Date: 2019-12-26 00:37:17 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 8733 327
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:skmeans | 3 | 1.000 | 0.977 | 0.991 | ** | 2 |
| SD:NMF | 3 | 1.000 | 0.983 | 0.994 | ** | 2 |
| CV:kmeans | 3 | 1.000 | 0.970 | 0.978 | ** | |
| MAD:skmeans | 3 | 1.000 | 0.979 | 0.991 | ** | 2 |
| MAD:NMF | 3 | 1.000 | 0.975 | 0.990 | ** | 2 |
| ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.980 | 0.993 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 3 | 1.000 | 0.976 | 0.991 | ** | 2 |
| ATC:pam | 3 | 1.000 | 0.974 | 0.989 | ** | 2 |
| MAD:pam | 2 | 0.999 | 0.963 | 0.983 | ** | |
| ATC:hclust | 4 | 0.985 | 0.953 | 0.978 | ** | 2 |
| MAD:kmeans | 3 | 0.984 | 0.946 | 0.975 | ** | 2 |
| SD:kmeans | 3 | 0.973 | 0.946 | 0.968 | ** | 2 |
| SD:hclust | 2 | 0.969 | 0.962 | 0.983 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 0.968 | 0.947 | 0.977 | ** | |
| CV:hclust | 3 | 0.963 | 0.962 | 0.980 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 3 | 0.950 | 0.941 | 0.967 | ** | 2 |
| MAD:mclust | 3 | 0.930 | 0.898 | 0.958 | * | |
| SD:pam | 3 | 0.930 | 0.927 | 0.973 | * | 2 |
| CV:NMF | 4 | 0.920 | 0.916 | 0.951 | * | 2,3 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.915 | 0.944 | 0.969 | * | 2 |
| CV:mclust | 4 | 0.908 | 0.887 | 0.949 | * | 3 |
| CV:skmeans | 3 | 0.903 | 0.925 | 0.969 | * | 2 |
| CV:pam | 3 | 0.901 | 0.905 | 0.957 | * | |
| SD:mclust | 3 | 0.738 | 0.862 | 0.930 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.997 0.999 0.389 0.611 0.611
#> CV:NMF 2 1.000 0.981 0.992 0.396 0.605 0.605
#> MAD:NMF 2 1.000 0.977 0.989 0.401 0.605 0.605
#> ATC:NMF 2 1.000 0.999 1.000 0.387 0.614 0.614
#> SD:skmeans 2 1.000 0.950 0.981 0.456 0.548 0.548
#> CV:skmeans 2 0.942 0.944 0.977 0.472 0.531 0.531
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.978 0.991 0.459 0.541 0.541
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.975 0.990 0.439 0.563 0.563
#> SD:mclust 2 0.742 0.888 0.952 0.398 0.614 0.614
#> CV:mclust 2 0.737 0.913 0.952 0.474 0.505 0.505
#> MAD:mclust 2 0.826 0.933 0.966 0.387 0.632 0.632
#> ATC:mclust 2 0.901 0.953 0.963 0.478 0.504 0.504
#> SD:kmeans 2 1.000 0.992 0.995 0.390 0.611 0.611
#> CV:kmeans 2 0.524 0.912 0.895 0.340 0.603 0.603
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.989 0.993 0.392 0.608 0.608
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.993 0.995 0.379 0.623 0.623
#> SD:pam 2 1.000 0.974 0.990 0.375 0.626 0.626
#> CV:pam 2 0.492 0.892 0.898 0.385 0.572 0.572
#> MAD:pam 2 0.999 0.963 0.983 0.382 0.611 0.611
#> ATC:pam 2 1.000 0.993 0.997 0.378 0.623 0.623
#> SD:hclust 2 0.969 0.962 0.983 0.377 0.614 0.614
#> CV:hclust 2 0.949 0.957 0.975 0.179 0.853 0.853
#> MAD:hclust 2 0.968 0.947 0.977 0.375 0.614 0.614
#> ATC:hclust 2 1.000 0.974 0.988 0.378 0.611 0.611
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.983 0.994 0.547 0.785 0.648
#> CV:NMF 3 1.000 0.992 0.997 0.514 0.788 0.652
#> MAD:NMF 3 1.000 0.975 0.990 0.527 0.777 0.634
#> ATC:NMF 3 1.000 0.976 0.991 0.555 0.786 0.652
#> SD:skmeans 3 1.000 0.977 0.991 0.340 0.798 0.646
#> CV:skmeans 3 0.903 0.925 0.969 0.323 0.741 0.556
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.979 0.991 0.340 0.800 0.645
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.980 0.993 0.368 0.812 0.673
#> SD:mclust 3 0.738 0.862 0.930 0.535 0.786 0.652
#> CV:mclust 3 0.976 0.972 0.981 0.249 0.886 0.777
#> MAD:mclust 3 0.930 0.898 0.958 0.584 0.755 0.612
#> ATC:mclust 3 0.950 0.941 0.967 0.254 0.894 0.791
#> SD:kmeans 3 0.973 0.946 0.968 0.442 0.827 0.717
#> CV:kmeans 3 1.000 0.970 0.978 0.460 0.868 0.785
#> MAD:kmeans 3 0.984 0.946 0.975 0.457 0.811 0.691
#> ATC:kmeans 3 0.915 0.944 0.969 0.471 0.817 0.707
#> SD:pam 3 0.930 0.927 0.973 0.377 0.854 0.768
#> CV:pam 3 0.901 0.905 0.957 0.409 0.874 0.782
#> MAD:pam 3 0.888 0.903 0.963 0.373 0.848 0.752
#> ATC:pam 3 1.000 0.974 0.989 0.358 0.867 0.786
#> SD:hclust 3 0.789 0.786 0.913 0.297 0.948 0.915
#> CV:hclust 3 0.963 0.962 0.980 1.844 0.656 0.596
#> MAD:hclust 3 0.699 0.818 0.887 0.390 0.827 0.721
#> ATC:hclust 3 0.820 0.909 0.919 0.318 0.815 0.701
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.835 0.853 0.907 0.0682 0.989 0.974
#> CV:NMF 4 0.920 0.916 0.951 0.1647 0.852 0.650
#> MAD:NMF 4 0.782 0.722 0.880 0.0937 0.911 0.780
#> ATC:NMF 4 0.845 0.888 0.918 0.0590 0.991 0.978
#> SD:skmeans 4 0.764 0.845 0.901 0.1813 0.849 0.629
#> CV:skmeans 4 0.893 0.899 0.948 0.1804 0.842 0.603
#> MAD:skmeans 4 0.810 0.884 0.928 0.1789 0.848 0.626
#> ATC:skmeans 4 0.804 0.828 0.911 0.2058 0.825 0.584
#> SD:mclust 4 0.717 0.805 0.865 0.0900 0.974 0.935
#> CV:mclust 4 0.908 0.887 0.949 0.1019 0.936 0.842
#> MAD:mclust 4 0.821 0.858 0.917 0.0550 0.926 0.825
#> ATC:mclust 4 0.750 0.860 0.905 0.0637 0.975 0.939
#> SD:kmeans 4 0.705 0.747 0.845 0.1780 0.882 0.735
#> CV:kmeans 4 0.674 0.729 0.857 0.2735 0.864 0.727
#> MAD:kmeans 4 0.749 0.802 0.887 0.2009 0.830 0.622
#> ATC:kmeans 4 0.758 0.799 0.899 0.1927 0.851 0.680
#> SD:pam 4 0.635 0.682 0.814 0.2947 0.803 0.601
#> CV:pam 4 0.603 0.713 0.843 0.2592 0.848 0.673
#> MAD:pam 4 0.667 0.779 0.884 0.3546 0.769 0.528
#> ATC:pam 4 0.695 0.790 0.855 0.3202 0.792 0.581
#> SD:hclust 4 0.806 0.929 0.944 0.1666 0.848 0.734
#> CV:hclust 4 0.885 0.927 0.940 0.1451 0.910 0.824
#> MAD:hclust 4 0.629 0.847 0.875 0.1473 0.955 0.903
#> ATC:hclust 4 0.985 0.953 0.978 0.1715 0.977 0.948
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.892 0.886 0.940 0.09330 0.856 0.656
#> CV:NMF 5 0.833 0.804 0.908 0.04627 0.949 0.841
#> MAD:NMF 5 0.841 0.859 0.923 0.05804 0.888 0.695
#> ATC:NMF 5 0.885 0.886 0.939 0.07848 0.869 0.685
#> SD:skmeans 5 0.798 0.853 0.897 0.06822 0.928 0.749
#> CV:skmeans 5 0.826 0.841 0.896 0.06365 0.882 0.599
#> MAD:skmeans 5 0.808 0.843 0.897 0.05847 0.929 0.751
#> ATC:skmeans 5 0.757 0.803 0.848 0.04541 0.906 0.681
#> SD:mclust 5 0.700 0.756 0.835 0.04683 0.979 0.946
#> CV:mclust 5 0.768 0.826 0.828 0.12404 0.849 0.589
#> MAD:mclust 5 0.716 0.737 0.827 0.10348 0.940 0.844
#> ATC:mclust 5 0.668 0.411 0.681 0.10769 0.758 0.463
#> SD:kmeans 5 0.648 0.668 0.761 0.08271 0.891 0.695
#> CV:kmeans 5 0.640 0.667 0.746 0.12659 0.874 0.672
#> MAD:kmeans 5 0.679 0.632 0.810 0.06394 0.957 0.868
#> ATC:kmeans 5 0.689 0.810 0.862 0.09113 0.868 0.639
#> SD:pam 5 0.666 0.767 0.872 0.08414 0.913 0.733
#> CV:pam 5 0.575 0.606 0.746 0.05268 0.945 0.830
#> MAD:pam 5 0.706 0.769 0.890 0.04979 0.949 0.827
#> ATC:pam 5 0.729 0.809 0.888 0.08542 0.944 0.815
#> SD:hclust 5 0.914 0.914 0.945 0.04193 1.000 0.999
#> CV:hclust 5 0.778 0.815 0.882 0.06708 0.985 0.964
#> MAD:hclust 5 0.622 0.828 0.867 0.04641 0.999 0.997
#> ATC:hclust 5 0.983 0.946 0.975 0.00384 0.999 0.997
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.812 0.814 0.891 0.0402 1.000 1.000
#> CV:NMF 6 0.798 0.704 0.833 0.0495 0.940 0.798
#> MAD:NMF 6 0.794 0.787 0.891 0.0361 0.971 0.906
#> ATC:NMF 6 0.789 0.739 0.883 0.0581 0.982 0.942
#> SD:skmeans 6 0.852 0.782 0.857 0.0328 0.974 0.886
#> CV:skmeans 6 0.829 0.825 0.877 0.0327 0.976 0.889
#> MAD:skmeans 6 0.841 0.813 0.888 0.0329 0.980 0.911
#> ATC:skmeans 6 0.777 0.793 0.849 0.0373 0.985 0.932
#> SD:mclust 6 0.699 0.622 0.775 0.0772 0.873 0.652
#> CV:mclust 6 0.808 0.892 0.903 0.0604 0.958 0.827
#> MAD:mclust 6 0.762 0.798 0.870 0.0913 0.842 0.554
#> ATC:mclust 6 0.720 0.710 0.832 0.1019 0.889 0.628
#> SD:kmeans 6 0.687 0.624 0.722 0.0716 0.908 0.694
#> CV:kmeans 6 0.720 0.597 0.757 0.0846 0.855 0.554
#> MAD:kmeans 6 0.695 0.647 0.769 0.0583 0.879 0.631
#> ATC:kmeans 6 0.734 0.757 0.836 0.0560 0.958 0.846
#> SD:pam 6 0.720 0.761 0.880 0.0457 0.957 0.841
#> CV:pam 6 0.579 0.671 0.789 0.0506 0.919 0.739
#> MAD:pam 6 0.639 0.631 0.807 0.0288 0.965 0.865
#> ATC:pam 6 0.694 0.762 0.865 0.0345 0.970 0.888
#> SD:hclust 6 0.801 0.785 0.882 0.0486 0.980 0.952
#> CV:hclust 6 0.636 0.727 0.823 0.0897 0.956 0.892
#> MAD:hclust 6 0.627 0.758 0.844 0.0620 0.932 0.839
#> ATC:hclust 6 0.905 0.903 0.951 0.0241 0.992 0.981
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 873, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1746, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2620, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3493, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4366, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 873, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1746, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2620, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3493, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4366, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 873)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1746)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2620)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3493)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4366)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.962 0.983 0.3771 0.614 0.614
#> 3 3 0.789 0.786 0.913 0.2966 0.948 0.915
#> 4 4 0.806 0.929 0.944 0.1666 0.848 0.734
#> 5 5 0.914 0.914 0.945 0.0419 1.000 0.999
#> 6 6 0.801 0.785 0.882 0.0486 0.980 0.952
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013748 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013746 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.5294 0.848 0.120 0.880
#> SRR2013731 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.8955 0.595 0.312 0.688
#> SRR2013728 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013727 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013726 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013725 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013724 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013723 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013722 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.2236 0.926 0.036 0.964
#> SRR2013699 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013697 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013694 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013693 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR2013692 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR2013691 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013689 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013687 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> SRR2013688 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013686 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR2013685 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.9323 0.531 0.348 0.652
#> SRR2013684 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR2013681 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013680 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013679 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013678 2 0.1184 0.942 0.016 0.984
#> SRR2013677 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR2013676 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.949 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013670 1 0.9286 0.433 0.656 0.344
#> SRR2013669 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013659 1 0.9635 0.313 0.612 0.388
#> SRR2013658 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> SRR2013588 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.1633 0.969 0.976 0.024
#> SRR2013586 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR2013584 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR2013565 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR2013560 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR2013533 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR2013529 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0592 0.9631 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0747 0.9625 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013755 2 0.1753 0.9385 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013754 2 0.1753 0.9385 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013748 2 0.0592 0.9625 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013746 2 0.0237 0.9632 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013744 2 0.0592 0.9625 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0424 0.9611 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013740 2 0.1753 0.9385 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.1964 0.9520 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013736 2 0.1860 0.9536 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013735 2 0.1860 0.9536 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013734 2 0.2066 0.9502 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013733 2 0.5098 0.7299 0.000 0.752 0.248
#> SRR2013731 2 0.1964 0.9526 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013732 2 0.1753 0.9385 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013730 2 0.2066 0.9509 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013729 3 0.5882 0.3396 0.000 0.348 0.652
#> SRR2013728 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013727 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013726 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013725 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013724 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013723 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013722 2 0.2165 0.9484 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013721 2 0.1753 0.9385 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013720 2 0.2165 0.9484 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013719 2 0.0424 0.9627 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013717 2 0.2165 0.9484 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013718 2 0.0424 0.9611 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013716 2 0.0237 0.9622 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.1289 0.9597 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0237 0.9628 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013704 2 0.0237 0.9622 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1289 0.9597 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013701 2 0.1289 0.9597 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013700 2 0.4062 0.8604 0.000 0.836 0.164
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.2796 0.9295 0.000 0.908 0.092
#> SRR2013697 2 0.0237 0.9630 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.3192 0.9144 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013694 2 0.3116 0.9175 0.000 0.892 0.108
#> SRR2013693 2 0.2165 0.9467 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013692 2 0.2261 0.9452 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013691 2 0.0892 0.9622 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013690 2 0.3192 0.9144 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013689 2 0.3192 0.9144 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013687 2 0.2356 0.9442 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013688 2 0.3116 0.9175 0.000 0.892 0.108
#> SRR2013686 2 0.2165 0.9467 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9627 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1289 0.9599 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013683 3 0.5327 0.4928 0.000 0.272 0.728
#> SRR2013684 2 0.2261 0.9458 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013681 3 0.5363 0.4867 0.000 0.276 0.724
#> SRR2013680 2 0.2448 0.9403 0.000 0.924 0.076
#> SRR2013679 2 0.3116 0.9175 0.000 0.892 0.108
#> SRR2013678 2 0.3192 0.9144 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013677 2 0.2066 0.9488 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013676 2 0.0592 0.9630 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013675 2 0.0592 0.9630 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013674 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013673 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013671 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013672 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013670 3 0.2793 0.5289 0.044 0.028 0.928
#> SRR2013669 1 0.6244 0.2316 0.560 0.000 0.440
#> SRR2013668 1 0.6260 0.2110 0.552 0.000 0.448
#> SRR2013667 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013666 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013665 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013662 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013663 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013664 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013661 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013660 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013659 3 0.3083 0.5208 0.024 0.060 0.916
#> SRR2013658 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013657 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013656 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013654 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013655 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013653 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013652 1 0.6168 0.2987 0.588 0.000 0.412
#> SRR2013651 1 0.6252 0.2216 0.556 0.000 0.444
#> SRR2013650 1 0.6168 0.2987 0.588 0.000 0.412
#> SRR2013649 1 0.3482 0.7787 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013647 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013646 1 0.4504 0.6921 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013645 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013644 1 0.6244 0.2316 0.560 0.000 0.440
#> SRR2013643 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013642 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013640 1 0.0424 0.8924 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013641 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013639 1 0.0424 0.8924 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013638 1 0.0424 0.8924 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013637 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013635 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013634 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013633 1 0.0892 0.8839 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013631 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013632 1 0.0592 0.8898 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013629 1 0.5810 0.4604 0.664 0.000 0.336
#> SRR2013630 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013628 1 0.1411 0.8712 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013626 1 0.5810 0.4604 0.664 0.000 0.336
#> SRR2013625 1 0.0747 0.8869 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013627 1 0.0592 0.8898 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013624 1 0.0424 0.8924 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013623 1 0.2448 0.8344 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013622 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0237 0.8948 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013611 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.6305 0.1120 0.516 0.000 0.484
#> SRR2013588 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013587 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013589 3 0.6309 -0.0899 0.496 0.000 0.504
#> SRR2013586 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013585 3 0.6811 0.2415 0.404 0.016 0.580
#> SRR2013584 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013583 1 0.0592 0.8896 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013582 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013579 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013578 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013574 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.1529 0.8670 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013573 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.2165 0.8466 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013569 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0592 0.8896 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013568 1 0.0237 0.8948 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013567 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013566 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.6811 0.2415 0.404 0.016 0.580
#> SRR2013565 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013561 3 0.6811 0.2415 0.404 0.016 0.580
#> SRR2013560 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013562 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013558 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013559 1 0.6302 0.1262 0.520 0.000 0.480
#> SRR2013556 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.1860 0.8571 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013553 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0424 0.8923 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013552 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013548 1 0.0237 0.8948 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013549 1 0.0747 0.8865 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013546 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013547 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013543 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013540 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013538 1 0.0237 0.8947 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013537 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.6811 0.2415 0.404 0.016 0.580
#> SRR2013533 1 0.6286 0.1698 0.536 0.000 0.464
#> SRR2013531 3 0.6811 0.2415 0.404 0.016 0.580
#> SRR2013529 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0747 0.8864 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013528 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0747 0.8867 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013518 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013442 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013769 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013768 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013767 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013765 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013766 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013764 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013763 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013762 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0188 0.906 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0469 0.902 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013758 2 0.0921 0.912 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013757 2 0.0188 0.906 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.1302 0.914 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013755 2 0.3400 0.766 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013754 2 0.3400 0.766 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013753 2 0.0469 0.902 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013751 2 0.0469 0.908 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013752 2 0.0469 0.902 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013750 2 0.0469 0.906 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013749 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013748 2 0.0921 0.911 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013747 2 0.0336 0.907 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013745 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013746 2 0.1637 0.915 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013744 2 0.1474 0.914 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013742 2 0.0592 0.904 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013743 2 0.0336 0.907 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013741 2 0.2149 0.867 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013740 2 0.3400 0.770 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013739 2 0.0336 0.903 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013737 2 0.0592 0.907 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013738 2 0.2868 0.892 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2013736 2 0.2469 0.900 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013735 2 0.2469 0.900 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013734 2 0.2868 0.889 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2013733 2 0.4720 0.666 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR2013731 2 0.2530 0.902 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013732 2 0.3486 0.769 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013730 2 0.2589 0.901 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013729 4 0.3404 0.827 0.000 0.104 0.032 0.864
#> SRR2013728 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013727 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013726 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013725 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013724 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013723 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013722 2 0.2973 0.886 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013721 2 0.3528 0.763 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013720 2 0.2973 0.886 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013719 2 0.0817 0.910 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013717 2 0.2973 0.886 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013718 2 0.2011 0.909 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013716 2 0.1302 0.912 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013715 2 0.1474 0.912 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013714 2 0.1389 0.912 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013713 2 0.0336 0.903 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013712 2 0.1792 0.909 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013711 2 0.1211 0.913 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013708 2 0.1022 0.911 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013709 2 0.0469 0.905 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013707 2 0.1557 0.911 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013706 2 0.0817 0.912 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013705 2 0.1716 0.911 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013704 2 0.1118 0.913 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013703 2 0.0469 0.908 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013702 2 0.1792 0.909 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013701 2 0.1792 0.909 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013700 2 0.4699 0.713 0.000 0.676 0.004 0.320
#> SRR2013699 2 0.1302 0.912 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013698 2 0.3764 0.835 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR2013697 2 0.1867 0.910 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013696 2 0.1389 0.912 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013695 2 0.3975 0.813 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013694 2 0.3975 0.814 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013693 2 0.3123 0.879 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2013692 2 0.3074 0.885 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013691 2 0.1118 0.910 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013690 2 0.3975 0.813 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013689 2 0.3975 0.813 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013687 2 0.3172 0.877 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR2013688 2 0.3942 0.817 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013686 2 0.3123 0.879 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2013685 2 0.0592 0.907 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013682 2 0.2281 0.907 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013683 4 0.1820 0.918 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR2013684 2 0.3266 0.873 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2013681 4 0.1929 0.915 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR2013680 2 0.3444 0.861 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013679 2 0.3907 0.821 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2013678 2 0.3975 0.813 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013677 2 0.3024 0.884 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013676 2 0.0817 0.912 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013675 2 0.1022 0.912 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013674 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013673 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013671 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013672 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013670 4 0.5296 0.298 0.000 0.008 0.496 0.496
#> SRR2013669 3 0.3219 0.855 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013668 3 0.3074 0.874 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013667 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013666 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013665 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013662 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013663 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013664 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013661 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013660 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013659 4 0.6000 0.399 0.000 0.040 0.452 0.508
#> SRR2013658 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013657 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013656 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013654 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013655 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013653 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013652 3 0.3528 0.805 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013651 3 0.3123 0.868 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR2013650 3 0.3528 0.805 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013649 1 0.3610 0.724 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2013647 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013648 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013646 1 0.4454 0.481 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR2013645 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013644 3 0.3219 0.855 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013643 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013642 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013640 1 0.0921 0.970 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013641 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013639 1 0.1118 0.964 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013638 1 0.1118 0.964 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013635 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013634 1 0.1022 0.967 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013633 1 0.1557 0.947 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013631 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013632 1 0.1211 0.964 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013629 3 0.4916 0.414 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2013630 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013628 1 0.2081 0.916 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013626 3 0.4916 0.414 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2013625 1 0.1474 0.953 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013627 1 0.1211 0.964 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013624 1 0.1022 0.970 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013623 1 0.2921 0.825 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013622 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013613 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013604 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013601 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013600 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013599 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013598 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013596 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013597 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013595 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013594 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013593 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013592 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013591 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013590 3 0.2714 0.925 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2013588 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013587 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013589 3 0.3037 0.901 0.100 0.000 0.880 0.020
#> SRR2013586 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013585 3 0.3583 0.741 0.040 0.004 0.864 0.092
#> SRR2013584 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013583 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013580 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013579 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013578 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013577 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013574 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013572 1 0.1940 0.913 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013573 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013571 1 0.2345 0.884 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013569 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013570 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013568 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013567 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.3583 0.741 0.040 0.004 0.864 0.092
#> SRR2013565 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013563 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013561 3 0.3583 0.741 0.040 0.004 0.864 0.092
#> SRR2013560 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013562 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013558 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013559 3 0.2530 0.927 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013556 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.2081 0.904 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013553 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013555 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013550 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013548 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013549 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013544 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013547 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013543 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013542 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013541 1 0.2281 0.889 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013540 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013539 1 0.2345 0.884 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013538 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013536 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.3583 0.741 0.040 0.004 0.864 0.092
#> SRR2013533 3 0.2814 0.902 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013531 3 0.3583 0.741 0.040 0.004 0.864 0.092
#> SRR2013529 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013530 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013528 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013527 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013522 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013521 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013519 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013520 1 0.1474 0.941 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013518 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013517 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013516 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013514 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013515 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013513 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013512 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013511 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013510 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013508 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013509 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013501 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013500 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013499 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013485 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013484 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013483 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013482 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013481 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013479 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013480 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013478 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013475 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013472 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013471 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013470 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013469 1 0.0469 0.978 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013456 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013455 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013453 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013454 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013452 1 0.0592 0.975 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013451 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0188 0.982 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013447 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013446 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013445 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013444 1 0.0707 0.973 0.980 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.1544 0.943 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013442 1 0.1478 0.946 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013769 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013760 2 0.0794 0.903 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013759 2 0.1082 0.900 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013758 2 0.1403 0.910 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013757 2 0.0794 0.903 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013756 2 0.1300 0.912 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR2013755 2 0.4313 0.716 0.000 0.760 0.000 0.068 0.172
#> SRR2013754 2 0.4313 0.716 0.000 0.760 0.000 0.068 0.172
#> SRR2013753 2 0.1251 0.897 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013751 2 0.0955 0.906 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013752 2 0.1251 0.897 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013750 2 0.0955 0.904 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013749 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013748 2 0.1310 0.910 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR2013747 2 0.0794 0.905 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013745 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013746 2 0.1205 0.912 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013744 2 0.1648 0.912 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR2013742 2 0.1082 0.902 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013743 2 0.0794 0.905 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013741 2 0.2871 0.847 0.000 0.872 0.000 0.040 0.088
#> SRR2013740 2 0.4313 0.718 0.000 0.760 0.000 0.068 0.172
#> SRR2013739 2 0.1168 0.899 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR2013737 2 0.0898 0.905 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR2013738 2 0.2616 0.891 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR2013736 2 0.2293 0.898 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR2013735 2 0.2293 0.898 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR2013734 2 0.2522 0.888 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR2013733 2 0.4318 0.675 0.000 0.688 0.000 0.020 0.292
#> SRR2013731 2 0.2136 0.900 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR2013732 2 0.4333 0.707 0.000 0.752 0.000 0.060 0.188
#> SRR2013730 2 0.2193 0.899 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR2013729 5 0.1908 0.819 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013728 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013727 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013726 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013725 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013724 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013723 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013722 2 0.2677 0.885 0.000 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR2013721 2 0.4367 0.701 0.000 0.748 0.000 0.060 0.192
#> SRR2013720 2 0.2677 0.885 0.000 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR2013719 2 0.1117 0.908 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013717 2 0.2677 0.885 0.000 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR2013718 2 0.1907 0.905 0.000 0.928 0.000 0.028 0.044
#> SRR2013716 2 0.1117 0.910 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013715 2 0.1082 0.908 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013714 2 0.1012 0.908 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013713 2 0.1124 0.899 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013712 2 0.2079 0.907 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR2013711 2 0.1018 0.910 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013708 2 0.0566 0.908 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013709 2 0.0955 0.902 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013707 2 0.1195 0.908 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR2013706 2 0.0912 0.909 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013705 2 0.1399 0.908 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR2013704 2 0.0912 0.910 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013703 2 0.0798 0.906 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013702 2 0.2079 0.907 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR2013701 2 0.2079 0.907 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR2013700 2 0.4309 0.691 0.000 0.676 0.000 0.016 0.308
#> SRR2013699 2 0.0912 0.909 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013698 2 0.3694 0.836 0.000 0.796 0.000 0.032 0.172
#> SRR2013697 2 0.1582 0.907 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR2013696 2 0.1012 0.909 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013695 2 0.3910 0.814 0.000 0.772 0.000 0.032 0.196
#> SRR2013694 2 0.3863 0.813 0.000 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR2013693 2 0.2915 0.879 0.000 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR2013692 2 0.2723 0.884 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR2013691 2 0.1579 0.908 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013690 2 0.3910 0.814 0.000 0.772 0.000 0.032 0.196
#> SRR2013689 2 0.3910 0.814 0.000 0.772 0.000 0.032 0.196
#> SRR2013687 2 0.2921 0.877 0.000 0.856 0.000 0.020 0.124
#> SRR2013688 2 0.3876 0.817 0.000 0.776 0.000 0.032 0.192
#> SRR2013686 2 0.2951 0.880 0.000 0.860 0.000 0.028 0.112
#> SRR2013685 2 0.0912 0.905 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013682 2 0.1981 0.905 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR2013683 5 0.0290 0.981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013684 2 0.3182 0.872 0.000 0.844 0.000 0.032 0.124
#> SRR2013681 5 0.0404 0.974 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013680 2 0.3283 0.863 0.000 0.832 0.000 0.028 0.140
#> SRR2013679 2 0.3841 0.821 0.000 0.780 0.000 0.032 0.188
#> SRR2013678 2 0.3910 0.814 0.000 0.772 0.000 0.032 0.196
#> SRR2013677 2 0.2848 0.884 0.000 0.868 0.000 0.028 0.104
#> SRR2013676 2 0.1310 0.910 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR2013675 2 0.1493 0.910 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR2013674 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.3132 0.921 0.000 0.000 0.172 0.820 0.008
#> SRR2013669 3 0.1671 0.812 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.1478 0.833 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.2771 0.919 0.000 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR2013658 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.2074 0.754 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.1544 0.827 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.2074 0.754 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.3430 0.723 0.776 0.000 0.220 0.004 0.000
#> SRR2013647 1 0.0963 0.962 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013648 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.4211 0.428 0.636 0.000 0.360 0.004 0.000
#> SRR2013645 3 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1671 0.812 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013642 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013640 1 0.1628 0.948 0.936 0.000 0.008 0.056 0.000
#> SRR2013641 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013639 1 0.1942 0.936 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013638 1 0.1942 0.936 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013637 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013636 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013635 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013634 1 0.1942 0.935 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013633 1 0.1915 0.944 0.928 0.000 0.040 0.032 0.000
#> SRR2013631 3 0.1403 0.876 0.024 0.000 0.952 0.024 0.000
#> SRR2013632 1 0.1485 0.956 0.948 0.000 0.020 0.032 0.000
#> SRR2013629 3 0.4341 0.220 0.364 0.000 0.628 0.008 0.000
#> SRR2013630 3 0.1211 0.879 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2013628 1 0.2409 0.917 0.900 0.000 0.068 0.032 0.000
#> SRR2013626 3 0.4341 0.220 0.364 0.000 0.628 0.008 0.000
#> SRR2013625 1 0.1750 0.947 0.936 0.000 0.028 0.036 0.000
#> SRR2013627 1 0.1485 0.959 0.948 0.000 0.020 0.032 0.000
#> SRR2013624 1 0.1740 0.948 0.932 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR2013623 1 0.2890 0.816 0.836 0.000 0.160 0.004 0.000
#> SRR2013622 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0510 0.972 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013620 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013619 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013617 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013618 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013616 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013615 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013614 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013613 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0290 0.973 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0510 0.972 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013609 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013608 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013607 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0404 0.972 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013602 1 0.0963 0.962 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013601 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013600 1 0.1043 0.962 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013599 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013598 1 0.0880 0.965 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013596 1 0.1043 0.961 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013597 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013595 1 0.0963 0.962 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013594 1 0.0880 0.965 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013593 1 0.1043 0.960 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013592 1 0.1197 0.956 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013591 1 0.1478 0.946 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013590 3 0.1579 0.872 0.024 0.000 0.944 0.032 0.000
#> SRR2013588 3 0.1211 0.879 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2013587 3 0.0992 0.881 0.024 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR2013589 3 0.1872 0.853 0.020 0.000 0.928 0.052 0.000
#> SRR2013586 3 0.1965 0.858 0.024 0.000 0.924 0.052 0.000
#> SRR2013585 3 0.3913 0.390 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR2013584 1 0.0566 0.971 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013583 1 0.0798 0.967 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR2013582 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013581 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013580 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013579 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013578 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013577 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013576 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013575 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013574 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013572 1 0.2077 0.907 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> SRR2013573 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013571 1 0.2470 0.882 0.884 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR2013569 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013570 1 0.0912 0.965 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR2013568 1 0.0566 0.971 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013567 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013566 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013564 3 0.3913 0.390 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR2013565 1 0.0579 0.972 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013563 3 0.1211 0.879 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2013561 3 0.3913 0.390 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR2013560 3 0.1211 0.879 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2013562 3 0.1965 0.858 0.024 0.000 0.924 0.052 0.000
#> SRR2013558 3 0.1211 0.879 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2013559 3 0.1965 0.858 0.024 0.000 0.924 0.052 0.000
#> SRR2013556 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013557 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013554 1 0.2193 0.899 0.900 0.000 0.092 0.008 0.000
#> SRR2013553 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013555 1 0.0671 0.969 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR2013552 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013551 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013550 1 0.0451 0.972 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013548 1 0.0566 0.971 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013549 1 0.0771 0.967 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR2013546 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013545 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013544 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013547 1 0.0451 0.972 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013543 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013542 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013541 1 0.2416 0.886 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013540 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013539 1 0.2470 0.881 0.884 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR2013538 1 0.0451 0.972 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013537 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013535 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013536 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013534 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013532 3 0.3895 0.399 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR2013533 3 0.1626 0.858 0.044 0.000 0.940 0.016 0.000
#> SRR2013531 3 0.3913 0.390 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR2013529 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013530 1 0.0771 0.968 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR2013528 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013527 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013526 1 0.0404 0.973 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013525 1 0.1043 0.961 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013524 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013523 1 0.0963 0.965 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013522 1 0.1043 0.961 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013521 1 0.0693 0.973 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR2013519 1 0.0579 0.973 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013520 1 0.1704 0.928 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR2013518 1 0.0794 0.969 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013517 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013516 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013514 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013515 1 0.0609 0.969 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013513 1 0.0794 0.966 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013512 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013511 1 0.0404 0.972 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013510 1 0.0703 0.968 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013508 1 0.0703 0.969 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013509 1 0.0880 0.965 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013505 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013506 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013507 1 0.0324 0.973 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013504 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013503 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013502 1 0.0404 0.972 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013501 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013500 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013499 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013498 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013497 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013495 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013496 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013492 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013494 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013493 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013491 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013490 1 0.0451 0.971 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013489 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013488 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013487 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013486 1 0.0693 0.973 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR2013485 1 0.0880 0.966 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013484 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0510 0.970 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013482 1 0.0794 0.965 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013481 1 0.0404 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013479 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0579 0.973 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013477 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013476 1 0.0324 0.972 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013474 1 0.0609 0.970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013473 1 0.0703 0.967 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013475 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013471 1 0.0703 0.967 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013470 1 0.0880 0.965 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013469 1 0.0609 0.969 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013468 1 0.0703 0.968 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013467 1 0.0703 0.967 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013466 1 0.0510 0.971 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013465 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013463 1 0.0703 0.968 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0703 0.968 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013461 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013460 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013459 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013456 1 0.0579 0.973 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013455 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0703 0.967 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013454 1 0.0451 0.973 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013452 1 0.0703 0.967 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013451 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013449 1 0.0162 0.972 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013448 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.1478 0.946 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013446 1 0.1544 0.943 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013445 1 0.1410 0.948 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013444 1 0.1544 0.943 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.3807 0.82759 0.788 0.000 0.024 0.024 0.004 0.160
#> SRR2013442 1 0.3734 0.83619 0.796 0.000 0.024 0.024 0.004 0.152
#> SRR2013769 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013768 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013767 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013765 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013766 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013764 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013763 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013762 1 0.0665 0.95178 0.980 0.000 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013761 1 0.0717 0.95115 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013760 6 0.3860 0.35221 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013759 6 0.3563 0.61607 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013758 2 0.3309 0.45820 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013757 6 0.3862 0.33728 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013756 2 0.2883 0.53929 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013755 6 0.3767 0.52751 0.000 0.080 0.000 0.004 0.128 0.788
#> SRR2013754 6 0.3767 0.52751 0.000 0.080 0.000 0.004 0.128 0.788
#> SRR2013753 6 0.3428 0.62789 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013751 2 0.3862 -0.23012 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013752 6 0.3482 0.62858 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013750 2 0.3810 -0.00191 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013749 5 0.0405 0.98073 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2013748 2 0.3101 0.50221 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013747 6 0.3867 0.32346 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013745 5 0.0405 0.98073 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2013746 2 0.3695 0.12983 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013744 2 0.2793 0.55050 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013742 6 0.3851 0.45829 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013743 2 0.3804 0.01429 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013741 6 0.4407 0.59759 0.000 0.232 0.000 0.000 0.076 0.692
#> SRR2013740 6 0.3915 0.53147 0.000 0.092 0.000 0.004 0.128 0.776
#> SRR2013739 6 0.3578 0.61955 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013737 6 0.3817 0.50883 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013738 2 0.1327 0.61587 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013736 2 0.1663 0.61162 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013735 2 0.1610 0.61189 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013734 2 0.1285 0.61374 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013733 2 0.4560 0.41946 0.000 0.696 0.000 0.004 0.212 0.088
#> SRR2013731 2 0.2442 0.59155 0.000 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR2013732 6 0.3973 0.51641 0.000 0.084 0.000 0.004 0.144 0.768
#> SRR2013730 2 0.2504 0.59414 0.000 0.856 0.000 0.004 0.004 0.136
#> SRR2013729 5 0.2532 0.83316 0.000 0.052 0.000 0.004 0.884 0.060
#> SRR2013728 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013727 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013726 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013725 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013724 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013723 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013722 2 0.1152 0.61381 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013721 6 0.3961 0.51196 0.000 0.080 0.000 0.004 0.148 0.768
#> SRR2013720 2 0.1152 0.61381 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013719 2 0.3838 -0.14612 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013717 2 0.1285 0.61448 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013718 2 0.4467 -0.20127 0.000 0.496 0.000 0.004 0.020 0.480
#> SRR2013716 2 0.3868 -0.22531 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2013715 2 0.3774 0.10048 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013714 2 0.3810 0.01924 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013713 6 0.3547 0.62333 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013712 2 0.3390 0.40381 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013711 2 0.3838 -0.07443 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013708 2 0.3862 -0.15514 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013709 6 0.3727 0.57414 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013707 2 0.3695 0.20418 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013706 2 0.3864 -0.31423 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013705 2 0.3874 0.28097 0.000 0.636 0.000 0.000 0.008 0.356
#> SRR2013704 6 0.3866 0.26227 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013703 6 0.3857 0.43263 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR2013702 2 0.3371 0.41164 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013701 2 0.3371 0.41164 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013700 2 0.3046 0.45804 0.000 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR2013699 2 0.3810 0.03890 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013698 2 0.1765 0.58915 0.000 0.924 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR2013697 2 0.3758 0.34246 0.000 0.668 0.000 0.000 0.008 0.324
#> SRR2013696 2 0.3804 0.04208 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013695 2 0.1745 0.57090 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR2013694 2 0.1858 0.56908 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR2013693 2 0.2230 0.61422 0.000 0.892 0.000 0.000 0.024 0.084
#> SRR2013692 2 0.2651 0.61124 0.000 0.860 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR2013691 2 0.3747 0.13350 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013690 2 0.1745 0.57090 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR2013689 2 0.1745 0.57090 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR2013687 2 0.1297 0.61023 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013688 2 0.1686 0.57364 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2013686 2 0.2230 0.61333 0.000 0.892 0.000 0.000 0.024 0.084
#> SRR2013685 6 0.3864 0.39522 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013682 2 0.2854 0.54745 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013683 5 0.0260 0.98278 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013684 2 0.2595 0.60944 0.000 0.872 0.000 0.000 0.044 0.084
#> SRR2013681 5 0.0405 0.98035 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2013680 2 0.2134 0.60706 0.000 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> SRR2013679 2 0.1625 0.57656 0.000 0.928 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2013678 2 0.1745 0.57090 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR2013677 2 0.2250 0.61215 0.000 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR2013676 2 0.3774 0.05584 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013675 2 0.3828 -0.08185 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013674 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.1531 0.94461 0.000 0.000 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR2013669 3 0.1501 0.81745 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.1327 0.83576 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.1934 0.94411 0.000 0.000 0.040 0.916 0.000 0.044
#> SRR2013658 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.2113 0.77772 0.092 0.000 0.896 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013651 3 0.1387 0.83016 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.2113 0.77772 0.092 0.000 0.896 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013649 1 0.3398 0.73602 0.768 0.000 0.216 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013647 1 0.1765 0.93290 0.924 0.000 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013648 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.4102 0.44068 0.628 0.000 0.356 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013645 3 0.0777 0.87474 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1501 0.81745 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013642 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013640 1 0.3307 0.86794 0.832 0.000 0.024 0.028 0.000 0.116
#> SRR2013641 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013639 1 0.3923 0.82430 0.784 0.000 0.028 0.028 0.004 0.156
#> SRR2013638 1 0.3887 0.82736 0.788 0.000 0.028 0.028 0.004 0.152
#> SRR2013637 1 0.1074 0.94768 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR2013636 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013635 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013634 1 0.3952 0.81433 0.776 0.000 0.028 0.024 0.004 0.168
#> SRR2013633 1 0.2714 0.91381 0.880 0.000 0.036 0.020 0.000 0.064
#> SRR2013631 3 0.1418 0.86771 0.024 0.000 0.944 0.032 0.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.2501 0.92014 0.888 0.000 0.028 0.012 0.000 0.072
#> SRR2013629 3 0.4572 0.25568 0.348 0.000 0.616 0.012 0.004 0.020
#> SRR2013630 3 0.1492 0.86543 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.3124 0.89406 0.860 0.000 0.064 0.020 0.004 0.052
#> SRR2013626 3 0.4572 0.25568 0.348 0.000 0.616 0.012 0.004 0.020
#> SRR2013625 1 0.2939 0.90867 0.868 0.000 0.036 0.016 0.004 0.076
#> SRR2013627 1 0.2699 0.91756 0.880 0.000 0.028 0.012 0.004 0.076
#> SRR2013624 1 0.3340 0.87212 0.832 0.000 0.028 0.028 0.000 0.112
#> SRR2013623 1 0.3051 0.81644 0.824 0.000 0.156 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013622 1 0.0748 0.95240 0.976 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013621 1 0.1155 0.95176 0.956 0.000 0.004 0.004 0.000 0.036
#> SRR2013620 1 0.1151 0.94723 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013619 1 0.0912 0.95076 0.972 0.000 0.004 0.008 0.004 0.012
#> SRR2013617 1 0.1151 0.94723 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013618 1 0.1296 0.94684 0.952 0.000 0.004 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013616 1 0.0972 0.94952 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR2013615 1 0.1151 0.94723 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013614 1 0.0912 0.95076 0.972 0.000 0.004 0.008 0.004 0.012
#> SRR2013613 1 0.0508 0.95120 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013612 1 0.0405 0.95099 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013610 1 0.0622 0.95217 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013611 1 0.1049 0.94984 0.960 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR2013609 1 0.1363 0.95104 0.952 0.000 0.004 0.012 0.004 0.028
#> SRR2013608 1 0.1442 0.94641 0.944 0.000 0.004 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013606 1 0.0363 0.95118 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013605 1 0.1194 0.94973 0.956 0.000 0.004 0.008 0.000 0.032
#> SRR2013607 1 0.0551 0.95112 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013604 1 0.0551 0.95112 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013603 1 0.1313 0.95093 0.952 0.000 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR2013602 1 0.2015 0.93001 0.916 0.000 0.016 0.012 0.000 0.056
#> SRR2013601 1 0.1511 0.94332 0.940 0.000 0.004 0.012 0.000 0.044
#> SRR2013600 1 0.2195 0.92489 0.904 0.000 0.012 0.016 0.000 0.068
#> SRR2013599 1 0.1511 0.94332 0.940 0.000 0.004 0.012 0.000 0.044
#> SRR2013598 1 0.1793 0.93652 0.928 0.000 0.012 0.012 0.000 0.048
#> SRR2013596 1 0.2039 0.93283 0.916 0.000 0.020 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013597 1 0.1442 0.94450 0.944 0.000 0.004 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013595 1 0.2015 0.93001 0.916 0.000 0.016 0.012 0.000 0.056
#> SRR2013594 1 0.2001 0.92886 0.912 0.000 0.012 0.008 0.000 0.068
#> SRR2013593 1 0.2164 0.92497 0.908 0.000 0.020 0.012 0.000 0.060
#> SRR2013592 1 0.2570 0.90985 0.884 0.000 0.024 0.016 0.000 0.076
#> SRR2013591 1 0.3358 0.86365 0.824 0.000 0.024 0.024 0.000 0.128
#> SRR2013590 3 0.1890 0.85528 0.024 0.000 0.916 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013588 3 0.1492 0.86543 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013587 3 0.1261 0.86851 0.024 0.000 0.952 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013589 3 0.2147 0.83784 0.020 0.000 0.896 0.084 0.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.2333 0.83401 0.024 0.000 0.884 0.092 0.000 0.000
#> SRR2013585 3 0.4072 0.22852 0.000 0.000 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR2013584 1 0.0862 0.94706 0.972 0.000 0.008 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013583 1 0.1109 0.94475 0.964 0.000 0.012 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013582 1 0.0405 0.94928 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013581 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013580 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013579 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013578 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013577 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013576 1 0.0508 0.94967 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013575 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013574 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013572 1 0.2350 0.89327 0.896 0.000 0.076 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013573 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013571 1 0.2711 0.87368 0.872 0.000 0.096 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013569 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013570 1 0.1223 0.94312 0.960 0.000 0.012 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013568 1 0.0951 0.94614 0.968 0.000 0.008 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013567 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013566 1 0.0508 0.94852 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013564 3 0.4072 0.22852 0.000 0.000 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR2013565 1 0.0893 0.95040 0.972 0.000 0.004 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013563 3 0.1492 0.86543 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013561 3 0.4072 0.22852 0.000 0.000 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR2013560 3 0.1492 0.86543 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013562 3 0.2333 0.83401 0.024 0.000 0.884 0.092 0.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.1492 0.86543 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013559 3 0.2333 0.83401 0.024 0.000 0.884 0.092 0.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0551 0.94904 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013557 1 0.0508 0.94852 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013554 1 0.2458 0.88675 0.888 0.000 0.084 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013553 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013555 1 0.0964 0.94585 0.968 0.000 0.012 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013552 1 0.0508 0.94967 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013551 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013550 1 0.0653 0.94900 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013548 1 0.0767 0.94764 0.976 0.000 0.008 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013549 1 0.0964 0.94506 0.968 0.000 0.016 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013546 1 0.0508 0.94967 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013545 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013544 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013547 1 0.0653 0.94900 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013543 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013542 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013541 1 0.2661 0.87558 0.876 0.000 0.092 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013540 1 0.0748 0.94957 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013539 1 0.2711 0.87130 0.872 0.000 0.096 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013538 1 0.0653 0.94900 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013537 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013535 1 0.0551 0.94887 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013536 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013534 1 0.0405 0.94928 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013532 3 0.4062 0.24988 0.000 0.000 0.552 0.440 0.000 0.008
#> SRR2013533 3 0.1863 0.85069 0.044 0.000 0.920 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013531 3 0.4072 0.22852 0.000 0.000 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR2013529 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013530 1 0.0964 0.94625 0.968 0.000 0.016 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013528 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013527 1 0.0748 0.94939 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013526 1 0.1338 0.95247 0.952 0.000 0.004 0.008 0.004 0.032
#> SRR2013525 1 0.2502 0.91414 0.884 0.000 0.020 0.012 0.000 0.084
#> SRR2013524 1 0.0458 0.95080 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013523 1 0.2554 0.91553 0.880 0.000 0.020 0.012 0.000 0.088
#> SRR2013522 1 0.2502 0.91414 0.884 0.000 0.020 0.012 0.000 0.084
#> SRR2013521 1 0.0837 0.95258 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013519 1 0.0748 0.95194 0.976 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013520 1 0.1872 0.91639 0.920 0.000 0.064 0.004 0.004 0.008
#> SRR2013518 1 0.2043 0.93473 0.912 0.000 0.012 0.012 0.000 0.064
#> SRR2013517 1 0.1067 0.95239 0.964 0.000 0.004 0.004 0.004 0.024
#> SRR2013516 1 0.1296 0.94980 0.952 0.000 0.004 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013514 1 0.1138 0.95054 0.960 0.000 0.004 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013515 1 0.1296 0.94791 0.952 0.000 0.012 0.004 0.000 0.032
#> SRR2013513 1 0.1738 0.93765 0.928 0.000 0.016 0.004 0.000 0.052
#> SRR2013512 1 0.1053 0.95094 0.964 0.000 0.004 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013511 1 0.1296 0.94908 0.952 0.000 0.004 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013510 1 0.1644 0.94005 0.932 0.000 0.012 0.004 0.000 0.052
#> SRR2013508 1 0.1605 0.94316 0.936 0.000 0.004 0.016 0.000 0.044
#> SRR2013509 1 0.1914 0.93597 0.920 0.000 0.008 0.016 0.000 0.056
#> SRR2013505 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013506 1 0.0748 0.94766 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013507 1 0.0993 0.95190 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013504 1 0.0748 0.94766 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013503 1 0.0603 0.95020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013502 1 0.0748 0.95101 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013501 1 0.0603 0.95122 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013500 1 0.0748 0.94939 0.976 0.000 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013499 1 0.0653 0.94816 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013498 1 0.0458 0.95108 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013497 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013495 1 0.0508 0.94852 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013496 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013492 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013494 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013493 1 0.0696 0.94963 0.980 0.000 0.004 0.004 0.004 0.008
#> SRR2013491 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013490 1 0.0696 0.95115 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013489 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013488 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013487 1 0.0363 0.95028 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013486 1 0.1096 0.95270 0.964 0.000 0.004 0.008 0.004 0.020
#> SRR2013485 1 0.1692 0.94167 0.932 0.000 0.012 0.008 0.000 0.048
#> SRR2013484 1 0.0696 0.95066 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013483 1 0.1074 0.94856 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013482 1 0.1564 0.93816 0.936 0.000 0.024 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013481 1 0.0891 0.95029 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013479 1 0.0696 0.95066 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013480 1 0.0551 0.95076 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013478 1 0.0964 0.95035 0.968 0.000 0.004 0.012 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.1442 0.94441 0.944 0.000 0.004 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013476 1 0.0767 0.95168 0.976 0.000 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013474 1 0.1442 0.94450 0.944 0.000 0.004 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013473 1 0.1480 0.94029 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013475 1 0.0696 0.95066 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013472 1 0.1194 0.94960 0.956 0.000 0.008 0.004 0.000 0.032
#> SRR2013471 1 0.1408 0.94186 0.944 0.000 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013470 1 0.1657 0.94037 0.936 0.000 0.012 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013469 1 0.1245 0.94505 0.952 0.000 0.016 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013468 1 0.1370 0.94532 0.948 0.000 0.004 0.012 0.000 0.036
#> SRR2013467 1 0.1408 0.94275 0.944 0.000 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013466 1 0.1225 0.94668 0.952 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR2013465 1 0.1010 0.95081 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2013463 1 0.1370 0.94532 0.948 0.000 0.004 0.012 0.000 0.036
#> SRR2013462 1 0.0632 0.95174 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013464 1 0.1370 0.94532 0.948 0.000 0.004 0.012 0.000 0.036
#> SRR2013461 1 0.1138 0.94906 0.960 0.000 0.004 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013460 1 0.0806 0.95141 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013459 1 0.1007 0.95161 0.968 0.000 0.004 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013458 1 0.0632 0.95174 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013457 1 0.1138 0.94906 0.960 0.000 0.004 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013456 1 0.0964 0.95035 0.968 0.000 0.004 0.012 0.000 0.016
#> SRR2013455 1 0.1096 0.95147 0.964 0.000 0.004 0.008 0.004 0.020
#> SRR2013453 1 0.1334 0.94326 0.948 0.000 0.020 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013454 1 0.1138 0.94906 0.960 0.000 0.004 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013452 1 0.1334 0.94326 0.948 0.000 0.020 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013451 1 0.0405 0.95139 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013450 1 0.0622 0.95141 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013449 1 0.0622 0.95141 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013448 1 0.0551 0.95112 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013447 1 0.3734 0.83619 0.796 0.000 0.024 0.024 0.004 0.152
#> SRR2013446 1 0.3807 0.82759 0.788 0.000 0.024 0.024 0.004 0.160
#> SRR2013445 1 0.2926 0.88357 0.852 0.000 0.024 0.012 0.000 0.112
#> SRR2013444 1 0.3807 0.82759 0.788 0.000 0.024 0.024 0.004 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.995 0.3900 0.611 0.611
#> 3 3 0.973 0.946 0.968 0.4423 0.827 0.717
#> 4 4 0.705 0.747 0.845 0.1780 0.882 0.735
#> 5 5 0.648 0.668 0.761 0.0827 0.891 0.695
#> 6 6 0.687 0.624 0.722 0.0716 0.908 0.694
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013759 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013758 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013757 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013756 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013755 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013754 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013753 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013751 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013752 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013750 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013749 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013748 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013747 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013745 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013746 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013744 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013742 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013743 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013741 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013740 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013739 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013737 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013738 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013736 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013735 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013734 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013733 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013731 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013732 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013730 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013729 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013728 1 0.6247 0.815 0.844 0.156
#> SRR2013727 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> SRR2013726 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.3274 0.939 0.060 0.940
#> SRR2013724 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> SRR2013723 1 0.4022 0.912 0.920 0.080
#> SRR2013722 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013721 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013720 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013719 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013717 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013718 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013716 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013715 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013714 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013713 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013712 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013711 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013708 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013709 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013707 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013706 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013705 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013704 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013703 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013702 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013701 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013700 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013699 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013698 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013697 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013696 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013695 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013694 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013693 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013692 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013691 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013690 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013689 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013687 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013688 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013686 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013685 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013682 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013683 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013684 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013681 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013680 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013679 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013678 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013677 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013676 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013675 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013674 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013673 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013671 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013672 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013670 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013669 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013668 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013667 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013666 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013665 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013662 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013663 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013664 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013661 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013660 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013659 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013658 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013657 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013656 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013654 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013655 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013653 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013652 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013651 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013650 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013649 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013647 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013646 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013645 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013644 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013643 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013642 2 0.7674 0.718 0.224 0.776
#> SRR2013640 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.2603 0.957 0.044 0.956
#> SRR2013639 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013584 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2013565 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.9393 0.442 0.644 0.356
#> SRR2013560 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> SRR2013529 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013442 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013748 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013736 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013735 2 0.0747 0.9781 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013734 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013733 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013729 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013728 1 0.6897 0.6355 0.712 0.220 0.068
#> SRR2013727 1 0.5810 0.7678 0.796 0.132 0.072
#> SRR2013726 1 0.2165 0.9312 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013725 2 0.3045 0.9175 0.020 0.916 0.064
#> SRR2013724 1 0.6264 0.7192 0.764 0.168 0.068
#> SRR2013723 1 0.6034 0.7435 0.780 0.152 0.068
#> SRR2013722 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013694 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013693 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013692 2 0.0237 0.9818 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013689 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013687 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013688 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013686 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013683 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013684 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013681 2 0.1289 0.9695 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013680 2 0.0424 0.9811 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013679 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013678 2 0.0892 0.9764 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013677 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013673 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013671 3 0.1411 0.9445 0.036 0.000 0.964
#> SRR2013672 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013670 3 0.5178 0.6271 0.000 0.256 0.744
#> SRR2013669 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013668 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013667 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013666 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013665 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013662 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013663 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013664 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013661 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013660 3 0.1753 0.9533 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9827 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013657 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013656 3 0.1753 0.9533 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013654 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013655 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013653 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013652 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013651 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013650 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013649 3 0.2711 0.9484 0.088 0.000 0.912
#> SRR2013647 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013648 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013646 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013645 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013644 3 0.2165 0.9605 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013643 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013642 2 0.6375 0.5564 0.244 0.720 0.036
#> SRR2013640 1 0.1031 0.9596 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013641 2 0.3742 0.8552 0.072 0.892 0.036
#> SRR2013639 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013638 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1411 0.9528 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013635 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013634 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013633 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013631 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013632 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013629 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013630 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013628 1 0.4346 0.7932 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013626 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013625 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013627 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013624 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013623 1 0.2625 0.8931 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0237 0.9688 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0424 0.9671 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.1163 0.9576 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0892 0.9615 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013593 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013592 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013591 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013590 3 0.2165 0.9475 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013588 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013587 3 0.2878 0.9422 0.096 0.000 0.904
#> SRR2013589 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013586 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013585 3 0.6026 0.3814 0.000 0.376 0.624
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.4062 0.7920 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013579 1 0.6154 0.2592 0.592 0.000 0.408
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.4062 0.7921 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.4702 0.7179 0.788 0.000 0.212
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.6280 0.0711 0.540 0.000 0.460
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.6274 0.0871 0.544 0.000 0.456
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.6225 0.2393 0.000 0.568 0.432
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013561 3 0.3134 0.9141 0.032 0.052 0.916
#> SRR2013560 3 0.2356 0.9453 0.072 0.000 0.928
#> SRR2013562 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013558 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013559 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.4796 0.7045 0.780 0.000 0.220
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.1411 0.9428 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.3192 0.8603 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.4796 0.7044 0.780 0.000 0.220
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.3551 0.8356 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.2261 0.9486 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013533 3 0.2448 0.9458 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013531 3 0.2261 0.9461 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013522 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.1163 0.9576 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013515 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013513 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013510 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013508 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013509 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013502 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013501 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0747 0.9634 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013485 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013470 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0892 0.9615 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013446 1 0.1411 0.9528 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013445 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013444 1 0.1289 0.9554 0.968 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 4 0.4804 0.7072 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013442 4 0.4898 0.6573 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013769 1 0.1022 0.8354 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013768 1 0.1022 0.8354 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013767 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013765 1 0.1022 0.8354 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013766 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013764 1 0.0921 0.8359 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013763 1 0.1022 0.8354 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013762 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013761 1 0.1389 0.8319 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0188 0.9422 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.3529 0.8832 0.000 0.836 0.012 0.152
#> SRR2013755 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013754 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.4820 0.7739 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR2013748 2 0.0524 0.9416 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.4844 0.7695 0.000 0.688 0.012 0.300
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0524 0.9416 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.2342 0.9177 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR2013736 2 0.1356 0.9351 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2013735 2 0.3606 0.8880 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR2013734 2 0.3852 0.8679 0.000 0.808 0.012 0.180
#> SRR2013733 2 0.3978 0.8609 0.000 0.796 0.012 0.192
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013730 2 0.2480 0.9156 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR2013729 2 0.4485 0.8207 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR2013728 4 0.3989 0.4432 0.080 0.056 0.012 0.852
#> SRR2013727 4 0.3672 0.4747 0.092 0.032 0.012 0.864
#> SRR2013726 4 0.3217 0.5189 0.128 0.000 0.012 0.860
#> SRR2013725 4 0.4345 0.2333 0.012 0.184 0.012 0.792
#> SRR2013724 4 0.3895 0.4545 0.084 0.048 0.012 0.856
#> SRR2013723 4 0.3700 0.4682 0.088 0.036 0.012 0.864
#> SRR2013722 2 0.3881 0.8719 0.000 0.812 0.016 0.172
#> SRR2013721 2 0.0188 0.9418 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013720 2 0.3881 0.8719 0.000 0.812 0.016 0.172
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.3161 0.8982 0.000 0.864 0.012 0.124
#> SRR2013718 2 0.0672 0.9410 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2013716 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013715 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013714 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013708 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0657 0.9410 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2013704 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0188 0.9423 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4630 0.8176 0.000 0.732 0.016 0.252
#> SRR2013699 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013698 2 0.3991 0.8730 0.000 0.808 0.020 0.172
#> SRR2013697 2 0.0657 0.9410 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2013696 2 0.0524 0.9411 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013695 2 0.4163 0.8633 0.000 0.792 0.020 0.188
#> SRR2013694 2 0.4204 0.8615 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR2013693 2 0.2179 0.9249 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR2013692 2 0.1284 0.9374 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.4079 0.8683 0.000 0.800 0.020 0.180
#> SRR2013689 2 0.4204 0.8608 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR2013687 2 0.4079 0.8664 0.000 0.800 0.020 0.180
#> SRR2013688 2 0.4204 0.8608 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR2013686 2 0.1488 0.9352 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0376 0.9421 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2013683 2 0.4690 0.7953 0.000 0.712 0.012 0.276
#> SRR2013684 2 0.2179 0.9252 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR2013681 2 0.4576 0.8104 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR2013680 2 0.2101 0.9264 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR2013679 2 0.4121 0.8657 0.000 0.796 0.020 0.184
#> SRR2013678 2 0.4163 0.8633 0.000 0.792 0.020 0.188
#> SRR2013677 2 0.0657 0.9410 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013673 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013671 3 0.0937 0.8448 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR2013672 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013670 3 0.6801 0.5285 0.000 0.096 0.452 0.452
#> SRR2013669 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013668 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013667 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013666 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013665 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013662 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013663 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013664 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013661 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013660 3 0.0927 0.8475 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR2013659 2 0.0469 0.9387 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013658 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013657 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013656 3 0.0927 0.8475 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR2013654 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013655 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013653 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013652 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013651 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013650 3 0.1867 0.8091 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2013649 3 0.4800 0.6224 0.196 0.000 0.760 0.044
#> SRR2013647 4 0.4888 0.6217 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013648 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013646 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013645 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013644 3 0.0817 0.8519 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013643 4 0.4730 0.7191 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013642 4 0.5071 0.4452 0.080 0.144 0.004 0.772
#> SRR2013640 1 0.4989 -0.3047 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013641 4 0.5153 0.3405 0.040 0.224 0.004 0.732
#> SRR2013639 4 0.4761 0.7171 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013638 4 0.4776 0.7146 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013637 1 0.4040 0.5955 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013636 4 0.4713 0.7189 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013635 4 0.4730 0.7191 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013634 4 0.4746 0.7185 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013633 4 0.4804 0.7080 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013631 3 0.5204 0.7136 0.012 0.000 0.612 0.376
#> SRR2013632 4 0.4730 0.7179 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013629 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013630 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013628 4 0.6319 0.5750 0.312 0.000 0.084 0.604
#> SRR2013626 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013625 4 0.4790 0.7114 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013627 4 0.4761 0.7171 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013624 1 0.4996 -0.3442 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013623 1 0.2408 0.7749 0.920 0.000 0.044 0.036
#> SRR2013622 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013621 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013620 1 0.2469 0.7951 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013619 1 0.2704 0.7800 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013617 1 0.4193 0.5546 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013618 1 0.2469 0.7945 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013616 1 0.4356 0.4965 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013615 1 0.2469 0.7944 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013614 1 0.3219 0.7336 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013613 1 0.1474 0.8301 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013612 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013610 1 0.2408 0.8164 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013611 1 0.4040 0.6004 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013609 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013608 1 0.1792 0.8232 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013606 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013605 1 0.0817 0.8363 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013607 1 0.1557 0.8283 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013604 1 0.1792 0.8233 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013603 1 0.2281 0.8044 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013602 1 0.4008 0.6062 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013601 1 0.2216 0.8071 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013600 1 0.4406 0.4760 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013599 1 0.2469 0.7945 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013598 1 0.3942 0.6242 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013596 1 0.4679 0.3092 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013597 1 0.2530 0.7919 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013595 1 0.3219 0.7344 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013594 1 0.4564 0.3899 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013593 1 0.5000 -0.3860 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2013592 4 0.4877 0.6737 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013591 4 0.4888 0.6661 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013590 3 0.5217 0.7097 0.012 0.000 0.608 0.380
#> SRR2013588 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013587 3 0.5311 0.7355 0.024 0.000 0.648 0.328
#> SRR2013589 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013586 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013585 4 0.7540 -0.4314 0.000 0.192 0.364 0.444
#> SRR2013584 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013583 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013582 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013581 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013580 1 0.3652 0.6874 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR2013579 1 0.4578 0.5781 0.788 0.000 0.160 0.052
#> SRR2013578 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013577 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013576 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013575 1 0.3521 0.7002 0.864 0.000 0.084 0.052
#> SRR2013574 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013572 1 0.3587 0.6933 0.860 0.000 0.088 0.052
#> SRR2013573 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013571 1 0.4713 0.5511 0.776 0.000 0.172 0.052
#> SRR2013569 1 0.0707 0.8302 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013570 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013568 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013567 1 0.4839 0.5334 0.764 0.000 0.184 0.052
#> SRR2013566 1 0.1211 0.8223 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013564 4 0.7700 -0.3574 0.000 0.248 0.304 0.448
#> SRR2013565 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013563 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013561 4 0.5459 -0.5407 0.008 0.004 0.476 0.512
#> SRR2013560 3 0.5835 0.6881 0.040 0.000 0.588 0.372
#> SRR2013562 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013558 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013559 3 0.5189 0.7163 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR2013556 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013557 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013554 1 0.3587 0.6933 0.860 0.000 0.088 0.052
#> SRR2013553 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013555 1 0.0707 0.8293 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013552 1 0.1211 0.8223 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013551 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013550 1 0.1867 0.7976 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013548 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013549 1 0.2706 0.7682 0.900 0.000 0.020 0.080
#> SRR2013546 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013545 1 0.0707 0.8302 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013544 1 0.3164 0.7294 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR2013547 1 0.2011 0.7893 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013543 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013542 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013541 1 0.3652 0.6874 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR2013540 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013539 1 0.3088 0.7363 0.888 0.000 0.060 0.052
#> SRR2013538 1 0.2011 0.7893 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013537 1 0.1389 0.8212 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013535 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013536 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013534 1 0.1211 0.8223 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013532 3 0.5231 0.7031 0.012 0.000 0.604 0.384
#> SRR2013533 3 0.5911 0.6834 0.044 0.000 0.584 0.372
#> SRR2013531 4 0.5220 -0.4439 0.008 0.000 0.424 0.568
#> SRR2013529 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.2081 0.7853 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013528 1 0.0336 0.8354 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013527 1 0.0469 0.8322 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013526 1 0.2530 0.7918 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013525 4 0.4898 0.6573 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013524 1 0.1389 0.8309 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013523 4 0.4761 0.7171 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013522 4 0.4907 0.6485 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013521 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013519 1 0.0000 0.8344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013518 4 0.4790 0.7114 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013517 1 0.3074 0.7529 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013516 1 0.3726 0.6685 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013514 1 0.4564 0.3934 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013515 4 0.4746 0.7012 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013513 4 0.4761 0.6970 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013512 1 0.1867 0.8210 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013511 4 0.4877 0.6723 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013510 4 0.4761 0.6970 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013508 1 0.4746 0.2553 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013509 4 0.4967 0.5575 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013505 1 0.1716 0.8309 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013506 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013507 1 0.4898 0.0111 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013504 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013503 4 0.4585 0.6702 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013502 1 0.4955 -0.1011 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013501 1 0.4916 0.0503 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013500 1 0.0921 0.8360 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013499 1 0.0592 0.8311 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013498 1 0.1211 0.8223 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013497 1 0.1474 0.8285 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013495 1 0.0707 0.8302 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013496 1 0.1389 0.8212 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013492 1 0.1637 0.8313 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013494 1 0.1557 0.8253 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013493 1 0.0921 0.8359 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013491 1 0.4543 0.4380 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013490 1 0.0921 0.8360 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013489 1 0.1302 0.8208 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013488 1 0.1389 0.8309 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013487 1 0.1557 0.8235 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013486 1 0.4072 0.5875 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013485 1 0.4972 -0.2053 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013484 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013483 1 0.2647 0.8039 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013482 1 0.4961 -0.0671 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013481 1 0.2589 0.8068 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013479 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013480 1 0.1792 0.8227 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013478 1 0.0592 0.8361 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.4040 0.5996 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013476 1 0.2281 0.8048 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013474 1 0.1792 0.8230 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013473 1 0.4972 -0.1109 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013475 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013472 1 0.3764 0.6581 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013471 1 0.4790 0.2753 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013470 1 0.4804 0.1739 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013469 1 0.3400 0.7408 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013468 1 0.3873 0.6374 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013467 1 0.3688 0.7026 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013466 1 0.3907 0.6278 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013465 1 0.2760 0.7767 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013463 1 0.3649 0.6757 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013462 1 0.1637 0.8325 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013464 1 0.4040 0.5986 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013461 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013460 1 0.1211 0.8337 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013459 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013458 1 0.0921 0.8311 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013457 1 0.1211 0.8337 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013456 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013455 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013453 1 0.2760 0.7987 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013454 1 0.1302 0.8326 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013452 1 0.4382 0.5348 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013451 1 0.2921 0.7680 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013450 1 0.1940 0.8179 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013449 1 0.1118 0.8347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013448 1 0.1474 0.8300 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013447 4 0.4888 0.6661 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013446 4 0.4661 0.7159 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013445 4 0.4730 0.7044 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013444 4 0.4866 0.6804 0.404 0.000 0.000 0.596
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.3768 0.64226 0.156 0.000 0.016 0.020 0.808
#> SRR2013442 5 0.3840 0.66881 0.208 0.000 0.012 0.008 0.772
#> SRR2013769 1 0.3318 0.71984 0.800 0.000 0.008 0.000 0.192
#> SRR2013768 1 0.3318 0.71984 0.800 0.000 0.008 0.000 0.192
#> SRR2013767 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013765 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013766 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013764 1 0.3282 0.72216 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188
#> SRR2013763 1 0.3318 0.71984 0.800 0.000 0.008 0.000 0.192
#> SRR2013762 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013761 1 0.3551 0.69704 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR2013760 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.1638 0.84969 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.6101 0.72072 0.000 0.628 0.176 0.176 0.020
#> SRR2013755 2 0.0290 0.85404 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013754 2 0.0290 0.85404 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013753 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013751 2 0.0162 0.85528 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.8376 0.35196 0.000 0.344 0.228 0.272 0.156
#> SRR2013748 2 0.2628 0.83925 0.000 0.884 0.088 0.028 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.8382 0.34383 0.000 0.340 0.228 0.276 0.156
#> SRR2013746 2 0.0162 0.85528 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.2450 0.84234 0.000 0.896 0.076 0.028 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013740 2 0.0290 0.85404 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.4675 0.79444 0.000 0.760 0.136 0.092 0.012
#> SRR2013736 2 0.3814 0.81836 0.000 0.816 0.116 0.064 0.004
#> SRR2013735 2 0.6007 0.72660 0.000 0.632 0.188 0.164 0.016
#> SRR2013734 2 0.6390 0.69951 0.000 0.596 0.200 0.180 0.024
#> SRR2013733 2 0.6628 0.66919 0.000 0.560 0.220 0.196 0.024
#> SRR2013731 2 0.0693 0.85620 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR2013732 2 0.0290 0.85404 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013730 2 0.5274 0.77198 0.000 0.712 0.152 0.120 0.016
#> SRR2013729 2 0.8263 0.42206 0.000 0.384 0.228 0.240 0.148
#> SRR2013728 4 0.7246 0.23917 0.004 0.016 0.240 0.380 0.360
#> SRR2013727 5 0.6835 -0.26380 0.004 0.000 0.240 0.376 0.380
#> SRR2013726 5 0.6821 -0.25077 0.004 0.000 0.236 0.368 0.392
#> SRR2013725 4 0.7485 0.23815 0.000 0.040 0.240 0.388 0.332
#> SRR2013724 5 0.6835 -0.26380 0.004 0.000 0.240 0.376 0.380
#> SRR2013723 5 0.6834 -0.25354 0.004 0.000 0.240 0.368 0.388
#> SRR2013722 2 0.6194 0.71562 0.000 0.616 0.184 0.180 0.020
#> SRR2013721 2 0.0290 0.85404 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013720 2 0.6194 0.71562 0.000 0.616 0.184 0.180 0.020
#> SRR2013719 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.5628 0.75234 0.000 0.676 0.168 0.140 0.016
#> SRR2013718 2 0.0703 0.85476 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0404 0.85446 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0703 0.85476 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0794 0.85470 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013712 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013711 2 0.0963 0.85420 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0703 0.85476 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.1341 0.85203 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.2416 0.84107 0.000 0.888 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013704 2 0.0880 0.85471 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1082 0.85458 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR2013701 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013700 2 0.8101 0.43440 0.000 0.372 0.280 0.244 0.104
#> SRR2013699 2 0.1043 0.85388 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.6409 0.70274 0.000 0.592 0.212 0.172 0.024
#> SRR2013697 2 0.2416 0.84107 0.000 0.888 0.100 0.012 0.000
#> SRR2013696 2 0.1121 0.85350 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.6464 0.69667 0.000 0.584 0.216 0.176 0.024
#> SRR2013694 2 0.6464 0.69667 0.000 0.584 0.216 0.176 0.024
#> SRR2013693 2 0.4192 0.80829 0.000 0.784 0.144 0.068 0.004
#> SRR2013692 2 0.3339 0.82707 0.000 0.836 0.124 0.040 0.000
#> SRR2013691 2 0.0162 0.85466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013690 2 0.6439 0.69973 0.000 0.588 0.212 0.176 0.024
#> SRR2013689 2 0.6518 0.69028 0.000 0.576 0.220 0.180 0.024
#> SRR2013687 2 0.6469 0.69683 0.000 0.584 0.212 0.180 0.024
#> SRR2013688 2 0.6518 0.69028 0.000 0.576 0.220 0.180 0.024
#> SRR2013686 2 0.3460 0.82449 0.000 0.828 0.128 0.044 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.2712 0.83875 0.000 0.880 0.088 0.032 0.000
#> SRR2013683 2 0.8348 0.38301 0.000 0.360 0.228 0.256 0.156
#> SRR2013684 2 0.4465 0.80000 0.000 0.764 0.148 0.084 0.004
#> SRR2013681 2 0.8319 0.40493 0.000 0.372 0.228 0.244 0.156
#> SRR2013680 2 0.4131 0.80990 0.000 0.788 0.144 0.064 0.004
#> SRR2013679 2 0.6439 0.69973 0.000 0.588 0.212 0.176 0.024
#> SRR2013678 2 0.6464 0.69667 0.000 0.584 0.216 0.176 0.024
#> SRR2013677 2 0.2470 0.84018 0.000 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.85509 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013673 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013671 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013672 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013670 4 0.5216 0.76856 0.000 0.032 0.036 0.680 0.252
#> SRR2013669 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013668 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013667 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013666 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013665 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013662 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013663 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013664 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013661 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013660 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013659 2 0.0324 0.85395 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013658 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013657 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013656 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013654 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013655 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013653 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013652 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013651 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013650 3 0.5584 0.80021 0.096 0.000 0.592 0.312 0.000
#> SRR2013649 1 0.6472 -0.34562 0.432 0.000 0.184 0.384 0.000
#> SRR2013647 5 0.4671 0.66350 0.200 0.000 0.040 0.020 0.740
#> SRR2013648 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013646 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013645 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013644 3 0.4380 0.99247 0.008 0.000 0.616 0.376 0.000
#> SRR2013643 5 0.5402 0.46198 0.132 0.000 0.016 0.152 0.700
#> SRR2013642 5 0.5920 0.22484 0.044 0.056 0.036 0.156 0.708
#> SRR2013640 5 0.4178 0.61843 0.292 0.000 0.004 0.008 0.696
#> SRR2013641 5 0.5962 0.11551 0.020 0.092 0.036 0.156 0.696
#> SRR2013639 5 0.5229 0.48834 0.136 0.000 0.012 0.140 0.712
#> SRR2013638 5 0.4611 0.56892 0.140 0.000 0.012 0.084 0.764
#> SRR2013637 5 0.4542 0.27345 0.456 0.000 0.008 0.000 0.536
#> SRR2013636 5 0.5402 0.46198 0.132 0.000 0.016 0.152 0.700
#> SRR2013635 5 0.5402 0.46198 0.132 0.000 0.016 0.152 0.700
#> SRR2013634 5 0.5402 0.46198 0.132 0.000 0.016 0.152 0.700
#> SRR2013633 5 0.5349 0.57216 0.176 0.000 0.012 0.116 0.696
#> SRR2013631 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013632 5 0.5398 0.45243 0.128 0.000 0.016 0.156 0.700
#> SRR2013629 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013630 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013628 5 0.6941 -0.09573 0.276 0.000 0.008 0.292 0.424
#> SRR2013626 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013625 5 0.5426 0.49725 0.152 0.000 0.012 0.144 0.692
#> SRR2013627 5 0.5402 0.46198 0.132 0.000 0.016 0.152 0.700
#> SRR2013624 5 0.4059 0.61480 0.292 0.000 0.004 0.004 0.700
#> SRR2013623 1 0.0609 0.73716 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.4067 0.57867 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300
#> SRR2013619 1 0.4446 0.30560 0.592 0.000 0.008 0.000 0.400
#> SRR2013617 5 0.4538 0.28399 0.452 0.000 0.008 0.000 0.540
#> SRR2013618 1 0.4235 0.49888 0.656 0.000 0.008 0.000 0.336
#> SRR2013616 5 0.4497 0.35900 0.424 0.000 0.008 0.000 0.568
#> SRR2013615 1 0.4367 0.40160 0.620 0.000 0.008 0.000 0.372
#> SRR2013614 1 0.4546 0.05544 0.532 0.000 0.008 0.000 0.460
#> SRR2013613 1 0.3642 0.68294 0.760 0.000 0.008 0.000 0.232
#> SRR2013612 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013610 1 0.5005 0.60906 0.664 0.000 0.044 0.008 0.284
#> SRR2013611 5 0.4538 0.27688 0.452 0.000 0.008 0.000 0.540
#> SRR2013609 1 0.0404 0.75211 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013608 1 0.3756 0.66269 0.744 0.000 0.008 0.000 0.248
#> SRR2013606 1 0.3388 0.71422 0.792 0.000 0.008 0.000 0.200
#> SRR2013605 1 0.3282 0.72231 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188
#> SRR2013607 1 0.3861 0.64076 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> SRR2013604 1 0.3861 0.64076 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> SRR2013603 1 0.4003 0.60034 0.704 0.000 0.008 0.000 0.288
#> SRR2013602 5 0.4549 0.24102 0.464 0.000 0.008 0.000 0.528
#> SRR2013601 1 0.4046 0.58523 0.696 0.000 0.008 0.000 0.296
#> SRR2013600 5 0.4497 0.36129 0.424 0.000 0.008 0.000 0.568
#> SRR2013599 1 0.4183 0.52695 0.668 0.000 0.008 0.000 0.324
#> SRR2013598 1 0.4562 -0.09210 0.500 0.000 0.008 0.000 0.492
#> SRR2013596 5 0.4341 0.40861 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR2013597 1 0.4108 0.56223 0.684 0.000 0.008 0.000 0.308
#> SRR2013595 1 0.4510 0.18560 0.560 0.000 0.008 0.000 0.432
#> SRR2013594 5 0.4504 0.35479 0.428 0.000 0.008 0.000 0.564
#> SRR2013593 5 0.3884 0.60987 0.288 0.000 0.004 0.000 0.708
#> SRR2013592 5 0.3916 0.67064 0.204 0.000 0.012 0.012 0.772
#> SRR2013591 5 0.3807 0.66998 0.204 0.000 0.012 0.008 0.776
#> SRR2013590 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013588 4 0.4000 0.82967 0.024 0.000 0.000 0.748 0.228
#> SRR2013587 4 0.4930 0.76371 0.048 0.000 0.024 0.724 0.204
#> SRR2013589 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013586 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013585 4 0.5979 0.69878 0.000 0.108 0.020 0.620 0.252
#> SRR2013584 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013581 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.1341 0.70729 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013579 1 0.1732 0.67816 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013575 1 0.1341 0.70729 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.1410 0.70272 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.1671 0.68235 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013569 1 0.1372 0.74277 0.956 0.000 0.024 0.004 0.016
#> SRR2013570 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.1792 0.67301 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013566 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013564 4 0.6060 0.68565 0.000 0.120 0.020 0.616 0.244
#> SRR2013565 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013561 4 0.4517 0.81109 0.016 0.000 0.016 0.708 0.260
#> SRR2013560 4 0.4584 0.79445 0.056 0.000 0.000 0.716 0.228
#> SRR2013562 4 0.3970 0.83499 0.020 0.000 0.000 0.744 0.236
#> SRR2013558 4 0.4000 0.82967 0.024 0.000 0.000 0.748 0.228
#> SRR2013559 4 0.3942 0.83617 0.020 0.000 0.000 0.748 0.232
#> SRR2013556 1 0.1630 0.73263 0.944 0.000 0.036 0.004 0.016
#> SRR2013557 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013554 1 0.1410 0.70272 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.1630 0.73263 0.944 0.000 0.036 0.004 0.016
#> SRR2013551 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013548 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.2698 0.69554 0.900 0.000 0.036 0.036 0.028
#> SRR2013546 1 0.1756 0.72999 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016
#> SRR2013545 1 0.0162 0.74941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013544 1 0.1043 0.72157 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013547 1 0.2072 0.72114 0.928 0.000 0.036 0.016 0.020
#> SRR2013543 1 0.0162 0.74941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013542 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.1410 0.70272 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.1197 0.71630 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013538 1 0.2072 0.72114 0.928 0.000 0.036 0.016 0.020
#> SRR2013537 1 0.2036 0.73515 0.928 0.000 0.036 0.008 0.028
#> SRR2013535 1 0.0162 0.75075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013536 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.1630 0.73263 0.944 0.000 0.036 0.004 0.016
#> SRR2013532 4 0.3970 0.83499 0.020 0.000 0.000 0.744 0.236
#> SRR2013533 4 0.4879 0.76568 0.076 0.000 0.000 0.696 0.228
#> SRR2013531 4 0.4875 0.77472 0.016 0.000 0.024 0.668 0.292
#> SRR2013529 1 0.2011 0.75111 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR2013530 1 0.2853 0.68477 0.892 0.000 0.036 0.028 0.044
#> SRR2013528 1 0.2971 0.73471 0.836 0.000 0.008 0.000 0.156
#> SRR2013527 1 0.0880 0.75445 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013526 1 0.4517 0.16954 0.556 0.000 0.008 0.000 0.436
#> SRR2013525 5 0.4231 0.66266 0.232 0.000 0.012 0.016 0.740
#> SRR2013524 1 0.4125 0.72312 0.780 0.000 0.040 0.008 0.172
#> SRR2013523 5 0.5188 0.49529 0.136 0.000 0.012 0.136 0.716
#> SRR2013522 5 0.4260 0.66169 0.236 0.000 0.012 0.016 0.736
#> SRR2013521 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.2077 0.75107 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR2013520 1 0.0000 0.75014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 5 0.4069 0.62160 0.148 0.000 0.012 0.044 0.796
#> SRR2013517 1 0.4549 0.05319 0.528 0.000 0.008 0.000 0.464
#> SRR2013516 5 0.4450 0.16510 0.488 0.000 0.004 0.000 0.508
#> SRR2013514 5 0.4321 0.42943 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> SRR2013515 5 0.4512 0.62188 0.140 0.000 0.036 0.044 0.780
#> SRR2013513 5 0.4670 0.63137 0.148 0.000 0.040 0.044 0.768
#> SRR2013512 1 0.4147 0.55592 0.676 0.000 0.008 0.000 0.316
#> SRR2013511 5 0.4295 0.67246 0.196 0.000 0.012 0.032 0.760
#> SRR2013510 5 0.4650 0.61457 0.140 0.000 0.036 0.052 0.772
#> SRR2013508 5 0.4527 0.45454 0.392 0.000 0.012 0.000 0.596
#> SRR2013509 5 0.4420 0.64703 0.260 0.000 0.012 0.016 0.712
#> SRR2013505 1 0.4284 0.70338 0.752 0.000 0.040 0.004 0.204
#> SRR2013506 1 0.0451 0.74762 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013507 5 0.4220 0.60279 0.300 0.000 0.008 0.004 0.688
#> SRR2013504 1 0.0451 0.74762 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013503 5 0.6546 0.34180 0.176 0.000 0.044 0.176 0.604
#> SRR2013502 5 0.4948 0.60713 0.280 0.000 0.036 0.012 0.672
#> SRR2013501 5 0.4926 0.60087 0.276 0.000 0.036 0.012 0.676
#> SRR2013500 1 0.3352 0.72479 0.800 0.000 0.004 0.004 0.192
#> SRR2013499 1 0.0324 0.74851 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013498 1 0.1630 0.73263 0.944 0.000 0.036 0.004 0.016
#> SRR2013497 1 0.3887 0.73090 0.804 0.000 0.040 0.008 0.148
#> SRR2013495 1 0.0324 0.74851 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013496 1 0.1854 0.72691 0.936 0.000 0.036 0.008 0.020
#> SRR2013492 1 0.4199 0.71827 0.772 0.000 0.040 0.008 0.180
#> SRR2013494 1 0.3265 0.73863 0.856 0.000 0.040 0.008 0.096
#> SRR2013493 1 0.3209 0.72588 0.812 0.000 0.008 0.000 0.180
#> SRR2013491 5 0.5087 0.52507 0.332 0.000 0.036 0.008 0.624
#> SRR2013490 1 0.3402 0.72759 0.804 0.000 0.008 0.004 0.184
#> SRR2013489 1 0.1854 0.72691 0.936 0.000 0.036 0.008 0.020
#> SRR2013488 1 0.3928 0.72813 0.800 0.000 0.040 0.008 0.152
#> SRR2013487 1 0.2576 0.73828 0.900 0.000 0.036 0.008 0.056
#> SRR2013486 5 0.4528 0.31281 0.444 0.000 0.008 0.000 0.548
#> SRR2013485 5 0.4152 0.60646 0.296 0.000 0.012 0.000 0.692
#> SRR2013484 1 0.3421 0.71131 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> SRR2013483 1 0.5024 0.55164 0.640 0.000 0.044 0.004 0.312
#> SRR2013482 5 0.4821 0.59290 0.276 0.000 0.036 0.008 0.680
#> SRR2013481 1 0.5107 0.50498 0.620 0.000 0.044 0.004 0.332
#> SRR2013479 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013480 1 0.3861 0.64043 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264
#> SRR2013478 1 0.3209 0.72611 0.812 0.000 0.008 0.000 0.180
#> SRR2013477 5 0.4552 0.22459 0.468 0.000 0.008 0.000 0.524
#> SRR2013476 1 0.4367 0.39793 0.620 0.000 0.008 0.000 0.372
#> SRR2013474 1 0.3934 0.62105 0.716 0.000 0.008 0.000 0.276
#> SRR2013473 5 0.4977 0.56997 0.292 0.000 0.040 0.008 0.660
#> SRR2013475 1 0.3487 0.70415 0.780 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR2013472 1 0.4562 -0.12376 0.496 0.000 0.008 0.000 0.496
#> SRR2013471 5 0.5241 0.45235 0.356 0.000 0.040 0.008 0.596
#> SRR2013470 5 0.4276 0.46148 0.380 0.000 0.004 0.000 0.616
#> SRR2013469 1 0.5176 0.01042 0.492 0.000 0.040 0.000 0.468
#> SRR2013468 5 0.4557 0.19675 0.476 0.000 0.008 0.000 0.516
#> SRR2013467 1 0.5380 0.00857 0.488 0.000 0.044 0.004 0.464
#> SRR2013466 5 0.4559 0.18339 0.480 0.000 0.008 0.000 0.512
#> SRR2013465 1 0.4582 0.24514 0.572 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR2013463 1 0.4562 -0.12451 0.496 0.000 0.008 0.000 0.496
#> SRR2013462 1 0.4201 0.70746 0.752 0.000 0.044 0.000 0.204
#> SRR2013464 5 0.4552 0.22643 0.468 0.000 0.008 0.000 0.524
#> SRR2013461 1 0.3388 0.71422 0.792 0.000 0.008 0.000 0.200
#> SRR2013460 1 0.3551 0.69608 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR2013459 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013458 1 0.3844 0.72899 0.792 0.000 0.044 0.000 0.164
#> SRR2013457 1 0.3455 0.70773 0.784 0.000 0.008 0.000 0.208
#> SRR2013456 1 0.3388 0.71422 0.792 0.000 0.008 0.000 0.200
#> SRR2013455 1 0.3353 0.71719 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2013453 1 0.5384 0.34832 0.564 0.000 0.044 0.008 0.384
#> SRR2013454 1 0.3487 0.70409 0.780 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR2013452 5 0.5403 0.35778 0.392 0.000 0.044 0.008 0.556
#> SRR2013451 1 0.4817 0.31102 0.572 0.000 0.024 0.000 0.404
#> SRR2013450 1 0.3910 0.62760 0.720 0.000 0.008 0.000 0.272
#> SRR2013449 1 0.3455 0.70766 0.784 0.000 0.008 0.000 0.208
#> SRR2013448 1 0.3700 0.67300 0.752 0.000 0.008 0.000 0.240
#> SRR2013447 5 0.3740 0.67172 0.196 0.000 0.012 0.008 0.784
#> SRR2013446 5 0.4348 0.55848 0.128 0.000 0.016 0.068 0.788
#> SRR2013445 5 0.3606 0.64778 0.152 0.000 0.024 0.008 0.816
#> SRR2013444 5 0.3879 0.67269 0.188 0.000 0.012 0.016 0.784
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.4677 0.6121 0.740 0.000 0.000 0.080 0.132 0.048
#> SRR2013442 1 0.4632 0.6421 0.748 0.000 0.000 0.060 0.120 0.072
#> SRR2013769 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013768 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013767 6 0.3782 0.4313 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013765 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013766 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013764 6 0.3727 0.4659 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013763 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013762 6 0.3737 0.4612 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013761 6 0.3843 0.3490 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013760 2 0.0146 0.8005 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.2932 0.7694 0.040 0.860 0.000 0.088 0.012 0.000
#> SRR2013757 2 0.0146 0.8005 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.6215 0.3701 0.052 0.496 0.000 0.112 0.340 0.000
#> SRR2013755 2 0.0363 0.7952 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013754 2 0.0363 0.7952 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0363 0.8004 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.3060 0.8411 0.012 0.132 0.000 0.020 0.836 0.000
#> SRR2013748 2 0.3802 0.7441 0.048 0.804 0.000 0.116 0.032 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3019 0.8436 0.012 0.128 0.000 0.020 0.840 0.000
#> SRR2013746 2 0.0964 0.8001 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.3829 0.7433 0.048 0.804 0.000 0.112 0.036 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0260 0.8005 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0363 0.7952 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.5603 0.5962 0.052 0.640 0.000 0.112 0.196 0.000
#> SRR2013736 2 0.4584 0.7106 0.052 0.752 0.000 0.112 0.084 0.000
#> SRR2013735 2 0.6177 0.4058 0.052 0.512 0.000 0.112 0.324 0.000
#> SRR2013734 2 0.6277 0.2817 0.052 0.456 0.000 0.112 0.380 0.000
#> SRR2013733 2 0.6292 0.2252 0.052 0.436 0.000 0.112 0.400 0.000
#> SRR2013731 2 0.1148 0.7991 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR2013732 2 0.0260 0.7971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013730 2 0.5880 0.5356 0.052 0.592 0.000 0.112 0.244 0.000
#> SRR2013729 5 0.2848 0.7899 0.008 0.176 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013728 5 0.2209 0.8347 0.040 0.004 0.000 0.052 0.904 0.000
#> SRR2013727 5 0.2201 0.8301 0.048 0.000 0.000 0.052 0.900 0.000
#> SRR2013726 5 0.2328 0.8189 0.056 0.000 0.000 0.052 0.892 0.000
#> SRR2013725 5 0.2278 0.8374 0.032 0.012 0.000 0.052 0.904 0.000
#> SRR2013724 5 0.2201 0.8301 0.048 0.000 0.000 0.052 0.900 0.000
#> SRR2013723 5 0.2201 0.8301 0.048 0.000 0.000 0.052 0.900 0.000
#> SRR2013722 2 0.6263 0.3166 0.052 0.468 0.000 0.112 0.368 0.000
#> SRR2013721 2 0.0458 0.7928 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013720 2 0.6263 0.3166 0.052 0.468 0.000 0.112 0.368 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.6121 0.4415 0.052 0.532 0.000 0.112 0.304 0.000
#> SRR2013718 2 0.1226 0.7955 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004 0.000
#> SRR2013716 2 0.1155 0.7956 0.000 0.956 0.004 0.036 0.004 0.000
#> SRR2013715 2 0.1296 0.7954 0.000 0.948 0.004 0.044 0.004 0.000
#> SRR2013714 2 0.1296 0.7954 0.000 0.948 0.004 0.044 0.004 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.1573 0.7939 0.004 0.936 0.004 0.052 0.004 0.000
#> SRR2013708 2 0.0858 0.7972 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.2545 0.7814 0.020 0.884 0.004 0.084 0.008 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.3867 0.7435 0.040 0.792 0.004 0.144 0.020 0.000
#> SRR2013704 2 0.1219 0.7961 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1887 0.7897 0.016 0.924 0.000 0.048 0.012 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.4270 0.7190 0.020 0.164 0.000 0.064 0.752 0.000
#> SRR2013699 2 0.1686 0.7933 0.008 0.932 0.004 0.052 0.004 0.000
#> SRR2013698 2 0.6460 0.3005 0.040 0.448 0.004 0.144 0.364 0.000
#> SRR2013697 2 0.3867 0.7435 0.040 0.792 0.004 0.144 0.020 0.000
#> SRR2013696 2 0.1750 0.7926 0.008 0.928 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR2013695 2 0.6300 0.2703 0.040 0.440 0.000 0.136 0.384 0.000
#> SRR2013694 2 0.6300 0.2703 0.040 0.440 0.000 0.136 0.384 0.000
#> SRR2013693 2 0.5280 0.6666 0.040 0.688 0.004 0.144 0.124 0.000
#> SRR2013692 2 0.4593 0.7164 0.040 0.748 0.004 0.144 0.064 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.6297 0.2803 0.040 0.444 0.000 0.136 0.380 0.000
#> SRR2013689 2 0.6331 0.2470 0.044 0.432 0.000 0.132 0.392 0.000
#> SRR2013687 2 0.6341 0.2723 0.052 0.444 0.000 0.120 0.384 0.000
#> SRR2013688 2 0.6331 0.2470 0.044 0.432 0.000 0.132 0.392 0.000
#> SRR2013686 2 0.4700 0.7107 0.040 0.740 0.004 0.144 0.072 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.3761 0.7477 0.048 0.812 0.000 0.100 0.040 0.000
#> SRR2013683 5 0.2730 0.8244 0.012 0.152 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013684 2 0.5495 0.6424 0.040 0.664 0.004 0.144 0.148 0.000
#> SRR2013681 5 0.2730 0.8244 0.012 0.152 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013680 2 0.5120 0.6814 0.040 0.704 0.004 0.144 0.108 0.000
#> SRR2013679 2 0.6300 0.2703 0.040 0.440 0.000 0.136 0.384 0.000
#> SRR2013678 2 0.6300 0.2703 0.040 0.440 0.000 0.136 0.384 0.000
#> SRR2013677 2 0.4096 0.7368 0.040 0.780 0.004 0.144 0.032 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.8004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013673 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013671 3 0.0291 0.9824 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013672 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013670 4 0.4872 0.9184 0.064 0.012 0.160 0.728 0.036 0.000
#> SRR2013669 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013668 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013667 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013666 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013665 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013662 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013663 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013664 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013661 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013660 3 0.0291 0.9908 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013659 2 0.0914 0.7818 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR2013658 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013657 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013656 3 0.0291 0.9908 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013654 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013655 3 0.0291 0.9908 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013653 3 0.0291 0.9908 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013652 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013651 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013650 3 0.1714 0.8458 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013649 6 0.4504 0.1783 0.000 0.000 0.368 0.040 0.000 0.592
#> SRR2013647 1 0.5191 0.6151 0.696 0.000 0.000 0.112 0.136 0.056
#> SRR2013648 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013646 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013645 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013644 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013643 1 0.5965 0.2166 0.520 0.000 0.000 0.316 0.140 0.024
#> SRR2013642 1 0.5881 0.1788 0.528 0.008 0.000 0.316 0.140 0.008
#> SRR2013640 1 0.4329 0.6629 0.768 0.000 0.000 0.036 0.084 0.112
#> SRR2013641 1 0.5950 0.1652 0.524 0.016 0.000 0.316 0.140 0.004
#> SRR2013639 1 0.5717 0.3430 0.580 0.000 0.000 0.264 0.132 0.024
#> SRR2013638 1 0.4942 0.5443 0.700 0.000 0.000 0.144 0.132 0.024
#> SRR2013637 1 0.3483 0.5967 0.764 0.000 0.000 0.000 0.024 0.212
#> SRR2013636 1 0.5965 0.2166 0.520 0.000 0.000 0.316 0.140 0.024
#> SRR2013635 1 0.5965 0.2166 0.520 0.000 0.000 0.316 0.140 0.024
#> SRR2013634 1 0.5954 0.2262 0.524 0.000 0.000 0.312 0.140 0.024
#> SRR2013633 1 0.5763 0.4818 0.624 0.000 0.000 0.204 0.112 0.060
#> SRR2013631 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013632 1 0.5936 0.2238 0.524 0.000 0.000 0.316 0.136 0.024
#> SRR2013629 4 0.4205 0.9439 0.064 0.000 0.204 0.728 0.000 0.004
#> SRR2013630 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013628 4 0.6563 0.3942 0.160 0.000 0.008 0.520 0.052 0.260
#> SRR2013626 4 0.4205 0.9439 0.064 0.000 0.204 0.728 0.000 0.004
#> SRR2013625 1 0.5834 0.2878 0.552 0.000 0.000 0.304 0.112 0.032
#> SRR2013627 1 0.5936 0.2238 0.524 0.000 0.000 0.316 0.136 0.024
#> SRR2013624 1 0.4026 0.6624 0.788 0.000 0.000 0.024 0.088 0.100
#> SRR2013623 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013622 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013621 6 0.0260 0.6968 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013620 1 0.3843 -0.0418 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013619 1 0.3607 0.3560 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013617 1 0.2697 0.6026 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013618 1 0.3789 0.1306 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013616 1 0.2562 0.6128 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013615 1 0.3706 0.2562 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013614 1 0.3371 0.4784 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013613 6 0.3843 0.3494 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013612 6 0.3810 0.4042 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013610 6 0.6102 0.1826 0.428 0.000 0.000 0.088 0.052 0.432
#> SRR2013611 1 0.3133 0.5864 0.780 0.000 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR2013609 6 0.0713 0.6939 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013608 6 0.3857 0.3136 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR2013606 6 0.3804 0.4115 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013605 6 0.3727 0.4669 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013607 6 0.3862 0.2810 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013604 1 0.3869 -0.2297 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013603 1 0.3868 -0.2031 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2013602 1 0.3136 0.5666 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR2013601 6 0.3868 0.2310 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013600 1 0.2703 0.6126 0.824 0.000 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR2013599 1 0.3823 0.0305 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013598 1 0.3265 0.5389 0.748 0.000 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR2013596 1 0.2692 0.6288 0.840 0.000 0.000 0.000 0.012 0.148
#> SRR2013597 1 0.3860 -0.1313 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013595 1 0.3601 0.4268 0.684 0.000 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR2013594 1 0.2595 0.6200 0.836 0.000 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR2013593 1 0.4040 0.6624 0.784 0.000 0.000 0.020 0.092 0.104
#> SRR2013592 1 0.4467 0.6375 0.760 0.000 0.000 0.056 0.120 0.064
#> SRR2013591 1 0.4524 0.6356 0.756 0.000 0.000 0.060 0.120 0.064
#> SRR2013590 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013588 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.4239 0.9328 0.052 0.000 0.204 0.732 0.000 0.012
#> SRR2013589 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013586 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013585 4 0.4853 0.8879 0.068 0.044 0.128 0.744 0.016 0.000
#> SRR2013584 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013583 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013582 6 0.2825 0.6583 0.028 0.000 0.000 0.056 0.040 0.876
#> SRR2013581 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013580 6 0.1524 0.6593 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR2013579 6 0.1719 0.6544 0.000 0.000 0.016 0.060 0.000 0.924
#> SRR2013578 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013577 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013576 6 0.2959 0.6561 0.028 0.000 0.000 0.056 0.048 0.868
#> SRR2013575 6 0.1524 0.6593 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR2013574 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013572 6 0.1398 0.6647 0.000 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940
#> SRR2013573 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013571 6 0.1807 0.6506 0.000 0.000 0.020 0.060 0.000 0.920
#> SRR2013569 6 0.2122 0.6825 0.024 0.000 0.000 0.032 0.028 0.916
#> SRR2013570 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013568 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013567 6 0.1719 0.6534 0.000 0.000 0.016 0.060 0.000 0.924
#> SRR2013566 6 0.2825 0.6583 0.028 0.000 0.000 0.056 0.040 0.876
#> SRR2013564 4 0.4842 0.8892 0.072 0.040 0.128 0.744 0.016 0.000
#> SRR2013565 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013563 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.4398 0.9254 0.072 0.000 0.160 0.748 0.016 0.004
#> SRR2013560 4 0.4379 0.9416 0.064 0.000 0.188 0.732 0.000 0.016
#> SRR2013562 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013558 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013559 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013556 6 0.3238 0.6442 0.044 0.000 0.000 0.060 0.044 0.852
#> SRR2013557 6 0.2825 0.6583 0.028 0.000 0.000 0.056 0.040 0.876
#> SRR2013554 6 0.1333 0.6675 0.000 0.000 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR2013553 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013555 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013552 6 0.2763 0.6604 0.028 0.000 0.000 0.052 0.040 0.880
#> SRR2013551 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013550 6 0.2816 0.6579 0.028 0.000 0.000 0.060 0.036 0.876
#> SRR2013548 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013549 6 0.3650 0.6197 0.028 0.000 0.004 0.108 0.040 0.820
#> SRR2013546 6 0.2825 0.6583 0.028 0.000 0.000 0.056 0.040 0.876
#> SRR2013545 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013544 6 0.1267 0.6648 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013547 6 0.3002 0.6527 0.028 0.000 0.000 0.068 0.040 0.864
#> SRR2013543 6 0.0146 0.6968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013542 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013541 6 0.1524 0.6593 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR2013540 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013539 6 0.1524 0.6593 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR2013538 6 0.3219 0.6429 0.028 0.000 0.000 0.084 0.040 0.848
#> SRR2013537 6 0.3729 0.6365 0.068 0.000 0.000 0.060 0.052 0.820
#> SRR2013535 6 0.0363 0.6964 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013536 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013534 6 0.2763 0.6604 0.028 0.000 0.000 0.052 0.040 0.880
#> SRR2013532 4 0.4147 0.9501 0.064 0.000 0.196 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013533 4 0.4379 0.9416 0.064 0.000 0.188 0.732 0.000 0.016
#> SRR2013531 4 0.4353 0.9027 0.076 0.000 0.140 0.760 0.020 0.004
#> SRR2013529 6 0.2996 0.6053 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013530 6 0.3715 0.6099 0.032 0.000 0.000 0.120 0.040 0.808
#> SRR2013528 6 0.3607 0.5046 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013527 6 0.0790 0.6937 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013526 1 0.3409 0.4617 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013525 1 0.4613 0.6445 0.752 0.000 0.000 0.064 0.108 0.076
#> SRR2013524 6 0.5766 0.3847 0.376 0.000 0.000 0.060 0.052 0.512
#> SRR2013523 1 0.5728 0.3046 0.564 0.000 0.000 0.292 0.120 0.024
#> SRR2013522 1 0.4529 0.6511 0.760 0.000 0.000 0.064 0.096 0.080
#> SRR2013521 6 0.0260 0.6968 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013519 6 0.3175 0.5888 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013520 6 0.0000 0.6973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013518 1 0.4996 0.5754 0.708 0.000 0.000 0.128 0.124 0.040
#> SRR2013517 1 0.4012 0.5507 0.712 0.000 0.000 0.024 0.008 0.256
#> SRR2013516 1 0.4199 0.6103 0.728 0.000 0.000 0.052 0.008 0.212
#> SRR2013514 1 0.4368 0.6508 0.756 0.000 0.000 0.060 0.036 0.148
#> SRR2013515 1 0.5250 0.5594 0.676 0.000 0.000 0.160 0.128 0.036
#> SRR2013513 1 0.5255 0.5655 0.676 0.000 0.000 0.156 0.132 0.036
#> SRR2013512 1 0.4070 0.0689 0.568 0.000 0.000 0.004 0.004 0.424
#> SRR2013511 1 0.4767 0.6335 0.740 0.000 0.000 0.084 0.108 0.068
#> SRR2013510 1 0.5151 0.5583 0.684 0.000 0.000 0.156 0.128 0.032
#> SRR2013508 1 0.5157 0.6560 0.700 0.000 0.000 0.060 0.100 0.140
#> SRR2013509 1 0.4755 0.6588 0.740 0.000 0.000 0.060 0.104 0.096
#> SRR2013505 6 0.5814 0.2643 0.416 0.000 0.000 0.060 0.052 0.472
#> SRR2013506 6 0.0146 0.6968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013507 1 0.4885 0.6603 0.728 0.000 0.000 0.064 0.088 0.120
#> SRR2013504 6 0.0291 0.6975 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2013503 1 0.6211 0.1241 0.456 0.000 0.000 0.384 0.116 0.044
#> SRR2013502 1 0.5454 0.6201 0.680 0.000 0.000 0.120 0.100 0.100
#> SRR2013501 1 0.5155 0.6284 0.708 0.000 0.000 0.108 0.088 0.096
#> SRR2013500 6 0.4049 0.4126 0.412 0.000 0.000 0.004 0.004 0.580
#> SRR2013499 6 0.0291 0.6975 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2013498 6 0.3494 0.6572 0.060 0.000 0.000 0.052 0.052 0.836
#> SRR2013497 6 0.5690 0.4466 0.324 0.000 0.000 0.064 0.052 0.560
#> SRR2013495 6 0.0146 0.6968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013496 6 0.3672 0.6448 0.064 0.000 0.000 0.060 0.052 0.824
#> SRR2013492 6 0.5819 0.3535 0.380 0.000 0.000 0.064 0.052 0.504
#> SRR2013494 6 0.5113 0.5688 0.212 0.000 0.000 0.060 0.052 0.676
#> SRR2013493 6 0.3789 0.4250 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013491 1 0.5172 0.6145 0.704 0.000 0.000 0.096 0.076 0.124
#> SRR2013490 6 0.4006 0.4376 0.392 0.000 0.000 0.004 0.004 0.600
#> SRR2013489 6 0.3299 0.6543 0.040 0.000 0.000 0.060 0.052 0.848
#> SRR2013488 6 0.5725 0.4245 0.336 0.000 0.000 0.064 0.052 0.548
#> SRR2013487 6 0.4528 0.6163 0.132 0.000 0.000 0.064 0.052 0.752
#> SRR2013486 1 0.2883 0.5854 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013485 1 0.4252 0.6617 0.776 0.000 0.000 0.056 0.052 0.116
#> SRR2013484 6 0.3833 0.3689 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013483 1 0.5643 0.0614 0.532 0.000 0.000 0.052 0.052 0.364
#> SRR2013482 1 0.4872 0.6252 0.732 0.000 0.000 0.096 0.072 0.100
#> SRR2013481 1 0.5572 0.1772 0.560 0.000 0.000 0.056 0.048 0.336
#> SRR2013479 6 0.3810 0.4042 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013480 6 0.3867 0.2403 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013478 6 0.3737 0.4616 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013477 1 0.3050 0.5578 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013476 1 0.3782 0.3163 0.636 0.000 0.000 0.004 0.000 0.360
#> SRR2013474 6 0.3867 0.2416 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013473 1 0.4924 0.6286 0.728 0.000 0.000 0.100 0.076 0.096
#> SRR2013475 6 0.3838 0.3592 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013472 1 0.3101 0.5457 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013471 1 0.4685 0.6107 0.744 0.000 0.000 0.084 0.056 0.116
#> SRR2013470 1 0.3608 0.6492 0.808 0.000 0.000 0.020 0.040 0.132
#> SRR2013469 1 0.4506 0.5140 0.716 0.000 0.000 0.036 0.036 0.212
#> SRR2013468 1 0.3076 0.5535 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013467 1 0.5054 0.5383 0.692 0.000 0.000 0.068 0.052 0.188
#> SRR2013466 1 0.3175 0.5327 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013465 1 0.3684 0.3856 0.664 0.000 0.000 0.004 0.000 0.332
#> SRR2013463 1 0.3244 0.5142 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013462 6 0.5511 0.3703 0.416 0.000 0.000 0.044 0.044 0.496
#> SRR2013464 1 0.3023 0.5628 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013461 6 0.3810 0.4042 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013460 6 0.3823 0.3875 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013459 6 0.3797 0.4183 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013458 6 0.5486 0.4714 0.344 0.000 0.000 0.052 0.044 0.560
#> SRR2013457 6 0.3828 0.3783 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013456 6 0.3810 0.4042 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013455 6 0.3797 0.4183 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013453 1 0.5447 0.4265 0.628 0.000 0.000 0.068 0.052 0.252
#> SRR2013454 6 0.3843 0.3493 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013452 1 0.4801 0.5745 0.724 0.000 0.000 0.068 0.052 0.156
#> SRR2013451 1 0.3954 0.4522 0.688 0.000 0.000 0.008 0.012 0.292
#> SRR2013450 6 0.3867 0.2410 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013449 6 0.3823 0.3875 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013448 6 0.3860 0.2933 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013447 1 0.4565 0.6333 0.752 0.000 0.000 0.060 0.124 0.064
#> SRR2013446 1 0.4940 0.5537 0.704 0.000 0.000 0.124 0.144 0.028
#> SRR2013445 1 0.4811 0.5996 0.724 0.000 0.000 0.084 0.148 0.044
#> SRR2013444 1 0.4562 0.6258 0.752 0.000 0.000 0.068 0.124 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.950 0.981 0.4558 0.548 0.548
#> 3 3 1.000 0.977 0.991 0.3397 0.798 0.646
#> 4 4 0.764 0.845 0.901 0.1813 0.849 0.629
#> 5 5 0.798 0.853 0.897 0.0682 0.928 0.749
#> 6 6 0.852 0.782 0.857 0.0328 0.974 0.886
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013442 1 1.0000 0.000626 0.504 0.496
#> SRR2013769 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013671 2 0.9710 0.321824 0.400 0.600
#> SRR2013672 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013669 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.9775 0.301411 0.588 0.412
#> SRR2013659 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.9909 0.204672 0.556 0.444
#> SRR2013654 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.4431 0.886110 0.908 0.092
#> SRR2013653 1 0.6343 0.800373 0.840 0.160
#> SRR2013652 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.0672 0.972875 0.008 0.992
#> SRR2013642 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013639 2 0.7219 0.742156 0.200 0.800
#> SRR2013638 2 0.9323 0.464768 0.348 0.652
#> SRR2013637 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013635 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013634 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013632 1 0.6531 0.789338 0.832 0.168
#> SRR2013629 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.8813 0.568489 0.700 0.300
#> SRR2013628 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0376 0.977172 0.996 0.004
#> SRR2013625 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013627 2 0.7299 0.736121 0.204 0.796
#> SRR2013624 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.9896 0.203076 0.560 0.440
#> SRR2013591 1 0.7602 0.709032 0.780 0.220
#> SRR2013590 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013589 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013586 1 1.0000 0.020588 0.504 0.496
#> SRR2013585 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.9963 0.139076 0.536 0.464
#> SRR2013561 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013562 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013558 1 0.2948 0.930172 0.948 0.052
#> SRR2013559 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013531 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013523 2 0.9954 0.150183 0.460 0.540
#> SRR2013522 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.2778 0.934180 0.952 0.048
#> SRR2013512 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.5519 0.843621 0.872 0.128
#> SRR2013508 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.2778 0.934383 0.952 0.048
#> SRR2013502 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.980847 1.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.0000 0.980375 0.000 1.000
#> SRR2013445 2 0.0376 0.976659 0.004 0.996
#> SRR2013444 2 0.9996 0.049204 0.488 0.512
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.5363 0.62203 0.724 0.276 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 2 0.2537 0.88982 0.080 0.920 0.000
#> SRR2013642 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013639 2 0.5216 0.62639 0.260 0.740 0.000
#> SRR2013638 1 0.5560 0.57062 0.700 0.300 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013635 2 0.2261 0.90586 0.068 0.932 0.000
#> SRR2013634 2 0.1289 0.95203 0.032 0.968 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013632 1 0.7032 0.36022 0.604 0.028 0.368
#> SRR2013629 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013626 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 2 0.5098 0.64482 0.248 0.752 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0592 0.97631 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013588 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 2 0.1643 0.94746 0.000 0.956 0.044
#> SRR2013560 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 3 0.6309 0.00659 0.496 0.000 0.504
#> SRR2013546 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.98797 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.2165 0.91300 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013528 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.4291 0.77495 0.820 0.180 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.5138 0.65895 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013502 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.0000 0.99051 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.4605 0.74270 0.796 0.204 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.98983 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0921 0.77826 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013768 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013767 1 0.4193 0.77092 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013765 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013766 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013764 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013763 1 0.4250 0.76183 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013762 1 0.4222 0.76641 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013761 1 0.3726 0.81922 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013760 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.3123 0.69920 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013648 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.4697 0.55489 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR2013642 2 0.2345 0.89146 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0469 0.80103 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013641 2 0.2345 0.89146 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.3123 0.63441 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.1389 0.81980 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013636 2 0.3726 0.76962 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR2013635 2 0.4925 0.38951 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR2013634 2 0.4522 0.62484 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.4304 0.41769 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013631 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.5132 -0.22639 0.548 0.004 0.000 0.448
#> SRR2013629 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 3 0.4585 0.45628 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR2013626 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.2149 0.75162 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013627 1 0.4977 -0.05200 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.5328 0.64129 0.048 0.000 0.248 0.704
#> SRR2013622 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013621 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013620 1 0.3219 0.83978 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013619 1 0.3266 0.83968 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013617 1 0.2011 0.83209 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013618 1 0.3123 0.84128 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013616 1 0.2081 0.83331 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013615 1 0.3074 0.84180 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013614 1 0.3074 0.84176 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013613 1 0.3907 0.80614 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013612 1 0.4134 0.77960 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013610 1 0.4967 0.58278 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013611 1 0.2530 0.84036 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013609 4 0.3172 0.80002 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013608 1 0.3873 0.80770 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013606 1 0.4008 0.79517 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013605 1 0.4250 0.76203 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013607 1 0.3569 0.82849 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013604 1 0.3569 0.82860 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013603 1 0.3356 0.83648 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013602 1 0.2408 0.83847 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013601 1 0.3266 0.83874 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013600 1 0.2216 0.83569 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013599 1 0.2973 0.84177 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013598 1 0.2760 0.84138 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013596 1 0.0188 0.79746 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013597 1 0.3172 0.84053 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013595 1 0.2814 0.84139 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013594 1 0.1716 0.82639 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013593 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0188 0.98620 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013584 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013583 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013582 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013581 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013580 4 0.4304 0.58736 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR2013579 4 0.4431 0.54945 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR2013578 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013577 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013576 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013575 4 0.4277 0.59434 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR2013574 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013572 4 0.4277 0.59434 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR2013573 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013571 4 0.4382 0.56544 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR2013569 4 0.2149 0.82043 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013570 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013568 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013567 4 0.4431 0.54936 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR2013566 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013565 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013563 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.1557 0.92764 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013557 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013554 4 0.4277 0.59434 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR2013553 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013555 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013552 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013551 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013550 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013548 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013549 4 0.0817 0.80070 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013546 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013545 4 0.2647 0.82028 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013544 4 0.4511 0.61233 0.008 0.000 0.268 0.724
#> SRR2013547 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013543 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013542 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013541 4 0.4331 0.57951 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR2013540 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013539 4 0.4277 0.59434 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR2013538 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013537 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013535 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013536 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013534 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.99090 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 3 0.0921 0.96119 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013531 2 0.0000 0.98115 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013529 4 0.4331 0.57624 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013530 4 0.2216 0.74522 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2013528 1 0.4933 0.44324 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013527 4 0.3024 0.81294 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013526 1 0.3074 0.84215 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013525 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 4 0.4746 0.00226 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013523 1 0.2644 0.73509 0.908 0.060 0.000 0.032
#> SRR2013522 1 0.0188 0.79438 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013521 4 0.3024 0.81300 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013519 1 0.4304 0.75155 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013520 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013518 1 0.0188 0.79493 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013517 1 0.3123 0.84164 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013516 1 0.2589 0.84262 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013514 1 0.0469 0.80218 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013515 1 0.3266 0.68863 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013513 1 0.3123 0.69920 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013512 1 0.3486 0.83259 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013511 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.3024 0.69735 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013508 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 4 0.4977 -0.34286 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013506 4 0.2973 0.81650 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013507 1 0.1118 0.79849 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013504 4 0.2760 0.81942 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013503 4 0.2730 0.75327 0.088 0.000 0.016 0.896
#> SRR2013502 4 0.4522 0.36459 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013501 1 0.4643 0.66920 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2013500 1 0.4761 0.59343 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2013499 4 0.2921 0.81746 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013498 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013497 4 0.1867 0.76757 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013495 4 0.2647 0.82028 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013496 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013492 4 0.4713 0.05360 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013494 4 0.0188 0.80873 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013493 1 0.3975 0.79894 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013491 1 0.4776 0.66155 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013490 1 0.4222 0.76756 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013489 4 0.0000 0.80974 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013488 4 0.2589 0.71703 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013487 4 0.0188 0.80863 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013486 1 0.2704 0.84133 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013485 1 0.0817 0.80855 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013484 1 0.3610 0.82628 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013483 1 0.4564 0.73946 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013482 1 0.4134 0.74680 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013481 1 0.4564 0.73805 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013479 1 0.3873 0.80795 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013480 1 0.3400 0.83522 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013478 1 0.4222 0.76675 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013477 1 0.2469 0.83972 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013476 1 0.3172 0.84067 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013474 1 0.3311 0.83756 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013473 1 0.3649 0.72934 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013475 1 0.3569 0.82850 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013472 1 0.2760 0.84138 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013471 1 0.3726 0.73495 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013470 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.4331 0.75811 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013468 1 0.2469 0.83964 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013467 1 0.4406 0.74890 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013466 1 0.2469 0.83944 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013465 1 0.3074 0.84168 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013463 1 0.2469 0.83940 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013462 1 0.4746 0.70797 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013464 1 0.2469 0.83940 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013461 1 0.3610 0.82645 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013460 1 0.3569 0.82845 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013459 1 0.3942 0.80112 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013458 1 0.4941 0.61492 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013457 1 0.3400 0.83512 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013456 1 0.3569 0.82815 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013455 1 0.3907 0.80470 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013453 1 0.4500 0.74457 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013454 1 0.3528 0.83001 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013452 1 0.4304 0.75075 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013451 1 0.3266 0.84137 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013450 1 0.3311 0.83767 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013449 1 0.3801 0.81365 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013448 1 0.3356 0.83628 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013447 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.3975 0.73484 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.3711 0.68459 0.836 0.024 0.000 0.140
#> SRR2013444 1 0.0000 0.79491 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.3395 0.833 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013442 5 0.3424 0.832 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013769 1 0.1792 0.833 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013768 1 0.1792 0.833 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013767 1 0.1608 0.841 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013765 1 0.1732 0.836 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013766 1 0.1732 0.836 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013764 1 0.1792 0.833 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013763 1 0.1732 0.836 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013762 1 0.1732 0.836 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013761 1 0.1270 0.852 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013748 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013746 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013728 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013727 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013726 2 0.0579 0.978 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013725 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013724 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013723 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013722 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0290 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013684 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.0807 0.970 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013669 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.5215 0.635 0.240 0.000 0.000 0.096 0.664
#> SRR2013648 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.4334 0.771 0.092 0.140 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013642 5 0.3796 0.574 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013640 5 0.4557 0.595 0.404 0.000 0.000 0.012 0.584
#> SRR2013641 5 0.3752 0.589 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013639 5 0.4031 0.831 0.184 0.044 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013638 5 0.3395 0.833 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013637 1 0.2561 0.723 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013636 5 0.4101 0.720 0.048 0.184 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013635 5 0.4357 0.782 0.104 0.128 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013634 5 0.4322 0.767 0.088 0.144 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013633 5 0.4593 0.780 0.128 0.000 0.000 0.124 0.748
#> SRR2013631 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013632 5 0.3339 0.737 0.048 0.000 0.000 0.112 0.840
#> SRR2013629 3 0.2915 0.903 0.000 0.000 0.860 0.024 0.116
#> SRR2013630 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013628 3 0.6195 0.272 0.004 0.000 0.472 0.404 0.120
#> SRR2013626 3 0.3085 0.900 0.000 0.000 0.852 0.032 0.116
#> SRR2013625 5 0.3489 0.816 0.144 0.000 0.000 0.036 0.820
#> SRR2013627 5 0.3218 0.784 0.096 0.032 0.000 0.012 0.860
#> SRR2013624 1 0.4291 -0.256 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013623 4 0.3862 0.840 0.104 0.000 0.088 0.808 0.000
#> SRR2013622 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013621 4 0.2773 0.863 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013620 1 0.0324 0.856 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013619 1 0.0703 0.858 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013617 1 0.1341 0.820 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013618 1 0.0324 0.856 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013616 1 0.1544 0.811 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013615 1 0.0324 0.856 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013614 1 0.0000 0.856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.1410 0.848 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013612 1 0.1608 0.841 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013610 1 0.5205 0.627 0.672 0.000 0.000 0.224 0.104
#> SRR2013611 1 0.1124 0.843 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013609 4 0.3366 0.798 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR2013608 1 0.1124 0.855 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013606 1 0.1197 0.853 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013605 1 0.1792 0.833 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013607 1 0.0162 0.857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013604 1 0.0566 0.858 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013603 1 0.0865 0.859 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013602 1 0.0794 0.841 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013601 1 0.0324 0.856 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013600 1 0.1478 0.815 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013599 1 0.0162 0.854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013598 1 0.0609 0.847 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013596 1 0.2648 0.712 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013597 1 0.0162 0.854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013595 1 0.0290 0.853 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.1270 0.824 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013593 5 0.4210 0.590 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013592 5 0.3730 0.789 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013591 5 0.3480 0.827 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013590 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013588 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013587 3 0.3291 0.896 0.000 0.000 0.840 0.040 0.120
#> SRR2013589 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013586 3 0.3291 0.896 0.000 0.000 0.840 0.040 0.120
#> SRR2013585 2 0.3339 0.819 0.000 0.836 0.000 0.040 0.124
#> SRR2013584 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013583 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013582 4 0.2871 0.818 0.040 0.000 0.000 0.872 0.088
#> SRR2013581 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013580 4 0.3164 0.828 0.044 0.000 0.104 0.852 0.000
#> SRR2013579 4 0.2921 0.808 0.020 0.000 0.124 0.856 0.000
#> SRR2013578 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013577 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013576 4 0.3058 0.814 0.044 0.000 0.000 0.860 0.096
#> SRR2013575 4 0.3215 0.836 0.056 0.000 0.092 0.852 0.000
#> SRR2013574 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013572 4 0.3201 0.833 0.052 0.000 0.096 0.852 0.000
#> SRR2013573 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013571 4 0.2969 0.807 0.020 0.000 0.128 0.852 0.000
#> SRR2013569 4 0.2773 0.867 0.112 0.000 0.000 0.868 0.020
#> SRR2013570 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013568 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013567 4 0.2969 0.807 0.020 0.000 0.128 0.852 0.000
#> SRR2013566 4 0.2927 0.816 0.040 0.000 0.000 0.868 0.092
#> SRR2013564 2 0.3339 0.819 0.000 0.836 0.000 0.040 0.124
#> SRR2013565 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013563 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013561 2 0.4804 0.730 0.000 0.768 0.068 0.040 0.124
#> SRR2013560 3 0.3767 0.879 0.000 0.000 0.812 0.068 0.120
#> SRR2013562 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013558 3 0.3291 0.896 0.000 0.000 0.840 0.040 0.120
#> SRR2013559 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013556 4 0.3003 0.815 0.044 0.000 0.000 0.864 0.092
#> SRR2013557 4 0.2927 0.816 0.040 0.000 0.000 0.868 0.092
#> SRR2013554 4 0.3215 0.836 0.056 0.000 0.092 0.852 0.000
#> SRR2013553 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013555 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013552 4 0.3003 0.815 0.044 0.000 0.000 0.864 0.092
#> SRR2013551 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013550 4 0.2504 0.827 0.040 0.000 0.000 0.896 0.064
#> SRR2013548 4 0.2561 0.872 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013549 4 0.2325 0.821 0.028 0.000 0.000 0.904 0.068
#> SRR2013546 4 0.2927 0.816 0.040 0.000 0.000 0.868 0.092
#> SRR2013545 4 0.2690 0.870 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR2013544 4 0.3234 0.840 0.064 0.000 0.084 0.852 0.000
#> SRR2013547 4 0.2813 0.820 0.040 0.000 0.000 0.876 0.084
#> SRR2013543 4 0.2605 0.872 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2013542 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013541 4 0.3184 0.831 0.048 0.000 0.100 0.852 0.000
#> SRR2013540 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013539 4 0.3184 0.832 0.048 0.000 0.100 0.852 0.000
#> SRR2013538 4 0.2735 0.819 0.036 0.000 0.000 0.880 0.084
#> SRR2013537 4 0.3307 0.807 0.052 0.000 0.000 0.844 0.104
#> SRR2013535 4 0.3003 0.846 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013536 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013534 4 0.3003 0.815 0.044 0.000 0.000 0.864 0.092
#> SRR2013532 3 0.3339 0.895 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124
#> SRR2013533 3 0.3888 0.873 0.000 0.000 0.804 0.076 0.120
#> SRR2013531 2 0.3496 0.814 0.000 0.832 0.004 0.040 0.124
#> SRR2013529 1 0.4403 0.098 0.560 0.000 0.000 0.436 0.004
#> SRR2013530 4 0.2295 0.799 0.008 0.000 0.004 0.900 0.088
#> SRR2013528 1 0.3336 0.678 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR2013527 4 0.3231 0.839 0.196 0.000 0.000 0.800 0.004
#> SRR2013526 1 0.0609 0.850 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013525 5 0.3395 0.833 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013524 1 0.5892 0.315 0.520 0.000 0.000 0.372 0.108
#> SRR2013523 5 0.3843 0.836 0.184 0.012 0.000 0.016 0.788
#> SRR2013522 5 0.3635 0.827 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR2013521 4 0.2690 0.868 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR2013519 1 0.1851 0.831 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013520 4 0.2648 0.871 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013518 5 0.3821 0.835 0.216 0.000 0.000 0.020 0.764
#> SRR2013517 1 0.1168 0.849 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2013516 1 0.2969 0.758 0.852 0.000 0.000 0.020 0.128
#> SRR2013514 1 0.4278 -0.187 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013515 5 0.3966 0.760 0.132 0.000 0.000 0.072 0.796
#> SRR2013513 5 0.4149 0.746 0.128 0.000 0.000 0.088 0.784
#> SRR2013512 1 0.1168 0.858 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2013511 5 0.3491 0.835 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR2013510 5 0.3339 0.783 0.124 0.000 0.000 0.040 0.836
#> SRR2013508 5 0.4165 0.749 0.320 0.000 0.000 0.008 0.672
#> SRR2013509 5 0.3550 0.833 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760
#> SRR2013505 1 0.5756 0.458 0.576 0.000 0.000 0.312 0.112
#> SRR2013506 4 0.2605 0.872 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2013507 5 0.5080 0.624 0.368 0.000 0.000 0.044 0.588
#> SRR2013504 4 0.2674 0.873 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004
#> SRR2013503 4 0.3508 0.648 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR2013502 4 0.6443 0.330 0.276 0.000 0.000 0.500 0.224
#> SRR2013501 1 0.6201 0.417 0.552 0.000 0.000 0.232 0.216
#> SRR2013500 1 0.3388 0.712 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008
#> SRR2013499 4 0.2843 0.873 0.144 0.000 0.000 0.848 0.008
#> SRR2013498 4 0.4169 0.769 0.116 0.000 0.000 0.784 0.100
#> SRR2013497 4 0.5426 0.566 0.252 0.000 0.000 0.640 0.108
#> SRR2013495 4 0.2719 0.873 0.144 0.000 0.000 0.852 0.004
#> SRR2013496 4 0.3857 0.787 0.084 0.000 0.000 0.808 0.108
#> SRR2013492 1 0.5845 0.361 0.540 0.000 0.000 0.352 0.108
#> SRR2013494 4 0.4734 0.718 0.160 0.000 0.000 0.732 0.108
#> SRR2013493 1 0.1704 0.845 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2013491 1 0.5664 0.552 0.628 0.000 0.000 0.220 0.152
#> SRR2013490 1 0.2624 0.808 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR2013489 4 0.3359 0.804 0.052 0.000 0.000 0.840 0.108
#> SRR2013488 4 0.5556 0.518 0.276 0.000 0.000 0.616 0.108
#> SRR2013487 4 0.4493 0.743 0.136 0.000 0.000 0.756 0.108
#> SRR2013486 1 0.0963 0.843 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013485 1 0.3661 0.496 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013484 1 0.0963 0.856 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013483 1 0.4221 0.710 0.780 0.000 0.000 0.112 0.108
#> SRR2013482 1 0.4819 0.649 0.724 0.000 0.000 0.112 0.164
#> SRR2013481 1 0.4022 0.727 0.796 0.000 0.000 0.104 0.100
#> SRR2013479 1 0.1121 0.854 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013480 1 0.0865 0.858 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013478 1 0.1544 0.844 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013477 1 0.1121 0.832 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013476 1 0.0404 0.858 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013474 1 0.0566 0.858 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013473 1 0.5211 0.584 0.676 0.000 0.000 0.112 0.212
#> SRR2013475 1 0.0963 0.856 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013472 1 0.0794 0.842 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013471 1 0.4743 0.659 0.732 0.000 0.000 0.112 0.156
#> SRR2013470 1 0.3561 0.517 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013469 1 0.3593 0.747 0.828 0.000 0.000 0.088 0.084
#> SRR2013468 1 0.0703 0.845 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013467 1 0.4317 0.699 0.772 0.000 0.000 0.116 0.112
#> SRR2013466 1 0.0794 0.842 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013465 1 0.0579 0.856 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013463 1 0.0510 0.849 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013462 1 0.4121 0.732 0.788 0.000 0.000 0.112 0.100
#> SRR2013464 1 0.1043 0.835 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013461 1 0.0794 0.858 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013460 1 0.0609 0.858 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013459 1 0.1270 0.851 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013458 1 0.4428 0.719 0.760 0.000 0.000 0.144 0.096
#> SRR2013457 1 0.0451 0.857 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013456 1 0.0671 0.858 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013455 1 0.1197 0.853 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013453 1 0.4361 0.702 0.768 0.000 0.000 0.124 0.108
#> SRR2013454 1 0.0510 0.858 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013452 1 0.4454 0.686 0.760 0.000 0.000 0.112 0.128
#> SRR2013451 1 0.0693 0.856 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013450 1 0.0162 0.857 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013449 1 0.0963 0.856 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013448 1 0.0451 0.857 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013447 5 0.3480 0.827 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013446 5 0.4355 0.749 0.076 0.164 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013445 5 0.2763 0.803 0.148 0.000 0.000 0.004 0.848
#> SRR2013444 5 0.3424 0.832 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 5 0.2255 0.8410 0.080 0.000 0.028 0.000 0.892 0.000
#> SRR2013442 5 0.2361 0.8397 0.088 0.000 0.028 0.000 0.884 0.000
#> SRR2013769 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013768 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013767 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013765 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013766 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013764 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013763 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013762 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013761 1 0.0790 0.8587 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.1858 0.9172 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013748 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.1858 0.9172 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013746 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0260 0.9804 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.1462 0.9376 0.000 0.936 0.056 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013728 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013727 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013726 2 0.3210 0.8373 0.020 0.836 0.124 0.004 0.016 0.000
#> SRR2013725 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013724 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013723 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013722 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.1285 0.9441 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.2266 0.8872 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013684 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.1967 0.9101 0.000 0.904 0.084 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013680 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0146 0.9827 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.1501 0.9081 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9831 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.6031 0.5197 0.088 0.000 0.300 0.000 0.548 0.064
#> SRR2013648 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.3866 0.7724 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.1844 0.8173 0.024 0.048 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013642 5 0.2595 0.6962 0.000 0.160 0.004 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013640 5 0.4135 0.4006 0.404 0.000 0.004 0.000 0.584 0.008
#> SRR2013641 5 0.2558 0.7017 0.000 0.156 0.004 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013639 5 0.1615 0.8404 0.064 0.004 0.004 0.000 0.928 0.000
#> SRR2013638 5 0.1588 0.8399 0.072 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013637 1 0.2454 0.7349 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2013636 5 0.1914 0.8090 0.016 0.056 0.008 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013635 5 0.1864 0.8241 0.032 0.040 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013634 5 0.1708 0.8204 0.024 0.040 0.004 0.000 0.932 0.000
#> SRR2013633 5 0.3266 0.7492 0.032 0.000 0.004 0.004 0.824 0.136
#> SRR2013631 4 0.0291 0.6621 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2013632 5 0.2295 0.8065 0.016 0.000 0.004 0.024 0.908 0.048
#> SRR2013629 4 0.2632 0.2953 0.000 0.000 0.164 0.832 0.000 0.004
#> SRR2013630 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013628 6 0.5740 0.1794 0.012 0.000 0.076 0.396 0.016 0.500
#> SRR2013626 4 0.2969 0.0610 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR2013625 5 0.2144 0.8393 0.068 0.000 0.004 0.008 0.908 0.012
#> SRR2013627 5 0.2280 0.8183 0.020 0.012 0.008 0.036 0.916 0.008
#> SRR2013624 1 0.3807 0.3247 0.628 0.000 0.004 0.000 0.368 0.000
#> SRR2013623 6 0.2880 0.8081 0.048 0.000 0.056 0.024 0.000 0.872
#> SRR2013622 6 0.1765 0.8350 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013621 6 0.1814 0.8326 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013620 1 0.0405 0.8584 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013619 1 0.0520 0.8616 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013617 1 0.1010 0.8440 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013618 1 0.0146 0.8583 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013616 1 0.1340 0.8397 0.948 0.000 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013615 1 0.0260 0.8578 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013614 1 0.0363 0.8594 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0790 0.8591 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013612 1 0.0865 0.8578 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013610 1 0.5814 0.5384 0.600 0.000 0.224 0.000 0.040 0.136
#> SRR2013611 1 0.0632 0.8524 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013609 6 0.3023 0.7093 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013608 1 0.0777 0.8607 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013606 1 0.0865 0.8578 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013605 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013607 1 0.0458 0.8608 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013604 1 0.0363 0.8607 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013603 1 0.0692 0.8613 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013602 1 0.0291 0.8577 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013601 1 0.0405 0.8602 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013600 1 0.1082 0.8414 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013599 1 0.0146 0.8582 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0520 0.8561 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013596 1 0.3280 0.7085 0.812 0.000 0.032 0.000 0.152 0.004
#> SRR2013597 1 0.0405 0.8602 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0146 0.8582 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.1321 0.8435 0.952 0.000 0.020 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013593 5 0.4439 0.3301 0.432 0.000 0.028 0.000 0.540 0.000
#> SRR2013592 5 0.3481 0.7697 0.192 0.000 0.032 0.000 0.776 0.000
#> SRR2013591 5 0.2740 0.8264 0.120 0.000 0.028 0.000 0.852 0.000
#> SRR2013590 4 0.0291 0.6615 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR2013588 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.0508 0.6464 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2013589 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013586 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013585 4 0.3868 0.0566 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR2013584 6 0.1610 0.8363 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013583 6 0.1610 0.8373 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013582 6 0.3122 0.7501 0.004 0.000 0.160 0.000 0.020 0.816
#> SRR2013581 6 0.1714 0.8357 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013580 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013579 6 0.2069 0.8029 0.004 0.000 0.068 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013578 6 0.1765 0.8350 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013577 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013576 6 0.3626 0.7274 0.008 0.000 0.188 0.000 0.028 0.776
#> SRR2013575 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013574 6 0.1765 0.8350 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013572 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013573 6 0.1556 0.8367 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013571 6 0.2069 0.8029 0.004 0.000 0.068 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013569 6 0.3097 0.8239 0.072 0.000 0.064 0.000 0.012 0.852
#> SRR2013570 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013568 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013567 6 0.2069 0.8029 0.004 0.000 0.068 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013566 6 0.3338 0.7455 0.008 0.000 0.172 0.000 0.020 0.800
#> SRR2013564 4 0.3868 0.0566 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR2013565 6 0.1714 0.8357 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013563 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.3817 0.2508 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR2013560 4 0.0458 0.6528 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013562 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013558 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013559 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013556 6 0.3352 0.7520 0.012 0.000 0.172 0.000 0.016 0.800
#> SRR2013557 6 0.3158 0.7482 0.004 0.000 0.164 0.000 0.020 0.812
#> SRR2013554 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013553 6 0.1714 0.8357 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013555 6 0.1663 0.8356 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013552 6 0.3367 0.7524 0.012 0.000 0.164 0.000 0.020 0.804
#> SRR2013551 6 0.1714 0.8357 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013550 6 0.2734 0.7750 0.004 0.000 0.116 0.004 0.016 0.860
#> SRR2013548 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013549 6 0.2567 0.7840 0.004 0.000 0.100 0.008 0.012 0.876
#> SRR2013546 6 0.3257 0.7579 0.012 0.000 0.152 0.000 0.020 0.816
#> SRR2013545 6 0.2070 0.8373 0.092 0.000 0.012 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013544 6 0.2252 0.8184 0.028 0.000 0.044 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013547 6 0.3227 0.7537 0.004 0.000 0.156 0.004 0.020 0.816
#> SRR2013543 6 0.2019 0.8373 0.088 0.000 0.012 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013542 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013541 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013540 6 0.1714 0.8357 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013539 6 0.2220 0.8143 0.020 0.000 0.052 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013538 6 0.3227 0.7534 0.004 0.000 0.156 0.004 0.020 0.816
#> SRR2013537 6 0.4678 0.6024 0.012 0.000 0.304 0.000 0.044 0.640
#> SRR2013535 6 0.2340 0.8006 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013536 6 0.1663 0.8369 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013534 6 0.3288 0.7476 0.008 0.000 0.176 0.000 0.016 0.800
#> SRR2013532 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013533 4 0.1074 0.6256 0.000 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR2013531 4 0.3867 0.0824 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.4228 0.2742 0.588 0.000 0.020 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013530 6 0.3310 0.7548 0.000 0.000 0.148 0.016 0.020 0.816
#> SRR2013528 1 0.3136 0.6715 0.768 0.000 0.004 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013527 6 0.3602 0.7332 0.208 0.000 0.032 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013526 1 0.0632 0.8535 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013525 5 0.1700 0.8414 0.080 0.000 0.004 0.000 0.916 0.000
#> SRR2013524 1 0.6898 0.1967 0.384 0.000 0.336 0.000 0.060 0.220
#> SRR2013523 5 0.1680 0.8328 0.040 0.000 0.004 0.004 0.936 0.016
#> SRR2013522 5 0.2009 0.8422 0.084 0.000 0.008 0.000 0.904 0.004
#> SRR2013521 6 0.1910 0.8287 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013519 1 0.1075 0.8521 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013520 6 0.2020 0.8350 0.096 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013518 5 0.2036 0.8420 0.064 0.000 0.016 0.000 0.912 0.008
#> SRR2013517 1 0.2342 0.8331 0.904 0.000 0.024 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013516 1 0.4068 0.7064 0.772 0.000 0.036 0.000 0.156 0.036
#> SRR2013514 1 0.4666 0.0738 0.536 0.000 0.044 0.000 0.420 0.000
#> SRR2013515 5 0.4569 0.6471 0.020 0.000 0.228 0.000 0.700 0.052
#> SRR2013513 5 0.5272 0.5620 0.024 0.000 0.300 0.000 0.604 0.072
#> SRR2013512 1 0.1789 0.8440 0.924 0.000 0.032 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013511 5 0.2094 0.8425 0.080 0.000 0.020 0.000 0.900 0.000
#> SRR2013510 5 0.3803 0.7001 0.012 0.000 0.172 0.000 0.776 0.040
#> SRR2013508 5 0.3584 0.7212 0.244 0.000 0.012 0.000 0.740 0.004
#> SRR2013509 5 0.2147 0.8418 0.084 0.000 0.020 0.000 0.896 0.000
#> SRR2013505 1 0.6963 0.0970 0.348 0.000 0.348 0.000 0.060 0.244
#> SRR2013506 6 0.2384 0.8355 0.084 0.000 0.032 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013507 5 0.5395 0.4186 0.376 0.000 0.044 0.000 0.540 0.040
#> SRR2013504 6 0.2737 0.8270 0.084 0.000 0.044 0.000 0.004 0.868
#> SRR2013503 3 0.7299 -0.2622 0.004 0.000 0.352 0.252 0.084 0.308
#> SRR2013502 3 0.7444 -0.3047 0.144 0.000 0.360 0.004 0.168 0.324
#> SRR2013501 3 0.7439 -0.2254 0.296 0.000 0.360 0.000 0.160 0.184
#> SRR2013500 1 0.4626 0.5984 0.688 0.000 0.076 0.000 0.008 0.228
#> SRR2013499 6 0.2488 0.8323 0.076 0.000 0.044 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013498 6 0.5572 0.5755 0.088 0.000 0.280 0.000 0.036 0.596
#> SRR2013497 6 0.6903 0.2741 0.220 0.000 0.344 0.000 0.060 0.376
#> SRR2013495 6 0.2404 0.8355 0.080 0.000 0.036 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013496 6 0.5908 0.4970 0.072 0.000 0.332 0.000 0.060 0.536
#> SRR2013492 3 0.6962 -0.2757 0.340 0.000 0.356 0.000 0.060 0.244
#> SRR2013494 6 0.6625 0.3686 0.156 0.000 0.344 0.000 0.060 0.440
#> SRR2013493 1 0.1124 0.8571 0.956 0.000 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013491 1 0.7014 0.2086 0.384 0.000 0.356 0.000 0.096 0.164
#> SRR2013490 1 0.4001 0.7393 0.784 0.000 0.092 0.000 0.016 0.108
#> SRR2013489 6 0.5225 0.5495 0.024 0.000 0.328 0.000 0.060 0.588
#> SRR2013488 6 0.6903 0.2732 0.220 0.000 0.344 0.000 0.060 0.376
#> SRR2013487 6 0.6383 0.4208 0.120 0.000 0.344 0.000 0.060 0.476
#> SRR2013486 1 0.1873 0.8380 0.924 0.000 0.048 0.000 0.020 0.008
#> SRR2013485 1 0.5275 0.3371 0.584 0.000 0.088 0.000 0.316 0.012
#> SRR2013484 1 0.0717 0.8611 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013483 1 0.5493 0.5518 0.628 0.000 0.244 0.000 0.048 0.080
#> SRR2013482 1 0.6799 0.2521 0.424 0.000 0.352 0.000 0.132 0.092
#> SRR2013481 1 0.4880 0.6269 0.692 0.000 0.208 0.000 0.032 0.068
#> SRR2013479 1 0.0935 0.8588 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013480 1 0.0725 0.8614 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013478 1 0.0937 0.8563 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013477 1 0.0858 0.8491 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013476 1 0.0837 0.8586 0.972 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013474 1 0.0551 0.8614 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013473 1 0.6949 0.1733 0.392 0.000 0.356 0.000 0.164 0.088
#> SRR2013475 1 0.0363 0.8611 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013472 1 0.0748 0.8561 0.976 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013471 1 0.6386 0.3546 0.488 0.000 0.336 0.000 0.092 0.084
#> SRR2013470 1 0.4237 0.5394 0.704 0.000 0.048 0.000 0.244 0.004
#> SRR2013469 1 0.3346 0.7678 0.840 0.000 0.080 0.000 0.024 0.056
#> SRR2013468 1 0.0603 0.8541 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013467 1 0.6061 0.4331 0.536 0.000 0.312 0.000 0.060 0.092
#> SRR2013466 1 0.0508 0.8561 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013465 1 0.0291 0.8592 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013463 1 0.0603 0.8545 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013462 1 0.3439 0.7617 0.832 0.000 0.080 0.000 0.020 0.068
#> SRR2013464 1 0.0837 0.8519 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013461 1 0.0458 0.8610 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013460 1 0.0458 0.8610 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013459 1 0.0790 0.8588 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013458 1 0.4048 0.7247 0.780 0.000 0.108 0.000 0.016 0.096
#> SRR2013457 1 0.0260 0.8603 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013456 1 0.0363 0.8607 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013455 1 0.0790 0.8588 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013453 1 0.6035 0.4265 0.532 0.000 0.320 0.000 0.056 0.092
#> SRR2013454 1 0.0363 0.8607 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013452 1 0.6028 0.4342 0.540 0.000 0.312 0.000 0.064 0.084
#> SRR2013451 1 0.0653 0.8587 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013450 1 0.0260 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013449 1 0.0713 0.8597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013448 1 0.0363 0.8607 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013447 5 0.2558 0.8337 0.104 0.000 0.028 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013446 5 0.2279 0.8140 0.024 0.056 0.016 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013445 5 0.3627 0.7465 0.040 0.000 0.152 0.000 0.796 0.012
#> SRR2013444 5 0.2122 0.8416 0.076 0.000 0.024 0.000 0.900 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.990 0.3748 0.626 0.626
#> 3 3 0.930 0.927 0.973 0.3771 0.854 0.768
#> 4 4 0.635 0.682 0.814 0.2947 0.803 0.601
#> 5 5 0.666 0.767 0.872 0.0841 0.913 0.733
#> 6 6 0.720 0.761 0.880 0.0457 0.957 0.841
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013749 1 0.8661 0.5866 0.712 0.288
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013745 1 0.7299 0.7382 0.796 0.204
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.1843 0.9548 0.028 0.972
#> SRR2013728 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013726 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.1633 0.9685 0.976 0.024
#> SRR2013724 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013700 1 0.9833 0.2456 0.576 0.424
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.3114 0.9273 0.056 0.944
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.7528 0.7263 0.216 0.784
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013683 1 0.7056 0.7565 0.808 0.192
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.5946 0.8271 0.144 0.856
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.7815 0.7008 0.232 0.768
#> SRR2013669 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.5629 0.8423 0.868 0.132
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.9896 0.2279 0.440 0.560
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0938 0.9808 0.988 0.012
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0376 0.9764 0.004 0.996
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.9977 0.1197 0.472 0.528
#> SRR2013560 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.9996 0.0185 0.512 0.488
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0237 0.9682 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 1 0.5831 0.5699 0.708 0.284 0.008
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 1 0.4861 0.7368 0.808 0.180 0.012
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0892 0.9509 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013728 1 0.0237 0.9685 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013727 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.1163 0.9435 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013724 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 1 0.6204 0.2812 0.576 0.424 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.2356 0.8674 0.072 0.928 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.4750 0.6039 0.216 0.784 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 1 0.4121 0.7698 0.832 0.168 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.4178 0.6885 0.172 0.828 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.5497 0.5066 0.000 0.292 0.708
#> SRR2013669 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.3412 0.7873 0.124 0.000 0.876
#> SRR2013649 3 0.6235 0.2771 0.436 0.000 0.564
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.3340 0.8335 0.880 0.120 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.6267 0.1464 0.452 0.548 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.5988 0.4612 0.368 0.000 0.632
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.6308 -0.0429 0.508 0.000 0.492
#> SRR2013630 1 0.4452 0.7457 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.5058 0.6614 0.756 0.000 0.244
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.4974 0.6852 0.236 0.000 0.764
#> SRR2013588 1 0.5254 0.6248 0.736 0.000 0.264
#> SRR2013587 3 0.4654 0.7137 0.208 0.000 0.792
#> SRR2013589 1 0.6286 0.0777 0.536 0.000 0.464
#> SRR2013586 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.1015 0.9613 0.008 0.980 0.012
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.3482 0.8338 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.4062 0.7882 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.4452 0.7459 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.9803 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.5327 0.6098 0.728 0.000 0.272
#> SRR2013561 1 0.9353 -0.0489 0.444 0.388 0.168
#> SRR2013560 1 0.4062 0.7863 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013562 3 0.5835 0.5262 0.340 0.000 0.660
#> SRR2013558 3 0.5254 0.6584 0.264 0.000 0.736
#> SRR2013559 1 0.5016 0.6682 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.5178 0.6658 0.256 0.000 0.744
#> SRR2013533 1 0.4504 0.7403 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013531 1 0.7915 0.0392 0.488 0.456 0.056
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.1792 0.7122 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013769 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0188 0.7456 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013764 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 1 0.7243 0.2937 0.556 0.268 0.004 0.172
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 1 0.6016 0.4418 0.680 0.112 0.000 0.208
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0469 0.9632 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.2149 0.6756 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013727 1 0.2760 0.6433 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013726 1 0.4040 0.5498 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013725 1 0.3672 0.5776 0.824 0.012 0.000 0.164
#> SRR2013724 1 0.3801 0.5280 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013723 1 0.2469 0.6513 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 1 0.6794 0.2291 0.524 0.372 0.000 0.104
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.2805 0.8351 0.100 0.888 0.000 0.012
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.4011 0.6676 0.208 0.784 0.000 0.008
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 1 0.5116 0.5336 0.764 0.128 0.000 0.108
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.3831 0.6788 0.204 0.792 0.000 0.004
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.7536 0.5593 0.000 0.228 0.488 0.284
#> SRR2013669 3 0.2589 0.8666 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR2013668 3 0.1022 0.8859 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013667 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.4277 0.8049 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR2013651 3 0.2589 0.8666 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR2013650 4 0.2197 0.4189 0.024 0.000 0.048 0.928
#> SRR2013649 4 0.4253 0.0753 0.016 0.000 0.208 0.776
#> SRR2013647 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.4277 0.8049 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR2013645 3 0.0000 0.8929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.2589 0.8666 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR2013643 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.2408 0.6609 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.4989 0.1013 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.1118 0.7334 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013636 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0336 0.7444 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013633 1 0.0336 0.7444 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013631 3 0.7831 0.4504 0.312 0.000 0.408 0.280
#> SRR2013632 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.7661 -0.1220 0.464 0.000 0.272 0.264
#> SRR2013630 1 0.6714 0.1344 0.540 0.000 0.100 0.360
#> SRR2013628 1 0.0707 0.7381 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013626 1 0.7159 0.1779 0.556 0.000 0.200 0.244
#> SRR2013625 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.4406 0.6284 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013622 1 0.4888 -0.2901 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR2013621 4 0.4877 0.7824 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013620 4 0.4907 0.7686 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013619 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0707 0.7409 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013618 4 0.5000 0.5739 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013616 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.1302 0.7288 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013614 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0469 0.7434 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013609 4 0.4941 0.7414 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013608 1 0.4134 0.3437 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013606 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.4996 -0.5662 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013607 1 0.1118 0.7309 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013604 1 0.0188 0.7455 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013603 1 0.4941 -0.3867 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013602 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 4 0.4996 0.6404 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013600 1 0.1389 0.7283 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013599 4 0.4898 0.7660 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013598 1 0.0469 0.7434 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013596 1 0.1557 0.7200 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013597 4 0.4898 0.7814 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013595 1 0.0336 0.7442 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.1940 0.7068 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013592 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.3528 0.5615 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013590 3 0.7591 0.6102 0.204 0.000 0.444 0.352
#> SRR2013588 4 0.5151 0.0233 0.100 0.000 0.140 0.760
#> SRR2013587 3 0.6176 0.7364 0.060 0.000 0.572 0.368
#> SRR2013589 3 0.7883 0.4630 0.292 0.000 0.380 0.328
#> SRR2013586 3 0.4661 0.7804 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR2013585 2 0.3805 0.8066 0.008 0.832 0.012 0.148
#> SRR2013584 4 0.4697 0.8250 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013583 1 0.4605 0.1215 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013582 1 0.4431 0.2119 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013581 1 0.3801 0.4755 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013580 4 0.4382 0.7878 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013579 4 0.5343 0.5208 0.316 0.000 0.028 0.656
#> SRR2013578 1 0.4998 -0.5081 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013577 4 0.4866 0.7908 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013576 1 0.3649 0.4933 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013575 4 0.4746 0.8194 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013574 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013572 4 0.4406 0.7951 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013573 1 0.4477 0.1771 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013571 4 0.2300 0.5098 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR2013569 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.3400 0.5776 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013568 1 0.4406 0.3166 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013567 4 0.5109 0.5103 0.196 0.000 0.060 0.744
#> SRR2013566 4 0.4925 0.7228 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013564 2 0.3528 0.7711 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013565 4 0.4730 0.8226 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013563 1 0.7155 0.0331 0.504 0.000 0.144 0.352
#> SRR2013561 1 0.9162 -0.1578 0.360 0.260 0.072 0.308
#> SRR2013560 4 0.5334 0.0728 0.172 0.000 0.088 0.740
#> SRR2013562 3 0.7512 0.6289 0.192 0.000 0.460 0.348
#> SRR2013558 4 0.4193 -0.2484 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR2013559 1 0.7129 0.0419 0.504 0.000 0.140 0.356
#> SRR2013556 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 4 0.4643 0.8232 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013554 4 0.4713 0.7733 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013553 4 0.4500 0.8090 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013555 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013552 1 0.1792 0.7137 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013551 4 0.4585 0.8184 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013550 1 0.2149 0.7085 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013548 4 0.4843 0.7984 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013549 1 0.2814 0.6661 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013546 1 0.0817 0.7395 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013545 1 0.4713 -0.1031 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013544 1 0.4925 -0.2543 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013547 1 0.3873 0.4842 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013543 1 0.1118 0.7334 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013542 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013541 4 0.3726 0.6837 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013540 4 0.4697 0.8246 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013539 4 0.4679 0.8108 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013538 1 0.3764 0.4900 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013537 1 0.3569 0.5431 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013535 1 0.4955 -0.4328 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013536 1 0.3266 0.5922 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013534 1 0.0188 0.7455 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013532 3 0.7330 0.6558 0.180 0.000 0.508 0.312
#> SRR2013533 4 0.4488 0.1332 0.096 0.000 0.096 0.808
#> SRR2013531 1 0.7920 0.0149 0.432 0.268 0.004 0.296
#> SRR2013529 4 0.4790 0.8151 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013530 1 0.4134 0.4716 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013528 1 0.4454 0.2029 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013527 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013526 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013525 1 0.4164 0.4013 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013524 1 0.4999 -0.5901 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR2013523 1 0.0336 0.7444 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013522 1 0.4933 -0.2903 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013521 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013519 4 0.4564 0.8157 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013520 4 0.4543 0.7987 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013518 1 0.3400 0.5830 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013517 4 0.4941 0.7453 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013516 1 0.4746 -0.1021 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013514 1 0.4134 0.3970 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013515 1 0.4843 -0.1934 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013513 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.2647 0.6524 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013511 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 4 0.4898 0.7606 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013509 4 0.4996 0.6094 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013505 1 0.3907 0.4668 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013506 1 0.4967 -0.3652 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013507 1 0.3569 0.5477 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013504 4 0.4713 0.8259 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013503 1 0.1474 0.7302 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013502 1 0.2011 0.7101 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013501 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.4761 -0.1299 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2013499 4 0.4955 0.6773 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013498 4 0.4643 0.8040 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013497 4 0.4967 0.7023 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013495 4 0.4454 0.8030 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013496 4 0.4643 0.8249 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013492 4 0.4564 0.8176 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013494 4 0.4866 0.7891 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013493 4 0.4643 0.8243 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013491 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 4 0.4543 0.8150 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013489 4 0.4877 0.7669 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013488 4 0.4977 0.6934 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013487 1 0.4103 0.3377 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013486 1 0.3123 0.6026 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013485 1 0.0336 0.7450 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013484 4 0.4746 0.8217 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013483 1 0.4925 -0.3584 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013482 1 0.0188 0.7455 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013481 1 0.4999 -0.5878 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR2013479 4 0.4713 0.8244 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013480 4 0.4790 0.8131 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013478 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013477 4 0.4994 0.6269 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013476 4 0.4855 0.7939 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013474 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013473 1 0.0336 0.7448 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013475 4 0.4730 0.8226 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013472 1 0.3528 0.5459 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013471 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.4898 -0.2187 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013467 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013465 1 0.1302 0.7267 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013463 1 0.4804 -0.0650 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013462 1 0.4040 0.3698 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013464 1 0.4790 -0.0577 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013461 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013460 1 0.5000 -0.5981 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2013459 4 0.4941 0.7458 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013458 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013457 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013456 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013455 4 0.4830 0.8082 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013453 1 0.0817 0.7394 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013454 4 0.4679 0.8250 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013452 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.2530 0.6717 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013450 1 0.4989 -0.5093 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013449 4 0.4776 0.8193 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013448 4 0.4804 0.8123 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013447 1 0.1792 0.7131 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013446 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0336 0.7449 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013442 1 0.1908 0.7995 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013769 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0290 0.8413 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013764 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0771 0.9593 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0162 0.9652 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 1 0.7468 0.1989 0.520 0.220 0.008 0.188 0.064
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 1 0.6549 0.3559 0.588 0.080 0.000 0.260 0.072
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0290 0.9628 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013733 2 0.0162 0.9646 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0162 0.9653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013729 2 0.1970 0.9097 0.012 0.924 0.000 0.004 0.060
#> SRR2013728 1 0.2859 0.7567 0.876 0.000 0.000 0.056 0.068
#> SRR2013727 1 0.3649 0.7296 0.824 0.000 0.000 0.088 0.088
#> SRR2013726 1 0.5107 0.6108 0.688 0.000 0.000 0.108 0.204
#> SRR2013725 1 0.4483 0.6602 0.768 0.012 0.000 0.156 0.064
#> SRR2013724 1 0.4317 0.6464 0.764 0.000 0.000 0.160 0.076
#> SRR2013723 1 0.3234 0.7424 0.852 0.000 0.000 0.084 0.064
#> SRR2013722 2 0.0880 0.9479 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.1671 0.9235 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0290 0.9643 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013718 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013716 2 0.0703 0.9592 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013715 2 0.0794 0.9579 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013714 2 0.0162 0.9652 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0510 0.9621 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013708 2 0.0162 0.9652 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013704 2 0.0566 0.9622 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 1 0.6559 0.1986 0.520 0.348 0.000 0.040 0.092
#> SRR2013699 2 0.0865 0.9576 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013698 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013697 2 0.0865 0.9580 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013696 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013695 2 0.1697 0.9330 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR2013694 2 0.0963 0.9551 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013693 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013692 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.1041 0.9545 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013689 2 0.4371 0.7554 0.100 0.796 0.000 0.024 0.080
#> SRR2013687 2 0.1357 0.9372 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR2013688 2 0.5685 0.5467 0.200 0.680 0.000 0.040 0.080
#> SRR2013686 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 1 0.5494 0.6039 0.724 0.124 0.000 0.080 0.072
#> SRR2013684 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013681 2 0.1638 0.9179 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013680 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013679 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013678 2 0.5884 0.5497 0.184 0.676 0.000 0.060 0.080
#> SRR2013677 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.3655 0.6042 0.000 0.036 0.160 0.804 0.000
#> SRR2013669 3 0.4736 0.3290 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> SRR2013668 3 0.3659 0.6817 0.000 0.000 0.768 0.220 0.012
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.4781 0.0995 0.000 0.000 0.428 0.552 0.020
#> SRR2013651 3 0.4736 0.3290 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> SRR2013650 4 0.5366 0.2646 0.012 0.000 0.032 0.528 0.428
#> SRR2013649 4 0.6475 0.3646 0.012 0.000 0.192 0.552 0.244
#> SRR2013647 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.4781 0.0995 0.000 0.000 0.428 0.552 0.020
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9264 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4736 0.3290 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> SRR2013643 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.2074 0.7671 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.4300 0.0459 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.1043 0.8312 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013636 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0290 0.8409 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013633 1 0.0404 0.8398 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013631 4 0.4375 0.6103 0.104 0.000 0.116 0.776 0.004
#> SRR2013632 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.7223 0.1464 0.320 0.000 0.320 0.344 0.016
#> SRR2013630 4 0.0609 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013628 1 0.0771 0.8373 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013626 1 0.6602 0.0516 0.488 0.000 0.180 0.324 0.008
#> SRR2013625 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 5 0.5888 0.6132 0.288 0.000 0.000 0.136 0.576
#> SRR2013622 1 0.4383 -0.0112 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR2013621 5 0.3816 0.7384 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013620 5 0.3774 0.7645 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013619 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0880 0.8353 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013618 5 0.4045 0.6690 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013616 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.1197 0.8266 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013614 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0794 0.8366 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013609 5 0.3857 0.7461 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013608 1 0.4088 0.2466 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013606 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 5 0.4242 0.5268 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013607 1 0.0880 0.8328 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013604 1 0.0162 0.8417 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013603 1 0.4306 -0.2774 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2013602 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013601 5 0.3730 0.7620 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013600 1 0.1544 0.8193 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013599 5 0.3003 0.8390 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013598 1 0.0510 0.8403 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013596 1 0.1478 0.8192 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013597 5 0.3366 0.8282 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013595 1 0.0290 0.8408 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.2179 0.7850 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013592 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.4030 0.3569 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013590 4 0.0609 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013588 4 0.0609 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013587 4 0.1216 0.7214 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR2013589 4 0.0451 0.7283 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2013586 4 0.0671 0.7286 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2013585 4 0.3983 0.4028 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR2013584 5 0.2329 0.8449 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013583 1 0.4114 0.2510 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013582 1 0.3913 0.3959 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013581 1 0.3242 0.6389 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013580 5 0.2825 0.8421 0.124 0.000 0.000 0.016 0.860
#> SRR2013579 5 0.6415 0.5656 0.312 0.000 0.024 0.116 0.548
#> SRR2013578 5 0.3752 0.7411 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013577 5 0.3210 0.8303 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013576 1 0.3274 0.6256 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013575 5 0.2648 0.8501 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013574 5 0.2230 0.8406 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013572 5 0.2921 0.8338 0.124 0.000 0.000 0.020 0.856
#> SRR2013573 1 0.4268 -0.0763 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013571 5 0.4124 0.6415 0.036 0.000 0.008 0.180 0.776
#> SRR2013569 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.3424 0.6115 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013568 1 0.4201 0.4026 0.664 0.000 0.000 0.008 0.328
#> SRR2013567 5 0.6343 0.6485 0.224 0.000 0.044 0.116 0.616
#> SRR2013566 5 0.4009 0.7201 0.312 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR2013564 4 0.4300 0.0478 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2013565 5 0.2424 0.8471 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2013563 4 0.0451 0.7287 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2013561 4 0.3929 0.5866 0.172 0.036 0.000 0.788 0.004
#> SRR2013560 4 0.2648 0.6393 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013562 4 0.0290 0.7281 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013558 4 0.0609 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013559 4 0.0290 0.7281 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013556 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 5 0.2930 0.8495 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR2013554 5 0.3690 0.8207 0.200 0.000 0.000 0.020 0.780
#> SRR2013553 5 0.2193 0.8240 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900
#> SRR2013555 5 0.2230 0.8406 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013552 1 0.1851 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013551 5 0.2233 0.8339 0.104 0.000 0.000 0.004 0.892
#> SRR2013550 1 0.1956 0.8111 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR2013548 5 0.3210 0.8340 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013549 1 0.2771 0.7655 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR2013546 1 0.0794 0.8362 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013545 1 0.4114 0.1902 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013544 5 0.4249 0.4857 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013547 1 0.3455 0.6488 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208
#> SRR2013543 1 0.1341 0.8229 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013542 5 0.2230 0.8406 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013541 5 0.3575 0.8233 0.120 0.000 0.000 0.056 0.824
#> SRR2013540 5 0.2230 0.8422 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013539 5 0.3582 0.8179 0.224 0.000 0.000 0.008 0.768
#> SRR2013538 1 0.3210 0.6455 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013537 1 0.3274 0.6397 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013535 5 0.4227 0.5533 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013536 1 0.3452 0.6040 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013534 1 0.0162 0.8418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013532 4 0.2131 0.6996 0.056 0.000 0.016 0.920 0.008
#> SRR2013533 4 0.2074 0.6818 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR2013531 4 0.3877 0.5438 0.212 0.024 0.000 0.764 0.000
#> SRR2013529 5 0.2852 0.8483 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013530 1 0.4747 0.5943 0.720 0.000 0.000 0.084 0.196
#> SRR2013528 1 0.4192 0.1141 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2013527 5 0.2230 0.8406 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013526 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013525 1 0.4256 0.0355 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013524 5 0.4126 0.6450 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013523 1 0.0404 0.8398 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013522 5 0.3999 0.6469 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013521 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013519 5 0.2179 0.8305 0.100 0.000 0.000 0.004 0.896
#> SRR2013520 5 0.2909 0.8363 0.140 0.000 0.000 0.012 0.848
#> SRR2013518 1 0.3636 0.5553 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013517 5 0.3109 0.8424 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013516 5 0.4300 0.3720 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013514 1 0.3752 0.5014 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013515 1 0.4291 -0.1351 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013513 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.2516 0.7482 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013511 1 0.0162 0.8419 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013510 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 5 0.2929 0.8397 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013509 5 0.3561 0.7888 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2013505 1 0.3730 0.5150 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013506 5 0.3895 0.6961 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013507 1 0.3395 0.6164 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013504 5 0.2516 0.8500 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013503 1 0.1364 0.8313 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013502 1 0.1908 0.7989 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013501 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.4235 0.0105 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013499 5 0.4108 0.7314 0.308 0.000 0.000 0.008 0.684
#> SRR2013498 5 0.3391 0.8353 0.188 0.000 0.000 0.012 0.800
#> SRR2013497 5 0.3480 0.8104 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013495 5 0.2136 0.8194 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> SRR2013496 5 0.2230 0.8419 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013492 5 0.2249 0.8295 0.096 0.000 0.000 0.008 0.896
#> SRR2013494 5 0.3074 0.8411 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013493 5 0.2612 0.8435 0.124 0.000 0.000 0.008 0.868
#> SRR2013491 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 5 0.2358 0.8339 0.104 0.000 0.000 0.008 0.888
#> SRR2013489 5 0.3707 0.7707 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013488 5 0.3612 0.7833 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013487 1 0.3707 0.4777 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013486 1 0.3274 0.6462 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013485 1 0.0794 0.8372 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013484 5 0.2516 0.8489 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013483 5 0.4192 0.5571 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013482 1 0.0162 0.8417 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013481 5 0.4273 0.4669 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013479 5 0.2471 0.8488 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013480 5 0.2648 0.8481 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013478 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013477 5 0.3636 0.7807 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013476 5 0.3508 0.8086 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013474 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013473 1 0.0404 0.8407 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013475 5 0.2813 0.8494 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013472 1 0.3508 0.5860 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013471 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013470 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013468 5 0.4114 0.5869 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013467 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013466 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013465 1 0.1792 0.8012 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013463 5 0.4150 0.5534 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013462 1 0.3561 0.5390 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013464 5 0.4219 0.4955 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013461 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013460 5 0.4192 0.5895 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013459 5 0.3586 0.7955 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013458 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013457 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013456 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013455 5 0.3210 0.8357 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013453 1 0.0880 0.8360 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013454 5 0.2179 0.8400 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013452 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013451 1 0.2516 0.7590 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013450 5 0.4242 0.5006 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013449 5 0.3074 0.8443 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013448 5 0.2813 0.8507 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013447 1 0.2648 0.7409 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013446 1 0.0000 0.8421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013444 1 0.0510 0.8401 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0363 0.86208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013442 1 0.1863 0.81994 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013769 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0260 0.86617 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013764 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.1367 0.91868 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR2013757 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0146 0.93802 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0146 0.93859 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.3280 0.75126 0.096 0.060 0.004 0.004 0.836 0.000
#> SRR2013748 2 0.0146 0.93869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3374 0.75975 0.148 0.024 0.004 0.004 0.816 0.004
#> SRR2013746 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0146 0.93872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.1141 0.90423 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013733 2 0.3371 0.52402 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0692 0.93265 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013729 5 0.3221 0.61639 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013728 5 0.2632 0.75486 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832 0.000
#> SRR2013727 5 0.2700 0.75862 0.156 0.000 0.000 0.004 0.836 0.004
#> SRR2013726 5 0.2833 0.75673 0.148 0.000 0.000 0.004 0.836 0.012
#> SRR2013725 5 0.2700 0.76200 0.156 0.004 0.000 0.004 0.836 0.000
#> SRR2013724 5 0.2595 0.75860 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836 0.000
#> SRR2013723 5 0.2595 0.75860 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836 0.000
#> SRR2013722 2 0.3221 0.58830 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 5 0.4306 0.08239 0.000 0.464 0.000 0.004 0.520 0.012
#> SRR2013719 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0508 0.93570 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013718 2 0.1829 0.90665 0.000 0.920 0.000 0.004 0.064 0.012
#> SRR2013716 2 0.1434 0.91677 0.000 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR2013715 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013714 2 0.0458 0.93542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0790 0.92944 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013708 2 0.0146 0.93859 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013706 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013704 2 0.0806 0.93134 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2013703 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.1908 0.74585 0.096 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR2013699 2 0.1829 0.90627 0.000 0.920 0.000 0.004 0.064 0.012
#> SRR2013698 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013697 2 0.1829 0.90666 0.000 0.920 0.000 0.004 0.064 0.012
#> SRR2013696 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013695 2 0.4312 0.06312 0.000 0.508 0.000 0.004 0.476 0.012
#> SRR2013694 2 0.2544 0.84153 0.000 0.852 0.000 0.004 0.140 0.004
#> SRR2013693 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013692 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013691 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.2794 0.83563 0.000 0.840 0.000 0.004 0.144 0.012
#> SRR2013689 5 0.3859 0.63430 0.020 0.208 0.000 0.004 0.756 0.012
#> SRR2013687 2 0.3619 0.51976 0.000 0.680 0.000 0.004 0.316 0.000
#> SRR2013688 5 0.4009 0.66396 0.040 0.180 0.000 0.004 0.764 0.012
#> SRR2013686 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013685 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 5 0.3072 0.76558 0.124 0.036 0.000 0.004 0.836 0.000
#> SRR2013684 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013681 5 0.2527 0.66785 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR2013680 2 0.1946 0.90197 0.000 0.912 0.000 0.004 0.072 0.012
#> SRR2013679 2 0.2002 0.89967 0.000 0.908 0.000 0.004 0.076 0.012
#> SRR2013678 5 0.4302 0.62848 0.040 0.220 0.000 0.004 0.724 0.012
#> SRR2013677 2 0.1888 0.90417 0.000 0.916 0.000 0.004 0.068 0.012
#> SRR2013676 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.3610 0.57000 0.000 0.028 0.200 0.768 0.004 0.000
#> SRR2013669 3 0.4161 0.34304 0.000 0.000 0.540 0.448 0.000 0.012
#> SRR2013668 3 0.3490 0.63565 0.000 0.000 0.724 0.268 0.000 0.008
#> SRR2013667 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.93952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.4306 0.29679 0.000 0.000 0.520 0.464 0.004 0.012
#> SRR2013651 3 0.4161 0.34304 0.000 0.000 0.540 0.448 0.000 0.012
#> SRR2013650 6 0.4346 0.05644 0.008 0.000 0.004 0.460 0.004 0.524
#> SRR2013649 4 0.6220 0.18378 0.008 0.000 0.228 0.464 0.004 0.296
#> SRR2013647 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.4306 0.29679 0.000 0.000 0.520 0.464 0.004 0.012
#> SRR2013645 3 0.0000 0.88537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4161 0.34304 0.000 0.000 0.540 0.448 0.000 0.012
#> SRR2013643 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.1863 0.77695 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.3860 -0.00192 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0937 0.85641 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013636 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0260 0.86576 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013633 1 0.0363 0.86487 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013631 4 0.4222 0.59376 0.132 0.000 0.116 0.748 0.004 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.6297 -0.18714 0.400 0.000 0.368 0.220 0.004 0.008
#> SRR2013630 4 0.0508 0.78990 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2013628 1 0.0146 0.86615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013626 1 0.5596 0.34801 0.588 0.000 0.200 0.204 0.004 0.004
#> SRR2013625 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 6 0.4230 0.58415 0.324 0.000 0.000 0.024 0.004 0.648
#> SRR2013622 1 0.3810 0.11891 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013621 6 0.3309 0.68248 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013620 6 0.3244 0.71323 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013619 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0865 0.85974 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013618 6 0.3428 0.66102 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013616 1 0.0363 0.86208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013615 1 0.1267 0.84471 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013614 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0790 0.86100 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013609 6 0.3371 0.68970 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013608 1 0.3706 0.30597 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013606 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 6 0.3823 0.38643 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013607 1 0.0790 0.85825 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013604 1 0.0146 0.86625 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013603 6 0.3869 0.15039 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013602 1 0.0363 0.86208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013601 6 0.2996 0.74423 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013600 1 0.1501 0.84184 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013599 6 0.1765 0.81470 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013598 1 0.0458 0.86562 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013596 1 0.1501 0.84074 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013597 6 0.2597 0.80333 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013595 1 0.0260 0.86580 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.2135 0.80181 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013592 1 0.0260 0.86397 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013591 1 0.3804 0.21316 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013590 4 0.0508 0.78990 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2013588 4 0.0508 0.78990 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2013587 4 0.1218 0.77483 0.000 0.000 0.028 0.956 0.004 0.012
#> SRR2013589 4 0.2001 0.78863 0.004 0.000 0.000 0.900 0.092 0.004
#> SRR2013586 4 0.0551 0.78951 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR2013585 4 0.4570 0.51324 0.000 0.228 0.000 0.680 0.092 0.000
#> SRR2013584 6 0.1141 0.81253 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013583 1 0.3717 0.30971 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013582 1 0.3482 0.48678 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013581 1 0.2912 0.67867 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013580 6 0.1444 0.81768 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013579 6 0.5010 0.52256 0.348 0.000 0.036 0.020 0.004 0.592
#> SRR2013578 6 0.2854 0.76053 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR2013577 6 0.2378 0.80303 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013576 1 0.2912 0.67340 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013575 6 0.1663 0.81880 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013574 6 0.0865 0.80437 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013572 6 0.1895 0.81092 0.072 0.000 0.000 0.016 0.000 0.912
#> SRR2013573 1 0.3867 -0.12821 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013571 6 0.1621 0.77126 0.008 0.000 0.004 0.048 0.004 0.936
#> SRR2013569 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.3175 0.62033 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013568 1 0.3634 0.40393 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013567 6 0.5305 0.65058 0.240 0.000 0.040 0.076 0.000 0.644
#> SRR2013566 6 0.3371 0.66776 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013564 4 0.5098 0.31557 0.000 0.352 0.000 0.556 0.092 0.000
#> SRR2013565 6 0.1204 0.81372 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013563 4 0.2001 0.78889 0.004 0.000 0.000 0.900 0.092 0.004
#> SRR2013561 4 0.4473 0.66300 0.124 0.024 0.000 0.756 0.092 0.004
#> SRR2013560 4 0.2632 0.67010 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR2013562 4 0.1858 0.78830 0.000 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013558 4 0.0508 0.78990 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2013559 4 0.1858 0.78830 0.000 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013556 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 6 0.2092 0.81770 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013554 6 0.3071 0.78228 0.180 0.000 0.000 0.016 0.000 0.804
#> SRR2013553 6 0.0806 0.79527 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972
#> SRR2013555 6 0.0790 0.80345 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013552 1 0.1714 0.82626 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013551 6 0.0891 0.79867 0.024 0.000 0.000 0.008 0.000 0.968
#> SRR2013550 1 0.1444 0.83936 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013548 6 0.2340 0.80838 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013549 1 0.2234 0.79766 0.872 0.000 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR2013546 1 0.0713 0.86165 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013545 1 0.3672 0.31820 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013544 6 0.3684 0.52950 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013547 1 0.2823 0.69377 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013543 1 0.1204 0.84859 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013542 6 0.0865 0.80437 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013541 6 0.1812 0.81668 0.080 0.000 0.000 0.008 0.000 0.912
#> SRR2013540 6 0.0713 0.80355 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013539 6 0.2730 0.78316 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013538 1 0.2854 0.69019 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013537 1 0.3050 0.64909 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013535 6 0.3717 0.52633 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013536 1 0.3151 0.62974 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013534 1 0.0146 0.86622 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013532 4 0.2956 0.77400 0.036 0.000 0.008 0.860 0.092 0.004
#> SRR2013533 4 0.2006 0.73634 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR2013531 4 0.4597 0.61699 0.152 0.024 0.000 0.732 0.092 0.000
#> SRR2013529 6 0.1814 0.81865 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013530 1 0.3549 0.68279 0.776 0.000 0.000 0.028 0.004 0.192
#> SRR2013528 1 0.3828 0.08490 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013527 6 0.0865 0.80437 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013526 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013525 6 0.3867 0.13281 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013524 6 0.3659 0.57463 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013523 1 0.0363 0.86487 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013522 6 0.3126 0.70191 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013521 6 0.0713 0.80251 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013519 6 0.0603 0.79369 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR2013520 6 0.1918 0.80949 0.088 0.000 0.000 0.008 0.000 0.904
#> SRR2013518 1 0.3464 0.51392 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013517 6 0.2135 0.81764 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013516 6 0.3804 0.39351 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013514 1 0.3390 0.54122 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013515 1 0.3869 -0.14312 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013513 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.2219 0.78203 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013511 1 0.0146 0.86637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013510 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 6 0.1814 0.81165 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013509 6 0.2597 0.78681 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013505 1 0.3482 0.50282 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013506 6 0.3076 0.72251 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013507 1 0.3244 0.59618 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013504 6 0.1444 0.81895 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013503 1 0.1082 0.85618 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR2013502 1 0.1765 0.81877 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013501 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.3810 0.13324 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013499 6 0.3351 0.68916 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013498 6 0.2778 0.79975 0.168 0.000 0.000 0.008 0.000 0.824
#> SRR2013497 6 0.2527 0.80528 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013495 6 0.0692 0.79459 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976
#> SRR2013496 6 0.1075 0.81066 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013492 6 0.0713 0.80333 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013494 6 0.2340 0.81135 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013493 6 0.1327 0.81581 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013491 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 6 0.0937 0.80739 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013489 6 0.3244 0.71533 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013488 6 0.2941 0.75607 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013487 1 0.3371 0.52664 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013486 1 0.3050 0.66204 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013485 1 0.0865 0.85938 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013484 6 0.1327 0.81520 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013483 6 0.3563 0.57950 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013482 1 0.0260 0.86621 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013481 6 0.3810 0.39426 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013479 6 0.1327 0.81654 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013480 6 0.1387 0.81357 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013478 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013477 6 0.2762 0.77824 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013476 6 0.2730 0.79223 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013474 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013473 1 0.0458 0.86474 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013475 6 0.1765 0.82017 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013472 1 0.3175 0.61793 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013471 1 0.0363 0.86208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013470 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0146 0.86523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013468 6 0.3288 0.66169 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013467 1 0.0146 0.86523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013466 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013465 1 0.1663 0.82481 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013463 6 0.3390 0.62312 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013462 1 0.3198 0.59937 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013464 6 0.3547 0.57182 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013461 6 0.0713 0.80332 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013460 6 0.3717 0.51994 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013459 6 0.2969 0.76029 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013458 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013457 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013456 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013455 6 0.2219 0.81454 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013453 1 0.1007 0.85715 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013454 6 0.0632 0.80089 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013452 1 0.0146 0.86523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013451 1 0.2300 0.78534 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013450 6 0.3765 0.44528 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013449 6 0.2219 0.81749 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013448 6 0.1714 0.82088 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013447 1 0.2697 0.72961 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013446 1 0.0000 0.86633 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0260 0.86397 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013444 1 0.0632 0.86232 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.742 0.888 0.952 0.3976 0.614 0.614
#> 3 3 0.738 0.862 0.930 0.5350 0.786 0.652
#> 4 4 0.717 0.805 0.865 0.0900 0.974 0.935
#> 5 5 0.700 0.756 0.835 0.0468 0.979 0.946
#> 6 6 0.699 0.622 0.775 0.0772 0.873 0.652
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013754 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013753 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.8267 0.685 0.260 0.740
#> SRR2013748 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.8267 0.685 0.260 0.740
#> SRR2013746 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.5842 0.834 0.140 0.860
#> SRR2013740 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013739 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.1184 0.930 0.016 0.984
#> SRR2013731 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013730 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.8081 0.703 0.248 0.752
#> SRR2013728 2 0.8386 0.673 0.268 0.732
#> SRR2013727 2 0.8386 0.673 0.268 0.732
#> SRR2013726 2 0.8555 0.650 0.280 0.720
#> SRR2013725 2 0.8267 0.685 0.260 0.740
#> SRR2013724 2 0.8443 0.665 0.272 0.728
#> SRR2013723 2 0.8608 0.642 0.284 0.716
#> SRR2013722 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013720 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.6623 0.803 0.172 0.828
#> SRR2013716 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.1843 0.922 0.028 0.972
#> SRR2013712 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.8207 0.691 0.256 0.744
#> SRR2013699 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.6247 0.819 0.156 0.844
#> SRR2013693 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.8267 0.685 0.260 0.740
#> SRR2013684 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.8267 0.685 0.260 0.740
#> SRR2013680 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.940 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013673 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013671 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013672 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013670 1 0.9491 0.434 0.632 0.368
#> SRR2013669 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013668 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013667 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013666 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013665 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013662 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013663 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013664 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013661 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013660 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013659 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013658 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013657 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013656 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013654 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013655 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013653 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013652 1 0.6148 0.801 0.848 0.152
#> SRR2013651 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013650 1 0.3733 0.891 0.928 0.072
#> SRR2013649 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013647 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013646 1 0.4562 0.867 0.904 0.096
#> SRR2013645 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013644 1 0.9552 0.416 0.624 0.376
#> SRR2013643 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.1414 0.936 0.980 0.020
#> SRR2013639 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0376 0.946 0.996 0.004
#> SRR2013635 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013632 1 0.1184 0.939 0.984 0.016
#> SRR2013629 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013630 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013628 1 0.1843 0.931 0.972 0.028
#> SRR2013626 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013625 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013622 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013588 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013587 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013589 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013586 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013585 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013584 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013579 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013578 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013574 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013573 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.1843 0.931 0.972 0.028
#> SRR2013569 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.1843 0.931 0.972 0.028
#> SRR2013566 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013565 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013561 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013560 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013562 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013558 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013559 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013556 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013553 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.1414 0.936 0.980 0.020
#> SRR2013547 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.1633 0.934 0.976 0.024
#> SRR2013540 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.1843 0.931 0.972 0.028
#> SRR2013538 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013533 1 0.2043 0.928 0.968 0.032
#> SRR2013531 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> SRR2013529 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0376 0.946 0.996 0.004
#> SRR2013502 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.949 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.3879 0.841 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013442 1 0.0747 0.908 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013769 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.6282 0.565 0.012 0.664 0.324
#> SRR2013754 2 0.6255 0.571 0.012 0.668 0.320
#> SRR2013753 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.6566 0.474 0.012 0.612 0.376
#> SRR2013748 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.6632 0.441 0.012 0.596 0.392
#> SRR2013746 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.5953 0.625 0.012 0.708 0.280
#> SRR2013740 2 0.6255 0.571 0.012 0.668 0.320
#> SRR2013739 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.2066 0.855 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013731 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.6200 0.583 0.012 0.676 0.312
#> SRR2013730 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.6427 0.525 0.012 0.640 0.348
#> SRR2013728 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013727 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013726 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013725 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013724 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013723 2 0.6661 0.423 0.012 0.588 0.400
#> SRR2013722 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.6255 0.571 0.012 0.668 0.320
#> SRR2013720 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.6228 0.578 0.012 0.672 0.316
#> SRR2013716 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.4291 0.755 0.000 0.820 0.180
#> SRR2013712 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0424 0.894 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013701 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.6448 0.518 0.012 0.636 0.352
#> SRR2013699 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.5698 0.658 0.012 0.736 0.252
#> SRR2013693 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.6584 0.466 0.012 0.608 0.380
#> SRR2013684 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.6584 0.466 0.012 0.608 0.380
#> SRR2013680 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.899 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.5331 0.722 0.024 0.184 0.792
#> SRR2013669 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 3 0.5680 0.670 0.024 0.212 0.764
#> SRR2013658 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013648 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.6095 0.485 0.608 0.000 0.392
#> SRR2013642 1 0.6126 0.466 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013640 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.6126 0.466 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013639 1 0.3941 0.809 0.844 0.000 0.156
#> SRR2013638 1 0.3551 0.832 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013637 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.6126 0.466 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013635 1 0.6008 0.525 0.628 0.000 0.372
#> SRR2013634 1 0.5968 0.544 0.636 0.000 0.364
#> SRR2013633 1 0.4291 0.807 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013631 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013632 1 0.6126 0.466 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013629 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013630 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013628 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013626 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013625 1 0.5098 0.731 0.752 0.000 0.248
#> SRR2013627 1 0.6126 0.466 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013624 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.1289 0.950 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013622 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.4062 0.833 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013611 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0424 0.912 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013591 1 0.0424 0.912 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013590 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013588 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013587 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013589 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013586 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013585 3 0.1015 0.967 0.012 0.008 0.980
#> SRR2013584 1 0.1964 0.891 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013583 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013581 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013579 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013578 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013575 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013574 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013573 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013569 1 0.1753 0.898 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013570 1 0.1860 0.896 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013568 1 0.0747 0.910 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013567 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013566 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013564 3 0.1015 0.967 0.012 0.008 0.980
#> SRR2013565 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013561 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013560 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013562 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013558 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013559 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013556 1 0.4346 0.820 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013557 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013554 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013553 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.5363 0.676 0.724 0.000 0.276
#> SRR2013552 1 0.4346 0.820 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013551 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013548 1 0.1643 0.900 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013549 3 0.6299 -0.110 0.476 0.000 0.524
#> SRR2013546 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013545 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013547 1 0.4750 0.789 0.784 0.000 0.216
#> SRR2013543 1 0.0237 0.914 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013542 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0592 0.970 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013540 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.1289 0.948 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013538 1 0.4931 0.772 0.768 0.000 0.232
#> SRR2013537 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013535 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013532 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013533 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013531 3 0.0829 0.970 0.012 0.004 0.984
#> SRR2013529 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.1753 0.929 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013528 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013523 1 0.5621 0.643 0.692 0.000 0.308
#> SRR2013522 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0424 0.912 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013518 1 0.4002 0.836 0.840 0.000 0.160
#> SRR2013517 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013513 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013512 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0747 0.910 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013510 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013508 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013506 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013503 1 0.6225 0.398 0.568 0.000 0.432
#> SRR2013502 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013501 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013500 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.1643 0.899 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013498 1 0.4062 0.833 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013497 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013495 1 0.0747 0.910 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013496 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013492 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013494 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013493 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013490 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013488 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013487 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013486 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.3941 0.839 0.844 0.000 0.156
#> SRR2013482 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013481 1 0.4235 0.825 0.824 0.000 0.176
#> SRR2013479 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013475 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.4504 0.809 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013470 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.4346 0.820 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013468 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013466 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0892 0.909 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013463 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.4121 0.831 0.832 0.000 0.168
#> SRR2013464 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.4291 0.822 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013457 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013454 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.4399 0.817 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013451 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0592 0.910 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013446 1 0.6111 0.475 0.604 0.000 0.396
#> SRR2013445 1 0.4702 0.792 0.788 0.000 0.212
#> SRR2013444 1 0.0592 0.910 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.1975 0.850 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR2013442 1 0.1305 0.861 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013769 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013768 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013767 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013765 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013766 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013764 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013763 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013762 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013761 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.5564 0.680 0.000 0.708 0.076 0.216
#> SRR2013754 2 0.5499 0.685 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR2013753 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013748 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013746 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.4920 0.727 0.000 0.756 0.052 0.192
#> SRR2013740 2 0.5499 0.685 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR2013739 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.2593 0.840 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR2013731 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.5499 0.685 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR2013730 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013728 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013727 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013726 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013725 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013724 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013723 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013722 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.5499 0.685 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR2013720 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.5499 0.685 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR2013716 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.2546 0.850 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR2013712 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013701 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013699 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0469 0.910 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013694 2 0.4348 0.745 0.000 0.780 0.024 0.196
#> SRR2013693 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013684 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.5880 0.647 0.000 0.680 0.088 0.232
#> SRR2013680 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0336 0.913 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013677 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013673 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013671 3 0.4072 0.913 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR2013672 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013670 4 0.5923 0.448 0.000 0.100 0.216 0.684
#> SRR2013669 3 0.4843 0.661 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013668 3 0.4843 0.661 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013667 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013666 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013665 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013662 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013663 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013664 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013661 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013660 3 0.3975 0.928 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR2013659 4 0.6587 0.276 0.000 0.132 0.252 0.616
#> SRR2013658 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013657 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013656 3 0.3975 0.931 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR2013654 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013655 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013653 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013652 4 0.4955 -0.175 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR2013651 3 0.4843 0.661 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013650 4 0.4776 0.107 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR2013649 4 0.4522 0.323 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR2013647 1 0.5861 0.725 0.704 0.000 0.152 0.144
#> SRR2013648 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013646 4 0.4933 -0.138 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR2013645 3 0.3873 0.943 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013644 3 0.4843 0.661 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013643 1 0.5358 0.637 0.700 0.000 0.048 0.252
#> SRR2013642 1 0.5970 0.457 0.600 0.000 0.052 0.348
#> SRR2013640 1 0.1109 0.856 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013641 1 0.5985 0.447 0.596 0.000 0.052 0.352
#> SRR2013639 1 0.4801 0.713 0.764 0.000 0.048 0.188
#> SRR2013638 1 0.4801 0.716 0.764 0.000 0.048 0.188
#> SRR2013637 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013636 1 0.5444 0.622 0.688 0.000 0.048 0.264
#> SRR2013635 1 0.5170 0.671 0.724 0.000 0.048 0.228
#> SRR2013634 1 0.5102 0.680 0.732 0.000 0.048 0.220
#> SRR2013633 1 0.4452 0.757 0.796 0.000 0.048 0.156
#> SRR2013631 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013632 1 0.6270 0.321 0.536 0.000 0.060 0.404
#> SRR2013629 4 0.2011 0.810 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013630 4 0.1118 0.836 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013628 4 0.2473 0.801 0.012 0.000 0.080 0.908
#> SRR2013626 4 0.2011 0.810 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013625 1 0.4994 0.696 0.744 0.000 0.048 0.208
#> SRR2013627 1 0.5649 0.590 0.664 0.000 0.052 0.284
#> SRR2013624 1 0.1151 0.857 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013623 4 0.1792 0.817 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013622 1 0.2363 0.846 0.920 0.000 0.024 0.056
#> SRR2013621 1 0.1520 0.855 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR2013620 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013619 1 0.1557 0.860 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013617 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013618 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013616 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013615 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013614 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013613 1 0.1474 0.860 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013612 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013610 1 0.5428 0.749 0.740 0.000 0.140 0.120
#> SRR2013611 1 0.1209 0.861 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013609 1 0.0817 0.860 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013608 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013606 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013605 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013607 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013604 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013603 1 0.1557 0.860 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013602 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013601 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013600 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013599 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013598 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013596 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013597 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013595 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013594 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013593 1 0.2053 0.859 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR2013592 1 0.1356 0.861 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR2013591 1 0.1576 0.861 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR2013590 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013588 4 0.1118 0.836 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013587 4 0.1118 0.836 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013589 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013586 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013585 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013584 1 0.6077 0.120 0.496 0.000 0.044 0.460
#> SRR2013583 1 0.2565 0.842 0.912 0.000 0.032 0.056
#> SRR2013582 1 0.6339 0.679 0.656 0.000 0.148 0.196
#> SRR2013581 1 0.0817 0.856 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013580 4 0.1792 0.817 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013579 4 0.1792 0.814 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013578 1 0.0817 0.856 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013577 1 0.1284 0.855 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013576 1 0.6267 0.687 0.664 0.000 0.148 0.188
#> SRR2013575 4 0.1792 0.817 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013574 1 0.0817 0.856 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013572 4 0.1716 0.816 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013573 1 0.1520 0.855 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR2013571 4 0.1716 0.816 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013569 1 0.3464 0.826 0.868 0.000 0.056 0.076
#> SRR2013570 1 0.3245 0.826 0.872 0.000 0.028 0.100
#> SRR2013568 1 0.2949 0.832 0.888 0.000 0.024 0.088
#> SRR2013567 4 0.1716 0.816 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013566 1 0.6303 0.684 0.660 0.000 0.148 0.192
#> SRR2013564 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013565 1 0.1004 0.856 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013563 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013561 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013560 4 0.0817 0.832 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013562 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013558 4 0.1118 0.836 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013559 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013556 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013557 1 0.6339 0.679 0.656 0.000 0.148 0.196
#> SRR2013554 4 0.1792 0.817 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013553 1 0.0707 0.860 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013555 4 0.6215 0.308 0.328 0.000 0.072 0.600
#> SRR2013552 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013551 1 0.0921 0.860 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013550 1 0.6339 0.679 0.656 0.000 0.148 0.196
#> SRR2013548 1 0.4088 0.794 0.820 0.000 0.040 0.140
#> SRR2013549 1 0.6887 0.467 0.528 0.000 0.116 0.356
#> SRR2013546 1 0.6303 0.683 0.660 0.000 0.148 0.192
#> SRR2013545 1 0.0779 0.860 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013544 4 0.2255 0.808 0.012 0.000 0.068 0.920
#> SRR2013547 1 0.6373 0.677 0.652 0.000 0.148 0.200
#> SRR2013543 1 0.2565 0.844 0.912 0.000 0.032 0.056
#> SRR2013542 1 0.0707 0.857 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013541 4 0.1716 0.816 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013540 1 0.0707 0.857 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013539 4 0.3370 0.755 0.048 0.000 0.080 0.872
#> SRR2013538 1 0.6449 0.657 0.636 0.000 0.132 0.232
#> SRR2013537 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013535 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013536 1 0.1004 0.856 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013534 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013532 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013533 4 0.0817 0.832 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013531 4 0.1211 0.836 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2013529 1 0.1629 0.856 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013530 4 0.4444 0.559 0.072 0.000 0.120 0.808
#> SRR2013528 1 0.1557 0.860 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013527 1 0.0817 0.856 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013526 1 0.1302 0.861 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013525 1 0.1452 0.853 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013524 1 0.6110 0.700 0.680 0.000 0.144 0.176
#> SRR2013523 1 0.4957 0.706 0.748 0.000 0.048 0.204
#> SRR2013522 1 0.1798 0.852 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR2013521 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013519 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013520 1 0.2521 0.842 0.912 0.000 0.024 0.064
#> SRR2013518 1 0.2675 0.840 0.908 0.000 0.048 0.044
#> SRR2013517 1 0.0592 0.858 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013516 1 0.0895 0.857 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013514 1 0.0707 0.858 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013515 1 0.6078 0.709 0.684 0.000 0.152 0.164
#> SRR2013513 1 0.6198 0.697 0.672 0.000 0.152 0.176
#> SRR2013512 1 0.0469 0.859 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013511 1 0.1929 0.851 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR2013510 1 0.6198 0.697 0.672 0.000 0.152 0.176
#> SRR2013508 1 0.0376 0.860 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013509 1 0.0779 0.859 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013505 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013506 1 0.1256 0.855 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013507 1 0.1488 0.854 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR2013504 1 0.1733 0.854 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR2013503 1 0.6392 0.290 0.484 0.000 0.064 0.452
#> SRR2013502 1 0.6198 0.697 0.672 0.000 0.152 0.176
#> SRR2013501 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013500 1 0.1004 0.856 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013499 1 0.3117 0.828 0.880 0.000 0.028 0.092
#> SRR2013498 1 0.5432 0.749 0.740 0.000 0.136 0.124
#> SRR2013497 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013495 1 0.3015 0.830 0.884 0.000 0.024 0.092
#> SRR2013496 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013492 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013494 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013493 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013491 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013490 1 0.0707 0.857 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013489 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013488 1 0.6155 0.699 0.676 0.000 0.148 0.176
#> SRR2013487 1 0.6193 0.695 0.672 0.000 0.148 0.180
#> SRR2013486 1 0.0376 0.859 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013485 1 0.0592 0.859 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013484 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013483 1 0.5512 0.773 0.728 0.000 0.172 0.100
#> SRR2013482 1 0.6198 0.697 0.672 0.000 0.152 0.176
#> SRR2013481 1 0.5962 0.748 0.692 0.000 0.180 0.128
#> SRR2013479 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013480 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013478 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013477 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013476 1 0.1474 0.861 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013474 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013473 1 0.5972 0.705 0.692 0.000 0.132 0.176
#> SRR2013475 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013472 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013471 1 0.5972 0.705 0.692 0.000 0.132 0.176
#> SRR2013470 1 0.1637 0.861 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013469 1 0.5940 0.750 0.692 0.000 0.188 0.120
#> SRR2013468 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013467 1 0.5923 0.706 0.696 0.000 0.128 0.176
#> SRR2013466 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013465 1 0.2644 0.860 0.908 0.000 0.060 0.032
#> SRR2013463 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013462 1 0.5470 0.778 0.732 0.000 0.168 0.100
#> SRR2013464 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013461 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013460 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013459 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013458 1 0.5897 0.745 0.700 0.000 0.164 0.136
#> SRR2013457 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013456 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013455 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013453 1 0.6065 0.706 0.684 0.000 0.140 0.176
#> SRR2013454 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013452 1 0.5923 0.706 0.696 0.000 0.128 0.176
#> SRR2013451 1 0.1557 0.860 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013450 1 0.1637 0.859 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013449 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013448 1 0.1716 0.858 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013447 1 0.1398 0.861 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013446 1 0.5549 0.595 0.672 0.000 0.048 0.280
#> SRR2013445 1 0.5551 0.732 0.728 0.000 0.112 0.160
#> SRR2013444 1 0.1411 0.858 0.960 0.000 0.020 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.3934 0.6880 0.716 0.000 0.000 0.008 0.276
#> SRR2013442 1 0.3480 0.7167 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013769 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013768 1 0.0693 0.8446 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013767 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013765 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013766 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013764 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013763 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013762 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013761 1 0.0671 0.8446 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013760 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013758 2 0.0162 0.8659 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013757 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.1732 0.8115 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013755 2 0.5101 -0.3726 0.000 0.652 0.012 0.040 0.296
#> SRR2013754 2 0.5101 -0.3726 0.000 0.652 0.012 0.040 0.296
#> SRR2013753 2 0.0510 0.8577 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013751 2 0.0162 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.1478 0.7968 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013750 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.5666 0.9658 0.000 0.444 0.016 0.044 0.496
#> SRR2013748 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0290 0.8662 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013745 5 0.5656 0.9759 0.000 0.432 0.016 0.044 0.508
#> SRR2013746 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013744 2 0.0703 0.8629 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013742 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013743 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.4990 -0.3203 0.000 0.664 0.012 0.036 0.288
#> SRR2013740 2 0.5101 -0.3726 0.000 0.652 0.012 0.040 0.296
#> SRR2013739 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0963 0.8535 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013736 2 0.2179 0.7639 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013735 2 0.0963 0.8535 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013734 2 0.1121 0.8480 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013733 2 0.3563 0.6251 0.000 0.824 0.008 0.028 0.140
#> SRR2013731 2 0.0880 0.8567 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013732 2 0.5101 -0.3726 0.000 0.652 0.012 0.040 0.296
#> SRR2013730 2 0.0880 0.8559 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013729 5 0.5673 0.9348 0.000 0.460 0.016 0.044 0.480
#> SRR2013728 5 0.5735 0.9759 0.000 0.428 0.020 0.044 0.508
#> SRR2013727 5 0.5730 0.9723 0.000 0.424 0.020 0.044 0.512
#> SRR2013726 5 0.5707 0.9692 0.000 0.424 0.016 0.048 0.512
#> SRR2013725 5 0.5735 0.9759 0.000 0.428 0.020 0.044 0.508
#> SRR2013724 5 0.5730 0.9723 0.000 0.424 0.020 0.044 0.512
#> SRR2013723 5 0.5707 0.9692 0.000 0.424 0.016 0.048 0.512
#> SRR2013722 2 0.1608 0.8204 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013721 2 0.5101 -0.3726 0.000 0.652 0.012 0.040 0.296
#> SRR2013720 2 0.1851 0.8008 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013719 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0794 0.8582 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013718 2 0.5430 -0.6741 0.000 0.560 0.012 0.040 0.388
#> SRR2013716 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013715 2 0.1608 0.8253 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013714 2 0.0290 0.8662 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013713 2 0.1612 0.8085 0.000 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR2013712 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013711 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013708 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013709 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013707 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013705 2 0.0703 0.8608 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013704 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013703 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013702 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013700 5 0.5752 0.9528 0.000 0.452 0.020 0.044 0.484
#> SRR2013699 2 0.0290 0.8662 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013698 2 0.1851 0.8000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013697 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013695 2 0.2563 0.7377 0.000 0.872 0.000 0.008 0.120
#> SRR2013694 2 0.5050 -0.2142 0.000 0.652 0.012 0.036 0.300
#> SRR2013693 2 0.0880 0.8559 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013692 2 0.0794 0.8583 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013691 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013690 2 0.2179 0.7642 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013689 2 0.2471 0.7190 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013687 2 0.1270 0.8412 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013688 2 0.2471 0.7182 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013686 2 0.2230 0.7573 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1270 0.8422 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013683 5 0.5742 0.9736 0.000 0.436 0.020 0.044 0.500
#> SRR2013684 2 0.0963 0.8535 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013681 5 0.5663 0.9707 0.000 0.440 0.016 0.044 0.500
#> SRR2013680 2 0.1197 0.8450 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013679 2 0.2020 0.7828 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013678 2 0.2280 0.7497 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013677 2 0.0510 0.8632 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013676 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013675 2 0.0162 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013674 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013673 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013671 3 0.2471 0.8834 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR2013672 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013670 4 0.5124 0.6396 0.000 0.076 0.136 0.744 0.044
#> SRR2013669 3 0.4620 0.6003 0.000 0.000 0.652 0.320 0.028
#> SRR2013668 3 0.4540 0.6056 0.000 0.000 0.656 0.320 0.024
#> SRR2013667 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013666 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013665 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013662 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013663 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013664 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013661 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013660 3 0.2329 0.8940 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2013659 4 0.5536 0.5896 0.000 0.108 0.136 0.712 0.044
#> SRR2013658 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013657 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013656 3 0.2377 0.8895 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR2013654 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013655 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013653 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013652 4 0.5115 -0.1061 0.000 0.000 0.480 0.484 0.036
#> SRR2013651 3 0.4540 0.6056 0.000 0.000 0.656 0.320 0.024
#> SRR2013650 4 0.5160 0.3386 0.000 0.000 0.336 0.608 0.056
#> SRR2013649 4 0.5144 0.4162 0.000 0.000 0.304 0.632 0.064
#> SRR2013647 1 0.6936 0.6217 0.564 0.000 0.072 0.128 0.236
#> SRR2013648 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013646 4 0.5289 -0.0266 0.000 0.000 0.452 0.500 0.048
#> SRR2013645 3 0.1792 0.9312 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013644 3 0.4620 0.6003 0.000 0.000 0.652 0.320 0.028
#> SRR2013643 1 0.6074 0.3902 0.500 0.000 0.000 0.128 0.372
#> SRR2013642 1 0.6404 0.3378 0.472 0.000 0.004 0.152 0.372
#> SRR2013640 1 0.1768 0.8380 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2013641 1 0.6398 0.3386 0.476 0.000 0.004 0.152 0.368
#> SRR2013639 1 0.6066 0.3977 0.504 0.000 0.000 0.128 0.368
#> SRR2013638 1 0.6024 0.4093 0.512 0.000 0.000 0.124 0.364
#> SRR2013637 1 0.0693 0.8453 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013636 1 0.6074 0.3921 0.500 0.000 0.000 0.128 0.372
#> SRR2013635 1 0.6074 0.3902 0.500 0.000 0.000 0.128 0.372
#> SRR2013634 1 0.6074 0.3902 0.500 0.000 0.000 0.128 0.372
#> SRR2013633 1 0.5240 0.6489 0.660 0.000 0.000 0.096 0.244
#> SRR2013631 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013632 1 0.6458 0.2660 0.424 0.000 0.000 0.180 0.396
#> SRR2013629 4 0.2228 0.8145 0.000 0.000 0.040 0.912 0.048
#> SRR2013630 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013628 4 0.3229 0.7973 0.000 0.000 0.032 0.840 0.128
#> SRR2013626 4 0.2370 0.8141 0.000 0.000 0.040 0.904 0.056
#> SRR2013625 1 0.6092 0.4010 0.504 0.000 0.000 0.132 0.364
#> SRR2013627 1 0.6243 0.3519 0.472 0.000 0.000 0.148 0.380
#> SRR2013624 1 0.2583 0.8072 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR2013623 4 0.3201 0.7972 0.000 0.000 0.052 0.852 0.096
#> SRR2013622 1 0.2270 0.8390 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR2013621 1 0.2233 0.8392 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR2013620 1 0.0798 0.8447 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013619 1 0.0510 0.8454 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013617 1 0.0798 0.8455 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013618 1 0.0798 0.8444 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013616 1 0.0963 0.8435 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013615 1 0.0693 0.8451 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013614 1 0.0324 0.8459 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013613 1 0.0290 0.8457 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013612 1 0.0510 0.8452 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013610 1 0.5619 0.7347 0.716 0.000 0.072 0.108 0.104
#> SRR2013611 1 0.0865 0.8457 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013609 1 0.1270 0.8456 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013608 1 0.0798 0.8444 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013606 1 0.0693 0.8446 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013605 1 0.0693 0.8446 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013607 1 0.0671 0.8446 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013604 1 0.0451 0.8452 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013603 1 0.0955 0.8466 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2013602 1 0.0693 0.8451 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013601 1 0.0898 0.8439 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013600 1 0.0798 0.8449 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013599 1 0.0898 0.8439 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013598 1 0.0671 0.8455 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013596 1 0.0880 0.8445 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013597 1 0.0798 0.8444 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013595 1 0.0898 0.8439 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013594 1 0.0771 0.8451 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013593 1 0.2304 0.8146 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> SRR2013592 1 0.3612 0.6967 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013591 1 0.3579 0.7221 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR2013590 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013588 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013587 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013589 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013586 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013585 4 0.1117 0.8289 0.000 0.016 0.020 0.964 0.000
#> SRR2013584 1 0.6197 0.3296 0.528 0.000 0.008 0.344 0.120
#> SRR2013583 1 0.3339 0.8164 0.836 0.000 0.000 0.040 0.124
#> SRR2013582 1 0.6302 0.6873 0.652 0.000 0.072 0.148 0.128
#> SRR2013581 1 0.1638 0.8418 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013580 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013579 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013578 1 0.1043 0.8449 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013577 1 0.2068 0.8366 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2013576 1 0.6219 0.6924 0.660 0.000 0.072 0.148 0.120
#> SRR2013575 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013574 1 0.1544 0.8420 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013572 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013573 1 0.2416 0.8312 0.888 0.000 0.000 0.012 0.100
#> SRR2013571 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013569 1 0.4397 0.7876 0.784 0.000 0.012 0.088 0.116
#> SRR2013570 1 0.4111 0.7901 0.796 0.000 0.004 0.084 0.116
#> SRR2013568 1 0.3839 0.8018 0.816 0.000 0.004 0.072 0.108
#> SRR2013567 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013566 1 0.6261 0.6900 0.656 0.000 0.072 0.148 0.124
#> SRR2013564 4 0.1117 0.8289 0.000 0.016 0.020 0.964 0.000
#> SRR2013565 1 0.1043 0.8440 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013563 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013561 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013560 4 0.1173 0.8304 0.000 0.012 0.020 0.964 0.004
#> SRR2013562 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013558 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013559 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013556 1 0.6266 0.6932 0.656 0.000 0.072 0.140 0.132
#> SRR2013557 1 0.6342 0.6847 0.648 0.000 0.072 0.148 0.132
#> SRR2013554 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013553 1 0.1341 0.8434 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013555 4 0.6797 0.2538 0.348 0.000 0.028 0.484 0.140
#> SRR2013552 1 0.6264 0.6899 0.656 0.000 0.072 0.144 0.128
#> SRR2013551 1 0.1341 0.8434 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013550 1 0.6381 0.6817 0.644 0.000 0.072 0.148 0.136
#> SRR2013548 1 0.5393 0.6916 0.692 0.000 0.012 0.176 0.120
#> SRR2013549 1 0.6987 0.4718 0.520 0.000 0.060 0.300 0.120
#> SRR2013546 1 0.6304 0.6873 0.652 0.000 0.072 0.144 0.132
#> SRR2013545 1 0.2104 0.8418 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060
#> SRR2013544 4 0.2953 0.8048 0.004 0.000 0.028 0.868 0.100
#> SRR2013547 1 0.6381 0.6817 0.644 0.000 0.072 0.148 0.136
#> SRR2013543 1 0.3714 0.8019 0.812 0.000 0.000 0.056 0.132
#> SRR2013542 1 0.1341 0.8432 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013541 4 0.2740 0.8097 0.000 0.000 0.028 0.876 0.096
#> SRR2013540 1 0.0963 0.8457 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013539 4 0.3146 0.7928 0.000 0.000 0.028 0.844 0.128
#> SRR2013538 1 0.6381 0.6817 0.644 0.000 0.072 0.148 0.136
#> SRR2013537 1 0.6223 0.6952 0.660 0.000 0.072 0.144 0.124
#> SRR2013535 1 0.0703 0.8455 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013536 1 0.2248 0.8339 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR2013534 1 0.6264 0.6926 0.656 0.000 0.072 0.144 0.128
#> SRR2013532 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013533 4 0.1413 0.8289 0.000 0.012 0.020 0.956 0.012
#> SRR2013531 4 0.1012 0.8308 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013529 1 0.2079 0.8426 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064
#> SRR2013530 4 0.4601 0.6420 0.052 0.000 0.060 0.788 0.100
#> SRR2013528 1 0.0290 0.8460 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013527 1 0.1282 0.8443 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013526 1 0.0693 0.8470 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013525 1 0.2806 0.7985 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR2013524 1 0.5971 0.7075 0.684 0.000 0.072 0.136 0.108
#> SRR2013523 1 0.5949 0.4495 0.532 0.000 0.000 0.120 0.348
#> SRR2013522 1 0.3455 0.7717 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208
#> SRR2013521 1 0.0703 0.8455 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013519 1 0.0693 0.8446 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013520 1 0.2761 0.8278 0.872 0.000 0.000 0.024 0.104
#> SRR2013518 1 0.3462 0.7794 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR2013517 1 0.1121 0.8453 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013516 1 0.1282 0.8444 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013514 1 0.1270 0.8441 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013515 1 0.6801 0.6460 0.588 0.000 0.068 0.140 0.204
#> SRR2013513 1 0.6791 0.6470 0.592 0.000 0.072 0.136 0.200
#> SRR2013512 1 0.1877 0.8429 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013511 1 0.3696 0.7637 0.772 0.000 0.000 0.016 0.212
#> SRR2013510 1 0.6818 0.6433 0.588 0.000 0.072 0.136 0.204
#> SRR2013508 1 0.1285 0.8462 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR2013509 1 0.2074 0.8233 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013505 1 0.6016 0.7081 0.680 0.000 0.072 0.136 0.112
#> SRR2013506 1 0.2189 0.8371 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR2013507 1 0.1502 0.8432 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013504 1 0.3130 0.8185 0.856 0.000 0.000 0.048 0.096
#> SRR2013503 4 0.6885 -0.1337 0.364 0.000 0.004 0.372 0.260
#> SRR2013502 1 0.6736 0.6545 0.600 0.000 0.072 0.136 0.192
#> SRR2013501 1 0.6417 0.6853 0.640 0.000 0.072 0.136 0.152
#> SRR2013500 1 0.0963 0.8451 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013499 1 0.3691 0.8026 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR2013498 1 0.5687 0.7363 0.708 0.000 0.064 0.108 0.120
#> SRR2013497 1 0.6100 0.7013 0.672 0.000 0.072 0.140 0.116
#> SRR2013495 1 0.3454 0.8120 0.836 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR2013496 1 0.6138 0.6984 0.668 0.000 0.072 0.144 0.116
#> SRR2013492 1 0.6049 0.7030 0.676 0.000 0.072 0.144 0.108
#> SRR2013494 1 0.6223 0.6931 0.660 0.000 0.072 0.144 0.124
#> SRR2013493 1 0.0404 0.8449 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013491 1 0.6228 0.6974 0.660 0.000 0.072 0.136 0.132
#> SRR2013490 1 0.1444 0.8455 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013489 1 0.6264 0.6899 0.656 0.000 0.072 0.144 0.128
#> SRR2013488 1 0.6049 0.7030 0.676 0.000 0.072 0.144 0.108
#> SRR2013487 1 0.6181 0.6961 0.664 0.000 0.072 0.144 0.120
#> SRR2013486 1 0.1043 0.8445 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013485 1 0.1892 0.8366 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2013484 1 0.0324 0.8454 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013483 1 0.5347 0.7484 0.736 0.000 0.064 0.112 0.088
#> SRR2013482 1 0.6452 0.6830 0.636 0.000 0.072 0.136 0.156
#> SRR2013481 1 0.5230 0.7425 0.744 0.000 0.064 0.116 0.076
#> SRR2013479 1 0.0451 0.8456 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0579 0.8453 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013478 1 0.0566 0.8447 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013477 1 0.0798 0.8449 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013476 1 0.0609 0.8462 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013474 1 0.0451 0.8456 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013473 1 0.6520 0.6749 0.628 0.000 0.072 0.136 0.164
#> SRR2013475 1 0.0162 0.8455 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.0510 0.8463 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013471 1 0.6146 0.7013 0.668 0.000 0.072 0.136 0.124
#> SRR2013470 1 0.1908 0.8287 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013469 1 0.5275 0.7458 0.740 0.000 0.064 0.120 0.076
#> SRR2013468 1 0.0579 0.8460 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013467 1 0.5924 0.7105 0.688 0.000 0.072 0.136 0.104
#> SRR2013466 1 0.0579 0.8454 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013465 1 0.2520 0.8333 0.896 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR2013463 1 0.0693 0.8451 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013462 1 0.5130 0.7544 0.752 0.000 0.060 0.108 0.080
#> SRR2013464 1 0.0693 0.8456 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013461 1 0.0798 0.8444 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013460 1 0.0162 0.8458 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0510 0.8452 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013458 1 0.5496 0.7424 0.724 0.000 0.064 0.116 0.096
#> SRR2013457 1 0.0898 0.8439 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013456 1 0.0898 0.8439 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013455 1 0.0609 0.8452 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013453 1 0.5877 0.7131 0.692 0.000 0.072 0.136 0.100
#> SRR2013454 1 0.0566 0.8452 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013452 1 0.5877 0.7131 0.692 0.000 0.072 0.136 0.100
#> SRR2013451 1 0.0955 0.8470 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013450 1 0.0693 0.8451 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013449 1 0.0609 0.8452 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013448 1 0.0798 0.8444 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013447 1 0.2763 0.7959 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR2013446 1 0.6245 0.3861 0.496 0.000 0.004 0.132 0.368
#> SRR2013445 1 0.7185 0.5154 0.496 0.000 0.068 0.128 0.308
#> SRR2013444 1 0.3861 0.6984 0.728 0.000 0.000 0.008 0.264
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.5484 -0.103299 0.480 0.000 0.016 0.044 0.016 0.444
#> SRR2013442 1 0.4483 0.317368 0.664 0.000 0.016 0.016 0.008 0.296
#> SRR2013769 1 0.0717 0.660310 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013768 1 0.0717 0.660310 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013767 1 0.0603 0.659252 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013765 1 0.0603 0.659252 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013766 1 0.0717 0.660310 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013764 1 0.1261 0.658992 0.956 0.000 0.004 0.004 0.008 0.028
#> SRR2013763 1 0.0520 0.663502 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013762 1 0.0717 0.660310 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013761 1 0.0405 0.662032 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013760 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013759 2 0.1141 0.854546 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013758 2 0.0937 0.870439 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013757 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013756 2 0.2219 0.834140 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013755 2 0.4305 0.037988 0.000 0.544 0.000 0.020 0.436 0.000
#> SRR2013754 2 0.4305 0.052853 0.000 0.544 0.000 0.020 0.436 0.000
#> SRR2013753 2 0.0458 0.869046 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013751 2 0.0458 0.868818 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013752 2 0.1765 0.859491 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013750 2 0.1204 0.858319 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013749 5 0.2491 0.931299 0.000 0.112 0.000 0.020 0.868 0.000
#> SRR2013748 2 0.0937 0.869367 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013747 2 0.0713 0.862009 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013745 5 0.2445 0.933620 0.000 0.108 0.000 0.020 0.872 0.000
#> SRR2013746 2 0.0632 0.869692 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013744 2 0.1204 0.867405 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013742 2 0.1075 0.856705 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013743 2 0.1141 0.856409 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013741 2 0.4254 0.167505 0.000 0.576 0.000 0.020 0.404 0.000
#> SRR2013740 2 0.4261 0.028829 0.000 0.572 0.000 0.020 0.408 0.000
#> SRR2013739 2 0.0260 0.866675 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013737 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013738 2 0.1814 0.856913 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013736 2 0.2260 0.832283 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013735 2 0.2048 0.844591 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013734 2 0.2135 0.839676 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013733 2 0.3104 0.774638 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184 0.000
#> SRR2013731 2 0.1387 0.866180 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013732 2 0.4219 0.066106 0.000 0.592 0.000 0.020 0.388 0.000
#> SRR2013730 2 0.1910 0.850736 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2013729 5 0.2981 0.883177 0.000 0.160 0.000 0.020 0.820 0.000
#> SRR2013728 5 0.2250 0.931433 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR2013727 5 0.2250 0.931433 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR2013726 5 0.2250 0.931433 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR2013725 5 0.2250 0.931433 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR2013724 5 0.2333 0.929048 0.000 0.092 0.000 0.024 0.884 0.000
#> SRR2013723 5 0.2250 0.931433 0.000 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR2013722 2 0.2178 0.837174 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2013721 2 0.4282 0.031013 0.000 0.560 0.000 0.020 0.420 0.000
#> SRR2013720 2 0.2178 0.837055 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2013719 2 0.1075 0.858372 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013717 2 0.1765 0.857310 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013718 5 0.4328 0.142754 0.000 0.460 0.000 0.020 0.520 0.000
#> SRR2013716 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013715 2 0.1007 0.870491 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013714 2 0.0458 0.865638 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013713 2 0.1643 0.847261 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR2013712 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013711 2 0.1007 0.856499 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013708 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013709 2 0.0937 0.869779 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013707 2 0.0632 0.862963 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013706 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013705 2 0.1327 0.866681 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013704 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013703 2 0.1075 0.854413 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013702 2 0.1267 0.867940 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013701 2 0.1007 0.861172 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013700 5 0.2709 0.914217 0.000 0.132 0.000 0.020 0.848 0.000
#> SRR2013699 2 0.0937 0.858455 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013698 2 0.2219 0.834140 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013697 2 0.0458 0.869369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013696 2 0.1141 0.854546 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013695 2 0.2442 0.826075 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144 0.000
#> SRR2013694 2 0.4310 0.304739 0.000 0.580 0.000 0.024 0.396 0.000
#> SRR2013693 2 0.1501 0.862720 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013692 2 0.1663 0.859375 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013691 2 0.1007 0.858402 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013690 2 0.2300 0.828343 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2013689 2 0.2416 0.819072 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2013687 2 0.2135 0.839676 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013688 2 0.2562 0.803143 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2013686 2 0.2219 0.835605 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013685 2 0.1204 0.858287 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013682 2 0.2092 0.842651 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013683 5 0.2445 0.933620 0.000 0.108 0.000 0.020 0.872 0.000
#> SRR2013684 2 0.1957 0.848999 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013681 5 0.2445 0.933620 0.000 0.108 0.000 0.020 0.872 0.000
#> SRR2013680 2 0.2048 0.844787 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013679 2 0.2260 0.832283 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013678 2 0.2340 0.826013 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013677 2 0.1327 0.866205 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013676 2 0.0458 0.869443 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013675 2 0.1007 0.856545 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013674 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.1082 0.905896 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR2013672 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.5328 0.705025 0.000 0.044 0.124 0.704 0.112 0.016
#> SRR2013669 3 0.4114 0.476866 0.000 0.000 0.628 0.356 0.008 0.008
#> SRR2013668 3 0.4114 0.476866 0.000 0.000 0.628 0.356 0.008 0.008
#> SRR2013667 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0790 0.915156 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.5328 0.705025 0.000 0.044 0.124 0.704 0.112 0.016
#> SRR2013658 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0937 0.911359 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.3329 0.739566 0.000 0.000 0.180 0.796 0.012 0.012
#> SRR2013651 3 0.4114 0.476866 0.000 0.000 0.628 0.356 0.008 0.008
#> SRR2013650 4 0.2620 0.765500 0.000 0.000 0.108 0.868 0.012 0.012
#> SRR2013649 4 0.2222 0.786333 0.000 0.000 0.084 0.896 0.008 0.012
#> SRR2013647 6 0.4260 0.595936 0.344 0.000 0.000 0.012 0.012 0.632
#> SRR2013648 3 0.0692 0.921685 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013646 4 0.3118 0.752425 0.000 0.000 0.156 0.820 0.012 0.012
#> SRR2013645 3 0.0547 0.923750 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4138 0.456770 0.000 0.000 0.620 0.364 0.008 0.008
#> SRR2013643 6 0.5466 0.276846 0.372 0.000 0.016 0.044 0.020 0.548
#> SRR2013642 6 0.5580 0.290640 0.352 0.000 0.016 0.056 0.020 0.556
#> SRR2013640 1 0.4296 0.341772 0.668 0.000 0.004 0.020 0.008 0.300
#> SRR2013641 6 0.5652 0.287405 0.352 0.000 0.016 0.056 0.024 0.552
#> SRR2013639 6 0.5466 0.276846 0.372 0.000 0.016 0.044 0.020 0.548
#> SRR2013638 6 0.5457 0.278358 0.368 0.000 0.016 0.044 0.020 0.552
#> SRR2013637 1 0.1500 0.664060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013636 6 0.5457 0.278358 0.368 0.000 0.016 0.044 0.020 0.552
#> SRR2013635 6 0.5457 0.278358 0.368 0.000 0.016 0.044 0.020 0.552
#> SRR2013634 6 0.5466 0.276846 0.372 0.000 0.016 0.044 0.020 0.548
#> SRR2013633 1 0.5561 -0.031574 0.532 0.000 0.016 0.044 0.024 0.384
#> SRR2013631 4 0.3275 0.819482 0.000 0.000 0.052 0.836 0.012 0.100
#> SRR2013632 6 0.5673 0.342968 0.304 0.000 0.016 0.064 0.028 0.588
#> SRR2013629 4 0.2426 0.802428 0.000 0.000 0.092 0.884 0.012 0.012
#> SRR2013630 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013628 4 0.2186 0.800922 0.000 0.000 0.036 0.908 0.008 0.048
#> SRR2013626 4 0.2308 0.805376 0.000 0.000 0.076 0.896 0.016 0.012
#> SRR2013625 6 0.5479 0.318240 0.348 0.000 0.016 0.044 0.024 0.568
#> SRR2013627 6 0.5518 0.331166 0.324 0.000 0.016 0.052 0.024 0.584
#> SRR2013624 1 0.4795 0.320712 0.652 0.000 0.012 0.024 0.020 0.292
#> SRR2013623 4 0.2119 0.796024 0.000 0.000 0.036 0.912 0.008 0.044
#> SRR2013622 1 0.4513 0.321410 0.656 0.000 0.004 0.032 0.008 0.300
#> SRR2013621 1 0.4546 0.335734 0.660 0.000 0.000 0.040 0.012 0.288
#> SRR2013620 1 0.0891 0.664149 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013619 1 0.1349 0.668028 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013617 1 0.1686 0.661390 0.924 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013618 1 0.0405 0.662878 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013616 1 0.1858 0.650542 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2013615 1 0.1398 0.664876 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013614 1 0.1584 0.665598 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR2013613 1 0.1866 0.663360 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR2013612 1 0.0405 0.664558 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013610 6 0.4419 0.604371 0.384 0.000 0.000 0.032 0.000 0.584
#> SRR2013611 1 0.3294 0.600491 0.824 0.000 0.008 0.020 0.008 0.140
#> SRR2013609 1 0.3411 0.491427 0.756 0.000 0.000 0.008 0.004 0.232
#> SRR2013608 1 0.0508 0.659006 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013606 1 0.0405 0.661037 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013605 1 0.0717 0.664988 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013607 1 0.0725 0.655584 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013604 1 0.1349 0.669158 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013603 1 0.0748 0.665733 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013602 1 0.1563 0.663812 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR2013601 1 0.0820 0.657519 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013600 1 0.1946 0.655447 0.912 0.000 0.004 0.000 0.012 0.072
#> SRR2013599 1 0.0725 0.660044 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013598 1 0.1524 0.661652 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2013596 1 0.1958 0.650760 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR2013597 1 0.1225 0.648135 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013595 1 0.1151 0.645505 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013594 1 0.1858 0.651637 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2013593 1 0.2538 0.620091 0.860 0.000 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR2013592 1 0.5200 0.061846 0.540 0.000 0.016 0.028 0.016 0.400
#> SRR2013591 1 0.4801 0.283165 0.652 0.000 0.016 0.024 0.016 0.292
#> SRR2013590 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013588 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013587 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013589 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013586 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013585 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013584 4 0.6825 -0.330520 0.332 0.000 0.028 0.372 0.008 0.260
#> SRR2013583 1 0.4943 -0.028696 0.516 0.000 0.004 0.044 0.004 0.432
#> SRR2013582 6 0.4042 0.674129 0.316 0.000 0.000 0.016 0.004 0.664
#> SRR2013581 1 0.4463 0.284768 0.616 0.000 0.004 0.024 0.004 0.352
#> SRR2013580 4 0.2113 0.799305 0.000 0.000 0.048 0.912 0.008 0.032
#> SRR2013579 4 0.1957 0.802164 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008 0.024
#> SRR2013578 1 0.4184 0.330089 0.640 0.000 0.004 0.012 0.004 0.340
#> SRR2013577 1 0.4603 0.273986 0.636 0.000 0.004 0.040 0.004 0.316
#> SRR2013576 6 0.3972 0.673892 0.320 0.000 0.000 0.012 0.004 0.664
#> SRR2013575 4 0.2036 0.800831 0.000 0.000 0.048 0.916 0.008 0.028
#> SRR2013574 1 0.4076 0.338135 0.648 0.000 0.004 0.008 0.004 0.336
#> SRR2013572 4 0.1957 0.802164 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008 0.024
#> SRR2013573 1 0.4853 0.222308 0.588 0.000 0.004 0.040 0.008 0.360
#> SRR2013571 4 0.1957 0.802164 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008 0.024
#> SRR2013569 1 0.4997 -0.150387 0.504 0.000 0.004 0.040 0.008 0.444
#> SRR2013570 1 0.5314 -0.084663 0.496 0.000 0.004 0.076 0.004 0.420
#> SRR2013568 1 0.5361 0.146467 0.560 0.000 0.004 0.084 0.008 0.344
#> SRR2013567 4 0.1957 0.802164 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008 0.024
#> SRR2013566 6 0.3972 0.673892 0.320 0.000 0.000 0.012 0.004 0.664
#> SRR2013564 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013565 1 0.4014 0.330174 0.640 0.000 0.004 0.004 0.004 0.348
#> SRR2013563 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013561 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013560 4 0.3223 0.819180 0.000 0.000 0.052 0.836 0.008 0.104
#> SRR2013562 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013558 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013559 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013556 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013557 6 0.3972 0.673892 0.320 0.000 0.000 0.012 0.004 0.664
#> SRR2013554 4 0.2036 0.800831 0.000 0.000 0.048 0.916 0.008 0.028
#> SRR2013553 1 0.3767 0.414170 0.708 0.000 0.000 0.012 0.004 0.276
#> SRR2013555 4 0.6274 0.208359 0.188 0.000 0.036 0.544 0.004 0.228
#> SRR2013552 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013551 1 0.3614 0.448159 0.728 0.000 0.004 0.004 0.004 0.260
#> SRR2013550 6 0.4122 0.673172 0.316 0.000 0.000 0.020 0.004 0.660
#> SRR2013548 1 0.6385 -0.034226 0.496 0.000 0.024 0.180 0.008 0.292
#> SRR2013549 6 0.5767 0.516425 0.308 0.000 0.000 0.176 0.004 0.512
#> SRR2013546 6 0.3972 0.673892 0.320 0.000 0.000 0.012 0.004 0.664
#> SRR2013545 1 0.4603 0.314125 0.636 0.000 0.004 0.040 0.004 0.316
#> SRR2013544 4 0.2119 0.798608 0.000 0.000 0.044 0.912 0.008 0.036
#> SRR2013547 6 0.4405 0.665983 0.316 0.000 0.000 0.036 0.004 0.644
#> SRR2013543 1 0.4836 -0.014992 0.516 0.000 0.004 0.036 0.004 0.440
#> SRR2013542 1 0.4306 0.335190 0.644 0.000 0.004 0.020 0.004 0.328
#> SRR2013541 4 0.1957 0.802164 0.000 0.000 0.048 0.920 0.008 0.024
#> SRR2013540 1 0.3925 0.369111 0.664 0.000 0.004 0.004 0.004 0.324
#> SRR2013539 4 0.2658 0.763375 0.000 0.000 0.036 0.876 0.008 0.080
#> SRR2013538 6 0.4528 0.658296 0.316 0.000 0.000 0.044 0.004 0.636
#> SRR2013537 6 0.3819 0.677822 0.316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.672
#> SRR2013535 1 0.2841 0.577295 0.832 0.000 0.004 0.004 0.004 0.156
#> SRR2013536 1 0.4923 0.138786 0.560 0.000 0.004 0.048 0.004 0.384
#> SRR2013534 6 0.3802 0.676823 0.312 0.000 0.000 0.012 0.000 0.676
#> SRR2013532 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013533 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013531 4 0.3322 0.819101 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> SRR2013529 1 0.4487 0.259167 0.608 0.000 0.004 0.024 0.004 0.360
#> SRR2013530 4 0.4956 0.474852 0.072 0.000 0.000 0.592 0.004 0.332
#> SRR2013528 1 0.1788 0.664369 0.916 0.000 0.004 0.000 0.004 0.076
#> SRR2013527 1 0.4389 0.294295 0.620 0.000 0.004 0.020 0.004 0.352
#> SRR2013526 1 0.2346 0.645156 0.868 0.000 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR2013525 1 0.5259 0.127001 0.584 0.000 0.016 0.040 0.016 0.344
#> SRR2013524 6 0.4004 0.639526 0.368 0.000 0.000 0.012 0.000 0.620
#> SRR2013523 6 0.5570 0.261656 0.400 0.000 0.016 0.048 0.020 0.516
#> SRR2013522 1 0.5370 0.080504 0.568 0.000 0.016 0.040 0.020 0.356
#> SRR2013521 1 0.1958 0.627226 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR2013519 1 0.0622 0.665110 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013520 1 0.5076 0.227287 0.608 0.000 0.004 0.068 0.008 0.312
#> SRR2013518 1 0.5351 0.073734 0.568 0.000 0.016 0.044 0.016 0.356
#> SRR2013517 1 0.3563 0.343067 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013516 1 0.3955 0.324107 0.648 0.000 0.000 0.008 0.004 0.340
#> SRR2013514 1 0.3782 0.289061 0.636 0.000 0.004 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013515 6 0.4102 0.645609 0.356 0.000 0.000 0.012 0.004 0.628
#> SRR2013513 6 0.4034 0.656024 0.336 0.000 0.000 0.012 0.004 0.648
#> SRR2013512 1 0.4227 0.300327 0.632 0.000 0.004 0.020 0.000 0.344
#> SRR2013511 1 0.5382 0.092667 0.568 0.000 0.016 0.036 0.024 0.356
#> SRR2013510 6 0.4048 0.652390 0.340 0.000 0.000 0.012 0.004 0.644
#> SRR2013508 1 0.4504 0.401993 0.684 0.000 0.016 0.024 0.008 0.268
#> SRR2013509 1 0.3988 0.348315 0.660 0.000 0.012 0.004 0.000 0.324
#> SRR2013505 6 0.3992 0.645541 0.364 0.000 0.000 0.012 0.000 0.624
#> SRR2013506 1 0.5247 -0.002669 0.520 0.000 0.004 0.072 0.004 0.400
#> SRR2013507 1 0.4883 0.175778 0.592 0.000 0.008 0.036 0.008 0.356
#> SRR2013504 1 0.4848 0.095370 0.548 0.000 0.004 0.040 0.004 0.404
#> SRR2013503 6 0.5819 0.485539 0.200 0.000 0.008 0.192 0.012 0.588
#> SRR2013502 6 0.4019 0.668275 0.332 0.000 0.000 0.012 0.004 0.652
#> SRR2013501 6 0.4048 0.663668 0.340 0.000 0.000 0.012 0.004 0.644
#> SRR2013500 1 0.4004 0.352439 0.656 0.000 0.000 0.012 0.004 0.328
#> SRR2013499 1 0.5447 -0.085899 0.496 0.000 0.004 0.080 0.008 0.412
#> SRR2013498 6 0.4828 0.476041 0.432 0.000 0.004 0.036 0.004 0.524
#> SRR2013497 6 0.3852 0.673528 0.324 0.000 0.000 0.012 0.000 0.664
#> SRR2013495 1 0.5004 0.221401 0.608 0.000 0.004 0.060 0.008 0.320
#> SRR2013496 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013492 6 0.3852 0.675070 0.324 0.000 0.000 0.012 0.000 0.664
#> SRR2013494 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013493 1 0.0806 0.663202 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013491 6 0.4019 0.670204 0.332 0.000 0.000 0.012 0.004 0.652
#> SRR2013490 1 0.4202 0.388331 0.668 0.000 0.000 0.028 0.004 0.300
#> SRR2013489 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013488 6 0.3867 0.672780 0.328 0.000 0.000 0.012 0.000 0.660
#> SRR2013487 6 0.3835 0.675001 0.320 0.000 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR2013486 1 0.3360 0.447934 0.732 0.000 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR2013485 1 0.4290 0.306207 0.648 0.000 0.004 0.020 0.004 0.324
#> SRR2013484 1 0.1753 0.661423 0.912 0.000 0.004 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013483 1 0.4305 0.226085 0.692 0.000 0.004 0.048 0.000 0.256
#> SRR2013482 6 0.4076 0.652788 0.348 0.000 0.000 0.012 0.004 0.636
#> SRR2013481 1 0.4371 0.061322 0.620 0.000 0.000 0.036 0.000 0.344
#> SRR2013479 1 0.2009 0.658078 0.904 0.000 0.004 0.000 0.008 0.084
#> SRR2013480 1 0.0972 0.669303 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013478 1 0.0806 0.663615 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013477 1 0.1398 0.664876 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013476 1 0.2686 0.630741 0.848 0.000 0.004 0.004 0.004 0.140
#> SRR2013474 1 0.1866 0.664253 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR2013473 6 0.4294 0.596654 0.388 0.000 0.000 0.012 0.008 0.592
#> SRR2013475 1 0.1908 0.655941 0.900 0.000 0.004 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013472 1 0.1858 0.655516 0.904 0.000 0.004 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013471 6 0.4256 0.547848 0.420 0.000 0.000 0.012 0.004 0.564
#> SRR2013470 1 0.2884 0.594503 0.824 0.000 0.000 0.008 0.004 0.164
#> SRR2013469 1 0.4652 0.000685 0.600 0.000 0.004 0.044 0.000 0.352
#> SRR2013468 1 0.1812 0.662110 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR2013467 6 0.4161 0.628267 0.376 0.000 0.000 0.012 0.004 0.608
#> SRR2013466 1 0.1584 0.663151 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR2013465 1 0.3695 0.563177 0.776 0.000 0.004 0.044 0.000 0.176
#> SRR2013463 1 0.1398 0.664876 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013462 1 0.4112 0.310579 0.724 0.000 0.004 0.048 0.000 0.224
#> SRR2013464 1 0.1686 0.661390 0.924 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013461 1 0.0508 0.661364 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013460 1 0.1588 0.665709 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2013459 1 0.0291 0.664077 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013458 1 0.4541 0.038557 0.620 0.000 0.004 0.040 0.000 0.336
#> SRR2013457 1 0.0622 0.659535 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013456 1 0.0622 0.660164 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013455 1 0.1080 0.660623 0.960 0.000 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013453 6 0.4293 0.491893 0.448 0.000 0.000 0.012 0.004 0.536
#> SRR2013454 1 0.0692 0.668741 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013452 6 0.4109 0.571703 0.412 0.000 0.000 0.012 0.000 0.576
#> SRR2013451 1 0.2588 0.635932 0.860 0.000 0.004 0.012 0.000 0.124
#> SRR2013450 1 0.1196 0.666064 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2013449 1 0.1036 0.661162 0.964 0.000 0.004 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013448 1 0.0622 0.658166 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013447 1 0.4134 0.493504 0.764 0.000 0.016 0.032 0.012 0.176
#> SRR2013446 6 0.5457 0.278358 0.368 0.000 0.016 0.044 0.020 0.552
#> SRR2013445 6 0.4067 0.497437 0.296 0.000 0.000 0.012 0.012 0.680
#> SRR2013444 1 0.5406 -0.019190 0.512 0.000 0.016 0.040 0.016 0.416
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.3894 0.611 0.611
#> 3 3 1.000 0.983 0.994 0.5468 0.785 0.648
#> 4 4 0.835 0.853 0.907 0.0682 0.989 0.974
#> 5 5 0.892 0.886 0.940 0.0933 0.856 0.656
#> 6 6 0.812 0.814 0.891 0.0402 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013670 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013669 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.767 0.711 0.224 0.776
#> SRR2013658 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.738 0.736 0.792 0.208
#> SRR2013632 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013584 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013442 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013769 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013768 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013767 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013765 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013766 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013764 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013763 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013762 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013761 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013760 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013759 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013758 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013757 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013756 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013755 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013754 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013753 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013751 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013752 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013750 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013749 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013748 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013747 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013745 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013746 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013744 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013742 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013743 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013741 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013740 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013739 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013737 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013738 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013736 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013735 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013734 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013733 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013731 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013732 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013730 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013729 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013728 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013727 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013726 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013725 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013724 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013723 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013722 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013721 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013720 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013719 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013717 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013718 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013716 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013715 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013714 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013713 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013712 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013711 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013708 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013709 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013707 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013706 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013705 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013704 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013703 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013702 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013701 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013700 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013699 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013698 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013697 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013696 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013695 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013694 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013693 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013692 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013691 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013690 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013689 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013687 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013688 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013686 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013685 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013682 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013683 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013684 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013681 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013680 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013679 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013678 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013677 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013676 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013675 2 0.000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR2013674 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013673 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013671 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013672 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013670 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013669 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013668 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013667 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013666 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013665 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013662 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013663 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013664 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013661 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013660 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013659 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013658 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013657 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013656 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013654 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013655 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013653 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013652 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013651 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013650 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013649 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013647 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013648 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013646 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013645 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013644 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013643 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013642 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013640 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013641 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013639 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013638 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013637 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013636 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013635 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013634 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013633 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013631 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013632 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013629 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013630 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013628 3 0.103 0.9543 0.024 0 0.976
#> SRR2013626 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013625 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013627 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013624 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013623 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013622 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013621 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013620 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013619 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013617 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013618 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013616 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013615 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013614 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013613 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013612 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013610 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013611 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013609 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013608 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013606 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013605 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013607 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013604 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013603 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013602 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013601 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013600 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013599 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013598 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013596 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013597 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013595 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013594 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013593 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013592 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013591 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013590 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013588 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013587 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013589 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013586 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013585 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013584 1 0.571 0.5201 0.680 0 0.320
#> SRR2013583 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013582 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013581 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013580 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013579 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013578 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013577 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013576 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013575 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013574 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013572 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013573 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013571 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013569 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013570 1 0.141 0.9577 0.964 0 0.036
#> SRR2013568 1 0.196 0.9362 0.944 0 0.056
#> SRR2013567 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013566 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013564 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013565 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013563 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013561 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013560 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013562 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013558 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013559 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013556 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013557 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013554 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013553 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013555 1 0.631 0.0239 0.512 0 0.488
#> SRR2013552 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013551 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013550 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013548 3 0.626 0.1926 0.448 0 0.552
#> SRR2013549 3 0.546 0.5976 0.288 0 0.712
#> SRR2013546 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013545 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013544 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013547 1 0.394 0.8110 0.844 0 0.156
#> SRR2013543 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013542 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013541 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013540 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013539 3 0.129 0.9449 0.032 0 0.968
#> SRR2013538 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013537 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013535 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013536 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013534 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013532 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013533 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013531 3 0.000 0.9809 0.000 0 1.000
#> SRR2013529 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013530 3 0.418 0.7708 0.172 0 0.828
#> SRR2013528 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013527 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013526 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013525 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013524 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013523 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013522 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013521 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013519 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013520 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013518 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013517 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013516 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013514 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013515 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013513 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013512 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013511 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013510 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013508 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013509 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013505 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013506 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013507 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013504 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013503 1 0.116 0.9661 0.972 0 0.028
#> SRR2013502 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013501 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013500 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013499 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013498 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013497 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013495 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013496 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013492 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013494 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013493 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013491 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013490 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013489 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013488 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013487 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013486 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013485 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013484 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013483 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013482 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013481 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013479 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013480 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013478 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013477 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013476 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013474 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013473 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013475 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013472 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013471 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013470 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013469 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013468 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013467 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013466 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013465 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013463 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013462 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013464 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013461 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013460 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013459 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013458 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013457 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013456 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013455 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013453 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013454 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013452 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013451 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013450 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013449 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013448 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013447 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013446 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013445 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
#> SRR2013444 1 0.000 0.9937 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013442 1 0.1389 0.885 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013769 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0921 0.893 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013767 1 0.0707 0.895 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013765 1 0.0469 0.897 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013766 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0376 0.896 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013763 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013761 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 4 0.4866 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR2013754 2 0.0336 0.985 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0469 0.975 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.1940 0.855 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013673 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013671 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013672 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013670 3 0.4543 0.754 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR2013669 3 0.4522 0.754 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013668 3 0.4543 0.754 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR2013667 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013666 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013665 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013662 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013663 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013664 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013661 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013660 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013659 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013658 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013657 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013656 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013654 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013655 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013653 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013652 3 0.4431 0.756 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR2013651 3 0.4543 0.754 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR2013650 3 0.4522 0.754 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013649 3 0.4522 0.754 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013647 1 0.0657 0.895 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013648 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013646 3 0.4522 0.754 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013645 3 0.4564 0.753 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013644 3 0.4522 0.754 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013643 1 0.1118 0.893 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013642 1 0.0336 0.897 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013640 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013641 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013639 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013638 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013637 1 0.1118 0.891 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013636 1 0.1302 0.887 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013635 1 0.1389 0.885 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013634 1 0.0921 0.894 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013633 1 0.1411 0.895 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013631 3 0.0469 0.757 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013632 1 0.0592 0.897 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013629 3 0.4164 0.759 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR2013630 3 0.0188 0.749 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013628 3 0.2973 0.752 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR2013626 3 0.3907 0.760 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR2013625 1 0.0895 0.897 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013627 1 0.1022 0.896 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013624 1 0.0707 0.896 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013623 3 0.2647 0.765 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR2013622 1 0.3196 0.838 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR2013621 1 0.1890 0.883 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR2013620 1 0.1022 0.892 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013619 1 0.0469 0.896 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013617 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013618 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013616 1 0.0707 0.895 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013615 1 0.1022 0.892 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013614 1 0.0707 0.895 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013613 1 0.0592 0.897 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013612 1 0.0469 0.896 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013610 1 0.1576 0.884 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR2013611 1 0.0469 0.896 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013609 1 0.0469 0.897 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013608 1 0.1118 0.893 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013606 1 0.0707 0.895 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013605 1 0.1022 0.894 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013607 1 0.0921 0.894 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013604 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013603 1 0.0921 0.895 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013602 1 0.1118 0.891 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013601 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013600 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013599 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013598 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013596 1 0.0921 0.893 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013597 1 0.1302 0.887 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013595 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013594 1 0.1022 0.892 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013593 1 0.1302 0.887 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013592 1 0.1118 0.891 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013591 1 0.1389 0.885 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013590 3 0.0469 0.757 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013588 3 0.0376 0.747 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2013587 3 0.0707 0.758 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013589 3 0.0000 0.752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.0469 0.756 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013585 3 0.0188 0.754 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013584 3 0.5155 -0.244 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR2013583 1 0.4836 0.682 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR2013582 1 0.4897 0.666 0.660 0.000 0.332 0.008
#> SRR2013581 1 0.4360 0.755 0.744 0.000 0.248 0.008
#> SRR2013580 3 0.0469 0.754 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013579 3 0.1118 0.759 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013578 1 0.3032 0.845 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR2013577 1 0.4836 0.682 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR2013576 1 0.4741 0.675 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2013575 3 0.0376 0.747 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2013574 1 0.4539 0.732 0.720 0.000 0.272 0.008
#> SRR2013572 3 0.1474 0.761 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013573 1 0.4836 0.682 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR2013571 3 0.2011 0.764 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2013569 1 0.3032 0.845 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR2013570 1 0.5024 0.625 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR2013568 1 0.5172 0.546 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR2013567 3 0.1792 0.762 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013566 1 0.4877 0.672 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR2013564 3 0.0000 0.752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.3768 0.806 0.808 0.000 0.184 0.008
#> SRR2013563 3 0.0657 0.740 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2013561 3 0.0376 0.747 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2013560 3 0.0657 0.740 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2013562 3 0.0000 0.752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.0188 0.754 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013559 3 0.0376 0.747 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2013556 1 0.4814 0.687 0.676 0.000 0.316 0.008
#> SRR2013557 1 0.4917 0.661 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR2013554 3 0.0817 0.758 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013553 1 0.4722 0.704 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR2013555 3 0.4720 0.273 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR2013552 1 0.4877 0.672 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR2013551 1 0.4722 0.704 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR2013550 1 0.4917 0.661 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR2013548 3 0.4621 0.362 0.284 0.000 0.708 0.008
#> SRR2013549 3 0.4011 0.469 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR2013546 1 0.4877 0.672 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR2013545 1 0.3498 0.822 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR2013544 3 0.0524 0.750 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2013547 1 0.5236 0.486 0.560 0.000 0.432 0.008
#> SRR2013543 1 0.3768 0.806 0.808 0.000 0.184 0.008
#> SRR2013542 1 0.4647 0.717 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2013541 3 0.0779 0.754 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR2013540 1 0.3196 0.838 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR2013539 3 0.0672 0.741 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2013538 1 0.4917 0.661 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR2013537 1 0.4632 0.698 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR2013535 1 0.1004 0.893 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013536 1 0.4482 0.740 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR2013534 1 0.4792 0.691 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR2013532 3 0.0592 0.757 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013533 3 0.0657 0.740 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2013531 3 0.0779 0.737 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR2013529 1 0.1256 0.890 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013530 3 0.4511 0.384 0.268 0.000 0.724 0.008
#> SRR2013528 1 0.0336 0.897 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013527 1 0.1890 0.880 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR2013526 1 0.1022 0.894 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013525 1 0.1211 0.892 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013524 1 0.4188 0.761 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR2013523 1 0.0336 0.897 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013522 1 0.0921 0.895 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013521 1 0.1151 0.892 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013519 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.4769 0.696 0.684 0.000 0.308 0.008
#> SRR2013518 1 0.0469 0.897 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013517 1 0.0672 0.895 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013516 1 0.0672 0.895 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013514 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013515 1 0.3249 0.836 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR2013513 1 0.2053 0.874 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR2013512 1 0.0657 0.895 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013511 1 0.0376 0.896 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013510 1 0.1824 0.879 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR2013508 1 0.1302 0.890 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013509 1 0.0817 0.896 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013505 1 0.3208 0.832 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR2013506 1 0.3300 0.834 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR2013507 1 0.0927 0.894 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013504 1 0.4452 0.744 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR2013503 1 0.5007 0.631 0.636 0.000 0.356 0.008
#> SRR2013502 1 0.4252 0.754 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR2013501 1 0.3539 0.813 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR2013500 1 0.0779 0.894 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013499 1 0.4836 0.682 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR2013498 1 0.4699 0.684 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR2013497 1 0.4188 0.760 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR2013495 1 0.4857 0.677 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR2013496 1 0.4741 0.675 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2013492 1 0.4584 0.707 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR2013494 1 0.4741 0.675 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2013493 1 0.0188 0.896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013491 1 0.2334 0.866 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR2013490 1 0.1661 0.883 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013489 1 0.4877 0.672 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR2013488 1 0.4483 0.723 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR2013487 1 0.4741 0.675 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2013486 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013484 1 0.0376 0.897 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013483 1 0.0376 0.896 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013482 1 0.2197 0.870 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR2013481 1 0.0524 0.895 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013479 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0592 0.896 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013478 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013476 1 0.0336 0.896 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013474 1 0.0336 0.897 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013473 1 0.0895 0.893 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013475 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0469 0.896 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013471 1 0.0779 0.894 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013470 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013469 1 0.0376 0.896 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013468 1 0.1022 0.894 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013467 1 0.1576 0.884 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR2013466 1 0.1211 0.889 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013465 1 0.0336 0.896 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013463 1 0.1302 0.887 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013462 1 0.0657 0.895 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013464 1 0.0921 0.893 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013461 1 0.0336 0.896 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013460 1 0.0592 0.896 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013459 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.1824 0.879 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR2013457 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013456 1 0.0817 0.894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013455 1 0.0000 0.896 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.1004 0.892 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013454 1 0.0469 0.896 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013452 1 0.1209 0.890 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013451 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013450 1 0.0817 0.895 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013449 1 0.0336 0.896 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013448 1 0.1022 0.892 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013447 1 0.1716 0.878 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013446 1 0.4008 0.683 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013445 1 0.0188 0.897 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013444 1 0.1716 0.876 0.936 0.000 0.000 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0162 0.9436 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013442 1 0.0613 0.9395 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013769 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013768 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013767 1 0.0162 0.9436 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013766 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013764 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013763 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013762 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013761 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9618 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013758 2 0.0162 0.9617 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9618 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013755 5 0.2516 0.7626 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013754 2 0.4278 -0.2300 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013753 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013751 2 0.0162 0.9612 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9618 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9618 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013745 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013746 2 0.0451 0.9593 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013744 2 0.0324 0.9622 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013742 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9618 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.1121 0.9317 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013740 2 0.1732 0.8866 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013739 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013737 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013738 2 0.0162 0.9612 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013736 2 0.0162 0.9620 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0162 0.9612 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013733 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013731 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013732 2 0.4201 -0.0321 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013730 2 0.0865 0.9600 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013729 2 0.2690 0.7607 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013728 2 0.0566 0.9595 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013727 2 0.0579 0.9607 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013726 2 0.0771 0.9585 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013725 2 0.0609 0.9610 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013724 2 0.0693 0.9616 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR2013723 2 0.1220 0.9507 0.004 0.964 0.008 0.004 0.020
#> SRR2013722 2 0.0609 0.9601 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013721 5 0.3752 0.7748 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013720 2 0.0865 0.9585 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013719 2 0.0609 0.9601 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0609 0.9601 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.1082 0.9548 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR2013716 2 0.0865 0.9577 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013715 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013714 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013713 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013712 2 0.0579 0.9594 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013711 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013708 2 0.0771 0.9592 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013709 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013707 2 0.1082 0.9541 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR2013706 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013705 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013704 2 0.0671 0.9600 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR2013703 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013702 2 0.2142 0.8944 0.000 0.920 0.028 0.004 0.048
#> SRR2013701 2 0.2005 0.8910 0.000 0.924 0.016 0.004 0.056
#> SRR2013700 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013699 2 0.0771 0.9589 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013698 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013697 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013696 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013695 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013694 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013693 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013692 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013691 2 0.0451 0.9597 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013690 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013689 2 0.0771 0.9592 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013687 2 0.0451 0.9619 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013688 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013686 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013685 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013682 2 0.0451 0.9625 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013683 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013684 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013681 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013680 2 0.1082 0.9541 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR2013679 2 0.0955 0.9561 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2013678 2 0.1082 0.9541 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR2013677 2 0.1082 0.9541 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR2013676 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013675 2 0.0290 0.9605 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013674 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013673 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013671 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013672 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013670 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013669 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013668 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013667 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013666 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013665 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013662 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013663 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013664 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013661 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013660 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013659 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013658 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013657 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013656 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013654 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013655 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013653 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013652 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013651 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013650 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013649 3 0.1197 0.9940 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013647 1 0.2050 0.9047 0.920 0.000 0.008 0.008 0.064
#> SRR2013648 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013646 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013645 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013644 3 0.1121 0.9998 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013643 1 0.0798 0.9421 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013642 1 0.1186 0.9330 0.964 0.000 0.008 0.008 0.020
#> SRR2013640 1 0.0898 0.9410 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013641 1 0.0290 0.9424 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013639 1 0.0451 0.9426 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013638 1 0.0613 0.9395 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013637 1 0.0451 0.9445 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013636 1 0.0693 0.9406 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013635 1 0.0566 0.9421 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013634 1 0.0671 0.9426 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013633 4 0.4982 0.6520 0.200 0.000 0.000 0.700 0.100
#> SRR2013631 4 0.2605 0.7405 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR2013632 4 0.5766 0.5343 0.220 0.000 0.000 0.616 0.164
#> SRR2013629 4 0.3395 0.6266 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR2013630 4 0.1270 0.8254 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2013628 4 0.0867 0.8474 0.008 0.000 0.008 0.976 0.008
#> SRR2013626 4 0.4161 0.3148 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR2013625 1 0.5415 0.1871 0.552 0.000 0.000 0.384 0.064
#> SRR2013627 1 0.2362 0.8896 0.900 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR2013624 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013623 4 0.2690 0.7343 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR2013622 4 0.3039 0.7344 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013621 4 0.4482 0.5002 0.348 0.000 0.000 0.636 0.016
#> SRR2013620 1 0.0162 0.9434 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013619 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013617 1 0.0324 0.9444 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013618 1 0.0324 0.9425 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013616 1 0.0162 0.9436 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0162 0.9436 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013613 1 0.0671 0.9426 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013612 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013610 1 0.0794 0.9391 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013611 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013609 1 0.4738 0.0301 0.520 0.000 0.000 0.464 0.016
#> SRR2013608 1 0.0912 0.9414 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013606 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013605 1 0.0693 0.9433 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013607 1 0.0451 0.9442 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013604 1 0.0451 0.9442 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013603 1 0.0693 0.9432 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013602 1 0.0486 0.9411 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013601 1 0.0579 0.9393 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013600 1 0.0486 0.9411 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013599 1 0.0486 0.9411 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013598 1 0.0162 0.9434 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013596 1 0.0740 0.9386 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR2013597 1 0.0740 0.9375 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR2013595 1 0.0740 0.9373 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR2013594 1 0.0740 0.9373 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR2013593 1 0.0613 0.9395 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2013592 1 0.0981 0.9352 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR2013591 1 0.1507 0.9255 0.952 0.000 0.012 0.012 0.024
#> SRR2013590 4 0.1671 0.8055 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR2013588 4 0.0963 0.8347 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2013587 4 0.2929 0.7029 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR2013589 4 0.1121 0.8298 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2013586 4 0.1478 0.8147 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR2013585 4 0.0703 0.8408 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013584 4 0.1121 0.8544 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2013583 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013582 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013581 4 0.2732 0.7682 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013580 4 0.0579 0.8485 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> SRR2013579 4 0.0771 0.8447 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013578 4 0.3274 0.6990 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR2013577 4 0.1410 0.8522 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013576 4 0.3074 0.7238 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2013575 4 0.0451 0.8487 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR2013574 4 0.2891 0.7497 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR2013572 4 0.0609 0.8436 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013573 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013571 4 0.1043 0.8327 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2013569 1 0.3895 0.5414 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR2013570 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013568 4 0.1270 0.8539 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR2013567 4 0.0703 0.8412 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013566 4 0.1671 0.8449 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013564 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013565 4 0.1478 0.8512 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR2013563 4 0.0703 0.8413 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013561 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013560 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013562 4 0.0880 0.8370 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2013558 4 0.1544 0.8128 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR2013559 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013556 4 0.3730 0.5952 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2013557 4 0.1410 0.8521 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013554 4 0.0609 0.8436 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013553 4 0.2471 0.7926 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013555 4 0.0794 0.8540 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2013552 4 0.4201 0.3740 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013551 4 0.1410 0.8522 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013550 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013548 4 0.0794 0.8535 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2013549 4 0.0703 0.8526 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013546 4 0.1478 0.8507 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR2013545 1 0.2732 0.8238 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2013544 4 0.0451 0.8487 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR2013547 4 0.1197 0.8543 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR2013543 4 0.4074 0.4805 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013542 4 0.1671 0.8451 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013541 4 0.0566 0.8471 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR2013540 4 0.1965 0.8318 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013539 4 0.0451 0.8487 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR2013538 4 0.1341 0.8531 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013537 1 0.3913 0.5378 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013535 1 0.2690 0.8176 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2013536 4 0.1732 0.8427 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013534 4 0.4219 0.3511 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR2013532 4 0.0794 0.8391 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2013533 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013531 4 0.0609 0.8426 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013529 1 0.1671 0.9049 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013530 4 0.0963 0.8543 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR2013528 1 0.0771 0.9413 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013527 1 0.2966 0.7867 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2013526 1 0.1216 0.9367 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013525 1 0.1549 0.9305 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR2013524 1 0.1608 0.9083 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013523 1 0.4302 0.6445 0.720 0.000 0.000 0.248 0.032
#> SRR2013522 1 0.3460 0.8289 0.828 0.000 0.000 0.044 0.128
#> SRR2013521 1 0.3837 0.5471 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR2013519 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013520 4 0.1608 0.8476 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR2013518 1 0.4360 0.5818 0.692 0.000 0.000 0.284 0.024
#> SRR2013517 1 0.1357 0.9245 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR2013516 1 0.0703 0.9401 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013514 1 0.0510 0.9427 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013515 1 0.2516 0.8475 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013513 1 0.0865 0.9403 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013512 1 0.0510 0.9430 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013511 1 0.0404 0.9437 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013510 1 0.1121 0.9307 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013508 1 0.4113 0.7061 0.740 0.000 0.000 0.028 0.232
#> SRR2013509 1 0.1117 0.9388 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013505 1 0.1270 0.9249 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013506 4 0.2561 0.7867 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2013507 1 0.1121 0.9305 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013504 4 0.3305 0.6828 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR2013503 4 0.1544 0.8506 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR2013502 1 0.2690 0.8301 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2013501 1 0.1851 0.8966 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013500 1 0.0880 0.9369 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013499 4 0.1851 0.8368 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2013498 1 0.2852 0.8095 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2013497 1 0.2127 0.8791 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2013495 4 0.4304 0.0876 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR2013496 1 0.4242 0.2499 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2013492 1 0.1908 0.8923 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013494 1 0.2516 0.8463 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013493 1 0.0404 0.9437 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013491 1 0.1331 0.9304 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR2013490 1 0.1331 0.9314 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR2013489 4 0.1792 0.8399 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2013488 1 0.2179 0.8750 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013487 1 0.2561 0.8432 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2013486 1 0.0324 0.9448 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.1059 0.9356 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR2013482 1 0.1492 0.9296 0.948 0.000 0.004 0.008 0.040
#> SRR2013481 1 0.0451 0.9446 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013479 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013477 1 0.0510 0.9437 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013476 1 0.0404 0.9437 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013474 1 0.0404 0.9437 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013473 1 0.1492 0.9251 0.948 0.000 0.004 0.008 0.040
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0451 0.9409 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013471 1 0.1492 0.9251 0.948 0.000 0.004 0.008 0.040
#> SRR2013470 1 0.0162 0.9434 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013469 1 0.0867 0.9377 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR2013468 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013467 1 0.0798 0.9424 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013466 1 0.0162 0.9434 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.1369 0.9286 0.956 0.000 0.008 0.008 0.028
#> SRR2013464 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013461 1 0.0486 0.9414 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013460 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013459 1 0.0324 0.9424 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013458 1 0.0798 0.9426 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0324 0.9424 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013455 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013453 1 0.1914 0.9112 0.928 0.000 0.008 0.008 0.056
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.1770 0.9166 0.936 0.000 0.008 0.008 0.048
#> SRR2013451 1 0.0290 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0162 0.9442 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0963 0.9379 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013446 1 0.0955 0.9325 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013445 1 0.0798 0.9394 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013444 1 0.0955 0.9386 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0363 0.9097 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0260 0.9093 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0692 0.9094 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0858 0.9054 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0713 0.9055 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0713 0.9061 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0713 0.9059 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0692 0.9078 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0632 0.9083 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.1010 0.9025 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.1010 0.9031 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013760 2 0.0603 0.8658 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013759 2 0.0291 0.8637 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013758 2 0.0692 0.8657 0.000 0.976 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.0508 0.8653 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013756 2 0.0508 0.8654 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013755 5 0.2416 0.8489 0.000 0.156 0.000 NA 0.844 0.000
#> SRR2013754 2 0.3468 0.5044 0.000 0.728 0.000 NA 0.264 0.000
#> SRR2013753 2 0.0291 0.8628 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0405 0.8645 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013750 2 0.0458 0.8657 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0260 0.8636 0.000 0.992 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013748 2 0.0858 0.8652 0.000 0.968 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0291 0.8643 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013745 2 0.0508 0.8644 0.000 0.984 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR2013746 2 0.0777 0.8592 0.000 0.972 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.0363 0.8659 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0508 0.8605 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013743 2 0.0291 0.8643 0.000 0.992 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013741 2 0.1471 0.8357 0.000 0.932 0.000 NA 0.064 0.000
#> SRR2013740 2 0.2118 0.7977 0.000 0.888 0.000 NA 0.104 0.000
#> SRR2013739 2 0.0405 0.8644 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013737 2 0.0405 0.8617 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013738 2 0.0993 0.8575 0.000 0.964 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR2013736 2 0.0603 0.8601 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013735 2 0.0790 0.8647 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0806 0.8593 0.000 0.972 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013733 2 0.0508 0.8635 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013731 2 0.0405 0.8642 0.000 0.988 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013732 2 0.3454 0.6022 0.000 0.768 0.000 NA 0.208 0.000
#> SRR2013730 2 0.1610 0.8587 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.1858 0.8203 0.000 0.912 0.000 NA 0.076 0.000
#> SRR2013728 2 0.3083 0.7274 0.000 0.828 0.000 NA 0.132 0.000
#> SRR2013727 2 0.2164 0.8141 0.000 0.900 0.000 NA 0.032 0.000
#> SRR2013726 2 0.4466 0.2233 0.000 0.620 0.000 NA 0.336 0.000
#> SRR2013725 2 0.3053 0.7175 0.000 0.812 0.000 NA 0.168 0.000
#> SRR2013724 2 0.1913 0.8215 0.000 0.908 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR2013723 2 0.4535 0.4942 0.000 0.704 0.000 NA 0.148 0.000
#> SRR2013722 2 0.1141 0.8629 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013721 5 0.3518 0.8521 0.000 0.256 0.000 NA 0.732 0.000
#> SRR2013720 2 0.2263 0.8345 0.000 0.884 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR2013719 2 0.1007 0.8654 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.1970 0.8499 0.000 0.900 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013718 2 0.3168 0.8009 0.000 0.792 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR2013716 2 0.2762 0.8060 0.000 0.804 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.2912 0.7923 0.000 0.784 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.2793 0.8033 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0508 0.8605 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013712 2 0.1411 0.8509 0.000 0.936 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013711 2 0.2762 0.8062 0.000 0.804 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.2562 0.8177 0.000 0.828 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0508 0.8605 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013707 2 0.2730 0.8080 0.000 0.808 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0508 0.8605 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013705 2 0.2762 0.8059 0.000 0.804 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.2631 0.8143 0.000 0.820 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0508 0.8605 0.000 0.984 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013702 2 0.3421 0.6152 0.000 0.736 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013701 2 0.3967 0.3120 0.000 0.632 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR2013700 2 0.2762 0.8059 0.000 0.804 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.2697 0.8099 0.000 0.812 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.2854 0.7978 0.000 0.792 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.2823 0.8008 0.000 0.796 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.2854 0.7978 0.000 0.792 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.2730 0.8080 0.000 0.808 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.2730 0.8080 0.000 0.808 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.2912 0.7949 0.000 0.784 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.2823 0.8013 0.000 0.796 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0858 0.8593 0.000 0.968 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013690 2 0.2793 0.8043 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.2631 0.8144 0.000 0.820 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.1753 0.8599 0.000 0.912 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013688 2 0.2793 0.8053 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.2883 0.7961 0.000 0.788 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0603 0.8609 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013682 2 0.1010 0.8645 0.000 0.960 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013683 2 0.1176 0.8544 0.000 0.956 0.000 NA 0.024 0.000
#> SRR2013684 2 0.2664 0.8122 0.000 0.816 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.1003 0.8573 0.000 0.964 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR2013680 2 0.2854 0.7986 0.000 0.792 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.2793 0.8053 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.2823 0.8026 0.000 0.796 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.2793 0.8033 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0935 0.8636 0.000 0.964 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013675 2 0.0891 0.8617 0.000 0.968 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.0146 0.9923 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0260 0.9904 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0260 0.9904 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0146 0.9923 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0260 0.9904 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.1556 0.9080 0.000 0.000 0.920 NA 0.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.1970 0.8666 0.900 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0547 0.9794 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0260 0.9904 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.2110 0.8746 0.900 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> SRR2013642 1 0.2703 0.7977 0.824 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013640 1 0.2482 0.8239 0.848 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013641 1 0.1908 0.8719 0.900 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013639 1 0.1644 0.8834 0.920 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013638 1 0.1588 0.8858 0.924 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013637 1 0.1364 0.8974 0.944 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2013636 1 0.1946 0.8804 0.912 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> SRR2013635 1 0.2039 0.8780 0.908 0.000 0.000 NA 0.016 0.004
#> SRR2013634 1 0.1843 0.8805 0.912 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2013633 6 0.6293 0.5553 0.088 0.000 0.000 NA 0.144 0.576
#> SRR2013631 6 0.3950 0.7197 0.000 0.000 0.040 NA 0.000 0.720
#> SRR2013632 6 0.7275 0.2720 0.152 0.000 0.000 NA 0.228 0.428
#> SRR2013629 6 0.4294 0.6973 0.000 0.000 0.060 NA 0.000 0.692
#> SRR2013630 6 0.3468 0.7161 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.712
#> SRR2013628 6 0.3101 0.7432 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.756
#> SRR2013626 6 0.5315 0.5481 0.000 0.000 0.132 NA 0.000 0.564
#> SRR2013625 1 0.7559 -0.2150 0.352 0.000 0.000 NA 0.208 0.256
#> SRR2013627 1 0.6344 0.1416 0.484 0.000 0.000 NA 0.116 0.060
#> SRR2013624 1 0.2544 0.8340 0.852 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2013623 6 0.4580 0.6151 0.004 0.000 0.040 NA 0.000 0.608
#> SRR2013622 6 0.3270 0.7247 0.120 0.000 0.000 NA 0.000 0.820
#> SRR2013621 6 0.4507 0.4977 0.236 0.000 0.000 NA 0.056 0.696
#> SRR2013620 1 0.0405 0.9088 0.988 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013619 1 0.0937 0.9025 0.960 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0692 0.9073 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013618 1 0.0458 0.9078 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0547 0.9073 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0935 0.9044 0.964 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013614 1 0.0632 0.9063 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.1265 0.9023 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.044
#> SRR2013612 1 0.0665 0.9098 0.980 0.000 0.008 NA 0.000 0.004
#> SRR2013610 1 0.1858 0.8818 0.912 0.000 0.000 NA 0.000 0.076
#> SRR2013611 1 0.1434 0.8987 0.940 0.000 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR2013609 1 0.5368 0.2446 0.500 0.000 0.000 NA 0.056 0.420
#> SRR2013608 1 0.1053 0.9097 0.964 0.000 0.000 NA 0.004 0.020
#> SRR2013606 1 0.0508 0.9097 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013605 1 0.0909 0.9090 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.020
#> SRR2013607 1 0.0964 0.9093 0.968 0.000 0.000 NA 0.004 0.016
#> SRR2013604 1 0.1124 0.9046 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.036
#> SRR2013603 1 0.1082 0.9016 0.956 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013602 1 0.0632 0.9078 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0260 0.9082 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0603 0.9081 0.980 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013598 1 0.0146 0.9083 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0458 0.9079 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0405 0.9089 0.988 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013595 1 0.1075 0.8997 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0790 0.9059 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.1700 0.8741 0.916 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013591 1 0.2772 0.7841 0.816 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013590 6 0.3421 0.7327 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.736
#> SRR2013588 6 0.3337 0.7315 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.736
#> SRR2013587 6 0.4190 0.6981 0.000 0.000 0.048 NA 0.000 0.692
#> SRR2013589 6 0.3215 0.7418 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013586 6 0.3215 0.7418 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013585 6 0.3189 0.7433 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.760
#> SRR2013584 6 0.0000 0.7788 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR2013583 6 0.0717 0.7762 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.976
#> SRR2013582 6 0.1649 0.7604 0.032 0.000 0.000 NA 0.000 0.932
#> SRR2013581 6 0.2581 0.6832 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.856
#> SRR2013580 6 0.1444 0.7850 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.928
#> SRR2013579 6 0.2527 0.7696 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.832
#> SRR2013578 6 0.3141 0.5918 0.200 0.000 0.000 NA 0.000 0.788
#> SRR2013577 6 0.0622 0.7749 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR2013576 6 0.3454 0.5755 0.208 0.000 0.000 NA 0.000 0.768
#> SRR2013575 6 0.1663 0.7838 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR2013574 6 0.2653 0.6667 0.144 0.000 0.000 NA 0.000 0.844
#> SRR2013572 6 0.1501 0.7849 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.924
#> SRR2013573 6 0.0622 0.7748 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR2013571 6 0.2964 0.7564 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.792
#> SRR2013569 1 0.3984 0.5788 0.648 0.000 0.000 NA 0.000 0.336
#> SRR2013570 6 0.0000 0.7788 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR2013568 6 0.0363 0.7810 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> SRR2013567 6 0.2738 0.7658 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.820
#> SRR2013566 6 0.1745 0.7516 0.056 0.000 0.000 NA 0.000 0.924
#> SRR2013564 6 0.3215 0.7418 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013565 6 0.1408 0.7661 0.036 0.000 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR2013563 6 0.3265 0.7375 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.748
#> SRR2013561 6 0.3189 0.7433 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.760
#> SRR2013560 6 0.3076 0.7439 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.760
#> SRR2013562 6 0.3215 0.7418 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013558 6 0.3421 0.7310 0.000 0.000 0.008 NA 0.000 0.736
#> SRR2013559 6 0.3215 0.7418 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013556 6 0.3770 0.5171 0.244 0.000 0.000 NA 0.000 0.728
#> SRR2013557 6 0.0405 0.7802 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> SRR2013554 6 0.2597 0.7678 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.824
#> SRR2013553 6 0.1890 0.7702 0.060 0.000 0.000 NA 0.000 0.916
#> SRR2013555 6 0.0363 0.7809 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> SRR2013552 6 0.4400 0.2789 0.376 0.000 0.000 NA 0.000 0.592
#> SRR2013551 6 0.0405 0.7776 0.008 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> SRR2013550 6 0.0547 0.7826 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR2013548 6 0.0363 0.7822 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.988
#> SRR2013549 6 0.1075 0.7849 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR2013546 6 0.2230 0.7251 0.084 0.000 0.000 NA 0.000 0.892
#> SRR2013545 1 0.3778 0.6825 0.708 0.000 0.000 NA 0.000 0.272
#> SRR2013544 6 0.1663 0.7838 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR2013547 6 0.0790 0.7849 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.968
#> SRR2013543 6 0.4131 0.2584 0.384 0.000 0.000 NA 0.000 0.600
#> SRR2013542 6 0.1285 0.7587 0.052 0.000 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR2013541 6 0.1765 0.7830 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.904
#> SRR2013540 6 0.1074 0.7736 0.028 0.000 0.000 NA 0.000 0.960
#> SRR2013539 6 0.2378 0.7736 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.848
#> SRR2013538 6 0.0603 0.7785 0.004 0.000 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR2013537 1 0.4210 0.5606 0.636 0.000 0.000 NA 0.000 0.336
#> SRR2013535 1 0.3629 0.6874 0.712 0.000 0.000 NA 0.000 0.276
#> SRR2013536 6 0.1500 0.7557 0.052 0.000 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR2013534 6 0.4199 0.2770 0.380 0.000 0.000 NA 0.000 0.600
#> SRR2013532 6 0.3189 0.7433 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.760
#> SRR2013533 6 0.3215 0.7416 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.756
#> SRR2013531 6 0.3240 0.7396 0.000 0.000 0.004 NA 0.000 0.752
#> SRR2013529 1 0.3368 0.7433 0.756 0.000 0.000 NA 0.000 0.232
#> SRR2013530 6 0.1556 0.7856 0.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.920
#> SRR2013528 1 0.3073 0.7763 0.788 0.000 0.000 NA 0.000 0.204
#> SRR2013527 1 0.3468 0.6817 0.712 0.000 0.000 NA 0.000 0.284
#> SRR2013526 1 0.2756 0.8714 0.876 0.000 0.000 NA 0.032 0.072
#> SRR2013525 1 0.3185 0.8602 0.852 0.000 0.000 NA 0.064 0.060
#> SRR2013524 1 0.3221 0.7830 0.792 0.000 0.000 NA 0.000 0.188
#> SRR2013523 1 0.4906 0.5060 0.596 0.000 0.000 NA 0.044 0.344
#> SRR2013522 1 0.5023 0.6618 0.668 0.000 0.000 NA 0.104 0.212
#> SRR2013521 1 0.4159 0.4388 0.588 0.000 0.000 NA 0.000 0.396
#> SRR2013519 1 0.0146 0.9086 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013520 6 0.2805 0.7761 0.012 0.000 0.000 NA 0.000 0.828
#> SRR2013518 1 0.4676 0.5617 0.632 0.000 0.000 NA 0.048 0.312
#> SRR2013517 1 0.1895 0.8875 0.912 0.000 0.000 NA 0.000 0.072
#> SRR2013516 1 0.1686 0.8922 0.924 0.000 0.000 NA 0.000 0.064
#> SRR2013514 1 0.1176 0.9089 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR2013515 1 0.2964 0.7783 0.792 0.000 0.000 NA 0.000 0.204
#> SRR2013513 1 0.0291 0.9095 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013512 1 0.1196 0.9048 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> SRR2013511 1 0.1528 0.8999 0.936 0.000 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR2013510 1 0.1196 0.9034 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> SRR2013508 1 0.4225 0.6918 0.712 0.000 0.000 NA 0.240 0.012
#> SRR2013509 1 0.1699 0.9045 0.936 0.000 0.000 NA 0.016 0.032
#> SRR2013505 1 0.2848 0.8019 0.816 0.000 0.000 NA 0.000 0.176
#> SRR2013506 6 0.2454 0.6518 0.160 0.000 0.000 NA 0.000 0.840
#> SRR2013507 1 0.2318 0.8847 0.892 0.000 0.000 NA 0.000 0.064
#> SRR2013504 6 0.3348 0.5843 0.216 0.000 0.000 NA 0.000 0.768
#> SRR2013503 6 0.1657 0.7643 0.056 0.000 0.000 NA 0.000 0.928
#> SRR2013502 1 0.3566 0.7302 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.236
#> SRR2013501 1 0.2805 0.8172 0.828 0.000 0.000 NA 0.000 0.160
#> SRR2013500 1 0.1588 0.8868 0.924 0.000 0.000 NA 0.000 0.072
#> SRR2013499 6 0.1633 0.7778 0.044 0.000 0.000 NA 0.000 0.932
#> SRR2013498 1 0.3487 0.7459 0.756 0.000 0.000 NA 0.000 0.224
#> SRR2013497 1 0.3345 0.7656 0.776 0.000 0.000 NA 0.000 0.204
#> SRR2013495 6 0.4091 -0.0695 0.472 0.000 0.000 NA 0.000 0.520
#> SRR2013496 1 0.4250 0.2569 0.528 0.000 0.000 NA 0.000 0.456
#> SRR2013492 1 0.2170 0.8659 0.888 0.000 0.000 NA 0.000 0.100
#> SRR2013494 1 0.3668 0.7330 0.744 0.000 0.000 NA 0.000 0.228
#> SRR2013493 1 0.0891 0.9079 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR2013491 1 0.2009 0.8765 0.904 0.000 0.000 NA 0.004 0.084
#> SRR2013490 1 0.1196 0.9061 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> SRR2013489 6 0.1564 0.7789 0.040 0.000 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR2013488 1 0.2572 0.8367 0.852 0.000 0.000 NA 0.000 0.136
#> SRR2013487 1 0.3865 0.7058 0.720 0.000 0.000 NA 0.000 0.248
#> SRR2013486 1 0.0725 0.9105 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> SRR2013485 1 0.0260 0.9090 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0622 0.9096 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> SRR2013483 1 0.0603 0.9089 0.980 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013482 1 0.1675 0.8995 0.936 0.000 0.000 NA 0.008 0.032
#> SRR2013481 1 0.0972 0.9069 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR2013479 1 0.0909 0.9073 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.020
#> SRR2013480 1 0.0909 0.9073 0.968 0.000 0.000 NA 0.000 0.020
#> SRR2013478 1 0.1297 0.9005 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.040
#> SRR2013477 1 0.0405 0.9088 0.988 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013476 1 0.0622 0.9083 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> SRR2013474 1 0.0820 0.9090 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> SRR2013473 1 0.0984 0.9091 0.968 0.000 0.000 NA 0.008 0.012
#> SRR2013475 1 0.0405 0.9090 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.0363 0.9084 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0806 0.9084 0.972 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2013470 1 0.0458 0.9080 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0520 0.9087 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> SRR2013468 1 0.0508 0.9097 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013467 1 0.0436 0.9095 0.988 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2013466 1 0.0260 0.9085 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0146 0.9086 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0508 0.9094 0.984 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013462 1 0.0508 0.9088 0.984 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2013464 1 0.0146 0.9083 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0508 0.9098 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0146 0.9086 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0508 0.9097 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.1124 0.9028 0.956 0.000 0.000 NA 0.000 0.036
#> SRR2013457 1 0.0260 0.9085 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0363 0.9079 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0291 0.9088 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2013453 1 0.1065 0.9091 0.964 0.000 0.000 NA 0.008 0.008
#> SRR2013454 1 0.0260 0.9085 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0748 0.9092 0.976 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2013451 1 0.1434 0.8988 0.940 0.000 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR2013450 1 0.0363 0.9089 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0972 0.9048 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR2013448 1 0.0632 0.9064 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0914 0.9092 0.968 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR2013446 1 0.0993 0.9065 0.964 0.000 0.000 NA 0.024 0.000
#> SRR2013445 1 0.0260 0.9082 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0717 0.9100 0.976 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.949 0.957 0.975 0.1790 0.853 0.853
#> 3 3 0.963 0.962 0.980 1.8442 0.656 0.596
#> 4 4 0.885 0.927 0.940 0.1451 0.910 0.824
#> 5 5 0.778 0.815 0.882 0.0671 0.985 0.964
#> 6 6 0.636 0.727 0.823 0.0897 0.956 0.892
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013763 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013760 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013759 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013758 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013757 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013756 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013755 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013754 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013753 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013751 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013752 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013750 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013749 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013748 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013747 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013745 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013746 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013744 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013742 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013743 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013741 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013740 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013739 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013737 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013738 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013736 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013735 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013734 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013733 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013731 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013732 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013730 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013729 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013728 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013727 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013726 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013725 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013724 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013723 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013722 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013721 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013720 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013719 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013717 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013718 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013716 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013715 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013714 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013713 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013712 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013711 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013708 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013709 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013707 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013706 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013705 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013704 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013703 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013702 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013701 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013700 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013699 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013698 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013697 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013696 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013695 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013694 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013693 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013692 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013691 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013690 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013689 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013687 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013688 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013686 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013685 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013682 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013683 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013684 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013681 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013680 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013679 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013678 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013677 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013676 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013675 1 0.1414 0.968 0.980 0.020
#> SRR2013674 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013673 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013671 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013672 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013670 1 0.7453 0.755 0.788 0.212
#> SRR2013669 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013668 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013667 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013666 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013665 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013662 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013663 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013664 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013661 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013660 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013659 1 0.7453 0.755 0.788 0.212
#> SRR2013658 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013657 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013656 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013654 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013655 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013653 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013652 2 0.2948 0.966 0.052 0.948
#> SRR2013651 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013650 2 0.2423 0.979 0.040 0.960
#> SRR2013649 1 0.6801 0.803 0.820 0.180
#> SRR2013647 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013648 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013646 1 0.9732 0.349 0.596 0.404
#> SRR2013645 2 0.1414 0.997 0.020 0.980
#> SRR2013644 2 0.2236 0.983 0.036 0.964
#> SRR2013643 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.7056 0.784 0.808 0.192
#> SRR2013632 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.6973 0.790 0.812 0.188
#> SRR2013630 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013628 1 0.2043 0.954 0.968 0.032
#> SRR2013626 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> SRR2013625 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.5059 0.880 0.888 0.112
#> SRR2013622 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013621 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013620 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013588 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013587 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013589 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> SRR2013586 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013585 1 0.6801 0.799 0.820 0.180
#> SRR2013584 1 0.1414 0.964 0.980 0.020
#> SRR2013583 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013582 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013581 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013580 1 0.3274 0.931 0.940 0.060
#> SRR2013579 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR2013578 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013577 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013576 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.3584 0.924 0.932 0.068
#> SRR2013574 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013572 1 0.3733 0.920 0.928 0.072
#> SRR2013573 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR2013571 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR2013569 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013568 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013567 1 0.3431 0.928 0.936 0.064
#> SRR2013566 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.6801 0.799 0.820 0.180
#> SRR2013565 1 0.1414 0.964 0.980 0.020
#> SRR2013563 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> SRR2013561 1 0.6801 0.799 0.820 0.180
#> SRR2013560 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013562 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> SRR2013558 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013559 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR2013556 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013554 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR2013553 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR2013555 1 0.1633 0.961 0.976 0.024
#> SRR2013552 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013550 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013548 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR2013549 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR2013546 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.3733 0.920 0.928 0.072
#> SRR2013547 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013541 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR2013540 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013539 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR2013538 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013537 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0938 0.969 0.988 0.012
#> SRR2013536 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013532 1 0.6801 0.799 0.820 0.180
#> SRR2013533 1 0.6801 0.799 0.820 0.180
#> SRR2013531 1 0.6712 0.804 0.824 0.176
#> SRR2013529 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> SRR2013519 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.2948 0.938 0.948 0.052
#> SRR2013518 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013502 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013493 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR2013480 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013759 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013758 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013757 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013756 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013755 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013754 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013753 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013751 2 0.0424 0.989 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013752 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013750 2 0.0424 0.989 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013747 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013745 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013746 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013744 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013742 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013743 2 0.0424 0.989 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013741 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0424 0.989 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013712 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013711 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013701 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 1 0.5315 0.751 0.772 0.012 0.216
#> SRR2013669 3 0.0237 0.991 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013668 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 1 0.5315 0.751 0.772 0.012 0.216
#> SRR2013658 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.1411 0.950 0.036 0.000 0.964
#> SRR2013651 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.1031 0.967 0.024 0.000 0.976
#> SRR2013649 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013647 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 1 0.6180 0.354 0.584 0.000 0.416
#> SRR2013645 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0892 0.972 0.020 0.000 0.980
#> SRR2013643 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.4504 0.793 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013632 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.4452 0.798 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013630 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013628 1 0.1289 0.951 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013626 1 0.4399 0.803 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013625 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.3267 0.881 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013622 1 0.0592 0.965 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013621 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013620 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013588 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013587 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013589 1 0.4399 0.804 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013586 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013585 1 0.4346 0.807 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013584 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013583 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013582 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013581 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013580 1 0.2165 0.928 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013579 1 0.2537 0.914 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013578 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013577 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013576 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.2356 0.921 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013574 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013572 1 0.2448 0.918 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013573 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013571 1 0.2537 0.914 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013569 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013568 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013567 1 0.2261 0.924 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013566 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.4346 0.807 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013565 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013563 1 0.4399 0.803 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013561 1 0.4346 0.807 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013560 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013562 1 0.4399 0.803 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013558 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013559 1 0.4452 0.800 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013556 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013554 1 0.2537 0.914 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013553 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013555 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013552 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013550 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013548 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013549 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013546 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.2448 0.918 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013547 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013541 1 0.2537 0.914 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013540 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013539 1 0.2537 0.914 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013538 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013537 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013536 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013532 1 0.4346 0.807 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013533 1 0.4346 0.807 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013531 1 0.4291 0.811 0.820 0.000 0.180
#> SRR2013529 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013519 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.1860 0.937 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013518 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013502 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013493 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013442 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013769 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013764 1 0.0376 0.958 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013763 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013762 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013760 2 0.1211 0.952 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013759 2 0.0817 0.956 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013758 2 0.1022 0.954 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013757 2 0.1211 0.952 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013756 2 0.1474 0.951 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013755 2 0.1118 0.954 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013754 2 0.1118 0.954 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013753 2 0.0921 0.957 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013751 2 0.1211 0.953 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013752 2 0.0921 0.957 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013750 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013749 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013748 2 0.1302 0.953 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013747 2 0.1211 0.956 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013745 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013746 2 0.0817 0.957 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013744 2 0.1389 0.952 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013742 2 0.0817 0.957 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013743 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013741 2 0.0921 0.957 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013740 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013739 2 0.1118 0.954 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013737 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013738 2 0.1118 0.957 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013736 2 0.0707 0.958 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013735 2 0.1302 0.955 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013734 2 0.0336 0.957 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013733 2 0.1389 0.956 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013731 2 0.1389 0.956 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013732 2 0.0592 0.958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013730 2 0.1389 0.956 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013729 2 0.1637 0.952 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013728 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013727 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013726 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013725 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013724 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013723 2 0.1302 0.954 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013722 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013721 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013720 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013719 2 0.1211 0.956 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013717 2 0.1211 0.955 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013718 2 0.2469 0.933 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013716 2 0.2530 0.933 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013715 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013714 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013713 2 0.0921 0.957 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013712 2 0.0921 0.956 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013711 2 0.2589 0.930 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013708 2 0.2011 0.942 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013709 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013707 2 0.2469 0.933 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013706 2 0.0336 0.957 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013705 2 0.2408 0.934 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013704 2 0.2408 0.936 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013703 2 0.0336 0.957 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013702 2 0.0921 0.956 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013701 2 0.0921 0.956 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013700 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013699 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013698 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013697 2 0.2408 0.934 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013696 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013695 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013694 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013693 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013692 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013691 2 0.0921 0.956 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013690 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013689 2 0.2345 0.938 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013687 2 0.1022 0.959 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013688 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013686 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013685 2 0.0336 0.957 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013682 2 0.0817 0.958 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013683 2 0.0817 0.957 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013684 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013681 2 0.1118 0.956 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013680 2 0.2408 0.934 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013679 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013678 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013677 2 0.2530 0.931 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013676 2 0.0592 0.958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013675 2 0.0592 0.958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013674 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4153 0.792 0.132 0.000 0.048 0.820
#> SRR2013669 3 0.0336 0.990 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013668 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.4153 0.792 0.132 0.000 0.048 0.820
#> SRR2013658 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1488 0.953 0.012 0.000 0.956 0.032
#> SRR2013651 3 0.0188 0.993 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013650 3 0.1022 0.970 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013649 4 0.6794 0.673 0.372 0.000 0.104 0.524
#> SRR2013647 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013648 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.7811 0.508 0.260 0.000 0.336 0.404
#> SRR2013645 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0921 0.974 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013643 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013642 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013640 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013641 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013639 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013638 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013637 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013636 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013635 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013634 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013633 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013631 4 0.4485 0.922 0.200 0.000 0.028 0.772
#> SRR2013632 1 0.0592 0.955 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013629 4 0.4775 0.902 0.232 0.000 0.028 0.740
#> SRR2013630 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013628 1 0.3402 0.752 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR2013626 4 0.4711 0.897 0.236 0.000 0.024 0.740
#> SRR2013625 1 0.0592 0.955 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013627 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013624 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013623 4 0.5750 0.562 0.440 0.000 0.028 0.532
#> SRR2013622 1 0.1042 0.943 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013621 1 0.0779 0.949 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013620 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013619 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013617 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013618 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013616 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013614 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013613 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013609 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013608 1 0.0336 0.956 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013606 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0188 0.957 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013607 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013602 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013601 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013600 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013599 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013598 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013596 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013597 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013593 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013592 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013591 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013590 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013588 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013587 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013589 4 0.4524 0.929 0.204 0.000 0.028 0.768
#> SRR2013586 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013585 4 0.4464 0.929 0.208 0.000 0.024 0.768
#> SRR2013584 1 0.3324 0.786 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR2013583 1 0.1398 0.929 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013582 1 0.0804 0.950 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013581 1 0.1489 0.924 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013580 1 0.5085 0.466 0.708 0.000 0.032 0.260
#> SRR2013579 1 0.5367 0.327 0.664 0.000 0.032 0.304
#> SRR2013578 1 0.1807 0.912 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013577 1 0.1488 0.928 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013576 1 0.0336 0.956 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013575 1 0.5105 0.432 0.696 0.000 0.028 0.276
#> SRR2013574 1 0.1545 0.925 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR2013572 1 0.5344 0.341 0.668 0.000 0.032 0.300
#> SRR2013573 1 0.1610 0.924 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR2013571 1 0.5367 0.327 0.664 0.000 0.032 0.304
#> SRR2013569 1 0.0707 0.949 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013570 1 0.1661 0.916 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013568 1 0.1938 0.907 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013567 1 0.4993 0.478 0.712 0.000 0.028 0.260
#> SRR2013566 1 0.0707 0.949 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013564 4 0.4464 0.929 0.208 0.000 0.024 0.768
#> SRR2013565 1 0.2867 0.836 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR2013563 4 0.4562 0.929 0.208 0.000 0.028 0.764
#> SRR2013561 4 0.4464 0.929 0.208 0.000 0.024 0.768
#> SRR2013560 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013562 4 0.4562 0.929 0.208 0.000 0.028 0.764
#> SRR2013558 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013559 4 0.4617 0.929 0.204 0.000 0.032 0.764
#> SRR2013556 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013557 1 0.0672 0.952 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013554 1 0.5367 0.327 0.664 0.000 0.032 0.304
#> SRR2013553 1 0.1798 0.916 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2013555 1 0.3853 0.729 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR2013552 1 0.0336 0.956 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013551 1 0.1677 0.920 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013550 1 0.1388 0.933 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR2013548 1 0.2142 0.898 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR2013549 1 0.1706 0.920 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR2013546 1 0.0921 0.943 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013545 1 0.0592 0.951 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013544 1 0.5277 0.341 0.668 0.000 0.028 0.304
#> SRR2013547 1 0.1302 0.928 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013543 1 0.0921 0.943 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013542 1 0.1938 0.907 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013541 1 0.5367 0.327 0.664 0.000 0.032 0.304
#> SRR2013540 1 0.2048 0.898 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR2013539 1 0.5367 0.327 0.664 0.000 0.032 0.304
#> SRR2013538 1 0.1743 0.912 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013537 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013535 1 0.1938 0.907 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013536 1 0.1022 0.940 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013534 1 0.0779 0.949 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013532 4 0.4426 0.926 0.204 0.000 0.024 0.772
#> SRR2013533 4 0.4464 0.929 0.208 0.000 0.024 0.768
#> SRR2013531 4 0.4399 0.923 0.212 0.000 0.020 0.768
#> SRR2013529 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1118 0.937 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013528 1 0.0188 0.957 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013527 1 0.0592 0.952 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013526 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013525 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013524 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013523 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013522 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013521 1 0.0927 0.946 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013519 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.4175 0.633 0.776 0.000 0.012 0.212
#> SRR2013518 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013517 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013516 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013514 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013515 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013513 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013512 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013511 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013510 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013508 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013509 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013505 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013506 1 0.0592 0.952 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013507 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013504 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013503 1 0.0592 0.957 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013502 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013501 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013500 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013499 1 0.0336 0.955 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013498 1 0.0469 0.955 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013497 1 0.0469 0.954 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013495 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013496 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013492 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013494 1 0.0376 0.956 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013493 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013489 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013488 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013487 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013486 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013485 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013484 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013483 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013482 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013481 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013479 1 0.0524 0.958 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013480 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013476 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013474 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013473 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013475 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013471 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013470 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013469 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013468 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013467 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013466 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013465 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013463 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013462 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013461 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0336 0.956 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013457 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013454 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013451 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013450 1 0.0188 0.957 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013448 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013446 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013444 1 0.0469 0.957 0.988 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013442 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013769 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013768 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013767 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013765 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013766 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013764 1 0.0671 0.9298 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013763 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013762 1 0.0510 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013761 1 0.0566 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013760 2 0.4360 0.6662 0.000 0.680 0.000 0.020 0.300
#> SRR2013759 2 0.4152 0.6756 0.000 0.692 0.000 0.012 0.296
#> SRR2013758 2 0.4318 0.6717 0.000 0.688 0.000 0.020 0.292
#> SRR2013757 2 0.4290 0.6668 0.000 0.680 0.000 0.016 0.304
#> SRR2013756 2 0.4655 0.6203 0.000 0.644 0.000 0.028 0.328
#> SRR2013755 2 0.4309 0.6661 0.000 0.676 0.000 0.016 0.308
#> SRR2013754 2 0.4329 0.6626 0.000 0.672 0.000 0.016 0.312
#> SRR2013753 2 0.4269 0.6696 0.000 0.684 0.000 0.016 0.300
#> SRR2013751 2 0.4360 0.6676 0.000 0.680 0.000 0.020 0.300
#> SRR2013752 2 0.4249 0.6725 0.000 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR2013750 2 0.4464 0.6687 0.000 0.684 0.000 0.028 0.288
#> SRR2013749 5 0.4511 0.5614 0.000 0.356 0.000 0.016 0.628
#> SRR2013748 2 0.4506 0.6609 0.000 0.676 0.000 0.028 0.296
#> SRR2013747 2 0.4442 0.6710 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284
#> SRR2013745 5 0.4682 0.5553 0.000 0.356 0.000 0.024 0.620
#> SRR2013746 2 0.4161 0.6803 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR2013744 2 0.4526 0.6569 0.000 0.672 0.000 0.028 0.300
#> SRR2013742 2 0.4161 0.6803 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR2013743 2 0.4464 0.6687 0.000 0.684 0.000 0.028 0.288
#> SRR2013741 2 0.4290 0.6688 0.000 0.680 0.000 0.016 0.304
#> SRR2013740 2 0.3949 0.6398 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013739 2 0.4193 0.6719 0.000 0.684 0.000 0.012 0.304
#> SRR2013737 2 0.3876 0.6500 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013738 2 0.4218 0.6524 0.000 0.660 0.000 0.008 0.332
#> SRR2013736 2 0.4088 0.6741 0.000 0.688 0.000 0.008 0.304
#> SRR2013735 2 0.4485 0.6646 0.000 0.680 0.000 0.028 0.292
#> SRR2013734 2 0.4718 0.4787 0.000 0.628 0.000 0.028 0.344
#> SRR2013733 2 0.4976 0.0918 0.000 0.504 0.000 0.028 0.468
#> SRR2013731 2 0.4789 0.4705 0.000 0.584 0.000 0.024 0.392
#> SRR2013732 2 0.4709 0.4233 0.000 0.612 0.000 0.024 0.364
#> SRR2013730 2 0.4835 0.4675 0.000 0.592 0.000 0.028 0.380
#> SRR2013729 5 0.4428 0.6741 0.000 0.268 0.000 0.032 0.700
#> SRR2013728 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013727 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013726 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013725 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013724 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013723 5 0.5086 0.7951 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> SRR2013722 2 0.3612 0.6811 0.000 0.764 0.000 0.008 0.228
#> SRR2013721 2 0.4733 0.4669 0.000 0.624 0.000 0.028 0.348
#> SRR2013720 2 0.3612 0.6811 0.000 0.764 0.000 0.008 0.228
#> SRR2013719 2 0.3756 0.6768 0.000 0.744 0.000 0.008 0.248
#> SRR2013717 2 0.3612 0.6811 0.000 0.764 0.000 0.008 0.228
#> SRR2013718 2 0.0000 0.5886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0693 0.5948 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013715 2 0.0162 0.5861 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013714 2 0.0162 0.5861 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013713 2 0.4249 0.6750 0.000 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR2013712 2 0.4109 0.6788 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR2013711 2 0.0693 0.5950 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013708 2 0.1851 0.6264 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013709 2 0.4682 0.4965 0.000 0.620 0.000 0.024 0.356
#> SRR2013707 2 0.0000 0.5886 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.4654 0.4803 0.000 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013705 2 0.0290 0.5943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013704 2 0.0992 0.5998 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013703 2 0.4654 0.4718 0.000 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013702 2 0.4109 0.6788 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR2013701 2 0.4109 0.6788 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR2013700 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013699 2 0.0162 0.5861 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013698 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013697 2 0.0162 0.5911 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013696 2 0.0162 0.5861 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013695 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013694 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013693 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013692 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013691 2 0.4109 0.6788 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR2013690 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013689 2 0.1701 0.5929 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR2013687 2 0.4086 0.6812 0.000 0.704 0.000 0.012 0.284
#> SRR2013688 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013686 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013685 2 0.4599 0.4786 0.000 0.624 0.000 0.020 0.356
#> SRR2013682 2 0.4836 0.4425 0.000 0.628 0.000 0.036 0.336
#> SRR2013683 5 0.4974 0.4015 0.000 0.464 0.000 0.028 0.508
#> SRR2013684 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013681 5 0.5173 0.5478 0.000 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR2013680 2 0.0290 0.5877 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013679 2 0.0451 0.5862 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013678 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013677 2 0.0324 0.5818 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013676 2 0.4794 0.4500 0.000 0.624 0.000 0.032 0.344
#> SRR2013675 2 0.4101 0.6239 0.000 0.664 0.000 0.004 0.332
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4103 0.7665 0.068 0.000 0.020 0.812 0.100
#> SRR2013669 3 0.0510 0.9822 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.4103 0.7665 0.068 0.000 0.020 0.812 0.100
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1522 0.9411 0.012 0.000 0.944 0.044 0.000
#> SRR2013651 3 0.0404 0.9848 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013650 3 0.1043 0.9626 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2013649 4 0.6465 0.6539 0.268 0.000 0.088 0.588 0.056
#> SRR2013647 1 0.1444 0.9208 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.7307 0.4464 0.188 0.000 0.320 0.448 0.044
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0963 0.9660 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2013643 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013642 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013640 1 0.1408 0.9195 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2013641 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013639 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013638 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013637 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013636 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013635 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013634 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013633 1 0.1484 0.9224 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013631 4 0.2439 0.9182 0.120 0.000 0.004 0.876 0.000
#> SRR2013632 1 0.1670 0.9192 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013629 4 0.2806 0.8974 0.152 0.000 0.004 0.844 0.000
#> SRR2013630 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013628 1 0.3994 0.7272 0.772 0.000 0.000 0.188 0.040
#> SRR2013626 4 0.2848 0.8929 0.156 0.000 0.004 0.840 0.000
#> SRR2013625 1 0.1670 0.9192 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013627 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013624 1 0.1444 0.9204 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013623 4 0.5590 0.6226 0.328 0.000 0.016 0.600 0.056
#> SRR2013622 1 0.2157 0.9023 0.920 0.000 0.004 0.040 0.036
#> SRR2013621 1 0.1547 0.9183 0.948 0.000 0.004 0.016 0.032
#> SRR2013620 1 0.0579 0.9287 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013619 1 0.0771 0.9298 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013617 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013618 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013616 1 0.0566 0.9284 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013615 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013614 1 0.0865 0.9296 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013613 1 0.1041 0.9256 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013612 1 0.0880 0.9248 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013610 1 0.0880 0.9252 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013611 1 0.1106 0.9312 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2013609 1 0.1364 0.9240 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013608 1 0.1082 0.9245 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013606 1 0.0703 0.9266 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013605 1 0.1041 0.9240 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013607 1 0.0794 0.9259 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013604 1 0.0880 0.9248 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013603 1 0.1364 0.9240 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013602 1 0.1281 0.9245 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013601 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013600 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013599 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013598 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013596 1 0.1251 0.9239 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR2013597 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013595 1 0.0579 0.9290 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013594 1 0.0693 0.9295 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013593 1 0.1281 0.9245 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013592 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013591 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013590 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013588 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013587 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013589 4 0.2770 0.9238 0.124 0.000 0.004 0.864 0.008
#> SRR2013586 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013585 4 0.2660 0.9238 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR2013584 1 0.4552 0.7040 0.756 0.000 0.008 0.168 0.068
#> SRR2013583 1 0.2751 0.8880 0.888 0.000 0.004 0.052 0.056
#> SRR2013582 1 0.2214 0.9028 0.916 0.000 0.004 0.028 0.052
#> SRR2013581 1 0.2681 0.8830 0.892 0.000 0.004 0.052 0.052
#> SRR2013580 1 0.5453 0.3267 0.604 0.000 0.008 0.328 0.060
#> SRR2013579 1 0.5546 0.1693 0.560 0.000 0.008 0.376 0.056
#> SRR2013578 1 0.3009 0.8675 0.876 0.000 0.008 0.064 0.052
#> SRR2013577 1 0.2734 0.8824 0.892 0.000 0.008 0.052 0.048
#> SRR2013576 1 0.1800 0.9120 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR2013575 1 0.5452 0.2849 0.592 0.000 0.008 0.344 0.056
#> SRR2013574 1 0.2681 0.8837 0.892 0.000 0.004 0.052 0.052
#> SRR2013572 1 0.5592 0.1753 0.560 0.000 0.008 0.372 0.060
#> SRR2013573 1 0.2734 0.8824 0.892 0.000 0.008 0.052 0.048
#> SRR2013571 1 0.5546 0.1693 0.560 0.000 0.008 0.376 0.056
#> SRR2013569 1 0.1893 0.9118 0.928 0.000 0.000 0.024 0.048
#> SRR2013570 1 0.2888 0.8773 0.880 0.000 0.004 0.056 0.060
#> SRR2013568 1 0.3272 0.8528 0.860 0.000 0.008 0.072 0.060
#> SRR2013567 1 0.5453 0.3338 0.604 0.000 0.008 0.328 0.060
#> SRR2013566 1 0.2054 0.9080 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR2013564 4 0.2660 0.9238 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR2013565 1 0.3950 0.7917 0.812 0.000 0.008 0.112 0.068
#> SRR2013563 4 0.2536 0.9246 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR2013561 4 0.2660 0.9238 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR2013560 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013562 4 0.2694 0.9249 0.128 0.000 0.004 0.864 0.004
#> SRR2013558 4 0.2612 0.9250 0.124 0.000 0.008 0.868 0.000
#> SRR2013559 4 0.2770 0.9248 0.124 0.000 0.008 0.864 0.004
#> SRR2013556 1 0.1597 0.9181 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR2013557 1 0.1862 0.9095 0.932 0.000 0.004 0.016 0.048
#> SRR2013554 1 0.5546 0.1693 0.560 0.000 0.008 0.376 0.056
#> SRR2013553 1 0.2938 0.8709 0.880 0.000 0.008 0.064 0.048
#> SRR2013555 1 0.4737 0.6579 0.732 0.000 0.008 0.196 0.064
#> SRR2013552 1 0.1800 0.9146 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR2013551 1 0.2872 0.8747 0.884 0.000 0.008 0.060 0.048
#> SRR2013550 1 0.2751 0.8756 0.888 0.000 0.004 0.056 0.052
#> SRR2013548 1 0.3333 0.8447 0.856 0.000 0.008 0.076 0.060
#> SRR2013549 1 0.3202 0.8458 0.860 0.000 0.004 0.080 0.056
#> SRR2013546 1 0.2376 0.8897 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> SRR2013545 1 0.1386 0.9222 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR2013544 1 0.5535 0.1845 0.564 0.000 0.008 0.372 0.056
#> SRR2013547 1 0.2520 0.8807 0.896 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR2013543 1 0.2278 0.9054 0.908 0.000 0.000 0.032 0.060
#> SRR2013542 1 0.2875 0.8762 0.884 0.000 0.008 0.056 0.052
#> SRR2013541 1 0.5546 0.1693 0.560 0.000 0.008 0.376 0.056
#> SRR2013540 1 0.3209 0.8607 0.864 0.000 0.008 0.068 0.060
#> SRR2013539 1 0.5546 0.1693 0.560 0.000 0.008 0.376 0.056
#> SRR2013538 1 0.2878 0.8659 0.880 0.000 0.004 0.068 0.048
#> SRR2013537 1 0.1626 0.9255 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR2013535 1 0.2943 0.8719 0.880 0.000 0.008 0.060 0.052
#> SRR2013536 1 0.2067 0.9067 0.920 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR2013534 1 0.1862 0.9133 0.932 0.000 0.004 0.016 0.048
#> SRR2013532 4 0.2612 0.9211 0.124 0.000 0.000 0.868 0.008
#> SRR2013533 4 0.2377 0.9244 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR2013531 4 0.2707 0.9190 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR2013529 1 0.0794 0.9265 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013530 1 0.2520 0.8847 0.896 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR2013528 1 0.1041 0.9278 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013527 1 0.1364 0.9203 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013526 1 0.0798 0.9279 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013525 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013524 1 0.1331 0.9311 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2013523 1 0.1484 0.9200 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013522 1 0.1557 0.9219 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013521 1 0.1911 0.9106 0.932 0.000 0.004 0.028 0.036
#> SRR2013519 1 0.0510 0.9277 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013520 1 0.4856 0.6025 0.708 0.000 0.008 0.228 0.056
#> SRR2013518 1 0.1124 0.9265 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013517 1 0.1041 0.9278 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013516 1 0.1041 0.9278 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013514 1 0.1282 0.9248 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013515 1 0.1484 0.9252 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013513 1 0.1484 0.9218 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013512 1 0.1205 0.9264 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013511 1 0.1282 0.9248 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013510 1 0.1484 0.9218 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013508 1 0.1197 0.9250 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013509 1 0.1282 0.9248 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013505 1 0.1408 0.9299 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2013506 1 0.1300 0.9222 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR2013507 1 0.1282 0.9230 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013504 1 0.0898 0.9271 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013503 1 0.2209 0.9159 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR2013502 1 0.1522 0.9256 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013501 1 0.1522 0.9241 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013500 1 0.1106 0.9306 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2013499 1 0.0865 0.9266 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013498 1 0.1364 0.9227 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013497 1 0.0992 0.9267 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013495 1 0.0794 0.9265 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013496 1 0.1043 0.9281 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013492 1 0.0880 0.9295 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013494 1 0.1041 0.9295 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013493 1 0.0771 0.9289 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013491 1 0.0510 0.9305 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013490 1 0.1117 0.9312 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013489 1 0.1041 0.9266 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013488 1 0.1041 0.9292 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013487 1 0.1124 0.9287 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013486 1 0.0693 0.9293 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013485 1 0.0898 0.9285 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013484 1 0.0693 0.9293 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013483 1 0.0693 0.9300 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013482 1 0.1408 0.9195 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2013481 1 0.0566 0.9300 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013479 1 0.0833 0.9301 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013480 1 0.0566 0.9292 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013478 1 0.0510 0.9271 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013476 1 0.0771 0.9301 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013474 1 0.0798 0.9289 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013473 1 0.1281 0.9227 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013475 1 0.0566 0.9292 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013472 1 0.0693 0.9297 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013471 1 0.1281 0.9227 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013470 1 0.0898 0.9288 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013469 1 0.1168 0.9237 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2013468 1 0.0693 0.9282 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013467 1 0.1364 0.9213 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR2013466 1 0.0798 0.9286 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013465 1 0.0693 0.9300 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013463 1 0.0566 0.9284 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013462 1 0.0510 0.9271 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013464 1 0.0798 0.9286 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013461 1 0.0671 0.9278 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013460 1 0.0609 0.9266 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013459 1 0.0609 0.9269 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013458 1 0.0798 0.9277 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013457 1 0.0671 0.9278 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013456 1 0.0566 0.9283 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013455 1 0.0609 0.9269 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013453 1 0.1082 0.9256 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013454 1 0.0671 0.9278 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013452 1 0.1281 0.9227 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013451 1 0.1281 0.9285 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2013450 1 0.0671 0.9273 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013449 1 0.1168 0.9244 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2013448 1 0.0404 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013447 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013446 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013445 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013444 1 0.1522 0.9182 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013442 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013769 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013768 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013767 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013765 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013766 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013764 1 0.1480 0.87859 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR2013763 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013762 1 0.1408 0.87827 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2013761 1 0.1168 0.87943 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR2013760 2 0.1464 0.72503 0.000 0.944 0.000 0.004 0.036 0.016
#> SRR2013759 2 0.0820 0.72810 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013758 2 0.1296 0.72700 0.000 0.952 0.000 0.004 0.032 0.012
#> SRR2013757 2 0.1390 0.72572 0.000 0.948 0.000 0.004 0.032 0.016
#> SRR2013756 2 0.2322 0.70063 0.000 0.896 0.000 0.004 0.064 0.036
#> SRR2013755 2 0.1003 0.72624 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013754 2 0.1092 0.72439 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013753 2 0.0806 0.72890 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2013751 2 0.1168 0.72656 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR2013752 2 0.0820 0.73084 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013750 2 0.1297 0.72623 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR2013749 5 0.4657 0.52879 0.000 0.456 0.000 0.004 0.508 0.032
#> SRR2013748 2 0.1682 0.72421 0.000 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR2013747 2 0.1461 0.73175 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR2013745 5 0.4657 0.52449 0.000 0.456 0.000 0.004 0.508 0.032
#> SRR2013746 2 0.0692 0.73237 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013744 2 0.1765 0.72220 0.000 0.924 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR2013742 2 0.0692 0.73237 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013743 2 0.1297 0.72623 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR2013741 2 0.0891 0.72884 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013740 2 0.1806 0.70888 0.000 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR2013739 2 0.0972 0.73062 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013737 2 0.1908 0.71109 0.000 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR2013738 2 0.1829 0.72099 0.000 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024
#> SRR2013736 2 0.1890 0.72493 0.000 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR2013735 2 0.1926 0.72187 0.000 0.912 0.000 0.000 0.068 0.020
#> SRR2013734 2 0.3109 0.59439 0.000 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR2013733 2 0.4166 0.24507 0.000 0.648 0.000 0.000 0.324 0.028
#> SRR2013731 2 0.3543 0.53739 0.000 0.768 0.000 0.000 0.200 0.032
#> SRR2013732 2 0.3290 0.55853 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004
#> SRR2013730 2 0.3630 0.53566 0.000 0.756 0.000 0.000 0.212 0.032
#> SRR2013729 5 0.4157 0.65517 0.000 0.276 0.000 0.004 0.688 0.032
#> SRR2013728 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013727 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013726 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013725 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013724 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013723 5 0.2191 0.78449 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR2013722 2 0.2328 0.73452 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> SRR2013721 2 0.3109 0.60297 0.000 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR2013720 2 0.2328 0.73452 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> SRR2013719 2 0.2506 0.73124 0.000 0.880 0.000 0.000 0.068 0.052
#> SRR2013717 2 0.2328 0.73452 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> SRR2013718 2 0.4979 0.65208 0.000 0.640 0.000 0.000 0.136 0.224
#> SRR2013716 2 0.4896 0.65727 0.000 0.652 0.000 0.000 0.132 0.216
#> SRR2013715 2 0.5013 0.64933 0.000 0.636 0.000 0.000 0.140 0.224
#> SRR2013714 2 0.5002 0.64998 0.000 0.636 0.000 0.000 0.136 0.228
#> SRR2013713 2 0.0717 0.73073 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013712 2 0.0520 0.73118 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013711 2 0.4884 0.65737 0.000 0.652 0.000 0.000 0.128 0.220
#> SRR2013708 2 0.4039 0.69102 0.000 0.752 0.000 0.000 0.092 0.156
#> SRR2013709 2 0.2980 0.62479 0.000 0.800 0.000 0.000 0.192 0.008
#> SRR2013707 2 0.4979 0.65208 0.000 0.640 0.000 0.000 0.136 0.224
#> SRR2013706 2 0.3023 0.60433 0.000 0.784 0.000 0.000 0.212 0.004
#> SRR2013705 2 0.4871 0.66038 0.000 0.656 0.000 0.000 0.132 0.212
#> SRR2013704 2 0.4845 0.66077 0.000 0.660 0.000 0.000 0.132 0.208
#> SRR2013703 2 0.3136 0.59583 0.000 0.768 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR2013702 2 0.0520 0.73118 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013701 2 0.0520 0.73118 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013700 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013699 2 0.5002 0.64998 0.000 0.636 0.000 0.000 0.136 0.228
#> SRR2013698 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013697 2 0.4955 0.65428 0.000 0.644 0.000 0.000 0.136 0.220
#> SRR2013696 2 0.5002 0.64998 0.000 0.636 0.000 0.000 0.136 0.228
#> SRR2013695 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013694 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013693 2 0.5036 0.64686 0.000 0.632 0.000 0.000 0.140 0.228
#> SRR2013692 2 0.5036 0.64686 0.000 0.632 0.000 0.000 0.140 0.228
#> SRR2013691 2 0.0520 0.73118 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013690 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013689 2 0.4950 0.65202 0.000 0.652 0.000 0.000 0.184 0.164
#> SRR2013687 2 0.1845 0.73712 0.000 0.920 0.000 0.000 0.052 0.028
#> SRR2013688 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013686 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013685 2 0.3081 0.59985 0.000 0.776 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR2013682 2 0.3198 0.56022 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR2013683 2 0.3868 -0.27914 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR2013684 2 0.5046 0.64593 0.000 0.632 0.000 0.000 0.144 0.224
#> SRR2013681 5 0.3810 0.41164 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013680 2 0.4989 0.65193 0.000 0.640 0.000 0.000 0.140 0.220
#> SRR2013679 2 0.4979 0.65256 0.000 0.640 0.000 0.000 0.136 0.224
#> SRR2013678 2 0.5036 0.64686 0.000 0.632 0.000 0.000 0.140 0.228
#> SRR2013677 2 0.5036 0.64686 0.000 0.632 0.000 0.000 0.140 0.228
#> SRR2013676 2 0.3126 0.57080 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2013675 2 0.2100 0.69515 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR2013674 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 6 0.5188 1.00000 0.012 0.008 0.008 0.348 0.036 0.588
#> SRR2013669 3 0.0547 0.97487 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 6 0.5188 1.00000 0.012 0.008 0.008 0.348 0.036 0.588
#> SRR2013658 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1429 0.93540 0.004 0.000 0.940 0.052 0.000 0.004
#> SRR2013651 3 0.0363 0.98151 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.1082 0.95397 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR2013649 4 0.5392 0.13616 0.120 0.000 0.080 0.684 0.000 0.116
#> SRR2013647 1 0.2053 0.85530 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013648 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.6367 -0.12280 0.092 0.000 0.312 0.508 0.000 0.088
#> SRR2013645 3 0.0000 0.99201 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1010 0.95804 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR2013643 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013642 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013640 1 0.1910 0.85309 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013641 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013639 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013638 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013637 1 0.1074 0.87935 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR2013636 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013635 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013634 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013633 1 0.2118 0.85660 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR2013631 4 0.4024 0.00589 0.036 0.000 0.000 0.700 0.000 0.264
#> SRR2013632 1 0.2212 0.85391 0.880 0.000 0.000 0.008 0.000 0.112
#> SRR2013629 4 0.4075 0.05638 0.048 0.000 0.000 0.712 0.000 0.240
#> SRR2013630 4 0.3999 0.04116 0.032 0.000 0.000 0.696 0.000 0.272
#> SRR2013628 1 0.4612 0.64774 0.700 0.000 0.000 0.188 0.004 0.108
#> SRR2013626 4 0.4134 0.05338 0.052 0.000 0.000 0.708 0.000 0.240
#> SRR2013625 1 0.2212 0.85391 0.880 0.000 0.000 0.008 0.000 0.112
#> SRR2013627 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013624 1 0.1863 0.85793 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013623 4 0.4636 0.22913 0.160 0.000 0.012 0.716 0.000 0.112
#> SRR2013622 1 0.3136 0.79977 0.796 0.000 0.000 0.188 0.000 0.016
#> SRR2013621 1 0.2623 0.84552 0.852 0.000 0.000 0.132 0.000 0.016
#> SRR2013620 1 0.1176 0.87953 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR2013619 1 0.1176 0.88395 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR2013617 1 0.1245 0.87950 0.952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR2013618 1 0.1176 0.88116 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR2013616 1 0.0891 0.88074 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR2013615 1 0.1257 0.87933 0.952 0.000 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR2013614 1 0.1151 0.88260 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR2013613 1 0.2358 0.86100 0.876 0.000 0.000 0.108 0.000 0.016
#> SRR2013612 1 0.2112 0.86609 0.896 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016
#> SRR2013610 1 0.2404 0.85629 0.872 0.000 0.000 0.112 0.000 0.016
#> SRR2013611 1 0.2066 0.88304 0.908 0.000 0.000 0.040 0.000 0.052
#> SRR2013609 1 0.2491 0.86086 0.868 0.000 0.000 0.112 0.000 0.020
#> SRR2013608 1 0.2311 0.86008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.000 0.016
#> SRR2013606 1 0.2094 0.87006 0.900 0.000 0.000 0.080 0.000 0.020
#> SRR2013605 1 0.2311 0.85910 0.880 0.000 0.000 0.104 0.000 0.016
#> SRR2013607 1 0.2163 0.86453 0.892 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016
#> SRR2013604 1 0.2019 0.86745 0.900 0.000 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR2013603 1 0.2445 0.86524 0.872 0.000 0.000 0.108 0.000 0.020
#> SRR2013602 1 0.1745 0.87532 0.920 0.000 0.000 0.012 0.000 0.068
#> SRR2013601 1 0.1341 0.88086 0.948 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR2013600 1 0.1341 0.88320 0.948 0.000 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR2013599 1 0.1261 0.88035 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR2013598 1 0.1261 0.88276 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR2013596 1 0.1610 0.86606 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013597 1 0.1341 0.88086 0.948 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR2013595 1 0.1257 0.88119 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR2013594 1 0.0993 0.88223 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013593 1 0.1701 0.87152 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR2013592 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013591 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013590 4 0.3999 0.04116 0.032 0.000 0.000 0.696 0.000 0.272
#> SRR2013588 4 0.3978 0.04549 0.032 0.000 0.000 0.700 0.000 0.268
#> SRR2013587 4 0.3911 0.04503 0.032 0.000 0.000 0.712 0.000 0.256
#> SRR2013589 4 0.4060 0.00991 0.032 0.000 0.000 0.684 0.000 0.284
#> SRR2013586 4 0.3978 0.04549 0.032 0.000 0.000 0.700 0.000 0.268
#> SRR2013585 4 0.4127 0.01199 0.036 0.000 0.000 0.680 0.000 0.284
#> SRR2013584 1 0.4336 0.20603 0.504 0.000 0.000 0.476 0.000 0.020
#> SRR2013583 1 0.3719 0.72850 0.728 0.000 0.000 0.248 0.000 0.024
#> SRR2013582 1 0.3483 0.75028 0.748 0.000 0.000 0.236 0.000 0.016
#> SRR2013581 1 0.3710 0.67685 0.696 0.000 0.000 0.292 0.000 0.012
#> SRR2013580 4 0.3789 0.34363 0.332 0.000 0.000 0.660 0.000 0.008
#> SRR2013579 4 0.3670 0.36844 0.284 0.000 0.000 0.704 0.000 0.012
#> SRR2013578 1 0.3725 0.64429 0.676 0.000 0.000 0.316 0.000 0.008
#> SRR2013577 1 0.3797 0.67606 0.692 0.000 0.000 0.292 0.000 0.016
#> SRR2013576 1 0.3200 0.79430 0.788 0.000 0.000 0.196 0.000 0.016
#> SRR2013575 4 0.3835 0.35085 0.320 0.000 0.000 0.668 0.000 0.012
#> SRR2013574 1 0.3729 0.67323 0.692 0.000 0.000 0.296 0.000 0.012
#> SRR2013572 4 0.3555 0.36831 0.280 0.000 0.000 0.712 0.000 0.008
#> SRR2013573 1 0.3816 0.66975 0.688 0.000 0.000 0.296 0.000 0.016
#> SRR2013571 4 0.3650 0.36907 0.280 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012
#> SRR2013569 1 0.3134 0.81804 0.808 0.000 0.000 0.168 0.000 0.024
#> SRR2013570 1 0.3841 0.72258 0.716 0.000 0.000 0.256 0.000 0.028
#> SRR2013568 1 0.3984 0.59150 0.648 0.000 0.000 0.336 0.000 0.016
#> SRR2013567 4 0.3969 0.34109 0.332 0.000 0.000 0.652 0.000 0.016
#> SRR2013566 1 0.3290 0.78114 0.776 0.000 0.000 0.208 0.000 0.016
#> SRR2013564 4 0.4127 0.01199 0.036 0.000 0.000 0.680 0.000 0.284
#> SRR2013565 1 0.4159 0.45932 0.588 0.000 0.000 0.396 0.000 0.016
#> SRR2013563 4 0.4066 0.04234 0.036 0.000 0.000 0.692 0.000 0.272
#> SRR2013561 4 0.4127 0.01199 0.036 0.000 0.000 0.680 0.000 0.284
#> SRR2013560 4 0.3999 0.04116 0.032 0.000 0.000 0.696 0.000 0.272
#> SRR2013562 4 0.4045 0.04279 0.036 0.000 0.000 0.696 0.000 0.268
#> SRR2013558 4 0.3999 0.04116 0.032 0.000 0.000 0.696 0.000 0.272
#> SRR2013559 4 0.3978 0.04075 0.032 0.000 0.000 0.700 0.000 0.268
#> SRR2013556 1 0.3175 0.82449 0.808 0.000 0.000 0.164 0.000 0.028
#> SRR2013557 1 0.3231 0.78581 0.784 0.000 0.000 0.200 0.000 0.016
#> SRR2013554 4 0.3650 0.36907 0.280 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012
#> SRR2013553 1 0.3871 0.64990 0.676 0.000 0.000 0.308 0.000 0.016
#> SRR2013555 4 0.4336 -0.11812 0.476 0.000 0.000 0.504 0.000 0.020
#> SRR2013552 1 0.3221 0.79967 0.792 0.000 0.000 0.188 0.000 0.020
#> SRR2013551 1 0.3853 0.65695 0.680 0.000 0.000 0.304 0.000 0.016
#> SRR2013550 1 0.3802 0.64099 0.676 0.000 0.000 0.312 0.000 0.012
#> SRR2013548 1 0.3819 0.59849 0.652 0.000 0.000 0.340 0.000 0.008
#> SRR2013549 1 0.3912 0.58125 0.648 0.000 0.000 0.340 0.000 0.012
#> SRR2013546 1 0.3541 0.72117 0.728 0.000 0.000 0.260 0.000 0.012
#> SRR2013545 1 0.2841 0.82080 0.824 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012
#> SRR2013544 4 0.3690 0.36710 0.288 0.000 0.000 0.700 0.000 0.012
#> SRR2013547 1 0.3490 0.70748 0.724 0.000 0.000 0.268 0.000 0.008
#> SRR2013543 1 0.3319 0.82753 0.800 0.000 0.000 0.164 0.000 0.036
#> SRR2013542 1 0.3629 0.70143 0.712 0.000 0.000 0.276 0.000 0.012
#> SRR2013541 4 0.3650 0.36907 0.280 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012
#> SRR2013540 1 0.3835 0.65378 0.684 0.000 0.000 0.300 0.000 0.016
#> SRR2013539 4 0.3650 0.36907 0.280 0.000 0.000 0.708 0.000 0.012
#> SRR2013538 1 0.3468 0.71807 0.728 0.000 0.000 0.264 0.000 0.008
#> SRR2013537 1 0.3134 0.84070 0.820 0.000 0.000 0.144 0.000 0.036
#> SRR2013535 1 0.3690 0.68332 0.700 0.000 0.000 0.288 0.000 0.012
#> SRR2013536 1 0.3236 0.80941 0.796 0.000 0.000 0.180 0.000 0.024
#> SRR2013534 1 0.3483 0.77386 0.764 0.000 0.000 0.212 0.000 0.024
#> SRR2013532 4 0.4216 -0.02707 0.032 0.004 0.000 0.676 0.000 0.288
#> SRR2013533 4 0.4087 0.02446 0.036 0.000 0.000 0.688 0.000 0.276
#> SRR2013531 4 0.4409 -0.02467 0.044 0.004 0.000 0.664 0.000 0.288
#> SRR2013529 1 0.2070 0.86677 0.896 0.000 0.000 0.092 0.000 0.012
#> SRR2013530 1 0.3650 0.68949 0.708 0.000 0.000 0.280 0.000 0.012
#> SRR2013528 1 0.2536 0.85538 0.864 0.000 0.000 0.116 0.000 0.020
#> SRR2013527 1 0.2613 0.83847 0.848 0.000 0.000 0.140 0.000 0.012
#> SRR2013526 1 0.1471 0.87314 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR2013525 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013524 1 0.2106 0.88356 0.904 0.000 0.000 0.064 0.000 0.032
#> SRR2013523 1 0.2053 0.85370 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013522 1 0.2165 0.85591 0.884 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108
#> SRR2013521 1 0.2877 0.82031 0.820 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR2013519 1 0.1745 0.87210 0.920 0.000 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR2013520 1 0.4712 0.21670 0.512 0.000 0.004 0.448 0.000 0.036
#> SRR2013518 1 0.2250 0.86659 0.888 0.000 0.000 0.020 0.000 0.092
#> SRR2013517 1 0.2164 0.87748 0.900 0.000 0.000 0.032 0.000 0.068
#> SRR2013516 1 0.2145 0.87564 0.900 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072
#> SRR2013514 1 0.2350 0.86395 0.880 0.000 0.000 0.020 0.000 0.100
#> SRR2013515 1 0.2301 0.86337 0.884 0.000 0.000 0.020 0.000 0.096
#> SRR2013513 1 0.2263 0.85945 0.884 0.000 0.000 0.016 0.000 0.100
#> SRR2013512 1 0.2301 0.86611 0.884 0.000 0.000 0.020 0.000 0.096
#> SRR2013511 1 0.2163 0.86454 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.092
#> SRR2013510 1 0.2263 0.85945 0.884 0.000 0.000 0.016 0.000 0.100
#> SRR2013508 1 0.2250 0.86617 0.888 0.000 0.000 0.020 0.000 0.092
#> SRR2013509 1 0.2163 0.86454 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.092
#> SRR2013505 1 0.2179 0.87548 0.900 0.000 0.000 0.036 0.000 0.064
#> SRR2013506 1 0.2909 0.84679 0.836 0.000 0.000 0.136 0.000 0.028
#> SRR2013507 1 0.2263 0.86097 0.884 0.000 0.000 0.016 0.000 0.100
#> SRR2013504 1 0.2491 0.85861 0.868 0.000 0.000 0.112 0.000 0.020
#> SRR2013503 1 0.3372 0.84180 0.816 0.000 0.000 0.084 0.000 0.100
#> SRR2013502 1 0.2629 0.86217 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.092
#> SRR2013501 1 0.2537 0.86385 0.872 0.000 0.000 0.032 0.000 0.096
#> SRR2013500 1 0.2201 0.87883 0.896 0.000 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR2013499 1 0.2667 0.85149 0.852 0.000 0.000 0.128 0.000 0.020
#> SRR2013498 1 0.2312 0.86033 0.876 0.000 0.000 0.112 0.000 0.012
#> SRR2013497 1 0.2214 0.86954 0.888 0.000 0.000 0.096 0.000 0.016
#> SRR2013495 1 0.2404 0.85951 0.872 0.000 0.000 0.112 0.000 0.016
#> SRR2013496 1 0.2537 0.86717 0.872 0.000 0.000 0.096 0.000 0.032
#> SRR2013492 1 0.2404 0.87336 0.884 0.000 0.000 0.080 0.000 0.036
#> SRR2013494 1 0.2560 0.86923 0.872 0.000 0.000 0.092 0.000 0.036
#> SRR2013493 1 0.1584 0.87811 0.928 0.000 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR2013491 1 0.1921 0.88107 0.916 0.000 0.000 0.052 0.000 0.032
#> SRR2013490 1 0.2328 0.88333 0.892 0.000 0.000 0.056 0.000 0.052
#> SRR2013489 1 0.2826 0.85110 0.844 0.000 0.000 0.128 0.000 0.028
#> SRR2013488 1 0.2679 0.86937 0.864 0.000 0.000 0.096 0.000 0.040
#> SRR2013487 1 0.2843 0.85872 0.848 0.000 0.000 0.116 0.000 0.036
#> SRR2013486 1 0.0993 0.88116 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR2013485 1 0.1267 0.87367 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013484 1 0.1088 0.88205 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR2013483 1 0.1151 0.88394 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR2013482 1 0.2053 0.85239 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013481 1 0.1498 0.88381 0.940 0.000 0.000 0.028 0.000 0.032
#> SRR2013479 1 0.1257 0.88250 0.952 0.000 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR2013480 1 0.1088 0.88224 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR2013478 1 0.1594 0.87551 0.932 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.1408 0.87989 0.944 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR2013476 1 0.1176 0.88343 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR2013474 1 0.1408 0.88111 0.944 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR2013473 1 0.1858 0.85947 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR2013475 1 0.0909 0.88110 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013472 1 0.0972 0.88028 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR2013471 1 0.1700 0.86530 0.916 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR2013470 1 0.1010 0.87899 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2013469 1 0.1719 0.87776 0.924 0.000 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR2013468 1 0.1334 0.88053 0.948 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2013467 1 0.1908 0.85776 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR2013466 1 0.1074 0.87979 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR2013465 1 0.1257 0.88379 0.952 0.000 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR2013463 1 0.0972 0.87934 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR2013462 1 0.1398 0.87746 0.940 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR2013464 1 0.1168 0.87968 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR2013461 1 0.1657 0.87555 0.928 0.000 0.000 0.056 0.000 0.016
#> SRR2013460 1 0.1802 0.86972 0.916 0.000 0.000 0.072 0.000 0.012
#> SRR2013459 1 0.1779 0.87453 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR2013458 1 0.1951 0.87278 0.908 0.000 0.000 0.076 0.000 0.016
#> SRR2013457 1 0.1563 0.87646 0.932 0.000 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR2013456 1 0.1462 0.87554 0.936 0.000 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR2013455 1 0.1779 0.87453 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR2013453 1 0.1686 0.87624 0.924 0.000 0.000 0.012 0.000 0.064
#> SRR2013454 1 0.1563 0.87646 0.932 0.000 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR2013452 1 0.1970 0.86058 0.900 0.000 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR2013451 1 0.2255 0.87726 0.892 0.000 0.000 0.028 0.000 0.080
#> SRR2013450 1 0.1745 0.87013 0.920 0.000 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR2013449 1 0.2581 0.85026 0.856 0.000 0.000 0.128 0.000 0.016
#> SRR2013448 1 0.1563 0.87173 0.932 0.000 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR2013447 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013446 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013445 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013444 1 0.2053 0.85170 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.524 0.912 0.895 0.3404 0.603 0.603
#> 3 3 1.000 0.970 0.978 0.4596 0.868 0.785
#> 4 4 0.674 0.729 0.857 0.2735 0.864 0.727
#> 5 5 0.640 0.667 0.746 0.1266 0.874 0.672
#> 6 6 0.720 0.597 0.757 0.0846 0.855 0.554
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013759 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013758 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013757 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013756 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013755 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013754 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013753 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013751 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013752 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013750 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013749 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013748 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013747 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013745 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013746 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013744 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013742 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013743 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013741 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013740 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013739 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013737 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013738 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013736 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013735 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013734 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013733 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013731 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013732 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013730 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013729 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013728 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013727 2 0.8386 0.9815 0.268 0.732
#> SRR2013726 1 0.8081 0.4769 0.752 0.248
#> SRR2013725 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013724 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013723 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013722 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013721 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013720 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013719 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013717 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013718 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013716 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013715 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013714 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013713 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013712 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013711 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013708 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013709 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013707 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013706 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013705 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013704 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013703 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013702 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013701 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013700 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013699 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013698 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013697 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013696 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013695 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013694 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013693 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013692 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013691 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013690 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013689 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013687 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013688 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013686 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013685 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013682 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013683 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013684 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013681 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013680 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013679 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013678 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013677 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013676 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013675 2 0.8327 0.9865 0.264 0.736
#> SRR2013674 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013673 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013671 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013672 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013670 1 0.0376 0.9389 0.996 0.004
#> SRR2013669 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013668 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013667 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013666 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013665 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013662 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013663 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013664 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013661 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013660 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013659 2 0.9635 0.7971 0.388 0.612
#> SRR2013658 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013657 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013656 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013654 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013655 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013653 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013652 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013651 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013650 1 0.8327 0.6675 0.736 0.264
#> SRR2013649 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013646 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013645 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013644 1 0.8386 0.6652 0.732 0.268
#> SRR2013643 1 0.9087 0.1884 0.676 0.324
#> SRR2013642 2 0.9850 0.7198 0.428 0.572
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.9896 0.6934 0.440 0.560
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.9881 0.7025 0.436 0.564
#> SRR2013635 2 0.9988 0.5938 0.480 0.520
#> SRR2013634 1 0.9491 -0.0286 0.632 0.368
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0376 0.9389 0.996 0.004
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.1414 0.9319 0.980 0.020
#> SRR2013630 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013622 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013621 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0672 0.9381 0.992 0.008
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0376 0.9389 0.996 0.004
#> SRR2013588 1 0.1414 0.9319 0.980 0.020
#> SRR2013587 1 0.1414 0.9319 0.980 0.020
#> SRR2013589 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013586 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013585 1 0.9170 0.1563 0.668 0.332
#> SRR2013584 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013579 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013574 1 0.0376 0.9401 0.996 0.004
#> SRR2013572 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013573 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013571 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013567 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.9580 -0.0841 0.620 0.380
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0938 0.9360 0.988 0.012
#> SRR2013561 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013562 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013558 1 0.1414 0.9319 0.980 0.020
#> SRR2013559 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013554 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013553 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013555 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013550 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013548 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013549 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013546 1 0.0938 0.9361 0.988 0.012
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013541 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR2013533 1 0.0938 0.9360 0.988 0.012
#> SRR2013531 1 0.0376 0.9389 0.996 0.004
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013519 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013520 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.1184 0.9337 0.984 0.016
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.4939 0.7910 0.892 0.108
#> SRR2013445 1 0.0376 0.9384 0.996 0.004
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0592 0.9626 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.2261 0.9357 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.2261 0.9340 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0237 0.9633 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013736 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013735 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013734 2 0.0892 0.9612 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013733 2 0.2261 0.9357 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013731 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013732 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013730 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013729 2 0.2261 0.9357 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013728 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013727 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013726 2 0.8120 0.1931 0.396 0.532 0.072
#> SRR2013725 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013724 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013723 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013722 2 0.0892 0.9612 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013721 2 0.0237 0.9628 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013720 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013718 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013716 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013715 2 0.1031 0.9600 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013714 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013708 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013706 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013705 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013704 2 0.0747 0.9608 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013703 2 0.0237 0.9628 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.1964 0.9509 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013699 2 0.1031 0.9600 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013698 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013697 2 0.0892 0.9597 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013696 2 0.1031 0.9600 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013695 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013694 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013693 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013692 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013689 2 0.1753 0.9548 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013687 2 0.0747 0.9619 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013688 2 0.1860 0.9529 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013686 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013685 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013682 2 0.0892 0.9612 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013683 2 0.2261 0.9357 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013684 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013681 2 0.2356 0.9333 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013680 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013679 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013678 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013677 2 0.1411 0.9589 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013676 2 0.0747 0.9623 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013675 2 0.0237 0.9633 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013674 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013673 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013671 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013672 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013670 1 0.0237 0.9868 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013669 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013668 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013667 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013666 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013665 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013662 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013663 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013664 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013661 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013660 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013659 2 0.4121 0.6870 0.168 0.832 0.000
#> SRR2013658 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013657 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013656 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013654 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013655 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013653 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013652 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013651 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013650 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013649 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013646 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013645 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013644 3 0.2796 1.0000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013643 1 0.1411 0.9491 0.964 0.036 0.000
#> SRR2013642 2 0.6309 -0.0105 0.500 0.500 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.5733 0.4828 0.676 0.324 0.000
#> SRR2013639 1 0.0237 0.9869 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.3192 0.8498 0.888 0.112 0.000
#> SRR2013635 1 0.4235 0.7536 0.824 0.176 0.000
#> SRR2013634 1 0.1860 0.9289 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.6045 0.3597 0.620 0.380 0.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.6168 0.2889 0.588 0.412 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0237 0.9869 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0592 0.9779 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013442 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013769 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013764 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013762 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013760 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013758 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013757 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.0921 0.93248 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013755 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013754 2 0.0469 0.93252 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013753 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013751 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013750 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013749 2 0.3528 0.84361 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013748 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013747 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013745 2 0.3569 0.84051 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013746 2 0.0469 0.93252 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013744 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013742 2 0.0469 0.93252 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013743 2 0.0188 0.93316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013741 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013740 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013739 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013737 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013738 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013736 2 0.1302 0.93068 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013735 2 0.1211 0.93140 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013734 2 0.1474 0.92968 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013733 2 0.3649 0.84303 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR2013731 2 0.1302 0.93081 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013732 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013730 2 0.1389 0.93008 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013729 2 0.3688 0.84206 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR2013728 2 0.3942 0.82440 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013727 2 0.3942 0.82440 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013726 2 0.7415 0.42575 0.248 0.516 0.000 0.236
#> SRR2013725 2 0.3837 0.83395 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2013724 2 0.3942 0.82440 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013723 2 0.3942 0.82440 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013722 2 0.1389 0.93008 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013721 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013720 2 0.0921 0.93281 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013719 2 0.0336 0.93308 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013717 2 0.1474 0.92994 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013718 2 0.2469 0.91590 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013716 2 0.2149 0.91718 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013715 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013714 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013713 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013712 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013711 2 0.2081 0.91814 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013708 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013709 2 0.0469 0.93252 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013707 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013706 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013705 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013704 2 0.1867 0.92015 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013703 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013702 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013701 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013700 2 0.3024 0.90607 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013699 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013698 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013697 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013696 2 0.2408 0.91665 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013695 2 0.2760 0.91250 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013694 2 0.2814 0.91167 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013693 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013692 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013691 2 0.0336 0.93291 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013690 2 0.2760 0.91250 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013689 2 0.3024 0.90797 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013687 2 0.1474 0.92994 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013688 2 0.2973 0.90760 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013686 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013685 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013682 2 0.1474 0.93056 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013683 2 0.3688 0.84206 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR2013684 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013681 2 0.3726 0.83892 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR2013680 2 0.2647 0.91436 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013679 2 0.2704 0.91356 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013678 2 0.2760 0.91250 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013677 2 0.2589 0.91531 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013676 2 0.1302 0.93197 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013675 2 0.0592 0.93210 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013674 3 0.0188 0.98454 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013673 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4814 0.82806 0.316 0.008 0.000 0.676
#> SRR2013669 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013668 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013667 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.4418 0.72658 0.032 0.784 0.000 0.184
#> SRR2013658 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013651 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013650 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013649 3 0.4866 0.49472 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR2013647 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013648 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013645 3 0.0000 0.98543 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0336 0.98357 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013643 1 0.3842 0.70448 0.836 0.036 0.000 0.128
#> SRR2013642 1 0.6827 0.21357 0.568 0.304 0.000 0.128
#> SRR2013640 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013641 1 0.6112 0.41828 0.676 0.196 0.000 0.128
#> SRR2013639 1 0.2831 0.74991 0.876 0.004 0.000 0.120
#> SRR2013638 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013637 1 0.2589 0.75506 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013636 1 0.4410 0.66337 0.808 0.064 0.000 0.128
#> SRR2013635 1 0.4817 0.62470 0.784 0.088 0.000 0.128
#> SRR2013634 1 0.4017 0.69330 0.828 0.044 0.000 0.128
#> SRR2013633 1 0.3123 0.72919 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013631 4 0.4454 0.85132 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013632 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013629 4 0.4477 0.85810 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013630 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013628 4 0.4522 0.84699 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013626 4 0.4454 0.85587 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013625 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013627 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013624 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013623 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013622 1 0.4804 -0.31428 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013621 1 0.4500 0.00566 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013620 1 0.0707 0.77863 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013619 1 0.2345 0.76369 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013617 1 0.1867 0.77394 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013618 1 0.0921 0.77926 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013616 1 0.2589 0.75506 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013615 1 0.1389 0.77855 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013614 1 0.2149 0.76910 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013613 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013612 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013610 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013611 1 0.1557 0.77742 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013609 1 0.1637 0.72224 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013608 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013606 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013605 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013607 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013604 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013603 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013602 1 0.2281 0.76551 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013601 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013600 1 0.1637 0.77719 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013599 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013598 1 0.0469 0.77797 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013596 1 0.2589 0.75506 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013597 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013595 1 0.0000 0.77549 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.2530 0.75749 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013593 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013592 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013591 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013590 4 0.4608 0.84830 0.304 0.004 0.000 0.692
#> SRR2013588 4 0.4643 0.86541 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013587 4 0.4605 0.86512 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013589 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013586 4 0.4543 0.86276 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013585 4 0.5820 0.71506 0.204 0.100 0.000 0.696
#> SRR2013584 4 0.4999 0.72961 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013583 1 0.4431 0.07347 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013582 1 0.4877 -0.41286 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013581 1 0.4277 0.18036 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013580 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013579 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013578 1 0.4222 0.21354 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013577 1 0.4790 -0.29744 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013576 1 0.4713 -0.20986 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013575 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013574 1 0.4746 -0.24574 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013572 4 0.4925 0.84244 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013573 1 0.4830 -0.34805 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013571 4 0.4925 0.84244 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013569 1 0.0921 0.77633 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013570 1 0.4624 -0.11417 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013568 1 0.4898 -0.44430 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013567 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013566 1 0.4250 0.19600 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013564 4 0.5889 0.69199 0.188 0.116 0.000 0.696
#> SRR2013565 1 0.4564 -0.05251 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013563 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013561 4 0.4722 0.84467 0.300 0.008 0.000 0.692
#> SRR2013560 4 0.4624 0.86539 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013562 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013558 4 0.4643 0.86534 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013559 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013556 1 0.4331 0.14736 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013557 1 0.4877 -0.41262 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013554 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013553 1 0.4776 -0.28045 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013555 4 0.4985 0.78214 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR2013552 1 0.4356 0.12971 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013551 1 0.4804 -0.31428 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013550 4 0.4955 0.82329 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013548 1 0.4877 -0.41329 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013549 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013546 1 0.4877 -0.41286 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013545 1 0.3907 0.35392 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013544 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013547 4 0.4925 0.84402 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013543 1 0.2149 0.74350 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013542 1 0.4804 -0.31428 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013541 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013540 1 0.4500 0.01192 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013539 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013538 4 0.4955 0.82333 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013537 1 0.3356 0.51288 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013535 1 0.3764 0.40259 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013536 1 0.4431 0.07261 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013534 1 0.4406 0.09266 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013532 4 0.4477 0.85305 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013533 4 0.4522 0.86164 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013531 4 0.4454 0.85132 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013529 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013530 4 0.4916 0.84784 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013528 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013527 1 0.3528 0.47000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013526 1 0.2469 0.76008 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013525 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013524 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013523 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013522 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013521 1 0.4477 0.03322 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013519 1 0.1211 0.74440 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013520 1 0.4907 -0.45923 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR2013518 1 0.2760 0.74987 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013517 1 0.2081 0.77047 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013516 1 0.2081 0.77103 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013514 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013515 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013513 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013512 1 0.2011 0.77197 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013511 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013510 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013508 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013509 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013505 1 0.2081 0.77046 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013506 1 0.2408 0.65622 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013507 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013504 1 0.1557 0.77572 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013503 4 0.4999 0.42639 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013502 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013501 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013500 1 0.1637 0.77690 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013499 1 0.4877 -0.32944 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013498 1 0.4746 -0.24743 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013497 1 0.0817 0.76091 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013495 1 0.4072 0.28567 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013496 1 0.3528 0.47259 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013492 1 0.1302 0.77928 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013494 1 0.3942 0.34298 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013493 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013491 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013490 1 0.1389 0.77926 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013489 1 0.4855 -0.36251 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR2013488 1 0.1022 0.78003 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013487 1 0.4277 0.18125 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013486 1 0.2216 0.76735 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013485 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013484 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013483 1 0.0000 0.77549 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013481 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013479 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.1474 0.77797 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013476 1 0.1302 0.77892 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013474 1 0.0707 0.77902 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013473 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013475 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.1637 0.77705 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013471 1 0.2408 0.76175 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013470 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013469 1 0.0188 0.77626 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013468 1 0.0707 0.77855 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013467 1 0.2345 0.76414 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013466 1 0.1211 0.77894 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013465 1 0.1022 0.77965 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013463 1 0.1940 0.77298 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013462 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013464 1 0.0707 0.77864 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013461 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013459 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013457 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013456 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013453 1 0.0469 0.77771 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013454 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013452 1 0.2530 0.75797 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013451 1 0.1637 0.77680 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013450 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013448 1 0.0188 0.77471 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013446 1 0.3161 0.73819 0.864 0.012 0.000 0.124
#> SRR2013445 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013444 1 0.2647 0.75311 0.880 0.000 0.000 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0162 0.7035 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.7050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013768 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013767 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013765 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013766 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013764 1 0.4825 0.4379 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> SRR2013763 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013762 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013761 1 0.4503 0.5856 0.664 0.000 0.000 0.024 0.312
#> SRR2013760 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.1502 0.8727 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013755 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.4836 0.6992 0.000 0.652 0.000 0.304 0.044
#> SRR2013748 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.4873 0.6918 0.000 0.644 0.000 0.312 0.044
#> SRR2013746 2 0.0404 0.8747 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0404 0.8747 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0404 0.8747 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0566 0.8748 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013738 2 0.0671 0.8751 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013736 2 0.1830 0.8714 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> SRR2013735 2 0.1830 0.8714 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> SRR2013734 2 0.2069 0.8695 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR2013733 2 0.4902 0.6984 0.000 0.648 0.000 0.304 0.048
#> SRR2013731 2 0.1571 0.8721 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR2013732 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013730 2 0.1956 0.8700 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2013729 2 0.4965 0.6972 0.000 0.644 0.000 0.304 0.052
#> SRR2013728 2 0.5396 0.6572 0.000 0.588 0.000 0.340 0.072
#> SRR2013727 2 0.5396 0.6572 0.000 0.588 0.000 0.340 0.072
#> SRR2013726 2 0.7143 0.4985 0.068 0.472 0.000 0.348 0.112
#> SRR2013725 2 0.5382 0.6614 0.000 0.592 0.000 0.336 0.072
#> SRR2013724 2 0.5396 0.6572 0.000 0.588 0.000 0.340 0.072
#> SRR2013723 2 0.5382 0.6614 0.000 0.592 0.000 0.336 0.072
#> SRR2013722 2 0.2006 0.8703 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> SRR2013721 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013720 2 0.1502 0.8717 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013719 2 0.0162 0.8758 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013717 2 0.2006 0.8703 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> SRR2013718 2 0.3366 0.8247 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR2013716 2 0.3177 0.8278 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2013715 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013714 2 0.3274 0.8261 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.3143 0.8292 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2013708 2 0.3210 0.8302 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR2013709 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013707 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013706 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013705 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013704 2 0.2280 0.8524 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013703 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013702 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3752 0.8100 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR2013699 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013698 2 0.3661 0.8163 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2013697 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013696 2 0.3305 0.8259 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013695 2 0.3684 0.8150 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013694 2 0.3684 0.8150 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013693 2 0.3586 0.8203 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2013692 2 0.3586 0.8203 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3684 0.8150 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013689 2 0.3684 0.8177 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013687 2 0.2006 0.8703 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> SRR2013688 2 0.3684 0.8150 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013686 2 0.3561 0.8211 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2013685 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013682 2 0.1597 0.8725 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR2013683 2 0.4984 0.6935 0.000 0.640 0.000 0.308 0.052
#> SRR2013684 2 0.3534 0.8224 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2013681 2 0.5122 0.6851 0.000 0.628 0.000 0.312 0.060
#> SRR2013680 2 0.3534 0.8219 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2013679 2 0.3612 0.8191 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR2013678 2 0.3684 0.8150 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013677 2 0.3534 0.8224 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2013676 2 0.1364 0.8737 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR2013675 2 0.0693 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.6953 0.8631 0.248 0.008 0.000 0.392 0.352
#> SRR2013669 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013668 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.5484 0.6149 0.060 0.720 0.000 0.140 0.080
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013651 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013650 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013649 3 0.6695 -0.1126 0.000 0.000 0.432 0.288 0.280
#> SRR2013647 1 0.0451 0.7037 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.1300 0.9559 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9738 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1018 0.9633 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2013643 1 0.2264 0.6277 0.912 0.060 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013642 1 0.3877 0.4202 0.764 0.212 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013640 1 0.0671 0.6956 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013641 1 0.3525 0.4992 0.816 0.156 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013639 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013638 1 0.0671 0.6956 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013637 1 0.0404 0.7094 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013636 1 0.2812 0.5822 0.876 0.096 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013635 1 0.3073 0.5545 0.856 0.116 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013634 1 0.2196 0.6329 0.916 0.056 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013633 1 0.1211 0.6798 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR2013631 4 0.6610 0.9656 0.184 0.004 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013632 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013629 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013630 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013628 5 0.6761 -0.8240 0.268 0.000 0.000 0.352 0.380
#> SRR2013626 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013625 1 0.0771 0.6928 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013627 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013624 1 0.0404 0.6995 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013623 5 0.5533 -0.5080 0.084 0.000 0.000 0.336 0.580
#> SRR2013622 5 0.3779 0.6831 0.236 0.000 0.000 0.012 0.752
#> SRR2013621 5 0.4382 0.6080 0.288 0.000 0.000 0.024 0.688
#> SRR2013620 1 0.3877 0.6587 0.764 0.000 0.000 0.024 0.212
#> SRR2013619 1 0.1043 0.7131 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013617 1 0.2423 0.7091 0.896 0.000 0.000 0.024 0.080
#> SRR2013618 1 0.2864 0.6996 0.864 0.000 0.000 0.024 0.112
#> SRR2013616 1 0.0290 0.7083 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.2540 0.7072 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR2013614 1 0.1942 0.7124 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR2013613 1 0.4709 0.5321 0.612 0.000 0.000 0.024 0.364
#> SRR2013612 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013610 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013611 1 0.2727 0.7024 0.868 0.000 0.000 0.016 0.116
#> SRR2013609 5 0.4890 0.0160 0.452 0.000 0.000 0.024 0.524
#> SRR2013608 1 0.4757 0.5053 0.596 0.000 0.000 0.024 0.380
#> SRR2013606 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013605 1 0.4825 0.4365 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> SRR2013607 1 0.4682 0.5446 0.620 0.000 0.000 0.024 0.356
#> SRR2013604 1 0.4654 0.5543 0.628 0.000 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013603 1 0.4654 0.5541 0.628 0.000 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013602 1 0.1485 0.7140 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR2013601 1 0.4696 0.5395 0.616 0.000 0.000 0.024 0.360
#> SRR2013600 1 0.2362 0.7114 0.900 0.000 0.000 0.024 0.076
#> SRR2013599 1 0.4624 0.5629 0.636 0.000 0.000 0.024 0.340
#> SRR2013598 1 0.4029 0.6453 0.744 0.000 0.000 0.024 0.232
#> SRR2013596 1 0.0290 0.7083 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013597 1 0.4608 0.5667 0.640 0.000 0.000 0.024 0.336
#> SRR2013595 1 0.4540 0.5806 0.656 0.000 0.000 0.024 0.320
#> SRR2013594 1 0.1168 0.7133 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2013593 1 0.0000 0.7050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0290 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013591 1 0.0162 0.7035 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013590 4 0.6610 0.9656 0.184 0.004 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013588 4 0.6394 0.9355 0.168 0.000 0.000 0.428 0.404
#> SRR2013587 4 0.6413 0.9495 0.172 0.000 0.000 0.432 0.396
#> SRR2013589 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013586 4 0.6472 0.9657 0.184 0.000 0.000 0.432 0.384
#> SRR2013585 4 0.7125 0.8852 0.144 0.044 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013584 5 0.3284 0.5703 0.148 0.000 0.000 0.024 0.828
#> SRR2013583 5 0.4067 0.6458 0.300 0.000 0.000 0.008 0.692
#> SRR2013582 5 0.3789 0.6730 0.212 0.000 0.000 0.020 0.768
#> SRR2013581 5 0.3752 0.6345 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013580 5 0.5275 -0.3547 0.084 0.000 0.000 0.276 0.640
#> SRR2013579 5 0.5414 -0.4059 0.092 0.000 0.000 0.284 0.624
#> SRR2013578 5 0.3876 0.6119 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013577 5 0.3635 0.6802 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR2013576 5 0.4132 0.6796 0.260 0.000 0.000 0.020 0.720
#> SRR2013575 5 0.5275 -0.3547 0.084 0.000 0.000 0.276 0.640
#> SRR2013574 5 0.3961 0.6844 0.248 0.000 0.000 0.016 0.736
#> SRR2013572 5 0.5275 -0.3547 0.084 0.000 0.000 0.276 0.640
#> SRR2013573 5 0.3819 0.6873 0.228 0.000 0.000 0.016 0.756
#> SRR2013571 5 0.5316 -0.3739 0.084 0.000 0.000 0.284 0.632
#> SRR2013569 1 0.4425 0.4014 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2013570 5 0.4086 0.6631 0.284 0.000 0.000 0.012 0.704
#> SRR2013568 5 0.3821 0.6753 0.216 0.000 0.000 0.020 0.764
#> SRR2013567 5 0.5414 -0.4059 0.092 0.000 0.000 0.284 0.624
#> SRR2013566 5 0.4046 0.6242 0.296 0.000 0.000 0.008 0.696
#> SRR2013564 4 0.7125 0.8852 0.144 0.044 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013565 5 0.3707 0.6567 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013563 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013561 4 0.6610 0.9656 0.184 0.004 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013560 4 0.6413 0.9495 0.172 0.000 0.000 0.432 0.396
#> SRR2013562 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013558 4 0.6413 0.9495 0.172 0.000 0.000 0.432 0.396
#> SRR2013559 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013556 5 0.4193 0.6404 0.304 0.000 0.000 0.012 0.684
#> SRR2013557 5 0.3897 0.6578 0.204 0.000 0.000 0.028 0.768
#> SRR2013554 5 0.5316 -0.3739 0.084 0.000 0.000 0.284 0.632
#> SRR2013553 5 0.3635 0.6757 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR2013555 5 0.2864 0.4977 0.112 0.000 0.000 0.024 0.864
#> SRR2013552 5 0.4173 0.6460 0.300 0.000 0.000 0.012 0.688
#> SRR2013551 5 0.3579 0.6847 0.240 0.000 0.000 0.004 0.756
#> SRR2013550 5 0.3339 0.4628 0.112 0.000 0.000 0.048 0.840
#> SRR2013548 5 0.3696 0.6739 0.212 0.000 0.000 0.016 0.772
#> SRR2013549 5 0.5275 -0.3506 0.084 0.000 0.000 0.276 0.640
#> SRR2013546 5 0.3929 0.6629 0.208 0.000 0.000 0.028 0.764
#> SRR2013545 5 0.4638 0.5202 0.324 0.000 0.000 0.028 0.648
#> SRR2013544 5 0.5316 -0.3739 0.084 0.000 0.000 0.284 0.632
#> SRR2013547 5 0.4851 -0.0764 0.092 0.000 0.000 0.196 0.712
#> SRR2013543 1 0.4201 0.2849 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013542 5 0.3579 0.6846 0.240 0.000 0.000 0.004 0.756
#> SRR2013541 5 0.5365 -0.3899 0.088 0.000 0.000 0.284 0.628
#> SRR2013540 5 0.3980 0.6575 0.284 0.000 0.000 0.008 0.708
#> SRR2013539 5 0.5414 -0.4059 0.092 0.000 0.000 0.284 0.624
#> SRR2013538 5 0.4386 0.1749 0.096 0.000 0.000 0.140 0.764
#> SRR2013537 5 0.4455 0.4395 0.404 0.000 0.000 0.008 0.588
#> SRR2013535 5 0.4522 0.5422 0.316 0.000 0.000 0.024 0.660
#> SRR2013536 5 0.4067 0.6497 0.300 0.000 0.000 0.008 0.692
#> SRR2013534 5 0.4067 0.6435 0.300 0.000 0.000 0.008 0.692
#> SRR2013532 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013533 4 0.6456 0.9580 0.180 0.000 0.000 0.428 0.392
#> SRR2013531 4 0.6490 0.9691 0.188 0.000 0.000 0.432 0.380
#> SRR2013529 1 0.4825 0.4388 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> SRR2013530 5 0.5191 -0.2982 0.088 0.000 0.000 0.252 0.660
#> SRR2013528 1 0.4848 0.4083 0.556 0.000 0.000 0.024 0.420
#> SRR2013527 5 0.4339 0.5065 0.336 0.000 0.000 0.012 0.652
#> SRR2013526 1 0.0703 0.7119 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013525 1 0.0324 0.7027 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013524 1 0.4800 0.5220 0.604 0.000 0.000 0.028 0.368
#> SRR2013523 1 0.0451 0.7005 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013522 1 0.0324 0.7027 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013521 5 0.4315 0.6245 0.276 0.000 0.000 0.024 0.700
#> SRR2013519 5 0.4867 0.1073 0.432 0.000 0.000 0.024 0.544
#> SRR2013520 5 0.3961 0.6656 0.212 0.000 0.000 0.028 0.760
#> SRR2013518 1 0.0992 0.6868 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013517 1 0.1892 0.7103 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2013516 1 0.1484 0.7127 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013514 1 0.0290 0.7064 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013515 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013513 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013512 1 0.1124 0.7128 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013511 1 0.0671 0.6956 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013510 1 0.0865 0.6898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013508 1 0.0451 0.7005 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013509 1 0.0162 0.7045 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013505 1 0.1894 0.7122 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2013506 5 0.4452 0.0368 0.496 0.000 0.000 0.004 0.500
#> SRR2013507 1 0.0566 0.6981 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013504 1 0.4235 0.4986 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2013503 1 0.5252 0.0345 0.632 0.000 0.000 0.076 0.292
#> SRR2013502 1 0.0324 0.7054 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013501 1 0.0451 0.7037 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013500 1 0.2338 0.7050 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR2013499 5 0.4229 0.6723 0.276 0.000 0.000 0.020 0.704
#> SRR2013498 5 0.3906 0.6852 0.240 0.000 0.000 0.016 0.744
#> SRR2013497 1 0.4900 0.2463 0.512 0.000 0.000 0.024 0.464
#> SRR2013495 5 0.4288 0.5741 0.324 0.000 0.000 0.012 0.664
#> SRR2013496 5 0.4444 0.4866 0.364 0.000 0.000 0.012 0.624
#> SRR2013492 1 0.3700 0.6261 0.752 0.000 0.000 0.008 0.240
#> SRR2013494 5 0.4384 0.5438 0.324 0.000 0.000 0.016 0.660
#> SRR2013493 1 0.4734 0.5207 0.604 0.000 0.000 0.024 0.372
#> SRR2013491 1 0.0798 0.7085 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013490 1 0.3783 0.6297 0.740 0.000 0.000 0.008 0.252
#> SRR2013489 5 0.4649 0.6277 0.220 0.000 0.000 0.064 0.716
#> SRR2013488 1 0.4152 0.5866 0.692 0.000 0.000 0.012 0.296
#> SRR2013487 5 0.4456 0.6059 0.320 0.000 0.000 0.020 0.660
#> SRR2013486 1 0.0794 0.7123 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013485 1 0.0324 0.7058 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013484 1 0.4682 0.5448 0.620 0.000 0.000 0.024 0.356
#> SRR2013483 1 0.4638 0.5742 0.648 0.000 0.000 0.028 0.324
#> SRR2013482 1 0.0451 0.7088 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013481 1 0.4747 0.5453 0.620 0.000 0.000 0.028 0.352
#> SRR2013479 1 0.4734 0.5214 0.604 0.000 0.000 0.024 0.372
#> SRR2013480 1 0.4592 0.5701 0.644 0.000 0.000 0.024 0.332
#> SRR2013478 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013477 1 0.2300 0.7099 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR2013476 1 0.3326 0.6875 0.824 0.000 0.000 0.024 0.152
#> SRR2013474 1 0.3745 0.6674 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR2013473 1 0.0451 0.7088 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013475 1 0.4639 0.5585 0.632 0.000 0.000 0.024 0.344
#> SRR2013472 1 0.2270 0.7110 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR2013471 1 0.1195 0.7140 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR2013470 1 0.0290 0.7083 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013469 1 0.4718 0.5550 0.628 0.000 0.000 0.028 0.344
#> SRR2013468 1 0.3488 0.6793 0.808 0.000 0.000 0.024 0.168
#> SRR2013467 1 0.1124 0.7139 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013466 1 0.2597 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR2013465 1 0.3812 0.6625 0.772 0.000 0.000 0.024 0.204
#> SRR2013463 1 0.2423 0.7093 0.896 0.000 0.000 0.024 0.080
#> SRR2013462 1 0.4800 0.5215 0.604 0.000 0.000 0.028 0.368
#> SRR2013464 1 0.3449 0.6806 0.812 0.000 0.000 0.024 0.164
#> SRR2013461 1 0.4709 0.5336 0.612 0.000 0.000 0.024 0.364
#> SRR2013460 1 0.4696 0.5395 0.616 0.000 0.000 0.024 0.360
#> SRR2013459 1 0.4734 0.5209 0.604 0.000 0.000 0.024 0.372
#> SRR2013458 1 0.4866 0.4699 0.580 0.000 0.000 0.028 0.392
#> SRR2013457 1 0.4682 0.5446 0.620 0.000 0.000 0.024 0.356
#> SRR2013456 1 0.4696 0.5395 0.616 0.000 0.000 0.024 0.360
#> SRR2013455 1 0.4746 0.5138 0.600 0.000 0.000 0.024 0.376
#> SRR2013453 1 0.4655 0.5711 0.644 0.000 0.000 0.028 0.328
#> SRR2013454 1 0.4682 0.5446 0.620 0.000 0.000 0.024 0.356
#> SRR2013452 1 0.0798 0.7117 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013451 1 0.2824 0.7024 0.864 0.000 0.000 0.020 0.116
#> SRR2013450 1 0.4654 0.5542 0.628 0.000 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013449 1 0.4757 0.5053 0.596 0.000 0.000 0.024 0.380
#> SRR2013448 1 0.4540 0.5803 0.656 0.000 0.000 0.024 0.320
#> SRR2013447 1 0.0000 0.7050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0324 0.7017 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013445 1 0.0162 0.7035 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.7050 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0717 0.8311 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013442 1 0.0363 0.8314 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013769 6 0.3446 0.5345 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013768 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013767 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013765 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013766 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013764 6 0.3330 0.5474 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013763 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013762 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013761 6 0.3717 0.4123 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013760 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.6876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.1471 0.6640 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR2013755 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.6317 -0.7784 0.000 0.468 0.000 0.128 0.356 0.048
#> SRR2013748 2 0.0291 0.6884 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.6876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.6387 -0.8217 0.000 0.448 0.000 0.128 0.372 0.052
#> SRR2013746 2 0.0405 0.6848 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013744 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0260 0.6849 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013743 2 0.0146 0.6878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013739 2 0.0000 0.6876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013738 2 0.0779 0.6838 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR2013736 2 0.1781 0.6640 0.000 0.924 0.000 0.008 0.060 0.008
#> SRR2013735 2 0.1781 0.6640 0.000 0.924 0.000 0.008 0.060 0.008
#> SRR2013734 2 0.1829 0.6594 0.000 0.920 0.000 0.004 0.064 0.012
#> SRR2013733 2 0.6443 -0.7836 0.000 0.456 0.000 0.132 0.356 0.056
#> SRR2013731 2 0.1555 0.6666 0.000 0.932 0.000 0.004 0.060 0.004
#> SRR2013732 2 0.0767 0.6831 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR2013730 2 0.1900 0.6577 0.000 0.916 0.000 0.008 0.068 0.008
#> SRR2013729 2 0.6476 -0.8008 0.000 0.448 0.000 0.136 0.360 0.056
#> SRR2013728 2 0.6696 -0.9151 0.000 0.392 0.000 0.148 0.392 0.068
#> SRR2013727 2 0.6696 -0.9151 0.000 0.392 0.000 0.148 0.392 0.068
#> SRR2013726 5 0.7484 0.7767 0.012 0.308 0.000 0.148 0.392 0.140
#> SRR2013725 5 0.6696 0.8711 0.000 0.392 0.000 0.148 0.392 0.068
#> SRR2013724 2 0.6696 -0.9151 0.000 0.392 0.000 0.148 0.392 0.068
#> SRR2013723 5 0.6696 0.8711 0.000 0.392 0.000 0.148 0.392 0.068
#> SRR2013722 2 0.1728 0.6609 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR2013721 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013720 2 0.1524 0.6632 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR2013719 2 0.0405 0.6863 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013717 2 0.1728 0.6609 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR2013718 2 0.3531 0.5314 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR2013716 2 0.3499 0.5361 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR2013715 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013714 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.6876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.3482 0.5390 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR2013708 2 0.3482 0.5407 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR2013709 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013707 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013706 2 0.0767 0.6831 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR2013705 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013704 2 0.2048 0.6412 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013703 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013702 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3899 0.4343 0.000 0.592 0.000 0.000 0.404 0.004
#> SRR2013699 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013698 2 0.3684 0.4963 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR2013697 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013696 2 0.3515 0.5351 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR2013695 2 0.3807 0.4960 0.000 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR2013694 2 0.3819 0.4911 0.000 0.624 0.000 0.000 0.372 0.004
#> SRR2013693 2 0.3620 0.5165 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR2013692 2 0.3659 0.5067 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2013691 2 0.0146 0.6865 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3807 0.4960 0.000 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR2013689 2 0.3852 0.4718 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR2013687 2 0.1841 0.6605 0.000 0.920 0.000 0.008 0.064 0.008
#> SRR2013688 2 0.3862 0.4648 0.000 0.608 0.000 0.000 0.388 0.004
#> SRR2013686 2 0.3634 0.5133 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR2013685 2 0.0767 0.6831 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR2013682 2 0.1464 0.6692 0.000 0.944 0.000 0.004 0.036 0.016
#> SRR2013683 2 0.6471 -0.8070 0.000 0.448 0.000 0.128 0.364 0.060
#> SRR2013684 2 0.3620 0.5165 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR2013681 2 0.6618 -0.8580 0.000 0.424 0.000 0.136 0.372 0.068
#> SRR2013680 2 0.3620 0.5165 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR2013679 2 0.3659 0.5067 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2013678 2 0.3807 0.4960 0.000 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR2013677 2 0.3592 0.5221 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR2013676 2 0.1148 0.6762 0.000 0.960 0.000 0.004 0.020 0.016
#> SRR2013675 2 0.0665 0.6835 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013674 3 0.0260 0.9885 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013673 3 0.0146 0.9897 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0146 0.9897 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0146 0.9897 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013670 4 0.4012 0.6980 0.164 0.000 0.000 0.752 0.000 0.084
#> SRR2013669 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013668 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0146 0.9897 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.3950 0.2440 0.024 0.708 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0146 0.9897 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013651 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013650 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013649 4 0.5826 0.1891 0.000 0.000 0.396 0.488 0.044 0.072
#> SRR2013647 1 0.0820 0.8292 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.1755 0.9527 0.000 0.000 0.932 0.032 0.028 0.008
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1116 0.9760 0.000 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR2013643 1 0.1176 0.8122 0.956 0.020 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.2618 0.7029 0.860 0.116 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0547 0.8286 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.2480 0.7186 0.872 0.104 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0632 0.8267 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0692 0.8297 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013637 1 0.0363 0.8314 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013636 1 0.1633 0.7887 0.932 0.044 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.1829 0.7752 0.920 0.056 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.1341 0.8051 0.948 0.028 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0777 0.8245 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013631 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013632 1 0.0632 0.8267 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.3253 0.7876 0.068 0.000 0.000 0.832 0.004 0.096
#> SRR2013630 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013628 4 0.5516 0.6391 0.252 0.000 0.000 0.612 0.028 0.108
#> SRR2013626 4 0.3253 0.7876 0.068 0.000 0.000 0.832 0.004 0.096
#> SRR2013625 1 0.0547 0.8286 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0632 0.8267 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0363 0.8311 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.4982 0.7240 0.008 0.000 0.000 0.656 0.108 0.228
#> SRR2013622 6 0.5506 0.4715 0.068 0.000 0.000 0.052 0.264 0.616
#> SRR2013621 6 0.4252 0.5405 0.076 0.000 0.000 0.028 0.128 0.768
#> SRR2013620 1 0.3867 0.0390 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013619 1 0.2135 0.7647 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013617 1 0.3371 0.5757 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013618 1 0.3607 0.4738 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013616 1 0.0547 0.8294 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013615 1 0.3578 0.4909 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013614 1 0.2730 0.7020 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013613 6 0.3547 0.5115 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013612 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013610 6 0.3390 0.5364 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013611 1 0.3266 0.5969 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013609 6 0.3371 0.5750 0.200 0.000 0.000 0.004 0.016 0.780
#> SRR2013608 6 0.3482 0.5278 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013606 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013605 6 0.3351 0.5459 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013607 6 0.3563 0.5010 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013604 6 0.3672 0.4430 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013603 6 0.3634 0.4677 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013602 1 0.2260 0.7522 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013601 6 0.3563 0.5010 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013600 1 0.3515 0.5239 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013599 6 0.3634 0.4673 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013598 6 0.3868 0.0397 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013596 1 0.0632 0.8283 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013597 6 0.3695 0.4245 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013595 6 0.3695 0.4254 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013594 1 0.2219 0.7572 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013593 1 0.0363 0.8313 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013592 1 0.0260 0.8317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013591 1 0.0260 0.8317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013590 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013588 4 0.3107 0.7866 0.052 0.000 0.000 0.832 0.000 0.116
#> SRR2013587 4 0.3107 0.7866 0.052 0.000 0.000 0.832 0.000 0.116
#> SRR2013589 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013586 4 0.3055 0.7881 0.064 0.000 0.000 0.840 0.000 0.096
#> SRR2013585 4 0.3196 0.7826 0.064 0.004 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013584 6 0.5551 0.3713 0.032 0.000 0.000 0.092 0.280 0.596
#> SRR2013583 6 0.5604 0.4841 0.096 0.000 0.000 0.036 0.268 0.600
#> SRR2013582 6 0.5649 0.4551 0.068 0.000 0.000 0.060 0.272 0.600
#> SRR2013581 6 0.5455 0.4949 0.088 0.000 0.000 0.032 0.268 0.612
#> SRR2013580 4 0.6085 0.6145 0.008 0.000 0.000 0.476 0.244 0.272
#> SRR2013579 4 0.5808 0.6758 0.008 0.000 0.000 0.540 0.200 0.252
#> SRR2013578 6 0.5619 0.5023 0.104 0.000 0.000 0.032 0.268 0.596
#> SRR2013577 6 0.5583 0.4744 0.076 0.000 0.000 0.048 0.272 0.604
#> SRR2013576 6 0.5554 0.4770 0.080 0.000 0.000 0.048 0.256 0.616
#> SRR2013575 4 0.6007 0.6379 0.008 0.000 0.000 0.496 0.228 0.268
#> SRR2013574 6 0.5583 0.4744 0.076 0.000 0.000 0.048 0.272 0.604
#> SRR2013572 4 0.6007 0.6379 0.008 0.000 0.000 0.496 0.228 0.268
#> SRR2013573 6 0.5597 0.4608 0.068 0.000 0.000 0.056 0.272 0.604
#> SRR2013571 4 0.5899 0.6619 0.008 0.000 0.000 0.520 0.208 0.264
#> SRR2013569 6 0.5944 0.4113 0.372 0.000 0.000 0.008 0.168 0.452
#> SRR2013570 6 0.5628 0.4724 0.080 0.000 0.000 0.048 0.272 0.600
#> SRR2013568 6 0.5597 0.4608 0.068 0.000 0.000 0.056 0.272 0.604
#> SRR2013567 4 0.5867 0.6687 0.008 0.000 0.000 0.528 0.208 0.256
#> SRR2013566 6 0.5435 0.5031 0.096 0.000 0.000 0.028 0.260 0.616
#> SRR2013564 4 0.3196 0.7826 0.064 0.004 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013565 6 0.5571 0.4801 0.080 0.000 0.000 0.044 0.272 0.604
#> SRR2013563 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013561 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013560 4 0.3107 0.7866 0.052 0.000 0.000 0.832 0.000 0.116
#> SRR2013562 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013558 4 0.3107 0.7866 0.052 0.000 0.000 0.832 0.000 0.116
#> SRR2013559 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013556 6 0.5506 0.4924 0.092 0.000 0.000 0.036 0.256 0.616
#> SRR2013557 6 0.5631 0.4565 0.068 0.000 0.000 0.060 0.268 0.604
#> SRR2013554 4 0.5899 0.6619 0.008 0.000 0.000 0.520 0.208 0.264
#> SRR2013553 6 0.5536 0.4725 0.072 0.000 0.000 0.048 0.272 0.608
#> SRR2013555 6 0.5551 0.3713 0.032 0.000 0.000 0.092 0.280 0.596
#> SRR2013552 6 0.5483 0.4969 0.096 0.000 0.000 0.032 0.256 0.616
#> SRR2013551 6 0.5591 0.4679 0.072 0.000 0.000 0.052 0.272 0.604
#> SRR2013550 6 0.5633 0.2808 0.016 0.000 0.000 0.136 0.272 0.576
#> SRR2013548 6 0.5597 0.4608 0.068 0.000 0.000 0.056 0.272 0.604
#> SRR2013549 4 0.6097 0.6055 0.008 0.000 0.000 0.472 0.244 0.276
#> SRR2013546 6 0.5631 0.4565 0.068 0.000 0.000 0.060 0.268 0.604
#> SRR2013545 6 0.5193 0.5339 0.112 0.000 0.000 0.008 0.260 0.620
#> SRR2013544 4 0.5899 0.6619 0.008 0.000 0.000 0.520 0.208 0.264
#> SRR2013547 6 0.6504 -0.3431 0.020 0.000 0.000 0.336 0.268 0.376
#> SRR2013543 6 0.5945 0.3486 0.396 0.000 0.000 0.004 0.184 0.416
#> SRR2013542 6 0.5597 0.4608 0.068 0.000 0.000 0.056 0.272 0.604
#> SRR2013541 4 0.5878 0.6647 0.008 0.000 0.000 0.524 0.204 0.264
#> SRR2013540 6 0.5628 0.4724 0.080 0.000 0.000 0.048 0.272 0.600
#> SRR2013539 4 0.5899 0.6619 0.008 0.000 0.000 0.520 0.208 0.264
#> SRR2013538 6 0.6466 -0.1659 0.024 0.000 0.000 0.272 0.268 0.436
#> SRR2013537 6 0.5790 0.5190 0.148 0.000 0.000 0.024 0.252 0.576
#> SRR2013535 6 0.5072 0.5390 0.108 0.000 0.000 0.008 0.244 0.640
#> SRR2013536 6 0.5562 0.4894 0.092 0.000 0.000 0.036 0.268 0.604
#> SRR2013534 6 0.5483 0.4969 0.096 0.000 0.000 0.032 0.256 0.616
#> SRR2013532 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013533 4 0.3045 0.7880 0.060 0.000 0.000 0.840 0.000 0.100
#> SRR2013531 4 0.3112 0.7877 0.068 0.000 0.000 0.836 0.000 0.096
#> SRR2013529 6 0.3865 0.5624 0.248 0.000 0.000 0.000 0.032 0.720
#> SRR2013530 4 0.6236 0.5200 0.008 0.000 0.000 0.420 0.264 0.308
#> SRR2013528 6 0.4476 0.5600 0.272 0.000 0.000 0.000 0.064 0.664
#> SRR2013527 6 0.5582 0.5463 0.132 0.000 0.000 0.024 0.236 0.608
#> SRR2013526 1 0.0547 0.8277 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013525 1 0.0458 0.8300 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013524 6 0.3879 0.5427 0.292 0.000 0.000 0.000 0.020 0.688
#> SRR2013523 1 0.0547 0.8286 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0603 0.8308 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2013521 6 0.5171 0.5065 0.080 0.000 0.000 0.020 0.272 0.628
#> SRR2013519 6 0.3014 0.5791 0.184 0.000 0.000 0.000 0.012 0.804
#> SRR2013520 6 0.5600 0.4574 0.064 0.000 0.000 0.060 0.272 0.604
#> SRR2013518 1 0.0777 0.8259 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013517 1 0.2003 0.7619 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013516 1 0.1700 0.7891 0.916 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR2013514 1 0.0603 0.8302 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013515 1 0.1088 0.8203 0.960 0.000 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR2013513 1 0.0993 0.8227 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR2013512 1 0.0790 0.8250 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013511 1 0.0806 0.8266 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2013510 1 0.0993 0.8227 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR2013508 1 0.0458 0.8302 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0458 0.8300 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.2311 0.7691 0.880 0.000 0.000 0.000 0.016 0.104
#> SRR2013506 6 0.5893 0.5313 0.268 0.000 0.000 0.008 0.204 0.520
#> SRR2013507 1 0.0909 0.8250 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR2013504 1 0.5508 -0.2587 0.472 0.000 0.000 0.004 0.112 0.412
#> SRR2013503 1 0.4931 0.4820 0.708 0.000 0.000 0.088 0.040 0.164
#> SRR2013502 1 0.1003 0.8295 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR2013501 1 0.1092 0.8245 0.960 0.000 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR2013500 1 0.2814 0.6951 0.820 0.000 0.000 0.000 0.008 0.172
#> SRR2013499 6 0.5822 0.4504 0.100 0.000 0.000 0.052 0.256 0.592
#> SRR2013498 6 0.5467 0.4850 0.076 0.000 0.000 0.048 0.248 0.628
#> SRR2013497 6 0.5657 0.5857 0.212 0.000 0.000 0.008 0.208 0.572
#> SRR2013495 6 0.5379 0.5403 0.120 0.000 0.000 0.020 0.232 0.628
#> SRR2013496 6 0.6009 0.5398 0.156 0.000 0.000 0.036 0.244 0.564
#> SRR2013492 1 0.4420 0.1564 0.620 0.000 0.000 0.000 0.040 0.340
#> SRR2013494 6 0.5582 0.5418 0.124 0.000 0.000 0.028 0.236 0.612
#> SRR2013493 6 0.3482 0.5212 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013491 1 0.0713 0.8272 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013490 1 0.3695 0.2137 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013489 6 0.5864 0.4414 0.080 0.000 0.000 0.072 0.256 0.592
#> SRR2013488 1 0.4838 -0.0300 0.564 0.000 0.000 0.000 0.064 0.372
#> SRR2013487 6 0.5760 0.5248 0.132 0.000 0.000 0.032 0.244 0.592
#> SRR2013486 1 0.0865 0.8227 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013485 1 0.0260 0.8320 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013484 6 0.3547 0.5064 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013483 6 0.3607 0.4665 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013482 1 0.0632 0.8302 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013481 6 0.3499 0.5091 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013479 6 0.3684 0.5153 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2013480 6 0.3620 0.4747 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013478 6 0.3446 0.5345 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013477 1 0.3288 0.5938 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013476 1 0.3634 0.4484 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013474 1 0.3747 0.3405 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013473 1 0.0713 0.8305 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013475 6 0.3592 0.4890 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013472 1 0.3288 0.6012 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013471 1 0.1714 0.8020 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013470 1 0.0547 0.8294 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013469 6 0.3563 0.4885 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013468 1 0.3727 0.3813 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013467 1 0.1007 0.8261 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013466 1 0.3482 0.5366 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013465 1 0.3866 0.0513 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013463 1 0.3464 0.5458 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013462 6 0.3446 0.5264 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013464 1 0.3747 0.3612 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013461 6 0.3515 0.5176 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013460 6 0.3563 0.5010 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013459 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013458 6 0.3426 0.5463 0.276 0.000 0.000 0.000 0.004 0.720
#> SRR2013457 6 0.3578 0.4952 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013456 6 0.3563 0.5010 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013455 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013453 6 0.3647 0.4412 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013454 6 0.3578 0.4952 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013452 1 0.0937 0.8286 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013451 1 0.3198 0.6224 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013450 6 0.3592 0.4888 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013449 6 0.3464 0.5318 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013448 6 0.3672 0.4436 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013447 1 0.0458 0.8304 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013446 1 0.0717 0.8311 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013445 1 0.0508 0.8324 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013444 1 0.0458 0.8304 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.942 0.944 0.977 0.4724 0.531 0.531
#> 3 3 0.903 0.925 0.969 0.3229 0.741 0.556
#> 4 4 0.893 0.899 0.948 0.1804 0.842 0.603
#> 5 5 0.826 0.841 0.896 0.0636 0.882 0.599
#> 6 6 0.829 0.825 0.877 0.0327 0.976 0.889
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013442 2 0.0376 0.97463 0.004 0.996
#> SRR2013769 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.1633 0.95880 0.024 0.976
#> SRR2013669 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013647 2 0.9087 0.52914 0.324 0.676
#> SRR2013648 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013642 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013640 1 0.4562 0.88225 0.904 0.096
#> SRR2013641 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013639 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013638 2 0.3114 0.93026 0.056 0.944
#> SRR2013637 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013635 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013634 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013633 1 0.5059 0.86447 0.888 0.112
#> SRR2013631 2 0.5519 0.85271 0.128 0.872
#> SRR2013632 2 0.4939 0.87676 0.108 0.892
#> SRR2013629 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0376 0.97266 0.996 0.004
#> SRR2013626 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.9552 0.39634 0.624 0.376
#> SRR2013627 2 0.5842 0.83827 0.140 0.860
#> SRR2013624 1 0.5842 0.83008 0.860 0.140
#> SRR2013623 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.5059 0.86433 0.888 0.112
#> SRR2013615 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.1184 0.96226 0.984 0.016
#> SRR2013601 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.1633 0.95496 0.976 0.024
#> SRR2013599 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0672 0.96930 0.992 0.008
#> SRR2013596 1 0.9754 0.31490 0.592 0.408
#> SRR2013597 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.6048 0.81913 0.852 0.148
#> SRR2013593 2 0.1184 0.96538 0.016 0.984
#> SRR2013592 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013591 2 0.2236 0.94775 0.036 0.964
#> SRR2013590 2 0.0938 0.96857 0.012 0.988
#> SRR2013588 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.9922 0.18247 0.552 0.448
#> SRR2013586 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.2603 0.94145 0.044 0.956
#> SRR2013560 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0376 0.97267 0.996 0.004
#> SRR2013558 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.9983 0.07858 0.524 0.476
#> SRR2013556 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.9970 0.12250 0.468 0.532
#> SRR2013533 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013531 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013525 2 0.7219 0.75483 0.200 0.800
#> SRR2013524 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013523 2 0.6247 0.81747 0.156 0.844
#> SRR2013522 2 0.9170 0.49939 0.332 0.668
#> SRR2013521 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.9866 0.24170 0.568 0.432
#> SRR2013517 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.1184 0.96243 0.984 0.016
#> SRR2013513 2 0.3431 0.92232 0.064 0.936
#> SRR2013512 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013511 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013510 2 0.1184 0.96538 0.016 0.984
#> SRR2013508 1 0.1184 0.96231 0.984 0.016
#> SRR2013509 2 0.4939 0.87613 0.108 0.892
#> SRR2013505 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0376 0.97267 0.996 0.004
#> SRR2013504 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 1.0000 0.00401 0.504 0.496
#> SRR2013502 1 0.2043 0.94794 0.968 0.032
#> SRR2013501 1 0.9881 0.22757 0.564 0.436
#> SRR2013500 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.8909 0.55670 0.692 0.308
#> SRR2013484 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.4562 0.88240 0.904 0.096
#> SRR2013481 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013473 2 0.7950 0.69165 0.240 0.760
#> SRR2013475 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.5842 0.82976 0.860 0.140
#> SRR2013470 1 0.8713 0.58791 0.708 0.292
#> SRR2013469 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0376 0.97267 0.996 0.004
#> SRR2013466 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.4939 0.86866 0.892 0.108
#> SRR2013451 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.97596 1.000 0.000
#> SRR2013447 2 0.6048 0.82839 0.148 0.852
#> SRR2013446 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013445 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
#> SRR2013444 2 0.0000 0.97763 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.4452 0.7484 0.808 0.192 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.2165 0.9003 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.0892 0.9523 0.000 0.020 0.980
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.4605 0.7301 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 2 0.4555 0.7423 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013642 2 0.4504 0.7473 0.196 0.804 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.4555 0.7423 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013639 2 0.4504 0.7473 0.196 0.804 0.000
#> SRR2013638 1 0.6204 0.2249 0.576 0.424 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.3879 0.7993 0.152 0.848 0.000
#> SRR2013635 2 0.4555 0.7423 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013634 2 0.4555 0.7423 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013632 2 0.6215 0.2918 0.428 0.572 0.000
#> SRR2013629 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 3 0.0424 0.9624 0.008 0.000 0.992
#> SRR2013626 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 2 0.5733 0.5498 0.324 0.676 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013622 1 0.5254 0.6506 0.736 0.000 0.264
#> SRR2013621 1 0.4931 0.7065 0.768 0.000 0.232
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0424 0.9603 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0237 0.9632 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013592 1 0.4235 0.7762 0.824 0.176 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.4931 0.6830 0.000 0.232 0.768
#> SRR2013588 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.4399 0.7500 0.000 0.812 0.188
#> SRR2013584 3 0.5497 0.5793 0.292 0.000 0.708
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.4504 0.7571 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.1860 0.9230 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013576 1 0.1163 0.9443 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013575 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013573 1 0.3551 0.8395 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013571 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0237 0.9635 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013568 1 0.5058 0.6871 0.756 0.000 0.244
#> SRR2013567 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.3038 0.8577 0.000 0.896 0.104
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 3 0.5760 0.4983 0.000 0.328 0.672
#> SRR2013560 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.4887 0.7097 0.772 0.000 0.228
#> SRR2013554 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013553 1 0.2448 0.8994 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013555 3 0.4235 0.7764 0.176 0.000 0.824
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.3482 0.8436 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013550 3 0.6062 0.3605 0.384 0.000 0.616
#> SRR2013548 1 0.5216 0.6602 0.740 0.000 0.260
#> SRR2013549 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013546 1 0.6079 0.3830 0.612 0.000 0.388
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013547 3 0.4796 0.7097 0.220 0.000 0.780
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.1753 0.9266 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013541 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013538 1 0.6260 0.2038 0.552 0.000 0.448
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 3 0.0592 0.9596 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.0000 0.9702 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.1529 0.9310 0.960 0.040 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.1643 0.9301 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.4842 0.7182 0.776 0.000 0.224
#> SRR2013518 1 0.0237 0.9632 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.5706 0.5108 0.680 0.320 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.1031 0.9460 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013510 1 0.5016 0.6727 0.760 0.240 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.1163 0.9423 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.8233 0.4669 0.616 0.120 0.264
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013498 1 0.3038 0.8701 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.4399 0.7670 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.3619 0.8174 0.136 0.864 0.000
#> SRR2013445 2 0.6309 0.0534 0.496 0.504 0.000
#> SRR2013444 1 0.1163 0.9427 0.972 0.028 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013442 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013769 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013768 1 0.1792 0.9139 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013767 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013765 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013766 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013764 1 0.1474 0.9154 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013763 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013762 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013761 1 0.3569 0.8145 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0592 0.9770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9923 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.0817 0.9486 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.3837 0.7099 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013647 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013642 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013640 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013641 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013639 4 0.0817 0.8890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2013638 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013637 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013636 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013635 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013634 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013633 4 0.1211 0.8841 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013631 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013632 4 0.1398 0.8755 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR2013629 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 3 0.3694 0.8315 0.032 0.000 0.844 0.124
#> SRR2013626 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013625 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013627 4 0.1389 0.8703 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013624 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0336 0.9106 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013621 1 0.0376 0.9124 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013620 1 0.3975 0.7466 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013619 4 0.3123 0.7975 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013617 4 0.2281 0.8522 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013618 4 0.4916 0.2423 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013616 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013615 4 0.3942 0.6959 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013614 4 0.4072 0.6705 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013613 1 0.2149 0.9083 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013612 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013610 1 0.1716 0.9148 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013611 4 0.4790 0.3782 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013609 1 0.0188 0.9126 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013608 1 0.1792 0.9140 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013606 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013605 1 0.1474 0.9156 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013607 1 0.2081 0.9088 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013604 1 0.2345 0.9007 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013603 1 0.2081 0.9087 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013602 4 0.0592 0.8999 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013601 1 0.2011 0.9105 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013600 4 0.3907 0.7014 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013599 1 0.3024 0.8621 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013598 1 0.4661 0.5476 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013596 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013597 1 0.3486 0.8182 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013595 1 0.3610 0.8039 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013594 4 0.0188 0.9032 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013593 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013592 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013591 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013590 3 0.3873 0.7034 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.4072 0.6607 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR2013584 1 0.0592 0.9056 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013583 1 0.0469 0.9108 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.1940 0.9217 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013579 3 0.1557 0.9360 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 3 0.1792 0.9280 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.1637 0.9335 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.1637 0.9335 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013569 1 0.1867 0.8880 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.1716 0.9307 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.3172 0.8075 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0336 0.9624 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013561 3 0.4632 0.5542 0.000 0.308 0.688 0.004
#> SRR2013560 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0188 0.9114 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013557 1 0.0469 0.9075 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013554 3 0.1716 0.9307 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.1557 0.8800 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.2530 0.8295 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 3 0.4730 0.4770 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013546 1 0.1940 0.8634 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.2011 0.9186 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013547 1 0.2281 0.8425 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013543 1 0.3356 0.7734 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.1637 0.9335 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.1792 0.9278 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2013538 1 0.0779 0.9059 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013537 1 0.1474 0.8955 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0817 0.9073 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.9664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 3 0.0188 0.9644 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013531 3 0.1211 0.9349 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2013529 1 0.1302 0.9156 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013530 3 0.3172 0.8344 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013528 1 0.0817 0.9151 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013525 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013524 1 0.1716 0.9144 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013523 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013522 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.1118 0.9157 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013520 1 0.0188 0.9108 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013518 4 0.0336 0.9014 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013517 1 0.4916 0.3536 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013516 4 0.4855 0.3158 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013514 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013515 4 0.0188 0.9030 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013513 4 0.0188 0.9030 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013512 4 0.3569 0.7474 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013511 4 0.0188 0.9030 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013510 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013508 4 0.0188 0.9030 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013509 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013505 4 0.4996 0.0870 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013506 1 0.1940 0.8878 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013507 4 0.0188 0.9030 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013504 1 0.2469 0.8734 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013503 4 0.3047 0.8264 0.116 0.000 0.012 0.872
#> SRR2013502 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013501 4 0.0592 0.9009 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013500 1 0.4855 0.4139 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR2013499 1 0.1211 0.9008 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0188 0.9127 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0469 0.9103 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013492 1 0.3400 0.8318 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9116 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.2081 0.9089 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013491 4 0.3400 0.7725 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013490 1 0.3726 0.7948 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013489 1 0.1557 0.8805 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013488 1 0.2760 0.8768 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013487 1 0.0336 0.9110 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013486 4 0.4040 0.6623 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013485 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013484 1 0.2149 0.9071 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013483 1 0.2216 0.9062 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013482 4 0.0817 0.8987 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013481 1 0.2216 0.9055 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013479 1 0.1940 0.9123 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013480 1 0.2868 0.8731 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013478 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013477 4 0.3219 0.7886 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013476 1 0.4925 0.3472 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013474 1 0.4500 0.6102 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013473 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013475 1 0.2469 0.8945 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013472 4 0.4222 0.6315 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013471 4 0.1637 0.8784 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013470 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013469 1 0.2589 0.8888 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013468 4 0.5000 -0.0517 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013467 4 0.3311 0.7795 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013466 4 0.2149 0.8583 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013465 1 0.4500 0.6143 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013463 4 0.1792 0.8723 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013462 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013464 1 0.4994 0.1315 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013461 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013460 1 0.1940 0.9117 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013459 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013458 1 0.1557 0.9152 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013457 1 0.2149 0.9068 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013456 1 0.1940 0.9117 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013455 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013453 1 0.2814 0.8763 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013454 1 0.2149 0.9071 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013452 4 0.2704 0.8254 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013451 4 0.4817 0.3785 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013450 1 0.2081 0.9092 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013449 1 0.1867 0.9129 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013448 1 0.3444 0.8266 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013447 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013446 4 0.0188 0.9023 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013445 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013444 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.1043 0.9175 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013442 5 0.1270 0.9170 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013769 1 0.0609 0.8548 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013768 1 0.0609 0.8548 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013767 1 0.0510 0.8570 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013765 1 0.0510 0.8570 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013766 1 0.0609 0.8548 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013764 1 0.0963 0.8414 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013763 1 0.0609 0.8548 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013762 1 0.0510 0.8570 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013761 1 0.1211 0.8619 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR2013760 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013759 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013758 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013757 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013756 2 0.0162 0.9829 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013755 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013754 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013753 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013751 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013752 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013750 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013749 2 0.0162 0.9829 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013748 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013747 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013744 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013742 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013743 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013741 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013740 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013739 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013737 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013738 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0162 0.9829 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013732 2 0.0162 0.9829 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.1792 0.9018 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013720 2 0.0162 0.9829 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013719 2 0.0324 0.9821 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013712 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013703 2 0.0324 0.9822 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013702 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013701 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0451 0.9810 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0290 0.9819 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.1564 0.8984 0.000 0.004 0.948 0.024 0.024
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.4121 0.6272 0.000 0.720 0.264 0.004 0.012
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.2020 0.8954 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9085 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.1285 0.8918 0.004 0.036 0.000 0.004 0.956
#> SRR2013642 5 0.1205 0.8906 0.004 0.040 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013640 5 0.1121 0.9176 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013641 5 0.1285 0.8918 0.004 0.036 0.000 0.004 0.956
#> SRR2013639 5 0.1117 0.9060 0.016 0.020 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013638 5 0.0963 0.9166 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013637 5 0.2127 0.8894 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013636 5 0.1202 0.8951 0.004 0.032 0.000 0.004 0.960
#> SRR2013635 5 0.1041 0.8969 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013634 5 0.1041 0.8969 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013633 5 0.2110 0.8669 0.016 0.000 0.000 0.072 0.912
#> SRR2013631 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013632 5 0.0960 0.8961 0.004 0.016 0.000 0.008 0.972
#> SRR2013629 3 0.3732 0.8546 0.000 0.000 0.792 0.176 0.032
#> SRR2013630 3 0.3883 0.8505 0.000 0.000 0.780 0.184 0.036
#> SRR2013628 3 0.6570 0.3812 0.000 0.000 0.408 0.388 0.204
#> SRR2013626 3 0.3656 0.8576 0.000 0.000 0.800 0.168 0.032
#> SRR2013625 5 0.1121 0.9176 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013627 5 0.0771 0.9003 0.004 0.020 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013624 5 0.1671 0.9082 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013623 3 0.1205 0.8991 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR2013622 4 0.3452 0.8292 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2013621 4 0.4304 0.3964 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR2013620 1 0.1282 0.8541 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013619 1 0.3752 0.6010 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013617 1 0.3424 0.6686 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013618 1 0.2074 0.8201 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013616 5 0.3039 0.7954 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013615 1 0.2773 0.7649 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013614 1 0.3671 0.6824 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR2013613 1 0.0865 0.8538 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013612 1 0.0510 0.8570 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013610 1 0.0963 0.8440 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013611 1 0.3300 0.7275 0.792 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR2013609 1 0.3074 0.6308 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2013608 1 0.0609 0.8548 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013606 1 0.0404 0.8585 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013605 1 0.0794 0.8490 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013607 1 0.0290 0.8597 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013604 1 0.0671 0.8593 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013603 1 0.0898 0.8604 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2013602 1 0.4210 0.3097 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2013601 1 0.0451 0.8616 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013600 1 0.2648 0.7717 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013599 1 0.1041 0.8575 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013598 1 0.1341 0.8471 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013596 5 0.3741 0.6874 0.264 0.000 0.000 0.004 0.732
#> SRR2013597 1 0.1041 0.8574 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013595 1 0.0880 0.8565 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013594 1 0.4242 0.2534 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013593 5 0.1410 0.9154 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013592 5 0.1197 0.9176 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013591 5 0.1410 0.9150 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013590 3 0.6633 0.6820 0.000 0.164 0.596 0.192 0.048
#> SRR2013588 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013587 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013589 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013586 3 0.3883 0.8505 0.000 0.000 0.780 0.184 0.036
#> SRR2013585 2 0.6923 0.3251 0.000 0.560 0.204 0.184 0.052
#> SRR2013584 4 0.2929 0.8568 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2013583 4 0.3160 0.8572 0.188 0.000 0.000 0.808 0.004
#> SRR2013582 4 0.2966 0.8572 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013581 4 0.3109 0.8547 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013580 4 0.1357 0.7181 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR2013579 4 0.4000 0.4485 0.000 0.000 0.228 0.748 0.024
#> SRR2013578 4 0.3109 0.8543 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013577 4 0.3039 0.8572 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013576 4 0.2966 0.8572 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013575 4 0.2293 0.6774 0.000 0.000 0.084 0.900 0.016
#> SRR2013574 4 0.3003 0.8574 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013572 4 0.3750 0.4911 0.000 0.000 0.232 0.756 0.012
#> SRR2013573 4 0.3039 0.8572 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013571 4 0.4288 0.2683 0.000 0.000 0.324 0.664 0.012
#> SRR2013569 4 0.4645 0.7737 0.268 0.000 0.000 0.688 0.044
#> SRR2013570 4 0.3039 0.8572 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013568 4 0.3003 0.8578 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013567 4 0.3151 0.5946 0.000 0.000 0.144 0.836 0.020
#> SRR2013566 4 0.3003 0.8567 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013564 2 0.6232 0.5268 0.000 0.644 0.120 0.184 0.052
#> SRR2013565 4 0.3003 0.8576 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013563 3 0.4150 0.8284 0.000 0.000 0.748 0.216 0.036
#> SRR2013561 3 0.7302 0.5671 0.000 0.244 0.504 0.192 0.060
#> SRR2013560 3 0.4021 0.8406 0.000 0.000 0.764 0.200 0.036
#> SRR2013562 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013558 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013559 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013556 4 0.2966 0.8564 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013557 4 0.2966 0.8572 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013554 4 0.3319 0.5930 0.000 0.000 0.160 0.820 0.020
#> SRR2013553 4 0.3109 0.8547 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013555 4 0.2806 0.8481 0.152 0.000 0.004 0.844 0.000
#> SRR2013552 4 0.3123 0.8569 0.184 0.000 0.000 0.812 0.004
#> SRR2013551 4 0.3109 0.8547 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013550 4 0.2358 0.8283 0.104 0.000 0.008 0.888 0.000
#> SRR2013548 4 0.3074 0.8562 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2013549 4 0.0566 0.7433 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR2013546 4 0.2971 0.8528 0.156 0.000 0.008 0.836 0.000
#> SRR2013545 4 0.3336 0.8371 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR2013544 4 0.2573 0.6551 0.000 0.000 0.104 0.880 0.016
#> SRR2013547 4 0.0880 0.7734 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR2013543 4 0.4867 0.7969 0.180 0.000 0.000 0.716 0.104
#> SRR2013542 4 0.3074 0.8562 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2013541 4 0.3656 0.5178 0.000 0.000 0.196 0.784 0.020
#> SRR2013540 4 0.3039 0.8574 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013539 4 0.2669 0.6472 0.000 0.000 0.104 0.876 0.020
#> SRR2013538 4 0.1671 0.8117 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013537 4 0.3621 0.8503 0.192 0.000 0.000 0.788 0.020
#> SRR2013535 4 0.3837 0.7580 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR2013536 4 0.3355 0.8563 0.184 0.000 0.000 0.804 0.012
#> SRR2013534 4 0.3086 0.8564 0.180 0.000 0.000 0.816 0.004
#> SRR2013532 3 0.3919 0.8488 0.000 0.000 0.776 0.188 0.036
#> SRR2013533 3 0.4297 0.8100 0.000 0.000 0.728 0.236 0.036
#> SRR2013531 3 0.5279 0.8061 0.000 0.048 0.708 0.200 0.044
#> SRR2013529 1 0.2605 0.7240 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013530 4 0.0798 0.7338 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR2013528 1 0.3550 0.5619 0.760 0.000 0.000 0.236 0.004
#> SRR2013527 4 0.3730 0.7797 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2013526 5 0.2471 0.8603 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013525 5 0.1121 0.9176 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013524 1 0.1341 0.8371 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013523 5 0.1121 0.9176 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013522 5 0.1197 0.9176 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013521 4 0.3336 0.8409 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR2013519 1 0.1270 0.8260 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013520 4 0.3003 0.8580 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013518 5 0.1668 0.9077 0.028 0.000 0.000 0.032 0.940
#> SRR2013517 1 0.4990 0.3494 0.580 0.000 0.000 0.036 0.384
#> SRR2013516 5 0.6445 0.2937 0.288 0.000 0.000 0.216 0.496
#> SRR2013514 5 0.1557 0.9159 0.052 0.000 0.000 0.008 0.940
#> SRR2013515 5 0.1981 0.9105 0.048 0.000 0.000 0.028 0.924
#> SRR2013513 5 0.0963 0.9166 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013512 5 0.4385 0.7448 0.180 0.000 0.000 0.068 0.752
#> SRR2013511 5 0.0963 0.9166 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013510 5 0.1041 0.9157 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR2013508 5 0.1121 0.9176 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013509 5 0.1043 0.9174 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013505 1 0.6081 0.1368 0.476 0.000 0.000 0.124 0.400
#> SRR2013506 4 0.4994 0.7826 0.208 0.000 0.000 0.696 0.096
#> SRR2013507 5 0.1364 0.9152 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR2013504 4 0.5917 0.5986 0.304 0.000 0.000 0.564 0.132
#> SRR2013503 4 0.4410 0.0722 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> SRR2013502 5 0.2628 0.8928 0.088 0.000 0.000 0.028 0.884
#> SRR2013501 5 0.3051 0.8690 0.060 0.000 0.000 0.076 0.864
#> SRR2013500 1 0.5493 0.5396 0.632 0.000 0.000 0.112 0.256
#> SRR2013499 4 0.3053 0.8533 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> SRR2013498 4 0.3586 0.8019 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013497 4 0.4201 0.5621 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013495 4 0.3790 0.7928 0.272 0.000 0.000 0.724 0.004
#> SRR2013496 4 0.3661 0.7857 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR2013492 1 0.6400 0.2344 0.512 0.000 0.000 0.260 0.228
#> SRR2013494 4 0.4114 0.6356 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR2013493 1 0.0865 0.8573 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013491 5 0.4797 0.5811 0.296 0.000 0.000 0.044 0.660
#> SRR2013490 1 0.5344 0.5756 0.672 0.000 0.000 0.168 0.160
#> SRR2013489 4 0.2377 0.8373 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR2013488 1 0.6200 0.1301 0.520 0.000 0.000 0.320 0.160
#> SRR2013487 4 0.3586 0.8010 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013486 1 0.4403 0.2394 0.560 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR2013485 5 0.1831 0.9079 0.076 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR2013484 1 0.0451 0.8608 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013483 1 0.0693 0.8611 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013482 5 0.4384 0.5578 0.324 0.000 0.000 0.016 0.660
#> SRR2013481 1 0.0671 0.8606 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013479 1 0.0510 0.8594 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013480 1 0.0865 0.8602 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013478 1 0.0404 0.8583 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013477 1 0.3561 0.6490 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013476 1 0.2233 0.8216 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR2013474 1 0.1557 0.8524 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013473 5 0.2930 0.8354 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR2013475 1 0.0579 0.8613 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013472 1 0.2719 0.7830 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2013471 5 0.4434 0.1687 0.460 0.000 0.000 0.004 0.536
#> SRR2013470 5 0.3039 0.8027 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013469 1 0.0771 0.8605 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013468 1 0.1908 0.8232 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013467 1 0.4718 0.1812 0.540 0.000 0.000 0.016 0.444
#> SRR2013466 1 0.3039 0.7326 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013465 1 0.1478 0.8464 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013463 1 0.3730 0.5856 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013462 1 0.0162 0.8602 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013464 1 0.2074 0.8125 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013461 1 0.0451 0.8608 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013460 1 0.0290 0.8597 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013459 1 0.0290 0.8597 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013458 1 0.0703 0.8530 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013457 1 0.0451 0.8608 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013456 1 0.0451 0.8608 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013455 1 0.0290 0.8597 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013453 1 0.1018 0.8592 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013454 1 0.0451 0.8608 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013452 1 0.4708 0.1975 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR2013451 1 0.3039 0.7827 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR2013450 1 0.0579 0.8613 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013449 1 0.0609 0.8545 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013448 1 0.0771 0.8603 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013447 5 0.1851 0.9026 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013446 5 0.1168 0.9140 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013445 5 0.1282 0.9178 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013444 5 0.1341 0.9163 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 5 0.1265 0.88357 0.044 0.000 0.000 0.008 0.948 0.000
#> SRR2013442 5 0.1926 0.87809 0.068 0.000 0.000 0.020 0.912 0.000
#> SRR2013769 1 0.1434 0.85830 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR2013768 1 0.1500 0.85679 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013767 1 0.1049 0.86399 0.960 0.000 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR2013765 1 0.1500 0.85679 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013766 1 0.1500 0.85679 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013764 1 0.1858 0.84571 0.912 0.000 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR2013763 1 0.1500 0.85679 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013762 1 0.1398 0.85775 0.940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR2013761 1 0.1148 0.86891 0.960 0.000 0.000 0.004 0.016 0.020
#> SRR2013760 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013759 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013758 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013757 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013756 2 0.0146 0.95986 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013754 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013753 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013751 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013752 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013750 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013749 2 0.1049 0.95042 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR2013748 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013745 2 0.1049 0.95042 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR2013746 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013744 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013742 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013743 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013741 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013740 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013739 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013737 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013738 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013736 2 0.0405 0.95967 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013735 2 0.0146 0.95986 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0603 0.95906 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2013733 2 0.1049 0.95243 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR2013731 2 0.0260 0.95979 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013730 2 0.0622 0.96001 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR2013729 2 0.1124 0.95217 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR2013728 2 0.1719 0.94412 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR2013727 2 0.1657 0.94504 0.000 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016
#> SRR2013726 2 0.4013 0.79406 0.000 0.780 0.128 0.076 0.000 0.016
#> SRR2013725 2 0.1779 0.94328 0.000 0.920 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR2013724 2 0.1657 0.94504 0.000 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016
#> SRR2013723 2 0.1838 0.94211 0.000 0.916 0.000 0.068 0.000 0.016
#> SRR2013722 2 0.0547 0.95948 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013720 2 0.0260 0.95979 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013717 2 0.0508 0.95949 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2013718 2 0.1807 0.94374 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR2013716 2 0.2002 0.94561 0.000 0.916 0.000 0.056 0.008 0.020
#> SRR2013715 2 0.1807 0.94374 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR2013714 2 0.1807 0.94374 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR2013713 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013712 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013711 2 0.1889 0.94569 0.000 0.920 0.000 0.056 0.004 0.020
#> SRR2013708 2 0.1594 0.94762 0.000 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR2013709 2 0.0405 0.95912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013707 2 0.1867 0.94312 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR2013706 2 0.0405 0.96013 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013705 2 0.1867 0.94312 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR2013704 2 0.1624 0.95070 0.000 0.936 0.000 0.044 0.008 0.012
#> SRR2013703 2 0.0291 0.95953 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013702 2 0.0520 0.95938 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013701 2 0.0520 0.95938 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013700 2 0.2230 0.93428 0.000 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024
#> SRR2013699 2 0.1807 0.94374 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR2013698 2 0.2066 0.93963 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR2013697 2 0.1867 0.94312 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR2013696 2 0.1807 0.94374 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR2013695 2 0.2066 0.93935 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR2013694 2 0.2122 0.93794 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000 0.024
#> SRR2013693 2 0.1926 0.94218 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020
#> SRR2013692 2 0.2009 0.94080 0.000 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> SRR2013691 2 0.0520 0.95938 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR2013690 2 0.2122 0.93794 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000 0.024
#> SRR2013689 2 0.2122 0.93824 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000 0.024
#> SRR2013687 2 0.0891 0.95817 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR2013688 2 0.2230 0.93428 0.000 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024
#> SRR2013686 2 0.1950 0.94212 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024
#> SRR2013685 2 0.0405 0.96022 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013682 2 0.0508 0.96005 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2013683 2 0.1225 0.95058 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR2013684 2 0.1926 0.94234 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020
#> SRR2013681 2 0.1297 0.95151 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> SRR2013680 2 0.1867 0.94312 0.000 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR2013679 2 0.2009 0.94097 0.000 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> SRR2013678 2 0.2122 0.93794 0.000 0.900 0.000 0.076 0.000 0.024
#> SRR2013677 2 0.1950 0.94212 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024
#> SRR2013676 2 0.0653 0.96059 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR2013675 2 0.0436 0.96011 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013674 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.3248 0.60782 0.000 0.004 0.768 0.224 0.004 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.4099 0.60257 0.000 0.696 0.272 0.024 0.008 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.3596 0.83143 0.072 0.000 0.000 0.088 0.820 0.020
#> SRR2013648 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.98342 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.0837 0.87373 0.000 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004
#> SRR2013642 5 0.0951 0.87285 0.000 0.020 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR2013640 5 0.0922 0.88379 0.024 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004
#> SRR2013641 5 0.0951 0.87285 0.000 0.020 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR2013639 5 0.0810 0.87941 0.008 0.008 0.000 0.004 0.976 0.004
#> SRR2013638 5 0.0748 0.88224 0.016 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004
#> SRR2013637 5 0.2489 0.84486 0.128 0.000 0.000 0.012 0.860 0.000
#> SRR2013636 5 0.0837 0.87373 0.000 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004
#> SRR2013635 5 0.0837 0.87373 0.000 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004
#> SRR2013634 5 0.0837 0.87373 0.000 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004
#> SRR2013633 5 0.2736 0.84595 0.020 0.000 0.000 0.028 0.876 0.076
#> SRR2013631 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013632 5 0.1003 0.87500 0.000 0.016 0.000 0.020 0.964 0.000
#> SRR2013629 4 0.3684 0.71596 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013628 4 0.5571 0.64022 0.000 0.000 0.076 0.664 0.128 0.132
#> SRR2013626 4 0.3607 0.75316 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR2013625 5 0.1232 0.88527 0.024 0.000 0.000 0.016 0.956 0.004
#> SRR2013627 5 0.1053 0.87312 0.000 0.020 0.000 0.012 0.964 0.004
#> SRR2013624 5 0.2255 0.87012 0.088 0.000 0.000 0.016 0.892 0.004
#> SRR2013623 3 0.2219 0.77225 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR2013622 6 0.2946 0.76731 0.160 0.000 0.004 0.012 0.000 0.824
#> SRR2013621 6 0.4408 0.34135 0.416 0.000 0.004 0.020 0.000 0.560
#> SRR2013620 1 0.0862 0.86373 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016 0.004
#> SRR2013619 1 0.3998 0.64518 0.712 0.000 0.000 0.040 0.248 0.000
#> SRR2013617 1 0.2948 0.74250 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188 0.000
#> SRR2013618 1 0.1524 0.84900 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR2013616 5 0.3990 0.62855 0.284 0.000 0.000 0.028 0.688 0.000
#> SRR2013615 1 0.1956 0.83800 0.908 0.000 0.000 0.008 0.080 0.004
#> SRR2013614 1 0.3248 0.76765 0.804 0.000 0.000 0.032 0.164 0.000
#> SRR2013613 1 0.2151 0.84748 0.904 0.000 0.000 0.016 0.008 0.072
#> SRR2013612 1 0.1434 0.85956 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR2013610 1 0.2651 0.83177 0.872 0.000 0.000 0.036 0.004 0.088
#> SRR2013611 1 0.3440 0.78271 0.816 0.000 0.000 0.024 0.136 0.024
#> SRR2013609 1 0.3534 0.63808 0.740 0.000 0.000 0.016 0.000 0.244
#> SRR2013608 1 0.1333 0.86002 0.944 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR2013606 1 0.1124 0.86307 0.956 0.000 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR2013605 1 0.1500 0.85679 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR2013607 1 0.0909 0.86593 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013604 1 0.0951 0.86643 0.968 0.000 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR2013603 1 0.1391 0.86443 0.944 0.000 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR2013602 1 0.4078 0.49215 0.656 0.000 0.000 0.024 0.320 0.000
#> SRR2013601 1 0.0508 0.86508 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2013600 1 0.1838 0.84124 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068 0.000
#> SRR2013599 1 0.0551 0.86413 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013598 1 0.0717 0.86275 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR2013596 5 0.4219 0.56010 0.320 0.000 0.000 0.032 0.648 0.000
#> SRR2013597 1 0.0653 0.86462 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR2013595 1 0.0767 0.86414 0.976 0.000 0.000 0.012 0.008 0.004
#> SRR2013594 1 0.4301 0.31153 0.584 0.000 0.000 0.024 0.392 0.000
#> SRR2013593 5 0.2255 0.87163 0.080 0.000 0.000 0.028 0.892 0.000
#> SRR2013592 5 0.1511 0.88414 0.044 0.000 0.000 0.012 0.940 0.004
#> SRR2013591 5 0.2088 0.87657 0.068 0.000 0.000 0.028 0.904 0.000
#> SRR2013590 4 0.4432 0.78210 0.000 0.084 0.168 0.736 0.008 0.004
#> SRR2013588 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013589 4 0.3337 0.85242 0.000 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013586 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013585 4 0.3781 0.63716 0.000 0.204 0.036 0.756 0.000 0.004
#> SRR2013584 6 0.1760 0.80599 0.048 0.000 0.004 0.020 0.000 0.928
#> SRR2013583 6 0.1693 0.80685 0.032 0.000 0.000 0.012 0.020 0.936
#> SRR2013582 6 0.0858 0.80479 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR2013581 6 0.1643 0.80889 0.068 0.000 0.000 0.008 0.000 0.924
#> SRR2013580 6 0.3564 0.61685 0.000 0.000 0.012 0.264 0.000 0.724
#> SRR2013579 6 0.4658 0.35848 0.000 0.000 0.048 0.384 0.000 0.568
#> SRR2013578 6 0.1471 0.80907 0.064 0.000 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR2013577 6 0.1643 0.80776 0.068 0.000 0.000 0.008 0.000 0.924
#> SRR2013576 6 0.1970 0.80228 0.028 0.000 0.000 0.044 0.008 0.920
#> SRR2013575 6 0.3778 0.58113 0.000 0.000 0.016 0.288 0.000 0.696
#> SRR2013574 6 0.1411 0.80898 0.060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR2013572 6 0.4350 0.53557 0.000 0.000 0.048 0.292 0.000 0.660
#> SRR2013573 6 0.1524 0.80771 0.060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR2013571 6 0.4961 0.41102 0.000 0.000 0.088 0.320 0.000 0.592
#> SRR2013569 6 0.4358 0.75096 0.100 0.000 0.000 0.056 0.072 0.772
#> SRR2013570 6 0.1528 0.80848 0.048 0.000 0.000 0.016 0.000 0.936
#> SRR2013568 6 0.1616 0.80569 0.048 0.000 0.000 0.020 0.000 0.932
#> SRR2013567 6 0.4300 0.44442 0.000 0.000 0.028 0.364 0.000 0.608
#> SRR2013566 6 0.2291 0.80236 0.044 0.000 0.000 0.040 0.012 0.904
#> SRR2013564 4 0.3781 0.63712 0.000 0.204 0.036 0.756 0.000 0.004
#> SRR2013565 6 0.1584 0.80787 0.064 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928
#> SRR2013563 4 0.3518 0.85053 0.000 0.000 0.256 0.732 0.000 0.012
#> SRR2013561 4 0.4499 0.73694 0.000 0.120 0.120 0.744 0.008 0.008
#> SRR2013560 4 0.3582 0.84878 0.000 0.000 0.252 0.732 0.000 0.016
#> SRR2013562 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013558 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013559 4 0.3337 0.85242 0.000 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR2013556 6 0.2078 0.80462 0.044 0.000 0.000 0.040 0.004 0.912
#> SRR2013557 6 0.1321 0.80287 0.020 0.000 0.000 0.024 0.004 0.952
#> SRR2013554 6 0.4300 0.50062 0.000 0.000 0.036 0.324 0.000 0.640
#> SRR2013553 6 0.2060 0.80584 0.084 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900
#> SRR2013555 6 0.1934 0.79967 0.040 0.000 0.000 0.044 0.000 0.916
#> SRR2013552 6 0.2351 0.80053 0.036 0.000 0.000 0.052 0.012 0.900
#> SRR2013551 6 0.1757 0.80622 0.076 0.000 0.000 0.008 0.000 0.916
#> SRR2013550 6 0.1674 0.78355 0.004 0.000 0.004 0.068 0.000 0.924
#> SRR2013548 6 0.1462 0.80836 0.056 0.000 0.000 0.008 0.000 0.936
#> SRR2013549 6 0.2994 0.68933 0.000 0.000 0.004 0.208 0.000 0.788
#> SRR2013546 6 0.2143 0.79777 0.012 0.000 0.016 0.048 0.008 0.916
#> SRR2013545 6 0.3603 0.76881 0.136 0.000 0.000 0.048 0.012 0.804
#> SRR2013544 6 0.3867 0.52832 0.000 0.000 0.012 0.328 0.000 0.660
#> SRR2013547 6 0.2362 0.74479 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR2013543 6 0.4699 0.71810 0.064 0.000 0.000 0.056 0.144 0.736
#> SRR2013542 6 0.1643 0.80772 0.068 0.000 0.000 0.008 0.000 0.924
#> SRR2013541 6 0.4458 0.44204 0.000 0.000 0.040 0.352 0.000 0.608
#> SRR2013540 6 0.1787 0.80710 0.068 0.000 0.000 0.008 0.004 0.920
#> SRR2013539 6 0.4144 0.46670 0.000 0.000 0.020 0.360 0.000 0.620
#> SRR2013538 6 0.2146 0.76906 0.004 0.000 0.000 0.116 0.000 0.880
#> SRR2013537 6 0.3842 0.76009 0.044 0.000 0.000 0.096 0.052 0.808
#> SRR2013535 6 0.3376 0.72131 0.220 0.000 0.000 0.016 0.000 0.764
#> SRR2013536 6 0.1483 0.80783 0.036 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944
#> SRR2013534 6 0.1980 0.80341 0.036 0.000 0.000 0.036 0.008 0.920
#> SRR2013532 4 0.3360 0.85254 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2013533 4 0.3720 0.83884 0.000 0.000 0.236 0.736 0.000 0.028
#> SRR2013531 4 0.3849 0.82449 0.000 0.032 0.208 0.752 0.000 0.008
#> SRR2013529 1 0.4568 0.60010 0.684 0.000 0.000 0.064 0.008 0.244
#> SRR2013530 6 0.3337 0.63754 0.000 0.000 0.004 0.260 0.000 0.736
#> SRR2013528 1 0.4204 0.60074 0.696 0.000 0.000 0.040 0.004 0.260
#> SRR2013527 6 0.4205 0.73298 0.184 0.000 0.000 0.060 0.012 0.744
#> SRR2013526 5 0.3122 0.80110 0.176 0.000 0.000 0.020 0.804 0.000
#> SRR2013525 5 0.0972 0.88466 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000
#> SRR2013524 1 0.4152 0.75288 0.764 0.000 0.000 0.088 0.012 0.136
#> SRR2013523 5 0.0520 0.88199 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000
#> SRR2013522 5 0.1053 0.88503 0.020 0.000 0.000 0.012 0.964 0.004
#> SRR2013521 6 0.2513 0.78263 0.140 0.000 0.000 0.008 0.000 0.852
#> SRR2013519 1 0.1802 0.84672 0.916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR2013520 6 0.2619 0.80907 0.072 0.000 0.000 0.040 0.008 0.880
#> SRR2013518 5 0.1555 0.87629 0.008 0.000 0.000 0.040 0.940 0.012
#> SRR2013517 1 0.6400 0.24932 0.476 0.000 0.000 0.076 0.348 0.100
#> SRR2013516 5 0.6973 0.33270 0.216 0.000 0.000 0.092 0.456 0.236
#> SRR2013514 5 0.2036 0.87658 0.028 0.000 0.000 0.048 0.916 0.008
#> SRR2013515 5 0.3115 0.82866 0.012 0.000 0.000 0.092 0.848 0.048
#> SRR2013513 5 0.0665 0.88036 0.004 0.000 0.000 0.008 0.980 0.008
#> SRR2013512 5 0.5011 0.73623 0.112 0.000 0.000 0.084 0.720 0.084
#> SRR2013511 5 0.0964 0.88416 0.012 0.000 0.000 0.016 0.968 0.004
#> SRR2013510 5 0.0767 0.87979 0.004 0.000 0.000 0.012 0.976 0.008
#> SRR2013508 5 0.1036 0.88450 0.024 0.000 0.000 0.008 0.964 0.004
#> SRR2013509 5 0.0820 0.88430 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000
#> SRR2013505 1 0.7259 0.09255 0.384 0.000 0.000 0.124 0.308 0.184
#> SRR2013506 6 0.4389 0.74763 0.080 0.000 0.000 0.040 0.116 0.764
#> SRR2013507 5 0.1718 0.87578 0.008 0.000 0.000 0.044 0.932 0.016
#> SRR2013504 6 0.6319 0.58079 0.180 0.000 0.000 0.132 0.108 0.580
#> SRR2013503 4 0.6051 0.06153 0.000 0.000 0.000 0.396 0.344 0.260
#> SRR2013502 5 0.4353 0.78298 0.056 0.000 0.000 0.120 0.768 0.056
#> SRR2013501 5 0.4999 0.70028 0.036 0.000 0.000 0.116 0.704 0.144
#> SRR2013500 1 0.6659 0.43015 0.524 0.000 0.000 0.100 0.216 0.160
#> SRR2013499 6 0.3603 0.77282 0.032 0.000 0.000 0.116 0.036 0.816
#> SRR2013498 6 0.4500 0.71951 0.144 0.000 0.000 0.104 0.016 0.736
#> SRR2013497 6 0.5594 0.51465 0.268 0.000 0.000 0.124 0.020 0.588
#> SRR2013495 6 0.4151 0.74158 0.152 0.000 0.000 0.076 0.012 0.760
#> SRR2013496 6 0.4966 0.69763 0.148 0.000 0.000 0.116 0.032 0.704
#> SRR2013492 6 0.7333 0.10842 0.324 0.000 0.000 0.140 0.176 0.360
#> SRR2013494 6 0.5296 0.62355 0.224 0.000 0.000 0.116 0.020 0.640
#> SRR2013493 1 0.2257 0.85385 0.904 0.000 0.000 0.048 0.008 0.040
#> SRR2013491 5 0.6513 0.49478 0.220 0.000 0.000 0.132 0.544 0.104
#> SRR2013490 1 0.6314 0.53891 0.580 0.000 0.000 0.104 0.136 0.180
#> SRR2013489 6 0.3550 0.76563 0.024 0.000 0.000 0.156 0.020 0.800
#> SRR2013488 6 0.7088 0.08838 0.360 0.000 0.000 0.136 0.128 0.376
#> SRR2013487 6 0.5013 0.70035 0.140 0.000 0.000 0.128 0.032 0.700
#> SRR2013486 1 0.5210 0.38978 0.576 0.000 0.000 0.068 0.340 0.016
#> SRR2013485 5 0.2867 0.84771 0.112 0.000 0.000 0.040 0.848 0.000
#> SRR2013484 1 0.1333 0.86441 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2013483 1 0.2063 0.85167 0.912 0.000 0.000 0.060 0.008 0.020
#> SRR2013482 5 0.5837 0.32362 0.356 0.000 0.000 0.104 0.512 0.028
#> SRR2013481 1 0.2771 0.83113 0.868 0.000 0.000 0.068 0.004 0.060
#> SRR2013479 1 0.2591 0.84012 0.880 0.000 0.000 0.052 0.004 0.064
#> SRR2013480 1 0.2036 0.85943 0.916 0.000 0.000 0.048 0.028 0.008
#> SRR2013478 1 0.1196 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR2013477 1 0.3512 0.65917 0.740 0.000 0.000 0.008 0.248 0.004
#> SRR2013476 1 0.2190 0.85241 0.908 0.000 0.000 0.044 0.040 0.008
#> SRR2013474 1 0.2066 0.85358 0.908 0.000 0.000 0.052 0.040 0.000
#> SRR2013473 5 0.4024 0.81012 0.128 0.000 0.000 0.092 0.772 0.008
#> SRR2013475 1 0.1155 0.86498 0.956 0.000 0.000 0.036 0.004 0.004
#> SRR2013472 1 0.2843 0.79938 0.848 0.000 0.000 0.036 0.116 0.000
#> SRR2013471 1 0.5648 -0.00378 0.460 0.000 0.000 0.088 0.432 0.020
#> SRR2013470 5 0.3551 0.77927 0.192 0.000 0.000 0.036 0.772 0.000
#> SRR2013469 1 0.1180 0.86489 0.960 0.000 0.000 0.016 0.012 0.012
#> SRR2013468 1 0.1644 0.84957 0.932 0.000 0.000 0.012 0.052 0.004
#> SRR2013467 1 0.5824 0.37383 0.548 0.000 0.000 0.108 0.312 0.032
#> SRR2013466 1 0.2790 0.78213 0.840 0.000 0.000 0.020 0.140 0.000
#> SRR2013465 1 0.1036 0.86479 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008 0.004
#> SRR2013463 1 0.2841 0.76443 0.824 0.000 0.000 0.012 0.164 0.000
#> SRR2013462 1 0.1003 0.86749 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR2013464 1 0.1434 0.85257 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000
#> SRR2013461 1 0.0363 0.86540 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013460 1 0.0914 0.86804 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR2013459 1 0.0777 0.86568 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2013458 1 0.2344 0.84752 0.896 0.000 0.000 0.028 0.008 0.068
#> SRR2013457 1 0.0291 0.86442 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013456 1 0.0146 0.86464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0858 0.86485 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2013453 1 0.2358 0.84393 0.900 0.000 0.000 0.056 0.016 0.028
#> SRR2013454 1 0.0146 0.86464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013452 1 0.5813 0.17987 0.492 0.000 0.000 0.104 0.380 0.024
#> SRR2013451 1 0.3381 0.76840 0.808 0.000 0.000 0.040 0.148 0.004
#> SRR2013450 1 0.0405 0.86571 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013449 1 0.1196 0.86207 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR2013448 1 0.1232 0.86906 0.956 0.000 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR2013447 5 0.2462 0.86402 0.096 0.000 0.000 0.028 0.876 0.000
#> SRR2013446 5 0.0972 0.88462 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000
#> SRR2013445 5 0.2046 0.87943 0.060 0.000 0.000 0.032 0.908 0.000
#> SRR2013444 5 0.2006 0.87379 0.080 0.000 0.000 0.016 0.904 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.492 0.892 0.898 0.3851 0.572 0.572
#> 3 3 0.901 0.905 0.957 0.4093 0.874 0.782
#> 4 4 0.603 0.713 0.843 0.2592 0.848 0.673
#> 5 5 0.575 0.606 0.746 0.0527 0.945 0.830
#> 6 6 0.579 0.671 0.789 0.0506 0.919 0.739
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 2 0.8207 0.9134 0.256 0.744
#> SRR2013442 1 0.9000 0.3556 0.684 0.316
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013759 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013758 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013757 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013756 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013755 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013754 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013753 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013751 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013752 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013750 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013749 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013748 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013747 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013745 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013746 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013744 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013742 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013743 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013741 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013740 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013739 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013737 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013738 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013736 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013735 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013734 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013733 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013731 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013732 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013730 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013729 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013728 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.3114 0.8777 0.944 0.056
#> SRR2013726 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.2236 0.9002 0.964 0.036
#> SRR2013724 1 0.4161 0.8433 0.916 0.084
#> SRR2013723 1 0.9795 -0.0666 0.584 0.416
#> SRR2013722 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013721 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013720 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013719 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013717 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013718 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013716 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013715 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013714 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013713 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013712 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013711 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013708 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013709 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013707 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013706 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013705 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013704 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013703 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013702 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013701 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013700 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013699 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013698 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013697 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013696 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013695 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013694 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013693 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013692 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013691 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013690 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013689 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013687 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013688 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013686 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013685 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013682 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013683 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013684 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013681 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013680 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013679 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013678 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013677 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013676 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013675 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013674 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013673 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013671 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013672 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013670 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013669 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013668 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013667 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013666 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013665 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013662 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013663 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013664 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013661 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013660 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013659 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013658 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013657 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013656 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013654 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013655 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013653 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013652 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013651 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013650 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013649 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013646 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013645 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013644 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013643 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013642 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013639 2 0.9087 0.8119 0.324 0.676
#> SRR2013638 2 0.9491 0.7330 0.368 0.632
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013635 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013634 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013633 1 0.1414 0.9154 0.980 0.020
#> SRR2013631 1 0.9944 -0.2425 0.544 0.456
#> SRR2013632 1 0.9044 0.3417 0.680 0.320
#> SRR2013629 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.3274 0.8730 0.940 0.060
#> SRR2013628 1 0.0672 0.9263 0.992 0.008
#> SRR2013626 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013627 2 0.9686 0.6773 0.396 0.604
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.1184 0.9205 0.984 0.016
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.9522 0.1447 0.628 0.372
#> SRR2013592 1 0.8555 0.4635 0.720 0.280
#> SRR2013591 1 0.7674 0.6025 0.776 0.224
#> SRR2013590 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.6148 0.7420 0.848 0.152
#> SRR2013586 1 0.5178 0.7992 0.884 0.116
#> SRR2013585 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.7219 0.7550 0.800 0.200
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.7139 0.7587 0.804 0.196
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.7219 0.9800 0.200 0.800
#> SRR2013560 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0672 0.9263 0.992 0.008
#> SRR2013558 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.3431 0.8688 0.936 0.064
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0672 0.9269 0.992 0.008
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0672 0.9264 0.992 0.008
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0938 0.9238 0.988 0.012
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.9129 0.3106 0.672 0.328
#> SRR2013533 1 0.0376 0.9297 0.996 0.004
#> SRR2013531 2 0.8327 0.9027 0.264 0.736
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.9170 0.3011 0.668 0.332
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.5629 0.7745 0.868 0.132
#> SRR2013522 1 0.3114 0.8778 0.944 0.056
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.2778 0.8931 0.952 0.048
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.2043 0.9035 0.968 0.032
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.5946 0.7556 0.856 0.144
#> SRR2013513 2 0.9608 0.7026 0.384 0.616
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.9922 -0.2054 0.552 0.448
#> SRR2013510 2 0.9580 0.7093 0.380 0.620
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013509 2 0.9866 0.5899 0.432 0.568
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0672 0.9264 0.992 0.008
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.8207 0.5257 0.744 0.256
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.9491 0.1588 0.632 0.368
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0672 0.9264 0.992 0.008
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0376 0.9297 0.996 0.004
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0672 0.9264 0.992 0.008
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9330 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.3114 0.8778 0.944 0.056
#> SRR2013446 2 0.8016 0.9287 0.244 0.756
#> SRR2013445 2 0.9970 0.4947 0.468 0.532
#> SRR2013444 1 0.9129 0.3146 0.672 0.328
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 2 0.3038 0.8227 0.104 0.896 0.000
#> SRR2013442 1 0.6215 0.3085 0.572 0.428 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0747 0.9466 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0424 0.9338 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.1411 0.9032 0.036 0.964 0.000
#> SRR2013728 1 0.3816 0.8458 0.852 0.148 0.000
#> SRR2013727 1 0.3116 0.8778 0.892 0.108 0.000
#> SRR2013726 1 0.1964 0.9327 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013725 1 0.3686 0.8580 0.860 0.140 0.000
#> SRR2013724 1 0.4654 0.7640 0.792 0.208 0.000
#> SRR2013723 2 0.6305 0.0669 0.484 0.516 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0592 0.9295 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0237 0.9383 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0237 0.9375 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0592 0.9301 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 2 0.0892 0.9237 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9413 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0747 0.9806 0.016 0.000 0.984
#> SRR2013647 1 0.2066 0.9302 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 2 0.0592 0.9315 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013642 2 0.0424 0.9351 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013640 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013641 2 0.0592 0.9315 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013639 2 0.4002 0.7462 0.160 0.840 0.000
#> SRR2013638 2 0.4702 0.6735 0.212 0.788 0.000
#> SRR2013637 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013636 2 0.0424 0.9351 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013635 2 0.0892 0.9235 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013634 2 0.0424 0.9351 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013633 1 0.2796 0.9066 0.908 0.092 0.000
#> SRR2013631 2 0.6215 0.2215 0.428 0.572 0.000
#> SRR2013632 1 0.6308 0.0923 0.508 0.492 0.000
#> SRR2013629 1 0.1860 0.9344 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013630 1 0.3686 0.8583 0.860 0.140 0.000
#> SRR2013628 1 0.2796 0.9069 0.908 0.092 0.000
#> SRR2013626 1 0.1163 0.9441 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013625 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013627 2 0.5621 0.5365 0.308 0.692 0.000
#> SRR2013624 1 0.2261 0.9253 0.932 0.068 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.1031 0.9451 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.1289 0.9429 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013616 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0747 0.9461 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013613 1 0.0747 0.9462 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013611 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0592 0.9466 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0892 0.9456 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.1860 0.9344 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0424 0.9467 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013594 1 0.1289 0.9430 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013593 2 0.6309 -0.0508 0.496 0.504 0.000
#> SRR2013592 1 0.6215 0.3135 0.572 0.428 0.000
#> SRR2013591 1 0.5968 0.4855 0.636 0.364 0.000
#> SRR2013590 2 0.1031 0.9195 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0661 0.9461 0.988 0.008 0.004
#> SRR2013589 1 0.4291 0.7946 0.820 0.180 0.000
#> SRR2013586 1 0.7759 0.5997 0.676 0.144 0.180
#> SRR2013585 2 0.0424 0.9351 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.1643 0.9380 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0892 0.9457 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013580 1 0.0892 0.9457 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0592 0.9464 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0424 0.9467 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013575 1 0.0424 0.9468 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2625 0.8918 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0747 0.9400 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013569 1 0.0747 0.9463 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0892 0.9458 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013566 1 0.0747 0.9465 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013564 2 0.0237 0.9383 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013565 1 0.0424 0.9467 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013563 1 0.1163 0.9443 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013561 2 0.1964 0.8831 0.056 0.944 0.000
#> SRR2013560 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013562 1 0.2066 0.9298 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013558 1 0.4270 0.8472 0.860 0.024 0.116
#> SRR2013559 1 0.2625 0.8924 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013556 1 0.1163 0.9443 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0592 0.9464 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.1289 0.9432 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013543 1 0.2878 0.9041 0.904 0.096 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.1289 0.9430 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013539 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013538 1 0.1753 0.9360 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013537 1 0.1860 0.9345 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.1289 0.9429 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.6111 0.3560 0.604 0.396 0.000
#> SRR2013533 1 0.1860 0.9348 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013531 2 0.2261 0.8672 0.068 0.932 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0592 0.9464 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.2261 0.9252 0.932 0.068 0.000
#> SRR2013525 1 0.6095 0.4064 0.608 0.392 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.5016 0.7267 0.760 0.240 0.000
#> SRR2013522 1 0.4291 0.8144 0.820 0.180 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.3752 0.8562 0.856 0.144 0.000
#> SRR2013517 1 0.1643 0.9383 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013516 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013514 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013515 1 0.4931 0.7383 0.768 0.232 0.000
#> SRR2013513 2 0.5138 0.6169 0.252 0.748 0.000
#> SRR2013512 1 0.1860 0.9348 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013511 2 0.6126 0.3042 0.400 0.600 0.000
#> SRR2013510 2 0.4796 0.6619 0.220 0.780 0.000
#> SRR2013508 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013509 2 0.5988 0.4070 0.368 0.632 0.000
#> SRR2013505 1 0.1753 0.9364 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013506 1 0.1289 0.9426 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013507 1 0.2796 0.9067 0.908 0.092 0.000
#> SRR2013504 1 0.1529 0.9398 0.960 0.040 0.000
#> SRR2013503 1 0.5678 0.5845 0.684 0.316 0.000
#> SRR2013502 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013501 1 0.6244 0.2602 0.560 0.440 0.000
#> SRR2013500 1 0.1860 0.9345 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013499 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0424 0.9466 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013495 1 0.1031 0.9448 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013496 1 0.1031 0.9450 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013492 1 0.1031 0.9451 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1643 0.9382 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013490 1 0.1031 0.9450 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013489 1 0.1643 0.9390 0.956 0.044 0.000
#> SRR2013488 1 0.1964 0.9321 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013487 1 0.0237 0.9464 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013486 1 0.2165 0.9274 0.936 0.064 0.000
#> SRR2013485 1 0.2165 0.9276 0.936 0.064 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0892 0.9459 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013482 1 0.1753 0.9371 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013481 1 0.1031 0.9453 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.1411 0.9417 0.964 0.036 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.2537 0.9169 0.920 0.080 0.000
#> SRR2013476 1 0.1411 0.9415 0.964 0.036 0.000
#> SRR2013474 1 0.1529 0.9398 0.960 0.040 0.000
#> SRR2013473 1 0.2066 0.9297 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0424 0.9466 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013471 1 0.1964 0.9321 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013470 1 0.1964 0.9328 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.1031 0.9448 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013467 1 0.2537 0.9164 0.920 0.080 0.000
#> SRR2013466 1 0.0892 0.9460 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013465 1 0.0892 0.9459 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013463 1 0.1860 0.9343 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0237 0.9465 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0592 0.9466 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013454 1 0.0424 0.9468 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013452 1 0.2066 0.9302 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013451 1 0.0424 0.9467 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.3482 0.8718 0.872 0.128 0.000
#> SRR2013446 2 0.1643 0.8957 0.044 0.956 0.000
#> SRR2013445 2 0.5948 0.4265 0.360 0.640 0.000
#> SRR2013444 1 0.6267 0.2330 0.548 0.452 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 2 0.5659 0.5231 0.032 0.600 0.000 0.368
#> SRR2013442 4 0.5855 0.5430 0.100 0.208 0.000 0.692
#> SRR2013769 1 0.0592 0.7754 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013768 1 0.0592 0.7762 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013767 1 0.0921 0.7755 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013765 1 0.0000 0.7749 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0707 0.7775 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013764 1 0.0592 0.7768 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013763 1 0.0707 0.7761 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013762 1 0.0469 0.7769 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013761 1 0.1940 0.7764 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013760 2 0.0188 0.8956 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013758 2 0.0707 0.8954 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013757 2 0.0592 0.8958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013756 2 0.0188 0.8955 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013755 2 0.0707 0.8954 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013754 2 0.0817 0.8947 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013753 2 0.0592 0.8958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013751 2 0.0592 0.8963 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013752 2 0.0592 0.8958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013750 2 0.0336 0.8956 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013749 2 0.0592 0.8958 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013748 2 0.0188 0.8951 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013747 2 0.0336 0.8956 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013745 2 0.0657 0.8962 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR2013746 2 0.1474 0.8830 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013744 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0469 0.8966 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013743 2 0.0817 0.8947 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013741 2 0.0707 0.8954 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013740 2 0.0592 0.8960 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013739 2 0.0707 0.8957 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013737 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013738 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013736 2 0.0188 0.8948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013735 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0592 0.8944 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013733 2 0.0469 0.8947 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013731 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0336 0.8956 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013730 2 0.1211 0.8881 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013729 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.6937 -0.1905 0.508 0.116 0.000 0.376
#> SRR2013727 1 0.3505 0.7230 0.864 0.088 0.000 0.048
#> SRR2013726 4 0.4746 0.7076 0.304 0.008 0.000 0.688
#> SRR2013725 1 0.5384 0.6009 0.728 0.076 0.000 0.196
#> SRR2013724 4 0.5855 0.6419 0.208 0.100 0.000 0.692
#> SRR2013723 1 0.5938 0.0210 0.484 0.480 0.000 0.036
#> SRR2013722 2 0.1792 0.8791 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013721 2 0.0707 0.8968 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013720 2 0.0707 0.8958 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013719 2 0.0817 0.8947 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013717 2 0.2216 0.8827 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013718 2 0.1557 0.8914 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013716 2 0.1940 0.8789 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013715 2 0.1940 0.8782 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013714 2 0.1716 0.8840 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013713 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013712 2 0.1302 0.8877 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013711 2 0.2216 0.8797 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013708 2 0.0707 0.8933 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013709 2 0.0336 0.8956 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013707 2 0.0469 0.8959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013706 2 0.0817 0.8951 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013705 2 0.0921 0.8940 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013704 2 0.0592 0.8969 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013703 2 0.0469 0.8957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013702 2 0.3172 0.8125 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR2013701 2 0.0817 0.8948 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013700 2 0.2408 0.8770 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013699 2 0.1940 0.8789 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013698 2 0.2216 0.8793 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013697 2 0.1557 0.8893 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013696 2 0.1867 0.8774 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013695 2 0.1867 0.8774 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013694 2 0.1867 0.8774 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013693 2 0.2081 0.8791 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013692 2 0.1867 0.8774 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013691 2 0.0707 0.8954 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013690 2 0.1867 0.8774 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013689 2 0.1940 0.8787 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013687 2 0.0188 0.8946 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013688 2 0.1940 0.8785 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013686 2 0.2704 0.8717 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013685 2 0.1302 0.8875 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013682 2 0.1474 0.8933 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013683 2 0.1109 0.8945 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR2013684 2 0.1792 0.8793 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013681 2 0.2011 0.8827 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013680 2 0.1940 0.8789 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013679 2 0.3219 0.8497 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013678 2 0.2704 0.8706 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013677 2 0.2345 0.8786 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013676 2 0.1022 0.8931 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013675 2 0.0592 0.8954 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.3837 0.7587 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2013669 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013668 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.1867 0.8733 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013651 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013650 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013649 3 0.1059 0.9794 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR2013647 1 0.3444 0.6941 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0592 0.9916 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013643 2 0.4072 0.7332 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013642 2 0.4103 0.7293 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2013640 1 0.4040 0.6269 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013641 2 0.4072 0.7335 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013639 2 0.6477 0.5526 0.116 0.620 0.000 0.264
#> SRR2013638 2 0.6974 0.4486 0.152 0.564 0.000 0.284
#> SRR2013637 4 0.4356 0.6193 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013636 2 0.4103 0.7293 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2013635 2 0.4103 0.7293 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2013634 2 0.3837 0.7589 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2013633 1 0.4594 0.5947 0.712 0.008 0.000 0.280
#> SRR2013631 2 0.7706 0.0889 0.328 0.436 0.000 0.236
#> SRR2013632 1 0.7625 0.1294 0.472 0.276 0.000 0.252
#> SRR2013629 1 0.2760 0.7416 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013630 1 0.5497 0.5551 0.672 0.044 0.000 0.284
#> SRR2013628 1 0.4328 0.6385 0.748 0.008 0.000 0.244
#> SRR2013626 1 0.2081 0.7687 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013625 1 0.4040 0.6286 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013627 2 0.7289 0.3800 0.200 0.532 0.000 0.268
#> SRR2013624 1 0.3764 0.6665 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013623 1 0.0336 0.7762 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013622 1 0.0817 0.7754 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013621 1 0.4040 0.4571 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013620 4 0.4925 0.6265 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013619 1 0.2760 0.7475 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013617 1 0.3873 0.5266 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013618 4 0.4790 0.6551 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013616 4 0.2760 0.6726 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013615 1 0.2011 0.7572 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013614 1 0.2149 0.7660 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013613 1 0.0921 0.7832 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013612 1 0.1022 0.7758 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013610 1 0.0817 0.7807 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013611 4 0.4972 0.1848 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013609 1 0.0817 0.7762 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013608 1 0.3266 0.6722 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013606 1 0.4977 -0.3404 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2013605 4 0.4679 0.6954 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013607 1 0.1118 0.7811 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013604 1 0.4961 -0.2573 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013603 1 0.0336 0.7768 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013602 4 0.2868 0.6842 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013601 4 0.4697 0.6961 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013600 4 0.4994 0.3543 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013599 4 0.4713 0.6944 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013598 1 0.4830 -0.1280 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013596 4 0.3311 0.6917 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013597 4 0.4730 0.6948 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013595 4 0.4522 0.7098 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013594 1 0.3764 0.6592 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013593 4 0.5693 0.4713 0.072 0.240 0.000 0.688
#> SRR2013592 4 0.7681 0.1041 0.380 0.216 0.000 0.404
#> SRR2013591 4 0.4638 0.6067 0.060 0.152 0.000 0.788
#> SRR2013590 2 0.4072 0.7332 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013588 1 0.1389 0.7781 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013587 1 0.1637 0.7800 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013589 1 0.5528 0.5606 0.732 0.144 0.000 0.124
#> SRR2013586 1 0.7964 0.3270 0.600 0.108 0.172 0.120
#> SRR2013585 2 0.3873 0.7775 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2013584 1 0.1867 0.7605 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013583 1 0.4193 0.6175 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013582 1 0.0336 0.7762 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013581 1 0.1792 0.7807 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013580 1 0.1716 0.7828 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013579 1 0.0000 0.7749 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.2469 0.7701 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013577 1 0.0592 0.7792 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013576 1 0.1389 0.7825 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013575 1 0.1474 0.7798 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013574 1 0.0921 0.7755 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013572 1 0.2342 0.7537 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR2013573 1 0.0000 0.7749 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0937 0.7797 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013569 1 0.2921 0.7594 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013570 1 0.0592 0.7813 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013568 1 0.0592 0.7788 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013567 1 0.4977 -0.2637 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2013566 1 0.2081 0.7687 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013564 2 0.3024 0.8206 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013565 4 0.4564 0.7137 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013563 1 0.1389 0.7822 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013561 2 0.3982 0.7590 0.004 0.776 0.000 0.220
#> SRR2013560 1 0.1389 0.7828 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013562 1 0.3047 0.7497 0.872 0.012 0.000 0.116
#> SRR2013558 1 0.4535 0.6748 0.804 0.000 0.112 0.084
#> SRR2013559 1 0.3547 0.7353 0.864 0.064 0.000 0.072
#> SRR2013556 1 0.1867 0.7768 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013557 1 0.0921 0.7813 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013554 1 0.0188 0.7758 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013553 1 0.2469 0.7029 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013555 1 0.1867 0.7503 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013552 1 0.1940 0.7783 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013551 1 0.0592 0.7763 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013550 1 0.0592 0.7767 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013548 1 0.0188 0.7757 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013549 1 0.0469 0.7794 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013546 1 0.1022 0.7786 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013545 1 0.0707 0.7774 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013544 1 0.0469 0.7786 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013547 1 0.2216 0.7757 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013543 1 0.4220 0.6440 0.748 0.004 0.000 0.248
#> SRR2013542 1 0.0921 0.7759 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013541 1 0.0817 0.7768 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013540 1 0.4843 0.0813 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013539 1 0.4250 0.3526 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013538 1 0.4746 0.3728 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013537 1 0.3569 0.7024 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013535 1 0.1302 0.7769 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013536 1 0.2704 0.7587 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013534 1 0.1022 0.7824 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013532 1 0.7031 0.1392 0.536 0.324 0.000 0.140
#> SRR2013533 1 0.4483 0.6007 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR2013531 2 0.5489 0.6738 0.060 0.700 0.000 0.240
#> SRR2013529 1 0.5000 -0.4953 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013530 1 0.0707 0.7756 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013528 1 0.2345 0.7669 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013527 1 0.0592 0.7793 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013526 4 0.2944 0.6803 0.128 0.004 0.000 0.868
#> SRR2013525 4 0.4944 0.5818 0.072 0.160 0.000 0.768
#> SRR2013524 1 0.2345 0.7466 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013523 1 0.6525 0.4131 0.612 0.116 0.000 0.272
#> SRR2013522 4 0.5699 0.3135 0.380 0.032 0.000 0.588
#> SRR2013521 4 0.4907 0.6320 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013519 4 0.4843 0.6556 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013520 1 0.0000 0.7749 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.4610 0.6142 0.744 0.020 0.000 0.236
#> SRR2013517 1 0.4585 0.5362 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013516 1 0.3907 0.6587 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013514 1 0.4907 0.3474 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR2013515 4 0.6300 0.4083 0.308 0.084 0.000 0.608
#> SRR2013513 2 0.7114 0.4324 0.188 0.560 0.000 0.252
#> SRR2013512 1 0.3837 0.6693 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013511 2 0.7846 -0.0119 0.336 0.392 0.000 0.272
#> SRR2013510 2 0.7039 0.4540 0.176 0.568 0.000 0.256
#> SRR2013508 4 0.2868 0.6700 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013509 4 0.5038 0.3246 0.020 0.296 0.000 0.684
#> SRR2013505 4 0.4382 0.6461 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013506 1 0.2011 0.7725 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013507 1 0.4008 0.6197 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013504 1 0.4500 0.5809 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013503 1 0.7516 0.1759 0.496 0.240 0.000 0.264
#> SRR2013502 1 0.4406 0.5942 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013501 4 0.7558 0.3165 0.256 0.256 0.000 0.488
#> SRR2013500 1 0.4040 0.6705 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013499 1 0.1118 0.7822 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013498 1 0.0817 0.7775 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013497 1 0.0592 0.7802 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013495 1 0.4277 0.5721 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013496 1 0.3024 0.7287 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013492 1 0.4564 0.5399 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013494 1 0.0592 0.7802 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013493 1 0.0469 0.7787 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013491 1 0.2469 0.7583 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013490 1 0.2408 0.7560 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013489 1 0.3123 0.7168 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013488 1 0.4164 0.6471 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013487 1 0.1792 0.7827 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013486 4 0.4522 0.5510 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013485 4 0.3942 0.6284 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013484 1 0.3975 0.5073 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013483 1 0.3801 0.5570 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013482 4 0.4679 0.6304 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013481 4 0.4454 0.7170 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013479 1 0.4585 0.1556 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013480 4 0.4356 0.7212 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013478 4 0.4679 0.6952 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013477 4 0.2334 0.6695 0.088 0.004 0.000 0.908
#> SRR2013476 1 0.2814 0.7547 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013474 4 0.4250 0.7214 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013473 1 0.4994 0.1659 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013475 1 0.4961 -0.3059 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013472 1 0.3444 0.6740 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013471 4 0.3400 0.7050 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013470 4 0.4907 0.3796 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013469 4 0.4992 0.5020 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013468 4 0.4477 0.7192 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013467 1 0.4422 0.6316 0.736 0.008 0.000 0.256
#> SRR2013466 4 0.4431 0.7197 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013465 1 0.3975 0.6655 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013463 4 0.3569 0.7118 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013462 4 0.4746 0.6925 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013464 4 0.4697 0.6959 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013461 4 0.4761 0.6917 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013460 1 0.2408 0.7539 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013459 4 0.4804 0.6852 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013458 4 0.4661 0.6960 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013457 4 0.4661 0.6958 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013456 4 0.4679 0.6952 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013455 1 0.4972 -0.3526 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013453 1 0.4500 0.2543 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013454 4 0.4605 0.7078 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013452 1 0.4222 0.6161 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013451 4 0.4967 0.5139 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013450 1 0.0336 0.7759 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013449 4 0.4955 0.6151 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013448 1 0.1716 0.7487 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013447 4 0.2741 0.6700 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR2013446 2 0.4986 0.7238 0.044 0.740 0.000 0.216
#> SRR2013445 2 0.7456 0.1883 0.180 0.460 0.000 0.360
#> SRR2013444 4 0.3834 0.6421 0.076 0.076 0.000 0.848
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 4 0.6377 0.388678 0.024 0.292 0.000 0.564 0.120
#> SRR2013442 5 0.6498 0.336424 0.064 0.052 0.000 0.392 0.492
#> SRR2013769 1 0.0510 0.778526 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013768 1 0.0794 0.779217 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013767 1 0.1197 0.777164 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013765 1 0.0000 0.776954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0880 0.780828 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013764 1 0.0609 0.780308 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013763 1 0.0794 0.778681 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013762 1 0.0510 0.780256 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013761 1 0.2104 0.782833 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR2013760 2 0.6532 0.678701 0.000 0.480 0.000 0.280 0.240
#> SRR2013759 2 0.6562 0.675360 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013758 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013757 2 0.6562 0.675325 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013756 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013755 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013754 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013753 2 0.6553 0.669459 0.000 0.472 0.000 0.292 0.236
#> SRR2013751 2 0.6523 0.674296 0.000 0.480 0.000 0.288 0.232
#> SRR2013752 2 0.6562 0.675325 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013750 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013749 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013748 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013747 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013745 2 0.6763 0.659539 0.008 0.472 0.000 0.296 0.224
#> SRR2013746 2 0.6516 0.643498 0.000 0.472 0.000 0.312 0.216
#> SRR2013744 2 0.6532 0.678573 0.000 0.480 0.000 0.280 0.240
#> SRR2013742 2 0.6562 0.675360 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013743 2 0.6562 0.675290 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013741 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013740 2 0.6562 0.675454 0.000 0.472 0.000 0.284 0.244
#> SRR2013739 2 0.6557 0.672679 0.000 0.472 0.000 0.288 0.240
#> SRR2013737 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013738 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013736 2 0.6493 0.678740 0.000 0.492 0.000 0.260 0.248
#> SRR2013735 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013734 2 0.6309 0.668907 0.000 0.532 0.000 0.228 0.240
#> SRR2013733 2 0.6460 0.677863 0.000 0.500 0.000 0.252 0.248
#> SRR2013731 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013732 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013730 2 0.5646 0.629720 0.000 0.632 0.000 0.212 0.156
#> SRR2013729 2 0.6552 0.678101 0.000 0.476 0.000 0.276 0.248
#> SRR2013728 5 0.5225 0.232828 0.456 0.008 0.000 0.028 0.508
#> SRR2013727 1 0.3455 0.734404 0.856 0.020 0.000 0.060 0.064
#> SRR2013726 5 0.5166 0.733339 0.232 0.004 0.000 0.084 0.680
#> SRR2013725 1 0.6303 0.343406 0.564 0.320 0.000 0.044 0.072
#> SRR2013724 5 0.6956 0.533989 0.140 0.212 0.000 0.076 0.572
#> SRR2013723 1 0.7812 -0.245617 0.472 0.200 0.000 0.208 0.120
#> SRR2013722 2 0.2006 0.482246 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR2013721 2 0.6538 0.678707 0.000 0.480 0.000 0.272 0.248
#> SRR2013720 2 0.6507 0.678359 0.000 0.488 0.000 0.268 0.244
#> SRR2013719 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013717 2 0.2740 0.504530 0.000 0.876 0.000 0.096 0.028
#> SRR2013718 2 0.4333 0.562511 0.000 0.740 0.000 0.212 0.048
#> SRR2013716 2 0.0992 0.462081 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013715 2 0.0566 0.453394 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013714 2 0.2660 0.508608 0.000 0.864 0.000 0.128 0.008
#> SRR2013713 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013712 2 0.6497 0.632788 0.000 0.472 0.000 0.320 0.208
#> SRR2013711 2 0.1571 0.476395 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR2013708 2 0.5334 0.615814 0.000 0.652 0.000 0.244 0.104
#> SRR2013709 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013707 2 0.4668 0.583351 0.000 0.684 0.000 0.272 0.044
#> SRR2013706 2 0.6166 0.660549 0.000 0.556 0.000 0.200 0.244
#> SRR2013705 2 0.4980 0.598225 0.000 0.676 0.000 0.252 0.072
#> SRR2013704 2 0.6287 0.659058 0.000 0.520 0.000 0.296 0.184
#> SRR2013703 2 0.6565 0.676700 0.000 0.472 0.000 0.280 0.248
#> SRR2013702 2 0.5925 0.376030 0.000 0.472 0.000 0.424 0.104
#> SRR2013701 2 0.6547 0.665888 0.000 0.472 0.000 0.296 0.232
#> SRR2013700 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.3531 0.527844 0.000 0.816 0.000 0.148 0.036
#> SRR2013696 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0290 0.448860 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013691 2 0.6533 0.656401 0.000 0.472 0.000 0.304 0.224
#> SRR2013690 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0162 0.445583 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013687 2 0.6351 0.672963 0.000 0.516 0.000 0.280 0.204
#> SRR2013688 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.5565 0.625055 0.000 0.640 0.000 0.216 0.144
#> SRR2013682 2 0.6044 0.651740 0.000 0.576 0.000 0.188 0.236
#> SRR2013683 2 0.6076 0.653126 0.000 0.572 0.000 0.196 0.232
#> SRR2013684 2 0.2361 0.498434 0.000 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR2013681 2 0.4136 0.538686 0.000 0.764 0.000 0.048 0.188
#> SRR2013680 2 0.1670 0.476621 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR2013679 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.444434 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.6023 0.652663 0.000 0.576 0.000 0.248 0.176
#> SRR2013675 2 0.6504 0.679532 0.000 0.488 0.000 0.272 0.240
#> SRR2013674 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.5153 0.018335 0.000 0.436 0.000 0.524 0.040
#> SRR2013669 3 0.4403 0.783878 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008
#> SRR2013668 3 0.4354 0.790077 0.000 0.000 0.624 0.368 0.008
#> SRR2013667 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.6447 0.603942 0.000 0.472 0.000 0.336 0.192
#> SRR2013658 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.4415 0.781793 0.000 0.000 0.604 0.388 0.008
#> SRR2013651 3 0.4403 0.783878 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008
#> SRR2013650 3 0.4403 0.783878 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008
#> SRR2013649 3 0.4781 0.771558 0.012 0.000 0.592 0.388 0.008
#> SRR2013647 1 0.3231 0.694991 0.800 0.000 0.000 0.196 0.004
#> SRR2013648 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.4415 0.781793 0.000 0.000 0.604 0.388 0.008
#> SRR2013645 3 0.0000 0.919281 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4403 0.783878 0.000 0.000 0.608 0.384 0.008
#> SRR2013643 4 0.4375 0.200719 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR2013642 4 0.4350 0.232192 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR2013640 1 0.4086 0.595439 0.704 0.000 0.000 0.284 0.012
#> SRR2013641 4 0.4658 0.205321 0.000 0.408 0.000 0.576 0.016
#> SRR2013639 4 0.6079 0.454338 0.116 0.292 0.000 0.580 0.012
#> SRR2013638 4 0.6608 0.495015 0.152 0.248 0.000 0.568 0.032
#> SRR2013637 5 0.6369 0.631735 0.236 0.000 0.000 0.244 0.520
#> SRR2013636 4 0.4350 0.232192 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR2013635 4 0.4350 0.232192 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR2013634 4 0.5036 -0.024936 0.000 0.452 0.000 0.516 0.032
#> SRR2013633 1 0.4755 0.567234 0.664 0.004 0.000 0.300 0.032
#> SRR2013631 4 0.7164 0.440016 0.316 0.248 0.000 0.416 0.020
#> SRR2013632 1 0.6283 0.000379 0.464 0.096 0.000 0.424 0.016
#> SRR2013629 1 0.2516 0.745707 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013630 4 0.5314 -0.257601 0.404 0.004 0.000 0.548 0.044
#> SRR2013628 1 0.4409 0.644575 0.736 0.004 0.000 0.220 0.040
#> SRR2013626 1 0.1965 0.773796 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013625 1 0.4206 0.610135 0.708 0.000 0.000 0.272 0.020
#> SRR2013627 4 0.6471 0.492604 0.184 0.236 0.000 0.564 0.016
#> SRR2013624 1 0.3628 0.672835 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR2013623 1 0.1216 0.780443 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013622 1 0.1043 0.777748 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013621 1 0.3508 0.486094 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013620 5 0.4288 0.656571 0.384 0.000 0.000 0.004 0.612
#> SRR2013619 1 0.2727 0.755685 0.868 0.000 0.000 0.116 0.016
#> SRR2013617 1 0.3582 0.549141 0.768 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR2013618 5 0.5274 0.682465 0.336 0.000 0.000 0.064 0.600
#> SRR2013616 5 0.5200 0.601423 0.068 0.000 0.000 0.304 0.628
#> SRR2013615 1 0.1956 0.763548 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR2013614 1 0.2011 0.769810 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR2013613 1 0.1117 0.787113 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013612 1 0.1197 0.777838 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013610 1 0.1082 0.783908 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013611 5 0.6500 0.232887 0.404 0.000 0.000 0.188 0.408
#> SRR2013609 1 0.1043 0.778723 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013608 1 0.3318 0.670065 0.808 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR2013606 5 0.4304 0.408119 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013605 5 0.3684 0.729239 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013607 1 0.1408 0.783855 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2013604 5 0.4748 0.346165 0.492 0.000 0.000 0.016 0.492
#> SRR2013603 1 0.0451 0.780368 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013602 5 0.5064 0.650678 0.080 0.000 0.000 0.248 0.672
#> SRR2013601 5 0.3684 0.730985 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013600 5 0.5964 0.426386 0.428 0.000 0.000 0.108 0.464
#> SRR2013599 5 0.3730 0.728983 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013598 1 0.4383 -0.208995 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR2013596 5 0.5417 0.660723 0.116 0.000 0.000 0.236 0.648
#> SRR2013597 5 0.3796 0.728041 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013595 5 0.4114 0.740512 0.244 0.000 0.000 0.024 0.732
#> SRR2013594 1 0.4149 0.676927 0.784 0.000 0.000 0.088 0.128
#> SRR2013593 5 0.6318 0.253074 0.044 0.056 0.000 0.432 0.468
#> SRR2013592 4 0.7370 0.010187 0.360 0.056 0.000 0.424 0.160
#> SRR2013591 5 0.5245 0.478032 0.016 0.044 0.000 0.292 0.648
#> SRR2013590 4 0.4574 0.184488 0.000 0.412 0.000 0.576 0.012
#> SRR2013588 1 0.5010 0.257185 0.572 0.000 0.000 0.392 0.036
#> SRR2013587 1 0.5071 0.205393 0.540 0.000 0.000 0.424 0.036
#> SRR2013589 1 0.5240 0.543321 0.676 0.036 0.000 0.256 0.032
#> SRR2013586 4 0.6176 -0.189190 0.388 0.016 0.012 0.524 0.060
#> SRR2013585 2 0.4977 0.061074 0.000 0.500 0.000 0.472 0.028
#> SRR2013584 1 0.1851 0.763518 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013583 1 0.4967 0.610504 0.704 0.000 0.000 0.104 0.192
#> SRR2013582 1 0.0510 0.779766 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013581 1 0.1893 0.785963 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> SRR2013580 1 0.1836 0.787140 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR2013579 1 0.0162 0.777973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013578 1 0.2654 0.775740 0.888 0.000 0.000 0.064 0.048
#> SRR2013577 1 0.0671 0.782600 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013576 1 0.1251 0.787270 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013575 1 0.1877 0.780545 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013574 1 0.1197 0.777164 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013572 1 0.2673 0.752637 0.892 0.000 0.072 0.028 0.008
#> SRR2013573 1 0.0000 0.776954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.1588 0.778503 0.948 0.000 0.016 0.028 0.008
#> SRR2013569 1 0.3401 0.762569 0.840 0.000 0.000 0.096 0.064
#> SRR2013570 1 0.0671 0.784693 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013568 1 0.0579 0.781274 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013567 1 0.5046 -0.310222 0.500 0.000 0.000 0.032 0.468
#> SRR2013566 1 0.2300 0.771638 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR2013564 2 0.5818 0.319172 0.000 0.460 0.000 0.448 0.092
#> SRR2013565 5 0.4503 0.743612 0.268 0.000 0.000 0.036 0.696
#> SRR2013563 1 0.1830 0.785855 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR2013561 4 0.5103 -0.060297 0.000 0.452 0.000 0.512 0.036
#> SRR2013560 1 0.2236 0.782207 0.908 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR2013562 1 0.2976 0.755518 0.852 0.004 0.000 0.132 0.012
#> SRR2013558 1 0.5842 0.070460 0.476 0.000 0.040 0.456 0.028
#> SRR2013559 1 0.3387 0.749094 0.852 0.028 0.000 0.100 0.020
#> SRR2013556 1 0.1764 0.781722 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR2013557 1 0.1082 0.785022 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013554 1 0.0451 0.778984 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013553 1 0.2179 0.708556 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013555 1 0.1732 0.753378 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013552 1 0.2054 0.782388 0.920 0.000 0.000 0.052 0.028
#> SRR2013551 1 0.0609 0.779689 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013550 1 0.0703 0.779239 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013548 1 0.0404 0.779394 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013549 1 0.0693 0.783518 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013546 1 0.1331 0.781242 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2013545 1 0.0703 0.781018 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013544 1 0.0451 0.780809 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013547 1 0.2588 0.779730 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR2013543 1 0.4649 0.634819 0.708 0.004 0.000 0.244 0.044
#> SRR2013542 1 0.1043 0.778732 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013541 1 0.0880 0.779253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013540 1 0.5490 0.110052 0.592 0.000 0.000 0.084 0.324
#> SRR2013539 1 0.3796 0.340705 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013538 1 0.5640 0.382661 0.608 0.000 0.000 0.116 0.276
#> SRR2013537 1 0.3848 0.708524 0.788 0.000 0.000 0.172 0.040
#> SRR2013535 1 0.1638 0.777178 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013536 1 0.2879 0.765521 0.868 0.000 0.000 0.100 0.032
#> SRR2013534 1 0.1117 0.786176 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013532 1 0.7291 -0.004541 0.492 0.120 0.000 0.304 0.084
#> SRR2013533 1 0.5016 0.621056 0.704 0.000 0.000 0.176 0.120
#> SRR2013531 4 0.6024 0.286847 0.060 0.372 0.000 0.540 0.028
#> SRR2013529 5 0.4644 0.540731 0.460 0.000 0.000 0.012 0.528
#> SRR2013530 1 0.0880 0.779055 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013528 1 0.2491 0.771984 0.896 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR2013527 1 0.0579 0.781565 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013526 5 0.4972 0.635388 0.068 0.000 0.000 0.260 0.672
#> SRR2013525 5 0.5681 0.442263 0.032 0.032 0.000 0.380 0.556
#> SRR2013524 1 0.2462 0.748654 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR2013523 1 0.5611 0.404837 0.572 0.044 0.000 0.364 0.020
#> SRR2013522 5 0.7145 0.319746 0.324 0.012 0.000 0.320 0.344
#> SRR2013521 5 0.4088 0.673908 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013519 5 0.3895 0.705374 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013520 1 0.0000 0.776954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.4207 0.599133 0.708 0.008 0.000 0.276 0.008
#> SRR2013517 1 0.5519 0.541138 0.648 0.000 0.000 0.204 0.148
#> SRR2013516 1 0.4096 0.667743 0.760 0.000 0.000 0.200 0.040
#> SRR2013514 1 0.6114 0.372244 0.564 0.000 0.000 0.244 0.192
#> SRR2013515 5 0.7186 0.364411 0.276 0.016 0.000 0.348 0.360
#> SRR2013513 4 0.6211 0.484659 0.176 0.256 0.000 0.564 0.004
#> SRR2013512 1 0.4233 0.666370 0.748 0.000 0.000 0.208 0.044
#> SRR2013511 4 0.6400 0.393878 0.336 0.124 0.000 0.524 0.016
#> SRR2013510 4 0.6120 0.488424 0.172 0.244 0.000 0.580 0.004
#> SRR2013508 5 0.5341 0.599219 0.080 0.000 0.000 0.300 0.620
#> SRR2013509 4 0.5652 -0.180790 0.004 0.064 0.000 0.468 0.464
#> SRR2013505 5 0.6216 0.660355 0.244 0.000 0.000 0.208 0.548
#> SRR2013506 1 0.1956 0.778390 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR2013507 1 0.3884 0.594722 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR2013504 1 0.5513 0.581369 0.652 0.000 0.000 0.168 0.180
#> SRR2013503 1 0.6324 0.029174 0.464 0.092 0.000 0.424 0.020
#> SRR2013502 1 0.5028 0.584413 0.668 0.000 0.000 0.260 0.072
#> SRR2013501 4 0.8032 0.058854 0.236 0.108 0.000 0.408 0.248
#> SRR2013500 1 0.4848 0.664101 0.724 0.000 0.000 0.132 0.144
#> SRR2013499 1 0.1251 0.786082 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013498 1 0.0771 0.780381 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013497 1 0.0798 0.784091 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013495 1 0.5006 0.576213 0.704 0.000 0.000 0.116 0.180
#> SRR2013496 1 0.2909 0.734389 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR2013492 1 0.5510 0.550363 0.648 0.000 0.000 0.144 0.208
#> SRR2013494 1 0.0579 0.782650 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013493 1 0.0451 0.780907 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013491 1 0.2179 0.767304 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR2013490 1 0.2286 0.757795 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> SRR2013489 1 0.2890 0.719583 0.836 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR2013488 1 0.4768 0.661486 0.724 0.000 0.000 0.180 0.096
#> SRR2013487 1 0.2370 0.784494 0.904 0.000 0.000 0.040 0.056
#> SRR2013486 5 0.6424 0.550350 0.288 0.000 0.000 0.212 0.500
#> SRR2013485 5 0.6144 0.603652 0.172 0.000 0.000 0.280 0.548
#> SRR2013484 1 0.3684 0.479965 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013483 1 0.3863 0.564329 0.772 0.000 0.000 0.028 0.200
#> SRR2013482 5 0.5921 0.661566 0.296 0.000 0.000 0.136 0.568
#> SRR2013481 5 0.4441 0.745648 0.236 0.000 0.000 0.044 0.720
#> SRR2013479 1 0.4060 0.112315 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013480 5 0.4589 0.747491 0.212 0.000 0.000 0.064 0.724
#> SRR2013478 5 0.3752 0.727079 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013477 5 0.3916 0.607191 0.012 0.000 0.000 0.256 0.732
#> SRR2013476 1 0.2927 0.763029 0.868 0.000 0.000 0.092 0.040
#> SRR2013474 5 0.4958 0.745874 0.224 0.000 0.000 0.084 0.692
#> SRR2013473 1 0.6593 0.106253 0.464 0.000 0.000 0.284 0.252
#> SRR2013475 1 0.4747 -0.396633 0.500 0.000 0.000 0.016 0.484
#> SRR2013472 1 0.3694 0.677518 0.796 0.000 0.000 0.032 0.172
#> SRR2013471 5 0.4836 0.686829 0.096 0.000 0.000 0.188 0.716
#> SRR2013470 5 0.6598 0.414960 0.376 0.000 0.000 0.212 0.412
#> SRR2013469 5 0.4658 0.586247 0.408 0.000 0.000 0.016 0.576
#> SRR2013468 5 0.4840 0.745222 0.248 0.000 0.000 0.064 0.688
#> SRR2013467 1 0.4701 0.630816 0.712 0.004 0.000 0.232 0.052
#> SRR2013466 5 0.4355 0.746016 0.224 0.000 0.000 0.044 0.732
#> SRR2013465 1 0.4501 0.684556 0.756 0.000 0.000 0.116 0.128
#> SRR2013463 5 0.4801 0.708344 0.124 0.000 0.000 0.148 0.728
#> SRR2013462 5 0.3906 0.731121 0.292 0.000 0.000 0.004 0.704
#> SRR2013464 5 0.3707 0.730251 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013461 5 0.3796 0.728328 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013460 1 0.2707 0.754734 0.876 0.000 0.000 0.024 0.100
#> SRR2013459 5 0.3949 0.716014 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013458 5 0.3636 0.730658 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013457 5 0.3661 0.730819 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013456 5 0.3612 0.729534 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013455 1 0.4297 -0.359491 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013453 1 0.4269 0.300064 0.684 0.000 0.000 0.016 0.300
#> SRR2013454 5 0.4014 0.739814 0.256 0.000 0.000 0.016 0.728
#> SRR2013452 1 0.4835 0.633641 0.724 0.000 0.000 0.156 0.120
#> SRR2013451 5 0.5376 0.531894 0.424 0.000 0.000 0.056 0.520
#> SRR2013450 1 0.0290 0.778126 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013449 5 0.4126 0.674112 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013448 1 0.1478 0.755494 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013447 5 0.4498 0.604683 0.032 0.000 0.000 0.280 0.688
#> SRR2013446 4 0.5920 0.189311 0.044 0.400 0.000 0.524 0.032
#> SRR2013445 4 0.7749 0.484169 0.180 0.188 0.000 0.492 0.140
#> SRR2013444 5 0.4678 0.567922 0.028 0.004 0.000 0.300 0.668
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 2 0.6190 0.41838 0.320 0.500 0.152 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013442 1 0.5482 0.49451 0.676 0.140 0.124 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013769 6 0.1970 0.78575 0.028 0.000 0.060 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013768 6 0.2401 0.78523 0.028 0.000 0.072 0.000 0.008 0.892
#> SRR2013767 6 0.2456 0.77804 0.052 0.000 0.048 0.000 0.008 0.892
#> SRR2013765 6 0.1204 0.77943 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013766 6 0.2277 0.78381 0.032 0.000 0.076 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013764 6 0.1914 0.78643 0.016 0.000 0.056 0.000 0.008 0.920
#> SRR2013763 6 0.1901 0.77597 0.040 0.000 0.028 0.000 0.008 0.924
#> SRR2013762 6 0.2222 0.78344 0.012 0.000 0.084 0.000 0.008 0.896
#> SRR2013761 6 0.2801 0.79138 0.068 0.000 0.072 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013760 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0146 0.79151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0146 0.79151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0146 0.79151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0146 0.79075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0146 0.79119 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0713 0.78894 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0405 0.79166 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.1693 0.78530 0.020 0.932 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.0146 0.79088 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013742 2 0.0405 0.79086 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013743 2 0.0146 0.79151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0146 0.79151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0547 0.78997 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0858 0.78778 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013738 2 0.0146 0.79107 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0909 0.78529 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013735 2 0.0865 0.78712 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.2679 0.72840 0.000 0.864 0.040 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013733 2 0.1219 0.76999 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013731 2 0.0260 0.79112 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.1196 0.78481 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013730 2 0.3221 0.65620 0.000 0.792 0.020 0.000 0.188 0.000
#> SRR2013729 2 0.0508 0.79055 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013728 6 0.6971 -0.22204 0.392 0.092 0.060 0.000 0.040 0.416
#> SRR2013727 6 0.4388 0.72624 0.036 0.076 0.064 0.000 0.032 0.792
#> SRR2013726 1 0.4864 0.67193 0.724 0.004 0.100 0.000 0.032 0.140
#> SRR2013725 6 0.6101 0.25428 0.052 0.016 0.052 0.000 0.404 0.476
#> SRR2013724 1 0.6529 0.44576 0.560 0.040 0.040 0.000 0.252 0.108
#> SRR2013723 6 0.6554 0.07159 0.040 0.404 0.084 0.000 0.032 0.440
#> SRR2013722 5 0.3791 0.78136 0.000 0.236 0.032 0.000 0.732 0.000
#> SRR2013721 2 0.1297 0.78347 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013720 2 0.1053 0.78787 0.004 0.964 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013719 2 0.0291 0.79191 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013717 2 0.3993 -0.04902 0.004 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR2013718 2 0.3717 0.28030 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2013716 5 0.2941 0.82215 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR2013715 5 0.2048 0.90173 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2013714 2 0.3868 -0.10592 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.79092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0858 0.78791 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 5 0.2597 0.86364 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR2013708 2 0.2664 0.67606 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2013709 2 0.1082 0.78504 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013707 2 0.2883 0.64574 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR2013706 2 0.2956 0.70162 0.000 0.840 0.040 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013705 2 0.2823 0.65524 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR2013704 2 0.1605 0.77955 0.016 0.936 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013703 2 0.1082 0.78504 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013702 2 0.2362 0.73166 0.136 0.860 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0260 0.79203 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013699 5 0.2178 0.89501 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013698 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013697 5 0.3797 0.41109 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR2013696 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013695 5 0.1714 0.90512 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013694 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013693 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013692 5 0.2135 0.89663 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR2013691 2 0.0458 0.79149 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 5 0.1714 0.90512 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013689 5 0.2020 0.90516 0.000 0.096 0.008 0.000 0.896 0.000
#> SRR2013687 2 0.1934 0.77406 0.000 0.916 0.040 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013688 5 0.1714 0.90512 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013686 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013685 2 0.3618 0.64316 0.000 0.768 0.040 0.000 0.192 0.000
#> SRR2013682 2 0.3163 0.68485 0.000 0.820 0.040 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013683 2 0.2815 0.70545 0.000 0.848 0.032 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013684 2 0.3868 -0.12084 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR2013681 5 0.4842 0.39797 0.008 0.420 0.040 0.000 0.532 0.000
#> SRR2013680 5 0.3023 0.80306 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR2013679 5 0.1765 0.90677 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013678 5 0.1714 0.90512 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013677 5 0.2135 0.89685 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR2013676 2 0.2979 0.72540 0.000 0.840 0.044 0.000 0.116 0.000
#> SRR2013675 2 0.1564 0.78063 0.000 0.936 0.040 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013674 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.4402 0.63885 0.184 0.712 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013669 4 0.0146 0.48435 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013668 4 0.0713 0.43579 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.1141 0.78068 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.0000 0.48740 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 4 0.0260 0.47815 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2013650 4 0.0146 0.48435 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013649 4 0.0291 0.48895 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2013647 6 0.3455 0.73535 0.144 0.000 0.056 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013648 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.0000 0.48740 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.3804 1.00000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR2013644 4 0.0146 0.48435 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.5105 0.58364 0.196 0.644 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013642 2 0.5197 0.57260 0.196 0.632 0.168 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013640 6 0.4961 0.61265 0.200 0.000 0.124 0.000 0.008 0.668
#> SRR2013641 2 0.5040 0.59058 0.196 0.652 0.148 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013639 2 0.6945 0.42766 0.204 0.504 0.172 0.000 0.004 0.116
#> SRR2013638 2 0.7283 0.35039 0.228 0.448 0.168 0.000 0.004 0.152
#> SRR2013637 1 0.4853 0.60894 0.664 0.000 0.108 0.000 0.004 0.224
#> SRR2013636 2 0.5197 0.57260 0.196 0.632 0.168 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013635 2 0.5193 0.57243 0.200 0.632 0.164 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013634 2 0.4282 0.64413 0.192 0.720 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 6 0.5136 0.58806 0.196 0.000 0.160 0.000 0.004 0.640
#> SRR2013631 2 0.7755 0.07854 0.172 0.364 0.132 0.004 0.016 0.312
#> SRR2013632 6 0.7337 0.25220 0.192 0.200 0.160 0.000 0.004 0.444
#> SRR2013629 6 0.3089 0.76901 0.092 0.000 0.060 0.004 0.000 0.844
#> SRR2013630 4 0.8723 0.15059 0.180 0.012 0.212 0.292 0.060 0.244
#> SRR2013628 6 0.3987 0.68864 0.224 0.004 0.040 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013626 6 0.3200 0.78534 0.036 0.000 0.104 0.004 0.012 0.844
#> SRR2013625 6 0.4742 0.64422 0.184 0.000 0.124 0.000 0.004 0.688
#> SRR2013627 2 0.7402 0.34719 0.196 0.448 0.172 0.000 0.008 0.176
#> SRR2013624 6 0.4108 0.69634 0.164 0.000 0.092 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013623 6 0.2257 0.78738 0.016 0.000 0.060 0.020 0.000 0.904
#> SRR2013622 6 0.2259 0.77380 0.044 0.000 0.044 0.000 0.008 0.904
#> SRR2013621 6 0.4227 0.50438 0.256 0.000 0.052 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013620 1 0.4740 0.65814 0.644 0.000 0.060 0.000 0.008 0.288
#> SRR2013619 6 0.2662 0.77420 0.120 0.000 0.024 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013617 6 0.3641 0.56851 0.224 0.000 0.028 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013618 1 0.4130 0.66994 0.672 0.000 0.024 0.000 0.004 0.300
#> SRR2013616 1 0.3196 0.59778 0.824 0.000 0.136 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013615 6 0.2563 0.77424 0.076 0.000 0.040 0.000 0.004 0.880
#> SRR2013614 6 0.2705 0.78114 0.072 0.000 0.052 0.000 0.004 0.872
#> SRR2013613 6 0.1793 0.79165 0.032 0.000 0.036 0.000 0.004 0.928
#> SRR2013612 6 0.2279 0.78230 0.048 0.000 0.048 0.000 0.004 0.900
#> SRR2013610 6 0.1864 0.78415 0.032 0.000 0.040 0.000 0.004 0.924
#> SRR2013611 1 0.4593 0.21000 0.576 0.000 0.044 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013609 6 0.2451 0.78295 0.040 0.000 0.068 0.000 0.004 0.888
#> SRR2013608 6 0.3974 0.66856 0.188 0.000 0.056 0.000 0.004 0.752
#> SRR2013606 1 0.4923 0.45317 0.544 0.000 0.048 0.000 0.008 0.400
#> SRR2013605 1 0.3827 0.68552 0.776 0.000 0.052 0.000 0.008 0.164
#> SRR2013607 6 0.2384 0.78393 0.040 0.000 0.056 0.000 0.008 0.896
#> SRR2013604 1 0.4836 0.40961 0.536 0.000 0.040 0.000 0.008 0.416
#> SRR2013603 6 0.1149 0.78396 0.008 0.000 0.024 0.000 0.008 0.960
#> SRR2013602 1 0.2760 0.63805 0.868 0.000 0.076 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013601 1 0.3555 0.68285 0.776 0.000 0.040 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013600 1 0.4664 0.44469 0.584 0.000 0.052 0.000 0.000 0.364
#> SRR2013599 1 0.3481 0.67966 0.776 0.000 0.032 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013598 6 0.4439 -0.20007 0.432 0.000 0.028 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013596 1 0.3327 0.64746 0.820 0.000 0.092 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013597 1 0.3978 0.68303 0.756 0.000 0.084 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013595 1 0.3558 0.68514 0.792 0.000 0.044 0.000 0.004 0.160
#> SRR2013594 6 0.3699 0.70672 0.188 0.000 0.032 0.000 0.008 0.772
#> SRR2013593 1 0.5556 0.45497 0.660 0.148 0.144 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013592 6 0.7464 -0.00611 0.332 0.144 0.172 0.000 0.004 0.348
#> SRR2013591 1 0.3424 0.55998 0.816 0.128 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013590 2 0.5040 0.60613 0.172 0.664 0.156 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013588 4 0.6936 0.42802 0.036 0.000 0.120 0.496 0.056 0.292
#> SRR2013587 4 0.6290 0.46179 0.044 0.000 0.120 0.552 0.012 0.272
#> SRR2013589 6 0.6899 0.50518 0.068 0.092 0.144 0.020 0.064 0.612
#> SRR2013586 4 0.8120 0.42315 0.084 0.040 0.200 0.448 0.036 0.192
#> SRR2013585 2 0.5688 0.60042 0.168 0.648 0.100 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013584 6 0.3118 0.77282 0.092 0.000 0.072 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013583 6 0.4456 0.62614 0.276 0.000 0.044 0.000 0.008 0.672
#> SRR2013582 6 0.2170 0.78034 0.012 0.000 0.100 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013581 6 0.2451 0.79327 0.056 0.000 0.060 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013580 6 0.2065 0.78837 0.052 0.000 0.032 0.000 0.004 0.912
#> SRR2013579 6 0.1523 0.78679 0.008 0.000 0.044 0.000 0.008 0.940
#> SRR2013578 6 0.3063 0.78834 0.092 0.000 0.068 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013577 6 0.2290 0.78666 0.020 0.000 0.084 0.000 0.004 0.892
#> SRR2013576 6 0.1995 0.79195 0.036 0.000 0.052 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013575 6 0.2697 0.77986 0.068 0.000 0.048 0.000 0.008 0.876
#> SRR2013574 6 0.2265 0.77822 0.052 0.000 0.052 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013572 6 0.3181 0.77063 0.004 0.000 0.056 0.084 0.008 0.848
#> SRR2013573 6 0.1606 0.78619 0.008 0.000 0.056 0.000 0.004 0.932
#> SRR2013571 6 0.3075 0.77603 0.004 0.000 0.108 0.032 0.008 0.848
#> SRR2013569 6 0.3849 0.77122 0.116 0.000 0.080 0.000 0.012 0.792
#> SRR2013570 6 0.1757 0.78213 0.008 0.000 0.076 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013568 6 0.1332 0.77980 0.012 0.000 0.028 0.000 0.008 0.952
#> SRR2013567 1 0.4921 0.36537 0.516 0.000 0.064 0.000 0.000 0.420
#> SRR2013566 6 0.3419 0.77349 0.104 0.000 0.084 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013564 2 0.4214 0.68887 0.140 0.764 0.076 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013565 1 0.4026 0.69447 0.752 0.000 0.088 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013563 6 0.3813 0.74155 0.028 0.000 0.124 0.000 0.048 0.800
#> SRR2013561 2 0.4087 0.66391 0.188 0.744 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013560 6 0.4605 0.71188 0.044 0.000 0.120 0.016 0.056 0.764
#> SRR2013562 6 0.4949 0.71249 0.084 0.012 0.096 0.004 0.056 0.748
#> SRR2013558 4 0.6371 0.48692 0.040 0.000 0.132 0.564 0.020 0.244
#> SRR2013559 6 0.5332 0.68534 0.052 0.040 0.128 0.004 0.052 0.724
#> SRR2013556 6 0.2361 0.79185 0.064 0.000 0.032 0.000 0.008 0.896
#> SRR2013557 6 0.2221 0.78885 0.032 0.000 0.072 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013554 6 0.1526 0.78485 0.004 0.000 0.036 0.008 0.008 0.944
#> SRR2013553 6 0.3607 0.71645 0.112 0.000 0.092 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013555 6 0.3423 0.74556 0.100 0.000 0.088 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013552 6 0.2801 0.78290 0.068 0.000 0.072 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013551 6 0.2060 0.78458 0.016 0.000 0.084 0.000 0.000 0.900
#> SRR2013550 6 0.1675 0.77741 0.032 0.000 0.024 0.000 0.008 0.936
#> SRR2013548 6 0.1913 0.78229 0.012 0.000 0.080 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013549 6 0.1225 0.78845 0.012 0.000 0.036 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013546 6 0.2129 0.77852 0.040 0.000 0.056 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013545 6 0.2510 0.78314 0.028 0.000 0.080 0.000 0.008 0.884
#> SRR2013544 6 0.2121 0.78203 0.012 0.000 0.096 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013547 6 0.3104 0.78935 0.084 0.000 0.068 0.000 0.004 0.844
#> SRR2013543 6 0.4670 0.67106 0.220 0.000 0.076 0.000 0.012 0.692
#> SRR2013542 6 0.2645 0.77889 0.056 0.000 0.056 0.000 0.008 0.880
#> SRR2013541 6 0.2513 0.78734 0.044 0.000 0.060 0.000 0.008 0.888
#> SRR2013540 6 0.4395 0.15783 0.404 0.000 0.028 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013539 6 0.4747 0.28553 0.324 0.000 0.068 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013538 6 0.5081 0.39116 0.376 0.000 0.064 0.000 0.008 0.552
#> SRR2013537 6 0.3534 0.73882 0.200 0.000 0.024 0.000 0.004 0.772
#> SRR2013535 6 0.2420 0.77457 0.068 0.000 0.032 0.000 0.008 0.892
#> SRR2013536 6 0.2915 0.78025 0.120 0.000 0.024 0.000 0.008 0.848
#> SRR2013534 6 0.1492 0.78669 0.036 0.000 0.024 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013532 6 0.7807 0.14215 0.080 0.236 0.192 0.000 0.064 0.428
#> SRR2013533 6 0.5284 0.63719 0.212 0.000 0.088 0.004 0.032 0.664
#> SRR2013531 2 0.6102 0.57083 0.184 0.632 0.100 0.000 0.028 0.056
#> SRR2013529 1 0.5183 0.56348 0.556 0.000 0.076 0.000 0.008 0.360
#> SRR2013530 6 0.2119 0.78079 0.036 0.000 0.044 0.000 0.008 0.912
#> SRR2013528 6 0.3068 0.77420 0.072 0.000 0.088 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013527 6 0.1802 0.78676 0.012 0.000 0.072 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013526 1 0.2509 0.62848 0.876 0.000 0.088 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013525 1 0.4482 0.52461 0.744 0.072 0.160 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013524 6 0.3054 0.74529 0.136 0.000 0.036 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013523 6 0.6733 0.41131 0.212 0.096 0.160 0.000 0.004 0.528
#> SRR2013522 1 0.6038 0.28284 0.512 0.012 0.172 0.000 0.004 0.300
#> SRR2013521 1 0.4284 0.67797 0.688 0.000 0.056 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013519 1 0.4011 0.68201 0.732 0.000 0.056 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013520 6 0.0865 0.78372 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013518 6 0.4991 0.62791 0.184 0.016 0.120 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013517 6 0.4637 0.58426 0.308 0.000 0.064 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013516 6 0.3404 0.70757 0.224 0.000 0.016 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013514 6 0.5552 0.40767 0.344 0.000 0.108 0.000 0.012 0.536
#> SRR2013515 1 0.6271 0.34829 0.532 0.036 0.160 0.000 0.004 0.268
#> SRR2013513 2 0.7109 0.38362 0.196 0.484 0.140 0.000 0.004 0.176
#> SRR2013512 6 0.4106 0.71672 0.188 0.000 0.076 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013511 6 0.7598 0.05332 0.212 0.300 0.148 0.000 0.004 0.336
#> SRR2013510 2 0.7441 0.35600 0.200 0.452 0.168 0.000 0.012 0.168
#> SRR2013508 1 0.3821 0.58593 0.776 0.000 0.156 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013509 1 0.5135 0.40890 0.656 0.164 0.172 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013505 1 0.4927 0.64104 0.652 0.000 0.092 0.000 0.008 0.248
#> SRR2013506 6 0.2231 0.78918 0.068 0.000 0.028 0.000 0.004 0.900
#> SRR2013507 6 0.4952 0.60236 0.188 0.000 0.144 0.000 0.004 0.664
#> SRR2013504 6 0.4617 0.63410 0.312 0.000 0.044 0.000 0.008 0.636
#> SRR2013503 6 0.7317 0.24475 0.192 0.212 0.148 0.000 0.004 0.444
#> SRR2013502 6 0.5030 0.59946 0.264 0.000 0.104 0.000 0.004 0.628
#> SRR2013501 1 0.7570 0.26340 0.420 0.180 0.160 0.000 0.012 0.228
#> SRR2013500 6 0.4127 0.67154 0.284 0.000 0.028 0.000 0.004 0.684
#> SRR2013499 6 0.1649 0.79054 0.032 0.000 0.036 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013498 6 0.2333 0.78022 0.024 0.000 0.092 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013497 6 0.1863 0.79025 0.016 0.000 0.060 0.000 0.004 0.920
#> SRR2013495 6 0.4634 0.59990 0.264 0.000 0.080 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013496 6 0.3083 0.76036 0.132 0.000 0.040 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013492 6 0.4492 0.56899 0.340 0.000 0.036 0.000 0.004 0.620
#> SRR2013494 6 0.2653 0.78217 0.028 0.000 0.100 0.000 0.004 0.868
#> SRR2013493 6 0.1787 0.78674 0.008 0.000 0.068 0.000 0.004 0.920
#> SRR2013491 6 0.2230 0.78272 0.084 0.000 0.024 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013490 6 0.2798 0.77137 0.112 0.000 0.036 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013489 6 0.3354 0.75092 0.128 0.000 0.060 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013488 6 0.4329 0.70488 0.240 0.000 0.056 0.000 0.004 0.700
#> SRR2013487 6 0.2697 0.78207 0.068 0.000 0.048 0.000 0.008 0.876
#> SRR2013486 1 0.3756 0.55275 0.712 0.000 0.020 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013485 1 0.4267 0.59794 0.732 0.000 0.116 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013484 6 0.4593 0.48495 0.280 0.000 0.052 0.000 0.008 0.660
#> SRR2013483 6 0.4549 0.55641 0.232 0.000 0.088 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013482 1 0.3950 0.67166 0.720 0.000 0.040 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013481 1 0.3470 0.69639 0.796 0.000 0.052 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013479 6 0.4500 0.02480 0.392 0.000 0.036 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013480 1 0.3139 0.69786 0.812 0.000 0.028 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013478 1 0.3920 0.68969 0.764 0.000 0.088 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013477 1 0.0777 0.63598 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013476 6 0.2696 0.78145 0.116 0.000 0.028 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013474 1 0.3575 0.70727 0.796 0.000 0.076 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013473 6 0.5900 0.12016 0.404 0.000 0.156 0.000 0.008 0.432
#> SRR2013475 1 0.5159 0.45174 0.532 0.000 0.068 0.000 0.008 0.392
#> SRR2013472 6 0.3806 0.67926 0.200 0.000 0.048 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013471 1 0.2197 0.66844 0.900 0.000 0.044 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013470 1 0.4881 0.38515 0.580 0.000 0.060 0.000 0.004 0.356
#> SRR2013469 1 0.4420 0.58028 0.604 0.000 0.036 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013468 1 0.3978 0.68443 0.756 0.000 0.084 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013467 6 0.4389 0.69242 0.208 0.004 0.076 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013466 1 0.2949 0.68948 0.832 0.000 0.028 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013465 6 0.3905 0.72164 0.212 0.000 0.040 0.000 0.004 0.744
#> SRR2013463 1 0.2436 0.67830 0.880 0.000 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013462 1 0.3916 0.69017 0.752 0.000 0.064 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013464 1 0.3551 0.68854 0.772 0.000 0.036 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013461 1 0.4003 0.67982 0.756 0.000 0.092 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013460 6 0.3000 0.75400 0.124 0.000 0.032 0.000 0.004 0.840
#> SRR2013459 1 0.4059 0.68837 0.720 0.000 0.052 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013458 1 0.3686 0.68071 0.788 0.000 0.088 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013457 1 0.3784 0.68590 0.776 0.000 0.080 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013456 1 0.3566 0.68444 0.788 0.000 0.056 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013455 1 0.4935 0.34647 0.484 0.000 0.052 0.000 0.004 0.460
#> SRR2013453 6 0.4687 0.32346 0.308 0.000 0.068 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013454 1 0.3740 0.67995 0.784 0.000 0.096 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013452 6 0.3766 0.67824 0.256 0.000 0.024 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013451 1 0.4506 0.55793 0.608 0.000 0.044 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013450 6 0.1225 0.78542 0.012 0.000 0.036 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013449 1 0.4581 0.67486 0.672 0.000 0.068 0.000 0.004 0.256
#> SRR2013448 6 0.2420 0.76811 0.068 0.000 0.032 0.000 0.008 0.892
#> SRR2013447 1 0.2149 0.61838 0.900 0.000 0.080 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013446 2 0.5073 0.61922 0.180 0.692 0.084 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013445 2 0.7405 0.15899 0.300 0.384 0.132 0.000 0.004 0.180
#> SRR2013444 1 0.2884 0.61340 0.872 0.036 0.072 0.000 0.004 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.737 0.913 0.952 0.4739 0.505 0.505
#> 3 3 0.976 0.972 0.981 0.2488 0.886 0.777
#> 4 4 0.908 0.887 0.949 0.1019 0.936 0.842
#> 5 5 0.768 0.826 0.828 0.1240 0.849 0.589
#> 6 6 0.808 0.892 0.903 0.0604 0.958 0.827
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.1184 0.8918 0.016 0.984
#> SRR2013727 2 0.1184 0.8918 0.016 0.984
#> SRR2013726 2 0.1414 0.8907 0.020 0.980
#> SRR2013725 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.1184 0.8918 0.016 0.984
#> SRR2013723 2 0.1184 0.8918 0.016 0.984
#> SRR2013722 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.8955 0.000 1.000
#> SRR2013674 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013673 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013671 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013672 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013670 2 0.5946 0.8473 0.144 0.856
#> SRR2013669 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013668 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013667 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013666 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013665 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013662 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013663 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013664 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013661 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013660 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013659 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013658 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013657 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013656 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013654 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013655 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013653 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013652 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013651 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013650 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013649 2 0.7528 0.7857 0.216 0.784
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013648 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013646 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013645 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013644 2 0.5842 0.8502 0.140 0.860
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.8555 0.7175 0.280 0.720
#> SRR2013632 1 0.4562 0.8714 0.904 0.096
#> SRR2013629 2 0.8813 0.6921 0.300 0.700
#> SRR2013630 2 0.8861 0.6865 0.304 0.696
#> SRR2013628 1 0.8813 0.4741 0.700 0.300
#> SRR2013626 2 0.9087 0.6562 0.324 0.676
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013623 2 0.9358 0.6087 0.352 0.648
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013590 2 0.8813 0.6921 0.300 0.700
#> SRR2013588 2 0.8861 0.6865 0.304 0.696
#> SRR2013587 2 0.8763 0.6974 0.296 0.704
#> SRR2013589 2 0.8555 0.7175 0.280 0.720
#> SRR2013586 2 0.8608 0.7126 0.284 0.716
#> SRR2013585 2 0.8327 0.7341 0.264 0.736
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.7602 0.6603 0.780 0.220
#> SRR2013579 2 0.9580 0.5554 0.380 0.620
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013575 2 0.9754 0.4954 0.408 0.592
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013572 2 0.9000 0.6694 0.316 0.684
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013571 2 0.9710 0.5134 0.400 0.600
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013567 2 0.9866 0.4370 0.432 0.568
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.8327 0.7341 0.264 0.736
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013563 2 0.9732 0.5046 0.404 0.596
#> SRR2013561 2 0.9248 0.6297 0.340 0.660
#> SRR2013560 2 0.9087 0.6562 0.324 0.676
#> SRR2013562 2 0.8861 0.6866 0.304 0.696
#> SRR2013558 2 0.8555 0.7175 0.280 0.720
#> SRR2013559 2 0.8813 0.6921 0.300 0.700
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013554 2 0.9775 0.4861 0.412 0.588
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.2948 0.9313 0.948 0.052
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.3584 0.9108 0.932 0.068
#> SRR2013546 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013544 2 0.9998 0.2642 0.492 0.508
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013541 2 0.9710 0.5134 0.400 0.600
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013539 2 0.9909 0.4054 0.444 0.556
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.8861 0.6867 0.304 0.696
#> SRR2013533 2 0.9580 0.5555 0.380 0.620
#> SRR2013531 2 0.8813 0.6921 0.300 0.700
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.9866 0.0221 0.568 0.432
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0672 0.9835 0.992 0.008
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9924 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0237 0.995 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013746 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0892 0.980 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013727 2 0.0892 0.980 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013726 2 0.0892 0.980 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013725 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013724 2 0.0892 0.980 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013723 2 0.0892 0.980 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013722 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013673 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013671 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013672 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013670 3 0.4095 0.903 0.056 0.064 0.880
#> SRR2013669 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013668 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013667 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013666 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013665 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013662 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013663 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013664 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013661 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013660 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013659 3 0.5743 0.794 0.044 0.172 0.784
#> SRR2013658 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013657 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013656 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013654 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013655 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013653 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013652 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013651 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013650 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013649 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013647 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013646 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013645 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013644 3 0.1411 0.911 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013643 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013640 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013635 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0747 0.982 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013631 3 0.2448 0.922 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013632 1 0.1289 0.965 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013629 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013630 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013628 3 0.6302 0.163 0.480 0.000 0.520
#> SRR2013626 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013625 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013624 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013622 1 0.1163 0.972 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013621 1 0.0592 0.985 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013620 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013588 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013587 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013589 3 0.2448 0.922 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013586 3 0.2448 0.922 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013585 3 0.2866 0.921 0.076 0.008 0.916
#> SRR2013584 1 0.1289 0.968 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013583 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.1289 0.968 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013581 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.4235 0.824 0.176 0.000 0.824
#> SRR2013579 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013578 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013576 1 0.1031 0.975 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013575 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013574 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013572 3 0.2772 0.922 0.080 0.004 0.916
#> SRR2013573 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013571 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013569 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0424 0.988 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013568 1 0.1289 0.968 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013567 3 0.3482 0.879 0.128 0.000 0.872
#> SRR2013566 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.2682 0.922 0.076 0.004 0.920
#> SRR2013565 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013561 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013560 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013562 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013558 3 0.2448 0.922 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013559 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013556 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.1643 0.956 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013554 3 0.2711 0.916 0.088 0.000 0.912
#> SRR2013553 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013555 1 0.1411 0.964 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013552 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0747 0.982 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013550 1 0.4346 0.772 0.816 0.000 0.184
#> SRR2013548 1 0.1163 0.972 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013549 3 0.5138 0.725 0.252 0.000 0.748
#> SRR2013546 1 0.3412 0.860 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013545 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.3551 0.875 0.132 0.000 0.868
#> SRR2013547 1 0.2448 0.921 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013543 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0424 0.988 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013541 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013540 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013538 1 0.1163 0.972 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013537 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013534 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013533 3 0.2625 0.920 0.084 0.000 0.916
#> SRR2013531 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013529 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.3686 0.866 0.140 0.000 0.860
#> SRR2013528 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.1289 0.968 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013518 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.4121 0.796 0.832 0.000 0.168
#> SRR2013502 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0592 0.985 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013498 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013497 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013496 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.1964 0.942 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013488 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0188 0.9966 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0188 0.9966 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013728 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013727 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013726 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013725 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013724 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013723 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0188 0.9966 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0188 0.9966 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0336 0.9942 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013673 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013671 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013672 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013670 4 0.4866 0.1300 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR2013669 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013668 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013667 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013666 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013665 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013662 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013663 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013664 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013661 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013660 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013659 4 0.4992 -0.1091 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR2013658 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013657 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013656 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013654 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013655 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013653 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013652 3 0.1211 0.9693 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2013651 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013650 3 0.1302 0.9660 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2013649 3 0.1389 0.9623 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013647 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013648 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013646 3 0.1302 0.9660 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2013645 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013644 3 0.0336 0.9946 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013643 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013642 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013640 1 0.0921 0.9368 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013641 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013639 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013638 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013635 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013634 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013633 1 0.2868 0.8515 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013631 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013632 1 0.3610 0.7668 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013629 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013630 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013628 4 0.1913 0.7394 0.040 0.000 0.020 0.940
#> SRR2013626 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013625 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013627 1 0.2530 0.8776 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013624 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013623 4 0.2011 0.7267 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013622 1 0.4804 0.3816 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013621 1 0.4356 0.5951 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0921 0.9380 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013611 1 0.0188 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013609 1 0.0921 0.9381 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0188 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013588 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013587 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013589 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013586 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013585 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013584 4 0.4661 0.4557 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013583 1 0.2530 0.8769 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013582 1 0.5000 -0.0143 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013581 1 0.3024 0.8386 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013580 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013579 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013578 1 0.2281 0.8918 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013577 1 0.4454 0.5857 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013576 1 0.4500 0.5693 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013575 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013574 1 0.4250 0.6481 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013572 4 0.1389 0.7610 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR2013573 1 0.4925 0.2664 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013571 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013569 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013570 1 0.4250 0.6493 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013568 4 0.4941 0.2322 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013567 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013566 1 0.3311 0.8088 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013564 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013565 1 0.3074 0.8339 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013563 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013561 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013560 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013562 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013558 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013559 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013556 1 0.2530 0.8764 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013557 4 0.4916 0.2701 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013554 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013553 1 0.4222 0.6557 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013555 4 0.4761 0.4047 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013552 1 0.2814 0.8561 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013551 1 0.4697 0.4723 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013550 4 0.4624 0.4719 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013548 4 0.4999 0.0257 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013549 4 0.2871 0.7184 0.072 0.000 0.032 0.896
#> SRR2013546 4 0.4624 0.4712 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013545 1 0.1118 0.9348 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013544 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013547 4 0.5284 0.4344 0.368 0.000 0.016 0.616
#> SRR2013543 1 0.2589 0.8737 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013542 1 0.4585 0.5331 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013541 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013540 1 0.1637 0.9217 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013539 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013538 4 0.5296 0.0422 0.492 0.000 0.008 0.500
#> SRR2013537 1 0.2469 0.8803 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013535 1 0.1118 0.9349 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013536 1 0.3975 0.7114 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013534 1 0.3311 0.8095 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013532 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013533 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013531 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 4 0.1022 0.7745 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013528 1 0.0336 0.9414 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013527 1 0.2973 0.8433 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013526 1 0.0336 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013525 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013524 1 0.0188 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013523 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013522 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013521 1 0.1302 0.9320 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 4 0.4998 0.0446 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013518 1 0.1637 0.9221 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013517 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013516 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013514 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013515 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013513 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013512 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013511 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013510 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013508 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013509 1 0.0921 0.9368 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013505 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013506 1 0.2081 0.9024 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013507 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013504 1 0.1940 0.9089 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013503 4 0.4730 0.4240 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013502 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013501 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013500 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013499 1 0.4804 0.4023 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013498 1 0.4898 0.3048 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013497 1 0.1557 0.9251 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013495 1 0.3356 0.8051 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013496 1 0.1940 0.9090 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013492 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013494 1 0.2647 0.8692 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013490 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013489 4 0.4933 0.2480 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013488 1 0.1022 0.9355 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013487 1 0.3764 0.7475 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013486 1 0.0817 0.9379 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0921 0.9368 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0188 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013445 1 0.0188 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9425 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.1341 0.860 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013442 1 0.0404 0.905 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013769 1 0.0404 0.908 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013768 1 0.0404 0.908 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013767 1 0.0290 0.909 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013765 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013766 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013764 1 0.0703 0.902 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013763 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013762 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013761 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013760 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0963 0.924 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013756 2 0.3508 0.809 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013755 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.4108 0.757 0.000 0.684 0.008 0.000 0.308
#> SRR2013748 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.4430 0.717 0.000 0.628 0.012 0.000 0.360
#> SRR2013746 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0290 0.931 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013736 2 0.1608 0.913 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013735 2 0.0290 0.931 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013734 2 0.0963 0.926 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013733 2 0.3612 0.796 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013731 2 0.1851 0.907 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013732 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.2127 0.900 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013729 2 0.3876 0.762 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013728 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013727 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013726 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013725 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013724 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013723 2 0.4444 0.715 0.000 0.624 0.012 0.000 0.364
#> SRR2013722 2 0.2020 0.902 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013721 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.1410 0.920 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013719 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.1608 0.916 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013718 2 0.0609 0.929 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013716 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013715 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013714 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013713 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013708 2 0.0963 0.925 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013709 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0703 0.927 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013706 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013704 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0162 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013701 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3837 0.775 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013699 2 0.0703 0.927 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013698 2 0.1341 0.921 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013697 2 0.1121 0.923 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013696 2 0.0703 0.927 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013695 2 0.2424 0.889 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013694 2 0.2471 0.888 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013693 2 0.0794 0.927 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013692 2 0.1270 0.922 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013691 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3424 0.824 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013689 2 0.3612 0.806 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013687 2 0.0703 0.929 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013688 2 0.3752 0.787 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013686 2 0.0794 0.927 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013685 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1270 0.921 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013683 2 0.4066 0.754 0.000 0.672 0.004 0.000 0.324
#> SRR2013684 2 0.1197 0.923 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013681 2 0.3913 0.760 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013680 2 0.0703 0.928 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013679 2 0.1608 0.916 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013678 2 0.2891 0.866 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013677 2 0.0794 0.927 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013676 2 0.0162 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013675 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4151 0.477 0.000 0.000 0.344 0.652 0.004
#> SRR2013669 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.4264 0.403 0.000 0.000 0.376 0.620 0.004
#> SRR2013658 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0955 0.970 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2013651 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0955 0.970 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2013649 3 0.1571 0.937 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR2013647 5 0.4305 0.642 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013648 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0955 0.970 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2013645 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.4390 0.782 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568
#> SRR2013642 5 0.4397 0.774 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR2013640 5 0.4304 0.703 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013641 5 0.4390 0.778 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568
#> SRR2013639 5 0.4397 0.774 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR2013638 5 0.4273 0.770 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013637 1 0.1197 0.874 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013636 5 0.4383 0.767 0.424 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR2013635 5 0.4410 0.773 0.440 0.000 0.000 0.004 0.556
#> SRR2013634 5 0.4390 0.781 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568
#> SRR2013633 5 0.5498 0.780 0.340 0.000 0.000 0.080 0.580
#> SRR2013631 4 0.0290 0.949 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013632 5 0.5885 0.756 0.296 0.000 0.000 0.132 0.572
#> SRR2013629 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 4 0.3996 0.659 0.008 0.000 0.012 0.752 0.228
#> SRR2013626 4 0.0703 0.938 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2013625 5 0.4383 0.782 0.424 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR2013627 5 0.5533 0.778 0.336 0.000 0.000 0.084 0.580
#> SRR2013624 5 0.4278 0.763 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013623 4 0.1608 0.897 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR2013622 5 0.6166 0.624 0.188 0.000 0.000 0.260 0.552
#> SRR2013621 5 0.6361 0.654 0.296 0.000 0.000 0.196 0.508
#> SRR2013620 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013619 1 0.0404 0.905 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013617 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013614 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013613 1 0.0609 0.903 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013612 1 0.1270 0.878 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013610 1 0.4206 0.288 0.696 0.000 0.000 0.016 0.288
#> SRR2013611 1 0.1851 0.811 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013609 1 0.4444 -0.109 0.624 0.000 0.000 0.012 0.364
#> SRR2013608 1 0.0794 0.896 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013606 1 0.0290 0.909 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013605 1 0.0703 0.902 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013607 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013603 1 0.2930 0.682 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR2013602 1 0.0404 0.905 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013601 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013600 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013599 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013598 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013596 1 0.0609 0.899 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013597 1 0.1270 0.870 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013595 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013594 1 0.0609 0.899 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013593 1 0.0794 0.896 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013592 1 0.1732 0.867 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013591 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013590 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013584 5 0.5415 0.374 0.064 0.000 0.000 0.384 0.552
#> SRR2013583 5 0.5019 0.795 0.396 0.000 0.000 0.036 0.568
#> SRR2013582 5 0.5915 0.619 0.152 0.000 0.000 0.264 0.584
#> SRR2013581 5 0.5386 0.793 0.372 0.000 0.000 0.064 0.564
#> SRR2013580 4 0.1341 0.901 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013579 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013578 5 0.4825 0.793 0.408 0.000 0.000 0.024 0.568
#> SRR2013577 5 0.5987 0.742 0.272 0.000 0.000 0.156 0.572
#> SRR2013576 5 0.5851 0.757 0.288 0.000 0.000 0.132 0.580
#> SRR2013575 4 0.0290 0.948 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013574 5 0.5835 0.767 0.312 0.000 0.000 0.120 0.568
#> SRR2013572 4 0.0290 0.948 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2013573 5 0.6071 0.679 0.192 0.000 0.000 0.236 0.572
#> SRR2013571 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013569 5 0.4410 0.776 0.440 0.000 0.000 0.004 0.556
#> SRR2013570 5 0.5687 0.775 0.316 0.000 0.000 0.104 0.580
#> SRR2013568 5 0.5756 0.527 0.112 0.000 0.000 0.312 0.576
#> SRR2013567 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013566 5 0.5236 0.794 0.380 0.000 0.000 0.052 0.568
#> SRR2013564 4 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013565 5 0.5406 0.791 0.360 0.000 0.000 0.068 0.572
#> SRR2013563 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013561 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013560 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013562 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 5 0.5113 0.796 0.380 0.000 0.000 0.044 0.576
#> SRR2013557 5 0.5498 0.440 0.076 0.000 0.000 0.356 0.568
#> SRR2013554 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013553 5 0.5820 0.764 0.308 0.000 0.000 0.120 0.572
#> SRR2013555 5 0.5492 0.347 0.068 0.000 0.000 0.396 0.536
#> SRR2013552 5 0.5185 0.795 0.384 0.000 0.000 0.048 0.568
#> SRR2013551 5 0.6106 0.702 0.228 0.000 0.000 0.204 0.568
#> SRR2013550 5 0.5232 0.202 0.044 0.000 0.000 0.456 0.500
#> SRR2013548 5 0.5935 0.614 0.152 0.000 0.000 0.268 0.580
#> SRR2013549 4 0.3456 0.724 0.016 0.000 0.000 0.800 0.184
#> SRR2013546 5 0.5232 0.204 0.044 0.000 0.000 0.456 0.500
#> SRR2013545 1 0.4650 -0.622 0.520 0.000 0.000 0.012 0.468
#> SRR2013544 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013547 5 0.5524 0.312 0.068 0.000 0.000 0.416 0.516
#> SRR2013543 5 0.4974 0.794 0.408 0.000 0.000 0.032 0.560
#> SRR2013542 5 0.6031 0.725 0.244 0.000 0.000 0.180 0.576
#> SRR2013541 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013540 5 0.4752 0.792 0.412 0.000 0.000 0.020 0.568
#> SRR2013539 4 0.0510 0.942 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013538 5 0.6024 0.583 0.148 0.000 0.000 0.296 0.556
#> SRR2013537 5 0.4909 0.793 0.412 0.000 0.000 0.028 0.560
#> SRR2013535 5 0.4824 0.723 0.468 0.000 0.000 0.020 0.512
#> SRR2013536 5 0.5644 0.781 0.328 0.000 0.000 0.096 0.576
#> SRR2013534 5 0.5313 0.794 0.388 0.000 0.000 0.056 0.556
#> SRR2013532 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.0162 0.951 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013531 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0794 0.894 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013530 4 0.1197 0.914 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013528 1 0.2773 0.662 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013527 5 0.5320 0.793 0.368 0.000 0.000 0.060 0.572
#> SRR2013526 1 0.2690 0.669 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013525 5 0.4278 0.766 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013524 1 0.0880 0.886 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013523 5 0.4242 0.780 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013522 5 0.4291 0.750 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2013521 1 0.4893 -0.369 0.568 0.000 0.000 0.028 0.404
#> SRR2013519 1 0.0510 0.906 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013520 5 0.6023 0.634 0.168 0.000 0.000 0.260 0.572
#> SRR2013518 5 0.4565 0.790 0.408 0.000 0.000 0.012 0.580
#> SRR2013517 5 0.4305 0.699 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013516 5 0.4249 0.778 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013514 5 0.4283 0.761 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013515 5 0.4256 0.776 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013513 5 0.4273 0.770 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013512 5 0.4302 0.724 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013511 5 0.4249 0.769 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013510 5 0.4278 0.766 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013508 5 0.4262 0.774 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013509 1 0.4300 -0.632 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013505 5 0.4302 0.719 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013506 5 0.4752 0.794 0.412 0.000 0.000 0.020 0.568
#> SRR2013507 5 0.4256 0.776 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013504 5 0.4876 0.796 0.396 0.000 0.000 0.028 0.576
#> SRR2013503 5 0.5587 0.299 0.072 0.000 0.000 0.428 0.500
#> SRR2013502 5 0.4291 0.748 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2013501 5 0.4262 0.775 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013500 5 0.4278 0.762 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2013499 5 0.6076 0.716 0.232 0.000 0.000 0.196 0.572
#> SRR2013498 5 0.6003 0.688 0.192 0.000 0.000 0.224 0.584
#> SRR2013497 5 0.4674 0.788 0.416 0.000 0.000 0.016 0.568
#> SRR2013495 5 0.5559 0.785 0.344 0.000 0.000 0.084 0.572
#> SRR2013496 5 0.4958 0.795 0.400 0.000 0.000 0.032 0.568
#> SRR2013492 5 0.4262 0.773 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013494 5 0.5036 0.794 0.404 0.000 0.000 0.036 0.560
#> SRR2013493 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013491 5 0.4273 0.770 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013490 5 0.4273 0.767 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013489 5 0.5447 0.439 0.072 0.000 0.000 0.356 0.572
#> SRR2013488 5 0.4249 0.777 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013487 5 0.5688 0.779 0.328 0.000 0.000 0.100 0.572
#> SRR2013486 1 0.4302 -0.632 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013485 1 0.2230 0.756 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013484 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013483 1 0.0880 0.893 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013482 1 0.4192 -0.388 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2013481 1 0.0703 0.897 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013479 1 0.0404 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013480 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0510 0.907 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.0510 0.905 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013476 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013474 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013473 1 0.0794 0.899 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013475 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013471 1 0.0963 0.887 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013470 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013469 1 0.0290 0.906 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013468 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.1965 0.792 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013466 1 0.1410 0.865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013465 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0609 0.900 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013464 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013459 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013458 1 0.0404 0.908 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013457 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013456 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013455 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013453 1 0.0162 0.908 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013454 1 0.0290 0.909 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013452 1 0.2605 0.765 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013451 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0963 0.895 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013448 1 0.0162 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.0290 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013446 1 0.2605 0.766 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013445 1 0.1965 0.853 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013444 1 0.1608 0.870 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.2941 0.8589 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013442 1 0.2003 0.9425 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013769 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013768 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013767 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013765 1 0.2135 0.9420 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013766 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013764 1 0.2378 0.9229 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013763 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013762 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013761 1 0.1910 0.9397 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013760 2 0.0547 0.9469 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013759 2 0.0260 0.9501 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013758 2 0.0260 0.9502 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013757 2 0.1007 0.9335 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013756 2 0.3833 0.0540 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2013755 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013754 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.2219 0.8491 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013748 2 0.0260 0.9501 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.0858 0.8667 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013743 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0260 0.9501 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0363 0.9499 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013738 2 0.0547 0.9477 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013736 2 0.1267 0.9250 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013735 2 0.0632 0.9476 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013734 2 0.0713 0.9462 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013733 5 0.3409 0.6945 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR2013731 2 0.1444 0.9120 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013732 2 0.0363 0.9497 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013730 2 0.1957 0.8956 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013729 5 0.1863 0.8645 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR2013728 5 0.0603 0.8670 0.000 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR2013727 5 0.0508 0.8667 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013726 5 0.0508 0.8667 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013725 5 0.0508 0.8667 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013724 5 0.0508 0.8667 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013723 5 0.0508 0.8667 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013722 2 0.1327 0.9224 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0865 0.9417 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.2003 0.8904 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2013718 2 0.0632 0.9457 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013716 2 0.0458 0.9480 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013715 2 0.0632 0.9469 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013714 2 0.0458 0.9480 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013713 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013712 2 0.0146 0.9503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013711 2 0.0458 0.9480 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013708 2 0.0865 0.9418 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013709 2 0.0260 0.9497 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013707 2 0.1204 0.9301 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0458 0.9480 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013704 2 0.0146 0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013703 2 0.0260 0.9501 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013702 2 0.0260 0.9506 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013701 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013700 5 0.2631 0.8091 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2013699 2 0.1141 0.9326 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013698 2 0.1556 0.9199 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013697 2 0.1714 0.9052 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013696 2 0.1007 0.9359 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013695 2 0.2135 0.8806 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013694 2 0.2340 0.8560 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013693 2 0.1501 0.9183 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013692 2 0.1765 0.9038 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013691 2 0.0146 0.9498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013690 2 0.3838 0.1706 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2013689 5 0.3482 0.5939 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR2013687 2 0.0547 0.9478 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013688 5 0.2697 0.8037 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013686 2 0.1556 0.9154 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013685 2 0.0146 0.9501 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013682 2 0.1267 0.9260 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013683 5 0.1957 0.8654 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013684 2 0.1814 0.9032 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013681 5 0.2260 0.8567 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR2013680 2 0.1444 0.9236 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013679 2 0.1765 0.9031 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013678 2 0.2941 0.7539 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR2013677 2 0.1444 0.9211 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013676 2 0.0790 0.9436 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.3894 0.5944 0.004 0.000 0.268 0.708 0.020 0.000
#> SRR2013669 3 0.0146 0.9828 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.4071 0.5232 0.004 0.000 0.304 0.672 0.020 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1321 0.9497 0.004 0.000 0.952 0.020 0.024 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.1636 0.9343 0.004 0.000 0.936 0.036 0.024 0.000
#> SRR2013649 3 0.3493 0.7813 0.004 0.000 0.812 0.144 0.024 0.016
#> SRR2013647 6 0.2969 0.7763 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013648 3 0.0146 0.9828 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.2135 0.9152 0.004 0.000 0.916 0.044 0.024 0.012
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0146 0.9828 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 6 0.1007 0.9186 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013642 6 0.1267 0.9152 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013640 6 0.1141 0.9158 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013641 6 0.1204 0.9168 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013639 6 0.1267 0.9157 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013638 6 0.1204 0.9162 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013637 1 0.2941 0.8608 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013636 6 0.1663 0.9021 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013635 6 0.1387 0.9149 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013634 6 0.1007 0.9193 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013633 6 0.0914 0.9186 0.016 0.000 0.000 0.016 0.000 0.968
#> SRR2013631 4 0.0260 0.9299 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2013632 6 0.1088 0.9223 0.024 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960
#> SRR2013629 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013628 4 0.3997 0.0321 0.004 0.000 0.000 0.508 0.000 0.488
#> SRR2013626 4 0.0405 0.9303 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR2013625 6 0.0937 0.9192 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013627 6 0.1168 0.9223 0.028 0.000 0.000 0.016 0.000 0.956
#> SRR2013624 6 0.1141 0.9154 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013623 4 0.2800 0.8490 0.004 0.000 0.076 0.876 0.024 0.020
#> SRR2013622 6 0.3717 0.7762 0.072 0.000 0.000 0.148 0.000 0.780
#> SRR2013621 6 0.3832 0.7905 0.104 0.000 0.000 0.120 0.000 0.776
#> SRR2013620 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013619 1 0.2340 0.9316 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013617 1 0.2048 0.9433 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013618 1 0.2048 0.9433 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013616 1 0.2003 0.9423 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013615 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013614 1 0.2178 0.9411 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013613 1 0.2340 0.9322 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013612 1 0.2631 0.9036 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013610 1 0.4183 0.0523 0.508 0.000 0.000 0.012 0.000 0.480
#> SRR2013611 1 0.2631 0.8944 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013609 6 0.4039 0.4666 0.352 0.000 0.000 0.016 0.000 0.632
#> SRR2013608 1 0.1556 0.9171 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013606 1 0.2135 0.9419 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013605 1 0.1863 0.9350 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013607 1 0.2048 0.9439 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013604 1 0.2135 0.9423 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013603 1 0.3852 0.5493 0.612 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384
#> SRR2013602 1 0.1957 0.9416 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013601 1 0.0458 0.8447 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013600 1 0.0713 0.8585 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013599 1 0.0458 0.8447 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013598 1 0.0632 0.8541 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013596 1 0.1814 0.9349 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013597 1 0.0260 0.8502 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0458 0.8447 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013594 1 0.1765 0.9328 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013593 1 0.1714 0.9199 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013592 1 0.2300 0.8869 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013591 1 0.1957 0.9416 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013590 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0146 0.9317 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013587 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.0146 0.9308 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013584 6 0.3194 0.7489 0.020 0.000 0.000 0.168 0.004 0.808
#> SRR2013583 6 0.0508 0.9190 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984
#> SRR2013582 6 0.1552 0.8790 0.036 0.000 0.000 0.020 0.004 0.940
#> SRR2013581 6 0.0777 0.9222 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> SRR2013580 4 0.1765 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013579 4 0.0458 0.9291 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013578 6 0.0713 0.9221 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013577 6 0.0858 0.9222 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR2013576 6 0.1092 0.9077 0.020 0.000 0.000 0.020 0.000 0.960
#> SRR2013575 4 0.0632 0.9253 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013574 6 0.0603 0.9217 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR2013572 4 0.0951 0.9246 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004 0.020
#> SRR2013573 6 0.0436 0.9153 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988
#> SRR2013571 4 0.0692 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2013569 6 0.1010 0.9219 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2013570 6 0.0291 0.9160 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013568 6 0.2364 0.8401 0.032 0.000 0.000 0.072 0.004 0.892
#> SRR2013567 4 0.0547 0.9278 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013566 6 0.0777 0.9222 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> SRR2013564 4 0.0146 0.9308 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013565 6 0.0692 0.9219 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR2013563 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013561 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013560 4 0.0146 0.9317 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013562 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.0146 0.9317 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013559 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013556 6 0.0405 0.9185 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR2013557 6 0.2766 0.7908 0.020 0.000 0.000 0.124 0.004 0.852
#> SRR2013554 4 0.0692 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2013553 6 0.1075 0.9184 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013555 6 0.3242 0.7670 0.032 0.000 0.000 0.148 0.004 0.816
#> SRR2013552 6 0.0458 0.9209 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013551 6 0.2318 0.8835 0.044 0.000 0.000 0.064 0.000 0.892
#> SRR2013550 6 0.3833 0.5860 0.016 0.000 0.000 0.272 0.004 0.708
#> SRR2013548 6 0.1116 0.9040 0.028 0.000 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR2013549 4 0.2883 0.6607 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR2013546 6 0.3445 0.6393 0.012 0.000 0.000 0.244 0.000 0.744
#> SRR2013545 6 0.3221 0.6285 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013544 4 0.0632 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013547 6 0.3240 0.6638 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR2013543 6 0.1152 0.9110 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952
#> SRR2013542 6 0.0632 0.9193 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013541 4 0.0547 0.9278 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013540 6 0.0692 0.9222 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR2013539 4 0.0547 0.9278 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013538 6 0.1644 0.8750 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR2013537 6 0.0692 0.9217 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR2013535 6 0.2092 0.8582 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013536 6 0.0291 0.9160 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013534 6 0.0603 0.9200 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR2013532 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013531 4 0.0000 0.9329 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.2527 0.9146 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013530 4 0.1411 0.8866 0.004 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR2013528 1 0.3684 0.5943 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2013527 6 0.0547 0.9219 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013526 6 0.3862 -0.1258 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013525 6 0.1267 0.9112 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013524 1 0.2416 0.9260 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013523 6 0.0790 0.9218 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013522 6 0.1444 0.9122 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013521 6 0.3641 0.6552 0.248 0.000 0.000 0.020 0.000 0.732
#> SRR2013519 1 0.2092 0.9436 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013520 6 0.1333 0.8969 0.008 0.000 0.000 0.048 0.000 0.944
#> SRR2013518 6 0.0692 0.9225 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976
#> SRR2013517 6 0.1663 0.8897 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013516 6 0.0547 0.9218 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013514 6 0.0937 0.9220 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013515 6 0.0713 0.9221 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013513 6 0.0937 0.9206 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013512 6 0.2048 0.8607 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013511 6 0.1501 0.9078 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013510 6 0.1075 0.9215 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013508 6 0.1075 0.9178 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013509 6 0.2823 0.7496 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013505 6 0.1556 0.8997 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013506 6 0.0632 0.9218 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013507 6 0.0865 0.9215 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013504 6 0.0260 0.9188 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013503 6 0.2823 0.7333 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR2013502 6 0.0937 0.9220 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013501 6 0.0937 0.9206 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013500 6 0.0865 0.9215 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013499 6 0.0653 0.9130 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004 0.980
#> SRR2013498 6 0.0935 0.8979 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR2013497 6 0.0547 0.9223 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013495 6 0.0806 0.9230 0.020 0.000 0.000 0.008 0.000 0.972
#> SRR2013496 6 0.0632 0.9227 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013492 6 0.0790 0.9217 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013494 6 0.0632 0.9226 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013493 1 0.2092 0.9432 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013491 6 0.0865 0.9215 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013490 6 0.0937 0.9216 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013489 6 0.2260 0.7881 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR2013488 6 0.0632 0.9223 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013487 6 0.0363 0.9195 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013486 6 0.1327 0.9100 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013485 1 0.3547 0.6732 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013484 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013483 1 0.1765 0.9231 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013482 6 0.3288 0.6057 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013481 1 0.1556 0.9219 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013479 1 0.2135 0.9421 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013480 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013478 1 0.2003 0.9411 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013477 1 0.2416 0.9254 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013476 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013474 1 0.2092 0.9433 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013473 1 0.2378 0.9242 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013475 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013472 1 0.2048 0.9433 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013471 1 0.1204 0.8932 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013470 1 0.2135 0.9419 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013469 1 0.1957 0.9423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013468 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013467 1 0.3198 0.7959 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013466 1 0.0713 0.8585 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013465 1 0.2003 0.9433 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013463 1 0.2048 0.9433 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013462 1 0.1863 0.9386 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013464 1 0.1957 0.9421 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013461 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013460 1 0.2092 0.9434 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013459 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013458 1 0.2092 0.9424 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013457 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013456 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013455 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013453 1 0.2003 0.9435 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013454 1 0.2003 0.9433 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013452 1 0.3050 0.7393 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013451 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013450 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013449 1 0.2135 0.9354 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013448 1 0.2048 0.9441 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013447 1 0.2003 0.9408 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013446 1 0.2730 0.8024 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013445 1 0.1814 0.8607 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013444 1 0.1204 0.8759 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.3964 0.605 0.605
#> 3 3 1.000 0.992 0.997 0.5138 0.788 0.652
#> 4 4 0.920 0.916 0.951 0.1647 0.852 0.650
#> 5 5 0.833 0.804 0.908 0.0463 0.949 0.841
#> 6 6 0.798 0.704 0.833 0.0495 0.940 0.798
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.5294 0.868 0.880 0.120
#> SRR2013673 1 0.1843 0.969 0.972 0.028
#> SRR2013671 1 0.6623 0.798 0.828 0.172
#> SRR2013672 1 0.1414 0.976 0.980 0.020
#> SRR2013670 1 0.4022 0.915 0.920 0.080
#> SRR2013669 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.1414 0.976 0.980 0.020
#> SRR2013667 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR2013666 1 0.3584 0.928 0.932 0.068
#> SRR2013665 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> SRR2013662 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR2013663 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> SRR2013664 1 0.4690 0.892 0.900 0.100
#> SRR2013661 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.5946 0.837 0.856 0.144
#> SRR2013659 2 0.3879 0.908 0.076 0.924
#> SRR2013658 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR2013657 1 0.1184 0.980 0.984 0.016
#> SRR2013656 1 0.5519 0.858 0.872 0.128
#> SRR2013654 1 0.2236 0.961 0.964 0.036
#> SRR2013655 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR2013653 1 0.1843 0.969 0.972 0.028
#> SRR2013652 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.3274 0.937 0.940 0.060
#> SRR2013650 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.1184 0.980 0.984 0.016
#> SRR2013643 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.8813 0.579 0.700 0.300
#> SRR2013632 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> SRR2013588 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.5519 0.858 0.872 0.128
#> SRR2013586 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.9970 0.110 0.468 0.532
#> SRR2013584 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.9963 0.131 0.464 0.536
#> SRR2013565 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.2948 0.945 0.948 0.052
#> SRR2013556 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013633 1 0.1289 0.966 0.968 0 0.032
#> SRR2013631 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013629 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013628 3 0.0747 0.972 0.016 0 0.984
#> SRR2013626 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013627 1 0.0747 0.981 0.984 0 0.016
#> SRR2013624 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013585 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013580 3 0.0592 0.976 0.012 0 0.988
#> SRR2013579 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013575 3 0.0237 0.985 0.004 0 0.996
#> SRR2013574 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013567 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013564 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013561 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013554 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013550 1 0.2625 0.908 0.916 0 0.084
#> SRR2013548 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013549 3 0.5138 0.667 0.252 0 0.748
#> SRR2013546 1 0.1643 0.953 0.956 0 0.044
#> SRR2013545 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013544 3 0.1753 0.933 0.048 0 0.952
#> SRR2013547 1 0.1289 0.966 0.968 0 0.032
#> SRR2013543 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013531 3 0.0000 0.989 0.000 0 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013530 3 0.4605 0.732 0.204 0 0.796
#> SRR2013528 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013503 1 0.5678 0.535 0.684 0 0.316
#> SRR2013502 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013489 1 0.1529 0.957 0.960 0 0.040
#> SRR2013488 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.997 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0188 0.9560 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013442 1 0.0336 0.9544 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013769 1 0.0469 0.9568 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013768 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0469 0.9568 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013766 1 0.0469 0.9568 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013764 1 0.0817 0.9531 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013763 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013762 1 0.0336 0.9574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013758 2 0.0336 0.9895 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013757 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.0336 0.9905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013755 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013754 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013751 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013746 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013744 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013742 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013743 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013741 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013740 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013739 2 0.0336 0.9905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013737 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013738 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013736 2 0.0336 0.9895 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013735 2 0.0469 0.9885 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013734 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013733 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013728 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013727 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013726 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013725 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013724 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013723 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013722 2 0.0336 0.9905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013721 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013720 2 0.0336 0.9905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013719 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013717 2 0.0188 0.9901 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013718 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013716 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013715 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013714 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013713 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013712 2 0.0336 0.9904 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013711 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013708 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013709 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013707 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013706 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013705 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013704 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013703 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013702 2 0.0336 0.9905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013701 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013700 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013699 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013698 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013697 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013696 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013695 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013694 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013693 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013692 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013691 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013690 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013689 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013687 2 0.0469 0.9885 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013688 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013686 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013683 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013684 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013681 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013680 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013679 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013678 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013677 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013676 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013675 2 0.0188 0.9904 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0188 0.9708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0188 0.9708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013649 3 0.0188 0.9708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013647 1 0.0921 0.9534 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0188 0.9708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0188 0.9708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013643 1 0.0707 0.9513 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013642 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013640 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013641 1 0.0469 0.9560 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013639 1 0.0817 0.9459 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013638 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013637 1 0.0707 0.9474 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013636 1 0.0469 0.9526 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013635 1 0.0707 0.9474 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013634 1 0.0592 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013633 4 0.4888 0.3405 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013631 4 0.4164 0.6565 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR2013632 1 0.2469 0.8855 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013629 3 0.1940 0.8976 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR2013630 4 0.3444 0.7718 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR2013628 4 0.3257 0.8069 0.004 0.000 0.152 0.844
#> SRR2013626 3 0.3649 0.7217 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013625 1 0.0336 0.9555 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013627 1 0.2578 0.8978 0.912 0.000 0.036 0.052
#> SRR2013624 1 0.0592 0.9560 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013623 3 0.5000 -0.0811 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR2013622 1 0.4643 0.4824 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2013621 1 0.1118 0.9483 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013620 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013619 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013617 1 0.0188 0.9560 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.0336 0.9544 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013614 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013613 1 0.0707 0.9551 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013612 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013610 1 0.0921 0.9533 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013611 1 0.0336 0.9574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013609 1 0.0817 0.9543 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013602 1 0.0188 0.9560 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013599 1 0.0469 0.9523 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013597 1 0.0592 0.9500 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013595 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013594 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013593 1 0.0336 0.9553 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013592 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013590 4 0.2868 0.8220 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR2013588 4 0.2011 0.8618 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013587 4 0.2469 0.8458 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR2013589 4 0.2530 0.8416 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR2013586 4 0.3528 0.7611 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR2013585 4 0.2921 0.8187 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR2013584 4 0.1637 0.8839 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013583 4 0.1637 0.8839 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013582 4 0.1637 0.8845 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013581 4 0.5000 0.0437 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013580 4 0.1902 0.8676 0.004 0.000 0.064 0.932
#> SRR2013579 4 0.2149 0.8575 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR2013578 4 0.4164 0.6578 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013577 4 0.1716 0.8828 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013576 4 0.1716 0.8832 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013575 4 0.1902 0.8676 0.004 0.000 0.064 0.932
#> SRR2013574 4 0.1867 0.8783 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013572 4 0.2011 0.8617 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013573 4 0.1637 0.8839 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013571 4 0.1867 0.8642 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013569 1 0.3123 0.8293 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013570 4 0.1792 0.8812 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013568 4 0.1557 0.8845 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013567 4 0.2081 0.8595 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2013566 4 0.3219 0.7946 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013564 4 0.2081 0.8597 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2013565 4 0.3801 0.7197 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013563 4 0.1940 0.8633 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR2013561 4 0.2345 0.8506 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR2013560 4 0.1792 0.8665 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2013562 4 0.2081 0.8597 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2013558 4 0.2530 0.8421 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR2013559 4 0.2149 0.8585 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR2013556 4 0.1792 0.8817 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013557 4 0.1637 0.8845 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013554 4 0.2011 0.8611 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013553 4 0.1940 0.8769 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013555 4 0.1557 0.8845 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013552 4 0.2149 0.8677 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013551 4 0.3311 0.7821 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013550 4 0.1807 0.8845 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR2013548 4 0.1557 0.8845 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013549 4 0.1929 0.8778 0.024 0.000 0.036 0.940
#> SRR2013546 4 0.1743 0.8848 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR2013545 1 0.3024 0.8404 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013544 4 0.1867 0.8642 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013547 4 0.1557 0.8845 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013543 4 0.3024 0.8084 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013542 4 0.2647 0.8397 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013541 4 0.2011 0.8617 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013540 4 0.3266 0.7877 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013539 4 0.1978 0.8662 0.004 0.000 0.068 0.928
#> SRR2013538 4 0.1557 0.8845 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013537 4 0.1792 0.8815 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013535 1 0.1637 0.9309 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013536 4 0.1792 0.8809 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013534 4 0.1716 0.8832 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013532 4 0.2814 0.8267 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2013533 4 0.1940 0.8633 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR2013531 4 0.2149 0.8585 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR2013529 1 0.1389 0.9388 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013530 4 0.1888 0.8758 0.016 0.000 0.044 0.940
#> SRR2013528 1 0.0817 0.9531 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013527 1 0.4994 0.0382 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013526 1 0.0336 0.9574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013525 1 0.0336 0.9555 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013524 1 0.1302 0.9442 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013523 1 0.1022 0.9509 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013522 1 0.0707 0.9556 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013521 1 0.2081 0.9103 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013519 1 0.0817 0.9531 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013520 4 0.1637 0.8845 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013518 4 0.4977 0.1815 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013517 1 0.1637 0.9292 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013516 1 0.3649 0.7634 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013514 1 0.0592 0.9557 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013515 4 0.4522 0.5814 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013513 1 0.3975 0.7126 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013512 1 0.1118 0.9466 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013511 1 0.3942 0.7099 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013510 1 0.1389 0.9386 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013508 1 0.0707 0.9560 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013509 1 0.0592 0.9513 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013505 1 0.2530 0.8850 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013506 1 0.4522 0.5473 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013507 1 0.4679 0.4644 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013504 1 0.4072 0.6868 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013503 4 0.1936 0.8805 0.032 0.000 0.028 0.940
#> SRR2013502 1 0.1302 0.9443 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013501 1 0.3172 0.8251 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013500 1 0.1022 0.9493 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013499 4 0.1637 0.8845 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013498 4 0.1637 0.8833 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013497 1 0.3444 0.7946 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013495 1 0.3764 0.7400 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013496 4 0.3266 0.7899 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013492 1 0.3486 0.7940 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013494 4 0.2973 0.8136 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013493 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013491 1 0.1940 0.9197 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013490 1 0.0921 0.9511 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013489 4 0.1637 0.8845 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013488 1 0.4356 0.6153 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013487 4 0.1792 0.8802 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013486 1 0.0707 0.9559 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013485 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013484 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013483 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013482 1 0.1118 0.9499 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013481 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013479 1 0.0592 0.9557 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013480 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.0336 0.9544 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013476 1 0.0592 0.9557 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013474 1 0.0469 0.9568 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013473 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013475 1 0.0707 0.9559 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013472 1 0.0188 0.9566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013471 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013470 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013469 1 0.0707 0.9559 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013466 1 0.0592 0.9500 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013465 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013463 1 0.0592 0.9500 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013462 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013464 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013461 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013459 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013458 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013457 1 0.0336 0.9544 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0336 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013453 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013454 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013452 1 0.0817 0.9548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013451 1 0.0469 0.9568 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9570 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0188 0.9563 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013446 1 0.0592 0.9512 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013445 1 0.0592 0.9568 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013444 1 0.0707 0.9474 0.980 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0404 0.8609 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013769 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013765 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013766 1 0.0290 0.8677 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013764 1 0.1121 0.8463 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013763 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013762 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.1544 0.9273 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013757 2 0.0162 0.9368 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.0794 0.9347 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013755 2 0.1121 0.9140 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013754 2 0.0162 0.9354 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0880 0.9346 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.3274 0.7352 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0290 0.9367 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0609 0.9360 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013735 2 0.1671 0.9254 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0162 0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0794 0.9229 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0290 0.9367 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0609 0.9356 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013719 2 0.1478 0.9285 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013717 2 0.1197 0.9312 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013718 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013716 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013715 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013714 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.1792 0.9235 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013711 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013708 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013704 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1608 0.9269 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013701 2 0.1270 0.9312 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013700 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013699 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013698 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013697 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013696 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013695 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013694 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013693 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013692 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013691 2 0.0404 0.9366 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013690 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013689 2 0.2966 0.8904 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013687 2 0.2127 0.9160 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013688 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013686 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013679 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013678 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013677 2 0.3003 0.8890 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.2068 0.9043 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR2013647 1 0.1205 0.8477 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.1410 0.9409 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9948 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.4867 -0.5784 0.544 0.000 0.000 0.024 0.432
#> SRR2013642 1 0.0324 0.8667 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013640 1 0.0162 0.8643 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013641 1 0.0912 0.8598 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013639 1 0.2230 0.7252 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013638 1 0.0404 0.8616 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013637 1 0.2424 0.7002 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013636 1 0.2020 0.7517 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013635 1 0.4297 -0.6155 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013634 5 0.5591 0.8175 0.396 0.000 0.000 0.076 0.528
#> SRR2013633 4 0.4113 0.7165 0.076 0.000 0.000 0.784 0.140
#> SRR2013631 4 0.4294 0.7672 0.000 0.000 0.080 0.768 0.152
#> SRR2013632 5 0.6292 0.7596 0.400 0.000 0.000 0.152 0.448
#> SRR2013629 4 0.6296 0.1829 0.000 0.000 0.408 0.440 0.152
#> SRR2013630 4 0.4098 0.7773 0.000 0.000 0.064 0.780 0.156
#> SRR2013628 4 0.3141 0.8112 0.000 0.000 0.016 0.832 0.152
#> SRR2013626 4 0.6131 0.4453 0.000 0.000 0.308 0.536 0.156
#> SRR2013625 1 0.4419 -0.0716 0.668 0.000 0.000 0.020 0.312
#> SRR2013627 5 0.7103 0.7880 0.396 0.000 0.040 0.148 0.416
#> SRR2013624 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013623 4 0.4334 0.7649 0.000 0.000 0.080 0.764 0.156
#> SRR2013622 4 0.4393 0.5209 0.168 0.000 0.000 0.756 0.076
#> SRR2013621 5 0.5616 0.8101 0.384 0.000 0.000 0.080 0.536
#> SRR2013620 1 0.1121 0.8326 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013619 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0290 0.8635 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013614 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.2270 0.7951 0.904 0.000 0.000 0.076 0.020
#> SRR2013612 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0404 0.8664 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013611 1 0.0404 0.8665 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013609 1 0.4086 0.3297 0.736 0.000 0.000 0.024 0.240
#> SRR2013608 1 0.0404 0.8615 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013606 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0324 0.8668 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013603 1 0.2488 0.7167 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR2013602 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0290 0.8629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013598 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013597 1 0.0290 0.8624 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0162 0.8643 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013592 1 0.0609 0.8567 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013591 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 4 0.3278 0.8065 0.000 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR2013588 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013587 4 0.3081 0.8105 0.000 0.000 0.012 0.832 0.156
#> SRR2013589 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013586 4 0.3278 0.8067 0.000 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR2013585 4 0.3368 0.8043 0.000 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR2013584 4 0.1671 0.8210 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR2013583 4 0.1410 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013582 4 0.0290 0.8395 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2013581 4 0.4937 0.4975 0.064 0.000 0.000 0.672 0.264
#> SRR2013580 4 0.1124 0.8435 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR2013579 4 0.1697 0.8417 0.000 0.000 0.008 0.932 0.060
#> SRR2013578 4 0.2592 0.7813 0.052 0.000 0.000 0.892 0.056
#> SRR2013577 4 0.0290 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013576 4 0.1121 0.8191 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2013575 4 0.1041 0.8435 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR2013574 4 0.0807 0.8365 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR2013572 4 0.1638 0.8417 0.000 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR2013573 4 0.0609 0.8379 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013571 4 0.1571 0.8429 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR2013569 1 0.3596 0.5425 0.776 0.000 0.000 0.212 0.012
#> SRR2013570 4 0.1671 0.8185 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR2013568 4 0.0404 0.8388 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013567 4 0.1430 0.8431 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR2013566 4 0.4088 -0.0182 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR2013564 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013565 4 0.2653 0.7855 0.024 0.000 0.000 0.880 0.096
#> SRR2013563 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013561 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013560 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013562 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013558 4 0.3183 0.8086 0.000 0.000 0.016 0.828 0.156
#> SRR2013559 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013556 4 0.1768 0.7876 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR2013557 4 0.0510 0.8368 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013554 4 0.1430 0.8427 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR2013553 4 0.1282 0.8184 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR2013555 4 0.0963 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013552 4 0.2886 0.6528 0.148 0.000 0.000 0.844 0.008
#> SRR2013551 4 0.1485 0.8230 0.032 0.000 0.000 0.948 0.020
#> SRR2013550 4 0.0324 0.8411 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR2013548 4 0.0510 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013549 4 0.0771 0.8449 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR2013546 4 0.0798 0.8390 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR2013545 1 0.3003 0.6256 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2013544 4 0.1282 0.8434 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR2013547 4 0.0451 0.8421 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2013543 4 0.1444 0.8186 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR2013542 4 0.1331 0.8309 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> SRR2013541 4 0.1831 0.8393 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR2013540 4 0.3368 0.7313 0.024 0.000 0.000 0.820 0.156
#> SRR2013539 4 0.1502 0.8425 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR2013538 4 0.0000 0.8400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013537 4 0.4151 0.0703 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR2013535 1 0.5814 -0.0581 0.612 0.000 0.000 0.208 0.180
#> SRR2013536 4 0.1043 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2013534 4 0.1270 0.8112 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR2013532 4 0.3278 0.8071 0.000 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR2013533 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013531 4 0.2971 0.8127 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> SRR2013529 1 0.2488 0.7424 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004
#> SRR2013530 4 0.1282 0.8455 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR2013528 1 0.2329 0.7469 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013527 4 0.4430 -0.3071 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR2013526 1 0.3704 0.6537 0.820 0.000 0.000 0.088 0.092
#> SRR2013525 5 0.5579 0.8087 0.420 0.000 0.000 0.072 0.508
#> SRR2013524 1 0.1410 0.8301 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013523 1 0.6308 -0.5899 0.484 0.000 0.000 0.164 0.352
#> SRR2013522 5 0.5283 0.7714 0.444 0.000 0.000 0.048 0.508
#> SRR2013521 5 0.6689 0.5332 0.244 0.000 0.000 0.344 0.412
#> SRR2013519 1 0.0880 0.8557 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013520 4 0.0955 0.8443 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028
#> SRR2013518 4 0.4569 0.6442 0.104 0.000 0.000 0.748 0.148
#> SRR2013517 1 0.1478 0.8252 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013516 1 0.5110 0.2881 0.680 0.000 0.000 0.224 0.096
#> SRR2013514 1 0.1043 0.8497 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013515 1 0.4812 -0.0583 0.600 0.000 0.000 0.372 0.028
#> SRR2013513 1 0.2471 0.7269 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013512 1 0.2329 0.7452 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013511 1 0.3883 0.5590 0.780 0.000 0.000 0.184 0.036
#> SRR2013510 1 0.1851 0.7976 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013508 1 0.5804 -0.3092 0.576 0.000 0.000 0.120 0.304
#> SRR2013509 5 0.5401 0.8045 0.404 0.000 0.000 0.060 0.536
#> SRR2013505 1 0.2179 0.7649 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013506 4 0.4733 -0.0536 0.348 0.000 0.000 0.624 0.028
#> SRR2013507 1 0.4251 0.0304 0.624 0.000 0.000 0.372 0.004
#> SRR2013504 1 0.3480 0.4754 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2013503 4 0.1484 0.8449 0.008 0.000 0.000 0.944 0.048
#> SRR2013502 1 0.1478 0.8263 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013501 1 0.2891 0.6507 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013500 1 0.2130 0.8000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR2013499 4 0.0566 0.8396 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR2013498 4 0.4752 0.1519 0.316 0.000 0.000 0.648 0.036
#> SRR2013497 1 0.3074 0.6097 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2013495 1 0.3003 0.6244 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2013496 1 0.4088 0.0927 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR2013492 1 0.2439 0.7495 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR2013494 1 0.4640 0.3033 0.696 0.000 0.000 0.256 0.048
#> SRR2013493 1 0.0404 0.8664 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013491 1 0.2074 0.7767 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013490 1 0.1121 0.8463 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013489 4 0.1211 0.8367 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016
#> SRR2013488 1 0.2971 0.6805 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR2013487 1 0.4743 -0.2432 0.512 0.000 0.000 0.472 0.016
#> SRR2013486 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013485 1 0.0451 0.8672 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013484 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013483 1 0.0671 0.8642 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013482 1 0.1282 0.8444 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR2013481 1 0.0703 0.8608 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013479 1 0.2522 0.7896 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR2013480 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013478 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013477 1 0.4003 0.1743 0.704 0.000 0.000 0.008 0.288
#> SRR2013476 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013474 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013473 1 0.0865 0.8597 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013475 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0609 0.8626 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013470 1 0.0290 0.8675 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013469 1 0.0404 0.8664 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0963 0.8521 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013466 1 0.0510 0.8585 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013465 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013463 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013462 1 0.0703 0.8605 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0290 0.8672 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013460 1 0.0404 0.8668 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013459 1 0.0290 0.8675 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013458 1 0.0963 0.8521 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013453 1 0.0771 0.8619 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013454 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013452 1 0.0771 0.8619 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013451 1 0.0510 0.8653 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.8664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0510 0.8579 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013446 1 0.0404 0.8603 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0162 0.8674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013444 1 0.1410 0.8125 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0622 0.8601 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013442 1 0.1320 0.8478 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2013769 1 0.0862 0.8631 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013768 1 0.0806 0.8622 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013767 1 0.0291 0.8615 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013765 1 0.0508 0.8644 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013766 1 0.0622 0.8637 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013764 1 0.1701 0.8308 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2013763 1 0.0260 0.8626 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013762 1 0.0363 0.8636 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013761 1 0.0820 0.8636 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013760 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0260 0.8498 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013758 2 0.1049 0.8470 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2013757 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013756 2 0.0405 0.8509 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013755 2 0.1663 0.7898 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013754 2 0.0363 0.8469 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013753 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013751 2 0.0405 0.8512 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013752 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013750 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013749 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013748 2 0.0603 0.8503 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013747 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013745 2 0.3566 0.6092 0.000 0.752 0.000 0.000 0.224 0.024
#> SRR2013746 2 0.0363 0.8472 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013744 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013742 2 0.0146 0.8499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013743 2 0.0291 0.8511 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013741 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0790 0.8472 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013735 2 0.1663 0.8298 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0146 0.8507 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013732 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0291 0.8486 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013727 2 0.0291 0.8486 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013726 2 0.1082 0.8267 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013725 2 0.0603 0.8430 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013724 2 0.0146 0.8499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013723 2 0.0405 0.8471 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013722 2 0.0405 0.8510 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013721 2 0.0260 0.8487 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013720 2 0.0717 0.8498 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013719 2 0.1411 0.8394 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR2013717 2 0.0935 0.8472 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013718 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013716 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013715 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013714 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013713 2 0.0146 0.8499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013712 2 0.1812 0.8319 0.000 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR2013711 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013708 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013704 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1765 0.8365 0.000 0.924 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR2013701 2 0.1970 0.8330 0.000 0.920 0.000 0.008 0.044 0.028
#> SRR2013700 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013699 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013698 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013697 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013696 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013695 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013694 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013693 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013692 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013691 2 0.0622 0.8503 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013690 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013689 2 0.3737 0.6893 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2013687 2 0.2278 0.8129 0.000 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR2013688 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013686 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0146 0.8498 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013684 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013679 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013678 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013677 2 0.3789 0.6777 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.8508 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0146 0.9869 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013649 4 0.3867 -0.1883 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.1053 0.8604 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.2912 0.7194 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.6104 -0.6037 0.416 0.000 0.000 0.012 0.392 0.180
#> SRR2013642 1 0.0862 0.8637 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013640 1 0.0717 0.8621 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013641 1 0.1268 0.8579 0.952 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036
#> SRR2013639 1 0.3493 0.6645 0.800 0.000 0.000 0.000 0.136 0.064
#> SRR2013638 1 0.1003 0.8560 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013637 1 0.4243 0.5508 0.732 0.000 0.000 0.000 0.104 0.164
#> SRR2013636 1 0.2837 0.7538 0.856 0.000 0.000 0.000 0.088 0.056
#> SRR2013635 1 0.5832 -0.5495 0.428 0.000 0.000 0.000 0.384 0.188
#> SRR2013634 5 0.5969 0.7310 0.292 0.000 0.000 0.000 0.448 0.260
#> SRR2013633 4 0.6149 0.2204 0.020 0.000 0.000 0.500 0.196 0.284
#> SRR2013631 4 0.0508 0.7760 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2013632 5 0.7647 0.5722 0.196 0.000 0.000 0.264 0.316 0.224
#> SRR2013629 4 0.2191 0.6432 0.000 0.000 0.120 0.876 0.000 0.004
#> SRR2013630 4 0.0508 0.7734 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR2013628 4 0.1049 0.7615 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR2013626 4 0.1588 0.7085 0.000 0.000 0.072 0.924 0.004 0.000
#> SRR2013625 1 0.5901 -0.5657 0.436 0.000 0.000 0.004 0.384 0.176
#> SRR2013627 4 0.7894 -0.5507 0.172 0.000 0.016 0.344 0.216 0.252
#> SRR2013624 1 0.0665 0.8633 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR2013623 4 0.0767 0.7687 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR2013622 6 0.5044 0.5899 0.028 0.000 0.000 0.256 0.064 0.652
#> SRR2013621 5 0.6297 0.7495 0.192 0.000 0.000 0.020 0.412 0.376
#> SRR2013620 1 0.2325 0.8026 0.892 0.000 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR2013619 1 0.0692 0.8614 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013617 1 0.1232 0.8555 0.956 0.000 0.000 0.004 0.024 0.016
#> SRR2013618 1 0.0820 0.8586 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013616 1 0.0436 0.8619 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013615 1 0.1092 0.8539 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013614 1 0.0146 0.8627 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013613 1 0.4254 0.4673 0.680 0.000 0.000 0.000 0.048 0.272
#> SRR2013612 1 0.0551 0.8617 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2013610 1 0.0665 0.8613 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013611 1 0.1194 0.8616 0.956 0.000 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR2013609 1 0.5818 -0.3330 0.492 0.000 0.000 0.004 0.328 0.176
#> SRR2013608 1 0.2190 0.8237 0.900 0.000 0.000 0.000 0.060 0.040
#> SRR2013606 1 0.1261 0.8565 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013605 1 0.1408 0.8522 0.944 0.000 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR2013607 1 0.0909 0.8596 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013604 1 0.1003 0.8597 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013603 1 0.3516 0.6614 0.788 0.000 0.000 0.000 0.164 0.048
#> SRR2013602 1 0.0820 0.8586 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013601 1 0.0405 0.8603 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013600 1 0.0405 0.8607 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013599 1 0.0820 0.8580 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013598 1 0.0405 0.8603 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013596 1 0.0520 0.8608 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013597 1 0.0622 0.8594 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013595 1 0.0508 0.8605 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013594 1 0.0520 0.8600 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013593 1 0.0622 0.8596 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013592 1 0.1341 0.8471 0.948 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR2013591 1 0.0717 0.8577 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013590 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013586 4 0.0260 0.7775 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.0260 0.7777 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2013584 6 0.4079 0.6264 0.000 0.000 0.000 0.288 0.032 0.680
#> SRR2013583 6 0.3916 0.6421 0.000 0.000 0.000 0.300 0.020 0.680
#> SRR2013582 6 0.3756 0.6401 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000 0.644
#> SRR2013581 6 0.3226 0.5907 0.012 0.000 0.000 0.168 0.012 0.808
#> SRR2013580 6 0.4504 0.4688 0.000 0.000 0.000 0.432 0.032 0.536
#> SRR2013579 4 0.3756 0.3310 0.000 0.000 0.004 0.676 0.004 0.316
#> SRR2013578 6 0.3897 0.6504 0.016 0.000 0.000 0.264 0.008 0.712
#> SRR2013577 6 0.3728 0.6421 0.000 0.000 0.000 0.344 0.004 0.652
#> SRR2013576 6 0.4346 0.6496 0.028 0.000 0.000 0.336 0.004 0.632
#> SRR2013575 6 0.4242 0.4490 0.000 0.000 0.000 0.448 0.016 0.536
#> SRR2013574 6 0.3835 0.6479 0.004 0.000 0.000 0.336 0.004 0.656
#> SRR2013572 4 0.3937 -0.0729 0.000 0.000 0.000 0.572 0.004 0.424
#> SRR2013573 6 0.3883 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.332 0.012 0.656
#> SRR2013571 4 0.3337 0.4674 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR2013569 6 0.4062 0.2281 0.344 0.000 0.000 0.012 0.004 0.640
#> SRR2013570 6 0.3897 0.6355 0.000 0.000 0.000 0.280 0.024 0.696
#> SRR2013568 6 0.3927 0.6396 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR2013567 4 0.4026 0.2226 0.000 0.000 0.000 0.636 0.016 0.348
#> SRR2013566 6 0.5231 0.5720 0.184 0.000 0.000 0.184 0.004 0.628
#> SRR2013564 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013565 6 0.3697 0.6311 0.004 0.000 0.000 0.248 0.016 0.732
#> SRR2013563 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013560 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013562 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013556 6 0.4299 0.6550 0.040 0.000 0.000 0.308 0.000 0.652
#> SRR2013557 6 0.3782 0.6349 0.000 0.000 0.000 0.360 0.004 0.636
#> SRR2013554 4 0.3175 0.4788 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2013553 6 0.4034 0.6521 0.012 0.000 0.000 0.336 0.004 0.648
#> SRR2013555 6 0.4406 0.6133 0.000 0.000 0.000 0.336 0.040 0.624
#> SRR2013552 6 0.4544 0.6510 0.052 0.000 0.000 0.292 0.004 0.652
#> SRR2013551 6 0.3850 0.6459 0.004 0.000 0.000 0.340 0.004 0.652
#> SRR2013550 6 0.3695 0.6145 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR2013548 6 0.3940 0.6346 0.000 0.000 0.000 0.348 0.012 0.640
#> SRR2013549 6 0.3823 0.5137 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2013546 6 0.3769 0.6386 0.004 0.000 0.000 0.356 0.000 0.640
#> SRR2013545 6 0.4046 0.1955 0.368 0.000 0.000 0.008 0.004 0.620
#> SRR2013544 4 0.4253 -0.2455 0.000 0.000 0.000 0.524 0.016 0.460
#> SRR2013547 6 0.3727 0.5977 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR2013543 6 0.3938 0.6564 0.016 0.000 0.000 0.324 0.000 0.660
#> SRR2013542 6 0.3707 0.6482 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008 0.680
#> SRR2013541 4 0.3489 0.4063 0.000 0.000 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR2013540 6 0.3086 0.5659 0.004 0.000 0.000 0.156 0.020 0.820
#> SRR2013539 4 0.3729 0.3794 0.000 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR2013538 6 0.3672 0.6211 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR2013537 6 0.5237 0.5831 0.160 0.000 0.000 0.212 0.004 0.624
#> SRR2013535 6 0.3450 0.3146 0.208 0.000 0.000 0.012 0.008 0.772
#> SRR2013536 6 0.3721 0.6523 0.004 0.000 0.000 0.308 0.004 0.684
#> SRR2013534 6 0.4105 0.6536 0.016 0.000 0.000 0.332 0.004 0.648
#> SRR2013532 4 0.0146 0.7794 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.0146 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013531 4 0.0291 0.7787 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2013529 1 0.3448 0.5350 0.716 0.000 0.000 0.000 0.004 0.280
#> SRR2013530 6 0.3854 0.4672 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2013528 1 0.3915 0.2300 0.584 0.000 0.000 0.000 0.004 0.412
#> SRR2013527 6 0.5405 0.5143 0.208 0.000 0.000 0.172 0.008 0.612
#> SRR2013526 1 0.5710 -0.0729 0.512 0.000 0.000 0.000 0.200 0.288
#> SRR2013525 5 0.5791 0.7836 0.192 0.000 0.000 0.000 0.472 0.336
#> SRR2013524 1 0.2400 0.7810 0.872 0.000 0.000 0.004 0.008 0.116
#> SRR2013523 6 0.3845 0.1925 0.172 0.000 0.000 0.004 0.056 0.768
#> SRR2013522 6 0.5962 -0.7520 0.224 0.000 0.000 0.000 0.364 0.412
#> SRR2013521 6 0.2975 0.5019 0.048 0.000 0.000 0.068 0.020 0.864
#> SRR2013519 1 0.1333 0.8477 0.944 0.000 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013520 4 0.3862 -0.3435 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2013518 6 0.6822 0.0128 0.040 0.000 0.000 0.308 0.324 0.328
#> SRR2013517 1 0.2389 0.7698 0.864 0.000 0.000 0.000 0.008 0.128
#> SRR2013516 6 0.5033 -0.0622 0.424 0.000 0.000 0.036 0.020 0.520
#> SRR2013514 1 0.1584 0.8434 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR2013515 1 0.5067 0.3737 0.644 0.000 0.000 0.136 0.004 0.216
#> SRR2013513 1 0.2655 0.7533 0.848 0.000 0.000 0.004 0.008 0.140
#> SRR2013512 1 0.3984 0.2689 0.596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.396
#> SRR2013511 1 0.3988 0.6072 0.752 0.000 0.000 0.028 0.020 0.200
#> SRR2013510 1 0.2882 0.7055 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.180
#> SRR2013508 6 0.6248 -0.4866 0.356 0.000 0.000 0.008 0.248 0.388
#> SRR2013509 5 0.6004 0.7661 0.276 0.000 0.000 0.000 0.436 0.288
#> SRR2013505 1 0.3189 0.6140 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR2013506 6 0.4736 0.6198 0.104 0.000 0.000 0.212 0.004 0.680
#> SRR2013507 1 0.5277 0.1395 0.556 0.000 0.000 0.100 0.004 0.340
#> SRR2013504 6 0.4969 0.0578 0.436 0.000 0.000 0.048 0.008 0.508
#> SRR2013503 6 0.3862 0.4450 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR2013502 1 0.2809 0.7170 0.824 0.000 0.000 0.004 0.004 0.168
#> SRR2013501 1 0.4212 0.2479 0.592 0.000 0.000 0.008 0.008 0.392
#> SRR2013500 1 0.2964 0.6766 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR2013499 6 0.3647 0.6348 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013498 6 0.6023 0.4189 0.244 0.000 0.000 0.284 0.004 0.468
#> SRR2013497 1 0.4220 0.0555 0.520 0.000 0.000 0.008 0.004 0.468
#> SRR2013495 6 0.4317 0.1203 0.408 0.000 0.000 0.016 0.004 0.572
#> SRR2013496 6 0.5152 0.1940 0.372 0.000 0.000 0.080 0.004 0.544
#> SRR2013492 1 0.3357 0.6273 0.764 0.000 0.000 0.004 0.008 0.224
#> SRR2013494 1 0.4536 0.4266 0.664 0.000 0.000 0.048 0.008 0.280
#> SRR2013493 1 0.0951 0.8606 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR2013491 1 0.2738 0.7129 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR2013490 1 0.2019 0.8153 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR2013489 6 0.4313 0.6263 0.020 0.000 0.000 0.372 0.004 0.604
#> SRR2013488 1 0.3493 0.6126 0.756 0.000 0.000 0.008 0.008 0.228
#> SRR2013487 6 0.5793 0.3001 0.308 0.000 0.000 0.164 0.008 0.520
#> SRR2013486 1 0.0767 0.8640 0.976 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR2013485 1 0.0405 0.8637 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013484 1 0.0405 0.8633 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013483 1 0.0862 0.8602 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013482 1 0.1268 0.8516 0.952 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036
#> SRR2013481 1 0.0891 0.8597 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013479 1 0.3254 0.7328 0.816 0.000 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR2013480 1 0.0508 0.8635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013478 1 0.0858 0.8630 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2013477 1 0.5526 -0.1709 0.524 0.000 0.000 0.000 0.324 0.152
#> SRR2013476 1 0.0405 0.8630 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013474 1 0.0972 0.8617 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013473 1 0.1116 0.8565 0.960 0.000 0.000 0.004 0.008 0.028
#> SRR2013475 1 0.0551 0.8614 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2013472 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013471 1 0.0951 0.8598 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR2013470 1 0.0653 0.8643 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013469 1 0.0665 0.8613 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013468 1 0.0622 0.8615 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013467 1 0.1542 0.8410 0.936 0.000 0.000 0.004 0.008 0.052
#> SRR2013466 1 0.1297 0.8492 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR2013465 1 0.0551 0.8617 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2013463 1 0.1713 0.8329 0.928 0.000 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR2013462 1 0.0862 0.8610 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013464 1 0.0717 0.8624 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013461 1 0.0508 0.8641 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013460 1 0.1219 0.8522 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2013459 1 0.0405 0.8616 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013458 1 0.1477 0.8458 0.940 0.000 0.000 0.004 0.008 0.048
#> SRR2013457 1 0.0777 0.8627 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2013456 1 0.0291 0.8606 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013455 1 0.0436 0.8619 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013453 1 0.0862 0.8610 0.972 0.000 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013454 1 0.0665 0.8629 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013452 1 0.0767 0.8607 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR2013451 1 0.1226 0.8564 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR2013450 1 0.0291 0.8606 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013449 1 0.0653 0.8630 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013448 1 0.0291 0.8606 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013447 1 0.0891 0.8584 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013446 1 0.1003 0.8553 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013445 1 0.0551 0.8614 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2013444 1 0.2179 0.8071 0.900 0.000 0.000 0.000 0.064 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.968 0.947 0.977 0.3746 0.614 0.614
#> 3 3 0.699 0.818 0.887 0.3904 0.827 0.721
#> 4 4 0.629 0.847 0.875 0.1473 0.955 0.903
#> 5 5 0.622 0.828 0.867 0.0464 0.999 0.997
#> 6 6 0.627 0.758 0.844 0.0620 0.932 0.839
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013442 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013769 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.9775 0.388 0.412 0.588
#> SRR2013748 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.9775 0.388 0.412 0.588
#> SRR2013746 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013736 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013735 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013734 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013733 2 0.8661 0.628 0.288 0.712
#> SRR2013731 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.9732 0.407 0.404 0.596
#> SRR2013728 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013727 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013726 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013725 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013724 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013723 2 0.9833 0.357 0.424 0.576
#> SRR2013722 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR2013721 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR2013719 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR2013718 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.5946 0.816 0.144 0.856
#> SRR2013699 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.2423 0.912 0.040 0.960
#> SRR2013697 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.3114 0.900 0.056 0.944
#> SRR2013694 2 0.3274 0.897 0.060 0.940
#> SRR2013693 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR2013692 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> SRR2013691 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.3114 0.900 0.056 0.944
#> SRR2013689 2 0.2603 0.909 0.044 0.956
#> SRR2013687 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013688 2 0.3274 0.897 0.060 0.940
#> SRR2013686 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR2013685 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.9491 0.485 0.368 0.632
#> SRR2013684 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR2013681 2 0.9460 0.493 0.364 0.636
#> SRR2013680 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR2013679 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR2013678 2 0.2603 0.909 0.044 0.956
#> SRR2013677 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR2013676 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013670 1 0.8608 0.572 0.716 0.284
#> SRR2013669 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013659 1 0.9635 0.304 0.612 0.388
#> SRR2013658 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013642 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013640 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR2013641 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013639 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013638 1 0.1633 0.970 0.976 0.024
#> SRR2013637 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013635 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013634 1 0.1414 0.974 0.980 0.020
#> SRR2013633 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013631 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR2013632 1 0.1633 0.970 0.976 0.024
#> SRR2013629 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> SRR2013630 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013626 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> SRR2013625 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013627 1 0.1843 0.966 0.972 0.028
#> SRR2013624 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR2013623 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013590 1 0.0938 0.980 0.988 0.012
#> SRR2013588 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.4431 0.891 0.908 0.092
#> SRR2013586 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.6623 0.780 0.828 0.172
#> SRR2013584 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.6623 0.780 0.828 0.172
#> SRR2013565 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.6623 0.780 0.828 0.172
#> SRR2013560 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR2013556 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.5294 0.855 0.880 0.120
#> SRR2013533 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.6712 0.774 0.824 0.176
#> SRR2013529 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013524 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013522 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013521 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013446 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013445 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2013444 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.3038 0.852 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013442 1 0.3038 0.852 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013769 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013768 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013767 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013765 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013766 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013764 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013763 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013762 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013761 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013760 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013757 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.1163 0.960 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013755 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013754 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013753 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 3 0.7262 -0.293 0.028 0.444 0.528
#> SRR2013748 2 0.1289 0.959 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013747 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 3 0.7262 -0.293 0.028 0.444 0.528
#> SRR2013746 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.1289 0.959 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013742 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013739 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.1964 0.952 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013736 2 0.2066 0.950 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013735 2 0.2066 0.950 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013734 2 0.1964 0.952 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013733 2 0.6647 0.566 0.012 0.592 0.396
#> SRR2013731 2 0.1860 0.954 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013732 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013730 2 0.1964 0.953 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013729 3 0.7382 -0.317 0.032 0.456 0.512
#> SRR2013728 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013727 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013726 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013725 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013724 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013723 3 0.7346 -0.267 0.032 0.432 0.536
#> SRR2013722 2 0.2165 0.948 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013721 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013720 2 0.2165 0.948 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013719 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013717 2 0.2165 0.948 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013718 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013716 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5202 0.811 0.008 0.772 0.220
#> SRR2013699 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.3038 0.925 0.000 0.896 0.104
#> SRR2013697 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013696 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.3412 0.911 0.000 0.876 0.124
#> SRR2013694 2 0.3482 0.908 0.000 0.872 0.128
#> SRR2013693 2 0.1964 0.952 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013692 2 0.1753 0.954 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013691 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3412 0.911 0.000 0.876 0.124
#> SRR2013689 2 0.3192 0.920 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013687 2 0.2066 0.950 0.000 0.940 0.060
#> SRR2013688 2 0.3482 0.908 0.000 0.872 0.128
#> SRR2013686 2 0.1964 0.952 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013685 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1289 0.959 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013683 3 0.6683 -0.401 0.008 0.492 0.500
#> SRR2013684 2 0.2261 0.947 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013681 2 0.6683 0.386 0.008 0.496 0.496
#> SRR2013680 2 0.1529 0.957 0.000 0.960 0.040
#> SRR2013679 2 0.2261 0.947 0.000 0.932 0.068
#> SRR2013678 2 0.3192 0.919 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013677 2 0.1964 0.952 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013676 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013675 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013674 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013673 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013671 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013672 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013670 3 0.5526 0.283 0.036 0.172 0.792
#> SRR2013669 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013668 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013667 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013666 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013665 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013662 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013663 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013664 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013661 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013660 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013659 3 0.6252 0.116 0.024 0.268 0.708
#> SRR2013658 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013657 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013656 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013654 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013655 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013653 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013652 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013651 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013650 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013649 1 0.3816 0.761 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013647 1 0.2537 0.881 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013648 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013646 1 0.3816 0.761 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013645 3 0.6192 0.703 0.420 0.000 0.580
#> SRR2013644 1 0.5988 0.036 0.632 0.000 0.368
#> SRR2013643 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013642 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013640 1 0.3965 0.815 0.860 0.008 0.132
#> SRR2013641 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013639 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013638 1 0.4634 0.767 0.824 0.012 0.164
#> SRR2013637 1 0.0892 0.919 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013636 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013635 1 0.4782 0.761 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013634 1 0.4473 0.774 0.828 0.008 0.164
#> SRR2013633 1 0.4723 0.768 0.824 0.016 0.160
#> SRR2013631 3 0.6701 0.693 0.412 0.012 0.576
#> SRR2013632 1 0.4692 0.764 0.820 0.012 0.168
#> SRR2013629 1 0.6521 -0.453 0.504 0.004 0.492
#> SRR2013630 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013628 1 0.5167 0.715 0.792 0.016 0.192
#> SRR2013626 1 0.6521 -0.453 0.504 0.004 0.492
#> SRR2013625 1 0.4953 0.746 0.808 0.016 0.176
#> SRR2013627 1 0.4782 0.767 0.820 0.016 0.164
#> SRR2013624 1 0.3965 0.815 0.860 0.008 0.132
#> SRR2013623 1 0.2711 0.858 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013622 1 0.1411 0.911 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013621 1 0.1031 0.917 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013620 1 0.0747 0.920 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013619 1 0.0592 0.922 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013617 1 0.0892 0.919 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013618 1 0.0237 0.920 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013616 1 0.1031 0.918 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013615 1 0.0747 0.920 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013614 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013613 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013612 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0592 0.921 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013611 1 0.0747 0.922 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013609 1 0.0892 0.921 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013608 1 0.0892 0.921 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013606 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013607 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013604 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013603 1 0.0892 0.921 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013602 1 0.1031 0.916 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013601 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013600 1 0.1643 0.905 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013599 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013598 1 0.1529 0.907 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013596 1 0.2165 0.890 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013597 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013595 1 0.0592 0.920 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013594 1 0.1643 0.904 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013593 1 0.2711 0.867 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013592 1 0.2878 0.859 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013591 1 0.2959 0.854 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013590 3 0.6565 0.701 0.416 0.008 0.576
#> SRR2013588 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013587 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013589 3 0.7768 0.683 0.344 0.064 0.592
#> SRR2013586 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013585 3 0.8597 0.660 0.292 0.132 0.576
#> SRR2013584 1 0.1529 0.908 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013583 1 0.1411 0.910 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013582 1 0.1031 0.916 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013581 1 0.1289 0.912 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013580 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013579 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013578 1 0.1163 0.915 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013577 1 0.1289 0.912 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013576 1 0.0892 0.917 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013575 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013574 1 0.1289 0.912 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013572 1 0.2165 0.887 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013573 1 0.1411 0.910 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013571 1 0.2356 0.878 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013569 1 0.1289 0.917 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013570 1 0.1753 0.902 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013568 1 0.1529 0.908 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013567 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013566 1 0.1031 0.916 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013564 3 0.8597 0.660 0.292 0.132 0.576
#> SRR2013565 1 0.1289 0.917 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013563 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013561 3 0.8597 0.660 0.292 0.132 0.576
#> SRR2013560 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013562 3 0.6204 0.697 0.424 0.000 0.576
#> SRR2013558 3 0.6215 0.690 0.428 0.000 0.572
#> SRR2013559 3 0.6836 0.700 0.412 0.016 0.572
#> SRR2013556 1 0.1289 0.913 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013557 1 0.1031 0.916 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013554 1 0.2625 0.863 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013553 1 0.1411 0.910 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013555 1 0.1753 0.902 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013552 1 0.0892 0.917 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013551 1 0.1529 0.908 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013550 1 0.1411 0.911 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013548 1 0.1411 0.911 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013549 1 0.1411 0.911 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013546 1 0.1163 0.915 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013545 1 0.1163 0.914 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013544 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013547 1 0.1163 0.915 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013543 1 0.1289 0.913 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013542 1 0.1411 0.910 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013541 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013540 1 0.1411 0.910 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013539 1 0.2261 0.883 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013538 1 0.1529 0.909 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013537 1 0.1163 0.922 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013535 1 0.1163 0.915 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013536 1 0.1289 0.912 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013534 1 0.1031 0.916 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013532 3 0.8043 0.676 0.324 0.084 0.592
#> SRR2013533 3 0.6274 0.622 0.456 0.000 0.544
#> SRR2013531 3 0.8650 0.659 0.292 0.136 0.572
#> SRR2013529 1 0.0892 0.918 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013530 1 0.1753 0.902 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013528 1 0.0237 0.920 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013527 1 0.0592 0.921 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013526 1 0.0592 0.921 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013525 1 0.3192 0.852 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013524 1 0.1289 0.920 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013523 1 0.3116 0.849 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013522 1 0.3116 0.857 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013521 1 0.1163 0.915 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013519 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013520 1 0.1964 0.895 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013518 1 0.2448 0.890 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013517 1 0.1163 0.920 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013516 1 0.1411 0.920 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013514 1 0.1529 0.915 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013515 1 0.2537 0.884 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013513 1 0.2711 0.867 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013512 1 0.1163 0.922 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013511 1 0.1964 0.905 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013510 1 0.2711 0.873 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013508 1 0.1753 0.910 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013509 1 0.2261 0.891 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013505 1 0.1860 0.908 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013506 1 0.1289 0.912 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013507 1 0.1643 0.913 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013504 1 0.1163 0.919 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013503 1 0.1529 0.921 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013502 1 0.1860 0.916 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013501 1 0.2261 0.896 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013500 1 0.1411 0.922 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013499 1 0.0747 0.920 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013498 1 0.0747 0.920 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013497 1 0.1289 0.920 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013495 1 0.1411 0.912 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013496 1 0.1163 0.921 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013492 1 0.1411 0.920 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013494 1 0.0892 0.921 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013493 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013491 1 0.2165 0.894 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013490 1 0.0237 0.921 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013489 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013488 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013487 1 0.1163 0.921 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013486 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013485 1 0.2448 0.889 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013484 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013483 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013482 1 0.2537 0.881 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013481 1 0.0592 0.921 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013479 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013480 1 0.0237 0.921 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013477 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013476 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013474 1 0.0592 0.920 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013473 1 0.2537 0.881 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013475 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013472 1 0.0892 0.917 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013471 1 0.2448 0.884 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013470 1 0.2261 0.887 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013469 1 0.1163 0.917 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013468 1 0.0892 0.919 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013467 1 0.2448 0.884 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013466 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013465 1 0.0892 0.918 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013463 1 0.0892 0.920 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013462 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013464 1 0.0892 0.919 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013461 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013460 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013459 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013458 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013457 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013456 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013455 1 0.0592 0.919 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013453 1 0.1753 0.910 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013454 1 0.0424 0.920 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013452 1 0.2356 0.888 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013451 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013450 1 0.0237 0.920 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0237 0.920 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013448 1 0.0237 0.920 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.3038 0.852 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013446 1 0.3038 0.852 0.896 0.000 0.104
#> SRR2013445 1 0.2959 0.854 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013444 1 0.3038 0.852 0.896 0.000 0.104
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.4277 0.719 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013442 1 0.4134 0.740 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013769 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013768 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013767 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013765 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013766 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013764 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013763 1 0.1174 0.893 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013762 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2013761 1 0.1022 0.892 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013760 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0188 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013757 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0921 0.939 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013755 2 0.0817 0.933 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013754 2 0.0817 0.933 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013753 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 4 0.6603 0.918 0.004 0.312 0.092 0.592
#> SRR2013748 2 0.1022 0.937 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013747 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 4 0.6603 0.918 0.004 0.312 0.092 0.592
#> SRR2013746 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.1022 0.937 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013742 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013740 2 0.0707 0.937 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013739 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.1557 0.923 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013736 2 0.1637 0.920 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013735 2 0.1637 0.920 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013734 2 0.1557 0.923 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013733 2 0.6036 -0.349 0.004 0.548 0.036 0.412
#> SRR2013731 2 0.1474 0.927 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013732 2 0.0817 0.933 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013730 2 0.1824 0.919 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR2013729 4 0.6656 0.907 0.004 0.324 0.092 0.580
#> SRR2013728 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013727 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013726 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013725 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013724 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013723 4 0.6631 0.925 0.004 0.296 0.100 0.600
#> SRR2013722 2 0.1716 0.917 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013721 2 0.0817 0.933 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013720 2 0.1716 0.917 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013719 2 0.0188 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013717 2 0.1716 0.917 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013718 2 0.0707 0.937 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013716 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5235 0.495 0.004 0.728 0.044 0.224
#> SRR2013699 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.2469 0.868 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013697 2 0.0336 0.945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013696 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.2760 0.839 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013694 2 0.2868 0.826 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2013693 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013692 2 0.1389 0.928 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013691 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.2760 0.839 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2013689 2 0.2589 0.857 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013687 2 0.1637 0.920 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013688 2 0.2814 0.833 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013686 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013685 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013682 2 0.1022 0.937 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013683 4 0.6691 0.852 0.004 0.364 0.084 0.548
#> SRR2013684 2 0.1867 0.910 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013681 4 0.6703 0.846 0.004 0.368 0.084 0.544
#> SRR2013680 2 0.1211 0.933 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013679 2 0.1792 0.913 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013678 2 0.2589 0.857 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013677 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013676 2 0.0336 0.945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013675 2 0.0336 0.945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013674 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013673 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013671 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013672 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013670 3 0.5404 -0.285 0.000 0.012 0.512 0.476
#> SRR2013669 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013668 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013667 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013666 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013665 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013662 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013663 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013664 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013661 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013660 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013659 4 0.6822 0.473 0.000 0.100 0.412 0.488
#> SRR2013658 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013657 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013656 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013654 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013655 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013653 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013652 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013651 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013650 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013649 1 0.4010 0.751 0.816 0.000 0.156 0.028
#> SRR2013647 1 0.3908 0.800 0.784 0.000 0.004 0.212
#> SRR2013648 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013646 1 0.4010 0.751 0.816 0.000 0.156 0.028
#> SRR2013645 3 0.3852 0.863 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR2013644 3 0.5550 0.544 0.428 0.000 0.552 0.020
#> SRR2013643 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013642 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013640 1 0.4748 0.711 0.716 0.000 0.016 0.268
#> SRR2013641 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013639 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013638 1 0.5311 0.622 0.648 0.000 0.024 0.328
#> SRR2013637 1 0.1743 0.888 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013636 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013635 1 0.5403 0.593 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR2013634 1 0.5271 0.613 0.640 0.000 0.020 0.340
#> SRR2013633 1 0.5592 0.641 0.656 0.000 0.044 0.300
#> SRR2013631 3 0.5113 0.832 0.204 0.008 0.748 0.040
#> SRR2013632 1 0.5557 0.625 0.652 0.000 0.040 0.308
#> SRR2013629 3 0.6495 0.606 0.356 0.000 0.560 0.084
#> SRR2013630 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013628 1 0.6172 0.593 0.632 0.000 0.084 0.284
#> SRR2013626 3 0.6495 0.606 0.356 0.000 0.560 0.084
#> SRR2013625 1 0.5769 0.634 0.652 0.000 0.056 0.292
#> SRR2013627 1 0.5496 0.632 0.652 0.000 0.036 0.312
#> SRR2013624 1 0.4748 0.711 0.716 0.000 0.016 0.268
#> SRR2013623 1 0.3279 0.838 0.872 0.000 0.096 0.032
#> SRR2013622 1 0.2021 0.880 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR2013621 1 0.1936 0.883 0.940 0.000 0.028 0.032
#> SRR2013620 1 0.1305 0.893 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013619 1 0.1151 0.895 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013617 1 0.1743 0.888 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013618 1 0.0921 0.893 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013616 1 0.1743 0.888 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013615 1 0.1209 0.892 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013614 1 0.1637 0.888 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013613 1 0.1042 0.895 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013612 1 0.0336 0.892 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013610 1 0.1388 0.893 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR2013611 1 0.1722 0.896 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013609 1 0.1820 0.894 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR2013608 1 0.1624 0.893 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR2013606 1 0.0592 0.893 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013605 1 0.1388 0.895 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR2013607 1 0.1109 0.894 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013604 1 0.1209 0.895 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013603 1 0.1706 0.895 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR2013602 1 0.1637 0.887 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013601 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013600 1 0.2589 0.859 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013599 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013598 1 0.2589 0.860 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013596 1 0.3400 0.822 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013597 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013595 1 0.1389 0.890 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013594 1 0.2760 0.852 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013593 1 0.3486 0.805 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013592 1 0.4008 0.759 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013591 1 0.4103 0.745 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013590 3 0.4386 0.851 0.192 0.004 0.784 0.020
#> SRR2013588 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013587 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013589 3 0.3919 0.718 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR2013586 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013585 3 0.4570 0.574 0.064 0.008 0.812 0.116
#> SRR2013584 1 0.2399 0.869 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR2013583 1 0.2224 0.875 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013582 1 0.1733 0.882 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR2013581 1 0.2131 0.875 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR2013580 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013579 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013578 1 0.1936 0.879 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR2013577 1 0.2032 0.876 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR2013576 1 0.1833 0.885 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013575 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013574 1 0.2131 0.875 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR2013572 1 0.2943 0.847 0.892 0.000 0.076 0.032
#> SRR2013573 1 0.2124 0.875 0.932 0.000 0.040 0.028
#> SRR2013571 1 0.3082 0.839 0.884 0.000 0.084 0.032
#> SRR2013569 1 0.2399 0.886 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR2013570 1 0.2483 0.867 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR2013568 1 0.2214 0.873 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR2013567 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013566 1 0.1837 0.883 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR2013564 3 0.4570 0.574 0.064 0.008 0.812 0.116
#> SRR2013565 1 0.2224 0.884 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR2013563 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013561 3 0.4570 0.574 0.064 0.008 0.812 0.116
#> SRR2013560 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013562 3 0.3710 0.860 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR2013558 3 0.3751 0.858 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR2013559 3 0.4448 0.843 0.188 0.004 0.784 0.024
#> SRR2013556 1 0.2032 0.880 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR2013557 1 0.2032 0.883 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR2013554 1 0.3279 0.829 0.872 0.000 0.096 0.032
#> SRR2013553 1 0.2224 0.873 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013555 1 0.2644 0.861 0.908 0.000 0.060 0.032
#> SRR2013552 1 0.1833 0.883 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013551 1 0.2313 0.871 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR2013550 1 0.2313 0.875 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR2013548 1 0.2224 0.873 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013549 1 0.2660 0.865 0.908 0.000 0.056 0.036
#> SRR2013546 1 0.2131 0.882 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR2013545 1 0.1833 0.880 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR2013544 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013547 1 0.2319 0.880 0.924 0.000 0.036 0.040
#> SRR2013543 1 0.2131 0.876 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR2013542 1 0.2224 0.873 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013541 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013540 1 0.2224 0.873 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013539 1 0.3149 0.835 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR2013538 1 0.2494 0.871 0.916 0.000 0.048 0.036
#> SRR2013537 1 0.2593 0.888 0.904 0.000 0.016 0.080
#> SRR2013535 1 0.1936 0.879 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR2013536 1 0.2131 0.875 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR2013534 1 0.2032 0.883 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR2013532 3 0.4364 0.663 0.092 0.000 0.816 0.092
#> SRR2013533 3 0.4576 0.788 0.260 0.000 0.728 0.012
#> SRR2013531 3 0.4626 0.571 0.064 0.008 0.808 0.120
#> SRR2013529 1 0.1724 0.888 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR2013530 1 0.2830 0.862 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR2013528 1 0.1151 0.895 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013527 1 0.1284 0.893 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR2013526 1 0.1722 0.896 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR2013525 1 0.4088 0.766 0.764 0.000 0.004 0.232
#> SRR2013524 1 0.1938 0.892 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013523 1 0.4456 0.711 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR2013522 1 0.4220 0.748 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR2013521 1 0.1936 0.883 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR2013519 1 0.1004 0.895 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013520 1 0.2623 0.866 0.908 0.000 0.064 0.028
#> SRR2013518 1 0.3401 0.839 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR2013517 1 0.1807 0.896 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR2013516 1 0.2179 0.893 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013514 1 0.2799 0.872 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR2013515 1 0.3810 0.818 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR2013513 1 0.3907 0.780 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013512 1 0.2021 0.895 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR2013511 1 0.3401 0.846 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR2013510 1 0.3982 0.791 0.776 0.000 0.004 0.220
#> SRR2013508 1 0.3088 0.858 0.864 0.000 0.008 0.128
#> SRR2013509 1 0.3539 0.819 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR2013505 1 0.2611 0.881 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR2013506 1 0.2032 0.876 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR2013507 1 0.2799 0.869 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR2013504 1 0.1733 0.888 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR2013503 1 0.2973 0.886 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR2013502 1 0.2973 0.884 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR2013501 1 0.3591 0.843 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR2013500 1 0.1913 0.896 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR2013499 1 0.1297 0.891 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013498 1 0.1798 0.889 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2013497 1 0.2021 0.892 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR2013495 1 0.2124 0.877 0.932 0.000 0.040 0.028
#> SRR2013496 1 0.2179 0.891 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013492 1 0.2255 0.892 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR2013494 1 0.2021 0.893 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR2013493 1 0.0927 0.893 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013491 1 0.3257 0.851 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR2013490 1 0.0779 0.893 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013489 1 0.1767 0.891 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013488 1 0.2048 0.893 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR2013487 1 0.2101 0.891 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR2013486 1 0.1824 0.888 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR2013485 1 0.3636 0.824 0.820 0.000 0.008 0.172
#> SRR2013484 1 0.0927 0.893 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013483 1 0.1661 0.896 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013482 1 0.3668 0.821 0.808 0.000 0.004 0.188
#> SRR2013481 1 0.1151 0.895 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013479 1 0.0927 0.893 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013480 1 0.1004 0.894 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013478 1 0.1284 0.895 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR2013477 1 0.1209 0.894 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013476 1 0.0804 0.893 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013474 1 0.1389 0.890 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013473 1 0.3668 0.824 0.808 0.000 0.004 0.188
#> SRR2013475 1 0.0927 0.893 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013472 1 0.1792 0.887 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013471 1 0.3448 0.834 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR2013470 1 0.3444 0.818 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013469 1 0.1902 0.892 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013468 1 0.1661 0.890 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013467 1 0.3636 0.835 0.820 0.000 0.008 0.172
#> SRR2013466 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013465 1 0.1940 0.881 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013463 1 0.1489 0.891 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013462 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013464 1 0.1743 0.888 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2013461 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013460 1 0.0921 0.893 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013459 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013458 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013457 1 0.1118 0.890 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013456 1 0.1004 0.895 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013455 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013453 1 0.2611 0.880 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR2013454 1 0.1118 0.890 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013452 1 0.3355 0.838 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR2013451 1 0.1888 0.896 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR2013450 1 0.0817 0.893 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013449 1 0.0707 0.894 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013448 1 0.0592 0.893 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013447 1 0.4134 0.738 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013446 1 0.4277 0.719 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013445 1 0.4072 0.762 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013444 1 0.4277 0.719 0.720 0.000 0.000 0.280
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.5610 0.658 0.640 0.000 0.000 0.180 0.180
#> SRR2013442 1 0.5446 0.679 0.660 0.000 0.000 0.176 0.164
#> SRR2013769 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013768 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013767 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013765 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013766 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013764 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013763 1 0.1074 0.886 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR2013762 1 0.1200 0.886 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR2013761 1 0.1310 0.884 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR2013760 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013758 2 0.0162 0.943 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013757 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0794 0.938 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013755 2 0.1549 0.910 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2013754 2 0.1300 0.922 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR2013753 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.3366 0.948 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013748 2 0.0880 0.936 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013747 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3366 0.948 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013746 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.0880 0.936 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013742 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0566 0.939 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013740 2 0.1469 0.914 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR2013739 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013737 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013738 2 0.1341 0.925 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013736 2 0.1410 0.922 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013735 2 0.1478 0.920 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013734 2 0.1341 0.925 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013733 2 0.4287 -0.235 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2013731 2 0.1270 0.928 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013732 2 0.1549 0.911 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2013730 2 0.1544 0.920 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013729 5 0.3452 0.935 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2013728 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013727 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013726 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013725 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013724 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013723 5 0.3398 0.953 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> SRR2013722 2 0.1544 0.917 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013721 2 0.1626 0.907 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR2013720 2 0.1544 0.917 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013719 2 0.0451 0.943 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013717 2 0.1544 0.917 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013718 2 0.1168 0.924 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR2013716 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013714 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013713 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013708 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013709 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013703 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013702 2 0.0162 0.943 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013701 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3774 0.493 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013699 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.2179 0.873 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013697 2 0.0290 0.943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013696 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013695 2 0.2377 0.852 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013694 2 0.2516 0.836 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013693 2 0.1410 0.923 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013692 2 0.1270 0.928 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013691 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.2424 0.847 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013689 2 0.2280 0.863 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013687 2 0.1478 0.920 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013688 2 0.2471 0.841 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013686 2 0.1410 0.923 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013685 2 0.0579 0.939 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013682 2 0.0963 0.937 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013683 5 0.3730 0.872 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013684 2 0.1671 0.911 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013681 5 0.3752 0.866 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013680 2 0.1043 0.933 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013679 2 0.1608 0.914 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013678 2 0.2280 0.863 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013677 2 0.1410 0.923 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013676 2 0.0451 0.943 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013675 2 0.0579 0.942 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013674 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013673 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013671 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013672 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013670 4 0.4372 0.806 0.000 0.004 0.260 0.712 0.024
#> SRR2013669 3 0.4879 0.473 0.360 0.000 0.612 0.020 0.008
#> SRR2013668 3 0.4865 0.477 0.356 0.000 0.616 0.020 0.008
#> SRR2013667 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013666 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013665 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013662 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013663 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013664 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013661 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013660 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013659 4 0.5436 0.780 0.000 0.076 0.176 0.708 0.040
#> SRR2013658 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013657 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013656 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013654 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013655 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013653 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013652 3 0.4879 0.473 0.360 0.000 0.612 0.020 0.008
#> SRR2013651 3 0.4879 0.473 0.360 0.000 0.612 0.020 0.008
#> SRR2013650 3 0.4879 0.473 0.360 0.000 0.612 0.020 0.008
#> SRR2013649 1 0.4032 0.760 0.792 0.000 0.164 0.024 0.020
#> SRR2013647 1 0.4406 0.797 0.764 0.000 0.000 0.128 0.108
#> SRR2013648 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013646 1 0.4032 0.760 0.792 0.000 0.164 0.024 0.020
#> SRR2013645 3 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR2013644 3 0.4879 0.473 0.360 0.000 0.612 0.020 0.008
#> SRR2013643 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013642 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013640 1 0.5422 0.672 0.656 0.000 0.000 0.132 0.212
#> SRR2013641 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013639 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013638 1 0.5905 0.567 0.580 0.000 0.000 0.144 0.276
#> SRR2013637 1 0.2078 0.878 0.924 0.000 0.004 0.036 0.036
#> SRR2013636 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013635 1 0.5991 0.541 0.564 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2013634 1 0.5972 0.555 0.572 0.000 0.000 0.152 0.276
#> SRR2013633 1 0.6244 0.605 0.600 0.000 0.024 0.128 0.248
#> SRR2013631 3 0.4618 0.737 0.124 0.004 0.784 0.056 0.032
#> SRR2013632 1 0.6333 0.584 0.592 0.000 0.024 0.140 0.244
#> SRR2013629 3 0.6300 0.418 0.288 0.000 0.588 0.052 0.072
#> SRR2013630 3 0.2784 0.794 0.108 0.000 0.872 0.016 0.004
#> SRR2013628 1 0.6808 0.554 0.576 0.000 0.068 0.120 0.236
#> SRR2013626 3 0.6300 0.418 0.288 0.000 0.588 0.052 0.072
#> SRR2013625 1 0.6506 0.589 0.592 0.000 0.040 0.132 0.236
#> SRR2013627 1 0.6047 0.599 0.596 0.000 0.012 0.124 0.268
#> SRR2013624 1 0.5422 0.672 0.656 0.000 0.000 0.132 0.212
#> SRR2013623 1 0.3424 0.839 0.852 0.000 0.096 0.024 0.028
#> SRR2013622 1 0.2082 0.876 0.928 0.000 0.032 0.016 0.024
#> SRR2013621 1 0.2149 0.876 0.924 0.000 0.028 0.012 0.036
#> SRR2013620 1 0.1564 0.884 0.948 0.000 0.004 0.024 0.024
#> SRR2013619 1 0.1673 0.888 0.944 0.000 0.008 0.032 0.016
#> SRR2013617 1 0.1996 0.879 0.928 0.000 0.004 0.032 0.036
#> SRR2013618 1 0.1653 0.885 0.944 0.000 0.004 0.028 0.024
#> SRR2013616 1 0.1990 0.879 0.928 0.000 0.004 0.040 0.028
#> SRR2013615 1 0.1560 0.884 0.948 0.000 0.004 0.028 0.020
#> SRR2013614 1 0.2284 0.878 0.912 0.000 0.004 0.028 0.056
#> SRR2013613 1 0.1405 0.888 0.956 0.000 0.008 0.016 0.020
#> SRR2013612 1 0.0727 0.884 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013610 1 0.1690 0.885 0.944 0.000 0.008 0.024 0.024
#> SRR2013611 1 0.1913 0.889 0.932 0.000 0.008 0.016 0.044
#> SRR2013609 1 0.2170 0.886 0.924 0.000 0.020 0.020 0.036
#> SRR2013608 1 0.1904 0.886 0.936 0.000 0.020 0.016 0.028
#> SRR2013606 1 0.0960 0.885 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013605 1 0.1612 0.888 0.948 0.000 0.016 0.012 0.024
#> SRR2013607 1 0.1405 0.886 0.956 0.000 0.008 0.016 0.020
#> SRR2013604 1 0.1498 0.887 0.952 0.000 0.008 0.016 0.024
#> SRR2013603 1 0.2165 0.889 0.924 0.000 0.016 0.024 0.036
#> SRR2013602 1 0.1915 0.880 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013601 1 0.1403 0.883 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013600 1 0.3119 0.847 0.860 0.000 0.000 0.068 0.072
#> SRR2013599 1 0.1403 0.883 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013598 1 0.3051 0.849 0.864 0.000 0.000 0.060 0.076
#> SRR2013596 1 0.4111 0.805 0.788 0.000 0.000 0.092 0.120
#> SRR2013597 1 0.1403 0.883 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013595 1 0.1668 0.882 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR2013594 1 0.3242 0.841 0.852 0.000 0.000 0.072 0.076
#> SRR2013593 1 0.4262 0.787 0.776 0.000 0.000 0.124 0.100
#> SRR2013592 1 0.4926 0.739 0.716 0.000 0.000 0.132 0.152
#> SRR2013591 1 0.5237 0.707 0.684 0.000 0.000 0.156 0.160
#> SRR2013590 3 0.3800 0.755 0.108 0.000 0.812 0.080 0.000
#> SRR2013588 3 0.2784 0.794 0.108 0.000 0.872 0.016 0.004
#> SRR2013587 3 0.2570 0.796 0.108 0.000 0.880 0.008 0.004
#> SRR2013589 3 0.3366 0.540 0.032 0.000 0.844 0.116 0.008
#> SRR2013586 3 0.2784 0.794 0.108 0.000 0.872 0.016 0.004
#> SRR2013585 3 0.4156 0.112 0.004 0.000 0.700 0.288 0.008
#> SRR2013584 1 0.2599 0.863 0.904 0.000 0.044 0.024 0.028
#> SRR2013583 1 0.2362 0.869 0.916 0.000 0.032 0.028 0.024
#> SRR2013582 1 0.2095 0.873 0.928 0.000 0.024 0.020 0.028
#> SRR2013581 1 0.2277 0.868 0.920 0.000 0.028 0.024 0.028
#> SRR2013580 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013579 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013578 1 0.2095 0.871 0.928 0.000 0.028 0.020 0.024
#> SRR2013577 1 0.2188 0.870 0.924 0.000 0.028 0.024 0.024
#> SRR2013576 1 0.2180 0.876 0.924 0.000 0.020 0.024 0.032
#> SRR2013575 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013574 1 0.2277 0.868 0.920 0.000 0.028 0.024 0.028
#> SRR2013572 1 0.3137 0.843 0.872 0.000 0.076 0.024 0.028
#> SRR2013573 1 0.2180 0.870 0.924 0.000 0.032 0.020 0.024
#> SRR2013571 1 0.3256 0.837 0.864 0.000 0.084 0.024 0.028
#> SRR2013569 1 0.2833 0.879 0.892 0.000 0.028 0.028 0.052
#> SRR2013570 1 0.2599 0.865 0.904 0.000 0.044 0.024 0.028
#> SRR2013568 1 0.2263 0.869 0.920 0.000 0.036 0.020 0.024
#> SRR2013567 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013566 1 0.2188 0.873 0.924 0.000 0.024 0.024 0.028
#> SRR2013564 3 0.4156 0.112 0.004 0.000 0.700 0.288 0.008
#> SRR2013565 1 0.2523 0.877 0.908 0.000 0.028 0.024 0.040
#> SRR2013563 3 0.2784 0.794 0.108 0.000 0.872 0.016 0.004
#> SRR2013561 3 0.4156 0.112 0.004 0.000 0.700 0.288 0.008
#> SRR2013560 3 0.2784 0.794 0.108 0.000 0.872 0.016 0.004
#> SRR2013562 3 0.3059 0.790 0.108 0.000 0.860 0.028 0.004
#> SRR2013558 3 0.2835 0.793 0.112 0.000 0.868 0.016 0.004
#> SRR2013559 3 0.3967 0.745 0.108 0.000 0.800 0.092 0.000
#> SRR2013556 1 0.2532 0.872 0.908 0.000 0.028 0.036 0.028
#> SRR2013557 1 0.2532 0.872 0.908 0.000 0.028 0.028 0.036
#> SRR2013554 1 0.3424 0.829 0.852 0.000 0.096 0.024 0.028
#> SRR2013553 1 0.2362 0.867 0.916 0.000 0.032 0.024 0.028
#> SRR2013555 1 0.2882 0.854 0.888 0.000 0.060 0.024 0.028
#> SRR2013552 1 0.2082 0.875 0.928 0.000 0.016 0.024 0.032
#> SRR2013551 1 0.2444 0.867 0.912 0.000 0.036 0.024 0.028
#> SRR2013550 1 0.2772 0.865 0.896 0.000 0.044 0.032 0.028
#> SRR2013548 1 0.2362 0.867 0.916 0.000 0.032 0.024 0.028
#> SRR2013549 1 0.3138 0.852 0.876 0.000 0.060 0.032 0.032
#> SRR2013546 1 0.2535 0.872 0.908 0.000 0.032 0.028 0.032
#> SRR2013545 1 0.1908 0.874 0.936 0.000 0.024 0.016 0.024
#> SRR2013544 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013547 1 0.2861 0.866 0.892 0.000 0.040 0.036 0.032
#> SRR2013543 1 0.2523 0.871 0.908 0.000 0.028 0.024 0.040
#> SRR2013542 1 0.2362 0.867 0.916 0.000 0.032 0.024 0.028
#> SRR2013541 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013540 1 0.2362 0.867 0.916 0.000 0.032 0.024 0.028
#> SRR2013539 1 0.3313 0.833 0.860 0.000 0.088 0.024 0.028
#> SRR2013538 1 0.3001 0.860 0.884 0.000 0.052 0.032 0.032
#> SRR2013537 1 0.2949 0.878 0.884 0.000 0.016 0.048 0.052
#> SRR2013535 1 0.2095 0.871 0.928 0.000 0.028 0.020 0.024
#> SRR2013536 1 0.2277 0.868 0.920 0.000 0.028 0.024 0.028
#> SRR2013534 1 0.2354 0.874 0.916 0.000 0.020 0.032 0.032
#> SRR2013532 3 0.4358 0.347 0.028 0.000 0.736 0.228 0.008
#> SRR2013533 3 0.3759 0.697 0.180 0.000 0.792 0.024 0.004
#> SRR2013531 3 0.4178 0.102 0.004 0.000 0.696 0.292 0.008
#> SRR2013529 1 0.1815 0.881 0.940 0.000 0.016 0.024 0.020
#> SRR2013530 1 0.3285 0.850 0.868 0.000 0.064 0.036 0.032
#> SRR2013528 1 0.1503 0.887 0.952 0.000 0.008 0.020 0.020
#> SRR2013527 1 0.1869 0.887 0.936 0.000 0.012 0.016 0.036
#> SRR2013526 1 0.2178 0.889 0.920 0.000 0.008 0.024 0.048
#> SRR2013525 1 0.5046 0.727 0.704 0.000 0.000 0.156 0.140
#> SRR2013524 1 0.2359 0.881 0.912 0.000 0.008 0.044 0.036
#> SRR2013523 1 0.5513 0.667 0.652 0.000 0.000 0.168 0.180
#> SRR2013522 1 0.5200 0.706 0.688 0.000 0.000 0.160 0.152
#> SRR2013521 1 0.1893 0.877 0.936 0.000 0.028 0.012 0.024
#> SRR2013519 1 0.1267 0.886 0.960 0.000 0.004 0.012 0.024
#> SRR2013520 1 0.2795 0.862 0.892 0.000 0.060 0.024 0.024
#> SRR2013518 1 0.4111 0.821 0.796 0.000 0.004 0.116 0.084
#> SRR2013517 1 0.2075 0.889 0.924 0.000 0.004 0.032 0.040
#> SRR2013516 1 0.2313 0.884 0.912 0.000 0.004 0.044 0.040
#> SRR2013514 1 0.3021 0.867 0.872 0.000 0.004 0.064 0.060
#> SRR2013515 1 0.4417 0.805 0.772 0.000 0.004 0.124 0.100
#> SRR2013513 1 0.4848 0.761 0.724 0.000 0.000 0.144 0.132
#> SRR2013512 1 0.2283 0.888 0.916 0.000 0.008 0.036 0.040
#> SRR2013511 1 0.3911 0.833 0.812 0.000 0.004 0.084 0.100
#> SRR2013510 1 0.4636 0.775 0.744 0.000 0.000 0.132 0.124
#> SRR2013508 1 0.3520 0.848 0.840 0.000 0.004 0.076 0.080
#> SRR2013509 1 0.4072 0.805 0.792 0.000 0.000 0.100 0.108
#> SRR2013505 1 0.2694 0.873 0.884 0.000 0.000 0.076 0.040
#> SRR2013506 1 0.2188 0.870 0.924 0.000 0.028 0.024 0.024
#> SRR2013507 1 0.3215 0.858 0.860 0.000 0.004 0.068 0.068
#> SRR2013504 1 0.2002 0.880 0.932 0.000 0.020 0.028 0.020
#> SRR2013503 1 0.3223 0.878 0.868 0.000 0.016 0.064 0.052
#> SRR2013502 1 0.3216 0.876 0.868 0.000 0.016 0.068 0.048
#> SRR2013501 1 0.4073 0.833 0.800 0.000 0.004 0.104 0.092
#> SRR2013500 1 0.2067 0.889 0.928 0.000 0.012 0.032 0.028
#> SRR2013499 1 0.1507 0.884 0.952 0.000 0.012 0.012 0.024
#> SRR2013498 1 0.2269 0.878 0.920 0.000 0.020 0.028 0.032
#> SRR2013497 1 0.2390 0.882 0.912 0.000 0.012 0.044 0.032
#> SRR2013495 1 0.2263 0.871 0.920 0.000 0.036 0.020 0.024
#> SRR2013496 1 0.2589 0.878 0.900 0.000 0.008 0.048 0.044
#> SRR2013492 1 0.2464 0.880 0.904 0.000 0.004 0.048 0.044
#> SRR2013494 1 0.2434 0.881 0.908 0.000 0.008 0.048 0.036
#> SRR2013493 1 0.1393 0.886 0.956 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR2013491 1 0.3532 0.846 0.832 0.000 0.000 0.092 0.076
#> SRR2013490 1 0.1651 0.888 0.944 0.000 0.008 0.012 0.036
#> SRR2013489 1 0.2122 0.881 0.924 0.000 0.008 0.036 0.032
#> SRR2013488 1 0.2438 0.882 0.908 0.000 0.008 0.040 0.044
#> SRR2013487 1 0.2506 0.878 0.904 0.000 0.008 0.052 0.036
#> SRR2013486 1 0.2227 0.883 0.916 0.000 0.004 0.032 0.048
#> SRR2013485 1 0.4228 0.806 0.788 0.000 0.004 0.108 0.100
#> SRR2013484 1 0.1299 0.885 0.960 0.000 0.008 0.012 0.020
#> SRR2013483 1 0.2506 0.886 0.904 0.000 0.008 0.036 0.052
#> SRR2013482 1 0.4069 0.814 0.788 0.000 0.000 0.136 0.076
#> SRR2013481 1 0.1934 0.888 0.932 0.000 0.008 0.020 0.040
#> SRR2013479 1 0.1299 0.885 0.960 0.000 0.008 0.012 0.020
#> SRR2013480 1 0.1369 0.886 0.956 0.000 0.008 0.008 0.028
#> SRR2013478 1 0.1405 0.887 0.956 0.000 0.008 0.016 0.020
#> SRR2013477 1 0.1772 0.885 0.940 0.000 0.008 0.020 0.032
#> SRR2013476 1 0.1483 0.888 0.952 0.000 0.012 0.008 0.028
#> SRR2013474 1 0.1990 0.880 0.928 0.000 0.004 0.028 0.040
#> SRR2013473 1 0.4069 0.813 0.788 0.000 0.000 0.136 0.076
#> SRR2013475 1 0.1299 0.885 0.960 0.000 0.008 0.012 0.020
#> SRR2013472 1 0.2308 0.879 0.912 0.000 0.004 0.036 0.048
#> SRR2013471 1 0.3705 0.828 0.816 0.000 0.000 0.120 0.064
#> SRR2013470 1 0.4158 0.803 0.784 0.000 0.000 0.092 0.124
#> SRR2013469 1 0.2589 0.884 0.900 0.000 0.008 0.044 0.048
#> SRR2013468 1 0.1914 0.880 0.932 0.000 0.004 0.032 0.032
#> SRR2013467 1 0.3814 0.828 0.808 0.000 0.000 0.124 0.068
#> SRR2013466 1 0.1403 0.883 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013465 1 0.2597 0.870 0.896 0.000 0.004 0.040 0.060
#> SRR2013463 1 0.1828 0.881 0.936 0.000 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013462 1 0.1403 0.882 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013464 1 0.2078 0.878 0.924 0.000 0.004 0.036 0.036
#> SRR2013461 1 0.1493 0.882 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR2013460 1 0.1012 0.885 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2013459 1 0.1403 0.882 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013458 1 0.1403 0.882 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013457 1 0.1493 0.882 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR2013456 1 0.1267 0.886 0.960 0.000 0.004 0.012 0.024
#> SRR2013455 1 0.1403 0.882 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013453 1 0.3009 0.873 0.876 0.000 0.008 0.064 0.052
#> SRR2013454 1 0.1493 0.882 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR2013452 1 0.3543 0.834 0.828 0.000 0.000 0.112 0.060
#> SRR2013451 1 0.1978 0.887 0.932 0.000 0.012 0.024 0.032
#> SRR2013450 1 0.1173 0.885 0.964 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR2013449 1 0.1059 0.885 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR2013448 1 0.0968 0.885 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR2013447 1 0.5446 0.680 0.660 0.000 0.000 0.176 0.164
#> SRR2013446 1 0.5610 0.658 0.640 0.000 0.000 0.180 0.180
#> SRR2013445 1 0.5195 0.728 0.688 0.000 0.000 0.168 0.144
#> SRR2013444 1 0.5546 0.664 0.648 0.000 0.000 0.176 0.176
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 6 0.5319 0.8081 0.368 0.000 0.000 0.036 0.044 0.552
#> SRR2013442 6 0.5366 0.8001 0.392 0.000 0.000 0.036 0.044 0.528
#> SRR2013769 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013768 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013767 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013765 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013766 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013764 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013763 1 0.1226 0.8309 0.952 0.000 0.004 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013762 1 0.1155 0.8312 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013761 1 0.1757 0.8097 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR2013760 2 0.1152 0.9013 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013759 2 0.1333 0.8833 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR2013758 2 0.1471 0.8997 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013757 2 0.1010 0.8996 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013756 2 0.1918 0.8931 0.000 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR2013755 2 0.2663 0.8413 0.000 0.880 0.000 0.012 0.040 0.068
#> SRR2013754 2 0.2365 0.8556 0.000 0.896 0.000 0.012 0.024 0.068
#> SRR2013753 2 0.1462 0.8794 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2013751 2 0.1152 0.9017 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2013752 2 0.1462 0.8794 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2013750 2 0.1082 0.9010 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013749 5 0.2340 0.9350 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2013748 2 0.2165 0.8878 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR2013747 2 0.1082 0.9000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013745 5 0.2340 0.9350 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2013746 2 0.1588 0.9013 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2013744 2 0.2165 0.8878 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR2013742 2 0.1845 0.8966 0.000 0.916 0.000 0.008 0.004 0.072
#> SRR2013743 2 0.1082 0.9010 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013741 2 0.1719 0.8759 0.000 0.928 0.000 0.008 0.008 0.056
#> SRR2013740 2 0.2649 0.8440 0.000 0.880 0.000 0.012 0.036 0.072
#> SRR2013739 2 0.1462 0.8794 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2013737 2 0.1398 0.8813 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR2013738 2 0.2704 0.8694 0.000 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> SRR2013736 2 0.2790 0.8666 0.000 0.840 0.000 0.000 0.020 0.140
#> SRR2013735 2 0.2911 0.8616 0.000 0.832 0.000 0.000 0.024 0.144
#> SRR2013734 2 0.2709 0.8743 0.000 0.848 0.000 0.000 0.020 0.132
#> SRR2013733 2 0.3989 0.0129 0.000 0.528 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR2013731 2 0.2572 0.8774 0.000 0.852 0.000 0.000 0.012 0.136
#> SRR2013732 2 0.2632 0.8477 0.000 0.880 0.000 0.012 0.032 0.076
#> SRR2013730 2 0.2909 0.8702 0.000 0.836 0.000 0.000 0.028 0.136
#> SRR2013729 5 0.2697 0.8855 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013728 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013727 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013726 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013725 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013724 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013723 5 0.2320 0.9396 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013722 2 0.2949 0.8636 0.000 0.832 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR2013721 2 0.2787 0.8362 0.000 0.872 0.000 0.012 0.044 0.072
#> SRR2013720 2 0.2949 0.8636 0.000 0.832 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR2013719 2 0.1728 0.8911 0.000 0.924 0.000 0.008 0.004 0.064
#> SRR2013717 2 0.2949 0.8636 0.000 0.832 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR2013718 2 0.1716 0.8779 0.000 0.932 0.000 0.004 0.036 0.028
#> SRR2013716 2 0.0260 0.8982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013715 2 0.0458 0.8985 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013714 2 0.0363 0.8986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013713 2 0.1285 0.8838 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR2013712 2 0.1531 0.9007 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2013711 2 0.0260 0.8979 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013708 2 0.0260 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013709 2 0.1462 0.8794 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2013707 2 0.0547 0.9002 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013706 2 0.1333 0.8915 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR2013705 2 0.0363 0.8991 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013704 2 0.0363 0.8977 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013703 2 0.1398 0.8834 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR2013702 2 0.1643 0.9007 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR2013701 2 0.1531 0.9007 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2013700 2 0.4652 0.5344 0.000 0.640 0.000 0.000 0.288 0.072
#> SRR2013699 2 0.0790 0.9006 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013698 2 0.3453 0.8335 0.000 0.804 0.000 0.000 0.064 0.132
#> SRR2013697 2 0.1007 0.8999 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013696 2 0.0458 0.8995 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013695 2 0.3784 0.8096 0.000 0.776 0.000 0.000 0.080 0.144
#> SRR2013694 2 0.3940 0.7944 0.000 0.764 0.000 0.000 0.096 0.140
#> SRR2013693 2 0.2527 0.8772 0.000 0.868 0.000 0.000 0.024 0.108
#> SRR2013692 2 0.2255 0.8870 0.000 0.892 0.000 0.000 0.028 0.080
#> SRR2013691 2 0.1471 0.9013 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013690 2 0.3883 0.8028 0.000 0.768 0.000 0.000 0.088 0.144
#> SRR2013689 2 0.3770 0.8127 0.000 0.776 0.000 0.000 0.076 0.148
#> SRR2013687 2 0.2988 0.8601 0.000 0.828 0.000 0.000 0.028 0.144
#> SRR2013688 2 0.3893 0.8014 0.000 0.768 0.000 0.000 0.092 0.140
#> SRR2013686 2 0.2573 0.8758 0.000 0.864 0.000 0.000 0.024 0.112
#> SRR2013685 2 0.1655 0.8843 0.000 0.932 0.000 0.008 0.008 0.052
#> SRR2013682 2 0.2489 0.8904 0.000 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR2013683 5 0.3290 0.8477 0.000 0.208 0.000 0.000 0.776 0.016
#> SRR2013684 2 0.3044 0.8623 0.000 0.836 0.000 0.000 0.048 0.116
#> SRR2013681 5 0.3320 0.8413 0.000 0.212 0.000 0.000 0.772 0.016
#> SRR2013680 2 0.2346 0.8789 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR2013679 2 0.3023 0.8623 0.000 0.836 0.000 0.000 0.044 0.120
#> SRR2013678 2 0.3770 0.8127 0.000 0.776 0.000 0.000 0.076 0.148
#> SRR2013677 2 0.2432 0.8799 0.000 0.876 0.000 0.000 0.024 0.100
#> SRR2013676 2 0.1918 0.8992 0.000 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR2013675 2 0.1757 0.8968 0.000 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR2013674 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.2664 0.8262 0.000 0.000 0.136 0.848 0.000 0.016
#> SRR2013669 3 0.4839 0.3755 0.344 0.000 0.608 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013668 3 0.4826 0.3861 0.340 0.000 0.612 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013667 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.3895 0.8130 0.000 0.060 0.076 0.816 0.008 0.040
#> SRR2013658 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.4839 0.3755 0.344 0.000 0.608 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013651 3 0.4839 0.3755 0.344 0.000 0.608 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013650 3 0.4839 0.3755 0.344 0.000 0.608 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013649 1 0.4068 0.6380 0.780 0.000 0.156 0.016 0.024 0.024
#> SRR2013647 1 0.4586 0.4187 0.704 0.000 0.008 0.012 0.048 0.228
#> SRR2013648 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.4068 0.6380 0.780 0.000 0.156 0.016 0.024 0.024
#> SRR2013645 3 0.1075 0.7900 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4839 0.3755 0.344 0.000 0.608 0.016 0.012 0.020
#> SRR2013643 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013642 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013640 6 0.5159 0.7425 0.456 0.000 0.004 0.004 0.060 0.476
#> SRR2013641 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013639 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013638 6 0.5094 0.8731 0.348 0.000 0.008 0.004 0.060 0.580
#> SRR2013637 1 0.2292 0.7922 0.884 0.000 0.004 0.004 0.004 0.104
#> SRR2013636 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013635 6 0.5262 0.8726 0.340 0.000 0.008 0.004 0.076 0.572
#> SRR2013634 6 0.5163 0.8742 0.352 0.000 0.008 0.000 0.076 0.564
#> SRR2013633 6 0.5835 0.8248 0.404 0.000 0.032 0.004 0.076 0.484
#> SRR2013631 3 0.3588 0.7188 0.056 0.000 0.840 0.060 0.016 0.028
#> SRR2013632 6 0.5922 0.8586 0.380 0.000 0.028 0.008 0.084 0.500
#> SRR2013629 3 0.5965 0.3964 0.184 0.000 0.628 0.020 0.036 0.132
#> SRR2013630 3 0.2000 0.7820 0.048 0.000 0.916 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013628 6 0.6361 0.8076 0.392 0.000 0.076 0.004 0.076 0.452
#> SRR2013626 3 0.5965 0.3964 0.184 0.000 0.628 0.020 0.036 0.132
#> SRR2013625 6 0.6093 0.8232 0.400 0.000 0.048 0.004 0.080 0.468
#> SRR2013627 6 0.5669 0.8410 0.396 0.000 0.020 0.004 0.080 0.500
#> SRR2013624 6 0.5159 0.7425 0.456 0.000 0.004 0.004 0.060 0.476
#> SRR2013623 1 0.3225 0.7657 0.856 0.000 0.080 0.012 0.024 0.028
#> SRR2013622 1 0.1887 0.8238 0.932 0.000 0.016 0.008 0.020 0.024
#> SRR2013621 1 0.2159 0.8268 0.916 0.000 0.016 0.004 0.024 0.040
#> SRR2013620 1 0.1932 0.8128 0.912 0.000 0.004 0.004 0.004 0.076
#> SRR2013619 1 0.1799 0.8297 0.928 0.000 0.004 0.008 0.008 0.052
#> SRR2013617 1 0.2244 0.7956 0.888 0.000 0.004 0.004 0.004 0.100
#> SRR2013618 1 0.1957 0.8194 0.912 0.000 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR2013616 1 0.2339 0.7889 0.880 0.000 0.004 0.004 0.004 0.108
#> SRR2013615 1 0.1901 0.8128 0.912 0.000 0.004 0.008 0.000 0.076
#> SRR2013614 1 0.2400 0.7828 0.872 0.000 0.000 0.004 0.008 0.116
#> SRR2013613 1 0.1706 0.8337 0.936 0.000 0.004 0.004 0.024 0.032
#> SRR2013612 1 0.0935 0.8253 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2013610 1 0.1786 0.8341 0.932 0.000 0.004 0.004 0.032 0.028
#> SRR2013611 1 0.2006 0.8291 0.916 0.000 0.004 0.004 0.016 0.060
#> SRR2013609 1 0.2183 0.8341 0.912 0.000 0.012 0.004 0.020 0.052
#> SRR2013608 1 0.2118 0.8342 0.916 0.000 0.012 0.004 0.020 0.048
#> SRR2013606 1 0.1152 0.8273 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR2013605 1 0.1719 0.8337 0.928 0.000 0.008 0.000 0.008 0.056
#> SRR2013607 1 0.1554 0.8281 0.940 0.000 0.004 0.004 0.008 0.044
#> SRR2013604 1 0.1723 0.8295 0.932 0.000 0.004 0.004 0.012 0.048
#> SRR2013603 1 0.2127 0.8355 0.912 0.000 0.012 0.004 0.012 0.060
#> SRR2013602 1 0.2544 0.7736 0.864 0.000 0.000 0.012 0.004 0.120
#> SRR2013601 1 0.1957 0.8103 0.912 0.000 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR2013600 1 0.3487 0.6062 0.776 0.000 0.000 0.012 0.012 0.200
#> SRR2013599 1 0.1957 0.8103 0.912 0.000 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR2013598 1 0.3386 0.6535 0.796 0.000 0.000 0.012 0.016 0.176
#> SRR2013596 1 0.4343 0.3467 0.688 0.000 0.008 0.008 0.024 0.272
#> SRR2013597 1 0.1957 0.8103 0.912 0.000 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR2013595 1 0.2225 0.8004 0.892 0.000 0.000 0.008 0.008 0.092
#> SRR2013594 1 0.3704 0.5769 0.764 0.000 0.004 0.004 0.024 0.204
#> SRR2013593 1 0.4465 0.1910 0.660 0.000 0.004 0.012 0.024 0.300
#> SRR2013592 1 0.4875 -0.1242 0.604 0.000 0.008 0.012 0.032 0.344
#> SRR2013591 1 0.5264 -0.3644 0.560 0.000 0.008 0.016 0.048 0.368
#> SRR2013590 3 0.3044 0.7281 0.048 0.000 0.836 0.116 0.000 0.000
#> SRR2013588 3 0.2000 0.7820 0.048 0.000 0.916 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013587 3 0.1844 0.7836 0.048 0.000 0.924 0.024 0.004 0.000
#> SRR2013589 3 0.3398 0.5693 0.012 0.000 0.768 0.216 0.004 0.000
#> SRR2013586 3 0.2000 0.7820 0.048 0.000 0.916 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013585 3 0.3843 0.0726 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR2013584 1 0.2421 0.8051 0.904 0.000 0.032 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013583 1 0.2182 0.8124 0.916 0.000 0.020 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013582 1 0.1871 0.8189 0.928 0.000 0.016 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013581 1 0.2094 0.8113 0.920 0.000 0.016 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013580 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013579 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013578 1 0.2239 0.8161 0.912 0.000 0.016 0.004 0.028 0.040
#> SRR2013577 1 0.1871 0.8158 0.928 0.000 0.016 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013576 1 0.2001 0.8225 0.924 0.000 0.012 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013575 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013574 1 0.2094 0.8113 0.920 0.000 0.016 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013572 1 0.3037 0.7775 0.872 0.000 0.056 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013573 1 0.1959 0.8136 0.924 0.000 0.020 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013571 1 0.3156 0.7692 0.864 0.000 0.064 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013569 1 0.2655 0.8204 0.888 0.000 0.016 0.008 0.024 0.064
#> SRR2013570 1 0.2478 0.8068 0.904 0.000 0.024 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013568 1 0.2042 0.8132 0.920 0.000 0.024 0.000 0.024 0.032
#> SRR2013567 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013566 1 0.2027 0.8180 0.920 0.000 0.016 0.000 0.032 0.032
#> SRR2013564 3 0.3843 0.0726 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.2307 0.8204 0.908 0.000 0.016 0.004 0.028 0.044
#> SRR2013563 3 0.2000 0.7820 0.048 0.000 0.916 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013561 3 0.3843 0.0726 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR2013560 3 0.2000 0.7820 0.048 0.000 0.916 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013562 3 0.2279 0.7758 0.048 0.000 0.900 0.048 0.004 0.000
#> SRR2013558 3 0.2065 0.7808 0.052 0.000 0.912 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013559 3 0.3172 0.7181 0.048 0.000 0.824 0.128 0.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.2315 0.8144 0.908 0.000 0.016 0.004 0.032 0.040
#> SRR2013557 1 0.2332 0.8159 0.908 0.000 0.020 0.004 0.032 0.036
#> SRR2013554 1 0.3324 0.7566 0.852 0.000 0.076 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013553 1 0.2182 0.8104 0.916 0.000 0.020 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013555 1 0.2745 0.7928 0.888 0.000 0.044 0.008 0.028 0.032
#> SRR2013552 1 0.1832 0.8199 0.928 0.000 0.008 0.000 0.032 0.032
#> SRR2013551 1 0.2295 0.8096 0.912 0.000 0.020 0.008 0.028 0.032
#> SRR2013550 1 0.2507 0.8068 0.900 0.000 0.028 0.008 0.020 0.044
#> SRR2013548 1 0.2182 0.8110 0.916 0.000 0.020 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013549 1 0.2917 0.7873 0.876 0.000 0.048 0.004 0.032 0.040
#> SRR2013546 1 0.2172 0.8152 0.912 0.000 0.020 0.000 0.024 0.044
#> SRR2013545 1 0.1616 0.8211 0.940 0.000 0.012 0.000 0.020 0.028
#> SRR2013544 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013547 1 0.2590 0.8080 0.896 0.000 0.028 0.008 0.024 0.044
#> SRR2013543 1 0.2307 0.8148 0.908 0.000 0.016 0.004 0.028 0.044
#> SRR2013542 1 0.2182 0.8104 0.916 0.000 0.020 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013541 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013540 1 0.2102 0.8131 0.920 0.000 0.020 0.004 0.024 0.032
#> SRR2013539 1 0.3214 0.7629 0.860 0.000 0.068 0.012 0.028 0.032
#> SRR2013538 1 0.2739 0.8012 0.888 0.000 0.036 0.008 0.024 0.044
#> SRR2013537 1 0.3034 0.7925 0.868 0.000 0.012 0.012 0.048 0.060
#> SRR2013535 1 0.2239 0.8161 0.912 0.000 0.016 0.004 0.028 0.040
#> SRR2013536 1 0.2094 0.8113 0.920 0.000 0.016 0.004 0.028 0.032
#> SRR2013534 1 0.2113 0.8159 0.916 0.000 0.008 0.004 0.028 0.044
#> SRR2013532 3 0.3940 0.3363 0.012 0.000 0.640 0.348 0.000 0.000
#> SRR2013533 3 0.3184 0.6780 0.128 0.000 0.832 0.032 0.004 0.004
#> SRR2013531 3 0.3851 0.0480 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.1518 0.8290 0.944 0.000 0.008 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013530 1 0.3043 0.7874 0.872 0.000 0.048 0.012 0.024 0.044
#> SRR2013528 1 0.1749 0.8330 0.932 0.000 0.004 0.004 0.016 0.044
#> SRR2013527 1 0.1659 0.8349 0.940 0.000 0.004 0.008 0.020 0.028
#> SRR2013526 1 0.2044 0.8309 0.908 0.000 0.004 0.004 0.008 0.076
#> SRR2013525 1 0.4938 -0.6499 0.488 0.000 0.000 0.028 0.020 0.464
#> SRR2013524 1 0.2240 0.8135 0.904 0.000 0.008 0.000 0.032 0.056
#> SRR2013523 6 0.5089 0.7971 0.408 0.000 0.000 0.028 0.032 0.532
#> SRR2013522 1 0.5072 -0.6912 0.480 0.000 0.000 0.028 0.028 0.464
#> SRR2013521 1 0.1917 0.8287 0.928 0.000 0.016 0.004 0.016 0.036
#> SRR2013519 1 0.1471 0.8257 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013520 1 0.2496 0.8073 0.900 0.000 0.044 0.008 0.016 0.032
#> SRR2013518 1 0.4117 0.4718 0.708 0.000 0.004 0.004 0.028 0.256
#> SRR2013517 1 0.2162 0.8250 0.896 0.000 0.004 0.000 0.012 0.088
#> SRR2013516 1 0.2404 0.8059 0.880 0.000 0.004 0.004 0.008 0.104
#> SRR2013514 1 0.3013 0.7314 0.828 0.000 0.004 0.004 0.012 0.152
#> SRR2013515 1 0.4449 0.4612 0.712 0.000 0.012 0.012 0.032 0.232
#> SRR2013513 1 0.4995 0.1878 0.648 0.000 0.008 0.016 0.052 0.276
#> SRR2013512 1 0.2274 0.8187 0.892 0.000 0.008 0.000 0.012 0.088
#> SRR2013511 1 0.3710 0.5327 0.740 0.000 0.004 0.008 0.008 0.240
#> SRR2013510 1 0.4687 0.2754 0.668 0.000 0.008 0.016 0.032 0.276
#> SRR2013508 1 0.3081 0.6299 0.776 0.000 0.004 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013509 1 0.3892 0.2453 0.672 0.000 0.004 0.004 0.004 0.316
#> SRR2013505 1 0.3120 0.7617 0.860 0.000 0.008 0.016 0.040 0.076
#> SRR2013506 1 0.1950 0.8162 0.924 0.000 0.016 0.000 0.032 0.028
#> SRR2013507 1 0.3011 0.6815 0.800 0.000 0.004 0.000 0.004 0.192
#> SRR2013504 1 0.1794 0.8262 0.936 0.000 0.012 0.008 0.024 0.020
#> SRR2013503 1 0.3012 0.7991 0.864 0.000 0.008 0.012 0.036 0.080
#> SRR2013502 1 0.2939 0.7965 0.868 0.000 0.012 0.012 0.024 0.084
#> SRR2013501 1 0.4268 0.6373 0.764 0.000 0.004 0.020 0.064 0.148
#> SRR2013500 1 0.1801 0.8373 0.932 0.000 0.012 0.004 0.012 0.040
#> SRR2013499 1 0.1198 0.8324 0.960 0.000 0.004 0.004 0.020 0.012
#> SRR2013498 1 0.1921 0.8246 0.928 0.000 0.012 0.004 0.024 0.032
#> SRR2013497 1 0.2201 0.8191 0.912 0.000 0.012 0.004 0.024 0.048
#> SRR2013495 1 0.1882 0.8213 0.928 0.000 0.024 0.000 0.020 0.028
#> SRR2013496 1 0.2542 0.8024 0.896 0.000 0.008 0.012 0.036 0.048
#> SRR2013492 1 0.2657 0.8006 0.888 0.000 0.008 0.012 0.032 0.060
#> SRR2013494 1 0.2379 0.8122 0.904 0.000 0.008 0.012 0.024 0.052
#> SRR2013493 1 0.1375 0.8297 0.952 0.000 0.004 0.008 0.008 0.028
#> SRR2013491 1 0.3904 0.6631 0.796 0.000 0.008 0.016 0.048 0.132
#> SRR2013490 1 0.1442 0.8361 0.944 0.000 0.004 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013489 1 0.1823 0.8239 0.932 0.000 0.004 0.008 0.028 0.028
#> SRR2013488 1 0.2403 0.8132 0.904 0.000 0.008 0.012 0.044 0.032
#> SRR2013487 1 0.2469 0.8062 0.900 0.000 0.008 0.012 0.032 0.048
#> SRR2013486 1 0.2244 0.8073 0.888 0.000 0.004 0.004 0.004 0.100
#> SRR2013485 1 0.4146 0.4295 0.716 0.000 0.008 0.012 0.016 0.248
#> SRR2013484 1 0.1598 0.8279 0.940 0.000 0.004 0.008 0.008 0.040
#> SRR2013483 1 0.2493 0.8122 0.884 0.000 0.004 0.000 0.036 0.076
#> SRR2013482 1 0.4564 0.5083 0.732 0.000 0.008 0.016 0.064 0.180
#> SRR2013481 1 0.1708 0.8333 0.932 0.000 0.004 0.000 0.024 0.040
#> SRR2013479 1 0.1526 0.8275 0.944 0.000 0.004 0.008 0.008 0.036
#> SRR2013480 1 0.1799 0.8256 0.928 0.000 0.004 0.008 0.008 0.052
#> SRR2013478 1 0.1555 0.8295 0.932 0.000 0.000 0.004 0.004 0.060
#> SRR2013477 1 0.1901 0.8175 0.912 0.000 0.004 0.000 0.008 0.076
#> SRR2013476 1 0.1555 0.8349 0.940 0.000 0.008 0.000 0.012 0.040
#> SRR2013474 1 0.2100 0.7891 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR2013473 1 0.4738 0.4681 0.712 0.000 0.008 0.016 0.068 0.196
#> SRR2013475 1 0.1526 0.8275 0.944 0.000 0.004 0.008 0.008 0.036
#> SRR2013472 1 0.2556 0.7752 0.864 0.000 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR2013471 1 0.4434 0.5466 0.748 0.000 0.008 0.016 0.064 0.164
#> SRR2013470 1 0.4469 0.3547 0.688 0.000 0.008 0.012 0.028 0.264
#> SRR2013469 1 0.2935 0.7789 0.852 0.000 0.004 0.004 0.028 0.112
#> SRR2013468 1 0.2149 0.7940 0.888 0.000 0.004 0.004 0.000 0.104
#> SRR2013467 1 0.4333 0.5602 0.748 0.000 0.008 0.016 0.048 0.180
#> SRR2013466 1 0.1957 0.8103 0.912 0.000 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR2013465 1 0.2613 0.7461 0.848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR2013463 1 0.2144 0.8023 0.896 0.000 0.004 0.004 0.004 0.092
#> SRR2013462 1 0.1888 0.8082 0.916 0.000 0.000 0.004 0.012 0.068
#> SRR2013464 1 0.2339 0.7884 0.880 0.000 0.004 0.004 0.004 0.108
#> SRR2013461 1 0.1888 0.8076 0.916 0.000 0.000 0.004 0.012 0.068
#> SRR2013460 1 0.1471 0.8176 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013459 1 0.1829 0.8100 0.920 0.000 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR2013458 1 0.1888 0.8082 0.916 0.000 0.000 0.004 0.012 0.068
#> SRR2013457 1 0.1901 0.8069 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> SRR2013456 1 0.1471 0.8257 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2013455 1 0.1888 0.8082 0.916 0.000 0.000 0.004 0.012 0.068
#> SRR2013453 1 0.3328 0.7452 0.832 0.000 0.004 0.008 0.044 0.112
#> SRR2013454 1 0.1901 0.8069 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> SRR2013452 1 0.4354 0.5669 0.752 0.000 0.008 0.016 0.056 0.168
#> SRR2013451 1 0.2107 0.8344 0.920 0.000 0.008 0.012 0.024 0.036
#> SRR2013450 1 0.1327 0.8181 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013449 1 0.1141 0.8219 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013448 1 0.1285 0.8230 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR2013447 6 0.5309 0.8007 0.392 0.000 0.000 0.036 0.040 0.532
#> SRR2013446 6 0.5319 0.8081 0.368 0.000 0.000 0.036 0.044 0.552
#> SRR2013445 1 0.5639 -0.2377 0.568 0.000 0.008 0.024 0.076 0.324
#> SRR2013444 6 0.5227 0.8089 0.380 0.000 0.000 0.036 0.036 0.548
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.993 0.3921 0.608 0.608
#> 3 3 0.984 0.946 0.975 0.4575 0.811 0.691
#> 4 4 0.749 0.802 0.887 0.2009 0.830 0.622
#> 5 5 0.679 0.632 0.810 0.0639 0.957 0.868
#> 6 6 0.695 0.647 0.769 0.0583 0.879 0.631
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013759 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013758 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013757 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013756 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013755 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013754 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013753 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013751 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013752 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013750 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013749 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013748 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013747 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013745 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013746 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013744 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013742 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013743 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013741 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013740 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013739 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013737 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013738 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013736 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013735 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013734 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013733 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013731 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013732 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013730 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013729 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013728 1 0.2236 0.961 0.964 0.036
#> SRR2013727 1 0.3431 0.930 0.936 0.064
#> SRR2013726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.7056 0.773 0.192 0.808
#> SRR2013724 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.9248 0.482 0.660 0.340
#> SRR2013722 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013721 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013720 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013719 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013717 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013718 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013716 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013715 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013714 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013713 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013712 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013711 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013708 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013709 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013707 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013706 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013705 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013704 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013703 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013702 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013701 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013700 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013699 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013698 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013697 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013696 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013695 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013694 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013693 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013692 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013691 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013690 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013689 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013687 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013688 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013686 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013685 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013682 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013683 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013684 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013681 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013680 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013679 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013678 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013677 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013676 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013675 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013674 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013673 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013671 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013672 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013670 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR2013669 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013668 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013667 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013666 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013665 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013662 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013663 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013664 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013661 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013660 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013659 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013658 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013657 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013656 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013654 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013655 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013653 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013652 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013651 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013650 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013649 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013647 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013646 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013645 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013644 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013643 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> SRR2013642 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013640 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013639 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR2013635 1 0.4022 0.912 0.920 0.080
#> SRR2013634 1 0.2043 0.965 0.968 0.032
#> SRR2013633 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.4562 0.893 0.904 0.096
#> SRR2013632 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR2013588 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR2013589 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013584 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0672 0.995 0.008 0.992
#> SRR2013565 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.6801 0.793 0.180 0.820
#> SRR2013560 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.8386 0.633 0.732 0.268
#> SRR2013529 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0672 0.988 0.992 0.008
#> SRR2013445 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013442 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.4848 0.8003 0.836 0.128 0.036
#> SRR2013727 1 0.4779 0.8061 0.840 0.124 0.036
#> SRR2013726 1 0.1031 0.9705 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013725 2 0.4514 0.7321 0.156 0.832 0.012
#> SRR2013724 1 0.3083 0.9089 0.916 0.024 0.060
#> SRR2013723 1 0.6584 0.3867 0.608 0.380 0.012
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013673 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013671 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013672 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013670 3 0.2878 0.8260 0.000 0.096 0.904
#> SRR2013669 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013668 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013667 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013666 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013665 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013662 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013663 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013664 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013661 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013660 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9900 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013657 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013656 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013654 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013655 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013653 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013652 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013651 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013650 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013649 3 0.1289 0.8958 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013647 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013648 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013646 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013645 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013644 3 0.0592 0.8981 0.012 0.000 0.988
#> SRR2013643 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013642 2 0.0592 0.9779 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013640 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013641 2 0.0592 0.9779 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013639 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013638 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013637 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013636 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013635 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013634 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013633 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013631 3 0.2339 0.8877 0.048 0.012 0.940
#> SRR2013632 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013629 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013630 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013628 1 0.5016 0.6686 0.760 0.000 0.240
#> SRR2013626 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013625 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013627 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013624 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013623 1 0.3686 0.8189 0.860 0.000 0.140
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0424 0.9810 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0424 0.9810 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0424 0.9810 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013596 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013593 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013592 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013591 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013590 3 0.2280 0.8879 0.052 0.008 0.940
#> SRR2013588 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013587 3 0.1964 0.8909 0.056 0.000 0.944
#> SRR2013589 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013586 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013585 2 0.6008 0.4207 0.000 0.628 0.372
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.5497 0.5417 0.708 0.000 0.292
#> SRR2013579 3 0.6235 0.3397 0.436 0.000 0.564
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.6252 0.0819 0.556 0.000 0.444
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.6235 0.3397 0.436 0.000 0.564
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.5254 0.6900 0.264 0.000 0.736
#> SRR2013569 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.5058 0.7163 0.244 0.000 0.756
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.4504 0.7563 0.000 0.804 0.196
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013561 3 0.5706 0.4878 0.000 0.320 0.680
#> SRR2013560 3 0.2165 0.8864 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013562 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013558 3 0.2066 0.8885 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013559 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013556 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 3 0.6225 0.3509 0.432 0.000 0.568
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0237 0.9815 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013549 1 0.0237 0.9815 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.6215 0.3615 0.428 0.000 0.572
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.6225 0.3509 0.432 0.000 0.568
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.3752 0.8135 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0424 0.9809 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.2066 0.8871 0.060 0.000 0.940
#> SRR2013533 3 0.2165 0.8864 0.064 0.000 0.936
#> SRR2013531 3 0.6255 0.6876 0.048 0.204 0.748
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0747 0.9710 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013522 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0424 0.9809 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013514 1 0.0424 0.9809 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013515 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013513 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013510 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013508 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013509 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013502 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013501 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013485 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013470 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0237 0.9826 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9841 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013446 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013444 1 0.0592 0.9790 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 4 0.3123 0.8235 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013442 4 0.3356 0.8196 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013769 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013768 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013767 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013765 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013766 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013764 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013763 1 0.1557 0.8818 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013762 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013761 1 0.2081 0.8717 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.2647 0.9274 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013748 2 0.0707 0.9704 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.2647 0.9274 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013746 2 0.0188 0.9736 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013744 2 0.0707 0.9704 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.1637 0.9600 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013736 2 0.1118 0.9669 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013735 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013734 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013733 2 0.2216 0.9457 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013729 2 0.2647 0.9274 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013728 4 0.1520 0.6557 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2013727 4 0.1520 0.6571 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2013726 4 0.1389 0.7073 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013725 4 0.2530 0.5526 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR2013724 4 0.1022 0.6759 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013723 4 0.1938 0.6217 0.012 0.052 0.000 0.936
#> SRR2013722 2 0.2011 0.9520 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.1792 0.9571 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0188 0.9735 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.2589 0.9302 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.1940 0.9539 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.2081 0.9501 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013694 2 0.2149 0.9480 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013693 2 0.1637 0.9600 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013692 2 0.1211 0.9658 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.2081 0.9501 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013689 2 0.2081 0.9501 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013687 2 0.1940 0.9539 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013688 2 0.2216 0.9457 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013686 2 0.1389 0.9638 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1022 0.9679 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013683 2 0.2647 0.9274 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013684 2 0.1792 0.9571 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013681 2 0.2647 0.9274 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013680 2 0.1474 0.9627 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2013679 2 0.1867 0.9555 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013678 2 0.2081 0.9501 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013677 2 0.0188 0.9736 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.6337 -0.4334 0.000 0.060 0.464 0.476
#> SRR2013669 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9742 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.4576 0.5133 0.260 0.000 0.728 0.012
#> SRR2013647 4 0.3172 0.8230 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013648 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0336 0.8057 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013645 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.8087 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013642 4 0.3569 0.4967 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR2013640 4 0.3311 0.8221 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013641 4 0.3219 0.5399 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR2013639 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013638 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013637 1 0.4776 0.4415 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013636 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013635 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013634 4 0.3024 0.8198 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013633 4 0.3123 0.8236 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013631 3 0.5938 0.4529 0.036 0.000 0.484 0.480
#> SRR2013632 4 0.2921 0.8079 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013629 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013630 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013628 4 0.5646 0.5419 0.296 0.000 0.048 0.656
#> SRR2013626 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013625 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013627 4 0.2921 0.8131 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013624 4 0.3311 0.8221 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013623 1 0.1256 0.8510 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013622 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.2281 0.8635 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013619 1 0.4164 0.6692 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013617 1 0.4817 0.4076 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013618 1 0.3528 0.7698 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013616 1 0.4998 0.0211 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013615 1 0.4103 0.6837 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013614 1 0.4776 0.4415 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013613 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013612 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013610 1 0.1867 0.8805 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013611 1 0.3356 0.7907 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013609 1 0.0188 0.8786 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013608 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013606 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013605 1 0.1389 0.8821 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013607 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013604 1 0.1716 0.8801 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013603 1 0.2011 0.8735 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013602 1 0.4522 0.5689 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013601 1 0.2081 0.8711 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013600 1 0.4790 0.4314 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013599 1 0.2760 0.8376 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013598 1 0.4761 0.4517 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2013596 4 0.4866 0.3986 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013597 1 0.2081 0.8711 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013595 1 0.4382 0.6139 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013594 4 0.4999 0.0526 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2013593 4 0.3610 0.7993 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013592 4 0.3266 0.8234 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013591 4 0.3266 0.8234 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013590 3 0.5935 0.4810 0.036 0.000 0.496 0.468
#> SRR2013588 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013587 3 0.5816 0.5682 0.036 0.000 0.572 0.392
#> SRR2013589 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013586 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013585 4 0.7587 -0.0556 0.004 0.356 0.176 0.464
#> SRR2013584 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013581 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.2805 0.7737 0.888 0.000 0.100 0.012
#> SRR2013579 1 0.3217 0.7432 0.860 0.000 0.128 0.012
#> SRR2013578 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013575 1 0.2805 0.7737 0.888 0.000 0.100 0.012
#> SRR2013574 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2988 0.7598 0.876 0.000 0.112 0.012
#> SRR2013573 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.3852 0.6743 0.808 0.000 0.180 0.012
#> SRR2013569 1 0.0469 0.8791 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013570 1 0.0188 0.8755 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013568 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.3808 0.6777 0.812 0.000 0.176 0.012
#> SRR2013566 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013564 4 0.7053 0.0178 0.000 0.356 0.132 0.512
#> SRR2013565 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013561 4 0.7041 -0.0211 0.020 0.108 0.268 0.604
#> SRR2013560 3 0.5987 0.5217 0.040 0.000 0.520 0.440
#> SRR2013562 3 0.5917 0.5190 0.036 0.000 0.520 0.444
#> SRR2013558 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013559 3 0.5921 0.5118 0.036 0.000 0.516 0.448
#> SRR2013556 1 0.0469 0.8761 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013557 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013554 1 0.2867 0.7686 0.884 0.000 0.104 0.012
#> SRR2013553 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013551 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013548 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0707 0.8669 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013546 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013545 1 0.0188 0.8762 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013544 1 0.3161 0.7472 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR2013547 1 0.0469 0.8723 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013543 1 0.0188 0.8785 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013542 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.3161 0.7470 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR2013540 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.1767 0.8330 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR2013538 1 0.0817 0.8651 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013537 1 0.1118 0.8815 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013535 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013532 3 0.5912 0.5252 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR2013533 3 0.6507 0.5102 0.076 0.000 0.520 0.404
#> SRR2013531 4 0.6223 0.0321 0.028 0.036 0.292 0.644
#> SRR2013529 1 0.0707 0.8812 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013530 1 0.1109 0.8602 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013528 1 0.1637 0.8816 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013527 1 0.0336 0.8795 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013526 1 0.2149 0.8701 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013525 4 0.3311 0.8218 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013524 1 0.1637 0.8822 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013523 4 0.3074 0.8222 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013522 4 0.3649 0.7968 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013521 1 0.0336 0.8795 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013519 1 0.1389 0.8821 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013520 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 4 0.3172 0.8239 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013517 1 0.2408 0.8592 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013516 1 0.2408 0.8597 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013514 1 0.4855 0.3778 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR2013515 4 0.3123 0.8231 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013513 4 0.3074 0.8224 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013512 1 0.2081 0.8711 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013511 4 0.3172 0.8241 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013510 4 0.3074 0.8224 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013508 1 0.4985 0.1279 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR2013509 4 0.3400 0.8167 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013505 1 0.2081 0.8769 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013506 1 0.0592 0.8810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013507 4 0.4624 0.5746 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013504 1 0.0188 0.8762 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013503 4 0.3444 0.7830 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013502 4 0.3266 0.8201 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013501 4 0.3649 0.7885 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013500 1 0.1637 0.8819 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013499 1 0.0000 0.8773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013497 1 0.0707 0.8793 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013495 1 0.0188 0.8762 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013496 1 0.0469 0.8767 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013492 1 0.1792 0.8818 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013494 1 0.0707 0.8789 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013493 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013491 4 0.4925 0.3100 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013490 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013489 1 0.0592 0.8782 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013488 1 0.1022 0.8810 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013487 1 0.0921 0.8806 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013486 1 0.4877 0.3379 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013485 4 0.3311 0.8221 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013484 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013483 1 0.2216 0.8695 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013482 4 0.4941 0.2909 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013481 1 0.3837 0.7282 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013479 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013480 1 0.2149 0.8689 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013478 1 0.1557 0.8818 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013477 1 0.4564 0.5522 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013476 1 0.3837 0.7289 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013474 1 0.1867 0.8772 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013473 4 0.3311 0.8182 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013475 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013472 1 0.4431 0.5995 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013471 4 0.4454 0.6338 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013470 4 0.4382 0.6697 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013469 1 0.4103 0.6878 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013468 1 0.4500 0.5772 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013467 1 0.4679 0.5141 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013466 1 0.4500 0.5772 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013465 1 0.4072 0.6877 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013463 1 0.4522 0.5694 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013462 1 0.1716 0.8814 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013464 1 0.4679 0.4998 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013461 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013460 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013459 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013458 1 0.1637 0.8820 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013457 1 0.1716 0.8801 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013456 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013455 1 0.1637 0.8812 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013453 1 0.4040 0.7047 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013454 1 0.1716 0.8801 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013452 1 0.4661 0.5185 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013451 1 0.3074 0.8188 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013450 1 0.2011 0.8732 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013449 1 0.1716 0.8801 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013448 1 0.1940 0.8753 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013447 4 0.3311 0.8221 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013446 4 0.2760 0.8022 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013445 4 0.3123 0.8231 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013444 4 0.3266 0.8234 0.168 0.000 0.000 0.832
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 4 0.3123 0.64302 0.160 0.000 0.000 0.828 0.012
#> SRR2013442 4 0.3530 0.63379 0.204 0.000 0.000 0.784 0.012
#> SRR2013769 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013768 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013767 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013765 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013766 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013764 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013763 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013762 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013761 1 0.1608 0.78611 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0963 0.76155 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013757 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.3932 0.31807 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013755 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.5003 0.75037 0.000 0.424 0.000 0.032 0.544
#> SRR2013748 2 0.2732 0.65520 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013747 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.4937 0.75422 0.000 0.428 0.000 0.028 0.544
#> SRR2013746 2 0.1410 0.74746 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013744 2 0.2891 0.63593 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013742 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.3612 0.48258 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013736 2 0.3143 0.59636 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013735 2 0.3949 0.30400 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013734 2 0.3966 0.28924 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013733 2 0.4448 -0.47376 0.000 0.516 0.000 0.004 0.480
#> SRR2013731 2 0.1478 0.74378 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013732 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.3895 0.34419 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013729 5 0.4867 0.75400 0.000 0.432 0.000 0.024 0.544
#> SRR2013728 4 0.4446 0.08146 0.000 0.004 0.000 0.520 0.476
#> SRR2013727 4 0.4443 0.09178 0.000 0.004 0.000 0.524 0.472
#> SRR2013726 4 0.4697 0.28733 0.020 0.000 0.000 0.592 0.388
#> SRR2013725 5 0.4803 -0.00298 0.000 0.020 0.000 0.444 0.536
#> SRR2013724 4 0.4291 0.12505 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR2013723 4 0.4555 0.07203 0.000 0.008 0.000 0.520 0.472
#> SRR2013722 2 0.4015 0.24144 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013721 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.3932 0.31807 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013719 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.3876 0.35633 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013718 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.1732 0.73276 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013704 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.2280 0.69696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013701 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.4256 0.71782 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013699 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.3999 0.25796 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2013697 2 0.2127 0.71023 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013696 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.4242 -0.18975 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013694 2 0.4273 -0.29567 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013693 2 0.3612 0.48247 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013692 2 0.3395 0.54509 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013691 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.4242 -0.18975 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013689 2 0.4242 -0.18975 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013687 2 0.3999 0.25792 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2013688 2 0.4305 -0.48348 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013686 2 0.3534 0.50733 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013685 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.3336 0.55926 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013683 5 0.4867 0.75400 0.000 0.432 0.000 0.024 0.544
#> SRR2013684 2 0.3636 0.47354 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013681 5 0.4793 0.74542 0.000 0.436 0.000 0.020 0.544
#> SRR2013680 2 0.3661 0.46390 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013679 2 0.3913 0.33161 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013678 2 0.4242 -0.18975 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013677 2 0.2424 0.68783 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013676 2 0.0290 0.77526 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013675 2 0.0000 0.77869 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.6562 0.21473 0.000 0.000 0.228 0.464 0.308
#> SRR2013669 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0794 0.76387 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013658 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.6365 0.27721 0.324 0.000 0.536 0.016 0.124
#> SRR2013647 4 0.3304 0.64241 0.168 0.000 0.000 0.816 0.016
#> SRR2013648 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0451 0.96460 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2013645 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.97580 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 4 0.1800 0.62260 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020
#> SRR2013642 4 0.2922 0.52057 0.000 0.072 0.000 0.872 0.056
#> SRR2013640 4 0.3109 0.63770 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013641 4 0.2221 0.56000 0.000 0.036 0.000 0.912 0.052
#> SRR2013639 4 0.1628 0.62836 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR2013638 4 0.1341 0.62986 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013637 1 0.4283 0.15144 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR2013636 4 0.1800 0.62260 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020
#> SRR2013635 4 0.1800 0.62260 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020
#> SRR2013634 4 0.1725 0.62150 0.044 0.000 0.000 0.936 0.020
#> SRR2013633 4 0.2179 0.63939 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR2013631 4 0.6637 0.18882 0.000 0.000 0.252 0.448 0.300
#> SRR2013632 4 0.1568 0.61601 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR2013629 4 0.6898 0.16321 0.008 0.000 0.284 0.440 0.268
#> SRR2013630 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013628 4 0.6416 0.41518 0.184 0.000 0.020 0.584 0.212
#> SRR2013626 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013625 4 0.1800 0.62260 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020
#> SRR2013627 4 0.1568 0.61579 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR2013624 4 0.3039 0.64010 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2013623 1 0.2843 0.78750 0.848 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR2013622 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013621 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013620 1 0.1965 0.76886 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013619 1 0.3816 0.50582 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR2013617 1 0.4291 0.13186 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2013618 1 0.3480 0.59655 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2013616 4 0.4294 0.10508 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2013615 1 0.3932 0.46479 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR2013614 1 0.4278 0.16290 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2013613 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013612 1 0.0880 0.80167 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013610 1 0.1668 0.79853 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR2013611 1 0.3143 0.66061 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR2013609 1 0.2424 0.79484 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013608 1 0.0880 0.80206 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013606 1 0.0963 0.80072 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013605 1 0.0703 0.80270 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013607 1 0.1197 0.79697 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013604 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013603 1 0.1478 0.78943 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013602 1 0.4060 0.39852 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR2013601 1 0.1544 0.78725 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013600 1 0.4287 0.14352 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2013599 1 0.2471 0.73361 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013598 1 0.4262 0.20270 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR2013596 4 0.4262 0.18466 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR2013597 1 0.1410 0.79152 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013595 1 0.3876 0.48409 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR2013594 4 0.4300 0.06471 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR2013593 4 0.3612 0.62125 0.228 0.000 0.000 0.764 0.008
#> SRR2013592 4 0.3530 0.63379 0.204 0.000 0.000 0.784 0.012
#> SRR2013591 4 0.3530 0.63379 0.204 0.000 0.000 0.784 0.012
#> SRR2013590 4 0.6637 0.18882 0.000 0.000 0.252 0.448 0.300
#> SRR2013588 4 0.6943 0.15130 0.008 0.000 0.284 0.424 0.284
#> SRR2013587 4 0.7027 0.07602 0.008 0.000 0.312 0.380 0.300
#> SRR2013589 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013586 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013585 4 0.7561 0.22383 0.000 0.128 0.100 0.452 0.320
#> SRR2013584 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013583 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013582 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013581 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013580 1 0.4384 0.73060 0.764 0.000 0.032 0.020 0.184
#> SRR2013579 1 0.4967 0.69487 0.728 0.000 0.064 0.020 0.188
#> SRR2013578 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013577 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013576 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013575 1 0.4384 0.72939 0.764 0.000 0.032 0.020 0.184
#> SRR2013574 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013572 1 0.4535 0.72080 0.756 0.000 0.040 0.020 0.184
#> SRR2013573 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013571 1 0.5303 0.66819 0.704 0.000 0.088 0.020 0.188
#> SRR2013569 1 0.3242 0.78197 0.816 0.000 0.000 0.012 0.172
#> SRR2013570 1 0.2719 0.78967 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2013568 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013567 1 0.5283 0.66916 0.704 0.000 0.084 0.020 0.192
#> SRR2013566 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013564 4 0.7189 0.26971 0.000 0.084 0.100 0.480 0.336
#> SRR2013565 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013563 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013561 4 0.6439 0.32774 0.000 0.028 0.108 0.544 0.320
#> SRR2013560 4 0.7201 0.14872 0.020 0.000 0.268 0.408 0.304
#> SRR2013562 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013558 4 0.6970 0.13986 0.008 0.000 0.284 0.412 0.296
#> SRR2013559 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013556 1 0.3171 0.78086 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176
#> SRR2013557 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013554 1 0.4461 0.72458 0.760 0.000 0.036 0.020 0.184
#> SRR2013553 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013555 1 0.2843 0.78750 0.848 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR2013552 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013551 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013550 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013548 1 0.2719 0.78967 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2013549 1 0.3821 0.74183 0.764 0.000 0.000 0.020 0.216
#> SRR2013546 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013545 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013544 1 0.4872 0.70263 0.736 0.000 0.060 0.020 0.184
#> SRR2013547 1 0.3280 0.77490 0.812 0.000 0.000 0.012 0.176
#> SRR2013543 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013542 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013541 1 0.4933 0.69883 0.732 0.000 0.064 0.020 0.184
#> SRR2013540 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013539 1 0.3706 0.75208 0.792 0.000 0.004 0.020 0.184
#> SRR2013538 1 0.3789 0.74498 0.768 0.000 0.000 0.020 0.212
#> SRR2013537 1 0.3081 0.79089 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> SRR2013535 1 0.2516 0.79277 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013536 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013534 1 0.2891 0.78206 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013532 4 0.6886 0.16682 0.008 0.000 0.284 0.444 0.264
#> SRR2013533 4 0.7426 0.12582 0.032 0.000 0.264 0.376 0.328
#> SRR2013531 4 0.6234 0.32840 0.000 0.012 0.124 0.552 0.312
#> SRR2013529 1 0.2280 0.79703 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013530 1 0.4096 0.72664 0.744 0.000 0.004 0.020 0.232
#> SRR2013528 1 0.1012 0.80422 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013527 1 0.2471 0.79414 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013526 1 0.2179 0.75928 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013525 4 0.3003 0.64076 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013524 1 0.1568 0.80050 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036
#> SRR2013523 4 0.1774 0.62515 0.052 0.000 0.000 0.932 0.016
#> SRR2013522 4 0.3074 0.63951 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2013521 1 0.2471 0.79390 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013519 1 0.0404 0.80384 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013520 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013518 4 0.2732 0.64478 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013517 1 0.2074 0.76548 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013516 1 0.2280 0.75654 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013514 1 0.4305 0.05249 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR2013515 4 0.3098 0.64498 0.148 0.000 0.000 0.836 0.016
#> SRR2013513 4 0.2966 0.64412 0.136 0.000 0.000 0.848 0.016
#> SRR2013512 1 0.1851 0.77497 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013511 4 0.2648 0.64494 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2013510 4 0.2920 0.64366 0.132 0.000 0.000 0.852 0.016
#> SRR2013508 4 0.4294 0.07213 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2013509 4 0.3123 0.64117 0.184 0.000 0.000 0.812 0.004
#> SRR2013505 1 0.2616 0.78088 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR2013506 1 0.2377 0.79634 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013507 4 0.3895 0.47712 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR2013504 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013503 4 0.3033 0.61240 0.052 0.000 0.000 0.864 0.084
#> SRR2013502 4 0.3732 0.63944 0.176 0.000 0.000 0.792 0.032
#> SRR2013501 4 0.4073 0.62095 0.216 0.000 0.000 0.752 0.032
#> SRR2013500 1 0.1197 0.79719 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013499 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013498 1 0.2648 0.79165 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013497 1 0.2677 0.80139 0.872 0.000 0.000 0.016 0.112
#> SRR2013495 1 0.2561 0.79159 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013496 1 0.2719 0.79478 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2013492 1 0.2139 0.79119 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> SRR2013494 1 0.2249 0.80166 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR2013493 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013491 4 0.4822 0.40026 0.352 0.000 0.000 0.616 0.032
#> SRR2013490 1 0.1341 0.79354 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013489 1 0.2763 0.79377 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR2013488 1 0.2563 0.79914 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR2013487 1 0.2771 0.79805 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR2013486 1 0.4210 0.26974 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR2013485 4 0.3274 0.62917 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR2013484 1 0.1270 0.79532 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013483 1 0.2595 0.77599 0.888 0.000 0.000 0.080 0.032
#> SRR2013482 4 0.5028 0.15489 0.444 0.000 0.000 0.524 0.032
#> SRR2013481 1 0.4114 0.55150 0.712 0.000 0.000 0.272 0.016
#> SRR2013479 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013480 1 0.1478 0.78943 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013478 1 0.0794 0.80224 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013477 1 0.4138 0.34476 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2013476 1 0.3707 0.54083 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR2013474 1 0.1270 0.79532 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013473 4 0.4134 0.61394 0.224 0.000 0.000 0.744 0.032
#> SRR2013475 1 0.1270 0.79532 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013472 1 0.3966 0.44743 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR2013471 4 0.4679 0.47330 0.316 0.000 0.000 0.652 0.032
#> SRR2013470 4 0.3983 0.44865 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR2013469 1 0.4679 0.46426 0.652 0.000 0.000 0.316 0.032
#> SRR2013468 1 0.4114 0.36364 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR2013467 1 0.4836 0.38185 0.612 0.000 0.000 0.356 0.032
#> SRR2013466 1 0.4126 0.35433 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2013465 1 0.3837 0.49860 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR2013463 1 0.4126 0.35434 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2013462 1 0.1992 0.79421 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR2013464 1 0.4227 0.25492 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR2013461 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013460 1 0.1197 0.79697 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013459 1 0.0963 0.80072 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013458 1 0.1668 0.79852 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR2013457 1 0.1270 0.79532 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013456 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013455 1 0.0963 0.80072 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013453 1 0.4714 0.44848 0.644 0.000 0.000 0.324 0.032
#> SRR2013454 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013452 1 0.5028 0.14742 0.524 0.000 0.000 0.444 0.032
#> SRR2013451 1 0.3427 0.66979 0.796 0.000 0.000 0.192 0.012
#> SRR2013450 1 0.1478 0.78943 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013449 1 0.1121 0.79843 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013448 1 0.1341 0.79376 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013447 4 0.3530 0.63379 0.204 0.000 0.000 0.784 0.012
#> SRR2013446 4 0.2036 0.62248 0.056 0.000 0.000 0.920 0.024
#> SRR2013445 4 0.3639 0.63745 0.184 0.000 0.000 0.792 0.024
#> SRR2013444 4 0.3496 0.63528 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.1434 0.65706 0.948 0.000 0.000 0.028 0.012 0.012
#> SRR2013442 1 0.0865 0.69616 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013769 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013768 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013767 6 0.2527 0.60936 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013765 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013766 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013764 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013763 6 0.2416 0.61780 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013762 6 0.2454 0.61526 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013761 6 0.3464 0.39402 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013760 2 0.0146 0.81664 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.1349 0.78806 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR2013757 2 0.0146 0.81664 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.3866 0.05589 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.5665 0.61493 0.024 0.184 0.000 0.184 0.608 0.000
#> SRR2013748 2 0.3383 0.58943 0.000 0.728 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.5617 0.61510 0.020 0.188 0.000 0.184 0.608 0.000
#> SRR2013746 2 0.1814 0.75928 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013744 2 0.3468 0.56546 0.000 0.712 0.000 0.004 0.284 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.3862 0.36364 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388 0.000
#> SRR2013736 2 0.3699 0.47913 0.000 0.660 0.000 0.004 0.336 0.000
#> SRR2013735 2 0.3866 0.05576 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013734 2 0.3869 -0.01880 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR2013733 5 0.3619 0.48695 0.000 0.316 0.000 0.004 0.680 0.000
#> SRR2013731 2 0.2234 0.73884 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.3857 0.12073 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR2013729 5 0.5617 0.61510 0.020 0.188 0.000 0.184 0.608 0.000
#> SRR2013728 5 0.5614 0.41841 0.256 0.000 0.000 0.204 0.540 0.000
#> SRR2013727 5 0.5630 0.41433 0.260 0.000 0.000 0.204 0.536 0.000
#> SRR2013726 5 0.5823 0.32137 0.332 0.000 0.000 0.200 0.468 0.000
#> SRR2013725 5 0.5436 0.46756 0.208 0.004 0.000 0.192 0.596 0.000
#> SRR2013724 5 0.5630 0.41433 0.260 0.000 0.000 0.204 0.536 0.000
#> SRR2013723 5 0.5614 0.41841 0.256 0.000 0.000 0.204 0.540 0.000
#> SRR2013722 5 0.3864 0.04867 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.3866 0.05589 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.3851 0.15040 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2013718 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0146 0.81664 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0260 0.81602 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0508 0.81383 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.2912 0.69046 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172 0.000
#> SRR2013704 2 0.0146 0.81664 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.3290 0.60610 0.000 0.744 0.000 0.004 0.252 0.000
#> SRR2013701 2 0.0146 0.81664 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.4495 0.59703 0.004 0.196 0.000 0.092 0.708 0.000
#> SRR2013699 2 0.0820 0.80806 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR2013698 5 0.4097 -0.01289 0.000 0.492 0.000 0.008 0.500 0.000
#> SRR2013697 2 0.3445 0.61371 0.000 0.744 0.000 0.012 0.244 0.000
#> SRR2013696 2 0.0363 0.81498 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013695 5 0.3830 0.38944 0.000 0.376 0.000 0.004 0.620 0.000
#> SRR2013694 5 0.3728 0.44741 0.000 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR2013693 2 0.3965 0.35560 0.000 0.604 0.000 0.008 0.388 0.000
#> SRR2013692 2 0.3898 0.46779 0.000 0.652 0.000 0.012 0.336 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 5 0.3807 0.40763 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> SRR2013689 5 0.3807 0.40763 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> SRR2013687 5 0.3867 0.01422 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR2013688 5 0.3584 0.49356 0.000 0.308 0.000 0.004 0.688 0.000
#> SRR2013686 2 0.3911 0.40397 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.3684 0.48755 0.000 0.664 0.000 0.004 0.332 0.000
#> SRR2013683 5 0.5617 0.61510 0.020 0.188 0.000 0.184 0.608 0.000
#> SRR2013684 2 0.4025 0.27638 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416 0.000
#> SRR2013681 5 0.5643 0.61340 0.020 0.192 0.000 0.184 0.604 0.000
#> SRR2013680 2 0.3984 0.33413 0.000 0.596 0.000 0.008 0.396 0.000
#> SRR2013679 2 0.4095 0.04642 0.000 0.512 0.000 0.008 0.480 0.000
#> SRR2013678 5 0.3819 0.39898 0.000 0.372 0.000 0.004 0.624 0.000
#> SRR2013677 2 0.3586 0.58230 0.000 0.720 0.000 0.012 0.268 0.000
#> SRR2013676 2 0.0547 0.81000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.81726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4550 0.91807 0.116 0.000 0.112 0.744 0.028 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0363 0.81313 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0146 0.99259 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013649 6 0.6388 0.16047 0.000 0.000 0.368 0.060 0.116 0.456
#> SRR2013647 1 0.1138 0.68747 0.960 0.000 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR2013648 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0547 0.97443 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.99877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013642 1 0.4504 0.25775 0.716 0.040 0.000 0.212 0.032 0.000
#> SRR2013640 1 0.1010 0.69512 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013641 1 0.3650 0.32967 0.756 0.004 0.000 0.216 0.024 0.000
#> SRR2013639 1 0.2255 0.57744 0.892 0.000 0.000 0.088 0.016 0.004
#> SRR2013638 1 0.1863 0.61517 0.920 0.000 0.000 0.060 0.016 0.004
#> SRR2013637 1 0.3578 0.61273 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013636 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013635 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013634 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013633 1 0.1826 0.64101 0.924 0.000 0.000 0.052 0.004 0.020
#> SRR2013631 4 0.4381 0.92859 0.100 0.000 0.136 0.748 0.016 0.000
#> SRR2013632 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013629 4 0.4032 0.94082 0.092 0.000 0.140 0.764 0.000 0.004
#> SRR2013630 4 0.4032 0.94082 0.092 0.000 0.140 0.764 0.000 0.004
#> SRR2013628 4 0.6507 0.56215 0.204 0.000 0.004 0.560 0.092 0.140
#> SRR2013626 4 0.4032 0.94082 0.092 0.000 0.140 0.764 0.000 0.004
#> SRR2013625 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013627 1 0.3571 0.34749 0.760 0.000 0.000 0.216 0.020 0.004
#> SRR2013624 1 0.1268 0.69115 0.952 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036
#> SRR2013623 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013622 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013621 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013620 6 0.3515 0.36361 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013619 1 0.3971 0.44444 0.548 0.000 0.000 0.000 0.004 0.448
#> SRR2013617 1 0.3634 0.59995 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013618 1 0.3857 0.39809 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR2013616 1 0.3482 0.63673 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013615 1 0.3833 0.45779 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013614 1 0.3620 0.60388 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013613 6 0.2491 0.61232 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013612 6 0.2527 0.60932 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013610 6 0.3938 0.59474 0.184 0.000 0.000 0.020 0.032 0.764
#> SRR2013611 6 0.3810 0.00452 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013609 6 0.2859 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.016 0.156 0.828
#> SRR2013608 6 0.2527 0.60974 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013606 6 0.2762 0.58430 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013605 6 0.2416 0.61780 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013607 6 0.3076 0.53290 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013604 6 0.2996 0.54920 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013603 6 0.3309 0.46598 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013602 1 0.3782 0.52405 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2013601 6 0.3351 0.44877 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013600 1 0.3634 0.59937 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013599 6 0.3647 0.25591 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013598 1 0.3672 0.58417 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013596 1 0.3266 0.66117 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013597 6 0.3288 0.47273 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013595 1 0.3828 0.46818 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013594 1 0.3515 0.62828 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013593 1 0.1327 0.70146 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013592 1 0.1082 0.69629 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013591 1 0.0865 0.69616 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013590 4 0.4435 0.92623 0.108 0.000 0.124 0.748 0.020 0.000
#> SRR2013588 4 0.4141 0.93847 0.092 0.000 0.140 0.760 0.000 0.008
#> SRR2013587 4 0.4238 0.93554 0.092 0.000 0.140 0.756 0.000 0.012
#> SRR2013589 4 0.4172 0.94019 0.092 0.000 0.140 0.760 0.004 0.004
#> SRR2013586 4 0.4032 0.94082 0.092 0.000 0.140 0.764 0.000 0.004
#> SRR2013585 4 0.5011 0.86173 0.104 0.048 0.052 0.748 0.048 0.000
#> SRR2013584 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013583 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013582 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013581 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013580 6 0.4452 0.66714 0.000 0.000 0.008 0.092 0.176 0.724
#> SRR2013579 6 0.4774 0.65442 0.004 0.000 0.016 0.092 0.176 0.712
#> SRR2013578 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013577 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013576 6 0.4035 0.69465 0.004 0.000 0.000 0.056 0.196 0.744
#> SRR2013575 6 0.4548 0.66262 0.000 0.000 0.012 0.092 0.176 0.720
#> SRR2013574 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013572 6 0.4548 0.66262 0.000 0.000 0.012 0.092 0.176 0.720
#> SRR2013573 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013571 6 0.4869 0.64816 0.000 0.000 0.028 0.092 0.176 0.704
#> SRR2013569 6 0.3897 0.69954 0.008 0.000 0.000 0.040 0.196 0.756
#> SRR2013570 6 0.3679 0.70144 0.000 0.000 0.000 0.052 0.176 0.772
#> SRR2013568 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013567 6 0.4796 0.65178 0.000 0.000 0.024 0.092 0.176 0.708
#> SRR2013566 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013564 4 0.4812 0.87749 0.132 0.020 0.052 0.748 0.048 0.000
#> SRR2013565 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013563 4 0.4032 0.94082 0.092 0.000 0.140 0.764 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.4616 0.88239 0.140 0.008 0.056 0.752 0.044 0.000
#> SRR2013560 4 0.4161 0.93036 0.092 0.000 0.132 0.764 0.000 0.012
#> SRR2013562 4 0.4172 0.94019 0.092 0.000 0.140 0.760 0.004 0.004
#> SRR2013558 4 0.4238 0.93554 0.092 0.000 0.140 0.756 0.000 0.012
#> SRR2013559 4 0.4032 0.93866 0.092 0.000 0.140 0.764 0.004 0.000
#> SRR2013556 6 0.4035 0.69465 0.004 0.000 0.000 0.056 0.196 0.744
#> SRR2013557 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013554 6 0.4405 0.67383 0.000 0.000 0.012 0.080 0.176 0.732
#> SRR2013553 6 0.3352 0.70784 0.000 0.000 0.000 0.032 0.176 0.792
#> SRR2013555 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013552 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013551 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013550 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013548 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013549 6 0.4627 0.65913 0.004 0.000 0.000 0.104 0.196 0.696
#> SRR2013546 6 0.4006 0.69484 0.004 0.000 0.000 0.052 0.200 0.744
#> SRR2013545 6 0.3312 0.70802 0.000 0.000 0.000 0.028 0.180 0.792
#> SRR2013544 6 0.4636 0.65911 0.000 0.000 0.016 0.092 0.176 0.716
#> SRR2013547 6 0.4064 0.69315 0.004 0.000 0.000 0.056 0.200 0.740
#> SRR2013543 6 0.3385 0.70830 0.000 0.000 0.000 0.032 0.180 0.788
#> SRR2013542 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013541 6 0.4636 0.65911 0.000 0.000 0.016 0.092 0.176 0.716
#> SRR2013540 6 0.3490 0.70605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR2013539 6 0.4345 0.67109 0.000 0.000 0.004 0.092 0.176 0.728
#> SRR2013538 6 0.4584 0.66329 0.004 0.000 0.000 0.100 0.196 0.700
#> SRR2013537 6 0.4304 0.70042 0.036 0.000 0.000 0.044 0.168 0.752
#> SRR2013535 6 0.3279 0.70810 0.000 0.000 0.000 0.028 0.176 0.796
#> SRR2013536 6 0.3422 0.70685 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013534 6 0.3916 0.69701 0.004 0.000 0.000 0.048 0.196 0.752
#> SRR2013532 4 0.4032 0.93866 0.092 0.000 0.140 0.764 0.004 0.000
#> SRR2013533 4 0.4413 0.91659 0.092 0.000 0.132 0.752 0.000 0.024
#> SRR2013531 4 0.4460 0.88471 0.152 0.000 0.064 0.748 0.036 0.000
#> SRR2013529 6 0.2214 0.70067 0.012 0.000 0.000 0.004 0.092 0.892
#> SRR2013530 6 0.4747 0.65473 0.008 0.000 0.000 0.108 0.192 0.692
#> SRR2013528 6 0.2378 0.62106 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013527 6 0.3339 0.71039 0.012 0.000 0.000 0.028 0.144 0.816
#> SRR2013526 6 0.3547 0.34821 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013525 1 0.1225 0.69006 0.952 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR2013524 6 0.3801 0.62039 0.152 0.000 0.000 0.020 0.040 0.788
#> SRR2013523 1 0.3430 0.36844 0.772 0.000 0.000 0.208 0.016 0.004
#> SRR2013522 1 0.1196 0.69443 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR2013521 6 0.3037 0.71046 0.004 0.000 0.000 0.016 0.160 0.820
#> SRR2013519 6 0.1910 0.64140 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013520 6 0.3210 0.70940 0.000 0.000 0.000 0.028 0.168 0.804
#> SRR2013518 1 0.1088 0.67808 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR2013517 6 0.3634 0.28094 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013516 6 0.3747 0.23370 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013514 1 0.3189 0.67329 0.760 0.000 0.000 0.004 0.000 0.236
#> SRR2013515 1 0.1788 0.68542 0.928 0.000 0.000 0.028 0.004 0.040
#> SRR2013513 1 0.1410 0.65898 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR2013512 6 0.3955 0.31312 0.340 0.000 0.000 0.008 0.004 0.648
#> SRR2013511 1 0.1176 0.67136 0.956 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR2013510 1 0.1296 0.65319 0.948 0.000 0.000 0.044 0.004 0.004
#> SRR2013508 1 0.2631 0.69570 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013509 1 0.1010 0.69447 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2013505 6 0.4979 0.44353 0.296 0.000 0.000 0.020 0.056 0.628
#> SRR2013506 6 0.3927 0.70877 0.032 0.000 0.000 0.028 0.164 0.776
#> SRR2013507 1 0.1908 0.70810 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR2013504 6 0.3422 0.70861 0.000 0.000 0.000 0.036 0.176 0.788
#> SRR2013503 1 0.4448 0.34627 0.692 0.000 0.000 0.252 0.040 0.016
#> SRR2013502 1 0.2494 0.68394 0.896 0.000 0.000 0.036 0.028 0.040
#> SRR2013501 1 0.2785 0.69347 0.876 0.000 0.000 0.028 0.028 0.068
#> SRR2013500 6 0.3887 0.53122 0.248 0.000 0.000 0.008 0.020 0.724
#> SRR2013499 6 0.3284 0.70999 0.000 0.000 0.000 0.032 0.168 0.800
#> SRR2013498 6 0.3236 0.70172 0.004 0.000 0.000 0.036 0.140 0.820
#> SRR2013497 6 0.3852 0.66782 0.088 0.000 0.000 0.020 0.092 0.800
#> SRR2013495 6 0.3345 0.70768 0.000 0.000 0.000 0.028 0.184 0.788
#> SRR2013496 6 0.3300 0.69591 0.020 0.000 0.000 0.032 0.116 0.832
#> SRR2013492 6 0.4574 0.50724 0.260 0.000 0.000 0.020 0.040 0.680
#> SRR2013494 6 0.3494 0.67087 0.072 0.000 0.000 0.020 0.080 0.828
#> SRR2013493 6 0.2941 0.55911 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013491 1 0.4156 0.67388 0.728 0.000 0.000 0.020 0.028 0.224
#> SRR2013490 6 0.3852 0.50443 0.256 0.000 0.000 0.008 0.016 0.720
#> SRR2013489 6 0.3771 0.69691 0.032 0.000 0.000 0.036 0.132 0.800
#> SRR2013488 6 0.3476 0.68379 0.048 0.000 0.000 0.032 0.088 0.832
#> SRR2013487 6 0.3299 0.68102 0.048 0.000 0.000 0.028 0.080 0.844
#> SRR2013486 1 0.3862 0.56049 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR2013485 1 0.1333 0.69750 0.944 0.000 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR2013484 6 0.3175 0.50835 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013483 6 0.4664 0.35105 0.324 0.000 0.000 0.020 0.028 0.628
#> SRR2013482 1 0.4514 0.63265 0.664 0.000 0.000 0.020 0.028 0.288
#> SRR2013481 1 0.4381 0.39426 0.524 0.000 0.000 0.004 0.016 0.456
#> SRR2013479 6 0.2969 0.55433 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013480 6 0.3390 0.43154 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013478 6 0.2416 0.61780 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013477 1 0.3747 0.54941 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013476 1 0.3860 0.38340 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013474 6 0.3244 0.48751 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013473 1 0.2706 0.69734 0.880 0.000 0.000 0.024 0.028 0.068
#> SRR2013475 6 0.3221 0.49469 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013472 1 0.3782 0.52246 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2013471 1 0.4182 0.67254 0.724 0.000 0.000 0.020 0.028 0.228
#> SRR2013470 1 0.2092 0.70861 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013469 1 0.4705 0.49643 0.564 0.000 0.000 0.012 0.028 0.396
#> SRR2013468 1 0.3737 0.55553 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013467 1 0.4769 0.55376 0.596 0.000 0.000 0.020 0.028 0.356
#> SRR2013466 1 0.3765 0.53665 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2013465 1 0.4103 0.43888 0.544 0.000 0.000 0.004 0.004 0.448
#> SRR2013463 1 0.3756 0.54317 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2013462 6 0.3910 0.55060 0.224 0.000 0.000 0.012 0.024 0.740
#> SRR2013464 1 0.3706 0.57134 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013461 6 0.2941 0.55911 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013460 6 0.3175 0.50857 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013459 6 0.2823 0.57638 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013458 6 0.3813 0.58862 0.188 0.000 0.000 0.016 0.028 0.768
#> SRR2013457 6 0.3151 0.51482 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013456 6 0.2941 0.55911 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013455 6 0.2823 0.57638 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013453 1 0.4840 0.50582 0.568 0.000 0.000 0.020 0.028 0.384
#> SRR2013454 6 0.3126 0.52138 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013452 1 0.4693 0.58597 0.620 0.000 0.000 0.020 0.028 0.332
#> SRR2013451 6 0.4672 -0.08083 0.432 0.000 0.000 0.008 0.028 0.532
#> SRR2013450 6 0.3351 0.44867 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013449 6 0.2969 0.55433 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013448 6 0.3288 0.47287 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013447 1 0.0865 0.69616 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013446 1 0.1461 0.62613 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR2013445 1 0.1053 0.68403 0.964 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> SRR2013444 1 0.1010 0.69454 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.991 0.4592 0.541 0.541
#> 3 3 1.000 0.979 0.991 0.3397 0.800 0.645
#> 4 4 0.810 0.884 0.928 0.1789 0.848 0.626
#> 5 5 0.808 0.843 0.897 0.0585 0.929 0.751
#> 6 6 0.841 0.813 0.888 0.0329 0.980 0.911
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013442 2 0.9754 0.327 0.408 0.592
#> SRR2013769 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013725 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.7139 0.756 0.804 0.196
#> SRR2013672 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013669 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR2013654 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.3733 0.919 0.928 0.072
#> SRR2013648 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013642 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013639 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013638 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013637 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013635 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013634 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013632 2 0.1184 0.971 0.016 0.984
#> SRR2013629 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.3879 0.915 0.924 0.076
#> SRR2013628 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.8016 0.676 0.756 0.244
#> SRR2013627 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013592 2 0.7056 0.763 0.192 0.808
#> SRR2013591 2 0.8608 0.613 0.284 0.716
#> SRR2013590 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013589 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013586 1 0.0672 0.986 0.992 0.008
#> SRR2013585 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013562 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013558 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013559 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013533 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013523 2 0.1184 0.971 0.016 0.984
#> SRR2013522 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.9393 0.437 0.644 0.356
#> SRR2013512 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013510 2 0.9661 0.366 0.392 0.608
#> SRR2013508 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.6973 0.767 0.812 0.188
#> SRR2013502 1 0.4690 0.887 0.900 0.100
#> SRR2013501 1 0.0938 0.982 0.988 0.012
#> SRR2013500 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.3879 0.915 0.924 0.076
#> SRR2013475 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0376 0.990 0.996 0.004
#> SRR2013446 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR2013445 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR2013444 2 0.8661 0.605 0.288 0.712
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 2 0.4121 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.1031 0.965 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013725 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013642 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013639 2 0.0237 0.982 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013638 2 0.4178 0.758 0.172 0.828 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013635 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013634 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.6111 0.345 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013632 2 0.4068 0.844 0.016 0.864 0.120
#> SRR2013629 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013626 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.1860 0.937 0.948 0.052 0.000
#> SRR2013627 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.6252 0.188 0.000 0.444 0.556
#> SRR2013588 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013584 1 0.0237 0.990 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013583 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.1031 0.970 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013568 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.5529 0.585 0.704 0.000 0.296
#> SRR2013552 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.3879 0.821 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013549 3 0.2959 0.872 0.100 0.000 0.900
#> SRR2013546 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013538 1 0.5465 0.601 0.712 0.000 0.288
#> SRR2013537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 2 0.1031 0.965 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 2 0.4887 0.674 0.228 0.772 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0747 0.977 0.984 0.016 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.1832 0.949 0.956 0.036 0.008
#> SRR2013502 1 0.0592 0.981 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.1529 0.939 0.040 0.960 0.000
#> SRR2013445 1 0.4346 0.769 0.816 0.184 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0817 0.835 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013768 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013767 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013765 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013766 1 0.4585 0.712 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013764 1 0.4543 0.724 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013763 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013762 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013761 1 0.3873 0.831 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013760 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.4378 0.752 0.164 0.796 0.040 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0188 0.971 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0469 0.845 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013648 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.2921 0.852 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR2013642 2 0.1389 0.937 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.1940 0.913 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.4661 0.345 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.2345 0.765 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0817 0.861 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013636 2 0.2973 0.848 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2013635 2 0.2973 0.848 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2013634 2 0.2973 0.848 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.4776 0.399 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013631 2 0.4941 0.232 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR2013632 2 0.6367 0.573 0.096 0.656 0.008 0.240
#> SRR2013629 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 3 0.4522 0.504 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR2013626 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.4283 0.596 0.740 0.004 0.000 0.256
#> SRR2013627 2 0.2530 0.880 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.3400 0.762 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR2013622 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013621 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013620 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013619 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013617 1 0.0592 0.857 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013618 1 0.2814 0.882 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013616 1 0.0336 0.853 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.2647 0.883 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013614 1 0.2216 0.881 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013613 1 0.4585 0.713 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013612 1 0.4454 0.746 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013610 4 0.4790 0.129 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013611 1 0.3219 0.875 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013609 4 0.0592 0.921 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013608 1 0.4454 0.745 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013606 1 0.4134 0.800 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013605 1 0.4585 0.713 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013607 1 0.3266 0.872 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013604 1 0.3764 0.841 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013603 1 0.3311 0.870 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013602 1 0.2345 0.882 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013601 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013600 1 0.1637 0.873 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013599 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013598 1 0.1867 0.876 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013596 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013595 1 0.2589 0.883 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013594 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.4356 0.578 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013584 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013583 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013582 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013581 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013580 4 0.2921 0.796 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR2013579 4 0.3444 0.741 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR2013578 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013577 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013576 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013575 4 0.2814 0.804 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2013574 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013572 4 0.2760 0.809 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR2013573 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013571 4 0.3975 0.669 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR2013569 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013570 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013568 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013567 4 0.3873 0.680 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR2013566 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013565 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013563 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013560 3 0.0188 0.980 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013562 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013557 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013554 4 0.2814 0.804 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2013553 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013555 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013552 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013551 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013550 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013548 4 0.0524 0.921 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR2013549 4 0.0469 0.915 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013546 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013545 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013544 4 0.3024 0.786 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR2013547 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013543 4 0.0817 0.915 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013542 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013541 4 0.3172 0.773 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR2013540 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013539 4 0.2530 0.828 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR2013538 4 0.0707 0.909 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2013537 4 0.0921 0.906 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013535 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013536 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013534 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 3 0.0707 0.964 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013531 2 0.1389 0.932 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013529 4 0.1022 0.909 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013530 4 0.2408 0.831 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013528 4 0.5000 -0.318 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013527 4 0.0707 0.918 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013526 1 0.3172 0.877 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013525 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 4 0.4250 0.473 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013523 2 0.6669 0.458 0.332 0.564 0.000 0.104
#> SRR2013522 1 0.1118 0.839 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013521 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013519 1 0.4564 0.719 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013520 4 0.0469 0.923 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013518 1 0.0188 0.851 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013517 1 0.3123 0.879 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013516 1 0.2760 0.884 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013514 1 0.0592 0.857 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013515 1 0.2469 0.820 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013513 1 0.0469 0.845 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013512 1 0.3266 0.873 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013511 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0469 0.845 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013508 1 0.0817 0.861 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013509 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 4 0.4817 0.132 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013506 4 0.0336 0.923 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013507 1 0.1211 0.866 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013504 4 0.0336 0.923 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013503 4 0.2921 0.817 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013502 4 0.5159 0.405 0.364 0.012 0.000 0.624
#> SRR2013501 1 0.2647 0.855 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013500 1 0.5000 0.302 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013499 4 0.0336 0.923 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013498 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013497 4 0.0592 0.915 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013495 4 0.0188 0.922 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013496 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013492 1 0.4761 0.644 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2013494 4 0.0592 0.916 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013493 1 0.3837 0.835 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013491 1 0.1792 0.871 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013490 1 0.3219 0.874 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013489 4 0.0000 0.921 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013488 4 0.1474 0.881 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013487 4 0.1211 0.894 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013486 1 0.2216 0.882 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013485 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.3123 0.877 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013483 1 0.3123 0.880 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013482 1 0.2589 0.882 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013481 1 0.2973 0.881 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013479 1 0.3444 0.863 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013480 1 0.3024 0.879 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013478 1 0.4500 0.735 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013477 1 0.1940 0.878 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013476 1 0.2868 0.881 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013474 1 0.2973 0.880 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013473 1 0.0592 0.848 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013475 1 0.3074 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013472 1 0.2408 0.882 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013471 1 0.1118 0.859 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013470 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.2921 0.882 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013468 1 0.2216 0.881 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013467 1 0.2814 0.883 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013466 1 0.2216 0.881 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013465 1 0.2921 0.882 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013463 1 0.2469 0.883 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013462 1 0.3649 0.857 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013464 1 0.2011 0.879 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013461 1 0.3219 0.874 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013460 1 0.3172 0.876 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013459 1 0.3837 0.834 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013458 1 0.4522 0.743 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013457 1 0.3024 0.879 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013456 1 0.3172 0.876 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013455 1 0.4040 0.812 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013453 1 0.2973 0.882 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013454 1 0.3172 0.876 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013452 1 0.2408 0.881 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013451 1 0.3074 0.881 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013450 1 0.2921 0.881 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013449 1 0.3356 0.868 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013448 1 0.3074 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013447 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.4277 0.672 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0937 0.839 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR2013444 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.3715 0.76952 0.260 0.004 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013442 5 0.3730 0.75425 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013769 1 0.2020 0.84034 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013768 1 0.2020 0.84034 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013767 1 0.1851 0.84912 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013765 1 0.2020 0.84034 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013766 1 0.2020 0.84034 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013764 1 0.2020 0.84034 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013763 1 0.1965 0.84331 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013762 1 0.1965 0.84244 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013761 1 0.1430 0.87047 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013760 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0898 0.95596 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013748 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0771 0.95883 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013746 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0162 0.97180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013731 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0671 0.96144 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013728 2 0.1082 0.95016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013727 2 0.1082 0.95016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013726 2 0.5761 0.62681 0.112 0.716 0.104 0.008 0.060
#> SRR2013725 2 0.1082 0.95016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013724 2 0.1082 0.95016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013723 2 0.1082 0.95016 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013722 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0566 0.96421 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013699 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0162 0.97182 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013693 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0162 0.97182 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013687 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0566 0.96421 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013686 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0898 0.95596 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013684 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0798 0.95875 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013680 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.2734 0.87166 0.000 0.892 0.048 0.008 0.052
#> SRR2013669 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.97425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.3783 0.76182 0.252 0.000 0.000 0.008 0.740
#> SRR2013648 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.91231 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.3783 0.64912 0.008 0.252 0.000 0.000 0.740
#> SRR2013642 5 0.4305 0.13824 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013640 5 0.3684 0.75651 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013641 5 0.3983 0.52352 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013639 5 0.4503 0.74719 0.124 0.120 0.000 0.000 0.756
#> SRR2013638 5 0.4238 0.77284 0.192 0.052 0.000 0.000 0.756
#> SRR2013637 1 0.2074 0.79705 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013636 5 0.3756 0.65262 0.008 0.248 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013635 5 0.3756 0.65262 0.008 0.248 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013634 5 0.3756 0.65262 0.008 0.248 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013633 5 0.6349 0.49079 0.232 0.000 0.000 0.244 0.524
#> SRR2013631 2 0.7211 -0.00903 0.000 0.456 0.312 0.036 0.196
#> SRR2013632 5 0.4125 0.61418 0.004 0.236 0.000 0.020 0.740
#> SRR2013629 3 0.3687 0.84802 0.000 0.000 0.792 0.028 0.180
#> SRR2013630 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013628 3 0.6362 0.32468 0.000 0.000 0.464 0.368 0.168
#> SRR2013626 3 0.3081 0.86156 0.000 0.000 0.832 0.012 0.156
#> SRR2013625 5 0.3317 0.71662 0.116 0.000 0.000 0.044 0.840
#> SRR2013627 5 0.3366 0.62224 0.004 0.212 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013624 5 0.3876 0.71176 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013623 4 0.3035 0.85256 0.032 0.000 0.112 0.856 0.000
#> SRR2013622 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013621 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013620 1 0.0798 0.87503 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013619 1 0.0451 0.87111 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013617 1 0.1608 0.82181 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013618 1 0.0579 0.87349 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013616 1 0.2516 0.74720 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013615 1 0.1018 0.87376 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013614 1 0.0794 0.85851 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013613 1 0.1965 0.84300 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013612 1 0.1965 0.84291 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013610 1 0.4292 0.63976 0.704 0.000 0.000 0.272 0.024
#> SRR2013611 1 0.1364 0.87665 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2013609 4 0.3109 0.82380 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2013608 1 0.2074 0.83741 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013606 1 0.1671 0.85607 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013605 1 0.2179 0.82855 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013607 1 0.1121 0.87259 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013604 1 0.1341 0.86758 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013603 1 0.1557 0.87221 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR2013602 1 0.0404 0.86930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013601 1 0.0566 0.87440 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013600 1 0.0963 0.85440 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013599 1 0.0693 0.87410 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013598 1 0.0963 0.85519 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013596 1 0.3242 0.62662 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013597 1 0.0798 0.87549 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013595 1 0.0404 0.86930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013594 1 0.1908 0.80086 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013593 5 0.4242 0.51250 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013592 5 0.3774 0.74655 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013591 5 0.3684 0.76052 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013590 3 0.7074 0.45310 0.000 0.280 0.488 0.032 0.200
#> SRR2013588 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013587 3 0.3988 0.83894 0.000 0.000 0.768 0.036 0.196
#> SRR2013589 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013586 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013585 2 0.3876 0.72905 0.000 0.776 0.000 0.032 0.192
#> SRR2013584 4 0.1851 0.91205 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2013583 4 0.1792 0.91208 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2013582 4 0.1408 0.90118 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR2013581 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013580 4 0.2414 0.86113 0.008 0.000 0.080 0.900 0.012
#> SRR2013579 4 0.2532 0.85557 0.008 0.000 0.088 0.892 0.012
#> SRR2013578 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013577 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013576 4 0.1725 0.89797 0.044 0.000 0.000 0.936 0.020
#> SRR2013575 4 0.2331 0.87221 0.016 0.000 0.068 0.908 0.008
#> SRR2013574 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013572 4 0.2331 0.87221 0.016 0.000 0.068 0.908 0.008
#> SRR2013573 4 0.1851 0.91245 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2013571 4 0.2997 0.79533 0.000 0.000 0.148 0.840 0.012
#> SRR2013569 4 0.2046 0.90861 0.068 0.000 0.000 0.916 0.016
#> SRR2013570 4 0.2011 0.91146 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> SRR2013568 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013567 4 0.2833 0.82491 0.004 0.000 0.120 0.864 0.012
#> SRR2013566 4 0.1522 0.90032 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR2013564 2 0.3876 0.72905 0.000 0.776 0.000 0.032 0.192
#> SRR2013565 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013563 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013561 2 0.3988 0.71855 0.000 0.768 0.000 0.036 0.196
#> SRR2013560 3 0.4433 0.82251 0.000 0.000 0.740 0.060 0.200
#> SRR2013562 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013558 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013559 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013556 4 0.1408 0.90118 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR2013557 4 0.1522 0.90032 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR2013554 4 0.2364 0.87543 0.020 0.000 0.064 0.908 0.008
#> SRR2013553 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013555 4 0.1851 0.91205 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2013552 4 0.1522 0.90032 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR2013551 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013550 4 0.1444 0.89921 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR2013548 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013549 4 0.1469 0.89654 0.036 0.000 0.000 0.948 0.016
#> SRR2013546 4 0.1522 0.90032 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR2013545 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013544 4 0.2414 0.86113 0.008 0.000 0.080 0.900 0.012
#> SRR2013547 4 0.1364 0.89792 0.036 0.000 0.000 0.952 0.012
#> SRR2013543 4 0.2020 0.90992 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR2013542 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013541 4 0.2302 0.86384 0.008 0.000 0.080 0.904 0.008
#> SRR2013540 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013539 4 0.2541 0.87107 0.020 0.000 0.068 0.900 0.012
#> SRR2013538 4 0.1485 0.89271 0.032 0.000 0.000 0.948 0.020
#> SRR2013537 4 0.2570 0.88297 0.084 0.000 0.000 0.888 0.028
#> SRR2013535 4 0.2377 0.89387 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR2013536 4 0.1908 0.91240 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013534 4 0.1522 0.90032 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR2013532 3 0.4021 0.83719 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200
#> SRR2013533 3 0.4725 0.80688 0.000 0.000 0.720 0.080 0.200
#> SRR2013531 2 0.4964 0.66406 0.000 0.728 0.040 0.036 0.196
#> SRR2013529 4 0.3661 0.72196 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR2013530 4 0.1442 0.87419 0.012 0.000 0.004 0.952 0.032
#> SRR2013528 1 0.3707 0.59438 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR2013527 4 0.2424 0.89124 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013526 1 0.1485 0.87579 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR2013525 5 0.3534 0.76784 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013524 1 0.4893 0.31167 0.568 0.000 0.000 0.404 0.028
#> SRR2013523 5 0.4476 0.68568 0.032 0.144 0.000 0.044 0.780
#> SRR2013522 5 0.4382 0.73503 0.288 0.000 0.000 0.024 0.688
#> SRR2013521 4 0.2471 0.88702 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013519 1 0.1908 0.84516 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013520 4 0.2179 0.90428 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013518 5 0.3707 0.75665 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013517 1 0.1469 0.87492 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2013516 1 0.2228 0.85590 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR2013514 1 0.3752 0.46719 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013515 5 0.5708 0.54984 0.348 0.000 0.000 0.096 0.556
#> SRR2013513 5 0.4029 0.76246 0.232 0.000 0.000 0.024 0.744
#> SRR2013512 1 0.1082 0.87754 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013511 5 0.3636 0.76490 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013510 5 0.3690 0.76702 0.224 0.000 0.000 0.012 0.764
#> SRR2013508 1 0.3715 0.55137 0.736 0.000 0.000 0.004 0.260
#> SRR2013509 5 0.3636 0.76319 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013505 1 0.5032 0.15211 0.520 0.000 0.000 0.448 0.032
#> SRR2013506 4 0.2179 0.90261 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013507 1 0.4716 0.38140 0.656 0.000 0.000 0.036 0.308
#> SRR2013504 4 0.1965 0.91149 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013503 4 0.4832 0.44909 0.024 0.004 0.000 0.616 0.356
#> SRR2013502 4 0.6687 0.09441 0.304 0.000 0.000 0.432 0.264
#> SRR2013501 1 0.5952 0.15536 0.548 0.000 0.000 0.128 0.324
#> SRR2013500 1 0.3809 0.61874 0.736 0.000 0.000 0.256 0.008
#> SRR2013499 4 0.2338 0.90678 0.112 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR2013498 4 0.3278 0.82470 0.156 0.000 0.000 0.824 0.020
#> SRR2013497 4 0.3863 0.76812 0.200 0.000 0.000 0.772 0.028
#> SRR2013495 4 0.1792 0.91240 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2013496 4 0.3795 0.77855 0.192 0.000 0.000 0.780 0.028
#> SRR2013492 1 0.4104 0.68177 0.748 0.000 0.000 0.220 0.032
#> SRR2013494 4 0.4163 0.72915 0.228 0.000 0.000 0.740 0.032
#> SRR2013493 1 0.1341 0.86875 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013491 1 0.3914 0.68606 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164
#> SRR2013490 1 0.1124 0.87643 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013489 4 0.3099 0.84995 0.124 0.000 0.000 0.848 0.028
#> SRR2013488 4 0.4302 0.69862 0.248 0.000 0.000 0.720 0.032
#> SRR2013487 4 0.4541 0.62000 0.288 0.000 0.000 0.680 0.032
#> SRR2013486 1 0.0404 0.86711 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013485 1 0.4297 -0.21670 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013484 1 0.0703 0.87584 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013483 1 0.1872 0.84695 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR2013482 1 0.2795 0.81117 0.880 0.000 0.000 0.056 0.064
#> SRR2013481 1 0.0404 0.87309 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013479 1 0.1121 0.87259 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013480 1 0.0404 0.87558 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013478 1 0.1792 0.85067 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013477 1 0.0771 0.86513 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013476 1 0.0162 0.87343 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013474 1 0.0566 0.87469 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013473 1 0.5133 0.08934 0.568 0.000 0.000 0.044 0.388
#> SRR2013475 1 0.0404 0.87558 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013472 1 0.0290 0.87002 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013471 1 0.4062 0.63500 0.764 0.000 0.000 0.040 0.196
#> SRR2013470 1 0.4249 -0.05030 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013469 1 0.0955 0.86531 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013468 1 0.0992 0.86604 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2013467 1 0.2588 0.81228 0.892 0.000 0.000 0.048 0.060
#> SRR2013466 1 0.0703 0.86237 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013465 1 0.0324 0.87211 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013463 1 0.0898 0.86783 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013462 1 0.2046 0.85765 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR2013464 1 0.0880 0.85674 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013461 1 0.1043 0.87347 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013460 1 0.0510 0.87549 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013459 1 0.1270 0.86958 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013458 1 0.2408 0.85053 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR2013457 1 0.0609 0.87586 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013456 1 0.0794 0.87553 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013455 1 0.1341 0.86750 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013453 1 0.2139 0.83462 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> SRR2013454 1 0.0671 0.87567 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013452 1 0.2074 0.83376 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR2013451 1 0.1444 0.86989 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR2013450 1 0.0671 0.87517 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013449 1 0.0963 0.87449 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013448 1 0.0703 0.87606 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013447 5 0.3837 0.73131 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013446 5 0.4352 0.66665 0.036 0.244 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013445 5 0.3885 0.75347 0.268 0.000 0.000 0.008 0.724
#> SRR2013444 5 0.3707 0.75736 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 5 0.2987 0.8046 0.080 0.008 0.000 0.056 0.856 0.000
#> SRR2013442 5 0.3763 0.7836 0.172 0.000 0.000 0.060 0.768 0.000
#> SRR2013769 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013768 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013767 1 0.1204 0.8526 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013765 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013766 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013764 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013763 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013762 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013761 1 0.0713 0.8649 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013760 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013759 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013758 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013754 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013753 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013751 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013750 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013749 2 0.2039 0.8992 0.000 0.908 0.000 0.072 0.016 0.004
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013745 2 0.2149 0.8914 0.000 0.900 0.000 0.080 0.016 0.004
#> SRR2013746 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013740 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013739 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013737 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0405 0.9657 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013730 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.1923 0.9067 0.000 0.916 0.000 0.064 0.016 0.004
#> SRR2013728 2 0.3111 0.8251 0.000 0.836 0.000 0.124 0.032 0.008
#> SRR2013727 2 0.3111 0.8251 0.000 0.836 0.000 0.124 0.032 0.008
#> SRR2013726 2 0.7387 0.3423 0.088 0.556 0.116 0.140 0.092 0.008
#> SRR2013725 2 0.3111 0.8251 0.000 0.836 0.000 0.124 0.032 0.008
#> SRR2013724 2 0.3182 0.8207 0.000 0.832 0.000 0.124 0.036 0.008
#> SRR2013723 2 0.3224 0.8161 0.000 0.828 0.000 0.128 0.036 0.008
#> SRR2013722 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013720 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013716 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013715 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013714 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013713 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013712 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013711 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013708 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013709 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013703 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013700 2 0.0717 0.9572 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR2013699 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013695 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0405 0.9658 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.2588 0.8679 0.000 0.876 0.000 0.092 0.024 0.008
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.1672 0.9208 0.000 0.932 0.000 0.048 0.016 0.004
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0146 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013675 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.4416 0.4817 0.000 0.680 0.044 0.268 0.008 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0146 0.9725 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013647 5 0.4506 0.7311 0.120 0.000 0.000 0.176 0.704 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.2121 0.7531 0.000 0.096 0.000 0.012 0.892 0.000
#> SRR2013642 5 0.4047 0.3532 0.000 0.384 0.000 0.012 0.604 0.000
#> SRR2013640 5 0.2859 0.7849 0.156 0.000 0.000 0.016 0.828 0.000
#> SRR2013641 5 0.3014 0.6575 0.000 0.184 0.000 0.012 0.804 0.000
#> SRR2013639 5 0.2078 0.7898 0.040 0.032 0.000 0.012 0.916 0.000
#> SRR2013638 5 0.2159 0.7987 0.072 0.012 0.000 0.012 0.904 0.000
#> SRR2013637 1 0.2234 0.7897 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR2013636 5 0.2019 0.7570 0.000 0.088 0.000 0.012 0.900 0.000
#> SRR2013635 5 0.2121 0.7531 0.000 0.096 0.000 0.012 0.892 0.000
#> SRR2013634 5 0.2170 0.7497 0.000 0.100 0.000 0.012 0.888 0.000
#> SRR2013633 5 0.5534 0.5970 0.172 0.000 0.000 0.020 0.620 0.188
#> SRR2013631 4 0.5331 0.5408 0.000 0.232 0.144 0.616 0.008 0.000
#> SRR2013632 5 0.3948 0.7221 0.004 0.084 0.004 0.064 0.812 0.032
#> SRR2013629 3 0.3854 -0.3120 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013628 6 0.7037 -0.2734 0.000 0.000 0.276 0.304 0.064 0.356
#> SRR2013626 3 0.3578 0.1989 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR2013625 5 0.2961 0.7656 0.032 0.000 0.000 0.060 0.868 0.040
#> SRR2013627 5 0.3325 0.7191 0.000 0.084 0.000 0.096 0.820 0.000
#> SRR2013624 5 0.3394 0.7260 0.236 0.000 0.000 0.012 0.752 0.000
#> SRR2013623 6 0.1958 0.8298 0.004 0.000 0.100 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013622 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013621 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013620 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0653 0.8669 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR2013617 1 0.1219 0.8470 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.2019 0.8168 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0820 0.8655 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR2013613 1 0.1556 0.8373 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013612 1 0.1204 0.8526 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013610 1 0.5549 0.5554 0.628 0.000 0.000 0.128 0.032 0.212
#> SRR2013611 1 0.1194 0.8653 0.956 0.000 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR2013609 6 0.2793 0.7504 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013608 1 0.1444 0.8427 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013606 1 0.1007 0.8587 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013605 1 0.1387 0.8455 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013607 1 0.0458 0.8673 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013604 1 0.0865 0.8624 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013603 1 0.0547 0.8671 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013602 1 0.0363 0.8667 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0790 0.8596 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.1010 0.8578 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR2013596 1 0.3649 0.6672 0.764 0.000 0.000 0.040 0.196 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.2060 0.8191 0.900 0.000 0.000 0.016 0.084 0.000
#> SRR2013593 5 0.4786 0.5265 0.352 0.000 0.000 0.064 0.584 0.000
#> SRR2013592 5 0.4044 0.7747 0.180 0.000 0.000 0.076 0.744 0.000
#> SRR2013591 5 0.3730 0.7837 0.168 0.000 0.000 0.060 0.772 0.000
#> SRR2013590 4 0.5333 0.5706 0.000 0.152 0.240 0.604 0.004 0.000
#> SRR2013588 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013587 4 0.3789 0.5822 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.3747 0.6179 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.3872 0.4190 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004 0.000
#> SRR2013584 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013583 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013582 6 0.1515 0.8732 0.008 0.000 0.000 0.028 0.020 0.944
#> SRR2013581 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013580 6 0.0865 0.8712 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013579 6 0.1007 0.8681 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013578 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013577 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013576 6 0.2307 0.8553 0.012 0.000 0.000 0.064 0.024 0.900
#> SRR2013575 6 0.0865 0.8712 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013574 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013572 6 0.0865 0.8712 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013573 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013571 6 0.1610 0.8453 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013569 6 0.2188 0.8770 0.032 0.000 0.000 0.036 0.020 0.912
#> SRR2013570 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013568 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013567 6 0.1219 0.8652 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR2013566 6 0.1693 0.8742 0.012 0.000 0.000 0.032 0.020 0.936
#> SRR2013564 4 0.3872 0.4190 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004 0.000
#> SRR2013565 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013563 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013561 4 0.3872 0.4190 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004 0.000
#> SRR2013560 4 0.3955 0.6199 0.000 0.000 0.384 0.608 0.000 0.008
#> SRR2013562 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.3747 0.6179 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013556 6 0.2039 0.8671 0.012 0.000 0.000 0.052 0.020 0.916
#> SRR2013557 6 0.1922 0.8699 0.012 0.000 0.000 0.040 0.024 0.924
#> SRR2013554 6 0.0865 0.8712 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013553 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013555 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013552 6 0.1777 0.8726 0.012 0.000 0.000 0.032 0.024 0.932
#> SRR2013551 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013550 6 0.1269 0.8783 0.012 0.000 0.000 0.020 0.012 0.956
#> SRR2013548 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013549 6 0.0881 0.8786 0.008 0.000 0.000 0.008 0.012 0.972
#> SRR2013546 6 0.1767 0.8731 0.012 0.000 0.000 0.036 0.020 0.932
#> SRR2013545 6 0.1152 0.8859 0.044 0.000 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR2013544 6 0.0937 0.8697 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013547 6 0.1806 0.8674 0.008 0.000 0.000 0.044 0.020 0.928
#> SRR2013543 6 0.1888 0.8776 0.068 0.000 0.000 0.012 0.004 0.916
#> SRR2013542 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013541 6 0.0865 0.8712 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013540 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013539 6 0.0972 0.8755 0.008 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013538 6 0.1251 0.8762 0.008 0.000 0.000 0.024 0.012 0.956
#> SRR2013537 6 0.4549 0.7506 0.060 0.000 0.000 0.140 0.052 0.748
#> SRR2013535 6 0.1765 0.8605 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013536 6 0.0865 0.8859 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013534 6 0.2335 0.8654 0.024 0.000 0.000 0.044 0.028 0.904
#> SRR2013532 4 0.3737 0.6232 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.3934 0.6176 0.000 0.000 0.376 0.616 0.000 0.008
#> SRR2013531 4 0.4171 0.4448 0.000 0.380 0.012 0.604 0.004 0.000
#> SRR2013529 6 0.3665 0.6201 0.296 0.000 0.000 0.004 0.004 0.696
#> SRR2013530 6 0.2207 0.8532 0.000 0.000 0.008 0.076 0.016 0.900
#> SRR2013528 1 0.3371 0.5737 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013527 6 0.2355 0.8441 0.112 0.000 0.000 0.008 0.004 0.876
#> SRR2013526 1 0.1003 0.8670 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013525 5 0.2311 0.8051 0.104 0.000 0.000 0.016 0.880 0.000
#> SRR2013524 1 0.6621 0.1377 0.432 0.000 0.000 0.184 0.048 0.336
#> SRR2013523 5 0.2465 0.7730 0.008 0.052 0.000 0.040 0.896 0.004
#> SRR2013522 5 0.3873 0.7748 0.160 0.000 0.000 0.020 0.780 0.040
#> SRR2013521 6 0.1765 0.8585 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013519 1 0.1267 0.8507 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013520 6 0.1863 0.8541 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013518 5 0.3930 0.7918 0.156 0.000 0.000 0.064 0.772 0.008
#> SRR2013517 1 0.2032 0.8566 0.920 0.000 0.000 0.024 0.020 0.036
#> SRR2013516 1 0.3145 0.8143 0.856 0.000 0.000 0.028 0.060 0.056
#> SRR2013514 1 0.4151 0.5466 0.684 0.000 0.000 0.040 0.276 0.000
#> SRR2013515 5 0.6331 0.5841 0.172 0.000 0.000 0.220 0.548 0.060
#> SRR2013513 5 0.4000 0.7379 0.060 0.000 0.000 0.184 0.752 0.004
#> SRR2013512 1 0.1718 0.8616 0.936 0.000 0.000 0.020 0.020 0.024
#> SRR2013511 5 0.2985 0.8045 0.100 0.000 0.000 0.056 0.844 0.000
#> SRR2013510 5 0.3516 0.7519 0.048 0.000 0.000 0.164 0.788 0.000
#> SRR2013508 1 0.3993 0.4869 0.676 0.000 0.000 0.024 0.300 0.000
#> SRR2013509 5 0.2889 0.8058 0.108 0.000 0.000 0.044 0.848 0.000
#> SRR2013505 1 0.6891 0.0901 0.400 0.000 0.000 0.208 0.064 0.328
#> SRR2013506 6 0.2570 0.8663 0.076 0.000 0.000 0.024 0.016 0.884
#> SRR2013507 1 0.5271 0.2773 0.572 0.000 0.000 0.040 0.348 0.040
#> SRR2013504 6 0.2521 0.8725 0.056 0.000 0.000 0.032 0.020 0.892
#> SRR2013503 4 0.5727 0.0809 0.016 0.000 0.000 0.564 0.148 0.272
#> SRR2013502 6 0.7807 -0.1471 0.200 0.004 0.000 0.276 0.244 0.276
#> SRR2013501 1 0.7227 -0.1566 0.340 0.000 0.000 0.264 0.308 0.088
#> SRR2013500 1 0.4625 0.6059 0.696 0.000 0.000 0.044 0.028 0.232
#> SRR2013499 6 0.2920 0.8515 0.080 0.000 0.000 0.040 0.016 0.864
#> SRR2013498 6 0.4426 0.7411 0.124 0.000 0.000 0.100 0.024 0.752
#> SRR2013497 6 0.6007 0.5603 0.164 0.000 0.000 0.200 0.048 0.588
#> SRR2013495 6 0.1692 0.8828 0.048 0.000 0.000 0.008 0.012 0.932
#> SRR2013496 6 0.5677 0.6208 0.132 0.000 0.000 0.188 0.048 0.632
#> SRR2013492 1 0.6248 0.4796 0.572 0.000 0.000 0.212 0.076 0.140
#> SRR2013494 6 0.6518 0.4517 0.216 0.000 0.000 0.208 0.060 0.516
#> SRR2013493 1 0.0820 0.8687 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR2013491 1 0.5956 0.4481 0.568 0.000 0.000 0.240 0.160 0.032
#> SRR2013490 1 0.2089 0.8484 0.916 0.000 0.000 0.044 0.020 0.020
#> SRR2013489 6 0.5577 0.6368 0.112 0.000 0.000 0.192 0.052 0.644
#> SRR2013488 6 0.6275 0.4933 0.220 0.000 0.000 0.188 0.048 0.544
#> SRR2013487 6 0.6434 0.4567 0.228 0.000 0.000 0.200 0.052 0.520
#> SRR2013486 1 0.2340 0.8326 0.896 0.000 0.000 0.056 0.044 0.004
#> SRR2013485 1 0.5357 -0.1198 0.464 0.000 0.000 0.108 0.428 0.000
#> SRR2013484 1 0.0146 0.8673 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.3269 0.7762 0.832 0.000 0.000 0.120 0.028 0.020
#> SRR2013482 1 0.5441 0.5617 0.636 0.000 0.000 0.228 0.100 0.036
#> SRR2013481 1 0.1700 0.8493 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024 0.000
#> SRR2013479 1 0.0520 0.8688 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013480 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013478 1 0.1141 0.8547 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013477 1 0.0458 0.8644 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013476 1 0.0551 0.8670 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR2013474 1 0.0146 0.8673 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.6482 0.0312 0.428 0.000 0.000 0.260 0.288 0.024
#> SRR2013475 1 0.0405 0.8670 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013472 1 0.0692 0.8650 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR2013471 1 0.5917 0.4185 0.564 0.000 0.000 0.232 0.180 0.024
#> SRR2013470 1 0.4563 0.2653 0.588 0.000 0.000 0.044 0.368 0.000
#> SRR2013469 1 0.1777 0.8491 0.928 0.000 0.000 0.044 0.024 0.004
#> SRR2013468 1 0.0260 0.8664 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013467 1 0.4884 0.6291 0.692 0.000 0.000 0.204 0.076 0.028
#> SRR2013466 1 0.0146 0.8669 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013465 1 0.0820 0.8650 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR2013463 1 0.0146 0.8670 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013462 1 0.1515 0.8532 0.944 0.000 0.000 0.028 0.008 0.020
#> SRR2013464 1 0.0790 0.8577 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0458 0.8673 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013458 1 0.2475 0.8359 0.892 0.000 0.000 0.036 0.012 0.060
#> SRR2013457 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0632 0.8656 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013453 1 0.4619 0.6570 0.716 0.000 0.000 0.196 0.060 0.028
#> SRR2013454 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.4563 0.6798 0.732 0.000 0.000 0.168 0.072 0.028
#> SRR2013451 1 0.1078 0.8635 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012 0.008
#> SRR2013450 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0363 0.8676 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013448 1 0.0000 0.8672 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 5 0.4117 0.7397 0.228 0.000 0.000 0.056 0.716 0.000
#> SRR2013446 5 0.3527 0.7356 0.008 0.132 0.000 0.052 0.808 0.000
#> SRR2013445 5 0.4566 0.7384 0.120 0.000 0.000 0.184 0.696 0.000
#> SRR2013444 5 0.3416 0.7989 0.140 0.000 0.000 0.056 0.804 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.963 0.983 0.3821 0.611 0.611
#> 3 3 0.888 0.903 0.963 0.3725 0.848 0.752
#> 4 4 0.667 0.779 0.884 0.3546 0.769 0.528
#> 5 5 0.706 0.769 0.890 0.0498 0.949 0.827
#> 6 6 0.639 0.631 0.807 0.0288 0.965 0.865
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.2236 0.9562 0.964 0.036
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.9427 0.4939 0.360 0.640
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.8443 0.6656 0.272 0.728
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.4431 0.8885 0.092 0.908
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.6048 0.8316 0.148 0.852
#> SRR2013728 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013726 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.0938 0.9813 0.988 0.012
#> SRR2013724 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.3584 0.9087 0.068 0.932
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.8327 0.6782 0.264 0.736
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0672 0.9497 0.008 0.992
#> SRR2013694 2 0.4022 0.8991 0.080 0.920
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.4022 0.8991 0.080 0.920
#> SRR2013689 2 0.4161 0.8957 0.084 0.916
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.9209 0.5466 0.336 0.664
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.8661 0.6389 0.288 0.712
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.2603 0.9259 0.044 0.956
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.5842 0.8402 0.140 0.860
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 1.0000 0.0751 0.500 0.500
#> SRR2013669 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.6623 0.7800 0.828 0.172
#> SRR2013642 2 0.8144 0.6969 0.252 0.748
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.9248 0.5388 0.340 0.660
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.2423 0.9518 0.960 0.040
#> SRR2013635 1 0.9286 0.4385 0.656 0.344
#> SRR2013634 1 0.8016 0.6578 0.756 0.244
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.5737 0.8329 0.864 0.136
#> SRR2013632 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> SRR2013629 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0376 0.9892 0.996 0.004
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.1414 0.9733 0.980 0.020
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.3879 0.9023 0.076 0.924
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.4161 0.8958 0.084 0.916
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.8608 0.6456 0.284 0.716
#> SRR2013560 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0938 0.9814 0.988 0.012
#> SRR2013533 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.9732 0.2691 0.596 0.404
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0376 0.9892 0.996 0.004
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.5946 0.8211 0.856 0.144
#> SRR2013445 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9929 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.1031 0.9592 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.8401 0.2197 0.444 0.472 0.084
#> SRR2013748 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.6608 0.3211 0.432 0.560 0.008
#> SRR2013746 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.4555 0.6602 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.6229 0.4627 0.340 0.652 0.008
#> SRR2013728 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.0592 0.9721 0.988 0.012 0.000
#> SRR2013724 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.3752 0.7308 0.144 0.856 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.6045 0.4151 0.380 0.620 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0592 0.8754 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013694 2 0.4399 0.6761 0.188 0.812 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.4121 0.7014 0.168 0.832 0.000
#> SRR2013689 2 0.4654 0.6496 0.208 0.792 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.6476 0.2787 0.448 0.548 0.004
#> SRR2013686 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.6291 0.2206 0.468 0.532 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.2261 0.8177 0.068 0.932 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.5835 0.4689 0.340 0.660 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.8868 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.1315 0.8837 0.008 0.020 0.972
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.4452 0.7060 0.000 0.808 0.192
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.5882 0.5214 0.348 0.000 0.652
#> SRR2013649 3 0.4346 0.7305 0.184 0.000 0.816
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.3752 0.8085 0.856 0.144 0.000
#> SRR2013642 2 0.6244 0.3053 0.440 0.560 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.6305 0.1689 0.484 0.516 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1163 0.9549 0.972 0.028 0.000
#> SRR2013635 1 0.5291 0.5961 0.732 0.268 0.000
#> SRR2013634 1 0.4399 0.7425 0.812 0.188 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.6140 0.3607 0.404 0.000 0.596
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 3 0.5431 0.6005 0.284 0.000 0.716
#> SRR2013630 1 0.4399 0.7572 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.6215 0.1978 0.572 0.000 0.428
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.5254 0.6316 0.264 0.000 0.736
#> SRR2013588 1 0.4750 0.7115 0.784 0.000 0.216
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.5058 0.6582 0.244 0.000 0.756
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9025 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.5016 0.6437 0.000 0.760 0.240
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.3686 0.8274 0.860 0.000 0.140
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.1031 0.9615 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.6140 0.3905 0.404 0.000 0.596
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.4504 0.7452 0.804 0.000 0.196
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.6111 0.6981 0.104 0.784 0.112
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.3551 0.8389 0.868 0.000 0.132
#> SRR2013561 2 0.7712 0.3489 0.392 0.556 0.052
#> SRR2013560 1 0.2537 0.9023 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013562 3 0.2711 0.8275 0.088 0.000 0.912
#> SRR2013558 3 0.4178 0.7442 0.172 0.000 0.828
#> SRR2013559 1 0.5621 0.5336 0.692 0.000 0.308
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0237 0.9805 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.2537 0.9020 0.920 0.000 0.080
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.3752 0.8220 0.856 0.000 0.144
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.1860 0.8602 0.052 0.000 0.948
#> SRR2013533 1 0.3879 0.8095 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013531 2 0.9970 -0.0457 0.296 0.356 0.348
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.3412 0.8362 0.876 0.124 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.2408 0.79032 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013765 1 0.1118 0.82238 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013766 1 0.1211 0.82224 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013764 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.2081 0.80848 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013762 1 0.2530 0.78110 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013761 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 1 0.4661 0.43310 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 1 0.4800 0.44207 0.656 0.340 0.000 0.004
#> SRR2013746 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.3801 0.69998 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.4888 0.29405 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.1637 0.81644 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013726 1 0.3764 0.66703 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013725 1 0.1635 0.80723 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR2013724 1 0.2704 0.79143 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013723 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.3172 0.77469 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4967 0.17271 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0469 0.93299 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.3688 0.71532 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3444 0.74539 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.3837 0.69445 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 1 0.4843 0.31893 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 1 0.4406 0.52821 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.1940 0.86854 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.4830 0.34680 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.94430 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.2174 0.93450 0.000 0.020 0.928 0.052
#> SRR2013669 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013668 3 0.0188 0.95705 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013667 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.3528 0.75177 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013651 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013650 4 0.0000 0.82823 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 4 0.4761 0.32176 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR2013647 1 0.1022 0.82376 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013648 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013645 3 0.0000 0.95799 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013643 1 0.0188 0.82608 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.4855 0.31215 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.4661 0.44359 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.1557 0.81708 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013636 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0707 0.82140 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0188 0.82668 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013631 1 0.6055 0.30482 0.576 0.000 0.372 0.052
#> SRR2013632 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 3 0.6110 0.33488 0.368 0.000 0.576 0.056
#> SRR2013630 1 0.4586 0.67872 0.796 0.000 0.136 0.068
#> SRR2013628 1 0.0188 0.82660 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013626 1 0.3667 0.73333 0.856 0.000 0.088 0.056
#> SRR2013625 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0592 0.82614 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013623 4 0.1118 0.85724 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013622 4 0.4454 0.70044 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013621 4 0.3266 0.83887 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013620 4 0.4643 0.62530 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013619 4 0.4992 0.11332 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013617 1 0.0592 0.82616 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013618 4 0.1940 0.86948 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013616 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0592 0.82615 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013614 1 0.0469 0.82656 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013613 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.3528 0.70532 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013610 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 4 0.4830 0.54666 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013608 4 0.2868 0.85564 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013606 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 4 0.1867 0.86908 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013607 4 0.4277 0.74358 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013604 1 0.3219 0.73625 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013603 4 0.3219 0.83925 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013602 1 0.4989 -0.08640 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013601 4 0.2149 0.86877 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013600 1 0.2704 0.79223 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013599 4 0.2011 0.86966 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013598 1 0.4776 0.32492 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013596 1 0.1389 0.82101 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013597 4 0.2589 0.86208 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013595 1 0.1389 0.81764 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013594 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.2469 0.79819 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013592 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 4 0.4500 0.58515 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013590 3 0.5745 0.54335 0.288 0.000 0.656 0.056
#> SRR2013588 4 0.3032 0.75043 0.008 0.000 0.124 0.868
#> SRR2013587 3 0.1557 0.94282 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2013589 1 0.6275 -0.03387 0.484 0.000 0.460 0.056
#> SRR2013586 3 0.1389 0.94511 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2013585 2 0.4420 0.67032 0.000 0.748 0.240 0.012
#> SRR2013584 4 0.3837 0.79898 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013583 1 0.4134 0.64509 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013582 4 0.3837 0.79912 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013581 1 0.4697 0.42538 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013580 4 0.3801 0.76075 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013579 1 0.7092 0.36648 0.532 0.000 0.148 0.320
#> SRR2013578 4 0.4643 0.52393 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013577 4 0.1637 0.86810 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013576 4 0.4989 0.28787 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013575 4 0.5193 0.60309 0.324 0.000 0.020 0.656
#> SRR2013574 4 0.2530 0.86272 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013572 4 0.3266 0.83025 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013573 1 0.2408 0.79286 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013571 4 0.3024 0.72521 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR2013569 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.4103 0.63798 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013568 4 0.3219 0.83986 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013567 1 0.7042 0.37020 0.516 0.000 0.132 0.352
#> SRR2013566 4 0.2011 0.86875 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013564 2 0.5782 0.70505 0.120 0.748 0.108 0.024
#> SRR2013565 4 0.2149 0.86933 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013563 1 0.2363 0.77884 0.920 0.000 0.024 0.056
#> SRR2013561 2 0.6375 0.00130 0.472 0.476 0.008 0.044
#> SRR2013560 4 0.1584 0.83302 0.036 0.000 0.012 0.952
#> SRR2013562 3 0.4364 0.81242 0.136 0.000 0.808 0.056
#> SRR2013558 4 0.4989 0.00752 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR2013559 1 0.4586 0.68095 0.796 0.000 0.136 0.068
#> SRR2013556 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 4 0.3311 0.83505 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013554 4 0.3569 0.82189 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2013553 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013555 4 0.3942 0.76751 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013552 1 0.0592 0.82681 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013551 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013550 1 0.4605 0.43552 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013548 4 0.3907 0.79179 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013549 1 0.3486 0.70750 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013546 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 4 0.3074 0.84758 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013544 1 0.5933 0.37838 0.552 0.000 0.040 0.408
#> SRR2013547 1 0.4817 0.36127 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013543 1 0.0188 0.82657 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013542 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013541 4 0.2124 0.83295 0.028 0.000 0.040 0.932
#> SRR2013540 4 0.2704 0.85559 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013539 4 0.3907 0.79416 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013538 1 0.4730 0.35475 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2013537 1 0.2408 0.79978 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013535 4 0.4697 0.52187 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013536 1 0.4477 0.50033 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013534 1 0.2469 0.79047 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013532 3 0.3164 0.89579 0.064 0.000 0.884 0.052
#> SRR2013533 4 0.3818 0.79353 0.108 0.000 0.048 0.844
#> SRR2013531 1 0.7481 0.29898 0.516 0.292 0.188 0.004
#> SRR2013529 4 0.2704 0.85551 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013530 1 0.4543 0.48822 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013528 4 0.4804 0.46400 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013527 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013526 4 0.2149 0.86830 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013525 1 0.1637 0.81572 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013524 4 0.4222 0.75124 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013523 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 4 0.4992 0.03894 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013521 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013519 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013520 4 0.2216 0.86763 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013518 4 0.3801 0.74905 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013517 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013516 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013514 1 0.4697 0.45138 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013515 4 0.4250 0.74502 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013513 1 0.0336 0.82651 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013512 1 0.4967 0.06754 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013511 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013509 1 0.4250 0.60991 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013505 1 0.3311 0.75179 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013506 4 0.4730 0.57528 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013507 4 0.3356 0.81894 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013504 4 0.4925 0.37630 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR2013503 1 0.3356 0.74372 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013502 1 0.2589 0.78207 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013501 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 4 0.3907 0.79159 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013499 4 0.2081 0.86932 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013498 4 0.1022 0.85456 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013497 4 0.1716 0.86803 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013495 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013496 4 0.2814 0.85451 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR2013492 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013494 4 0.1940 0.86889 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013493 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013491 1 0.2408 0.79561 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013490 4 0.1474 0.86624 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013489 4 0.1867 0.86907 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013488 4 0.1716 0.86936 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013487 1 0.4977 0.12453 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2013486 1 0.4948 0.21002 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013485 1 0.2469 0.79541 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013484 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013483 4 0.2011 0.86917 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013482 1 0.4994 0.06388 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013481 4 0.3688 0.79387 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR2013479 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013480 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013478 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013477 1 0.3219 0.75934 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013476 4 0.1637 0.86810 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013474 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013473 1 0.4605 0.49476 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013475 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013472 1 0.4996 -0.04287 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013471 1 0.2868 0.77664 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013470 1 0.2345 0.79718 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013469 1 0.3569 0.70935 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013468 4 0.3975 0.75920 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013467 1 0.2216 0.80055 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013466 4 0.2216 0.86621 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013465 4 0.4877 0.32106 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013463 1 0.4746 0.47866 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013462 4 0.3266 0.83880 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013464 4 0.3907 0.78691 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013461 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013460 4 0.2281 0.86772 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013459 4 0.3266 0.83927 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2013458 4 0.1637 0.86824 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013457 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013456 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013455 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013453 4 0.4776 0.48678 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013454 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013452 1 0.2011 0.81040 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013451 1 0.0817 0.82495 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013450 4 0.1557 0.86749 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013449 4 0.1716 0.86879 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013448 4 0.1637 0.86819 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013447 1 0.4877 0.24729 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013446 1 0.0469 0.82631 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0000 0.82652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0469 0.82689 0.988 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013769 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013768 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013767 1 0.2074 0.7928 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013765 1 0.0963 0.8230 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013766 1 0.1197 0.8240 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013764 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013763 1 0.1851 0.8125 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013762 1 0.2329 0.7789 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013761 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 1 0.4135 0.4599 0.656 0.340 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 1 0.4218 0.4710 0.660 0.332 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.3274 0.6896 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.4219 0.2710 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013727 1 0.1774 0.8181 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR2013726 1 0.5766 0.1496 0.516 0.000 0.000 0.392 0.092
#> SRR2013725 1 0.2536 0.7412 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR2013724 4 0.5504 0.1102 0.448 0.000 0.000 0.488 0.064
#> SRR2013723 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013722 2 0.2732 0.7698 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4278 0.1546 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0404 0.9373 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.3177 0.7063 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.2966 0.7386 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.3305 0.6837 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 1 0.4415 0.3479 0.604 0.388 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 1 0.3774 0.5402 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.1671 0.8695 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.4310 0.3302 0.392 0.604 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9492 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.3160 0.6696 0.000 0.004 0.188 0.808 0.000
#> SRR2013669 4 0.0162 0.8463 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013668 4 0.3109 0.6665 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.3039 0.7567 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.0162 0.8463 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013651 4 0.0510 0.8407 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2013650 4 0.0162 0.8453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013649 4 0.0162 0.8463 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013647 1 0.0963 0.8224 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013648 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.0162 0.8463 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 4 0.0162 0.8463 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2013643 1 0.0451 0.8243 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013642 1 0.4171 0.3383 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013641 1 0.3999 0.4611 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013637 1 0.1544 0.8157 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013636 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013635 1 0.0609 0.8181 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0290 0.8260 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013631 4 0.5268 0.5202 0.220 0.000 0.112 0.668 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.5811 0.4649 0.140 0.000 0.264 0.596 0.000
#> SRR2013630 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0162 0.8253 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013626 4 0.0703 0.8309 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013625 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013627 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0794 0.8245 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013623 5 0.3949 0.4459 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR2013622 5 0.3816 0.6648 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013621 5 0.2690 0.8066 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013620 5 0.3932 0.6071 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013619 5 0.4262 0.1856 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013617 1 0.0609 0.8249 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013618 5 0.0880 0.8425 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013616 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.0609 0.8266 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013614 1 0.0609 0.8265 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013613 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013612 1 0.3143 0.7017 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013610 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013611 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013609 5 0.4161 0.5142 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013608 5 0.2377 0.8247 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013606 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013605 5 0.1121 0.8416 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013607 5 0.3661 0.7078 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013604 1 0.2813 0.7338 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013603 5 0.2690 0.8042 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013602 1 0.4302 -0.0705 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013601 5 0.1410 0.8434 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013600 1 0.2471 0.7862 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013599 5 0.1197 0.8437 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013598 1 0.4126 0.3265 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013596 1 0.1270 0.8227 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013597 5 0.1732 0.8376 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013595 1 0.1270 0.8210 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013594 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.2471 0.7846 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013592 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 5 0.3636 0.6182 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013590 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.1121 0.8222 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2013585 2 0.5466 0.5561 0.000 0.656 0.192 0.152 0.000
#> SRR2013584 5 0.3242 0.7674 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013583 1 0.3661 0.6255 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013582 5 0.3274 0.7617 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013581 1 0.4060 0.4214 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013580 5 0.3427 0.7564 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> SRR2013579 4 0.8301 0.1793 0.320 0.000 0.144 0.328 0.208
#> SRR2013578 5 0.3876 0.5531 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013577 5 0.0609 0.8389 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013576 5 0.4297 0.2638 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013575 5 0.5106 0.5878 0.312 0.000 0.012 0.036 0.640
#> SRR2013574 5 0.1792 0.8386 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013572 5 0.5632 0.5924 0.140 0.000 0.000 0.232 0.628
#> SRR2013573 1 0.2179 0.7908 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013571 4 0.3607 0.5647 0.000 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR2013569 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013570 1 0.3636 0.6258 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013568 5 0.2561 0.8106 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013567 4 0.5880 0.5174 0.252 0.000 0.024 0.632 0.092
#> SRR2013566 5 0.1121 0.8406 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013564 2 0.5876 0.6412 0.092 0.696 0.092 0.120 0.000
#> SRR2013565 5 0.1197 0.8436 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013563 4 0.0162 0.8452 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013561 1 0.6914 -0.0311 0.368 0.352 0.004 0.276 0.000
#> SRR2013560 4 0.0404 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013562 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 5 0.2852 0.7998 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013554 5 0.6448 0.2824 0.188 0.000 0.000 0.348 0.464
#> SRR2013553 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013555 5 0.3177 0.7567 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR2013552 1 0.0703 0.8266 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013551 5 0.0162 0.8341 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013550 1 0.3999 0.4301 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2013548 5 0.3366 0.7546 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013549 1 0.3074 0.6981 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013546 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 5 0.2424 0.8228 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2013544 1 0.6413 0.3321 0.524 0.000 0.012 0.140 0.324
#> SRR2013547 1 0.5700 0.2364 0.532 0.000 0.000 0.088 0.380
#> SRR2013543 1 0.0404 0.8257 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013542 5 0.0290 0.8368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013541 5 0.3925 0.6801 0.004 0.000 0.032 0.180 0.784
#> SRR2013540 5 0.1965 0.8289 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013539 5 0.3274 0.7610 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013538 1 0.4225 0.3527 0.632 0.000 0.000 0.004 0.364
#> SRR2013537 1 0.2074 0.8018 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013535 5 0.3949 0.5442 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013536 1 0.3857 0.4994 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013534 1 0.2179 0.7929 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013532 4 0.5039 0.0926 0.032 0.000 0.456 0.512 0.000
#> SRR2013533 4 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.8359 -0.1617 0.328 0.260 0.140 0.272 0.000
#> SRR2013529 5 0.1965 0.8299 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013530 1 0.6072 0.2993 0.552 0.000 0.000 0.292 0.156
#> SRR2013528 5 0.3999 0.5110 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013527 5 0.0510 0.8376 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013526 5 0.1197 0.8412 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013525 1 0.1608 0.8140 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013524 5 0.3612 0.7103 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013523 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 5 0.4219 0.1897 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013521 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013519 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013520 5 0.1608 0.8409 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013518 5 0.2929 0.7524 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013517 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013516 5 0.0162 0.8341 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013514 1 0.4060 0.4436 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013515 5 0.3561 0.7187 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2013513 1 0.0290 0.8255 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013512 1 0.4291 0.0345 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013511 1 0.0290 0.8247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013510 1 0.0162 0.8249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013508 5 0.0404 0.8363 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013509 1 0.3730 0.6015 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013505 1 0.2891 0.7492 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013506 5 0.4015 0.5652 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013507 5 0.2516 0.8082 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013504 5 0.4219 0.3648 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013503 1 0.2966 0.7360 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013502 1 0.2329 0.7829 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013501 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 5 0.3336 0.7544 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013499 5 0.1341 0.8432 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013498 5 0.0290 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2013497 5 0.0404 0.8373 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013495 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013496 5 0.2127 0.8312 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013492 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013494 5 0.1121 0.8410 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2013493 5 0.0162 0.8346 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013491 1 0.2377 0.7801 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013490 5 0.0290 0.8360 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013489 5 0.1197 0.8427 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013488 5 0.0880 0.8414 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013487 1 0.4300 0.0776 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013486 1 0.4291 0.1582 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013485 1 0.2424 0.7795 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013484 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013483 5 0.1043 0.8413 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013482 5 0.4304 0.0401 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013481 5 0.2852 0.7856 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013479 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013480 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013478 5 0.0000 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013477 1 0.3143 0.7311 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013476 5 0.0404 0.8364 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013474 5 0.0162 0.8341 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013473 1 0.4030 0.4684 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013475 5 0.0290 0.8345 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013472 5 0.4307 0.0649 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013471 1 0.2561 0.7756 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013470 1 0.2377 0.7794 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013469 1 0.3143 0.7079 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2013468 5 0.3210 0.7487 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013467 1 0.2280 0.7818 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013466 5 0.1341 0.8402 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2013465 5 0.4045 0.4070 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013463 1 0.4201 0.4062 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013462 5 0.2648 0.8084 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2013464 5 0.3143 0.7698 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013461 5 0.0000 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013460 5 0.1410 0.8435 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013459 5 0.2732 0.8064 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013458 5 0.0404 0.8380 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013457 5 0.0000 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013456 5 0.0000 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013455 5 0.0290 0.8362 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013453 5 0.3999 0.5202 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013454 5 0.0000 0.8338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013452 1 0.1732 0.8130 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013451 1 0.0880 0.8254 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013450 5 0.0162 0.8346 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013449 5 0.0609 0.8383 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013448 5 0.0162 0.8357 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013447 1 0.4201 0.2525 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013446 1 0.0404 0.8254 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0290 0.8256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0405 0.8290 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013769 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013768 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013767 1 0.1863 0.8039 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013765 1 0.0790 0.8281 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013766 1 0.1528 0.8282 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR2013764 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013763 1 0.2112 0.8191 0.896 0.000 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR2013762 1 0.2538 0.7877 0.860 0.000 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR2013761 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013760 2 0.3151 0.5433 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2013759 2 0.2631 0.5817 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2013758 2 0.1267 0.5446 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013757 2 0.2300 0.5850 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2013756 2 0.3607 0.4835 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR2013755 2 0.3023 0.5509 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR2013754 2 0.2969 0.5499 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR2013753 2 0.2527 0.5816 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2013751 2 0.0713 0.5842 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013752 2 0.1663 0.5949 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013750 2 0.0865 0.5836 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013749 1 0.4511 0.3811 0.620 0.048 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR2013748 2 0.3817 0.3171 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR2013747 2 0.1556 0.6055 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013745 1 0.4982 0.4616 0.648 0.172 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2013746 5 0.3857 -0.0870 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2013744 2 0.1556 0.5477 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2013742 5 0.3868 -0.1410 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR2013743 2 0.2527 0.5963 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2013741 2 0.2048 0.5887 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2013740 2 0.3737 0.4261 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2013739 2 0.0865 0.5832 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013737 2 0.2260 0.5884 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013738 2 0.3867 0.1680 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR2013736 2 0.3765 0.4118 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR2013735 5 0.3823 -0.0545 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR2013734 5 0.3810 -0.0470 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013733 5 0.5879 0.2644 0.220 0.316 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2013731 2 0.3828 0.2913 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR2013732 2 0.3851 0.2445 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2013730 2 0.3684 0.4257 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR2013729 5 0.5400 0.2324 0.400 0.116 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013728 1 0.1124 0.8260 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013727 1 0.2137 0.8190 0.912 0.000 0.000 0.012 0.028 0.048
#> SRR2013726 4 0.5892 0.0673 0.440 0.000 0.000 0.440 0.044 0.076
#> SRR2013725 1 0.2848 0.7385 0.848 0.000 0.000 0.124 0.024 0.004
#> SRR2013724 4 0.5407 0.3205 0.380 0.000 0.000 0.532 0.024 0.064
#> SRR2013723 1 0.1049 0.8263 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2013722 5 0.5347 0.2250 0.124 0.336 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR2013721 2 0.2883 0.5733 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR2013720 2 0.3607 0.4184 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR2013719 2 0.2562 0.5860 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2013717 2 0.3774 0.3137 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2013718 2 0.3563 0.4763 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR2013716 2 0.0458 0.5699 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013715 2 0.3737 0.3682 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.5660 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 5 0.3860 -0.0865 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2013712 2 0.3706 0.4328 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2013711 2 0.0458 0.5732 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013708 2 0.2340 0.5864 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013709 2 0.0937 0.5843 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013707 2 0.1141 0.5926 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013706 2 0.3221 0.5589 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2013705 2 0.3684 0.3728 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR2013704 2 0.1714 0.6032 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013703 2 0.2219 0.5972 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013702 5 0.3860 -0.0865 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2013701 5 0.3860 -0.0865 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2013700 1 0.5422 -0.2084 0.448 0.116 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR2013699 2 0.0865 0.5833 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013698 2 0.3862 0.1689 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR2013697 2 0.3672 0.3966 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR2013696 2 0.2135 0.5846 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013695 5 0.3971 -0.0716 0.004 0.448 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR2013694 5 0.5653 0.2159 0.156 0.376 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR2013693 2 0.3843 0.2736 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2013692 2 0.3428 0.4629 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR2013691 5 0.3868 -0.1368 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR2013690 5 0.5495 0.2691 0.156 0.304 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR2013689 5 0.5611 0.2783 0.180 0.292 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2013687 2 0.3868 0.1758 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR2013688 1 0.5412 0.3718 0.600 0.204 0.000 0.004 0.192 0.000
#> SRR2013686 2 0.3727 0.3177 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR2013685 2 0.3838 0.2664 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2013682 5 0.3864 -0.1068 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR2013683 1 0.4325 0.5257 0.692 0.064 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR2013684 2 0.3717 0.4017 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2013681 5 0.5061 0.0417 0.076 0.428 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR2013680 2 0.3428 0.4522 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR2013679 2 0.3862 0.2162 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR2013678 5 0.6093 0.2170 0.336 0.284 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2013677 2 0.3126 0.5600 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2013676 2 0.3866 0.1578 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013675 2 0.3869 0.1298 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.2964 0.6178 0.000 0.000 0.204 0.792 0.004 0.000
#> SRR2013669 4 0.0146 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013668 4 0.2793 0.6212 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 5 0.5854 -0.0814 0.000 0.392 0.192 0.000 0.416 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.0146 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013651 4 0.0458 0.7742 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2013650 4 0.0146 0.7777 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013649 4 0.0146 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0865 0.8268 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013648 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.0146 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 4 0.0146 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0622 0.8285 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013642 1 0.5268 0.2361 0.572 0.128 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR2013640 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013641 1 0.4767 0.3477 0.620 0.076 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0520 0.8281 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013637 1 0.1838 0.8208 0.916 0.000 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR2013636 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013635 1 0.0622 0.8234 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0622 0.8302 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013631 4 0.5020 0.4733 0.244 0.000 0.128 0.628 0.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.4892 0.5020 0.112 0.000 0.248 0.640 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.0260 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013628 1 0.0436 0.8295 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013626 4 0.0547 0.7721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0146 0.8283 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013627 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.1168 0.8287 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR2013623 6 0.3747 0.2781 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013622 6 0.3547 0.6681 0.300 0.000 0.000 0.000 0.004 0.696
#> SRR2013621 6 0.2783 0.8035 0.148 0.000 0.000 0.000 0.016 0.836
#> SRR2013620 6 0.4034 0.5830 0.328 0.000 0.000 0.000 0.020 0.652
#> SRR2013619 6 0.4057 0.1680 0.436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.556
#> SRR2013617 1 0.0547 0.8291 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013618 6 0.0935 0.8395 0.032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR2013616 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013615 1 0.1003 0.8322 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2013614 1 0.0806 0.8318 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013613 1 0.0622 0.8281 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013612 1 0.3231 0.7122 0.784 0.000 0.000 0.000 0.016 0.200
#> SRR2013610 1 0.0146 0.8283 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013611 1 0.0603 0.8291 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013609 6 0.3955 0.5183 0.384 0.000 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR2013608 6 0.2234 0.8247 0.124 0.000 0.000 0.000 0.004 0.872
#> SRR2013606 1 0.0717 0.8288 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013605 6 0.1075 0.8387 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013607 6 0.3490 0.7115 0.268 0.000 0.000 0.000 0.008 0.724
#> SRR2013604 1 0.2527 0.7460 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013603 6 0.2704 0.8061 0.140 0.000 0.000 0.000 0.016 0.844
#> SRR2013602 1 0.4336 -0.0673 0.504 0.000 0.000 0.000 0.020 0.476
#> SRR2013601 6 0.1398 0.8403 0.052 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940
#> SRR2013600 1 0.2320 0.7966 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR2013599 6 0.1265 0.8406 0.044 0.000 0.000 0.000 0.008 0.948
#> SRR2013598 1 0.4037 0.3226 0.608 0.000 0.000 0.000 0.012 0.380
#> SRR2013596 1 0.1219 0.8281 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2013597 6 0.1757 0.8339 0.076 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR2013595 1 0.1500 0.8257 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013594 1 0.0260 0.8291 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013593 1 0.2489 0.7960 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR2013592 1 0.0146 0.8284 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013591 6 0.3405 0.6127 0.272 0.000 0.000 0.000 0.004 0.724
#> SRR2013590 4 0.0000 0.7778 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0632 0.7746 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2013587 4 0.0000 0.7778 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.3684 0.5838 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR2013586 4 0.1204 0.7542 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2013585 5 0.3383 0.2084 0.000 0.052 0.032 0.076 0.840 0.000
#> SRR2013584 6 0.3201 0.7679 0.208 0.000 0.000 0.000 0.012 0.780
#> SRR2013583 1 0.3309 0.6322 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013582 6 0.3261 0.7664 0.204 0.000 0.000 0.000 0.016 0.780
#> SRR2013581 1 0.4052 0.4325 0.628 0.000 0.000 0.000 0.016 0.356
#> SRR2013580 6 0.3361 0.7549 0.188 0.000 0.000 0.020 0.004 0.788
#> SRR2013579 4 0.7357 0.3070 0.304 0.000 0.132 0.392 0.004 0.168
#> SRR2013578 6 0.3707 0.5477 0.312 0.000 0.000 0.000 0.008 0.680
#> SRR2013577 6 0.0547 0.8355 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013576 6 0.4086 0.2705 0.464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> SRR2013575 6 0.4861 0.5654 0.316 0.000 0.012 0.044 0.004 0.624
#> SRR2013574 6 0.1753 0.8339 0.084 0.000 0.000 0.000 0.004 0.912
#> SRR2013572 6 0.5290 0.5087 0.128 0.000 0.000 0.272 0.004 0.596
#> SRR2013573 1 0.2212 0.8017 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR2013571 4 0.2964 0.5967 0.000 0.000 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR2013569 1 0.0508 0.8288 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013570 1 0.3629 0.6488 0.724 0.000 0.000 0.000 0.016 0.260
#> SRR2013568 6 0.2744 0.8035 0.144 0.000 0.000 0.000 0.016 0.840
#> SRR2013567 4 0.4915 0.5640 0.220 0.000 0.024 0.680 0.000 0.076
#> SRR2013566 6 0.1082 0.8375 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR2013564 5 0.3611 0.2161 0.016 0.048 0.024 0.076 0.836 0.000
#> SRR2013565 6 0.1152 0.8402 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952
#> SRR2013563 4 0.1349 0.7659 0.004 0.000 0.000 0.940 0.056 0.000
#> SRR2013561 5 0.5277 0.0140 0.096 0.036 0.000 0.208 0.660 0.000
#> SRR2013560 4 0.0260 0.7763 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013562 4 0.3482 0.6205 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR2013558 4 0.0260 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013559 4 0.3672 0.5863 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 6 0.2805 0.8032 0.160 0.000 0.000 0.000 0.012 0.828
#> SRR2013554 4 0.6023 -0.0792 0.180 0.000 0.000 0.412 0.008 0.400
#> SRR2013553 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013555 6 0.3171 0.7527 0.204 0.000 0.000 0.000 0.012 0.784
#> SRR2013552 1 0.1088 0.8306 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR2013551 6 0.0146 0.8309 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013550 1 0.4012 0.4313 0.640 0.000 0.000 0.000 0.016 0.344
#> SRR2013548 6 0.3023 0.7577 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013549 1 0.2902 0.7079 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR2013546 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 6 0.2446 0.8223 0.124 0.000 0.000 0.000 0.012 0.864
#> SRR2013544 1 0.5760 0.3400 0.524 0.000 0.012 0.140 0.000 0.324
#> SRR2013547 1 0.5344 0.2497 0.528 0.000 0.000 0.100 0.004 0.368
#> SRR2013543 1 0.0820 0.8290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013542 6 0.0260 0.8339 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013541 6 0.3712 0.6415 0.004 0.000 0.032 0.204 0.000 0.760
#> SRR2013540 6 0.2214 0.8203 0.096 0.000 0.000 0.000 0.016 0.888
#> SRR2013539 6 0.3201 0.7645 0.208 0.000 0.000 0.000 0.012 0.780
#> SRR2013538 1 0.4127 0.3561 0.620 0.000 0.000 0.004 0.012 0.364
#> SRR2013537 1 0.2212 0.8082 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR2013535 6 0.3668 0.5391 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2013536 1 0.3725 0.5022 0.676 0.000 0.000 0.000 0.008 0.316
#> SRR2013534 1 0.2212 0.8039 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR2013532 4 0.6292 0.2581 0.012 0.000 0.232 0.384 0.372 0.000
#> SRR2013533 4 0.0146 0.7779 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013531 5 0.6358 -0.1105 0.156 0.032 0.032 0.192 0.588 0.000
#> SRR2013529 6 0.2121 0.8227 0.096 0.000 0.000 0.000 0.012 0.892
#> SRR2013530 1 0.5611 0.2222 0.536 0.000 0.000 0.324 0.008 0.132
#> SRR2013528 6 0.3607 0.5042 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013527 6 0.0458 0.8341 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013526 6 0.1333 0.8373 0.048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944
#> SRR2013525 1 0.1745 0.8219 0.920 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR2013524 6 0.3606 0.7093 0.256 0.000 0.000 0.000 0.016 0.728
#> SRR2013523 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 6 0.3789 0.1749 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013521 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013519 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013520 6 0.1531 0.8375 0.068 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928
#> SRR2013518 6 0.2738 0.7517 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR2013517 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013516 6 0.0146 0.8309 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013514 1 0.3769 0.4608 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004 0.356
#> SRR2013515 6 0.3470 0.7218 0.248 0.000 0.000 0.000 0.012 0.740
#> SRR2013513 1 0.0260 0.8292 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013512 1 0.3986 0.0322 0.532 0.000 0.000 0.000 0.004 0.464
#> SRR2013511 1 0.0717 0.8277 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013510 1 0.0291 0.8288 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013508 6 0.0363 0.8333 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013509 1 0.3756 0.6343 0.712 0.000 0.000 0.000 0.020 0.268
#> SRR2013505 1 0.2738 0.7594 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR2013506 6 0.4012 0.5489 0.344 0.000 0.000 0.000 0.016 0.640
#> SRR2013507 6 0.2260 0.8080 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013504 6 0.4018 0.3518 0.412 0.000 0.000 0.000 0.008 0.580
#> SRR2013503 1 0.3046 0.7403 0.800 0.000 0.000 0.000 0.012 0.188
#> SRR2013502 1 0.2538 0.7917 0.860 0.000 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR2013501 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 6 0.3109 0.7579 0.224 0.000 0.000 0.000 0.004 0.772
#> SRR2013499 6 0.1411 0.8392 0.060 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR2013498 6 0.0458 0.8279 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2013497 6 0.0363 0.8343 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013495 6 0.0405 0.8316 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR2013496 6 0.2070 0.8290 0.100 0.000 0.000 0.000 0.008 0.892
#> SRR2013492 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013494 6 0.0937 0.8377 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013493 6 0.0146 0.8315 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013491 1 0.2135 0.7832 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013490 6 0.0291 0.8321 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013489 6 0.1219 0.8395 0.048 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR2013488 6 0.0790 0.8384 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013487 1 0.3862 0.0819 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013486 1 0.3982 0.1650 0.536 0.000 0.000 0.000 0.004 0.460
#> SRR2013485 1 0.2320 0.7813 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR2013484 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013483 6 0.1082 0.8379 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR2013482 6 0.3866 0.0297 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2013481 6 0.2946 0.7787 0.176 0.000 0.000 0.000 0.012 0.812
#> SRR2013479 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013480 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013478 6 0.0000 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013477 1 0.3073 0.7434 0.788 0.000 0.000 0.000 0.008 0.204
#> SRR2013476 6 0.0363 0.8333 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013474 6 0.0291 0.8314 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013473 1 0.3954 0.4753 0.636 0.000 0.000 0.000 0.012 0.352
#> SRR2013475 6 0.0260 0.8314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013472 6 0.4184 0.0664 0.488 0.000 0.000 0.000 0.012 0.500
#> SRR2013471 1 0.2553 0.7859 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR2013470 1 0.2178 0.7814 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013469 1 0.3171 0.7155 0.784 0.000 0.000 0.000 0.012 0.204
#> SRR2013468 6 0.3023 0.7479 0.212 0.000 0.000 0.000 0.004 0.784
#> SRR2013467 1 0.2048 0.7844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013466 6 0.1349 0.8366 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR2013465 6 0.3769 0.3940 0.356 0.000 0.000 0.000 0.004 0.640
#> SRR2013463 1 0.3907 0.4180 0.588 0.000 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR2013462 6 0.2830 0.8050 0.144 0.000 0.000 0.000 0.020 0.836
#> SRR2013464 6 0.3103 0.7623 0.208 0.000 0.000 0.000 0.008 0.784
#> SRR2013461 6 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013460 6 0.1349 0.8402 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR2013459 6 0.2821 0.8065 0.152 0.000 0.000 0.000 0.016 0.832
#> SRR2013458 6 0.0363 0.8351 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013457 6 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013456 6 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013455 6 0.0260 0.8331 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013453 6 0.3714 0.5205 0.340 0.000 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR2013454 6 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013452 1 0.1700 0.8203 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2013451 1 0.1245 0.8307 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR2013450 6 0.0291 0.8320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013449 6 0.0547 0.8352 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013448 6 0.0146 0.8327 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013447 1 0.3915 0.2438 0.584 0.000 0.000 0.000 0.004 0.412
#> SRR2013446 1 0.0363 0.8294 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013445 1 0.0146 0.8284 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013444 1 0.0405 0.8296 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.826 0.933 0.966 0.3870 0.632 0.632
#> 3 3 0.930 0.898 0.958 0.5835 0.755 0.612
#> 4 4 0.821 0.858 0.917 0.0550 0.926 0.825
#> 5 5 0.716 0.737 0.827 0.1035 0.940 0.844
#> 6 6 0.762 0.798 0.870 0.0913 0.842 0.554
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013754 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013753 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.7602 0.709 0.220 0.780
#> SRR2013748 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.7528 0.716 0.216 0.784
#> SRR2013746 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013739 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR2013730 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.7139 0.748 0.196 0.804
#> SRR2013728 1 0.8443 0.682 0.728 0.272
#> SRR2013727 1 0.8386 0.688 0.732 0.268
#> SRR2013726 1 0.8327 0.695 0.736 0.264
#> SRR2013725 1 0.9044 0.596 0.680 0.320
#> SRR2013724 1 0.8267 0.701 0.740 0.260
#> SRR2013723 1 0.8327 0.695 0.736 0.264
#> SRR2013722 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013720 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013716 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.4431 0.890 0.092 0.908
#> SRR2013699 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR2013693 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.7376 0.729 0.208 0.792
#> SRR2013684 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.7453 0.723 0.212 0.788
#> SRR2013680 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013673 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013671 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013672 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013670 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013669 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013668 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013667 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013666 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013665 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013662 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013663 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013664 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013661 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013660 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013659 1 0.8081 0.719 0.752 0.248
#> SRR2013658 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013657 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013656 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013654 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013655 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013653 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013652 1 0.7453 0.765 0.788 0.212
#> SRR2013651 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013650 1 0.4690 0.885 0.900 0.100
#> SRR2013649 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013647 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013646 1 0.7745 0.745 0.772 0.228
#> SRR2013645 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013644 1 0.8016 0.725 0.756 0.244
#> SRR2013643 1 0.0938 0.953 0.988 0.012
#> SRR2013642 1 0.1843 0.945 0.972 0.028
#> SRR2013640 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.1843 0.945 0.972 0.028
#> SRR2013639 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.1843 0.945 0.972 0.028
#> SRR2013635 1 0.0938 0.953 0.988 0.012
#> SRR2013634 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.2423 0.937 0.960 0.040
#> SRR2013632 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013629 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013630 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013628 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013626 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013625 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013624 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.1843 0.945 0.972 0.028
#> SRR2013622 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013588 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013587 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013589 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013586 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013585 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013584 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013579 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013578 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013574 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013573 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013569 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013566 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013565 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013561 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013560 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013562 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013558 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013559 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013556 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013553 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013547 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013540 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013538 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013533 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013531 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR2013529 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0237 0.9669 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.3192 0.8585 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013754 2 0.2711 0.8847 0.000 0.912 0.088
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.6111 0.3483 0.000 0.604 0.396
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.6045 0.3923 0.000 0.620 0.380
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.2796 0.8807 0.000 0.908 0.092
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0424 0.9551 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.2356 0.9000 0.000 0.928 0.072
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.5859 0.4802 0.000 0.656 0.344
#> SRR2013728 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013727 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013726 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013725 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013724 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013723 3 0.5905 0.4569 0.000 0.352 0.648
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.2537 0.8926 0.000 0.920 0.080
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.2711 0.8847 0.000 0.912 0.088
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5291 0.6303 0.000 0.732 0.268
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.2625 0.8887 0.000 0.916 0.084
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0424 0.9551 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.1289 0.9360 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.6045 0.3925 0.000 0.620 0.380
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.5968 0.4329 0.000 0.636 0.364
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.2772 0.8519 0.004 0.080 0.916
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 3 0.3349 0.8243 0.004 0.108 0.888
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0747 0.9616 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9060 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 3 0.6305 0.0954 0.484 0.000 0.516
#> SRR2013642 3 0.5948 0.4579 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 3 0.5968 0.4488 0.364 0.000 0.636
#> SRR2013639 1 0.5905 0.4198 0.648 0.000 0.352
#> SRR2013638 1 0.6291 0.0518 0.532 0.000 0.468
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 3 0.6274 0.1934 0.456 0.000 0.544
#> SRR2013635 3 0.6305 0.0956 0.484 0.000 0.516
#> SRR2013634 1 0.6154 0.2620 0.592 0.000 0.408
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013632 3 0.6381 0.4961 0.340 0.012 0.648
#> SRR2013629 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013630 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013628 3 0.2982 0.8590 0.056 0.024 0.920
#> SRR2013626 3 0.0661 0.9049 0.004 0.008 0.988
#> SRR2013625 1 0.6291 0.0568 0.532 0.000 0.468
#> SRR2013627 3 0.6252 0.4884 0.344 0.008 0.648
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.2878 0.8252 0.096 0.000 0.904
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0892 0.9595 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013588 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013587 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013589 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013586 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013585 3 0.1129 0.9008 0.004 0.020 0.976
#> SRR2013584 1 0.2796 0.8916 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013579 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013575 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013569 1 0.0592 0.9636 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013570 1 0.1964 0.9285 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013568 1 0.0424 0.9645 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013567 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013566 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013564 3 0.1129 0.9008 0.004 0.020 0.976
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013561 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013560 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013562 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013558 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013559 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013556 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013557 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013554 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.4002 0.8081 0.840 0.000 0.160
#> SRR2013552 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013548 1 0.3340 0.8598 0.880 0.000 0.120
#> SRR2013549 1 0.5327 0.6276 0.728 0.000 0.272
#> SRR2013546 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013547 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013543 1 0.1529 0.9381 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0237 0.9058 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.2537 0.8420 0.080 0.000 0.920
#> SRR2013538 1 0.5138 0.6645 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013537 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013532 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013533 3 0.0983 0.9030 0.004 0.016 0.980
#> SRR2013531 3 0.1129 0.9008 0.004 0.020 0.976
#> SRR2013529 1 0.0237 0.9669 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013530 3 0.1529 0.8800 0.040 0.000 0.960
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013523 1 0.5529 0.5541 0.704 0.000 0.296
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.1031 0.9576 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013513 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.1163 0.9496 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013510 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013506 1 0.0237 0.9673 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.6309 -0.0353 0.504 0.000 0.496
#> SRR2013502 1 0.1411 0.9476 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013501 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0237 0.9673 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013498 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013497 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013495 1 0.0237 0.9673 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013496 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013492 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013494 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013488 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013487 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0892 0.9595 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013482 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.1163 0.9542 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0424 0.9655 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0592 0.9636 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.6291 0.0452 0.532 0.000 0.468
#> SRR2013445 1 0.1031 0.9573 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9689 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0707 0.9295 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013442 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.3471 0.8227 0.000 0.868 0.072 0.060
#> SRR2013754 2 0.2761 0.8554 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.6508 0.4347 0.000 0.600 0.296 0.104
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.6375 0.4851 0.000 0.624 0.272 0.104
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0657 0.9179 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2013740 2 0.2761 0.8554 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0657 0.9183 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.2761 0.8556 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.6104 0.5588 0.000 0.664 0.232 0.104
#> SRR2013728 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013727 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013726 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013725 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013724 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013723 2 0.6637 0.3708 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.2761 0.8554 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.2761 0.8554 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0817 0.9135 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5867 0.5959 0.000 0.688 0.216 0.096
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.2926 0.8483 0.000 0.896 0.048 0.056
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0188 0.9260 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.1151 0.9083 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.6326 0.5009 0.000 0.632 0.264 0.104
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.6220 0.5310 0.000 0.648 0.248 0.104
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0804 0.9158 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9285 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013673 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013671 3 0.0469 0.8989 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013672 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013670 3 0.7516 0.2529 0.000 0.200 0.472 0.328
#> SRR2013669 3 0.2530 0.8361 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013668 3 0.2530 0.8361 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013667 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013666 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013665 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013662 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013663 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013664 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013661 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013660 3 0.0336 0.9021 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013659 3 0.7877 0.1631 0.000 0.304 0.388 0.308
#> SRR2013658 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013657 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013656 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013654 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013655 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013653 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013652 3 0.3311 0.7776 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR2013651 3 0.2530 0.8361 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013650 3 0.3688 0.7451 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR2013649 3 0.3764 0.7340 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR2013647 1 0.1637 0.9158 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013648 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013646 3 0.3528 0.7578 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR2013645 3 0.0188 0.9047 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013644 3 0.2530 0.8361 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2013643 1 0.5877 0.5471 0.656 0.000 0.276 0.068
#> SRR2013642 1 0.6319 0.4392 0.604 0.000 0.312 0.084
#> SRR2013640 1 0.0336 0.9312 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013641 1 0.6319 0.4393 0.604 0.000 0.312 0.084
#> SRR2013639 1 0.5532 0.6294 0.704 0.000 0.228 0.068
#> SRR2013638 1 0.5537 0.5846 0.688 0.000 0.256 0.056
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.5994 0.5061 0.636 0.000 0.296 0.068
#> SRR2013635 1 0.5925 0.5293 0.648 0.000 0.284 0.068
#> SRR2013634 1 0.5432 0.6502 0.716 0.000 0.216 0.068
#> SRR2013633 1 0.0817 0.9290 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013631 4 0.2334 0.8636 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR2013632 1 0.7482 0.2197 0.516 0.008 0.316 0.160
#> SRR2013629 4 0.2973 0.8261 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR2013630 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013628 4 0.4697 0.4286 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR2013626 4 0.4605 0.4885 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR2013625 1 0.5321 0.6426 0.716 0.000 0.228 0.056
#> SRR2013627 1 0.7116 0.3016 0.548 0.004 0.312 0.136
#> SRR2013624 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013623 4 0.4981 0.0897 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR2013622 1 0.0817 0.9294 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013621 1 0.1305 0.9253 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013613 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.2011 0.9062 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013611 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013609 1 0.0336 0.9322 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013596 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013593 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013592 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013590 4 0.2149 0.8644 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR2013588 4 0.1637 0.8626 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR2013587 4 0.1716 0.8643 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013589 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013586 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013585 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013584 4 0.5159 0.3378 0.364 0.000 0.012 0.624
#> SRR2013583 1 0.1637 0.9117 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013582 1 0.3400 0.8407 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013581 1 0.1389 0.9180 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013580 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013579 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013578 1 0.0707 0.9298 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013577 1 0.1637 0.9140 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013576 1 0.3356 0.8444 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013575 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013574 1 0.0817 0.9284 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013572 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013573 1 0.1867 0.9079 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013571 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013569 1 0.2704 0.8819 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013570 1 0.2676 0.8905 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR2013568 1 0.1792 0.9094 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013567 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013566 1 0.3400 0.8407 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013564 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013565 1 0.1211 0.9219 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013563 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013561 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013560 4 0.1557 0.8615 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR2013562 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013558 4 0.1716 0.8643 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR2013559 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013556 1 0.3356 0.8440 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013557 1 0.3400 0.8407 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013554 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013553 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013555 4 0.5912 0.1242 0.440 0.000 0.036 0.524
#> SRR2013552 1 0.3219 0.8549 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013551 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013550 1 0.3400 0.8407 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013548 1 0.6171 0.4035 0.588 0.000 0.064 0.348
#> SRR2013549 1 0.5268 0.4542 0.592 0.000 0.012 0.396
#> SRR2013546 1 0.3400 0.8407 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013545 1 0.0707 0.9303 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013544 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013547 1 0.3444 0.8369 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013543 1 0.1940 0.9050 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013542 1 0.1022 0.9253 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013541 4 0.2408 0.8495 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2013540 1 0.1022 0.9252 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013539 4 0.2867 0.8436 0.012 0.000 0.104 0.884
#> SRR2013538 1 0.4194 0.7739 0.764 0.000 0.008 0.228
#> SRR2013537 1 0.3356 0.8440 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013535 1 0.0188 0.9324 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013536 1 0.1302 0.9201 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013534 1 0.3356 0.8444 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013532 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013533 4 0.1557 0.8615 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR2013531 4 0.2011 0.8681 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013529 1 0.1474 0.9170 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013530 4 0.3243 0.7294 0.088 0.000 0.036 0.876
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0336 0.9316 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0592 0.9308 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013524 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013523 1 0.2089 0.9074 0.932 0.000 0.020 0.048
#> SRR2013522 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013521 1 0.0188 0.9324 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0817 0.9295 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013518 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.1940 0.9092 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013513 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013512 1 0.0188 0.9324 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013511 1 0.1389 0.9191 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013510 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013508 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013509 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013505 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013506 1 0.0921 0.9277 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013507 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013504 1 0.1022 0.9269 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013503 1 0.3583 0.8368 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR2013502 1 0.2760 0.8779 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013501 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013500 1 0.0469 0.9313 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013499 1 0.0921 0.9283 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013498 1 0.2921 0.8715 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013497 1 0.2760 0.8778 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013495 1 0.1716 0.9136 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013496 1 0.3123 0.8600 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013492 1 0.2921 0.8710 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013494 1 0.2921 0.8706 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013490 1 0.0336 0.9316 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013489 1 0.3311 0.8479 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013488 1 0.2868 0.8733 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013487 1 0.2814 0.8757 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013486 1 0.0336 0.9316 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013485 1 0.0188 0.9324 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.2345 0.8915 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013482 1 0.2704 0.8798 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013481 1 0.0469 0.9310 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.2647 0.8808 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.2589 0.8815 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0469 0.9313 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.2589 0.8815 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0707 0.9292 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.1557 0.9154 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.2589 0.8815 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.2469 0.8867 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9329 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013446 1 0.5491 0.5819 0.688 0.000 0.260 0.052
#> SRR2013445 1 0.2179 0.9072 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR2013444 1 0.0188 0.9323 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.4866 0.2493 0.620 0.000 0.036 0.000 0.344
#> SRR2013442 1 0.2629 0.6727 0.860 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR2013769 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0290 0.7659 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0290 0.7659 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013762 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0290 0.9474 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.1041 0.9403 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013755 2 0.3810 0.7554 0.000 0.812 0.000 0.088 0.100
#> SRR2013754 2 0.3410 0.7965 0.000 0.840 0.000 0.068 0.092
#> SRR2013753 2 0.0162 0.9475 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0162 0.9475 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013750 2 0.0290 0.9466 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013749 5 0.5844 0.2413 0.000 0.368 0.000 0.104 0.528
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0404 0.9480 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013745 5 0.5895 0.1733 0.000 0.396 0.000 0.104 0.500
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0162 0.9485 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0693 0.9385 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013740 2 0.3471 0.7909 0.000 0.836 0.000 0.072 0.092
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013736 2 0.0794 0.9441 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013735 2 0.0510 0.9479 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013734 2 0.0794 0.9441 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013733 2 0.1216 0.9350 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013731 2 0.0404 0.9481 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013732 2 0.3119 0.8329 0.000 0.860 0.000 0.068 0.072
#> SRR2013730 2 0.0510 0.9473 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013729 2 0.5932 -0.0446 0.000 0.456 0.000 0.104 0.440
#> SRR2013728 5 0.5731 0.3124 0.000 0.328 0.000 0.104 0.568
#> SRR2013727 5 0.5731 0.3124 0.000 0.328 0.000 0.104 0.568
#> SRR2013726 5 0.5731 0.3124 0.000 0.328 0.000 0.104 0.568
#> SRR2013725 5 0.5731 0.3124 0.000 0.328 0.000 0.104 0.568
#> SRR2013724 5 0.5965 0.3021 0.000 0.328 0.000 0.128 0.544
#> SRR2013723 5 0.5731 0.3124 0.000 0.328 0.000 0.104 0.568
#> SRR2013722 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013721 2 0.2859 0.8360 0.000 0.876 0.000 0.068 0.056
#> SRR2013720 2 0.0703 0.9452 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013718 2 0.4170 0.7381 0.000 0.780 0.000 0.080 0.140
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0880 0.9417 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0671 0.9377 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0404 0.9475 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5739 0.2639 0.000 0.556 0.000 0.100 0.344
#> SRR2013699 2 0.0290 0.9483 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013698 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013697 2 0.0404 0.9480 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1043 0.9374 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013694 2 0.3239 0.8289 0.000 0.852 0.000 0.068 0.080
#> SRR2013693 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013692 2 0.0510 0.9473 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013689 2 0.0963 0.9395 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013687 2 0.1121 0.9352 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013688 2 0.2293 0.8853 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR2013686 2 0.1043 0.9383 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013683 5 0.5919 0.1172 0.000 0.416 0.000 0.104 0.480
#> SRR2013684 2 0.0794 0.9437 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013681 2 0.5929 -0.0137 0.000 0.464 0.000 0.104 0.432
#> SRR2013680 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013679 2 0.1568 0.9239 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR2013678 2 0.0609 0.9464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013677 2 0.0290 0.9483 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013676 2 0.0510 0.9473 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013673 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013671 3 0.4798 0.9267 0.000 0.000 0.580 0.024 0.396
#> SRR2013672 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013670 4 0.7271 0.1820 0.000 0.144 0.060 0.464 0.332
#> SRR2013669 3 0.6432 0.7652 0.000 0.000 0.484 0.196 0.320
#> SRR2013668 3 0.6432 0.7652 0.000 0.000 0.484 0.196 0.320
#> SRR2013667 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013666 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013665 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013662 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013663 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013664 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013661 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013660 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013659 5 0.7570 -0.0228 0.000 0.212 0.052 0.368 0.368
#> SRR2013658 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013657 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013656 3 0.4744 0.9284 0.000 0.000 0.572 0.020 0.408
#> SRR2013654 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013655 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013653 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013652 3 0.6809 0.5676 0.000 0.000 0.368 0.312 0.320
#> SRR2013651 3 0.6432 0.7652 0.000 0.000 0.484 0.196 0.320
#> SRR2013650 4 0.6804 -0.4946 0.000 0.000 0.340 0.364 0.296
#> SRR2013649 4 0.6744 -0.3955 0.000 0.000 0.324 0.404 0.272
#> SRR2013647 1 0.6218 0.5600 0.544 0.000 0.300 0.004 0.152
#> SRR2013648 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013646 3 0.6809 0.5676 0.000 0.000 0.368 0.312 0.320
#> SRR2013645 3 0.4649 0.9324 0.000 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR2013644 3 0.6432 0.7652 0.000 0.000 0.484 0.196 0.320
#> SRR2013643 5 0.7079 0.3769 0.280 0.000 0.248 0.020 0.452
#> SRR2013642 5 0.7159 0.4434 0.236 0.000 0.148 0.076 0.540
#> SRR2013640 1 0.3201 0.7294 0.852 0.000 0.052 0.000 0.096
#> SRR2013641 5 0.7230 0.4566 0.240 0.000 0.168 0.068 0.524
#> SRR2013639 5 0.6623 0.3444 0.300 0.000 0.248 0.000 0.452
#> SRR2013638 5 0.6623 0.3444 0.300 0.000 0.248 0.000 0.452
#> SRR2013637 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013636 5 0.7064 0.3818 0.280 0.000 0.244 0.020 0.456
#> SRR2013635 5 0.6623 0.3444 0.300 0.000 0.248 0.000 0.452
#> SRR2013634 5 0.6674 0.2742 0.324 0.000 0.248 0.000 0.428
#> SRR2013633 1 0.5467 0.6536 0.624 0.000 0.276 0.000 0.100
#> SRR2013631 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013632 5 0.7683 0.3680 0.156 0.000 0.156 0.184 0.504
#> SRR2013629 4 0.0703 0.8772 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013630 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013628 4 0.3895 0.7313 0.008 0.000 0.032 0.796 0.164
#> SRR2013626 4 0.2233 0.8008 0.000 0.000 0.004 0.892 0.104
#> SRR2013625 5 0.6995 0.1018 0.356 0.000 0.264 0.008 0.372
#> SRR2013627 5 0.7503 0.3808 0.176 0.000 0.136 0.160 0.528
#> SRR2013624 1 0.5087 0.6561 0.700 0.000 0.148 0.000 0.152
#> SRR2013623 4 0.5042 0.6034 0.008 0.000 0.096 0.716 0.180
#> SRR2013622 1 0.4395 0.7200 0.704 0.000 0.272 0.012 0.012
#> SRR2013621 1 0.4469 0.7195 0.704 0.000 0.268 0.016 0.012
#> SRR2013620 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013619 1 0.0404 0.7637 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013617 1 0.0794 0.7554 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013618 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013616 1 0.1270 0.7412 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013615 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013614 1 0.0510 0.7642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013613 1 0.0798 0.7692 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013612 1 0.0693 0.7665 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013610 1 0.4419 0.6978 0.644 0.000 0.344 0.008 0.004
#> SRR2013611 1 0.0992 0.7692 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR2013609 1 0.3563 0.7423 0.780 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR2013608 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013606 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013605 1 0.0451 0.7664 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013607 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013604 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013603 1 0.0324 0.7653 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013602 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013601 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013600 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013599 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013598 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013596 1 0.0703 0.7627 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013597 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0510 0.7637 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013593 1 0.1851 0.7136 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013592 1 0.3282 0.6113 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188
#> SRR2013591 1 0.2970 0.6383 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR2013590 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013588 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013587 4 0.0579 0.8834 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR2013589 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013586 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013585 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013584 4 0.7029 -0.0854 0.340 0.000 0.204 0.436 0.020
#> SRR2013583 1 0.4757 0.6822 0.628 0.000 0.348 0.012 0.012
#> SRR2013582 1 0.4752 0.6385 0.568 0.000 0.412 0.020 0.000
#> SRR2013581 1 0.4661 0.6979 0.652 0.000 0.324 0.012 0.012
#> SRR2013580 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013579 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013578 1 0.4067 0.7144 0.692 0.000 0.300 0.000 0.008
#> SRR2013577 1 0.4684 0.7048 0.664 0.000 0.308 0.016 0.012
#> SRR2013576 1 0.4674 0.6386 0.568 0.000 0.416 0.016 0.000
#> SRR2013575 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013574 1 0.4568 0.7075 0.672 0.000 0.304 0.012 0.012
#> SRR2013572 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013573 1 0.4866 0.6785 0.620 0.000 0.352 0.016 0.012
#> SRR2013571 4 0.1012 0.8756 0.000 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR2013569 1 0.4489 0.6420 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR2013570 1 0.5853 0.6311 0.572 0.000 0.340 0.072 0.016
#> SRR2013568 1 0.4925 0.6821 0.624 0.000 0.344 0.020 0.012
#> SRR2013567 4 0.1018 0.8760 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR2013566 1 0.4582 0.6421 0.572 0.000 0.416 0.012 0.000
#> SRR2013564 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013565 1 0.4591 0.6936 0.648 0.000 0.332 0.008 0.012
#> SRR2013563 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013561 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013560 4 0.0693 0.8827 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR2013562 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013558 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013559 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013556 1 0.4582 0.6421 0.572 0.000 0.416 0.012 0.000
#> SRR2013557 1 0.4582 0.6421 0.572 0.000 0.416 0.012 0.000
#> SRR2013554 4 0.1216 0.8722 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR2013553 1 0.4283 0.7168 0.692 0.000 0.292 0.004 0.012
#> SRR2013555 1 0.7098 0.1440 0.384 0.000 0.236 0.364 0.016
#> SRR2013552 1 0.4489 0.6420 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR2013551 1 0.4380 0.7166 0.692 0.000 0.288 0.008 0.012
#> SRR2013550 1 0.4674 0.6386 0.568 0.000 0.416 0.016 0.000
#> SRR2013548 1 0.7039 0.4192 0.480 0.000 0.260 0.236 0.024
#> SRR2013549 1 0.6300 0.3243 0.488 0.000 0.164 0.348 0.000
#> SRR2013546 1 0.4674 0.6386 0.568 0.000 0.416 0.016 0.000
#> SRR2013545 1 0.4684 0.7057 0.664 0.000 0.308 0.016 0.012
#> SRR2013544 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013547 1 0.5294 0.6282 0.564 0.000 0.380 0.056 0.000
#> SRR2013543 1 0.5117 0.6735 0.612 0.000 0.348 0.016 0.024
#> SRR2013542 1 0.4325 0.7126 0.684 0.000 0.300 0.004 0.012
#> SRR2013541 4 0.1117 0.8750 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR2013540 1 0.4046 0.7146 0.696 0.000 0.296 0.000 0.008
#> SRR2013539 4 0.2374 0.8264 0.020 0.000 0.052 0.912 0.016
#> SRR2013538 1 0.6431 0.4021 0.500 0.000 0.216 0.284 0.000
#> SRR2013537 1 0.5036 0.6279 0.556 0.000 0.416 0.012 0.016
#> SRR2013535 1 0.3282 0.7505 0.804 0.000 0.188 0.000 0.008
#> SRR2013536 1 0.4695 0.6937 0.644 0.000 0.332 0.012 0.012
#> SRR2013534 1 0.4851 0.6322 0.560 0.000 0.420 0.008 0.012
#> SRR2013532 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013533 4 0.0807 0.8824 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2013531 4 0.0451 0.8840 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2013529 1 0.4735 0.7107 0.668 0.000 0.300 0.012 0.020
#> SRR2013530 4 0.3008 0.7694 0.036 0.000 0.092 0.868 0.004
#> SRR2013528 1 0.1697 0.7703 0.932 0.000 0.060 0.000 0.008
#> SRR2013527 1 0.4194 0.7203 0.708 0.000 0.276 0.004 0.012
#> SRR2013526 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013525 1 0.4855 0.6918 0.720 0.000 0.168 0.000 0.112
#> SRR2013524 1 0.4446 0.6596 0.592 0.000 0.400 0.008 0.000
#> SRR2013523 1 0.6458 0.4460 0.492 0.000 0.292 0.000 0.216
#> SRR2013522 1 0.5738 0.6188 0.604 0.000 0.264 0.000 0.132
#> SRR2013521 1 0.3074 0.7517 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013520 1 0.4715 0.7086 0.672 0.000 0.296 0.020 0.012
#> SRR2013518 1 0.5421 0.6589 0.628 0.000 0.276 0.000 0.096
#> SRR2013517 1 0.2953 0.7576 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR2013516 1 0.2293 0.7685 0.900 0.000 0.084 0.000 0.016
#> SRR2013514 1 0.1579 0.7691 0.944 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR2013515 1 0.5916 0.6009 0.528 0.000 0.372 0.004 0.096
#> SRR2013513 1 0.6183 0.5443 0.492 0.000 0.392 0.008 0.108
#> SRR2013512 1 0.3123 0.7611 0.828 0.000 0.160 0.000 0.012
#> SRR2013511 1 0.5962 0.5664 0.584 0.000 0.248 0.000 0.168
#> SRR2013510 1 0.6406 0.5049 0.476 0.000 0.380 0.008 0.136
#> SRR2013508 1 0.1484 0.7704 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2013509 1 0.3754 0.7280 0.816 0.000 0.100 0.000 0.084
#> SRR2013505 1 0.4455 0.6554 0.588 0.000 0.404 0.008 0.000
#> SRR2013506 1 0.4774 0.6949 0.644 0.000 0.328 0.016 0.012
#> SRR2013507 1 0.3835 0.7276 0.744 0.000 0.244 0.000 0.012
#> SRR2013504 1 0.4929 0.6920 0.640 0.000 0.324 0.024 0.012
#> SRR2013503 1 0.6742 0.4915 0.452 0.000 0.404 0.036 0.108
#> SRR2013502 1 0.5719 0.5932 0.520 0.000 0.408 0.008 0.064
#> SRR2013501 1 0.5813 0.5871 0.516 0.000 0.404 0.008 0.072
#> SRR2013500 1 0.4607 0.7073 0.664 0.000 0.312 0.012 0.012
#> SRR2013499 1 0.4625 0.7021 0.660 0.000 0.316 0.012 0.012
#> SRR2013498 1 0.4392 0.6737 0.612 0.000 0.380 0.008 0.000
#> SRR2013497 1 0.4489 0.6420 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR2013495 1 0.4739 0.6996 0.652 0.000 0.320 0.016 0.012
#> SRR2013496 1 0.4674 0.6386 0.568 0.000 0.416 0.016 0.000
#> SRR2013492 1 0.4464 0.6526 0.584 0.000 0.408 0.008 0.000
#> SRR2013494 1 0.4473 0.6491 0.580 0.000 0.412 0.008 0.000
#> SRR2013493 1 0.0798 0.7687 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013491 1 0.5163 0.6315 0.556 0.000 0.408 0.008 0.028
#> SRR2013490 1 0.3996 0.7369 0.752 0.000 0.228 0.008 0.012
#> SRR2013489 1 0.4590 0.6385 0.568 0.000 0.420 0.012 0.000
#> SRR2013488 1 0.4473 0.6493 0.580 0.000 0.412 0.008 0.000
#> SRR2013487 1 0.4464 0.6526 0.584 0.000 0.408 0.008 0.000
#> SRR2013486 1 0.3229 0.7607 0.840 0.000 0.128 0.000 0.032
#> SRR2013485 1 0.4683 0.7098 0.732 0.000 0.176 0.000 0.092
#> SRR2013484 1 0.0981 0.7668 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR2013483 1 0.2411 0.7487 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR2013482 1 0.5516 0.6236 0.552 0.000 0.388 0.008 0.052
#> SRR2013481 1 0.1612 0.7654 0.948 0.000 0.024 0.016 0.012
#> SRR2013479 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0324 0.7647 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0451 0.7651 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013476 1 0.0693 0.7666 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013474 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013473 1 0.5542 0.6649 0.632 0.000 0.276 0.008 0.084
#> SRR2013475 1 0.0798 0.7662 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013472 1 0.0693 0.7666 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013471 1 0.4635 0.7043 0.744 0.000 0.184 0.008 0.064
#> SRR2013470 1 0.1908 0.7199 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013469 1 0.1356 0.7677 0.956 0.000 0.028 0.004 0.012
#> SRR2013468 1 0.0404 0.7618 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013467 1 0.4652 0.7132 0.700 0.000 0.260 0.008 0.032
#> SRR2013466 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013465 1 0.1507 0.7654 0.952 0.000 0.012 0.012 0.024
#> SRR2013463 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013462 1 0.1967 0.7632 0.932 0.000 0.036 0.020 0.012
#> SRR2013464 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013461 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013460 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013459 1 0.0324 0.7647 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.2630 0.7588 0.892 0.000 0.080 0.016 0.012
#> SRR2013457 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013456 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013455 1 0.0693 0.7666 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013453 1 0.4046 0.7261 0.780 0.000 0.180 0.008 0.032
#> SRR2013454 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013452 1 0.3521 0.7393 0.808 0.000 0.172 0.008 0.012
#> SRR2013451 1 0.1200 0.7675 0.964 0.000 0.016 0.008 0.012
#> SRR2013450 1 0.0290 0.7629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013449 1 0.0162 0.7656 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0162 0.7640 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.1908 0.7157 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013446 5 0.6586 0.3517 0.304 0.000 0.236 0.000 0.460
#> SRR2013445 1 0.5761 0.5747 0.636 0.000 0.180 0.004 0.180
#> SRR2013444 1 0.3280 0.6238 0.812 0.000 0.012 0.000 0.176
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.4178 0.7011 0.728 0.000 0.000 0.004 0.060 0.208
#> SRR2013442 1 0.2696 0.8480 0.872 0.000 0.000 0.004 0.048 0.076
#> SRR2013769 1 0.0858 0.8864 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013768 1 0.0260 0.8846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013767 1 0.0260 0.8846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013765 1 0.0146 0.8863 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013766 1 0.0692 0.8881 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013764 1 0.0858 0.8865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013763 1 0.0777 0.8889 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013762 1 0.0508 0.8880 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013761 1 0.0692 0.8918 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0146 0.9624 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013755 2 0.3771 0.6718 0.000 0.764 0.000 0.056 0.180 0.000
#> SRR2013754 2 0.3356 0.7446 0.000 0.808 0.000 0.052 0.140 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0260 0.9596 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013749 5 0.3098 0.9672 0.000 0.088 0.004 0.064 0.844 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3098 0.9672 0.000 0.088 0.004 0.064 0.844 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0622 0.9476 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR2013740 2 0.3455 0.7321 0.000 0.800 0.000 0.056 0.144 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013736 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013735 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013734 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013733 2 0.1265 0.9263 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.3276 0.7595 0.000 0.816 0.000 0.052 0.132 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 5 0.3469 0.9419 0.000 0.120 0.004 0.064 0.812 0.000
#> SRR2013728 5 0.3104 0.9665 0.000 0.084 0.004 0.068 0.844 0.000
#> SRR2013727 5 0.3104 0.9665 0.000 0.084 0.004 0.068 0.844 0.000
#> SRR2013726 5 0.3159 0.9648 0.000 0.084 0.004 0.072 0.840 0.000
#> SRR2013725 5 0.3047 0.9656 0.000 0.084 0.004 0.064 0.848 0.000
#> SRR2013724 5 0.3368 0.9475 0.000 0.084 0.004 0.088 0.824 0.000
#> SRR2013723 5 0.3159 0.9648 0.000 0.084 0.004 0.072 0.840 0.000
#> SRR2013722 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013721 2 0.3107 0.7776 0.000 0.832 0.000 0.052 0.116 0.000
#> SRR2013720 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013718 2 0.3803 0.6710 0.000 0.760 0.000 0.056 0.184 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0260 0.9606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0363 0.9547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.3925 0.8749 0.000 0.168 0.004 0.064 0.764 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0937 0.9366 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013694 2 0.3980 0.6297 0.000 0.732 0.000 0.052 0.216 0.000
#> SRR2013693 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0547 0.9532 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013689 2 0.0692 0.9509 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR2013687 2 0.0937 0.9366 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013688 2 0.4057 0.2311 0.000 0.600 0.000 0.012 0.388 0.000
#> SRR2013686 2 0.0260 0.9611 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013683 5 0.3148 0.9655 0.000 0.092 0.004 0.064 0.840 0.000
#> SRR2013684 2 0.0260 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013681 5 0.3593 0.9273 0.000 0.132 0.004 0.064 0.800 0.000
#> SRR2013680 2 0.0146 0.9626 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013679 2 0.1807 0.8918 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060 0.000
#> SRR2013678 2 0.0458 0.9563 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0146 0.9067 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013671 3 0.0508 0.8942 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.5912 0.3567 0.000 0.064 0.056 0.568 0.304 0.008
#> SRR2013669 3 0.5874 0.3896 0.000 0.000 0.556 0.212 0.216 0.016
#> SRR2013668 3 0.5874 0.3896 0.000 0.000 0.556 0.212 0.216 0.016
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.6445 -0.0501 0.000 0.104 0.052 0.448 0.388 0.008
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.1141 0.8686 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.6347 0.1204 0.000 0.000 0.340 0.412 0.232 0.016
#> SRR2013651 3 0.5852 0.3954 0.000 0.000 0.560 0.212 0.212 0.016
#> SRR2013650 4 0.6333 0.1844 0.000 0.000 0.312 0.432 0.240 0.016
#> SRR2013649 4 0.6191 0.2760 0.000 0.000 0.268 0.484 0.232 0.016
#> SRR2013647 6 0.4011 0.6440 0.304 0.000 0.000 0.000 0.024 0.672
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.6297 0.2092 0.000 0.000 0.308 0.444 0.232 0.016
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.5874 0.3896 0.000 0.000 0.556 0.212 0.216 0.016
#> SRR2013643 6 0.5354 0.6078 0.264 0.000 0.000 0.004 0.140 0.592
#> SRR2013642 6 0.6487 0.5668 0.224 0.000 0.000 0.056 0.204 0.516
#> SRR2013640 1 0.3463 0.6803 0.748 0.000 0.000 0.004 0.008 0.240
#> SRR2013641 6 0.6369 0.5775 0.240 0.000 0.000 0.048 0.188 0.524
#> SRR2013639 6 0.5420 0.5902 0.272 0.000 0.000 0.004 0.144 0.580
#> SRR2013638 6 0.5510 0.5800 0.272 0.000 0.000 0.004 0.156 0.568
#> SRR2013637 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013636 6 0.5698 0.5852 0.264 0.000 0.000 0.012 0.160 0.564
#> SRR2013635 6 0.5434 0.5949 0.268 0.000 0.000 0.004 0.148 0.580
#> SRR2013634 6 0.4943 0.6284 0.272 0.000 0.000 0.004 0.092 0.632
#> SRR2013633 6 0.4122 0.6401 0.316 0.000 0.000 0.004 0.020 0.660
#> SRR2013631 4 0.1584 0.8358 0.000 0.000 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR2013632 6 0.6728 0.4099 0.072 0.000 0.008 0.176 0.220 0.524
#> SRR2013629 4 0.1888 0.8339 0.000 0.000 0.004 0.916 0.068 0.012
#> SRR2013630 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013628 4 0.3912 0.7415 0.000 0.000 0.008 0.776 0.148 0.068
#> SRR2013626 4 0.3018 0.7520 0.000 0.000 0.004 0.816 0.168 0.012
#> SRR2013625 6 0.4885 0.6503 0.260 0.000 0.000 0.004 0.092 0.644
#> SRR2013627 6 0.6831 0.4748 0.108 0.000 0.008 0.156 0.196 0.532
#> SRR2013624 1 0.4600 -0.1120 0.500 0.000 0.000 0.004 0.028 0.468
#> SRR2013623 4 0.4579 0.6895 0.000 0.000 0.028 0.740 0.132 0.100
#> SRR2013622 6 0.3037 0.7977 0.160 0.000 0.000 0.016 0.004 0.820
#> SRR2013621 6 0.3048 0.8002 0.152 0.000 0.000 0.020 0.004 0.824
#> SRR2013620 1 0.0665 0.8890 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR2013619 1 0.0713 0.8912 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013617 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013618 1 0.0603 0.8912 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013616 1 0.0858 0.8895 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2013615 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013614 1 0.1411 0.8795 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR2013613 1 0.2442 0.8008 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2013612 1 0.1010 0.8844 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013610 6 0.3353 0.7979 0.156 0.000 0.000 0.008 0.028 0.808
#> SRR2013611 1 0.2996 0.6529 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013609 6 0.3819 0.5798 0.372 0.000 0.000 0.004 0.000 0.624
#> SRR2013608 1 0.0603 0.8899 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013606 1 0.0260 0.8846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013605 1 0.1219 0.8835 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2013607 1 0.0622 0.8880 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013604 1 0.0520 0.8881 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013603 1 0.1285 0.8842 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013602 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013601 1 0.0653 0.8903 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013600 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013599 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013598 1 0.0837 0.8915 0.972 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR2013596 1 0.1082 0.8873 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR2013597 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013595 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013594 1 0.1010 0.8879 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2013593 1 0.1194 0.8893 0.956 0.000 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR2013592 1 0.3141 0.8156 0.832 0.000 0.000 0.004 0.040 0.124
#> SRR2013591 1 0.3161 0.8221 0.840 0.000 0.000 0.004 0.076 0.080
#> SRR2013590 4 0.1398 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR2013588 4 0.0806 0.8409 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR2013587 4 0.1151 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR2013589 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013586 4 0.1124 0.8410 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR2013585 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013584 6 0.5218 0.3128 0.076 0.000 0.000 0.376 0.008 0.540
#> SRR2013583 6 0.2701 0.8047 0.104 0.000 0.000 0.028 0.004 0.864
#> SRR2013582 6 0.2696 0.7654 0.032 0.000 0.000 0.032 0.052 0.884
#> SRR2013581 6 0.2715 0.8045 0.112 0.000 0.000 0.024 0.004 0.860
#> SRR2013580 4 0.1668 0.8196 0.000 0.000 0.004 0.928 0.008 0.060
#> SRR2013579 4 0.1268 0.8306 0.000 0.000 0.004 0.952 0.008 0.036
#> SRR2013578 6 0.2882 0.7901 0.180 0.000 0.000 0.008 0.000 0.812
#> SRR2013577 6 0.2747 0.8029 0.108 0.000 0.000 0.028 0.004 0.860
#> SRR2013576 6 0.2287 0.7727 0.036 0.000 0.000 0.012 0.048 0.904
#> SRR2013575 4 0.1845 0.8112 0.000 0.000 0.004 0.916 0.008 0.072
#> SRR2013574 6 0.2830 0.8061 0.144 0.000 0.000 0.020 0.000 0.836
#> SRR2013572 4 0.1477 0.8262 0.000 0.000 0.004 0.940 0.008 0.048
#> SRR2013573 6 0.2249 0.7963 0.064 0.000 0.000 0.032 0.004 0.900
#> SRR2013571 4 0.1390 0.8312 0.000 0.000 0.004 0.948 0.016 0.032
#> SRR2013569 6 0.2250 0.7893 0.064 0.000 0.000 0.000 0.040 0.896
#> SRR2013570 6 0.2883 0.7891 0.068 0.000 0.000 0.060 0.008 0.864
#> SRR2013568 6 0.2474 0.7996 0.080 0.000 0.000 0.032 0.004 0.884
#> SRR2013567 4 0.1194 0.8315 0.000 0.000 0.004 0.956 0.008 0.032
#> SRR2013566 6 0.2287 0.7727 0.036 0.000 0.000 0.012 0.048 0.904
#> SRR2013564 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013565 6 0.2886 0.8055 0.144 0.000 0.000 0.016 0.004 0.836
#> SRR2013563 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013561 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013560 4 0.0909 0.8405 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR2013562 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013558 4 0.1151 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR2013559 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013556 6 0.2278 0.7789 0.044 0.000 0.000 0.004 0.052 0.900
#> SRR2013557 6 0.2287 0.7727 0.036 0.000 0.000 0.012 0.048 0.904
#> SRR2013554 4 0.1728 0.8170 0.000 0.000 0.004 0.924 0.008 0.064
#> SRR2013553 6 0.2737 0.8018 0.160 0.000 0.000 0.004 0.004 0.832
#> SRR2013555 6 0.4767 0.5411 0.052 0.000 0.004 0.288 0.008 0.648
#> SRR2013552 6 0.2257 0.7769 0.040 0.000 0.000 0.008 0.048 0.904
#> SRR2013551 6 0.2946 0.7895 0.184 0.000 0.000 0.004 0.004 0.808
#> SRR2013550 6 0.2550 0.7712 0.036 0.000 0.000 0.024 0.048 0.892
#> SRR2013548 6 0.3748 0.6752 0.028 0.000 0.000 0.204 0.008 0.760
#> SRR2013549 4 0.4522 0.4230 0.020 0.000 0.000 0.616 0.016 0.348
#> SRR2013546 6 0.2245 0.7753 0.036 0.000 0.000 0.016 0.040 0.908
#> SRR2013545 6 0.2383 0.8068 0.096 0.000 0.000 0.024 0.000 0.880
#> SRR2013544 4 0.1410 0.8281 0.000 0.000 0.004 0.944 0.008 0.044
#> SRR2013547 6 0.2972 0.7596 0.032 0.000 0.000 0.052 0.048 0.868
#> SRR2013543 6 0.2152 0.8006 0.068 0.000 0.000 0.024 0.004 0.904
#> SRR2013542 6 0.2714 0.8067 0.136 0.000 0.000 0.012 0.004 0.848
#> SRR2013541 4 0.1410 0.8281 0.000 0.000 0.004 0.944 0.008 0.044
#> SRR2013540 6 0.2955 0.7942 0.172 0.000 0.000 0.008 0.004 0.816
#> SRR2013539 4 0.2673 0.7548 0.004 0.000 0.004 0.856 0.008 0.128
#> SRR2013538 6 0.4835 0.1579 0.024 0.000 0.000 0.420 0.020 0.536
#> SRR2013537 6 0.2146 0.7813 0.044 0.000 0.000 0.004 0.044 0.908
#> SRR2013535 6 0.3851 0.3684 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013536 6 0.2575 0.8055 0.100 0.000 0.000 0.024 0.004 0.872
#> SRR2013534 6 0.2138 0.7738 0.036 0.000 0.000 0.004 0.052 0.908
#> SRR2013532 4 0.1265 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013533 4 0.0993 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR2013531 4 0.1265 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2013529 6 0.3376 0.7914 0.180 0.000 0.000 0.024 0.004 0.792
#> SRR2013530 4 0.2865 0.7469 0.008 0.000 0.000 0.840 0.012 0.140
#> SRR2013528 1 0.2994 0.6979 0.788 0.000 0.000 0.000 0.004 0.208
#> SRR2013527 6 0.3087 0.7950 0.176 0.000 0.000 0.012 0.004 0.808
#> SRR2013526 1 0.0767 0.8903 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR2013525 6 0.4195 0.3985 0.440 0.000 0.000 0.004 0.008 0.548
#> SRR2013524 6 0.2608 0.7912 0.080 0.000 0.000 0.000 0.048 0.872
#> SRR2013523 6 0.4064 0.7144 0.236 0.000 0.000 0.004 0.040 0.720
#> SRR2013522 6 0.4161 0.5878 0.348 0.000 0.000 0.004 0.016 0.632
#> SRR2013521 6 0.3890 0.4941 0.400 0.000 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR2013519 1 0.0603 0.8912 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013520 6 0.3013 0.8034 0.140 0.000 0.000 0.024 0.004 0.832
#> SRR2013518 6 0.3894 0.6300 0.324 0.000 0.000 0.004 0.008 0.664
#> SRR2013517 1 0.3915 0.1153 0.584 0.000 0.000 0.000 0.004 0.412
#> SRR2013516 1 0.3360 0.6154 0.732 0.000 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR2013514 1 0.2149 0.8437 0.888 0.000 0.000 0.004 0.004 0.104
#> SRR2013515 6 0.2942 0.8051 0.132 0.000 0.000 0.000 0.032 0.836
#> SRR2013513 6 0.3344 0.7823 0.152 0.000 0.000 0.000 0.044 0.804
#> SRR2013512 1 0.3894 0.4609 0.664 0.000 0.000 0.008 0.004 0.324
#> SRR2013511 6 0.4414 0.5832 0.336 0.000 0.000 0.004 0.032 0.628
#> SRR2013510 6 0.3487 0.7662 0.168 0.000 0.000 0.000 0.044 0.788
#> SRR2013508 1 0.2662 0.7761 0.840 0.000 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR2013509 1 0.3499 0.5999 0.728 0.000 0.000 0.004 0.004 0.264
#> SRR2013505 6 0.3150 0.7913 0.120 0.000 0.000 0.000 0.052 0.828
#> SRR2013506 6 0.3393 0.7836 0.192 0.000 0.000 0.020 0.004 0.784
#> SRR2013507 6 0.3861 0.6006 0.352 0.000 0.000 0.000 0.008 0.640
#> SRR2013504 6 0.2540 0.8061 0.104 0.000 0.000 0.020 0.004 0.872
#> SRR2013503 6 0.3324 0.7868 0.088 0.000 0.000 0.024 0.048 0.840
#> SRR2013502 6 0.2934 0.7922 0.112 0.000 0.000 0.000 0.044 0.844
#> SRR2013501 6 0.3066 0.7917 0.124 0.000 0.000 0.000 0.044 0.832
#> SRR2013500 6 0.3221 0.7649 0.220 0.000 0.000 0.004 0.004 0.772
#> SRR2013499 6 0.2592 0.8079 0.116 0.000 0.000 0.016 0.004 0.864
#> SRR2013498 6 0.2579 0.7865 0.060 0.000 0.000 0.008 0.048 0.884
#> SRR2013497 6 0.2442 0.7886 0.068 0.000 0.000 0.000 0.048 0.884
#> SRR2013495 6 0.2265 0.8005 0.076 0.000 0.000 0.024 0.004 0.896
#> SRR2013496 6 0.2144 0.7765 0.040 0.000 0.000 0.004 0.048 0.908
#> SRR2013492 6 0.2750 0.7911 0.080 0.000 0.000 0.004 0.048 0.868
#> SRR2013494 6 0.2527 0.7874 0.064 0.000 0.000 0.004 0.048 0.884
#> SRR2013493 1 0.1219 0.8800 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2013491 6 0.2979 0.7927 0.116 0.000 0.000 0.000 0.044 0.840
#> SRR2013490 6 0.4148 0.6171 0.344 0.000 0.000 0.016 0.004 0.636
#> SRR2013489 6 0.2186 0.7734 0.036 0.000 0.000 0.008 0.048 0.908
#> SRR2013488 6 0.2407 0.7840 0.056 0.000 0.000 0.004 0.048 0.892
#> SRR2013487 6 0.2201 0.7825 0.052 0.000 0.000 0.000 0.048 0.900
#> SRR2013486 1 0.3907 0.1596 0.588 0.000 0.000 0.004 0.000 0.408
#> SRR2013485 1 0.4220 -0.1057 0.520 0.000 0.000 0.004 0.008 0.468
#> SRR2013484 1 0.1552 0.8799 0.940 0.000 0.000 0.020 0.004 0.036
#> SRR2013483 1 0.3381 0.7469 0.800 0.000 0.000 0.000 0.044 0.156
#> SRR2013482 6 0.3381 0.7831 0.156 0.000 0.000 0.000 0.044 0.800
#> SRR2013481 1 0.2604 0.8441 0.872 0.000 0.000 0.020 0.008 0.100
#> SRR2013479 1 0.0291 0.8875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013480 1 0.0520 0.8887 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013478 1 0.0717 0.8908 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013477 1 0.0837 0.8909 0.972 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR2013476 1 0.1429 0.8828 0.940 0.000 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR2013474 1 0.0748 0.8912 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013473 1 0.4700 0.0376 0.500 0.000 0.000 0.000 0.044 0.456
#> SRR2013475 1 0.0777 0.8896 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2013472 1 0.1297 0.8858 0.948 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR2013471 1 0.4291 0.5478 0.664 0.000 0.000 0.000 0.044 0.292
#> SRR2013470 1 0.1296 0.8850 0.948 0.000 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR2013469 1 0.1951 0.8688 0.908 0.000 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR2013468 1 0.0653 0.8905 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013467 1 0.4666 0.1711 0.536 0.000 0.000 0.000 0.044 0.420
#> SRR2013466 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013465 1 0.1700 0.8789 0.928 0.000 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR2013463 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013462 1 0.2555 0.8455 0.876 0.000 0.000 0.020 0.008 0.096
#> SRR2013464 1 0.0748 0.8910 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013461 1 0.0405 0.8871 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013460 1 0.0520 0.8887 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013459 1 0.0603 0.8912 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013458 1 0.3594 0.7250 0.768 0.000 0.000 0.008 0.020 0.204
#> SRR2013457 1 0.0508 0.8904 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013456 1 0.0603 0.8912 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013455 1 0.1370 0.8830 0.948 0.000 0.000 0.012 0.004 0.036
#> SRR2013453 1 0.4313 0.5580 0.668 0.000 0.000 0.000 0.048 0.284
#> SRR2013454 1 0.0520 0.8887 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013452 1 0.4087 0.5983 0.688 0.000 0.000 0.000 0.036 0.276
#> SRR2013451 1 0.1826 0.8786 0.924 0.000 0.000 0.020 0.004 0.052
#> SRR2013450 1 0.0653 0.8903 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013449 1 0.0405 0.8890 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013448 1 0.0603 0.8914 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013447 1 0.1364 0.8845 0.944 0.000 0.000 0.004 0.004 0.048
#> SRR2013446 6 0.5468 0.5806 0.276 0.000 0.000 0.004 0.148 0.572
#> SRR2013445 1 0.4511 0.4816 0.620 0.000 0.000 0.000 0.048 0.332
#> SRR2013444 1 0.3683 0.7740 0.784 0.000 0.000 0.004 0.052 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.989 0.4014 0.605 0.605
#> 3 3 1.000 0.975 0.990 0.5271 0.777 0.634
#> 4 4 0.782 0.722 0.880 0.0937 0.911 0.780
#> 5 5 0.841 0.859 0.923 0.0580 0.888 0.695
#> 6 6 0.794 0.787 0.891 0.0361 0.971 0.906
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.2778 0.9472 0.952 0.048
#> SRR2013673 1 0.6973 0.7829 0.812 0.188
#> SRR2013671 1 0.8955 0.5704 0.688 0.312
#> SRR2013672 1 0.2423 0.9545 0.960 0.040
#> SRR2013670 2 0.9993 0.0225 0.484 0.516
#> SRR2013669 1 0.7376 0.7540 0.792 0.208
#> SRR2013668 1 0.6148 0.8321 0.848 0.152
#> SRR2013667 1 0.1843 0.9650 0.972 0.028
#> SRR2013666 1 0.2423 0.9545 0.960 0.040
#> SRR2013665 1 0.1184 0.9751 0.984 0.016
#> SRR2013662 1 0.2236 0.9581 0.964 0.036
#> SRR2013663 1 0.3114 0.9396 0.944 0.056
#> SRR2013664 1 0.8861 0.5864 0.696 0.304
#> SRR2013661 1 0.3431 0.9318 0.936 0.064
#> SRR2013660 1 0.5408 0.8665 0.876 0.124
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.3879 0.9197 0.924 0.076
#> SRR2013657 1 0.4022 0.9155 0.920 0.080
#> SRR2013656 1 0.1633 0.9687 0.976 0.024
#> SRR2013654 1 0.2043 0.9616 0.968 0.032
#> SRR2013655 1 0.2603 0.9509 0.956 0.044
#> SRR2013653 1 0.5737 0.8520 0.864 0.136
#> SRR2013652 1 0.3584 0.9281 0.932 0.068
#> SRR2013651 1 0.7139 0.7716 0.804 0.196
#> SRR2013650 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0672 0.9814 0.992 0.008
#> SRR2013646 1 0.0938 0.9782 0.988 0.012
#> SRR2013645 1 0.1184 0.9751 0.984 0.016
#> SRR2013644 1 0.6048 0.8371 0.852 0.148
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.0376 0.9902 0.004 0.996
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.1414 0.9720 0.980 0.020
#> SRR2013628 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.7299 0.7595 0.796 0.204
#> SRR2013588 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0672 0.9815 0.992 0.008
#> SRR2013589 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.3733 0.9235 0.928 0.072
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.0376 0.9845 0.996 0.004
#> SRR2013562 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0938 0.9785 0.988 0.012
#> SRR2013559 1 0.7139 0.7709 0.804 0.196
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9876 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0237 0.9950 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.2711 0.9032 0.000 0.912 0.088
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013632 1 0.3267 0.8693 0.884 0.000 0.116
#> SRR2013629 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013626 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0592 0.9771 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013622 1 0.1163 0.9633 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013621 1 0.2959 0.8887 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0237 0.9833 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013584 3 0.1289 0.9502 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013583 1 0.0592 0.9771 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013582 1 0.4121 0.8011 0.832 0.000 0.168
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.2959 0.8895 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013573 1 0.1411 0.9558 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013571 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.6280 0.1583 0.540 0.000 0.460
#> SRR2013568 1 0.6280 0.1578 0.540 0.000 0.460
#> SRR2013567 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013566 1 0.1753 0.9445 0.952 0.000 0.048
#> SRR2013564 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.1964 0.9367 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013554 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 3 0.1289 0.9501 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.3192 0.8754 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013550 1 0.2625 0.9068 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013548 3 0.2448 0.8970 0.076 0.000 0.924
#> SRR2013549 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013546 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013547 3 0.6309 -0.0273 0.500 0.000 0.500
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013540 1 0.0747 0.9735 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013539 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013538 3 0.3879 0.7998 0.152 0.000 0.848
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0237 0.9833 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0747 0.9738 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.1031 0.9666 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.2165 0.9285 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013503 1 0.0424 0.9803 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.1289 0.9597 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013495 1 0.5948 0.4471 0.640 0.000 0.360
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0237 0.9834 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013442 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013769 1 0.0336 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013768 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013764 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0336 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013762 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 3 0.4898 -0.2359 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR2013754 2 0.3837 0.7839 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.1389 0.9541 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.1118 0.9638 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2013740 2 0.2704 0.8869 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.1716 0.9415 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.1792 0.9381 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2013728 2 0.0336 0.9837 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013727 2 0.0188 0.9866 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013726 2 0.1022 0.9667 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0188 0.9862 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.4955 0.4761 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0188 0.9866 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0188 0.9866 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.4972 0.9078 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR2013673 3 0.4933 0.9183 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR2013671 3 0.4916 0.9125 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR2013672 3 0.4967 0.9137 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR2013670 4 0.4992 -0.7877 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR2013669 4 0.4981 -0.7631 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR2013668 4 0.4989 -0.7791 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR2013667 3 0.4941 0.9195 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR2013666 3 0.4961 0.9177 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR2013665 3 0.4955 0.9202 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR2013662 3 0.4925 0.9164 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR2013663 3 0.4967 0.9137 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR2013664 3 0.4961 0.9175 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR2013661 3 0.4925 0.9164 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR2013660 3 0.4866 0.8873 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR2013659 3 0.4925 0.9140 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR2013658 3 0.4955 0.9197 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR2013657 3 0.4925 0.9160 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR2013656 3 0.4961 0.9178 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR2013654 3 0.4955 0.9202 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR2013655 3 0.4948 0.9204 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR2013653 3 0.4916 0.9120 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR2013652 4 0.4888 -0.6486 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR2013651 4 0.4994 -0.7951 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2013650 4 0.4972 -0.7454 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR2013649 4 0.4961 -0.7270 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR2013647 1 0.0707 0.8812 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013648 3 0.4961 0.9177 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR2013646 4 0.4948 -0.7113 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR2013645 3 0.4955 0.9202 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR2013644 4 0.4967 -0.7375 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR2013643 1 0.0469 0.8838 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013642 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013640 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013641 1 0.0707 0.8798 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013639 1 0.0921 0.8748 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013638 1 0.0707 0.8798 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013637 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013636 1 0.1389 0.8606 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013635 1 0.0707 0.8798 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013634 1 0.0188 0.8861 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013633 1 0.1792 0.8548 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013631 4 0.1557 0.4801 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR2013632 1 0.5398 0.4057 0.580 0.000 0.404 0.016
#> SRR2013629 4 0.4356 -0.2830 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR2013630 4 0.0817 0.5248 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013628 4 0.3311 0.2769 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR2013626 4 0.4804 -0.5732 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR2013625 1 0.1042 0.8817 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2013627 1 0.1209 0.8732 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013624 1 0.0469 0.8841 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013623 4 0.3402 0.2282 0.004 0.000 0.164 0.832
#> SRR2013622 1 0.4730 0.4793 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2013621 1 0.5558 0.4361 0.608 0.000 0.028 0.364
#> SRR2013620 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013618 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013616 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013615 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0469 0.8846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013612 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.2973 0.7922 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013611 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.1305 0.8738 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013608 1 0.0524 0.8853 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013606 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013605 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013607 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013604 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013601 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013600 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013599 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013598 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013596 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013597 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013595 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013594 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013593 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013592 1 0.0469 0.8837 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013591 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013590 4 0.1474 0.4873 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR2013588 4 0.0592 0.5317 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2013587 4 0.1474 0.4871 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR2013589 4 0.0592 0.5312 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2013586 4 0.1389 0.4937 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR2013585 4 0.0707 0.5283 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2013584 4 0.1297 0.5317 0.016 0.000 0.020 0.964
#> SRR2013583 4 0.4994 -0.0712 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013582 4 0.3873 0.4732 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR2013581 1 0.4967 0.2777 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013580 4 0.0707 0.5293 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2013579 4 0.0921 0.5228 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2013578 1 0.4605 0.5313 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013577 4 0.4855 0.2098 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013576 4 0.4985 -0.0260 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR2013575 4 0.0469 0.5341 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013574 1 0.4817 0.4304 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013572 4 0.0817 0.5258 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013573 4 0.4961 0.0465 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013571 4 0.3356 0.1922 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR2013569 1 0.4605 0.5332 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013570 4 0.3486 0.4810 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013568 4 0.3837 0.4743 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013567 4 0.1940 0.4451 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR2013566 4 0.4250 0.4579 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013564 4 0.0469 0.5337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013565 1 0.4877 0.3878 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013563 4 0.0188 0.5361 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013561 4 0.0469 0.5337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013560 4 0.0188 0.5361 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013562 4 0.0817 0.5248 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2013558 4 0.1022 0.5156 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2013559 4 0.0336 0.5352 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2013556 1 0.5000 0.1429 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2013557 4 0.4382 0.4499 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013554 4 0.0707 0.5295 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2013553 1 0.4972 0.2672 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013555 4 0.0376 0.5366 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR2013552 1 0.5000 0.1237 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013551 4 0.4948 0.0848 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013550 4 0.4331 0.4521 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013548 4 0.1109 0.5362 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR2013549 4 0.0592 0.5374 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2013546 4 0.4477 0.4340 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013545 1 0.4697 0.4955 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013544 4 0.1118 0.5129 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013547 4 0.2589 0.5066 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013543 1 0.4543 0.5506 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013542 1 0.4948 0.3099 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013541 4 0.1118 0.5131 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2013540 1 0.4978 0.4330 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR2013539 4 0.0188 0.5361 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2013538 4 0.1118 0.5340 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013537 1 0.4961 0.2911 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013535 1 0.1389 0.8679 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013536 1 0.4961 0.2874 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013534 1 0.4994 0.1971 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013532 4 0.1474 0.4900 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR2013533 4 0.0469 0.5337 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2013531 4 0.0592 0.5315 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2013529 1 0.2408 0.8272 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013530 4 0.0707 0.5374 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013528 1 0.0592 0.8833 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013527 1 0.2868 0.7986 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013526 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0524 0.8853 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013524 1 0.4843 0.4123 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013523 1 0.1557 0.8628 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013522 1 0.0895 0.8828 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR2013521 1 0.3528 0.7384 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013519 1 0.0336 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013520 1 0.4961 0.2861 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013518 1 0.0921 0.8784 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013517 1 0.0707 0.8820 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013516 1 0.0592 0.8829 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013514 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.3444 0.7466 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013513 1 0.2760 0.8069 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013512 1 0.1118 0.8736 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013511 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.1474 0.8645 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013508 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013509 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013505 1 0.4543 0.5530 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013506 1 0.4008 0.6787 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013507 1 0.0817 0.8797 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013504 1 0.4967 0.2767 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013503 4 0.4500 0.4239 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013502 1 0.4933 0.3266 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013501 1 0.3688 0.7183 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013500 1 0.2408 0.8254 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013499 1 0.4967 0.2738 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2013498 4 0.5000 -0.1197 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013497 1 0.4998 0.1588 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013495 4 0.4406 0.4473 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013496 4 0.5000 -0.1425 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013492 1 0.4941 0.3160 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013494 4 0.4994 -0.0577 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013493 1 0.0336 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013491 1 0.2704 0.8080 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013490 1 0.2081 0.8412 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013489 4 0.4972 0.0171 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013488 1 0.4992 0.2021 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2013487 1 0.4996 0.1733 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013486 1 0.0592 0.8830 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013485 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0469 0.8841 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013482 1 0.4040 0.6673 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013481 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013479 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0188 0.8859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0707 0.8814 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013475 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0592 0.8830 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013470 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013469 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013468 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013467 1 0.1474 0.8641 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013466 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013462 1 0.0336 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013464 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013461 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013460 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.1557 0.8614 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013457 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013456 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.1389 0.8667 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013454 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.1118 0.8734 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013451 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013449 1 0.0188 0.8860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013448 1 0.0336 0.8851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013447 1 0.0592 0.8819 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013446 1 0.2408 0.8103 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.1389 0.8601 0.952 0.000 0.048 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0162 0.9432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013442 1 0.0451 0.9398 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013769 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013768 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013767 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013765 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013766 1 0.0404 0.9430 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013764 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013763 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013762 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0566 0.9515 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013759 2 0.0566 0.9515 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013758 2 0.1701 0.9157 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR2013757 2 0.0609 0.9519 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013756 2 0.0566 0.9510 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013755 5 0.3829 0.7012 0.000 0.196 0.028 0.000 0.776
#> SRR2013754 5 0.3796 0.7449 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013753 2 0.0510 0.9501 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013751 2 0.0404 0.9527 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013752 2 0.0798 0.9494 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013750 2 0.0510 0.9509 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013749 2 0.3885 0.4386 0.000 0.724 0.008 0.000 0.268
#> SRR2013748 2 0.0162 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013747 2 0.0671 0.9508 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013745 2 0.1043 0.9348 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013746 2 0.0566 0.9515 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0324 0.9529 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013743 2 0.0510 0.9509 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013741 2 0.4268 -0.3328 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013740 5 0.4138 0.6892 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013739 2 0.0404 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013737 2 0.0290 0.9525 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013738 2 0.0566 0.9515 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013736 2 0.0162 0.9529 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013735 2 0.0162 0.9529 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013734 2 0.0290 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013733 2 0.1116 0.9432 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> SRR2013731 2 0.1202 0.9403 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR2013732 5 0.4758 0.6100 0.000 0.432 0.012 0.004 0.552
#> SRR2013730 2 0.1116 0.9425 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> SRR2013729 5 0.4658 0.5052 0.000 0.484 0.012 0.000 0.504
#> SRR2013728 2 0.1597 0.9242 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR2013727 2 0.1012 0.9455 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013726 2 0.3340 0.7788 0.004 0.840 0.032 0.000 0.124
#> SRR2013725 2 0.0955 0.9463 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2013724 2 0.1668 0.9232 0.000 0.940 0.028 0.000 0.032
#> SRR2013723 2 0.1915 0.9128 0.000 0.928 0.040 0.000 0.032
#> SRR2013722 2 0.1251 0.9292 0.000 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR2013721 5 0.3852 0.7249 0.000 0.220 0.020 0.000 0.760
#> SRR2013720 2 0.2012 0.8914 0.000 0.920 0.020 0.000 0.060
#> SRR2013719 2 0.0671 0.9535 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013717 2 0.0771 0.9462 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013718 2 0.2408 0.8545 0.000 0.892 0.016 0.000 0.092
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0932 0.9440 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> SRR2013714 2 0.0566 0.9505 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013713 2 0.0727 0.9507 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013712 2 0.1809 0.9021 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR2013711 2 0.0404 0.9530 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013708 2 0.0290 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013709 2 0.0671 0.9498 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013707 2 0.0771 0.9506 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013706 2 0.0162 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013705 2 0.0609 0.9524 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013704 2 0.0404 0.9526 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013703 2 0.0404 0.9506 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013702 2 0.3953 0.6559 0.000 0.784 0.048 0.000 0.168
#> SRR2013701 2 0.3991 0.6443 0.000 0.780 0.048 0.000 0.172
#> SRR2013700 2 0.0290 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013699 2 0.0566 0.9505 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013698 2 0.0566 0.9505 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013697 2 0.0510 0.9516 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013696 2 0.0771 0.9504 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013695 2 0.0671 0.9491 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013694 2 0.0451 0.9517 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013693 2 0.0404 0.9522 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013692 2 0.0566 0.9505 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013691 2 0.0798 0.9491 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013690 2 0.0510 0.9516 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013689 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013687 2 0.0404 0.9522 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013688 2 0.0404 0.9522 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013686 2 0.0671 0.9506 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013685 2 0.0290 0.9521 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013682 2 0.0404 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013683 2 0.0609 0.9492 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013684 2 0.0404 0.9516 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013681 2 0.2233 0.8377 0.000 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR2013680 2 0.0609 0.9520 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013679 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013678 2 0.0510 0.9524 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013677 2 0.0510 0.9529 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013676 2 0.1202 0.9403 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR2013675 2 0.0865 0.9480 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2013674 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013673 3 0.1697 0.9616 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR2013671 3 0.1571 0.9616 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR2013672 3 0.1571 0.9624 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR2013670 3 0.1638 0.9611 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR2013669 3 0.2790 0.9380 0.000 0.000 0.880 0.068 0.052
#> SRR2013668 3 0.1942 0.9557 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR2013667 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013666 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013665 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013662 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013663 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013664 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013661 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013660 3 0.1809 0.9592 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR2013659 3 0.1638 0.9614 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR2013658 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013657 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013656 3 0.1764 0.9600 0.000 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR2013654 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013655 3 0.1764 0.9600 0.000 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR2013653 3 0.1697 0.9608 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR2013652 3 0.3648 0.8987 0.000 0.000 0.824 0.084 0.092
#> SRR2013651 3 0.2079 0.9553 0.000 0.000 0.916 0.064 0.020
#> SRR2013650 3 0.3159 0.9123 0.000 0.000 0.856 0.056 0.088
#> SRR2013649 3 0.2962 0.9267 0.000 0.000 0.868 0.084 0.048
#> SRR2013647 1 0.1970 0.9059 0.924 0.000 0.012 0.004 0.060
#> SRR2013648 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013646 3 0.3301 0.9178 0.000 0.000 0.848 0.072 0.080
#> SRR2013645 3 0.1410 0.9636 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013644 3 0.2992 0.9312 0.000 0.000 0.868 0.068 0.064
#> SRR2013643 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013642 1 0.1915 0.9006 0.928 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0865 0.9294 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013639 1 0.0324 0.9416 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013638 1 0.0798 0.9330 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013637 1 0.0162 0.9432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013636 1 0.1121 0.9213 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013635 1 0.0162 0.9432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013634 1 0.0290 0.9429 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013633 4 0.6219 0.2664 0.420 0.000 0.000 0.440 0.140
#> SRR2013631 4 0.2825 0.7371 0.000 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR2013632 5 0.5521 0.3298 0.224 0.000 0.052 0.044 0.680
#> SRR2013629 4 0.3160 0.6500 0.000 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR2013630 4 0.2685 0.7534 0.000 0.000 0.092 0.880 0.028
#> SRR2013628 4 0.2661 0.7736 0.000 0.000 0.056 0.888 0.056
#> SRR2013626 3 0.4878 0.3345 0.000 0.000 0.536 0.440 0.024
#> SRR2013625 1 0.6097 0.3220 0.556 0.000 0.000 0.168 0.276
#> SRR2013627 1 0.2786 0.8619 0.884 0.000 0.020 0.012 0.084
#> SRR2013624 1 0.0510 0.9402 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013623 4 0.3844 0.6773 0.000 0.000 0.132 0.804 0.064
#> SRR2013622 4 0.3586 0.6645 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013621 4 0.3484 0.7684 0.144 0.000 0.004 0.824 0.028
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0162 0.9435 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0963 0.9301 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013612 1 0.0290 0.9443 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013610 1 0.1410 0.9126 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013611 1 0.0404 0.9430 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013609 1 0.3829 0.7157 0.776 0.000 0.000 0.196 0.028
#> SRR2013608 1 0.0324 0.9447 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013606 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013605 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013607 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013604 1 0.0290 0.9441 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0451 0.9397 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0992 0.9273 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0898 0.9301 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.0992 0.9272 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR2013593 1 0.0162 0.9435 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0898 0.9301 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2013591 1 0.1893 0.8974 0.928 0.000 0.048 0.000 0.024
#> SRR2013590 4 0.2351 0.7646 0.000 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR2013588 4 0.1943 0.7883 0.000 0.000 0.056 0.924 0.020
#> SRR2013587 4 0.2824 0.7358 0.000 0.000 0.116 0.864 0.020
#> SRR2013589 4 0.1597 0.7951 0.000 0.000 0.048 0.940 0.012
#> SRR2013586 4 0.1697 0.7897 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR2013585 4 0.1168 0.8032 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR2013584 4 0.1267 0.8178 0.024 0.000 0.004 0.960 0.012
#> SRR2013583 4 0.2011 0.8112 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> SRR2013582 4 0.1410 0.8177 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013581 4 0.2074 0.8056 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR2013580 4 0.0693 0.8091 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR2013579 4 0.0771 0.8087 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR2013578 4 0.3534 0.6722 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR2013577 4 0.1671 0.8157 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013576 4 0.2966 0.7411 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013575 4 0.0613 0.8116 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004
#> SRR2013574 4 0.3424 0.6899 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR2013572 4 0.0566 0.8097 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2013573 4 0.1768 0.8157 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR2013571 4 0.2077 0.7778 0.000 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR2013569 4 0.4060 0.5365 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013570 4 0.1478 0.8178 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR2013568 4 0.1571 0.8174 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR2013567 4 0.0771 0.8084 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR2013566 4 0.1671 0.8166 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013564 4 0.1168 0.8044 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR2013565 4 0.2286 0.8034 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR2013563 4 0.1300 0.8041 0.000 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR2013561 4 0.1082 0.8052 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR2013560 4 0.1018 0.8082 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR2013562 4 0.1670 0.7928 0.000 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR2013558 4 0.1914 0.7854 0.000 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR2013559 4 0.1106 0.8066 0.000 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR2013556 4 0.2230 0.7987 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR2013557 4 0.1671 0.8157 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013554 4 0.0671 0.8101 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2013553 4 0.2424 0.7873 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013555 4 0.0898 0.8179 0.020 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR2013552 4 0.3932 0.5790 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR2013551 4 0.1908 0.8109 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR2013550 4 0.1341 0.8177 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR2013548 4 0.1124 0.8199 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR2013549 4 0.0451 0.8140 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2013546 4 0.2723 0.7883 0.124 0.000 0.000 0.864 0.012
#> SRR2013545 1 0.4242 0.1786 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2013544 4 0.0671 0.8090 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2013547 4 0.1124 0.8198 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR2013543 4 0.3774 0.6257 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR2013542 4 0.2179 0.8009 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013541 4 0.0566 0.8090 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2013540 4 0.2286 0.8031 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR2013539 4 0.0486 0.8121 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004
#> SRR2013538 4 0.0955 0.8185 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR2013537 4 0.4256 0.3280 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR2013535 1 0.1792 0.8902 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013536 4 0.2127 0.8035 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR2013534 4 0.3932 0.5793 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR2013532 4 0.1628 0.7921 0.000 0.000 0.056 0.936 0.008
#> SRR2013533 4 0.1408 0.7997 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR2013531 4 0.1484 0.7995 0.000 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR2013529 1 0.2891 0.7827 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013530 4 0.0451 0.8142 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2013528 1 0.1043 0.9276 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013527 1 0.2813 0.7936 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2013526 1 0.0404 0.9430 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013525 1 0.0912 0.9377 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2013524 1 0.2966 0.7713 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2013523 1 0.5527 0.1056 0.540 0.000 0.000 0.388 0.072
#> SRR2013522 1 0.4364 0.6859 0.736 0.000 0.000 0.048 0.216
#> SRR2013521 4 0.4307 0.1342 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR2013519 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013520 4 0.4481 0.3989 0.416 0.000 0.000 0.576 0.008
#> SRR2013518 1 0.1043 0.9274 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013517 1 0.0609 0.9398 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013516 1 0.0404 0.9431 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013514 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013515 1 0.2377 0.8472 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013513 1 0.1121 0.9258 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013512 1 0.0703 0.9378 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0609 0.9404 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013508 1 0.0324 0.9442 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.2648 0.8170 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR2013506 4 0.4262 0.3339 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR2013507 1 0.0510 0.9414 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013504 4 0.3999 0.5573 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR2013503 4 0.1671 0.8160 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013502 1 0.3636 0.6255 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR2013501 1 0.1965 0.8773 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013500 1 0.1410 0.9134 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013499 4 0.3707 0.6371 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR2013498 1 0.3932 0.5064 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR2013497 1 0.3395 0.6905 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR2013495 4 0.3838 0.6333 0.280 0.000 0.000 0.716 0.004
#> SRR2013496 1 0.4304 -0.0379 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013492 1 0.2929 0.7725 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2013494 1 0.3635 0.6643 0.748 0.000 0.004 0.248 0.000
#> SRR2013493 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013491 1 0.1205 0.9265 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013490 1 0.1018 0.9362 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013489 4 0.3003 0.7381 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2013488 1 0.3684 0.6087 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR2013487 1 0.3480 0.6696 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2013486 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013485 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013484 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013483 1 0.0613 0.9424 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR2013482 1 0.1764 0.9032 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR2013481 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013479 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013480 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013478 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013474 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013473 1 0.1369 0.9310 0.956 0.000 0.008 0.008 0.028
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.1329 0.9286 0.956 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0324 0.9445 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013468 1 0.0162 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013467 1 0.0451 0.9438 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013463 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013462 1 0.0798 0.9407 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0566 0.9428 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013453 1 0.2050 0.9066 0.920 0.000 0.008 0.008 0.064
#> SRR2013454 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013452 1 0.1251 0.9309 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR2013451 1 0.0290 0.9440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9444 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.1121 0.9181 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013445 1 0.0486 0.9438 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013444 1 0.0510 0.9384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0405 0.9008 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013442 1 0.0767 0.8969 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004 0.008
#> SRR2013769 1 0.1478 0.8964 0.944 0.000 0.000 0.020 0.004 0.032
#> SRR2013768 1 0.1478 0.8961 0.944 0.000 0.000 0.020 0.004 0.032
#> SRR2013767 1 0.0458 0.8986 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0964 0.9000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR2013766 1 0.1321 0.8984 0.952 0.000 0.000 0.020 0.004 0.024
#> SRR2013764 1 0.0862 0.9001 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR2013763 1 0.1059 0.9001 0.964 0.000 0.000 0.016 0.004 0.016
#> SRR2013762 1 0.1138 0.8992 0.960 0.000 0.000 0.024 0.004 0.012
#> SRR2013761 1 0.1262 0.8985 0.956 0.000 0.000 0.016 0.008 0.020
#> SRR2013760 2 0.1267 0.8757 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.1556 0.8724 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.2146 0.8447 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004 0.000
#> SRR2013757 2 0.1349 0.8740 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2013756 2 0.1285 0.8765 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR2013755 5 0.0790 0.4805 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR2013754 5 0.3134 0.5533 0.000 0.168 0.000 0.024 0.808 0.000
#> SRR2013753 2 0.1910 0.8631 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.1285 0.8769 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR2013752 2 0.1700 0.8701 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004 0.000
#> SRR2013750 2 0.1152 0.8786 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR2013749 2 0.4405 -0.0414 0.000 0.504 0.000 0.024 0.472 0.000
#> SRR2013748 2 0.0937 0.8793 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.1501 0.8777 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.3776 0.7066 0.000 0.760 0.000 0.052 0.188 0.000
#> SRR2013746 2 0.1204 0.8769 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0937 0.8819 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.1204 0.8772 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.1588 0.8722 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR2013741 5 0.4408 0.4612 0.000 0.320 0.000 0.044 0.636 0.000
#> SRR2013740 5 0.3248 0.5583 0.000 0.164 0.000 0.032 0.804 0.000
#> SRR2013739 2 0.1327 0.8779 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.1267 0.8781 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.1267 0.8756 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.1007 0.8769 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0865 0.8778 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.1219 0.8760 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR2013733 2 0.2416 0.8286 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.2378 0.8266 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.5516 0.1467 0.000 0.504 0.000 0.140 0.356 0.000
#> SRR2013730 2 0.2664 0.8102 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.4800 0.0596 0.000 0.500 0.000 0.052 0.448 0.000
#> SRR2013728 2 0.4913 0.1931 0.000 0.548 0.004 0.056 0.392 0.000
#> SRR2013727 2 0.3663 0.7621 0.000 0.796 0.000 0.072 0.128 0.004
#> SRR2013726 5 0.5081 0.4377 0.008 0.300 0.000 0.084 0.608 0.000
#> SRR2013725 2 0.4750 0.3287 0.000 0.596 0.000 0.064 0.340 0.000
#> SRR2013724 2 0.3713 0.6309 0.000 0.704 0.000 0.284 0.008 0.004
#> SRR2013723 2 0.5192 0.5093 0.000 0.644 0.000 0.180 0.168 0.008
#> SRR2013722 2 0.2070 0.8609 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR2013721 5 0.0937 0.4871 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR2013720 2 0.2980 0.7877 0.000 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> SRR2013719 2 0.1524 0.8853 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> SRR2013717 2 0.0858 0.8829 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR2013718 2 0.2837 0.8434 0.000 0.856 0.000 0.088 0.056 0.000
#> SRR2013716 2 0.1007 0.8801 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.2048 0.8548 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.1501 0.8742 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.1863 0.8695 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.2489 0.8405 0.000 0.860 0.000 0.128 0.012 0.000
#> SRR2013711 2 0.1204 0.8782 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.1204 0.8789 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.1387 0.8752 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.1588 0.8766 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR2013706 2 0.0937 0.8767 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.1141 0.8777 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.1588 0.8748 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR2013703 2 0.1663 0.8713 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.4091 0.6142 0.000 0.684 0.004 0.292 0.012 0.008
#> SRR2013701 2 0.4434 0.2363 0.000 0.520 0.004 0.460 0.012 0.004
#> SRR2013700 2 0.1267 0.8769 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.1444 0.8748 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.1444 0.8757 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.1387 0.8756 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.1501 0.8752 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1714 0.8704 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.1327 0.8765 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.1714 0.8728 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.1387 0.8759 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.1728 0.8777 0.000 0.924 0.004 0.064 0.008 0.000
#> SRR2013690 2 0.1444 0.8755 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.1204 0.8771 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0935 0.8798 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013688 2 0.1556 0.8768 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.1501 0.8745 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0865 0.8776 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1387 0.8786 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.3670 0.6462 0.000 0.736 0.000 0.024 0.240 0.000
#> SRR2013684 2 0.1141 0.8786 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.3744 0.7014 0.000 0.756 0.000 0.044 0.200 0.000
#> SRR2013680 2 0.1531 0.8766 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR2013679 2 0.1387 0.8762 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.1411 0.8768 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR2013677 2 0.1531 0.8752 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR2013676 2 0.2527 0.8219 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.2219 0.8513 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0146 0.9752 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013673 3 0.0291 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013671 3 0.0405 0.9738 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013672 3 0.0291 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013670 3 0.0405 0.9731 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013669 3 0.1152 0.9545 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR2013668 3 0.0405 0.9722 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013667 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013666 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013665 3 0.0291 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013662 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013663 3 0.0146 0.9752 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013664 3 0.0291 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013661 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013660 3 0.0508 0.9723 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2013659 3 0.0717 0.9687 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013658 3 0.0146 0.9752 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013657 3 0.0291 0.9745 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013656 3 0.0717 0.9687 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR2013654 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013655 3 0.0520 0.9724 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR2013653 3 0.0291 0.9748 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013652 3 0.1471 0.9406 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR2013651 3 0.0603 0.9702 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR2013650 3 0.1644 0.9324 0.000 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR2013649 3 0.4222 0.6654 0.000 0.000 0.700 0.252 0.004 0.044
#> SRR2013647 1 0.1196 0.8884 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR2013648 3 0.0146 0.9752 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013646 3 0.2165 0.8985 0.000 0.000 0.884 0.108 0.000 0.008
#> SRR2013645 3 0.0146 0.9752 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013644 3 0.1152 0.9545 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR2013643 1 0.3286 0.7580 0.832 0.000 0.000 0.044 0.112 0.012
#> SRR2013642 1 0.4588 0.2670 0.644 0.000 0.004 0.312 0.028 0.012
#> SRR2013640 1 0.1845 0.8655 0.916 0.000 0.000 0.072 0.004 0.008
#> SRR2013641 1 0.2604 0.8065 0.872 0.000 0.000 0.096 0.028 0.004
#> SRR2013639 1 0.1995 0.8525 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR2013638 1 0.1511 0.8788 0.940 0.000 0.000 0.044 0.012 0.004
#> SRR2013637 1 0.1078 0.9005 0.964 0.000 0.000 0.016 0.008 0.012
#> SRR2013636 1 0.3352 0.7130 0.812 0.000 0.000 0.032 0.148 0.008
#> SRR2013635 1 0.2451 0.8315 0.888 0.000 0.000 0.040 0.068 0.004
#> SRR2013634 1 0.2831 0.8147 0.868 0.000 0.000 0.032 0.084 0.016
#> SRR2013633 6 0.6229 0.2312 0.116 0.000 0.000 0.056 0.312 0.516
#> SRR2013631 6 0.4260 0.6870 0.000 0.000 0.116 0.136 0.004 0.744
#> SRR2013632 5 0.4076 0.1962 0.032 0.004 0.008 0.016 0.776 0.164
#> SRR2013629 6 0.3094 0.7531 0.000 0.000 0.036 0.140 0.000 0.824
#> SRR2013630 6 0.3686 0.6963 0.000 0.000 0.032 0.220 0.000 0.748
#> SRR2013628 6 0.3592 0.7536 0.000 0.000 0.008 0.116 0.068 0.808
#> SRR2013626 6 0.4785 0.5864 0.000 0.000 0.120 0.216 0.000 0.664
#> SRR2013625 5 0.5948 -0.5091 0.220 0.000 0.000 0.040 0.584 0.156
#> SRR2013627 4 0.7305 0.0000 0.232 0.000 0.024 0.416 0.272 0.056
#> SRR2013624 1 0.4417 0.5545 0.736 0.000 0.000 0.160 0.092 0.012
#> SRR2013623 6 0.4645 0.5381 0.000 0.000 0.040 0.336 0.008 0.616
#> SRR2013622 6 0.2896 0.6440 0.160 0.000 0.000 0.016 0.000 0.824
#> SRR2013621 6 0.2390 0.7582 0.060 0.000 0.004 0.024 0.012 0.900
#> SRR2013620 1 0.0363 0.8980 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0790 0.8937 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0547 0.8966 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0260 0.8988 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0508 0.8991 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.0653 0.8995 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR2013614 1 0.0458 0.8972 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.2592 0.8196 0.864 0.000 0.000 0.016 0.004 0.116
#> SRR2013612 1 0.1615 0.8749 0.928 0.000 0.000 0.004 0.004 0.064
#> SRR2013610 1 0.2408 0.8311 0.876 0.000 0.000 0.012 0.004 0.108
#> SRR2013611 1 0.2579 0.8384 0.876 0.000 0.000 0.032 0.004 0.088
#> SRR2013609 1 0.4308 0.6481 0.744 0.000 0.000 0.052 0.024 0.180
#> SRR2013608 1 0.1845 0.8678 0.916 0.000 0.000 0.008 0.004 0.072
#> SRR2013606 1 0.1429 0.8834 0.940 0.000 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR2013605 1 0.1932 0.8648 0.912 0.000 0.004 0.004 0.004 0.076
#> SRR2013607 1 0.0837 0.8974 0.972 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR2013604 1 0.1901 0.8625 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> SRR2013603 1 0.0632 0.8956 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0692 0.8963 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR2013601 1 0.0458 0.8980 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0777 0.8942 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013599 1 0.0363 0.8987 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0405 0.8992 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013596 1 0.1477 0.8759 0.940 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR2013597 1 0.0146 0.8995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013595 1 0.1333 0.8781 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2013594 1 0.1462 0.8732 0.936 0.000 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR2013593 1 0.1010 0.8894 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR2013592 1 0.1787 0.8596 0.920 0.000 0.000 0.068 0.004 0.008
#> SRR2013591 1 0.3229 0.6763 0.796 0.000 0.004 0.188 0.004 0.008
#> SRR2013590 6 0.3352 0.7300 0.000 0.000 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR2013588 6 0.3037 0.7458 0.000 0.000 0.016 0.176 0.000 0.808
#> SRR2013587 6 0.3555 0.7229 0.000 0.000 0.044 0.176 0.000 0.780
#> SRR2013589 6 0.2730 0.7607 0.000 0.000 0.012 0.152 0.000 0.836
#> SRR2013586 6 0.2704 0.7637 0.000 0.000 0.016 0.140 0.000 0.844
#> SRR2013585 6 0.2531 0.7680 0.000 0.000 0.012 0.132 0.000 0.856
#> SRR2013584 6 0.1647 0.7794 0.008 0.000 0.016 0.032 0.004 0.940
#> SRR2013583 6 0.1857 0.7710 0.044 0.000 0.004 0.028 0.000 0.924
#> SRR2013582 6 0.1636 0.7771 0.036 0.000 0.004 0.024 0.000 0.936
#> SRR2013581 6 0.1480 0.7760 0.040 0.000 0.000 0.020 0.000 0.940
#> SRR2013580 6 0.1442 0.7896 0.000 0.000 0.012 0.040 0.004 0.944
#> SRR2013579 6 0.2070 0.7827 0.000 0.000 0.012 0.092 0.000 0.896
#> SRR2013578 6 0.3361 0.5929 0.188 0.000 0.000 0.020 0.004 0.788
#> SRR2013577 6 0.1088 0.7829 0.024 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960
#> SRR2013576 6 0.3460 0.5317 0.220 0.000 0.000 0.020 0.000 0.760
#> SRR2013575 6 0.1225 0.7899 0.000 0.000 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR2013574 6 0.3109 0.6286 0.168 0.000 0.000 0.016 0.004 0.812
#> SRR2013572 6 0.1500 0.7892 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000 0.936
#> SRR2013573 6 0.1636 0.7762 0.036 0.000 0.004 0.024 0.000 0.936
#> SRR2013571 6 0.2412 0.7782 0.000 0.000 0.028 0.092 0.000 0.880
#> SRR2013569 1 0.4338 0.1573 0.560 0.000 0.000 0.016 0.004 0.420
#> SRR2013570 6 0.0951 0.7903 0.008 0.000 0.004 0.020 0.000 0.968
#> SRR2013568 6 0.1148 0.7835 0.016 0.000 0.004 0.020 0.000 0.960
#> SRR2013567 6 0.2263 0.7808 0.000 0.000 0.016 0.100 0.000 0.884
#> SRR2013566 6 0.1983 0.7535 0.072 0.000 0.000 0.020 0.000 0.908
#> SRR2013564 6 0.2572 0.7671 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000 0.852
#> SRR2013565 6 0.1745 0.7665 0.056 0.000 0.000 0.020 0.000 0.924
#> SRR2013563 6 0.2821 0.7574 0.000 0.000 0.016 0.152 0.000 0.832
#> SRR2013561 6 0.2572 0.7665 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000 0.852
#> SRR2013560 6 0.2692 0.7625 0.000 0.000 0.012 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013562 6 0.2704 0.7632 0.000 0.000 0.016 0.140 0.000 0.844
#> SRR2013558 6 0.2896 0.7543 0.000 0.000 0.016 0.160 0.000 0.824
#> SRR2013559 6 0.2730 0.7607 0.000 0.000 0.012 0.152 0.000 0.836
#> SRR2013556 6 0.3139 0.6467 0.152 0.000 0.000 0.032 0.000 0.816
#> SRR2013557 6 0.0993 0.7849 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR2013554 6 0.2212 0.7753 0.000 0.000 0.008 0.112 0.000 0.880
#> SRR2013553 6 0.1779 0.7661 0.064 0.000 0.000 0.016 0.000 0.920
#> SRR2013555 6 0.0951 0.7890 0.008 0.000 0.004 0.020 0.000 0.968
#> SRR2013552 6 0.4459 -0.0313 0.460 0.000 0.004 0.020 0.000 0.516
#> SRR2013551 6 0.0993 0.7842 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR2013550 6 0.0725 0.7896 0.012 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976
#> SRR2013548 6 0.0665 0.7897 0.008 0.000 0.004 0.008 0.000 0.980
#> SRR2013549 6 0.1606 0.7903 0.004 0.000 0.008 0.056 0.000 0.932
#> SRR2013546 6 0.3456 0.6056 0.172 0.000 0.000 0.040 0.000 0.788
#> SRR2013545 6 0.4338 -0.0811 0.488 0.000 0.000 0.020 0.000 0.492
#> SRR2013544 6 0.1745 0.7874 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000 0.920
#> SRR2013547 6 0.0862 0.7908 0.008 0.000 0.004 0.016 0.000 0.972
#> SRR2013543 6 0.3345 0.5679 0.204 0.000 0.000 0.020 0.000 0.776
#> SRR2013542 6 0.2039 0.7496 0.076 0.000 0.000 0.020 0.000 0.904
#> SRR2013541 6 0.1967 0.7847 0.000 0.000 0.012 0.084 0.000 0.904
#> SRR2013540 6 0.2308 0.7601 0.056 0.000 0.004 0.028 0.008 0.904
#> SRR2013539 6 0.1967 0.7849 0.000 0.000 0.012 0.084 0.000 0.904
#> SRR2013538 6 0.1116 0.7908 0.008 0.000 0.004 0.028 0.000 0.960
#> SRR2013537 1 0.4189 0.2800 0.604 0.000 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR2013535 1 0.3393 0.7033 0.784 0.000 0.000 0.020 0.004 0.192
#> SRR2013536 6 0.1408 0.7785 0.036 0.000 0.000 0.020 0.000 0.944
#> SRR2013534 6 0.3905 0.3154 0.316 0.000 0.000 0.016 0.000 0.668
#> SRR2013532 6 0.2748 0.7681 0.000 0.000 0.024 0.128 0.000 0.848
#> SRR2013533 6 0.2572 0.7671 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000 0.852
#> SRR2013531 6 0.2664 0.7664 0.000 0.000 0.016 0.136 0.000 0.848
#> SRR2013529 1 0.3122 0.7570 0.816 0.000 0.000 0.020 0.004 0.160
#> SRR2013530 6 0.1563 0.7897 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000 0.932
#> SRR2013528 1 0.2636 0.8165 0.860 0.000 0.000 0.016 0.004 0.120
#> SRR2013527 1 0.3883 0.3956 0.656 0.000 0.000 0.012 0.000 0.332
#> SRR2013526 1 0.2110 0.8548 0.900 0.000 0.000 0.012 0.004 0.084
#> SRR2013525 1 0.2611 0.8404 0.876 0.000 0.000 0.016 0.016 0.092
#> SRR2013524 1 0.2587 0.8259 0.868 0.000 0.000 0.020 0.004 0.108
#> SRR2013523 1 0.5031 0.2868 0.600 0.000 0.000 0.040 0.028 0.332
#> SRR2013522 1 0.4575 0.6299 0.728 0.000 0.000 0.020 0.088 0.164
#> SRR2013521 1 0.4310 0.2099 0.576 0.000 0.000 0.016 0.004 0.404
#> SRR2013519 1 0.0547 0.8966 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013520 6 0.4083 0.6852 0.132 0.000 0.000 0.116 0.000 0.752
#> SRR2013518 1 0.2326 0.8504 0.888 0.000 0.000 0.012 0.008 0.092
#> SRR2013517 1 0.1493 0.8804 0.936 0.000 0.000 0.004 0.004 0.056
#> SRR2013516 1 0.1116 0.8939 0.960 0.000 0.000 0.008 0.004 0.028
#> SRR2013514 1 0.1668 0.8752 0.928 0.000 0.000 0.008 0.004 0.060
#> SRR2013515 1 0.2592 0.8202 0.864 0.000 0.000 0.016 0.004 0.116
#> SRR2013513 1 0.0653 0.9005 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013512 1 0.1349 0.8841 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR2013511 1 0.0260 0.8988 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.1196 0.8904 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR2013508 1 0.1382 0.8970 0.948 0.000 0.000 0.008 0.036 0.008
#> SRR2013509 1 0.0653 0.8996 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR2013505 1 0.2357 0.8256 0.872 0.000 0.000 0.012 0.000 0.116
#> SRR2013506 6 0.4306 -0.0710 0.464 0.000 0.000 0.012 0.004 0.520
#> SRR2013507 1 0.0806 0.9022 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2013504 6 0.3819 0.3164 0.316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.672
#> SRR2013503 6 0.2527 0.7479 0.084 0.000 0.000 0.040 0.000 0.876
#> SRR2013502 1 0.2980 0.7411 0.808 0.000 0.000 0.012 0.000 0.180
#> SRR2013501 1 0.2113 0.8521 0.896 0.000 0.000 0.008 0.004 0.092
#> SRR2013500 1 0.1341 0.8974 0.948 0.000 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR2013499 6 0.3835 0.3463 0.300 0.000 0.000 0.016 0.000 0.684
#> SRR2013498 1 0.3566 0.6271 0.744 0.000 0.000 0.020 0.000 0.236
#> SRR2013497 1 0.2704 0.7933 0.844 0.000 0.000 0.016 0.000 0.140
#> SRR2013495 6 0.3835 0.3488 0.300 0.000 0.000 0.016 0.000 0.684
#> SRR2013496 1 0.4445 0.1823 0.572 0.000 0.000 0.032 0.000 0.396
#> SRR2013492 1 0.1624 0.8878 0.936 0.000 0.000 0.020 0.004 0.040
#> SRR2013494 1 0.3000 0.7950 0.840 0.000 0.004 0.032 0.000 0.124
#> SRR2013493 1 0.0458 0.8980 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1053 0.8983 0.964 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> SRR2013490 1 0.1152 0.8878 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR2013489 6 0.3522 0.6349 0.172 0.000 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR2013488 1 0.2358 0.8337 0.876 0.000 0.000 0.016 0.000 0.108
#> SRR2013487 1 0.2445 0.8309 0.872 0.000 0.000 0.020 0.000 0.108
#> SRR2013486 1 0.0632 0.8975 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0935 0.8944 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013484 1 0.0935 0.8930 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2013483 1 0.1036 0.8916 0.964 0.000 0.000 0.024 0.004 0.008
#> SRR2013482 1 0.1401 0.8952 0.948 0.000 0.000 0.028 0.004 0.020
#> SRR2013481 1 0.0777 0.8963 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR2013479 1 0.0748 0.8985 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013480 1 0.0777 0.8967 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR2013478 1 0.1728 0.8718 0.924 0.000 0.000 0.008 0.004 0.064
#> SRR2013477 1 0.0922 0.8960 0.968 0.000 0.000 0.004 0.004 0.024
#> SRR2013476 1 0.0363 0.8987 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0862 0.8996 0.972 0.000 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013473 1 0.0862 0.8996 0.972 0.000 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR2013475 1 0.0363 0.8987 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0363 0.8996 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.1116 0.8894 0.960 0.000 0.000 0.028 0.004 0.008
#> SRR2013470 1 0.0632 0.8956 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0767 0.9000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR2013468 1 0.1080 0.8940 0.960 0.000 0.000 0.004 0.004 0.032
#> SRR2013467 1 0.0622 0.9012 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2013466 1 0.0000 0.8992 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0405 0.9003 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2013463 1 0.1194 0.8929 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR2013462 1 0.0767 0.8990 0.976 0.000 0.000 0.012 0.008 0.004
#> SRR2013464 1 0.0146 0.8995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013461 1 0.0146 0.8994 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0508 0.8988 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2013459 1 0.0363 0.8980 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0935 0.8953 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2013457 1 0.0363 0.8980 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0547 0.8966 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0405 0.9008 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013453 1 0.1149 0.8918 0.960 0.000 0.000 0.024 0.008 0.008
#> SRR2013454 1 0.0291 0.8996 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013452 1 0.0748 0.8972 0.976 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR2013451 1 0.1155 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR2013450 1 0.0260 0.8992 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0748 0.8984 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2013448 1 0.0632 0.8956 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0603 0.9010 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR2013446 1 0.1296 0.8973 0.952 0.000 0.000 0.004 0.032 0.012
#> SRR2013445 1 0.0665 0.8974 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR2013444 1 0.0508 0.9009 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.988 0.37774 0.611 0.611
#> 3 3 0.820 0.909 0.919 0.31837 0.815 0.701
#> 4 4 0.985 0.953 0.978 0.17149 0.977 0.948
#> 5 5 0.983 0.946 0.975 0.00384 0.999 0.997
#> 6 6 0.905 0.903 0.951 0.02406 0.992 0.981
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.9248 0.546 0.340 0.660
#> SRR2013748 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.9248 0.546 0.340 0.660
#> SRR2013746 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.2236 0.926 0.036 0.964
#> SRR2013731 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.9209 0.554 0.336 0.664
#> SRR2013728 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013727 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013726 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013725 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013724 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013723 2 0.9286 0.539 0.344 0.656
#> SRR2013722 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0938 0.946 0.012 0.988
#> SRR2013699 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0376 0.952 0.004 0.996
#> SRR2013687 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.9170 0.561 0.332 0.668
#> SRR2013684 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.9000 0.589 0.316 0.684
#> SRR2013680 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 1 0.2043 0.965 0.968 0.032
#> SRR2013669 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.2043 0.930 0.032 0.968
#> SRR2013658 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR2013584 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013564 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR2013565 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR2013560 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR2013529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013754 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 3 0.9962 0.1290 0.304 0.320 0.376
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 3 0.9962 0.1290 0.304 0.320 0.376
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.1877 0.9354 0.032 0.956 0.012
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.1163 0.9666 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.9796 0.0157 0.304 0.432 0.264
#> SRR2013728 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013727 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013726 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013725 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013724 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013723 3 0.9922 0.1513 0.304 0.300 0.396
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.1163 0.9666 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0424 0.9799 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4702 0.8122 0.000 0.788 0.212
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0747 0.9753 0.000 0.984 0.016
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1163 0.9676 0.000 0.972 0.028
#> SRR2013694 2 0.1411 0.9620 0.000 0.964 0.036
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0892 0.9729 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013689 2 0.0829 0.9747 0.004 0.984 0.012
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0892 0.9730 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 3 0.9944 0.1159 0.296 0.320 0.384
#> SRR2013684 2 0.0237 0.9819 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013681 3 0.9953 0.0695 0.288 0.344 0.368
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0424 0.9798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013678 2 0.0592 0.9778 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9838 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013673 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013671 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013672 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013670 3 0.6008 0.8058 0.332 0.004 0.664
#> SRR2013669 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013668 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013667 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013666 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013665 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013662 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013663 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013664 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013661 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013660 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013659 2 0.5254 0.7556 0.000 0.736 0.264
#> SRR2013658 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013657 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013656 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013654 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013655 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013653 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013652 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013651 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013650 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013649 1 0.2796 0.8341 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013646 1 0.3816 0.7154 0.852 0.000 0.148
#> SRR2013645 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013644 3 0.5948 0.8306 0.360 0.000 0.640
#> SRR2013643 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013639 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0424 0.9682 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013631 1 0.6225 -0.3967 0.568 0.000 0.432
#> SRR2013632 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013629 1 0.6204 -0.3634 0.576 0.000 0.424
#> SRR2013630 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013628 1 0.0747 0.9578 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013626 1 0.6204 -0.3634 0.576 0.000 0.424
#> SRR2013625 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013627 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.2796 0.8341 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0237 0.9736 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.6008 0.8238 0.372 0.000 0.628
#> SRR2013588 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013587 3 0.6008 0.8238 0.372 0.000 0.628
#> SRR2013589 3 0.6111 0.8028 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013586 3 0.6008 0.8238 0.372 0.000 0.628
#> SRR2013585 3 0.6111 0.8021 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013584 1 0.0237 0.9736 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013579 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2796 0.8379 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.6111 0.8021 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013561 3 0.6111 0.8021 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013560 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013562 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013558 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013559 3 0.6008 0.8238 0.372 0.000 0.628
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.2796 0.8379 0.908 0.000 0.092
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0424 0.9686 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.1411 0.9294 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013547 1 0.0424 0.9685 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.2878 0.8309 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013538 1 0.0747 0.9576 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.6126 0.7982 0.400 0.000 0.600
#> SRR2013533 3 0.6026 0.8208 0.376 0.000 0.624
#> SRR2013531 3 0.6111 0.8021 0.396 0.000 0.604
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1289 0.9357 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0237 0.9735 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0237 0.9736 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0237 0.9730 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9782 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013442 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013769 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013760 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013754 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 4 0.1211 0.953 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2013748 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 4 0.1211 0.953 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2013746 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013739 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.2081 0.904 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013731 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0921 0.963 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013730 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 4 0.2868 0.848 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2013728 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013727 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013726 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013725 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013724 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013723 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013721 2 0.0921 0.963 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2013720 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013719 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013718 2 0.0336 0.980 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013716 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4072 0.670 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2013699 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0707 0.971 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013697 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1302 0.950 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013694 2 0.1557 0.939 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013693 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.1118 0.958 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013689 2 0.0817 0.969 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2013687 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.1118 0.958 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013686 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 4 0.1022 0.956 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2013684 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013681 4 0.1792 0.929 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2013680 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0469 0.978 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013678 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013677 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013673 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013671 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013672 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013670 3 0.1474 0.899 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR2013669 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013668 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013667 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013666 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013665 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013662 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013663 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013664 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013661 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013660 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013659 2 0.5161 0.299 0.000 0.592 0.008 0.400
#> SRR2013658 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013657 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013656 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013654 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013655 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013653 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013652 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013651 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013650 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013649 1 0.3975 0.693 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR2013647 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013648 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013646 1 0.4431 0.574 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR2013645 3 0.0188 0.943 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2013644 3 0.0469 0.940 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2013643 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013642 1 0.1109 0.965 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013640 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013641 1 0.1109 0.965 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013639 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013638 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013637 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013636 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013635 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013634 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013633 1 0.0927 0.970 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013631 3 0.3945 0.558 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR2013632 1 0.0779 0.973 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013629 3 0.4872 0.317 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR2013630 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013628 1 0.2796 0.889 0.892 0.000 0.092 0.016
#> SRR2013626 3 0.4800 0.342 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR2013625 1 0.0927 0.971 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013627 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013624 1 0.0779 0.973 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013623 1 0.3907 0.707 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0817 0.962 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013620 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013619 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013618 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013615 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013614 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013605 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013601 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013600 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013599 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013598 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013596 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013597 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013595 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013594 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013593 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013592 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013591 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013590 3 0.0592 0.939 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013588 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013587 3 0.0592 0.939 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013589 3 0.1356 0.933 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR2013586 3 0.0592 0.939 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013585 3 0.1305 0.928 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR2013584 1 0.0469 0.972 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013579 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.3123 0.819 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.3649 0.754 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013567 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.1305 0.928 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR2013565 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013561 3 0.1305 0.928 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR2013560 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013562 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013558 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013559 3 0.0592 0.939 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.3123 0.819 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.1211 0.948 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013548 1 0.0336 0.975 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013549 1 0.1792 0.920 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.3311 0.798 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2013547 1 0.0336 0.975 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.3356 0.793 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2013538 1 0.0921 0.959 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.1452 0.931 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2013533 3 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2013531 3 0.1305 0.928 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR2013529 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1716 0.924 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013524 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013522 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013521 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013520 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013515 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013512 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013511 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013510 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013508 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013509 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013505 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013506 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013504 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013490 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0336 0.975 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013485 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013484 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013481 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013476 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013475 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013471 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013470 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013469 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013468 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013467 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013466 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013465 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013463 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013462 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013464 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013461 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013460 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013457 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013456 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013453 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013454 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013452 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013451 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013446 1 0.0921 0.968 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013445 1 0.0592 0.974 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013444 1 0.0817 0.970 0.976 0.000 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013442 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013769 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0324 0.976 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013760 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013754 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.1043 0.897 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013748 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.1043 0.897 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013746 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013739 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.1792 0.898 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013731 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0794 0.966 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013730 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 5 0.2471 0.644 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013728 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013727 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013726 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013725 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013724 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013723 5 0.0000 0.917 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013721 2 0.0794 0.966 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013720 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013719 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013718 2 0.0290 0.984 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013716 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3508 0.638 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2013699 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0609 0.974 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013697 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1121 0.951 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013694 2 0.1341 0.937 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013693 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0963 0.959 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013689 2 0.0703 0.971 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0963 0.959 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 5 0.0880 0.903 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013684 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013681 5 0.1544 0.840 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0404 0.981 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013678 2 0.0510 0.978 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013677 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.1357 0.878 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR2013669 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.1864 0.000 0.000 0.068 0.004 0.924 0.004
#> SRR2013658 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.3852 0.687 0.760 0.000 0.220 0.020 0.000
#> SRR2013647 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013648 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.4275 0.573 0.696 0.000 0.284 0.020 0.000
#> SRR2013645 3 0.0162 0.918 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013642 1 0.1179 0.962 0.964 0.000 0.004 0.016 0.016
#> SRR2013640 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013641 1 0.1179 0.962 0.964 0.000 0.004 0.016 0.016
#> SRR2013639 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013638 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013637 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013636 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013635 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013634 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013633 1 0.0771 0.970 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2013631 3 0.4378 0.501 0.216 0.000 0.740 0.040 0.004
#> SRR2013632 1 0.0671 0.972 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013629 3 0.5126 0.250 0.356 0.000 0.600 0.040 0.004
#> SRR2013630 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013628 1 0.2582 0.888 0.892 0.000 0.080 0.024 0.004
#> SRR2013626 3 0.5071 0.274 0.340 0.000 0.616 0.040 0.004
#> SRR2013625 1 0.0833 0.970 0.976 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR2013627 1 0.0671 0.972 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013624 1 0.0727 0.973 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR2013623 1 0.3789 0.701 0.768 0.000 0.212 0.020 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0703 0.961 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013615 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013601 1 0.0404 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013600 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013599 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013598 1 0.0671 0.971 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013596 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013597 1 0.0404 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013595 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013594 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013593 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013592 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013591 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013590 3 0.1845 0.903 0.016 0.000 0.928 0.056 0.000
#> SRR2013588 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013587 3 0.1845 0.903 0.016 0.000 0.928 0.056 0.000
#> SRR2013589 3 0.2478 0.895 0.008 0.000 0.904 0.060 0.028
#> SRR2013586 3 0.1845 0.903 0.016 0.000 0.928 0.056 0.000
#> SRR2013585 3 0.2437 0.890 0.004 0.000 0.904 0.060 0.032
#> SRR2013584 1 0.0404 0.971 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0162 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013579 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2886 0.815 0.844 0.000 0.148 0.008 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.3353 0.748 0.796 0.000 0.196 0.008 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0162 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 3 0.2437 0.890 0.004 0.000 0.904 0.060 0.032
#> SRR2013565 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013561 3 0.2437 0.890 0.004 0.000 0.904 0.060 0.032
#> SRR2013560 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013562 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013558 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013559 3 0.1845 0.903 0.016 0.000 0.928 0.056 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.2886 0.815 0.844 0.000 0.148 0.008 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.1043 0.946 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0162 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0290 0.974 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.1638 0.919 0.932 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.3053 0.794 0.828 0.000 0.164 0.008 0.000
#> SRR2013547 1 0.0324 0.974 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.3093 0.789 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR2013538 1 0.0865 0.958 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.2562 0.893 0.008 0.000 0.900 0.060 0.032
#> SRR2013533 3 0.2036 0.897 0.024 0.000 0.920 0.056 0.000
#> SRR2013531 3 0.2437 0.890 0.004 0.000 0.904 0.060 0.032
#> SRR2013529 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1571 0.923 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013524 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013522 1 0.0807 0.970 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013521 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013520 1 0.0162 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013512 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013511 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013510 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013508 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013509 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013505 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0290 0.974 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013485 1 0.0404 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013477 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0693 0.972 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013471 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013470 1 0.0798 0.969 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013469 1 0.0404 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013468 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013467 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013466 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013465 1 0.0566 0.973 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013463 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013462 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013464 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013461 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013458 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013457 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013456 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013455 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013453 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013454 1 0.0290 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013452 1 0.0510 0.973 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013447 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013446 1 0.1018 0.965 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013445 1 0.0671 0.971 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013444 1 0.0912 0.967 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.2070 0.90848 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR2013442 1 0.2070 0.90848 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR2013769 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0405 0.96489 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0260 0.98537 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0260 0.98537 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.1010 0.90244 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.1010 0.90244 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0146 0.98779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0260 0.98537 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.1610 0.90629 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.1003 0.96241 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 5 0.2667 0.66676 0.000 0.128 0.000 0.020 0.852 0.000
#> SRR2013728 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013725 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 5 0.0000 0.91873 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0146 0.98771 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013721 2 0.1003 0.96241 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR2013720 2 0.0146 0.98771 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0146 0.98771 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013718 2 0.0405 0.98284 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013716 2 0.0146 0.98779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0146 0.98779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3290 0.66335 0.000 0.744 0.000 0.004 0.252 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0547 0.97605 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.1007 0.95433 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013694 2 0.1204 0.94213 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0865 0.96209 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013689 2 0.0632 0.97328 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0865 0.96211 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 5 0.0790 0.90571 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR2013684 2 0.0146 0.98770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013681 5 0.1387 0.84297 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0363 0.98237 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013678 2 0.0458 0.97951 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.98989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0363 0.77654 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0363 0.77654 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.2221 0.64340 0.000 0.000 0.896 0.072 0.000 0.032
#> SRR2013669 3 0.0725 0.77340 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0363 0.77654 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 6 0.0000 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013658 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0725 0.77340 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0725 0.77340 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0725 0.77340 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.3852 0.70387 0.760 0.000 0.176 0.064 0.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0937 0.95273 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.4271 0.58692 0.696 0.000 0.244 0.060 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0146 0.78488 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0725 0.77340 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.2312 0.88810 0.876 0.000 0.000 0.112 0.012 0.000
#> SRR2013642 1 0.2896 0.83258 0.824 0.000 0.000 0.160 0.016 0.000
#> SRR2013640 1 0.1563 0.93486 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012 0.000
#> SRR2013641 1 0.2896 0.83258 0.824 0.000 0.000 0.160 0.016 0.000
#> SRR2013639 1 0.2572 0.86437 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012 0.000
#> SRR2013638 1 0.2402 0.88073 0.868 0.000 0.000 0.120 0.012 0.000
#> SRR2013637 1 0.1225 0.94843 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR2013636 1 0.2572 0.86437 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012 0.000
#> SRR2013635 1 0.2531 0.86863 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012 0.000
#> SRR2013634 1 0.2730 0.84665 0.836 0.000 0.000 0.152 0.012 0.000
#> SRR2013633 1 0.1082 0.95119 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR2013631 3 0.5663 0.00146 0.216 0.000 0.556 0.224 0.004 0.000
#> SRR2013632 1 0.1349 0.94128 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2013629 3 0.6005 0.00231 0.356 0.000 0.436 0.204 0.004 0.000
#> SRR2013630 4 0.4088 0.92130 0.008 0.000 0.348 0.636 0.008 0.000
#> SRR2013628 1 0.2617 0.88186 0.876 0.000 0.080 0.040 0.004 0.000
#> SRR2013626 3 0.5983 0.00472 0.340 0.000 0.452 0.204 0.004 0.000
#> SRR2013625 1 0.1429 0.94146 0.940 0.000 0.004 0.052 0.004 0.000
#> SRR2013627 1 0.1411 0.93800 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR2013624 1 0.1615 0.93267 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004 0.000
#> SRR2013623 1 0.3786 0.71712 0.768 0.000 0.168 0.064 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0632 0.95410 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0363 0.96467 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0260 0.96500 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0146 0.96594 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0260 0.96500 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0363 0.96467 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0146 0.96594 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0146 0.96594 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.1333 0.94390 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR2013601 1 0.0547 0.96229 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.1265 0.94650 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR2013599 1 0.0458 0.96403 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.1219 0.94649 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR2013596 1 0.1398 0.94125 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008 0.000
#> SRR2013597 1 0.0547 0.96229 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.1196 0.94879 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR2013594 1 0.1462 0.93861 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR2013593 1 0.1462 0.93861 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR2013592 1 0.1812 0.92172 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR2013591 1 0.1812 0.92172 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR2013590 3 0.4224 -0.41330 0.016 0.000 0.552 0.432 0.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.4088 0.92130 0.008 0.000 0.348 0.636 0.008 0.000
#> SRR2013587 3 0.4088 -0.19017 0.016 0.000 0.616 0.368 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.4015 0.91508 0.008 0.000 0.328 0.656 0.008 0.000
#> SRR2013586 3 0.4168 -0.30854 0.016 0.000 0.584 0.400 0.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.3560 0.87455 0.004 0.000 0.256 0.732 0.008 0.000
#> SRR2013584 1 0.0363 0.96162 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0146 0.96544 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.2954 0.82632 0.844 0.000 0.108 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.3445 0.76188 0.796 0.000 0.156 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0146 0.96532 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 4 0.3560 0.87455 0.004 0.000 0.256 0.732 0.008 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 4 0.4088 0.92130 0.008 0.000 0.348 0.636 0.008 0.000
#> SRR2013561 4 0.3583 0.87831 0.004 0.000 0.260 0.728 0.008 0.000
#> SRR2013560 4 0.4088 0.92130 0.008 0.000 0.348 0.636 0.008 0.000
#> SRR2013562 4 0.4088 0.92130 0.008 0.000 0.348 0.636 0.008 0.000
#> SRR2013558 4 0.4101 0.91672 0.008 0.000 0.352 0.632 0.008 0.000
#> SRR2013559 3 0.4218 -0.40477 0.016 0.000 0.556 0.428 0.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.2954 0.82632 0.844 0.000 0.108 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0937 0.94236 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0146 0.96546 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0260 0.96362 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.1616 0.92061 0.932 0.000 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.3130 0.80595 0.828 0.000 0.124 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0291 0.96405 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.3172 0.80084 0.824 0.000 0.128 0.048 0.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0777 0.95221 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 4 0.4230 0.82822 0.008 0.000 0.400 0.584 0.008 0.000
#> SRR2013533 3 0.4241 -0.19944 0.024 0.000 0.608 0.368 0.000 0.000
#> SRR2013531 4 0.3560 0.87455 0.004 0.000 0.256 0.732 0.008 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.1528 0.92502 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0146 0.96594 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0820 0.95896 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0820 0.95896 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR2013522 1 0.0820 0.95896 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0260 0.96568 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0146 0.96547 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0260 0.96522 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0146 0.96580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0937 0.95273 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0146 0.96580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0146 0.96580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0937 0.95273 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0260 0.96554 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0547 0.96204 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0260 0.96528 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0146 0.96580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0260 0.96500 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0260 0.96430 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0363 0.96483 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0547 0.96237 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0865 0.95478 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0260 0.96568 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0260 0.96557 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.1007 0.95130 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0972 0.95570 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR2013471 1 0.0790 0.95632 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.1333 0.94406 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR2013469 1 0.0458 0.96330 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0260 0.96500 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0713 0.95811 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0363 0.96467 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0777 0.95898 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR2013463 1 0.0363 0.96457 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0260 0.96500 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0363 0.96474 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0363 0.96474 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0260 0.96568 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0632 0.96011 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0363 0.96474 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0713 0.95811 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.96610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0146 0.96591 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0260 0.96566 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.2070 0.90848 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR2013446 1 0.2311 0.89473 0.880 0.000 0.000 0.104 0.016 0.000
#> SRR2013445 1 0.2100 0.89888 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> SRR2013444 1 0.2070 0.90848 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.995 0.3786 0.623 0.623
#> 3 3 0.915 0.944 0.969 0.4709 0.817 0.707
#> 4 4 0.758 0.799 0.899 0.1927 0.851 0.680
#> 5 5 0.689 0.810 0.862 0.0911 0.868 0.639
#> 6 6 0.734 0.757 0.836 0.0560 0.958 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013759 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013758 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013757 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013756 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013755 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013754 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013753 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013751 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013752 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013750 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013749 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013748 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013747 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013745 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013746 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013744 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013742 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013743 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013741 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013740 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013739 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013737 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013738 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013736 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013735 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013734 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013733 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013731 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013732 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013730 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013729 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013728 1 0.3733 0.922 0.928 0.072
#> SRR2013727 1 0.7219 0.752 0.800 0.200
#> SRR2013726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR2013724 1 0.5842 0.838 0.860 0.140
#> SRR2013723 1 0.7602 0.719 0.780 0.220
#> SRR2013722 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013721 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013720 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013719 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013717 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013718 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013716 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013715 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013714 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013713 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013712 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013711 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013708 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013709 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013707 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013706 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013705 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013704 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013703 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013702 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013701 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013700 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013699 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013698 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013697 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013696 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013695 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013694 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013693 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013692 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013691 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013690 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013689 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013687 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013688 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013686 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013685 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013682 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013683 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013684 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013681 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013680 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013679 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013678 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013677 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013676 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013675 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013674 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013673 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013671 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013672 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013670 1 0.3879 0.917 0.924 0.076
#> SRR2013669 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013668 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013667 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013666 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013665 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013662 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013663 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013664 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013661 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013660 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013659 2 0.0672 1.000 0.008 0.992
#> SRR2013658 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013657 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013656 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013654 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013655 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013653 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013652 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013651 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013650 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013649 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013647 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013646 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013645 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013644 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013643 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> SRR2013589 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013585 1 0.6801 0.781 0.820 0.180
#> SRR2013584 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.1414 0.988 0.020 0.980
#> SRR2013565 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013442 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013769 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013768 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013762 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.6299 0.718 0.772 0.096 0.132
#> SRR2013727 1 0.6886 0.639 0.728 0.184 0.088
#> SRR2013726 1 0.3879 0.819 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013725 2 0.0892 0.978 0.000 0.980 0.020
#> SRR2013724 1 0.6590 0.691 0.756 0.132 0.112
#> SRR2013723 1 0.8652 0.325 0.576 0.284 0.140
#> SRR2013722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013716 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013715 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013714 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013713 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013708 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013709 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013704 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013703 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013699 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013698 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013697 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013696 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013695 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013694 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013693 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013692 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013691 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013689 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013687 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013686 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013685 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013681 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013679 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013678 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013677 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013676 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013673 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013671 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013672 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013670 3 0.2339 0.864 0.012 0.048 0.940
#> SRR2013669 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013668 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013667 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013666 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013665 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013662 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013663 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013664 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013661 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013660 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013659 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013657 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013656 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013654 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013655 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013653 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013652 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013651 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013650 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013649 3 0.4346 0.843 0.184 0.000 0.816
#> SRR2013647 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013648 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013646 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013645 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013644 3 0.1163 0.902 0.028 0.000 0.972
#> SRR2013643 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013642 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013640 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013639 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013638 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013637 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013635 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013634 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013633 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013631 3 0.4121 0.849 0.168 0.000 0.832
#> SRR2013632 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013629 3 0.4291 0.845 0.180 0.000 0.820
#> SRR2013630 3 0.4178 0.846 0.172 0.000 0.828
#> SRR2013628 1 0.4555 0.752 0.800 0.000 0.200
#> SRR2013626 3 0.4346 0.843 0.184 0.000 0.816
#> SRR2013625 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013627 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013624 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013623 1 0.2625 0.893 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013622 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013621 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013620 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013617 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013616 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013612 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013610 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013611 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013608 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013606 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013605 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013607 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013604 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013603 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0592 0.965 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013599 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0237 0.969 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013596 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013597 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013593 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013592 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013591 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013590 3 0.3686 0.866 0.140 0.000 0.860
#> SRR2013588 3 0.4062 0.850 0.164 0.000 0.836
#> SRR2013587 3 0.3116 0.883 0.108 0.000 0.892
#> SRR2013589 3 0.3686 0.866 0.140 0.000 0.860
#> SRR2013586 3 0.2796 0.882 0.092 0.000 0.908
#> SRR2013585 3 0.4139 0.809 0.016 0.124 0.860
#> SRR2013584 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013583 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013582 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013581 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013580 1 0.4062 0.789 0.836 0.000 0.164
#> SRR2013579 1 0.6095 0.285 0.608 0.000 0.392
#> SRR2013578 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013577 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013576 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013575 1 0.4796 0.700 0.780 0.000 0.220
#> SRR2013574 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013572 1 0.4702 0.713 0.788 0.000 0.212
#> SRR2013573 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013571 3 0.5988 0.535 0.368 0.000 0.632
#> SRR2013569 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013570 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013568 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013567 1 0.5363 0.591 0.724 0.000 0.276
#> SRR2013566 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013564 3 0.5244 0.662 0.004 0.240 0.756
#> SRR2013565 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013563 3 0.4178 0.846 0.172 0.000 0.828
#> SRR2013561 3 0.4121 0.849 0.168 0.000 0.832
#> SRR2013560 3 0.5706 0.613 0.320 0.000 0.680
#> SRR2013562 3 0.4121 0.849 0.168 0.000 0.832
#> SRR2013558 3 0.3551 0.868 0.132 0.000 0.868
#> SRR2013559 3 0.3686 0.866 0.140 0.000 0.860
#> SRR2013556 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013557 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013554 1 0.5905 0.405 0.648 0.000 0.352
#> SRR2013553 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013555 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013552 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013551 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013550 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013548 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013549 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013546 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013545 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013544 1 0.4605 0.728 0.796 0.000 0.204
#> SRR2013547 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013543 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013542 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013541 1 0.4974 0.671 0.764 0.000 0.236
#> SRR2013540 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013539 1 0.4555 0.734 0.800 0.000 0.200
#> SRR2013538 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013537 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013535 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013536 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013534 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013532 3 0.4121 0.849 0.168 0.000 0.832
#> SRR2013533 3 0.4346 0.843 0.184 0.000 0.816
#> SRR2013531 3 0.4178 0.846 0.172 0.000 0.828
#> SRR2013529 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013530 1 0.2711 0.889 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013528 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013527 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013526 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013525 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013524 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013522 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013521 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013519 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013520 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013518 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013517 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013516 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013514 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013513 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013512 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013511 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013510 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013508 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013505 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013507 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013503 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013502 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013501 1 0.0237 0.970 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013500 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013499 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013498 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013497 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013495 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013496 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013492 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013493 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013491 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013489 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013488 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013487 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013484 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013483 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013481 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013480 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013477 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013474 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013473 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013475 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013472 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013470 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013469 1 0.0237 0.969 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013468 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013464 1 0.0747 0.963 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013461 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013459 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013457 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013456 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013453 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013454 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0237 0.969 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013451 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013448 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013447 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013446 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013445 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR2013444 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 4 0.4804 0.5296 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013442 4 0.4830 0.5151 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013769 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0707 0.8737 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.2281 0.9114 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.2281 0.9114 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0188 0.9863 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.2281 0.9114 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013728 4 0.1978 0.5995 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR2013727 4 0.1978 0.5995 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR2013726 4 0.1867 0.6014 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013725 4 0.2401 0.5238 0.004 0.092 0.000 0.904
#> SRR2013724 4 0.1978 0.5995 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR2013723 4 0.2142 0.5898 0.056 0.016 0.000 0.928
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013716 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013715 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013714 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013708 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013704 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.2469 0.9087 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2013699 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013698 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013697 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013696 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013695 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013694 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013693 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013692 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013689 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013686 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.2281 0.9114 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013684 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013681 2 0.2281 0.9114 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2013680 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013679 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013678 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013677 2 0.0469 0.9855 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4011 0.4156 0.000 0.008 0.208 0.784
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.2704 0.8830 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0817 0.9667 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2013649 1 0.6293 0.4329 0.628 0.000 0.276 0.096
#> SRR2013647 4 0.4804 0.5295 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.2011 0.9065 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9953 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 4 0.3649 0.6572 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013642 4 0.2408 0.6194 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013640 1 0.4855 0.1976 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR2013641 4 0.2408 0.6194 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013639 4 0.3726 0.6568 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013638 4 0.4103 0.6545 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013637 1 0.3400 0.7330 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013636 4 0.2704 0.6297 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013635 4 0.3649 0.6572 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013634 4 0.3649 0.6572 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013633 1 0.4998 -0.1968 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013631 4 0.4088 0.4203 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR2013632 4 0.3610 0.6577 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013629 4 0.5003 0.3597 0.016 0.000 0.308 0.676
#> SRR2013630 4 0.4722 0.3765 0.008 0.000 0.300 0.692
#> SRR2013628 4 0.5470 0.5077 0.116 0.000 0.148 0.736
#> SRR2013626 4 0.4877 0.3406 0.008 0.000 0.328 0.664
#> SRR2013625 4 0.4522 0.6104 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013627 4 0.3649 0.6582 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013624 1 0.4972 -0.0359 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013623 1 0.3164 0.8142 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR2013622 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013621 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013620 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013619 1 0.1389 0.8575 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013617 1 0.3356 0.7378 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013618 1 0.0817 0.8717 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013616 1 0.3444 0.7275 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013615 1 0.1211 0.8624 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013614 1 0.2921 0.7777 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013613 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.1118 0.8784 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013611 1 0.1302 0.8606 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013609 1 0.1211 0.8773 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013608 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0707 0.8806 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013607 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0336 0.8797 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013602 1 0.3486 0.7227 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013601 1 0.1557 0.8521 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013600 1 0.3610 0.7067 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013599 1 0.2281 0.8215 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013598 1 0.3569 0.7119 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013596 1 0.4564 0.4434 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013597 1 0.3123 0.7619 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013595 1 0.3356 0.7378 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013594 1 0.4454 0.4970 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013593 4 0.4972 0.3524 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013592 4 0.4817 0.5227 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013591 4 0.4817 0.5227 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013590 4 0.4621 0.3851 0.008 0.000 0.284 0.708
#> SRR2013588 4 0.4980 0.3651 0.016 0.000 0.304 0.680
#> SRR2013587 4 0.5510 -0.0655 0.016 0.000 0.480 0.504
#> SRR2013589 4 0.4647 0.3827 0.008 0.000 0.288 0.704
#> SRR2013586 4 0.4980 0.3651 0.016 0.000 0.304 0.680
#> SRR2013585 4 0.4011 0.4194 0.000 0.008 0.208 0.784
#> SRR2013584 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013583 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013582 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013581 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013580 1 0.4022 0.7591 0.836 0.000 0.068 0.096
#> SRR2013579 1 0.5304 0.6371 0.748 0.000 0.148 0.104
#> SRR2013578 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013577 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013576 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013575 1 0.4297 0.7381 0.820 0.000 0.084 0.096
#> SRR2013574 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013572 1 0.4168 0.7485 0.828 0.000 0.080 0.092
#> SRR2013573 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013571 1 0.5653 0.5766 0.712 0.000 0.192 0.096
#> SRR2013569 1 0.1302 0.8762 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013570 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013568 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013567 1 0.4362 0.7324 0.816 0.000 0.088 0.096
#> SRR2013566 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013564 4 0.5062 0.3937 0.000 0.064 0.184 0.752
#> SRR2013565 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013563 4 0.4673 0.3831 0.008 0.000 0.292 0.700
#> SRR2013561 4 0.3791 0.4340 0.004 0.000 0.200 0.796
#> SRR2013560 4 0.5907 0.4137 0.092 0.000 0.228 0.680
#> SRR2013562 4 0.4673 0.3799 0.008 0.000 0.292 0.700
#> SRR2013558 4 0.4980 0.3651 0.016 0.000 0.304 0.680
#> SRR2013559 4 0.4697 0.3769 0.008 0.000 0.296 0.696
#> SRR2013556 1 0.1302 0.8762 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013557 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013554 1 0.4362 0.7324 0.816 0.000 0.088 0.096
#> SRR2013553 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013555 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013552 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013551 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013550 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013548 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013549 1 0.1716 0.8647 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013546 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013545 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013544 1 0.4231 0.7435 0.824 0.000 0.080 0.096
#> SRR2013547 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013543 1 0.1302 0.8762 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013542 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013541 1 0.4297 0.7381 0.820 0.000 0.084 0.096
#> SRR2013540 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013539 1 0.4231 0.7435 0.824 0.000 0.080 0.096
#> SRR2013538 1 0.1557 0.8707 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013537 1 0.1211 0.8774 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013535 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013536 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013534 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013532 4 0.4722 0.3735 0.008 0.000 0.300 0.692
#> SRR2013533 4 0.7248 0.2656 0.184 0.000 0.284 0.532
#> SRR2013531 4 0.3052 0.4955 0.004 0.000 0.136 0.860
#> SRR2013529 1 0.0336 0.8817 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013530 1 0.3149 0.8119 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR2013528 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.1302 0.8762 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013526 1 0.0469 0.8775 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013525 4 0.4992 0.2927 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013524 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 4 0.4713 0.5640 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013522 4 0.5000 0.2225 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013521 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013519 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013518 4 0.4898 0.4660 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013517 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.2704 0.7944 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013515 4 0.4933 0.4264 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR2013513 4 0.4776 0.5420 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013512 1 0.0336 0.8791 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013511 4 0.4898 0.4660 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013510 4 0.4761 0.5478 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013508 1 0.3356 0.7389 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013509 4 0.4898 0.4643 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013505 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013506 1 0.1211 0.8776 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013507 1 0.4406 0.5005 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013504 1 0.1211 0.8773 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013503 4 0.4072 0.6446 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013502 1 0.4941 0.0319 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013501 1 0.4843 0.2003 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013500 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013498 1 0.1118 0.8782 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013497 1 0.0921 0.8796 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013495 1 0.1474 0.8735 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013496 1 0.1389 0.8749 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013492 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.1118 0.8782 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013493 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.2647 0.7984 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013490 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.1302 0.8762 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013488 1 0.1118 0.8782 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013487 1 0.1118 0.8782 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013486 1 0.3311 0.7426 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013485 1 0.4697 0.3586 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013484 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013483 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013482 1 0.4898 0.1526 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR2013481 1 0.2589 0.8017 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013479 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013478 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.3311 0.7426 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013476 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013474 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 4 0.4843 0.5075 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013475 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.3266 0.7473 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013471 1 0.4730 0.3382 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2013470 1 0.4877 0.1821 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013469 1 0.3311 0.7426 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013468 1 0.3266 0.7473 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013467 1 0.3074 0.7651 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013466 1 0.3311 0.7426 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013465 1 0.2647 0.7978 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013463 1 0.3266 0.7476 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013462 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.3569 0.7119 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013461 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013460 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013456 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.3219 0.7521 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013454 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013452 1 0.3172 0.7563 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013451 1 0.0817 0.8718 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013450 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013449 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0188 0.8808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013447 4 0.4855 0.4991 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013446 4 0.3172 0.6425 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2013445 4 0.4624 0.5888 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013444 4 0.4817 0.5227 0.388 0.000 0.000 0.612
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.2707 0.7569 0.132 0.000 0.000 0.008 0.860
#> SRR2013442 5 0.2798 0.7629 0.140 0.000 0.000 0.008 0.852
#> SRR2013769 1 0.2377 0.8399 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013768 1 0.2424 0.8372 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013767 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013765 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013766 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013764 1 0.2329 0.8418 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013763 1 0.2424 0.8372 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013762 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013761 1 0.3949 0.4304 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.1965 0.9128 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013757 2 0.0162 0.9214 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013756 2 0.2971 0.8932 0.000 0.836 0.000 0.156 0.008
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.5110 0.7736 0.000 0.680 0.000 0.224 0.096
#> SRR2013748 2 0.0162 0.9214 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.5110 0.7736 0.000 0.680 0.000 0.224 0.096
#> SRR2013746 2 0.1478 0.9176 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013744 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.3132 0.8864 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR2013736 2 0.2516 0.9022 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013735 2 0.3010 0.8905 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR2013734 2 0.3343 0.8828 0.000 0.812 0.000 0.172 0.016
#> SRR2013733 2 0.4129 0.8514 0.000 0.756 0.000 0.204 0.040
#> SRR2013731 2 0.0510 0.9219 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013732 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013730 2 0.3171 0.8858 0.000 0.816 0.000 0.176 0.008
#> SRR2013729 2 0.5137 0.7725 0.000 0.676 0.000 0.228 0.096
#> SRR2013728 5 0.4331 -0.2563 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR2013727 5 0.4331 -0.2563 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR2013726 5 0.3969 0.0162 0.004 0.000 0.000 0.304 0.692
#> SRR2013725 4 0.4562 0.2527 0.000 0.008 0.000 0.500 0.492
#> SRR2013724 5 0.4331 -0.2563 0.004 0.000 0.000 0.400 0.596
#> SRR2013723 5 0.4341 -0.2642 0.004 0.000 0.000 0.404 0.592
#> SRR2013722 2 0.3343 0.8828 0.000 0.812 0.000 0.172 0.016
#> SRR2013721 2 0.0451 0.9214 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013720 2 0.3343 0.8828 0.000 0.812 0.000 0.172 0.016
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.3242 0.8847 0.000 0.816 0.000 0.172 0.012
#> SRR2013718 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013716 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013715 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013714 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013708 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013706 2 0.0162 0.9214 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013705 2 0.1544 0.9179 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013704 2 0.0290 0.9200 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.1908 0.9134 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.5215 0.7683 0.000 0.664 0.000 0.240 0.096
#> SRR2013699 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013698 2 0.3282 0.8835 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> SRR2013697 2 0.1197 0.9197 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013696 2 0.0510 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013695 2 0.3586 0.8776 0.000 0.792 0.000 0.188 0.020
#> SRR2013694 2 0.3675 0.8755 0.000 0.788 0.000 0.188 0.024
#> SRR2013693 2 0.2605 0.9012 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013692 2 0.2516 0.9038 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.3492 0.8796 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR2013689 2 0.3492 0.8796 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR2013687 2 0.3209 0.8850 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR2013688 2 0.3586 0.8776 0.000 0.792 0.000 0.188 0.020
#> SRR2013686 2 0.2377 0.9071 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.1965 0.9126 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013683 2 0.5110 0.7736 0.000 0.680 0.000 0.224 0.096
#> SRR2013684 2 0.2648 0.9002 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR2013681 2 0.5110 0.7736 0.000 0.680 0.000 0.224 0.096
#> SRR2013680 2 0.2605 0.9012 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR2013679 2 0.3160 0.8855 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR2013678 2 0.3492 0.8796 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR2013677 2 0.2127 0.9119 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2013676 2 0.2329 0.9055 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9210 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.4298 0.8832 0.000 0.000 0.060 0.756 0.184
#> SRR2013669 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013668 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.5296 0.7238 0.000 0.636 0.000 0.280 0.084
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013651 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013650 3 0.1026 0.9530 0.024 0.000 0.968 0.004 0.004
#> SRR2013649 1 0.4964 0.5759 0.708 0.000 0.204 0.084 0.004
#> SRR2013647 5 0.2873 0.7560 0.128 0.000 0.000 0.016 0.856
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.2177 0.8803 0.008 0.000 0.908 0.080 0.004
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013643 5 0.3239 0.6326 0.068 0.000 0.000 0.080 0.852
#> SRR2013642 5 0.2488 0.4582 0.004 0.000 0.000 0.124 0.872
#> SRR2013640 5 0.3305 0.7913 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2013641 5 0.2536 0.4525 0.004 0.000 0.000 0.128 0.868
#> SRR2013639 5 0.2708 0.6779 0.072 0.000 0.000 0.044 0.884
#> SRR2013638 5 0.2597 0.7129 0.092 0.000 0.000 0.024 0.884
#> SRR2013637 5 0.3636 0.7664 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013636 5 0.3035 0.5396 0.032 0.000 0.000 0.112 0.856
#> SRR2013635 5 0.3323 0.5942 0.056 0.000 0.000 0.100 0.844
#> SRR2013634 5 0.3255 0.5925 0.052 0.000 0.000 0.100 0.848
#> SRR2013633 5 0.3160 0.7855 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808
#> SRR2013631 4 0.5033 0.9111 0.004 0.000 0.108 0.712 0.176
#> SRR2013632 5 0.3493 0.5936 0.060 0.000 0.000 0.108 0.832
#> SRR2013629 4 0.5283 0.9079 0.016 0.000 0.128 0.712 0.144
#> SRR2013630 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013628 5 0.7950 -0.2364 0.316 0.000 0.076 0.268 0.340
#> SRR2013626 4 0.5460 0.8867 0.012 0.000 0.160 0.688 0.140
#> SRR2013625 5 0.3051 0.7289 0.120 0.000 0.000 0.028 0.852
#> SRR2013627 5 0.3464 0.6147 0.068 0.000 0.000 0.096 0.836
#> SRR2013624 5 0.3210 0.7908 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013623 1 0.1018 0.8601 0.968 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR2013622 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013621 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013620 1 0.3003 0.7711 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013619 1 0.4030 0.3616 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2013617 5 0.3636 0.7664 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013618 1 0.3752 0.5509 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013616 5 0.3636 0.7664 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013615 1 0.4171 0.1877 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2013614 5 0.4256 0.5022 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2013613 1 0.1851 0.8584 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013612 1 0.1732 0.8607 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013610 1 0.1626 0.8694 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR2013611 1 0.4210 0.1267 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2013609 1 0.0162 0.8724 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013608 1 0.1965 0.8553 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013606 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013605 1 0.0290 0.8729 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013607 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013604 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013603 1 0.3109 0.7560 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013602 5 0.3661 0.7637 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013601 5 0.4305 0.3256 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013600 5 0.3612 0.7690 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013599 5 0.4210 0.5523 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2013598 5 0.3707 0.7575 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013596 5 0.3480 0.7823 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013597 5 0.4030 0.6748 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013595 5 0.3913 0.7150 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013594 5 0.3480 0.7823 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013593 5 0.3160 0.7860 0.188 0.000 0.000 0.004 0.808
#> SRR2013592 5 0.2753 0.7601 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR2013591 5 0.2753 0.7601 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR2013590 4 0.4872 0.9160 0.000 0.000 0.120 0.720 0.160
#> SRR2013588 4 0.5070 0.9167 0.008 0.000 0.120 0.720 0.152
#> SRR2013587 4 0.5253 0.8012 0.008 0.000 0.220 0.684 0.088
#> SRR2013589 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013586 4 0.5075 0.9148 0.008 0.000 0.124 0.720 0.148
#> SRR2013585 4 0.4360 0.8906 0.000 0.000 0.064 0.752 0.184
#> SRR2013584 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013583 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013582 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013581 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013580 1 0.2248 0.8041 0.900 0.000 0.012 0.088 0.000
#> SRR2013579 1 0.3875 0.6936 0.804 0.000 0.072 0.124 0.000
#> SRR2013578 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013577 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013576 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013575 1 0.2351 0.8001 0.896 0.000 0.016 0.088 0.000
#> SRR2013574 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013572 1 0.2293 0.8040 0.900 0.000 0.016 0.084 0.000
#> SRR2013573 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013571 1 0.4057 0.6772 0.792 0.000 0.120 0.088 0.000
#> SRR2013569 1 0.0404 0.8715 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013570 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013568 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013567 1 0.2448 0.7955 0.892 0.000 0.020 0.088 0.000
#> SRR2013566 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013564 4 0.3769 0.8639 0.000 0.000 0.032 0.788 0.180
#> SRR2013565 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013563 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013561 4 0.4360 0.8906 0.000 0.000 0.064 0.752 0.184
#> SRR2013560 4 0.5286 0.8820 0.040 0.000 0.084 0.728 0.148
#> SRR2013562 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013558 4 0.5142 0.9123 0.012 0.000 0.124 0.720 0.144
#> SRR2013559 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013556 1 0.0955 0.8671 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013557 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013554 1 0.2448 0.7955 0.892 0.000 0.020 0.088 0.000
#> SRR2013553 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013555 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013552 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013551 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013550 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013548 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013549 1 0.1502 0.8488 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013546 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013545 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013544 1 0.2448 0.7955 0.892 0.000 0.020 0.088 0.000
#> SRR2013547 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013543 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013542 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013541 1 0.2351 0.8001 0.896 0.000 0.016 0.088 0.000
#> SRR2013540 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013539 1 0.2351 0.8001 0.896 0.000 0.016 0.088 0.000
#> SRR2013538 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013537 1 0.1211 0.8716 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR2013535 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013536 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013534 1 0.1041 0.8656 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013532 4 0.4989 0.9198 0.004 0.000 0.120 0.720 0.156
#> SRR2013533 4 0.6071 0.8363 0.076 0.000 0.112 0.676 0.136
#> SRR2013531 4 0.4588 0.8882 0.004 0.000 0.060 0.736 0.200
#> SRR2013529 1 0.0162 0.8727 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013530 1 0.3053 0.7618 0.852 0.000 0.008 0.128 0.012
#> SRR2013528 1 0.0963 0.8712 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013527 1 0.0000 0.8725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.3305 0.7054 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013525 5 0.3123 0.7848 0.184 0.000 0.000 0.004 0.812
#> SRR2013524 1 0.2573 0.8518 0.880 0.000 0.000 0.016 0.104
#> SRR2013523 5 0.2389 0.7434 0.116 0.000 0.000 0.004 0.880
#> SRR2013522 5 0.3300 0.7895 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR2013521 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013519 1 0.0510 0.8729 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013520 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013518 5 0.2806 0.7715 0.152 0.000 0.000 0.004 0.844
#> SRR2013517 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013516 1 0.2424 0.8372 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013514 5 0.4283 0.4426 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013515 5 0.3550 0.7759 0.184 0.000 0.000 0.020 0.796
#> SRR2013513 5 0.2824 0.7446 0.116 0.000 0.000 0.020 0.864
#> SRR2013512 1 0.3003 0.7692 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013511 5 0.2848 0.7735 0.156 0.000 0.000 0.004 0.840
#> SRR2013510 5 0.2727 0.7444 0.116 0.000 0.000 0.016 0.868
#> SRR2013508 5 0.3752 0.7517 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013509 5 0.2806 0.7715 0.152 0.000 0.000 0.004 0.844
#> SRR2013505 1 0.3492 0.7695 0.796 0.000 0.000 0.016 0.188
#> SRR2013506 1 0.0290 0.8735 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013507 5 0.3586 0.7768 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013504 1 0.0000 0.8725 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 5 0.3849 0.6880 0.112 0.000 0.000 0.080 0.808
#> SRR2013502 5 0.3999 0.7815 0.240 0.000 0.000 0.020 0.740
#> SRR2013501 5 0.4106 0.7731 0.256 0.000 0.000 0.020 0.724
#> SRR2013500 1 0.2424 0.8372 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013499 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013498 1 0.0912 0.8709 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013497 1 0.1914 0.8663 0.924 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR2013495 1 0.0510 0.8708 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013496 1 0.1018 0.8712 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013492 1 0.2777 0.8435 0.864 0.000 0.000 0.016 0.120
#> SRR2013494 1 0.1701 0.8688 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR2013493 1 0.2424 0.8372 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013491 5 0.4658 0.5387 0.408 0.000 0.000 0.016 0.576
#> SRR2013490 1 0.2329 0.8421 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013489 1 0.1195 0.8697 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2013488 1 0.2172 0.8620 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076
#> SRR2013487 1 0.1386 0.8709 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR2013486 5 0.3932 0.7101 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013485 5 0.3424 0.7864 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013484 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013483 1 0.3264 0.8030 0.820 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR2013482 5 0.3849 0.7866 0.232 0.000 0.000 0.016 0.752
#> SRR2013481 5 0.4630 0.5674 0.396 0.000 0.000 0.016 0.588
#> SRR2013479 1 0.2179 0.8480 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013480 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013478 1 0.1732 0.8607 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013477 5 0.3857 0.7295 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013476 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013474 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013473 5 0.3055 0.7652 0.144 0.000 0.000 0.016 0.840
#> SRR2013475 1 0.2424 0.8369 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013472 5 0.3966 0.7013 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013471 5 0.3696 0.7906 0.212 0.000 0.000 0.016 0.772
#> SRR2013470 5 0.3424 0.7864 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013469 5 0.4401 0.6978 0.328 0.000 0.000 0.016 0.656
#> SRR2013468 5 0.3999 0.6892 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013467 5 0.4435 0.6854 0.336 0.000 0.000 0.016 0.648
#> SRR2013466 5 0.3707 0.7570 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013465 5 0.4300 0.3794 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2013463 5 0.3895 0.7219 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013462 1 0.3055 0.8250 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144
#> SRR2013464 5 0.3636 0.7665 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013461 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013460 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013459 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013458 1 0.2625 0.8500 0.876 0.000 0.000 0.016 0.108
#> SRR2013457 1 0.2561 0.8263 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2013456 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013455 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013453 5 0.4418 0.6918 0.332 0.000 0.000 0.016 0.652
#> SRR2013454 1 0.2773 0.8041 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013452 5 0.4401 0.6978 0.328 0.000 0.000 0.016 0.656
#> SRR2013451 1 0.3752 0.5515 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013450 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013449 1 0.2471 0.8341 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013448 1 0.2516 0.8303 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013447 5 0.2753 0.7601 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR2013446 5 0.1522 0.6507 0.044 0.000 0.000 0.012 0.944
#> SRR2013445 5 0.2612 0.7516 0.124 0.000 0.000 0.008 0.868
#> SRR2013444 5 0.2753 0.7601 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.4172 0.7132 0.736 0.000 0.000 0.008 0.200 0.056
#> SRR2013442 1 0.3953 0.7200 0.744 0.000 0.000 0.000 0.196 0.060
#> SRR2013769 6 0.3221 0.7703 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013768 6 0.3266 0.7651 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013767 6 0.3330 0.7559 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013765 6 0.3266 0.7651 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013766 6 0.3330 0.7559 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013764 6 0.3175 0.7739 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013763 6 0.3244 0.7678 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013762 6 0.3266 0.7651 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013761 1 0.3866 -0.2220 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013760 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.2638 0.8192 0.036 0.888 0.000 0.044 0.032 0.000
#> SRR2013757 2 0.0260 0.8451 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.4642 0.6861 0.036 0.720 0.000 0.056 0.188 0.000
#> SRR2013755 2 0.0260 0.8432 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0146 0.8430 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0146 0.8440 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0146 0.8440 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0146 0.8443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.3916 0.5726 0.000 0.300 0.000 0.020 0.680 0.000
#> SRR2013748 2 0.0436 0.8452 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3952 0.5657 0.000 0.308 0.000 0.020 0.672 0.000
#> SRR2013746 2 0.2494 0.8226 0.028 0.896 0.000 0.040 0.036 0.000
#> SRR2013744 2 0.0622 0.8449 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR2013742 2 0.0291 0.8447 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0146 0.8443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0260 0.8432 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0146 0.8430 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.5029 0.6096 0.036 0.660 0.000 0.056 0.248 0.000
#> SRR2013736 2 0.3462 0.7946 0.036 0.836 0.000 0.056 0.072 0.000
#> SRR2013735 2 0.4985 0.6209 0.036 0.668 0.000 0.056 0.240 0.000
#> SRR2013734 2 0.5121 0.5834 0.040 0.644 0.000 0.052 0.264 0.000
#> SRR2013733 2 0.5576 0.0642 0.040 0.468 0.000 0.052 0.440 0.000
#> SRR2013731 2 0.1492 0.8372 0.024 0.940 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0665 0.8447 0.008 0.980 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013730 2 0.5080 0.5965 0.040 0.652 0.000 0.052 0.256 0.000
#> SRR2013729 5 0.3952 0.5657 0.000 0.308 0.000 0.020 0.672 0.000
#> SRR2013728 5 0.3453 0.5525 0.132 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000
#> SRR2013727 5 0.3453 0.5525 0.132 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000
#> SRR2013726 5 0.4515 0.3211 0.280 0.000 0.000 0.064 0.656 0.000
#> SRR2013725 5 0.2762 0.5660 0.092 0.000 0.000 0.048 0.860 0.000
#> SRR2013724 5 0.3453 0.5525 0.132 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000
#> SRR2013723 5 0.3453 0.5525 0.132 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000
#> SRR2013722 2 0.5093 0.5910 0.036 0.648 0.000 0.056 0.260 0.000
#> SRR2013721 2 0.0665 0.8447 0.008 0.980 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2013720 2 0.5093 0.5910 0.036 0.648 0.000 0.056 0.260 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.5093 0.5910 0.036 0.648 0.000 0.056 0.260 0.000
#> SRR2013718 2 0.1167 0.8391 0.012 0.960 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR2013716 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013715 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013714 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0146 0.8443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0862 0.8392 0.008 0.972 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR2013708 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013706 2 0.0622 0.8449 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.3310 0.8086 0.048 0.848 0.000 0.052 0.052 0.000
#> SRR2013704 2 0.0964 0.8382 0.012 0.968 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.2915 0.8121 0.036 0.872 0.000 0.048 0.044 0.000
#> SRR2013701 2 0.0260 0.8449 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.4463 0.5273 0.004 0.300 0.000 0.044 0.652 0.000
#> SRR2013699 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013698 2 0.5329 0.5972 0.048 0.632 0.000 0.060 0.260 0.000
#> SRR2013697 2 0.2851 0.8194 0.044 0.876 0.000 0.040 0.040 0.000
#> SRR2013696 2 0.0976 0.8397 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR2013695 2 0.5456 0.5492 0.048 0.604 0.000 0.060 0.288 0.000
#> SRR2013694 2 0.5543 0.5287 0.052 0.592 0.000 0.060 0.296 0.000
#> SRR2013693 2 0.3928 0.7828 0.048 0.804 0.000 0.060 0.088 0.000
#> SRR2013692 2 0.3872 0.7865 0.044 0.808 0.000 0.064 0.084 0.000
#> SRR2013691 2 0.0146 0.8443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.5422 0.5642 0.048 0.612 0.000 0.060 0.280 0.000
#> SRR2013689 2 0.5382 0.5579 0.044 0.612 0.000 0.060 0.284 0.000
#> SRR2013687 2 0.5237 0.5895 0.044 0.636 0.000 0.056 0.264 0.000
#> SRR2013688 2 0.5488 0.5335 0.048 0.596 0.000 0.060 0.296 0.000
#> SRR2013686 2 0.3707 0.7925 0.048 0.820 0.000 0.052 0.080 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.3160 0.8060 0.036 0.856 0.000 0.044 0.064 0.000
#> SRR2013683 5 0.3952 0.5657 0.000 0.308 0.000 0.020 0.672 0.000
#> SRR2013684 2 0.3928 0.7828 0.048 0.804 0.000 0.060 0.088 0.000
#> SRR2013681 5 0.3986 0.5502 0.000 0.316 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR2013680 2 0.3827 0.7881 0.048 0.812 0.000 0.060 0.080 0.000
#> SRR2013679 2 0.5329 0.5972 0.048 0.632 0.000 0.060 0.260 0.000
#> SRR2013678 2 0.5422 0.5641 0.048 0.612 0.000 0.060 0.280 0.000
#> SRR2013677 2 0.3424 0.8039 0.044 0.840 0.000 0.052 0.064 0.000
#> SRR2013676 2 0.4251 0.7475 0.044 0.772 0.000 0.056 0.128 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.2556 0.9052 0.028 0.000 0.012 0.884 0.076 0.000
#> SRR2013669 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013668 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013659 5 0.5735 0.1932 0.024 0.404 0.000 0.092 0.480 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0146 0.9932 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013651 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013650 3 0.0858 0.9510 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013649 6 0.3810 0.5869 0.000 0.000 0.208 0.036 0.004 0.752
#> SRR2013647 1 0.4856 0.6832 0.672 0.000 0.000 0.036 0.248 0.044
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.1226 0.9435 0.000 0.000 0.952 0.040 0.004 0.004
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013643 1 0.4882 0.6204 0.668 0.000 0.000 0.068 0.244 0.020
#> SRR2013642 1 0.4892 0.5203 0.628 0.000 0.000 0.100 0.272 0.000
#> SRR2013640 1 0.4527 0.7384 0.712 0.000 0.000 0.008 0.192 0.088
#> SRR2013641 1 0.4869 0.5201 0.628 0.000 0.000 0.096 0.276 0.000
#> SRR2013639 1 0.4871 0.6381 0.672 0.000 0.000 0.056 0.244 0.028
#> SRR2013638 1 0.4697 0.6726 0.684 0.000 0.000 0.028 0.244 0.044
#> SRR2013637 1 0.3915 0.7567 0.776 0.000 0.000 0.004 0.128 0.092
#> SRR2013636 1 0.4775 0.5743 0.656 0.000 0.000 0.084 0.256 0.004
#> SRR2013635 1 0.4948 0.6029 0.660 0.000 0.000 0.080 0.244 0.016
#> SRR2013634 1 0.4909 0.5955 0.660 0.000 0.000 0.084 0.244 0.012
#> SRR2013633 1 0.4432 0.7044 0.708 0.000 0.000 0.012 0.224 0.056
#> SRR2013631 4 0.2357 0.9656 0.032 0.000 0.048 0.904 0.012 0.004
#> SRR2013632 1 0.4948 0.6020 0.660 0.000 0.000 0.080 0.244 0.016
#> SRR2013629 4 0.2685 0.9609 0.036 0.000 0.068 0.880 0.000 0.016
#> SRR2013630 4 0.2189 0.9714 0.032 0.000 0.060 0.904 0.000 0.004
#> SRR2013628 6 0.7224 0.0430 0.224 0.000 0.028 0.212 0.064 0.472
#> SRR2013626 4 0.3214 0.9221 0.032 0.000 0.116 0.836 0.000 0.016
#> SRR2013625 1 0.4699 0.6829 0.684 0.000 0.000 0.020 0.240 0.056
#> SRR2013627 1 0.4901 0.6078 0.664 0.000 0.000 0.076 0.244 0.016
#> SRR2013624 1 0.4598 0.7253 0.696 0.000 0.000 0.008 0.216 0.080
#> SRR2013623 6 0.0551 0.7966 0.004 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984
#> SRR2013622 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013621 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013620 6 0.3774 0.5713 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013619 1 0.3737 0.1672 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013617 1 0.1714 0.7562 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013618 1 0.3864 -0.2355 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013616 1 0.1858 0.7574 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2013615 1 0.3672 0.2475 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013614 1 0.2854 0.6554 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013613 6 0.3101 0.7813 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2013612 6 0.3151 0.7762 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013610 6 0.4494 0.7712 0.220 0.000 0.000 0.016 0.056 0.708
#> SRR2013611 1 0.3619 0.3932 0.680 0.000 0.000 0.004 0.000 0.316
#> SRR2013609 6 0.0865 0.8085 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2013608 6 0.3221 0.7731 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013606 6 0.3330 0.7560 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013605 6 0.2416 0.8041 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013607 6 0.3330 0.7560 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013604 6 0.3330 0.7560 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013603 6 0.3684 0.6532 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013602 1 0.1765 0.7553 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013601 1 0.3101 0.5796 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013600 1 0.2070 0.7589 0.896 0.000 0.000 0.000 0.012 0.092
#> SRR2013599 1 0.2454 0.7169 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013598 1 0.1863 0.7538 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013596 1 0.3520 0.7603 0.804 0.000 0.000 0.000 0.100 0.096
#> SRR2013597 1 0.2340 0.7297 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013595 1 0.2092 0.7454 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013594 1 0.3424 0.7612 0.812 0.000 0.000 0.000 0.092 0.096
#> SRR2013593 1 0.4136 0.7301 0.732 0.000 0.000 0.000 0.192 0.076
#> SRR2013592 1 0.4172 0.7132 0.736 0.000 0.000 0.008 0.200 0.056
#> SRR2013591 1 0.4092 0.7193 0.740 0.000 0.000 0.004 0.196 0.060
#> SRR2013590 4 0.2392 0.9717 0.032 0.000 0.064 0.896 0.004 0.004
#> SRR2013588 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.2587 0.9333 0.020 0.000 0.108 0.868 0.000 0.004
#> SRR2013589 4 0.2392 0.9717 0.032 0.000 0.064 0.896 0.004 0.004
#> SRR2013586 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013585 4 0.2201 0.9483 0.032 0.000 0.028 0.912 0.028 0.000
#> SRR2013584 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013583 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013582 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013581 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013580 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013579 6 0.2249 0.7383 0.004 0.000 0.032 0.064 0.000 0.900
#> SRR2013578 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013577 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013576 6 0.1801 0.7839 0.004 0.000 0.000 0.016 0.056 0.924
#> SRR2013575 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013574 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013572 6 0.1268 0.7799 0.004 0.000 0.008 0.036 0.000 0.952
#> SRR2013573 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013571 6 0.2333 0.7363 0.004 0.000 0.060 0.040 0.000 0.896
#> SRR2013569 6 0.0622 0.8046 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR2013570 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013568 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013567 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013566 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013564 4 0.2078 0.9309 0.032 0.000 0.012 0.916 0.040 0.000
#> SRR2013565 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013563 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.2265 0.9517 0.032 0.000 0.028 0.912 0.024 0.004
#> SRR2013560 4 0.2302 0.9699 0.032 0.000 0.060 0.900 0.000 0.008
#> SRR2013562 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013558 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013559 4 0.2249 0.9724 0.032 0.000 0.064 0.900 0.000 0.004
#> SRR2013556 6 0.2045 0.7898 0.016 0.000 0.000 0.016 0.052 0.916
#> SRR2013557 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013554 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013553 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013555 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013552 6 0.1578 0.7866 0.004 0.000 0.000 0.012 0.048 0.936
#> SRR2013551 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013550 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013548 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013549 6 0.1826 0.7839 0.004 0.000 0.000 0.020 0.052 0.924
#> SRR2013546 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013545 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013544 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013547 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013543 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013542 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013541 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013540 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013539 6 0.1340 0.7775 0.004 0.000 0.008 0.040 0.000 0.948
#> SRR2013538 6 0.1738 0.7856 0.004 0.000 0.000 0.016 0.052 0.928
#> SRR2013537 6 0.3892 0.7918 0.144 0.000 0.000 0.016 0.056 0.784
#> SRR2013535 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013536 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013534 6 0.1850 0.7871 0.008 0.000 0.000 0.016 0.052 0.924
#> SRR2013532 4 0.2392 0.9717 0.032 0.000 0.064 0.896 0.004 0.004
#> SRR2013533 4 0.2809 0.9563 0.032 0.000 0.064 0.880 0.016 0.008
#> SRR2013531 4 0.2265 0.9517 0.032 0.000 0.028 0.912 0.024 0.004
#> SRR2013529 6 0.2260 0.8055 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013530 6 0.2591 0.7538 0.004 0.000 0.000 0.064 0.052 0.880
#> SRR2013528 6 0.2793 0.7940 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013527 6 0.0937 0.8092 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013526 6 0.3851 0.4169 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2013525 1 0.4288 0.7177 0.716 0.000 0.000 0.004 0.216 0.064
#> SRR2013524 6 0.4641 0.7577 0.244 0.000 0.000 0.016 0.056 0.684
#> SRR2013523 1 0.4457 0.6992 0.704 0.000 0.000 0.012 0.228 0.056
#> SRR2013522 1 0.4389 0.7268 0.712 0.000 0.000 0.004 0.208 0.076
#> SRR2013521 6 0.0146 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2013519 6 0.2823 0.7922 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013520 6 0.0000 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013518 1 0.3878 0.7286 0.764 0.000 0.000 0.004 0.176 0.056
#> SRR2013517 6 0.3330 0.7560 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013516 6 0.3288 0.7622 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013514 1 0.3230 0.6409 0.776 0.000 0.000 0.000 0.012 0.212
#> SRR2013515 1 0.3935 0.7416 0.788 0.000 0.000 0.020 0.128 0.064
#> SRR2013513 1 0.4661 0.6970 0.696 0.000 0.000 0.028 0.228 0.048
#> SRR2013512 6 0.4136 0.4898 0.428 0.000 0.000 0.000 0.012 0.560
#> SRR2013511 1 0.3878 0.7290 0.764 0.000 0.000 0.004 0.176 0.056
#> SRR2013510 1 0.4613 0.6939 0.696 0.000 0.000 0.024 0.232 0.048
#> SRR2013508 1 0.2680 0.7604 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> SRR2013509 1 0.3923 0.7225 0.748 0.000 0.000 0.000 0.192 0.060
#> SRR2013505 6 0.5185 0.5331 0.392 0.000 0.000 0.016 0.056 0.536
#> SRR2013506 6 0.1858 0.8100 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR2013507 1 0.3206 0.7628 0.828 0.000 0.000 0.000 0.068 0.104
#> SRR2013504 6 0.1858 0.8101 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR2013503 1 0.4661 0.7097 0.724 0.000 0.000 0.064 0.176 0.036
#> SRR2013502 1 0.3564 0.7428 0.820 0.000 0.000 0.016 0.088 0.076
#> SRR2013501 1 0.3645 0.7360 0.816 0.000 0.000 0.020 0.072 0.092
#> SRR2013500 6 0.3468 0.7555 0.284 0.000 0.000 0.000 0.004 0.712
#> SRR2013499 6 0.0260 0.8051 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013498 6 0.4048 0.7896 0.168 0.000 0.000 0.016 0.052 0.764
#> SRR2013497 6 0.4545 0.7670 0.228 0.000 0.000 0.016 0.056 0.700
#> SRR2013495 6 0.0363 0.8058 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013496 6 0.4003 0.7904 0.156 0.000 0.000 0.016 0.056 0.772
#> SRR2013492 6 0.4810 0.7306 0.276 0.000 0.000 0.016 0.056 0.652
#> SRR2013494 6 0.4520 0.7688 0.224 0.000 0.000 0.016 0.056 0.704
#> SRR2013493 6 0.3330 0.7560 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013491 1 0.3892 0.6961 0.784 0.000 0.000 0.016 0.056 0.144
#> SRR2013490 6 0.3586 0.7670 0.268 0.000 0.000 0.000 0.012 0.720
#> SRR2013489 6 0.4038 0.7896 0.160 0.000 0.000 0.016 0.056 0.768
#> SRR2013488 6 0.4618 0.7589 0.240 0.000 0.000 0.016 0.056 0.688
#> SRR2013487 6 0.4413 0.7747 0.208 0.000 0.000 0.016 0.056 0.720
#> SRR2013486 1 0.2048 0.7474 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013485 1 0.1970 0.7588 0.900 0.000 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR2013484 6 0.3390 0.7444 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013483 6 0.4980 0.6172 0.360 0.000 0.000 0.012 0.052 0.576
#> SRR2013482 1 0.3599 0.7428 0.820 0.000 0.000 0.020 0.084 0.076
#> SRR2013481 1 0.3756 0.6888 0.788 0.000 0.000 0.012 0.048 0.152
#> SRR2013479 6 0.3221 0.7702 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013480 6 0.3446 0.7312 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013478 6 0.3076 0.7808 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2013477 1 0.1957 0.7501 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013476 6 0.3911 0.6366 0.368 0.000 0.000 0.000 0.008 0.624
#> SRR2013474 6 0.3390 0.7487 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013473 1 0.4596 0.7146 0.704 0.000 0.000 0.024 0.220 0.052
#> SRR2013475 6 0.3266 0.7651 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013472 1 0.2092 0.7454 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013471 1 0.3514 0.7462 0.824 0.000 0.000 0.016 0.084 0.076
#> SRR2013470 1 0.3815 0.7538 0.776 0.000 0.000 0.000 0.132 0.092
#> SRR2013469 1 0.2933 0.7378 0.852 0.000 0.000 0.008 0.032 0.108
#> SRR2013468 1 0.2048 0.7462 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013467 1 0.3429 0.7278 0.824 0.000 0.000 0.012 0.056 0.108
#> SRR2013466 1 0.1863 0.7529 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013465 1 0.3648 0.5762 0.740 0.000 0.000 0.004 0.016 0.240
#> SRR2013463 1 0.1957 0.7502 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013462 6 0.4742 0.7215 0.292 0.000 0.000 0.012 0.052 0.644
#> SRR2013464 1 0.1908 0.7566 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR2013461 6 0.3330 0.7564 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2013460 6 0.3351 0.7520 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013459 6 0.3288 0.7622 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013458 6 0.4438 0.7646 0.244 0.000 0.000 0.012 0.048 0.696
#> SRR2013457 6 0.3446 0.7352 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013456 6 0.3371 0.7482 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013455 6 0.3309 0.7592 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013453 1 0.3520 0.7265 0.820 0.000 0.000 0.016 0.056 0.108
#> SRR2013454 6 0.3634 0.6623 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013452 1 0.3474 0.7288 0.824 0.000 0.000 0.016 0.056 0.104
#> SRR2013451 1 0.4093 0.0854 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 0.404
#> SRR2013450 6 0.3428 0.7358 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013449 6 0.3351 0.7530 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2013448 6 0.3371 0.7482 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013447 1 0.3923 0.7225 0.748 0.000 0.000 0.000 0.192 0.060
#> SRR2013446 1 0.3919 0.6341 0.708 0.000 0.000 0.008 0.268 0.016
#> SRR2013445 1 0.4234 0.7025 0.732 0.000 0.000 0.016 0.208 0.044
#> SRR2013444 1 0.4035 0.7169 0.744 0.000 0.000 0.004 0.196 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.990 0.4392 0.563 0.563
#> 3 3 1.000 0.980 0.993 0.3682 0.812 0.673
#> 4 4 0.804 0.828 0.911 0.2058 0.825 0.584
#> 5 5 0.757 0.803 0.848 0.0454 0.906 0.681
#> 6 6 0.777 0.793 0.849 0.0373 0.985 0.932
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.9922 0.182 0.552 0.448
#> SRR2013442 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013669 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013643 2 0.9754 0.313 0.408 0.592
#> SRR2013642 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013639 1 0.9944 0.155 0.544 0.456
#> SRR2013638 1 0.6048 0.823 0.852 0.148
#> SRR2013637 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013635 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
#> SRR2013634 2 0.7376 0.736 0.208 0.792
#> SRR2013633 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013632 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> SRR2013629 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.6531 0.795 0.832 0.168
#> SRR2013624 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.7219 0.747 0.800 0.200
#> SRR2013591 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013590 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013589 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013586 1 0.9393 0.444 0.644 0.356
#> SRR2013585 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013584 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> SRR2013561 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013562 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013559 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.1633 0.965 0.024 0.976
#> SRR2013533 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013531 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> SRR2013522 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR2013445 2 0.9710 0.335 0.400 0.600
#> SRR2013444 1 0.2948 0.939 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 2 0.5058 0.6735 0.000 0.756 0.244
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.4654 0.7336 0.792 0.208 0.000
#> SRR2013642 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0237 0.9921 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 2 0.2356 0.8921 0.072 0.928 0.000
#> SRR2013635 2 0.5529 0.5588 0.296 0.704 0.000
#> SRR2013634 2 0.6111 0.3520 0.396 0.604 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.2066 0.9254 0.000 0.060 0.940
#> SRR2013632 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013626 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0848 0.9812 0.984 0.008 0.008
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 3 0.6302 0.0696 0.480 0.000 0.520
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 2 0.0424 0.9763 0.000 0.992 0.008
#> SRR2013584 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0237 0.9832 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 2 0.0000 0.9836 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.1643 0.9510 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013546 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 2 0.4555 0.7469 0.000 0.800 0.200
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.5810 0.4879 0.664 0.000 0.336
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.2261 0.8975 0.068 0.932 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.4713 0.66201 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013768 1 0.4713 0.66201 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013767 1 0.4661 0.67781 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2013765 1 0.4697 0.66775 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013766 1 0.4697 0.66723 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013764 1 0.4776 0.63828 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013763 1 0.4713 0.66201 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013762 1 0.4713 0.66201 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013761 1 0.4331 0.73884 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013760 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.0188 0.97975 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.4994 0.08935 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013648 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 2 0.2704 0.86150 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.1022 0.79759 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013641 2 0.2704 0.86150 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.2149 0.71800 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.1474 0.75277 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.1474 0.75266 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.3610 0.75774 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013631 3 0.1022 0.96329 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2013632 1 0.3975 0.60280 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2013629 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013628 4 0.4730 0.38001 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR2013626 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.1637 0.79828 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013627 1 0.2011 0.79240 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013624 1 0.2011 0.79989 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013623 4 0.1970 0.82861 0.008 0.000 0.060 0.932
#> SRR2013622 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013621 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013620 1 0.4164 0.75347 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013619 1 0.4522 0.71078 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013617 1 0.0188 0.78830 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013618 1 0.4222 0.74879 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR2013616 1 0.0188 0.78824 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.3610 0.78485 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013614 1 0.3610 0.78510 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013613 4 0.4761 0.18727 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013612 4 0.4843 0.09795 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013610 4 0.0707 0.85418 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013611 1 0.4164 0.75273 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013609 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013608 4 0.4916 -0.02426 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2013606 1 0.4697 0.66738 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013605 4 0.1389 0.84648 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR2013607 1 0.4790 0.62817 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013604 1 0.4790 0.62822 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013603 1 0.4431 0.72475 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013602 1 0.1557 0.80367 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013601 1 0.2647 0.80312 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013600 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.2345 0.80532 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013598 1 0.1867 0.80575 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013596 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.2281 0.80552 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013595 1 0.1867 0.80545 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013594 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.1389 0.93769 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013584 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013583 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013582 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013581 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013580 4 0.3266 0.72141 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR2013579 4 0.4477 0.46867 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR2013578 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013577 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013576 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013575 4 0.3311 0.71554 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR2013574 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013572 4 0.2973 0.75045 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR2013573 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013571 4 0.4431 0.49142 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR2013569 4 0.0707 0.86301 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013570 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013568 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013567 4 0.3486 0.69349 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR2013566 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013564 2 0.0000 0.98332 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013565 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013563 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013561 2 0.0707 0.96511 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2013560 3 0.0188 0.99512 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013562 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013557 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013554 4 0.3528 0.68703 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR2013553 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013555 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013552 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013551 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013550 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013548 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013549 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013546 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013545 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013544 4 0.3266 0.72119 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR2013547 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013543 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013542 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013541 4 0.3444 0.69944 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR2013540 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013539 4 0.3486 0.69289 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR2013538 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013537 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013535 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013536 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013534 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.99906 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013531 2 0.4382 0.58344 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR2013529 4 0.0921 0.86115 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2013530 4 0.0592 0.85122 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2013528 4 0.2647 0.76794 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013527 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013526 1 0.4331 0.73752 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013525 1 0.0469 0.79106 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013524 4 0.2647 0.74879 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013523 1 0.1474 0.79813 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013522 1 0.1118 0.79990 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013521 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013519 4 0.4994 -0.26353 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2013520 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013518 1 0.3528 0.75579 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013517 4 0.4972 -0.16644 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013516 4 0.4855 0.07768 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013514 1 0.3764 0.77814 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013515 4 0.4955 -0.00115 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013513 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013512 1 0.4585 0.69727 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013511 1 0.1474 0.80428 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013510 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013508 1 0.2011 0.80778 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013509 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 4 0.4985 -0.27315 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR2013506 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013507 1 0.3444 0.78940 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013504 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013503 4 0.0469 0.85727 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013502 4 0.3311 0.68342 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2013501 4 0.4382 0.43066 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013500 4 0.4877 0.04696 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2013499 4 0.0817 0.86341 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2013498 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013497 4 0.0469 0.85738 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2013495 4 0.0707 0.86301 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013496 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013492 4 0.2814 0.73260 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR2013494 4 0.0336 0.85829 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2013493 1 0.4955 0.48657 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013491 1 0.5000 0.36694 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2013490 4 0.4522 0.36588 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013489 4 0.0000 0.85871 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013488 4 0.1211 0.83932 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013487 4 0.0707 0.85405 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2013486 1 0.2469 0.80590 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013485 1 0.1211 0.80082 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013484 1 0.4543 0.70478 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013483 1 0.4624 0.70673 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013482 1 0.2589 0.80204 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013481 1 0.4134 0.76270 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013479 1 0.4981 0.43154 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013480 1 0.4543 0.70478 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2013478 1 0.4989 0.40879 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2013477 1 0.1940 0.80617 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013476 1 0.4585 0.69677 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013474 1 0.4916 0.53363 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013473 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013475 1 0.4830 0.60574 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013472 1 0.2011 0.80607 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013471 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013470 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.2530 0.80471 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013468 1 0.2011 0.80597 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013467 1 0.3486 0.79264 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013466 1 0.0921 0.79708 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013465 1 0.3356 0.79241 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013463 1 0.1637 0.80425 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013462 1 0.4746 0.67426 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013464 1 0.0336 0.78997 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013461 1 0.4624 0.68756 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013460 1 0.4746 0.64879 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013459 1 0.4697 0.66723 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013458 4 0.4948 -0.15207 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013457 1 0.4382 0.73053 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013456 1 0.4382 0.73048 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013455 1 0.4713 0.66201 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2013453 1 0.3123 0.79852 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013454 1 0.3942 0.76877 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013452 1 0.3400 0.79528 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013451 1 0.4431 0.72414 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2013450 1 0.4406 0.72726 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013449 1 0.4776 0.63516 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013448 1 0.4522 0.70874 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2013447 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 2 0.4948 0.36865 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0817 0.77693 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013444 1 0.0000 0.78637 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 5 0.3816 0.7899 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013442 5 0.3999 0.7508 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013769 1 0.1430 0.7996 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013768 1 0.1357 0.8009 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR2013767 1 0.1205 0.8027 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013765 1 0.1430 0.7996 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013766 1 0.1282 0.8021 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR2013764 1 0.1768 0.7875 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR2013763 1 0.1430 0.7996 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013762 1 0.1282 0.8019 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR2013761 1 0.1082 0.8031 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013726 2 0.1341 0.9194 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013725 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.6616 0.0974 0.000 0.504 0.368 0.060 0.068
#> SRR2013669 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9752 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0162 0.8917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2013647 5 0.3958 0.7899 0.184 0.000 0.000 0.040 0.776
#> SRR2013648 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.8949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.3242 0.8115 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013642 5 0.4088 0.3186 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013640 5 0.3983 0.7552 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013641 5 0.4088 0.3186 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013639 5 0.3242 0.8115 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013638 5 0.3242 0.8115 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013637 5 0.4045 0.7205 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013636 5 0.3769 0.7977 0.180 0.032 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013635 5 0.3562 0.8076 0.196 0.016 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013634 5 0.3562 0.8078 0.196 0.016 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013633 5 0.5250 0.4973 0.416 0.000 0.000 0.048 0.536
#> SRR2013631 3 0.6278 0.7393 0.000 0.020 0.604 0.200 0.176
#> SRR2013632 5 0.4840 0.6855 0.152 0.000 0.000 0.124 0.724
#> SRR2013629 3 0.0992 0.8857 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2013630 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013628 4 0.6023 0.5164 0.028 0.000 0.232 0.632 0.108
#> SRR2013626 3 0.1106 0.8845 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR2013625 5 0.4249 0.7596 0.296 0.000 0.000 0.016 0.688
#> SRR2013627 5 0.4605 0.7659 0.248 0.000 0.004 0.040 0.708
#> SRR2013624 5 0.4218 0.7395 0.332 0.000 0.000 0.008 0.660
#> SRR2013623 4 0.4385 0.8488 0.180 0.000 0.068 0.752 0.000
#> SRR2013622 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013621 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013620 1 0.1211 0.7961 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR2013619 1 0.0794 0.8041 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013617 1 0.3452 0.4901 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013618 1 0.0693 0.7965 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013616 1 0.3561 0.4572 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2013615 1 0.0955 0.7873 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013614 1 0.1205 0.7782 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2013613 1 0.2516 0.7186 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013612 1 0.2179 0.7511 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013610 4 0.4904 0.4234 0.472 0.000 0.000 0.504 0.024
#> SRR2013611 1 0.1992 0.7942 0.924 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR2013609 4 0.3857 0.8374 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR2013608 1 0.1965 0.7658 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013606 1 0.1121 0.8017 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013605 1 0.4126 -0.0127 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2013607 1 0.1270 0.7983 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013604 1 0.1270 0.7985 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013603 1 0.0794 0.8039 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013602 1 0.2929 0.6262 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013601 1 0.2471 0.6918 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013600 1 0.3612 0.4275 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013599 1 0.2648 0.6718 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013598 1 0.2852 0.6405 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013596 1 0.4045 0.1600 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013597 1 0.2690 0.6661 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013595 1 0.2852 0.6405 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2013594 1 0.3983 0.2164 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013593 5 0.4171 0.6735 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013592 5 0.3837 0.7883 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013591 5 0.3876 0.7815 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013590 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013588 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013587 3 0.5273 0.7802 0.000 0.000 0.680 0.160 0.160
#> SRR2013589 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013586 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013585 2 0.6513 0.4655 0.000 0.592 0.032 0.200 0.176
#> SRR2013584 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013583 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013582 4 0.3944 0.8633 0.200 0.000 0.000 0.768 0.032
#> SRR2013581 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013580 4 0.4591 0.7919 0.120 0.000 0.132 0.748 0.000
#> SRR2013579 4 0.3890 0.6126 0.012 0.000 0.252 0.736 0.000
#> SRR2013578 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013577 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013576 4 0.4021 0.8614 0.200 0.000 0.000 0.764 0.036
#> SRR2013575 4 0.4569 0.7748 0.104 0.000 0.148 0.748 0.000
#> SRR2013574 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013572 4 0.4593 0.7957 0.124 0.000 0.128 0.748 0.000
#> SRR2013573 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013571 4 0.4193 0.6187 0.024 0.000 0.256 0.720 0.000
#> SRR2013569 4 0.3452 0.8840 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2013570 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013568 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013567 4 0.4599 0.7649 0.100 0.000 0.156 0.744 0.000
#> SRR2013566 4 0.3863 0.8656 0.200 0.000 0.000 0.772 0.028
#> SRR2013564 2 0.5728 0.5264 0.000 0.624 0.000 0.200 0.176
#> SRR2013565 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013563 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013561 2 0.6097 0.5043 0.000 0.612 0.012 0.200 0.176
#> SRR2013560 3 0.6023 0.7212 0.000 0.000 0.576 0.248 0.176
#> SRR2013562 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013558 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013559 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013556 4 0.3821 0.8748 0.216 0.000 0.000 0.764 0.020
#> SRR2013557 4 0.3863 0.8651 0.200 0.000 0.000 0.772 0.028
#> SRR2013554 4 0.4599 0.7649 0.100 0.000 0.156 0.744 0.000
#> SRR2013553 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013555 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013552 4 0.3630 0.8716 0.204 0.000 0.000 0.780 0.016
#> SRR2013551 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013550 4 0.3690 0.8684 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR2013548 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013549 4 0.3690 0.8686 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR2013546 4 0.3690 0.8686 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR2013545 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013544 4 0.4577 0.7797 0.108 0.000 0.144 0.748 0.000
#> SRR2013547 4 0.3690 0.8686 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR2013543 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013542 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013541 4 0.4609 0.7699 0.104 0.000 0.152 0.744 0.000
#> SRR2013540 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013539 4 0.4599 0.7649 0.100 0.000 0.156 0.744 0.000
#> SRR2013538 4 0.3779 0.8667 0.200 0.000 0.000 0.776 0.024
#> SRR2013537 4 0.4503 0.8140 0.268 0.000 0.000 0.696 0.036
#> SRR2013535 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013536 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013534 4 0.3630 0.8716 0.204 0.000 0.000 0.780 0.016
#> SRR2013532 3 0.5728 0.7565 0.000 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR2013533 3 0.5670 0.7607 0.000 0.000 0.632 0.192 0.176
#> SRR2013531 2 0.7987 0.1090 0.000 0.456 0.168 0.200 0.176
#> SRR2013529 4 0.4201 0.6955 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013530 4 0.4089 0.8605 0.180 0.000 0.016 0.780 0.024
#> SRR2013528 1 0.3999 0.1607 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR2013527 4 0.3876 0.8341 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR2013526 1 0.1082 0.8034 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013525 5 0.3612 0.8101 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013524 1 0.4787 0.3050 0.640 0.000 0.000 0.324 0.036
#> SRR2013523 5 0.4522 0.7828 0.248 0.000 0.000 0.044 0.708
#> SRR2013522 5 0.4341 0.6601 0.404 0.000 0.000 0.004 0.592
#> SRR2013521 4 0.3480 0.8846 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2013519 1 0.1671 0.7822 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2013520 4 0.3561 0.8792 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR2013518 1 0.4754 0.4816 0.684 0.000 0.000 0.052 0.264
#> SRR2013517 1 0.1908 0.7713 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013516 1 0.2516 0.7194 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013514 1 0.1522 0.7815 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2013515 1 0.5628 0.5054 0.624 0.000 0.000 0.244 0.132
#> SRR2013513 5 0.4441 0.7880 0.236 0.000 0.000 0.044 0.720
#> SRR2013512 1 0.1043 0.8025 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013511 1 0.4151 0.2547 0.652 0.000 0.000 0.004 0.344
#> SRR2013510 5 0.3919 0.7918 0.188 0.000 0.000 0.036 0.776
#> SRR2013508 1 0.3530 0.6119 0.784 0.000 0.000 0.012 0.204
#> SRR2013509 5 0.3480 0.8107 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013505 1 0.3477 0.7218 0.824 0.000 0.000 0.136 0.040
#> SRR2013506 4 0.3796 0.8498 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR2013507 1 0.3565 0.6475 0.800 0.000 0.000 0.024 0.176
#> SRR2013504 4 0.3816 0.8461 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR2013503 4 0.5140 0.6968 0.252 0.000 0.000 0.664 0.084
#> SRR2013502 1 0.5193 0.1042 0.584 0.000 0.000 0.364 0.052
#> SRR2013501 1 0.4924 0.4551 0.668 0.000 0.000 0.272 0.060
#> SRR2013500 1 0.2648 0.7015 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR2013499 4 0.3586 0.8776 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013498 4 0.4747 0.7029 0.352 0.000 0.000 0.620 0.028
#> SRR2013497 4 0.5077 0.5269 0.428 0.000 0.000 0.536 0.036
#> SRR2013495 4 0.3586 0.8776 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2013496 4 0.4734 0.7610 0.312 0.000 0.000 0.652 0.036
#> SRR2013492 1 0.4657 0.3980 0.668 0.000 0.000 0.296 0.036
#> SRR2013494 4 0.5036 0.5864 0.404 0.000 0.000 0.560 0.036
#> SRR2013493 1 0.1341 0.7961 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013491 1 0.3995 0.6695 0.776 0.000 0.000 0.180 0.044
#> SRR2013490 1 0.2329 0.7381 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013489 4 0.4734 0.7605 0.312 0.000 0.000 0.652 0.036
#> SRR2013488 4 0.5109 0.4388 0.460 0.000 0.000 0.504 0.036
#> SRR2013487 4 0.4934 0.6724 0.364 0.000 0.000 0.600 0.036
#> SRR2013486 1 0.2516 0.6854 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013485 1 0.3266 0.5892 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR2013484 1 0.0794 0.8037 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013483 1 0.2144 0.7807 0.912 0.000 0.000 0.068 0.020
#> SRR2013482 1 0.4302 0.5792 0.744 0.000 0.000 0.048 0.208
#> SRR2013481 1 0.1992 0.7752 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR2013479 1 0.1270 0.7983 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013480 1 0.0609 0.8035 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013478 1 0.1410 0.7935 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013477 1 0.2773 0.6560 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013476 1 0.0703 0.8040 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013474 1 0.1121 0.8019 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013473 5 0.5111 0.5569 0.408 0.000 0.000 0.040 0.552
#> SRR2013475 1 0.1043 0.8024 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013472 1 0.2813 0.6493 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2013471 1 0.4956 0.2902 0.636 0.000 0.000 0.048 0.316
#> SRR2013470 1 0.4235 -0.1485 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013469 1 0.3098 0.6665 0.836 0.000 0.000 0.016 0.148
#> SRR2013468 1 0.2690 0.6681 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013467 1 0.3437 0.7060 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> SRR2013466 1 0.3074 0.5976 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013465 1 0.1430 0.7689 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2013463 1 0.2690 0.6678 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013462 1 0.2554 0.7700 0.892 0.000 0.000 0.072 0.036
#> SRR2013464 1 0.3305 0.5367 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013461 1 0.1124 0.8034 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013460 1 0.0880 0.8040 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013459 1 0.1121 0.8013 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013458 1 0.3134 0.7444 0.848 0.000 0.000 0.120 0.032
#> SRR2013457 1 0.0693 0.8001 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2013456 1 0.1012 0.8015 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013455 1 0.1121 0.8013 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013453 1 0.3710 0.6780 0.808 0.000 0.000 0.048 0.144
#> SRR2013454 1 0.0955 0.7875 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2013452 1 0.3437 0.7050 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> SRR2013451 1 0.0510 0.8027 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013450 1 0.0609 0.8031 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013449 1 0.1197 0.8003 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013448 1 0.0703 0.8035 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013447 5 0.4088 0.7183 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2013446 5 0.4818 0.6624 0.100 0.180 0.000 0.000 0.720
#> SRR2013445 5 0.3906 0.7745 0.292 0.000 0.000 0.004 0.704
#> SRR2013444 5 0.3932 0.7690 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 5 0.4955 0.6929 0.296 0.000 0.000 0.096 0.608 0.000
#> SRR2013442 5 0.5065 0.6481 0.340 0.000 0.000 0.092 0.568 0.000
#> SRR2013769 1 0.2278 0.7917 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR2013768 1 0.2234 0.7930 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR2013767 1 0.2146 0.7957 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR2013765 1 0.2278 0.7917 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR2013766 1 0.2191 0.7942 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR2013764 1 0.2362 0.7876 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR2013763 1 0.2278 0.7917 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR2013762 1 0.2146 0.7952 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR2013761 1 0.2165 0.7975 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0458 0.9756 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0146 0.9850 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0547 0.9723 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2013728 2 0.1268 0.9483 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR2013727 2 0.1268 0.9483 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR2013726 2 0.2563 0.8725 0.000 0.884 0.000 0.040 0.068 0.008
#> SRR2013725 2 0.1194 0.9519 0.000 0.956 0.000 0.032 0.004 0.008
#> SRR2013724 2 0.1268 0.9483 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR2013723 2 0.1268 0.9483 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0146 0.9850 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0951 0.9624 0.000 0.968 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0146 0.9850 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 2 0.5919 -0.2750 0.000 0.424 0.364 0.212 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.9879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013649 3 0.0260 0.9743 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013647 5 0.4148 0.6064 0.048 0.000 0.000 0.088 0.788 0.076
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9874 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013643 5 0.1663 0.7137 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2013642 5 0.2631 0.5132 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2013640 5 0.3109 0.7133 0.224 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004
#> SRR2013641 5 0.2664 0.5074 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2013639 5 0.1556 0.7119 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013638 5 0.1556 0.7119 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013637 5 0.3765 0.5239 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR2013636 5 0.1719 0.6977 0.060 0.016 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2013635 5 0.1701 0.7077 0.072 0.008 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013634 5 0.1745 0.7049 0.068 0.012 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR2013633 5 0.5125 0.5686 0.276 0.000 0.000 0.004 0.612 0.108
#> SRR2013631 4 0.3489 0.8283 0.000 0.004 0.288 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013632 5 0.3017 0.6546 0.072 0.000 0.000 0.000 0.844 0.084
#> SRR2013629 3 0.2219 0.7874 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013628 6 0.5807 0.4968 0.004 0.000 0.176 0.036 0.164 0.620
#> SRR2013626 3 0.2092 0.8091 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR2013625 5 0.3071 0.7052 0.180 0.000 0.000 0.000 0.804 0.016
#> SRR2013627 5 0.2999 0.6965 0.124 0.000 0.000 0.000 0.836 0.040
#> SRR2013624 5 0.3190 0.7068 0.220 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR2013623 6 0.2511 0.8123 0.064 0.000 0.056 0.000 0.000 0.880
#> SRR2013622 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013621 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013620 1 0.1643 0.7922 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR2013619 1 0.2170 0.7981 0.888 0.000 0.000 0.012 0.000 0.100
#> SRR2013617 1 0.2147 0.6834 0.896 0.000 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR2013618 1 0.1588 0.7936 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2013616 1 0.2538 0.6394 0.860 0.000 0.000 0.016 0.124 0.000
#> SRR2013615 1 0.1655 0.7845 0.932 0.000 0.000 0.008 0.008 0.052
#> SRR2013614 1 0.1578 0.7832 0.936 0.000 0.000 0.004 0.012 0.048
#> SRR2013613 1 0.3290 0.7198 0.776 0.000 0.000 0.016 0.000 0.208
#> SRR2013612 1 0.2830 0.7753 0.836 0.000 0.000 0.020 0.000 0.144
#> SRR2013610 6 0.6286 0.2285 0.344 0.000 0.000 0.108 0.060 0.488
#> SRR2013611 1 0.2554 0.7973 0.880 0.000 0.000 0.020 0.012 0.088
#> SRR2013609 6 0.3592 0.7088 0.240 0.000 0.000 0.020 0.000 0.740
#> SRR2013608 1 0.2981 0.7633 0.820 0.000 0.000 0.020 0.000 0.160
#> SRR2013606 1 0.2053 0.7973 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR2013605 1 0.4192 0.2867 0.572 0.000 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR2013607 1 0.2445 0.7946 0.872 0.000 0.000 0.020 0.000 0.108
#> SRR2013604 1 0.2445 0.7946 0.872 0.000 0.000 0.020 0.000 0.108
#> SRR2013603 1 0.2454 0.7976 0.876 0.000 0.000 0.016 0.004 0.104
#> SRR2013602 1 0.2301 0.6741 0.884 0.000 0.000 0.020 0.096 0.000
#> SRR2013601 1 0.1367 0.7244 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000
#> SRR2013600 1 0.3134 0.5611 0.808 0.000 0.000 0.024 0.168 0.000
#> SRR2013599 1 0.2019 0.6870 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088 0.000
#> SRR2013598 1 0.2487 0.6683 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000
#> SRR2013596 1 0.4414 0.2768 0.676 0.000 0.000 0.064 0.260 0.000
#> SRR2013597 1 0.1701 0.7041 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR2013595 1 0.1951 0.6956 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076 0.000
#> SRR2013594 1 0.4014 0.3820 0.716 0.000 0.000 0.044 0.240 0.000
#> SRR2013593 5 0.4992 0.4386 0.464 0.000 0.000 0.068 0.468 0.000
#> SRR2013592 5 0.4902 0.6932 0.304 0.000 0.000 0.088 0.608 0.000
#> SRR2013591 5 0.5000 0.6614 0.332 0.000 0.000 0.088 0.580 0.000
#> SRR2013590 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013587 4 0.3765 0.6518 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.3799 0.5640 0.000 0.276 0.020 0.704 0.000 0.000
#> SRR2013584 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013583 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013582 6 0.2285 0.7747 0.008 0.000 0.000 0.064 0.028 0.900
#> SRR2013581 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013580 6 0.2905 0.7863 0.048 0.000 0.092 0.004 0.000 0.856
#> SRR2013579 6 0.2809 0.7148 0.004 0.000 0.168 0.004 0.000 0.824
#> SRR2013578 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013577 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013576 6 0.3565 0.7239 0.016 0.000 0.000 0.112 0.056 0.816
#> SRR2013575 6 0.2776 0.7792 0.032 0.000 0.104 0.004 0.000 0.860
#> SRR2013574 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013572 6 0.2870 0.7812 0.040 0.000 0.100 0.004 0.000 0.856
#> SRR2013573 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013571 6 0.3134 0.6713 0.004 0.000 0.208 0.004 0.000 0.784
#> SRR2013569 6 0.2912 0.8252 0.116 0.000 0.000 0.040 0.000 0.844
#> SRR2013570 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013568 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013567 6 0.2926 0.7624 0.028 0.000 0.124 0.004 0.000 0.844
#> SRR2013566 6 0.2811 0.7652 0.020 0.000 0.000 0.076 0.032 0.872
#> SRR2013564 4 0.3390 0.5345 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR2013565 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013563 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013561 4 0.3575 0.5516 0.000 0.284 0.008 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013560 4 0.3956 0.7892 0.000 0.000 0.252 0.712 0.000 0.036
#> SRR2013562 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013556 6 0.2895 0.7981 0.052 0.000 0.000 0.064 0.016 0.868
#> SRR2013557 6 0.2577 0.7685 0.012 0.000 0.000 0.072 0.032 0.884
#> SRR2013554 6 0.2926 0.7620 0.028 0.000 0.124 0.004 0.000 0.844
#> SRR2013553 6 0.1957 0.8296 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013555 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013552 6 0.2068 0.7902 0.016 0.000 0.000 0.048 0.020 0.916
#> SRR2013551 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013550 6 0.2101 0.7807 0.008 0.000 0.000 0.052 0.028 0.912
#> SRR2013548 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013549 6 0.1760 0.7842 0.004 0.000 0.000 0.048 0.020 0.928
#> SRR2013546 6 0.2247 0.7821 0.012 0.000 0.000 0.060 0.024 0.904
#> SRR2013545 6 0.2146 0.8287 0.116 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880
#> SRR2013544 6 0.2822 0.7764 0.032 0.000 0.108 0.004 0.000 0.856
#> SRR2013547 6 0.2226 0.7760 0.008 0.000 0.000 0.060 0.028 0.904
#> SRR2013543 6 0.1957 0.8296 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013542 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013541 6 0.2838 0.7694 0.028 0.000 0.116 0.004 0.000 0.852
#> SRR2013540 6 0.1863 0.8306 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2013539 6 0.2882 0.7661 0.028 0.000 0.120 0.004 0.000 0.848
#> SRR2013538 6 0.2002 0.7822 0.008 0.000 0.000 0.056 0.020 0.916
#> SRR2013537 6 0.4962 0.6543 0.072 0.000 0.000 0.132 0.076 0.720
#> SRR2013535 6 0.1957 0.8296 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2013536 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013534 6 0.2340 0.7840 0.016 0.000 0.000 0.060 0.024 0.900
#> SRR2013532 4 0.3371 0.8310 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.3499 0.7964 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR2013531 4 0.4254 0.6273 0.000 0.216 0.072 0.712 0.000 0.000
#> SRR2013529 6 0.4264 0.4887 0.352 0.000 0.000 0.028 0.000 0.620
#> SRR2013530 6 0.2113 0.7768 0.004 0.000 0.000 0.060 0.028 0.908
#> SRR2013528 1 0.4219 0.3514 0.592 0.000 0.000 0.020 0.000 0.388
#> SRR2013527 6 0.3348 0.7449 0.216 0.000 0.000 0.016 0.000 0.768
#> SRR2013526 1 0.2566 0.7973 0.868 0.000 0.000 0.008 0.012 0.112
#> SRR2013525 5 0.3404 0.7312 0.248 0.000 0.000 0.004 0.744 0.004
#> SRR2013524 1 0.6790 0.2991 0.436 0.000 0.000 0.160 0.076 0.328
#> SRR2013523 5 0.3900 0.7168 0.180 0.000 0.000 0.008 0.764 0.048
#> SRR2013522 5 0.4953 0.4258 0.420 0.000 0.000 0.016 0.528 0.036
#> SRR2013521 6 0.1910 0.8304 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013519 1 0.2431 0.7865 0.860 0.000 0.000 0.008 0.000 0.132
#> SRR2013520 6 0.2520 0.8097 0.152 0.000 0.000 0.004 0.000 0.844
#> SRR2013518 1 0.5348 0.4570 0.680 0.000 0.000 0.100 0.156 0.064
#> SRR2013517 1 0.3239 0.7662 0.816 0.000 0.000 0.024 0.008 0.152
#> SRR2013516 1 0.3562 0.7417 0.784 0.000 0.000 0.028 0.008 0.180
#> SRR2013514 1 0.2573 0.7913 0.884 0.000 0.000 0.044 0.008 0.064
#> SRR2013515 1 0.7154 0.2026 0.432 0.000 0.000 0.224 0.112 0.232
#> SRR2013513 5 0.6224 0.5966 0.160 0.000 0.000 0.176 0.584 0.080
#> SRR2013512 1 0.2536 0.7946 0.864 0.000 0.000 0.020 0.000 0.116
#> SRR2013511 1 0.4555 0.5321 0.720 0.000 0.000 0.080 0.184 0.016
#> SRR2013510 5 0.4759 0.6024 0.048 0.000 0.000 0.152 0.728 0.072
#> SRR2013508 1 0.3360 0.7391 0.840 0.000 0.000 0.032 0.084 0.044
#> SRR2013509 5 0.4317 0.7312 0.252 0.000 0.000 0.060 0.688 0.000
#> SRR2013505 1 0.6464 0.4895 0.540 0.000 0.000 0.164 0.076 0.220
#> SRR2013506 6 0.3318 0.7904 0.172 0.000 0.000 0.032 0.000 0.796
#> SRR2013507 1 0.4191 0.7281 0.780 0.000 0.000 0.036 0.104 0.080
#> SRR2013504 6 0.3555 0.7828 0.176 0.000 0.000 0.044 0.000 0.780
#> SRR2013503 6 0.6443 0.3941 0.096 0.000 0.000 0.312 0.092 0.500
#> SRR2013502 1 0.7064 0.0952 0.356 0.000 0.000 0.224 0.076 0.344
#> SRR2013501 1 0.6963 0.2787 0.432 0.000 0.000 0.208 0.080 0.280
#> SRR2013500 1 0.3318 0.7537 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.172
#> SRR2013499 6 0.2790 0.8180 0.132 0.000 0.000 0.024 0.000 0.844
#> SRR2013498 6 0.5793 0.5864 0.176 0.000 0.000 0.136 0.060 0.628
#> SRR2013497 6 0.6581 0.3297 0.252 0.000 0.000 0.160 0.076 0.512
#> SRR2013495 6 0.2911 0.8123 0.144 0.000 0.000 0.024 0.000 0.832
#> SRR2013496 6 0.5830 0.5743 0.140 0.000 0.000 0.156 0.072 0.632
#> SRR2013492 1 0.6821 0.3127 0.436 0.000 0.000 0.168 0.076 0.320
#> SRR2013494 6 0.6484 0.3958 0.224 0.000 0.000 0.164 0.076 0.536
#> SRR2013493 1 0.2312 0.7951 0.876 0.000 0.000 0.012 0.000 0.112
#> SRR2013491 1 0.6661 0.4104 0.504 0.000 0.000 0.184 0.076 0.236
#> SRR2013490 1 0.3764 0.7588 0.792 0.000 0.000 0.040 0.020 0.148
#> SRR2013489 6 0.5814 0.5744 0.144 0.000 0.000 0.156 0.068 0.632
#> SRR2013488 6 0.6612 0.3063 0.260 0.000 0.000 0.160 0.076 0.504
#> SRR2013487 6 0.6205 0.5005 0.180 0.000 0.000 0.160 0.076 0.584
#> SRR2013486 1 0.1657 0.7460 0.936 0.000 0.000 0.012 0.040 0.012
#> SRR2013485 1 0.2888 0.6623 0.852 0.000 0.000 0.056 0.092 0.000
#> SRR2013484 1 0.1918 0.7984 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR2013483 1 0.4667 0.6908 0.744 0.000 0.000 0.076 0.056 0.124
#> SRR2013482 1 0.6587 0.2407 0.532 0.000 0.000 0.220 0.152 0.096
#> SRR2013481 1 0.3490 0.7323 0.832 0.000 0.000 0.072 0.028 0.068
#> SRR2013479 1 0.2312 0.7951 0.876 0.000 0.000 0.012 0.000 0.112
#> SRR2013480 1 0.1918 0.7987 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR2013478 1 0.2302 0.7919 0.872 0.000 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR2013477 1 0.1942 0.7170 0.916 0.000 0.000 0.012 0.064 0.008
#> SRR2013476 1 0.2315 0.7983 0.892 0.000 0.000 0.016 0.008 0.084
#> SRR2013474 1 0.2163 0.7985 0.892 0.000 0.000 0.016 0.000 0.092
#> SRR2013473 5 0.6740 0.4865 0.292 0.000 0.000 0.188 0.456 0.064
#> SRR2013475 1 0.2266 0.7962 0.880 0.000 0.000 0.012 0.000 0.108
#> SRR2013472 1 0.1950 0.7015 0.912 0.000 0.000 0.024 0.064 0.000
#> SRR2013471 1 0.6727 0.1207 0.508 0.000 0.000 0.180 0.220 0.092
#> SRR2013470 1 0.4567 0.0489 0.616 0.000 0.000 0.052 0.332 0.000
#> SRR2013469 1 0.3178 0.6695 0.848 0.000 0.000 0.044 0.088 0.020
#> SRR2013468 1 0.1745 0.7050 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR2013467 1 0.5626 0.4763 0.656 0.000 0.000 0.160 0.084 0.100
#> SRR2013466 1 0.1895 0.6992 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072 0.000
#> SRR2013465 1 0.1218 0.7697 0.956 0.000 0.000 0.004 0.012 0.028
#> SRR2013463 1 0.1952 0.7274 0.920 0.000 0.000 0.016 0.052 0.012
#> SRR2013462 1 0.4771 0.6786 0.728 0.000 0.000 0.056 0.064 0.152
#> SRR2013464 1 0.2333 0.6733 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092 0.000
#> SRR2013461 1 0.1958 0.7972 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR2013460 1 0.1958 0.7983 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR2013459 1 0.1957 0.7962 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013458 1 0.4807 0.6976 0.724 0.000 0.000 0.060 0.060 0.156
#> SRR2013457 1 0.1701 0.7934 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2013456 1 0.1644 0.7951 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR2013455 1 0.2100 0.7957 0.884 0.000 0.000 0.004 0.000 0.112
#> SRR2013453 1 0.5565 0.4797 0.664 0.000 0.000 0.152 0.088 0.096
#> SRR2013454 1 0.1500 0.7848 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2013452 1 0.5709 0.4950 0.648 0.000 0.000 0.156 0.080 0.116
#> SRR2013451 1 0.2056 0.7976 0.904 0.000 0.000 0.012 0.004 0.080
#> SRR2013450 1 0.1501 0.7958 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013449 1 0.2311 0.7965 0.880 0.000 0.000 0.016 0.000 0.104
#> SRR2013448 1 0.1765 0.7974 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013447 5 0.5223 0.5647 0.396 0.000 0.000 0.096 0.508 0.000
#> SRR2013446 5 0.5831 0.6215 0.140 0.124 0.000 0.096 0.640 0.000
#> SRR2013445 5 0.5194 0.6625 0.232 0.000 0.000 0.140 0.624 0.004
#> SRR2013444 5 0.5054 0.6526 0.336 0.000 0.000 0.092 0.572 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.3778 0.623 0.623
#> 3 3 1.000 0.974 0.989 0.3581 0.867 0.786
#> 4 4 0.695 0.790 0.855 0.3202 0.792 0.581
#> 5 5 0.729 0.809 0.888 0.0854 0.944 0.815
#> 6 6 0.694 0.762 0.865 0.0345 0.970 0.888
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013749 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR2013748 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013728 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.4562 0.893 0.904 0.096
#> SRR2013726 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.8327 0.640 0.736 0.264
#> SRR2013724 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013674 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013671 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013672 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013670 1 0.6343 0.809 0.840 0.160
#> SRR2013669 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013668 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013666 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013665 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013663 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013664 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013660 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2013658 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013657 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013656 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013654 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013655 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013653 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013652 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013650 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013648 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013646 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013645 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013644 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013630 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013626 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013590 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013588 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013587 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013589 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013586 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013585 2 0.9686 0.344 0.396 0.604
#> SRR2013584 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR2013565 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013560 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013562 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013558 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013559 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013533 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013531 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0747 0.973 0.016 0.984 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013727 1 0.3112 0.880 0.900 0.096 0.004
#> SRR2013726 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013725 1 0.4750 0.713 0.784 0.216 0.000
#> SRR2013724 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013723 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.0237 0.948 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013669 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 2 0.0237 0.995 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013658 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.1643 0.905 0.044 0.000 0.956
#> SRR2013649 1 0.4555 0.757 0.800 0.000 0.200
#> SRR2013647 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 1 0.1964 0.936 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013632 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.3192 0.875 0.888 0.000 0.112
#> SRR2013630 1 0.1643 0.948 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013628 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013626 1 0.4235 0.792 0.824 0.000 0.176
#> SRR2013625 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013622 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.6140 0.319 0.404 0.000 0.596
#> SRR2013588 1 0.2959 0.889 0.900 0.000 0.100
#> SRR2013587 3 0.0237 0.948 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013589 3 0.5327 0.617 0.272 0.000 0.728
#> SRR2013586 3 0.0747 0.936 0.016 0.000 0.984
#> SRR2013585 3 0.8307 0.291 0.084 0.388 0.528
#> SRR2013584 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013583 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013579 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013578 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013575 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 1 0.4887 0.713 0.772 0.000 0.228
#> SRR2013569 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.3009 0.906 0.028 0.920 0.052
#> SRR2013565 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 1 0.4452 0.769 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013561 1 0.3879 0.825 0.848 0.000 0.152
#> SRR2013560 1 0.1643 0.948 0.956 0.000 0.044
#> SRR2013562 1 0.2165 0.928 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013558 3 0.1753 0.900 0.048 0.000 0.952
#> SRR2013559 1 0.4887 0.712 0.772 0.000 0.228
#> SRR2013556 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013554 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013553 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013548 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013546 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013544 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013547 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013543 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013538 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013537 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013532 1 0.4399 0.775 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013533 1 0.2625 0.907 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013531 1 0.2448 0.916 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013529 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013528 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013769 1 0.0817 0.8122 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013768 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0188 0.8169 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0817 0.8128 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013762 1 0.0188 0.8169 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.0895 0.9589 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013728 1 0.2704 0.7158 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013727 1 0.3448 0.6697 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR2013726 1 0.2814 0.7118 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013725 1 0.4514 0.6508 0.800 0.064 0.000 0.136
#> SRR2013724 1 0.3356 0.6634 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013723 1 0.2704 0.7156 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9880 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.4632 0.8197 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR2013669 3 0.3400 0.8746 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR2013668 3 0.1022 0.9197 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0895 0.9657 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013652 3 0.4304 0.8316 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR2013651 3 0.3400 0.8746 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR2013650 4 0.1398 0.5020 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR2013649 4 0.1722 0.4761 0.008 0.000 0.048 0.944
#> SRR2013647 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013646 3 0.4304 0.8316 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.3400 0.8746 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR2013643 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013636 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0188 0.8170 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013631 1 0.4188 0.5935 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR2013632 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 1 0.5182 0.4993 0.684 0.000 0.028 0.288
#> SRR2013630 1 0.4677 0.4923 0.680 0.000 0.004 0.316
#> SRR2013628 1 0.2081 0.7527 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013626 1 0.5574 0.4689 0.668 0.000 0.048 0.284
#> SRR2013625 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.3356 0.7657 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013622 1 0.4877 -0.1767 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013621 4 0.4477 0.8762 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013620 4 0.4907 0.7336 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2013619 1 0.4331 0.3991 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2013617 1 0.1557 0.7961 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2013618 4 0.4500 0.8751 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013616 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.1867 0.7833 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013614 1 0.0592 0.8145 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013613 1 0.0188 0.8169 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013612 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013610 1 0.3400 0.6487 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013611 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 4 0.4040 0.8417 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR2013608 4 0.4761 0.8160 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013606 1 0.1022 0.8084 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013605 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013607 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013604 1 0.4790 0.0107 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013603 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013602 1 0.2081 0.7735 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013601 4 0.4605 0.8574 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013600 1 0.1792 0.7887 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013599 4 0.4843 0.7748 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013598 1 0.1022 0.8090 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013596 1 0.2081 0.7701 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013597 4 0.4855 0.7803 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2013595 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013594 1 0.0336 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013593 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013592 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0592 0.8153 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013590 1 0.7862 -0.1863 0.396 0.000 0.296 0.308
#> SRR2013588 4 0.4857 0.0985 0.324 0.000 0.008 0.668
#> SRR2013587 3 0.4564 0.8094 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR2013589 3 0.7658 0.5429 0.236 0.000 0.456 0.308
#> SRR2013586 3 0.4454 0.8219 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR2013585 2 0.9179 -0.2570 0.072 0.356 0.272 0.300
#> SRR2013584 1 0.4925 -0.2688 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013583 1 0.4500 0.3124 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2013582 1 0.1118 0.8072 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013581 4 0.4898 0.7350 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR2013580 4 0.3528 0.7955 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013579 4 0.4220 0.5117 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR2013578 1 0.3688 0.6085 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013577 4 0.4643 0.8510 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013576 1 0.4746 0.0361 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013575 4 0.3444 0.7878 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013574 1 0.4697 0.1311 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013572 4 0.3486 0.7874 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013573 4 0.4948 0.6846 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR2013571 4 0.1576 0.5131 0.004 0.000 0.048 0.948
#> SRR2013569 1 0.0592 0.8145 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013570 1 0.3907 0.5535 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013568 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013567 4 0.3444 0.7844 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013566 4 0.4522 0.8732 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013564 2 0.5005 0.6252 0.020 0.712 0.004 0.264
#> SRR2013565 4 0.4477 0.8762 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013563 1 0.4999 0.4879 0.660 0.000 0.012 0.328
#> SRR2013561 1 0.4795 0.5130 0.696 0.000 0.012 0.292
#> SRR2013560 4 0.4401 0.2571 0.272 0.000 0.004 0.724
#> SRR2013562 1 0.4632 0.4936 0.688 0.000 0.004 0.308
#> SRR2013558 3 0.5780 0.6160 0.028 0.000 0.496 0.476
#> SRR2013559 1 0.6240 0.3826 0.604 0.000 0.076 0.320
#> SRR2013556 1 0.0188 0.8169 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013557 4 0.4585 0.8648 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013554 4 0.3356 0.7795 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013553 4 0.3444 0.7878 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013555 1 0.4164 0.4504 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2013552 1 0.0469 0.8158 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013551 4 0.3486 0.7919 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013550 1 0.3356 0.6623 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013548 4 0.4543 0.8494 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013549 1 0.1867 0.7777 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013546 1 0.2281 0.7643 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013545 4 0.5000 0.5451 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2013544 4 0.3764 0.7793 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013547 1 0.3444 0.6261 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013543 1 0.3444 0.6342 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2013542 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013541 4 0.3024 0.7426 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013540 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013539 4 0.3764 0.7930 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013538 1 0.0707 0.8139 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013537 1 0.1792 0.7834 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013535 4 0.4585 0.8642 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013536 1 0.3726 0.5980 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013534 1 0.0188 0.8169 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013532 1 0.5228 0.4695 0.664 0.000 0.024 0.312
#> SRR2013533 4 0.0657 0.5035 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR2013531 1 0.4252 0.5851 0.744 0.000 0.004 0.252
#> SRR2013529 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013530 1 0.3764 0.5955 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2013528 1 0.4817 -0.0268 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013527 4 0.4477 0.8762 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013526 4 0.4564 0.8663 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013525 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.4356 0.3549 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2013523 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.2081 0.7732 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013521 4 0.4008 0.8385 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2013519 4 0.4406 0.8752 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013520 4 0.4431 0.8754 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013518 1 0.3907 0.5414 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013517 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013516 4 0.4431 0.8769 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013514 1 0.4382 0.3854 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013515 4 0.4624 0.8590 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013513 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.1022 0.8087 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013511 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013509 1 0.1022 0.8096 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013505 1 0.3610 0.6102 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2013506 1 0.4605 0.2288 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2013507 1 0.1211 0.8053 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013504 1 0.4008 0.5029 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2013503 1 0.2704 0.7427 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013502 1 0.4382 0.3774 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013501 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.4998 -0.4544 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2013499 4 0.3649 0.8026 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013498 4 0.3486 0.7918 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013497 4 0.4776 0.8099 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2013495 4 0.3726 0.8131 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013496 4 0.4543 0.8706 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013492 4 0.4713 0.8366 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013494 4 0.4661 0.8521 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2013493 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013491 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 4 0.4431 0.8769 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2013489 4 0.4730 0.8232 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2013488 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013487 4 0.4955 0.6927 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2013486 1 0.4454 0.3372 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013485 1 0.0336 0.8162 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013484 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013483 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013482 1 0.0707 0.8138 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013481 1 0.4916 -0.2317 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR2013479 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013480 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013478 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013477 1 0.2647 0.7365 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013476 4 0.4585 0.8644 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2013474 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013473 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013475 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013472 1 0.1716 0.7926 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013471 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013470 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013468 4 0.4761 0.8185 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2013467 1 0.0707 0.8137 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013466 4 0.4564 0.8676 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013465 1 0.0817 0.8134 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013463 1 0.1792 0.7879 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013462 1 0.3873 0.5558 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013464 1 0.4193 0.4602 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013461 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013460 4 0.4500 0.8747 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013459 1 0.4941 -0.2730 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2013458 4 0.4500 0.8750 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013457 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013456 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013455 4 0.4500 0.8746 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2013453 1 0.1716 0.7876 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013454 4 0.4543 0.8706 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2013452 1 0.1118 0.8071 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013451 1 0.4250 0.4365 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2013450 4 0.4454 0.8775 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013449 4 0.4522 0.8727 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2013448 4 0.4477 0.8766 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR2013447 1 0.4624 0.1942 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013446 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0188 0.8166 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0510 0.84077 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013442 1 0.1478 0.82815 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013769 1 0.0609 0.84138 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013768 1 0.0162 0.83997 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0162 0.83997 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0162 0.83997 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0703 0.84105 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013762 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013759 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0290 0.99192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013757 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013755 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013754 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013749 2 0.2297 0.92016 0.020 0.912 0.000 0.008 0.060
#> SRR2013748 2 0.0290 0.99192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013747 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.1270 0.95519 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013746 2 0.0162 0.99205 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013744 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013743 2 0.0290 0.99192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013741 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013736 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013735 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013734 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013733 2 0.0510 0.98655 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013731 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013730 2 0.0162 0.99209 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013729 2 0.0794 0.97374 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013728 1 0.3780 0.70991 0.812 0.000 0.000 0.116 0.072
#> SRR2013727 1 0.3911 0.67379 0.796 0.000 0.000 0.144 0.060
#> SRR2013726 1 0.4411 0.69803 0.764 0.000 0.000 0.120 0.116
#> SRR2013725 1 0.4853 0.61723 0.744 0.024 0.000 0.172 0.060
#> SRR2013724 1 0.4049 0.65578 0.780 0.000 0.000 0.164 0.056
#> SRR2013723 1 0.3507 0.70387 0.828 0.000 0.000 0.120 0.052
#> SRR2013722 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013721 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013720 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013719 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013717 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013718 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013716 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013715 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013714 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013713 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013708 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013709 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013707 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013706 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013705 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013704 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013701 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.1410 0.94995 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013699 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013698 2 0.0162 0.99205 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013697 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013696 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013695 2 0.0510 0.98893 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013694 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013692 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013687 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013688 2 0.0290 0.99087 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013686 2 0.0290 0.99191 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013685 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.1410 0.94995 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013684 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013681 2 0.1270 0.95292 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013680 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013679 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013678 2 0.0404 0.99067 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013677 2 0.0162 0.99246 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013676 2 0.0162 0.99209 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013675 2 0.0000 0.99269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.4060 0.46330 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR2013668 3 0.1732 0.87579 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.0865 0.97430 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.4291 0.02769 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR2013651 3 0.3932 0.52703 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR2013650 5 0.4522 0.18606 0.000 0.000 0.008 0.440 0.552
#> SRR2013649 4 0.4900 0.02163 0.000 0.000 0.024 0.512 0.464
#> SRR2013647 1 0.0162 0.83997 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013648 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.4291 0.02769 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.94578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.4060 0.46330 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.1121 0.83563 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013636 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0162 0.83997 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013631 4 0.2929 0.65031 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.4449 -0.00793 0.484 0.000 0.004 0.512 0.000
#> SRR2013630 4 0.0794 0.81005 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2013628 1 0.1952 0.79813 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR2013626 1 0.4907 -0.00234 0.492 0.000 0.024 0.484 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 5 0.5567 0.71063 0.160 0.000 0.000 0.196 0.644
#> SRR2013622 1 0.4262 0.07226 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2013621 5 0.2516 0.86282 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013620 5 0.3586 0.72913 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013619 1 0.4161 0.32388 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013617 1 0.3274 0.74846 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013618 5 0.2966 0.82967 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013616 1 0.1965 0.82033 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013615 1 0.2471 0.80522 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013614 1 0.2127 0.81430 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013613 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 5 0.2516 0.87167 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2013610 1 0.3231 0.70905 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR2013611 1 0.1121 0.83572 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013609 5 0.2172 0.87330 0.076 0.000 0.000 0.016 0.908
#> SRR2013608 5 0.3534 0.75427 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013606 1 0.1410 0.83834 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013605 5 0.1671 0.87567 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013607 5 0.2891 0.84044 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013604 1 0.4268 0.18095 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013603 5 0.3109 0.82940 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013602 1 0.2732 0.79295 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2013601 5 0.3039 0.82732 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013600 1 0.2377 0.81205 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013599 5 0.3109 0.79042 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2013598 1 0.1908 0.82412 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013596 1 0.2773 0.78145 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013597 5 0.3774 0.69647 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2013595 1 0.1410 0.82995 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013594 1 0.0404 0.84216 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013593 1 0.1410 0.82991 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2013592 1 0.0162 0.84025 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.1671 0.82792 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013590 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013588 4 0.0162 0.82043 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013587 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013586 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013585 4 0.1410 0.77036 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2013584 5 0.4297 0.18253 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013583 1 0.4045 0.39862 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013582 1 0.1043 0.83825 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013581 5 0.3983 0.66126 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2013580 5 0.3579 0.85583 0.100 0.000 0.000 0.072 0.828
#> SRR2013579 5 0.6776 0.34821 0.260 0.000 0.004 0.288 0.448
#> SRR2013578 1 0.3684 0.62856 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013577 5 0.2891 0.84135 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013576 1 0.4126 0.33691 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013575 5 0.2927 0.85108 0.068 0.000 0.000 0.060 0.872
#> SRR2013574 1 0.4201 0.23894 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013572 5 0.4177 0.77243 0.064 0.000 0.000 0.164 0.772
#> SRR2013573 5 0.3837 0.68802 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2013571 5 0.4752 0.47282 0.000 0.000 0.036 0.316 0.648
#> SRR2013569 1 0.0290 0.84102 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013570 1 0.3684 0.60635 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2013568 5 0.2230 0.87110 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013567 5 0.4096 0.79343 0.072 0.000 0.000 0.144 0.784
#> SRR2013566 5 0.3003 0.82964 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013564 4 0.2179 0.70536 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013565 5 0.1671 0.87629 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013563 4 0.1444 0.79963 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR2013561 4 0.2179 0.73578 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013560 4 0.1300 0.80105 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028
#> SRR2013562 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013558 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013556 1 0.0609 0.84049 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013557 5 0.2605 0.86273 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2013554 5 0.5150 0.75294 0.136 0.000 0.000 0.172 0.692
#> SRR2013553 5 0.2928 0.84915 0.064 0.000 0.000 0.064 0.872
#> SRR2013555 1 0.3774 0.58106 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2013552 1 0.0963 0.83900 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013551 5 0.2928 0.84915 0.064 0.000 0.000 0.064 0.872
#> SRR2013550 1 0.2929 0.74342 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013548 5 0.3562 0.82003 0.196 0.000 0.000 0.016 0.788
#> SRR2013549 1 0.1544 0.82582 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013546 1 0.3210 0.72731 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013545 1 0.4304 -0.16004 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2013544 5 0.3452 0.85848 0.148 0.000 0.000 0.032 0.820
#> SRR2013547 1 0.3003 0.72395 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2013543 1 0.3305 0.69891 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013542 5 0.1908 0.87413 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013541 5 0.3291 0.83813 0.064 0.000 0.000 0.088 0.848
#> SRR2013540 5 0.1544 0.87221 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013539 5 0.3681 0.85870 0.148 0.000 0.000 0.044 0.808
#> SRR2013538 1 0.0703 0.84099 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013537 1 0.1544 0.82814 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013535 5 0.3534 0.78935 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013536 1 0.3707 0.62300 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013534 1 0.0609 0.84040 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013532 4 0.0000 0.82216 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013533 4 0.0162 0.82051 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013531 4 0.2471 0.70646 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR2013529 5 0.1671 0.87615 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013530 1 0.3274 0.69890 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2013528 1 0.4268 0.10903 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013527 5 0.2377 0.86170 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013526 5 0.2773 0.85358 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013525 1 0.0609 0.84177 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013524 1 0.4114 0.40913 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2013523 1 0.0162 0.84025 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013522 1 0.2230 0.81685 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013521 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013519 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013520 5 0.2377 0.86170 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013518 1 0.4138 0.47127 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2013517 5 0.1792 0.87635 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2013516 5 0.1851 0.87479 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013514 1 0.4249 0.25361 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013515 5 0.3210 0.81055 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2013513 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.2424 0.79383 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013511 1 0.1792 0.81643 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013510 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013508 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013509 1 0.2690 0.80115 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013505 1 0.3612 0.64552 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2013506 1 0.4307 -0.03503 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2013507 1 0.2605 0.78240 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2013504 1 0.3395 0.65697 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2013503 1 0.3305 0.72100 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013502 1 0.4192 0.37268 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2013501 1 0.0290 0.84124 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013500 5 0.3932 0.58859 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013499 5 0.2946 0.85925 0.088 0.000 0.000 0.044 0.868
#> SRR2013498 5 0.2859 0.85344 0.068 0.000 0.000 0.056 0.876
#> SRR2013497 5 0.2929 0.84404 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2013495 5 0.1764 0.87156 0.064 0.000 0.000 0.008 0.928
#> SRR2013496 5 0.2471 0.87030 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2013492 5 0.3039 0.82901 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2013494 5 0.3242 0.81660 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2013493 5 0.1671 0.87399 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013491 1 0.0000 0.84025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 5 0.2127 0.87033 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013489 5 0.3395 0.77922 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013488 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013487 5 0.4138 0.55177 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013486 1 0.4242 0.30376 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013485 1 0.0880 0.84262 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013484 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013483 5 0.1608 0.87320 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2013482 1 0.1608 0.83168 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013481 5 0.4283 0.16573 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013479 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013480 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013478 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013477 1 0.3480 0.71965 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013476 5 0.2891 0.85472 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013474 5 0.1544 0.87221 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013473 1 0.0404 0.84080 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013475 5 0.1478 0.87188 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013472 1 0.2127 0.82186 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2013471 1 0.1478 0.82815 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2013470 1 0.0510 0.84095 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013469 1 0.0510 0.84057 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013468 5 0.3003 0.82637 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2013467 1 0.1965 0.82544 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2013466 5 0.1908 0.87443 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2013465 1 0.2280 0.81885 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013463 1 0.2648 0.80080 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013462 1 0.3857 0.57763 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013464 1 0.4088 0.49715 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2013461 5 0.1732 0.87574 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013460 5 0.2127 0.87550 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013459 5 0.4283 0.21081 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2013458 5 0.1965 0.87667 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013457 5 0.1671 0.87475 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2013456 5 0.1544 0.87221 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2013455 5 0.2127 0.87542 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2013453 1 0.2230 0.81451 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013454 5 0.1965 0.87647 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013452 1 0.1732 0.83162 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013451 1 0.4201 0.40349 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2013450 5 0.2891 0.83465 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2013449 5 0.1851 0.87761 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013448 5 0.1965 0.87687 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013447 1 0.4273 0.19887 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2013446 1 0.0794 0.83938 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013445 1 0.0510 0.84076 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013444 1 0.1478 0.82815 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.1225 0.8168 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2013442 1 0.2511 0.7949 0.880 0.000 0.000 0.000 0.056 0.064
#> SRR2013769 1 0.0632 0.8189 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013768 1 0.0146 0.8150 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013767 1 0.0146 0.8150 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013765 1 0.0146 0.8150 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013766 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0146 0.8160 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013763 1 0.0713 0.8179 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013762 1 0.0146 0.8160 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013761 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0508 0.9334 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013759 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013758 2 0.2872 0.8831 0.000 0.836 0.000 0.000 0.140 0.024
#> SRR2013757 2 0.0622 0.9333 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013756 2 0.3102 0.8657 0.000 0.816 0.000 0.000 0.156 0.028
#> SRR2013755 2 0.0520 0.9334 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013754 2 0.0146 0.9335 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013753 2 0.0520 0.9331 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013751 2 0.1088 0.9359 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR2013752 2 0.0291 0.9334 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013750 2 0.0508 0.9343 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013749 5 0.2768 0.6284 0.012 0.156 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR2013748 2 0.1845 0.9292 0.000 0.920 0.000 0.000 0.052 0.028
#> SRR2013747 2 0.0291 0.9334 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013745 5 0.3330 0.5822 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR2013746 2 0.1806 0.9136 0.000 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR2013744 2 0.1686 0.9283 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2013742 2 0.0717 0.9334 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2013743 2 0.1088 0.9360 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR2013741 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013740 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013739 2 0.0405 0.9327 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013737 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013738 2 0.2311 0.9008 0.000 0.880 0.000 0.000 0.104 0.016
#> SRR2013736 2 0.2145 0.9222 0.000 0.900 0.000 0.000 0.072 0.028
#> SRR2013735 2 0.1524 0.9329 0.000 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR2013734 2 0.2664 0.8761 0.000 0.848 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR2013733 2 0.2664 0.8813 0.000 0.848 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR2013731 2 0.0458 0.9340 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013732 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013730 2 0.1531 0.9228 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2013729 5 0.3647 0.5128 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013728 5 0.3900 0.6013 0.248 0.000 0.000 0.016 0.724 0.012
#> SRR2013727 5 0.3897 0.6031 0.280 0.000 0.000 0.024 0.696 0.000
#> SRR2013726 5 0.4153 0.5723 0.184 0.000 0.000 0.024 0.752 0.040
#> SRR2013725 5 0.3642 0.6197 0.204 0.000 0.000 0.036 0.760 0.000
#> SRR2013724 5 0.3999 0.6037 0.272 0.000 0.000 0.032 0.696 0.000
#> SRR2013723 5 0.3897 0.6031 0.280 0.000 0.000 0.024 0.696 0.000
#> SRR2013722 2 0.2783 0.8725 0.000 0.836 0.000 0.000 0.148 0.016
#> SRR2013721 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013720 2 0.2911 0.8715 0.000 0.832 0.000 0.000 0.144 0.024
#> SRR2013719 2 0.2680 0.8925 0.000 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR2013717 2 0.2790 0.8768 0.000 0.844 0.000 0.000 0.132 0.024
#> SRR2013718 2 0.0891 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013716 2 0.0520 0.9335 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013715 2 0.0858 0.9309 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013714 2 0.1461 0.9262 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR2013713 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013712 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013711 2 0.1320 0.9285 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2013708 2 0.1088 0.9308 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR2013709 2 0.0520 0.9334 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013707 2 0.1528 0.9249 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR2013706 2 0.1895 0.9187 0.000 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2013705 2 0.1686 0.9250 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2013704 2 0.0972 0.9308 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2013703 2 0.0622 0.9333 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2013702 2 0.2581 0.8830 0.000 0.856 0.000 0.000 0.128 0.016
#> SRR2013701 2 0.0458 0.9340 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013700 5 0.2454 0.6147 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013699 2 0.1124 0.9293 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013698 2 0.2070 0.9172 0.000 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR2013697 2 0.1643 0.9272 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR2013696 2 0.1528 0.9250 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR2013695 2 0.3088 0.8666 0.000 0.808 0.000 0.000 0.172 0.020
#> SRR2013694 2 0.2402 0.8995 0.000 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR2013693 2 0.1918 0.9224 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR2013692 2 0.1204 0.9271 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013691 2 0.0547 0.9342 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013690 2 0.2191 0.9109 0.000 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR2013689 2 0.3202 0.8578 0.000 0.800 0.000 0.000 0.176 0.024
#> SRR2013687 2 0.3098 0.8643 0.000 0.812 0.000 0.000 0.164 0.024
#> SRR2013688 2 0.3905 0.6666 0.000 0.668 0.000 0.000 0.316 0.016
#> SRR2013686 2 0.1913 0.9225 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR2013685 2 0.0405 0.9350 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013682 2 0.0260 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013683 5 0.2454 0.6221 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR2013684 2 0.1349 0.9263 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013681 5 0.3765 0.3974 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR2013680 2 0.2491 0.9043 0.000 0.868 0.000 0.000 0.112 0.020
#> SRR2013679 2 0.3312 0.8557 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> SRR2013678 2 0.3312 0.8557 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> SRR2013677 2 0.1398 0.9244 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR2013676 2 0.1333 0.9276 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR2013675 2 0.0146 0.9339 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.0000 0.7440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013669 3 0.3817 0.3069 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR2013668 3 0.1814 0.8417 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 2 0.2078 0.9108 0.000 0.912 0.004 0.044 0.040 0.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.3862 -0.0904 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2013651 3 0.3756 0.3813 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR2013650 4 0.3999 -0.0715 0.000 0.000 0.004 0.500 0.000 0.496
#> SRR2013649 4 0.4800 0.0454 0.000 0.000 0.052 0.500 0.000 0.448
#> SRR2013647 1 0.0146 0.8150 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.3862 -0.0904 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.3817 0.3069 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.2066 0.8075 0.908 0.000 0.000 0.000 0.052 0.040
#> SRR2013636 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0260 0.8160 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013633 1 0.0363 0.8157 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013631 4 0.2730 0.5323 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013629 4 0.4091 0.0784 0.472 0.000 0.008 0.520 0.000 0.000
#> SRR2013630 4 0.0713 0.7381 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2013628 1 0.0777 0.8079 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2013626 4 0.4808 0.0569 0.472 0.000 0.052 0.476 0.000 0.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 6 0.5123 0.6725 0.184 0.000 0.000 0.188 0.000 0.628
#> SRR2013622 1 0.3817 0.1529 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2013621 6 0.2003 0.8387 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2013620 6 0.4239 0.6712 0.248 0.000 0.000 0.000 0.056 0.696
#> SRR2013619 1 0.3737 0.3189 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2013617 1 0.4284 0.6830 0.688 0.000 0.000 0.000 0.056 0.256
#> SRR2013618 6 0.3555 0.7744 0.184 0.000 0.000 0.000 0.040 0.776
#> SRR2013616 1 0.2887 0.7831 0.844 0.000 0.000 0.000 0.036 0.120
#> SRR2013615 1 0.3455 0.7749 0.800 0.000 0.000 0.000 0.056 0.144
#> SRR2013614 1 0.2191 0.7796 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR2013613 1 0.0146 0.8160 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013612 6 0.2178 0.8447 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2013610 1 0.2933 0.7052 0.796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.200
#> SRR2013611 1 0.2070 0.8071 0.908 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR2013609 6 0.1461 0.8436 0.044 0.000 0.000 0.016 0.000 0.940
#> SRR2013608 6 0.3175 0.7179 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013606 1 0.2263 0.8134 0.896 0.000 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR2013605 6 0.1141 0.8490 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013607 6 0.3168 0.7985 0.172 0.000 0.000 0.000 0.024 0.804
#> SRR2013604 1 0.4763 0.2512 0.536 0.000 0.000 0.000 0.052 0.412
#> SRR2013603 6 0.2823 0.7904 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013602 1 0.3602 0.7704 0.784 0.000 0.000 0.000 0.056 0.160
#> SRR2013601 6 0.3835 0.7612 0.188 0.000 0.000 0.000 0.056 0.756
#> SRR2013600 1 0.3168 0.7896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.056 0.116
#> SRR2013599 6 0.3672 0.7507 0.168 0.000 0.000 0.000 0.056 0.776
#> SRR2013598 1 0.2888 0.7928 0.852 0.000 0.000 0.000 0.056 0.092
#> SRR2013596 1 0.3672 0.7556 0.776 0.000 0.000 0.000 0.056 0.168
#> SRR2013597 6 0.4481 0.6009 0.296 0.000 0.000 0.000 0.056 0.648
#> SRR2013595 1 0.2451 0.7970 0.884 0.000 0.000 0.000 0.056 0.060
#> SRR2013594 1 0.0363 0.8185 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013593 1 0.2451 0.7971 0.884 0.000 0.000 0.000 0.056 0.060
#> SRR2013592 1 0.0146 0.8159 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013591 1 0.2680 0.7954 0.868 0.000 0.000 0.000 0.056 0.076
#> SRR2013590 4 0.1075 0.7421 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2013588 4 0.0146 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013587 4 0.0000 0.7440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013589 4 0.1267 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013586 4 0.0260 0.7447 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2013585 4 0.2046 0.7141 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> SRR2013584 6 0.3838 0.2040 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2013583 1 0.3634 0.4063 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013582 1 0.1007 0.8165 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2013581 6 0.3563 0.6305 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2013580 6 0.2965 0.8271 0.072 0.000 0.000 0.080 0.000 0.848
#> SRR2013579 6 0.5997 0.3869 0.304 0.000 0.004 0.224 0.000 0.468
#> SRR2013578 1 0.3330 0.6285 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013577 6 0.2300 0.8254 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2013576 1 0.3706 0.3824 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2013575 6 0.2106 0.8197 0.032 0.000 0.000 0.064 0.000 0.904
#> SRR2013574 1 0.3765 0.2777 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2013572 6 0.3385 0.7324 0.032 0.000 0.000 0.180 0.000 0.788
#> SRR2013573 6 0.3371 0.6848 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2013571 6 0.3778 0.5704 0.000 0.000 0.020 0.272 0.000 0.708
#> SRR2013569 1 0.0405 0.8180 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013570 1 0.3534 0.6156 0.716 0.000 0.000 0.000 0.008 0.276
#> SRR2013568 6 0.1663 0.8416 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2013567 6 0.3315 0.7559 0.040 0.000 0.000 0.156 0.000 0.804
#> SRR2013566 6 0.2664 0.7942 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR2013564 4 0.2799 0.6549 0.000 0.076 0.000 0.860 0.064 0.000
#> SRR2013565 6 0.1267 0.8512 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013563 4 0.1152 0.7273 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR2013561 4 0.2897 0.6699 0.088 0.000 0.000 0.852 0.060 0.000
#> SRR2013560 4 0.1088 0.7316 0.016 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR2013562 4 0.1267 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013558 4 0.0000 0.7440 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013559 4 0.1267 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013556 1 0.0713 0.8159 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013557 6 0.2135 0.8396 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2013554 6 0.4809 0.7017 0.140 0.000 0.000 0.192 0.000 0.668
#> SRR2013553 6 0.2164 0.8185 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000 0.900
#> SRR2013555 1 0.3528 0.5998 0.700 0.000 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR2013552 1 0.0937 0.8157 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013551 6 0.2106 0.8197 0.032 0.000 0.000 0.064 0.000 0.904
#> SRR2013550 1 0.2631 0.7494 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013548 6 0.2912 0.8046 0.172 0.000 0.000 0.012 0.000 0.816
#> SRR2013549 1 0.1501 0.8108 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013546 1 0.3126 0.6811 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013545 1 0.3864 -0.0709 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2013544 6 0.2696 0.8379 0.116 0.000 0.000 0.028 0.000 0.856
#> SRR2013547 1 0.2762 0.7336 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2013543 1 0.3126 0.6888 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2013542 6 0.1327 0.8441 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013541 6 0.2436 0.8089 0.032 0.000 0.000 0.088 0.000 0.880
#> SRR2013540 6 0.1995 0.8337 0.036 0.000 0.000 0.000 0.052 0.912
#> SRR2013539 6 0.3150 0.8348 0.120 0.000 0.000 0.052 0.000 0.828
#> SRR2013538 1 0.0632 0.8189 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013537 1 0.2066 0.8156 0.904 0.000 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR2013535 6 0.3221 0.7431 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013536 1 0.3409 0.6082 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2013534 1 0.0547 0.8168 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013532 4 0.1267 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2013533 4 0.0260 0.7428 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2013531 4 0.3092 0.6474 0.104 0.000 0.000 0.836 0.060 0.000
#> SRR2013529 6 0.1141 0.8492 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013530 1 0.2996 0.7052 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013528 1 0.3833 0.1474 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2013527 6 0.1765 0.8338 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013526 6 0.2949 0.8288 0.140 0.000 0.000 0.000 0.028 0.832
#> SRR2013525 1 0.1594 0.8152 0.932 0.000 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR2013524 1 0.3862 0.4066 0.608 0.000 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR2013523 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.3032 0.8027 0.840 0.000 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR2013521 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013519 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013520 6 0.1765 0.8338 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2013518 1 0.4084 0.4533 0.588 0.000 0.000 0.000 0.012 0.400
#> SRR2013517 6 0.1141 0.8490 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2013516 6 0.1267 0.8448 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2013514 1 0.3854 0.1651 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2013515 6 0.2941 0.7700 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2013513 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.2520 0.7519 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR2013511 1 0.1863 0.7786 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013510 1 0.0260 0.8165 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013508 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013509 1 0.3672 0.7612 0.776 0.000 0.000 0.000 0.056 0.168
#> SRR2013505 1 0.4239 0.6483 0.696 0.000 0.000 0.000 0.056 0.248
#> SRR2013506 6 0.3860 0.1050 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2013507 1 0.2631 0.7367 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2013504 1 0.2996 0.6899 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013503 1 0.3629 0.6775 0.724 0.000 0.000 0.000 0.016 0.260
#> SRR2013502 1 0.4773 0.3659 0.556 0.000 0.000 0.000 0.056 0.388
#> SRR2013501 1 0.0146 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013500 6 0.4229 0.5927 0.292 0.000 0.000 0.000 0.040 0.668
#> SRR2013499 6 0.2263 0.8261 0.048 0.000 0.000 0.056 0.000 0.896
#> SRR2013498 6 0.2046 0.8221 0.032 0.000 0.000 0.060 0.000 0.908
#> SRR2013497 6 0.2416 0.8265 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2013495 6 0.1151 0.8407 0.032 0.000 0.000 0.012 0.000 0.956
#> SRR2013496 6 0.2092 0.8418 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2013492 6 0.3046 0.7947 0.188 0.000 0.000 0.000 0.012 0.800
#> SRR2013494 6 0.3052 0.7755 0.216 0.000 0.000 0.000 0.004 0.780
#> SRR2013493 6 0.0937 0.8437 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2013491 1 0.0000 0.8153 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013490 6 0.1556 0.8403 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2013489 6 0.2823 0.7730 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2013488 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013487 6 0.3727 0.4996 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2013486 1 0.4731 0.2589 0.524 0.000 0.000 0.000 0.048 0.428
#> SRR2013485 1 0.1564 0.8200 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR2013484 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013483 6 0.1082 0.8443 0.040 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR2013482 1 0.2499 0.8043 0.880 0.000 0.000 0.000 0.048 0.072
#> SRR2013481 6 0.4147 0.1688 0.436 0.000 0.000 0.000 0.012 0.552
#> SRR2013479 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013480 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013478 6 0.1049 0.8427 0.032 0.000 0.000 0.000 0.008 0.960
#> SRR2013477 1 0.4261 0.6895 0.692 0.000 0.000 0.000 0.056 0.252
#> SRR2013476 6 0.2491 0.8329 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2013474 6 0.1010 0.8430 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2013473 1 0.1285 0.8145 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2013475 6 0.0790 0.8420 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2013472 1 0.2985 0.7991 0.844 0.000 0.000 0.000 0.056 0.100
#> SRR2013471 1 0.2511 0.7949 0.880 0.000 0.000 0.000 0.056 0.064
#> SRR2013470 1 0.1434 0.8148 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR2013469 1 0.1398 0.8140 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR2013468 6 0.3672 0.7792 0.168 0.000 0.000 0.000 0.056 0.776
#> SRR2013467 1 0.2985 0.7929 0.844 0.000 0.000 0.000 0.056 0.100
#> SRR2013466 6 0.2390 0.8325 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056 0.888
#> SRR2013465 1 0.3295 0.7845 0.816 0.000 0.000 0.000 0.056 0.128
#> SRR2013463 1 0.3566 0.7711 0.788 0.000 0.000 0.000 0.056 0.156
#> SRR2013462 1 0.4481 0.5759 0.648 0.000 0.000 0.000 0.056 0.296
#> SRR2013464 1 0.4660 0.5222 0.600 0.000 0.000 0.000 0.056 0.344
#> SRR2013461 6 0.2390 0.8364 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056 0.888
#> SRR2013460 6 0.2971 0.8317 0.104 0.000 0.000 0.000 0.052 0.844
#> SRR2013459 6 0.4847 0.0907 0.444 0.000 0.000 0.000 0.056 0.500
#> SRR2013458 6 0.2680 0.8354 0.076 0.000 0.000 0.000 0.056 0.868
#> SRR2013457 6 0.2263 0.8350 0.048 0.000 0.000 0.000 0.056 0.896
#> SRR2013456 6 0.2058 0.8320 0.036 0.000 0.000 0.000 0.056 0.908
#> SRR2013455 6 0.2786 0.8341 0.084 0.000 0.000 0.000 0.056 0.860
#> SRR2013453 1 0.3107 0.7905 0.832 0.000 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR2013454 6 0.2511 0.8353 0.064 0.000 0.000 0.000 0.056 0.880
#> SRR2013452 1 0.2506 0.8093 0.880 0.000 0.000 0.000 0.052 0.068
#> SRR2013451 1 0.4773 0.4089 0.556 0.000 0.000 0.000 0.056 0.388
#> SRR2013450 6 0.3771 0.7670 0.180 0.000 0.000 0.000 0.056 0.764
#> SRR2013449 6 0.1327 0.8519 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2013448 6 0.2786 0.8342 0.084 0.000 0.000 0.000 0.056 0.860
#> SRR2013447 1 0.4837 0.2207 0.512 0.000 0.000 0.000 0.056 0.432
#> SRR2013446 1 0.1720 0.8126 0.928 0.000 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR2013445 1 0.1003 0.8180 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2013444 1 0.2511 0.7949 0.880 0.000 0.000 0.000 0.056 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.901 0.953 0.963 0.4776 0.504 0.504
#> 3 3 0.950 0.941 0.967 0.2540 0.894 0.791
#> 4 4 0.750 0.860 0.905 0.0637 0.975 0.939
#> 5 5 0.668 0.411 0.681 0.1077 0.758 0.463
#> 6 6 0.720 0.710 0.832 0.1019 0.889 0.628
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013759 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013758 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013757 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013756 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013755 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013754 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013753 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013751 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013752 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013750 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013749 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013748 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013747 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013745 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013746 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013744 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013742 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013743 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013741 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013740 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013739 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013737 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013738 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013736 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013735 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013734 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013733 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013731 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013732 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013730 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013729 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013728 2 0.2948 0.932 0.052 0.948
#> SRR2013727 2 0.2948 0.932 0.052 0.948
#> SRR2013726 2 0.4690 0.918 0.100 0.900
#> SRR2013725 2 0.2603 0.934 0.044 0.956
#> SRR2013724 2 0.2948 0.932 0.052 0.948
#> SRR2013723 2 0.2948 0.932 0.052 0.948
#> SRR2013722 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013721 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013720 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013719 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013717 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013718 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013716 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013715 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013714 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013713 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013712 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013711 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013708 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013709 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013707 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013706 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013705 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013704 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013703 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013702 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013701 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013700 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013699 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013698 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013697 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013696 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013695 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013694 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013693 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013692 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013691 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013690 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013689 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013687 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013688 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013686 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013685 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013682 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013683 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013684 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013681 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013680 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013679 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013678 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013677 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013676 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013675 2 0.2043 0.936 0.032 0.968
#> SRR2013674 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013673 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013671 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013672 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013670 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013669 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013668 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013667 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013666 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013665 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013662 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013663 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013664 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013661 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013660 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013659 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013658 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013657 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013656 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013654 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013655 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013653 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013652 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013651 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013650 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013649 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013647 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013648 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013646 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013645 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013644 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013643 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013642 1 0.2043 0.962 0.968 0.032
#> SRR2013640 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.5294 0.846 0.880 0.120
#> SRR2013639 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013631 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013632 1 0.0376 0.992 0.996 0.004
#> SRR2013629 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013630 2 0.8207 0.741 0.256 0.744
#> SRR2013628 2 0.9732 0.490 0.404 0.596
#> SRR2013626 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013625 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013627 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> SRR2013624 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.5842 0.814 0.860 0.140
#> SRR2013622 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013590 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013588 2 0.8081 0.752 0.248 0.752
#> SRR2013587 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013589 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013586 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013585 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013584 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013583 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.0938 0.984 0.988 0.012
#> SRR2013581 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013580 2 0.8386 0.723 0.268 0.732
#> SRR2013579 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013578 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013575 2 0.8386 0.723 0.268 0.732
#> SRR2013574 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013572 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013573 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013571 2 0.7376 0.803 0.208 0.792
#> SRR2013569 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013567 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013566 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013564 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013565 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013563 2 0.7815 0.773 0.232 0.768
#> SRR2013561 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013560 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013562 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013558 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013559 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013556 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013554 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013553 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013552 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013551 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013550 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2013548 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013549 1 0.2043 0.962 0.968 0.032
#> SRR2013546 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013544 2 0.9635 0.483 0.388 0.612
#> SRR2013547 1 0.2043 0.962 0.968 0.032
#> SRR2013543 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013541 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013540 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013539 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR2013538 1 0.2043 0.962 0.968 0.032
#> SRR2013537 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013532 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013533 2 0.8267 0.735 0.260 0.740
#> SRR2013531 2 0.4562 0.913 0.096 0.904
#> SRR2013529 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.4161 0.913 0.916 0.084
#> SRR2013528 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013495 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013754 2 0.3816 0.8523 0.000 0.852 0.148
#> SRR2013753 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.3619 0.8617 0.000 0.864 0.136
#> SRR2013740 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013731 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013730 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013728 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013727 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013726 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013725 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013724 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013723 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013720 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.4121 0.8354 0.000 0.832 0.168
#> SRR2013716 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0592 0.9410 0.000 0.988 0.012
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.4346 0.8191 0.000 0.816 0.184
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.2625 0.8946 0.000 0.916 0.084
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.3619 0.8622 0.000 0.864 0.136
#> SRR2013694 2 0.3879 0.8494 0.000 0.848 0.152
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.4605 0.7983 0.000 0.796 0.204
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9483 0.000 1.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013670 3 0.1753 0.9344 0.000 0.048 0.952
#> SRR2013669 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013659 3 0.3551 0.8254 0.000 0.132 0.868
#> SRR2013658 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013647 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013648 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013643 1 0.2261 0.9351 0.932 0.000 0.068
#> SRR2013642 1 0.4399 0.8083 0.812 0.000 0.188
#> SRR2013640 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.4452 0.8028 0.808 0.000 0.192
#> SRR2013639 1 0.2165 0.9373 0.936 0.000 0.064
#> SRR2013638 1 0.1964 0.9415 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013637 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.2356 0.9329 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013635 1 0.2356 0.9329 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013634 1 0.2356 0.9329 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013633 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013631 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013632 1 0.4178 0.8306 0.828 0.000 0.172
#> SRR2013629 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013628 1 0.6126 0.4139 0.600 0.000 0.400
#> SRR2013626 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013625 1 0.1289 0.9526 0.968 0.000 0.032
#> SRR2013627 1 0.4235 0.8249 0.824 0.000 0.176
#> SRR2013624 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 1 0.4842 0.7674 0.776 0.000 0.224
#> SRR2013622 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.2066 0.9395 0.940 0.000 0.060
#> SRR2013611 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013585 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013584 1 0.2448 0.9321 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013583 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013582 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013581 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 3 0.0424 0.9764 0.008 0.000 0.992
#> SRR2013579 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013576 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013575 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013574 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013573 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013569 1 0.0237 0.9640 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013570 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013568 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013567 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013566 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013564 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013561 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013556 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013557 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013554 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013553 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013555 1 0.1964 0.9415 0.944 0.000 0.056
#> SRR2013552 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013551 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013550 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013548 1 0.0592 0.9610 0.988 0.000 0.012
#> SRR2013549 1 0.5178 0.7161 0.744 0.000 0.256
#> SRR2013546 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013545 1 0.0237 0.9640 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013544 3 0.0747 0.9662 0.016 0.000 0.984
#> SRR2013547 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013543 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013540 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013539 3 0.0237 0.9812 0.004 0.000 0.996
#> SRR2013538 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013537 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013535 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013532 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013531 3 0.0000 0.9851 0.000 0.000 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 3 0.6267 0.0823 0.452 0.000 0.548
#> SRR2013528 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013523 1 0.0747 0.9593 0.984 0.000 0.016
#> SRR2013522 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013518 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.2448 0.9310 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013513 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013512 1 0.0237 0.9640 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013511 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013508 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013506 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013503 1 0.4178 0.8359 0.828 0.000 0.172
#> SRR2013502 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013501 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013500 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013498 1 0.2356 0.9335 0.928 0.000 0.072
#> SRR2013497 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013495 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013492 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013494 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013493 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013490 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013488 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013487 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013486 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.1529 0.9491 0.960 0.000 0.040
#> SRR2013482 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013481 1 0.1411 0.9509 0.964 0.000 0.036
#> SRR2013479 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013475 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013470 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.2625 0.9268 0.916 0.000 0.084
#> SRR2013468 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013466 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013464 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013457 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013454 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.2711 0.9246 0.912 0.000 0.088
#> SRR2013451 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.9654 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.3412 0.8884 0.876 0.000 0.124
#> SRR2013445 1 0.2448 0.9310 0.924 0.000 0.076
#> SRR2013444 1 0.0237 0.9640 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013754 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013753 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013748 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013746 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 2 0.3810 0.790 0.000 0.804 0.008 0.188
#> SRR2013740 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013739 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013731 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013730 2 0.0188 0.929 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2013729 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013728 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013727 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013726 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013725 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013724 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013723 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013722 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013720 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013716 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0779 0.919 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2013703 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013699 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.3545 0.811 0.000 0.828 0.008 0.164
#> SRR2013697 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.3810 0.789 0.000 0.804 0.008 0.188
#> SRR2013694 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013693 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013684 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.3893 0.782 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR2013680 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013673 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013671 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013672 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013670 3 0.4632 0.646 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR2013669 3 0.3837 0.736 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR2013668 3 0.3837 0.736 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR2013667 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013666 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013665 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013662 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013663 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013664 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013661 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013660 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013659 3 0.4608 0.654 0.000 0.004 0.692 0.304
#> SRR2013658 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013657 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013656 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013654 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013655 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013653 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013652 3 0.3975 0.712 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR2013651 3 0.3837 0.736 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR2013650 4 0.5394 0.681 0.060 0.000 0.228 0.712
#> SRR2013649 4 0.3323 0.870 0.060 0.000 0.064 0.876
#> SRR2013647 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013648 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013646 4 0.5478 0.651 0.056 0.000 0.248 0.696
#> SRR2013645 3 0.1716 0.922 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2013644 3 0.3873 0.727 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2013643 1 0.3123 0.818 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013642 1 0.4483 0.707 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR2013640 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013641 1 0.4428 0.716 0.720 0.000 0.004 0.276
#> SRR2013639 1 0.1867 0.875 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013638 1 0.1389 0.885 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013637 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013636 1 0.3837 0.764 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013635 1 0.3123 0.809 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2013634 1 0.3726 0.780 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013633 1 0.0336 0.904 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013631 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013632 1 0.3688 0.765 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013629 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013630 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013628 1 0.6285 0.239 0.528 0.000 0.060 0.412
#> SRR2013626 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013625 1 0.1118 0.890 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2013627 1 0.3688 0.766 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2013624 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013623 4 0.5522 0.468 0.288 0.000 0.044 0.668
#> SRR2013622 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013621 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013620 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013612 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013610 1 0.3082 0.852 0.884 0.000 0.032 0.084
#> SRR2013611 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013590 4 0.2011 0.885 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013588 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013587 4 0.2216 0.878 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2013589 4 0.2081 0.883 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2013586 4 0.2216 0.878 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2013585 4 0.1940 0.887 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR2013584 1 0.5671 0.197 0.572 0.000 0.028 0.400
#> SRR2013583 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013582 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013581 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013580 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013579 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013578 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013577 1 0.0469 0.900 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013576 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013575 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013574 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013572 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013573 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013571 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013569 1 0.0817 0.898 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013570 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013568 1 0.0376 0.903 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013567 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013566 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013564 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013565 1 0.0592 0.899 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013563 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013561 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013560 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013562 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013558 4 0.2216 0.878 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2013559 4 0.2081 0.883 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2013556 1 0.5464 0.727 0.708 0.000 0.064 0.228
#> SRR2013557 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013554 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013553 1 0.0469 0.900 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013555 1 0.2197 0.874 0.928 0.000 0.024 0.048
#> SRR2013552 1 0.5431 0.731 0.712 0.000 0.064 0.224
#> SRR2013551 1 0.0707 0.895 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013550 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013548 1 0.3743 0.746 0.824 0.000 0.016 0.160
#> SRR2013549 1 0.5404 0.627 0.644 0.000 0.028 0.328
#> SRR2013546 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013545 1 0.0707 0.899 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013544 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013547 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013543 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013542 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013541 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013540 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013539 4 0.3247 0.872 0.060 0.000 0.060 0.880
#> SRR2013538 1 0.5559 0.714 0.696 0.000 0.064 0.240
#> SRR2013537 1 0.5528 0.719 0.700 0.000 0.064 0.236
#> SRR2013535 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013536 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013534 1 0.5397 0.734 0.716 0.000 0.064 0.220
#> SRR2013532 4 0.2011 0.886 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR2013533 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013531 4 0.1867 0.888 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2013529 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013530 1 0.5279 0.495 0.588 0.000 0.012 0.400
#> SRR2013528 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013527 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013526 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013524 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013523 1 0.2081 0.861 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2013522 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013521 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013519 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013520 1 0.0524 0.901 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013518 1 0.0469 0.902 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013517 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013516 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013514 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.5431 0.730 0.712 0.000 0.064 0.224
#> SRR2013513 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013512 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.5464 0.727 0.708 0.000 0.064 0.228
#> SRR2013508 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013505 1 0.5397 0.734 0.716 0.000 0.064 0.220
#> SRR2013506 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013504 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013503 1 0.4722 0.688 0.692 0.000 0.008 0.300
#> SRR2013502 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013501 1 0.5464 0.727 0.708 0.000 0.064 0.228
#> SRR2013500 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013499 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013498 1 0.4388 0.806 0.808 0.000 0.060 0.132
#> SRR2013497 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013495 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013496 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013492 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013494 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013493 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013490 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013489 1 0.5464 0.727 0.708 0.000 0.064 0.228
#> SRR2013488 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013487 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013486 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013483 1 0.2363 0.872 0.920 0.000 0.024 0.056
#> SRR2013482 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013481 1 0.1854 0.881 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR2013479 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013475 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013471 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013470 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013469 1 0.4595 0.778 0.776 0.000 0.040 0.184
#> SRR2013468 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.5397 0.734 0.716 0.000 0.064 0.220
#> SRR2013466 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.5221 0.747 0.732 0.000 0.060 0.208
#> SRR2013464 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013458 1 0.4998 0.759 0.748 0.000 0.052 0.200
#> SRR2013457 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013453 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013454 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013452 1 0.5496 0.723 0.704 0.000 0.064 0.232
#> SRR2013451 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013446 1 0.2868 0.824 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2013445 1 0.5361 0.741 0.724 0.000 0.068 0.208
#> SRR2013444 1 0.0188 0.905 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 4 0.4283 0.00620 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR2013442 4 0.4235 0.09276 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR2013769 4 0.4074 0.23699 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013768 4 0.4088 0.23301 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR2013767 4 0.4126 0.22168 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2013765 4 0.4088 0.23404 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR2013766 4 0.4126 0.21999 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2013764 4 0.4171 0.19842 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2013763 4 0.4088 0.23203 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR2013762 4 0.4126 0.22132 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2013761 4 0.4074 0.23632 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 5 0.3586 0.93314 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR2013754 5 0.4045 0.83664 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2013753 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.2516 0.76130 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013750 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013748 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013746 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 5 0.4171 0.76264 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2013740 5 0.3636 0.92751 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2013739 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 5 0.3999 0.85612 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013731 2 0.1043 0.91047 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013732 5 0.3612 0.93086 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR2013730 2 0.2516 0.75644 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013729 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013728 5 0.3366 0.94041 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013727 5 0.3366 0.94041 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013726 5 0.3366 0.94041 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013725 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013724 5 0.3366 0.94041 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013723 5 0.3366 0.94041 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2013722 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 5 0.3661 0.92494 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2013720 2 0.0794 0.91582 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013719 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 5 0.3534 0.93711 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013716 2 0.3534 0.48829 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2013715 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.3366 0.53989 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2013703 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.3508 0.93895 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2013699 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.4283 -0.38209 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013697 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 5 0.4126 0.79536 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR2013694 5 0.3932 0.87589 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013693 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0510 0.93947 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013689 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.3707 0.39431 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2013686 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0162 0.95249 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013683 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013684 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 5 0.3395 0.94284 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2013680 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.3857 0.29119 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2013675 2 0.0000 0.95671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0162 0.82165 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013670 3 0.8423 0.41378 0.264 0.004 0.372 0.204 0.156
#> SRR2013669 3 0.8042 0.43833 0.272 0.000 0.404 0.212 0.112
#> SRR2013668 3 0.8042 0.43833 0.272 0.000 0.404 0.212 0.112
#> SRR2013667 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013659 3 0.8423 0.41378 0.264 0.004 0.372 0.204 0.156
#> SRR2013658 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.0671 0.81235 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.8495 -0.45579 0.276 0.000 0.244 0.304 0.176
#> SRR2013651 3 0.8042 0.43833 0.272 0.000 0.404 0.212 0.112
#> SRR2013650 4 0.8363 -0.39308 0.276 0.000 0.140 0.324 0.260
#> SRR2013649 4 0.8147 -0.36337 0.280 0.000 0.100 0.332 0.288
#> SRR2013647 1 0.2424 0.55018 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.8363 -0.39308 0.276 0.000 0.140 0.324 0.260
#> SRR2013645 3 0.0000 0.82463 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2013644 3 0.8042 0.43833 0.272 0.000 0.404 0.212 0.112
#> SRR2013643 4 0.4305 -0.08770 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR2013642 1 0.4640 0.47437 0.696 0.000 0.048 0.256 0.000
#> SRR2013640 4 0.4045 0.23599 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR2013641 1 0.4956 0.42061 0.636 0.000 0.048 0.316 0.000
#> SRR2013639 4 0.4294 -0.02644 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2013638 4 0.4291 -0.01445 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR2013637 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013636 1 0.4304 0.15531 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2013635 4 0.4560 -0.08766 0.484 0.000 0.000 0.508 0.008
#> SRR2013634 1 0.4440 0.19321 0.528 0.000 0.004 0.468 0.000
#> SRR2013633 4 0.4561 -0.08483 0.488 0.000 0.000 0.504 0.008
#> SRR2013631 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013632 1 0.4642 0.44010 0.660 0.000 0.000 0.308 0.032
#> SRR2013629 4 0.7960 -0.34515 0.280 0.000 0.076 0.340 0.304
#> SRR2013630 4 0.8266 -0.36125 0.292 0.000 0.128 0.344 0.236
#> SRR2013628 1 0.6486 0.29345 0.620 0.000 0.076 0.208 0.096
#> SRR2013626 4 0.8093 -0.35565 0.284 0.000 0.092 0.332 0.292
#> SRR2013625 4 0.4450 -0.08172 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004
#> SRR2013627 1 0.4797 0.44715 0.660 0.000 0.000 0.296 0.044
#> SRR2013624 4 0.4273 0.04052 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR2013623 1 0.6307 0.26482 0.648 0.000 0.076 0.172 0.104
#> SRR2013622 1 0.5000 0.31387 0.576 0.000 0.000 0.388 0.036
#> SRR2013621 1 0.5165 0.32522 0.576 0.000 0.000 0.376 0.048
#> SRR2013620 4 0.4045 0.24101 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR2013619 4 0.4030 0.24002 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR2013617 4 0.4182 0.24106 0.352 0.000 0.000 0.644 0.004
#> SRR2013618 4 0.4045 0.24087 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR2013616 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013615 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013614 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013613 4 0.4242 0.13814 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013612 4 0.4249 0.13233 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR2013610 1 0.3849 0.49367 0.752 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2013611 4 0.4201 0.15907 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013609 1 0.4522 0.22197 0.552 0.000 0.000 0.440 0.008
#> SRR2013608 4 0.4249 0.13233 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR2013606 4 0.4126 0.21909 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2013605 4 0.4262 0.11499 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR2013607 4 0.4201 0.17206 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013604 4 0.4171 0.19576 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2013603 4 0.4367 0.15746 0.416 0.000 0.000 0.580 0.004
#> SRR2013602 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013601 4 0.4060 0.23800 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013600 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013599 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013598 4 0.4166 0.24102 0.348 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR2013596 4 0.4151 0.23885 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR2013597 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013595 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013594 4 0.3999 0.23992 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR2013593 4 0.4015 0.23841 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013592 4 0.4283 0.00620 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR2013591 4 0.4201 0.13450 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013590 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013588 4 0.8266 -0.36125 0.292 0.000 0.128 0.344 0.236
#> SRR2013587 4 0.8266 -0.36125 0.292 0.000 0.128 0.344 0.236
#> SRR2013589 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013586 4 0.8279 -0.36322 0.280 0.000 0.128 0.344 0.248
#> SRR2013585 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013584 1 0.4832 0.41606 0.708 0.000 0.004 0.224 0.064
#> SRR2013583 1 0.4505 0.33727 0.604 0.000 0.000 0.384 0.012
#> SRR2013582 1 0.1282 0.52484 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR2013581 1 0.4331 0.30735 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> SRR2013580 4 0.7957 -0.33974 0.300 0.000 0.076 0.344 0.280
#> SRR2013579 4 0.7958 -0.34040 0.296 0.000 0.076 0.344 0.284
#> SRR2013578 1 0.4367 0.28198 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> SRR2013577 1 0.4331 0.30735 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> SRR2013576 1 0.0703 0.54644 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013575 4 0.7955 -0.33927 0.304 0.000 0.076 0.344 0.276
#> SRR2013574 1 0.4436 0.31211 0.596 0.000 0.000 0.396 0.008
#> SRR2013572 4 0.7958 -0.34040 0.296 0.000 0.076 0.344 0.284
#> SRR2013573 1 0.4310 0.31862 0.604 0.000 0.000 0.392 0.004
#> SRR2013571 4 0.7959 -0.34197 0.292 0.000 0.076 0.344 0.288
#> SRR2013569 1 0.4251 0.41816 0.672 0.000 0.000 0.316 0.012
#> SRR2013570 1 0.4350 0.29306 0.588 0.000 0.000 0.408 0.004
#> SRR2013568 1 0.4310 0.31535 0.604 0.000 0.000 0.392 0.004
#> SRR2013567 4 0.7958 -0.34040 0.296 0.000 0.076 0.344 0.284
#> SRR2013566 1 0.0324 0.56281 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013564 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013565 1 0.4547 0.30265 0.588 0.000 0.000 0.400 0.012
#> SRR2013563 4 0.8271 -0.36168 0.288 0.000 0.128 0.344 0.240
#> SRR2013561 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013560 4 0.8261 -0.35999 0.296 0.000 0.128 0.344 0.232
#> SRR2013562 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013558 4 0.8271 -0.36168 0.288 0.000 0.128 0.344 0.240
#> SRR2013559 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013556 1 0.0404 0.56790 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013557 1 0.0566 0.55663 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013554 4 0.7958 -0.34040 0.296 0.000 0.076 0.344 0.284
#> SRR2013553 1 0.4210 0.28947 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR2013555 1 0.5080 0.42934 0.656 0.000 0.004 0.284 0.056
#> SRR2013552 1 0.0162 0.56788 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013551 1 0.4481 0.33516 0.576 0.000 0.000 0.416 0.008
#> SRR2013550 1 0.0671 0.55321 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013548 1 0.4762 0.49507 0.700 0.000 0.000 0.236 0.064
#> SRR2013549 1 0.5305 -0.04107 0.640 0.000 0.020 0.300 0.040
#> SRR2013546 1 0.0992 0.55067 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2013545 1 0.4401 0.40387 0.656 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR2013544 4 0.7934 -0.33689 0.324 0.000 0.076 0.344 0.256
#> SRR2013547 1 0.1877 0.49842 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2013543 1 0.4276 0.33475 0.616 0.000 0.000 0.380 0.004
#> SRR2013542 1 0.4227 0.27789 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR2013541 4 0.7958 -0.34040 0.296 0.000 0.076 0.344 0.284
#> SRR2013540 1 0.4192 0.30216 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR2013539 4 0.7957 -0.33974 0.300 0.000 0.076 0.344 0.280
#> SRR2013538 1 0.2909 0.40668 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR2013537 1 0.0162 0.56326 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013535 1 0.4268 0.21663 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2013536 1 0.4359 0.29112 0.584 0.000 0.000 0.412 0.004
#> SRR2013534 1 0.0566 0.56254 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013532 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013533 4 0.8245 -0.35995 0.296 0.000 0.124 0.344 0.236
#> SRR2013531 4 0.8287 -0.36405 0.280 0.000 0.128 0.340 0.252
#> SRR2013529 1 0.4641 0.17403 0.532 0.000 0.000 0.456 0.012
#> SRR2013530 1 0.6911 -0.18652 0.532 0.000 0.076 0.300 0.092
#> SRR2013528 4 0.4425 0.07379 0.452 0.000 0.000 0.544 0.004
#> SRR2013527 1 0.5010 0.30761 0.572 0.000 0.000 0.392 0.036
#> SRR2013526 4 0.4138 0.21431 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR2013525 4 0.4283 0.01387 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR2013524 1 0.0510 0.57294 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013523 4 0.4450 -0.08535 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004
#> SRR2013522 4 0.4291 -0.00711 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR2013521 1 0.4383 0.26382 0.572 0.000 0.000 0.424 0.004
#> SRR2013519 4 0.4060 0.23800 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013520 1 0.4876 0.30720 0.576 0.000 0.000 0.396 0.028
#> SRR2013518 4 0.4307 -0.09935 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR2013517 4 0.4278 0.08280 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR2013516 1 0.4555 0.13260 0.520 0.000 0.000 0.472 0.008
#> SRR2013514 4 0.4367 0.15545 0.416 0.000 0.000 0.580 0.004
#> SRR2013515 1 0.2516 0.55695 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013513 1 0.1908 0.56553 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2013512 1 0.5046 0.10365 0.500 0.000 0.000 0.468 0.032
#> SRR2013511 4 0.4305 -0.07380 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR2013510 1 0.2074 0.55484 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013508 4 0.4074 0.23104 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013509 4 0.4256 0.07073 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR2013505 1 0.1041 0.57613 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013506 1 0.4774 0.26584 0.556 0.000 0.000 0.424 0.020
#> SRR2013507 4 0.4302 -0.04889 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR2013504 1 0.4736 0.29750 0.576 0.000 0.000 0.404 0.020
#> SRR2013503 1 0.4198 0.47237 0.792 0.000 0.048 0.144 0.016
#> SRR2013502 1 0.1608 0.56361 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013501 1 0.1544 0.56802 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013500 1 0.4273 0.21212 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2013499 1 0.4746 0.33737 0.600 0.000 0.000 0.376 0.024
#> SRR2013498 1 0.2408 0.56845 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR2013497 1 0.0703 0.57502 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013495 1 0.4201 0.29613 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2013496 1 0.0162 0.56822 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013492 1 0.0703 0.57502 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013494 1 0.0609 0.57411 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013493 4 0.4242 0.13814 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013491 1 0.0703 0.57502 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013490 1 0.4744 0.28961 0.572 0.000 0.000 0.408 0.020
#> SRR2013489 1 0.0000 0.56593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013488 1 0.0290 0.57020 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013487 1 0.0290 0.57020 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013486 4 0.4060 0.23177 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013485 4 0.4249 0.08480 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR2013484 4 0.4074 0.23713 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013483 1 0.4708 0.19951 0.548 0.000 0.000 0.436 0.016
#> SRR2013482 1 0.0703 0.57502 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013481 1 0.4827 0.11603 0.504 0.000 0.000 0.476 0.020
#> SRR2013479 4 0.4210 0.16760 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR2013480 4 0.4101 0.23018 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR2013478 4 0.4126 0.22009 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2013477 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013476 4 0.4101 0.23064 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR2013474 4 0.4201 0.17472 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR2013473 1 0.1410 0.57281 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013475 4 0.4171 0.19788 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2013472 4 0.4696 0.21482 0.360 0.000 0.000 0.616 0.024
#> SRR2013471 1 0.1341 0.57352 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013470 4 0.4238 0.21978 0.368 0.000 0.000 0.628 0.004
#> SRR2013469 1 0.3852 0.47518 0.760 0.000 0.000 0.220 0.020
#> SRR2013468 4 0.4114 0.22174 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR2013467 1 0.1740 0.57332 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR2013466 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013465 4 0.4726 0.16529 0.400 0.000 0.000 0.580 0.020
#> SRR2013463 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013462 1 0.3596 0.46808 0.784 0.000 0.000 0.200 0.016
#> SRR2013464 4 0.4030 0.24208 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR2013461 4 0.4060 0.23889 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013460 4 0.4161 0.20134 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR2013459 4 0.4101 0.23032 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR2013458 1 0.2625 0.55283 0.876 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR2013457 4 0.4030 0.24208 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR2013456 4 0.4015 0.24239 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR2013455 4 0.4482 0.21251 0.376 0.000 0.000 0.612 0.012
#> SRR2013453 1 0.1341 0.57352 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013454 4 0.4114 0.22628 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR2013452 1 0.1341 0.57352 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013451 4 0.4045 0.24101 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR2013450 4 0.4074 0.23536 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2013449 4 0.4242 0.13814 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013448 4 0.4182 0.18673 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR2013447 4 0.4171 0.15942 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2013446 4 0.4430 -0.00140 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR2013445 1 0.3109 0.52141 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR2013444 4 0.4283 0.00620 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.5010 0.5202 0.648 0.000 0.040 0.012 0.020 0.280
#> SRR2013442 1 0.4386 0.6040 0.712 0.000 0.040 0.000 0.020 0.228
#> SRR2013769 1 0.2135 0.7199 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013768 1 0.2135 0.7197 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013767 1 0.2048 0.7242 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013765 1 0.2048 0.7242 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2013766 1 0.2092 0.7222 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013764 1 0.2178 0.7179 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2013763 1 0.2092 0.7222 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2013762 1 0.1957 0.7276 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2013761 1 0.1075 0.7446 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013760 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 5 0.1644 0.8779 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000
#> SRR2013754 5 0.3109 0.7691 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772 0.000
#> SRR2013753 2 0.0632 0.9475 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013752 2 0.2260 0.8176 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013749 5 0.0909 0.8773 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013745 5 0.0914 0.8794 0.000 0.016 0.000 0.016 0.968 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013741 5 0.3468 0.6929 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712 0.000
#> SRR2013740 5 0.1806 0.8749 0.000 0.088 0.000 0.004 0.908 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 5 0.3448 0.7039 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716 0.000
#> SRR2013731 2 0.0937 0.9320 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013732 5 0.1753 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912 0.000
#> SRR2013730 2 0.1863 0.8593 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013729 5 0.0914 0.8794 0.000 0.016 0.000 0.016 0.968 0.000
#> SRR2013728 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013727 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013726 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013725 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013724 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013723 5 0.0692 0.8725 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 5 0.1858 0.8730 0.000 0.092 0.000 0.004 0.904 0.000
#> SRR2013720 2 0.0146 0.9645 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013718 5 0.2489 0.8500 0.000 0.128 0.000 0.012 0.860 0.000
#> SRR2013716 2 0.2854 0.7123 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.2772 0.7460 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013700 5 0.2212 0.8613 0.000 0.112 0.000 0.008 0.880 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.3830 0.2883 0.000 0.620 0.000 0.004 0.376 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 5 0.3601 0.6473 0.000 0.312 0.000 0.004 0.684 0.000
#> SRR2013694 5 0.3052 0.7808 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013690 2 0.0146 0.9653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.3151 0.6307 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013682 2 0.0146 0.9653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013683 5 0.0914 0.8794 0.000 0.016 0.000 0.016 0.968 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 5 0.0891 0.8796 0.000 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.3695 0.3190 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 0.9686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013674 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013673 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013671 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013672 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013670 4 0.6194 0.5155 0.000 0.036 0.296 0.556 0.088 0.024
#> SRR2013669 4 0.5318 0.5343 0.000 0.000 0.320 0.588 0.064 0.028
#> SRR2013668 4 0.5275 0.5210 0.000 0.000 0.328 0.584 0.064 0.024
#> SRR2013667 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013666 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013665 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013662 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013663 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013664 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013661 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013660 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013659 4 0.6194 0.5155 0.000 0.036 0.296 0.556 0.088 0.024
#> SRR2013658 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013657 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013656 3 0.1563 0.9687 0.000 0.000 0.932 0.056 0.012 0.000
#> SRR2013654 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013655 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013653 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013652 4 0.4932 0.6942 0.000 0.000 0.204 0.692 0.064 0.040
#> SRR2013651 4 0.5318 0.5343 0.000 0.000 0.320 0.588 0.064 0.028
#> SRR2013650 4 0.4953 0.7219 0.000 0.000 0.104 0.724 0.068 0.104
#> SRR2013649 4 0.3859 0.7727 0.000 0.000 0.024 0.796 0.056 0.124
#> SRR2013647 6 0.3841 0.6109 0.168 0.000 0.000 0.068 0.000 0.764
#> SRR2013648 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013646 4 0.4605 0.7409 0.000 0.000 0.112 0.752 0.068 0.068
#> SRR2013645 3 0.0937 0.9984 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2013644 4 0.5318 0.5343 0.000 0.000 0.320 0.588 0.064 0.028
#> SRR2013643 1 0.5616 0.4426 0.596 0.000 0.040 0.040 0.020 0.304
#> SRR2013642 1 0.6279 0.0696 0.444 0.000 0.036 0.088 0.016 0.416
#> SRR2013640 1 0.1155 0.7423 0.956 0.000 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR2013641 1 0.6077 0.1485 0.472 0.000 0.036 0.068 0.016 0.408
#> SRR2013639 1 0.5616 0.4426 0.596 0.000 0.040 0.040 0.020 0.304
#> SRR2013638 1 0.5554 0.4473 0.600 0.000 0.040 0.036 0.020 0.304
#> SRR2013637 1 0.0777 0.7402 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013636 1 0.5630 0.4358 0.592 0.000 0.040 0.040 0.020 0.308
#> SRR2013635 1 0.5616 0.4426 0.596 0.000 0.040 0.040 0.020 0.304
#> SRR2013634 1 0.5650 0.3954 0.572 0.000 0.040 0.036 0.020 0.332
#> SRR2013633 6 0.5431 -0.0586 0.456 0.000 0.028 0.044 0.004 0.468
#> SRR2013631 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013632 6 0.6048 0.0461 0.408 0.000 0.040 0.100 0.000 0.452
#> SRR2013629 4 0.1897 0.8048 0.000 0.000 0.004 0.908 0.004 0.084
#> SRR2013630 4 0.1934 0.8220 0.000 0.000 0.044 0.916 0.000 0.040
#> SRR2013628 4 0.4609 0.0302 0.016 0.000 0.004 0.520 0.008 0.452
#> SRR2013626 4 0.2955 0.7997 0.000 0.000 0.016 0.860 0.036 0.088
#> SRR2013625 1 0.5481 0.1936 0.496 0.000 0.040 0.036 0.004 0.424
#> SRR2013627 1 0.5878 0.0376 0.440 0.000 0.040 0.080 0.000 0.440
#> SRR2013624 1 0.4244 0.5968 0.716 0.000 0.036 0.008 0.004 0.236
#> SRR2013623 6 0.4435 0.4461 0.040 0.000 0.004 0.308 0.000 0.648
#> SRR2013622 6 0.3620 0.4690 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR2013621 6 0.4018 0.5117 0.324 0.000 0.000 0.020 0.000 0.656
#> SRR2013620 1 0.1074 0.7439 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013619 1 0.2003 0.7406 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013617 1 0.0547 0.7419 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013618 1 0.1714 0.7461 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2013616 1 0.0858 0.7394 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013615 1 0.0937 0.7454 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013614 1 0.0713 0.7437 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013613 1 0.3446 0.5515 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2013612 1 0.3727 0.3946 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2013610 6 0.3791 0.6504 0.180 0.000 0.000 0.048 0.004 0.768
#> SRR2013611 1 0.3405 0.6201 0.724 0.000 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR2013609 6 0.3765 0.3469 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013608 1 0.3531 0.5099 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013606 1 0.1444 0.7427 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013605 1 0.3810 0.2769 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2013607 1 0.2883 0.6564 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2013604 1 0.1814 0.7332 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2013603 1 0.3109 0.6504 0.772 0.000 0.004 0.000 0.000 0.224
#> SRR2013602 1 0.1418 0.7296 0.944 0.000 0.032 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013601 1 0.0790 0.7443 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013600 1 0.1572 0.7256 0.936 0.000 0.036 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013599 1 0.1575 0.7374 0.936 0.000 0.032 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013598 1 0.0777 0.7404 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013596 1 0.1755 0.7260 0.932 0.000 0.032 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013597 1 0.1564 0.7258 0.936 0.000 0.040 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013595 1 0.0777 0.7402 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013594 1 0.1901 0.7205 0.924 0.000 0.040 0.000 0.008 0.028
#> SRR2013593 1 0.2725 0.7092 0.880 0.000 0.040 0.000 0.020 0.060
#> SRR2013592 1 0.5010 0.5204 0.648 0.000 0.040 0.012 0.020 0.280
#> SRR2013591 1 0.4386 0.6041 0.712 0.000 0.040 0.000 0.020 0.228
#> SRR2013590 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013588 4 0.1934 0.8220 0.000 0.000 0.044 0.916 0.000 0.040
#> SRR2013587 4 0.1995 0.8209 0.000 0.000 0.052 0.912 0.000 0.036
#> SRR2013589 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013586 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013585 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013584 6 0.4638 0.6016 0.152 0.000 0.000 0.156 0.000 0.692
#> SRR2013583 6 0.3582 0.5917 0.252 0.000 0.000 0.016 0.000 0.732
#> SRR2013582 6 0.2692 0.6613 0.012 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013581 6 0.3531 0.5105 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2013580 4 0.2482 0.7861 0.000 0.000 0.004 0.848 0.000 0.148
#> SRR2013579 4 0.1858 0.8052 0.000 0.000 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR2013578 6 0.3737 0.3749 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2013577 6 0.3784 0.5390 0.308 0.000 0.000 0.012 0.000 0.680
#> SRR2013576 6 0.2692 0.6613 0.012 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013575 4 0.2402 0.7899 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013574 6 0.3885 0.5461 0.300 0.000 0.000 0.012 0.004 0.684
#> SRR2013572 4 0.2402 0.7899 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013573 6 0.3634 0.5536 0.296 0.000 0.000 0.008 0.000 0.696
#> SRR2013571 4 0.2320 0.7913 0.000 0.000 0.004 0.864 0.000 0.132
#> SRR2013569 6 0.3905 0.6236 0.212 0.000 0.000 0.040 0.004 0.744
#> SRR2013570 6 0.3409 0.5523 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2013568 6 0.3729 0.5586 0.296 0.000 0.000 0.012 0.000 0.692
#> SRR2013567 4 0.2402 0.7899 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013566 6 0.2593 0.6612 0.008 0.000 0.000 0.148 0.000 0.844
#> SRR2013564 4 0.2307 0.8194 0.000 0.008 0.036 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013565 6 0.3652 0.5824 0.264 0.000 0.000 0.016 0.000 0.720
#> SRR2013563 4 0.1934 0.8220 0.000 0.000 0.044 0.916 0.000 0.040
#> SRR2013561 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013560 4 0.2318 0.8174 0.000 0.000 0.044 0.892 0.000 0.064
#> SRR2013562 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013558 4 0.1930 0.8216 0.000 0.000 0.048 0.916 0.000 0.036
#> SRR2013559 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013556 6 0.2066 0.6749 0.024 0.000 0.000 0.072 0.000 0.904
#> SRR2013557 6 0.2692 0.6613 0.012 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013554 4 0.2402 0.7899 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013553 6 0.4292 0.5277 0.340 0.000 0.000 0.032 0.000 0.628
#> SRR2013555 6 0.4632 0.5982 0.216 0.000 0.004 0.092 0.000 0.688
#> SRR2013552 6 0.2266 0.6743 0.012 0.000 0.000 0.108 0.000 0.880
#> SRR2013551 6 0.4837 0.5696 0.288 0.000 0.000 0.088 0.000 0.624
#> SRR2013550 6 0.2692 0.6613 0.012 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013548 6 0.4441 0.6219 0.208 0.000 0.000 0.092 0.000 0.700
#> SRR2013549 6 0.3991 -0.0323 0.004 0.000 0.000 0.472 0.000 0.524
#> SRR2013546 6 0.2692 0.6613 0.012 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840
#> SRR2013545 6 0.3881 0.5914 0.252 0.000 0.000 0.024 0.004 0.720
#> SRR2013544 4 0.2632 0.7750 0.000 0.000 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR2013547 6 0.2768 0.6566 0.012 0.000 0.000 0.156 0.000 0.832
#> SRR2013543 6 0.3508 0.5660 0.292 0.000 0.000 0.004 0.000 0.704
#> SRR2013542 6 0.4178 0.4513 0.372 0.000 0.000 0.020 0.000 0.608
#> SRR2013541 4 0.2402 0.7899 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013540 6 0.3592 0.4841 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2013539 4 0.2402 0.7909 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR2013538 6 0.2768 0.6571 0.012 0.000 0.000 0.156 0.000 0.832
#> SRR2013537 6 0.2266 0.6743 0.012 0.000 0.000 0.108 0.000 0.880
#> SRR2013535 6 0.3867 0.0194 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2013536 6 0.3844 0.5304 0.312 0.000 0.000 0.008 0.004 0.676
#> SRR2013534 6 0.2312 0.6737 0.012 0.000 0.000 0.112 0.000 0.876
#> SRR2013532 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013533 4 0.1934 0.8220 0.000 0.000 0.044 0.916 0.000 0.040
#> SRR2013531 4 0.2190 0.8218 0.000 0.000 0.044 0.908 0.008 0.040
#> SRR2013529 1 0.4308 0.1147 0.516 0.000 0.000 0.012 0.004 0.468
#> SRR2013530 4 0.3531 0.5326 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR2013528 1 0.3634 0.4667 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2013527 6 0.3647 0.4522 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2013526 1 0.1075 0.7469 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2013525 1 0.4579 0.4988 0.652 0.000 0.036 0.004 0.008 0.300
#> SRR2013524 6 0.2358 0.6776 0.016 0.000 0.000 0.108 0.000 0.876
#> SRR2013523 1 0.5402 0.3080 0.548 0.000 0.040 0.036 0.004 0.372
#> SRR2013522 1 0.4830 0.4490 0.620 0.000 0.040 0.012 0.004 0.324
#> SRR2013521 6 0.3717 0.4020 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2013519 1 0.2260 0.7119 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2013520 6 0.4170 0.5335 0.308 0.000 0.000 0.032 0.000 0.660
#> SRR2013518 1 0.4654 0.1670 0.512 0.000 0.032 0.000 0.004 0.452
#> SRR2013517 1 0.3578 0.4977 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2013516 1 0.3857 0.1584 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR2013514 1 0.1663 0.7495 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2013515 6 0.4144 0.5756 0.200 0.000 0.000 0.072 0.000 0.728
#> SRR2013513 6 0.3341 0.6552 0.116 0.000 0.000 0.068 0.000 0.816
#> SRR2013512 1 0.3878 0.5325 0.668 0.000 0.000 0.008 0.004 0.320
#> SRR2013511 1 0.5016 0.2107 0.516 0.000 0.036 0.012 0.004 0.432
#> SRR2013510 6 0.3563 0.6453 0.132 0.000 0.000 0.072 0.000 0.796
#> SRR2013508 1 0.3422 0.6981 0.788 0.000 0.036 0.000 0.000 0.176
#> SRR2013509 1 0.3878 0.6171 0.736 0.000 0.032 0.000 0.004 0.228
#> SRR2013505 6 0.2433 0.6794 0.044 0.000 0.000 0.072 0.000 0.884
#> SRR2013506 6 0.3852 0.3622 0.384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.612
#> SRR2013507 1 0.3899 0.3357 0.592 0.000 0.000 0.004 0.000 0.404
#> SRR2013504 6 0.3938 0.5142 0.324 0.000 0.000 0.016 0.000 0.660
#> SRR2013503 6 0.4466 0.3243 0.032 0.000 0.000 0.352 0.004 0.612
#> SRR2013502 6 0.2595 0.6807 0.044 0.000 0.000 0.084 0.000 0.872
#> SRR2013501 6 0.2376 0.6801 0.044 0.000 0.000 0.068 0.000 0.888
#> SRR2013500 1 0.3847 0.1964 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR2013499 6 0.3841 0.5924 0.244 0.000 0.000 0.032 0.000 0.724
#> SRR2013498 6 0.3477 0.6746 0.132 0.000 0.000 0.056 0.004 0.808
#> SRR2013497 6 0.1951 0.6773 0.016 0.000 0.000 0.076 0.000 0.908
#> SRR2013495 6 0.3725 0.5297 0.316 0.000 0.000 0.008 0.000 0.676
#> SRR2013496 6 0.2312 0.6739 0.012 0.000 0.000 0.112 0.000 0.876
#> SRR2013492 6 0.2311 0.6781 0.016 0.000 0.000 0.104 0.000 0.880
#> SRR2013494 6 0.2263 0.6782 0.016 0.000 0.000 0.100 0.000 0.884
#> SRR2013493 1 0.3547 0.5107 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2013491 6 0.2420 0.6788 0.040 0.000 0.000 0.076 0.000 0.884
#> SRR2013490 6 0.3807 0.4320 0.368 0.000 0.000 0.004 0.000 0.628
#> SRR2013489 6 0.2357 0.6724 0.012 0.000 0.000 0.116 0.000 0.872
#> SRR2013488 6 0.2263 0.6782 0.016 0.000 0.000 0.100 0.000 0.884
#> SRR2013487 6 0.2312 0.6738 0.012 0.000 0.000 0.112 0.000 0.876
#> SRR2013486 1 0.2100 0.7239 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR2013485 1 0.3514 0.6422 0.768 0.000 0.020 0.000 0.004 0.208
#> SRR2013484 1 0.1501 0.7361 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2013483 1 0.4306 0.5543 0.656 0.000 0.000 0.032 0.004 0.308
#> SRR2013482 6 0.2563 0.6771 0.052 0.000 0.000 0.072 0.000 0.876
#> SRR2013481 1 0.2917 0.7122 0.852 0.000 0.000 0.040 0.004 0.104
#> SRR2013479 1 0.2491 0.6926 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2013480 1 0.1387 0.7392 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2013478 1 0.2378 0.7024 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2013477 1 0.1176 0.7349 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013476 1 0.1556 0.7457 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013474 1 0.2996 0.6466 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2013473 6 0.3307 0.6613 0.108 0.000 0.000 0.072 0.000 0.820
#> SRR2013475 1 0.2135 0.7202 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2013472 1 0.0777 0.7434 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013471 6 0.3068 0.6751 0.088 0.000 0.000 0.072 0.000 0.840
#> SRR2013470 1 0.2847 0.7161 0.872 0.000 0.036 0.004 0.012 0.076
#> SRR2013469 1 0.4870 0.4301 0.624 0.000 0.000 0.076 0.004 0.296
#> SRR2013468 1 0.0547 0.7419 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013467 6 0.3017 0.6772 0.084 0.000 0.000 0.072 0.000 0.844
#> SRR2013466 1 0.0547 0.7419 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013465 1 0.1471 0.7482 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR2013463 1 0.1334 0.7316 0.948 0.000 0.032 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013462 6 0.5117 -0.0189 0.448 0.000 0.000 0.068 0.004 0.480
#> SRR2013464 1 0.1334 0.7316 0.948 0.000 0.032 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013461 1 0.1444 0.7373 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013460 1 0.1863 0.7316 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2013459 1 0.2003 0.7264 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2013458 6 0.4462 0.5353 0.244 0.000 0.000 0.064 0.004 0.688
#> SRR2013457 1 0.0937 0.7426 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013456 1 0.0790 0.7445 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013455 1 0.2191 0.7236 0.876 0.000 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR2013453 6 0.2962 0.6777 0.084 0.000 0.000 0.068 0.000 0.848
#> SRR2013454 1 0.1556 0.7475 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013452 6 0.2962 0.6777 0.084 0.000 0.000 0.068 0.000 0.848
#> SRR2013451 1 0.1444 0.7467 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2013450 1 0.1141 0.7415 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2013449 1 0.3531 0.5176 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2013448 1 0.1556 0.7394 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2013447 1 0.4253 0.6233 0.732 0.000 0.040 0.000 0.020 0.208
#> SRR2013446 1 0.5022 0.4793 0.628 0.000 0.040 0.008 0.020 0.304
#> SRR2013445 6 0.5617 0.0645 0.416 0.000 0.004 0.080 0.016 0.484
#> SRR2013444 1 0.4830 0.5203 0.652 0.000 0.040 0.004 0.020 0.284
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 8733 rows and 327 columns.
#> Top rows (873, 1746, 2620, 3493, 4366) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.3868 0.614 0.614
#> 3 3 1.000 0.976 0.991 0.5553 0.786 0.652
#> 4 4 0.845 0.888 0.918 0.0590 0.991 0.978
#> 5 5 0.885 0.886 0.939 0.0785 0.869 0.685
#> 6 6 0.789 0.739 0.883 0.0581 0.982 0.942
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2013443 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013442 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013769 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013768 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013767 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013765 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013766 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013764 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013763 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013762 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013761 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013760 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013759 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013758 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013757 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013756 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013755 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013754 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013753 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013751 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013752 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013750 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013749 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013748 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013747 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013745 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013746 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013744 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013742 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013743 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013741 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013740 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013739 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013737 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013738 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013736 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013735 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013734 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013733 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013731 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013732 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013730 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013729 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013728 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013727 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013726 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013725 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013724 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013723 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013722 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013721 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013720 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013719 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013717 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013718 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013716 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013715 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013714 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013713 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013712 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013711 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013708 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013709 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013707 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013706 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013705 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013704 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013703 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013702 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013701 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013700 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013699 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013698 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013697 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013696 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013695 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013694 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013693 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013692 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013691 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013690 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013689 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013687 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013688 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013686 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013685 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013682 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013683 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013684 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013681 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013680 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013679 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013678 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013677 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013676 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013675 2 0.000 1.000 0.00 1.00
#> SRR2013674 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013673 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013671 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013672 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013670 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013669 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013668 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013667 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013666 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013665 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013662 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013663 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013664 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013661 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013660 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013659 1 0.141 0.980 0.98 0.02
#> SRR2013658 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013657 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013656 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013654 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013655 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013653 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013652 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013651 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013650 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013649 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013647 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013648 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013646 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013645 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013644 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013643 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013642 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013640 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013641 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013639 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013638 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013637 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013636 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013635 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013634 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013633 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013631 1 0.327 0.936 0.94 0.06
#> SRR2013632 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013629 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013630 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013628 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013626 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013625 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013627 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013624 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013623 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013622 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013621 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013620 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013619 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013617 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013618 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013616 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013615 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013614 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013613 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013612 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013610 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013611 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013609 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013608 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013606 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013605 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013607 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013604 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013603 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013602 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013601 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013600 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013599 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013598 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013596 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013597 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013595 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013594 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013593 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013592 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013591 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013590 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013588 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013587 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013589 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013586 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013585 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013584 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013583 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013582 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013581 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013580 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013579 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013578 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013577 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013576 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013575 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013574 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013572 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013573 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013571 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013569 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013570 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013568 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013567 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013566 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013564 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013565 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013563 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013561 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013560 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013562 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013558 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013559 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013556 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013557 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013554 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013553 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013555 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013552 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013551 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013550 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013548 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013549 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013546 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013545 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013544 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013547 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013543 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013542 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013541 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013540 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013539 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013538 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013537 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013535 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013536 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013534 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013532 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013533 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013531 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013529 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013530 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013528 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013527 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013526 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013525 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013524 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013523 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013522 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013521 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013519 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013520 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013518 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013517 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013516 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013514 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013515 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013513 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013512 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013511 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013510 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013508 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013509 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013505 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013506 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013507 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013504 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013503 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013502 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013501 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013500 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013499 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013498 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013497 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013495 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013496 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013492 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013494 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013493 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013491 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013490 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013489 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013488 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013487 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013486 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013485 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013484 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013483 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013482 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013481 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013479 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013480 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013478 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013477 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013476 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013474 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013473 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013475 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013472 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013471 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013470 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013469 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013468 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013467 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013466 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013465 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013463 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013462 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013464 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013461 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013460 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013459 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013458 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013457 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013456 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013455 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013453 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013454 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013452 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013451 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013450 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013449 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013448 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013447 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013446 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013445 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2013444 1 0.000 1.000 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2013443 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013442 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013768 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013767 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013765 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013766 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013764 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013763 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013762 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013761 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013760 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013759 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013758 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013757 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013756 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013755 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013754 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013753 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013751 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013752 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013750 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013749 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013748 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013747 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013745 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013746 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013744 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013742 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013743 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013741 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013740 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013739 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013737 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013738 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013732 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013730 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013729 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013728 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013727 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013726 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013725 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013724 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013723 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013722 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013721 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013720 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013719 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013717 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013718 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013713 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013712 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013711 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013709 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013707 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013706 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013705 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013703 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013702 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013701 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013700 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013697 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013693 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013691 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013690 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013689 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013687 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013688 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013686 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013685 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013682 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013683 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013684 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013681 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013680 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013679 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013678 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013676 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013675 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000
#> SRR2013674 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013673 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013671 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013672 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013670 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013669 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013668 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013667 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013666 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013665 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013662 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013663 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013664 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013661 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013660 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013659 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013658 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013657 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013656 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013654 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013655 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013653 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013652 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013651 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013650 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013649 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013647 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013648 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013646 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013645 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013644 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013643 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013642 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013640 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013641 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013639 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013638 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013637 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013636 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013635 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013634 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013633 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013631 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013632 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013629 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013630 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013628 3 0.6244 0.20652 0.440 0 0.560
#> SRR2013626 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013625 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013627 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013624 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013623 3 0.0424 0.96941 0.008 0 0.992
#> SRR2013622 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013621 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013616 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013615 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013613 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013612 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013610 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013611 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013609 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013608 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013605 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013603 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013602 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013600 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013599 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013596 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013597 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013595 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013594 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013593 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013592 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013591 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013590 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013588 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013587 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013589 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013586 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013585 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013584 1 0.6168 0.29672 0.588 0 0.412
#> SRR2013583 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013582 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013581 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013580 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013579 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013578 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013577 1 0.0424 0.98192 0.992 0 0.008
#> SRR2013576 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013575 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013574 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013572 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013573 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013571 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013569 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013570 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013568 1 0.4291 0.77889 0.820 0 0.180
#> SRR2013567 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013566 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013564 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013565 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013563 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013561 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013560 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013562 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013558 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013559 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013556 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013557 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013554 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013553 1 0.0424 0.98195 0.992 0 0.008
#> SRR2013555 1 0.4702 0.73034 0.788 0 0.212
#> SRR2013552 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013551 1 0.4842 0.71094 0.776 0 0.224
#> SRR2013550 1 0.1643 0.94634 0.956 0 0.044
#> SRR2013548 1 0.6309 -0.00866 0.500 0 0.500
#> SRR2013549 3 0.6302 0.06953 0.480 0 0.520
#> SRR2013546 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013545 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013544 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013547 1 0.2537 0.90725 0.920 0 0.080
#> SRR2013543 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013542 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013541 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013540 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013539 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013538 1 0.1860 0.93789 0.948 0 0.052
#> SRR2013537 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013535 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013536 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013534 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013532 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013533 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013531 3 0.0000 0.97859 0.000 0 1.000
#> SRR2013529 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013530 3 0.3551 0.81663 0.132 0 0.868
#> SRR2013528 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013527 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013526 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013525 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013524 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013523 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013522 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013521 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013519 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013520 1 0.3619 0.83915 0.864 0 0.136
#> SRR2013518 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013517 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013515 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013513 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013512 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013510 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013508 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013509 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013505 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013506 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013507 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013504 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013503 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013502 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013501 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013500 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013499 1 0.0237 0.98562 0.996 0 0.004
#> SRR2013498 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013497 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013495 1 0.0237 0.98562 0.996 0 0.004
#> SRR2013496 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013492 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013494 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013493 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013491 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013490 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013489 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013488 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013487 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013486 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013485 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013484 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013483 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013482 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013481 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013479 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013473 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013475 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013472 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013471 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013470 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013469 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013468 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013467 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013466 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013462 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013464 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013461 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013460 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013459 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013458 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013457 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013456 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013455 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013453 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013454 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013452 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013451 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013447 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013446 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013445 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
#> SRR2013444 1 0.0000 0.98924 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2013443 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013442 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013769 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013768 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013767 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013765 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013766 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013764 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013763 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013762 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013761 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013759 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013755 2 0.2011 0.935 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR2013754 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013751 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013752 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013750 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013748 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013745 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013746 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013742 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013741 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013739 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013735 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013730 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013729 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013728 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013727 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013726 2 0.0921 0.977 0.000 0.972 0.000 NA
#> SRR2013725 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013724 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013723 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013721 2 0.2011 0.935 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR2013720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013716 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013715 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013714 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013713 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013712 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013711 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013708 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013709 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013705 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013704 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013703 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013702 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013701 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013700 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013699 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013698 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013697 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2013696 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013695 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013694 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013693 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013692 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013691 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013690 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013689 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013687 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013688 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013686 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013685 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013682 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013683 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013684 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013681 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013680 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013679 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013678 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013677 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013676 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013675 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2013674 3 0.4331 0.864 0.000 0.000 0.712 NA
#> SRR2013673 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013671 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013672 3 0.4331 0.864 0.000 0.000 0.712 NA
#> SRR2013670 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013669 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013668 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013667 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013666 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013665 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013662 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013663 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013664 3 0.4331 0.864 0.000 0.000 0.712 NA
#> SRR2013661 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013660 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013659 3 0.4331 0.864 0.000 0.000 0.712 NA
#> SRR2013658 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013657 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013656 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013654 3 0.4356 0.863 0.000 0.000 0.708 NA
#> SRR2013655 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013653 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013652 3 0.4277 0.864 0.000 0.000 0.720 NA
#> SRR2013651 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013650 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013649 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013647 1 0.1452 0.900 0.956 0.000 0.036 NA
#> SRR2013648 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013646 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013645 3 0.4382 0.862 0.000 0.000 0.704 NA
#> SRR2013644 3 0.4304 0.864 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2013643 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013642 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013640 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013641 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013639 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013638 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013637 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013636 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013635 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013634 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013633 1 0.0524 0.909 0.988 0.000 0.008 NA
#> SRR2013631 3 0.0336 0.844 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2013632 1 0.1398 0.900 0.956 0.000 0.040 NA
#> SRR2013629 3 0.3873 0.865 0.000 0.000 0.772 NA
#> SRR2013630 3 0.0804 0.834 0.008 0.000 0.980 NA
#> SRR2013628 3 0.4335 0.670 0.168 0.000 0.796 NA
#> SRR2013626 3 0.4134 0.865 0.000 0.000 0.740 NA
#> SRR2013625 1 0.0804 0.909 0.980 0.000 0.012 NA
#> SRR2013627 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013624 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013623 3 0.3688 0.866 0.000 0.000 0.792 NA
#> SRR2013622 1 0.3196 0.855 0.856 0.000 0.136 NA
#> SRR2013621 1 0.4158 0.797 0.768 0.000 0.224 NA
#> SRR2013620 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013619 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013617 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013618 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013616 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013615 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013614 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013613 1 0.0336 0.910 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013612 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013610 1 0.2675 0.875 0.892 0.000 0.100 NA
#> SRR2013611 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013609 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013608 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013606 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013605 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013607 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013604 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013603 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013602 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013601 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013600 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013599 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013598 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013596 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013597 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013595 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013594 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013593 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013592 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013591 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013590 3 0.0707 0.848 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2013588 3 0.0469 0.839 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2013587 3 0.1022 0.853 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2013589 3 0.0188 0.842 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2013586 3 0.1022 0.853 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2013585 3 0.0336 0.843 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2013584 3 0.4722 0.335 0.300 0.000 0.692 NA
#> SRR2013583 1 0.4567 0.752 0.716 0.000 0.276 NA
#> SRR2013582 1 0.4820 0.727 0.692 0.000 0.296 NA
#> SRR2013581 1 0.4391 0.774 0.740 0.000 0.252 NA
#> SRR2013580 3 0.1022 0.853 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2013579 3 0.1302 0.855 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2013578 1 0.3401 0.846 0.840 0.000 0.152 NA
#> SRR2013577 1 0.4673 0.736 0.700 0.000 0.292 NA
#> SRR2013576 1 0.4820 0.727 0.692 0.000 0.296 NA
#> SRR2013575 3 0.1211 0.854 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR2013574 1 0.4295 0.784 0.752 0.000 0.240 NA
#> SRR2013572 3 0.2081 0.859 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR2013573 1 0.4621 0.744 0.708 0.000 0.284 NA
#> SRR2013571 3 0.3873 0.866 0.000 0.000 0.772 NA
#> SRR2013569 1 0.4194 0.794 0.764 0.000 0.228 NA
#> SRR2013570 1 0.4511 0.760 0.724 0.000 0.268 NA
#> SRR2013568 1 0.5277 0.438 0.532 0.000 0.460 NA
#> SRR2013567 3 0.1557 0.856 0.000 0.000 0.944 NA
#> SRR2013566 1 0.4744 0.740 0.704 0.000 0.284 NA
#> SRR2013564 3 0.0469 0.839 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2013565 1 0.4228 0.791 0.760 0.000 0.232 NA
#> SRR2013563 3 0.0804 0.834 0.008 0.000 0.980 NA
#> SRR2013561 3 0.0657 0.837 0.004 0.000 0.984 NA
#> SRR2013560 3 0.0804 0.834 0.008 0.000 0.980 NA
#> SRR2013562 3 0.0657 0.837 0.004 0.000 0.984 NA
#> SRR2013558 3 0.0921 0.850 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR2013559 3 0.0657 0.837 0.004 0.000 0.984 NA
#> SRR2013556 1 0.4482 0.764 0.728 0.000 0.264 NA
#> SRR2013557 1 0.4795 0.731 0.696 0.000 0.292 NA
#> SRR2013554 3 0.1302 0.855 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2013553 1 0.4594 0.749 0.712 0.000 0.280 NA
#> SRR2013555 1 0.5296 0.341 0.496 0.000 0.496 NA
#> SRR2013552 1 0.4567 0.752 0.716 0.000 0.276 NA
#> SRR2013551 1 0.5294 0.376 0.508 0.000 0.484 NA
#> SRR2013550 1 0.5290 0.555 0.584 0.000 0.404 NA
#> SRR2013548 3 0.4360 0.475 0.248 0.000 0.744 NA
#> SRR2013549 3 0.4137 0.563 0.208 0.000 0.780 NA
#> SRR2013546 1 0.4868 0.716 0.684 0.000 0.304 NA
#> SRR2013545 1 0.3893 0.817 0.796 0.000 0.196 NA
#> SRR2013544 3 0.0336 0.846 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2013547 1 0.5366 0.479 0.548 0.000 0.440 NA
#> SRR2013543 1 0.4295 0.784 0.752 0.000 0.240 NA
#> SRR2013542 1 0.4391 0.774 0.740 0.000 0.252 NA
#> SRR2013541 3 0.1557 0.856 0.000 0.000 0.944 NA
#> SRR2013540 1 0.4049 0.806 0.780 0.000 0.212 NA
#> SRR2013539 3 0.0469 0.839 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2013538 1 0.5337 0.514 0.564 0.000 0.424 NA
#> SRR2013537 1 0.4482 0.764 0.728 0.000 0.264 NA
#> SRR2013535 1 0.1042 0.905 0.972 0.000 0.020 NA
#> SRR2013536 1 0.4295 0.784 0.752 0.000 0.240 NA
#> SRR2013534 1 0.4690 0.749 0.712 0.000 0.276 NA
#> SRR2013532 3 0.0817 0.851 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2013533 3 0.0657 0.837 0.004 0.000 0.984 NA
#> SRR2013531 3 0.0779 0.836 0.004 0.000 0.980 NA
#> SRR2013529 1 0.1722 0.896 0.944 0.000 0.048 NA
#> SRR2013530 3 0.3479 0.674 0.148 0.000 0.840 NA
#> SRR2013528 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013527 1 0.2124 0.889 0.924 0.000 0.068 NA
#> SRR2013526 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013525 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013524 1 0.4328 0.781 0.748 0.000 0.244 NA
#> SRR2013523 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013522 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013521 1 0.2480 0.880 0.904 0.000 0.088 NA
#> SRR2013519 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013520 1 0.5112 0.584 0.608 0.000 0.384 NA
#> SRR2013518 1 0.0336 0.910 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013517 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013516 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013514 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013515 1 0.3300 0.851 0.848 0.000 0.144 NA
#> SRR2013513 1 0.2048 0.890 0.928 0.000 0.064 NA
#> SRR2013512 1 0.0672 0.908 0.984 0.000 0.008 NA
#> SRR2013511 1 0.0469 0.910 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2013510 1 0.2048 0.890 0.928 0.000 0.064 NA
#> SRR2013508 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013509 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013505 1 0.2675 0.874 0.892 0.000 0.100 NA
#> SRR2013506 1 0.2859 0.869 0.880 0.000 0.112 NA
#> SRR2013507 1 0.0927 0.906 0.976 0.000 0.016 NA
#> SRR2013504 1 0.3088 0.860 0.864 0.000 0.128 NA
#> SRR2013503 1 0.4744 0.740 0.704 0.000 0.284 NA
#> SRR2013502 1 0.3893 0.817 0.796 0.000 0.196 NA
#> SRR2013501 1 0.3498 0.841 0.832 0.000 0.160 NA
#> SRR2013500 1 0.1722 0.896 0.944 0.000 0.048 NA
#> SRR2013499 1 0.4539 0.757 0.720 0.000 0.272 NA
#> SRR2013498 1 0.4422 0.771 0.736 0.000 0.256 NA
#> SRR2013497 1 0.4123 0.800 0.772 0.000 0.220 NA
#> SRR2013495 1 0.4539 0.757 0.720 0.000 0.272 NA
#> SRR2013496 1 0.4718 0.745 0.708 0.000 0.280 NA
#> SRR2013492 1 0.4539 0.756 0.720 0.000 0.272 NA
#> SRR2013494 1 0.4621 0.744 0.708 0.000 0.284 NA
#> SRR2013493 1 0.0336 0.910 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013491 1 0.2976 0.865 0.872 0.000 0.120 NA
#> SRR2013490 1 0.2480 0.880 0.904 0.000 0.088 NA
#> SRR2013489 1 0.4718 0.745 0.708 0.000 0.280 NA
#> SRR2013488 1 0.4539 0.756 0.720 0.000 0.272 NA
#> SRR2013487 1 0.4744 0.740 0.704 0.000 0.284 NA
#> SRR2013486 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013485 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013484 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013483 1 0.0804 0.907 0.980 0.000 0.012 NA
#> SRR2013482 1 0.3636 0.833 0.820 0.000 0.172 NA
#> SRR2013481 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013479 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013480 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013478 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013477 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013476 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013474 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013473 1 0.1635 0.897 0.948 0.000 0.044 NA
#> SRR2013475 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013472 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013471 1 0.1545 0.899 0.952 0.000 0.040 NA
#> SRR2013470 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013469 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013468 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013467 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.072 NA
#> SRR2013466 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013465 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013463 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013462 1 0.1256 0.902 0.964 0.000 0.028 NA
#> SRR2013464 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013461 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013460 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013459 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013458 1 0.1970 0.891 0.932 0.000 0.060 NA
#> SRR2013457 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013456 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013455 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013453 1 0.1970 0.891 0.932 0.000 0.060 NA
#> SRR2013454 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013452 1 0.2412 0.882 0.908 0.000 0.084 NA
#> SRR2013451 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2013450 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013449 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013448 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013447 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2013446 1 0.0592 0.905 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2013445 1 0.0188 0.909 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2013444 1 0.0336 0.909 0.992 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2013443 1 0.0162 0.95284 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013442 1 0.0162 0.95284 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013769 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013768 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013767 1 0.0324 0.95320 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013765 1 0.0324 0.95320 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013766 1 0.0324 0.95320 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013764 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013763 1 0.0324 0.95320 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013762 1 0.0324 0.95320 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013761 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013760 2 0.0671 0.96810 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013759 2 0.0898 0.96153 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013758 2 0.0671 0.96628 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013757 2 0.0671 0.96847 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2013756 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013755 5 0.4192 0.72724 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2013754 2 0.0771 0.96655 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2013753 2 0.1012 0.95781 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013751 2 0.0162 0.97600 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013752 2 0.1012 0.95753 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013750 2 0.0290 0.97446 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013749 2 0.0290 0.97493 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013748 2 0.0162 0.97600 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013747 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013745 2 0.1205 0.94018 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR2013746 2 0.1117 0.95752 0.000 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR2013744 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013742 2 0.0798 0.96619 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013743 2 0.0290 0.97446 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013741 2 0.0912 0.96181 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR2013740 2 0.0510 0.97202 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2013739 2 0.0404 0.97305 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013737 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013738 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013736 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013735 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013734 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013733 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013731 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013732 2 0.0404 0.97345 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013730 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013729 2 0.3039 0.62270 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2013728 2 0.1043 0.94657 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2013727 2 0.2172 0.88293 0.000 0.916 0.020 0.004 0.060
#> SRR2013726 2 0.2583 0.78402 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132
#> SRR2013725 2 0.1041 0.95220 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR2013724 2 0.0898 0.96015 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR2013723 2 0.1648 0.92089 0.000 0.940 0.020 0.000 0.040
#> SRR2013722 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013721 5 0.3534 0.76625 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2013720 2 0.1012 0.95707 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR2013719 2 0.0865 0.96163 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2013717 2 0.0451 0.97187 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013718 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013716 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013715 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013714 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013713 2 0.0290 0.97493 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013712 2 0.1399 0.93900 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR2013711 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013708 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013709 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013707 2 0.0162 0.97581 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013706 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013705 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013704 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013703 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013702 2 0.1981 0.90186 0.000 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR2013701 2 0.1907 0.91166 0.000 0.928 0.044 0.000 0.028
#> SRR2013700 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013699 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013698 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013697 2 0.0290 0.97400 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013696 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013695 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013694 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013693 2 0.0162 0.97581 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013692 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013691 2 0.1211 0.94829 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR2013690 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013689 2 0.0290 0.97400 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2013687 2 0.0162 0.97581 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013688 2 0.0451 0.97187 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2013686 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013685 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013682 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013683 2 0.0404 0.97310 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013684 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013681 2 0.0703 0.96399 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2013680 2 0.0162 0.97581 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013679 2 0.0162 0.97601 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013678 2 0.0404 0.97194 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2013677 2 0.0000 0.97684 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013676 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013675 2 0.0162 0.97582 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013674 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013673 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013671 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013672 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013670 3 0.1908 0.99165 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2013669 3 0.2068 0.98920 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013668 3 0.1908 0.99165 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2013667 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013666 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013665 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013662 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013663 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013664 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013661 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013660 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013659 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013658 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013657 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013656 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013654 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013655 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013653 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013652 3 0.2068 0.98920 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013651 3 0.1851 0.99418 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR2013650 3 0.2011 0.99213 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR2013649 3 0.2068 0.98920 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013647 1 0.0609 0.94973 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2013648 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013646 3 0.2068 0.98920 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013645 3 0.1792 0.99645 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2013644 3 0.2068 0.98920 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2013643 1 0.1908 0.92215 0.936 0.000 0.016 0.024 0.024
#> SRR2013642 1 0.2095 0.91556 0.928 0.000 0.020 0.024 0.028
#> SRR2013640 1 0.0566 0.95163 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2013641 1 0.1461 0.93216 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR2013639 1 0.1405 0.93711 0.956 0.000 0.016 0.008 0.020
#> SRR2013638 1 0.0798 0.94649 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2013637 1 0.0486 0.95295 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2013636 1 0.1179 0.94068 0.964 0.000 0.016 0.004 0.016
#> SRR2013635 1 0.1799 0.92630 0.940 0.000 0.020 0.012 0.028
#> SRR2013634 1 0.2355 0.90415 0.916 0.000 0.024 0.036 0.024
#> SRR2013633 1 0.3949 0.52184 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR2013631 4 0.0865 0.78663 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR2013632 4 0.4141 0.68098 0.208 0.000 0.012 0.760 0.020
#> SRR2013629 4 0.1270 0.76769 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2013630 4 0.0451 0.78886 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013628 4 0.0771 0.79187 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR2013626 4 0.3607 0.55008 0.000 0.000 0.244 0.752 0.004
#> SRR2013625 1 0.5313 0.17909 0.572 0.000 0.004 0.376 0.048
#> SRR2013627 1 0.6301 0.45775 0.600 0.000 0.024 0.144 0.232
#> SRR2013624 1 0.0960 0.94719 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR2013623 4 0.1831 0.75378 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR2013622 4 0.4242 0.40859 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2013621 4 0.2852 0.74156 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR2013620 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013619 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013617 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013618 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013616 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013615 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013614 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013613 1 0.0566 0.94998 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013612 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013610 1 0.0794 0.94377 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013611 1 0.0290 0.95244 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013609 1 0.1544 0.90567 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013608 1 0.0162 0.95328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013606 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013605 1 0.0162 0.95328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013607 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013604 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013603 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013602 1 0.0162 0.95300 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013601 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013600 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013599 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013598 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013596 1 0.0290 0.95304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013597 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013595 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013594 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013593 1 0.0162 0.95284 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013592 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013591 1 0.0566 0.95062 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2013590 4 0.1628 0.77018 0.000 0.000 0.056 0.936 0.008
#> SRR2013588 4 0.0579 0.78902 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR2013587 4 0.1764 0.76114 0.000 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR2013589 4 0.0451 0.78849 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013586 4 0.1124 0.77811 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR2013585 4 0.0451 0.78786 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013584 4 0.1549 0.79135 0.016 0.000 0.040 0.944 0.000
#> SRR2013583 4 0.1965 0.77588 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR2013582 4 0.2852 0.74039 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR2013581 4 0.3508 0.68116 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR2013580 4 0.0404 0.79003 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013579 4 0.0404 0.79003 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2013578 4 0.3857 0.62186 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR2013577 4 0.2424 0.76260 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR2013576 4 0.4192 0.46046 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR2013575 4 0.0609 0.78962 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013574 4 0.3636 0.66257 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR2013572 4 0.0794 0.78813 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2013573 4 0.2179 0.76850 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR2013571 4 0.2179 0.73286 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2013569 1 0.3586 0.61290 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2013570 4 0.2773 0.74455 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR2013568 4 0.1942 0.78803 0.068 0.000 0.012 0.920 0.000
#> SRR2013567 4 0.0609 0.78958 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2013566 4 0.3983 0.58953 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR2013564 4 0.0451 0.78886 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013565 4 0.2929 0.73556 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2013563 4 0.0671 0.78898 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2013561 4 0.0324 0.78915 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2013560 4 0.0671 0.78898 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2013562 4 0.0671 0.78733 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2013558 4 0.1571 0.76940 0.000 0.000 0.060 0.936 0.004
#> SRR2013559 4 0.0451 0.78885 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013556 1 0.4242 0.14651 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2013557 4 0.3305 0.70420 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR2013554 4 0.0510 0.78992 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2013553 4 0.4238 0.54615 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> SRR2013555 4 0.1549 0.79259 0.040 0.000 0.016 0.944 0.000
#> SRR2013552 4 0.4305 0.20159 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR2013551 4 0.4164 0.74104 0.120 0.000 0.096 0.784 0.000
#> SRR2013550 4 0.1704 0.78535 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR2013548 4 0.2209 0.78769 0.032 0.000 0.056 0.912 0.000
#> SRR2013549 4 0.0693 0.79365 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR2013546 4 0.3242 0.71030 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR2013545 1 0.3003 0.75336 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2013544 4 0.0510 0.78992 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2013547 4 0.1502 0.78952 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR2013543 4 0.3684 0.65407 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR2013542 4 0.3774 0.63861 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR2013541 4 0.0510 0.78992 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2013540 4 0.3274 0.70725 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR2013539 4 0.0671 0.79215 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR2013538 4 0.1571 0.78768 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR2013537 1 0.1792 0.89664 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2013535 1 0.2471 0.82026 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013536 4 0.3508 0.68045 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR2013534 4 0.4060 0.56260 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2013532 4 0.0451 0.78942 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2013533 4 0.0865 0.78624 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR2013531 4 0.0566 0.78787 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2013529 1 0.0963 0.93652 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013530 4 0.0912 0.79415 0.016 0.000 0.012 0.972 0.000
#> SRR2013528 1 0.0404 0.95087 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013527 1 0.2471 0.82681 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013526 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013525 1 0.1300 0.93588 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR2013524 1 0.1408 0.92922 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR2013523 1 0.1041 0.93787 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2013522 1 0.1012 0.94275 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013521 1 0.4227 0.14203 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR2013519 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013520 4 0.4866 0.47553 0.392 0.000 0.028 0.580 0.000
#> SRR2013518 1 0.0955 0.93886 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2013517 1 0.0290 0.95231 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013516 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013514 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013515 1 0.1043 0.93430 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013513 1 0.0671 0.94844 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013512 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013511 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013510 1 0.0807 0.94904 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013508 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013509 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013505 1 0.0798 0.94840 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013506 1 0.4287 0.00256 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2013507 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013504 1 0.2424 0.83395 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2013503 4 0.4227 0.40277 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR2013502 1 0.1502 0.92383 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013501 1 0.1043 0.93548 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013500 1 0.0510 0.94967 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013499 4 0.4359 0.44089 0.412 0.000 0.004 0.584 0.000
#> SRR2013498 1 0.1638 0.91213 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2013497 1 0.1124 0.93661 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2013495 1 0.3074 0.74564 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2013496 1 0.3661 0.60265 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR2013492 1 0.1568 0.92790 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR2013494 1 0.1704 0.90854 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2013493 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013491 1 0.1012 0.94522 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR2013490 1 0.0579 0.95154 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2013489 1 0.4235 0.15517 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR2013488 1 0.1502 0.92131 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013487 1 0.1638 0.91043 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2013486 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013485 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013484 1 0.0290 0.95304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013483 1 0.0404 0.95222 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013482 1 0.1216 0.93934 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013481 1 0.0290 0.95304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013479 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013480 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013478 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013477 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013476 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013474 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013473 1 0.0794 0.94658 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2013475 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013472 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013471 1 0.0880 0.94463 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2013470 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013469 1 0.0290 0.95304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013468 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013467 1 0.0671 0.95016 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2013466 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013465 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013463 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013462 1 0.0404 0.95222 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013464 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013461 1 0.0290 0.95304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2013460 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013459 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013458 1 0.0451 0.95239 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2013457 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013456 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013455 1 0.0162 0.95324 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013453 1 0.1041 0.94304 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2013454 1 0.0162 0.95343 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013452 1 0.0865 0.94695 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2013451 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013450 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013449 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013448 1 0.0000 0.95368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2013447 1 0.0324 0.95129 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2013446 1 0.0162 0.95284 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2013445 1 0.0404 0.95222 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2013444 1 0.0324 0.95129 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2013443 1 0.0790 0.8629 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013442 1 0.0713 0.8654 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013769 1 0.1152 0.8595 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR2013768 1 0.1367 0.8579 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR2013767 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013765 1 0.1625 0.8479 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2013766 1 0.1265 0.8582 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR2013764 1 0.1257 0.8643 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR2013763 1 0.0937 0.8607 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013762 1 0.1349 0.8527 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2013761 1 0.1806 0.8269 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR2013760 2 0.1663 0.8509 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2013759 2 0.2219 0.7953 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2013758 2 0.1863 0.8356 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2013757 2 0.1075 0.8802 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013756 2 0.0632 0.8855 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013755 4 0.4591 0.6117 0.000 0.408 0.000 0.552 0.040 0.000
#> SRR2013754 2 0.2510 0.8150 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100 0.000
#> SRR2013753 2 0.2092 0.8130 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2013751 2 0.0790 0.8845 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013752 2 0.2300 0.7833 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2013750 2 0.0937 0.8814 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013749 2 0.2122 0.8491 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024 0.000
#> SRR2013748 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013747 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013745 2 0.3483 0.6120 0.000 0.764 0.000 0.212 0.024 0.000
#> SRR2013746 2 0.2402 0.8121 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013744 2 0.0363 0.8888 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013742 2 0.2260 0.8031 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2013743 2 0.1327 0.8708 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2013741 2 0.1957 0.8250 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2013740 2 0.1141 0.8785 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013739 2 0.1007 0.8793 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013737 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013738 2 0.0547 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013736 2 0.0632 0.8912 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013735 2 0.0547 0.8913 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013734 2 0.0363 0.8887 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013733 2 0.0146 0.8912 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013731 2 0.0547 0.8871 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013732 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013730 2 0.0632 0.8919 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013729 2 0.2738 0.7164 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR2013728 2 0.4094 0.5339 0.000 0.740 0.000 0.180 0.080 0.000
#> SRR2013727 2 0.4747 0.4208 0.000 0.692 0.008 0.108 0.192 0.000
#> SRR2013726 2 0.5777 -0.5295 0.000 0.452 0.008 0.404 0.136 0.000
#> SRR2013725 2 0.3972 0.6320 0.000 0.772 0.004 0.104 0.120 0.000
#> SRR2013724 2 0.2760 0.7824 0.000 0.856 0.004 0.024 0.116 0.000
#> SRR2013723 2 0.5000 0.3525 0.000 0.668 0.008 0.144 0.180 0.000
#> SRR2013722 2 0.0865 0.8901 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013721 4 0.3511 0.6166 0.000 0.216 0.000 0.760 0.024 0.000
#> SRR2013720 2 0.2454 0.7833 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2013719 2 0.1765 0.8419 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013717 2 0.1075 0.8848 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013718 2 0.1049 0.8909 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR2013716 2 0.0790 0.8911 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013715 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013714 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013713 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013712 2 0.3023 0.6737 0.000 0.784 0.004 0.000 0.212 0.000
#> SRR2013711 2 0.0632 0.8909 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013708 2 0.0713 0.8903 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013709 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013707 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013706 2 0.1267 0.8788 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2013705 2 0.0865 0.8888 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013704 2 0.0632 0.8920 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013703 2 0.0790 0.8828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013702 2 0.3215 0.6504 0.000 0.756 0.004 0.000 0.240 0.000
#> SRR2013701 2 0.3446 0.4567 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR2013700 2 0.0865 0.8888 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013699 2 0.0632 0.8909 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013698 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013697 2 0.0937 0.8888 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013696 2 0.0713 0.8903 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013695 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013694 2 0.0790 0.8892 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013693 2 0.0937 0.8883 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013692 2 0.0865 0.8888 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013691 2 0.2762 0.7151 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2013690 2 0.0937 0.8879 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013689 2 0.1075 0.8858 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013687 2 0.0790 0.8900 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013688 2 0.1152 0.8856 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013686 2 0.1075 0.8865 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013685 2 0.0363 0.8888 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013682 2 0.0713 0.8927 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013683 2 0.2070 0.8339 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR2013684 2 0.0713 0.8902 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013681 2 0.2752 0.7888 0.000 0.856 0.000 0.108 0.036 0.000
#> SRR2013680 2 0.1075 0.8862 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013679 2 0.1387 0.8745 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2013678 2 0.1141 0.8841 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013677 2 0.0865 0.8888 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013676 2 0.0547 0.8904 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013675 2 0.0363 0.8905 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013674 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013673 3 0.0291 0.9916 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013671 3 0.0291 0.9922 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013672 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013670 3 0.1176 0.9627 0.000 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR2013669 3 0.0508 0.9884 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013668 3 0.0291 0.9917 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013667 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013666 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013665 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013662 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013663 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013664 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013661 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013660 3 0.0405 0.9916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013659 3 0.0603 0.9879 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013658 3 0.0405 0.9916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013657 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013656 3 0.0405 0.9916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013654 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013655 3 0.0405 0.9916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013653 3 0.0405 0.9916 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013652 3 0.0508 0.9884 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013651 3 0.0405 0.9903 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013650 3 0.0508 0.9899 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2013649 3 0.1124 0.9630 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR2013647 1 0.1814 0.8195 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2013648 3 0.0291 0.9925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013646 3 0.0603 0.9861 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2013645 3 0.0146 0.9926 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2013644 3 0.0405 0.9903 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013643 1 0.4738 0.2561 0.640 0.000 0.000 0.000 0.276 0.084
#> SRR2013642 1 0.4569 0.2290 0.636 0.000 0.000 0.000 0.304 0.060
#> SRR2013640 1 0.2527 0.7276 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2013641 1 0.3383 0.5184 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004
#> SRR2013639 1 0.3314 0.6023 0.764 0.000 0.000 0.000 0.224 0.012
#> SRR2013638 1 0.2697 0.6933 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2013637 1 0.1910 0.8057 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2013636 1 0.3448 0.4929 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR2013635 1 0.4020 0.4199 0.692 0.000 0.000 0.000 0.276 0.032
#> SRR2013634 1 0.4269 0.2676 0.648 0.000 0.000 0.000 0.316 0.036
#> SRR2013633 1 0.6145 -0.4908 0.456 0.000 0.000 0.008 0.248 0.288
#> SRR2013631 6 0.3445 0.6306 0.000 0.000 0.012 0.000 0.244 0.744
#> SRR2013632 6 0.5389 0.0393 0.096 0.000 0.000 0.008 0.360 0.536
#> SRR2013629 6 0.3432 0.6379 0.000 0.000 0.020 0.000 0.216 0.764
#> SRR2013630 6 0.3314 0.6279 0.000 0.000 0.004 0.000 0.256 0.740
#> SRR2013628 6 0.3175 0.6213 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR2013626 6 0.5318 0.4812 0.000 0.000 0.148 0.000 0.272 0.580
#> SRR2013625 6 0.6671 -0.5104 0.296 0.000 0.000 0.032 0.284 0.388
#> SRR2013627 5 0.7413 0.0000 0.260 0.000 0.000 0.164 0.388 0.188
#> SRR2013624 1 0.3802 0.5867 0.748 0.000 0.000 0.000 0.208 0.044
#> SRR2013623 6 0.4577 0.5531 0.000 0.000 0.072 0.000 0.272 0.656
#> SRR2013622 6 0.4254 0.2616 0.272 0.000 0.000 0.000 0.048 0.680
#> SRR2013621 6 0.2488 0.6147 0.076 0.000 0.000 0.000 0.044 0.880
#> SRR2013620 1 0.0260 0.8669 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013619 1 0.0547 0.8648 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013617 1 0.0632 0.8646 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013618 1 0.0260 0.8669 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013616 1 0.0713 0.8639 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013615 1 0.0632 0.8652 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013614 1 0.0632 0.8646 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013613 1 0.3283 0.7031 0.804 0.000 0.000 0.000 0.036 0.160
#> SRR2013612 1 0.0914 0.8665 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2013610 1 0.2558 0.7875 0.868 0.000 0.000 0.000 0.028 0.104
#> SRR2013611 1 0.2046 0.8337 0.908 0.000 0.000 0.000 0.032 0.060
#> SRR2013609 1 0.3877 0.6039 0.748 0.000 0.000 0.004 0.040 0.208
#> SRR2013608 1 0.1549 0.8520 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR2013606 1 0.1261 0.8617 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2013605 1 0.3098 0.7493 0.836 0.000 0.000 0.004 0.040 0.120
#> SRR2013607 1 0.0260 0.8673 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013604 1 0.1564 0.8533 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040
#> SRR2013603 1 0.0632 0.8644 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013602 1 0.0547 0.8659 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013601 1 0.0363 0.8669 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013600 1 0.0790 0.8634 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013599 1 0.0363 0.8663 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013598 1 0.0865 0.8644 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013596 1 0.0547 0.8651 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013597 1 0.0363 0.8663 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013595 1 0.0790 0.8640 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013594 1 0.0790 0.8634 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2013593 1 0.0865 0.8629 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2013592 1 0.1075 0.8575 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2013591 1 0.1204 0.8526 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013590 6 0.3766 0.6302 0.000 0.000 0.032 0.000 0.232 0.736
#> SRR2013588 6 0.3215 0.6381 0.000 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756
#> SRR2013587 6 0.3956 0.6122 0.000 0.000 0.036 0.000 0.252 0.712
#> SRR2013589 6 0.3161 0.6444 0.000 0.000 0.008 0.000 0.216 0.776
#> SRR2013586 6 0.3483 0.6416 0.000 0.000 0.024 0.000 0.212 0.764
#> SRR2013585 6 0.3161 0.6444 0.000 0.000 0.008 0.000 0.216 0.776
#> SRR2013584 6 0.1995 0.6264 0.000 0.000 0.036 0.000 0.052 0.912
#> SRR2013583 6 0.1297 0.6410 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040 0.948
#> SRR2013582 6 0.2221 0.6031 0.072 0.000 0.000 0.000 0.032 0.896
#> SRR2013581 6 0.3134 0.5142 0.144 0.000 0.000 0.000 0.036 0.820
#> SRR2013580 6 0.1910 0.6682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR2013579 6 0.2664 0.6580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR2013578 6 0.3585 0.4595 0.172 0.000 0.000 0.000 0.048 0.780
#> SRR2013577 6 0.2290 0.6179 0.044 0.000 0.004 0.004 0.044 0.904
#> SRR2013576 6 0.4040 0.2196 0.280 0.000 0.000 0.000 0.032 0.688
#> SRR2013575 6 0.1908 0.6680 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096 0.900
#> SRR2013574 6 0.3520 0.4400 0.188 0.000 0.000 0.000 0.036 0.776
#> SRR2013572 6 0.1970 0.6648 0.000 0.000 0.008 0.000 0.092 0.900
#> SRR2013573 6 0.1649 0.6301 0.032 0.000 0.000 0.000 0.036 0.932
#> SRR2013571 6 0.3835 0.6440 0.000 0.000 0.056 0.000 0.188 0.756
#> SRR2013569 1 0.4580 0.2589 0.612 0.000 0.000 0.000 0.052 0.336
#> SRR2013570 6 0.2499 0.6003 0.072 0.000 0.000 0.000 0.048 0.880
#> SRR2013568 6 0.1268 0.6409 0.004 0.000 0.008 0.000 0.036 0.952
#> SRR2013567 6 0.2631 0.6577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR2013566 6 0.4332 0.2114 0.288 0.000 0.000 0.000 0.048 0.664
#> SRR2013564 6 0.3052 0.6459 0.000 0.000 0.004 0.000 0.216 0.780
#> SRR2013565 6 0.2383 0.5833 0.096 0.000 0.000 0.000 0.024 0.880
#> SRR2013563 6 0.3189 0.6406 0.000 0.000 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR2013561 6 0.3190 0.6432 0.000 0.000 0.008 0.000 0.220 0.772
#> SRR2013560 6 0.2969 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR2013562 6 0.3161 0.6444 0.000 0.000 0.008 0.000 0.216 0.776
#> SRR2013558 6 0.3745 0.6260 0.000 0.000 0.028 0.000 0.240 0.732
#> SRR2013559 6 0.3081 0.6459 0.000 0.000 0.004 0.000 0.220 0.776
#> SRR2013556 6 0.4780 -0.1669 0.392 0.000 0.000 0.000 0.056 0.552
#> SRR2013557 6 0.2771 0.5605 0.116 0.000 0.000 0.000 0.032 0.852
#> SRR2013554 6 0.2730 0.6543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR2013553 6 0.4358 0.2412 0.276 0.000 0.012 0.000 0.032 0.680
#> SRR2013555 6 0.1913 0.6543 0.000 0.000 0.012 0.000 0.080 0.908
#> SRR2013552 6 0.4664 -0.0452 0.364 0.000 0.000 0.000 0.052 0.584
#> SRR2013551 6 0.3960 0.5398 0.092 0.000 0.068 0.000 0.040 0.800
#> SRR2013550 6 0.1010 0.6549 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR2013548 6 0.1720 0.6328 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032 0.928
#> SRR2013549 6 0.1267 0.6648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR2013546 6 0.3395 0.5179 0.132 0.000 0.000 0.000 0.060 0.808
#> SRR2013545 1 0.4368 0.3879 0.656 0.000 0.000 0.000 0.048 0.296
#> SRR2013544 6 0.2320 0.6657 0.000 0.000 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR2013547 6 0.0603 0.6558 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980
#> SRR2013543 6 0.3543 0.4145 0.200 0.000 0.000 0.000 0.032 0.768
#> SRR2013542 6 0.3974 0.3570 0.224 0.000 0.000 0.000 0.048 0.728
#> SRR2013541 6 0.2092 0.6664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR2013540 6 0.2790 0.5405 0.132 0.000 0.000 0.000 0.024 0.844
#> SRR2013539 6 0.2378 0.6629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR2013538 6 0.1075 0.6641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR2013537 1 0.3830 0.6003 0.744 0.000 0.000 0.000 0.044 0.212
#> SRR2013535 1 0.4571 0.3337 0.636 0.000 0.000 0.004 0.048 0.312
#> SRR2013536 6 0.3213 0.4909 0.160 0.000 0.000 0.000 0.032 0.808
#> SRR2013534 6 0.4272 0.2004 0.288 0.000 0.000 0.000 0.044 0.668
#> SRR2013532 6 0.3023 0.6465 0.000 0.000 0.004 0.000 0.212 0.784
#> SRR2013533 6 0.3404 0.6427 0.000 0.000 0.016 0.000 0.224 0.760
#> SRR2013531 6 0.3217 0.6442 0.000 0.000 0.008 0.000 0.224 0.768
#> SRR2013529 1 0.3912 0.5731 0.732 0.000 0.000 0.000 0.044 0.224
#> SRR2013530 6 0.2003 0.6681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR2013528 1 0.3587 0.6554 0.772 0.000 0.000 0.000 0.040 0.188
#> SRR2013527 1 0.3753 0.6008 0.748 0.000 0.004 0.000 0.028 0.220
#> SRR2013526 1 0.1719 0.8458 0.924 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR2013525 1 0.3833 0.7130 0.804 0.000 0.000 0.044 0.112 0.040
#> SRR2013524 1 0.2617 0.8033 0.876 0.000 0.000 0.004 0.040 0.080
#> SRR2013523 1 0.5027 0.4373 0.660 0.000 0.000 0.012 0.108 0.220
#> SRR2013522 1 0.4462 0.6472 0.760 0.000 0.000 0.052 0.068 0.120
#> SRR2013521 6 0.4875 -0.1975 0.460 0.000 0.008 0.000 0.040 0.492
#> SRR2013519 1 0.0632 0.8674 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013520 6 0.5437 0.3108 0.236 0.000 0.044 0.000 0.084 0.636
#> SRR2013518 1 0.2088 0.8307 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> SRR2013517 1 0.1713 0.8487 0.928 0.000 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR2013516 1 0.0405 0.8690 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2013514 1 0.0363 0.8671 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013515 1 0.0820 0.8686 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2013513 1 0.1204 0.8538 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2013512 1 0.0937 0.8624 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2013511 1 0.1141 0.8550 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2013510 1 0.1444 0.8376 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2013508 1 0.1471 0.8443 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2013509 1 0.1858 0.8228 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR2013505 1 0.1789 0.8407 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR2013506 6 0.4504 -0.1056 0.368 0.000 0.000 0.000 0.040 0.592
#> SRR2013507 1 0.1765 0.8188 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2013504 1 0.4233 0.4682 0.684 0.000 0.000 0.000 0.048 0.268
#> SRR2013503 6 0.4768 -0.2018 0.416 0.000 0.000 0.000 0.052 0.532
#> SRR2013502 1 0.2848 0.7857 0.856 0.000 0.000 0.004 0.036 0.104
#> SRR2013501 1 0.2868 0.7715 0.852 0.000 0.000 0.004 0.032 0.112
#> SRR2013500 1 0.1856 0.8417 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR2013499 6 0.4755 0.1007 0.324 0.000 0.012 0.000 0.044 0.620
#> SRR2013498 1 0.2527 0.7988 0.876 0.000 0.000 0.000 0.040 0.084
#> SRR2013497 1 0.2979 0.7588 0.840 0.000 0.000 0.000 0.044 0.116
#> SRR2013495 1 0.4684 0.3944 0.656 0.000 0.008 0.000 0.060 0.276
#> SRR2013496 1 0.4737 0.0961 0.572 0.000 0.000 0.000 0.056 0.372
#> SRR2013492 1 0.2532 0.8136 0.884 0.000 0.000 0.004 0.052 0.060
#> SRR2013494 1 0.3292 0.7434 0.824 0.000 0.000 0.004 0.052 0.120
#> SRR2013493 1 0.1082 0.8596 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2013491 1 0.1401 0.8614 0.948 0.000 0.000 0.004 0.020 0.028
#> SRR2013490 1 0.1226 0.8593 0.952 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR2013489 1 0.4802 -0.1145 0.540 0.000 0.000 0.000 0.056 0.404
#> SRR2013488 1 0.2333 0.8196 0.896 0.000 0.000 0.004 0.040 0.060
#> SRR2013487 1 0.3395 0.7225 0.812 0.000 0.000 0.004 0.048 0.136
#> SRR2013486 1 0.0547 0.8670 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013485 1 0.0547 0.8661 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013484 1 0.0547 0.8670 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013483 1 0.1082 0.8603 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR2013482 1 0.1801 0.8489 0.924 0.000 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2013481 1 0.1007 0.8605 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2013479 1 0.1720 0.8424 0.928 0.000 0.000 0.000 0.032 0.040
#> SRR2013480 1 0.0363 0.8670 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013478 1 0.1845 0.8356 0.920 0.000 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR2013477 1 0.0260 0.8669 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013476 1 0.1225 0.8588 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2013474 1 0.2134 0.8333 0.904 0.000 0.000 0.000 0.052 0.044
#> SRR2013473 1 0.0692 0.8665 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR2013475 1 0.1225 0.8578 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2013472 1 0.0458 0.8658 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013471 1 0.0922 0.8651 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024 0.000
#> SRR2013470 1 0.0713 0.8644 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013469 1 0.0692 0.8667 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR2013468 1 0.0260 0.8669 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2013467 1 0.0508 0.8691 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR2013466 1 0.0713 0.8644 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013465 1 0.0363 0.8664 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013463 1 0.0363 0.8663 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013462 1 0.1429 0.8560 0.940 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004
#> SRR2013464 1 0.0547 0.8666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2013461 1 0.0717 0.8678 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2013460 1 0.1074 0.8636 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2013459 1 0.0291 0.8683 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2013458 1 0.2173 0.8267 0.904 0.000 0.000 0.004 0.028 0.064
#> SRR2013457 1 0.0363 0.8673 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013456 1 0.0458 0.8658 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2013455 1 0.1092 0.8644 0.960 0.000 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR2013453 1 0.1219 0.8620 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR2013454 1 0.0632 0.8656 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2013452 1 0.0692 0.8665 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR2013451 1 0.0725 0.8650 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2013450 1 0.0363 0.8663 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013449 1 0.0363 0.8666 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013448 1 0.0146 0.8670 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2013447 1 0.0363 0.8674 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2013446 1 0.0713 0.8682 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2013445 1 0.0935 0.8646 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR2013444 1 0.0865 0.8624 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0