609525 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609527 2 0.2878 0.5923 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609529 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609528 1 0.5804 0.7791 0.800 0.088 0.112
#> SRR1609530 3 0.7295 0.8173 0.036 0.380 0.584
#> SRR1609531 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609532 1 0.6772 0.7423 0.664 0.032 0.304
#> SRR1609533 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609534 3 0.8996 0.7942 0.140 0.356 0.504
#> SRR1609535 1 0.9926 -0.5424 0.388 0.284 0.328
#> SRR1609537 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609536 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609538 2 0.2878 0.6278 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609539 3 0.9267 0.7781 0.160 0.380 0.460
#> SRR1609540 3 0.6180 0.8130 0.000 0.416 0.584
#> SRR1609541 1 0.0424 0.7581 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609542 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609543 1 0.7163 0.7638 0.628 0.040 0.332
#> SRR1609544 1 0.7256 0.7691 0.696 0.088 0.216
#> SRR1609545 3 0.7279 0.8134 0.036 0.376 0.588
#> SRR1609546 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609547 3 0.8796 0.8095 0.120 0.372 0.508
#> SRR1609548 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609549 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609550 2 0.5529 0.6558 0.000 0.704 0.296
#> SRR1609551 3 0.9773 0.6987 0.232 0.372 0.396
#> SRR1609552 3 0.8618 0.8181 0.104 0.388 0.508
#> SRR1609553 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609554 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609555 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609556 1 0.6931 0.7378 0.640 0.032 0.328
#> SRR1609557 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609558 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609559 3 0.8113 0.8173 0.068 0.428 0.504
#> SRR1609560 2 0.1643 0.5957 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609561 3 0.7286 0.8670 0.028 0.464 0.508
#> SRR1609562 2 0.0000 0.5814 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.6111 -0.6436 0.000 0.604 0.396
#> SRR1609564 3 0.6421 0.8104 0.004 0.424 0.572
#> SRR1609565 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609566 2 0.5706 0.6414 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609567 2 0.6355 0.6430 0.024 0.696 0.280
#> SRR1609568 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609569 1 0.8666 0.5996 0.544 0.120 0.336
#> SRR1609570 1 0.6772 0.7423 0.664 0.032 0.304
#> SRR1609571 1 0.3879 0.7843 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609572 1 0.7140 0.7658 0.632 0.040 0.328
#> SRR1609573 1 0.6800 0.7462 0.660 0.032 0.308
#> SRR1609574 1 0.7597 0.7198 0.568 0.048 0.384
#> SRR1609575 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609576 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609578 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609577 2 0.2878 0.6001 0.000 0.904 0.096
#> SRR1609579 1 0.7065 0.7555 0.616 0.032 0.352
#> SRR1609580 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609582 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609581 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609583 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609584 1 0.6828 0.7432 0.656 0.032 0.312
#> SRR1609585 3 0.6527 0.8208 0.008 0.404 0.588
#> SRR1609586 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609587 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609588 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609589 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609590 3 0.9395 -0.2261 0.396 0.172 0.432
#> SRR1609592 3 0.6950 0.8652 0.016 0.476 0.508
#> SRR1609591 3 0.6309 0.8694 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609593 2 0.9627 -0.7136 0.204 0.400 0.396
#> SRR1609594 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609595 3 0.9906 0.6577 0.272 0.340 0.388
#> SRR1609596 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609597 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609598 1 0.4902 0.7920 0.844 0.064 0.092
#> SRR1609599 1 0.0424 0.7581 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609600 3 0.7279 0.8134 0.036 0.376 0.588
#> SRR1609601 1 0.2261 0.7593 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609602 1 0.0424 0.7581 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609603 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609604 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609605 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609606 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609607 3 0.7386 0.8636 0.032 0.460 0.508
#> SRR1609608 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609609 3 0.6308 0.8684 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609610 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609611 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609613 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609612 3 0.6516 0.8682 0.004 0.480 0.516
#> SRR1609614 3 0.7346 0.8077 0.040 0.368 0.592
#> SRR1609615 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609616 3 0.6432 0.8140 0.004 0.428 0.568
#> SRR1609617 2 0.9131 -0.7466 0.144 0.460 0.396
#> SRR1609618 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609619 2 0.8466 -0.3426 0.172 0.616 0.212
#> SRR1609620 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609621 2 0.6255 0.3020 0.320 0.668 0.012
#> SRR1609622 1 0.7395 0.7299 0.580 0.040 0.380
#> SRR1609623 1 0.7932 0.7031 0.552 0.064 0.384
#> SRR1609624 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609625 2 0.6286 -0.5940 0.000 0.536 0.464
#> SRR1609626 1 0.7140 0.7658 0.632 0.040 0.328
#> SRR1609627 2 0.2261 0.6025 0.000 0.932 0.068
#> SRR1609628 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609629 3 0.6521 0.8716 0.004 0.492 0.504
#> SRR1609630 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609631 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609632 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609633 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609634 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609635 1 0.3551 0.7839 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609636 1 0.4861 0.7537 0.800 0.192 0.008
#> SRR1609637 2 0.9252 -0.1351 0.396 0.448 0.156
#> SRR1609638 2 0.0892 0.5588 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609639 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609640 3 0.8703 0.5013 0.244 0.168 0.588
#> SRR1609641 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609642 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609643 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609644 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609645 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609646 1 0.7442 0.6902 0.628 0.056 0.316
#> SRR1609647 1 0.9833 -0.4808 0.416 0.260 0.324
#> SRR1609649 3 0.7279 0.8134 0.036 0.376 0.588
#> SRR1609648 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609651 2 0.1643 0.6064 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609650 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609652 3 0.9183 0.4589 0.324 0.168 0.508
#> SRR1609653 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609654 1 0.5202 0.7554 0.772 0.220 0.008
#> SRR1609655 2 0.9627 -0.7136 0.204 0.400 0.396
#> SRR1609657 2 0.2945 0.6040 0.004 0.908 0.088
#> SRR1609656 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609658 2 0.5465 0.6597 0.000 0.712 0.288
#> SRR1609659 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609660 3 0.9878 0.6705 0.264 0.340 0.396
#> SRR1609661 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609662 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609663 3 0.6520 0.8720 0.004 0.488 0.508
#> SRR1609664 3 0.9755 0.6953 0.228 0.376 0.396
#> SRR1609665 2 0.5397 0.6632 0.000 0.720 0.280
#> SRR1609666 1 0.7192 0.7583 0.716 0.120 0.164
#> SRR1609667 3 0.6373 0.8205 0.004 0.408 0.588
#> SRR1609668 1 0.0000 0.7573 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609669 2 0.2711 0.6036 0.000 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609361 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609362 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609363 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609364 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609365 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609366 2 0.4434 0.6871 0.228 0.756 0.016 0.000
#> SRR1609367 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609368 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609369 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609371 4 0.3355 0.8077 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1609372 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609373 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609374 2 0.0937 0.9160 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR1609375 1 0.2924 0.7735 0.884 0.100 0.016 0.000
#> SRR1609377 1 0.3161 0.8000 0.864 0.012 0.124 0.000
#> SRR1609376 2 0.2345 0.8529 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609378 4 0.4286 0.8055 0.136 0.052 0.000 0.812
#> SRR1609379 1 0.1388 0.8657 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1609382 4 0.3658 0.8175 0.000 0.144 0.020 0.836
#> SRR1609383 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609381 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609384 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609386 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609385 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609387 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609388 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609390 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609393 4 0.3355 0.8077 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1609394 4 0.6032 0.7059 0.004 0.208 0.100 0.688
#> SRR1609392 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609391 4 0.3751 0.7828 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609395 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609396 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609398 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609399 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609400 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609397 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609401 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609402 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609405 1 0.2473 0.8129 0.908 0.012 0.080 0.000
#> SRR1609404 4 0.3751 0.7828 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609406 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609408 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609403 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.1174 0.8680 0.968 0.012 0.020 0.000
#> SRR1609411 3 0.4277 0.4818 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1609407 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609413 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609412 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609414 3 0.3975 0.6795 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1609415 3 0.4888 0.5073 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1609416 3 0.6769 0.5351 0.364 0.012 0.552 0.072
#> SRR1609417 3 0.5906 0.6641 0.232 0.016 0.696 0.056
#> SRR1609418 1 0.1488 0.8644 0.956 0.012 0.032 0.000
#> SRR1609419 2 0.2530 0.8422 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1609420 1 0.2179 0.8452 0.924 0.012 0.064 0.000
#> SRR1609421 3 0.0921 0.7277 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1609422 4 0.3975 0.5455 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1609423 4 0.3877 0.8204 0.000 0.048 0.112 0.840
#> SRR1609424 4 0.3751 0.7833 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR1609425 1 0.6714 0.5344 0.612 0.160 0.228 0.000
#> SRR1609426 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609427 4 0.7895 0.0519 0.328 0.012 0.196 0.464
#> SRR1609428 2 0.1474 0.8960 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1609429 3 0.5170 0.6740 0.228 0.048 0.724 0.000
#> SRR1609430 3 0.6449 0.5879 0.328 0.012 0.600 0.060
#> SRR1609431 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609432 2 0.2799 0.8416 0.008 0.884 0.108 0.000
#> SRR1609433 3 0.7990 0.3266 0.340 0.012 0.440 0.208
#> SRR1609434 4 0.3219 0.8067 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1609435 1 0.3498 0.7318 0.832 0.008 0.160 0.000
#> SRR1609436 3 0.4008 0.6785 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609437 3 0.7790 0.5927 0.228 0.056 0.584 0.132
#> SRR1609438 4 0.3219 0.8067 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1609439 3 0.7999 0.3726 0.256 0.012 0.468 0.264
#> SRR1609440 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609441 3 0.2021 0.7286 0.024 0.040 0.936 0.000
#> SRR1609442 4 0.5855 0.7080 0.000 0.208 0.100 0.692
#> SRR1609443 3 0.5973 0.5917 0.332 0.000 0.612 0.056
#> SRR1609444 3 0.5188 0.6687 0.240 0.044 0.716 0.000
#> SRR1609445 3 0.0469 0.7322 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609446 3 0.1389 0.7193 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609447 3 0.5000 0.2992 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1609448 2 0.2868 0.8085 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1609449 1 0.3196 0.7636 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR1609450 2 0.4585 0.5377 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1609451 3 0.6806 0.5620 0.336 0.004 0.560 0.100
#> SRR1609452 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609453 3 0.4008 0.6785 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609454 3 0.2805 0.6765 0.000 0.100 0.888 0.012
#> SRR1609455 1 0.5354 0.5695 0.712 0.056 0.232 0.000
#> SRR1609456 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609457 3 0.3626 0.7036 0.184 0.004 0.812 0.000
#> SRR1609458 3 0.4454 0.6432 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609459 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609460 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609461 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609462 3 0.5973 0.5917 0.332 0.000 0.612 0.056
#> SRR1609464 3 0.6381 0.5894 0.328 0.012 0.604 0.056
#> SRR1609463 3 0.3450 0.6605 0.008 0.000 0.836 0.156
#> SRR1609465 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609466 4 0.4049 0.8206 0.064 0.016 0.068 0.852
#> SRR1609467 3 0.6698 0.5645 0.340 0.000 0.556 0.104
#> SRR1609469 4 0.3821 0.8174 0.000 0.040 0.120 0.840
#> SRR1609470 3 0.1118 0.7250 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609472 4 0.3626 0.7767 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR1609471 1 0.4137 0.6541 0.780 0.012 0.208 0.000
#> SRR1609474 3 0.5632 0.5088 0.092 0.196 0.712 0.000
#> SRR1609473 4 0.3996 0.8224 0.000 0.060 0.104 0.836
#> SRR1609475 4 0.3355 0.8076 0.000 0.160 0.004 0.836
#> SRR1609478 4 0.3306 0.7996 0.000 0.004 0.156 0.840
#> SRR1609476 3 0.6449 0.5204 0.380 0.008 0.556 0.056
#> SRR1609477 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609479 2 0.0592 0.9213 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.8073 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 3 0.7259 0.5876 0.192 0.016 0.600 0.192
#> SRR1609482 3 0.5773 0.5986 0.336 0.000 0.620 0.044
#> SRR1609484 3 0.6140 0.1002 0.000 0.048 0.500 0.452
#> SRR1609483 3 0.6381 0.5894 0.328 0.012 0.604 0.056
#> SRR1609486 3 0.3908 0.6931 0.212 0.004 0.784 0.000
#> SRR1609485 3 0.3626 0.7035 0.184 0.004 0.812 0.000
#> SRR1609487 1 0.3105 0.8046 0.868 0.012 0.120 0.000
#> SRR1609488 3 0.4008 0.6785 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609489 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609490 3 0.7120 0.0925 0.436 0.128 0.436 0.000
#> SRR1609491 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609492 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609493 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609494 2 0.2530 0.8448 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1609495 1 0.7958 0.2589 0.492 0.016 0.224 0.268
#> SRR1609496 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609497 3 0.4454 0.6432 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609498 3 0.4697 0.6062 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1609499 2 0.4500 0.5526 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1609500 3 0.4564 0.6281 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609501 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609502 3 0.2149 0.7025 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.8073 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.5250 -0.1047 0.552 0.008 0.440 0.000
#> SRR1609505 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609506 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609507 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609508 2 0.4624 0.5338 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1609509 2 0.2469 0.8466 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1609510 4 0.3311 0.6832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1609512 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609511 4 0.3311 0.7834 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1609513 3 0.6324 0.5774 0.340 0.000 0.584 0.076
#> SRR1609514 4 0.3306 0.7996 0.000 0.004 0.156 0.840
#> SRR1609515 2 0.0817 0.9181 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609516 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609517 3 0.2124 0.7119 0.000 0.040 0.932 0.028
#> SRR1609518 1 0.1584 0.8630 0.952 0.012 0.036 0.000
#> SRR1609519 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609520 4 0.3877 0.8204 0.000 0.048 0.112 0.840
#> SRR1609521 3 0.5233 0.6217 0.332 0.000 0.648 0.020
#> SRR1609522 3 0.7105 0.5675 0.324 0.012 0.556 0.108
#> SRR1609523 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609524 2 0.2345 0.8529 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609526 3 0.7105 0.5675 0.324 0.012 0.556 0.108
#> SRR1609525 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609527 1 0.1722 0.8557 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR1609529 3 0.0779 0.7346 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1609528 4 0.3539 0.7843 0.000 0.004 0.176 0.820
#> SRR1609530 3 0.4008 0.6785 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609531 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609532 3 0.6381 0.5894 0.328 0.012 0.604 0.056
#> SRR1609533 3 0.1398 0.7224 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1609534 3 0.0524 0.7342 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1609535 3 0.4761 0.3268 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1609537 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609536 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609538 2 0.2408 0.8492 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1609539 3 0.2408 0.6938 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1609540 3 0.5112 0.5595 0.384 0.008 0.608 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.8073 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609543 3 0.7073 0.5572 0.328 0.012 0.556 0.104
#> SRR1609544 1 0.8219 0.0246 0.380 0.012 0.264 0.344
#> SRR1609545 3 0.4564 0.6281 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609546 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609547 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609548 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609549 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609550 2 0.0921 0.9150 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1609551 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609552 3 0.0188 0.7332 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609553 3 0.4155 0.6809 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR1609554 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609555 3 0.3873 0.6850 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609556 3 0.6547 0.5676 0.340 0.000 0.568 0.092
#> SRR1609557 3 0.0336 0.7330 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609558 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609559 3 0.1489 0.7189 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1609560 1 0.4070 0.7744 0.824 0.044 0.132 0.000
#> SRR1609561 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609562 1 0.4046 0.7762 0.828 0.048 0.124 0.000
#> SRR1609563 3 0.2589 0.6791 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1609564 1 0.4673 0.4593 0.700 0.008 0.292 0.000
#> SRR1609565 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609566 2 0.2345 0.8529 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609567 2 0.2345 0.8529 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609568 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609569 3 0.5973 0.5917 0.332 0.000 0.612 0.056
#> SRR1609570 3 0.6973 0.5682 0.328 0.012 0.564 0.096
#> SRR1609571 4 0.2704 0.8122 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609572 3 0.7212 0.5163 0.328 0.012 0.544 0.116
#> SRR1609573 3 0.6973 0.5665 0.328 0.012 0.564 0.096
#> SRR1609574 3 0.6381 0.5894 0.328 0.012 0.604 0.056
#> SRR1609575 4 0.4579 0.7743 0.000 0.200 0.032 0.768
#> SRR1609576 2 0.0592 0.9211 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609578 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609577 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609579 3 0.6578 0.5831 0.328 0.012 0.592 0.068
#> SRR1609580 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609582 3 0.4500 0.6376 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1609581 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609583 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609584 3 0.6921 0.5707 0.328 0.012 0.568 0.092
#> SRR1609585 3 0.4564 0.6281 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609586 2 0.0592 0.9203 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609587 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609588 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609589 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609590 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609592 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609591 3 0.1452 0.7272 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1609593 3 0.2760 0.6770 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1609594 4 0.3355 0.8077 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1609595 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609596 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609597 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609598 4 0.2888 0.8143 0.000 0.004 0.124 0.872
#> SRR1609599 4 0.1557 0.8243 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609600 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609601 4 0.0992 0.8064 0.008 0.012 0.004 0.976
#> SRR1609602 4 0.0000 0.8073 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609604 4 0.3610 0.7814 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609605 3 0.1398 0.7221 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1609606 3 0.1677 0.7195 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1609607 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609608 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609609 3 0.1211 0.7233 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609610 3 0.4155 0.6809 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR1609611 4 0.3610 0.7814 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609613 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609612 3 0.3873 0.6850 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609614 3 0.4564 0.6281 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609615 1 0.3105 0.7831 0.868 0.012 0.120 0.000
#> SRR1609616 3 0.5236 0.3867 0.432 0.008 0.560 0.000
#> SRR1609617 3 0.2714 0.6866 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1609618 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609619 3 0.5736 0.6122 0.328 0.044 0.628 0.000
#> SRR1609620 4 0.3751 0.7828 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR1609621 2 0.5462 0.6606 0.000 0.736 0.112 0.152
#> SRR1609622 3 0.6381 0.5894 0.328 0.012 0.604 0.056
#> SRR1609623 3 0.6054 0.5748 0.352 0.000 0.592 0.056
#> SRR1609624 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609625 1 0.4123 0.6643 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1609626 4 0.5607 0.6609 0.040 0.012 0.248 0.700
#> SRR1609627 1 0.3497 0.7935 0.852 0.024 0.124 0.000
#> SRR1609628 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609629 3 0.3907 0.6843 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1609630 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609631 1 0.1584 0.8630 0.952 0.012 0.036 0.000
#> SRR1609632 1 0.1584 0.8630 0.952 0.012 0.036 0.000
#> SRR1609633 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609634 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609635 4 0.2704 0.8122 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1609636 4 0.3355 0.8077 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1609637 1 0.4233 0.7552 0.828 0.008 0.120 0.044
#> SRR1609638 1 0.6688 0.0423 0.492 0.088 0.420 0.000
#> SRR1609639 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609640 3 0.4585 0.6280 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609641 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609642 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609643 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609644 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609645 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609646 3 0.6547 0.5676 0.340 0.000 0.568 0.092
#> SRR1609647 3 0.4522 0.4457 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1609649 3 0.4564 0.6281 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609648 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609651 2 0.6558 0.4792 0.296 0.596 0.108 0.000
#> SRR1609650 3 0.0376 0.7328 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609652 3 0.5233 0.6229 0.332 0.000 0.648 0.020
#> SRR1609653 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609654 4 0.4912 0.8028 0.128 0.036 0.036 0.800
#> SRR1609655 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609657 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1609656 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609658 2 0.2408 0.8486 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1609659 2 0.0469 0.9229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609660 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609661 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609662 2 0.0657 0.9205 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1609663 3 0.0188 0.7336 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609664 3 0.3610 0.6178 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609665 2 0.3443 0.8097 0.136 0.848 0.016 0.000
#> SRR1609666 4 0.4214 0.7651 0.204 0.016 0.000 0.780
#> SRR1609667 1 0.4999 -0.2965 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.8073 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0657 0.8714 0.984 0.012 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.3074 0.7927 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609361 4 0.3109 0.7900 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609362 4 0.3074 0.7927 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.3074 0.7927 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609366 2 0.3196 0.7355 0.192 0.804 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.4009 0.5119 0.684 0.312 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609377 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.3888 0.8306 0.120 0.076 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609379 1 0.0671 0.8885 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609382 4 0.3386 0.8364 0.000 0.128 0.000 0.832 0.040
#> SRR1609383 4 0.3074 0.7927 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609394 2 0.3932 0.4044 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.3109 0.8027 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0162 0.8908 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609404 4 0.3109 0.8027 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609411 5 0.4101 0.4364 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609414 5 0.3534 0.6645 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609415 1 0.5635 0.5669 0.636 0.000 0.196 0.000 0.168
#> SRR1609416 3 0.0613 0.8835 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1609417 3 0.4150 0.3785 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609418 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609419 2 0.0290 0.9554 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609420 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609421 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 4 0.0000 0.8247 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609423 4 0.3433 0.8258 0.000 0.032 0.004 0.832 0.132
#> SRR1609424 4 0.3513 0.8148 0.000 0.180 0.000 0.800 0.020
#> SRR1609425 1 0.5651 0.5744 0.620 0.132 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.4307 -0.0406 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.1981 0.8648 0.016 0.064 0.000 0.000 0.920
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609432 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609433 3 0.4256 0.1632 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1609434 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609435 1 0.2848 0.7875 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004
#> SRR1609436 5 0.3707 0.6289 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609437 4 0.5073 0.7901 0.016 0.128 0.000 0.732 0.124
#> SRR1609438 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609439 3 0.3694 0.6832 0.000 0.000 0.796 0.172 0.032
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 4 0.3395 0.7650 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1609443 3 0.0162 0.8883 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609444 5 0.5654 0.3289 0.340 0.064 0.012 0.000 0.584
#> SRR1609445 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.1270 0.8790 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1609447 3 0.4339 0.4035 0.336 0.000 0.652 0.000 0.012
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.2243 0.8684 0.916 0.012 0.056 0.000 0.016
#> SRR1609450 2 0.3242 0.6841 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1609451 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 5 0.2230 0.8383 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609454 5 0.2377 0.8163 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1609455 1 0.3616 0.8024 0.828 0.116 0.004 0.000 0.052
#> SRR1609456 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 5 0.0162 0.9060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609458 1 0.6532 0.2149 0.448 0.000 0.204 0.000 0.348
#> SRR1609459 5 0.0162 0.9056 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609460 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609461 5 0.0162 0.9060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609462 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 5 0.3231 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1609465 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609466 4 0.2660 0.8228 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000
#> SRR1609467 3 0.1478 0.8469 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1609469 4 0.2852 0.8035 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1609470 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.3039 0.7918 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609471 1 0.2674 0.8616 0.896 0.060 0.012 0.000 0.032
#> SRR1609474 2 0.5293 0.0211 0.048 0.492 0.000 0.000 0.460
#> SRR1609473 4 0.3343 0.8066 0.000 0.016 0.000 0.812 0.172
#> SRR1609475 4 0.3366 0.8363 0.000 0.140 0.000 0.828 0.032
#> SRR1609478 4 0.2970 0.8040 0.000 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1609476 3 0.4448 0.0231 0.480 0.000 0.516 0.000 0.004
#> SRR1609477 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.8247 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 4 0.4066 0.6038 0.000 0.000 0.004 0.672 0.324
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4182 0.4619 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609483 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 5 0.4060 0.4039 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1609485 5 0.4088 0.3894 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609487 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609488 5 0.3876 0.5709 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.5651 0.5744 0.620 0.132 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609491 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609495 4 0.3597 0.7960 0.180 0.000 0.012 0.800 0.008
#> SRR1609496 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 3 0.4171 0.2963 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609498 3 0.5184 0.6170 0.136 0.000 0.688 0.000 0.176
#> SRR1609499 2 0.3612 0.6236 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609500 3 0.3966 0.4492 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609501 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 5 0.2536 0.8152 0.004 0.128 0.000 0.000 0.868
#> SRR1609503 4 0.0000 0.8247 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.3231 0.7409 0.800 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR1609505 3 0.0290 0.8865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.3177 0.7073 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609509 2 0.0290 0.9554 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609510 4 0.0404 0.8219 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609512 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.1282 0.8309 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1609513 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.2930 0.8062 0.000 0.000 0.004 0.832 0.164
#> SRR1609515 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609516 5 0.0162 0.9056 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609517 5 0.0290 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609518 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609519 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.3584 0.8351 0.000 0.056 0.004 0.832 0.108
#> SRR1609521 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.1792 0.8302 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609523 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.1478 0.8468 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1609525 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.2046 0.8618 0.916 0.000 0.068 0.000 0.016
#> SRR1609529 5 0.0162 0.9060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609528 4 0.3123 0.7953 0.000 0.000 0.004 0.812 0.184
#> SRR1609530 3 0.4219 0.2334 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 5 0.5267 0.1547 0.000 0.000 0.428 0.048 0.524
#> SRR1609535 5 0.3684 0.7312 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609539 5 0.3231 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1609540 1 0.3513 0.7544 0.800 0.000 0.180 0.000 0.020
#> SRR1609541 4 0.0865 0.8297 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 4 0.6158 0.1363 0.132 0.000 0.416 0.452 0.000
#> SRR1609545 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 5 0.1124 0.8958 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1609548 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609551 5 0.3231 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1609552 5 0.3146 0.8364 0.000 0.000 0.092 0.052 0.856
#> SRR1609553 5 0.1043 0.8873 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609554 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609555 5 0.0794 0.8976 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609556 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 5 0.1041 0.8965 0.000 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1609560 1 0.2332 0.8579 0.904 0.076 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609561 5 0.2674 0.8023 0.000 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1609562 1 0.2568 0.8443 0.888 0.092 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609563 5 0.2280 0.8247 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1609564 1 0.3231 0.7409 0.800 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.2179 0.7903 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1609572 3 0.1732 0.8228 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0162 0.8883 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609575 4 0.3231 0.8041 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1609576 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609578 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 3 0.4235 0.2080 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1609581 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.0880 0.8701 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609586 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609587 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 5 0.1043 0.8868 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1609590 3 0.0162 0.8883 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609592 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 5 0.1638 0.8696 0.000 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1609593 5 0.2011 0.8753 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR1609594 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609595 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.2233 0.8250 0.000 0.000 0.004 0.892 0.104
#> SRR1609599 4 0.0162 0.8248 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609600 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.0162 0.8248 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609602 4 0.0162 0.8248 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3109 0.8027 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609605 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 5 0.0290 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609607 5 0.0451 0.9035 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1609608 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 5 0.0609 0.8989 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609611 4 0.3109 0.8027 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.1270 0.8842 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609614 3 0.0162 0.8883 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609615 1 0.2131 0.8712 0.920 0.056 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609616 1 0.5758 0.5310 0.600 0.000 0.132 0.000 0.268
#> SRR1609617 5 0.2389 0.8629 0.000 0.000 0.004 0.116 0.880
#> SRR1609618 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 1 0.5119 0.7447 0.740 0.092 0.032 0.000 0.136
#> SRR1609620 4 0.3109 0.8027 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.2989 0.8591 0.884 0.052 0.024 0.000 0.040
#> SRR1609626 4 0.3876 0.5639 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1609627 1 0.2074 0.8694 0.920 0.060 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.2773 0.7895 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2204 0.8738 0.920 0.048 0.016 0.000 0.016
#> SRR1609632 1 0.2005 0.8718 0.924 0.056 0.004 0.000 0.016
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.0703 0.8238 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609636 4 0.2813 0.8248 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1609637 1 0.4219 0.2458 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.5676 0.5920 0.632 0.124 0.004 0.000 0.240
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609646 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 5 0.3636 0.7420 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1609649 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609651 2 0.1597 0.9021 0.048 0.940 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609650 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 3 0.0000 0.8909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4303 0.8170 0.116 0.064 0.004 0.800 0.016
#> SRR1609655 5 0.3231 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.3109 0.7900 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 5 0.3231 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1609661 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0000 0.9071 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 5 0.3109 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609665 2 0.0162 0.9584 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609666 4 0.3074 0.7927 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609667 1 0.3969 0.5889 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004
#> SRR1609668 4 0.0000 0.8247 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609364 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609365 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.5446 0.32070 0.176 0.568 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609367 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.3659 0.04174 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609370 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.3002 0.82285 0.000 0.136 0.000 0.836 0.020 0.008
#> SRR1609372 1 0.2527 0.46158 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1609373 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609374 2 0.0291 0.94950 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609375 1 0.5869 -0.06900 0.416 0.196 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609377 6 0.4528 0.75924 0.404 0.028 0.004 0.000 0.000 0.564
#> SRR1609376 2 0.0458 0.94962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609378 4 0.3156 0.78444 0.180 0.020 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609379 6 0.4412 0.64375 0.480 0.008 0.012 0.000 0.000 0.500
#> SRR1609382 4 0.3014 0.82535 0.000 0.132 0.000 0.832 0.036 0.000
#> SRR1609383 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.3659 0.04174 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609386 1 0.3727 -0.01124 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609385 1 0.3198 0.31034 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1609387 1 0.2178 0.43253 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1609388 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3464 0.15934 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1609393 4 0.3192 0.82278 0.000 0.136 0.000 0.828 0.020 0.016
#> SRR1609394 2 0.3819 0.52422 0.000 0.700 0.000 0.280 0.000 0.020
#> SRR1609392 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.2902 0.78853 0.000 0.196 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1609395 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.3717 -0.00678 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609399 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609402 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609405 1 0.3727 -0.01124 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609404 4 0.2902 0.79061 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1609406 2 0.0146 0.95125 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609408 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609403 1 0.2762 0.42342 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609410 1 0.3828 -0.33278 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1609411 5 0.4101 0.45738 0.000 0.352 0.000 0.008 0.632 0.008
#> SRR1609407 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609413 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.1719 0.87057 0.000 0.000 0.016 0.000 0.924 0.060
#> SRR1609414 5 0.4653 0.44044 0.000 0.000 0.360 0.000 0.588 0.052
#> SRR1609415 3 0.4053 0.64455 0.084 0.000 0.796 0.000 0.052 0.068
#> SRR1609416 3 0.4107 0.80355 0.000 0.000 0.700 0.044 0.000 0.256
#> SRR1609417 5 0.5980 -0.09578 0.000 0.000 0.292 0.000 0.444 0.264
#> SRR1609418 6 0.4621 0.73856 0.448 0.024 0.008 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609419 2 0.0508 0.94904 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609420 6 0.4580 0.74889 0.440 0.028 0.004 0.000 0.000 0.528
#> SRR1609421 5 0.0363 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609422 4 0.2473 0.71846 0.000 0.000 0.000 0.856 0.136 0.008
#> SRR1609423 4 0.3187 0.82411 0.000 0.044 0.000 0.836 0.112 0.008
#> SRR1609424 4 0.3210 0.80835 0.000 0.168 0.000 0.804 0.028 0.000
#> SRR1609425 6 0.5473 0.64566 0.360 0.044 0.000 0.000 0.048 0.548
#> SRR1609426 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 4 0.5917 -0.20817 0.000 0.000 0.392 0.400 0.000 0.208
#> SRR1609428 2 0.0508 0.94899 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609429 5 0.4173 0.69697 0.012 0.016 0.004 0.000 0.696 0.272
#> SRR1609430 3 0.3330 0.81922 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1609431 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609432 2 0.0865 0.93304 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609433 3 0.5731 0.49076 0.000 0.000 0.508 0.288 0.000 0.204
#> SRR1609434 4 0.3192 0.82278 0.000 0.136 0.000 0.828 0.020 0.016
#> SRR1609435 1 0.5037 0.17834 0.640 0.000 0.172 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609436 3 0.4479 0.46676 0.000 0.000 0.684 0.000 0.236 0.080
#> SRR1609437 4 0.4131 0.79962 0.000 0.052 0.000 0.784 0.048 0.116
#> SRR1609438 4 0.3192 0.82278 0.000 0.136 0.000 0.828 0.020 0.016
#> SRR1609439 3 0.4802 0.78836 0.000 0.000 0.660 0.068 0.012 0.260
#> SRR1609440 1 0.2454 0.44115 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609441 5 0.1411 0.87396 0.000 0.004 0.000 0.000 0.936 0.060
#> SRR1609442 4 0.3954 0.55488 0.000 0.352 0.000 0.636 0.000 0.012
#> SRR1609443 3 0.3175 0.82168 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609444 6 0.6838 0.12181 0.268 0.028 0.008 0.000 0.328 0.368
#> SRR1609445 5 0.1349 0.87324 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1609446 5 0.2214 0.86342 0.000 0.016 0.000 0.000 0.888 0.096
#> SRR1609447 3 0.1908 0.74320 0.056 0.000 0.916 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609448 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609449 6 0.4624 0.70299 0.432 0.000 0.040 0.000 0.000 0.528
#> SRR1609450 2 0.3672 0.72520 0.000 0.776 0.000 0.000 0.168 0.056
#> SRR1609451 3 0.3330 0.81921 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1609452 5 0.0603 0.87295 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1609453 5 0.4684 0.60623 0.000 0.000 0.256 0.000 0.656 0.088
#> SRR1609454 5 0.2633 0.82772 0.000 0.104 0.000 0.000 0.864 0.032
#> SRR1609455 6 0.4682 0.75647 0.420 0.036 0.000 0.000 0.004 0.540
#> SRR1609456 5 0.1700 0.86989 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.080
#> SRR1609457 5 0.1745 0.87053 0.000 0.000 0.020 0.000 0.924 0.056
#> SRR1609458 3 0.5141 0.52900 0.036 0.000 0.680 0.000 0.188 0.096
#> SRR1609459 5 0.0508 0.87334 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609460 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609461 5 0.1745 0.87053 0.000 0.000 0.020 0.000 0.924 0.056
#> SRR1609462 3 0.3244 0.82024 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609464 3 0.3405 0.82044 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.272
#> SRR1609463 5 0.4378 0.81138 0.000 0.000 0.016 0.168 0.740 0.076
#> SRR1609465 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609466 4 0.2896 0.79151 0.160 0.000 0.016 0.824 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.4638 0.77649 0.000 0.000 0.636 0.068 0.000 0.296
#> SRR1609469 4 0.2700 0.80353 0.000 0.004 0.000 0.836 0.156 0.004
#> SRR1609470 5 0.1327 0.87488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1609472 4 0.2664 0.78882 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1609471 6 0.4803 0.75727 0.432 0.028 0.008 0.000 0.004 0.528
#> SRR1609474 2 0.4863 0.58606 0.000 0.660 0.000 0.000 0.200 0.140
#> SRR1609473 4 0.2988 0.80881 0.000 0.024 0.000 0.824 0.152 0.000
#> SRR1609475 4 0.3159 0.82968 0.000 0.100 0.000 0.832 0.068 0.000
#> SRR1609478 4 0.2706 0.80137 0.000 0.000 0.008 0.832 0.160 0.000
#> SRR1609476 3 0.4543 0.17677 0.384 0.000 0.576 0.000 0.000 0.040
#> SRR1609477 5 0.0622 0.87421 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1609479 2 0.0260 0.95093 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609481 4 0.0260 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609480 4 0.3421 0.70251 0.000 0.000 0.008 0.736 0.256 0.000
#> SRR1609482 3 0.3448 0.81958 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR1609484 4 0.4058 0.49855 0.000 0.004 0.000 0.616 0.372 0.008
#> SRR1609483 3 0.3426 0.82029 0.000 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1609486 5 0.3323 0.67560 0.000 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1609485 5 0.3109 0.69578 0.000 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> SRR1609487 6 0.4528 0.75924 0.404 0.028 0.004 0.000 0.000 0.564
#> SRR1609488 3 0.4736 0.29962 0.000 0.000 0.620 0.000 0.308 0.072
#> SRR1609489 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 6 0.5540 0.52031 0.312 0.044 0.000 0.000 0.064 0.580
#> SRR1609491 5 0.1556 0.87016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609492 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609493 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609494 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609495 4 0.5154 0.69088 0.036 0.000 0.140 0.688 0.000 0.136
#> SRR1609496 3 0.0692 0.78671 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609497 3 0.3422 0.64280 0.000 0.000 0.792 0.000 0.168 0.040
#> SRR1609498 3 0.1340 0.77174 0.004 0.000 0.948 0.000 0.008 0.040
#> SRR1609499 2 0.3481 0.72176 0.000 0.776 0.000 0.000 0.192 0.032
#> SRR1609500 3 0.1464 0.76960 0.004 0.000 0.944 0.000 0.016 0.036
#> SRR1609501 5 0.1007 0.87537 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609502 5 0.3928 0.78333 0.000 0.080 0.000 0.000 0.760 0.160
#> SRR1609503 4 0.0260 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609504 1 0.5975 -0.00834 0.420 0.000 0.348 0.000 0.000 0.232
#> SRR1609505 3 0.0935 0.77868 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1609506 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609507 3 0.0547 0.79586 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609508 2 0.3652 0.60582 0.000 0.720 0.000 0.000 0.264 0.016
#> SRR1609509 2 0.0508 0.94904 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609510 4 0.1858 0.77241 0.000 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1609512 3 0.0603 0.79316 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609511 4 0.1710 0.82055 0.000 0.000 0.020 0.936 0.016 0.028
#> SRR1609513 3 0.3351 0.81833 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1609514 4 0.2581 0.81378 0.000 0.000 0.020 0.860 0.120 0.000
#> SRR1609515 2 0.0260 0.95093 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609516 5 0.0603 0.87295 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1609517 5 0.0717 0.87270 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609518 6 0.4613 0.73139 0.440 0.008 0.024 0.000 0.000 0.528
#> SRR1609519 3 0.0777 0.79673 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1609520 4 0.3187 0.82411 0.000 0.044 0.000 0.836 0.112 0.008
#> SRR1609521 3 0.0458 0.78565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609522 3 0.4687 0.77342 0.000 0.000 0.632 0.072 0.000 0.296
#> SRR1609523 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609524 2 0.0458 0.94962 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609526 3 0.4638 0.77649 0.000 0.000 0.636 0.068 0.000 0.296
#> SRR1609525 5 0.1082 0.87599 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1609527 6 0.4672 0.73584 0.432 0.008 0.028 0.000 0.000 0.532
#> SRR1609529 5 0.1829 0.86927 0.000 0.000 0.024 0.000 0.920 0.056
#> SRR1609528 4 0.2697 0.78661 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1609530 3 0.3612 0.60202 0.000 0.000 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR1609531 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609532 3 0.3448 0.81958 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR1609533 5 0.0508 0.87334 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609534 5 0.3494 0.82808 0.000 0.000 0.072 0.080 0.828 0.020
#> SRR1609535 5 0.4029 0.68471 0.000 0.000 0.000 0.292 0.680 0.028
#> SRR1609537 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609536 5 0.0603 0.87535 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1609538 2 0.0865 0.93477 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609539 5 0.3717 0.80689 0.000 0.000 0.016 0.152 0.792 0.040
#> SRR1609540 1 0.6396 -0.07107 0.416 0.000 0.284 0.000 0.016 0.284
#> SRR1609541 4 0.1346 0.81807 0.000 0.000 0.016 0.952 0.008 0.024
#> SRR1609542 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609543 3 0.3360 0.82052 0.000 0.000 0.732 0.004 0.000 0.264
#> SRR1609544 4 0.7201 0.20346 0.148 0.000 0.248 0.436 0.000 0.168
#> SRR1609545 3 0.0458 0.78565 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609546 5 0.1124 0.87534 0.000 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1609547 5 0.1536 0.86929 0.000 0.000 0.020 0.012 0.944 0.024
#> SRR1609548 5 0.0363 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609549 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609550 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609551 5 0.3572 0.80609 0.000 0.000 0.016 0.168 0.792 0.024
#> SRR1609552 5 0.2784 0.84964 0.000 0.000 0.040 0.064 0.876 0.020
#> SRR1609553 5 0.4964 0.35908 0.000 0.000 0.388 0.000 0.540 0.072
#> SRR1609554 5 0.1010 0.87639 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1609555 5 0.3328 0.79486 0.000 0.000 0.120 0.000 0.816 0.064
#> SRR1609556 3 0.3371 0.81717 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609557 5 0.0363 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609558 5 0.1124 0.87530 0.000 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1609559 5 0.2230 0.85894 0.000 0.000 0.016 0.064 0.904 0.016
#> SRR1609560 6 0.4656 0.75430 0.404 0.036 0.000 0.000 0.004 0.556
#> SRR1609561 5 0.2846 0.79023 0.000 0.000 0.140 0.004 0.840 0.016
#> SRR1609562 6 0.4508 0.74670 0.396 0.036 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609563 5 0.3819 0.79533 0.000 0.064 0.000 0.000 0.764 0.172
#> SRR1609564 1 0.5991 -0.03506 0.436 0.000 0.308 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609565 2 0.0146 0.95141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609566 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609567 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609568 1 0.2378 0.47183 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1609569 3 0.3198 0.82139 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1609570 3 0.3371 0.81717 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609571 4 0.2554 0.79738 0.000 0.000 0.092 0.876 0.004 0.028
#> SRR1609572 3 0.3865 0.81403 0.000 0.000 0.720 0.032 0.000 0.248
#> SRR1609573 3 0.3371 0.81717 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609574 3 0.3244 0.82024 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609575 4 0.2902 0.79061 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1609576 2 0.0260 0.94972 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609578 5 0.2006 0.86738 0.000 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> SRR1609577 1 0.2941 0.29577 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1609579 3 0.3244 0.82024 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1609580 5 0.1049 0.87618 0.000 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1609582 3 0.3588 0.61883 0.000 0.000 0.776 0.000 0.180 0.044
#> SRR1609581 5 0.2402 0.85694 0.000 0.012 0.000 0.000 0.868 0.120
#> SRR1609583 5 0.1349 0.87313 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1609584 3 0.3371 0.81717 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609585 3 0.0935 0.77868 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1609586 2 0.0260 0.95093 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609587 5 0.0603 0.87396 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1609588 5 0.2402 0.85694 0.000 0.012 0.000 0.000 0.868 0.120
#> SRR1609589 5 0.2311 0.86087 0.000 0.016 0.000 0.000 0.880 0.104
#> SRR1609590 3 0.3163 0.82307 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> SRR1609592 5 0.0508 0.87334 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609591 5 0.2971 0.84092 0.000 0.020 0.004 0.000 0.832 0.144
#> SRR1609593 5 0.2981 0.83504 0.000 0.000 0.016 0.116 0.848 0.020
#> SRR1609594 4 0.3192 0.82278 0.000 0.136 0.000 0.828 0.020 0.016
#> SRR1609595 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609596 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0363 0.95012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609598 4 0.2011 0.82408 0.000 0.000 0.020 0.912 0.064 0.004
#> SRR1609599 4 0.0748 0.81563 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1609600 3 0.0146 0.78965 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609601 4 0.0603 0.81485 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1609602 4 0.0603 0.81485 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1609603 1 0.3684 0.00477 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1609604 4 0.2793 0.78715 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.1152 0.87569 0.000 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> SRR1609606 5 0.0717 0.87270 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1609607 5 0.1321 0.87020 0.000 0.000 0.020 0.004 0.952 0.024
#> SRR1609608 5 0.0622 0.87421 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1609609 5 0.1588 0.87180 0.000 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> SRR1609610 5 0.4008 0.70312 0.000 0.000 0.196 0.000 0.740 0.064
#> SRR1609611 4 0.2902 0.78853 0.000 0.196 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1609613 2 0.0260 0.94986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609612 5 0.2801 0.84811 0.000 0.000 0.072 0.000 0.860 0.068
#> SRR1609614 3 0.0146 0.79019 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609615 6 0.4631 0.74888 0.440 0.020 0.012 0.000 0.000 0.528
#> SRR1609616 1 0.7204 -0.24289 0.356 0.000 0.116 0.000 0.176 0.352
#> SRR1609617 5 0.3110 0.82984 0.000 0.000 0.016 0.128 0.836 0.020
#> SRR1609618 5 0.1584 0.87087 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR1609619 6 0.7265 0.29450 0.316 0.032 0.148 0.000 0.068 0.436
#> SRR1609620 4 0.2902 0.78853 0.000 0.196 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1609621 2 0.0458 0.94904 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609622 3 0.3405 0.82044 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.272
#> SRR1609623 3 0.3198 0.82139 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1609624 1 0.2135 0.48800 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1609625 6 0.4782 0.74367 0.416 0.008 0.028 0.000 0.004 0.544
#> SRR1609626 4 0.3878 0.53120 0.000 0.000 0.320 0.668 0.004 0.008
#> SRR1609627 6 0.4453 0.75145 0.400 0.032 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1609628 2 0.0146 0.95125 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609629 5 0.4981 0.26710 0.000 0.000 0.436 0.000 0.496 0.068
#> SRR1609630 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 6 0.4613 0.73139 0.440 0.008 0.024 0.000 0.000 0.528
#> SRR1609632 6 0.4609 0.75452 0.436 0.024 0.008 0.000 0.000 0.532
#> SRR1609633 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0260 0.95093 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609635 4 0.1485 0.81749 0.000 0.000 0.024 0.944 0.004 0.028
#> SRR1609636 4 0.3192 0.82278 0.000 0.136 0.000 0.828 0.020 0.016
#> SRR1609637 1 0.3727 0.18707 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 6 0.5102 0.60691 0.308 0.056 0.000 0.000 0.024 0.612
#> SRR1609639 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609640 3 0.0632 0.78680 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609641 1 0.2631 0.44957 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609642 1 0.3175 0.31563 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1609643 5 0.1584 0.87087 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR1609644 1 0.3659 0.04174 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609645 5 0.1528 0.87311 0.000 0.000 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR1609646 3 0.3371 0.81717 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1609647 5 0.3956 0.68756 0.000 0.000 0.000 0.292 0.684 0.024
#> SRR1609649 3 0.0632 0.78320 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609648 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.3584 0.57398 0.004 0.688 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1609650 5 0.0603 0.87295 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1609652 3 0.1267 0.79966 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609653 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609654 4 0.3463 0.78088 0.008 0.032 0.000 0.800 0.000 0.160
#> SRR1609655 5 0.3819 0.80327 0.000 0.000 0.016 0.156 0.784 0.044
#> SRR1609657 1 0.0000 0.51962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0547 0.94842 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609659 2 0.0260 0.95073 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609660 5 0.3819 0.80327 0.000 0.000 0.016 0.156 0.784 0.044
#> SRR1609661 5 0.1584 0.87087 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR1609662 2 0.0000 0.95161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0909 0.87658 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1609664 5 0.3333 0.80170 0.000 0.000 0.000 0.192 0.784 0.024
#> SRR1609665 2 0.2595 0.79555 0.004 0.836 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1609666 4 0.2793 0.77262 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1609667 3 0.2662 0.67462 0.120 0.000 0.856 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609668 4 0.0260 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609669 1 0.3774 -0.18200 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.900 0.934 0.972 0.5005 0.499 0.499
#> 3 3 0.596 0.734 0.840 0.2750 0.790 0.609
#> 4 4 0.708 0.755 0.875 0.1297 0.826 0.570
#> 5 5 0.838 0.804 0.910 0.0638 0.901 0.667
#> 6 6 0.819 0.821 0.910 0.0521 0.883 0.560
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.7674 0.7006 0.224 0.776
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609370 1 0.0938 0.9561 0.988 0.012
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.2778 0.9264 0.952 0.048
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609379 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609383 1 0.9323 0.4950 0.652 0.348
#> SRR1609381 1 0.8327 0.6609 0.736 0.264
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.9686 0.3785 0.604 0.396
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.8443 0.6474 0.728 0.272
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0938 0.9561 0.988 0.012
#> SRR1609396 1 0.7219 0.7577 0.800 0.200
#> SRR1609398 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609399 1 0.0672 0.9590 0.992 0.008
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609410 2 0.1843 0.9500 0.028 0.972
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.3274 0.9183 0.060 0.940
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.9881 0.2327 0.436 0.564
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.3114 0.9244 0.056 0.944
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.7219 0.7457 0.200 0.800
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0376 0.9619 0.996 0.004
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.2778 0.9269 0.952 0.048
#> SRR1609445 1 0.2603 0.9290 0.956 0.044
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.1184 0.9531 0.984 0.016
#> SRR1609450 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.8267 0.6531 0.740 0.260
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.7219 0.7577 0.800 0.200
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609470 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609472 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609471 2 0.6148 0.8120 0.152 0.848
#> SRR1609474 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609478 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609477 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609491 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.7219 0.7457 0.200 0.800
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609511 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.8813 0.5978 0.700 0.300
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.8763 0.5842 0.296 0.704
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609528 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609541 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0672 0.9588 0.992 0.008
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609558 1 0.2948 0.9215 0.948 0.052
#> SRR1609559 1 0.7139 0.7547 0.804 0.196
#> SRR1609560 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609578 2 0.2603 0.9349 0.044 0.956
#> SRR1609577 1 0.7219 0.7577 0.800 0.200
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609581 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609583 1 0.7219 0.7490 0.800 0.200
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609589 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.9922 0.1940 0.448 0.552
#> SRR1609591 1 0.7883 0.7051 0.764 0.236
#> SRR1609593 1 0.9996 0.0381 0.512 0.488
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.7219 0.7457 0.200 0.800
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609602 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609609 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609615 2 0.1184 0.9612 0.016 0.984
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.9732 0.2940 0.404 0.596
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609624 2 0.8555 0.5988 0.280 0.720
#> SRR1609625 1 0.1843 0.9436 0.972 0.028
#> SRR1609626 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.6712 0.7891 0.824 0.176
#> SRR1609632 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609633 1 0.1843 0.9436 0.972 0.028
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609641 2 0.8861 0.5494 0.304 0.696
#> SRR1609642 1 0.8327 0.6616 0.736 0.264
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609644 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609650 1 0.8081 0.6742 0.752 0.248
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.7219 0.7577 0.800 0.200
#> SRR1609656 1 0.6801 0.7840 0.820 0.180
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.6531 0.7907 0.168 0.832
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9646 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.6712 0.7796 0.176 0.824
#> SRR1609669 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 1 0.5559 0.4202 0.780 0.192 0.028
#> SRR1609361 1 0.4452 0.4411 0.808 0.192 0.000
#> SRR1609362 2 0.6373 0.7133 0.268 0.704 0.028
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.6373 0.5789 0.408 0.588 0.004
#> SRR1609366 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.2796 0.8241 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609370 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609371 2 0.5058 0.7483 0.244 0.756 0.000
#> SRR1609372 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.0424 0.8832 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.6699 0.7082 0.256 0.700 0.044
#> SRR1609379 2 0.5948 0.4215 0.360 0.640 0.000
#> SRR1609382 2 0.6894 0.7018 0.256 0.692 0.052
#> SRR1609383 1 0.0892 0.5835 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609381 1 0.5365 0.8632 0.744 0.004 0.252
#> SRR1609384 2 0.0237 0.8850 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609386 2 0.0237 0.8850 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609385 2 0.6045 0.3741 0.380 0.620 0.000
#> SRR1609387 1 0.5698 0.8587 0.736 0.012 0.252
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.6056 0.8380 0.744 0.032 0.224
#> SRR1609393 2 0.6596 0.7117 0.256 0.704 0.040
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.3619 0.8199 0.136 0.864 0.000
#> SRR1609395 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609396 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609398 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609400 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0237 0.8850 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609404 2 0.5138 0.7427 0.252 0.748 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 2 0.6260 0.1812 0.448 0.552 0.000
#> SRR1609410 1 0.6104 0.4216 0.648 0.348 0.004
#> SRR1609411 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.6452 0.5737 0.712 0.252 0.036
#> SRR1609412 3 0.1964 0.7580 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609414 3 0.1964 0.7580 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609415 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609416 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609417 3 0.1411 0.7603 0.036 0.000 0.964
#> SRR1609418 2 0.4346 0.7269 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 2 0.0424 0.8846 0.008 0.992 0.000
#> SRR1609421 3 0.5692 0.5527 0.008 0.268 0.724
#> SRR1609422 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609423 2 0.8170 0.6375 0.256 0.624 0.120
#> SRR1609424 2 0.6798 0.7054 0.256 0.696 0.048
#> SRR1609425 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.0237 0.8850 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609430 3 0.5216 0.4487 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609431 3 0.6168 0.3274 0.000 0.412 0.588
#> SRR1609432 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609434 2 0.6894 0.7018 0.256 0.692 0.052
#> SRR1609435 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609436 3 0.4346 0.6136 0.184 0.000 0.816
#> SRR1609437 2 0.6596 0.7121 0.256 0.704 0.040
#> SRR1609438 2 0.6596 0.7117 0.256 0.704 0.040
#> SRR1609439 3 0.2711 0.7360 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609440 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609441 2 0.6848 0.7463 0.164 0.736 0.100
#> SRR1609442 2 0.0592 0.8827 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609443 3 0.6215 -0.2047 0.428 0.000 0.572
#> SRR1609444 2 0.7530 0.4528 0.084 0.664 0.252
#> SRR1609445 3 0.0747 0.7665 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609446 2 0.0424 0.8834 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609447 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609448 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.7076 0.8164 0.684 0.060 0.256
#> SRR1609450 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609452 3 0.2599 0.7499 0.052 0.016 0.932
#> SRR1609453 3 0.2356 0.7490 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609454 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609455 2 0.0237 0.8855 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609456 2 0.1163 0.8728 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609457 3 0.0237 0.7686 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609458 3 0.6299 -0.3753 0.476 0.000 0.524
#> SRR1609459 3 0.0424 0.7679 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609460 2 0.1529 0.8658 0.000 0.960 0.040
#> SRR1609461 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609462 1 0.5733 0.7943 0.676 0.000 0.324
#> SRR1609464 3 0.2537 0.7424 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609463 3 0.3038 0.7224 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609465 2 0.1529 0.8658 0.000 0.960 0.040
#> SRR1609466 1 0.5098 0.8605 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609467 1 0.6307 0.4681 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609469 2 0.9321 0.4810 0.256 0.520 0.224
#> SRR1609470 3 0.6026 0.4252 0.000 0.376 0.624
#> SRR1609472 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609471 2 0.5461 0.6469 0.016 0.768 0.216
#> SRR1609474 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.8047 0.6519 0.256 0.632 0.112
#> SRR1609475 2 0.7164 0.6923 0.256 0.680 0.064
#> SRR1609478 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609476 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609477 3 0.5138 0.6244 0.252 0.000 0.748
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.8925 0.5534 0.256 0.564 0.180
#> SRR1609480 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609482 3 0.3267 0.7079 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609484 2 0.8170 0.6427 0.256 0.624 0.120
#> SRR1609483 3 0.3412 0.6988 0.124 0.000 0.876
#> SRR1609486 3 0.1643 0.7624 0.044 0.000 0.956
#> SRR1609485 3 0.1643 0.7624 0.044 0.000 0.956
#> SRR1609487 2 0.0237 0.8850 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609488 3 0.3752 0.6768 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609489 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609491 3 0.6244 0.2692 0.000 0.440 0.560
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.6291 0.0250 0.000 0.532 0.468
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.2261 0.6777 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609496 3 0.3686 0.6803 0.140 0.000 0.860
#> SRR1609497 3 0.4002 0.6529 0.160 0.000 0.840
#> SRR1609498 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609499 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.5327 0.8524 0.728 0.000 0.272
#> SRR1609501 3 0.6308 0.0952 0.000 0.492 0.508
#> SRR1609502 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.5580 0.7345 0.256 0.736 0.008
#> SRR1609504 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609505 3 0.6192 -0.1642 0.420 0.000 0.580
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.6215 0.6194 0.572 0.000 0.428
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.8109 0.6472 0.256 0.628 0.116
#> SRR1609512 3 0.4399 0.6069 0.188 0.000 0.812
#> SRR1609511 3 0.2537 0.7405 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609513 1 0.6274 0.5578 0.544 0.000 0.456
#> SRR1609514 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0424 0.7679 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609517 2 0.6252 0.4768 0.008 0.648 0.344
#> SRR1609518 1 0.8977 0.6642 0.560 0.188 0.252
#> SRR1609519 3 0.1964 0.7580 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609520 2 0.7983 0.6516 0.256 0.636 0.108
#> SRR1609521 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609522 3 0.3482 0.6940 0.128 0.000 0.872
#> SRR1609523 3 0.5580 0.5629 0.008 0.256 0.736
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.3619 0.6840 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609525 3 0.5580 0.5629 0.008 0.256 0.736
#> SRR1609527 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609529 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609528 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609530 3 0.2448 0.7453 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.3116 0.7157 0.108 0.000 0.892
#> SRR1609533 2 0.6274 0.0760 0.000 0.544 0.456
#> SRR1609534 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609535 2 0.1289 0.8706 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0237 0.7686 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609538 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.1031 0.7664 0.024 0.000 0.976
#> SRR1609540 1 0.9033 0.6628 0.548 0.180 0.272
#> SRR1609541 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609544 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609545 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609546 3 0.0424 0.7679 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609547 3 0.0000 0.7685 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0592 0.7673 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609549 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.7685 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609553 3 0.2356 0.7483 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609554 3 0.5371 0.6779 0.048 0.140 0.812
#> SRR1609555 3 0.2448 0.7453 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609556 1 0.5291 0.8554 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609557 3 0.5291 0.5546 0.000 0.268 0.732
#> SRR1609558 3 0.3193 0.7149 0.004 0.100 0.896
#> SRR1609559 3 0.1163 0.7630 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609560 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609562 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609568 2 0.6204 0.2543 0.424 0.576 0.000
#> SRR1609569 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609570 3 0.4654 0.5665 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609571 3 0.3267 0.7064 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609572 3 0.3482 0.7323 0.128 0.000 0.872
#> SRR1609573 1 0.6260 0.5731 0.552 0.000 0.448
#> SRR1609574 3 0.5785 0.2158 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609575 2 0.5737 0.7317 0.256 0.732 0.012
#> SRR1609576 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.3941 0.7769 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609577 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609579 1 0.5760 0.7889 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609580 3 0.0237 0.7686 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609582 1 0.6180 0.6494 0.584 0.000 0.416
#> SRR1609581 2 0.0892 0.8771 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609583 3 0.1170 0.7662 0.016 0.008 0.976
#> SRR1609584 1 0.6291 0.5253 0.532 0.000 0.468
#> SRR1609585 3 0.5785 0.2262 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609586 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0747 0.7664 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609588 2 0.0424 0.8833 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609589 2 0.0424 0.8833 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609590 3 0.3192 0.7123 0.112 0.000 0.888
#> SRR1609592 3 0.2982 0.7448 0.056 0.024 0.920
#> SRR1609591 2 0.4731 0.7630 0.032 0.840 0.128
#> SRR1609593 3 0.5461 0.5721 0.008 0.244 0.748
#> SRR1609594 2 0.6894 0.7018 0.256 0.692 0.052
#> SRR1609595 3 0.6079 0.3928 0.000 0.388 0.612
#> SRR1609596 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609599 3 0.5291 0.6196 0.268 0.000 0.732
#> SRR1609600 1 0.6299 0.5060 0.524 0.000 0.476
#> SRR1609601 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609602 3 0.5291 0.6186 0.268 0.000 0.732
#> SRR1609603 2 0.4121 0.7475 0.168 0.832 0.000
#> SRR1609604 2 0.5404 0.7371 0.256 0.740 0.004
#> SRR1609605 2 0.1964 0.8560 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609606 3 0.5560 0.5223 0.000 0.300 0.700
#> SRR1609607 3 0.1163 0.7658 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609608 3 0.0237 0.7686 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609609 2 0.4452 0.7212 0.000 0.808 0.192
#> SRR1609610 3 0.2356 0.7483 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609611 2 0.6016 0.7261 0.256 0.724 0.020
#> SRR1609613 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.2066 0.7559 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609614 3 0.6252 -0.2671 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609615 2 0.3031 0.8292 0.012 0.912 0.076
#> SRR1609616 1 0.9582 0.5526 0.480 0.264 0.256
#> SRR1609617 2 0.3038 0.8298 0.000 0.896 0.104
#> SRR1609618 3 0.1753 0.7612 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609619 2 0.6016 0.5686 0.020 0.724 0.256
#> SRR1609620 2 0.3192 0.8339 0.112 0.888 0.000
#> SRR1609621 2 0.0237 0.8855 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609622 3 0.0424 0.7681 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609623 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609624 1 0.6613 0.6509 0.740 0.188 0.072
#> SRR1609625 1 0.9156 0.6409 0.540 0.204 0.256
#> SRR1609626 3 0.2959 0.7481 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609627 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.2165 0.7536 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609630 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.7295 0.8053 0.676 0.072 0.252
#> SRR1609632 2 0.3879 0.7644 0.152 0.848 0.000
#> SRR1609633 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.5016 0.6330 0.240 0.000 0.760
#> SRR1609636 2 0.5404 0.7371 0.256 0.740 0.004
#> SRR1609637 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609638 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.5254 0.4432 0.264 0.000 0.736
#> SRR1609641 1 0.7126 0.6935 0.720 0.164 0.116
#> SRR1609642 1 0.5365 0.8632 0.744 0.004 0.252
#> SRR1609643 3 0.1989 0.7616 0.048 0.004 0.948
#> SRR1609644 2 0.5560 0.5477 0.300 0.700 0.000
#> SRR1609645 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609646 3 0.5216 0.4517 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609647 2 0.0237 0.8851 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609649 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.3009 0.7448 0.052 0.028 0.920
#> SRR1609652 3 0.3267 0.7079 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.5058 0.7483 0.244 0.756 0.000
#> SRR1609655 3 0.0237 0.7686 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609657 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609656 1 0.0592 0.5917 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.1753 0.7555 0.048 0.000 0.952
#> SRR1609661 3 0.1860 0.7599 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609662 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0592 0.7679 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609664 2 0.6225 0.1511 0.000 0.568 0.432
#> SRR1609665 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.5016 0.7528 0.240 0.760 0.000
#> SRR1609667 1 0.5178 0.8657 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609668 3 0.5178 0.6214 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609669 2 0.5178 0.6250 0.256 0.744 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.5267 0.778563 0.076 0.184 0.000 0.740
#> SRR1609361 4 0.5889 0.760259 0.116 0.188 0.000 0.696
#> SRR1609362 4 0.4356 0.767552 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609363 2 0.1022 0.866899 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609364 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609365 4 0.4770 0.766358 0.012 0.288 0.000 0.700
#> SRR1609366 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609367 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609369 2 0.3528 0.684903 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4454 0.751353 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1609372 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1022 0.866899 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609374 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609377 2 0.2149 0.812138 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.4356 0.767552 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609379 1 0.4605 0.526619 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.4406 0.761002 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1609383 4 0.5744 0.691997 0.184 0.108 0.000 0.708
#> SRR1609381 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.1767 0.852288 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR1609386 2 0.1042 0.870502 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1609385 1 0.4008 0.644377 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.2011 0.805765 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609390 1 0.0469 0.845898 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.4072 0.782285 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1609394 2 0.1302 0.858844 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609392 2 0.1211 0.861849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609391 2 0.4955 -0.137306 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1609395 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0707 0.872656 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609399 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609401 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609405 2 0.0376 0.876991 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1609404 4 0.4431 0.756766 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609406 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.3219 0.738247 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.2704 0.774655 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609407 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0817 0.840886 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.3521 0.804434 0.000 0.052 0.864 0.084
#> SRR1609414 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.4843 0.407385 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0469 0.874512 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609420 2 0.5993 0.379097 0.308 0.628 0.000 0.064
#> SRR1609421 3 0.4535 0.752220 0.000 0.084 0.804 0.112
#> SRR1609422 3 0.4781 0.596260 0.000 0.004 0.660 0.336
#> SRR1609423 4 0.3610 0.787428 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609424 4 0.4382 0.764884 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1609425 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609426 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609427 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0188 0.876524 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609429 2 0.2345 0.814153 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609430 3 0.3569 0.725926 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609431 2 0.7285 0.333392 0.000 0.520 0.180 0.300
#> SRR1609432 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609433 1 0.0469 0.845074 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609434 4 0.3726 0.788781 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1609435 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.2081 0.848829 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1609437 4 0.4382 0.764884 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1609438 4 0.3942 0.786012 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1609439 3 0.1059 0.879581 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1609440 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4171 0.733927 0.000 0.824 0.060 0.116
#> SRR1609442 2 0.4830 0.094347 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1609443 3 0.4877 0.310510 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609444 2 0.1526 0.862637 0.016 0.960 0.012 0.012
#> SRR1609445 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 2 0.1151 0.865013 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1609447 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.2216 0.820987 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1609449 1 0.1302 0.829785 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609451 1 0.0469 0.845046 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609452 3 0.0469 0.885250 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609453 3 0.3937 0.736891 0.188 0.000 0.800 0.012
#> SRR1609454 2 0.1022 0.866955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609455 2 0.3801 0.610005 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1609456 2 0.3342 0.790045 0.000 0.868 0.032 0.100
#> SRR1609457 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.4331 0.575474 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1609459 3 0.2676 0.831659 0.000 0.012 0.896 0.092
#> SRR1609460 2 0.5430 0.552781 0.000 0.664 0.036 0.300
#> SRR1609461 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.3726 0.685961 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1609464 3 0.1022 0.877058 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609463 3 0.5742 0.600307 0.008 0.036 0.656 0.300
#> SRR1609465 2 0.5430 0.552781 0.000 0.664 0.036 0.300
#> SRR1609466 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.4981 0.131555 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1609469 4 0.3764 0.788710 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1609470 3 0.5630 0.391128 0.000 0.360 0.608 0.032
#> SRR1609472 4 0.4454 0.539563 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1609471 1 0.5125 0.406822 0.604 0.388 0.000 0.008
#> SRR1609474 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609473 4 0.3649 0.788329 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609475 4 0.3649 0.788329 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609478 4 0.4356 0.558465 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1609476 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.1302 0.858844 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609481 4 0.3219 0.646871 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR1609480 4 0.4817 0.401022 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1609482 3 0.1118 0.875253 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609484 4 0.4382 0.764884 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1609483 3 0.1389 0.868767 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.0921 0.866160 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.1271 0.881297 0.012 0.008 0.968 0.012
#> SRR1609489 2 0.0336 0.876086 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609490 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609491 2 0.6611 -0.000229 0.000 0.464 0.456 0.080
#> SRR1609492 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609493 2 0.6973 0.392835 0.000 0.556 0.144 0.300
#> SRR1609494 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609495 1 0.4843 0.224125 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1609496 3 0.1118 0.875410 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609497 3 0.1867 0.853880 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1609498 1 0.0592 0.844171 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609499 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609500 1 0.1211 0.832212 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609501 2 0.6822 0.203834 0.000 0.512 0.384 0.104
#> SRR1609502 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609503 4 0.4431 0.756435 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609504 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.4477 0.532243 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1609506 2 0.0188 0.876524 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609507 1 0.4955 0.179636 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1609508 2 0.0707 0.872651 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609509 2 0.1557 0.849419 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609510 4 0.1474 0.661234 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1609512 3 0.2469 0.825168 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.4907 0.278562 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1609514 4 0.4522 0.523802 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1609515 2 0.1302 0.858844 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609516 3 0.1635 0.866828 0.000 0.008 0.948 0.044
#> SRR1609517 3 0.7140 0.093682 0.000 0.404 0.464 0.132
#> SRR1609518 1 0.3172 0.737784 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.3610 0.787428 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609521 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.1118 0.875253 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609523 3 0.6316 0.539894 0.000 0.088 0.612 0.300
#> SRR1609524 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609526 3 0.1557 0.864052 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609525 3 0.0937 0.880439 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1609527 1 0.0336 0.847440 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.4585 0.506779 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1609530 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0707 0.872656 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609532 3 0.1118 0.875253 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609533 2 0.6780 0.441478 0.000 0.604 0.232 0.164
#> SRR1609534 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.5062 0.571162 0.000 0.680 0.020 0.300
#> SRR1609537 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609536 3 0.0188 0.887055 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609538 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609539 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.4586 0.734584 0.796 0.136 0.068 0.000
#> SRR1609541 4 0.4008 0.604645 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1609542 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609548 3 0.0188 0.887055 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609549 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609550 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609551 3 0.4844 0.630158 0.000 0.012 0.688 0.300
#> SRR1609552 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.1938 0.851935 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR1609555 3 0.0376 0.886399 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609556 1 0.1557 0.822192 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609557 3 0.1174 0.875656 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1609558 3 0.0376 0.886387 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609559 3 0.1824 0.860695 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1609560 2 0.1118 0.861814 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.2530 0.803112 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609564 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0592 0.874088 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609566 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609567 2 0.1211 0.861849 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609568 1 0.3801 0.676306 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0707 0.842002 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609570 3 0.1637 0.861333 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609571 3 0.1637 0.861333 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609572 4 0.4761 0.435127 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1609573 3 0.4817 0.366056 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609574 3 0.4907 0.265305 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609575 4 0.4382 0.764884 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1609576 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.1722 0.848982 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1609577 1 0.0188 0.848670 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.3764 0.675669 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.3074 0.753856 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1609581 2 0.1452 0.857136 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1609583 3 0.0188 0.887055 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609584 1 0.4961 0.189639 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1609585 3 0.4933 0.232844 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1609586 2 0.1867 0.837839 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1609587 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.1151 0.865285 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1609589 2 0.2944 0.784938 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1609590 3 0.1474 0.866410 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1609592 3 0.0188 0.887055 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609591 2 0.2224 0.841334 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1609593 3 0.5512 0.600443 0.000 0.040 0.660 0.300
#> SRR1609594 4 0.3688 0.788640 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609595 2 0.7373 0.314141 0.000 0.508 0.192 0.300
#> SRR1609596 2 0.0188 0.876524 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609597 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609598 4 0.3942 0.612896 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1609599 4 0.4122 0.611903 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1609600 1 0.4643 0.450537 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1609601 4 0.1637 0.662543 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1609602 4 0.4155 0.608022 0.004 0.000 0.240 0.756
#> SRR1609603 1 0.4998 0.134544 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4406 0.761002 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1609605 2 0.2032 0.845519 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1609606 3 0.6133 0.607437 0.000 0.136 0.676 0.188
#> SRR1609607 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609608 3 0.0469 0.885205 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609609 2 0.5067 0.680194 0.000 0.768 0.116 0.116
#> SRR1609610 3 0.0336 0.885865 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609611 4 0.4406 0.761002 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1609613 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609612 3 0.0524 0.885130 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1609614 1 0.4564 0.498239 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1609615 2 0.4994 -0.033428 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.4585 0.533219 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.5814 0.527188 0.000 0.644 0.056 0.300
#> SRR1609618 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.4581 0.695940 0.120 0.800 0.000 0.080
#> SRR1609620 4 0.4817 0.616419 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1609621 2 0.2469 0.793117 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609622 3 0.1022 0.877058 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0188 0.848206 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3649 0.693432 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.3245 0.803872 0.028 0.000 0.872 0.100
#> SRR1609627 2 0.0336 0.875574 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0592 0.872959 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609629 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2814 0.765899 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1609632 2 0.4804 0.331061 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0921 0.875016 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609636 4 0.4356 0.767552 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1609637 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.0188 0.876524 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609639 2 0.0336 0.875759 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609640 3 0.4877 0.298939 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609641 1 0.1792 0.816172 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.0657 0.883739 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1609644 1 0.4679 0.497954 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0188 0.887055 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609646 3 0.3311 0.759363 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609647 2 0.4957 0.575193 0.000 0.684 0.016 0.300
#> SRR1609649 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609651 2 0.0000 0.876900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 3 0.0469 0.885250 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609652 3 0.1022 0.877058 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609653 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609654 4 0.4624 0.702187 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609655 3 0.3649 0.742670 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1609657 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.4543 0.482582 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1609658 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609659 2 0.1118 0.864568 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609660 3 0.4356 0.647951 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1609661 3 0.0376 0.886399 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1609662 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609663 3 0.0000 0.887596 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 2 0.6528 0.456086 0.000 0.596 0.104 0.300
#> SRR1609665 2 0.0469 0.875391 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609666 4 0.4431 0.756766 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609667 1 0.0000 0.849577 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.1474 0.661552 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1609669 1 0.4843 0.398198 0.604 0.396 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.1251 0.88197 0.008 0.036 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609361 4 0.3267 0.80709 0.112 0.044 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609362 4 0.1270 0.87880 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1609363 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609364 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609365 4 0.2439 0.81825 0.004 0.120 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609366 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609369 2 0.2852 0.76155 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.4161 0.41864 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609377 2 0.2005 0.89176 0.056 0.924 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609376 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609378 4 0.1197 0.88085 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609379 1 0.3999 0.51122 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.1043 0.88299 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609383 4 0.1364 0.88080 0.012 0.036 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0404 0.93953 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.3561 0.64521 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.1197 0.83243 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609390 1 0.0794 0.84211 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.1121 0.88233 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609394 2 0.0404 0.93953 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609392 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609391 2 0.0963 0.92223 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.2966 0.74978 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609403 1 0.2424 0.77193 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.2179 0.78662 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0162 0.94265 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609407 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.1341 0.82787 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.3755 0.77001 0.000 0.012 0.816 0.032 0.140
#> SRR1609414 3 0.4228 0.76561 0.032 0.000 0.800 0.040 0.128
#> SRR1609415 1 0.0771 0.84199 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609416 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609418 2 0.4300 -0.00388 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0290 0.94000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609420 1 0.4798 0.24740 0.540 0.440 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609421 5 0.5054 0.52365 0.000 0.008 0.324 0.036 0.632
#> SRR1609422 5 0.0798 0.81966 0.000 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR1609423 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609424 4 0.1121 0.88236 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609425 2 0.0693 0.93262 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1609426 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609427 1 0.0162 0.85034 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 2 0.2813 0.84741 0.000 0.880 0.004 0.032 0.084
#> SRR1609430 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609431 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609432 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.4171 0.34372 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1609434 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.4598 0.58263 0.264 0.000 0.700 0.028 0.008
#> SRR1609437 4 0.1544 0.86906 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1609438 4 0.1043 0.88299 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609439 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.4649 0.57882 0.000 0.252 0.020 0.708 0.020
#> SRR1609442 2 0.1197 0.91180 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609443 3 0.2270 0.87455 0.020 0.000 0.916 0.052 0.012
#> SRR1609444 2 0.4888 0.61559 0.228 0.716 0.004 0.032 0.020
#> SRR1609445 3 0.1818 0.88124 0.000 0.000 0.932 0.044 0.024
#> SRR1609446 2 0.1195 0.91556 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1609447 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0290 0.84989 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0451 0.93817 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609451 1 0.1043 0.83253 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.4441 0.67019 0.000 0.000 0.236 0.044 0.720
#> SRR1609453 5 0.6497 0.63853 0.188 0.000 0.120 0.068 0.624
#> SRR1609454 2 0.0404 0.93828 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609455 2 0.0955 0.92746 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609456 2 0.4132 0.69272 0.000 0.760 0.004 0.032 0.204
#> SRR1609457 3 0.1579 0.88647 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1609458 1 0.5456 0.16054 0.524 0.000 0.428 0.032 0.016
#> SRR1609459 5 0.3536 0.75474 0.000 0.000 0.156 0.032 0.812
#> SRR1609460 5 0.0579 0.81961 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1609461 3 0.1485 0.88675 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1609462 3 0.3452 0.63722 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609463 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609465 5 0.0579 0.81961 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1609466 1 0.0404 0.84796 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609469 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609470 3 0.4961 0.66174 0.000 0.048 0.732 0.032 0.188
#> SRR1609472 4 0.1121 0.85683 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1609471 1 0.4481 0.33244 0.576 0.416 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609474 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609475 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609478 4 0.1197 0.85487 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.1117 0.89539 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1609479 2 0.0404 0.93953 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609481 5 0.1202 0.80657 0.000 0.004 0.004 0.032 0.960
#> SRR1609480 4 0.1331 0.84528 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1609482 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609484 4 0.1168 0.87952 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1609483 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609486 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609485 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609487 2 0.0794 0.92565 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 3 0.4360 0.69652 0.016 0.000 0.760 0.032 0.192
#> SRR1609489 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.0992 0.92257 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1609491 3 0.5365 0.61845 0.000 0.072 0.704 0.032 0.192
#> SRR1609492 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609494 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 1 0.4138 0.28752 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1609496 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609497 3 0.1267 0.89313 0.004 0.000 0.960 0.024 0.012
#> SRR1609498 1 0.0404 0.84703 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0798 0.92921 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1609500 1 0.1059 0.83811 0.968 0.000 0.020 0.008 0.004
#> SRR1609501 5 0.5696 0.34959 0.000 0.028 0.388 0.036 0.548
#> SRR1609502 2 0.0162 0.94230 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609503 4 0.4126 0.45777 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.4278 0.20687 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.2445 0.82641 0.108 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1609508 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0566 0.93617 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609510 5 0.0833 0.81857 0.000 0.004 0.004 0.016 0.976
#> SRR1609512 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609511 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609513 3 0.0566 0.89809 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1609514 4 0.1197 0.85487 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609515 2 0.0404 0.93953 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609516 5 0.4404 0.63624 0.000 0.000 0.264 0.032 0.704
#> SRR1609517 5 0.7156 0.46141 0.000 0.224 0.224 0.044 0.508
#> SRR1609518 1 0.1792 0.80776 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609520 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609523 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609524 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609525 3 0.1739 0.88348 0.000 0.004 0.940 0.032 0.024
#> SRR1609527 1 0.0510 0.84729 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609528 4 0.1197 0.85487 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.90366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609532 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609533 5 0.4153 0.76415 0.000 0.036 0.128 0.032 0.804
#> SRR1609534 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609535 5 0.0579 0.81961 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1609537 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609536 3 0.1579 0.88494 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1609538 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 5 0.3395 0.71221 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1609540 1 0.5745 0.32324 0.540 0.080 0.376 0.000 0.004
#> SRR1609541 4 0.1270 0.85042 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1609542 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609543 1 0.0162 0.85034 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0290 0.84880 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.1117 0.89422 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1609547 3 0.0566 0.90062 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1609548 3 0.1579 0.88494 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1609549 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.0451 0.82336 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609552 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609553 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609554 3 0.1865 0.88144 0.000 0.008 0.936 0.032 0.024
#> SRR1609555 3 0.1753 0.88151 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR1609556 1 0.4225 0.43361 0.632 0.000 0.364 0.004 0.000
#> SRR1609557 3 0.1914 0.87974 0.000 0.004 0.932 0.032 0.032
#> SRR1609558 3 0.1646 0.88549 0.000 0.004 0.944 0.032 0.020
#> SRR1609559 5 0.2843 0.79049 0.000 0.000 0.076 0.048 0.876
#> SRR1609560 2 0.1965 0.85891 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609562 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 2 0.1828 0.89695 0.000 0.936 0.004 0.032 0.028
#> SRR1609564 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609568 1 0.3109 0.70723 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.1197 0.82842 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609571 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609572 4 0.1502 0.84663 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1609573 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609574 3 0.0451 0.90014 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1609575 4 0.1121 0.88236 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 2 0.5326 0.64770 0.000 0.724 0.120 0.032 0.124
#> SRR1609577 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.3949 0.53884 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> SRR1609580 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609582 1 0.3799 0.70701 0.812 0.000 0.144 0.032 0.012
#> SRR1609581 2 0.0451 0.93868 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1609583 5 0.5232 0.47843 0.000 0.000 0.340 0.060 0.600
#> SRR1609584 3 0.0451 0.90014 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1609585 3 0.2629 0.77690 0.136 0.000 0.860 0.004 0.000
#> SRR1609586 2 0.0771 0.93271 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609587 3 0.0579 0.90044 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1609588 2 0.0451 0.93868 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1609589 2 0.3733 0.75649 0.000 0.804 0.004 0.032 0.160
#> SRR1609590 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609592 3 0.5159 0.21580 0.000 0.000 0.556 0.044 0.400
#> SRR1609591 2 0.3054 0.84570 0.000 0.880 0.060 0.032 0.028
#> SRR1609593 5 0.0451 0.82336 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609594 4 0.0963 0.88296 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609595 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609596 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609598 4 0.1043 0.85763 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609599 4 0.1043 0.85763 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1609600 1 0.3828 0.67384 0.788 0.000 0.184 0.020 0.008
#> SRR1609601 4 0.4448 0.17487 0.000 0.000 0.004 0.516 0.480
#> SRR1609602 4 0.1121 0.85582 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1609603 2 0.4304 -0.03848 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.3508 0.66267 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609605 2 0.5137 0.23273 0.000 0.548 0.004 0.032 0.416
#> SRR1609606 5 0.5165 0.64990 0.000 0.036 0.244 0.032 0.688
#> SRR1609607 3 0.0451 0.90158 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1609608 3 0.1668 0.88354 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1609609 3 0.5627 0.13171 0.000 0.436 0.508 0.032 0.024
#> SRR1609610 3 0.0451 0.90159 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1609611 4 0.1478 0.87170 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.4946 0.33367 0.000 0.000 0.596 0.036 0.368
#> SRR1609614 1 0.3541 0.71610 0.824 0.000 0.144 0.020 0.012
#> SRR1609615 2 0.4304 -0.03475 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.5352 0.44165 0.596 0.356 0.004 0.032 0.012
#> SRR1609617 5 0.0613 0.82175 0.000 0.004 0.004 0.008 0.984
#> SRR1609618 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609619 2 0.0854 0.93653 0.004 0.976 0.000 0.008 0.012
#> SRR1609620 2 0.1544 0.89132 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1609621 2 0.0609 0.93420 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609622 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0162 0.85084 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.4857 0.60831 0.692 0.264 0.004 0.028 0.012
#> SRR1609626 4 0.4307 0.01541 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1609627 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 3 0.1485 0.88675 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1609630 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.2329 0.77595 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 2 0.4302 -0.02234 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609636 4 0.1410 0.87478 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 2 0.1356 0.91175 0.000 0.956 0.004 0.028 0.012
#> SRR1609639 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.3607 0.62754 0.244 0.000 0.752 0.004 0.000
#> SRR1609641 1 0.1671 0.81552 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.4946 0.33259 0.000 0.000 0.596 0.036 0.368
#> SRR1609644 1 0.4101 0.45661 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.4747 0.43708 0.000 0.000 0.636 0.032 0.332
#> SRR1609646 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609647 5 0.0579 0.81961 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1609649 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0290 0.94170 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609650 5 0.4950 0.47689 0.000 0.000 0.348 0.040 0.612
#> SRR1609652 3 0.0162 0.90421 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609653 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609654 2 0.2471 0.81307 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1609655 5 0.0510 0.82291 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609657 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.1670 0.85404 0.052 0.012 0.000 0.936 0.000
#> SRR1609658 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609659 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609660 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609661 3 0.2278 0.86185 0.000 0.000 0.908 0.032 0.060
#> SRR1609662 2 0.0162 0.94325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609663 3 0.1012 0.89531 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1609664 5 0.0579 0.82322 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609665 2 0.0000 0.94371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.2852 0.76380 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.85145 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 5 0.4256 0.05012 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1609669 1 0.4305 0.11942 0.512 0.488 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.4125 0.69112 0.140 0.100 0.000 0.756 0.004 0.000
#> SRR1609362 4 0.0146 0.92859 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.2902 0.69676 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 2 0.2697 0.74031 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609371 2 0.2562 0.76111 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 2 0.5448 0.24104 0.352 0.516 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1609376 2 0.0146 0.91901 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.2730 0.75009 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609384 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609386 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 2 0.3961 0.17373 0.440 0.556 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609387 1 0.0603 0.89413 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0458 0.89476 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0146 0.92859 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0260 0.91673 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609400 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.3810 0.24647 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.2491 0.77592 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0458 0.89474 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.5249 0.20536 0.000 0.528 0.000 0.000 0.368 0.104
#> SRR1609407 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.2562 0.76838 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.2633 0.79956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.864 0.104
#> SRR1609414 5 0.3426 0.78087 0.068 0.000 0.124 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609415 1 0.1141 0.87407 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1609416 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.3578 0.51391 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.1267 0.88639 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609420 1 0.3221 0.66115 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 5 0.2234 0.78723 0.000 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR1609422 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 2 0.3409 0.60741 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.0713 0.79315 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0790 0.90818 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609433 1 0.3426 0.60562 0.720 0.000 0.000 0.276 0.004 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.5508 0.01996 0.428 0.000 0.444 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609437 4 0.0458 0.91807 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 5 0.3482 0.55636 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1609442 2 0.1141 0.88565 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.3301 0.75355 0.124 0.000 0.032 0.016 0.828 0.000
#> SRR1609444 5 0.1074 0.78701 0.028 0.012 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609445 5 0.2219 0.80824 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609446 5 0.3215 0.66008 0.000 0.240 0.000 0.000 0.756 0.004
#> SRR1609447 1 0.0363 0.89675 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609448 2 0.3023 0.79954 0.000 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR1609449 1 0.0146 0.89928 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.3175 0.66628 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1609451 3 0.3684 0.40629 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 5 0.2219 0.78156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609453 5 0.3908 0.73255 0.092 0.000 0.000 0.028 0.800 0.080
#> SRR1609454 5 0.2996 0.67398 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609455 2 0.1007 0.89477 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.2563 0.78885 0.000 0.072 0.000 0.000 0.876 0.052
#> SRR1609457 5 0.2300 0.80574 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609458 5 0.5179 0.24459 0.392 0.000 0.092 0.000 0.516 0.000
#> SRR1609459 5 0.3349 0.69134 0.000 0.000 0.008 0.000 0.748 0.244
#> SRR1609460 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 5 0.2416 0.80028 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609462 3 0.1714 0.84796 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609465 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.0858 0.88696 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609467 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.2752 0.81528 0.000 0.004 0.096 0.000 0.864 0.036
#> SRR1609472 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.4016 0.75066 0.768 0.120 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR1609474 2 0.2416 0.79289 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609477 5 0.5666 0.37165 0.000 0.000 0.164 0.352 0.484 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 4 0.0458 0.91801 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0458 0.91810 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.2301 0.83905 0.096 0.884 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609488 5 0.2333 0.81250 0.004 0.000 0.120 0.000 0.872 0.004
#> SRR1609489 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 5 0.3789 0.31042 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1609491 5 0.2982 0.80368 0.000 0.008 0.152 0.000 0.828 0.012
#> SRR1609492 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0363 0.91621 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609495 1 0.2191 0.80398 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004 0.000
#> SRR1609496 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 5 0.4994 0.43952 0.076 0.000 0.380 0.000 0.544 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.3857 0.12417 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609500 1 0.1124 0.87864 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609501 5 0.1858 0.81251 0.000 0.000 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR1609502 5 0.3607 0.48661 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1609503 2 0.3828 0.18558 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0260 0.89732 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609505 3 0.3309 0.59781 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.2685 0.80817 0.868 0.000 0.060 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609508 2 0.3244 0.62971 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1609509 2 0.1007 0.89990 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609510 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.0146 0.93313 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0291 0.91785 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609516 6 0.3838 0.00262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1609517 5 0.2402 0.78016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856 0.140
#> SRR1609518 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0547 0.91212 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.2219 0.80824 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.2178 0.78325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1609534 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609535 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.2703 0.79002 0.000 0.000 0.172 0.000 0.824 0.004
#> SRR1609538 2 0.0260 0.91762 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609539 6 0.2823 0.71894 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1609540 1 0.4765 0.66733 0.720 0.032 0.160 0.000 0.088 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0508 0.89513 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609544 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.2416 0.80075 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1609547 3 0.1444 0.86688 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609548 5 0.2905 0.80648 0.000 0.000 0.064 0.000 0.852 0.084
#> SRR1609549 2 0.1204 0.88983 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609550 2 0.0937 0.90170 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609551 6 0.0146 0.94665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609552 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.2930 0.81072 0.000 0.000 0.124 0.000 0.840 0.036
#> SRR1609555 5 0.2135 0.81027 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1609556 3 0.2048 0.81003 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.2964 0.77029 0.000 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1609558 5 0.2219 0.80824 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609559 5 0.2378 0.77459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609560 2 0.4406 0.62226 0.224 0.696 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 2 0.1075 0.89954 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609563 5 0.2178 0.75961 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.3101 0.69057 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3050 0.67179 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.0146 0.92757 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 2 0.0260 0.91762 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609578 5 0.4477 0.74659 0.000 0.124 0.120 0.000 0.740 0.016
#> SRR1609577 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609579 3 0.3684 0.50165 0.332 0.000 0.664 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.3309 0.64275 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1609581 2 0.4431 0.60481 0.000 0.692 0.080 0.000 0.228 0.000
#> SRR1609583 5 0.2711 0.78234 0.000 0.000 0.036 0.008 0.872 0.084
#> SRR1609584 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 3 0.1501 0.86533 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.2003 0.84277 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1609587 5 0.3867 0.24015 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609588 2 0.3925 0.65417 0.000 0.724 0.040 0.000 0.236 0.000
#> SRR1609589 5 0.1913 0.78415 0.000 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012
#> SRR1609590 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 5 0.2605 0.79812 0.000 0.000 0.028 0.000 0.864 0.108
#> SRR1609591 5 0.2953 0.79489 0.000 0.076 0.020 0.000 0.864 0.040
#> SRR1609593 6 0.0146 0.94665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609594 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 6 0.0146 0.94665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609596 2 0.0547 0.91306 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.93098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.2487 0.82311 0.876 0.000 0.032 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609601 6 0.2219 0.80526 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1609602 4 0.0146 0.92853 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609603 2 0.3371 0.56863 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.2883 0.67549 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1609605 5 0.2446 0.78668 0.000 0.012 0.000 0.000 0.864 0.124
#> SRR1609606 5 0.2700 0.77255 0.000 0.004 0.004 0.000 0.836 0.156
#> SRR1609607 3 0.0146 0.93335 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609608 5 0.2901 0.78857 0.000 0.000 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR1609609 5 0.2964 0.80005 0.000 0.020 0.024 0.000 0.856 0.100
#> SRR1609610 3 0.2762 0.68330 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1609611 4 0.0547 0.91512 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.2595 0.81463 0.000 0.000 0.084 0.000 0.872 0.044
#> SRR1609614 1 0.2491 0.78318 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609615 1 0.2996 0.71137 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 5 0.3965 0.19614 0.388 0.008 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1609617 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609619 5 0.3718 0.71556 0.052 0.164 0.000 0.004 0.780 0.000
#> SRR1609620 2 0.0146 0.91827 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0146 0.91827 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3141 0.73312 0.788 0.012 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609626 3 0.3175 0.64378 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.1265 0.89936 0.008 0.948 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 5 0.2300 0.80564 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609630 2 0.1007 0.90174 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609631 1 0.0146 0.89914 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.2996 0.71198 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609634 2 0.0260 0.91768 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.1267 0.87268 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609638 5 0.2969 0.67510 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.2730 0.74859 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.2558 0.81445 0.000 0.000 0.104 0.000 0.868 0.028
#> SRR1609644 2 0.3847 0.12737 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.2709 0.81007 0.000 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020
#> SRR1609646 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.0547 0.91240 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609650 5 0.2219 0.78156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1609652 3 0.0000 0.93685 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.3555 0.58973 0.000 0.712 0.000 0.280 0.008 0.000
#> SRR1609655 6 0.0291 0.94481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1609657 1 0.0146 0.89975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609656 4 0.0405 0.92306 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1609658 2 0.0260 0.91768 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 5 0.2092 0.81103 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.92013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.3810 0.41562 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1609664 6 0.0000 0.94874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0260 0.91784 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609666 4 0.3857 0.11681 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.89984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 6 0.2135 0.81451 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1609669 1 0.3869 0.02500 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.459 0.694 0.866 0.3681 0.680 0.680
#> 3 3 0.445 0.699 0.844 0.5926 0.660 0.519
#> 4 4 0.508 0.587 0.798 0.1576 0.896 0.739
#> 5 5 0.538 0.515 0.719 0.0731 0.953 0.845
#> 6 6 0.638 0.649 0.779 0.0765 0.842 0.500
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.7745 0.6177 0.228 0.772
#> SRR1609361 2 0.7745 0.6177 0.228 0.772
#> SRR1609362 2 0.1184 0.8294 0.016 0.984
#> SRR1609363 1 1.0000 0.1528 0.500 0.500
#> SRR1609364 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609365 2 0.1184 0.8294 0.016 0.984
#> SRR1609366 1 0.6438 0.7597 0.836 0.164
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609368 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609369 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609373 1 1.0000 0.1528 0.500 0.500
#> SRR1609374 1 0.6973 0.7403 0.812 0.188
#> SRR1609375 1 0.4431 0.8051 0.908 0.092
#> SRR1609377 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609376 2 1.0000 -0.1701 0.500 0.500
#> SRR1609378 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.7745 0.6177 0.228 0.772
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.4298 0.8071 0.912 0.088
#> SRR1609386 1 0.1633 0.8277 0.976 0.024
#> SRR1609385 1 0.2778 0.8217 0.952 0.048
#> SRR1609387 1 0.1633 0.8268 0.976 0.024
#> SRR1609388 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.6343 0.6999 0.160 0.840
#> SRR1609392 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609391 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609397 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609401 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609402 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609405 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609406 1 0.9933 0.3138 0.548 0.452
#> SRR1609408 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609411 2 1.0000 -0.1701 0.500 0.500
#> SRR1609407 1 0.9933 0.3138 0.548 0.452
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609417 1 0.8327 0.6494 0.736 0.264
#> SRR1609418 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609419 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609420 1 0.3733 0.8140 0.928 0.072
#> SRR1609421 1 0.9815 0.3974 0.580 0.420
#> SRR1609422 2 0.1414 0.8274 0.020 0.980
#> SRR1609423 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609427 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609428 1 1.0000 0.1528 0.500 0.500
#> SRR1609429 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609431 1 0.7056 0.7333 0.808 0.192
#> SRR1609432 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609433 1 0.7299 0.7151 0.796 0.204
#> SRR1609434 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.9732 0.2076 0.404 0.596
#> SRR1609438 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609439 1 0.8327 0.6494 0.736 0.264
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.9754 0.1940 0.408 0.592
#> SRR1609442 2 0.9608 0.2703 0.384 0.616
#> SRR1609443 1 0.4022 0.8105 0.920 0.080
#> SRR1609444 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609445 1 0.7139 0.7337 0.804 0.196
#> SRR1609446 1 0.6343 0.7634 0.840 0.160
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609448 1 0.9815 0.3983 0.580 0.420
#> SRR1609449 1 0.1633 0.8268 0.976 0.024
#> SRR1609450 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.9815 0.3974 0.580 0.420
#> SRR1609453 1 0.3584 0.8153 0.932 0.068
#> SRR1609454 1 0.9795 0.4060 0.584 0.416
#> SRR1609455 1 0.5519 0.7839 0.872 0.128
#> SRR1609456 1 0.4562 0.8028 0.904 0.096
#> SRR1609457 1 0.4022 0.8105 0.920 0.080
#> SRR1609458 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.8813 0.6112 0.700 0.300
#> SRR1609460 1 0.7056 0.7333 0.808 0.192
#> SRR1609461 1 0.0938 0.8302 0.988 0.012
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609463 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609465 1 0.7056 0.7333 0.808 0.192
#> SRR1609466 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.1843 0.8265 0.972 0.028
#> SRR1609472 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.3584 0.8153 0.932 0.068
#> SRR1609474 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0376 0.8305 0.996 0.004
#> SRR1609477 1 0.8327 0.6494 0.736 0.264
#> SRR1609479 2 0.9608 0.2703 0.384 0.616
#> SRR1609481 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.8327 0.6494 0.736 0.264
#> SRR1609482 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609484 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.7602 0.6988 0.780 0.220
#> SRR1609486 1 0.0938 0.8302 0.988 0.012
#> SRR1609485 1 0.0938 0.8302 0.988 0.012
#> SRR1609487 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609489 1 0.8861 0.6004 0.696 0.304
#> SRR1609490 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609492 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609493 1 0.4022 0.8088 0.920 0.080
#> SRR1609494 1 0.9996 0.1978 0.512 0.488
#> SRR1609495 1 0.7299 0.7151 0.796 0.204
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609500 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.4562 0.8020 0.904 0.096
#> SRR1609502 1 0.9795 0.4060 0.584 0.416
#> SRR1609503 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609506 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609508 1 0.9988 0.2261 0.520 0.480
#> SRR1609509 1 0.9795 0.4081 0.584 0.416
#> SRR1609510 2 0.1414 0.8274 0.020 0.980
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609515 1 0.9963 0.2774 0.536 0.464
#> SRR1609516 1 0.1633 0.8273 0.976 0.024
#> SRR1609517 1 0.9866 0.3665 0.568 0.432
#> SRR1609518 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609519 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609520 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609523 1 0.7139 0.7302 0.804 0.196
#> SRR1609524 1 0.9815 0.3983 0.580 0.420
#> SRR1609526 1 0.3584 0.8103 0.932 0.068
#> SRR1609525 1 0.9795 0.4069 0.584 0.416
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0938 0.8302 0.988 0.012
#> SRR1609528 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609531 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609532 1 0.7602 0.6988 0.780 0.220
#> SRR1609533 1 0.1843 0.8268 0.972 0.028
#> SRR1609534 1 0.3114 0.8181 0.944 0.056
#> SRR1609535 2 0.9970 -0.0459 0.468 0.532
#> SRR1609537 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609536 1 0.5946 0.7723 0.856 0.144
#> SRR1609538 1 0.9427 0.5139 0.640 0.360
#> SRR1609539 1 0.4022 0.8083 0.920 0.080
#> SRR1609540 1 0.1184 0.8295 0.984 0.016
#> SRR1609541 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609542 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.4298 0.8060 0.912 0.088
#> SRR1609547 1 0.8763 0.6202 0.704 0.296
#> SRR1609548 1 0.9087 0.5768 0.676 0.324
#> SRR1609549 1 0.9815 0.3983 0.580 0.420
#> SRR1609550 1 0.9795 0.4081 0.584 0.416
#> SRR1609551 1 0.4298 0.8049 0.912 0.088
#> SRR1609552 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.9815 0.3974 0.580 0.420
#> SRR1609558 1 0.4161 0.8082 0.916 0.084
#> SRR1609559 1 0.9795 0.4070 0.584 0.416
#> SRR1609560 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609565 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609566 1 0.9998 0.1835 0.508 0.492
#> SRR1609567 2 0.9710 0.2188 0.400 0.600
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609572 1 0.7815 0.6858 0.768 0.232
#> SRR1609573 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609574 1 0.5408 0.7805 0.876 0.124
#> SRR1609575 2 0.2603 0.8109 0.044 0.956
#> SRR1609576 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609578 1 0.4431 0.8036 0.908 0.092
#> SRR1609577 1 0.2236 0.8246 0.964 0.036
#> SRR1609579 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609580 1 0.8443 0.6528 0.728 0.272
#> SRR1609582 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.4022 0.8091 0.920 0.080
#> SRR1609583 1 0.4298 0.8056 0.912 0.088
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.8267 0.6567 0.740 0.260
#> SRR1609587 1 0.9795 0.4060 0.584 0.416
#> SRR1609588 1 0.4022 0.8091 0.920 0.080
#> SRR1609589 1 0.4161 0.8076 0.916 0.084
#> SRR1609590 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609592 1 0.9795 0.4070 0.584 0.416
#> SRR1609591 1 0.1633 0.8268 0.976 0.024
#> SRR1609593 1 0.9815 0.3974 0.580 0.420
#> SRR1609594 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609595 1 0.7139 0.7301 0.804 0.196
#> SRR1609596 1 0.8861 0.6004 0.696 0.304
#> SRR1609597 2 1.0000 -0.1701 0.500 0.500
#> SRR1609598 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.0376 0.8305 0.996 0.004
#> SRR1609601 2 0.7745 0.6177 0.228 0.772
#> SRR1609602 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609605 1 0.7299 0.7264 0.796 0.204
#> SRR1609606 1 0.9881 0.3555 0.564 0.436
#> SRR1609607 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.4431 0.8026 0.908 0.092
#> SRR1609609 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609611 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609613 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609612 1 0.1633 0.8268 0.976 0.024
#> SRR1609614 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.3584 0.8153 0.932 0.068
#> SRR1609616 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609617 1 0.7219 0.7269 0.800 0.200
#> SRR1609618 1 0.4298 0.8056 0.912 0.088
#> SRR1609619 1 0.6343 0.7634 0.840 0.160
#> SRR1609620 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.9608 0.2703 0.384 0.616
#> SRR1609622 1 0.7674 0.6943 0.776 0.224
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609626 1 0.8327 0.6494 0.736 0.264
#> SRR1609627 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.7528 0.7003 0.784 0.216
#> SRR1609629 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.8861 0.6004 0.696 0.304
#> SRR1609631 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609634 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609635 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0938 0.8300 0.988 0.012
#> SRR1609639 1 0.9686 0.4499 0.604 0.396
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.9970 -0.0459 0.468 0.532
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609648 1 0.9963 0.2774 0.536 0.464
#> SRR1609651 1 0.0938 0.8300 0.988 0.012
#> SRR1609650 1 0.9815 0.3974 0.580 0.420
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609653 1 0.9754 0.4257 0.592 0.408
#> SRR1609654 2 0.0000 0.8363 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.7745 0.6177 0.228 0.772
#> SRR1609658 2 1.0000 -0.1701 0.500 0.500
#> SRR1609659 2 1.0000 -0.1701 0.500 0.500
#> SRR1609660 1 0.9795 0.4070 0.584 0.416
#> SRR1609661 1 0.0672 0.8303 0.992 0.008
#> SRR1609662 1 0.7219 0.7296 0.800 0.200
#> SRR1609663 1 0.0938 0.8302 0.988 0.012
#> SRR1609664 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609665 1 0.8661 0.6231 0.712 0.288
#> SRR1609666 2 0.2236 0.8167 0.036 0.964
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.1414 0.8273 0.020 0.980
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8307 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.6442 0.316 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609361 3 0.6442 0.316 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609362 3 0.2796 0.884 0.000 0.092 0.908
#> SRR1609363 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609364 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609365 3 0.2796 0.884 0.000 0.092 0.908
#> SRR1609366 2 0.6095 0.267 0.392 0.608 0.000
#> SRR1609367 1 0.0237 0.785 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609368 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609369 1 0.3619 0.780 0.864 0.136 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609374 2 0.5948 0.386 0.360 0.640 0.000
#> SRR1609375 1 0.6235 0.431 0.564 0.436 0.000
#> SRR1609377 1 0.2261 0.788 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609376 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609378 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.2165 0.787 0.936 0.064 0.000
#> SRR1609382 3 0.1753 0.911 0.000 0.048 0.952
#> SRR1609383 3 0.6442 0.316 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609381 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.6215 0.451 0.572 0.428 0.000
#> SRR1609386 1 0.4555 0.753 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609385 1 0.6111 0.526 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609387 1 0.3686 0.778 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609388 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609390 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.6309 -0.194 0.000 0.500 0.500
#> SRR1609392 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609391 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.3482 0.782 0.872 0.128 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609401 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609402 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609405 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609404 3 0.0424 0.926 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609406 2 0.0829 0.786 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609408 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609403 1 0.0237 0.785 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609411 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609407 2 0.0829 0.786 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609413 1 0.0237 0.785 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609412 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609414 1 0.4750 0.739 0.784 0.216 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.6111 0.458 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609417 2 0.6633 0.603 0.260 0.700 0.040
#> SRR1609418 1 0.3879 0.776 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609419 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609420 1 0.6140 0.505 0.596 0.404 0.000
#> SRR1609421 2 0.2743 0.796 0.052 0.928 0.020
#> SRR1609422 3 0.2796 0.884 0.000 0.092 0.908
#> SRR1609423 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.3551 0.781 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609426 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609427 1 0.6126 0.448 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609428 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609429 1 0.3340 0.784 0.880 0.120 0.000
#> SRR1609430 1 0.6111 0.457 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609431 2 0.6126 0.251 0.400 0.600 0.000
#> SRR1609432 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609433 2 0.5928 0.554 0.296 0.696 0.008
#> SRR1609434 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0424 0.785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609437 2 0.4121 0.663 0.000 0.832 0.168
#> SRR1609438 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.6633 0.603 0.260 0.700 0.040
#> SRR1609440 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4002 0.672 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609442 2 0.4399 0.636 0.000 0.812 0.188
#> SRR1609443 1 0.6192 0.462 0.580 0.420 0.000
#> SRR1609444 1 0.4002 0.772 0.840 0.160 0.000
#> SRR1609445 2 0.6228 0.328 0.372 0.624 0.004
#> SRR1609446 2 0.6386 0.183 0.412 0.584 0.004
#> SRR1609447 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.1031 0.797 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609449 1 0.4121 0.769 0.832 0.168 0.000
#> SRR1609450 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.2743 0.796 0.052 0.928 0.020
#> SRR1609453 1 0.5905 0.588 0.648 0.352 0.000
#> SRR1609454 2 0.2846 0.796 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609455 1 0.6295 0.324 0.528 0.472 0.000
#> SRR1609456 1 0.6291 0.338 0.532 0.468 0.000
#> SRR1609457 1 0.6215 0.445 0.572 0.428 0.000
#> SRR1609458 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609459 2 0.6262 0.569 0.284 0.696 0.020
#> SRR1609460 2 0.6126 0.251 0.400 0.600 0.000
#> SRR1609461 1 0.5810 0.616 0.664 0.336 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.6126 0.446 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609463 1 0.2448 0.789 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609465 2 0.6126 0.251 0.400 0.600 0.000
#> SRR1609466 3 0.0892 0.922 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609467 1 0.2165 0.784 0.936 0.064 0.000
#> SRR1609469 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.5760 0.624 0.672 0.328 0.000
#> SRR1609472 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.5905 0.588 0.648 0.352 0.000
#> SRR1609474 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609473 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.4974 0.706 0.764 0.236 0.000
#> SRR1609477 2 0.6633 0.603 0.260 0.700 0.040
#> SRR1609479 2 0.4399 0.636 0.000 0.812 0.188
#> SRR1609481 3 0.1643 0.913 0.000 0.044 0.956
#> SRR1609480 2 0.6633 0.603 0.260 0.700 0.040
#> SRR1609482 1 0.6111 0.457 0.604 0.396 0.000
#> SRR1609484 3 0.1753 0.911 0.000 0.048 0.952
#> SRR1609483 2 0.5763 0.594 0.276 0.716 0.008
#> SRR1609486 1 0.5785 0.622 0.668 0.332 0.000
#> SRR1609485 1 0.5785 0.622 0.668 0.332 0.000
#> SRR1609487 1 0.2261 0.788 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.4654 0.687 0.208 0.792 0.000
#> SRR1609490 1 0.4452 0.756 0.808 0.192 0.000
#> SRR1609491 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609492 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609493 1 0.6126 0.495 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609494 2 0.1643 0.772 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609495 2 0.5928 0.554 0.296 0.696 0.008
#> SRR1609496 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0424 0.785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.6252 0.402 0.556 0.444 0.000
#> SRR1609502 2 0.2846 0.796 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609503 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609507 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609508 2 0.1411 0.776 0.000 0.964 0.036
#> SRR1609509 2 0.1525 0.798 0.032 0.964 0.004
#> SRR1609510 3 0.2878 0.881 0.000 0.096 0.904
#> SRR1609512 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 3 0.0892 0.922 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609513 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.1267 0.784 0.004 0.972 0.024
#> SRR1609516 1 0.5650 0.648 0.688 0.312 0.000
#> SRR1609517 2 0.2297 0.797 0.036 0.944 0.020
#> SRR1609518 1 0.3879 0.776 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609519 1 0.6126 0.446 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609520 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.6079 0.469 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609523 2 0.6095 0.276 0.392 0.608 0.000
#> SRR1609524 2 0.1031 0.797 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609526 2 0.6235 0.156 0.436 0.564 0.000
#> SRR1609525 2 0.2846 0.796 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609527 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.5733 0.633 0.676 0.324 0.000
#> SRR1609528 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.1860 0.789 0.948 0.052 0.000
#> SRR1609531 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609532 2 0.5763 0.594 0.276 0.716 0.008
#> SRR1609533 1 0.5810 0.613 0.664 0.336 0.000
#> SRR1609534 1 0.6079 0.533 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609535 2 0.2796 0.742 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609537 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609536 1 0.6825 0.169 0.496 0.492 0.012
#> SRR1609538 2 0.4749 0.709 0.172 0.816 0.012
#> SRR1609539 1 0.6154 0.494 0.592 0.408 0.000
#> SRR1609540 1 0.5465 0.676 0.712 0.288 0.000
#> SRR1609541 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.6126 0.448 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.6252 0.405 0.556 0.444 0.000
#> SRR1609547 2 0.5595 0.663 0.228 0.756 0.016
#> SRR1609548 2 0.5147 0.715 0.180 0.800 0.020
#> SRR1609549 2 0.1031 0.797 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609550 2 0.1525 0.798 0.032 0.964 0.004
#> SRR1609551 1 0.6180 0.474 0.584 0.416 0.000
#> SRR1609552 1 0.5529 0.650 0.704 0.296 0.000
#> SRR1609553 1 0.0237 0.784 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609554 1 0.4178 0.767 0.828 0.172 0.000
#> SRR1609555 1 0.0424 0.785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.2947 0.795 0.060 0.920 0.020
#> SRR1609558 1 0.6225 0.438 0.568 0.432 0.000
#> SRR1609559 2 0.2846 0.797 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609560 1 0.3267 0.784 0.884 0.116 0.000
#> SRR1609561 1 0.5529 0.666 0.704 0.296 0.000
#> SRR1609562 1 0.3551 0.781 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609563 1 0.3879 0.774 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609566 2 0.1753 0.770 0.000 0.952 0.048
#> SRR1609567 2 0.4178 0.656 0.000 0.828 0.172
#> SRR1609568 1 0.0237 0.785 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.6079 0.469 0.612 0.388 0.000
#> SRR1609571 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 2 0.5656 0.610 0.264 0.728 0.008
#> SRR1609573 1 0.6126 0.446 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609574 2 0.6235 0.193 0.436 0.564 0.000
#> SRR1609575 3 0.3752 0.832 0.000 0.144 0.856
#> SRR1609576 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609578 1 0.6235 0.421 0.564 0.436 0.000
#> SRR1609577 1 0.5835 0.613 0.660 0.340 0.000
#> SRR1609579 1 0.6126 0.448 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609580 2 0.5956 0.608 0.264 0.720 0.016
#> SRR1609582 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.6204 0.451 0.576 0.424 0.000
#> SRR1609583 1 0.6225 0.431 0.568 0.432 0.000
#> SRR1609584 1 0.2261 0.783 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.5650 0.517 0.312 0.688 0.000
#> SRR1609587 2 0.2846 0.796 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609588 1 0.6204 0.451 0.576 0.424 0.000
#> SRR1609589 1 0.6215 0.440 0.572 0.428 0.000
#> SRR1609590 1 0.6126 0.446 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609592 2 0.2846 0.797 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609591 1 0.4291 0.764 0.820 0.180 0.000
#> SRR1609593 2 0.2743 0.796 0.052 0.928 0.020
#> SRR1609594 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.6111 0.265 0.396 0.604 0.000
#> SRR1609596 2 0.4654 0.687 0.208 0.792 0.000
#> SRR1609597 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609598 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.4974 0.706 0.764 0.236 0.000
#> SRR1609601 3 0.6442 0.316 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609602 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.3551 0.781 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609604 3 0.1753 0.911 0.000 0.048 0.952
#> SRR1609605 2 0.6104 0.396 0.348 0.648 0.004
#> SRR1609606 2 0.2176 0.796 0.032 0.948 0.020
#> SRR1609607 1 0.5650 0.657 0.688 0.312 0.000
#> SRR1609608 1 0.6225 0.433 0.568 0.432 0.000
#> SRR1609609 1 0.4235 0.765 0.824 0.176 0.000
#> SRR1609610 1 0.4842 0.734 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609611 3 0.0424 0.926 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609613 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609612 1 0.4291 0.764 0.820 0.180 0.000
#> SRR1609614 1 0.0592 0.787 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609615 1 0.5905 0.588 0.648 0.352 0.000
#> SRR1609616 1 0.1529 0.789 0.960 0.040 0.000
#> SRR1609617 2 0.6079 0.290 0.388 0.612 0.000
#> SRR1609618 1 0.6225 0.431 0.568 0.432 0.000
#> SRR1609619 2 0.6386 0.183 0.412 0.584 0.004
#> SRR1609620 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.4399 0.636 0.000 0.812 0.188
#> SRR1609622 2 0.5728 0.599 0.272 0.720 0.008
#> SRR1609623 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.6633 0.603 0.260 0.700 0.040
#> SRR1609627 1 0.2261 0.788 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609628 2 0.6045 0.345 0.380 0.620 0.000
#> SRR1609629 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609630 2 0.4654 0.687 0.208 0.792 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.3267 0.784 0.884 0.116 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609635 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 3 0.0000 0.928 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.5397 0.685 0.720 0.280 0.000
#> SRR1609639 2 0.2066 0.791 0.060 0.940 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.4750 0.739 0.784 0.216 0.000
#> SRR1609644 1 0.3551 0.781 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609645 1 0.4842 0.734 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609646 1 0.2261 0.783 0.932 0.068 0.000
#> SRR1609647 2 0.2796 0.742 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609649 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609648 2 0.1267 0.784 0.004 0.972 0.024
#> SRR1609651 1 0.5397 0.685 0.720 0.280 0.000
#> SRR1609650 2 0.2743 0.796 0.052 0.928 0.020
#> SRR1609652 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.1411 0.797 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609654 3 0.0892 0.922 0.000 0.020 0.980
#> SRR1609655 1 0.4002 0.771 0.840 0.160 0.000
#> SRR1609657 1 0.0424 0.786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609656 3 0.6442 0.316 0.004 0.432 0.564
#> SRR1609658 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609659 2 0.1964 0.766 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609660 2 0.2846 0.796 0.056 0.924 0.020
#> SRR1609661 1 0.4842 0.734 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609662 2 0.5882 0.418 0.348 0.652 0.000
#> SRR1609663 1 0.5810 0.616 0.664 0.336 0.000
#> SRR1609664 1 0.4002 0.771 0.840 0.160 0.000
#> SRR1609665 2 0.4702 0.678 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609666 3 0.3686 0.838 0.000 0.140 0.860
#> SRR1609667 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 3 0.3192 0.866 0.000 0.112 0.888
#> SRR1609669 1 0.3116 0.786 0.892 0.108 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.6514 0.31740 0.000 0.408 0.076 0.516
#> SRR1609361 4 0.6514 0.31740 0.000 0.408 0.076 0.516
#> SRR1609362 4 0.3525 0.84717 0.000 0.100 0.040 0.860
#> SRR1609363 2 0.1356 0.71711 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609364 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609365 4 0.3525 0.84717 0.000 0.100 0.040 0.860
#> SRR1609366 2 0.7218 0.17740 0.316 0.520 0.164 0.000
#> SRR1609367 1 0.0817 0.72185 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609368 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609369 1 0.4849 0.67312 0.772 0.064 0.164 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1356 0.71711 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609374 2 0.6994 0.26775 0.288 0.560 0.152 0.000
#> SRR1609375 1 0.7629 0.18436 0.452 0.328 0.220 0.000
#> SRR1609377 1 0.2751 0.71722 0.904 0.040 0.056 0.000
#> SRR1609376 2 0.1452 0.71194 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1609378 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.2494 0.71932 0.916 0.048 0.036 0.000
#> SRR1609382 4 0.2413 0.87930 0.000 0.064 0.020 0.916
#> SRR1609383 4 0.6514 0.31740 0.000 0.408 0.076 0.516
#> SRR1609381 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.7631 0.19337 0.456 0.320 0.224 0.000
#> SRR1609386 1 0.5834 0.62320 0.704 0.124 0.172 0.000
#> SRR1609385 1 0.7254 0.19387 0.468 0.148 0.384 0.000
#> SRR1609387 1 0.5032 0.66625 0.764 0.080 0.156 0.000
#> SRR1609388 2 0.1109 0.71984 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609390 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.6064 -0.05865 0.000 0.512 0.044 0.444
#> SRR1609392 2 0.1109 0.71984 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609391 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4731 0.67859 0.780 0.060 0.160 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1109 0.71984 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609401 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609402 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609405 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609404 4 0.0524 0.90592 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609406 2 0.0707 0.72756 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609408 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609403 1 0.0188 0.72393 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609410 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609411 2 0.1452 0.71194 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1609407 2 0.0707 0.72756 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609413 1 0.0592 0.72502 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609412 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609414 1 0.6280 0.49550 0.612 0.084 0.304 0.000
#> SRR1609415 1 0.0188 0.72403 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609416 3 0.3443 0.60055 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR1609417 3 0.5784 0.18277 0.000 0.412 0.556 0.032
#> SRR1609418 1 0.5076 0.66592 0.756 0.072 0.172 0.000
#> SRR1609419 2 0.1109 0.71984 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609420 1 0.7607 0.21756 0.472 0.236 0.292 0.000
#> SRR1609421 2 0.2921 0.67605 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609422 4 0.3404 0.85019 0.000 0.104 0.032 0.864
#> SRR1609423 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.4820 0.67417 0.772 0.060 0.168 0.000
#> SRR1609426 2 0.1209 0.72166 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1609427 3 0.3390 0.60276 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609428 2 0.1356 0.71711 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609429 1 0.4590 0.68468 0.792 0.060 0.148 0.000
#> SRR1609430 3 0.3443 0.60074 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR1609431 2 0.7299 0.19355 0.296 0.520 0.184 0.000
#> SRR1609432 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609433 3 0.4624 0.31019 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.1824 0.72013 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1609437 2 0.3707 0.63796 0.000 0.840 0.028 0.132
#> SRR1609438 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 3 0.5784 0.18277 0.000 0.412 0.556 0.032
#> SRR1609440 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3598 0.64522 0.000 0.848 0.028 0.124
#> SRR1609442 2 0.4123 0.62382 0.000 0.820 0.044 0.136
#> SRR1609443 3 0.7454 0.13402 0.376 0.176 0.448 0.000
#> SRR1609444 1 0.5318 0.64567 0.732 0.072 0.196 0.000
#> SRR1609445 2 0.7153 0.15383 0.308 0.532 0.160 0.000
#> SRR1609446 2 0.7566 0.03053 0.320 0.468 0.212 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.1940 0.72714 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609449 1 0.5615 0.63679 0.716 0.096 0.188 0.000
#> SRR1609450 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.2814 0.67833 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609453 1 0.7380 0.29744 0.512 0.200 0.288 0.000
#> SRR1609454 2 0.2921 0.67141 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609455 1 0.7706 0.08942 0.412 0.364 0.224 0.000
#> SRR1609456 1 0.7840 0.00313 0.392 0.340 0.268 0.000
#> SRR1609457 3 0.7501 0.13897 0.372 0.184 0.444 0.000
#> SRR1609458 1 0.1118 0.72352 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609459 2 0.6856 0.31324 0.140 0.576 0.284 0.000
#> SRR1609460 2 0.7299 0.19355 0.296 0.520 0.184 0.000
#> SRR1609461 3 0.6885 0.18913 0.372 0.112 0.516 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.3390 0.60249 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609463 1 0.3216 0.71354 0.880 0.044 0.076 0.000
#> SRR1609465 2 0.7299 0.19355 0.296 0.520 0.184 0.000
#> SRR1609466 4 0.1174 0.90009 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1609467 1 0.4978 0.22584 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.7117 0.41356 0.564 0.228 0.208 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.7380 0.29744 0.512 0.200 0.288 0.000
#> SRR1609474 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.5313 0.42037 0.608 0.016 0.376 0.000
#> SRR1609477 3 0.5784 0.18277 0.000 0.412 0.556 0.032
#> SRR1609479 2 0.4123 0.62382 0.000 0.820 0.044 0.136
#> SRR1609481 4 0.2335 0.88139 0.000 0.060 0.020 0.920
#> SRR1609480 3 0.5784 0.18277 0.000 0.412 0.556 0.032
#> SRR1609482 3 0.3443 0.60074 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR1609484 4 0.2413 0.87930 0.000 0.064 0.020 0.916
#> SRR1609483 3 0.4843 0.22419 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1609486 3 0.6648 0.20360 0.372 0.092 0.536 0.000
#> SRR1609485 3 0.6648 0.20360 0.372 0.092 0.536 0.000
#> SRR1609487 1 0.2751 0.71722 0.904 0.040 0.056 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.5674 0.56210 0.148 0.720 0.132 0.000
#> SRR1609490 1 0.5731 0.62819 0.712 0.116 0.172 0.000
#> SRR1609491 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609492 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609493 1 0.7388 0.28258 0.500 0.312 0.188 0.000
#> SRR1609494 2 0.1209 0.72283 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1609495 3 0.4624 0.31019 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.1978 0.71658 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.7795 0.09476 0.420 0.312 0.268 0.000
#> SRR1609502 2 0.2921 0.67141 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609507 1 0.0921 0.72277 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609508 2 0.1209 0.72477 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1609509 2 0.1867 0.72729 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609510 4 0.3464 0.84692 0.000 0.108 0.032 0.860
#> SRR1609512 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.1174 0.90009 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1609513 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.1109 0.72777 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609516 1 0.7176 0.39912 0.552 0.196 0.252 0.000
#> SRR1609517 2 0.2469 0.69225 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1609518 1 0.5076 0.66592 0.756 0.072 0.172 0.000
#> SRR1609519 3 0.3390 0.60249 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.3495 0.59632 0.140 0.016 0.844 0.000
#> SRR1609523 2 0.7220 0.21111 0.292 0.532 0.176 0.000
#> SRR1609524 2 0.1940 0.72714 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609526 3 0.2216 0.50586 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609525 2 0.2973 0.67498 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.6867 0.15951 0.384 0.108 0.508 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.4610 0.54458 0.744 0.020 0.236 0.000
#> SRR1609531 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609532 3 0.4843 0.22419 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1609533 1 0.7091 0.40401 0.564 0.248 0.188 0.000
#> SRR1609534 3 0.7259 0.22634 0.352 0.156 0.492 0.000
#> SRR1609535 2 0.2408 0.69652 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR1609537 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609536 3 0.7836 0.28206 0.304 0.288 0.408 0.000
#> SRR1609538 2 0.5174 0.57064 0.092 0.756 0.152 0.000
#> SRR1609539 3 0.7564 0.08909 0.388 0.192 0.420 0.000
#> SRR1609540 1 0.6386 0.37400 0.552 0.072 0.376 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609543 1 0.0188 0.72391 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609544 3 0.3390 0.60276 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.7820 0.06665 0.412 0.312 0.276 0.000
#> SRR1609547 2 0.6201 0.45282 0.124 0.664 0.212 0.000
#> SRR1609548 2 0.5369 0.55429 0.112 0.744 0.144 0.000
#> SRR1609549 2 0.1940 0.72714 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609550 2 0.1867 0.72729 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1609551 3 0.7627 0.08231 0.388 0.204 0.408 0.000
#> SRR1609552 3 0.5038 0.42480 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR1609553 1 0.1474 0.72117 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1609554 1 0.5421 0.64686 0.724 0.076 0.200 0.000
#> SRR1609555 1 0.1978 0.71658 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.3208 0.66830 0.004 0.848 0.148 0.000
#> SRR1609558 1 0.7784 0.11076 0.428 0.292 0.280 0.000
#> SRR1609559 2 0.2921 0.67574 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609560 1 0.4387 0.68890 0.804 0.052 0.144 0.000
#> SRR1609561 3 0.5980 0.14401 0.396 0.044 0.560 0.000
#> SRR1609562 1 0.4820 0.67417 0.772 0.060 0.168 0.000
#> SRR1609563 1 0.5143 0.66118 0.752 0.076 0.172 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1109 0.71984 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609566 2 0.1209 0.72166 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1609567 2 0.3850 0.63805 0.000 0.840 0.044 0.116
#> SRR1609568 1 0.0592 0.72502 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.3495 0.59632 0.140 0.016 0.844 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 3 0.4877 0.21064 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1609573 3 0.3390 0.60249 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609574 3 0.6535 0.37885 0.100 0.312 0.588 0.000
#> SRR1609575 4 0.4285 0.79661 0.000 0.156 0.040 0.804
#> SRR1609576 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609578 1 0.7790 0.10649 0.424 0.304 0.272 0.000
#> SRR1609577 1 0.6792 0.19084 0.476 0.096 0.428 0.000
#> SRR1609579 3 0.3390 0.60276 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609580 2 0.6764 0.33751 0.144 0.596 0.260 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.7756 0.12981 0.436 0.296 0.268 0.000
#> SRR1609583 1 0.7793 0.09964 0.424 0.300 0.276 0.000
#> SRR1609584 1 0.5039 0.16838 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.6651 0.38593 0.236 0.616 0.148 0.000
#> SRR1609587 2 0.2921 0.67141 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609588 1 0.7756 0.12981 0.436 0.296 0.268 0.000
#> SRR1609589 1 0.7752 0.12902 0.436 0.300 0.264 0.000
#> SRR1609590 3 0.3390 0.60249 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1609592 2 0.2921 0.67574 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609591 1 0.5783 0.62476 0.704 0.108 0.188 0.000
#> SRR1609593 2 0.2921 0.67605 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.7269 0.20065 0.296 0.524 0.180 0.000
#> SRR1609596 2 0.5674 0.56210 0.148 0.720 0.132 0.000
#> SRR1609597 2 0.1356 0.71711 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609598 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.5313 0.42037 0.608 0.016 0.376 0.000
#> SRR1609601 4 0.6514 0.31740 0.000 0.408 0.076 0.516
#> SRR1609602 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.4731 0.67796 0.780 0.060 0.160 0.000
#> SRR1609604 4 0.2413 0.87930 0.000 0.064 0.020 0.916
#> SRR1609605 2 0.6896 0.23222 0.292 0.568 0.140 0.000
#> SRR1609606 2 0.2408 0.69432 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1609607 1 0.6507 0.31462 0.520 0.076 0.404 0.000
#> SRR1609608 3 0.7591 0.14641 0.368 0.200 0.432 0.000
#> SRR1609609 1 0.5421 0.64602 0.724 0.076 0.200 0.000
#> SRR1609610 1 0.6319 0.48264 0.604 0.084 0.312 0.000
#> SRR1609611 4 0.0524 0.90592 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1609613 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609612 1 0.5783 0.62476 0.704 0.108 0.188 0.000
#> SRR1609614 1 0.1118 0.72091 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609615 1 0.7380 0.29744 0.512 0.200 0.288 0.000
#> SRR1609616 1 0.2376 0.72081 0.916 0.016 0.068 0.000
#> SRR1609617 2 0.7121 0.22976 0.292 0.544 0.164 0.000
#> SRR1609618 1 0.7793 0.09964 0.424 0.300 0.276 0.000
#> SRR1609619 2 0.7566 0.03053 0.320 0.468 0.212 0.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.4123 0.62382 0.000 0.820 0.044 0.136
#> SRR1609622 3 0.4855 0.22106 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1609623 1 0.0921 0.72277 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.5784 0.18277 0.000 0.412 0.556 0.032
#> SRR1609627 1 0.2751 0.71722 0.904 0.040 0.056 0.000
#> SRR1609628 2 0.7121 0.23311 0.292 0.544 0.164 0.000
#> SRR1609629 1 0.0921 0.72277 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609630 2 0.5674 0.56210 0.148 0.720 0.132 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.4387 0.68890 0.804 0.052 0.144 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.90839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.6724 0.49883 0.616 0.192 0.192 0.000
#> SRR1609639 2 0.3047 0.70521 0.012 0.872 0.116 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.6280 0.49550 0.612 0.084 0.304 0.000
#> SRR1609644 1 0.4731 0.67796 0.780 0.060 0.160 0.000
#> SRR1609645 1 0.6300 0.49045 0.608 0.084 0.308 0.000
#> SRR1609646 1 0.5039 0.16838 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR1609647 2 0.2408 0.69652 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR1609649 1 0.0921 0.72277 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609648 2 0.1109 0.72777 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1609651 1 0.6724 0.49883 0.616 0.192 0.192 0.000
#> SRR1609650 2 0.2921 0.67605 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.2216 0.72344 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1609654 4 0.1174 0.90009 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1609655 1 0.5272 0.65522 0.744 0.084 0.172 0.000
#> SRR1609657 1 0.0921 0.72277 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609656 4 0.6514 0.31740 0.000 0.408 0.076 0.516
#> SRR1609658 2 0.1452 0.71194 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1609659 2 0.1356 0.71711 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1609660 2 0.2999 0.67812 0.004 0.864 0.132 0.000
#> SRR1609661 1 0.6300 0.49045 0.608 0.084 0.308 0.000
#> SRR1609662 2 0.6934 0.29129 0.276 0.572 0.152 0.000
#> SRR1609663 3 0.6885 0.18913 0.372 0.112 0.516 0.000
#> SRR1609664 1 0.5314 0.65208 0.740 0.084 0.176 0.000
#> SRR1609665 2 0.5815 0.54544 0.140 0.708 0.152 0.000
#> SRR1609666 4 0.4237 0.79897 0.000 0.152 0.040 0.808
#> SRR1609667 1 0.0000 0.72337 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.3876 0.82630 0.000 0.124 0.040 0.836
#> SRR1609669 1 0.4224 0.69201 0.812 0.044 0.144 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 5 0.6850 -0.30840 0.000 0.232 0.044 0.168 0.556
#> SRR1609361 5 0.6850 -0.30840 0.000 0.232 0.044 0.168 0.556
#> SRR1609362 4 0.5372 0.68029 0.000 0.044 0.004 0.504 0.448
#> SRR1609363 2 0.1341 0.69981 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609364 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609365 4 0.5372 0.68029 0.000 0.044 0.004 0.504 0.448
#> SRR1609366 2 0.6875 -0.16319 0.260 0.472 0.012 0.000 0.256
#> SRR1609367 1 0.1117 0.68727 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1609368 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609369 1 0.4787 0.44085 0.608 0.028 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609370 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609372 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1341 0.69981 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609374 2 0.6545 -0.00441 0.228 0.508 0.004 0.000 0.260
#> SRR1609375 5 0.7492 0.48043 0.304 0.280 0.036 0.000 0.380
#> SRR1609377 1 0.2848 0.63902 0.840 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609376 2 0.1410 0.69834 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609378 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609379 1 0.2233 0.66843 0.904 0.016 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609382 4 0.4895 0.74594 0.000 0.024 0.004 0.596 0.376
#> SRR1609383 5 0.6850 -0.30840 0.000 0.232 0.044 0.168 0.556
#> SRR1609381 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 5 0.7539 0.47735 0.308 0.272 0.040 0.000 0.380
#> SRR1609386 1 0.5607 0.30621 0.540 0.080 0.000 0.000 0.380
#> SRR1609385 1 0.8197 -0.22892 0.356 0.116 0.244 0.000 0.284
#> SRR1609387 1 0.5626 0.45779 0.628 0.052 0.028 0.000 0.292
#> SRR1609388 2 0.1121 0.70328 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609390 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609394 2 0.6433 0.01032 0.000 0.480 0.004 0.356 0.160
#> SRR1609392 2 0.1197 0.70232 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1609391 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609395 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4511 0.46835 0.628 0.016 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609399 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1121 0.70328 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609401 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609402 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609405 1 0.4909 0.40918 0.588 0.032 0.000 0.000 0.380
#> SRR1609404 4 0.2674 0.86247 0.000 0.004 0.000 0.856 0.140
#> SRR1609406 2 0.0609 0.70915 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609408 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609403 1 0.0404 0.69240 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609410 1 0.4909 0.40918 0.588 0.032 0.000 0.000 0.380
#> SRR1609411 2 0.1410 0.69834 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609407 2 0.0609 0.70915 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609413 1 0.0703 0.69155 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609412 1 0.4920 0.40494 0.584 0.032 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609414 1 0.7262 0.10395 0.448 0.048 0.164 0.000 0.340
#> SRR1609415 1 0.0404 0.69228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609416 3 0.3701 0.59763 0.112 0.004 0.824 0.000 0.060
#> SRR1609417 3 0.6259 0.48963 0.000 0.220 0.596 0.016 0.168
#> SRR1609418 1 0.4999 0.43734 0.604 0.032 0.004 0.000 0.360
#> SRR1609419 2 0.1197 0.70232 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1609420 5 0.8185 0.38295 0.332 0.192 0.132 0.000 0.344
#> SRR1609421 2 0.3688 0.65480 0.000 0.816 0.124 0.000 0.060
#> SRR1609422 4 0.5522 0.68997 0.000 0.056 0.004 0.516 0.424
#> SRR1609423 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609425 1 0.4651 0.44302 0.608 0.020 0.000 0.000 0.372
#> SRR1609426 2 0.1357 0.70329 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1609427 3 0.3635 0.60038 0.112 0.004 0.828 0.000 0.056
#> SRR1609428 2 0.1341 0.69981 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609429 1 0.4508 0.48768 0.648 0.020 0.000 0.000 0.332
#> SRR1609430 3 0.3595 0.59985 0.120 0.004 0.828 0.000 0.048
#> SRR1609431 2 0.6356 -0.07394 0.168 0.468 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609432 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609433 3 0.5125 0.53842 0.000 0.156 0.696 0.000 0.148
#> SRR1609434 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609435 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.2448 0.66987 0.892 0.000 0.020 0.000 0.088
#> SRR1609437 2 0.4393 0.60884 0.000 0.768 0.004 0.076 0.152
#> SRR1609438 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609439 3 0.6259 0.48963 0.000 0.220 0.596 0.016 0.168
#> SRR1609440 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4010 0.62796 0.000 0.792 0.000 0.072 0.136
#> SRR1609442 2 0.4277 0.61062 0.000 0.768 0.000 0.076 0.156
#> SRR1609443 3 0.8351 -0.34377 0.256 0.136 0.304 0.000 0.304
#> SRR1609444 1 0.5571 0.38535 0.572 0.024 0.036 0.000 0.368
#> SRR1609445 2 0.7565 -0.10722 0.232 0.496 0.096 0.000 0.176
#> SRR1609446 2 0.7899 -0.29262 0.232 0.428 0.096 0.000 0.244
#> SRR1609447 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.1908 0.70554 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609449 1 0.6038 0.34496 0.552 0.064 0.028 0.000 0.356
#> SRR1609450 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609451 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.3593 0.65685 0.000 0.824 0.116 0.000 0.060
#> SRR1609453 1 0.8090 -0.28255 0.372 0.160 0.140 0.000 0.328
#> SRR1609454 2 0.3734 0.64861 0.000 0.812 0.128 0.000 0.060
#> SRR1609455 5 0.7586 0.51719 0.264 0.316 0.044 0.000 0.376
#> SRR1609456 5 0.8102 0.54758 0.264 0.296 0.096 0.000 0.344
#> SRR1609457 5 0.8385 0.30425 0.252 0.144 0.300 0.000 0.304
#> SRR1609458 1 0.1981 0.68183 0.920 0.000 0.016 0.000 0.064
#> SRR1609459 2 0.6738 0.27426 0.032 0.532 0.144 0.000 0.292
#> SRR1609460 2 0.6356 -0.07394 0.168 0.468 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609461 3 0.7792 -0.14379 0.232 0.068 0.380 0.000 0.320
#> SRR1609462 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.3546 0.60142 0.116 0.004 0.832 0.000 0.048
#> SRR1609463 1 0.3427 0.61392 0.796 0.012 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609465 2 0.6356 -0.07394 0.168 0.468 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609466 4 0.2124 0.84739 0.000 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR1609467 1 0.4774 0.15903 0.612 0.000 0.360 0.000 0.028
#> SRR1609469 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 1 0.7089 -0.18912 0.420 0.180 0.028 0.000 0.372
#> SRR1609472 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.8090 -0.28255 0.372 0.160 0.140 0.000 0.328
#> SRR1609474 1 0.4920 0.40494 0.584 0.032 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609473 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609475 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609478 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.6615 0.26227 0.508 0.016 0.320 0.000 0.156
#> SRR1609477 3 0.6259 0.48963 0.000 0.220 0.596 0.016 0.168
#> SRR1609479 2 0.4277 0.61062 0.000 0.768 0.000 0.076 0.156
#> SRR1609481 4 0.4871 0.75022 0.000 0.024 0.004 0.604 0.368
#> SRR1609480 3 0.6259 0.48963 0.000 0.220 0.596 0.016 0.168
#> SRR1609482 3 0.3595 0.59985 0.120 0.004 0.828 0.000 0.048
#> SRR1609484 4 0.4895 0.74594 0.000 0.024 0.004 0.596 0.376
#> SRR1609483 3 0.5590 0.51729 0.000 0.204 0.640 0.000 0.156
#> SRR1609486 3 0.7579 -0.03391 0.244 0.052 0.420 0.000 0.284
#> SRR1609485 3 0.7579 -0.03391 0.244 0.052 0.420 0.000 0.284
#> SRR1609487 1 0.2848 0.63902 0.840 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609488 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.4955 0.51384 0.072 0.680 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609490 1 0.5476 0.31309 0.544 0.068 0.000 0.000 0.388
#> SRR1609491 1 0.4920 0.40494 0.584 0.032 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609492 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609493 5 0.6861 0.34833 0.340 0.256 0.004 0.000 0.400
#> SRR1609494 2 0.1502 0.70438 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1609495 3 0.5125 0.53842 0.000 0.156 0.696 0.000 0.148
#> SRR1609496 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.2654 0.66580 0.884 0.000 0.032 0.000 0.084
#> SRR1609498 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609500 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.7979 0.55399 0.272 0.272 0.084 0.000 0.372
#> SRR1609502 2 0.3734 0.64861 0.000 0.812 0.128 0.000 0.060
#> SRR1609503 4 0.0404 0.85742 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609504 1 0.0290 0.69236 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609505 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609507 1 0.1626 0.68545 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1609508 2 0.1282 0.70698 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR1609509 2 0.1908 0.70378 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609510 4 0.5527 0.68675 0.000 0.056 0.004 0.512 0.428
#> SRR1609512 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.2124 0.84739 0.000 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR1609513 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.1121 0.71069 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609516 1 0.7551 -0.17469 0.412 0.152 0.076 0.000 0.360
#> SRR1609517 2 0.3346 0.67041 0.000 0.844 0.092 0.000 0.064
#> SRR1609518 1 0.4999 0.43734 0.604 0.032 0.004 0.000 0.360
#> SRR1609519 3 0.3546 0.60142 0.116 0.004 0.832 0.000 0.048
#> SRR1609520 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.3507 0.59464 0.120 0.000 0.828 0.000 0.052
#> SRR1609523 2 0.6327 -0.04974 0.168 0.484 0.000 0.000 0.348
#> SRR1609524 2 0.1908 0.70554 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609526 3 0.0324 0.56165 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1609525 2 0.3752 0.65394 0.000 0.812 0.124 0.000 0.064
#> SRR1609527 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.7729 -0.11293 0.244 0.060 0.384 0.000 0.312
#> SRR1609528 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.5013 0.49487 0.700 0.000 0.192 0.000 0.108
#> SRR1609531 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609532 3 0.5562 0.52040 0.000 0.200 0.644 0.000 0.156
#> SRR1609533 1 0.6657 -0.21324 0.412 0.192 0.004 0.000 0.392
#> SRR1609534 3 0.8092 -0.15890 0.228 0.104 0.364 0.000 0.304
#> SRR1609535 2 0.2248 0.68479 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1609537 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609536 3 0.8528 -0.25293 0.188 0.240 0.292 0.000 0.280
#> SRR1609538 2 0.4153 0.55174 0.008 0.740 0.016 0.000 0.236
#> SRR1609539 5 0.8401 0.32954 0.244 0.152 0.280 0.000 0.324
#> SRR1609540 1 0.7490 0.09664 0.436 0.048 0.276 0.000 0.240
#> SRR1609541 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609543 1 0.0162 0.69146 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.3567 0.60099 0.112 0.004 0.832 0.000 0.052
#> SRR1609545 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.8116 0.55434 0.272 0.272 0.100 0.000 0.356
#> SRR1609547 2 0.6663 0.42009 0.072 0.612 0.168 0.000 0.148
#> SRR1609548 2 0.6023 0.50365 0.096 0.684 0.120 0.000 0.100
#> SRR1609549 2 0.1908 0.70554 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609550 2 0.1908 0.70378 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609551 5 0.8431 0.36339 0.244 0.164 0.260 0.000 0.332
#> SRR1609552 3 0.5373 0.44223 0.236 0.000 0.652 0.000 0.112
#> SRR1609553 1 0.2233 0.67363 0.904 0.000 0.016 0.000 0.080
#> SRR1609554 1 0.5845 0.40867 0.576 0.032 0.048 0.000 0.344
#> SRR1609555 1 0.2654 0.66580 0.884 0.000 0.032 0.000 0.084
#> SRR1609556 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.3798 0.64905 0.000 0.808 0.128 0.000 0.064
#> SRR1609558 5 0.8072 0.54409 0.284 0.256 0.096 0.000 0.364
#> SRR1609559 2 0.3705 0.65460 0.000 0.816 0.120 0.000 0.064
#> SRR1609560 1 0.4232 0.51753 0.676 0.012 0.000 0.000 0.312
#> SRR1609561 3 0.6741 0.15169 0.316 0.016 0.492 0.000 0.176
#> SRR1609562 1 0.4651 0.44302 0.608 0.020 0.000 0.000 0.372
#> SRR1609563 1 0.4920 0.40494 0.584 0.032 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609564 1 0.0290 0.69236 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609565 2 0.1121 0.70328 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609566 2 0.1357 0.70329 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1609567 2 0.3814 0.63317 0.000 0.808 0.000 0.068 0.124
#> SRR1609568 1 0.0703 0.69155 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609569 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.3507 0.59464 0.120 0.000 0.828 0.000 0.052
#> SRR1609571 4 0.0404 0.85742 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609572 3 0.5680 0.51030 0.000 0.212 0.628 0.000 0.160
#> SRR1609573 3 0.3546 0.60142 0.116 0.004 0.832 0.000 0.048
#> SRR1609574 3 0.6414 0.53856 0.096 0.184 0.636 0.000 0.084
#> SRR1609575 4 0.5921 0.62994 0.000 0.088 0.004 0.460 0.448
#> SRR1609576 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609578 5 0.8007 0.55009 0.276 0.264 0.088 0.000 0.372
#> SRR1609577 1 0.7663 -0.02603 0.388 0.072 0.360 0.000 0.180
#> SRR1609579 3 0.3567 0.60099 0.112 0.004 0.832 0.000 0.052
#> SRR1609580 2 0.7233 0.28339 0.080 0.540 0.172 0.000 0.208
#> SRR1609582 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.8000 0.53914 0.288 0.252 0.088 0.000 0.372
#> SRR1609583 5 0.8067 0.55323 0.276 0.260 0.096 0.000 0.368
#> SRR1609584 1 0.4835 0.10259 0.592 0.000 0.380 0.000 0.028
#> SRR1609585 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.5781 0.31413 0.116 0.576 0.000 0.000 0.308
#> SRR1609587 2 0.3734 0.64861 0.000 0.812 0.128 0.000 0.060
#> SRR1609588 5 0.8000 0.53914 0.288 0.252 0.088 0.000 0.372
#> SRR1609589 5 0.7945 0.54001 0.288 0.260 0.080 0.000 0.372
#> SRR1609590 3 0.3546 0.60142 0.116 0.004 0.832 0.000 0.048
#> SRR1609592 2 0.3705 0.65460 0.000 0.816 0.120 0.000 0.064
#> SRR1609591 1 0.6152 0.31332 0.540 0.072 0.028 0.000 0.360
#> SRR1609593 2 0.3641 0.65619 0.000 0.820 0.120 0.000 0.060
#> SRR1609594 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609595 2 0.6349 -0.06205 0.168 0.472 0.000 0.000 0.360
#> SRR1609596 2 0.4955 0.51384 0.072 0.680 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609597 2 0.1341 0.69981 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609598 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.6615 0.26227 0.508 0.016 0.320 0.000 0.156
#> SRR1609601 5 0.6850 -0.30840 0.000 0.232 0.044 0.168 0.556
#> SRR1609602 4 0.0000 0.86222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.4599 0.46120 0.624 0.020 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609604 4 0.4895 0.74594 0.000 0.024 0.004 0.596 0.376
#> SRR1609605 2 0.7201 0.01012 0.232 0.536 0.076 0.000 0.156
#> SRR1609606 2 0.3291 0.67236 0.000 0.848 0.088 0.000 0.064
#> SRR1609607 1 0.7220 0.13062 0.436 0.032 0.328 0.000 0.204
#> SRR1609608 5 0.8394 0.25916 0.244 0.148 0.304 0.000 0.304
#> SRR1609609 1 0.5795 0.40537 0.576 0.032 0.044 0.000 0.348
#> SRR1609610 1 0.7296 0.10370 0.448 0.048 0.172 0.000 0.332
#> SRR1609611 4 0.2674 0.86247 0.000 0.004 0.000 0.856 0.140
#> SRR1609613 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609612 1 0.6152 0.31332 0.540 0.072 0.028 0.000 0.360
#> SRR1609614 1 0.1741 0.68374 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1609615 1 0.8090 -0.28255 0.372 0.160 0.140 0.000 0.328
#> SRR1609616 1 0.2471 0.65446 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1609617 2 0.6290 -0.00977 0.168 0.500 0.000 0.000 0.332
#> SRR1609618 5 0.8067 0.55323 0.276 0.260 0.096 0.000 0.368
#> SRR1609619 2 0.7899 -0.29262 0.232 0.428 0.096 0.000 0.244
#> SRR1609620 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609621 2 0.4277 0.61062 0.000 0.768 0.000 0.076 0.156
#> SRR1609622 3 0.5619 0.51378 0.000 0.208 0.636 0.000 0.156
#> SRR1609623 1 0.1549 0.68598 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1609624 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0290 0.69236 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609626 3 0.6259 0.48963 0.000 0.220 0.596 0.016 0.168
#> SRR1609627 1 0.2848 0.63902 0.840 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1609628 2 0.6262 0.12217 0.164 0.504 0.000 0.000 0.332
#> SRR1609629 1 0.1626 0.68545 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1609630 2 0.4955 0.51384 0.072 0.680 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609631 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.4232 0.51753 0.676 0.012 0.000 0.000 0.312
#> SRR1609633 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609635 4 0.0404 0.85742 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609636 4 0.2020 0.87200 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609637 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.6454 -0.01441 0.456 0.140 0.008 0.000 0.396
#> SRR1609639 2 0.2813 0.67090 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1609640 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.7262 0.10395 0.448 0.048 0.164 0.000 0.340
#> SRR1609644 1 0.4599 0.46120 0.624 0.020 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609645 1 0.7272 0.11626 0.452 0.048 0.168 0.000 0.332
#> SRR1609646 1 0.4835 0.10259 0.592 0.000 0.380 0.000 0.028
#> SRR1609647 2 0.2248 0.68479 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1609649 1 0.1626 0.68545 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1609648 2 0.1121 0.71069 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609651 1 0.6454 -0.01441 0.456 0.140 0.008 0.000 0.396
#> SRR1609650 2 0.3688 0.65480 0.000 0.816 0.124 0.000 0.060
#> SRR1609652 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.2280 0.69677 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1609654 4 0.2124 0.84739 0.000 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR1609655 1 0.4990 0.39633 0.580 0.036 0.000 0.000 0.384
#> SRR1609657 1 0.1549 0.68598 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1609656 5 0.6850 -0.30840 0.000 0.232 0.044 0.168 0.556
#> SRR1609658 2 0.1410 0.69834 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609659 2 0.1341 0.69981 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609660 2 0.3657 0.65583 0.000 0.820 0.116 0.000 0.064
#> SRR1609661 1 0.7272 0.11626 0.452 0.048 0.168 0.000 0.332
#> SRR1609662 2 0.6483 0.04280 0.216 0.520 0.004 0.000 0.260
#> SRR1609663 3 0.7792 -0.14379 0.232 0.068 0.380 0.000 0.320
#> SRR1609664 1 0.5019 0.37850 0.568 0.036 0.000 0.000 0.396
#> SRR1609665 2 0.5156 0.48626 0.072 0.668 0.004 0.000 0.256
#> SRR1609666 4 0.5945 0.62830 0.000 0.080 0.008 0.456 0.456
#> SRR1609667 1 0.0000 0.69209 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.5600 0.65607 0.000 0.060 0.004 0.480 0.456
#> SRR1609669 1 0.4193 0.52485 0.684 0.012 0.000 0.000 0.304
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 6 0.2039 0.560454 0.000 0.052 0.020 0.012 0.000 0.916
#> SRR1609361 6 0.2039 0.560454 0.000 0.052 0.020 0.012 0.000 0.916
#> SRR1609362 6 0.4544 0.684385 0.000 0.044 0.000 0.320 0.004 0.632
#> SRR1609363 2 0.1232 0.779291 0.000 0.956 0.004 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609364 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609365 6 0.4544 0.684385 0.000 0.044 0.000 0.320 0.004 0.632
#> SRR1609366 5 0.3890 0.200874 0.000 0.400 0.004 0.000 0.596 0.000
#> SRR1609367 1 0.2152 0.828600 0.904 0.000 0.024 0.000 0.068 0.004
#> SRR1609368 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609369 5 0.3081 0.634850 0.220 0.000 0.004 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609370 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609371 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609372 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609373 2 0.1232 0.779291 0.000 0.956 0.004 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609374 5 0.3828 0.053436 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609375 5 0.3315 0.600115 0.000 0.200 0.020 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609377 1 0.3866 -0.000105 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609376 2 0.0922 0.777389 0.000 0.968 0.004 0.000 0.004 0.024
#> SRR1609378 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609379 1 0.3737 0.307501 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609382 6 0.4284 0.511834 0.000 0.012 0.000 0.440 0.004 0.544
#> SRR1609383 6 0.2039 0.560454 0.000 0.052 0.020 0.012 0.000 0.916
#> SRR1609381 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609384 5 0.3253 0.606896 0.000 0.192 0.020 0.000 0.788 0.000
#> SRR1609386 5 0.3387 0.672970 0.164 0.040 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1609385 5 0.4789 0.570996 0.024 0.068 0.216 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609387 5 0.4851 0.478683 0.336 0.028 0.028 0.000 0.608 0.000
#> SRR1609388 2 0.1168 0.782925 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1609390 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609393 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609394 2 0.6094 -0.035591 0.000 0.504 0.004 0.228 0.008 0.256
#> SRR1609392 2 0.1257 0.781222 0.000 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1609391 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609395 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609396 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609398 5 0.3221 0.591549 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609399 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609400 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609397 2 0.1168 0.782925 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1609401 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609402 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609405 5 0.2762 0.650822 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609404 4 0.2491 0.811042 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609406 2 0.1267 0.785143 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609408 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609403 1 0.1007 0.853626 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609410 5 0.2762 0.650822 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609411 2 0.0922 0.777389 0.000 0.968 0.004 0.000 0.004 0.024
#> SRR1609407 2 0.1267 0.785143 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609413 1 0.1267 0.845544 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609412 5 0.2730 0.653122 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609414 5 0.4928 0.586956 0.172 0.012 0.132 0.000 0.684 0.000
#> SRR1609415 1 0.1082 0.852750 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609416 3 0.3502 0.709836 0.076 0.000 0.812 0.000 0.108 0.004
#> SRR1609417 3 0.4903 0.558033 0.000 0.020 0.532 0.000 0.028 0.420
#> SRR1609418 5 0.3248 0.633754 0.224 0.004 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR1609419 2 0.1003 0.781410 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1609420 5 0.4435 0.642039 0.020 0.124 0.108 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609421 2 0.4576 0.715126 0.000 0.752 0.108 0.000 0.092 0.048
#> SRR1609422 6 0.4765 0.655292 0.000 0.052 0.000 0.352 0.004 0.592
#> SRR1609423 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609425 5 0.2969 0.631218 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609426 2 0.1148 0.782872 0.000 0.960 0.004 0.000 0.016 0.020
#> SRR1609427 3 0.3410 0.713558 0.076 0.000 0.820 0.000 0.100 0.004
#> SRR1609428 2 0.1232 0.779291 0.000 0.956 0.004 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609429 5 0.3547 0.513042 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1609430 3 0.3225 0.711739 0.080 0.000 0.828 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609431 5 0.3852 0.229147 0.000 0.384 0.004 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609432 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609433 3 0.4691 0.620399 0.000 0.008 0.616 0.000 0.044 0.332
#> SRR1609434 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609435 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609436 1 0.4199 0.654883 0.728 0.000 0.052 0.000 0.212 0.008
#> SRR1609437 2 0.3998 0.630540 0.000 0.712 0.000 0.000 0.040 0.248
#> SRR1609438 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609439 3 0.4903 0.558033 0.000 0.020 0.532 0.000 0.028 0.420
#> SRR1609440 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609441 2 0.3555 0.689686 0.000 0.776 0.000 0.000 0.040 0.184
#> SRR1609442 2 0.3473 0.668680 0.000 0.780 0.004 0.000 0.024 0.192
#> SRR1609443 5 0.5395 0.494124 0.012 0.092 0.256 0.000 0.628 0.012
#> SRR1609444 5 0.3934 0.611603 0.260 0.000 0.032 0.000 0.708 0.000
#> SRR1609445 5 0.5495 0.132750 0.000 0.408 0.068 0.000 0.500 0.024
#> SRR1609446 5 0.5123 0.320776 0.000 0.344 0.060 0.000 0.580 0.016
#> SRR1609447 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609448 2 0.2402 0.771428 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609449 5 0.4182 0.639672 0.228 0.028 0.020 0.000 0.724 0.000
#> SRR1609450 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609451 1 0.0260 0.865485 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609452 2 0.4497 0.718557 0.000 0.760 0.104 0.000 0.084 0.052
#> SRR1609453 5 0.5286 0.628302 0.100 0.092 0.112 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609454 2 0.4623 0.709201 0.000 0.748 0.108 0.000 0.096 0.048
#> SRR1609455 5 0.3813 0.558589 0.000 0.236 0.020 0.000 0.736 0.008
#> SRR1609456 5 0.4367 0.564097 0.000 0.220 0.060 0.000 0.712 0.008
#> SRR1609457 5 0.5396 0.498267 0.012 0.096 0.248 0.000 0.632 0.012
#> SRR1609458 1 0.2851 0.778684 0.844 0.000 0.020 0.000 0.132 0.004
#> SRR1609459 2 0.5963 0.203784 0.000 0.464 0.112 0.000 0.396 0.028
#> SRR1609460 5 0.3852 0.229147 0.000 0.384 0.004 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609461 5 0.5048 0.411176 0.020 0.032 0.320 0.000 0.616 0.012
#> SRR1609462 1 0.0260 0.865485 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609464 3 0.3172 0.712641 0.076 0.000 0.832 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609463 5 0.3867 0.087110 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609465 5 0.3852 0.229147 0.000 0.384 0.004 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609466 4 0.2773 0.680009 0.000 0.004 0.000 0.828 0.004 0.164
#> SRR1609467 1 0.4853 0.244264 0.556 0.000 0.392 0.000 0.044 0.008
#> SRR1609469 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.3413 0.673666 0.052 0.104 0.016 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609471 5 0.5286 0.628302 0.100 0.092 0.112 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609474 5 0.2730 0.653122 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609473 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609475 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609478 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.6239 -0.041483 0.360 0.004 0.304 0.000 0.332 0.000
#> SRR1609477 3 0.4903 0.558033 0.000 0.020 0.532 0.000 0.028 0.420
#> SRR1609479 2 0.3473 0.668680 0.000 0.780 0.004 0.000 0.024 0.192
#> SRR1609481 6 0.4172 0.461573 0.000 0.012 0.000 0.460 0.000 0.528
#> SRR1609480 3 0.4903 0.558033 0.000 0.020 0.532 0.000 0.028 0.420
#> SRR1609482 3 0.3225 0.711739 0.080 0.000 0.828 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609484 6 0.4284 0.511834 0.000 0.012 0.000 0.440 0.004 0.544
#> SRR1609483 3 0.5001 0.600157 0.000 0.020 0.568 0.000 0.040 0.372
#> SRR1609486 5 0.5228 0.287284 0.028 0.024 0.380 0.000 0.556 0.012
#> SRR1609485 5 0.5228 0.287284 0.028 0.024 0.380 0.000 0.556 0.012
#> SRR1609487 1 0.3866 -0.000105 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609488 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609489 2 0.3830 0.514228 0.000 0.620 0.004 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609490 5 0.3065 0.671401 0.152 0.028 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1609491 5 0.2730 0.653122 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609492 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609493 5 0.3760 0.612955 0.044 0.184 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR1609494 2 0.1642 0.783961 0.000 0.936 0.004 0.000 0.028 0.032
#> SRR1609495 3 0.4691 0.620399 0.000 0.008 0.616 0.000 0.044 0.332
#> SRR1609496 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609497 1 0.4284 0.660780 0.728 0.000 0.064 0.000 0.200 0.008
#> SRR1609498 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609499 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609500 1 0.0146 0.865234 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609501 5 0.3854 0.594991 0.000 0.188 0.048 0.000 0.760 0.004
#> SRR1609502 2 0.4623 0.709201 0.000 0.748 0.108 0.000 0.096 0.048
#> SRR1609503 4 0.0363 0.875806 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609504 1 0.0935 0.855802 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609505 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609506 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609507 1 0.2669 0.801632 0.864 0.000 0.024 0.000 0.108 0.004
#> SRR1609508 2 0.1642 0.786507 0.000 0.936 0.004 0.000 0.032 0.028
#> SRR1609509 2 0.2320 0.771302 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR1609510 6 0.4856 0.658804 0.000 0.052 0.000 0.348 0.008 0.592
#> SRR1609512 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609511 4 0.2773 0.680009 0.000 0.004 0.000 0.828 0.004 0.164
#> SRR1609513 1 0.0260 0.865485 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.1616 0.789382 0.000 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR1609516 5 0.3832 0.674538 0.064 0.076 0.048 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609517 2 0.4062 0.733936 0.000 0.792 0.072 0.000 0.096 0.040
#> SRR1609518 5 0.3248 0.633754 0.224 0.004 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR1609519 3 0.3172 0.712641 0.076 0.000 0.832 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609522 3 0.3429 0.699850 0.056 0.000 0.824 0.000 0.108 0.012
#> SRR1609523 5 0.3881 0.204854 0.000 0.396 0.000 0.000 0.600 0.004
#> SRR1609524 2 0.2402 0.771428 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609526 3 0.2129 0.675341 0.000 0.000 0.904 0.000 0.040 0.056
#> SRR1609525 2 0.4623 0.712997 0.000 0.748 0.108 0.000 0.096 0.048
#> SRR1609527 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609529 5 0.5228 0.383438 0.036 0.024 0.332 0.000 0.596 0.012
#> SRR1609528 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.5972 0.308732 0.504 0.000 0.220 0.000 0.268 0.008
#> SRR1609531 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609532 3 0.4941 0.602029 0.000 0.020 0.572 0.000 0.036 0.372
#> SRR1609533 5 0.3121 0.660603 0.044 0.116 0.004 0.000 0.836 0.000
#> SRR1609534 5 0.5674 0.408299 0.032 0.060 0.300 0.000 0.592 0.016
#> SRR1609535 2 0.1728 0.759589 0.000 0.924 0.004 0.000 0.008 0.064
#> SRR1609537 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609536 5 0.6488 0.396954 0.024 0.192 0.236 0.000 0.528 0.020
#> SRR1609538 2 0.3738 0.576271 0.000 0.680 0.004 0.000 0.312 0.004
#> SRR1609539 5 0.5522 0.524424 0.024 0.100 0.220 0.000 0.644 0.012
#> SRR1609540 5 0.6072 0.374728 0.212 0.016 0.260 0.000 0.512 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609543 1 0.0862 0.858407 0.972 0.000 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609544 3 0.3362 0.713799 0.076 0.000 0.824 0.000 0.096 0.004
#> SRR1609545 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609546 5 0.4195 0.593218 0.000 0.188 0.064 0.000 0.740 0.008
#> SRR1609547 2 0.6158 0.419701 0.000 0.540 0.144 0.000 0.272 0.044
#> SRR1609548 2 0.5620 0.543995 0.004 0.628 0.096 0.000 0.232 0.040
#> SRR1609549 2 0.2402 0.771428 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609550 2 0.2320 0.771302 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR1609551 5 0.5543 0.540203 0.024 0.112 0.204 0.000 0.648 0.012
#> SRR1609552 3 0.5081 0.558562 0.124 0.000 0.660 0.000 0.204 0.012
#> SRR1609553 1 0.3834 0.714741 0.772 0.000 0.048 0.000 0.172 0.008
#> SRR1609554 5 0.3618 0.653027 0.176 0.000 0.048 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609555 1 0.4312 0.654627 0.724 0.000 0.064 0.000 0.204 0.008
#> SRR1609556 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609557 2 0.4756 0.707784 0.000 0.736 0.108 0.000 0.108 0.048
#> SRR1609558 5 0.4042 0.611865 0.004 0.172 0.060 0.000 0.760 0.004
#> SRR1609559 2 0.4579 0.714680 0.000 0.752 0.104 0.000 0.096 0.048
#> SRR1609560 5 0.3428 0.535799 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609561 3 0.5476 0.021730 0.108 0.000 0.476 0.000 0.412 0.004
#> SRR1609562 5 0.2969 0.631218 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609563 5 0.2730 0.653122 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1609564 1 0.0935 0.855802 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609565 2 0.1168 0.782925 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1609566 2 0.1148 0.782872 0.000 0.960 0.004 0.000 0.016 0.020
#> SRR1609567 2 0.2810 0.699824 0.000 0.832 0.004 0.000 0.008 0.156
#> SRR1609568 1 0.1267 0.845544 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609569 1 0.0260 0.865485 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609570 3 0.3429 0.699850 0.056 0.000 0.824 0.000 0.108 0.012
#> SRR1609571 4 0.0363 0.875806 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609572 3 0.5028 0.590926 0.000 0.020 0.556 0.000 0.040 0.384
#> SRR1609573 3 0.3172 0.712641 0.076 0.000 0.832 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609574 3 0.5710 0.647948 0.072 0.020 0.620 0.000 0.032 0.256
#> SRR1609575 6 0.4951 0.683372 0.000 0.080 0.000 0.280 0.008 0.632
#> SRR1609576 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609578 5 0.4133 0.605685 0.008 0.192 0.048 0.000 0.748 0.004
#> SRR1609577 5 0.5891 0.318285 0.108 0.032 0.336 0.000 0.524 0.000
#> SRR1609579 3 0.3362 0.713799 0.076 0.000 0.824 0.000 0.096 0.004
#> SRR1609580 2 0.6283 0.245059 0.000 0.472 0.140 0.000 0.348 0.040
#> SRR1609582 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609581 5 0.4001 0.618339 0.008 0.168 0.052 0.000 0.768 0.004
#> SRR1609583 5 0.4075 0.605286 0.004 0.176 0.060 0.000 0.756 0.004
#> SRR1609584 1 0.4887 0.187500 0.536 0.000 0.412 0.000 0.044 0.008
#> SRR1609585 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609586 2 0.4303 0.264835 0.012 0.524 0.004 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609587 2 0.4683 0.706983 0.000 0.744 0.108 0.000 0.096 0.052
#> SRR1609588 5 0.4001 0.618339 0.008 0.168 0.052 0.000 0.768 0.004
#> SRR1609589 5 0.3976 0.613506 0.008 0.180 0.044 0.000 0.764 0.004
#> SRR1609590 3 0.3172 0.712641 0.076 0.000 0.832 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609592 2 0.4579 0.714680 0.000 0.752 0.104 0.000 0.096 0.048
#> SRR1609591 5 0.4129 0.649660 0.220 0.028 0.020 0.000 0.732 0.000
#> SRR1609593 2 0.4533 0.716699 0.000 0.756 0.104 0.000 0.092 0.048
#> SRR1609594 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609595 5 0.3862 0.218212 0.000 0.388 0.004 0.000 0.608 0.000
#> SRR1609596 2 0.3830 0.514228 0.000 0.620 0.004 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609597 2 0.1232 0.779291 0.000 0.956 0.004 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609598 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.6239 -0.041483 0.360 0.004 0.304 0.000 0.332 0.000
#> SRR1609601 6 0.2039 0.560454 0.000 0.052 0.020 0.012 0.000 0.916
#> SRR1609602 4 0.0000 0.885537 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 5 0.3189 0.619592 0.236 0.000 0.004 0.000 0.760 0.000
#> SRR1609604 6 0.4284 0.511834 0.000 0.012 0.000 0.440 0.004 0.544
#> SRR1609605 5 0.5340 -0.010677 0.000 0.460 0.052 0.000 0.464 0.024
#> SRR1609606 2 0.4008 0.736085 0.000 0.796 0.068 0.000 0.096 0.040
#> SRR1609607 5 0.5203 0.403530 0.100 0.000 0.316 0.000 0.580 0.004
#> SRR1609608 5 0.5922 0.488251 0.036 0.100 0.240 0.000 0.608 0.016
#> SRR1609609 5 0.3588 0.655159 0.180 0.000 0.044 0.000 0.776 0.000
#> SRR1609610 5 0.5000 0.581121 0.172 0.012 0.140 0.000 0.676 0.000
#> SRR1609611 4 0.2491 0.811042 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609613 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609612 5 0.4129 0.649660 0.220 0.028 0.020 0.000 0.732 0.000
#> SRR1609614 1 0.2728 0.802786 0.864 0.000 0.032 0.000 0.100 0.004
#> SRR1609615 5 0.5286 0.628302 0.100 0.092 0.112 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609616 1 0.3023 0.673032 0.784 0.000 0.004 0.000 0.212 0.000
#> SRR1609617 5 0.4018 0.163585 0.000 0.412 0.000 0.000 0.580 0.008
#> SRR1609618 5 0.4075 0.605286 0.004 0.176 0.060 0.000 0.756 0.004
#> SRR1609619 5 0.5123 0.320776 0.000 0.344 0.060 0.000 0.580 0.016
#> SRR1609620 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609621 2 0.3473 0.668680 0.000 0.780 0.004 0.000 0.024 0.192
#> SRR1609622 3 0.5011 0.597159 0.000 0.020 0.564 0.000 0.040 0.376
#> SRR1609623 1 0.2575 0.807158 0.872 0.000 0.024 0.000 0.100 0.004
#> SRR1609624 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609625 1 0.1010 0.854321 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609626 3 0.4903 0.558033 0.000 0.020 0.532 0.000 0.028 0.420
#> SRR1609627 1 0.3866 -0.000105 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609628 5 0.4717 -0.062676 0.036 0.456 0.004 0.000 0.504 0.000
#> SRR1609629 1 0.2669 0.801632 0.864 0.000 0.024 0.000 0.108 0.004
#> SRR1609630 2 0.3830 0.514228 0.000 0.620 0.004 0.000 0.376 0.000
#> SRR1609631 1 0.0260 0.864884 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609632 5 0.3428 0.535799 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609633 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609634 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609635 4 0.0363 0.875806 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609636 4 0.1957 0.873358 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1609637 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609638 5 0.2965 0.676986 0.080 0.072 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1609639 2 0.3081 0.721252 0.000 0.776 0.004 0.000 0.220 0.000
#> SRR1609640 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609641 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609642 1 0.0363 0.865050 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609643 5 0.4928 0.586956 0.172 0.012 0.132 0.000 0.684 0.000
#> SRR1609644 5 0.3189 0.619592 0.236 0.000 0.004 0.000 0.760 0.000
#> SRR1609645 5 0.5024 0.577139 0.180 0.012 0.136 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609646 1 0.4887 0.187500 0.536 0.000 0.412 0.000 0.044 0.008
#> SRR1609647 2 0.1728 0.759589 0.000 0.924 0.004 0.000 0.008 0.064
#> SRR1609649 1 0.2669 0.801632 0.864 0.000 0.024 0.000 0.108 0.004
#> SRR1609648 2 0.1616 0.789382 0.000 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR1609651 5 0.2965 0.676986 0.080 0.072 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1609650 2 0.4576 0.715126 0.000 0.752 0.108 0.000 0.092 0.048
#> SRR1609652 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609653 2 0.2632 0.758506 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609654 4 0.2773 0.680009 0.000 0.004 0.000 0.828 0.004 0.164
#> SRR1609655 5 0.2664 0.658743 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1609657 1 0.2575 0.807158 0.872 0.000 0.024 0.000 0.100 0.004
#> SRR1609656 6 0.2039 0.560454 0.000 0.052 0.020 0.012 0.000 0.916
#> SRR1609658 2 0.0922 0.777389 0.000 0.968 0.004 0.000 0.004 0.024
#> SRR1609659 2 0.1232 0.779291 0.000 0.956 0.004 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609660 2 0.4604 0.715840 0.000 0.752 0.104 0.000 0.088 0.056
#> SRR1609661 5 0.5024 0.577139 0.180 0.012 0.136 0.000 0.672 0.000
#> SRR1609662 5 0.3843 0.009502 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1609663 5 0.5048 0.411176 0.020 0.032 0.320 0.000 0.616 0.012
#> SRR1609664 5 0.2703 0.661730 0.172 0.000 0.004 0.000 0.824 0.000
#> SRR1609665 2 0.3737 0.478843 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1609666 6 0.4769 0.692222 0.000 0.068 0.000 0.272 0.008 0.652
#> SRR1609667 1 0.0146 0.867229 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609668 6 0.4684 0.692321 0.000 0.052 0.000 0.300 0.008 0.640
#> SRR1609669 5 0.3482 0.517382 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.947 0.967 0.983 0.4555 0.534 0.534
#> 3 3 0.887 0.905 0.963 0.3573 0.655 0.451
#> 4 4 0.755 0.760 0.899 0.1827 0.788 0.502
#> 5 5 0.696 0.642 0.803 0.0726 0.887 0.620
#> 6 6 0.730 0.655 0.797 0.0469 0.894 0.582
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609364 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609365 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609366 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.6712 0.820 0.176 0.824
#> SRR1609369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609374 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609378 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.2043 0.939 0.032 0.968
#> SRR1609390 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609391 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609401 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609402 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.2043 0.939 0.032 0.968
#> SRR1609408 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609407 2 0.2043 0.939 0.032 0.968
#> SRR1609413 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609417 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609422 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.1414 0.946 0.020 0.980
#> SRR1609427 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609429 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609431 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609432 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609442 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609445 1 0.0938 0.986 0.988 0.012
#> SRR1609446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609448 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609453 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609460 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609465 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609466 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609472 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609477 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609489 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609502 2 0.2423 0.934 0.040 0.960
#> SRR1609503 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609507 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609509 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609510 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.2043 0.939 0.032 0.968
#> SRR1609516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.6712 0.820 0.176 0.824
#> SRR1609518 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609523 1 0.5294 0.854 0.880 0.120
#> SRR1609524 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609526 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609525 1 0.6048 0.813 0.852 0.148
#> SRR1609527 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.4815 0.887 0.104 0.896
#> SRR1609532 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609533 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609536 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609538 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609543 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609549 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.7056 0.803 0.192 0.808
#> SRR1609551 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609558 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609559 2 0.4562 0.893 0.096 0.904
#> SRR1609560 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609566 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609567 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609572 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609576 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609587 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609588 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609591 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.6048 0.848 0.148 0.852
#> SRR1609594 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609595 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609596 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609598 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609601 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR1609606 2 0.5629 0.863 0.132 0.868
#> SRR1609607 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609613 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609618 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609635 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609639 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.4815 0.887 0.104 0.896
#> SRR1609651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609650 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609652 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.7674 0.766 0.224 0.776
#> SRR1609654 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0376 0.953 0.004 0.996
#> SRR1609660 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> SRR1609661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609665 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 2 0.6126 0.3742 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609361 3 0.4555 0.7335 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609363 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609364 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609366 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609374 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609375 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 2 0.6140 0.3643 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609386 1 0.6126 0.3605 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609385 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.4555 0.7378 0.000 0.800 0.200
#> SRR1609392 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609401 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609402 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609405 1 0.6307 0.0862 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609408 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609407 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.4291 0.7621 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609420 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609421 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.1643 0.9114 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609426 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609433 3 0.4796 0.6982 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 2 0.6140 0.3643 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609443 3 0.6295 0.1217 0.472 0.000 0.528
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.5216 0.6262 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609454 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609455 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609456 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 3 0.2165 0.8934 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.6126 0.3148 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609474 1 0.6126 0.3605 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609477 3 0.4555 0.7335 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609479 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 3 0.4887 0.6891 0.000 0.228 0.772
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609486 1 0.4121 0.7592 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609485 1 0.4399 0.7318 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609490 1 0.6126 0.3605 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609492 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609493 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609495 3 0.4504 0.7325 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609509 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.2066 0.8924 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609516 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609526 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609525 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609532 3 0.6126 0.3468 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609533 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 1 0.5098 0.6478 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609535 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609550 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0237 0.9532 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.4555 0.7160 0.800 0.000 0.200
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609566 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609567 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.4555 0.7335 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.6274 0.1383 0.544 0.000 0.456
#> SRR1609575 2 0.4750 0.7193 0.000 0.784 0.216
#> SRR1609576 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609578 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 1 0.3752 0.7908 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609579 1 0.2066 0.8927 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 3 0.6180 0.2486 0.416 0.000 0.584
#> SRR1609593 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609597 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609601 3 0.4555 0.7335 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609602 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609608 3 0.2878 0.8575 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609609 3 0.2959 0.8450 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609622 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.6140 0.3643 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609635 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609639 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609651 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609650 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.6140 0.3643 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609658 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609659 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609660 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609662 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609663 3 0.4555 0.7271 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609664 1 0.6168 0.3284 0.588 0.000 0.412
#> SRR1609665 3 0.0000 0.9591 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.3816 0.8041 0.000 0.852 0.148
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.9399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.5228 0.5861 0.000 0.312 0.024 0.664
#> SRR1609361 3 0.4961 0.1223 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609365 4 0.3325 0.8422 0.000 0.112 0.024 0.864
#> SRR1609366 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609369 1 0.4994 0.1467 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609375 2 0.3649 0.6896 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609383 4 0.6501 0.5059 0.000 0.316 0.096 0.588
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 3 0.4916 0.2474 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1609386 3 0.7404 0.2707 0.180 0.336 0.484 0.000
#> SRR1609385 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609387 1 0.4989 0.1700 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.5167 0.3963 0.000 0.644 0.016 0.340
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.1211 0.8697 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609402 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609405 3 0.6275 0.0782 0.056 0.460 0.484 0.000
#> SRR1609404 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609408 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.4961 0.2360 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1609414 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609417 3 0.4543 0.4278 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1609418 1 0.4994 0.1467 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609422 4 0.0592 0.9355 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.4996 0.1374 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4193 0.5992 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1609430 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609431 2 0.2081 0.8210 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1609432 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609433 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.3074 0.7583 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 3 0.7268 0.2225 0.000 0.312 0.516 0.172
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3837 0.6674 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609442 2 0.0707 0.8576 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609443 3 0.0895 0.8442 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1609444 1 0.4994 0.1467 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609445 3 0.4382 0.5066 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1609446 3 0.4304 0.5611 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.2408 0.8040 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1609449 1 0.4994 0.1467 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609450 2 0.4925 0.2198 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.3837 0.6674 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1609453 3 0.0895 0.8442 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1609454 2 0.0469 0.8631 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609455 3 0.1792 0.8149 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1609456 3 0.4164 0.5897 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1609457 3 0.0469 0.8413 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 3 0.2921 0.7572 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1609460 2 0.1940 0.8273 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609461 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0592 0.8427 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609466 4 0.0592 0.9355 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609467 1 0.0921 0.8785 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 3 0.3726 0.6686 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609474 3 0.7172 0.2220 0.140 0.376 0.484 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609477 3 0.5483 0.0956 0.000 0.448 0.536 0.016
#> SRR1609479 2 0.0336 0.8657 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 3 0.6652 0.1338 0.000 0.396 0.516 0.088
#> SRR1609482 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609484 4 0.0895 0.9314 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1609483 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609486 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609485 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.2345 0.8075 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1609490 3 0.5865 0.4140 0.048 0.340 0.612 0.000
#> SRR1609491 1 0.4996 0.1374 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609492 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609493 2 0.4994 0.0448 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.4907 0.3020 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609510 4 0.5368 0.5349 0.000 0.340 0.024 0.636
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.0469 0.9372 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.4994 0.1467 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1609519 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609523 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609524 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609526 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609525 2 0.3486 0.7081 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609532 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609533 2 0.4994 0.0448 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1609534 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609535 2 0.0707 0.8576 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609537 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609536 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609538 2 0.0707 0.8639 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609539 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609540 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609547 3 0.0469 0.8413 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609548 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609549 2 0.2814 0.7770 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1609550 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609551 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609552 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4389 0.7461 0.116 0.072 0.812 0.000
#> SRR1609555 1 0.4843 0.3612 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.4382 0.5565 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1609558 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609559 2 0.4830 0.3273 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1609560 1 0.4072 0.6241 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1609561 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609562 1 0.4996 0.1374 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609563 3 0.7049 0.1477 0.392 0.124 0.484 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0707 0.8576 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.2973 0.7461 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 3 0.4454 0.4567 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1609573 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8391 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.5271 0.5723 0.000 0.320 0.024 0.656
#> SRR1609576 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609578 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609577 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609579 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609580 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 3 0.2345 0.7892 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609583 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609584 1 0.2530 0.7983 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609587 3 0.4961 0.1223 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1609588 3 0.2704 0.7675 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1609589 3 0.3569 0.6896 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1609590 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609592 2 0.4855 0.3253 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1609591 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609593 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.2760 0.7815 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1609596 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609601 2 0.5376 0.3136 0.000 0.588 0.396 0.016
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.4103 0.6180 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1609604 4 0.0779 0.9335 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1609605 2 0.3172 0.7383 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1609606 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609607 3 0.2011 0.8079 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1609608 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609609 3 0.3444 0.7041 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609610 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609611 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609612 3 0.0921 0.8435 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609614 3 0.4907 0.1683 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609615 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609618 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609619 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0817 0.8545 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1609622 3 0.0188 0.8382 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.7253 0.2319 0.000 0.308 0.520 0.172
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609629 1 0.4981 0.1928 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1609630 2 0.3649 0.6896 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.9420 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 3 0.4624 0.4517 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1609639 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.0817 0.8440 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.1940 0.8114 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0707 0.8576 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.4961 0.1571 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1609650 2 0.3726 0.6755 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0188 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609654 4 0.0592 0.9355 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609655 3 0.2469 0.7797 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.6634 0.4983 0.000 0.312 0.108 0.580
#> SRR1609658 2 0.0188 0.8679 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8702 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.4961 0.1223 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1609661 3 0.4996 -0.0414 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1609662 2 0.2589 0.7930 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1609663 3 0.0817 0.8412 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1609664 3 0.6605 0.1121 0.080 0.440 0.480 0.000
#> SRR1609665 2 0.4454 0.5207 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1609666 4 0.5206 0.5927 0.000 0.308 0.024 0.668
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.3763 0.8101 0.000 0.144 0.024 0.832
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9020 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 3 0.5834 0.07453 0.000 0.132 0.584 0.284 0.000
#> SRR1609361 3 0.3888 0.54718 0.000 0.112 0.812 0.004 0.072
#> SRR1609362 4 0.1851 0.86637 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1609363 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.5646 0.43066 0.000 0.080 0.400 0.520 0.000
#> SRR1609366 2 0.1965 0.77721 0.000 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1609367 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 5 0.3048 0.59485 0.176 0.000 0.004 0.000 0.820
#> SRR1609370 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.4825 0.33575 0.000 0.568 0.024 0.000 0.408
#> SRR1609375 2 0.3745 0.67170 0.000 0.780 0.024 0.000 0.196
#> SRR1609377 1 0.2970 0.79289 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1609376 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.2930 0.80507 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1609382 4 0.2966 0.80272 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609383 3 0.5517 0.26504 0.000 0.132 0.660 0.204 0.004
#> SRR1609381 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 5 0.6227 0.29339 0.000 0.280 0.184 0.000 0.536
#> SRR1609386 5 0.3981 0.59314 0.060 0.136 0.004 0.000 0.800
#> SRR1609385 5 0.1851 0.64276 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609387 5 0.3877 0.56979 0.212 0.000 0.024 0.000 0.764
#> SRR1609388 2 0.1410 0.79969 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.5770 0.47447 0.000 0.604 0.256 0.140 0.000
#> SRR1609392 2 0.1851 0.79249 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4448 0.15931 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> SRR1609399 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1410 0.79969 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 5 0.3927 0.57843 0.040 0.164 0.004 0.000 0.792
#> SRR1609404 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.3160 0.77981 0.808 0.000 0.004 0.000 0.188
#> SRR1609411 2 0.1851 0.79249 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.2848 0.61302 0.156 0.000 0.004 0.000 0.840
#> SRR1609414 5 0.1908 0.63940 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1609415 1 0.0162 0.92712 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.4305 0.03572 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609417 3 0.3242 0.54704 0.000 0.076 0.852 0.000 0.072
#> SRR1609418 5 0.3419 0.59321 0.180 0.000 0.016 0.000 0.804
#> SRR1609419 2 0.1851 0.79249 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609420 5 0.2597 0.63514 0.000 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR1609421 2 0.4002 0.72482 0.000 0.796 0.120 0.000 0.084
#> SRR1609422 4 0.3508 0.74414 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.3758 0.60903 0.128 0.052 0.004 0.000 0.816
#> SRR1609426 2 0.1410 0.79969 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.4294 0.06145 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1609428 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.3949 0.46931 0.300 0.000 0.004 0.000 0.696
#> SRR1609430 5 0.4305 0.08834 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1609431 2 0.3940 0.66772 0.000 0.756 0.024 0.000 0.220
#> SRR1609432 2 0.4855 0.29773 0.000 0.552 0.024 0.000 0.424
#> SRR1609433 3 0.3895 0.33613 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1609434 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.2124 0.87168 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR1609437 3 0.5605 0.01257 0.000 0.404 0.520 0.000 0.076
#> SRR1609438 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.3242 0.54704 0.000 0.076 0.852 0.000 0.072
#> SRR1609440 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 3 0.5715 0.05003 0.000 0.388 0.524 0.000 0.088
#> SRR1609442 2 0.3774 0.58831 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1609443 5 0.4304 0.01685 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1609444 5 0.2624 0.63473 0.116 0.000 0.012 0.000 0.872
#> SRR1609445 3 0.5511 0.30830 0.000 0.080 0.576 0.000 0.344
#> SRR1609446 5 0.5967 0.27495 0.000 0.308 0.136 0.000 0.556
#> SRR1609447 1 0.0404 0.92623 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.2707 0.75050 0.000 0.876 0.024 0.000 0.100
#> SRR1609449 5 0.2864 0.63631 0.112 0.000 0.024 0.000 0.864
#> SRR1609450 5 0.4404 0.44778 0.000 0.292 0.024 0.000 0.684
#> SRR1609451 1 0.1502 0.90572 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1609452 3 0.5723 0.03872 0.000 0.392 0.520 0.000 0.088
#> SRR1609453 5 0.2179 0.63314 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1609454 2 0.3882 0.72256 0.000 0.788 0.168 0.000 0.044
#> SRR1609455 5 0.5810 0.03019 0.000 0.092 0.428 0.000 0.480
#> SRR1609456 5 0.4696 0.53194 0.000 0.156 0.108 0.000 0.736
#> SRR1609457 3 0.4300 0.08838 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1609458 1 0.1430 0.90302 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1609459 5 0.5504 0.39303 0.000 0.224 0.132 0.000 0.644
#> SRR1609460 2 0.3284 0.72564 0.000 0.828 0.024 0.000 0.148
#> SRR1609461 5 0.2074 0.62313 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609462 1 0.1502 0.90572 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1609464 3 0.4262 0.12455 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1609463 1 0.3430 0.73760 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR1609465 2 0.1661 0.78446 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR1609466 4 0.3210 0.78055 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609467 1 0.4010 0.78301 0.796 0.000 0.088 0.000 0.116
#> SRR1609469 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.1830 0.64915 0.000 0.040 0.028 0.000 0.932
#> SRR1609472 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 5 0.1792 0.64375 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609474 5 0.3701 0.61105 0.060 0.112 0.004 0.000 0.824
#> SRR1609473 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 5 0.3966 0.40053 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1609477 3 0.4025 0.53871 0.000 0.132 0.792 0.000 0.076
#> SRR1609479 2 0.2377 0.77021 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 3 0.4123 0.53803 0.000 0.132 0.792 0.004 0.072
#> SRR1609482 5 0.4287 0.17049 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1609484 4 0.4088 0.60805 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1609483 3 0.3932 0.32698 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609486 5 0.4306 0.00290 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609485 5 0.4306 0.00290 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1609487 1 0.2389 0.84358 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1609488 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.3012 0.73409 0.000 0.852 0.024 0.000 0.124
#> SRR1609490 5 0.3248 0.62897 0.052 0.088 0.004 0.000 0.856
#> SRR1609491 5 0.2349 0.64588 0.084 0.012 0.004 0.000 0.900
#> SRR1609492 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.3845 0.53397 0.000 0.208 0.024 0.000 0.768
#> SRR1609494 2 0.1851 0.79249 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.3586 0.39682 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1609496 1 0.1502 0.90572 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1609497 1 0.2659 0.89177 0.888 0.000 0.060 0.000 0.052
#> SRR1609498 1 0.0404 0.92623 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.4798 0.36166 0.000 0.580 0.024 0.000 0.396
#> SRR1609500 1 0.0162 0.92764 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.5843 0.29381 0.000 0.512 0.100 0.000 0.388
#> SRR1609502 2 0.3317 0.75897 0.000 0.840 0.116 0.000 0.044
#> SRR1609503 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0609 0.92398 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.2193 0.90100 0.912 0.000 0.060 0.000 0.028
#> SRR1609508 2 0.1908 0.79096 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.6180 0.16465 0.000 0.460 0.404 0.136 0.000
#> SRR1609512 1 0.1341 0.90779 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.3039 0.79678 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609513 1 0.2172 0.88335 0.908 0.000 0.076 0.000 0.016
#> SRR1609514 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.1478 0.79893 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.1195 0.65433 0.000 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR1609517 2 0.3464 0.75436 0.000 0.836 0.096 0.000 0.068
#> SRR1609518 5 0.2921 0.63117 0.124 0.000 0.020 0.000 0.856
#> SRR1609519 5 0.4138 0.33057 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1609520 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0609 0.92398 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.4305 -0.01363 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1609523 2 0.2782 0.76778 0.000 0.880 0.048 0.000 0.072
#> SRR1609524 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.3983 0.31378 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1609525 2 0.4789 0.65628 0.000 0.728 0.156 0.000 0.116
#> SRR1609527 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 5 0.3816 0.44243 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1609528 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.4593 0.71926 0.736 0.000 0.080 0.000 0.184
#> SRR1609531 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.3966 0.32006 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1609533 5 0.3961 0.52754 0.000 0.212 0.028 0.000 0.760
#> SRR1609534 5 0.4182 0.27284 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609535 2 0.2891 0.73215 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.3949 0.38477 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609538 2 0.1965 0.77722 0.000 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1609539 5 0.3561 0.48473 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609540 5 0.3130 0.63185 0.048 0.000 0.096 0.000 0.856
#> SRR1609541 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.1502 0.90572 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1609544 5 0.4305 0.00376 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1609545 1 0.0510 0.92517 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.4182 0.23270 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609547 3 0.4300 0.08838 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1609548 5 0.4886 0.25849 0.000 0.032 0.372 0.000 0.596
#> SRR1609549 2 0.3060 0.73131 0.000 0.848 0.024 0.000 0.128
#> SRR1609550 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.3612 0.46946 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1609552 5 0.3949 0.42600 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609553 1 0.1310 0.91977 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1609554 5 0.1815 0.65958 0.024 0.016 0.020 0.000 0.940
#> SRR1609555 5 0.3861 0.49861 0.284 0.000 0.004 0.000 0.712
#> SRR1609556 1 0.1341 0.90779 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.6623 0.11201 0.000 0.320 0.236 0.000 0.444
#> SRR1609558 5 0.1205 0.65353 0.000 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1609559 2 0.5858 0.08156 0.000 0.456 0.448 0.000 0.096
#> SRR1609560 5 0.4211 0.35551 0.360 0.000 0.004 0.000 0.636
#> SRR1609561 5 0.3949 0.42600 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1609562 5 0.3525 0.60273 0.156 0.024 0.004 0.000 0.816
#> SRR1609563 5 0.3392 0.62801 0.064 0.084 0.004 0.000 0.848
#> SRR1609564 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1671 0.79619 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.1851 0.79249 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.3210 0.69667 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.1341 0.90779 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609570 5 0.5812 0.22906 0.100 0.000 0.372 0.000 0.528
#> SRR1609571 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.2362 0.52809 0.000 0.024 0.900 0.000 0.076
#> SRR1609573 3 0.4297 0.05076 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1609574 3 0.4242 0.13928 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1609575 3 0.6714 0.01154 0.000 0.344 0.404 0.252 0.000
#> SRR1609576 2 0.4808 0.35314 0.000 0.576 0.024 0.000 0.400
#> SRR1609578 5 0.1041 0.65447 0.000 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1609577 5 0.4219 0.15948 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1609579 3 0.4302 0.05028 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1609580 5 0.4256 0.14607 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1609582 1 0.0404 0.92623 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.1750 0.65039 0.000 0.036 0.028 0.000 0.936
#> SRR1609583 5 0.3262 0.60161 0.000 0.036 0.124 0.000 0.840
#> SRR1609584 1 0.4255 0.75753 0.776 0.000 0.096 0.000 0.128
#> SRR1609585 1 0.0510 0.92517 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.4789 0.37013 0.000 0.584 0.024 0.000 0.392
#> SRR1609587 3 0.3791 0.54670 0.000 0.112 0.812 0.000 0.076
#> SRR1609588 5 0.1750 0.65039 0.000 0.036 0.028 0.000 0.936
#> SRR1609589 5 0.1830 0.64915 0.000 0.040 0.028 0.000 0.932
#> SRR1609590 3 0.4307 -0.02652 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1609592 3 0.5618 0.16328 0.000 0.348 0.564 0.000 0.088
#> SRR1609591 5 0.0566 0.65786 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1609593 2 0.3644 0.74283 0.000 0.824 0.096 0.000 0.080
#> SRR1609594 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 2 0.4224 0.66132 0.000 0.744 0.040 0.000 0.216
#> SRR1609596 2 0.2482 0.76019 0.000 0.892 0.024 0.000 0.084
#> SRR1609597 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 5 0.3983 0.39426 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609601 3 0.5280 0.38554 0.000 0.240 0.676 0.012 0.072
#> SRR1609602 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 5 0.4359 0.21154 0.412 0.000 0.004 0.000 0.584
#> SRR1609604 4 0.3774 0.69524 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1609605 2 0.4686 0.66771 0.000 0.736 0.160 0.000 0.104
#> SRR1609606 2 0.3323 0.76207 0.000 0.844 0.100 0.000 0.056
#> SRR1609607 5 0.1792 0.64630 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609608 5 0.3480 0.51137 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1609609 5 0.1364 0.65461 0.000 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR1609610 5 0.2280 0.62408 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609611 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 2 0.4833 0.32666 0.000 0.564 0.024 0.000 0.412
#> SRR1609612 5 0.0865 0.65705 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR1609614 5 0.5500 0.43710 0.212 0.000 0.140 0.000 0.648
#> SRR1609615 5 0.1851 0.64358 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609616 1 0.3196 0.77490 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> SRR1609617 2 0.3281 0.76586 0.000 0.848 0.092 0.000 0.060
#> SRR1609618 5 0.4219 0.20087 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1609619 5 0.4307 -0.04465 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609620 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.4114 0.45696 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.3857 0.34483 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609623 1 0.2193 0.90100 0.912 0.000 0.060 0.000 0.028
#> SRR1609624 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0162 0.92712 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.3242 0.54704 0.000 0.076 0.852 0.000 0.072
#> SRR1609627 1 0.3366 0.73959 0.784 0.000 0.004 0.000 0.212
#> SRR1609628 2 0.4924 0.29967 0.000 0.552 0.028 0.000 0.420
#> SRR1609629 5 0.4114 0.53245 0.244 0.000 0.024 0.000 0.732
#> SRR1609630 2 0.4445 0.53898 0.000 0.676 0.024 0.000 0.300
#> SRR1609631 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.3461 0.73204 0.772 0.000 0.004 0.000 0.224
#> SRR1609633 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.91541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0404 0.92623 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.2951 0.60970 0.000 0.112 0.028 0.000 0.860
#> SRR1609639 2 0.2540 0.75780 0.000 0.888 0.024 0.000 0.088
#> SRR1609640 1 0.0794 0.92102 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.92813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0290 0.65771 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609644 1 0.3884 0.62762 0.708 0.000 0.004 0.000 0.288
#> SRR1609645 5 0.0771 0.65750 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> SRR1609646 1 0.2770 0.85878 0.880 0.000 0.076 0.000 0.044
#> SRR1609647 2 0.2732 0.74556 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609649 1 0.1211 0.91981 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1609648 2 0.1341 0.80049 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1609651 5 0.4219 0.48699 0.000 0.260 0.024 0.000 0.716
#> SRR1609650 2 0.5652 0.34168 0.000 0.552 0.360 0.000 0.088
#> SRR1609652 1 0.1502 0.90572 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.80567 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.3274 0.77356 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1609655 5 0.0727 0.65897 0.004 0.012 0.004 0.000 0.980
#> SRR1609657 1 0.0865 0.91802 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1609656 3 0.4425 0.43402 0.000 0.112 0.772 0.112 0.004
#> SRR1609658 2 0.2329 0.77274 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.1792 0.79374 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.3906 0.54439 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1609661 5 0.2144 0.65060 0.068 0.000 0.020 0.000 0.912
#> SRR1609662 2 0.3012 0.73409 0.000 0.852 0.024 0.000 0.124
#> SRR1609663 5 0.3932 0.39238 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1609664 5 0.4503 0.55847 0.060 0.176 0.008 0.000 0.756
#> SRR1609665 2 0.4861 0.28806 0.000 0.548 0.024 0.000 0.428
#> SRR1609666 4 0.6372 0.25943 0.000 0.164 0.408 0.428 0.000
#> SRR1609667 1 0.0404 0.92623 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.5752 0.43579 0.000 0.092 0.384 0.524 0.000
#> SRR1609669 1 0.3521 0.72079 0.764 0.000 0.004 0.000 0.232
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 6 0.3124 0.78336 0.000 0.040 0.016 0.096 0.000 0.848
#> SRR1609361 6 0.1995 0.80799 0.000 0.036 0.052 0.000 0.000 0.912
#> SRR1609362 4 0.3695 0.36429 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1609363 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609364 2 0.1010 0.79118 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1609365 6 0.3514 0.64794 0.000 0.020 0.000 0.228 0.000 0.752
#> SRR1609366 2 0.2728 0.74178 0.000 0.860 0.000 0.000 0.100 0.040
#> SRR1609367 1 0.0603 0.87630 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609368 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609369 5 0.1857 0.66548 0.028 0.000 0.044 0.000 0.924 0.004
#> SRR1609370 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609374 5 0.4420 0.41246 0.000 0.340 0.000 0.000 0.620 0.040
#> SRR1609375 2 0.4639 0.05436 0.000 0.512 0.000 0.000 0.448 0.040
#> SRR1609377 1 0.4124 0.29738 0.516 0.000 0.004 0.000 0.476 0.004
#> SRR1609376 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609378 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.4098 0.37937 0.548 0.000 0.004 0.000 0.444 0.004
#> SRR1609382 4 0.3851 0.13042 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1609383 6 0.3342 0.79370 0.000 0.040 0.044 0.072 0.000 0.844
#> SRR1609381 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609384 5 0.6643 0.41778 0.000 0.096 0.180 0.000 0.528 0.196
#> SRR1609386 5 0.1508 0.67375 0.012 0.016 0.020 0.000 0.948 0.004
#> SRR1609385 5 0.4253 0.49847 0.000 0.000 0.284 0.000 0.672 0.044
#> SRR1609387 5 0.4406 0.53124 0.152 0.000 0.116 0.000 0.728 0.004
#> SRR1609388 2 0.1075 0.79082 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1609390 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.3807 0.39153 0.000 0.628 0.000 0.004 0.000 0.368
#> SRR1609392 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609391 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 5 0.2890 0.61637 0.120 0.008 0.016 0.000 0.852 0.004
#> SRR1609399 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.1267 0.78842 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609401 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609402 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609405 5 0.1861 0.67705 0.000 0.020 0.016 0.000 0.928 0.036
#> SRR1609404 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0363 0.79398 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609408 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609403 1 0.0777 0.87382 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609410 1 0.4103 0.37021 0.544 0.000 0.004 0.000 0.448 0.004
#> SRR1609411 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609407 2 0.0622 0.79427 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1609413 1 0.0777 0.87382 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609412 5 0.2264 0.65061 0.012 0.000 0.096 0.000 0.888 0.004
#> SRR1609414 5 0.4177 0.07159 0.000 0.000 0.468 0.000 0.520 0.012
#> SRR1609415 1 0.2462 0.81371 0.860 0.000 0.004 0.000 0.132 0.004
#> SRR1609416 3 0.1649 0.76157 0.000 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1609417 6 0.2653 0.76747 0.000 0.012 0.144 0.000 0.000 0.844
#> SRR1609418 5 0.2474 0.65021 0.032 0.000 0.080 0.000 0.884 0.004
#> SRR1609419 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609420 5 0.4428 0.57577 0.000 0.016 0.228 0.000 0.708 0.048
#> SRR1609421 2 0.5666 0.49099 0.000 0.612 0.040 0.000 0.112 0.236
#> SRR1609422 6 0.3915 0.26449 0.000 0.000 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1609423 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.1257 0.67237 0.020 0.000 0.028 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609426 2 0.1267 0.78842 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609427 3 0.1789 0.75715 0.000 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1609428 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609429 5 0.2532 0.64653 0.060 0.000 0.052 0.000 0.884 0.004
#> SRR1609430 3 0.1787 0.75163 0.008 0.000 0.920 0.000 0.068 0.004
#> SRR1609431 5 0.5696 0.17739 0.000 0.380 0.008 0.000 0.484 0.128
#> SRR1609432 5 0.4089 0.53813 0.000 0.264 0.000 0.000 0.696 0.040
#> SRR1609433 3 0.3023 0.60085 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1609434 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.4835 0.39038 0.540 0.000 0.048 0.000 0.408 0.004
#> SRR1609437 6 0.1327 0.80066 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1609438 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 6 0.2489 0.77239 0.000 0.012 0.128 0.000 0.000 0.860
#> SRR1609440 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 6 0.3310 0.75339 0.000 0.112 0.040 0.000 0.016 0.832
#> SRR1609442 2 0.3578 0.45557 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1609443 3 0.2019 0.75184 0.000 0.000 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1609444 5 0.2162 0.65475 0.012 0.000 0.088 0.000 0.896 0.004
#> SRR1609445 3 0.5764 0.45667 0.000 0.004 0.528 0.000 0.196 0.272
#> SRR1609446 5 0.7266 0.32658 0.000 0.184 0.168 0.000 0.436 0.212
#> SRR1609447 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.3163 0.71296 0.000 0.820 0.000 0.000 0.140 0.040
#> SRR1609449 5 0.2932 0.61881 0.020 0.000 0.140 0.000 0.836 0.004
#> SRR1609450 5 0.3526 0.64509 0.000 0.124 0.020 0.000 0.816 0.040
#> SRR1609451 1 0.1007 0.85926 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 6 0.4225 0.60593 0.000 0.216 0.040 0.000 0.016 0.728
#> SRR1609453 5 0.4228 0.34084 0.000 0.000 0.392 0.000 0.588 0.020
#> SRR1609454 2 0.4394 0.54325 0.000 0.656 0.032 0.000 0.008 0.304
#> SRR1609455 5 0.6641 0.06222 0.000 0.032 0.336 0.000 0.384 0.248
#> SRR1609456 5 0.6350 0.49194 0.000 0.100 0.164 0.000 0.576 0.160
#> SRR1609457 3 0.4136 0.63793 0.000 0.000 0.732 0.000 0.076 0.192
#> SRR1609458 1 0.4023 0.69205 0.720 0.000 0.036 0.000 0.240 0.004
#> SRR1609459 5 0.7219 0.34389 0.000 0.188 0.156 0.000 0.444 0.212
#> SRR1609460 2 0.4587 0.34683 0.000 0.596 0.000 0.000 0.356 0.048
#> SRR1609461 3 0.3969 0.46296 0.000 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR1609462 1 0.1007 0.85926 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0865 0.74318 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609463 1 0.4390 0.28483 0.508 0.000 0.016 0.000 0.472 0.004
#> SRR1609465 2 0.2728 0.74178 0.000 0.860 0.000 0.000 0.100 0.040
#> SRR1609466 4 0.4093 0.05972 0.000 0.000 0.000 0.516 0.008 0.476
#> SRR1609467 1 0.4449 0.25297 0.532 0.000 0.440 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.3860 0.64419 0.000 0.020 0.132 0.000 0.792 0.056
#> SRR1609472 4 0.1812 0.84102 0.000 0.000 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1609471 5 0.4253 0.49847 0.000 0.000 0.284 0.000 0.672 0.044
#> SRR1609474 5 0.1151 0.67568 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0146 0.91479 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609476 3 0.1610 0.75302 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609477 6 0.1865 0.80892 0.000 0.040 0.040 0.000 0.000 0.920
#> SRR1609479 2 0.2092 0.75650 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1609481 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609480 6 0.1865 0.80892 0.000 0.040 0.040 0.000 0.000 0.920
#> SRR1609482 3 0.1643 0.75176 0.008 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000
#> SRR1609484 6 0.3482 0.50319 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1609483 3 0.2219 0.68615 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1609486 3 0.1010 0.76479 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1609485 3 0.1010 0.76479 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1609487 1 0.3489 0.65604 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1609488 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.3821 0.61412 0.000 0.740 0.000 0.000 0.220 0.040
#> SRR1609490 5 0.1194 0.67597 0.000 0.008 0.032 0.000 0.956 0.004
#> SRR1609491 5 0.1531 0.66589 0.004 0.000 0.068 0.000 0.928 0.000
#> SRR1609492 2 0.0790 0.79333 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609493 5 0.3191 0.65629 0.000 0.096 0.016 0.000 0.844 0.044
#> SRR1609494 2 0.1714 0.77805 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1609495 3 0.3789 0.31288 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1609496 1 0.0865 0.86380 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.4162 0.75405 0.752 0.000 0.100 0.000 0.144 0.004
#> SRR1609498 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.4576 0.28244 0.000 0.400 0.000 0.000 0.560 0.040
#> SRR1609500 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.6883 0.36079 0.000 0.236 0.088 0.000 0.472 0.204
#> SRR1609502 2 0.4037 0.61723 0.000 0.724 0.032 0.000 0.008 0.236
#> SRR1609503 4 0.0260 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609504 1 0.0291 0.87848 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1609505 1 0.0146 0.87774 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0790 0.79333 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609507 1 0.3395 0.79891 0.812 0.000 0.048 0.000 0.136 0.004
#> SRR1609508 2 0.2730 0.71808 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1609509 2 0.0790 0.79333 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609510 6 0.2728 0.78342 0.000 0.100 0.000 0.040 0.000 0.860
#> SRR1609512 1 0.0547 0.87148 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.4072 0.16042 0.000 0.000 0.000 0.544 0.008 0.448
#> SRR1609513 1 0.3390 0.58431 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0260 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609515 2 0.1267 0.78913 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609516 5 0.4179 0.62524 0.000 0.020 0.160 0.000 0.760 0.060
#> SRR1609517 2 0.5062 0.56043 0.000 0.672 0.040 0.000 0.064 0.224
#> SRR1609518 5 0.2492 0.64576 0.020 0.000 0.100 0.000 0.876 0.004
#> SRR1609519 3 0.1588 0.75241 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0146 0.87774 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.1245 0.76349 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1609523 2 0.5912 0.46982 0.000 0.568 0.024 0.000 0.200 0.208
#> SRR1609524 2 0.0790 0.79333 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609526 3 0.1663 0.71730 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609525 2 0.6752 0.32786 0.000 0.484 0.076 0.000 0.192 0.248
#> SRR1609527 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609529 3 0.1858 0.75445 0.000 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1609528 4 0.0260 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609530 3 0.5801 -0.02828 0.372 0.000 0.464 0.000 0.160 0.004
#> SRR1609531 2 0.0713 0.79372 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609532 3 0.1765 0.71103 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1609533 5 0.3684 0.64842 0.000 0.100 0.032 0.000 0.816 0.052
#> SRR1609534 3 0.1500 0.76213 0.000 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1609535 2 0.2491 0.72430 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609537 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609536 3 0.5231 0.51137 0.000 0.000 0.608 0.000 0.224 0.168
#> SRR1609538 2 0.3066 0.72551 0.000 0.832 0.000 0.000 0.124 0.044
#> SRR1609539 3 0.2704 0.72410 0.000 0.000 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR1609540 5 0.4088 0.05497 0.004 0.000 0.436 0.000 0.556 0.004
#> SRR1609541 4 0.0146 0.91479 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609542 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609543 1 0.1007 0.85926 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.1649 0.76157 0.000 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1609545 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.5697 0.34223 0.000 0.000 0.516 0.000 0.284 0.200
#> SRR1609547 3 0.4244 0.63113 0.000 0.000 0.720 0.000 0.080 0.200
#> SRR1609548 3 0.6195 0.28940 0.000 0.016 0.480 0.000 0.280 0.224
#> SRR1609549 2 0.3709 0.63832 0.000 0.756 0.000 0.000 0.204 0.040
#> SRR1609550 2 0.0713 0.79370 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609551 3 0.5845 0.14527 0.000 0.000 0.432 0.000 0.376 0.192
#> SRR1609552 3 0.1967 0.75030 0.000 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR1609553 1 0.3130 0.79843 0.824 0.000 0.028 0.000 0.144 0.004
#> SRR1609554 5 0.2266 0.65520 0.000 0.000 0.108 0.000 0.880 0.012
#> SRR1609555 5 0.4832 0.46044 0.208 0.000 0.116 0.000 0.672 0.004
#> SRR1609556 1 0.0547 0.87148 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.7623 0.07590 0.000 0.180 0.272 0.000 0.316 0.232
#> SRR1609558 5 0.4859 0.51947 0.000 0.004 0.232 0.000 0.660 0.104
#> SRR1609559 6 0.5916 0.02900 0.000 0.392 0.048 0.000 0.076 0.484
#> SRR1609560 5 0.3224 0.59795 0.132 0.000 0.040 0.000 0.824 0.004
#> SRR1609561 3 0.1967 0.75030 0.000 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR1609562 5 0.1716 0.66787 0.028 0.000 0.036 0.000 0.932 0.004
#> SRR1609563 5 0.1049 0.67528 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609564 1 0.0146 0.87867 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609565 2 0.1501 0.78413 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1609566 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609567 2 0.2854 0.67607 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609568 1 0.0777 0.87382 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609569 1 0.0547 0.87148 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.1858 0.74572 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609571 4 0.0260 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609572 6 0.2912 0.68026 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1609573 3 0.1575 0.75895 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1609574 3 0.1267 0.73370 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609575 6 0.3518 0.75983 0.000 0.092 0.000 0.104 0.000 0.804
#> SRR1609576 5 0.4458 0.38844 0.000 0.352 0.000 0.000 0.608 0.040
#> SRR1609578 5 0.3983 0.58702 0.000 0.000 0.208 0.000 0.736 0.056
#> SRR1609577 3 0.2980 0.67398 0.000 0.000 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1609579 3 0.1649 0.76157 0.000 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1609580 3 0.5123 0.53936 0.000 0.000 0.628 0.000 0.188 0.184
#> SRR1609582 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.4051 0.63046 0.000 0.020 0.152 0.000 0.772 0.056
#> SRR1609583 5 0.5961 0.38281 0.000 0.016 0.248 0.000 0.536 0.200
#> SRR1609584 3 0.4471 -0.09257 0.472 0.000 0.500 0.000 0.028 0.000
#> SRR1609585 1 0.0146 0.87774 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 5 0.4458 0.38799 0.000 0.352 0.000 0.000 0.608 0.040
#> SRR1609587 6 0.2119 0.79496 0.000 0.036 0.060 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609588 5 0.3840 0.64274 0.000 0.020 0.136 0.000 0.792 0.052
#> SRR1609589 5 0.3860 0.64352 0.000 0.020 0.132 0.000 0.792 0.056
#> SRR1609590 3 0.1418 0.76242 0.000 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR1609592 6 0.3310 0.75339 0.000 0.112 0.040 0.000 0.016 0.832
#> SRR1609591 5 0.3278 0.64623 0.000 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040
#> SRR1609593 2 0.5234 0.53369 0.000 0.652 0.040 0.000 0.072 0.236
#> SRR1609594 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.6112 0.11153 0.000 0.380 0.024 0.000 0.452 0.144
#> SRR1609596 2 0.2867 0.73369 0.000 0.848 0.000 0.000 0.112 0.040
#> SRR1609597 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609598 4 0.0146 0.91479 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609599 4 0.0146 0.91479 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609600 3 0.1501 0.75598 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609601 6 0.1713 0.80918 0.000 0.044 0.028 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609602 4 0.0146 0.91479 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609603 5 0.3905 0.51497 0.212 0.000 0.040 0.000 0.744 0.004
#> SRR1609604 6 0.3672 0.39061 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609605 2 0.6362 0.37573 0.000 0.532 0.052 0.000 0.184 0.232
#> SRR1609606 2 0.4153 0.65637 0.000 0.752 0.040 0.000 0.024 0.184
#> SRR1609607 5 0.4026 0.32298 0.000 0.000 0.348 0.000 0.636 0.016
#> SRR1609608 3 0.4711 0.49855 0.000 0.000 0.640 0.000 0.280 0.080
#> SRR1609609 5 0.3416 0.64835 0.000 0.000 0.140 0.000 0.804 0.056
#> SRR1609610 3 0.3934 0.36207 0.000 0.000 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR1609611 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609613 5 0.4420 0.41246 0.000 0.340 0.000 0.000 0.620 0.040
#> SRR1609612 5 0.2768 0.61968 0.000 0.000 0.156 0.000 0.832 0.012
#> SRR1609614 3 0.3454 0.60370 0.012 0.000 0.760 0.000 0.224 0.004
#> SRR1609615 5 0.4326 0.48724 0.000 0.000 0.300 0.000 0.656 0.044
#> SRR1609616 1 0.4301 0.45546 0.580 0.000 0.016 0.000 0.400 0.004
#> SRR1609617 2 0.5315 0.53947 0.000 0.660 0.040 0.000 0.096 0.204
#> SRR1609618 3 0.5219 0.51106 0.000 0.000 0.612 0.000 0.212 0.176
#> SRR1609619 3 0.5601 0.41915 0.000 0.000 0.544 0.000 0.248 0.208
#> SRR1609620 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.3868 0.01914 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1609622 3 0.3023 0.60085 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1609623 1 0.3872 0.77349 0.776 0.000 0.076 0.000 0.144 0.004
#> SRR1609624 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609625 1 0.2442 0.81033 0.852 0.000 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR1609626 6 0.2613 0.76400 0.000 0.012 0.140 0.000 0.000 0.848
#> SRR1609627 5 0.4126 -0.21636 0.480 0.000 0.004 0.000 0.512 0.004
#> SRR1609628 5 0.4378 0.43493 0.000 0.328 0.000 0.000 0.632 0.040
#> SRR1609629 5 0.5653 0.30879 0.240 0.000 0.200 0.000 0.556 0.004
#> SRR1609630 2 0.4648 -0.00165 0.000 0.496 0.000 0.000 0.464 0.040
#> SRR1609631 1 0.1219 0.86501 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1609632 1 0.4315 0.24760 0.496 0.000 0.012 0.000 0.488 0.004
#> SRR1609633 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0790 0.79333 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1609635 4 0.0260 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.91568 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.3649 0.65500 0.000 0.032 0.108 0.000 0.816 0.044
#> SRR1609639 2 0.2629 0.74619 0.000 0.868 0.000 0.000 0.092 0.040
#> SRR1609640 1 0.0458 0.87329 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0777 0.87382 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1609642 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1609643 5 0.3062 0.64553 0.000 0.000 0.160 0.000 0.816 0.024
#> SRR1609644 5 0.4467 0.00825 0.408 0.000 0.024 0.000 0.564 0.004
#> SRR1609645 5 0.2357 0.64888 0.000 0.000 0.116 0.000 0.872 0.012
#> SRR1609646 1 0.3531 0.52942 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.3076 0.67131 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1609649 1 0.2886 0.79600 0.836 0.000 0.016 0.000 0.144 0.004
#> SRR1609648 2 0.1007 0.79130 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609651 5 0.3432 0.65129 0.000 0.108 0.024 0.000 0.828 0.040
#> SRR1609650 2 0.5742 0.23241 0.000 0.492 0.044 0.000 0.064 0.400
#> SRR1609652 1 0.0937 0.86159 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0865 0.79261 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1609654 4 0.4091 0.07433 0.000 0.000 0.000 0.520 0.008 0.472
#> SRR1609655 5 0.2214 0.66096 0.000 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1609657 1 0.3109 0.78126 0.812 0.000 0.016 0.000 0.168 0.004
#> SRR1609656 6 0.3288 0.79573 0.000 0.036 0.052 0.064 0.000 0.848
#> SRR1609658 2 0.2300 0.74178 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609659 2 0.1663 0.77976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609660 6 0.3353 0.76339 0.000 0.068 0.080 0.000 0.016 0.836
#> SRR1609661 5 0.2149 0.64867 0.004 0.000 0.104 0.000 0.888 0.004
#> SRR1609662 2 0.4022 0.55966 0.000 0.708 0.000 0.000 0.252 0.040
#> SRR1609663 3 0.4186 0.62905 0.000 0.000 0.728 0.000 0.192 0.080
#> SRR1609664 5 0.1649 0.67232 0.000 0.036 0.000 0.000 0.932 0.032
#> SRR1609665 5 0.4089 0.53891 0.000 0.264 0.000 0.000 0.696 0.040
#> SRR1609666 6 0.3867 0.68081 0.000 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748
#> SRR1609667 1 0.0000 0.87877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 6 0.4038 0.62698 0.000 0.044 0.000 0.244 0.000 0.712
#> SRR1609669 5 0.4394 -0.25119 0.488 0.000 0.016 0.000 0.492 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.987 0.4999 0.501 0.501
#> 3 3 0.934 0.924 0.968 0.2713 0.814 0.647
#> 4 4 0.860 0.881 0.949 0.1414 0.883 0.689
#> 5 5 0.822 0.813 0.910 0.0654 0.907 0.687
#> 6 6 0.829 0.732 0.880 0.0314 0.953 0.800
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609374 1 0.6623 0.7911 0.828 0.172
#> SRR1609375 2 0.1843 0.9649 0.028 0.972
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609417 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609432 1 0.6048 0.8227 0.852 0.148
#> SRR1609433 1 0.8813 0.5756 0.700 0.300
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609445 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609446 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609450 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.1843 0.9648 0.028 0.972
#> SRR1609457 1 0.0938 0.9708 0.988 0.012
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609466 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609472 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609477 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609483 2 0.9248 0.4780 0.340 0.660
#> SRR1609486 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609490 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609493 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609495 2 0.1633 0.9689 0.024 0.976
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.9850 0.2720 0.572 0.428
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.9983 0.0946 0.524 0.476
#> SRR1609525 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.3733 0.9113 0.928 0.072
#> SRR1609533 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.8081 0.6713 0.752 0.248
#> SRR1609547 2 0.6148 0.8149 0.152 0.848
#> SRR1609548 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609549 2 0.3879 0.9122 0.076 0.924
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609559 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609572 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609576 1 0.9087 0.5319 0.676 0.324
#> SRR1609578 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.1414 0.9634 0.980 0.020
#> SRR1609584 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.7139 0.7572 0.804 0.196
#> SRR1609587 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609588 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609591 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609601 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609606 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609613 1 0.6048 0.8227 0.852 0.148
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609618 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609619 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609622 2 0.9686 0.3356 0.396 0.604
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.9850 0.2717 0.572 0.428
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609635 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609651 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609650 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609660 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609665 1 0.0938 0.9708 0.988 0.012
#> SRR1609666 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609361 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609362 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609365 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609375 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609378 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609383 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.0747 0.9112 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609386 1 0.0237 0.9801 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609394 3 0.5733 0.4666 0.000 0.324 0.676
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609391 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.4504 0.7540 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609404 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.3551 0.8130 0.000 0.868 0.132
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.6095 0.4321 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609422 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609423 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609424 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609425 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609431 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609432 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609434 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609438 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609439 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609442 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609443 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609446 2 0.3267 0.8286 0.000 0.884 0.116
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.0592 0.9140 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609451 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609452 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609453 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609454 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609455 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609456 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609461 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609462 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609464 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609466 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609467 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609469 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609470 1 0.4555 0.7481 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609472 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.4504 0.7540 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609473 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609475 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609478 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609476 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609477 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609479 2 0.6126 0.4130 0.000 0.600 0.400
#> SRR1609481 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609480 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609482 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609484 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609486 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609485 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609490 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609493 1 0.6140 0.3139 0.596 0.404 0.000
#> SRR1609494 2 0.6008 0.4740 0.000 0.628 0.372
#> SRR1609495 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609496 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609497 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 3 0.5810 0.4372 0.000 0.336 0.664
#> SRR1609503 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609508 2 0.6111 0.4227 0.000 0.604 0.396
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609512 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609511 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609513 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609514 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609515 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.6026 0.4662 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609520 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609523 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0237 0.9659 0.004 0.000 0.996
#> SRR1609525 2 0.6062 0.4495 0.000 0.616 0.384
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609528 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609530 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609533 2 0.1643 0.8842 0.044 0.956 0.000
#> SRR1609534 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609535 2 0.6140 0.4028 0.000 0.596 0.404
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609540 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609541 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609544 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0747 0.9508 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609547 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 2 0.6111 0.4228 0.000 0.604 0.396
#> SRR1609549 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609552 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609557 2 0.6095 0.4321 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609558 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609559 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0424 0.9172 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609567 3 0.5760 0.4570 0.000 0.328 0.672
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609570 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609571 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609573 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609574 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609575 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609576 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609579 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609580 1 0.3879 0.8151 0.848 0.000 0.152
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.4931 0.7068 0.768 0.232 0.000
#> SRR1609584 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609587 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609588 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.4504 0.7540 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609590 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609592 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609591 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.6095 0.4321 0.000 0.608 0.392
#> SRR1609594 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609595 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609598 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609599 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609600 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609601 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609602 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609605 3 0.6307 -0.0774 0.000 0.488 0.512
#> SRR1609606 2 0.6026 0.4662 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609607 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609608 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609609 1 0.4504 0.7540 0.804 0.196 0.000
#> SRR1609610 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609611 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609613 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.4235 0.7660 0.000 0.824 0.176
#> SRR1609618 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609619 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609620 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609621 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609623 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609635 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609636 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.4654 0.7358 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609639 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609640 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609647 3 0.5835 0.4269 0.000 0.340 0.660
#> SRR1609649 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.4974 0.6690 0.236 0.764 0.000
#> SRR1609650 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609652 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609654 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609655 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609658 2 0.6026 0.4662 0.000 0.624 0.376
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9220 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609663 1 0.0237 0.9823 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609664 1 0.4555 0.7481 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609665 2 0.0237 0.9200 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609666 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 3 0.0237 0.9732 0.000 0.004 0.996
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609361 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609378 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609383 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.2149 0.8450 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1609386 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 4 0.3610 0.7176 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609392 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609391 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609404 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.3486 0.7765 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609417 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609420 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.4877 0.4054 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609422 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609426 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609427 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609429 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 2 0.3266 0.7984 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 2 0.1557 0.8524 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609452 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609455 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609456 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609461 3 0.2921 0.8260 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1609462 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609466 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609467 3 0.4790 0.4098 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 3 0.4072 0.6755 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609477 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 4 0.4855 0.2534 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609481 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.4866 0.4156 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609495 4 0.1716 0.8976 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1609496 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609497 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609502 4 0.3688 0.7045 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609503 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609508 4 0.4855 0.2534 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609511 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609513 3 0.4790 0.4098 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609516 1 0.0469 0.9485 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609517 2 0.4855 0.4252 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0336 0.9139 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.4855 0.4252 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0817 0.9047 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.4855 0.3432 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.1716 0.8445 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 4 0.4331 0.5513 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.2814 0.8334 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609544 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609548 3 0.4685 0.6838 0.000 0.156 0.784 0.060
#> SRR1609549 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.2973 0.8218 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609557 2 0.4866 0.4156 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609558 1 0.4877 0.3049 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1609559 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.2704 0.8395 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.1389 0.8793 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609566 2 0.3219 0.8025 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609567 4 0.3610 0.7176 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.3486 0.7716 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609577 3 0.4164 0.6443 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.4123 0.6883 0.772 0.220 0.008 0.000
#> SRR1609584 3 0.2704 0.8395 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.4898 0.3841 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1609594 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 3 0.3569 0.7589 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609601 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609605 4 0.4855 0.2534 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1609606 2 0.4855 0.4252 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609607 1 0.4855 0.3432 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609611 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.4356 0.6331 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 3 0.3837 0.6631 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1609620 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0188 0.9549 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609646 3 0.4790 0.4098 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1609647 4 0.3610 0.7176 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.2469 0.8476 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1609651 2 0.4994 0.0748 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1609650 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.3610 0.7572 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0469 0.9485 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609658 2 0.4866 0.4156 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609659 2 0.2973 0.8217 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609660 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609666 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609365 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.3143 0.7401 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609369 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609375 5 0.3109 0.6668 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.4010 0.7497 0.000 0.796 0.000 0.088 0.116
#> SRR1609386 1 0.4304 -0.2275 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609385 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.2329 0.7920 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.2773 0.7149 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609402 2 0.3177 0.7360 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609405 1 0.4306 -0.2545 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1609404 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.2891 0.7670 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.2773 0.7900 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0162 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609414 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0290 0.9075 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609421 2 0.3093 0.7841 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1609422 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.4306 0.2784 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.4114 0.4793 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1609432 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609433 3 0.1671 0.8318 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609442 4 0.1671 0.9063 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 4 0.2773 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609446 2 0.2929 0.7800 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 5 0.3003 0.6782 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1609449 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 5 0.2891 0.6902 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1609451 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609452 4 0.2439 0.8719 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1609453 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609454 2 0.6097 0.1509 0.000 0.456 0.000 0.420 0.124
#> SRR1609455 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609456 5 0.0609 0.6201 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1609457 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.3177 0.7678 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1609460 2 0.4060 0.5137 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1609461 3 0.2674 0.7752 0.120 0.000 0.868 0.000 0.012
#> SRR1609462 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.3774 0.6248 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1609466 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.4256 0.1586 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.3837 0.5145 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 5 0.4305 0.2887 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.3707 0.6148 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1609477 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0404 0.8601 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609490 1 0.4304 -0.2275 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1609491 1 0.4161 0.1363 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.2891 0.6806 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1609494 2 0.0290 0.8612 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609495 4 0.0404 0.9733 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609496 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.2690 0.7827 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.3003 0.8044 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609502 2 0.4736 0.6358 0.000 0.712 0.000 0.216 0.072
#> SRR1609503 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.2516 0.7933 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609507 1 0.2690 0.7827 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.0609 0.8571 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609509 2 0.1965 0.8209 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1609510 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609512 1 0.2690 0.7827 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.4256 0.2789 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.3242 0.5946 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1609517 2 0.2929 0.7800 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609518 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.0162 0.8861 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.2516 0.8050 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.2891 0.7824 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0290 0.8839 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.4171 0.3917 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0510 0.8581 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.6282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.0404 0.8841 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609535 2 0.2020 0.8105 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609537 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609536 3 0.2929 0.7676 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1609538 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609539 3 0.2522 0.7899 0.108 0.000 0.880 0.000 0.012
#> SRR1609540 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609543 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.2891 0.7702 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1609547 3 0.2891 0.7702 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1609548 3 0.6148 0.4232 0.000 0.268 0.552 0.000 0.180
#> SRR1609549 5 0.2891 0.6902 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.4845 0.6993 0.128 0.000 0.724 0.000 0.148
#> SRR1609552 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.4210 0.1445 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1609555 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.2690 0.7827 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609557 2 0.3086 0.7786 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1609558 5 0.4599 0.5406 0.272 0.000 0.040 0.000 0.688
#> SRR1609559 4 0.2732 0.8327 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609560 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.2074 0.7967 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0963 0.8819 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609563 5 0.4305 0.2887 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.2020 0.8117 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.2690 0.7827 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609576 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609578 1 0.0162 0.9112 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609577 1 0.4273 0.2165 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.2891 0.7702 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.4304 0.2992 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609583 5 0.2852 0.6806 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1609584 3 0.2377 0.7685 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 5 0.2891 0.6902 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1609587 4 0.2230 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1609588 5 0.4304 0.2992 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609589 5 0.4305 0.2887 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1609590 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609591 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.3093 0.7841 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1609594 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 2 0.4045 0.6682 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609596 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.3932 0.4712 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1609601 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 2 0.3810 0.7655 0.000 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR1609606 2 0.2929 0.7800 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609607 1 0.4620 0.3706 0.592 0.000 0.392 0.000 0.016
#> SRR1609608 3 0.2929 0.7676 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1609609 5 0.3857 0.5086 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1609610 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609611 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609612 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.2674 0.8039 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609619 3 0.4123 0.7312 0.000 0.000 0.788 0.108 0.104
#> SRR1609620 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 4 0.0609 0.9645 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609622 3 0.1197 0.8557 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1609623 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0963 0.8819 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609628 5 0.2891 0.6902 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1609629 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.4304 0.2992 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1609639 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609640 1 0.0963 0.8871 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609646 3 0.4291 0.0564 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.2516 0.7750 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 5 0.4059 0.6873 0.052 0.172 0.000 0.000 0.776
#> SRR1609650 4 0.5309 0.6187 0.000 0.160 0.000 0.676 0.164
#> SRR1609652 1 0.2732 0.7787 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.2929 0.7638 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609654 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609655 5 0.4074 0.4179 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0290 0.8612 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.1478 0.9293 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1609661 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609662 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609663 3 0.0404 0.8841 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609664 5 0.2929 0.6796 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609665 5 0.2929 0.6894 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1609666 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.9838 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9143 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609361 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.2300 0.791181 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609365 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609366 2 0.2631 0.755487 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1609367 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609368 2 0.2260 0.793713 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1609369 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 6 0.1444 0.684903 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609375 6 0.3620 0.367365 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1609377 1 0.0713 0.928067 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609376 2 0.1327 0.819226 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609383 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 2 0.1410 0.837161 0.000 0.944 0.004 0.008 0.000 0.044
#> SRR1609386 6 0.3756 0.425338 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1609385 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.2945 0.696737 0.000 0.824 0.000 0.156 0.020 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.2823 0.715424 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609399 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.2340 0.788414 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609402 2 0.2697 0.745795 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1609405 6 0.3954 0.466596 0.352 0.012 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1609404 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.2300 0.791203 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609403 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.3482 0.548750 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.3017 0.809341 0.840 0.000 0.000 0.000 0.052 0.108
#> SRR1609414 1 0.2653 0.820505 0.844 0.000 0.144 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609415 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609416 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 4 0.0363 0.921631 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.0547 0.842381 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609420 1 0.0363 0.938957 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609421 2 0.3804 0.358248 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1609422 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 6 0.3717 0.435462 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1609426 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0713 0.928067 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609430 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 6 0.3864 -0.028107 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609432 6 0.1327 0.685260 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1609433 3 0.0865 0.666881 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609437 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 4 0.0363 0.921631 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609442 4 0.3620 0.447687 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609445 4 0.3789 0.438382 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1609446 5 0.3797 0.009556 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1609447 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609448 6 0.1910 0.664880 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609449 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609450 6 0.0937 0.681050 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1609451 1 0.2730 0.811382 0.836 0.000 0.152 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609452 4 0.4241 0.481671 0.000 0.024 0.000 0.608 0.368 0.000
#> SRR1609453 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609454 4 0.5893 0.106515 0.000 0.204 0.000 0.424 0.372 0.000
#> SRR1609455 4 0.0146 0.927934 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1609456 6 0.3221 0.396311 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1609457 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609459 5 0.0508 0.533851 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1609460 6 0.3864 -0.031670 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1609461 5 0.5261 0.207883 0.036 0.000 0.368 0.000 0.556 0.040
#> SRR1609462 1 0.2730 0.811382 0.836 0.000 0.152 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609464 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.3464 0.563205 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1609466 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 3 0.4300 0.166080 0.456 0.000 0.528 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609469 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.4541 0.360454 0.044 0.000 0.000 0.000 0.596 0.360
#> SRR1609472 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609474 6 0.4332 0.461786 0.316 0.000 0.000 0.000 0.040 0.644
#> SRR1609473 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.4101 0.266870 0.580 0.000 0.408 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609477 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609480 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609482 3 0.0937 0.681252 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609484 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.0146 0.697304 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.2793 0.562164 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609485 3 0.2793 0.562164 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1609487 1 0.0547 0.933771 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609488 1 0.0260 0.944329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609489 6 0.2664 0.615063 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1609490 6 0.3737 0.419834 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1609491 1 0.4684 0.251289 0.576 0.000 0.000 0.000 0.052 0.372
#> SRR1609492 2 0.0790 0.844950 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1609493 6 0.0653 0.662691 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1609494 2 0.0547 0.842381 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609495 4 0.3868 0.144029 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1609496 1 0.2653 0.820505 0.844 0.000 0.144 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609497 1 0.2218 0.864406 0.884 0.000 0.104 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609498 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609499 6 0.1387 0.685136 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1609500 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609501 2 0.3150 0.768356 0.000 0.828 0.000 0.000 0.120 0.052
#> SRR1609502 2 0.6024 0.120268 0.000 0.424 0.000 0.268 0.308 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609506 2 0.2219 0.796112 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1609507 1 0.2121 0.872274 0.892 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609508 2 0.2135 0.774744 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609509 2 0.2003 0.807670 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609510 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609512 1 0.2121 0.872281 0.892 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609511 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609513 3 0.4175 0.141278 0.464 0.000 0.524 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609514 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609516 5 0.4039 0.397847 0.016 0.000 0.000 0.000 0.632 0.352
#> SRR1609517 5 0.3817 -0.020956 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 3 0.2692 0.569564 0.148 0.000 0.840 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609520 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609522 3 0.3175 0.498871 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1609523 2 0.3198 0.636772 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR1609524 2 0.0790 0.844950 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1609526 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.3817 -0.019413 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.4403 0.270203 0.012 0.000 0.580 0.000 0.396 0.012
#> SRR1609528 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.4358 0.405501 0.624 0.000 0.348 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609531 2 0.1204 0.836824 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1609532 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 6 0.1204 0.628172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1609534 5 0.3862 0.024786 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1609535 2 0.2312 0.779511 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112 0.000
#> SRR1609537 2 0.2340 0.788414 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609536 5 0.3025 0.514686 0.000 0.000 0.156 0.000 0.820 0.024
#> SRR1609538 2 0.2340 0.788414 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609539 5 0.4600 0.128419 0.020 0.000 0.416 0.000 0.552 0.012
#> SRR1609540 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609541 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.2340 0.788414 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609543 1 0.2692 0.816317 0.840 0.000 0.148 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609544 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609546 5 0.3323 0.453098 0.000 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1609547 5 0.3101 0.425535 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1609548 5 0.0291 0.531980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1609549 6 0.1267 0.684795 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1609550 2 0.0790 0.844950 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1609551 5 0.4283 0.373378 0.036 0.000 0.288 0.000 0.672 0.004
#> SRR1609552 3 0.4303 0.281858 0.008 0.000 0.588 0.000 0.392 0.012
#> SRR1609553 1 0.0508 0.942461 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609554 5 0.4987 0.361124 0.088 0.000 0.000 0.000 0.584 0.328
#> SRR1609555 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609556 1 0.2357 0.851963 0.872 0.000 0.116 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609557 5 0.2948 0.457304 0.000 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000
#> SRR1609558 5 0.4572 0.423250 0.040 0.000 0.008 0.000 0.636 0.316
#> SRR1609559 4 0.3737 0.479339 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.4469 0.283454 0.016 0.000 0.584 0.000 0.388 0.012
#> SRR1609562 1 0.1327 0.898429 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1609563 6 0.4181 0.459830 0.328 0.000 0.000 0.000 0.028 0.644
#> SRR1609564 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609565 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0547 0.842381 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609567 2 0.2697 0.761293 0.000 0.864 0.000 0.092 0.044 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.1913 0.886698 0.908 0.000 0.080 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609570 3 0.3807 0.337797 0.000 0.000 0.628 0.000 0.368 0.004
#> SRR1609571 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 4 0.0363 0.921631 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609573 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 6 0.1444 0.684903 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609578 1 0.4154 0.698378 0.744 0.000 0.000 0.000 0.144 0.112
#> SRR1609577 3 0.4026 0.282828 0.376 0.000 0.612 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609579 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.2838 0.494091 0.000 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004
#> SRR1609582 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609581 6 0.4219 0.473962 0.304 0.000 0.000 0.000 0.036 0.660
#> SRR1609583 6 0.2265 0.617376 0.052 0.000 0.000 0.000 0.052 0.896
#> SRR1609584 3 0.3867 0.391640 0.328 0.000 0.660 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609585 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609586 6 0.0937 0.681050 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1609587 4 0.3717 0.492441 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1609588 6 0.4219 0.473962 0.304 0.000 0.000 0.000 0.036 0.660
#> SRR1609589 6 0.4203 0.467996 0.316 0.000 0.000 0.000 0.032 0.652
#> SRR1609590 3 0.0000 0.700140 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 4 0.3076 0.694439 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1609591 1 0.3325 0.787406 0.820 0.000 0.000 0.000 0.084 0.096
#> SRR1609593 2 0.4089 0.242287 0.000 0.524 0.000 0.008 0.468 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.5539 0.138064 0.000 0.272 0.000 0.000 0.548 0.180
#> SRR1609596 6 0.2996 0.576917 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1609597 2 0.0146 0.848788 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.4129 0.267845 0.424 0.000 0.564 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609601 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609602 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609605 2 0.5223 0.178767 0.000 0.472 0.000 0.092 0.436 0.000
#> SRR1609606 5 0.3804 0.000291 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1609607 5 0.6143 0.270746 0.116 0.000 0.260 0.000 0.560 0.064
#> SRR1609608 5 0.3175 0.510938 0.000 0.000 0.164 0.000 0.808 0.028
#> SRR1609609 5 0.4648 0.379478 0.056 0.000 0.000 0.000 0.604 0.340
#> SRR1609610 1 0.2872 0.807568 0.832 0.000 0.152 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609611 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609613 6 0.1444 0.684903 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609612 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609614 1 0.2572 0.829841 0.852 0.000 0.136 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609615 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.3266 0.620870 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1609618 3 0.3050 0.522324 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1609619 3 0.4410 0.055328 0.000 0.000 0.560 0.028 0.412 0.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 4 0.2300 0.785555 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0363 0.690752 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.2070 0.876006 0.896 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609624 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 4 0.0363 0.921631 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.0937 0.919069 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1609628 6 0.0937 0.681050 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1609629 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609630 6 0.1444 0.684903 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609631 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0713 0.845866 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1609635 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609638 6 0.3988 0.475817 0.324 0.004 0.000 0.000 0.012 0.660
#> SRR1609639 6 0.2762 0.605738 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1609640 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609641 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.1930 0.896976 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1609644 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.2070 0.890569 0.908 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1609646 3 0.4172 0.156644 0.460 0.000 0.528 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609647 2 0.3168 0.715737 0.000 0.804 0.000 0.024 0.172 0.000
#> SRR1609649 1 0.0363 0.943551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609648 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 6 0.1010 0.677986 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1609650 4 0.5534 0.149998 0.000 0.132 0.000 0.444 0.424 0.000
#> SRR1609652 1 0.2692 0.815807 0.840 0.000 0.148 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609653 2 0.2340 0.788414 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1609654 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609655 5 0.4607 0.396116 0.056 0.000 0.000 0.000 0.616 0.328
#> SRR1609657 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.2135 0.774744 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.850090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 4 0.3647 0.530980 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1609661 1 0.0692 0.939451 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609662 6 0.2912 0.588607 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1609663 5 0.3857 0.047257 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609664 6 0.0508 0.659872 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984
#> SRR1609665 6 0.1444 0.684903 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1609666 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 4 0.0000 0.930826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.945519 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.528 0.810 0.893 0.3440 0.704 0.704
#> 3 3 0.733 0.814 0.925 0.7230 0.603 0.470
#> 4 4 0.729 0.790 0.905 0.2114 0.752 0.465
#> 5 5 0.790 0.808 0.876 0.0790 0.904 0.680
#> 6 6 0.736 0.593 0.788 0.0464 0.948 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609361 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609362 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609363 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609364 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609365 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609366 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609367 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609368 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609369 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609373 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609374 1 0.5946 0.807 0.856 0.144
#> SRR1609375 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609377 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609376 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609378 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.8555 0.505 0.280 0.720
#> SRR1609381 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609386 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.1843 0.846 0.972 0.028
#> SRR1609387 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609388 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609390 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609392 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609391 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609397 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609401 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609402 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609405 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609406 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609408 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609403 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609411 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609407 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609413 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609418 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609419 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609420 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> SRR1609421 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609422 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609427 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609428 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609429 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609431 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609432 1 0.5737 0.810 0.864 0.136
#> SRR1609433 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609434 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609437 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609438 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609441 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609442 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609443 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609445 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR1609446 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609447 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609448 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609449 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609450 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609453 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609454 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609455 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609456 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609457 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609458 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609460 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609461 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.5178 0.815 0.884 0.116
#> SRR1609463 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609465 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR1609466 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.0376 0.853 0.996 0.004
#> SRR1609472 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609477 2 0.9732 0.130 0.404 0.596
#> SRR1609479 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609481 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609482 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609483 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609486 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609489 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609490 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609492 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609493 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609494 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609495 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609496 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609500 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609502 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609503 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609506 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609507 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609508 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609509 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609510 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609515 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609516 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609517 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609518 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609523 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609524 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609526 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609525 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609527 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609531 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609532 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609533 1 0.5946 0.807 0.856 0.144
#> SRR1609534 1 0.0376 0.853 0.996 0.004
#> SRR1609535 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609537 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609536 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609538 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609539 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609542 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609543 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609547 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609548 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609549 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609550 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609551 1 0.8267 0.756 0.740 0.260
#> SRR1609552 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609558 1 0.3114 0.838 0.944 0.056
#> SRR1609559 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609560 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609565 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609566 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609567 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609568 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609572 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609573 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.7950 0.765 0.760 0.240
#> SRR1609575 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609576 1 0.7376 0.780 0.792 0.208
#> SRR1609578 1 0.2948 0.839 0.948 0.052
#> SRR1609577 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609582 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609584 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.5629 0.811 0.868 0.132
#> SRR1609587 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609588 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609592 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609591 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609594 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609595 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609596 1 0.8499 0.745 0.724 0.276
#> SRR1609597 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609598 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609601 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609602 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609605 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609606 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609607 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.2423 0.843 0.960 0.040
#> SRR1609609 1 0.0672 0.852 0.992 0.008
#> SRR1609610 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609613 1 0.0938 0.851 0.988 0.012
#> SRR1609612 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609617 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609618 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609619 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609620 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609622 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609623 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.0376 0.926 0.004 0.996
#> SRR1609627 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.6148 0.803 0.848 0.152
#> SRR1609631 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609634 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609635 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609639 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609640 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609647 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609649 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609648 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609651 1 0.0672 0.852 0.992 0.008
#> SRR1609650 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609652 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609653 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609654 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609655 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609658 2 0.9580 0.226 0.380 0.620
#> SRR1609659 1 0.9044 0.697 0.680 0.320
#> SRR1609660 1 0.8813 0.725 0.700 0.300
#> SRR1609661 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609662 1 0.8386 0.751 0.732 0.268
#> SRR1609663 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609665 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.930 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.854 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.5327 0.5588 0.000 0.272 0.728
#> SRR1609361 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609363 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609364 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609365 2 0.5968 0.4243 0.000 0.636 0.364
#> SRR1609366 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609369 1 0.5465 0.6344 0.712 0.000 0.288
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609374 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609375 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609386 1 0.5968 0.5239 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609385 3 0.5948 0.3517 0.360 0.000 0.640
#> SRR1609387 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609388 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 3 0.5905 0.4161 0.000 0.352 0.648
#> SRR1609392 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609401 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609402 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609405 1 0.6045 0.4948 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609404 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609408 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609407 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.5016 0.6886 0.760 0.000 0.240
#> SRR1609414 1 0.5733 0.5875 0.676 0.000 0.324
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 1 0.3752 0.7730 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609417 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609420 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609421 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.5760 0.5808 0.672 0.000 0.328
#> SRR1609426 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.2066 0.8232 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609428 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609432 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609433 3 0.3038 0.8249 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609434 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609438 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.5591 0.5359 0.000 0.304 0.696
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609442 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609443 3 0.6260 0.0541 0.448 0.000 0.552
#> SRR1609444 1 0.1031 0.8453 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609445 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609449 1 0.0592 0.8519 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609450 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609453 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609454 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609455 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609456 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609461 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.6244 0.0870 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609463 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609466 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 3 0.6244 0.0870 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609472 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 3 0.6111 0.2414 0.396 0.000 0.604
#> SRR1609474 1 0.6045 0.4943 0.620 0.000 0.380
#> SRR1609473 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.4605 0.7278 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609477 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609479 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609483 3 0.3038 0.8249 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609486 1 0.6168 0.4260 0.588 0.000 0.412
#> SRR1609485 1 0.6215 0.3836 0.572 0.000 0.428
#> SRR1609487 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609490 1 0.6111 0.4630 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609491 1 0.5835 0.5629 0.660 0.000 0.340
#> SRR1609492 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609493 3 0.5905 0.3603 0.352 0.000 0.648
#> SRR1609494 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609495 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609509 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609510 3 0.1163 0.8971 0.000 0.028 0.972
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609516 3 0.2261 0.8637 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609517 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609523 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609524 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609526 3 0.4555 0.6946 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609525 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.6126 0.4545 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609528 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609531 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609532 3 0.4555 0.6945 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609533 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 3 0.6252 0.0708 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609535 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609537 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609536 3 0.4555 0.6945 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609538 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609539 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609540 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609548 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609550 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609551 3 0.4605 0.6880 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609552 1 0.5650 0.6030 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609553 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.5905 0.5438 0.648 0.000 0.352
#> SRR1609555 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.5621 0.6085 0.692 0.000 0.308
#> SRR1609562 1 0.1163 0.8431 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609563 1 0.6111 0.4630 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609566 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609567 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609573 1 0.4062 0.7607 0.836 0.000 0.164
#> SRR1609574 3 0.6244 0.0870 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609575 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609576 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609578 3 0.6062 0.2812 0.384 0.000 0.616
#> SRR1609577 1 0.6126 0.4545 0.600 0.000 0.400
#> SRR1609579 1 0.6154 0.4353 0.592 0.000 0.408
#> SRR1609580 3 0.3038 0.8249 0.104 0.000 0.896
#> SRR1609582 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 3 0.2959 0.8277 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609583 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609588 3 0.5988 0.3121 0.368 0.000 0.632
#> SRR1609589 3 0.5058 0.6104 0.244 0.000 0.756
#> SRR1609590 1 0.4346 0.7460 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609592 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609591 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609593 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609596 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609597 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609598 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.4931 0.6999 0.768 0.000 0.232
#> SRR1609601 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609605 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609606 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609607 1 0.5650 0.6030 0.688 0.000 0.312
#> SRR1609608 3 0.6244 0.0870 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609609 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609610 1 0.5968 0.5240 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609611 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609612 1 0.5859 0.5568 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609614 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.6308 0.1795 0.508 0.000 0.492
#> SRR1609616 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609622 3 0.2711 0.8424 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609623 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.5529 0.5495 0.000 0.296 0.704
#> SRR1609627 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 3 0.4654 0.6760 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609629 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609630 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609635 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 3 0.4887 0.6435 0.228 0.000 0.772
#> SRR1609639 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.6140 0.4457 0.596 0.000 0.404
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.5859 0.5568 0.656 0.000 0.344
#> SRR1609646 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609651 3 0.2625 0.8455 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609650 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609654 2 0.0000 0.9893 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609655 1 0.6111 0.4630 0.604 0.000 0.396
#> SRR1609657 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 3 0.4555 0.6844 0.000 0.200 0.800
#> SRR1609658 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609659 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609660 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609662 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609663 3 0.6244 0.0870 0.440 0.000 0.560
#> SRR1609664 1 0.5968 0.5240 0.636 0.000 0.364
#> SRR1609665 3 0.0424 0.9145 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609666 3 0.5859 0.3965 0.000 0.344 0.656
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 3 0.6140 0.2319 0.000 0.404 0.596
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8582 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 2 0.3569 0.7137 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609361 2 0.3649 0.7510 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609362 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.4543 0.5228 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1609366 3 0.4866 0.3899 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 3 0.4679 0.5099 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 3 0.3801 0.7002 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1609375 3 0.4382 0.6043 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.3610 0.7545 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 3 0.3975 0.6772 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1609386 3 0.4837 0.5155 0.348 0.004 0.648 0.000
#> SRR1609385 3 0.0188 0.8393 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609387 1 0.1940 0.8632 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.3219 0.7563 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 3 0.5569 0.5827 0.296 0.044 0.660 0.000
#> SRR1609404 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0336 0.9219 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.4989 0.2065 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1609414 3 0.4643 0.5012 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.3873 0.6522 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1609417 2 0.4382 0.6640 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1609418 1 0.4933 0.1644 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1609419 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 3 0.2216 0.8022 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609421 2 0.4972 0.3334 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1609422 4 0.3311 0.7849 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 3 0.4679 0.5099 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 1 0.4761 0.4125 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.4713 0.3715 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1609430 1 0.2345 0.8433 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609431 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609432 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609433 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.3528 0.7614 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.5874 0.6388 0.000 0.696 0.112 0.192
#> SRR1609440 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.3610 0.7545 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609442 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.4977 0.0652 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609445 3 0.1557 0.8110 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1609446 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 3 0.4103 0.6594 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1609449 3 0.4994 0.1103 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1609450 3 0.2216 0.8022 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.3610 0.7545 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609453 3 0.0921 0.8345 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609454 2 0.3610 0.7545 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609455 3 0.2345 0.7979 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609456 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609460 3 0.2345 0.7974 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609461 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.4972 0.3334 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1609466 4 0.3311 0.7849 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609467 1 0.1637 0.8791 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 3 0.1118 0.8320 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609474 3 0.4331 0.6012 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 3 0.4941 0.2706 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1609477 2 0.4356 0.6684 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1609479 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.3688 0.7494 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609482 1 0.4040 0.6562 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1609484 2 0.4713 0.4481 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1609483 3 0.1557 0.8110 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 3 0.4431 0.5928 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1609490 3 0.4134 0.6435 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609491 3 0.4382 0.5880 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 3 0.2660 0.8144 0.036 0.056 0.908 0.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.1118 0.8240 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1609496 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609502 2 0.4972 0.3334 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.3486 0.7642 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.1716 0.8279 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1609516 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.4981 0.3202 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1609518 1 0.4967 0.0940 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1609519 1 0.4817 0.3607 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.0336 0.8382 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609523 3 0.2704 0.7793 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.1389 0.8175 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.2345 0.7944 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.1557 0.8823 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609538 3 0.2408 0.7946 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.4955 0.1214 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.0336 0.8382 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609548 3 0.1557 0.8110 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1609549 3 0.3219 0.7573 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609552 3 0.4193 0.6179 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609554 3 0.4072 0.6394 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1609555 1 0.0336 0.9220 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 3 0.0188 0.8390 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1609558 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 2 0.4981 0.3202 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1609560 1 0.1211 0.8969 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609561 3 0.4250 0.6086 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1609562 1 0.4977 0.0652 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609563 3 0.4454 0.5921 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.2647 0.8269 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609572 3 0.4304 0.4386 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1609573 3 0.4477 0.5320 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609576 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609578 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609577 3 0.0188 0.8397 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609579 3 0.0817 0.8337 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609580 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0188 0.9246 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609587 2 0.4543 0.6291 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1609588 3 0.0188 0.8397 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609589 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.4948 0.2192 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1609592 2 0.3649 0.7510 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1609591 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.4925 0.3996 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 3 0.3074 0.7523 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1609596 3 0.4454 0.5875 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 3 0.4761 0.4160 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1609601 2 0.3610 0.7545 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.3688 0.6917 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1609604 2 0.4697 0.4570 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1609605 3 0.4134 0.5858 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1609606 3 0.4967 -0.1574 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1609607 3 0.4193 0.6179 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1609608 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609609 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609610 3 0.4477 0.5620 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1609611 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609613 3 0.3801 0.7002 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1609612 3 0.4134 0.6284 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609614 1 0.0336 0.9227 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609615 3 0.0188 0.8397 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.4972 0.3334 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.6731 0.5424 0.000 0.608 0.156 0.236
#> SRR1609627 1 0.0188 0.9248 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609628 3 0.2281 0.7999 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609629 1 0.1211 0.8964 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1609630 3 0.2345 0.7984 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.2704 0.7728 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1609635 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.9842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 3 0.4477 0.5806 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0817 0.9096 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609645 3 0.4134 0.6284 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 3 0.2216 0.8022 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609650 2 0.3688 0.7486 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.2973 0.8242 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609655 3 0.3311 0.7347 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.4284 0.7061 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR1609658 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.8531 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 2 0.4406 0.6594 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1609661 1 0.4981 0.0585 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1609662 3 0.4356 0.6102 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.8400 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 3 0.5636 0.5661 0.308 0.044 0.648 0.000
#> SRR1609665 3 0.2921 0.7746 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1609666 2 0.0921 0.8394 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609667 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.3569 0.7144 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1609669 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 2 0.3210 0.7088 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1609361 3 0.3661 0.5452 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1609362 4 0.0404 0.9710 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.3992 0.6266 0.000 0.720 0.012 0.268 0.000
#> SRR1609366 5 0.4088 0.3685 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1609367 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 5 0.1478 0.8026 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1609375 5 0.2127 0.7682 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1609377 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0404 0.9710 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609383 3 0.4306 0.0052 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 5 0.2852 0.6916 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1609386 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609385 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609387 1 0.4193 0.8351 0.720 0.000 0.256 0.000 0.024
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4014 0.8430 0.728 0.000 0.256 0.000 0.016
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609404 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.3366 0.8585 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.3210 0.8577 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.4276 0.6644 0.028 0.000 0.256 0.000 0.716
#> SRR1609414 5 0.3916 0.6783 0.012 0.000 0.256 0.000 0.732
#> SRR1609415 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.3561 0.7860 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609417 3 0.3534 0.5719 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1609418 5 0.5806 0.5210 0.144 0.000 0.256 0.000 0.600
#> SRR1609419 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609420 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609421 2 0.4045 0.4975 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609422 4 0.3203 0.7716 0.000 0.168 0.012 0.820 0.000
#> SRR1609423 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.1341 0.6901 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 5 0.6341 0.3776 0.220 0.000 0.256 0.000 0.524
#> SRR1609430 3 0.0404 0.6452 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.0703 0.8292 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1609432 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609433 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609434 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.2130 0.8521 0.000 0.908 0.012 0.000 0.080
#> SRR1609438 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.3534 0.5719 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.2416 0.8368 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1609442 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609443 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609444 5 0.5112 0.6077 0.080 0.000 0.256 0.000 0.664
#> SRR1609445 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609446 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609447 1 0.1792 0.8447 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1609448 5 0.1965 0.7783 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1609449 5 0.5004 0.6170 0.072 0.000 0.256 0.000 0.672
#> SRR1609450 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.2416 0.8368 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1609453 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609454 2 0.2130 0.8521 0.000 0.908 0.012 0.000 0.080
#> SRR1609455 5 0.0880 0.8236 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1609456 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609457 3 0.4015 0.6862 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1609458 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609460 5 0.0880 0.8236 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1609461 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609464 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609463 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.4074 0.4842 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1609466 4 0.3203 0.7716 0.000 0.168 0.012 0.820 0.000
#> SRR1609467 1 0.4297 0.5765 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609474 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609473 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 3 0.0404 0.6554 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609477 2 0.2974 0.8322 0.000 0.868 0.052 0.000 0.080
#> SRR1609479 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 2 0.3895 0.5180 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1609482 3 0.0451 0.6496 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1609484 2 0.2997 0.7904 0.000 0.840 0.012 0.148 0.000
#> SRR1609483 3 0.3534 0.7842 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609486 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609485 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609487 1 0.3480 0.8579 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609489 5 0.2605 0.7288 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1609490 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609491 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609495 3 0.3534 0.7842 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609496 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609499 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609500 1 0.3480 0.8579 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609502 2 0.3966 0.5203 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1609503 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.3480 0.8579 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609508 2 0.1732 0.8540 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609512 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609511 4 0.0404 0.9710 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609513 1 0.0880 0.8344 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0510 0.8938 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609516 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609517 2 0.4045 0.4975 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609518 5 0.5112 0.6077 0.080 0.000 0.256 0.000 0.664
#> SRR1609519 3 0.0404 0.6554 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609520 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.3534 0.7859 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609523 5 0.0609 0.8313 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1609524 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609526 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609525 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 5 0.2280 0.7813 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1609528 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609533 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609534 5 0.3684 0.4295 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609535 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609538 5 0.1043 0.8171 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1609539 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609540 5 0.5841 0.5162 0.148 0.000 0.256 0.000 0.596
#> SRR1609541 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609544 3 0.3561 0.7860 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609547 3 0.4015 0.6862 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1609548 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609549 5 0.1197 0.8163 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609552 5 0.3966 0.6151 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1609553 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609554 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609555 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609557 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609559 2 0.4416 0.4949 0.000 0.632 0.012 0.000 0.356
#> SRR1609560 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609561 5 0.3983 0.6106 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1609562 5 0.5112 0.6077 0.080 0.000 0.256 0.000 0.664
#> SRR1609563 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609564 1 0.3480 0.8579 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.3305 0.8582 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0794 0.6294 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.3534 0.7842 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1609573 3 0.3003 0.7685 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609574 3 0.3612 0.7837 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1609575 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609576 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609578 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609577 3 0.3561 0.7860 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609579 3 0.3561 0.7860 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609580 5 0.0609 0.8302 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1609582 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609581 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609584 3 0.3707 0.0918 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609586 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609587 2 0.3644 0.7966 0.000 0.824 0.096 0.000 0.080
#> SRR1609588 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609589 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609590 3 0.0404 0.6554 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609592 2 0.2416 0.8368 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1609591 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609593 2 0.4088 0.4886 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1609594 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.0404 0.8368 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1609596 5 0.2648 0.7246 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1609597 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.2424 0.5974 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609601 2 0.2595 0.8435 0.000 0.888 0.032 0.000 0.080
#> SRR1609602 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.4193 0.8350 0.720 0.000 0.256 0.000 0.024
#> SRR1609604 2 0.2909 0.7981 0.000 0.848 0.012 0.140 0.000
#> SRR1609605 5 0.2574 0.7302 0.000 0.112 0.012 0.000 0.876
#> SRR1609606 2 0.4045 0.4953 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609607 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609608 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609610 5 0.3689 0.6852 0.004 0.000 0.256 0.000 0.740
#> SRR1609611 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 5 0.1478 0.8026 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1609612 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609614 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609615 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609616 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.4045 0.4975 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1609618 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609619 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609622 3 0.3586 0.7844 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1609623 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.3534 0.5719 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1609627 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609628 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609629 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609630 5 0.0703 0.8304 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1609631 1 0.3480 0.8579 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.2648 0.7467 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1609635 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.9802 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609639 5 0.3003 0.6793 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1609640 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.3210 0.8577 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.0290 0.8404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1609644 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609646 1 0.3508 0.8570 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609649 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609650 2 0.2416 0.8368 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1609652 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.2953 0.8034 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000
#> SRR1609655 5 0.3242 0.7174 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1609657 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1609656 3 0.3661 0.5452 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0162 0.8991 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 2 0.4038 0.7609 0.000 0.792 0.128 0.000 0.080
#> SRR1609661 5 0.5112 0.6077 0.080 0.000 0.256 0.000 0.664
#> SRR1609662 5 0.2471 0.7411 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1609663 5 0.0000 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609664 5 0.3534 0.6884 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609665 5 0.0609 0.8333 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1609666 2 0.0912 0.8908 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.2416 0.8346 0.000 0.888 0.012 0.100 0.000
#> SRR1609669 1 0.3534 0.8567 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 6 0.5750 0.06554 0.000 0.380 0.172 0.000 0.000 0.448
#> SRR1609361 3 0.5410 0.32679 0.000 0.176 0.576 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609362 4 0.3126 0.76383 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609363 2 0.0146 0.64954 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609364 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609365 6 0.5795 0.11525 0.000 0.364 0.000 0.184 0.000 0.452
#> SRR1609366 2 0.4798 0.39845 0.000 0.612 0.000 0.000 0.312 0.076
#> SRR1609367 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.1556 0.63679 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609369 5 0.3774 0.47877 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609370 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609371 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609373 2 0.0146 0.64954 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609374 5 0.2966 0.71435 0.000 0.076 0.000 0.000 0.848 0.076
#> SRR1609375 5 0.4735 0.39245 0.000 0.296 0.000 0.000 0.628 0.076
#> SRR1609377 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.3126 0.76383 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609383 6 0.6037 0.04735 0.000 0.352 0.252 0.000 0.000 0.396
#> SRR1609381 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609384 5 0.4804 0.44535 0.000 0.232 0.000 0.000 0.656 0.112
#> SRR1609386 5 0.3330 0.62876 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1609385 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0632 0.70371 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609393 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.3578 0.34069 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1609392 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609396 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609398 1 0.0820 0.70416 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609399 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609400 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609397 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609402 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609405 5 0.3288 0.63444 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1609404 4 0.2823 0.80457 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609406 2 0.0146 0.64954 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609408 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609403 1 0.0632 0.71753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609410 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609407 2 0.0146 0.64954 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609413 1 0.1007 0.71407 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609412 5 0.4886 0.36477 0.432 0.000 0.000 0.000 0.508 0.060
#> SRR1609414 5 0.3428 0.61059 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609417 3 0.3126 0.63705 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609418 1 0.3868 -0.30847 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1609419 2 0.2793 0.55685 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609420 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609421 2 0.5865 0.33941 0.000 0.440 0.000 0.000 0.360 0.200
#> SRR1609422 6 0.5649 -0.05562 0.000 0.152 0.000 0.396 0.000 0.452
#> SRR1609423 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609425 5 0.3774 0.47877 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3747 0.00757 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 5 0.1814 0.72295 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1609432 5 0.0146 0.78912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609433 3 0.3052 0.66177 0.000 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1609434 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609436 1 0.1267 0.68987 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609437 2 0.4813 0.47034 0.000 0.648 0.000 0.000 0.104 0.248
#> SRR1609438 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 3 0.3126 0.63705 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609440 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609441 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609442 2 0.3126 0.51927 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609443 3 0.3647 0.44286 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1609444 5 0.3857 0.37384 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609445 5 0.3829 0.58931 0.000 0.016 0.024 0.000 0.760 0.200
#> SRR1609446 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.2562 0.66877 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1609448 5 0.4873 0.34283 0.000 0.320 0.000 0.000 0.600 0.080
#> SRR1609449 5 0.3857 0.37384 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609450 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609451 6 0.5385 -0.40062 0.420 0.000 0.112 0.000 0.000 0.468
#> SRR1609452 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609453 5 0.0146 0.78935 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1609454 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609455 5 0.4601 0.45071 0.000 0.112 0.000 0.000 0.688 0.200
#> SRR1609456 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609457 3 0.5814 0.30886 0.000 0.000 0.448 0.000 0.364 0.188
#> SRR1609458 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609459 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609460 5 0.2454 0.65339 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1609461 5 0.0891 0.78104 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609462 6 0.5469 -0.38594 0.408 0.000 0.124 0.000 0.000 0.468
#> SRR1609464 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609465 2 0.4897 0.23904 0.000 0.492 0.000 0.000 0.448 0.060
#> SRR1609466 4 0.5239 0.50395 0.000 0.152 0.000 0.600 0.000 0.248
#> SRR1609467 1 0.4357 0.46434 0.696 0.000 0.232 0.000 0.000 0.072
#> SRR1609469 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609472 4 0.2823 0.80457 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609471 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609474 5 0.2697 0.69724 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 3 0.1765 0.73975 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1609477 6 0.5800 -0.14924 0.000 0.396 0.004 0.000 0.156 0.444
#> SRR1609479 2 0.3050 0.52916 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1609481 4 0.2823 0.80457 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609480 6 0.5833 0.08002 0.000 0.364 0.192 0.000 0.000 0.444
#> SRR1609482 3 0.2629 0.71845 0.068 0.000 0.872 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609484 6 0.5746 0.11202 0.000 0.376 0.000 0.172 0.000 0.452
#> SRR1609483 3 0.0865 0.78355 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609486 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609489 2 0.4873 0.38286 0.000 0.600 0.000 0.000 0.320 0.080
#> SRR1609490 5 0.2562 0.70727 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1609491 5 0.3695 0.52504 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1609492 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609493 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609494 2 0.2883 0.54862 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1609495 3 0.3076 0.64420 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1609496 6 0.5389 -0.40701 0.428 0.000 0.112 0.000 0.000 0.460
#> SRR1609497 1 0.1267 0.68987 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609498 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609499 5 0.1007 0.77434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1609500 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609501 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609502 2 0.5916 0.34691 0.000 0.444 0.000 0.000 0.336 0.220
#> SRR1609503 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609506 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609507 1 0.2823 0.66141 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1609508 2 0.4920 0.47959 0.000 0.648 0.000 0.000 0.132 0.220
#> SRR1609509 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609510 2 0.3843 0.21236 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609512 1 0.3857 0.51639 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1609511 4 0.3126 0.76383 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1609513 6 0.5918 -0.30366 0.348 0.000 0.216 0.000 0.000 0.436
#> SRR1609514 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.3782 0.52917 0.000 0.740 0.000 0.000 0.036 0.224
#> SRR1609516 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609517 2 0.5634 0.38359 0.000 0.500 0.000 0.000 0.336 0.164
#> SRR1609518 5 0.3857 0.37384 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609519 3 0.2527 0.65791 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609522 3 0.1267 0.76107 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609523 5 0.2941 0.56075 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1609524 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609526 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609525 5 0.2902 0.62316 0.000 0.004 0.000 0.000 0.800 0.196
#> SRR1609527 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609529 5 0.5681 0.47515 0.084 0.000 0.240 0.000 0.616 0.060
#> SRR1609528 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.4095 0.48236 0.724 0.000 0.216 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609531 2 0.1556 0.63679 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609532 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609534 5 0.4687 0.36840 0.000 0.000 0.336 0.000 0.604 0.060
#> SRR1609535 2 0.3126 0.51927 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609537 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609536 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609538 5 0.2964 0.58230 0.000 0.204 0.000 0.000 0.792 0.004
#> SRR1609539 5 0.4199 0.58985 0.008 0.000 0.196 0.000 0.736 0.060
#> SRR1609540 1 0.3851 -0.22071 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609543 1 0.1814 0.69734 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1609544 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609546 5 0.0260 0.78752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609547 3 0.5855 0.31609 0.000 0.000 0.448 0.000 0.352 0.200
#> SRR1609548 5 0.0363 0.78643 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609549 5 0.4692 0.42177 0.000 0.276 0.000 0.000 0.644 0.080
#> SRR1609550 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609551 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609552 5 0.6955 0.17876 0.348 0.000 0.240 0.000 0.352 0.060
#> SRR1609553 1 0.1267 0.68987 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609554 5 0.4198 0.63158 0.232 0.000 0.000 0.000 0.708 0.060
#> SRR1609555 1 0.1267 0.68987 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609556 1 0.3857 0.51639 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1609557 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609558 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609559 2 0.6011 0.32357 0.000 0.416 0.000 0.000 0.336 0.248
#> SRR1609560 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.6901 -0.09942 0.408 0.000 0.240 0.000 0.292 0.060
#> SRR1609562 5 0.3857 0.37384 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609563 5 0.2697 0.69822 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609567 2 0.3828 0.23417 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1609568 1 0.0790 0.71637 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1609569 1 0.3756 0.57596 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609570 3 0.4330 0.52736 0.236 0.000 0.696 0.000 0.000 0.068
#> SRR1609571 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609572 3 0.3076 0.64420 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1609573 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.3843 0.21236 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609576 5 0.1501 0.75844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1609578 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609577 3 0.3076 0.60158 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 5 0.1556 0.75347 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1609582 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609581 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609583 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.4863 0.12767 0.528 0.000 0.412 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609585 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609586 5 0.4156 0.56506 0.000 0.188 0.000 0.000 0.732 0.080
#> SRR1609587 2 0.6980 0.26142 0.000 0.468 0.116 0.000 0.168 0.248
#> SRR1609588 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609589 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609590 3 0.0000 0.79482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609591 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609593 2 0.5535 0.30583 0.000 0.440 0.000 0.000 0.428 0.132
#> SRR1609594 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.0632 0.78315 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609596 2 0.4844 0.40267 0.000 0.608 0.000 0.000 0.312 0.080
#> SRR1609597 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.5849 0.48545 0.136 0.000 0.620 0.000 0.184 0.060
#> SRR1609601 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609602 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0547 0.70669 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1609604 6 0.5746 0.11202 0.000 0.376 0.000 0.172 0.000 0.452
#> SRR1609605 5 0.5836 -0.14948 0.000 0.312 0.000 0.000 0.476 0.212
#> SRR1609606 2 0.3607 0.43533 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1609607 5 0.5403 0.38903 0.408 0.000 0.024 0.000 0.508 0.060
#> SRR1609608 5 0.0260 0.78724 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609609 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609610 5 0.4712 0.51015 0.344 0.000 0.000 0.000 0.596 0.060
#> SRR1609611 4 0.2823 0.80457 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609613 5 0.2680 0.72967 0.000 0.056 0.000 0.000 0.868 0.076
#> SRR1609612 5 0.3330 0.62876 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1609614 1 0.0937 0.70322 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609615 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 2 0.5855 0.34702 0.000 0.448 0.000 0.000 0.352 0.200
#> SRR1609618 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 5 0.2212 0.71611 0.000 0.000 0.008 0.000 0.880 0.112
#> SRR1609620 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609621 2 0.3843 0.21236 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1609622 3 0.1556 0.76168 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1609623 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.3737 0.57784 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1609625 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.3126 0.63705 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609627 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 5 0.1812 0.75345 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1609629 1 0.1267 0.68987 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1609630 5 0.3321 0.66657 0.000 0.100 0.000 0.000 0.820 0.080
#> SRR1609631 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609634 2 0.3183 0.58439 0.000 0.828 0.000 0.000 0.112 0.060
#> SRR1609635 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609636 4 0.0000 0.92810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609638 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609639 2 0.4829 0.40306 0.000 0.612 0.000 0.000 0.308 0.080
#> SRR1609640 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609641 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609642 1 0.1007 0.71407 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1609643 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.4687 0.52149 0.336 0.000 0.000 0.000 0.604 0.060
#> SRR1609646 1 0.4999 0.46901 0.640 0.000 0.216 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609647 2 0.3126 0.51927 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1609649 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609648 2 0.2793 0.55685 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1609651 5 0.0000 0.78994 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 2 0.5298 0.43362 0.000 0.592 0.000 0.000 0.160 0.248
#> SRR1609652 6 0.5385 -0.40062 0.420 0.000 0.112 0.000 0.000 0.468
#> SRR1609653 2 0.1812 0.63626 0.000 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1609654 4 0.5061 0.54910 0.000 0.128 0.000 0.620 0.000 0.252
#> SRR1609655 5 0.3513 0.69835 0.144 0.000 0.000 0.000 0.796 0.060
#> SRR1609657 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609656 6 0.5784 -0.09232 0.000 0.176 0.408 0.000 0.000 0.416
#> SRR1609658 2 0.2762 0.46622 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1609659 2 0.0000 0.64983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 2 0.5654 0.42436 0.000 0.576 0.012 0.000 0.164 0.248
#> SRR1609661 5 0.3857 0.37384 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1609662 2 0.5108 0.08028 0.000 0.484 0.000 0.000 0.436 0.080
#> SRR1609663 5 0.0713 0.78039 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609664 5 0.4977 0.48961 0.372 0.000 0.000 0.000 0.552 0.076
#> SRR1609665 5 0.2122 0.74986 0.000 0.024 0.000 0.000 0.900 0.076
#> SRR1609666 2 0.4076 0.19597 0.000 0.540 0.000 0.008 0.000 0.452
#> SRR1609667 1 0.3774 0.57238 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1609668 6 0.5690 0.09206 0.000 0.388 0.000 0.160 0.000 0.452
#> SRR1609669 1 0.0000 0.71917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.995 0.3328 0.668 0.668
#> 3 3 0.840 0.924 0.945 0.8392 0.644 0.490
#> 4 4 0.648 0.756 0.893 0.0815 0.661 0.361
#> 5 5 0.633 0.710 0.833 0.0975 0.689 0.329
#> 6 6 0.728 0.629 0.801 0.0934 0.872 0.570
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609361 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609362 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609363 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609365 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609366 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609368 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609371 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609373 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609374 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609375 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609376 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609378 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609382 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609383 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609381 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609386 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609385 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609387 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609388 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609393 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609394 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609392 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609401 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609402 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609405 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609404 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609406 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609408 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609411 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609407 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609412 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609414 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609416 2 0.2423 0.957 0.040 0.960
#> SRR1609417 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR1609418 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609419 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609420 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609421 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609422 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609423 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609425 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609426 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609427 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609428 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609430 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1609431 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609432 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609433 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609434 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609437 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR1609438 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609439 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609440 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609441 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1609442 2 0.7299 0.754 0.204 0.796
#> SRR1609443 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609448 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609449 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609450 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609452 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609453 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609454 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609455 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609457 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609459 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609460 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609462 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.6973 0.767 0.812 0.188
#> SRR1609463 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609465 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609466 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609469 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609470 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609472 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609471 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609474 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609473 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609476 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609477 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR1609479 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609480 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609483 2 0.6623 0.800 0.172 0.828
#> SRR1609486 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609489 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609491 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609492 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609493 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609494 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609495 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609496 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609497 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609498 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609499 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609501 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609502 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609503 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609506 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609507 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609508 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609509 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609510 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609512 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609511 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609513 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609514 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609515 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609516 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609517 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609518 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609519 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609520 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609522 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609524 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609526 1 0.2043 0.964 0.968 0.032
#> SRR1609525 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609529 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609528 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609530 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609531 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609532 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR1609533 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609534 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609535 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609537 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609536 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609538 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609539 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609540 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609541 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609542 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1609545 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609546 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609547 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609548 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609549 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609550 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609551 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609552 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609553 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609554 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609555 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609556 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609557 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609558 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609559 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609561 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609563 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609565 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609566 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609567 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609570 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609571 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609572 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609573 2 0.5294 0.869 0.120 0.880
#> SRR1609574 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR1609575 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609576 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609578 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609577 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609579 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR1609580 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609582 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609581 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609583 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609584 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609586 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609588 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609589 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609590 1 0.6148 0.819 0.848 0.152
#> SRR1609592 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609591 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609593 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609594 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609595 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609596 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609597 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609598 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609600 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609601 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609602 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609604 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609605 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609606 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609607 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609608 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609609 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609610 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609611 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609613 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609612 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609614 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609615 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609617 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609618 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609619 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609620 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609621 1 0.9522 0.400 0.628 0.372
#> SRR1609622 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609623 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609626 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609627 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609628 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609629 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609630 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609634 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609635 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609636 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609638 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609639 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609643 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609645 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609646 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609647 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609649 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609648 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609651 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609650 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609652 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609653 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609654 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1609655 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609657 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609656 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609658 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609659 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609660 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609661 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609662 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609663 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609664 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609665 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609666 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609667 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1609668 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1609669 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609361 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609362 2 0.0237 0.98657 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609363 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609364 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609365 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609366 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609367 1 0.1031 0.95625 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609368 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609369 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609370 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609371 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609373 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609374 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609375 1 0.5216 0.67620 0.740 0.000 0.260
#> SRR1609377 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609376 3 0.2066 0.93307 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609378 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609382 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609383 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609381 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609384 1 0.2066 0.94791 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609386 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609385 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609387 1 0.1529 0.95588 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609388 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609390 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609393 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 3 0.2261 0.93305 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609392 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609391 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609395 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609398 1 0.0747 0.95456 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609399 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609400 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609397 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609401 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609402 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609405 3 0.4291 0.85130 0.180 0.000 0.820
#> SRR1609404 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609406 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609408 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609403 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609410 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609411 3 0.2165 0.93326 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609407 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609413 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609412 3 0.2625 0.92901 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609414 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609415 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609416 1 0.2599 0.94787 0.932 0.016 0.052
#> SRR1609417 3 0.6771 0.66997 0.276 0.040 0.684
#> SRR1609418 1 0.1289 0.95660 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609419 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609420 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609421 3 0.2448 0.93194 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609422 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609423 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609425 1 0.4931 0.71132 0.768 0.000 0.232
#> SRR1609426 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609427 1 0.3039 0.93731 0.920 0.044 0.036
#> SRR1609428 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609429 1 0.1643 0.95540 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609430 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609431 3 0.1529 0.92676 0.040 0.000 0.960
#> SRR1609432 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609433 1 0.3637 0.90186 0.892 0.084 0.024
#> SRR1609434 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609436 1 0.1529 0.95588 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609437 3 0.8524 0.14603 0.092 0.452 0.456
#> SRR1609438 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609440 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609441 3 0.2878 0.92878 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609442 3 0.3183 0.93197 0.076 0.016 0.908
#> SRR1609443 1 0.1964 0.94856 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609444 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609445 3 0.2878 0.92196 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609446 3 0.2448 0.93194 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609447 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609448 3 0.2448 0.93338 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609449 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609450 3 0.1289 0.92436 0.032 0.000 0.968
#> SRR1609451 1 0.1753 0.95370 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609452 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609453 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609454 3 0.2448 0.93194 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609455 1 0.2066 0.94791 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609456 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609457 1 0.3038 0.91191 0.896 0.000 0.104
#> SRR1609458 1 0.1289 0.95660 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609459 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609460 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609461 3 0.4291 0.84212 0.180 0.000 0.820
#> SRR1609462 1 0.1643 0.95402 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609464 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609463 1 0.1289 0.95660 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609465 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609466 2 0.0424 0.98584 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609467 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609469 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 3 0.2448 0.93194 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609472 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609471 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609474 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609473 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609477 3 0.6470 0.79676 0.092 0.148 0.760
#> SRR1609479 3 0.2165 0.93250 0.064 0.000 0.936
#> SRR1609481 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609480 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609482 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609484 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609483 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609486 1 0.6204 0.22593 0.576 0.000 0.424
#> SRR1609485 1 0.6302 -0.00334 0.520 0.000 0.480
#> SRR1609487 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609488 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609489 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609490 3 0.2959 0.92704 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609491 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609492 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609493 3 0.2356 0.93334 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609494 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609495 2 0.5726 0.69047 0.216 0.760 0.024
#> SRR1609496 1 0.1753 0.95370 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609497 1 0.1643 0.95514 0.956 0.000 0.044
#> SRR1609498 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609499 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609500 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609501 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609502 3 0.2448 0.93194 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609503 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609505 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609506 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609507 1 0.1860 0.95311 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609508 3 0.2356 0.93334 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609509 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609510 2 0.1031 0.97225 0.000 0.976 0.024
#> SRR1609512 1 0.0592 0.94538 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609511 2 0.2527 0.92770 0.044 0.936 0.020
#> SRR1609513 1 0.1753 0.95370 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609514 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 3 0.2261 0.93305 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609516 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609517 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609518 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609519 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609520 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.0000 0.95139 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609522 3 0.5178 0.73673 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609523 3 0.2448 0.93338 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609524 3 0.2261 0.93377 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609526 3 0.5397 0.69697 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609525 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609527 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609529 3 0.5431 0.68993 0.284 0.000 0.716
#> SRR1609528 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609530 1 0.2448 0.93968 0.924 0.000 0.076
#> SRR1609531 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609532 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609533 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609534 3 0.2959 0.92087 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609535 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609537 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609536 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609538 3 0.0747 0.91913 0.016 0.000 0.984
#> SRR1609539 3 0.4178 0.85160 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609540 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609541 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609543 1 0.1529 0.95588 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609544 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609545 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609546 3 0.2959 0.92093 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609547 3 0.2878 0.92354 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609548 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609549 3 0.2356 0.93334 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609550 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609551 3 0.2959 0.92093 0.100 0.000 0.900
#> SRR1609552 3 0.5529 0.66748 0.296 0.000 0.704
#> SRR1609553 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609554 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609555 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609556 1 0.0424 0.94768 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609557 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609558 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609559 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609560 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609561 3 0.6252 0.28980 0.444 0.000 0.556
#> SRR1609562 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609563 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609564 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609565 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609566 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609567 3 0.2261 0.93305 0.068 0.000 0.932
#> SRR1609568 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609569 1 0.1163 0.95649 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609570 3 0.5216 0.73038 0.260 0.000 0.740
#> SRR1609571 2 0.0424 0.98584 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609572 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609573 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609574 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609575 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609576 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609578 3 0.2878 0.92878 0.096 0.000 0.904
#> SRR1609577 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609579 1 0.2804 0.94402 0.924 0.016 0.060
#> SRR1609580 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609582 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609581 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609583 1 0.3551 0.87003 0.868 0.000 0.132
#> SRR1609584 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609585 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609586 3 0.1964 0.93091 0.056 0.000 0.944
#> SRR1609587 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609588 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609589 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609590 1 0.2599 0.94721 0.932 0.016 0.052
#> SRR1609592 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609591 3 0.2796 0.93051 0.092 0.000 0.908
#> SRR1609593 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609594 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 3 0.2537 0.93229 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609596 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609597 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609598 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.2066 0.95035 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609601 2 0.0892 0.97663 0.000 0.980 0.020
#> SRR1609602 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0592 0.95425 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609604 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609605 3 0.2625 0.93224 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609606 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609607 3 0.2796 0.92594 0.092 0.000 0.908
#> SRR1609608 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609609 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609610 1 0.1753 0.95293 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609611 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609613 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609612 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609614 1 0.1753 0.95417 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609615 1 0.1860 0.95274 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609616 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609617 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609618 3 0.5291 0.71755 0.268 0.000 0.732
#> SRR1609619 3 0.5178 0.74911 0.256 0.000 0.744
#> SRR1609620 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609621 3 0.2625 0.93267 0.084 0.000 0.916
#> SRR1609622 1 0.3028 0.93497 0.920 0.048 0.032
#> SRR1609623 1 0.1529 0.95588 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609624 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609625 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609626 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609627 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609628 3 0.2356 0.93334 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609629 1 0.2356 0.94293 0.928 0.000 0.072
#> SRR1609630 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609631 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609632 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609633 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609634 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609635 2 0.0424 0.98584 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609636 2 0.0000 0.98712 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609638 3 0.2711 0.93178 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609639 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609640 1 0.0237 0.94971 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609641 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609642 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609643 3 0.4796 0.80242 0.220 0.000 0.780
#> SRR1609644 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609645 3 0.5397 0.70361 0.280 0.000 0.720
#> SRR1609646 1 0.1964 0.95199 0.944 0.000 0.056
#> SRR1609647 3 0.2356 0.93334 0.072 0.000 0.928
#> SRR1609649 1 0.1289 0.95660 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609648 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609651 3 0.2537 0.93320 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609650 3 0.2537 0.93119 0.080 0.000 0.920
#> SRR1609652 1 0.1753 0.95370 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609653 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609654 2 0.1774 0.96001 0.016 0.960 0.024
#> SRR1609655 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609657 1 0.1411 0.95638 0.964 0.000 0.036
#> SRR1609656 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609658 3 0.2066 0.93307 0.060 0.000 0.940
#> SRR1609659 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609660 3 0.2711 0.92802 0.088 0.000 0.912
#> SRR1609661 1 0.2625 0.92661 0.916 0.000 0.084
#> SRR1609662 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609663 3 0.3752 0.88221 0.144 0.000 0.856
#> SRR1609664 3 0.2448 0.93338 0.076 0.000 0.924
#> SRR1609665 3 0.0592 0.91773 0.012 0.000 0.988
#> SRR1609666 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609667 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609668 2 0.0592 0.98458 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609669 1 0.0237 0.95308 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609361 3 0.4994 0.1195 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1609362 4 0.0336 0.8826 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1609363 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609366 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2760 0.7655 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1609368 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0188 0.8432 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609371 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609372 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609373 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 3 0.3895 0.7885 0.012 0.184 0.804 0.000
#> SRR1609377 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609378 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609379 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609383 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609386 3 0.5847 0.3478 0.404 0.036 0.560 0.000
#> SRR1609385 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609387 1 0.4961 0.4191 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609393 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609394 3 0.3569 0.7828 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.4679 0.3771 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1609399 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 3 0.5378 0.3351 0.012 0.448 0.540 0.000
#> SRR1609404 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 3 0.3123 0.8101 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609414 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609417 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609418 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609419 2 0.3873 0.6551 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1609420 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609421 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609422 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609423 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609424 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609425 3 0.7300 0.4181 0.304 0.180 0.516 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 3 0.0657 0.8402 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1609428 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609429 1 0.3688 0.7046 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1609430 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.0469 0.9212 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 3 0.1584 0.8242 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1609434 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 3 0.4855 0.1180 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1609437 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609438 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609439 3 0.4989 0.1389 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609442 3 0.1022 0.8434 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1609443 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609444 1 0.4855 0.4350 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1609445 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609446 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609449 3 0.3975 0.5706 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1609450 2 0.0921 0.9027 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1609451 3 0.0707 0.8376 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609452 3 0.2281 0.8322 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609453 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609454 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609455 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609456 3 0.3074 0.8126 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1609457 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609458 1 0.4454 0.6148 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1609459 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609460 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609461 3 0.0707 0.8435 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1609462 3 0.3400 0.6580 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1609464 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.4103 0.6696 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609466 4 0.5000 -0.0683 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609467 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609469 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609470 3 0.3024 0.8151 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609472 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609471 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609474 3 0.3219 0.8044 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609476 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609477 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609479 2 0.4406 0.5207 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1609481 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609480 3 0.4985 0.1587 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1609482 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609484 4 0.4855 0.2469 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1609483 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.4522 0.5993 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1609489 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 3 0.3895 0.7885 0.012 0.184 0.804 0.000
#> SRR1609491 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.4898 0.1095 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1609494 2 0.4304 0.5537 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1609495 3 0.4137 0.6337 0.012 0.000 0.780 0.208
#> SRR1609496 3 0.1637 0.8089 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1609497 3 0.3569 0.6308 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1609498 1 0.4356 0.6359 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1609499 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.0469 0.8395 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609501 3 0.3024 0.8151 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609502 3 0.3024 0.8151 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609503 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609504 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609505 1 0.4103 0.6698 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1609506 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609508 3 0.3400 0.7920 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 3 0.3942 0.6771 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1609512 3 0.4877 0.0690 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1609511 3 0.4961 0.2104 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1609513 3 0.0592 0.8393 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609514 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609515 2 0.4406 0.5207 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1609516 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609517 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609518 1 0.4454 0.6149 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1609519 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609520 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609521 1 0.4543 0.5981 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1609522 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609523 3 0.3528 0.7852 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1609524 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609526 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609525 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609528 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609530 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609531 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609533 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609534 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609535 3 0.3688 0.7710 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 3 0.2216 0.8330 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609540 3 0.0817 0.8354 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1609541 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 3 0.4679 0.2536 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1609544 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609546 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609547 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609548 3 0.2921 0.8190 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1609549 3 0.4643 0.5559 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609552 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609553 3 0.0469 0.8423 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609554 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609555 3 0.3024 0.7073 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1609556 3 0.4817 0.1330 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1609557 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609558 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609559 3 0.2281 0.8322 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1609560 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609562 1 0.4134 0.5572 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1609563 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609564 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609565 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.3801 0.6699 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1609567 3 0.3569 0.7820 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1609568 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.4961 0.4219 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1609570 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609571 4 0.5000 -0.0683 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609572 3 0.5147 0.1777 0.004 0.000 0.536 0.460
#> SRR1609573 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609574 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609575 3 0.4994 0.1195 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1609576 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609577 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609579 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609580 3 0.0469 0.8438 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1609582 1 0.1557 0.8125 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609581 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609583 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609584 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609585 1 0.4406 0.6248 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1609586 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609587 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609588 3 0.3024 0.8151 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1609589 3 0.3257 0.8130 0.004 0.152 0.844 0.000
#> SRR1609590 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609592 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609591 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609593 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609595 3 0.3172 0.8073 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.4164 0.5765 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609600 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609601 3 0.4977 0.1840 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1609602 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609603 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.5000 -0.0829 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1609605 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609606 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609607 3 0.0921 0.8430 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1609608 3 0.2408 0.8303 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1609609 3 0.2973 0.8173 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1609610 3 0.0336 0.8418 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609611 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609614 3 0.0921 0.8332 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609615 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609616 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 3 0.3123 0.8101 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1609618 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609619 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609620 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609621 3 0.3123 0.8130 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1609622 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.4985 0.3711 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1609624 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609625 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 3 0.4998 0.0880 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1609627 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.0336 0.9255 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609629 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609630 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.5000 -0.0683 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1609636 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1609637 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609638 3 0.3895 0.7885 0.012 0.184 0.804 0.000
#> SRR1609639 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609640 1 0.4955 0.4078 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1609641 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 3 0.2216 0.8330 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1609644 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 3 0.0921 0.8429 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1609646 3 0.0469 0.8409 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1609647 3 0.3123 0.8101 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1609649 1 0.4941 0.4381 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1609648 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 3 0.4972 0.3179 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1609650 3 0.2868 0.8206 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1609652 3 0.1557 0.8124 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1609653 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 3 0.4961 0.2104 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1609655 3 0.2814 0.8222 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1609657 1 0.4961 0.4219 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1609656 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609658 3 0.3444 0.7887 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609660 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609661 3 0.1356 0.8431 0.008 0.032 0.960 0.000
#> SRR1609662 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609664 3 0.3726 0.7665 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1609665 2 0.3219 0.7263 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1609666 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609667 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609668 3 0.4999 0.0776 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1609669 1 0.0000 0.8462 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 5 0.3731 0.8397 0.000 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR1609361 5 0.3608 0.8418 0.000 0.000 0.112 0.064 0.824
#> SRR1609362 5 0.5288 0.1233 0.000 0.000 0.052 0.404 0.544
#> SRR1609363 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609364 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609365 5 0.3849 0.8330 0.000 0.000 0.112 0.080 0.808
#> SRR1609366 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609367 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609368 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609369 1 0.0865 0.8687 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1609370 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609371 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609372 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609373 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609374 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609375 2 0.6600 0.5025 0.112 0.552 0.296 0.000 0.040
#> SRR1609377 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609376 2 0.4907 0.6817 0.000 0.656 0.292 0.000 0.052
#> SRR1609378 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609382 4 0.2732 0.8097 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609383 5 0.3731 0.8397 0.000 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR1609381 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609384 1 0.4697 0.5927 0.660 0.000 0.304 0.000 0.036
#> SRR1609386 1 0.3527 0.7751 0.804 0.000 0.172 0.000 0.024
#> SRR1609385 1 0.4130 0.6470 0.696 0.000 0.292 0.000 0.012
#> SRR1609387 1 0.3456 0.7690 0.800 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1609388 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609390 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609393 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.5018 0.6719 0.000 0.664 0.268 0.000 0.068
#> SRR1609392 2 0.0771 0.7161 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1609391 4 0.2690 0.8121 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609395 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609396 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609398 1 0.0992 0.8682 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1609399 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609400 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609397 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609401 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609402 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609405 2 0.4712 0.7027 0.064 0.724 0.208 0.000 0.004
#> SRR1609404 4 0.2648 0.8144 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609406 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609408 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609403 1 0.0609 0.8678 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609410 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609411 2 0.4907 0.6817 0.000 0.656 0.292 0.000 0.052
#> SRR1609407 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609413 1 0.0609 0.8678 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609412 2 0.5696 0.6078 0.000 0.560 0.344 0.000 0.096
#> SRR1609414 1 0.3700 0.7189 0.752 0.000 0.240 0.000 0.008
#> SRR1609415 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609416 5 0.4584 0.4658 0.028 0.000 0.312 0.000 0.660
#> SRR1609417 3 0.1544 0.7030 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609418 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609419 2 0.1764 0.7260 0.000 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR1609420 1 0.4360 0.6219 0.680 0.000 0.300 0.000 0.020
#> SRR1609421 2 0.5331 0.6847 0.000 0.640 0.268 0.000 0.092
#> SRR1609422 4 0.4994 0.6506 0.000 0.000 0.112 0.704 0.184
#> SRR1609423 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0510 0.8629 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609425 1 0.2482 0.8394 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024
#> SRR1609426 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609427 5 0.3662 0.6627 0.004 0.000 0.252 0.000 0.744
#> SRR1609428 2 0.0898 0.7183 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1609429 1 0.0798 0.8695 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1609430 3 0.2793 0.6625 0.088 0.000 0.876 0.000 0.036
#> SRR1609431 2 0.0566 0.7145 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1609432 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609433 5 0.3088 0.8150 0.004 0.000 0.164 0.004 0.828
#> SRR1609434 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609436 1 0.2574 0.8304 0.876 0.000 0.112 0.000 0.012
#> SRR1609437 5 0.6785 0.0870 0.000 0.356 0.184 0.012 0.448
#> SRR1609438 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609439 5 0.3365 0.8434 0.000 0.000 0.120 0.044 0.836
#> SRR1609440 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609441 2 0.4576 0.6233 0.000 0.608 0.376 0.000 0.016
#> SRR1609442 2 0.4623 0.6654 0.000 0.664 0.304 0.000 0.032
#> SRR1609443 3 0.1195 0.7222 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1609444 1 0.2771 0.8140 0.860 0.000 0.128 0.000 0.012
#> SRR1609445 3 0.5370 0.0369 0.000 0.348 0.584 0.000 0.068
#> SRR1609446 2 0.5664 0.6046 0.000 0.560 0.348 0.000 0.092
#> SRR1609447 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609448 2 0.4907 0.6817 0.000 0.656 0.292 0.000 0.052
#> SRR1609449 1 0.3391 0.7613 0.800 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR1609450 2 0.2233 0.7297 0.000 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR1609451 1 0.4229 0.6676 0.704 0.000 0.276 0.000 0.020
#> SRR1609452 2 0.5167 0.5721 0.000 0.552 0.404 0.000 0.044
#> SRR1609453 1 0.3700 0.7174 0.752 0.000 0.240 0.000 0.008
#> SRR1609454 2 0.5488 0.6604 0.000 0.608 0.300 0.000 0.092
#> SRR1609455 1 0.5765 0.4764 0.580 0.000 0.304 0.000 0.116
#> SRR1609456 2 0.5181 0.6889 0.000 0.652 0.268 0.000 0.080
#> SRR1609457 3 0.0794 0.7247 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609458 1 0.0404 0.8702 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1609459 2 0.5715 0.6132 0.000 0.564 0.336 0.000 0.100
#> SRR1609460 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609461 3 0.4841 0.4812 0.000 0.208 0.708 0.000 0.084
#> SRR1609462 1 0.2953 0.8090 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR1609464 3 0.1043 0.7200 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1609463 1 0.1041 0.8655 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609465 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609466 4 0.4948 0.6587 0.000 0.000 0.108 0.708 0.184
#> SRR1609467 3 0.2511 0.6743 0.080 0.000 0.892 0.000 0.028
#> SRR1609469 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609470 2 0.5425 0.6811 0.000 0.632 0.268 0.000 0.100
#> SRR1609472 4 0.2852 0.8008 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1609471 1 0.4227 0.6411 0.692 0.000 0.292 0.000 0.016
#> SRR1609474 2 0.5289 0.6939 0.000 0.652 0.252 0.000 0.096
#> SRR1609473 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609478 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.4339 0.6354 0.684 0.000 0.296 0.000 0.020
#> SRR1609477 3 0.2561 0.5656 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1609479 2 0.3209 0.7313 0.000 0.812 0.180 0.000 0.008
#> SRR1609481 4 0.2732 0.8097 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1609480 5 0.3527 0.8446 0.000 0.000 0.116 0.056 0.828
#> SRR1609482 3 0.2388 0.6826 0.072 0.000 0.900 0.000 0.028
#> SRR1609484 4 0.4901 0.6651 0.000 0.000 0.104 0.712 0.184
#> SRR1609483 3 0.2020 0.6782 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1609486 3 0.0404 0.7277 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609485 3 0.0609 0.7267 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609487 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609488 1 0.0566 0.8696 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1609489 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609490 2 0.6234 0.5639 0.168 0.600 0.216 0.000 0.016
#> SRR1609491 2 0.5446 0.6781 0.000 0.628 0.272 0.000 0.100
#> SRR1609492 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609493 2 0.3381 0.7340 0.000 0.808 0.176 0.000 0.016
#> SRR1609494 2 0.3013 0.7333 0.000 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR1609495 5 0.3252 0.8224 0.008 0.000 0.156 0.008 0.828
#> SRR1609496 1 0.3280 0.7838 0.812 0.000 0.176 0.000 0.012
#> SRR1609497 1 0.3720 0.7300 0.760 0.000 0.228 0.000 0.012
#> SRR1609498 1 0.0451 0.8687 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1609499 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609500 1 0.0162 0.8697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1609501 2 0.4734 0.6726 0.000 0.652 0.312 0.000 0.036
#> SRR1609502 2 0.5664 0.6046 0.000 0.560 0.348 0.000 0.092
#> SRR1609503 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609504 1 0.0290 0.8685 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609505 1 0.0579 0.8683 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1609506 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609507 1 0.4063 0.6672 0.708 0.000 0.280 0.000 0.012
#> SRR1609508 2 0.4425 0.6894 0.000 0.680 0.296 0.000 0.024
#> SRR1609509 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609510 2 0.8135 -0.0484 0.000 0.376 0.132 0.308 0.184
#> SRR1609512 1 0.1364 0.8636 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1609511 4 0.5378 0.5855 0.000 0.000 0.160 0.668 0.172
#> SRR1609513 1 0.4227 0.6460 0.692 0.000 0.292 0.000 0.016
#> SRR1609514 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.3209 0.7313 0.000 0.812 0.180 0.000 0.008
#> SRR1609516 2 0.5727 0.6079 0.000 0.560 0.340 0.000 0.100
#> SRR1609517 2 0.5342 0.6634 0.000 0.612 0.312 0.000 0.076
#> SRR1609518 1 0.3304 0.7791 0.816 0.000 0.168 0.000 0.016
#> SRR1609519 3 0.4380 0.3877 0.304 0.000 0.676 0.000 0.020
#> SRR1609520 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.1012 0.8655 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1609522 3 0.0609 0.7267 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609523 2 0.3789 0.7279 0.000 0.768 0.212 0.000 0.020
#> SRR1609524 2 0.4907 0.6817 0.000 0.656 0.292 0.000 0.052
#> SRR1609526 3 0.0609 0.7267 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609525 2 0.5727 0.6079 0.000 0.560 0.340 0.000 0.100
#> SRR1609527 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609529 3 0.1410 0.7007 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609528 4 0.0963 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1609530 3 0.0794 0.7247 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609531 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609532 3 0.2280 0.6589 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1609533 2 0.5263 0.6981 0.000 0.660 0.240 0.000 0.100
#> SRR1609534 3 0.0510 0.7234 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609535 2 0.4113 0.7226 0.000 0.740 0.232 0.000 0.028
#> SRR1609537 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609536 3 0.5818 -0.3529 0.000 0.444 0.464 0.000 0.092
#> SRR1609538 2 0.1197 0.7228 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1609539 3 0.1768 0.6930 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1609540 1 0.3720 0.7276 0.760 0.000 0.228 0.000 0.012
#> SRR1609541 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609543 1 0.3398 0.7473 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1609544 3 0.2959 0.6509 0.100 0.000 0.864 0.000 0.036
#> SRR1609545 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609546 3 0.4649 0.4927 0.000 0.212 0.720 0.000 0.068
#> SRR1609547 3 0.1478 0.6980 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1609548 2 0.5541 0.5940 0.000 0.552 0.372 0.000 0.076
#> SRR1609549 2 0.4640 0.7091 0.000 0.696 0.256 0.000 0.048
#> SRR1609550 2 0.0324 0.7119 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1609551 3 0.5677 -0.2760 0.000 0.424 0.496 0.000 0.080
#> SRR1609552 3 0.0510 0.7277 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609553 1 0.3916 0.6981 0.732 0.000 0.256 0.000 0.012
#> SRR1609554 2 0.5675 0.6024 0.000 0.556 0.352 0.000 0.092
#> SRR1609555 1 0.3750 0.7251 0.756 0.000 0.232 0.000 0.012
#> SRR1609556 1 0.1549 0.8606 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1609557 2 0.5751 0.5965 0.000 0.552 0.348 0.000 0.100
#> SRR1609558 2 0.5727 0.6079 0.000 0.560 0.340 0.000 0.100
#> SRR1609559 2 0.5569 0.5924 0.000 0.556 0.364 0.000 0.080
#> SRR1609560 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609561 3 0.1270 0.7105 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609562 1 0.0865 0.8682 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1609563 2 0.4797 0.6913 0.000 0.660 0.296 0.000 0.044
#> SRR1609564 1 0.0162 0.8686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609565 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609566 2 0.3013 0.7333 0.000 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR1609567 2 0.4138 0.7016 0.000 0.708 0.276 0.000 0.016
#> SRR1609568 1 0.0609 0.8678 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609569 1 0.0963 0.8653 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1609570 3 0.0609 0.7267 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1609571 4 0.4948 0.6587 0.000 0.000 0.108 0.708 0.184
#> SRR1609572 5 0.3485 0.8450 0.000 0.000 0.124 0.048 0.828
#> SRR1609573 3 0.2439 0.6566 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> SRR1609574 3 0.3689 0.4829 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256
#> SRR1609575 5 0.4270 0.7965 0.000 0.000 0.112 0.112 0.776
#> SRR1609576 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609578 2 0.5520 0.5964 0.000 0.560 0.364 0.000 0.076
#> SRR1609577 1 0.4046 0.6440 0.696 0.000 0.296 0.000 0.008
#> SRR1609579 3 0.2230 0.6642 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609580 3 0.5088 0.3711 0.000 0.252 0.668 0.000 0.080
#> SRR1609582 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609581 2 0.4883 0.6877 0.000 0.652 0.300 0.000 0.048
#> SRR1609583 2 0.6170 0.5196 0.104 0.556 0.324 0.000 0.016
#> SRR1609584 3 0.3897 0.5206 0.204 0.000 0.768 0.000 0.028
#> SRR1609585 1 0.0693 0.8677 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609586 2 0.2848 0.7326 0.000 0.840 0.156 0.000 0.004
#> SRR1609587 3 0.1300 0.7217 0.000 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1609588 2 0.5047 0.6909 0.000 0.652 0.284 0.000 0.064
#> SRR1609589 2 0.4927 0.6816 0.000 0.652 0.296 0.000 0.052
#> SRR1609590 3 0.5072 0.4584 0.188 0.000 0.696 0.000 0.116
#> SRR1609592 2 0.4855 0.5586 0.000 0.552 0.424 0.000 0.024
#> SRR1609591 2 0.5558 0.5982 0.000 0.560 0.360 0.000 0.080
#> SRR1609593 2 0.5715 0.6132 0.000 0.564 0.336 0.000 0.100
#> SRR1609594 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609595 2 0.5336 0.6914 0.000 0.648 0.252 0.000 0.100
#> SRR1609596 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609597 2 0.3562 0.7318 0.000 0.788 0.196 0.000 0.016
#> SRR1609598 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.2864 0.6394 0.112 0.000 0.864 0.000 0.024
#> SRR1609601 5 0.3578 0.8424 0.000 0.000 0.132 0.048 0.820
#> SRR1609602 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609604 4 0.4994 0.6506 0.000 0.000 0.112 0.704 0.184
#> SRR1609605 2 0.5456 0.6386 0.000 0.592 0.328 0.000 0.080
#> SRR1609606 2 0.5255 0.5920 0.000 0.560 0.388 0.000 0.052
#> SRR1609607 3 0.5858 -0.3820 0.000 0.452 0.452 0.000 0.096
#> SRR1609608 3 0.5891 -0.3233 0.000 0.432 0.468 0.000 0.100
#> SRR1609609 2 0.5727 0.6079 0.000 0.560 0.340 0.000 0.100
#> SRR1609610 1 0.4658 0.4416 0.576 0.000 0.408 0.000 0.016
#> SRR1609611 4 0.2648 0.8144 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609613 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609612 1 0.3974 0.7197 0.752 0.004 0.228 0.000 0.016
#> SRR1609614 1 0.3779 0.7213 0.752 0.000 0.236 0.000 0.012
#> SRR1609615 1 0.3689 0.7015 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> SRR1609616 1 0.0510 0.8686 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1609617 2 0.5083 0.6880 0.000 0.652 0.280 0.000 0.068
#> SRR1609618 3 0.4101 0.5621 0.000 0.184 0.768 0.000 0.048
#> SRR1609619 3 0.4168 0.5591 0.000 0.184 0.764 0.000 0.052
#> SRR1609620 4 0.2648 0.8144 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609621 2 0.4822 0.6725 0.000 0.664 0.288 0.000 0.048
#> SRR1609622 5 0.3635 0.6749 0.004 0.000 0.248 0.000 0.748
#> SRR1609623 1 0.2488 0.8249 0.872 0.000 0.124 0.000 0.004
#> SRR1609624 1 0.0290 0.8685 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609625 1 0.0290 0.8685 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609626 5 0.3389 0.8425 0.000 0.000 0.116 0.048 0.836
#> SRR1609627 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609628 2 0.2930 0.7324 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1609629 1 0.5047 0.5919 0.652 0.000 0.284 0.000 0.064
#> SRR1609630 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609631 1 0.0290 0.8685 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609632 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609633 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609634 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609635 4 0.4948 0.6587 0.000 0.000 0.108 0.708 0.184
#> SRR1609636 4 0.0000 0.8661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609638 2 0.4584 0.6698 0.000 0.660 0.312 0.000 0.028
#> SRR1609639 2 0.1357 0.7220 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1609640 1 0.1106 0.8655 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1609641 1 0.0609 0.8678 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609642 1 0.0404 0.8683 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609643 2 0.5870 0.5859 0.012 0.552 0.360 0.000 0.076
#> SRR1609644 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609645 2 0.5837 0.5063 0.004 0.512 0.400 0.000 0.084
#> SRR1609646 1 0.4906 0.2294 0.496 0.000 0.480 0.000 0.024
#> SRR1609647 2 0.4797 0.6811 0.000 0.660 0.296 0.000 0.044
#> SRR1609649 1 0.1522 0.8614 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1609648 2 0.1041 0.7188 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1609651 2 0.4167 0.7206 0.000 0.724 0.252 0.000 0.024
#> SRR1609650 2 0.5630 0.6027 0.000 0.560 0.352 0.000 0.088
#> SRR1609652 1 0.3355 0.7775 0.804 0.000 0.184 0.000 0.012
#> SRR1609653 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609654 4 0.5344 0.5901 0.000 0.000 0.160 0.672 0.168
#> SRR1609655 2 0.5255 0.5920 0.000 0.560 0.388 0.000 0.052
#> SRR1609657 1 0.1877 0.8552 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012
#> SRR1609656 5 0.3731 0.8397 0.000 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR1609658 2 0.4907 0.6817 0.000 0.656 0.292 0.000 0.052
#> SRR1609659 2 0.0324 0.7115 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1609660 3 0.1300 0.7217 0.000 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR1609661 1 0.4552 0.6762 0.716 0.004 0.240 0.000 0.040
#> SRR1609662 2 0.0162 0.7106 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609663 3 0.1892 0.6891 0.000 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR1609664 2 0.3596 0.7281 0.000 0.776 0.212 0.000 0.012
#> SRR1609665 2 0.2389 0.7312 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR1609666 5 0.3731 0.8397 0.000 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR1609667 1 0.0290 0.8678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609668 4 0.5938 0.2230 0.000 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1609669 1 0.0703 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 6 0.3872 -0.04884 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1609361 6 0.3862 -0.03868 0.000 0.000 0.000 0.388 0.004 0.608
#> SRR1609362 4 0.3727 0.52731 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1609363 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609365 6 0.3915 -0.10202 0.000 0.000 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1609366 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609367 1 0.2163 0.81843 0.892 0.000 0.096 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609368 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609369 1 0.0692 0.83256 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609370 1 0.1753 0.82549 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609371 4 0.0260 0.81964 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609372 1 0.1753 0.82549 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609373 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609375 2 0.6263 0.54148 0.048 0.640 0.124 0.000 0.060 0.128
#> SRR1609377 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609376 2 0.5420 0.62362 0.000 0.640 0.060 0.000 0.236 0.064
#> SRR1609378 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609379 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609382 4 0.2664 0.75997 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609383 6 0.3872 -0.04884 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1609381 1 0.1152 0.83235 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609384 1 0.5365 0.60797 0.680 0.000 0.124 0.000 0.060 0.136
#> SRR1609386 1 0.1957 0.80986 0.920 0.024 0.008 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609385 1 0.4774 0.67473 0.736 0.000 0.124 0.000 0.060 0.080
#> SRR1609387 1 0.3254 0.74645 0.820 0.000 0.124 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609388 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609390 1 0.1700 0.82659 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609393 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609394 2 0.4091 0.69076 0.000 0.720 0.000 0.000 0.056 0.224
#> SRR1609392 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609391 4 0.2664 0.75997 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609395 1 0.1588 0.82814 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609396 1 0.1010 0.83268 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609398 1 0.0603 0.82660 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609399 1 0.1753 0.82549 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609400 1 0.0935 0.83296 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609397 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609405 2 0.3880 0.75094 0.112 0.800 0.032 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609404 4 0.2664 0.75997 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609406 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609403 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609410 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609411 2 0.5618 0.55414 0.000 0.600 0.060 0.000 0.276 0.064
#> SRR1609407 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609413 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609412 5 0.0858 0.81758 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609414 1 0.4977 0.66055 0.708 0.000 0.164 0.000 0.072 0.056
#> SRR1609415 1 0.0603 0.83403 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609416 6 0.5251 -0.29692 0.096 0.000 0.156 0.000 0.060 0.688
#> SRR1609417 3 0.5377 0.30710 0.000 0.000 0.572 0.000 0.156 0.272
#> SRR1609418 1 0.1643 0.81786 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609419 2 0.1610 0.85013 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609420 1 0.5365 0.60797 0.680 0.000 0.124 0.000 0.060 0.136
#> SRR1609421 5 0.1958 0.79638 0.000 0.100 0.004 0.000 0.896 0.000
#> SRR1609422 4 0.4130 0.59563 0.000 0.000 0.016 0.664 0.008 0.312
#> SRR1609423 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.0632 0.81692 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609425 1 0.1332 0.82116 0.952 0.028 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609426 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609427 6 0.1578 0.10062 0.012 0.000 0.004 0.000 0.048 0.936
#> SRR1609428 2 0.1327 0.85913 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1609429 1 0.0717 0.83354 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1609430 3 0.5833 0.54409 0.032 0.000 0.464 0.000 0.088 0.416
#> SRR1609431 2 0.0146 0.88073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609433 6 0.0653 0.18361 0.012 0.000 0.004 0.000 0.004 0.980
#> SRR1609434 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609435 1 0.1010 0.83268 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609436 1 0.4060 0.72908 0.752 0.000 0.188 0.000 0.048 0.012
#> SRR1609437 6 0.5888 -0.11923 0.000 0.092 0.016 0.388 0.012 0.492
#> SRR1609438 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609439 6 0.4136 0.24839 0.000 0.000 0.272 0.032 0.004 0.692
#> SRR1609440 1 0.1010 0.83268 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609441 5 0.4868 0.68039 0.000 0.124 0.028 0.000 0.712 0.136
#> SRR1609442 2 0.4271 0.59455 0.000 0.672 0.028 0.000 0.008 0.292
#> SRR1609443 6 0.6409 -0.53481 0.028 0.000 0.384 0.000 0.188 0.400
#> SRR1609444 1 0.2812 0.77803 0.856 0.000 0.096 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609445 5 0.1749 0.80995 0.000 0.024 0.036 0.000 0.932 0.008
#> SRR1609446 5 0.1610 0.80564 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1609447 1 0.1297 0.83243 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609448 2 0.5420 0.62362 0.000 0.640 0.060 0.000 0.236 0.064
#> SRR1609449 1 0.3883 0.71361 0.768 0.000 0.144 0.000 0.088 0.000
#> SRR1609450 2 0.1007 0.86282 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1609451 3 0.6803 0.42712 0.200 0.000 0.376 0.000 0.056 0.368
#> SRR1609452 5 0.2164 0.80174 0.000 0.028 0.008 0.000 0.908 0.056
#> SRR1609453 1 0.4698 0.68225 0.740 0.000 0.132 0.000 0.060 0.068
#> SRR1609454 5 0.2737 0.79305 0.000 0.084 0.004 0.000 0.868 0.044
#> SRR1609455 1 0.5535 0.58180 0.660 0.000 0.124 0.000 0.060 0.156
#> SRR1609456 5 0.2278 0.77514 0.000 0.128 0.004 0.000 0.868 0.000
#> SRR1609457 5 0.4716 0.49859 0.000 0.000 0.184 0.000 0.680 0.136
#> SRR1609458 1 0.2376 0.81601 0.884 0.000 0.096 0.000 0.012 0.008
#> SRR1609459 5 0.0935 0.81785 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609460 2 0.0146 0.88073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609461 5 0.0520 0.81109 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609462 6 0.6889 -0.41532 0.248 0.000 0.344 0.000 0.052 0.356
#> SRR1609464 3 0.5319 0.36507 0.000 0.000 0.596 0.000 0.184 0.220
#> SRR1609463 1 0.2608 0.79793 0.872 0.000 0.080 0.000 0.048 0.000
#> SRR1609465 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609466 4 0.3619 0.60801 0.000 0.000 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR1609467 3 0.5840 0.50920 0.004 0.000 0.444 0.000 0.164 0.388
#> SRR1609469 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609470 5 0.1812 0.80566 0.000 0.080 0.008 0.000 0.912 0.000
#> SRR1609472 4 0.2823 0.74552 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1609471 1 0.4774 0.67473 0.736 0.000 0.124 0.000 0.060 0.080
#> SRR1609474 2 0.4097 0.15364 0.000 0.500 0.008 0.000 0.492 0.000
#> SRR1609473 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609475 4 0.0260 0.81964 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609478 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609476 6 0.6975 -0.35255 0.304 0.000 0.208 0.000 0.076 0.412
#> SRR1609477 5 0.5257 0.36952 0.000 0.000 0.080 0.016 0.592 0.312
#> SRR1609479 2 0.2163 0.83856 0.000 0.892 0.016 0.000 0.092 0.000
#> SRR1609481 4 0.2697 0.75712 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1609480 6 0.4102 0.00989 0.000 0.000 0.012 0.356 0.004 0.628
#> SRR1609482 3 0.5874 0.54502 0.028 0.000 0.464 0.000 0.100 0.408
#> SRR1609484 4 0.3772 0.63194 0.000 0.000 0.008 0.692 0.004 0.296
#> SRR1609483 3 0.5327 0.36056 0.000 0.000 0.588 0.000 0.164 0.248
#> SRR1609486 6 0.6099 -0.41660 0.000 0.000 0.300 0.000 0.316 0.384
#> SRR1609485 6 0.6094 -0.41772 0.000 0.000 0.300 0.000 0.312 0.388
#> SRR1609487 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.2489 0.80862 0.860 0.000 0.128 0.000 0.000 0.012
#> SRR1609489 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609490 2 0.5445 0.59041 0.180 0.680 0.060 0.000 0.068 0.012
#> SRR1609491 5 0.1765 0.79890 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1609492 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609493 2 0.1141 0.85931 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1609494 2 0.1610 0.85013 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1609495 6 0.0964 0.20758 0.012 0.000 0.000 0.016 0.004 0.968
#> SRR1609496 3 0.6799 0.41595 0.212 0.000 0.376 0.000 0.052 0.360
#> SRR1609497 1 0.6904 -0.03672 0.392 0.000 0.252 0.000 0.056 0.300
#> SRR1609498 1 0.2830 0.79344 0.836 0.000 0.144 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609499 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609500 1 0.1728 0.83135 0.924 0.000 0.064 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609501 5 0.4486 0.65266 0.000 0.220 0.028 0.000 0.712 0.040
#> SRR1609502 5 0.1806 0.80339 0.000 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609503 4 0.0260 0.81964 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609504 1 0.0291 0.83387 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609505 1 0.3107 0.78887 0.832 0.000 0.116 0.000 0.000 0.052
#> SRR1609506 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609507 6 0.7173 -0.36631 0.292 0.000 0.244 0.000 0.088 0.376
#> SRR1609508 2 0.3938 0.69811 0.000 0.728 0.000 0.000 0.228 0.044
#> SRR1609509 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609510 4 0.5586 0.44051 0.000 0.096 0.016 0.564 0.004 0.320
#> SRR1609512 1 0.5896 0.21001 0.468 0.000 0.236 0.000 0.000 0.296
#> SRR1609511 6 0.6907 -0.05996 0.000 0.000 0.320 0.300 0.048 0.332
#> SRR1609513 3 0.6629 0.46129 0.160 0.000 0.412 0.000 0.056 0.372
#> SRR1609514 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.1478 0.86284 0.000 0.944 0.020 0.000 0.032 0.004
#> SRR1609516 5 0.1049 0.81671 0.000 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609517 5 0.2769 0.79365 0.000 0.032 0.036 0.000 0.880 0.052
#> SRR1609518 1 0.2985 0.76752 0.844 0.000 0.100 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609519 3 0.5871 0.54678 0.040 0.000 0.464 0.000 0.080 0.416
#> SRR1609520 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.5602 0.33178 0.536 0.000 0.188 0.000 0.000 0.276
#> SRR1609522 3 0.5204 0.30282 0.000 0.000 0.584 0.000 0.292 0.124
#> SRR1609523 2 0.3866 0.05182 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1609524 2 0.5420 0.62362 0.000 0.640 0.060 0.000 0.236 0.064
#> SRR1609526 3 0.5220 0.31401 0.000 0.000 0.596 0.000 0.264 0.140
#> SRR1609525 5 0.0858 0.81751 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609527 1 0.1471 0.82977 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609529 5 0.1196 0.79253 0.000 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1609528 4 0.1141 0.80954 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609530 5 0.6001 -0.41645 0.000 0.000 0.240 0.000 0.412 0.348
#> SRR1609531 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609532 3 0.5153 0.31931 0.000 0.000 0.592 0.000 0.120 0.288
#> SRR1609533 2 0.4002 0.42275 0.000 0.588 0.008 0.000 0.404 0.000
#> SRR1609534 5 0.1934 0.77219 0.000 0.000 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1609535 2 0.3248 0.78098 0.000 0.804 0.000 0.000 0.164 0.032
#> SRR1609537 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609536 5 0.0547 0.81621 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1609538 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609539 5 0.0260 0.80609 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1609540 1 0.4460 0.69824 0.748 0.000 0.152 0.000 0.064 0.036
#> SRR1609541 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609543 1 0.6679 -0.03879 0.416 0.000 0.172 0.000 0.056 0.356
#> SRR1609544 3 0.5876 0.54164 0.032 0.000 0.440 0.000 0.092 0.436
#> SRR1609545 1 0.2250 0.81821 0.888 0.000 0.092 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609546 5 0.1218 0.80754 0.000 0.012 0.028 0.000 0.956 0.004
#> SRR1609547 5 0.0858 0.79890 0.000 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1609548 5 0.2123 0.80087 0.000 0.024 0.012 0.000 0.912 0.052
#> SRR1609549 2 0.4643 0.68706 0.000 0.704 0.028 0.000 0.216 0.052
#> SRR1609550 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609551 5 0.1261 0.81552 0.000 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR1609552 5 0.3803 0.58582 0.000 0.000 0.184 0.000 0.760 0.056
#> SRR1609553 1 0.6112 0.34944 0.528 0.000 0.204 0.000 0.244 0.024
#> SRR1609554 5 0.0972 0.81654 0.000 0.028 0.008 0.000 0.964 0.000
#> SRR1609555 1 0.6011 0.12287 0.436 0.000 0.180 0.000 0.376 0.008
#> SRR1609556 1 0.6007 0.08438 0.424 0.000 0.252 0.000 0.000 0.324
#> SRR1609557 5 0.0713 0.81801 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609558 5 0.0713 0.81801 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609559 5 0.1726 0.82104 0.000 0.044 0.012 0.000 0.932 0.012
#> SRR1609560 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609561 5 0.3686 0.56474 0.000 0.000 0.220 0.000 0.748 0.032
#> SRR1609562 1 0.0291 0.83337 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609563 2 0.3534 0.67159 0.000 0.716 0.000 0.000 0.276 0.008
#> SRR1609564 1 0.0692 0.83388 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609565 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609566 2 0.1814 0.84231 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1609567 2 0.4012 0.73239 0.000 0.748 0.000 0.000 0.176 0.076
#> SRR1609568 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.5629 0.36187 0.560 0.000 0.136 0.000 0.012 0.292
#> SRR1609570 6 0.6097 -0.39920 0.000 0.000 0.320 0.000 0.296 0.384
#> SRR1609571 4 0.6187 0.17919 0.000 0.000 0.264 0.384 0.004 0.348
#> SRR1609572 6 0.1010 0.22612 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1609573 3 0.5011 0.35379 0.000 0.000 0.620 0.000 0.116 0.264
#> SRR1609574 6 0.4904 -0.40621 0.000 0.000 0.316 0.000 0.084 0.600
#> SRR1609575 6 0.4378 -0.21610 0.000 0.000 0.016 0.452 0.004 0.528
#> SRR1609576 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609578 5 0.2712 0.79575 0.000 0.088 0.048 0.000 0.864 0.000
#> SRR1609577 1 0.5253 0.62033 0.692 0.000 0.128 0.000 0.060 0.120
#> SRR1609579 6 0.5631 -0.52779 0.000 0.000 0.408 0.000 0.148 0.444
#> SRR1609580 5 0.0520 0.81109 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609582 1 0.1866 0.82459 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> SRR1609581 5 0.4070 0.72206 0.000 0.144 0.092 0.000 0.760 0.004
#> SRR1609583 5 0.8183 -0.04086 0.320 0.100 0.120 0.000 0.344 0.116
#> SRR1609584 3 0.5801 0.54992 0.036 0.000 0.484 0.000 0.080 0.400
#> SRR1609585 1 0.3098 0.78090 0.812 0.000 0.164 0.000 0.000 0.024
#> SRR1609586 2 0.1349 0.85805 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609587 5 0.3552 0.67961 0.000 0.000 0.084 0.000 0.800 0.116
#> SRR1609588 5 0.3624 0.73491 0.000 0.156 0.060 0.000 0.784 0.000
#> SRR1609589 5 0.4388 0.70165 0.008 0.176 0.060 0.000 0.744 0.012
#> SRR1609590 6 0.5549 -0.52158 0.020 0.000 0.404 0.000 0.080 0.496
#> SRR1609592 5 0.2782 0.79205 0.000 0.032 0.024 0.000 0.876 0.068
#> SRR1609591 5 0.1951 0.81078 0.000 0.076 0.016 0.000 0.908 0.000
#> SRR1609593 5 0.0790 0.81847 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1609594 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609595 5 0.2553 0.75612 0.000 0.144 0.008 0.000 0.848 0.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609597 2 0.2527 0.79495 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1609598 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609600 3 0.6616 0.52953 0.084 0.000 0.416 0.000 0.112 0.388
#> SRR1609601 6 0.3862 -0.03928 0.000 0.000 0.000 0.388 0.004 0.608
#> SRR1609602 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609604 4 0.4008 0.60861 0.000 0.000 0.016 0.672 0.004 0.308
#> SRR1609605 5 0.2020 0.80039 0.000 0.096 0.008 0.000 0.896 0.000
#> SRR1609606 5 0.3383 0.77159 0.000 0.032 0.052 0.000 0.840 0.076
#> SRR1609607 5 0.0777 0.81683 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609608 5 0.0777 0.81683 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609609 5 0.1049 0.81671 0.000 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000
#> SRR1609610 5 0.6905 -0.10696 0.332 0.000 0.200 0.000 0.400 0.068
#> SRR1609611 4 0.2664 0.75997 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1609613 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609612 5 0.5945 -0.09578 0.408 0.000 0.164 0.000 0.420 0.008
#> SRR1609614 1 0.6958 -0.10272 0.388 0.000 0.216 0.000 0.068 0.328
#> SRR1609615 1 0.4565 0.69227 0.752 0.000 0.124 0.000 0.060 0.064
#> SRR1609616 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609617 5 0.3686 0.65893 0.000 0.220 0.000 0.000 0.748 0.032
#> SRR1609618 5 0.1956 0.77343 0.000 0.004 0.080 0.000 0.908 0.008
#> SRR1609619 5 0.3021 0.78258 0.000 0.044 0.076 0.000 0.860 0.020
#> SRR1609620 4 0.2631 0.76190 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1609621 2 0.4138 0.62333 0.000 0.692 0.020 0.000 0.012 0.276
#> SRR1609622 6 0.1713 0.09729 0.000 0.000 0.028 0.000 0.044 0.928
#> SRR1609623 1 0.6491 0.21683 0.488 0.000 0.168 0.000 0.052 0.292
#> SRR1609624 1 0.0146 0.83365 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609625 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609626 6 0.4161 0.25180 0.000 0.000 0.264 0.036 0.004 0.696
#> SRR1609627 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.1349 0.85805 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR1609629 5 0.6029 0.19837 0.256 0.000 0.160 0.000 0.552 0.032
#> SRR1609630 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609631 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609632 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609633 1 0.0935 0.83296 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609634 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609635 4 0.6187 0.17919 0.000 0.000 0.264 0.384 0.004 0.348
#> SRR1609636 4 0.0000 0.81988 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609637 1 0.2199 0.81969 0.892 0.000 0.088 0.000 0.000 0.020
#> SRR1609638 2 0.3502 0.78008 0.000 0.820 0.032 0.000 0.120 0.028
#> SRR1609639 2 0.0363 0.87797 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609640 1 0.5710 0.28651 0.512 0.000 0.200 0.000 0.000 0.288
#> SRR1609641 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609642 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609643 5 0.4359 0.69360 0.044 0.052 0.120 0.000 0.776 0.008
#> SRR1609644 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609645 5 0.2398 0.76763 0.000 0.020 0.104 0.000 0.876 0.000
#> SRR1609646 3 0.5876 0.53440 0.060 0.000 0.496 0.000 0.060 0.384
#> SRR1609647 2 0.4277 0.66836 0.000 0.700 0.000 0.000 0.236 0.064
#> SRR1609649 1 0.5082 0.65811 0.680 0.000 0.208 0.000 0.048 0.064
#> SRR1609648 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609651 2 0.2491 0.79388 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1609650 5 0.1716 0.81132 0.000 0.028 0.004 0.000 0.932 0.036
#> SRR1609652 3 0.6799 0.41595 0.212 0.000 0.376 0.000 0.052 0.360
#> SRR1609653 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609654 4 0.4849 0.56626 0.000 0.000 0.012 0.644 0.064 0.280
#> SRR1609655 5 0.3020 0.78618 0.000 0.032 0.040 0.000 0.864 0.064
#> SRR1609657 1 0.2237 0.80232 0.896 0.000 0.080 0.000 0.020 0.004
#> SRR1609656 6 0.3872 -0.04884 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1609658 2 0.5420 0.62362 0.000 0.640 0.060 0.000 0.236 0.064
#> SRR1609659 2 0.0146 0.88088 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609660 5 0.2145 0.76717 0.000 0.000 0.028 0.000 0.900 0.072
#> SRR1609661 5 0.5808 0.06529 0.376 0.004 0.140 0.000 0.476 0.004
#> SRR1609662 2 0.0000 0.88177 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1609663 5 0.0777 0.80508 0.000 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> SRR1609664 2 0.2473 0.82959 0.000 0.876 0.008 0.000 0.104 0.012
#> SRR1609665 2 0.0146 0.88079 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609666 6 0.3872 -0.04884 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1609667 1 0.1753 0.82549 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1609668 4 0.4211 0.52924 0.000 0.000 0.016 0.616 0.004 0.364
#> SRR1609669 1 0.0146 0.83311 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16910 rows and 306 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.444 0.650 0.819 0.4287 0.595 0.595
#> 3 3 0.436 0.689 0.818 0.3834 0.566 0.392
#> 4 4 0.589 0.756 0.836 0.2107 0.832 0.605
#> 5 5 0.557 0.535 0.704 0.0809 0.900 0.683
#> 6 6 0.623 0.543 0.719 0.0471 0.886 0.594
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1609360 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609361 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609362 1 0.6801 0.65667 0.820 0.180
#> SRR1609363 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609364 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609365 1 0.1414 0.83191 0.980 0.020
#> SRR1609366 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609367 1 0.6048 0.68231 0.852 0.148
#> SRR1609368 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609369 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609370 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609371 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609372 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609373 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609374 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609375 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609377 2 0.9732 0.59919 0.404 0.596
#> SRR1609376 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609378 1 0.9775 0.36662 0.588 0.412
#> SRR1609379 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609382 2 0.9522 0.05002 0.372 0.628
#> SRR1609383 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609381 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609384 2 0.7219 0.66116 0.200 0.800
#> SRR1609386 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609385 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609387 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609388 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609390 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609393 2 0.9635 0.00568 0.388 0.612
#> SRR1609394 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609392 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609391 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609395 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609396 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609398 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609399 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609400 2 0.9866 0.56196 0.432 0.568
#> SRR1609397 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609401 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609402 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609405 2 0.4562 0.68758 0.096 0.904
#> SRR1609404 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609406 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609408 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609403 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609410 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609411 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609407 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609413 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609412 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609414 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609415 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609416 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609417 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609418 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609419 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609420 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609421 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609422 2 0.4939 0.60970 0.108 0.892
#> SRR1609423 1 0.9710 0.38190 0.600 0.400
#> SRR1609424 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609425 2 0.0376 0.70115 0.004 0.996
#> SRR1609426 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609427 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609428 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609429 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609430 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609432 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609433 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609434 2 0.9833 -0.09276 0.424 0.576
#> SRR1609435 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609436 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609437 2 0.1184 0.69931 0.016 0.984
#> SRR1609438 2 0.8909 0.22184 0.308 0.692
#> SRR1609439 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609440 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609441 2 0.5737 0.67871 0.136 0.864
#> SRR1609442 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609443 1 0.5408 0.71979 0.876 0.124
#> SRR1609444 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609445 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609446 2 0.9427 0.61235 0.360 0.640
#> SRR1609447 2 0.9993 0.45033 0.484 0.516
#> SRR1609448 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609449 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609450 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609451 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609452 2 0.7950 0.64958 0.240 0.760
#> SRR1609453 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609454 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609455 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609456 2 0.7528 0.65740 0.216 0.784
#> SRR1609457 1 0.4815 0.74788 0.896 0.104
#> SRR1609458 2 0.9795 0.58982 0.416 0.584
#> SRR1609459 2 0.9686 0.60174 0.396 0.604
#> SRR1609460 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609461 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609462 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609464 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609463 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609465 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609466 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609467 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609469 1 0.9710 0.38190 0.600 0.400
#> SRR1609470 2 0.4298 0.68948 0.088 0.912
#> SRR1609472 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609471 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609474 2 0.0376 0.70115 0.004 0.996
#> SRR1609473 1 0.9775 0.36662 0.588 0.412
#> SRR1609475 2 0.0938 0.69198 0.012 0.988
#> SRR1609478 1 0.9635 0.39604 0.612 0.388
#> SRR1609476 1 0.2603 0.81512 0.956 0.044
#> SRR1609477 1 0.2948 0.80780 0.948 0.052
#> SRR1609479 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609481 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609480 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609482 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609484 2 0.8016 0.37208 0.244 0.756
#> SRR1609483 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609485 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609487 2 0.9732 0.59919 0.404 0.596
#> SRR1609488 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609489 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609490 2 0.5946 0.67690 0.144 0.856
#> SRR1609491 2 0.9732 0.59919 0.404 0.596
#> SRR1609492 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609493 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609494 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609495 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609496 1 0.3114 0.80427 0.944 0.056
#> SRR1609497 1 0.8909 0.29209 0.692 0.308
#> SRR1609498 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609499 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609500 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609501 2 0.3733 0.69208 0.072 0.928
#> SRR1609502 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609503 1 0.9996 0.26135 0.512 0.488
#> SRR1609504 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609505 2 0.9970 0.48853 0.468 0.532
#> SRR1609506 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609507 1 0.5737 0.70164 0.864 0.136
#> SRR1609508 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609509 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609510 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609512 1 0.3879 0.78284 0.924 0.076
#> SRR1609511 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609513 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609514 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609515 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609516 2 0.9732 0.59919 0.404 0.596
#> SRR1609517 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609518 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609519 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609520 1 0.9775 0.36662 0.588 0.412
#> SRR1609521 1 0.9909 -0.24841 0.556 0.444
#> SRR1609522 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609523 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609524 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609526 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609525 2 0.3274 0.69357 0.060 0.940
#> SRR1609527 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609529 1 1.0000 -0.41817 0.500 0.500
#> SRR1609528 1 0.0376 0.84450 0.996 0.004
#> SRR1609530 1 0.7376 0.56601 0.792 0.208
#> SRR1609531 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609532 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609534 1 0.9129 0.22199 0.672 0.328
#> SRR1609535 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609537 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609536 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609538 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609539 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609540 2 0.9977 0.47946 0.472 0.528
#> SRR1609541 1 0.9170 0.46706 0.668 0.332
#> SRR1609542 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609543 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609544 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609545 2 0.9881 0.55449 0.436 0.564
#> SRR1609546 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609547 1 0.9775 -0.12943 0.588 0.412
#> SRR1609548 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609549 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609550 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609551 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609552 1 0.2948 0.80678 0.948 0.052
#> SRR1609553 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609554 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609555 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609556 1 0.1414 0.83447 0.980 0.020
#> SRR1609557 2 0.9754 0.59796 0.408 0.592
#> SRR1609558 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609559 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609560 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609561 1 0.7815 0.50893 0.768 0.232
#> SRR1609562 2 0.7745 0.65408 0.228 0.772
#> SRR1609563 2 0.0672 0.70075 0.008 0.992
#> SRR1609564 2 0.9815 0.58317 0.420 0.580
#> SRR1609565 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609566 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609567 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609568 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609569 1 0.0672 0.84251 0.992 0.008
#> SRR1609570 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609571 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609572 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609573 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609575 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609576 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609578 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609577 1 0.4298 0.76833 0.912 0.088
#> SRR1609579 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609580 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609582 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609581 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609583 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609584 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609585 2 0.9944 0.51473 0.456 0.544
#> SRR1609586 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609587 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609588 2 0.9710 0.60090 0.400 0.600
#> SRR1609589 2 0.9754 0.59796 0.408 0.592
#> SRR1609590 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609592 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609591 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609593 2 0.4431 0.68861 0.092 0.908
#> SRR1609594 1 0.9815 0.35808 0.580 0.420
#> SRR1609595 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609596 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609597 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609598 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609599 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.3431 0.79588 0.936 0.064
#> SRR1609601 1 0.9970 -0.32689 0.532 0.468
#> SRR1609602 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609603 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609604 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609605 2 0.5059 0.68430 0.112 0.888
#> SRR1609606 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609607 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609608 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609609 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609610 2 0.9795 0.58985 0.416 0.584
#> SRR1609611 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609613 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609612 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609614 1 0.7674 0.52912 0.776 0.224
#> SRR1609615 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609616 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609617 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609618 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609619 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609620 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609621 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609622 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609623 1 0.1184 0.83729 0.984 0.016
#> SRR1609624 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609625 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609626 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609627 2 0.8763 0.63239 0.296 0.704
#> SRR1609628 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609629 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609630 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609631 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609632 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609633 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609634 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609635 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609636 2 0.2236 0.67121 0.036 0.964
#> SRR1609637 2 0.9944 0.51473 0.456 0.544
#> SRR1609638 2 0.5519 0.68057 0.128 0.872
#> SRR1609639 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609640 1 0.6148 0.67550 0.848 0.152
#> SRR1609641 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609642 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609643 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609644 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609645 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609646 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609647 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609649 2 0.9963 0.49750 0.464 0.536
#> SRR1609648 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609651 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609650 2 0.6531 0.67078 0.168 0.832
#> SRR1609652 1 0.1414 0.83447 0.980 0.020
#> SRR1609653 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609654 1 0.7602 0.61825 0.780 0.220
#> SRR1609655 2 0.9754 0.59775 0.408 0.592
#> SRR1609657 1 0.9580 0.00766 0.620 0.380
#> SRR1609656 1 0.0000 0.84723 1.000 0.000
#> SRR1609658 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609659 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609660 2 0.9833 0.57628 0.424 0.576
#> SRR1609661 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609662 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609663 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609664 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609665 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609666 2 0.3274 0.65806 0.060 0.940
#> SRR1609667 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
#> SRR1609668 2 0.0000 0.70146 0.000 1.000
#> SRR1609669 2 0.9775 0.59623 0.412 0.588
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1609360 3 0.4178 0.7268 0.172 0.000 0.828
#> SRR1609361 1 0.5497 0.3414 0.708 0.000 0.292
#> SRR1609362 3 0.3267 0.8166 0.116 0.000 0.884
#> SRR1609363 2 0.3116 0.8501 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609364 2 0.3116 0.8501 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609365 3 0.4291 0.8092 0.180 0.000 0.820
#> SRR1609366 2 0.3941 0.8205 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609367 1 0.1860 0.6949 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609368 2 0.4062 0.8140 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609369 2 0.7545 0.6511 0.136 0.692 0.172
#> SRR1609370 1 0.7772 0.6939 0.676 0.152 0.172
#> SRR1609371 3 0.4399 0.7658 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609372 1 0.8659 0.6350 0.596 0.228 0.176
#> SRR1609373 2 0.3192 0.8485 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609374 2 0.3816 0.8264 0.000 0.852 0.148
#> SRR1609375 2 0.4291 0.7995 0.000 0.820 0.180
#> SRR1609377 2 0.5036 0.7989 0.020 0.808 0.172
#> SRR1609376 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609378 3 0.1163 0.8109 0.028 0.000 0.972
#> SRR1609379 1 0.9314 0.4744 0.492 0.328 0.180
#> SRR1609382 3 0.1411 0.8055 0.000 0.036 0.964
#> SRR1609383 1 0.6225 0.1835 0.568 0.000 0.432
#> SRR1609381 1 0.8992 0.5833 0.552 0.272 0.176
#> SRR1609384 2 0.6808 0.7230 0.084 0.732 0.184
#> SRR1609386 2 0.4861 0.7948 0.012 0.808 0.180
#> SRR1609385 1 0.8981 0.5870 0.556 0.264 0.180
#> SRR1609387 1 0.7702 0.6920 0.680 0.140 0.180
#> SRR1609388 2 0.2537 0.8574 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609390 1 0.9048 0.5631 0.540 0.288 0.172
#> SRR1609393 3 0.0747 0.8028 0.000 0.016 0.984
#> SRR1609394 2 0.0592 0.8547 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609392 2 0.2537 0.8574 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609391 3 0.4121 0.7110 0.000 0.168 0.832
#> SRR1609395 1 0.7585 0.6933 0.688 0.132 0.180
#> SRR1609396 1 0.8803 0.6176 0.580 0.240 0.180
#> SRR1609398 2 0.4861 0.7948 0.012 0.808 0.180
#> SRR1609399 1 0.7644 0.6996 0.684 0.180 0.136
#> SRR1609400 1 0.7129 0.6959 0.716 0.104 0.180
#> SRR1609397 2 0.1289 0.8585 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609401 2 0.1964 0.8594 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609402 2 0.3192 0.8485 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609405 2 0.4539 0.8199 0.016 0.836 0.148
#> SRR1609404 3 0.1163 0.8011 0.000 0.028 0.972
#> SRR1609406 2 0.0592 0.8547 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609408 2 0.0592 0.8547 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609403 1 0.9250 0.5199 0.512 0.304 0.184
#> SRR1609410 1 0.9211 0.5180 0.512 0.312 0.176
#> SRR1609411 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609407 2 0.2959 0.8530 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609413 1 0.9073 0.5735 0.544 0.272 0.184
#> SRR1609412 2 0.6804 -0.2557 0.460 0.528 0.012
#> SRR1609414 1 0.7433 0.6975 0.700 0.132 0.168
#> SRR1609415 1 0.8350 0.6645 0.628 0.196 0.176
#> SRR1609416 1 0.1031 0.6909 0.976 0.000 0.024
#> SRR1609417 1 0.0747 0.6810 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609418 1 0.9192 0.5307 0.520 0.300 0.180
#> SRR1609419 2 0.0237 0.8525 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609420 1 0.9303 0.4960 0.500 0.316 0.184
#> SRR1609421 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609422 3 0.6724 0.3586 0.012 0.420 0.568
#> SRR1609423 3 0.4452 0.8091 0.192 0.000 0.808
#> SRR1609424 3 0.4452 0.7707 0.000 0.192 0.808
#> SRR1609425 2 0.4749 0.8025 0.012 0.816 0.172
#> SRR1609426 2 0.2537 0.8574 0.000 0.920 0.080
#> SRR1609427 1 0.0592 0.6885 0.988 0.000 0.012
#> SRR1609428 2 0.0237 0.8525 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609429 2 0.8689 0.3901 0.248 0.588 0.164
#> SRR1609430 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609431 2 0.2796 0.8552 0.000 0.908 0.092
#> SRR1609432 2 0.3879 0.8235 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609433 1 0.1860 0.6937 0.948 0.000 0.052
#> SRR1609434 3 0.0592 0.8038 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609435 1 0.7759 0.6911 0.676 0.144 0.180
#> SRR1609436 1 0.5581 0.7151 0.792 0.168 0.040
#> SRR1609437 2 0.6181 0.7144 0.072 0.772 0.156
#> SRR1609438 3 0.0592 0.8038 0.000 0.012 0.988
#> SRR1609439 1 0.0747 0.6763 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609440 1 0.8026 0.6855 0.656 0.164 0.180
#> SRR1609441 2 0.3039 0.8538 0.036 0.920 0.044
#> SRR1609442 2 0.4178 0.8089 0.000 0.828 0.172
#> SRR1609443 1 0.0424 0.6940 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609444 1 0.9153 0.5342 0.524 0.300 0.176
#> SRR1609445 1 0.6745 0.5034 0.560 0.428 0.012
#> SRR1609446 2 0.2339 0.8300 0.048 0.940 0.012
#> SRR1609447 1 0.5746 0.6934 0.780 0.040 0.180
#> SRR1609448 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609449 1 0.6387 0.6453 0.680 0.300 0.020
#> SRR1609450 2 0.3267 0.8464 0.000 0.884 0.116
#> SRR1609451 1 0.0424 0.6929 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609452 2 0.3618 0.7747 0.104 0.884 0.012
#> SRR1609453 1 0.8512 0.6482 0.612 0.212 0.176
#> SRR1609454 2 0.0829 0.8436 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609455 1 0.9129 0.5515 0.532 0.288 0.180
#> SRR1609456 2 0.0661 0.8512 0.008 0.988 0.004
#> SRR1609457 1 0.0424 0.6940 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609458 1 0.7126 0.7012 0.720 0.116 0.164
#> SRR1609459 2 0.0829 0.8466 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609460 2 0.1163 0.8586 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609461 1 0.6448 0.6104 0.636 0.352 0.012
#> SRR1609462 1 0.0424 0.6881 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609464 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609463 1 0.9002 0.5364 0.532 0.312 0.156
#> SRR1609465 2 0.1964 0.8595 0.000 0.944 0.056
#> SRR1609466 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609467 1 0.0237 0.6902 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609469 3 0.4605 0.8074 0.204 0.000 0.796
#> SRR1609470 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609472 3 0.5016 0.7858 0.240 0.000 0.760
#> SRR1609471 1 0.8845 0.6143 0.576 0.240 0.184
#> SRR1609474 2 0.1015 0.8471 0.008 0.980 0.012
#> SRR1609473 3 0.4399 0.8106 0.188 0.000 0.812
#> SRR1609475 3 0.2066 0.8076 0.000 0.060 0.940
#> SRR1609478 3 0.4654 0.8060 0.208 0.000 0.792
#> SRR1609476 1 0.0592 0.6956 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609477 1 0.3112 0.6788 0.916 0.056 0.028
#> SRR1609479 2 0.3116 0.8504 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609481 3 0.4605 0.7572 0.000 0.204 0.796
#> SRR1609480 1 0.0747 0.6763 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609482 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609484 3 0.4058 0.8220 0.044 0.076 0.880
#> SRR1609483 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609486 1 0.0237 0.6902 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609485 1 0.0237 0.6902 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609487 2 0.5277 0.7885 0.024 0.796 0.180
#> SRR1609488 1 0.8720 0.5688 0.560 0.304 0.136
#> SRR1609489 2 0.3192 0.8485 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609490 2 0.4136 0.8425 0.020 0.864 0.116
#> SRR1609491 2 0.1267 0.8477 0.024 0.972 0.004
#> SRR1609492 2 0.0237 0.8525 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609493 2 0.3879 0.8235 0.000 0.848 0.152
#> SRR1609494 2 0.1163 0.8577 0.000 0.972 0.028
#> SRR1609495 1 0.1289 0.6922 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609496 1 0.0747 0.6965 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609497 1 0.0747 0.6965 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609498 1 0.4099 0.7158 0.852 0.140 0.008
#> SRR1609499 2 0.2711 0.8561 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609500 1 0.6856 0.7101 0.740 0.132 0.128
#> SRR1609501 2 0.2711 0.8563 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609502 2 0.0829 0.8436 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609503 3 0.6702 0.6951 0.328 0.024 0.648
#> SRR1609504 1 0.7923 0.6881 0.664 0.156 0.180
#> SRR1609505 1 0.4892 0.7081 0.840 0.048 0.112
#> SRR1609506 2 0.1289 0.8583 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609507 1 0.0592 0.6949 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609508 2 0.0424 0.8486 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609509 2 0.0237 0.8525 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609510 2 0.4062 0.8177 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609512 1 0.0592 0.6956 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609511 1 0.1163 0.6746 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609513 1 0.0424 0.6881 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609514 3 0.4974 0.7883 0.236 0.000 0.764
#> SRR1609515 2 0.3941 0.8205 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609516 2 0.1482 0.8443 0.020 0.968 0.012
#> SRR1609517 2 0.0829 0.8436 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609518 1 0.9042 0.5721 0.544 0.280 0.176
#> SRR1609519 1 0.0424 0.6881 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609520 3 0.4504 0.8086 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609521 1 0.1774 0.7028 0.960 0.024 0.016
#> SRR1609522 1 0.1751 0.6917 0.960 0.028 0.012
#> SRR1609523 2 0.0000 0.8521 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609524 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609526 1 0.0424 0.6903 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609525 2 0.0829 0.8466 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609527 1 0.9151 0.5448 0.528 0.292 0.180
#> SRR1609529 1 0.3213 0.6993 0.900 0.092 0.008
#> SRR1609528 3 0.5465 0.7542 0.288 0.000 0.712
#> SRR1609530 1 0.0237 0.6902 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609531 2 0.2356 0.8583 0.000 0.928 0.072
#> SRR1609532 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609533 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609534 1 0.4692 0.6671 0.820 0.168 0.012
#> SRR1609535 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609537 2 0.2959 0.8529 0.000 0.900 0.100
#> SRR1609536 1 0.6763 0.4852 0.552 0.436 0.012
#> SRR1609538 2 0.3192 0.8485 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609539 1 0.6228 0.6452 0.672 0.316 0.012
#> SRR1609540 1 0.4357 0.7166 0.868 0.080 0.052
#> SRR1609541 3 0.4504 0.8086 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609542 2 0.3116 0.8501 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609543 1 0.1753 0.6935 0.952 0.000 0.048
#> SRR1609544 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609545 1 0.6004 0.7030 0.780 0.064 0.156
#> SRR1609546 1 0.6647 0.4644 0.540 0.452 0.008
#> SRR1609547 1 0.4805 0.6733 0.812 0.176 0.012
#> SRR1609548 2 0.6584 0.0682 0.380 0.608 0.012
#> SRR1609549 2 0.0424 0.8486 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609550 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609551 1 0.6793 0.4565 0.536 0.452 0.012
#> SRR1609552 1 0.0237 0.6902 0.996 0.004 0.000
#> SRR1609553 1 0.5443 0.6850 0.736 0.260 0.004
#> SRR1609554 2 0.5659 0.5098 0.248 0.740 0.012
#> SRR1609555 1 0.7596 0.6815 0.672 0.228 0.100
#> SRR1609556 1 0.0661 0.6918 0.988 0.004 0.008
#> SRR1609557 2 0.3459 0.7869 0.096 0.892 0.012
#> SRR1609558 2 0.6688 -0.0625 0.408 0.580 0.012
#> SRR1609559 2 0.6771 -0.1895 0.440 0.548 0.012
#> SRR1609560 2 0.9462 -0.2204 0.400 0.420 0.180
#> SRR1609561 1 0.0424 0.6932 0.992 0.008 0.000
#> SRR1609562 2 0.5147 0.7909 0.020 0.800 0.180
#> SRR1609563 2 0.0661 0.8515 0.008 0.988 0.004
#> SRR1609564 1 0.7462 0.6944 0.696 0.124 0.180
#> SRR1609565 2 0.1289 0.8583 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609566 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609567 2 0.0424 0.8509 0.000 0.992 0.008
#> SRR1609568 1 0.9335 0.4788 0.492 0.324 0.184
#> SRR1609569 1 0.2878 0.6947 0.904 0.000 0.096
#> SRR1609570 1 0.2939 0.6860 0.916 0.072 0.012
#> SRR1609571 1 0.6309 -0.4851 0.500 0.000 0.500
#> SRR1609572 1 0.1163 0.6915 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609573 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609574 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609575 3 0.4974 0.5322 0.000 0.236 0.764
#> SRR1609576 2 0.3192 0.8485 0.000 0.888 0.112
#> SRR1609578 2 0.6819 -0.3078 0.476 0.512 0.012
#> SRR1609577 1 0.2261 0.6970 0.932 0.000 0.068
#> SRR1609579 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609580 1 0.6510 0.5943 0.624 0.364 0.012
#> SRR1609582 1 0.8659 0.6350 0.596 0.228 0.176
#> SRR1609581 2 0.4807 0.8292 0.060 0.848 0.092
#> SRR1609583 1 0.9364 0.3741 0.456 0.372 0.172
#> SRR1609584 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1609585 1 0.2301 0.7100 0.936 0.060 0.004
#> SRR1609586 2 0.1289 0.8583 0.000 0.968 0.032
#> SRR1609587 1 0.5060 0.6562 0.816 0.156 0.028
#> SRR1609588 2 0.3502 0.8552 0.020 0.896 0.084
#> SRR1609589 2 0.4609 0.8352 0.052 0.856 0.092
#> SRR1609590 1 0.0747 0.6896 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609592 2 0.6823 -0.3313 0.484 0.504 0.012
#> SRR1609591 2 0.6678 -0.3181 0.480 0.512 0.008
#> SRR1609593 2 0.1015 0.8467 0.008 0.980 0.012
#> SRR1609594 3 0.0848 0.8069 0.008 0.008 0.984
#> SRR1609595 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609596 2 0.3116 0.8501 0.000 0.892 0.108
#> SRR1609597 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609598 3 0.4504 0.8081 0.196 0.000 0.804
#> SRR1609599 3 0.4555 0.8073 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609600 1 0.0747 0.6965 0.984 0.016 0.000
#> SRR1609601 1 0.9328 0.5871 0.520 0.232 0.248
#> SRR1609602 3 0.4555 0.8073 0.200 0.000 0.800
#> SRR1609603 2 0.9494 -0.2561 0.408 0.408 0.184
#> SRR1609604 3 0.3752 0.7782 0.000 0.144 0.856
#> SRR1609605 2 0.0829 0.8466 0.004 0.984 0.012
#> SRR1609606 2 0.1015 0.8407 0.008 0.980 0.012
#> SRR1609607 1 0.6745 0.5005 0.560 0.428 0.012
#> SRR1609608 1 0.6735 0.5042 0.564 0.424 0.012
#> SRR1609609 2 0.2845 0.8150 0.068 0.920 0.012
#> SRR1609610 1 0.3619 0.7149 0.864 0.136 0.000
#> SRR1609611 3 0.4291 0.7786 0.000 0.180 0.820
#> SRR1609613 2 0.4062 0.8140 0.000 0.836 0.164
#> SRR1609612 1 0.6717 0.5888 0.628 0.352 0.020
#> SRR1609614 1 0.0592 0.6956 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609615 1 0.8939 0.5907 0.560 0.264 0.176
#> SRR1609616 1 0.9042 0.5721 0.544 0.280 0.176
#> SRR1609617 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609618 1 0.5502 0.6915 0.744 0.248 0.008
#> SRR1609619 1 0.6688 0.5378 0.580 0.408 0.012
#> SRR1609620 3 0.4062 0.7492 0.000 0.164 0.836
#> SRR1609621 2 0.3340 0.8459 0.000 0.880 0.120
#> SRR1609622 1 0.0424 0.6881 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609623 1 0.2066 0.6942 0.940 0.000 0.060
#> SRR1609624 1 0.9073 0.5735 0.544 0.272 0.184
#> SRR1609625 1 0.9042 0.5721 0.544 0.280 0.176
#> SRR1609626 1 0.0747 0.6763 0.984 0.000 0.016
#> SRR1609627 2 0.5008 0.7927 0.016 0.804 0.180
#> SRR1609628 2 0.2448 0.8580 0.000 0.924 0.076
#> SRR1609629 1 0.6200 0.6513 0.676 0.312 0.012
#> SRR1609630 2 0.3941 0.8205 0.000 0.844 0.156
#> SRR1609631 1 0.9153 0.5400 0.524 0.300 0.176
#> SRR1609632 1 0.9425 0.3744 0.452 0.368 0.180
#> SRR1609633 1 0.7524 0.6939 0.692 0.128 0.180
#> SRR1609634 2 0.0237 0.8505 0.000 0.996 0.004
#> SRR1609635 3 0.6267 0.5572 0.452 0.000 0.548
#> SRR1609636 3 0.4399 0.7732 0.000 0.188 0.812
#> SRR1609637 1 0.5267 0.7035 0.816 0.044 0.140
#> SRR1609638 2 0.3045 0.8591 0.020 0.916 0.064
#> SRR1609639 2 0.2066 0.8593 0.000 0.940 0.060
#> SRR1609640 1 0.1315 0.6968 0.972 0.008 0.020
#> SRR1609641 1 0.9151 0.5448 0.528 0.292 0.180
#> SRR1609642 1 0.9048 0.5792 0.548 0.268 0.184
#> SRR1609643 1 0.7366 0.4379 0.524 0.444 0.032
#> SRR1609644 1 0.9492 0.2724 0.416 0.400 0.184
#> SRR1609645 1 0.6786 0.4674 0.540 0.448 0.012
#> SRR1609646 1 0.0237 0.6886 0.996 0.000 0.004
#> SRR1609647 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609649 1 0.2096 0.7084 0.944 0.052 0.004
#> SRR1609648 2 0.3340 0.8443 0.000 0.880 0.120
#> SRR1609651 2 0.0000 0.8521 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609650 2 0.1482 0.8418 0.020 0.968 0.012
#> SRR1609652 1 0.0592 0.6948 0.988 0.012 0.000
#> SRR1609653 2 0.3412 0.8422 0.000 0.876 0.124
#> SRR1609654 1 0.9260 -0.2080 0.464 0.160 0.376
#> SRR1609655 2 0.5315 0.5761 0.216 0.772 0.012
#> SRR1609657 1 0.5627 0.6884 0.780 0.032 0.188
#> SRR1609656 1 0.4974 0.3595 0.764 0.000 0.236
#> SRR1609658 2 0.0592 0.8462 0.000 0.988 0.012
#> SRR1609659 2 0.1860 0.8594 0.000 0.948 0.052
#> SRR1609660 1 0.6934 0.6077 0.624 0.348 0.028
#> SRR1609661 1 0.8157 0.4924 0.540 0.384 0.076
#> SRR1609662 2 0.3038 0.8516 0.000 0.896 0.104
#> SRR1609663 1 0.6200 0.6484 0.676 0.312 0.012
#> SRR1609664 2 0.2711 0.8563 0.000 0.912 0.088
#> SRR1609665 2 0.4178 0.8069 0.000 0.828 0.172
#> SRR1609666 3 0.1989 0.7832 0.004 0.048 0.948
#> SRR1609667 1 0.7927 0.6894 0.664 0.160 0.176
#> SRR1609668 3 0.2356 0.7748 0.000 0.072 0.928
#> SRR1609669 1 0.9400 0.4080 0.464 0.356 0.180
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1609360 1 0.4883 0.5403 0.696 0.000 0.016 0.288
#> SRR1609361 1 0.6928 0.4780 0.576 0.000 0.156 0.268
#> SRR1609362 4 0.3587 0.7838 0.104 0.000 0.040 0.856
#> SRR1609363 2 0.3948 0.8512 0.096 0.840 0.000 0.064
#> SRR1609364 2 0.3885 0.8521 0.092 0.844 0.000 0.064
#> SRR1609365 4 0.5248 0.7180 0.164 0.000 0.088 0.748
#> SRR1609366 2 0.4621 0.8272 0.128 0.796 0.000 0.076
#> SRR1609367 1 0.4057 0.7621 0.812 0.000 0.160 0.028
#> SRR1609368 2 0.4514 0.8294 0.136 0.800 0.000 0.064
#> SRR1609369 1 0.2859 0.7759 0.880 0.112 0.000 0.008
#> SRR1609370 1 0.0967 0.8345 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR1609371 4 0.3208 0.7413 0.000 0.148 0.004 0.848
#> SRR1609372 1 0.0844 0.8349 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1609373 2 0.3948 0.8504 0.096 0.840 0.000 0.064
#> SRR1609374 2 0.4227 0.8402 0.120 0.820 0.000 0.060
#> SRR1609375 2 0.6635 0.3759 0.388 0.524 0.000 0.088
#> SRR1609377 1 0.4697 0.5126 0.696 0.296 0.000 0.008
#> SRR1609376 2 0.1635 0.8463 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1609378 4 0.3266 0.7828 0.108 0.000 0.024 0.868
#> SRR1609379 1 0.1109 0.8283 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1609382 4 0.2156 0.8001 0.004 0.060 0.008 0.928
#> SRR1609383 1 0.2840 0.8121 0.900 0.000 0.056 0.044
#> SRR1609381 1 0.1443 0.8322 0.960 0.028 0.004 0.008
#> SRR1609384 1 0.4700 0.7225 0.792 0.084 0.000 0.124
#> SRR1609386 1 0.5442 0.3913 0.636 0.336 0.000 0.028
#> SRR1609385 1 0.2153 0.8287 0.936 0.020 0.008 0.036
#> SRR1609387 1 0.1584 0.8310 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1609388 2 0.3687 0.8552 0.080 0.856 0.000 0.064
#> SRR1609390 1 0.2189 0.8254 0.932 0.044 0.004 0.020
#> SRR1609393 4 0.2586 0.8037 0.048 0.040 0.000 0.912
#> SRR1609394 2 0.2644 0.8631 0.032 0.908 0.000 0.060
#> SRR1609392 2 0.3691 0.8547 0.076 0.856 0.000 0.068
#> SRR1609391 4 0.6561 0.3101 0.092 0.344 0.000 0.564
#> SRR1609395 1 0.0524 0.8340 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609396 1 0.0564 0.8341 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1609398 1 0.3945 0.6336 0.780 0.216 0.000 0.004
#> SRR1609399 1 0.2094 0.8332 0.940 0.024 0.024 0.012
#> SRR1609400 1 0.1059 0.8338 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1609397 2 0.2483 0.8688 0.052 0.916 0.000 0.032
#> SRR1609401 2 0.2266 0.8667 0.084 0.912 0.000 0.004
#> SRR1609402 2 0.4130 0.8454 0.108 0.828 0.000 0.064
#> SRR1609405 2 0.5138 0.4646 0.392 0.600 0.000 0.008
#> SRR1609404 4 0.2179 0.7983 0.012 0.064 0.000 0.924
#> SRR1609406 2 0.2443 0.8659 0.060 0.916 0.000 0.024
#> SRR1609408 2 0.1798 0.8687 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR1609403 1 0.0937 0.8290 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1609410 1 0.1847 0.8228 0.940 0.052 0.004 0.004
#> SRR1609411 2 0.1975 0.8419 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1609407 2 0.2924 0.8609 0.100 0.884 0.000 0.016
#> SRR1609413 1 0.0524 0.8333 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1609412 2 0.3387 0.8257 0.012 0.884 0.052 0.052
#> SRR1609414 1 0.2658 0.8210 0.904 0.004 0.080 0.012
#> SRR1609415 1 0.0188 0.8337 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1609416 1 0.5309 0.6544 0.700 0.000 0.256 0.044
#> SRR1609417 3 0.1610 0.8054 0.000 0.016 0.952 0.032
#> SRR1609418 1 0.1191 0.8314 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1609419 2 0.1890 0.8599 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1609420 1 0.1610 0.8270 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR1609421 2 0.2908 0.8429 0.000 0.896 0.040 0.064
#> SRR1609422 4 0.6980 0.4371 0.000 0.332 0.132 0.536
#> SRR1609423 4 0.4010 0.7832 0.028 0.000 0.156 0.816
#> SRR1609424 4 0.3380 0.7771 0.004 0.136 0.008 0.852
#> SRR1609425 2 0.5016 0.4963 0.396 0.600 0.000 0.004
#> SRR1609426 2 0.3383 0.8608 0.076 0.872 0.000 0.052
#> SRR1609427 1 0.5511 0.5403 0.636 0.000 0.332 0.032
#> SRR1609428 2 0.2111 0.8658 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1609429 1 0.5308 0.0423 0.540 0.452 0.004 0.004
#> SRR1609430 3 0.1356 0.8027 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1609431 2 0.3833 0.8528 0.072 0.848 0.000 0.080
#> SRR1609432 2 0.4415 0.8297 0.140 0.804 0.000 0.056
#> SRR1609433 1 0.5250 0.7138 0.736 0.000 0.196 0.068
#> SRR1609434 4 0.2319 0.8043 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1609435 1 0.0524 0.8340 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609436 1 0.5339 0.6425 0.688 0.040 0.272 0.000
#> SRR1609437 2 0.6146 0.5322 0.044 0.620 0.012 0.324
#> SRR1609438 4 0.2805 0.7889 0.100 0.012 0.000 0.888
#> SRR1609439 3 0.2563 0.7946 0.020 0.000 0.908 0.072
#> SRR1609440 1 0.0524 0.8340 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1609441 2 0.3502 0.8452 0.016 0.868 0.016 0.100
#> SRR1609442 2 0.4898 0.8176 0.116 0.780 0.000 0.104
#> SRR1609443 3 0.4482 0.7250 0.148 0.016 0.808 0.028
#> SRR1609444 1 0.2297 0.8203 0.928 0.044 0.004 0.024
#> SRR1609445 3 0.4348 0.7058 0.000 0.196 0.780 0.024
#> SRR1609446 2 0.2586 0.8302 0.000 0.912 0.040 0.048
#> SRR1609447 1 0.1209 0.8316 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1609448 2 0.1854 0.8498 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR1609449 1 0.5642 0.7524 0.756 0.088 0.132 0.024
#> SRR1609450 2 0.3934 0.8487 0.116 0.836 0.000 0.048
#> SRR1609451 3 0.6196 0.3820 0.340 0.024 0.608 0.028
#> SRR1609452 2 0.5754 0.4563 0.000 0.636 0.316 0.048
#> SRR1609453 1 0.4704 0.7798 0.816 0.028 0.048 0.108
#> SRR1609454 2 0.2494 0.8323 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR1609455 1 0.4428 0.7369 0.808 0.068 0.000 0.124
#> SRR1609456 2 0.0804 0.8599 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1609457 3 0.1721 0.8088 0.012 0.008 0.952 0.028
#> SRR1609458 1 0.2053 0.8266 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR1609459 2 0.2675 0.8289 0.000 0.908 0.048 0.044
#> SRR1609460 2 0.2399 0.8668 0.032 0.920 0.000 0.048
#> SRR1609461 3 0.4105 0.7376 0.000 0.156 0.812 0.032
#> SRR1609462 1 0.5212 0.3701 0.572 0.000 0.420 0.008
#> SRR1609464 3 0.0592 0.8076 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609463 1 0.3109 0.7904 0.880 0.100 0.004 0.016
#> SRR1609465 2 0.2908 0.8624 0.040 0.896 0.000 0.064
#> SRR1609466 3 0.3392 0.7463 0.124 0.000 0.856 0.020
#> SRR1609467 3 0.2513 0.8077 0.016 0.024 0.924 0.036
#> SRR1609469 4 0.3105 0.7863 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR1609470 2 0.2214 0.8380 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1609472 4 0.3972 0.7598 0.008 0.000 0.204 0.788
#> SRR1609471 1 0.2207 0.8235 0.928 0.012 0.004 0.056
#> SRR1609474 2 0.2317 0.8454 0.012 0.928 0.012 0.048
#> SRR1609473 4 0.2589 0.7953 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1609475 4 0.2342 0.7952 0.008 0.080 0.000 0.912
#> SRR1609478 4 0.3768 0.7753 0.008 0.000 0.184 0.808
#> SRR1609476 1 0.5562 0.4306 0.588 0.008 0.392 0.012
#> SRR1609477 3 0.4359 0.7381 0.000 0.100 0.816 0.084
#> SRR1609479 2 0.4235 0.8428 0.084 0.824 0.000 0.092
#> SRR1609481 4 0.2922 0.7862 0.004 0.104 0.008 0.884
#> SRR1609480 3 0.4999 0.7038 0.012 0.044 0.772 0.172
#> SRR1609482 3 0.0927 0.8059 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1609484 4 0.2222 0.8006 0.000 0.060 0.016 0.924
#> SRR1609483 3 0.0592 0.8076 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1609486 3 0.0000 0.8083 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609485 3 0.0000 0.8083 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1609487 1 0.3444 0.6847 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1609488 1 0.4195 0.7868 0.840 0.104 0.032 0.024
#> SRR1609489 2 0.3208 0.8365 0.148 0.848 0.000 0.004
#> SRR1609490 2 0.3791 0.7888 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1609491 2 0.2870 0.8407 0.020 0.908 0.020 0.052
#> SRR1609492 2 0.1406 0.8651 0.024 0.960 0.000 0.016
#> SRR1609493 2 0.4735 0.8216 0.148 0.784 0.000 0.068
#> SRR1609494 2 0.2739 0.8625 0.036 0.904 0.000 0.060
#> SRR1609495 1 0.5471 0.6919 0.720 0.004 0.216 0.060
#> SRR1609496 3 0.3607 0.7658 0.124 0.016 0.852 0.008
#> SRR1609497 3 0.4720 0.4538 0.324 0.004 0.672 0.000
#> SRR1609498 1 0.4692 0.7831 0.812 0.044 0.120 0.024
#> SRR1609499 2 0.3399 0.8615 0.092 0.868 0.000 0.040
#> SRR1609500 1 0.2466 0.8115 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1609501 2 0.3693 0.8567 0.072 0.856 0.000 0.072
#> SRR1609502 2 0.2944 0.8292 0.004 0.900 0.044 0.052
#> SRR1609503 4 0.5947 0.6038 0.028 0.020 0.308 0.644
#> SRR1609504 1 0.0657 0.8325 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609505 1 0.2480 0.8091 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1609506 2 0.2565 0.8689 0.056 0.912 0.000 0.032
#> SRR1609507 3 0.5075 0.7073 0.164 0.028 0.776 0.032
#> SRR1609508 2 0.1109 0.8604 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1609509 2 0.1733 0.8674 0.024 0.948 0.000 0.028
#> SRR1609510 2 0.4307 0.8262 0.048 0.808 0.000 0.144
#> SRR1609512 1 0.4608 0.6082 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1609511 3 0.0592 0.8081 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1609513 3 0.3529 0.7179 0.152 0.000 0.836 0.012
#> SRR1609514 4 0.3810 0.7711 0.008 0.000 0.188 0.804
#> SRR1609515 2 0.4646 0.8296 0.120 0.796 0.000 0.084
#> SRR1609516 2 0.3005 0.8322 0.008 0.900 0.044 0.048
#> SRR1609517 2 0.2761 0.8263 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR1609518 1 0.0779 0.8330 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1609519 3 0.1854 0.7969 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1609520 4 0.3681 0.7771 0.008 0.000 0.176 0.816
#> SRR1609521 1 0.3249 0.7827 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1609522 3 0.2409 0.8004 0.004 0.032 0.924 0.040
#> SRR1609523 2 0.2673 0.8500 0.008 0.904 0.008 0.080
#> SRR1609524 2 0.1576 0.8492 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1609526 3 0.0859 0.8093 0.008 0.008 0.980 0.004
#> SRR1609525 2 0.3128 0.8286 0.000 0.884 0.076 0.040
#> SRR1609527 1 0.0779 0.8330 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1609529 3 0.1151 0.8076 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1609528 4 0.3908 0.7570 0.004 0.000 0.212 0.784
#> SRR1609530 3 0.2364 0.8052 0.008 0.028 0.928 0.036
#> SRR1609531 2 0.2983 0.8659 0.068 0.892 0.000 0.040
#> SRR1609532 3 0.1297 0.8074 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR1609533 2 0.0895 0.8602 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1609534 3 0.4436 0.7329 0.000 0.148 0.800 0.052
#> SRR1609535 2 0.0921 0.8586 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1609537 2 0.3505 0.8599 0.088 0.864 0.000 0.048
#> SRR1609536 3 0.5673 0.5833 0.000 0.288 0.660 0.052
#> SRR1609538 2 0.3278 0.8540 0.116 0.864 0.000 0.020
#> SRR1609539 3 0.3335 0.7635 0.000 0.128 0.856 0.016
#> SRR1609540 1 0.4886 0.7064 0.744 0.004 0.224 0.028
#> SRR1609541 4 0.3681 0.7771 0.008 0.000 0.176 0.816
#> SRR1609542 2 0.3399 0.8611 0.092 0.868 0.000 0.040
#> SRR1609543 1 0.3032 0.7909 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR1609544 3 0.6367 -0.0884 0.464 0.016 0.488 0.032
#> SRR1609545 1 0.1890 0.8223 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1609546 3 0.4408 0.6808 0.004 0.232 0.756 0.008
#> SRR1609547 3 0.3108 0.7711 0.000 0.112 0.872 0.016
#> SRR1609548 2 0.6209 -0.1065 0.000 0.492 0.456 0.052
#> SRR1609549 2 0.1975 0.8514 0.016 0.936 0.000 0.048
#> SRR1609550 2 0.2111 0.8556 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1609551 3 0.6160 0.4934 0.000 0.316 0.612 0.072
#> SRR1609552 3 0.0992 0.8095 0.008 0.012 0.976 0.004
#> SRR1609553 3 0.4217 0.7858 0.060 0.064 0.848 0.028
#> SRR1609554 2 0.4711 0.7388 0.008 0.796 0.144 0.052
#> SRR1609555 1 0.6294 0.4998 0.612 0.060 0.320 0.008
#> SRR1609556 1 0.4158 0.7092 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR1609557 2 0.3638 0.7899 0.000 0.848 0.120 0.032
#> SRR1609558 2 0.3567 0.8067 0.004 0.868 0.076 0.052
#> SRR1609559 2 0.3652 0.7925 0.000 0.856 0.092 0.052
#> SRR1609560 1 0.2048 0.8038 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR1609561 3 0.0564 0.8092 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1609562 1 0.4746 0.4775 0.688 0.304 0.000 0.008
#> SRR1609563 2 0.2494 0.8573 0.036 0.916 0.000 0.048
#> SRR1609564 1 0.1151 0.8321 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1609565 2 0.2926 0.8638 0.048 0.896 0.000 0.056
#> SRR1609566 2 0.2010 0.8556 0.004 0.932 0.004 0.060
#> SRR1609567 2 0.2101 0.8589 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR1609568 1 0.0921 0.8266 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1609569 1 0.2831 0.7976 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1609570 3 0.4059 0.7721 0.008 0.092 0.844 0.056
#> SRR1609571 3 0.4535 0.5590 0.016 0.000 0.744 0.240
#> SRR1609572 1 0.5767 0.6180 0.660 0.000 0.280 0.060
#> SRR1609573 3 0.1284 0.8042 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1609574 3 0.2089 0.7964 0.048 0.000 0.932 0.020
#> SRR1609575 4 0.4894 0.7070 0.100 0.120 0.000 0.780
#> SRR1609576 2 0.3052 0.8445 0.136 0.860 0.000 0.004
#> SRR1609578 2 0.2895 0.8684 0.044 0.908 0.032 0.016
#> SRR1609577 1 0.5096 0.7298 0.756 0.004 0.184 0.056
#> SRR1609579 3 0.1109 0.8056 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1609580 3 0.4136 0.7025 0.000 0.196 0.788 0.016
#> SRR1609582 1 0.0992 0.8347 0.976 0.012 0.004 0.008
#> SRR1609581 2 0.3986 0.8417 0.132 0.832 0.004 0.032
#> SRR1609583 1 0.7231 0.0395 0.468 0.404 0.004 0.124
#> SRR1609584 3 0.1398 0.8019 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1609585 1 0.4578 0.7400 0.784 0.016 0.184 0.016
#> SRR1609586 2 0.2797 0.8624 0.068 0.900 0.000 0.032
#> SRR1609587 3 0.4123 0.7405 0.000 0.136 0.820 0.044
#> SRR1609588 2 0.3400 0.8456 0.128 0.856 0.004 0.012
#> SRR1609589 2 0.3626 0.8410 0.136 0.844 0.004 0.016
#> SRR1609590 1 0.6130 0.2675 0.512 0.000 0.440 0.048
#> SRR1609592 2 0.5807 0.3140 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1609591 2 0.2224 0.8413 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1609593 2 0.2936 0.8279 0.004 0.900 0.056 0.040
#> SRR1609594 4 0.2852 0.8068 0.064 0.024 0.008 0.904
#> SRR1609595 2 0.2300 0.8367 0.000 0.924 0.028 0.048
#> SRR1609596 2 0.3810 0.8540 0.092 0.848 0.000 0.060
#> SRR1609597 2 0.1022 0.8610 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1609598 4 0.3428 0.7860 0.012 0.000 0.144 0.844
#> SRR1609599 4 0.3900 0.7811 0.020 0.000 0.164 0.816
#> SRR1609600 3 0.4803 0.5942 0.248 0.008 0.732 0.012
#> SRR1609601 1 0.0859 0.8318 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1609602 4 0.3836 0.7800 0.016 0.000 0.168 0.816
#> SRR1609603 1 0.1411 0.8261 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1609604 4 0.3249 0.7585 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR1609605 2 0.2399 0.8488 0.000 0.920 0.032 0.048
#> SRR1609606 2 0.3383 0.8042 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1609607 3 0.5288 0.6575 0.000 0.224 0.720 0.056
#> SRR1609608 3 0.5668 0.5714 0.000 0.300 0.652 0.048
#> SRR1609609 2 0.3257 0.8254 0.008 0.888 0.052 0.052
#> SRR1609610 3 0.3360 0.7648 0.124 0.008 0.860 0.008
#> SRR1609611 4 0.2520 0.7932 0.004 0.088 0.004 0.904
#> SRR1609613 2 0.4916 0.7922 0.184 0.760 0.000 0.056
#> SRR1609612 3 0.5430 0.7211 0.104 0.132 0.756 0.008
#> SRR1609614 1 0.6130 0.3759 0.548 0.000 0.400 0.052
#> SRR1609615 1 0.3684 0.7998 0.868 0.036 0.016 0.080
#> SRR1609616 1 0.0844 0.8334 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR1609617 2 0.2142 0.8539 0.000 0.928 0.016 0.056
#> SRR1609618 3 0.1411 0.8136 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1609619 3 0.3743 0.7658 0.016 0.160 0.824 0.000
#> SRR1609620 4 0.4576 0.6781 0.020 0.232 0.000 0.748
#> SRR1609621 2 0.4203 0.8410 0.068 0.824 0.000 0.108
#> SRR1609622 3 0.2255 0.7874 0.068 0.000 0.920 0.012
#> SRR1609623 1 0.5429 0.7163 0.732 0.004 0.196 0.068
#> SRR1609624 1 0.0712 0.8336 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1609625 1 0.1229 0.8323 0.968 0.008 0.004 0.020
#> SRR1609626 3 0.2256 0.7958 0.020 0.000 0.924 0.056
#> SRR1609627 1 0.4382 0.5047 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1609628 2 0.4017 0.8362 0.128 0.828 0.000 0.044
#> SRR1609629 3 0.3048 0.7900 0.000 0.108 0.876 0.016
#> SRR1609630 2 0.4356 0.8302 0.148 0.804 0.000 0.048
#> SRR1609631 1 0.1909 0.8257 0.940 0.048 0.004 0.008
#> SRR1609632 1 0.1706 0.8193 0.948 0.036 0.000 0.016
#> SRR1609633 1 0.0804 0.8345 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1609634 2 0.0937 0.8626 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1609635 4 0.4990 0.5670 0.008 0.000 0.352 0.640
#> SRR1609636 4 0.3257 0.7687 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR1609637 1 0.1743 0.8235 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1609638 2 0.3048 0.8574 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR1609639 2 0.2402 0.8666 0.076 0.912 0.000 0.012
#> SRR1609640 1 0.3636 0.7600 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1609641 1 0.0712 0.8329 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1609642 1 0.0376 0.8336 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1609643 2 0.7491 0.5504 0.260 0.584 0.120 0.036
#> SRR1609644 1 0.1724 0.8241 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1609645 3 0.6283 0.6582 0.052 0.200 0.700 0.048
#> SRR1609646 3 0.1489 0.8011 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1609647 2 0.1356 0.8534 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1609649 1 0.4507 0.7303 0.776 0.012 0.200 0.012
#> SRR1609648 2 0.4106 0.8480 0.084 0.832 0.000 0.084
#> SRR1609651 2 0.2844 0.8594 0.052 0.900 0.000 0.048
#> SRR1609650 2 0.4290 0.7349 0.000 0.800 0.164 0.036
#> SRR1609652 3 0.2860 0.7787 0.100 0.008 0.888 0.004
#> SRR1609653 2 0.4188 0.8437 0.112 0.824 0.000 0.064
#> SRR1609654 3 0.6033 0.6381 0.000 0.204 0.680 0.116
#> SRR1609655 2 0.5184 0.6241 0.000 0.732 0.212 0.056
#> SRR1609657 1 0.2174 0.8262 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR1609656 4 0.7553 0.2426 0.344 0.000 0.200 0.456
#> SRR1609658 2 0.1635 0.8463 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1609659 2 0.3168 0.8623 0.056 0.884 0.000 0.060
#> SRR1609660 3 0.5690 0.6198 0.000 0.216 0.700 0.084
#> SRR1609661 3 0.7700 0.4503 0.276 0.168 0.536 0.020
#> SRR1609662 2 0.2973 0.8617 0.096 0.884 0.000 0.020
#> SRR1609663 3 0.3161 0.7675 0.000 0.124 0.864 0.012
#> SRR1609664 2 0.4057 0.8236 0.152 0.816 0.000 0.032
#> SRR1609665 2 0.5327 0.7469 0.220 0.720 0.000 0.060
#> SRR1609666 1 0.4391 0.5825 0.740 0.008 0.000 0.252
#> SRR1609667 1 0.1114 0.8341 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1609668 4 0.4820 0.6116 0.296 0.012 0.000 0.692
#> SRR1609669 1 0.0921 0.8258 0.972 0.028 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1609360 1 0.4181 0.47624 0.676 0.000 0.004 0.316 0.004
#> SRR1609361 1 0.6000 0.63950 0.664 0.000 0.040 0.140 0.156
#> SRR1609362 4 0.3145 0.72926 0.136 0.000 0.012 0.844 0.008
#> SRR1609363 2 0.1419 0.65775 0.016 0.956 0.000 0.012 0.016
#> SRR1609364 2 0.1106 0.65838 0.024 0.964 0.000 0.012 0.000
#> SRR1609365 4 0.6144 0.12246 0.392 0.000 0.008 0.496 0.104
#> SRR1609366 2 0.2910 0.64544 0.052 0.888 0.000 0.036 0.024
#> SRR1609367 1 0.6442 0.63731 0.652 0.020 0.112 0.040 0.176
#> SRR1609368 2 0.3609 0.62665 0.080 0.848 0.000 0.032 0.040
#> SRR1609369 1 0.4644 0.63223 0.708 0.252 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609370 1 0.3752 0.73903 0.828 0.012 0.012 0.020 0.128
#> SRR1609371 4 0.3880 0.68651 0.000 0.044 0.004 0.800 0.152
#> SRR1609372 1 0.2340 0.75785 0.908 0.012 0.000 0.012 0.068
#> SRR1609373 2 0.1518 0.65796 0.016 0.952 0.000 0.012 0.020
#> SRR1609374 2 0.2026 0.65022 0.056 0.924 0.000 0.012 0.008
#> SRR1609375 2 0.6012 0.45210 0.200 0.648 0.000 0.032 0.120
#> SRR1609377 1 0.5386 0.62927 0.696 0.140 0.000 0.012 0.152
#> SRR1609376 2 0.4047 0.32434 0.000 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR1609378 4 0.2177 0.76126 0.080 0.000 0.008 0.908 0.004
#> SRR1609379 1 0.2647 0.75515 0.892 0.076 0.000 0.008 0.024
#> SRR1609382 4 0.4201 0.71080 0.008 0.092 0.012 0.812 0.076
#> SRR1609383 1 0.4933 0.57247 0.688 0.000 0.004 0.248 0.060
#> SRR1609381 1 0.3685 0.74037 0.816 0.020 0.000 0.016 0.148
#> SRR1609384 2 0.7465 0.21444 0.340 0.448 0.000 0.116 0.096
#> SRR1609386 1 0.5775 0.13554 0.496 0.424 0.000 0.004 0.076
#> SRR1609385 1 0.5443 0.69884 0.744 0.040 0.032 0.048 0.136
#> SRR1609387 1 0.3649 0.73619 0.848 0.008 0.012 0.052 0.080
#> SRR1609388 2 0.0960 0.65689 0.008 0.972 0.000 0.016 0.004
#> SRR1609390 1 0.2864 0.75438 0.864 0.024 0.000 0.000 0.112
#> SRR1609393 4 0.1992 0.76889 0.044 0.032 0.000 0.924 0.000
#> SRR1609394 2 0.1626 0.65027 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1609392 2 0.2095 0.65026 0.008 0.920 0.000 0.060 0.012
#> SRR1609391 2 0.5246 0.03350 0.016 0.524 0.000 0.440 0.020
#> SRR1609395 1 0.1369 0.75731 0.956 0.008 0.000 0.008 0.028
#> SRR1609396 1 0.1074 0.75738 0.968 0.012 0.000 0.004 0.016
#> SRR1609398 1 0.4702 0.69496 0.760 0.112 0.000 0.012 0.116
#> SRR1609399 1 0.4281 0.72923 0.784 0.016 0.016 0.016 0.168
#> SRR1609400 1 0.4209 0.72451 0.812 0.008 0.036 0.028 0.116
#> SRR1609397 2 0.0963 0.64852 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1609401 2 0.1369 0.65012 0.008 0.956 0.000 0.008 0.028
#> SRR1609402 2 0.1716 0.65767 0.016 0.944 0.000 0.016 0.024
#> SRR1609405 2 0.6808 0.06237 0.360 0.452 0.000 0.016 0.172
#> SRR1609404 4 0.3219 0.70903 0.000 0.136 0.004 0.840 0.020
#> SRR1609406 2 0.2520 0.61561 0.012 0.888 0.000 0.004 0.096
#> SRR1609408 2 0.1851 0.62375 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1609403 1 0.2297 0.75629 0.912 0.060 0.000 0.008 0.020
#> SRR1609410 1 0.3877 0.73563 0.816 0.128 0.000 0.016 0.040
#> SRR1609411 2 0.4562 -0.20172 0.000 0.500 0.008 0.000 0.492
#> SRR1609407 2 0.1772 0.65075 0.020 0.940 0.000 0.008 0.032
#> SRR1609413 1 0.1200 0.75553 0.964 0.012 0.000 0.008 0.016
#> SRR1609412 5 0.6532 0.61253 0.008 0.300 0.180 0.000 0.512
#> SRR1609414 1 0.6041 0.64595 0.668 0.020 0.064 0.036 0.212
#> SRR1609415 1 0.3680 0.73457 0.840 0.048 0.004 0.012 0.096
#> SRR1609416 1 0.6600 0.59788 0.616 0.000 0.140 0.068 0.176
#> SRR1609417 3 0.2370 0.69707 0.000 0.000 0.904 0.040 0.056
#> SRR1609418 1 0.1686 0.75914 0.944 0.028 0.000 0.008 0.020
#> SRR1609419 2 0.1605 0.65011 0.000 0.944 0.004 0.040 0.012
#> SRR1609420 1 0.2438 0.75473 0.908 0.008 0.000 0.040 0.044
#> SRR1609421 2 0.6323 0.40100 0.000 0.648 0.152 0.068 0.132
#> SRR1609422 3 0.8089 0.05323 0.000 0.252 0.368 0.280 0.100
#> SRR1609423 4 0.3653 0.76346 0.036 0.000 0.124 0.828 0.012
#> SRR1609424 4 0.3590 0.72750 0.000 0.148 0.016 0.820 0.016
#> SRR1609425 1 0.7035 0.14106 0.432 0.344 0.000 0.020 0.204
#> SRR1609426 2 0.0613 0.65651 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609427 1 0.6669 0.55975 0.592 0.000 0.184 0.048 0.176
#> SRR1609428 2 0.0566 0.65390 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1609429 1 0.6190 0.53007 0.600 0.148 0.000 0.016 0.236
#> SRR1609430 3 0.2645 0.68090 0.008 0.000 0.884 0.012 0.096
#> SRR1609431 2 0.8271 0.26923 0.084 0.468 0.064 0.104 0.280
#> SRR1609432 2 0.4840 0.52567 0.152 0.744 0.000 0.012 0.092
#> SRR1609433 1 0.6565 0.61126 0.628 0.000 0.092 0.112 0.168
#> SRR1609434 4 0.1646 0.76713 0.032 0.020 0.000 0.944 0.004
#> SRR1609435 1 0.1329 0.75467 0.956 0.008 0.000 0.004 0.032
#> SRR1609436 3 0.6951 -0.04693 0.408 0.064 0.460 0.016 0.052
#> SRR1609437 2 0.6667 0.43948 0.028 0.620 0.032 0.216 0.104
#> SRR1609438 4 0.2199 0.76494 0.060 0.016 0.000 0.916 0.008
#> SRR1609439 3 0.4662 0.65453 0.020 0.000 0.768 0.080 0.132
#> SRR1609440 1 0.1682 0.75584 0.940 0.012 0.000 0.004 0.044
#> SRR1609441 2 0.7287 0.35520 0.004 0.568 0.140 0.120 0.168
#> SRR1609442 2 0.6304 0.50820 0.112 0.660 0.000 0.112 0.116
#> SRR1609443 1 0.7551 0.14756 0.380 0.008 0.304 0.024 0.284
#> SRR1609444 1 0.5630 0.63463 0.668 0.072 0.000 0.032 0.228
#> SRR1609445 3 0.4387 0.64262 0.000 0.068 0.804 0.048 0.080
#> SRR1609446 2 0.4774 -0.10176 0.000 0.540 0.012 0.004 0.444
#> SRR1609447 1 0.3528 0.75586 0.864 0.044 0.036 0.008 0.048
#> SRR1609448 2 0.4390 -0.02908 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> SRR1609449 1 0.7373 0.62738 0.580 0.124 0.096 0.020 0.180
#> SRR1609450 2 0.4820 0.52805 0.140 0.748 0.000 0.012 0.100
#> SRR1609451 3 0.6792 -0.03136 0.364 0.000 0.460 0.020 0.156
#> SRR1609452 3 0.6374 0.32052 0.000 0.236 0.608 0.044 0.112
#> SRR1609453 1 0.6587 0.60625 0.620 0.028 0.020 0.124 0.208
#> SRR1609454 2 0.4415 -0.02457 0.000 0.552 0.004 0.000 0.444
#> SRR1609455 2 0.8352 0.04720 0.340 0.344 0.012 0.104 0.200
#> SRR1609456 2 0.3552 0.56160 0.000 0.812 0.012 0.012 0.164
#> SRR1609457 3 0.3567 0.68467 0.004 0.000 0.836 0.068 0.092
#> SRR1609458 1 0.6692 0.66193 0.640 0.076 0.132 0.012 0.140
#> SRR1609459 5 0.6471 0.63324 0.000 0.236 0.268 0.000 0.496
#> SRR1609460 2 0.5580 0.46250 0.040 0.680 0.016 0.028 0.236
#> SRR1609461 3 0.2753 0.66069 0.000 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1609462 1 0.6864 0.39296 0.492 0.000 0.312 0.024 0.172
#> SRR1609464 3 0.0833 0.70546 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR1609463 1 0.5185 0.49685 0.596 0.036 0.000 0.008 0.360
#> SRR1609465 2 0.4442 0.59764 0.012 0.788 0.004 0.080 0.116
#> SRR1609466 3 0.6913 0.26234 0.276 0.000 0.516 0.032 0.176
#> SRR1609467 3 0.2570 0.69833 0.004 0.000 0.880 0.008 0.108
#> SRR1609469 4 0.2548 0.76831 0.004 0.000 0.116 0.876 0.004
#> SRR1609470 2 0.5893 -0.37533 0.000 0.464 0.100 0.000 0.436
#> SRR1609472 4 0.3333 0.73425 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1609471 1 0.3142 0.74600 0.868 0.000 0.008 0.056 0.068
#> SRR1609474 2 0.4770 -0.02091 0.008 0.572 0.004 0.004 0.412
#> SRR1609473 4 0.1805 0.77179 0.004 0.008 0.048 0.936 0.004
#> SRR1609475 4 0.2251 0.75310 0.000 0.052 0.008 0.916 0.024
#> SRR1609478 4 0.3403 0.75553 0.008 0.000 0.160 0.820 0.012
#> SRR1609476 1 0.6777 0.51234 0.556 0.000 0.232 0.036 0.176
#> SRR1609477 3 0.5104 0.61375 0.000 0.040 0.748 0.100 0.112
#> SRR1609479 2 0.2971 0.63931 0.016 0.880 0.000 0.072 0.032
#> SRR1609481 4 0.6426 0.52023 0.000 0.208 0.056 0.620 0.116
#> SRR1609480 3 0.6449 0.56547 0.028 0.040 0.664 0.148 0.120
#> SRR1609482 3 0.0290 0.70622 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1609484 4 0.7322 0.15244 0.008 0.372 0.068 0.452 0.100
#> SRR1609483 3 0.2642 0.70213 0.008 0.000 0.880 0.008 0.104
#> SRR1609486 3 0.1430 0.69932 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1609485 3 0.1430 0.69932 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1609487 1 0.4990 0.67524 0.736 0.096 0.000 0.016 0.152
#> SRR1609488 1 0.6625 0.23209 0.464 0.052 0.052 0.008 0.424
#> SRR1609489 2 0.2774 0.63837 0.048 0.892 0.000 0.012 0.048
#> SRR1609490 2 0.3556 0.61600 0.104 0.840 0.000 0.012 0.044
#> SRR1609491 5 0.6627 0.58088 0.028 0.256 0.128 0.008 0.580
#> SRR1609492 2 0.2230 0.60397 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1609493 5 0.7636 -0.07737 0.280 0.336 0.008 0.028 0.348
#> SRR1609494 2 0.1357 0.65170 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1609495 1 0.6921 0.55616 0.580 0.000 0.172 0.072 0.176
#> SRR1609496 3 0.3846 0.67180 0.084 0.004 0.832 0.012 0.068
#> SRR1609497 3 0.3168 0.68700 0.064 0.004 0.872 0.008 0.052
#> SRR1609498 1 0.4687 0.73034 0.752 0.012 0.036 0.012 0.188
#> SRR1609499 2 0.2149 0.65102 0.036 0.924 0.000 0.012 0.028
#> SRR1609500 1 0.2673 0.75751 0.892 0.008 0.028 0.000 0.072
#> SRR1609501 2 0.7031 0.29444 0.008 0.544 0.148 0.040 0.260
#> SRR1609502 2 0.4655 0.18526 0.004 0.616 0.008 0.004 0.368
#> SRR1609503 4 0.5959 0.60317 0.044 0.004 0.260 0.636 0.056
#> SRR1609504 1 0.1569 0.75358 0.944 0.008 0.000 0.004 0.044
#> SRR1609505 1 0.4752 0.73657 0.780 0.028 0.044 0.016 0.132
#> SRR1609506 2 0.1059 0.65123 0.008 0.968 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609507 1 0.7260 0.12618 0.368 0.004 0.312 0.012 0.304
#> SRR1609508 2 0.2880 0.60836 0.000 0.868 0.004 0.020 0.108
#> SRR1609509 2 0.0865 0.65295 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1609510 2 0.7744 0.01496 0.024 0.400 0.036 0.368 0.172
#> SRR1609512 3 0.6144 -0.00772 0.416 0.004 0.496 0.020 0.064
#> SRR1609511 3 0.2448 0.70629 0.000 0.000 0.892 0.020 0.088
#> SRR1609513 3 0.5159 0.58911 0.096 0.000 0.724 0.020 0.160
#> SRR1609514 4 0.3474 0.74173 0.004 0.000 0.192 0.796 0.008
#> SRR1609515 2 0.5741 0.54784 0.104 0.708 0.000 0.100 0.088
#> SRR1609516 5 0.6666 0.57347 0.004 0.164 0.300 0.012 0.520
#> SRR1609517 5 0.5447 0.36849 0.000 0.440 0.060 0.000 0.500
#> SRR1609518 1 0.2251 0.75870 0.916 0.052 0.000 0.008 0.024
#> SRR1609519 3 0.1618 0.70720 0.008 0.000 0.944 0.008 0.040
#> SRR1609520 4 0.3362 0.75719 0.008 0.000 0.156 0.824 0.012
#> SRR1609521 1 0.4184 0.73674 0.792 0.000 0.068 0.008 0.132
#> SRR1609522 3 0.2230 0.68958 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1609523 2 0.6921 0.36632 0.000 0.588 0.144 0.088 0.180
#> SRR1609524 2 0.4331 0.07588 0.004 0.596 0.000 0.000 0.400
#> SRR1609526 3 0.1717 0.70227 0.004 0.000 0.936 0.008 0.052
#> SRR1609525 2 0.5097 0.42930 0.000 0.708 0.212 0.020 0.060
#> SRR1609527 1 0.2100 0.75427 0.924 0.016 0.000 0.012 0.048
#> SRR1609529 3 0.2124 0.68330 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1609528 4 0.4016 0.66824 0.000 0.000 0.272 0.716 0.012
#> SRR1609530 3 0.2780 0.68993 0.004 0.008 0.872 0.004 0.112
#> SRR1609531 2 0.1356 0.65850 0.004 0.956 0.000 0.012 0.028
#> SRR1609532 3 0.1710 0.70580 0.004 0.000 0.940 0.016 0.040
#> SRR1609533 2 0.6206 -0.16006 0.000 0.504 0.084 0.020 0.392
#> SRR1609534 3 0.4323 0.39035 0.000 0.012 0.656 0.000 0.332
#> SRR1609535 2 0.4065 0.43130 0.000 0.720 0.000 0.016 0.264
#> SRR1609537 2 0.1518 0.65572 0.016 0.952 0.000 0.012 0.020
#> SRR1609536 5 0.5895 0.29967 0.000 0.100 0.444 0.000 0.456
#> SRR1609538 2 0.1865 0.65192 0.032 0.936 0.000 0.008 0.024
#> SRR1609539 3 0.3048 0.63785 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1609540 1 0.5989 0.61972 0.652 0.004 0.224 0.036 0.084
#> SRR1609541 4 0.3403 0.75553 0.008 0.000 0.160 0.820 0.012
#> SRR1609542 2 0.1518 0.65436 0.020 0.952 0.000 0.012 0.016
#> SRR1609543 1 0.4038 0.71960 0.808 0.000 0.032 0.028 0.132
#> SRR1609544 1 0.7044 0.50587 0.536 0.004 0.216 0.036 0.208
#> SRR1609545 1 0.3498 0.74479 0.844 0.012 0.008 0.020 0.116
#> SRR1609546 3 0.3879 0.60865 0.000 0.016 0.784 0.012 0.188
#> SRR1609547 3 0.2286 0.68076 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1609548 5 0.6472 0.62362 0.000 0.224 0.284 0.000 0.492
#> SRR1609549 2 0.4415 -0.05575 0.004 0.552 0.000 0.000 0.444
#> SRR1609550 2 0.3737 0.48581 0.004 0.764 0.000 0.008 0.224
#> SRR1609551 3 0.6687 0.36051 0.000 0.096 0.568 0.064 0.272
#> SRR1609552 3 0.1571 0.69938 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1609553 3 0.5825 0.38889 0.036 0.032 0.624 0.012 0.296
#> SRR1609554 5 0.6782 0.55112 0.004 0.368 0.192 0.004 0.432
#> SRR1609555 1 0.8218 0.04762 0.356 0.068 0.348 0.020 0.208
#> SRR1609556 1 0.5637 0.58613 0.644 0.000 0.248 0.012 0.096
#> SRR1609557 3 0.5610 0.26311 0.000 0.236 0.640 0.004 0.120
#> SRR1609558 5 0.6357 0.41392 0.000 0.140 0.412 0.004 0.444
#> SRR1609559 5 0.6496 0.60843 0.000 0.192 0.300 0.004 0.504
#> SRR1609560 1 0.5027 0.66720 0.716 0.052 0.000 0.024 0.208
#> SRR1609561 3 0.2233 0.68392 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1609562 1 0.5946 0.57483 0.632 0.188 0.000 0.012 0.168
#> SRR1609563 2 0.4549 -0.13296 0.008 0.528 0.000 0.000 0.464
#> SRR1609564 1 0.1708 0.75839 0.944 0.004 0.004 0.016 0.032
#> SRR1609565 2 0.2139 0.64315 0.000 0.916 0.000 0.032 0.052
#> SRR1609566 2 0.1630 0.65185 0.000 0.944 0.004 0.036 0.016
#> SRR1609567 2 0.1653 0.65213 0.000 0.944 0.004 0.028 0.024
#> SRR1609568 1 0.1646 0.75879 0.944 0.032 0.000 0.004 0.020
#> SRR1609569 1 0.5067 0.71907 0.764 0.024 0.108 0.016 0.088
#> SRR1609570 3 0.4538 0.47267 0.012 0.000 0.636 0.004 0.348
#> SRR1609571 3 0.5283 0.57397 0.016 0.000 0.712 0.128 0.144
#> SRR1609572 3 0.7361 0.17008 0.312 0.000 0.460 0.056 0.172
#> SRR1609573 3 0.2170 0.68855 0.004 0.000 0.904 0.004 0.088
#> SRR1609574 3 0.4182 0.63187 0.036 0.000 0.784 0.016 0.164
#> SRR1609575 4 0.7067 0.38250 0.076 0.268 0.000 0.536 0.120
#> SRR1609576 2 0.2627 0.64336 0.044 0.900 0.000 0.012 0.044
#> SRR1609578 2 0.6472 0.12690 0.024 0.584 0.272 0.008 0.112
#> SRR1609577 1 0.6652 0.61360 0.628 0.004 0.132 0.076 0.160
#> SRR1609579 3 0.5983 0.53143 0.120 0.000 0.652 0.032 0.196
#> SRR1609580 3 0.3224 0.63773 0.000 0.016 0.824 0.000 0.160
#> SRR1609582 1 0.4374 0.70479 0.780 0.040 0.004 0.016 0.160
#> SRR1609581 2 0.7528 0.26422 0.136 0.532 0.076 0.016 0.240
#> SRR1609583 2 0.9174 0.08310 0.188 0.312 0.060 0.132 0.308
#> SRR1609584 3 0.1717 0.69951 0.008 0.000 0.936 0.004 0.052
#> SRR1609585 1 0.5763 0.66184 0.688 0.012 0.164 0.016 0.120
#> SRR1609586 2 0.4313 0.40891 0.016 0.716 0.000 0.008 0.260
#> SRR1609587 3 0.3242 0.61580 0.000 0.012 0.816 0.000 0.172
#> SRR1609588 2 0.7622 0.20644 0.152 0.500 0.056 0.020 0.272
#> SRR1609589 2 0.5273 0.52350 0.108 0.724 0.008 0.012 0.148
#> SRR1609590 3 0.4842 0.64720 0.080 0.004 0.772 0.032 0.112
#> SRR1609592 3 0.5634 0.46364 0.000 0.076 0.664 0.028 0.232
#> SRR1609591 2 0.4256 0.51255 0.004 0.780 0.052 0.004 0.160
#> SRR1609593 2 0.6710 -0.41818 0.000 0.424 0.304 0.000 0.272
#> SRR1609594 4 0.2513 0.76776 0.076 0.008 0.012 0.900 0.004
#> SRR1609595 5 0.4971 0.29365 0.000 0.460 0.028 0.000 0.512
#> SRR1609596 2 0.2354 0.65674 0.032 0.916 0.000 0.020 0.032
#> SRR1609597 2 0.1798 0.63727 0.000 0.928 0.004 0.004 0.064
#> SRR1609598 4 0.3430 0.76084 0.012 0.000 0.152 0.824 0.012
#> SRR1609599 4 0.3543 0.76256 0.024 0.000 0.136 0.828 0.012
#> SRR1609600 3 0.6215 0.43449 0.220 0.000 0.608 0.020 0.152
#> SRR1609601 1 0.6103 0.54449 0.620 0.016 0.000 0.172 0.192
#> SRR1609602 4 0.3430 0.75857 0.012 0.000 0.152 0.824 0.012
#> SRR1609603 1 0.3701 0.73059 0.824 0.112 0.000 0.004 0.060
#> SRR1609604 2 0.5986 0.09307 0.004 0.488 0.008 0.428 0.072
#> SRR1609605 2 0.5377 0.46478 0.000 0.704 0.056 0.044 0.196
#> SRR1609606 5 0.5713 0.42567 0.000 0.416 0.084 0.000 0.500
#> SRR1609607 3 0.5645 -0.20444 0.000 0.048 0.472 0.012 0.468
#> SRR1609608 5 0.6021 0.39285 0.000 0.116 0.408 0.000 0.476
#> SRR1609609 5 0.6024 0.44522 0.004 0.416 0.100 0.000 0.480
#> SRR1609610 3 0.3987 0.66210 0.044 0.012 0.820 0.008 0.116
#> SRR1609611 4 0.3124 0.70999 0.000 0.136 0.004 0.844 0.016
#> SRR1609613 2 0.4166 0.56272 0.144 0.792 0.000 0.012 0.052
#> SRR1609612 3 0.6263 0.55298 0.080 0.152 0.672 0.008 0.088
#> SRR1609614 1 0.7757 0.17648 0.408 0.000 0.332 0.088 0.172
#> SRR1609615 1 0.4499 0.73107 0.812 0.024 0.028 0.072 0.064
#> SRR1609616 1 0.4831 0.68642 0.740 0.068 0.000 0.016 0.176
#> SRR1609617 2 0.3879 0.60464 0.000 0.828 0.020 0.064 0.088
#> SRR1609618 3 0.2331 0.69971 0.004 0.020 0.912 0.004 0.060
#> SRR1609619 3 0.7492 0.17835 0.052 0.312 0.484 0.016 0.136
#> SRR1609620 4 0.4440 0.22078 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR1609621 2 0.4639 0.58162 0.024 0.776 0.000 0.104 0.096
#> SRR1609622 3 0.1059 0.70645 0.004 0.000 0.968 0.008 0.020
#> SRR1609623 1 0.6255 0.63344 0.660 0.000 0.092 0.100 0.148
#> SRR1609624 1 0.0854 0.75608 0.976 0.012 0.000 0.004 0.008
#> SRR1609625 1 0.4790 0.70989 0.764 0.088 0.004 0.016 0.128
#> SRR1609626 3 0.4385 0.64879 0.020 0.000 0.776 0.044 0.160
#> SRR1609627 1 0.5464 0.63355 0.692 0.124 0.000 0.016 0.168
#> SRR1609628 2 0.6453 -0.11695 0.116 0.464 0.000 0.016 0.404
#> SRR1609629 3 0.4373 0.60141 0.004 0.016 0.712 0.004 0.264
#> SRR1609630 2 0.5823 0.43425 0.192 0.652 0.000 0.016 0.140
#> SRR1609631 1 0.3634 0.74538 0.840 0.072 0.000 0.012 0.076
#> SRR1609632 1 0.3584 0.73555 0.840 0.076 0.000 0.008 0.076
#> SRR1609633 1 0.3039 0.74111 0.872 0.004 0.008 0.024 0.092
#> SRR1609634 2 0.2561 0.57866 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1609635 4 0.6049 0.28007 0.008 0.000 0.412 0.488 0.092
#> SRR1609636 4 0.3780 0.71674 0.000 0.116 0.000 0.812 0.072
#> SRR1609637 1 0.3305 0.73953 0.852 0.004 0.008 0.024 0.112
#> SRR1609638 2 0.2748 0.61847 0.016 0.880 0.000 0.008 0.096
#> SRR1609639 2 0.2340 0.63479 0.012 0.908 0.000 0.012 0.068
#> SRR1609640 1 0.6224 0.54849 0.620 0.012 0.256 0.024 0.088
#> SRR1609641 1 0.1419 0.75615 0.956 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR1609642 1 0.2124 0.75178 0.924 0.020 0.000 0.012 0.044
#> SRR1609643 5 0.6643 0.42251 0.080 0.056 0.220 0.020 0.624
#> SRR1609644 1 0.3332 0.73843 0.844 0.120 0.000 0.008 0.028
#> SRR1609645 3 0.6024 0.15709 0.020 0.052 0.544 0.008 0.376
#> SRR1609646 3 0.1569 0.70438 0.008 0.000 0.944 0.004 0.044
#> SRR1609647 2 0.4109 0.44090 0.000 0.724 0.008 0.008 0.260
#> SRR1609649 1 0.5436 0.66561 0.704 0.000 0.096 0.028 0.172
#> SRR1609648 2 0.4127 0.62089 0.048 0.820 0.000 0.080 0.052
#> SRR1609651 2 0.3870 0.41340 0.004 0.732 0.000 0.004 0.260
#> SRR1609650 3 0.6336 0.07115 0.000 0.284 0.556 0.012 0.148
#> SRR1609652 3 0.2694 0.70150 0.032 0.000 0.892 0.008 0.068
#> SRR1609653 2 0.1597 0.65536 0.024 0.948 0.000 0.008 0.020
#> SRR1609654 2 0.8259 -0.37188 0.012 0.352 0.240 0.080 0.316
#> SRR1609655 5 0.6172 0.62044 0.000 0.176 0.280 0.000 0.544
#> SRR1609657 1 0.4065 0.72005 0.808 0.000 0.016 0.056 0.120
#> SRR1609656 1 0.7360 0.35877 0.496 0.000 0.072 0.272 0.160
#> SRR1609658 2 0.3838 0.40271 0.000 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1609659 2 0.0992 0.65458 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1609660 3 0.6060 0.53163 0.000 0.088 0.680 0.108 0.124
#> SRR1609661 3 0.7525 0.05654 0.084 0.076 0.440 0.020 0.380
#> SRR1609662 2 0.1461 0.65062 0.016 0.952 0.000 0.004 0.028
#> SRR1609663 3 0.2233 0.68426 0.000 0.004 0.892 0.000 0.104
#> SRR1609664 5 0.6860 0.34105 0.216 0.208 0.008 0.020 0.548
#> SRR1609665 2 0.5161 0.49716 0.176 0.716 0.000 0.016 0.092
#> SRR1609666 1 0.4405 0.57873 0.712 0.008 0.000 0.260 0.020
#> SRR1609667 1 0.2521 0.75497 0.896 0.008 0.004 0.008 0.084
#> SRR1609668 4 0.7204 0.36245 0.272 0.040 0.008 0.516 0.164
#> SRR1609669 1 0.1117 0.75653 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1609360 1 0.5245 0.08771 0.484 0.000 0.000 0.448 0.028 0.040
#> SRR1609361 1 0.3104 0.72653 0.872 0.012 0.008 0.060 0.032 0.016
#> SRR1609362 4 0.3756 0.43142 0.352 0.000 0.000 0.644 0.000 0.004
#> SRR1609363 2 0.0837 0.73149 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1609364 2 0.0508 0.73284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1609365 1 0.4185 0.61331 0.744 0.008 0.004 0.208 0.024 0.012
#> SRR1609366 2 0.1570 0.73275 0.004 0.944 0.000 0.008 0.016 0.028
#> SRR1609367 1 0.3249 0.72354 0.864 0.000 0.024 0.044 0.040 0.028
#> SRR1609368 2 0.2168 0.72214 0.004 0.916 0.000 0.016 0.028 0.036
#> SRR1609369 1 0.3297 0.69584 0.840 0.116 0.004 0.012 0.012 0.016
#> SRR1609370 1 0.1527 0.75092 0.948 0.000 0.008 0.012 0.012 0.020
#> SRR1609371 4 0.3027 0.70447 0.000 0.028 0.000 0.824 0.148 0.000
#> SRR1609372 1 0.3158 0.72687 0.848 0.004 0.008 0.000 0.048 0.092
#> SRR1609373 2 0.0862 0.73130 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR1609374 2 0.0912 0.73368 0.004 0.972 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR1609375 2 0.4272 0.60511 0.036 0.784 0.000 0.008 0.064 0.108
#> SRR1609377 1 0.7071 -0.12539 0.368 0.060 0.000 0.004 0.240 0.328
#> SRR1609376 2 0.3874 0.39126 0.000 0.636 0.000 0.008 0.356 0.000
#> SRR1609378 4 0.2615 0.72406 0.136 0.004 0.000 0.852 0.000 0.008
#> SRR1609379 1 0.1736 0.74878 0.936 0.032 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR1609382 4 0.5217 0.52577 0.008 0.060 0.008 0.684 0.028 0.212
#> SRR1609383 1 0.5006 0.50011 0.632 0.000 0.000 0.292 0.032 0.044
#> SRR1609381 1 0.1452 0.75054 0.948 0.000 0.004 0.008 0.032 0.008
#> SRR1609384 2 0.7357 -0.02684 0.292 0.428 0.004 0.076 0.016 0.184
#> SRR1609386 2 0.6350 0.14707 0.236 0.564 0.000 0.004 0.080 0.116
#> SRR1609385 1 0.2961 0.73063 0.884 0.032 0.008 0.028 0.036 0.012
#> SRR1609387 1 0.2201 0.74356 0.912 0.000 0.000 0.028 0.032 0.028
#> SRR1609388 2 0.0909 0.73264 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1609390 1 0.4602 0.63627 0.704 0.008 0.000 0.000 0.196 0.092
#> SRR1609393 4 0.2968 0.75908 0.040 0.028 0.004 0.872 0.000 0.056
#> SRR1609394 2 0.1575 0.72924 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1609392 2 0.2002 0.72403 0.000 0.916 0.000 0.056 0.020 0.008
#> SRR1609391 2 0.4792 0.24582 0.004 0.588 0.000 0.368 0.020 0.020
#> SRR1609395 1 0.1908 0.73955 0.916 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056
#> SRR1609396 1 0.2030 0.73757 0.908 0.000 0.000 0.000 0.028 0.064
#> SRR1609398 1 0.6448 0.27782 0.520 0.064 0.000 0.004 0.124 0.288
#> SRR1609399 1 0.2258 0.75087 0.908 0.000 0.008 0.008 0.056 0.020
#> SRR1609400 1 0.1760 0.74259 0.936 0.000 0.012 0.028 0.020 0.004
#> SRR1609397 2 0.1531 0.72289 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR1609401 2 0.1225 0.72920 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1609402 2 0.1312 0.72937 0.004 0.956 0.000 0.008 0.012 0.020
#> SRR1609405 2 0.7530 -0.20625 0.292 0.356 0.004 0.004 0.240 0.104
#> SRR1609404 4 0.3785 0.62145 0.000 0.152 0.004 0.780 0.000 0.064
#> SRR1609406 2 0.2675 0.71274 0.012 0.880 0.000 0.004 0.080 0.024
#> SRR1609408 2 0.2879 0.64820 0.000 0.816 0.000 0.004 0.176 0.004
#> SRR1609403 1 0.4108 0.70808 0.792 0.040 0.004 0.004 0.036 0.124
#> SRR1609410 1 0.4795 0.66644 0.748 0.128 0.004 0.008 0.040 0.072
#> SRR1609411 5 0.3767 0.53257 0.000 0.276 0.004 0.012 0.708 0.000
#> SRR1609407 2 0.2345 0.72250 0.012 0.904 0.000 0.004 0.052 0.028
#> SRR1609413 1 0.1461 0.74541 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1609412 5 0.3724 0.61605 0.000 0.088 0.096 0.000 0.804 0.012
#> SRR1609414 6 0.5967 0.49117 0.128 0.016 0.020 0.008 0.208 0.620
#> SRR1609415 1 0.5819 0.44045 0.580 0.012 0.008 0.004 0.124 0.272
#> SRR1609416 1 0.3192 0.71995 0.860 0.000 0.024 0.072 0.032 0.012
#> SRR1609417 3 0.3015 0.71948 0.000 0.000 0.844 0.024 0.012 0.120
#> SRR1609418 1 0.2294 0.73884 0.892 0.000 0.000 0.000 0.036 0.072
#> SRR1609419 2 0.1666 0.72889 0.000 0.936 0.000 0.036 0.020 0.008
#> SRR1609420 1 0.3230 0.73927 0.848 0.016 0.000 0.012 0.024 0.100
#> SRR1609421 2 0.7076 0.41799 0.000 0.552 0.056 0.084 0.124 0.184
#> SRR1609422 3 0.8086 0.15624 0.000 0.112 0.344 0.204 0.052 0.288
#> SRR1609423 4 0.2897 0.77238 0.060 0.000 0.088 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609424 4 0.3423 0.69364 0.000 0.152 0.012 0.812 0.008 0.016
#> SRR1609425 6 0.6117 0.50978 0.104 0.108 0.000 0.004 0.168 0.616
#> SRR1609426 2 0.1736 0.73078 0.008 0.936 0.000 0.004 0.032 0.020
#> SRR1609427 1 0.3326 0.71713 0.856 0.000 0.040 0.056 0.036 0.012
#> SRR1609428 2 0.1398 0.72741 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1609429 6 0.6290 0.47418 0.132 0.068 0.000 0.000 0.252 0.548
#> SRR1609430 3 0.1950 0.73412 0.020 0.000 0.928 0.032 0.012 0.008
#> SRR1609431 6 0.6255 0.39187 0.004 0.212 0.040 0.060 0.064 0.620
#> SRR1609432 2 0.4284 0.54763 0.012 0.752 0.000 0.000 0.096 0.140
#> SRR1609433 1 0.3624 0.71610 0.840 0.000 0.020 0.060 0.032 0.048
#> SRR1609434 4 0.2471 0.75822 0.044 0.020 0.000 0.896 0.000 0.040
#> SRR1609435 1 0.3327 0.70850 0.828 0.004 0.004 0.000 0.048 0.116
#> SRR1609436 3 0.6432 0.49783 0.156 0.072 0.632 0.008 0.036 0.096
#> SRR1609437 2 0.6604 0.37482 0.024 0.568 0.004 0.152 0.044 0.208
#> SRR1609438 4 0.3375 0.74555 0.036 0.020 0.004 0.844 0.004 0.092
#> SRR1609439 3 0.5731 0.59843 0.016 0.004 0.656 0.108 0.032 0.184
#> SRR1609440 1 0.1464 0.74638 0.944 0.000 0.004 0.000 0.016 0.036
#> SRR1609441 6 0.7285 0.04540 0.000 0.368 0.108 0.108 0.024 0.392
#> SRR1609442 2 0.5075 0.52264 0.012 0.672 0.000 0.092 0.008 0.216
#> SRR1609443 1 0.4986 0.62230 0.712 0.004 0.072 0.020 0.180 0.012
#> SRR1609444 6 0.5709 0.50961 0.164 0.048 0.000 0.004 0.140 0.644
#> SRR1609445 3 0.4890 0.65892 0.000 0.024 0.728 0.048 0.032 0.168
#> SRR1609446 5 0.4109 0.35063 0.000 0.392 0.008 0.004 0.596 0.000
#> SRR1609447 1 0.5716 0.51880 0.620 0.040 0.008 0.004 0.072 0.256
#> SRR1609448 5 0.3782 0.42515 0.000 0.360 0.000 0.000 0.636 0.004
#> SRR1609449 1 0.4987 0.66007 0.756 0.108 0.036 0.012 0.060 0.028
#> SRR1609450 2 0.4788 0.46207 0.008 0.676 0.000 0.000 0.092 0.224
#> SRR1609451 1 0.5331 0.62837 0.700 0.000 0.160 0.032 0.080 0.028
#> SRR1609452 3 0.6710 0.48104 0.000 0.172 0.592 0.048 0.084 0.104
#> SRR1609453 6 0.5175 0.40379 0.148 0.012 0.012 0.100 0.016 0.712
#> SRR1609454 2 0.4407 0.03417 0.000 0.492 0.000 0.024 0.484 0.000
#> SRR1609455 6 0.7077 0.18079 0.096 0.356 0.012 0.084 0.012 0.440
#> SRR1609456 2 0.5386 0.30808 0.000 0.568 0.008 0.028 0.352 0.044
#> SRR1609457 3 0.5864 0.64286 0.000 0.012 0.656 0.100 0.084 0.148
#> SRR1609458 6 0.8491 0.27675 0.200 0.100 0.292 0.004 0.096 0.308
#> SRR1609459 5 0.5314 0.59840 0.000 0.120 0.188 0.004 0.664 0.024
#> SRR1609460 2 0.7255 -0.26971 0.000 0.328 0.032 0.028 0.320 0.292
#> SRR1609461 3 0.2989 0.68510 0.000 0.008 0.812 0.000 0.176 0.004
#> SRR1609462 1 0.3597 0.71289 0.832 0.000 0.088 0.040 0.032 0.008
#> SRR1609464 3 0.0858 0.74158 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1609463 5 0.5314 0.07073 0.144 0.012 0.000 0.004 0.648 0.192
#> SRR1609465 2 0.6340 0.37292 0.000 0.540 0.004 0.064 0.116 0.276
#> SRR1609466 1 0.5408 0.57848 0.696 0.008 0.180 0.052 0.044 0.020
#> SRR1609467 3 0.2214 0.72704 0.000 0.000 0.892 0.004 0.092 0.012
#> SRR1609469 4 0.2425 0.78105 0.008 0.000 0.100 0.880 0.000 0.012
#> SRR1609470 5 0.4997 0.56907 0.000 0.280 0.076 0.000 0.632 0.012
#> SRR1609472 4 0.3298 0.71917 0.000 0.000 0.236 0.756 0.000 0.008
#> SRR1609471 1 0.3899 0.70630 0.788 0.008 0.000 0.036 0.016 0.152
#> SRR1609474 5 0.4214 0.48657 0.012 0.320 0.000 0.004 0.656 0.008
#> SRR1609473 4 0.2209 0.75618 0.000 0.004 0.040 0.904 0.000 0.052
#> SRR1609475 4 0.1938 0.74455 0.000 0.040 0.000 0.920 0.004 0.036
#> SRR1609478 4 0.2613 0.77308 0.012 0.000 0.140 0.848 0.000 0.000
#> SRR1609476 1 0.3561 0.71434 0.840 0.000 0.056 0.048 0.048 0.008
#> SRR1609477 3 0.6458 0.50176 0.000 0.020 0.556 0.116 0.052 0.256
#> SRR1609479 2 0.2663 0.70883 0.000 0.880 0.000 0.068 0.012 0.040
#> SRR1609481 4 0.6895 0.22451 0.000 0.152 0.040 0.500 0.036 0.272
#> SRR1609480 3 0.6968 0.43100 0.016 0.040 0.508 0.116 0.028 0.292
#> SRR1609482 3 0.0405 0.74389 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1609484 6 0.7881 0.03309 0.000 0.220 0.108 0.304 0.032 0.336
#> SRR1609483 3 0.2858 0.73080 0.012 0.000 0.868 0.028 0.088 0.004
#> SRR1609486 3 0.1262 0.74213 0.000 0.000 0.956 0.008 0.020 0.016
#> SRR1609485 3 0.1262 0.74213 0.000 0.000 0.956 0.008 0.020 0.016
#> SRR1609487 6 0.7119 0.22203 0.324 0.080 0.000 0.004 0.196 0.396
#> SRR1609488 5 0.5489 0.09162 0.116 0.024 0.008 0.000 0.648 0.204
#> SRR1609489 2 0.2128 0.72204 0.004 0.908 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR1609490 2 0.2868 0.71310 0.020 0.876 0.000 0.004 0.060 0.040
#> SRR1609491 5 0.5137 0.55526 0.000 0.100 0.076 0.000 0.708 0.116
#> SRR1609492 2 0.2051 0.70903 0.000 0.896 0.000 0.004 0.096 0.004
#> SRR1609493 6 0.5463 0.47416 0.052 0.072 0.004 0.004 0.200 0.668
#> SRR1609494 2 0.1679 0.72875 0.000 0.936 0.000 0.036 0.016 0.012
#> SRR1609495 1 0.4019 0.70625 0.824 0.004 0.040 0.056 0.036 0.040
#> SRR1609496 3 0.3077 0.71264 0.012 0.000 0.852 0.000 0.084 0.052
#> SRR1609497 3 0.2266 0.73391 0.024 0.000 0.908 0.000 0.028 0.040
#> SRR1609498 1 0.4630 0.64708 0.708 0.000 0.020 0.004 0.216 0.052
#> SRR1609499 2 0.1807 0.72875 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR1609500 1 0.5058 0.59494 0.676 0.000 0.024 0.000 0.100 0.200
#> SRR1609501 6 0.6052 0.34276 0.008 0.300 0.076 0.008 0.040 0.568
#> SRR1609502 2 0.4076 0.23762 0.000 0.564 0.004 0.004 0.428 0.000
#> SRR1609503 4 0.5503 0.63070 0.084 0.012 0.232 0.648 0.016 0.008
#> SRR1609504 1 0.3916 0.65325 0.752 0.000 0.000 0.000 0.064 0.184
#> SRR1609505 1 0.6704 0.23961 0.476 0.008 0.040 0.000 0.212 0.264
#> SRR1609506 2 0.1010 0.72993 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1609507 1 0.5121 0.60825 0.688 0.000 0.080 0.028 0.196 0.008
#> SRR1609508 2 0.4436 0.55265 0.000 0.696 0.000 0.056 0.240 0.008
#> SRR1609509 2 0.1888 0.72579 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR1609510 6 0.6669 0.09417 0.000 0.232 0.008 0.284 0.028 0.448
#> SRR1609512 3 0.5533 0.51962 0.120 0.000 0.676 0.004 0.068 0.132
#> SRR1609511 3 0.2334 0.73936 0.012 0.000 0.908 0.032 0.040 0.008
#> SRR1609513 3 0.4880 0.57982 0.192 0.000 0.716 0.028 0.040 0.024
#> SRR1609514 4 0.2773 0.76262 0.004 0.000 0.164 0.828 0.000 0.004
#> SRR1609515 2 0.4398 0.62497 0.008 0.764 0.000 0.068 0.024 0.136
#> SRR1609516 5 0.6153 0.48555 0.000 0.056 0.228 0.000 0.568 0.148
#> SRR1609517 5 0.4086 0.62491 0.000 0.188 0.044 0.016 0.752 0.000
#> SRR1609518 1 0.0767 0.74875 0.976 0.000 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR1609519 3 0.1900 0.74256 0.000 0.000 0.916 0.008 0.008 0.068
#> SRR1609520 4 0.2623 0.77560 0.016 0.000 0.132 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609521 1 0.4541 0.69693 0.760 0.000 0.040 0.004 0.108 0.088
#> SRR1609522 3 0.1863 0.73604 0.000 0.000 0.920 0.016 0.060 0.004
#> SRR1609523 2 0.6658 0.12387 0.000 0.440 0.052 0.068 0.040 0.400
#> SRR1609524 2 0.3961 0.16282 0.000 0.556 0.000 0.000 0.440 0.004
#> SRR1609526 3 0.1514 0.73943 0.004 0.000 0.944 0.036 0.012 0.004
#> SRR1609525 2 0.5873 0.44186 0.000 0.636 0.208 0.020 0.088 0.048
#> SRR1609527 1 0.4070 0.68237 0.760 0.000 0.000 0.004 0.092 0.144
#> SRR1609529 3 0.1461 0.73881 0.000 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1609528 4 0.3695 0.67970 0.000 0.000 0.272 0.712 0.000 0.016
#> SRR1609530 3 0.1858 0.72649 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1609531 2 0.2711 0.72037 0.000 0.880 0.000 0.016 0.056 0.048
#> SRR1609532 3 0.1680 0.74401 0.004 0.000 0.940 0.020 0.012 0.024
#> SRR1609533 5 0.6086 0.56802 0.000 0.228 0.044 0.012 0.596 0.120
#> SRR1609534 3 0.3862 0.33199 0.000 0.000 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR1609535 5 0.5140 0.13372 0.000 0.440 0.000 0.016 0.496 0.048
#> SRR1609537 2 0.1401 0.73237 0.000 0.948 0.000 0.004 0.020 0.028
#> SRR1609536 5 0.4555 0.39741 0.000 0.040 0.340 0.004 0.616 0.000
#> SRR1609538 2 0.1405 0.73022 0.004 0.948 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1609539 3 0.4005 0.68988 0.000 0.004 0.780 0.008 0.132 0.076
#> SRR1609540 1 0.5948 0.48449 0.620 0.000 0.240 0.056 0.036 0.048
#> SRR1609541 4 0.2664 0.77484 0.016 0.000 0.136 0.848 0.000 0.000
#> SRR1609542 2 0.1492 0.73158 0.000 0.940 0.000 0.000 0.024 0.036
#> SRR1609543 1 0.2594 0.74865 0.884 0.000 0.004 0.004 0.040 0.068
#> SRR1609544 1 0.3930 0.69913 0.812 0.000 0.052 0.040 0.088 0.008
#> SRR1609545 1 0.6012 0.32303 0.524 0.004 0.008 0.000 0.228 0.236
#> SRR1609546 3 0.4715 0.63454 0.000 0.012 0.724 0.012 0.172 0.080
#> SRR1609547 3 0.2134 0.74073 0.000 0.000 0.904 0.000 0.052 0.044
#> SRR1609548 5 0.4827 0.62546 0.000 0.128 0.144 0.020 0.708 0.000
#> SRR1609549 5 0.3636 0.48478 0.000 0.320 0.000 0.000 0.676 0.004
#> SRR1609550 2 0.4167 0.33206 0.000 0.612 0.000 0.000 0.368 0.020
#> SRR1609551 3 0.8078 0.18024 0.000 0.048 0.340 0.108 0.244 0.260
#> SRR1609552 3 0.1453 0.73841 0.000 0.000 0.944 0.008 0.040 0.008
#> SRR1609553 3 0.6270 0.19987 0.004 0.012 0.476 0.000 0.272 0.236
#> SRR1609554 5 0.5188 0.61404 0.004 0.160 0.152 0.004 0.672 0.008
#> SRR1609555 3 0.7582 -0.14889 0.052 0.036 0.320 0.000 0.288 0.304
#> SRR1609556 1 0.5335 0.65627 0.704 0.000 0.108 0.008 0.072 0.108
#> SRR1609557 3 0.3613 0.68071 0.000 0.076 0.816 0.000 0.092 0.016
#> SRR1609558 5 0.5367 0.35912 0.000 0.072 0.352 0.000 0.556 0.020
#> SRR1609559 5 0.5495 0.60732 0.000 0.104 0.148 0.024 0.688 0.036
#> SRR1609560 6 0.6277 0.34776 0.276 0.028 0.000 0.004 0.176 0.516
#> SRR1609561 3 0.2030 0.73241 0.000 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> SRR1609562 6 0.7126 0.40550 0.240 0.184 0.000 0.000 0.128 0.448
#> SRR1609563 5 0.3656 0.56052 0.000 0.256 0.000 0.004 0.728 0.012
#> SRR1609564 1 0.4152 0.65797 0.736 0.000 0.004 0.008 0.040 0.212
#> SRR1609565 2 0.2971 0.70761 0.000 0.860 0.000 0.052 0.076 0.012
#> SRR1609566 2 0.1794 0.73355 0.000 0.932 0.000 0.016 0.024 0.028
#> SRR1609567 2 0.1679 0.73262 0.000 0.936 0.000 0.008 0.028 0.028
#> SRR1609568 1 0.2022 0.74108 0.916 0.008 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1609569 1 0.4472 0.73250 0.784 0.020 0.032 0.020 0.024 0.120
#> SRR1609570 5 0.4296 0.09195 0.008 0.000 0.440 0.008 0.544 0.000
#> SRR1609571 3 0.4094 0.64981 0.040 0.000 0.784 0.140 0.028 0.008
#> SRR1609572 3 0.6772 0.47675 0.152 0.004 0.560 0.060 0.024 0.200
#> SRR1609573 3 0.1434 0.73863 0.012 0.000 0.948 0.028 0.012 0.000
#> SRR1609574 3 0.4805 0.66698 0.088 0.000 0.764 0.064 0.036 0.048
#> SRR1609575 6 0.5820 -0.09332 0.008 0.144 0.000 0.392 0.000 0.456
#> SRR1609576 2 0.1821 0.72856 0.008 0.928 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1609578 3 0.6832 0.19715 0.004 0.288 0.480 0.004 0.160 0.064
#> SRR1609577 1 0.3724 0.71412 0.840 0.004 0.028 0.060 0.036 0.032
#> SRR1609579 1 0.6022 0.42181 0.584 0.000 0.260 0.048 0.100 0.008
#> SRR1609580 3 0.3513 0.67963 0.000 0.008 0.792 0.004 0.176 0.020
#> SRR1609582 5 0.6391 -0.32537 0.268 0.016 0.000 0.000 0.416 0.300
#> SRR1609581 6 0.7068 0.34521 0.008 0.204 0.108 0.000 0.188 0.492
#> SRR1609583 6 0.4921 0.36649 0.004 0.088 0.048 0.092 0.016 0.752
#> SRR1609584 3 0.1498 0.74060 0.012 0.000 0.948 0.024 0.012 0.004
#> SRR1609585 1 0.7102 0.15786 0.424 0.000 0.104 0.000 0.280 0.192
#> SRR1609586 5 0.4589 0.16396 0.000 0.460 0.000 0.000 0.504 0.036
#> SRR1609587 3 0.2442 0.70665 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000
#> SRR1609588 6 0.6859 0.33319 0.012 0.164 0.060 0.004 0.248 0.512
#> SRR1609589 2 0.5062 0.48189 0.012 0.672 0.000 0.004 0.108 0.204
#> SRR1609590 3 0.4702 0.65165 0.032 0.004 0.732 0.020 0.024 0.188
#> SRR1609592 3 0.6984 0.40318 0.000 0.036 0.516 0.056 0.240 0.152
#> SRR1609591 2 0.3934 0.60872 0.012 0.756 0.004 0.008 0.208 0.012
#> SRR1609593 5 0.6795 0.29740 0.000 0.260 0.352 0.004 0.352 0.032
#> SRR1609594 4 0.3303 0.76028 0.080 0.028 0.012 0.852 0.000 0.028
#> SRR1609595 5 0.3424 0.62100 0.000 0.196 0.020 0.000 0.780 0.004
#> SRR1609596 2 0.3136 0.70638 0.008 0.856 0.000 0.016 0.032 0.088
#> SRR1609597 2 0.1866 0.71680 0.000 0.908 0.000 0.008 0.084 0.000
#> SRR1609598 4 0.2572 0.77595 0.012 0.000 0.136 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609599 4 0.2860 0.77663 0.048 0.000 0.100 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609600 1 0.6135 0.04159 0.452 0.000 0.416 0.040 0.084 0.008
#> SRR1609601 6 0.7884 0.22248 0.148 0.028 0.000 0.308 0.168 0.348
#> SRR1609602 4 0.2771 0.77810 0.032 0.000 0.116 0.852 0.000 0.000
#> SRR1609603 1 0.6439 0.43164 0.572 0.128 0.004 0.004 0.076 0.216
#> SRR1609604 2 0.5560 0.39660 0.000 0.592 0.004 0.220 0.004 0.180
#> SRR1609605 2 0.6219 0.11035 0.000 0.476 0.020 0.076 0.392 0.036
#> SRR1609606 5 0.4091 0.61854 0.000 0.212 0.052 0.004 0.732 0.000
#> SRR1609607 5 0.5128 0.31102 0.000 0.008 0.356 0.000 0.564 0.072
#> SRR1609608 5 0.4768 0.54752 0.000 0.076 0.236 0.012 0.676 0.000
#> SRR1609609 5 0.4115 0.63359 0.000 0.196 0.052 0.004 0.744 0.004
#> SRR1609610 3 0.4358 0.62433 0.004 0.000 0.728 0.000 0.096 0.172
#> SRR1609611 4 0.3076 0.67518 0.000 0.112 0.000 0.840 0.004 0.044
#> SRR1609613 2 0.3773 0.60159 0.012 0.800 0.000 0.000 0.096 0.092
#> SRR1609612 3 0.7149 0.48381 0.056 0.136 0.560 0.016 0.048 0.184
#> SRR1609614 1 0.5728 0.57239 0.688 0.000 0.104 0.060 0.036 0.112
#> SRR1609615 1 0.4103 0.71902 0.812 0.008 0.020 0.060 0.020 0.080
#> SRR1609616 6 0.6465 0.28511 0.300 0.048 0.004 0.000 0.148 0.500
#> SRR1609617 2 0.6462 0.45282 0.000 0.588 0.016 0.084 0.192 0.120
#> SRR1609618 3 0.1649 0.74358 0.000 0.008 0.936 0.000 0.016 0.040
#> SRR1609619 2 0.8008 0.11804 0.216 0.428 0.200 0.020 0.108 0.028
#> SRR1609620 2 0.3758 0.40925 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR1609621 2 0.4136 0.64003 0.000 0.776 0.000 0.076 0.024 0.124
#> SRR1609622 3 0.1611 0.74532 0.012 0.000 0.944 0.024 0.008 0.012
#> SRR1609623 1 0.4457 0.69289 0.784 0.000 0.028 0.072 0.032 0.084
#> SRR1609624 1 0.2113 0.73918 0.908 0.000 0.004 0.000 0.028 0.060
#> SRR1609625 1 0.7051 0.09072 0.436 0.092 0.004 0.008 0.120 0.340
#> SRR1609626 3 0.4383 0.69209 0.036 0.000 0.792 0.060 0.032 0.080
#> SRR1609627 6 0.6955 0.36059 0.264 0.076 0.000 0.004 0.196 0.460
#> SRR1609628 5 0.5756 0.26882 0.052 0.148 0.000 0.000 0.628 0.172
#> SRR1609629 3 0.5906 0.27730 0.060 0.024 0.512 0.024 0.380 0.000
#> SRR1609630 2 0.6537 -0.22895 0.032 0.408 0.000 0.008 0.156 0.396
#> SRR1609631 1 0.5035 0.64531 0.716 0.044 0.004 0.000 0.128 0.108
#> SRR1609632 1 0.5859 0.47417 0.604 0.040 0.004 0.004 0.096 0.252
#> SRR1609633 1 0.0870 0.74701 0.972 0.000 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1609634 2 0.3136 0.58965 0.000 0.768 0.000 0.004 0.228 0.000
#> SRR1609635 3 0.4958 0.24566 0.024 0.000 0.584 0.364 0.020 0.008
#> SRR1609636 4 0.3401 0.72161 0.004 0.072 0.000 0.828 0.092 0.004
#> SRR1609637 1 0.0862 0.74812 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016 0.000
#> SRR1609638 2 0.2468 0.71036 0.008 0.884 0.000 0.004 0.092 0.012
#> SRR1609639 2 0.2445 0.69403 0.000 0.872 0.000 0.000 0.108 0.020
#> SRR1609640 3 0.7742 -0.23096 0.236 0.004 0.316 0.000 0.180 0.264
#> SRR1609641 1 0.1930 0.74571 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1609642 1 0.4760 0.58453 0.692 0.008 0.000 0.000 0.112 0.188
#> SRR1609643 5 0.5861 0.26675 0.008 0.036 0.076 0.008 0.604 0.268
#> SRR1609644 1 0.4209 0.65876 0.772 0.144 0.004 0.008 0.008 0.064
#> SRR1609645 5 0.6402 0.15734 0.000 0.028 0.368 0.000 0.416 0.188
#> SRR1609646 3 0.1223 0.74295 0.016 0.000 0.960 0.012 0.008 0.004
#> SRR1609647 2 0.5250 0.10072 0.000 0.492 0.004 0.024 0.444 0.036
#> SRR1609649 1 0.2422 0.73906 0.900 0.000 0.016 0.024 0.056 0.004
#> SRR1609648 2 0.2721 0.70301 0.000 0.868 0.000 0.040 0.004 0.088
#> SRR1609651 2 0.4181 0.40851 0.008 0.644 0.000 0.004 0.336 0.008
#> SRR1609650 3 0.6565 0.30378 0.000 0.180 0.548 0.024 0.212 0.036
#> SRR1609652 3 0.2186 0.73515 0.008 0.000 0.908 0.000 0.048 0.036
#> SRR1609653 2 0.0951 0.73175 0.004 0.968 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1609654 5 0.7544 0.11708 0.096 0.372 0.124 0.032 0.372 0.004
#> SRR1609655 5 0.4164 0.60111 0.000 0.064 0.128 0.000 0.776 0.032
#> SRR1609657 1 0.2280 0.73843 0.912 0.000 0.008 0.036 0.028 0.016
#> SRR1609656 1 0.3166 0.71484 0.852 0.000 0.008 0.092 0.036 0.012
#> SRR1609658 2 0.3969 0.43257 0.000 0.652 0.000 0.016 0.332 0.000
#> SRR1609659 2 0.1078 0.73374 0.000 0.964 0.000 0.012 0.016 0.008
#> SRR1609660 3 0.6654 0.47050 0.000 0.032 0.524 0.100 0.052 0.292
#> SRR1609661 6 0.6714 -0.00461 0.004 0.032 0.340 0.000 0.228 0.396
#> SRR1609662 2 0.1668 0.72519 0.004 0.928 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1609663 3 0.2344 0.74117 0.000 0.004 0.896 0.000 0.048 0.052
#> SRR1609664 5 0.5780 0.04341 0.060 0.052 0.004 0.004 0.592 0.288
#> SRR1609665 2 0.4039 0.58277 0.016 0.780 0.000 0.000 0.088 0.116
#> SRR1609666 1 0.6036 0.40573 0.560 0.004 0.000 0.292 0.056 0.088
#> SRR1609667 1 0.4162 0.67152 0.760 0.000 0.008 0.000 0.104 0.128
#> SRR1609668 4 0.7505 -0.06069 0.064 0.032 0.008 0.400 0.152 0.344
#> SRR1609669 1 0.2954 0.71851 0.852 0.004 0.000 0.000 0.048 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0