Date: 2019-12-26 00:39:07 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 15204 302
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.996 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.994 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 1.000 | 0.967 | 0.966 | ** | |
| MAD:mclust | 3 | 1.000 | 0.966 | 0.985 | ** | |
| ATC:skmeans | 4 | 0.994 | 0.952 | 0.982 | ** | 2,3 |
| MAD:skmeans | 3 | 0.994 | 0.944 | 0.971 | ** | 2 |
| ATC:kmeans | 2 | 0.994 | 0.990 | 0.977 | ** | |
| MAD:pam | 4 | 0.956 | 0.933 | 0.975 | ** | |
| SD:pam | 5 | 0.935 | 0.900 | 0.967 | * | |
| CV:hclust | 4 | 0.930 | 0.955 | 0.952 | * | 2 |
| ATC:mclust | 5 | 0.910 | 0.926 | 0.946 | * | 2,3 |
| SD:skmeans | 5 | 0.907 | 0.864 | 0.940 | * | 4 |
| ATC:NMF | 4 | 0.905 | 0.912 | 0.956 | * | 2 |
| MAD:NMF | 2 | 0.905 | 0.932 | 0.971 | * | |
| ATC:pam | 2 | 0.886 | 0.958 | 0.980 | ||
| SD:NMF | 3 | 0.878 | 0.894 | 0.959 | ||
| CV:skmeans | 4 | 0.873 | 0.861 | 0.938 | ||
| CV:pam | 2 | 0.779 | 0.875 | 0.947 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.707 | 0.805 | 0.916 | ||
| CV:kmeans | 5 | 0.678 | 0.859 | 0.882 | ||
| SD:kmeans | 3 | 0.658 | 0.797 | 0.893 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.653 | 0.781 | 0.861 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.587 | 0.818 | 0.917 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.860 0.911 0.963 0.367 0.646 0.646
#> CV:NMF 2 0.523 0.779 0.889 0.330 0.755 0.755
#> MAD:NMF 2 0.905 0.932 0.971 0.500 0.500 0.500
#> ATC:NMF 2 0.972 0.954 0.981 0.413 0.586 0.586
#> SD:skmeans 2 0.842 0.923 0.966 0.499 0.502 0.502
#> CV:skmeans 2 0.778 0.851 0.943 0.496 0.506 0.506
#> MAD:skmeans 2 0.999 0.967 0.985 0.500 0.500 0.500
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.969 0.988 0.485 0.512 0.512
#> SD:mclust 2 1.000 0.993 0.996 0.184 0.815 0.815
#> CV:mclust 2 1.000 0.984 0.994 0.206 0.800 0.800
#> MAD:mclust 2 0.496 0.868 0.898 0.253 0.815 0.815
#> ATC:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.186 0.815 0.815
#> SD:kmeans 2 0.326 0.732 0.840 0.350 0.567 0.567
#> CV:kmeans 2 0.340 0.742 0.823 0.354 0.537 0.537
#> MAD:kmeans 2 0.387 0.811 0.851 0.399 0.524 0.524
#> ATC:kmeans 2 0.994 0.990 0.977 0.399 0.575 0.575
#> SD:pam 2 0.797 0.891 0.953 0.434 0.567 0.567
#> CV:pam 2 0.779 0.875 0.947 0.453 0.549 0.549
#> MAD:pam 2 0.863 0.905 0.958 0.437 0.560 0.560
#> ATC:pam 2 0.886 0.958 0.980 0.435 0.570 0.570
#> SD:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.125 0.876 0.876
#> CV:hclust 2 1.000 0.980 0.984 0.134 0.876 0.876
#> MAD:hclust 2 1.000 0.967 0.966 0.150 0.876 0.876
#> ATC:hclust 2 0.445 0.757 0.890 0.315 0.710 0.710
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.878 0.894 0.959 0.5768 0.632 0.487
#> CV:NMF 3 0.707 0.805 0.916 0.7545 0.613 0.505
#> MAD:NMF 3 0.845 0.871 0.949 0.1999 0.817 0.664
#> ATC:NMF 3 0.612 0.826 0.839 0.2302 0.907 0.843
#> SD:skmeans 3 0.824 0.856 0.917 0.2693 0.837 0.685
#> CV:skmeans 3 0.635 0.743 0.866 0.2687 0.860 0.728
#> MAD:skmeans 3 0.994 0.944 0.971 0.2652 0.827 0.667
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.967 0.983 0.2885 0.822 0.664
#> SD:mclust 3 0.795 0.942 0.955 2.0767 0.596 0.505
#> CV:mclust 3 0.696 0.889 0.933 1.7634 0.594 0.494
#> MAD:mclust 3 1.000 0.966 0.985 1.3340 0.596 0.505
#> ATC:mclust 3 1.000 0.970 0.989 2.1647 0.598 0.507
#> SD:kmeans 3 0.658 0.797 0.893 0.4795 0.841 0.737
#> CV:kmeans 3 0.565 0.738 0.857 0.4459 0.874 0.776
#> MAD:kmeans 3 0.653 0.781 0.861 0.3683 0.870 0.764
#> ATC:kmeans 3 0.895 0.874 0.948 0.2460 0.895 0.824
#> SD:pam 3 0.758 0.871 0.947 0.0671 0.973 0.953
#> CV:pam 3 0.784 0.866 0.949 0.0702 0.957 0.923
#> MAD:pam 3 0.707 0.774 0.893 0.1629 0.947 0.908
#> ATC:pam 3 0.694 0.788 0.869 0.2569 0.839 0.738
#> SD:hclust 3 0.708 0.877 0.921 1.2513 0.934 0.925
#> CV:hclust 3 0.998 0.964 0.969 0.1747 0.998 0.998
#> MAD:hclust 3 0.533 0.598 0.855 1.3023 0.819 0.794
#> ATC:hclust 3 0.587 0.818 0.917 0.2355 0.899 0.858
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.798 0.825 0.921 0.0702 0.914 0.807
#> CV:NMF 4 0.522 0.607 0.789 0.1090 0.902 0.787
#> MAD:NMF 4 0.852 0.848 0.931 0.0747 0.890 0.747
#> ATC:NMF 4 0.905 0.912 0.956 0.1361 0.836 0.703
#> SD:skmeans 4 0.906 0.876 0.949 0.1163 0.852 0.643
#> CV:skmeans 4 0.873 0.861 0.938 0.1271 0.850 0.640
#> MAD:skmeans 4 0.894 0.873 0.949 0.1282 0.901 0.738
#> ATC:skmeans 4 0.994 0.952 0.982 0.0846 0.935 0.829
#> SD:mclust 4 0.816 0.857 0.899 0.1353 0.917 0.802
#> CV:mclust 4 0.707 0.844 0.862 0.1789 0.888 0.729
#> MAD:mclust 4 0.696 0.722 0.765 0.1490 0.909 0.780
#> ATC:mclust 4 0.844 0.834 0.852 0.0916 0.988 0.972
#> SD:kmeans 4 0.715 0.691 0.806 0.1790 0.784 0.610
#> CV:kmeans 4 0.650 0.713 0.802 0.1889 0.873 0.732
#> MAD:kmeans 4 0.757 0.814 0.852 0.1714 0.845 0.666
#> ATC:kmeans 4 0.755 0.809 0.903 0.2422 0.812 0.652
#> SD:pam 4 0.673 0.822 0.870 0.2374 0.794 0.636
#> CV:pam 4 0.792 0.865 0.947 0.0384 0.983 0.968
#> MAD:pam 4 0.956 0.933 0.975 0.2372 0.797 0.634
#> ATC:pam 4 0.690 0.633 0.837 0.1703 0.813 0.652
#> SD:hclust 4 0.686 0.863 0.915 0.0075 0.998 0.997
#> CV:hclust 4 0.930 0.955 0.952 0.2236 0.934 0.925
#> MAD:hclust 4 0.544 0.690 0.859 0.0416 0.867 0.813
#> ATC:hclust 4 0.712 0.787 0.916 0.2012 0.895 0.832
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.895 0.902 0.952 0.0389 0.961 0.901
#> CV:NMF 5 0.672 0.724 0.858 0.0621 0.829 0.622
#> MAD:NMF 5 0.891 0.881 0.941 0.0305 0.989 0.969
#> ATC:NMF 5 0.746 0.813 0.890 0.0594 0.990 0.976
#> SD:skmeans 5 0.907 0.864 0.940 0.0971 0.890 0.655
#> CV:skmeans 5 0.844 0.825 0.907 0.0798 0.909 0.704
#> MAD:skmeans 5 0.894 0.865 0.939 0.0750 0.909 0.705
#> ATC:skmeans 5 0.876 0.845 0.889 0.0915 0.918 0.747
#> SD:mclust 5 0.768 0.865 0.895 0.0802 0.923 0.790
#> CV:mclust 5 0.718 0.682 0.833 0.0945 0.937 0.805
#> MAD:mclust 5 0.646 0.609 0.767 0.0796 0.871 0.623
#> ATC:mclust 5 0.910 0.926 0.946 0.0348 0.903 0.774
#> SD:kmeans 5 0.710 0.827 0.867 0.1303 0.876 0.706
#> CV:kmeans 5 0.678 0.859 0.882 0.1043 0.902 0.743
#> MAD:kmeans 5 0.706 0.813 0.850 0.0866 0.965 0.897
#> ATC:kmeans 5 0.706 0.688 0.828 0.1406 0.878 0.707
#> SD:pam 5 0.935 0.900 0.967 0.1637 0.945 0.857
#> CV:pam 5 0.534 0.367 0.745 0.2155 0.879 0.768
#> MAD:pam 5 0.833 0.875 0.922 0.0593 0.983 0.954
#> ATC:pam 5 0.753 0.831 0.912 0.0317 0.909 0.781
#> SD:hclust 5 0.494 0.438 0.659 0.3370 0.598 0.502
#> CV:hclust 5 0.709 0.935 0.940 0.3148 1.000 1.000
#> MAD:hclust 5 0.502 0.799 0.837 0.1350 0.905 0.844
#> ATC:hclust 5 0.718 0.789 0.919 0.0109 0.992 0.985
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.719 0.754 0.863 0.0787 0.966 0.907
#> CV:NMF 6 0.718 0.730 0.859 0.0325 0.955 0.868
#> MAD:NMF 6 0.773 0.757 0.873 0.0461 0.959 0.885
#> ATC:NMF 6 0.637 0.619 0.820 0.0819 0.966 0.918
#> SD:skmeans 6 0.868 0.823 0.914 0.0280 0.946 0.769
#> CV:skmeans 6 0.864 0.810 0.905 0.0276 0.977 0.902
#> MAD:skmeans 6 0.855 0.775 0.904 0.0324 0.969 0.870
#> ATC:skmeans 6 0.871 0.855 0.906 0.0548 0.955 0.824
#> SD:mclust 6 0.666 0.621 0.804 0.1121 0.891 0.661
#> CV:mclust 6 0.758 0.741 0.840 0.0176 0.961 0.860
#> MAD:mclust 6 0.704 0.728 0.845 0.0675 0.891 0.604
#> ATC:mclust 6 0.709 0.500 0.748 0.1053 0.896 0.717
#> SD:kmeans 6 0.740 0.717 0.845 0.0827 0.920 0.745
#> CV:kmeans 6 0.800 0.693 0.877 0.0750 0.971 0.909
#> MAD:kmeans 6 0.782 0.718 0.850 0.0688 0.917 0.736
#> ATC:kmeans 6 0.746 0.801 0.871 0.0787 0.842 0.555
#> SD:pam 6 0.827 0.832 0.917 0.0425 0.965 0.898
#> CV:pam 6 0.554 0.750 0.843 0.1161 0.789 0.548
#> MAD:pam 6 0.810 0.799 0.866 0.0662 0.979 0.941
#> ATC:pam 6 0.845 0.847 0.919 0.1610 0.854 0.593
#> SD:hclust 6 0.454 0.780 0.863 0.3190 0.668 0.468
#> CV:hclust 6 0.570 0.492 0.852 0.4298 0.890 0.863
#> MAD:hclust 6 0.486 0.798 0.863 0.2711 0.942 0.894
#> ATC:hclust 6 0.718 0.789 0.921 0.0137 0.987 0.976
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.1250 0.876 0.876
#> 3 3 0.708 0.877 0.921 1.2513 0.934 0.925
#> 4 4 0.686 0.863 0.915 0.0075 0.998 0.997
#> 5 5 0.494 0.438 0.659 0.3370 0.598 0.502
#> 6 6 0.454 0.780 0.863 0.3190 0.668 0.468
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 0 1 0 1
#> SRR1696029 2 0 1 0 1
#> SRR1696030 2 0 1 0 1
#> SRR1696031 2 0 1 0 1
#> SRR1696032 2 0 1 0 1
#> SRR1696033 2 0 1 0 1
#> SRR1696034 2 0 1 0 1
#> SRR1696035 1 0 1 1 0
#> SRR1696036 1 0 1 1 0
#> SRR1696037 1 0 1 1 0
#> SRR1696039 2 0 1 0 1
#> SRR1696038 1 0 1 1 0
#> SRR1696040 2 0 1 0 1
#> SRR1696041 2 0 1 0 1
#> SRR1696042 2 0 1 0 1
#> SRR1696043 2 0 1 0 1
#> SRR1696044 2 0 1 0 1
#> SRR1696045 2 0 1 0 1
#> SRR1696046 2 0 1 0 1
#> SRR1696047 2 0 1 0 1
#> SRR1696048 2 0 1 0 1
#> SRR1696050 2 0 1 0 1
#> SRR1696051 2 0 1 0 1
#> SRR1696052 2 0 1 0 1
#> SRR1696053 1 0 1 1 0
#> SRR1696054 1 0 1 1 0
#> SRR1696055 2 0 1 0 1
#> SRR1696057 2 0 1 0 1
#> SRR1696049 2 0 1 0 1
#> SRR1696056 2 0 1 0 1
#> SRR1696059 2 0 1 0 1
#> SRR1696058 2 0 1 0 1
#> SRR1696060 2 0 1 0 1
#> SRR1696061 2 0 1 0 1
#> SRR1696062 2 0 1 0 1
#> SRR1696063 2 0 1 0 1
#> SRR1696064 2 0 1 0 1
#> SRR1696065 2 0 1 0 1
#> SRR1696066 2 0 1 0 1
#> SRR1696067 2 0 1 0 1
#> SRR1696068 2 0 1 0 1
#> SRR1696069 2 0 1 0 1
#> SRR1696070 2 0 1 0 1
#> SRR1696071 2 0 1 0 1
#> SRR1696072 2 0 1 0 1
#> SRR1696073 2 0 1 0 1
#> SRR1696074 2 0 1 0 1
#> SRR1696075 2 0 1 0 1
#> SRR1696076 2 0 1 0 1
#> SRR1696077 2 0 1 0 1
#> SRR1696078 2 0 1 0 1
#> SRR1696079 2 0 1 0 1
#> SRR1696080 2 0 1 0 1
#> SRR1696081 2 0 1 0 1
#> SRR1696083 2 0 1 0 1
#> SRR1696082 2 0 1 0 1
#> SRR1696084 2 0 1 0 1
#> SRR1696085 2 0 1 0 1
#> SRR1696086 2 0 1 0 1
#> SRR1696087 2 0 1 0 1
#> SRR1696088 2 0 1 0 1
#> SRR1696091 2 0 1 0 1
#> SRR1696089 2 0 1 0 1
#> SRR1696090 2 0 1 0 1
#> SRR1696092 2 0 1 0 1
#> SRR1696094 2 0 1 0 1
#> SRR1696093 2 0 1 0 1
#> SRR1696095 2 0 1 0 1
#> SRR1696096 2 0 1 0 1
#> SRR1696097 2 0 1 0 1
#> SRR1696098 2 0 1 0 1
#> SRR1696099 2 0 1 0 1
#> SRR1696100 2 0 1 0 1
#> SRR1696102 2 0 1 0 1
#> SRR1696103 2 0 1 0 1
#> SRR1696104 2 0 1 0 1
#> SRR1696105 2 0 1 0 1
#> SRR1696107 2 0 1 0 1
#> SRR1696108 2 0 1 0 1
#> SRR1696106 2 0 1 0 1
#> SRR1696110 2 0 1 0 1
#> SRR1696109 2 0 1 0 1
#> SRR1696111 2 0 1 0 1
#> SRR1696112 2 0 1 0 1
#> SRR1696114 2 0 1 0 1
#> SRR1696113 2 0 1 0 1
#> SRR1696115 2 0 1 0 1
#> SRR1696116 2 0 1 0 1
#> SRR1696117 2 0 1 0 1
#> SRR1696118 2 0 1 0 1
#> SRR1696119 2 0 1 0 1
#> SRR1696120 1 0 1 1 0
#> SRR1696121 1 0 1 1 0
#> SRR1696122 1 0 1 1 0
#> SRR1696125 2 0 1 0 1
#> SRR1696124 2 0 1 0 1
#> SRR1696123 2 0 1 0 1
#> SRR1696126 2 0 1 0 1
#> SRR1696127 2 0 1 0 1
#> SRR1696128 2 0 1 0 1
#> SRR1696129 2 0 1 0 1
#> SRR1696130 2 0 1 0 1
#> SRR1696131 2 0 1 0 1
#> SRR1696133 2 0 1 0 1
#> SRR1696132 2 0 1 0 1
#> SRR1696135 2 0 1 0 1
#> SRR1696134 2 0 1 0 1
#> SRR1696136 2 0 1 0 1
#> SRR1696137 2 0 1 0 1
#> SRR1696138 2 0 1 0 1
#> SRR1696139 2 0 1 0 1
#> SRR1696140 2 0 1 0 1
#> SRR1696142 2 0 1 0 1
#> SRR1696141 2 0 1 0 1
#> SRR1696143 2 0 1 0 1
#> SRR1696144 2 0 1 0 1
#> SRR1696146 1 0 1 1 0
#> SRR1696145 1 0 1 1 0
#> SRR1696148 2 0 1 0 1
#> SRR1696147 2 0 1 0 1
#> SRR1696149 2 0 1 0 1
#> SRR1696150 2 0 1 0 1
#> SRR1696151 2 0 1 0 1
#> SRR1696152 2 0 1 0 1
#> SRR1696153 2 0 1 0 1
#> SRR1696154 2 0 1 0 1
#> SRR1696155 2 0 1 0 1
#> SRR1696156 2 0 1 0 1
#> SRR1696157 2 0 1 0 1
#> SRR1696158 2 0 1 0 1
#> SRR1696159 2 0 1 0 1
#> SRR1696160 2 0 1 0 1
#> SRR1696161 2 0 1 0 1
#> SRR1696162 2 0 1 0 1
#> SRR1696163 2 0 1 0 1
#> SRR1696164 2 0 1 0 1
#> SRR1696165 2 0 1 0 1
#> SRR1696166 2 0 1 0 1
#> SRR1696167 2 0 1 0 1
#> SRR1696169 2 0 1 0 1
#> SRR1696168 2 0 1 0 1
#> SRR1696171 2 0 1 0 1
#> SRR1696170 2 0 1 0 1
#> SRR1696172 2 0 1 0 1
#> SRR1696173 2 0 1 0 1
#> SRR1696174 2 0 1 0 1
#> SRR1696176 2 0 1 0 1
#> SRR1696175 2 0 1 0 1
#> SRR1696177 2 0 1 0 1
#> SRR1696178 2 0 1 0 1
#> SRR1696179 2 0 1 0 1
#> SRR1696180 2 0 1 0 1
#> SRR1696181 2 0 1 0 1
#> SRR1696182 2 0 1 0 1
#> SRR1696183 2 0 1 0 1
#> SRR1696184 2 0 1 0 1
#> SRR1696185 2 0 1 0 1
#> SRR1696186 1 0 1 1 0
#> SRR1696187 2 0 1 0 1
#> SRR1696189 2 0 1 0 1
#> SRR1696188 2 0 1 0 1
#> SRR1696190 2 0 1 0 1
#> SRR1696191 2 0 1 0 1
#> SRR1696192 2 0 1 0 1
#> SRR1696193 2 0 1 0 1
#> SRR1696194 2 0 1 0 1
#> SRR1696195 2 0 1 0 1
#> SRR1696196 2 0 1 0 1
#> SRR1696197 1 0 1 1 0
#> SRR1696198 1 0 1 1 0
#> SRR1696199 2 0 1 0 1
#> SRR1696200 2 0 1 0 1
#> SRR1696201 2 0 1 0 1
#> SRR1696202 2 0 1 0 1
#> SRR1696203 2 0 1 0 1
#> SRR1696205 2 0 1 0 1
#> SRR1696204 2 0 1 0 1
#> SRR1696206 2 0 1 0 1
#> SRR1696207 2 0 1 0 1
#> SRR1696209 2 0 1 0 1
#> SRR1696210 2 0 1 0 1
#> SRR1696208 2 0 1 0 1
#> SRR1696212 2 0 1 0 1
#> SRR1696211 2 0 1 0 1
#> SRR1696213 2 0 1 0 1
#> SRR1696214 2 0 1 0 1
#> SRR1696215 2 0 1 0 1
#> SRR1696217 2 0 1 0 1
#> SRR1696216 2 0 1 0 1
#> SRR1696218 2 0 1 0 1
#> SRR1696219 2 0 1 0 1
#> SRR1696220 2 0 1 0 1
#> SRR1696221 2 0 1 0 1
#> SRR1696222 2 0 1 0 1
#> SRR1696224 2 0 1 0 1
#> SRR1696223 2 0 1 0 1
#> SRR1696225 2 0 1 0 1
#> SRR1696227 2 0 1 0 1
#> SRR1696226 2 0 1 0 1
#> SRR1696228 2 0 1 0 1
#> SRR1696229 2 0 1 0 1
#> SRR1696232 2 0 1 0 1
#> SRR1696231 2 0 1 0 1
#> SRR1696230 2 0 1 0 1
#> SRR1696233 2 0 1 0 1
#> SRR1696235 2 0 1 0 1
#> SRR1696234 2 0 1 0 1
#> SRR1696236 2 0 1 0 1
#> SRR1696237 2 0 1 0 1
#> SRR1696238 2 0 1 0 1
#> SRR1696239 2 0 1 0 1
#> SRR1696240 2 0 1 0 1
#> SRR1696241 2 0 1 0 1
#> SRR1696244 2 0 1 0 1
#> SRR1696243 2 0 1 0 1
#> SRR1696242 2 0 1 0 1
#> SRR1696245 2 0 1 0 1
#> SRR1696246 2 0 1 0 1
#> SRR1696247 2 0 1 0 1
#> SRR1696248 2 0 1 0 1
#> SRR1696249 2 0 1 0 1
#> SRR1696250 2 0 1 0 1
#> SRR1696252 2 0 1 0 1
#> SRR1696253 2 0 1 0 1
#> SRR1696251 2 0 1 0 1
#> SRR1696254 2 0 1 0 1
#> SRR1696255 2 0 1 0 1
#> SRR1696256 2 0 1 0 1
#> SRR1696258 2 0 1 0 1
#> SRR1696257 2 0 1 0 1
#> SRR1696260 2 0 1 0 1
#> SRR1696259 2 0 1 0 1
#> SRR1696261 2 0 1 0 1
#> SRR1696262 2 0 1 0 1
#> SRR1696263 2 0 1 0 1
#> SRR1696265 1 0 1 1 0
#> SRR1696264 2 0 1 0 1
#> SRR1696266 1 0 1 1 0
#> SRR1696267 1 0 1 1 0
#> SRR1696269 2 0 1 0 1
#> SRR1696271 2 0 1 0 1
#> SRR1696270 2 0 1 0 1
#> SRR1696268 1 0 1 1 0
#> SRR1696272 2 0 1 0 1
#> SRR1696274 2 0 1 0 1
#> SRR1696273 2 0 1 0 1
#> SRR1696275 2 0 1 0 1
#> SRR1696276 2 0 1 0 1
#> SRR1696277 2 0 1 0 1
#> SRR1696279 2 0 1 0 1
#> SRR1696278 2 0 1 0 1
#> SRR1696280 2 0 1 0 1
#> SRR1696281 2 0 1 0 1
#> SRR1696282 2 0 1 0 1
#> SRR1696283 2 0 1 0 1
#> SRR1696286 2 0 1 0 1
#> SRR1696284 2 0 1 0 1
#> SRR1696287 2 0 1 0 1
#> SRR1696285 2 0 1 0 1
#> SRR1696288 2 0 1 0 1
#> SRR1696290 2 0 1 0 1
#> SRR1696291 1 0 1 1 0
#> SRR1696289 2 0 1 0 1
#> SRR1696292 1 0 1 1 0
#> SRR1696293 2 0 1 0 1
#> SRR1696294 2 0 1 0 1
#> SRR1696295 2 0 1 0 1
#> SRR1696296 2 0 1 0 1
#> SRR1696297 2 0 1 0 1
#> SRR1696298 2 0 1 0 1
#> SRR1696299 2 0 1 0 1
#> SRR1696301 2 0 1 0 1
#> SRR1696300 2 0 1 0 1
#> SRR1696303 2 0 1 0 1
#> SRR1696302 2 0 1 0 1
#> SRR1696304 2 0 1 0 1
#> SRR1696305 2 0 1 0 1
#> SRR1696306 2 0 1 0 1
#> SRR1696307 2 0 1 0 1
#> SRR1696309 2 0 1 0 1
#> SRR1696310 2 0 1 0 1
#> SRR1696308 2 0 1 0 1
#> SRR1696311 2 0 1 0 1
#> SRR1696314 2 0 1 0 1
#> SRR1696312 2 0 1 0 1
#> SRR1696313 2 0 1 0 1
#> SRR1696315 2 0 1 0 1
#> SRR1696316 2 0 1 0 1
#> SRR1696317 2 0 1 0 1
#> SRR1696318 2 0 1 0 1
#> SRR1696319 2 0 1 0 1
#> SRR1696320 2 0 1 0 1
#> SRR1696322 2 0 1 0 1
#> SRR1696321 2 0 1 0 1
#> SRR1696324 2 0 1 0 1
#> SRR1696323 2 0 1 0 1
#> SRR1696326 2 0 1 0 1
#> SRR1696325 2 0 1 0 1
#> SRR1696327 2 0 1 0 1
#> SRR1696328 2 0 1 0 1
#> SRR1696329 2 0 1 0 1
#> SRR1696330 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696029 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696030 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696031 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696032 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696033 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696034 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696035 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696036 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696037 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696039 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696038 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696040 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696041 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696042 1 0.0592 1.000 0.988 0.012 0
#> SRR1696043 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696044 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696045 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696046 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696047 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696048 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696050 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696051 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696052 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696054 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696055 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696057 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696049 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696056 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696059 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696058 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696060 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696061 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696062 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696063 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696064 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696065 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696066 2 0.1163 0.912 0.028 0.972 0
#> SRR1696067 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696068 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696069 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696070 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696071 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696072 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696073 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696074 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696075 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696076 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696077 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696078 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696079 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696080 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696081 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696083 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696082 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696084 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696085 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696086 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696087 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696088 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696091 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696089 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696090 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696092 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696094 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696093 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696095 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696096 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696097 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696098 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696099 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696100 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696102 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696103 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696104 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696105 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696107 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0
#> SRR1696108 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696106 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696110 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696109 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696111 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696112 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696114 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696113 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696115 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696116 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696117 2 0.5431 0.719 0.284 0.716 0
#> SRR1696118 2 0.5497 0.708 0.292 0.708 0
#> SRR1696119 2 0.5497 0.708 0.292 0.708 0
#> SRR1696120 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696121 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696122 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696125 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696124 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696123 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696126 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696127 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696128 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696129 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696130 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696131 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696133 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696132 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696135 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696134 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696136 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696137 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696138 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696139 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696140 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696142 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696141 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696143 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696144 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696146 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696145 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696148 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696147 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696149 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696150 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696151 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696152 2 0.0747 0.913 0.016 0.984 0
#> SRR1696153 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696154 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696155 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696156 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696157 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696158 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696159 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696160 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696161 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696162 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696163 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696164 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696165 2 0.0237 0.915 0.004 0.996 0
#> SRR1696166 2 0.3192 0.867 0.112 0.888 0
#> SRR1696167 2 0.1964 0.900 0.056 0.944 0
#> SRR1696169 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696168 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696171 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696170 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696172 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696173 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696174 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696176 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696175 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696177 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696178 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696179 2 0.0424 0.914 0.008 0.992 0
#> SRR1696180 2 0.0237 0.914 0.004 0.996 0
#> SRR1696181 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696182 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696183 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696184 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696185 2 0.5465 0.713 0.288 0.712 0
#> SRR1696186 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696187 2 0.5138 0.753 0.252 0.748 0
#> SRR1696189 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696188 2 0.1163 0.912 0.028 0.972 0
#> SRR1696190 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696191 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696192 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696193 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696194 2 0.2066 0.897 0.060 0.940 0
#> SRR1696195 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696196 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696197 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696198 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696199 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696200 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696201 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696202 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696203 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696205 2 0.5016 0.764 0.240 0.760 0
#> SRR1696204 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696206 2 0.5926 0.612 0.356 0.644 0
#> SRR1696207 2 0.4605 0.796 0.204 0.796 0
#> SRR1696209 2 0.5497 0.708 0.292 0.708 0
#> SRR1696210 2 0.5291 0.738 0.268 0.732 0
#> SRR1696208 2 0.1031 0.913 0.024 0.976 0
#> SRR1696212 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696211 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696213 2 0.1529 0.909 0.040 0.960 0
#> SRR1696214 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696215 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696217 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696216 2 0.5291 0.738 0.268 0.732 0
#> SRR1696218 2 0.5098 0.758 0.248 0.752 0
#> SRR1696219 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696220 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696221 2 0.0747 0.915 0.016 0.984 0
#> SRR1696222 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696224 2 0.1643 0.907 0.044 0.956 0
#> SRR1696223 2 0.1643 0.907 0.044 0.956 0
#> SRR1696225 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696227 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696226 2 0.4452 0.805 0.192 0.808 0
#> SRR1696228 2 0.5216 0.745 0.260 0.740 0
#> SRR1696229 2 0.1163 0.912 0.028 0.972 0
#> SRR1696232 2 0.0892 0.914 0.020 0.980 0
#> SRR1696231 2 0.5178 0.750 0.256 0.744 0
#> SRR1696230 2 0.5138 0.754 0.252 0.748 0
#> SRR1696233 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696235 2 0.4235 0.817 0.176 0.824 0
#> SRR1696234 2 0.0892 0.914 0.020 0.980 0
#> SRR1696236 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696237 2 0.1643 0.906 0.044 0.956 0
#> SRR1696238 2 0.1031 0.913 0.024 0.976 0
#> SRR1696239 2 0.1031 0.912 0.024 0.976 0
#> SRR1696240 2 0.1031 0.912 0.024 0.976 0
#> SRR1696241 2 0.1411 0.908 0.036 0.964 0
#> SRR1696244 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696243 2 0.5254 0.741 0.264 0.736 0
#> SRR1696242 2 0.1031 0.912 0.024 0.976 0
#> SRR1696245 2 0.5497 0.708 0.292 0.708 0
#> SRR1696246 2 0.5291 0.737 0.268 0.732 0
#> SRR1696247 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696248 2 0.5291 0.737 0.268 0.732 0
#> SRR1696249 2 0.5591 0.692 0.304 0.696 0
#> SRR1696250 2 0.3816 0.838 0.148 0.852 0
#> SRR1696252 2 0.5431 0.718 0.284 0.716 0
#> SRR1696253 2 0.5810 0.645 0.336 0.664 0
#> SRR1696251 2 0.5560 0.698 0.300 0.700 0
#> SRR1696254 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696255 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696256 2 0.4796 0.782 0.220 0.780 0
#> SRR1696258 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696257 2 0.5859 0.632 0.344 0.656 0
#> SRR1696260 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696259 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696261 2 0.5926 0.612 0.356 0.644 0
#> SRR1696262 2 0.5926 0.612 0.356 0.644 0
#> SRR1696263 2 0.5465 0.713 0.288 0.712 0
#> SRR1696265 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696264 2 0.5216 0.745 0.260 0.740 0
#> SRR1696266 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696267 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696269 2 0.2066 0.897 0.060 0.940 0
#> SRR1696271 2 0.5254 0.741 0.264 0.736 0
#> SRR1696270 2 0.1031 0.913 0.024 0.976 0
#> SRR1696268 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696272 2 0.5254 0.741 0.264 0.736 0
#> SRR1696274 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696273 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696275 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696276 2 0.5058 0.761 0.244 0.756 0
#> SRR1696277 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696279 2 0.5216 0.747 0.260 0.740 0
#> SRR1696278 2 0.2165 0.895 0.064 0.936 0
#> SRR1696280 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696281 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696282 2 0.5058 0.761 0.244 0.756 0
#> SRR1696283 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696286 2 0.5098 0.756 0.248 0.752 0
#> SRR1696284 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696287 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696285 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696288 2 0.0892 0.913 0.020 0.980 0
#> SRR1696290 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696289 2 0.0424 0.913 0.008 0.992 0
#> SRR1696292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696293 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696294 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696295 2 0.4452 0.805 0.192 0.808 0
#> SRR1696296 2 0.1860 0.901 0.052 0.948 0
#> SRR1696297 2 0.5621 0.688 0.308 0.692 0
#> SRR1696298 2 0.2625 0.883 0.084 0.916 0
#> SRR1696299 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696301 2 0.5591 0.692 0.304 0.696 0
#> SRR1696300 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696303 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696302 2 0.5363 0.727 0.276 0.724 0
#> SRR1696304 2 0.1753 0.903 0.048 0.952 0
#> SRR1696305 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696306 2 0.0592 0.914 0.012 0.988 0
#> SRR1696307 2 0.5291 0.737 0.268 0.732 0
#> SRR1696309 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696310 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696308 2 0.0747 0.914 0.016 0.984 0
#> SRR1696311 2 0.5835 0.639 0.340 0.660 0
#> SRR1696314 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696312 2 0.5591 0.692 0.304 0.696 0
#> SRR1696313 2 0.5760 0.658 0.328 0.672 0
#> SRR1696315 2 0.5859 0.632 0.344 0.656 0
#> SRR1696316 2 0.4452 0.805 0.192 0.808 0
#> SRR1696317 2 0.5465 0.714 0.288 0.712 0
#> SRR1696318 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696319 2 0.5650 0.681 0.312 0.688 0
#> SRR1696320 2 0.3816 0.838 0.148 0.852 0
#> SRR1696322 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696321 2 0.5650 0.681 0.312 0.688 0
#> SRR1696324 2 0.5138 0.753 0.252 0.748 0
#> SRR1696323 2 0.5760 0.658 0.328 0.672 0
#> SRR1696326 2 0.5327 0.732 0.272 0.728 0
#> SRR1696325 2 0.5859 0.632 0.344 0.656 0
#> SRR1696327 2 0.5926 0.612 0.356 0.644 0
#> SRR1696328 2 0.1163 0.911 0.028 0.972 0
#> SRR1696329 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
#> SRR1696330 2 0.0592 0.912 0.012 0.988 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0469 1.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0921 0.912 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0469 0.915 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.4304 0.719 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.4356 0.708 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.4356 0.708 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696120 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.4996 0.318 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1696122 3 0.4996 0.318 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1696125 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0592 0.913 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0188 0.915 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.2530 0.867 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.1557 0.900 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0336 0.914 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0188 0.914 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.4331 0.713 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1696186 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 2 0.4072 0.753 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696188 2 0.0921 0.912 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696193 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.1637 0.897 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696196 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696202 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696203 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696205 2 0.3975 0.764 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.4697 0.612 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696207 2 0.3649 0.796 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1696209 2 0.4356 0.708 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696210 2 0.4193 0.738 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.0817 0.913 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696212 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696211 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.1211 0.909 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696217 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696216 2 0.4193 0.738 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1696218 2 0.4040 0.758 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.0592 0.915 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696224 2 0.1302 0.907 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696223 2 0.1302 0.907 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696227 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.3528 0.805 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1696228 2 0.4134 0.745 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.0921 0.912 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.0707 0.914 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696231 2 0.4103 0.750 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1696230 2 0.4072 0.754 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696235 2 0.3356 0.817 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.0707 0.914 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696236 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696237 2 0.1302 0.906 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.0817 0.913 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696239 2 0.0817 0.912 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696240 2 0.0817 0.912 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696241 2 0.1118 0.908 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696244 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696243 2 0.4164 0.741 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0817 0.912 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696245 2 0.4356 0.708 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696246 2 0.4193 0.737 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1696247 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696248 2 0.4193 0.737 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1696249 2 0.4431 0.692 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1696250 2 0.3024 0.838 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696252 2 0.4304 0.718 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1696253 2 0.4605 0.645 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1696251 2 0.4406 0.698 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1696254 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696255 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696256 2 0.3801 0.782 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1696258 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696257 2 0.4643 0.632 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696259 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696261 2 0.4697 0.612 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696262 2 0.4697 0.612 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696263 2 0.4331 0.713 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1696265 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 2 0.4134 0.745 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1696266 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.4996 0.318 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1696269 2 0.1637 0.897 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696271 2 0.4164 0.741 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.0817 0.913 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.4996 0.318 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1696272 2 0.4164 0.741 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696276 2 0.4008 0.761 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696279 2 0.4134 0.747 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.1716 0.895 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696280 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696282 2 0.4008 0.761 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696286 2 0.4040 0.756 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0707 0.913 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696291 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.0336 0.913 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696292 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696294 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696295 2 0.3528 0.805 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.1474 0.901 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696297 2 0.4454 0.688 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1696298 2 0.2081 0.883 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696301 2 0.4431 0.692 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696302 2 0.4250 0.727 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.1389 0.903 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.0469 0.914 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696307 2 0.4193 0.737 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1696309 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.0592 0.914 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696311 2 0.4624 0.639 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.4431 0.692 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1696313 2 0.4564 0.658 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1696315 2 0.4643 0.632 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.3528 0.805 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1696317 2 0.4331 0.714 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1696318 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696319 2 0.4477 0.681 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.3024 0.838 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696322 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696321 2 0.4477 0.681 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1696324 2 0.4072 0.753 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1696323 2 0.4564 0.658 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1696326 2 0.4222 0.732 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1696325 2 0.4643 0.632 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1696327 2 0.4697 0.612 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696328 2 0.0921 0.911 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.0469 0.912 0.012 0.988 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696035 3 0.3999 0.6206 0.000 0.344 0.656 0.000 0
#> SRR1696036 3 0.3999 0.6206 0.000 0.344 0.656 0.000 0
#> SRR1696037 3 0.3999 0.6206 0.000 0.344 0.656 0.000 0
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696038 3 0.3999 0.6206 0.000 0.344 0.656 0.000 0
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696043 2 0.4291 0.9467 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696044 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696045 1 0.4305 -0.8114 0.512 0.488 0.000 0.000 0
#> SRR1696046 1 0.4305 -0.8114 0.512 0.488 0.000 0.000 0
#> SRR1696047 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696048 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696050 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696051 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696052 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696053 3 0.0000 0.6706 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696054 3 0.0000 0.6706 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696055 2 0.4300 0.9250 0.476 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR1696057 2 0.4294 0.9418 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696049 2 0.4307 0.8663 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696056 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696059 2 0.4306 0.8809 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696058 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696060 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696061 2 0.4294 0.9415 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696062 2 0.4294 0.9415 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696063 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696064 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696065 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696066 1 0.4305 -0.7949 0.512 0.488 0.000 0.000 0
#> SRR1696067 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696068 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696069 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696070 2 0.4307 0.8663 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696071 2 0.4305 0.8937 0.488 0.512 0.000 0.000 0
#> SRR1696072 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696073 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696074 1 0.4307 -0.8529 0.500 0.500 0.000 0.000 0
#> SRR1696075 2 0.4291 0.9456 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696076 2 0.4306 0.8806 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696077 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696078 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696079 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696080 2 0.4294 0.9414 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696081 2 0.4306 0.8808 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696083 2 0.4300 0.9250 0.476 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR1696082 2 0.4294 0.9418 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696084 2 0.4294 0.9415 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696085 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696086 2 0.4291 0.9470 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696087 2 0.4278 0.9545 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696088 2 0.4294 0.9414 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696091 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696089 2 0.4306 0.8808 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696090 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696092 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696094 2 0.4307 0.8669 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696093 1 0.4306 -0.8267 0.508 0.492 0.000 0.000 0
#> SRR1696095 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696096 2 0.4283 0.9531 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696097 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696098 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696099 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696100 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696102 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696103 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696104 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696105 2 0.4294 0.9397 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696107 2 0.4300 0.9241 0.476 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR1696108 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696106 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696110 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696109 2 0.4306 0.8828 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696111 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696112 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696114 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696113 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696115 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696116 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696117 1 0.2813 0.4675 0.832 0.168 0.000 0.000 0
#> SRR1696118 1 0.2773 0.4716 0.836 0.164 0.000 0.000 0
#> SRR1696119 1 0.2773 0.4716 0.836 0.164 0.000 0.000 0
#> SRR1696120 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696121 3 0.4304 0.1499 0.000 0.000 0.516 0.484 0
#> SRR1696122 3 0.4304 0.1499 0.000 0.000 0.516 0.484 0
#> SRR1696125 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696124 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696123 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696126 2 0.4306 0.8806 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696127 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696128 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696129 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696130 2 0.4307 0.8669 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696131 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696133 2 0.4302 0.9149 0.480 0.520 0.000 0.000 0
#> SRR1696132 2 0.4307 0.8669 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696135 2 0.4305 0.8937 0.488 0.512 0.000 0.000 0
#> SRR1696134 2 0.4287 0.9512 0.460 0.540 0.000 0.000 0
#> SRR1696136 1 0.4306 -0.8272 0.508 0.492 0.000 0.000 0
#> SRR1696137 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696138 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696139 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696140 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696142 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696141 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696143 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696144 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696146 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696145 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696148 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696147 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696149 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696150 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696151 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696152 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696153 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696154 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696155 2 0.4300 0.9250 0.476 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR1696156 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696157 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696158 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696159 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696160 1 0.4307 -0.8432 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696161 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696162 2 0.4278 0.9554 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696163 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696164 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696165 2 0.4294 0.9417 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696166 1 0.4161 -0.2273 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1696167 1 0.3752 0.0788 0.708 0.292 0.000 0.000 0
#> SRR1696169 2 0.4304 0.9053 0.484 0.516 0.000 0.000 0
#> SRR1696168 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696171 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696170 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696172 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696173 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696174 2 0.4291 0.9477 0.464 0.536 0.000 0.000 0
#> SRR1696176 2 0.4294 0.9415 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696175 1 0.4307 -0.8390 0.504 0.496 0.000 0.000 0
#> SRR1696177 2 0.4294 0.9397 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696178 2 0.4287 0.9512 0.460 0.540 0.000 0.000 0
#> SRR1696179 2 0.4294 0.9397 0.468 0.532 0.000 0.000 0
#> SRR1696180 2 0.4283 0.9549 0.456 0.544 0.000 0.000 0
#> SRR1696181 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696182 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696183 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696184 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696185 1 0.2773 0.4695 0.836 0.164 0.000 0.000 0
#> SRR1696186 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696187 1 0.1478 0.4852 0.936 0.064 0.000 0.000 0
#> SRR1696189 1 0.4300 -0.7714 0.524 0.476 0.000 0.000 0
#> SRR1696188 1 0.4283 -0.6447 0.544 0.456 0.000 0.000 0
#> SRR1696190 1 0.4300 -0.7714 0.524 0.476 0.000 0.000 0
#> SRR1696191 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696192 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696193 1 0.4227 -0.4875 0.580 0.420 0.000 0.000 0
#> SRR1696194 1 0.4227 -0.4778 0.580 0.420 0.000 0.000 0
#> SRR1696195 1 0.4249 -0.5357 0.568 0.432 0.000 0.000 0
#> SRR1696196 2 0.4300 0.9108 0.476 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR1696197 3 0.0000 0.6706 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696198 3 0.0000 0.6706 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696199 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696200 1 0.4278 -0.6247 0.548 0.452 0.000 0.000 0
#> SRR1696201 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696202 1 0.1121 0.4908 0.956 0.044 0.000 0.000 0
#> SRR1696203 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696205 1 0.1792 0.4742 0.916 0.084 0.000 0.000 0
#> SRR1696204 1 0.4302 -0.7420 0.520 0.480 0.000 0.000 0
#> SRR1696206 1 0.2074 0.4370 0.896 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR1696207 1 0.3003 0.3985 0.812 0.188 0.000 0.000 0
#> SRR1696209 1 0.0510 0.4867 0.984 0.016 0.000 0.000 0
#> SRR1696210 1 0.2179 0.4851 0.888 0.112 0.000 0.000 0
#> SRR1696208 1 0.4294 -0.6857 0.532 0.468 0.000 0.000 0
#> SRR1696212 1 0.4256 -0.5474 0.564 0.436 0.000 0.000 0
#> SRR1696211 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696213 1 0.4219 -0.4758 0.584 0.416 0.000 0.000 0
#> SRR1696214 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696215 2 0.4304 0.8609 0.484 0.516 0.000 0.000 0
#> SRR1696217 2 0.4304 0.8609 0.484 0.516 0.000 0.000 0
#> SRR1696216 1 0.2280 0.4817 0.880 0.120 0.000 0.000 0
#> SRR1696218 1 0.2179 0.4743 0.888 0.112 0.000 0.000 0
#> SRR1696219 2 0.4278 0.9510 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696220 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696221 2 0.4304 0.8912 0.484 0.516 0.000 0.000 0
#> SRR1696222 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696224 1 0.4101 -0.2659 0.628 0.372 0.000 0.000 0
#> SRR1696223 1 0.4101 -0.2659 0.628 0.372 0.000 0.000 0
#> SRR1696225 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696227 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696226 1 0.2966 0.3627 0.816 0.184 0.000 0.000 0
#> SRR1696228 1 0.1608 0.4848 0.928 0.072 0.000 0.000 0
#> SRR1696229 1 0.4297 -0.7214 0.528 0.472 0.000 0.000 0
#> SRR1696232 1 0.4278 -0.6316 0.548 0.452 0.000 0.000 0
#> SRR1696231 1 0.1965 0.4840 0.904 0.096 0.000 0.000 0
#> SRR1696230 1 0.2230 0.4761 0.884 0.116 0.000 0.000 0
#> SRR1696233 1 0.4305 -0.7777 0.512 0.488 0.000 0.000 0
#> SRR1696235 1 0.3143 0.3262 0.796 0.204 0.000 0.000 0
#> SRR1696234 1 0.4297 -0.7040 0.528 0.472 0.000 0.000 0
#> SRR1696236 1 0.4256 -0.5474 0.564 0.436 0.000 0.000 0
#> SRR1696237 1 0.4227 -0.4652 0.580 0.420 0.000 0.000 0
#> SRR1696238 1 0.4305 -0.7925 0.512 0.488 0.000 0.000 0
#> SRR1696239 1 0.4192 -0.4391 0.596 0.404 0.000 0.000 0
#> SRR1696240 1 0.4192 -0.4391 0.596 0.404 0.000 0.000 0
#> SRR1696241 1 0.4161 -0.3840 0.608 0.392 0.000 0.000 0
#> SRR1696244 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696243 1 0.1197 0.4904 0.952 0.048 0.000 0.000 0
#> SRR1696242 1 0.4192 -0.4391 0.596 0.404 0.000 0.000 0
#> SRR1696245 1 0.0510 0.4866 0.984 0.016 0.000 0.000 0
#> SRR1696246 1 0.1197 0.4900 0.952 0.048 0.000 0.000 0
#> SRR1696247 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696248 1 0.1197 0.4900 0.952 0.048 0.000 0.000 0
#> SRR1696249 1 0.0963 0.4780 0.964 0.036 0.000 0.000 0
#> SRR1696250 1 0.2732 0.3911 0.840 0.160 0.000 0.000 0
#> SRR1696252 1 0.0290 0.4894 0.992 0.008 0.000 0.000 0
#> SRR1696253 1 0.1792 0.4507 0.916 0.084 0.000 0.000 0
#> SRR1696251 1 0.1043 0.4759 0.960 0.040 0.000 0.000 0
#> SRR1696254 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696255 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696256 1 0.2648 0.4166 0.848 0.152 0.000 0.000 0
#> SRR1696258 1 0.1043 0.4915 0.960 0.040 0.000 0.000 0
#> SRR1696257 1 0.1908 0.4455 0.908 0.092 0.000 0.000 0
#> SRR1696260 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696259 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696261 1 0.2074 0.4370 0.896 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR1696262 1 0.2074 0.4370 0.896 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR1696263 1 0.0404 0.4881 0.988 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR1696265 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696264 1 0.1121 0.4912 0.956 0.044 0.000 0.000 0
#> SRR1696266 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696267 3 0.4304 0.1499 0.000 0.000 0.516 0.484 0
#> SRR1696269 1 0.4227 -0.4778 0.580 0.420 0.000 0.000 0
#> SRR1696271 1 0.1478 0.4854 0.936 0.064 0.000 0.000 0
#> SRR1696270 1 0.4294 -0.6879 0.532 0.468 0.000 0.000 0
#> SRR1696268 3 0.4304 0.1499 0.000 0.000 0.516 0.484 0
#> SRR1696272 1 0.1478 0.4854 0.936 0.064 0.000 0.000 0
#> SRR1696274 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696273 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696275 1 0.4201 -0.4277 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696276 1 0.2127 0.4668 0.892 0.108 0.000 0.000 0
#> SRR1696277 1 0.4201 -0.4277 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696279 1 0.2605 0.4792 0.852 0.148 0.000 0.000 0
#> SRR1696278 1 0.4219 -0.4590 0.584 0.416 0.000 0.000 0
#> SRR1696280 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696281 2 0.4278 0.9510 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696282 1 0.2127 0.4668 0.892 0.108 0.000 0.000 0
#> SRR1696283 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696286 1 0.1671 0.4790 0.924 0.076 0.000 0.000 0
#> SRR1696284 1 0.4201 -0.4581 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696287 2 0.4306 0.8487 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696285 1 0.4262 -0.5673 0.560 0.440 0.000 0.000 0
#> SRR1696288 2 0.4306 0.8487 0.492 0.508 0.000 0.000 0
#> SRR1696290 2 0.4287 0.9499 0.460 0.540 0.000 0.000 0
#> SRR1696291 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696289 2 0.4287 0.9499 0.460 0.540 0.000 0.000 0
#> SRR1696292 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696293 1 0.4210 -0.4435 0.588 0.412 0.000 0.000 0
#> SRR1696294 1 0.4210 -0.4435 0.588 0.412 0.000 0.000 0
#> SRR1696295 1 0.3039 0.3492 0.808 0.192 0.000 0.000 0
#> SRR1696296 1 0.4192 -0.4095 0.596 0.404 0.000 0.000 0
#> SRR1696297 1 0.2020 0.4808 0.900 0.100 0.000 0.000 0
#> SRR1696298 1 0.4101 -0.2527 0.628 0.372 0.000 0.000 0
#> SRR1696299 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696301 1 0.0963 0.4780 0.964 0.036 0.000 0.000 0
#> SRR1696300 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696303 2 0.4273 0.9557 0.448 0.552 0.000 0.000 0
#> SRR1696302 1 0.0000 0.4918 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696304 1 0.4249 -0.5357 0.568 0.432 0.000 0.000 0
#> SRR1696305 1 0.4300 -0.7714 0.524 0.476 0.000 0.000 0
#> SRR1696306 1 0.4300 -0.7714 0.524 0.476 0.000 0.000 0
#> SRR1696307 1 0.0290 0.4931 0.992 0.008 0.000 0.000 0
#> SRR1696309 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696310 1 0.4219 -0.4669 0.584 0.416 0.000 0.000 0
#> SRR1696308 1 0.4300 -0.7233 0.524 0.476 0.000 0.000 0
#> SRR1696311 1 0.1851 0.4482 0.912 0.088 0.000 0.000 0
#> SRR1696314 2 0.4278 0.9542 0.452 0.548 0.000 0.000 0
#> SRR1696312 1 0.2561 0.4691 0.856 0.144 0.000 0.000 0
#> SRR1696313 1 0.1792 0.4600 0.916 0.084 0.000 0.000 0
#> SRR1696315 1 0.1908 0.4455 0.908 0.092 0.000 0.000 0
#> SRR1696316 1 0.3039 0.3492 0.808 0.192 0.000 0.000 0
#> SRR1696317 1 0.1043 0.4798 0.960 0.040 0.000 0.000 0
#> SRR1696318 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696319 1 0.1341 0.4672 0.944 0.056 0.000 0.000 0
#> SRR1696320 1 0.3561 0.2005 0.740 0.260 0.000 0.000 0
#> SRR1696322 1 0.4201 -0.4277 0.592 0.408 0.000 0.000 0
#> SRR1696321 1 0.1341 0.4672 0.944 0.056 0.000 0.000 0
#> SRR1696324 1 0.1478 0.4850 0.936 0.064 0.000 0.000 0
#> SRR1696323 1 0.1608 0.4581 0.928 0.072 0.000 0.000 0
#> SRR1696326 1 0.0162 0.4930 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696325 1 0.1908 0.4455 0.908 0.092 0.000 0.000 0
#> SRR1696327 1 0.2074 0.4370 0.896 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR1696328 1 0.4192 -0.4089 0.596 0.404 0.000 0.000 0
#> SRR1696329 2 0.4307 0.8301 0.496 0.504 0.000 0.000 0
#> SRR1696330 2 0.4307 0.8301 0.496 0.504 0.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 6 0.3868 1.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0 0.508
#> SRR1696036 6 0.3868 1.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0 0.508
#> SRR1696037 6 0.3868 1.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0 0.508
#> SRR1696039 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 6 0.3868 1.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0 0.508
#> SRR1696040 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.0891 0.878 0.008 0.968 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696044 2 0.0603 0.879 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696045 2 0.1908 0.862 0.056 0.916 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696046 2 0.1908 0.862 0.056 0.916 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696047 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696048 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696050 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696051 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696052 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696053 3 0.0000 0.363 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.363 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696055 2 0.1088 0.876 0.016 0.960 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696057 2 0.0725 0.880 0.012 0.976 0.000 0.000 0 0.012
#> SRR1696049 2 0.1720 0.867 0.040 0.928 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696056 2 0.0603 0.880 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696059 2 0.1649 0.870 0.036 0.932 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696058 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696060 2 0.0790 0.878 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696061 2 0.0891 0.877 0.008 0.968 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696062 2 0.0806 0.878 0.008 0.972 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696063 2 0.0713 0.879 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696064 2 0.0865 0.879 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696065 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696066 2 0.2030 0.860 0.064 0.908 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696067 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696068 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696069 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696070 2 0.1644 0.869 0.040 0.932 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696071 2 0.1575 0.871 0.032 0.936 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696072 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696073 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696074 2 0.1713 0.867 0.044 0.928 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696075 2 0.1367 0.882 0.012 0.944 0.000 0.000 0 0.044
#> SRR1696076 2 0.1492 0.872 0.036 0.940 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696077 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696078 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696079 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696080 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696081 2 0.1649 0.869 0.036 0.932 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696083 2 0.1003 0.877 0.016 0.964 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696082 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696084 2 0.0891 0.878 0.008 0.968 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696085 2 0.0790 0.878 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696086 2 0.0806 0.879 0.008 0.972 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696087 2 0.0858 0.880 0.004 0.968 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696088 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696091 2 0.0713 0.878 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696089 2 0.1649 0.869 0.036 0.932 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696090 2 0.0458 0.880 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696092 2 0.0603 0.881 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696094 2 0.1644 0.869 0.040 0.932 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696093 2 0.1921 0.862 0.052 0.916 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696095 2 0.0713 0.879 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696096 2 0.1082 0.880 0.004 0.956 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696097 2 0.0713 0.880 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696098 2 0.0937 0.878 0.000 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696099 2 0.0632 0.879 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696100 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696102 2 0.0790 0.879 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696103 2 0.0632 0.879 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696104 2 0.0865 0.879 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696105 2 0.0717 0.880 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696107 2 0.1003 0.878 0.020 0.964 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696108 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696106 2 0.0790 0.879 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696110 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696109 2 0.1492 0.873 0.036 0.940 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696111 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696112 2 0.0508 0.880 0.004 0.984 0.000 0.000 0 0.012
#> SRR1696114 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696113 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696115 2 0.1501 0.873 0.000 0.924 0.000 0.000 0 0.076
#> SRR1696116 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696117 1 0.3992 0.568 0.624 0.364 0.000 0.000 0 0.012
#> SRR1696118 1 0.3874 0.584 0.636 0.356 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696119 1 0.3874 0.584 0.636 0.356 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696120 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696121 3 0.4695 0.529 0.000 0.000 0.508 0.448 0 0.044
#> SRR1696122 3 0.4695 0.529 0.000 0.000 0.508 0.448 0 0.044
#> SRR1696125 2 0.1921 0.863 0.052 0.916 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696124 2 0.0603 0.879 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696123 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696126 2 0.1564 0.872 0.040 0.936 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696127 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696128 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696129 2 0.0713 0.878 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696130 2 0.1644 0.869 0.040 0.932 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696131 2 0.0458 0.880 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696133 2 0.1092 0.876 0.020 0.960 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696132 2 0.1644 0.869 0.040 0.932 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696135 2 0.1575 0.871 0.032 0.936 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696134 2 0.1010 0.880 0.004 0.960 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696136 2 0.1845 0.864 0.052 0.920 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696137 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696138 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696139 2 0.0713 0.878 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696140 2 0.0603 0.879 0.004 0.980 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696142 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696141 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696143 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696144 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696146 4 0.3221 0.825 0.000 0.000 0.000 0.736 0 0.264
#> SRR1696145 4 0.3221 0.825 0.000 0.000 0.000 0.736 0 0.264
#> SRR1696148 2 0.1327 0.879 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696147 2 0.1327 0.879 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696149 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696150 2 0.0790 0.878 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696151 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696152 2 0.1010 0.880 0.004 0.960 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696153 2 0.1075 0.873 0.000 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696154 2 0.1075 0.873 0.000 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696155 2 0.1003 0.877 0.016 0.964 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696156 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696157 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696158 2 0.0937 0.878 0.000 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696159 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696160 2 0.1780 0.866 0.048 0.924 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696161 2 0.0632 0.879 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696162 2 0.0790 0.878 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696163 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696164 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696165 2 0.1074 0.878 0.012 0.960 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696166 2 0.3440 0.724 0.196 0.776 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696167 1 0.4918 0.544 0.596 0.320 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696169 2 0.1421 0.874 0.028 0.944 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696168 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696171 2 0.1141 0.878 0.000 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696170 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696172 2 0.0865 0.877 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696173 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696174 2 0.0717 0.879 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696176 2 0.0806 0.878 0.008 0.972 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696175 2 0.1856 0.864 0.048 0.920 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696177 2 0.0717 0.880 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696178 2 0.1010 0.880 0.004 0.960 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696179 2 0.0717 0.880 0.008 0.976 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696180 2 0.0790 0.879 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696181 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696182 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696183 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696184 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696185 1 0.3899 0.573 0.628 0.364 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696186 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696187 1 0.3390 0.708 0.704 0.296 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696189 2 0.2088 0.858 0.068 0.904 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696188 2 0.3469 0.796 0.104 0.808 0.000 0.000 0 0.088
#> SRR1696190 2 0.2088 0.858 0.068 0.904 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696191 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696192 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696193 2 0.4066 0.668 0.204 0.732 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696194 2 0.3332 0.777 0.144 0.808 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696195 2 0.3532 0.767 0.140 0.796 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696196 2 0.2633 0.846 0.032 0.864 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696197 3 0.0000 0.363 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.363 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696199 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 2 0.3655 0.778 0.112 0.792 0.000 0.000 0 0.096
#> SRR1696201 2 0.2003 0.844 0.000 0.884 0.000 0.000 0 0.116
#> SRR1696202 1 0.3428 0.705 0.696 0.304 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.3531 0.680 0.672 0.328 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696204 2 0.3367 0.813 0.080 0.816 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696206 1 0.0260 0.581 0.992 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696207 1 0.3998 0.229 0.504 0.492 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696209 1 0.2006 0.727 0.892 0.104 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696210 1 0.3699 0.655 0.660 0.336 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696208 2 0.3520 0.794 0.100 0.804 0.000 0.000 0 0.096
#> SRR1696212 2 0.3468 0.779 0.128 0.804 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696211 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 2 0.3588 0.760 0.152 0.788 0.000 0.000 0 0.060
#> SRR1696214 2 0.2048 0.842 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696215 2 0.3341 0.802 0.068 0.816 0.000 0.000 0 0.116
#> SRR1696217 2 0.3297 0.805 0.068 0.820 0.000 0.000 0 0.112
#> SRR1696216 1 0.3782 0.614 0.636 0.360 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696218 1 0.3737 0.552 0.608 0.392 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696219 2 0.2191 0.841 0.004 0.876 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696220 2 0.2048 0.842 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696221 2 0.1995 0.874 0.036 0.912 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696222 2 0.2048 0.842 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696224 2 0.4947 0.339 0.316 0.596 0.000 0.000 0 0.088
#> SRR1696223 2 0.4947 0.339 0.316 0.596 0.000 0.000 0 0.088
#> SRR1696225 2 0.2048 0.842 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696227 1 0.2300 0.733 0.856 0.144 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 2 0.3915 0.178 0.412 0.584 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696228 1 0.3515 0.683 0.676 0.324 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696229 2 0.3341 0.791 0.116 0.816 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696232 2 0.3586 0.778 0.124 0.796 0.000 0.000 0 0.080
#> SRR1696231 1 0.3706 0.578 0.620 0.380 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696230 1 0.3695 0.584 0.624 0.376 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696233 2 0.3327 0.802 0.088 0.820 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696235 2 0.3907 0.200 0.408 0.588 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696234 2 0.3473 0.798 0.096 0.808 0.000 0.000 0 0.096
#> SRR1696236 2 0.3468 0.779 0.128 0.804 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696237 2 0.3588 0.709 0.180 0.776 0.000 0.000 0 0.044
#> SRR1696238 2 0.2799 0.838 0.064 0.860 0.000 0.000 0 0.076
#> SRR1696239 2 0.3213 0.765 0.160 0.808 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696240 2 0.3213 0.765 0.160 0.808 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696241 2 0.3794 0.621 0.248 0.724 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696244 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.3288 0.714 0.724 0.276 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696242 2 0.3213 0.765 0.160 0.808 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696245 1 0.1908 0.719 0.900 0.096 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696246 1 0.3446 0.704 0.692 0.308 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.3446 0.704 0.692 0.308 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.1644 0.701 0.920 0.076 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696250 1 0.4580 0.629 0.612 0.336 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696252 1 0.1814 0.725 0.900 0.100 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 1 0.0806 0.619 0.972 0.020 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696251 1 0.1531 0.689 0.928 0.068 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696254 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.3857 0.334 0.532 0.468 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696258 1 0.3390 0.709 0.704 0.296 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696257 1 0.0622 0.607 0.980 0.012 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696260 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696259 2 0.2300 0.828 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696261 1 0.0260 0.581 0.992 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696262 1 0.0260 0.581 0.992 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696263 1 0.1765 0.722 0.904 0.096 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696264 1 0.3266 0.713 0.728 0.272 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696267 3 0.4695 0.529 0.000 0.000 0.508 0.448 0 0.044
#> SRR1696269 2 0.3332 0.777 0.144 0.808 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696271 1 0.3907 0.513 0.588 0.408 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696270 2 0.3472 0.799 0.100 0.808 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696268 3 0.4695 0.529 0.000 0.000 0.508 0.448 0 0.044
#> SRR1696272 1 0.3907 0.513 0.588 0.408 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696274 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696273 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696275 2 0.4494 0.607 0.216 0.692 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696276 1 0.3747 0.548 0.604 0.396 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696277 2 0.4494 0.607 0.216 0.692 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696279 1 0.3636 0.668 0.676 0.320 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696278 2 0.3370 0.773 0.148 0.804 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696280 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 2 0.2191 0.841 0.004 0.876 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696282 1 0.3747 0.548 0.604 0.396 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696283 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696286 1 0.3531 0.680 0.672 0.328 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696284 2 0.3176 0.770 0.156 0.812 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696287 2 0.2842 0.839 0.044 0.852 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696285 2 0.3730 0.728 0.168 0.772 0.000 0.000 0 0.060
#> SRR1696288 2 0.2842 0.839 0.044 0.852 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696290 2 0.1812 0.871 0.008 0.912 0.000 0.000 0 0.080
#> SRR1696291 4 0.3221 0.825 0.000 0.000 0.000 0.736 0 0.264
#> SRR1696289 2 0.1812 0.871 0.008 0.912 0.000 0.000 0 0.080
#> SRR1696292 4 0.3221 0.825 0.000 0.000 0.000 0.736 0 0.264
#> SRR1696293 2 0.4205 0.669 0.188 0.728 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696294 2 0.4205 0.669 0.188 0.728 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696295 2 0.3930 0.147 0.420 0.576 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696296 2 0.3982 0.681 0.200 0.740 0.000 0.000 0 0.060
#> SRR1696297 1 0.2473 0.712 0.856 0.136 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696298 2 0.4085 0.632 0.232 0.716 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696299 2 0.1075 0.873 0.000 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696301 1 0.1644 0.701 0.920 0.076 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696300 2 0.1075 0.873 0.000 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> SRR1696303 2 0.2003 0.844 0.000 0.884 0.000 0.000 0 0.116
#> SRR1696302 1 0.1910 0.731 0.892 0.108 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 2 0.3453 0.778 0.132 0.804 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696305 2 0.2088 0.858 0.068 0.904 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696306 2 0.2088 0.858 0.068 0.904 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696307 1 0.2100 0.733 0.884 0.112 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696309 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 2 0.4520 0.597 0.220 0.688 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696308 2 0.3372 0.809 0.084 0.816 0.000 0.000 0 0.100
#> SRR1696311 1 0.0806 0.618 0.972 0.020 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696314 2 0.2146 0.845 0.004 0.880 0.000 0.000 0 0.116
#> SRR1696312 1 0.1918 0.662 0.904 0.088 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696313 1 0.1265 0.652 0.948 0.044 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696315 1 0.0622 0.607 0.980 0.012 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696316 2 0.3930 0.147 0.420 0.576 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696317 1 0.1444 0.695 0.928 0.072 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.1462 0.671 0.936 0.056 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696320 2 0.4167 0.393 0.344 0.632 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696322 2 0.4686 0.532 0.248 0.660 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696321 1 0.1462 0.671 0.936 0.056 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696324 1 0.3515 0.684 0.676 0.324 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.1049 0.640 0.960 0.032 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696326 1 0.1957 0.734 0.888 0.112 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.0622 0.607 0.980 0.012 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696327 1 0.0260 0.581 0.992 0.000 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696328 2 0.4641 0.553 0.240 0.668 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696329 2 0.2954 0.834 0.048 0.844 0.000 0.000 0 0.108
#> SRR1696330 2 0.2954 0.834 0.048 0.844 0.000 0.000 0 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.326 0.732 0.840 0.3500 0.567 0.567
#> 3 3 0.658 0.797 0.893 0.4795 0.841 0.737
#> 4 4 0.715 0.691 0.806 0.1790 0.784 0.610
#> 5 5 0.710 0.827 0.867 0.1303 0.876 0.706
#> 6 6 0.740 0.717 0.845 0.0827 0.920 0.745
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.7453 0.6898 0.788 0.212
#> SRR1696029 1 0.7453 0.6898 0.788 0.212
#> SRR1696030 1 0.7453 0.6898 0.788 0.212
#> SRR1696031 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696032 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696033 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696034 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696035 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696036 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696037 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696039 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696038 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696040 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696041 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696042 1 0.6623 0.6929 0.828 0.172
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696054 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696055 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.3274 0.7952 0.060 0.940
#> SRR1696067 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.1414 0.8401 0.020 0.980
#> SRR1696118 2 0.8327 0.2994 0.264 0.736
#> SRR1696119 2 0.7815 0.4450 0.232 0.768
#> SRR1696120 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696121 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696122 1 0.9552 0.4225 0.624 0.376
#> SRR1696125 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0376 0.8581 0.004 0.996
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.3431 0.7899 0.064 0.936
#> SRR1696137 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.8955 0.4852 0.688 0.312
#> SRR1696145 1 0.8955 0.4852 0.688 0.312
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.9963 -0.3389 0.464 0.536
#> SRR1696169 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 1.0000 0.5324 0.504 0.496
#> SRR1696186 1 0.9358 0.4491 0.648 0.352
#> SRR1696187 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696189 2 0.8555 0.5043 0.280 0.720
#> SRR1696188 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696190 2 0.4815 0.7653 0.104 0.896
#> SRR1696191 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696194 2 0.8267 0.5489 0.260 0.740
#> SRR1696195 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696196 2 0.8207 0.5568 0.256 0.744
#> SRR1696197 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696198 1 0.9580 0.4177 0.620 0.380
#> SRR1696199 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696200 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696201 2 0.7376 0.6377 0.208 0.792
#> SRR1696202 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696203 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696205 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696204 2 0.6973 0.6659 0.188 0.812
#> SRR1696206 1 1.0000 0.5324 0.504 0.496
#> SRR1696207 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696209 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696210 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696208 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696212 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696211 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696213 2 0.7674 0.6140 0.224 0.776
#> SRR1696214 2 0.7376 0.6377 0.208 0.792
#> SRR1696215 2 0.8207 0.5568 0.256 0.744
#> SRR1696217 2 0.8207 0.5568 0.256 0.744
#> SRR1696216 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696218 2 0.9944 -0.2125 0.456 0.544
#> SRR1696219 2 0.7950 0.5852 0.240 0.760
#> SRR1696220 2 0.7602 0.6199 0.220 0.780
#> SRR1696221 2 0.7602 0.6199 0.220 0.780
#> SRR1696222 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696224 2 0.9686 0.0803 0.396 0.604
#> SRR1696223 1 0.9427 0.7654 0.640 0.360
#> SRR1696225 2 0.6343 0.7001 0.160 0.840
#> SRR1696227 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696226 2 0.7376 0.6239 0.208 0.792
#> SRR1696228 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696229 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696232 2 0.7745 0.6077 0.228 0.772
#> SRR1696231 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696230 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696233 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696235 2 0.9427 0.2564 0.360 0.640
#> SRR1696234 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696236 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696237 2 0.9044 0.3945 0.320 0.680
#> SRR1696238 2 0.7602 0.6205 0.220 0.780
#> SRR1696239 2 0.9000 0.4075 0.316 0.684
#> SRR1696240 2 0.8955 0.4189 0.312 0.688
#> SRR1696241 1 0.9323 0.7843 0.652 0.348
#> SRR1696244 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696243 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696242 2 0.7453 0.6318 0.212 0.788
#> SRR1696245 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696246 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696247 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696248 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696249 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696250 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696252 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696253 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696251 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696254 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696255 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696256 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696258 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696257 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696260 2 0.7883 0.5920 0.236 0.764
#> SRR1696259 2 0.7883 0.5920 0.236 0.764
#> SRR1696261 1 0.7815 0.7261 0.768 0.232
#> SRR1696262 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696263 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696265 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696264 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696266 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696267 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696269 2 0.8555 0.5043 0.280 0.720
#> SRR1696271 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696270 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696268 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696272 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696274 2 0.0672 0.8560 0.008 0.992
#> SRR1696273 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696276 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696277 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696279 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696278 2 0.8327 0.5391 0.264 0.736
#> SRR1696280 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696281 2 0.7299 0.6432 0.204 0.796
#> SRR1696282 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696283 2 0.7453 0.6318 0.212 0.788
#> SRR1696286 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696284 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696287 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696288 2 0.1184 0.8492 0.016 0.984
#> SRR1696290 2 0.5519 0.7384 0.128 0.872
#> SRR1696291 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696289 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.9044 0.4793 0.680 0.320
#> SRR1696293 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696294 2 0.8207 0.5568 0.256 0.744
#> SRR1696295 2 0.9608 0.1534 0.384 0.616
#> SRR1696296 2 0.9129 0.3695 0.328 0.672
#> SRR1696297 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696298 1 0.9393 0.7720 0.644 0.356
#> SRR1696299 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696300 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.7299 0.6432 0.204 0.796
#> SRR1696302 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696304 2 0.7674 0.6140 0.224 0.776
#> SRR1696305 2 0.7056 0.6604 0.192 0.808
#> SRR1696306 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696309 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696310 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696308 2 0.7674 0.6140 0.224 0.776
#> SRR1696311 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696314 2 0.7299 0.6432 0.204 0.796
#> SRR1696312 2 0.9996 -0.5043 0.488 0.512
#> SRR1696313 1 0.9815 0.6344 0.580 0.420
#> SRR1696315 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696316 2 0.9044 0.3947 0.320 0.680
#> SRR1696317 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696318 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696319 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696320 2 0.9323 0.3020 0.348 0.652
#> SRR1696322 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696321 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696324 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696323 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696326 1 0.9323 0.7853 0.652 0.348
#> SRR1696325 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696327 1 0.9286 0.7872 0.656 0.344
#> SRR1696328 2 0.8327 0.5412 0.264 0.736
#> SRR1696329 2 0.8267 0.5495 0.260 0.740
#> SRR1696330 2 0.0000 0.8624 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.6252 0.3235 0.648 0.008 0.344
#> SRR1696029 1 0.6252 0.3235 0.648 0.008 0.344
#> SRR1696030 1 0.6252 0.3235 0.648 0.008 0.344
#> SRR1696031 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696032 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696033 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696034 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696035 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696036 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696037 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696039 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696038 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696040 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696041 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696042 1 0.6081 0.3324 0.652 0.004 0.344
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696054 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.1860 0.8583 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0237 0.9023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696116 2 0.1289 0.8845 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696117 2 0.0661 0.8964 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696118 2 0.4883 0.6767 0.208 0.788 0.004
#> SRR1696119 2 0.5254 0.5974 0.264 0.736 0.000
#> SRR1696120 3 0.4602 0.9866 0.040 0.108 0.852
#> SRR1696121 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696122 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696128 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.2356 0.8384 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696137 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696138 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.4790 0.9737 0.056 0.096 0.848
#> SRR1696145 3 0.4790 0.9737 0.056 0.096 0.848
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.6570 0.5732 0.680 0.292 0.028
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.3573 0.7934 0.876 0.120 0.004
#> SRR1696186 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696187 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696189 2 0.8135 0.0370 0.448 0.484 0.068
#> SRR1696188 2 0.8119 0.0845 0.432 0.500 0.068
#> SRR1696190 2 0.5656 0.7565 0.128 0.804 0.068
#> SRR1696191 2 0.0237 0.9023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696192 2 0.0237 0.9023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696193 1 0.8124 0.1714 0.496 0.436 0.068
#> SRR1696194 2 0.8085 0.1771 0.412 0.520 0.068
#> SRR1696195 2 0.7764 0.4180 0.328 0.604 0.068
#> SRR1696196 2 0.7416 0.5311 0.276 0.656 0.068
#> SRR1696197 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696198 3 0.4519 0.9883 0.032 0.116 0.852
#> SRR1696199 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696200 2 0.8076 0.1770 0.408 0.524 0.068
#> SRR1696201 2 0.6264 0.7045 0.168 0.764 0.068
#> SRR1696202 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696203 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696205 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696204 2 0.6318 0.6994 0.172 0.760 0.068
#> SRR1696206 1 0.5115 0.6678 0.768 0.228 0.004
#> SRR1696207 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696209 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696210 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696208 2 0.7644 0.4649 0.308 0.624 0.068
#> SRR1696212 2 0.7867 0.3671 0.348 0.584 0.068
#> SRR1696211 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696213 2 0.6424 0.6888 0.180 0.752 0.068
#> SRR1696214 2 0.6264 0.7045 0.168 0.764 0.068
#> SRR1696215 2 0.8113 0.0827 0.428 0.504 0.068
#> SRR1696217 2 0.7416 0.5305 0.276 0.656 0.068
#> SRR1696216 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696218 1 0.3356 0.8389 0.908 0.056 0.036
#> SRR1696219 2 0.7139 0.5900 0.244 0.688 0.068
#> SRR1696220 2 0.6625 0.6657 0.196 0.736 0.068
#> SRR1696221 2 0.6318 0.6994 0.172 0.760 0.068
#> SRR1696222 2 0.2400 0.8604 0.004 0.932 0.064
#> SRR1696224 1 0.4745 0.8039 0.852 0.080 0.068
#> SRR1696223 1 0.3554 0.8344 0.900 0.064 0.036
#> SRR1696225 2 0.3993 0.8235 0.052 0.884 0.064
#> SRR1696227 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696226 2 0.6359 0.3173 0.404 0.592 0.004
#> SRR1696228 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696229 1 0.8066 0.2828 0.528 0.404 0.068
#> SRR1696232 2 0.7741 0.4299 0.324 0.608 0.068
#> SRR1696231 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696230 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696233 2 0.7477 0.5150 0.284 0.648 0.068
#> SRR1696235 1 0.3713 0.8303 0.892 0.076 0.032
#> SRR1696234 2 0.7644 0.4649 0.308 0.624 0.068
#> SRR1696236 2 0.7718 0.4384 0.320 0.612 0.068
#> SRR1696237 1 0.4821 0.7988 0.848 0.088 0.064
#> SRR1696238 2 0.7139 0.5923 0.244 0.688 0.068
#> SRR1696239 1 0.7741 0.4907 0.608 0.324 0.068
#> SRR1696240 1 0.7022 0.6276 0.700 0.232 0.068
#> SRR1696241 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696244 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696243 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696242 2 0.6719 0.6539 0.204 0.728 0.068
#> SRR1696245 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696246 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696247 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696248 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696249 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696250 1 0.3998 0.8237 0.884 0.056 0.060
#> SRR1696252 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696253 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696251 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696254 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696255 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696256 1 0.2384 0.8530 0.936 0.056 0.008
#> SRR1696258 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696257 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696260 2 0.7213 0.5759 0.252 0.680 0.068
#> SRR1696259 2 0.7213 0.5759 0.252 0.680 0.068
#> SRR1696261 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696262 1 0.2384 0.8545 0.936 0.056 0.008
#> SRR1696263 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696265 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696264 1 0.1964 0.8548 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696266 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696267 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696269 2 0.8142 -0.0345 0.464 0.468 0.068
#> SRR1696271 1 0.4095 0.8221 0.880 0.056 0.064
#> SRR1696270 1 0.8066 0.2817 0.528 0.404 0.068
#> SRR1696268 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696272 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696274 2 0.1647 0.8827 0.004 0.960 0.036
#> SRR1696273 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696275 2 0.7670 0.4533 0.312 0.620 0.068
#> SRR1696276 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696277 1 0.7968 0.3798 0.560 0.372 0.068
#> SRR1696279 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696278 2 0.8010 0.2666 0.384 0.548 0.068
#> SRR1696280 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696281 2 0.6318 0.6994 0.172 0.760 0.068
#> SRR1696282 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696283 2 0.5260 0.7820 0.092 0.828 0.080
#> SRR1696286 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696284 1 0.2599 0.8471 0.932 0.052 0.016
#> SRR1696287 2 0.2400 0.8604 0.004 0.932 0.064
#> SRR1696285 1 0.7953 0.3879 0.564 0.368 0.068
#> SRR1696288 2 0.3649 0.8339 0.036 0.896 0.068
#> SRR1696290 2 0.4745 0.7976 0.080 0.852 0.068
#> SRR1696291 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696289 2 0.2165 0.8632 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696292 3 0.4742 0.9846 0.048 0.104 0.848
#> SRR1696293 1 0.7953 0.3907 0.564 0.368 0.068
#> SRR1696294 1 0.8093 0.2553 0.516 0.416 0.068
#> SRR1696295 1 0.4035 0.8229 0.880 0.080 0.040
#> SRR1696296 1 0.4658 0.8070 0.856 0.076 0.068
#> SRR1696297 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696298 1 0.4189 0.8192 0.876 0.056 0.068
#> SRR1696299 2 0.2400 0.8604 0.004 0.932 0.064
#> SRR1696301 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696300 2 0.2165 0.8632 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696303 2 0.4737 0.7974 0.084 0.852 0.064
#> SRR1696302 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696304 2 0.7213 0.5778 0.252 0.680 0.068
#> SRR1696305 2 0.5075 0.7838 0.096 0.836 0.068
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9046 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696309 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696310 1 0.8093 0.2461 0.516 0.416 0.068
#> SRR1696308 2 0.7213 0.5778 0.252 0.680 0.068
#> SRR1696311 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696314 2 0.6208 0.7096 0.164 0.768 0.068
#> SRR1696312 1 0.3784 0.7822 0.864 0.132 0.004
#> SRR1696313 1 0.2200 0.8544 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696315 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696316 1 0.7101 0.6169 0.692 0.240 0.068
#> SRR1696317 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696318 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696319 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696320 1 0.4745 0.8040 0.852 0.080 0.068
#> SRR1696322 1 0.7022 0.6286 0.700 0.232 0.068
#> SRR1696321 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696324 1 0.3899 0.8262 0.888 0.056 0.056
#> SRR1696323 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696326 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696325 1 0.2200 0.8546 0.940 0.056 0.004
#> SRR1696327 1 0.2384 0.8545 0.936 0.056 0.008
#> SRR1696328 1 0.6318 0.7042 0.760 0.172 0.068
#> SRR1696329 2 0.8076 0.1746 0.408 0.524 0.068
#> SRR1696330 2 0.3141 0.8464 0.020 0.912 0.068
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.5296 0.99541 0.760 0.004 0.128 0.108
#> SRR1696029 1 0.5296 0.99541 0.760 0.004 0.128 0.108
#> SRR1696030 1 0.5296 0.99541 0.760 0.004 0.128 0.108
#> SRR1696031 1 0.5191 0.99691 0.768 0.004 0.120 0.108
#> SRR1696032 1 0.5191 0.99691 0.768 0.004 0.120 0.108
#> SRR1696033 1 0.5191 0.99691 0.768 0.004 0.120 0.108
#> SRR1696034 1 0.5191 0.99691 0.768 0.004 0.120 0.108
#> SRR1696035 3 0.2895 0.97149 0.044 0.032 0.908 0.016
#> SRR1696036 3 0.2895 0.97149 0.044 0.032 0.908 0.016
#> SRR1696037 3 0.2895 0.97149 0.044 0.032 0.908 0.016
#> SRR1696039 1 0.5300 0.99612 0.760 0.004 0.124 0.112
#> SRR1696038 3 0.2895 0.97149 0.044 0.032 0.908 0.016
#> SRR1696040 1 0.5300 0.99612 0.760 0.004 0.124 0.112
#> SRR1696041 1 0.5300 0.99612 0.760 0.004 0.124 0.112
#> SRR1696042 1 0.5300 0.99612 0.760 0.004 0.124 0.112
#> SRR1696043 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696046 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696047 2 0.0779 0.94388 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696048 2 0.0779 0.94388 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696050 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.2521 0.97542 0.028 0.032 0.924 0.016
#> SRR1696054 3 0.2521 0.97542 0.028 0.032 0.924 0.016
#> SRR1696055 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696058 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696066 2 0.1174 0.94036 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1696067 2 0.0524 0.95234 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696068 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696071 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696075 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696077 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0524 0.95234 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696080 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696091 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0524 0.95234 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696093 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696095 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696111 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696112 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696115 2 0.0779 0.94511 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696116 2 0.1406 0.92858 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR1696117 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696118 2 0.4840 0.70367 0.116 0.784 0.000 0.100
#> SRR1696119 2 0.5531 0.60966 0.140 0.732 0.000 0.128
#> SRR1696120 3 0.2210 0.97754 0.020 0.028 0.936 0.016
#> SRR1696121 3 0.1488 0.97833 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1696122 3 0.1488 0.97833 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1696125 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696124 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696127 2 0.1635 0.92436 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR1696128 2 0.1635 0.92436 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR1696129 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696131 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0672 0.95000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696135 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696134 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.1520 0.92935 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1696137 2 0.1398 0.93095 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696138 2 0.1635 0.92436 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR1696139 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696146 3 0.2634 0.97332 0.032 0.028 0.920 0.020
#> SRR1696145 3 0.2634 0.97332 0.032 0.028 0.920 0.020
#> SRR1696148 2 0.0592 0.94706 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0592 0.94706 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0524 0.95234 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696158 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696160 2 0.0804 0.94777 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696161 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696167 4 0.7065 0.33886 0.212 0.216 0.000 0.572
#> SRR1696169 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696168 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696174 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696177 2 0.0376 0.95398 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696178 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0188 0.95526 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.95581 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.1151 0.94059 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696182 2 0.1151 0.94059 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696183 2 0.1151 0.94059 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696184 2 0.1151 0.94059 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696185 4 0.6722 0.26679 0.408 0.092 0.000 0.500
#> SRR1696186 3 0.2210 0.97754 0.020 0.028 0.936 0.016
#> SRR1696187 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696189 4 0.3161 0.47806 0.012 0.124 0.000 0.864
#> SRR1696188 4 0.2704 0.48327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1696190 4 0.5576 0.05046 0.020 0.444 0.000 0.536
#> SRR1696191 2 0.0779 0.94388 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696192 2 0.0779 0.94388 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696193 4 0.2760 0.48202 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1696194 4 0.3105 0.47701 0.004 0.140 0.000 0.856
#> SRR1696195 4 0.3172 0.47384 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696196 4 0.3726 0.44549 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1696197 3 0.2521 0.97542 0.028 0.032 0.924 0.016
#> SRR1696198 3 0.2521 0.97542 0.028 0.032 0.924 0.016
#> SRR1696199 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696200 4 0.2704 0.48327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1696201 4 0.4898 0.19910 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1696202 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696203 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696205 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696204 4 0.4888 0.21059 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1696206 4 0.7318 0.21784 0.364 0.160 0.000 0.476
#> SRR1696207 4 0.5364 0.38529 0.392 0.016 0.000 0.592
#> SRR1696209 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696210 4 0.5387 0.38321 0.400 0.016 0.000 0.584
#> SRR1696208 4 0.3444 0.46260 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1696212 4 0.2921 0.48060 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1696211 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696213 4 0.4830 0.26375 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1696214 4 0.4855 0.24329 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1696215 4 0.3444 0.45894 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1696217 4 0.3726 0.44549 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1696216 4 0.5376 0.38345 0.396 0.016 0.000 0.588
#> SRR1696218 4 0.4434 0.42076 0.228 0.016 0.000 0.756
#> SRR1696219 4 0.4103 0.41220 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1696220 4 0.4605 0.34655 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1696221 4 0.4877 0.22173 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1696222 2 0.4967 0.22809 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1696224 4 0.1256 0.45980 0.008 0.028 0.000 0.964
#> SRR1696223 4 0.4253 0.41434 0.208 0.016 0.000 0.776
#> SRR1696225 2 0.4972 0.21813 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1696227 4 0.5488 0.33500 0.452 0.016 0.000 0.532
#> SRR1696226 2 0.7398 -0.21871 0.168 0.456 0.000 0.376
#> SRR1696228 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696229 4 0.2469 0.48261 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1696232 4 0.3257 0.47557 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR1696231 4 0.5387 0.38466 0.400 0.016 0.000 0.584
#> SRR1696230 4 0.5376 0.38526 0.396 0.016 0.000 0.588
#> SRR1696233 4 0.3688 0.44811 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1696235 4 0.4872 0.42202 0.244 0.028 0.000 0.728
#> SRR1696234 4 0.3444 0.46260 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1696236 4 0.2973 0.47948 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1696237 4 0.1256 0.45998 0.008 0.028 0.000 0.964
#> SRR1696238 4 0.4391 0.41128 0.008 0.252 0.000 0.740
#> SRR1696239 4 0.2775 0.47473 0.020 0.084 0.000 0.896
#> SRR1696240 4 0.1807 0.46942 0.008 0.052 0.000 0.940
#> SRR1696241 4 0.5417 0.37264 0.412 0.016 0.000 0.572
#> SRR1696244 4 0.5497 0.32567 0.460 0.016 0.000 0.524
#> SRR1696243 4 0.5483 0.33945 0.448 0.016 0.000 0.536
#> SRR1696242 4 0.4963 0.37311 0.020 0.284 0.000 0.696
#> SRR1696245 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696246 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696247 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696248 4 0.5497 0.32567 0.460 0.016 0.000 0.524
#> SRR1696249 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696250 4 0.2376 0.44991 0.068 0.016 0.000 0.916
#> SRR1696252 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696253 4 0.5417 0.37161 0.412 0.016 0.000 0.572
#> SRR1696251 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696254 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696255 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696256 4 0.5376 0.38633 0.396 0.016 0.000 0.588
#> SRR1696258 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696257 4 0.5427 0.36831 0.416 0.016 0.000 0.568
#> SRR1696260 4 0.4399 0.42644 0.016 0.224 0.000 0.760
#> SRR1696259 4 0.4434 0.42329 0.016 0.228 0.000 0.756
#> SRR1696261 4 0.5510 0.30058 0.480 0.016 0.000 0.504
#> SRR1696262 4 0.5508 0.30108 0.476 0.016 0.000 0.508
#> SRR1696263 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696265 3 0.2210 0.97754 0.020 0.028 0.936 0.016
#> SRR1696264 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696266 3 0.2210 0.97754 0.020 0.028 0.936 0.016
#> SRR1696267 3 0.1575 0.97852 0.004 0.028 0.956 0.012
#> SRR1696269 4 0.2704 0.48317 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1696271 4 0.1610 0.45410 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR1696270 4 0.2530 0.48320 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1696268 3 0.1575 0.97852 0.004 0.028 0.956 0.012
#> SRR1696272 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696274 2 0.3793 0.82302 0.044 0.844 0.000 0.112
#> SRR1696273 2 0.1767 0.92245 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR1696275 4 0.3486 0.45877 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1696276 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696277 4 0.2760 0.48033 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1696279 4 0.5387 0.38321 0.400 0.016 0.000 0.584
#> SRR1696278 4 0.3933 0.43749 0.008 0.200 0.000 0.792
#> SRR1696280 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696281 4 0.4866 0.23264 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1696282 4 0.5387 0.38321 0.400 0.016 0.000 0.584
#> SRR1696283 4 0.5971 0.08260 0.040 0.428 0.000 0.532
#> SRR1696286 4 0.5398 0.38256 0.404 0.016 0.000 0.580
#> SRR1696284 4 0.5466 0.35621 0.436 0.016 0.000 0.548
#> SRR1696287 2 0.4843 0.36872 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1696285 4 0.2345 0.48186 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1696288 2 0.4972 0.21813 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1696290 4 0.4999 -0.05836 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1696291 3 0.2521 0.97461 0.032 0.028 0.924 0.016
#> SRR1696289 2 0.4830 0.37799 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1696292 3 0.2521 0.97461 0.032 0.028 0.924 0.016
#> SRR1696293 4 0.3047 0.47740 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1696294 4 0.3479 0.46818 0.012 0.148 0.000 0.840
#> SRR1696295 4 0.3711 0.44107 0.140 0.024 0.000 0.836
#> SRR1696296 4 0.1022 0.46189 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696297 4 0.5417 0.37161 0.412 0.016 0.000 0.572
#> SRR1696298 4 0.2376 0.45372 0.068 0.016 0.000 0.916
#> SRR1696299 2 0.4830 0.37799 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1696301 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696300 2 0.4830 0.37799 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1696303 4 0.4992 -0.00111 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1696302 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696304 4 0.4072 0.41554 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1696305 4 0.5478 0.06908 0.016 0.444 0.000 0.540
#> SRR1696306 2 0.1042 0.94316 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696307 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696309 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696310 4 0.2921 0.47770 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1696308 4 0.4134 0.40959 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1696311 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696314 4 0.4898 0.19910 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1696312 4 0.7043 0.24630 0.368 0.128 0.000 0.504
#> SRR1696313 4 0.5408 0.37401 0.408 0.016 0.000 0.576
#> SRR1696315 4 0.5508 0.30108 0.476 0.016 0.000 0.508
#> SRR1696316 4 0.1637 0.47313 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1696317 4 0.5497 0.32567 0.460 0.016 0.000 0.524
#> SRR1696318 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696319 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696320 4 0.1706 0.46436 0.016 0.036 0.000 0.948
#> SRR1696322 4 0.2412 0.47654 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1696321 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696324 4 0.3743 0.43840 0.160 0.016 0.000 0.824
#> SRR1696323 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696326 4 0.5500 0.32046 0.464 0.016 0.000 0.520
#> SRR1696325 4 0.5508 0.30108 0.476 0.016 0.000 0.508
#> SRR1696327 4 0.5506 0.30044 0.472 0.016 0.000 0.512
#> SRR1696328 4 0.1545 0.46459 0.008 0.040 0.000 0.952
#> SRR1696329 4 0.3024 0.47755 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1696330 2 0.4972 0.21813 0.000 0.544 0.000 0.456
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.4751 0.98143 0.264 0.000 0.036 0.008 0.692
#> SRR1696029 5 0.4751 0.98143 0.264 0.000 0.036 0.008 0.692
#> SRR1696030 5 0.4751 0.98143 0.264 0.000 0.036 0.008 0.692
#> SRR1696031 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696032 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696033 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696034 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696035 3 0.1934 0.96319 0.000 0.008 0.932 0.040 0.020
#> SRR1696036 3 0.1934 0.96319 0.000 0.008 0.932 0.040 0.020
#> SRR1696037 3 0.1934 0.96319 0.000 0.008 0.932 0.040 0.020
#> SRR1696039 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696038 3 0.1934 0.96319 0.000 0.008 0.932 0.040 0.020
#> SRR1696040 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696041 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696042 5 0.4703 0.99145 0.276 0.000 0.036 0.004 0.684
#> SRR1696043 2 0.0290 0.91252 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696044 2 0.0404 0.91265 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696045 2 0.2393 0.88396 0.004 0.900 0.000 0.016 0.080
#> SRR1696046 2 0.0807 0.90901 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696047 2 0.1774 0.88284 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR1696048 2 0.2300 0.87639 0.000 0.908 0.000 0.040 0.052
#> SRR1696050 2 0.0404 0.90982 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696051 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696052 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696053 3 0.1686 0.96729 0.000 0.008 0.944 0.028 0.020
#> SRR1696054 3 0.1686 0.96729 0.000 0.008 0.944 0.028 0.020
#> SRR1696055 2 0.0671 0.90922 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696057 2 0.0609 0.91291 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696049 2 0.1809 0.89421 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1696056 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696059 2 0.1845 0.89427 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR1696058 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696060 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696061 2 0.0671 0.90922 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696062 2 0.0000 0.91164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696064 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696065 2 0.2748 0.87248 0.008 0.880 0.000 0.016 0.096
#> SRR1696066 2 0.4752 0.79970 0.056 0.776 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696067 2 0.3664 0.84623 0.024 0.836 0.000 0.032 0.108
#> SRR1696068 2 0.1809 0.89421 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1696069 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696070 2 0.5325 0.75736 0.076 0.732 0.000 0.056 0.136
#> SRR1696071 2 0.0771 0.91327 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696072 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696073 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696074 2 0.4846 0.79245 0.056 0.768 0.000 0.056 0.120
#> SRR1696075 2 0.0609 0.91291 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696076 2 0.2172 0.88600 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR1696077 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696078 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696079 2 0.3664 0.84623 0.024 0.836 0.000 0.032 0.108
#> SRR1696080 2 0.1740 0.89567 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1696081 2 0.1106 0.90525 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696083 2 0.0290 0.91251 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696082 2 0.1106 0.90525 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696084 2 0.0290 0.91252 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696085 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696086 2 0.0162 0.91219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696087 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696088 2 0.1469 0.90118 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1696091 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696089 2 0.0912 0.91116 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1696090 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696092 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696094 2 0.3664 0.84623 0.024 0.836 0.000 0.032 0.108
#> SRR1696093 2 0.4686 0.80292 0.052 0.780 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696095 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696096 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696097 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696098 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696099 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696100 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696102 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696103 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696104 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696105 2 0.0451 0.91299 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696107 2 0.1981 0.89094 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1696108 2 0.1809 0.89421 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1696106 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.91164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.1981 0.89094 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1696111 2 0.4686 0.80292 0.052 0.780 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696112 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696114 2 0.0162 0.91117 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696113 2 0.4780 0.79606 0.052 0.772 0.000 0.056 0.120
#> SRR1696115 2 0.2074 0.88441 0.000 0.920 0.000 0.036 0.044
#> SRR1696116 2 0.2149 0.88194 0.000 0.916 0.000 0.036 0.048
#> SRR1696117 2 0.5608 0.73432 0.076 0.708 0.000 0.064 0.152
#> SRR1696118 2 0.6882 0.48245 0.240 0.560 0.000 0.056 0.144
#> SRR1696119 2 0.7108 0.36337 0.292 0.508 0.000 0.056 0.144
#> SRR1696120 3 0.1095 0.97434 0.000 0.008 0.968 0.012 0.012
#> SRR1696121 3 0.0579 0.97524 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696122 3 0.0579 0.97524 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696125 2 0.4569 0.80967 0.048 0.788 0.000 0.056 0.108
#> SRR1696124 2 0.1281 0.90327 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1696123 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696126 2 0.4320 0.81951 0.032 0.800 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696127 2 0.6310 0.66050 0.060 0.644 0.008 0.076 0.212
#> SRR1696128 2 0.6479 0.64400 0.072 0.632 0.008 0.076 0.212
#> SRR1696129 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696130 2 0.3166 0.86143 0.020 0.860 0.000 0.016 0.104
#> SRR1696131 2 0.0510 0.91278 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696133 2 0.1877 0.89266 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1696132 2 0.3744 0.84342 0.024 0.832 0.000 0.036 0.108
#> SRR1696135 2 0.2172 0.88595 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR1696134 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696136 2 0.5580 0.73550 0.092 0.712 0.000 0.056 0.140
#> SRR1696137 2 0.5154 0.76648 0.028 0.732 0.008 0.052 0.180
#> SRR1696138 2 0.6479 0.64400 0.072 0.632 0.008 0.076 0.212
#> SRR1696139 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.91164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696141 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696143 2 0.1106 0.90525 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696144 2 0.3069 0.86377 0.016 0.864 0.000 0.016 0.104
#> SRR1696146 3 0.1200 0.97252 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696145 3 0.1200 0.97252 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696148 2 0.1836 0.89203 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR1696147 2 0.1386 0.89755 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1696149 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696150 2 0.0510 0.91278 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696151 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696152 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696153 2 0.0992 0.90986 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696154 2 0.0992 0.90986 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696155 2 0.0404 0.91079 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696156 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696157 2 0.3664 0.84623 0.024 0.836 0.000 0.032 0.108
#> SRR1696158 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696159 2 0.5325 0.75736 0.076 0.732 0.000 0.056 0.136
#> SRR1696160 2 0.4238 0.82273 0.028 0.804 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696161 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696162 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696163 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696164 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696165 2 0.0162 0.91219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696166 2 0.3353 0.85657 0.024 0.852 0.000 0.020 0.104
#> SRR1696167 1 0.6215 0.17400 0.500 0.152 0.000 0.348 0.000
#> SRR1696169 2 0.2046 0.88933 0.000 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR1696168 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696171 2 0.0798 0.91224 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696170 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696172 2 0.0992 0.91003 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696173 2 0.2859 0.87056 0.012 0.876 0.000 0.016 0.096
#> SRR1696174 2 0.0566 0.90940 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696176 2 0.0162 0.91117 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696175 2 0.4686 0.80292 0.052 0.780 0.000 0.056 0.112
#> SRR1696177 2 0.2616 0.87253 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR1696178 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696179 2 0.1195 0.90449 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1696180 2 0.0703 0.91270 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696181 2 0.5472 0.74126 0.068 0.716 0.000 0.060 0.156
#> SRR1696182 2 0.5472 0.74126 0.068 0.716 0.000 0.060 0.156
#> SRR1696183 2 0.5472 0.74126 0.068 0.716 0.000 0.060 0.156
#> SRR1696184 2 0.5472 0.74126 0.068 0.716 0.000 0.060 0.156
#> SRR1696185 1 0.4769 0.53944 0.768 0.040 0.000 0.060 0.132
#> SRR1696186 3 0.1095 0.97434 0.000 0.008 0.968 0.012 0.012
#> SRR1696187 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696189 4 0.3728 0.77074 0.164 0.008 0.000 0.804 0.024
#> SRR1696188 4 0.3574 0.82001 0.168 0.028 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696190 4 0.5470 0.63862 0.092 0.108 0.000 0.728 0.072
#> SRR1696191 2 0.2291 0.87534 0.000 0.908 0.000 0.036 0.056
#> SRR1696192 2 0.1943 0.87976 0.000 0.924 0.000 0.020 0.056
#> SRR1696193 4 0.3535 0.82286 0.164 0.028 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696194 4 0.3060 0.82546 0.128 0.024 0.000 0.848 0.000
#> SRR1696195 4 0.3495 0.82935 0.152 0.032 0.000 0.816 0.000
#> SRR1696196 4 0.3664 0.83554 0.120 0.052 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696197 3 0.1686 0.96729 0.000 0.008 0.944 0.028 0.020
#> SRR1696198 3 0.1686 0.96729 0.000 0.008 0.944 0.028 0.020
#> SRR1696199 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696200 4 0.3535 0.82281 0.164 0.028 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696201 4 0.3484 0.78297 0.024 0.152 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696202 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696203 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696205 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696204 4 0.3525 0.77903 0.024 0.156 0.000 0.816 0.004
#> SRR1696206 1 0.5187 0.50192 0.744 0.068 0.000 0.060 0.128
#> SRR1696207 1 0.3401 0.81895 0.840 0.000 0.000 0.096 0.064
#> SRR1696209 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696210 1 0.2712 0.83951 0.880 0.000 0.000 0.088 0.032
#> SRR1696208 4 0.3617 0.83516 0.128 0.044 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696212 4 0.3399 0.81803 0.168 0.020 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696211 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696213 4 0.3284 0.78637 0.024 0.148 0.000 0.828 0.000
#> SRR1696214 4 0.3484 0.78297 0.024 0.152 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696215 4 0.3795 0.83374 0.144 0.044 0.000 0.808 0.004
#> SRR1696217 4 0.3664 0.83554 0.120 0.052 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696216 1 0.3558 0.79825 0.828 0.000 0.000 0.108 0.064
#> SRR1696218 1 0.3607 0.70479 0.752 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1696219 4 0.3788 0.83119 0.104 0.072 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696220 4 0.3689 0.80091 0.048 0.128 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696221 4 0.3326 0.78338 0.024 0.152 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696222 4 0.3635 0.66433 0.000 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1696224 4 0.3196 0.79115 0.192 0.004 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696223 1 0.4291 0.09697 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1696225 4 0.3521 0.68683 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR1696227 1 0.2074 0.84326 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696226 1 0.7544 -0.00476 0.432 0.340 0.000 0.080 0.148
#> SRR1696228 1 0.2471 0.82816 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696229 4 0.3399 0.81859 0.168 0.020 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696232 4 0.3099 0.82929 0.124 0.028 0.000 0.848 0.000
#> SRR1696231 1 0.2561 0.82164 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696230 1 0.2719 0.82161 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR1696233 4 0.3664 0.83554 0.120 0.052 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696235 1 0.3586 0.67538 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1696234 4 0.3617 0.83516 0.128 0.044 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696236 4 0.3445 0.83268 0.140 0.036 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696237 4 0.3074 0.78475 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696238 4 0.3180 0.82184 0.068 0.076 0.000 0.856 0.000
#> SRR1696239 4 0.4235 0.73751 0.184 0.008 0.000 0.768 0.040
#> SRR1696240 4 0.3010 0.79172 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR1696241 1 0.4288 0.58892 0.784 0.008 0.000 0.072 0.136
#> SRR1696244 1 0.2074 0.84326 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696243 1 0.2074 0.84326 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696242 4 0.4620 0.74360 0.096 0.084 0.000 0.784 0.036
#> SRR1696245 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696246 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696247 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696248 1 0.1965 0.84440 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696249 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696250 4 0.4161 0.42931 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1696252 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696253 1 0.3110 0.68155 0.860 0.000 0.000 0.060 0.080
#> SRR1696251 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696254 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696255 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696256 1 0.2813 0.79922 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1696258 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696257 1 0.3110 0.68155 0.860 0.000 0.000 0.060 0.080
#> SRR1696260 4 0.4028 0.82872 0.104 0.060 0.000 0.816 0.020
#> SRR1696259 4 0.4028 0.82872 0.104 0.060 0.000 0.816 0.020
#> SRR1696261 1 0.1168 0.74024 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1696262 1 0.2077 0.72203 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR1696263 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696265 3 0.1095 0.97434 0.000 0.008 0.968 0.012 0.012
#> SRR1696264 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696266 3 0.1095 0.97434 0.000 0.008 0.968 0.012 0.012
#> SRR1696267 3 0.0693 0.97533 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696269 4 0.3343 0.81385 0.172 0.016 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696271 4 0.3707 0.66918 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696270 4 0.3355 0.80161 0.184 0.012 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696268 3 0.0693 0.97533 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696272 1 0.2488 0.83657 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004
#> SRR1696274 2 0.7643 0.42477 0.072 0.500 0.008 0.208 0.212
#> SRR1696273 2 0.6725 0.61766 0.072 0.612 0.008 0.096 0.212
#> SRR1696275 4 0.3722 0.83258 0.144 0.040 0.000 0.812 0.004
#> SRR1696276 1 0.2329 0.83658 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696277 4 0.3691 0.82287 0.164 0.028 0.000 0.804 0.004
#> SRR1696279 1 0.2879 0.82844 0.868 0.000 0.000 0.100 0.032
#> SRR1696278 4 0.3058 0.81256 0.096 0.044 0.000 0.860 0.000
#> SRR1696280 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696281 4 0.3484 0.78297 0.024 0.152 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696282 1 0.2712 0.83951 0.880 0.000 0.000 0.088 0.032
#> SRR1696283 4 0.5655 0.63307 0.080 0.084 0.008 0.728 0.100
#> SRR1696286 1 0.2424 0.83122 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1696284 1 0.5407 0.45297 0.692 0.008 0.008 0.088 0.204
#> SRR1696287 4 0.3774 0.59982 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1696285 4 0.3355 0.80161 0.184 0.012 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696288 4 0.3430 0.70263 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR1696290 4 0.3318 0.73836 0.008 0.192 0.000 0.800 0.000
#> SRR1696291 3 0.1200 0.97252 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696289 4 0.3895 0.56954 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1696292 3 0.1200 0.97252 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696293 4 0.3566 0.82243 0.160 0.024 0.000 0.812 0.004
#> SRR1696294 4 0.3611 0.82526 0.156 0.028 0.000 0.812 0.004
#> SRR1696295 4 0.4300 0.12428 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1696296 4 0.3039 0.78752 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696297 1 0.2922 0.70012 0.872 0.000 0.000 0.056 0.072
#> SRR1696298 4 0.4306 0.07095 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1696299 4 0.4270 0.56314 0.000 0.320 0.000 0.668 0.012
#> SRR1696301 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696300 4 0.4288 0.55804 0.000 0.324 0.000 0.664 0.012
#> SRR1696303 4 0.3594 0.76199 0.020 0.172 0.000 0.804 0.004
#> SRR1696302 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696304 4 0.3569 0.83320 0.104 0.068 0.000 0.828 0.000
#> SRR1696305 4 0.4568 0.72090 0.080 0.116 0.000 0.780 0.024
#> SRR1696306 2 0.5413 0.75213 0.072 0.724 0.000 0.060 0.144
#> SRR1696307 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696309 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696310 4 0.3733 0.82572 0.160 0.032 0.000 0.804 0.004
#> SRR1696308 4 0.3586 0.82091 0.076 0.096 0.000 0.828 0.000
#> SRR1696311 1 0.1043 0.81870 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696314 4 0.3484 0.78297 0.024 0.152 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696312 1 0.4826 0.53976 0.768 0.052 0.000 0.056 0.124
#> SRR1696313 1 0.3180 0.68458 0.856 0.000 0.000 0.068 0.076
#> SRR1696315 1 0.2077 0.72203 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR1696316 4 0.3039 0.78752 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696317 1 0.2020 0.84394 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696318 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696319 1 0.1544 0.84041 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696320 4 0.3534 0.71378 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1696322 4 0.3594 0.81622 0.172 0.020 0.000 0.804 0.004
#> SRR1696321 1 0.1544 0.84041 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696324 1 0.3857 0.58484 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1696323 1 0.1544 0.84041 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696326 1 0.1671 0.84416 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696325 1 0.2153 0.72028 0.916 0.000 0.000 0.040 0.044
#> SRR1696327 1 0.3507 0.64472 0.844 0.008 0.000 0.060 0.088
#> SRR1696328 4 0.3282 0.79697 0.188 0.008 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696329 4 0.3573 0.82967 0.152 0.036 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696330 4 0.3521 0.68683 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.2869 0.9835 0.148 0.000 0.020 0.000 0.832 0.000
#> SRR1696029 5 0.2869 0.9835 0.148 0.000 0.020 0.000 0.832 0.000
#> SRR1696030 5 0.2869 0.9835 0.148 0.000 0.020 0.000 0.832 0.000
#> SRR1696031 5 0.3122 0.9913 0.160 0.000 0.020 0.004 0.816 0.000
#> SRR1696032 5 0.3122 0.9913 0.160 0.000 0.020 0.004 0.816 0.000
#> SRR1696033 5 0.3122 0.9913 0.160 0.000 0.020 0.004 0.816 0.000
#> SRR1696034 5 0.3122 0.9913 0.160 0.000 0.020 0.004 0.816 0.000
#> SRR1696035 3 0.2497 0.9335 0.000 0.000 0.896 0.032 0.032 0.040
#> SRR1696036 3 0.2497 0.9335 0.000 0.000 0.896 0.032 0.032 0.040
#> SRR1696037 3 0.2497 0.9335 0.000 0.000 0.896 0.032 0.032 0.040
#> SRR1696039 5 0.3232 0.9911 0.160 0.000 0.020 0.000 0.812 0.008
#> SRR1696038 3 0.2497 0.9335 0.000 0.000 0.896 0.032 0.032 0.040
#> SRR1696040 5 0.3232 0.9911 0.160 0.000 0.020 0.000 0.812 0.008
#> SRR1696041 5 0.3232 0.9911 0.160 0.000 0.020 0.000 0.812 0.008
#> SRR1696042 5 0.3232 0.9911 0.160 0.000 0.020 0.000 0.812 0.008
#> SRR1696043 2 0.0458 0.7996 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696044 2 0.0146 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696045 2 0.3950 -0.1693 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696046 2 0.1219 0.7843 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1696047 2 0.3652 0.6302 0.000 0.808 0.000 0.016 0.056 0.120
#> SRR1696048 2 0.3331 0.6376 0.000 0.836 0.000 0.016 0.056 0.092
#> SRR1696050 2 0.0790 0.7914 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696051 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696052 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.2252 0.9393 0.000 0.000 0.908 0.028 0.020 0.044
#> SRR1696054 3 0.2252 0.9393 0.000 0.000 0.908 0.028 0.020 0.044
#> SRR1696055 2 0.2482 0.6762 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR1696057 2 0.0748 0.8111 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1696049 2 0.3360 0.4655 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR1696056 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.3290 0.4954 0.000 0.744 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR1696058 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2378 0.6731 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1696062 2 0.0713 0.7934 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696063 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.3971 -0.2422 0.000 0.548 0.000 0.000 0.004 0.448
#> SRR1696066 6 0.3833 0.5629 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1696067 2 0.3868 -0.4138 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696068 2 0.3175 0.4888 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1696069 2 0.0603 0.8107 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1696070 6 0.3789 0.6015 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1696071 2 0.1649 0.7935 0.000 0.936 0.000 0.016 0.008 0.040
#> SRR1696072 2 0.0603 0.8107 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1696073 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696074 6 0.3843 0.5504 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696075 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696076 2 0.3955 -0.1939 0.000 0.560 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR1696077 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696078 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696079 2 0.3868 -0.4138 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696080 2 0.3126 0.5049 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696081 2 0.2933 0.6007 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1696083 2 0.0865 0.7908 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696082 2 0.2664 0.6272 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696084 2 0.0547 0.7976 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696085 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696086 2 0.0790 0.7918 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696087 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696088 2 0.2454 0.6588 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696091 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696089 2 0.2595 0.6605 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1696090 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.3868 -0.4138 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696093 6 0.3979 0.5390 0.000 0.456 0.000 0.000 0.004 0.540
#> SRR1696095 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696100 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696104 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.1483 0.7948 0.000 0.944 0.000 0.012 0.008 0.036
#> SRR1696107 2 0.3899 -0.0508 0.000 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1696108 2 0.3175 0.4888 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1696106 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0713 0.7934 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696109 2 0.3907 -0.0692 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR1696111 6 0.3847 0.5425 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696112 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0937 0.7874 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696113 6 0.3833 0.5640 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1696115 2 0.3072 0.6859 0.000 0.856 0.000 0.024 0.036 0.084
#> SRR1696116 2 0.2898 0.6848 0.000 0.864 0.000 0.024 0.024 0.088
#> SRR1696117 6 0.4048 0.6500 0.000 0.340 0.000 0.012 0.004 0.644
#> SRR1696118 6 0.4631 0.6440 0.060 0.320 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1696119 6 0.4854 0.6378 0.088 0.292 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1696120 3 0.0692 0.9512 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696121 3 0.0146 0.9535 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696122 3 0.0146 0.9535 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696125 6 0.3857 0.5124 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1696124 2 0.2823 0.5929 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1696123 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696126 6 0.3854 0.5247 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696127 6 0.5242 0.6311 0.000 0.272 0.000 0.032 0.068 0.628
#> SRR1696128 6 0.5039 0.6327 0.000 0.252 0.000 0.032 0.060 0.656
#> SRR1696129 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696130 2 0.3860 -0.3263 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696131 2 0.0603 0.7998 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696133 2 0.3899 -0.0508 0.000 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1696132 6 0.3868 0.4337 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696135 2 0.3923 -0.1075 0.000 0.580 0.000 0.000 0.004 0.416
#> SRR1696134 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.3727 0.6249 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1696137 6 0.5435 0.6036 0.000 0.336 0.000 0.032 0.064 0.568
#> SRR1696138 6 0.5039 0.6327 0.000 0.252 0.000 0.032 0.060 0.656
#> SRR1696139 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696140 2 0.0937 0.7874 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696142 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696143 2 0.2933 0.6007 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1696144 2 0.3854 -0.2959 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696146 3 0.1908 0.9327 0.000 0.000 0.924 0.012 0.020 0.044
#> SRR1696145 3 0.1908 0.9327 0.000 0.000 0.924 0.012 0.020 0.044
#> SRR1696148 2 0.2009 0.7306 0.000 0.908 0.000 0.000 0.024 0.068
#> SRR1696147 2 0.2333 0.7264 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR1696149 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696150 2 0.0146 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696151 2 0.0603 0.8107 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1696152 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0862 0.8087 0.000 0.972 0.000 0.016 0.008 0.004
#> SRR1696154 2 0.0603 0.8092 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696155 2 0.2805 0.6256 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1696156 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.3868 -0.4138 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696158 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.3782 0.6052 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696160 6 0.3857 0.5116 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1696161 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696162 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0717 0.8104 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696164 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0713 0.7934 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696166 2 0.3867 -0.3861 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1696167 1 0.5015 0.3062 0.584 0.076 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR1696169 2 0.3907 -0.0709 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR1696168 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0405 0.8052 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696170 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0603 0.8093 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.3843 -0.2491 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1696174 2 0.1387 0.7658 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696176 2 0.0865 0.7897 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696175 6 0.3847 0.5425 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696177 2 0.3991 -0.3372 0.000 0.524 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR1696178 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.3298 0.5269 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR1696180 2 0.0458 0.8112 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696181 6 0.5318 0.5778 0.000 0.420 0.000 0.024 0.052 0.504
#> SRR1696182 6 0.5318 0.5778 0.000 0.420 0.000 0.024 0.052 0.504
#> SRR1696183 6 0.5309 0.5891 0.000 0.412 0.000 0.024 0.052 0.512
#> SRR1696184 6 0.5318 0.5778 0.000 0.420 0.000 0.024 0.052 0.504
#> SRR1696185 6 0.4365 0.1707 0.332 0.008 0.000 0.012 0.008 0.640
#> SRR1696186 3 0.0692 0.9512 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696187 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.2972 0.8391 0.024 0.004 0.000 0.860 0.016 0.096
#> SRR1696188 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.4039 0.6576 0.004 0.012 0.000 0.720 0.016 0.248
#> SRR1696191 2 0.3427 0.6306 0.000 0.828 0.000 0.016 0.056 0.100
#> SRR1696192 2 0.3652 0.6261 0.000 0.808 0.000 0.016 0.056 0.120
#> SRR1696193 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.2362 0.9009 0.080 0.012 0.000 0.892 0.000 0.016
#> SRR1696195 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.2265 0.8999 0.076 0.024 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1696197 3 0.2252 0.9393 0.000 0.000 0.908 0.028 0.020 0.044
#> SRR1696198 3 0.2252 0.9393 0.000 0.000 0.908 0.028 0.020 0.044
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.2613 0.8795 0.032 0.068 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696202 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.2535 0.8829 0.036 0.064 0.000 0.888 0.000 0.012
#> SRR1696206 6 0.4797 -0.1868 0.452 0.008 0.000 0.016 0.012 0.512
#> SRR1696207 1 0.2306 0.8405 0.888 0.000 0.000 0.016 0.004 0.092
#> SRR1696209 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1605 0.8691 0.936 0.000 0.000 0.016 0.004 0.044
#> SRR1696208 4 0.2203 0.9006 0.084 0.016 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1696212 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.2434 0.8833 0.036 0.064 0.000 0.892 0.000 0.008
#> SRR1696214 4 0.2613 0.8795 0.032 0.068 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696215 4 0.2517 0.8990 0.100 0.016 0.000 0.876 0.000 0.008
#> SRR1696217 4 0.2349 0.9004 0.080 0.020 0.000 0.892 0.000 0.008
#> SRR1696216 1 0.2611 0.8184 0.864 0.000 0.000 0.012 0.008 0.116
#> SRR1696218 1 0.3213 0.7340 0.808 0.000 0.000 0.160 0.000 0.032
#> SRR1696219 4 0.2645 0.8936 0.056 0.044 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696220 4 0.2645 0.8876 0.044 0.056 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696221 4 0.2402 0.8829 0.032 0.060 0.000 0.896 0.000 0.012
#> SRR1696222 4 0.2311 0.8396 0.000 0.104 0.000 0.880 0.000 0.016
#> SRR1696224 4 0.2003 0.8915 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.3804 0.1568 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.2356 0.8488 0.004 0.096 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696227 1 0.0458 0.8787 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.5907 0.4466 0.200 0.148 0.000 0.028 0.012 0.612
#> SRR1696228 1 0.1196 0.8700 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1696229 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.2422 0.9001 0.072 0.024 0.000 0.892 0.000 0.012
#> SRR1696231 1 0.1657 0.8573 0.928 0.000 0.000 0.056 0.000 0.016
#> SRR1696230 1 0.1780 0.8610 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR1696233 4 0.2237 0.9004 0.080 0.020 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1696235 1 0.2941 0.6606 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.2203 0.9006 0.084 0.016 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1696236 4 0.2019 0.9003 0.088 0.012 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.2442 0.8735 0.144 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004
#> SRR1696238 4 0.2538 0.8933 0.048 0.040 0.000 0.892 0.000 0.020
#> SRR1696239 4 0.3721 0.7505 0.016 0.000 0.000 0.788 0.036 0.160
#> SRR1696240 4 0.2577 0.8842 0.072 0.000 0.000 0.884 0.012 0.032
#> SRR1696241 6 0.5243 -0.2285 0.444 0.000 0.000 0.028 0.040 0.488
#> SRR1696244 1 0.0458 0.8787 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0458 0.8787 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.3434 0.7920 0.008 0.008 0.000 0.824 0.036 0.124
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0458 0.8787 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.3867 0.1752 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.4159 0.5706 0.672 0.000 0.000 0.020 0.008 0.300
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1700 0.8349 0.916 0.000 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4159 0.5706 0.672 0.000 0.000 0.020 0.008 0.300
#> SRR1696260 4 0.3057 0.8893 0.064 0.028 0.000 0.868 0.008 0.032
#> SRR1696259 4 0.3073 0.8881 0.060 0.032 0.000 0.868 0.008 0.032
#> SRR1696261 1 0.2402 0.7829 0.868 0.000 0.000 0.012 0.000 0.120
#> SRR1696262 1 0.3219 0.7365 0.808 0.000 0.000 0.016 0.008 0.168
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0692 0.9512 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696264 1 0.0790 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0692 0.9512 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696267 3 0.0146 0.9535 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696269 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.3050 0.7642 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0146 0.9535 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696272 1 0.1498 0.8709 0.940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1696274 6 0.5328 0.5907 0.000 0.212 0.000 0.068 0.060 0.660
#> SRR1696273 6 0.5080 0.6256 0.000 0.236 0.000 0.040 0.060 0.664
#> SRR1696275 4 0.2361 0.8980 0.104 0.012 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696276 1 0.1418 0.8720 0.944 0.000 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR1696277 4 0.2243 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696279 1 0.2149 0.8494 0.900 0.000 0.000 0.016 0.004 0.080
#> SRR1696278 4 0.2401 0.8919 0.060 0.004 0.000 0.892 0.000 0.044
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.2613 0.8795 0.032 0.068 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696282 1 0.1863 0.8613 0.920 0.000 0.000 0.016 0.004 0.060
#> SRR1696283 4 0.4562 0.6227 0.000 0.012 0.000 0.692 0.060 0.236
#> SRR1696286 1 0.0865 0.8723 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696284 6 0.5339 0.0295 0.288 0.000 0.000 0.040 0.060 0.612
#> SRR1696287 4 0.2431 0.8065 0.000 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008
#> SRR1696285 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2326 0.8546 0.008 0.092 0.000 0.888 0.000 0.012
#> SRR1696290 4 0.2349 0.8687 0.020 0.080 0.000 0.892 0.000 0.008
#> SRR1696291 3 0.1592 0.9403 0.000 0.000 0.940 0.008 0.020 0.032
#> SRR1696289 4 0.3245 0.6741 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000 0.008
#> SRR1696292 3 0.1592 0.9403 0.000 0.000 0.940 0.008 0.020 0.032
#> SRR1696293 4 0.2243 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696294 4 0.2308 0.8967 0.108 0.008 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696295 4 0.4002 0.4002 0.404 0.000 0.000 0.588 0.000 0.008
#> SRR1696296 4 0.2003 0.8915 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.3651 0.6844 0.752 0.000 0.000 0.016 0.008 0.224
#> SRR1696298 1 0.3869 -0.1191 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.3017 0.7636 0.000 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.3483 0.6585 0.000 0.236 0.000 0.748 0.000 0.016
#> SRR1696303 4 0.2613 0.8795 0.032 0.068 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.2145 0.9000 0.072 0.028 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.2852 0.8283 0.004 0.016 0.000 0.864 0.016 0.100
#> SRR1696306 6 0.4891 0.6270 0.000 0.384 0.000 0.036 0.016 0.564
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.2243 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696308 4 0.2445 0.8959 0.060 0.040 0.000 0.892 0.000 0.008
#> SRR1696311 1 0.0713 0.8664 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696314 4 0.2613 0.8795 0.032 0.068 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696312 6 0.4399 -0.1533 0.460 0.024 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696313 1 0.4266 0.4986 0.628 0.000 0.000 0.016 0.008 0.348
#> SRR1696315 1 0.3183 0.7421 0.812 0.000 0.000 0.016 0.008 0.164
#> SRR1696316 4 0.2100 0.8928 0.112 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1696317 1 0.0914 0.8784 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0632 0.8743 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696320 4 0.2597 0.8397 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.2146 0.8919 0.116 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696321 1 0.0458 0.8762 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696324 1 0.2527 0.7263 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0632 0.8743 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3288 0.7274 0.800 0.000 0.000 0.016 0.008 0.176
#> SRR1696327 1 0.4652 0.3733 0.560 0.000 0.000 0.024 0.012 0.404
#> SRR1696328 4 0.2003 0.8915 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.2100 0.8951 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.2264 0.8497 0.004 0.096 0.000 0.888 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.842 0.923 0.966 0.4987 0.502 0.502
#> 3 3 0.824 0.856 0.917 0.2693 0.837 0.685
#> 4 4 0.906 0.876 0.949 0.1163 0.852 0.643
#> 5 5 0.907 0.864 0.940 0.0971 0.890 0.655
#> 6 6 0.868 0.823 0.914 0.0280 0.946 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.3733 0.903 0.928 0.072
#> SRR1696029 1 0.3733 0.903 0.928 0.072
#> SRR1696030 1 0.3879 0.899 0.924 0.076
#> SRR1696031 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696035 2 0.5737 0.834 0.136 0.864
#> SRR1696036 2 0.5737 0.834 0.136 0.864
#> SRR1696037 2 0.5737 0.834 0.136 0.864
#> SRR1696039 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.5737 0.834 0.136 0.864
#> SRR1696040 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0672 0.962 0.008 0.992
#> SRR1696067 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.5178 0.857 0.116 0.884
#> SRR1696118 2 0.5178 0.857 0.116 0.884
#> SRR1696119 2 0.6973 0.770 0.188 0.812
#> SRR1696120 2 0.8081 0.682 0.248 0.752
#> SRR1696121 2 0.2603 0.930 0.044 0.956
#> SRR1696122 2 0.5294 0.852 0.120 0.880
#> SRR1696125 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.3584 0.908 0.068 0.932
#> SRR1696137 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.8499 0.635 0.276 0.724
#> SRR1696145 2 0.8144 0.676 0.252 0.748
#> SRR1696148 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.3274 0.917 0.940 0.060
#> SRR1696169 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.1633 0.943 0.976 0.024
#> SRR1696186 2 0.4022 0.897 0.080 0.920
#> SRR1696187 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.9661 0.385 0.608 0.392
#> SRR1696191 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> SRR1696197 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.8144 0.690 0.748 0.252
#> SRR1696202 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.6531 0.804 0.832 0.168
#> SRR1696206 1 0.4815 0.870 0.896 0.104
#> SRR1696207 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.5737 0.839 0.864 0.136
#> SRR1696214 1 0.8016 0.702 0.756 0.244
#> SRR1696215 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1696217 1 0.0672 0.955 0.992 0.008
#> SRR1696216 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.5178 0.861 0.884 0.116
#> SRR1696220 1 0.5519 0.853 0.872 0.128
#> SRR1696221 1 0.6343 0.814 0.840 0.160
#> SRR1696222 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696225 1 0.9944 0.222 0.544 0.456
#> SRR1696227 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> SRR1696228 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> SRR1696231 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.3879 0.901 0.924 0.076
#> SRR1696239 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.0938 0.953 0.988 0.012
#> SRR1696245 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.5178 0.861 0.884 0.116
#> SRR1696259 1 0.5178 0.861 0.884 0.116
#> SRR1696261 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.9881 0.262 0.436 0.564
#> SRR1696264 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.9881 0.262 0.436 0.564
#> SRR1696267 1 0.9323 0.454 0.652 0.348
#> SRR1696269 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696268 2 0.9881 0.262 0.436 0.564
#> SRR1696272 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.7056 0.761 0.192 0.808
#> SRR1696273 2 0.3733 0.905 0.072 0.928
#> SRR1696275 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.8081 0.696 0.752 0.248
#> SRR1696282 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.6887 0.785 0.816 0.184
#> SRR1696286 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.2423 0.933 0.040 0.960
#> SRR1696285 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696288 1 0.9996 0.108 0.512 0.488
#> SRR1696290 1 0.9491 0.462 0.632 0.368
#> SRR1696291 2 0.9522 0.436 0.372 0.628
#> SRR1696289 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696292 2 0.9881 0.262 0.436 0.564
#> SRR1696293 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1696303 1 0.8144 0.690 0.748 0.252
#> SRR1696302 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.2778 0.925 0.952 0.048
#> SRR1696305 1 0.5946 0.831 0.856 0.144
#> SRR1696306 2 0.1414 0.952 0.020 0.980
#> SRR1696307 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.2948 0.922 0.948 0.052
#> SRR1696311 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696314 1 0.8144 0.690 0.748 0.252
#> SRR1696312 1 0.3431 0.910 0.936 0.064
#> SRR1696313 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.9580 0.346 0.380 0.620
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696036 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696037 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696039 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696040 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.5591 0.567 0.000 0.304 0.696
#> SRR1696054 3 0.5591 0.567 0.000 0.304 0.696
#> SRR1696055 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0424 0.963 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696066 2 0.4504 0.761 0.000 0.804 0.196
#> SRR1696067 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696068 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.2711 0.894 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696071 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2537 0.902 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696075 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.2625 0.898 0.000 0.916 0.084
#> SRR1696080 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696093 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696095 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696112 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.2878 0.886 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696115 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.4974 0.679 0.000 0.236 0.764
#> SRR1696118 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696119 3 0.4121 0.757 0.000 0.168 0.832
#> SRR1696120 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696122 3 0.2356 0.844 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696125 2 0.2625 0.898 0.000 0.916 0.084
#> SRR1696124 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696127 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 3 0.5650 0.550 0.000 0.312 0.688
#> SRR1696129 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696131 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.2261 0.913 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696135 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 3 0.5529 0.588 0.000 0.296 0.704
#> SRR1696137 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.5760 0.501 0.000 0.672 0.328
#> SRR1696139 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.2537 0.902 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696146 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.2448 0.906 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696158 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.2959 0.881 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696160 2 0.0747 0.956 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696161 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.5650 0.537 0.000 0.688 0.312
#> SRR1696167 1 0.6303 0.755 0.720 0.032 0.248
#> SRR1696169 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.2261 0.913 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696174 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.2959 0.883 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696177 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696186 3 0.0237 0.882 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696187 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696189 1 0.1411 0.817 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696188 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.4235 0.616 0.824 0.176 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0237 0.966 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696193 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.5016 0.681 0.000 0.240 0.760
#> SRR1696198 3 0.5016 0.681 0.000 0.240 0.760
#> SRR1696199 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696200 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.1411 0.796 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696202 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696203 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696205 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696204 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696207 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696209 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696210 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696208 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696213 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 1 0.1163 0.802 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696215 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696218 1 0.5497 0.761 0.708 0.000 0.292
#> SRR1696219 1 0.1964 0.778 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696220 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.5650 0.578 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.4974 0.772 0.764 0.000 0.236
#> SRR1696225 1 0.3038 0.727 0.896 0.104 0.000
#> SRR1696227 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696226 3 0.3267 0.752 0.116 0.000 0.884
#> SRR1696228 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696229 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696230 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696233 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.5621 0.756 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696234 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 3 0.1411 0.850 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696244 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696243 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696242 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696246 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696247 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696248 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696249 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696250 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696253 3 0.3192 0.758 0.112 0.000 0.888
#> SRR1696251 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696254 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696255 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696256 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696258 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696257 3 0.3192 0.758 0.112 0.000 0.888
#> SRR1696260 1 0.2448 0.759 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696259 1 0.2448 0.759 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696261 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696262 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696263 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696265 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696266 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.2356 0.812 0.928 0.000 0.072
#> SRR1696270 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696274 3 0.9286 0.408 0.184 0.312 0.504
#> SRR1696273 3 0.7248 0.223 0.028 0.436 0.536
#> SRR1696275 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696277 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696278 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696281 1 0.1529 0.792 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696282 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696283 1 0.1031 0.805 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696286 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696284 3 0.0592 0.873 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696287 2 0.5678 0.572 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 1 0.1031 0.805 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696290 1 0.0892 0.807 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.5650 0.578 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.2711 0.810 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696296 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.5760 0.735 0.672 0.000 0.328
#> SRR1696298 1 0.0424 0.820 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696299 2 0.5650 0.578 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696301 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696300 2 0.5650 0.578 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696303 1 0.2448 0.759 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696302 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696304 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 1 0.0747 0.810 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696306 2 0.3009 0.905 0.028 0.920 0.052
#> SRR1696307 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696309 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696310 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696314 1 0.1860 0.782 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696312 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696313 1 0.5760 0.735 0.672 0.000 0.328
#> SRR1696315 3 0.3192 0.758 0.112 0.000 0.888
#> SRR1696316 1 0.1753 0.816 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696317 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696318 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696319 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696320 1 0.2066 0.814 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696322 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696324 1 0.2537 0.812 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696323 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696326 1 0.5650 0.754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696325 3 0.3192 0.758 0.112 0.000 0.888
#> SRR1696327 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 1 0.3116 0.722 0.892 0.108 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.4994 0.214 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1696029 1 0.4994 0.214 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1696030 1 0.4994 0.214 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1696031 1 0.4972 0.280 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1696032 1 0.4972 0.280 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1696033 1 0.4972 0.280 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1696034 1 0.4972 0.280 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.4967 0.288 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.4967 0.288 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696041 1 0.4967 0.288 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696042 1 0.4967 0.288 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0469 0.958 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696066 2 0.4513 0.767 0.120 0.804 0.076 0.000
#> SRR1696067 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.3975 0.702 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2149 0.895 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1716 0.917 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.1867 0.910 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696093 2 0.0921 0.946 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.1940 0.906 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.4776 0.432 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 3 0.2760 0.808 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1696119 3 0.3311 0.748 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.3074 0.825 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4431 0.590 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1696127 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696128 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.7450 -0.131 0.172 0.424 0.404 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.4866 0.363 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.1716 0.917 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1940 0.906 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.3764 0.739 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 3 0.4008 0.662 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1696167 1 0.4004 0.709 0.812 0.024 0.000 0.164
#> SRR1696169 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.4790 0.422 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.3219 0.800 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1696182 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696183 2 0.3266 0.795 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1696184 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696185 3 0.2868 0.799 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.3444 0.759 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1696188 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696190 4 0.0921 0.942 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696191 2 0.2530 0.859 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1696192 3 0.4222 0.628 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696194 4 0.0336 0.962 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696195 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696206 1 0.4967 0.170 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696223 1 0.3569 0.691 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1696225 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4855 0.308 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696237 1 0.4817 0.362 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1696238 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696239 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696240 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696241 1 0.4877 0.289 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.4989 0.143 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696252 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696271 4 0.3610 0.737 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1696270 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 4 0.6258 0.383 0.000 0.076 0.324 0.600
#> SRR1696273 3 0.4193 0.624 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696275 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.2921 0.814 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696280 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.2760 0.765 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1696287 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696297 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696305 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696306 2 0.4010 0.804 0.000 0.836 0.100 0.064
#> SRR1696307 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696312 3 0.3219 0.760 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.4977 0.176 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696317 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4103 0.658 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1696322 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.4961 0.182 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1696328 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 3 0.4040 0.7163 0.276 0.000 0.712 0.000 0.012
#> SRR1696029 3 0.4040 0.7163 0.276 0.000 0.712 0.000 0.012
#> SRR1696030 3 0.4040 0.7163 0.276 0.000 0.712 0.000 0.012
#> SRR1696031 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696032 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696033 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696034 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696035 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696038 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696041 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696042 3 0.4130 0.7008 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 5 0.2891 0.7374 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0162 0.9453 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.2690 0.7790 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 5 0.3949 0.5447 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.4249 0.1573 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.3480 0.6361 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696066 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696067 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696068 5 0.3895 0.5636 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 5 0.0404 0.8330 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696071 2 0.0794 0.9255 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 5 0.0510 0.8361 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 5 0.1671 0.8199 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696080 2 0.3305 0.6777 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1696081 5 0.4262 0.2878 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1696083 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696082 2 0.1478 0.8905 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0404 0.9396 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.3752 0.5486 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696093 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0510 0.9352 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696107 5 0.1121 0.8407 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696108 5 0.4015 0.5122 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 5 0.1121 0.8407 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696111 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 5 0.1012 0.8382 0.000 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 5 0.2929 0.6652 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1696118 5 0.0880 0.8207 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696119 5 0.0880 0.8207 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696120 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 5 0.0794 0.8428 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696124 2 0.0609 0.9330 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 5 0.0451 0.8302 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1696127 5 0.4300 0.1128 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696128 5 0.3966 0.4085 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 5 0.1121 0.8407 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696132 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696135 5 0.3796 0.6056 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 5 0.0404 0.8228 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696137 2 0.3913 0.4959 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1696138 5 0.0807 0.8298 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 5 0.4201 0.3758 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696144 5 0.0963 0.8435 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696146 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0880 0.9220 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.3999 0.4267 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 5 0.0880 0.8443 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 5 0.0566 0.8338 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1696160 5 0.3752 0.6167 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 5 0.1117 0.8343 0.000 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR1696167 1 0.3912 0.7209 0.804 0.088 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696169 5 0.1121 0.8408 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 5 0.0963 0.8435 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696174 2 0.0703 0.9294 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 5 0.1012 0.8382 0.000 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR1696177 5 0.1197 0.8387 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.3966 0.4551 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.4268 0.4330 0.000 0.648 0.008 0.000 0.344
#> SRR1696182 2 0.3895 0.5013 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696183 2 0.4416 0.3956 0.000 0.632 0.012 0.000 0.356
#> SRR1696184 2 0.3895 0.5013 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696185 5 0.1661 0.8007 0.024 0.000 0.036 0.000 0.940
#> SRR1696186 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.3656 0.7274 0.196 0.000 0.000 0.784 0.020
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.1943 0.9032 0.056 0.000 0.000 0.924 0.020
#> SRR1696191 2 0.0880 0.9215 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696192 3 0.4238 0.3373 0.000 0.368 0.628 0.000 0.004
#> SRR1696193 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.0404 0.9580 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 5 0.5048 -0.0172 0.476 0.000 0.032 0.000 0.492
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.3109 0.6941 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4686 0.3437 0.596 0.000 0.020 0.000 0.384
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.3932 0.4944 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696239 4 0.1485 0.9286 0.032 0.000 0.000 0.948 0.020
#> SRR1696240 4 0.1082 0.9397 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR1696241 1 0.3354 0.7948 0.844 0.000 0.088 0.000 0.068
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0609 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.4291 0.1420 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0290 0.9556 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0290 0.9556 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696260 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.3177 0.7249 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 5 0.6883 0.2159 0.000 0.016 0.252 0.244 0.488
#> SRR1696273 5 0.4639 0.3773 0.000 0.024 0.344 0.000 0.632
#> SRR1696275 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.2891 0.7683 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.0609 0.9538 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.1364 0.9173 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1696287 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.0794 0.9379 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.0162 0.9646 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.0703 0.9425 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.0898 0.9493 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1696306 2 0.5137 0.6471 0.000 0.728 0.076 0.028 0.168
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 3 0.5840 0.5004 0.232 0.000 0.604 0.000 0.164
#> SRR1696313 1 0.0290 0.9556 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.4300 0.1179 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.3949 0.5194 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9628 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.3099 0.7967 0.848 0.000 0.124 0.000 0.028
#> SRR1696328 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.9676 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.5828 0.14890 0.172 0.000 0.344 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696029 5 0.5828 0.14890 0.172 0.000 0.344 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696030 5 0.5828 0.14890 0.172 0.000 0.344 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696031 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696032 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696033 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696034 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696035 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696038 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696041 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696042 5 0.5857 0.16212 0.180 0.000 0.336 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696043 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 6 0.2442 0.77030 0.000 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR1696046 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0858 0.94837 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696048 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696050 2 0.0146 0.96866 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696051 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.2442 0.81034 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1696057 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696049 6 0.2595 0.75385 0.000 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836
#> SRR1696056 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 6 0.3996 0.16829 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004 0.512
#> SRR1696058 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.3448 0.57687 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004 0.280
#> SRR1696062 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 6 0.0632 0.86613 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696066 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696067 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696068 6 0.2048 0.79350 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696069 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696070 6 0.0405 0.85390 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1696071 2 0.1285 0.92368 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696072 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696074 6 0.0260 0.85973 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696075 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696076 6 0.1531 0.83767 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928
#> SRR1696077 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696080 2 0.3634 0.38094 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1696081 6 0.3163 0.67172 0.000 0.232 0.000 0.000 0.004 0.764
#> SRR1696083 2 0.1152 0.93370 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1696082 2 0.2762 0.73710 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1696084 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696086 2 0.0508 0.96227 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696087 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696088 2 0.1556 0.89615 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696091 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696089 2 0.3636 0.47130 0.000 0.676 0.000 0.000 0.004 0.320
#> SRR1696090 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696093 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696095 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.1219 0.92840 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1696107 6 0.0858 0.86438 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR1696108 6 0.2854 0.70389 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1696106 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 6 0.0713 0.86519 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696111 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696112 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 6 0.0508 0.86386 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696115 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 6 0.4232 0.58042 0.000 0.000 0.148 0.000 0.116 0.736
#> SRR1696118 6 0.0458 0.85192 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696119 6 0.0458 0.85192 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696120 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696124 2 0.1910 0.86282 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696123 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696126 6 0.1788 0.80176 0.000 0.004 0.076 0.000 0.004 0.916
#> SRR1696127 5 0.4892 0.40386 0.000 0.176 0.000 0.000 0.660 0.164
#> SRR1696128 5 0.3956 0.32511 0.000 0.000 0.024 0.000 0.684 0.292
#> SRR1696129 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696130 6 0.0547 0.86663 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696131 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696133 6 0.0858 0.86438 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR1696132 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696135 6 0.3699 0.52518 0.000 0.336 0.000 0.000 0.004 0.660
#> SRR1696134 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.0146 0.85109 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696137 5 0.4769 0.40387 0.000 0.240 0.000 0.000 0.656 0.104
#> SRR1696138 5 0.4004 0.27249 0.000 0.004 0.012 0.000 0.656 0.328
#> SRR1696139 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696140 2 0.0146 0.96874 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696142 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696143 6 0.3023 0.69661 0.000 0.212 0.000 0.000 0.004 0.784
#> SRR1696144 6 0.0547 0.86663 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696146 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696147 2 0.1285 0.92335 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696149 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 6 0.3881 0.43283 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.600
#> SRR1696156 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.0458 0.86641 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696158 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.0146 0.85598 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696160 6 0.3330 0.59814 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1696161 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0777 0.95167 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1696166 6 0.0547 0.85102 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696167 1 0.3493 0.68010 0.800 0.064 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1696169 6 0.0937 0.85962 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696168 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0146 0.97036 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 6 0.0713 0.86519 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696174 2 0.1387 0.90879 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696176 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 6 0.0508 0.86386 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696177 6 0.0858 0.86438 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR1696178 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 6 0.3915 0.39030 0.000 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR1696180 2 0.0000 0.97083 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 5 0.5462 0.31112 0.000 0.376 0.000 0.000 0.496 0.128
#> SRR1696182 5 0.5412 0.29586 0.000 0.384 0.000 0.000 0.496 0.120
#> SRR1696183 5 0.5530 0.32441 0.000 0.364 0.000 0.000 0.496 0.140
#> SRR1696184 5 0.5412 0.29586 0.000 0.384 0.000 0.000 0.496 0.120
#> SRR1696185 6 0.2664 0.77168 0.020 0.000 0.040 0.000 0.056 0.884
#> SRR1696186 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 5 0.5760 0.28424 0.140 0.000 0.000 0.324 0.524 0.012
#> SRR1696188 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 5 0.5413 0.17975 0.084 0.000 0.000 0.388 0.516 0.012
#> SRR1696191 2 0.2362 0.82494 0.000 0.860 0.136 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696192 3 0.3705 0.48074 0.000 0.236 0.740 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696193 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.0790 0.92726 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.6366 -0.16919 0.392 0.000 0.024 0.000 0.392 0.192
#> SRR1696207 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696209 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696208 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696214 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0935 0.91838 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1696218 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696219 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696220 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696221 4 0.0547 0.94751 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696222 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696224 4 0.0937 0.92099 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.2793 0.65889 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 5 0.5782 0.08595 0.416 0.000 0.008 0.000 0.440 0.136
#> SRR1696228 1 0.0260 0.93206 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696231 1 0.0458 0.92939 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696230 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696233 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.2219 0.76755 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696239 5 0.5041 0.11595 0.048 0.000 0.000 0.420 0.520 0.012
#> SRR1696240 5 0.4757 -0.00969 0.048 0.000 0.000 0.468 0.484 0.000
#> SRR1696241 5 0.4824 0.10649 0.412 0.000 0.020 0.000 0.544 0.024
#> SRR1696244 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.4098 0.03418 0.000 0.000 0.000 0.496 0.496 0.008
#> SRR1696245 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0146 0.93320 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3847 0.16851 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2070 0.86477 0.896 0.000 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR1696251 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.2170 0.85616 0.888 0.000 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR1696260 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.1285 0.90585 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1696262 1 0.1471 0.89792 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1696263 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.3198 0.56312 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696274 5 0.5023 0.41746 0.000 0.028 0.020 0.068 0.716 0.168
#> SRR1696273 5 0.3911 0.36580 0.000 0.008 0.020 0.000 0.720 0.252
#> SRR1696275 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0363 0.93095 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.1285 0.90585 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1696278 4 0.2697 0.68838 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696282 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696283 5 0.3634 0.35601 0.000 0.000 0.000 0.296 0.696 0.008
#> SRR1696286 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 5 0.3732 0.39808 0.228 0.000 0.004 0.000 0.744 0.024
#> SRR1696287 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.1411 0.88005 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.95408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0458 0.92209 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.0713 0.93479 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.1471 0.89792 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1696298 1 0.0146 0.93203 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.0858 0.92598 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR1696303 4 0.0146 0.95997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 5 0.3819 0.28744 0.000 0.000 0.000 0.340 0.652 0.008
#> SRR1696306 5 0.4228 0.40794 0.000 0.228 0.000 0.000 0.708 0.064
#> SRR1696307 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 3 0.5151 0.40829 0.208 0.000 0.636 0.000 0.004 0.152
#> SRR1696313 1 0.2302 0.83741 0.872 0.000 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR1696315 1 0.1471 0.89792 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1696316 1 0.3866 0.04442 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0363 0.93095 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0363 0.93095 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696320 4 0.3672 0.36354 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.0713 0.93521 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0363 0.93095 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0692 0.92596 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.93417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.1471 0.89792 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1696327 1 0.5157 0.24606 0.548 0.000 0.044 0.000 0.384 0.024
#> SRR1696328 4 0.0632 0.93957 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.96111 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.797 0.891 0.953 0.4336 0.567 0.567
#> 3 3 0.758 0.871 0.947 0.0671 0.973 0.953
#> 4 4 0.673 0.822 0.870 0.2374 0.794 0.636
#> 5 5 0.935 0.900 0.967 0.1637 0.945 0.857
#> 6 6 0.827 0.832 0.917 0.0425 0.965 0.898
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.9393 0.4892 0.644 0.356
#> SRR1696029 1 0.9881 0.2919 0.564 0.436
#> SRR1696030 1 0.9896 0.2784 0.560 0.440
#> SRR1696031 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696035 2 0.2236 0.9349 0.036 0.964
#> SRR1696036 2 0.2236 0.9349 0.036 0.964
#> SRR1696037 2 0.2236 0.9349 0.036 0.964
#> SRR1696039 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.2236 0.9349 0.036 0.964
#> SRR1696040 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0938 0.9522 0.012 0.988
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.4562 0.8807 0.096 0.904
#> SRR1696118 2 0.5059 0.8652 0.112 0.888
#> SRR1696119 2 0.6973 0.7727 0.188 0.812
#> SRR1696120 2 0.3584 0.9083 0.068 0.932
#> SRR1696121 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696122 2 0.1843 0.9408 0.028 0.972
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.4815 0.8738 0.104 0.896
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.8016 0.6864 0.244 0.756
#> SRR1696145 2 0.6623 0.7957 0.172 0.828
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.8608 0.6324 0.716 0.284
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.2043 0.9378 0.032 0.968
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 1.0000 0.0173 0.504 0.496
#> SRR1696186 2 0.2603 0.9293 0.044 0.956
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.6048 0.8268 0.148 0.852
#> SRR1696188 1 0.9933 0.2083 0.548 0.452
#> SRR1696190 2 0.1843 0.9414 0.028 0.972
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.8661 0.6070 0.288 0.712
#> SRR1696194 2 0.8207 0.6635 0.256 0.744
#> SRR1696195 2 0.6343 0.8124 0.160 0.840
#> SRR1696196 2 0.1414 0.9468 0.020 0.980
#> SRR1696197 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.6801 0.7850 0.180 0.820
#> SRR1696201 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696206 1 0.8955 0.5472 0.688 0.312
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.3431 0.9133 0.064 0.936
#> SRR1696212 2 0.9358 0.4639 0.352 0.648
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.2423 0.9331 0.040 0.960
#> SRR1696214 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696215 2 0.9000 0.5074 0.316 0.684
#> SRR1696217 2 0.1633 0.9441 0.024 0.976
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.1184 0.9490 0.016 0.984
#> SRR1696220 2 0.1184 0.9497 0.016 0.984
#> SRR1696221 2 0.2423 0.9324 0.040 0.960
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.6438 0.7886 0.836 0.164
#> SRR1696223 1 0.5946 0.8084 0.856 0.144
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.8327 0.6487 0.264 0.736
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.7883 0.6991 0.764 0.236
#> SRR1696232 2 0.3733 0.9047 0.072 0.928
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.1843 0.9421 0.028 0.972
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.1843 0.9419 0.028 0.972
#> SRR1696236 2 0.5946 0.8316 0.144 0.856
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.4298 0.8893 0.088 0.912
#> SRR1696239 2 0.9970 0.1034 0.468 0.532
#> SRR1696240 1 0.1184 0.9181 0.984 0.016
#> SRR1696241 1 0.4815 0.8456 0.896 0.104
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.2778 0.9260 0.048 0.952
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.8608 0.5759 0.284 0.716
#> SRR1696259 2 0.4562 0.8746 0.096 0.904
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.5737 0.8392 0.136 0.864
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.9460 0.4250 0.364 0.636
#> SRR1696267 1 0.6973 0.7620 0.812 0.188
#> SRR1696269 2 0.9866 0.2353 0.432 0.568
#> SRR1696271 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.6712 0.7758 0.824 0.176
#> SRR1696268 2 0.9460 0.4261 0.364 0.636
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.3274 0.9166 0.060 0.940
#> SRR1696273 2 0.0938 0.9521 0.012 0.988
#> SRR1696275 2 0.2423 0.9335 0.040 0.960
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.9866 0.2974 0.568 0.432
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.6343 0.8109 0.160 0.840
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.2603 0.9294 0.044 0.956
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0376 0.9260 0.996 0.004
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.5946 0.8086 0.856 0.144
#> SRR1696288 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696290 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696291 2 0.6148 0.8200 0.152 0.848
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696292 2 0.8813 0.5778 0.300 0.700
#> SRR1696293 1 0.9795 0.3312 0.584 0.416
#> SRR1696294 2 0.9963 0.0719 0.464 0.536
#> SRR1696295 1 0.7674 0.6968 0.776 0.224
#> SRR1696296 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696305 2 0.0376 0.9570 0.004 0.996
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.9944 0.2346 0.544 0.456
#> SRR1696308 2 0.0938 0.9526 0.012 0.988
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
#> SRR1696312 2 0.9427 0.4410 0.360 0.640
#> SRR1696313 1 0.1633 0.9122 0.976 0.024
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.9754 0.3218 0.592 0.408
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.1843 0.9098 0.972 0.028
#> SRR1696322 1 0.7056 0.7590 0.808 0.192
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.6712 0.7758 0.824 0.176
#> SRR1696329 2 0.5946 0.8312 0.144 0.856
#> SRR1696330 2 0.0376 0.9571 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.2496 0.9039 0.004 0.068 0.928
#> SRR1696029 3 0.2356 0.8981 0.000 0.072 0.928
#> SRR1696030 3 0.2496 0.9039 0.004 0.068 0.928
#> SRR1696031 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696032 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696033 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696034 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696035 2 0.2845 0.8956 0.012 0.920 0.068
#> SRR1696036 2 0.2845 0.8956 0.012 0.920 0.068
#> SRR1696037 2 0.2845 0.8956 0.012 0.920 0.068
#> SRR1696039 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696038 2 0.2845 0.8956 0.012 0.920 0.068
#> SRR1696040 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696041 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696042 3 0.2356 0.9621 0.072 0.000 0.928
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.2261 0.9017 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696054 2 0.2261 0.9017 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0424 0.9422 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.1163 0.9312 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696118 2 0.3116 0.8730 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696119 2 0.3038 0.8713 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696120 2 0.3445 0.8808 0.088 0.896 0.016
#> SRR1696121 2 0.0747 0.9380 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696122 2 0.1482 0.9302 0.012 0.968 0.020
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.1529 0.9233 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 2 0.5536 0.7073 0.236 0.752 0.012
#> SRR1696145 2 0.4128 0.8418 0.132 0.856 0.012
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0237 0.9442 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.5158 0.5882 0.764 0.232 0.004
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0592 0.9398 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.6309 -0.0366 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696186 2 0.3120 0.8892 0.080 0.908 0.012
#> SRR1696187 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.3267 0.8659 0.116 0.884 0.000
#> SRR1696188 1 0.6432 0.2539 0.568 0.428 0.004
#> SRR1696190 2 0.1643 0.9226 0.044 0.956 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696193 2 0.5929 0.5599 0.320 0.676 0.004
#> SRR1696194 2 0.5325 0.6957 0.248 0.748 0.004
#> SRR1696195 2 0.4733 0.7751 0.196 0.800 0.004
#> SRR1696196 2 0.3644 0.8528 0.124 0.872 0.004
#> SRR1696197 2 0.2261 0.9017 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696198 2 0.2261 0.9017 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.4784 0.7688 0.200 0.796 0.004
#> SRR1696201 2 0.3030 0.8812 0.092 0.904 0.004
#> SRR1696202 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.3030 0.8812 0.092 0.904 0.004
#> SRR1696206 1 0.5621 0.4283 0.692 0.308 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.3784 0.8456 0.132 0.864 0.004
#> SRR1696212 2 0.6081 0.5044 0.344 0.652 0.004
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.2096 0.9142 0.052 0.944 0.004
#> SRR1696214 2 0.3030 0.8812 0.092 0.904 0.004
#> SRR1696215 2 0.6359 0.3214 0.404 0.592 0.004
#> SRR1696217 2 0.3715 0.8490 0.128 0.868 0.004
#> SRR1696216 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.2400 0.9045 0.064 0.932 0.004
#> SRR1696220 2 0.3349 0.8678 0.108 0.888 0.004
#> SRR1696221 2 0.1399 0.9289 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696222 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696224 1 0.4172 0.6963 0.840 0.156 0.004
#> SRR1696223 1 0.3983 0.7111 0.852 0.144 0.004
#> SRR1696225 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696227 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.5216 0.6801 0.260 0.740 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.5244 0.5719 0.756 0.240 0.004
#> SRR1696232 2 0.3644 0.8554 0.124 0.872 0.004
#> SRR1696231 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.3644 0.8528 0.124 0.872 0.004
#> SRR1696235 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.3644 0.8528 0.124 0.872 0.004
#> SRR1696236 2 0.4465 0.8004 0.176 0.820 0.004
#> SRR1696237 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.3573 0.8588 0.120 0.876 0.004
#> SRR1696239 2 0.6500 0.1420 0.464 0.532 0.004
#> SRR1696240 1 0.1031 0.8596 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696241 1 0.3038 0.7569 0.896 0.104 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.3193 0.8754 0.100 0.896 0.004
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0237 0.8808 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.6228 0.4138 0.372 0.624 0.004
#> SRR1696259 2 0.4733 0.7691 0.196 0.800 0.004
#> SRR1696261 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.4663 0.8137 0.156 0.828 0.016
#> SRR1696264 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.6832 0.3847 0.376 0.604 0.020
#> SRR1696267 1 0.6208 0.6377 0.768 0.164 0.068
#> SRR1696269 2 0.6442 0.2600 0.432 0.564 0.004
#> SRR1696271 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.4409 0.6751 0.824 0.172 0.004
#> SRR1696268 2 0.7937 0.3264 0.364 0.568 0.068
#> SRR1696272 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.1529 0.9243 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696273 2 0.0747 0.9378 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696275 2 0.3784 0.8456 0.132 0.864 0.004
#> SRR1696276 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.6228 0.3699 0.624 0.372 0.004
#> SRR1696279 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.4121 0.8133 0.168 0.832 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.1399 0.9289 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696282 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.1399 0.9289 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696286 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696287 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696285 1 0.4110 0.7012 0.844 0.152 0.004
#> SRR1696288 2 0.2682 0.8941 0.076 0.920 0.004
#> SRR1696290 2 0.2400 0.9028 0.064 0.932 0.004
#> SRR1696291 2 0.5449 0.8117 0.116 0.816 0.068
#> SRR1696289 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696292 2 0.7564 0.5099 0.296 0.636 0.068
#> SRR1696293 1 0.6298 0.3533 0.608 0.388 0.004
#> SRR1696294 1 0.6500 0.1434 0.532 0.464 0.004
#> SRR1696295 1 0.4654 0.5884 0.792 0.208 0.000
#> SRR1696296 1 0.0237 0.8808 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696297 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0237 0.8808 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696299 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0237 0.9444 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696303 2 0.0661 0.9408 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.3030 0.8812 0.092 0.904 0.004
#> SRR1696305 2 0.0237 0.9442 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.6298 0.3526 0.608 0.388 0.004
#> SRR1696308 2 0.3112 0.8783 0.096 0.900 0.004
#> SRR1696311 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.3030 0.8812 0.092 0.904 0.004
#> SRR1696312 2 0.5926 0.4798 0.356 0.644 0.000
#> SRR1696313 1 0.1031 0.8583 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.6111 0.3113 0.604 0.396 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.1031 0.8592 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696322 1 0.4629 0.6542 0.808 0.188 0.004
#> SRR1696321 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0237 0.8808 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696323 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.4351 0.6800 0.828 0.168 0.004
#> SRR1696329 2 0.4351 0.8088 0.168 0.828 0.004
#> SRR1696330 2 0.2400 0.9028 0.064 0.932 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.0592 0.97789 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696029 3 0.0592 0.97789 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696030 3 0.0592 0.97789 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696031 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696032 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696033 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696034 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696035 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696036 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696037 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696039 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696038 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696040 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696041 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696042 3 0.0592 0.99161 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696054 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696055 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0469 0.90119 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0188 0.91090 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0469 0.90089 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696116 2 0.4643 -0.11099 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1696117 2 0.0188 0.91090 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.2281 0.78810 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.2589 0.76016 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696120 2 0.2686 0.82353 0.040 0.916 0.012 0.032
#> SRR1696121 2 0.2741 0.79352 0.000 0.892 0.012 0.096
#> SRR1696122 2 0.2342 0.81848 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1696125 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0592 0.89634 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 2 0.4854 0.50291 0.240 0.736 0.008 0.016
#> SRR1696145 2 0.4160 0.64207 0.168 0.808 0.008 0.016
#> SRR1696148 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0336 0.90604 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.5022 0.49808 0.736 0.220 0.000 0.044
#> SRR1696169 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.4948 0.13296 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1696186 2 0.1854 0.86249 0.020 0.948 0.008 0.024
#> SRR1696187 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.6000 0.73576 0.040 0.452 0.000 0.508
#> SRR1696188 4 0.6757 0.78099 0.120 0.308 0.000 0.572
#> SRR1696190 4 0.5404 0.70216 0.012 0.476 0.000 0.512
#> SRR1696191 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.1716 0.82774 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696193 4 0.6494 0.81021 0.088 0.340 0.000 0.572
#> SRR1696194 4 0.6123 0.81761 0.056 0.372 0.000 0.572
#> SRR1696195 4 0.5947 0.81843 0.044 0.384 0.000 0.572
#> SRR1696196 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696197 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696198 2 0.5452 0.30022 0.000 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696199 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.6277 0.81566 0.068 0.360 0.000 0.572
#> SRR1696201 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696202 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696206 1 0.4888 0.20661 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.5592 0.81671 0.024 0.404 0.000 0.572
#> SRR1696212 4 0.6412 0.81203 0.080 0.348 0.000 0.572
#> SRR1696211 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.5417 0.81157 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696214 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696215 4 0.6324 0.81286 0.072 0.356 0.000 0.572
#> SRR1696217 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696216 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0336 0.94850 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696219 4 0.5088 0.79788 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1696220 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696221 4 0.5236 0.78753 0.008 0.432 0.000 0.560
#> SRR1696222 4 0.4925 0.79146 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1696224 4 0.6916 0.56706 0.280 0.148 0.000 0.572
#> SRR1696223 1 0.6142 0.42270 0.676 0.140 0.000 0.184
#> SRR1696225 4 0.4925 0.79146 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1696227 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4238 0.60552 0.176 0.796 0.000 0.028
#> SRR1696228 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.7054 0.64349 0.232 0.196 0.000 0.572
#> SRR1696232 4 0.5746 0.81814 0.032 0.396 0.000 0.572
#> SRR1696231 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696235 1 0.2281 0.84480 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696234 4 0.5508 0.81537 0.020 0.408 0.000 0.572
#> SRR1696236 4 0.5816 0.81860 0.036 0.392 0.000 0.572
#> SRR1696237 1 0.1716 0.88699 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696238 4 0.5700 0.81021 0.028 0.412 0.000 0.560
#> SRR1696239 4 0.6532 0.80695 0.092 0.336 0.000 0.572
#> SRR1696240 4 0.5592 0.23940 0.404 0.024 0.000 0.572
#> SRR1696241 1 0.2011 0.82083 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696245 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3873 0.65415 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696252 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 4 0.6277 0.81328 0.068 0.360 0.000 0.572
#> SRR1696259 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696261 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.4287 0.71379 0.072 0.836 0.012 0.080
#> SRR1696264 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.6679 0.37932 0.216 0.652 0.016 0.116
#> SRR1696267 1 0.6073 0.25235 0.536 0.020 0.016 0.428
#> SRR1696269 4 0.6897 0.75658 0.144 0.284 0.000 0.572
#> SRR1696271 4 0.4961 0.10814 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1696270 4 0.6993 0.59820 0.260 0.168 0.000 0.572
#> SRR1696268 2 0.7506 0.00991 0.116 0.440 0.016 0.428
#> SRR1696272 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.1677 0.85030 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1696273 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 4 0.5508 0.81537 0.020 0.408 0.000 0.572
#> SRR1696276 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.7035 0.70159 0.184 0.244 0.000 0.572
#> SRR1696279 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.6123 0.81749 0.056 0.372 0.000 0.572
#> SRR1696280 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.5088 0.79788 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1696282 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.5294 0.68975 0.008 0.484 0.000 0.508
#> SRR1696286 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0336 0.94504 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.4941 -0.47296 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1696285 4 0.6876 0.55258 0.288 0.140 0.000 0.572
#> SRR1696288 4 0.5320 0.80893 0.012 0.416 0.000 0.572
#> SRR1696290 4 0.5320 0.80893 0.012 0.416 0.000 0.572
#> SRR1696291 2 0.6591 0.35236 0.060 0.588 0.016 0.336
#> SRR1696289 2 0.4830 -0.31321 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1696292 2 0.7172 0.34782 0.144 0.600 0.016 0.240
#> SRR1696293 4 0.7054 0.69288 0.196 0.232 0.000 0.572
#> SRR1696294 4 0.6916 0.75008 0.148 0.280 0.000 0.572
#> SRR1696295 4 0.5570 0.14605 0.440 0.020 0.000 0.540
#> SRR1696296 4 0.4925 0.15629 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1696297 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 4 0.5000 -0.03568 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696299 4 0.4925 0.79146 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1696301 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4985 0.72234 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1696303 4 0.5088 0.79790 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1696302 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.5592 0.81678 0.024 0.404 0.000 0.572
#> SRR1696305 2 0.5326 -0.31289 0.016 0.604 0.000 0.380
#> SRR1696306 2 0.0000 0.91569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.6916 0.74965 0.148 0.280 0.000 0.572
#> SRR1696308 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696311 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.5417 0.81346 0.016 0.412 0.000 0.572
#> SRR1696312 2 0.4564 0.34335 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0921 0.91263 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.7054 0.62722 0.232 0.196 0.000 0.572
#> SRR1696317 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.5417 0.20892 0.412 0.016 0.000 0.572
#> SRR1696322 4 0.7005 0.60226 0.256 0.172 0.000 0.572
#> SRR1696321 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.95659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696328 4 0.6980 0.59277 0.264 0.164 0.000 0.572
#> SRR1696329 4 0.6228 0.81661 0.064 0.364 0.000 0.572
#> SRR1696330 4 0.5320 0.80893 0.012 0.416 0.000 0.572
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696029 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696030 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696031 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696032 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696033 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696034 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696035 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696036 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696037 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696039 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696038 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696040 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696041 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696042 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696043 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696044 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696045 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696046 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696047 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696048 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696050 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696051 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696052 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696053 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696054 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696055 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696057 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696049 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696056 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696059 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696058 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696060 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696061 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696062 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696063 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696064 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696065 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696066 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696067 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696068 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696069 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696070 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696071 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696072 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696073 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696074 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696075 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696076 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696077 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696078 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696079 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696080 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696081 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696083 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696082 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696084 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696085 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696086 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696087 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696088 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696091 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696089 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696090 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696092 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696094 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696093 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696095 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696096 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696097 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696098 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696099 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696100 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696102 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696103 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696104 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696105 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696107 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696108 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696106 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696110 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696109 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696111 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696112 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696114 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696113 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696115 2 0.0404 0.95017 0.000 0.988 0.000 0.012 0
#> SRR1696116 2 0.4242 0.19734 0.000 0.572 0.000 0.428 0
#> SRR1696117 2 0.0290 0.95508 0.000 0.992 0.000 0.008 0
#> SRR1696118 2 0.2966 0.72482 0.184 0.816 0.000 0.000 0
#> SRR1696119 2 0.3109 0.69900 0.200 0.800 0.000 0.000 0
#> SRR1696120 2 0.2969 0.80280 0.000 0.852 0.128 0.020 0
#> SRR1696121 2 0.3395 0.66678 0.000 0.764 0.236 0.000 0
#> SRR1696122 2 0.3039 0.73791 0.000 0.808 0.192 0.000 0
#> SRR1696125 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696124 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696123 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696126 2 0.0162 0.95907 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> SRR1696127 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696128 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696129 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696130 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696131 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696133 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696132 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696135 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696134 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696136 2 0.0162 0.95902 0.004 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR1696137 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696138 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696139 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696140 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696142 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696141 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696143 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696144 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696146 2 0.5470 0.38679 0.268 0.628 0.104 0.000 0
#> SRR1696145 2 0.4901 0.57010 0.184 0.712 0.104 0.000 0
#> SRR1696148 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696147 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696149 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696150 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696151 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696152 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696153 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696154 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696155 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696156 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696157 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696158 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696159 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696160 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696161 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696162 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696163 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696164 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696165 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696166 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696167 1 0.4757 0.57676 0.732 0.148 0.000 0.120 0
#> SRR1696169 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696168 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696171 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696170 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696172 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696173 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696174 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696176 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696175 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696177 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696178 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696179 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696180 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696181 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696182 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696183 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696184 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696185 2 0.4305 0.08690 0.488 0.512 0.000 0.000 0
#> SRR1696186 2 0.2574 0.83222 0.000 0.876 0.112 0.012 0
#> SRR1696187 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696189 4 0.3730 0.47555 0.000 0.288 0.000 0.712 0
#> SRR1696188 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696190 4 0.2732 0.70673 0.000 0.160 0.000 0.840 0
#> SRR1696191 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696192 2 0.3816 0.50576 0.000 0.696 0.000 0.304 0
#> SRR1696193 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696194 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696195 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696196 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696197 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696198 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696199 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696200 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696201 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696202 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696203 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696205 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696204 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696206 1 0.4262 0.11020 0.560 0.440 0.000 0.000 0
#> SRR1696207 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696209 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696210 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696208 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696212 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696211 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696213 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696214 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696215 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696217 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696216 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696218 1 0.0290 0.95851 0.992 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696219 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696220 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696221 4 0.1851 0.81631 0.000 0.088 0.000 0.912 0
#> SRR1696222 4 0.0290 0.92257 0.000 0.008 0.000 0.992 0
#> SRR1696224 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696223 1 0.4201 0.30939 0.592 0.000 0.000 0.408 0
#> SRR1696225 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696227 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696226 2 0.4933 0.52464 0.228 0.692 0.000 0.080 0
#> SRR1696228 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696229 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696232 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696231 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696230 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696233 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696235 1 0.2127 0.83082 0.892 0.000 0.000 0.108 0
#> SRR1696234 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696236 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696237 1 0.3143 0.68904 0.796 0.000 0.000 0.204 0
#> SRR1696238 4 0.0404 0.91736 0.000 0.012 0.000 0.988 0
#> SRR1696239 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696240 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696241 1 0.0404 0.94959 0.988 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR1696244 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696243 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696242 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696245 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696246 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696247 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696248 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696249 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696250 4 0.4300 0.07194 0.476 0.000 0.000 0.524 0
#> SRR1696252 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696253 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696251 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696254 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696255 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696256 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696258 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696257 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696260 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696259 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696261 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696262 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696263 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696265 2 0.4251 0.48393 0.012 0.672 0.316 0.000 0
#> SRR1696264 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696266 3 0.6602 0.21461 0.216 0.360 0.424 0.000 0
#> SRR1696267 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696269 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696271 4 0.2561 0.76116 0.144 0.000 0.000 0.856 0
#> SRR1696270 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696268 3 0.0000 0.77914 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696272 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696274 2 0.1732 0.87013 0.000 0.920 0.000 0.080 0
#> SRR1696273 2 0.0162 0.95892 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> SRR1696275 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696276 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696277 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696279 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696278 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696280 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696281 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696282 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696283 4 0.3707 0.48156 0.000 0.284 0.000 0.716 0
#> SRR1696286 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696284 1 0.0162 0.96162 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR1696287 4 0.3003 0.64355 0.000 0.188 0.000 0.812 0
#> SRR1696285 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696288 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696290 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696291 3 0.4307 -0.00132 0.000 0.496 0.504 0.000 0
#> SRR1696289 4 0.3561 0.51382 0.000 0.260 0.000 0.740 0
#> SRR1696292 2 0.5616 0.00170 0.076 0.512 0.412 0.000 0
#> SRR1696293 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696294 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696295 4 0.3242 0.65598 0.216 0.000 0.000 0.784 0
#> SRR1696296 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696297 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696298 4 0.3395 0.62888 0.236 0.000 0.000 0.764 0
#> SRR1696299 4 0.0162 0.92704 0.000 0.004 0.000 0.996 0
#> SRR1696301 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696300 4 0.1121 0.87584 0.000 0.044 0.000 0.956 0
#> SRR1696303 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696302 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696304 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696305 4 0.4307 0.05750 0.000 0.496 0.000 0.504 0
#> SRR1696306 2 0.0000 0.96303 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696307 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696309 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696310 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696308 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696311 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696314 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696312 2 0.4268 0.20231 0.444 0.556 0.000 0.000 0
#> SRR1696313 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696315 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696316 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696317 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696318 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696319 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696320 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696322 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696321 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696324 1 0.0162 0.96292 0.996 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696323 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696326 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696325 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696327 1 0.0000 0.96724 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696328 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696329 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696330 4 0.0000 0.93142 0.000 0.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 6 0.3672 0.7663 0.000 0.000 0.368 0.000 0 0.632
#> SRR1696036 6 0.3672 0.7663 0.000 0.000 0.368 0.000 0 0.632
#> SRR1696037 6 0.3672 0.7663 0.000 0.000 0.368 0.000 0 0.632
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 6 0.3672 0.7663 0.000 0.000 0.368 0.000 0 0.632
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.1007 0.8494 0.000 0.956 0.044 0.000 0 0.000
#> SRR1696044 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696045 2 0.2527 0.8172 0.000 0.832 0.168 0.000 0 0.000
#> SRR1696046 2 0.0146 0.8465 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696047 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696050 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696051 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696052 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696053 6 0.1387 0.7745 0.000 0.000 0.068 0.000 0 0.932
#> SRR1696054 6 0.1204 0.7783 0.000 0.000 0.056 0.000 0 0.944
#> SRR1696055 2 0.2300 0.8296 0.000 0.856 0.144 0.000 0 0.000
#> SRR1696057 2 0.0632 0.8492 0.000 0.976 0.024 0.000 0 0.000
#> SRR1696049 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696056 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696059 2 0.2454 0.8221 0.000 0.840 0.160 0.000 0 0.000
#> SRR1696058 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696060 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696061 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696062 2 0.1387 0.8485 0.000 0.932 0.068 0.000 0 0.000
#> SRR1696063 2 0.1204 0.8502 0.000 0.944 0.056 0.000 0 0.000
#> SRR1696064 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696065 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696066 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696067 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696068 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696069 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696070 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696071 2 0.1267 0.8490 0.000 0.940 0.060 0.000 0 0.000
#> SRR1696072 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696073 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696074 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696076 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696077 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696078 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696079 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696080 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696081 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696083 2 0.2491 0.8190 0.000 0.836 0.164 0.000 0 0.000
#> SRR1696082 2 0.2416 0.8233 0.000 0.844 0.156 0.000 0 0.000
#> SRR1696084 2 0.1075 0.8494 0.000 0.952 0.048 0.000 0 0.000
#> SRR1696085 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696086 2 0.1957 0.8392 0.000 0.888 0.112 0.000 0 0.000
#> SRR1696087 2 0.1714 0.8438 0.000 0.908 0.092 0.000 0 0.000
#> SRR1696088 2 0.1765 0.8440 0.000 0.904 0.096 0.000 0 0.000
#> SRR1696091 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696089 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696090 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696092 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696094 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696093 2 0.2527 0.8172 0.000 0.832 0.168 0.000 0 0.000
#> SRR1696095 2 0.0363 0.8477 0.000 0.988 0.012 0.000 0 0.000
#> SRR1696096 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696097 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696098 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696099 2 0.0260 0.8457 0.000 0.992 0.008 0.000 0 0.000
#> SRR1696100 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696102 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696103 2 0.2491 0.8190 0.000 0.836 0.164 0.000 0 0.000
#> SRR1696104 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696105 2 0.2491 0.8190 0.000 0.836 0.164 0.000 0 0.000
#> SRR1696107 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696108 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696106 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696110 2 0.1007 0.8494 0.000 0.956 0.044 0.000 0 0.000
#> SRR1696109 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696111 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696112 2 0.0260 0.8454 0.000 0.992 0.008 0.000 0 0.000
#> SRR1696114 2 0.1444 0.8486 0.000 0.928 0.072 0.000 0 0.000
#> SRR1696113 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696115 2 0.0508 0.8321 0.000 0.984 0.004 0.012 0 0.000
#> SRR1696116 2 0.3565 0.1592 0.000 0.692 0.004 0.304 0 0.000
#> SRR1696117 2 0.2814 0.8067 0.000 0.820 0.172 0.008 0 0.000
#> SRR1696118 2 0.4626 0.5305 0.136 0.692 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696119 2 0.4662 0.5190 0.140 0.688 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696120 3 0.3684 0.7661 0.000 0.372 0.628 0.000 0 0.000
#> SRR1696121 3 0.5096 0.4018 0.000 0.156 0.628 0.000 0 0.216
#> SRR1696122 3 0.4392 0.7737 0.000 0.332 0.628 0.000 0 0.040
#> SRR1696125 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696124 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696123 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696126 2 0.2703 0.8108 0.000 0.824 0.172 0.004 0 0.000
#> SRR1696127 2 0.1610 0.8471 0.000 0.916 0.084 0.000 0 0.000
#> SRR1696128 2 0.2340 0.8266 0.000 0.852 0.148 0.000 0 0.000
#> SRR1696129 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696130 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696131 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696133 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696132 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696135 2 0.2527 0.8172 0.000 0.832 0.168 0.000 0 0.000
#> SRR1696134 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696136 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696137 2 0.1444 0.8478 0.000 0.928 0.072 0.000 0 0.000
#> SRR1696138 2 0.2300 0.8280 0.000 0.856 0.144 0.000 0 0.000
#> SRR1696139 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696140 2 0.1204 0.8498 0.000 0.944 0.056 0.000 0 0.000
#> SRR1696142 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696141 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696143 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696144 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696146 3 0.3684 0.7661 0.000 0.372 0.628 0.000 0 0.000
#> SRR1696145 3 0.3684 0.7661 0.000 0.372 0.628 0.000 0 0.000
#> SRR1696148 2 0.0363 0.8475 0.000 0.988 0.012 0.000 0 0.000
#> SRR1696147 2 0.2003 0.8378 0.000 0.884 0.116 0.000 0 0.000
#> SRR1696149 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696150 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696151 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696152 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696153 2 0.1075 0.8493 0.000 0.952 0.048 0.000 0 0.000
#> SRR1696154 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696155 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696156 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696157 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696158 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696159 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696160 2 0.1610 0.8463 0.000 0.916 0.084 0.000 0 0.000
#> SRR1696161 2 0.1910 0.8409 0.000 0.892 0.108 0.000 0 0.000
#> SRR1696162 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696163 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696164 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696165 2 0.2178 0.8323 0.000 0.868 0.132 0.000 0 0.000
#> SRR1696166 2 0.2300 0.8280 0.000 0.856 0.144 0.000 0 0.000
#> SRR1696167 1 0.4820 0.5825 0.736 0.100 0.068 0.096 0 0.000
#> SRR1696169 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696168 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696170 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696172 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696173 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696174 2 0.2454 0.8215 0.000 0.840 0.160 0.000 0 0.000
#> SRR1696176 2 0.1007 0.8504 0.000 0.956 0.044 0.000 0 0.000
#> SRR1696175 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696177 2 0.2562 0.8148 0.000 0.828 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696178 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696179 2 0.2527 0.8170 0.000 0.832 0.168 0.000 0 0.000
#> SRR1696180 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696181 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696182 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696183 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696184 2 0.0146 0.8450 0.000 0.996 0.004 0.000 0 0.000
#> SRR1696185 1 0.5750 -0.3966 0.448 0.380 0.172 0.000 0 0.000
#> SRR1696186 3 0.3684 0.7661 0.000 0.372 0.628 0.000 0 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696189 4 0.3428 0.4235 0.000 0.304 0.000 0.696 0 0.000
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696190 4 0.2416 0.7063 0.000 0.156 0.000 0.844 0 0.000
#> SRR1696191 2 0.2454 0.8216 0.000 0.840 0.160 0.000 0 0.000
#> SRR1696192 2 0.5612 -0.0744 0.000 0.520 0.172 0.308 0 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696194 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696197 6 0.1204 0.7785 0.000 0.000 0.056 0.000 0 0.944
#> SRR1696198 6 0.0790 0.7768 0.000 0.000 0.032 0.000 0 0.968
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696206 1 0.4905 -0.1008 0.580 0.344 0.076 0.000 0 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696218 1 0.0260 0.9457 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696221 4 0.2595 0.7215 0.000 0.160 0.004 0.836 0 0.000
#> SRR1696222 4 0.1700 0.8423 0.000 0.080 0.004 0.916 0 0.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696223 1 0.3774 0.2868 0.592 0.000 0.000 0.408 0 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 2 0.6265 0.1996 0.140 0.588 0.168 0.104 0 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696235 1 0.1910 0.8132 0.892 0.000 0.000 0.108 0 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696237 1 0.2823 0.6664 0.796 0.000 0.000 0.204 0 0.000
#> SRR1696238 4 0.0363 0.9205 0.000 0.012 0.000 0.988 0 0.000
#> SRR1696239 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696241 1 0.0146 0.9492 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 4 0.3862 0.0787 0.476 0.000 0.000 0.524 0 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 3 0.3684 0.7661 0.000 0.372 0.628 0.000 0 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 3 0.5533 0.3909 0.200 0.172 0.612 0.000 0 0.016
#> SRR1696267 6 0.3857 0.4852 0.000 0.000 0.468 0.000 0 0.532
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696271 4 0.2300 0.7579 0.144 0.000 0.000 0.856 0 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696268 3 0.2597 -0.6279 0.000 0.000 0.824 0.000 0 0.176
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696274 2 0.2255 0.7500 0.000 0.892 0.028 0.080 0 0.000
#> SRR1696273 2 0.1863 0.8416 0.000 0.896 0.104 0.000 0 0.000
#> SRR1696275 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696278 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 4 0.0260 0.9277 0.000 0.008 0.000 0.992 0 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696283 4 0.3950 0.1383 0.000 0.432 0.004 0.564 0 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696284 1 0.0146 0.9491 0.996 0.004 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696287 4 0.2762 0.6178 0.000 0.196 0.000 0.804 0 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696291 3 0.4786 0.7556 0.000 0.352 0.584 0.000 0 0.064
#> SRR1696289 4 0.3445 0.5116 0.000 0.260 0.008 0.732 0 0.000
#> SRR1696292 3 0.5381 0.7458 0.028 0.340 0.568 0.000 0 0.064
#> SRR1696293 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696295 4 0.2912 0.6455 0.216 0.000 0.000 0.784 0 0.000
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696298 4 0.3050 0.6151 0.236 0.000 0.000 0.764 0 0.000
#> SRR1696299 4 0.0363 0.9226 0.000 0.012 0.000 0.988 0 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696300 4 0.1007 0.8771 0.000 0.044 0.000 0.956 0 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696305 2 0.3930 -0.0854 0.000 0.576 0.004 0.420 0 0.000
#> SRR1696306 2 0.0547 0.8486 0.000 0.980 0.020 0.000 0 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696312 2 0.5670 -0.2597 0.392 0.452 0.156 0.000 0 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696316 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696320 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696324 1 0.0146 0.9503 0.996 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9548 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696328 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.996 0.1836 0.815 0.815
#> 3 3 0.795 0.942 0.955 2.0767 0.596 0.505
#> 4 4 0.816 0.857 0.899 0.1353 0.917 0.802
#> 5 5 0.768 0.865 0.895 0.0802 0.923 0.790
#> 6 6 0.666 0.621 0.804 0.1121 0.891 0.661
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696029 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696030 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696031 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696032 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696033 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696034 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696035 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696038 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696041 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696042 1 0.358 0.951 0.932 0.068
#> SRR1696043 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696169 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696186 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696189 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696200 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696202 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696203 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696205 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696204 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696207 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696209 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696210 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696208 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696211 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696213 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696217 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696216 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696218 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696224 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696223 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696225 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696227 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696226 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696228 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696229 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696230 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696233 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696234 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696244 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696243 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696242 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696245 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696246 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696247 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696248 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696249 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696250 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696252 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696253 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696251 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696254 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696255 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696256 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696258 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696257 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696259 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696261 2 0.949 0.403 0.368 0.632
#> SRR1696262 2 0.141 0.978 0.020 0.980
#> SRR1696263 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696265 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696266 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696270 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696274 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696276 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696277 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696279 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696278 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696280 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696281 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696282 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696283 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696284 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696287 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696294 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696295 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696297 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696298 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696299 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696301 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696300 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696302 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696304 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696307 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696309 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696310 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696308 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696311 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696314 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696313 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696315 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696316 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696317 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696318 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696319 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696320 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696322 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696321 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696324 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696323 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696326 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696325 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696327 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696328 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696329 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696330 2 0.000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696029 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696030 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696031 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696032 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696033 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696034 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696035 3 0.0237 0.9865 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696036 3 0.0237 0.9865 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696037 3 0.0237 0.9865 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696039 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696038 3 0.0237 0.9865 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696040 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696041 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696042 3 0.1031 0.9842 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696046 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696047 2 0.1129 0.9618 0.020 0.976 0.004
#> SRR1696048 2 0.0747 0.9675 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696050 2 0.0424 0.9741 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696066 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696067 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696075 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696080 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696082 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696093 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696095 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696112 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696115 2 0.0592 0.9692 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696116 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696117 2 0.1267 0.9610 0.024 0.972 0.004
#> SRR1696118 2 0.1163 0.9588 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696119 2 0.1031 0.9626 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0747 0.9675 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696127 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696128 2 0.1267 0.9610 0.024 0.972 0.004
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696131 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696135 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696137 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696138 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0747 0.9675 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696146 3 0.0237 0.9858 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696145 3 0.0237 0.9858 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696160 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0892 0.9639 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696166 2 0.0892 0.9639 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696167 1 0.4555 0.8367 0.800 0.200 0.000
#> SRR1696169 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696170 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696175 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9768 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696182 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696183 2 0.0424 0.9740 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696184 2 0.0237 0.9764 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696185 2 0.1525 0.9523 0.032 0.964 0.004
#> SRR1696186 3 0.0237 0.9858 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696187 1 0.1289 0.9288 0.968 0.032 0.000
#> SRR1696189 1 0.3267 0.9370 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696188 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696190 1 0.3192 0.9407 0.888 0.112 0.000
#> SRR1696191 2 0.1129 0.9646 0.020 0.976 0.004
#> SRR1696192 2 0.1267 0.9610 0.024 0.972 0.004
#> SRR1696193 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696194 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696195 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696196 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696200 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696201 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696202 1 0.1411 0.9303 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696203 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696205 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696204 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696206 2 0.5929 0.5111 0.320 0.676 0.004
#> SRR1696207 1 0.2959 0.9434 0.900 0.100 0.000
#> SRR1696209 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696210 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696208 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696212 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696211 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696213 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696214 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696215 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696217 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696216 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696218 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696219 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696220 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696221 1 0.3192 0.9407 0.888 0.112 0.000
#> SRR1696222 1 0.3267 0.9370 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696224 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696223 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696225 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696227 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696226 2 0.6244 0.0864 0.440 0.560 0.000
#> SRR1696228 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696229 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696232 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696231 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696230 1 0.2066 0.9373 0.940 0.060 0.000
#> SRR1696233 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696235 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696234 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696236 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696237 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696238 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696239 1 0.3192 0.9406 0.888 0.112 0.000
#> SRR1696240 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696241 2 0.6505 -0.0278 0.468 0.528 0.004
#> SRR1696244 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696243 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696242 1 0.3267 0.9370 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696245 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696246 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696247 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696248 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696249 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696250 1 0.2261 0.9392 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696252 1 0.1411 0.9303 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696253 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696251 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696254 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696255 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696256 1 0.2959 0.9434 0.900 0.100 0.000
#> SRR1696258 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696257 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696260 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696259 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696261 3 0.7053 0.6169 0.244 0.064 0.692
#> SRR1696262 1 0.5734 0.7965 0.788 0.164 0.048
#> SRR1696263 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.2261 0.9392 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696271 1 0.2261 0.9392 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696270 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.1753 0.9341 0.952 0.048 0.000
#> SRR1696274 2 0.0892 0.9638 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696273 2 0.0829 0.9703 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696275 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696276 1 0.1289 0.9288 0.968 0.032 0.000
#> SRR1696277 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696279 1 0.2165 0.9384 0.936 0.064 0.000
#> SRR1696278 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696280 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696281 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696282 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696283 1 0.4452 0.8491 0.808 0.192 0.000
#> SRR1696286 1 0.1643 0.9329 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696284 1 0.5988 0.5512 0.632 0.368 0.000
#> SRR1696287 2 0.6260 0.0515 0.448 0.552 0.000
#> SRR1696285 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696288 1 0.3267 0.9370 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696290 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.2356 0.9057 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9867 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696294 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696295 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696296 1 0.2711 0.9423 0.912 0.088 0.000
#> SRR1696297 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696298 1 0.2878 0.9432 0.904 0.096 0.000
#> SRR1696299 2 0.1964 0.9237 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696301 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696300 2 0.3116 0.8615 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696303 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696302 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696304 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696305 1 0.5835 0.6169 0.660 0.340 0.000
#> SRR1696306 2 0.0592 0.9710 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696307 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696309 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696310 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696308 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696311 1 0.4834 0.8013 0.792 0.204 0.004
#> SRR1696314 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696312 2 0.3644 0.8398 0.124 0.872 0.004
#> SRR1696313 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696315 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696316 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696317 1 0.1643 0.9329 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696318 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696319 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696320 1 0.2537 0.9413 0.920 0.080 0.000
#> SRR1696322 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696321 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696324 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696323 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696326 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696325 1 0.1163 0.9271 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696327 2 0.6026 0.6343 0.244 0.732 0.024
#> SRR1696328 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696329 1 0.3116 0.9439 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696330 1 0.4235 0.8680 0.824 0.176 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696029 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696030 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696031 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696032 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696033 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696034 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696035 3 0.0817 0.932 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696036 3 0.0817 0.932 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696037 3 0.0817 0.932 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696039 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696038 3 0.0817 0.932 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696040 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696041 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696042 3 0.4193 0.882 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696043 2 0.0707 0.946 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696044 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.2149 0.934 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696046 2 0.2281 0.931 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696047 2 0.2408 0.925 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1696048 2 0.2345 0.928 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696050 2 0.2149 0.934 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696051 2 0.0817 0.946 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696052 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696053 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1022 0.946 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696056 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0592 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696058 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.1118 0.946 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696061 2 0.0707 0.946 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696062 2 0.1302 0.945 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696063 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2011 0.936 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696066 2 0.2281 0.931 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696067 2 0.2149 0.933 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696068 2 0.0592 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696069 2 0.0592 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696070 2 0.2081 0.936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1696071 2 0.1716 0.941 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696072 2 0.0336 0.943 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696073 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2216 0.932 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1696075 2 0.1716 0.941 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696076 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.1716 0.941 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696078 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.2149 0.933 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696080 2 0.1022 0.946 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696081 2 0.0817 0.946 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696083 2 0.0817 0.946 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696082 2 0.1474 0.944 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696084 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0921 0.946 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696086 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696087 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696091 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.1474 0.943 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696092 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696094 2 0.1792 0.941 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1696093 2 0.2149 0.933 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696095 2 0.2149 0.934 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696096 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696099 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696108 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0707 0.946 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696111 2 0.2149 0.933 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696112 2 0.1716 0.941 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696114 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.2149 0.933 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696115 2 0.0524 0.940 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696116 2 0.1474 0.943 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696117 2 0.2589 0.918 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1696118 2 0.3647 0.895 0.040 0.852 0.000 0.108
#> SRR1696119 2 0.3731 0.886 0.036 0.844 0.000 0.120
#> SRR1696120 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.2081 0.936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1696124 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696123 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.2149 0.934 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696127 2 0.2345 0.929 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696128 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1696129 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.1940 0.938 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1696131 2 0.1302 0.945 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696133 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696132 2 0.1867 0.939 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1696135 2 0.2216 0.932 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1696134 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.2281 0.931 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696137 2 0.2345 0.929 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696138 2 0.2469 0.924 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1696139 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.1022 0.946 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696143 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696144 2 0.2281 0.929 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696146 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0336 0.944 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696149 2 0.0817 0.946 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696150 2 0.1867 0.939 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1696151 2 0.1389 0.945 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696152 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696154 2 0.0921 0.946 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696155 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696156 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1792 0.941 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1696158 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.2216 0.932 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1696160 2 0.2345 0.929 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696161 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.2345 0.928 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696166 2 0.2469 0.924 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1696167 4 0.6162 0.617 0.156 0.168 0.000 0.676
#> SRR1696169 2 0.1940 0.938 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1696168 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.2081 0.936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1696170 2 0.2149 0.935 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696172 2 0.0188 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.2011 0.937 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696174 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.1637 0.942 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696175 2 0.2216 0.932 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1696177 2 0.0336 0.944 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696178 2 0.1022 0.946 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696179 2 0.0188 0.943 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696180 2 0.0000 0.943 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.2469 0.924 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1696182 2 0.2281 0.931 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696183 2 0.2408 0.926 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1696184 2 0.2345 0.929 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696185 2 0.5192 0.791 0.076 0.760 0.004 0.160
#> SRR1696186 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.4817 -0.134 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1696189 4 0.4647 0.876 0.288 0.008 0.000 0.704
#> SRR1696188 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696190 4 0.5728 0.726 0.188 0.104 0.000 0.708
#> SRR1696191 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1696192 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1696193 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696194 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696195 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696196 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696197 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696200 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696201 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696202 1 0.1211 0.850 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696203 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696205 1 0.4999 -0.533 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696204 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696206 2 0.7813 0.217 0.220 0.504 0.012 0.264
#> SRR1696207 4 0.4605 0.837 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1696209 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696210 1 0.4985 -0.468 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696208 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696212 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696211 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.4331 0.880 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696214 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696215 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696217 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696216 4 0.4989 0.606 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696218 4 0.4961 0.651 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1696219 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696220 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696221 4 0.4331 0.880 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696222 4 0.6317 0.720 0.240 0.116 0.000 0.644
#> SRR1696224 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696223 4 0.4331 0.880 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696225 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696227 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696226 4 0.7121 0.380 0.164 0.292 0.000 0.544
#> SRR1696228 1 0.4989 -0.470 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696229 4 0.4331 0.880 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696232 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696231 1 0.4985 -0.461 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696230 4 0.4877 0.741 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696233 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696235 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696234 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696236 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696237 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696238 4 0.4331 0.881 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696239 4 0.4594 0.877 0.280 0.008 0.000 0.712
#> SRR1696240 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696241 4 0.7176 0.533 0.208 0.180 0.012 0.600
#> SRR1696244 1 0.0336 0.877 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696243 1 0.0592 0.873 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696242 4 0.4826 0.861 0.264 0.020 0.000 0.716
#> SRR1696245 1 0.0188 0.877 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696246 1 0.0469 0.874 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696247 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696248 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696249 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3172 0.684 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696252 1 0.1302 0.840 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696253 4 0.5165 0.583 0.484 0.004 0.000 0.512
#> SRR1696251 1 0.0188 0.877 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696254 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696255 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696256 4 0.4406 0.873 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1696258 1 0.1940 0.811 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696257 4 0.5334 0.570 0.484 0.004 0.004 0.508
#> SRR1696260 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696259 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696261 4 0.8842 0.409 0.180 0.124 0.188 0.508
#> SRR1696262 4 0.7622 0.565 0.224 0.132 0.048 0.596
#> SRR1696263 1 0.0188 0.875 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696265 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.2345 0.769 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696266 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.4331 0.881 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696271 4 0.4713 0.807 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1696270 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696268 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.4999 0.583 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696274 2 0.2773 0.912 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR1696273 2 0.2714 0.916 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR1696275 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696276 4 0.4972 0.655 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696277 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696279 4 0.4730 0.804 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1696278 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696280 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696281 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696282 4 0.4948 0.679 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1696283 4 0.6279 0.641 0.180 0.156 0.000 0.664
#> SRR1696286 4 0.4877 0.737 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696284 4 0.6653 0.563 0.196 0.180 0.000 0.624
#> SRR1696287 2 0.5300 0.400 0.012 0.580 0.000 0.408
#> SRR1696285 4 0.4304 0.882 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1696288 4 0.4401 0.879 0.272 0.004 0.000 0.724
#> SRR1696290 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696291 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.3377 0.879 0.012 0.848 0.000 0.140
#> SRR1696292 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696294 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696295 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696296 4 0.4304 0.881 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1696297 4 0.4998 0.577 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696298 4 0.4500 0.854 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696299 2 0.1902 0.929 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR1696301 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3529 0.865 0.012 0.836 0.000 0.152
#> SRR1696303 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696302 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696304 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696305 4 0.4978 0.359 0.012 0.324 0.000 0.664
#> SRR1696306 2 0.2593 0.922 0.004 0.892 0.000 0.104
#> SRR1696307 1 0.0188 0.878 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696309 1 0.1557 0.830 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696310 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696308 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696311 4 0.6925 0.574 0.220 0.156 0.008 0.616
#> SRR1696314 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696312 2 0.5056 0.788 0.076 0.760 0.000 0.164
#> SRR1696313 4 0.4855 0.748 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696315 4 0.4996 0.594 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696316 4 0.4356 0.879 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696317 1 0.1557 0.836 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696318 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696319 1 0.0188 0.876 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696320 4 0.4477 0.862 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1696322 4 0.4250 0.883 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696321 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0921 0.864 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696323 1 0.0592 0.873 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696326 1 0.0336 0.877 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696325 4 0.5459 0.566 0.476 0.004 0.008 0.512
#> SRR1696327 2 0.7544 0.448 0.184 0.580 0.024 0.212
#> SRR1696328 4 0.4277 0.883 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696329 4 0.4456 0.881 0.280 0.004 0.000 0.716
#> SRR1696330 4 0.6086 0.692 0.188 0.132 0.000 0.680
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696029 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696030 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696031 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696032 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696033 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696034 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696035 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696036 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696037 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696039 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696038 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696040 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696041 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696042 5 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696043 2 0.1467 0.919 0.004 0.956 0.016 0.016 0.008
#> SRR1696044 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696045 2 0.3851 0.892 0.016 0.824 0.108 0.052 0.000
#> SRR1696046 2 0.3373 0.901 0.004 0.848 0.092 0.056 0.000
#> SRR1696047 2 0.4692 0.848 0.012 0.756 0.168 0.060 0.004
#> SRR1696048 2 0.4628 0.851 0.012 0.760 0.168 0.056 0.004
#> SRR1696050 2 0.4549 0.858 0.020 0.768 0.156 0.056 0.000
#> SRR1696051 2 0.2148 0.917 0.004 0.924 0.048 0.016 0.008
#> SRR1696052 2 0.1484 0.918 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1696053 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696054 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696055 2 0.0451 0.914 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696057 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696049 2 0.0992 0.919 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR1696056 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696059 2 0.0727 0.918 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1696058 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696060 2 0.0960 0.918 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1696061 2 0.2699 0.908 0.008 0.880 0.100 0.012 0.000
#> SRR1696062 2 0.2878 0.912 0.012 0.880 0.084 0.024 0.000
#> SRR1696063 2 0.0162 0.914 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696064 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696065 2 0.3304 0.901 0.004 0.852 0.092 0.052 0.000
#> SRR1696066 2 0.4011 0.884 0.012 0.808 0.124 0.056 0.000
#> SRR1696067 2 0.3807 0.889 0.008 0.820 0.116 0.056 0.000
#> SRR1696068 2 0.0771 0.919 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696069 2 0.1798 0.917 0.004 0.928 0.064 0.004 0.000
#> SRR1696070 2 0.3413 0.898 0.004 0.844 0.100 0.052 0.000
#> SRR1696071 2 0.2782 0.910 0.000 0.880 0.072 0.048 0.000
#> SRR1696072 2 0.0451 0.913 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696073 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696074 2 0.3807 0.888 0.008 0.820 0.116 0.056 0.000
#> SRR1696075 2 0.3216 0.903 0.004 0.856 0.096 0.044 0.000
#> SRR1696076 2 0.0693 0.919 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1696077 2 0.3735 0.895 0.016 0.828 0.116 0.040 0.000
#> SRR1696078 2 0.0324 0.915 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696079 2 0.3533 0.894 0.004 0.836 0.104 0.056 0.000
#> SRR1696080 2 0.1412 0.920 0.004 0.952 0.036 0.008 0.000
#> SRR1696081 2 0.1989 0.919 0.004 0.932 0.032 0.028 0.004
#> SRR1696083 2 0.1059 0.920 0.004 0.968 0.020 0.008 0.000
#> SRR1696082 2 0.1728 0.918 0.004 0.940 0.020 0.036 0.000
#> SRR1696084 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696085 2 0.2886 0.905 0.004 0.864 0.116 0.016 0.000
#> SRR1696086 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696088 2 0.0451 0.917 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1696091 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696089 2 0.0451 0.913 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696090 2 0.1490 0.919 0.004 0.952 0.008 0.032 0.004
#> SRR1696092 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696094 2 0.3161 0.904 0.004 0.860 0.092 0.044 0.000
#> SRR1696093 2 0.3968 0.888 0.016 0.816 0.112 0.056 0.000
#> SRR1696095 2 0.4398 0.874 0.036 0.796 0.112 0.056 0.000
#> SRR1696096 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696097 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696098 2 0.1168 0.917 0.000 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR1696099 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696100 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696102 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696103 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696104 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696105 2 0.0451 0.915 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0609 0.917 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0510 0.917 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696110 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696109 2 0.1117 0.920 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR1696111 2 0.3266 0.904 0.008 0.860 0.076 0.056 0.000
#> SRR1696112 2 0.1569 0.917 0.000 0.944 0.008 0.044 0.004
#> SRR1696114 2 0.0451 0.913 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696113 2 0.3707 0.892 0.008 0.828 0.108 0.056 0.000
#> SRR1696115 2 0.0613 0.915 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1696116 2 0.1996 0.918 0.004 0.928 0.032 0.036 0.000
#> SRR1696117 2 0.4443 0.860 0.012 0.772 0.152 0.064 0.000
#> SRR1696118 1 0.7634 0.115 0.404 0.348 0.176 0.072 0.000
#> SRR1696119 2 0.6203 0.729 0.088 0.656 0.176 0.080 0.000
#> SRR1696120 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696121 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696122 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696125 2 0.3664 0.892 0.004 0.824 0.120 0.052 0.000
#> SRR1696124 2 0.0609 0.917 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696126 2 0.3446 0.900 0.004 0.840 0.108 0.048 0.000
#> SRR1696127 2 0.4406 0.870 0.020 0.784 0.136 0.060 0.000
#> SRR1696128 2 0.4889 0.837 0.024 0.740 0.176 0.060 0.000
#> SRR1696129 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696130 2 0.3009 0.908 0.008 0.876 0.064 0.052 0.000
#> SRR1696131 2 0.2700 0.910 0.004 0.884 0.088 0.024 0.000
#> SRR1696133 2 0.0703 0.918 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.2806 0.911 0.008 0.888 0.052 0.052 0.000
#> SRR1696135 2 0.3684 0.890 0.004 0.824 0.116 0.056 0.000
#> SRR1696134 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696136 2 0.4297 0.875 0.020 0.792 0.132 0.056 0.000
#> SRR1696137 2 0.4406 0.870 0.020 0.784 0.136 0.060 0.000
#> SRR1696138 2 0.4802 0.841 0.020 0.744 0.176 0.060 0.000
#> SRR1696139 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696140 2 0.0566 0.916 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696142 2 0.0324 0.914 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.2477 0.911 0.008 0.892 0.092 0.008 0.000
#> SRR1696143 2 0.1892 0.915 0.004 0.916 0.080 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.3855 0.889 0.008 0.816 0.120 0.056 0.000
#> SRR1696146 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696145 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696148 2 0.0324 0.914 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696147 2 0.0451 0.917 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1696149 2 0.2193 0.912 0.008 0.900 0.092 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.2536 0.913 0.000 0.900 0.044 0.052 0.004
#> SRR1696151 2 0.2844 0.910 0.004 0.876 0.092 0.028 0.000
#> SRR1696152 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696153 2 0.1628 0.917 0.008 0.936 0.056 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.2575 0.910 0.012 0.884 0.100 0.004 0.000
#> SRR1696155 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696157 2 0.3301 0.903 0.008 0.856 0.088 0.048 0.000
#> SRR1696158 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696159 2 0.3964 0.885 0.012 0.812 0.120 0.056 0.000
#> SRR1696160 2 0.4317 0.875 0.020 0.792 0.128 0.060 0.000
#> SRR1696161 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696162 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696163 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696164 2 0.0451 0.914 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696165 2 0.4520 0.854 0.008 0.764 0.168 0.056 0.004
#> SRR1696166 2 0.4802 0.841 0.020 0.744 0.176 0.060 0.000
#> SRR1696167 1 0.6988 0.578 0.568 0.088 0.120 0.224 0.000
#> SRR1696169 2 0.3234 0.902 0.004 0.856 0.092 0.048 0.000
#> SRR1696168 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696171 2 0.3946 0.891 0.020 0.820 0.108 0.052 0.000
#> SRR1696170 2 0.2954 0.910 0.000 0.876 0.064 0.056 0.004
#> SRR1696172 2 0.0324 0.915 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.3136 0.907 0.008 0.868 0.072 0.052 0.000
#> SRR1696174 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.1960 0.916 0.000 0.928 0.020 0.048 0.004
#> SRR1696175 2 0.3902 0.885 0.008 0.812 0.124 0.056 0.000
#> SRR1696177 2 0.1124 0.920 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR1696178 2 0.0992 0.917 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696179 2 0.0451 0.915 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696180 2 0.0290 0.913 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696181 2 0.4766 0.844 0.020 0.748 0.172 0.060 0.000
#> SRR1696182 2 0.3816 0.894 0.016 0.828 0.100 0.056 0.000
#> SRR1696183 2 0.4889 0.837 0.024 0.740 0.176 0.060 0.000
#> SRR1696184 2 0.4177 0.882 0.020 0.804 0.116 0.060 0.000
#> SRR1696185 1 0.7373 0.416 0.536 0.188 0.172 0.104 0.000
#> SRR1696186 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696187 1 0.3366 0.788 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1696189 4 0.2813 0.855 0.084 0.004 0.032 0.880 0.000
#> SRR1696188 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696190 4 0.3872 0.784 0.060 0.064 0.040 0.836 0.000
#> SRR1696191 2 0.4605 0.866 0.020 0.776 0.140 0.060 0.004
#> SRR1696192 2 0.4764 0.847 0.016 0.752 0.172 0.056 0.004
#> SRR1696193 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696194 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696195 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696198 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696199 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696200 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.2127 0.829 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696203 1 0.1544 0.824 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696205 1 0.2966 0.812 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.6456 0.608 0.636 0.084 0.172 0.108 0.000
#> SRR1696207 1 0.4457 0.612 0.620 0.000 0.012 0.368 0.000
#> SRR1696209 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696210 1 0.2732 0.819 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1696208 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696212 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696211 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696213 4 0.0404 0.925 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0162 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.3913 0.673 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1696218 4 0.3534 0.584 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.1568 0.900 0.036 0.000 0.020 0.944 0.000
#> SRR1696222 4 0.3284 0.703 0.000 0.148 0.024 0.828 0.000
#> SRR1696224 4 0.1121 0.898 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1696223 4 0.3882 0.660 0.224 0.000 0.020 0.756 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.1544 0.824 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696226 1 0.7124 0.549 0.564 0.108 0.124 0.204 0.000
#> SRR1696228 1 0.3366 0.781 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1696229 4 0.0510 0.923 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696232 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696231 1 0.4030 0.614 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1696230 1 0.3999 0.661 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1696233 4 0.0290 0.927 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696235 4 0.2012 0.873 0.060 0.000 0.020 0.920 0.000
#> SRR1696234 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696236 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696237 4 0.0609 0.921 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696238 4 0.0404 0.925 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696239 4 0.4949 0.375 0.296 0.004 0.044 0.656 0.000
#> SRR1696240 4 0.0510 0.923 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696241 1 0.6439 0.601 0.636 0.076 0.172 0.116 0.000
#> SRR1696244 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696243 1 0.2020 0.827 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696242 4 0.2067 0.862 0.004 0.028 0.044 0.924 0.000
#> SRR1696245 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696246 1 0.1792 0.827 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696247 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696248 1 0.1671 0.826 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696249 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696250 1 0.3534 0.759 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1696252 1 0.1965 0.828 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696253 1 0.3366 0.799 0.784 0.000 0.004 0.212 0.000
#> SRR1696251 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696254 1 0.1732 0.827 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1696255 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696256 4 0.4307 -0.318 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1696258 1 0.2074 0.829 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696257 1 0.3280 0.812 0.812 0.000 0.012 0.176 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.5779 0.672 0.700 0.036 0.168 0.084 0.012
#> SRR1696262 1 0.5158 0.705 0.748 0.036 0.128 0.084 0.004
#> SRR1696263 1 0.1544 0.824 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696265 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696264 1 0.3003 0.804 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696266 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696267 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696269 4 0.0609 0.921 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696271 1 0.4302 0.361 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1696270 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696268 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696272 1 0.3231 0.810 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> SRR1696274 2 0.4412 0.865 0.012 0.780 0.132 0.076 0.000
#> SRR1696273 2 0.4724 0.852 0.024 0.760 0.152 0.064 0.000
#> SRR1696275 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.3210 0.800 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.4088 0.622 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1696278 4 0.0510 0.923 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696280 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.3534 0.765 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1696283 4 0.6048 0.434 0.032 0.224 0.108 0.636 0.000
#> SRR1696286 1 0.3661 0.746 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1696284 1 0.6647 0.588 0.620 0.084 0.144 0.152 0.000
#> SRR1696287 2 0.5255 0.420 0.000 0.560 0.052 0.388 0.000
#> SRR1696285 4 0.0404 0.925 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696288 4 0.0162 0.925 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696289 2 0.3963 0.874 0.004 0.808 0.084 0.104 0.000
#> SRR1696292 3 0.2891 1.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696293 4 0.0162 0.927 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696294 4 0.0162 0.925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696295 4 0.2130 0.857 0.080 0.000 0.012 0.908 0.000
#> SRR1696296 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696297 1 0.3274 0.794 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1696298 4 0.3612 0.504 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1696299 2 0.2157 0.912 0.000 0.920 0.036 0.040 0.004
#> SRR1696301 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696300 2 0.3689 0.884 0.000 0.828 0.076 0.092 0.004
#> SRR1696303 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696304 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696305 4 0.6471 0.347 0.036 0.256 0.124 0.584 0.000
#> SRR1696306 2 0.4046 0.884 0.012 0.808 0.116 0.064 0.000
#> SRR1696307 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696309 1 0.1792 0.827 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0162 0.928 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696311 1 0.5770 0.664 0.688 0.040 0.136 0.136 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.6692 0.572 0.616 0.104 0.172 0.108 0.000
#> SRR1696313 1 0.4151 0.659 0.652 0.000 0.004 0.344 0.000
#> SRR1696315 1 0.3141 0.818 0.832 0.000 0.016 0.152 0.000
#> SRR1696316 4 0.1597 0.891 0.048 0.000 0.012 0.940 0.000
#> SRR1696317 1 0.2648 0.821 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696318 1 0.1544 0.824 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696319 1 0.1671 0.826 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696320 4 0.0794 0.915 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696322 4 0.0609 0.917 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696321 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696324 1 0.2280 0.823 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696323 1 0.1671 0.826 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696326 1 0.1478 0.822 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696325 1 0.3326 0.816 0.824 0.000 0.024 0.152 0.000
#> SRR1696327 1 0.6396 0.593 0.640 0.076 0.172 0.112 0.000
#> SRR1696328 4 0.0510 0.922 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696329 4 0.0451 0.924 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1696330 4 0.3248 0.759 0.000 0.104 0.040 0.852 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696029 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696030 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696031 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696032 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696033 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696034 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696041 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696042 5 0.0260 1.00000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696043 2 0.2135 0.66827 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696044 2 0.0508 0.70000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696045 6 0.3371 0.40538 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696046 2 0.3864 0.08531 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1696047 6 0.2544 0.52858 0.004 0.140 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR1696048 6 0.3192 0.46248 0.004 0.216 0.000 0.000 0.004 0.776
#> SRR1696050 6 0.2597 0.51403 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1696051 2 0.3189 0.53305 0.000 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1696052 2 0.3073 0.57756 0.000 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204
#> SRR1696053 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.2219 0.64843 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1696057 2 0.0260 0.69956 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696049 2 0.2527 0.62928 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1696056 2 0.0291 0.70095 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696059 2 0.2340 0.64390 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696058 2 0.2278 0.64221 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1696060 2 0.0858 0.70145 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696061 2 0.3847 0.01149 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1696062 2 0.3857 0.19623 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696063 2 0.1082 0.70472 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696064 2 0.0937 0.70081 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696065 6 0.3838 0.01894 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1696066 6 0.3907 0.40502 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.588
#> SRR1696067 6 0.3797 0.37719 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1696068 2 0.3023 0.62724 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696069 2 0.3789 0.42921 0.000 0.660 0.000 0.000 0.008 0.332
#> SRR1696070 6 0.3838 0.31731 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1696071 2 0.3499 0.32788 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696072 2 0.0405 0.70111 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696073 2 0.2814 0.60000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.008 0.172
#> SRR1696074 6 0.3747 0.41991 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696075 2 0.3852 0.32965 0.000 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1696076 2 0.2969 0.56354 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1696077 6 0.3995 0.01410 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1696078 2 0.1010 0.70208 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696079 6 0.3854 0.25079 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696080 2 0.3464 0.41767 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1696081 2 0.3221 0.52245 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1696083 2 0.2491 0.63296 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1696082 2 0.3126 0.54956 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696084 2 0.1141 0.69088 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696085 6 0.3998 -0.06652 0.000 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR1696086 2 0.1910 0.67097 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696087 2 0.2738 0.59688 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1696088 2 0.2823 0.59213 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1696091 2 0.2597 0.59833 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696089 2 0.0632 0.70165 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696090 2 0.1531 0.70013 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1696092 2 0.1007 0.69945 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696094 2 0.3860 -0.07206 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696093 6 0.2883 0.51160 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696095 2 0.3950 0.00244 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696096 2 0.2562 0.62622 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696097 2 0.1082 0.70077 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696098 2 0.2048 0.66308 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696099 2 0.0260 0.70136 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696100 2 0.0603 0.70149 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696102 2 0.0146 0.70052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.70208 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696104 2 0.0405 0.69923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696105 2 0.3109 0.57542 0.000 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR1696107 2 0.3151 0.52396 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696108 2 0.2697 0.61926 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696106 2 0.0935 0.70242 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1696110 2 0.0632 0.70134 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696109 2 0.2912 0.58063 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1696111 2 0.3860 -0.07374 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696112 2 0.1204 0.69959 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696114 2 0.0937 0.69971 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696113 6 0.3804 0.36985 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1696115 2 0.3401 0.55272 0.000 0.776 0.000 0.016 0.004 0.204
#> SRR1696116 2 0.2213 0.67495 0.000 0.888 0.000 0.008 0.004 0.100
#> SRR1696117 6 0.3690 0.52900 0.000 0.288 0.000 0.012 0.000 0.700
#> SRR1696118 6 0.5699 0.45443 0.220 0.140 0.000 0.032 0.000 0.608
#> SRR1696119 6 0.4822 0.53334 0.060 0.252 0.000 0.020 0.000 0.668
#> SRR1696120 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.3854 0.27023 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696124 2 0.3390 0.48389 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1696123 2 0.3103 0.56468 0.000 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208
#> SRR1696126 2 0.3989 -0.08001 0.000 0.528 0.000 0.004 0.000 0.468
#> SRR1696127 6 0.3198 0.46007 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1696128 6 0.1219 0.54608 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696129 2 0.1152 0.69417 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1696130 2 0.3717 0.23644 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1696131 2 0.3578 0.43181 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696133 2 0.3351 0.46374 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1696132 2 0.3647 0.30660 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1696135 6 0.3774 0.23247 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696134 2 0.0603 0.70214 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696136 6 0.3592 0.48837 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696137 6 0.3592 0.33780 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696138 6 0.1387 0.55075 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696139 2 0.2631 0.61608 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696140 2 0.2697 0.60847 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696142 2 0.0508 0.70063 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696141 2 0.3881 0.30052 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR1696143 2 0.3330 0.50855 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1696144 2 0.3982 -0.04483 0.000 0.536 0.000 0.004 0.000 0.460
#> SRR1696146 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0547 0.70147 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696147 2 0.2135 0.65822 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696149 2 0.3950 0.24468 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696150 2 0.3266 0.51972 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1696151 2 0.3807 0.25360 0.000 0.628 0.000 0.000 0.004 0.368
#> SRR1696152 2 0.2902 0.58032 0.000 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR1696153 2 0.3756 0.40912 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004 0.352
#> SRR1696154 2 0.4093 0.13537 0.000 0.516 0.000 0.000 0.008 0.476
#> SRR1696155 2 0.2219 0.67527 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1696156 2 0.0405 0.70105 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696157 2 0.3823 0.06883 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1696158 2 0.2772 0.61518 0.000 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1696159 6 0.3774 0.40116 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696160 6 0.3351 0.47546 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696161 2 0.0363 0.70096 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696162 2 0.1610 0.66929 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696163 2 0.1588 0.68031 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1696164 2 0.2902 0.57978 0.000 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR1696165 6 0.2243 0.54300 0.004 0.112 0.000 0.000 0.004 0.880
#> SRR1696166 6 0.1204 0.54852 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696167 1 0.5807 0.35203 0.456 0.012 0.000 0.128 0.000 0.404
#> SRR1696169 6 0.3833 0.16967 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1696168 2 0.0935 0.69733 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1696171 6 0.3854 0.03884 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696170 2 0.3756 0.39077 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004 0.352
#> SRR1696172 2 0.2933 0.58497 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1696173 2 0.3860 -0.05995 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696174 2 0.2697 0.62512 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696176 2 0.2912 0.61750 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1696175 6 0.3482 0.51147 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696177 2 0.3531 0.41214 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1696178 2 0.0603 0.70343 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696179 2 0.2823 0.59373 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1696180 2 0.0291 0.70010 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696181 6 0.2941 0.56325 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696182 6 0.3862 0.22187 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696183 6 0.2793 0.56622 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1696184 6 0.3765 0.39112 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696185 6 0.5453 0.24267 0.304 0.064 0.000 0.040 0.000 0.592
#> SRR1696186 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.3309 0.66913 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.5336 0.43629 0.144 0.000 0.000 0.572 0.000 0.284
#> SRR1696188 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.6155 0.28637 0.164 0.024 0.000 0.484 0.000 0.328
#> SRR1696191 6 0.3969 0.47185 0.004 0.344 0.000 0.008 0.000 0.644
#> SRR1696192 6 0.3753 0.52941 0.004 0.292 0.000 0.008 0.000 0.696
#> SRR1696193 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.1814 0.78615 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.3151 0.69811 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.4983 0.26469 0.484 0.008 0.000 0.048 0.000 0.460
#> SRR1696207 1 0.5067 0.30935 0.488 0.000 0.000 0.436 0.000 0.076
#> SRR1696209 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.2823 0.73827 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.1152 0.85643 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1696214 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.3592 0.57975 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1696218 4 0.3774 0.16248 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.2631 0.74731 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1696222 4 0.2887 0.74490 0.000 0.036 0.000 0.844 0.000 0.120
#> SRR1696224 4 0.2697 0.69335 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1696223 4 0.5841 0.02180 0.332 0.000 0.000 0.464 0.000 0.204
#> SRR1696225 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.1075 0.78628 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.5022 0.22088 0.228 0.008 0.000 0.112 0.000 0.652
#> SRR1696228 1 0.3464 0.62683 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0363 0.87434 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.3695 0.52410 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.3797 0.43661 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 4 0.5055 0.44858 0.244 0.000 0.000 0.624 0.000 0.132
#> SRR1696234 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.0790 0.86271 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.3344 0.71103 0.152 0.000 0.000 0.804 0.000 0.044
#> SRR1696239 4 0.6064 0.14368 0.256 0.004 0.000 0.456 0.000 0.284
#> SRR1696240 4 0.1007 0.85584 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.4984 0.24749 0.476 0.008 0.000 0.048 0.000 0.468
#> SRR1696244 1 0.0713 0.78440 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.2003 0.78355 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.5884 0.39297 0.164 0.020 0.000 0.552 0.000 0.264
#> SRR1696245 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.1204 0.78700 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.1141 0.78673 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3101 0.69837 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.1075 0.78795 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.4500 0.67790 0.688 0.000 0.000 0.224 0.000 0.088
#> SRR1696251 1 0.0363 0.77600 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0865 0.78666 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.3999 0.21087 0.500 0.000 0.000 0.496 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.1663 0.78602 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4449 0.71018 0.712 0.000 0.000 0.164 0.000 0.124
#> SRR1696260 4 0.2178 0.76777 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.6002 0.47988 0.536 0.000 0.108 0.044 0.000 0.312
#> SRR1696262 1 0.4731 0.49947 0.604 0.000 0.008 0.044 0.000 0.344
#> SRR1696263 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.2300 0.77352 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0146 0.87833 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.3843 0.35234 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.2482 0.77694 0.848 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004
#> SRR1696274 6 0.3575 0.53527 0.000 0.284 0.000 0.008 0.000 0.708
#> SRR1696273 6 0.3103 0.52882 0.000 0.208 0.000 0.008 0.000 0.784
#> SRR1696275 4 0.0146 0.87839 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696276 1 0.3221 0.68630 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.4921 0.36810 0.516 0.000 0.000 0.420 0.000 0.064
#> SRR1696278 4 0.2595 0.73306 0.160 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1696280 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.4361 0.61084 0.648 0.000 0.000 0.308 0.000 0.044
#> SRR1696283 6 0.5768 0.34056 0.000 0.196 0.000 0.316 0.000 0.488
#> SRR1696286 1 0.3634 0.56079 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1696284 6 0.5171 -0.26492 0.448 0.008 0.000 0.064 0.000 0.480
#> SRR1696287 6 0.6053 0.34962 0.000 0.308 0.000 0.280 0.000 0.412
#> SRR1696285 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0405 0.87121 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696290 4 0.0777 0.86661 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696291 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.5226 -0.24814 0.000 0.460 0.000 0.092 0.000 0.448
#> SRR1696292 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.2146 0.78403 0.116 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1696294 4 0.0146 0.87723 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696295 4 0.5009 0.43851 0.256 0.000 0.000 0.624 0.000 0.120
#> SRR1696296 4 0.1957 0.78018 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.4274 0.65152 0.676 0.000 0.000 0.276 0.000 0.048
#> SRR1696298 4 0.3371 0.47397 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.4289 0.40081 0.004 0.688 0.000 0.044 0.000 0.264
#> SRR1696301 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.5872 -0.15318 0.044 0.480 0.000 0.076 0.000 0.400
#> SRR1696303 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0458 0.77958 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 6 0.5516 0.44653 0.000 0.196 0.000 0.244 0.000 0.560
#> SRR1696306 6 0.3653 0.52501 0.000 0.300 0.000 0.008 0.000 0.692
#> SRR1696307 1 0.0547 0.78213 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0632 0.78355 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.4750 0.39511 0.544 0.000 0.000 0.052 0.000 0.404
#> SRR1696314 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 6 0.5020 -0.13865 0.428 0.016 0.000 0.040 0.000 0.516
#> SRR1696313 1 0.4975 0.34199 0.504 0.000 0.000 0.428 0.000 0.068
#> SRR1696315 1 0.3678 0.73262 0.788 0.000 0.000 0.084 0.000 0.128
#> SRR1696316 4 0.4774 0.55333 0.192 0.000 0.000 0.672 0.000 0.136
#> SRR1696317 1 0.2730 0.74986 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0632 0.78355 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0547 0.78134 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.1007 0.85632 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0363 0.77600 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.2178 0.77425 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0713 0.78481 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0632 0.78355 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3825 0.71135 0.768 0.000 0.000 0.072 0.000 0.160
#> SRR1696327 6 0.5071 -0.26032 0.468 0.012 0.000 0.048 0.000 0.472
#> SRR1696328 4 0.0000 0.88009 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.2669 0.73478 0.156 0.000 0.000 0.836 0.000 0.008
#> SRR1696330 4 0.5111 0.58155 0.052 0.068 0.000 0.684 0.000 0.196
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.860 0.911 0.963 0.3667 0.646 0.646
#> 3 3 0.878 0.894 0.959 0.5768 0.632 0.487
#> 4 4 0.798 0.825 0.921 0.0702 0.914 0.807
#> 5 5 0.895 0.902 0.952 0.0389 0.961 0.901
#> 6 6 0.719 0.754 0.863 0.0787 0.966 0.907
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0938 0.9542 0.012 0.988
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.1843 0.9400 0.028 0.972
#> SRR1696118 1 0.4815 0.8612 0.896 0.104
#> SRR1696119 1 0.9866 0.2734 0.568 0.432
#> SRR1696120 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.7453 0.7178 0.212 0.788
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0672 0.9576 0.008 0.992
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.7056 0.7557 0.192 0.808
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696186 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.7883 0.6909 0.236 0.764
#> SRR1696189 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.6712 0.7752 0.824 0.176
#> SRR1696200 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696202 2 0.8327 0.6456 0.264 0.736
#> SRR1696203 1 0.4690 0.8651 0.900 0.100
#> SRR1696205 2 0.8909 0.5654 0.308 0.692
#> SRR1696204 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696206 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696207 2 0.6438 0.7931 0.164 0.836
#> SRR1696209 1 0.3584 0.8957 0.932 0.068
#> SRR1696210 1 0.9983 0.0873 0.524 0.476
#> SRR1696208 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696217 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696216 2 0.7139 0.7550 0.196 0.804
#> SRR1696218 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696224 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696223 2 0.7139 0.7501 0.196 0.804
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696227 2 0.7376 0.7329 0.208 0.792
#> SRR1696226 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696228 2 0.6148 0.8082 0.152 0.848
#> SRR1696229 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.2423 0.9288 0.040 0.960
#> SRR1696230 2 0.6973 0.7627 0.188 0.812
#> SRR1696233 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696234 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696244 2 0.9286 0.4806 0.344 0.656
#> SRR1696243 2 0.9491 0.4237 0.368 0.632
#> SRR1696242 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696246 2 0.9044 0.5361 0.320 0.680
#> SRR1696247 1 0.9686 0.3527 0.604 0.396
#> SRR1696248 1 0.4431 0.8730 0.908 0.092
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696250 2 0.7219 0.7444 0.200 0.800
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.1414 0.9334 0.980 0.020
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.3584 0.8959 0.932 0.068
#> SRR1696255 2 0.9970 0.1154 0.468 0.532
#> SRR1696256 2 0.4562 0.8726 0.096 0.904
#> SRR1696258 2 0.8499 0.6260 0.276 0.724
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696259 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.7950 0.6839 0.240 0.760
#> SRR1696266 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.6438 0.7981 0.164 0.836
#> SRR1696270 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0376 0.9445 0.996 0.004
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696276 2 0.9732 0.3323 0.404 0.596
#> SRR1696277 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696279 2 0.7815 0.6990 0.232 0.768
#> SRR1696278 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.3431 0.8992 0.936 0.064
#> SRR1696281 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.9866 0.2433 0.568 0.432
#> SRR1696283 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.8713 0.5969 0.292 0.708
#> SRR1696284 1 0.9129 0.5199 0.672 0.328
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696294 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696295 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696297 1 0.8608 0.6059 0.716 0.284
#> SRR1696298 2 0.0376 0.9610 0.004 0.996
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.9248 0.4952 0.660 0.340
#> SRR1696309 2 0.9044 0.5344 0.320 0.680
#> SRR1696310 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696312 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696313 2 0.6148 0.8062 0.152 0.848
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696317 2 0.9970 0.1124 0.468 0.532
#> SRR1696318 2 0.9909 0.1985 0.444 0.556
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696322 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696324 2 0.4022 0.8895 0.080 0.920
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696326 2 0.9881 0.2257 0.436 0.564
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9472 1.000 0.000
#> SRR1696328 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696329 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.5650 0.5623 0.312 0.000 0.688
#> SRR1696029 3 0.5988 0.4399 0.368 0.000 0.632
#> SRR1696030 3 0.4974 0.6899 0.236 0.000 0.764
#> SRR1696031 1 0.4931 0.6708 0.768 0.000 0.232
#> SRR1696032 1 0.5529 0.5520 0.704 0.000 0.296
#> SRR1696033 1 0.3116 0.8354 0.892 0.000 0.108
#> SRR1696034 1 0.4887 0.6773 0.772 0.000 0.228
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.3482 0.8091 0.872 0.000 0.128
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.2625 0.8568 0.916 0.000 0.084
#> SRR1696041 1 0.3038 0.8364 0.896 0.000 0.104
#> SRR1696042 1 0.2537 0.8608 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.2939 0.8908 0.012 0.916 0.072
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0592 0.9585 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696115 2 0.0237 0.9645 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.5098 0.6620 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696118 3 0.0747 0.9113 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696119 3 0.5181 0.8084 0.084 0.084 0.832
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 3 0.6267 0.1488 0.000 0.452 0.548
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.4526 0.8113 0.104 0.856 0.040
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.1289 0.9410 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.2959 0.8563 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0424 0.9618 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.1860 0.9217 0.000 0.948 0.052
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0829 0.9549 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0592 0.9140 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.5363 0.5528 0.724 0.276 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.3116 0.8121 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.2448 0.8553 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.6168 0.2865 0.412 0.588 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.6235 0.2223 0.436 0.564 0.000
#> SRR1696206 3 0.5678 0.5419 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.0747 0.9166 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696212 1 0.0237 0.9269 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.6295 0.1097 0.528 0.472 0.000
#> SRR1696214 2 0.5621 0.5423 0.308 0.692 0.000
#> SRR1696215 1 0.4121 0.7281 0.832 0.168 0.000
#> SRR1696217 1 0.2959 0.8248 0.900 0.100 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.6244 0.2415 0.560 0.440 0.000
#> SRR1696220 1 0.6204 0.2893 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696221 2 0.5760 0.5106 0.328 0.672 0.000
#> SRR1696222 2 0.0237 0.9646 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.1860 0.9149 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.6111 0.3457 0.396 0.604 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.1643 0.8882 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.2711 0.8416 0.912 0.088 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0747 0.9166 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696236 1 0.0237 0.9269 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.4399 0.6968 0.812 0.188 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.2165 0.8817 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.6305 0.0702 0.516 0.484 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.4974 0.6234 0.764 0.236 0.000
#> SRR1696259 1 0.4654 0.6681 0.792 0.208 0.000
#> SRR1696261 1 0.4750 0.6908 0.784 0.000 0.216
#> SRR1696262 1 0.4842 0.6781 0.776 0.000 0.224
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9679 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.1529 0.9339 0.000 0.960 0.040
#> SRR1696275 1 0.0237 0.9269 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.3412 0.7904 0.876 0.124 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.2796 0.8675 0.092 0.908 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.2356 0.8927 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0237 0.9273 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696287 2 0.0237 0.9646 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.5363 0.6010 0.276 0.724 0.000
#> SRR1696290 1 0.4796 0.6486 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.0424 0.9611 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9208 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0237 0.9646 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0237 0.9646 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696303 2 0.3686 0.8045 0.140 0.860 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.2796 0.8330 0.908 0.092 0.000
#> SRR1696305 2 0.6295 0.1010 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696306 2 0.0592 0.9570 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.5178 0.5891 0.744 0.256 0.000
#> SRR1696311 1 0.0237 0.9272 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696314 2 0.4931 0.6681 0.232 0.768 0.000
#> SRR1696312 1 0.5926 0.4150 0.644 0.000 0.356
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0592 0.9200 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 3 0.4452 0.7452 0.192 0.000 0.808
#> SRR1696328 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.1753 0.9193 0.048 0.952 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.5292 0.4430 0.728 0.000 0.208 0.064
#> SRR1696029 1 0.5288 0.4532 0.732 0.000 0.200 0.068
#> SRR1696030 1 0.5292 0.4430 0.728 0.000 0.208 0.064
#> SRR1696031 1 0.5476 0.5631 0.736 0.000 0.120 0.144
#> SRR1696032 1 0.5476 0.5631 0.736 0.000 0.120 0.144
#> SRR1696033 1 0.5346 0.5862 0.732 0.000 0.076 0.192
#> SRR1696034 1 0.5522 0.5639 0.732 0.000 0.120 0.148
#> SRR1696035 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696036 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696037 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696039 1 0.4579 0.6014 0.768 0.000 0.032 0.200
#> SRR1696038 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696040 1 0.4706 0.5933 0.748 0.000 0.028 0.224
#> SRR1696041 1 0.4426 0.6020 0.772 0.000 0.024 0.204
#> SRR1696042 1 0.4436 0.5990 0.764 0.000 0.020 0.216
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0188 0.9617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0188 0.9617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0336 0.9593 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.4890 0.6724 0.236 0.736 0.024 0.004
#> SRR1696067 2 0.1743 0.9185 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0779 0.9512 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1174 0.9420 0.020 0.968 0.012 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0188 0.9617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0469 0.9566 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.1489 0.9293 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.1576 0.9257 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.3764 0.8194 0.116 0.844 0.040 0.000
#> SRR1696115 2 0.0707 0.9466 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696116 2 0.0469 0.9544 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696117 2 0.5271 0.4901 0.024 0.656 0.320 0.000
#> SRR1696118 1 0.7210 0.0226 0.536 0.092 0.352 0.020
#> SRR1696119 1 0.7813 0.0873 0.528 0.152 0.292 0.028
#> SRR1696120 3 0.0707 0.9193 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696125 2 0.0524 0.9565 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.3583 0.7688 0.004 0.816 0.180 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0469 0.9567 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0188 0.9617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.5705 0.5575 0.284 0.672 0.028 0.016
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.1042 0.9440 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0188 0.9617 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.4387 0.7309 0.200 0.776 0.000 0.024
#> SRR1696146 3 0.3801 0.7389 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1696145 3 0.3975 0.7160 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0921 0.9450 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.3335 0.8387 0.120 0.860 0.020 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.2300 0.9028 0.048 0.924 0.028 0.000
#> SRR1696167 4 0.1059 0.8616 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0592 0.9540 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.4533 0.6952 0.232 0.752 0.012 0.004
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.5172 -0.0581 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR1696186 3 0.1557 0.8988 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696187 4 0.0921 0.8636 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696189 4 0.2593 0.8077 0.104 0.004 0.000 0.892
#> SRR1696188 4 0.0000 0.8670 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696190 4 0.3311 0.6860 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696191 2 0.0524 0.9569 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696192 2 0.0376 0.9594 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696193 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696194 4 0.1733 0.8570 0.028 0.024 0.000 0.948
#> SRR1696195 4 0.0336 0.8674 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696196 4 0.2053 0.8220 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.0469 0.8664 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696200 4 0.0000 0.8670 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696201 4 0.4220 0.5571 0.004 0.248 0.000 0.748
#> SRR1696202 4 0.0707 0.8655 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696203 4 0.0921 0.8616 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696205 4 0.2216 0.8313 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696204 4 0.3837 0.6032 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1696206 1 0.6882 0.0889 0.500 0.000 0.392 0.108
#> SRR1696207 4 0.1211 0.8600 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696209 4 0.1118 0.8626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696210 4 0.1792 0.8482 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696208 4 0.1118 0.8555 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696212 4 0.0188 0.8679 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696211 4 0.1118 0.8585 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696213 4 0.5126 0.2023 0.004 0.444 0.000 0.552
#> SRR1696214 4 0.4220 0.5579 0.004 0.248 0.000 0.748
#> SRR1696215 4 0.2943 0.7921 0.032 0.076 0.000 0.892
#> SRR1696217 4 0.2530 0.7859 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR1696216 4 0.2281 0.8263 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696218 4 0.1389 0.8577 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696219 4 0.4456 0.4944 0.004 0.280 0.000 0.716
#> SRR1696220 4 0.3355 0.7079 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1696221 2 0.5132 0.1119 0.004 0.548 0.000 0.448
#> SRR1696222 2 0.3837 0.6609 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1696224 4 0.0469 0.8653 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696223 4 0.2216 0.8132 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696225 2 0.5163 -0.0224 0.004 0.516 0.000 0.480
#> SRR1696227 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696226 2 0.7774 -0.0196 0.208 0.484 0.008 0.300
#> SRR1696228 4 0.1022 0.8625 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696229 4 0.1302 0.8513 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696232 4 0.1411 0.8620 0.020 0.020 0.000 0.960
#> SRR1696231 4 0.0188 0.8671 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696230 4 0.1302 0.8586 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696233 4 0.2654 0.7807 0.004 0.108 0.000 0.888
#> SRR1696235 4 0.1637 0.8462 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696234 4 0.1474 0.8431 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1696236 4 0.1302 0.8493 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1696237 4 0.0921 0.8600 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696238 4 0.2345 0.7930 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1696239 4 0.0000 0.8670 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.8670 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696241 4 0.6123 0.4473 0.192 0.000 0.132 0.676
#> SRR1696244 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696243 4 0.0336 0.8668 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696242 4 0.2973 0.7353 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1696245 4 0.2281 0.8271 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696246 4 0.0469 0.8666 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696247 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696248 4 0.1211 0.8605 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696249 4 0.1940 0.8433 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696250 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696252 4 0.1022 0.8631 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696253 4 0.5000 -0.1712 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1696251 4 0.2149 0.8286 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1696254 4 0.1022 0.8626 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696255 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696256 4 0.0921 0.8636 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696258 4 0.1211 0.8605 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696257 1 0.4933 0.3427 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1696260 4 0.3208 0.7241 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1696259 4 0.3401 0.7107 0.008 0.152 0.000 0.840
#> SRR1696261 1 0.7244 0.4403 0.544 0.000 0.212 0.244
#> SRR1696262 1 0.7773 0.3655 0.432 0.000 0.288 0.280
#> SRR1696263 4 0.1302 0.8565 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696265 3 0.0336 0.9246 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696264 4 0.0188 0.8672 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696266 3 0.0817 0.9189 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696267 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696269 4 0.0188 0.8674 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696271 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696270 4 0.0000 0.8670 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696268 3 0.0188 0.9255 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696272 4 0.1792 0.8461 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696274 2 0.1474 0.9120 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696273 2 0.0592 0.9533 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696275 4 0.1888 0.8441 0.044 0.016 0.000 0.940
#> SRR1696276 4 0.2408 0.8207 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1696277 4 0.1211 0.8536 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696279 4 0.2345 0.8233 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696278 4 0.1677 0.8582 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1696280 4 0.0921 0.8651 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696281 4 0.5143 0.1892 0.004 0.456 0.000 0.540
#> SRR1696282 4 0.2589 0.8091 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1696283 2 0.4059 0.6876 0.012 0.788 0.000 0.200
#> SRR1696286 4 0.1389 0.8576 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696284 4 0.2796 0.8208 0.092 0.000 0.016 0.892
#> SRR1696287 2 0.0817 0.9431 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696285 4 0.0336 0.8662 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696288 4 0.4277 0.5022 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1696290 4 0.3208 0.7245 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1696291 3 0.2345 0.8682 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1696289 2 0.0336 0.9579 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696292 3 0.2469 0.8618 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696293 4 0.0469 0.8653 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696294 4 0.1256 0.8580 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR1696295 4 0.1474 0.8497 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696296 4 0.0592 0.8662 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696297 4 0.4830 0.2318 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1696298 4 0.1118 0.8612 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696299 2 0.2011 0.8798 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696301 4 0.1940 0.8425 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696300 2 0.2011 0.8801 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1696303 4 0.5112 0.2207 0.004 0.436 0.000 0.560
#> SRR1696302 4 0.0336 0.8668 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696304 4 0.2266 0.8106 0.004 0.084 0.000 0.912
#> SRR1696305 2 0.4281 0.7039 0.028 0.792 0.000 0.180
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 4 0.0336 0.8667 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696309 4 0.0336 0.8663 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696310 4 0.1209 0.8572 0.032 0.004 0.000 0.964
#> SRR1696308 4 0.2530 0.7918 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR1696311 1 0.4977 0.2866 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1696314 4 0.4401 0.5152 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR1696312 1 0.6709 0.4019 0.616 0.000 0.212 0.172
#> SRR1696313 4 0.4866 0.1934 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696315 4 0.4431 0.4795 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1696316 4 0.1118 0.8552 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696317 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696318 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696319 4 0.3649 0.6794 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696320 4 0.0469 0.8669 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696322 4 0.0921 0.8596 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696321 4 0.1792 0.8399 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696324 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696323 4 0.2469 0.8023 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696326 4 0.0188 0.8666 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696325 1 0.4981 0.2674 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696327 3 0.6451 0.0901 0.456 0.000 0.476 0.068
#> SRR1696328 4 0.0336 0.8661 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696329 4 0.0592 0.8642 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696330 4 0.5000 0.0933 0.000 0.496 0.000 0.504
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 5 0.0162 0.9927 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696034 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.1124 0.9485 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696036 3 0.1124 0.9485 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696037 3 0.1124 0.9485 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696039 5 0.0162 0.9957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696038 3 0.1124 0.9485 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696040 5 0.0162 0.9957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696041 5 0.0162 0.9957 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696042 5 0.0000 0.9979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0510 0.9615 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0290 0.9651 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0290 0.9627 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696053 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0404 0.9637 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696060 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696061 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0609 0.9590 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.3461 0.7357 0.224 0.772 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696067 2 0.1282 0.9395 0.044 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696068 2 0.0404 0.9634 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696070 2 0.0510 0.9613 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696073 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696074 2 0.0794 0.9545 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696078 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696079 2 0.0609 0.9590 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0510 0.9615 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0703 0.9567 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.1043 0.9460 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696100 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696107 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0404 0.9634 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0404 0.9634 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.1908 0.9006 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.3086 0.7943 0.180 0.816 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696115 2 0.1124 0.9351 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1696116 2 0.2124 0.8659 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1696117 2 0.2770 0.8761 0.076 0.880 0.044 0.000 0.000
#> SRR1696118 1 0.0486 0.7476 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1696119 1 0.0486 0.7476 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1696120 3 0.1478 0.9306 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0404 0.9602 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0404 0.9602 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0510 0.9615 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696126 2 0.0290 0.9651 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.1588 0.9380 0.028 0.948 0.008 0.000 0.016
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0703 0.9567 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0609 0.9590 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.4088 0.5930 0.304 0.688 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0609 0.9590 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0290 0.9627 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.3612 0.6712 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 1 0.2338 0.6848 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1696145 1 0.1430 0.7244 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1696148 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696155 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1043 0.9456 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.2074 0.8882 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0510 0.9613 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696164 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696165 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.2170 0.8959 0.088 0.904 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696167 4 0.0613 0.9341 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696169 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0290 0.9627 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0290 0.9627 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696173 2 0.0703 0.9567 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.3715 0.6748 0.260 0.736 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696177 2 0.0290 0.9652 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0162 0.9662 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0162 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0727 0.9567 0.004 0.980 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696184 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696185 1 0.0324 0.7440 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696186 3 0.3395 0.7253 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1696187 4 0.0880 0.9277 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696189 4 0.1412 0.9253 0.004 0.008 0.000 0.952 0.036
#> SRR1696188 4 0.0162 0.9328 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696190 4 0.2304 0.8438 0.008 0.100 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696191 2 0.3366 0.7417 0.000 0.784 0.000 0.004 0.212
#> SRR1696192 2 0.3075 0.8763 0.056 0.880 0.012 0.004 0.048
#> SRR1696193 4 0.0290 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696194 4 0.0162 0.9335 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696195 4 0.0162 0.9328 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696196 4 0.0898 0.9267 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1696197 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.0794 0.9288 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.1341 0.9008 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696202 4 0.0510 0.9323 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696203 4 0.0955 0.9282 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR1696205 4 0.2286 0.8725 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1696204 4 0.1608 0.8830 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696206 1 0.0703 0.7633 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696207 4 0.1043 0.9245 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696209 4 0.1197 0.9204 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1696210 4 0.2179 0.8710 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1696208 4 0.0404 0.9312 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 4 0.1041 0.9266 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696213 4 0.3582 0.6278 0.000 0.224 0.000 0.768 0.008
#> SRR1696214 4 0.1410 0.8969 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1696215 4 0.1648 0.9126 0.000 0.020 0.000 0.940 0.040
#> SRR1696217 4 0.1386 0.9157 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR1696216 4 0.3039 0.7744 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696218 4 0.1043 0.9248 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696219 4 0.1502 0.8989 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1696220 4 0.1197 0.9086 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1696221 4 0.3562 0.6786 0.000 0.196 0.000 0.788 0.016
#> SRR1696222 4 0.4150 0.3143 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1696224 4 0.0290 0.9327 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696223 4 0.1270 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1696225 4 0.2890 0.7520 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004
#> SRR1696227 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696226 1 0.5407 0.0289 0.472 0.472 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696228 4 0.0703 0.9304 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696229 4 0.0955 0.9258 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1696232 4 0.0162 0.9335 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696231 4 0.0609 0.9315 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696230 4 0.0880 0.9277 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696233 4 0.1041 0.9194 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696235 4 0.1701 0.9206 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1696234 4 0.0510 0.9297 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.0609 0.9298 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696238 4 0.1121 0.9111 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1696239 4 0.0290 0.9334 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.3844 0.5710 0.736 0.000 0.004 0.256 0.004
#> SRR1696244 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696243 4 0.0609 0.9313 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696242 4 0.0963 0.9182 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696245 4 0.2513 0.8603 0.116 0.000 0.000 0.876 0.008
#> SRR1696246 4 0.0609 0.9315 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696247 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696248 4 0.1341 0.9153 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696249 4 0.1671 0.9017 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696250 4 0.0324 0.9334 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696252 4 0.1341 0.9155 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696253 1 0.1571 0.7703 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1696251 4 0.2674 0.8532 0.120 0.000 0.000 0.868 0.012
#> SRR1696254 4 0.1043 0.9244 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696255 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696256 4 0.0290 0.9334 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696258 4 0.1270 0.9179 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1696257 1 0.1502 0.7703 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1696260 4 0.1549 0.9096 0.000 0.040 0.000 0.944 0.016
#> SRR1696259 4 0.1626 0.9060 0.000 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1696261 1 0.1768 0.7676 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1696262 1 0.2233 0.7516 0.892 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR1696263 4 0.1410 0.9128 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1696265 3 0.0794 0.9568 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696264 4 0.0404 0.9328 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696266 3 0.2020 0.9076 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.0162 0.9336 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9332 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0290 0.9606 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.1851 0.8936 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696274 2 0.2130 0.8785 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1696273 2 0.1764 0.9157 0.000 0.928 0.008 0.000 0.064
#> SRR1696275 4 0.1300 0.9207 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1696276 4 0.3274 0.7313 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1696277 4 0.0955 0.9258 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1696279 4 0.2629 0.8432 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1696278 4 0.0579 0.9339 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696280 4 0.0880 0.9277 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696281 4 0.2439 0.8154 0.000 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1696282 4 0.3048 0.7917 0.176 0.000 0.000 0.820 0.004
#> SRR1696283 2 0.5687 0.3210 0.000 0.580 0.000 0.316 0.104
#> SRR1696286 4 0.1410 0.9128 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1696284 4 0.3544 0.7462 0.200 0.000 0.004 0.788 0.008
#> SRR1696287 2 0.2179 0.8475 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696285 4 0.0290 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696288 4 0.1544 0.8874 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1696290 4 0.1341 0.9008 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696291 1 0.3895 0.3733 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.1671 0.8941 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696292 1 0.3707 0.4444 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0510 0.9309 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696294 4 0.0771 0.9288 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1696295 4 0.1117 0.9293 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016
#> SRR1696296 4 0.0162 0.9335 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696297 1 0.3143 0.6472 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1696298 4 0.0290 0.9334 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696299 2 0.3521 0.6547 0.000 0.764 0.000 0.232 0.004
#> SRR1696301 4 0.1768 0.9025 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR1696300 2 0.3636 0.5856 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1696303 4 0.2536 0.8034 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1696302 4 0.0880 0.9277 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696304 4 0.0880 0.9212 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696305 2 0.4134 0.6335 0.000 0.744 0.000 0.224 0.032
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 4 0.0451 0.9336 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696309 4 0.0451 0.9335 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1696310 4 0.0865 0.9274 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1696308 4 0.1043 0.9149 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696311 1 0.2915 0.7346 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR1696314 4 0.1478 0.8926 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1696312 1 0.0771 0.7615 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696313 1 0.3123 0.6700 0.812 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1696315 1 0.4341 0.4192 0.628 0.000 0.000 0.364 0.008
#> SRR1696316 4 0.0162 0.9336 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696317 4 0.0609 0.9315 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696318 4 0.0162 0.9333 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696319 4 0.4451 0.4577 0.340 0.000 0.000 0.644 0.016
#> SRR1696320 4 0.0404 0.9328 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696322 4 0.0865 0.9274 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1696321 4 0.2470 0.8703 0.104 0.000 0.000 0.884 0.012
#> SRR1696324 4 0.0324 0.9334 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696323 4 0.3123 0.8053 0.160 0.000 0.000 0.828 0.012
#> SRR1696326 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696325 1 0.2136 0.7598 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1696327 1 0.1124 0.7676 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1696328 4 0.0162 0.9328 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696329 4 0.0404 0.9319 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696330 4 0.2852 0.7349 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0146 0.9961 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696029 5 0.0146 0.9961 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696030 5 0.0146 0.9961 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696035 3 0.0405 0.8354 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696036 3 0.0405 0.8354 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696037 3 0.0405 0.8354 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696039 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696038 3 0.0405 0.8354 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696040 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 0.9985 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0291 0.8907 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696044 2 0.0713 0.8883 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696045 2 0.2980 0.8060 0.192 0.800 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696046 2 0.1958 0.8698 0.100 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696047 2 0.1806 0.8643 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1696048 2 0.2436 0.8479 0.000 0.880 0.000 0.032 0.000 0.088
#> SRR1696050 2 0.1297 0.8905 0.040 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696051 2 0.1225 0.8887 0.036 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696052 2 0.2477 0.8739 0.032 0.896 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1696053 3 0.2003 0.8571 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696054 3 0.2003 0.8571 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696055 2 0.1082 0.8897 0.040 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0632 0.8913 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1245 0.8894 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696056 2 0.1088 0.8875 0.000 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1696059 2 0.1610 0.8778 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.1924 0.8788 0.004 0.920 0.000 0.028 0.000 0.048
#> SRR1696060 2 0.1564 0.8803 0.000 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1696061 2 0.1152 0.8851 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696062 2 0.1701 0.8712 0.000 0.920 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1696063 2 0.0972 0.8862 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1696064 2 0.0363 0.8905 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696065 2 0.1408 0.8890 0.036 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696066 2 0.4330 0.6998 0.236 0.696 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696067 2 0.1807 0.8839 0.060 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696068 2 0.0993 0.8896 0.012 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696069 2 0.1003 0.8880 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1696070 2 0.4002 0.7199 0.260 0.704 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696071 2 0.1556 0.8798 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.2940 0.8456 0.112 0.848 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1696073 2 0.1749 0.8858 0.036 0.932 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1696074 2 0.2389 0.8537 0.128 0.864 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696075 2 0.2263 0.8653 0.100 0.884 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696076 2 0.2266 0.8630 0.108 0.880 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.2404 0.8656 0.080 0.884 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696078 2 0.3485 0.8108 0.152 0.800 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1696079 2 0.1967 0.8783 0.084 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696080 2 0.0806 0.8910 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696081 2 0.1049 0.8902 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696083 2 0.1719 0.8729 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1696082 2 0.0520 0.8920 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696084 2 0.0458 0.8893 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696085 2 0.0146 0.8908 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.1594 0.8762 0.000 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR1696087 2 0.0405 0.8907 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696088 2 0.1890 0.8807 0.060 0.916 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696091 2 0.0405 0.8903 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696089 2 0.0935 0.8902 0.032 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.1875 0.8871 0.020 0.928 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR1696092 2 0.0909 0.8877 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1696094 2 0.1418 0.8891 0.024 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696093 2 0.4242 0.4005 0.448 0.536 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696095 2 0.0603 0.8891 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696096 2 0.0935 0.8861 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0820 0.8913 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1696099 2 0.1477 0.8879 0.048 0.940 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696100 2 0.2078 0.8817 0.040 0.916 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1696102 2 0.1485 0.8882 0.028 0.944 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1696103 2 0.0547 0.8911 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0547 0.8915 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0725 0.8908 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696107 2 0.1462 0.8787 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1696108 2 0.0914 0.8904 0.016 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696106 2 0.1297 0.8880 0.040 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696110 2 0.0692 0.8899 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696109 2 0.1003 0.8901 0.016 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696111 2 0.3278 0.8130 0.152 0.808 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696112 2 0.1003 0.8871 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1696114 2 0.0820 0.8909 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696113 2 0.4354 0.6994 0.216 0.704 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696115 2 0.3062 0.7955 0.000 0.836 0.000 0.112 0.000 0.052
#> SRR1696116 2 0.3725 0.7637 0.012 0.796 0.000 0.136 0.000 0.056
#> SRR1696117 2 0.6519 0.3630 0.248 0.500 0.052 0.000 0.000 0.200
#> SRR1696118 6 0.3738 0.5233 0.208 0.040 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1696119 6 0.4095 0.2101 0.480 0.008 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696120 6 0.3672 0.2074 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1696121 6 0.3817 0.0451 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1696122 6 0.3789 0.0944 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1696125 2 0.2020 0.8729 0.096 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696124 2 0.1285 0.8869 0.052 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696123 2 0.1167 0.8903 0.008 0.960 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1696126 2 0.2213 0.8852 0.048 0.904 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1696127 2 0.4267 0.7077 0.260 0.692 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1696128 2 0.4328 0.6842 0.284 0.672 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696129 2 0.0777 0.8910 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.1492 0.8881 0.024 0.940 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696131 2 0.1124 0.8838 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1696133 2 0.1524 0.8769 0.000 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1696132 2 0.1970 0.8730 0.092 0.900 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696135 2 0.2838 0.8105 0.188 0.808 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696134 2 0.1003 0.8867 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1696136 1 0.4044 0.2386 0.704 0.256 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696137 2 0.3933 0.7557 0.216 0.740 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696138 2 0.4265 0.6676 0.300 0.660 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696139 2 0.0653 0.8921 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696140 2 0.0458 0.8908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696142 2 0.2462 0.8684 0.012 0.892 0.000 0.032 0.000 0.064
#> SRR1696141 2 0.0870 0.8918 0.012 0.972 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696143 2 0.0993 0.8896 0.012 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696144 2 0.3744 0.7422 0.052 0.764 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696146 6 0.3377 0.5596 0.136 0.000 0.056 0.000 0.000 0.808
#> SRR1696145 6 0.3202 0.5577 0.144 0.000 0.040 0.000 0.000 0.816
#> SRR1696148 2 0.1913 0.8649 0.000 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> SRR1696147 2 0.1349 0.8798 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1696149 2 0.1500 0.8853 0.052 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696150 2 0.0909 0.8931 0.012 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696151 2 0.1088 0.8906 0.024 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696152 2 0.0603 0.8919 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696153 2 0.0405 0.8903 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696154 2 0.1829 0.8778 0.000 0.920 0.000 0.024 0.000 0.056
#> SRR1696155 2 0.1333 0.8810 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR1696156 2 0.0622 0.8908 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696157 2 0.1649 0.8858 0.032 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696158 2 0.1225 0.8836 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1696159 2 0.4377 0.4138 0.436 0.540 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696160 2 0.3368 0.7678 0.232 0.756 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696161 2 0.0820 0.8890 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1696162 2 0.0260 0.8901 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696163 2 0.1829 0.8839 0.036 0.928 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1696164 2 0.1605 0.8873 0.016 0.940 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1696165 2 0.1531 0.8747 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1696166 2 0.4066 0.6239 0.036 0.692 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1696167 4 0.0653 0.8558 0.012 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1696169 2 0.1501 0.8807 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.2263 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.048 0.000 0.056
#> SRR1696171 2 0.0458 0.8895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696170 2 0.3172 0.8456 0.100 0.844 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1696172 2 0.1592 0.8863 0.008 0.940 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR1696173 2 0.1462 0.8818 0.008 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696174 2 0.0935 0.8879 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696176 2 0.0993 0.8912 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696175 2 0.3534 0.8019 0.076 0.800 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696177 2 0.1863 0.8694 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.2164 0.8735 0.068 0.900 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696179 2 0.0603 0.8913 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696180 2 0.1906 0.8838 0.036 0.924 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1696181 2 0.4438 0.6217 0.328 0.628 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696182 2 0.4344 0.6564 0.304 0.652 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696183 2 0.4530 0.5733 0.356 0.600 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696184 2 0.4272 0.6753 0.288 0.668 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696185 1 0.3266 0.3016 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1696186 6 0.3636 0.2935 0.004 0.000 0.320 0.000 0.000 0.676
#> SRR1696187 4 0.1957 0.8215 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.5176 0.4003 0.560 0.040 0.000 0.376 0.012 0.012
#> SRR1696188 4 0.0000 0.8535 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.5445 0.4893 0.584 0.116 0.000 0.288 0.000 0.012
#> SRR1696191 2 0.5902 0.2104 0.000 0.524 0.000 0.068 0.060 0.348
#> SRR1696192 6 0.4481 0.1756 0.004 0.336 0.000 0.028 0.004 0.628
#> SRR1696193 4 0.0000 0.8535 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.1082 0.8546 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696195 4 0.0000 0.8535 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0146 0.8525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.2003 0.8571 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696198 3 0.2003 0.8571 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696199 4 0.1714 0.8338 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0146 0.8543 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.1049 0.8333 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1696202 4 0.1501 0.8420 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696203 4 0.2135 0.8096 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1696205 4 0.3945 0.3611 0.380 0.000 0.000 0.612 0.000 0.008
#> SRR1696204 4 0.1765 0.8005 0.000 0.052 0.000 0.924 0.000 0.024
#> SRR1696206 1 0.1219 0.5022 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696207 4 0.3982 0.0835 0.460 0.000 0.000 0.536 0.000 0.004
#> SRR1696209 4 0.2597 0.7654 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.4589 0.1959 0.504 0.000 0.000 0.460 0.000 0.036
#> SRR1696208 4 0.0291 0.8519 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696212 4 0.0000 0.8535 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 4 0.1863 0.8267 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.2454 0.6470 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0837 0.8476 0.004 0.020 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696215 4 0.0405 0.8515 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1696217 4 0.0405 0.8505 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696216 1 0.4392 0.5268 0.628 0.000 0.000 0.332 0.000 0.040
#> SRR1696218 4 0.3290 0.6576 0.252 0.000 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1696219 4 0.1116 0.8403 0.008 0.028 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696220 4 0.1194 0.8454 0.032 0.008 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696221 4 0.6624 -0.0598 0.192 0.304 0.000 0.460 0.004 0.040
#> SRR1696222 4 0.5573 0.2448 0.072 0.268 0.000 0.608 0.000 0.052
#> SRR1696224 4 0.0146 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696223 4 0.0692 0.8534 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR1696225 4 0.2748 0.6830 0.000 0.128 0.000 0.848 0.000 0.024
#> SRR1696227 4 0.1204 0.8491 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.3331 0.3917 0.808 0.160 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1696228 4 0.3163 0.6913 0.232 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004
#> SRR1696229 4 0.0146 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696232 4 0.1082 0.8523 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696231 4 0.2994 0.7253 0.208 0.000 0.000 0.788 0.000 0.004
#> SRR1696230 4 0.3489 0.5951 0.288 0.000 0.000 0.708 0.000 0.004
#> SRR1696233 4 0.0146 0.8525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696235 4 0.2146 0.8215 0.116 0.000 0.000 0.880 0.004 0.000
#> SRR1696234 4 0.0622 0.8473 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696236 4 0.0146 0.8543 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.1082 0.8538 0.040 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1696238 4 0.1390 0.8391 0.032 0.016 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1696239 4 0.5267 0.0914 0.404 0.024 0.000 0.528 0.004 0.040
#> SRR1696240 4 0.3479 0.7366 0.172 0.008 0.000 0.796 0.004 0.020
#> SRR1696241 1 0.2538 0.5566 0.892 0.008 0.012 0.068 0.000 0.020
#> SRR1696244 4 0.1471 0.8460 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1696243 4 0.2003 0.8186 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.4864 0.4925 0.216 0.044 0.000 0.696 0.004 0.040
#> SRR1696245 4 0.3940 0.4404 0.348 0.000 0.000 0.640 0.000 0.012
#> SRR1696246 4 0.2135 0.8104 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1696247 4 0.1501 0.8416 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696248 4 0.2969 0.7050 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1696249 4 0.3774 0.4952 0.328 0.000 0.000 0.664 0.000 0.008
#> SRR1696250 4 0.0405 0.8546 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1696252 4 0.2178 0.8064 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2651 0.5368 0.860 0.000 0.000 0.028 0.000 0.112
#> SRR1696251 4 0.4218 0.2711 0.400 0.000 0.000 0.584 0.004 0.012
#> SRR1696254 4 0.1556 0.8399 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696255 4 0.1327 0.8465 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696256 4 0.1501 0.8435 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696258 4 0.2597 0.7654 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.2121 0.5218 0.892 0.000 0.000 0.012 0.000 0.096
#> SRR1696260 4 0.1350 0.8309 0.000 0.020 0.000 0.952 0.008 0.020
#> SRR1696259 4 0.1350 0.8309 0.000 0.020 0.000 0.952 0.008 0.020
#> SRR1696261 1 0.3770 0.4197 0.728 0.000 0.000 0.028 0.000 0.244
#> SRR1696262 1 0.3773 0.4836 0.752 0.000 0.000 0.044 0.000 0.204
#> SRR1696263 4 0.2597 0.7652 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.4984 -0.1134 0.068 0.000 0.492 0.000 0.000 0.440
#> SRR1696264 4 0.0937 0.8530 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696266 6 0.5034 0.0900 0.072 0.000 0.456 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696267 3 0.3050 0.7373 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696269 4 0.0363 0.8552 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.0865 0.8540 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.0146 0.8543 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.2454 0.8284 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696272 4 0.3136 0.7387 0.188 0.000 0.000 0.796 0.000 0.016
#> SRR1696274 2 0.4725 0.6694 0.284 0.656 0.000 0.012 0.004 0.044
#> SRR1696273 2 0.5191 0.6990 0.228 0.676 0.024 0.000 0.032 0.040
#> SRR1696275 4 0.1148 0.8359 0.000 0.016 0.000 0.960 0.004 0.020
#> SRR1696276 4 0.4482 0.2789 0.384 0.000 0.000 0.580 0.000 0.036
#> SRR1696277 4 0.0146 0.8525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.4926 0.4042 0.540 0.000 0.000 0.392 0.000 0.068
#> SRR1696278 4 0.2393 0.8307 0.092 0.020 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1696280 4 0.1556 0.8399 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.2432 0.7647 0.024 0.080 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1696282 1 0.5061 0.3006 0.496 0.000 0.000 0.428 0.000 0.076
#> SRR1696283 2 0.5804 0.5912 0.268 0.608 0.000 0.060 0.020 0.044
#> SRR1696286 4 0.2118 0.8296 0.104 0.000 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1696284 1 0.4159 0.5554 0.776 0.024 0.008 0.148 0.000 0.044
#> SRR1696287 2 0.3394 0.7637 0.000 0.804 0.000 0.144 0.000 0.052
#> SRR1696285 4 0.0000 0.8535 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2030 0.7809 0.000 0.064 0.000 0.908 0.000 0.028
#> SRR1696290 4 0.1564 0.8128 0.000 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> SRR1696291 6 0.3775 0.5381 0.092 0.000 0.128 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696289 2 0.2999 0.7971 0.000 0.840 0.000 0.112 0.000 0.048
#> SRR1696292 6 0.3876 0.5456 0.108 0.000 0.120 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696293 4 0.0653 0.8480 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> SRR1696294 4 0.1036 0.8391 0.000 0.008 0.000 0.964 0.004 0.024
#> SRR1696295 4 0.3023 0.6936 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.0632 0.8548 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.3274 0.5807 0.824 0.000 0.000 0.080 0.000 0.096
#> SRR1696298 4 0.0632 0.8548 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.4363 0.4635 0.000 0.636 0.000 0.324 0.000 0.040
#> SRR1696301 4 0.3874 0.4246 0.356 0.000 0.000 0.636 0.000 0.008
#> SRR1696300 2 0.4831 0.2812 0.000 0.548 0.000 0.392 0.000 0.060
#> SRR1696303 4 0.1644 0.7854 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1696302 4 0.2135 0.8102 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0363 0.8501 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.5576 0.6386 0.248 0.640 0.000 0.032 0.040 0.040
#> SRR1696306 2 0.4337 0.7173 0.248 0.700 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1696307 4 0.1010 0.8535 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000
#> SRR1696309 4 0.1471 0.8467 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1696310 4 0.0146 0.8525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0458 0.8484 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.5004 0.3926 0.620 0.000 0.000 0.080 0.008 0.292
#> SRR1696314 4 0.1320 0.8238 0.000 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1696312 6 0.3371 0.4913 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1696313 1 0.2294 0.5819 0.892 0.000 0.000 0.072 0.000 0.036
#> SRR1696315 1 0.3254 0.5983 0.820 0.000 0.000 0.124 0.000 0.056
#> SRR1696316 4 0.0790 0.8552 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696317 4 0.2946 0.7533 0.184 0.000 0.000 0.808 0.004 0.004
#> SRR1696318 4 0.1219 0.8509 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR1696319 1 0.5386 0.4459 0.512 0.000 0.000 0.368 0.000 0.120
#> SRR1696320 4 0.0458 0.8554 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.0436 0.8511 0.000 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1696321 4 0.4703 0.1286 0.408 0.000 0.000 0.544 0.000 0.048
#> SRR1696324 4 0.0858 0.8543 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR1696323 1 0.4919 0.4135 0.544 0.000 0.000 0.388 0.000 0.068
#> SRR1696326 4 0.1285 0.8498 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR1696325 1 0.2651 0.5358 0.860 0.000 0.000 0.028 0.000 0.112
#> SRR1696327 1 0.1152 0.5110 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1696328 4 0.0146 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696329 4 0.0717 0.8452 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1696330 4 0.3885 0.4811 0.000 0.220 0.000 0.736 0.000 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.984 0.134 0.876 0.876
#> 3 3 0.998 0.964 0.969 0.175 0.998 0.998
#> 4 4 0.930 0.955 0.952 0.224 0.934 0.925
#> 5 5 0.709 0.935 0.940 0.315 1.000 1.000
#> 6 6 0.570 0.492 0.852 0.430 0.890 0.863
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696029 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696031 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696032 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696033 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696034 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696040 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696042 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696044 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696045 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696046 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696047 2 0.6623 0.816 0.172 0.828
#> SRR1696048 2 0.6623 0.816 0.172 0.828
#> SRR1696050 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696051 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696052 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696053 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696057 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696049 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696059 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696058 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696060 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696061 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696062 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696063 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696064 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696065 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696069 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696070 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696071 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696073 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696074 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696075 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696076 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696077 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696078 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696079 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696081 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696082 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696084 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696085 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696086 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696087 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696088 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696091 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696089 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696092 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696094 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696093 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696096 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696097 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696098 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696099 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696100 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696102 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696103 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696104 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696105 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696107 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696108 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696106 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696110 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696109 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696111 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696112 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696114 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696116 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696117 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696121 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696122 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696125 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696124 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696123 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696126 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696130 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696131 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696133 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696132 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696135 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696134 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696136 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696137 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696140 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696142 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696141 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696143 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696144 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696146 1 0.4431 0.955 0.908 0.092
#> SRR1696145 1 0.4431 0.955 0.908 0.092
#> SRR1696148 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696147 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696149 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696150 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696151 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696152 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696153 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696154 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696155 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696156 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696157 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696159 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696161 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696162 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696163 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696164 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696165 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696166 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696167 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696169 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696168 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696171 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696170 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696172 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696173 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696174 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696176 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696175 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696178 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696179 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR1696180 2 0.2043 0.979 0.032 0.968
#> SRR1696181 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696182 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696183 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696184 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696185 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696186 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696187 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696189 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696188 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696191 2 0.6623 0.816 0.172 0.828
#> SRR1696192 2 0.6623 0.816 0.172 0.828
#> SRR1696193 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696200 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696202 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696203 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696205 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696204 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696206 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696207 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696209 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696210 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696208 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696211 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696215 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696217 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696216 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696218 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696220 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696221 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> SRR1696224 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696223 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696225 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1696227 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696226 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696228 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696229 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696230 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696233 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696234 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696244 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696243 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696245 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696246 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696247 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696248 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696249 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696250 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696252 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696253 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696251 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696254 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696255 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696256 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696258 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696257 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696260 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696259 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696261 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696262 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696263 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696265 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696264 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696266 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696267 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696269 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696270 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.3879 0.966 0.924 0.076
#> SRR1696272 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696276 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696277 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696279 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696280 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696281 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696282 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696284 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696290 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696291 1 0.4431 0.955 0.908 0.092
#> SRR1696289 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696292 1 0.4431 0.955 0.908 0.092
#> SRR1696293 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696294 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696295 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696297 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696298 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696299 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696301 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696300 2 0.2236 0.976 0.036 0.964
#> SRR1696303 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1696302 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696306 2 0.1843 0.981 0.028 0.972
#> SRR1696307 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696309 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696310 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696308 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696311 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696314 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1696312 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696313 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696315 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696316 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696317 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696318 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696319 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696320 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696322 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696321 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696324 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696323 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696326 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696325 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696327 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696328 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1696329 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
#> SRR1696330 2 0.1414 0.983 0.020 0.980
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696029 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696030 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696031 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696032 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696033 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696034 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696035 1 0.1031 0.981 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696036 1 0.1031 0.981 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696037 1 0.1031 0.981 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696039 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696038 1 0.1031 0.981 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696040 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696041 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696042 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696043 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696044 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696045 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696046 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696047 2 0.5119 0.808 0.160 0.812 0.028
#> SRR1696048 2 0.5119 0.808 0.160 0.812 0.028
#> SRR1696050 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696051 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696052 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696053 1 0.0592 0.981 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696054 1 0.0592 0.981 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696055 2 0.0829 0.976 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696057 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696049 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696056 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696059 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696058 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696060 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696061 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696062 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696063 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696064 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696065 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696066 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696067 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696068 2 0.0829 0.976 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696069 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696070 2 0.0592 0.976 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696071 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696072 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696073 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696074 2 0.0661 0.977 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696075 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696076 2 0.0829 0.976 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696077 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696078 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696079 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696080 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696081 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696083 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696082 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696084 2 0.1399 0.973 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696085 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696086 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696087 2 0.1031 0.974 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696088 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696091 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696089 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696090 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696092 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696094 2 0.0592 0.976 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696093 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696095 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696096 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696097 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696098 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696099 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696100 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696102 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696103 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696104 2 0.1031 0.974 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696105 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696107 2 0.0892 0.974 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696108 2 0.0829 0.976 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696106 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696110 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696109 2 0.0892 0.975 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696111 2 0.0829 0.976 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696112 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696114 2 0.1267 0.974 0.024 0.972 0.004
#> SRR1696113 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696115 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696116 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696117 2 0.0848 0.976 0.008 0.984 0.008
#> SRR1696118 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696119 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696120 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696121 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696122 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696125 2 0.0661 0.977 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696124 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696123 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696126 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696127 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696128 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696129 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696130 2 0.0661 0.977 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696131 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696133 2 0.0892 0.974 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696132 2 0.0892 0.975 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696135 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696134 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696136 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696137 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696138 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696139 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696140 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696142 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696141 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696143 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696144 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696146 3 0.4047 0.963 0.148 0.004 0.848
#> SRR1696145 3 0.4047 0.963 0.148 0.004 0.848
#> SRR1696148 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696147 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696149 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696150 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696151 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696152 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696153 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696154 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696155 2 0.0892 0.974 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696156 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696157 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696158 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696159 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696160 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696161 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696162 2 0.1399 0.973 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696163 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696164 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696165 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696166 2 0.0892 0.975 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696167 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696169 2 0.0592 0.976 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696168 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696171 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696170 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696172 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696173 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696174 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696176 2 0.1031 0.974 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696177 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696178 2 0.1163 0.972 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696179 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696180 2 0.1289 0.971 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696181 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696182 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696183 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696184 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696185 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696186 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696187 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696189 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696188 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696191 2 0.5119 0.808 0.160 0.812 0.028
#> SRR1696192 2 0.5119 0.808 0.160 0.812 0.028
#> SRR1696193 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696195 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696196 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 1 0.0592 0.981 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696198 1 0.0592 0.981 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696199 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696200 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0592 0.976 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696202 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696203 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696205 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696204 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696206 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696207 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696209 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696210 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696208 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696213 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696214 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696215 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696217 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696216 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696218 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696219 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696220 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696221 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696222 2 0.0747 0.976 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696223 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0592 0.976 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696227 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696226 2 0.0475 0.977 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696228 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696229 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696231 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696230 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696233 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696235 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696234 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696237 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696238 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696239 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696240 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696241 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696244 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696243 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696242 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696245 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696246 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696247 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696248 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696249 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696250 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696252 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696253 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696251 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696254 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696255 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696256 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696258 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696257 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696260 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696259 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696261 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696262 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696263 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696265 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696264 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696266 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696267 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696269 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696271 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696270 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.4409 0.981 0.172 0.004 0.824
#> SRR1696272 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696274 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696273 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696275 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696277 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696279 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696278 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696280 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696281 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696282 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696283 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696286 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696284 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696287 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696288 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696290 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696291 3 0.4047 0.963 0.148 0.004 0.848
#> SRR1696289 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696292 3 0.4047 0.963 0.148 0.004 0.848
#> SRR1696293 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696294 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696295 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696296 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696297 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696298 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696299 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696301 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696300 2 0.1411 0.969 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696303 2 0.0424 0.976 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696302 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696304 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696306 2 0.1163 0.973 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696307 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696309 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696310 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696314 2 0.0237 0.977 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696312 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696313 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696315 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696316 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696317 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696318 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696319 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696320 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696322 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696321 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696324 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696323 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696326 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696325 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696327 2 0.0424 0.975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696328 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.0892 0.975 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696330 2 0.0892 0.975 0.020 0.980 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696029 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696030 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696031 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696032 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696033 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696034 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696035 4 0.0524 0.851 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1696036 4 0.0524 0.851 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1696037 4 0.0524 0.851 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1696039 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696038 4 0.0524 0.851 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1696040 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696041 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696042 1 0.5204 1.000 0.612 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696043 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696044 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696045 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696046 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696047 2 0.4315 0.658 0.012 0.816 0.028 0.144
#> SRR1696048 2 0.4315 0.658 0.012 0.816 0.028 0.144
#> SRR1696050 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696051 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696052 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696053 4 0.5498 0.850 0.352 0.004 0.020 0.624
#> SRR1696054 4 0.5498 0.850 0.352 0.004 0.020 0.624
#> SRR1696055 2 0.0657 0.967 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696057 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696049 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696056 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696059 2 0.0657 0.966 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696058 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696060 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696061 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696062 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696063 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696064 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696065 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696066 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696067 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696068 2 0.0657 0.967 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696069 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696070 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696071 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696072 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696073 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696074 2 0.0524 0.966 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696075 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696076 2 0.0657 0.967 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696078 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696079 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696080 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696081 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696083 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696082 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696084 2 0.1004 0.962 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1696085 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696086 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696087 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696088 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696091 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696089 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696090 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696092 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696094 2 0.0469 0.966 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696093 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696095 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696096 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696097 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696098 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696099 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696100 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696102 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696103 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696104 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696105 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696107 2 0.0592 0.963 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696108 2 0.0657 0.967 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696106 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696110 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696109 2 0.0707 0.965 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696111 2 0.0657 0.967 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696112 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696114 2 0.1004 0.964 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1696113 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696115 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696116 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696117 2 0.0927 0.964 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696118 2 0.1042 0.958 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696119 2 0.1042 0.958 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696120 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696121 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696122 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696125 2 0.0524 0.966 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696124 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696123 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696126 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696127 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696128 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696129 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696130 2 0.0524 0.966 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696131 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696133 2 0.0592 0.963 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696132 2 0.0592 0.964 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696135 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696134 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696136 2 0.0657 0.966 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696137 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696138 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696139 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696140 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696142 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696141 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696143 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696144 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696146 3 0.0469 0.967 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696145 3 0.0469 0.967 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696148 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696147 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696149 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696150 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696151 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696152 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696153 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696154 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696155 2 0.0592 0.963 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696156 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696157 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696158 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696159 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696160 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696161 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696162 2 0.1004 0.962 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1696163 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696164 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696165 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696166 2 0.0592 0.964 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696167 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696169 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696168 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696171 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696170 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696172 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696173 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696174 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696176 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696175 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696177 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696178 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696179 2 0.0707 0.962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696180 2 0.0921 0.958 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696181 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696182 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696183 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696184 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696185 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696186 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696187 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696189 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696188 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696190 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696191 2 0.4315 0.658 0.012 0.816 0.028 0.144
#> SRR1696192 2 0.4315 0.658 0.012 0.816 0.028 0.144
#> SRR1696193 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696194 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696195 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696196 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696197 4 0.5498 0.850 0.352 0.004 0.020 0.624
#> SRR1696198 4 0.5498 0.850 0.352 0.004 0.020 0.624
#> SRR1696199 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696200 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696201 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696202 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696203 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696205 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696204 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696207 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696209 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696210 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696208 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696212 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696211 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696213 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696214 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696217 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696218 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696219 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696221 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696222 2 0.0469 0.965 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696224 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696223 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696225 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696227 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696226 2 0.0937 0.964 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1696228 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696229 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696232 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696231 2 0.1042 0.957 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696230 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696233 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696235 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696234 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696236 2 0.0524 0.965 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696237 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696238 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696239 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696240 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696241 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696244 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696243 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696242 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696245 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696246 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696247 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696248 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696249 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696250 2 0.0376 0.966 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696252 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696253 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696251 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696254 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696255 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696256 2 0.0672 0.963 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696258 2 0.1042 0.957 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696257 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696260 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696259 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696261 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696262 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696263 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696265 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696264 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696266 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696267 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696269 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696271 2 0.0804 0.962 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696270 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696268 3 0.0921 0.984 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696272 2 0.0804 0.962 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696274 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696273 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696275 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696276 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696277 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696279 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696278 2 0.0672 0.963 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696280 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696281 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696283 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696286 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696284 2 0.1004 0.957 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1696287 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696285 2 0.0524 0.964 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696288 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696291 3 0.0469 0.967 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696289 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696292 3 0.0469 0.967 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696293 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696294 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696295 2 0.0804 0.962 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696296 2 0.0804 0.962 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696297 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696298 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696299 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696301 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696300 2 0.1022 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696303 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696302 2 0.1042 0.957 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696304 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696305 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696306 2 0.0817 0.961 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696307 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696309 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696310 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696311 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696314 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696313 2 0.1151 0.955 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696315 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696316 2 0.0672 0.964 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696317 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696318 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696319 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696320 2 0.0336 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696322 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696321 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696324 2 0.0927 0.960 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1696323 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696326 2 0.1151 0.954 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696325 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696327 2 0.1256 0.951 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696328 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696329 2 0.0592 0.964 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696330 2 0.0592 0.964 0.000 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696029 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696030 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696031 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696032 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696033 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696034 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696035 4 0.3267 1.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044
#> SRR1696036 4 0.3267 1.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044
#> SRR1696037 4 0.3267 1.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044
#> SRR1696039 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696038 4 0.3267 1.000 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044
#> SRR1696040 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696041 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696042 5 0.1121 1.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696043 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696044 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696045 2 0.0798 0.945 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696046 2 0.0798 0.945 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696047 2 0.3689 0.818 0.144 0.816 0.032 0.008 0.000
#> SRR1696048 2 0.3689 0.818 0.144 0.816 0.032 0.008 0.000
#> SRR1696050 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696051 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696052 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696053 1 0.0162 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696054 1 0.0162 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696055 2 0.0798 0.947 0.008 0.976 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696057 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696049 2 0.0880 0.943 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696056 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696059 2 0.0955 0.945 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696058 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696060 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696061 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696062 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696063 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696064 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696065 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696066 2 0.0963 0.942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696067 2 0.0963 0.942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696068 2 0.0579 0.947 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696069 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696070 2 0.0290 0.946 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696072 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696073 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696074 2 0.0566 0.946 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696075 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696076 2 0.0579 0.947 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696077 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696078 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696079 2 0.0880 0.943 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696080 2 0.0671 0.944 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696081 2 0.0880 0.943 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696083 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696082 2 0.0671 0.944 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696084 2 0.0898 0.945 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696085 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696086 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696087 2 0.0609 0.945 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696091 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696089 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696090 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696092 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696094 2 0.0579 0.947 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696093 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696095 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696096 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696097 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696098 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696099 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696100 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696102 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696103 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696104 2 0.0671 0.945 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696105 2 0.0671 0.944 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696107 2 0.0510 0.945 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0579 0.947 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696106 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696110 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696109 2 0.0912 0.947 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696111 2 0.0693 0.947 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696112 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696114 2 0.0912 0.946 0.016 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696113 2 0.0880 0.943 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696115 2 0.0703 0.944 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696117 2 0.2233 0.918 0.004 0.892 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696118 2 0.2127 0.914 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696119 2 0.2127 0.914 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696120 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0955 0.945 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696124 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696123 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696126 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696127 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696128 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696129 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696130 2 0.0566 0.946 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696131 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696133 2 0.0510 0.945 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0671 0.946 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696135 2 0.0703 0.945 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696134 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696136 2 0.1124 0.944 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696137 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696138 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696139 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696140 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696142 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696141 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696143 2 0.0798 0.946 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696144 2 0.0798 0.946 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696147 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696149 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696150 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696151 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696152 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696153 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696154 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696155 2 0.0510 0.945 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696157 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696158 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696159 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696160 2 0.0609 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696161 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0898 0.945 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696163 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696164 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696165 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696166 2 0.0510 0.945 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696169 2 0.0579 0.947 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696168 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696171 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696170 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696172 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696173 2 0.0671 0.947 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696174 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696176 2 0.0671 0.945 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696175 2 0.0963 0.942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696177 2 0.0671 0.944 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696178 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696179 2 0.0671 0.944 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696180 2 0.0865 0.942 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696181 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696182 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696183 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696184 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696185 2 0.2561 0.893 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696186 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.2471 0.897 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696189 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696188 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696190 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696191 2 0.3689 0.818 0.144 0.816 0.032 0.008 0.000
#> SRR1696192 2 0.3689 0.818 0.144 0.816 0.032 0.008 0.000
#> SRR1696193 2 0.0609 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696194 2 0.1544 0.931 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696195 2 0.0963 0.942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696196 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696197 1 0.0162 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696198 1 0.0162 1.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696199 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696200 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696201 2 0.0290 0.946 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 2 0.2377 0.902 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1696203 2 0.2605 0.889 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696205 2 0.2561 0.892 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696207 2 0.2377 0.902 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1696209 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696210 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696208 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696212 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696211 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696213 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.0162 0.946 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 2 0.2605 0.890 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696218 2 0.2424 0.900 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.0162 0.946 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.1270 0.937 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696222 2 0.0404 0.946 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696223 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696225 2 0.0290 0.946 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 2 0.2605 0.889 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696226 2 0.1831 0.930 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696228 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696229 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696232 2 0.1197 0.939 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696231 2 0.2516 0.895 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1696230 2 0.2648 0.887 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696233 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696235 2 0.2329 0.905 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696234 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696236 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696237 2 0.2471 0.897 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696238 2 0.0609 0.945 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696239 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696240 2 0.0963 0.942 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696241 2 0.1043 0.941 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696244 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696243 2 0.2561 0.892 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696242 2 0.0794 0.944 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696245 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696246 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696247 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696248 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696249 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696250 2 0.0963 0.943 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696252 2 0.2516 0.895 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1696253 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696251 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696254 2 0.2329 0.904 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696255 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696256 2 0.1908 0.921 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696258 2 0.2561 0.892 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696257 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696260 2 0.0703 0.944 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696259 2 0.0703 0.944 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696262 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696263 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696265 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.2280 0.908 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696266 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.1341 0.936 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696271 2 0.1965 0.920 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696270 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696268 3 0.1043 0.984 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.1965 0.920 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696274 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696273 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696275 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696276 2 0.2605 0.890 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696277 2 0.0324 0.946 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696279 2 0.2179 0.911 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696278 2 0.1341 0.936 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696280 2 0.2516 0.895 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 2 0.2561 0.893 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696283 2 0.1792 0.924 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696286 2 0.2471 0.897 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696284 2 0.1965 0.919 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696287 2 0.0510 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696285 2 0.1197 0.939 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.0162 0.946 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 2 0.0162 0.946 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 2 0.1671 0.928 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696296 2 0.1410 0.935 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696297 2 0.2648 0.887 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696298 2 0.2179 0.912 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696299 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696301 2 0.2561 0.893 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696300 2 0.0955 0.941 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696303 2 0.0162 0.946 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 2 0.2424 0.900 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1696304 2 0.0510 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696305 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696306 2 0.0771 0.944 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696307 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696309 2 0.2561 0.892 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696310 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696311 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.2471 0.898 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696313 2 0.2648 0.887 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696315 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696316 2 0.1270 0.938 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696317 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696318 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696319 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696320 2 0.1270 0.937 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696322 2 0.0510 0.946 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696321 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696324 2 0.2280 0.908 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696323 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696326 2 0.2648 0.886 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696325 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696327 2 0.2690 0.883 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696328 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696329 2 0.0510 0.946 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.0510 0.946 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696036 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696037 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.0363 0.7479 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696044 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696045 2 0.0146 0.7484 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696046 2 0.0146 0.7484 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696047 2 0.3719 0.4947 0.028 0.820 0.032 0.012 0 0.108
#> SRR1696048 2 0.3719 0.4947 0.028 0.820 0.032 0.012 0 0.108
#> SRR1696050 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696051 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696052 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696053 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696054 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696055 2 0.0937 0.7371 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696057 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696049 2 0.1765 0.6828 0.096 0.904 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696056 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696059 2 0.1444 0.7127 0.072 0.928 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696058 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696060 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696061 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696062 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696063 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696064 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696065 2 0.1714 0.6884 0.092 0.908 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696066 2 0.1910 0.6644 0.108 0.892 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696067 2 0.1910 0.6645 0.108 0.892 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696068 2 0.0937 0.7368 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696069 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696070 2 0.0937 0.7387 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696071 2 0.1556 0.7004 0.080 0.920 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696072 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696073 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696074 2 0.1327 0.7201 0.064 0.936 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696075 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696076 2 0.0790 0.7412 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696077 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696078 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696079 2 0.1863 0.6706 0.104 0.896 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696080 2 0.0146 0.7476 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696081 2 0.1765 0.6828 0.096 0.904 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696083 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696082 2 0.0146 0.7476 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696084 2 0.0260 0.7481 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696085 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696086 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696087 2 0.0260 0.7482 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696088 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696091 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696089 2 0.1663 0.6902 0.088 0.912 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696090 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696092 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696094 2 0.1007 0.7359 0.044 0.956 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696093 2 0.1910 0.6653 0.108 0.892 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696095 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696096 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696097 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696098 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696099 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696100 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696102 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696104 2 0.0260 0.7483 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.7479 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696107 2 0.0363 0.7476 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696108 2 0.0865 0.7391 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696106 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696109 2 0.0865 0.7397 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696111 2 0.1007 0.7364 0.044 0.956 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696112 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696114 2 0.0458 0.7480 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696113 2 0.1863 0.6711 0.104 0.896 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696115 2 0.0458 0.7470 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696116 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696117 2 0.3647 -0.4455 0.360 0.640 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696118 2 0.3706 -0.5261 0.380 0.620 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696119 2 0.3706 -0.5261 0.380 0.620 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696120 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696121 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696122 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696125 2 0.1610 0.6975 0.084 0.916 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696124 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696123 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696126 2 0.0692 0.7479 0.020 0.976 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696127 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696128 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696129 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696130 2 0.1267 0.7235 0.060 0.940 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696131 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696133 2 0.0363 0.7476 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696132 2 0.0790 0.7453 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696135 2 0.1501 0.7049 0.076 0.924 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696134 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696136 2 0.1863 0.6689 0.104 0.896 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696137 2 0.3620 -0.4132 0.352 0.648 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696138 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696139 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696140 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696142 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696141 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696143 2 0.0363 0.7486 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696144 2 0.0363 0.7486 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.6094 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.6094 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696148 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696147 2 0.0260 0.7463 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696149 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696150 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696151 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696152 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696153 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696154 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696155 2 0.0363 0.7476 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696156 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696157 2 0.1863 0.6712 0.104 0.896 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696158 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696159 2 0.2003 0.6517 0.116 0.884 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696160 2 0.1387 0.7132 0.068 0.932 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696161 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696162 2 0.0260 0.7481 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696163 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696164 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696165 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696166 2 0.0458 0.7481 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696167 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696169 2 0.0937 0.7372 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696168 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696171 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696170 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696172 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696173 2 0.1444 0.7106 0.072 0.928 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696174 2 0.0260 0.7465 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696176 2 0.0458 0.7485 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696175 2 0.1910 0.6644 0.108 0.892 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.7479 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696178 2 0.0146 0.7475 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.7479 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696180 2 0.0363 0.7447 0.012 0.988 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696181 2 0.1327 0.7218 0.064 0.936 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696182 2 0.1327 0.7218 0.064 0.936 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696183 2 0.1327 0.7218 0.064 0.936 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696184 2 0.1327 0.7218 0.064 0.936 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696185 2 0.3860 -0.8928 0.472 0.528 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696186 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696187 2 0.3789 -0.7028 0.416 0.584 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696189 2 0.0146 0.7481 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696188 2 0.1267 0.7260 0.060 0.940 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696190 2 0.0146 0.7481 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696191 2 0.3719 0.4947 0.028 0.820 0.032 0.012 0 0.108
#> SRR1696192 2 0.3719 0.4947 0.028 0.820 0.032 0.012 0 0.108
#> SRR1696193 2 0.1714 0.6845 0.092 0.908 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696194 2 0.2527 0.5233 0.168 0.832 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696195 2 0.2048 0.6343 0.120 0.880 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696196 2 0.0937 0.7389 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696197 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696198 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696199 1 0.3869 0.9817 0.500 0.500 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 2 0.1267 0.7260 0.060 0.940 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696201 2 0.0713 0.7439 0.028 0.972 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696202 2 0.3789 -0.7064 0.416 0.584 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 2 0.3862 -0.9137 0.476 0.524 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 2 0.3854 -0.8755 0.464 0.536 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696204 2 0.0937 0.7394 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696206 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696207 2 0.3737 -0.6052 0.392 0.608 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696209 1 0.3868 0.9904 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696210 2 0.3867 -0.9469 0.488 0.512 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696208 2 0.1204 0.7292 0.056 0.944 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696212 2 0.1863 0.6631 0.104 0.896 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696211 2 0.3868 -0.9726 0.496 0.504 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 2 0.2003 0.6447 0.116 0.884 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696214 2 0.0865 0.7407 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696215 2 0.0790 0.7425 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696217 2 0.0937 0.7394 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696216 2 0.3860 -0.8975 0.472 0.528 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696218 2 0.3797 -0.7175 0.420 0.580 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696219 2 0.0865 0.7407 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696220 2 0.0790 0.7427 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696221 2 0.2178 0.6154 0.132 0.868 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696222 2 0.0790 0.7447 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696224 2 0.1141 0.7323 0.052 0.948 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696223 2 0.1141 0.7323 0.052 0.948 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696225 2 0.0713 0.7439 0.028 0.972 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696227 1 0.3869 0.9817 0.500 0.500 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 2 0.3288 0.0691 0.276 0.724 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696228 2 0.3860 -0.8995 0.472 0.528 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696229 2 0.2003 0.6539 0.116 0.884 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696232 2 0.2260 0.6063 0.140 0.860 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696231 2 0.3817 -0.7654 0.432 0.568 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696230 2 0.3864 -0.9212 0.480 0.520 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696233 2 0.1444 0.7173 0.072 0.928 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696235 2 0.3810 -0.7503 0.428 0.572 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696234 2 0.1204 0.7292 0.056 0.944 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696236 2 0.2092 0.6266 0.124 0.876 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696237 2 0.3838 -0.8219 0.448 0.552 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696238 2 0.1714 0.6887 0.092 0.908 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696239 2 0.1267 0.7218 0.060 0.940 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696240 2 0.1501 0.7070 0.076 0.924 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696241 2 0.1556 0.7042 0.080 0.920 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696244 2 0.3866 -0.9353 0.484 0.516 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 2 0.3864 -0.9253 0.480 0.520 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696242 2 0.1267 0.7221 0.060 0.940 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696245 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696246 2 0.3864 -0.9240 0.480 0.520 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.3868 0.9904 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 2 0.3866 -0.9353 0.484 0.516 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 2 0.2340 0.5766 0.148 0.852 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696252 2 0.3867 -0.9482 0.488 0.512 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696251 1 0.3869 0.9821 0.500 0.500 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 2 0.3851 -0.8640 0.460 0.540 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.3868 0.9904 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 2 0.3428 -0.1224 0.304 0.696 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696258 2 0.3851 -0.8619 0.460 0.540 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696257 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696260 2 0.0458 0.7470 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696259 2 0.0458 0.7470 0.016 0.984 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696261 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696262 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696263 1 0.3868 0.9904 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696264 2 0.3659 -0.4549 0.364 0.636 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696267 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696269 2 0.2378 0.5665 0.152 0.848 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696271 2 0.3309 0.0351 0.280 0.720 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696270 2 0.1075 0.7348 0.048 0.952 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696268 3 0.4401 0.8261 0.464 0.000 0.512 0.000 0 0.024
#> SRR1696272 2 0.3309 0.0351 0.280 0.720 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696274 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696273 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696275 2 0.1141 0.7323 0.052 0.948 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696276 2 0.3851 -0.8603 0.460 0.540 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696277 2 0.1075 0.7351 0.048 0.952 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696279 2 0.3607 -0.3908 0.348 0.652 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696278 2 0.2730 0.4554 0.192 0.808 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696280 2 0.3860 -0.9003 0.472 0.528 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 2 0.0937 0.7391 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696282 2 0.3789 -0.6987 0.416 0.584 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696283 2 0.3592 -0.3800 0.344 0.656 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696286 2 0.3823 -0.7816 0.436 0.564 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696284 2 0.3634 -0.4345 0.356 0.644 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696287 2 0.1204 0.7256 0.056 0.944 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696285 2 0.2092 0.6328 0.124 0.876 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696288 2 0.0937 0.7391 0.040 0.960 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696290 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696291 3 0.0000 0.6094 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696289 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696292 3 0.0000 0.6094 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696293 2 0.0790 0.7425 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696294 2 0.0790 0.7425 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696295 2 0.3175 0.1835 0.256 0.744 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696296 2 0.2697 0.4701 0.188 0.812 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696297 2 0.3864 -0.9229 0.480 0.520 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696298 2 0.3464 -0.1619 0.312 0.688 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696299 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696301 2 0.3868 -0.9593 0.492 0.508 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696300 2 0.0508 0.7429 0.012 0.984 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696303 2 0.0790 0.7425 0.032 0.968 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696302 2 0.3843 -0.8394 0.452 0.548 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 2 0.1444 0.7094 0.072 0.928 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696305 2 0.0146 0.7481 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696306 2 0.0146 0.7481 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696307 2 0.3869 -0.9827 0.500 0.500 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 2 0.3847 -0.8481 0.456 0.544 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 2 0.1075 0.7353 0.048 0.952 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696308 2 0.1141 0.7321 0.052 0.948 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696311 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696314 2 0.0865 0.7407 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696312 2 0.3860 -0.9000 0.472 0.528 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696313 2 0.3857 -0.8840 0.468 0.532 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696315 1 0.3868 0.9887 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696316 2 0.2378 0.5666 0.152 0.848 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696317 2 0.3866 -0.9380 0.484 0.516 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 2 0.3867 -0.9492 0.488 0.512 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 2 0.3868 -0.9714 0.496 0.504 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696320 2 0.2527 0.5269 0.168 0.832 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696322 2 0.1387 0.7185 0.068 0.932 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696321 1 0.3868 0.9888 0.504 0.496 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696324 2 0.3727 -0.5741 0.388 0.612 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696326 2 0.3864 -0.9247 0.480 0.520 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696327 1 0.3868 0.9927 0.508 0.492 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696328 2 0.1204 0.7296 0.056 0.944 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696329 2 0.0935 0.7446 0.032 0.964 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696330 2 0.0935 0.7446 0.032 0.964 0.000 0.000 0 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.340 0.742 0.823 0.354 0.537 0.537
#> 3 3 0.565 0.738 0.857 0.446 0.874 0.776
#> 4 4 0.650 0.713 0.802 0.189 0.873 0.732
#> 5 5 0.678 0.859 0.882 0.104 0.902 0.743
#> 6 6 0.800 0.693 0.877 0.075 0.971 0.909
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 1.0000 -0.22173 0.500 0.500
#> SRR1696029 2 1.0000 -0.22173 0.500 0.500
#> SRR1696030 1 1.0000 0.21043 0.500 0.500
#> SRR1696031 1 0.6712 0.68672 0.824 0.176
#> SRR1696032 1 0.6712 0.68672 0.824 0.176
#> SRR1696033 1 0.6712 0.68672 0.824 0.176
#> SRR1696034 1 0.6712 0.68672 0.824 0.176
#> SRR1696035 2 0.6887 0.36999 0.184 0.816
#> SRR1696036 2 0.6887 0.36999 0.184 0.816
#> SRR1696037 2 0.6887 0.36999 0.184 0.816
#> SRR1696039 1 0.6531 0.68566 0.832 0.168
#> SRR1696038 2 0.6887 0.36999 0.184 0.816
#> SRR1696040 1 0.6531 0.68566 0.832 0.168
#> SRR1696041 1 0.6531 0.68566 0.832 0.168
#> SRR1696042 1 0.6531 0.68566 0.832 0.168
#> SRR1696043 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696044 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696045 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696046 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696047 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696048 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696050 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696051 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696052 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696053 2 0.3584 0.55039 0.068 0.932
#> SRR1696054 2 0.3584 0.55039 0.068 0.932
#> SRR1696055 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696057 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696049 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696056 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696059 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696058 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696060 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696061 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696062 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696063 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696064 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696065 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696066 1 0.9970 -0.44370 0.532 0.468
#> SRR1696067 2 0.9087 0.89147 0.324 0.676
#> SRR1696068 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696069 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696070 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696071 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696072 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696073 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696074 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696075 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696076 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696077 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696078 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696079 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696080 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696081 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696083 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696082 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696084 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696085 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696086 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696087 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696088 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696091 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696089 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696090 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696092 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696094 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696093 2 0.9988 0.59854 0.480 0.520
#> SRR1696095 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696096 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696097 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696098 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696099 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696100 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696102 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696103 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696104 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696105 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696107 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696108 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696106 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696110 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696109 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696111 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696112 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696114 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696113 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696115 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696116 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696117 2 0.9170 0.88230 0.332 0.668
#> SRR1696118 1 0.4690 0.72274 0.900 0.100
#> SRR1696119 1 0.4431 0.73483 0.908 0.092
#> SRR1696120 2 0.9000 0.08479 0.316 0.684
#> SRR1696121 2 0.4022 0.56590 0.080 0.920
#> SRR1696122 2 0.4161 0.56154 0.084 0.916
#> SRR1696125 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696124 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696123 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696126 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696127 2 0.9000 0.89145 0.316 0.684
#> SRR1696128 2 0.9044 0.88901 0.320 0.680
#> SRR1696129 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696130 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696131 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696133 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696132 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696135 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696134 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696136 1 0.9460 0.00747 0.636 0.364
#> SRR1696137 2 0.9000 0.89145 0.316 0.684
#> SRR1696138 2 0.9000 0.89145 0.316 0.684
#> SRR1696139 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696140 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696142 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696141 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696143 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696144 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696146 1 0.9358 0.54647 0.648 0.352
#> SRR1696145 1 0.9358 0.54647 0.648 0.352
#> SRR1696148 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696147 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696149 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696150 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696151 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696152 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696153 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696154 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696155 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696156 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696157 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696158 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696159 1 0.9248 0.12593 0.660 0.340
#> SRR1696160 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696161 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696162 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696163 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696164 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696165 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696166 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696167 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696169 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696168 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696171 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696170 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696172 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696173 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696174 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696176 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696175 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696177 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696178 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696179 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696180 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696181 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696182 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696183 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696184 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696185 1 0.3114 0.78451 0.944 0.056
#> SRR1696186 2 0.6887 0.40947 0.184 0.816
#> SRR1696187 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696188 2 0.9977 0.67076 0.472 0.528
#> SRR1696190 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696191 2 0.8608 0.85245 0.284 0.716
#> SRR1696192 2 0.8608 0.85245 0.284 0.716
#> SRR1696193 2 0.9988 0.65217 0.480 0.520
#> SRR1696194 1 0.7674 0.46709 0.776 0.224
#> SRR1696195 1 0.9323 -0.01463 0.652 0.348
#> SRR1696196 2 0.9909 0.72736 0.444 0.556
#> SRR1696197 2 0.3584 0.55039 0.068 0.932
#> SRR1696198 2 0.3584 0.55039 0.068 0.932
#> SRR1696199 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696201 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696202 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696206 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.9909 0.72736 0.444 0.556
#> SRR1696212 1 0.8327 0.35000 0.736 0.264
#> SRR1696211 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.9970 -0.51559 0.532 0.468
#> SRR1696214 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696215 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696217 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696216 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.9944 0.70450 0.456 0.544
#> SRR1696220 2 0.9833 0.76148 0.424 0.576
#> SRR1696221 1 0.8207 0.37590 0.744 0.256
#> SRR1696222 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696224 1 0.8608 0.25235 0.716 0.284
#> SRR1696223 1 0.2236 0.80853 0.964 0.036
#> SRR1696225 2 0.9775 0.77980 0.412 0.588
#> SRR1696227 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4939 0.72237 0.892 0.108
#> SRR1696228 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.9129 0.09077 0.672 0.328
#> SRR1696232 1 0.8909 0.18208 0.692 0.308
#> SRR1696231 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.9944 -0.47773 0.544 0.456
#> SRR1696235 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696236 1 0.9209 0.04996 0.664 0.336
#> SRR1696237 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696239 1 1.0000 -0.61251 0.500 0.500
#> SRR1696240 1 0.2603 0.79889 0.956 0.044
#> SRR1696241 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696245 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696259 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696261 1 0.5059 0.73420 0.888 0.112
#> SRR1696262 1 0.4562 0.75008 0.904 0.096
#> SRR1696263 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.9732 -0.16963 0.404 0.596
#> SRR1696264 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.9732 -0.16963 0.404 0.596
#> SRR1696267 2 0.9710 -0.16057 0.400 0.600
#> SRR1696269 1 0.8081 0.40038 0.752 0.248
#> SRR1696271 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696268 2 0.9286 -0.00124 0.344 0.656
#> SRR1696272 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696274 1 0.8267 0.38257 0.740 0.260
#> SRR1696273 1 0.8267 0.38925 0.740 0.260
#> SRR1696275 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696276 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696279 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.8499 0.30858 0.724 0.276
#> SRR1696280 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.9954 0.69651 0.460 0.540
#> SRR1696282 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.9323 0.01473 0.652 0.348
#> SRR1696286 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0376 0.84076 0.996 0.004
#> SRR1696287 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696285 1 0.4431 0.73391 0.908 0.092
#> SRR1696288 2 0.9209 0.87861 0.336 0.664
#> SRR1696290 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696291 2 0.9866 -0.23898 0.432 0.568
#> SRR1696289 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696292 2 0.9933 -0.28441 0.452 0.548
#> SRR1696293 2 0.9983 0.66224 0.476 0.524
#> SRR1696294 2 0.9881 0.74163 0.436 0.564
#> SRR1696295 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0672 0.83721 0.992 0.008
#> SRR1696297 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696301 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696303 2 0.9815 0.76787 0.420 0.580
#> SRR1696302 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.9970 0.67975 0.468 0.532
#> SRR1696305 2 0.9775 0.77980 0.412 0.588
#> SRR1696306 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
#> SRR1696307 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.9963 0.68850 0.464 0.536
#> SRR1696308 2 0.9970 0.67975 0.468 0.532
#> SRR1696311 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.9775 0.77980 0.412 0.588
#> SRR1696312 1 0.4298 0.74082 0.912 0.088
#> SRR1696313 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.2043 0.81274 0.968 0.032
#> SRR1696322 1 0.9963 -0.51079 0.536 0.464
#> SRR1696321 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.9775 -0.33387 0.588 0.412
#> SRR1696329 2 0.9881 0.74163 0.436 0.564
#> SRR1696330 2 0.9044 0.89577 0.320 0.680
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.9606 0.38016 0.352 0.208 0.440
#> SRR1696029 3 0.9606 0.38016 0.352 0.208 0.440
#> SRR1696030 3 0.9606 0.38016 0.352 0.208 0.440
#> SRR1696031 1 0.7213 0.19576 0.552 0.028 0.420
#> SRR1696032 1 0.7213 0.19576 0.552 0.028 0.420
#> SRR1696033 1 0.7213 0.19576 0.552 0.028 0.420
#> SRR1696034 1 0.7213 0.19576 0.552 0.028 0.420
#> SRR1696035 3 0.7348 0.80957 0.044 0.348 0.608
#> SRR1696036 3 0.7348 0.80957 0.044 0.348 0.608
#> SRR1696037 3 0.7348 0.80957 0.044 0.348 0.608
#> SRR1696039 1 0.6587 0.35833 0.632 0.016 0.352
#> SRR1696038 3 0.7348 0.80957 0.044 0.348 0.608
#> SRR1696040 1 0.6587 0.35833 0.632 0.016 0.352
#> SRR1696041 1 0.6587 0.35833 0.632 0.016 0.352
#> SRR1696042 1 0.6587 0.35833 0.632 0.016 0.352
#> SRR1696043 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.7138 0.71238 0.024 0.436 0.540
#> SRR1696054 3 0.7138 0.71238 0.024 0.436 0.540
#> SRR1696055 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.4291 0.58313 0.180 0.820 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.4399 0.57426 0.188 0.812 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0592 0.85279 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696116 2 0.0592 0.85279 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696117 2 0.0424 0.85303 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696118 1 0.5178 0.55248 0.744 0.256 0.000
#> SRR1696119 1 0.4931 0.60433 0.768 0.232 0.000
#> SRR1696120 3 0.8226 0.81557 0.096 0.320 0.584
#> SRR1696121 3 0.6985 0.77889 0.024 0.384 0.592
#> SRR1696122 3 0.7175 0.78939 0.032 0.376 0.592
#> SRR1696125 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.1647 0.82380 0.004 0.960 0.036
#> SRR1696128 2 0.1647 0.82380 0.004 0.960 0.036
#> SRR1696129 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.6154 0.04259 0.408 0.592 0.000
#> SRR1696137 2 0.1647 0.82380 0.004 0.960 0.036
#> SRR1696138 2 0.1647 0.82380 0.004 0.960 0.036
#> SRR1696139 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.8322 0.55641 0.276 0.120 0.604
#> SRR1696145 3 0.8322 0.55641 0.276 0.120 0.604
#> SRR1696148 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.6215 -0.00844 0.428 0.572 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.1753 0.81612 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.4591 0.74794 0.848 0.120 0.032
#> SRR1696186 3 0.7459 0.79536 0.044 0.372 0.584
#> SRR1696187 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696189 2 0.7552 0.53395 0.168 0.692 0.140
#> SRR1696188 2 0.8703 0.33237 0.284 0.572 0.144
#> SRR1696190 2 0.3896 0.73726 0.008 0.864 0.128
#> SRR1696191 2 0.0237 0.85806 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696192 2 0.0237 0.85806 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696193 2 0.8677 0.34038 0.280 0.576 0.144
#> SRR1696194 1 0.8153 0.57179 0.640 0.216 0.144
#> SRR1696195 1 0.9131 0.24508 0.460 0.396 0.144
#> SRR1696196 2 0.7899 0.49356 0.192 0.664 0.144
#> SRR1696197 3 0.7138 0.71238 0.024 0.436 0.540
#> SRR1696198 3 0.7138 0.71238 0.024 0.436 0.540
#> SRR1696199 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696200 2 0.8650 0.34746 0.276 0.580 0.144
#> SRR1696201 2 0.7102 0.57642 0.132 0.724 0.144
#> SRR1696202 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696203 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696205 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696204 2 0.7163 0.57135 0.136 0.720 0.144
#> SRR1696206 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696207 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696209 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696210 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696208 2 0.8030 0.47533 0.204 0.652 0.144
#> SRR1696212 1 0.8650 0.47219 0.580 0.276 0.144
#> SRR1696211 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696213 2 0.8536 0.38016 0.260 0.596 0.144
#> SRR1696214 2 0.7451 0.54508 0.156 0.700 0.144
#> SRR1696215 2 0.8304 0.42955 0.232 0.624 0.144
#> SRR1696217 2 0.8304 0.42955 0.232 0.624 0.144
#> SRR1696216 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696218 1 0.2774 0.83996 0.920 0.072 0.008
#> SRR1696219 2 0.8072 0.46904 0.208 0.648 0.144
#> SRR1696220 2 0.7661 0.52319 0.172 0.684 0.144
#> SRR1696221 1 0.8374 0.53389 0.616 0.240 0.144
#> SRR1696222 2 0.4261 0.72024 0.012 0.848 0.140
#> SRR1696224 1 0.8902 0.36486 0.536 0.320 0.144
#> SRR1696223 1 0.7661 0.63429 0.684 0.172 0.144
#> SRR1696225 2 0.6975 0.58643 0.124 0.732 0.144
#> SRR1696227 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696226 1 0.5070 0.66270 0.772 0.224 0.004
#> SRR1696228 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696229 1 0.8938 0.37684 0.528 0.328 0.144
#> SRR1696232 1 0.8920 0.38517 0.532 0.324 0.144
#> SRR1696231 1 0.2590 0.84154 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696230 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696233 2 0.8863 0.27920 0.312 0.544 0.144
#> SRR1696235 1 0.3499 0.83128 0.900 0.072 0.028
#> SRR1696234 2 0.8230 0.44306 0.224 0.632 0.144
#> SRR1696236 1 0.9076 0.29951 0.488 0.368 0.144
#> SRR1696237 1 0.5319 0.78315 0.824 0.072 0.104
#> SRR1696238 2 0.8268 0.43717 0.228 0.628 0.144
#> SRR1696239 2 0.9054 0.12440 0.360 0.496 0.144
#> SRR1696240 1 0.6252 0.74292 0.772 0.084 0.144
#> SRR1696241 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696244 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696243 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696242 2 0.7558 0.53449 0.164 0.692 0.144
#> SRR1696245 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696246 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696247 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696248 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696249 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696250 1 0.6001 0.75207 0.784 0.072 0.144
#> SRR1696252 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696253 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696251 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696254 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696255 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696256 1 0.3967 0.82226 0.884 0.072 0.044
#> SRR1696258 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696257 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696260 2 0.7558 0.53422 0.164 0.692 0.144
#> SRR1696259 2 0.7558 0.53422 0.164 0.692 0.144
#> SRR1696261 1 0.3896 0.79082 0.888 0.060 0.052
#> SRR1696262 1 0.3572 0.80271 0.900 0.060 0.040
#> SRR1696263 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696265 3 0.8645 0.78825 0.148 0.268 0.584
#> SRR1696264 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696266 3 0.8645 0.78825 0.148 0.268 0.584
#> SRR1696267 3 0.8625 0.77715 0.156 0.252 0.592
#> SRR1696269 1 0.8408 0.52691 0.612 0.244 0.144
#> SRR1696271 1 0.4836 0.80020 0.848 0.072 0.080
#> SRR1696270 2 0.8304 0.42955 0.232 0.624 0.144
#> SRR1696268 3 0.8262 0.81197 0.104 0.304 0.592
#> SRR1696272 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696274 1 0.9212 0.38063 0.516 0.304 0.180
#> SRR1696273 1 0.9283 0.34840 0.500 0.320 0.180
#> SRR1696275 2 0.8304 0.42955 0.232 0.624 0.144
#> SRR1696276 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696277 2 0.8408 0.40741 0.244 0.612 0.144
#> SRR1696279 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696278 1 0.8938 0.37777 0.528 0.328 0.144
#> SRR1696280 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696281 2 0.8030 0.47539 0.204 0.652 0.144
#> SRR1696282 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696283 1 0.9355 0.31013 0.480 0.340 0.180
#> SRR1696286 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696284 1 0.3649 0.81906 0.896 0.068 0.036
#> SRR1696287 2 0.4748 0.70322 0.024 0.832 0.144
#> SRR1696285 1 0.6486 0.73154 0.760 0.096 0.144
#> SRR1696288 2 0.5913 0.65361 0.068 0.788 0.144
#> SRR1696290 2 0.4063 0.74194 0.020 0.868 0.112
#> SRR1696291 3 0.8556 0.75789 0.164 0.232 0.604
#> SRR1696289 2 0.2711 0.78500 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696292 3 0.8595 0.73606 0.180 0.216 0.604
#> SRR1696293 2 0.8821 0.28921 0.304 0.552 0.144
#> SRR1696294 2 0.8072 0.46909 0.208 0.648 0.144
#> SRR1696295 1 0.4075 0.82084 0.880 0.072 0.048
#> SRR1696296 1 0.6001 0.75207 0.784 0.072 0.144
#> SRR1696297 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696298 1 0.5319 0.78279 0.824 0.072 0.104
#> SRR1696299 2 0.2537 0.79267 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696301 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696300 2 0.2356 0.80016 0.000 0.928 0.072
#> SRR1696303 2 0.7558 0.53449 0.164 0.692 0.144
#> SRR1696302 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696304 2 0.8374 0.41572 0.240 0.616 0.144
#> SRR1696305 2 0.6191 0.64010 0.084 0.776 0.140
#> SRR1696306 2 0.0000 0.86227 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696309 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696310 2 0.8304 0.42955 0.232 0.624 0.144
#> SRR1696308 2 0.8505 0.38684 0.256 0.600 0.144
#> SRR1696311 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696314 2 0.7039 0.58146 0.128 0.728 0.144
#> SRR1696312 1 0.3879 0.74306 0.848 0.152 0.000
#> SRR1696313 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696315 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696316 1 0.6171 0.74620 0.776 0.080 0.144
#> SRR1696317 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696318 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696319 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696320 1 0.6046 0.75316 0.784 0.080 0.136
#> SRR1696322 2 0.9152 -0.13730 0.424 0.432 0.144
#> SRR1696321 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696324 1 0.4075 0.81963 0.880 0.072 0.048
#> SRR1696323 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696326 1 0.2590 0.84204 0.924 0.072 0.004
#> SRR1696325 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696327 1 0.2356 0.84226 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696328 1 0.9125 0.22262 0.464 0.392 0.144
#> SRR1696329 2 0.8230 0.44303 0.224 0.632 0.144
#> SRR1696330 2 0.3267 0.75722 0.000 0.884 0.116
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.6917 0.5411 0.188 0.044 0.664 0.104
#> SRR1696029 3 0.6917 0.5411 0.188 0.044 0.664 0.104
#> SRR1696030 3 0.6917 0.5411 0.188 0.044 0.664 0.104
#> SRR1696031 3 0.6054 0.4955 0.256 0.000 0.656 0.088
#> SRR1696032 3 0.6054 0.4955 0.256 0.000 0.656 0.088
#> SRR1696033 3 0.6054 0.4955 0.256 0.000 0.656 0.088
#> SRR1696034 3 0.6054 0.4955 0.256 0.000 0.656 0.088
#> SRR1696035 3 0.7010 0.7403 0.004 0.100 0.452 0.444
#> SRR1696036 3 0.7010 0.7403 0.004 0.100 0.452 0.444
#> SRR1696037 3 0.7010 0.7403 0.004 0.100 0.452 0.444
#> SRR1696039 3 0.5947 0.4355 0.312 0.000 0.628 0.060
#> SRR1696038 3 0.7010 0.7403 0.004 0.100 0.452 0.444
#> SRR1696040 3 0.5947 0.4355 0.312 0.000 0.628 0.060
#> SRR1696041 3 0.5947 0.4355 0.312 0.000 0.628 0.060
#> SRR1696042 3 0.5947 0.4355 0.312 0.000 0.628 0.060
#> SRR1696043 2 0.1022 0.8704 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696044 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696046 2 0.0592 0.8752 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696047 2 0.0376 0.8757 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696048 2 0.0376 0.8757 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696050 2 0.0592 0.8752 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696051 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696053 3 0.7312 0.7059 0.000 0.152 0.436 0.412
#> SRR1696054 3 0.7312 0.7059 0.000 0.152 0.436 0.412
#> SRR1696055 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696057 2 0.0188 0.8775 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696049 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696056 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696059 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696058 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696060 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696061 2 0.0921 0.8720 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696062 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696066 2 0.4055 0.6979 0.108 0.832 0.000 0.060
#> SRR1696067 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696068 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696069 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696070 2 0.1637 0.8549 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696071 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696072 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696073 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696074 2 0.1557 0.8576 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.1211 0.8671 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696077 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696078 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696079 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696080 2 0.0469 0.8760 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696081 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696083 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696082 2 0.0817 0.8731 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696086 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0592 0.8752 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696091 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696089 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696090 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696092 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696094 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696093 2 0.4590 0.6301 0.148 0.792 0.000 0.060
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696097 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696098 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696102 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0469 0.8760 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696108 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696111 2 0.1557 0.8576 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.1211 0.8671 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696113 2 0.1637 0.8549 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696115 2 0.0657 0.8692 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1696116 2 0.0524 0.8727 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1696117 2 0.1716 0.8516 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696118 1 0.5292 0.4600 0.724 0.216 0.000 0.060
#> SRR1696119 1 0.4237 0.6128 0.808 0.152 0.000 0.040
#> SRR1696120 3 0.7480 0.7447 0.028 0.096 0.508 0.368
#> SRR1696121 3 0.7106 0.7348 0.004 0.116 0.504 0.376
#> SRR1696122 3 0.7106 0.7348 0.004 0.116 0.504 0.376
#> SRR1696125 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696124 2 0.0707 0.8741 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696123 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696126 2 0.1118 0.8689 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696127 2 0.2546 0.8175 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1696128 2 0.2546 0.8175 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1696129 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696131 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696133 2 0.0592 0.8752 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696132 2 0.1389 0.8633 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696135 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696134 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696136 2 0.5926 0.2797 0.308 0.632 0.000 0.060
#> SRR1696137 2 0.2412 0.8258 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1696138 2 0.2546 0.8175 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1696139 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696140 2 0.0469 0.8760 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696142 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696143 2 0.1302 0.8648 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696144 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696146 3 0.7490 0.7382 0.084 0.036 0.512 0.368
#> SRR1696145 3 0.7490 0.7382 0.084 0.036 0.512 0.368
#> SRR1696148 2 0.0376 0.8757 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696147 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696152 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696155 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696157 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696158 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696159 2 0.6189 0.1299 0.372 0.568 0.000 0.060
#> SRR1696160 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696164 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696165 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696166 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696167 2 0.2334 0.7487 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1696169 2 0.1474 0.8606 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696168 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696171 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696170 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696172 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.1389 0.8632 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696174 2 0.0707 0.8743 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696176 2 0.0921 0.8719 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696175 2 0.1557 0.8576 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696177 2 0.1118 0.8688 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.1118 0.8688 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696180 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696181 2 0.1557 0.8574 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696182 2 0.1557 0.8574 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696183 2 0.1557 0.8574 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696184 2 0.1557 0.8574 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696185 1 0.2408 0.8200 0.920 0.016 0.004 0.060
#> SRR1696186 3 0.7130 0.7324 0.004 0.120 0.508 0.368
#> SRR1696187 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.7282 -0.7354 0.148 0.436 0.000 0.416
#> SRR1696188 4 0.7728 0.8672 0.236 0.340 0.000 0.424
#> SRR1696190 2 0.4331 0.3335 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1696191 2 0.0524 0.8757 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1696192 2 0.0524 0.8757 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1696193 4 0.7706 0.8731 0.228 0.348 0.000 0.424
#> SRR1696194 1 0.6179 0.0897 0.552 0.056 0.000 0.392
#> SRR1696195 4 0.7634 0.6519 0.368 0.208 0.000 0.424
#> SRR1696196 4 0.7564 0.8629 0.192 0.388 0.000 0.420
#> SRR1696197 3 0.7312 0.7059 0.000 0.152 0.436 0.412
#> SRR1696198 3 0.7312 0.7059 0.000 0.152 0.436 0.412
#> SRR1696199 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.7728 0.8672 0.236 0.340 0.000 0.424
#> SRR1696201 2 0.7220 -0.7550 0.140 0.440 0.000 0.420
#> SRR1696202 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.7151 -0.7346 0.132 0.448 0.000 0.420
#> SRR1696206 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696207 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696209 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0804 0.8685 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696208 4 0.7583 0.8690 0.196 0.384 0.000 0.420
#> SRR1696212 1 0.6638 -0.1659 0.496 0.084 0.000 0.420
#> SRR1696211 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.7617 0.8762 0.204 0.372 0.000 0.424
#> SRR1696214 2 0.7220 -0.7550 0.140 0.440 0.000 0.420
#> SRR1696215 4 0.7583 0.8690 0.196 0.384 0.000 0.420
#> SRR1696217 4 0.7602 0.8729 0.200 0.380 0.000 0.420
#> SRR1696216 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696218 1 0.0804 0.8689 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696219 4 0.7564 0.8629 0.192 0.388 0.000 0.420
#> SRR1696220 4 0.7451 0.8265 0.172 0.408 0.000 0.420
#> SRR1696221 1 0.6741 -0.2194 0.484 0.092 0.000 0.424
#> SRR1696222 2 0.4907 -0.2738 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1696224 4 0.7541 0.5964 0.388 0.188 0.000 0.424
#> SRR1696223 1 0.6788 -0.2558 0.480 0.096 0.000 0.424
#> SRR1696225 2 0.6360 -0.5266 0.064 0.516 0.000 0.420
#> SRR1696227 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4322 0.6202 0.804 0.152 0.000 0.044
#> SRR1696228 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696229 4 0.7650 0.6584 0.364 0.212 0.000 0.424
#> SRR1696232 1 0.6638 -0.1608 0.496 0.084 0.000 0.420
#> SRR1696231 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696230 1 0.0804 0.8689 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696233 4 0.7693 0.8757 0.224 0.352 0.000 0.424
#> SRR1696235 1 0.2021 0.8268 0.932 0.012 0.000 0.056
#> SRR1696234 4 0.7602 0.8729 0.200 0.380 0.000 0.420
#> SRR1696236 4 0.7399 0.4955 0.416 0.164 0.000 0.420
#> SRR1696237 1 0.4175 0.6291 0.776 0.012 0.000 0.212
#> SRR1696238 4 0.7617 0.8762 0.204 0.372 0.000 0.424
#> SRR1696239 4 0.7576 0.7288 0.308 0.220 0.000 0.472
#> SRR1696240 1 0.5360 0.1601 0.552 0.012 0.000 0.436
#> SRR1696241 1 0.1854 0.8424 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1696244 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.7304 0.8070 0.152 0.400 0.000 0.448
#> SRR1696245 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696247 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.5320 0.1886 0.572 0.012 0.000 0.416
#> SRR1696252 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696251 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1174 0.8621 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1696258 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696257 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696260 2 0.7506 -0.7921 0.156 0.424 0.004 0.416
#> SRR1696259 2 0.7506 -0.7921 0.156 0.424 0.004 0.416
#> SRR1696261 1 0.0967 0.8486 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR1696262 1 0.1139 0.8583 0.972 0.008 0.008 0.012
#> SRR1696263 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.7622 0.7479 0.064 0.060 0.508 0.368
#> SRR1696264 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.7622 0.7479 0.064 0.060 0.508 0.368
#> SRR1696267 3 0.7569 0.7479 0.064 0.056 0.508 0.372
#> SRR1696269 1 0.6477 -0.1101 0.508 0.072 0.000 0.420
#> SRR1696271 1 0.4820 0.4855 0.692 0.012 0.000 0.296
#> SRR1696270 4 0.7634 0.8774 0.208 0.368 0.000 0.424
#> SRR1696268 3 0.7473 0.7470 0.032 0.088 0.508 0.372
#> SRR1696272 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696274 4 0.7452 0.5280 0.352 0.144 0.008 0.496
#> SRR1696273 4 0.7534 0.5773 0.332 0.160 0.008 0.500
#> SRR1696275 4 0.7602 0.8729 0.200 0.380 0.000 0.420
#> SRR1696276 1 0.0804 0.8689 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696277 4 0.7654 0.8773 0.212 0.368 0.000 0.420
#> SRR1696279 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696278 1 0.6845 -0.3135 0.452 0.100 0.000 0.448
#> SRR1696280 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.7583 0.8690 0.196 0.384 0.000 0.420
#> SRR1696282 1 0.0804 0.8689 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696283 4 0.7620 0.6066 0.340 0.168 0.008 0.484
#> SRR1696286 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.2099 0.8417 0.936 0.012 0.008 0.044
#> SRR1696287 2 0.4916 -0.2780 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1696285 1 0.5435 0.1669 0.564 0.016 0.000 0.420
#> SRR1696288 2 0.5435 -0.3427 0.016 0.564 0.000 0.420
#> SRR1696290 2 0.4661 0.0354 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1696291 3 0.7554 0.7465 0.068 0.052 0.512 0.368
#> SRR1696289 2 0.4008 0.4315 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696292 3 0.7554 0.7465 0.068 0.052 0.512 0.368
#> SRR1696293 4 0.7754 0.8601 0.244 0.336 0.000 0.420
#> SRR1696294 4 0.7425 0.8158 0.168 0.412 0.000 0.420
#> SRR1696295 1 0.3324 0.7449 0.852 0.012 0.000 0.136
#> SRR1696296 1 0.5310 0.2106 0.576 0.012 0.000 0.412
#> SRR1696297 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696298 1 0.3428 0.7296 0.844 0.012 0.000 0.144
#> SRR1696299 2 0.4535 0.2602 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR1696301 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3908 0.5117 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1696303 2 0.7283 -0.7742 0.148 0.432 0.000 0.420
#> SRR1696302 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.7617 0.8762 0.204 0.372 0.000 0.424
#> SRR1696305 2 0.5888 -0.3796 0.036 0.540 0.000 0.424
#> SRR1696306 2 0.0921 0.8724 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696307 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.7583 0.8690 0.196 0.384 0.000 0.420
#> SRR1696308 4 0.7634 0.8774 0.208 0.368 0.000 0.424
#> SRR1696311 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.7115 -0.7234 0.128 0.452 0.000 0.420
#> SRR1696312 1 0.1284 0.8589 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696313 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696315 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696316 1 0.5345 0.1747 0.560 0.012 0.000 0.428
#> SRR1696317 1 0.0657 0.8698 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696318 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.5290 0.2337 0.584 0.012 0.000 0.404
#> SRR1696322 4 0.7806 0.8130 0.284 0.296 0.000 0.420
#> SRR1696321 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.2542 0.7970 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1696323 1 0.0804 0.8685 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696326 1 0.0469 0.8702 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696327 1 0.0937 0.8673 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696328 4 0.7738 0.7247 0.336 0.240 0.000 0.424
#> SRR1696329 4 0.7475 0.8333 0.176 0.404 0.000 0.420
#> SRR1696330 2 0.4746 -0.0608 0.000 0.632 0.000 0.368
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.4990 0.89571 0.088 0.024 0.076 0.032 0.780
#> SRR1696029 5 0.4990 0.89571 0.088 0.024 0.076 0.032 0.780
#> SRR1696030 5 0.4990 0.89571 0.088 0.024 0.076 0.032 0.780
#> SRR1696031 5 0.4651 0.93354 0.124 0.000 0.068 0.032 0.776
#> SRR1696032 5 0.4651 0.93354 0.124 0.000 0.068 0.032 0.776
#> SRR1696033 5 0.4651 0.93354 0.124 0.000 0.068 0.032 0.776
#> SRR1696034 5 0.4651 0.93354 0.124 0.000 0.068 0.032 0.776
#> SRR1696035 3 0.4339 0.85558 0.004 0.032 0.808 0.096 0.060
#> SRR1696036 3 0.4339 0.85558 0.004 0.032 0.808 0.096 0.060
#> SRR1696037 3 0.4339 0.85558 0.004 0.032 0.808 0.096 0.060
#> SRR1696039 5 0.4389 0.91039 0.176 0.000 0.036 0.020 0.768
#> SRR1696038 3 0.4339 0.85558 0.004 0.032 0.808 0.096 0.060
#> SRR1696040 5 0.4389 0.91039 0.176 0.000 0.036 0.020 0.768
#> SRR1696041 5 0.4389 0.91039 0.176 0.000 0.036 0.020 0.768
#> SRR1696042 5 0.4389 0.91039 0.176 0.000 0.036 0.020 0.768
#> SRR1696043 2 0.1430 0.90375 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1696044 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696045 2 0.3054 0.87748 0.000 0.876 0.012 0.060 0.052
#> SRR1696046 2 0.0000 0.92046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.1082 0.91119 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1696048 2 0.1082 0.91119 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1696050 2 0.0290 0.91946 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696051 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696052 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696053 3 0.4085 0.84895 0.000 0.052 0.824 0.056 0.068
#> SRR1696054 3 0.4085 0.84895 0.000 0.052 0.824 0.056 0.068
#> SRR1696055 2 0.2983 0.87902 0.000 0.880 0.012 0.060 0.048
#> SRR1696057 2 0.0451 0.92125 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696049 2 0.3124 0.87559 0.000 0.872 0.012 0.060 0.056
#> SRR1696056 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696059 2 0.3124 0.87559 0.000 0.872 0.012 0.060 0.056
#> SRR1696058 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696060 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696061 2 0.1365 0.90731 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> SRR1696062 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696063 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696064 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696065 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696066 2 0.4374 0.83052 0.036 0.816 0.012 0.064 0.072
#> SRR1696067 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696068 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696069 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696070 2 0.3386 0.86669 0.000 0.856 0.012 0.064 0.068
#> SRR1696071 2 0.2916 0.88086 0.000 0.884 0.012 0.056 0.048
#> SRR1696072 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696073 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696074 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696075 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696076 2 0.3012 0.87822 0.000 0.876 0.008 0.060 0.056
#> SRR1696077 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696078 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696079 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696080 2 0.0324 0.91975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696081 2 0.3124 0.87559 0.000 0.872 0.012 0.060 0.056
#> SRR1696083 2 0.0451 0.92113 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696082 2 0.0613 0.91842 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR1696084 2 0.0451 0.92061 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696085 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696086 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696087 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696088 2 0.0324 0.91975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696091 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696089 2 0.2983 0.87902 0.000 0.880 0.012 0.060 0.048
#> SRR1696090 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696092 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696094 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696093 2 0.4798 0.80312 0.068 0.792 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696095 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696096 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696097 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696098 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696099 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696100 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696102 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696103 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696104 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696105 2 0.0566 0.92108 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696107 2 0.0324 0.91975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696108 2 0.3256 0.87156 0.000 0.864 0.012 0.060 0.064
#> SRR1696106 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696110 2 0.0324 0.92092 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696109 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696111 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696112 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696114 2 0.2074 0.89573 0.000 0.920 0.004 0.060 0.016
#> SRR1696113 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696115 2 0.0794 0.91327 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696116 2 0.0609 0.91845 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696117 2 0.3753 0.84983 0.000 0.832 0.012 0.080 0.076
#> SRR1696118 1 0.5916 0.51377 0.708 0.128 0.012 0.080 0.072
#> SRR1696119 1 0.5167 0.63004 0.764 0.080 0.008 0.076 0.072
#> SRR1696120 3 0.2430 0.89680 0.028 0.040 0.912 0.000 0.020
#> SRR1696121 3 0.2260 0.87312 0.000 0.064 0.908 0.000 0.028
#> SRR1696122 3 0.2260 0.87312 0.000 0.064 0.908 0.000 0.028
#> SRR1696125 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696124 2 0.0671 0.91703 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696123 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696126 2 0.1990 0.90176 0.000 0.928 0.004 0.028 0.040
#> SRR1696127 2 0.5118 0.74625 0.000 0.732 0.020 0.132 0.116
#> SRR1696128 2 0.5161 0.74118 0.000 0.728 0.020 0.136 0.116
#> SRR1696129 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696130 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696131 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696133 2 0.0451 0.91905 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696132 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696135 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696134 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696136 2 0.6258 0.61606 0.176 0.668 0.012 0.072 0.072
#> SRR1696137 2 0.4894 0.76943 0.000 0.752 0.020 0.116 0.112
#> SRR1696138 2 0.5118 0.74625 0.000 0.732 0.020 0.132 0.116
#> SRR1696139 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696140 2 0.0162 0.92023 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696142 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696141 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696143 2 0.2228 0.89403 0.000 0.916 0.008 0.056 0.020
#> SRR1696144 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696146 3 0.2947 0.87972 0.044 0.012 0.892 0.012 0.040
#> SRR1696145 3 0.2947 0.87972 0.044 0.012 0.892 0.012 0.040
#> SRR1696148 2 0.0510 0.92011 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696147 2 0.0290 0.92077 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696149 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696150 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696151 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696152 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696153 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696154 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696155 2 0.0162 0.92023 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696156 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696157 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696158 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696159 2 0.6923 0.39067 0.284 0.560 0.012 0.072 0.072
#> SRR1696160 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696161 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696162 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696163 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696164 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696165 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696166 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696167 2 0.1682 0.88303 0.044 0.940 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696169 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696168 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696171 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696170 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696172 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696173 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696174 2 0.0162 0.92009 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696176 2 0.1525 0.90678 0.000 0.948 0.004 0.036 0.012
#> SRR1696175 2 0.3320 0.86944 0.000 0.860 0.012 0.060 0.068
#> SRR1696177 2 0.2644 0.88901 0.000 0.896 0.008 0.036 0.060
#> SRR1696178 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696179 2 0.1869 0.90443 0.000 0.936 0.008 0.028 0.028
#> SRR1696180 2 0.0404 0.92142 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696181 2 0.2308 0.89659 0.000 0.912 0.004 0.036 0.048
#> SRR1696182 2 0.2589 0.89193 0.000 0.900 0.008 0.044 0.048
#> SRR1696183 2 0.2387 0.89502 0.000 0.908 0.004 0.040 0.048
#> SRR1696184 2 0.2387 0.89502 0.000 0.908 0.004 0.040 0.048
#> SRR1696185 1 0.4244 0.73817 0.816 0.016 0.012 0.080 0.076
#> SRR1696186 3 0.2374 0.88923 0.016 0.052 0.912 0.000 0.020
#> SRR1696187 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.4983 0.73983 0.064 0.272 0.000 0.664 0.000
#> SRR1696188 4 0.4887 0.84526 0.132 0.148 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696190 2 0.4450 -0.22122 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1696191 2 0.1082 0.91119 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1696192 2 0.1082 0.91119 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1696193 4 0.4884 0.84689 0.128 0.152 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696194 4 0.4356 0.63319 0.340 0.012 0.000 0.648 0.000
#> SRR1696195 4 0.4701 0.79365 0.204 0.076 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696196 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696197 3 0.4085 0.84895 0.000 0.052 0.824 0.056 0.068
#> SRR1696198 3 0.4085 0.84895 0.000 0.052 0.824 0.056 0.068
#> SRR1696199 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.4887 0.84526 0.132 0.148 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696201 4 0.4619 0.80852 0.064 0.216 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.4619 0.80852 0.064 0.216 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696206 1 0.1211 0.92805 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1696207 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696208 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696212 4 0.4219 0.73262 0.260 0.024 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696214 4 0.4619 0.80852 0.064 0.216 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696215 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696217 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696216 1 0.0404 0.94793 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696218 1 0.0290 0.95210 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696219 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696220 4 0.4818 0.84245 0.100 0.180 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696221 4 0.4250 0.74185 0.252 0.028 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696222 4 0.3730 0.70871 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1696224 4 0.4800 0.79941 0.196 0.088 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696223 4 0.4612 0.76381 0.232 0.056 0.000 0.712 0.000
#> SRR1696225 4 0.4352 0.77063 0.036 0.244 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4397 0.72509 0.808 0.088 0.004 0.048 0.052
#> SRR1696228 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.4767 0.80546 0.192 0.088 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696232 4 0.4016 0.70931 0.272 0.012 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696233 4 0.4879 0.84817 0.124 0.156 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696235 1 0.1341 0.89254 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696234 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696236 4 0.4441 0.76218 0.236 0.044 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696237 1 0.3661 0.51416 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1696238 4 0.4844 0.84767 0.108 0.172 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696239 4 0.4802 0.81339 0.156 0.104 0.000 0.736 0.004
#> SRR1696240 4 0.3752 0.68054 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696241 1 0.2300 0.88022 0.908 0.000 0.000 0.040 0.052
#> SRR1696244 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.4820 0.83762 0.088 0.180 0.000 0.728 0.004
#> SRR1696245 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.3752 0.68435 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0771 0.94008 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696251 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0609 0.93746 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0771 0.94008 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696260 4 0.4645 0.81753 0.072 0.204 0.000 0.724 0.000
#> SRR1696259 4 0.4645 0.81753 0.072 0.204 0.000 0.724 0.000
#> SRR1696261 1 0.1012 0.93613 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1696262 1 0.1012 0.93613 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1696263 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.2430 0.89607 0.040 0.028 0.912 0.000 0.020
#> SRR1696264 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.2430 0.89607 0.040 0.028 0.912 0.000 0.020
#> SRR1696267 3 0.2597 0.88957 0.040 0.020 0.904 0.000 0.036
#> SRR1696269 4 0.4090 0.72053 0.268 0.016 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696271 4 0.4304 0.32159 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1696270 4 0.4879 0.84817 0.124 0.156 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696268 3 0.2617 0.89751 0.028 0.032 0.904 0.000 0.036
#> SRR1696272 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 4 0.5547 0.62639 0.104 0.052 0.012 0.736 0.096
#> SRR1696273 4 0.5816 0.60502 0.096 0.060 0.020 0.724 0.100
#> SRR1696275 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696276 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696277 4 0.4879 0.84817 0.124 0.156 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696279 1 0.0451 0.95060 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696278 4 0.4403 0.74346 0.240 0.032 0.000 0.724 0.004
#> SRR1696280 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696282 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696283 4 0.4944 0.72398 0.116 0.052 0.008 0.772 0.052
#> SRR1696286 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.3398 0.81505 0.852 0.000 0.008 0.076 0.064
#> SRR1696287 4 0.3684 0.71706 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696285 4 0.3752 0.68435 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696288 4 0.4132 0.74708 0.020 0.260 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696290 4 0.4359 0.52617 0.004 0.412 0.000 0.584 0.000
#> SRR1696291 3 0.3071 0.88841 0.040 0.020 0.888 0.012 0.040
#> SRR1696289 2 0.4300 -0.22194 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1696292 3 0.3071 0.88841 0.040 0.020 0.888 0.012 0.040
#> SRR1696293 4 0.4849 0.84160 0.136 0.140 0.000 0.724 0.000
#> SRR1696294 4 0.4797 0.84544 0.104 0.172 0.000 0.724 0.000
#> SRR1696295 1 0.3003 0.69399 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696296 4 0.3752 0.68435 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696297 1 0.0566 0.94627 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696298 1 0.2020 0.83572 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696299 2 0.4307 -0.29228 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.4227 0.00407 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1696303 4 0.4747 0.82886 0.084 0.196 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.4864 0.84944 0.116 0.164 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696305 4 0.4269 0.69195 0.016 0.300 0.000 0.684 0.000
#> SRR1696306 2 0.0854 0.91861 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> SRR1696307 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.4855 0.84948 0.112 0.168 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696308 4 0.4864 0.84944 0.116 0.164 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.4619 0.80852 0.064 0.216 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696312 1 0.1828 0.90900 0.936 0.004 0.000 0.032 0.028
#> SRR1696313 1 0.0693 0.94467 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696315 1 0.0771 0.94008 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696316 4 0.3752 0.68435 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.3913 0.65011 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1696322 4 0.4887 0.83571 0.148 0.132 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.1671 0.86686 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696323 1 0.0162 0.95333 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.95510 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0771 0.94008 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696327 1 0.1211 0.92805 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1696328 4 0.4864 0.82412 0.164 0.116 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696329 4 0.4832 0.84446 0.104 0.176 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696330 4 0.4126 0.59290 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.2076 0.9799 0.044 0.000 0.012 0.008 0.920 0.016
#> SRR1696029 5 0.2076 0.9799 0.044 0.000 0.012 0.008 0.920 0.016
#> SRR1696030 5 0.2076 0.9799 0.044 0.000 0.012 0.008 0.920 0.016
#> SRR1696031 5 0.1757 0.9884 0.052 0.000 0.012 0.008 0.928 0.000
#> SRR1696032 5 0.1757 0.9884 0.052 0.000 0.012 0.008 0.928 0.000
#> SRR1696033 5 0.1757 0.9884 0.052 0.000 0.012 0.008 0.928 0.000
#> SRR1696034 5 0.1757 0.9884 0.052 0.000 0.012 0.008 0.928 0.000
#> SRR1696035 3 0.5501 0.7250 0.000 0.004 0.636 0.044 0.076 0.240
#> SRR1696036 3 0.5501 0.7250 0.000 0.004 0.636 0.044 0.076 0.240
#> SRR1696037 3 0.5501 0.7250 0.000 0.004 0.636 0.044 0.076 0.240
#> SRR1696039 5 0.2077 0.9857 0.056 0.000 0.008 0.012 0.916 0.008
#> SRR1696038 3 0.5501 0.7250 0.000 0.004 0.636 0.044 0.076 0.240
#> SRR1696040 5 0.2077 0.9857 0.056 0.000 0.008 0.012 0.916 0.008
#> SRR1696041 5 0.2077 0.9857 0.056 0.000 0.008 0.012 0.916 0.008
#> SRR1696042 5 0.2077 0.9857 0.056 0.000 0.008 0.012 0.916 0.008
#> SRR1696043 2 0.1610 0.6686 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696044 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.3371 0.1425 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1696046 2 0.0458 0.7485 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696047 2 0.1409 0.6916 0.000 0.948 0.000 0.012 0.008 0.032
#> SRR1696048 2 0.1409 0.6916 0.000 0.948 0.000 0.012 0.008 0.032
#> SRR1696050 2 0.0713 0.7385 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696051 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.3666 0.8288 0.000 0.012 0.816 0.024 0.024 0.124
#> SRR1696054 3 0.3666 0.8288 0.000 0.012 0.816 0.024 0.024 0.124
#> SRR1696055 2 0.3151 0.2785 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696057 2 0.0547 0.7464 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696049 2 0.3446 0.0759 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1696056 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.3409 0.1102 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1696058 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1267 0.6993 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696062 2 0.0146 0.7563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696063 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696066 2 0.4084 -0.4538 0.012 0.588 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1696067 2 0.3592 -0.1010 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696068 2 0.3531 -0.0192 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1696069 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.3592 -0.1015 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696071 2 0.3023 0.3360 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696072 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696075 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.3547 -0.0400 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1696077 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696080 2 0.1007 0.7264 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696081 2 0.3428 0.0924 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696083 2 0.0363 0.7523 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696082 2 0.1007 0.7267 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696084 2 0.0547 0.7463 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696085 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0146 0.7563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696087 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1007 0.7263 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696091 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.3330 0.1665 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1696090 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696093 2 0.4292 -0.4529 0.024 0.588 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1696095 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0260 0.7539 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696107 2 0.1075 0.7224 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696108 2 0.3499 0.0199 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696106 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.7563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696109 2 0.3563 -0.0581 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1696111 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696112 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.2378 0.5534 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1696113 2 0.3607 -0.1248 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696115 2 0.0862 0.7266 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR1696116 2 0.0951 0.7213 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR1696117 2 0.3937 -0.5477 0.000 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1696118 1 0.5025 0.3214 0.492 0.060 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1696119 1 0.4647 0.5119 0.592 0.032 0.000 0.004 0.004 0.368
#> SRR1696120 3 0.1624 0.8846 0.000 0.004 0.936 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696121 3 0.1297 0.8837 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1696122 3 0.1297 0.8837 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1696125 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696124 2 0.1204 0.7111 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696123 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.2664 0.4833 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696127 6 0.4543 0.8211 0.000 0.484 0.004 0.012 0.008 0.492
#> SRR1696128 6 0.4540 0.8440 0.000 0.472 0.004 0.012 0.008 0.504
#> SRR1696129 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696131 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.1327 0.7055 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696132 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696135 2 0.3547 -0.0384 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1696134 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.4850 -0.6991 0.056 0.496 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1696137 2 0.4542 -0.8315 0.000 0.496 0.004 0.012 0.008 0.480
#> SRR1696138 6 0.4540 0.8440 0.000 0.472 0.004 0.012 0.008 0.504
#> SRR1696139 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0547 0.7474 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696142 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.2664 0.4774 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696144 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696146 3 0.2307 0.8790 0.000 0.000 0.904 0.016 0.048 0.032
#> SRR1696145 3 0.2307 0.8790 0.000 0.000 0.904 0.016 0.048 0.032
#> SRR1696148 2 0.0551 0.7418 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1696147 2 0.0436 0.7464 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1696149 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0146 0.7545 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696154 2 0.0146 0.7545 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696155 2 0.0458 0.7502 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696156 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696158 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.5507 0.6234 0.128 0.424 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1696160 2 0.3547 -0.0384 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1696161 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0146 0.7563 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696166 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696167 2 0.0717 0.7398 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696169 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696168 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.3578 -0.0778 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696174 2 0.0713 0.7389 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696176 2 0.1910 0.6336 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696175 2 0.3592 -0.1010 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696177 2 0.3309 0.1825 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1696178 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.2454 0.5459 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696180 2 0.0000 0.7580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.3519 0.2848 0.000 0.752 0.000 0.008 0.008 0.232
#> SRR1696182 2 0.3668 0.1848 0.000 0.728 0.000 0.008 0.008 0.256
#> SRR1696183 2 0.3545 0.2690 0.000 0.748 0.000 0.008 0.008 0.236
#> SRR1696184 2 0.3519 0.2848 0.000 0.752 0.000 0.008 0.008 0.232
#> SRR1696185 1 0.4217 0.3964 0.524 0.000 0.000 0.008 0.004 0.464
#> SRR1696186 3 0.1624 0.8846 0.000 0.004 0.936 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.3081 0.8551 0.012 0.100 0.000 0.852 0.004 0.032
#> SRR1696188 4 0.2308 0.8860 0.040 0.068 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.4317 0.4910 0.000 0.328 0.000 0.640 0.004 0.028
#> SRR1696191 2 0.1409 0.6916 0.000 0.948 0.000 0.012 0.008 0.032
#> SRR1696192 2 0.1409 0.6916 0.000 0.948 0.000 0.012 0.008 0.032
#> SRR1696193 4 0.2294 0.8878 0.036 0.072 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.2737 0.7826 0.160 0.004 0.000 0.832 0.004 0.000
#> SRR1696195 4 0.2325 0.8744 0.060 0.048 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.2516 0.8886 0.024 0.084 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696197 3 0.3666 0.8288 0.000 0.012 0.816 0.024 0.024 0.124
#> SRR1696198 3 0.3666 0.8288 0.000 0.012 0.816 0.024 0.024 0.124
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.2294 0.8878 0.036 0.072 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.2407 0.8816 0.012 0.096 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0458 0.9139 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696204 4 0.2356 0.8782 0.008 0.100 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696206 1 0.2810 0.8515 0.832 0.000 0.000 0.008 0.004 0.156
#> SRR1696207 1 0.1644 0.9014 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1588 0.9022 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1696208 4 0.2516 0.8886 0.024 0.084 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696212 4 0.2070 0.8388 0.100 0.008 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.2255 0.8894 0.028 0.080 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.2407 0.8816 0.012 0.096 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696215 4 0.2373 0.8887 0.024 0.084 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696217 4 0.2398 0.8895 0.028 0.080 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696216 1 0.1908 0.8933 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1696218 1 0.1956 0.8988 0.908 0.000 0.000 0.008 0.004 0.080
#> SRR1696219 4 0.2342 0.8872 0.020 0.088 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696220 4 0.2485 0.8869 0.020 0.088 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696221 4 0.2006 0.8345 0.104 0.004 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696222 4 0.2333 0.8606 0.000 0.120 0.000 0.872 0.004 0.004
#> SRR1696224 4 0.2328 0.8792 0.052 0.056 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696223 4 0.2658 0.8533 0.100 0.036 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.2053 0.8703 0.000 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.5146 0.5948 0.628 0.040 0.000 0.036 0.004 0.292
#> SRR1696228 1 0.0603 0.9134 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696229 4 0.2328 0.8773 0.056 0.052 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.2149 0.8347 0.104 0.004 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR1696231 1 0.1219 0.9084 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1696230 1 0.1010 0.9104 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696233 4 0.2437 0.8881 0.036 0.072 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696235 1 0.0865 0.8927 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.2398 0.8895 0.028 0.080 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696236 4 0.2199 0.8509 0.088 0.020 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.3221 0.5614 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.2398 0.8895 0.028 0.080 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR1696239 4 0.3796 0.8398 0.036 0.048 0.000 0.824 0.012 0.080
#> SRR1696240 4 0.2308 0.8266 0.108 0.000 0.000 0.880 0.004 0.008
#> SRR1696241 1 0.3948 0.7136 0.704 0.000 0.000 0.012 0.012 0.272
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.3652 0.8476 0.016 0.072 0.000 0.828 0.012 0.072
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.2416 0.7923 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2308 0.8833 0.880 0.000 0.000 0.008 0.004 0.108
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1092 0.9084 0.960 0.000 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.2308 0.8833 0.880 0.000 0.000 0.008 0.004 0.108
#> SRR1696260 4 0.2703 0.8814 0.016 0.088 0.000 0.876 0.004 0.016
#> SRR1696259 4 0.2703 0.8814 0.016 0.088 0.000 0.876 0.004 0.016
#> SRR1696261 1 0.2544 0.8761 0.864 0.000 0.000 0.012 0.004 0.120
#> SRR1696262 1 0.2544 0.8761 0.864 0.000 0.000 0.012 0.004 0.120
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.1624 0.8846 0.000 0.004 0.936 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.1624 0.8846 0.000 0.004 0.936 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696267 3 0.1297 0.8837 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1696269 4 0.2006 0.8345 0.104 0.004 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.3915 0.5858 0.288 0.000 0.000 0.692 0.004 0.016
#> SRR1696270 4 0.2541 0.8894 0.028 0.080 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696268 3 0.1297 0.8837 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1696272 1 0.1753 0.8984 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1696274 4 0.4939 0.4159 0.020 0.012 0.004 0.556 0.008 0.400
#> SRR1696273 4 0.4965 0.3872 0.012 0.020 0.004 0.540 0.008 0.416
#> SRR1696275 4 0.2398 0.8895 0.028 0.080 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696276 1 0.1700 0.8997 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1696277 4 0.2277 0.8890 0.032 0.076 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.1908 0.8933 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1696278 4 0.2306 0.8408 0.096 0.008 0.000 0.888 0.004 0.004
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.2342 0.8872 0.020 0.088 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696282 1 0.1806 0.8966 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1696283 4 0.4510 0.7077 0.028 0.024 0.004 0.728 0.008 0.208
#> SRR1696286 1 0.0260 0.9145 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696284 1 0.4344 0.6668 0.660 0.000 0.004 0.016 0.012 0.308
#> SRR1696287 4 0.2053 0.8705 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR1696285 4 0.1910 0.8293 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2196 0.8696 0.000 0.108 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696290 4 0.3672 0.6647 0.000 0.276 0.000 0.712 0.004 0.008
#> SRR1696291 3 0.2307 0.8790 0.000 0.000 0.904 0.016 0.048 0.032
#> SRR1696289 4 0.4151 0.4058 0.000 0.412 0.000 0.576 0.004 0.008
#> SRR1696292 3 0.2307 0.8790 0.000 0.000 0.904 0.016 0.048 0.032
#> SRR1696293 4 0.2393 0.8849 0.040 0.064 0.000 0.892 0.000 0.004
#> SRR1696294 4 0.2432 0.8883 0.024 0.080 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1696295 1 0.2980 0.7002 0.800 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1696296 4 0.1957 0.8272 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.2196 0.8855 0.884 0.000 0.000 0.004 0.004 0.108
#> SRR1696298 1 0.1141 0.8785 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.4203 0.4665 0.000 0.388 0.000 0.596 0.008 0.008
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4323 0.2246 0.000 0.476 0.000 0.508 0.008 0.008
#> SRR1696303 4 0.2306 0.8849 0.016 0.092 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.2255 0.8894 0.028 0.080 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.2843 0.8520 0.004 0.104 0.000 0.860 0.004 0.028
#> SRR1696306 2 0.1765 0.6582 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.2398 0.8895 0.028 0.080 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696308 4 0.2277 0.8890 0.032 0.076 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.2356 0.8781 0.008 0.100 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696312 1 0.3412 0.7789 0.772 0.008 0.000 0.004 0.004 0.212
#> SRR1696313 1 0.2196 0.8855 0.884 0.000 0.000 0.004 0.004 0.108
#> SRR1696315 1 0.2308 0.8833 0.880 0.000 0.000 0.008 0.004 0.108
#> SRR1696316 4 0.1910 0.8293 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.1010 0.9104 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.1700 0.9000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1696320 4 0.2092 0.8171 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.2318 0.8839 0.044 0.064 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.1285 0.9073 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696324 1 0.0865 0.8924 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.1700 0.8997 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9148 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.2308 0.8833 0.880 0.000 0.000 0.008 0.004 0.108
#> SRR1696327 1 0.2810 0.8515 0.832 0.000 0.000 0.008 0.004 0.156
#> SRR1696328 4 0.2325 0.8821 0.048 0.060 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.2516 0.8886 0.024 0.084 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696330 4 0.3844 0.6161 0.000 0.312 0.000 0.676 0.004 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.778 0.851 0.943 0.4960 0.506 0.506
#> 3 3 0.635 0.743 0.866 0.2687 0.860 0.728
#> 4 4 0.873 0.861 0.938 0.1271 0.850 0.640
#> 5 5 0.844 0.825 0.907 0.0798 0.909 0.704
#> 6 6 0.864 0.810 0.905 0.0276 0.977 0.902
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 1.0000 -0.02206 0.500 0.500
#> SRR1696029 2 1.0000 -0.02206 0.500 0.500
#> SRR1696030 2 1.0000 -0.02206 0.500 0.500
#> SRR1696031 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696035 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.9552 0.39871 0.376 0.624
#> SRR1696067 2 0.7453 0.70448 0.212 0.788
#> SRR1696068 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0376 0.93061 0.004 0.996
#> SRR1696075 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.4562 0.84628 0.096 0.904
#> SRR1696080 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.9129 0.50515 0.328 0.672
#> SRR1696095 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.1414 0.91749 0.020 0.980
#> SRR1696112 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.4562 0.84623 0.096 0.904
#> SRR1696115 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.1184 0.92125 0.016 0.984
#> SRR1696118 1 0.9248 0.45126 0.660 0.340
#> SRR1696119 1 0.8499 0.58798 0.724 0.276
#> SRR1696120 2 0.7299 0.71715 0.204 0.796
#> SRR1696121 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.4161 0.85808 0.084 0.916
#> SRR1696129 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.2603 0.89680 0.044 0.956
#> SRR1696131 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0938 0.92427 0.012 0.988
#> SRR1696134 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.9933 0.19273 0.452 0.548
#> SRR1696137 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.5842 0.79811 0.140 0.860
#> SRR1696139 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.8499 0.58798 0.724 0.276
#> SRR1696145 1 0.8499 0.58798 0.724 0.276
#> SRR1696148 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.9963 0.15402 0.464 0.536
#> SRR1696160 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.7139 0.71644 0.196 0.804
#> SRR1696169 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.8499 0.60263 0.276 0.724
#> SRR1696177 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.6623 0.77411 0.828 0.172
#> SRR1696188 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.0376 0.93058 0.004 0.996
#> SRR1696191 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.8608 0.60093 0.716 0.284
#> SRR1696197 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.2043 0.91486 0.968 0.032
#> SRR1696201 2 0.9996 0.02318 0.488 0.512
#> SRR1696202 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.9909 0.21229 0.556 0.444
#> SRR1696206 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.7376 0.72300 0.792 0.208
#> SRR1696212 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.9993 0.03869 0.484 0.516
#> SRR1696215 1 0.9522 0.41465 0.628 0.372
#> SRR1696217 1 0.5178 0.83659 0.884 0.116
#> SRR1696216 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.8144 0.65557 0.748 0.252
#> SRR1696220 1 0.8661 0.59443 0.712 0.288
#> SRR1696221 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.9850 0.22775 0.428 0.572
#> SRR1696227 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.6343 0.78670 0.840 0.160
#> SRR1696236 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.9754 0.32027 0.592 0.408
#> SRR1696245 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.9988 0.05376 0.480 0.520
#> SRR1696259 2 0.9993 0.03869 0.484 0.516
#> SRR1696261 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.9954 0.11393 0.540 0.460
#> SRR1696264 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.9944 0.17227 0.456 0.544
#> SRR1696267 2 0.9998 0.05345 0.492 0.508
#> SRR1696269 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.6623 0.77236 0.828 0.172
#> SRR1696268 2 0.7950 0.66361 0.240 0.760
#> SRR1696272 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696274 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696273 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696275 1 0.6343 0.78687 0.840 0.160
#> SRR1696276 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.3114 0.89400 0.944 0.056
#> SRR1696279 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.4690 0.85214 0.900 0.100
#> SRR1696282 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.6801 0.74114 0.180 0.820
#> SRR1696285 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.9815 0.25125 0.420 0.580
#> SRR1696290 2 0.7056 0.72225 0.192 0.808
#> SRR1696291 2 0.9732 0.32285 0.404 0.596
#> SRR1696289 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.9998 -0.00525 0.508 0.492
#> SRR1696293 1 0.0376 0.93732 0.996 0.004
#> SRR1696294 1 0.9710 0.34177 0.600 0.400
#> SRR1696295 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696303 1 0.9988 0.08825 0.520 0.480
#> SRR1696302 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.9850 0.22831 0.428 0.572
#> SRR1696306 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.8909 0.55557 0.692 0.308
#> SRR1696308 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.9963 0.11134 0.464 0.536
#> SRR1696312 1 0.5408 0.81827 0.876 0.124
#> SRR1696313 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.94040 1.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.9491 0.42427 0.632 0.368
#> SRR1696330 2 0.0000 0.93374 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696029 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696030 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696031 3 0.5138 0.7920 0.252 0.000 0.748
#> SRR1696032 3 0.5138 0.7920 0.252 0.000 0.748
#> SRR1696033 3 0.5138 0.7920 0.252 0.000 0.748
#> SRR1696034 3 0.5138 0.7920 0.252 0.000 0.748
#> SRR1696035 3 0.6254 0.7423 0.056 0.188 0.756
#> SRR1696036 3 0.6254 0.7423 0.056 0.188 0.756
#> SRR1696037 3 0.6254 0.7423 0.056 0.188 0.756
#> SRR1696039 3 0.5926 0.6859 0.356 0.000 0.644
#> SRR1696038 3 0.6254 0.7423 0.056 0.188 0.756
#> SRR1696040 3 0.5926 0.6859 0.356 0.000 0.644
#> SRR1696041 3 0.5926 0.6859 0.356 0.000 0.644
#> SRR1696042 3 0.5926 0.6859 0.356 0.000 0.644
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.3038 0.8218 0.000 0.896 0.104
#> SRR1696046 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.5216 0.6602 0.000 0.260 0.740
#> SRR1696054 3 0.5216 0.6602 0.000 0.260 0.740
#> SRR1696055 2 0.1031 0.8808 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.3686 0.7889 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.2537 0.8418 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1411 0.8732 0.000 0.964 0.036
#> SRR1696062 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.4974 0.6646 0.000 0.764 0.236
#> SRR1696066 3 0.6229 0.6267 0.020 0.280 0.700
#> SRR1696067 2 0.5656 0.5782 0.004 0.712 0.284
#> SRR1696068 2 0.3116 0.8186 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.3192 0.8182 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696071 2 0.3340 0.8082 0.000 0.880 0.120
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.4931 0.6717 0.000 0.768 0.232
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.5560 0.5538 0.000 0.700 0.300
#> SRR1696080 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.3267 0.8118 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696083 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.3192 0.8151 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.3551 0.7982 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696093 2 0.6847 0.5854 0.060 0.708 0.232
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.2711 0.8348 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.3267 0.8117 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696111 2 0.4796 0.6902 0.000 0.780 0.220
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.6111 0.3288 0.000 0.604 0.396
#> SRR1696115 2 0.0592 0.8862 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.5772 0.7945 0.220 0.024 0.756
#> SRR1696118 3 0.5591 0.7495 0.304 0.000 0.696
#> SRR1696119 1 0.6302 -0.3653 0.520 0.000 0.480
#> SRR1696120 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696121 3 0.5058 0.6760 0.000 0.244 0.756
#> SRR1696122 3 0.5058 0.6760 0.000 0.244 0.756
#> SRR1696125 2 0.5785 0.4873 0.000 0.668 0.332
#> SRR1696124 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0237 0.8924 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696127 2 0.5529 0.5642 0.000 0.704 0.296
#> SRR1696128 3 0.5493 0.6924 0.012 0.232 0.756
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.5621 0.5380 0.000 0.692 0.308
#> SRR1696131 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.2356 0.8484 0.000 0.928 0.072
#> SRR1696135 2 0.3686 0.7889 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 3 0.6585 0.7802 0.244 0.044 0.712
#> SRR1696137 2 0.3752 0.7855 0.000 0.856 0.144
#> SRR1696138 3 0.5098 0.6715 0.000 0.248 0.752
#> SRR1696139 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0892 0.8833 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696144 2 0.4062 0.7630 0.000 0.836 0.164
#> SRR1696146 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696145 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.4062 0.7638 0.000 0.836 0.164
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 3 0.8192 0.7156 0.220 0.144 0.636
#> SRR1696160 2 0.3686 0.7889 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.3192 0.8173 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696167 2 0.4654 0.6656 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696169 2 0.3267 0.8118 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.4654 0.7079 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696174 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 3 0.6597 0.6506 0.036 0.268 0.696
#> SRR1696177 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0237 0.8924 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696184 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696186 3 0.6297 0.7456 0.060 0.184 0.756
#> SRR1696187 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.8703 0.6001 0.588 0.168 0.244
#> SRR1696188 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696190 2 0.5058 0.6455 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696191 2 0.1411 0.8751 0.000 0.964 0.036
#> SRR1696192 2 0.1411 0.8751 0.000 0.964 0.036
#> SRR1696193 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696194 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696195 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696196 1 0.8877 0.5840 0.572 0.184 0.244
#> SRR1696197 3 0.5216 0.6602 0.000 0.260 0.740
#> SRR1696198 3 0.5216 0.6602 0.000 0.260 0.740
#> SRR1696199 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.7606 0.6878 0.664 0.092 0.244
#> SRR1696201 2 0.9823 -0.2240 0.364 0.392 0.244
#> SRR1696202 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.9709 0.4018 0.448 0.308 0.244
#> SRR1696206 1 0.4504 0.5211 0.804 0.000 0.196
#> SRR1696207 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.8069 0.6609 0.636 0.120 0.244
#> SRR1696212 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696211 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696214 2 0.9820 -0.2117 0.360 0.396 0.244
#> SRR1696215 1 0.9208 0.5344 0.536 0.220 0.244
#> SRR1696217 1 0.7944 0.6690 0.644 0.112 0.244
#> SRR1696216 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.8460 0.6293 0.608 0.148 0.244
#> SRR1696220 1 0.8561 0.6199 0.600 0.156 0.244
#> SRR1696221 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696222 2 0.5058 0.6455 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696224 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696223 1 0.4750 0.7633 0.784 0.000 0.216
#> SRR1696225 2 0.9487 0.1310 0.260 0.496 0.244
#> SRR1696227 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4605 0.5050 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696228 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696232 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696231 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696235 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.7880 0.6730 0.648 0.108 0.244
#> SRR1696236 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696237 1 0.4654 0.7644 0.792 0.000 0.208
#> SRR1696238 1 0.5285 0.7538 0.752 0.004 0.244
#> SRR1696239 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696240 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696241 1 0.4654 0.4964 0.792 0.000 0.208
#> SRR1696244 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.9735 0.3899 0.440 0.316 0.244
#> SRR1696245 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696252 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3412 0.6454 0.876 0.000 0.124
#> SRR1696251 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.3482 0.6394 0.872 0.000 0.128
#> SRR1696260 2 0.9820 -0.2117 0.360 0.396 0.244
#> SRR1696259 2 0.9820 -0.2117 0.360 0.396 0.244
#> SRR1696261 3 0.5905 0.6900 0.352 0.000 0.648
#> SRR1696262 3 0.5882 0.6944 0.348 0.000 0.652
#> SRR1696263 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696264 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696267 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696269 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696271 1 0.4654 0.7646 0.792 0.000 0.208
#> SRR1696270 1 0.8187 0.6525 0.628 0.128 0.244
#> SRR1696268 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696272 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 3 0.6260 -0.3031 0.448 0.000 0.552
#> SRR1696273 3 0.4654 0.5589 0.208 0.000 0.792
#> SRR1696275 1 0.8129 0.6566 0.632 0.124 0.244
#> SRR1696276 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.7944 0.6691 0.644 0.112 0.244
#> SRR1696279 1 0.0237 0.7857 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696278 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696280 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.7303 0.7022 0.680 0.076 0.244
#> SRR1696282 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696286 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.4605 0.5041 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696287 2 0.7458 0.5287 0.084 0.672 0.244
#> SRR1696285 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696288 2 0.9722 -0.0543 0.312 0.444 0.244
#> SRR1696290 2 0.7746 0.5058 0.100 0.656 0.244
#> SRR1696291 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696289 2 0.5058 0.6455 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696292 3 0.5058 0.7959 0.244 0.000 0.756
#> SRR1696293 1 0.6585 0.7275 0.712 0.044 0.244
#> SRR1696294 1 0.9827 0.2722 0.384 0.372 0.244
#> SRR1696295 1 0.0892 0.7881 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696296 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696297 1 0.0237 0.7857 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696298 1 0.1411 0.7868 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696299 2 0.5058 0.6455 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696301 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.5058 0.6455 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696303 1 0.9793 0.3528 0.416 0.340 0.244
#> SRR1696302 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.5461 0.7516 0.748 0.008 0.244
#> SRR1696305 2 0.9111 0.3244 0.176 0.532 0.292
#> SRR1696306 2 0.2066 0.8571 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696307 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.9175 0.5400 0.540 0.216 0.244
#> SRR1696308 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696311 1 0.4605 0.5049 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696314 2 0.9816 -0.1995 0.356 0.400 0.244
#> SRR1696312 1 0.5859 0.1046 0.656 0.000 0.344
#> SRR1696313 1 0.0237 0.7857 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696315 1 0.3551 0.6333 0.868 0.000 0.132
#> SRR1696316 1 0.4235 0.7704 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696317 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0237 0.7857 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696320 1 0.5016 0.7570 0.760 0.000 0.240
#> SRR1696322 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696321 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.4178 0.7711 0.828 0.000 0.172
#> SRR1696323 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3412 0.6454 0.876 0.000 0.124
#> SRR1696327 1 0.4702 0.4876 0.788 0.000 0.212
#> SRR1696328 1 0.5058 0.7559 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696329 3 0.9356 -0.3007 0.368 0.172 0.460
#> SRR1696330 2 0.5461 0.6355 0.008 0.748 0.244
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.4193 0.7025 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1696029 3 0.4193 0.7025 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1696030 3 0.4193 0.7025 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1696031 3 0.4277 0.6897 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696032 3 0.4277 0.6897 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696033 3 0.4277 0.6897 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696034 3 0.4277 0.6897 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.4643 0.6030 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.4605 0.6157 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1696041 3 0.4643 0.6030 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1696042 3 0.4643 0.6030 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2401 0.8718 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1696066 1 0.7969 0.0354 0.416 0.296 0.284 0.004
#> SRR1696067 2 0.5943 0.5729 0.060 0.656 0.280 0.004
#> SRR1696068 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.4456 0.6591 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1696071 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.4456 0.6597 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.4456 0.6597 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.4401 0.6701 0.000 0.724 0.272 0.004
#> SRR1696093 2 0.5497 0.5166 0.296 0.668 0.032 0.004
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696111 2 0.4456 0.6597 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696113 2 0.5511 0.6041 0.036 0.676 0.284 0.004
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 1 0.4950 0.4101 0.620 0.000 0.376 0.004
#> SRR1696119 1 0.4535 0.5635 0.704 0.000 0.292 0.004
#> SRR1696120 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.4509 0.6486 0.000 0.708 0.288 0.004
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4193 0.6786 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1696127 2 0.2266 0.8749 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1696128 3 0.0188 0.8694 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.4428 0.6653 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.4343 0.6810 0.000 0.732 0.264 0.004
#> SRR1696135 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 1 0.5359 0.5303 0.680 0.028 0.288 0.004
#> SRR1696137 2 0.0779 0.9358 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1696138 3 0.3945 0.7177 0.024 0.144 0.828 0.004
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696144 2 0.4428 0.6653 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1696146 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.4428 0.6653 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 1 0.6141 0.4725 0.644 0.072 0.280 0.004
#> SRR1696160 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.4456 0.6591 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1696167 2 0.4318 0.6995 0.208 0.776 0.012 0.004
#> SRR1696169 2 0.0376 0.9439 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.4283 0.6930 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0188 0.9461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696175 2 0.7844 0.0925 0.236 0.444 0.316 0.004
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0188 0.9458 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.2530 0.8044 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1696186 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.1174 0.8998 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR1696188 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696190 4 0.1557 0.8675 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1696191 2 0.4543 0.5202 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1696192 2 0.4454 0.5536 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1696193 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696194 4 0.4981 0.1931 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696195 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696196 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696197 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696201 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696206 1 0.2973 0.7858 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696212 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696214 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696215 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696217 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696220 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696221 4 0.4250 0.6342 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696222 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696224 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696223 4 0.4164 0.6051 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1696225 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.2973 0.7860 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696232 4 0.4040 0.6792 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696236 4 0.1940 0.8602 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696239 4 0.1474 0.8815 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696240 4 0.4804 0.4180 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1696241 1 0.3219 0.7602 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696259 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696261 1 0.1211 0.8981 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696262 1 0.2647 0.8073 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.3172 0.7798 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696271 1 0.4916 0.1935 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1696270 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696268 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 4 0.7866 -0.0129 0.280 0.000 0.336 0.384
#> SRR1696273 3 0.6071 0.6491 0.144 0.000 0.684 0.172
#> SRR1696275 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.4996 0.1262 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.3486 0.7495 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696285 4 0.3311 0.7673 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1696288 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696290 4 0.2081 0.8353 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1696291 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.2149 0.8303 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1696292 3 0.0000 0.8717 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696294 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696295 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.4817 0.3057 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.1118 0.8877 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.2760 0.7772 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1696303 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696305 4 0.1042 0.9014 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1696306 2 0.0921 0.9278 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696308 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0188 0.9144 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696312 1 0.4331 0.5749 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.2589 0.8107 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4994 0.1388 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696322 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.2973 0.7858 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696328 4 0.0188 0.9138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696329 4 0.0817 0.9016 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696330 4 0.0336 0.9119 0.000 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696029 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696030 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696031 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696032 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696033 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696034 3 0.2595 0.77721 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR1696035 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696036 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696037 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696039 3 0.3536 0.72333 0.156 0.000 0.812 0.000 0.032
#> SRR1696038 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696040 3 0.3536 0.72333 0.156 0.000 0.812 0.000 0.032
#> SRR1696041 3 0.3536 0.72333 0.156 0.000 0.812 0.000 0.032
#> SRR1696042 3 0.3536 0.72333 0.156 0.000 0.812 0.000 0.032
#> SRR1696043 2 0.0880 0.91858 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696044 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 5 0.4045 0.64097 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1696046 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696054 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696055 5 0.4291 0.40524 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696057 2 0.0404 0.93489 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696049 5 0.3796 0.71144 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1696056 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 5 0.4088 0.62362 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1696058 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1478 0.88998 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696062 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 5 0.2852 0.74979 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1696066 5 0.1329 0.72088 0.008 0.032 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696067 5 0.1478 0.75084 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696068 5 0.3707 0.72457 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1696069 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 5 0.1444 0.72911 0.000 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1696071 2 0.4278 -0.15764 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1696072 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 5 0.1410 0.74864 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696075 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 5 0.4150 0.56973 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1696077 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 5 0.1341 0.74543 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696080 2 0.1792 0.86989 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696081 5 0.3876 0.69366 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696083 2 0.1121 0.90925 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696082 2 0.2074 0.84472 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696084 2 0.0290 0.93816 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696085 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0290 0.93822 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696087 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0609 0.93001 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696091 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 5 0.4171 0.57332 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696090 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 5 0.1544 0.75170 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696093 5 0.3642 0.73873 0.000 0.232 0.008 0.000 0.760
#> SRR1696095 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0290 0.93781 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696107 2 0.2852 0.75002 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696108 5 0.3774 0.71481 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1696106 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 5 0.3586 0.73290 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1696111 5 0.1410 0.74870 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696112 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.3039 0.70096 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696113 5 0.1357 0.73810 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696115 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.3480 0.83285 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1696118 5 0.1300 0.67265 0.028 0.000 0.016 0.000 0.956
#> SRR1696119 5 0.4025 0.32316 0.292 0.000 0.008 0.000 0.700
#> SRR1696120 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696121 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696122 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696125 5 0.1341 0.74543 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696124 2 0.0794 0.92344 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696123 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4559 -0.06595 0.000 0.512 0.008 0.000 0.480
#> SRR1696127 5 0.5353 0.60498 0.000 0.328 0.072 0.000 0.600
#> SRR1696128 3 0.4150 0.57595 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1696129 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 5 0.1478 0.75084 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696131 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.3752 0.50390 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1696132 5 0.1908 0.75452 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696135 5 0.3816 0.70752 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1696134 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 5 0.1043 0.67384 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696137 2 0.5238 -0.26099 0.000 0.484 0.044 0.000 0.472
#> SRR1696138 5 0.2280 0.61309 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1696139 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0290 0.93814 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 5 0.4201 0.54296 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696144 5 0.1544 0.75076 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696146 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696145 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696148 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.1608 0.88245 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696156 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 5 0.1410 0.74870 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696158 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 5 0.1168 0.68744 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696160 5 0.4015 0.65531 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696161 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 5 0.1907 0.72107 0.000 0.044 0.028 0.000 0.928
#> SRR1696167 2 0.4761 0.62354 0.176 0.752 0.048 0.004 0.020
#> SRR1696169 5 0.3661 0.72871 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696168 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 5 0.1671 0.75185 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696174 2 0.0404 0.93518 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696176 2 0.1197 0.90189 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696175 5 0.1369 0.71454 0.008 0.028 0.008 0.000 0.956
#> SRR1696177 2 0.4403 0.00176 0.000 0.560 0.004 0.000 0.436
#> SRR1696178 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.2813 0.75468 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1696180 2 0.0000 0.94324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.2416 0.84061 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1696182 2 0.2304 0.84452 0.000 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR1696183 2 0.2519 0.83672 0.000 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1696184 2 0.2193 0.85328 0.000 0.900 0.008 0.000 0.092
#> SRR1696185 5 0.3427 0.40906 0.012 0.000 0.192 0.000 0.796
#> SRR1696186 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696187 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.3605 0.81662 0.048 0.040 0.008 0.860 0.044
#> SRR1696188 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.4387 0.49332 0.000 0.336 0.008 0.652 0.004
#> SRR1696191 2 0.3242 0.67591 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.3521 0.64794 0.000 0.764 0.232 0.000 0.004
#> SRR1696193 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.4307 -0.03910 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696198 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696199 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.94117 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.1956 0.88621 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1696207 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696209 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696208 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0162 0.89358 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696211 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696218 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696219 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.4009 0.54477 0.312 0.000 0.004 0.684 0.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696223 4 0.4078 0.69546 0.148 0.000 0.068 0.784 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.2293 0.87348 0.900 0.000 0.016 0.000 0.084
#> SRR1696228 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696229 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.3816 0.56300 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1696231 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696230 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696233 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.2074 0.81703 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1696237 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696239 4 0.2645 0.81528 0.096 0.000 0.008 0.884 0.012
#> SRR1696240 4 0.4670 0.21075 0.440 0.000 0.008 0.548 0.004
#> SRR1696241 1 0.2300 0.87781 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR1696244 1 0.0000 0.94117 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0451 0.88915 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696245 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696247 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696249 1 0.0290 0.94042 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696250 4 0.0510 0.88569 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696252 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0609 0.93578 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696251 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696254 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696257 1 0.0609 0.93578 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696260 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.1809 0.89207 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR1696262 1 0.2813 0.83209 0.868 0.000 0.108 0.000 0.024
#> SRR1696263 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696264 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696267 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696269 4 0.3074 0.72546 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1696271 1 0.4171 0.31598 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696272 1 0.0162 0.94103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696274 1 0.7745 0.12956 0.412 0.000 0.312 0.200 0.076
#> SRR1696273 3 0.5386 0.60073 0.180 0.000 0.700 0.020 0.100
#> SRR1696275 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696277 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696278 1 0.4448 0.03649 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004
#> SRR1696280 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696283 4 0.5021 0.65223 0.216 0.000 0.048 0.712 0.024
#> SRR1696286 1 0.0000 0.94117 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.2522 0.87918 0.896 0.000 0.052 0.000 0.052
#> SRR1696287 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.3003 0.73358 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.2929 0.72110 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1696291 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696289 4 0.4101 0.44826 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1696292 3 0.3143 0.86426 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1696293 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0290 0.93940 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.3983 0.46572 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1696297 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696298 1 0.0000 0.94117 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.4210 0.35278 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.94117 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4294 0.19353 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.2916 0.82636 0.000 0.012 0.056 0.884 0.048
#> SRR1696306 2 0.1549 0.90230 0.000 0.944 0.016 0.000 0.040
#> SRR1696307 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.4758 0.55842 0.676 0.000 0.048 0.000 0.276
#> SRR1696313 1 0.0609 0.93578 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696315 1 0.0609 0.93578 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696316 1 0.4222 0.74452 0.792 0.000 0.044 0.144 0.020
#> SRR1696317 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696318 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696320 4 0.4307 0.02632 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696324 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0404 0.93968 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696326 1 0.0162 0.94107 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0510 0.93795 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696327 1 0.1845 0.89775 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1696328 4 0.0000 0.89587 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.1608 0.84594 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696330 4 0.2471 0.77020 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.3755 0.8420 0.036 0.000 0.220 0.000 0.744 0.000
#> SRR1696029 5 0.3755 0.8420 0.036 0.000 0.220 0.000 0.744 0.000
#> SRR1696030 5 0.3755 0.8420 0.036 0.000 0.220 0.000 0.744 0.000
#> SRR1696031 5 0.3867 0.8591 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696032 5 0.3867 0.8591 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696033 5 0.3867 0.8591 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696034 5 0.3867 0.8591 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696035 3 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696036 3 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696037 3 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696039 5 0.3971 0.8548 0.068 0.000 0.184 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696038 3 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696040 5 0.3971 0.8548 0.068 0.000 0.184 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696041 5 0.3971 0.8548 0.068 0.000 0.184 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696042 5 0.3971 0.8548 0.068 0.000 0.184 0.000 0.748 0.000
#> SRR1696043 2 0.0865 0.9014 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696044 2 0.0146 0.9231 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696045 6 0.2805 0.7333 0.000 0.184 0.000 0.000 0.004 0.812
#> SRR1696046 2 0.0260 0.9216 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696047 2 0.0547 0.9154 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696048 2 0.0547 0.9154 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0458 0.9813 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696054 3 0.0458 0.9813 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696055 6 0.3854 0.2673 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696057 2 0.0146 0.9228 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696049 6 0.2048 0.7834 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 6 0.3244 0.6503 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1866 0.8566 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1696062 2 0.0146 0.9231 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 6 0.1856 0.8090 0.000 0.048 0.032 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696066 6 0.1692 0.7955 0.008 0.012 0.048 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696067 6 0.1700 0.8057 0.000 0.024 0.048 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696068 6 0.1714 0.7961 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 6 0.1970 0.7781 0.000 0.008 0.044 0.000 0.028 0.920
#> SRR1696071 2 0.3833 0.0373 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 6 0.1549 0.8034 0.000 0.020 0.044 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 6 0.3163 0.6814 0.000 0.232 0.000 0.000 0.004 0.764
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 6 0.1700 0.8057 0.000 0.024 0.048 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696080 2 0.2219 0.8048 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1696081 6 0.2219 0.7740 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696083 2 0.1327 0.8786 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696082 2 0.2092 0.8187 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696084 2 0.0363 0.9188 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0363 0.9188 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0937 0.8998 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 6 0.3428 0.6065 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 6 0.1856 0.8082 0.000 0.032 0.048 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696093 6 0.1590 0.8050 0.008 0.048 0.008 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0632 0.9112 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696107 2 0.3330 0.5753 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1696108 6 0.1814 0.7930 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.9228 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696109 6 0.1610 0.7987 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696111 6 0.1700 0.8057 0.000 0.024 0.048 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.3050 0.6517 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696113 6 0.1594 0.7995 0.000 0.016 0.052 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696115 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696116 2 0.0260 0.9214 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696117 3 0.1572 0.9196 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1696118 6 0.1801 0.7785 0.016 0.000 0.056 0.000 0.004 0.924
#> SRR1696119 6 0.4667 0.3902 0.288 0.000 0.048 0.000 0.012 0.652
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.1779 0.7977 0.000 0.016 0.064 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696124 2 0.1141 0.8899 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4897 -0.0498 0.000 0.492 0.060 0.000 0.000 0.448
#> SRR1696127 6 0.6289 0.1204 0.000 0.192 0.020 0.000 0.364 0.424
#> SRR1696128 5 0.5169 0.4221 0.000 0.000 0.120 0.000 0.588 0.292
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 6 0.1780 0.8074 0.000 0.028 0.048 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696131 2 0.0146 0.9230 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696133 2 0.3986 0.0482 0.000 0.532 0.000 0.000 0.004 0.464
#> SRR1696132 6 0.1934 0.8096 0.000 0.044 0.040 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696135 6 0.2300 0.7692 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.1408 0.7796 0.020 0.000 0.036 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696137 6 0.6125 0.0970 0.000 0.324 0.000 0.000 0.320 0.356
#> SRR1696138 6 0.4903 0.1727 0.000 0.000 0.068 0.000 0.380 0.552
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0790 0.9051 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 6 0.3446 0.6000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1696144 6 0.1845 0.8069 0.000 0.028 0.052 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0547 0.9154 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696147 2 0.0806 0.9114 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0260 0.9214 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696154 2 0.0260 0.9214 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696155 2 0.2805 0.7396 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.1780 0.8074 0.000 0.028 0.048 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.1536 0.7854 0.016 0.004 0.040 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696160 6 0.3023 0.6882 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1696161 2 0.0146 0.9231 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0146 0.9228 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696166 6 0.2088 0.8024 0.000 0.028 0.068 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696167 2 0.5278 0.5854 0.148 0.688 0.128 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696169 6 0.2320 0.7748 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 6 0.1865 0.8094 0.000 0.040 0.040 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696174 2 0.1049 0.9026 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1696176 2 0.1141 0.8885 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696175 6 0.1734 0.7873 0.008 0.004 0.048 0.000 0.008 0.932
#> SRR1696177 6 0.4808 0.4490 0.000 0.360 0.000 0.000 0.064 0.576
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.3266 0.5941 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9245 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.5032 0.5130 0.000 0.636 0.000 0.000 0.216 0.148
#> SRR1696182 2 0.5032 0.5130 0.000 0.636 0.000 0.000 0.216 0.148
#> SRR1696183 2 0.5167 0.5074 0.000 0.632 0.004 0.000 0.216 0.148
#> SRR1696184 2 0.4999 0.5205 0.000 0.640 0.000 0.000 0.216 0.144
#> SRR1696185 6 0.4415 0.5923 0.028 0.000 0.192 0.000 0.048 0.732
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0547 0.9069 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696189 4 0.5294 0.5638 0.020 0.008 0.000 0.648 0.240 0.084
#> SRR1696188 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.6502 0.2839 0.000 0.288 0.000 0.496 0.156 0.060
#> SRR1696191 2 0.3688 0.6273 0.000 0.724 0.256 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696192 2 0.4131 0.4375 0.000 0.624 0.356 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.3866 0.0649 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1696195 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0458 0.9813 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696198 3 0.0458 0.9813 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696199 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0547 0.9070 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696203 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696205 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.2070 0.8622 0.908 0.000 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1696207 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696209 1 0.0547 0.9069 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696210 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696208 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696213 4 0.0291 0.8812 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.1088 0.8967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1696218 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696219 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.4612 0.5062 0.284 0.000 0.000 0.656 0.052 0.008
#> SRR1696222 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 4 0.0260 0.8805 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696223 4 0.4067 0.6122 0.144 0.000 0.000 0.752 0.104 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696226 1 0.3534 0.7528 0.800 0.000 0.000 0.000 0.124 0.076
#> SRR1696228 1 0.0363 0.9057 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696229 4 0.0405 0.8789 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1696232 4 0.3728 0.4522 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000
#> SRR1696231 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696230 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696233 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0713 0.9046 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.2260 0.7526 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0891 0.9027 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 4 0.5882 0.4869 0.104 0.000 0.000 0.608 0.220 0.068
#> SRR1696240 1 0.6752 -0.0704 0.384 0.000 0.000 0.380 0.176 0.060
#> SRR1696241 1 0.4570 0.5813 0.680 0.000 0.000 0.000 0.228 0.092
#> SRR1696244 1 0.0458 0.9074 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696243 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696242 4 0.4149 0.6248 0.000 0.000 0.000 0.720 0.216 0.064
#> SRR1696245 1 0.0547 0.9075 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696246 1 0.0146 0.9070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696247 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696248 1 0.0260 0.9064 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696249 1 0.0146 0.9070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696250 4 0.1297 0.8466 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012 0.000
#> SRR1696252 1 0.0547 0.9069 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696253 1 0.1176 0.8948 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1696251 1 0.0547 0.9077 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696254 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696255 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696256 1 0.0508 0.9050 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9073 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1176 0.8948 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1696260 4 0.0146 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696259 4 0.0146 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696261 1 0.2095 0.8681 0.916 0.000 0.040 0.000 0.028 0.016
#> SRR1696262 1 0.2898 0.8232 0.868 0.000 0.072 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696263 1 0.0458 0.9074 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.3052 0.6549 0.216 0.000 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR1696271 1 0.3795 0.4174 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0146 0.9070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696274 5 0.4982 0.5695 0.092 0.000 0.028 0.052 0.748 0.080
#> SRR1696273 5 0.4236 0.6137 0.036 0.000 0.072 0.016 0.796 0.080
#> SRR1696275 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696277 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0914 0.9001 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1696278 1 0.4179 0.0938 0.516 0.000 0.000 0.472 0.012 0.000
#> SRR1696280 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696283 4 0.6643 0.1286 0.148 0.000 0.000 0.424 0.364 0.064
#> SRR1696286 1 0.0458 0.9074 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696284 1 0.4711 0.5103 0.640 0.000 0.000 0.000 0.280 0.080
#> SRR1696287 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.2838 0.6911 0.188 0.000 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.3104 0.6677 0.000 0.184 0.000 0.800 0.016 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.4045 0.4672 0.000 0.312 0.000 0.664 0.024 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0146 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696295 1 0.0713 0.9046 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696296 1 0.3684 0.4922 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> SRR1696297 1 0.1088 0.8967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1696298 1 0.0260 0.9078 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696299 4 0.4159 0.3458 0.000 0.396 0.000 0.588 0.016 0.000
#> SRR1696301 1 0.0363 0.9077 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696300 2 0.4260 0.0208 0.000 0.512 0.000 0.472 0.016 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0547 0.9070 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.4808 0.1586 0.000 0.000 0.000 0.480 0.468 0.052
#> SRR1696306 2 0.4387 0.6764 0.000 0.736 0.008 0.000 0.152 0.104
#> SRR1696307 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696309 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0458 0.9074 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.4800 0.5929 0.692 0.000 0.192 0.000 0.012 0.104
#> SRR1696313 1 0.1176 0.8948 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1696315 1 0.1176 0.8948 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1696316 1 0.4374 0.6545 0.732 0.000 0.000 0.088 0.172 0.008
#> SRR1696317 1 0.0508 0.9050 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696318 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696319 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696320 1 0.3999 0.0137 0.500 0.000 0.000 0.496 0.004 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0622 0.9042 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696324 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696323 1 0.0725 0.9032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696326 1 0.0632 0.9062 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696325 1 0.1088 0.8967 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1696327 1 0.2129 0.8589 0.904 0.000 0.000 0.000 0.056 0.040
#> SRR1696328 4 0.0000 0.8853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.1802 0.8296 0.000 0.000 0.072 0.916 0.012 0.000
#> SRR1696330 4 0.2636 0.7504 0.000 0.120 0.004 0.860 0.016 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.779 0.875 0.947 0.4532 0.549 0.549
#> 3 3 0.784 0.866 0.949 0.0702 0.957 0.923
#> 4 4 0.792 0.865 0.947 0.0384 0.983 0.968
#> 5 5 0.534 0.367 0.745 0.2155 0.879 0.768
#> 6 6 0.554 0.750 0.843 0.1161 0.789 0.548
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 0.4431 0.86833 0.092 0.908
#> SRR1696029 2 0.3114 0.90488 0.056 0.944
#> SRR1696030 2 0.0672 0.94614 0.008 0.992
#> SRR1696031 1 0.4022 0.88163 0.920 0.080
#> SRR1696032 1 0.4161 0.87918 0.916 0.084
#> SRR1696033 1 0.3431 0.89156 0.936 0.064
#> SRR1696034 1 0.4431 0.87167 0.908 0.092
#> SRR1696035 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0672 0.94576 0.008 0.992
#> SRR1696095 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.3274 0.89985 0.060 0.940
#> SRR1696119 1 0.9993 0.11749 0.516 0.484
#> SRR1696120 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696121 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.5178 0.84081 0.116 0.884
#> SRR1696137 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.9635 0.32016 0.388 0.612
#> SRR1696145 2 0.9323 0.42932 0.348 0.652
#> SRR1696148 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.9323 0.44425 0.348 0.652
#> SRR1696160 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.8081 0.65516 0.248 0.752
#> SRR1696169 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.9866 0.29189 0.568 0.432
#> SRR1696186 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.7602 0.70390 0.220 0.780
#> SRR1696188 1 0.7453 0.74335 0.788 0.212
#> SRR1696190 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.5842 0.82777 0.860 0.140
#> SRR1696194 1 0.6801 0.78237 0.820 0.180
#> SRR1696195 1 0.0672 0.92109 0.992 0.008
#> SRR1696196 2 0.9209 0.48038 0.336 0.664
#> SRR1696197 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.9977 0.17239 0.528 0.472
#> SRR1696201 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696206 1 0.8763 0.60348 0.704 0.296
#> SRR1696207 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.7376 0.71672 0.208 0.792
#> SRR1696212 1 0.3431 0.89547 0.936 0.064
#> SRR1696211 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.7376 0.72022 0.208 0.792
#> SRR1696214 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.9944 0.13091 0.456 0.544
#> SRR1696217 1 0.9000 0.56751 0.684 0.316
#> SRR1696216 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0672 0.92095 0.992 0.008
#> SRR1696219 2 0.8555 0.59390 0.280 0.720
#> SRR1696220 2 0.6438 0.78438 0.164 0.836
#> SRR1696221 1 0.3879 0.88480 0.924 0.076
#> SRR1696222 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.4815 0.86170 0.896 0.104
#> SRR1696223 1 0.4161 0.87793 0.916 0.084
#> SRR1696225 2 0.0672 0.94579 0.008 0.992
#> SRR1696227 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.9323 0.44634 0.348 0.652
#> SRR1696228 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.4298 0.87612 0.912 0.088
#> SRR1696232 1 0.9686 0.39006 0.604 0.396
#> SRR1696231 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.2948 0.90142 0.948 0.052
#> SRR1696235 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.9732 0.30157 0.404 0.596
#> SRR1696236 1 0.8499 0.65393 0.724 0.276
#> SRR1696237 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.2423 0.91962 0.040 0.960
#> SRR1696239 2 0.9850 0.21184 0.428 0.572
#> SRR1696240 1 0.0376 0.92263 0.996 0.004
#> SRR1696241 1 1.0000 0.07193 0.504 0.496
#> SRR1696244 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0938 0.94289 0.012 0.988
#> SRR1696245 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.7453 0.73831 0.788 0.212
#> SRR1696251 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0376 0.92266 0.996 0.004
#> SRR1696258 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4298 0.87280 0.912 0.088
#> SRR1696260 2 0.9710 0.31461 0.400 0.600
#> SRR1696259 2 0.9323 0.45262 0.348 0.652
#> SRR1696261 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.1414 0.93634 0.020 0.980
#> SRR1696264 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.0672 0.94603 0.008 0.992
#> SRR1696267 2 0.7602 0.69482 0.220 0.780
#> SRR1696269 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.8955 0.58063 0.688 0.312
#> SRR1696268 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.4298 0.87284 0.088 0.912
#> SRR1696273 2 0.2948 0.90878 0.052 0.948
#> SRR1696275 2 0.8016 0.66644 0.244 0.756
#> SRR1696276 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.6712 0.78725 0.824 0.176
#> SRR1696279 1 0.3114 0.89746 0.944 0.056
#> SRR1696278 2 0.9993 -0.00554 0.484 0.516
#> SRR1696280 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.9248 0.47985 0.340 0.660
#> SRR1696282 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.7376 0.72879 0.208 0.792
#> SRR1696286 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.2603 0.90357 0.956 0.044
#> SRR1696287 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696291 2 0.4161 0.87385 0.084 0.916
#> SRR1696289 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696292 2 0.7674 0.68699 0.224 0.776
#> SRR1696293 1 0.8555 0.64051 0.720 0.280
#> SRR1696294 2 0.9993 0.02104 0.484 0.516
#> SRR1696295 1 0.1414 0.91591 0.980 0.020
#> SRR1696296 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.4939 0.85555 0.892 0.108
#> SRR1696298 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.7602 0.69893 0.220 0.780
#> SRR1696302 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.3114 0.90590 0.056 0.944
#> SRR1696305 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.9460 0.46465 0.636 0.364
#> SRR1696308 1 0.9608 0.43734 0.616 0.384
#> SRR1696311 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.9323 0.44431 0.348 0.652
#> SRR1696313 1 0.5519 0.83673 0.872 0.128
#> SRR1696315 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.6623 0.78754 0.828 0.172
#> SRR1696317 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.2236 0.90772 0.964 0.036
#> SRR1696322 1 0.5408 0.84311 0.876 0.124
#> SRR1696321 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.92406 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.6623 0.79008 0.828 0.172
#> SRR1696328 1 0.3274 0.89565 0.940 0.060
#> SRR1696329 2 0.0938 0.94258 0.012 0.988
#> SRR1696330 2 0.0000 0.95201 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.2537 0.880 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696119 1 0.6307 0.126 0.512 0.488 0.000
#> SRR1696120 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.2959 0.859 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 2 0.9133 0.206 0.296 0.528 0.176
#> SRR1696145 2 0.8478 0.420 0.240 0.608 0.152
#> SRR1696148 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.5948 0.400 0.360 0.640 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.5363 0.599 0.276 0.724 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.6095 0.395 0.608 0.392 0.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.5497 0.571 0.292 0.708 0.000
#> SRR1696188 1 0.4555 0.670 0.800 0.200 0.000
#> SRR1696190 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696193 1 0.4121 0.712 0.832 0.168 0.000
#> SRR1696194 1 0.4178 0.700 0.828 0.172 0.000
#> SRR1696195 1 0.0592 0.864 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696196 2 0.5706 0.508 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696197 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.6235 0.296 0.564 0.436 0.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.5291 0.554 0.732 0.268 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.5291 0.613 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696212 1 0.2066 0.828 0.940 0.060 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.4178 0.772 0.172 0.828 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.6079 0.335 0.388 0.612 0.000
#> SRR1696217 1 0.6026 0.417 0.624 0.376 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.5291 0.613 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696220 2 0.4452 0.743 0.192 0.808 0.000
#> SRR1696221 1 0.1529 0.846 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.3879 0.730 0.848 0.152 0.000
#> SRR1696223 1 0.3340 0.766 0.880 0.120 0.000
#> SRR1696225 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.6026 0.361 0.376 0.624 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.2959 0.790 0.900 0.100 0.000
#> SRR1696232 1 0.5760 0.485 0.672 0.328 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.2066 0.829 0.940 0.060 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.5733 0.505 0.324 0.676 0.000
#> SRR1696236 1 0.4605 0.673 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.1163 0.933 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696239 1 0.6302 0.164 0.520 0.480 0.000
#> SRR1696240 1 0.0424 0.866 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696241 1 0.6111 0.389 0.604 0.396 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0892 0.940 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3941 0.714 0.844 0.156 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0424 0.866 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0892 0.858 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696260 2 0.6095 0.322 0.392 0.608 0.000
#> SRR1696259 2 0.5560 0.552 0.300 0.700 0.000
#> SRR1696261 1 0.4504 0.685 0.804 0.000 0.196
#> SRR1696262 1 0.1031 0.855 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696263 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.1163 0.932 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.0747 0.943 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696267 2 0.6446 0.645 0.212 0.736 0.052
#> SRR1696269 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.5678 0.512 0.684 0.316 0.000
#> SRR1696268 2 0.0424 0.949 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.2711 0.873 0.088 0.912 0.000
#> SRR1696273 2 0.1753 0.914 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696275 2 0.3752 0.810 0.144 0.856 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.4291 0.698 0.820 0.180 0.000
#> SRR1696279 1 0.0892 0.859 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696278 1 0.6307 0.131 0.512 0.488 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.4887 0.693 0.228 0.772 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.4291 0.768 0.180 0.820 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696285 1 0.0424 0.866 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 2 0.3619 0.814 0.136 0.864 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 2 0.5656 0.564 0.284 0.712 0.004
#> SRR1696293 1 0.5216 0.591 0.740 0.260 0.000
#> SRR1696294 2 0.6267 0.122 0.452 0.548 0.000
#> SRR1696295 1 0.1529 0.845 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.1289 0.849 0.968 0.032 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.4654 0.718 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.1411 0.926 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696305 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696306 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.6095 0.402 0.608 0.392 0.000
#> SRR1696308 1 0.6192 0.356 0.580 0.420 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.5905 0.420 0.352 0.648 0.000
#> SRR1696313 1 0.1411 0.845 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.5058 0.594 0.756 0.244 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0424 0.866 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696322 1 0.4121 0.711 0.832 0.168 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.3619 0.741 0.864 0.136 0.000
#> SRR1696328 1 0.2356 0.817 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696329 2 0.0892 0.939 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696036 3 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696037 3 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696057 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696049 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696062 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696066 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696067 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696068 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696071 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696080 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696081 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696083 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696082 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696084 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696089 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696093 2 0.0927 0.944 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696104 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696108 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696109 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696111 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696113 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696118 2 0.2376 0.888 0.068 0.916 0.016 0.000
#> SRR1696119 1 0.5408 0.090 0.500 0.488 0.012 0.000
#> SRR1696120 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696121 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696122 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696125 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696124 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696127 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696128 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696132 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696135 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.2593 0.876 0.080 0.904 0.016 0.000
#> SRR1696137 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696138 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696144 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696146 2 0.7550 0.235 0.304 0.532 0.016 0.148
#> SRR1696145 2 0.7032 0.450 0.232 0.616 0.016 0.136
#> SRR1696148 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.5110 0.474 0.328 0.656 0.016 0.000
#> SRR1696160 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696161 2 0.0336 0.949 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696167 2 0.4277 0.591 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1696174 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696177 2 0.0779 0.946 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.5284 0.385 0.616 0.368 0.016 0.000
#> SRR1696186 2 0.0592 0.948 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.4509 0.577 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR1696188 1 0.3610 0.660 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696192 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696193 1 0.3266 0.703 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.3172 0.708 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0592 0.859 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696196 2 0.4382 0.562 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1696197 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.4941 0.301 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.3942 0.585 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.3975 0.665 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.1716 0.821 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.3494 0.770 0.172 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.4761 0.376 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.4804 0.382 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.3837 0.685 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.3219 0.775 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1696221 1 0.1389 0.835 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.3074 0.722 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.2647 0.760 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0336 0.946 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.5174 0.381 0.368 0.620 0.012 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.2408 0.781 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.4500 0.483 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.1716 0.822 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.4331 0.583 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.3764 0.644 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.1042 0.938 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1696239 1 0.5392 0.204 0.528 0.460 0.012 0.000
#> SRR1696240 1 0.0188 0.866 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.5024 0.404 0.632 0.360 0.008 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0592 0.942 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2868 0.731 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0188 0.866 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0707 0.855 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.4804 0.340 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1696259 2 0.4103 0.636 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.3528 0.688 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696262 1 0.0817 0.853 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696263 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.1297 0.936 0.020 0.964 0.016 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.1510 0.929 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR1696267 2 0.5587 0.642 0.212 0.724 0.016 0.048
#> SRR1696269 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.4543 0.482 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1696268 2 0.1042 0.942 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.2271 0.884 0.076 0.916 0.008 0.000
#> SRR1696273 2 0.1706 0.922 0.036 0.948 0.016 0.000
#> SRR1696275 2 0.3300 0.807 0.144 0.848 0.008 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.3528 0.673 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0707 0.856 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.5167 0.114 0.508 0.488 0.004 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.3610 0.737 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.3074 0.801 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0469 0.949 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696285 1 0.0469 0.861 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 2 0.3647 0.787 0.152 0.832 0.016 0.000
#> SRR1696289 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696292 2 0.5202 0.497 0.312 0.668 0.016 0.004
#> SRR1696293 1 0.4193 0.564 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1696294 2 0.4941 0.177 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.1302 0.838 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0921 0.849 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.3219 0.773 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.1356 0.929 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR1696305 2 0.0188 0.949 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.0188 0.949 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.4898 0.344 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.5070 0.344 0.580 0.416 0.004 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.4999 0.478 0.328 0.660 0.012 0.000
#> SRR1696313 1 0.1118 0.842 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.3726 0.629 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0336 0.863 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.3356 0.693 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.2814 0.739 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.2011 0.805 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.1388 0.929 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.2732 0.3681 0.000 0.840 0 0.160 0.000
#> SRR1696044 2 0.4302 -0.2200 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696045 2 0.4088 0.0429 0.000 0.632 0 0.368 0.000
#> SRR1696046 2 0.4305 -0.2239 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696047 2 0.2424 0.4111 0.000 0.868 0 0.132 0.000
#> SRR1696048 2 0.4294 -0.2044 0.000 0.532 0 0.468 0.000
#> SRR1696050 2 0.4302 -0.2199 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696051 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696052 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696053 4 0.2179 0.2313 0.000 0.112 0 0.888 0.000
#> SRR1696054 4 0.2773 0.1759 0.000 0.164 0 0.836 0.000
#> SRR1696055 2 0.1410 0.4334 0.000 0.940 0 0.060 0.000
#> SRR1696057 2 0.3452 0.2470 0.000 0.756 0 0.244 0.000
#> SRR1696049 2 0.1043 0.4379 0.000 0.960 0 0.040 0.000
#> SRR1696056 2 0.4302 -0.2322 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696059 2 0.2280 0.4229 0.000 0.880 0 0.120 0.000
#> SRR1696058 2 0.4305 -0.2355 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696060 2 0.4287 -0.2228 0.000 0.540 0 0.460 0.000
#> SRR1696061 2 0.4192 -0.0475 0.000 0.596 0 0.404 0.000
#> SRR1696062 2 0.4268 -0.1760 0.000 0.556 0 0.444 0.000
#> SRR1696063 2 0.4287 -0.2110 0.000 0.540 0 0.460 0.000
#> SRR1696064 2 0.4300 -0.2280 0.000 0.524 0 0.476 0.000
#> SRR1696065 2 0.0703 0.4430 0.000 0.976 0 0.024 0.000
#> SRR1696066 2 0.1043 0.4249 0.000 0.960 0 0.040 0.000
#> SRR1696067 2 0.0703 0.4363 0.000 0.976 0 0.024 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696070 2 0.0703 0.4339 0.000 0.976 0 0.024 0.000
#> SRR1696071 2 0.3837 0.1116 0.000 0.692 0 0.308 0.000
#> SRR1696072 2 0.4306 -0.2366 0.000 0.508 0 0.492 0.000
#> SRR1696073 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696074 2 0.1043 0.4249 0.000 0.960 0 0.040 0.000
#> SRR1696075 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696076 2 0.0963 0.4432 0.000 0.964 0 0.036 0.000
#> SRR1696077 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696078 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696079 2 0.0609 0.4380 0.000 0.980 0 0.020 0.000
#> SRR1696080 2 0.1671 0.4367 0.000 0.924 0 0.076 0.000
#> SRR1696081 2 0.0880 0.4438 0.000 0.968 0 0.032 0.000
#> SRR1696083 2 0.0609 0.4425 0.000 0.980 0 0.020 0.000
#> SRR1696082 2 0.2516 0.3892 0.000 0.860 0 0.140 0.000
#> SRR1696084 2 0.1341 0.4362 0.000 0.944 0 0.056 0.000
#> SRR1696085 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696086 2 0.2561 0.3865 0.000 0.856 0 0.144 0.000
#> SRR1696087 2 0.4304 -0.2147 0.000 0.516 0 0.484 0.000
#> SRR1696088 2 0.4171 -0.0989 0.000 0.604 0 0.396 0.000
#> SRR1696091 2 0.4287 -0.1897 0.000 0.540 0 0.460 0.000
#> SRR1696089 2 0.1544 0.4366 0.000 0.932 0 0.068 0.000
#> SRR1696090 2 0.4306 -0.2331 0.000 0.508 0 0.492 0.000
#> SRR1696092 2 0.4273 -0.1661 0.000 0.552 0 0.448 0.000
#> SRR1696094 2 0.0609 0.4425 0.000 0.980 0 0.020 0.000
#> SRR1696093 2 0.3010 0.3697 0.004 0.824 0 0.172 0.000
#> SRR1696095 2 0.4294 -0.2242 0.000 0.532 0 0.468 0.000
#> SRR1696096 2 0.4262 -0.1937 0.000 0.560 0 0.440 0.000
#> SRR1696097 2 0.4249 -0.1859 0.000 0.568 0 0.432 0.000
#> SRR1696098 2 0.4283 -0.1955 0.000 0.544 0 0.456 0.000
#> SRR1696099 2 0.3857 0.1756 0.000 0.688 0 0.312 0.000
#> SRR1696100 2 0.4305 -0.2350 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696102 2 0.4273 -0.2103 0.000 0.552 0 0.448 0.000
#> SRR1696103 2 0.3774 0.1891 0.000 0.704 0 0.296 0.000
#> SRR1696104 2 0.4114 -0.0518 0.000 0.624 0 0.376 0.000
#> SRR1696105 2 0.3707 0.2419 0.000 0.716 0 0.284 0.000
#> SRR1696107 2 0.1341 0.4407 0.000 0.944 0 0.056 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.4304 -0.2323 0.000 0.516 0 0.484 0.000
#> SRR1696110 2 0.4182 -0.1190 0.000 0.600 0 0.400 0.000
#> SRR1696109 2 0.1121 0.4389 0.000 0.956 0 0.044 0.000
#> SRR1696111 2 0.0880 0.4356 0.000 0.968 0 0.032 0.000
#> SRR1696112 2 0.4242 -0.1730 0.000 0.572 0 0.428 0.000
#> SRR1696114 2 0.0963 0.4412 0.000 0.964 0 0.036 0.000
#> SRR1696113 2 0.0290 0.4413 0.000 0.992 0 0.008 0.000
#> SRR1696115 2 0.4297 -0.2102 0.000 0.528 0 0.472 0.000
#> SRR1696116 4 0.4300 0.3182 0.000 0.476 0 0.524 0.000
#> SRR1696117 2 0.1792 0.4321 0.000 0.916 0 0.084 0.000
#> SRR1696118 2 0.1830 0.4045 0.028 0.932 0 0.040 0.000
#> SRR1696119 2 0.4284 0.2144 0.224 0.736 0 0.040 0.000
#> SRR1696120 2 0.1908 0.4286 0.000 0.908 0 0.092 0.000
#> SRR1696121 2 0.1908 0.4243 0.000 0.908 0 0.092 0.000
#> SRR1696122 2 0.2127 0.4076 0.000 0.892 0 0.108 0.000
#> SRR1696125 2 0.0794 0.4413 0.000 0.972 0 0.028 0.000
#> SRR1696124 2 0.2561 0.4001 0.000 0.856 0 0.144 0.000
#> SRR1696123 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696126 2 0.0794 0.4440 0.000 0.972 0 0.028 0.000
#> SRR1696127 2 0.4249 -0.1351 0.000 0.568 0 0.432 0.000
#> SRR1696128 2 0.0963 0.4411 0.000 0.964 0 0.036 0.000
#> SRR1696129 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696130 2 0.0794 0.4314 0.000 0.972 0 0.028 0.000
#> SRR1696131 2 0.4302 -0.2059 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696133 2 0.1410 0.4359 0.000 0.940 0 0.060 0.000
#> SRR1696132 2 0.0794 0.4437 0.000 0.972 0 0.028 0.000
#> SRR1696135 2 0.1043 0.4406 0.000 0.960 0 0.040 0.000
#> SRR1696134 2 0.4294 -0.1996 0.000 0.532 0 0.468 0.000
#> SRR1696136 2 0.1648 0.4110 0.020 0.940 0 0.040 0.000
#> SRR1696137 2 0.3586 0.2443 0.000 0.736 0 0.264 0.000
#> SRR1696138 2 0.0963 0.4312 0.000 0.964 0 0.036 0.000
#> SRR1696139 2 0.4242 -0.1622 0.000 0.572 0 0.428 0.000
#> SRR1696140 2 0.3242 0.2969 0.000 0.784 0 0.216 0.000
#> SRR1696142 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696141 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696143 2 0.3932 0.1526 0.000 0.672 0 0.328 0.000
#> SRR1696144 2 0.0880 0.4408 0.000 0.968 0 0.032 0.000
#> SRR1696146 2 0.4154 0.2921 0.092 0.816 0 0.044 0.048
#> SRR1696145 2 0.3855 0.3133 0.076 0.836 0 0.044 0.044
#> SRR1696148 2 0.4262 -0.1580 0.000 0.560 0 0.440 0.000
#> SRR1696147 2 0.3837 0.1511 0.000 0.692 0 0.308 0.000
#> SRR1696149 2 0.4297 -0.2296 0.000 0.528 0 0.472 0.000
#> SRR1696150 2 0.4262 -0.1943 0.000 0.560 0 0.440 0.000
#> SRR1696151 2 0.4305 -0.2375 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696152 2 0.4302 -0.2332 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696153 2 0.4302 -0.2167 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696154 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696155 2 0.1608 0.4373 0.000 0.928 0 0.072 0.000
#> SRR1696156 2 0.4297 -0.2290 0.000 0.528 0 0.472 0.000
#> SRR1696157 2 0.1043 0.4397 0.000 0.960 0 0.040 0.000
#> SRR1696158 2 0.4306 -0.2335 0.000 0.508 0 0.492 0.000
#> SRR1696159 2 0.3141 0.3221 0.108 0.852 0 0.040 0.000
#> SRR1696160 2 0.3534 0.2161 0.000 0.744 0 0.256 0.000
#> SRR1696161 2 0.3534 0.2792 0.000 0.744 0 0.256 0.000
#> SRR1696162 2 0.4305 -0.2350 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696163 2 0.4300 -0.2323 0.000 0.524 0 0.476 0.000
#> SRR1696164 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696165 2 0.4201 -0.1258 0.000 0.592 0 0.408 0.000
#> SRR1696166 2 0.1792 0.4243 0.000 0.916 0 0.084 0.000
#> SRR1696167 2 0.6523 -0.2672 0.232 0.480 0 0.288 0.000
#> SRR1696169 2 0.1341 0.4362 0.000 0.944 0 0.056 0.000
#> SRR1696168 2 0.4307 -0.2528 0.000 0.500 0 0.500 0.000
#> SRR1696171 2 0.4305 -0.2367 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696170 2 0.4291 -0.2231 0.000 0.536 0 0.464 0.000
#> SRR1696172 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696173 2 0.0404 0.4429 0.000 0.988 0 0.012 0.000
#> SRR1696174 2 0.4273 -0.1467 0.000 0.552 0 0.448 0.000
#> SRR1696176 2 0.4249 -0.1589 0.000 0.568 0 0.432 0.000
#> SRR1696175 2 0.0510 0.4411 0.000 0.984 0 0.016 0.000
#> SRR1696177 2 0.0794 0.4376 0.000 0.972 0 0.028 0.000
#> SRR1696178 2 0.4273 -0.2129 0.000 0.552 0 0.448 0.000
#> SRR1696179 2 0.0609 0.4429 0.000 0.980 0 0.020 0.000
#> SRR1696180 2 0.4307 -0.2366 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696181 2 0.4249 -0.1565 0.000 0.568 0 0.432 0.000
#> SRR1696182 2 0.4262 -0.1625 0.000 0.560 0 0.440 0.000
#> SRR1696183 2 0.4262 -0.1752 0.000 0.560 0 0.440 0.000
#> SRR1696184 2 0.4297 -0.2356 0.000 0.528 0 0.472 0.000
#> SRR1696185 2 0.4342 0.1900 0.232 0.728 0 0.040 0.000
#> SRR1696186 2 0.1544 0.4351 0.000 0.932 0 0.068 0.000
#> SRR1696187 1 0.0703 0.8675 0.976 0.000 0 0.024 0.000
#> SRR1696189 2 0.5577 0.1563 0.172 0.644 0 0.184 0.000
#> SRR1696188 1 0.4343 0.7026 0.768 0.136 0 0.096 0.000
#> SRR1696190 4 0.4304 0.3049 0.000 0.484 0 0.516 0.000
#> SRR1696191 2 0.3305 0.3260 0.000 0.776 0 0.224 0.000
#> SRR1696192 2 0.3913 0.1516 0.000 0.676 0 0.324 0.000
#> SRR1696193 1 0.3934 0.7298 0.800 0.124 0 0.076 0.000
#> SRR1696194 1 0.4618 0.6371 0.724 0.208 0 0.068 0.000
#> SRR1696195 1 0.2124 0.8420 0.916 0.028 0 0.056 0.000
#> SRR1696196 2 0.6606 -0.3372 0.216 0.420 0 0.364 0.000
#> SRR1696197 4 0.2732 0.1848 0.000 0.160 0 0.840 0.000
#> SRR1696198 4 0.2605 0.1964 0.000 0.148 0 0.852 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.6102 0.2585 0.520 0.340 0 0.140 0.000
#> SRR1696201 2 0.4302 -0.3080 0.000 0.520 0 0.480 0.000
#> SRR1696202 1 0.0609 0.8685 0.980 0.000 0 0.020 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0290 0.8708 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> SRR1696204 2 0.3876 0.1426 0.000 0.684 0 0.316 0.000
#> SRR1696206 1 0.4671 0.4336 0.640 0.332 0 0.028 0.000
#> SRR1696207 1 0.0963 0.8637 0.964 0.000 0 0.036 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0290 0.8707 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> SRR1696208 4 0.6349 0.3608 0.160 0.412 0 0.428 0.000
#> SRR1696212 1 0.3215 0.7921 0.852 0.092 0 0.056 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.4717 0.2548 0.144 0.736 0 0.120 0.000
#> SRR1696214 2 0.4305 -0.3153 0.000 0.512 0 0.488 0.000
#> SRR1696215 1 0.6816 -0.4576 0.360 0.320 0 0.320 0.000
#> SRR1696217 1 0.5993 0.3250 0.580 0.248 0 0.172 0.000
#> SRR1696216 1 0.0510 0.8671 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1696218 1 0.0609 0.8686 0.980 0.000 0 0.020 0.000
#> SRR1696219 4 0.5790 0.4248 0.092 0.408 0 0.500 0.000
#> SRR1696220 4 0.5680 0.4023 0.080 0.428 0 0.492 0.000
#> SRR1696221 1 0.2448 0.8220 0.892 0.020 0 0.088 0.000
#> SRR1696222 4 0.4300 0.3182 0.000 0.476 0 0.524 0.000
#> SRR1696224 1 0.3810 0.7365 0.812 0.088 0 0.100 0.000
#> SRR1696223 1 0.3416 0.7780 0.840 0.072 0 0.088 0.000
#> SRR1696225 4 0.4297 0.3253 0.000 0.472 0 0.528 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4264 0.2298 0.212 0.744 0 0.044 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.3192 0.7756 0.848 0.112 0 0.040 0.000
#> SRR1696232 1 0.5410 0.4000 0.584 0.344 0 0.072 0.000
#> SRR1696231 1 0.0510 0.8695 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.2645 0.8140 0.888 0.068 0 0.044 0.000
#> SRR1696235 1 0.0404 0.8703 0.988 0.000 0 0.012 0.000
#> SRR1696234 4 0.6783 0.2633 0.280 0.348 0 0.372 0.000
#> SRR1696236 1 0.4879 0.6129 0.696 0.228 0 0.076 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.2929 0.3960 0.008 0.840 0 0.152 0.000
#> SRR1696239 2 0.5675 0.0638 0.352 0.556 0 0.092 0.000
#> SRR1696240 1 0.1725 0.8553 0.936 0.020 0 0.044 0.000
#> SRR1696241 2 0.5125 -0.0442 0.416 0.544 0 0.040 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.4306 0.2613 0.000 0.492 0 0.508 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0794 0.8625 0.972 0.000 0 0.028 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3264 0.7066 0.820 0.164 0 0.016 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1444 0.8595 0.948 0.012 0 0.040 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1399 0.8530 0.952 0.028 0 0.020 0.000
#> SRR1696260 4 0.6823 0.2501 0.324 0.328 0 0.348 0.000
#> SRR1696259 4 0.6112 0.4209 0.140 0.344 0 0.516 0.000
#> SRR1696261 1 0.3656 0.6906 0.784 0.000 0 0.020 0.196
#> SRR1696262 1 0.1661 0.8552 0.940 0.000 0 0.036 0.024
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.1544 0.4317 0.000 0.932 0 0.068 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.1341 0.4270 0.000 0.944 0 0.056 0.000
#> SRR1696267 2 0.3863 0.3018 0.052 0.796 0 0.152 0.000
#> SRR1696269 1 0.1205 0.8610 0.956 0.004 0 0.040 0.000
#> SRR1696271 1 0.0865 0.8640 0.972 0.004 0 0.024 0.000
#> SRR1696270 1 0.5689 0.4464 0.616 0.248 0 0.136 0.000
#> SRR1696268 2 0.2471 0.3741 0.000 0.864 0 0.136 0.000
#> SRR1696272 1 0.0290 0.8708 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> SRR1696274 2 0.2221 0.4075 0.036 0.912 0 0.052 0.000
#> SRR1696273 2 0.1522 0.4152 0.012 0.944 0 0.044 0.000
#> SRR1696275 2 0.6118 -0.1278 0.164 0.548 0 0.288 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.4138 0.6869 0.776 0.160 0 0.064 0.000
#> SRR1696279 1 0.1549 0.8571 0.944 0.016 0 0.040 0.000
#> SRR1696278 2 0.5028 0.1646 0.260 0.668 0 0.072 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.6133 -0.3799 0.128 0.436 0 0.436 0.000
#> SRR1696282 1 0.1043 0.8623 0.960 0.000 0 0.040 0.000
#> SRR1696283 4 0.5956 0.3748 0.108 0.416 0 0.476 0.000
#> SRR1696286 1 0.0510 0.8698 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1696284 1 0.0510 0.8671 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1696287 2 0.2648 0.4151 0.000 0.848 0 0.152 0.000
#> SRR1696285 1 0.1753 0.8471 0.936 0.032 0 0.032 0.000
#> SRR1696288 4 0.4300 0.3224 0.000 0.476 0 0.524 0.000
#> SRR1696290 4 0.4302 0.3141 0.000 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1696291 2 0.2504 0.3950 0.040 0.896 0 0.064 0.000
#> SRR1696289 4 0.4307 0.2858 0.000 0.496 0 0.504 0.000
#> SRR1696292 2 0.3346 0.3379 0.092 0.844 0 0.064 0.000
#> SRR1696293 1 0.5010 0.5784 0.688 0.224 0 0.088 0.000
#> SRR1696294 1 0.6627 -0.2105 0.452 0.296 0 0.252 0.000
#> SRR1696295 1 0.3110 0.8056 0.860 0.080 0 0.060 0.000
#> SRR1696296 1 0.1341 0.8560 0.944 0.000 0 0.056 0.000
#> SRR1696297 1 0.1741 0.8431 0.936 0.040 0 0.024 0.000
#> SRR1696298 1 0.0290 0.8708 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> SRR1696299 4 0.4300 0.3182 0.000 0.476 0 0.524 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4305 0.3050 0.000 0.488 0 0.512 0.000
#> SRR1696303 4 0.5403 0.3919 0.056 0.456 0 0.488 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.4762 0.2374 0.064 0.700 0 0.236 0.000
#> SRR1696305 2 0.3274 0.3773 0.000 0.780 0 0.220 0.000
#> SRR1696306 2 0.4304 -0.2233 0.000 0.516 0 0.484 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.6071 0.2544 0.556 0.284 0 0.160 0.000
#> SRR1696308 1 0.5495 0.2845 0.500 0.436 0 0.064 0.000
#> SRR1696311 1 0.0865 0.8671 0.972 0.004 0 0.024 0.000
#> SRR1696314 2 0.4307 -0.3253 0.000 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1696312 2 0.3339 0.3224 0.112 0.840 0 0.048 0.000
#> SRR1696313 1 0.1992 0.8377 0.924 0.044 0 0.032 0.000
#> SRR1696315 1 0.0880 0.8649 0.968 0.000 0 0.032 0.000
#> SRR1696316 1 0.5320 0.3694 0.572 0.368 0 0.060 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0290 0.8709 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> SRR1696320 1 0.1670 0.8553 0.936 0.012 0 0.052 0.000
#> SRR1696322 1 0.3950 0.7128 0.796 0.136 0 0.068 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0162 0.8708 0.996 0.000 0 0.004 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8710 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0510 0.8671 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1696327 1 0.3432 0.7409 0.828 0.132 0 0.040 0.000
#> SRR1696328 1 0.3159 0.7970 0.856 0.088 0 0.056 0.000
#> SRR1696329 2 0.2249 0.4224 0.008 0.896 0 0.096 0.000
#> SRR1696330 2 0.4227 -0.0741 0.000 0.580 0 0.420 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696043 6 0.3727 0.4631 0.000 0.388 0 0.000 0.000 0.612
#> SRR1696044 2 0.1765 0.8191 0.000 0.904 0 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696045 2 0.3390 0.6021 0.000 0.704 0 0.000 0.000 0.296
#> SRR1696046 2 0.1863 0.8181 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696047 6 0.3765 0.5601 0.000 0.404 0 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696048 2 0.2178 0.8093 0.000 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696050 2 0.2340 0.8138 0.000 0.852 0 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696051 2 0.1765 0.8213 0.000 0.904 0 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696052 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696053 4 0.0146 1.0000 0.000 0.004 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696054 4 0.0146 1.0000 0.000 0.004 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696055 6 0.3464 0.6442 0.000 0.312 0 0.000 0.000 0.688
#> SRR1696057 2 0.3860 0.1849 0.000 0.528 0 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696049 6 0.2631 0.8095 0.000 0.180 0 0.000 0.000 0.820
#> SRR1696056 2 0.2219 0.8198 0.000 0.864 0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1696059 6 0.3482 0.6876 0.000 0.316 0 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696058 2 0.1714 0.8200 0.000 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696060 2 0.2178 0.8188 0.000 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696061 2 0.3050 0.6980 0.000 0.764 0 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696062 2 0.2631 0.8048 0.000 0.820 0 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696063 2 0.2135 0.8218 0.000 0.872 0 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696064 2 0.2178 0.8216 0.000 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696065 6 0.2762 0.8012 0.000 0.196 0 0.000 0.000 0.804
#> SRR1696066 6 0.1910 0.8060 0.000 0.108 0 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696067 6 0.2340 0.8094 0.000 0.148 0 0.000 0.000 0.852
#> SRR1696068 6 0.2527 0.8036 0.000 0.168 0 0.000 0.000 0.832
#> SRR1696069 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696070 6 0.2092 0.8097 0.000 0.124 0 0.000 0.000 0.876
#> SRR1696071 2 0.3592 0.5770 0.000 0.656 0 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696072 2 0.1863 0.8222 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696073 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696074 6 0.1814 0.8039 0.000 0.100 0 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696075 2 0.1663 0.8195 0.000 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696076 6 0.3101 0.7754 0.000 0.244 0 0.000 0.000 0.756
#> SRR1696077 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696078 2 0.1714 0.8202 0.000 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696079 6 0.2378 0.8087 0.000 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1696080 6 0.3409 0.7074 0.000 0.300 0 0.000 0.000 0.700
#> SRR1696081 6 0.2996 0.7839 0.000 0.228 0 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696083 6 0.2730 0.7975 0.000 0.192 0 0.000 0.000 0.808
#> SRR1696082 6 0.3765 0.4439 0.000 0.404 0 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696084 6 0.3266 0.7215 0.000 0.272 0 0.000 0.000 0.728
#> SRR1696085 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696086 6 0.3747 0.4716 0.000 0.396 0 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696087 2 0.1910 0.8216 0.000 0.892 0 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696088 2 0.3266 0.7254 0.000 0.728 0 0.000 0.000 0.272
#> SRR1696091 2 0.2135 0.8130 0.000 0.872 0 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696089 6 0.3428 0.7209 0.000 0.304 0 0.000 0.000 0.696
#> SRR1696090 2 0.1663 0.8185 0.000 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696092 2 0.2562 0.8023 0.000 0.828 0 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696094 6 0.2697 0.8033 0.000 0.188 0 0.000 0.000 0.812
#> SRR1696093 6 0.3607 0.5220 0.000 0.348 0 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696095 2 0.2178 0.8209 0.000 0.868 0 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696096 2 0.2697 0.8009 0.000 0.812 0 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696097 2 0.2697 0.7995 0.000 0.812 0 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696098 2 0.2454 0.8131 0.000 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696099 2 0.3563 0.4944 0.000 0.664 0 0.000 0.000 0.336
#> SRR1696100 2 0.1714 0.8209 0.000 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696102 2 0.2454 0.8117 0.000 0.840 0 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696103 2 0.3672 0.4455 0.000 0.632 0 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696104 2 0.3390 0.6914 0.000 0.704 0 0.000 0.000 0.296
#> SRR1696105 2 0.3672 0.3669 0.000 0.632 0 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696107 6 0.3101 0.7788 0.000 0.244 0 0.000 0.000 0.756
#> SRR1696108 6 0.2527 0.8036 0.000 0.168 0 0.000 0.000 0.832
#> SRR1696106 2 0.1910 0.8233 0.000 0.892 0 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696110 2 0.3244 0.7330 0.000 0.732 0 0.000 0.000 0.268
#> SRR1696109 6 0.3050 0.7823 0.000 0.236 0 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696111 6 0.2219 0.8113 0.000 0.136 0 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696112 2 0.2883 0.7840 0.000 0.788 0 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696114 6 0.3050 0.7559 0.000 0.236 0 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696113 6 0.2454 0.8083 0.000 0.160 0 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696115 2 0.1957 0.8196 0.000 0.888 0 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696116 2 0.0146 0.7764 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696117 6 0.2340 0.8053 0.000 0.148 0 0.000 0.000 0.852
#> SRR1696118 6 0.1918 0.8007 0.008 0.088 0 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696119 6 0.3183 0.7364 0.112 0.060 0 0.000 0.000 0.828
#> SRR1696120 6 0.1814 0.7612 0.000 0.100 0 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696121 6 0.3646 0.7558 0.000 0.172 0 0.052 0.000 0.776
#> SRR1696122 6 0.2350 0.7374 0.000 0.076 0 0.036 0.000 0.888
#> SRR1696125 6 0.2697 0.8074 0.000 0.188 0 0.000 0.000 0.812
#> SRR1696124 6 0.3804 0.4581 0.000 0.424 0 0.000 0.000 0.576
#> SRR1696123 2 0.1663 0.8189 0.000 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696126 6 0.2912 0.7946 0.000 0.216 0 0.000 0.000 0.784
#> SRR1696127 2 0.3126 0.7255 0.000 0.752 0 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696128 6 0.2454 0.8112 0.000 0.160 0 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696129 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696130 6 0.2135 0.8084 0.000 0.128 0 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696131 2 0.2048 0.8139 0.000 0.880 0 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696133 6 0.3221 0.7615 0.000 0.264 0 0.000 0.000 0.736
#> SRR1696132 6 0.2823 0.7930 0.000 0.204 0 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696135 6 0.2664 0.8089 0.000 0.184 0 0.000 0.000 0.816
#> SRR1696134 2 0.2135 0.8196 0.000 0.872 0 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696136 6 0.1858 0.8016 0.004 0.092 0 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696137 2 0.3854 0.1627 0.000 0.536 0 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696138 6 0.1957 0.8077 0.000 0.112 0 0.000 0.000 0.888
#> SRR1696139 2 0.2823 0.7913 0.000 0.796 0 0.000 0.000 0.204
#> SRR1696140 2 0.3867 0.0984 0.000 0.512 0 0.000 0.000 0.488
#> SRR1696142 2 0.1663 0.8194 0.000 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696141 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696143 2 0.3634 0.4423 0.000 0.644 0 0.000 0.000 0.356
#> SRR1696144 6 0.2762 0.8031 0.000 0.196 0 0.000 0.000 0.804
#> SRR1696146 6 0.1149 0.7495 0.008 0.024 0 0.000 0.008 0.960
#> SRR1696145 6 0.1149 0.7465 0.008 0.024 0 0.000 0.008 0.960
#> SRR1696148 2 0.2664 0.7954 0.000 0.816 0 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696147 2 0.3634 0.5565 0.000 0.644 0 0.000 0.000 0.356
#> SRR1696149 2 0.2003 0.8222 0.000 0.884 0 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696150 2 0.2793 0.7929 0.000 0.800 0 0.000 0.000 0.200
#> SRR1696151 2 0.1863 0.8233 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696152 2 0.2003 0.8226 0.000 0.884 0 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696153 2 0.1957 0.8196 0.000 0.888 0 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696154 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696155 6 0.3266 0.7526 0.000 0.272 0 0.000 0.000 0.728
#> SRR1696156 2 0.2003 0.8229 0.000 0.884 0 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696157 6 0.2823 0.8015 0.000 0.204 0 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696158 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696159 6 0.2006 0.7982 0.016 0.080 0 0.000 0.000 0.904
#> SRR1696160 2 0.3867 0.1830 0.000 0.512 0 0.000 0.000 0.488
#> SRR1696161 2 0.3717 0.2973 0.000 0.616 0 0.000 0.000 0.384
#> SRR1696162 2 0.1863 0.8229 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696163 2 0.1863 0.8217 0.000 0.896 0 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696164 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696165 2 0.2996 0.7725 0.000 0.772 0 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696166 6 0.3330 0.6929 0.000 0.284 0 0.000 0.000 0.716
#> SRR1696167 2 0.5278 0.5458 0.192 0.604 0 0.000 0.000 0.204
#> SRR1696169 6 0.3175 0.7682 0.000 0.256 0 0.000 0.000 0.744
#> SRR1696168 2 0.1556 0.8184 0.000 0.920 0 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696171 2 0.1814 0.8214 0.000 0.900 0 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696170 2 0.2300 0.8181 0.000 0.856 0 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696172 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696173 6 0.2664 0.8039 0.000 0.184 0 0.000 0.000 0.816
#> SRR1696174 2 0.2854 0.7635 0.000 0.792 0 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696176 2 0.2562 0.8050 0.000 0.828 0 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696175 6 0.2562 0.8094 0.000 0.172 0 0.000 0.000 0.828
#> SRR1696177 6 0.2416 0.8122 0.000 0.156 0 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696178 2 0.2597 0.8028 0.000 0.824 0 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696179 6 0.2823 0.7870 0.000 0.204 0 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696180 2 0.1610 0.8182 0.000 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696181 2 0.2883 0.7800 0.000 0.788 0 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696182 2 0.3076 0.7669 0.000 0.760 0 0.000 0.000 0.240
#> SRR1696183 2 0.3151 0.7611 0.000 0.748 0 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696184 2 0.2416 0.8159 0.000 0.844 0 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696185 6 0.2618 0.7581 0.076 0.052 0 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696186 6 0.2454 0.7719 0.000 0.160 0 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696187 1 0.0790 0.8709 0.968 0.000 0 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696189 6 0.5380 0.4078 0.104 0.368 0 0.004 0.000 0.524
#> SRR1696188 1 0.4707 0.6816 0.696 0.148 0 0.004 0.000 0.152
#> SRR1696190 2 0.1644 0.7611 0.000 0.920 0 0.004 0.000 0.076
#> SRR1696191 2 0.3854 -0.0478 0.000 0.536 0 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696192 2 0.3647 0.4372 0.000 0.640 0 0.000 0.000 0.360
#> SRR1696193 1 0.4454 0.6965 0.724 0.144 0 0.004 0.000 0.128
#> SRR1696194 1 0.4700 0.6150 0.648 0.084 0 0.000 0.000 0.268
#> SRR1696195 1 0.3213 0.8031 0.836 0.084 0 0.004 0.000 0.076
#> SRR1696196 2 0.4490 0.5577 0.148 0.720 0 0.004 0.000 0.128
#> SRR1696197 4 0.0146 1.0000 0.000 0.004 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696198 4 0.0146 1.0000 0.000 0.004 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.5899 0.4047 0.504 0.236 0 0.004 0.000 0.256
#> SRR1696201 2 0.2234 0.7352 0.000 0.872 0 0.004 0.000 0.124
#> SRR1696202 1 0.0713 0.8718 0.972 0.000 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0363 0.8748 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696204 2 0.3684 0.4469 0.000 0.664 0 0.004 0.000 0.332
#> SRR1696206 1 0.3717 0.3986 0.616 0.000 0 0.000 0.000 0.384
#> SRR1696207 1 0.1267 0.8595 0.940 0.000 0 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696209 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0547 0.8738 0.980 0.000 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696208 2 0.3955 0.6337 0.092 0.772 0 0.004 0.000 0.132
#> SRR1696212 1 0.4059 0.7429 0.760 0.088 0 0.004 0.000 0.148
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 6 0.4628 0.5826 0.112 0.204 0 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696214 2 0.1663 0.7541 0.000 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696215 2 0.4651 0.4006 0.280 0.652 0 0.004 0.000 0.064
#> SRR1696217 1 0.5565 0.3246 0.508 0.360 0 0.004 0.000 0.128
#> SRR1696216 1 0.0865 0.8651 0.964 0.000 0 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696218 1 0.0632 0.8730 0.976 0.000 0 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696219 2 0.1788 0.7498 0.004 0.916 0 0.004 0.000 0.076
#> SRR1696220 2 0.2520 0.7127 0.000 0.844 0 0.004 0.000 0.152
#> SRR1696221 1 0.3377 0.7864 0.808 0.136 0 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696222 2 0.0547 0.7653 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696224 1 0.4243 0.7167 0.744 0.148 0 0.004 0.000 0.104
#> SRR1696223 1 0.3791 0.7706 0.788 0.092 0 0.004 0.000 0.116
#> SRR1696225 2 0.0935 0.7608 0.000 0.964 0 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696227 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.3416 0.6963 0.140 0.056 0 0.000 0.000 0.804
#> SRR1696228 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.3994 0.7375 0.768 0.092 0 0.004 0.000 0.136
#> SRR1696232 1 0.5483 0.4634 0.560 0.140 0 0.004 0.000 0.296
#> SRR1696231 1 0.0632 0.8728 0.976 0.000 0 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696230 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.3612 0.7712 0.804 0.100 0 0.004 0.000 0.092
#> SRR1696235 1 0.0458 0.8744 0.984 0.000 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696234 2 0.4733 0.4268 0.240 0.668 0 0.004 0.000 0.088
#> SRR1696236 1 0.5254 0.5766 0.620 0.156 0 0.004 0.000 0.220
#> SRR1696237 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 6 0.3746 0.6585 0.012 0.272 0 0.004 0.000 0.712
#> SRR1696239 6 0.5671 0.3225 0.272 0.180 0 0.004 0.000 0.544
#> SRR1696240 1 0.2554 0.8381 0.876 0.028 0 0.004 0.000 0.092
#> SRR1696241 6 0.4765 0.3715 0.352 0.052 0 0.004 0.000 0.592
#> SRR1696244 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.2994 0.6585 0.000 0.788 0 0.004 0.000 0.208
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.1826 0.8460 0.924 0.052 0 0.004 0.000 0.020
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2631 0.7281 0.820 0.000 0 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1556 0.8536 0.920 0.000 0 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696258 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1387 0.8488 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696260 2 0.4319 0.4482 0.248 0.696 0 0.004 0.000 0.052
#> SRR1696259 2 0.1933 0.7242 0.044 0.920 0 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696261 1 0.3683 0.6929 0.764 0.000 0 0.000 0.192 0.044
#> SRR1696262 1 0.1950 0.8500 0.912 0.000 0 0.000 0.024 0.064
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 6 0.1542 0.7667 0.008 0.052 0 0.004 0.000 0.936
#> SRR1696264 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 6 0.1340 0.7596 0.008 0.040 0 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696267 6 0.2905 0.6150 0.008 0.012 0 0.144 0.000 0.836
#> SRR1696269 1 0.2600 0.8263 0.876 0.084 0 0.004 0.000 0.036
#> SRR1696271 1 0.1434 0.8553 0.940 0.048 0 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696270 1 0.5514 0.4430 0.560 0.288 0 0.004 0.000 0.148
#> SRR1696268 6 0.3016 0.6719 0.008 0.048 0 0.092 0.000 0.852
#> SRR1696272 1 0.0260 0.8752 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696274 6 0.2290 0.7951 0.020 0.084 0 0.004 0.000 0.892
#> SRR1696273 6 0.1588 0.7948 0.004 0.072 0 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696275 2 0.5582 0.2819 0.188 0.568 0 0.004 0.000 0.240
#> SRR1696276 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.4587 0.6645 0.708 0.164 0 0.004 0.000 0.124
#> SRR1696279 1 0.1643 0.8550 0.924 0.008 0 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696278 6 0.4836 0.4848 0.196 0.140 0 0.000 0.000 0.664
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.4095 0.6206 0.088 0.756 0 0.004 0.000 0.152
#> SRR1696282 1 0.1387 0.8569 0.932 0.000 0 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696283 2 0.3633 0.6476 0.076 0.800 0 0.004 0.000 0.120
#> SRR1696286 1 0.0458 0.8747 0.984 0.000 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696284 1 0.0865 0.8638 0.964 0.000 0 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696287 6 0.3446 0.7272 0.000 0.308 0 0.000 0.000 0.692
#> SRR1696285 1 0.2724 0.8141 0.864 0.084 0 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696288 2 0.1471 0.7584 0.000 0.932 0 0.004 0.000 0.064
#> SRR1696290 2 0.0547 0.7655 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696291 6 0.1398 0.7424 0.008 0.052 0 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696289 2 0.1219 0.7656 0.000 0.948 0 0.004 0.000 0.048
#> SRR1696292 6 0.1265 0.7404 0.008 0.044 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696293 1 0.5086 0.5985 0.648 0.184 0 0.004 0.000 0.164
#> SRR1696294 2 0.5127 0.0340 0.408 0.516 0 0.004 0.000 0.072
#> SRR1696295 1 0.3925 0.7590 0.764 0.064 0 0.004 0.000 0.168
#> SRR1696296 1 0.2737 0.8231 0.868 0.084 0 0.004 0.000 0.044
#> SRR1696297 1 0.1663 0.8372 0.912 0.000 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696298 1 0.0458 0.8744 0.984 0.000 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696299 2 0.0260 0.7702 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.1219 0.7624 0.000 0.948 0 0.004 0.000 0.048
#> SRR1696303 2 0.1714 0.7533 0.000 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 6 0.5355 0.1827 0.092 0.452 0 0.004 0.000 0.452
#> SRR1696305 6 0.3937 0.3756 0.000 0.424 0 0.004 0.000 0.572
#> SRR1696306 2 0.2703 0.8057 0.000 0.824 0 0.004 0.000 0.172
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.5625 0.3178 0.500 0.360 0 0.004 0.000 0.136
#> SRR1696308 1 0.5642 0.2802 0.472 0.132 0 0.004 0.000 0.392
#> SRR1696311 1 0.0865 0.8705 0.964 0.000 0 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696314 2 0.1908 0.7469 0.000 0.900 0 0.004 0.000 0.096
#> SRR1696312 6 0.2631 0.7834 0.044 0.076 0 0.004 0.000 0.876
#> SRR1696313 1 0.1814 0.8330 0.900 0.000 0 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696315 1 0.1267 0.8595 0.940 0.000 0 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696316 6 0.4651 -0.0652 0.448 0.032 0 0.004 0.000 0.516
#> SRR1696317 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0363 0.8750 0.988 0.000 0 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696320 1 0.2846 0.8213 0.856 0.084 0 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696322 1 0.4364 0.6978 0.732 0.152 0 0.004 0.000 0.112
#> SRR1696321 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0146 0.8752 0.996 0.000 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8754 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0865 0.8638 0.964 0.000 0 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696327 1 0.2562 0.7657 0.828 0.000 0 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696328 1 0.4047 0.7435 0.760 0.084 0 0.004 0.000 0.152
#> SRR1696329 6 0.3668 0.7104 0.000 0.328 0 0.004 0.000 0.668
#> SRR1696330 2 0.2738 0.6471 0.000 0.820 0 0.004 0.000 0.176
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.994 0.2064 0.800 0.800
#> 3 3 0.696 0.889 0.933 1.7634 0.594 0.494
#> 4 4 0.707 0.844 0.862 0.1789 0.888 0.729
#> 5 5 0.718 0.682 0.833 0.0945 0.937 0.805
#> 6 6 0.758 0.741 0.840 0.0176 0.961 0.860
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.9460 0.420 0.364 0.636
#> SRR1696118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.8909 0.549 0.308 0.692
#> SRR1696129 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696167 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.7674 0.717 0.776 0.224
#> SRR1696186 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696189 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.9710 0.324 0.400 0.600
#> SRR1696192 2 0.9686 0.335 0.396 0.604
#> SRR1696193 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696200 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696202 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696203 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696205 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR1696207 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696209 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696210 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696208 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696211 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696217 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696216 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696218 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696224 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696223 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696227 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696226 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696228 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696229 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696230 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696233 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696234 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696244 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696243 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696245 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696246 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696247 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696248 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696249 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696250 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696252 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696253 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696251 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696254 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696255 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696256 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696258 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696257 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696260 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696259 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.3274 0.930 0.940 0.060
#> SRR1696262 1 0.6438 0.807 0.836 0.164
#> SRR1696263 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696265 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696270 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696276 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696277 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696279 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696280 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696282 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696284 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696294 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696295 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696297 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696298 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696301 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696302 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696307 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR1696309 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696310 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696311 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696313 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696315 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696316 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696317 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696318 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696319 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696320 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696322 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696321 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696324 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696323 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696326 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696325 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696327 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR1696328 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696329 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696029 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696030 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696031 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696032 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696033 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696034 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696035 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696038 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696041 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696042 3 0.0747 0.94239 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696043 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.4353 0.78639 0.008 0.836 0.156
#> SRR1696048 2 0.1711 0.93450 0.008 0.960 0.032
#> SRR1696050 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0237 0.96568 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0237 0.96568 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0237 0.96570 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0237 0.96570 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0424 0.96195 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 1 0.4842 0.85226 0.776 0.224 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.6521 0.04797 0.004 0.496 0.500
#> SRR1696118 2 0.0424 0.96195 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696119 2 0.0592 0.95802 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.1453 0.94223 0.008 0.968 0.024
#> SRR1696124 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 3 0.4861 0.72677 0.008 0.192 0.800
#> SRR1696129 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0237 0.96568 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0237 0.96570 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0424 0.96195 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0424 0.96195 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.4409 0.76525 0.004 0.824 0.172
#> SRR1696167 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.96568 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0892 0.92946 0.000 0.020 0.980
#> SRR1696186 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696189 1 0.4654 0.86861 0.792 0.208 0.000
#> SRR1696188 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696190 2 0.6225 0.00953 0.432 0.568 0.000
#> SRR1696191 3 0.6513 0.12260 0.004 0.476 0.520
#> SRR1696192 3 0.6518 0.09403 0.004 0.484 0.512
#> SRR1696193 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696194 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696195 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696196 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696200 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696201 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696202 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696203 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696205 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696204 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696206 1 0.1905 0.83269 0.956 0.016 0.028
#> SRR1696207 1 0.2261 0.86051 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696209 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696210 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696208 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696212 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696211 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696213 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696214 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696215 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696217 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696216 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696218 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696219 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696220 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696221 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696222 1 0.4654 0.86853 0.792 0.208 0.000
#> SRR1696224 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696223 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696225 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696227 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696226 2 0.5016 0.61627 0.240 0.760 0.000
#> SRR1696228 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696229 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696232 1 0.4504 0.87271 0.804 0.196 0.000
#> SRR1696231 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696230 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696233 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696235 1 0.4062 0.87138 0.836 0.164 0.000
#> SRR1696234 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696236 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696237 1 0.3816 0.87018 0.852 0.148 0.000
#> SRR1696238 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696239 1 0.5650 0.73022 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696240 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696241 2 0.7346 0.12038 0.432 0.536 0.032
#> SRR1696244 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696243 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696242 2 0.6274 -0.09548 0.456 0.544 0.000
#> SRR1696245 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696246 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696247 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696248 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696249 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696250 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696252 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696253 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696251 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696254 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696255 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696256 1 0.4555 0.87260 0.800 0.200 0.000
#> SRR1696258 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696257 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696260 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696259 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696261 3 0.0592 0.93578 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696262 3 0.0592 0.93578 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696263 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696271 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696270 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.4172 0.87067 0.840 0.156 0.004
#> SRR1696274 1 0.6026 0.60588 0.624 0.376 0.000
#> SRR1696273 2 0.6126 0.52630 0.268 0.712 0.020
#> SRR1696275 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696276 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696277 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696279 1 0.3116 0.86594 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696278 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696280 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696281 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696282 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696283 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696286 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696284 1 0.3482 0.86867 0.872 0.128 0.000
#> SRR1696287 1 0.4750 0.86048 0.784 0.216 0.000
#> SRR1696285 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696288 1 0.5178 0.81517 0.744 0.256 0.000
#> SRR1696290 2 0.6235 -0.01365 0.436 0.564 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.3551 0.80826 0.132 0.868 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.94439 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696294 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696295 1 0.4452 0.87260 0.808 0.192 0.000
#> SRR1696296 1 0.4555 0.87260 0.800 0.200 0.000
#> SRR1696297 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696298 1 0.1031 0.85327 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696299 2 0.0592 0.95786 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696301 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696300 2 0.0237 0.96570 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696303 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696302 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696304 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696305 1 0.5058 0.82936 0.756 0.244 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.96913 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.1774 0.83597 0.960 0.016 0.024
#> SRR1696309 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696310 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696308 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696311 1 0.7462 0.71891 0.696 0.124 0.180
#> SRR1696314 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696312 2 0.4605 0.68803 0.204 0.796 0.000
#> SRR1696313 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696315 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696316 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696317 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696318 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696319 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696320 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696322 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696321 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696324 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696323 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696326 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696325 1 0.0747 0.85174 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696327 1 0.4782 0.68695 0.820 0.016 0.164
#> SRR1696328 1 0.4605 0.87237 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696329 2 0.7274 -0.14753 0.452 0.520 0.028
#> SRR1696330 2 0.0424 0.96196 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696029 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696030 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696031 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696032 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696033 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696034 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696035 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696038 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696041 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696042 3 0.3249 0.914 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1696043 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0524 0.908 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696045 2 0.0469 0.907 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0469 0.907 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.8611 0.525 0.136 0.540 0.164 0.160
#> SRR1696048 2 0.7720 0.643 0.148 0.616 0.076 0.160
#> SRR1696050 2 0.1520 0.898 0.024 0.956 0.000 0.020
#> SRR1696051 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0469 0.907 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0657 0.907 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696062 2 0.5664 0.756 0.124 0.720 0.000 0.156
#> SRR1696063 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.4499 0.829 0.072 0.804 0.000 0.124
#> SRR1696066 2 0.5351 0.778 0.104 0.744 0.000 0.152
#> SRR1696067 2 0.4756 0.812 0.072 0.784 0.000 0.144
#> SRR1696068 2 0.2111 0.895 0.044 0.932 0.000 0.024
#> SRR1696069 2 0.2610 0.876 0.012 0.900 0.000 0.088
#> SRR1696070 2 0.1824 0.894 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR1696071 2 0.3390 0.847 0.016 0.852 0.000 0.132
#> SRR1696072 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.4656 0.819 0.072 0.792 0.000 0.136
#> SRR1696075 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.3907 0.843 0.044 0.836 0.000 0.120
#> SRR1696078 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.3966 0.855 0.072 0.840 0.000 0.088
#> SRR1696080 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0336 0.908 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0657 0.907 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.3312 0.873 0.072 0.876 0.000 0.052
#> SRR1696093 2 0.5594 0.756 0.112 0.724 0.000 0.164
#> SRR1696095 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.2399 0.890 0.032 0.920 0.000 0.048
#> SRR1696107 2 0.4775 0.813 0.076 0.784 0.000 0.140
#> SRR1696108 2 0.0921 0.904 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696109 2 0.3312 0.873 0.072 0.876 0.000 0.052
#> SRR1696111 2 0.4724 0.817 0.076 0.788 0.000 0.136
#> SRR1696112 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.3900 0.857 0.072 0.844 0.000 0.084
#> SRR1696115 4 0.4417 0.679 0.044 0.160 0.000 0.796
#> SRR1696116 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696117 2 0.8586 0.454 0.096 0.520 0.232 0.152
#> SRR1696118 2 0.6231 0.687 0.148 0.668 0.000 0.184
#> SRR1696119 2 0.6724 0.616 0.192 0.616 0.000 0.192
#> SRR1696120 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.5893 0.745 0.128 0.712 0.004 0.156
#> SRR1696124 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4621 0.824 0.076 0.796 0.000 0.128
#> SRR1696127 2 0.3764 0.861 0.072 0.852 0.000 0.076
#> SRR1696128 3 0.8871 0.224 0.096 0.296 0.456 0.152
#> SRR1696129 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.3900 0.858 0.072 0.844 0.000 0.084
#> SRR1696131 2 0.5209 0.790 0.104 0.756 0.000 0.140
#> SRR1696133 2 0.4724 0.817 0.076 0.788 0.000 0.136
#> SRR1696132 2 0.1716 0.893 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.3471 0.871 0.072 0.868 0.000 0.060
#> SRR1696134 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.6142 0.697 0.140 0.676 0.000 0.184
#> SRR1696137 2 0.4332 0.839 0.072 0.816 0.000 0.112
#> SRR1696138 2 0.5140 0.792 0.096 0.760 0.000 0.144
#> SRR1696139 2 0.0188 0.909 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696140 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0707 0.906 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.2670 0.884 0.072 0.904 0.000 0.024
#> SRR1696146 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.1388 0.902 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1696151 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.4100 0.838 0.048 0.824 0.000 0.128
#> SRR1696154 2 0.2142 0.891 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1696155 2 0.4890 0.806 0.080 0.776 0.000 0.144
#> SRR1696156 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.2871 0.881 0.072 0.896 0.000 0.032
#> SRR1696158 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.6429 0.659 0.160 0.648 0.000 0.192
#> SRR1696160 2 0.1637 0.895 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.2542 0.880 0.012 0.904 0.000 0.084
#> SRR1696162 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696165 2 0.1820 0.893 0.020 0.944 0.000 0.036
#> SRR1696166 2 0.6461 0.747 0.116 0.704 0.036 0.144
#> SRR1696167 2 0.4688 0.823 0.080 0.792 0.000 0.128
#> SRR1696169 2 0.4920 0.808 0.088 0.776 0.000 0.136
#> SRR1696168 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0336 0.907 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696172 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.4093 0.849 0.072 0.832 0.000 0.096
#> SRR1696174 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.5560 0.760 0.116 0.728 0.000 0.156
#> SRR1696177 2 0.2844 0.884 0.052 0.900 0.000 0.048
#> SRR1696178 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0817 0.904 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0188 0.908 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.4889 0.720 0.028 0.156 0.788 0.028
#> SRR1696186 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.4250 0.894 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1696189 4 0.2111 0.853 0.044 0.024 0.000 0.932
#> SRR1696188 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696190 4 0.5917 0.465 0.056 0.320 0.000 0.624
#> SRR1696191 2 0.8658 0.448 0.104 0.516 0.228 0.152
#> SRR1696192 2 0.8658 0.448 0.104 0.516 0.228 0.152
#> SRR1696193 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696194 4 0.2081 0.817 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696195 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696196 4 0.0672 0.870 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696197 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696200 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696201 4 0.0672 0.870 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696202 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696203 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696205 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696204 4 0.0336 0.874 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696206 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696207 4 0.4994 -0.375 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696209 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696210 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696208 4 0.0524 0.872 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696212 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696211 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696213 4 0.0524 0.872 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1696214 4 0.0672 0.870 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696215 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696217 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696216 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696218 1 0.4977 0.543 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1696219 4 0.0336 0.874 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696220 4 0.0524 0.872 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696221 4 0.0707 0.864 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696222 4 0.1557 0.836 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1696224 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696223 4 0.2125 0.825 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR1696225 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696227 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696226 2 0.7356 0.190 0.164 0.468 0.000 0.368
#> SRR1696228 1 0.3975 0.936 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1696229 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696232 4 0.2675 0.799 0.100 0.008 0.000 0.892
#> SRR1696231 1 0.4746 0.743 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696230 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696233 4 0.0524 0.872 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696235 4 0.3444 0.674 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1696234 4 0.0336 0.874 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696236 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696237 4 0.4382 0.402 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1696238 4 0.1151 0.866 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR1696239 4 0.5128 0.670 0.092 0.148 0.000 0.760
#> SRR1696240 4 0.1022 0.859 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696241 1 0.6897 0.344 0.584 0.160 0.000 0.256
#> SRR1696244 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696243 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696242 4 0.5522 0.522 0.044 0.288 0.000 0.668
#> SRR1696245 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696246 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696247 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696248 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696249 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696250 1 0.4624 0.796 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696252 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696253 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696251 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696254 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696255 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696256 4 0.3074 0.726 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1696258 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696257 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696260 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696259 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696261 3 0.0779 0.934 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1696262 3 0.1114 0.930 0.016 0.004 0.972 0.008
#> SRR1696263 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696265 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696266 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0524 0.872 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1696271 4 0.3088 0.772 0.128 0.008 0.000 0.864
#> SRR1696270 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696268 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.6351 0.556 0.588 0.080 0.000 0.332
#> SRR1696274 4 0.6095 0.551 0.108 0.224 0.000 0.668
#> SRR1696273 2 0.6773 0.529 0.136 0.588 0.000 0.276
#> SRR1696275 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696276 1 0.4250 0.895 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1696277 4 0.0804 0.873 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1696279 4 0.4967 -0.278 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696278 4 0.2271 0.824 0.076 0.008 0.000 0.916
#> SRR1696280 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696281 4 0.0672 0.870 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696282 1 0.4072 0.923 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696283 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696286 1 0.4713 0.764 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1696284 1 0.4888 0.655 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1696287 4 0.2644 0.835 0.060 0.032 0.000 0.908
#> SRR1696285 4 0.0657 0.870 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1696288 4 0.2662 0.783 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR1696290 4 0.6215 0.389 0.072 0.328 0.000 0.600
#> SRR1696291 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.4677 0.790 0.048 0.776 0.000 0.176
#> SRR1696292 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0672 0.874 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696294 4 0.1854 0.853 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR1696295 4 0.2647 0.774 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696296 4 0.2345 0.800 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696297 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696298 4 0.4933 -0.194 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1696299 2 0.5032 0.794 0.080 0.764 0.000 0.156
#> SRR1696301 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696300 2 0.2313 0.894 0.044 0.924 0.000 0.032
#> SRR1696303 4 0.0804 0.867 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR1696302 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696304 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696305 4 0.5653 0.605 0.096 0.192 0.000 0.712
#> SRR1696306 2 0.3400 0.873 0.064 0.872 0.000 0.064
#> SRR1696307 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696309 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696310 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696308 4 0.0524 0.875 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696311 1 0.7555 0.465 0.452 0.008 0.148 0.392
#> SRR1696314 4 0.0672 0.870 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696312 2 0.7401 0.335 0.196 0.504 0.000 0.300
#> SRR1696313 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696315 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696316 4 0.2266 0.816 0.084 0.004 0.000 0.912
#> SRR1696317 1 0.4072 0.923 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696318 1 0.3942 0.939 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696319 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696320 4 0.1389 0.846 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696322 4 0.0672 0.873 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1696321 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696324 1 0.4804 0.710 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1696323 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696326 1 0.3907 0.943 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1696325 1 0.3873 0.940 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696327 1 0.3937 0.887 0.800 0.012 0.000 0.188
#> SRR1696328 4 0.0524 0.872 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1696329 4 0.6812 0.456 0.120 0.284 0.004 0.592
#> SRR1696330 2 0.5396 0.776 0.104 0.740 0.000 0.156
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696029 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696030 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696031 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696032 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696033 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696034 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696035 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696038 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696041 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696042 3 0.4946 0.7976 0.000 0.000 0.648 0.052 0.300
#> SRR1696043 2 0.1012 0.7609 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1696044 2 0.1831 0.7356 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1696045 2 0.2074 0.7255 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696046 2 0.1908 0.7220 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696047 5 0.7627 0.6450 0.024 0.224 0.172 0.056 0.524
#> SRR1696048 5 0.7565 0.6627 0.024 0.240 0.160 0.052 0.524
#> SRR1696050 2 0.4404 0.4070 0.000 0.704 0.000 0.032 0.264
#> SRR1696051 2 0.0807 0.7606 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696052 2 0.0566 0.7607 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696053 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.1399 0.7621 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1696057 2 0.0771 0.7584 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696049 2 0.3300 0.6089 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1696056 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696059 2 0.2439 0.7172 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1696058 2 0.0671 0.7593 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696060 2 0.0771 0.7581 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696061 2 0.3381 0.6778 0.004 0.820 0.000 0.016 0.160
#> SRR1696062 5 0.5167 0.5825 0.000 0.404 0.000 0.044 0.552
#> SRR1696063 2 0.0703 0.7505 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696064 2 0.1386 0.7615 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1696065 2 0.4574 0.0599 0.000 0.576 0.000 0.012 0.412
#> SRR1696066 2 0.5246 -0.2577 0.024 0.512 0.000 0.012 0.452
#> SRR1696067 2 0.4403 0.1964 0.000 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1696068 2 0.4329 0.4312 0.000 0.672 0.000 0.016 0.312
#> SRR1696069 2 0.2824 0.6795 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR1696070 2 0.3913 0.3935 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1696071 2 0.3692 0.6641 0.000 0.812 0.000 0.052 0.136
#> SRR1696072 2 0.0771 0.7580 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696073 2 0.0609 0.7594 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696074 2 0.4722 0.2264 0.000 0.608 0.000 0.024 0.368
#> SRR1696075 2 0.0807 0.7616 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696076 2 0.2462 0.7171 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1696077 2 0.4546 0.2542 0.000 0.668 0.000 0.028 0.304
#> SRR1696078 2 0.0566 0.7598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696079 2 0.4321 0.1790 0.000 0.600 0.000 0.004 0.396
#> SRR1696080 2 0.2674 0.6870 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1696081 2 0.2674 0.6912 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1696083 2 0.1211 0.7605 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1696082 2 0.1197 0.7527 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696084 2 0.0671 0.7594 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696085 2 0.0798 0.7624 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696086 2 0.0898 0.7627 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696087 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696088 2 0.2450 0.7378 0.000 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1696091 2 0.0880 0.7549 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696089 2 0.2624 0.7209 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1696090 2 0.0566 0.7604 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696092 2 0.0671 0.7595 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696094 2 0.4299 0.2087 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388
#> SRR1696093 2 0.5196 -0.1472 0.028 0.536 0.000 0.008 0.428
#> SRR1696095 2 0.0794 0.7564 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696096 2 0.0671 0.7594 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696097 2 0.0771 0.7581 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696098 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696099 2 0.0794 0.7564 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696100 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696102 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696103 2 0.0703 0.7577 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696104 2 0.0671 0.7603 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696105 2 0.3612 0.6461 0.000 0.800 0.000 0.028 0.172
#> SRR1696107 5 0.5114 0.3721 0.000 0.472 0.000 0.036 0.492
#> SRR1696108 2 0.3707 0.4814 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1696106 2 0.0693 0.7605 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696110 2 0.1205 0.7457 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696109 2 0.4264 0.2508 0.000 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1696111 2 0.4327 0.2731 0.000 0.632 0.000 0.008 0.360
#> SRR1696112 2 0.0579 0.7601 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696114 2 0.0880 0.7577 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696113 2 0.4425 0.1771 0.000 0.600 0.000 0.008 0.392
#> SRR1696115 4 0.6407 0.3494 0.016 0.220 0.000 0.576 0.188
#> SRR1696116 2 0.0671 0.7623 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696117 5 0.7476 0.6336 0.024 0.244 0.216 0.024 0.492
#> SRR1696118 5 0.5571 0.6655 0.048 0.332 0.000 0.020 0.600
#> SRR1696119 5 0.6373 0.6661 0.108 0.304 0.004 0.020 0.564
#> SRR1696120 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 5 0.5680 0.6683 0.024 0.328 0.020 0.020 0.608
#> SRR1696124 2 0.2674 0.6920 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1696123 2 0.0771 0.7611 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696126 2 0.4692 -0.1909 0.004 0.528 0.000 0.008 0.460
#> SRR1696127 2 0.4415 0.1873 0.000 0.604 0.000 0.008 0.388
#> SRR1696128 5 0.7493 0.5680 0.024 0.216 0.248 0.024 0.488
#> SRR1696129 2 0.0865 0.7562 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696130 2 0.4415 0.1921 0.000 0.604 0.000 0.008 0.388
#> SRR1696131 2 0.5118 -0.2143 0.000 0.548 0.000 0.040 0.412
#> SRR1696133 2 0.5092 -0.1841 0.000 0.524 0.000 0.036 0.440
#> SRR1696132 2 0.3895 0.4062 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696135 2 0.4971 0.3431 0.004 0.628 0.000 0.036 0.332
#> SRR1696134 2 0.0693 0.7603 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696136 5 0.5486 0.4860 0.024 0.440 0.000 0.024 0.512
#> SRR1696137 2 0.4787 -0.0813 0.000 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1696138 5 0.4908 0.5399 0.004 0.416 0.000 0.020 0.560
#> SRR1696139 2 0.0992 0.7621 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1696140 2 0.0992 0.7605 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1696142 2 0.0451 0.7593 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696141 2 0.0794 0.7487 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696143 2 0.1830 0.7506 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1696144 2 0.4088 0.2917 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696146 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.1117 0.7632 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1696147 2 0.0955 0.7606 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696149 2 0.0609 0.7594 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696150 2 0.3326 0.6808 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR1696151 2 0.0955 0.7544 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1696152 2 0.0566 0.7598 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696153 2 0.4498 0.3474 0.000 0.688 0.000 0.032 0.280
#> SRR1696154 2 0.3016 0.6603 0.000 0.848 0.000 0.020 0.132
#> SRR1696155 5 0.5174 0.4578 0.004 0.444 0.000 0.032 0.520
#> SRR1696156 2 0.0324 0.7599 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696157 2 0.4101 0.2677 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1696158 2 0.0771 0.7581 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696159 5 0.5938 0.5118 0.052 0.440 0.000 0.024 0.484
#> SRR1696160 2 0.4015 0.3417 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696161 2 0.3159 0.7042 0.000 0.856 0.000 0.056 0.088
#> SRR1696162 2 0.0865 0.7601 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696163 2 0.0771 0.7580 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696164 2 0.0880 0.7549 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696165 2 0.4479 0.3823 0.000 0.700 0.000 0.036 0.264
#> SRR1696166 5 0.5173 0.6263 0.004 0.372 0.016 0.016 0.592
#> SRR1696167 2 0.5304 0.0929 0.000 0.560 0.000 0.056 0.384
#> SRR1696169 2 0.4889 -0.2921 0.004 0.504 0.000 0.016 0.476
#> SRR1696168 2 0.1124 0.7474 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696171 2 0.2408 0.7270 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092
#> SRR1696170 2 0.2189 0.7271 0.000 0.904 0.000 0.012 0.084
#> SRR1696172 2 0.0771 0.7580 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696173 2 0.4403 0.1993 0.000 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1696174 2 0.3284 0.6911 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148
#> SRR1696176 2 0.1818 0.7590 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR1696175 5 0.5266 0.4032 0.016 0.468 0.000 0.020 0.496
#> SRR1696177 2 0.4473 0.3932 0.000 0.656 0.000 0.020 0.324
#> SRR1696178 2 0.0324 0.7599 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696179 2 0.1626 0.7584 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1696180 2 0.0671 0.7593 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696181 2 0.3527 0.6550 0.000 0.804 0.000 0.024 0.172
#> SRR1696182 2 0.2011 0.7353 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1696183 2 0.3789 0.5806 0.000 0.760 0.000 0.016 0.224
#> SRR1696184 2 0.2674 0.7107 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1696185 3 0.5086 0.3786 0.000 0.040 0.564 0.000 0.396
#> SRR1696186 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.1965 0.8345 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696189 4 0.2459 0.8437 0.040 0.052 0.000 0.904 0.004
#> SRR1696188 4 0.2208 0.8681 0.072 0.020 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696190 4 0.5702 0.4566 0.008 0.208 0.000 0.648 0.136
#> SRR1696191 5 0.7846 0.6009 0.024 0.224 0.208 0.056 0.488
#> SRR1696192 5 0.7846 0.6009 0.024 0.224 0.208 0.056 0.488
#> SRR1696193 4 0.2208 0.8681 0.072 0.020 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696194 4 0.3424 0.7322 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1696195 4 0.2020 0.8583 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1696196 4 0.1831 0.8628 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.2344 0.8666 0.064 0.032 0.000 0.904 0.000
#> SRR1696201 4 0.1942 0.8653 0.068 0.012 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696202 1 0.0703 0.8957 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0510 0.8996 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696204 4 0.2069 0.8680 0.076 0.012 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696206 1 0.0162 0.9021 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696207 1 0.5542 0.1200 0.532 0.000 0.000 0.396 0.072
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.2036 0.8662 0.056 0.024 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696212 4 0.2020 0.8583 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1696211 1 0.0451 0.8980 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696213 4 0.2104 0.8670 0.060 0.024 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696214 4 0.1830 0.8631 0.068 0.008 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696215 4 0.2136 0.8645 0.088 0.008 0.000 0.904 0.000
#> SRR1696217 4 0.1952 0.8652 0.084 0.004 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.3730 0.5417 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1696219 4 0.1851 0.8612 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696220 4 0.1792 0.8613 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696221 4 0.2389 0.8528 0.116 0.004 0.000 0.880 0.000
#> SRR1696222 4 0.4560 0.7918 0.052 0.092 0.000 0.792 0.064
#> SRR1696224 4 0.2208 0.8681 0.072 0.020 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696223 4 0.3883 0.8340 0.112 0.032 0.000 0.824 0.032
#> SRR1696225 4 0.2079 0.8683 0.064 0.020 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 5 0.7612 0.5895 0.124 0.256 0.000 0.132 0.488
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.1965 0.8595 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1696232 4 0.4170 0.7738 0.192 0.000 0.000 0.760 0.048
#> SRR1696231 1 0.0880 0.8910 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.1732 0.8608 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696235 4 0.4666 0.3789 0.412 0.016 0.000 0.572 0.000
#> SRR1696234 4 0.2104 0.8673 0.060 0.024 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696236 4 0.2127 0.8562 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696237 1 0.4298 0.3815 0.640 0.000 0.000 0.352 0.008
#> SRR1696238 4 0.2504 0.8652 0.064 0.032 0.000 0.900 0.004
#> SRR1696239 4 0.6428 0.5448 0.064 0.096 0.000 0.616 0.224
#> SRR1696240 4 0.2773 0.8165 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696241 1 0.6741 -0.0402 0.456 0.116 0.000 0.032 0.396
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.6176 0.4768 0.032 0.224 0.000 0.624 0.120
#> SRR1696245 1 0.0703 0.8957 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0609 0.8976 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696250 1 0.1732 0.8548 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1696252 1 0.0324 0.9019 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0404 0.9010 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696254 1 0.1117 0.8799 0.964 0.020 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 4 0.4225 0.5148 0.364 0.004 0.000 0.632 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 4 0.2270 0.8683 0.076 0.020 0.000 0.904 0.000
#> SRR1696259 4 0.2236 0.8678 0.068 0.024 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696261 3 0.3158 0.7939 0.004 0.008 0.840 0.004 0.144
#> SRR1696262 3 0.4352 0.6051 0.004 0.008 0.688 0.004 0.296
#> SRR1696263 1 0.0703 0.8957 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.2074 0.8575 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1696271 4 0.4697 0.5506 0.320 0.032 0.000 0.648 0.000
#> SRR1696270 4 0.2171 0.8680 0.064 0.024 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.5894 0.2903 0.548 0.064 0.004 0.372 0.012
#> SRR1696274 4 0.7298 -0.1825 0.040 0.184 0.000 0.400 0.376
#> SRR1696273 5 0.6969 0.6096 0.044 0.244 0.000 0.176 0.536
#> SRR1696275 4 0.2300 0.8676 0.072 0.024 0.000 0.904 0.000
#> SRR1696276 1 0.1197 0.8792 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696277 4 0.2124 0.8642 0.056 0.028 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696279 1 0.5447 0.1260 0.536 0.000 0.000 0.400 0.064
#> SRR1696278 4 0.3963 0.8367 0.104 0.020 0.000 0.820 0.056
#> SRR1696280 1 0.0451 0.8980 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696281 4 0.1671 0.8603 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696282 1 0.2377 0.7968 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1696283 4 0.2020 0.8583 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1696286 1 0.4269 0.5203 0.684 0.016 0.000 0.300 0.000
#> SRR1696284 1 0.6345 0.4299 0.576 0.012 0.000 0.216 0.196
#> SRR1696287 4 0.4853 0.6784 0.020 0.076 0.000 0.748 0.156
#> SRR1696285 4 0.2358 0.8591 0.104 0.008 0.000 0.888 0.000
#> SRR1696288 4 0.2737 0.8215 0.020 0.052 0.000 0.896 0.032
#> SRR1696290 4 0.6516 0.0729 0.004 0.292 0.000 0.504 0.200
#> SRR1696291 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.6213 0.1015 0.012 0.596 0.000 0.204 0.188
#> SRR1696292 3 0.0000 0.8859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.2209 0.8627 0.056 0.032 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696294 4 0.3323 0.8380 0.048 0.040 0.000 0.868 0.044
#> SRR1696295 4 0.4151 0.5563 0.344 0.004 0.000 0.652 0.000
#> SRR1696296 4 0.3752 0.6542 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.4383 0.1623 0.572 0.000 0.000 0.424 0.004
#> SRR1696299 2 0.5019 0.1138 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3085 0.6830 0.000 0.852 0.000 0.032 0.116
#> SRR1696303 4 0.1764 0.8618 0.064 0.008 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696302 1 0.0579 0.8972 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696304 4 0.2144 0.8687 0.068 0.020 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696305 4 0.6849 0.0597 0.028 0.148 0.000 0.480 0.344
#> SRR1696306 2 0.4654 0.2618 0.000 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR1696307 1 0.1310 0.8728 0.956 0.024 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.2171 0.8676 0.064 0.024 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696308 4 0.2172 0.8682 0.076 0.016 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696311 1 0.7088 0.3733 0.520 0.024 0.084 0.044 0.328
#> SRR1696314 4 0.1943 0.8657 0.056 0.020 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696312 5 0.7179 0.6274 0.168 0.244 0.004 0.052 0.532
#> SRR1696313 1 0.0880 0.8913 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.4925 0.6977 0.232 0.036 0.000 0.708 0.024
#> SRR1696317 1 0.1121 0.8823 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0451 0.8999 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696320 4 0.3563 0.7669 0.208 0.012 0.000 0.780 0.000
#> SRR1696322 4 0.2171 0.8676 0.064 0.024 0.000 0.912 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0963 0.8883 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.2179 0.8135 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696328 4 0.2208 0.8681 0.072 0.020 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696329 4 0.7153 -0.2006 0.028 0.164 0.004 0.408 0.396
#> SRR1696330 2 0.5451 -0.0734 0.004 0.588 0.000 0.064 0.344
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696029 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696030 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696031 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696032 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696033 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696034 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696041 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696042 5 0.0260 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696043 2 0.1471 0.8220 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1696044 2 0.1643 0.8174 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1696045 2 0.2362 0.7882 0.000 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1696046 2 0.1970 0.8045 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR1696047 6 0.3652 0.4413 0.020 0.036 0.052 0.044 0.004 0.844
#> SRR1696048 6 0.3345 0.4574 0.012 0.044 0.036 0.044 0.004 0.860
#> SRR1696050 2 0.3872 0.2793 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004 0.392
#> SRR1696051 2 0.0260 0.8262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696052 2 0.0146 0.8240 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.1010 0.8288 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696057 2 0.0405 0.8252 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696049 2 0.3074 0.7360 0.004 0.792 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1696056 2 0.0291 0.8251 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696059 2 0.2051 0.8148 0.000 0.896 0.000 0.004 0.004 0.096
#> SRR1696058 2 0.0146 0.8240 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2805 0.7591 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1696062 6 0.4237 0.5406 0.004 0.308 0.000 0.028 0.000 0.660
#> SRR1696063 2 0.0291 0.8242 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696064 2 0.1556 0.8191 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696065 2 0.4170 0.5232 0.020 0.648 0.000 0.004 0.000 0.328
#> SRR1696066 2 0.4752 0.1978 0.032 0.540 0.000 0.004 0.004 0.420
#> SRR1696067 2 0.3636 0.5851 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR1696068 2 0.3074 0.7276 0.000 0.792 0.000 0.004 0.004 0.200
#> SRR1696069 2 0.3514 0.6444 0.000 0.752 0.000 0.020 0.000 0.228
#> SRR1696070 2 0.3547 0.6258 0.000 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1696071 2 0.3726 0.6841 0.000 0.752 0.000 0.028 0.004 0.216
#> SRR1696072 2 0.0146 0.8240 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696074 2 0.3578 0.5419 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696075 2 0.0405 0.8272 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696076 2 0.1285 0.8249 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696077 2 0.4018 0.3748 0.000 0.656 0.000 0.020 0.000 0.324
#> SRR1696078 2 0.0520 0.8247 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1696079 2 0.3531 0.5817 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1696080 2 0.1364 0.8247 0.000 0.944 0.000 0.004 0.004 0.048
#> SRR1696081 2 0.2738 0.7614 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1696083 2 0.1296 0.8230 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1696082 2 0.1429 0.8241 0.000 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1696084 2 0.0146 0.8258 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696085 2 0.1462 0.8107 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1696086 2 0.0551 0.8265 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1696087 2 0.0146 0.8240 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1615 0.8204 0.000 0.928 0.000 0.004 0.004 0.064
#> SRR1696091 2 0.0508 0.8223 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696089 2 0.2362 0.7862 0.000 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1696090 2 0.0405 0.8254 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696092 2 0.0405 0.8251 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696094 2 0.3528 0.6301 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR1696093 2 0.4573 0.4373 0.044 0.624 0.000 0.004 0.000 0.328
#> SRR1696095 2 0.1285 0.8256 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1696096 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0405 0.8252 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696098 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696099 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8250 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0146 0.8240 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696104 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696105 2 0.2544 0.7821 0.000 0.864 0.000 0.012 0.004 0.120
#> SRR1696107 2 0.4315 0.3527 0.004 0.596 0.000 0.012 0.004 0.384
#> SRR1696108 2 0.2902 0.7426 0.000 0.800 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR1696106 2 0.0291 0.8251 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696110 2 0.0858 0.8261 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1696109 2 0.3314 0.6783 0.000 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> SRR1696111 2 0.3448 0.6510 0.000 0.716 0.000 0.004 0.000 0.280
#> SRR1696112 2 0.0935 0.8252 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696114 2 0.1588 0.8198 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1696113 2 0.3464 0.6092 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1696115 4 0.6119 0.0104 0.028 0.148 0.000 0.496 0.000 0.328
#> SRR1696116 2 0.1138 0.8200 0.004 0.960 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1696117 6 0.4703 0.3603 0.036 0.028 0.152 0.028 0.004 0.752
#> SRR1696118 6 0.4443 0.6275 0.052 0.228 0.000 0.008 0.004 0.708
#> SRR1696119 6 0.4771 0.6220 0.076 0.208 0.004 0.008 0.004 0.700
#> SRR1696120 3 0.0146 0.9595 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.4387 0.6259 0.032 0.216 0.012 0.008 0.004 0.728
#> SRR1696124 2 0.1908 0.8121 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1696123 2 0.1088 0.8198 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1696126 2 0.4268 0.2673 0.012 0.556 0.000 0.000 0.004 0.428
#> SRR1696127 2 0.3721 0.6053 0.000 0.684 0.000 0.004 0.004 0.308
#> SRR1696128 6 0.3643 0.4075 0.036 0.012 0.084 0.028 0.004 0.836
#> SRR1696129 2 0.0405 0.8244 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.3351 0.6448 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1696131 2 0.4472 -0.0986 0.000 0.496 0.000 0.028 0.000 0.476
#> SRR1696133 2 0.4452 0.3010 0.000 0.572 0.000 0.024 0.004 0.400
#> SRR1696132 2 0.2871 0.7432 0.000 0.804 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR1696135 2 0.3519 0.6804 0.004 0.744 0.000 0.004 0.004 0.244
#> SRR1696134 2 0.0405 0.8248 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696136 6 0.4956 0.1931 0.044 0.448 0.000 0.004 0.004 0.500
#> SRR1696137 2 0.4487 0.2255 0.000 0.552 0.000 0.024 0.004 0.420
#> SRR1696138 6 0.4057 0.3551 0.012 0.388 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696139 2 0.1297 0.8230 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1696140 2 0.1155 0.8244 0.000 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1696142 2 0.0405 0.8225 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.0972 0.8210 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1696143 2 0.2006 0.8082 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1696144 2 0.3240 0.6949 0.000 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0508 0.8276 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696147 2 0.1010 0.8261 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696149 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.3229 0.7275 0.000 0.804 0.000 0.020 0.004 0.172
#> SRR1696151 2 0.1010 0.8243 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1696152 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.4189 0.2877 0.000 0.604 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR1696154 2 0.3190 0.6313 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR1696155 6 0.4830 0.0707 0.008 0.476 0.000 0.028 0.004 0.484
#> SRR1696156 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.3360 0.6709 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR1696158 2 0.0291 0.8237 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696159 6 0.4978 0.3022 0.048 0.416 0.000 0.004 0.004 0.528
#> SRR1696160 2 0.3215 0.7007 0.000 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR1696161 2 0.3418 0.7141 0.000 0.784 0.000 0.032 0.000 0.184
#> SRR1696162 2 0.0622 0.8206 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1696163 2 0.0622 0.8231 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1696164 2 0.1257 0.8190 0.000 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1696165 2 0.3769 0.3116 0.000 0.640 0.000 0.004 0.000 0.356
#> SRR1696166 6 0.3905 0.5651 0.008 0.268 0.004 0.004 0.004 0.712
#> SRR1696167 2 0.4452 0.2952 0.000 0.572 0.000 0.024 0.004 0.400
#> SRR1696169 6 0.4722 0.0522 0.024 0.476 0.000 0.012 0.000 0.488
#> SRR1696168 2 0.1049 0.8199 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1696171 2 0.2257 0.7690 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR1696170 2 0.1643 0.8139 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1696172 2 0.0291 0.8234 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.3547 0.5681 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1696174 2 0.2191 0.8030 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1696176 2 0.0653 0.8287 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1696175 2 0.4389 0.0928 0.016 0.512 0.000 0.000 0.004 0.468
#> SRR1696177 2 0.3152 0.7269 0.000 0.792 0.000 0.008 0.004 0.196
#> SRR1696178 2 0.0603 0.8263 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696179 2 0.1155 0.8273 0.000 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1696180 2 0.0260 0.8228 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.1949 0.8148 0.000 0.904 0.000 0.004 0.004 0.088
#> SRR1696182 2 0.1285 0.8238 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696183 2 0.2845 0.7670 0.000 0.820 0.000 0.004 0.004 0.172
#> SRR1696184 2 0.1493 0.8229 0.000 0.936 0.000 0.004 0.004 0.056
#> SRR1696185 6 0.4327 -0.3036 0.004 0.000 0.440 0.008 0.004 0.544
#> SRR1696186 3 0.0146 0.9595 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.2053 0.8312 0.888 0.000 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR1696189 4 0.2201 0.8043 0.028 0.000 0.000 0.896 0.000 0.076
#> SRR1696188 4 0.1152 0.8567 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1696190 4 0.6258 0.0344 0.032 0.264 0.000 0.512 0.000 0.192
#> SRR1696191 6 0.4827 0.3411 0.024 0.036 0.144 0.044 0.004 0.748
#> SRR1696192 6 0.4833 0.3438 0.028 0.032 0.144 0.044 0.004 0.748
#> SRR1696193 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.3240 0.7256 0.244 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004
#> SRR1696195 4 0.1082 0.8565 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696196 4 0.1010 0.8554 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.1075 0.8571 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0858 0.8515 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1696202 1 0.0458 0.9279 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0260 0.9318 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0935 0.8540 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696206 1 0.0508 0.9209 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696207 4 0.4438 0.5792 0.328 0.000 0.000 0.628 0.000 0.044
#> SRR1696209 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0935 0.8535 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696212 4 0.1152 0.8567 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1696211 1 0.0547 0.9280 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.1075 0.8570 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0806 0.8459 0.020 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1696215 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.3861 0.3440 0.640 0.000 0.000 0.352 0.000 0.008
#> SRR1696219 4 0.1010 0.8555 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696220 4 0.0935 0.8540 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696221 4 0.1814 0.8359 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696222 4 0.3616 0.7715 0.040 0.048 0.000 0.824 0.000 0.088
#> SRR1696224 4 0.1007 0.8572 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696223 4 0.3772 0.7725 0.160 0.000 0.000 0.772 0.000 0.068
#> SRR1696225 4 0.1082 0.8565 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696227 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.6260 0.5850 0.176 0.232 0.000 0.048 0.000 0.544
#> SRR1696228 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.1010 0.8555 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696232 4 0.3912 0.7327 0.224 0.000 0.000 0.732 0.000 0.044
#> SRR1696231 1 0.0547 0.9252 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.1010 0.8554 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696235 4 0.3620 0.5685 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0865 0.8554 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.1219 0.8569 0.048 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1696237 1 0.3729 0.5032 0.692 0.000 0.000 0.296 0.000 0.012
#> SRR1696238 4 0.1462 0.8557 0.056 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008
#> SRR1696239 4 0.6362 0.3427 0.092 0.116 0.000 0.552 0.000 0.240
#> SRR1696240 4 0.2697 0.7825 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1696241 6 0.6074 0.0978 0.424 0.100 0.004 0.024 0.004 0.444
#> SRR1696244 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0260 0.9318 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.6104 0.3204 0.056 0.260 0.000 0.572 0.004 0.108
#> SRR1696245 1 0.0692 0.9244 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696246 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0363 0.9309 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0865 0.9132 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0458 0.9301 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0291 0.9268 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696251 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0858 0.9225 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1696255 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696256 4 0.3615 0.6618 0.292 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008
#> SRR1696258 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0405 0.9241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696260 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696261 3 0.4063 0.6544 0.020 0.000 0.692 0.008 0.000 0.280
#> SRR1696262 3 0.4533 0.4422 0.020 0.000 0.540 0.008 0.000 0.432
#> SRR1696263 1 0.0260 0.9318 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0260 0.9568 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0146 0.9595 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.1349 0.8556 0.056 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1696271 4 0.3863 0.6669 0.260 0.000 0.000 0.712 0.000 0.028
#> SRR1696270 4 0.0865 0.8555 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.5236 0.4046 0.364 0.000 0.008 0.548 0.000 0.080
#> SRR1696274 6 0.6734 0.4697 0.084 0.160 0.000 0.272 0.000 0.484
#> SRR1696273 6 0.5373 0.6357 0.056 0.212 0.000 0.076 0.000 0.656
#> SRR1696275 4 0.1075 0.8570 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.1267 0.8867 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.1267 0.8544 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696279 4 0.4482 0.5889 0.324 0.000 0.000 0.628 0.000 0.048
#> SRR1696278 4 0.2911 0.8048 0.144 0.000 0.000 0.832 0.000 0.024
#> SRR1696280 1 0.0363 0.9309 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0891 0.8488 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696282 1 0.2854 0.6835 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.1219 0.8568 0.048 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1696286 1 0.4161 0.0257 0.540 0.000 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR1696284 1 0.6164 -0.1124 0.388 0.004 0.000 0.356 0.000 0.252
#> SRR1696287 4 0.5141 0.3963 0.028 0.056 0.000 0.616 0.000 0.300
#> SRR1696285 4 0.1910 0.8326 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2575 0.8000 0.020 0.020 0.000 0.884 0.000 0.076
#> SRR1696290 4 0.6461 -0.3602 0.016 0.288 0.000 0.372 0.000 0.324
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.4933 0.0767 0.004 0.536 0.000 0.056 0.000 0.404
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9616 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.1320 0.8457 0.036 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1696294 4 0.2994 0.8149 0.060 0.008 0.000 0.856 0.000 0.076
#> SRR1696295 4 0.3383 0.6976 0.268 0.000 0.000 0.728 0.000 0.004
#> SRR1696296 4 0.3448 0.6823 0.280 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9303 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 4 0.4093 0.4474 0.404 0.000 0.000 0.584 0.000 0.012
#> SRR1696299 6 0.4594 0.1077 0.000 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1696301 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3172 0.7428 0.000 0.816 0.000 0.036 0.000 0.148
#> SRR1696303 4 0.0858 0.8515 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1696302 1 0.0692 0.9267 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696304 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696305 6 0.6334 0.5317 0.044 0.180 0.000 0.256 0.000 0.520
#> SRR1696306 2 0.4556 0.4942 0.004 0.636 0.000 0.036 0.004 0.320
#> SRR1696307 1 0.0692 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696309 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0937 0.8567 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.6582 0.0608 0.404 0.012 0.028 0.160 0.000 0.396
#> SRR1696314 4 0.1010 0.8554 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696312 6 0.5834 0.5326 0.184 0.160 0.004 0.028 0.004 0.620
#> SRR1696313 1 0.0260 0.9296 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9303 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.4168 0.6742 0.256 0.000 0.000 0.696 0.000 0.048
#> SRR1696317 1 0.0363 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0692 0.9249 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696320 4 0.2912 0.7561 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.1075 0.8570 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0458 0.9280 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0146 0.9328 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9303 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.1753 0.8621 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1696328 4 0.1075 0.8570 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696329 6 0.6225 0.5759 0.044 0.212 0.000 0.196 0.000 0.548
#> SRR1696330 6 0.4712 0.2069 0.004 0.448 0.000 0.036 0.000 0.512
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.523 0.779 0.889 0.3298 0.755 0.755
#> 3 3 0.707 0.805 0.916 0.7545 0.613 0.505
#> 4 4 0.522 0.607 0.789 0.1090 0.902 0.787
#> 5 5 0.672 0.724 0.858 0.0621 0.829 0.622
#> 6 6 0.718 0.730 0.859 0.0325 0.955 0.868
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.1184 0.877 0.984 0.016
#> SRR1696030 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.1843 0.858 0.028 0.972
#> SRR1696044 2 0.8499 0.717 0.276 0.724
#> SRR1696045 2 0.4562 0.835 0.096 0.904
#> SRR1696046 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696047 2 0.9000 0.672 0.316 0.684
#> SRR1696048 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696050 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696051 2 0.3114 0.851 0.056 0.944
#> SRR1696052 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696053 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0672 0.861 0.008 0.992
#> SRR1696049 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.7528 0.766 0.216 0.784
#> SRR1696059 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.8555 0.714 0.280 0.720
#> SRR1696060 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696061 2 0.7453 0.769 0.212 0.788
#> SRR1696062 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696063 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696064 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696065 2 0.3733 0.845 0.072 0.928
#> SRR1696066 2 0.2778 0.831 0.048 0.952
#> SRR1696067 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0672 0.861 0.008 0.992
#> SRR1696069 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696070 2 0.3584 0.847 0.068 0.932
#> SRR1696071 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.8144 0.738 0.252 0.748
#> SRR1696073 2 0.8661 0.706 0.288 0.712
#> SRR1696074 2 0.1414 0.859 0.020 0.980
#> SRR1696075 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696076 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696077 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696078 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696079 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696081 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.4939 0.830 0.108 0.892
#> SRR1696082 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.2423 0.855 0.040 0.960
#> SRR1696085 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696086 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR1696087 2 0.4431 0.837 0.092 0.908
#> SRR1696088 2 0.3114 0.851 0.056 0.944
#> SRR1696091 2 0.8081 0.742 0.248 0.752
#> SRR1696089 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0938 0.861 0.012 0.988
#> SRR1696092 2 0.4690 0.834 0.100 0.900
#> SRR1696094 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR1696093 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.8327 0.729 0.264 0.736
#> SRR1696096 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696097 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696098 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696099 2 0.8207 0.736 0.256 0.744
#> SRR1696100 2 0.7219 0.777 0.200 0.800
#> SRR1696102 2 0.7950 0.748 0.240 0.760
#> SRR1696103 2 0.4562 0.835 0.096 0.904
#> SRR1696104 2 0.2778 0.854 0.048 0.952
#> SRR1696105 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR1696107 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696108 2 0.2423 0.855 0.040 0.960
#> SRR1696106 2 0.6712 0.792 0.176 0.824
#> SRR1696110 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.7950 0.749 0.240 0.760
#> SRR1696111 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.1184 0.860 0.016 0.984
#> SRR1696114 2 0.5408 0.822 0.124 0.876
#> SRR1696113 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.4690 0.834 0.100 0.900
#> SRR1696116 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696117 1 0.4022 0.811 0.920 0.080
#> SRR1696118 1 0.9608 0.522 0.616 0.384
#> SRR1696119 1 0.9661 0.509 0.608 0.392
#> SRR1696120 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.9286 0.631 0.344 0.656
#> SRR1696124 2 0.8661 0.707 0.288 0.712
#> SRR1696123 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696126 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696127 2 0.1414 0.860 0.020 0.980
#> SRR1696128 1 0.3431 0.830 0.936 0.064
#> SRR1696129 2 0.7139 0.779 0.196 0.804
#> SRR1696130 2 0.1184 0.860 0.016 0.984
#> SRR1696131 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696133 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696132 2 0.0938 0.861 0.012 0.988
#> SRR1696135 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.8267 0.731 0.260 0.740
#> SRR1696136 2 0.0376 0.860 0.004 0.996
#> SRR1696137 2 0.7815 0.755 0.232 0.768
#> SRR1696138 2 0.3584 0.846 0.068 0.932
#> SRR1696139 2 0.8661 0.707 0.288 0.712
#> SRR1696140 2 0.5946 0.811 0.144 0.856
#> SRR1696142 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696141 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696143 2 0.3274 0.849 0.060 0.940
#> SRR1696144 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.4161 0.841 0.084 0.916
#> SRR1696147 2 0.1843 0.858 0.028 0.972
#> SRR1696149 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696150 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696151 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696152 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696153 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696154 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696155 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696156 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696157 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696159 2 0.2043 0.843 0.032 0.968
#> SRR1696160 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.8713 0.702 0.292 0.708
#> SRR1696162 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696163 2 0.7219 0.777 0.200 0.800
#> SRR1696164 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696165 2 0.8608 0.711 0.284 0.716
#> SRR1696166 2 0.9686 0.312 0.396 0.604
#> SRR1696167 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> SRR1696169 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696168 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696171 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696170 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696172 2 0.7883 0.752 0.236 0.764
#> SRR1696173 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.6973 0.785 0.188 0.812
#> SRR1696176 2 0.3114 0.850 0.056 0.944
#> SRR1696175 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696178 2 0.1184 0.860 0.016 0.984
#> SRR1696179 2 0.4815 0.832 0.104 0.896
#> SRR1696180 2 0.8144 0.738 0.252 0.748
#> SRR1696181 2 0.2423 0.855 0.040 0.960
#> SRR1696182 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.3879 0.843 0.076 0.924
#> SRR1696184 2 0.4815 0.832 0.104 0.896
#> SRR1696185 1 0.8499 0.650 0.724 0.276
#> SRR1696186 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696189 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.9608 0.560 0.384 0.616
#> SRR1696192 2 0.9775 0.504 0.412 0.588
#> SRR1696193 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696200 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696202 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696203 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696205 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 1.0000 -0.266 0.496 0.504
#> SRR1696207 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696209 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696210 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696208 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696211 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.0672 0.861 0.008 0.992
#> SRR1696217 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696216 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696218 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.8016 0.744 0.244 0.756
#> SRR1696224 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696223 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696225 2 0.2778 0.853 0.048 0.952
#> SRR1696227 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696226 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696228 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696229 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696230 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696233 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696234 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 1.0000 -0.278 0.500 0.500
#> SRR1696244 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696243 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696245 2 0.9954 -0.143 0.460 0.540
#> SRR1696246 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696247 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696248 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696249 2 0.7139 0.639 0.196 0.804
#> SRR1696250 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696252 2 0.0938 0.856 0.012 0.988
#> SRR1696253 2 0.9710 0.094 0.400 0.600
#> SRR1696251 2 0.9993 -0.227 0.484 0.516
#> SRR1696254 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696255 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696256 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696258 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696257 1 0.9998 0.283 0.508 0.492
#> SRR1696260 2 0.7674 0.757 0.224 0.776
#> SRR1696259 2 0.8016 0.743 0.244 0.756
#> SRR1696261 1 0.8763 0.629 0.704 0.296
#> SRR1696262 1 0.8763 0.629 0.704 0.296
#> SRR1696263 2 0.6623 0.679 0.172 0.828
#> SRR1696265 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696270 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.8327 0.506 0.264 0.736
#> SRR1696274 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696276 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696277 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696279 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696280 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696282 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696284 2 0.4690 0.777 0.100 0.900
#> SRR1696287 2 0.2423 0.856 0.040 0.960
#> SRR1696285 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.0376 0.862 0.004 0.996
#> SRR1696290 2 0.3733 0.844 0.072 0.928
#> SRR1696291 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.8386 0.724 0.268 0.732
#> SRR1696292 1 0.0000 0.890 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696294 2 0.7139 0.778 0.196 0.804
#> SRR1696295 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696297 2 0.1633 0.848 0.024 0.976
#> SRR1696298 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696299 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696301 2 0.2603 0.833 0.044 0.956
#> SRR1696300 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
#> SRR1696303 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696302 2 0.3114 0.823 0.056 0.944
#> SRR1696304 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.3274 0.850 0.060 0.940
#> SRR1696306 2 0.5629 0.818 0.132 0.868
#> SRR1696307 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696309 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696310 2 0.1414 0.860 0.020 0.980
#> SRR1696308 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.9954 0.369 0.540 0.460
#> SRR1696314 2 0.2603 0.854 0.044 0.956
#> SRR1696312 2 0.9996 -0.240 0.488 0.512
#> SRR1696313 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696315 1 1.0000 0.271 0.504 0.496
#> SRR1696316 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696317 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696318 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696319 1 0.9977 0.339 0.528 0.472
#> SRR1696320 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696322 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696321 2 0.9608 0.154 0.384 0.616
#> SRR1696324 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696323 2 0.2778 0.830 0.048 0.952
#> SRR1696326 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696325 2 0.9963 -0.159 0.464 0.536
#> SRR1696327 1 0.9710 0.495 0.600 0.400
#> SRR1696328 2 0.0000 0.862 0.000 1.000
#> SRR1696329 2 0.8443 0.721 0.272 0.728
#> SRR1696330 2 0.8763 0.698 0.296 0.704
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.3370 0.85730 0.024 0.072 0.904
#> SRR1696029 3 0.5842 0.72714 0.036 0.196 0.768
#> SRR1696030 3 0.3610 0.83724 0.016 0.096 0.888
#> SRR1696031 3 0.5731 0.70184 0.228 0.020 0.752
#> SRR1696032 3 0.5681 0.69150 0.236 0.016 0.748
#> SRR1696033 3 0.6773 0.50810 0.340 0.024 0.636
#> SRR1696034 3 0.5977 0.66861 0.252 0.020 0.728
#> SRR1696035 3 0.0424 0.89152 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696036 3 0.0424 0.89152 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696037 3 0.0424 0.89152 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696039 1 0.6521 -0.10579 0.500 0.004 0.496
#> SRR1696038 3 0.0424 0.89152 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696040 3 0.6500 0.18658 0.464 0.004 0.532
#> SRR1696041 1 0.6520 -0.07671 0.508 0.004 0.488
#> SRR1696042 1 0.6505 -0.00222 0.528 0.004 0.468
#> SRR1696043 2 0.1411 0.90447 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696044 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696045 2 0.0892 0.91225 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696046 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696047 2 0.2066 0.87955 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696048 2 0.1289 0.90143 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696050 2 0.0747 0.91181 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696051 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696052 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696053 3 0.1163 0.88570 0.000 0.028 0.972
#> SRR1696054 3 0.1163 0.88570 0.000 0.028 0.972
#> SRR1696055 2 0.1411 0.90447 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696057 2 0.1163 0.90875 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696049 2 0.6962 0.29324 0.412 0.568 0.020
#> SRR1696056 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.5363 0.62824 0.276 0.724 0.000
#> SRR1696058 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696060 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696061 2 0.2297 0.89427 0.036 0.944 0.020
#> SRR1696062 2 0.0424 0.91600 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696063 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696064 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696065 2 0.5036 0.75385 0.172 0.808 0.020
#> SRR1696066 1 0.4217 0.78170 0.868 0.100 0.032
#> SRR1696067 1 0.5643 0.64137 0.760 0.220 0.020
#> SRR1696068 2 0.0892 0.91260 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696069 2 0.0424 0.91600 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696070 2 0.1878 0.89943 0.044 0.952 0.004
#> SRR1696071 2 0.3752 0.80704 0.144 0.856 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696074 2 0.3551 0.82242 0.132 0.868 0.000
#> SRR1696075 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696076 2 0.1289 0.90644 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696077 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696078 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696079 1 0.6529 0.39223 0.620 0.368 0.012
#> SRR1696080 2 0.0892 0.91272 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696081 2 0.6154 0.34461 0.408 0.592 0.000
#> SRR1696083 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696082 2 0.2066 0.88702 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696084 2 0.0592 0.91584 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696085 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696086 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.5859 0.49906 0.344 0.656 0.000
#> SRR1696090 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696092 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696094 2 0.0475 0.91781 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696093 1 0.6357 0.52869 0.684 0.296 0.020
#> SRR1696095 2 0.0237 0.91740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696096 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696097 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696098 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696099 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696100 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696104 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696108 2 0.1765 0.90289 0.040 0.956 0.004
#> SRR1696106 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696110 2 0.1529 0.90194 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696109 2 0.0661 0.91648 0.004 0.988 0.008
#> SRR1696111 1 0.6225 0.23492 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696112 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 1 0.4979 0.70509 0.812 0.168 0.020
#> SRR1696115 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696116 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696117 3 0.1170 0.89179 0.008 0.016 0.976
#> SRR1696118 1 0.1163 0.84817 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696119 1 0.1163 0.84715 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696120 3 0.1015 0.89259 0.012 0.008 0.980
#> SRR1696121 3 0.0592 0.89062 0.000 0.012 0.988
#> SRR1696122 3 0.0424 0.89094 0.000 0.008 0.992
#> SRR1696125 2 0.7968 0.28597 0.068 0.560 0.372
#> SRR1696124 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696123 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696126 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696127 2 0.6556 0.59186 0.276 0.692 0.032
#> SRR1696128 3 0.1643 0.87265 0.000 0.044 0.956
#> SRR1696129 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.5650 0.56209 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696131 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696133 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696132 2 0.1643 0.89923 0.044 0.956 0.000
#> SRR1696135 2 0.5948 0.47451 0.360 0.640 0.000
#> SRR1696134 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696136 1 0.2050 0.85148 0.952 0.028 0.020
#> SRR1696137 2 0.1774 0.90172 0.016 0.960 0.024
#> SRR1696138 2 0.6012 0.69279 0.220 0.748 0.032
#> SRR1696139 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696142 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696141 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696143 2 0.1643 0.90058 0.044 0.956 0.000
#> SRR1696144 1 0.5536 0.66675 0.776 0.200 0.024
#> SRR1696146 3 0.0892 0.88896 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696145 3 0.1031 0.88736 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696148 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696147 2 0.1289 0.90644 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696149 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696150 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696151 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696152 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696153 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696154 2 0.0592 0.91423 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696155 2 0.0747 0.91166 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696156 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696157 2 0.6398 0.30047 0.416 0.580 0.004
#> SRR1696158 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696159 1 0.2527 0.84017 0.936 0.044 0.020
#> SRR1696160 2 0.6398 0.31479 0.416 0.580 0.004
#> SRR1696161 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696162 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696163 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0747 0.91181 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696166 3 0.9030 0.20643 0.136 0.388 0.476
#> SRR1696167 1 0.5650 0.55546 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696169 2 0.1163 0.90404 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696168 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696171 2 0.0424 0.91611 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696170 2 0.0592 0.91426 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696172 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.7083 0.36720 0.380 0.592 0.028
#> SRR1696174 2 0.0424 0.91709 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696176 2 0.0747 0.91434 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696175 1 0.2804 0.83159 0.924 0.060 0.016
#> SRR1696177 2 0.1031 0.91068 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696178 2 0.0747 0.91434 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696179 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696180 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696181 2 0.1337 0.91281 0.016 0.972 0.012
#> SRR1696182 2 0.1289 0.90644 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696183 2 0.1877 0.90499 0.032 0.956 0.012
#> SRR1696184 2 0.0475 0.91774 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696185 3 0.6140 0.37277 0.404 0.000 0.596
#> SRR1696186 3 0.0848 0.89252 0.008 0.008 0.984
#> SRR1696187 1 0.0747 0.86575 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696189 1 0.1753 0.85210 0.952 0.048 0.000
#> SRR1696188 1 0.4842 0.67615 0.776 0.224 0.000
#> SRR1696190 2 0.5926 0.44262 0.356 0.644 0.000
#> SRR1696191 2 0.4235 0.75042 0.000 0.824 0.176
#> SRR1696192 2 0.5785 0.48301 0.000 0.668 0.332
#> SRR1696193 1 0.5859 0.51252 0.656 0.344 0.000
#> SRR1696194 1 0.1860 0.84958 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696195 1 0.4796 0.68494 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696196 2 0.3192 0.83321 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696197 3 0.1031 0.88730 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696198 3 0.1031 0.88730 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696199 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696200 1 0.5859 0.51263 0.656 0.344 0.000
#> SRR1696201 2 0.0424 0.91692 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696202 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696203 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696205 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696204 2 0.0747 0.91484 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696206 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696207 1 0.0424 0.86642 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696209 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696210 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696208 2 0.5968 0.40698 0.364 0.636 0.000
#> SRR1696212 1 0.3816 0.76160 0.852 0.148 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.2878 0.85720 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696214 2 0.0592 0.91584 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696215 2 0.2878 0.84275 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696217 2 0.2878 0.84513 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696216 1 0.0237 0.86600 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696218 1 0.0592 0.86589 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696219 2 0.0424 0.91692 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696220 2 0.1529 0.90193 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696221 1 0.6295 0.09151 0.528 0.472 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.91780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.4974 0.65772 0.764 0.236 0.000
#> SRR1696223 1 0.5178 0.63268 0.744 0.256 0.000
#> SRR1696225 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696227 1 0.1031 0.86348 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696226 1 0.3038 0.80230 0.896 0.104 0.000
#> SRR1696228 1 0.0424 0.86642 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696229 1 0.5178 0.64085 0.744 0.256 0.000
#> SRR1696232 1 0.2261 0.83791 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696231 1 0.0747 0.86553 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696230 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696233 2 0.5988 0.40177 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696235 1 0.1411 0.85859 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696234 2 0.4504 0.72747 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696236 1 0.2261 0.83896 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696237 1 0.1411 0.85859 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696238 1 0.5397 0.61985 0.720 0.280 0.000
#> SRR1696239 1 0.1411 0.85859 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696240 1 0.1411 0.85859 0.964 0.036 0.000
#> SRR1696241 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696244 1 0.0424 0.86624 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696243 1 0.0424 0.86642 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696242 2 0.1753 0.89630 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696245 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696246 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696247 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696250 1 0.4178 0.73155 0.828 0.172 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0424 0.86016 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696251 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696254 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696255 1 0.0747 0.86575 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696256 1 0.0892 0.86467 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696258 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696257 1 0.0424 0.86016 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696260 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696259 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696261 1 0.5254 0.54852 0.736 0.000 0.264
#> SRR1696262 1 0.5497 0.49448 0.708 0.000 0.292
#> SRR1696263 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696265 3 0.0829 0.89204 0.012 0.004 0.984
#> SRR1696264 1 0.0892 0.86479 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696266 3 0.1015 0.89259 0.012 0.008 0.980
#> SRR1696267 3 0.0661 0.89215 0.008 0.004 0.988
#> SRR1696269 1 0.1529 0.85651 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696271 1 0.0829 0.86567 0.984 0.012 0.004
#> SRR1696270 1 0.5254 0.62430 0.736 0.264 0.000
#> SRR1696268 3 0.0237 0.89064 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696272 1 0.1163 0.84714 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696274 1 0.6291 0.10340 0.532 0.468 0.000
#> SRR1696273 2 0.6608 0.44999 0.356 0.628 0.016
#> SRR1696275 2 0.5291 0.59972 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.5733 0.48669 0.324 0.676 0.000
#> SRR1696279 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696278 1 0.1529 0.85651 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696280 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696281 2 0.0747 0.91442 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696282 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696283 2 0.6280 0.17031 0.460 0.540 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696287 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696285 1 0.3340 0.79065 0.880 0.120 0.000
#> SRR1696288 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696290 2 0.0237 0.91784 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696291 3 0.0747 0.88958 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696289 2 0.0424 0.91600 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696292 3 0.0892 0.88896 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696293 1 0.5560 0.58033 0.700 0.300 0.000
#> SRR1696294 2 0.4842 0.67431 0.224 0.776 0.000
#> SRR1696295 1 0.1031 0.86348 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696296 1 0.1643 0.85435 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.1163 0.86192 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696299 2 0.0237 0.91727 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696301 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0424 0.91600 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696303 2 0.0747 0.91434 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.4062 0.78192 0.164 0.836 0.000
#> SRR1696305 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696306 2 0.1163 0.90619 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696307 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696309 1 0.0592 0.86612 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696310 2 0.4931 0.66485 0.232 0.768 0.000
#> SRR1696308 2 0.2356 0.87884 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.86438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0237 0.91782 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696312 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696313 1 0.0237 0.86600 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696315 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696316 1 0.5591 0.58357 0.696 0.304 0.000
#> SRR1696317 1 0.0237 0.86594 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696318 1 0.0747 0.86575 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696319 1 0.0892 0.85272 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696320 1 0.0747 0.86553 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696322 1 0.6309 0.09087 0.504 0.496 0.000
#> SRR1696321 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696324 1 0.1031 0.86348 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696323 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0592 0.86613 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696325 1 0.0237 0.86235 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696327 1 0.0592 0.85794 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696328 1 0.5397 0.60581 0.720 0.280 0.000
#> SRR1696329 2 0.6879 0.35366 0.360 0.616 0.024
#> SRR1696330 2 0.0592 0.91397 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 4 0.6616 0.4765 0.000 0.156 0.220 0.624
#> SRR1696029 4 0.7148 0.4785 0.012 0.184 0.200 0.604
#> SRR1696030 4 0.6656 0.4752 0.000 0.160 0.220 0.620
#> SRR1696031 4 0.7322 0.5746 0.060 0.128 0.168 0.644
#> SRR1696032 4 0.7255 0.5777 0.064 0.120 0.164 0.652
#> SRR1696033 4 0.7560 0.5892 0.124 0.128 0.108 0.640
#> SRR1696034 4 0.7393 0.5840 0.072 0.124 0.160 0.644
#> SRR1696035 3 0.2149 0.8546 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696036 3 0.2149 0.8546 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696037 3 0.2081 0.8562 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1696039 4 0.5599 0.5659 0.156 0.008 0.096 0.740
#> SRR1696038 3 0.2081 0.8562 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1696040 4 0.6610 0.5881 0.164 0.052 0.088 0.696
#> SRR1696041 4 0.5586 0.5711 0.160 0.012 0.084 0.744
#> SRR1696042 4 0.5635 0.5779 0.156 0.020 0.076 0.748
#> SRR1696043 2 0.1902 0.8172 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR1696044 2 0.1940 0.8030 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1696045 2 0.2345 0.7904 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696046 2 0.2281 0.7904 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696047 2 0.4599 0.6530 0.000 0.760 0.028 0.212
#> SRR1696048 2 0.3088 0.7906 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR1696050 2 0.1716 0.8102 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696051 2 0.0592 0.8327 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0895 0.8302 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1696053 3 0.0336 0.8611 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696054 3 0.0336 0.8611 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696055 2 0.2053 0.8070 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1696057 2 0.0592 0.8323 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.6486 0.5192 0.152 0.656 0.004 0.188
#> SRR1696056 2 0.2197 0.8146 0.048 0.928 0.000 0.024
#> SRR1696059 2 0.4163 0.7658 0.076 0.828 0.000 0.096
#> SRR1696058 2 0.1109 0.8281 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1696060 2 0.0707 0.8308 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696061 2 0.2651 0.7957 0.004 0.896 0.004 0.096
#> SRR1696062 2 0.2345 0.7923 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696063 2 0.0336 0.8309 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696064 2 0.1118 0.8236 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696065 2 0.3196 0.7661 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1696066 4 0.5978 -0.0203 0.424 0.032 0.004 0.540
#> SRR1696067 1 0.7845 -0.0474 0.428 0.224 0.004 0.344
#> SRR1696068 2 0.1356 0.8280 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1696069 2 0.1302 0.8307 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696070 2 0.2872 0.7992 0.084 0.896 0.008 0.012
#> SRR1696071 2 0.2799 0.7851 0.008 0.884 0.000 0.108
#> SRR1696072 2 0.0895 0.8305 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1696073 2 0.0592 0.8326 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696074 2 0.3182 0.7946 0.028 0.876 0.000 0.096
#> SRR1696075 2 0.1022 0.8253 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696076 2 0.1489 0.8261 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR1696077 2 0.1389 0.8216 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696078 2 0.0592 0.8316 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696079 2 0.8074 -0.1854 0.252 0.400 0.008 0.340
#> SRR1696080 2 0.2530 0.7910 0.100 0.896 0.000 0.004
#> SRR1696081 2 0.6248 0.5303 0.120 0.656 0.000 0.224
#> SRR1696083 2 0.2662 0.7968 0.084 0.900 0.000 0.016
#> SRR1696082 2 0.3105 0.7561 0.140 0.856 0.000 0.004
#> SRR1696084 2 0.0804 0.8333 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696085 2 0.0469 0.8303 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696086 2 0.0804 0.8320 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1696087 2 0.1118 0.8236 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696088 2 0.0921 0.8302 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0592 0.8294 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696089 2 0.4879 0.7193 0.092 0.780 0.000 0.128
#> SRR1696090 2 0.2635 0.8007 0.076 0.904 0.000 0.020
#> SRR1696092 2 0.0895 0.8317 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1696094 2 0.2125 0.8064 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1696093 1 0.7791 0.0212 0.468 0.276 0.004 0.252
#> SRR1696095 2 0.0188 0.8321 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0592 0.8294 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0336 0.8312 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696100 2 0.1059 0.8302 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1696102 2 0.0188 0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.1624 0.8244 0.020 0.952 0.000 0.028
#> SRR1696107 2 0.0592 0.8305 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696108 2 0.2125 0.8043 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1696106 2 0.0469 0.8328 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.2888 0.7705 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR1696109 2 0.2382 0.8010 0.004 0.912 0.004 0.080
#> SRR1696111 2 0.6770 0.3877 0.268 0.592 0.000 0.140
#> SRR1696112 2 0.1302 0.8256 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.1209 0.8266 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1696113 1 0.6570 0.0477 0.468 0.056 0.008 0.468
#> SRR1696115 2 0.1209 0.8296 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1696116 2 0.2032 0.8169 0.028 0.936 0.000 0.036
#> SRR1696117 3 0.6754 0.3754 0.000 0.184 0.612 0.204
#> SRR1696118 1 0.5801 0.1331 0.508 0.016 0.008 0.468
#> SRR1696119 1 0.5263 0.2032 0.544 0.000 0.008 0.448
#> SRR1696120 3 0.0921 0.8659 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696121 3 0.0336 0.8611 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696122 3 0.0188 0.8620 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696125 2 0.7580 0.1856 0.008 0.524 0.196 0.272
#> SRR1696124 2 0.0188 0.8321 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0707 0.8307 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696126 2 0.0707 0.8292 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696127 2 0.4989 0.6916 0.036 0.756 0.008 0.200
#> SRR1696128 3 0.7546 -0.0236 0.000 0.400 0.412 0.188
#> SRR1696129 2 0.0188 0.8317 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.4753 0.7276 0.084 0.788 0.000 0.128
#> SRR1696131 2 0.1474 0.8167 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696133 2 0.1716 0.8139 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696132 2 0.2489 0.8106 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1696135 2 0.3925 0.7346 0.016 0.808 0.000 0.176
#> SRR1696134 2 0.0336 0.8318 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696136 1 0.6097 0.1420 0.504 0.036 0.004 0.456
#> SRR1696137 2 0.2408 0.7880 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1696138 2 0.6602 0.6105 0.056 0.704 0.136 0.104
#> SRR1696139 2 0.0469 0.8321 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696140 2 0.1302 0.8249 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.1610 0.8243 0.016 0.952 0.000 0.032
#> SRR1696141 2 0.0921 0.8317 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696143 2 0.2334 0.7973 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR1696144 4 0.7912 0.0744 0.392 0.204 0.008 0.396
#> SRR1696146 3 0.4382 0.6318 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1696145 3 0.4477 0.6041 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1696148 2 0.0592 0.8325 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696147 2 0.2179 0.8129 0.064 0.924 0.000 0.012
#> SRR1696149 2 0.0469 0.8317 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696150 2 0.1022 0.8253 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696151 2 0.0188 0.8317 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696152 2 0.0469 0.8317 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696153 2 0.2149 0.7998 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1696154 2 0.0921 0.8318 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696155 2 0.1716 0.8139 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696156 2 0.0592 0.8321 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696157 2 0.5507 0.6556 0.112 0.732 0.000 0.156
#> SRR1696158 2 0.0188 0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696159 1 0.5980 0.1546 0.512 0.024 0.008 0.456
#> SRR1696160 2 0.6400 0.5392 0.144 0.664 0.004 0.188
#> SRR1696161 2 0.1389 0.8248 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696162 2 0.0921 0.8264 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696163 2 0.1284 0.8281 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1696164 2 0.0336 0.8318 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696165 2 0.0376 0.8324 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696166 2 0.8132 0.1644 0.040 0.524 0.248 0.188
#> SRR1696167 1 0.7417 0.1435 0.492 0.156 0.004 0.348
#> SRR1696169 2 0.2266 0.7960 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1696168 2 0.0921 0.8290 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696171 2 0.0469 0.8303 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696170 2 0.0469 0.8319 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696172 2 0.2036 0.8193 0.032 0.936 0.000 0.032
#> SRR1696173 2 0.6103 0.5660 0.084 0.680 0.008 0.228
#> SRR1696174 2 0.1305 0.8252 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR1696176 2 0.1661 0.8177 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1696175 1 0.6503 0.0778 0.476 0.060 0.004 0.460
#> SRR1696177 2 0.1557 0.8199 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.1792 0.8136 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0188 0.8321 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.3790 0.7538 0.132 0.840 0.024 0.004
#> SRR1696182 2 0.2345 0.7947 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.3565 0.7918 0.080 0.872 0.036 0.012
#> SRR1696184 2 0.1211 0.8268 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696185 4 0.7498 0.1957 0.296 0.004 0.188 0.512
#> SRR1696186 3 0.1022 0.8659 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696187 1 0.0188 0.6546 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696189 1 0.3320 0.6103 0.876 0.056 0.000 0.068
#> SRR1696188 1 0.6690 0.3635 0.620 0.188 0.000 0.192
#> SRR1696190 2 0.5848 0.3638 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR1696191 2 0.6472 0.3639 0.004 0.596 0.080 0.320
#> SRR1696192 2 0.7353 0.1474 0.004 0.520 0.160 0.316
#> SRR1696193 1 0.7301 0.2599 0.536 0.228 0.000 0.236
#> SRR1696194 1 0.1820 0.6463 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1696195 1 0.6013 0.3644 0.640 0.288 0.000 0.072
#> SRR1696196 1 0.6671 -0.0127 0.472 0.452 0.004 0.072
#> SRR1696197 3 0.0336 0.8611 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696198 3 0.0336 0.8611 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696199 1 0.1118 0.6537 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696200 1 0.6499 0.3424 0.612 0.276 0.000 0.112
#> SRR1696201 2 0.6121 0.3024 0.396 0.552 0.000 0.052
#> SRR1696202 1 0.1022 0.6536 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696203 1 0.0921 0.6543 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696205 1 0.1792 0.6464 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696204 2 0.5837 0.3198 0.400 0.564 0.000 0.036
#> SRR1696206 1 0.4431 0.4646 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696207 1 0.2921 0.6150 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1696209 1 0.1637 0.6506 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696210 1 0.3400 0.5889 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696208 1 0.6635 0.2026 0.524 0.388 0.000 0.088
#> SRR1696212 1 0.4964 0.5030 0.764 0.168 0.000 0.068
#> SRR1696211 1 0.2281 0.6364 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696213 2 0.6638 0.1719 0.420 0.496 0.000 0.084
#> SRR1696214 2 0.5728 0.4051 0.364 0.600 0.000 0.036
#> SRR1696215 2 0.6995 0.1829 0.384 0.496 0.000 0.120
#> SRR1696217 2 0.6919 0.0684 0.440 0.464 0.004 0.092
#> SRR1696216 1 0.3764 0.5583 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1696218 1 0.1867 0.6454 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696219 2 0.6206 0.2716 0.404 0.540 0.000 0.056
#> SRR1696220 2 0.5925 0.1675 0.452 0.512 0.000 0.036
#> SRR1696221 1 0.5883 0.2203 0.572 0.388 0.000 0.040
#> SRR1696222 2 0.3931 0.7388 0.128 0.832 0.000 0.040
#> SRR1696224 1 0.7011 0.2654 0.552 0.148 0.000 0.300
#> SRR1696223 1 0.7072 0.2160 0.524 0.140 0.000 0.336
#> SRR1696225 2 0.5434 0.5723 0.252 0.696 0.000 0.052
#> SRR1696227 1 0.0895 0.6510 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1696226 1 0.4332 0.5776 0.800 0.040 0.000 0.160
#> SRR1696228 1 0.1022 0.6544 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696229 1 0.7064 0.2830 0.556 0.280 0.000 0.164
#> SRR1696232 1 0.2466 0.6351 0.916 0.056 0.000 0.028
#> SRR1696231 1 0.1022 0.6545 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696230 1 0.2216 0.6385 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696233 1 0.6419 0.1185 0.512 0.420 0.000 0.068
#> SRR1696235 1 0.1584 0.6446 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1696234 1 0.6721 0.0179 0.476 0.444 0.004 0.076
#> SRR1696236 1 0.3962 0.5453 0.820 0.152 0.000 0.028
#> SRR1696237 1 0.2399 0.6305 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1696238 1 0.5557 0.3654 0.652 0.308 0.000 0.040
#> SRR1696239 1 0.2699 0.6163 0.904 0.068 0.000 0.028
#> SRR1696240 1 0.1610 0.6437 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR1696241 1 0.3400 0.5888 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696244 1 0.0336 0.6532 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696243 1 0.0707 0.6534 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696242 2 0.5873 0.2685 0.416 0.548 0.000 0.036
#> SRR1696245 1 0.4193 0.5020 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1696246 1 0.1389 0.6514 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696247 1 0.1022 0.6535 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696248 1 0.1940 0.6439 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696249 1 0.2973 0.6125 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696250 1 0.5855 0.4398 0.692 0.100 0.000 0.208
#> SRR1696252 1 0.1211 0.6535 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696253 1 0.4500 0.4473 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1696251 1 0.3688 0.5680 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696254 1 0.1792 0.6484 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696255 1 0.0592 0.6520 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696256 1 0.0376 0.6539 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.2011 0.6425 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696257 1 0.4543 0.4375 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1696260 2 0.6121 0.4530 0.308 0.620 0.000 0.072
#> SRR1696259 2 0.6310 0.4628 0.288 0.628 0.004 0.080
#> SRR1696261 1 0.5931 0.1182 0.504 0.000 0.036 0.460
#> SRR1696262 1 0.6147 0.0826 0.488 0.000 0.048 0.464
#> SRR1696263 1 0.1557 0.6506 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696265 3 0.1118 0.8656 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1696264 1 0.0937 0.6519 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1696266 3 0.1389 0.8641 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1696267 3 0.0000 0.8627 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 1 0.2300 0.6329 0.924 0.028 0.000 0.048
#> SRR1696271 1 0.3400 0.5921 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696270 1 0.5585 0.4512 0.712 0.204 0.000 0.084
#> SRR1696268 3 0.0000 0.8627 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.3945 0.5411 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1696274 2 0.5269 0.3044 0.428 0.564 0.004 0.004
#> SRR1696273 2 0.5361 0.4939 0.344 0.636 0.004 0.016
#> SRR1696275 1 0.7962 0.1198 0.448 0.244 0.008 0.300
#> SRR1696276 1 0.3486 0.5821 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696277 1 0.7845 0.1677 0.476 0.228 0.008 0.288
#> SRR1696279 1 0.3024 0.6103 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696278 1 0.1820 0.6486 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1696280 1 0.2345 0.6353 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696281 2 0.5793 0.4142 0.360 0.600 0.000 0.040
#> SRR1696282 1 0.3123 0.6054 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696283 1 0.5404 -0.0409 0.512 0.476 0.000 0.012
#> SRR1696286 1 0.2973 0.6028 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696284 1 0.3400 0.5883 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696287 2 0.3764 0.7544 0.116 0.844 0.000 0.040
#> SRR1696285 1 0.6162 0.4279 0.676 0.156 0.000 0.168
#> SRR1696288 2 0.6212 0.4037 0.348 0.592 0.004 0.056
#> SRR1696290 2 0.7277 0.3270 0.292 0.552 0.008 0.148
#> SRR1696291 3 0.2530 0.8371 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696289 2 0.4636 0.7539 0.056 0.804 0.008 0.132
#> SRR1696292 3 0.2589 0.8338 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696293 1 0.7530 0.2567 0.540 0.172 0.012 0.276
#> SRR1696294 1 0.8007 0.0216 0.388 0.336 0.004 0.272
#> SRR1696295 1 0.0592 0.6544 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696296 1 0.2984 0.6032 0.888 0.084 0.000 0.028
#> SRR1696297 1 0.4040 0.5284 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696298 1 0.1488 0.6454 0.956 0.032 0.000 0.012
#> SRR1696299 2 0.4142 0.7379 0.092 0.836 0.004 0.068
#> SRR1696301 1 0.2216 0.6415 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696300 2 0.3090 0.7862 0.056 0.888 0.000 0.056
#> SRR1696303 2 0.5947 0.3503 0.384 0.572 0.000 0.044
#> SRR1696302 1 0.1637 0.6496 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696304 1 0.6393 -0.0124 0.480 0.456 0.000 0.064
#> SRR1696305 2 0.4376 0.7401 0.028 0.796 0.004 0.172
#> SRR1696306 2 0.2714 0.7907 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1696307 1 0.4571 0.4511 0.736 0.004 0.008 0.252
#> SRR1696309 1 0.1302 0.6466 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696310 1 0.7792 0.1181 0.436 0.348 0.004 0.212
#> SRR1696308 2 0.6148 0.0862 0.468 0.484 0.000 0.048
#> SRR1696311 1 0.4477 0.4466 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1696314 2 0.5786 0.4920 0.308 0.640 0.000 0.052
#> SRR1696312 1 0.4406 0.4600 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1696313 1 0.3837 0.5517 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1696315 1 0.4356 0.4773 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1696316 1 0.5475 0.3683 0.656 0.308 0.000 0.036
#> SRR1696317 1 0.0707 0.6550 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696318 1 0.0927 0.6512 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1696319 1 0.4477 0.4450 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1696320 1 0.0921 0.6501 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696322 1 0.7621 0.1890 0.492 0.204 0.004 0.300
#> SRR1696321 1 0.3172 0.6040 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696324 1 0.1284 0.6482 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696323 1 0.3486 0.5826 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696326 1 0.0592 0.6520 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696325 1 0.4431 0.4621 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696327 1 0.4304 0.4913 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1696328 1 0.7325 0.2419 0.532 0.164 0.004 0.300
#> SRR1696329 1 0.8618 -0.0830 0.384 0.200 0.044 0.372
#> SRR1696330 2 0.5186 0.6805 0.128 0.780 0.016 0.076
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.1602 0.8784 0.012 0.016 0.012 0.008 0.952
#> SRR1696029 5 0.1686 0.8729 0.008 0.028 0.000 0.020 0.944
#> SRR1696030 5 0.1587 0.8777 0.012 0.020 0.008 0.008 0.952
#> SRR1696031 5 0.1700 0.8867 0.012 0.012 0.008 0.020 0.948
#> SRR1696032 5 0.1805 0.8861 0.016 0.012 0.008 0.020 0.944
#> SRR1696033 5 0.1757 0.8829 0.012 0.012 0.004 0.028 0.944
#> SRR1696034 5 0.1700 0.8867 0.012 0.012 0.008 0.020 0.948
#> SRR1696035 3 0.4455 0.8354 0.188 0.000 0.744 0.000 0.068
#> SRR1696036 3 0.4455 0.8354 0.188 0.000 0.744 0.000 0.068
#> SRR1696037 3 0.4455 0.8354 0.188 0.000 0.744 0.000 0.068
#> SRR1696039 5 0.2138 0.8699 0.044 0.004 0.004 0.024 0.924
#> SRR1696038 3 0.4455 0.8354 0.188 0.000 0.744 0.000 0.068
#> SRR1696040 5 0.2115 0.8772 0.032 0.008 0.004 0.028 0.928
#> SRR1696041 5 0.2285 0.8666 0.052 0.004 0.004 0.024 0.916
#> SRR1696042 5 0.2356 0.8606 0.056 0.004 0.004 0.024 0.912
#> SRR1696043 2 0.0579 0.9170 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696044 2 0.1043 0.9112 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696045 2 0.1082 0.9082 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696046 2 0.0693 0.9152 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696047 2 0.4403 0.2636 0.004 0.560 0.000 0.000 0.436
#> SRR1696048 2 0.4009 0.5684 0.000 0.684 0.000 0.004 0.312
#> SRR1696050 2 0.0798 0.9122 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696051 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696052 2 0.1403 0.9050 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR1696053 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0579 0.9161 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696057 2 0.0290 0.9175 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696049 2 0.2395 0.8731 0.072 0.904 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696056 2 0.1800 0.8909 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR1696059 2 0.1605 0.8990 0.040 0.944 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696058 2 0.1485 0.9013 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR1696060 2 0.1310 0.9058 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1696061 2 0.0992 0.9105 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696062 2 0.1043 0.9112 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696063 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9174 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1764 0.8883 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696066 1 0.3211 0.5546 0.864 0.064 0.000 0.064 0.008
#> SRR1696067 2 0.5508 -0.0359 0.460 0.476 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696068 2 0.0671 0.9139 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696069 2 0.1568 0.8992 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1696070 2 0.1648 0.8992 0.040 0.940 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696071 2 0.1106 0.9122 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696072 2 0.0992 0.9117 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696073 2 0.0693 0.9161 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696074 2 0.1914 0.8882 0.056 0.928 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696075 2 0.0162 0.9171 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696076 2 0.0807 0.9156 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696077 2 0.0510 0.9171 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696078 2 0.0671 0.9161 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696079 2 0.5002 0.5135 0.312 0.644 0.000 0.036 0.008
#> SRR1696080 2 0.0771 0.9149 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696081 2 0.2456 0.8707 0.064 0.904 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696083 2 0.0955 0.9117 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696082 2 0.0671 0.9151 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9174 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696086 2 0.0693 0.9164 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696087 2 0.0404 0.9172 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696088 2 0.0579 0.9169 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696091 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696089 2 0.1329 0.9064 0.032 0.956 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696090 2 0.1430 0.8959 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1696092 2 0.0290 0.9178 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696094 2 0.1251 0.9045 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696093 1 0.5691 0.1168 0.476 0.444 0.000 0.080 0.000
#> SRR1696095 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696096 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9174 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0162 0.9175 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696099 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696100 2 0.0898 0.9136 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9174 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696104 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696105 2 0.1648 0.8959 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR1696107 2 0.0703 0.9153 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696108 2 0.0992 0.9104 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696106 2 0.0290 0.9179 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696110 2 0.0566 0.9161 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696109 2 0.1082 0.9083 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696111 2 0.3577 0.7680 0.160 0.808 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696112 2 0.0566 0.9173 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696114 2 0.0566 0.9151 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696113 1 0.4773 0.4271 0.716 0.216 0.000 0.064 0.004
#> SRR1696115 2 0.2209 0.8701 0.000 0.912 0.000 0.056 0.032
#> SRR1696116 2 0.3741 0.7647 0.000 0.816 0.000 0.108 0.076
#> SRR1696117 2 0.7872 -0.1322 0.268 0.404 0.248 0.000 0.080
#> SRR1696118 1 0.3122 0.6538 0.852 0.024 0.004 0.120 0.000
#> SRR1696119 1 0.2719 0.6771 0.852 0.004 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696120 3 0.0579 0.8899 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1696121 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.3805 0.7418 0.192 0.784 0.000 0.008 0.016
#> SRR1696124 2 0.0451 0.9172 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696123 2 0.1399 0.9039 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1696126 2 0.0771 0.9132 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696127 2 0.3001 0.8197 0.144 0.844 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696128 2 0.3727 0.7059 0.216 0.768 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696129 2 0.0451 0.9174 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696130 2 0.1988 0.8883 0.048 0.928 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696131 2 0.0880 0.9136 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696133 2 0.1041 0.9138 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696132 2 0.0955 0.9107 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696135 2 0.1717 0.8942 0.052 0.936 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696134 2 0.0693 0.9164 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696136 1 0.4022 0.5886 0.796 0.104 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696137 2 0.0798 0.9131 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696138 2 0.1845 0.8894 0.056 0.928 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696139 2 0.0404 0.9171 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696140 2 0.0290 0.9175 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696142 2 0.2446 0.8658 0.000 0.900 0.000 0.044 0.056
#> SRR1696141 2 0.1106 0.9101 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696143 2 0.0579 0.9150 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696144 1 0.5740 0.2977 0.604 0.308 0.004 0.076 0.008
#> SRR1696146 3 0.5268 0.6792 0.320 0.000 0.612 0.000 0.068
#> SRR1696145 3 0.5826 0.6100 0.332 0.000 0.556 0.000 0.112
#> SRR1696148 2 0.0898 0.9130 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696147 2 0.1153 0.9134 0.004 0.964 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696149 2 0.0451 0.9171 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696150 2 0.0510 0.9165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696151 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696152 2 0.0451 0.9171 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696153 2 0.0865 0.9150 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696154 2 0.1195 0.9083 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1696155 2 0.0880 0.9141 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696156 2 0.0510 0.9164 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696157 2 0.2362 0.8643 0.076 0.900 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696158 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696159 1 0.2824 0.6495 0.864 0.020 0.000 0.116 0.000
#> SRR1696160 2 0.2653 0.8473 0.096 0.880 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696161 2 0.0510 0.9171 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696162 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696163 2 0.1281 0.9054 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1696164 2 0.0807 0.9147 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1696165 2 0.0579 0.9168 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696166 2 0.4528 0.7222 0.168 0.772 0.032 0.016 0.012
#> SRR1696167 4 0.5732 0.4434 0.000 0.116 0.000 0.588 0.296
#> SRR1696169 2 0.0693 0.9133 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696168 2 0.1661 0.8963 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036
#> SRR1696171 2 0.0290 0.9172 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696170 2 0.0798 0.9157 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696172 2 0.2153 0.8792 0.000 0.916 0.000 0.040 0.044
#> SRR1696173 2 0.3912 0.7336 0.208 0.768 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696174 2 0.0404 0.9160 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0451 0.9161 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696175 1 0.5156 0.4066 0.668 0.256 0.000 0.072 0.004
#> SRR1696177 2 0.0566 0.9166 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696178 2 0.0671 0.9157 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696179 2 0.0162 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696180 2 0.0579 0.9174 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696181 2 0.1690 0.9057 0.024 0.944 0.000 0.024 0.008
#> SRR1696182 2 0.1117 0.9118 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696183 2 0.2095 0.8869 0.060 0.920 0.000 0.012 0.008
#> SRR1696184 2 0.1074 0.9144 0.016 0.968 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696185 1 0.1757 0.5607 0.936 0.004 0.000 0.048 0.012
#> SRR1696186 3 0.1522 0.8892 0.044 0.000 0.944 0.000 0.012
#> SRR1696187 4 0.1043 0.7159 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696189 4 0.3539 0.7043 0.028 0.032 0.000 0.848 0.092
#> SRR1696188 4 0.2616 0.7278 0.000 0.036 0.000 0.888 0.076
#> SRR1696190 4 0.5353 0.3997 0.004 0.332 0.000 0.604 0.060
#> SRR1696191 5 0.4116 0.5380 0.000 0.248 0.016 0.004 0.732
#> SRR1696192 5 0.4676 0.5613 0.012 0.216 0.044 0.000 0.728
#> SRR1696193 4 0.3506 0.7045 0.000 0.044 0.000 0.824 0.132
#> SRR1696194 4 0.1168 0.7258 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696195 4 0.1943 0.7330 0.000 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1696196 4 0.3752 0.6816 0.000 0.148 0.000 0.804 0.048
#> SRR1696197 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.1331 0.7176 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1696200 4 0.2797 0.7271 0.000 0.060 0.000 0.880 0.060
#> SRR1696201 4 0.3993 0.6268 0.000 0.216 0.000 0.756 0.028
#> SRR1696202 4 0.1197 0.7106 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1696203 4 0.1341 0.7047 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696205 4 0.2966 0.5618 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1696204 4 0.3607 0.6040 0.000 0.244 0.000 0.752 0.004
#> SRR1696206 1 0.3582 0.7229 0.768 0.008 0.000 0.224 0.000
#> SRR1696207 4 0.4101 0.0149 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1696209 4 0.2561 0.6194 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1696210 4 0.4307 -0.4355 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1696208 4 0.3354 0.7132 0.000 0.088 0.000 0.844 0.068
#> SRR1696212 4 0.1579 0.7353 0.000 0.032 0.000 0.944 0.024
#> SRR1696211 4 0.1981 0.7121 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> SRR1696213 4 0.4444 0.6437 0.000 0.180 0.000 0.748 0.072
#> SRR1696214 4 0.4040 0.5801 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> SRR1696215 4 0.5180 0.6053 0.000 0.120 0.000 0.684 0.196
#> SRR1696217 4 0.4194 0.6790 0.000 0.132 0.000 0.780 0.088
#> SRR1696216 1 0.4242 0.5915 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1696218 4 0.2929 0.5728 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1696219 4 0.4400 0.6333 0.000 0.196 0.000 0.744 0.060
#> SRR1696220 4 0.3487 0.6380 0.000 0.212 0.000 0.780 0.008
#> SRR1696221 4 0.2997 0.6862 0.000 0.148 0.000 0.840 0.012
#> SRR1696222 4 0.5927 0.2000 0.000 0.428 0.000 0.468 0.104
#> SRR1696224 4 0.3151 0.7042 0.000 0.020 0.000 0.836 0.144
#> SRR1696223 4 0.3942 0.6514 0.000 0.020 0.000 0.748 0.232
#> SRR1696225 4 0.5695 0.4754 0.000 0.256 0.000 0.612 0.132
#> SRR1696227 4 0.0579 0.7288 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696226 1 0.4540 0.7237 0.656 0.024 0.000 0.320 0.000
#> SRR1696228 4 0.2074 0.6647 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1696229 4 0.2889 0.7243 0.000 0.044 0.000 0.872 0.084
#> SRR1696232 4 0.1195 0.7285 0.028 0.012 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696231 4 0.2020 0.6704 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1696230 4 0.3424 0.4440 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1696233 4 0.3237 0.7101 0.000 0.104 0.000 0.848 0.048
#> SRR1696235 4 0.0798 0.7272 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1696234 4 0.4038 0.6854 0.000 0.128 0.000 0.792 0.080
#> SRR1696236 4 0.0955 0.7340 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696237 4 0.0162 0.7309 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696238 4 0.1798 0.7317 0.004 0.064 0.000 0.928 0.004
#> SRR1696239 4 0.0693 0.7305 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696240 4 0.0566 0.7290 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696241 1 0.4331 0.6491 0.596 0.004 0.000 0.400 0.000
#> SRR1696244 4 0.1043 0.7151 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696243 4 0.1082 0.7215 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR1696242 4 0.3274 0.6309 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1696245 1 0.4297 0.4810 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR1696246 4 0.2230 0.6536 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1696247 4 0.1568 0.7186 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR1696248 4 0.3039 0.5432 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1696249 4 0.4192 -0.1124 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1696250 4 0.2208 0.7296 0.000 0.020 0.000 0.908 0.072
#> SRR1696252 4 0.1671 0.6907 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696253 1 0.3586 0.7364 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1696251 4 0.4273 -0.2875 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1696254 4 0.2067 0.7108 0.048 0.000 0.000 0.920 0.032
#> SRR1696255 4 0.0798 0.7261 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1696256 4 0.0794 0.7221 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696258 4 0.2605 0.6121 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1696257 1 0.3424 0.7281 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1696260 4 0.5619 0.5283 0.000 0.208 0.000 0.636 0.156
#> SRR1696259 4 0.5763 0.5110 0.000 0.192 0.000 0.620 0.188
#> SRR1696261 1 0.3214 0.6400 0.844 0.000 0.000 0.120 0.036
#> SRR1696262 1 0.2984 0.6274 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR1696263 4 0.2690 0.5997 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1696265 3 0.1809 0.8871 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1696264 4 0.0290 0.7279 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696266 3 0.2110 0.8842 0.072 0.000 0.912 0.000 0.016
#> SRR1696267 3 0.0162 0.8893 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696269 4 0.0486 0.7309 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696271 4 0.2903 0.7016 0.080 0.000 0.000 0.872 0.048
#> SRR1696270 4 0.1741 0.7352 0.000 0.040 0.000 0.936 0.024
#> SRR1696268 3 0.0290 0.8890 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696272 4 0.4517 -0.1207 0.436 0.000 0.000 0.556 0.008
#> SRR1696274 2 0.5448 0.3306 0.076 0.584 0.000 0.340 0.000
#> SRR1696273 2 0.5338 0.6377 0.132 0.716 0.000 0.128 0.024
#> SRR1696275 4 0.4928 0.5613 0.000 0.056 0.000 0.660 0.284
#> SRR1696276 1 0.4306 0.4256 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1696277 4 0.4589 0.6441 0.000 0.064 0.000 0.724 0.212
#> SRR1696279 4 0.4161 -0.0815 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1696278 4 0.1124 0.7221 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696280 4 0.2074 0.7140 0.044 0.000 0.000 0.920 0.036
#> SRR1696281 4 0.3910 0.5653 0.000 0.272 0.000 0.720 0.008
#> SRR1696282 4 0.4227 -0.1860 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1696283 4 0.3671 0.6057 0.008 0.236 0.000 0.756 0.000
#> SRR1696286 4 0.3461 0.5336 0.224 0.000 0.000 0.772 0.004
#> SRR1696284 1 0.4367 0.6259 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> SRR1696287 2 0.5928 0.2644 0.000 0.548 0.000 0.328 0.124
#> SRR1696285 4 0.1965 0.7329 0.000 0.024 0.000 0.924 0.052
#> SRR1696288 4 0.5059 0.6043 0.000 0.192 0.000 0.696 0.112
#> SRR1696290 4 0.5990 0.4153 0.000 0.144 0.000 0.560 0.296
#> SRR1696291 3 0.3994 0.8316 0.188 0.000 0.772 0.000 0.040
#> SRR1696289 2 0.6307 0.2213 0.000 0.532 0.000 0.224 0.244
#> SRR1696292 3 0.3958 0.8301 0.184 0.000 0.776 0.000 0.040
#> SRR1696293 4 0.3398 0.7014 0.000 0.024 0.004 0.828 0.144
#> SRR1696294 4 0.4989 0.5383 0.000 0.056 0.000 0.648 0.296
#> SRR1696295 4 0.1341 0.7084 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696296 4 0.0579 0.7309 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696297 1 0.4015 0.7095 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1696298 4 0.0671 0.7282 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696299 2 0.6795 -0.2137 0.000 0.364 0.000 0.348 0.288
#> SRR1696301 4 0.3333 0.5089 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004
#> SRR1696300 2 0.6098 0.3022 0.000 0.568 0.000 0.236 0.196
#> SRR1696303 4 0.4141 0.6026 0.000 0.236 0.000 0.736 0.028
#> SRR1696302 4 0.2561 0.6734 0.096 0.000 0.000 0.884 0.020
#> SRR1696304 4 0.3780 0.6898 0.000 0.132 0.000 0.808 0.060
#> SRR1696305 2 0.5122 0.4573 0.000 0.628 0.000 0.060 0.312
#> SRR1696306 2 0.3231 0.7529 0.004 0.800 0.000 0.000 0.196
#> SRR1696307 4 0.3124 0.7051 0.016 0.000 0.004 0.844 0.136
#> SRR1696309 4 0.1216 0.7275 0.020 0.000 0.000 0.960 0.020
#> SRR1696310 4 0.5039 0.5886 0.000 0.080 0.000 0.676 0.244
#> SRR1696308 4 0.3602 0.6623 0.000 0.180 0.000 0.796 0.024
#> SRR1696311 1 0.4746 0.6697 0.600 0.000 0.000 0.376 0.024
#> SRR1696314 4 0.4960 0.5751 0.000 0.232 0.000 0.688 0.080
#> SRR1696312 1 0.4060 0.6943 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1696313 1 0.4138 0.6718 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1696315 1 0.3816 0.7392 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1696316 4 0.2517 0.7166 0.004 0.104 0.000 0.884 0.008
#> SRR1696317 4 0.1544 0.6971 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1696318 4 0.0566 0.7267 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1696319 1 0.4147 0.7207 0.676 0.000 0.000 0.316 0.008
#> SRR1696320 4 0.0898 0.7257 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1696322 4 0.4028 0.6808 0.000 0.048 0.000 0.776 0.176
#> SRR1696321 4 0.4242 -0.2188 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR1696324 4 0.0162 0.7290 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696323 4 0.4307 -0.4447 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1696326 4 0.0898 0.7247 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1696325 1 0.3730 0.7408 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1696327 1 0.4108 0.7387 0.684 0.008 0.000 0.308 0.000
#> SRR1696328 4 0.3675 0.6808 0.000 0.024 0.000 0.788 0.188
#> SRR1696329 4 0.5181 0.3591 0.000 0.020 0.016 0.564 0.400
#> SRR1696330 4 0.6725 0.0995 0.000 0.288 0.000 0.420 0.292
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0582 0.8692 0.000 0.004 0.004 0.004 0.984 0.004
#> SRR1696029 5 0.0696 0.8658 0.000 0.008 0.004 0.004 0.980 0.004
#> SRR1696030 5 0.0696 0.8658 0.000 0.008 0.004 0.004 0.980 0.004
#> SRR1696031 5 0.0291 0.8718 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1696032 5 0.0436 0.8700 0.004 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000
#> SRR1696033 5 0.0146 0.8701 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696034 5 0.0291 0.8718 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1696035 6 0.2346 1.0000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696036 6 0.2346 1.0000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696037 6 0.2346 1.0000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696039 5 0.0551 0.8681 0.008 0.000 0.004 0.004 0.984 0.000
#> SRR1696038 6 0.2346 1.0000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696040 5 0.0405 0.8679 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1696041 5 0.0837 0.8581 0.020 0.000 0.004 0.004 0.972 0.000
#> SRR1696042 5 0.0922 0.8535 0.024 0.000 0.004 0.004 0.968 0.000
#> SRR1696043 2 0.0777 0.9136 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696044 2 0.1492 0.9081 0.000 0.940 0.000 0.000 0.024 0.036
#> SRR1696045 2 0.1674 0.8976 0.068 0.924 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696046 2 0.1078 0.9170 0.008 0.964 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696047 2 0.5403 0.4092 0.000 0.588 0.016 0.020 0.328 0.048
#> SRR1696048 2 0.5220 0.5748 0.000 0.660 0.012 0.032 0.244 0.052
#> SRR1696050 2 0.0622 0.9147 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696051 2 0.0551 0.9153 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.1873 0.8922 0.000 0.924 0.000 0.048 0.008 0.020
#> SRR1696053 3 0.3672 0.3359 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696054 3 0.3672 0.3359 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696055 2 0.0858 0.9136 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0725 0.9165 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696049 2 0.2019 0.8894 0.088 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696056 2 0.2320 0.8646 0.000 0.892 0.000 0.080 0.004 0.024
#> SRR1696059 2 0.1588 0.8966 0.072 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696058 2 0.2231 0.8753 0.000 0.900 0.000 0.068 0.004 0.028
#> SRR1696060 2 0.1552 0.9021 0.000 0.940 0.000 0.036 0.004 0.020
#> SRR1696061 2 0.1237 0.9142 0.020 0.956 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696062 2 0.1464 0.9105 0.000 0.944 0.000 0.004 0.016 0.036
#> SRR1696063 2 0.1036 0.9128 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> SRR1696064 2 0.0508 0.9160 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696065 2 0.2114 0.8902 0.076 0.904 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1696066 1 0.2531 0.4164 0.860 0.128 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696067 1 0.4393 -0.1109 0.500 0.480 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696068 2 0.1148 0.9136 0.020 0.960 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696069 2 0.2541 0.8688 0.000 0.892 0.000 0.052 0.024 0.032
#> SRR1696070 2 0.2811 0.8612 0.084 0.868 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696071 2 0.1340 0.9120 0.040 0.948 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696072 2 0.0964 0.9120 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR1696073 2 0.1053 0.9117 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012
#> SRR1696074 2 0.2062 0.8837 0.088 0.900 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696075 2 0.0405 0.9147 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696076 2 0.1605 0.9028 0.044 0.936 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696077 2 0.0665 0.9159 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1696078 2 0.1774 0.9093 0.016 0.936 0.000 0.020 0.004 0.024
#> SRR1696079 2 0.4015 0.5663 0.328 0.656 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696080 2 0.0767 0.9162 0.008 0.976 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696081 2 0.2053 0.8794 0.108 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696083 2 0.1434 0.9149 0.008 0.948 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR1696082 2 0.0692 0.9143 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696084 2 0.0891 0.9155 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696085 2 0.0551 0.9158 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1696086 2 0.1138 0.9156 0.000 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR1696087 2 0.0779 0.9159 0.008 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696088 2 0.1257 0.9099 0.020 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696091 2 0.0777 0.9143 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1696089 2 0.1204 0.9056 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.2011 0.8822 0.000 0.912 0.000 0.064 0.004 0.020
#> SRR1696092 2 0.0603 0.9150 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696094 2 0.2118 0.9007 0.036 0.920 0.016 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696093 1 0.4521 0.1790 0.568 0.400 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696095 2 0.0520 0.9154 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696096 2 0.0692 0.9141 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696097 2 0.0291 0.9156 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0692 0.9147 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696099 2 0.0291 0.9154 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696100 2 0.0964 0.9120 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR1696102 2 0.0436 0.9152 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1696103 2 0.0405 0.9157 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696104 2 0.0405 0.9147 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696105 2 0.2454 0.8584 0.000 0.884 0.000 0.088 0.008 0.020
#> SRR1696107 2 0.1409 0.9111 0.000 0.948 0.008 0.000 0.012 0.032
#> SRR1696108 2 0.1340 0.9091 0.040 0.948 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696106 2 0.0551 0.9153 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696110 2 0.0767 0.9165 0.012 0.976 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696109 2 0.1232 0.9133 0.024 0.956 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696111 2 0.2946 0.8005 0.184 0.808 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696112 2 0.0653 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696114 2 0.0603 0.9143 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696113 1 0.3626 0.2848 0.704 0.288 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696115 2 0.3459 0.8040 0.000 0.824 0.000 0.108 0.016 0.052
#> SRR1696116 2 0.4738 0.6266 0.000 0.708 0.000 0.200 0.052 0.040
#> SRR1696117 2 0.7275 -0.1367 0.072 0.392 0.364 0.000 0.028 0.144
#> SRR1696118 1 0.4668 0.0787 0.656 0.020 0.292 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696119 1 0.1642 0.4921 0.936 0.000 0.032 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696120 3 0.0260 0.7271 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0632 0.7232 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696122 3 0.0603 0.7253 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696125 2 0.2355 0.8716 0.112 0.876 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696124 2 0.1059 0.9143 0.016 0.964 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696123 2 0.1679 0.9012 0.000 0.936 0.000 0.028 0.008 0.028
#> SRR1696126 2 0.0964 0.9155 0.012 0.968 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696127 2 0.4399 0.7761 0.140 0.768 0.012 0.000 0.044 0.036
#> SRR1696128 2 0.3751 0.8379 0.080 0.828 0.016 0.000 0.044 0.032
#> SRR1696129 2 0.0582 0.9156 0.004 0.984 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1696130 2 0.2438 0.8849 0.076 0.892 0.004 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696131 2 0.1225 0.9117 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1696133 2 0.1484 0.9106 0.000 0.944 0.004 0.004 0.008 0.040
#> SRR1696132 2 0.1757 0.8918 0.076 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696135 2 0.2163 0.8799 0.096 0.892 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696134 2 0.0964 0.9127 0.000 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR1696136 1 0.3017 0.3990 0.816 0.164 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696137 2 0.3059 0.8667 0.032 0.864 0.004 0.000 0.072 0.028
#> SRR1696138 2 0.3054 0.8495 0.096 0.852 0.016 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696139 2 0.0653 0.9144 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1696140 2 0.0820 0.9157 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696142 2 0.3259 0.8266 0.000 0.844 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR1696141 2 0.1710 0.9003 0.000 0.936 0.000 0.028 0.016 0.020
#> SRR1696143 2 0.1321 0.9137 0.024 0.952 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696144 1 0.6742 0.0517 0.528 0.224 0.180 0.000 0.024 0.044
#> SRR1696146 3 0.4898 0.5395 0.208 0.000 0.692 0.004 0.076 0.020
#> SRR1696145 3 0.4840 0.5354 0.216 0.000 0.688 0.000 0.072 0.024
#> SRR1696148 2 0.2144 0.8913 0.000 0.912 0.004 0.032 0.004 0.048
#> SRR1696147 2 0.1624 0.9081 0.008 0.936 0.000 0.012 0.000 0.044
#> SRR1696149 2 0.0798 0.9161 0.004 0.976 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1696150 2 0.0779 0.9155 0.008 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1696151 2 0.0508 0.9158 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696152 2 0.0665 0.9155 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1696153 2 0.0993 0.9139 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696154 2 0.1780 0.9002 0.000 0.932 0.000 0.028 0.012 0.028
#> SRR1696155 2 0.0993 0.9141 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696156 2 0.0767 0.9134 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR1696157 2 0.2618 0.8732 0.092 0.876 0.004 0.000 0.004 0.024
#> SRR1696158 2 0.0748 0.9145 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR1696159 1 0.1552 0.4918 0.940 0.036 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696160 2 0.3376 0.7867 0.180 0.792 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1696161 2 0.1053 0.9133 0.000 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> SRR1696162 2 0.0692 0.9141 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696163 2 0.1793 0.8982 0.000 0.928 0.000 0.036 0.004 0.032
#> SRR1696164 2 0.0964 0.9118 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR1696165 2 0.1332 0.9154 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR1696166 2 0.4105 0.7974 0.104 0.796 0.064 0.000 0.012 0.024
#> SRR1696167 4 0.4452 0.6340 0.004 0.060 0.000 0.740 0.176 0.020
#> SRR1696169 2 0.0767 0.9145 0.012 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696168 2 0.2828 0.8536 0.000 0.872 0.000 0.072 0.020 0.036
#> SRR1696171 2 0.0603 0.9147 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696170 2 0.1924 0.9053 0.012 0.928 0.000 0.028 0.004 0.028
#> SRR1696172 2 0.3443 0.8014 0.000 0.828 0.000 0.108 0.032 0.032
#> SRR1696173 2 0.3848 0.7762 0.192 0.768 0.012 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696174 2 0.0767 0.9141 0.012 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696176 2 0.0870 0.9144 0.012 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696175 1 0.4040 0.2608 0.676 0.304 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696177 2 0.1176 0.9109 0.024 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696178 2 0.1262 0.9135 0.020 0.956 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1696179 2 0.0725 0.9146 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696180 2 0.0551 0.9150 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1696181 2 0.3563 0.8330 0.100 0.828 0.012 0.012 0.000 0.048
#> SRR1696182 2 0.3125 0.8494 0.092 0.852 0.012 0.004 0.000 0.040
#> SRR1696183 2 0.3595 0.8217 0.100 0.820 0.012 0.004 0.000 0.064
#> SRR1696184 2 0.2985 0.8599 0.076 0.864 0.012 0.004 0.000 0.044
#> SRR1696185 1 0.1854 0.4824 0.932 0.004 0.028 0.000 0.016 0.020
#> SRR1696186 3 0.0951 0.7262 0.020 0.000 0.968 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696187 4 0.1814 0.7767 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.5171 0.6301 0.116 0.036 0.000 0.704 0.136 0.008
#> SRR1696188 4 0.0405 0.8105 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1696190 4 0.5302 0.1641 0.008 0.408 0.000 0.524 0.040 0.020
#> SRR1696191 5 0.6599 0.3400 0.000 0.204 0.180 0.016 0.548 0.052
#> SRR1696192 5 0.6850 0.2504 0.004 0.140 0.332 0.012 0.460 0.052
#> SRR1696193 4 0.0881 0.8092 0.000 0.008 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1696194 4 0.1049 0.8093 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696195 4 0.0146 0.8102 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0891 0.8062 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1696197 3 0.3672 0.3359 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696198 3 0.3672 0.3359 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1696199 4 0.2257 0.7618 0.116 0.000 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR1696200 4 0.0291 0.8105 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696201 4 0.1296 0.8014 0.000 0.032 0.000 0.952 0.004 0.012
#> SRR1696202 4 0.2135 0.7579 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1696203 4 0.2653 0.7376 0.144 0.000 0.000 0.844 0.012 0.000
#> SRR1696205 4 0.3841 0.2941 0.380 0.000 0.000 0.616 0.004 0.000
#> SRR1696204 4 0.1500 0.7898 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1696206 1 0.1401 0.5373 0.948 0.004 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1696207 1 0.3982 0.2852 0.536 0.000 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR1696209 4 0.3464 0.4825 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.3737 0.4634 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.1059 0.8066 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR1696212 4 0.0000 0.8100 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 4 0.3284 0.6997 0.168 0.000 0.000 0.800 0.032 0.000
#> SRR1696213 4 0.1861 0.7957 0.000 0.036 0.000 0.928 0.020 0.016
#> SRR1696214 4 0.1462 0.7887 0.000 0.056 0.000 0.936 0.000 0.008
#> SRR1696215 4 0.2604 0.7591 0.000 0.036 0.000 0.880 0.076 0.008
#> SRR1696217 4 0.1630 0.8002 0.000 0.024 0.000 0.940 0.016 0.020
#> SRR1696216 1 0.3738 0.5824 0.680 0.000 0.000 0.312 0.004 0.004
#> SRR1696218 4 0.3937 0.1454 0.424 0.000 0.000 0.572 0.000 0.004
#> SRR1696219 4 0.1605 0.7946 0.000 0.044 0.000 0.936 0.016 0.004
#> SRR1696220 4 0.0972 0.8095 0.008 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.1963 0.8006 0.016 0.044 0.000 0.924 0.004 0.012
#> SRR1696222 4 0.5258 0.4192 0.000 0.252 0.000 0.640 0.072 0.036
#> SRR1696224 4 0.0458 0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696223 4 0.1444 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1696225 4 0.3910 0.6823 0.000 0.088 0.000 0.800 0.084 0.028
#> SRR1696227 4 0.1267 0.7987 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4202 0.6119 0.772 0.032 0.012 0.156 0.000 0.028
#> SRR1696228 4 0.3482 0.4722 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0291 0.8104 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1696232 4 0.0972 0.8091 0.028 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696231 4 0.3428 0.5047 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1696230 4 0.3862 -0.0714 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0405 0.8102 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696235 4 0.1719 0.7984 0.060 0.000 0.000 0.924 0.016 0.000
#> SRR1696234 4 0.1088 0.8044 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR1696236 4 0.0260 0.8102 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.0972 0.8087 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000
#> SRR1696238 4 0.0520 0.8108 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696239 4 0.3209 0.7539 0.100 0.016 0.008 0.848 0.000 0.028
#> SRR1696240 4 0.1692 0.8040 0.048 0.008 0.000 0.932 0.000 0.012
#> SRR1696241 1 0.4209 0.6223 0.732 0.004 0.012 0.216 0.000 0.036
#> SRR1696244 4 0.2178 0.7545 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1696243 4 0.2357 0.7610 0.116 0.000 0.000 0.872 0.012 0.000
#> SRR1696242 4 0.2923 0.7623 0.016 0.060 0.012 0.876 0.000 0.036
#> SRR1696245 1 0.4114 0.5227 0.628 0.000 0.000 0.356 0.008 0.008
#> SRR1696246 4 0.3221 0.5838 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1696247 4 0.2178 0.7532 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1696248 4 0.3684 0.3268 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.3955 0.3546 0.560 0.000 0.000 0.436 0.004 0.000
#> SRR1696250 4 0.0363 0.8101 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696252 4 0.2597 0.7093 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.1951 0.5872 0.908 0.000 0.000 0.076 0.000 0.016
#> SRR1696251 1 0.3899 0.4419 0.592 0.000 0.000 0.404 0.004 0.000
#> SRR1696254 4 0.2932 0.7395 0.132 0.000 0.000 0.840 0.024 0.004
#> SRR1696255 4 0.1444 0.7933 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696256 4 0.1556 0.7910 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696258 4 0.3607 0.3943 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1408 0.5516 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR1696260 4 0.3779 0.6983 0.000 0.076 0.000 0.812 0.080 0.032
#> SRR1696259 4 0.3962 0.6799 0.000 0.068 0.000 0.796 0.104 0.032
#> SRR1696261 1 0.2395 0.4918 0.904 0.000 0.044 0.004 0.028 0.020
#> SRR1696262 1 0.2880 0.4766 0.876 0.000 0.060 0.004 0.036 0.024
#> SRR1696263 4 0.3314 0.5876 0.256 0.000 0.004 0.740 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.1700 0.7272 0.048 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696264 4 0.1075 0.8026 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.1700 0.7272 0.048 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696267 3 0.1327 0.7058 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696269 4 0.0692 0.8088 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR1696271 4 0.2745 0.7669 0.112 0.000 0.000 0.860 0.020 0.008
#> SRR1696270 4 0.0000 0.8100 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.2558 0.6352 0.004 0.000 0.840 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696272 1 0.4679 0.3841 0.584 0.000 0.000 0.376 0.020 0.020
#> SRR1696274 2 0.7305 0.0572 0.204 0.452 0.012 0.268 0.028 0.036
#> SRR1696273 2 0.6591 0.5173 0.132 0.620 0.012 0.136 0.068 0.032
#> SRR1696275 4 0.2737 0.7522 0.000 0.012 0.000 0.868 0.096 0.024
#> SRR1696276 1 0.4090 0.5593 0.652 0.000 0.000 0.328 0.004 0.016
#> SRR1696277 4 0.1624 0.7978 0.000 0.012 0.000 0.936 0.044 0.008
#> SRR1696279 1 0.3823 0.3712 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.1152 0.8058 0.044 0.004 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696280 4 0.3075 0.7547 0.108 0.000 0.000 0.844 0.040 0.008
#> SRR1696281 4 0.1531 0.7820 0.000 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> SRR1696282 1 0.3833 0.3442 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.5048 0.5715 0.076 0.144 0.004 0.728 0.016 0.032
#> SRR1696286 4 0.4291 0.5193 0.296 0.000 0.004 0.672 0.012 0.016
#> SRR1696284 1 0.4610 0.6184 0.692 0.004 0.008 0.252 0.012 0.032
#> SRR1696287 4 0.5821 0.0298 0.000 0.428 0.000 0.456 0.080 0.036
#> SRR1696285 4 0.0405 0.8105 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1696288 4 0.2815 0.7565 0.000 0.056 0.000 0.876 0.044 0.024
#> SRR1696290 4 0.4395 0.6435 0.000 0.044 0.000 0.736 0.188 0.032
#> SRR1696291 3 0.3792 0.6272 0.160 0.000 0.788 0.004 0.016 0.032
#> SRR1696289 2 0.6504 0.0519 0.000 0.448 0.000 0.316 0.200 0.036
#> SRR1696292 3 0.3415 0.6538 0.136 0.000 0.820 0.004 0.016 0.024
#> SRR1696293 4 0.1053 0.8073 0.000 0.004 0.000 0.964 0.012 0.020
#> SRR1696294 4 0.3263 0.7238 0.000 0.024 0.000 0.836 0.112 0.028
#> SRR1696295 4 0.3046 0.6880 0.188 0.000 0.000 0.800 0.012 0.000
#> SRR1696296 4 0.0632 0.8088 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.3154 0.6335 0.800 0.000 0.000 0.184 0.004 0.012
#> SRR1696298 4 0.1075 0.8029 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.6286 0.1620 0.000 0.288 0.000 0.504 0.172 0.036
#> SRR1696301 4 0.3955 0.2654 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000
#> SRR1696300 4 0.6434 -0.0159 0.000 0.400 0.000 0.412 0.140 0.048
#> SRR1696303 4 0.1850 0.7845 0.000 0.052 0.000 0.924 0.008 0.016
#> SRR1696302 4 0.3432 0.6407 0.216 0.000 0.000 0.764 0.020 0.000
#> SRR1696304 4 0.1478 0.7995 0.000 0.032 0.000 0.944 0.004 0.020
#> SRR1696305 2 0.5596 0.2395 0.000 0.528 0.000 0.060 0.372 0.040
#> SRR1696306 2 0.3657 0.7510 0.000 0.776 0.004 0.004 0.188 0.028
#> SRR1696307 4 0.1649 0.8065 0.036 0.000 0.000 0.932 0.032 0.000
#> SRR1696309 4 0.1913 0.7868 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR1696310 4 0.3058 0.7359 0.000 0.024 0.000 0.848 0.108 0.020
#> SRR1696308 4 0.1074 0.8042 0.000 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1696311 1 0.4462 0.6195 0.736 0.000 0.020 0.196 0.032 0.016
#> SRR1696314 4 0.2765 0.7514 0.000 0.064 0.000 0.876 0.044 0.016
#> SRR1696312 1 0.5589 0.4199 0.636 0.000 0.208 0.124 0.008 0.024
#> SRR1696313 1 0.3056 0.6344 0.804 0.000 0.000 0.184 0.004 0.008
#> SRR1696315 1 0.3053 0.6307 0.812 0.000 0.000 0.168 0.000 0.020
#> SRR1696316 4 0.0405 0.8107 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696317 4 0.3240 0.6109 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000
#> SRR1696318 4 0.1007 0.8039 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.3689 0.6235 0.772 0.000 0.000 0.192 0.016 0.020
#> SRR1696320 4 0.1296 0.8053 0.044 0.000 0.000 0.948 0.004 0.004
#> SRR1696322 4 0.1390 0.8030 0.000 0.004 0.000 0.948 0.032 0.016
#> SRR1696321 1 0.3789 0.4093 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1696324 4 0.0790 0.8065 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.3819 0.4982 0.624 0.000 0.000 0.372 0.000 0.004
#> SRR1696326 4 0.1501 0.7914 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.2389 0.6176 0.864 0.000 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR1696327 1 0.3619 0.6117 0.816 0.016 0.012 0.128 0.000 0.028
#> SRR1696328 4 0.1003 0.8071 0.000 0.004 0.000 0.964 0.028 0.004
#> SRR1696329 4 0.4439 0.6355 0.000 0.008 0.048 0.752 0.164 0.028
#> SRR1696330 4 0.6146 0.3341 0.000 0.204 0.008 0.580 0.172 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.966 0.1503 0.876 0.876
#> 3 3 0.533 0.598 0.855 1.3023 0.819 0.794
#> 4 4 0.544 0.690 0.859 0.0416 0.867 0.813
#> 5 5 0.502 0.799 0.837 0.1350 0.905 0.844
#> 6 6 0.486 0.798 0.863 0.2711 0.942 0.894
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696029 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696030 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696031 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696032 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696033 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696034 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696035 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696036 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696037 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696039 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696038 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696040 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696041 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696042 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696043 2 0.2603 0.968 0.044 0.956
#> SRR1696044 2 0.2603 0.968 0.044 0.956
#> SRR1696045 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696046 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696047 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696048 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696050 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696051 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696052 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696053 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696054 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696055 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> SRR1696057 2 0.1843 0.971 0.028 0.972
#> SRR1696049 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696056 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696059 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696058 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696060 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696061 2 0.1184 0.971 0.016 0.984
#> SRR1696062 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696063 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696064 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696065 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696066 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696067 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696068 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> SRR1696069 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696070 2 0.1184 0.971 0.016 0.984
#> SRR1696071 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696072 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696073 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696074 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696075 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696076 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> SRR1696077 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696078 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696079 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696080 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696081 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696083 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696082 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696084 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696085 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696086 2 0.1843 0.971 0.028 0.972
#> SRR1696087 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696088 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696091 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696089 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696090 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696092 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696094 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696093 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696095 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696096 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696097 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696098 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696099 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696100 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696102 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696103 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696104 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696105 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696107 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696108 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> SRR1696106 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696110 2 0.2603 0.968 0.044 0.956
#> SRR1696109 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696111 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696112 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696114 2 0.2423 0.969 0.040 0.960
#> SRR1696113 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696115 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696116 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696117 2 0.1184 0.967 0.016 0.984
#> SRR1696118 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696119 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696120 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696121 1 0.3431 0.976 0.936 0.064
#> SRR1696122 1 0.3431 0.976 0.936 0.064
#> SRR1696125 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696124 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696123 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696126 2 0.1633 0.971 0.024 0.976
#> SRR1696127 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696128 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696129 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696130 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696131 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696133 2 0.1843 0.971 0.028 0.972
#> SRR1696132 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696135 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696134 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696136 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696137 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696138 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696139 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696140 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696142 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696141 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696143 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696144 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696146 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696145 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696148 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696147 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696149 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696150 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696151 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696152 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696153 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696154 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696155 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696156 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696157 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696158 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696159 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696160 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696161 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696162 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696163 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696164 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696165 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696166 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696167 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696169 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR1696168 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696171 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696170 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696172 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696173 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696174 2 0.2778 0.967 0.048 0.952
#> SRR1696176 2 0.2236 0.971 0.036 0.964
#> SRR1696175 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR1696177 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696178 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696179 2 0.2236 0.970 0.036 0.964
#> SRR1696180 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696181 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696182 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696183 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696184 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696185 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696186 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696187 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696189 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696188 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696190 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696191 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696192 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696193 2 0.2236 0.969 0.036 0.964
#> SRR1696194 2 0.2236 0.971 0.036 0.964
#> SRR1696195 2 0.2603 0.970 0.044 0.956
#> SRR1696196 2 0.2778 0.967 0.048 0.952
#> SRR1696197 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696198 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696199 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696200 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696201 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696202 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696203 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696205 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696204 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696206 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696207 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> SRR1696209 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696210 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696208 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696212 2 0.2236 0.969 0.036 0.964
#> SRR1696211 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696213 2 0.1633 0.971 0.024 0.976
#> SRR1696214 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696215 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696217 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696216 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696218 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696219 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696220 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696221 2 0.1843 0.972 0.028 0.972
#> SRR1696222 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696224 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696223 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696225 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696227 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696226 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> SRR1696228 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696229 2 0.1843 0.971 0.028 0.972
#> SRR1696232 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696231 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696230 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696233 2 0.2423 0.969 0.040 0.960
#> SRR1696235 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> SRR1696234 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696236 2 0.2236 0.969 0.036 0.964
#> SRR1696237 2 0.1633 0.971 0.024 0.976
#> SRR1696238 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696239 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696240 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696241 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696244 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696243 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696242 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696245 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696246 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696247 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696248 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696249 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696250 2 0.1633 0.971 0.024 0.976
#> SRR1696252 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696253 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696251 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696254 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696255 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696256 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696258 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696257 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696260 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696259 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696261 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696262 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696263 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696265 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696264 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696266 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696267 1 0.3431 0.976 0.936 0.064
#> SRR1696269 2 0.2236 0.971 0.036 0.964
#> SRR1696271 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696270 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696268 1 0.3431 0.976 0.936 0.064
#> SRR1696272 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696274 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696273 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696275 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696276 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696277 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696279 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696278 2 0.2236 0.971 0.036 0.964
#> SRR1696280 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696281 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696282 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696283 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696286 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696284 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1696287 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696285 2 0.1633 0.971 0.024 0.976
#> SRR1696288 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696290 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696291 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696289 2 0.3114 0.964 0.056 0.944
#> SRR1696292 1 0.3584 0.976 0.932 0.068
#> SRR1696293 2 0.2948 0.967 0.052 0.948
#> SRR1696294 2 0.2948 0.967 0.052 0.948
#> SRR1696295 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> SRR1696296 2 0.2043 0.971 0.032 0.968
#> SRR1696297 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696298 2 0.2236 0.971 0.036 0.964
#> SRR1696299 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696301 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696300 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696303 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696302 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696304 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR1696305 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696306 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696307 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696309 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696310 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696308 2 0.2423 0.968 0.040 0.960
#> SRR1696311 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696314 2 0.3274 0.962 0.060 0.940
#> SRR1696312 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696313 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696315 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696316 2 0.1184 0.969 0.016 0.984
#> SRR1696317 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696318 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696319 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696320 2 0.0938 0.970 0.012 0.988
#> SRR1696322 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696321 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696324 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR1696323 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696326 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696325 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696327 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696328 2 0.2603 0.969 0.044 0.956
#> SRR1696329 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
#> SRR1696330 2 0.2948 0.965 0.052 0.948
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696029 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696030 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696031 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696032 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696033 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696034 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696035 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696036 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696037 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696039 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696038 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696040 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696041 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696042 1 0.1529 0.28200 0.960 0.040 0.000
#> SRR1696043 2 0.0592 0.80861 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696044 2 0.0424 0.80750 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696045 2 0.2066 0.80151 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696046 2 0.2066 0.80151 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696047 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696048 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696050 2 0.1031 0.80887 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696051 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696052 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696053 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696054 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696055 2 0.1643 0.80568 0.044 0.956 0.000
#> SRR1696057 2 0.1411 0.80752 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696049 2 0.2261 0.79616 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696056 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696059 2 0.2261 0.79616 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696058 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696060 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696061 2 0.1964 0.80153 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696062 2 0.0892 0.80868 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696063 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696064 2 0.0237 0.80507 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696065 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696066 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696067 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696068 2 0.1753 0.80473 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696069 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696070 2 0.2165 0.79912 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696071 2 0.1964 0.80059 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696072 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696073 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696074 2 0.2356 0.79533 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696075 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696076 2 0.1753 0.80480 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696077 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696078 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696079 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696080 2 0.1163 0.80842 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696081 2 0.2356 0.79363 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696083 2 0.1411 0.80842 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696082 2 0.1031 0.80841 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696084 2 0.0592 0.80718 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696085 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696086 2 0.1289 0.80803 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696087 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696088 2 0.1163 0.80842 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696091 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696089 2 0.2165 0.79818 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696090 2 0.0237 0.80507 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696092 2 0.0424 0.80651 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696094 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696093 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696095 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696096 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696097 2 0.0747 0.80619 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696098 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696099 2 0.0747 0.80619 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696100 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696102 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696103 2 0.0747 0.80619 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696104 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696105 2 0.1411 0.80842 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696107 2 0.1289 0.80787 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696108 2 0.1753 0.80473 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696106 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696110 2 0.0892 0.80839 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696109 2 0.2356 0.79478 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696111 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696112 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696114 2 0.1031 0.80901 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696113 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696115 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696116 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696117 2 0.5706 0.34274 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696118 2 0.5882 0.23226 0.348 0.652 0.000
#> SRR1696119 2 0.5882 0.23226 0.348 0.652 0.000
#> SRR1696120 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696121 3 0.1399 0.96610 0.028 0.004 0.968
#> SRR1696122 3 0.1399 0.96610 0.028 0.004 0.968
#> SRR1696125 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696124 2 0.1031 0.80841 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696123 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696126 2 0.1643 0.80688 0.044 0.956 0.000
#> SRR1696127 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696128 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696129 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696130 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696131 2 0.0592 0.80528 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696133 2 0.1411 0.80735 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696132 2 0.2356 0.79472 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696135 2 0.1964 0.80059 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696134 2 0.0424 0.80629 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696136 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696137 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696138 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696139 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696140 2 0.1031 0.80841 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696142 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696141 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696143 2 0.2356 0.79414 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696144 2 0.2356 0.79414 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696146 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696145 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696148 2 0.0747 0.80894 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696147 2 0.0747 0.80894 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696149 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696150 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696151 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696152 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696153 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696154 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696155 2 0.1529 0.80799 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696156 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696157 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696158 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696159 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696160 2 0.2261 0.79605 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696161 2 0.0747 0.80619 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696162 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696163 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696164 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696165 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696166 2 0.2261 0.79742 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696167 2 0.4452 0.61446 0.192 0.808 0.000
#> SRR1696169 2 0.1964 0.80119 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696168 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696171 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696170 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696172 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696173 2 0.2448 0.79187 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696174 2 0.0747 0.80801 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696176 2 0.1031 0.80883 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696175 2 0.2537 0.78981 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696177 2 0.1411 0.80842 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696178 2 0.0424 0.80629 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696179 2 0.1411 0.80842 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696180 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696181 2 0.2796 0.78255 0.092 0.908 0.000
#> SRR1696182 2 0.2796 0.78255 0.092 0.908 0.000
#> SRR1696183 2 0.2796 0.78255 0.092 0.908 0.000
#> SRR1696184 2 0.2796 0.78255 0.092 0.908 0.000
#> SRR1696185 2 0.5882 0.23226 0.348 0.652 0.000
#> SRR1696186 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696187 2 0.6307 -0.43867 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696189 2 0.2165 0.80166 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696188 2 0.2356 0.78512 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696190 2 0.2165 0.80166 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696191 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696192 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696193 2 0.3340 0.73750 0.120 0.880 0.000
#> SRR1696194 2 0.3619 0.72158 0.136 0.864 0.000
#> SRR1696195 2 0.3267 0.74365 0.116 0.884 0.000
#> SRR1696196 2 0.1163 0.80680 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696197 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696198 3 0.3028 0.95071 0.032 0.048 0.920
#> SRR1696199 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696200 2 0.2537 0.77834 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696201 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696202 2 0.6299 -0.39256 0.476 0.524 0.000
#> SRR1696203 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696205 2 0.6305 -0.42399 0.484 0.516 0.000
#> SRR1696204 2 0.1753 0.80027 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696206 1 0.6274 0.57058 0.544 0.456 0.000
#> SRR1696207 2 0.6095 -0.00794 0.392 0.608 0.000
#> SRR1696209 2 0.6309 -0.48329 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696210 2 0.6274 -0.30977 0.456 0.544 0.000
#> SRR1696208 2 0.2066 0.79338 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696212 2 0.2959 0.76153 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696211 1 0.6309 0.46500 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696213 2 0.4605 0.61175 0.204 0.796 0.000
#> SRR1696214 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696215 2 0.1964 0.79581 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696217 2 0.1860 0.79458 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696216 2 0.6252 -0.25765 0.444 0.556 0.000
#> SRR1696218 2 0.6252 -0.25765 0.444 0.556 0.000
#> SRR1696219 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696220 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696221 2 0.2261 0.79893 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696222 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696224 2 0.3752 0.70416 0.144 0.856 0.000
#> SRR1696223 2 0.3752 0.70416 0.144 0.856 0.000
#> SRR1696225 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696227 2 0.6308 -0.45327 0.492 0.508 0.000
#> SRR1696226 2 0.6026 0.07532 0.376 0.624 0.000
#> SRR1696228 2 0.6286 -0.34616 0.464 0.536 0.000
#> SRR1696229 2 0.4002 0.69059 0.160 0.840 0.000
#> SRR1696232 2 0.1964 0.79717 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696231 2 0.6252 -0.25765 0.444 0.556 0.000
#> SRR1696230 2 0.6252 -0.25765 0.444 0.556 0.000
#> SRR1696233 2 0.2537 0.78657 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696235 2 0.5968 0.13018 0.364 0.636 0.000
#> SRR1696234 2 0.2165 0.79033 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696236 2 0.3038 0.75719 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696237 2 0.4796 0.57616 0.220 0.780 0.000
#> SRR1696238 2 0.1289 0.80172 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696239 2 0.3038 0.77235 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696240 2 0.3038 0.77235 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696241 2 0.3551 0.74299 0.132 0.868 0.000
#> SRR1696244 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696243 2 0.6307 -0.43860 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696242 2 0.3038 0.77235 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696245 2 0.6309 -0.48329 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696246 2 0.6307 -0.43573 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696247 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696248 2 0.6307 -0.43573 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696249 1 0.6309 0.46500 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696250 2 0.5926 0.14575 0.356 0.644 0.000
#> SRR1696252 1 0.6309 0.46500 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696253 1 0.6260 0.57981 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696251 1 0.6309 0.47704 0.504 0.496 0.000
#> SRR1696254 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696255 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696256 2 0.6168 -0.11356 0.412 0.588 0.000
#> SRR1696258 2 0.6302 -0.40694 0.480 0.520 0.000
#> SRR1696257 1 0.6267 0.57637 0.548 0.452 0.000
#> SRR1696260 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696259 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696261 1 0.6260 0.57981 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696262 1 0.6260 0.57981 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696263 1 0.6309 0.46500 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696265 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696264 2 0.6274 -0.31883 0.456 0.544 0.000
#> SRR1696266 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696267 3 0.1399 0.96610 0.028 0.004 0.968
#> SRR1696269 2 0.3752 0.70935 0.144 0.856 0.000
#> SRR1696271 2 0.6260 -0.27514 0.448 0.552 0.000
#> SRR1696270 2 0.2261 0.78734 0.068 0.932 0.000
#> SRR1696268 3 0.1399 0.96610 0.028 0.004 0.968
#> SRR1696272 2 0.6260 -0.27514 0.448 0.552 0.000
#> SRR1696274 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696273 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696275 2 0.3038 0.75465 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696276 2 0.6252 -0.25765 0.444 0.556 0.000
#> SRR1696277 2 0.3192 0.74447 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696279 2 0.6260 -0.27588 0.448 0.552 0.000
#> SRR1696278 2 0.3619 0.72158 0.136 0.864 0.000
#> SRR1696280 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696281 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696282 2 0.6244 -0.23955 0.440 0.560 0.000
#> SRR1696283 2 0.2878 0.77877 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696286 2 0.6291 -0.36753 0.468 0.532 0.000
#> SRR1696284 2 0.2959 0.77499 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696287 2 0.1289 0.80172 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696285 2 0.4002 0.69387 0.160 0.840 0.000
#> SRR1696288 2 0.1031 0.80464 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696290 2 0.0747 0.80628 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696291 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696289 2 0.0747 0.80628 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696292 3 0.1647 0.96617 0.036 0.004 0.960
#> SRR1696293 2 0.2878 0.75623 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696294 2 0.2878 0.75623 0.096 0.904 0.000
#> SRR1696295 2 0.5988 0.11307 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696296 2 0.4121 0.67642 0.168 0.832 0.000
#> SRR1696297 1 0.6280 0.56443 0.540 0.460 0.000
#> SRR1696298 2 0.4346 0.64937 0.184 0.816 0.000
#> SRR1696299 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696301 1 0.6309 0.46500 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696300 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696303 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696302 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696304 2 0.3038 0.75946 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696305 2 0.2165 0.80166 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696306 2 0.2165 0.80166 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696307 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696309 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696310 2 0.3116 0.74912 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696308 2 0.2066 0.79304 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696311 1 0.6260 0.57981 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696314 2 0.0424 0.80423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696312 1 0.6280 0.56291 0.540 0.460 0.000
#> SRR1696313 1 0.6267 0.57624 0.548 0.452 0.000
#> SRR1696315 1 0.6267 0.57637 0.548 0.452 0.000
#> SRR1696316 2 0.5948 0.14354 0.360 0.640 0.000
#> SRR1696317 1 0.6299 0.53144 0.524 0.476 0.000
#> SRR1696318 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696319 1 0.6291 0.54998 0.532 0.468 0.000
#> SRR1696320 2 0.5397 0.43287 0.280 0.720 0.000
#> SRR1696322 2 0.3192 0.74447 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696321 1 0.6291 0.54998 0.532 0.468 0.000
#> SRR1696324 2 0.6280 -0.34129 0.460 0.540 0.000
#> SRR1696323 1 0.6291 0.54998 0.532 0.468 0.000
#> SRR1696326 2 0.6309 -0.46782 0.496 0.504 0.000
#> SRR1696325 1 0.6267 0.57637 0.548 0.452 0.000
#> SRR1696327 1 0.6274 0.57058 0.544 0.456 0.000
#> SRR1696328 2 0.3482 0.72746 0.128 0.872 0.000
#> SRR1696329 2 0.1031 0.80474 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696330 2 0.0892 0.80574 0.020 0.980 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696035 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696038 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0188 0.0106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0592 0.8521 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0469 0.8511 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.1792 0.8390 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.1792 0.8390 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0707 0.8522 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696053 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.1389 0.8469 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.1211 0.8495 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1867 0.8345 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.1867 0.8345 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1637 0.8414 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0817 0.8518 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8491 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.1474 0.8454 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.1792 0.8380 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.1637 0.8403 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.1940 0.8332 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.1474 0.8455 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.1940 0.8313 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0921 0.8512 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0336 0.8510 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.1118 0.8502 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.1792 0.8370 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8491 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0188 0.8505 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0469 0.8501 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0469 0.8501 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0469 0.8501 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.1118 0.8501 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.1474 0.8454 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0592 0.8519 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.1940 0.8327 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0707 0.8523 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.4761 0.1825 0.332 0.664 0.004 0.000
#> SRR1696118 2 0.4889 0.0155 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR1696119 2 0.4889 0.0155 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.3024 0.8736 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696122 3 0.3024 0.8736 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696125 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0921 0.8512 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.1389 0.8481 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0336 0.8493 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.1211 0.8493 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.1940 0.8324 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.1637 0.8403 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0188 0.8502 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0921 0.8512 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.1940 0.8320 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.1940 0.8320 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0707 0.8523 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0707 0.8523 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.1118 0.8502 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.1867 0.8344 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0469 0.8501 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.1867 0.8359 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.3569 0.6061 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.1637 0.8410 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.2011 0.8291 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0469 0.8517 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0921 0.8518 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.2081 0.8264 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0188 0.8502 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.1022 0.8510 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.2408 0.8078 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.2408 0.8078 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.2408 0.8078 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.2408 0.8078 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.4889 0.0155 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.4994 0.6988 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.1940 0.8354 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696188 2 0.1940 0.8205 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.1940 0.8354 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696193 2 0.2760 0.7534 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.3024 0.7256 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.2704 0.7612 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1696196 2 0.1022 0.8493 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696197 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.2149 0.8070 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.4999 0.6657 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.4996 0.6888 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.1474 0.8399 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.5088 0.7290 0.572 0.424 0.004 0.000
#> SRR1696207 2 0.4907 -0.3417 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696210 2 0.4998 -0.6031 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.1792 0.8275 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696212 2 0.2469 0.7847 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.3764 0.5751 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.1474 0.8352 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696217 2 0.1389 0.8341 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696216 2 0.4992 -0.5611 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696218 2 0.4992 -0.5611 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.1940 0.8339 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696224 2 0.3123 0.7019 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696223 2 0.3123 0.7019 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.4992 0.7080 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4866 -0.2666 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1696228 2 0.5000 -0.6313 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.3266 0.6912 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.1637 0.8356 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696231 2 0.4992 -0.5611 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696230 2 0.4992 -0.5611 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.1940 0.8221 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696235 2 0.4804 -0.1668 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.1867 0.8234 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696236 2 0.2530 0.7790 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696237 2 0.3942 0.5132 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.1118 0.8427 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696239 2 0.2589 0.7938 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696240 2 0.2589 0.7938 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696241 2 0.2973 0.7544 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.4994 0.6988 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.2589 0.7938 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.4994 0.6910 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.4994 0.6910 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696250 2 0.4804 -0.1883 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.5070 0.7283 0.580 0.416 0.004 0.000
#> SRR1696251 1 0.4981 0.7232 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696256 2 0.4948 -0.4297 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.4998 0.6746 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.5080 0.7290 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1696260 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696259 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.5070 0.7283 0.580 0.416 0.004 0.000
#> SRR1696262 1 0.5070 0.7283 0.580 0.416 0.004 0.000
#> SRR1696263 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.4996 -0.6016 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.3024 0.8736 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696269 2 0.3123 0.7093 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696271 2 0.4994 -0.5802 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.1867 0.8235 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.3024 0.8736 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696272 2 0.4994 -0.5802 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.2530 0.7759 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696276 2 0.4992 -0.5611 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.2647 0.7628 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1696279 2 0.4994 -0.5758 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.3024 0.7256 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696282 2 0.4989 -0.5468 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.2469 0.8028 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.5000 0.6460 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.2530 0.7977 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.1118 0.8427 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.3266 0.6959 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0921 0.8466 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0469 0.8496 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0469 0.8496 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.2408 0.7785 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696294 2 0.2408 0.7785 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1696295 2 0.4843 -0.2272 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.3356 0.6731 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.5097 0.7312 0.568 0.428 0.004 0.000
#> SRR1696298 2 0.3528 0.6374 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.4985 0.7212 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.2530 0.7818 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.1940 0.8354 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.1940 0.8354 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.2589 0.7688 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.1792 0.8271 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.5070 0.7283 0.580 0.416 0.004 0.000
#> SRR1696314 2 0.0188 0.8483 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.5097 0.7245 0.568 0.428 0.004 0.000
#> SRR1696313 1 0.5080 0.7295 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1696315 1 0.5080 0.7290 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1696316 2 0.4804 -0.1700 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.4955 0.7301 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.4941 0.7320 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.4382 0.3094 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1696322 2 0.2647 0.7628 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.4941 0.7320 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696324 2 0.4999 -0.6327 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.4941 0.7320 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.4989 0.7167 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.5080 0.7290 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1696327 1 0.5088 0.7290 0.572 0.424 0.004 0.000
#> SRR1696328 2 0.2868 0.7405 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.1022 0.8452 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.0817 0.8482 0.024 0.976 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696029 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696030 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696031 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696032 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696033 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696034 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696035 4 0.3177 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696036 4 0.3177 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696037 4 0.3177 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696039 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696038 4 0.3177 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696040 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696041 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696042 5 0.3210 1.0000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1696043 2 0.0510 0.8667 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0404 0.8659 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.1792 0.8395 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.1792 0.8395 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696048 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696050 2 0.0609 0.8664 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 4 0.3949 0.7754 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000
#> SRR1696054 4 0.3949 0.7754 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000
#> SRR1696055 2 0.1341 0.8565 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.1043 0.8624 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1792 0.8376 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.1792 0.8376 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1410 0.8532 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0703 0.8657 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1908 0.8306 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.1270 0.8576 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.1732 0.8414 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.1608 0.8449 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.1851 0.8353 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.1270 0.8579 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0880 0.8644 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.1732 0.8403 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0880 0.8645 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0794 0.8649 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0290 0.8661 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0963 0.8634 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0880 0.8644 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.1732 0.8406 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8646 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0162 0.8658 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.2020 0.8226 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0404 0.8653 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0404 0.8653 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0404 0.8653 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0880 0.8645 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.1043 0.8625 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.1270 0.8576 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0510 0.8665 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.1792 0.8384 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0609 0.8666 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696116 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696117 2 0.4256 -0.3485 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.4291 -0.4767 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.4291 -0.4767 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.2964 0.8822 0.120 0.000 0.856 0.024 0.000
#> SRR1696122 3 0.2964 0.8822 0.120 0.000 0.856 0.024 0.000
#> SRR1696125 2 0.1851 0.8346 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0794 0.8649 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.1197 0.8608 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.1908 0.8306 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0290 0.8647 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.1043 0.8623 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.1851 0.8344 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.1608 0.8449 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0162 0.8655 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0794 0.8649 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.1792 0.8378 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.1792 0.8378 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0771 0.8672 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696147 2 0.0771 0.8672 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696149 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0963 0.8635 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1908 0.8306 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.2020 0.8229 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.1732 0.8415 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0404 0.8653 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.1671 0.8454 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 2 0.3635 0.4717 0.248 0.748 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696169 2 0.1544 0.8481 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.1908 0.8306 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0404 0.8666 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0794 0.8655 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.1965 0.8273 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0880 0.8645 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0162 0.8655 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0880 0.8645 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.3109 0.6637 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.3109 0.6637 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.3109 0.6637 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.3109 0.6637 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.4291 -0.4767 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696186 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.4114 0.9285 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.1851 0.8382 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 2 0.1952 0.8242 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696190 2 0.1851 0.8382 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696192 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696193 2 0.2890 0.7120 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696194 2 0.2732 0.7250 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.2629 0.7569 0.136 0.860 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696196 2 0.1205 0.8587 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696197 4 0.3949 0.7754 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000
#> SRR1696198 4 0.3949 0.7754 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000
#> SRR1696199 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.2124 0.8098 0.096 0.900 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696201 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696202 1 0.4150 0.9175 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.4126 0.9257 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.1571 0.8457 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696206 1 0.3857 0.8900 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.4305 0.7050 0.512 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.4192 0.8934 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.1892 0.8282 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696212 2 0.2439 0.7812 0.120 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696211 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.3480 0.5025 0.248 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696215 2 0.1952 0.8210 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696217 2 0.1892 0.8208 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696216 1 0.4219 0.8745 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.4227 0.8702 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696220 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696221 2 0.2389 0.8035 0.116 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696222 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696224 2 0.3231 0.6294 0.196 0.800 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696223 2 0.3231 0.6294 0.196 0.800 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696225 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696227 1 0.4101 0.9310 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4304 -0.6254 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.4182 0.9016 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.3461 0.5731 0.224 0.772 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696232 2 0.1952 0.8277 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696231 1 0.4227 0.8702 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.4227 0.8702 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.2233 0.8058 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696235 2 0.4294 -0.5671 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.1952 0.8235 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696236 2 0.2488 0.7752 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696237 2 0.4029 0.1995 0.316 0.680 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696238 2 0.1282 0.8498 0.044 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696239 2 0.3366 0.6353 0.212 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696240 2 0.3366 0.6353 0.212 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696241 2 0.3424 0.5699 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.4114 0.9285 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.3366 0.6353 0.212 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696245 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.4114 0.9249 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.4114 0.9249 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 2 0.4434 -0.5540 0.460 0.536 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696252 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3816 0.8821 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.4060 0.9298 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.4297 0.7552 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.4138 0.9209 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.3837 0.8861 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696259 2 0.0324 0.8630 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696261 1 0.3816 0.8821 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.3816 0.8821 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.4256 0.8413 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.2964 0.8822 0.120 0.000 0.856 0.024 0.000
#> SRR1696269 2 0.2813 0.7080 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.4227 0.8720 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.1892 0.8273 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696268 3 0.2964 0.8822 0.120 0.000 0.856 0.024 0.000
#> SRR1696272 1 0.4227 0.8720 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.2763 0.7321 0.148 0.848 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696276 1 0.4227 0.8702 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.2848 0.7157 0.156 0.840 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696279 1 0.4210 0.8797 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.2732 0.7250 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696282 1 0.4235 0.8621 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.3143 0.6553 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.4171 0.9108 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.3177 0.6467 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.1282 0.8498 0.044 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696285 2 0.3143 0.6392 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.1124 0.8551 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696290 2 0.0671 0.8623 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696291 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0671 0.8623 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696292 3 0.0162 0.9451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.2629 0.7432 0.136 0.860 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696294 2 0.2629 0.7432 0.136 0.860 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696295 2 0.4302 -0.6111 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.3430 0.5860 0.220 0.776 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696297 1 0.3876 0.8958 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 2 0.3550 0.5387 0.236 0.760 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696299 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.4074 0.9322 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0162 0.8638 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696302 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.2488 0.7783 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696305 2 0.1851 0.8382 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.1851 0.8382 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.2806 0.7235 0.152 0.844 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696308 2 0.1892 0.8278 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696311 1 0.3816 0.8821 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0451 0.8629 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696312 1 0.3876 0.8874 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.3837 0.8868 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.3837 0.8861 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.4291 -0.5577 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.3949 0.9103 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.3913 0.9042 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.4060 -0.0239 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 2 0.2848 0.7157 0.156 0.840 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696321 1 0.3913 0.9042 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.4201 0.8970 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.3913 0.9042 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.4088 0.9330 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3837 0.8861 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.3857 0.8900 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696328 2 0.3048 0.6792 0.176 0.820 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696329 2 0.1205 0.8530 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696330 2 0.1041 0.8574 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696029 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696030 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696031 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696032 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696033 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696034 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696035 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696038 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696041 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696042 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696043 2 0.0820 0.8691 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696044 2 0.0717 0.8688 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696045 2 0.1983 0.8517 0.072 0.908 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696046 2 0.1983 0.8517 0.072 0.908 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696047 2 0.1863 0.8439 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696048 2 0.1863 0.8439 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696050 2 0.0820 0.8670 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696051 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696052 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696053 6 0.2823 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1696054 6 0.2823 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1696055 2 0.1528 0.8616 0.048 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696057 2 0.1225 0.8651 0.036 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696049 2 0.2009 0.8496 0.068 0.908 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696056 2 0.0458 0.8675 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696059 2 0.2009 0.8496 0.068 0.908 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696058 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696060 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696061 2 0.1616 0.8590 0.048 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696062 2 0.0909 0.8671 0.020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696063 2 0.0790 0.8663 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696064 2 0.0405 0.8674 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696065 2 0.2122 0.8451 0.076 0.900 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696066 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696067 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696068 2 0.1492 0.8621 0.036 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696069 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696070 2 0.1951 0.8509 0.076 0.908 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696071 2 0.1829 0.8540 0.056 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696072 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696073 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696074 2 0.2039 0.8481 0.076 0.904 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696075 2 0.0790 0.8651 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696076 2 0.1434 0.8621 0.048 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.0865 0.8653 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696078 2 0.0790 0.8651 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696079 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696080 2 0.1074 0.8664 0.028 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696081 2 0.1950 0.8510 0.064 0.912 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696083 2 0.1151 0.8671 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696082 2 0.0993 0.8668 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696084 2 0.0520 0.8677 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696085 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696086 2 0.1151 0.8658 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696087 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696088 2 0.1074 0.8664 0.028 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696091 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696089 2 0.1950 0.8517 0.064 0.912 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696090 2 0.0508 0.8683 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696092 2 0.0508 0.8680 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696094 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696093 2 0.2230 0.8402 0.084 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696095 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696096 2 0.0146 0.8666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696097 2 0.0777 0.8682 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696098 2 0.0146 0.8666 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696099 2 0.0858 0.8680 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696100 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696102 2 0.0260 0.8675 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696103 2 0.0858 0.8680 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696104 2 0.0260 0.8675 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696105 2 0.1151 0.8671 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696107 2 0.1297 0.8659 0.040 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696108 2 0.1492 0.8621 0.036 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696106 2 0.0363 0.8675 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696110 2 0.0717 0.8668 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696109 2 0.2009 0.8503 0.068 0.908 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696111 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696112 2 0.0458 0.8675 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696114 2 0.0820 0.8675 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696113 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696115 2 0.1075 0.8627 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696116 2 0.1556 0.8511 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696117 1 0.4282 0.2782 0.560 0.420 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696118 1 0.4159 0.3635 0.588 0.396 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696119 1 0.4159 0.3635 0.588 0.396 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.2996 0.8481 0.016 0.000 0.832 0.000 0.008 0.144
#> SRR1696122 3 0.2996 0.8481 0.016 0.000 0.832 0.000 0.008 0.144
#> SRR1696125 2 0.2122 0.8470 0.076 0.900 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696124 2 0.0993 0.8668 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696123 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696126 2 0.1528 0.8651 0.048 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696127 2 0.3720 0.6678 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696128 2 0.3770 0.6568 0.244 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696129 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696130 2 0.2122 0.8451 0.076 0.900 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696131 2 0.0790 0.8665 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696133 2 0.1320 0.8658 0.036 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696132 2 0.2039 0.8473 0.076 0.904 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696135 2 0.1829 0.8540 0.056 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696134 2 0.0405 0.8669 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696136 2 0.2230 0.8419 0.084 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696137 2 0.3720 0.6678 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696138 2 0.3770 0.6568 0.244 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696139 2 0.0632 0.8663 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696140 2 0.0993 0.8668 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696142 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696141 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696143 2 0.2009 0.8497 0.068 0.908 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696144 2 0.2009 0.8497 0.068 0.908 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696146 3 0.1387 0.9013 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696145 3 0.1387 0.9013 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696148 2 0.1408 0.8715 0.020 0.944 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696147 2 0.1408 0.8715 0.020 0.944 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696149 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696150 2 0.0260 0.8675 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696151 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696152 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696153 2 0.1075 0.8616 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696154 2 0.1075 0.8616 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696155 2 0.1245 0.8663 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696156 2 0.0632 0.8670 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696157 2 0.2122 0.8451 0.076 0.900 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696158 2 0.0547 0.8676 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696159 2 0.2230 0.8405 0.084 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696160 2 0.1950 0.8519 0.064 0.912 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696161 2 0.0858 0.8680 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696162 2 0.0260 0.8675 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696163 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696164 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696165 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696166 2 0.1890 0.8547 0.060 0.916 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696167 1 0.4925 0.2585 0.512 0.424 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696169 2 0.1765 0.8561 0.052 0.924 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696168 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696171 2 0.0790 0.8660 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696170 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696172 2 0.0713 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696173 2 0.2122 0.8451 0.076 0.900 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696174 2 0.0622 0.8672 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696176 2 0.0972 0.8672 0.028 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696175 2 0.2176 0.8433 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696177 2 0.1151 0.8671 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696178 2 0.0291 0.8677 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696179 2 0.1151 0.8671 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696180 2 0.0458 0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696181 2 0.3720 0.6692 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696182 2 0.3720 0.6692 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696183 2 0.3720 0.6692 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696184 2 0.3720 0.6692 0.236 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696185 1 0.4159 0.3635 0.588 0.396 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.2092 0.8367 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.2350 0.8419 0.100 0.880 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696188 2 0.3861 0.7215 0.184 0.756 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696190 2 0.2350 0.8419 0.100 0.880 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696191 2 0.1863 0.8439 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696192 2 0.1863 0.8439 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696193 2 0.4515 0.5064 0.304 0.640 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696194 2 0.3909 0.6654 0.244 0.720 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696195 2 0.3938 0.6801 0.228 0.728 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696196 2 0.3020 0.8147 0.080 0.844 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696197 6 0.2823 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1696198 6 0.2823 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1696199 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.4008 0.7003 0.196 0.740 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696201 2 0.2176 0.8426 0.024 0.896 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696202 1 0.2048 0.8378 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.2178 0.8340 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.3405 0.7948 0.112 0.812 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696206 1 0.0632 0.7655 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.3309 0.7103 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.2562 0.8073 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.3992 0.7175 0.180 0.748 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696212 2 0.3953 0.7103 0.196 0.744 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696211 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.4234 0.5132 0.324 0.644 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696214 2 0.2176 0.8426 0.024 0.896 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696215 2 0.4012 0.7051 0.176 0.748 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696217 2 0.3979 0.7060 0.172 0.752 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696216 1 0.2762 0.7899 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.2793 0.7883 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.2255 0.8406 0.028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696220 2 0.2176 0.8426 0.024 0.896 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696221 2 0.3213 0.7873 0.160 0.808 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696222 2 0.2176 0.8426 0.024 0.896 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696224 2 0.4687 0.4173 0.336 0.604 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696223 2 0.4687 0.4173 0.336 0.604 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696225 2 0.2176 0.8426 0.024 0.896 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696227 1 0.1765 0.8405 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.3765 0.4470 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.2260 0.8280 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.4420 0.3867 0.360 0.604 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696232 2 0.4122 0.6825 0.212 0.724 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696231 1 0.2793 0.7883 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.2793 0.7883 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.3829 0.7341 0.180 0.760 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696235 1 0.3659 0.5415 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.3916 0.7176 0.184 0.752 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696236 2 0.3925 0.7086 0.200 0.744 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696237 2 0.4535 -0.1221 0.480 0.488 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696238 2 0.2685 0.8284 0.072 0.868 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696239 2 0.4067 0.6279 0.260 0.700 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696240 2 0.4067 0.6279 0.260 0.700 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696241 2 0.4009 0.5881 0.288 0.684 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696244 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.2003 0.8386 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.4067 0.6279 0.260 0.700 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696245 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.2003 0.8366 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.2003 0.8366 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3897 0.6803 0.696 0.280 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696252 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0547 0.7600 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.1610 0.8347 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.3198 0.7323 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.2219 0.8317 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0547 0.7600 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.1812 0.8494 0.008 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696259 2 0.1812 0.8494 0.008 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696261 1 0.0458 0.7546 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0458 0.7546 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.2793 0.7856 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.2996 0.8481 0.016 0.000 0.832 0.000 0.008 0.144
#> SRR1696269 2 0.3909 0.6647 0.244 0.720 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696271 1 0.2969 0.7665 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.3885 0.7223 0.180 0.756 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696268 3 0.2996 0.8481 0.016 0.000 0.832 0.000 0.008 0.144
#> SRR1696272 1 0.2969 0.7665 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.3770 0.6568 0.244 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696273 2 0.3770 0.6568 0.244 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696275 2 0.4552 0.5319 0.288 0.648 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696276 1 0.2793 0.7883 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.4535 0.5162 0.296 0.644 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696279 1 0.2664 0.7963 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.3909 0.6654 0.244 0.720 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696280 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.2255 0.8406 0.028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696282 1 0.2823 0.7854 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.3745 0.6630 0.240 0.732 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696286 1 0.2378 0.8251 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.3770 0.6568 0.244 0.728 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696287 2 0.2629 0.8315 0.068 0.872 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696285 2 0.4371 0.4436 0.344 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696288 2 0.2685 0.8308 0.060 0.868 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696290 2 0.2164 0.8488 0.032 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696291 3 0.1387 0.9013 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696289 2 0.2164 0.8488 0.032 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696292 3 0.1387 0.9013 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696293 2 0.4360 0.5831 0.260 0.680 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696294 2 0.4360 0.5831 0.260 0.680 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696295 1 0.3659 0.5427 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.4420 0.4131 0.360 0.604 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696297 1 0.0790 0.7775 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 2 0.4333 0.3788 0.376 0.596 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696299 2 0.1075 0.8616 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696301 1 0.1663 0.8382 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.1075 0.8616 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696303 2 0.2331 0.8384 0.032 0.888 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696302 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.4011 0.7020 0.204 0.736 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696305 2 0.2350 0.8419 0.100 0.880 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696306 2 0.2350 0.8419 0.100 0.880 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696307 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.4517 0.5239 0.292 0.648 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696308 2 0.3453 0.7812 0.132 0.804 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696311 1 0.0458 0.7546 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.2404 0.8362 0.036 0.884 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696312 1 0.0713 0.7631 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0632 0.7656 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0547 0.7600 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.3706 0.5053 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.1141 0.8031 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.1007 0.7945 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.4184 -0.0228 0.484 0.504 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696322 2 0.4535 0.5162 0.296 0.644 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696321 1 0.1007 0.7945 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.2300 0.8290 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.1007 0.7945 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.1714 0.8405 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0547 0.7600 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0632 0.7655 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696328 2 0.4616 0.4716 0.316 0.624 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696329 2 0.3063 0.8071 0.092 0.840 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696330 2 0.3017 0.8121 0.084 0.844 0.000 0.000 0.000 0.072
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.387 0.811 0.851 0.3992 0.524 0.524
#> 3 3 0.653 0.781 0.861 0.3683 0.870 0.764
#> 4 4 0.757 0.814 0.852 0.1714 0.845 0.666
#> 5 5 0.706 0.813 0.850 0.0866 0.965 0.897
#> 6 6 0.782 0.718 0.850 0.0688 0.917 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.8608 0.77551 0.716 0.284
#> SRR1696029 1 0.8763 0.75852 0.704 0.296
#> SRR1696030 1 0.8763 0.75852 0.704 0.296
#> SRR1696031 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696032 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696033 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696034 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696035 2 0.8713 0.59680 0.292 0.708
#> SRR1696036 2 0.8713 0.59680 0.292 0.708
#> SRR1696037 2 0.8713 0.59680 0.292 0.708
#> SRR1696039 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696038 2 0.8713 0.59680 0.292 0.708
#> SRR1696040 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696041 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696042 1 0.6343 0.85788 0.840 0.160
#> SRR1696043 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696054 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696055 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.6623 0.66565 0.172 0.828
#> SRR1696119 2 0.6712 0.65801 0.176 0.824
#> SRR1696120 2 0.8661 0.60226 0.288 0.712
#> SRR1696121 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696122 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696125 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0672 0.90184 0.008 0.992
#> SRR1696137 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.9866 0.11044 0.568 0.432
#> SRR1696145 1 0.9896 0.08317 0.560 0.440
#> SRR1696148 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.9635 0.70498 0.612 0.388
#> SRR1696169 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.9977 0.50603 0.528 0.472
#> SRR1696186 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696187 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696189 1 0.9286 0.78231 0.656 0.344
#> SRR1696188 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696190 2 0.6531 0.68009 0.168 0.832
#> SRR1696191 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696194 1 0.9993 0.48154 0.516 0.484
#> SRR1696195 1 0.9087 0.81552 0.676 0.324
#> SRR1696196 2 0.9866 -0.20627 0.432 0.568
#> SRR1696197 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696198 2 0.6623 0.71723 0.172 0.828
#> SRR1696199 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696200 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696201 2 0.8386 0.44455 0.268 0.732
#> SRR1696202 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696203 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696205 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696204 2 0.7453 0.58266 0.212 0.788
#> SRR1696206 1 0.9963 0.53157 0.536 0.464
#> SRR1696207 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696209 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696210 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696208 1 0.9909 0.59090 0.556 0.444
#> SRR1696212 1 0.8763 0.85157 0.704 0.296
#> SRR1696211 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696213 2 0.9286 0.19680 0.344 0.656
#> SRR1696214 2 0.8555 0.40998 0.280 0.720
#> SRR1696215 1 0.9710 0.68067 0.600 0.400
#> SRR1696217 2 0.9993 -0.39653 0.484 0.516
#> SRR1696216 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696218 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696219 2 0.9552 0.05323 0.376 0.624
#> SRR1696220 2 0.8555 0.40998 0.280 0.720
#> SRR1696221 2 0.8813 0.34957 0.300 0.700
#> SRR1696222 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696223 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696225 2 0.1414 0.88890 0.020 0.980
#> SRR1696227 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696226 2 0.9635 -0.00770 0.388 0.612
#> SRR1696228 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696229 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696232 1 0.9983 0.50471 0.524 0.476
#> SRR1696231 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696230 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696233 1 0.9933 0.57150 0.548 0.452
#> SRR1696235 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696234 1 0.9896 0.60011 0.560 0.440
#> SRR1696236 1 0.9580 0.71963 0.620 0.380
#> SRR1696237 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696238 2 0.9866 -0.20656 0.432 0.568
#> SRR1696239 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696240 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696241 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696244 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696243 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696242 2 0.8713 0.37416 0.292 0.708
#> SRR1696245 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696246 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696247 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696248 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696249 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696250 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696252 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696253 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696251 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696254 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696255 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696256 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696258 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696257 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696260 2 0.9686 -0.04040 0.396 0.604
#> SRR1696259 2 0.9635 -0.00236 0.388 0.612
#> SRR1696261 1 0.7528 0.91360 0.784 0.216
#> SRR1696262 1 0.7602 0.91751 0.780 0.220
#> SRR1696263 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696265 2 0.9933 0.26685 0.452 0.548
#> SRR1696264 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696266 2 0.9933 0.26685 0.452 0.548
#> SRR1696267 1 0.9977 -0.03081 0.528 0.472
#> SRR1696269 1 0.8813 0.84635 0.700 0.300
#> SRR1696271 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696270 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696268 2 0.9661 0.41746 0.392 0.608
#> SRR1696272 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696274 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696275 1 0.8955 0.83527 0.688 0.312
#> SRR1696276 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696277 1 0.8327 0.89027 0.736 0.264
#> SRR1696279 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696278 2 0.9996 -0.40621 0.488 0.512
#> SRR1696280 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696281 2 0.8555 0.40998 0.280 0.720
#> SRR1696282 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696283 2 0.8327 0.45538 0.264 0.736
#> SRR1696286 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696284 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696287 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696288 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.1414 0.88898 0.020 0.980
#> SRR1696291 1 0.9775 0.17339 0.588 0.412
#> SRR1696289 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.9775 0.17339 0.588 0.412
#> SRR1696293 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696294 1 0.8555 0.87240 0.720 0.280
#> SRR1696295 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696296 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696297 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696298 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696299 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696300 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.8327 0.45523 0.264 0.736
#> SRR1696302 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696304 2 0.9944 -0.29719 0.456 0.544
#> SRR1696305 2 0.6712 0.65716 0.176 0.824
#> SRR1696306 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696309 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696310 1 0.8555 0.87240 0.720 0.280
#> SRR1696308 2 0.9983 -0.36903 0.476 0.524
#> SRR1696311 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696314 2 0.8327 0.45523 0.264 0.736
#> SRR1696312 1 0.9998 0.44926 0.508 0.492
#> SRR1696313 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696315 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696316 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696317 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696318 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696319 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696320 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696322 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696321 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696324 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696323 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696326 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696325 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696327 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696328 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696329 1 0.7745 0.92507 0.772 0.228
#> SRR1696330 2 0.0000 0.91011 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.8852 0.52946 0.484 0.120 0.396
#> SRR1696029 1 0.9030 0.50454 0.476 0.136 0.388
#> SRR1696030 1 0.9030 0.50454 0.476 0.136 0.388
#> SRR1696031 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696032 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696033 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696034 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696035 3 0.6773 0.88330 0.024 0.340 0.636
#> SRR1696036 3 0.6773 0.88330 0.024 0.340 0.636
#> SRR1696037 3 0.6773 0.88330 0.024 0.340 0.636
#> SRR1696039 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696038 3 0.6773 0.88330 0.024 0.340 0.636
#> SRR1696040 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696041 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696042 1 0.6879 0.62947 0.556 0.016 0.428
#> SRR1696043 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.6330 0.83829 0.004 0.396 0.600
#> SRR1696054 3 0.6330 0.83829 0.004 0.396 0.600
#> SRR1696055 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.1015 0.88620 0.008 0.980 0.012
#> SRR1696118 2 0.5603 0.56968 0.136 0.804 0.060
#> SRR1696119 2 0.5603 0.56968 0.136 0.804 0.060
#> SRR1696120 3 0.6651 0.88251 0.024 0.320 0.656
#> SRR1696121 3 0.6282 0.85098 0.004 0.384 0.612
#> SRR1696122 3 0.6282 0.85098 0.004 0.384 0.612
#> SRR1696125 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0592 0.89676 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696128 2 0.0592 0.89676 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696129 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0592 0.89676 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696138 2 0.0592 0.89676 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696139 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.6096 0.81067 0.040 0.208 0.752
#> SRR1696145 3 0.6096 0.81067 0.040 0.208 0.752
#> SRR1696148 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.7441 0.69545 0.700 0.164 0.136
#> SRR1696169 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.90962 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.9273 0.57464 0.528 0.236 0.236
#> SRR1696186 3 0.6566 0.85602 0.012 0.376 0.612
#> SRR1696187 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696189 1 0.3120 0.72238 0.908 0.080 0.012
#> SRR1696188 1 0.2651 0.73559 0.928 0.060 0.012
#> SRR1696190 2 0.6632 0.29036 0.392 0.596 0.012
#> SRR1696191 2 0.0592 0.89567 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696192 2 0.0592 0.89567 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696193 1 0.2550 0.73759 0.932 0.056 0.012
#> SRR1696194 1 0.6019 0.41885 0.700 0.288 0.012
#> SRR1696195 1 0.2845 0.73052 0.920 0.068 0.012
#> SRR1696196 1 0.5578 0.52017 0.748 0.240 0.012
#> SRR1696197 3 0.6330 0.83829 0.004 0.396 0.600
#> SRR1696198 3 0.6330 0.83829 0.004 0.396 0.600
#> SRR1696199 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696200 1 0.2651 0.73559 0.928 0.060 0.012
#> SRR1696201 2 0.6661 0.29012 0.400 0.588 0.012
#> SRR1696202 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696203 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696205 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696204 2 0.6647 0.29724 0.396 0.592 0.012
#> SRR1696206 1 0.9573 0.35802 0.436 0.364 0.200
#> SRR1696207 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696209 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696210 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696208 1 0.4861 0.61314 0.808 0.180 0.012
#> SRR1696212 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696211 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696213 2 0.6771 0.21586 0.440 0.548 0.012
#> SRR1696214 2 0.6793 0.19102 0.452 0.536 0.012
#> SRR1696215 1 0.4749 0.62365 0.816 0.172 0.012
#> SRR1696217 1 0.4749 0.62359 0.816 0.172 0.012
#> SRR1696216 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696218 1 0.5835 0.79554 0.784 0.052 0.164
#> SRR1696219 1 0.6427 0.30864 0.640 0.348 0.012
#> SRR1696220 2 0.6823 0.12940 0.484 0.504 0.012
#> SRR1696221 2 0.6825 0.12298 0.488 0.500 0.012
#> SRR1696222 2 0.5698 0.53764 0.252 0.736 0.012
#> SRR1696224 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696223 1 0.4845 0.77804 0.844 0.052 0.104
#> SRR1696225 2 0.6307 0.41278 0.328 0.660 0.012
#> SRR1696227 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696226 2 0.8402 -0.00389 0.376 0.532 0.092
#> SRR1696228 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696229 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696232 1 0.5848 0.45782 0.720 0.268 0.012
#> SRR1696231 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696230 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696233 1 0.5122 0.58485 0.788 0.200 0.012
#> SRR1696235 1 0.5408 0.78912 0.812 0.052 0.136
#> SRR1696234 1 0.4805 0.61852 0.812 0.176 0.012
#> SRR1696236 1 0.3845 0.68971 0.872 0.116 0.012
#> SRR1696237 1 0.2280 0.74854 0.940 0.052 0.008
#> SRR1696238 1 0.6661 0.19681 0.588 0.400 0.012
#> SRR1696239 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696240 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696241 1 0.6781 0.80930 0.704 0.052 0.244
#> SRR1696244 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696243 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696242 1 0.6786 0.07036 0.540 0.448 0.012
#> SRR1696245 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696246 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696247 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696248 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696249 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696250 1 0.2743 0.75359 0.928 0.052 0.020
#> SRR1696252 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696253 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696251 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696254 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696255 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696256 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696258 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696257 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696260 1 0.5220 0.57103 0.780 0.208 0.012
#> SRR1696259 1 0.5536 0.52341 0.752 0.236 0.012
#> SRR1696261 1 0.6970 0.79259 0.676 0.048 0.276
#> SRR1696262 1 0.6937 0.79532 0.680 0.048 0.272
#> SRR1696263 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696265 3 0.6105 0.86157 0.024 0.252 0.724
#> SRR1696264 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696266 3 0.6105 0.86157 0.024 0.252 0.724
#> SRR1696267 3 0.5860 0.83921 0.024 0.228 0.748
#> SRR1696269 1 0.2280 0.74139 0.940 0.052 0.008
#> SRR1696271 1 0.3896 0.76742 0.888 0.052 0.060
#> SRR1696270 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696268 3 0.6090 0.87040 0.020 0.264 0.716
#> SRR1696272 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696274 2 0.4748 0.68958 0.144 0.832 0.024
#> SRR1696273 2 0.1453 0.87712 0.008 0.968 0.024
#> SRR1696275 1 0.3618 0.70153 0.884 0.104 0.012
#> SRR1696276 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696277 1 0.3377 0.71240 0.896 0.092 0.012
#> SRR1696279 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696278 1 0.6082 0.40318 0.692 0.296 0.012
#> SRR1696280 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696281 2 0.6688 0.27530 0.408 0.580 0.012
#> SRR1696282 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696283 2 0.7015 0.28513 0.392 0.584 0.024
#> SRR1696286 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696284 1 0.6894 0.80646 0.692 0.052 0.256
#> SRR1696287 2 0.5659 0.54381 0.248 0.740 0.012
#> SRR1696285 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696288 2 0.5953 0.49245 0.280 0.708 0.012
#> SRR1696290 2 0.6427 0.37885 0.348 0.640 0.012
#> SRR1696291 3 0.5850 0.78301 0.040 0.188 0.772
#> SRR1696289 2 0.5502 0.54959 0.248 0.744 0.008
#> SRR1696292 3 0.5850 0.78301 0.040 0.188 0.772
#> SRR1696293 1 0.2749 0.73318 0.924 0.064 0.012
#> SRR1696294 1 0.3539 0.70533 0.888 0.100 0.012
#> SRR1696295 1 0.4357 0.77383 0.868 0.052 0.080
#> SRR1696296 1 0.2280 0.74139 0.940 0.052 0.008
#> SRR1696297 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696298 1 0.2096 0.74330 0.944 0.052 0.004
#> SRR1696299 2 0.5698 0.53764 0.252 0.736 0.012
#> SRR1696301 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696300 2 0.5698 0.53764 0.252 0.736 0.012
#> SRR1696303 2 0.6617 0.31112 0.388 0.600 0.012
#> SRR1696302 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696304 1 0.6529 0.26617 0.620 0.368 0.012
#> SRR1696305 2 0.6490 0.35713 0.360 0.628 0.012
#> SRR1696306 2 0.0829 0.89124 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696307 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696309 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696310 1 0.3539 0.70533 0.888 0.100 0.012
#> SRR1696308 1 0.6427 0.30891 0.640 0.348 0.012
#> SRR1696311 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696314 2 0.6647 0.29731 0.396 0.592 0.012
#> SRR1696312 1 0.9400 0.24924 0.424 0.404 0.172
#> SRR1696313 1 0.6820 0.80991 0.700 0.052 0.248
#> SRR1696315 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696316 1 0.2280 0.74139 0.940 0.052 0.008
#> SRR1696317 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696318 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696319 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696320 1 0.3369 0.76077 0.908 0.052 0.040
#> SRR1696322 1 0.2651 0.73555 0.928 0.060 0.012
#> SRR1696321 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696324 1 0.5659 0.79375 0.796 0.052 0.152
#> SRR1696323 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696326 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696325 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696327 1 0.6857 0.80967 0.696 0.052 0.252
#> SRR1696328 1 0.2446 0.73940 0.936 0.052 0.012
#> SRR1696329 1 0.2749 0.73318 0.924 0.064 0.012
#> SRR1696330 2 0.5775 0.52494 0.260 0.728 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.7290 0.5070 0.624 0.048 0.104 0.224
#> SRR1696029 1 0.7812 0.4545 0.592 0.080 0.104 0.224
#> SRR1696030 1 0.7812 0.4545 0.592 0.080 0.104 0.224
#> SRR1696031 1 0.5977 0.5774 0.680 0.000 0.104 0.216
#> SRR1696032 1 0.5977 0.5774 0.680 0.000 0.104 0.216
#> SRR1696033 1 0.5977 0.5774 0.680 0.000 0.104 0.216
#> SRR1696034 1 0.5977 0.5774 0.680 0.000 0.104 0.216
#> SRR1696035 3 0.3855 0.9500 0.012 0.092 0.856 0.040
#> SRR1696036 3 0.3855 0.9500 0.012 0.092 0.856 0.040
#> SRR1696037 3 0.3855 0.9500 0.012 0.092 0.856 0.040
#> SRR1696039 1 0.5998 0.5775 0.680 0.000 0.108 0.212
#> SRR1696038 3 0.3855 0.9500 0.012 0.092 0.856 0.040
#> SRR1696040 1 0.5998 0.5775 0.680 0.000 0.108 0.212
#> SRR1696041 1 0.5998 0.5775 0.680 0.000 0.108 0.212
#> SRR1696042 1 0.5998 0.5775 0.680 0.000 0.108 0.212
#> SRR1696043 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696044 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696045 2 0.1545 0.9389 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.1004 0.9531 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1696048 2 0.1004 0.9531 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696052 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696053 3 0.3840 0.9393 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1696054 3 0.3840 0.9393 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1696055 2 0.0188 0.9555 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696057 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696049 2 0.0927 0.9497 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1696056 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696059 2 0.0927 0.9497 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1696058 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696060 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696061 2 0.0376 0.9545 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696062 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696063 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696064 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696065 2 0.1452 0.9411 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1696066 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696067 2 0.1635 0.9365 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1696068 2 0.0927 0.9497 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1696069 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696070 2 0.1807 0.9312 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696073 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696074 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696075 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696076 2 0.1452 0.9410 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1696077 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696078 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696079 2 0.1545 0.9389 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1696080 2 0.0469 0.9535 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696081 2 0.0804 0.9512 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1696083 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696082 2 0.0469 0.9535 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696084 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696085 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696086 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696087 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696088 2 0.0336 0.9545 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696091 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696089 2 0.0376 0.9545 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696090 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696092 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696094 2 0.1635 0.9365 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1696093 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696095 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696096 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696097 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696098 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696099 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696100 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696102 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696103 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696104 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696105 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696107 2 0.0804 0.9511 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1696108 2 0.0927 0.9497 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1696106 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696110 2 0.0336 0.9574 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696109 2 0.1042 0.9483 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1696111 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696112 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696115 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696116 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696117 2 0.1970 0.9273 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1696118 2 0.5033 0.7165 0.152 0.776 0.008 0.064
#> SRR1696119 2 0.5421 0.6548 0.188 0.740 0.008 0.064
#> SRR1696120 3 0.3316 0.9497 0.020 0.064 0.888 0.028
#> SRR1696121 3 0.2796 0.9446 0.000 0.092 0.892 0.016
#> SRR1696122 3 0.2847 0.9490 0.004 0.084 0.896 0.016
#> SRR1696125 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696124 2 0.0469 0.9535 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696123 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696126 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696127 2 0.2662 0.8995 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1696128 2 0.2730 0.8957 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1696129 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696130 2 0.1545 0.9389 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1696131 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696133 2 0.0927 0.9497 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1696132 2 0.1635 0.9365 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1696135 2 0.1545 0.9389 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1696134 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696136 2 0.1807 0.9312 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1696137 2 0.2402 0.9085 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR1696138 2 0.2730 0.8957 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1696139 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696141 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696143 2 0.0524 0.9536 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1696144 2 0.1545 0.9389 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1696146 3 0.4020 0.9274 0.056 0.044 0.860 0.040
#> SRR1696145 3 0.4020 0.9274 0.056 0.044 0.860 0.040
#> SRR1696148 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696147 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696149 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696150 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696151 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696152 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696153 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696154 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696157 2 0.1635 0.9365 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1696158 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696159 2 0.1807 0.9312 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1696160 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696161 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696162 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696163 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696164 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696165 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696166 2 0.1452 0.9411 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1696167 1 0.5013 0.2716 0.688 0.020 0.000 0.292
#> SRR1696169 2 0.1042 0.9483 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1696168 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696171 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696170 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696172 2 0.0779 0.9566 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696173 2 0.1452 0.9411 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1696174 2 0.0188 0.9553 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.1722 0.9339 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1696177 2 0.1635 0.9365 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1696178 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696179 2 0.0469 0.9535 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696180 2 0.0592 0.9583 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696181 2 0.1389 0.9379 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696182 2 0.1389 0.9379 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696183 2 0.1389 0.9379 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696184 2 0.1389 0.9379 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696185 1 0.5284 0.5584 0.756 0.168 0.008 0.068
#> SRR1696186 3 0.3174 0.9500 0.008 0.076 0.888 0.028
#> SRR1696187 1 0.0336 0.8404 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696189 4 0.5460 0.7120 0.340 0.028 0.000 0.632
#> SRR1696188 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696190 4 0.6374 0.6320 0.128 0.228 0.000 0.644
#> SRR1696191 2 0.1209 0.9487 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1696192 2 0.1209 0.9487 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1696193 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696194 4 0.5917 0.7216 0.320 0.056 0.000 0.624
#> SRR1696195 4 0.4830 0.6998 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1696196 4 0.6280 0.7357 0.304 0.084 0.000 0.612
#> SRR1696197 3 0.3840 0.9393 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1696198 3 0.3840 0.9393 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696201 4 0.6703 0.6671 0.156 0.232 0.000 0.612
#> SRR1696202 1 0.1302 0.8235 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.1118 0.8285 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696204 4 0.6663 0.6569 0.144 0.244 0.000 0.612
#> SRR1696206 1 0.5716 0.4047 0.680 0.252 0.000 0.068
#> SRR1696207 1 0.1557 0.8216 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696209 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1474 0.8246 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696208 4 0.5865 0.7324 0.340 0.048 0.000 0.612
#> SRR1696212 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.6757 0.6909 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR1696214 4 0.6756 0.6966 0.200 0.188 0.000 0.612
#> SRR1696215 4 0.5746 0.7251 0.348 0.040 0.000 0.612
#> SRR1696217 4 0.5920 0.7302 0.336 0.052 0.000 0.612
#> SRR1696216 1 0.1716 0.8197 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696218 1 0.3688 0.5635 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696219 4 0.6571 0.7248 0.264 0.124 0.000 0.612
#> SRR1696220 4 0.6745 0.7030 0.212 0.176 0.000 0.612
#> SRR1696221 4 0.6583 0.6966 0.192 0.176 0.000 0.632
#> SRR1696222 4 0.4817 0.4494 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1696224 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696223 1 0.4643 0.1079 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696225 4 0.4978 0.4562 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR1696227 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.7026 -0.0224 0.404 0.476 0.000 0.120
#> SRR1696228 1 0.1389 0.8205 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696229 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696232 4 0.5792 0.7297 0.296 0.056 0.000 0.648
#> SRR1696231 1 0.1389 0.8205 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696230 1 0.1474 0.8213 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696233 4 0.5920 0.7339 0.336 0.052 0.000 0.612
#> SRR1696235 1 0.4008 0.4667 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1696234 4 0.5865 0.7324 0.340 0.048 0.000 0.612
#> SRR1696236 4 0.5882 0.7312 0.344 0.048 0.000 0.608
#> SRR1696237 4 0.4888 0.6795 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696238 4 0.6195 0.7194 0.252 0.100 0.000 0.648
#> SRR1696239 4 0.4730 0.6951 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1696240 4 0.4804 0.6941 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1696241 1 0.2530 0.7950 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696244 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.6308 0.7172 0.232 0.120 0.000 0.648
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0817 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.4996 0.5406 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2408 0.7999 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1389 0.8205 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696258 1 0.1302 0.8235 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696257 1 0.2345 0.8026 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696260 4 0.6160 0.7315 0.316 0.072 0.000 0.612
#> SRR1696259 4 0.6160 0.7315 0.316 0.072 0.000 0.612
#> SRR1696261 1 0.0895 0.8342 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696262 1 0.0817 0.8340 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.3038 0.9338 0.036 0.032 0.904 0.028
#> SRR1696264 1 0.0817 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696266 3 0.3038 0.9338 0.036 0.032 0.904 0.028
#> SRR1696267 3 0.2594 0.9387 0.032 0.036 0.920 0.012
#> SRR1696269 4 0.4888 0.6795 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696271 1 0.4972 -0.3698 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1696270 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696268 3 0.2594 0.9387 0.032 0.036 0.920 0.012
#> SRR1696272 1 0.1474 0.8213 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696274 2 0.5284 0.4137 0.000 0.616 0.016 0.368
#> SRR1696273 2 0.3048 0.8783 0.000 0.876 0.016 0.108
#> SRR1696275 4 0.4817 0.7024 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1696276 1 0.1474 0.8213 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696277 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696279 1 0.1557 0.8216 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696278 4 0.6217 0.7202 0.292 0.084 0.000 0.624
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.6724 0.6730 0.164 0.224 0.000 0.612
#> SRR1696282 1 0.1557 0.8216 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696283 4 0.6292 0.6205 0.100 0.208 0.012 0.680
#> SRR1696286 1 0.1389 0.8205 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696284 1 0.3479 0.7623 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR1696287 4 0.4948 0.3344 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1696285 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696288 4 0.5099 0.4623 0.008 0.380 0.000 0.612
#> SRR1696290 4 0.6160 0.5590 0.072 0.316 0.000 0.612
#> SRR1696291 3 0.3136 0.9374 0.032 0.036 0.900 0.032
#> SRR1696289 2 0.4999 -0.1329 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1696292 3 0.3136 0.9374 0.032 0.036 0.900 0.032
#> SRR1696293 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696294 4 0.4843 0.6969 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696295 1 0.4888 -0.2058 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1696296 4 0.4888 0.6795 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696297 1 0.2149 0.8094 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696298 4 0.4972 0.6053 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696299 4 0.4941 0.3452 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4941 0.3452 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1696303 4 0.6630 0.6494 0.136 0.252 0.000 0.612
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.6383 0.7333 0.292 0.096 0.000 0.612
#> SRR1696305 4 0.6081 0.5914 0.088 0.260 0.000 0.652
#> SRR1696306 2 0.2124 0.9222 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696308 4 0.6350 0.7338 0.296 0.092 0.000 0.612
#> SRR1696311 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.6703 0.6671 0.156 0.232 0.000 0.612
#> SRR1696312 1 0.5993 0.3003 0.628 0.308 0.000 0.064
#> SRR1696313 1 0.2345 0.8018 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696315 1 0.0817 0.8340 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696316 4 0.4888 0.6795 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696317 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0188 0.8415 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696320 1 0.4999 -0.4813 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696322 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696321 1 0.0188 0.8415 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696324 1 0.1637 0.8103 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696323 1 0.0188 0.8415 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8424 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.1118 0.8271 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696327 1 0.1716 0.8050 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696328 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696329 4 0.4866 0.6899 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696330 4 0.4817 0.4494 0.000 0.388 0.000 0.612
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.5872 0.898 0.376 0.020 0.036 0.012 0.556
#> SRR1696029 5 0.6009 0.887 0.368 0.028 0.036 0.012 0.556
#> SRR1696030 5 0.6009 0.887 0.368 0.028 0.036 0.012 0.556
#> SRR1696031 5 0.5019 0.952 0.436 0.000 0.024 0.004 0.536
#> SRR1696032 5 0.5019 0.952 0.436 0.000 0.024 0.004 0.536
#> SRR1696033 5 0.5019 0.952 0.436 0.000 0.024 0.004 0.536
#> SRR1696034 5 0.5019 0.952 0.436 0.000 0.024 0.004 0.536
#> SRR1696035 3 0.4010 0.888 0.012 0.036 0.832 0.028 0.092
#> SRR1696036 3 0.4010 0.888 0.012 0.036 0.832 0.028 0.092
#> SRR1696037 3 0.4010 0.888 0.012 0.036 0.832 0.028 0.092
#> SRR1696039 5 0.4954 0.947 0.448 0.000 0.020 0.004 0.528
#> SRR1696038 3 0.4010 0.888 0.012 0.036 0.832 0.028 0.092
#> SRR1696040 5 0.4954 0.947 0.448 0.000 0.020 0.004 0.528
#> SRR1696041 5 0.4954 0.947 0.448 0.000 0.020 0.004 0.528
#> SRR1696042 5 0.4954 0.947 0.448 0.000 0.020 0.004 0.528
#> SRR1696043 2 0.0290 0.890 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696044 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696045 2 0.3660 0.820 0.016 0.800 0.008 0.000 0.176
#> SRR1696046 2 0.1043 0.885 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696047 2 0.0992 0.879 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1696048 2 0.1211 0.876 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1696050 2 0.0162 0.890 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696051 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696052 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696053 3 0.3582 0.899 0.008 0.036 0.860 0.036 0.060
#> SRR1696054 3 0.3582 0.899 0.008 0.036 0.860 0.036 0.060
#> SRR1696055 2 0.1478 0.877 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696057 2 0.0451 0.891 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696049 2 0.2886 0.842 0.000 0.844 0.008 0.000 0.148
#> SRR1696056 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696059 2 0.2753 0.848 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR1696058 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696060 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696061 2 0.1197 0.882 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696062 2 0.0290 0.890 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696063 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696064 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696065 2 0.4179 0.794 0.016 0.756 0.016 0.000 0.212
#> SRR1696066 2 0.5294 0.734 0.068 0.680 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696067 2 0.4775 0.762 0.036 0.712 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696068 2 0.2462 0.857 0.000 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR1696069 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696070 2 0.5553 0.718 0.072 0.664 0.016 0.004 0.244
#> SRR1696071 2 0.1205 0.885 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1696072 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696073 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696074 2 0.5294 0.734 0.068 0.680 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696075 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696076 2 0.3805 0.811 0.016 0.784 0.008 0.000 0.192
#> SRR1696077 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696078 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696079 2 0.4671 0.768 0.032 0.720 0.016 0.000 0.232
#> SRR1696080 2 0.1544 0.877 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696081 2 0.2411 0.859 0.000 0.884 0.008 0.000 0.108
#> SRR1696083 2 0.0162 0.890 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696082 2 0.1121 0.884 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696084 2 0.0290 0.890 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696085 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696086 2 0.0162 0.891 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696087 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696088 2 0.0794 0.888 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696091 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696089 2 0.1544 0.876 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696090 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696092 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696094 2 0.4747 0.765 0.036 0.716 0.016 0.000 0.232
#> SRR1696093 2 0.5182 0.745 0.064 0.692 0.016 0.000 0.228
#> SRR1696095 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696096 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696097 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696098 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696099 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696100 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696102 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696103 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696104 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696105 2 0.0451 0.891 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696107 2 0.2707 0.849 0.000 0.860 0.008 0.000 0.132
#> SRR1696108 2 0.2462 0.857 0.000 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR1696106 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696110 2 0.0290 0.890 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696109 2 0.2971 0.838 0.000 0.836 0.008 0.000 0.156
#> SRR1696111 2 0.5236 0.737 0.064 0.684 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696112 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696114 2 0.0609 0.888 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696113 2 0.5236 0.737 0.064 0.684 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696115 2 0.1012 0.880 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1696116 2 0.1012 0.880 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1696117 2 0.5656 0.705 0.076 0.652 0.016 0.004 0.252
#> SRR1696118 2 0.6387 0.597 0.164 0.572 0.016 0.000 0.248
#> SRR1696119 2 0.6533 0.564 0.184 0.552 0.016 0.000 0.248
#> SRR1696120 3 0.2043 0.912 0.012 0.008 0.928 0.004 0.048
#> SRR1696121 3 0.1117 0.918 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1696122 3 0.1117 0.918 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1696125 2 0.5176 0.741 0.060 0.688 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696124 2 0.0880 0.886 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696123 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696126 2 0.4828 0.762 0.056 0.712 0.008 0.000 0.224
#> SRR1696127 2 0.5698 0.682 0.084 0.632 0.000 0.016 0.268
#> SRR1696128 2 0.6354 0.633 0.092 0.588 0.016 0.016 0.288
#> SRR1696129 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696130 2 0.4334 0.786 0.020 0.744 0.016 0.000 0.220
#> SRR1696131 2 0.0162 0.891 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696133 2 0.2753 0.848 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR1696132 2 0.4747 0.765 0.036 0.716 0.016 0.000 0.232
#> SRR1696135 2 0.3734 0.815 0.016 0.792 0.008 0.000 0.184
#> SRR1696134 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696136 2 0.5632 0.709 0.076 0.656 0.016 0.004 0.248
#> SRR1696137 2 0.4713 0.778 0.044 0.732 0.000 0.016 0.208
#> SRR1696138 2 0.6354 0.633 0.092 0.588 0.016 0.016 0.288
#> SRR1696139 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696140 2 0.0404 0.889 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696142 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696141 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696143 2 0.2193 0.864 0.000 0.900 0.008 0.000 0.092
#> SRR1696144 2 0.4334 0.786 0.020 0.744 0.016 0.000 0.220
#> SRR1696146 3 0.3967 0.812 0.036 0.008 0.804 0.004 0.148
#> SRR1696145 3 0.3967 0.812 0.036 0.008 0.804 0.004 0.148
#> SRR1696148 2 0.0798 0.887 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1696147 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696149 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696150 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696151 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696152 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696153 2 0.0451 0.889 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696154 2 0.0451 0.889 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696155 2 0.0880 0.886 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696156 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696157 2 0.4775 0.762 0.036 0.712 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696158 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696159 2 0.5426 0.718 0.072 0.664 0.016 0.000 0.248
#> SRR1696160 2 0.4967 0.759 0.060 0.708 0.012 0.000 0.220
#> SRR1696161 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696162 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696163 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696164 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.890 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.4303 0.789 0.020 0.748 0.016 0.000 0.216
#> SRR1696167 4 0.4560 -0.190 0.484 0.008 0.000 0.508 0.000
#> SRR1696169 2 0.2890 0.839 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160
#> SRR1696168 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696171 2 0.0451 0.889 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696170 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696172 2 0.0451 0.889 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1696173 2 0.4334 0.786 0.020 0.744 0.016 0.000 0.220
#> SRR1696174 2 0.0794 0.887 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696176 2 0.0510 0.889 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696175 2 0.5236 0.737 0.064 0.684 0.016 0.000 0.236
#> SRR1696177 2 0.4285 0.791 0.032 0.752 0.008 0.000 0.208
#> SRR1696178 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696179 2 0.2127 0.863 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696180 2 0.0290 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696181 2 0.4275 0.787 0.068 0.776 0.000 0.004 0.152
#> SRR1696182 2 0.4275 0.787 0.068 0.776 0.000 0.004 0.152
#> SRR1696183 2 0.4315 0.784 0.068 0.772 0.000 0.004 0.156
#> SRR1696184 2 0.4275 0.787 0.068 0.776 0.000 0.004 0.152
#> SRR1696185 1 0.6270 0.183 0.632 0.056 0.016 0.048 0.248
#> SRR1696186 3 0.2043 0.912 0.012 0.008 0.928 0.004 0.048
#> SRR1696187 1 0.2732 0.877 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1696189 4 0.3339 0.799 0.124 0.000 0.000 0.836 0.040
#> SRR1696188 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696190 4 0.5689 0.664 0.092 0.088 0.000 0.712 0.108
#> SRR1696191 2 0.1211 0.876 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1696192 2 0.1386 0.875 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1696193 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696194 4 0.2881 0.830 0.092 0.008 0.000 0.876 0.024
#> SRR1696195 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696196 4 0.2067 0.838 0.048 0.032 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696197 3 0.3582 0.899 0.008 0.036 0.860 0.036 0.060
#> SRR1696198 3 0.3582 0.899 0.008 0.036 0.860 0.036 0.060
#> SRR1696199 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696200 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696201 4 0.2818 0.773 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1696202 1 0.2929 0.865 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696203 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696205 1 0.2813 0.873 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1696204 4 0.2864 0.768 0.000 0.136 0.000 0.852 0.012
#> SRR1696206 1 0.5681 0.291 0.688 0.084 0.000 0.044 0.184
#> SRR1696207 1 0.3694 0.850 0.796 0.000 0.000 0.172 0.032
#> SRR1696209 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696210 1 0.3123 0.872 0.828 0.000 0.000 0.160 0.012
#> SRR1696208 4 0.2012 0.839 0.060 0.020 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696212 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696211 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696213 4 0.2967 0.797 0.012 0.104 0.000 0.868 0.016
#> SRR1696214 4 0.2914 0.801 0.016 0.100 0.000 0.872 0.012
#> SRR1696215 4 0.1965 0.838 0.052 0.024 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696217 4 0.1992 0.838 0.044 0.032 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696216 1 0.3366 0.825 0.828 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR1696218 1 0.3990 0.646 0.688 0.000 0.000 0.308 0.004
#> SRR1696219 4 0.2472 0.834 0.036 0.044 0.000 0.908 0.012
#> SRR1696220 4 0.2906 0.815 0.028 0.080 0.000 0.880 0.012
#> SRR1696221 4 0.3210 0.805 0.036 0.076 0.000 0.868 0.020
#> SRR1696222 4 0.3720 0.651 0.000 0.228 0.000 0.760 0.012
#> SRR1696224 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696223 4 0.4171 0.211 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1696225 4 0.3690 0.658 0.000 0.224 0.000 0.764 0.012
#> SRR1696227 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696226 2 0.7937 0.147 0.292 0.388 0.004 0.068 0.248
#> SRR1696228 1 0.2891 0.866 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696229 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696232 4 0.2747 0.832 0.088 0.012 0.000 0.884 0.016
#> SRR1696231 1 0.2929 0.862 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696230 1 0.3171 0.863 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008
#> SRR1696233 4 0.2036 0.839 0.056 0.024 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696235 1 0.4410 0.396 0.556 0.000 0.000 0.440 0.004
#> SRR1696234 4 0.2012 0.839 0.060 0.020 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696236 4 0.2046 0.838 0.068 0.016 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696237 4 0.1952 0.830 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1696238 4 0.3327 0.814 0.072 0.036 0.000 0.864 0.028
#> SRR1696239 4 0.3532 0.796 0.128 0.000 0.000 0.824 0.048
#> SRR1696240 4 0.2561 0.829 0.096 0.000 0.000 0.884 0.020
#> SRR1696241 1 0.4317 0.545 0.764 0.000 0.000 0.076 0.160
#> SRR1696244 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696243 1 0.2690 0.878 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696242 4 0.3798 0.795 0.088 0.032 0.000 0.836 0.044
#> SRR1696245 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696246 1 0.2773 0.875 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696247 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696248 1 0.2690 0.878 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696249 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696250 4 0.3796 0.508 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR1696252 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696253 1 0.3639 0.650 0.824 0.000 0.000 0.076 0.100
#> SRR1696251 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696254 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696255 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696256 1 0.3266 0.836 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004
#> SRR1696258 1 0.2891 0.868 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696257 1 0.3532 0.663 0.832 0.000 0.000 0.076 0.092
#> SRR1696260 4 0.1915 0.835 0.032 0.040 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696259 4 0.1915 0.835 0.032 0.040 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696261 1 0.2280 0.847 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696262 1 0.2408 0.796 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1696263 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696265 3 0.2043 0.912 0.012 0.008 0.928 0.004 0.048
#> SRR1696264 1 0.2891 0.869 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696266 3 0.2043 0.912 0.012 0.008 0.928 0.004 0.048
#> SRR1696267 3 0.0798 0.916 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1696269 4 0.1952 0.830 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1696271 4 0.3635 0.611 0.248 0.000 0.000 0.748 0.004
#> SRR1696270 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696268 3 0.0798 0.916 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1696272 1 0.2891 0.866 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696274 2 0.8069 0.156 0.092 0.352 0.000 0.272 0.284
#> SRR1696273 2 0.6634 0.586 0.092 0.556 0.000 0.056 0.296
#> SRR1696275 4 0.1830 0.836 0.068 0.008 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696276 1 0.2891 0.866 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696277 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696279 1 0.3203 0.868 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1696278 4 0.3387 0.814 0.100 0.020 0.000 0.852 0.028
#> SRR1696280 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696281 4 0.2771 0.776 0.000 0.128 0.000 0.860 0.012
#> SRR1696282 1 0.3203 0.868 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1696283 4 0.5091 0.703 0.092 0.060 0.000 0.756 0.092
#> SRR1696286 1 0.2966 0.862 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1696284 1 0.4581 0.420 0.732 0.000 0.000 0.072 0.196
#> SRR1696287 4 0.3942 0.607 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012
#> SRR1696285 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696288 4 0.3690 0.657 0.000 0.224 0.000 0.764 0.012
#> SRR1696290 4 0.3427 0.701 0.000 0.192 0.000 0.796 0.012
#> SRR1696291 3 0.2220 0.911 0.016 0.008 0.920 0.004 0.052
#> SRR1696289 4 0.4517 0.424 0.000 0.388 0.000 0.600 0.012
#> SRR1696292 3 0.2220 0.911 0.016 0.008 0.920 0.004 0.052
#> SRR1696293 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696294 4 0.1956 0.834 0.076 0.008 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696295 4 0.3990 0.474 0.308 0.000 0.000 0.688 0.004
#> SRR1696296 4 0.1952 0.830 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1696297 1 0.3346 0.733 0.844 0.000 0.000 0.092 0.064
#> SRR1696298 4 0.4101 0.417 0.332 0.000 0.000 0.664 0.004
#> SRR1696299 4 0.4290 0.550 0.000 0.304 0.000 0.680 0.016
#> SRR1696301 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696300 4 0.4366 0.527 0.000 0.320 0.000 0.664 0.016
#> SRR1696303 4 0.2953 0.760 0.000 0.144 0.000 0.844 0.012
#> SRR1696302 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696304 4 0.2124 0.839 0.056 0.028 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696305 4 0.4776 0.710 0.068 0.104 0.000 0.776 0.052
#> SRR1696306 2 0.5575 0.727 0.072 0.664 0.008 0.012 0.244
#> SRR1696307 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696309 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696310 4 0.1892 0.833 0.080 0.004 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696308 4 0.2522 0.838 0.056 0.028 0.000 0.904 0.012
#> SRR1696311 1 0.2561 0.871 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696314 4 0.2818 0.773 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1696312 1 0.6432 0.176 0.636 0.136 0.008 0.040 0.180
#> SRR1696313 1 0.3697 0.655 0.820 0.000 0.000 0.080 0.100
#> SRR1696315 1 0.2408 0.796 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1696316 4 0.1952 0.830 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1696317 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696318 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696319 1 0.2605 0.877 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696320 4 0.3366 0.678 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004
#> SRR1696322 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696321 1 0.2605 0.877 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696324 1 0.3039 0.854 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1696323 1 0.2605 0.877 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696326 1 0.2648 0.878 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696325 1 0.2172 0.768 0.908 0.000 0.000 0.076 0.016
#> SRR1696327 1 0.3825 0.574 0.804 0.000 0.000 0.060 0.136
#> SRR1696328 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696329 4 0.1792 0.831 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696330 4 0.3720 0.651 0.000 0.228 0.000 0.760 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.4313 0.9247 0.224 0.012 0.012 0.004 0.728 0.020
#> SRR1696029 5 0.4313 0.9247 0.224 0.012 0.012 0.004 0.728 0.020
#> SRR1696030 5 0.4313 0.9247 0.224 0.012 0.012 0.004 0.728 0.020
#> SRR1696031 5 0.3543 0.9680 0.272 0.000 0.004 0.000 0.720 0.004
#> SRR1696032 5 0.3543 0.9680 0.272 0.000 0.004 0.000 0.720 0.004
#> SRR1696033 5 0.3543 0.9680 0.272 0.000 0.004 0.000 0.720 0.004
#> SRR1696034 5 0.3543 0.9680 0.272 0.000 0.004 0.000 0.720 0.004
#> SRR1696035 3 0.3991 0.8350 0.008 0.000 0.804 0.028 0.096 0.064
#> SRR1696036 3 0.3991 0.8350 0.008 0.000 0.804 0.028 0.096 0.064
#> SRR1696037 3 0.3991 0.8350 0.008 0.000 0.804 0.028 0.096 0.064
#> SRR1696039 5 0.3555 0.9643 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1696038 3 0.3991 0.8350 0.008 0.000 0.804 0.028 0.096 0.064
#> SRR1696040 5 0.3555 0.9643 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1696041 5 0.3555 0.9643 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1696042 5 0.3555 0.9643 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1696043 2 0.0363 0.8229 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696044 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.3907 -0.2481 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR1696046 2 0.1556 0.7656 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696047 2 0.2173 0.7521 0.000 0.904 0.000 0.004 0.028 0.064
#> SRR1696048 2 0.1857 0.7527 0.000 0.924 0.000 0.004 0.028 0.044
#> SRR1696050 2 0.0790 0.8094 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696051 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.2882 0.8563 0.000 0.000 0.860 0.004 0.076 0.060
#> SRR1696054 3 0.2882 0.8563 0.000 0.000 0.860 0.004 0.076 0.060
#> SRR1696055 2 0.2402 0.6801 0.000 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1696057 2 0.0508 0.8228 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696049 2 0.3390 0.3001 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.3547 0.2758 0.000 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2092 0.7071 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696062 2 0.0547 0.8182 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.3847 -0.4307 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1696066 6 0.3847 0.6579 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696067 6 0.3862 0.6337 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696068 2 0.3151 0.4416 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 6 0.3797 0.6745 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1696071 2 0.1958 0.7376 0.000 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696074 6 0.3857 0.6466 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1696075 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696076 2 0.3986 -0.4754 0.000 0.532 0.000 0.000 0.004 0.464
#> SRR1696077 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696078 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696079 6 0.3862 0.6337 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696080 2 0.2697 0.5973 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696081 2 0.3163 0.4926 0.000 0.764 0.000 0.000 0.004 0.232
#> SRR1696083 2 0.0363 0.8243 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696082 2 0.2416 0.6571 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696084 2 0.0547 0.8182 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696085 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696086 2 0.0363 0.8243 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696087 2 0.0291 0.8272 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696088 2 0.1910 0.7286 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696091 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696089 2 0.2772 0.6080 0.000 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 6 0.3862 0.6337 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696093 6 0.3862 0.6340 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.2191 0.6860 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1696107 2 0.3841 -0.1100 0.000 0.616 0.000 0.000 0.004 0.380
#> SRR1696108 2 0.3101 0.4640 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0632 0.8154 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696109 2 0.3756 -0.1971 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1696111 6 0.3857 0.6466 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0937 0.8037 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696113 6 0.3847 0.6584 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696115 2 0.1649 0.7680 0.000 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1696116 2 0.1856 0.7487 0.000 0.920 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR1696117 6 0.3820 0.6729 0.004 0.332 0.000 0.004 0.000 0.660
#> SRR1696118 6 0.4436 0.6619 0.036 0.324 0.000 0.000 0.004 0.636
#> SRR1696119 6 0.4634 0.6483 0.056 0.300 0.000 0.000 0.004 0.640
#> SRR1696120 3 0.2635 0.8637 0.004 0.000 0.880 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696121 3 0.0717 0.8759 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696122 3 0.0717 0.8759 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696125 6 0.3860 0.6409 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696124 2 0.1957 0.7255 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696123 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696126 6 0.3866 0.6146 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696127 6 0.4904 0.6470 0.004 0.368 0.000 0.012 0.036 0.580
#> SRR1696128 6 0.4703 0.6574 0.004 0.324 0.000 0.012 0.032 0.628
#> SRR1696129 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696130 2 0.3867 -0.5424 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1696131 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696133 2 0.3872 -0.1678 0.000 0.604 0.000 0.000 0.004 0.392
#> SRR1696132 6 0.3860 0.6409 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696135 2 0.3937 -0.3175 0.000 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.3659 0.6793 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1696137 6 0.5016 0.5753 0.004 0.432 0.000 0.012 0.036 0.516
#> SRR1696138 6 0.4703 0.6574 0.004 0.324 0.000 0.012 0.032 0.628
#> SRR1696139 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696140 2 0.0790 0.8104 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696143 2 0.3052 0.5317 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR1696144 6 0.3868 0.5780 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696146 3 0.5100 0.6580 0.008 0.000 0.624 0.008 0.068 0.292
#> SRR1696145 3 0.5100 0.6580 0.008 0.000 0.624 0.008 0.068 0.292
#> SRR1696148 2 0.1225 0.7984 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1696147 2 0.1686 0.7865 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1696149 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0508 0.8195 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696154 2 0.0363 0.8193 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696155 2 0.1644 0.7699 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.3862 0.6337 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.3817 0.6709 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1696160 6 0.3866 0.6163 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696161 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0260 0.8256 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696166 2 0.3854 -0.4597 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696167 1 0.4343 0.2227 0.584 0.012 0.000 0.396 0.004 0.004
#> SRR1696169 2 0.3899 -0.2269 0.000 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0146 0.8281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0146 0.8261 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696173 2 0.3862 -0.5007 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696174 2 0.1141 0.7935 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696176 2 0.0790 0.8094 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696175 6 0.3851 0.6548 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696177 2 0.3997 -0.5563 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004 0.488
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.3756 0.0306 0.000 0.644 0.000 0.000 0.004 0.352
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.4427 -0.3196 0.000 0.564 0.000 0.008 0.016 0.412
#> SRR1696182 2 0.4427 -0.3196 0.000 0.564 0.000 0.008 0.016 0.412
#> SRR1696183 2 0.4433 -0.3333 0.000 0.560 0.000 0.008 0.016 0.416
#> SRR1696184 2 0.4427 -0.3196 0.000 0.564 0.000 0.008 0.016 0.412
#> SRR1696185 6 0.4134 0.0948 0.288 0.020 0.000 0.004 0.004 0.684
#> SRR1696186 3 0.2635 0.8637 0.004 0.000 0.880 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696187 1 0.0547 0.8709 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.2325 0.8876 0.044 0.000 0.000 0.900 0.008 0.048
#> SRR1696188 4 0.1285 0.9072 0.052 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.3927 0.6941 0.008 0.020 0.000 0.748 0.008 0.216
#> SRR1696191 2 0.2000 0.7429 0.000 0.916 0.000 0.004 0.032 0.048
#> SRR1696192 2 0.2189 0.7403 0.000 0.904 0.000 0.004 0.032 0.060
#> SRR1696193 4 0.1285 0.9072 0.052 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.1586 0.9062 0.040 0.004 0.000 0.940 0.004 0.012
#> SRR1696195 4 0.1285 0.9072 0.052 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.2108 0.9092 0.040 0.016 0.000 0.920 0.012 0.012
#> SRR1696197 3 0.2882 0.8563 0.000 0.000 0.860 0.004 0.076 0.060
#> SRR1696198 3 0.2882 0.8563 0.000 0.000 0.860 0.004 0.076 0.060
#> SRR1696199 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.2189 0.8923 0.004 0.052 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696202 1 0.0790 0.8658 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0632 0.8696 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.2189 0.8923 0.004 0.052 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696206 6 0.4815 -0.2367 0.444 0.028 0.000 0.004 0.008 0.516
#> SRR1696207 1 0.2860 0.8143 0.852 0.000 0.000 0.048 0.000 0.100
#> SRR1696209 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.2088 0.8463 0.904 0.000 0.000 0.028 0.000 0.068
#> SRR1696208 4 0.1906 0.9102 0.040 0.016 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1696212 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.1621 0.8983 0.008 0.048 0.000 0.936 0.004 0.004
#> SRR1696214 4 0.2236 0.8954 0.008 0.048 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696215 4 0.2108 0.9092 0.040 0.016 0.000 0.920 0.012 0.012
#> SRR1696217 4 0.2108 0.9092 0.040 0.016 0.000 0.920 0.012 0.012
#> SRR1696216 1 0.2956 0.8004 0.840 0.000 0.000 0.040 0.000 0.120
#> SRR1696218 1 0.3825 0.6844 0.768 0.000 0.000 0.160 0.000 0.072
#> SRR1696219 4 0.2325 0.9053 0.028 0.028 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696220 4 0.2271 0.8979 0.012 0.044 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696221 4 0.1699 0.9020 0.012 0.040 0.000 0.936 0.004 0.008
#> SRR1696222 4 0.2288 0.8756 0.000 0.068 0.000 0.900 0.016 0.016
#> SRR1696224 4 0.1327 0.9021 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.3868 -0.0335 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.2230 0.8805 0.000 0.064 0.000 0.904 0.016 0.016
#> SRR1696227 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.5515 0.4789 0.136 0.176 0.000 0.032 0.004 0.652
#> SRR1696228 1 0.1082 0.8609 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1696229 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.1598 0.9083 0.040 0.008 0.000 0.940 0.004 0.008
#> SRR1696231 1 0.1984 0.8457 0.912 0.000 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR1696230 1 0.2488 0.8330 0.880 0.000 0.000 0.044 0.000 0.076
#> SRR1696233 4 0.1680 0.9105 0.040 0.016 0.000 0.936 0.004 0.004
#> SRR1696235 1 0.3634 0.3769 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.1906 0.9102 0.040 0.016 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1696236 4 0.1285 0.9072 0.052 0.004 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.2300 0.8338 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.1672 0.9070 0.028 0.016 0.000 0.940 0.004 0.012
#> SRR1696239 4 0.2883 0.8539 0.040 0.000 0.000 0.860 0.008 0.092
#> SRR1696240 4 0.1738 0.9035 0.052 0.000 0.000 0.928 0.004 0.016
#> SRR1696241 1 0.4579 0.2117 0.496 0.000 0.000 0.016 0.012 0.476
#> SRR1696244 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.3017 0.8698 0.016 0.024 0.000 0.868 0.016 0.076
#> SRR1696245 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0547 0.8709 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.3833 0.2539 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3808 0.5787 0.700 0.000 0.000 0.012 0.004 0.284
#> SRR1696251 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1806 0.8205 0.908 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.0713 0.8679 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.3586 0.5876 0.712 0.000 0.000 0.004 0.004 0.280
#> SRR1696260 4 0.2232 0.9059 0.028 0.028 0.000 0.916 0.016 0.012
#> SRR1696259 4 0.2232 0.9059 0.028 0.028 0.000 0.916 0.016 0.012
#> SRR1696261 1 0.2196 0.8083 0.884 0.000 0.000 0.004 0.004 0.108
#> SRR1696262 1 0.2544 0.7833 0.852 0.000 0.000 0.004 0.004 0.140
#> SRR1696263 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.2635 0.8637 0.004 0.000 0.880 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696264 1 0.0713 0.8680 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.2635 0.8637 0.004 0.000 0.880 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696267 3 0.0717 0.8759 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696269 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.2912 0.7211 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0717 0.8759 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1696272 1 0.2250 0.8426 0.896 0.000 0.000 0.040 0.000 0.064
#> SRR1696274 6 0.6000 0.4508 0.004 0.184 0.000 0.184 0.036 0.592
#> SRR1696273 6 0.5069 0.6430 0.004 0.304 0.000 0.032 0.036 0.624
#> SRR1696275 4 0.1906 0.9102 0.040 0.016 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1696276 1 0.2365 0.8381 0.888 0.000 0.000 0.040 0.000 0.072
#> SRR1696277 4 0.1881 0.9097 0.044 0.012 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1696279 1 0.2934 0.8071 0.844 0.000 0.000 0.044 0.000 0.112
#> SRR1696278 4 0.1628 0.9062 0.036 0.008 0.000 0.940 0.004 0.012
#> SRR1696280 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.2236 0.8954 0.008 0.048 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696282 1 0.2629 0.8255 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.092
#> SRR1696283 4 0.3908 0.7684 0.004 0.024 0.000 0.792 0.040 0.140
#> SRR1696286 1 0.1075 0.8559 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696284 6 0.5300 -0.3415 0.432 0.000 0.000 0.036 0.036 0.496
#> SRR1696287 4 0.2149 0.8390 0.000 0.104 0.000 0.888 0.004 0.004
#> SRR1696285 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2230 0.8805 0.000 0.064 0.000 0.904 0.016 0.016
#> SRR1696290 4 0.1882 0.8873 0.000 0.060 0.000 0.920 0.008 0.012
#> SRR1696291 3 0.3552 0.8420 0.004 0.000 0.820 0.008 0.068 0.100
#> SRR1696289 4 0.4253 0.4197 0.000 0.372 0.000 0.608 0.008 0.012
#> SRR1696292 3 0.3552 0.8420 0.004 0.000 0.820 0.008 0.068 0.100
#> SRR1696293 4 0.1606 0.9057 0.056 0.000 0.000 0.932 0.004 0.008
#> SRR1696294 4 0.2084 0.9090 0.044 0.012 0.000 0.920 0.012 0.012
#> SRR1696295 4 0.3707 0.5448 0.312 0.000 0.000 0.680 0.000 0.008
#> SRR1696296 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.3189 0.7292 0.796 0.000 0.000 0.020 0.000 0.184
#> SRR1696298 4 0.3804 0.2896 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.3963 0.6864 0.000 0.208 0.000 0.748 0.016 0.028
#> SRR1696301 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.4334 0.5869 0.000 0.268 0.000 0.688 0.016 0.028
#> SRR1696303 4 0.2252 0.8888 0.004 0.056 0.000 0.908 0.016 0.016
#> SRR1696302 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.1408 0.9103 0.036 0.020 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.2146 0.8764 0.000 0.024 0.000 0.908 0.008 0.060
#> SRR1696306 6 0.4561 0.6658 0.000 0.404 0.000 0.024 0.008 0.564
#> SRR1696307 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.1983 0.9096 0.044 0.012 0.000 0.924 0.012 0.008
#> SRR1696308 4 0.1706 0.9098 0.032 0.024 0.000 0.936 0.004 0.004
#> SRR1696311 1 0.0260 0.8631 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696314 4 0.2189 0.8923 0.004 0.052 0.000 0.912 0.016 0.016
#> SRR1696312 6 0.4835 -0.0940 0.408 0.048 0.000 0.000 0.004 0.540
#> SRR1696313 1 0.4088 0.5307 0.668 0.000 0.000 0.020 0.004 0.308
#> SRR1696315 1 0.2377 0.7970 0.868 0.000 0.000 0.004 0.004 0.124
#> SRR1696316 4 0.1204 0.9050 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0909 0.8680 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1696318 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0993 0.8668 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696320 4 0.2631 0.7747 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.2014 0.9088 0.052 0.012 0.000 0.920 0.008 0.008
#> SRR1696321 1 0.0993 0.8668 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696324 1 0.1387 0.8402 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.1151 0.8637 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1696326 1 0.0363 0.8721 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.2462 0.7879 0.860 0.000 0.000 0.004 0.004 0.132
#> SRR1696327 1 0.4060 0.4764 0.644 0.000 0.000 0.008 0.008 0.340
#> SRR1696328 4 0.1327 0.9021 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.1429 0.9077 0.052 0.004 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1696330 4 0.2230 0.8805 0.000 0.064 0.000 0.904 0.016 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.967 0.985 0.5001 0.500 0.500
#> 3 3 0.994 0.944 0.971 0.2652 0.827 0.667
#> 4 4 0.894 0.873 0.949 0.1282 0.901 0.738
#> 5 5 0.894 0.865 0.939 0.0750 0.909 0.705
#> 6 6 0.855 0.775 0.904 0.0324 0.969 0.870
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.2236 0.952 0.964 0.036
#> SRR1696029 1 0.4161 0.905 0.916 0.084
#> SRR1696030 1 0.4161 0.905 0.916 0.084
#> SRR1696031 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696035 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.1184 0.973 0.016 0.984
#> SRR1696118 2 0.5629 0.846 0.132 0.868
#> SRR1696119 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> SRR1696120 2 0.1414 0.969 0.020 0.980
#> SRR1696121 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0672 0.980 0.008 0.992
#> SRR1696137 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.9248 0.488 0.340 0.660
#> SRR1696145 2 0.8955 0.550 0.312 0.688
#> SRR1696148 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1696169 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.9323 0.466 0.652 0.348
#> SRR1696191 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696197 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696202 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1696206 1 0.4298 0.899 0.912 0.088
#> SRR1696207 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696214 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> SRR1696215 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> SRR1696220 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1696221 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.8016 0.676 0.244 0.756
#> SRR1696227 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1696228 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> SRR1696259 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR1696261 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.6801 0.786 0.820 0.180
#> SRR1696264 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.6801 0.786 0.820 0.180
#> SRR1696267 1 0.2778 0.941 0.952 0.048
#> SRR1696269 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696268 1 0.9580 0.408 0.620 0.380
#> SRR1696272 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.5408 0.856 0.124 0.876
#> SRR1696273 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1696275 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> SRR1696282 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR1696286 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.9248 0.491 0.340 0.660
#> SRR1696290 1 0.3733 0.918 0.928 0.072
#> SRR1696291 1 0.9491 0.426 0.632 0.368
#> SRR1696289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.6801 0.784 0.820 0.180
#> SRR1696293 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1696303 1 0.5519 0.855 0.872 0.128
#> SRR1696302 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696305 1 0.6343 0.810 0.840 0.160
#> SRR1696306 2 0.1843 0.961 0.028 0.972
#> SRR1696307 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696314 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> SRR1696312 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> SRR1696313 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.6438 0.801 0.164 0.836
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696029 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696030 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696031 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696032 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696033 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696034 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696035 2 0.6432 0.286 0.428 0.568 0.004
#> SRR1696036 2 0.6432 0.286 0.428 0.568 0.004
#> SRR1696037 2 0.6432 0.286 0.428 0.568 0.004
#> SRR1696039 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696038 2 0.6432 0.286 0.428 0.568 0.004
#> SRR1696040 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696041 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696042 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696043 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696046 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.1031 0.965 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696054 2 0.1031 0.965 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696055 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696057 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696056 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696058 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696062 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0475 0.975 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696066 2 0.3349 0.879 0.108 0.888 0.004
#> SRR1696067 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696068 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696069 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.1129 0.966 0.020 0.976 0.004
#> SRR1696071 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696075 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696077 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696080 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696083 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696090 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696093 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696095 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696108 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696111 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696112 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1129 0.966 0.020 0.976 0.004
#> SRR1696115 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.4978 0.741 0.216 0.780 0.004
#> SRR1696118 1 0.6228 0.362 0.624 0.372 0.004
#> SRR1696119 1 0.6521 -0.039 0.504 0.492 0.004
#> SRR1696120 1 0.1525 0.926 0.964 0.032 0.004
#> SRR1696121 2 0.1399 0.961 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696122 2 0.2682 0.918 0.076 0.920 0.004
#> SRR1696125 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696124 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696127 2 0.0475 0.975 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696128 2 0.1399 0.961 0.028 0.968 0.004
#> SRR1696129 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696131 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696132 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696135 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696134 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.5201 0.709 0.236 0.760 0.004
#> SRR1696137 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696138 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696139 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696144 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696146 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696145 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696148 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0983 0.969 0.016 0.980 0.004
#> SRR1696158 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.1647 0.955 0.036 0.960 0.004
#> SRR1696160 2 0.0475 0.975 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696161 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0829 0.971 0.012 0.984 0.004
#> SRR1696167 1 0.3340 0.881 0.880 0.000 0.120
#> SRR1696169 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696168 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0661 0.973 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696174 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.1878 0.948 0.044 0.952 0.004
#> SRR1696177 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696178 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0237 0.976 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696180 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0424 0.974 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696182 2 0.0424 0.974 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696183 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696184 2 0.0237 0.976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696185 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696186 2 0.2945 0.906 0.088 0.908 0.004
#> SRR1696187 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696189 3 0.4452 0.764 0.192 0.000 0.808
#> SRR1696188 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696190 3 0.3846 0.872 0.108 0.016 0.876
#> SRR1696191 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696193 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696194 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696195 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696196 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696197 2 0.1031 0.965 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696198 2 0.1031 0.965 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696199 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696200 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696201 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696202 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696203 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696205 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696204 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696206 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696209 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696210 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696208 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696212 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696211 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696213 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696214 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696215 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696217 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696216 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696218 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696219 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696220 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696221 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696222 3 0.1411 0.936 0.000 0.036 0.964
#> SRR1696224 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696223 1 0.4842 0.733 0.776 0.000 0.224
#> SRR1696225 3 0.1031 0.947 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696227 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696226 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696229 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696232 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696231 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696230 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696233 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696235 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696234 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696236 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696237 3 0.1289 0.945 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696238 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696239 3 0.1529 0.938 0.040 0.000 0.960
#> SRR1696240 3 0.0892 0.954 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696241 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696243 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696242 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696245 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696246 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696247 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696248 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696249 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696250 3 0.2066 0.918 0.060 0.000 0.940
#> SRR1696252 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696253 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696251 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696254 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696255 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696256 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696258 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696257 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696260 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696259 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696261 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696262 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696263 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696265 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696264 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696266 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696267 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696269 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696271 3 0.5678 0.551 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696270 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696268 1 0.0475 0.955 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696272 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696274 3 0.4979 0.770 0.020 0.168 0.812
#> SRR1696273 2 0.3310 0.908 0.028 0.908 0.064
#> SRR1696275 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696276 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696277 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696279 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696278 3 0.4291 0.781 0.180 0.000 0.820
#> SRR1696280 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696281 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696282 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696283 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696286 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696284 1 0.0424 0.965 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696287 3 0.1411 0.936 0.000 0.036 0.964
#> SRR1696285 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696288 3 0.0892 0.950 0.000 0.020 0.980
#> SRR1696290 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696291 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696289 3 0.1964 0.918 0.000 0.056 0.944
#> SRR1696292 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696293 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696294 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696295 1 0.1753 0.960 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696296 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696297 1 0.0892 0.970 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696298 1 0.1411 0.970 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696299 3 0.1411 0.936 0.000 0.036 0.964
#> SRR1696301 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696300 3 0.1411 0.936 0.000 0.036 0.964
#> SRR1696303 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696302 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696304 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696305 3 0.0829 0.960 0.012 0.004 0.984
#> SRR1696306 2 0.2749 0.912 0.064 0.924 0.012
#> SRR1696307 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696309 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696310 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696308 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696311 1 0.0892 0.970 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696314 3 0.0237 0.963 0.000 0.004 0.996
#> SRR1696312 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0892 0.970 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696315 1 0.0747 0.969 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696316 3 0.6079 0.379 0.388 0.000 0.612
#> SRR1696317 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696318 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696319 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696320 3 0.5591 0.575 0.304 0.000 0.696
#> SRR1696322 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696321 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696324 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696323 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696326 1 0.1289 0.973 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696325 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696327 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696328 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696329 3 0.0237 0.964 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696330 3 0.1031 0.947 0.000 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.3400 0.76796 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696029 1 0.3400 0.76796 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696030 1 0.3400 0.76796 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696031 1 0.1022 0.92545 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696032 1 0.1022 0.92545 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696033 1 0.1022 0.92545 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696034 1 0.1022 0.92545 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0469 0.93697 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1302 0.90907 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696066 2 0.5530 0.42630 0.032 0.632 0.336 0.000
#> SRR1696067 2 0.4477 0.53650 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 3 0.3907 0.71061 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.4907 0.26401 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.4477 0.53650 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.4585 0.49527 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696093 2 0.1389 0.90535 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.4697 0.44089 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 3 0.4250 0.64793 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 3 0.3219 0.76289 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696119 3 0.3219 0.76289 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 3 0.4477 0.58045 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 3 0.3801 0.72758 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1696127 2 0.0188 0.94325 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696128 3 0.0707 0.86808 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.4431 0.55197 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.4543 0.51236 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 3 0.4804 0.75663 0.160 0.064 0.776 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 3 0.4134 0.67288 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.4477 0.53650 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.4713 0.43078 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 3 0.4331 0.62719 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1696160 2 0.0592 0.93361 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.4477 0.53650 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696167 1 0.3761 0.81422 0.852 0.000 0.068 0.080
#> SRR1696169 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.4477 0.53650 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 3 0.4188 0.69545 0.004 0.244 0.752 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.94659 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.4941 0.13200 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1696182 2 0.2469 0.83933 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1696183 2 0.4967 0.07248 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1696184 2 0.2011 0.87039 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1696185 3 0.3400 0.74638 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.4605 0.50650 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1696188 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696190 4 0.3123 0.78976 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696191 2 0.3266 0.76417 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1696192 2 0.3942 0.67126 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696194 4 0.2081 0.87262 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696195 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696206 3 0.4888 0.29161 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696223 1 0.3610 0.72709 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1696225 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4989 0.08581 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696239 4 0.2469 0.84747 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696240 4 0.2647 0.83464 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696241 1 0.4989 0.08710 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.5000 -0.00818 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1696252 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0188 0.94810 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696271 1 0.4999 -0.02344 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696270 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 4 0.5936 0.44929 0.000 0.056 0.324 0.620
#> SRR1696273 3 0.5090 0.50742 0.000 0.324 0.660 0.016
#> SRR1696275 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.3610 0.73243 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1696280 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.3528 0.73248 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1696287 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.2216 0.83917 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1696292 3 0.0000 0.87712 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.1211 0.91693 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696297 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696305 4 0.1305 0.91897 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1696306 2 0.3710 0.73587 0.004 0.804 0.192 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696312 3 0.3801 0.69395 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.4624 0.45420 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696317 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4999 0.05790 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696322 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.95076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.4989 0.08710 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1696328 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.95135 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 1 0.3696 0.721 0.772 0.000 0.212 0.000 0.016
#> SRR1696029 1 0.3696 0.721 0.772 0.000 0.212 0.000 0.016
#> SRR1696030 1 0.3696 0.721 0.772 0.000 0.212 0.000 0.016
#> SRR1696031 1 0.1701 0.914 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1696032 1 0.1701 0.914 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1696033 1 0.1701 0.914 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1696034 1 0.1701 0.914 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1696035 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696036 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696037 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696039 1 0.1018 0.937 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696038 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696040 1 0.1018 0.937 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696041 1 0.1018 0.937 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696042 1 0.1018 0.937 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696043 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 5 0.2605 0.778 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1696046 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696051 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696054 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696055 2 0.3336 0.666 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696057 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 5 0.3561 0.675 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1696056 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 5 0.4210 0.422 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696058 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2605 0.797 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696062 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696063 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 5 0.1410 0.829 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696066 5 0.1285 0.827 0.004 0.036 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696067 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696068 5 0.3480 0.684 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1696069 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 5 0.0807 0.808 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR1696071 2 0.2074 0.852 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696072 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696075 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 5 0.1732 0.823 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1696077 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696080 2 0.1965 0.865 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696081 5 0.4126 0.496 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1696083 2 0.0290 0.950 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696082 2 0.1544 0.895 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696084 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696085 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696087 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0404 0.947 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696091 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.4150 0.256 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1696090 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696093 5 0.1341 0.829 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696095 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.2280 0.832 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696107 5 0.1792 0.822 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696108 5 0.3796 0.631 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1696106 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696109 5 0.1478 0.829 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696111 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696112 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696113 5 0.1300 0.822 0.000 0.028 0.016 0.000 0.956
#> SRR1696115 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 5 0.3966 0.412 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1696118 5 0.1205 0.793 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR1696119 5 0.1205 0.793 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR1696120 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696121 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696122 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696125 5 0.1281 0.825 0.000 0.032 0.012 0.000 0.956
#> SRR1696124 2 0.0794 0.933 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696123 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 5 0.3477 0.741 0.000 0.136 0.040 0.000 0.824
#> SRR1696127 5 0.4653 0.164 0.000 0.472 0.012 0.000 0.516
#> SRR1696128 5 0.2193 0.752 0.000 0.008 0.092 0.000 0.900
#> SRR1696129 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 5 0.1121 0.830 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696131 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 5 0.1478 0.829 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696132 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696135 5 0.2891 0.757 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1696134 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 5 0.0727 0.801 0.004 0.004 0.012 0.000 0.980
#> SRR1696137 2 0.3684 0.590 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1696138 5 0.1364 0.796 0.000 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR1696139 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0290 0.950 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 5 0.4088 0.519 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1696144 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696146 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696145 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696148 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.1270 0.909 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696149 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.3074 0.724 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1696156 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 5 0.1205 0.830 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696158 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 5 0.1106 0.819 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1696160 5 0.3730 0.651 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1696161 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 5 0.1952 0.816 0.000 0.084 0.004 0.000 0.912
#> SRR1696167 1 0.3710 0.766 0.808 0.000 0.144 0.048 0.000
#> SRR1696169 5 0.1608 0.826 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696168 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 5 0.1357 0.830 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696174 2 0.0609 0.940 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696176 2 0.0162 0.952 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696175 5 0.1310 0.818 0.000 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR1696177 5 0.1478 0.829 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1696178 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 5 0.4297 0.228 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696180 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.4572 0.528 0.000 0.684 0.036 0.000 0.280
#> SRR1696182 2 0.4063 0.566 0.000 0.708 0.012 0.000 0.280
#> SRR1696183 2 0.5162 0.410 0.000 0.628 0.064 0.000 0.308
#> SRR1696184 2 0.4016 0.582 0.000 0.716 0.012 0.000 0.272
#> SRR1696185 5 0.3758 0.671 0.088 0.000 0.096 0.000 0.816
#> SRR1696186 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696187 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.4822 0.454 0.352 0.000 0.000 0.616 0.032
#> SRR1696188 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.3812 0.739 0.168 0.000 0.004 0.796 0.032
#> SRR1696191 2 0.3210 0.722 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1696192 3 0.4410 0.173 0.000 0.440 0.556 0.000 0.004
#> SRR1696193 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.2179 0.827 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696198 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696199 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 5 0.5715 0.190 0.388 0.000 0.088 0.000 0.524
#> SRR1696207 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696209 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696208 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696218 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696219 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 4 0.0162 0.926 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696223 1 0.3074 0.732 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.5645 0.272 0.540 0.000 0.084 0.000 0.376
#> SRR1696228 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696233 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696239 4 0.3238 0.784 0.136 0.000 0.000 0.836 0.028
#> SRR1696240 4 0.3284 0.773 0.148 0.000 0.000 0.828 0.024
#> SRR1696241 1 0.3954 0.724 0.772 0.000 0.192 0.000 0.036
#> SRR1696244 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0703 0.913 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696245 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.4283 0.169 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0510 0.946 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696251 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0510 0.946 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696260 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696262 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696263 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696264 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696267 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696269 4 0.0404 0.920 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696271 4 0.4297 0.155 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696272 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696274 5 0.7414 0.103 0.000 0.104 0.096 0.392 0.408
#> SRR1696273 5 0.4785 0.660 0.000 0.104 0.132 0.012 0.752
#> SRR1696275 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696278 4 0.3109 0.722 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696283 4 0.0703 0.913 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696286 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.1579 0.916 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1696287 4 0.1043 0.890 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696289 4 0.3999 0.449 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1696292 3 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696293 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 4 0.1671 0.864 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696297 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696298 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.1478 0.865 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.2891 0.713 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.2590 0.857 0.060 0.000 0.012 0.900 0.028
#> SRR1696306 2 0.5510 0.529 0.000 0.648 0.208 0.000 0.144
#> SRR1696307 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.6805 -0.136 0.372 0.000 0.308 0.000 0.320
#> SRR1696313 1 0.0609 0.943 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696315 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696316 1 0.4210 0.246 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4287 0.196 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0162 0.953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696327 1 0.3035 0.831 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> SRR1696328 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.4872 -0.04754 0.464 0.000 0.024 0.000 0.492 0.020
#> SRR1696029 5 0.4872 -0.04754 0.464 0.000 0.024 0.000 0.492 0.020
#> SRR1696030 5 0.4872 -0.04754 0.464 0.000 0.024 0.000 0.492 0.020
#> SRR1696031 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696032 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696033 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696034 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696035 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696036 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696037 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696039 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696038 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696040 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696041 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696042 1 0.4465 0.08662 0.504 0.000 0.004 0.000 0.472 0.020
#> SRR1696043 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 6 0.1910 0.82710 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696046 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0146 0.93630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696048 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0260 0.93373 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696051 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696054 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696055 2 0.2996 0.67124 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696057 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 6 0.2219 0.80206 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696056 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 6 0.3446 0.58063 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1696058 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2793 0.72094 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1696062 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 6 0.0790 0.87901 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696066 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696067 6 0.0692 0.87989 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696068 6 0.2048 0.81627 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696069 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 6 0.0692 0.86547 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976
#> SRR1696071 2 0.2003 0.82951 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696072 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696075 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 6 0.0937 0.87592 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696077 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 6 0.0632 0.88021 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696080 2 0.3050 0.66401 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696081 6 0.2969 0.70107 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696083 2 0.1075 0.90283 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696082 2 0.2631 0.75243 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696084 2 0.0146 0.93630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696085 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0458 0.92819 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696087 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1007 0.90572 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696091 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.3804 0.18530 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1696090 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696093 6 0.0713 0.87957 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696095 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.2340 0.79620 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696107 6 0.1204 0.86632 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696108 6 0.2854 0.72191 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1696106 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.93630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696109 6 0.0790 0.87901 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696111 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696112 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0260 0.93373 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696113 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696115 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 6 0.4855 0.50443 0.000 0.000 0.256 0.000 0.104 0.640
#> SRR1696118 6 0.0632 0.86252 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696119 6 0.0547 0.86292 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696120 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696121 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696122 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696125 6 0.0725 0.87526 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696124 2 0.1267 0.89104 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696123 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 6 0.3047 0.78956 0.000 0.084 0.064 0.000 0.004 0.848
#> SRR1696127 5 0.6019 0.11191 0.000 0.388 0.008 0.000 0.424 0.180
#> SRR1696128 6 0.4664 0.16786 0.000 0.004 0.032 0.000 0.476 0.488
#> SRR1696129 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 6 0.0632 0.88021 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696131 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 6 0.0790 0.87901 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696132 6 0.0692 0.87989 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696135 6 0.2597 0.76142 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1696134 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.0622 0.86291 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980
#> SRR1696137 2 0.4962 0.16756 0.000 0.516 0.000 0.000 0.416 0.068
#> SRR1696138 6 0.4421 0.29632 0.000 0.004 0.020 0.000 0.424 0.552
#> SRR1696139 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0260 0.93373 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 6 0.2730 0.74078 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1696144 6 0.0806 0.87972 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696146 3 0.0291 0.95791 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696145 3 0.0291 0.95791 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696148 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.1141 0.89579 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696149 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.3864 0.01116 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1696156 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696158 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.0717 0.87858 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696160 6 0.3288 0.62515 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696161 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0146 0.93630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696166 6 0.0891 0.88009 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696167 1 0.3172 0.65949 0.832 0.000 0.092 0.076 0.000 0.000
#> SRR1696169 6 0.1075 0.87149 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696168 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 6 0.0777 0.88035 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696174 2 0.1007 0.90487 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696176 2 0.0146 0.93630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696175 6 0.0717 0.87140 0.000 0.008 0.016 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696177 6 0.0790 0.87901 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696178 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 6 0.3428 0.57470 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1696180 2 0.0000 0.93879 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.5569 0.05634 0.000 0.476 0.016 0.000 0.420 0.088
#> SRR1696182 2 0.5136 0.11198 0.000 0.496 0.000 0.000 0.420 0.084
#> SRR1696183 2 0.5716 0.00865 0.000 0.460 0.020 0.000 0.424 0.096
#> SRR1696184 2 0.5095 0.12227 0.000 0.500 0.000 0.000 0.420 0.080
#> SRR1696185 6 0.3641 0.71755 0.028 0.000 0.040 0.000 0.120 0.812
#> SRR1696186 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696187 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 5 0.3658 0.47784 0.028 0.000 0.000 0.192 0.772 0.008
#> SRR1696188 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 5 0.3667 0.47228 0.012 0.000 0.000 0.240 0.740 0.008
#> SRR1696191 2 0.2135 0.81865 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696192 3 0.4076 0.13267 0.000 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696193 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.2416 0.70629 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696198 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696199 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 5 0.6145 0.31660 0.348 0.000 0.024 0.000 0.472 0.156
#> SRR1696207 1 0.1858 0.79879 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1696209 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1908 0.79593 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1696208 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.2006 0.79028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1696218 1 0.1858 0.79854 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1696219 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.0713 0.90888 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 4 0.1075 0.88343 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.2762 0.56921 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 5 0.5310 0.23605 0.412 0.000 0.016 0.000 0.508 0.064
#> SRR1696228 1 0.1267 0.81549 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.1700 0.80539 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1696230 1 0.1908 0.79593 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1696233 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0146 0.83172 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 5 0.5706 0.43385 0.172 0.000 0.000 0.296 0.528 0.004
#> SRR1696240 5 0.5919 0.33307 0.212 0.000 0.000 0.364 0.424 0.000
#> SRR1696241 5 0.4667 0.20579 0.428 0.000 0.028 0.000 0.536 0.008
#> SRR1696244 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.3804 0.17415 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0260 0.83284 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696249 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696250 4 0.3867 -0.01939 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.2595 0.73802 0.836 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR1696251 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0260 0.83283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696258 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696257 1 0.2703 0.72282 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1696260 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696262 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696263 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696264 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696267 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696269 4 0.0363 0.92087 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.3944 0.11065 0.568 0.000 0.000 0.428 0.004 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696272 1 0.1644 0.80725 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1696274 5 0.5558 0.41828 0.000 0.048 0.036 0.108 0.700 0.108
#> SRR1696273 5 0.4592 0.29373 0.000 0.032 0.036 0.000 0.696 0.236
#> SRR1696275 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.1700 0.80539 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1696277 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696278 4 0.3794 0.47887 0.248 0.000 0.000 0.724 0.028 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.2006 0.79028 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1696283 5 0.3996 0.01372 0.000 0.000 0.004 0.484 0.512 0.000
#> SRR1696286 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696284 5 0.4165 0.22389 0.420 0.000 0.004 0.000 0.568 0.008
#> SRR1696287 4 0.1444 0.84107 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696289 4 0.3782 0.22738 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0146 0.96135 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696293 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0260 0.83282 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696296 4 0.3221 0.50258 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696298 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696299 4 0.1814 0.80010 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0146 0.83349 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696300 4 0.2178 0.74576 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 5 0.3482 0.36264 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696306 5 0.3758 0.34869 0.000 0.232 0.004 0.000 0.740 0.024
#> SRR1696307 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.7124 -0.15565 0.364 0.000 0.240 0.000 0.080 0.316
#> SRR1696313 1 0.2933 0.68309 0.796 0.000 0.000 0.000 0.200 0.004
#> SRR1696315 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696316 1 0.3499 0.31812 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.1444 0.81096 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.1531 0.81129 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1696320 1 0.3982 0.03902 0.536 0.000 0.000 0.460 0.004 0.000
#> SRR1696322 4 0.0713 0.90524 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.1588 0.80936 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1696324 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.1753 0.80353 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.83362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.2146 0.78425 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1696327 1 0.4475 0.03333 0.528 0.000 0.016 0.000 0.448 0.008
#> SRR1696328 4 0.0790 0.90144 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.93333 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.863 0.905 0.958 0.4368 0.560 0.560
#> 3 3 0.707 0.774 0.893 0.1629 0.947 0.908
#> 4 4 0.956 0.933 0.975 0.2372 0.797 0.634
#> 5 5 0.833 0.875 0.922 0.0593 0.983 0.954
#> 6 6 0.810 0.799 0.866 0.0662 0.979 0.941
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.9580 0.4612 0.620 0.380
#> SRR1696029 1 0.9970 0.2256 0.532 0.468
#> SRR1696030 1 0.9993 0.1721 0.516 0.484
#> SRR1696031 1 0.2043 0.9122 0.968 0.032
#> SRR1696032 1 0.1633 0.9169 0.976 0.024
#> SRR1696033 1 0.1414 0.9195 0.980 0.020
#> SRR1696034 1 0.0938 0.9240 0.988 0.012
#> SRR1696035 2 0.0672 0.9631 0.008 0.992
#> SRR1696036 2 0.0672 0.9631 0.008 0.992
#> SRR1696037 2 0.0672 0.9631 0.008 0.992
#> SRR1696039 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.0672 0.9631 0.008 0.992
#> SRR1696040 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0938 0.9605 0.012 0.988
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.2043 0.9478 0.032 0.968
#> SRR1696118 2 0.3584 0.9190 0.068 0.932
#> SRR1696119 2 0.4022 0.9081 0.080 0.920
#> SRR1696120 2 0.1843 0.9510 0.028 0.972
#> SRR1696121 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.2236 0.9446 0.036 0.964
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.6531 0.8072 0.168 0.832
#> SRR1696145 2 0.4815 0.8837 0.104 0.896
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.8386 0.6682 0.732 0.268
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.8661 0.6056 0.288 0.712
#> SRR1696186 2 0.1414 0.9559 0.020 0.980
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.5059 0.8750 0.112 0.888
#> SRR1696188 1 0.8608 0.6261 0.716 0.284
#> SRR1696190 2 0.3431 0.9226 0.064 0.936
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.9000 0.5710 0.684 0.316
#> SRR1696194 2 0.8327 0.6562 0.264 0.736
#> SRR1696195 2 0.9896 0.1923 0.440 0.560
#> SRR1696196 2 0.3274 0.9274 0.060 0.940
#> SRR1696197 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.8861 0.5714 0.304 0.696
#> SRR1696201 2 0.1843 0.9506 0.028 0.972
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.2043 0.9478 0.032 0.968
#> SRR1696206 1 0.9850 0.2510 0.572 0.428
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.4298 0.9007 0.088 0.912
#> SRR1696212 2 0.9635 0.3633 0.388 0.612
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.2423 0.9427 0.040 0.960
#> SRR1696214 2 0.2043 0.9478 0.032 0.968
#> SRR1696215 1 0.9988 0.1615 0.520 0.480
#> SRR1696217 2 0.3274 0.9272 0.060 0.940
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0672 0.9634 0.008 0.992
#> SRR1696220 2 0.2603 0.9394 0.044 0.956
#> SRR1696221 2 0.2236 0.9450 0.036 0.964
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.3584 0.8858 0.932 0.068
#> SRR1696223 1 0.4161 0.8724 0.916 0.084
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.6343 0.8170 0.160 0.840
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.4022 0.8764 0.920 0.080
#> SRR1696232 2 0.5178 0.8708 0.116 0.884
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.3584 0.9201 0.068 0.932
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.2948 0.9332 0.052 0.948
#> SRR1696236 2 0.6048 0.8333 0.148 0.852
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.3733 0.9158 0.072 0.928
#> SRR1696239 2 0.9866 0.2258 0.432 0.568
#> SRR1696240 1 0.1843 0.9148 0.972 0.028
#> SRR1696241 1 0.4022 0.8743 0.920 0.080
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.3114 0.9300 0.056 0.944
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.9996 0.1371 0.512 0.488
#> SRR1696259 2 0.7602 0.7079 0.220 0.780
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.4298 0.9007 0.088 0.912
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696266 2 0.8081 0.6769 0.248 0.752
#> SRR1696267 1 0.9983 0.1410 0.524 0.476
#> SRR1696269 1 0.7528 0.7286 0.784 0.216
#> SRR1696271 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.4562 0.8617 0.904 0.096
#> SRR1696268 2 0.4431 0.8950 0.092 0.908
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.2778 0.9363 0.048 0.952
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.2236 0.9452 0.036 0.964
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.8713 0.6197 0.708 0.292
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.6623 0.8006 0.172 0.828
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.1184 0.9584 0.016 0.984
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.2043 0.9484 0.032 0.968
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.2603 0.9040 0.956 0.044
#> SRR1696288 2 0.2043 0.9478 0.032 0.968
#> SRR1696290 2 0.1414 0.9560 0.020 0.980
#> SRR1696291 2 0.4562 0.8921 0.096 0.904
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696292 2 0.6712 0.7957 0.176 0.824
#> SRR1696293 1 0.8144 0.6777 0.748 0.252
#> SRR1696294 1 0.9209 0.5425 0.664 0.336
#> SRR1696295 1 0.6712 0.7684 0.824 0.176
#> SRR1696296 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0376 0.9654 0.004 0.996
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.3274 0.9267 0.060 0.940
#> SRR1696305 2 0.1414 0.9560 0.020 0.980
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9675 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.8861 0.6033 0.696 0.304
#> SRR1696308 2 0.3431 0.9233 0.064 0.936
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.1633 0.9532 0.024 0.976
#> SRR1696312 2 0.7299 0.7540 0.204 0.796
#> SRR1696313 1 0.2043 0.9114 0.968 0.032
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.9983 0.0732 0.476 0.524
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.5294 0.8419 0.880 0.120
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9309 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0376 0.9288 0.996 0.004
#> SRR1696328 1 0.2423 0.9068 0.960 0.040
#> SRR1696329 2 0.5408 0.8618 0.124 0.876
#> SRR1696330 2 0.0938 0.9608 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.5623 0.6146 0.004 0.280 0.716
#> SRR1696029 3 0.5623 0.6147 0.004 0.280 0.716
#> SRR1696030 3 0.5431 0.6120 0.000 0.284 0.716
#> SRR1696031 3 0.0747 0.8011 0.000 0.016 0.984
#> SRR1696032 3 0.0592 0.8032 0.000 0.012 0.988
#> SRR1696033 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 3 0.0000 0.8050 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.2448 0.8613 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696117 2 0.1964 0.8767 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696118 2 0.2537 0.8487 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696119 2 0.4121 0.7582 0.000 0.832 0.168
#> SRR1696120 2 0.3340 0.8334 0.120 0.880 0.000
#> SRR1696121 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0892 0.8956 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 2 0.5756 0.6668 0.028 0.764 0.208
#> SRR1696145 2 0.4270 0.7898 0.024 0.860 0.116
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.6447 0.4072 0.744 0.196 0.060
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.7731 0.4803 0.108 0.664 0.228
#> SRR1696186 2 0.2066 0.8743 0.060 0.940 0.000
#> SRR1696187 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696189 2 0.5650 0.6681 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696188 1 0.4291 0.3127 0.820 0.180 0.000
#> SRR1696190 2 0.5529 0.6836 0.296 0.704 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.2959 0.8476 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696193 1 0.4178 0.3224 0.828 0.172 0.000
#> SRR1696194 2 0.5810 0.6382 0.336 0.664 0.000
#> SRR1696195 1 0.6244 -0.1809 0.560 0.440 0.000
#> SRR1696196 2 0.5733 0.6540 0.324 0.676 0.000
#> SRR1696197 2 0.0424 0.9045 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696198 2 0.0000 0.9088 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696200 2 0.6225 0.4769 0.432 0.568 0.000
#> SRR1696201 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696202 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696203 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696205 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696204 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696206 2 0.9823 -0.1966 0.288 0.428 0.284
#> SRR1696207 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696209 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696210 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696208 2 0.5706 0.6590 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696212 1 0.6308 -0.3385 0.508 0.492 0.000
#> SRR1696211 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696213 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696214 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696215 1 0.5016 0.2159 0.760 0.240 0.000
#> SRR1696217 2 0.5760 0.6489 0.328 0.672 0.000
#> SRR1696216 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696218 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696219 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696220 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696221 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696222 2 0.5650 0.6675 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0747 0.5520 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696225 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696227 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696226 2 0.5519 0.7653 0.068 0.812 0.120
#> SRR1696228 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696229 1 0.0747 0.5256 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696232 2 0.5733 0.6541 0.324 0.676 0.000
#> SRR1696231 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696230 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696233 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696235 1 0.5650 0.7624 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696234 2 0.5706 0.6590 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696236 2 0.5810 0.6384 0.336 0.664 0.000
#> SRR1696237 1 0.3879 0.6479 0.848 0.000 0.152
#> SRR1696238 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696239 1 0.6260 -0.2089 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.7773 0.6626 0.612 0.072 0.316
#> SRR1696244 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696243 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696242 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696245 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696246 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696247 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696248 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696249 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696250 1 0.1289 0.5626 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696252 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696253 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696251 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696254 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696255 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696256 1 0.5621 0.7600 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696258 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696257 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696260 1 0.5016 0.2139 0.760 0.240 0.000
#> SRR1696259 2 0.6309 0.3199 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696261 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696262 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696263 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696265 2 0.2448 0.8653 0.076 0.924 0.000
#> SRR1696264 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696266 2 0.5465 0.6195 0.288 0.712 0.000
#> SRR1696267 1 0.7250 0.0928 0.572 0.396 0.032
#> SRR1696269 1 0.4002 0.3417 0.840 0.160 0.000
#> SRR1696271 1 0.4504 0.6827 0.804 0.000 0.196
#> SRR1696270 1 0.0592 0.5295 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696268 2 0.3340 0.8297 0.120 0.880 0.000
#> SRR1696272 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696274 2 0.4002 0.8020 0.160 0.840 0.000
#> SRR1696273 2 0.0747 0.9003 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696275 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696276 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696277 1 0.3038 0.4211 0.896 0.104 0.000
#> SRR1696279 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696278 2 0.5706 0.6590 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696280 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696281 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696282 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696283 2 0.5497 0.6860 0.292 0.708 0.000
#> SRR1696286 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696284 1 0.5621 0.7597 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696287 2 0.5529 0.6839 0.296 0.704 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696290 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696291 2 0.3896 0.8242 0.128 0.864 0.008
#> SRR1696289 2 0.4235 0.7908 0.176 0.824 0.000
#> SRR1696292 2 0.5897 0.7291 0.132 0.792 0.076
#> SRR1696293 1 0.3267 0.4056 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696294 1 0.3340 0.4001 0.880 0.120 0.000
#> SRR1696295 1 0.7710 0.3861 0.680 0.176 0.144
#> SRR1696296 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696298 1 0.0424 0.5468 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696299 2 0.5621 0.6720 0.308 0.692 0.000
#> SRR1696301 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696300 2 0.5216 0.7167 0.260 0.740 0.000
#> SRR1696303 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696302 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696304 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696305 2 0.4931 0.7414 0.232 0.768 0.000
#> SRR1696306 2 0.0592 0.9023 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696307 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696309 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696310 1 0.3267 0.4056 0.884 0.116 0.000
#> SRR1696308 2 0.5706 0.6590 0.320 0.680 0.000
#> SRR1696311 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696314 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696312 2 0.6393 0.6313 0.048 0.736 0.216
#> SRR1696313 1 0.6855 0.7227 0.652 0.032 0.316
#> SRR1696315 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696316 1 0.6154 -0.0836 0.592 0.408 0.000
#> SRR1696317 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696318 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696319 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696320 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696324 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696323 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696326 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696325 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696327 1 0.5678 0.7648 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696328 1 0.0000 0.5405 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.5835 0.6336 0.340 0.660 0.000
#> SRR1696330 2 0.5678 0.6637 0.316 0.684 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696036 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696037 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696039 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696116 4 0.4500 0.4249 0.000 0.316 0 0.684
#> SRR1696117 2 0.1867 0.9070 0.000 0.928 0 0.072
#> SRR1696118 2 0.2216 0.8840 0.092 0.908 0 0.000
#> SRR1696119 2 0.3219 0.7933 0.164 0.836 0 0.000
#> SRR1696120 2 0.2814 0.8361 0.000 0.868 0 0.132
#> SRR1696121 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696136 2 0.0817 0.9555 0.024 0.976 0 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696146 2 0.4040 0.6672 0.248 0.752 0 0.000
#> SRR1696145 2 0.2704 0.8460 0.124 0.876 0 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696167 1 0.6042 0.5061 0.672 0.104 0 0.224
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696185 2 0.4250 0.6199 0.276 0.724 0 0.000
#> SRR1696186 2 0.1637 0.9200 0.000 0.940 0 0.060
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696189 4 0.0895 0.9228 0.004 0.020 0 0.976
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696190 4 0.1022 0.9086 0.000 0.032 0 0.968
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696192 2 0.2408 0.8704 0.000 0.896 0 0.104
#> SRR1696193 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696194 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696197 2 0.0336 0.9703 0.000 0.992 0 0.008
#> SRR1696198 2 0.0000 0.9775 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696206 2 0.4898 0.3207 0.416 0.584 0 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696222 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696224 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696223 1 0.4967 0.1930 0.548 0.000 0 0.452
#> SRR1696225 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 2 0.5175 0.7013 0.120 0.760 0 0.120
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696235 1 0.3356 0.7236 0.824 0.000 0 0.176
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696237 1 0.3266 0.7368 0.832 0.000 0 0.168
#> SRR1696238 4 0.0336 0.9394 0.000 0.008 0 0.992
#> SRR1696239 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 1 0.4898 0.2995 0.584 0.000 0 0.416
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.0336 0.9475 0.992 0.000 0 0.008
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 2 0.1716 0.9155 0.000 0.936 0 0.064
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 2 0.5560 0.6464 0.156 0.728 0 0.116
#> SRR1696267 1 0.7538 0.0699 0.428 0.384 0 0.188
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696271 4 0.4072 0.5988 0.252 0.000 0 0.748
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696268 2 0.2124 0.9052 0.008 0.924 0 0.068
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696274 2 0.4382 0.5731 0.000 0.704 0 0.296
#> SRR1696273 2 0.0469 0.9670 0.000 0.988 0 0.012
#> SRR1696275 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696278 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696283 4 0.0921 0.9136 0.000 0.028 0 0.972
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696284 1 0.0188 0.9517 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR1696287 4 0.4605 0.3795 0.000 0.336 0 0.664
#> SRR1696285 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696291 2 0.2918 0.8491 0.008 0.876 0 0.116
#> SRR1696289 4 0.4222 0.4972 0.000 0.272 0 0.728
#> SRR1696292 2 0.3587 0.8393 0.088 0.860 0 0.052
#> SRR1696293 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696295 4 0.3074 0.7552 0.152 0.000 0 0.848
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696298 4 0.3837 0.6470 0.224 0.000 0 0.776
#> SRR1696299 4 0.0707 0.9246 0.000 0.020 0 0.980
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696300 4 0.2149 0.8221 0.000 0.088 0 0.912
#> SRR1696303 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696305 4 0.4624 0.3765 0.000 0.340 0 0.660
#> SRR1696306 2 0.0469 0.9668 0.000 0.988 0 0.012
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696312 2 0.4452 0.6366 0.260 0.732 0 0.008
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696316 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696320 4 0.0188 0.9448 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR1696322 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696328 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.9489 0.000 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696029 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696030 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696031 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696032 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696033 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696034 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696035 3 0.0794 0.689 0.000 0.028 0.972 0.000 0
#> SRR1696036 3 0.1410 0.706 0.000 0.060 0.940 0.000 0
#> SRR1696037 3 0.1270 0.718 0.000 0.052 0.948 0.000 0
#> SRR1696039 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696038 3 0.1270 0.717 0.000 0.052 0.948 0.000 0
#> SRR1696040 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696041 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696042 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696043 2 0.1908 0.879 0.000 0.908 0.092 0.000 0
#> SRR1696044 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696045 2 0.2891 0.868 0.000 0.824 0.176 0.000 0
#> SRR1696046 2 0.1341 0.881 0.000 0.944 0.056 0.000 0
#> SRR1696047 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696048 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696050 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696051 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696052 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696053 2 0.1851 0.818 0.000 0.912 0.088 0.000 0
#> SRR1696054 2 0.2179 0.790 0.000 0.888 0.112 0.000 0
#> SRR1696055 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696057 2 0.0703 0.879 0.000 0.976 0.024 0.000 0
#> SRR1696049 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696056 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696059 2 0.2891 0.868 0.000 0.824 0.176 0.000 0
#> SRR1696058 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696060 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696061 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696062 2 0.2516 0.874 0.000 0.860 0.140 0.000 0
#> SRR1696063 2 0.0609 0.878 0.000 0.980 0.020 0.000 0
#> SRR1696064 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696065 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696066 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696067 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696068 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696069 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696070 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696071 2 0.2852 0.869 0.000 0.828 0.172 0.000 0
#> SRR1696072 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696073 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696074 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696075 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696076 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696077 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696078 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696079 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696080 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696081 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696083 2 0.2424 0.876 0.000 0.868 0.132 0.000 0
#> SRR1696082 2 0.1341 0.881 0.000 0.944 0.056 0.000 0
#> SRR1696084 2 0.0609 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000 0
#> SRR1696085 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696086 2 0.2732 0.870 0.000 0.840 0.160 0.000 0
#> SRR1696087 2 0.0794 0.878 0.000 0.972 0.028 0.000 0
#> SRR1696088 2 0.0609 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000 0
#> SRR1696091 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696089 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696090 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696092 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696094 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696093 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696095 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696096 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696097 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696098 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696099 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696100 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696102 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696103 2 0.0794 0.878 0.000 0.972 0.028 0.000 0
#> SRR1696104 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696105 2 0.0609 0.878 0.000 0.980 0.020 0.000 0
#> SRR1696107 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696108 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696106 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696110 2 0.2230 0.877 0.000 0.884 0.116 0.000 0
#> SRR1696109 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696111 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696112 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696114 2 0.2773 0.869 0.000 0.836 0.164 0.000 0
#> SRR1696113 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696115 2 0.0609 0.877 0.000 0.980 0.020 0.000 0
#> SRR1696116 4 0.4225 0.286 0.000 0.364 0.004 0.632 0
#> SRR1696117 2 0.3086 0.864 0.000 0.816 0.180 0.004 0
#> SRR1696118 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696119 2 0.3209 0.862 0.008 0.812 0.180 0.000 0
#> SRR1696120 2 0.3769 0.841 0.000 0.788 0.180 0.032 0
#> SRR1696121 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696122 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696125 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696124 2 0.1043 0.880 0.000 0.960 0.040 0.000 0
#> SRR1696123 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696126 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696127 2 0.2813 0.870 0.000 0.832 0.168 0.000 0
#> SRR1696128 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696129 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696130 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696131 2 0.1410 0.880 0.000 0.940 0.060 0.000 0
#> SRR1696133 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696132 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696135 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696134 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696136 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696137 2 0.2424 0.876 0.000 0.868 0.132 0.000 0
#> SRR1696138 2 0.2891 0.868 0.000 0.824 0.176 0.000 0
#> SRR1696139 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696140 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696142 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696141 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696143 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696144 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696146 2 0.4867 0.746 0.104 0.716 0.180 0.000 0
#> SRR1696145 2 0.3209 0.861 0.008 0.812 0.180 0.000 0
#> SRR1696148 2 0.0404 0.878 0.000 0.988 0.012 0.000 0
#> SRR1696147 2 0.0794 0.879 0.000 0.972 0.028 0.000 0
#> SRR1696149 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696150 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696151 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696152 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696153 2 0.1341 0.881 0.000 0.944 0.056 0.000 0
#> SRR1696154 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696155 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696156 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696157 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696158 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696159 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696160 2 0.2891 0.868 0.000 0.824 0.176 0.000 0
#> SRR1696161 2 0.0404 0.877 0.000 0.988 0.012 0.000 0
#> SRR1696162 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696163 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696164 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696165 2 0.0290 0.876 0.000 0.992 0.008 0.000 0
#> SRR1696166 2 0.2891 0.868 0.000 0.824 0.176 0.000 0
#> SRR1696167 1 0.5981 0.445 0.672 0.052 0.164 0.112 0
#> SRR1696169 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696168 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696171 2 0.0290 0.875 0.000 0.992 0.008 0.000 0
#> SRR1696170 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696172 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696173 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696174 2 0.2813 0.870 0.000 0.832 0.168 0.000 0
#> SRR1696176 2 0.2648 0.871 0.000 0.848 0.152 0.000 0
#> SRR1696175 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696177 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696178 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696179 2 0.2929 0.867 0.000 0.820 0.180 0.000 0
#> SRR1696180 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696181 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696182 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696183 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696184 2 0.0162 0.874 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696185 2 0.5258 0.683 0.140 0.680 0.180 0.000 0
#> SRR1696186 2 0.3086 0.864 0.000 0.816 0.180 0.004 0
#> SRR1696187 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696189 4 0.0404 0.936 0.000 0.012 0.000 0.988 0
#> SRR1696188 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696190 4 0.0609 0.927 0.000 0.020 0.000 0.980 0
#> SRR1696191 2 0.2127 0.879 0.000 0.892 0.108 0.000 0
#> SRR1696192 2 0.3810 0.839 0.000 0.788 0.176 0.036 0
#> SRR1696193 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696194 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696195 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696196 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696197 2 0.3039 0.664 0.000 0.808 0.192 0.000 0
#> SRR1696198 2 0.3480 0.547 0.000 0.752 0.248 0.000 0
#> SRR1696199 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696200 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696201 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696202 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696203 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696205 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696204 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696206 2 0.4235 0.212 0.424 0.576 0.000 0.000 0
#> SRR1696207 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696209 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696210 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696208 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696212 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696211 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696213 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696214 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696215 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696217 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696216 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696218 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696219 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696220 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696221 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696222 4 0.0671 0.931 0.000 0.016 0.004 0.980 0
#> SRR1696224 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696223 1 0.4278 0.191 0.548 0.000 0.000 0.452 0
#> SRR1696225 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696227 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696226 2 0.5199 0.724 0.008 0.704 0.176 0.112 0
#> SRR1696228 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696229 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696232 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696231 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696230 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696233 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696235 1 0.2891 0.720 0.824 0.000 0.000 0.176 0
#> SRR1696234 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696236 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696237 1 0.2852 0.731 0.828 0.000 0.000 0.172 0
#> SRR1696238 4 0.0290 0.941 0.000 0.008 0.000 0.992 0
#> SRR1696239 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696240 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696241 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696244 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696243 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696242 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696245 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696246 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696247 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696248 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696249 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696250 1 0.4219 0.298 0.584 0.000 0.000 0.416 0
#> SRR1696252 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696253 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696251 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696254 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696255 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696256 1 0.0290 0.947 0.992 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696258 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696257 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696260 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696259 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696261 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696262 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696263 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696265 2 0.3205 0.864 0.004 0.816 0.176 0.004 0
#> SRR1696264 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696266 2 0.6074 0.604 0.160 0.656 0.144 0.040 0
#> SRR1696267 1 0.7602 -0.226 0.428 0.324 0.176 0.072 0
#> SRR1696269 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696271 4 0.3508 0.601 0.252 0.000 0.000 0.748 0
#> SRR1696270 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696268 3 0.4403 0.307 0.008 0.340 0.648 0.004 0
#> SRR1696272 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696274 2 0.4420 0.484 0.000 0.692 0.028 0.280 0
#> SRR1696273 2 0.1281 0.879 0.000 0.956 0.032 0.012 0
#> SRR1696275 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696276 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696277 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696279 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696278 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696280 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696281 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696282 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696283 4 0.1638 0.873 0.000 0.064 0.004 0.932 0
#> SRR1696286 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696284 1 0.0162 0.952 0.996 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696287 4 0.3949 0.269 0.000 0.332 0.000 0.668 0
#> SRR1696285 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696288 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696290 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696291 2 0.3844 0.841 0.004 0.788 0.180 0.028 0
#> SRR1696289 4 0.4254 0.481 0.000 0.220 0.040 0.740 0
#> SRR1696292 2 0.4174 0.831 0.028 0.776 0.180 0.016 0
#> SRR1696293 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696294 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696295 4 0.2605 0.765 0.148 0.000 0.000 0.852 0
#> SRR1696296 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696297 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696298 4 0.3274 0.651 0.220 0.000 0.000 0.780 0
#> SRR1696299 4 0.0609 0.925 0.000 0.020 0.000 0.980 0
#> SRR1696301 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696300 4 0.1792 0.830 0.000 0.084 0.000 0.916 0
#> SRR1696303 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696302 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696304 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696305 4 0.4165 0.288 0.000 0.320 0.008 0.672 0
#> SRR1696306 2 0.3010 0.868 0.000 0.824 0.172 0.004 0
#> SRR1696307 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696309 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696310 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696308 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696311 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696314 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696312 2 0.5242 0.697 0.148 0.704 0.140 0.008 0
#> SRR1696313 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696315 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696316 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696317 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696318 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696319 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696320 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696322 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696321 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696324 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696323 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696326 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696325 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696327 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696328 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696329 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1696330 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.3244 0.7317 0.000 0.732 0.000 0.000 0 0.268
#> SRR1696044 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696045 2 0.0865 0.7234 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696046 2 0.3684 0.7127 0.000 0.628 0.000 0.000 0 0.372
#> SRR1696047 2 0.0146 0.7158 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696048 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696050 2 0.3838 0.6986 0.000 0.552 0.000 0.000 0 0.448
#> SRR1696051 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696052 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696053 6 0.5273 0.6515 0.000 0.184 0.212 0.000 0 0.604
#> SRR1696054 6 0.5333 0.7670 0.000 0.136 0.300 0.000 0 0.564
#> SRR1696055 2 0.1814 0.7316 0.000 0.900 0.000 0.000 0 0.100
#> SRR1696057 2 0.3464 0.7270 0.000 0.688 0.000 0.000 0 0.312
#> SRR1696049 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696056 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696059 2 0.0632 0.7213 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696058 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696060 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696061 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696062 2 0.2941 0.7313 0.000 0.780 0.000 0.000 0 0.220
#> SRR1696063 2 0.3578 0.7214 0.000 0.660 0.000 0.000 0 0.340
#> SRR1696064 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696065 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696068 2 0.0632 0.7212 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696069 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696070 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696071 2 0.1610 0.7308 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696072 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696073 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696074 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696075 2 0.3847 0.6963 0.000 0.544 0.000 0.000 0 0.456
#> SRR1696076 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696077 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696078 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696079 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696083 2 0.1204 0.7253 0.000 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> SRR1696082 2 0.2260 0.7305 0.000 0.860 0.000 0.000 0 0.140
#> SRR1696084 2 0.3717 0.7142 0.000 0.616 0.000 0.000 0 0.384
#> SRR1696085 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696086 2 0.1714 0.7314 0.000 0.908 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696087 2 0.3464 0.7248 0.000 0.688 0.000 0.000 0 0.312
#> SRR1696088 2 0.3499 0.7263 0.000 0.680 0.000 0.000 0 0.320
#> SRR1696091 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696089 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696090 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696092 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696094 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696093 2 0.0260 0.7172 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696095 2 0.3782 0.7076 0.000 0.588 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR1696096 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696097 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696098 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696099 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696100 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696102 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696103 2 0.2664 0.7276 0.000 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> SRR1696104 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696105 2 0.2697 0.7279 0.000 0.812 0.000 0.000 0 0.188
#> SRR1696107 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696106 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696110 2 0.3198 0.7288 0.000 0.740 0.000 0.000 0 0.260
#> SRR1696109 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696112 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696114 2 0.2562 0.7294 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172
#> SRR1696113 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696115 2 0.3647 0.7145 0.000 0.640 0.000 0.000 0 0.360
#> SRR1696116 4 0.4902 0.0439 0.000 0.060 0.000 0.480 0 0.460
#> SRR1696117 2 0.0146 0.7118 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696118 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696120 2 0.0146 0.7118 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696121 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696122 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696124 2 0.2854 0.7338 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208
#> SRR1696123 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696126 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696127 2 0.1610 0.7316 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696128 2 0.0632 0.7212 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696129 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696130 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696131 2 0.2378 0.7304 0.000 0.848 0.000 0.000 0 0.152
#> SRR1696133 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696135 2 0.0713 0.7220 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696134 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696136 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696137 2 0.2697 0.7355 0.000 0.812 0.000 0.000 0 0.188
#> SRR1696138 2 0.0865 0.7234 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696139 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696140 2 0.3727 0.7127 0.000 0.612 0.000 0.000 0 0.388
#> SRR1696142 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696141 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696143 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696146 2 0.0713 0.6891 0.028 0.972 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696145 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696148 2 0.3817 0.7027 0.000 0.568 0.000 0.000 0 0.432
#> SRR1696147 2 0.2912 0.7312 0.000 0.784 0.000 0.000 0 0.216
#> SRR1696149 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696150 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696151 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696152 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696153 2 0.2969 0.7347 0.000 0.776 0.000 0.000 0 0.224
#> SRR1696154 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696155 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696156 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696157 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696158 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696159 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696160 2 0.1863 0.7322 0.000 0.896 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696161 2 0.3101 0.7306 0.000 0.756 0.000 0.000 0 0.244
#> SRR1696162 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696163 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696164 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696165 2 0.3151 0.7302 0.000 0.748 0.000 0.000 0 0.252
#> SRR1696166 2 0.0865 0.7234 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696167 1 0.4686 0.4093 0.660 0.248 0.000 0.092 0 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696168 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696171 2 0.3789 0.7061 0.000 0.584 0.000 0.000 0 0.416
#> SRR1696170 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696172 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696173 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696174 2 0.0547 0.7209 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696176 2 0.2912 0.7279 0.000 0.784 0.000 0.000 0 0.216
#> SRR1696175 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696178 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696179 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696180 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696181 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696182 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696183 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696184 2 0.3851 0.6951 0.000 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> SRR1696185 2 0.0865 0.6803 0.036 0.964 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.7148 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696189 4 0.0146 0.9391 0.000 0.004 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696190 4 0.0508 0.9253 0.000 0.012 0.000 0.984 0 0.004
#> SRR1696191 2 0.1714 0.7324 0.000 0.908 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696192 2 0.0146 0.7141 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696194 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696197 6 0.5193 0.7453 0.000 0.104 0.344 0.000 0 0.552
#> SRR1696198 6 0.4949 0.6188 0.000 0.072 0.380 0.000 0 0.548
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696204 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696206 2 0.3789 0.2901 0.416 0.584 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696221 4 0.0260 0.9364 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0.008
#> SRR1696222 4 0.2048 0.7984 0.000 0.000 0.000 0.880 0 0.120
#> SRR1696224 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696223 1 0.3843 0.1927 0.548 0.000 0.000 0.452 0 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 2 0.1007 0.6742 0.000 0.956 0.000 0.044 0 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696235 1 0.2597 0.7131 0.824 0.000 0.000 0.176 0 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696237 1 0.2562 0.7251 0.828 0.000 0.000 0.172 0 0.000
#> SRR1696238 4 0.0260 0.9341 0.000 0.008 0.000 0.992 0 0.000
#> SRR1696239 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 1 0.3789 0.2808 0.584 0.000 0.000 0.416 0 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.0260 0.9573 0.992 0.000 0.000 0.008 0 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 2 0.0291 0.7115 0.004 0.992 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 2 0.3351 0.4535 0.160 0.800 0.000 0.040 0 0.000
#> SRR1696267 2 0.4209 -0.1419 0.384 0.596 0.000 0.020 0 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696271 4 0.3151 0.5747 0.252 0.000 0.000 0.748 0 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696268 2 0.4039 -0.1850 0.008 0.568 0.424 0.000 0 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696274 2 0.5378 0.5253 0.000 0.584 0.000 0.236 0 0.180
#> SRR1696273 2 0.3245 0.7339 0.000 0.764 0.000 0.008 0 0.228
#> SRR1696275 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696278 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696283 4 0.3050 0.6115 0.000 0.000 0.000 0.764 0 0.236
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696284 1 0.0146 0.9619 0.996 0.000 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696287 4 0.3601 0.3286 0.000 0.312 0.000 0.684 0 0.004
#> SRR1696285 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696291 2 0.0146 0.7117 0.004 0.996 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696289 4 0.4261 0.5381 0.000 0.156 0.000 0.732 0 0.112
#> SRR1696292 2 0.0260 0.7084 0.008 0.992 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696295 4 0.2340 0.7498 0.148 0.000 0.000 0.852 0 0.000
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696298 4 0.2941 0.6294 0.220 0.000 0.000 0.780 0 0.000
#> SRR1696299 4 0.0363 0.9292 0.000 0.012 0.000 0.988 0 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696300 4 0.0993 0.9001 0.000 0.024 0.000 0.964 0 0.012
#> SRR1696303 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696305 4 0.4020 0.3653 0.000 0.276 0.000 0.692 0 0.032
#> SRR1696306 2 0.2100 0.7323 0.000 0.884 0.000 0.004 0 0.112
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696312 2 0.1501 0.6687 0.076 0.924 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696316 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696320 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696322 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9666 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696328 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.9438 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.496 0.868 0.898 0.2535 0.815 0.815
#> 3 3 1.000 0.966 0.985 1.3340 0.596 0.505
#> 4 4 0.696 0.722 0.765 0.1490 0.909 0.780
#> 5 5 0.646 0.609 0.767 0.0796 0.871 0.623
#> 6 6 0.704 0.728 0.845 0.0675 0.891 0.604
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.3431 0.934 0.936 0.064
#> SRR1696029 1 0.3584 0.929 0.932 0.068
#> SRR1696030 1 0.3431 0.934 0.936 0.064
#> SRR1696031 1 0.2948 0.950 0.948 0.052
#> SRR1696032 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1696033 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> SRR1696034 1 0.2778 0.952 0.952 0.048
#> SRR1696035 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> SRR1696038 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> SRR1696041 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> SRR1696042 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> SRR1696043 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696054 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.1633 0.865 0.024 0.976
#> SRR1696117 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> SRR1696118 2 0.4431 0.863 0.092 0.908
#> SRR1696119 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.2236 0.865 0.036 0.964
#> SRR1696127 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.1414 0.865 0.020 0.980
#> SRR1696129 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.2778 0.864 0.048 0.952
#> SRR1696167 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696169 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0376 0.865 0.004 0.996
#> SRR1696182 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.865 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.7674 0.850 0.224 0.776
#> SRR1696186 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696187 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696189 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696188 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696190 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696191 2 0.5059 0.855 0.112 0.888
#> SRR1696192 2 0.7815 0.794 0.232 0.768
#> SRR1696193 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696194 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696195 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696196 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696197 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696199 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696200 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696201 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696202 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696203 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696205 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696204 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696206 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696207 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696209 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696210 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696208 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696212 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696211 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696213 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696214 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696215 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696217 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696216 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696218 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696219 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696220 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696221 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696222 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696224 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696223 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696225 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696227 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696226 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696228 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696229 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696232 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696231 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696230 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696233 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696235 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696234 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696236 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696237 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696238 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696239 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696240 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696241 2 0.7745 0.847 0.228 0.772
#> SRR1696244 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696243 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696242 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696245 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696246 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696247 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696248 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696249 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696250 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696252 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696253 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696251 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696254 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696255 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696256 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696258 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696257 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696260 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696259 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696261 2 0.9552 0.644 0.376 0.624
#> SRR1696262 2 0.9552 0.644 0.376 0.624
#> SRR1696263 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696265 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696264 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696266 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696271 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696270 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696268 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696274 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> SRR1696273 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR1696275 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696276 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696277 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696279 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696278 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696280 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696281 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696282 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696283 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696286 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696284 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696287 2 0.5842 0.860 0.140 0.860
#> SRR1696285 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696288 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696290 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696291 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.4562 0.863 0.096 0.904
#> SRR1696292 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696294 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696295 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696296 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696297 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696298 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696299 2 0.5842 0.860 0.140 0.860
#> SRR1696301 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696300 2 0.6531 0.858 0.168 0.832
#> SRR1696303 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696302 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696304 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696305 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696306 2 0.4161 0.864 0.084 0.916
#> SRR1696307 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696309 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696310 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696308 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696311 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696314 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696312 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696313 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696315 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696316 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696317 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696318 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696319 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696320 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696322 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696321 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696324 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696323 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696326 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696325 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696327 2 0.9170 0.719 0.332 0.668
#> SRR1696328 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696329 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
#> SRR1696330 2 0.7602 0.854 0.220 0.780
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.1129 0.967 0.004 0.020 0.976
#> SRR1696029 3 0.2173 0.944 0.008 0.048 0.944
#> SRR1696030 3 0.1267 0.964 0.004 0.024 0.972
#> SRR1696031 3 0.2651 0.945 0.060 0.012 0.928
#> SRR1696032 3 0.2550 0.948 0.056 0.012 0.932
#> SRR1696033 3 0.2680 0.940 0.068 0.008 0.924
#> SRR1696034 3 0.2651 0.945 0.060 0.012 0.928
#> SRR1696035 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 3 0.2590 0.937 0.072 0.004 0.924
#> SRR1696038 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 3 0.2772 0.929 0.080 0.004 0.916
#> SRR1696041 3 0.2590 0.937 0.072 0.004 0.924
#> SRR1696042 3 0.2590 0.937 0.072 0.004 0.924
#> SRR1696043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 1 0.5497 0.545 0.708 0.292 0.000
#> SRR1696116 2 0.5216 0.608 0.260 0.740 0.000
#> SRR1696117 2 0.3031 0.900 0.012 0.912 0.076
#> SRR1696118 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0424 0.980 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696129 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0237 0.977 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.6102 0.520 0.008 0.672 0.320
#> SRR1696186 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.0424 0.973 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696191 2 0.3253 0.899 0.036 0.912 0.052
#> SRR1696192 2 0.4930 0.810 0.044 0.836 0.120
#> SRR1696193 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.5470 0.754 0.796 0.036 0.168
#> SRR1696207 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696222 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.0237 0.977 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.4326 0.814 0.844 0.012 0.144
#> SRR1696244 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.1031 0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696251 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1643 0.941 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696260 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696259 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.5986 0.592 0.704 0.012 0.284
#> SRR1696262 1 0.5986 0.592 0.704 0.012 0.284
#> SRR1696263 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.5785 0.479 0.332 0.668 0.000
#> SRR1696273 2 0.2590 0.897 0.072 0.924 0.004
#> SRR1696275 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0237 0.977 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696287 1 0.1860 0.919 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 1 0.3686 0.798 0.860 0.140 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 1 0.4002 0.765 0.840 0.160 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 1 0.1860 0.920 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696303 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 1 0.0592 0.968 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696306 2 0.3528 0.860 0.092 0.892 0.016
#> SRR1696307 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.4058 0.862 0.880 0.044 0.076
#> SRR1696313 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0592 0.971 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696327 1 0.6859 0.400 0.620 0.024 0.356
#> SRR1696328 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.3720 0.916 0.016 0.024 0.860 0.100
#> SRR1696029 3 0.3953 0.912 0.020 0.024 0.848 0.108
#> SRR1696030 3 0.3720 0.916 0.016 0.024 0.860 0.100
#> SRR1696031 3 0.4581 0.879 0.080 0.000 0.800 0.120
#> SRR1696032 3 0.4581 0.879 0.080 0.000 0.800 0.120
#> SRR1696033 3 0.4581 0.879 0.080 0.000 0.800 0.120
#> SRR1696034 3 0.4581 0.879 0.080 0.000 0.800 0.120
#> SRR1696035 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.4840 0.872 0.100 0.000 0.784 0.116
#> SRR1696038 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.4840 0.872 0.100 0.000 0.784 0.116
#> SRR1696041 3 0.4840 0.872 0.100 0.000 0.784 0.116
#> SRR1696042 3 0.4834 0.871 0.096 0.000 0.784 0.120
#> SRR1696043 2 0.3486 0.859 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1696044 2 0.4072 0.849 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1696045 2 0.1211 0.861 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696046 2 0.3569 0.857 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1696047 2 0.2345 0.835 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696048 2 0.2647 0.865 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1696050 2 0.1557 0.858 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696051 2 0.3726 0.856 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1696052 2 0.3486 0.861 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1696053 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.4500 0.831 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696057 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696049 2 0.1474 0.867 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696056 2 0.4304 0.839 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1696059 2 0.2814 0.870 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1696058 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696060 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696061 2 0.0921 0.859 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696062 2 0.3975 0.851 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1696063 2 0.2408 0.868 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1696064 2 0.3726 0.856 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1696065 2 0.2814 0.861 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1696066 2 0.1022 0.858 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696067 2 0.1118 0.861 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696068 2 0.3907 0.854 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1696069 2 0.4193 0.843 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1696070 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696071 2 0.4277 0.844 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696072 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696073 2 0.4454 0.828 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696074 2 0.0707 0.856 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696075 2 0.4277 0.843 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696076 2 0.0188 0.861 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696077 2 0.4331 0.838 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1696078 2 0.0592 0.864 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696079 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696080 2 0.0707 0.857 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696081 2 0.1022 0.862 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696083 2 0.0592 0.863 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696082 2 0.0469 0.861 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696084 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696085 2 0.3356 0.862 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1696086 2 0.0707 0.864 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696087 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696088 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696089 2 0.4431 0.837 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1696090 2 0.1637 0.868 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696092 2 0.3123 0.864 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1696094 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696093 2 0.1557 0.859 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696095 2 0.2921 0.866 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1696096 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696097 2 0.4008 0.849 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696098 2 0.4008 0.849 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696099 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696100 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696102 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696103 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696104 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696105 2 0.0817 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696107 2 0.0188 0.861 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696108 2 0.1118 0.864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696106 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696110 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696109 2 0.0592 0.859 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696111 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696112 2 0.3873 0.853 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1696114 2 0.4103 0.850 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1696113 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696115 4 0.7702 0.292 0.288 0.260 0.000 0.452
#> SRR1696116 2 0.5417 0.635 0.240 0.704 0.000 0.056
#> SRR1696117 2 0.5148 0.732 0.032 0.796 0.084 0.088
#> SRR1696118 2 0.1792 0.835 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1696119 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696120 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.1474 0.843 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696124 2 0.0336 0.859 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696123 2 0.4454 0.828 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696126 2 0.2775 0.804 0.020 0.896 0.000 0.084
#> SRR1696127 2 0.1022 0.860 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696128 2 0.2706 0.830 0.004 0.908 0.024 0.064
#> SRR1696129 2 0.4406 0.831 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1696130 2 0.0592 0.859 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696131 2 0.3975 0.852 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1696133 2 0.0336 0.862 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696132 2 0.0592 0.857 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696135 2 0.3528 0.858 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1696134 2 0.3688 0.860 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1696136 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696137 2 0.3266 0.860 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1696138 2 0.1118 0.851 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696139 2 0.4277 0.839 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696140 2 0.0336 0.862 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.1302 0.867 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696141 2 0.4072 0.850 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1696143 2 0.1022 0.862 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696144 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696146 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.4222 0.842 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1696147 2 0.0817 0.865 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696149 2 0.3074 0.865 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1696150 2 0.4500 0.826 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696151 2 0.2704 0.868 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1696152 2 0.4454 0.828 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696153 2 0.4193 0.844 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1696154 2 0.3444 0.862 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1696155 2 0.1940 0.868 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1696156 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696157 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696158 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696159 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696160 2 0.2530 0.862 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1696161 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696162 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696163 2 0.4477 0.826 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696164 2 0.4277 0.840 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696165 2 0.1940 0.858 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1696166 2 0.1118 0.851 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696167 1 0.2589 0.640 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696169 2 0.0817 0.854 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696168 2 0.4304 0.837 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1696171 2 0.4103 0.847 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1696170 2 0.2281 0.871 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696172 2 0.4222 0.842 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1696173 2 0.0817 0.857 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696174 2 0.0592 0.857 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696176 2 0.4382 0.835 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1696175 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696177 2 0.0592 0.859 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696178 2 0.4382 0.833 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1696179 2 0.0336 0.862 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696180 2 0.4454 0.828 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696181 2 0.2522 0.825 0.000 0.908 0.016 0.076
#> SRR1696182 2 0.0469 0.858 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696183 2 0.2081 0.823 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1696184 2 0.0592 0.857 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696185 2 0.6930 0.531 0.052 0.644 0.236 0.068
#> SRR1696186 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.1474 0.675 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696189 4 0.4992 0.828 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696188 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696190 4 0.4981 0.802 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696191 2 0.4699 0.768 0.036 0.824 0.072 0.068
#> SRR1696192 2 0.6152 0.663 0.028 0.716 0.168 0.088
#> SRR1696193 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696194 4 0.5000 0.927 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696195 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696196 4 0.4998 0.938 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696197 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696200 4 0.5000 0.927 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696201 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696202 1 0.0336 0.698 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696203 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.1474 0.675 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696204 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696206 1 0.8164 0.339 0.584 0.164 0.136 0.116
#> SRR1696207 1 0.1867 0.659 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696209 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1474 0.675 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696208 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696212 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696211 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696213 1 0.4994 -0.876 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1696214 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696215 4 0.4998 0.932 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696217 4 0.4994 0.936 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696216 1 0.1867 0.677 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696218 1 0.1637 0.668 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696219 4 0.4994 0.936 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696220 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696221 1 0.4999 -0.882 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696222 4 0.4998 0.938 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696224 1 0.3726 0.311 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696223 1 0.4985 -0.857 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696225 4 0.4994 0.936 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696227 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.5199 0.511 0.756 0.100 0.000 0.144
#> SRR1696228 1 0.1557 0.671 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696229 1 0.5000 -0.910 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696232 4 0.4999 0.933 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696231 1 0.1557 0.671 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696230 1 0.1474 0.675 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696233 4 0.4998 0.934 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696235 1 0.4996 -0.867 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1696234 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696236 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696237 1 0.4992 -0.872 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696238 1 0.4996 -0.890 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1696239 1 0.2345 0.636 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696240 1 0.4994 -0.881 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1696241 1 0.6058 0.447 0.684 0.000 0.180 0.136
#> SRR1696244 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696243 1 0.0921 0.690 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696242 1 0.4999 -0.905 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696245 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696248 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.1474 0.672 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696252 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696253 1 0.3694 0.620 0.844 0.000 0.032 0.124
#> SRR1696251 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696254 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696256 1 0.1940 0.647 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696258 1 0.0592 0.696 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696257 1 0.4499 0.575 0.804 0.000 0.072 0.124
#> SRR1696260 1 0.5000 -0.913 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1696259 4 0.4999 0.933 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696261 1 0.6466 0.213 0.588 0.000 0.320 0.092
#> SRR1696262 1 0.6411 0.258 0.600 0.000 0.308 0.092
#> SRR1696263 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696265 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0336 0.697 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696266 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.4998 0.938 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696271 1 0.2011 0.643 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696270 4 0.4998 0.938 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696268 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.1716 0.685 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696274 2 0.5714 0.615 0.156 0.716 0.000 0.128
#> SRR1696273 2 0.3144 0.799 0.044 0.884 0.000 0.072
#> SRR1696275 4 0.4996 0.937 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696276 1 0.1474 0.675 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696277 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696279 1 0.1716 0.677 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696278 1 0.4996 -0.881 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1696280 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.4994 0.936 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696282 1 0.1557 0.676 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696283 4 0.5000 0.859 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696286 1 0.1557 0.671 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696284 1 0.3606 0.623 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR1696287 4 0.6366 0.665 0.424 0.064 0.000 0.512
#> SRR1696285 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696288 4 0.4999 0.933 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696290 4 0.5000 0.920 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1696291 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 4 0.6696 0.624 0.428 0.088 0.000 0.484
#> SRR1696292 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696294 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696295 1 0.4992 -0.864 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696296 4 0.4999 0.934 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696297 1 0.2408 0.662 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696298 1 0.3123 0.492 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696299 1 0.7184 -0.550 0.448 0.136 0.000 0.416
#> SRR1696301 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.5510 0.861 0.480 0.016 0.000 0.504
#> SRR1696303 4 0.4994 0.936 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696302 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696304 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696305 4 0.5657 0.760 0.436 0.024 0.000 0.540
#> SRR1696306 2 0.4226 0.765 0.052 0.840 0.016 0.092
#> SRR1696307 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696308 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696311 1 0.3105 0.640 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1696314 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696312 1 0.8176 0.312 0.564 0.216 0.084 0.136
#> SRR1696313 1 0.2345 0.665 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696315 1 0.2408 0.661 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696316 1 0.4992 -0.872 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696317 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0188 0.699 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696320 1 0.4989 -0.865 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696322 4 0.4999 0.933 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696321 1 0.0188 0.698 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696324 1 0.0707 0.694 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696323 1 0.0188 0.699 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0000 0.700 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3694 0.621 0.844 0.000 0.032 0.124
#> SRR1696327 1 0.6602 0.132 0.552 0.000 0.356 0.092
#> SRR1696328 4 0.4996 0.941 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696329 1 0.4999 -0.905 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1696330 4 0.5000 0.910 0.496 0.000 0.000 0.504
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 3 0.2393 0.74957 0.080 0.016 0.900 0.004 0.000
#> SRR1696029 3 0.2568 0.74489 0.092 0.016 0.888 0.004 0.000
#> SRR1696030 3 0.2393 0.74957 0.080 0.016 0.900 0.004 0.000
#> SRR1696031 3 0.3010 0.71850 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696032 3 0.3010 0.71850 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696033 3 0.3010 0.71850 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696034 3 0.3010 0.71850 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696035 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696036 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696037 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696039 3 0.3280 0.71450 0.176 0.000 0.812 0.012 0.000
#> SRR1696038 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696040 3 0.3280 0.71450 0.176 0.000 0.812 0.012 0.000
#> SRR1696041 3 0.3280 0.71450 0.176 0.000 0.812 0.012 0.000
#> SRR1696042 3 0.3171 0.71546 0.176 0.000 0.816 0.008 0.000
#> SRR1696043 2 0.4030 -0.24293 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1696044 2 0.4262 -0.71634 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1696045 2 0.0609 0.66141 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696046 2 0.3816 -0.12248 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696047 2 0.2900 0.62350 0.028 0.864 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696048 2 0.3835 0.24627 0.008 0.732 0.000 0.000 0.260
#> SRR1696050 2 0.2179 0.63872 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696051 2 0.4161 -0.43905 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1696052 2 0.4045 -0.32129 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1696053 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696054 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696055 2 0.4300 -0.79992 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696057 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696049 2 0.1341 0.64909 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696056 5 0.4306 0.91165 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696059 2 0.2561 0.54200 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696058 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696060 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696061 2 0.0880 0.66350 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696062 2 0.4268 -0.72579 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1696063 2 0.3452 0.27623 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1696064 2 0.4171 -0.46235 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1696065 2 0.2280 0.59861 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696066 2 0.0794 0.65864 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696067 2 0.0609 0.66112 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696068 2 0.3837 -0.06315 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1696069 5 0.4307 0.89005 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1696070 2 0.0290 0.66173 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696071 2 0.4171 -0.52149 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1696072 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696073 5 0.4287 0.96286 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696074 2 0.1197 0.64753 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696075 2 0.4304 -0.85276 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1696076 2 0.1410 0.64597 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696077 5 0.4307 0.89954 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696078 2 0.1732 0.63051 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696079 2 0.0290 0.66026 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696080 2 0.1478 0.64297 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696081 2 0.0880 0.65998 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696083 2 0.1410 0.64549 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696082 2 0.1410 0.64549 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696084 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696085 2 0.4074 -0.34387 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1696086 2 0.1608 0.63674 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696087 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696088 2 0.1410 0.64486 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696091 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696089 2 0.4291 -0.79392 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696090 2 0.2280 0.58948 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696092 2 0.3730 0.13219 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1696094 2 0.0162 0.66049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696093 2 0.1671 0.63427 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696095 2 0.3586 0.22494 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1696096 5 0.4287 0.96509 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696097 2 0.4242 -0.60118 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1696098 2 0.4219 -0.54924 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1696099 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696100 5 0.4291 0.96158 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696102 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696103 5 0.4287 0.96578 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696104 5 0.4287 0.96578 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696105 2 0.2439 0.63962 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120
#> SRR1696107 2 0.1121 0.65512 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696108 2 0.1341 0.65051 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696106 5 0.4291 0.96158 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1696110 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696109 2 0.0404 0.66151 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696111 2 0.0290 0.66026 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696112 2 0.4201 -0.51530 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1696114 2 0.4235 -0.58686 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1696113 2 0.1121 0.64887 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696115 4 0.7405 0.32300 0.072 0.200 0.000 0.504 0.224
#> SRR1696116 2 0.7808 0.12906 0.104 0.500 0.012 0.240 0.144
#> SRR1696117 2 0.5006 0.51396 0.076 0.764 0.080 0.000 0.080
#> SRR1696118 2 0.2577 0.60137 0.008 0.892 0.016 0.000 0.084
#> SRR1696119 2 0.1952 0.61836 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1696120 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696121 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696122 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696125 2 0.0798 0.66127 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696124 2 0.1197 0.65203 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696123 5 0.4283 0.96473 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696126 2 0.3811 0.58234 0.080 0.836 0.056 0.000 0.028
#> SRR1696127 2 0.0510 0.66107 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696128 2 0.3514 0.58132 0.048 0.848 0.016 0.000 0.088
#> SRR1696129 5 0.4297 0.95268 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696130 2 0.0290 0.66118 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696131 2 0.4256 -0.68546 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1696133 2 0.1410 0.64754 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696132 2 0.0162 0.66126 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696135 2 0.3480 0.22836 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696134 2 0.3983 -0.22659 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696136 2 0.1732 0.62443 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696137 2 0.3210 0.34396 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696138 2 0.1608 0.63373 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696139 5 0.4306 0.90928 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1696140 2 0.1608 0.63674 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696142 2 0.2516 0.55237 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1696141 2 0.4294 -0.80701 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696143 2 0.1197 0.65564 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696144 2 0.0162 0.66049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696146 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696145 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696148 5 0.4300 0.94736 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696147 2 0.1671 0.63389 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696149 2 0.3983 -0.21654 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696150 5 0.4287 0.96239 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696151 2 0.3774 0.04536 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1696152 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696153 2 0.4304 -0.85499 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1696154 2 0.4074 -0.35080 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1696155 2 0.2424 0.57140 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696156 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696157 2 0.0162 0.66049 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696158 5 0.4283 0.96568 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696159 2 0.1270 0.64507 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696160 2 0.1851 0.62789 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696161 5 0.4287 0.96578 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696162 5 0.4278 0.96447 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1696163 5 0.4283 0.96711 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1696164 2 0.4300 -0.78907 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696165 2 0.3039 0.57934 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696166 2 0.1851 0.62042 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696167 1 0.4717 0.50878 0.584 0.000 0.020 0.396 0.000
#> SRR1696169 2 0.0404 0.66104 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696168 5 0.4307 0.90764 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696171 2 0.4294 -0.80690 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1696170 2 0.3242 0.37386 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1696172 5 0.4307 0.90505 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696173 2 0.0510 0.66073 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696174 2 0.0510 0.66137 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696176 5 0.4300 0.93968 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696175 2 0.1671 0.62458 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696177 2 0.0510 0.66165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696178 5 0.4302 0.94306 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1696179 2 0.1478 0.64305 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696180 5 0.4297 0.95612 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696181 2 0.2684 0.64610 0.032 0.900 0.024 0.000 0.044
#> SRR1696182 2 0.1270 0.64920 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696183 2 0.2701 0.62006 0.044 0.896 0.012 0.000 0.048
#> SRR1696184 2 0.1341 0.64719 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696185 2 0.7096 0.28729 0.096 0.572 0.240 0.012 0.080
#> SRR1696186 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696187 1 0.4150 0.64959 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1696189 4 0.3585 0.71948 0.220 0.000 0.004 0.772 0.004
#> SRR1696188 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.5679 0.60494 0.256 0.004 0.016 0.648 0.076
#> SRR1696191 2 0.3643 0.58114 0.080 0.836 0.076 0.000 0.008
#> SRR1696192 2 0.4636 0.50159 0.092 0.768 0.128 0.004 0.008
#> SRR1696193 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.2570 0.82201 0.084 0.000 0.000 0.888 0.028
#> SRR1696195 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.1544 0.83289 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1696197 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696198 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696199 1 0.2648 0.77445 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696200 4 0.1732 0.82582 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.3586 0.72575 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1696203 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696205 1 0.4101 0.66813 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1696204 4 0.0955 0.83361 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028
#> SRR1696206 1 0.7893 0.54696 0.572 0.100 0.112 0.132 0.084
#> SRR1696207 1 0.4430 0.51657 0.540 0.000 0.004 0.456 0.000
#> SRR1696209 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696210 1 0.4045 0.68298 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696213 4 0.2648 0.77587 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.0162 0.84554 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696217 4 0.0963 0.84459 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696216 1 0.4150 0.64247 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1696218 1 0.4304 0.45922 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.2890 0.76497 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004
#> SRR1696222 4 0.2316 0.82988 0.036 0.000 0.012 0.916 0.036
#> SRR1696224 4 0.3684 0.35556 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1696223 4 0.2732 0.75522 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1696225 4 0.0404 0.84653 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696227 1 0.3424 0.74376 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1696226 1 0.7060 0.56734 0.580 0.076 0.020 0.244 0.080
#> SRR1696228 1 0.4291 0.50681 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1696229 4 0.1410 0.83509 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1696232 4 0.2409 0.82954 0.068 0.000 0.000 0.900 0.032
#> SRR1696231 1 0.4300 0.48019 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1696230 1 0.4278 0.53647 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1696233 4 0.0162 0.84556 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696235 4 0.3003 0.73389 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.2561 0.77179 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1696238 4 0.3080 0.79576 0.124 0.000 0.004 0.852 0.020
#> SRR1696239 1 0.4557 0.43083 0.552 0.000 0.004 0.440 0.004
#> SRR1696240 4 0.2648 0.76562 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1696241 1 0.6718 0.59383 0.624 0.004 0.120 0.164 0.088
#> SRR1696244 1 0.3003 0.76950 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696243 1 0.3039 0.77472 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1696242 4 0.3170 0.80926 0.104 0.000 0.004 0.856 0.036
#> SRR1696245 1 0.2605 0.77570 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696246 1 0.3210 0.75790 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1696247 1 0.2690 0.77416 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696248 1 0.2605 0.77570 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696249 1 0.2605 0.77570 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696250 1 0.4367 0.52765 0.580 0.000 0.004 0.416 0.000
#> SRR1696252 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696253 1 0.4734 0.68373 0.676 0.000 0.028 0.288 0.008
#> SRR1696251 1 0.2605 0.77534 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696254 1 0.2605 0.77570 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696255 1 0.2773 0.77282 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696256 4 0.4449 -0.38753 0.484 0.000 0.004 0.512 0.000
#> SRR1696258 1 0.3837 0.72197 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1696257 1 0.4832 0.68374 0.668 0.000 0.032 0.292 0.008
#> SRR1696260 4 0.1792 0.82701 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1696259 4 0.1544 0.83601 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1696261 1 0.6897 0.23551 0.500 0.000 0.312 0.156 0.032
#> SRR1696262 1 0.6505 0.35338 0.544 0.000 0.280 0.160 0.016
#> SRR1696263 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696265 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696264 1 0.3774 0.69610 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1696266 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696267 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696269 4 0.0290 0.84620 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696271 4 0.4440 -0.32047 0.468 0.000 0.004 0.528 0.000
#> SRR1696270 4 0.1043 0.84392 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696268 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696272 1 0.3835 0.70248 0.732 0.000 0.008 0.260 0.000
#> SRR1696274 2 0.6671 0.35160 0.132 0.648 0.016 0.128 0.076
#> SRR1696273 2 0.4373 0.56347 0.080 0.820 0.040 0.032 0.028
#> SRR1696275 4 0.0609 0.84672 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696276 1 0.4138 0.65378 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1696277 4 0.0162 0.84542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696279 1 0.4288 0.64194 0.612 0.000 0.004 0.384 0.000
#> SRR1696278 4 0.3438 0.74310 0.172 0.000 0.000 0.808 0.020
#> SRR1696280 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.4060 0.67964 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1696283 4 0.3243 0.74965 0.180 0.000 0.004 0.812 0.004
#> SRR1696286 1 0.4291 0.51111 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1696284 1 0.5067 0.64676 0.668 0.000 0.024 0.280 0.028
#> SRR1696287 4 0.6681 0.56623 0.184 0.088 0.016 0.636 0.076
#> SRR1696285 4 0.0162 0.84561 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696288 4 0.2519 0.83009 0.060 0.000 0.004 0.900 0.036
#> SRR1696290 4 0.2871 0.81869 0.088 0.000 0.004 0.876 0.032
#> SRR1696291 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696289 4 0.6960 0.52058 0.164 0.128 0.016 0.616 0.076
#> SRR1696292 3 0.4074 0.87030 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696293 4 0.0703 0.84726 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696294 4 0.0290 0.84455 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696295 4 0.3003 0.72821 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696296 4 0.1341 0.83888 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696297 1 0.4029 0.69109 0.680 0.000 0.000 0.316 0.004
#> SRR1696298 4 0.4101 0.00309 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1696299 4 0.7006 0.49299 0.156 0.140 0.016 0.612 0.076
#> SRR1696301 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696300 4 0.5839 0.64875 0.160 0.044 0.016 0.704 0.076
#> SRR1696303 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 4 0.4983 0.65287 0.256 0.032 0.016 0.692 0.004
#> SRR1696306 2 0.5348 0.50658 0.080 0.764 0.036 0.044 0.076
#> SRR1696307 1 0.2773 0.77282 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696309 1 0.2773 0.77282 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.4645 0.69853 0.692 0.000 0.028 0.272 0.008
#> SRR1696314 4 0.0162 0.84305 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696312 1 0.7641 0.52623 0.592 0.124 0.072 0.128 0.084
#> SRR1696313 1 0.4238 0.64401 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR1696315 1 0.4568 0.70504 0.684 0.000 0.020 0.288 0.008
#> SRR1696316 4 0.3086 0.73663 0.180 0.000 0.004 0.816 0.000
#> SRR1696317 1 0.2690 0.77702 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1696318 1 0.2929 0.77097 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1696319 1 0.2732 0.77760 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1696320 4 0.2690 0.76026 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1696322 4 0.0794 0.84621 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696321 1 0.2561 0.77430 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1696324 1 0.3837 0.68630 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1696323 1 0.2732 0.77735 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1696326 1 0.2813 0.77168 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1696325 1 0.4926 0.68391 0.660 0.000 0.036 0.296 0.008
#> SRR1696327 1 0.7421 0.18977 0.464 0.004 0.340 0.104 0.088
#> SRR1696328 4 0.0000 0.84431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.2488 0.81635 0.124 0.000 0.004 0.872 0.000
#> SRR1696330 4 0.4062 0.75816 0.152 0.000 0.016 0.796 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.1563 0.9489 0.000 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> SRR1696029 5 0.1434 0.9551 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1696030 5 0.1563 0.9489 0.000 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> SRR1696031 5 0.0260 0.9806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696032 5 0.0260 0.9806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696033 5 0.0260 0.9806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696034 5 0.0260 0.9806 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0405 0.9807 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0405 0.9807 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696041 5 0.0405 0.9807 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696042 5 0.0405 0.9807 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696043 2 0.2854 0.7224 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696044 2 0.2333 0.8076 0.004 0.872 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1696045 6 0.1714 0.8219 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696046 2 0.3805 0.4956 0.004 0.664 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR1696047 6 0.4341 0.3829 0.000 0.356 0.000 0.004 0.024 0.616
#> SRR1696048 2 0.3927 0.5201 0.000 0.644 0.000 0.000 0.012 0.344
#> SRR1696050 6 0.3482 0.5224 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696051 2 0.2558 0.7757 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1696052 2 0.2597 0.7684 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.1908 0.8076 0.004 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 6 0.3601 0.5831 0.004 0.312 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1696056 2 0.1700 0.8197 0.004 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696059 6 0.3728 0.5475 0.004 0.344 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696058 2 0.0146 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696060 2 0.0458 0.8291 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696061 6 0.3601 0.5764 0.000 0.312 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1696062 2 0.2454 0.7693 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696063 2 0.3547 0.6040 0.004 0.696 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1696064 2 0.2416 0.7815 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696065 6 0.2416 0.7705 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696066 6 0.1387 0.8234 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696067 6 0.1444 0.8262 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696068 2 0.3699 0.4597 0.004 0.660 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1696069 2 0.1075 0.8284 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696070 6 0.1444 0.8268 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1696071 2 0.2416 0.7912 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696072 2 0.0508 0.8272 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696073 2 0.0713 0.8315 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696074 6 0.1267 0.8254 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696075 2 0.1663 0.8189 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696076 6 0.2362 0.8123 0.004 0.136 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696077 2 0.1814 0.8143 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696078 2 0.4122 0.1095 0.004 0.520 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR1696079 6 0.1267 0.8243 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696080 6 0.2278 0.8150 0.004 0.128 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696081 6 0.3647 0.4829 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1696083 6 0.3805 0.5634 0.004 0.328 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR1696082 6 0.2632 0.7946 0.004 0.164 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1696084 2 0.0547 0.8238 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696085 2 0.2454 0.7801 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696086 2 0.4128 0.0375 0.004 0.504 0.000 0.000 0.004 0.488
#> SRR1696087 2 0.0363 0.8259 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696088 6 0.2624 0.8037 0.004 0.148 0.000 0.000 0.004 0.844
#> SRR1696091 2 0.0146 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696089 2 0.2234 0.8109 0.004 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696090 2 0.4063 0.2995 0.004 0.572 0.000 0.000 0.004 0.420
#> SRR1696092 2 0.3426 0.6102 0.004 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1696094 6 0.1387 0.8263 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696093 6 0.1501 0.8207 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696095 2 0.3428 0.5905 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696096 2 0.0146 0.8261 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696097 2 0.1910 0.8067 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696098 2 0.2146 0.8014 0.004 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696099 2 0.0363 0.8272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696100 2 0.0692 0.8297 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696102 2 0.0405 0.8258 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696103 2 0.0603 0.8275 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696104 2 0.0603 0.8288 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696105 6 0.2519 0.8170 0.004 0.124 0.000 0.004 0.004 0.864
#> SRR1696107 6 0.2333 0.8193 0.004 0.120 0.000 0.000 0.004 0.872
#> SRR1696108 6 0.3830 0.4104 0.004 0.376 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1696106 2 0.0458 0.8285 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696110 2 0.0858 0.8311 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696109 6 0.1814 0.8246 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696111 6 0.1267 0.8252 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696112 2 0.2454 0.7739 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696114 2 0.2362 0.7935 0.004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1696113 6 0.1204 0.8242 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696115 2 0.6633 0.2760 0.016 0.480 0.000 0.152 0.036 0.316
#> SRR1696116 2 0.7503 0.1170 0.016 0.396 0.000 0.124 0.156 0.308
#> SRR1696117 6 0.4179 0.6625 0.004 0.044 0.004 0.008 0.188 0.752
#> SRR1696118 6 0.2698 0.7760 0.016 0.040 0.000 0.000 0.064 0.880
#> SRR1696119 6 0.1141 0.8230 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696120 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.1643 0.8263 0.000 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1696124 6 0.2442 0.8099 0.000 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR1696123 2 0.0260 0.8266 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696126 6 0.3544 0.7746 0.004 0.072 0.000 0.004 0.104 0.816
#> SRR1696127 6 0.2320 0.8112 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1696128 6 0.2511 0.7973 0.000 0.056 0.000 0.000 0.064 0.880
#> SRR1696129 2 0.0632 0.8297 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696130 6 0.1501 0.8265 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696131 2 0.2703 0.7560 0.000 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR1696133 6 0.2278 0.8156 0.004 0.128 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696132 6 0.1863 0.8233 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1696135 6 0.3756 0.5109 0.004 0.352 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1696134 2 0.3429 0.6713 0.004 0.740 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR1696136 6 0.1204 0.8242 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696137 6 0.3830 0.4774 0.000 0.376 0.000 0.000 0.004 0.620
#> SRR1696138 6 0.1471 0.8222 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR1696139 2 0.1493 0.8301 0.004 0.936 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1696140 6 0.3878 0.5132 0.004 0.348 0.000 0.000 0.004 0.644
#> SRR1696142 2 0.3996 0.3979 0.004 0.604 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR1696141 2 0.1501 0.8223 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696143 6 0.3807 0.4408 0.000 0.368 0.000 0.000 0.004 0.628
#> SRR1696144 6 0.1814 0.8244 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696146 3 0.0692 0.9728 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1696145 3 0.1010 0.9516 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1696148 2 0.1152 0.8320 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696147 6 0.3996 0.0350 0.004 0.484 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1696149 2 0.2730 0.7529 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696150 2 0.1141 0.8199 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696151 2 0.3151 0.6791 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696152 2 0.0713 0.8301 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696153 2 0.1075 0.8279 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696154 2 0.2491 0.7776 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1696155 6 0.3756 0.6050 0.004 0.316 0.000 0.000 0.004 0.676
#> SRR1696156 2 0.0260 0.8255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696157 6 0.1387 0.8263 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1696158 2 0.0146 0.8261 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696159 6 0.1204 0.8242 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696160 6 0.2003 0.8113 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1696161 2 0.0146 0.8245 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696162 2 0.0260 0.8252 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696163 2 0.0405 0.8258 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696164 2 0.2377 0.8021 0.004 0.868 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1696165 6 0.3695 0.4206 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696166 6 0.1471 0.8222 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR1696167 1 0.5686 0.5231 0.540 0.000 0.000 0.276 0.180 0.004
#> SRR1696169 6 0.1753 0.8264 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004 0.912
#> SRR1696168 2 0.1285 0.8307 0.004 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696171 2 0.2003 0.8059 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696170 2 0.3429 0.6766 0.004 0.740 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR1696172 2 0.1349 0.8299 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696173 6 0.1610 0.8262 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696174 6 0.2632 0.7923 0.000 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR1696176 2 0.1700 0.8130 0.004 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1696175 6 0.1204 0.8242 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696177 6 0.1753 0.8266 0.004 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1696178 2 0.1644 0.8269 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696179 6 0.2482 0.8066 0.004 0.148 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1696180 2 0.1219 0.8305 0.004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696181 6 0.2230 0.8246 0.000 0.084 0.000 0.000 0.024 0.892
#> SRR1696182 6 0.2288 0.8197 0.004 0.116 0.000 0.000 0.004 0.876
#> SRR1696183 6 0.2365 0.8164 0.000 0.072 0.000 0.000 0.040 0.888
#> SRR1696184 6 0.2053 0.8244 0.000 0.108 0.000 0.000 0.004 0.888
#> SRR1696185 6 0.5279 0.3842 0.080 0.004 0.020 0.004 0.240 0.652
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.3288 0.6354 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.4584 0.7179 0.184 0.000 0.000 0.724 0.064 0.028
#> SRR1696188 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.5608 0.5944 0.172 0.000 0.000 0.628 0.168 0.032
#> SRR1696191 6 0.4644 0.7024 0.000 0.092 0.016 0.004 0.160 0.728
#> SRR1696192 6 0.5309 0.6384 0.016 0.084 0.020 0.004 0.192 0.684
#> SRR1696193 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.1908 0.8469 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR1696195 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.1858 0.8476 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9933 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.2100 0.8382 0.112 0.000 0.000 0.884 0.004 0.000
#> SRR1696201 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.1863 0.7326 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.4004 0.5054 0.620 0.000 0.000 0.368 0.012 0.000
#> SRR1696204 4 0.0547 0.8567 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696206 1 0.5800 0.6075 0.628 0.000 0.000 0.092 0.196 0.084
#> SRR1696207 1 0.4439 0.3484 0.540 0.000 0.000 0.432 0.028 0.000
#> SRR1696209 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.3670 0.6221 0.704 0.000 0.000 0.284 0.012 0.000
#> SRR1696208 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.3163 0.7845 0.172 0.000 0.000 0.808 0.008 0.012
#> SRR1696214 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.1387 0.8569 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.2006 0.8455 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1696216 1 0.4228 0.4521 0.588 0.000 0.000 0.392 0.020 0.000
#> SRR1696218 1 0.4184 0.1857 0.500 0.000 0.000 0.488 0.012 0.000
#> SRR1696219 4 0.0790 0.8559 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696221 4 0.3354 0.7728 0.184 0.000 0.000 0.792 0.008 0.016
#> SRR1696222 4 0.2030 0.8536 0.064 0.000 0.000 0.908 0.028 0.000
#> SRR1696224 4 0.3727 0.1635 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.3998 0.1952 0.504 0.000 0.000 0.492 0.000 0.004
#> SRR1696225 4 0.1349 0.8609 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR1696227 1 0.0632 0.7431 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.7567 -0.2455 0.224 0.000 0.000 0.216 0.200 0.360
#> SRR1696228 1 0.3647 0.5197 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.1814 0.8404 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.1267 0.8592 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.3838 0.3346 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.3620 0.5329 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.1007 0.8543 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1696235 4 0.4327 0.4979 0.316 0.000 0.000 0.652 0.016 0.016
#> SRR1696234 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.2882 0.7815 0.180 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000
#> SRR1696238 4 0.3121 0.8058 0.148 0.000 0.000 0.824 0.020 0.008
#> SRR1696239 1 0.5479 0.2857 0.472 0.000 0.000 0.416 0.108 0.004
#> SRR1696240 4 0.2703 0.7912 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR1696241 1 0.5351 0.5793 0.624 0.000 0.000 0.068 0.268 0.040
#> SRR1696244 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.1075 0.7486 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.3220 0.8176 0.108 0.000 0.000 0.832 0.056 0.004
#> SRR1696245 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.1007 0.7428 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.3348 0.6692 0.768 0.000 0.000 0.216 0.016 0.000
#> SRR1696252 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.5313 0.6648 0.668 0.000 0.000 0.128 0.168 0.036
#> SRR1696251 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.3867 0.2188 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.1863 0.7340 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.5307 0.6628 0.668 0.000 0.000 0.124 0.172 0.036
#> SRR1696260 4 0.2473 0.8380 0.104 0.000 0.000 0.876 0.012 0.008
#> SRR1696259 4 0.2070 0.8465 0.092 0.000 0.000 0.896 0.012 0.000
#> SRR1696261 1 0.6094 0.5247 0.580 0.000 0.056 0.044 0.284 0.036
#> SRR1696262 1 0.5471 0.5547 0.616 0.000 0.016 0.044 0.288 0.036
#> SRR1696263 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696264 1 0.2003 0.7291 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696267 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696269 4 0.0547 0.8550 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.4912 0.4668 0.568 0.000 0.004 0.368 0.060 0.000
#> SRR1696270 4 0.1141 0.8602 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696272 1 0.4391 0.6874 0.728 0.000 0.004 0.108 0.160 0.000
#> SRR1696274 6 0.4808 0.6295 0.012 0.040 0.000 0.048 0.172 0.728
#> SRR1696273 6 0.4220 0.7145 0.004 0.064 0.000 0.016 0.152 0.764
#> SRR1696275 4 0.1327 0.8568 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.4026 0.4911 0.612 0.000 0.000 0.376 0.012 0.000
#> SRR1696277 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.4536 0.4066 0.560 0.000 0.000 0.408 0.028 0.004
#> SRR1696278 4 0.3261 0.7819 0.172 0.000 0.000 0.804 0.012 0.012
#> SRR1696280 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0790 0.8556 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.3984 0.5528 0.648 0.000 0.000 0.336 0.016 0.000
#> SRR1696283 4 0.5768 0.6156 0.180 0.008 0.000 0.640 0.044 0.128
#> SRR1696286 1 0.4136 0.3748 0.560 0.000 0.000 0.428 0.012 0.000
#> SRR1696284 1 0.5423 0.6031 0.632 0.000 0.000 0.092 0.240 0.036
#> SRR1696287 2 0.8333 -0.0397 0.100 0.324 0.000 0.308 0.156 0.112
#> SRR1696285 4 0.1075 0.8566 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.2106 0.8523 0.064 0.000 0.000 0.904 0.032 0.000
#> SRR1696290 4 0.2487 0.8400 0.092 0.000 0.000 0.876 0.032 0.000
#> SRR1696291 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696289 2 0.8182 0.0293 0.032 0.292 0.000 0.268 0.172 0.236
#> SRR1696292 3 0.0260 0.9919 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696293 4 0.1267 0.8599 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0260 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696295 4 0.4207 0.5165 0.308 0.000 0.000 0.664 0.012 0.016
#> SRR1696296 4 0.2416 0.7828 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.5062 0.6658 0.676 0.000 0.000 0.188 0.116 0.020
#> SRR1696298 4 0.3804 0.0584 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.8125 -0.0128 0.068 0.328 0.000 0.328 0.164 0.112
#> SRR1696301 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696300 4 0.6077 0.5977 0.108 0.020 0.000 0.636 0.168 0.068
#> SRR1696303 4 0.0547 0.8553 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696305 6 0.7888 -0.1767 0.164 0.024 0.000 0.296 0.168 0.348
#> SRR1696306 6 0.3833 0.6977 0.004 0.044 0.000 0.012 0.152 0.788
#> SRR1696307 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0146 0.8515 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.5366 0.6577 0.660 0.000 0.000 0.124 0.180 0.036
#> SRR1696314 4 0.0405 0.8514 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1696312 1 0.7040 0.1475 0.392 0.000 0.000 0.072 0.252 0.284
#> SRR1696313 1 0.5442 0.4804 0.552 0.000 0.000 0.344 0.088 0.016
#> SRR1696315 1 0.5282 0.6682 0.672 0.000 0.000 0.128 0.164 0.036
#> SRR1696316 4 0.3406 0.7684 0.180 0.000 0.000 0.792 0.020 0.008
#> SRR1696317 1 0.0790 0.7464 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0363 0.7407 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.1498 0.7421 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032 0.000
#> SRR1696320 4 0.2762 0.7676 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1696322 4 0.1387 0.8581 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0260 0.7413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.2454 0.7026 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0363 0.7424 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0363 0.7407 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.5307 0.6635 0.668 0.000 0.000 0.124 0.172 0.036
#> SRR1696327 1 0.6342 0.5179 0.572 0.000 0.036 0.068 0.268 0.056
#> SRR1696328 4 0.0260 0.8529 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.3546 0.7992 0.112 0.000 0.000 0.808 0.076 0.004
#> SRR1696330 4 0.4342 0.7209 0.100 0.000 0.000 0.740 0.152 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.905 0.932 0.971 0.4998 0.500 0.500
#> 3 3 0.845 0.871 0.949 0.1999 0.817 0.664
#> 4 4 0.852 0.848 0.931 0.0747 0.890 0.747
#> 5 5 0.891 0.881 0.941 0.0305 0.989 0.969
#> 6 6 0.773 0.757 0.873 0.0461 0.959 0.885
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0376 0.96487 0.996 0.004
#> SRR1696029 1 0.4562 0.88034 0.904 0.096
#> SRR1696030 1 0.1843 0.94564 0.972 0.028
#> SRR1696031 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.8909 0.57011 0.692 0.308
#> SRR1696054 1 0.8608 0.61569 0.716 0.284
#> SRR1696055 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.7219 0.75274 0.200 0.800
#> SRR1696067 2 0.3274 0.92050 0.060 0.940
#> SRR1696068 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.2778 0.93188 0.048 0.952
#> SRR1696075 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0376 0.96850 0.004 0.996
#> SRR1696095 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.3733 0.90870 0.072 0.928
#> SRR1696112 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.5629 0.84251 0.132 0.868
#> SRR1696115 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696117 1 0.9635 0.36785 0.612 0.388
#> SRR1696118 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696119 1 0.1414 0.95223 0.980 0.020
#> SRR1696120 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.6148 0.81552 0.848 0.152
#> SRR1696122 1 0.1184 0.95558 0.984 0.016
#> SRR1696125 2 0.1184 0.95928 0.016 0.984
#> SRR1696124 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696136 1 0.8386 0.63843 0.732 0.268
#> SRR1696137 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.7056 0.76415 0.192 0.808
#> SRR1696146 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.2043 0.94623 0.032 0.968
#> SRR1696158 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.9323 0.47993 0.348 0.652
#> SRR1696160 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0672 0.96553 0.008 0.992
#> SRR1696174 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696175 1 0.5059 0.86387 0.888 0.112
#> SRR1696177 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696186 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.9635 0.36747 0.612 0.388
#> SRR1696191 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.2043 0.94631 0.032 0.968
#> SRR1696193 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.5178 0.85885 0.884 0.116
#> SRR1696195 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.8016 0.68397 0.756 0.244
#> SRR1696197 1 0.0672 0.96194 0.992 0.008
#> SRR1696198 1 0.0672 0.96195 0.992 0.008
#> SRR1696199 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.3584 0.91236 0.068 0.932
#> SRR1696206 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.5408 0.84958 0.876 0.124
#> SRR1696212 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.6343 0.80738 0.160 0.840
#> SRR1696214 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696215 1 0.8499 0.63071 0.724 0.276
#> SRR1696217 2 0.8861 0.56399 0.304 0.696
#> SRR1696216 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.5178 0.86154 0.116 0.884
#> SRR1696222 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.1633 0.94886 0.976 0.024
#> SRR1696228 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.3584 0.90879 0.932 0.068
#> SRR1696231 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.9000 0.54741 0.316 0.684
#> SRR1696235 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.8955 0.55010 0.688 0.312
#> SRR1696236 1 0.3114 0.92031 0.944 0.056
#> SRR1696237 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.9358 0.45991 0.648 0.352
#> SRR1696239 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.5408 0.85354 0.876 0.124
#> SRR1696245 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.9983 0.11624 0.524 0.476
#> SRR1696259 2 0.8144 0.65670 0.252 0.748
#> SRR1696261 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.2948 0.92837 0.052 0.948
#> SRR1696273 2 0.2043 0.94615 0.032 0.968
#> SRR1696275 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.5294 0.85424 0.880 0.120
#> SRR1696280 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.2236 0.94260 0.036 0.964
#> SRR1696286 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.1414 0.95607 0.020 0.980
#> SRR1696290 2 0.8713 0.59794 0.292 0.708
#> SRR1696291 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 1.0000 0.00471 0.500 0.500
#> SRR1696305 2 0.9775 0.31204 0.412 0.588
#> SRR1696306 2 0.7219 0.75277 0.200 0.800
#> SRR1696307 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.9754 0.32397 0.408 0.592
#> SRR1696311 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
#> SRR1696312 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.96786 1.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.97153 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.5859 0.4885 0.344 0.000 0.656
#> SRR1696029 1 0.7184 -0.0116 0.504 0.024 0.472
#> SRR1696030 3 0.5397 0.6046 0.280 0.000 0.720
#> SRR1696031 1 0.5397 0.5932 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696032 1 0.5621 0.5371 0.692 0.000 0.308
#> SRR1696033 1 0.4796 0.6957 0.780 0.000 0.220
#> SRR1696034 1 0.5363 0.6004 0.724 0.000 0.276
#> SRR1696035 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 1 0.4291 0.7563 0.820 0.000 0.180
#> SRR1696038 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 1 0.3619 0.8101 0.864 0.000 0.136
#> SRR1696041 1 0.4504 0.7339 0.804 0.000 0.196
#> SRR1696042 1 0.4654 0.7162 0.792 0.000 0.208
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0424 0.9530 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1031 0.9409 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696066 2 0.5650 0.5596 0.000 0.688 0.312
#> SRR1696067 2 0.4178 0.7854 0.000 0.828 0.172
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.3038 0.8650 0.000 0.896 0.104
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.3619 0.8299 0.000 0.864 0.136
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0747 0.9473 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696093 2 0.3879 0.8106 0.000 0.848 0.152
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.4235 0.7802 0.000 0.824 0.176
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.5948 0.4583 0.000 0.640 0.360
#> SRR1696115 2 0.0747 0.9443 0.016 0.984 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 3 0.3879 0.7533 0.000 0.152 0.848
#> SRR1696118 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696119 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.5058 0.6810 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 3 0.6062 0.3229 0.000 0.384 0.616
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0592 0.9502 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.6302 0.1112 0.000 0.520 0.480
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.3267 0.8543 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.4555 0.7471 0.000 0.800 0.200
#> SRR1696146 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.4002 0.8009 0.000 0.840 0.160
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.6180 0.3140 0.000 0.584 0.416
#> SRR1696160 2 0.0237 0.9557 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0592 0.9502 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.3482 0.8391 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 3 0.6521 -0.0605 0.004 0.496 0.500
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.4062 0.7337 0.836 0.164 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0892 0.9443 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696193 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.4002 0.7409 0.840 0.160 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0424 0.9236 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696204 1 0.5254 0.5762 0.736 0.264 0.000
#> SRR1696206 3 0.0424 0.8896 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0424 0.9236 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696208 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.5254 0.5774 0.736 0.264 0.000
#> SRR1696214 1 0.4235 0.7173 0.824 0.176 0.000
#> SRR1696215 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.1031 0.9135 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.1289 0.9021 0.968 0.032 0.000
#> SRR1696220 1 0.1031 0.9087 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696221 1 0.5431 0.5440 0.716 0.284 0.000
#> SRR1696222 2 0.1964 0.9025 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.5621 0.5224 0.308 0.692 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.9734 -0.0319 0.400 0.376 0.224
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.2537 0.8469 0.920 0.080 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 3 0.6286 0.1347 0.464 0.000 0.536
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.1643 0.8881 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696245 1 0.1163 0.9109 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0237 0.9256 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.3941 0.7860 0.844 0.000 0.156
#> SRR1696251 1 0.0592 0.9215 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.5216 0.6326 0.740 0.000 0.260
#> SRR1696260 1 0.0592 0.9193 0.988 0.012 0.000
#> SRR1696259 1 0.0424 0.9223 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696261 3 0.6126 0.3586 0.400 0.000 0.600
#> SRR1696262 3 0.5882 0.4816 0.348 0.000 0.652
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.1643 0.8986 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696274 2 0.0892 0.9413 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696273 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696275 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0592 0.9213 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696277 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0424 0.9236 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696278 1 0.1031 0.9081 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.6299 0.0788 0.476 0.524 0.000
#> SRR1696282 1 0.0747 0.9188 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696283 2 0.6280 0.1385 0.460 0.540 0.000
#> SRR1696286 1 0.0424 0.9236 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696284 1 0.3941 0.7878 0.844 0.000 0.156
#> SRR1696287 2 0.1163 0.9331 0.028 0.972 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 1 0.5650 0.4946 0.688 0.312 0.000
#> SRR1696290 1 0.2066 0.8705 0.940 0.060 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.0892 0.9410 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.8946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.1964 0.8886 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0892 0.9407 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696301 1 0.0424 0.9239 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696300 2 0.1031 0.9370 0.024 0.976 0.000
#> SRR1696303 1 0.6095 0.3588 0.608 0.392 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.0237 0.9249 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696305 1 0.6026 0.3794 0.624 0.376 0.000
#> SRR1696306 2 0.4270 0.8321 0.024 0.860 0.116
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.2448 0.8518 0.924 0.076 0.000
#> SRR1696311 1 0.2066 0.8857 0.940 0.000 0.060
#> SRR1696314 1 0.5058 0.6129 0.756 0.244 0.000
#> SRR1696312 3 0.5497 0.5744 0.292 0.000 0.708
#> SRR1696313 1 0.1289 0.9078 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696315 1 0.3116 0.8410 0.892 0.000 0.108
#> SRR1696316 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.1529 0.9018 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696320 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0237 0.9256 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.1031 0.9137 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.4399 0.7458 0.812 0.000 0.188
#> SRR1696327 3 0.0424 0.8893 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696328 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.5968 0.4199 0.364 0.636 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.5700 -0.0380 0.560 0.000 0.412 0.028
#> SRR1696029 1 0.6477 0.0837 0.552 0.000 0.368 0.080
#> SRR1696030 1 0.5508 -0.0351 0.572 0.000 0.408 0.020
#> SRR1696031 1 0.6477 0.4460 0.620 0.000 0.116 0.264
#> SRR1696032 1 0.6167 0.4753 0.664 0.000 0.116 0.220
#> SRR1696033 1 0.6868 0.3764 0.544 0.000 0.120 0.336
#> SRR1696034 1 0.6883 0.4046 0.584 0.000 0.156 0.260
#> SRR1696035 3 0.1022 0.9427 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696036 3 0.1022 0.9427 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696037 3 0.1022 0.9427 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696039 1 0.4158 0.5523 0.768 0.000 0.008 0.224
#> SRR1696038 3 0.1022 0.9427 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696040 1 0.5127 0.4356 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR1696041 1 0.4319 0.5492 0.760 0.000 0.012 0.228
#> SRR1696042 1 0.3764 0.5777 0.816 0.000 0.012 0.172
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0188 0.9724 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0336 0.9698 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696060 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0336 0.9698 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696066 1 0.5508 0.0771 0.508 0.476 0.016 0.000
#> SRR1696067 2 0.4188 0.6664 0.244 0.752 0.004 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2216 0.8877 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0817 0.9578 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0188 0.9723 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0336 0.9698 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.2944 0.8420 0.128 0.868 0.004 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0188 0.9721 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0188 0.9721 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.4422 0.6354 0.256 0.736 0.008 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 1 0.5982 0.2034 0.524 0.436 0.040 0.000
#> SRR1696115 2 0.1022 0.9451 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696116 2 0.1022 0.9476 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696117 2 0.6639 0.3327 0.284 0.596 0.120 0.000
#> SRR1696118 1 0.2408 0.5513 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696119 1 0.2665 0.5595 0.900 0.008 0.088 0.004
#> SRR1696120 3 0.0336 0.9475 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.1706 0.9330 0.036 0.948 0.016 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.2060 0.9157 0.016 0.932 0.052 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0336 0.9698 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0188 0.9723 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 1 0.4152 0.4888 0.808 0.160 0.032 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0524 0.9672 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0469 0.9662 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.4889 0.4156 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR1696146 1 0.3356 0.5073 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1696145 1 0.2868 0.5379 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.2654 0.8657 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 1 0.5698 0.3268 0.636 0.320 0.044 0.000
#> SRR1696160 2 0.0336 0.9695 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.1118 0.9476 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1696167 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696173 2 0.1557 0.9284 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 1 0.4050 0.4856 0.808 0.168 0.024 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0592 0.9625 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9747 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.2530 0.5489 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696186 3 0.0336 0.9475 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696187 4 0.0921 0.9150 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696189 4 0.1389 0.9104 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696190 4 0.5855 0.4958 0.100 0.208 0.000 0.692
#> SRR1696191 2 0.1697 0.9388 0.028 0.952 0.004 0.016
#> SRR1696192 2 0.0967 0.9581 0.004 0.976 0.004 0.016
#> SRR1696193 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696194 4 0.0336 0.9201 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696196 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.0817 0.9168 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696201 4 0.0817 0.9052 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696202 4 0.0817 0.9167 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696203 4 0.1118 0.9118 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696205 4 0.3610 0.7333 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1696204 4 0.0921 0.9020 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1696206 1 0.3300 0.5386 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1696207 4 0.2589 0.8416 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1696209 4 0.1118 0.9114 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696210 4 0.4250 0.6007 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696211 4 0.1022 0.9135 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696213 4 0.2345 0.8071 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1696214 4 0.0921 0.9016 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1696215 4 0.0469 0.9175 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696217 4 0.0376 0.9186 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1696216 4 0.4817 0.3265 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1696218 4 0.2760 0.8262 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696219 4 0.1042 0.9064 0.008 0.020 0.000 0.972
#> SRR1696220 4 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696221 4 0.2401 0.8163 0.004 0.092 0.000 0.904
#> SRR1696222 4 0.4585 0.3587 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1696224 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696223 4 0.0817 0.9122 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696225 4 0.3172 0.7036 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696227 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696226 1 0.7238 0.2622 0.488 0.416 0.036 0.060
#> SRR1696228 4 0.0707 0.9181 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696229 4 0.0336 0.9186 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696231 4 0.0817 0.9167 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696230 4 0.1022 0.9132 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696233 4 0.0524 0.9168 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1696235 4 0.1118 0.9153 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696237 4 0.0336 0.9186 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696238 4 0.0469 0.9157 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696239 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696241 1 0.6275 0.4353 0.640 0.000 0.256 0.104
#> SRR1696244 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696243 4 0.0921 0.9150 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696242 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696245 4 0.3907 0.6845 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1696246 4 0.0817 0.9167 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696247 4 0.0707 0.9180 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696248 4 0.1211 0.9089 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696249 4 0.2216 0.8668 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696250 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696252 4 0.0921 0.9150 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696253 1 0.2831 0.6152 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1696251 4 0.3764 0.7094 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1696254 4 0.1389 0.9041 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696255 4 0.0707 0.9180 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696256 4 0.0469 0.9196 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696258 4 0.1302 0.9063 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1696257 1 0.2988 0.6139 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1696260 4 0.0524 0.9178 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1696259 4 0.0804 0.9142 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1696261 1 0.3421 0.5828 0.868 0.000 0.088 0.044
#> SRR1696262 1 0.3810 0.5879 0.848 0.000 0.092 0.060
#> SRR1696263 4 0.1940 0.8816 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1696265 3 0.1022 0.9412 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696264 4 0.0469 0.9196 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696266 3 0.1022 0.9412 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0188 0.9201 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696271 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.3873 0.6901 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696274 2 0.0804 0.9607 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696273 2 0.0564 0.9677 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1696275 4 0.0817 0.9125 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696276 4 0.4776 0.3665 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696277 4 0.0336 0.9186 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696279 1 0.4989 0.1583 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1696278 4 0.1042 0.9173 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR1696280 4 0.1118 0.9117 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696281 4 0.2149 0.8240 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1696282 4 0.4697 0.4210 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1696283 4 0.4661 0.3174 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1696286 4 0.2704 0.8323 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1696284 4 0.5731 0.1026 0.428 0.000 0.028 0.544
#> SRR1696287 2 0.1022 0.9473 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696285 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696288 4 0.0921 0.9015 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1696290 4 0.0592 0.9122 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1696291 3 0.4431 0.5948 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1696289 2 0.0817 0.9553 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696292 3 0.4500 0.5681 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1696293 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696294 4 0.0657 0.9167 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1696295 4 0.2149 0.8717 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696297 1 0.3945 0.5888 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1696298 4 0.0188 0.9201 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696299 2 0.4103 0.5971 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1696301 4 0.2760 0.8291 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696300 2 0.3219 0.7642 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1696303 4 0.1792 0.8522 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1696302 4 0.0921 0.9150 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1696304 4 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1696305 2 0.5682 0.3101 0.036 0.612 0.000 0.352
#> SRR1696306 2 0.1211 0.9408 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696307 4 0.0707 0.9197 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696309 4 0.0707 0.9197 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696310 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696308 4 0.0469 0.9152 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696311 1 0.3172 0.6134 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696314 4 0.1022 0.8974 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696312 1 0.2670 0.5759 0.904 0.000 0.072 0.024
#> SRR1696313 1 0.3610 0.5970 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1696315 1 0.3870 0.5940 0.788 0.000 0.004 0.208
#> SRR1696316 4 0.0336 0.9201 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1696317 4 0.0707 0.9180 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1696318 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696319 1 0.4713 0.4676 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1696320 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696322 4 0.0469 0.9180 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1696321 4 0.3688 0.7197 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1696324 4 0.0000 0.9198 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696323 4 0.4679 0.4294 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696326 4 0.0592 0.9191 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1696325 1 0.3105 0.6148 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1696327 1 0.3157 0.5366 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1696328 4 0.0188 0.9194 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696329 4 0.0524 0.9182 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1696330 4 0.2958 0.7748 0.004 0.116 0.004 0.876
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.1043 0.9423 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696029 5 0.1124 0.9473 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1696030 5 0.1043 0.9423 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1696031 5 0.1830 0.9678 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> SRR1696032 5 0.1701 0.9641 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> SRR1696033 5 0.1918 0.9580 0.036 0.000 0.000 0.036 0.928
#> SRR1696034 5 0.1830 0.9678 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> SRR1696035 3 0.3269 0.8995 0.056 0.000 0.848 0.000 0.096
#> SRR1696036 3 0.3269 0.8995 0.056 0.000 0.848 0.000 0.096
#> SRR1696037 3 0.3269 0.8995 0.056 0.000 0.848 0.000 0.096
#> SRR1696039 5 0.2209 0.9654 0.056 0.000 0.000 0.032 0.912
#> SRR1696038 3 0.3269 0.8995 0.056 0.000 0.848 0.000 0.096
#> SRR1696040 5 0.2139 0.9651 0.052 0.000 0.000 0.032 0.916
#> SRR1696041 5 0.2209 0.9654 0.056 0.000 0.000 0.032 0.912
#> SRR1696042 5 0.2124 0.9674 0.056 0.000 0.000 0.028 0.916
#> SRR1696043 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0162 0.9611 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696048 2 0.0693 0.9555 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696050 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696053 3 0.0162 0.9484 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0162 0.9484 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0609 0.9541 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696060 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696061 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0794 0.9490 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 1 0.4150 0.2647 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.3534 0.6757 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0703 0.9518 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696073 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2179 0.8741 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0162 0.9611 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1671 0.9096 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0794 0.9491 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0162 0.9610 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0162 0.9610 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0162 0.9610 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.1341 0.9273 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.2852 0.8022 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0162 0.9610 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0579 0.9557 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696102 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.4219 0.3117 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0162 0.9610 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 1 0.3452 0.4603 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.1168 0.9346 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696116 2 0.1857 0.9034 0.008 0.928 0.000 0.060 0.004
#> SRR1696117 2 0.5027 0.6308 0.188 0.700 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696118 1 0.0981 0.7387 0.972 0.008 0.008 0.000 0.012
#> SRR1696119 1 0.0579 0.7413 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.0451 0.9475 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696121 3 0.0451 0.9475 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696122 3 0.0451 0.9475 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696125 2 0.1121 0.9381 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.1780 0.9299 0.024 0.940 0.008 0.000 0.028
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0963 0.9434 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0963 0.9435 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 1 0.1732 0.6958 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0794 0.9491 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0740 0.9551 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696141 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.4452 0.0304 0.496 0.500 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696146 1 0.3754 0.6458 0.816 0.000 0.084 0.000 0.100
#> SRR1696145 1 0.2989 0.7021 0.872 0.000 0.080 0.004 0.044
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.2773 0.8129 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 1 0.2648 0.6023 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0510 0.9563 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696165 2 0.0162 0.9611 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696166 2 0.2445 0.8712 0.108 0.884 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696167 4 0.0290 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696169 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0579 0.9557 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696172 2 0.0451 0.9581 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696173 2 0.1544 0.9183 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 1 0.2389 0.6493 0.880 0.116 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696177 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0162 0.9612 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.1074 0.9488 0.012 0.968 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696182 2 0.0290 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.4227 0.7896 0.036 0.812 0.080 0.000 0.072
#> SRR1696184 2 0.0404 0.9603 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 1 0.0854 0.7429 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1696186 3 0.1012 0.9414 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1696187 4 0.1043 0.9254 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696189 4 0.1740 0.9161 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1696188 4 0.0290 0.9321 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696190 4 0.3421 0.8166 0.080 0.080 0.000 0.840 0.000
#> SRR1696191 2 0.4538 0.2834 0.004 0.564 0.000 0.004 0.428
#> SRR1696192 2 0.4450 0.6632 0.016 0.728 0.020 0.000 0.236
#> SRR1696193 4 0.0451 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696194 4 0.0290 0.9335 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696195 4 0.0162 0.9329 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696196 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696197 3 0.0162 0.9484 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0162 0.9484 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.1041 0.9278 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0960 0.9229 0.008 0.016 0.000 0.972 0.004
#> SRR1696202 4 0.0794 0.9297 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696203 4 0.1251 0.9254 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR1696205 4 0.2966 0.7915 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1696204 4 0.1153 0.9178 0.008 0.024 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696206 1 0.0771 0.7514 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696207 4 0.2377 0.8571 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1696209 4 0.1478 0.9121 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1696210 4 0.3730 0.6237 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1696208 4 0.0290 0.9321 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 4 0.1408 0.9212 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR1696213 4 0.2304 0.8248 0.008 0.100 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696214 4 0.0960 0.9229 0.008 0.016 0.000 0.972 0.004
#> SRR1696215 4 0.0693 0.9293 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1696217 4 0.0693 0.9293 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1696216 4 0.4249 0.2621 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1696218 4 0.2280 0.8658 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1696219 4 0.1153 0.9173 0.008 0.024 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696220 4 0.0740 0.9280 0.008 0.008 0.000 0.980 0.004
#> SRR1696221 4 0.2177 0.8516 0.008 0.080 0.000 0.908 0.004
#> SRR1696222 4 0.3826 0.5841 0.008 0.236 0.000 0.752 0.004
#> SRR1696224 4 0.0162 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696223 4 0.0880 0.9278 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696225 4 0.2295 0.8413 0.008 0.088 0.000 0.900 0.004
#> SRR1696227 4 0.0609 0.9314 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696226 1 0.2616 0.6811 0.880 0.100 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696228 4 0.0963 0.9271 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696229 4 0.0579 0.9318 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696232 4 0.0162 0.9336 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696231 4 0.0880 0.9284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696230 4 0.1544 0.9090 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1696233 4 0.0451 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696235 4 0.1195 0.9293 0.028 0.000 0.000 0.960 0.012
#> SRR1696234 4 0.0451 0.9311 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.0290 0.9331 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696238 4 0.0404 0.9313 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696239 4 0.0162 0.9336 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.2949 0.7283 0.876 0.000 0.004 0.068 0.052
#> SRR1696244 4 0.0771 0.9313 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1696243 4 0.0865 0.9302 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1696242 4 0.0451 0.9311 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696245 4 0.3266 0.7686 0.200 0.000 0.000 0.796 0.004
#> SRR1696246 4 0.0963 0.9270 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696247 4 0.0865 0.9302 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1696248 4 0.1410 0.9144 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1696249 4 0.2286 0.8749 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1696250 4 0.0162 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696252 4 0.1341 0.9168 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696253 1 0.0955 0.7523 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1696251 4 0.3318 0.7876 0.180 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR1696254 4 0.1331 0.9234 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1696255 4 0.0771 0.9313 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1696256 4 0.0609 0.9321 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696258 4 0.1478 0.9122 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1696257 1 0.0794 0.7530 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696260 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696259 4 0.0693 0.9293 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1696261 1 0.1997 0.7408 0.924 0.000 0.000 0.036 0.040
#> SRR1696262 1 0.1965 0.7416 0.924 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR1696263 4 0.1608 0.9061 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696265 3 0.2325 0.9216 0.068 0.000 0.904 0.000 0.028
#> SRR1696264 4 0.0510 0.9323 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696266 3 0.2270 0.9177 0.076 0.000 0.904 0.000 0.020
#> SRR1696267 3 0.0771 0.9466 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1696269 4 0.0162 0.9332 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696271 4 0.0771 0.9313 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1696270 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0609 0.9455 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696272 4 0.3333 0.7578 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004
#> SRR1696274 2 0.1518 0.9397 0.016 0.952 0.000 0.020 0.012
#> SRR1696273 2 0.0798 0.9548 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696275 4 0.0693 0.9293 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1696276 4 0.4262 0.2354 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1696277 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696279 1 0.4446 0.0472 0.520 0.000 0.000 0.476 0.004
#> SRR1696278 4 0.1041 0.9292 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696280 4 0.1124 0.9268 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR1696281 4 0.1412 0.9054 0.008 0.036 0.000 0.952 0.004
#> SRR1696282 4 0.4030 0.4865 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1696283 4 0.3934 0.5047 0.008 0.276 0.000 0.716 0.000
#> SRR1696286 4 0.2230 0.8689 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1696284 1 0.5670 0.3120 0.548 0.000 0.020 0.388 0.044
#> SRR1696287 2 0.0992 0.9435 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696285 4 0.0162 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696288 4 0.0898 0.9223 0.008 0.020 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696290 4 0.1059 0.9205 0.008 0.020 0.000 0.968 0.004
#> SRR1696291 1 0.4886 0.2447 0.596 0.000 0.372 0.000 0.032
#> SRR1696289 2 0.1251 0.9322 0.008 0.956 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696292 1 0.4620 0.3801 0.652 0.000 0.320 0.000 0.028
#> SRR1696293 4 0.0324 0.9324 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696294 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696295 4 0.1484 0.9221 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.2280 0.6960 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696298 4 0.0290 0.9331 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696299 2 0.4425 0.6340 0.008 0.740 0.000 0.216 0.036
#> SRR1696301 4 0.2488 0.8599 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR1696300 2 0.3035 0.8001 0.008 0.848 0.000 0.136 0.008
#> SRR1696303 4 0.1243 0.9126 0.008 0.028 0.000 0.960 0.004
#> SRR1696302 4 0.1331 0.9236 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> SRR1696304 4 0.0451 0.9311 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696305 2 0.5534 0.5245 0.008 0.668 0.000 0.196 0.128
#> SRR1696306 2 0.2349 0.8892 0.012 0.900 0.000 0.004 0.084
#> SRR1696307 4 0.0807 0.9331 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR1696309 4 0.1012 0.9316 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1696310 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696308 4 0.0579 0.9293 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696311 1 0.3517 0.6915 0.832 0.000 0.000 0.068 0.100
#> SRR1696314 4 0.0960 0.9229 0.008 0.016 0.000 0.972 0.004
#> SRR1696312 1 0.0833 0.7489 0.976 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1696313 1 0.1851 0.7277 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1696315 1 0.2471 0.6749 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696316 4 0.0324 0.9337 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696317 4 0.1041 0.9281 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696318 4 0.0566 0.9328 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1696319 1 0.4130 0.4631 0.696 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR1696320 4 0.0609 0.9314 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696322 4 0.0579 0.9304 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696321 4 0.3318 0.7761 0.192 0.000 0.000 0.800 0.008
#> SRR1696324 4 0.0000 0.9331 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696323 4 0.4288 0.5363 0.324 0.000 0.000 0.664 0.012
#> SRR1696326 4 0.0451 0.9332 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696325 1 0.1444 0.7503 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1696327 1 0.0609 0.7512 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696328 4 0.0162 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696329 4 0.0451 0.9318 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1696330 4 0.2838 0.8422 0.008 0.072 0.000 0.884 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0146 0.9902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696029 5 0.0146 0.9902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696030 5 0.0146 0.9902 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696031 5 0.0146 0.9934 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696032 5 0.0146 0.9934 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696033 5 0.0291 0.9922 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696034 5 0.0146 0.9934 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696035 3 0.0146 0.7215 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696036 3 0.0146 0.7215 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696037 3 0.0146 0.7215 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696039 5 0.0405 0.9880 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1696038 3 0.0146 0.7215 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696040 5 0.0146 0.9934 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696041 5 0.0260 0.9902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696042 5 0.0260 0.9902 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0603 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696045 2 0.1391 0.9033 0.040 0.944 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696046 2 0.1176 0.9099 0.024 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696047 2 0.1858 0.8833 0.004 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1696048 2 0.1913 0.8945 0.004 0.920 0.000 0.012 0.004 0.060
#> SRR1696050 2 0.0405 0.9170 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696051 2 0.0405 0.9174 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696052 2 0.1780 0.9060 0.004 0.932 0.000 0.024 0.004 0.036
#> SRR1696053 3 0.3607 0.7801 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696054 3 0.3607 0.7801 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696055 2 0.0405 0.9170 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0146 0.9172 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0622 0.9163 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696056 2 0.0603 0.9171 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696059 2 0.0909 0.9125 0.020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696058 2 0.1549 0.9090 0.004 0.944 0.000 0.024 0.004 0.024
#> SRR1696060 2 0.1706 0.9024 0.004 0.936 0.000 0.032 0.004 0.024
#> SRR1696061 2 0.0790 0.9142 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696062 2 0.1349 0.9054 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696063 2 0.0603 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696064 2 0.0508 0.9167 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696065 2 0.0820 0.9155 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696066 1 0.4721 0.0320 0.532 0.420 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696067 2 0.3318 0.7494 0.172 0.796 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696068 2 0.0547 0.9162 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696069 2 0.1549 0.9090 0.004 0.944 0.000 0.024 0.004 0.024
#> SRR1696070 2 0.2571 0.8611 0.064 0.876 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696071 2 0.0820 0.9140 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696072 2 0.2279 0.8888 0.024 0.904 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1696073 2 0.1636 0.9082 0.004 0.936 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1696074 2 0.1913 0.8871 0.080 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696075 2 0.1480 0.9037 0.020 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696076 2 0.1074 0.9102 0.028 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.1624 0.9067 0.012 0.936 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1696078 2 0.2793 0.8701 0.044 0.876 0.000 0.020 0.000 0.060
#> SRR1696079 2 0.1701 0.8907 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696080 2 0.0260 0.9169 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696081 2 0.0405 0.9169 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696083 2 0.1442 0.9084 0.004 0.944 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1696082 2 0.0291 0.9189 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696084 2 0.0458 0.9165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696085 2 0.0405 0.9179 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696086 2 0.0935 0.9143 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1245 0.9105 0.016 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696091 2 0.0458 0.9165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696089 2 0.0405 0.9173 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.1296 0.9146 0.004 0.952 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1696092 2 0.0508 0.9167 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696094 2 0.1320 0.9045 0.016 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696093 2 0.4646 0.1186 0.460 0.500 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696095 2 0.0458 0.9165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696096 2 0.0692 0.9161 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696097 2 0.0291 0.9174 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696098 2 0.0508 0.9167 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696099 2 0.1053 0.9151 0.004 0.964 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1696100 2 0.1716 0.9037 0.004 0.932 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1696102 2 0.0653 0.9171 0.004 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0405 0.9178 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696105 2 0.1218 0.9112 0.004 0.956 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1696107 2 0.1204 0.9057 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696108 2 0.0520 0.9168 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696106 2 0.0748 0.9170 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696110 2 0.0260 0.9169 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696109 2 0.0363 0.9168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696111 2 0.4098 0.5622 0.292 0.676 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696112 2 0.0603 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696114 2 0.0291 0.9171 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696113 1 0.4446 0.1094 0.612 0.348 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696115 2 0.2398 0.8586 0.004 0.888 0.000 0.080 0.000 0.028
#> SRR1696116 2 0.3142 0.8300 0.004 0.848 0.000 0.096 0.008 0.044
#> SRR1696117 2 0.6108 0.1722 0.136 0.504 0.004 0.000 0.024 0.332
#> SRR1696118 6 0.4406 0.3749 0.476 0.024 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1696119 1 0.3290 0.2683 0.776 0.016 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696120 6 0.2933 0.1694 0.004 0.000 0.200 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696121 6 0.3076 0.0819 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1696122 6 0.3023 0.1002 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1696125 2 0.1088 0.9133 0.024 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696124 2 0.0717 0.9148 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696123 2 0.1138 0.9146 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696126 2 0.1757 0.8946 0.008 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696127 2 0.2711 0.8578 0.056 0.872 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1696128 2 0.3352 0.8341 0.060 0.840 0.024 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696129 2 0.0146 0.9176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.1196 0.9068 0.008 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696131 2 0.0603 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696133 2 0.1267 0.9029 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696132 2 0.0972 0.9133 0.028 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696135 2 0.1856 0.8894 0.048 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696134 2 0.0653 0.9170 0.004 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696136 1 0.2664 0.4259 0.848 0.136 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696137 2 0.2945 0.8571 0.052 0.868 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR1696138 2 0.3052 0.8385 0.080 0.848 0.004 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696139 2 0.0146 0.9172 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0458 0.9179 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696142 2 0.2008 0.8991 0.004 0.920 0.000 0.032 0.004 0.040
#> SRR1696141 2 0.0748 0.9165 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696143 2 0.0458 0.9166 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696144 2 0.5612 0.1600 0.300 0.524 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696146 6 0.3967 0.4569 0.356 0.000 0.000 0.000 0.012 0.632
#> SRR1696145 6 0.3955 0.4462 0.384 0.000 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR1696148 2 0.1285 0.9068 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1696147 2 0.0632 0.9161 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696149 2 0.0891 0.9154 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696150 2 0.0260 0.9178 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696151 2 0.0603 0.9170 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696152 2 0.0603 0.9176 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696153 2 0.0458 0.9165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696154 2 0.1710 0.9054 0.004 0.936 0.000 0.028 0.004 0.028
#> SRR1696155 2 0.0713 0.9151 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696156 2 0.0862 0.9168 0.004 0.972 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1696157 2 0.2608 0.8491 0.080 0.872 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696158 2 0.0603 0.9163 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696159 1 0.3168 0.3653 0.804 0.172 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696160 2 0.2433 0.8674 0.072 0.884 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696161 2 0.0603 0.9172 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1696162 2 0.0508 0.9167 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696163 2 0.1138 0.9138 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696164 2 0.1138 0.9150 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696165 2 0.1349 0.9056 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696166 2 0.3848 0.6466 0.040 0.736 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1696167 4 0.1320 0.8773 0.036 0.000 0.000 0.948 0.016 0.000
#> SRR1696169 2 0.0405 0.9170 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696168 2 0.2000 0.8918 0.004 0.920 0.000 0.044 0.004 0.028
#> SRR1696171 2 0.0363 0.9168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696170 2 0.2086 0.8940 0.008 0.912 0.000 0.012 0.004 0.064
#> SRR1696172 2 0.1937 0.8986 0.004 0.924 0.000 0.036 0.004 0.032
#> SRR1696173 2 0.2201 0.8697 0.028 0.896 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696174 2 0.0458 0.9166 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696176 2 0.0405 0.9170 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696175 1 0.4987 0.0638 0.584 0.328 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696177 2 0.1334 0.9054 0.032 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696178 2 0.1624 0.9028 0.020 0.936 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1696179 2 0.0146 0.9174 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.1138 0.9138 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696181 2 0.4526 0.7536 0.088 0.768 0.068 0.004 0.000 0.072
#> SRR1696182 2 0.3055 0.8433 0.068 0.852 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1696183 2 0.6787 0.0144 0.172 0.444 0.312 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696184 2 0.2939 0.8499 0.060 0.860 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1696185 1 0.1949 0.4579 0.904 0.000 0.004 0.000 0.004 0.088
#> SRR1696186 6 0.2915 0.1985 0.008 0.000 0.184 0.000 0.000 0.808
#> SRR1696187 4 0.2234 0.8355 0.124 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR1696189 4 0.6273 -0.0291 0.396 0.012 0.000 0.464 0.080 0.048
#> SRR1696188 4 0.0291 0.8771 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696190 1 0.5929 0.2542 0.480 0.072 0.000 0.396 0.000 0.052
#> SRR1696191 6 0.6598 0.1516 0.004 0.344 0.000 0.024 0.228 0.400
#> SRR1696192 6 0.5969 0.2059 0.016 0.336 0.000 0.012 0.112 0.524
#> SRR1696193 4 0.0405 0.8769 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1696194 4 0.0692 0.8787 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1696195 4 0.0146 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696196 4 0.0291 0.8769 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696197 3 0.3607 0.7801 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696198 3 0.3607 0.7801 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696199 4 0.2196 0.8454 0.108 0.000 0.000 0.884 0.004 0.004
#> SRR1696200 4 0.0146 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696201 4 0.0696 0.8732 0.004 0.004 0.000 0.980 0.004 0.008
#> SRR1696202 4 0.1858 0.8554 0.092 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR1696203 4 0.2544 0.8204 0.140 0.000 0.000 0.852 0.004 0.004
#> SRR1696205 4 0.3810 0.2772 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.1096 0.8635 0.004 0.008 0.000 0.964 0.004 0.020
#> SRR1696206 1 0.1088 0.5236 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696207 1 0.3999 -0.0352 0.500 0.000 0.000 0.496 0.000 0.004
#> SRR1696209 4 0.3163 0.7200 0.232 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004
#> SRR1696210 1 0.4057 0.3473 0.600 0.000 0.000 0.388 0.000 0.012
#> SRR1696208 4 0.0146 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696212 4 0.0146 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696211 4 0.2462 0.8279 0.132 0.000 0.000 0.860 0.004 0.004
#> SRR1696213 4 0.1843 0.7954 0.004 0.080 0.000 0.912 0.004 0.000
#> SRR1696214 4 0.0582 0.8744 0.004 0.004 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1696215 4 0.0982 0.8734 0.004 0.004 0.000 0.968 0.020 0.004
#> SRR1696217 4 0.0551 0.8743 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1696216 1 0.3819 0.5353 0.700 0.000 0.000 0.280 0.000 0.020
#> SRR1696218 4 0.3819 0.4406 0.372 0.000 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR1696219 4 0.0810 0.8765 0.008 0.004 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1696220 4 0.1096 0.8725 0.008 0.004 0.000 0.964 0.004 0.020
#> SRR1696221 4 0.4701 0.5801 0.040 0.144 0.000 0.744 0.008 0.064
#> SRR1696222 4 0.3283 0.7021 0.004 0.112 0.000 0.832 0.004 0.048
#> SRR1696224 4 0.0622 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696223 4 0.1398 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1696225 4 0.1863 0.8138 0.004 0.056 0.000 0.924 0.008 0.008
#> SRR1696227 4 0.1555 0.8703 0.060 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004
#> SRR1696226 1 0.3812 0.4529 0.804 0.120 0.008 0.012 0.000 0.056
#> SRR1696228 4 0.3314 0.6799 0.256 0.000 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR1696229 4 0.0291 0.8783 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1696232 4 0.0725 0.8790 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR1696231 4 0.3215 0.7055 0.240 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004
#> SRR1696230 4 0.3841 0.4236 0.380 0.000 0.000 0.616 0.000 0.004
#> SRR1696233 4 0.0146 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696235 4 0.2982 0.7958 0.164 0.000 0.000 0.820 0.012 0.004
#> SRR1696234 4 0.0146 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696236 4 0.0291 0.8780 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696237 4 0.1080 0.8785 0.032 0.000 0.000 0.960 0.004 0.004
#> SRR1696238 4 0.0508 0.8783 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696239 4 0.4205 0.6613 0.204 0.004 0.000 0.728 0.000 0.064
#> SRR1696240 4 0.2870 0.8252 0.100 0.004 0.000 0.856 0.000 0.040
#> SRR1696241 1 0.3917 0.5285 0.816 0.008 0.068 0.048 0.000 0.060
#> SRR1696244 4 0.1753 0.8599 0.084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1696243 4 0.2234 0.8346 0.124 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR1696242 4 0.3189 0.7778 0.064 0.016 0.000 0.848 0.000 0.072
#> SRR1696245 4 0.3999 0.0178 0.496 0.000 0.000 0.500 0.000 0.004
#> SRR1696246 4 0.2558 0.8081 0.156 0.000 0.000 0.840 0.000 0.004
#> SRR1696247 4 0.1843 0.8614 0.080 0.000 0.000 0.912 0.004 0.004
#> SRR1696248 4 0.3468 0.6311 0.284 0.000 0.000 0.712 0.000 0.004
#> SRR1696249 4 0.3823 0.2561 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1696250 4 0.0767 0.8788 0.012 0.000 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1696252 4 0.2482 0.8166 0.148 0.000 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR1696253 1 0.0520 0.5341 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1696251 1 0.3857 0.0981 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1696254 4 0.2009 0.8599 0.084 0.000 0.000 0.904 0.004 0.008
#> SRR1696255 4 0.1787 0.8678 0.068 0.000 0.000 0.920 0.004 0.008
#> SRR1696256 4 0.1644 0.8640 0.076 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1696258 4 0.2941 0.7371 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0622 0.5350 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1696260 4 0.0912 0.8707 0.004 0.004 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1696259 4 0.1109 0.8671 0.004 0.004 0.000 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696261 1 0.2086 0.5066 0.912 0.000 0.008 0.012 0.004 0.064
#> SRR1696262 1 0.2033 0.5185 0.916 0.000 0.004 0.020 0.004 0.056
#> SRR1696263 4 0.2902 0.7682 0.196 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1696265 6 0.5510 0.1177 0.144 0.000 0.340 0.000 0.000 0.516
#> SRR1696264 4 0.1265 0.8752 0.044 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1696266 6 0.5548 0.2538 0.172 0.000 0.288 0.000 0.000 0.540
#> SRR1696267 3 0.3862 0.5954 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1696269 4 0.0508 0.8790 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696271 4 0.1010 0.8771 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696270 4 0.0291 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1696268 3 0.3607 0.7781 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1696272 4 0.3807 0.4694 0.368 0.000 0.000 0.628 0.000 0.004
#> SRR1696274 2 0.4023 0.8080 0.076 0.808 0.000 0.032 0.012 0.072
#> SRR1696273 2 0.3374 0.8440 0.056 0.848 0.012 0.008 0.004 0.072
#> SRR1696275 4 0.1237 0.8669 0.004 0.000 0.000 0.956 0.020 0.020
#> SRR1696276 1 0.4039 0.4321 0.632 0.000 0.000 0.352 0.000 0.016
#> SRR1696277 4 0.0520 0.8764 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1696279 1 0.3652 0.5366 0.720 0.000 0.000 0.264 0.000 0.016
#> SRR1696278 4 0.2149 0.8502 0.104 0.004 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696280 4 0.2062 0.8581 0.088 0.000 0.000 0.900 0.004 0.008
#> SRR1696281 4 0.1198 0.8607 0.004 0.020 0.000 0.960 0.004 0.012
#> SRR1696282 1 0.4015 0.3895 0.616 0.000 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR1696283 2 0.6656 -0.0462 0.092 0.416 0.000 0.408 0.012 0.072
#> SRR1696286 4 0.2778 0.7975 0.168 0.000 0.000 0.824 0.000 0.008
#> SRR1696284 1 0.6001 0.4876 0.628 0.008 0.140 0.160 0.000 0.064
#> SRR1696287 2 0.3082 0.8197 0.004 0.844 0.000 0.112 0.004 0.036
#> SRR1696285 4 0.0436 0.8780 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1696288 4 0.1534 0.8494 0.004 0.016 0.000 0.944 0.004 0.032
#> SRR1696290 4 0.1282 0.8621 0.004 0.004 0.000 0.956 0.012 0.024
#> SRR1696291 6 0.4704 0.4575 0.272 0.000 0.056 0.000 0.012 0.660
#> SRR1696289 2 0.2822 0.8369 0.004 0.864 0.000 0.096 0.004 0.032
#> SRR1696292 6 0.4544 0.4606 0.292 0.000 0.052 0.000 0.004 0.652
#> SRR1696293 4 0.0508 0.8764 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1696294 4 0.0964 0.8708 0.004 0.000 0.000 0.968 0.012 0.016
#> SRR1696295 4 0.3265 0.6920 0.248 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004
#> SRR1696296 4 0.0603 0.8789 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696297 1 0.1297 0.5569 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> SRR1696298 4 0.0937 0.8759 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.4903 0.2838 0.004 0.556 0.000 0.396 0.012 0.032
#> SRR1696301 4 0.3838 0.2105 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.4914 0.2249 0.004 0.532 0.000 0.420 0.008 0.036
#> SRR1696303 4 0.1198 0.8584 0.004 0.020 0.000 0.960 0.004 0.012
#> SRR1696302 4 0.2377 0.8346 0.124 0.000 0.000 0.868 0.004 0.004
#> SRR1696304 4 0.0260 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696305 2 0.6435 0.4445 0.052 0.580 0.000 0.060 0.248 0.060
#> SRR1696306 2 0.4839 0.7254 0.068 0.740 0.000 0.004 0.116 0.072
#> SRR1696307 4 0.1757 0.8728 0.052 0.000 0.000 0.928 0.012 0.008
#> SRR1696309 4 0.1674 0.8669 0.068 0.000 0.000 0.924 0.004 0.004
#> SRR1696310 4 0.0748 0.8751 0.004 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004
#> SRR1696308 4 0.0146 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696311 1 0.2887 0.5014 0.856 0.000 0.000 0.032 0.008 0.104
#> SRR1696314 4 0.0893 0.8704 0.004 0.004 0.000 0.972 0.004 0.016
#> SRR1696312 1 0.3810 -0.2497 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1696313 1 0.1421 0.5517 0.944 0.000 0.000 0.028 0.000 0.028
#> SRR1696315 1 0.1802 0.5664 0.916 0.000 0.000 0.072 0.000 0.012
#> SRR1696316 4 0.0547 0.8800 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696317 4 0.2933 0.7630 0.200 0.000 0.000 0.796 0.000 0.004
#> SRR1696318 4 0.1267 0.8705 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.3319 0.5525 0.800 0.000 0.000 0.164 0.000 0.036
#> SRR1696320 4 0.0972 0.8783 0.028 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696322 4 0.0622 0.8764 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696321 1 0.4175 0.1070 0.524 0.000 0.000 0.464 0.000 0.012
#> SRR1696324 4 0.1010 0.8766 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696323 1 0.3953 0.4751 0.656 0.000 0.000 0.328 0.000 0.016
#> SRR1696326 4 0.1411 0.8706 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1696325 1 0.0806 0.5452 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1696327 1 0.1793 0.5220 0.932 0.008 0.016 0.004 0.000 0.040
#> SRR1696328 4 0.0622 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696329 4 0.0820 0.8721 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1696330 4 0.3358 0.7353 0.004 0.072 0.000 0.844 0.020 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.445 0.757 0.890 0.3150 0.710 0.710
#> 3 3 0.587 0.818 0.917 0.2355 0.899 0.858
#> 4 4 0.712 0.787 0.916 0.2012 0.895 0.832
#> 5 5 0.718 0.789 0.919 0.0109 0.992 0.985
#> 6 6 0.718 0.789 0.921 0.0137 0.987 0.976
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696035 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696036 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696037 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696039 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696038 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696040 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.7568 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696054 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696055 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.2043 0.8612 0.032 0.968
#> SRR1696119 2 0.2043 0.8612 0.032 0.968
#> SRR1696120 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696121 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696122 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696125 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696145 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.7453 0.8774 0.788 0.212
#> SRR1696169 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0376 0.8782 0.004 0.996
#> SRR1696174 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0376 0.8782 0.004 0.996
#> SRR1696177 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.3733 0.8330 0.072 0.928
#> SRR1696186 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696187 2 0.9996 -0.1584 0.488 0.512
#> SRR1696189 2 0.0376 0.8783 0.004 0.996
#> SRR1696188 2 0.7056 0.7061 0.192 0.808
#> SRR1696190 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0376 0.8783 0.004 0.996
#> SRR1696192 2 0.0376 0.8783 0.004 0.996
#> SRR1696193 2 0.7139 0.7008 0.196 0.804
#> SRR1696194 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.4022 0.8251 0.080 0.920
#> SRR1696196 2 0.4298 0.8162 0.088 0.912
#> SRR1696197 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696198 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696199 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696200 2 0.5178 0.7914 0.116 0.884
#> SRR1696201 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696203 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696205 2 0.9996 -0.1584 0.488 0.512
#> SRR1696204 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.4298 0.8190 0.088 0.912
#> SRR1696207 2 0.9209 0.4345 0.336 0.664
#> SRR1696209 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696210 2 0.9248 0.4249 0.340 0.660
#> SRR1696208 2 0.4815 0.8023 0.104 0.896
#> SRR1696212 2 0.4815 0.8023 0.104 0.896
#> SRR1696211 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696213 2 0.0376 0.8781 0.004 0.996
#> SRR1696214 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.7219 0.6953 0.200 0.800
#> SRR1696217 2 0.6531 0.7361 0.168 0.832
#> SRR1696216 2 0.9000 0.4831 0.316 0.684
#> SRR1696218 2 0.8813 0.5190 0.300 0.700
#> SRR1696219 2 0.5059 0.7965 0.112 0.888
#> SRR1696220 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696224 2 0.9977 -0.0898 0.472 0.528
#> SRR1696223 1 0.9922 0.3884 0.552 0.448
#> SRR1696225 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.9170 0.6927 0.668 0.332
#> SRR1696226 2 0.0672 0.8759 0.008 0.992
#> SRR1696228 2 0.9608 0.2936 0.384 0.616
#> SRR1696229 2 0.7139 0.7008 0.196 0.804
#> SRR1696232 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696231 2 0.9427 0.3696 0.360 0.640
#> SRR1696230 2 0.9087 0.4642 0.324 0.676
#> SRR1696233 2 0.6438 0.7407 0.164 0.836
#> SRR1696235 2 0.7376 0.6842 0.208 0.792
#> SRR1696234 2 0.4815 0.8023 0.104 0.896
#> SRR1696236 2 0.4815 0.8023 0.104 0.896
#> SRR1696237 2 0.7376 0.6842 0.208 0.792
#> SRR1696238 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.2423 0.8547 0.040 0.960
#> SRR1696240 2 0.2423 0.8547 0.040 0.960
#> SRR1696241 2 0.9896 0.0595 0.440 0.560
#> SRR1696244 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696243 1 0.9552 0.5974 0.624 0.376
#> SRR1696242 2 0.2423 0.8547 0.040 0.960
#> SRR1696245 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696246 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696247 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696248 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696249 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696250 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696252 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696253 1 0.9993 0.2719 0.516 0.484
#> SRR1696251 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696254 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696255 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696256 2 0.9491 0.3453 0.368 0.632
#> SRR1696258 2 0.9491 0.3453 0.368 0.632
#> SRR1696257 1 0.9993 0.2719 0.516 0.484
#> SRR1696260 2 0.6801 0.7217 0.180 0.820
#> SRR1696259 2 0.6801 0.7217 0.180 0.820
#> SRR1696261 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696262 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696263 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696265 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696264 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696266 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696267 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696269 2 0.6343 0.7456 0.160 0.840
#> SRR1696271 2 0.8386 0.5837 0.268 0.732
#> SRR1696270 2 0.7056 0.7061 0.192 0.808
#> SRR1696268 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696272 2 0.8386 0.5837 0.268 0.732
#> SRR1696274 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.7139 0.7008 0.196 0.804
#> SRR1696276 2 0.9491 0.3453 0.368 0.632
#> SRR1696277 2 0.7376 0.6842 0.208 0.792
#> SRR1696279 2 0.9983 -0.1096 0.476 0.524
#> SRR1696278 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696281 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696282 2 0.9491 0.3453 0.368 0.632
#> SRR1696283 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696286 2 0.9635 0.2812 0.388 0.612
#> SRR1696284 2 0.4298 0.8203 0.088 0.912
#> SRR1696287 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.7139 0.7008 0.196 0.804
#> SRR1696288 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696291 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696289 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696292 2 0.9710 0.2398 0.400 0.600
#> SRR1696293 2 0.7376 0.6842 0.208 0.792
#> SRR1696294 2 0.7376 0.6842 0.208 0.792
#> SRR1696295 2 0.3431 0.8380 0.064 0.936
#> SRR1696296 2 0.4690 0.8075 0.100 0.900
#> SRR1696297 2 0.9970 -0.0813 0.468 0.532
#> SRR1696298 2 0.9170 0.4457 0.332 0.668
#> SRR1696299 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696300 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696304 2 0.2236 0.8577 0.036 0.964
#> SRR1696305 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696309 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696310 2 0.7139 0.7008 0.196 0.804
#> SRR1696308 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696314 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.9732 0.1716 0.404 0.596
#> SRR1696313 2 1.0000 -0.2227 0.500 0.500
#> SRR1696315 1 0.7815 0.8524 0.768 0.232
#> SRR1696316 2 0.4022 0.8251 0.080 0.920
#> SRR1696317 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696318 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696319 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696320 2 0.7219 0.6955 0.200 0.800
#> SRR1696322 2 0.9815 0.1587 0.420 0.580
#> SRR1696321 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696324 1 0.9775 0.5052 0.588 0.412
#> SRR1696323 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696326 1 0.7299 0.8863 0.796 0.204
#> SRR1696325 1 0.7815 0.8524 0.768 0.232
#> SRR1696327 1 0.9491 0.6168 0.632 0.368
#> SRR1696328 2 0.9710 0.2385 0.400 0.600
#> SRR1696329 2 0.6801 0.7217 0.180 0.820
#> SRR1696330 2 0.0000 0.8806 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696035 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696036 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696037 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696039 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696038 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696040 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.58814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.1289 0.89272 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696119 2 0.1289 0.89272 0.032 0.968 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696122 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696125 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.4702 0.86145 0.788 0.212 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0237 0.91215 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.91215 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.2356 0.85990 0.072 0.928 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 2 0.6307 -0.20604 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696189 2 0.0237 0.91237 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696188 2 0.4452 0.71591 0.192 0.808 0.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0237 0.91236 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696192 2 0.0237 0.91236 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696193 2 0.4504 0.70988 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.2537 0.85131 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696196 2 0.2711 0.84314 0.088 0.912 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696200 2 0.3267 0.81383 0.116 0.884 0.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696203 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696205 2 0.6307 -0.20604 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.2711 0.84548 0.088 0.912 0.000
#> SRR1696207 2 0.5810 0.41247 0.336 0.664 0.000
#> SRR1696209 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696210 2 0.5835 0.40148 0.340 0.660 0.000
#> SRR1696208 2 0.3038 0.82675 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696212 2 0.3038 0.82675 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696211 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696213 2 0.0237 0.91236 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.4555 0.70371 0.200 0.800 0.000
#> SRR1696217 2 0.4121 0.74964 0.168 0.832 0.000
#> SRR1696216 2 0.5678 0.46650 0.316 0.684 0.000
#> SRR1696218 2 0.5560 0.50658 0.300 0.700 0.000
#> SRR1696219 2 0.3192 0.81811 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696224 2 0.6295 -0.13743 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696223 1 0.6260 0.42710 0.552 0.448 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.5785 0.70759 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696226 2 0.0424 0.90963 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696228 2 0.6062 0.25846 0.384 0.616 0.000
#> SRR1696229 2 0.4504 0.70988 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696231 2 0.5948 0.34106 0.360 0.640 0.000
#> SRR1696230 2 0.5733 0.44539 0.324 0.676 0.000
#> SRR1696233 2 0.4062 0.75486 0.164 0.836 0.000
#> SRR1696235 2 0.4654 0.69113 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696234 2 0.3038 0.82675 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696236 2 0.3038 0.82675 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696237 2 0.4654 0.69113 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696239 2 0.1529 0.88578 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696240 2 0.1529 0.88578 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696241 2 0.6244 0.00952 0.440 0.560 0.000
#> SRR1696244 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696243 1 0.6026 0.61957 0.624 0.376 0.000
#> SRR1696242 2 0.1529 0.88578 0.040 0.960 0.000
#> SRR1696245 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696246 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696247 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696248 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696249 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696250 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696252 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696253 1 0.6305 0.30572 0.516 0.484 0.000
#> SRR1696251 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696254 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696255 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696256 2 0.5988 0.31457 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696258 2 0.5988 0.31457 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696257 1 0.6305 0.30572 0.516 0.484 0.000
#> SRR1696260 2 0.4291 0.73340 0.180 0.820 0.000
#> SRR1696259 2 0.4291 0.73340 0.180 0.820 0.000
#> SRR1696261 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696262 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696263 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696269 2 0.4002 0.76031 0.160 0.840 0.000
#> SRR1696271 2 0.5291 0.57808 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696270 2 0.4452 0.71591 0.192 0.808 0.000
#> SRR1696268 3 0.0237 0.99708 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696272 2 0.5291 0.57808 0.268 0.732 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.4504 0.70988 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696276 2 0.5988 0.31457 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696277 2 0.4654 0.69113 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696279 2 0.6299 -0.15381 0.476 0.524 0.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 2 0.5988 0.31457 0.368 0.632 0.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696286 2 0.6079 0.24428 0.388 0.612 0.000
#> SRR1696284 2 0.2711 0.84549 0.088 0.912 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.4504 0.70988 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.99806 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 2 0.4654 0.69113 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696294 2 0.4654 0.69113 0.208 0.792 0.000
#> SRR1696295 2 0.2165 0.86594 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696296 2 0.2959 0.83160 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696297 2 0.6291 -0.12180 0.468 0.532 0.000
#> SRR1696298 2 0.5785 0.42428 0.332 0.668 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696304 2 0.1411 0.88909 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696309 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696310 2 0.4504 0.70988 0.196 0.804 0.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.6140 0.14384 0.404 0.596 0.000
#> SRR1696313 2 0.6309 -0.25962 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696315 1 0.4931 0.83996 0.768 0.232 0.000
#> SRR1696316 2 0.2537 0.85131 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696317 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696318 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696319 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696320 2 0.4555 0.70382 0.200 0.800 0.000
#> SRR1696322 2 0.6192 0.11041 0.420 0.580 0.000
#> SRR1696321 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696324 1 0.6168 0.53144 0.588 0.412 0.000
#> SRR1696323 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696326 1 0.4605 0.86961 0.796 0.204 0.000
#> SRR1696325 1 0.4931 0.83996 0.768 0.232 0.000
#> SRR1696327 1 0.5988 0.63739 0.632 0.368 0.000
#> SRR1696328 2 0.6126 0.19548 0.400 0.600 0.000
#> SRR1696329 2 0.4291 0.73350 0.180 0.820 0.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.91498 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696029 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696030 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696031 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696032 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696033 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696034 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696035 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696036 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696037 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696039 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696038 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696040 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696041 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696042 4 0.3123 1.00000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696043 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.94441 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.94441 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0469 0.91156 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0188 0.91729 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0336 0.91452 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.1716 0.86787 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.1716 0.86787 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696121 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696122 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696125 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696145 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696148 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0188 0.91729 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0188 0.91729 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0188 0.91729 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0336 0.64835 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0336 0.91454 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0336 0.91454 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.2469 0.82384 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1696186 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696187 1 0.4679 0.53157 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.0469 0.91153 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696188 2 0.4679 0.39848 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.0336 0.91456 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0592 0.90842 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0592 0.90842 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696193 2 0.4697 0.38791 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.3024 0.77474 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696196 2 0.3266 0.74822 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.94441 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.94441 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.3726 0.68195 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.4679 0.53157 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.3764 0.68634 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1696207 2 0.4996 -0.09006 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 2 0.5000 -0.13735 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.3400 0.73036 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1696212 2 0.3400 0.73036 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.0336 0.91465 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.4713 0.37701 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR1696217 2 0.4522 0.47541 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1696216 2 0.4981 -0.00132 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1696218 2 0.4961 0.06961 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.2868 0.78885 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.4713 0.52472 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.4277 0.56122 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.2760 0.61182 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.0469 0.91155 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.4972 0.29246 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.4697 0.38791 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.4996 0.19759 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1696230 2 0.4989 -0.03769 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.4356 0.53474 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1696235 2 0.4746 0.35485 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.3444 0.72450 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1696236 2 0.3444 0.72450 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1696237 2 0.4746 0.35485 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 2 0.1940 0.85563 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696240 2 0.1940 0.85563 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.4713 0.52625 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.3569 0.59044 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.1940 0.85563 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.4277 0.56635 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.4989 0.24125 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.4989 0.24125 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4277 0.56635 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696260 2 0.4624 0.42898 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1696259 2 0.4624 0.42898 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696264 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696267 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696269 2 0.4406 0.51850 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1696271 2 0.4925 0.15229 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1696270 2 0.4679 0.39848 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.1716 0.93840 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696272 2 0.4925 0.15229 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.4697 0.38791 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.4989 0.24125 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.4746 0.35485 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.4730 0.51707 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.4989 0.24125 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.4967 0.30383 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.2589 0.81613 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.4697 0.38791 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696289 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.2281 0.93264 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696293 2 0.4746 0.35485 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696294 2 0.4746 0.35485 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1696295 2 0.2647 0.80859 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.3356 0.73741 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.4643 0.53463 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1696298 2 0.4999 -0.12037 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.2281 0.83374 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.0336 0.91456 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.0336 0.91456 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.4697 0.38791 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0188 0.91732 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.4989 0.23717 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.4477 0.55032 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0921 0.64249 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.3024 0.77474 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.4713 0.37701 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.4888 0.41341 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.3907 0.58052 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.64978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0921 0.64249 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.3219 0.60103 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.4933 0.36184 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.4624 0.42872 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.91991 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696029 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696030 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696031 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696032 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696033 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696034 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696041 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696042 5 0.1792 1.0000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.3980 0.8467 0.000 0.000 0.796 0.128 0.076
#> SRR1696054 3 0.3980 0.8467 0.000 0.000 0.796 0.128 0.076
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0404 0.9119 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0290 0.9149 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.1764 0.8617 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696119 2 0.1764 0.8617 0.064 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696120 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0162 0.6645 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0451 0.9122 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0451 0.9122 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.2411 0.8160 0.108 0.884 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696186 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.4151 0.5510 0.652 0.344 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696189 2 0.0404 0.9119 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 2 0.4196 0.3751 0.356 0.640 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696190 2 0.0290 0.9149 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696191 2 0.0798 0.9036 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696192 2 0.0798 0.9036 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696193 2 0.4211 0.3642 0.360 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696194 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 2 0.2648 0.7692 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 2 0.2852 0.7421 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.3980 0.8467 0.000 0.000 0.796 0.128 0.076
#> SRR1696198 3 0.3980 0.8467 0.000 0.000 0.796 0.128 0.076
#> SRR1696199 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696200 2 0.3398 0.6689 0.216 0.780 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696201 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696203 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696205 1 0.4151 0.5510 0.652 0.344 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696204 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.3519 0.6738 0.216 0.776 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696207 2 0.4561 -0.1398 0.488 0.504 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696209 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696210 1 0.4562 0.1671 0.500 0.492 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696208 2 0.3123 0.7190 0.184 0.812 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696212 2 0.3123 0.7190 0.184 0.812 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696211 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696213 2 0.0290 0.9150 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 2 0.4225 0.3528 0.364 0.632 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696217 2 0.4066 0.4550 0.324 0.672 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696216 2 0.4552 -0.0552 0.468 0.524 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696218 2 0.4425 0.0316 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696219 2 0.2674 0.7794 0.140 0.856 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696220 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.4283 0.5464 0.644 0.348 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696223 1 0.3790 0.5812 0.724 0.272 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.2439 0.6319 0.876 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696226 2 0.0404 0.9119 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696228 1 0.4528 0.3294 0.548 0.444 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696229 2 0.4211 0.3642 0.360 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696232 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.4555 0.2408 0.520 0.472 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696230 2 0.4557 -0.0899 0.476 0.516 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696233 2 0.3928 0.5166 0.296 0.700 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696235 2 0.4251 0.3297 0.372 0.624 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696234 2 0.3160 0.7129 0.188 0.808 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696236 2 0.3160 0.7129 0.188 0.808 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696237 2 0.4251 0.3297 0.372 0.624 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696238 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 2 0.1671 0.8554 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 2 0.1671 0.8554 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.4283 0.5469 0.644 0.348 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696244 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696243 1 0.3160 0.6108 0.808 0.188 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696242 2 0.1671 0.8554 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696246 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696247 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696248 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696249 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696250 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696252 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696253 1 0.3885 0.5855 0.724 0.268 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696251 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696254 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696255 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696256 1 0.4546 0.2815 0.532 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696258 1 0.4546 0.2815 0.532 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696257 1 0.3885 0.5855 0.724 0.268 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696260 2 0.4151 0.4068 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696259 2 0.4151 0.4068 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696261 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696262 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696263 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696265 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696266 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.3969 0.4997 0.304 0.692 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696271 2 0.4510 0.1054 0.432 0.560 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696270 2 0.4196 0.3751 0.356 0.640 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 2 0.4510 0.1054 0.432 0.560 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.4211 0.3642 0.360 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696276 1 0.4546 0.2815 0.532 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696277 2 0.4251 0.3297 0.372 0.624 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696279 1 0.4298 0.5395 0.640 0.352 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696278 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696281 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.4546 0.2815 0.532 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696283 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696286 1 0.4522 0.3398 0.552 0.440 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696284 2 0.2280 0.8116 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.4211 0.3642 0.360 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696288 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.4251 0.3297 0.372 0.624 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696294 2 0.4251 0.3297 0.372 0.624 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696295 2 0.2329 0.8038 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 2 0.2929 0.7310 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.4218 0.5541 0.660 0.332 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696298 2 0.4562 -0.1682 0.496 0.496 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696304 2 0.1965 0.8333 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.0290 0.9149 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696306 2 0.0290 0.9149 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696309 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696310 2 0.4211 0.3642 0.360 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696308 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696314 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 1 0.4549 0.2628 0.528 0.464 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696313 1 0.4067 0.5697 0.692 0.300 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696315 1 0.0955 0.6593 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696316 2 0.2648 0.7692 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696318 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696319 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696320 2 0.4225 0.3528 0.364 0.632 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696322 1 0.4446 0.4423 0.592 0.400 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696321 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696324 1 0.3551 0.6012 0.772 0.220 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696323 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696326 1 0.0162 0.6659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696325 1 0.0955 0.6593 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696327 1 0.2929 0.6204 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696328 1 0.4489 0.3940 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696329 2 0.4151 0.4066 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696330 2 0.0000 0.9203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696029 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696030 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696031 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696032 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696033 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696034 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696039 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696040 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696041 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696042 5 0.0260 1.0000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696045 2 0.0146 0.9178 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696046 2 0.0146 0.9178 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696053 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696054 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696066 2 0.0458 0.9101 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696067 2 0.0260 0.9156 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696079 2 0.0260 0.9154 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696113 2 0.0146 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696115 2 0.0260 0.9150 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696118 2 0.1701 0.8553 0.072 0.920 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696119 2 0.1701 0.8553 0.072 0.920 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696120 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696121 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696122 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696136 2 0.0146 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696146 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696145 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696157 2 0.0363 0.9132 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696159 2 0.0146 0.9175 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696160 2 0.0146 0.9175 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696167 1 0.0458 0.6530 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696173 2 0.0603 0.9080 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696175 2 0.0603 0.9080 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696185 2 0.2302 0.8044 0.120 0.872 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696186 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696187 1 0.3652 0.5573 0.672 0.324 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696189 2 0.0547 0.9071 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696188 2 0.3830 0.3218 0.376 0.620 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696190 2 0.0458 0.9102 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696191 2 0.0891 0.8986 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696192 2 0.0891 0.8986 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696193 2 0.3841 0.3098 0.380 0.616 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696194 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696195 2 0.2562 0.7463 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696196 2 0.2730 0.7173 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696197 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696198 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1696199 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696200 2 0.3189 0.6390 0.236 0.760 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696201 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696202 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696203 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696205 1 0.3652 0.5573 0.672 0.324 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696204 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696206 2 0.3245 0.6558 0.228 0.764 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696207 1 0.4096 0.1964 0.508 0.484 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696209 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696210 1 0.4091 0.2379 0.520 0.472 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696208 2 0.2964 0.6926 0.204 0.792 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696212 2 0.2964 0.6926 0.204 0.792 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696211 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696213 2 0.0363 0.9130 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696214 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696215 2 0.3852 0.2975 0.384 0.612 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696217 2 0.3728 0.4084 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696216 2 0.4097 -0.1344 0.488 0.504 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696218 2 0.3991 -0.0527 0.472 0.524 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696219 2 0.2595 0.7575 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696220 2 0.0146 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696221 2 0.0146 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696224 1 0.3774 0.5554 0.664 0.328 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696223 1 0.3421 0.5857 0.736 0.256 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696227 1 0.2118 0.6282 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696226 2 0.0547 0.9072 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696228 1 0.4039 0.3827 0.568 0.424 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696229 2 0.3841 0.3098 0.380 0.616 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696232 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696231 1 0.4076 0.3038 0.540 0.452 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696230 2 0.4098 -0.1668 0.496 0.496 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696233 2 0.3619 0.4750 0.316 0.680 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696235 2 0.3872 0.2724 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696234 2 0.2994 0.6861 0.208 0.788 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696236 2 0.2994 0.6861 0.208 0.788 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696237 2 0.3872 0.2724 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696238 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696239 2 0.1765 0.8384 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696240 2 0.1765 0.8384 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696241 1 0.3774 0.5512 0.664 0.328 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696244 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696243 1 0.2814 0.6111 0.820 0.172 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696242 2 0.1765 0.8384 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696245 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696246 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696247 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696248 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696249 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696250 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696252 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696253 1 0.3373 0.5864 0.744 0.248 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696251 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696254 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696255 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696256 1 0.4062 0.3400 0.552 0.440 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696258 1 0.4062 0.3400 0.552 0.440 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696257 1 0.3373 0.5864 0.744 0.248 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696260 2 0.3795 0.3562 0.364 0.632 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696259 2 0.3795 0.3562 0.364 0.632 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696261 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696262 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696263 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696265 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696264 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696266 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696267 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696269 2 0.3652 0.4568 0.324 0.672 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696271 2 0.4076 0.0265 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696270 2 0.3830 0.3218 0.376 0.620 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696268 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0
#> SRR1696272 2 0.4076 0.0265 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696275 2 0.3841 0.3098 0.380 0.616 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696276 1 0.4062 0.3400 0.552 0.440 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696277 2 0.3872 0.2724 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696279 1 0.3789 0.5506 0.660 0.332 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696278 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696280 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696281 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696282 1 0.4062 0.3400 0.552 0.440 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696283 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696286 1 0.4032 0.3920 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696284 2 0.2260 0.7920 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696285 2 0.3841 0.3098 0.380 0.616 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696288 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696290 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696291 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696292 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1696293 2 0.3872 0.2724 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696294 2 0.3872 0.2724 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696295 2 0.2300 0.7833 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696296 2 0.2793 0.7054 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696297 1 0.3707 0.5576 0.680 0.312 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696298 1 0.4093 0.2229 0.516 0.476 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696301 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696303 2 0.0146 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696302 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696304 2 0.1863 0.8257 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696305 2 0.0458 0.9102 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696306 2 0.0458 0.9102 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696307 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696309 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696310 2 0.3841 0.3098 0.380 0.616 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696308 2 0.0260 0.9155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696311 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696314 2 0.0363 0.9130 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696312 1 0.4076 0.2959 0.540 0.452 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696313 1 0.3555 0.5718 0.712 0.280 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696315 1 0.1341 0.6514 0.948 0.028 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696316 2 0.2562 0.7463 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR1696317 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696318 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696319 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696320 2 0.3852 0.2975 0.384 0.612 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696322 1 0.3945 0.4835 0.612 0.380 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696321 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696324 1 0.3171 0.6021 0.784 0.204 0.000 0.000 0.012 0
#> SRR1696323 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696326 1 0.0632 0.6562 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696325 1 0.1341 0.6514 0.948 0.028 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696327 1 0.2950 0.6185 0.828 0.148 0.000 0.000 0.024 0
#> SRR1696328 1 0.3993 0.4404 0.592 0.400 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR1696329 2 0.3795 0.3558 0.364 0.632 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR1696330 2 0.0000 0.9198 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.994 0.990 0.977 0.3986 0.575 0.575
#> 3 3 0.895 0.874 0.948 0.2460 0.895 0.824
#> 4 4 0.755 0.809 0.903 0.2422 0.812 0.652
#> 5 5 0.706 0.688 0.828 0.1406 0.878 0.707
#> 6 6 0.746 0.801 0.871 0.0787 0.842 0.555
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696029 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696030 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696031 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696032 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696033 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696034 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696035 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696036 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696037 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696039 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696038 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696040 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696041 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696042 1 0.260 0.963 0.956 0.044
#> SRR1696043 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696054 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696055 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.358 0.960 0.932 0.068
#> SRR1696121 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696122 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696125 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696145 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696148 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696169 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696186 1 0.443 0.944 0.908 0.092
#> SRR1696187 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696189 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696198 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696199 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696200 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696203 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696205 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696204 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696207 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696209 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696210 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696208 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696213 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696217 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696216 2 0.781 0.664 0.232 0.768
#> SRR1696218 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696219 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696223 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696225 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696226 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696228 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696229 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696230 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696233 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696235 2 0.118 0.981 0.016 0.984
#> SRR1696234 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696237 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696238 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 0.224 0.958 0.036 0.964
#> SRR1696244 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696243 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696242 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696246 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696247 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696248 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696249 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696250 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696252 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696253 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696251 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696254 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696255 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696256 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696258 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696257 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696259 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696262 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696263 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696265 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696264 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696266 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696267 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696269 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696271 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696270 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696272 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696274 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696276 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696277 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696279 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696278 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696281 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696283 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696284 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696287 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.242 0.962 0.960 0.040
#> SRR1696293 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696294 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696295 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696296 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696297 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696298 1 0.552 0.938 0.872 0.128
#> SRR1696299 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696300 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696304 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696309 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696310 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696308 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696314 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696312 1 0.482 0.964 0.896 0.104
#> SRR1696313 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696315 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696316 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696317 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696318 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696319 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696320 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696322 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696321 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696324 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696323 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696326 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696325 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696327 1 0.416 0.982 0.916 0.084
#> SRR1696328 1 0.697 0.862 0.812 0.188
#> SRR1696329 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1696330 2 0.000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696029 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696030 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696031 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696032 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696033 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696034 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696035 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696036 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696037 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696039 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696038 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696040 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696041 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696042 3 0.6302 0.4360 0.480 0.000 0.520
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.1989 0.8091 0.048 0.004 0.948
#> SRR1696054 3 0.1989 0.8091 0.048 0.004 0.948
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.2096 0.8075 0.052 0.004 0.944
#> SRR1696121 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696122 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.1989 0.8091 0.048 0.004 0.948
#> SRR1696145 3 0.2096 0.8075 0.052 0.004 0.944
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696186 3 0.2096 0.8075 0.052 0.004 0.944
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.4346 0.7688 0.184 0.816 0.000
#> SRR1696188 2 0.6079 0.3772 0.388 0.612 0.000
#> SRR1696190 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696193 2 0.6045 0.3977 0.380 0.620 0.000
#> SRR1696194 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696195 2 0.1964 0.9161 0.056 0.944 0.000
#> SRR1696196 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696197 3 0.1989 0.8091 0.048 0.004 0.948
#> SRR1696198 3 0.1989 0.8091 0.048 0.004 0.948
#> SRR1696199 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696200 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696201 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696202 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696203 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696206 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696212 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696211 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696213 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696214 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696215 2 0.6299 0.1102 0.476 0.524 0.000
#> SRR1696217 2 0.3116 0.8628 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696216 1 0.2261 0.7941 0.932 0.068 0.000
#> SRR1696218 2 0.6295 0.1248 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696219 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696220 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696221 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696222 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696225 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696227 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696226 2 0.0237 0.9625 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.6026 0.4076 0.376 0.624 0.000
#> SRR1696232 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696235 1 0.1031 0.8709 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696234 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696236 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696237 1 0.2711 0.7605 0.912 0.088 0.000
#> SRR1696238 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696239 2 0.0424 0.9602 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696240 2 0.3192 0.8585 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696241 1 0.6302 0.0383 0.520 0.480 0.000
#> SRR1696244 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696243 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696242 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696245 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696246 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696247 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696248 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696249 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696250 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696252 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696253 1 0.6305 0.0229 0.516 0.484 0.000
#> SRR1696251 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696254 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696255 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.1031 0.8713 0.976 0.024 0.000
#> SRR1696260 2 0.6295 0.1248 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696259 2 0.3267 0.8540 0.116 0.884 0.000
#> SRR1696261 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696262 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696263 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696265 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696264 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696266 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696267 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696269 2 0.3038 0.8671 0.104 0.896 0.000
#> SRR1696271 1 0.5733 0.3758 0.676 0.324 0.000
#> SRR1696270 2 0.6295 0.1248 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696268 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696275 2 0.3192 0.8585 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.4399 0.5834 0.812 0.188 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696280 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696281 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.3686 0.8270 0.140 0.860 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 2 0.5760 0.5176 0.328 0.672 0.000
#> SRR1696288 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696290 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696291 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.1753 0.8107 0.048 0.000 0.952
#> SRR1696293 1 0.6045 0.3061 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696294 1 0.5138 0.4796 0.748 0.252 0.000
#> SRR1696295 2 0.4121 0.7910 0.168 0.832 0.000
#> SRR1696296 2 0.6295 0.1248 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696302 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696304 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696305 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696309 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696310 1 0.6215 0.2309 0.572 0.428 0.000
#> SRR1696308 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696311 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696314 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696312 2 0.6309 0.0142 0.500 0.500 0.000
#> SRR1696313 2 0.4002 0.8015 0.160 0.840 0.000
#> SRR1696315 1 0.0237 0.9082 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696316 2 0.3192 0.8585 0.112 0.888 0.000
#> SRR1696317 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696318 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696319 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696320 2 0.6295 0.1248 0.472 0.528 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696326 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696325 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696327 1 0.0424 0.9076 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696328 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.3116 0.8628 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696330 2 0.0237 0.9628 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696029 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696030 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696031 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696032 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696033 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696034 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696035 3 0.0672 0.98641 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696036 3 0.0672 0.98641 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696037 3 0.0672 0.98641 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696039 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696038 3 0.0672 0.98641 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1696040 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696041 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696042 1 0.3486 0.57304 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0376 0.98751 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696054 3 0.0376 0.98751 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696055 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0376 0.92766 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696067 2 0.1398 0.89746 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1696068 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0376 0.92766 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696080 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696115 2 0.0188 0.92909 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696116 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.3494 0.74436 0.004 0.824 0.000 0.172
#> SRR1696119 2 0.1743 0.88207 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR1696120 3 0.1398 0.96500 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1696121 3 0.0336 0.98741 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696122 3 0.0336 0.98741 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696125 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0376 0.92766 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696127 2 0.0188 0.92898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696128 2 0.0376 0.92751 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696129 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0376 0.92766 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696132 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.3448 0.75003 0.004 0.828 0.000 0.168
#> SRR1696137 2 0.0376 0.92751 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696138 2 0.0376 0.92751 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696139 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.1398 0.96500 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1696145 3 0.1398 0.96500 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1696148 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0376 0.92766 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1696158 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696160 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696161 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696167 4 0.4989 -0.19995 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1696169 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696174 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.3494 0.74763 0.004 0.824 0.000 0.172
#> SRR1696177 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.5163 -0.00661 0.004 0.516 0.000 0.480
#> SRR1696186 3 0.1398 0.96500 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1696187 4 0.4040 0.54705 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1696189 4 0.3052 0.76285 0.004 0.136 0.000 0.860
#> SRR1696188 4 0.1211 0.80190 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1696190 2 0.4632 0.54678 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR1696191 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696192 2 0.0524 0.92509 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1696193 4 0.1211 0.80190 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1696194 2 0.4843 0.35697 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1696195 4 0.3400 0.73095 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1696196 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696197 3 0.0376 0.98751 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696198 3 0.0376 0.98751 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1696199 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696200 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696201 2 0.4907 0.28845 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1696202 4 0.5000 -0.30004 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1696203 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696205 4 0.3569 0.64111 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1696204 2 0.3311 0.75884 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1696206 2 0.3402 0.75560 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1696207 4 0.2216 0.75463 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1696209 1 0.4040 0.81181 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696210 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696208 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696212 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696211 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696213 2 0.4916 0.27924 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1696214 2 0.4866 0.33156 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1696215 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696217 4 0.3172 0.74980 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696216 4 0.0895 0.79332 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1696218 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696219 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696220 2 0.4977 0.15924 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1696221 2 0.4866 0.33156 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1696222 2 0.1302 0.89630 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696224 4 0.2408 0.74607 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1696223 1 0.4941 0.48158 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1696225 2 0.4730 0.42971 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696227 1 0.4072 0.80801 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696226 4 0.5165 0.04842 0.004 0.484 0.000 0.512
#> SRR1696228 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696229 4 0.1211 0.80190 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1696232 2 0.3975 0.66308 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1696231 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696230 4 0.1118 0.78617 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1696233 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696235 4 0.0817 0.79010 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696234 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696236 4 0.3569 0.71497 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1696237 4 0.0817 0.79010 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696238 2 0.4877 0.32503 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1696239 4 0.3710 0.71600 0.004 0.192 0.000 0.804
#> SRR1696240 4 0.3306 0.75066 0.004 0.156 0.000 0.840
#> SRR1696241 4 0.1004 0.80319 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1696244 1 0.3356 0.86231 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696243 1 0.4961 0.45144 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1696242 2 0.5158 0.12179 0.004 0.524 0.000 0.472
#> SRR1696245 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696246 1 0.4040 0.81181 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696247 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696248 1 0.4040 0.81181 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696249 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696250 1 0.4008 0.81551 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1696252 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696253 4 0.1004 0.80319 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1696251 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696254 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696255 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696256 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696258 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696257 4 0.1474 0.78243 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696260 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696259 4 0.3123 0.75266 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1696261 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696262 4 0.4134 0.52316 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1696263 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696265 3 0.0657 0.98543 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1696264 1 0.4040 0.81181 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1696266 3 0.0657 0.98543 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1696267 3 0.0336 0.98741 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696269 4 0.3172 0.74980 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696271 4 0.0927 0.79596 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR1696270 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696268 3 0.0336 0.98741 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696272 4 0.2345 0.74886 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1696274 2 0.0188 0.92898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696273 2 0.0188 0.92898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696275 4 0.3172 0.74980 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696276 4 0.3649 0.62976 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696277 4 0.0895 0.79332 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1696279 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696278 2 0.4843 0.35697 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1696280 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696281 2 0.4804 0.38287 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1696282 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696283 2 0.4830 0.36804 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1696286 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696284 4 0.3105 0.75956 0.004 0.140 0.000 0.856
#> SRR1696287 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.1474 0.79825 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1696288 2 0.4222 0.61080 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1696290 2 0.4916 0.27924 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1696291 3 0.0657 0.98543 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1696289 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0657 0.98543 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1696293 4 0.0895 0.80185 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1696294 4 0.0927 0.79596 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR1696295 4 0.2944 0.76662 0.004 0.128 0.000 0.868
#> SRR1696296 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696297 4 0.1022 0.78768 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1696298 4 0.0817 0.79010 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696299 2 0.0469 0.92326 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696301 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696300 2 0.0000 0.93128 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 2 0.4907 0.28845 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1696302 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696304 2 0.4916 0.27924 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1696305 2 0.4872 0.44515 0.004 0.640 0.000 0.356
#> SRR1696306 2 0.0188 0.92960 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696309 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696310 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696308 2 0.4817 0.37305 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1696311 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696314 2 0.4907 0.28845 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1696312 4 0.4560 0.51933 0.004 0.296 0.000 0.700
#> SRR1696313 4 0.3105 0.76072 0.004 0.140 0.000 0.856
#> SRR1696315 1 0.4713 0.64265 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1696316 4 0.3306 0.75066 0.004 0.156 0.000 0.840
#> SRR1696317 1 0.3528 0.85352 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696318 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696319 1 0.3356 0.86231 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696320 4 0.0817 0.80339 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1696322 4 0.2469 0.74304 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696321 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696324 4 0.3649 0.62976 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1696323 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696326 1 0.3311 0.86405 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1696325 1 0.4072 0.80732 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1696327 4 0.4907 0.02120 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1696328 4 0.0817 0.79010 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1696329 4 0.3172 0.74980 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696330 2 0.3837 0.68719 0.000 0.776 0.000 0.224
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.6341 0.6495 0.384 0.000 0.116 0.012 0.488
#> SRR1696029 5 0.6341 0.6495 0.384 0.000 0.116 0.012 0.488
#> SRR1696030 5 0.6341 0.6495 0.384 0.000 0.116 0.012 0.488
#> SRR1696031 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696032 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696033 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696034 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696035 3 0.0771 0.9658 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1696036 3 0.0771 0.9658 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1696037 3 0.0771 0.9658 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1696039 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696038 3 0.0771 0.9658 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1696040 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696041 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696042 5 0.6244 0.6506 0.384 0.000 0.116 0.008 0.492
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.3177 0.7438 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696045 2 0.4047 0.6621 0.000 0.676 0.000 0.004 0.320
#> SRR1696046 2 0.2605 0.7774 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696047 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0955 0.9635 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1696054 3 0.0955 0.9635 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1696055 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0880 0.8256 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.3586 0.7063 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0609 0.8278 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696062 2 0.2280 0.7903 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2020 0.7988 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696066 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696067 2 0.4942 0.5395 0.000 0.540 0.000 0.028 0.432
#> SRR1696068 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696071 2 0.1544 0.8121 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696077 2 0.1197 0.8191 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696080 2 0.0510 0.8284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696081 2 0.0162 0.8303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696083 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.1043 0.8234 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.1121 0.8216 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.2329 0.7890 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0162 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.4375 0.5797 0.000 0.576 0.000 0.004 0.420
#> SRR1696093 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.4390 0.5742 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428
#> SRR1696107 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696108 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.2280 0.7910 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696111 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.4610 0.5610 0.000 0.556 0.000 0.012 0.432
#> SRR1696115 2 0.3991 0.7372 0.000 0.780 0.000 0.048 0.172
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696118 2 0.5854 0.4139 0.000 0.468 0.000 0.096 0.436
#> SRR1696119 2 0.5280 0.4972 0.000 0.512 0.000 0.048 0.440
#> SRR1696120 3 0.1956 0.9200 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1696121 3 0.0404 0.9679 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696122 3 0.0404 0.9679 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696125 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696124 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696127 2 0.1124 0.8224 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696128 2 0.4510 0.5655 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.2424 0.7849 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696131 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696132 2 0.4390 0.5737 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428
#> SRR1696135 2 0.4383 0.5779 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.5775 0.4224 0.000 0.472 0.000 0.088 0.440
#> SRR1696137 2 0.4504 0.5719 0.000 0.564 0.000 0.008 0.428
#> SRR1696138 2 0.4510 0.5655 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696139 2 0.1043 0.8217 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696140 2 0.0290 0.8298 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.1341 0.8163 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696143 2 0.0880 0.8256 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696144 2 0.2966 0.7585 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696146 3 0.1956 0.9193 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1696145 3 0.1956 0.9193 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.2605 0.7779 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.2561 0.7798 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.4787 0.5508 0.000 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1696160 2 0.4787 0.5508 0.000 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696166 2 0.4359 0.5849 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR1696167 1 0.3424 0.6570 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1696169 2 0.0404 0.8292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0510 0.8286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.4787 0.5508 0.000 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1696174 2 0.2179 0.7940 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.6102 0.3621 0.000 0.440 0.000 0.124 0.436
#> SRR1696177 2 0.4510 0.5660 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.3177 0.7450 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696182 2 0.4225 0.6268 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1696183 2 0.4397 0.5702 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1696184 2 0.4225 0.6268 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1696185 5 0.6549 -0.2325 0.000 0.360 0.000 0.204 0.436
#> SRR1696186 3 0.1956 0.9200 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1696187 1 0.4126 0.4264 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1696189 4 0.1299 0.7334 0.012 0.008 0.000 0.960 0.020
#> SRR1696188 4 0.1041 0.7319 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696190 4 0.6373 0.1817 0.000 0.164 0.000 0.420 0.416
#> SRR1696191 2 0.4867 0.5463 0.000 0.544 0.000 0.024 0.432
#> SRR1696192 2 0.4787 0.5512 0.000 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1696193 4 0.1041 0.7319 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696194 4 0.5761 0.4761 0.000 0.196 0.000 0.620 0.184
#> SRR1696195 4 0.1267 0.7342 0.004 0.024 0.000 0.960 0.012
#> SRR1696196 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696197 3 0.0955 0.9635 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1696198 3 0.0955 0.9635 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.1195 0.7329 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012
#> SRR1696201 4 0.4666 0.5260 0.000 0.284 0.000 0.676 0.040
#> SRR1696202 1 0.3336 0.6716 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.4436 0.3817 0.596 0.000 0.000 0.396 0.008
#> SRR1696204 2 0.5161 -0.0702 0.000 0.516 0.000 0.444 0.040
#> SRR1696206 2 0.5816 0.4156 0.000 0.468 0.000 0.092 0.440
#> SRR1696207 4 0.4446 0.1641 0.400 0.000 0.000 0.592 0.008
#> SRR1696209 1 0.1478 0.8293 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696210 4 0.4549 -0.0335 0.464 0.000 0.000 0.528 0.008
#> SRR1696208 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696212 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.4980 0.5337 0.000 0.252 0.000 0.676 0.072
#> SRR1696214 4 0.4728 0.5128 0.000 0.296 0.000 0.664 0.040
#> SRR1696215 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696217 4 0.1393 0.7348 0.008 0.024 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696216 4 0.1251 0.7276 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR1696218 4 0.0794 0.7316 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696219 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696220 4 0.4613 0.5793 0.000 0.200 0.000 0.728 0.072
#> SRR1696221 4 0.4768 0.5038 0.000 0.304 0.000 0.656 0.040
#> SRR1696222 2 0.3452 0.5299 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1696224 4 0.4522 0.0456 0.440 0.000 0.000 0.552 0.008
#> SRR1696223 1 0.2813 0.7335 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1696225 4 0.4383 0.3794 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1696227 1 0.1478 0.8293 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696226 5 0.6581 -0.1003 0.000 0.212 0.000 0.356 0.432
#> SRR1696228 4 0.4559 -0.0871 0.480 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1696229 4 0.1041 0.7319 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1696232 2 0.5046 -0.1425 0.000 0.500 0.000 0.468 0.032
#> SRR1696231 4 0.4549 -0.0335 0.464 0.000 0.000 0.528 0.008
#> SRR1696230 4 0.2411 0.6759 0.108 0.000 0.000 0.884 0.008
#> SRR1696233 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696235 4 0.1168 0.7291 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> SRR1696234 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696236 4 0.1281 0.7327 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696237 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696238 4 0.5339 0.5205 0.000 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1696239 4 0.1310 0.7307 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> SRR1696240 4 0.1306 0.7341 0.008 0.016 0.000 0.960 0.016
#> SRR1696241 4 0.4065 0.5286 0.016 0.000 0.000 0.720 0.264
#> SRR1696244 1 0.0162 0.8513 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696243 1 0.2773 0.7373 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1696242 4 0.5073 0.5368 0.000 0.100 0.000 0.688 0.212
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.1341 0.8345 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.1341 0.8345 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.1341 0.8345 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 4 0.4065 0.5286 0.016 0.000 0.000 0.720 0.264
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 4 0.4549 -0.0335 0.464 0.000 0.000 0.528 0.008
#> SRR1696258 4 0.4557 -0.0739 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008
#> SRR1696257 4 0.5660 0.4340 0.124 0.000 0.000 0.612 0.264
#> SRR1696260 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696259 4 0.1393 0.7348 0.008 0.024 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696261 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.5589 0.5332 0.628 0.000 0.000 0.244 0.128
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0671 0.9660 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696264 1 0.1341 0.8345 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696266 3 0.0671 0.9660 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1696267 3 0.0510 0.9675 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696269 4 0.1393 0.7348 0.008 0.024 0.000 0.956 0.012
#> SRR1696271 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696270 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696268 3 0.0510 0.9675 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696272 4 0.4517 0.0574 0.436 0.000 0.000 0.556 0.008
#> SRR1696274 2 0.1041 0.8223 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1696273 2 0.1041 0.8223 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1696275 4 0.1280 0.7348 0.008 0.024 0.000 0.960 0.008
#> SRR1696276 1 0.4415 0.3996 0.604 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1696277 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696279 4 0.4549 -0.0335 0.464 0.000 0.000 0.528 0.008
#> SRR1696278 4 0.5948 0.4164 0.000 0.156 0.000 0.580 0.264
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.4697 0.4177 0.000 0.388 0.000 0.592 0.020
#> SRR1696282 4 0.4549 -0.0335 0.464 0.000 0.000 0.528 0.008
#> SRR1696283 4 0.5142 0.4391 0.000 0.348 0.000 0.600 0.052
#> SRR1696286 4 0.4557 -0.0739 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008
#> SRR1696284 4 0.4346 0.4953 0.004 0.012 0.000 0.680 0.304
#> SRR1696287 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.1168 0.7320 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> SRR1696288 4 0.5118 0.3581 0.000 0.412 0.000 0.548 0.040
#> SRR1696290 4 0.4980 0.5337 0.000 0.252 0.000 0.676 0.072
#> SRR1696291 3 0.0510 0.9665 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696289 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0510 0.9665 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696293 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696294 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696295 4 0.1200 0.7338 0.008 0.012 0.000 0.964 0.016
#> SRR1696296 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696297 4 0.1750 0.7206 0.036 0.000 0.000 0.936 0.028
#> SRR1696298 4 0.1251 0.7276 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR1696299 2 0.1121 0.7955 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.8309 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 4 0.4666 0.5260 0.000 0.284 0.000 0.676 0.040
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.4955 0.5374 0.000 0.248 0.000 0.680 0.072
#> SRR1696305 4 0.6180 0.4015 0.000 0.224 0.000 0.556 0.220
#> SRR1696306 2 0.4367 0.5852 0.000 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696308 4 0.4935 0.4550 0.000 0.344 0.000 0.616 0.040
#> SRR1696311 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.4687 0.5217 0.000 0.288 0.000 0.672 0.040
#> SRR1696312 5 0.7183 -0.0943 0.016 0.328 0.000 0.280 0.376
#> SRR1696313 4 0.4190 0.5459 0.008 0.012 0.000 0.724 0.256
#> SRR1696315 1 0.1965 0.8017 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696316 4 0.1200 0.7338 0.008 0.012 0.000 0.964 0.016
#> SRR1696317 1 0.0404 0.8493 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0162 0.8513 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696320 4 0.0880 0.7313 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1696322 4 0.4546 -0.0201 0.460 0.000 0.000 0.532 0.008
#> SRR1696321 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.4138 0.4163 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.1502 0.8330 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1696327 1 0.5864 0.4548 0.600 0.000 0.000 0.164 0.236
#> SRR1696328 4 0.1168 0.7291 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> SRR1696329 4 0.1299 0.7347 0.008 0.020 0.000 0.960 0.012
#> SRR1696330 2 0.4390 0.0230 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696029 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696030 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696031 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696032 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696033 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696034 5 0.2972 0.9990 0.128 0.000 0.036 0.000 0.836 0.000
#> SRR1696035 3 0.1049 0.9468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1696036 3 0.1049 0.9468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1696037 3 0.1049 0.9468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1696039 5 0.3114 0.9982 0.128 0.000 0.036 0.000 0.832 0.004
#> SRR1696038 3 0.1049 0.9468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1696040 5 0.3114 0.9982 0.128 0.000 0.036 0.000 0.832 0.004
#> SRR1696041 5 0.3114 0.9982 0.128 0.000 0.036 0.000 0.832 0.004
#> SRR1696042 5 0.3114 0.9982 0.128 0.000 0.036 0.000 0.832 0.004
#> SRR1696043 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696044 2 0.3830 0.2405 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1696045 6 0.4032 0.5261 0.000 0.420 0.000 0.000 0.008 0.572
#> SRR1696046 2 0.3758 0.4026 0.000 0.668 0.000 0.000 0.008 0.324
#> SRR1696047 2 0.0806 0.9193 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1696048 2 0.0622 0.9246 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1696050 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696051 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0820 0.9478 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696054 3 0.0820 0.9478 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696055 2 0.0458 0.9246 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1075 0.9023 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696056 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696059 2 0.3993 -0.2039 0.000 0.520 0.000 0.000 0.004 0.476
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0713 0.9175 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696062 2 0.2664 0.7261 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2454 0.7650 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1696066 6 0.3136 0.8644 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1696067 6 0.3136 0.8644 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1696068 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696071 2 0.2743 0.7498 0.000 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR1696072 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696073 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696074 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696075 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696076 6 0.3136 0.8642 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1696077 2 0.2473 0.7933 0.000 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1696078 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696079 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696080 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696081 2 0.0458 0.9246 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696083 2 0.0405 0.9281 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696082 2 0.1267 0.8917 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1696084 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696085 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696086 2 0.1753 0.8670 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1696087 2 0.0291 0.9296 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696088 2 0.2854 0.6862 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696094 6 0.3076 0.8555 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1696093 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0291 0.9278 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 6 0.3245 0.8631 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696107 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696108 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696109 2 0.2697 0.7199 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1696111 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696112 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696114 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696113 6 0.3136 0.8644 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1696115 4 0.6269 -0.1816 0.000 0.260 0.000 0.388 0.008 0.344
#> SRR1696116 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696117 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696118 6 0.3183 0.8435 0.000 0.200 0.000 0.004 0.008 0.788
#> SRR1696119 6 0.3245 0.8634 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696120 3 0.2474 0.9194 0.000 0.000 0.884 0.004 0.032 0.080
#> SRR1696121 3 0.0777 0.9508 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696122 3 0.0777 0.9508 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696125 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696124 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696123 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696126 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696127 2 0.2493 0.8544 0.000 0.884 0.000 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696128 6 0.3753 0.8417 0.000 0.220 0.000 0.004 0.028 0.748
#> SRR1696129 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696130 2 0.3050 0.6310 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1696131 2 0.0291 0.9296 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1696133 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696132 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696135 6 0.3245 0.8631 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.3134 0.8522 0.000 0.208 0.000 0.004 0.004 0.784
#> SRR1696137 6 0.3839 0.8414 0.000 0.212 0.000 0.004 0.036 0.748
#> SRR1696138 6 0.3753 0.8417 0.000 0.220 0.000 0.004 0.028 0.748
#> SRR1696139 2 0.2020 0.8438 0.000 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR1696140 2 0.0363 0.9267 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696142 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696141 2 0.2513 0.7832 0.000 0.852 0.000 0.000 0.008 0.140
#> SRR1696143 2 0.1327 0.8872 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696144 2 0.3828 -0.0545 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1696146 3 0.2641 0.9163 0.000 0.000 0.876 0.004 0.048 0.072
#> SRR1696145 3 0.2641 0.9163 0.000 0.000 0.876 0.004 0.048 0.072
#> SRR1696148 2 0.0363 0.9267 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696147 2 0.3707 0.4393 0.000 0.680 0.000 0.000 0.008 0.312
#> SRR1696149 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696150 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0146 0.9300 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.3555 0.5264 0.000 0.712 0.000 0.000 0.008 0.280
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696160 6 0.3136 0.8644 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1696161 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0547 0.9222 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696166 6 0.3309 0.8147 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1696167 1 0.1910 0.7882 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0632 0.9202 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0858 0.9171 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 6 0.2996 0.8653 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696174 2 0.2527 0.7522 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1696176 2 0.0260 0.9286 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696175 6 0.3485 0.8486 0.000 0.204 0.000 0.020 0.004 0.772
#> SRR1696177 6 0.3245 0.8631 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 6 0.4057 0.4779 0.000 0.436 0.000 0.000 0.008 0.556
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 6 0.3245 0.8640 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696182 6 0.3629 0.8164 0.000 0.276 0.000 0.000 0.012 0.712
#> SRR1696183 6 0.3245 0.8640 0.000 0.228 0.000 0.000 0.008 0.764
#> SRR1696184 6 0.3629 0.8164 0.000 0.276 0.000 0.000 0.012 0.712
#> SRR1696185 6 0.2428 0.6548 0.000 0.060 0.000 0.024 0.020 0.896
#> SRR1696186 3 0.2474 0.9194 0.000 0.000 0.884 0.004 0.032 0.080
#> SRR1696187 1 0.3191 0.7612 0.832 0.000 0.000 0.128 0.016 0.024
#> SRR1696189 4 0.1049 0.8258 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1696188 4 0.1173 0.8210 0.008 0.000 0.000 0.960 0.016 0.016
#> SRR1696190 6 0.4239 0.6009 0.000 0.052 0.000 0.204 0.012 0.732
#> SRR1696191 6 0.3507 0.8574 0.000 0.216 0.000 0.008 0.012 0.764
#> SRR1696192 6 0.3507 0.8573 0.000 0.216 0.000 0.008 0.012 0.764
#> SRR1696193 4 0.1173 0.8210 0.008 0.000 0.000 0.960 0.016 0.016
#> SRR1696194 4 0.4024 0.6709 0.000 0.044 0.000 0.732 0.004 0.220
#> SRR1696195 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696196 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696197 3 0.0820 0.9478 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696198 3 0.0820 0.9478 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696199 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696201 4 0.3742 0.7224 0.000 0.160 0.000 0.780 0.004 0.056
#> SRR1696202 1 0.1814 0.7924 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.5208 0.6677 0.668 0.000 0.000 0.172 0.024 0.136
#> SRR1696204 4 0.4376 0.6210 0.000 0.248 0.000 0.692 0.004 0.056
#> SRR1696206 6 0.2492 0.7119 0.000 0.100 0.000 0.004 0.020 0.876
#> SRR1696207 1 0.6001 0.5519 0.532 0.000 0.000 0.296 0.028 0.144
#> SRR1696209 1 0.0937 0.8144 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.5988 0.5568 0.536 0.000 0.000 0.292 0.028 0.144
#> SRR1696208 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696212 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696211 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.3707 0.7272 0.000 0.056 0.000 0.784 0.004 0.156
#> SRR1696214 4 0.3812 0.7149 0.000 0.168 0.000 0.772 0.004 0.056
#> SRR1696215 4 0.1078 0.8193 0.008 0.000 0.000 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696217 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696216 4 0.3883 0.6774 0.040 0.000 0.000 0.788 0.028 0.144
#> SRR1696218 4 0.2959 0.7320 0.008 0.000 0.000 0.844 0.024 0.124
#> SRR1696219 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696220 4 0.3585 0.7309 0.000 0.048 0.000 0.792 0.004 0.156
#> SRR1696221 4 0.3812 0.7149 0.000 0.168 0.000 0.772 0.004 0.056
#> SRR1696222 2 0.4127 0.1640 0.000 0.588 0.000 0.400 0.008 0.004
#> SRR1696224 1 0.5083 0.4660 0.532 0.000 0.000 0.408 0.024 0.036
#> SRR1696223 1 0.1501 0.8034 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.3521 0.6219 0.000 0.268 0.000 0.724 0.004 0.004
#> SRR1696227 1 0.0937 0.8144 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.2632 0.6199 0.000 0.032 0.000 0.076 0.012 0.880
#> SRR1696228 1 0.5800 0.5824 0.564 0.000 0.000 0.276 0.024 0.136
#> SRR1696229 4 0.1173 0.8210 0.008 0.000 0.000 0.960 0.016 0.016
#> SRR1696232 4 0.4213 0.6360 0.000 0.240 0.000 0.708 0.004 0.048
#> SRR1696231 1 0.5934 0.5569 0.536 0.000 0.000 0.296 0.024 0.144
#> SRR1696230 4 0.5864 0.2052 0.260 0.000 0.000 0.568 0.028 0.144
#> SRR1696233 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696235 4 0.1675 0.8072 0.008 0.000 0.000 0.936 0.024 0.032
#> SRR1696234 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696236 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696237 4 0.1518 0.8117 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1696238 4 0.3884 0.7048 0.000 0.052 0.000 0.760 0.004 0.184
#> SRR1696239 4 0.0972 0.8232 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1696240 4 0.0603 0.8270 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1696241 6 0.4214 0.3126 0.000 0.000 0.000 0.276 0.044 0.680
#> SRR1696244 1 0.0146 0.8148 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.1531 0.8058 0.928 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1696242 4 0.3708 0.6842 0.000 0.020 0.000 0.752 0.008 0.220
#> SRR1696245 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0937 0.8144 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0937 0.8144 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0865 0.8146 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 6 0.4234 0.3072 0.000 0.000 0.000 0.280 0.044 0.676
#> SRR1696251 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.5934 0.5569 0.536 0.000 0.000 0.296 0.024 0.144
#> SRR1696258 1 0.5800 0.5824 0.564 0.000 0.000 0.276 0.024 0.136
#> SRR1696257 6 0.4531 0.3000 0.012 0.000 0.000 0.272 0.044 0.672
#> SRR1696260 4 0.0862 0.8219 0.008 0.000 0.000 0.972 0.016 0.004
#> SRR1696259 4 0.0717 0.8278 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1696261 1 0.0146 0.8139 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696262 1 0.4949 0.6904 0.704 0.000 0.000 0.084 0.040 0.172
#> SRR1696263 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.2007 0.9393 0.000 0.000 0.916 0.004 0.036 0.044
#> SRR1696264 1 0.0937 0.8144 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.2007 0.9393 0.000 0.000 0.916 0.004 0.036 0.044
#> SRR1696267 3 0.0777 0.9508 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696269 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696271 4 0.1434 0.8136 0.008 0.000 0.000 0.948 0.024 0.020
#> SRR1696270 4 0.1078 0.8193 0.008 0.000 0.000 0.964 0.016 0.012
#> SRR1696268 3 0.0777 0.9508 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696272 1 0.5947 0.5522 0.532 0.000 0.000 0.300 0.024 0.144
#> SRR1696274 2 0.2263 0.8626 0.000 0.900 0.000 0.004 0.036 0.060
#> SRR1696273 2 0.2493 0.8544 0.000 0.884 0.000 0.004 0.036 0.076
#> SRR1696275 4 0.0665 0.8277 0.000 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008
#> SRR1696276 1 0.4978 0.6913 0.700 0.000 0.000 0.128 0.028 0.144
#> SRR1696277 4 0.1434 0.8136 0.008 0.000 0.000 0.948 0.024 0.020
#> SRR1696279 1 0.5988 0.5568 0.536 0.000 0.000 0.292 0.028 0.144
#> SRR1696278 4 0.3930 0.6605 0.000 0.032 0.000 0.728 0.004 0.236
#> SRR1696280 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.3780 0.6429 0.000 0.248 0.000 0.728 0.004 0.020
#> SRR1696282 1 0.5988 0.5568 0.536 0.000 0.000 0.292 0.028 0.144
#> SRR1696283 4 0.4890 0.6545 0.000 0.188 0.000 0.700 0.032 0.080
#> SRR1696286 1 0.5800 0.5824 0.564 0.000 0.000 0.276 0.024 0.136
#> SRR1696284 6 0.4348 0.3109 0.000 0.000 0.000 0.248 0.064 0.688
#> SRR1696287 2 0.0665 0.9193 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1696285 4 0.0779 0.8251 0.008 0.000 0.000 0.976 0.008 0.008
#> SRR1696288 4 0.4177 0.6624 0.000 0.216 0.000 0.724 0.004 0.056
#> SRR1696290 4 0.3765 0.7247 0.000 0.060 0.000 0.780 0.004 0.156
#> SRR1696291 3 0.2007 0.9395 0.000 0.000 0.916 0.004 0.044 0.036
#> SRR1696289 2 0.0146 0.9295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696292 3 0.2007 0.9395 0.000 0.000 0.916 0.004 0.044 0.036
#> SRR1696293 4 0.1518 0.8117 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1696294 4 0.1518 0.8117 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1696295 4 0.1464 0.8196 0.004 0.000 0.000 0.944 0.016 0.036
#> SRR1696296 4 0.1518 0.8117 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1696297 4 0.5415 0.3724 0.048 0.000 0.000 0.552 0.040 0.360
#> SRR1696298 4 0.3739 0.6838 0.036 0.000 0.000 0.796 0.024 0.144
#> SRR1696299 2 0.2163 0.8027 0.000 0.892 0.000 0.096 0.008 0.004
#> SRR1696301 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 4 0.3742 0.7224 0.000 0.160 0.000 0.780 0.004 0.056
#> SRR1696302 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.3707 0.7272 0.000 0.056 0.000 0.784 0.004 0.156
#> SRR1696305 4 0.4219 0.6609 0.000 0.048 0.000 0.720 0.008 0.224
#> SRR1696306 6 0.3519 0.8594 0.000 0.232 0.000 0.008 0.008 0.752
#> SRR1696307 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.1434 0.8136 0.008 0.000 0.000 0.948 0.024 0.020
#> SRR1696308 4 0.4121 0.6717 0.000 0.208 0.000 0.732 0.004 0.056
#> SRR1696311 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.3742 0.7224 0.000 0.160 0.000 0.780 0.004 0.056
#> SRR1696312 6 0.4173 0.4884 0.000 0.056 0.000 0.176 0.016 0.752
#> SRR1696313 6 0.4420 0.1733 0.000 0.000 0.000 0.340 0.040 0.620
#> SRR1696315 1 0.3499 0.7493 0.816 0.000 0.000 0.036 0.020 0.128
#> SRR1696316 4 0.1313 0.8234 0.000 0.004 0.000 0.952 0.016 0.028
#> SRR1696317 1 0.0260 0.8150 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.1518 0.8117 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1696322 1 0.4986 0.5091 0.556 0.000 0.000 0.388 0.024 0.032
#> SRR1696321 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.3233 0.7580 0.828 0.000 0.000 0.132 0.024 0.016
#> SRR1696323 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.8144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3354 0.7511 0.824 0.000 0.000 0.028 0.020 0.128
#> SRR1696327 6 0.5578 -0.3589 0.448 0.000 0.000 0.052 0.040 0.460
#> SRR1696328 4 0.1675 0.8072 0.008 0.000 0.000 0.936 0.024 0.032
#> SRR1696329 4 0.0622 0.8283 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696330 4 0.3910 0.5349 0.000 0.328 0.000 0.660 0.004 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.969 0.988 0.4853 0.512 0.512
#> 3 3 1.000 0.967 0.983 0.2885 0.822 0.664
#> 4 4 0.994 0.952 0.982 0.0846 0.935 0.829
#> 5 5 0.876 0.845 0.889 0.0915 0.918 0.747
#> 6 6 0.871 0.855 0.906 0.0548 0.955 0.824
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696053 1 0.7815 0.702 0.768 0.232
#> SRR1696054 1 0.7815 0.702 0.768 0.232
#> SRR1696055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.5519 0.846 0.128 0.872
#> SRR1696119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696120 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696146 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696145 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696185 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696186 1 0.9552 0.415 0.624 0.376
#> SRR1696187 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696195 1 0.9686 0.374 0.604 0.396
#> SRR1696196 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696197 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696198 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.9922 0.146 0.448 0.552
#> SRR1696201 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0672 0.988 0.008 0.992
#> SRR1696211 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696215 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.9954 0.185 0.540 0.460
#> SRR1696216 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696219 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696239 1 0.7453 0.736 0.788 0.212
#> SRR1696240 1 0.7056 0.764 0.808 0.192
#> SRR1696241 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696259 1 0.9732 0.353 0.596 0.404
#> SRR1696261 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696269 1 0.9775 0.331 0.588 0.412
#> SRR1696271 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696275 1 0.3431 0.914 0.936 0.064
#> SRR1696276 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1696312 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.7219 0.753 0.800 0.200
#> SRR1696330 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696036 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696037 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696039 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696040 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696054 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0237 0.9901 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.4136 0.8301 0.020 0.864 0.116
#> SRR1696119 2 0.0892 0.9745 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696120 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696121 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696122 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0892 0.9745 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696145 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0237 0.9901 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696167 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0237 0.9901 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696186 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696187 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696189 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696188 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696190 2 0.3686 0.8253 0.140 0.860 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0424 0.9863 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696193 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696194 1 0.4178 0.8168 0.828 0.172 0.000
#> SRR1696195 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696196 1 0.1015 0.9470 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696197 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696198 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696199 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696200 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696201 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696202 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696203 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696205 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696204 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696206 2 0.0892 0.9745 0.020 0.980 0.000
#> SRR1696207 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696209 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696210 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696208 1 0.1015 0.9475 0.980 0.008 0.012
#> SRR1696212 1 0.1015 0.9470 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696211 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696213 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696214 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696215 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696217 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696216 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696218 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696219 1 0.1015 0.9475 0.980 0.008 0.012
#> SRR1696220 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696221 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696222 1 0.4842 0.7538 0.776 0.224 0.000
#> SRR1696224 3 0.2537 0.9058 0.080 0.000 0.920
#> SRR1696223 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696225 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696227 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696226 2 0.0424 0.9863 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696228 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696229 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696232 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696231 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696230 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696233 1 0.1015 0.9470 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696235 3 0.3412 0.8505 0.124 0.000 0.876
#> SRR1696234 1 0.1015 0.9475 0.980 0.008 0.012
#> SRR1696236 1 0.1015 0.9470 0.980 0.012 0.008
#> SRR1696237 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696238 1 0.2959 0.8823 0.900 0.100 0.000
#> SRR1696239 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696240 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696241 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696244 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696243 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696242 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696245 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696246 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696247 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696248 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696249 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696250 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696252 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696253 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696251 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696254 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696255 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696256 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696258 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696257 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696260 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696259 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696261 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696262 3 0.0592 0.9832 0.012 0.000 0.988
#> SRR1696263 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696265 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696264 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696266 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696267 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696269 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696271 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696270 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696268 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696272 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696275 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696276 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696277 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696279 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696278 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696280 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696281 1 0.1643 0.9279 0.956 0.044 0.000
#> SRR1696282 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696283 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696286 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696284 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696288 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696290 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696291 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696293 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696294 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696295 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696296 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696297 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696298 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696299 2 0.6307 -0.0486 0.488 0.512 0.000
#> SRR1696301 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696303 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696302 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696304 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696305 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696309 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696310 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696308 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696311 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696314 1 0.0892 0.9445 0.980 0.020 0.000
#> SRR1696312 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696313 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696315 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696316 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696317 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696318 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696319 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696320 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696322 3 0.6140 0.2868 0.404 0.000 0.596
#> SRR1696321 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696324 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696323 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696326 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696325 3 0.0000 0.9880 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696327 3 0.0892 0.9801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1696328 1 0.6244 0.2432 0.560 0.000 0.440
#> SRR1696329 1 0.0892 0.9476 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696330 1 0.4796 0.7597 0.780 0.220 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696029 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696030 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696031 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696032 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696033 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696034 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696041 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696042 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696118 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696119 3 0.0188 0.955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 3 0.4925 0.244 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696188 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.4730 0.404 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1696191 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.2216 0.892 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1696193 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696194 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696201 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.0188 0.932 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1696206 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696214 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 4 0.3837 0.707 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696219 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696220 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696221 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696222 4 0.3172 0.730 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1696224 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4643 0.461 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696237 1 0.2345 0.868 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696238 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696239 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696240 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696241 3 0.2216 0.864 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.4941 0.219 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4977 0.144 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1696260 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696271 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.3610 0.736 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1696279 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 4 0.1022 0.901 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1696280 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.2345 0.815 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1696286 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 3 0.4564 0.489 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696288 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696290 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.4605 0.530 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1696294 4 0.3942 0.691 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696295 4 0.2149 0.858 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1696296 4 0.3486 0.750 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1696297 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 4 0.4907 0.298 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1696301 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696303 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696305 4 0.3610 0.670 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1696306 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.2647 0.825 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696308 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696312 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4916 0.315 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1696322 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696330 4 0.0000 0.936 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696029 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696030 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696031 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696032 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696033 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696034 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696041 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696042 1 0.0566 0.9694 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696043 2 0.0162 0.9025 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696044 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696045 2 0.4161 -0.3779 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1696046 2 0.0404 0.8969 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696047 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696048 2 0.0404 0.8964 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696050 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696051 2 0.0162 0.9025 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0703 0.8826 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.1608 0.8243 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696062 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 5 0.4227 0.9135 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1696066 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696067 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696068 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 5 0.4114 0.9288 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0162 0.9016 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696074 5 0.4114 0.9288 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696077 2 0.0162 0.9025 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 5 0.4201 0.9312 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696080 2 0.0794 0.8814 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.3336 0.4344 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1121 0.8635 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696093 5 0.4161 0.9381 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.4287 -0.6597 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1696107 5 0.4192 0.9356 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696108 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.2929 0.5885 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696111 5 0.4171 0.9393 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 5 0.4161 0.9381 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1696115 2 0.1478 0.8248 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696116 2 0.3424 0.5208 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1696117 5 0.4114 0.9288 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696118 3 0.4101 0.5360 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1696119 3 0.4304 0.3432 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 5 0.4114 0.9288 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696127 2 0.0703 0.8822 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696128 5 0.4171 0.9393 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 5 0.4201 0.9312 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 5 0.4192 0.9356 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1696132 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696135 2 0.2127 0.7577 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 5 0.4779 0.8812 0.000 0.340 0.032 0.000 0.628
#> SRR1696137 2 0.1792 0.7915 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696138 5 0.4171 0.9393 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0290 0.8991 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696144 2 0.3999 -0.1603 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0162 0.9025 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0162 0.9026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 5 0.4101 0.9245 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1696160 2 0.2929 0.6120 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.1341 0.8485 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1696166 2 0.4291 -0.6457 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.1043 0.8678 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0609 0.8871 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 5 0.4201 0.9312 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1696174 2 0.0963 0.8728 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 5 0.4182 0.9391 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1696177 5 0.4268 0.8765 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.2179 0.7367 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 5 0.4101 0.9245 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1696182 5 0.4210 0.9048 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696183 5 0.4114 0.9258 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1696184 5 0.4210 0.9048 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1696185 3 0.0880 0.9171 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.0609 0.8150 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696188 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 5 0.6175 -0.0708 0.000 0.344 0.000 0.148 0.508
#> SRR1696191 2 0.1608 0.8136 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1696192 2 0.1741 0.8488 0.000 0.936 0.024 0.000 0.040
#> SRR1696193 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.5119 0.7393 0.000 0.048 0.000 0.592 0.360
#> SRR1696195 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0880 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0290 0.8147 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696201 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 4 0.5406 0.7248 0.000 0.068 0.000 0.572 0.360
#> SRR1696206 3 0.1121 0.9111 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 4 0.0794 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696212 4 0.0794 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696214 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696215 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696217 4 0.0162 0.8141 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 4 0.1043 0.7908 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696219 4 0.0794 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696220 4 0.4849 0.7461 0.000 0.032 0.000 0.608 0.360
#> SRR1696221 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696222 4 0.5783 0.6910 0.000 0.100 0.000 0.540 0.360
#> SRR1696224 1 0.1478 0.9181 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.4990 0.7439 0.000 0.040 0.000 0.600 0.360
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 5 0.4251 0.8480 0.000 0.316 0.012 0.000 0.672
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.5353 0.7277 0.000 0.064 0.000 0.576 0.360
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 4 0.0794 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696235 1 0.1478 0.9181 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696234 4 0.0290 0.8147 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696236 4 0.0794 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696237 4 0.4262 0.0745 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1696238 4 0.4990 0.7439 0.000 0.040 0.000 0.600 0.360
#> SRR1696239 4 0.4015 0.7511 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1696240 4 0.0510 0.8152 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696241 3 0.4062 0.7190 0.196 0.000 0.764 0.000 0.040
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 4 0.5000 0.7308 0.000 0.036 0.000 0.576 0.388
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.4908 0.3629 0.608 0.000 0.356 0.000 0.036
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.4969 0.3074 0.588 0.000 0.376 0.000 0.036
#> SRR1696260 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696259 4 0.0510 0.8152 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696261 1 0.0290 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696262 1 0.0579 0.9688 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.3895 0.3896 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9056 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.0703 0.8015 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696279 1 0.0290 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696278 4 0.5509 0.7172 0.000 0.076 0.000 0.564 0.360
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.4990 0.7439 0.000 0.040 0.000 0.600 0.360
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 4 0.5297 0.7317 0.000 0.060 0.000 0.580 0.360
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 3 0.5000 0.3326 0.388 0.000 0.576 0.000 0.036
#> SRR1696287 2 0.3999 0.3521 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1696285 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.5240 0.7340 0.000 0.056 0.000 0.584 0.360
#> SRR1696290 4 0.4990 0.7439 0.000 0.040 0.000 0.600 0.360
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.3983 0.3585 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0963 0.7929 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696294 4 0.0794 0.7989 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696295 4 0.0162 0.8120 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696296 4 0.0703 0.8015 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696297 1 0.0290 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.4990 0.2640 0.000 0.600 0.000 0.040 0.360
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3949 0.3711 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1696303 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.4849 0.7461 0.000 0.032 0.000 0.608 0.360
#> SRR1696305 4 0.5470 0.7200 0.000 0.072 0.000 0.564 0.364
#> SRR1696306 2 0.4201 0.1307 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0609 0.8036 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696308 4 0.4990 0.7439 0.000 0.040 0.000 0.600 0.360
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.4921 0.7455 0.000 0.036 0.000 0.604 0.360
#> SRR1696312 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.0963 0.9516 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696315 1 0.0290 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696316 4 0.0000 0.8133 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.1608 0.7588 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1696322 1 0.3210 0.7391 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0290 0.9731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696327 3 0.2570 0.8463 0.084 0.000 0.888 0.000 0.028
#> SRR1696328 1 0.3480 0.6889 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1696329 4 0.0290 0.8147 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696330 4 0.5406 0.7248 0.000 0.068 0.000 0.572 0.360
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696029 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696030 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696031 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696032 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696033 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696034 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696041 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696042 1 0.2704 0.8610 0.844 0.000 0.000 0.140 0.000 0.016
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.1753 0.8877 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1696045 6 0.3607 0.5911 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696046 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696047 2 0.2006 0.8678 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1696048 2 0.0291 0.9503 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696050 2 0.2006 0.8678 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0935 0.9323 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696056 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.1700 0.8939 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.2006 0.8678 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1696062 2 0.2146 0.8547 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 6 0.2838 0.7838 0.000 0.188 0.000 0.004 0.000 0.808
#> SRR1696066 6 0.1411 0.8933 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1696067 6 0.1411 0.8933 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1696068 2 0.2006 0.8678 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 6 0.1152 0.8903 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR1696071 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696072 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696073 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696074 6 0.1152 0.8903 0.000 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR1696075 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696076 6 0.1524 0.8930 0.000 0.060 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR1696077 2 0.0508 0.9459 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1696078 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696079 6 0.1588 0.8887 0.000 0.072 0.000 0.004 0.000 0.924
#> SRR1696080 2 0.0935 0.9323 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1696081 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.2597 0.7663 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.1082 0.9259 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 6 0.1204 0.8945 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696093 6 0.1082 0.8871 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 6 0.3830 0.5374 0.000 0.376 0.000 0.004 0.000 0.620
#> SRR1696107 6 0.1204 0.8948 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696108 2 0.1958 0.8719 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.3081 0.6931 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR1696111 6 0.1075 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696112 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696113 6 0.1075 0.8920 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1696115 2 0.0870 0.9385 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1696116 2 0.0777 0.9341 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696117 6 0.2006 0.8693 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000 0.892
#> SRR1696118 3 0.3864 0.0774 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1696119 6 0.2520 0.7354 0.000 0.000 0.152 0.004 0.000 0.844
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 6 0.2048 0.8617 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1696124 2 0.0146 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696126 6 0.1082 0.8870 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> SRR1696127 2 0.1010 0.9280 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1696128 6 0.1219 0.8932 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 6 0.2100 0.8596 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000 0.884
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 6 0.1267 0.8942 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1696132 6 0.1204 0.8945 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696135 2 0.1327 0.9047 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 6 0.0870 0.8520 0.000 0.012 0.012 0.004 0.000 0.972
#> SRR1696137 2 0.1700 0.8854 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1696138 6 0.1219 0.8932 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948
#> SRR1696139 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696143 2 0.0291 0.9503 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696144 2 0.3993 -0.0165 0.000 0.520 0.000 0.004 0.000 0.476
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0363 0.9477 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 6 0.1141 0.8936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 6 0.1010 0.8829 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000 0.960
#> SRR1696160 2 0.3217 0.7044 0.000 0.768 0.000 0.008 0.000 0.224
#> SRR1696161 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0146 0.9521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.1958 0.8719 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR1696166 6 0.3360 0.6801 0.000 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0713 0.9383 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 6 0.1644 0.8866 0.000 0.076 0.000 0.004 0.000 0.920
#> SRR1696174 2 0.1644 0.8948 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 6 0.1204 0.8945 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1696177 6 0.3221 0.7082 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.1610 0.8834 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 6 0.3196 0.8364 0.000 0.108 0.000 0.064 0.000 0.828
#> SRR1696182 6 0.3752 0.7857 0.000 0.164 0.000 0.064 0.000 0.772
#> SRR1696183 6 0.3285 0.8300 0.000 0.116 0.000 0.064 0.000 0.820
#> SRR1696184 6 0.3786 0.7811 0.000 0.168 0.000 0.064 0.000 0.768
#> SRR1696185 3 0.2846 0.8452 0.000 0.000 0.856 0.084 0.000 0.060
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.3518 0.5686 0.000 0.000 0.000 0.732 0.256 0.012
#> SRR1696188 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696190 5 0.5002 0.5902 0.000 0.088 0.000 0.144 0.712 0.056
#> SRR1696191 2 0.0837 0.9390 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1696192 2 0.2636 0.8370 0.000 0.860 0.016 0.004 0.000 0.120
#> SRR1696193 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696194 5 0.0260 0.8539 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696195 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696196 4 0.3868 0.6895 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.3706 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696201 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 5 0.0260 0.8539 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696206 3 0.4302 0.7215 0.000 0.000 0.728 0.116 0.000 0.156
#> SRR1696207 1 0.1701 0.8949 0.920 0.000 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1643 0.8955 0.924 0.000 0.000 0.068 0.000 0.008
#> SRR1696208 4 0.3817 0.7804 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696212 4 0.3833 0.7660 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696214 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696215 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696217 4 0.3620 0.8404 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1696216 1 0.2302 0.8617 0.872 0.000 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR1696218 4 0.3867 0.6247 0.128 0.000 0.000 0.780 0.088 0.004
#> SRR1696219 4 0.3833 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1696220 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696221 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696222 5 0.0363 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696224 1 0.3499 0.5038 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 6 0.3263 0.7573 0.000 0.020 0.004 0.160 0.004 0.812
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696232 5 0.0260 0.8539 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696231 1 0.0692 0.9208 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696230 1 0.2302 0.8617 0.872 0.000 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR1696233 4 0.3823 0.7762 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1696235 1 0.3446 0.5305 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1696234 4 0.3706 0.8257 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696236 4 0.3847 0.7495 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1696237 4 0.4028 0.5106 0.308 0.000 0.000 0.668 0.024 0.000
#> SRR1696238 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696239 5 0.3630 0.6330 0.000 0.000 0.000 0.212 0.756 0.032
#> SRR1696240 4 0.3866 0.6980 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1696241 3 0.6451 0.4976 0.200 0.000 0.508 0.244 0.000 0.048
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 5 0.1327 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.5341 0.6422 0.632 0.000 0.072 0.256 0.000 0.040
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.5418 0.6294 0.624 0.000 0.084 0.256 0.000 0.036
#> SRR1696260 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696259 4 0.3756 0.8100 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696261 1 0.1584 0.9014 0.928 0.000 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1696262 1 0.3104 0.8279 0.800 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696271 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696270 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.1584 0.8977 0.928 0.000 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1696274 2 0.4195 0.1653 0.000 0.548 0.000 0.004 0.440 0.008
#> SRR1696273 2 0.0405 0.9480 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696275 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 4 0.4272 0.8262 0.044 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000
#> SRR1696279 1 0.2531 0.8698 0.856 0.000 0.000 0.132 0.000 0.012
#> SRR1696278 5 0.0363 0.8502 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 5 0.0405 0.8522 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.6645 0.1364 0.432 0.000 0.296 0.232 0.000 0.040
#> SRR1696287 5 0.3782 0.2805 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1696285 4 0.3547 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1696288 5 0.0260 0.8539 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696290 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 5 0.3817 0.2214 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.4313 0.8226 0.048 0.000 0.000 0.668 0.284 0.000
#> SRR1696294 4 0.4272 0.8262 0.044 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000
#> SRR1696295 4 0.3729 0.8343 0.012 0.000 0.000 0.692 0.296 0.000
#> SRR1696296 4 0.4272 0.8262 0.044 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000
#> SRR1696297 1 0.3168 0.8230 0.792 0.000 0.000 0.192 0.000 0.016
#> SRR1696298 1 0.0146 0.9278 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696299 5 0.3482 0.4549 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.3867 0.0256 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1696303 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 5 0.1349 0.8092 0.000 0.004 0.000 0.056 0.940 0.000
#> SRR1696306 2 0.6894 0.1065 0.000 0.472 0.000 0.112 0.268 0.148
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.4272 0.8262 0.044 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000
#> SRR1696308 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0146 0.9286 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696314 5 0.0000 0.8539 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696313 1 0.4067 0.7308 0.700 0.000 0.000 0.260 0.000 0.040
#> SRR1696315 1 0.3104 0.8279 0.800 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1696316 4 0.3668 0.8468 0.004 0.000 0.000 0.668 0.328 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.4783 0.7291 0.128 0.000 0.000 0.668 0.204 0.000
#> SRR1696322 4 0.3864 0.1035 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0458 0.9245 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0146 0.9286 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9297 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.3168 0.8230 0.792 0.000 0.000 0.192 0.000 0.016
#> SRR1696327 3 0.5480 0.6360 0.120 0.000 0.628 0.224 0.000 0.028
#> SRR1696328 4 0.3804 0.2815 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1696329 4 0.3737 0.8167 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1696330 5 0.0260 0.8539 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.886 0.958 0.980 0.4354 0.570 0.570
#> 3 3 0.694 0.788 0.869 0.2569 0.839 0.738
#> 4 4 0.690 0.633 0.837 0.1703 0.813 0.652
#> 5 5 0.753 0.831 0.912 0.0317 0.909 0.781
#> 6 6 0.845 0.847 0.919 0.1610 0.854 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.3274 0.929 0.940 0.060
#> SRR1696036 1 0.3274 0.929 0.940 0.060
#> SRR1696037 1 0.3879 0.914 0.924 0.076
#> SRR1696039 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.3114 0.933 0.944 0.056
#> SRR1696040 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696054 2 0.1633 0.961 0.024 0.976
#> SRR1696055 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696120 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696121 1 0.6712 0.797 0.824 0.176
#> SRR1696122 1 0.3431 0.925 0.936 0.064
#> SRR1696125 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.1633 0.962 0.024 0.976
#> SRR1696145 2 0.1184 0.968 0.016 0.984
#> SRR1696148 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696188 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696190 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696194 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696196 2 0.3584 0.924 0.068 0.932
#> SRR1696197 2 0.7376 0.744 0.208 0.792
#> SRR1696198 2 0.7674 0.718 0.224 0.776
#> SRR1696199 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696201 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.4161 0.910 0.084 0.916
#> SRR1696212 2 0.4431 0.903 0.092 0.908
#> SRR1696211 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696215 1 0.7139 0.758 0.804 0.196
#> SRR1696217 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696216 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696218 2 0.9552 0.425 0.376 0.624
#> SRR1696219 2 0.4815 0.891 0.104 0.896
#> SRR1696220 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.5294 0.875 0.120 0.880
#> SRR1696232 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696233 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR1696235 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696234 2 0.4815 0.891 0.104 0.896
#> SRR1696236 2 0.0376 0.976 0.004 0.996
#> SRR1696237 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696238 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.2043 0.955 0.032 0.968
#> SRR1696240 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696241 2 0.5629 0.857 0.132 0.868
#> SRR1696244 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696253 2 0.5294 0.875 0.120 0.880
#> SRR1696251 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.8955 0.537 0.688 0.312
#> SRR1696260 1 0.2423 0.947 0.960 0.040
#> SRR1696259 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696261 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.7453 0.738 0.212 0.788
#> SRR1696264 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696271 1 0.6438 0.804 0.836 0.164
#> SRR1696270 2 0.9922 0.214 0.448 0.552
#> SRR1696268 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696276 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.1414 0.964 0.980 0.020
#> SRR1696279 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696287 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696288 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696293 1 0.2423 0.947 0.960 0.040
#> SRR1696294 1 0.2043 0.954 0.968 0.032
#> SRR1696295 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696296 1 0.9522 0.402 0.628 0.372
#> SRR1696297 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.2423 0.947 0.960 0.040
#> SRR1696308 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.1414 0.965 0.020 0.980
#> SRR1696313 2 0.5059 0.884 0.112 0.888
#> SRR1696315 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.5178 0.879 0.116 0.884
#> SRR1696317 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.5629 0.848 0.868 0.132
#> SRR1696322 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1696329 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1696330 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696029 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696030 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696031 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696032 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696033 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696034 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696035 1 0.5901 0.4481 0.768 0.192 0.040
#> SRR1696036 1 0.5951 0.4402 0.764 0.196 0.040
#> SRR1696037 1 0.6142 0.4068 0.748 0.212 0.040
#> SRR1696039 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696038 1 0.5746 0.4718 0.780 0.180 0.040
#> SRR1696040 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696041 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696042 3 0.5678 1.0000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.4842 0.8024 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696045 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696046 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696047 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 2 0.5404 0.7826 0.004 0.740 0.256
#> SRR1696054 2 0.5404 0.7826 0.004 0.740 0.256
#> SRR1696055 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.4974 0.7973 0.000 0.764 0.236
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696066 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696067 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696068 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696071 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696077 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696080 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0424 0.8864 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696082 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0424 0.8864 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.1529 0.8792 0.000 0.960 0.040
#> SRR1696093 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696107 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696108 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696111 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696115 2 0.5016 0.7959 0.000 0.760 0.240
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.4931 0.8003 0.000 0.768 0.232
#> SRR1696118 2 0.5178 0.7856 0.000 0.744 0.256
#> SRR1696119 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696120 2 0.5365 0.7857 0.004 0.744 0.252
#> SRR1696121 1 0.6195 0.2670 0.704 0.276 0.020
#> SRR1696122 1 0.5406 0.4274 0.780 0.200 0.020
#> SRR1696125 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696124 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696127 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696131 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696133 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696132 2 0.4605 0.8131 0.000 0.796 0.204
#> SRR1696135 2 0.4235 0.8265 0.000 0.824 0.176
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.5138 0.7886 0.000 0.748 0.252
#> SRR1696137 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696138 2 0.5058 0.7930 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696139 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696140 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696143 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696144 2 0.0747 0.8853 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696146 2 0.6834 0.7350 0.048 0.692 0.260
#> SRR1696145 2 0.6180 0.7601 0.024 0.716 0.260
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0747 0.8853 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0747 0.8853 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696160 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.2711 0.8628 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696167 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696174 2 0.0424 0.8864 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.5216 0.7837 0.000 0.740 0.260
#> SRR1696177 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0747 0.8853 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.5058 0.7930 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696182 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696183 2 0.5058 0.7930 0.000 0.756 0.244
#> SRR1696184 2 0.0592 0.8860 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696185 2 0.5443 0.7793 0.004 0.736 0.260
#> SRR1696186 2 0.5365 0.7857 0.004 0.744 0.252
#> SRR1696187 1 0.0237 0.7338 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696189 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696188 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696190 2 0.5291 0.7786 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696191 2 0.5138 0.7892 0.000 0.748 0.252
#> SRR1696192 2 0.5138 0.7891 0.000 0.748 0.252
#> SRR1696193 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696194 2 0.5291 0.7786 0.000 0.732 0.268
#> SRR1696195 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696196 2 0.9472 0.3563 0.204 0.480 0.316
#> SRR1696197 2 0.6226 0.7640 0.028 0.720 0.252
#> SRR1696198 2 0.8569 0.5866 0.196 0.608 0.196
#> SRR1696199 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.6855 0.6638 0.652 0.032 0.316
#> SRR1696201 2 0.2796 0.8546 0.000 0.908 0.092
#> SRR1696202 1 0.0237 0.7338 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696203 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.1163 0.7364 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696204 2 0.1289 0.8795 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696206 2 0.5443 0.7793 0.004 0.736 0.260
#> SRR1696207 1 0.5397 0.7102 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696209 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1529 0.7377 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696208 2 0.9985 -0.0693 0.324 0.360 0.316
#> SRR1696212 1 0.9947 0.2381 0.384 0.300 0.316
#> SRR1696211 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.5431 0.7643 0.000 0.716 0.284
#> SRR1696214 2 0.2537 0.8565 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696215 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696217 1 0.5902 0.6978 0.680 0.004 0.316
#> SRR1696216 1 0.5650 0.7031 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696218 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696219 1 0.8548 0.5323 0.568 0.120 0.312
#> SRR1696220 2 0.5560 0.7503 0.000 0.700 0.300
#> SRR1696221 2 0.2356 0.8592 0.000 0.928 0.072
#> SRR1696222 2 0.0424 0.8842 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696224 1 0.2959 0.7333 0.900 0.000 0.100
#> SRR1696223 1 0.0237 0.7338 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696225 2 0.1964 0.8585 0.000 0.944 0.056
#> SRR1696227 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.5553 0.7708 0.004 0.724 0.272
#> SRR1696228 1 0.1289 0.7366 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696229 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696232 2 0.1289 0.8795 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696231 1 0.2165 0.7336 0.936 0.000 0.064
#> SRR1696230 1 0.5291 0.7115 0.732 0.000 0.268
#> SRR1696233 2 0.6501 0.7106 0.020 0.664 0.316
#> SRR1696235 1 0.5650 0.7031 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696234 1 0.8976 0.4752 0.532 0.152 0.316
#> SRR1696236 2 0.5902 0.7295 0.004 0.680 0.316
#> SRR1696237 1 0.5397 0.7090 0.720 0.000 0.280
#> SRR1696238 2 0.5327 0.7752 0.000 0.728 0.272
#> SRR1696239 2 0.9877 0.1198 0.276 0.408 0.316
#> SRR1696240 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696241 1 0.9964 0.1205 0.356 0.352 0.292
#> SRR1696244 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.5397 0.7684 0.000 0.720 0.280
#> SRR1696245 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.6018 0.6976 0.684 0.008 0.308
#> SRR1696251 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.2261 0.7371 0.932 0.000 0.068
#> SRR1696258 1 0.1643 0.7360 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696257 1 0.5623 0.7056 0.716 0.004 0.280
#> SRR1696260 1 0.5560 0.7052 0.700 0.000 0.300
#> SRR1696259 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696261 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0424 0.7346 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696263 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.9756 0.1777 0.316 0.436 0.248
#> SRR1696264 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.1643 0.7358 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696267 1 0.2878 0.6096 0.904 0.000 0.096
#> SRR1696269 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696271 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696270 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696268 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.5016 0.7162 0.760 0.000 0.240
#> SRR1696274 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696273 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696275 1 0.5902 0.6978 0.680 0.004 0.316
#> SRR1696276 1 0.0424 0.7346 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696277 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696279 1 0.1411 0.7365 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696278 2 0.5327 0.7752 0.000 0.728 0.272
#> SRR1696280 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.2066 0.8584 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696282 1 0.4887 0.7178 0.772 0.000 0.228
#> SRR1696283 2 0.2959 0.8539 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696286 1 0.1753 0.7356 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696284 1 0.6143 0.6953 0.684 0.012 0.304
#> SRR1696287 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696288 2 0.1643 0.8778 0.000 0.956 0.044
#> SRR1696290 2 0.4654 0.8110 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696291 1 0.1529 0.7357 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696289 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 1 0.1529 0.7357 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696293 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696294 1 0.5650 0.7031 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696295 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696296 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696297 1 0.5650 0.7031 0.688 0.000 0.312
#> SRR1696298 1 0.5591 0.7051 0.696 0.000 0.304
#> SRR1696299 2 0.0000 0.8866 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0237 0.8866 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696303 2 0.2356 0.8592 0.000 0.928 0.072
#> SRR1696302 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.5621 0.7425 0.000 0.692 0.308
#> SRR1696305 2 0.2878 0.8620 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696306 2 0.5098 0.7913 0.000 0.752 0.248
#> SRR1696307 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696308 2 0.1753 0.8762 0.000 0.952 0.048
#> SRR1696311 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.2448 0.8587 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696312 2 0.8408 0.6040 0.128 0.600 0.272
#> SRR1696313 1 0.6625 0.6758 0.660 0.024 0.316
#> SRR1696315 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696317 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696322 1 0.2261 0.7328 0.932 0.000 0.068
#> SRR1696321 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0892 0.7360 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696323 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.7328 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.1753 0.7370 0.952 0.000 0.048
#> SRR1696328 1 0.5216 0.7125 0.740 0.000 0.260
#> SRR1696329 1 0.5678 0.7013 0.684 0.000 0.316
#> SRR1696330 2 0.1031 0.8793 0.000 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696029 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696030 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696031 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696032 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696033 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696034 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696035 1 0.7487 0.5188 0.568 0.184 0.016 0.232
#> SRR1696036 1 0.7454 0.5247 0.572 0.180 0.016 0.232
#> SRR1696037 1 0.7747 0.4598 0.532 0.220 0.016 0.232
#> SRR1696039 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696038 1 0.7350 0.5419 0.584 0.168 0.016 0.232
#> SRR1696040 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696041 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696042 3 0.5353 0.6105 0.012 0.000 0.556 0.432
#> SRR1696043 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696044 2 0.2704 0.5825 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1696045 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696046 2 0.4855 0.7169 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696047 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696048 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696050 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696051 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696052 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696053 2 0.1584 0.4180 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1696054 2 0.1584 0.4180 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1696055 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696057 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696049 2 0.4916 0.7196 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696056 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696059 2 0.1637 0.5341 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1696058 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696060 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696061 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696062 2 0.4916 0.7196 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696063 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696064 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696065 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696069 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696072 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696073 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.4907 0.7190 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696078 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696081 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696083 2 0.4817 0.7134 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1696082 2 0.4866 0.7177 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1696084 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696085 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696086 2 0.4804 0.7127 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1696087 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696088 2 0.4855 0.7169 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696091 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696089 2 0.4843 0.7160 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1696090 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696092 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696094 2 0.4277 0.6646 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1696093 2 0.0188 0.4822 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696095 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696096 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696097 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696098 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696099 2 0.4866 0.7170 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1696100 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696102 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696103 2 0.4855 0.7163 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696104 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696106 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696110 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696109 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696114 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.5538 -0.4284 0.000 0.644 0.036 0.320
#> SRR1696116 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696117 2 0.0592 0.4947 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696118 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696120 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 1 0.5582 0.5713 0.696 0.256 0.012 0.036
#> SRR1696122 1 0.4402 0.7886 0.828 0.096 0.012 0.064
#> SRR1696125 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696123 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.4888 0.7182 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696130 2 0.4916 0.7196 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696131 2 0.4855 0.7167 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.2973 0.6008 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1696135 2 0.2647 0.5851 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1696134 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0336 0.4857 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696139 2 0.4804 0.7124 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1696140 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696142 2 0.4925 0.7196 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1696141 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696143 2 0.4916 0.7196 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696144 2 0.4855 0.7169 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1696146 2 0.0657 0.4566 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696145 2 0.0188 0.4723 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696148 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696147 2 0.4761 0.7081 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1696149 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696150 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696151 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696152 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696153 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696154 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696155 2 0.4761 0.7081 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1696156 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696162 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696163 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696164 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696165 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696166 2 0.4072 0.6450 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.4866 0.7175 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1696168 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696171 2 0.4888 0.7186 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1696170 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696172 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.4907 0.7194 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1696176 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696175 2 0.0707 0.4459 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1696177 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696179 2 0.4761 0.7081 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1696180 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696181 2 0.0336 0.4857 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696182 2 0.4790 0.7113 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1696183 2 0.0336 0.4857 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1696184 2 0.4804 0.7127 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1696185 2 0.0188 0.4723 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696186 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696188 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696190 2 0.1557 0.3748 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696191 2 0.0469 0.4599 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696192 2 0.0927 0.4789 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1696193 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696194 2 0.4008 -0.2274 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1696195 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696196 4 0.5388 0.8163 0.012 0.456 0.000 0.532
#> SRR1696197 2 0.1917 0.4113 0.008 0.944 0.012 0.036
#> SRR1696198 2 0.2594 0.3770 0.032 0.920 0.012 0.036
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.5827 0.8298 0.032 0.436 0.000 0.532
#> SRR1696201 4 0.6876 0.2975 0.000 0.116 0.352 0.532
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696204 3 0.7761 -0.4048 0.000 0.340 0.416 0.244
#> SRR1696206 2 0.0188 0.4723 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696207 2 0.7905 -0.6469 0.312 0.368 0.000 0.320
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696208 4 0.5388 0.8163 0.012 0.456 0.000 0.532
#> SRR1696212 4 0.5488 0.8195 0.016 0.452 0.000 0.532
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.5827 0.7836 0.000 0.436 0.032 0.532
#> SRR1696214 4 0.6658 0.2580 0.000 0.092 0.376 0.532
#> SRR1696215 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696217 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696216 1 0.7281 -0.0958 0.468 0.380 0.000 0.152
#> SRR1696218 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696219 4 0.5750 0.8276 0.028 0.440 0.000 0.532
#> SRR1696220 4 0.5277 0.8012 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1696221 4 0.6708 0.2509 0.000 0.096 0.376 0.528
#> SRR1696222 3 0.7625 -0.4646 0.000 0.360 0.432 0.208
#> SRR1696224 1 0.4431 0.5555 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 4 0.5977 0.1523 0.000 0.040 0.432 0.528
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.0921 0.4313 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1696228 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696229 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696232 2 0.6443 0.6509 0.000 0.528 0.400 0.072
#> SRR1696231 1 0.0817 0.8955 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696230 1 0.3991 0.7187 0.808 0.172 0.000 0.020
#> SRR1696233 4 0.5653 0.8013 0.004 0.448 0.016 0.532
#> SRR1696235 4 0.6332 0.8086 0.064 0.404 0.000 0.532
#> SRR1696234 4 0.5827 0.8298 0.032 0.436 0.000 0.532
#> SRR1696236 4 0.4985 0.8039 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1696237 4 0.7315 0.5767 0.252 0.216 0.000 0.532
#> SRR1696238 2 0.4072 -0.2519 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1696239 4 0.5277 0.8123 0.008 0.460 0.000 0.532
#> SRR1696240 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696241 2 0.2563 0.2962 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.4040 -0.2387 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 2 0.3243 0.2122 0.036 0.876 0.000 0.088
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696258 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696257 2 0.4086 -0.0026 0.216 0.776 0.000 0.008
#> SRR1696260 4 0.6907 0.7555 0.120 0.348 0.000 0.532
#> SRR1696259 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0188 0.9083 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.1749 0.4147 0.024 0.952 0.012 0.012
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.5840 0.5138 0.656 0.296 0.012 0.036
#> SRR1696267 1 0.4468 0.7161 0.752 0.000 0.016 0.232
#> SRR1696269 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696271 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696270 4 0.5971 0.8287 0.040 0.428 0.000 0.532
#> SRR1696268 1 0.4468 0.7161 0.752 0.000 0.016 0.232
#> SRR1696272 1 0.0469 0.9041 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696274 2 0.4898 0.7188 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1696273 2 0.4916 0.7187 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1696275 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696276 1 0.0188 0.9083 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696277 4 0.6529 0.7950 0.080 0.388 0.000 0.532
#> SRR1696279 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696278 2 0.4040 -0.2387 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.6491 0.2170 0.000 0.076 0.396 0.528
#> SRR1696282 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696283 4 0.7300 0.4225 0.000 0.196 0.276 0.528
#> SRR1696286 1 0.0336 0.9066 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696284 2 0.4956 -0.2847 0.036 0.732 0.000 0.232
#> SRR1696287 2 0.4898 0.7190 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1696285 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696288 3 0.7869 -0.1921 0.000 0.276 0.368 0.356
#> SRR1696290 4 0.6876 0.6821 0.000 0.352 0.116 0.532
#> SRR1696291 1 0.7434 0.5290 0.576 0.184 0.016 0.224
#> SRR1696289 2 0.4933 0.7195 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1696292 1 0.5042 0.7030 0.764 0.184 0.012 0.040
#> SRR1696293 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696294 4 0.6529 0.7926 0.080 0.388 0.000 0.532
#> SRR1696295 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696296 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696297 2 0.7796 -0.7033 0.248 0.392 0.000 0.360
#> SRR1696298 4 0.6993 0.7393 0.132 0.336 0.000 0.532
#> SRR1696299 3 0.7421 -0.5299 0.000 0.400 0.432 0.168
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.6038 0.6791 0.000 0.532 0.424 0.044
#> SRR1696303 4 0.6747 0.2569 0.000 0.100 0.372 0.528
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.4985 0.8039 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1696305 2 0.7665 -0.3156 0.000 0.404 0.212 0.384
#> SRR1696306 2 0.0000 0.4786 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.6278 0.8126 0.060 0.408 0.000 0.532
#> SRR1696308 4 0.6875 0.2556 0.000 0.112 0.368 0.520
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.6626 0.2396 0.000 0.088 0.384 0.528
#> SRR1696312 2 0.1356 0.4106 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1696313 2 0.4988 -0.2985 0.036 0.728 0.000 0.236
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696322 1 0.4977 0.1879 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0188 0.9083 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.3356 0.7331 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1696328 4 0.4992 -0.0159 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1696329 4 0.5901 0.8314 0.036 0.432 0.000 0.532
#> SRR1696330 3 0.7314 -0.0822 0.000 0.152 0.424 0.424
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.1270 0.9304 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696036 3 0.1270 0.9304 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696037 3 0.1408 0.9318 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.1270 0.9304 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.3647 0.8374 0.000 0.816 0.052 0.132 0.000
#> SRR1696045 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696046 2 0.1579 0.8928 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.1270 0.9109 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696054 3 0.1270 0.9109 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1701 0.8901 0.000 0.936 0.048 0.016 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.3692 0.8354 0.000 0.812 0.052 0.136 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0798 0.8973 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696066 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696067 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696071 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696077 2 0.1750 0.8910 0.000 0.936 0.028 0.036 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.1041 0.8954 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696082 2 0.2221 0.8842 0.000 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.2149 0.8857 0.000 0.916 0.048 0.036 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.2139 0.8854 0.000 0.916 0.052 0.032 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.1668 0.8920 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.2450 0.8806 0.000 0.900 0.052 0.048 0.000
#> SRR1696093 2 0.3736 0.8332 0.000 0.808 0.052 0.140 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0510 0.8975 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0609 0.8971 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696107 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696111 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696115 4 0.5302 0.1538 0.000 0.412 0.052 0.536 0.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696117 2 0.3779 0.8314 0.000 0.804 0.052 0.144 0.000
#> SRR1696118 2 0.3944 0.8187 0.000 0.788 0.052 0.160 0.000
#> SRR1696119 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696120 2 0.3944 0.8187 0.000 0.788 0.052 0.160 0.000
#> SRR1696121 3 0.1270 0.9153 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.1270 0.9153 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696127 2 0.0290 0.8983 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696128 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.1774 0.8891 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1696131 2 0.0404 0.8981 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696133 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696132 2 0.3736 0.8342 0.000 0.808 0.052 0.140 0.000
#> SRR1696135 2 0.3409 0.8507 0.000 0.836 0.052 0.112 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696137 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696138 2 0.3692 0.8354 0.000 0.812 0.052 0.136 0.000
#> SRR1696139 2 0.1918 0.8891 0.000 0.928 0.036 0.036 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0162 0.8985 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1696141 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696143 2 0.1364 0.8934 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1696144 2 0.2221 0.8851 0.000 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR1696146 2 0.3821 0.7788 0.020 0.764 0.000 0.216 0.000
#> SRR1696145 2 0.3554 0.7911 0.004 0.776 0.004 0.216 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.2450 0.8804 0.000 0.900 0.052 0.048 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.2522 0.8789 0.000 0.896 0.052 0.052 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696160 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.2790 0.8724 0.000 0.880 0.052 0.068 0.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.1741 0.8910 0.000 0.936 0.040 0.024 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0324 0.8987 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696174 2 0.0290 0.8984 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.4305 0.7757 0.000 0.748 0.052 0.200 0.000
#> SRR1696177 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.2522 0.8789 0.000 0.896 0.052 0.052 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.3692 0.8354 0.000 0.812 0.052 0.136 0.000
#> SRR1696182 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696183 2 0.3692 0.8354 0.000 0.812 0.052 0.136 0.000
#> SRR1696184 2 0.2300 0.8830 0.000 0.908 0.052 0.040 0.000
#> SRR1696185 2 0.4059 0.8077 0.000 0.776 0.052 0.172 0.000
#> SRR1696186 2 0.3944 0.8187 0.000 0.788 0.052 0.160 0.000
#> SRR1696187 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696189 4 0.1270 0.7852 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696188 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696190 2 0.4800 0.6696 0.000 0.676 0.052 0.272 0.000
#> SRR1696191 2 0.4168 0.7952 0.000 0.764 0.052 0.184 0.000
#> SRR1696192 2 0.4168 0.7930 0.000 0.764 0.052 0.184 0.000
#> SRR1696193 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696194 4 0.5236 0.2466 0.000 0.380 0.052 0.568 0.000
#> SRR1696195 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696196 4 0.1270 0.7852 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696197 3 0.1270 0.9109 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696198 3 0.1270 0.9109 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.8012 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.3307 0.7267 0.000 0.104 0.052 0.844 0.000
#> SRR1696202 1 0.1341 0.9259 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696204 2 0.4410 0.0361 0.000 0.556 0.004 0.440 0.000
#> SRR1696206 2 0.4059 0.8077 0.000 0.776 0.052 0.172 0.000
#> SRR1696207 4 0.4283 -0.0122 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696208 4 0.1197 0.7872 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696212 4 0.0162 0.8008 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 4 0.1965 0.7785 0.000 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR1696214 4 0.2891 0.6779 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696215 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696217 4 0.0566 0.8002 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1696216 1 0.4306 0.1287 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1696218 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696219 4 0.1774 0.7794 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> SRR1696220 4 0.1774 0.7794 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> SRR1696221 4 0.2891 0.6779 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696222 2 0.3661 0.5127 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1696224 1 0.4268 0.3067 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1696223 1 0.1410 0.9241 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696225 4 0.3305 0.6211 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.4681 0.7051 0.000 0.696 0.052 0.252 0.000
#> SRR1696228 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696229 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696232 2 0.2930 0.7712 0.000 0.832 0.004 0.164 0.000
#> SRR1696231 1 0.1908 0.8981 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696230 1 0.2732 0.8024 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1696233 4 0.1774 0.7794 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> SRR1696235 4 0.0703 0.7858 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696234 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696236 4 0.1197 0.7871 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1696237 4 0.1043 0.7726 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1696238 4 0.5226 0.2597 0.000 0.376 0.052 0.572 0.000
#> SRR1696239 4 0.1270 0.7852 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696240 4 0.1270 0.7852 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696241 2 0.4114 0.5340 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0609 0.9409 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696242 4 0.5236 0.2466 0.000 0.380 0.052 0.568 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 2 0.4331 0.4616 0.004 0.596 0.000 0.400 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696258 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696257 2 0.6682 0.0793 0.368 0.396 0.000 0.236 0.000
#> SRR1696260 4 0.0290 0.7994 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.8012 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.1478 0.9220 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 2 0.7208 0.3042 0.040 0.476 0.288 0.196 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.3958 0.7043 0.184 0.000 0.776 0.040 0.000
#> SRR1696267 3 0.1270 0.9304 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696269 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696271 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696270 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696268 3 0.1270 0.9304 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1696272 1 0.1732 0.9096 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1696274 2 0.0510 0.8970 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696273 2 0.0404 0.8970 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1696275 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696276 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696277 4 0.0510 0.7929 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696279 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696278 4 0.5236 0.2466 0.000 0.380 0.052 0.568 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 4 0.3109 0.6535 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1696282 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696283 4 0.3123 0.6738 0.000 0.184 0.004 0.812 0.000
#> SRR1696286 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696284 4 0.4138 0.2838 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1696287 2 0.0510 0.8975 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696285 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696288 4 0.4789 0.4229 0.000 0.392 0.024 0.584 0.000
#> SRR1696290 4 0.2726 0.7598 0.000 0.064 0.052 0.884 0.000
#> SRR1696291 3 0.1469 0.9311 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1696289 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.1270 0.9153 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696294 4 0.0703 0.7858 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1696295 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696296 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696297 4 0.3636 0.5082 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1696298 4 0.1270 0.7571 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1696299 2 0.3395 0.5996 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.1341 0.8701 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696303 4 0.3321 0.7071 0.000 0.136 0.032 0.832 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 4 0.1774 0.7794 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> SRR1696305 4 0.5193 0.4122 0.000 0.364 0.052 0.584 0.000
#> SRR1696306 2 0.3821 0.8284 0.000 0.800 0.052 0.148 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 4 0.0290 0.7994 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696308 4 0.3304 0.6882 0.000 0.168 0.016 0.816 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 4 0.2891 0.6779 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1696312 2 0.4047 0.6392 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR1696313 4 0.4857 0.4127 0.000 0.324 0.040 0.636 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696322 4 0.3999 0.3461 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.1544 0.9198 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.1270 0.9271 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696328 4 0.2966 0.6042 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1696329 4 0.0162 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696330 4 0.4126 0.4741 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 3 0.0146 0.9566 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR1696036 3 0.0146 0.9566 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR1696037 3 0.0146 0.9566 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR1696039 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 3 0.0146 0.9566 0.000 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR1696040 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696044 2 0.3866 -0.0366 0.000 0.516 0.000 0.000 0 0.484
#> SRR1696045 6 0.1610 0.8863 0.000 0.084 0.000 0.000 0 0.916
#> SRR1696046 2 0.2883 0.7179 0.000 0.788 0.000 0.000 0 0.212
#> SRR1696047 2 0.1141 0.8936 0.000 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696050 2 0.0547 0.9142 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696053 3 0.1556 0.9538 0.000 0.000 0.920 0.000 0 0.080
#> SRR1696054 3 0.1556 0.9538 0.000 0.000 0.920 0.000 0 0.080
#> SRR1696055 2 0.0458 0.9168 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696049 2 0.3221 0.6263 0.000 0.736 0.000 0.000 0 0.264
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696059 6 0.2454 0.8257 0.000 0.160 0.000 0.000 0 0.840
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696061 2 0.2664 0.7519 0.000 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> SRR1696062 6 0.3867 0.1706 0.000 0.488 0.000 0.000 0 0.512
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696065 6 0.2454 0.8268 0.000 0.160 0.000 0.000 0 0.840
#> SRR1696066 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696067 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696068 2 0.0865 0.9045 0.000 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696070 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696071 2 0.2697 0.7451 0.000 0.812 0.000 0.000 0 0.188
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696074 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696075 2 0.1327 0.8809 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696076 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696077 2 0.3390 0.5510 0.000 0.704 0.000 0.000 0 0.296
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696079 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696080 2 0.2416 0.7878 0.000 0.844 0.000 0.000 0 0.156
#> SRR1696081 2 0.0146 0.9222 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696083 2 0.3050 0.6872 0.000 0.764 0.000 0.000 0 0.236
#> SRR1696082 2 0.3151 0.6551 0.000 0.748 0.000 0.000 0 0.252
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696086 6 0.3868 0.0793 0.000 0.492 0.000 0.000 0 0.508
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696088 2 0.3756 0.2885 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.400
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696089 2 0.1957 0.8379 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696094 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696093 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696099 2 0.0937 0.8999 0.000 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696103 2 0.1610 0.8630 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696105 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696107 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696108 2 0.0146 0.9223 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696109 6 0.3050 0.7457 0.000 0.236 0.000 0.000 0 0.764
#> SRR1696111 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696113 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696115 6 0.5209 0.1617 0.000 0.092 0.000 0.416 0 0.492
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696117 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696118 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696119 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696120 6 0.1471 0.8751 0.000 0.064 0.004 0.000 0 0.932
#> SRR1696121 3 0.1556 0.9542 0.000 0.000 0.920 0.000 0 0.080
#> SRR1696122 3 0.1387 0.9560 0.000 0.000 0.932 0.000 0 0.068
#> SRR1696125 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696124 2 0.1204 0.8900 0.000 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696126 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696127 2 0.0937 0.8999 0.000 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696128 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696130 6 0.2697 0.7940 0.000 0.188 0.000 0.000 0 0.812
#> SRR1696131 2 0.1863 0.8428 0.000 0.896 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696133 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696132 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696135 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696136 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696137 6 0.1814 0.8765 0.000 0.100 0.000 0.000 0 0.900
#> SRR1696138 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696139 2 0.2941 0.6980 0.000 0.780 0.000 0.000 0 0.220
#> SRR1696140 2 0.0790 0.9075 0.000 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> SRR1696142 2 0.0363 0.9189 0.000 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> SRR1696141 2 0.2762 0.7353 0.000 0.804 0.000 0.000 0 0.196
#> SRR1696143 2 0.2454 0.7889 0.000 0.840 0.000 0.000 0 0.160
#> SRR1696144 6 0.2823 0.7807 0.000 0.204 0.000 0.000 0 0.796
#> SRR1696146 6 0.2653 0.8375 0.000 0.064 0.004 0.056 0 0.876
#> SRR1696145 6 0.2442 0.8479 0.000 0.068 0.000 0.048 0 0.884
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696147 2 0.3838 0.1470 0.000 0.552 0.000 0.000 0 0.448
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696155 6 0.1863 0.8744 0.000 0.104 0.000 0.000 0 0.896
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696157 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696159 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696160 6 0.1814 0.8769 0.000 0.100 0.000 0.000 0 0.900
#> SRR1696161 2 0.0260 0.9205 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696165 2 0.0632 0.9117 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696166 6 0.3198 0.7105 0.000 0.260 0.000 0.000 0 0.740
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696169 2 0.3076 0.6801 0.000 0.760 0.000 0.000 0 0.240
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696171 2 0.3266 0.6276 0.000 0.728 0.000 0.000 0 0.272
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696173 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696174 2 0.2762 0.7380 0.000 0.804 0.000 0.000 0 0.196
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696175 6 0.1745 0.8782 0.000 0.068 0.000 0.012 0 0.920
#> SRR1696177 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696179 6 0.2378 0.8349 0.000 0.152 0.000 0.000 0 0.848
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696181 6 0.1610 0.8863 0.000 0.084 0.000 0.000 0 0.916
#> SRR1696182 6 0.3868 0.0622 0.000 0.496 0.000 0.000 0 0.504
#> SRR1696183 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696184 2 0.3782 0.2642 0.000 0.588 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR1696185 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696186 6 0.1471 0.8751 0.000 0.064 0.004 0.000 0 0.932
#> SRR1696187 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696189 4 0.2300 0.7915 0.000 0.000 0.000 0.856 0 0.144
#> SRR1696188 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696190 6 0.4570 0.5545 0.000 0.064 0.000 0.292 0 0.644
#> SRR1696191 6 0.4700 0.5678 0.000 0.076 0.000 0.288 0 0.636
#> SRR1696192 6 0.5005 0.6444 0.000 0.192 0.000 0.164 0 0.644
#> SRR1696193 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696194 4 0.3316 0.7437 0.000 0.052 0.000 0.812 0 0.136
#> SRR1696195 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696196 4 0.1204 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.944 0 0.056
#> SRR1696197 3 0.1444 0.9540 0.000 0.000 0.928 0.000 0 0.072
#> SRR1696198 3 0.1327 0.9530 0.000 0.000 0.936 0.000 0 0.064
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 4 0.0146 0.8772 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.004
#> SRR1696201 4 0.1444 0.8512 0.000 0.000 0.000 0.928 0 0.072
#> SRR1696202 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696204 4 0.3714 0.4805 0.000 0.340 0.000 0.656 0 0.004
#> SRR1696206 6 0.1556 0.8881 0.000 0.080 0.000 0.000 0 0.920
#> SRR1696207 1 0.3934 0.4585 0.616 0.000 0.000 0.376 0 0.008
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696210 1 0.1387 0.9249 0.932 0.000 0.000 0.068 0 0.000
#> SRR1696208 4 0.0937 0.8668 0.000 0.000 0.000 0.960 0 0.040
#> SRR1696212 4 0.0146 0.8772 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.004
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 4 0.1444 0.8512 0.000 0.000 0.000 0.928 0 0.072
#> SRR1696214 4 0.1501 0.8334 0.000 0.076 0.000 0.924 0 0.000
#> SRR1696215 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696217 4 0.0363 0.8755 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0.012
#> SRR1696216 4 0.3868 -0.0662 0.496 0.000 0.000 0.504 0 0.000
#> SRR1696218 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696219 4 0.1204 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.944 0 0.056
#> SRR1696220 4 0.1501 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.924 0 0.076
#> SRR1696221 4 0.1753 0.8269 0.000 0.084 0.000 0.912 0 0.004
#> SRR1696222 2 0.1501 0.8579 0.000 0.924 0.000 0.076 0 0.000
#> SRR1696224 1 0.3659 0.4990 0.636 0.000 0.000 0.364 0 0.000
#> SRR1696223 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696225 4 0.2941 0.6655 0.000 0.220 0.000 0.780 0 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696226 6 0.1779 0.8743 0.000 0.064 0.000 0.016 0 0.920
#> SRR1696228 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696232 2 0.4482 0.2835 0.000 0.580 0.000 0.384 0 0.036
#> SRR1696231 1 0.1765 0.8984 0.904 0.000 0.000 0.096 0 0.000
#> SRR1696230 1 0.1610 0.9111 0.916 0.000 0.000 0.084 0 0.000
#> SRR1696233 4 0.1204 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.944 0 0.056
#> SRR1696235 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696236 4 0.1141 0.8617 0.000 0.000 0.000 0.948 0 0.052
#> SRR1696237 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696238 4 0.3624 0.7149 0.000 0.060 0.000 0.784 0 0.156
#> SRR1696239 4 0.3309 0.6271 0.000 0.000 0.000 0.720 0 0.280
#> SRR1696240 4 0.1204 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.944 0 0.056
#> SRR1696241 6 0.2744 0.8369 0.000 0.064 0.000 0.072 0 0.864
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.0363 0.9515 0.988 0.000 0.000 0.012 0 0.000
#> SRR1696242 4 0.4181 0.5937 0.000 0.052 0.000 0.700 0 0.248
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696253 6 0.4149 0.6835 0.000 0.064 0.000 0.216 0 0.720
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.1387 0.9249 0.932 0.000 0.000 0.068 0 0.000
#> SRR1696258 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696257 6 0.4040 0.7544 0.092 0.056 0.000 0.056 0 0.796
#> SRR1696260 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696259 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696262 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 6 0.2653 0.8375 0.000 0.064 0.004 0.056 0 0.876
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 6 0.5095 0.2382 0.104 0.000 0.312 0.000 0 0.584
#> SRR1696267 3 0.0363 0.9569 0.000 0.000 0.988 0.000 0 0.012
#> SRR1696269 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696271 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696270 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696268 3 0.0363 0.9569 0.000 0.000 0.988 0.000 0 0.012
#> SRR1696272 1 0.1610 0.9107 0.916 0.000 0.000 0.084 0 0.000
#> SRR1696274 2 0.0458 0.9163 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696273 2 0.1663 0.8661 0.000 0.912 0.000 0.000 0 0.088
#> SRR1696275 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696276 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696279 1 0.1267 0.9309 0.940 0.000 0.000 0.060 0 0.000
#> SRR1696278 4 0.3837 0.6721 0.000 0.052 0.000 0.752 0 0.196
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 4 0.3023 0.6491 0.000 0.232 0.000 0.768 0 0.000
#> SRR1696282 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696283 4 0.3658 0.6548 0.000 0.216 0.000 0.752 0 0.032
#> SRR1696286 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696284 6 0.4427 0.5887 0.000 0.056 0.000 0.284 0 0.660
#> SRR1696287 2 0.0146 0.9223 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696285 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696288 4 0.2510 0.8070 0.000 0.100 0.000 0.872 0 0.028
#> SRR1696290 4 0.1501 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.924 0 0.076
#> SRR1696291 3 0.0937 0.9350 0.000 0.000 0.960 0.000 0 0.040
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696292 3 0.1910 0.8309 0.000 0.000 0.892 0.000 0 0.108
#> SRR1696293 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696295 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696296 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696297 4 0.3888 0.5620 0.252 0.000 0.000 0.716 0 0.032
#> SRR1696298 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696299 2 0.0363 0.9124 0.000 0.988 0.000 0.012 0 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696300 2 0.0146 0.9203 0.000 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> SRR1696303 4 0.1713 0.8572 0.000 0.028 0.000 0.928 0 0.044
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 4 0.1387 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1696305 4 0.5775 0.2541 0.000 0.192 0.000 0.480 0 0.328
#> SRR1696306 6 0.3126 0.7222 0.000 0.248 0.000 0.000 0 0.752
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696308 4 0.1908 0.8462 0.000 0.056 0.000 0.916 0 0.028
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696314 4 0.1444 0.8363 0.000 0.072 0.000 0.928 0 0.000
#> SRR1696312 6 0.2956 0.8237 0.000 0.064 0.000 0.088 0 0.848
#> SRR1696313 6 0.4147 0.6534 0.000 0.060 0.000 0.224 0 0.716
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696316 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696320 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696322 4 0.3620 0.3875 0.352 0.000 0.000 0.648 0 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696324 1 0.1204 0.9338 0.944 0.000 0.000 0.056 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR1696327 1 0.3123 0.7792 0.824 0.000 0.000 0.040 0 0.136
#> SRR1696328 4 0.1910 0.7813 0.108 0.000 0.000 0.892 0 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.8777 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696330 4 0.2912 0.6751 0.000 0.216 0.000 0.784 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.1857 0.815 0.815
#> 3 3 1.000 0.970 0.989 2.1647 0.598 0.507
#> 4 4 0.844 0.834 0.852 0.0916 0.988 0.972
#> 5 5 0.910 0.926 0.946 0.0348 0.903 0.774
#> 6 6 0.709 0.500 0.748 0.1053 0.896 0.717
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0 1 1 0
#> SRR1696029 1 0 1 1 0
#> SRR1696030 1 0 1 1 0
#> SRR1696031 1 0 1 1 0
#> SRR1696032 1 0 1 1 0
#> SRR1696033 1 0 1 1 0
#> SRR1696034 1 0 1 1 0
#> SRR1696035 1 0 1 1 0
#> SRR1696036 1 0 1 1 0
#> SRR1696037 1 0 1 1 0
#> SRR1696039 1 0 1 1 0
#> SRR1696038 1 0 1 1 0
#> SRR1696040 1 0 1 1 0
#> SRR1696041 1 0 1 1 0
#> SRR1696042 1 0 1 1 0
#> SRR1696043 2 0 1 0 1
#> SRR1696044 2 0 1 0 1
#> SRR1696045 2 0 1 0 1
#> SRR1696046 2 0 1 0 1
#> SRR1696047 2 0 1 0 1
#> SRR1696048 2 0 1 0 1
#> SRR1696050 2 0 1 0 1
#> SRR1696051 2 0 1 0 1
#> SRR1696052 2 0 1 0 1
#> SRR1696053 1 0 1 1 0
#> SRR1696054 1 0 1 1 0
#> SRR1696055 2 0 1 0 1
#> SRR1696057 2 0 1 0 1
#> SRR1696049 2 0 1 0 1
#> SRR1696056 2 0 1 0 1
#> SRR1696059 2 0 1 0 1
#> SRR1696058 2 0 1 0 1
#> SRR1696060 2 0 1 0 1
#> SRR1696061 2 0 1 0 1
#> SRR1696062 2 0 1 0 1
#> SRR1696063 2 0 1 0 1
#> SRR1696064 2 0 1 0 1
#> SRR1696065 2 0 1 0 1
#> SRR1696066 2 0 1 0 1
#> SRR1696067 2 0 1 0 1
#> SRR1696068 2 0 1 0 1
#> SRR1696069 2 0 1 0 1
#> SRR1696070 2 0 1 0 1
#> SRR1696071 2 0 1 0 1
#> SRR1696072 2 0 1 0 1
#> SRR1696073 2 0 1 0 1
#> SRR1696074 2 0 1 0 1
#> SRR1696075 2 0 1 0 1
#> SRR1696076 2 0 1 0 1
#> SRR1696077 2 0 1 0 1
#> SRR1696078 2 0 1 0 1
#> SRR1696079 2 0 1 0 1
#> SRR1696080 2 0 1 0 1
#> SRR1696081 2 0 1 0 1
#> SRR1696083 2 0 1 0 1
#> SRR1696082 2 0 1 0 1
#> SRR1696084 2 0 1 0 1
#> SRR1696085 2 0 1 0 1
#> SRR1696086 2 0 1 0 1
#> SRR1696087 2 0 1 0 1
#> SRR1696088 2 0 1 0 1
#> SRR1696091 2 0 1 0 1
#> SRR1696089 2 0 1 0 1
#> SRR1696090 2 0 1 0 1
#> SRR1696092 2 0 1 0 1
#> SRR1696094 2 0 1 0 1
#> SRR1696093 2 0 1 0 1
#> SRR1696095 2 0 1 0 1
#> SRR1696096 2 0 1 0 1
#> SRR1696097 2 0 1 0 1
#> SRR1696098 2 0 1 0 1
#> SRR1696099 2 0 1 0 1
#> SRR1696100 2 0 1 0 1
#> SRR1696102 2 0 1 0 1
#> SRR1696103 2 0 1 0 1
#> SRR1696104 2 0 1 0 1
#> SRR1696105 2 0 1 0 1
#> SRR1696107 2 0 1 0 1
#> SRR1696108 2 0 1 0 1
#> SRR1696106 2 0 1 0 1
#> SRR1696110 2 0 1 0 1
#> SRR1696109 2 0 1 0 1
#> SRR1696111 2 0 1 0 1
#> SRR1696112 2 0 1 0 1
#> SRR1696114 2 0 1 0 1
#> SRR1696113 2 0 1 0 1
#> SRR1696115 2 0 1 0 1
#> SRR1696116 2 0 1 0 1
#> SRR1696117 2 0 1 0 1
#> SRR1696118 2 0 1 0 1
#> SRR1696119 2 0 1 0 1
#> SRR1696120 1 0 1 1 0
#> SRR1696121 1 0 1 1 0
#> SRR1696122 1 0 1 1 0
#> SRR1696125 2 0 1 0 1
#> SRR1696124 2 0 1 0 1
#> SRR1696123 2 0 1 0 1
#> SRR1696126 2 0 1 0 1
#> SRR1696127 2 0 1 0 1
#> SRR1696128 2 0 1 0 1
#> SRR1696129 2 0 1 0 1
#> SRR1696130 2 0 1 0 1
#> SRR1696131 2 0 1 0 1
#> SRR1696133 2 0 1 0 1
#> SRR1696132 2 0 1 0 1
#> SRR1696135 2 0 1 0 1
#> SRR1696134 2 0 1 0 1
#> SRR1696136 2 0 1 0 1
#> SRR1696137 2 0 1 0 1
#> SRR1696138 2 0 1 0 1
#> SRR1696139 2 0 1 0 1
#> SRR1696140 2 0 1 0 1
#> SRR1696142 2 0 1 0 1
#> SRR1696141 2 0 1 0 1
#> SRR1696143 2 0 1 0 1
#> SRR1696144 2 0 1 0 1
#> SRR1696146 1 0 1 1 0
#> SRR1696145 1 0 1 1 0
#> SRR1696148 2 0 1 0 1
#> SRR1696147 2 0 1 0 1
#> SRR1696149 2 0 1 0 1
#> SRR1696150 2 0 1 0 1
#> SRR1696151 2 0 1 0 1
#> SRR1696152 2 0 1 0 1
#> SRR1696153 2 0 1 0 1
#> SRR1696154 2 0 1 0 1
#> SRR1696155 2 0 1 0 1
#> SRR1696156 2 0 1 0 1
#> SRR1696157 2 0 1 0 1
#> SRR1696158 2 0 1 0 1
#> SRR1696159 2 0 1 0 1
#> SRR1696160 2 0 1 0 1
#> SRR1696161 2 0 1 0 1
#> SRR1696162 2 0 1 0 1
#> SRR1696163 2 0 1 0 1
#> SRR1696164 2 0 1 0 1
#> SRR1696165 2 0 1 0 1
#> SRR1696166 2 0 1 0 1
#> SRR1696167 2 0 1 0 1
#> SRR1696169 2 0 1 0 1
#> SRR1696168 2 0 1 0 1
#> SRR1696171 2 0 1 0 1
#> SRR1696170 2 0 1 0 1
#> SRR1696172 2 0 1 0 1
#> SRR1696173 2 0 1 0 1
#> SRR1696174 2 0 1 0 1
#> SRR1696176 2 0 1 0 1
#> SRR1696175 2 0 1 0 1
#> SRR1696177 2 0 1 0 1
#> SRR1696178 2 0 1 0 1
#> SRR1696179 2 0 1 0 1
#> SRR1696180 2 0 1 0 1
#> SRR1696181 2 0 1 0 1
#> SRR1696182 2 0 1 0 1
#> SRR1696183 2 0 1 0 1
#> SRR1696184 2 0 1 0 1
#> SRR1696185 2 0 1 0 1
#> SRR1696186 1 0 1 1 0
#> SRR1696187 2 0 1 0 1
#> SRR1696189 2 0 1 0 1
#> SRR1696188 2 0 1 0 1
#> SRR1696190 2 0 1 0 1
#> SRR1696191 2 0 1 0 1
#> SRR1696192 2 0 1 0 1
#> SRR1696193 2 0 1 0 1
#> SRR1696194 2 0 1 0 1
#> SRR1696195 2 0 1 0 1
#> SRR1696196 2 0 1 0 1
#> SRR1696197 1 0 1 1 0
#> SRR1696198 1 0 1 1 0
#> SRR1696199 2 0 1 0 1
#> SRR1696200 2 0 1 0 1
#> SRR1696201 2 0 1 0 1
#> SRR1696202 2 0 1 0 1
#> SRR1696203 2 0 1 0 1
#> SRR1696205 2 0 1 0 1
#> SRR1696204 2 0 1 0 1
#> SRR1696206 2 0 1 0 1
#> SRR1696207 2 0 1 0 1
#> SRR1696209 2 0 1 0 1
#> SRR1696210 2 0 1 0 1
#> SRR1696208 2 0 1 0 1
#> SRR1696212 2 0 1 0 1
#> SRR1696211 2 0 1 0 1
#> SRR1696213 2 0 1 0 1
#> SRR1696214 2 0 1 0 1
#> SRR1696215 2 0 1 0 1
#> SRR1696217 2 0 1 0 1
#> SRR1696216 2 0 1 0 1
#> SRR1696218 2 0 1 0 1
#> SRR1696219 2 0 1 0 1
#> SRR1696220 2 0 1 0 1
#> SRR1696221 2 0 1 0 1
#> SRR1696222 2 0 1 0 1
#> SRR1696224 2 0 1 0 1
#> SRR1696223 2 0 1 0 1
#> SRR1696225 2 0 1 0 1
#> SRR1696227 2 0 1 0 1
#> SRR1696226 2 0 1 0 1
#> SRR1696228 2 0 1 0 1
#> SRR1696229 2 0 1 0 1
#> SRR1696232 2 0 1 0 1
#> SRR1696231 2 0 1 0 1
#> SRR1696230 2 0 1 0 1
#> SRR1696233 2 0 1 0 1
#> SRR1696235 2 0 1 0 1
#> SRR1696234 2 0 1 0 1
#> SRR1696236 2 0 1 0 1
#> SRR1696237 2 0 1 0 1
#> SRR1696238 2 0 1 0 1
#> SRR1696239 2 0 1 0 1
#> SRR1696240 2 0 1 0 1
#> SRR1696241 2 0 1 0 1
#> SRR1696244 2 0 1 0 1
#> SRR1696243 2 0 1 0 1
#> SRR1696242 2 0 1 0 1
#> SRR1696245 2 0 1 0 1
#> SRR1696246 2 0 1 0 1
#> SRR1696247 2 0 1 0 1
#> SRR1696248 2 0 1 0 1
#> SRR1696249 2 0 1 0 1
#> SRR1696250 2 0 1 0 1
#> SRR1696252 2 0 1 0 1
#> SRR1696253 2 0 1 0 1
#> SRR1696251 2 0 1 0 1
#> SRR1696254 2 0 1 0 1
#> SRR1696255 2 0 1 0 1
#> SRR1696256 2 0 1 0 1
#> SRR1696258 2 0 1 0 1
#> SRR1696257 2 0 1 0 1
#> SRR1696260 2 0 1 0 1
#> SRR1696259 2 0 1 0 1
#> SRR1696261 2 0 1 0 1
#> SRR1696262 2 0 1 0 1
#> SRR1696263 2 0 1 0 1
#> SRR1696265 1 0 1 1 0
#> SRR1696264 2 0 1 0 1
#> SRR1696266 1 0 1 1 0
#> SRR1696267 1 0 1 1 0
#> SRR1696269 2 0 1 0 1
#> SRR1696271 2 0 1 0 1
#> SRR1696270 2 0 1 0 1
#> SRR1696268 1 0 1 1 0
#> SRR1696272 2 0 1 0 1
#> SRR1696274 2 0 1 0 1
#> SRR1696273 2 0 1 0 1
#> SRR1696275 2 0 1 0 1
#> SRR1696276 2 0 1 0 1
#> SRR1696277 2 0 1 0 1
#> SRR1696279 2 0 1 0 1
#> SRR1696278 2 0 1 0 1
#> SRR1696280 2 0 1 0 1
#> SRR1696281 2 0 1 0 1
#> SRR1696282 2 0 1 0 1
#> SRR1696283 2 0 1 0 1
#> SRR1696286 2 0 1 0 1
#> SRR1696284 2 0 1 0 1
#> SRR1696287 2 0 1 0 1
#> SRR1696285 2 0 1 0 1
#> SRR1696288 2 0 1 0 1
#> SRR1696290 2 0 1 0 1
#> SRR1696291 1 0 1 1 0
#> SRR1696289 2 0 1 0 1
#> SRR1696292 1 0 1 1 0
#> SRR1696293 2 0 1 0 1
#> SRR1696294 2 0 1 0 1
#> SRR1696295 2 0 1 0 1
#> SRR1696296 2 0 1 0 1
#> SRR1696297 2 0 1 0 1
#> SRR1696298 2 0 1 0 1
#> SRR1696299 2 0 1 0 1
#> SRR1696301 2 0 1 0 1
#> SRR1696300 2 0 1 0 1
#> SRR1696303 2 0 1 0 1
#> SRR1696302 2 0 1 0 1
#> SRR1696304 2 0 1 0 1
#> SRR1696305 2 0 1 0 1
#> SRR1696306 2 0 1 0 1
#> SRR1696307 2 0 1 0 1
#> SRR1696309 2 0 1 0 1
#> SRR1696310 2 0 1 0 1
#> SRR1696308 2 0 1 0 1
#> SRR1696311 2 0 1 0 1
#> SRR1696314 2 0 1 0 1
#> SRR1696312 2 0 1 0 1
#> SRR1696313 2 0 1 0 1
#> SRR1696315 2 0 1 0 1
#> SRR1696316 2 0 1 0 1
#> SRR1696317 2 0 1 0 1
#> SRR1696318 2 0 1 0 1
#> SRR1696319 2 0 1 0 1
#> SRR1696320 2 0 1 0 1
#> SRR1696322 2 0 1 0 1
#> SRR1696321 2 0 1 0 1
#> SRR1696324 2 0 1 0 1
#> SRR1696323 2 0 1 0 1
#> SRR1696326 2 0 1 0 1
#> SRR1696325 2 0 1 0 1
#> SRR1696327 2 0 1 0 1
#> SRR1696328 2 0 1 0 1
#> SRR1696329 2 0 1 0 1
#> SRR1696330 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696031 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696032 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696033 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696034 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696039 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696038 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696040 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696041 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696042 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.1411 0.9386 0.036 0.964 0.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.2537 0.8864 0.080 0.920 0.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696054 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.4178 0.7627 0.172 0.828 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.4974 0.6671 0.236 0.764 0.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696115 1 0.3192 0.8410 0.888 0.112 0.000
#> SRR1696116 2 0.6308 0.0538 0.492 0.508 0.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696122 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.3116 0.8508 0.108 0.892 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696145 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.5650 0.5465 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696166 2 0.5650 0.5465 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696185 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696186 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696189 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696188 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696190 1 0.5016 0.6395 0.760 0.240 0.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696193 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696194 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696195 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696198 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696200 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696201 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696204 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696206 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696207 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696213 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696214 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696215 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696218 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696219 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696220 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696221 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696222 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696224 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696225 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696226 1 0.4291 0.7371 0.820 0.180 0.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696232 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696233 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696234 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696238 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696239 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696240 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696241 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696242 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696253 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696260 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696259 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696267 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696269 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.0424 0.9694 0.008 0.992 0.000
#> SRR1696275 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696277 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696278 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696281 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696283 1 0.5397 0.5716 0.720 0.280 0.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696285 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696288 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696290 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696293 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696295 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696296 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696298 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.5650 0.5465 0.312 0.688 0.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.2959 0.8613 0.100 0.900 0.000
#> SRR1696303 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696304 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.5810 0.5066 0.336 0.664 0.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696310 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696308 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696314 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.1860 0.9197 0.052 0.948 0.000
#> SRR1696313 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696316 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696320 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0747 0.9760 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696328 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696330 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696029 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696030 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696031 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696032 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696033 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696034 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696041 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696042 3 0.4730 0.8567 NA 0.000 0.636 0.000
#> SRR1696043 2 0.0592 0.9631 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.2919 0.9002 NA 0.896 0.000 0.060
#> SRR1696045 2 0.0469 0.9638 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.2319 0.9270 NA 0.924 0.000 0.040
#> SRR1696048 2 0.0336 0.9644 NA 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.3984 0.8148 NA 0.828 0.000 0.132
#> SRR1696051 2 0.0469 0.9634 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0817 0.9611 NA 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696056 2 0.0817 0.9611 NA 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696059 2 0.1624 0.9491 NA 0.952 0.000 0.020
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.4745 0.7134 NA 0.756 0.000 0.208
#> SRR1696066 2 0.1706 0.9471 NA 0.948 0.000 0.016
#> SRR1696067 2 0.1888 0.9419 NA 0.940 0.000 0.016
#> SRR1696068 2 0.1209 0.9574 NA 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.2197 0.9219 NA 0.928 0.000 0.048
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0804 0.9608 NA 0.980 0.000 0.012
#> SRR1696074 2 0.1182 0.9559 NA 0.968 0.000 0.016
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.0817 0.9611 NA 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696077 2 0.0188 0.9645 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0592 0.9631 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1109 0.9582 NA 0.968 0.000 0.004
#> SRR1696080 2 0.0707 0.9623 NA 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696081 2 0.0469 0.9634 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0592 0.9636 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0336 0.9643 NA 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0707 0.9623 NA 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0469 0.9634 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0469 0.9634 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0779 0.9622 NA 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0188 0.9651 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1256 0.9564 NA 0.964 0.000 0.008
#> SRR1696115 4 0.4337 0.6650 NA 0.140 0.000 0.808
#> SRR1696116 2 0.7456 0.0319 NA 0.488 0.000 0.316
#> SRR1696117 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696118 2 0.2300 0.9273 NA 0.920 0.000 0.016
#> SRR1696119 2 0.2300 0.9273 NA 0.920 0.000 0.016
#> SRR1696120 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696124 2 0.0188 0.9651 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.5864 0.5769 NA 0.664 0.000 0.264
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0921 0.9596 NA 0.972 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0188 0.9645 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0817 0.9611 NA 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0469 0.9638 NA 0.988 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.1174 0.9572 NA 0.968 0.000 0.012
#> SRR1696136 2 0.2174 0.9331 NA 0.928 0.000 0.020
#> SRR1696137 2 0.0707 0.9623 NA 0.980 0.000 0.000
#> SRR1696138 2 0.1452 0.9536 NA 0.956 0.000 0.008
#> SRR1696139 2 0.0188 0.9645 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0817 0.9611 NA 0.976 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1510 0.9515 NA 0.956 0.000 0.016
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 4 0.6989 0.1342 NA 0.420 0.016 0.492
#> SRR1696166 4 0.7999 0.1579 NA 0.388 0.076 0.464
#> SRR1696167 4 0.2921 0.7599 NA 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.1406 0.9532 NA 0.960 0.000 0.016
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.2089 0.9360 NA 0.932 0.000 0.020
#> SRR1696174 2 0.1109 0.9582 NA 0.968 0.000 0.004
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.2335 0.9270 NA 0.920 0.000 0.020
#> SRR1696177 2 0.0592 0.9628 NA 0.984 0.000 0.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0188 0.9651 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.1798 0.9445 NA 0.944 0.000 0.016
#> SRR1696182 2 0.1510 0.9513 NA 0.956 0.000 0.016
#> SRR1696183 2 0.1913 0.9417 NA 0.940 0.000 0.020
#> SRR1696184 2 0.1406 0.9527 NA 0.960 0.000 0.016
#> SRR1696185 2 0.2300 0.9273 NA 0.920 0.000 0.016
#> SRR1696186 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696187 4 0.3569 0.7446 NA 0.000 0.000 0.804
#> SRR1696189 4 0.2761 0.7360 NA 0.048 0.000 0.904
#> SRR1696188 4 0.3837 0.7262 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696190 4 0.4964 0.5285 NA 0.256 0.000 0.716
#> SRR1696191 2 0.1059 0.9583 NA 0.972 0.000 0.012
#> SRR1696192 2 0.2174 0.9331 NA 0.928 0.000 0.020
#> SRR1696193 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696194 4 0.3942 0.7192 NA 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696195 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696196 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696197 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696199 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696200 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696201 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696202 4 0.4643 0.6744 NA 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696203 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696205 4 0.2921 0.7585 NA 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696204 4 0.3873 0.7223 NA 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696206 2 0.5050 0.7411 NA 0.764 0.000 0.084
#> SRR1696207 4 0.2921 0.7597 NA 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696209 4 0.4103 0.7208 NA 0.000 0.000 0.744
#> SRR1696210 4 0.2868 0.7590 NA 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696208 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696212 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696211 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696213 4 0.4644 0.7109 NA 0.024 0.000 0.748
#> SRR1696214 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696215 4 0.3873 0.7228 NA 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696217 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696216 4 0.2469 0.7635 NA 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696218 4 0.2469 0.7533 NA 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696219 4 0.3873 0.7228 NA 0.000 0.000 0.772
#> SRR1696220 4 0.3837 0.7241 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696221 4 0.4882 0.6883 NA 0.020 0.000 0.708
#> SRR1696222 4 0.4088 0.7196 NA 0.004 0.000 0.764
#> SRR1696224 4 0.2704 0.7614 NA 0.000 0.000 0.876
#> SRR1696223 4 0.3172 0.7548 NA 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696225 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696227 4 0.3975 0.7279 NA 0.000 0.000 0.760
#> SRR1696226 4 0.5742 0.6609 NA 0.120 0.000 0.712
#> SRR1696228 4 0.2760 0.7607 NA 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696229 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696232 4 0.3837 0.7262 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696231 4 0.2469 0.7635 NA 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696230 4 0.2469 0.7635 NA 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696233 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696235 4 0.0000 0.7638 NA 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696234 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696236 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696237 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696238 4 0.3009 0.7337 NA 0.052 0.000 0.892
#> SRR1696239 4 0.1489 0.7571 NA 0.004 0.000 0.952
#> SRR1696240 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696241 4 0.4633 0.7268 NA 0.048 0.000 0.780
#> SRR1696244 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696243 4 0.3837 0.7344 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696242 4 0.3539 0.7384 NA 0.004 0.000 0.820
#> SRR1696245 4 0.4605 0.6793 NA 0.000 0.000 0.664
#> SRR1696246 4 0.4643 0.6747 NA 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696247 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696248 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696249 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696250 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696252 4 0.4661 0.6719 NA 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696253 4 0.4499 0.7333 NA 0.048 0.000 0.792
#> SRR1696251 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696254 4 0.4624 0.6771 NA 0.000 0.000 0.660
#> SRR1696255 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696256 4 0.2760 0.7607 NA 0.000 0.000 0.872
#> SRR1696258 4 0.2814 0.7599 NA 0.000 0.000 0.868
#> SRR1696257 4 0.4589 0.7324 NA 0.048 0.000 0.784
#> SRR1696260 4 0.0000 0.7638 NA 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696259 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696261 4 0.4559 0.7409 NA 0.040 0.004 0.792
#> SRR1696262 4 0.4378 0.7423 NA 0.040 0.000 0.796
#> SRR1696263 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696271 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696270 4 0.0188 0.7641 NA 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696268 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.2704 0.7615 NA 0.000 0.000 0.876
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.1305 0.9558 NA 0.960 0.000 0.004
#> SRR1696275 4 0.3837 0.7237 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696276 4 0.2868 0.7590 NA 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696277 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696279 4 0.2921 0.7601 NA 0.000 0.000 0.860
#> SRR1696278 4 0.2675 0.7398 NA 0.044 0.000 0.908
#> SRR1696280 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696281 4 0.4511 0.6987 NA 0.008 0.000 0.724
#> SRR1696282 4 0.3123 0.7571 NA 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696283 4 0.5386 0.4210 NA 0.344 0.000 0.632
#> SRR1696286 4 0.2868 0.7590 NA 0.000 0.000 0.864
#> SRR1696284 4 0.4589 0.7291 NA 0.048 0.000 0.784
#> SRR1696287 2 0.0188 0.9645 NA 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696288 4 0.3837 0.7241 NA 0.000 0.000 0.776
#> SRR1696290 4 0.3942 0.7192 NA 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9655 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9234 NA 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696294 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696295 4 0.2761 0.7360 NA 0.048 0.000 0.904
#> SRR1696296 4 0.3801 0.7277 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696297 4 0.3708 0.7530 NA 0.020 0.000 0.832
#> SRR1696298 4 0.2469 0.7635 NA 0.000 0.000 0.892
#> SRR1696299 2 0.5031 0.6676 NA 0.740 0.000 0.212
#> SRR1696301 4 0.4643 0.6744 NA 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696300 2 0.2483 0.9172 NA 0.916 0.000 0.052
#> SRR1696303 4 0.4452 0.7029 NA 0.008 0.000 0.732
#> SRR1696302 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696304 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696305 2 0.5130 0.5005 NA 0.668 0.000 0.312
#> SRR1696306 2 0.1624 0.9470 NA 0.952 0.000 0.028
#> SRR1696307 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696309 4 0.4661 0.6719 NA 0.000 0.000 0.652
#> SRR1696310 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696308 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696311 4 0.4559 0.7409 NA 0.040 0.004 0.792
#> SRR1696314 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696312 2 0.7358 -0.0147 NA 0.448 0.000 0.392
#> SRR1696313 4 0.4452 0.7337 NA 0.048 0.000 0.796
#> SRR1696315 4 0.3123 0.7574 NA 0.000 0.000 0.844
#> SRR1696316 4 0.0000 0.7638 NA 0.000 0.000 1.000
#> SRR1696317 4 0.4624 0.6769 NA 0.000 0.000 0.660
#> SRR1696318 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696319 4 0.4643 0.6744 NA 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696320 4 0.3356 0.7379 NA 0.000 0.000 0.824
#> SRR1696322 4 0.2149 0.7675 NA 0.000 0.000 0.912
#> SRR1696321 4 0.4643 0.6744 NA 0.000 0.000 0.656
#> SRR1696324 4 0.3942 0.7296 NA 0.000 0.000 0.764
#> SRR1696323 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696326 4 0.4679 0.6689 NA 0.000 0.000 0.648
#> SRR1696325 4 0.4552 0.7368 NA 0.044 0.000 0.784
#> SRR1696327 4 0.5162 0.7202 NA 0.048 0.008 0.752
#> SRR1696328 4 0.3172 0.7472 NA 0.000 0.000 0.840
#> SRR1696329 4 0.3801 0.7254 NA 0.000 0.000 0.780
#> SRR1696330 4 0.4228 0.7165 NA 0.008 0.000 0.760
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696029 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696030 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696031 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696032 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696033 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696034 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696035 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696039 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696038 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696040 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696041 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696042 5 0.0963 1.0000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1696043 2 0.0865 0.9545 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696044 2 0.2575 0.9174 0.044 0.904 0.000 0.016 0.036
#> SRR1696045 2 0.1106 0.9512 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696046 2 0.0404 0.9568 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.1469 0.9450 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.1750 0.9396 0.028 0.936 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696051 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696053 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696054 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696055 2 0.0324 0.9568 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.1012 0.9520 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696056 2 0.0290 0.9565 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696059 2 0.1918 0.9344 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696058 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696060 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.1211 0.9498 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696062 2 0.1106 0.9510 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696063 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1854 0.9400 0.020 0.936 0.000 0.008 0.036
#> SRR1696066 2 0.1918 0.9344 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696067 2 0.1997 0.9318 0.040 0.924 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696068 2 0.1082 0.9511 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696069 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696070 2 0.1485 0.9447 0.020 0.948 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696071 2 0.1564 0.9483 0.024 0.948 0.000 0.004 0.024
#> SRR1696072 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696073 2 0.0960 0.9539 0.008 0.972 0.000 0.004 0.016
#> SRR1696074 2 0.1661 0.9411 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696075 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696076 2 0.1216 0.9497 0.020 0.960 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696077 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696079 2 0.1661 0.9412 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696080 2 0.0693 0.9544 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696084 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696094 2 0.1568 0.9429 0.020 0.944 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696093 2 0.1300 0.9482 0.016 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696095 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696096 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696100 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696102 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696103 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.0798 0.9539 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696107 2 0.0912 0.9527 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696110 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.1386 0.9466 0.016 0.952 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696112 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.1750 0.9390 0.028 0.936 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696115 2 0.5889 0.5509 0.084 0.648 0.000 0.232 0.036
#> SRR1696116 2 0.3711 0.8100 0.032 0.820 0.000 0.136 0.012
#> SRR1696117 2 0.1195 0.9497 0.012 0.960 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696118 2 0.2491 0.9111 0.068 0.896 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696119 2 0.2426 0.9144 0.064 0.900 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696120 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696121 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696122 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.1117 0.9511 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696126 2 0.1836 0.9368 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.3893 0.8424 0.084 0.832 0.000 0.048 0.036
#> SRR1696129 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.1281 0.9482 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696131 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.1211 0.9497 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696132 2 0.1117 0.9511 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696135 2 0.0404 0.9568 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.1173 0.9516 0.020 0.964 0.000 0.004 0.012
#> SRR1696136 2 0.2221 0.9233 0.052 0.912 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696137 2 0.0798 0.9550 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696138 2 0.1836 0.9368 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696139 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696141 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.1012 0.9523 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696146 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696145 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696148 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0162 0.9569 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696157 2 0.1918 0.9344 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.1399 0.9466 0.020 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696160 2 0.1300 0.9482 0.016 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696161 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696165 2 0.5393 0.6826 0.136 0.720 0.000 0.108 0.036
#> SRR1696166 2 0.5480 0.6697 0.140 0.712 0.000 0.112 0.036
#> SRR1696167 4 0.3210 0.7983 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696171 2 0.1469 0.9450 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696170 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.2074 0.9291 0.044 0.920 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696174 2 0.1117 0.9511 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696176 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.3443 0.8740 0.064 0.860 0.000 0.040 0.036
#> SRR1696177 2 0.1018 0.9520 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR1696178 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0162 0.9569 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696180 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696181 2 0.1918 0.9346 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696182 2 0.1661 0.9411 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696183 2 0.1918 0.9346 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696184 2 0.1661 0.9411 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696185 2 0.2491 0.9111 0.068 0.896 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696186 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696187 4 0.2852 0.8459 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1696189 4 0.3309 0.8795 0.128 0.000 0.000 0.836 0.036
#> SRR1696188 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696190 4 0.6323 0.0867 0.084 0.436 0.000 0.456 0.024
#> SRR1696191 2 0.1668 0.9413 0.028 0.940 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696192 2 0.2149 0.9263 0.048 0.916 0.000 0.000 0.036
#> SRR1696193 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696194 4 0.0794 0.9094 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696195 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696196 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696198 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696199 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696200 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.0510 0.9141 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696202 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696203 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696205 4 0.2377 0.8861 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1696204 4 0.0609 0.9123 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696206 2 0.2650 0.9078 0.068 0.892 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696207 4 0.2424 0.8893 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1696209 1 0.2648 0.8593 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1696210 4 0.2329 0.8885 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1696208 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696212 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696213 4 0.1270 0.8962 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1696214 4 0.0162 0.9182 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696215 4 0.0162 0.9187 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696217 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696216 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696218 4 0.1121 0.9156 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1696219 4 0.0404 0.9166 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696220 4 0.0609 0.9129 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1696221 4 0.1341 0.8937 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696222 4 0.1041 0.9050 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR1696224 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696223 4 0.2516 0.8773 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1696225 4 0.0404 0.9157 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1696227 1 0.2852 0.8269 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1696226 2 0.6876 0.2283 0.140 0.500 0.000 0.324 0.036
#> SRR1696228 4 0.2179 0.8957 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1696229 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696232 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696231 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696230 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696233 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696235 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696234 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696236 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696237 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696238 4 0.2905 0.8856 0.096 0.000 0.000 0.868 0.036
#> SRR1696239 4 0.3309 0.8795 0.128 0.000 0.000 0.836 0.036
#> SRR1696240 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696241 4 0.3445 0.8746 0.140 0.000 0.000 0.824 0.036
#> SRR1696244 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696243 4 0.3003 0.8270 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1696242 4 0.2491 0.8842 0.068 0.000 0.000 0.896 0.036
#> SRR1696245 1 0.2230 0.9108 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1696246 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696247 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696248 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696249 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696250 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696252 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696253 4 0.3400 0.8764 0.136 0.000 0.000 0.828 0.036
#> SRR1696251 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696254 1 0.1544 0.9588 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696255 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696256 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696258 4 0.2329 0.8885 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1696257 4 0.3445 0.8746 0.140 0.000 0.000 0.824 0.036
#> SRR1696260 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696259 4 0.0162 0.9182 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696261 4 0.2605 0.8880 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1696262 4 0.2605 0.8880 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1696263 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696265 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696266 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696269 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696271 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696270 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696268 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696272 4 0.2329 0.8885 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1696274 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696273 2 0.1281 0.9482 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696275 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696276 4 0.2329 0.8885 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1696277 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696279 4 0.2605 0.8880 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1696278 4 0.2411 0.8999 0.108 0.000 0.000 0.884 0.008
#> SRR1696280 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696281 4 0.1341 0.8937 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696282 4 0.2561 0.8883 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1696283 2 0.5205 0.2436 0.020 0.552 0.000 0.412 0.016
#> SRR1696286 4 0.2329 0.8885 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1696284 4 0.3445 0.8737 0.140 0.000 0.000 0.824 0.036
#> SRR1696287 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696285 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696288 4 0.0510 0.9141 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1696290 4 0.0794 0.9096 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1696291 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0162 0.9570 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696292 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696293 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696294 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696295 4 0.3262 0.8821 0.124 0.000 0.000 0.840 0.036
#> SRR1696296 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696297 4 0.3214 0.8861 0.120 0.000 0.000 0.844 0.036
#> SRR1696298 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696299 2 0.2795 0.8873 0.028 0.884 0.000 0.080 0.008
#> SRR1696301 1 0.2127 0.9212 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696300 2 0.1854 0.9401 0.020 0.936 0.000 0.008 0.036
#> SRR1696303 4 0.1341 0.8937 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1696302 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696304 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.3754 0.7664 0.016 0.804 0.000 0.164 0.016
#> SRR1696306 2 0.1822 0.9431 0.024 0.936 0.000 0.004 0.036
#> SRR1696307 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696309 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696310 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696308 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696311 4 0.2605 0.8880 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1696314 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696312 2 0.6416 0.4696 0.140 0.604 0.000 0.220 0.036
#> SRR1696313 4 0.3400 0.8764 0.136 0.000 0.000 0.828 0.036
#> SRR1696315 4 0.2471 0.8893 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1696316 4 0.1671 0.9088 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1696317 1 0.2074 0.9260 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696318 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696319 1 0.2074 0.9260 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696320 4 0.0290 0.9194 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1696322 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696321 1 0.1908 0.9379 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696324 1 0.3305 0.7418 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1696323 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696326 1 0.1410 0.9657 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696325 4 0.3055 0.8869 0.144 0.000 0.000 0.840 0.016
#> SRR1696327 4 0.3602 0.8715 0.140 0.004 0.000 0.820 0.036
#> SRR1696328 4 0.2127 0.8979 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1696329 4 0.0000 0.9191 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696330 4 0.0963 0.9040 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696029 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696030 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696031 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696032 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696033 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696034 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696035 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696036 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696037 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696039 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696038 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696040 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696041 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696042 5 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1696043 2 0.2378 0.57836 0.000 0.848 0.000 0.000 0 0.152
#> SRR1696044 2 0.4079 -0.13901 0.004 0.608 0.000 0.008 0 0.380
#> SRR1696045 2 0.3592 0.26290 0.000 0.656 0.000 0.000 0 0.344
#> SRR1696046 2 0.1863 0.65135 0.000 0.896 0.000 0.000 0 0.104
#> SRR1696047 6 0.4076 0.70678 0.000 0.452 0.000 0.008 0 0.540
#> SRR1696048 2 0.1501 0.65747 0.000 0.924 0.000 0.000 0 0.076
#> SRR1696050 6 0.4404 0.80733 0.008 0.400 0.000 0.016 0 0.576
#> SRR1696051 2 0.1007 0.65555 0.000 0.956 0.000 0.000 0 0.044
#> SRR1696052 2 0.1556 0.65398 0.000 0.920 0.000 0.000 0 0.080
#> SRR1696053 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696054 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696055 2 0.2793 0.57496 0.000 0.800 0.000 0.000 0 0.200
#> SRR1696057 2 0.0260 0.65363 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696049 2 0.3288 0.34224 0.000 0.724 0.000 0.000 0 0.276
#> SRR1696056 2 0.2823 0.51846 0.000 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> SRR1696059 2 0.3563 0.12281 0.000 0.664 0.000 0.000 0 0.336
#> SRR1696058 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696060 2 0.0713 0.65537 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696061 2 0.3547 0.17066 0.000 0.668 0.000 0.000 0 0.332
#> SRR1696062 2 0.3672 0.17526 0.000 0.632 0.000 0.000 0 0.368
#> SRR1696063 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696064 2 0.0547 0.65484 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696065 6 0.4741 0.79744 0.024 0.408 0.000 0.016 0 0.552
#> SRR1696066 2 0.3823 -0.18961 0.000 0.564 0.000 0.000 0 0.436
#> SRR1696067 2 0.3823 -0.18918 0.000 0.564 0.000 0.000 0 0.436
#> SRR1696068 2 0.3890 -0.00734 0.000 0.596 0.000 0.004 0 0.400
#> SRR1696069 2 0.1141 0.66005 0.000 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696070 2 0.3756 0.01542 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.400
#> SRR1696071 2 0.3683 0.49146 0.000 0.768 0.000 0.048 0 0.184
#> SRR1696072 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696073 2 0.3767 0.49629 0.000 0.780 0.000 0.088 0 0.132
#> SRR1696074 2 0.3756 0.01073 0.000 0.600 0.000 0.000 0 0.400
#> SRR1696075 2 0.1610 0.65051 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696076 2 0.3578 0.26852 0.000 0.660 0.000 0.000 0 0.340
#> SRR1696077 2 0.1714 0.64744 0.000 0.908 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696078 2 0.2092 0.62869 0.000 0.876 0.000 0.000 0 0.124
#> SRR1696079 2 0.3823 -0.18961 0.000 0.564 0.000 0.000 0 0.436
#> SRR1696080 2 0.3175 0.41224 0.000 0.744 0.000 0.000 0 0.256
#> SRR1696081 2 0.2048 0.63066 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696083 2 0.0146 0.65648 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696082 2 0.2883 0.50902 0.000 0.788 0.000 0.000 0 0.212
#> SRR1696084 2 0.1387 0.65515 0.000 0.932 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696085 2 0.1327 0.65612 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696086 2 0.1957 0.63115 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112
#> SRR1696087 2 0.1556 0.65233 0.000 0.920 0.000 0.000 0 0.080
#> SRR1696088 2 0.2300 0.61998 0.000 0.856 0.000 0.000 0 0.144
#> SRR1696091 2 0.1501 0.65385 0.000 0.924 0.000 0.000 0 0.076
#> SRR1696089 2 0.2260 0.63562 0.000 0.860 0.000 0.000 0 0.140
#> SRR1696090 2 0.2048 0.63067 0.000 0.880 0.000 0.000 0 0.120
#> SRR1696092 2 0.1141 0.65850 0.000 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696094 2 0.3823 -0.18961 0.000 0.564 0.000 0.000 0 0.436
#> SRR1696093 2 0.3774 -0.03562 0.000 0.592 0.000 0.000 0 0.408
#> SRR1696095 2 0.2793 0.42527 0.000 0.800 0.000 0.000 0 0.200
#> SRR1696096 2 0.0937 0.65748 0.000 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> SRR1696097 2 0.0713 0.65510 0.000 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> SRR1696098 2 0.1444 0.63799 0.000 0.928 0.000 0.000 0 0.072
#> SRR1696099 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696100 2 0.0146 0.65652 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696102 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696103 2 0.1387 0.65515 0.000 0.932 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696104 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696105 2 0.3151 0.49147 0.000 0.748 0.000 0.000 0 0.252
#> SRR1696107 2 0.3620 0.24310 0.000 0.648 0.000 0.000 0 0.352
#> SRR1696108 2 0.2969 0.54736 0.000 0.776 0.000 0.000 0 0.224
#> SRR1696106 2 0.0458 0.66047 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696110 2 0.0458 0.65675 0.000 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> SRR1696109 2 0.2854 0.56778 0.000 0.792 0.000 0.000 0 0.208
#> SRR1696111 2 0.3782 -0.05267 0.000 0.588 0.000 0.000 0 0.412
#> SRR1696112 2 0.0632 0.65713 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696114 2 0.1007 0.65943 0.000 0.956 0.000 0.000 0 0.044
#> SRR1696113 2 0.3843 -0.28201 0.000 0.548 0.000 0.000 0 0.452
#> SRR1696115 2 0.6445 -0.39921 0.044 0.484 0.000 0.176 0 0.296
#> SRR1696116 2 0.4823 0.05665 0.000 0.660 0.000 0.216 0 0.124
#> SRR1696117 2 0.3620 0.23539 0.000 0.648 0.000 0.000 0 0.352
#> SRR1696118 6 0.4246 0.81041 0.020 0.400 0.000 0.000 0 0.580
#> SRR1696119 6 0.3817 0.75187 0.000 0.432 0.000 0.000 0 0.568
#> SRR1696120 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696121 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696122 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696125 2 0.3647 0.20751 0.000 0.640 0.000 0.000 0 0.360
#> SRR1696124 2 0.2378 0.59715 0.000 0.848 0.000 0.000 0 0.152
#> SRR1696123 2 0.1387 0.65515 0.000 0.932 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696126 2 0.3817 -0.16854 0.000 0.568 0.000 0.000 0 0.432
#> SRR1696127 2 0.2178 0.63282 0.000 0.868 0.000 0.000 0 0.132
#> SRR1696128 6 0.4941 0.79725 0.044 0.356 0.000 0.016 0 0.584
#> SRR1696129 2 0.0146 0.65648 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696130 2 0.3804 -0.12126 0.000 0.576 0.000 0.000 0 0.424
#> SRR1696131 2 0.1663 0.64833 0.000 0.912 0.000 0.000 0 0.088
#> SRR1696133 2 0.3531 0.31063 0.000 0.672 0.000 0.000 0 0.328
#> SRR1696132 2 0.3684 0.14468 0.000 0.628 0.000 0.000 0 0.372
#> SRR1696135 2 0.1957 0.64414 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112
#> SRR1696134 2 0.2948 0.52274 0.000 0.804 0.000 0.008 0 0.188
#> SRR1696136 2 0.3860 -0.39138 0.000 0.528 0.000 0.000 0 0.472
#> SRR1696137 2 0.2340 0.62384 0.000 0.852 0.000 0.000 0 0.148
#> SRR1696138 6 0.3864 0.60143 0.000 0.480 0.000 0.000 0 0.520
#> SRR1696139 2 0.1714 0.64707 0.000 0.908 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696140 2 0.1814 0.63982 0.000 0.900 0.000 0.000 0 0.100
#> SRR1696142 2 0.0146 0.65659 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696141 2 0.1327 0.65630 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696143 2 0.2730 0.59301 0.000 0.808 0.000 0.000 0 0.192
#> SRR1696144 2 0.3499 0.27738 0.000 0.680 0.000 0.000 0 0.320
#> SRR1696146 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696145 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696148 2 0.2003 0.64929 0.000 0.884 0.000 0.000 0 0.116
#> SRR1696147 2 0.2454 0.61845 0.000 0.840 0.000 0.000 0 0.160
#> SRR1696149 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696150 2 0.1714 0.64707 0.000 0.908 0.000 0.000 0 0.092
#> SRR1696151 2 0.0632 0.65526 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696152 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696153 2 0.1327 0.65630 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696154 2 0.0547 0.65484 0.000 0.980 0.000 0.000 0 0.020
#> SRR1696155 2 0.1957 0.64627 0.000 0.888 0.000 0.000 0 0.112
#> SRR1696156 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696157 2 0.3828 -0.21211 0.000 0.560 0.000 0.000 0 0.440
#> SRR1696158 2 0.0632 0.65838 0.000 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> SRR1696159 2 0.3706 0.12539 0.000 0.620 0.000 0.000 0 0.380
#> SRR1696160 2 0.3601 0.32822 0.000 0.684 0.000 0.004 0 0.312
#> SRR1696161 2 0.0260 0.65392 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696162 2 0.0260 0.65392 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696163 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696164 2 0.1610 0.66302 0.000 0.916 0.000 0.000 0 0.084
#> SRR1696165 6 0.4987 0.79253 0.048 0.352 0.000 0.016 0 0.584
#> SRR1696166 6 0.4976 0.78718 0.048 0.348 0.000 0.016 0 0.588
#> SRR1696167 1 0.4821 0.08500 0.584 0.000 0.040 0.364 0 0.012
#> SRR1696169 2 0.2823 0.57939 0.000 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> SRR1696168 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696171 2 0.3819 0.12123 0.000 0.624 0.000 0.004 0 0.372
#> SRR1696170 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696172 2 0.0260 0.65423 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696173 2 0.3833 -0.24294 0.000 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> SRR1696174 2 0.3309 0.33552 0.000 0.720 0.000 0.000 0 0.280
#> SRR1696176 2 0.1387 0.65622 0.000 0.932 0.000 0.000 0 0.068
#> SRR1696175 2 0.3854 -0.34630 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> SRR1696177 2 0.3266 0.45029 0.000 0.728 0.000 0.000 0 0.272
#> SRR1696178 2 0.0146 0.65217 0.000 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> SRR1696179 2 0.2562 0.60846 0.000 0.828 0.000 0.000 0 0.172
#> SRR1696180 2 0.0260 0.65363 0.000 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> SRR1696181 6 0.3864 0.62963 0.000 0.480 0.000 0.000 0 0.520
#> SRR1696182 2 0.3531 0.17055 0.000 0.672 0.000 0.000 0 0.328
#> SRR1696183 2 0.3868 -0.52026 0.000 0.504 0.000 0.000 0 0.496
#> SRR1696184 2 0.3499 0.19445 0.000 0.680 0.000 0.000 0 0.320
#> SRR1696185 6 0.4176 0.80648 0.016 0.404 0.000 0.000 0 0.580
#> SRR1696186 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696187 1 0.3737 0.07731 0.608 0.000 0.000 0.392 0 0.000
#> SRR1696189 4 0.3552 0.68414 0.084 0.000 0.000 0.800 0 0.116
#> SRR1696188 4 0.3647 0.47315 0.360 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> SRR1696190 4 0.6124 0.34873 0.044 0.176 0.000 0.564 0 0.216
#> SRR1696191 2 0.3652 0.29569 0.000 0.672 0.000 0.004 0 0.324
#> SRR1696192 2 0.3854 -0.34827 0.000 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> SRR1696193 4 0.3151 0.61967 0.252 0.000 0.000 0.748 0 0.000
#> SRR1696194 4 0.1245 0.79127 0.016 0.000 0.000 0.952 0 0.032
#> SRR1696195 4 0.0713 0.80218 0.028 0.000 0.000 0.972 0 0.000
#> SRR1696196 4 0.1075 0.79658 0.048 0.000 0.000 0.952 0 0.000
#> SRR1696197 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696198 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696199 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696200 4 0.0632 0.80288 0.024 0.000 0.000 0.976 0 0.000
#> SRR1696201 4 0.0146 0.80226 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.004
#> SRR1696202 1 0.3101 0.35218 0.756 0.000 0.244 0.000 0 0.000
#> SRR1696203 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696205 1 0.4123 0.03458 0.568 0.000 0.000 0.420 0 0.012
#> SRR1696204 4 0.0692 0.79537 0.004 0.000 0.000 0.976 0 0.020
#> SRR1696206 6 0.4353 0.81157 0.028 0.384 0.000 0.000 0 0.588
#> SRR1696207 1 0.4147 0.00582 0.552 0.000 0.000 0.436 0 0.012
#> SRR1696209 1 0.2190 0.37325 0.900 0.000 0.060 0.040 0 0.000
#> SRR1696210 1 0.4141 0.00772 0.556 0.000 0.000 0.432 0 0.012
#> SRR1696208 4 0.0632 0.80288 0.024 0.000 0.000 0.976 0 0.000
#> SRR1696212 4 0.0547 0.80320 0.020 0.000 0.000 0.980 0 0.000
#> SRR1696211 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696213 4 0.1682 0.77990 0.020 0.000 0.000 0.928 0 0.052
#> SRR1696214 4 0.0146 0.80317 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696215 4 0.3578 0.49372 0.340 0.000 0.000 0.660 0 0.000
#> SRR1696217 4 0.0458 0.80316 0.016 0.000 0.000 0.984 0 0.000
#> SRR1696216 1 0.4161 -0.03699 0.540 0.000 0.000 0.448 0 0.012
#> SRR1696218 4 0.3833 0.30309 0.444 0.000 0.000 0.556 0 0.000
#> SRR1696219 4 0.0000 0.80280 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1696220 4 0.0146 0.80226 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.004
#> SRR1696221 4 0.0937 0.79142 0.000 0.000 0.000 0.960 0 0.040
#> SRR1696222 4 0.1003 0.79038 0.004 0.004 0.000 0.964 0 0.028
#> SRR1696224 1 0.3975 -0.04071 0.544 0.000 0.000 0.452 0 0.004
#> SRR1696223 1 0.4076 0.06735 0.592 0.000 0.000 0.396 0 0.012
#> SRR1696225 4 0.0260 0.80127 0.000 0.000 0.000 0.992 0 0.008
#> SRR1696227 1 0.1564 0.37571 0.936 0.000 0.024 0.040 0 0.000
#> SRR1696226 6 0.6840 0.43414 0.048 0.288 0.000 0.272 0 0.392
#> SRR1696228 1 0.3774 0.05546 0.592 0.000 0.000 0.408 0 0.000
#> SRR1696229 4 0.0458 0.80316 0.016 0.000 0.000 0.984 0 0.000
#> SRR1696232 4 0.2100 0.75795 0.112 0.000 0.000 0.884 0 0.004
#> SRR1696231 1 0.4161 -0.03699 0.540 0.000 0.000 0.448 0 0.012
#> SRR1696230 1 0.4161 -0.03699 0.540 0.000 0.000 0.448 0 0.012
#> SRR1696233 4 0.0146 0.80317 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696235 4 0.3422 0.65557 0.176 0.000 0.000 0.788 0 0.036
#> SRR1696234 4 0.0790 0.80105 0.032 0.000 0.000 0.968 0 0.000
#> SRR1696236 4 0.0790 0.80105 0.032 0.000 0.000 0.968 0 0.000
#> SRR1696237 4 0.3592 0.49270 0.344 0.000 0.000 0.656 0 0.000
#> SRR1696238 4 0.3434 0.68911 0.048 0.004 0.000 0.808 0 0.140
#> SRR1696239 4 0.3509 0.68641 0.084 0.000 0.000 0.804 0 0.112
#> SRR1696240 4 0.0713 0.80218 0.028 0.000 0.000 0.972 0 0.000
#> SRR1696241 1 0.5832 -0.16936 0.428 0.000 0.000 0.384 0 0.188
#> SRR1696244 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696243 1 0.3827 0.16443 0.680 0.000 0.004 0.308 0 0.008
#> SRR1696242 4 0.2867 0.72540 0.040 0.000 0.000 0.848 0 0.112
#> SRR1696245 1 0.4229 0.36912 0.668 0.000 0.292 0.040 0 0.000
#> SRR1696246 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696247 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696248 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696249 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696250 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696252 1 0.3899 0.35851 0.592 0.000 0.404 0.004 0 0.000
#> SRR1696253 4 0.4999 0.53191 0.240 0.000 0.000 0.632 0 0.128
#> SRR1696251 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696254 1 0.3890 0.35837 0.596 0.000 0.400 0.004 0 0.000
#> SRR1696255 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696256 1 0.3950 0.01372 0.564 0.000 0.000 0.432 0 0.004
#> SRR1696258 1 0.3797 0.04053 0.580 0.000 0.000 0.420 0 0.000
#> SRR1696257 4 0.5560 0.20095 0.420 0.000 0.000 0.444 0 0.136
#> SRR1696260 1 0.4165 -0.03978 0.536 0.000 0.000 0.452 0 0.012
#> SRR1696259 4 0.1387 0.78547 0.068 0.000 0.000 0.932 0 0.000
#> SRR1696261 1 0.4205 0.03863 0.564 0.000 0.000 0.420 0 0.016
#> SRR1696262 1 0.4212 0.03174 0.560 0.000 0.000 0.424 0 0.016
#> SRR1696263 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696265 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696264 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696266 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696267 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696269 4 0.0713 0.80218 0.028 0.000 0.000 0.972 0 0.000
#> SRR1696271 4 0.3647 0.47467 0.360 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> SRR1696270 1 0.4161 -0.03699 0.540 0.000 0.000 0.448 0 0.012
#> SRR1696268 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696272 1 0.4147 -0.00286 0.552 0.000 0.000 0.436 0 0.012
#> SRR1696274 2 0.1141 0.66369 0.000 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> SRR1696273 2 0.4010 -0.10896 0.000 0.584 0.000 0.008 0 0.408
#> SRR1696275 4 0.0146 0.80317 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696276 1 0.4116 0.04139 0.572 0.000 0.000 0.416 0 0.012
#> SRR1696277 4 0.3647 0.47315 0.360 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> SRR1696279 1 0.4578 -0.05688 0.520 0.000 0.000 0.444 0 0.036
#> SRR1696278 4 0.2908 0.73031 0.048 0.000 0.000 0.848 0 0.104
#> SRR1696280 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696281 4 0.0790 0.79474 0.000 0.000 0.000 0.968 0 0.032
#> SRR1696282 1 0.4305 -0.00141 0.544 0.000 0.000 0.436 0 0.020
#> SRR1696283 2 0.5020 0.01926 0.004 0.648 0.000 0.220 0 0.128
#> SRR1696286 1 0.4129 0.02625 0.564 0.000 0.000 0.424 0 0.012
#> SRR1696284 4 0.5583 0.41882 0.284 0.000 0.000 0.536 0 0.180
#> SRR1696287 2 0.1327 0.65630 0.000 0.936 0.000 0.000 0 0.064
#> SRR1696285 4 0.0458 0.80316 0.016 0.000 0.000 0.984 0 0.000
#> SRR1696288 4 0.0692 0.79533 0.004 0.000 0.000 0.976 0 0.020
#> SRR1696290 4 0.0146 0.80226 0.000 0.000 0.000 0.996 0 0.004
#> SRR1696291 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696289 2 0.1204 0.65848 0.000 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> SRR1696292 3 0.3774 1.00000 0.000 0.000 0.592 0.000 0 0.408
#> SRR1696293 4 0.3634 0.47947 0.356 0.000 0.000 0.644 0 0.000
#> SRR1696294 4 0.3647 0.47315 0.360 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> SRR1696295 4 0.3552 0.68414 0.084 0.000 0.000 0.800 0 0.116
#> SRR1696296 4 0.3717 0.43533 0.384 0.000 0.000 0.616 0 0.000
#> SRR1696297 4 0.5324 0.21426 0.428 0.000 0.000 0.468 0 0.104
#> SRR1696298 1 0.4161 -0.03699 0.540 0.000 0.000 0.448 0 0.012
#> SRR1696299 2 0.4974 0.13031 0.000 0.648 0.000 0.160 0 0.192
#> SRR1696301 1 0.4389 0.36884 0.596 0.000 0.372 0.032 0 0.000
#> SRR1696300 2 0.3784 0.17122 0.000 0.680 0.000 0.012 0 0.308
#> SRR1696303 4 0.0363 0.79978 0.000 0.000 0.000 0.988 0 0.012
#> SRR1696302 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696304 4 0.0146 0.80317 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696305 2 0.4144 0.36499 0.000 0.728 0.000 0.072 0 0.200
#> SRR1696306 2 0.3618 0.48174 0.000 0.768 0.000 0.040 0 0.192
#> SRR1696307 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696309 1 0.3765 0.35769 0.596 0.000 0.404 0.000 0 0.000
#> SRR1696310 4 0.3647 0.47315 0.360 0.000 0.000 0.640 0 0.000
#> SRR1696308 4 0.0291 0.80241 0.004 0.000 0.000 0.992 0 0.004
#> SRR1696311 1 0.4205 0.03863 0.564 0.000 0.000 0.420 0 0.016
#> SRR1696314 4 0.0146 0.80317 0.004 0.000 0.000 0.996 0 0.000
#> SRR1696312 6 0.5019 0.77531 0.052 0.344 0.000 0.016 0 0.588
#> SRR1696313 4 0.3552 0.68414 0.084 0.000 0.000 0.800 0 0.116
#> SRR1696315 1 0.4123 0.04000 0.568 0.000 0.000 0.420 0 0.012
#> SRR1696316 4 0.2887 0.72016 0.120 0.000 0.000 0.844 0 0.036
#> SRR1696317 1 0.4389 0.36884 0.596 0.000 0.372 0.032 0 0.000
#> SRR1696318 1 0.3774 0.35725 0.592 0.000 0.408 0.000 0 0.000
#> SRR1696319 1 0.4389 0.36884 0.596 0.000 0.372 0.032 0 0.000
#> SRR1696320 4 0.2854 0.67659 0.208 0.000 0.000 0.792 0 0.000
#> SRR1696322 1 0.4072 -0.03436 0.544 0.000 0.000 0.448 0 0.008
#> SRR1696321 1 0.4322 0.36804 0.600 0.000 0.372 0.028 0 0.000
#> SRR1696324 1 0.1686 0.38458 0.924 0.000 0.012 0.064 0 0.000
#> SRR1696323 1 0.3890 0.35984 0.596 0.000 0.400 0.004 0 0.000
#> SRR1696326 1 0.3765 0.35792 0.596 0.000 0.404 0.000 0 0.000
#> SRR1696325 1 0.4978 -0.08990 0.500 0.000 0.000 0.432 0 0.068
#> SRR1696327 1 0.6023 -0.06663 0.428 0.000 0.000 0.280 0 0.292
#> SRR1696328 1 0.3860 -0.08727 0.528 0.000 0.000 0.472 0 0.000
#> SRR1696329 4 0.0363 0.80333 0.012 0.000 0.000 0.988 0 0.000
#> SRR1696330 4 0.0935 0.78928 0.004 0.000 0.000 0.964 0 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15204 rows and 302 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.972 0.954 0.981 0.4129 0.586 0.586
#> 3 3 0.612 0.826 0.839 0.2302 0.907 0.843
#> 4 4 0.905 0.912 0.956 0.1361 0.836 0.703
#> 5 5 0.746 0.813 0.890 0.0594 0.990 0.976
#> 6 6 0.637 0.619 0.820 0.0819 0.966 0.918
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1696028 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696029 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696030 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696031 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696032 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696033 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696034 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696035 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696036 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696037 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696039 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696038 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696040 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696041 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696042 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696044 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696051 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696052 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696053 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696054 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696049 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696056 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696059 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696058 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696069 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696071 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696072 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696073 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696075 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696076 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696077 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696078 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696080 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696083 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696082 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696087 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696089 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696090 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696092 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696095 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696099 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696100 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696102 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696104 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696105 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696106 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696115 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696116 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696117 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696118 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696120 2 0.0938 0.9758 0.012 0.988
#> SRR1696121 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696122 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696125 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696123 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696126 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696134 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696136 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696137 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696139 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696142 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696141 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696146 2 0.9970 0.0765 0.468 0.532
#> SRR1696145 2 0.9393 0.4258 0.356 0.644
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696156 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696159 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696164 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696168 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696173 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696175 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696177 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696179 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696180 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696181 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696182 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696183 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696185 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696186 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696187 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696188 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696190 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696191 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696193 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696194 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696195 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696196 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696197 2 0.2948 0.9344 0.052 0.948
#> SRR1696198 2 0.7745 0.6938 0.228 0.772
#> SRR1696199 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696200 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696201 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696202 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696203 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696205 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696206 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696207 1 0.4690 0.8754 0.900 0.100
#> SRR1696209 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696210 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696208 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696212 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696211 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696213 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696214 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696215 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696217 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696216 1 0.9580 0.4172 0.620 0.380
#> SRR1696218 2 0.1843 0.9598 0.028 0.972
#> SRR1696219 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696220 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696221 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696222 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696224 1 0.2043 0.9391 0.968 0.032
#> SRR1696223 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696225 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696227 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696226 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696228 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696229 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696232 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696231 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696230 1 0.6712 0.7899 0.824 0.176
#> SRR1696233 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696235 1 0.8267 0.6667 0.740 0.260
#> SRR1696234 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696236 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696237 1 0.8207 0.6735 0.744 0.256
#> SRR1696238 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696239 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696240 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696241 2 0.5946 0.8228 0.144 0.856
#> SRR1696244 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696243 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696242 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696245 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696246 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696247 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696248 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696249 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696250 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696252 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696253 2 0.5737 0.8334 0.136 0.864
#> SRR1696251 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696254 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696255 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696256 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696257 1 0.7299 0.7528 0.796 0.204
#> SRR1696260 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696259 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696261 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696262 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696263 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696265 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696266 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696267 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696269 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696271 1 0.9866 0.2736 0.568 0.432
#> SRR1696270 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696268 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696272 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696274 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696275 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696276 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696277 2 0.9993 0.0130 0.484 0.516
#> SRR1696279 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696278 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696280 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696281 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696282 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696283 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696286 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696284 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696287 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696285 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696288 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696290 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696291 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696292 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696293 2 0.9323 0.4459 0.348 0.652
#> SRR1696294 1 0.9996 0.0837 0.512 0.488
#> SRR1696295 2 0.0376 0.9834 0.004 0.996
#> SRR1696296 2 0.0376 0.9834 0.004 0.996
#> SRR1696297 1 0.6712 0.7899 0.824 0.176
#> SRR1696298 1 0.8144 0.6801 0.748 0.252
#> SRR1696299 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696301 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696300 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696303 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696302 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696304 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696305 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696307 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696309 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696310 2 0.5946 0.8230 0.144 0.856
#> SRR1696308 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696311 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696314 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696312 2 0.6801 0.7710 0.180 0.820
#> SRR1696313 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696315 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696316 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696317 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696318 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696319 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696320 2 0.1184 0.9719 0.016 0.984
#> SRR1696322 1 0.2236 0.9357 0.964 0.036
#> SRR1696321 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696324 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696323 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696326 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696325 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696327 1 0.0000 0.9647 1.000 0.000
#> SRR1696328 1 0.7056 0.7691 0.808 0.192
#> SRR1696329 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1696330 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1696028 1 0.1643 0.771 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696029 1 0.1643 0.771 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696030 1 0.1643 0.771 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696031 1 0.1529 0.775 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696032 1 0.1529 0.775 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696033 1 0.1411 0.778 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696034 1 0.1411 0.778 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696035 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696036 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696037 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696039 1 0.1643 0.771 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696038 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696040 1 0.1643 0.771 0.956 0.000 0.044
#> SRR1696041 1 0.1529 0.775 0.960 0.000 0.040
#> SRR1696042 1 0.1411 0.778 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696043 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696044 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696045 2 0.3412 0.882 0.000 0.876 0.124
#> SRR1696046 2 0.2959 0.893 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696047 2 0.3879 0.863 0.000 0.848 0.152
#> SRR1696048 2 0.3551 0.878 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696050 2 0.4002 0.856 0.000 0.840 0.160
#> SRR1696051 2 0.3551 0.877 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696052 2 0.2959 0.892 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696053 3 0.1289 0.821 0.000 0.032 0.968
#> SRR1696054 3 0.1163 0.825 0.000 0.028 0.972
#> SRR1696055 2 0.3412 0.882 0.000 0.876 0.124
#> SRR1696057 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696049 2 0.1964 0.901 0.000 0.944 0.056
#> SRR1696056 2 0.1289 0.901 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696059 2 0.0475 0.897 0.004 0.992 0.004
#> SRR1696058 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696060 2 0.2878 0.894 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696061 2 0.3340 0.884 0.000 0.880 0.120
#> SRR1696062 2 0.2066 0.901 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696063 2 0.3340 0.884 0.000 0.880 0.120
#> SRR1696064 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696065 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696066 2 0.2448 0.899 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696067 2 0.0848 0.895 0.008 0.984 0.008
#> SRR1696068 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696069 2 0.0983 0.893 0.004 0.980 0.016
#> SRR1696070 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696071 2 0.1491 0.889 0.016 0.968 0.016
#> SRR1696072 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696073 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696074 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696075 2 0.0892 0.901 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696076 2 0.1289 0.902 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696077 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696078 2 0.1964 0.901 0.000 0.944 0.056
#> SRR1696079 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696080 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696081 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696083 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696082 2 0.2796 0.895 0.000 0.908 0.092
#> SRR1696084 2 0.2448 0.899 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696085 2 0.3192 0.888 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696086 2 0.3192 0.888 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696087 2 0.2537 0.898 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696088 2 0.3116 0.890 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696091 2 0.1529 0.902 0.000 0.960 0.040
#> SRR1696089 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.1643 0.902 0.000 0.956 0.044
#> SRR1696092 2 0.3038 0.891 0.000 0.896 0.104
#> SRR1696094 2 0.3879 0.863 0.000 0.848 0.152
#> SRR1696093 2 0.3192 0.888 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696095 2 0.3752 0.869 0.000 0.856 0.144
#> SRR1696096 2 0.3038 0.891 0.000 0.896 0.104
#> SRR1696097 2 0.3412 0.882 0.000 0.876 0.124
#> SRR1696098 2 0.3619 0.875 0.000 0.864 0.136
#> SRR1696099 2 0.2878 0.894 0.000 0.904 0.096
#> SRR1696100 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696102 2 0.2537 0.898 0.000 0.920 0.080
#> SRR1696103 2 0.2066 0.901 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696104 2 0.3116 0.889 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696105 2 0.0848 0.895 0.008 0.984 0.008
#> SRR1696107 2 0.3192 0.888 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696108 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696106 2 0.0592 0.900 0.000 0.988 0.012
#> SRR1696110 2 0.1964 0.901 0.000 0.944 0.056
#> SRR1696109 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696111 2 0.3619 0.875 0.000 0.864 0.136
#> SRR1696112 2 0.3038 0.891 0.000 0.896 0.104
#> SRR1696114 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696113 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696115 2 0.1774 0.886 0.024 0.960 0.016
#> SRR1696116 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696117 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696118 2 0.4555 0.819 0.000 0.800 0.200
#> SRR1696119 2 0.3816 0.866 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696120 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696121 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696122 3 0.4291 0.811 0.180 0.000 0.820
#> SRR1696125 2 0.3116 0.889 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696124 2 0.3686 0.872 0.000 0.860 0.140
#> SRR1696123 2 0.0848 0.895 0.008 0.984 0.008
#> SRR1696126 2 0.3482 0.880 0.000 0.872 0.128
#> SRR1696127 2 0.3412 0.882 0.000 0.876 0.124
#> SRR1696128 2 0.4654 0.806 0.000 0.792 0.208
#> SRR1696129 2 0.1031 0.901 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696130 2 0.3879 0.863 0.000 0.848 0.152
#> SRR1696131 2 0.2448 0.898 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696133 2 0.2261 0.900 0.000 0.932 0.068
#> SRR1696132 2 0.3267 0.886 0.000 0.884 0.116
#> SRR1696135 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696134 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696136 2 0.0829 0.895 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696137 2 0.1337 0.891 0.016 0.972 0.012
#> SRR1696138 2 0.3816 0.866 0.000 0.852 0.148
#> SRR1696139 2 0.0892 0.901 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696140 2 0.3192 0.888 0.000 0.888 0.112
#> SRR1696142 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696141 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696143 2 0.3116 0.889 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696144 2 0.3752 0.869 0.000 0.856 0.144
#> SRR1696146 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696145 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696148 2 0.0237 0.899 0.000 0.996 0.004
#> SRR1696147 2 0.0747 0.900 0.000 0.984 0.016
#> SRR1696149 2 0.3340 0.884 0.000 0.880 0.120
#> SRR1696150 2 0.2711 0.896 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696151 2 0.3551 0.877 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696152 2 0.2711 0.896 0.000 0.912 0.088
#> SRR1696153 2 0.2448 0.898 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696154 2 0.2959 0.892 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696155 2 0.1964 0.901 0.000 0.944 0.056
#> SRR1696156 2 0.1163 0.901 0.000 0.972 0.028
#> SRR1696157 2 0.3116 0.890 0.000 0.892 0.108
#> SRR1696158 2 0.2959 0.893 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696159 2 0.1860 0.902 0.000 0.948 0.052
#> SRR1696160 2 0.1411 0.902 0.000 0.964 0.036
#> SRR1696161 2 0.1753 0.902 0.000 0.952 0.048
#> SRR1696162 2 0.2959 0.892 0.000 0.900 0.100
#> SRR1696163 2 0.2448 0.899 0.000 0.924 0.076
#> SRR1696164 2 0.2796 0.895 0.000 0.908 0.092
#> SRR1696165 2 0.4605 0.811 0.000 0.796 0.204
#> SRR1696166 2 0.4842 0.787 0.000 0.776 0.224
#> SRR1696167 1 0.4602 0.773 0.832 0.152 0.016
#> SRR1696169 2 0.3551 0.877 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696168 2 0.0983 0.893 0.004 0.980 0.016
#> SRR1696171 2 0.3551 0.877 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696170 2 0.1289 0.902 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696172 2 0.0892 0.901 0.000 0.980 0.020
#> SRR1696173 2 0.1491 0.889 0.016 0.968 0.016
#> SRR1696174 2 0.1529 0.902 0.000 0.960 0.040
#> SRR1696176 2 0.2165 0.901 0.000 0.936 0.064
#> SRR1696175 2 0.1337 0.891 0.016 0.972 0.012
#> SRR1696177 2 0.0829 0.895 0.004 0.984 0.012
#> SRR1696178 2 0.2066 0.901 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696179 2 0.0424 0.899 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696180 2 0.1643 0.902 0.000 0.956 0.044
#> SRR1696181 2 0.3941 0.860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1696182 2 0.3752 0.869 0.000 0.856 0.144
#> SRR1696183 2 0.4235 0.841 0.000 0.824 0.176
#> SRR1696184 2 0.3752 0.869 0.000 0.856 0.144
#> SRR1696185 3 0.5988 0.251 0.000 0.368 0.632
#> SRR1696186 3 0.1163 0.825 0.000 0.028 0.972
#> SRR1696187 1 0.4663 0.771 0.828 0.156 0.016
#> SRR1696189 2 0.4139 0.804 0.124 0.860 0.016
#> SRR1696188 2 0.4209 0.799 0.128 0.856 0.016
#> SRR1696190 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696191 2 0.1337 0.891 0.012 0.972 0.016
#> SRR1696192 2 0.1289 0.902 0.000 0.968 0.032
#> SRR1696193 2 0.4539 0.773 0.148 0.836 0.016
#> SRR1696194 2 0.1774 0.886 0.024 0.960 0.016
#> SRR1696195 2 0.3359 0.846 0.084 0.900 0.016
#> SRR1696196 2 0.2804 0.865 0.060 0.924 0.016
#> SRR1696197 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696198 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1696199 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696200 2 0.3091 0.856 0.072 0.912 0.016
#> SRR1696201 2 0.2383 0.876 0.044 0.940 0.016
#> SRR1696202 1 0.4345 0.778 0.848 0.136 0.016
#> SRR1696203 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696205 1 0.5008 0.759 0.804 0.180 0.016
#> SRR1696204 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696206 3 0.5497 0.478 0.000 0.292 0.708
#> SRR1696207 1 0.5506 0.729 0.764 0.220 0.016
#> SRR1696209 1 0.1163 0.800 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696210 1 0.5269 0.746 0.784 0.200 0.016
#> SRR1696208 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696212 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696211 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696213 2 0.2599 0.871 0.052 0.932 0.016
#> SRR1696214 2 0.2152 0.880 0.036 0.948 0.016
#> SRR1696215 1 0.6941 0.311 0.520 0.464 0.016
#> SRR1696217 2 0.3528 0.839 0.092 0.892 0.016
#> SRR1696216 1 0.6396 0.598 0.664 0.320 0.016
#> SRR1696218 2 0.6608 0.317 0.356 0.628 0.016
#> SRR1696219 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696220 2 0.2492 0.873 0.048 0.936 0.016
#> SRR1696221 2 0.2269 0.878 0.040 0.944 0.016
#> SRR1696222 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696224 1 0.5551 0.725 0.760 0.224 0.016
#> SRR1696223 1 0.4209 0.779 0.856 0.128 0.016
#> SRR1696225 2 0.2152 0.880 0.036 0.948 0.016
#> SRR1696227 1 0.3995 0.782 0.868 0.116 0.016
#> SRR1696226 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696228 1 0.5366 0.740 0.776 0.208 0.016
#> SRR1696229 2 0.5919 0.574 0.260 0.724 0.016
#> SRR1696232 2 0.1491 0.890 0.016 0.968 0.016
#> SRR1696231 1 0.5414 0.736 0.772 0.212 0.016
#> SRR1696230 1 0.5551 0.725 0.760 0.224 0.016
#> SRR1696233 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696235 1 0.6062 0.661 0.708 0.276 0.016
#> SRR1696234 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696236 2 0.2902 0.862 0.064 0.920 0.016
#> SRR1696237 1 0.6129 0.650 0.700 0.284 0.016
#> SRR1696238 2 0.1905 0.884 0.028 0.956 0.016
#> SRR1696239 2 0.2998 0.859 0.068 0.916 0.016
#> SRR1696240 2 0.3445 0.842 0.088 0.896 0.016
#> SRR1696241 2 0.6066 0.630 0.024 0.728 0.248
#> SRR1696244 1 0.0747 0.800 0.984 0.016 0.000
#> SRR1696243 1 0.2165 0.796 0.936 0.064 0.000
#> SRR1696242 2 0.1774 0.886 0.024 0.960 0.016
#> SRR1696245 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696246 1 0.1163 0.799 0.972 0.028 0.000
#> SRR1696247 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696248 1 0.0661 0.799 0.988 0.004 0.008
#> SRR1696249 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696250 1 0.3129 0.791 0.904 0.088 0.008
#> SRR1696252 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696253 2 0.4345 0.789 0.136 0.848 0.016
#> SRR1696251 1 0.0592 0.796 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696254 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696255 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696256 1 0.5461 0.733 0.768 0.216 0.016
#> SRR1696258 1 0.5366 0.740 0.776 0.208 0.016
#> SRR1696257 1 0.5817 0.680 0.744 0.236 0.020
#> SRR1696260 2 0.6313 0.458 0.308 0.676 0.016
#> SRR1696259 2 0.3769 0.827 0.104 0.880 0.016
#> SRR1696261 1 0.1964 0.757 0.944 0.000 0.056
#> SRR1696262 1 0.1411 0.778 0.964 0.000 0.036
#> SRR1696263 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696265 3 0.1267 0.828 0.004 0.024 0.972
#> SRR1696264 1 0.3695 0.786 0.880 0.108 0.012
#> SRR1696266 3 0.3851 0.825 0.136 0.004 0.860
#> SRR1696267 3 0.4974 0.767 0.236 0.000 0.764
#> SRR1696269 2 0.3272 0.849 0.080 0.904 0.016
#> SRR1696271 1 0.6587 0.549 0.632 0.352 0.016
#> SRR1696270 2 0.4663 0.762 0.156 0.828 0.016
#> SRR1696268 3 0.4887 0.775 0.228 0.000 0.772
#> SRR1696272 1 0.4663 0.771 0.828 0.156 0.016
#> SRR1696274 2 0.2796 0.895 0.000 0.908 0.092
#> SRR1696273 2 0.3551 0.877 0.000 0.868 0.132
#> SRR1696275 2 0.3846 0.823 0.108 0.876 0.016
#> SRR1696276 1 0.4723 0.769 0.824 0.160 0.016
#> SRR1696277 1 0.6473 0.580 0.652 0.332 0.016
#> SRR1696279 1 0.4602 0.773 0.832 0.152 0.016
#> SRR1696278 2 0.1774 0.886 0.024 0.960 0.016
#> SRR1696280 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696281 2 0.2152 0.880 0.036 0.948 0.016
#> SRR1696282 1 0.5008 0.759 0.804 0.180 0.016
#> SRR1696283 2 0.2031 0.882 0.032 0.952 0.016
#> SRR1696286 1 0.5366 0.740 0.776 0.208 0.016
#> SRR1696284 2 0.3359 0.846 0.084 0.900 0.016
#> SRR1696287 2 0.0848 0.895 0.008 0.984 0.008
#> SRR1696285 2 0.5008 0.725 0.180 0.804 0.016
#> SRR1696288 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696290 2 0.2152 0.880 0.036 0.948 0.016
#> SRR1696291 3 0.4178 0.816 0.172 0.000 0.828
#> SRR1696289 2 0.0424 0.899 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696292 3 0.3715 0.827 0.128 0.004 0.868
#> SRR1696293 1 0.6667 0.523 0.616 0.368 0.016
#> SRR1696294 1 0.6396 0.598 0.664 0.320 0.016
#> SRR1696295 2 0.4723 0.756 0.160 0.824 0.016
#> SRR1696296 2 0.6161 0.509 0.288 0.696 0.016
#> SRR1696297 1 0.5639 0.716 0.752 0.232 0.016
#> SRR1696298 1 0.6027 0.666 0.712 0.272 0.016
#> SRR1696299 2 0.1491 0.890 0.016 0.968 0.016
#> SRR1696301 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696300 2 0.1170 0.892 0.008 0.976 0.016
#> SRR1696303 2 0.2599 0.871 0.052 0.932 0.016
#> SRR1696302 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696304 2 0.2599 0.871 0.052 0.932 0.016
#> SRR1696305 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
#> SRR1696306 2 0.3412 0.882 0.000 0.876 0.124
#> SRR1696307 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696309 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696310 1 0.6783 0.478 0.588 0.396 0.016
#> SRR1696308 2 0.1905 0.884 0.028 0.956 0.016
#> SRR1696311 1 0.1031 0.787 0.976 0.000 0.024
#> SRR1696314 2 0.2269 0.878 0.040 0.944 0.016
#> SRR1696312 2 0.5449 0.835 0.068 0.816 0.116
#> SRR1696313 2 0.3528 0.839 0.092 0.892 0.016
#> SRR1696315 1 0.0592 0.796 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696316 2 0.3690 0.831 0.100 0.884 0.016
#> SRR1696317 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696318 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696319 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696320 2 0.6948 -0.149 0.472 0.512 0.016
#> SRR1696322 1 0.5595 0.721 0.756 0.228 0.016
#> SRR1696321 1 0.0747 0.793 0.984 0.000 0.016
#> SRR1696324 1 0.5008 0.759 0.804 0.180 0.016
#> SRR1696323 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696326 1 0.0424 0.798 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696325 1 0.1289 0.781 0.968 0.000 0.032
#> SRR1696327 3 0.5650 0.675 0.312 0.000 0.688
#> SRR1696328 1 0.5803 0.697 0.736 0.248 0.016
#> SRR1696329 2 0.3445 0.842 0.088 0.896 0.016
#> SRR1696330 2 0.1636 0.888 0.020 0.964 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1696028 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696029 4 0.0804 0.9974 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1696030 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696031 4 0.0804 0.9974 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1696032 4 0.0804 0.9974 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1696033 4 0.0804 0.9974 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1696034 4 0.0804 0.9974 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1696035 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696036 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696037 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696039 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696038 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696040 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696041 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696042 4 0.0937 0.9979 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1696043 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0779 0.9631 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696045 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696046 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696047 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696048 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696050 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696051 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696053 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696054 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696055 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696057 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696049 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696056 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696059 2 0.0657 0.9659 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696058 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696060 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696061 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696062 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696063 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696066 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696067 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696068 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696069 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696070 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696071 2 0.0469 0.9696 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696072 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696073 2 0.0469 0.9696 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696074 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696075 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696076 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696077 2 0.0336 0.9700 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696078 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696079 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696080 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696081 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696083 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696082 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696084 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696085 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696086 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696087 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696088 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696091 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696089 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696090 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696092 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696094 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696093 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696095 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696096 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696099 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696100 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696102 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696103 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696104 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696105 2 0.0657 0.9659 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1696107 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696108 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696106 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696110 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696109 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696111 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696112 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696114 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696113 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696115 2 0.1109 0.9540 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1696116 2 0.0336 0.9717 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696117 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696118 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696119 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696120 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696121 3 0.0336 0.9175 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696122 3 0.0336 0.9175 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696125 2 0.0524 0.9687 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696124 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696123 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696126 2 0.0524 0.9688 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696127 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696128 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696129 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696131 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696132 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696135 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696134 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696136 2 0.0779 0.9633 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1696137 2 0.0469 0.9696 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696138 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696139 2 0.0336 0.9700 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1696140 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696142 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696143 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696144 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696146 3 0.0188 0.9181 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1696145 3 0.0469 0.9097 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1696148 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696147 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696149 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696151 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696152 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696154 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696155 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696156 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696157 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696158 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696159 2 0.0336 0.9701 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1696160 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696161 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696162 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696163 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696164 2 0.0188 0.9722 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696165 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696166 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696167 1 0.0000 0.8952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696168 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696171 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696170 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696173 2 0.0188 0.9724 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1696174 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696176 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696175 2 0.1209 0.9511 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696177 2 0.0524 0.9687 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1696178 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696179 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696180 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696181 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696182 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696183 2 0.0188 0.9727 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1696184 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696185 3 0.4978 0.2520 0.004 0.384 0.612 0.000
#> SRR1696186 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696187 1 0.0921 0.8963 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696189 2 0.3351 0.8237 0.148 0.844 0.000 0.008
#> SRR1696188 1 0.0524 0.8913 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696190 2 0.1209 0.9512 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1696191 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696192 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696193 1 0.0524 0.8913 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696194 2 0.2831 0.8640 0.120 0.876 0.000 0.004
#> SRR1696195 1 0.1978 0.8379 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1696196 1 0.2654 0.7856 0.888 0.108 0.000 0.004
#> SRR1696197 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696198 3 0.0524 0.9168 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1696199 1 0.3219 0.8431 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1696200 1 0.2197 0.8238 0.916 0.080 0.000 0.004
#> SRR1696201 2 0.2542 0.8983 0.084 0.904 0.000 0.012
#> SRR1696202 1 0.1302 0.8940 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1696203 1 0.2921 0.8613 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1696205 1 0.0817 0.8967 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696204 2 0.1902 0.9229 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR1696206 3 0.4072 0.4420 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1696207 1 0.0188 0.8959 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696209 1 0.2408 0.8787 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1696210 1 0.0000 0.8952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696208 1 0.3105 0.7357 0.856 0.140 0.000 0.004
#> SRR1696212 1 0.3306 0.7070 0.840 0.156 0.000 0.004
#> SRR1696211 1 0.3024 0.8556 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1696213 2 0.1854 0.9334 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1696214 2 0.2654 0.8776 0.108 0.888 0.000 0.004
#> SRR1696215 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696217 1 0.1545 0.8667 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1696216 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696218 1 0.0376 0.8932 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696219 2 0.5277 0.1723 0.460 0.532 0.000 0.008
#> SRR1696220 2 0.4220 0.6754 0.248 0.748 0.000 0.004
#> SRR1696221 2 0.1388 0.9505 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1696222 2 0.1452 0.9462 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1696224 1 0.0000 0.8952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.2704 0.8706 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696225 2 0.2255 0.9147 0.068 0.920 0.000 0.012
#> SRR1696227 1 0.2530 0.8763 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1696226 2 0.2053 0.9153 0.072 0.924 0.000 0.004
#> SRR1696228 1 0.0336 0.8962 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696229 1 0.0524 0.8913 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696232 2 0.2944 0.8546 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR1696231 1 0.0707 0.8965 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1696230 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696233 1 0.5143 0.1165 0.540 0.456 0.000 0.004
#> SRR1696235 1 0.0336 0.8960 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696234 1 0.2266 0.8187 0.912 0.084 0.000 0.004
#> SRR1696236 1 0.2888 0.7615 0.872 0.124 0.000 0.004
#> SRR1696237 1 0.0188 0.8959 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696238 2 0.1398 0.9445 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR1696239 1 0.3157 0.7311 0.852 0.144 0.000 0.004
#> SRR1696240 1 0.0657 0.8890 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696241 1 0.4964 0.6575 0.724 0.032 0.244 0.000
#> SRR1696244 1 0.2345 0.8801 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1696243 1 0.2469 0.8774 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696242 2 0.3791 0.7517 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1696245 1 0.2760 0.8686 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696246 1 0.2149 0.8836 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696247 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696248 1 0.2149 0.8836 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696249 1 0.2760 0.8686 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696250 1 0.1940 0.8866 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1696252 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696253 1 0.2530 0.8005 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR1696251 1 0.3528 0.8185 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1696254 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696255 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696256 1 0.0188 0.8959 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696258 1 0.0188 0.8959 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696257 1 0.3471 0.8405 0.880 0.068 0.016 0.036
#> SRR1696260 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696259 1 0.0672 0.8908 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1696261 1 0.4281 0.8039 0.792 0.000 0.028 0.180
#> SRR1696262 1 0.2131 0.8897 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1696263 1 0.2921 0.8613 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1696265 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696264 1 0.2149 0.8836 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1696266 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696267 3 0.0817 0.9078 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1696269 1 0.1576 0.8593 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1696271 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696270 1 0.0524 0.8923 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1696268 3 0.0336 0.9175 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1696272 1 0.0336 0.8962 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696274 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696273 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696275 1 0.5055 0.3023 0.624 0.368 0.000 0.008
#> SRR1696276 1 0.0921 0.8962 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1696277 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696279 1 0.2469 0.8783 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1696278 2 0.2125 0.9113 0.076 0.920 0.000 0.004
#> SRR1696280 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696281 2 0.1388 0.9505 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR1696282 1 0.1474 0.8936 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1696283 2 0.0657 0.9678 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1696286 1 0.0188 0.8959 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696284 1 0.1978 0.8414 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1696287 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696285 1 0.0524 0.8913 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696288 2 0.2053 0.9153 0.072 0.924 0.000 0.004
#> SRR1696290 2 0.2125 0.9113 0.076 0.920 0.000 0.004
#> SRR1696291 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696289 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696292 3 0.0000 0.9190 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1696293 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696294 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696295 2 0.2924 0.8764 0.100 0.884 0.000 0.016
#> SRR1696296 1 0.0376 0.8932 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1696297 1 0.0817 0.8969 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1696298 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696299 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696301 1 0.2704 0.8708 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1696300 2 0.0188 0.9729 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1696303 2 0.2101 0.9225 0.060 0.928 0.000 0.012
#> SRR1696302 1 0.2921 0.8613 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1696304 2 0.2593 0.8831 0.104 0.892 0.000 0.004
#> SRR1696305 2 0.0469 0.9696 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1696306 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1696307 1 0.2973 0.8585 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696309 1 0.2647 0.8726 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1696310 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696308 2 0.2334 0.8991 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1696311 1 0.3726 0.7956 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696314 2 0.3681 0.7857 0.176 0.816 0.000 0.008
#> SRR1696312 2 0.6189 0.3571 0.048 0.600 0.344 0.008
#> SRR1696313 2 0.5165 0.0711 0.484 0.512 0.000 0.004
#> SRR1696315 1 0.2760 0.8691 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696316 1 0.2944 0.7550 0.868 0.128 0.000 0.004
#> SRR1696317 1 0.2814 0.8665 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1696318 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696319 1 0.2760 0.8686 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1696320 1 0.0188 0.8945 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696322 1 0.0000 0.8952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.3123 0.8497 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1696324 1 0.1022 0.8956 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1696323 1 0.2973 0.8588 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1696326 1 0.2589 0.8744 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1696325 1 0.3726 0.8003 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1696327 3 0.1637 0.8672 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1696328 1 0.0000 0.8952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.2773 0.7743 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR1696330 2 0.1489 0.9411 0.044 0.952 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1696028 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696029 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696030 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696031 5 0.0324 0.9970 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1696032 5 0.0324 0.9970 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1696033 5 0.0324 0.9970 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1696034 5 0.0324 0.9970 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1696035 3 0.2488 0.7924 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1696036 3 0.2488 0.7924 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1696037 3 0.2488 0.7924 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1696039 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696038 3 0.2488 0.7924 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1696040 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696041 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696042 5 0.0162 0.9983 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1696043 2 0.0510 0.9099 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696044 2 0.1041 0.9091 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696045 2 0.1041 0.9084 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696046 2 0.1041 0.9102 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696047 2 0.1478 0.8964 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696048 2 0.1270 0.9014 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696050 2 0.1792 0.8832 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696051 2 0.0451 0.9086 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696052 2 0.0865 0.9048 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696053 3 0.1205 0.7697 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1696054 3 0.1205 0.7697 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1696055 2 0.0771 0.9101 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696057 2 0.0290 0.9103 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696049 2 0.1197 0.9022 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696056 2 0.0703 0.9101 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696059 2 0.0609 0.9106 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696058 2 0.0865 0.9048 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696060 2 0.0566 0.9088 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1696061 2 0.1478 0.8961 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696062 2 0.1410 0.8994 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696063 2 0.0290 0.9103 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1696064 2 0.0609 0.9098 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696065 2 0.1341 0.8991 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696066 2 0.2127 0.8629 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696067 2 0.1965 0.8736 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696068 2 0.1410 0.8976 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696069 2 0.1704 0.8846 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1696070 2 0.1270 0.9010 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696071 2 0.1205 0.9009 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1696072 2 0.1124 0.9009 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1696073 2 0.2124 0.8661 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1696074 2 0.1410 0.8974 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696075 2 0.0865 0.9048 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696076 2 0.0865 0.9103 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696077 2 0.1357 0.8969 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1696078 2 0.0880 0.9049 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696079 2 0.1478 0.8959 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1696080 2 0.1410 0.8985 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696081 2 0.1197 0.9022 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696083 2 0.0880 0.9100 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696082 2 0.1121 0.9036 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696084 2 0.0510 0.9101 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696085 2 0.0451 0.9099 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696086 2 0.0880 0.9076 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696087 2 0.1041 0.9085 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696088 2 0.1341 0.8992 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1696091 2 0.1124 0.9079 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1696089 2 0.0324 0.9100 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696090 2 0.0510 0.9110 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696092 2 0.0703 0.9097 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696094 2 0.1908 0.8772 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696093 2 0.1571 0.8987 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1696095 2 0.0794 0.9086 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696096 2 0.0880 0.9081 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696097 2 0.0000 0.9098 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1696098 2 0.0609 0.9114 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696099 2 0.1357 0.8953 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1696100 2 0.1430 0.8932 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1696102 2 0.0865 0.9048 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696103 2 0.0955 0.9042 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1696104 2 0.0510 0.9083 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696105 2 0.0865 0.9073 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696107 2 0.1270 0.9010 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1696108 2 0.1197 0.9022 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696106 2 0.1205 0.8993 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1696110 2 0.1121 0.9044 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696109 2 0.1197 0.9022 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696111 2 0.1792 0.8832 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696112 2 0.0609 0.9106 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696114 2 0.1043 0.9054 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696113 2 0.2074 0.8668 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696115 2 0.2741 0.8311 0.004 0.860 0.004 0.132 0.000
#> SRR1696116 2 0.2439 0.8447 0.000 0.876 0.004 0.120 0.000
#> SRR1696117 2 0.1608 0.8922 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1696118 4 0.4590 0.3589 0.012 0.420 0.000 0.568 0.000
#> SRR1696119 2 0.4192 0.2356 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1696120 3 0.5002 0.5803 0.000 0.040 0.596 0.364 0.000
#> SRR1696121 3 0.5761 0.5427 0.000 0.000 0.492 0.420 0.088
#> SRR1696122 3 0.5652 0.6146 0.000 0.000 0.552 0.360 0.088
#> SRR1696125 2 0.0703 0.9095 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696124 2 0.1121 0.9036 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696123 2 0.1638 0.8877 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR1696126 2 0.1851 0.8825 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1696127 2 0.0451 0.9086 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696128 2 0.1544 0.8936 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696129 2 0.0451 0.9099 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696130 2 0.1965 0.8743 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696131 2 0.0671 0.9104 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1696133 2 0.1357 0.9035 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1696132 2 0.1671 0.8889 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696135 2 0.0955 0.9099 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1696134 2 0.0955 0.9050 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1696136 2 0.2179 0.8711 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696137 2 0.0865 0.9048 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696138 2 0.1121 0.9041 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1696139 2 0.1124 0.9047 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1696140 2 0.0963 0.9065 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696142 2 0.0324 0.9100 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696141 2 0.0771 0.9060 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696143 2 0.1043 0.9052 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1696144 2 0.1732 0.8867 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1696146 4 0.4221 0.1182 0.000 0.052 0.160 0.780 0.008
#> SRR1696145 4 0.4375 0.1631 0.000 0.064 0.136 0.784 0.016
#> SRR1696148 2 0.1041 0.9088 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696147 2 0.1041 0.9085 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696149 2 0.0162 0.9094 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696150 2 0.1124 0.9098 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1696151 2 0.0451 0.9089 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1696152 2 0.0324 0.9100 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696153 2 0.0671 0.9102 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1696154 2 0.0880 0.9100 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696155 2 0.0963 0.9070 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1696156 2 0.0955 0.9041 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1696157 2 0.1965 0.8736 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696158 2 0.0671 0.9102 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1696159 2 0.1197 0.9039 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696160 2 0.1908 0.8799 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696161 2 0.1430 0.8932 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1696162 2 0.1041 0.9096 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696163 2 0.1571 0.8896 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1696164 2 0.1205 0.8999 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1696165 2 0.1792 0.8849 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696166 2 0.2471 0.8337 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696167 1 0.0865 0.8655 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1696169 2 0.0880 0.9078 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1696168 2 0.1357 0.8956 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1696171 2 0.0865 0.9099 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1696170 2 0.0510 0.9081 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696172 2 0.1041 0.9034 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1696173 2 0.1671 0.8897 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696174 2 0.1544 0.8941 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696176 2 0.1205 0.9064 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1696175 2 0.1894 0.8903 0.008 0.920 0.000 0.072 0.000
#> SRR1696177 2 0.0566 0.9111 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1696178 2 0.0771 0.9063 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1696179 2 0.0609 0.9087 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696180 2 0.1282 0.8973 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1696181 2 0.0794 0.9118 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696182 2 0.0510 0.9113 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696183 2 0.0703 0.9117 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696184 2 0.0510 0.9108 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696185 4 0.4853 0.4283 0.028 0.312 0.008 0.652 0.000
#> SRR1696186 3 0.4747 0.6152 0.000 0.028 0.620 0.352 0.000
#> SRR1696187 1 0.0912 0.8667 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1696189 2 0.5210 0.6145 0.176 0.720 0.004 0.084 0.016
#> SRR1696188 1 0.2248 0.8362 0.900 0.012 0.000 0.088 0.000
#> SRR1696190 2 0.1571 0.8904 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> SRR1696191 2 0.1282 0.9110 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1696192 2 0.3177 0.7346 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1696193 1 0.2707 0.8221 0.876 0.024 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696194 2 0.4016 0.7454 0.092 0.796 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696195 1 0.4270 0.7218 0.776 0.112 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696196 1 0.4541 0.6845 0.752 0.136 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696197 3 0.1205 0.7697 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1696198 3 0.1205 0.7697 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1696199 1 0.2144 0.8531 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> SRR1696200 1 0.3857 0.7597 0.808 0.084 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696201 2 0.4636 0.6665 0.132 0.744 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696202 1 0.0771 0.8673 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1696203 1 0.1872 0.8583 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1696205 1 0.1012 0.8661 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1696204 2 0.3555 0.7845 0.052 0.824 0.000 0.124 0.000
#> SRR1696206 4 0.4807 0.4140 0.008 0.340 0.020 0.632 0.000
#> SRR1696207 1 0.0703 0.8658 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696209 1 0.1800 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1696210 1 0.0703 0.8658 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1696208 1 0.4696 0.6508 0.736 0.156 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696212 1 0.4734 0.6429 0.732 0.160 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696211 1 0.1981 0.8561 0.920 0.000 0.000 0.016 0.064
#> SRR1696213 2 0.3452 0.7839 0.032 0.820 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696214 2 0.5102 0.5805 0.176 0.696 0.000 0.128 0.000
#> SRR1696215 1 0.2984 0.8131 0.860 0.032 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696217 1 0.4270 0.7215 0.776 0.112 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696216 1 0.0671 0.8659 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1696218 1 0.1484 0.8547 0.944 0.008 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696219 2 0.6000 0.0189 0.428 0.460 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696220 2 0.5804 0.3060 0.304 0.576 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696221 2 0.3569 0.7816 0.028 0.816 0.004 0.152 0.000
#> SRR1696222 2 0.3394 0.7919 0.020 0.824 0.004 0.152 0.000
#> SRR1696224 1 0.1518 0.8564 0.944 0.004 0.000 0.048 0.004
#> SRR1696223 1 0.1740 0.8642 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1696225 2 0.4078 0.7371 0.068 0.784 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696227 1 0.1557 0.8647 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1696226 2 0.1701 0.8937 0.048 0.936 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696228 1 0.0290 0.8665 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1696229 1 0.3064 0.8080 0.856 0.036 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696232 2 0.4444 0.6891 0.136 0.760 0.000 0.104 0.000
#> SRR1696231 1 0.0404 0.8669 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1696230 1 0.0566 0.8661 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696233 1 0.5965 0.1217 0.496 0.392 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696235 1 0.1651 0.8613 0.944 0.008 0.000 0.036 0.012
#> SRR1696234 1 0.4072 0.7395 0.792 0.100 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696236 1 0.4361 0.7050 0.768 0.124 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696237 1 0.2177 0.8431 0.908 0.008 0.000 0.080 0.004
#> SRR1696238 2 0.3080 0.8199 0.020 0.852 0.004 0.124 0.000
#> SRR1696239 1 0.5515 0.4358 0.628 0.260 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696240 1 0.3493 0.7890 0.832 0.060 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696241 1 0.6205 0.4330 0.608 0.052 0.072 0.268 0.000
#> SRR1696244 1 0.1430 0.8630 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696243 1 0.1430 0.8629 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1696242 2 0.4541 0.6744 0.136 0.752 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696245 1 0.1872 0.8583 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1696246 1 0.1484 0.8633 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1696247 1 0.1628 0.8627 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1696248 1 0.1800 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1696249 1 0.2054 0.8554 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1696250 1 0.1670 0.8653 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1696252 1 0.1800 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1696253 1 0.4964 0.6005 0.708 0.084 0.000 0.204 0.004
#> SRR1696251 1 0.3058 0.8173 0.860 0.000 0.000 0.044 0.096
#> SRR1696254 1 0.1872 0.8583 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1696255 1 0.1502 0.8633 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1696256 1 0.0451 0.8668 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1696258 1 0.0162 0.8660 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696257 1 0.6389 0.0301 0.464 0.028 0.000 0.424 0.084
#> SRR1696260 1 0.3035 0.8103 0.856 0.032 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696259 1 0.3791 0.7688 0.812 0.076 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696261 1 0.5681 0.4742 0.608 0.000 0.000 0.268 0.124
#> SRR1696262 1 0.4295 0.6573 0.732 0.000 0.004 0.236 0.028
#> SRR1696263 1 0.1965 0.8570 0.924 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1696265 3 0.4836 0.6789 0.000 0.000 0.612 0.356 0.032
#> SRR1696264 1 0.1282 0.8646 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1696266 3 0.5431 0.5858 0.000 0.000 0.516 0.424 0.060
#> SRR1696267 3 0.4035 0.7704 0.000 0.000 0.784 0.156 0.060
#> SRR1696269 1 0.3682 0.7738 0.820 0.072 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696271 1 0.2864 0.8160 0.864 0.024 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696270 1 0.2305 0.8343 0.896 0.012 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696268 3 0.3506 0.7842 0.000 0.000 0.824 0.132 0.044
#> SRR1696272 1 0.1492 0.8614 0.948 0.004 0.000 0.040 0.008
#> SRR1696274 2 0.1544 0.8837 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696273 2 0.0794 0.9062 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1696275 1 0.5223 0.5179 0.672 0.220 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696276 1 0.1117 0.8657 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1696277 1 0.2305 0.8340 0.896 0.012 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696279 1 0.2036 0.8556 0.920 0.000 0.000 0.024 0.056
#> SRR1696278 2 0.2843 0.8410 0.048 0.876 0.000 0.076 0.000
#> SRR1696280 1 0.1872 0.8583 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1696281 2 0.3394 0.7918 0.020 0.824 0.004 0.152 0.000
#> SRR1696282 1 0.1493 0.8642 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR1696283 2 0.3047 0.8029 0.004 0.832 0.004 0.160 0.000
#> SRR1696286 1 0.0898 0.8663 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1696284 1 0.2228 0.8257 0.908 0.076 0.000 0.012 0.004
#> SRR1696287 2 0.2233 0.8578 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1696285 1 0.3141 0.8045 0.852 0.040 0.000 0.108 0.000
#> SRR1696288 2 0.3888 0.7564 0.064 0.800 0.000 0.136 0.000
#> SRR1696290 2 0.4501 0.6843 0.128 0.756 0.000 0.116 0.000
#> SRR1696291 4 0.5052 -0.3777 0.000 0.000 0.340 0.612 0.048
#> SRR1696289 2 0.2179 0.8604 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1696292 4 0.5084 -0.3666 0.000 0.000 0.332 0.616 0.052
#> SRR1696293 1 0.2136 0.8379 0.904 0.008 0.000 0.088 0.000
#> SRR1696294 1 0.2193 0.8374 0.900 0.008 0.000 0.092 0.000
#> SRR1696295 2 0.4328 0.7248 0.108 0.780 0.000 0.108 0.004
#> SRR1696296 1 0.1830 0.8467 0.924 0.008 0.000 0.068 0.000
#> SRR1696297 1 0.1205 0.8633 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1696298 1 0.0771 0.8623 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1696299 2 0.2389 0.8462 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1696301 1 0.1965 0.8570 0.924 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1696300 2 0.2020 0.8704 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1696303 2 0.3888 0.7519 0.056 0.796 0.000 0.148 0.000
#> SRR1696302 1 0.1872 0.8583 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1696304 2 0.4634 0.6683 0.136 0.744 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696305 2 0.2389 0.8492 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1696306 2 0.0510 0.9113 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1696307 1 0.1740 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1696309 1 0.1502 0.8633 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1696310 1 0.2077 0.8397 0.908 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR1696308 2 0.4247 0.7192 0.092 0.776 0.000 0.132 0.000
#> SRR1696311 1 0.4364 0.7271 0.768 0.000 0.000 0.112 0.120
#> SRR1696314 2 0.5554 0.4314 0.252 0.628 0.000 0.120 0.000
#> SRR1696312 4 0.5496 0.3952 0.084 0.196 0.016 0.696 0.008
#> SRR1696313 2 0.5071 0.1369 0.420 0.548 0.000 0.028 0.004
#> SRR1696315 1 0.2853 0.8309 0.876 0.000 0.000 0.072 0.052
#> SRR1696316 1 0.4300 0.7006 0.772 0.132 0.000 0.096 0.000
#> SRR1696317 1 0.1965 0.8570 0.924 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1696318 1 0.1740 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1696319 1 0.2450 0.8460 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> SRR1696320 1 0.1484 0.8544 0.944 0.008 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696322 1 0.1717 0.8544 0.936 0.008 0.000 0.052 0.004
#> SRR1696321 1 0.2694 0.8363 0.884 0.000 0.000 0.040 0.076
#> SRR1696324 1 0.1173 0.8672 0.964 0.004 0.000 0.012 0.020
#> SRR1696323 1 0.2139 0.8539 0.916 0.000 0.000 0.032 0.052
#> SRR1696326 1 0.1740 0.8597 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1696325 1 0.5162 0.6226 0.692 0.000 0.000 0.160 0.148
#> SRR1696327 4 0.6295 -0.0326 0.184 0.000 0.068 0.644 0.104
#> SRR1696328 1 0.1357 0.8553 0.948 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1696329 1 0.4121 0.7394 0.788 0.100 0.000 0.112 0.000
#> SRR1696330 2 0.3152 0.8034 0.024 0.840 0.000 0.136 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1696028 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696029 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696030 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696031 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696032 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696033 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696034 5 0.0146 0.99681 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1696035 3 0.5105 0.76029 0.000 0.000 0.644 0.196 0.004 0.156
#> SRR1696036 3 0.5105 0.76029 0.000 0.000 0.644 0.196 0.004 0.156
#> SRR1696037 3 0.5105 0.76029 0.000 0.000 0.644 0.196 0.004 0.156
#> SRR1696039 5 0.0508 0.99281 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1696038 3 0.5105 0.76029 0.000 0.000 0.644 0.196 0.004 0.156
#> SRR1696040 5 0.0508 0.99281 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1696041 5 0.0405 0.99452 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1696042 5 0.0405 0.99452 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1696043 2 0.0363 0.79740 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696044 2 0.0363 0.79555 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1696045 2 0.2006 0.77359 0.000 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1696046 2 0.1265 0.79688 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1696047 2 0.1575 0.77853 0.000 0.936 0.000 0.032 0.000 0.032
#> SRR1696048 2 0.1575 0.78711 0.000 0.936 0.000 0.032 0.000 0.032
#> SRR1696050 2 0.1856 0.76818 0.000 0.920 0.000 0.048 0.000 0.032
#> SRR1696051 2 0.1285 0.79459 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1696052 2 0.1531 0.78725 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1696053 3 0.1075 0.74460 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696054 3 0.1075 0.74460 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696055 2 0.0603 0.79726 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696057 2 0.0717 0.79787 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1696049 2 0.0820 0.79384 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1696056 2 0.0820 0.79313 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1696059 2 0.1152 0.79765 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR1696058 2 0.0717 0.79757 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1696060 2 0.0692 0.79720 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696061 2 0.1644 0.77548 0.000 0.932 0.000 0.040 0.000 0.028
#> SRR1696062 2 0.2527 0.73080 0.000 0.876 0.000 0.084 0.000 0.040
#> SRR1696063 2 0.0547 0.79769 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696064 2 0.0260 0.79614 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696065 2 0.1564 0.77888 0.000 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024
#> SRR1696066 2 0.2134 0.75911 0.000 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1696067 2 0.2065 0.76581 0.004 0.912 0.000 0.052 0.000 0.032
#> SRR1696068 2 0.2046 0.75723 0.000 0.908 0.000 0.060 0.000 0.032
#> SRR1696069 2 0.1812 0.77885 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR1696070 2 0.2312 0.76646 0.000 0.876 0.000 0.112 0.000 0.012
#> SRR1696071 2 0.1858 0.78450 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000 0.012
#> SRR1696072 2 0.3245 0.64058 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1696073 2 0.2793 0.67248 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1696074 2 0.2070 0.77700 0.000 0.896 0.000 0.092 0.000 0.012
#> SRR1696075 2 0.1434 0.79414 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1696076 2 0.2730 0.74027 0.000 0.836 0.000 0.152 0.000 0.012
#> SRR1696077 2 0.1500 0.79383 0.000 0.936 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR1696078 2 0.2980 0.68426 0.000 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1696079 2 0.1713 0.77428 0.000 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> SRR1696080 2 0.1572 0.79002 0.000 0.936 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1696081 2 0.1124 0.79880 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR1696083 2 0.1858 0.78902 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000 0.012
#> SRR1696082 2 0.1411 0.79486 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1696084 2 0.1408 0.78739 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR1696085 2 0.0405 0.79705 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1696086 2 0.0891 0.79816 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1696087 2 0.0146 0.79656 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1696088 2 0.1434 0.79752 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1696091 2 0.1168 0.79321 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1696089 2 0.0458 0.79741 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696090 2 0.2632 0.72161 0.000 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR1696092 2 0.0508 0.79838 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696094 2 0.1720 0.77641 0.000 0.928 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR1696093 2 0.2768 0.72349 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR1696095 2 0.0508 0.79637 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1696096 2 0.1720 0.78206 0.000 0.928 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR1696097 2 0.0858 0.79685 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1696098 2 0.1088 0.79536 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1696099 2 0.2814 0.71032 0.000 0.820 0.000 0.172 0.000 0.008
#> SRR1696100 2 0.2070 0.77104 0.000 0.896 0.000 0.092 0.000 0.012
#> SRR1696102 2 0.0858 0.79695 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1696103 2 0.2191 0.75941 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1696104 2 0.0713 0.79742 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1696105 2 0.2669 0.72648 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR1696107 2 0.1341 0.78482 0.000 0.948 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR1696108 2 0.1572 0.78029 0.000 0.936 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1696106 2 0.1858 0.77318 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1696110 2 0.0993 0.79377 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1696109 2 0.1257 0.78740 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1696111 2 0.1528 0.79303 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1696112 2 0.0603 0.79634 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696114 2 0.0622 0.79488 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1696113 2 0.1926 0.77521 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020
#> SRR1696115 2 0.3089 0.65780 0.008 0.800 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR1696116 2 0.3807 0.29493 0.000 0.628 0.000 0.368 0.000 0.004
#> SRR1696117 2 0.3261 0.67239 0.000 0.780 0.000 0.204 0.000 0.016
#> SRR1696118 6 0.5174 0.09484 0.008 0.460 0.000 0.064 0.000 0.468
#> SRR1696119 2 0.4856 0.32040 0.008 0.640 0.000 0.072 0.000 0.280
#> SRR1696120 6 0.4044 0.15820 0.000 0.008 0.312 0.012 0.000 0.668
#> SRR1696121 6 0.4481 0.24463 0.000 0.000 0.176 0.056 0.032 0.736
#> SRR1696122 6 0.4589 0.22617 0.000 0.000 0.192 0.060 0.028 0.720
#> SRR1696125 2 0.2446 0.75989 0.000 0.864 0.000 0.124 0.000 0.012
#> SRR1696124 2 0.1151 0.79855 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1696123 2 0.1802 0.78309 0.000 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012
#> SRR1696126 2 0.3017 0.72020 0.000 0.816 0.000 0.164 0.000 0.020
#> SRR1696127 2 0.2915 0.70134 0.000 0.808 0.000 0.184 0.000 0.008
#> SRR1696128 2 0.1700 0.78585 0.000 0.928 0.000 0.048 0.000 0.024
#> SRR1696129 2 0.0146 0.79656 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696130 2 0.2119 0.75775 0.000 0.904 0.000 0.060 0.000 0.036
#> SRR1696131 2 0.0260 0.79614 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696133 2 0.1257 0.78903 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1696132 2 0.1434 0.78765 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1696135 2 0.1471 0.79191 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1696134 2 0.0603 0.79742 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696136 2 0.3352 0.70761 0.016 0.816 0.000 0.144 0.000 0.024
#> SRR1696137 2 0.2402 0.76216 0.000 0.868 0.000 0.120 0.000 0.012
#> SRR1696138 2 0.1333 0.79472 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1696139 2 0.1297 0.79642 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> SRR1696140 2 0.1333 0.79711 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1696142 2 0.2520 0.73586 0.000 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004
#> SRR1696141 2 0.2538 0.75516 0.000 0.860 0.000 0.124 0.000 0.016
#> SRR1696143 2 0.0603 0.79690 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1696144 2 0.1863 0.78122 0.000 0.920 0.000 0.044 0.000 0.036
#> SRR1696146 6 0.2507 0.36922 0.000 0.036 0.016 0.056 0.000 0.892
#> SRR1696145 6 0.2772 0.36575 0.000 0.048 0.016 0.060 0.000 0.876
#> SRR1696148 2 0.1092 0.79101 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1696147 2 0.1531 0.79197 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1696149 2 0.1858 0.77903 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1696150 2 0.0820 0.79247 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1696151 2 0.1349 0.79218 0.000 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1696152 2 0.0146 0.79576 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1696153 2 0.0692 0.79603 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696154 2 0.0914 0.79737 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1696155 2 0.0820 0.79426 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1696156 2 0.0935 0.79765 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1696157 2 0.1713 0.77385 0.000 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> SRR1696158 2 0.0909 0.79256 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1696159 2 0.3133 0.67429 0.000 0.780 0.000 0.212 0.000 0.008
#> SRR1696160 2 0.2070 0.76873 0.000 0.896 0.000 0.092 0.000 0.012
#> SRR1696161 2 0.1858 0.77633 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1696162 2 0.0820 0.79419 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1696163 2 0.3046 0.68554 0.000 0.800 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR1696164 2 0.1088 0.79821 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1696165 2 0.2237 0.74707 0.000 0.896 0.000 0.068 0.000 0.036
#> SRR1696166 2 0.3563 0.63004 0.000 0.800 0.000 0.092 0.000 0.108
#> SRR1696167 1 0.1007 0.79304 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1696169 2 0.0520 0.79531 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1696168 2 0.1462 0.79010 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1696171 2 0.0692 0.79549 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1696170 2 0.1556 0.78366 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1696172 2 0.1745 0.78808 0.000 0.920 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR1696173 2 0.2065 0.76525 0.004 0.912 0.000 0.052 0.000 0.032
#> SRR1696174 2 0.1572 0.77910 0.000 0.936 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1696176 2 0.1418 0.78560 0.000 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1696175 2 0.1864 0.77364 0.004 0.924 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR1696177 2 0.2706 0.72855 0.000 0.832 0.000 0.160 0.000 0.008
#> SRR1696178 2 0.1858 0.77317 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1696179 2 0.2848 0.70528 0.000 0.816 0.000 0.176 0.000 0.008
#> SRR1696180 2 0.1434 0.79346 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1696181 2 0.4277 0.34252 0.000 0.616 0.000 0.356 0.000 0.028
#> SRR1696182 2 0.4026 0.39583 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR1696183 2 0.4453 0.26610 0.000 0.592 0.000 0.372 0.000 0.036
#> SRR1696184 2 0.3992 0.36278 0.000 0.624 0.000 0.364 0.000 0.012
#> SRR1696185 6 0.6286 0.25749 0.032 0.244 0.000 0.188 0.004 0.532
#> SRR1696186 6 0.4027 0.15994 0.000 0.008 0.308 0.012 0.000 0.672
#> SRR1696187 1 0.0260 0.80078 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696189 2 0.5606 -0.31100 0.076 0.472 0.000 0.432 0.008 0.012
#> SRR1696188 1 0.2838 0.73093 0.808 0.004 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1696190 2 0.4136 0.12148 0.000 0.560 0.000 0.428 0.000 0.012
#> SRR1696191 2 0.3819 0.39658 0.000 0.652 0.000 0.340 0.000 0.008
#> SRR1696192 2 0.5031 -0.06612 0.000 0.480 0.000 0.072 0.000 0.448
#> SRR1696193 1 0.2980 0.72832 0.800 0.008 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1696194 2 0.4644 -0.15945 0.032 0.524 0.000 0.440 0.000 0.004
#> SRR1696195 1 0.4781 0.49641 0.624 0.080 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1696196 1 0.5400 0.12580 0.484 0.116 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1696197 3 0.1075 0.74460 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696198 3 0.1075 0.74460 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1696199 1 0.2001 0.78440 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048 0.000
#> SRR1696200 1 0.4664 0.53073 0.644 0.076 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696201 4 0.5074 0.38928 0.076 0.452 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696202 1 0.0291 0.80082 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1696203 1 0.1408 0.79265 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020 0.000
#> SRR1696205 1 0.0632 0.79989 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1696204 2 0.4141 0.13525 0.016 0.596 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1696206 6 0.6363 0.02796 0.016 0.332 0.000 0.240 0.000 0.412
#> SRR1696207 1 0.2253 0.77134 0.896 0.004 0.000 0.084 0.004 0.012
#> SRR1696209 1 0.0806 0.79768 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1696210 1 0.1745 0.78640 0.920 0.000 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR1696208 1 0.4945 0.45201 0.604 0.092 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1696212 1 0.5027 0.42842 0.596 0.100 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1696211 1 0.1261 0.79575 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR1696213 2 0.4193 0.20374 0.024 0.624 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1696214 4 0.5288 0.47491 0.100 0.424 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1696215 1 0.3349 0.68644 0.748 0.008 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1696217 1 0.4638 0.52806 0.636 0.068 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1696216 1 0.2700 0.74369 0.836 0.004 0.000 0.156 0.000 0.004
#> SRR1696218 1 0.3650 0.64421 0.708 0.012 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696219 4 0.5995 0.50009 0.304 0.260 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696220 4 0.5681 0.58434 0.144 0.360 0.000 0.492 0.000 0.004
#> SRR1696221 2 0.4461 -0.20282 0.020 0.512 0.000 0.464 0.000 0.004
#> SRR1696222 2 0.4122 -0.15331 0.004 0.520 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR1696224 1 0.1663 0.78403 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1696223 1 0.1225 0.79915 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1696225 2 0.4873 -0.25366 0.060 0.520 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1696227 1 0.1124 0.79928 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1696226 2 0.4153 0.40810 0.008 0.640 0.000 0.340 0.000 0.012
#> SRR1696228 1 0.1007 0.79932 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1696229 1 0.3420 0.68066 0.748 0.012 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1696232 2 0.4975 -0.29673 0.068 0.504 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1696231 1 0.1471 0.79519 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1696230 1 0.2920 0.73892 0.820 0.004 0.000 0.168 0.000 0.008
#> SRR1696233 1 0.6002 -0.34081 0.396 0.236 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1696235 1 0.1812 0.78781 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR1696234 1 0.4507 0.56297 0.664 0.068 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1696236 1 0.4939 0.45970 0.612 0.096 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1696237 1 0.2146 0.77176 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000
#> SRR1696238 2 0.4284 -0.05191 0.012 0.544 0.000 0.440 0.000 0.004
#> SRR1696239 4 0.6140 0.59824 0.204 0.276 0.000 0.504 0.004 0.012
#> SRR1696240 1 0.5390 -0.00827 0.452 0.096 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1696241 4 0.7053 -0.12342 0.240 0.060 0.020 0.480 0.000 0.200
#> SRR1696244 1 0.0622 0.80062 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1696243 1 0.0508 0.80075 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1696242 4 0.5124 0.36639 0.060 0.444 0.000 0.488 0.000 0.008
#> SRR1696245 1 0.1461 0.79117 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR1696246 1 0.1082 0.79690 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1696247 1 0.0725 0.80040 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1696248 1 0.0935 0.79520 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1696249 1 0.1657 0.78503 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016 0.000
#> SRR1696250 1 0.1462 0.79569 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR1696252 1 0.0909 0.79779 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1696253 1 0.6534 -0.01145 0.420 0.072 0.000 0.392 0.000 0.116
#> SRR1696251 1 0.2908 0.75372 0.864 0.000 0.000 0.076 0.048 0.012
#> SRR1696254 1 0.0820 0.80008 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1696255 1 0.1074 0.79998 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1696256 1 0.0458 0.80103 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1696258 1 0.0260 0.80063 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1696257 4 0.7540 -0.24364 0.312 0.048 0.000 0.320 0.036 0.284
#> SRR1696260 1 0.3653 0.63172 0.692 0.008 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1696259 1 0.4750 0.37329 0.544 0.052 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1696261 1 0.5707 0.47664 0.636 0.000 0.000 0.092 0.076 0.196
#> SRR1696262 1 0.6427 0.20715 0.504 0.004 0.000 0.152 0.044 0.296
#> SRR1696263 1 0.1549 0.78916 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020 0.000
#> SRR1696265 6 0.3652 0.07050 0.000 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672
#> SRR1696264 1 0.0717 0.80061 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1696266 6 0.3876 0.19778 0.000 0.000 0.244 0.012 0.016 0.728
#> SRR1696267 6 0.6175 -0.42081 0.000 0.000 0.404 0.152 0.024 0.420
#> SRR1696269 1 0.4532 0.53565 0.636 0.056 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1696271 1 0.3874 0.56042 0.636 0.008 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1696270 1 0.3337 0.68476 0.736 0.004 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1696268 3 0.6259 0.51854 0.000 0.000 0.468 0.184 0.024 0.324
#> SRR1696272 1 0.4004 0.62424 0.684 0.004 0.000 0.296 0.004 0.012
#> SRR1696274 2 0.3468 0.52243 0.000 0.712 0.000 0.284 0.000 0.004
#> SRR1696273 2 0.1719 0.78484 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1696275 1 0.4988 0.52313 0.660 0.116 0.000 0.216 0.008 0.000
#> SRR1696276 1 0.1152 0.79189 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1696277 1 0.2668 0.74535 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1696279 1 0.3236 0.73311 0.824 0.004 0.000 0.144 0.012 0.016
#> SRR1696278 2 0.3853 0.44417 0.016 0.680 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1696280 1 0.0909 0.80048 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1696281 2 0.4172 -0.13448 0.012 0.528 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1696282 1 0.1668 0.78311 0.928 0.000 0.000 0.060 0.004 0.008
#> SRR1696283 2 0.3979 -0.05064 0.000 0.540 0.000 0.456 0.000 0.004
#> SRR1696286 1 0.0547 0.80110 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1696284 1 0.6191 -0.20181 0.420 0.144 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1696287 2 0.3337 0.53757 0.000 0.736 0.000 0.260 0.000 0.004
#> SRR1696285 1 0.3897 0.62502 0.696 0.024 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1696288 2 0.4561 -0.13871 0.036 0.536 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1696290 2 0.5075 -0.42946 0.076 0.464 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1696291 6 0.1952 0.34041 0.000 0.000 0.052 0.012 0.016 0.920
#> SRR1696289 2 0.3515 0.41891 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1696292 6 0.1718 0.34638 0.000 0.000 0.044 0.008 0.016 0.932
#> SRR1696293 1 0.3023 0.71683 0.784 0.004 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1696294 1 0.2994 0.71751 0.788 0.004 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1696295 2 0.6584 -0.18018 0.096 0.528 0.000 0.260 0.112 0.004
#> SRR1696296 1 0.2597 0.74312 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1696297 1 0.5070 0.36006 0.564 0.024 0.000 0.380 0.008 0.024
#> SRR1696298 1 0.1075 0.79594 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1696299 2 0.3647 0.31440 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1696301 1 0.1500 0.78677 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1696300 2 0.3364 0.62138 0.000 0.780 0.000 0.196 0.000 0.024
#> SRR1696303 2 0.4939 -0.32291 0.064 0.496 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1696302 1 0.1564 0.79144 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR1696304 2 0.5805 -0.39283 0.212 0.488 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1696305 2 0.3984 0.22257 0.000 0.596 0.000 0.396 0.000 0.008
#> SRR1696306 2 0.3979 0.36480 0.000 0.628 0.000 0.360 0.000 0.012
#> SRR1696307 1 0.1049 0.80019 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1696309 1 0.0914 0.80141 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR1696310 1 0.2703 0.74037 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1696308 2 0.4808 -0.36347 0.052 0.476 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1696311 1 0.3633 0.72360 0.824 0.000 0.000 0.076 0.064 0.036
#> SRR1696314 4 0.5895 0.57893 0.208 0.356 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1696312 6 0.6594 0.23934 0.168 0.224 0.000 0.084 0.000 0.524
#> SRR1696313 4 0.6290 0.51518 0.212 0.308 0.000 0.460 0.000 0.020
#> SRR1696315 1 0.5072 0.59597 0.696 0.000 0.000 0.176 0.056 0.072
#> SRR1696316 1 0.4191 0.62961 0.732 0.088 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1696317 1 0.2094 0.78230 0.908 0.000 0.000 0.068 0.016 0.008
#> SRR1696318 1 0.0622 0.79961 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1696319 1 0.2102 0.77513 0.908 0.000 0.000 0.068 0.012 0.012
#> SRR1696320 1 0.2100 0.77509 0.884 0.004 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1696322 1 0.1957 0.77640 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1696321 1 0.2719 0.76007 0.876 0.000 0.000 0.072 0.040 0.012
#> SRR1696324 1 0.1152 0.79695 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1696323 1 0.2632 0.76409 0.880 0.000 0.000 0.076 0.032 0.012
#> SRR1696326 1 0.0508 0.79994 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1696325 1 0.6705 0.27222 0.520 0.000 0.000 0.192 0.100 0.188
#> SRR1696327 6 0.6726 0.11076 0.208 0.000 0.000 0.232 0.072 0.488
#> SRR1696328 1 0.1610 0.78772 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1696329 1 0.5147 0.33886 0.548 0.096 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1696330 2 0.4155 0.16357 0.020 0.616 0.000 0.364 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0