Date: 2019-12-26 00:44:07 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 15627 187
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.975 | 0.989 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.974 | 0.990 | ** | |
| ATC:pam | 4 | 1.000 | 0.973 | 0.990 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.998 | 0.964 | 0.979 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 0.989 | 0.936 | 0.977 | ** | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.953 | 0.938 | 0.974 | ** | 2 |
| SD:kmeans | 3 | 0.939 | 0.929 | 0.970 | * | 2 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.939 | 0.922 | 0.970 | * | 2 |
| SD:NMF | 2 | 0.923 | 0.926 | 0.970 | * | |
| CV:skmeans | 2 | 0.922 | 0.938 | 0.974 | * | |
| CV:kmeans | 2 | 0.912 | 0.923 | 0.968 | * | |
| CV:NMF | 2 | 0.901 | 0.935 | 0.973 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.892 | 0.928 | 0.970 | ||
| MAD:mclust | 4 | 0.873 | 0.892 | 0.942 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.872 | 0.937 | 0.969 | ||
| SD:pam | 2 | 0.862 | 0.927 | 0.967 | ||
| SD:mclust | 4 | 0.809 | 0.877 | 0.917 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.762 | 0.940 | 0.953 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.584 | 0.841 | 0.919 | ||
| CV:pam | 2 | 0.583 | 0.861 | 0.922 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.574 | 0.757 | 0.875 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.546 | 0.733 | 0.869 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.223 | 0.543 | 0.697 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.201 | 0.719 | 0.832 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.923 0.926 0.970 0.425 0.578 0.578
#> CV:NMF 2 0.901 0.935 0.973 0.442 0.562 0.562
#> MAD:NMF 2 0.892 0.928 0.970 0.429 0.578 0.578
#> ATC:NMF 2 0.989 0.936 0.977 0.218 0.800 0.800
#> SD:skmeans 2 1.000 0.975 0.989 0.498 0.503 0.503
#> CV:skmeans 2 0.922 0.938 0.974 0.497 0.504 0.504
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.974 0.990 0.499 0.503 0.503
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.994 0.997 0.500 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.326 0.837 0.810 0.347 0.601 0.601
#> CV:mclust 2 0.201 0.719 0.832 0.461 0.500 0.500
#> MAD:mclust 2 0.292 0.817 0.822 0.381 0.592 0.592
#> ATC:mclust 2 0.762 0.940 0.953 0.408 0.601 0.601
#> SD:kmeans 2 0.999 0.960 0.982 0.460 0.538 0.538
#> CV:kmeans 2 0.912 0.923 0.968 0.472 0.526 0.526
#> MAD:kmeans 2 0.901 0.947 0.976 0.468 0.538 0.538
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.980 0.992 0.453 0.544 0.544
#> SD:pam 2 0.862 0.927 0.967 0.500 0.498 0.498
#> CV:pam 2 0.583 0.861 0.922 0.496 0.498 0.498
#> MAD:pam 2 0.872 0.937 0.969 0.500 0.499 0.499
#> ATC:pam 2 1.000 0.991 0.996 0.448 0.554 0.554
#> SD:hclust 2 0.570 0.835 0.917 0.351 0.650 0.650
#> CV:hclust 2 0.330 0.806 0.872 0.377 0.662 0.662
#> MAD:hclust 2 0.597 0.855 0.925 0.363 0.638 0.638
#> ATC:hclust 2 0.584 0.841 0.919 0.426 0.544 0.544
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.604 0.729 0.876 0.345 0.846 0.740
#> CV:NMF 3 0.781 0.848 0.928 0.427 0.758 0.582
#> MAD:NMF 3 0.548 0.680 0.853 0.333 0.841 0.733
#> ATC:NMF 3 0.669 0.802 0.914 1.672 0.571 0.475
#> SD:skmeans 3 0.793 0.855 0.931 0.215 0.887 0.778
#> CV:skmeans 3 0.771 0.847 0.930 0.301 0.812 0.641
#> MAD:skmeans 3 0.773 0.826 0.917 0.206 0.887 0.780
#> ATC:skmeans 3 0.998 0.964 0.979 0.140 0.922 0.845
#> SD:mclust 3 0.330 0.491 0.742 0.567 0.939 0.898
#> CV:mclust 3 0.175 0.573 0.700 0.277 0.828 0.670
#> MAD:mclust 3 0.379 0.362 0.745 0.446 0.915 0.860
#> ATC:mclust 3 0.685 0.830 0.904 0.380 0.689 0.535
#> SD:kmeans 3 0.939 0.929 0.970 0.413 0.672 0.459
#> CV:kmeans 3 0.534 0.752 0.844 0.377 0.695 0.481
#> MAD:kmeans 3 0.953 0.938 0.974 0.396 0.680 0.467
#> ATC:kmeans 3 0.939 0.922 0.970 0.438 0.683 0.475
#> SD:pam 3 0.559 0.662 0.848 0.260 0.760 0.561
#> CV:pam 3 0.427 0.769 0.814 0.223 0.888 0.780
#> MAD:pam 3 0.506 0.609 0.761 0.249 0.783 0.598
#> ATC:pam 3 0.954 0.933 0.972 0.475 0.715 0.516
#> SD:hclust 3 0.546 0.733 0.869 0.752 0.672 0.511
#> CV:hclust 3 0.223 0.543 0.697 0.558 0.697 0.542
#> MAD:hclust 3 0.574 0.757 0.875 0.724 0.689 0.523
#> ATC:hclust 3 0.529 0.587 0.833 0.356 0.762 0.598
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.441 0.438 0.736 0.2112 0.746 0.494
#> CV:NMF 4 0.680 0.758 0.878 0.1294 0.873 0.670
#> MAD:NMF 4 0.449 0.453 0.735 0.2053 0.721 0.453
#> ATC:NMF 4 0.466 0.582 0.769 0.2094 0.744 0.461
#> SD:skmeans 4 0.868 0.835 0.930 0.1208 0.903 0.763
#> CV:skmeans 4 0.562 0.606 0.792 0.1137 0.862 0.649
#> MAD:skmeans 4 0.867 0.837 0.929 0.1242 0.897 0.755
#> ATC:skmeans 4 0.891 0.910 0.961 0.1034 0.946 0.874
#> SD:mclust 4 0.809 0.877 0.917 0.2814 0.697 0.471
#> CV:mclust 4 0.384 0.416 0.668 0.1767 0.889 0.736
#> MAD:mclust 4 0.873 0.892 0.942 0.2765 0.692 0.460
#> ATC:mclust 4 0.352 0.568 0.750 0.1333 0.826 0.640
#> SD:kmeans 4 0.700 0.684 0.865 0.1176 0.772 0.462
#> CV:kmeans 4 0.541 0.559 0.742 0.1312 0.862 0.627
#> MAD:kmeans 4 0.689 0.708 0.861 0.1176 0.752 0.421
#> ATC:kmeans 4 0.772 0.649 0.855 0.1197 0.784 0.474
#> SD:pam 4 0.572 0.702 0.839 0.1493 0.772 0.467
#> CV:pam 4 0.454 0.613 0.736 0.1719 0.862 0.672
#> MAD:pam 4 0.651 0.728 0.864 0.1552 0.768 0.466
#> ATC:pam 4 1.000 0.973 0.990 0.0837 0.905 0.735
#> SD:hclust 4 0.561 0.631 0.784 0.1157 0.940 0.837
#> CV:hclust 4 0.355 0.539 0.741 0.1633 0.856 0.651
#> MAD:hclust 4 0.586 0.658 0.809 0.1081 0.954 0.871
#> ATC:hclust 4 0.601 0.666 0.836 0.2407 0.772 0.492
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.516 0.446 0.685 0.1024 0.765 0.390
#> CV:NMF 5 0.601 0.627 0.785 0.0885 0.866 0.584
#> MAD:NMF 5 0.526 0.433 0.695 0.1032 0.749 0.341
#> ATC:NMF 5 0.512 0.534 0.742 0.0856 0.782 0.404
#> SD:skmeans 5 0.724 0.638 0.821 0.0860 0.958 0.873
#> CV:skmeans 5 0.585 0.474 0.680 0.0670 0.891 0.665
#> MAD:skmeans 5 0.717 0.638 0.806 0.0930 0.967 0.900
#> ATC:skmeans 5 0.774 0.716 0.849 0.0830 0.978 0.942
#> SD:mclust 5 0.700 0.589 0.813 0.0829 0.935 0.801
#> CV:mclust 5 0.464 0.340 0.619 0.0813 0.803 0.516
#> MAD:mclust 5 0.701 0.563 0.819 0.0745 0.924 0.774
#> ATC:mclust 5 0.487 0.462 0.715 0.1138 0.845 0.618
#> SD:kmeans 5 0.653 0.600 0.785 0.0805 0.849 0.520
#> CV:kmeans 5 0.587 0.507 0.687 0.0713 0.840 0.483
#> MAD:kmeans 5 0.639 0.658 0.775 0.0705 0.871 0.570
#> ATC:kmeans 5 0.875 0.837 0.915 0.0725 0.780 0.367
#> SD:pam 5 0.641 0.587 0.762 0.0880 0.875 0.585
#> CV:pam 5 0.489 0.543 0.709 0.0880 0.890 0.660
#> MAD:pam 5 0.638 0.544 0.731 0.0881 0.902 0.662
#> ATC:pam 5 0.890 0.901 0.953 0.0957 0.820 0.472
#> SD:hclust 5 0.573 0.560 0.785 0.0660 0.925 0.777
#> CV:hclust 5 0.415 0.470 0.664 0.0989 0.846 0.569
#> MAD:hclust 5 0.580 0.552 0.774 0.0590 0.962 0.882
#> ATC:hclust 5 0.662 0.679 0.798 0.0498 0.944 0.805
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.578 0.473 0.718 0.0422 0.916 0.676
#> CV:NMF 6 0.699 0.561 0.769 0.0521 0.894 0.585
#> MAD:NMF 6 0.593 0.484 0.714 0.0413 0.891 0.599
#> ATC:NMF 6 0.538 0.450 0.673 0.0608 0.888 0.564
#> SD:skmeans 6 0.681 0.531 0.746 0.0447 0.902 0.692
#> CV:skmeans 6 0.596 0.463 0.683 0.0434 0.895 0.621
#> MAD:skmeans 6 0.692 0.547 0.750 0.0393 0.927 0.770
#> ATC:skmeans 6 0.758 0.687 0.846 0.0522 0.890 0.708
#> SD:mclust 6 0.649 0.491 0.731 0.0421 0.867 0.575
#> CV:mclust 6 0.556 0.410 0.681 0.0666 0.818 0.420
#> MAD:mclust 6 0.647 0.404 0.733 0.0414 0.902 0.699
#> ATC:mclust 6 0.577 0.558 0.755 0.0630 0.897 0.674
#> SD:kmeans 6 0.683 0.536 0.712 0.0473 0.916 0.641
#> CV:kmeans 6 0.620 0.486 0.684 0.0429 0.920 0.654
#> MAD:kmeans 6 0.675 0.574 0.717 0.0495 0.934 0.709
#> ATC:kmeans 6 0.785 0.674 0.808 0.0516 0.901 0.595
#> SD:pam 6 0.696 0.554 0.766 0.0479 0.868 0.483
#> CV:pam 6 0.619 0.599 0.746 0.0459 0.925 0.710
#> MAD:pam 6 0.694 0.560 0.780 0.0482 0.866 0.483
#> ATC:pam 6 0.805 0.741 0.871 0.0358 0.956 0.805
#> SD:hclust 6 0.572 0.507 0.733 0.0332 0.972 0.902
#> CV:hclust 6 0.471 0.404 0.637 0.0454 0.927 0.722
#> MAD:hclust 6 0.592 0.519 0.708 0.0412 0.948 0.824
#> ATC:hclust 6 0.686 0.655 0.738 0.0382 0.929 0.726
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.570 0.835 0.917 0.3510 0.650 0.650
#> 3 3 0.546 0.733 0.869 0.7517 0.672 0.511
#> 4 4 0.561 0.631 0.784 0.1157 0.940 0.837
#> 5 5 0.573 0.560 0.785 0.0660 0.925 0.777
#> 6 6 0.572 0.507 0.733 0.0332 0.972 0.902
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 2 0.9286 0.512 0.344 0.656
#> SRR1747214 1 0.6148 0.782 0.848 0.152
#> SRR1747215 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.3274 0.904 0.060 0.940
#> SRR1747218 2 0.3274 0.904 0.060 0.940
#> SRR1747219 2 0.7602 0.754 0.220 0.780
#> SRR1747220 2 0.7602 0.754 0.220 0.780
#> SRR1747221 1 0.9944 0.229 0.544 0.456
#> SRR1747222 1 0.9866 0.309 0.568 0.432
#> SRR1747223 2 0.6343 0.832 0.160 0.840
#> SRR1747224 2 0.5737 0.857 0.136 0.864
#> SRR1747225 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0376 0.918 0.004 0.996
#> SRR1747229 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.8267 0.677 0.740 0.260
#> SRR1747232 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.9963 0.192 0.536 0.464
#> SRR1747234 2 0.3733 0.900 0.072 0.928
#> SRR1747235 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747244 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747245 2 0.0376 0.918 0.004 0.996
#> SRR1747246 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.9866 0.297 0.568 0.432
#> SRR1747250 2 0.4022 0.897 0.080 0.920
#> SRR1747252 2 0.9963 0.119 0.464 0.536
#> SRR1747253 1 0.9970 0.166 0.532 0.468
#> SRR1747254 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.8555 0.656 0.720 0.280
#> SRR1747256 1 0.8555 0.656 0.720 0.280
#> SRR1747257 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0938 0.917 0.012 0.988
#> SRR1747259 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.1633 0.915 0.024 0.976
#> SRR1747262 2 0.1633 0.915 0.024 0.976
#> SRR1747263 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0938 0.846 0.988 0.012
#> SRR1747265 2 0.7219 0.781 0.200 0.800
#> SRR1747266 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747267 2 0.7299 0.776 0.204 0.796
#> SRR1747268 2 0.5059 0.876 0.112 0.888
#> SRR1747269 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.4431 0.888 0.092 0.908
#> SRR1747272 2 0.4431 0.888 0.092 0.908
#> SRR1747273 1 0.1633 0.844 0.976 0.024
#> SRR1747274 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747275 1 0.7883 0.717 0.764 0.236
#> SRR1747276 1 0.7883 0.717 0.764 0.236
#> SRR1747277 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> SRR1747280 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.7299 0.753 0.796 0.204
#> SRR1747281 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.1414 0.844 0.980 0.020
#> SRR1747283 2 0.8144 0.700 0.252 0.748
#> SRR1747284 2 0.9635 0.388 0.388 0.612
#> SRR1747285 2 0.4298 0.891 0.088 0.912
#> SRR1747286 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747288 2 0.8909 0.592 0.308 0.692
#> SRR1747290 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.1633 0.915 0.024 0.976
#> SRR1747293 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.9815 0.348 0.580 0.420
#> SRR1747295 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.4161 0.893 0.084 0.916
#> SRR1747308 2 0.4161 0.893 0.084 0.916
#> SRR1747309 2 0.9866 0.239 0.432 0.568
#> SRR1747310 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.5519 0.863 0.128 0.872
#> SRR1747313 2 0.6623 0.818 0.172 0.828
#> SRR1747312 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0672 0.918 0.008 0.992
#> SRR1747316 2 0.0672 0.918 0.008 0.992
#> SRR1747318 2 0.5294 0.870 0.120 0.880
#> SRR1747317 2 0.5294 0.870 0.120 0.880
#> SRR1747319 2 0.9044 0.566 0.320 0.680
#> SRR1747320 2 0.9044 0.566 0.320 0.680
#> SRR1747322 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.5629 0.802 0.868 0.132
#> SRR1747323 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.4022 0.896 0.080 0.920
#> SRR1747330 2 0.5178 0.872 0.116 0.884
#> SRR1747329 2 0.5178 0.872 0.116 0.884
#> SRR1747332 2 0.4815 0.881 0.104 0.896
#> SRR1747331 2 0.4815 0.881 0.104 0.896
#> SRR1747333 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.7139 0.787 0.196 0.804
#> SRR1747336 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.4690 0.884 0.100 0.900
#> SRR1747340 2 0.4690 0.884 0.100 0.900
#> SRR1747341 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.5059 0.875 0.112 0.888
#> SRR1747346 2 0.5946 0.847 0.144 0.856
#> SRR1747347 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.7299 0.753 0.796 0.204
#> SRR1747351 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0938 0.917 0.012 0.988
#> SRR1747352 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747354 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747355 2 0.9087 0.559 0.324 0.676
#> SRR1747356 2 0.2603 0.910 0.044 0.956
#> SRR1747357 2 0.4022 0.897 0.080 0.920
#> SRR1747358 2 0.4022 0.897 0.080 0.920
#> SRR1747359 1 0.6247 0.789 0.844 0.156
#> SRR1747360 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.6531 0.822 0.168 0.832
#> SRR1747362 2 0.1414 0.916 0.020 0.980
#> SRR1747363 2 0.8763 0.620 0.296 0.704
#> SRR1747364 2 0.9170 0.539 0.332 0.668
#> SRR1747365 2 0.4161 0.895 0.084 0.916
#> SRR1747366 2 0.2043 0.914 0.032 0.968
#> SRR1747367 2 0.8763 0.620 0.296 0.704
#> SRR1747369 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.6623 0.818 0.172 0.828
#> SRR1747370 2 0.4562 0.886 0.096 0.904
#> SRR1747372 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.7299 0.753 0.796 0.204
#> SRR1747373 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747375 2 0.6148 0.840 0.152 0.848
#> SRR1747376 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0376 0.918 0.004 0.996
#> SRR1747379 2 0.1633 0.915 0.024 0.976
#> SRR1747380 2 0.5946 0.847 0.144 0.856
#> SRR1747381 1 0.1843 0.843 0.972 0.028
#> SRR1747382 1 0.1843 0.843 0.972 0.028
#> SRR1747383 2 0.0376 0.918 0.004 0.996
#> SRR1747384 2 0.4161 0.895 0.084 0.916
#> SRR1747385 2 0.5178 0.872 0.116 0.884
#> SRR1747386 1 0.0000 0.846 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747389 2 0.2423 0.911 0.040 0.960
#> SRR1747391 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.2778 0.909 0.048 0.952
#> SRR1747394 2 0.5519 0.863 0.128 0.872
#> SRR1747395 2 0.0672 0.917 0.008 0.992
#> SRR1747396 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.5737 0.856 0.136 0.864
#> SRR1747399 1 0.6247 0.784 0.844 0.156
#> SRR1747400 1 0.6247 0.784 0.844 0.156
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.3816 0.6115 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747214 1 0.4605 0.7353 0.796 0.000 0.204
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.6192 0.4087 0.000 0.420 0.580
#> SRR1747218 3 0.6192 0.4087 0.000 0.420 0.580
#> SRR1747219 3 0.0892 0.7047 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747220 3 0.0892 0.7047 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747221 3 0.6228 0.1794 0.372 0.004 0.624
#> SRR1747222 3 0.6095 0.1077 0.392 0.000 0.608
#> SRR1747223 3 0.2384 0.7508 0.008 0.056 0.936
#> SRR1747224 3 0.2860 0.7633 0.004 0.084 0.912
#> SRR1747225 2 0.0424 0.9152 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747226 2 0.0424 0.9152 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747227 2 0.1289 0.9070 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747228 2 0.3551 0.8214 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747229 2 0.0237 0.9161 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.6225 0.4304 0.568 0.000 0.432
#> SRR1747232 1 0.0747 0.8398 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747233 3 0.5988 0.1914 0.368 0.000 0.632
#> SRR1747234 3 0.6553 0.4122 0.008 0.412 0.580
#> SRR1747235 1 0.1860 0.8352 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747236 2 0.0237 0.9163 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747237 2 0.0892 0.9133 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747238 2 0.0892 0.9133 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0892 0.9123 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.2772 0.7610 0.004 0.080 0.916
#> SRR1747244 3 0.2772 0.7610 0.004 0.080 0.916
#> SRR1747245 2 0.3412 0.8308 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747246 2 0.0747 0.9137 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.6154 0.0610 0.408 0.000 0.592
#> SRR1747250 3 0.4883 0.7275 0.004 0.208 0.788
#> SRR1747252 3 0.5327 0.4175 0.272 0.000 0.728
#> SRR1747253 3 0.6252 0.2647 0.344 0.008 0.648
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.6274 0.3909 0.544 0.000 0.456
#> SRR1747256 1 0.6274 0.3909 0.544 0.000 0.456
#> SRR1747257 2 0.1411 0.9043 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747258 2 0.3879 0.7921 0.000 0.848 0.152
#> SRR1747259 2 0.0892 0.9123 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747260 2 0.0892 0.9123 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747261 2 0.4605 0.7121 0.000 0.796 0.204
#> SRR1747262 2 0.4605 0.7121 0.000 0.796 0.204
#> SRR1747263 2 0.1031 0.9109 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747264 1 0.1753 0.8372 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747265 3 0.0424 0.7169 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747266 3 0.6140 0.4291 0.000 0.404 0.596
#> SRR1747267 3 0.0475 0.7126 0.004 0.004 0.992
#> SRR1747268 3 0.4062 0.7506 0.000 0.164 0.836
#> SRR1747269 2 0.0424 0.9162 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747270 2 0.0424 0.9162 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747271 3 0.4702 0.7279 0.000 0.212 0.788
#> SRR1747272 3 0.4702 0.7279 0.000 0.212 0.788
#> SRR1747273 1 0.2448 0.8317 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747274 2 0.6180 0.1820 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747275 1 0.6140 0.5014 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747276 1 0.6140 0.5014 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747277 2 0.0892 0.9123 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747278 3 0.3116 0.7638 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.6008 0.5646 0.628 0.000 0.372
#> SRR1747281 2 0.1031 0.9114 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747282 1 0.2165 0.8331 0.936 0.000 0.064
#> SRR1747283 3 0.5165 0.7060 0.096 0.072 0.832
#> SRR1747284 3 0.4555 0.5396 0.200 0.000 0.800
#> SRR1747285 3 0.5882 0.5829 0.000 0.348 0.652
#> SRR1747286 2 0.2261 0.8833 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747287 2 0.4654 0.7113 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747288 3 0.3695 0.6539 0.108 0.012 0.880
#> SRR1747290 2 0.0237 0.9163 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747289 2 0.0237 0.9163 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747291 2 0.5926 0.3993 0.000 0.644 0.356
#> SRR1747293 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 3 0.6553 0.0449 0.412 0.008 0.580
#> SRR1747295 2 0.1411 0.9045 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747296 2 0.1411 0.9045 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747297 2 0.0892 0.9125 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747298 2 0.0892 0.9125 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.2537 0.8698 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.5291 0.6883 0.000 0.268 0.732
#> SRR1747308 3 0.5291 0.6883 0.000 0.268 0.732
#> SRR1747309 3 0.6632 0.4551 0.272 0.036 0.692
#> SRR1747310 1 0.0892 0.8400 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747311 3 0.2537 0.7608 0.000 0.080 0.920
#> SRR1747313 3 0.2651 0.7512 0.012 0.060 0.928
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2066 0.8887 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747316 2 0.2066 0.8887 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747318 3 0.3038 0.7645 0.000 0.104 0.896
#> SRR1747317 3 0.3038 0.7645 0.000 0.104 0.896
#> SRR1747319 3 0.3340 0.6319 0.120 0.000 0.880
#> SRR1747320 3 0.3340 0.6319 0.120 0.000 0.880
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.5465 0.6726 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.4654 0.7143 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747328 3 0.5882 0.5558 0.000 0.348 0.652
#> SRR1747330 3 0.2878 0.7631 0.000 0.096 0.904
#> SRR1747329 3 0.2878 0.7631 0.000 0.096 0.904
#> SRR1747332 3 0.3192 0.7628 0.000 0.112 0.888
#> SRR1747331 3 0.3192 0.7628 0.000 0.112 0.888
#> SRR1747333 2 0.0424 0.9152 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747334 2 0.0424 0.9152 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747335 3 0.0983 0.7229 0.004 0.016 0.980
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.4291 0.7445 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747340 3 0.4291 0.7445 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.3038 0.7644 0.000 0.104 0.896
#> SRR1747346 3 0.2448 0.7592 0.000 0.076 0.924
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.6008 0.5646 0.628 0.000 0.372
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.4235 0.7581 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747352 1 0.3412 0.8020 0.876 0.000 0.124
#> SRR1747353 2 0.6286 -0.0218 0.000 0.536 0.464
#> SRR1747354 2 0.6286 -0.0218 0.000 0.536 0.464
#> SRR1747355 3 0.3482 0.6320 0.128 0.000 0.872
#> SRR1747356 3 0.6330 0.4419 0.004 0.396 0.600
#> SRR1747357 3 0.6045 0.4994 0.000 0.380 0.620
#> SRR1747358 3 0.6045 0.4994 0.000 0.380 0.620
#> SRR1747359 1 0.5678 0.6431 0.684 0.000 0.316
#> SRR1747360 2 0.0892 0.9134 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747361 3 0.2096 0.7482 0.004 0.052 0.944
#> SRR1747362 3 0.6302 0.2097 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747363 3 0.2959 0.6563 0.100 0.000 0.900
#> SRR1747364 3 0.3619 0.6181 0.136 0.000 0.864
#> SRR1747365 3 0.6204 0.3873 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747366 2 0.6111 0.2494 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747367 3 0.2959 0.6563 0.100 0.000 0.900
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.1878 0.7439 0.004 0.044 0.952
#> SRR1747370 3 0.5178 0.7050 0.000 0.256 0.744
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.6026 0.5597 0.624 0.000 0.376
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.3425 0.7588 0.004 0.112 0.884
#> SRR1747376 2 0.3482 0.8177 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.1411 0.9048 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747379 2 0.5291 0.6044 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747380 3 0.2448 0.7592 0.000 0.076 0.924
#> SRR1747381 1 0.2537 0.8295 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747382 1 0.2537 0.8295 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747383 2 0.4974 0.6561 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747384 3 0.6062 0.4943 0.000 0.384 0.616
#> SRR1747385 3 0.3752 0.7573 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8407 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 2 0.5465 0.5469 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747389 2 0.5465 0.5469 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747391 2 0.0892 0.9125 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747392 2 0.0892 0.9125 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747393 3 0.6495 0.2688 0.004 0.460 0.536
#> SRR1747394 3 0.2537 0.7608 0.000 0.080 0.920
#> SRR1747395 2 0.4235 0.7632 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747396 2 0.1163 0.9099 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9163 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.2682 0.7602 0.004 0.076 0.920
#> SRR1747399 1 0.5497 0.6702 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747400 1 0.5497 0.6702 0.708 0.000 0.292
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.6079 0.72547 0.048 0.000 0.408 0.544
#> SRR1747214 1 0.5420 0.58713 0.684 0.000 0.044 0.272
#> SRR1747215 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747216 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747217 3 0.6158 0.47452 0.000 0.292 0.628 0.080
#> SRR1747218 3 0.6158 0.47452 0.000 0.292 0.628 0.080
#> SRR1747219 3 0.5125 -0.19859 0.008 0.000 0.604 0.388
#> SRR1747220 3 0.5125 -0.19859 0.008 0.000 0.604 0.388
#> SRR1747221 4 0.7747 0.60804 0.252 0.000 0.316 0.432
#> SRR1747222 4 0.7732 0.57162 0.268 0.000 0.288 0.444
#> SRR1747223 3 0.2593 0.50570 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR1747224 3 0.2198 0.55650 0.000 0.008 0.920 0.072
#> SRR1747225 2 0.1284 0.88112 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1747226 2 0.1284 0.88112 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1747227 2 0.2214 0.87172 0.000 0.928 0.044 0.028
#> SRR1747228 2 0.4004 0.77950 0.000 0.812 0.164 0.024
#> SRR1747229 2 0.1489 0.88342 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1747230 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.7313 0.10527 0.464 0.000 0.156 0.380
#> SRR1747232 1 0.1474 0.75864 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747233 4 0.7556 0.58978 0.248 0.000 0.264 0.488
#> SRR1747234 3 0.7654 0.27351 0.000 0.284 0.464 0.252
#> SRR1747235 1 0.3172 0.73234 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747236 2 0.2281 0.87217 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747237 2 0.2521 0.87080 0.000 0.912 0.024 0.064
#> SRR1747238 2 0.2521 0.87080 0.000 0.912 0.024 0.064
#> SRR1747239 2 0.1474 0.88101 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747240 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.4638 0.77985 0.000 0.776 0.044 0.180
#> SRR1747242 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.1474 0.55551 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747244 3 0.1474 0.55551 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747245 2 0.4004 0.77921 0.000 0.812 0.164 0.024
#> SRR1747246 2 0.1520 0.87703 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1747247 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.7601 0.46195 0.296 0.000 0.232 0.472
#> SRR1747250 3 0.6344 0.41106 0.000 0.128 0.648 0.224
#> SRR1747252 4 0.7218 0.69282 0.164 0.000 0.316 0.520
#> SRR1747253 3 0.7796 -0.59089 0.248 0.000 0.392 0.360
#> SRR1747254 2 0.1474 0.88101 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747255 1 0.7475 -0.06039 0.420 0.000 0.176 0.404
#> SRR1747256 1 0.7475 -0.06039 0.420 0.000 0.176 0.404
#> SRR1747257 2 0.2660 0.87152 0.000 0.908 0.036 0.056
#> SRR1747258 2 0.5050 0.72110 0.000 0.756 0.176 0.068
#> SRR1747259 2 0.4716 0.77308 0.000 0.764 0.040 0.196
#> SRR1747260 2 0.4716 0.77308 0.000 0.764 0.040 0.196
#> SRR1747261 2 0.5170 0.64993 0.000 0.724 0.228 0.048
#> SRR1747262 2 0.5170 0.64993 0.000 0.724 0.228 0.048
#> SRR1747263 2 0.2036 0.87789 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR1747264 1 0.2342 0.75382 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1747265 3 0.4304 0.18150 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747266 3 0.5883 0.45921 0.000 0.300 0.640 0.060
#> SRR1747267 3 0.4605 0.00558 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747268 3 0.2660 0.59582 0.000 0.056 0.908 0.036
#> SRR1747269 2 0.1890 0.87786 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1747270 2 0.1890 0.87786 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1747271 3 0.3693 0.59147 0.000 0.072 0.856 0.072
#> SRR1747272 3 0.3693 0.59147 0.000 0.072 0.856 0.072
#> SRR1747273 1 0.3764 0.72389 0.816 0.000 0.012 0.172
#> SRR1747274 2 0.6445 -0.00438 0.000 0.488 0.444 0.068
#> SRR1747275 1 0.7332 0.15070 0.480 0.000 0.164 0.356
#> SRR1747276 1 0.7332 0.15070 0.480 0.000 0.164 0.356
#> SRR1747277 2 0.4638 0.77985 0.000 0.776 0.044 0.180
#> SRR1747278 3 0.1520 0.58193 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR1747280 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.7158 0.26418 0.512 0.000 0.148 0.340
#> SRR1747281 2 0.1733 0.87546 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR1747282 1 0.2861 0.74749 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR1747283 4 0.5885 0.52281 0.008 0.020 0.452 0.520
#> SRR1747284 4 0.6203 0.74255 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR1747285 3 0.5633 0.53321 0.000 0.184 0.716 0.100
#> SRR1747286 2 0.5712 0.56734 0.000 0.584 0.032 0.384
#> SRR1747287 2 0.4669 0.72115 0.000 0.764 0.200 0.036
#> SRR1747288 3 0.4996 -0.54128 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1747290 2 0.2345 0.87133 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1747289 2 0.2345 0.87133 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1747291 2 0.5686 0.35851 0.000 0.592 0.376 0.032
#> SRR1747293 2 0.1109 0.88273 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747294 2 0.1109 0.88273 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747292 4 0.7900 0.49213 0.296 0.000 0.344 0.360
#> SRR1747295 2 0.4562 0.79663 0.000 0.792 0.056 0.152
#> SRR1747296 2 0.4562 0.79663 0.000 0.792 0.056 0.152
#> SRR1747297 2 0.1837 0.87670 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1747298 2 0.1837 0.87670 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1747299 2 0.0707 0.88428 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747300 2 0.0707 0.88428 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747301 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747302 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747303 2 0.3013 0.84581 0.000 0.888 0.080 0.032
#> SRR1747304 1 0.0188 0.76185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747305 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747306 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747307 3 0.4458 0.57950 0.000 0.116 0.808 0.076
#> SRR1747308 3 0.4458 0.57950 0.000 0.116 0.808 0.076
#> SRR1747309 3 0.6897 -0.17595 0.256 0.000 0.584 0.160
#> SRR1747310 1 0.1637 0.75878 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747311 3 0.1792 0.54239 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747313 3 0.3498 0.43966 0.000 0.008 0.832 0.160
#> SRR1747312 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2813 0.85160 0.000 0.896 0.080 0.024
#> SRR1747316 2 0.2813 0.85160 0.000 0.896 0.080 0.024
#> SRR1747318 3 0.1888 0.57890 0.000 0.016 0.940 0.044
#> SRR1747317 3 0.1888 0.57890 0.000 0.016 0.940 0.044
#> SRR1747319 4 0.5039 0.72587 0.004 0.000 0.404 0.592
#> SRR1747320 4 0.5039 0.72587 0.004 0.000 0.404 0.592
#> SRR1747322 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.6430 0.46124 0.596 0.000 0.092 0.312
#> SRR1747323 2 0.0707 0.88346 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747324 2 0.0707 0.88346 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747326 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747325 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747327 2 0.4994 0.70282 0.000 0.744 0.208 0.048
#> SRR1747328 3 0.5343 0.50279 0.000 0.240 0.708 0.052
#> SRR1747330 3 0.1488 0.57490 0.000 0.012 0.956 0.032
#> SRR1747329 3 0.1488 0.57490 0.000 0.012 0.956 0.032
#> SRR1747332 3 0.1938 0.58129 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1747331 3 0.1938 0.58129 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1747333 2 0.0937 0.88287 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1747334 2 0.0937 0.88287 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1747335 3 0.4072 0.27508 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747336 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.1389 0.88128 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747338 2 0.1389 0.88128 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747339 3 0.2660 0.59731 0.000 0.056 0.908 0.036
#> SRR1747340 3 0.2660 0.59731 0.000 0.056 0.908 0.036
#> SRR1747341 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747342 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747343 2 0.0707 0.88346 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747344 2 0.0707 0.88346 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747345 3 0.1854 0.56789 0.000 0.012 0.940 0.048
#> SRR1747346 3 0.3542 0.51318 0.000 0.028 0.852 0.120
#> SRR1747347 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747348 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.7158 0.26418 0.512 0.000 0.148 0.340
#> SRR1747351 2 0.1022 0.88220 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747350 2 0.5147 0.69661 0.000 0.740 0.200 0.060
#> SRR1747352 1 0.3982 0.68491 0.776 0.000 0.004 0.220
#> SRR1747353 3 0.6265 0.17321 0.000 0.444 0.500 0.056
#> SRR1747354 3 0.6265 0.17321 0.000 0.444 0.500 0.056
#> SRR1747355 4 0.5808 0.71162 0.032 0.000 0.424 0.544
#> SRR1747356 3 0.7121 0.39851 0.000 0.300 0.540 0.160
#> SRR1747357 3 0.6495 0.48846 0.000 0.252 0.624 0.124
#> SRR1747358 3 0.6495 0.48846 0.000 0.252 0.624 0.124
#> SRR1747359 1 0.6685 0.41297 0.568 0.000 0.108 0.324
#> SRR1747360 2 0.1820 0.87909 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1747361 3 0.4307 0.42325 0.000 0.024 0.784 0.192
#> SRR1747362 3 0.5942 0.27252 0.000 0.412 0.548 0.040
#> SRR1747363 4 0.5097 0.68897 0.004 0.000 0.428 0.568
#> SRR1747364 4 0.5352 0.73503 0.016 0.000 0.388 0.596
#> SRR1747365 3 0.6711 0.45162 0.000 0.308 0.576 0.116
#> SRR1747366 2 0.6425 0.07307 0.000 0.508 0.424 0.068
#> SRR1747367 4 0.5097 0.68897 0.004 0.000 0.428 0.568
#> SRR1747369 2 0.1389 0.88128 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747368 3 0.4927 0.28610 0.000 0.024 0.712 0.264
#> SRR1747370 3 0.3856 0.58027 0.000 0.136 0.832 0.032
#> SRR1747372 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.7169 0.25288 0.508 0.000 0.148 0.344
#> SRR1747373 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747374 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747375 3 0.3999 0.51093 0.000 0.036 0.824 0.140
#> SRR1747376 2 0.3760 0.80114 0.000 0.836 0.136 0.028
#> SRR1747377 2 0.1022 0.88272 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747378 2 0.2124 0.87720 0.000 0.932 0.040 0.028
#> SRR1747379 2 0.5546 0.54353 0.000 0.664 0.292 0.044
#> SRR1747380 3 0.3542 0.51318 0.000 0.028 0.852 0.120
#> SRR1747381 1 0.3725 0.72062 0.812 0.000 0.008 0.180
#> SRR1747382 1 0.3725 0.72062 0.812 0.000 0.008 0.180
#> SRR1747383 2 0.5358 0.62176 0.000 0.700 0.252 0.048
#> SRR1747384 3 0.6140 0.50272 0.000 0.252 0.652 0.096
#> SRR1747385 3 0.2385 0.59335 0.000 0.052 0.920 0.028
#> SRR1747386 1 0.0000 0.76186 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747388 2 0.1118 0.88161 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747390 2 0.6160 0.43536 0.000 0.612 0.316 0.072
#> SRR1747389 2 0.6160 0.43536 0.000 0.612 0.316 0.072
#> SRR1747391 2 0.1837 0.87670 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1747392 2 0.1837 0.87670 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1747393 3 0.6212 0.34652 0.000 0.380 0.560 0.060
#> SRR1747394 3 0.1792 0.54239 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747395 2 0.5067 0.69277 0.000 0.736 0.216 0.048
#> SRR1747396 2 0.2500 0.87444 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1747398 2 0.1389 0.88241 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747397 3 0.2216 0.52748 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747399 1 0.6340 0.50150 0.620 0.000 0.096 0.284
#> SRR1747400 1 0.6340 0.50150 0.620 0.000 0.096 0.284
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.3395 0.6472 0.028 0.000 0.108 0.848 0.016
#> SRR1747214 1 0.4539 0.5271 0.660 0.000 0.008 0.320 0.012
#> SRR1747215 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747216 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747217 3 0.6325 0.4817 0.000 0.168 0.604 0.024 0.204
#> SRR1747218 3 0.6325 0.4817 0.000 0.168 0.604 0.024 0.204
#> SRR1747219 4 0.4613 0.1933 0.000 0.000 0.360 0.620 0.020
#> SRR1747220 4 0.4613 0.1933 0.000 0.000 0.360 0.620 0.020
#> SRR1747221 4 0.5013 0.5463 0.240 0.000 0.080 0.680 0.000
#> SRR1747222 4 0.4547 0.5314 0.252 0.000 0.044 0.704 0.000
#> SRR1747223 3 0.3647 0.5721 0.004 0.000 0.764 0.228 0.004
#> SRR1747224 3 0.3224 0.6357 0.000 0.000 0.824 0.160 0.016
#> SRR1747225 2 0.2505 0.7462 0.000 0.888 0.020 0.000 0.092
#> SRR1747226 2 0.2505 0.7462 0.000 0.888 0.020 0.000 0.092
#> SRR1747227 2 0.2726 0.7382 0.000 0.884 0.052 0.000 0.064
#> SRR1747228 2 0.4651 0.5548 0.000 0.748 0.156 0.004 0.092
#> SRR1747229 2 0.1410 0.7536 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.4981 0.0794 0.448 0.000 0.016 0.528 0.008
#> SRR1747232 1 0.1544 0.8079 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1747233 4 0.4827 0.5392 0.232 0.000 0.060 0.704 0.004
#> SRR1747234 3 0.8434 0.1328 0.000 0.176 0.336 0.272 0.216
#> SRR1747235 1 0.3171 0.7496 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008
#> SRR1747236 2 0.3642 0.5829 0.000 0.760 0.008 0.000 0.232
#> SRR1747237 2 0.3845 0.6008 0.000 0.768 0.024 0.000 0.208
#> SRR1747238 2 0.3845 0.6008 0.000 0.768 0.024 0.000 0.208
#> SRR1747239 2 0.1270 0.7523 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.4696 0.6854 0.000 0.428 0.016 0.000 0.556
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.2439 0.6489 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1747244 3 0.2439 0.6489 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1747245 2 0.4393 0.5562 0.000 0.756 0.168 0.000 0.076
#> SRR1747246 2 0.2409 0.7482 0.000 0.900 0.032 0.000 0.068
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4967 0.4942 0.280 0.000 0.060 0.660 0.000
#> SRR1747250 3 0.7184 0.3856 0.000 0.080 0.464 0.356 0.100
#> SRR1747252 4 0.4665 0.6040 0.156 0.000 0.084 0.752 0.008
#> SRR1747253 4 0.6155 0.5002 0.228 0.000 0.212 0.560 0.000
#> SRR1747254 2 0.1270 0.7523 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747255 4 0.4885 0.2746 0.400 0.000 0.028 0.572 0.000
#> SRR1747256 4 0.4885 0.2746 0.400 0.000 0.028 0.572 0.000
#> SRR1747257 2 0.3723 0.6694 0.000 0.804 0.044 0.000 0.152
#> SRR1747258 2 0.5816 0.1977 0.000 0.608 0.164 0.000 0.228
#> SRR1747259 5 0.4641 0.6936 0.000 0.456 0.012 0.000 0.532
#> SRR1747260 5 0.4641 0.6936 0.000 0.456 0.012 0.000 0.532
#> SRR1747261 2 0.5656 0.2660 0.000 0.624 0.236 0.000 0.140
#> SRR1747262 2 0.5656 0.2660 0.000 0.624 0.236 0.000 0.140
#> SRR1747263 2 0.2300 0.7517 0.000 0.908 0.040 0.000 0.052
#> SRR1747264 1 0.2074 0.7942 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1747265 3 0.4824 0.1397 0.000 0.000 0.512 0.468 0.020
#> SRR1747266 3 0.6230 0.4341 0.000 0.232 0.612 0.028 0.128
#> SRR1747267 4 0.4689 0.0303 0.000 0.000 0.424 0.560 0.016
#> SRR1747268 3 0.3225 0.6845 0.000 0.028 0.872 0.048 0.052
#> SRR1747269 2 0.3427 0.6508 0.000 0.796 0.012 0.000 0.192
#> SRR1747270 2 0.3427 0.6508 0.000 0.796 0.012 0.000 0.192
#> SRR1747271 3 0.3364 0.6789 0.000 0.020 0.848 0.020 0.112
#> SRR1747272 3 0.3364 0.6789 0.000 0.020 0.848 0.020 0.112
#> SRR1747273 1 0.3388 0.7347 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008
#> SRR1747274 3 0.7020 -0.0245 0.000 0.372 0.424 0.024 0.180
#> SRR1747275 4 0.4644 0.0966 0.460 0.000 0.012 0.528 0.000
#> SRR1747276 4 0.4644 0.0966 0.460 0.000 0.012 0.528 0.000
#> SRR1747277 5 0.4696 0.6854 0.000 0.428 0.016 0.000 0.556
#> SRR1747278 3 0.1978 0.6689 0.000 0.004 0.928 0.044 0.024
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4562 -0.0381 0.496 0.000 0.008 0.496 0.000
#> SRR1747281 2 0.2504 0.7474 0.000 0.896 0.040 0.000 0.064
#> SRR1747282 1 0.2377 0.7822 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1747283 4 0.4113 0.5317 0.000 0.000 0.140 0.784 0.076
#> SRR1747284 4 0.2100 0.6309 0.048 0.000 0.012 0.924 0.016
#> SRR1747285 3 0.5216 0.6271 0.000 0.064 0.696 0.020 0.220
#> SRR1747286 5 0.1831 0.2775 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR1747287 2 0.4618 0.5190 0.000 0.748 0.192 0.024 0.036
#> SRR1747288 4 0.3750 0.5271 0.000 0.000 0.232 0.756 0.012
#> SRR1747290 2 0.3582 0.5904 0.000 0.768 0.008 0.000 0.224
#> SRR1747289 2 0.3582 0.5904 0.000 0.768 0.008 0.000 0.224
#> SRR1747291 2 0.6066 0.0796 0.000 0.548 0.356 0.024 0.072
#> SRR1747293 2 0.2189 0.7545 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1747294 2 0.2189 0.7545 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1747292 4 0.6319 0.4547 0.280 0.000 0.176 0.540 0.004
#> SRR1747295 2 0.5112 -0.5724 0.000 0.496 0.036 0.000 0.468
#> SRR1747296 2 0.5112 -0.5724 0.000 0.496 0.036 0.000 0.468
#> SRR1747297 2 0.2221 0.7502 0.000 0.912 0.036 0.000 0.052
#> SRR1747298 2 0.2221 0.7502 0.000 0.912 0.036 0.000 0.052
#> SRR1747299 2 0.1121 0.7628 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747300 2 0.1121 0.7628 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747301 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747302 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747303 2 0.3559 0.7008 0.000 0.836 0.096 0.004 0.064
#> SRR1747304 1 0.0162 0.8243 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747305 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747306 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747307 3 0.3842 0.6710 0.000 0.028 0.804 0.012 0.156
#> SRR1747308 3 0.3842 0.6710 0.000 0.028 0.804 0.012 0.156
#> SRR1747309 3 0.6583 -0.0315 0.256 0.000 0.468 0.276 0.000
#> SRR1747310 1 0.1671 0.8066 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747311 3 0.3132 0.6176 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1747313 3 0.4015 0.5112 0.000 0.004 0.708 0.284 0.004
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.3535 0.6950 0.000 0.832 0.080 0.000 0.088
#> SRR1747316 2 0.3535 0.6950 0.000 0.832 0.080 0.000 0.088
#> SRR1747318 3 0.2339 0.6615 0.000 0.004 0.892 0.100 0.004
#> SRR1747317 3 0.2339 0.6615 0.000 0.004 0.892 0.100 0.004
#> SRR1747319 4 0.1638 0.6546 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1747320 4 0.1638 0.6546 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4367 0.2569 0.580 0.000 0.004 0.416 0.000
#> SRR1747323 2 0.0510 0.7641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747324 2 0.0510 0.7641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747326 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747325 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747327 2 0.4697 0.4832 0.000 0.720 0.224 0.008 0.048
#> SRR1747328 3 0.5472 0.5311 0.000 0.196 0.696 0.036 0.072
#> SRR1747330 3 0.1430 0.6619 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1747329 3 0.1430 0.6619 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1747332 3 0.2370 0.6709 0.000 0.000 0.904 0.056 0.040
#> SRR1747331 3 0.2370 0.6709 0.000 0.000 0.904 0.056 0.040
#> SRR1747333 2 0.2079 0.7568 0.000 0.916 0.020 0.000 0.064
#> SRR1747334 2 0.2079 0.7568 0.000 0.916 0.020 0.000 0.064
#> SRR1747335 3 0.4574 0.2943 0.000 0.000 0.576 0.412 0.012
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0880 0.7567 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747338 2 0.0880 0.7567 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747339 3 0.2833 0.6850 0.000 0.024 0.888 0.020 0.068
#> SRR1747340 3 0.2833 0.6850 0.000 0.024 0.888 0.020 0.068
#> SRR1747341 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747342 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747343 2 0.0510 0.7641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747344 2 0.0510 0.7641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747345 3 0.3218 0.6454 0.000 0.004 0.844 0.128 0.024
#> SRR1747346 3 0.4275 0.5828 0.000 0.008 0.740 0.228 0.024
#> SRR1747347 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.4562 -0.0334 0.496 0.000 0.008 0.496 0.000
#> SRR1747351 2 0.0290 0.7606 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747350 2 0.5925 0.1916 0.000 0.596 0.188 0.000 0.216
#> SRR1747352 1 0.3424 0.6515 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747353 3 0.6602 0.1576 0.000 0.324 0.488 0.008 0.180
#> SRR1747354 3 0.6602 0.1576 0.000 0.324 0.488 0.008 0.180
#> SRR1747355 4 0.3070 0.6362 0.016 0.000 0.112 0.860 0.012
#> SRR1747356 3 0.7822 0.3442 0.000 0.232 0.468 0.176 0.124
#> SRR1747357 3 0.6832 0.5187 0.000 0.152 0.596 0.080 0.172
#> SRR1747358 3 0.6832 0.5187 0.000 0.152 0.596 0.080 0.172
#> SRR1747359 1 0.4528 0.1661 0.548 0.000 0.008 0.444 0.000
#> SRR1747360 2 0.3326 0.6968 0.000 0.824 0.024 0.000 0.152
#> SRR1747361 3 0.4630 0.4757 0.000 0.008 0.672 0.300 0.020
#> SRR1747362 3 0.6354 0.1587 0.000 0.344 0.532 0.024 0.100
#> SRR1747363 4 0.2448 0.6354 0.000 0.000 0.088 0.892 0.020
#> SRR1747364 4 0.2243 0.6522 0.012 0.000 0.056 0.916 0.016
#> SRR1747365 3 0.7443 0.4313 0.000 0.204 0.520 0.096 0.180
#> SRR1747366 3 0.6816 -0.0705 0.000 0.392 0.412 0.012 0.184
#> SRR1747367 4 0.2448 0.6354 0.000 0.000 0.088 0.892 0.020
#> SRR1747369 2 0.0880 0.7567 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747368 3 0.5087 0.2479 0.000 0.012 0.516 0.456 0.016
#> SRR1747370 3 0.3750 0.6651 0.000 0.084 0.824 0.004 0.088
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.4659 -0.0227 0.492 0.000 0.012 0.496 0.000
#> SRR1747373 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747374 2 0.0404 0.7588 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747375 3 0.4379 0.5785 0.000 0.008 0.740 0.220 0.032
#> SRR1747376 2 0.4138 0.6225 0.000 0.780 0.148 0.000 0.072
#> SRR1747377 2 0.0404 0.7626 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747378 2 0.2554 0.7289 0.000 0.892 0.036 0.000 0.072
#> SRR1747379 2 0.5913 0.1755 0.000 0.576 0.304 0.004 0.116
#> SRR1747380 3 0.4275 0.5828 0.000 0.008 0.740 0.228 0.024
#> SRR1747381 1 0.3388 0.7297 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008
#> SRR1747382 1 0.3388 0.7297 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008
#> SRR1747383 2 0.5558 0.2773 0.000 0.620 0.268 0.000 0.112
#> SRR1747384 3 0.6581 0.5433 0.000 0.144 0.616 0.064 0.176
#> SRR1747385 3 0.2249 0.6763 0.000 0.020 0.920 0.040 0.020
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8249 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0703 0.7564 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747388 2 0.0703 0.7564 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747390 2 0.6533 -0.1559 0.000 0.472 0.304 0.000 0.224
#> SRR1747389 2 0.6533 -0.1559 0.000 0.472 0.304 0.000 0.224
#> SRR1747391 2 0.2221 0.7502 0.000 0.912 0.036 0.000 0.052
#> SRR1747392 2 0.2221 0.7502 0.000 0.912 0.036 0.000 0.052
#> SRR1747393 3 0.7015 0.2692 0.000 0.300 0.512 0.052 0.136
#> SRR1747394 3 0.3132 0.6176 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1747395 2 0.5608 0.3032 0.000 0.652 0.224 0.008 0.116
#> SRR1747396 2 0.3506 0.7036 0.000 0.824 0.044 0.000 0.132
#> SRR1747398 2 0.1671 0.7477 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747397 3 0.3353 0.6142 0.000 0.000 0.796 0.196 0.008
#> SRR1747399 1 0.4299 0.3954 0.608 0.000 0.000 0.388 0.004
#> SRR1747400 1 0.4299 0.3954 0.608 0.000 0.000 0.388 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.3626 0.5326 0.008 0.000 0.000 0.808 0.096 0.088
#> SRR1747214 5 0.5671 0.6895 0.260 0.000 0.000 0.188 0.548 0.004
#> SRR1747215 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747216 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747217 6 0.6553 0.4457 0.000 0.132 0.232 0.024 0.052 0.560
#> SRR1747218 6 0.6553 0.4457 0.000 0.132 0.232 0.024 0.052 0.560
#> SRR1747219 4 0.4363 0.2227 0.000 0.000 0.000 0.636 0.040 0.324
#> SRR1747220 4 0.4363 0.2227 0.000 0.000 0.000 0.636 0.040 0.324
#> SRR1747221 4 0.5414 0.4235 0.220 0.000 0.000 0.648 0.080 0.052
#> SRR1747222 4 0.5036 0.4163 0.220 0.000 0.000 0.672 0.080 0.028
#> SRR1747223 6 0.4443 0.5193 0.004 0.000 0.000 0.216 0.076 0.704
#> SRR1747224 6 0.3730 0.5923 0.000 0.000 0.008 0.160 0.048 0.784
#> SRR1747225 2 0.2798 0.7248 0.000 0.860 0.108 0.000 0.012 0.020
#> SRR1747226 2 0.2798 0.7248 0.000 0.860 0.108 0.000 0.012 0.020
#> SRR1747227 2 0.3465 0.6936 0.000 0.820 0.120 0.000 0.016 0.044
#> SRR1747228 2 0.5255 0.4889 0.000 0.684 0.128 0.004 0.032 0.152
#> SRR1747229 2 0.1429 0.7399 0.000 0.940 0.052 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747230 1 0.0146 0.6936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747231 4 0.5731 -0.0457 0.376 0.000 0.000 0.496 0.112 0.016
#> SRR1747232 1 0.3511 0.3948 0.760 0.000 0.000 0.024 0.216 0.000
#> SRR1747233 4 0.5548 0.3872 0.172 0.000 0.000 0.644 0.144 0.040
#> SRR1747234 6 0.8147 0.1151 0.000 0.164 0.204 0.272 0.036 0.324
#> SRR1747235 5 0.4815 0.8426 0.384 0.000 0.000 0.060 0.556 0.000
#> SRR1747236 2 0.3878 0.5614 0.000 0.736 0.228 0.000 0.032 0.004
#> SRR1747237 2 0.3738 0.5575 0.000 0.740 0.236 0.000 0.012 0.012
#> SRR1747238 2 0.3738 0.5575 0.000 0.740 0.236 0.000 0.012 0.012
#> SRR1747239 2 0.1265 0.7390 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747240 1 0.0146 0.6947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747241 3 0.4721 0.7232 0.000 0.364 0.592 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747242 1 0.1141 0.6587 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747243 6 0.3235 0.6015 0.000 0.000 0.000 0.128 0.052 0.820
#> SRR1747244 6 0.3235 0.6015 0.000 0.000 0.000 0.128 0.052 0.820
#> SRR1747245 2 0.5035 0.4934 0.000 0.696 0.116 0.000 0.032 0.156
#> SRR1747246 2 0.3062 0.7110 0.000 0.844 0.116 0.000 0.016 0.024
#> SRR1747247 1 0.0000 0.6946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.6946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.5763 0.3443 0.144 0.000 0.000 0.612 0.204 0.040
#> SRR1747250 6 0.6639 0.3251 0.000 0.072 0.092 0.376 0.012 0.448
#> SRR1747252 4 0.4548 0.4632 0.128 0.000 0.000 0.752 0.064 0.056
#> SRR1747253 4 0.6856 0.3524 0.164 0.000 0.000 0.512 0.152 0.172
#> SRR1747254 2 0.1265 0.7390 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747255 4 0.6173 0.1836 0.252 0.000 0.000 0.504 0.224 0.020
#> SRR1747256 4 0.6173 0.1836 0.252 0.000 0.000 0.504 0.224 0.020
#> SRR1747257 2 0.3865 0.6316 0.000 0.768 0.184 0.000 0.020 0.028
#> SRR1747258 2 0.5946 0.1030 0.000 0.568 0.244 0.000 0.032 0.156
#> SRR1747259 3 0.4502 0.7381 0.000 0.404 0.568 0.000 0.012 0.016
#> SRR1747260 3 0.4502 0.7381 0.000 0.404 0.568 0.000 0.012 0.016
#> SRR1747261 2 0.5818 0.1806 0.000 0.572 0.176 0.000 0.020 0.232
#> SRR1747262 2 0.5818 0.1806 0.000 0.572 0.176 0.000 0.020 0.232
#> SRR1747263 2 0.2807 0.7295 0.000 0.868 0.088 0.000 0.016 0.028
#> SRR1747264 1 0.3551 0.4854 0.792 0.000 0.000 0.060 0.148 0.000
#> SRR1747265 4 0.5636 -0.0275 0.000 0.000 0.016 0.476 0.096 0.412
#> SRR1747266 6 0.7047 0.3754 0.000 0.196 0.152 0.024 0.100 0.528
#> SRR1747267 4 0.4891 0.1380 0.000 0.000 0.004 0.576 0.060 0.360
#> SRR1747268 6 0.3445 0.6488 0.000 0.024 0.028 0.052 0.044 0.852
#> SRR1747269 2 0.3459 0.6180 0.000 0.768 0.212 0.000 0.016 0.004
#> SRR1747270 2 0.3459 0.6180 0.000 0.768 0.212 0.000 0.016 0.004
#> SRR1747271 6 0.3256 0.6453 0.000 0.008 0.112 0.012 0.028 0.840
#> SRR1747272 6 0.3256 0.6453 0.000 0.008 0.112 0.012 0.028 0.840
#> SRR1747273 5 0.5045 0.8638 0.364 0.000 0.000 0.084 0.552 0.000
#> SRR1747274 6 0.7024 -0.0587 0.000 0.332 0.208 0.024 0.032 0.404
#> SRR1747275 4 0.5894 0.0991 0.380 0.000 0.000 0.464 0.144 0.012
#> SRR1747276 4 0.5894 0.0991 0.380 0.000 0.000 0.464 0.144 0.012
#> SRR1747277 3 0.4721 0.7232 0.000 0.364 0.592 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747278 6 0.2356 0.6308 0.000 0.004 0.004 0.048 0.044 0.900
#> SRR1747280 1 0.0937 0.6768 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747279 4 0.5944 0.0140 0.392 0.000 0.000 0.420 0.184 0.004
#> SRR1747281 2 0.3230 0.7066 0.000 0.836 0.116 0.000 0.024 0.024
#> SRR1747282 1 0.3834 0.4606 0.772 0.000 0.000 0.084 0.144 0.000
#> SRR1747283 4 0.4234 0.4949 0.000 0.000 0.048 0.772 0.048 0.132
#> SRR1747284 4 0.1806 0.5040 0.004 0.000 0.000 0.908 0.088 0.000
#> SRR1747285 6 0.5064 0.6161 0.000 0.040 0.212 0.016 0.040 0.692
#> SRR1747286 3 0.2901 0.0403 0.000 0.032 0.840 0.000 0.128 0.000
#> SRR1747287 2 0.5291 0.5151 0.000 0.720 0.076 0.020 0.080 0.104
#> SRR1747288 4 0.4286 0.5074 0.000 0.000 0.024 0.764 0.088 0.124
#> SRR1747290 2 0.3780 0.5703 0.000 0.744 0.224 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747289 2 0.3780 0.5703 0.000 0.744 0.224 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747291 2 0.6291 -0.0129 0.000 0.504 0.096 0.024 0.028 0.348
#> SRR1747293 2 0.2588 0.7255 0.000 0.860 0.124 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747294 2 0.2588 0.7255 0.000 0.860 0.124 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747292 4 0.7032 0.3187 0.216 0.000 0.000 0.476 0.144 0.164
#> SRR1747295 3 0.4899 0.6462 0.000 0.448 0.504 0.000 0.012 0.036
#> SRR1747296 3 0.4899 0.6462 0.000 0.448 0.504 0.000 0.012 0.036
#> SRR1747297 2 0.2964 0.7140 0.000 0.856 0.100 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747298 2 0.2964 0.7140 0.000 0.856 0.100 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747299 2 0.1398 0.7475 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747300 2 0.1398 0.7475 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747301 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747302 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747303 2 0.4181 0.6670 0.000 0.784 0.108 0.004 0.028 0.076
#> SRR1747304 1 0.1010 0.6706 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1747305 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747306 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747307 6 0.4328 0.6356 0.000 0.012 0.164 0.012 0.056 0.756
#> SRR1747308 6 0.4328 0.6356 0.000 0.012 0.164 0.012 0.056 0.756
#> SRR1747309 6 0.7064 -0.0219 0.236 0.000 0.000 0.252 0.088 0.424
#> SRR1747310 1 0.3566 0.3857 0.752 0.000 0.000 0.024 0.224 0.000
#> SRR1747311 6 0.3996 0.5633 0.000 0.000 0.000 0.168 0.080 0.752
#> SRR1747313 6 0.4849 0.4480 0.000 0.004 0.004 0.272 0.072 0.648
#> SRR1747312 1 0.0146 0.6936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747314 1 0.0146 0.6936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747315 2 0.4227 0.6424 0.000 0.768 0.128 0.000 0.024 0.080
#> SRR1747316 2 0.4227 0.6424 0.000 0.768 0.128 0.000 0.024 0.080
#> SRR1747318 6 0.3206 0.6194 0.000 0.000 0.008 0.108 0.048 0.836
#> SRR1747317 6 0.3206 0.6194 0.000 0.000 0.008 0.108 0.048 0.836
#> SRR1747319 4 0.1225 0.5492 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1747320 4 0.1225 0.5492 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1747322 1 0.0547 0.6894 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747321 1 0.6020 -0.1545 0.408 0.000 0.000 0.344 0.248 0.000
#> SRR1747323 2 0.0603 0.7492 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747324 2 0.0603 0.7492 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747326 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747325 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747327 2 0.5698 0.4282 0.000 0.656 0.108 0.000 0.112 0.124
#> SRR1747328 6 0.6769 0.4886 0.000 0.132 0.116 0.032 0.136 0.584
#> SRR1747330 6 0.2451 0.6209 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056 0.884
#> SRR1747329 6 0.2451 0.6209 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056 0.884
#> SRR1747332 6 0.3649 0.6210 0.000 0.000 0.016 0.036 0.152 0.796
#> SRR1747331 6 0.3649 0.6210 0.000 0.000 0.016 0.036 0.152 0.796
#> SRR1747333 2 0.2151 0.7404 0.000 0.904 0.072 0.000 0.008 0.016
#> SRR1747334 2 0.2151 0.7404 0.000 0.904 0.072 0.000 0.008 0.016
#> SRR1747335 6 0.5321 0.1764 0.000 0.000 0.008 0.416 0.080 0.496
#> SRR1747336 1 0.0146 0.6947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747337 2 0.0972 0.7418 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747338 2 0.0972 0.7418 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747339 6 0.2364 0.6524 0.000 0.016 0.044 0.016 0.016 0.908
#> SRR1747340 6 0.2364 0.6524 0.000 0.016 0.044 0.016 0.016 0.908
#> SRR1747341 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747342 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747343 2 0.0603 0.7492 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747344 2 0.0603 0.7492 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747345 6 0.3522 0.6001 0.000 0.000 0.012 0.128 0.048 0.812
#> SRR1747346 6 0.4133 0.5317 0.000 0.000 0.024 0.232 0.020 0.724
#> SRR1747347 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747348 1 0.0146 0.6936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747349 4 0.5961 0.0141 0.388 0.000 0.000 0.420 0.188 0.004
#> SRR1747351 2 0.0405 0.7455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747350 2 0.6092 0.0954 0.000 0.552 0.244 0.000 0.036 0.168
#> SRR1747352 1 0.5471 -0.1723 0.560 0.000 0.000 0.172 0.268 0.000
#> SRR1747353 6 0.6867 0.1149 0.000 0.284 0.212 0.008 0.048 0.448
#> SRR1747354 6 0.6867 0.1149 0.000 0.284 0.212 0.008 0.048 0.448
#> SRR1747355 4 0.3112 0.5439 0.000 0.000 0.000 0.836 0.068 0.096
#> SRR1747356 6 0.7572 0.3395 0.000 0.196 0.136 0.180 0.028 0.460
#> SRR1747357 6 0.7215 0.4776 0.000 0.124 0.196 0.096 0.052 0.532
#> SRR1747358 6 0.7215 0.4776 0.000 0.124 0.196 0.096 0.052 0.532
#> SRR1747359 1 0.6053 -0.1800 0.376 0.000 0.000 0.368 0.256 0.000
#> SRR1747360 2 0.3586 0.6714 0.000 0.796 0.160 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747361 6 0.5424 0.3837 0.000 0.000 0.032 0.304 0.072 0.592
#> SRR1747362 6 0.6855 0.0526 0.000 0.328 0.112 0.016 0.076 0.468
#> SRR1747363 4 0.2376 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.888 0.044 0.068
#> SRR1747364 4 0.2001 0.5425 0.000 0.000 0.000 0.912 0.048 0.040
#> SRR1747365 6 0.7682 0.3886 0.000 0.160 0.220 0.096 0.060 0.464
#> SRR1747366 6 0.7210 -0.1315 0.000 0.344 0.224 0.012 0.060 0.360
#> SRR1747367 4 0.2376 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.888 0.044 0.068
#> SRR1747369 2 0.0972 0.7418 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747368 4 0.5559 -0.1743 0.000 0.004 0.024 0.472 0.060 0.440
#> SRR1747370 6 0.3386 0.6498 0.000 0.076 0.068 0.000 0.020 0.836
#> SRR1747372 1 0.0547 0.6894 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747371 4 0.5961 0.0197 0.388 0.000 0.000 0.420 0.188 0.004
#> SRR1747373 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747374 2 0.0520 0.7435 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747375 6 0.5123 0.5253 0.000 0.008 0.032 0.208 0.068 0.684
#> SRR1747376 2 0.4314 0.6157 0.000 0.756 0.084 0.000 0.020 0.140
#> SRR1747377 2 0.0508 0.7477 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747378 2 0.2867 0.7123 0.000 0.868 0.076 0.000 0.016 0.040
#> SRR1747379 2 0.6275 0.0841 0.000 0.524 0.152 0.004 0.036 0.284
#> SRR1747380 6 0.4133 0.5317 0.000 0.000 0.024 0.232 0.020 0.724
#> SRR1747381 5 0.5063 0.8739 0.372 0.000 0.000 0.084 0.544 0.000
#> SRR1747382 5 0.5063 0.8739 0.372 0.000 0.000 0.084 0.544 0.000
#> SRR1747383 2 0.5921 0.2189 0.000 0.580 0.152 0.000 0.036 0.232
#> SRR1747384 6 0.6567 0.5225 0.000 0.104 0.196 0.068 0.040 0.592
#> SRR1747385 6 0.3135 0.6383 0.000 0.016 0.024 0.044 0.048 0.868
#> SRR1747386 1 0.0146 0.6945 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747387 2 0.0806 0.7407 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747388 2 0.0806 0.7407 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747390 2 0.6543 -0.2252 0.000 0.440 0.240 0.000 0.032 0.288
#> SRR1747389 2 0.6543 -0.2252 0.000 0.440 0.240 0.000 0.032 0.288
#> SRR1747391 2 0.2964 0.7140 0.000 0.856 0.100 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747392 2 0.2964 0.7140 0.000 0.856 0.100 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747393 6 0.7384 0.2401 0.000 0.264 0.152 0.052 0.064 0.468
#> SRR1747394 6 0.3996 0.5633 0.000 0.000 0.000 0.168 0.080 0.752
#> SRR1747395 2 0.5981 0.2331 0.000 0.612 0.144 0.012 0.036 0.196
#> SRR1747396 2 0.3789 0.6679 0.000 0.784 0.160 0.000 0.016 0.040
#> SRR1747398 2 0.1643 0.7332 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747397 6 0.4125 0.5627 0.000 0.000 0.000 0.184 0.080 0.736
#> SRR1747399 1 0.5618 -0.1361 0.480 0.000 0.000 0.368 0.152 0.000
#> SRR1747400 1 0.5618 -0.1361 0.480 0.000 0.000 0.368 0.152 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.960 0.982 0.4601 0.538 0.538
#> 3 3 0.939 0.929 0.970 0.4134 0.672 0.459
#> 4 4 0.700 0.684 0.865 0.1176 0.772 0.462
#> 5 5 0.653 0.600 0.785 0.0805 0.849 0.520
#> 6 6 0.683 0.536 0.712 0.0473 0.916 0.641
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.4298 0.908 0.088 0.912
#> SRR1747220 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.3584 0.928 0.068 0.932
#> SRR1747266 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.5946 0.841 0.144 0.856
#> SRR1747268 2 0.4815 0.890 0.104 0.896
#> SRR1747269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0672 0.963 0.992 0.008
#> SRR1747273 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.4161 0.913 0.084 0.916
#> SRR1747280 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.3114 0.940 0.056 0.944
#> SRR1747284 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.3733 0.902 0.928 0.072
#> SRR1747308 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.9833 0.280 0.576 0.424
#> SRR1747313 1 0.9209 0.507 0.664 0.336
#> SRR1747312 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> SRR1747317 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747319 1 0.9795 0.327 0.584 0.416
#> SRR1747320 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.7528 0.735 0.216 0.784
#> SRR1747330 1 0.2043 0.942 0.968 0.032
#> SRR1747329 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.9044 0.530 0.680 0.320
#> SRR1747336 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.4562 0.899 0.096 0.904
#> SRR1747340 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.4815 0.890 0.104 0.896
#> SRR1747346 2 0.4298 0.908 0.088 0.912
#> SRR1747347 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.3733 0.924 0.072 0.928
#> SRR1747370 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.4298 0.908 0.088 0.912
#> SRR1747381 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.4298 0.908 0.088 0.912
#> SRR1747385 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.9000 0.551 0.684 0.316
#> SRR1747399 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747214 1 0.0237 0.951 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747215 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747218 3 0.5706 0.553 0.000 0.320 0.680
#> SRR1747219 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747220 3 0.6111 0.312 0.396 0.000 0.604
#> SRR1747221 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747222 1 0.4931 0.747 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747223 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747224 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747225 3 0.1964 0.900 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747226 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4931 0.712 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747232 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.4931 0.747 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747234 3 0.0424 0.943 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747235 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4291 0.762 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747242 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747244 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747245 3 0.6045 0.404 0.000 0.380 0.620
#> SRR1747246 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.4931 0.747 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747250 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747253 3 0.6192 0.182 0.420 0.000 0.580
#> SRR1747254 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.4842 0.758 0.776 0.000 0.224
#> SRR1747256 1 0.1289 0.939 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747257 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747261 3 0.1031 0.929 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747262 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747266 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747267 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.1643 0.931 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747274 3 0.0892 0.933 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747275 1 0.1163 0.941 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747276 1 0.4842 0.758 0.776 0.000 0.224
#> SRR1747277 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747278 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.1163 0.941 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747281 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747286 3 0.6126 0.371 0.000 0.400 0.600
#> SRR1747287 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 3 0.1163 0.926 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747294 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747295 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747308 3 0.5058 0.684 0.000 0.244 0.756
#> SRR1747309 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747313 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 3 0.3340 0.832 0.000 0.120 0.880
#> SRR1747318 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.4796 0.763 0.780 0.000 0.220
#> SRR1747322 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747329 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747332 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747331 2 0.4931 0.682 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747333 2 0.6079 0.339 0.000 0.612 0.388
#> SRR1747334 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747340 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747354 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747355 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747356 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.1163 0.941 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747360 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747361 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.3116 0.879 0.892 0.000 0.108
#> SRR1747365 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747367 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 3 0.2165 0.892 0.000 0.064 0.936
#> SRR1747380 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0424 0.950 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747383 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747386 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.6225 0.280 0.000 0.432 0.568
#> SRR1747389 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747394 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.0921 0.77482 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747214 4 0.4889 0.27918 0.360 0.000 0.004 0.636
#> SRR1747215 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.3311 0.63726 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747218 3 0.1209 0.75157 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1747219 3 0.2921 0.68134 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747220 4 0.1820 0.76496 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1747221 4 0.0592 0.77378 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747222 4 0.1209 0.76947 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1747223 4 0.0592 0.77378 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747224 3 0.3764 0.62519 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747225 3 0.2844 0.73900 0.000 0.052 0.900 0.048
#> SRR1747226 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747227 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.2408 0.72133 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747229 2 0.3494 0.74965 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1747230 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3249 0.68274 0.140 0.000 0.008 0.852
#> SRR1747232 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.2593 0.72729 0.104 0.000 0.004 0.892
#> SRR1747234 3 0.0779 0.75255 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1747235 1 0.0707 0.92218 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747236 2 0.4560 0.57799 0.000 0.700 0.296 0.004
#> SRR1747237 2 0.0336 0.92184 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747238 3 0.2466 0.72599 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR1747239 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747240 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0657 0.75268 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747242 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0592 0.77378 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747244 3 0.2704 0.70877 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747245 3 0.2830 0.73818 0.000 0.040 0.900 0.060
#> SRR1747246 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747247 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.2867 0.72724 0.104 0.000 0.012 0.884
#> SRR1747250 3 0.1022 0.75133 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747252 4 0.0817 0.77499 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747253 4 0.1042 0.77474 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1747254 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747255 4 0.0707 0.77227 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747256 4 0.1743 0.75959 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1747257 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0469 0.75294 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747259 2 0.0657 0.91875 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747260 3 0.1004 0.75263 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1747261 3 0.0188 0.75345 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747262 3 0.4730 0.36381 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1747263 2 0.0336 0.92161 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747264 1 0.1557 0.90226 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747265 3 0.1118 0.75015 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747266 3 0.0707 0.75222 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747267 3 0.4989 -0.00905 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1747268 3 0.5000 -0.08195 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747269 3 0.5168 -0.10421 0.000 0.496 0.500 0.004
#> SRR1747270 2 0.5161 0.15901 0.000 0.520 0.476 0.004
#> SRR1747271 3 0.4283 0.58924 0.000 0.256 0.740 0.004
#> SRR1747272 4 0.4967 0.18734 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1747273 4 0.2965 0.73754 0.072 0.000 0.036 0.892
#> SRR1747274 3 0.0336 0.75301 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747275 4 0.2647 0.71401 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1747276 4 0.1118 0.76793 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1747277 2 0.5151 0.18918 0.000 0.532 0.464 0.004
#> SRR1747278 3 0.4643 0.38414 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1747280 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.3052 0.69912 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1747281 2 0.0469 0.91985 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747282 1 0.3873 0.75159 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747283 3 0.2814 0.68598 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747284 1 0.3907 0.74715 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1747285 3 0.0707 0.75311 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747286 3 0.2101 0.74078 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR1747287 2 0.4543 0.52758 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1747288 4 0.3726 0.67021 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1747290 2 0.5143 0.21288 0.000 0.540 0.456 0.004
#> SRR1747289 2 0.0376 0.92365 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747291 3 0.3873 0.63448 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1747293 3 0.0817 0.75156 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747294 2 0.1474 0.88793 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747292 4 0.2868 0.69872 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1747295 3 0.4155 0.57440 0.000 0.240 0.756 0.004
#> SRR1747296 3 0.1489 0.74773 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1747297 2 0.0336 0.92161 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747298 2 0.0707 0.91467 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747301 2 0.3982 0.67932 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1747302 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747303 2 0.4950 0.39452 0.000 0.620 0.376 0.004
#> SRR1747304 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 4 0.4989 0.18199 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1747308 3 0.0895 0.75310 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1747309 4 0.0592 0.77460 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747310 1 0.1211 0.91265 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747311 4 0.4843 0.34532 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1747313 4 0.4331 0.55861 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747312 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.4994 0.02494 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1747316 3 0.0524 0.75416 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747318 4 0.5000 0.04079 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747317 3 0.4999 -0.05738 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1747319 3 0.4925 0.08214 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1747320 4 0.1677 0.76710 0.040 0.000 0.012 0.948
#> SRR1747322 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.3942 0.56231 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1747323 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747324 3 0.5016 0.32008 0.000 0.396 0.600 0.004
#> SRR1747326 2 0.0188 0.92355 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0336 0.92161 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747328 3 0.4522 0.41715 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747330 4 0.4164 0.59245 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1747329 3 0.2704 0.70877 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747332 4 0.2760 0.74769 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1747331 3 0.2048 0.73925 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR1747333 3 0.2844 0.73930 0.000 0.048 0.900 0.052
#> SRR1747334 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747335 4 0.4967 0.22464 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1747336 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747338 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747339 4 0.4996 0.09912 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1747340 3 0.2469 0.71995 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747341 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747344 3 0.5016 0.32008 0.000 0.396 0.600 0.004
#> SRR1747345 4 0.4994 0.11864 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747346 3 0.4998 -0.03032 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1747347 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747348 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.4916 0.07654 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1747351 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 3 0.4985 0.00498 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747352 1 0.1557 0.90378 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747353 3 0.4907 0.17912 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1747354 3 0.1022 0.75192 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747355 4 0.0707 0.77522 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747356 3 0.1022 0.75157 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747357 3 0.1022 0.75097 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747358 3 0.0707 0.75185 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747359 4 0.2814 0.70345 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747360 3 0.5137 0.05925 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1747361 4 0.3907 0.63497 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1747362 2 0.4992 0.15258 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1747363 4 0.1637 0.77162 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747364 4 0.2101 0.75434 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR1747365 3 0.3486 0.62350 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1747366 3 0.4992 -0.01463 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1747367 4 0.2216 0.76067 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747369 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747368 3 0.3837 0.60006 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1747370 3 0.1211 0.75055 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747372 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0779 0.77511 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1747373 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747374 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.1637 0.76929 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747376 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747377 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747378 3 0.4792 0.48338 0.000 0.312 0.680 0.008
#> SRR1747379 3 0.1474 0.74609 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747380 3 0.4998 -0.03032 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1747381 1 0.4382 0.65906 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1747382 4 0.4741 0.36135 0.328 0.000 0.004 0.668
#> SRR1747383 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.4999 -0.08323 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1747385 3 0.2704 0.70877 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747386 1 0.0000 0.92971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.92524 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.0657 0.75357 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1747389 3 0.2281 0.72343 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1747391 2 0.0336 0.92161 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747392 2 0.0336 0.92161 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747393 3 0.0469 0.75325 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747394 4 0.2921 0.73205 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1747395 3 0.4454 0.47891 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747396 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747398 2 0.0188 0.92531 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747397 4 0.4222 0.58374 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1747399 1 0.3907 0.74715 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1747400 1 0.4804 0.50010 0.616 0.000 0.000 0.384
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0865 0.82357 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1747214 4 0.3069 0.75868 0.104 0.000 0.016 0.864 0.016
#> SRR1747215 2 0.0290 0.90496 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0566 0.90451 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747217 3 0.5447 0.34781 0.000 0.000 0.536 0.064 0.400
#> SRR1747218 5 0.0794 0.60487 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747219 3 0.5276 0.28506 0.000 0.000 0.516 0.048 0.436
#> SRR1747220 4 0.1386 0.81973 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1747221 4 0.2471 0.74899 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1747222 4 0.0798 0.82816 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> SRR1747223 4 0.3210 0.66614 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1747224 3 0.3479 0.60873 0.000 0.000 0.836 0.084 0.080
#> SRR1747225 3 0.4300 -0.28013 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1747226 2 0.1211 0.90254 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1747227 2 0.2540 0.86856 0.000 0.888 0.088 0.000 0.024
#> SRR1747228 3 0.4341 -0.15011 0.000 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1747229 5 0.5178 -0.00891 0.000 0.476 0.040 0.000 0.484
#> SRR1747230 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.2256 0.81145 0.032 0.000 0.032 0.920 0.016
#> SRR1747232 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.1469 0.82677 0.036 0.000 0.016 0.948 0.000
#> SRR1747234 5 0.4524 0.18100 0.000 0.000 0.336 0.020 0.644
#> SRR1747235 1 0.4080 0.70343 0.760 0.000 0.012 0.212 0.016
#> SRR1747236 5 0.4065 0.53124 0.000 0.264 0.016 0.000 0.720
#> SRR1747237 2 0.1485 0.89647 0.000 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR1747238 5 0.1168 0.60433 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR1747239 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747240 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.2629 0.54765 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1747242 1 0.0162 0.88855 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.2966 0.70157 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1747244 3 0.4424 0.33679 0.000 0.000 0.728 0.048 0.224
#> SRR1747245 3 0.4446 -0.30576 0.000 0.004 0.520 0.000 0.476
#> SRR1747246 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747247 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1124 0.82725 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1747250 5 0.4974 -0.14539 0.000 0.000 0.464 0.028 0.508
#> SRR1747252 4 0.3789 0.58889 0.000 0.000 0.224 0.760 0.016
#> SRR1747253 4 0.0703 0.82207 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747254 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747255 4 0.0671 0.82785 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1747256 4 0.1251 0.82711 0.036 0.000 0.008 0.956 0.000
#> SRR1747257 2 0.0798 0.90411 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1747258 5 0.3967 0.43048 0.000 0.000 0.264 0.012 0.724
#> SRR1747259 2 0.3779 0.73511 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200
#> SRR1747260 5 0.5009 -0.09569 0.000 0.000 0.428 0.032 0.540
#> SRR1747261 5 0.3861 0.49344 0.000 0.000 0.264 0.008 0.728
#> SRR1747262 5 0.4357 0.61289 0.000 0.128 0.104 0.000 0.768
#> SRR1747263 2 0.2616 0.86145 0.000 0.880 0.100 0.000 0.020
#> SRR1747264 1 0.3395 0.68008 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1747265 5 0.5112 -0.18618 0.000 0.000 0.468 0.036 0.496
#> SRR1747266 5 0.4546 0.20335 0.000 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1747267 3 0.5256 0.62640 0.000 0.000 0.672 0.212 0.116
#> SRR1747268 3 0.2953 0.63351 0.000 0.000 0.844 0.144 0.012
#> SRR1747269 5 0.2439 0.61858 0.000 0.120 0.004 0.000 0.876
#> SRR1747270 5 0.2798 0.61485 0.000 0.140 0.008 0.000 0.852
#> SRR1747271 5 0.5066 0.56255 0.000 0.084 0.240 0.000 0.676
#> SRR1747272 3 0.3877 0.64376 0.000 0.000 0.764 0.212 0.024
#> SRR1747273 4 0.2152 0.80942 0.012 0.000 0.032 0.924 0.032
#> SRR1747274 5 0.3582 0.55269 0.000 0.000 0.224 0.008 0.768
#> SRR1747275 4 0.1469 0.82677 0.036 0.000 0.016 0.948 0.000
#> SRR1747276 4 0.1211 0.82873 0.024 0.000 0.016 0.960 0.000
#> SRR1747277 5 0.3759 0.61120 0.000 0.136 0.056 0.000 0.808
#> SRR1747278 3 0.3003 0.60110 0.000 0.000 0.864 0.092 0.044
#> SRR1747280 1 0.0740 0.88073 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1747279 4 0.1331 0.82603 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR1747281 2 0.4953 0.68661 0.000 0.712 0.164 0.000 0.124
#> SRR1747282 1 0.4415 0.28059 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1747283 5 0.5401 -0.21677 0.000 0.000 0.452 0.056 0.492
#> SRR1747284 4 0.5099 -0.18172 0.484 0.000 0.012 0.488 0.016
#> SRR1747285 5 0.4736 -0.00321 0.000 0.000 0.404 0.020 0.576
#> SRR1747286 5 0.3093 0.48347 0.000 0.008 0.168 0.000 0.824
#> SRR1747287 5 0.5232 0.49070 0.000 0.268 0.084 0.000 0.648
#> SRR1747288 3 0.5439 0.36227 0.000 0.000 0.508 0.432 0.060
#> SRR1747290 5 0.2488 0.61688 0.000 0.124 0.004 0.000 0.872
#> SRR1747289 2 0.2046 0.88425 0.000 0.916 0.016 0.000 0.068
#> SRR1747291 5 0.5429 0.47141 0.000 0.068 0.368 0.000 0.564
#> SRR1747293 5 0.4302 0.34211 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1747294 2 0.5671 0.40293 0.000 0.568 0.096 0.000 0.336
#> SRR1747292 4 0.1331 0.82603 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR1747295 5 0.1310 0.61051 0.000 0.020 0.024 0.000 0.956
#> SRR1747296 5 0.1408 0.60523 0.000 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR1747297 2 0.1809 0.88659 0.000 0.928 0.060 0.000 0.012
#> SRR1747298 2 0.4801 0.70739 0.000 0.728 0.148 0.000 0.124
#> SRR1747299 2 0.1012 0.90345 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1747300 2 0.2777 0.85021 0.000 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1747301 2 0.6315 -0.04514 0.000 0.448 0.156 0.000 0.396
#> SRR1747302 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747303 5 0.6444 0.45477 0.000 0.204 0.308 0.000 0.488
#> SRR1747304 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0566 0.90451 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747306 2 0.0566 0.90451 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747307 3 0.5931 0.58215 0.000 0.000 0.588 0.248 0.164
#> SRR1747308 5 0.2293 0.59217 0.000 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR1747309 4 0.3039 0.68681 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1747310 1 0.3740 0.72621 0.784 0.000 0.012 0.196 0.008
#> SRR1747311 3 0.3628 0.63506 0.000 0.000 0.772 0.216 0.012
#> SRR1747313 3 0.3642 0.62128 0.000 0.000 0.760 0.232 0.008
#> SRR1747312 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.6223 0.46509 0.000 0.160 0.328 0.000 0.512
#> SRR1747316 5 0.4142 0.52659 0.000 0.004 0.308 0.004 0.684
#> SRR1747318 3 0.3953 0.64845 0.000 0.000 0.784 0.168 0.048
#> SRR1747317 3 0.3236 0.64166 0.000 0.000 0.828 0.152 0.020
#> SRR1747319 3 0.5874 0.39753 0.000 0.000 0.528 0.108 0.364
#> SRR1747320 4 0.0992 0.82959 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.1830 0.80824 0.068 0.000 0.008 0.924 0.000
#> SRR1747323 2 0.0807 0.90553 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1747324 5 0.5752 0.53346 0.000 0.208 0.172 0.000 0.620
#> SRR1747326 2 0.2729 0.86700 0.000 0.884 0.056 0.000 0.060
#> SRR1747325 2 0.0290 0.90496 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.1877 0.88530 0.000 0.924 0.064 0.000 0.012
#> SRR1747328 3 0.4038 0.61118 0.000 0.000 0.792 0.128 0.080
#> SRR1747330 3 0.3266 0.63112 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1747329 3 0.4510 -0.22471 0.000 0.000 0.560 0.008 0.432
#> SRR1747332 3 0.5286 0.29409 0.000 0.000 0.504 0.448 0.048
#> SRR1747331 5 0.3277 0.59809 0.000 0.012 0.148 0.008 0.832
#> SRR1747333 5 0.4307 0.31692 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1747334 2 0.2825 0.84869 0.000 0.860 0.016 0.000 0.124
#> SRR1747335 3 0.5684 0.51651 0.000 0.000 0.564 0.340 0.096
#> SRR1747336 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0798 0.90565 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1747338 2 0.0798 0.90565 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1747339 3 0.3132 0.64359 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1747340 3 0.4481 -0.17589 0.000 0.000 0.576 0.008 0.416
#> SRR1747341 2 0.0162 0.90529 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0162 0.90529 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0807 0.90553 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1747344 5 0.5784 0.53210 0.000 0.208 0.176 0.000 0.616
#> SRR1747345 3 0.3081 0.63811 0.000 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR1747346 3 0.4872 0.63335 0.000 0.000 0.720 0.160 0.120
#> SRR1747347 2 0.0693 0.90653 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1747348 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.2930 0.69795 0.164 0.000 0.004 0.832 0.000
#> SRR1747351 2 0.0566 0.90451 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747350 5 0.3085 0.62452 0.000 0.116 0.032 0.000 0.852
#> SRR1747352 1 0.4101 0.53994 0.664 0.000 0.004 0.332 0.000
#> SRR1747353 5 0.4936 0.60066 0.000 0.116 0.172 0.000 0.712
#> SRR1747354 3 0.5048 0.14010 0.000 0.000 0.492 0.032 0.476
#> SRR1747355 4 0.3890 0.50081 0.000 0.000 0.252 0.736 0.012
#> SRR1747356 3 0.4907 0.11275 0.000 0.000 0.488 0.024 0.488
#> SRR1747357 5 0.5049 -0.17207 0.000 0.000 0.480 0.032 0.488
#> SRR1747358 5 0.4757 0.05787 0.000 0.000 0.380 0.024 0.596
#> SRR1747359 4 0.1331 0.82603 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR1747360 5 0.4454 0.61413 0.000 0.112 0.128 0.000 0.760
#> SRR1747361 3 0.4489 0.38395 0.000 0.000 0.572 0.420 0.008
#> SRR1747362 5 0.4805 0.59631 0.000 0.144 0.128 0.000 0.728
#> SRR1747363 4 0.4329 0.38239 0.000 0.000 0.312 0.672 0.016
#> SRR1747364 4 0.1806 0.82082 0.016 0.000 0.028 0.940 0.016
#> SRR1747365 3 0.5405 0.24448 0.000 0.000 0.484 0.056 0.460
#> SRR1747366 5 0.2179 0.62298 0.000 0.100 0.004 0.000 0.896
#> SRR1747367 4 0.4656 -0.17173 0.000 0.000 0.480 0.508 0.012
#> SRR1747369 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747368 3 0.5538 0.44723 0.000 0.000 0.588 0.088 0.324
#> SRR1747370 3 0.3906 0.42133 0.000 0.000 0.744 0.016 0.240
#> SRR1747372 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0290 0.82714 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747373 2 0.0912 0.90509 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1747374 2 0.0451 0.90640 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1747375 3 0.4210 0.35438 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1747376 2 0.3810 0.78506 0.000 0.792 0.040 0.000 0.168
#> SRR1747377 2 0.0807 0.90553 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1747378 5 0.5434 0.49123 0.000 0.076 0.336 0.000 0.588
#> SRR1747379 5 0.4302 0.32904 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1747380 3 0.4872 0.63335 0.000 0.000 0.720 0.160 0.120
#> SRR1747381 4 0.4624 0.41635 0.296 0.000 0.012 0.676 0.016
#> SRR1747382 4 0.2962 0.76689 0.096 0.000 0.016 0.872 0.016
#> SRR1747383 2 0.3579 0.82780 0.000 0.828 0.072 0.000 0.100
#> SRR1747384 3 0.5819 0.58603 0.000 0.000 0.612 0.200 0.188
#> SRR1747385 3 0.4504 -0.21039 0.000 0.000 0.564 0.008 0.428
#> SRR1747386 1 0.0000 0.89017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0566 0.90451 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747388 2 0.2079 0.88996 0.000 0.916 0.020 0.000 0.064
#> SRR1747390 5 0.1522 0.59769 0.000 0.000 0.044 0.012 0.944
#> SRR1747389 5 0.1281 0.61089 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956
#> SRR1747391 2 0.4595 0.72918 0.000 0.740 0.172 0.000 0.088
#> SRR1747392 2 0.3593 0.82714 0.000 0.828 0.088 0.000 0.084
#> SRR1747393 5 0.4557 0.20039 0.000 0.000 0.404 0.012 0.584
#> SRR1747394 3 0.4455 0.41900 0.000 0.000 0.588 0.404 0.008
#> SRR1747395 3 0.2491 0.58160 0.000 0.000 0.896 0.068 0.036
#> SRR1747396 2 0.2777 0.85021 0.000 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1747398 2 0.2110 0.88033 0.000 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR1747397 3 0.3455 0.63871 0.000 0.000 0.784 0.208 0.008
#> SRR1747399 1 0.5087 0.21640 0.516 0.000 0.012 0.456 0.016
#> SRR1747400 4 0.5099 -0.19013 0.484 0.000 0.012 0.488 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2838 0.73164 0.000 0.000 0.116 0.852 0.004 0.028
#> SRR1747214 4 0.3671 0.71888 0.016 0.000 0.032 0.828 0.028 0.096
#> SRR1747215 2 0.0820 0.80669 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1747216 2 0.1391 0.80256 0.000 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1747217 3 0.3150 0.53499 0.000 0.000 0.840 0.012 0.036 0.112
#> SRR1747218 5 0.4018 0.36061 0.000 0.000 0.412 0.000 0.580 0.008
#> SRR1747219 3 0.2146 0.55719 0.000 0.000 0.908 0.008 0.024 0.060
#> SRR1747220 4 0.4048 0.71269 0.000 0.000 0.080 0.788 0.028 0.104
#> SRR1747221 4 0.4083 0.47221 0.000 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR1747222 4 0.0935 0.75992 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1747223 4 0.4537 0.23897 0.000 0.000 0.036 0.552 0.000 0.412
#> SRR1747224 6 0.4513 0.59683 0.000 0.000 0.328 0.004 0.040 0.628
#> SRR1747225 5 0.4788 0.40045 0.000 0.000 0.056 0.000 0.548 0.396
#> SRR1747226 2 0.2957 0.79218 0.000 0.844 0.000 0.004 0.120 0.032
#> SRR1747227 2 0.4108 0.68361 0.000 0.744 0.000 0.000 0.164 0.092
#> SRR1747228 5 0.5404 0.34271 0.000 0.004 0.100 0.000 0.488 0.408
#> SRR1747229 5 0.4808 0.15816 0.000 0.368 0.004 0.000 0.576 0.052
#> SRR1747230 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3988 0.71616 0.012 0.000 0.068 0.804 0.020 0.096
#> SRR1747232 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0935 0.75992 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1747234 3 0.3023 0.46589 0.000 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR1747235 1 0.5563 0.49984 0.620 0.000 0.008 0.252 0.024 0.096
#> SRR1747236 5 0.5690 0.43035 0.000 0.204 0.120 0.004 0.632 0.040
#> SRR1747237 2 0.3256 0.75713 0.000 0.836 0.032 0.000 0.112 0.020
#> SRR1747238 5 0.4032 0.34105 0.000 0.000 0.420 0.000 0.572 0.008
#> SRR1747239 2 0.2554 0.80146 0.000 0.876 0.000 0.004 0.092 0.028
#> SRR1747240 1 0.0146 0.90272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747241 3 0.4330 0.17660 0.000 0.000 0.632 0.000 0.332 0.036
#> SRR1747242 1 0.0653 0.89464 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1747243 4 0.3986 0.45884 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000 0.316
#> SRR1747244 6 0.4962 0.37983 0.000 0.000 0.104 0.012 0.216 0.668
#> SRR1747245 5 0.5025 0.36291 0.000 0.000 0.072 0.000 0.492 0.436
#> SRR1747246 2 0.2728 0.79992 0.000 0.864 0.000 0.004 0.100 0.032
#> SRR1747247 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1015 0.76116 0.004 0.000 0.012 0.968 0.004 0.012
#> SRR1747250 3 0.2753 0.56848 0.000 0.000 0.872 0.008 0.048 0.072
#> SRR1747252 4 0.6276 0.21272 0.000 0.000 0.236 0.456 0.016 0.292
#> SRR1747253 4 0.3065 0.70919 0.000 0.000 0.052 0.844 0.004 0.100
#> SRR1747254 2 0.2630 0.80115 0.000 0.872 0.000 0.004 0.092 0.032
#> SRR1747255 4 0.0632 0.76045 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747256 4 0.1526 0.75923 0.004 0.000 0.008 0.944 0.008 0.036
#> SRR1747257 2 0.2069 0.79345 0.000 0.908 0.004 0.000 0.068 0.020
#> SRR1747258 3 0.4992 -0.14763 0.000 0.000 0.468 0.000 0.464 0.068
#> SRR1747259 2 0.5510 0.54771 0.000 0.624 0.096 0.004 0.248 0.028
#> SRR1747260 3 0.2450 0.56404 0.000 0.000 0.868 0.000 0.116 0.016
#> SRR1747261 3 0.5016 0.04158 0.000 0.000 0.532 0.000 0.392 0.076
#> SRR1747262 5 0.3744 0.61622 0.000 0.032 0.100 0.000 0.812 0.056
#> SRR1747263 2 0.4319 0.66268 0.000 0.724 0.000 0.000 0.168 0.108
#> SRR1747264 1 0.3742 0.45747 0.648 0.000 0.004 0.348 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.2251 0.56621 0.000 0.000 0.904 0.008 0.036 0.052
#> SRR1747266 5 0.6119 0.16602 0.000 0.000 0.292 0.004 0.436 0.268
#> SRR1747267 3 0.4344 0.11718 0.000 0.000 0.652 0.044 0.000 0.304
#> SRR1747268 6 0.4342 0.63843 0.000 0.000 0.224 0.044 0.016 0.716
#> SRR1747269 5 0.4061 0.46565 0.000 0.012 0.316 0.000 0.664 0.008
#> SRR1747270 5 0.4096 0.51248 0.000 0.020 0.268 0.000 0.700 0.012
#> SRR1747271 5 0.3946 0.61953 0.000 0.020 0.088 0.000 0.792 0.100
#> SRR1747272 6 0.4769 0.55843 0.000 0.000 0.364 0.060 0.000 0.576
#> SRR1747273 4 0.4126 0.70660 0.000 0.000 0.084 0.784 0.032 0.100
#> SRR1747274 5 0.4905 0.48439 0.000 0.000 0.284 0.000 0.620 0.096
#> SRR1747275 4 0.0935 0.75992 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1747276 4 0.0935 0.75992 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1747277 5 0.4789 0.52108 0.000 0.044 0.248 0.000 0.676 0.032
#> SRR1747278 6 0.4516 0.62313 0.000 0.000 0.188 0.052 0.032 0.728
#> SRR1747280 1 0.1180 0.88326 0.960 0.000 0.000 0.012 0.012 0.016
#> SRR1747279 4 0.0551 0.76076 0.004 0.000 0.004 0.984 0.000 0.008
#> SRR1747281 2 0.5543 0.26538 0.000 0.488 0.000 0.000 0.372 0.140
#> SRR1747282 4 0.4787 -0.01859 0.456 0.000 0.004 0.504 0.004 0.032
#> SRR1747283 3 0.1781 0.57097 0.000 0.000 0.924 0.008 0.060 0.008
#> SRR1747284 4 0.6036 0.19999 0.348 0.000 0.012 0.516 0.024 0.100
#> SRR1747285 3 0.3139 0.54455 0.000 0.000 0.812 0.000 0.160 0.028
#> SRR1747286 3 0.3830 0.15651 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376 0.004
#> SRR1747287 5 0.4451 0.56108 0.000 0.136 0.092 0.000 0.748 0.024
#> SRR1747288 3 0.5733 -0.02509 0.000 0.000 0.540 0.208 0.004 0.248
#> SRR1747290 5 0.4618 0.45866 0.000 0.020 0.312 0.000 0.640 0.028
#> SRR1747289 2 0.3628 0.75064 0.000 0.776 0.000 0.004 0.184 0.036
#> SRR1747291 5 0.4810 0.48828 0.000 0.012 0.040 0.000 0.588 0.360
#> SRR1747293 5 0.4774 0.40384 0.000 0.000 0.052 0.000 0.528 0.420
#> SRR1747294 2 0.6010 0.34992 0.000 0.524 0.064 0.000 0.336 0.076
#> SRR1747292 4 0.0603 0.75957 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1747295 5 0.3890 0.37803 0.000 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1747296 3 0.4372 -0.09838 0.000 0.000 0.544 0.000 0.432 0.024
#> SRR1747297 2 0.3134 0.74447 0.000 0.820 0.000 0.000 0.144 0.036
#> SRR1747298 2 0.5571 0.25771 0.000 0.484 0.000 0.000 0.372 0.144
#> SRR1747299 2 0.2420 0.80924 0.000 0.884 0.000 0.000 0.076 0.040
#> SRR1747300 2 0.4183 0.68331 0.000 0.692 0.000 0.004 0.268 0.036
#> SRR1747301 5 0.5451 0.21170 0.000 0.328 0.000 0.000 0.532 0.140
#> SRR1747302 2 0.2630 0.80091 0.000 0.872 0.000 0.004 0.092 0.032
#> SRR1747303 5 0.5473 0.52125 0.000 0.140 0.012 0.000 0.600 0.248
#> SRR1747304 1 0.0291 0.90213 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747305 2 0.1297 0.80177 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1747306 2 0.1408 0.80451 0.000 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR1747307 3 0.3956 0.26199 0.000 0.000 0.712 0.036 0.000 0.252
#> SRR1747308 3 0.4788 -0.09040 0.000 0.008 0.532 0.000 0.424 0.036
#> SRR1747309 4 0.4808 0.22331 0.000 0.000 0.056 0.536 0.000 0.408
#> SRR1747310 1 0.5176 0.54318 0.652 0.000 0.004 0.236 0.016 0.092
#> SRR1747311 6 0.4637 0.61657 0.000 0.000 0.308 0.064 0.000 0.628
#> SRR1747313 6 0.5125 0.62085 0.000 0.000 0.276 0.108 0.004 0.612
#> SRR1747312 1 0.0146 0.90266 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5503 0.51208 0.000 0.112 0.020 0.000 0.596 0.272
#> SRR1747316 5 0.5948 0.50745 0.000 0.016 0.204 0.000 0.540 0.240
#> SRR1747318 6 0.4563 0.55272 0.000 0.000 0.368 0.044 0.000 0.588
#> SRR1747317 6 0.4600 0.63282 0.000 0.000 0.300 0.040 0.012 0.648
#> SRR1747319 3 0.2594 0.53180 0.000 0.000 0.884 0.028 0.016 0.072
#> SRR1747320 4 0.1204 0.76107 0.004 0.000 0.016 0.960 0.004 0.016
#> SRR1747322 1 0.0146 0.90266 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0951 0.75501 0.020 0.000 0.004 0.968 0.000 0.008
#> SRR1747323 2 0.1615 0.80863 0.000 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR1747324 5 0.4051 0.60450 0.000 0.112 0.032 0.000 0.788 0.068
#> SRR1747326 2 0.3175 0.74300 0.000 0.808 0.000 0.000 0.164 0.028
#> SRR1747325 2 0.1003 0.80598 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1747327 2 0.3278 0.73480 0.000 0.808 0.000 0.000 0.152 0.040
#> SRR1747328 6 0.5671 0.28231 0.000 0.000 0.412 0.032 0.072 0.484
#> SRR1747330 6 0.4687 0.58171 0.000 0.000 0.120 0.168 0.008 0.704
#> SRR1747329 6 0.4823 -0.15861 0.000 0.000 0.060 0.000 0.388 0.552
#> SRR1747332 3 0.6133 -0.10161 0.000 0.000 0.480 0.228 0.012 0.280
#> SRR1747331 5 0.5026 0.49570 0.000 0.000 0.252 0.000 0.624 0.124
#> SRR1747333 5 0.4456 0.38714 0.000 0.000 0.028 0.000 0.524 0.448
#> SRR1747334 2 0.4347 0.65643 0.000 0.668 0.000 0.004 0.288 0.040
#> SRR1747335 3 0.5137 0.16047 0.000 0.000 0.632 0.136 0.004 0.228
#> SRR1747336 1 0.0146 0.90272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747337 2 0.2579 0.80205 0.000 0.876 0.000 0.004 0.088 0.032
#> SRR1747338 2 0.2579 0.80205 0.000 0.876 0.000 0.004 0.088 0.032
#> SRR1747339 6 0.4684 0.63348 0.000 0.000 0.300 0.052 0.008 0.640
#> SRR1747340 6 0.4780 -0.12608 0.000 0.000 0.056 0.000 0.392 0.552
#> SRR1747341 2 0.0363 0.80880 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747342 2 0.0363 0.80880 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747343 2 0.1615 0.80863 0.000 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR1747344 5 0.4051 0.60450 0.000 0.112 0.032 0.000 0.788 0.068
#> SRR1747345 6 0.4573 0.64110 0.000 0.000 0.288 0.048 0.008 0.656
#> SRR1747346 3 0.4482 -0.15916 0.000 0.000 0.552 0.032 0.000 0.416
#> SRR1747347 2 0.1265 0.81039 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1747348 1 0.0146 0.90266 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.2006 0.71155 0.104 0.000 0.004 0.892 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.1074 0.80441 0.000 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1747350 5 0.3890 0.56741 0.000 0.036 0.204 0.000 0.752 0.008
#> SRR1747352 1 0.5175 0.23966 0.540 0.000 0.004 0.384 0.004 0.068
#> SRR1747353 5 0.4837 0.61708 0.000 0.048 0.084 0.000 0.724 0.144
#> SRR1747354 3 0.3655 0.54538 0.000 0.000 0.800 0.004 0.088 0.108
#> SRR1747355 4 0.4873 0.37043 0.000 0.000 0.320 0.600 0.000 0.080
#> SRR1747356 3 0.4364 0.51566 0.000 0.000 0.740 0.008 0.112 0.140
#> SRR1747357 3 0.3579 0.54814 0.000 0.000 0.808 0.008 0.064 0.120
#> SRR1747358 3 0.2695 0.54604 0.000 0.000 0.844 0.004 0.144 0.008
#> SRR1747359 4 0.0837 0.76029 0.004 0.000 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR1747360 5 0.3448 0.61360 0.000 0.016 0.092 0.000 0.828 0.064
#> SRR1747361 3 0.6009 -0.27749 0.000 0.000 0.412 0.244 0.000 0.344
#> SRR1747362 5 0.4107 0.61709 0.000 0.064 0.056 0.000 0.792 0.088
#> SRR1747363 4 0.5112 0.22762 0.000 0.000 0.400 0.516 0.000 0.084
#> SRR1747364 4 0.3465 0.72712 0.000 0.000 0.056 0.828 0.020 0.096
#> SRR1747365 3 0.1820 0.57212 0.000 0.000 0.924 0.012 0.056 0.008
#> SRR1747366 5 0.4139 0.45852 0.000 0.012 0.336 0.000 0.644 0.008
#> SRR1747367 4 0.6078 -0.14818 0.000 0.000 0.320 0.396 0.000 0.284
#> SRR1747369 2 0.2630 0.80091 0.000 0.872 0.000 0.004 0.092 0.032
#> SRR1747368 3 0.3386 0.43576 0.000 0.000 0.788 0.008 0.016 0.188
#> SRR1747370 3 0.5633 -0.15858 0.000 0.000 0.468 0.000 0.152 0.380
#> SRR1747372 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0725 0.76129 0.000 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1747373 2 0.2474 0.80378 0.000 0.884 0.000 0.004 0.080 0.032
#> SRR1747374 2 0.2128 0.80934 0.000 0.908 0.000 0.004 0.056 0.032
#> SRR1747375 6 0.5734 0.49012 0.000 0.000 0.196 0.264 0.004 0.536
#> SRR1747376 2 0.4832 0.38201 0.000 0.492 0.000 0.004 0.460 0.044
#> SRR1747377 2 0.2039 0.80666 0.000 0.908 0.000 0.004 0.072 0.016
#> SRR1747378 5 0.4199 0.53882 0.000 0.008 0.024 0.000 0.676 0.292
#> SRR1747379 5 0.4736 0.43447 0.000 0.000 0.052 0.000 0.552 0.396
#> SRR1747380 3 0.4482 -0.15916 0.000 0.000 0.552 0.032 0.000 0.416
#> SRR1747381 4 0.4632 0.64036 0.108 0.000 0.012 0.756 0.028 0.096
#> SRR1747382 4 0.3579 0.72115 0.012 0.000 0.032 0.832 0.028 0.096
#> SRR1747383 2 0.4156 0.66715 0.000 0.732 0.000 0.000 0.188 0.080
#> SRR1747384 3 0.4045 0.26132 0.000 0.000 0.700 0.028 0.004 0.268
#> SRR1747385 6 0.4530 -0.04265 0.000 0.000 0.044 0.000 0.356 0.600
#> SRR1747386 1 0.0000 0.90338 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1225 0.80267 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1747388 2 0.3987 0.75678 0.000 0.748 0.004 0.004 0.204 0.040
#> SRR1747390 5 0.4093 0.23007 0.000 0.000 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1747389 5 0.4047 0.41006 0.000 0.000 0.384 0.000 0.604 0.012
#> SRR1747391 2 0.5721 0.27430 0.000 0.480 0.000 0.000 0.344 0.176
#> SRR1747392 2 0.5016 0.51218 0.000 0.584 0.000 0.000 0.324 0.092
#> SRR1747393 3 0.5700 0.26012 0.000 0.000 0.516 0.004 0.320 0.160
#> SRR1747394 6 0.5779 0.37799 0.000 0.000 0.368 0.180 0.000 0.452
#> SRR1747395 6 0.4788 0.60943 0.000 0.000 0.224 0.024 0.064 0.688
#> SRR1747396 2 0.4347 0.65643 0.000 0.668 0.000 0.004 0.288 0.040
#> SRR1747398 2 0.3781 0.73492 0.000 0.756 0.000 0.004 0.204 0.036
#> SRR1747397 6 0.5040 0.62219 0.000 0.000 0.284 0.096 0.004 0.616
#> SRR1747399 4 0.5906 -0.00502 0.424 0.000 0.008 0.456 0.020 0.092
#> SRR1747400 4 0.6387 -0.01393 0.420 0.000 0.036 0.432 0.020 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.989 0.4984 0.503 0.503
#> 3 3 0.793 0.855 0.931 0.2147 0.887 0.778
#> 4 4 0.868 0.835 0.930 0.1208 0.903 0.763
#> 5 5 0.724 0.638 0.821 0.0860 0.958 0.873
#> 6 6 0.681 0.531 0.746 0.0447 0.902 0.692
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.4690 0.888 0.900 0.100
#> SRR1747218 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.6438 0.806 0.836 0.164
#> SRR1747225 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.4562 0.890 0.096 0.904
#> SRR1747245 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1747261 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747266 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747267 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.9754 0.317 0.408 0.592
#> SRR1747280 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.5737 0.843 0.864 0.136
#> SRR1747319 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> SRR1747320 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747328 1 0.9000 0.532 0.684 0.316
#> SRR1747330 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747346 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1747357 2 0.4562 0.890 0.096 0.904
#> SRR1747358 2 0.4562 0.890 0.096 0.904
#> SRR1747359 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.2603 0.948 0.956 0.044
#> SRR1747366 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747380 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.9775 0.293 0.412 0.588
#> SRR1747396 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 1 0.5292 0.6367 0.764 0.008 0.228
#> SRR1747218 2 0.1860 0.9040 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747219 3 0.3941 0.7551 0.156 0.000 0.844
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0892 0.9293 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.3752 0.8220 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747224 1 0.7329 0.2708 0.544 0.032 0.424
#> SRR1747225 2 0.0237 0.9348 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.0237 0.9348 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747229 2 0.0237 0.9353 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3816 0.7816 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1753 0.9064 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747237 2 0.0747 0.9294 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747238 2 0.5178 0.6516 0.000 0.744 0.256
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.5678 0.5861 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.3340 0.8451 0.880 0.000 0.120
#> SRR1747244 2 0.6252 0.6889 0.084 0.772 0.144
#> SRR1747245 2 0.0424 0.9324 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.3752 0.7836 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747252 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0237 0.9353 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0237 0.9353 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747258 2 0.6111 0.3375 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747259 2 0.1163 0.9220 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747260 3 0.3752 0.7836 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747261 2 0.0592 0.9302 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747262 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3752 0.7595 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747266 2 0.6308 0.1689 0.000 0.508 0.492
#> SRR1747267 3 0.6079 0.4589 0.388 0.000 0.612
#> SRR1747268 1 0.3816 0.8185 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747269 2 0.2448 0.8839 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747270 2 0.2448 0.8839 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747271 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0237 0.9353 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747278 2 0.8645 0.3151 0.268 0.584 0.148
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.5835 0.5610 0.340 0.000 0.660
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.6026 0.4729 0.000 0.376 0.624
#> SRR1747286 3 0.3816 0.7816 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747287 2 0.0592 0.9316 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747288 1 0.4842 0.6682 0.776 0.000 0.224
#> SRR1747290 2 0.1753 0.9064 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747289 2 0.1753 0.9064 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 2 0.4931 0.7091 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.5138 0.6702 0.000 0.252 0.748
#> SRR1747296 3 0.3941 0.7758 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.1964 0.9003 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747309 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.3941 0.8111 0.844 0.000 0.156
#> SRR1747313 1 0.3619 0.8301 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747318 1 0.5926 0.5118 0.644 0.000 0.356
#> SRR1747317 1 0.8160 0.4391 0.608 0.104 0.288
#> SRR1747319 3 0.6305 0.1714 0.484 0.000 0.516
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 1 0.6062 0.2089 0.616 0.384 0.000
#> SRR1747330 1 0.3816 0.8185 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747329 2 0.3752 0.7965 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.1163 0.9214 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747333 2 0.3752 0.7965 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 1 0.3816 0.8185 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747340 2 0.3816 0.7920 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 1 0.3941 0.8111 0.844 0.000 0.156
#> SRR1747346 3 0.5098 0.5989 0.248 0.000 0.752
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.2537 0.8804 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.2448 0.8803 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747354 3 0.3686 0.7848 0.000 0.140 0.860
#> SRR1747355 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.0892 0.7726 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747357 3 0.0424 0.7631 0.008 0.000 0.992
#> SRR1747358 3 0.4737 0.7992 0.064 0.084 0.852
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0424 0.9336 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747361 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.4002 0.7532 0.160 0.000 0.840
#> SRR1747366 2 0.5138 0.6594 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747367 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.4504 0.7266 0.196 0.000 0.804
#> SRR1747370 3 0.4504 0.6855 0.000 0.196 0.804
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 1 0.3686 0.8261 0.860 0.000 0.140
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 2 0.0237 0.9348 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747380 3 0.5098 0.5989 0.248 0.000 0.752
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.3752 0.7965 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0747 0.9294 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747390 2 0.5706 0.5287 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747389 2 0.5216 0.6458 0.000 0.740 0.260
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 2 0.4504 0.7450 0.000 0.804 0.196
#> SRR1747394 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.9177 -0.0516 0.400 0.452 0.148
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0237 0.9353 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747397 1 0.3816 0.8185 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 1 0.6176 0.2223 0.572 0.000 0.368 0.060
#> SRR1747218 2 0.2742 0.8893 0.000 0.900 0.076 0.024
#> SRR1747219 3 0.0336 0.7736 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.4406 0.5306 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.3569 0.6387 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1747224 4 0.1256 0.7329 0.028 0.000 0.008 0.964
#> SRR1747225 2 0.1867 0.9129 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747226 2 0.0707 0.9407 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.2281 0.8690 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1929 0.9206 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1747237 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747238 2 0.5696 0.1133 0.000 0.496 0.480 0.024
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.2647 0.6806 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4522 0.5031 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1747244 4 0.2281 0.6915 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1747245 2 0.2011 0.8880 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.7743 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747252 1 0.0188 0.9698 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 2 0.5938 0.0935 0.000 0.488 0.476 0.036
#> SRR1747259 2 0.1474 0.9197 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.7743 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747261 2 0.1022 0.9322 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747262 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747263 2 0.0188 0.9445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0188 0.7737 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747266 4 0.7924 -0.0430 0.000 0.328 0.332 0.340
#> SRR1747267 3 0.5163 0.0869 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR1747268 4 0.0817 0.7322 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1747269 2 0.3143 0.8657 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR1747270 2 0.2149 0.8893 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747272 1 0.2345 0.8689 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.1118 0.9353 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0817 0.9374 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747278 4 0.0895 0.7215 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0336 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.4103 0.5378 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.5051 0.5117 0.004 0.244 0.724 0.028
#> SRR1747286 3 0.1042 0.7698 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR1747287 2 0.0188 0.9451 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747288 1 0.2704 0.8366 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1747290 2 0.1929 0.9206 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1747289 2 0.1929 0.9206 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1747291 2 0.0188 0.9445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747293 4 0.6602 0.1791 0.000 0.436 0.080 0.484
#> SRR1747294 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.4983 0.4500 0.000 0.272 0.704 0.024
#> SRR1747296 3 0.0817 0.7680 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747297 2 0.0188 0.9445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747298 2 0.0188 0.9445 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747299 2 0.0188 0.9451 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747300 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0336 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.1637 0.9139 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747309 1 0.0592 0.9596 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.2999 0.6918 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1747313 4 0.4331 0.5397 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0469 0.9420 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747316 2 0.0804 0.9407 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1747318 4 0.2124 0.7280 0.068 0.000 0.008 0.924
#> SRR1747317 4 0.1305 0.7360 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1747319 3 0.4804 0.3707 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747326 2 0.0336 0.9437 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 1 0.6731 0.3115 0.604 0.248 0.000 0.148
#> SRR1747330 4 0.1211 0.7371 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747329 4 0.2345 0.6881 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.1510 0.9317 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1747333 4 0.4855 0.3389 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1747334 2 0.0921 0.9385 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747335 1 0.0707 0.9537 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0188 0.9451 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747339 4 0.1398 0.7366 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR1747340 4 0.1389 0.7113 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 4 0.1807 0.7328 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR1747346 3 0.5288 0.0424 0.008 0.000 0.520 0.472
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.3266 0.8575 0.000 0.868 0.108 0.024
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.1716 0.9081 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747354 3 0.0336 0.7736 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747355 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.2611 0.7314 0.000 0.008 0.896 0.096
#> SRR1747357 3 0.1118 0.7671 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747358 3 0.0000 0.7743 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.1356 0.9344 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1747361 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0707 0.9419 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747363 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.2469 0.7027 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1747366 2 0.5496 0.4240 0.000 0.604 0.372 0.024
#> SRR1747367 1 0.0469 0.9632 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747369 2 0.0469 0.9433 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747368 3 0.1888 0.7476 0.016 0.000 0.940 0.044
#> SRR1747370 4 0.5767 0.3787 0.000 0.060 0.280 0.660
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.4992 0.1849 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1747376 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.1302 0.9330 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747379 2 0.1211 0.9247 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747380 3 0.5288 0.0424 0.008 0.000 0.520 0.472
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747385 4 0.2281 0.6924 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9455 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747390 2 0.5294 0.1254 0.000 0.508 0.484 0.008
#> SRR1747389 2 0.5183 0.3516 0.000 0.584 0.408 0.008
#> SRR1747391 2 0.0469 0.9420 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747392 2 0.0707 0.9419 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747393 2 0.4635 0.7142 0.000 0.756 0.216 0.028
#> SRR1747394 1 0.1305 0.9370 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1747395 4 0.0921 0.7343 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1747396 2 0.1022 0.9371 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747398 2 0.0817 0.9391 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747397 4 0.3052 0.6903 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 1 0.0566 0.95563 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747214 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.1851 0.68944 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747216 2 0.1732 0.70111 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747217 1 0.6403 -0.07156 0.468 0.020 0.436 0.060 0.016
#> SRR1747218 2 0.6439 -0.01802 0.000 0.504 0.236 0.000 0.260
#> SRR1747219 3 0.1970 0.64345 0.012 0.000 0.924 0.004 0.060
#> SRR1747220 1 0.0290 0.95967 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.4562 0.08930 0.492 0.000 0.000 0.500 0.008
#> SRR1747222 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.2563 0.69626 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1747224 4 0.1928 0.72940 0.004 0.000 0.004 0.920 0.072
#> SRR1747225 2 0.4744 0.38308 0.000 0.572 0.000 0.020 0.408
#> SRR1747226 2 0.3274 0.55931 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1747227 2 0.3143 0.61924 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747228 2 0.5470 0.36043 0.000 0.588 0.000 0.080 0.332
#> SRR1747229 2 0.1768 0.70045 0.000 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR1747230 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0404 0.95734 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.1638 0.64009 0.000 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR1747235 1 0.0510 0.95559 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.5289 0.29121 0.000 0.616 0.072 0.000 0.312
#> SRR1747237 2 0.2685 0.68754 0.000 0.880 0.028 0.000 0.092
#> SRR1747238 5 0.6807 0.33368 0.000 0.336 0.300 0.000 0.364
#> SRR1747239 2 0.1197 0.69550 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747240 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.2653 0.53671 0.000 0.096 0.880 0.000 0.024
#> SRR1747242 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4435 0.46721 0.336 0.000 0.000 0.648 0.016
#> SRR1747244 4 0.4959 0.53899 0.000 0.128 0.000 0.712 0.160
#> SRR1747245 2 0.5104 0.42890 0.000 0.632 0.000 0.060 0.308
#> SRR1747246 2 0.1478 0.69073 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747247 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0162 0.96201 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747250 3 0.3534 0.62789 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747252 1 0.0671 0.95255 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1747253 1 0.0290 0.95985 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747254 2 0.1768 0.68988 0.000 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR1747255 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.1952 0.69121 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1747258 5 0.5575 0.26786 0.000 0.168 0.188 0.000 0.644
#> SRR1747259 2 0.3297 0.65646 0.000 0.848 0.084 0.000 0.068
#> SRR1747260 3 0.3274 0.63898 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1747261 2 0.4548 0.61176 0.000 0.748 0.096 0.000 0.156
#> SRR1747262 2 0.3837 0.52338 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1747263 2 0.3774 0.53494 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1747264 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.2561 0.64541 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747266 5 0.6280 0.17048 0.000 0.116 0.180 0.060 0.644
#> SRR1747267 3 0.6810 0.40409 0.268 0.000 0.528 0.028 0.176
#> SRR1747268 4 0.1282 0.73615 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> SRR1747269 2 0.6009 0.11126 0.000 0.544 0.136 0.000 0.320
#> SRR1747270 2 0.3176 0.65238 0.000 0.856 0.064 0.000 0.080
#> SRR1747271 2 0.1557 0.69721 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052
#> SRR1747272 1 0.3812 0.69258 0.772 0.000 0.000 0.204 0.024
#> SRR1747273 1 0.1671 0.90495 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.4893 0.25241 0.000 0.568 0.028 0.000 0.404
#> SRR1747275 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.3835 0.58501 0.000 0.796 0.156 0.000 0.048
#> SRR1747278 4 0.0963 0.73646 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747280 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.3884 0.54739 0.000 0.708 0.000 0.004 0.288
#> SRR1747282 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.3160 0.51274 0.188 0.000 0.808 0.000 0.004
#> SRR1747284 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.6680 -0.24937 0.000 0.252 0.428 0.000 0.320
#> SRR1747286 3 0.3579 0.55058 0.000 0.004 0.756 0.000 0.240
#> SRR1747287 2 0.2136 0.70241 0.000 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR1747288 1 0.5694 0.43415 0.636 0.000 0.136 0.004 0.224
#> SRR1747290 2 0.5200 0.31517 0.000 0.628 0.068 0.000 0.304
#> SRR1747289 2 0.5027 0.33929 0.000 0.640 0.056 0.000 0.304
#> SRR1747291 2 0.3300 0.61066 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1747293 5 0.6885 -0.01755 0.000 0.376 0.012 0.200 0.412
#> SRR1747294 2 0.3180 0.67398 0.000 0.856 0.068 0.000 0.076
#> SRR1747292 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.6518 -0.24161 0.000 0.192 0.412 0.000 0.396
#> SRR1747296 3 0.3409 0.62113 0.000 0.032 0.824 0.000 0.144
#> SRR1747297 2 0.3636 0.56048 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1747298 2 0.3684 0.55237 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1747299 2 0.2377 0.68873 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747300 2 0.3480 0.52466 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1747301 2 0.1197 0.69781 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747302 2 0.1732 0.68391 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747303 2 0.3684 0.55237 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1747304 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1908 0.68858 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1747306 2 0.1851 0.70011 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747307 1 0.1461 0.93301 0.952 0.000 0.028 0.004 0.016
#> SRR1747308 2 0.3862 0.62530 0.000 0.808 0.104 0.000 0.088
#> SRR1747309 1 0.2806 0.79577 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> SRR1747310 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.3165 0.70578 0.036 0.000 0.000 0.848 0.116
#> SRR1747313 4 0.3783 0.60348 0.216 0.000 0.004 0.768 0.012
#> SRR1747312 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4288 0.48687 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1747316 2 0.4775 0.45786 0.000 0.640 0.020 0.008 0.332
#> SRR1747318 4 0.1914 0.72683 0.008 0.000 0.008 0.928 0.056
#> SRR1747317 4 0.0609 0.73711 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747319 3 0.5799 0.36858 0.324 0.000 0.564 0.000 0.112
#> SRR1747320 1 0.0162 0.96201 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747322 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0794 0.70091 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747324 2 0.3534 0.51316 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1747326 2 0.1671 0.69668 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747325 2 0.1732 0.69172 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747327 2 0.3661 0.55779 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1747328 5 0.8937 0.00977 0.272 0.244 0.052 0.092 0.340
#> SRR1747330 4 0.0771 0.74007 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1747329 4 0.5876 0.37966 0.000 0.204 0.000 0.604 0.192
#> SRR1747332 1 0.0960 0.94801 0.972 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR1747331 5 0.4559 -0.16948 0.000 0.480 0.008 0.000 0.512
#> SRR1747333 2 0.6588 -0.10698 0.000 0.396 0.000 0.396 0.208
#> SRR1747334 2 0.3480 0.52466 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1747335 1 0.2940 0.85636 0.876 0.000 0.072 0.004 0.048
#> SRR1747336 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.1608 0.68724 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747338 2 0.1908 0.67735 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1747339 4 0.0771 0.74077 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1747340 4 0.3906 0.63276 0.000 0.068 0.000 0.800 0.132
#> SRR1747341 2 0.1341 0.69652 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747342 2 0.0510 0.70385 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747343 2 0.1270 0.70071 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747344 2 0.1792 0.68463 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1747345 4 0.2408 0.72071 0.016 0.000 0.000 0.892 0.092
#> SRR1747346 3 0.5989 0.13285 0.000 0.000 0.476 0.412 0.112
#> SRR1747347 2 0.1270 0.69792 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747348 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.1544 0.69709 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1747350 2 0.5171 0.46417 0.000 0.648 0.076 0.000 0.276
#> SRR1747352 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.4769 0.49207 0.000 0.688 0.056 0.000 0.256
#> SRR1747354 3 0.4196 0.58245 0.000 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR1747355 1 0.0404 0.95734 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747356 5 0.5218 -0.23547 0.000 0.024 0.352 0.020 0.604
#> SRR1747357 3 0.4182 0.45164 0.000 0.000 0.644 0.004 0.352
#> SRR1747358 3 0.1544 0.64443 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1747359 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4151 0.35126 0.000 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1747361 1 0.0290 0.96014 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747362 2 0.2773 0.67646 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747363 1 0.1043 0.93830 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.3309 0.64499 0.036 0.000 0.836 0.000 0.128
#> SRR1747366 5 0.6425 0.36325 0.000 0.336 0.188 0.000 0.476
#> SRR1747367 1 0.1948 0.91178 0.932 0.000 0.024 0.036 0.008
#> SRR1747369 2 0.2561 0.64233 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747368 3 0.3999 0.62714 0.000 0.000 0.740 0.020 0.240
#> SRR1747370 5 0.6101 -0.03097 0.000 0.028 0.068 0.360 0.544
#> SRR1747372 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1270 0.69518 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747374 2 0.0794 0.70149 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747375 4 0.4135 0.47024 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR1747376 2 0.3452 0.53029 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1747377 2 0.1121 0.69656 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747378 2 0.3838 0.52129 0.000 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR1747379 2 0.4714 0.46095 0.000 0.644 0.000 0.032 0.324
#> SRR1747380 3 0.5989 0.13285 0.000 0.000 0.476 0.412 0.112
#> SRR1747381 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.1478 0.69520 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747384 1 0.0932 0.94759 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR1747385 4 0.5692 0.43046 0.000 0.168 0.000 0.628 0.204
#> SRR1747386 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1908 0.68811 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1747388 2 0.3720 0.58448 0.000 0.760 0.012 0.000 0.228
#> SRR1747390 2 0.6812 -0.40284 0.000 0.364 0.312 0.000 0.324
#> SRR1747389 2 0.6626 -0.29429 0.000 0.432 0.228 0.000 0.340
#> SRR1747391 2 0.4088 0.52372 0.000 0.688 0.000 0.008 0.304
#> SRR1747392 2 0.3816 0.57177 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1747393 5 0.5812 0.23291 0.000 0.432 0.092 0.000 0.476
#> SRR1747394 1 0.3772 0.73180 0.792 0.000 0.000 0.172 0.036
#> SRR1747395 4 0.0771 0.74149 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1747396 2 0.3480 0.52466 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1747398 2 0.3990 0.42462 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> SRR1747397 4 0.2597 0.71315 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> SRR1747399 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.96391 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2432 0.87133 0.072 0.000 0.020 0.892 0.016 0.000
#> SRR1747214 4 0.0790 0.92161 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.3927 0.34983 0.012 0.644 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1747216 2 0.3690 0.40931 0.008 0.684 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1747217 1 0.7721 0.17653 0.396 0.024 0.200 0.304 0.024 0.052
#> SRR1747218 2 0.5439 0.36997 0.288 0.604 0.068 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747219 1 0.4423 0.15421 0.544 0.000 0.436 0.008 0.008 0.004
#> SRR1747220 4 0.1643 0.89681 0.068 0.000 0.000 0.924 0.008 0.000
#> SRR1747221 6 0.4335 0.15479 0.020 0.000 0.000 0.472 0.000 0.508
#> SRR1747222 4 0.0405 0.92807 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747223 6 0.3377 0.61762 0.028 0.000 0.000 0.148 0.012 0.812
#> SRR1747224 6 0.3141 0.64308 0.064 0.000 0.028 0.000 0.052 0.856
#> SRR1747225 2 0.5304 0.34703 0.096 0.632 0.000 0.000 0.248 0.024
#> SRR1747226 2 0.1930 0.62275 0.048 0.916 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747227 5 0.4226 0.43508 0.012 0.404 0.004 0.000 0.580 0.000
#> SRR1747228 5 0.3118 0.54620 0.012 0.156 0.000 0.000 0.820 0.012
#> SRR1747229 2 0.2737 0.58892 0.004 0.832 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1747230 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.1462 0.90039 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008 0.000
#> SRR1747232 4 0.0146 0.93019 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747233 4 0.0363 0.92756 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3534 0.03164 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747235 4 0.1701 0.89405 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1747236 2 0.3803 0.56011 0.100 0.808 0.032 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747237 2 0.4711 0.23579 0.016 0.568 0.024 0.000 0.392 0.000
#> SRR1747238 2 0.6486 -0.01478 0.192 0.468 0.300 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747239 2 0.1970 0.62315 0.008 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1747240 4 0.0146 0.93019 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747241 1 0.5714 0.14915 0.484 0.048 0.412 0.000 0.056 0.000
#> SRR1747242 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 6 0.5973 0.39442 0.032 0.000 0.000 0.328 0.120 0.520
#> SRR1747244 6 0.5270 0.42109 0.044 0.028 0.000 0.000 0.412 0.516
#> SRR1747245 5 0.4260 0.57009 0.016 0.268 0.000 0.000 0.692 0.024
#> SRR1747246 2 0.1075 0.63962 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747247 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.1914 0.23674 0.056 0.000 0.920 0.000 0.016 0.008
#> SRR1747252 4 0.1124 0.91699 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008 0.000
#> SRR1747253 4 0.0717 0.92339 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1747254 2 0.1843 0.63648 0.004 0.912 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.4558 0.31242 0.016 0.604 0.020 0.000 0.360 0.000
#> SRR1747258 3 0.7570 0.15482 0.276 0.148 0.408 0.000 0.152 0.016
#> SRR1747259 2 0.5143 0.48408 0.056 0.680 0.064 0.000 0.200 0.000
#> SRR1747260 3 0.1410 0.22720 0.044 0.000 0.944 0.000 0.008 0.004
#> SRR1747261 5 0.5873 0.13922 0.092 0.424 0.032 0.000 0.452 0.000
#> SRR1747262 2 0.4654 0.47401 0.080 0.652 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1747263 5 0.3847 0.53292 0.008 0.348 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1747264 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3971 -0.12810 0.448 0.000 0.548 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747266 3 0.7564 0.15949 0.288 0.140 0.436 0.000 0.088 0.048
#> SRR1747267 1 0.7159 0.12949 0.400 0.000 0.384 0.116 0.044 0.056
#> SRR1747268 6 0.3487 0.64474 0.044 0.000 0.000 0.000 0.168 0.788
#> SRR1747269 2 0.4766 0.50429 0.152 0.728 0.068 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747270 2 0.3593 0.61509 0.028 0.808 0.028 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747271 2 0.1779 0.64281 0.016 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747272 4 0.5818 0.40061 0.096 0.000 0.012 0.612 0.036 0.244
#> SRR1747273 4 0.3791 0.58088 0.300 0.000 0.008 0.688 0.004 0.000
#> SRR1747274 2 0.5812 0.34480 0.212 0.556 0.012 0.000 0.220 0.000
#> SRR1747275 4 0.0260 0.92883 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0260 0.92883 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.6365 0.31616 0.172 0.556 0.072 0.000 0.200 0.000
#> SRR1747278 6 0.4278 0.61665 0.076 0.000 0.000 0.000 0.212 0.712
#> SRR1747280 4 0.0405 0.92858 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 5 0.3797 0.43436 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.5751 0.24368 0.500 0.000 0.368 0.116 0.016 0.000
#> SRR1747284 4 0.1049 0.91748 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR1747285 1 0.6908 0.00813 0.420 0.264 0.272 0.000 0.020 0.024
#> SRR1747286 3 0.4158 0.12045 0.252 0.028 0.708 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747287 2 0.3915 0.46238 0.008 0.696 0.012 0.000 0.284 0.000
#> SRR1747288 4 0.5575 0.12873 0.080 0.000 0.372 0.528 0.012 0.008
#> SRR1747290 2 0.3350 0.58873 0.100 0.836 0.032 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747289 2 0.2911 0.60052 0.072 0.868 0.024 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747291 5 0.3998 0.26143 0.004 0.492 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1747293 5 0.4798 0.43813 0.036 0.092 0.024 0.000 0.756 0.092
#> SRR1747294 2 0.5283 0.21229 0.064 0.560 0.020 0.000 0.356 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.6031 0.13880 0.136 0.304 0.528 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747296 3 0.3814 0.20396 0.096 0.032 0.808 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747297 5 0.3833 0.38684 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1747298 5 0.3810 0.42476 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR1747299 2 0.3003 0.56762 0.016 0.812 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1747300 2 0.2265 0.61791 0.052 0.896 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747301 2 0.3043 0.53340 0.008 0.792 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1747302 2 0.0632 0.64176 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747303 5 0.3823 0.40839 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1747304 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3979 0.30937 0.012 0.628 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1747306 2 0.3349 0.49509 0.008 0.748 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1747307 4 0.3317 0.78904 0.168 0.000 0.000 0.804 0.016 0.012
#> SRR1747308 2 0.5243 0.49350 0.056 0.692 0.064 0.000 0.180 0.008
#> SRR1747309 4 0.4572 0.41020 0.040 0.000 0.000 0.636 0.008 0.316
#> SRR1747310 4 0.0405 0.92858 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747311 6 0.4250 0.57892 0.160 0.000 0.008 0.048 0.020 0.764
#> SRR1747313 6 0.3802 0.54981 0.044 0.000 0.000 0.208 0.000 0.748
#> SRR1747312 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.3371 0.57117 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1747316 5 0.3950 0.57267 0.000 0.276 0.028 0.000 0.696 0.000
#> SRR1747318 6 0.5088 0.55825 0.096 0.000 0.112 0.004 0.068 0.720
#> SRR1747317 6 0.3777 0.63223 0.068 0.000 0.036 0.004 0.072 0.820
#> SRR1747319 3 0.5964 -0.17859 0.200 0.000 0.496 0.296 0.008 0.000
#> SRR1747320 4 0.0405 0.92785 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747322 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.2191 0.61181 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1747324 2 0.2856 0.60409 0.068 0.856 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747326 2 0.3290 0.49385 0.004 0.744 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1747325 2 0.3912 0.35296 0.012 0.648 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1747327 5 0.3862 0.47879 0.004 0.388 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1747328 5 0.6322 -0.02913 0.112 0.024 0.024 0.188 0.624 0.028
#> SRR1747330 6 0.4024 0.63352 0.064 0.000 0.000 0.004 0.180 0.752
#> SRR1747329 5 0.5536 -0.35831 0.064 0.028 0.000 0.000 0.476 0.432
#> SRR1747332 4 0.2505 0.86177 0.092 0.000 0.008 0.880 0.020 0.000
#> SRR1747331 2 0.6559 0.18886 0.196 0.460 0.044 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747333 5 0.6013 -0.03295 0.044 0.112 0.000 0.000 0.540 0.304
#> SRR1747334 2 0.2448 0.60517 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747335 4 0.4922 0.64850 0.168 0.000 0.084 0.712 0.032 0.004
#> SRR1747336 4 0.0146 0.93019 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747337 2 0.1007 0.64145 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747338 2 0.0547 0.64234 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747339 6 0.3099 0.66207 0.044 0.000 0.000 0.012 0.096 0.848
#> SRR1747340 6 0.6001 0.49556 0.104 0.060 0.000 0.000 0.264 0.572
#> SRR1747341 2 0.3421 0.48604 0.008 0.736 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1747342 2 0.2778 0.58332 0.008 0.824 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1747343 2 0.2320 0.60545 0.004 0.864 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1747344 2 0.2784 0.63362 0.028 0.848 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1747345 6 0.3735 0.59461 0.120 0.000 0.008 0.020 0.040 0.812
#> SRR1747346 3 0.7000 -0.08139 0.268 0.000 0.344 0.008 0.040 0.340
#> SRR1747347 2 0.3183 0.53608 0.008 0.788 0.004 0.000 0.200 0.000
#> SRR1747348 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0146 0.93019 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747351 2 0.3784 0.41290 0.012 0.680 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1747350 2 0.5273 0.48722 0.080 0.660 0.044 0.000 0.216 0.000
#> SRR1747352 4 0.0146 0.93019 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747353 2 0.6379 -0.02918 0.048 0.456 0.136 0.000 0.360 0.000
#> SRR1747354 3 0.3739 0.22879 0.192 0.004 0.772 0.000 0.020 0.012
#> SRR1747355 4 0.1719 0.89318 0.060 0.000 0.000 0.924 0.016 0.000
#> SRR1747356 3 0.6307 0.19666 0.292 0.068 0.556 0.000 0.056 0.028
#> SRR1747357 1 0.5092 -0.04918 0.560 0.000 0.376 0.000 0.028 0.036
#> SRR1747358 3 0.3998 -0.16872 0.492 0.000 0.504 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747359 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4074 0.54375 0.116 0.780 0.020 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747361 4 0.1148 0.91578 0.016 0.000 0.000 0.960 0.020 0.004
#> SRR1747362 2 0.4026 0.46570 0.032 0.712 0.004 0.000 0.252 0.000
#> SRR1747363 4 0.3066 0.80757 0.148 0.000 0.004 0.828 0.016 0.004
#> SRR1747364 4 0.0777 0.92357 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1747365 3 0.4375 0.00920 0.276 0.000 0.680 0.028 0.016 0.000
#> SRR1747366 2 0.6988 -0.05108 0.116 0.392 0.360 0.000 0.132 0.000
#> SRR1747367 4 0.3589 0.77681 0.072 0.000 0.004 0.812 0.004 0.108
#> SRR1747369 2 0.0964 0.63877 0.016 0.968 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747368 3 0.4166 0.10902 0.216 0.000 0.736 0.004 0.020 0.024
#> SRR1747370 1 0.8555 -0.06777 0.308 0.132 0.164 0.000 0.116 0.280
#> SRR1747372 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1285 0.63975 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747374 2 0.1610 0.63376 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747375 6 0.4170 0.42453 0.020 0.000 0.000 0.328 0.004 0.648
#> SRR1747376 2 0.2685 0.61297 0.060 0.868 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747377 2 0.1908 0.61984 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1747378 2 0.3680 0.56815 0.072 0.784 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1747379 5 0.3468 0.57596 0.000 0.264 0.000 0.000 0.728 0.008
#> SRR1747380 3 0.7000 -0.08139 0.268 0.000 0.344 0.008 0.040 0.340
#> SRR1747381 4 0.0713 0.92205 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0713 0.92321 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.3741 0.38865 0.008 0.672 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1747384 4 0.2848 0.83378 0.124 0.000 0.004 0.848 0.024 0.000
#> SRR1747385 5 0.5596 -0.35153 0.064 0.032 0.000 0.000 0.476 0.428
#> SRR1747386 4 0.0000 0.93083 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.4115 0.31048 0.012 0.624 0.004 0.000 0.360 0.000
#> SRR1747388 2 0.3886 0.60204 0.048 0.796 0.032 0.000 0.124 0.000
#> SRR1747390 3 0.6729 0.14558 0.096 0.276 0.488 0.000 0.140 0.000
#> SRR1747389 3 0.6876 0.10460 0.084 0.336 0.420 0.000 0.160 0.000
#> SRR1747391 5 0.3684 0.50939 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747392 2 0.4234 -0.07231 0.016 0.544 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1747393 2 0.6333 0.26762 0.176 0.572 0.184 0.000 0.064 0.004
#> SRR1747394 4 0.5575 0.23708 0.092 0.000 0.000 0.560 0.024 0.324
#> SRR1747395 6 0.2893 0.65881 0.048 0.004 0.000 0.004 0.080 0.864
#> SRR1747396 2 0.2512 0.60823 0.060 0.880 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747398 2 0.2771 0.59719 0.068 0.868 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747397 6 0.2979 0.63383 0.044 0.000 0.000 0.116 0.000 0.840
#> SRR1747399 4 0.0291 0.92968 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1747400 4 0.0405 0.92858 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.862 0.927 0.967 0.4998 0.498 0.498
#> 3 3 0.559 0.662 0.848 0.2602 0.760 0.561
#> 4 4 0.572 0.702 0.839 0.1493 0.772 0.467
#> 5 5 0.641 0.587 0.762 0.0880 0.875 0.585
#> 6 6 0.696 0.554 0.766 0.0479 0.868 0.483
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.5294 0.857 0.880 0.120
#> SRR1747218 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.2236 0.923 0.964 0.036
#> SRR1747220 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.7674 0.748 0.776 0.224
#> SRR1747225 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.7815 0.664 0.232 0.768
#> SRR1747229 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747234 1 0.9580 0.468 0.620 0.380
#> SRR1747235 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747244 1 0.9170 0.572 0.668 0.332
#> SRR1747245 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747250 1 0.7815 0.737 0.768 0.232
#> SRR1747252 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.9732 0.238 0.404 0.596
#> SRR1747259 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747260 1 0.8081 0.717 0.752 0.248
#> SRR1747261 2 0.9866 0.140 0.432 0.568
#> SRR1747262 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.7376 0.766 0.792 0.208
#> SRR1747266 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR1747267 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1747275 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747278 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.4022 0.892 0.920 0.080
#> SRR1747284 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747285 1 0.8499 0.674 0.724 0.276
#> SRR1747286 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR1747287 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1747309 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.6438 0.815 0.836 0.164
#> SRR1747320 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747328 1 0.0376 0.944 0.996 0.004
#> SRR1747330 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1747332 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.0938 0.974 0.012 0.988
#> SRR1747341 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747346 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747354 1 0.8016 0.722 0.756 0.244
#> SRR1747355 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747356 1 0.1843 0.929 0.972 0.028
#> SRR1747357 1 0.7376 0.766 0.792 0.208
#> SRR1747358 1 0.8443 0.679 0.728 0.272
#> SRR1747359 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.7376 0.766 0.792 0.208
#> SRR1747362 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.6531 0.811 0.832 0.168
#> SRR1747366 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.5059 0.865 0.888 0.112
#> SRR1747370 1 0.7815 0.738 0.768 0.232
#> SRR1747372 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747380 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1747385 1 0.9988 0.160 0.520 0.480
#> SRR1747386 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747393 1 0.9248 0.556 0.660 0.340
#> SRR1747394 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.9044 0.584 0.680 0.320
#> SRR1747396 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.4796 0.5277 0.220 0.000 0.780
#> SRR1747214 1 0.5591 0.6822 0.696 0.000 0.304
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.1163 0.8965 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747217 3 0.2564 0.7195 0.036 0.028 0.936
#> SRR1747218 3 0.6244 0.0814 0.000 0.440 0.560
#> SRR1747219 3 0.2446 0.7170 0.052 0.012 0.936
#> SRR1747220 3 0.6252 -0.1357 0.444 0.000 0.556
#> SRR1747221 3 0.6307 -0.2987 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747222 3 0.6307 -0.3029 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747223 3 0.3267 0.6754 0.116 0.000 0.884
#> SRR1747224 3 0.1753 0.7127 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747225 2 0.6225 0.2301 0.000 0.568 0.432
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.1860 0.8938 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747228 3 0.6062 0.2917 0.000 0.384 0.616
#> SRR1747229 2 0.1411 0.8907 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747230 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.6244 0.4653 0.560 0.000 0.440
#> SRR1747232 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.6308 0.3440 0.508 0.000 0.492
#> SRR1747234 3 0.3349 0.6841 0.004 0.108 0.888
#> SRR1747235 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747237 2 0.2165 0.8916 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747238 3 0.6309 -0.1703 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747239 2 0.0424 0.8954 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747240 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6280 0.0043 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747242 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747244 3 0.3886 0.6972 0.024 0.096 0.880
#> SRR1747245 2 0.5621 0.5894 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747246 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.1031 0.7773 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747248 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.5968 0.1670 0.364 0.000 0.636
#> SRR1747250 3 0.1964 0.7110 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747252 3 0.5560 0.3650 0.300 0.000 0.700
#> SRR1747253 3 0.6308 -0.3148 0.492 0.000 0.508
#> SRR1747254 2 0.0424 0.8948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747255 3 0.5835 0.2363 0.340 0.000 0.660
#> SRR1747256 3 0.6291 -0.2405 0.468 0.000 0.532
#> SRR1747257 2 0.2261 0.8902 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747258 3 0.5497 0.5033 0.000 0.292 0.708
#> SRR1747259 2 0.1289 0.8940 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747260 3 0.2066 0.7097 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747261 3 0.5678 0.4771 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747262 2 0.2625 0.8832 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747263 2 0.1964 0.8924 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747264 1 0.1529 0.7752 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747265 3 0.2280 0.7133 0.008 0.052 0.940
#> SRR1747266 3 0.5760 0.3751 0.000 0.328 0.672
#> SRR1747267 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747268 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747269 2 0.3879 0.8418 0.000 0.848 0.152
#> SRR1747270 2 0.3038 0.8527 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747271 2 0.6079 0.4660 0.000 0.612 0.388
#> SRR1747272 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747273 1 0.6305 0.3765 0.516 0.000 0.484
#> SRR1747274 3 0.6305 -0.0844 0.000 0.484 0.516
#> SRR1747275 1 0.5926 0.6267 0.644 0.000 0.356
#> SRR1747276 3 0.6307 -0.3088 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747277 2 0.2165 0.8903 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747278 3 0.2537 0.7066 0.080 0.000 0.920
#> SRR1747280 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.6008 0.6001 0.628 0.000 0.372
#> SRR1747281 2 0.2165 0.8914 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747282 1 0.4002 0.7454 0.840 0.000 0.160
#> SRR1747283 3 0.3678 0.6979 0.028 0.080 0.892
#> SRR1747284 1 0.4796 0.7221 0.780 0.000 0.220
#> SRR1747285 3 0.4062 0.6542 0.000 0.164 0.836
#> SRR1747286 2 0.6252 0.2993 0.000 0.556 0.444
#> SRR1747287 2 0.1753 0.8945 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747288 3 0.2959 0.6913 0.100 0.000 0.900
#> SRR1747290 2 0.2066 0.8912 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747289 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.4796 0.7726 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747293 3 0.6244 0.0205 0.000 0.440 0.560
#> SRR1747294 2 0.2165 0.8903 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747292 1 0.5785 0.6548 0.668 0.000 0.332
#> SRR1747295 2 0.4974 0.7083 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747296 3 0.6126 0.1857 0.000 0.400 0.600
#> SRR1747297 2 0.1031 0.8973 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747298 2 0.1643 0.8944 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747299 2 0.2066 0.8912 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747300 2 0.1753 0.8951 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747301 2 0.3340 0.8213 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.5016 0.7467 0.000 0.760 0.240
#> SRR1747304 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0892 0.8974 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747306 2 0.0237 0.8961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747307 3 0.2537 0.7063 0.080 0.000 0.920
#> SRR1747308 2 0.6308 0.0624 0.000 0.508 0.492
#> SRR1747309 3 0.2711 0.7012 0.088 0.000 0.912
#> SRR1747310 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 3 0.2261 0.7109 0.068 0.000 0.932
#> SRR1747313 3 0.2165 0.7117 0.064 0.000 0.936
#> SRR1747312 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4750 0.7803 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747316 3 0.5706 0.3773 0.000 0.320 0.680
#> SRR1747318 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747317 3 0.1964 0.7132 0.056 0.000 0.944
#> SRR1747319 3 0.1878 0.7151 0.004 0.044 0.952
#> SRR1747320 1 0.6260 0.4600 0.552 0.000 0.448
#> SRR1747322 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.5650 0.6765 0.688 0.000 0.312
#> SRR1747323 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747324 2 0.2878 0.8576 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747326 2 0.1643 0.8944 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0424 0.8954 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747328 3 0.2772 0.7087 0.080 0.004 0.916
#> SRR1747330 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747329 3 0.6305 -0.1447 0.000 0.484 0.516
#> SRR1747332 3 0.5650 0.3337 0.312 0.000 0.688
#> SRR1747331 2 0.6008 0.5117 0.000 0.628 0.372
#> SRR1747333 2 0.5835 0.5693 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747334 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747335 3 0.2711 0.7022 0.088 0.000 0.912
#> SRR1747336 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.1964 0.7133 0.056 0.000 0.944
#> SRR1747340 3 0.6026 0.2645 0.000 0.376 0.624
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747344 2 0.2796 0.8580 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747345 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747346 3 0.2165 0.7117 0.064 0.000 0.936
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.5591 0.6822 0.696 0.000 0.304
#> SRR1747351 2 0.1643 0.8944 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747350 2 0.3412 0.8560 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747352 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.4291 0.8214 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747354 3 0.1753 0.7127 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747355 3 0.5529 0.3759 0.296 0.000 0.704
#> SRR1747356 3 0.2384 0.7157 0.056 0.008 0.936
#> SRR1747357 3 0.2200 0.7124 0.004 0.056 0.940
#> SRR1747358 3 0.2682 0.7035 0.004 0.076 0.920
#> SRR1747359 1 0.5835 0.6451 0.660 0.000 0.340
#> SRR1747360 2 0.2537 0.8724 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747361 3 0.3472 0.7169 0.040 0.056 0.904
#> SRR1747362 2 0.4346 0.8108 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747363 3 0.2448 0.7080 0.076 0.000 0.924
#> SRR1747364 1 0.6235 0.4738 0.564 0.000 0.436
#> SRR1747365 3 0.2096 0.7143 0.004 0.052 0.944
#> SRR1747366 2 0.2878 0.8814 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747367 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.1482 0.7175 0.012 0.020 0.968
#> SRR1747370 3 0.2066 0.7137 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747372 1 0.1411 0.7758 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747371 1 0.6291 0.3974 0.532 0.000 0.468
#> SRR1747373 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.8953 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747376 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747377 2 0.0424 0.8954 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747378 2 0.3941 0.8258 0.000 0.844 0.156
#> SRR1747379 2 0.6225 0.3889 0.000 0.568 0.432
#> SRR1747380 3 0.2165 0.7117 0.064 0.000 0.936
#> SRR1747381 1 0.4291 0.7389 0.820 0.000 0.180
#> SRR1747382 1 0.5650 0.6754 0.688 0.000 0.312
#> SRR1747383 2 0.1753 0.8940 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747384 3 0.4095 0.7130 0.064 0.056 0.880
#> SRR1747385 3 0.5660 0.6253 0.028 0.200 0.772
#> SRR1747386 1 0.0000 0.7788 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0424 0.8954 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747388 2 0.1860 0.8940 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747390 3 0.5905 0.2938 0.000 0.352 0.648
#> SRR1747389 2 0.6299 0.2220 0.000 0.524 0.476
#> SRR1747391 2 0.4121 0.8212 0.000 0.832 0.168
#> SRR1747392 2 0.1753 0.8945 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747393 3 0.3805 0.7017 0.024 0.092 0.884
#> SRR1747394 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747395 3 0.4015 0.7058 0.028 0.096 0.876
#> SRR1747396 2 0.0237 0.8959 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747398 2 0.0592 0.8946 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747397 3 0.2625 0.7046 0.084 0.000 0.916
#> SRR1747399 1 0.5591 0.6822 0.696 0.000 0.304
#> SRR1747400 1 0.6154 0.5296 0.592 0.000 0.408
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.2859 0.79503 0.008 0.000 0.112 0.880
#> SRR1747214 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747215 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.1867 0.82992 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1747217 3 0.4941 0.38879 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1747218 3 0.4513 0.71769 0.000 0.120 0.804 0.076
#> SRR1747219 3 0.4331 0.51060 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747220 4 0.2999 0.81762 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1747221 4 0.2345 0.83104 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747222 4 0.2345 0.83038 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747223 4 0.0469 0.82117 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747224 3 0.3172 0.74275 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747225 3 0.5767 0.61296 0.000 0.280 0.660 0.060
#> SRR1747226 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.2921 0.80680 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1747228 3 0.4856 0.70273 0.000 0.136 0.780 0.084
#> SRR1747229 2 0.4776 0.40734 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.2868 0.81583 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1747232 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.1557 0.83167 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1747234 3 0.1716 0.74693 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747235 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1716 0.82622 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747237 2 0.4103 0.74194 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1747238 3 0.1174 0.73328 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1747239 2 0.0707 0.82945 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.2699 0.73390 0.000 0.068 0.904 0.028
#> SRR1747242 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0469 0.82117 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747244 3 0.3400 0.73725 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747245 3 0.6773 0.56315 0.000 0.284 0.584 0.132
#> SRR1747246 2 0.0592 0.83319 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747247 1 0.2216 0.84696 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1747248 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1174 0.82768 0.012 0.000 0.020 0.968
#> SRR1747250 3 0.0336 0.73371 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747252 4 0.2530 0.82777 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1747253 4 0.2281 0.83161 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1747254 2 0.1637 0.81237 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747255 4 0.0469 0.82617 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1747256 4 0.2216 0.83122 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1747257 2 0.3266 0.79417 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1747258 3 0.1256 0.73711 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1747259 2 0.4941 0.30456 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1747260 3 0.0469 0.73507 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747261 3 0.2867 0.72325 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR1747262 3 0.4250 0.53656 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1747263 2 0.2973 0.80198 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747264 1 0.3024 0.78149 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747265 3 0.2466 0.73114 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR1747266 3 0.4599 0.53588 0.000 0.212 0.760 0.028
#> SRR1747267 4 0.4948 0.01596 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1747268 4 0.0921 0.81606 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747269 3 0.4406 0.35318 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1747270 2 0.4431 0.65050 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1747271 3 0.5599 0.60307 0.000 0.228 0.700 0.072
#> SRR1747272 4 0.0592 0.82018 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747273 4 0.3390 0.81757 0.132 0.000 0.016 0.852
#> SRR1747274 3 0.4389 0.71401 0.000 0.116 0.812 0.072
#> SRR1747275 4 0.2760 0.82056 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1747276 4 0.2216 0.83141 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1747277 2 0.4193 0.72097 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1747278 4 0.4955 -0.03904 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1747280 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.2814 0.81848 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747281 2 0.4382 0.68945 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1747282 1 0.4866 0.26783 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1747283 3 0.4944 0.60455 0.004 0.032 0.744 0.220
#> SRR1747284 4 0.4985 0.16827 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1747285 3 0.6027 0.66332 0.000 0.088 0.660 0.252
#> SRR1747286 3 0.0657 0.73148 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1747287 2 0.4500 0.67623 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1747288 4 0.3539 0.74042 0.004 0.000 0.176 0.820
#> SRR1747290 2 0.4624 0.52918 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1747289 2 0.0592 0.83252 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747291 3 0.5723 0.60516 0.000 0.220 0.696 0.084
#> SRR1747293 3 0.2831 0.74272 0.000 0.004 0.876 0.120
#> SRR1747294 2 0.4008 0.74246 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1747292 4 0.2814 0.81848 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747295 3 0.5112 -0.01248 0.000 0.436 0.560 0.004
#> SRR1747296 3 0.3751 0.58868 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR1747297 2 0.1716 0.83371 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747298 2 0.3610 0.77836 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1747299 2 0.3172 0.79769 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747300 2 0.3486 0.79041 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1747301 2 0.1975 0.80836 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1747302 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.6620 0.51927 0.000 0.576 0.320 0.104
#> SRR1747304 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1716 0.83335 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747306 2 0.1211 0.83433 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1747307 4 0.5080 0.30430 0.004 0.000 0.420 0.576
#> SRR1747308 3 0.4574 0.62937 0.000 0.220 0.756 0.024
#> SRR1747309 4 0.0000 0.82346 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.1940 0.78511 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1747313 4 0.3356 0.65545 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1747312 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.6100 0.51977 0.000 0.272 0.644 0.084
#> SRR1747316 3 0.3080 0.74461 0.000 0.024 0.880 0.096
#> SRR1747318 4 0.1211 0.81030 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747317 4 0.4916 0.03698 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747319 3 0.3764 0.61534 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747320 4 0.2345 0.83036 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747322 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.2921 0.81392 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747323 2 0.1211 0.82874 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1747324 2 0.5031 0.68504 0.000 0.740 0.212 0.048
#> SRR1747326 2 0.3311 0.79529 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.1022 0.83151 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747328 3 0.4925 0.36767 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1747330 4 0.0817 0.81642 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747329 3 0.5217 0.70707 0.000 0.108 0.756 0.136
#> SRR1747332 4 0.3335 0.82186 0.128 0.000 0.016 0.856
#> SRR1747331 3 0.3444 0.59877 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1747333 3 0.7113 0.21109 0.000 0.384 0.484 0.132
#> SRR1747334 2 0.2868 0.80334 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1747335 4 0.4836 0.55337 0.008 0.000 0.320 0.672
#> SRR1747336 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.4967 0.30704 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1747340 3 0.4541 0.73323 0.000 0.060 0.796 0.144
#> SRR1747341 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.1211 0.82874 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1747344 2 0.5459 0.22549 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR1747345 4 0.1211 0.81030 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747346 3 0.4948 0.32266 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1747347 2 0.0188 0.82922 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747351 2 0.2647 0.81059 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1747350 2 0.4877 0.56113 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.4677 0.26269 0.000 0.316 0.680 0.004
#> SRR1747354 3 0.0921 0.73858 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747355 4 0.3037 0.82692 0.100 0.000 0.020 0.880
#> SRR1747356 3 0.4585 0.42515 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1747357 3 0.1557 0.74398 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747358 3 0.1211 0.74254 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747359 4 0.2814 0.81881 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747360 2 0.4428 0.68856 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1747361 4 0.3982 0.55868 0.004 0.000 0.220 0.776
#> SRR1747362 3 0.6168 0.20038 0.000 0.388 0.556 0.056
#> SRR1747363 4 0.3105 0.70353 0.000 0.004 0.140 0.856
#> SRR1747364 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747365 3 0.3528 0.64268 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1747366 3 0.4776 0.05102 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1747367 4 0.0000 0.82346 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.3583 0.65771 0.000 0.004 0.816 0.180
#> SRR1747370 3 0.3946 0.73572 0.000 0.020 0.812 0.168
#> SRR1747372 1 0.2973 0.78725 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747371 4 0.2814 0.81848 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747373 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.82909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.0469 0.82117 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747376 2 0.3123 0.78868 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1747377 2 0.0592 0.82912 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747378 2 0.6121 0.54035 0.000 0.620 0.308 0.072
#> SRR1747379 3 0.4535 0.72239 0.000 0.084 0.804 0.112
#> SRR1747380 3 0.4955 0.31244 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1747381 1 0.4933 0.17412 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747382 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747383 2 0.3907 0.75141 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1747384 4 0.4916 0.00706 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747385 3 0.5508 0.68277 0.000 0.056 0.692 0.252
#> SRR1747386 1 0.0000 0.92772 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0817 0.83213 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747388 2 0.3975 0.75396 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1747390 3 0.0779 0.73097 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1747389 3 0.3306 0.63238 0.000 0.156 0.840 0.004
#> SRR1747391 2 0.5878 0.58548 0.000 0.632 0.312 0.056
#> SRR1747392 2 0.4164 0.72546 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1747393 3 0.2647 0.75094 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747394 4 0.0188 0.82406 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747395 3 0.6170 0.42224 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR1747396 2 0.2149 0.82055 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1747398 2 0.1716 0.80987 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747397 4 0.0336 0.82219 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747399 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1747400 4 0.2921 0.81300 0.140 0.000 0.000 0.860
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.1965 0.78145 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1747214 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.77054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.3639 0.75951 0.000 0.792 0.024 0.000 0.184
#> SRR1747217 3 0.5459 0.41709 0.000 0.000 0.568 0.360 0.072
#> SRR1747218 3 0.5863 0.21071 0.000 0.116 0.588 0.004 0.292
#> SRR1747219 3 0.1943 0.63727 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR1747220 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747221 4 0.0510 0.83354 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747222 4 0.0290 0.83348 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747223 4 0.3727 0.65948 0.000 0.000 0.016 0.768 0.216
#> SRR1747224 3 0.4722 0.54817 0.000 0.000 0.608 0.024 0.368
#> SRR1747225 3 0.6266 0.31596 0.000 0.152 0.472 0.000 0.376
#> SRR1747226 2 0.1965 0.78153 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1747227 2 0.3365 0.74693 0.000 0.836 0.044 0.000 0.120
#> SRR1747228 5 0.5685 0.48151 0.000 0.108 0.272 0.004 0.616
#> SRR1747229 2 0.6284 0.10056 0.000 0.524 0.288 0.000 0.188
#> SRR1747230 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747232 1 0.0162 0.91921 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747233 4 0.0324 0.83199 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1747234 3 0.1331 0.61708 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1747235 1 0.0162 0.91921 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747236 2 0.4026 0.68586 0.000 0.736 0.020 0.000 0.244
#> SRR1747237 2 0.4676 0.65827 0.000 0.740 0.140 0.000 0.120
#> SRR1747238 5 0.4448 0.36599 0.000 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1747239 2 0.0609 0.76396 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747240 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.3655 0.53510 0.000 0.036 0.804 0.000 0.160
#> SRR1747242 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.3596 0.66845 0.000 0.000 0.012 0.776 0.212
#> SRR1747244 5 0.3871 0.42161 0.000 0.004 0.132 0.056 0.808
#> SRR1747245 5 0.5625 0.21172 0.000 0.068 0.248 0.028 0.656
#> SRR1747246 2 0.2230 0.78258 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1747247 1 0.2230 0.83259 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0162 0.83192 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747250 3 0.1544 0.60372 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1747252 4 0.2054 0.80999 0.028 0.000 0.052 0.920 0.000
#> SRR1747253 4 0.0404 0.83370 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747254 2 0.2144 0.72143 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR1747255 4 0.0000 0.83146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0324 0.83319 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1747257 2 0.4495 0.71832 0.000 0.736 0.064 0.000 0.200
#> SRR1747258 3 0.3628 0.59799 0.000 0.012 0.772 0.000 0.216
#> SRR1747259 2 0.6254 -0.11160 0.000 0.500 0.160 0.000 0.340
#> SRR1747260 3 0.0290 0.62193 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747261 3 0.5373 0.46088 0.000 0.092 0.632 0.000 0.276
#> SRR1747262 5 0.5752 0.57485 0.000 0.148 0.240 0.000 0.612
#> SRR1747263 2 0.3804 0.72963 0.000 0.796 0.044 0.000 0.160
#> SRR1747264 1 0.2891 0.76701 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1747265 3 0.2124 0.63994 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1747266 3 0.4806 0.53060 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1747267 3 0.4538 0.38804 0.000 0.000 0.620 0.364 0.016
#> SRR1747268 4 0.4251 0.53460 0.000 0.000 0.012 0.672 0.316
#> SRR1747269 5 0.5359 0.42500 0.000 0.056 0.412 0.000 0.532
#> SRR1747270 2 0.6121 0.22084 0.000 0.528 0.324 0.000 0.148
#> SRR1747271 5 0.4859 0.58119 0.000 0.112 0.152 0.004 0.732
#> SRR1747272 4 0.4283 0.40144 0.000 0.000 0.348 0.644 0.008
#> SRR1747273 4 0.0955 0.83141 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR1747274 5 0.5630 0.54547 0.000 0.096 0.288 0.004 0.612
#> SRR1747275 4 0.0955 0.83223 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR1747276 4 0.0451 0.83318 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1747277 2 0.5291 0.01150 0.000 0.496 0.048 0.000 0.456
#> SRR1747278 3 0.6089 0.46705 0.000 0.000 0.468 0.124 0.408
#> SRR1747280 1 0.0162 0.91921 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747279 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747281 5 0.3710 0.57180 0.000 0.144 0.048 0.000 0.808
#> SRR1747282 1 0.4192 0.29916 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1747283 3 0.1915 0.62591 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1747284 4 0.4278 0.13398 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1747285 3 0.6875 0.36643 0.000 0.072 0.476 0.076 0.376
#> SRR1747286 3 0.2011 0.58727 0.000 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR1747287 5 0.5631 0.52331 0.000 0.164 0.200 0.000 0.636
#> SRR1747288 4 0.4451 0.01748 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1747290 2 0.5519 0.31154 0.000 0.520 0.068 0.000 0.412
#> SRR1747289 2 0.3656 0.76987 0.000 0.800 0.032 0.000 0.168
#> SRR1747291 5 0.5188 0.56483 0.000 0.108 0.168 0.012 0.712
#> SRR1747293 5 0.4454 0.36876 0.000 0.004 0.260 0.028 0.708
#> SRR1747294 2 0.5223 -0.05208 0.000 0.512 0.044 0.000 0.444
#> SRR1747292 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747295 3 0.5484 -0.21415 0.000 0.068 0.540 0.000 0.392
#> SRR1747296 3 0.1444 0.61101 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1747297 2 0.3152 0.77974 0.000 0.840 0.024 0.000 0.136
#> SRR1747298 2 0.4805 0.59634 0.000 0.648 0.040 0.000 0.312
#> SRR1747299 2 0.4237 0.72838 0.000 0.752 0.048 0.000 0.200
#> SRR1747300 5 0.4866 0.14443 0.000 0.392 0.028 0.000 0.580
#> SRR1747301 2 0.3171 0.74028 0.000 0.816 0.000 0.008 0.176
#> SRR1747302 2 0.1671 0.78194 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747303 5 0.2409 0.56052 0.000 0.056 0.008 0.028 0.908
#> SRR1747304 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3146 0.78055 0.000 0.844 0.028 0.000 0.128
#> SRR1747306 2 0.3535 0.76895 0.000 0.808 0.028 0.000 0.164
#> SRR1747307 4 0.4449 0.03976 0.000 0.000 0.484 0.512 0.004
#> SRR1747308 3 0.4630 0.48061 0.000 0.116 0.744 0.000 0.140
#> SRR1747309 4 0.0451 0.82765 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747310 1 0.0162 0.91921 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747311 4 0.5899 0.42147 0.000 0.000 0.160 0.592 0.248
#> SRR1747313 4 0.4866 0.52414 0.000 0.000 0.052 0.664 0.284
#> SRR1747312 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5017 0.51815 0.000 0.112 0.156 0.008 0.724
#> SRR1747316 3 0.5562 0.05193 0.000 0.056 0.624 0.020 0.300
#> SRR1747318 3 0.6785 0.28689 0.000 0.000 0.388 0.308 0.304
#> SRR1747317 3 0.5949 0.51022 0.000 0.000 0.532 0.120 0.348
#> SRR1747319 3 0.2864 0.61777 0.000 0.000 0.864 0.112 0.024
#> SRR1747320 4 0.0451 0.83381 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0963 0.82963 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1747323 2 0.2377 0.69171 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747324 5 0.6036 0.49333 0.000 0.308 0.144 0.000 0.548
#> SRR1747326 5 0.5112 -0.14282 0.000 0.468 0.036 0.000 0.496
#> SRR1747325 2 0.0404 0.77119 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747327 2 0.2110 0.78890 0.000 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR1747328 3 0.5430 0.58836 0.000 0.000 0.660 0.192 0.148
#> SRR1747330 4 0.4366 0.52531 0.000 0.000 0.016 0.664 0.320
#> SRR1747329 5 0.3774 0.43640 0.000 0.016 0.140 0.028 0.816
#> SRR1747332 4 0.3961 0.63197 0.028 0.000 0.212 0.760 0.000
#> SRR1747331 5 0.4482 0.47336 0.000 0.012 0.376 0.000 0.612
#> SRR1747333 5 0.4380 0.46505 0.000 0.068 0.108 0.028 0.796
#> SRR1747334 5 0.4648 0.17646 0.000 0.464 0.012 0.000 0.524
#> SRR1747335 3 0.4304 -0.00565 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.1410 0.77531 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747338 2 0.2424 0.78381 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1747339 3 0.5902 0.53069 0.000 0.000 0.556 0.124 0.320
#> SRR1747340 5 0.4024 0.36127 0.000 0.000 0.220 0.028 0.752
#> SRR1747341 2 0.1197 0.77783 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747342 2 0.2020 0.78244 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1747343 2 0.2377 0.69171 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747344 5 0.6544 0.43915 0.000 0.356 0.204 0.000 0.440
#> SRR1747345 4 0.6796 -0.12181 0.000 0.000 0.296 0.376 0.328
#> SRR1747346 3 0.4714 0.55953 0.000 0.000 0.644 0.032 0.324
#> SRR1747347 2 0.0404 0.76701 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747348 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747351 2 0.3608 0.74640 0.000 0.812 0.040 0.000 0.148
#> SRR1747350 5 0.6177 0.47244 0.000 0.212 0.232 0.000 0.556
#> SRR1747352 1 0.0162 0.91921 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747353 5 0.4708 0.33491 0.000 0.016 0.436 0.000 0.548
#> SRR1747354 3 0.1478 0.63559 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1747355 4 0.0865 0.83222 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1747356 3 0.2669 0.61447 0.000 0.000 0.876 0.104 0.020
#> SRR1747357 3 0.4030 0.56835 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1747358 3 0.1831 0.60583 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1747359 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747360 5 0.3562 0.54741 0.000 0.196 0.016 0.000 0.788
#> SRR1747361 4 0.4969 0.20087 0.000 0.000 0.036 0.588 0.376
#> SRR1747362 5 0.5083 0.56605 0.000 0.120 0.184 0.000 0.696
#> SRR1747363 4 0.4088 0.46972 0.000 0.000 0.304 0.688 0.008
#> SRR1747364 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747365 3 0.2074 0.61756 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> SRR1747366 5 0.4283 0.38889 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1747367 4 0.0162 0.83027 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747369 2 0.1121 0.78256 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747368 3 0.1608 0.63811 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747370 3 0.4592 0.55627 0.000 0.000 0.644 0.024 0.332
#> SRR1747372 1 0.2852 0.77218 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1747371 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747373 2 0.2605 0.77952 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747374 2 0.2020 0.78190 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1747375 4 0.2707 0.74720 0.000 0.000 0.008 0.860 0.132
#> SRR1747376 5 0.4787 0.19766 0.000 0.432 0.020 0.000 0.548
#> SRR1747377 2 0.0324 0.76939 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747378 5 0.1670 0.55739 0.000 0.052 0.012 0.000 0.936
#> SRR1747379 5 0.3399 0.42723 0.000 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR1747380 3 0.4697 0.56033 0.000 0.000 0.648 0.032 0.320
#> SRR1747381 1 0.4256 0.21134 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1747382 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747383 2 0.5114 -0.05616 0.000 0.488 0.036 0.000 0.476
#> SRR1747384 4 0.4390 0.12455 0.000 0.000 0.428 0.568 0.004
#> SRR1747385 5 0.3692 0.42626 0.000 0.000 0.136 0.052 0.812
#> SRR1747386 1 0.0000 0.92005 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1741 0.77824 0.000 0.936 0.024 0.000 0.040
#> SRR1747388 5 0.5359 0.07243 0.000 0.412 0.056 0.000 0.532
#> SRR1747390 3 0.3876 0.09035 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1747389 5 0.4517 0.42223 0.000 0.008 0.436 0.000 0.556
#> SRR1747391 5 0.3551 0.57815 0.000 0.136 0.044 0.000 0.820
#> SRR1747392 5 0.4905 0.27285 0.000 0.336 0.040 0.000 0.624
#> SRR1747393 5 0.5230 0.34739 0.000 0.000 0.452 0.044 0.504
#> SRR1747394 4 0.0162 0.83027 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747395 3 0.6144 0.47656 0.000 0.008 0.496 0.104 0.392
#> SRR1747396 5 0.4644 0.18941 0.000 0.460 0.012 0.000 0.528
#> SRR1747398 2 0.3767 0.73450 0.000 0.812 0.068 0.000 0.120
#> SRR1747397 4 0.2338 0.76621 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1747399 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747400 4 0.0794 0.83178 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.1141 0.84754 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1747214 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.57545 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 5 0.3828 -0.10587 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1747217 4 0.6378 -0.02204 0.000 0.000 0.280 0.424 0.016 0.280
#> SRR1747218 5 0.5789 0.16562 0.000 0.004 0.336 0.000 0.492 0.168
#> SRR1747219 3 0.4196 0.68486 0.000 0.000 0.752 0.028 0.040 0.180
#> SRR1747220 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.0260 0.87138 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747222 4 0.0405 0.87059 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1747223 4 0.3515 0.49008 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1747224 6 0.1010 0.71855 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1747225 6 0.6090 0.18618 0.000 0.028 0.140 0.000 0.340 0.492
#> SRR1747226 2 0.3747 0.36526 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747227 2 0.3578 0.37974 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1747228 5 0.5937 -0.00846 0.000 0.000 0.224 0.000 0.436 0.340
#> SRR1747229 3 0.4875 0.06439 0.000 0.460 0.492 0.000 0.040 0.008
#> SRR1747230 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0363 0.90613 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0260 0.87109 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747234 3 0.3312 0.69976 0.000 0.000 0.792 0.000 0.028 0.180
#> SRR1747235 1 0.0363 0.90613 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747236 5 0.5487 0.25781 0.000 0.192 0.128 0.000 0.644 0.036
#> SRR1747237 2 0.4887 0.37204 0.000 0.660 0.184 0.000 0.156 0.000
#> SRR1747238 3 0.2871 0.64408 0.000 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1747239 2 0.0000 0.57545 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.5227 0.63788 0.000 0.000 0.612 0.000 0.200 0.188
#> SRR1747242 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.3531 0.49580 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1747244 6 0.3023 0.70298 0.000 0.000 0.008 0.004 0.180 0.808
#> SRR1747245 6 0.3196 0.68343 0.000 0.020 0.156 0.000 0.008 0.816
#> SRR1747246 2 0.3684 0.39602 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1747247 1 0.2135 0.80912 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0146 0.87165 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.3108 0.70436 0.000 0.000 0.828 0.000 0.044 0.128
#> SRR1747252 4 0.0508 0.86780 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1747253 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.57545 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.4116 -0.06277 0.000 0.416 0.012 0.000 0.572 0.000
#> SRR1747258 3 0.5995 0.31501 0.000 0.000 0.408 0.000 0.236 0.356
#> SRR1747259 2 0.3460 0.34748 0.000 0.760 0.020 0.000 0.220 0.000
#> SRR1747260 3 0.2300 0.69134 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747261 5 0.6116 -0.11974 0.000 0.000 0.340 0.000 0.360 0.300
#> SRR1747262 5 0.1003 0.48064 0.000 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR1747263 2 0.3810 0.27330 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1747264 1 0.2730 0.73878 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.4043 0.59412 0.000 0.000 0.696 0.008 0.020 0.276
#> SRR1747266 6 0.3076 0.52825 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1747267 4 0.5763 0.09330 0.000 0.000 0.356 0.464 0.000 0.180
#> SRR1747268 6 0.2883 0.64446 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1747269 3 0.6480 0.34898 0.000 0.044 0.432 0.000 0.364 0.160
#> SRR1747270 3 0.5624 0.42496 0.000 0.192 0.628 0.000 0.144 0.036
#> SRR1747271 5 0.4154 0.25310 0.000 0.012 0.016 0.000 0.676 0.296
#> SRR1747272 4 0.3874 0.69068 0.000 0.000 0.068 0.760 0.000 0.172
#> SRR1747273 4 0.1327 0.83544 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1747274 5 0.5685 0.27021 0.000 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232
#> SRR1747275 4 0.0260 0.87109 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747276 4 0.0405 0.87059 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1747277 5 0.4655 0.26162 0.000 0.300 0.068 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747278 6 0.0964 0.72070 0.000 0.000 0.016 0.012 0.004 0.968
#> SRR1747280 1 0.0363 0.90613 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 5 0.0551 0.48061 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR1747282 1 0.3765 0.32004 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.3343 0.69605 0.000 0.000 0.796 0.004 0.024 0.176
#> SRR1747284 4 0.3833 0.13345 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1747285 6 0.4969 0.50930 0.000 0.000 0.052 0.040 0.236 0.672
#> SRR1747286 3 0.3412 0.70590 0.000 0.000 0.808 0.000 0.064 0.128
#> SRR1747287 5 0.0806 0.48231 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747288 4 0.5150 0.40314 0.000 0.000 0.256 0.608 0.000 0.136
#> SRR1747290 5 0.3081 0.33153 0.000 0.220 0.004 0.000 0.776 0.000
#> SRR1747289 5 0.4565 -0.11591 0.000 0.432 0.036 0.000 0.532 0.000
#> SRR1747291 5 0.5357 0.27835 0.000 0.004 0.132 0.000 0.584 0.280
#> SRR1747293 6 0.3201 0.68388 0.000 0.000 0.012 0.000 0.208 0.780
#> SRR1747294 2 0.3915 0.17839 0.000 0.584 0.004 0.000 0.412 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.3171 0.65811 0.000 0.012 0.784 0.000 0.204 0.000
#> SRR1747296 3 0.1780 0.70535 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1747297 2 0.3797 0.32916 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1747298 5 0.3634 0.09211 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1747299 5 0.3659 0.06623 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1747300 5 0.1713 0.46343 0.000 0.044 0.000 0.000 0.928 0.028
#> SRR1747301 2 0.5303 0.35987 0.000 0.584 0.012 0.000 0.312 0.092
#> SRR1747302 2 0.2300 0.55398 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1747303 5 0.4074 0.14500 0.000 0.008 0.008 0.000 0.640 0.344
#> SRR1747304 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3789 0.33615 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1747306 5 0.3966 -0.11801 0.000 0.444 0.004 0.000 0.552 0.000
#> SRR1747307 4 0.5513 0.04793 0.000 0.000 0.392 0.476 0.000 0.132
#> SRR1747308 3 0.5333 0.49576 0.000 0.052 0.664 0.000 0.084 0.200
#> SRR1747309 4 0.0458 0.86864 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747310 1 0.0363 0.90613 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.4176 0.30989 0.000 0.000 0.016 0.580 0.000 0.404
#> SRR1747313 6 0.3482 0.52242 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1747312 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 6 0.3987 0.65226 0.000 0.024 0.012 0.000 0.236 0.728
#> SRR1747316 3 0.4431 0.53984 0.000 0.000 0.692 0.000 0.228 0.080
#> SRR1747318 6 0.3439 0.63291 0.000 0.000 0.072 0.120 0.000 0.808
#> SRR1747317 6 0.1531 0.70163 0.000 0.000 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR1747319 3 0.5563 0.50526 0.000 0.000 0.592 0.256 0.016 0.136
#> SRR1747320 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0458 0.86760 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.5374 0.26866 0.000 0.660 0.128 0.000 0.176 0.036
#> SRR1747324 2 0.6148 0.06372 0.000 0.484 0.128 0.000 0.352 0.036
#> SRR1747326 5 0.3398 0.27717 0.000 0.252 0.000 0.000 0.740 0.008
#> SRR1747325 2 0.0146 0.57621 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747327 2 0.3807 0.39480 0.000 0.628 0.004 0.000 0.368 0.000
#> SRR1747328 3 0.6294 0.15881 0.000 0.000 0.504 0.196 0.032 0.268
#> SRR1747330 6 0.2793 0.65169 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1747329 6 0.2772 0.70305 0.000 0.000 0.004 0.000 0.180 0.816
#> SRR1747332 4 0.2312 0.78404 0.000 0.000 0.012 0.876 0.000 0.112
#> SRR1747331 3 0.4587 0.34293 0.000 0.004 0.588 0.000 0.372 0.036
#> SRR1747333 6 0.3424 0.70995 0.000 0.008 0.092 0.000 0.076 0.824
#> SRR1747334 5 0.4429 0.01360 0.000 0.424 0.000 0.000 0.548 0.028
#> SRR1747335 3 0.5390 0.39795 0.000 0.000 0.532 0.340 0.000 0.128
#> SRR1747336 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2491 0.51780 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1747338 2 0.3607 0.43877 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1747339 6 0.1863 0.71656 0.000 0.000 0.044 0.036 0.000 0.920
#> SRR1747340 6 0.3003 0.70621 0.000 0.000 0.016 0.000 0.172 0.812
#> SRR1747341 2 0.2664 0.53646 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1747342 2 0.3684 0.39628 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1747343 2 0.5250 0.28238 0.000 0.676 0.128 0.000 0.160 0.036
#> SRR1747344 2 0.5894 0.15005 0.000 0.576 0.136 0.000 0.252 0.036
#> SRR1747345 6 0.2263 0.71070 0.000 0.000 0.048 0.056 0.000 0.896
#> SRR1747346 6 0.3266 0.48057 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1747347 2 0.0000 0.57545 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.3937 0.30609 0.000 0.572 0.004 0.000 0.424 0.000
#> SRR1747350 5 0.7066 -0.04342 0.000 0.076 0.304 0.000 0.384 0.236
#> SRR1747352 1 0.0363 0.90613 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.5465 0.49140 0.000 0.008 0.604 0.000 0.188 0.200
#> SRR1747354 3 0.3046 0.68923 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR1747355 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.3932 0.68903 0.000 0.000 0.760 0.024 0.024 0.192
#> SRR1747357 6 0.4118 0.32208 0.000 0.000 0.352 0.000 0.020 0.628
#> SRR1747358 3 0.3596 0.70556 0.000 0.000 0.784 0.004 0.040 0.172
#> SRR1747359 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 6 0.5900 0.13194 0.000 0.164 0.008 0.000 0.356 0.472
#> SRR1747361 4 0.3213 0.67905 0.000 0.000 0.004 0.784 0.204 0.008
#> SRR1747362 5 0.2019 0.47387 0.000 0.000 0.088 0.000 0.900 0.012
#> SRR1747363 4 0.3341 0.74585 0.000 0.000 0.068 0.816 0.000 0.116
#> SRR1747364 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.3428 0.70252 0.000 0.000 0.820 0.020 0.032 0.128
#> SRR1747366 3 0.3482 0.58264 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1747367 4 0.0405 0.87059 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1747369 2 0.2048 0.57112 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1747368 3 0.2793 0.67282 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1747370 6 0.1411 0.71102 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936
#> SRR1747372 1 0.2697 0.74323 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.3727 0.38611 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1747374 2 0.3672 0.39887 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1747375 4 0.2912 0.67818 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1747376 5 0.5344 0.28473 0.000 0.172 0.128 0.000 0.664 0.036
#> SRR1747377 2 0.0000 0.57545 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 6 0.3163 0.66942 0.000 0.000 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1747379 6 0.4906 0.51939 0.000 0.000 0.136 0.000 0.212 0.652
#> SRR1747380 6 0.3468 0.45838 0.000 0.000 0.284 0.004 0.000 0.712
#> SRR1747381 1 0.3833 0.21757 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 5 0.3547 0.23968 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1747384 4 0.2911 0.74966 0.000 0.000 0.024 0.832 0.000 0.144
#> SRR1747385 6 0.3087 0.70249 0.000 0.000 0.012 0.004 0.176 0.808
#> SRR1747386 1 0.0000 0.90868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2609 0.55879 0.000 0.868 0.036 0.000 0.096 0.000
#> SRR1747388 5 0.4270 0.27051 0.000 0.264 0.052 0.000 0.684 0.000
#> SRR1747390 3 0.1204 0.68809 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1747389 3 0.3966 0.38474 0.000 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004
#> SRR1747391 5 0.2772 0.44997 0.000 0.000 0.004 0.000 0.816 0.180
#> SRR1747392 5 0.1866 0.45505 0.000 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000
#> SRR1747393 3 0.5785 0.56620 0.000 0.000 0.580 0.032 0.264 0.124
#> SRR1747394 4 0.0405 0.87059 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1747395 6 0.1082 0.71364 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1747396 5 0.4787 0.16482 0.000 0.336 0.000 0.000 0.596 0.068
#> SRR1747398 2 0.3076 0.50206 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747397 4 0.2562 0.73307 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1747399 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.0000 0.87241 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.326 0.837 0.810 0.3469 0.601 0.601
#> 3 3 0.330 0.491 0.742 0.5673 0.939 0.898
#> 4 4 0.809 0.877 0.917 0.2814 0.697 0.471
#> 5 5 0.700 0.589 0.813 0.0829 0.935 0.801
#> 6 6 0.649 0.491 0.731 0.0421 0.867 0.575
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.9909 0.941 0.556 0.444
#> SRR1747214 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747215 2 0.7219 0.779 0.200 0.800
#> SRR1747216 2 0.7815 0.761 0.232 0.768
#> SRR1747217 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.2043 0.837 0.032 0.968
#> SRR1747219 2 0.1633 0.825 0.024 0.976
#> SRR1747220 1 0.9815 0.959 0.580 0.420
#> SRR1747221 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747222 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747223 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747224 2 0.2603 0.838 0.044 0.956
#> SRR1747225 2 0.2778 0.837 0.048 0.952
#> SRR1747226 2 0.9580 0.589 0.380 0.620
#> SRR1747227 2 0.6048 0.797 0.148 0.852
#> SRR1747228 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747229 2 0.8386 0.714 0.268 0.732
#> SRR1747230 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747231 1 0.9833 0.964 0.576 0.424
#> SRR1747232 1 0.9896 0.987 0.560 0.440
#> SRR1747233 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747234 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.9922 0.987 0.552 0.448
#> SRR1747236 2 0.0672 0.830 0.008 0.992
#> SRR1747237 2 0.4562 0.829 0.096 0.904
#> SRR1747238 2 0.0376 0.828 0.004 0.996
#> SRR1747239 2 0.7883 0.744 0.236 0.764
#> SRR1747240 1 0.9881 0.984 0.564 0.436
#> SRR1747241 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747243 1 0.9963 0.962 0.536 0.464
#> SRR1747244 2 0.0672 0.830 0.008 0.992
#> SRR1747245 2 0.1633 0.836 0.024 0.976
#> SRR1747246 2 0.9661 0.580 0.392 0.608
#> SRR1747247 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747248 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747249 1 0.9896 0.987 0.560 0.440
#> SRR1747250 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747252 1 0.9866 0.968 0.568 0.432
#> SRR1747253 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747254 2 0.6531 0.798 0.168 0.832
#> SRR1747255 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747256 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747257 2 0.6247 0.803 0.156 0.844
#> SRR1747258 2 0.2236 0.829 0.036 0.964
#> SRR1747259 2 0.3114 0.835 0.056 0.944
#> SRR1747260 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.2043 0.837 0.032 0.968
#> SRR1747262 2 0.4939 0.830 0.108 0.892
#> SRR1747263 2 0.4298 0.828 0.088 0.912
#> SRR1747264 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747265 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747266 2 0.2236 0.832 0.036 0.964
#> SRR1747267 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747268 2 0.0672 0.824 0.008 0.992
#> SRR1747269 2 0.1633 0.836 0.024 0.976
#> SRR1747270 2 0.5059 0.829 0.112 0.888
#> SRR1747271 2 0.4161 0.835 0.084 0.916
#> SRR1747272 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.9922 0.987 0.552 0.448
#> SRR1747274 2 0.2603 0.838 0.044 0.956
#> SRR1747275 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747276 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747277 2 0.1184 0.833 0.016 0.984
#> SRR1747278 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747280 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747279 1 0.9866 0.979 0.568 0.432
#> SRR1747281 2 0.6887 0.797 0.184 0.816
#> SRR1747282 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747283 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.9922 0.987 0.552 0.448
#> SRR1747285 2 0.1414 0.835 0.020 0.980
#> SRR1747286 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.6887 0.796 0.184 0.816
#> SRR1747288 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747290 2 0.3114 0.837 0.056 0.944
#> SRR1747289 2 0.1633 0.836 0.024 0.976
#> SRR1747291 2 0.4815 0.829 0.104 0.896
#> SRR1747293 2 0.2236 0.829 0.036 0.964
#> SRR1747294 2 0.4022 0.829 0.080 0.920
#> SRR1747292 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747295 2 0.2043 0.838 0.032 0.968
#> SRR1747296 2 0.0672 0.829 0.008 0.992
#> SRR1747297 2 0.7139 0.789 0.196 0.804
#> SRR1747298 2 0.7376 0.776 0.208 0.792
#> SRR1747299 2 0.9087 0.653 0.324 0.676
#> SRR1747300 2 0.9775 0.556 0.412 0.588
#> SRR1747301 2 0.8909 0.661 0.308 0.692
#> SRR1747302 2 0.9795 0.552 0.416 0.584
#> SRR1747303 2 0.7219 0.782 0.200 0.800
#> SRR1747304 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747305 2 0.7602 0.770 0.220 0.780
#> SRR1747306 2 0.7376 0.775 0.208 0.792
#> SRR1747307 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747308 2 0.2778 0.838 0.048 0.952
#> SRR1747309 1 0.9944 0.956 0.544 0.456
#> SRR1747310 1 0.9850 0.975 0.572 0.428
#> SRR1747311 2 0.1184 0.825 0.016 0.984
#> SRR1747313 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747312 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747314 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747315 2 0.4562 0.834 0.096 0.904
#> SRR1747316 2 0.2603 0.832 0.044 0.956
#> SRR1747318 2 0.0672 0.826 0.008 0.992
#> SRR1747317 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747319 2 0.0376 0.826 0.004 0.996
#> SRR1747320 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747322 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747321 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747323 2 0.9732 0.566 0.404 0.596
#> SRR1747324 2 0.5294 0.823 0.120 0.880
#> SRR1747326 2 0.4022 0.836 0.080 0.920
#> SRR1747325 2 0.6623 0.792 0.172 0.828
#> SRR1747327 2 0.7453 0.776 0.212 0.788
#> SRR1747328 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747330 2 0.4939 0.637 0.108 0.892
#> SRR1747329 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747332 2 0.3114 0.794 0.056 0.944
#> SRR1747331 2 0.2603 0.832 0.044 0.956
#> SRR1747333 2 0.0376 0.828 0.004 0.996
#> SRR1747334 2 0.9393 0.612 0.356 0.644
#> SRR1747335 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747336 1 0.9833 0.970 0.576 0.424
#> SRR1747337 2 0.9775 0.557 0.412 0.588
#> SRR1747338 2 0.9795 0.552 0.416 0.584
#> SRR1747339 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747340 2 0.1414 0.835 0.020 0.980
#> SRR1747341 2 0.8861 0.670 0.304 0.696
#> SRR1747342 2 0.7950 0.739 0.240 0.760
#> SRR1747343 2 0.9686 0.575 0.396 0.604
#> SRR1747344 2 0.6148 0.806 0.152 0.848
#> SRR1747345 2 0.0938 0.826 0.012 0.988
#> SRR1747346 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.5178 0.814 0.116 0.884
#> SRR1747348 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747349 1 0.9881 0.984 0.564 0.436
#> SRR1747351 2 0.8267 0.721 0.260 0.740
#> SRR1747350 2 0.6887 0.796 0.184 0.816
#> SRR1747352 1 0.9896 0.987 0.560 0.440
#> SRR1747353 2 0.6801 0.797 0.180 0.820
#> SRR1747354 2 0.3733 0.834 0.072 0.928
#> SRR1747355 2 0.6712 0.519 0.176 0.824
#> SRR1747356 2 0.2236 0.829 0.036 0.964
#> SRR1747357 2 0.1633 0.828 0.024 0.976
#> SRR1747358 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.9881 0.984 0.564 0.436
#> SRR1747360 2 0.6247 0.813 0.156 0.844
#> SRR1747361 2 0.1843 0.824 0.028 0.972
#> SRR1747362 2 0.7056 0.786 0.192 0.808
#> SRR1747363 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.9933 0.982 0.548 0.452
#> SRR1747365 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.4562 0.833 0.096 0.904
#> SRR1747367 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.7299 0.772 0.204 0.796
#> SRR1747368 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.2236 0.838 0.036 0.964
#> SRR1747372 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747371 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747373 2 0.9775 0.557 0.412 0.588
#> SRR1747374 2 0.8608 0.696 0.284 0.716
#> SRR1747375 2 0.7674 0.218 0.224 0.776
#> SRR1747376 2 0.7056 0.782 0.192 0.808
#> SRR1747377 2 0.9661 0.581 0.392 0.608
#> SRR1747378 2 0.4161 0.833 0.084 0.916
#> SRR1747379 2 0.4022 0.836 0.080 0.920
#> SRR1747380 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747382 1 0.9922 0.987 0.552 0.448
#> SRR1747383 2 0.9427 0.611 0.360 0.640
#> SRR1747384 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747386 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747387 2 0.6887 0.792 0.184 0.816
#> SRR1747388 2 0.7056 0.779 0.192 0.808
#> SRR1747390 2 0.3114 0.836 0.056 0.944
#> SRR1747389 2 0.4815 0.831 0.104 0.896
#> SRR1747391 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.4939 0.827 0.108 0.892
#> SRR1747393 2 0.2778 0.838 0.048 0.952
#> SRR1747394 2 0.0672 0.826 0.008 0.992
#> SRR1747395 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747396 2 0.9460 0.604 0.364 0.636
#> SRR1747398 2 0.5408 0.815 0.124 0.876
#> SRR1747397 2 0.0376 0.823 0.004 0.996
#> SRR1747399 1 0.9909 0.990 0.556 0.444
#> SRR1747400 1 0.9850 0.964 0.572 0.428
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.913 0.0469 0.356 0.152 0.492
#> SRR1747214 1 0.660 0.5635 0.604 0.012 0.384
#> SRR1747215 2 0.497 0.4737 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747216 2 0.141 0.6507 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747217 2 0.760 0.2382 0.048 0.568 0.384
#> SRR1747218 2 0.313 0.6491 0.032 0.916 0.052
#> SRR1747219 2 0.764 0.1034 0.044 0.520 0.436
#> SRR1747220 3 0.791 -0.3660 0.444 0.056 0.500
#> SRR1747221 1 0.841 0.3389 0.544 0.096 0.360
#> SRR1747222 1 0.738 0.5733 0.628 0.052 0.320
#> SRR1747223 1 0.752 0.4702 0.588 0.048 0.364
#> SRR1747224 2 0.718 0.2967 0.032 0.592 0.376
#> SRR1747225 2 0.300 0.6503 0.016 0.916 0.068
#> SRR1747226 2 0.196 0.6428 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747227 2 0.708 0.3509 0.044 0.652 0.304
#> SRR1747228 2 0.764 0.3533 0.052 0.576 0.372
#> SRR1747229 2 0.364 0.6358 0.004 0.872 0.124
#> SRR1747230 1 0.206 0.6924 0.948 0.044 0.008
#> SRR1747231 1 0.758 0.5520 0.572 0.048 0.380
#> SRR1747232 1 0.212 0.6934 0.948 0.040 0.012
#> SRR1747233 1 0.691 0.5571 0.628 0.028 0.344
#> SRR1747234 3 0.767 0.0107 0.044 0.472 0.484
#> SRR1747235 1 0.649 0.5797 0.628 0.012 0.360
#> SRR1747236 2 0.406 0.6437 0.044 0.880 0.076
#> SRR1747237 2 0.599 0.4096 0.012 0.704 0.284
#> SRR1747238 2 0.441 0.6401 0.036 0.860 0.104
#> SRR1747239 2 0.186 0.6507 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747240 1 0.212 0.6920 0.948 0.040 0.012
#> SRR1747241 3 0.756 0.1752 0.044 0.400 0.556
#> SRR1747242 1 0.255 0.6827 0.932 0.012 0.056
#> SRR1747243 1 0.816 0.3192 0.516 0.072 0.412
#> SRR1747244 2 0.699 0.4598 0.056 0.688 0.256
#> SRR1747245 2 0.761 0.3079 0.052 0.584 0.364
#> SRR1747246 2 0.175 0.6460 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747247 1 0.281 0.7063 0.928 0.040 0.032
#> SRR1747248 1 0.188 0.6944 0.952 0.044 0.004
#> SRR1747249 1 0.780 0.4687 0.552 0.056 0.392
#> SRR1747250 2 0.685 0.3729 0.020 0.600 0.380
#> SRR1747252 1 0.991 -0.2763 0.372 0.268 0.360
#> SRR1747253 1 0.800 0.4737 0.580 0.076 0.344
#> SRR1747254 2 0.271 0.6380 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747255 1 0.680 0.5579 0.632 0.024 0.344
#> SRR1747256 1 0.738 0.5638 0.628 0.052 0.320
#> SRR1747257 2 0.400 0.5694 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747258 2 0.628 0.4613 0.016 0.680 0.304
#> SRR1747259 2 0.679 0.3382 0.028 0.648 0.324
#> SRR1747260 2 0.575 0.5507 0.040 0.780 0.180
#> SRR1747261 2 0.350 0.6462 0.020 0.896 0.084
#> SRR1747262 2 0.175 0.6561 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747263 2 0.706 0.3937 0.052 0.672 0.276
#> SRR1747264 1 0.455 0.7122 0.840 0.020 0.140
#> SRR1747265 3 0.749 -0.0451 0.036 0.480 0.484
#> SRR1747266 2 0.619 0.4758 0.016 0.692 0.292
#> SRR1747267 2 0.716 0.2882 0.032 0.596 0.372
#> SRR1747268 2 0.820 0.1944 0.076 0.524 0.400
#> SRR1747269 2 0.311 0.6536 0.028 0.916 0.056
#> SRR1747270 2 0.277 0.6452 0.004 0.916 0.080
#> SRR1747271 2 0.300 0.6542 0.016 0.916 0.068
#> SRR1747272 2 0.767 0.2605 0.052 0.568 0.380
#> SRR1747273 3 0.708 -0.3689 0.412 0.024 0.564
#> SRR1747274 2 0.606 0.4887 0.016 0.708 0.276
#> SRR1747275 1 0.663 0.5805 0.644 0.020 0.336
#> SRR1747276 1 0.674 0.5485 0.624 0.020 0.356
#> SRR1747277 2 0.711 0.3336 0.036 0.624 0.340
#> SRR1747278 2 0.830 0.2042 0.084 0.532 0.384
#> SRR1747280 1 0.392 0.7023 0.868 0.012 0.120
#> SRR1747279 1 0.652 0.5761 0.644 0.016 0.340
#> SRR1747281 2 0.175 0.6552 0.012 0.960 0.028
#> SRR1747282 1 0.461 0.7156 0.844 0.028 0.128
#> SRR1747283 3 0.676 0.4713 0.048 0.252 0.700
#> SRR1747284 1 0.611 0.6959 0.760 0.048 0.192
#> SRR1747285 2 0.663 0.4722 0.040 0.700 0.260
#> SRR1747286 2 0.661 0.5009 0.048 0.716 0.236
#> SRR1747287 2 0.140 0.6530 0.004 0.968 0.028
#> SRR1747288 2 0.748 0.2472 0.040 0.556 0.404
#> SRR1747290 2 0.264 0.6534 0.020 0.932 0.048
#> SRR1747289 2 0.288 0.6532 0.024 0.924 0.052
#> SRR1747291 2 0.413 0.6306 0.012 0.856 0.132
#> SRR1747293 2 0.471 0.6391 0.044 0.848 0.108
#> SRR1747294 2 0.654 0.3842 0.024 0.672 0.304
#> SRR1747292 1 0.653 0.5869 0.660 0.020 0.320
#> SRR1747295 2 0.293 0.6546 0.036 0.924 0.040
#> SRR1747296 2 0.733 0.2894 0.040 0.596 0.364
#> SRR1747297 2 0.255 0.6502 0.012 0.932 0.056
#> SRR1747298 2 0.285 0.6405 0.012 0.920 0.068
#> SRR1747299 2 0.141 0.6504 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747300 2 0.288 0.6303 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747301 2 0.435 0.5742 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747302 2 0.254 0.6334 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747303 2 0.140 0.6552 0.004 0.968 0.028
#> SRR1747304 1 0.206 0.6969 0.948 0.044 0.008
#> SRR1747305 2 0.375 0.5867 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747306 2 0.103 0.6507 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747307 2 0.752 0.2564 0.044 0.568 0.388
#> SRR1747308 2 0.541 0.5725 0.020 0.780 0.200
#> SRR1747309 1 0.895 0.2499 0.496 0.132 0.372
#> SRR1747310 1 0.500 0.7147 0.832 0.044 0.124
#> SRR1747311 2 0.748 0.2450 0.040 0.556 0.404
#> SRR1747313 2 0.768 0.2683 0.056 0.584 0.360
#> SRR1747312 1 0.164 0.6949 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747314 1 0.188 0.6966 0.952 0.044 0.004
#> SRR1747315 2 0.433 0.6394 0.036 0.864 0.100
#> SRR1747316 2 0.605 0.5069 0.020 0.720 0.260
#> SRR1747318 2 0.748 0.2892 0.048 0.596 0.356
#> SRR1747317 2 0.809 0.2457 0.080 0.572 0.348
#> SRR1747319 2 0.766 0.0602 0.044 0.508 0.448
#> SRR1747320 1 0.756 0.5455 0.628 0.064 0.308
#> SRR1747322 1 0.117 0.6868 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747321 1 0.582 0.6804 0.744 0.020 0.236
#> SRR1747323 2 0.382 0.6013 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747324 2 0.254 0.6522 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747326 2 0.379 0.6466 0.060 0.892 0.048
#> SRR1747325 2 0.599 0.4279 0.016 0.716 0.268
#> SRR1747327 2 0.478 0.5329 0.004 0.796 0.200
#> SRR1747328 2 0.729 0.3853 0.048 0.632 0.320
#> SRR1747330 2 0.849 0.0953 0.092 0.496 0.412
#> SRR1747329 2 0.802 0.2847 0.068 0.544 0.388
#> SRR1747332 2 0.815 0.1654 0.072 0.520 0.408
#> SRR1747331 2 0.613 0.5050 0.020 0.712 0.268
#> SRR1747333 2 0.484 0.6360 0.072 0.848 0.080
#> SRR1747334 2 0.319 0.6210 0.000 0.888 0.112
#> SRR1747335 2 0.767 0.0373 0.044 0.500 0.456
#> SRR1747336 1 0.212 0.6920 0.948 0.040 0.012
#> SRR1747337 2 0.280 0.6292 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747338 2 0.271 0.6313 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747339 2 0.794 0.2554 0.068 0.568 0.364
#> SRR1747340 2 0.727 0.4657 0.064 0.668 0.268
#> SRR1747341 2 0.514 0.4736 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747342 2 0.369 0.5964 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747343 2 0.465 0.5397 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747344 2 0.195 0.6576 0.008 0.952 0.040
#> SRR1747345 2 0.797 0.2182 0.064 0.540 0.396
#> SRR1747346 2 0.747 0.2979 0.052 0.612 0.336
#> SRR1747347 2 0.674 0.3591 0.028 0.656 0.316
#> SRR1747348 1 0.188 0.6929 0.952 0.044 0.004
#> SRR1747349 1 0.520 0.7138 0.820 0.044 0.136
#> SRR1747351 2 0.334 0.6158 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747350 2 0.188 0.6554 0.004 0.952 0.044
#> SRR1747352 1 0.468 0.7171 0.848 0.040 0.112
#> SRR1747353 2 0.164 0.6565 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747354 2 0.580 0.4896 0.008 0.712 0.280
#> SRR1747355 3 0.968 0.3105 0.320 0.232 0.448
#> SRR1747356 2 0.637 0.4495 0.016 0.668 0.316
#> SRR1747357 2 0.650 0.4170 0.016 0.648 0.336
#> SRR1747358 2 0.764 0.2631 0.052 0.576 0.372
#> SRR1747359 1 0.541 0.6978 0.780 0.020 0.200
#> SRR1747360 2 0.295 0.6444 0.004 0.908 0.088
#> SRR1747361 2 0.812 0.2084 0.076 0.552 0.372
#> SRR1747362 2 0.129 0.6555 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747363 3 0.809 0.3937 0.084 0.332 0.584
#> SRR1747364 1 0.817 0.4549 0.552 0.080 0.368
#> SRR1747365 3 0.709 0.4037 0.048 0.292 0.660
#> SRR1747366 2 0.240 0.6538 0.004 0.932 0.064
#> SRR1747367 2 0.768 0.2489 0.052 0.564 0.384
#> SRR1747369 2 0.230 0.6450 0.004 0.936 0.060
#> SRR1747368 2 0.750 0.2667 0.044 0.572 0.384
#> SRR1747370 2 0.674 0.4284 0.028 0.656 0.316
#> SRR1747372 1 0.212 0.6920 0.948 0.040 0.012
#> SRR1747371 1 0.802 0.4812 0.576 0.076 0.348
#> SRR1747373 2 0.280 0.6299 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747374 2 0.186 0.6444 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747375 2 0.952 -0.1945 0.192 0.440 0.368
#> SRR1747376 2 0.164 0.6526 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747377 2 0.405 0.6024 0.004 0.848 0.148
#> SRR1747378 2 0.300 0.6519 0.016 0.916 0.068
#> SRR1747379 2 0.558 0.5249 0.012 0.748 0.240
#> SRR1747380 2 0.758 0.2887 0.056 0.604 0.340
#> SRR1747381 1 0.602 0.6658 0.724 0.020 0.256
#> SRR1747382 1 0.554 0.7066 0.776 0.024 0.200
#> SRR1747383 2 0.468 0.5637 0.004 0.804 0.192
#> SRR1747384 2 0.750 0.2612 0.048 0.592 0.360
#> SRR1747385 2 0.800 0.3920 0.084 0.600 0.316
#> SRR1747386 1 0.145 0.6900 0.968 0.024 0.008
#> SRR1747387 2 0.491 0.5481 0.012 0.804 0.184
#> SRR1747388 2 0.127 0.6545 0.004 0.972 0.024
#> SRR1747390 2 0.369 0.6492 0.016 0.884 0.100
#> SRR1747389 2 0.230 0.6553 0.004 0.936 0.060
#> SRR1747391 2 0.448 0.6453 0.064 0.864 0.072
#> SRR1747392 2 0.281 0.6547 0.036 0.928 0.036
#> SRR1747393 2 0.616 0.4905 0.020 0.708 0.272
#> SRR1747394 2 0.777 0.2144 0.052 0.536 0.412
#> SRR1747395 2 0.814 0.2648 0.084 0.572 0.344
#> SRR1747396 2 0.343 0.6233 0.004 0.884 0.112
#> SRR1747398 2 0.362 0.6324 0.012 0.884 0.104
#> SRR1747397 2 0.755 0.2414 0.044 0.560 0.396
#> SRR1747399 1 0.504 0.7131 0.832 0.048 0.120
#> SRR1747400 1 0.651 0.6744 0.748 0.072 0.180
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.1637 0.885 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747214 4 0.1211 0.878 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747215 2 0.1022 0.919 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747216 2 0.1022 0.919 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747218 3 0.1305 0.909 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR1747219 3 0.0707 0.930 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747220 4 0.1302 0.899 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747221 4 0.1489 0.893 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR1747222 4 0.1209 0.901 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1747223 4 0.1576 0.889 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR1747224 3 0.0524 0.932 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747225 3 0.1398 0.910 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1747226 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.1474 0.923 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747228 3 0.0524 0.932 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747229 2 0.1302 0.922 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747230 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747231 4 0.1388 0.888 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1747232 1 0.0895 0.941 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747233 4 0.1209 0.901 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1747234 3 0.1833 0.907 0.024 0.000 0.944 0.032
#> SRR1747235 1 0.4661 0.482 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1747236 2 0.2596 0.919 0.024 0.908 0.068 0.000
#> SRR1747237 2 0.2149 0.919 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1747238 3 0.2643 0.895 0.024 0.028 0.920 0.028
#> SRR1747239 2 0.0707 0.915 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747240 1 0.0895 0.941 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747241 3 0.1833 0.907 0.024 0.000 0.944 0.032
#> SRR1747242 1 0.1211 0.934 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747243 4 0.1743 0.881 0.000 0.004 0.056 0.940
#> SRR1747244 3 0.0657 0.932 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747245 3 0.1109 0.922 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1747246 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.1211 0.934 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747248 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747249 4 0.1474 0.893 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1747250 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747252 4 0.1474 0.893 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1747253 4 0.1305 0.900 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1747254 2 0.0592 0.914 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747255 4 0.1209 0.900 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1747256 4 0.1305 0.901 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1747257 2 0.1867 0.922 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747259 2 0.2282 0.920 0.024 0.924 0.052 0.000
#> SRR1747260 3 0.0921 0.920 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747261 3 0.0336 0.928 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747262 2 0.3444 0.858 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747263 2 0.2011 0.920 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747264 4 0.3448 0.762 0.168 0.000 0.004 0.828
#> SRR1747265 3 0.1118 0.926 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747266 3 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747267 3 0.2149 0.902 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747268 3 0.2530 0.897 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR1747269 2 0.2706 0.918 0.024 0.908 0.064 0.004
#> SRR1747270 2 0.3172 0.883 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747271 2 0.5088 0.402 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR1747272 3 0.3208 0.858 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1747273 4 0.1109 0.898 0.004 0.000 0.028 0.968
#> SRR1747274 3 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747275 4 0.1209 0.901 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1747276 4 0.1209 0.901 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1747277 2 0.2521 0.919 0.024 0.912 0.064 0.000
#> SRR1747278 3 0.3105 0.866 0.000 0.004 0.856 0.140
#> SRR1747280 1 0.1211 0.934 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747279 4 0.1305 0.901 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1747281 2 0.2589 0.907 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1747282 4 0.3539 0.752 0.176 0.000 0.004 0.820
#> SRR1747283 3 0.1151 0.929 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1747284 4 0.3208 0.780 0.148 0.000 0.004 0.848
#> SRR1747285 3 0.0188 0.931 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747286 3 0.2841 0.892 0.024 0.032 0.912 0.032
#> SRR1747287 2 0.2921 0.895 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1747288 3 0.3311 0.830 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747290 2 0.4477 0.707 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1747289 2 0.2489 0.920 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR1747291 2 0.4103 0.768 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1747293 3 0.0921 0.917 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747294 2 0.2271 0.921 0.008 0.916 0.076 0.000
#> SRR1747292 4 0.1209 0.901 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1747295 2 0.2775 0.916 0.020 0.896 0.084 0.000
#> SRR1747296 2 0.4851 0.804 0.004 0.748 0.220 0.028
#> SRR1747297 2 0.2011 0.920 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747298 2 0.3024 0.888 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1747299 2 0.1474 0.922 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747300 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747301 2 0.1716 0.922 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.3266 0.874 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1747304 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747305 2 0.1118 0.920 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747306 2 0.1022 0.919 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747307 3 0.2408 0.892 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747308 3 0.1118 0.911 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1747309 4 0.1824 0.880 0.000 0.004 0.060 0.936
#> SRR1747310 1 0.5236 0.214 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR1747311 3 0.2530 0.895 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR1747313 3 0.2466 0.899 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1747312 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747314 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747315 2 0.3172 0.879 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747316 3 0.1022 0.913 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747318 3 0.1209 0.928 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1747317 3 0.0657 0.932 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747319 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747320 4 0.1211 0.901 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747322 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747321 4 0.1284 0.892 0.024 0.000 0.012 0.964
#> SRR1747323 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.2973 0.891 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747326 2 0.2125 0.921 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1747325 2 0.1022 0.919 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747327 2 0.2011 0.920 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747328 3 0.2944 0.874 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR1747330 3 0.3306 0.851 0.000 0.004 0.840 0.156
#> SRR1747329 3 0.0672 0.932 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747332 3 0.4677 0.600 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR1747331 3 0.1022 0.917 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747333 3 0.4188 0.614 0.000 0.244 0.752 0.004
#> SRR1747334 2 0.0188 0.909 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747335 3 0.2944 0.873 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR1747336 1 0.0895 0.941 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747337 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.2714 0.888 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1747340 3 0.0657 0.932 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747341 2 0.0188 0.909 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747342 2 0.0469 0.912 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.3726 0.828 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1747345 3 0.2888 0.879 0.000 0.004 0.872 0.124
#> SRR1747346 3 0.1398 0.926 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1747347 2 0.0524 0.912 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747348 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747349 4 0.2271 0.855 0.076 0.000 0.008 0.916
#> SRR1747351 2 0.0707 0.916 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747350 2 0.3356 0.870 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747352 4 0.5055 0.393 0.368 0.000 0.008 0.624
#> SRR1747353 2 0.3123 0.882 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1747354 3 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747355 4 0.4250 0.582 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1747356 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.1109 0.919 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1747359 4 0.1284 0.892 0.024 0.000 0.012 0.964
#> SRR1747360 2 0.2760 0.899 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1747361 3 0.3448 0.836 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1747362 2 0.2530 0.909 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1747363 3 0.3266 0.839 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1747364 4 0.1305 0.901 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1747365 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747366 2 0.3219 0.880 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1747367 3 0.3024 0.858 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747369 2 0.0336 0.910 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747368 3 0.1118 0.927 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747370 3 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747372 1 0.0895 0.941 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747371 4 0.1305 0.901 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1747373 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0336 0.910 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747375 4 0.5161 -0.010 0.000 0.004 0.476 0.520
#> SRR1747376 2 0.2011 0.920 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.5137 0.366 0.000 0.544 0.452 0.004
#> SRR1747379 3 0.0469 0.929 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747380 3 0.1398 0.926 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1747381 4 0.3448 0.754 0.168 0.000 0.004 0.828
#> SRR1747382 4 0.1211 0.878 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747383 2 0.1557 0.922 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1747384 3 0.1716 0.914 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747385 3 0.0657 0.932 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747386 1 0.0817 0.942 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747387 2 0.1022 0.919 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1747388 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747390 3 0.0921 0.920 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747389 2 0.4283 0.782 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR1747391 2 0.2266 0.919 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1747392 2 0.2197 0.919 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1747393 3 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747394 3 0.3626 0.816 0.000 0.004 0.812 0.184
#> SRR1747395 3 0.0657 0.932 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747396 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0469 0.913 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747397 3 0.2197 0.909 0.000 0.004 0.916 0.080
#> SRR1747399 4 0.3636 0.757 0.172 0.000 0.008 0.820
#> SRR1747400 4 0.3718 0.763 0.168 0.000 0.012 0.820
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0290 0.90614 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747214 4 0.0451 0.90526 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747215 2 0.4256 0.47125 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747216 2 0.4227 0.48145 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1747217 3 0.1484 0.72757 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1747218 5 0.6834 0.72040 0.000 0.328 0.252 0.004 0.416
#> SRR1747219 3 0.3455 0.62918 0.000 0.000 0.784 0.008 0.208
#> SRR1747220 4 0.0324 0.90586 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747221 4 0.1830 0.87413 0.000 0.000 0.028 0.932 0.040
#> SRR1747222 4 0.0510 0.90510 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747223 4 0.1907 0.87068 0.000 0.000 0.044 0.928 0.028
#> SRR1747224 3 0.1205 0.72933 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1747225 3 0.5014 -0.12507 0.000 0.368 0.592 0.000 0.040
#> SRR1747226 2 0.0703 0.64798 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747227 2 0.1043 0.64521 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747228 3 0.3449 0.52028 0.000 0.164 0.812 0.000 0.024
#> SRR1747229 2 0.0404 0.64509 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747230 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0162 0.90610 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747234 3 0.5790 -0.01171 0.000 0.076 0.476 0.004 0.444
#> SRR1747235 4 0.4403 0.39544 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR1747236 2 0.3814 0.25628 0.000 0.720 0.000 0.004 0.276
#> SRR1747237 2 0.1041 0.64548 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1747238 5 0.6055 0.71449 0.000 0.408 0.104 0.004 0.484
#> SRR1747239 2 0.4219 0.48389 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1747240 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.6535 0.76679 0.000 0.356 0.176 0.004 0.464
#> SRR1747242 1 0.0404 0.95890 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747243 4 0.2540 0.83020 0.000 0.000 0.088 0.888 0.024
#> SRR1747244 3 0.0955 0.72859 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747245 2 0.5044 -0.33108 0.000 0.504 0.464 0.000 0.032
#> SRR1747246 2 0.1197 0.64476 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747247 1 0.4030 0.37210 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0162 0.90610 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747250 3 0.3577 0.64255 0.000 0.032 0.808 0.000 0.160
#> SRR1747252 4 0.0404 0.90550 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747253 4 0.0609 0.90345 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747254 2 0.4210 0.48421 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1747255 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747256 4 0.0324 0.90589 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1747257 2 0.0510 0.64748 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747258 3 0.3283 0.66159 0.000 0.028 0.832 0.000 0.140
#> SRR1747259 2 0.0671 0.64724 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747260 3 0.4973 0.31619 0.000 0.028 0.592 0.004 0.376
#> SRR1747261 3 0.3321 0.66103 0.000 0.032 0.832 0.000 0.136
#> SRR1747262 2 0.3359 0.51271 0.000 0.844 0.084 0.000 0.072
#> SRR1747263 2 0.1251 0.64481 0.000 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1747264 4 0.2561 0.80245 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1747265 3 0.3656 0.63615 0.000 0.000 0.784 0.020 0.196
#> SRR1747266 3 0.4642 0.07317 0.000 0.308 0.660 0.000 0.032
#> SRR1747267 3 0.2153 0.72896 0.000 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1747268 3 0.1830 0.72444 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1747269 2 0.3741 0.29288 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> SRR1747270 2 0.2228 0.58807 0.000 0.908 0.012 0.004 0.076
#> SRR1747271 2 0.2797 0.55367 0.000 0.880 0.060 0.000 0.060
#> SRR1747272 3 0.3622 0.65990 0.000 0.000 0.816 0.136 0.048
#> SRR1747273 4 0.0451 0.90526 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747274 3 0.2984 0.68042 0.000 0.032 0.860 0.000 0.108
#> SRR1747275 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747276 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747277 2 0.2848 0.50503 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1747278 3 0.1830 0.72444 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1747280 1 0.0404 0.95890 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747279 4 0.0162 0.90610 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747281 2 0.2127 0.56504 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.3109 0.73598 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747283 3 0.4607 0.39249 0.000 0.008 0.620 0.008 0.364
#> SRR1747284 4 0.1628 0.87250 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR1747285 3 0.2570 0.70596 0.000 0.004 0.880 0.008 0.108
#> SRR1747286 5 0.6499 0.34405 0.000 0.168 0.364 0.004 0.464
#> SRR1747287 2 0.0833 0.63833 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1747288 3 0.4204 0.61550 0.000 0.000 0.756 0.196 0.048
#> SRR1747290 2 0.5854 -0.46629 0.000 0.540 0.092 0.004 0.364
#> SRR1747289 2 0.0451 0.64403 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747291 2 0.3460 0.48779 0.000 0.828 0.128 0.000 0.044
#> SRR1747293 3 0.5243 -0.22492 0.000 0.412 0.540 0.000 0.048
#> SRR1747294 2 0.0566 0.64699 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747292 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747295 2 0.4403 -0.03326 0.000 0.648 0.008 0.004 0.340
#> SRR1747296 5 0.5547 0.61660 0.000 0.456 0.056 0.004 0.484
#> SRR1747297 2 0.4350 0.48392 0.000 0.588 0.004 0.000 0.408
#> SRR1747298 2 0.2338 0.56215 0.000 0.884 0.112 0.000 0.004
#> SRR1747299 2 0.0579 0.64696 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1747300 2 0.0290 0.64626 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747301 2 0.0404 0.64397 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.4235 0.48051 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1747303 2 0.3160 0.42736 0.000 0.808 0.188 0.000 0.004
#> SRR1747304 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.4249 0.47418 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747306 2 0.4227 0.48145 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1747307 3 0.3116 0.70919 0.000 0.000 0.860 0.076 0.064
#> SRR1747308 2 0.6893 -0.63871 0.000 0.396 0.324 0.004 0.276
#> SRR1747309 4 0.1670 0.87546 0.000 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR1747310 4 0.4307 0.06775 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1747311 3 0.1877 0.72543 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1747313 3 0.1877 0.72543 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1747312 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2763 0.50367 0.000 0.848 0.148 0.000 0.004
#> SRR1747316 3 0.6344 -0.40119 0.000 0.400 0.440 0.000 0.160
#> SRR1747318 3 0.1557 0.72797 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1747317 3 0.1638 0.72507 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1747319 3 0.2513 0.70244 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1747320 4 0.0290 0.90635 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0404 0.90603 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747323 2 0.4242 0.47834 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747324 2 0.3090 0.54788 0.000 0.860 0.088 0.000 0.052
#> SRR1747326 2 0.0451 0.64531 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1747325 2 0.3730 0.54356 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1747327 2 0.4310 0.49241 0.000 0.604 0.004 0.000 0.392
#> SRR1747328 3 0.1106 0.73118 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1747330 3 0.3670 0.67436 0.000 0.000 0.820 0.112 0.068
#> SRR1747329 3 0.4949 -0.14772 0.000 0.396 0.572 0.000 0.032
#> SRR1747332 3 0.4805 0.47890 0.000 0.000 0.648 0.312 0.040
#> SRR1747331 2 0.6368 -0.49507 0.000 0.436 0.400 0.000 0.164
#> SRR1747333 2 0.5059 -0.24203 0.000 0.548 0.416 0.000 0.036
#> SRR1747334 2 0.0404 0.64659 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747335 3 0.2171 0.72477 0.000 0.000 0.912 0.064 0.024
#> SRR1747336 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.4219 0.48389 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1747338 2 0.2179 0.62503 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1747339 3 0.1764 0.72546 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1747340 3 0.4703 0.01832 0.000 0.340 0.632 0.000 0.028
#> SRR1747341 2 0.4256 0.47125 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747342 2 0.4235 0.47928 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1747343 2 0.4256 0.47320 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747344 2 0.3477 0.50298 0.000 0.832 0.112 0.000 0.056
#> SRR1747345 3 0.1830 0.72444 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1747346 3 0.1082 0.73005 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1747347 2 0.1121 0.64507 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747348 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0609 0.89774 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1747351 2 0.2280 0.62092 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1747350 2 0.4150 0.40812 0.000 0.788 0.140 0.004 0.068
#> SRR1747352 4 0.4150 0.40573 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1747353 2 0.2677 0.54097 0.000 0.872 0.112 0.000 0.016
#> SRR1747354 3 0.2612 0.68981 0.000 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1747355 4 0.4886 0.00115 0.000 0.000 0.448 0.528 0.024
#> SRR1747356 3 0.1502 0.72325 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR1747357 3 0.1952 0.71573 0.000 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1747358 3 0.5083 0.22015 0.000 0.028 0.540 0.004 0.428
#> SRR1747359 4 0.0162 0.90610 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747360 2 0.1399 0.62712 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR1747361 3 0.3798 0.66379 0.000 0.000 0.808 0.128 0.064
#> SRR1747362 2 0.1012 0.63324 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1747363 3 0.4805 0.47026 0.000 0.000 0.648 0.312 0.040
#> SRR1747364 4 0.0162 0.90610 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747365 3 0.4336 0.52060 0.000 0.012 0.700 0.008 0.280
#> SRR1747366 2 0.3421 0.46330 0.000 0.816 0.016 0.004 0.164
#> SRR1747367 3 0.3649 0.65152 0.000 0.000 0.808 0.152 0.040
#> SRR1747369 2 0.4219 0.48389 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1747368 3 0.2077 0.71720 0.000 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1747370 3 0.0898 0.72747 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1747372 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0703 0.90024 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747373 2 0.3109 0.58574 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1747374 2 0.4235 0.48051 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1747375 3 0.4527 0.58723 0.000 0.000 0.732 0.204 0.064
#> SRR1747376 2 0.0451 0.64455 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1747377 2 0.4249 0.47588 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747378 2 0.4728 0.05760 0.000 0.664 0.296 0.000 0.040
#> SRR1747379 3 0.5313 -0.22364 0.000 0.388 0.556 0.000 0.056
#> SRR1747380 3 0.0992 0.73051 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1747381 4 0.2843 0.79348 0.144 0.000 0.000 0.848 0.008
#> SRR1747382 4 0.0451 0.90526 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747383 2 0.0451 0.64531 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1747384 3 0.1117 0.73213 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1747385 3 0.5058 -0.10214 0.000 0.384 0.576 0.000 0.040
#> SRR1747386 1 0.0000 0.96791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.4256 0.47125 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747388 2 0.0794 0.64764 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747390 2 0.6819 -0.72000 0.000 0.396 0.236 0.004 0.364
#> SRR1747389 2 0.5296 0.12607 0.000 0.688 0.132 0.004 0.176
#> SRR1747391 2 0.1671 0.60100 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0290 0.64401 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.1864 0.71878 0.000 0.004 0.924 0.004 0.068
#> SRR1747394 3 0.4204 0.60253 0.000 0.000 0.756 0.196 0.048
#> SRR1747395 3 0.2095 0.72571 0.000 0.012 0.920 0.008 0.060
#> SRR1747396 2 0.0404 0.64659 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747398 2 0.0510 0.64730 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747397 3 0.1830 0.72444 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1747399 4 0.2488 0.81677 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR1747400 4 0.2068 0.84668 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2308 0.84906 0.000 0.000 0.040 0.892 0.000 0.068
#> SRR1747214 4 0.2615 0.82829 0.000 0.000 0.136 0.852 0.004 0.008
#> SRR1747215 2 0.3231 0.56809 0.000 0.800 0.180 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747216 2 0.0717 0.61100 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1747217 6 0.4247 0.33615 0.000 0.000 0.296 0.000 0.040 0.664
#> SRR1747218 5 0.4769 0.08093 0.000 0.000 0.164 0.000 0.676 0.160
#> SRR1747219 6 0.4853 -0.27141 0.000 0.000 0.456 0.000 0.056 0.488
#> SRR1747220 4 0.2673 0.83312 0.000 0.000 0.132 0.852 0.004 0.012
#> SRR1747221 4 0.3551 0.75246 0.000 0.000 0.036 0.772 0.000 0.192
#> SRR1747222 4 0.1765 0.85540 0.000 0.000 0.024 0.924 0.000 0.052
#> SRR1747223 4 0.3821 0.72036 0.000 0.000 0.040 0.740 0.000 0.220
#> SRR1747224 6 0.1984 0.54525 0.000 0.000 0.056 0.000 0.032 0.912
#> SRR1747225 5 0.4721 0.41230 0.000 0.016 0.032 0.000 0.608 0.344
#> SRR1747226 2 0.3828 0.31705 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1747227 2 0.5620 0.35865 0.000 0.512 0.168 0.000 0.320 0.000
#> SRR1747228 6 0.5215 0.11949 0.000 0.000 0.096 0.004 0.332 0.568
#> SRR1747229 2 0.4336 0.18511 0.000 0.504 0.020 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.2544 0.83742 0.000 0.000 0.120 0.864 0.004 0.012
#> SRR1747232 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.1633 0.85460 0.000 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1747234 3 0.5955 0.63750 0.000 0.000 0.404 0.000 0.376 0.220
#> SRR1747235 4 0.4763 0.67220 0.172 0.000 0.136 0.688 0.004 0.000
#> SRR1747236 5 0.3956 0.42604 0.000 0.152 0.088 0.000 0.760 0.000
#> SRR1747237 2 0.5313 0.39009 0.000 0.552 0.124 0.000 0.324 0.000
#> SRR1747238 5 0.3409 0.38959 0.000 0.000 0.192 0.000 0.780 0.028
#> SRR1747239 2 0.0520 0.61003 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.5169 -0.14829 0.000 0.000 0.292 0.000 0.588 0.120
#> SRR1747242 1 0.1257 0.92957 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4223 0.68086 0.000 0.000 0.060 0.704 0.000 0.236
#> SRR1747244 6 0.3447 0.43870 0.000 0.000 0.044 0.004 0.148 0.804
#> SRR1747245 5 0.5628 0.49582 0.000 0.028 0.120 0.000 0.600 0.252
#> SRR1747246 2 0.3659 0.41991 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1747247 1 0.3807 0.25733 0.628 0.000 0.004 0.368 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1088 0.85794 0.000 0.000 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR1747250 6 0.5221 -0.24203 0.000 0.000 0.432 0.000 0.092 0.476
#> SRR1747252 4 0.2798 0.83179 0.000 0.000 0.036 0.852 0.000 0.112
#> SRR1747253 4 0.1950 0.85403 0.000 0.000 0.024 0.912 0.000 0.064
#> SRR1747254 2 0.0767 0.61126 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747255 4 0.1633 0.85460 0.000 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1747256 4 0.1511 0.85988 0.004 0.000 0.012 0.940 0.000 0.044
#> SRR1747257 2 0.4361 0.32381 0.000 0.552 0.024 0.000 0.424 0.000
#> SRR1747258 6 0.5784 -0.04953 0.000 0.000 0.192 0.000 0.332 0.476
#> SRR1747259 2 0.4609 0.31929 0.000 0.540 0.040 0.000 0.420 0.000
#> SRR1747260 3 0.5879 0.74226 0.000 0.000 0.460 0.000 0.216 0.324
#> SRR1747261 6 0.5729 -0.06629 0.000 0.008 0.324 0.000 0.148 0.520
#> SRR1747262 5 0.4329 0.44181 0.000 0.252 0.008 0.000 0.696 0.044
#> SRR1747263 2 0.5737 0.34975 0.000 0.500 0.196 0.000 0.304 0.000
#> SRR1747264 4 0.2178 0.80552 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1747265 6 0.4992 -0.33211 0.000 0.000 0.460 0.000 0.068 0.472
#> SRR1747266 5 0.5451 -0.07724 0.000 0.000 0.120 0.000 0.448 0.432
#> SRR1747267 6 0.4289 0.28559 0.000 0.000 0.340 0.004 0.024 0.632
#> SRR1747268 6 0.0951 0.54484 0.000 0.000 0.020 0.008 0.004 0.968
#> SRR1747269 5 0.4083 0.43954 0.000 0.132 0.116 0.000 0.752 0.000
#> SRR1747270 5 0.5210 0.28547 0.000 0.348 0.036 0.000 0.576 0.040
#> SRR1747271 5 0.4096 0.35160 0.000 0.304 0.008 0.000 0.672 0.016
#> SRR1747272 6 0.2724 0.49490 0.000 0.000 0.052 0.084 0.000 0.864
#> SRR1747273 4 0.2615 0.82829 0.000 0.000 0.136 0.852 0.004 0.008
#> SRR1747274 6 0.5694 0.04059 0.000 0.004 0.168 0.000 0.300 0.528
#> SRR1747275 4 0.1633 0.85460 0.000 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1747276 4 0.1633 0.85460 0.000 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1747277 5 0.4954 0.33785 0.000 0.232 0.128 0.000 0.640 0.000
#> SRR1747278 6 0.2849 0.47796 0.000 0.000 0.084 0.044 0.008 0.864
#> SRR1747280 1 0.1921 0.90212 0.916 0.000 0.052 0.032 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.1080 0.85835 0.004 0.000 0.004 0.960 0.000 0.032
#> SRR1747281 5 0.4914 0.21634 0.000 0.368 0.016 0.000 0.576 0.040
#> SRR1747282 4 0.2823 0.73304 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.5887 0.70075 0.000 0.000 0.432 0.000 0.204 0.364
#> SRR1747284 4 0.2673 0.82351 0.012 0.000 0.132 0.852 0.004 0.000
#> SRR1747285 6 0.4650 0.25093 0.000 0.000 0.220 0.000 0.104 0.676
#> SRR1747286 5 0.5595 -0.39396 0.000 0.000 0.268 0.000 0.540 0.192
#> SRR1747287 5 0.4326 0.11196 0.000 0.404 0.000 0.000 0.572 0.024
#> SRR1747288 6 0.2942 0.51569 0.000 0.000 0.132 0.032 0.000 0.836
#> SRR1747290 5 0.3960 0.47197 0.000 0.072 0.128 0.000 0.784 0.016
#> SRR1747289 5 0.3869 -0.24365 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1747291 5 0.5036 0.37796 0.000 0.288 0.052 0.000 0.632 0.028
#> SRR1747293 5 0.5519 0.47900 0.000 0.020 0.144 0.000 0.616 0.220
#> SRR1747294 2 0.4561 0.30365 0.000 0.536 0.036 0.000 0.428 0.000
#> SRR1747292 4 0.1564 0.85523 0.000 0.000 0.024 0.936 0.000 0.040
#> SRR1747295 5 0.4040 0.44697 0.000 0.112 0.132 0.000 0.756 0.000
#> SRR1747296 5 0.3301 0.40698 0.000 0.008 0.216 0.000 0.772 0.004
#> SRR1747297 2 0.0632 0.60975 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747298 5 0.5159 0.24227 0.000 0.360 0.024 0.000 0.568 0.048
#> SRR1747299 2 0.3838 0.31954 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1747300 2 0.3847 0.28212 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1747301 5 0.5000 0.04941 0.000 0.416 0.052 0.000 0.524 0.008
#> SRR1747302 2 0.0146 0.60988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747303 5 0.5658 0.43407 0.000 0.240 0.020 0.000 0.592 0.148
#> SRR1747304 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0622 0.60984 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747306 2 0.0767 0.60869 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747307 6 0.4687 0.31283 0.000 0.000 0.316 0.036 0.016 0.632
#> SRR1747308 5 0.5881 0.37192 0.000 0.048 0.172 0.000 0.608 0.172
#> SRR1747309 4 0.3529 0.74493 0.000 0.000 0.028 0.764 0.000 0.208
#> SRR1747310 4 0.5047 0.30329 0.416 0.000 0.064 0.516 0.004 0.000
#> SRR1747311 6 0.1333 0.55115 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000 0.944
#> SRR1747313 6 0.1003 0.54295 0.000 0.000 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR1747312 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5650 0.39345 0.000 0.288 0.048 0.000 0.588 0.076
#> SRR1747316 5 0.5377 0.35108 0.000 0.008 0.168 0.000 0.616 0.208
#> SRR1747318 6 0.2163 0.53938 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.892
#> SRR1747317 6 0.1708 0.52860 0.000 0.000 0.040 0.004 0.024 0.932
#> SRR1747319 6 0.4561 -0.02145 0.000 0.000 0.428 0.000 0.036 0.536
#> SRR1747320 4 0.1713 0.85895 0.000 0.000 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR1747322 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.1564 0.85523 0.000 0.000 0.024 0.936 0.000 0.040
#> SRR1747323 2 0.0000 0.60851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.4425 0.39241 0.000 0.296 0.008 0.000 0.660 0.036
#> SRR1747326 2 0.4472 0.20738 0.000 0.496 0.028 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747325 2 0.3897 0.56609 0.000 0.756 0.196 0.008 0.040 0.000
#> SRR1747327 2 0.3552 0.58391 0.000 0.800 0.116 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747328 6 0.3277 0.52815 0.000 0.000 0.128 0.020 0.024 0.828
#> SRR1747330 6 0.3514 0.41354 0.000 0.000 0.088 0.108 0.000 0.804
#> SRR1747329 5 0.5673 0.23637 0.000 0.000 0.140 0.004 0.484 0.372
#> SRR1747332 6 0.4527 0.32828 0.000 0.000 0.084 0.236 0.000 0.680
#> SRR1747331 5 0.4959 0.51390 0.000 0.016 0.140 0.000 0.688 0.156
#> SRR1747333 5 0.5608 0.50524 0.000 0.036 0.108 0.000 0.612 0.244
#> SRR1747334 2 0.3847 0.28212 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1747335 6 0.4407 0.33884 0.000 0.000 0.316 0.020 0.016 0.648
#> SRR1747336 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0146 0.60988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747338 2 0.3515 0.46537 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1747339 6 0.0725 0.54694 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR1747340 6 0.5093 0.00531 0.000 0.004 0.068 0.000 0.416 0.512
#> SRR1747341 2 0.3264 0.56646 0.000 0.796 0.184 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747342 2 0.0622 0.60984 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747343 2 0.1267 0.60227 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.4455 0.43093 0.000 0.264 0.008 0.000 0.680 0.048
#> SRR1747345 6 0.0909 0.54394 0.000 0.000 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR1747346 6 0.3794 0.38544 0.000 0.000 0.248 0.000 0.028 0.724
#> SRR1747347 2 0.5563 0.41456 0.000 0.544 0.184 0.000 0.272 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.1453 0.85129 0.040 0.000 0.008 0.944 0.000 0.008
#> SRR1747351 2 0.3409 0.49883 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747350 5 0.5602 0.47002 0.000 0.216 0.080 0.000 0.636 0.068
#> SRR1747352 4 0.3899 0.41652 0.404 0.000 0.004 0.592 0.000 0.000
#> SRR1747353 5 0.4720 0.40501 0.000 0.284 0.004 0.000 0.644 0.068
#> SRR1747354 6 0.4903 0.09397 0.000 0.000 0.380 0.000 0.068 0.552
#> SRR1747355 4 0.4768 0.13280 0.000 0.000 0.052 0.532 0.000 0.416
#> SRR1747356 6 0.4166 0.43332 0.000 0.000 0.196 0.000 0.076 0.728
#> SRR1747357 6 0.4147 0.40445 0.000 0.000 0.224 0.000 0.060 0.716
#> SRR1747358 3 0.5901 0.74672 0.000 0.000 0.472 0.000 0.256 0.272
#> SRR1747359 4 0.1515 0.85655 0.008 0.000 0.020 0.944 0.000 0.028
#> SRR1747360 5 0.4189 0.23719 0.000 0.376 0.000 0.000 0.604 0.020
#> SRR1747361 6 0.2480 0.50360 0.000 0.000 0.024 0.104 0.000 0.872
#> SRR1747362 5 0.3874 0.24547 0.000 0.356 0.000 0.000 0.636 0.008
#> SRR1747363 6 0.5990 0.16961 0.000 0.000 0.212 0.240 0.016 0.532
#> SRR1747364 4 0.2760 0.83998 0.000 0.000 0.116 0.856 0.004 0.024
#> SRR1747365 3 0.5326 0.39165 0.000 0.000 0.464 0.000 0.104 0.432
#> SRR1747366 5 0.5253 0.45058 0.000 0.224 0.104 0.000 0.648 0.024
#> SRR1747367 6 0.3078 0.47603 0.000 0.000 0.056 0.108 0.000 0.836
#> SRR1747369 2 0.0603 0.60985 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747368 6 0.4432 0.20302 0.000 0.000 0.364 0.000 0.036 0.600
#> SRR1747370 6 0.3227 0.50901 0.000 0.000 0.116 0.000 0.060 0.824
#> SRR1747372 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.1908 0.85403 0.000 0.000 0.028 0.916 0.000 0.056
#> SRR1747373 2 0.2562 0.56793 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1747374 2 0.0146 0.60988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747375 6 0.2331 0.49142 0.000 0.000 0.032 0.080 0.000 0.888
#> SRR1747376 2 0.4097 0.17240 0.000 0.500 0.008 0.000 0.492 0.000
#> SRR1747377 2 0.0405 0.60668 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.5174 0.50732 0.000 0.140 0.016 0.000 0.660 0.184
#> SRR1747379 5 0.4807 0.47974 0.000 0.008 0.068 0.000 0.644 0.280
#> SRR1747380 6 0.3695 0.39475 0.000 0.000 0.244 0.000 0.024 0.732
#> SRR1747381 4 0.3264 0.80571 0.040 0.000 0.136 0.820 0.004 0.000
#> SRR1747382 4 0.2615 0.82829 0.000 0.000 0.136 0.852 0.004 0.008
#> SRR1747383 2 0.4578 0.26464 0.000 0.520 0.036 0.000 0.444 0.000
#> SRR1747384 6 0.4035 0.38254 0.000 0.000 0.272 0.012 0.016 0.700
#> SRR1747385 5 0.5550 0.16264 0.000 0.000 0.116 0.004 0.444 0.436
#> SRR1747386 1 0.0000 0.95839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2944 0.57806 0.000 0.832 0.148 0.008 0.012 0.000
#> SRR1747388 2 0.3847 0.31613 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1747390 5 0.5135 0.36187 0.000 0.000 0.260 0.000 0.608 0.132
#> SRR1747389 5 0.5590 0.52214 0.000 0.124 0.144 0.000 0.660 0.072
#> SRR1747391 5 0.5415 0.20209 0.000 0.360 0.048 0.000 0.552 0.040
#> SRR1747392 5 0.4264 -0.20351 0.000 0.484 0.016 0.000 0.500 0.000
#> SRR1747393 6 0.5088 0.26178 0.000 0.000 0.168 0.000 0.200 0.632
#> SRR1747394 6 0.3254 0.45999 0.000 0.000 0.048 0.136 0.000 0.816
#> SRR1747395 6 0.2333 0.50814 0.000 0.000 0.060 0.004 0.040 0.896
#> SRR1747396 2 0.3847 0.28212 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1747398 2 0.4214 0.27524 0.000 0.528 0.004 0.008 0.460 0.000
#> SRR1747397 6 0.1003 0.54290 0.000 0.000 0.020 0.016 0.000 0.964
#> SRR1747399 4 0.3395 0.80732 0.056 0.000 0.124 0.816 0.004 0.000
#> SRR1747400 4 0.3229 0.81644 0.048 0.000 0.120 0.828 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.923 0.926 0.970 0.4246 0.578 0.578
#> 3 3 0.604 0.729 0.876 0.3451 0.846 0.740
#> 4 4 0.441 0.438 0.736 0.2112 0.746 0.494
#> 5 5 0.516 0.446 0.685 0.1024 0.765 0.390
#> 6 6 0.578 0.473 0.718 0.0422 0.916 0.676
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.6148 0.802 0.848 0.152
#> SRR1747214 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.0672 0.966 0.008 0.992
#> SRR1747220 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.9248 0.497 0.660 0.340
#> SRR1747244 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.0672 0.966 0.008 0.992
#> SRR1747266 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.5629 0.837 0.132 0.868
#> SRR1747268 2 0.3879 0.902 0.076 0.924
#> SRR1747269 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.9323 0.462 0.348 0.652
#> SRR1747273 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.3584 0.910 0.068 0.932
#> SRR1747280 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.9522 0.422 0.628 0.372
#> SRR1747290 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.9491 0.413 0.368 0.632
#> SRR1747308 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.3274 0.918 0.060 0.940
#> SRR1747313 2 0.2603 0.934 0.044 0.956
#> SRR1747312 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747317 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747319 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.6531 0.789 0.168 0.832
#> SRR1747330 2 0.9129 0.508 0.328 0.672
#> SRR1747329 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.8327 0.642 0.736 0.264
#> SRR1747331 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.7950 0.678 0.240 0.760
#> SRR1747336 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.4161 0.893 0.084 0.916
#> SRR1747340 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.0672 0.966 0.008 0.992
#> SRR1747346 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.9881 0.238 0.564 0.436
#> SRR1747356 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.9710 0.327 0.400 0.600
#> SRR1747362 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.9775 0.292 0.412 0.588
#> SRR1747364 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747367 2 0.9944 0.147 0.456 0.544
#> SRR1747369 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.8861 0.571 0.696 0.304
#> SRR1747376 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.1414 0.956 0.020 0.980
#> SRR1747385 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.9522 0.422 0.628 0.372
#> SRR1747395 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.5519 0.841 0.128 0.872
#> SRR1747399 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.5816 0.67212 0.752 0.024 0.224
#> SRR1747214 1 0.1860 0.86426 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747215 2 0.1289 0.84514 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747216 2 0.0424 0.84816 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747217 2 0.4848 0.77864 0.036 0.836 0.128
#> SRR1747218 2 0.4346 0.74177 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747219 3 0.1832 0.67742 0.008 0.036 0.956
#> SRR1747220 1 0.6008 0.53882 0.628 0.000 0.372
#> SRR1747221 1 0.3039 0.84192 0.920 0.044 0.036
#> SRR1747222 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.2689 0.85186 0.932 0.036 0.032
#> SRR1747224 2 0.1289 0.84153 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747225 2 0.1163 0.84298 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747226 2 0.1289 0.84644 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747227 2 0.2165 0.83897 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747228 2 0.1964 0.84218 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747229 2 0.2066 0.84112 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747230 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.5678 0.61703 0.684 0.000 0.316
#> SRR1747232 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0592 0.88935 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747234 3 0.6111 0.44308 0.000 0.396 0.604
#> SRR1747235 3 0.6225 -0.16221 0.432 0.000 0.568
#> SRR1747236 3 0.3551 0.69489 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747237 2 0.4974 0.67641 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747238 3 0.6235 0.33986 0.000 0.436 0.564
#> SRR1747239 2 0.0747 0.84925 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747240 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.1643 0.68661 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747242 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.6836 0.52113 0.704 0.240 0.056
#> SRR1747244 2 0.1411 0.84475 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747245 2 0.2165 0.84017 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747246 2 0.0747 0.84781 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747247 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0424 0.89071 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747250 2 0.5905 0.45439 0.000 0.648 0.352
#> SRR1747252 1 0.1315 0.88262 0.972 0.008 0.020
#> SRR1747253 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.4654 0.71392 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747255 1 0.0592 0.88935 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747256 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.4399 0.74041 0.000 0.812 0.188
#> SRR1747258 2 0.5327 0.59472 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747259 2 0.5431 0.59314 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747260 3 0.4235 0.69118 0.000 0.176 0.824
#> SRR1747261 2 0.2261 0.83671 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747262 2 0.1860 0.84076 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747263 2 0.2165 0.84017 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747264 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.2152 0.67191 0.016 0.036 0.948
#> SRR1747266 2 0.1031 0.84733 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747267 2 0.9408 0.00941 0.200 0.492 0.308
#> SRR1747268 2 0.5295 0.69023 0.156 0.808 0.036
#> SRR1747269 3 0.6204 0.42047 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747270 2 0.5810 0.49057 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747271 2 0.0592 0.84918 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747272 2 0.7074 0.08218 0.480 0.500 0.020
#> SRR1747273 3 0.2165 0.61700 0.064 0.000 0.936
#> SRR1747274 2 0.2959 0.81634 0.000 0.900 0.100
#> SRR1747275 1 0.0592 0.88935 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747276 1 0.0424 0.89120 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747277 3 0.6299 0.20970 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747278 2 0.3832 0.78548 0.076 0.888 0.036
#> SRR1747280 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0237 0.89267 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747281 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747282 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.1529 0.68441 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747284 1 0.6140 0.48595 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747285 2 0.4110 0.75813 0.004 0.844 0.152
#> SRR1747286 3 0.1411 0.68064 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747287 2 0.4346 0.74512 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747288 1 0.7276 0.60288 0.704 0.104 0.192
#> SRR1747290 2 0.5733 0.47535 0.000 0.676 0.324
#> SRR1747289 2 0.6260 0.03044 0.000 0.552 0.448
#> SRR1747291 2 0.1860 0.84333 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747293 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747294 2 0.2356 0.83564 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747292 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.6244 0.12348 0.000 0.560 0.440
#> SRR1747296 3 0.5968 0.50065 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747297 2 0.0892 0.84550 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747298 2 0.1289 0.84664 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747299 2 0.0592 0.84755 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747300 2 0.0892 0.84732 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747301 2 0.1643 0.84588 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747302 2 0.0747 0.84781 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747303 2 0.0592 0.84760 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747304 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1964 0.84084 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747306 2 0.1289 0.84645 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747307 3 0.5371 0.56487 0.140 0.048 0.812
#> SRR1747308 2 0.4346 0.74617 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747309 1 0.0424 0.89120 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747310 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.5402 0.67078 0.180 0.792 0.028
#> SRR1747313 2 0.5633 0.63030 0.208 0.768 0.024
#> SRR1747312 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.1031 0.84369 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747316 2 0.2356 0.83469 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747318 2 0.4449 0.78386 0.100 0.860 0.040
#> SRR1747317 2 0.1643 0.84428 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747319 3 0.4605 0.67320 0.000 0.204 0.796
#> SRR1747320 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0747 0.88859 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747323 2 0.0747 0.84674 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747324 2 0.0892 0.84735 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747326 2 0.1289 0.84085 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747325 2 0.1753 0.84333 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747327 2 0.2066 0.83977 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747328 2 0.6203 0.64616 0.184 0.760 0.056
#> SRR1747330 2 0.5967 0.58027 0.216 0.752 0.032
#> SRR1747329 2 0.1860 0.84309 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747332 1 0.7276 0.44141 0.564 0.032 0.404
#> SRR1747331 3 0.6267 0.32743 0.000 0.452 0.548
#> SRR1747333 2 0.1163 0.84235 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747334 2 0.1031 0.84416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747335 2 0.8486 0.23073 0.348 0.548 0.104
#> SRR1747336 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0747 0.84953 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747338 2 0.0892 0.84732 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747339 2 0.4519 0.74696 0.116 0.852 0.032
#> SRR1747340 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747341 2 0.1964 0.84137 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747342 2 0.1860 0.84345 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747343 2 0.1643 0.84558 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747344 2 0.1163 0.84714 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747345 2 0.2810 0.82202 0.036 0.928 0.036
#> SRR1747346 2 0.4249 0.79843 0.028 0.864 0.108
#> SRR1747347 2 0.2537 0.83070 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747348 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.1289 0.84814 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747350 2 0.4235 0.73917 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747352 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0592 0.84930 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747354 2 0.6079 0.29517 0.000 0.612 0.388
#> SRR1747355 1 0.7318 0.40660 0.668 0.264 0.068
#> SRR1747356 2 0.5621 0.52943 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747357 2 0.6079 0.30320 0.000 0.612 0.388
#> SRR1747358 3 0.1411 0.68126 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747359 1 0.0237 0.89253 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747360 2 0.1643 0.84411 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747361 1 0.7491 -0.05909 0.492 0.472 0.036
#> SRR1747362 2 0.0592 0.84844 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747363 1 0.8227 0.09160 0.536 0.384 0.080
#> SRR1747364 1 0.1031 0.88393 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747365 3 0.6154 0.41667 0.000 0.408 0.592
#> SRR1747366 2 0.6154 0.22552 0.000 0.592 0.408
#> SRR1747367 1 0.6521 0.34095 0.644 0.340 0.016
#> SRR1747369 2 0.2625 0.82120 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747368 2 0.7616 0.39583 0.072 0.636 0.292
#> SRR1747370 2 0.1163 0.84754 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747372 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1163 0.84758 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747374 2 0.0592 0.84755 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747375 1 0.3846 0.77967 0.876 0.108 0.016
#> SRR1747376 2 0.0747 0.84686 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747377 2 0.1163 0.84772 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747378 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747379 2 0.1643 0.84428 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747380 2 0.4818 0.78407 0.048 0.844 0.108
#> SRR1747381 1 0.0747 0.88628 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747382 1 0.0424 0.89107 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747383 2 0.1643 0.84497 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747384 2 0.7031 0.58557 0.196 0.716 0.088
#> SRR1747385 2 0.1643 0.84398 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747386 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1529 0.84576 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747388 2 0.3619 0.78070 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747390 3 0.6180 0.39572 0.000 0.416 0.584
#> SRR1747389 2 0.6008 0.36134 0.000 0.628 0.372
#> SRR1747391 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747392 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747393 2 0.2496 0.83200 0.004 0.928 0.068
#> SRR1747394 1 0.4277 0.74168 0.852 0.132 0.016
#> SRR1747395 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747396 2 0.1411 0.83969 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747398 2 0.3619 0.78447 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747397 2 0.7067 0.29016 0.376 0.596 0.028
#> SRR1747399 1 0.0000 0.89398 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.6298 0.50987 0.608 0.004 0.388
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 3 0.7576 -0.33368 0.204 0.000 0.452 0.344
#> SRR1747214 1 0.4206 0.68256 0.816 0.000 0.136 0.048
#> SRR1747215 3 0.5000 0.09981 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747216 2 0.2704 0.56506 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1747217 3 0.4604 0.50534 0.040 0.168 0.788 0.004
#> SRR1747218 3 0.5298 0.26856 0.000 0.372 0.612 0.016
#> SRR1747219 4 0.3400 0.66475 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747220 4 0.6513 0.63542 0.176 0.000 0.184 0.640
#> SRR1747221 1 0.5112 0.38785 0.648 0.340 0.004 0.008
#> SRR1747222 1 0.0000 0.84241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.4695 0.54155 0.732 0.252 0.004 0.012
#> SRR1747224 2 0.1509 0.58848 0.008 0.960 0.012 0.020
#> SRR1747225 2 0.0376 0.58595 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747226 2 0.5039 0.19576 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR1747227 3 0.4950 0.32282 0.000 0.376 0.620 0.004
#> SRR1747228 2 0.5085 0.17170 0.000 0.616 0.376 0.008
#> SRR1747229 3 0.4356 0.41220 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1747230 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747231 1 0.7172 0.15458 0.532 0.000 0.304 0.164
#> SRR1747232 1 0.0336 0.84158 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747233 1 0.0927 0.83598 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1747234 3 0.2944 0.33680 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR1747235 4 0.6432 0.58521 0.236 0.000 0.128 0.636
#> SRR1747236 3 0.7676 0.08954 0.000 0.308 0.452 0.240
#> SRR1747237 3 0.6100 0.43295 0.000 0.272 0.644 0.084
#> SRR1747238 3 0.4378 0.48026 0.000 0.164 0.796 0.040
#> SRR1747239 2 0.3837 0.48787 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1747240 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747241 3 0.4564 0.00119 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747242 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747243 1 0.6412 0.27111 0.584 0.060 0.348 0.008
#> SRR1747244 2 0.4444 0.49699 0.020 0.788 0.184 0.008
#> SRR1747245 2 0.4855 0.10286 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1747246 2 0.4250 0.43957 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1747247 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747248 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747249 1 0.3208 0.70824 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1747250 3 0.7050 0.37463 0.000 0.252 0.568 0.180
#> SRR1747252 1 0.7623 0.05446 0.484 0.196 0.004 0.316
#> SRR1747253 1 0.1022 0.83115 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747254 3 0.4769 0.38817 0.000 0.308 0.684 0.008
#> SRR1747255 1 0.0672 0.83892 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1747256 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747257 3 0.4836 0.41277 0.000 0.320 0.672 0.008
#> SRR1747258 2 0.4599 0.45998 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR1747259 3 0.3143 0.51250 0.000 0.100 0.876 0.024
#> SRR1747260 4 0.5543 0.49255 0.000 0.028 0.360 0.612
#> SRR1747261 3 0.5250 0.21042 0.000 0.440 0.552 0.008
#> SRR1747262 2 0.2124 0.58135 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1747263 3 0.5000 0.09405 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1747264 1 0.0336 0.84074 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747265 4 0.4018 0.65529 0.000 0.004 0.224 0.772
#> SRR1747266 2 0.3249 0.51723 0.000 0.852 0.008 0.140
#> SRR1747267 4 0.8174 0.17349 0.008 0.320 0.304 0.368
#> SRR1747268 2 0.2553 0.57482 0.060 0.916 0.016 0.008
#> SRR1747269 2 0.7782 -0.01752 0.000 0.424 0.312 0.264
#> SRR1747270 3 0.7211 0.43253 0.000 0.248 0.548 0.204
#> SRR1747271 3 0.4985 0.03644 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747272 1 0.6112 0.08275 0.500 0.464 0.016 0.020
#> SRR1747273 4 0.5008 0.67022 0.040 0.000 0.228 0.732
#> SRR1747274 2 0.3301 0.57578 0.000 0.876 0.076 0.048
#> SRR1747275 1 0.0336 0.84074 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747276 1 0.0524 0.83952 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1747277 3 0.4158 0.18404 0.000 0.008 0.768 0.224
#> SRR1747278 2 0.5330 0.29899 0.332 0.648 0.012 0.008
#> SRR1747280 1 0.0707 0.83745 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747279 1 0.0657 0.83999 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747281 2 0.1302 0.58535 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747282 1 0.0188 0.84184 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747283 3 0.2216 0.33422 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747284 1 0.6462 0.25310 0.580 0.000 0.088 0.332
#> SRR1747285 3 0.5512 -0.00537 0.000 0.488 0.496 0.016
#> SRR1747286 3 0.5764 -0.31395 0.000 0.028 0.520 0.452
#> SRR1747287 2 0.5599 0.18955 0.000 0.616 0.352 0.032
#> SRR1747288 4 0.7817 0.47003 0.196 0.256 0.020 0.528
#> SRR1747290 3 0.5906 0.10442 0.000 0.436 0.528 0.036
#> SRR1747289 3 0.6140 0.04765 0.000 0.452 0.500 0.048
#> SRR1747291 2 0.4250 0.37561 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1747293 2 0.2124 0.57983 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1747294 3 0.3751 0.49676 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR1747292 1 0.0336 0.84074 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747295 3 0.5995 0.37087 0.000 0.256 0.660 0.084
#> SRR1747296 3 0.4313 0.16522 0.000 0.004 0.736 0.260
#> SRR1747297 2 0.2011 0.57721 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747298 2 0.3764 0.47125 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1747299 2 0.3801 0.49660 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1747300 2 0.4973 0.29750 0.000 0.644 0.348 0.008
#> SRR1747301 3 0.4193 0.44771 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1747302 2 0.4866 0.22037 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1747303 2 0.2216 0.57186 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.84241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.4746 0.21336 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1747306 2 0.4049 0.48950 0.000 0.780 0.212 0.008
#> SRR1747307 4 0.6881 0.62948 0.136 0.024 0.188 0.652
#> SRR1747308 3 0.3539 0.50150 0.000 0.176 0.820 0.004
#> SRR1747309 1 0.3697 0.72062 0.852 0.100 0.000 0.048
#> SRR1747310 1 0.1022 0.83192 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747311 2 0.6174 0.39136 0.140 0.696 0.008 0.156
#> SRR1747313 1 0.5588 0.02394 0.508 0.476 0.008 0.008
#> SRR1747312 1 0.0000 0.84241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747315 2 0.2530 0.56753 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1747316 2 0.5070 0.06949 0.000 0.580 0.416 0.004
#> SRR1747318 2 0.7496 0.06823 0.160 0.512 0.320 0.008
#> SRR1747317 2 0.6356 0.29024 0.068 0.636 0.284 0.012
#> SRR1747319 3 0.4781 0.03637 0.000 0.004 0.660 0.336
#> SRR1747320 1 0.0376 0.84178 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747322 1 0.0000 0.84241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.2271 0.78869 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1747323 2 0.4996 0.05059 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1747324 2 0.3351 0.53804 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR1747326 2 0.4049 0.50575 0.000 0.780 0.212 0.008
#> SRR1747325 3 0.4961 0.21798 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1747327 2 0.4830 0.12303 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1747328 2 0.6228 0.19353 0.008 0.604 0.336 0.052
#> SRR1747330 2 0.5160 0.47174 0.184 0.756 0.052 0.008
#> SRR1747329 2 0.4792 0.27617 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1747332 4 0.6240 0.56822 0.196 0.124 0.004 0.676
#> SRR1747331 2 0.5300 0.18555 0.000 0.580 0.012 0.408
#> SRR1747333 2 0.2796 0.57007 0.004 0.892 0.096 0.008
#> SRR1747334 2 0.4228 0.46434 0.000 0.760 0.232 0.008
#> SRR1747335 3 0.7789 0.11044 0.016 0.384 0.448 0.152
#> SRR1747336 1 0.0592 0.83943 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747337 3 0.4996 -0.00543 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1747338 2 0.4933 0.13102 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1747339 2 0.4113 0.53704 0.124 0.832 0.036 0.008
#> SRR1747340 2 0.0804 0.58687 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1747341 3 0.4040 0.46039 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1747342 3 0.4950 0.28942 0.000 0.376 0.620 0.004
#> SRR1747343 3 0.4830 0.26807 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1747344 2 0.4776 0.27136 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1747345 2 0.2731 0.54308 0.008 0.896 0.004 0.092
#> SRR1747346 3 0.8009 0.25132 0.216 0.328 0.444 0.012
#> SRR1747347 3 0.3172 0.50351 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.84241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0336 0.84074 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747351 3 0.4907 0.22509 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1747350 2 0.2796 0.57170 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR1747352 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747353 2 0.3831 0.48771 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR1747354 2 0.6409 0.24566 0.000 0.560 0.076 0.364
#> SRR1747355 1 0.7135 0.07477 0.488 0.116 0.392 0.004
#> SRR1747356 2 0.4955 0.35776 0.000 0.648 0.008 0.344
#> SRR1747357 2 0.5387 0.26037 0.000 0.584 0.016 0.400
#> SRR1747358 4 0.3908 0.65628 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR1747359 1 0.1576 0.81522 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1747360 2 0.2610 0.54966 0.000 0.900 0.012 0.088
#> SRR1747361 2 0.8171 -0.00395 0.344 0.396 0.248 0.012
#> SRR1747362 2 0.1637 0.58732 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747363 3 0.5831 0.06515 0.348 0.024 0.616 0.012
#> SRR1747364 1 0.1576 0.82136 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1747365 3 0.3982 0.23909 0.000 0.004 0.776 0.220
#> SRR1747366 2 0.7472 0.10019 0.000 0.504 0.264 0.232
#> SRR1747367 1 0.6486 0.23290 0.556 0.372 0.004 0.068
#> SRR1747369 2 0.5296 -0.01718 0.000 0.496 0.496 0.008
#> SRR1747368 4 0.8383 0.23568 0.108 0.360 0.076 0.456
#> SRR1747370 2 0.2542 0.55145 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1747372 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747371 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747373 2 0.4992 0.06565 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1747374 2 0.4222 0.44826 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1747375 1 0.1256 0.82259 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1747376 2 0.0927 0.58585 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747377 3 0.4967 0.12428 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1747378 2 0.1004 0.58755 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1747379 2 0.3400 0.49519 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747380 3 0.8201 0.26324 0.260 0.288 0.436 0.016
#> SRR1747381 1 0.2722 0.77720 0.904 0.000 0.064 0.032
#> SRR1747382 1 0.2329 0.78703 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1747383 3 0.4866 0.27597 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1747384 3 0.7513 0.35262 0.260 0.180 0.548 0.012
#> SRR1747385 2 0.6616 0.33302 0.092 0.612 0.288 0.008
#> SRR1747386 1 0.0188 0.84257 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747387 2 0.4994 -0.06256 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747388 2 0.5204 0.22538 0.000 0.612 0.376 0.012
#> SRR1747390 3 0.6583 0.15153 0.000 0.084 0.528 0.388
#> SRR1747389 2 0.7497 0.14033 0.000 0.500 0.260 0.240
#> SRR1747391 2 0.2198 0.58411 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1747392 2 0.0927 0.58740 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747393 2 0.6037 0.47777 0.024 0.720 0.172 0.084
#> SRR1747394 2 0.7557 -0.08174 0.400 0.432 0.004 0.164
#> SRR1747395 2 0.6454 0.24388 0.060 0.572 0.360 0.008
#> SRR1747396 2 0.2918 0.56175 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR1747398 2 0.6407 0.20217 0.000 0.544 0.384 0.072
#> SRR1747397 1 0.6071 0.11061 0.500 0.464 0.008 0.028
#> SRR1747399 1 0.0336 0.84158 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747400 4 0.4886 0.54401 0.244 0.016 0.008 0.732
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 3 0.5662 0.55467 0.016 0.004 0.576 0.044 0.360
#> SRR1747214 4 0.4490 0.32978 0.000 0.004 0.404 0.588 0.004
#> SRR1747215 5 0.3450 0.51846 0.008 0.176 0.008 0.000 0.808
#> SRR1747216 5 0.5434 0.42644 0.208 0.136 0.000 0.000 0.656
#> SRR1747217 2 0.6512 0.41599 0.000 0.616 0.060 0.124 0.200
#> SRR1747218 2 0.1018 0.65559 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR1747219 3 0.1990 0.58000 0.068 0.004 0.920 0.000 0.008
#> SRR1747220 3 0.3800 0.60051 0.052 0.000 0.836 0.028 0.084
#> SRR1747221 4 0.5611 0.32783 0.328 0.012 0.000 0.596 0.064
#> SRR1747222 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.5829 0.39876 0.284 0.012 0.000 0.608 0.096
#> SRR1747224 5 0.5071 0.08511 0.424 0.036 0.000 0.000 0.540
#> SRR1747225 5 0.5692 -0.04542 0.448 0.080 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747226 2 0.4461 0.56023 0.220 0.728 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747227 5 0.3814 0.48980 0.000 0.124 0.068 0.000 0.808
#> SRR1747228 5 0.1285 0.53357 0.004 0.036 0.004 0.000 0.956
#> SRR1747229 2 0.1612 0.65870 0.012 0.948 0.016 0.000 0.024
#> SRR1747230 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.7441 -0.08311 0.040 0.000 0.340 0.396 0.224
#> SRR1747232 4 0.0671 0.80688 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR1747233 4 0.0290 0.80881 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747234 3 0.5818 0.17717 0.000 0.444 0.464 0.000 0.092
#> SRR1747235 3 0.4254 0.48119 0.064 0.004 0.776 0.156 0.000
#> SRR1747236 2 0.1768 0.64230 0.072 0.924 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747237 5 0.5447 0.29711 0.000 0.168 0.172 0.000 0.660
#> SRR1747238 2 0.2124 0.63403 0.000 0.916 0.056 0.000 0.028
#> SRR1747239 2 0.6525 0.18887 0.264 0.484 0.000 0.000 0.252
#> SRR1747240 4 0.0671 0.80741 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR1747241 3 0.4522 0.62550 0.000 0.044 0.708 0.000 0.248
#> SRR1747242 4 0.0404 0.80803 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747243 4 0.4888 0.21130 0.004 0.000 0.016 0.508 0.472
#> SRR1747244 5 0.5232 0.48513 0.144 0.056 0.000 0.064 0.736
#> SRR1747245 5 0.2581 0.50848 0.048 0.020 0.028 0.000 0.904
#> SRR1747246 2 0.6071 0.29639 0.284 0.556 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747247 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0451 0.80797 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1747249 4 0.3664 0.70776 0.004 0.000 0.120 0.824 0.052
#> SRR1747250 5 0.5176 -0.21765 0.004 0.036 0.400 0.000 0.560
#> SRR1747252 1 0.6451 0.22968 0.604 0.016 0.124 0.240 0.016
#> SRR1747253 4 0.3266 0.67618 0.200 0.004 0.000 0.796 0.000
#> SRR1747254 2 0.1646 0.65882 0.020 0.944 0.004 0.000 0.032
#> SRR1747255 4 0.1408 0.79546 0.008 0.000 0.000 0.948 0.044
#> SRR1747256 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.5149 0.41362 0.000 0.216 0.104 0.000 0.680
#> SRR1747258 1 0.6827 0.41374 0.572 0.088 0.092 0.000 0.248
#> SRR1747259 2 0.6164 -0.06644 0.000 0.492 0.368 0.000 0.140
#> SRR1747260 3 0.4777 0.27507 0.008 0.436 0.548 0.000 0.008
#> SRR1747261 5 0.4134 0.42940 0.008 0.264 0.008 0.000 0.720
#> SRR1747262 5 0.5915 0.25738 0.324 0.124 0.000 0.000 0.552
#> SRR1747263 5 0.2653 0.53129 0.000 0.096 0.024 0.000 0.880
#> SRR1747264 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.2819 0.59917 0.052 0.004 0.884 0.000 0.060
#> SRR1747266 1 0.5252 0.38939 0.616 0.068 0.000 0.000 0.316
#> SRR1747267 5 0.5626 -0.00108 0.092 0.000 0.336 0.000 0.572
#> SRR1747268 5 0.5886 0.24344 0.316 0.044 0.000 0.044 0.596
#> SRR1747269 2 0.5039 0.52715 0.116 0.700 0.184 0.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.7504 0.28022 0.188 0.456 0.064 0.000 0.292
#> SRR1747271 2 0.1836 0.67816 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747272 4 0.6853 -0.06160 0.276 0.300 0.000 0.420 0.004
#> SRR1747273 3 0.1764 0.59044 0.036 0.012 0.940 0.012 0.000
#> SRR1747274 1 0.5685 0.39165 0.640 0.116 0.008 0.000 0.236
#> SRR1747275 4 0.0162 0.80928 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747276 4 0.0162 0.80928 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747277 3 0.5556 0.60255 0.000 0.108 0.616 0.000 0.276
#> SRR1747278 4 0.8040 -0.26641 0.304 0.112 0.000 0.388 0.196
#> SRR1747280 4 0.1670 0.78992 0.012 0.000 0.052 0.936 0.000
#> SRR1747279 4 0.1082 0.80118 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028
#> SRR1747281 5 0.4687 0.35975 0.288 0.040 0.000 0.000 0.672
#> SRR1747282 4 0.0162 0.80918 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747283 3 0.6468 0.27989 0.000 0.360 0.452 0.000 0.188
#> SRR1747284 4 0.5498 0.34176 0.060 0.004 0.380 0.556 0.000
#> SRR1747285 2 0.0898 0.66412 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747286 2 0.4679 0.21420 0.032 0.652 0.316 0.000 0.000
#> SRR1747287 5 0.3593 0.54675 0.052 0.096 0.012 0.000 0.840
#> SRR1747288 3 0.7636 0.27227 0.228 0.016 0.492 0.216 0.048
#> SRR1747290 2 0.1569 0.67001 0.012 0.948 0.008 0.000 0.032
#> SRR1747289 2 0.0960 0.66045 0.016 0.972 0.004 0.000 0.008
#> SRR1747291 5 0.3966 0.52452 0.132 0.072 0.000 0.000 0.796
#> SRR1747293 5 0.4197 0.40089 0.244 0.028 0.000 0.000 0.728
#> SRR1747294 5 0.6157 0.02416 0.000 0.364 0.140 0.000 0.496
#> SRR1747292 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.4130 0.32503 0.000 0.696 0.292 0.000 0.012
#> SRR1747296 3 0.5852 0.57278 0.000 0.136 0.584 0.000 0.280
#> SRR1747297 5 0.4453 0.44350 0.228 0.048 0.000 0.000 0.724
#> SRR1747298 5 0.3980 0.52857 0.128 0.076 0.000 0.000 0.796
#> SRR1747299 5 0.6752 0.11881 0.264 0.352 0.000 0.000 0.384
#> SRR1747300 2 0.4843 0.43030 0.292 0.660 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747301 2 0.5225 0.34786 0.016 0.576 0.024 0.000 0.384
#> SRR1747302 2 0.3909 0.56185 0.216 0.760 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747303 5 0.4240 0.45244 0.228 0.036 0.000 0.000 0.736
#> SRR1747304 4 0.0162 0.80918 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747305 5 0.3410 0.54644 0.068 0.092 0.000 0.000 0.840
#> SRR1747306 5 0.6201 0.32657 0.216 0.232 0.000 0.000 0.552
#> SRR1747307 1 0.6612 -0.23082 0.484 0.144 0.356 0.016 0.000
#> SRR1747308 2 0.3795 0.58852 0.036 0.840 0.064 0.000 0.060
#> SRR1747309 4 0.4203 0.66624 0.188 0.000 0.000 0.760 0.052
#> SRR1747310 4 0.1997 0.78923 0.036 0.000 0.040 0.924 0.000
#> SRR1747311 1 0.4059 0.50550 0.808 0.068 0.000 0.012 0.112
#> SRR1747313 4 0.4372 0.63525 0.100 0.120 0.000 0.776 0.004
#> SRR1747312 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.3527 0.48516 0.172 0.024 0.000 0.000 0.804
#> SRR1747316 5 0.1205 0.51103 0.000 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1747318 4 0.7611 0.06657 0.092 0.048 0.040 0.420 0.400
#> SRR1747317 4 0.7937 -0.03845 0.140 0.136 0.000 0.404 0.320
#> SRR1747319 3 0.6216 0.60958 0.032 0.128 0.640 0.004 0.196
#> SRR1747320 4 0.0290 0.80862 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747322 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.2848 0.73493 0.000 0.000 0.028 0.868 0.104
#> SRR1747323 2 0.2830 0.67302 0.044 0.876 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747324 2 0.5761 0.15025 0.420 0.492 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747326 5 0.6495 0.24447 0.204 0.328 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747325 5 0.3848 0.49907 0.000 0.172 0.040 0.000 0.788
#> SRR1747327 5 0.1251 0.53625 0.008 0.036 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747328 5 0.2043 0.52147 0.048 0.012 0.008 0.004 0.928
#> SRR1747330 5 0.6247 0.24464 0.240 0.016 0.000 0.152 0.592
#> SRR1747329 5 0.2012 0.51430 0.060 0.020 0.000 0.000 0.920
#> SRR1747332 1 0.5527 -0.06642 0.592 0.004 0.352 0.028 0.024
#> SRR1747331 1 0.3664 0.49461 0.840 0.024 0.040 0.000 0.096
#> SRR1747333 5 0.5126 0.34808 0.300 0.064 0.000 0.000 0.636
#> SRR1747334 2 0.5095 0.25596 0.400 0.560 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747335 5 0.5677 0.21093 0.212 0.004 0.116 0.008 0.660
#> SRR1747336 4 0.1571 0.78779 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR1747337 2 0.1399 0.67355 0.028 0.952 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747338 2 0.2293 0.66415 0.084 0.900 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747339 5 0.6871 0.01595 0.336 0.024 0.000 0.164 0.476
#> SRR1747340 5 0.5432 0.09680 0.392 0.064 0.000 0.000 0.544
#> SRR1747341 5 0.4816 -0.14230 0.008 0.488 0.008 0.000 0.496
#> SRR1747342 2 0.4380 0.54837 0.032 0.708 0.000 0.000 0.260
#> SRR1747343 2 0.2964 0.66723 0.024 0.856 0.000 0.000 0.120
#> SRR1747344 2 0.5949 0.46470 0.172 0.588 0.000 0.000 0.240
#> SRR1747345 1 0.5227 0.15029 0.508 0.044 0.000 0.000 0.448
#> SRR1747346 5 0.9573 -0.11088 0.132 0.216 0.120 0.200 0.332
#> SRR1747347 2 0.5233 0.39887 0.000 0.636 0.076 0.000 0.288
#> SRR1747348 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0451 0.80918 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747351 2 0.4405 0.52022 0.020 0.696 0.004 0.000 0.280
#> SRR1747350 5 0.5750 0.24005 0.332 0.060 0.020 0.000 0.588
#> SRR1747352 4 0.0671 0.80829 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR1747353 5 0.4364 0.51252 0.148 0.088 0.000 0.000 0.764
#> SRR1747354 3 0.6192 0.15026 0.108 0.012 0.532 0.000 0.348
#> SRR1747355 5 0.5160 0.15624 0.004 0.000 0.060 0.288 0.648
#> SRR1747356 1 0.5663 0.49506 0.704 0.064 0.080 0.000 0.152
#> SRR1747357 1 0.6475 0.47111 0.616 0.048 0.152 0.000 0.184
#> SRR1747358 3 0.1444 0.58913 0.040 0.012 0.948 0.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.3519 0.71790 0.028 0.000 0.008 0.828 0.136
#> SRR1747360 1 0.5626 0.33784 0.572 0.092 0.000 0.000 0.336
#> SRR1747361 5 0.2891 0.46727 0.004 0.004 0.012 0.112 0.868
#> SRR1747362 5 0.5606 0.31307 0.296 0.104 0.000 0.000 0.600
#> SRR1747363 4 0.7618 -0.13028 0.000 0.056 0.216 0.392 0.336
#> SRR1747364 4 0.2438 0.78185 0.032 0.008 0.044 0.912 0.004
#> SRR1747365 3 0.6480 0.46806 0.016 0.124 0.488 0.000 0.372
#> SRR1747366 2 0.8191 0.20635 0.164 0.412 0.196 0.000 0.228
#> SRR1747367 4 0.6043 0.26226 0.308 0.128 0.000 0.560 0.004
#> SRR1747369 2 0.0727 0.66534 0.012 0.980 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747368 3 0.5887 0.46642 0.140 0.036 0.716 0.044 0.064
#> SRR1747370 1 0.5441 0.35836 0.596 0.080 0.000 0.000 0.324
#> SRR1747372 4 0.0451 0.80797 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1981 0.67747 0.048 0.924 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747374 2 0.6417 0.20016 0.280 0.504 0.000 0.000 0.216
#> SRR1747375 4 0.2053 0.78609 0.040 0.016 0.000 0.928 0.016
#> SRR1747376 1 0.6718 0.14492 0.412 0.260 0.000 0.000 0.328
#> SRR1747377 2 0.1597 0.67476 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747378 1 0.6619 0.01505 0.392 0.216 0.000 0.000 0.392
#> SRR1747379 5 0.3284 0.51322 0.148 0.024 0.000 0.000 0.828
#> SRR1747380 5 0.9631 -0.16214 0.132 0.248 0.108 0.240 0.272
#> SRR1747381 4 0.4088 0.57166 0.004 0.000 0.276 0.712 0.008
#> SRR1747382 4 0.4375 0.30316 0.004 0.000 0.420 0.576 0.000
#> SRR1747383 5 0.4737 0.19233 0.016 0.380 0.004 0.000 0.600
#> SRR1747384 2 0.8049 0.10005 0.020 0.376 0.052 0.212 0.340
#> SRR1747385 5 0.5549 0.51576 0.104 0.112 0.000 0.064 0.720
#> SRR1747386 4 0.0000 0.80946 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747387 5 0.4673 0.46014 0.020 0.288 0.012 0.000 0.680
#> SRR1747388 2 0.6356 0.53555 0.076 0.648 0.148 0.000 0.128
#> SRR1747390 3 0.8117 0.46431 0.184 0.132 0.388 0.000 0.296
#> SRR1747389 5 0.7872 0.29114 0.184 0.136 0.212 0.000 0.468
#> SRR1747391 5 0.5082 0.38207 0.260 0.076 0.000 0.000 0.664
#> SRR1747392 5 0.5644 0.22934 0.328 0.096 0.000 0.000 0.576
#> SRR1747393 1 0.6237 0.03907 0.516 0.376 0.012 0.004 0.092
#> SRR1747394 1 0.4847 0.42735 0.732 0.036 0.000 0.200 0.032
#> SRR1747395 2 0.6267 0.42034 0.248 0.612 0.000 0.096 0.044
#> SRR1747396 2 0.6296 -0.05665 0.408 0.440 0.000 0.000 0.152
#> SRR1747398 2 0.3910 0.52658 0.272 0.720 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747397 4 0.6176 0.21229 0.356 0.088 0.000 0.536 0.020
#> SRR1747399 4 0.0693 0.80634 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR1747400 1 0.6281 -0.21617 0.456 0.008 0.420 0.116 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 3 0.6145 0.48965 0.012 0.004 0.532 0.024 0.324 0.104
#> SRR1747214 3 0.3452 0.43260 0.004 0.000 0.736 0.256 0.000 0.004
#> SRR1747215 5 0.2425 0.59966 0.000 0.100 0.012 0.000 0.880 0.008
#> SRR1747216 5 0.3714 0.57395 0.000 0.044 0.000 0.000 0.760 0.196
#> SRR1747217 2 0.6083 0.46872 0.000 0.608 0.092 0.136 0.164 0.000
#> SRR1747218 2 0.0862 0.65783 0.000 0.972 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1747219 3 0.1738 0.57141 0.052 0.000 0.928 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747220 3 0.2249 0.58016 0.064 0.000 0.900 0.000 0.032 0.004
#> SRR1747221 6 0.4315 -0.00723 0.004 0.000 0.000 0.488 0.012 0.496
#> SRR1747222 4 0.1296 0.82727 0.012 0.004 0.000 0.952 0.000 0.032
#> SRR1747223 6 0.5106 0.29531 0.052 0.000 0.000 0.324 0.024 0.600
#> SRR1747224 6 0.4622 0.41840 0.064 0.000 0.004 0.004 0.248 0.680
#> SRR1747225 6 0.5945 0.02609 0.064 0.060 0.000 0.000 0.404 0.472
#> SRR1747226 2 0.2328 0.65655 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR1747227 5 0.3605 0.54894 0.000 0.060 0.096 0.000 0.820 0.024
#> SRR1747228 5 0.0692 0.61950 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1747229 2 0.1536 0.65265 0.000 0.940 0.040 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747230 4 0.0146 0.83938 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.7921 -0.11333 0.192 0.004 0.224 0.364 0.204 0.012
#> SRR1747232 4 0.0603 0.83771 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0551 0.83838 0.004 0.000 0.004 0.984 0.000 0.008
#> SRR1747234 3 0.3836 0.54836 0.000 0.176 0.772 0.000 0.040 0.012
#> SRR1747235 3 0.4680 0.35221 0.200 0.000 0.680 0.120 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0717 0.65326 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747237 5 0.4324 0.50419 0.000 0.076 0.128 0.000 0.764 0.032
#> SRR1747238 2 0.1003 0.65377 0.000 0.964 0.028 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747239 2 0.5471 0.47688 0.004 0.608 0.004 0.000 0.188 0.196
#> SRR1747240 4 0.1285 0.82877 0.052 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1747241 3 0.3292 0.59168 0.012 0.036 0.836 0.000 0.112 0.004
#> SRR1747242 4 0.0972 0.83181 0.008 0.000 0.028 0.964 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.5768 0.27840 0.000 0.000 0.068 0.528 0.356 0.048
#> SRR1747244 5 0.5079 0.49932 0.000 0.012 0.008 0.116 0.684 0.180
#> SRR1747245 5 0.3859 0.51958 0.004 0.016 0.088 0.000 0.804 0.088
#> SRR1747246 2 0.5630 0.33069 0.000 0.540 0.000 0.000 0.232 0.228
#> SRR1747247 4 0.0260 0.83992 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0363 0.83843 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.5564 0.39749 0.008 0.000 0.296 0.600 0.048 0.048
#> SRR1747250 3 0.5430 0.44627 0.004 0.000 0.512 0.000 0.376 0.108
#> SRR1747252 6 0.6549 -0.02763 0.340 0.000 0.076 0.120 0.000 0.464
#> SRR1747253 4 0.4418 0.60791 0.228 0.012 0.004 0.712 0.000 0.044
#> SRR1747254 2 0.0837 0.65708 0.000 0.972 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747255 4 0.1508 0.82756 0.004 0.000 0.012 0.948 0.016 0.020
#> SRR1747256 4 0.0000 0.83944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.4041 0.56083 0.000 0.088 0.048 0.000 0.796 0.068
#> SRR1747258 6 0.7047 0.03416 0.292 0.024 0.028 0.000 0.252 0.404
#> SRR1747259 3 0.4839 0.43162 0.004 0.304 0.628 0.000 0.060 0.004
#> SRR1747260 3 0.4836 0.52373 0.012 0.184 0.700 0.000 0.004 0.100
#> SRR1747261 5 0.4344 0.53517 0.000 0.212 0.020 0.000 0.724 0.044
#> SRR1747262 5 0.5031 0.47475 0.032 0.044 0.004 0.000 0.652 0.268
#> SRR1747263 5 0.1401 0.60981 0.000 0.028 0.020 0.000 0.948 0.004
#> SRR1747264 4 0.0146 0.83931 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.1976 0.57504 0.060 0.000 0.916 0.000 0.016 0.008
#> SRR1747266 6 0.5309 0.36977 0.132 0.024 0.004 0.000 0.172 0.668
#> SRR1747267 5 0.6585 -0.27044 0.064 0.000 0.388 0.000 0.412 0.136
#> SRR1747268 5 0.4323 0.43217 0.004 0.000 0.000 0.032 0.652 0.312
#> SRR1747269 2 0.6000 0.24340 0.012 0.500 0.300 0.000 0.000 0.188
#> SRR1747270 2 0.7166 0.24492 0.192 0.404 0.068 0.000 0.324 0.012
#> SRR1747271 2 0.1167 0.66335 0.000 0.960 0.012 0.000 0.008 0.020
#> SRR1747272 2 0.6668 0.05334 0.036 0.420 0.004 0.340 0.000 0.200
#> SRR1747273 3 0.2821 0.50048 0.152 0.000 0.832 0.016 0.000 0.000
#> SRR1747274 1 0.7145 -0.08396 0.408 0.060 0.004 0.004 0.272 0.252
#> SRR1747275 4 0.0291 0.83971 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1747276 4 0.0937 0.82466 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747277 3 0.2170 0.60152 0.000 0.012 0.888 0.000 0.100 0.000
#> SRR1747278 4 0.6903 -0.34424 0.008 0.032 0.000 0.368 0.284 0.308
#> SRR1747280 4 0.2480 0.77692 0.024 0.000 0.104 0.872 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.1313 0.82959 0.004 0.000 0.016 0.952 0.000 0.028
#> SRR1747281 5 0.3290 0.53417 0.000 0.004 0.000 0.000 0.744 0.252
#> SRR1747282 4 0.0260 0.83893 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.6711 0.13537 0.036 0.448 0.320 0.004 0.188 0.004
#> SRR1747284 4 0.4756 0.54520 0.224 0.000 0.112 0.664 0.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0893 0.65883 0.000 0.972 0.004 0.004 0.004 0.016
#> SRR1747286 2 0.4777 0.34688 0.000 0.660 0.248 0.000 0.004 0.088
#> SRR1747287 5 0.2056 0.63049 0.000 0.012 0.004 0.000 0.904 0.080
#> SRR1747288 3 0.7882 0.22049 0.136 0.000 0.408 0.208 0.036 0.212
#> SRR1747290 2 0.1398 0.66627 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1747289 2 0.0405 0.65908 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747291 5 0.4598 0.53602 0.000 0.040 0.036 0.000 0.708 0.216
#> SRR1747293 5 0.4482 0.28634 0.000 0.000 0.036 0.000 0.580 0.384
#> SRR1747294 5 0.6609 0.15610 0.000 0.192 0.308 0.000 0.452 0.048
#> SRR1747292 4 0.0146 0.83978 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.5529 -0.04500 0.000 0.488 0.400 0.000 0.008 0.104
#> SRR1747296 3 0.5863 0.54577 0.004 0.056 0.616 0.000 0.220 0.104
#> SRR1747297 5 0.2778 0.59911 0.000 0.008 0.000 0.000 0.824 0.168
#> SRR1747298 5 0.2531 0.61787 0.000 0.012 0.000 0.000 0.856 0.132
#> SRR1747299 5 0.5811 0.38353 0.004 0.252 0.000 0.000 0.524 0.220
#> SRR1747300 2 0.5316 0.43228 0.012 0.620 0.000 0.000 0.124 0.244
#> SRR1747301 2 0.5617 0.38970 0.000 0.544 0.084 0.000 0.344 0.028
#> SRR1747302 2 0.2288 0.65635 0.000 0.896 0.004 0.000 0.028 0.072
#> SRR1747303 5 0.2948 0.59059 0.000 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR1747304 4 0.0260 0.83893 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.2536 0.62725 0.000 0.020 0.000 0.000 0.864 0.116
#> SRR1747306 5 0.5118 0.51180 0.004 0.148 0.000 0.000 0.640 0.208
#> SRR1747307 1 0.5737 0.45248 0.676 0.060 0.132 0.008 0.008 0.116
#> SRR1747308 2 0.5268 0.54914 0.020 0.712 0.144 0.000 0.064 0.060
#> SRR1747309 4 0.5384 0.08666 0.064 0.000 0.004 0.480 0.012 0.440
#> SRR1747310 4 0.1991 0.82063 0.044 0.000 0.024 0.920 0.000 0.012
#> SRR1747311 6 0.3306 0.30310 0.136 0.000 0.000 0.036 0.008 0.820
#> SRR1747313 4 0.5092 0.39107 0.004 0.072 0.004 0.620 0.004 0.296
#> SRR1747312 4 0.0000 0.83944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.83944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.2762 0.58156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1747316 5 0.2581 0.53105 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1747318 6 0.7865 0.14231 0.080 0.000 0.140 0.192 0.124 0.464
#> SRR1747317 6 0.7524 0.18955 0.084 0.044 0.036 0.184 0.108 0.544
#> SRR1747319 3 0.6330 0.54022 0.056 0.044 0.620 0.000 0.180 0.100
#> SRR1747320 4 0.0508 0.83854 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1747322 4 0.0622 0.83667 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1747321 4 0.3523 0.74231 0.008 0.000 0.076 0.836 0.060 0.020
#> SRR1747323 2 0.1913 0.66154 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1747324 2 0.6210 0.32469 0.040 0.532 0.000 0.000 0.164 0.264
#> SRR1747326 5 0.5793 0.36657 0.000 0.268 0.004 0.000 0.524 0.204
#> SRR1747325 5 0.3620 0.55098 0.000 0.120 0.060 0.000 0.808 0.012
#> SRR1747327 5 0.0551 0.61025 0.000 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR1747328 5 0.0912 0.60939 0.004 0.000 0.008 0.004 0.972 0.012
#> SRR1747330 5 0.6314 -0.10335 0.020 0.000 0.004 0.168 0.424 0.384
#> SRR1747329 5 0.5232 0.29058 0.012 0.000 0.084 0.000 0.588 0.316
#> SRR1747332 1 0.2706 0.57852 0.876 0.000 0.084 0.008 0.004 0.028
#> SRR1747331 1 0.3468 0.53650 0.804 0.000 0.000 0.000 0.068 0.128
#> SRR1747333 6 0.5231 0.17928 0.036 0.016 0.012 0.000 0.392 0.544
#> SRR1747334 2 0.5169 0.18376 0.024 0.504 0.000 0.000 0.040 0.432
#> SRR1747335 5 0.5184 0.23509 0.292 0.004 0.076 0.000 0.616 0.012
#> SRR1747336 4 0.1643 0.81428 0.068 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008
#> SRR1747337 2 0.0692 0.66206 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1747338 2 0.1789 0.66151 0.000 0.924 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR1747339 6 0.6241 0.35859 0.028 0.000 0.004 0.260 0.180 0.528
#> SRR1747340 6 0.4045 0.29553 0.008 0.008 0.000 0.000 0.336 0.648
#> SRR1747341 5 0.3795 0.21820 0.000 0.364 0.004 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747342 2 0.4157 0.22202 0.000 0.544 0.000 0.000 0.444 0.012
#> SRR1747343 2 0.2500 0.65040 0.000 0.868 0.012 0.000 0.116 0.004
#> SRR1747344 2 0.4601 0.56212 0.004 0.672 0.004 0.000 0.264 0.056
#> SRR1747345 6 0.4363 0.39643 0.040 0.004 0.000 0.004 0.264 0.688
#> SRR1747346 6 0.8659 0.05491 0.060 0.136 0.172 0.044 0.176 0.412
#> SRR1747347 2 0.5106 0.46851 0.000 0.640 0.116 0.000 0.236 0.008
#> SRR1747348 4 0.0291 0.83919 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1747349 4 0.0146 0.83938 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.4944 0.06113 0.000 0.488 0.000 0.000 0.448 0.064
#> SRR1747350 5 0.4180 0.41099 0.000 0.008 0.012 0.000 0.632 0.348
#> SRR1747352 4 0.0665 0.83850 0.008 0.000 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1747353 5 0.3073 0.62152 0.000 0.016 0.008 0.000 0.824 0.152
#> SRR1747354 3 0.7264 0.24486 0.220 0.000 0.412 0.000 0.244 0.124
#> SRR1747355 5 0.5100 0.30984 0.012 0.004 0.060 0.232 0.676 0.016
#> SRR1747356 6 0.6927 -0.09856 0.364 0.028 0.056 0.000 0.116 0.436
#> SRR1747357 6 0.6184 0.21082 0.208 0.008 0.108 0.000 0.076 0.600
#> SRR1747358 3 0.1610 0.55668 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.5555 0.60565 0.032 0.000 0.100 0.692 0.040 0.136
#> SRR1747360 6 0.4708 0.41989 0.068 0.032 0.000 0.000 0.184 0.716
#> SRR1747361 5 0.2772 0.60133 0.000 0.000 0.016 0.060 0.876 0.048
#> SRR1747362 5 0.3819 0.46608 0.000 0.012 0.000 0.000 0.672 0.316
#> SRR1747363 4 0.6797 0.11525 0.004 0.044 0.220 0.472 0.256 0.004
#> SRR1747364 4 0.2007 0.81410 0.036 0.000 0.044 0.916 0.000 0.004
#> SRR1747365 3 0.6386 0.47960 0.012 0.032 0.516 0.008 0.328 0.104
#> SRR1747366 5 0.7937 0.20627 0.068 0.208 0.084 0.000 0.408 0.232
#> SRR1747367 4 0.5540 0.35792 0.028 0.072 0.008 0.628 0.004 0.260
#> SRR1747369 2 0.0767 0.65594 0.000 0.976 0.012 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747368 3 0.6876 0.29019 0.208 0.008 0.516 0.048 0.012 0.208
#> SRR1747370 6 0.5354 0.40871 0.072 0.048 0.000 0.000 0.236 0.644
#> SRR1747372 4 0.0260 0.83893 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.83944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1682 0.66632 0.000 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR1747374 2 0.6003 0.20484 0.000 0.476 0.004 0.000 0.268 0.252
#> SRR1747375 4 0.3543 0.64631 0.016 0.000 0.004 0.756 0.000 0.224
#> SRR1747376 6 0.6828 -0.01754 0.044 0.264 0.000 0.000 0.344 0.348
#> SRR1747377 2 0.1275 0.66300 0.000 0.956 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR1747378 5 0.6370 0.08492 0.028 0.180 0.000 0.000 0.416 0.376
#> SRR1747379 5 0.2402 0.61510 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856 0.140
#> SRR1747380 6 0.8830 0.04969 0.064 0.148 0.172 0.064 0.144 0.408
#> SRR1747381 4 0.4056 0.29956 0.004 0.000 0.416 0.576 0.004 0.000
#> SRR1747382 3 0.4134 0.32983 0.028 0.000 0.656 0.316 0.000 0.000
#> SRR1747383 5 0.4074 0.28687 0.000 0.344 0.008 0.000 0.640 0.008
#> SRR1747384 2 0.8024 0.13055 0.028 0.340 0.112 0.204 0.308 0.008
#> SRR1747385 5 0.4500 0.59141 0.000 0.028 0.008 0.076 0.760 0.128
#> SRR1747386 4 0.0291 0.83920 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1747387 5 0.3871 0.59558 0.000 0.148 0.000 0.000 0.768 0.084
#> SRR1747388 2 0.7156 0.23264 0.008 0.456 0.136 0.000 0.124 0.276
#> SRR1747390 3 0.8082 0.27470 0.204 0.064 0.336 0.000 0.304 0.092
#> SRR1747389 5 0.6943 0.32402 0.032 0.040 0.184 0.000 0.496 0.248
#> SRR1747391 5 0.3468 0.50051 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> SRR1747392 5 0.4345 0.39567 0.012 0.016 0.000 0.000 0.628 0.344
#> SRR1747393 2 0.7191 0.17634 0.268 0.424 0.000 0.000 0.128 0.180
#> SRR1747394 6 0.4774 0.28696 0.160 0.000 0.000 0.148 0.004 0.688
#> SRR1747395 2 0.6165 0.20462 0.012 0.496 0.008 0.060 0.040 0.384
#> SRR1747396 6 0.6023 0.10571 0.032 0.368 0.000 0.000 0.116 0.484
#> SRR1747398 2 0.2623 0.61556 0.016 0.852 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1747397 6 0.5092 0.21709 0.024 0.040 0.000 0.380 0.000 0.556
#> SRR1747399 4 0.0713 0.83613 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.3805 0.53433 0.804 0.000 0.104 0.076 0.004 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.330 0.806 0.872 0.3774 0.662 0.662
#> 3 3 0.223 0.543 0.697 0.5579 0.697 0.542
#> 4 4 0.355 0.539 0.741 0.1633 0.856 0.651
#> 5 5 0.415 0.470 0.664 0.0989 0.846 0.569
#> 6 6 0.471 0.404 0.637 0.0454 0.927 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.5294 0.874 0.880 0.120
#> SRR1747214 1 0.5294 0.874 0.880 0.120
#> SRR1747215 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> SRR1747216 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> SRR1747217 2 0.3584 0.873 0.068 0.932
#> SRR1747218 2 0.3584 0.873 0.068 0.932
#> SRR1747219 2 0.9286 0.649 0.344 0.656
#> SRR1747220 2 0.9286 0.649 0.344 0.656
#> SRR1747221 2 0.9732 0.502 0.404 0.596
#> SRR1747222 2 0.8909 0.681 0.308 0.692
#> SRR1747223 2 0.9580 0.562 0.380 0.620
#> SRR1747224 2 0.9580 0.562 0.380 0.620
#> SRR1747225 2 0.1184 0.865 0.016 0.984
#> SRR1747226 2 0.1184 0.865 0.016 0.984
#> SRR1747227 2 0.5519 0.859 0.128 0.872
#> SRR1747228 2 0.5519 0.859 0.128 0.872
#> SRR1747229 2 0.1414 0.856 0.020 0.980
#> SRR1747230 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747231 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747232 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747233 2 0.8144 0.747 0.252 0.748
#> SRR1747234 2 0.6343 0.840 0.160 0.840
#> SRR1747235 1 0.4022 0.897 0.920 0.080
#> SRR1747236 2 0.4298 0.873 0.088 0.912
#> SRR1747237 2 0.1414 0.854 0.020 0.980
#> SRR1747238 2 0.1414 0.854 0.020 0.980
#> SRR1747239 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747240 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747241 2 0.9983 0.280 0.476 0.524
#> SRR1747242 1 0.4161 0.895 0.916 0.084
#> SRR1747243 2 0.4431 0.869 0.092 0.908
#> SRR1747244 2 0.4431 0.869 0.092 0.908
#> SRR1747245 2 0.2778 0.872 0.048 0.952
#> SRR1747246 2 0.2778 0.872 0.048 0.952
#> SRR1747247 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747248 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747249 2 0.8016 0.769 0.244 0.756
#> SRR1747250 2 0.8016 0.769 0.244 0.756
#> SRR1747252 2 0.9323 0.643 0.348 0.652
#> SRR1747253 2 0.6247 0.832 0.156 0.844
#> SRR1747254 2 0.2948 0.871 0.052 0.948
#> SRR1747255 1 0.8608 0.595 0.716 0.284
#> SRR1747256 1 0.8608 0.595 0.716 0.284
#> SRR1747257 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747258 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747259 2 0.3274 0.848 0.060 0.940
#> SRR1747260 2 0.3274 0.848 0.060 0.940
#> SRR1747261 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> SRR1747262 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> SRR1747263 2 0.4298 0.871 0.088 0.912
#> SRR1747264 1 0.4939 0.884 0.892 0.108
#> SRR1747265 2 0.7528 0.801 0.216 0.784
#> SRR1747266 2 0.7528 0.801 0.216 0.784
#> SRR1747267 2 0.8144 0.769 0.252 0.748
#> SRR1747268 2 0.6343 0.843 0.160 0.840
#> SRR1747269 2 0.4161 0.871 0.084 0.916
#> SRR1747270 2 0.4161 0.871 0.084 0.916
#> SRR1747271 2 0.3879 0.860 0.076 0.924
#> SRR1747272 2 0.3879 0.860 0.076 0.924
#> SRR1747273 1 0.7528 0.738 0.784 0.216
#> SRR1747274 2 0.8207 0.764 0.256 0.744
#> SRR1747275 1 0.5737 0.854 0.864 0.136
#> SRR1747276 1 0.5737 0.854 0.864 0.136
#> SRR1747277 2 0.1633 0.867 0.024 0.976
#> SRR1747278 2 0.1633 0.867 0.024 0.976
#> SRR1747280 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747279 1 0.2423 0.907 0.960 0.040
#> SRR1747281 2 0.5178 0.864 0.116 0.884
#> SRR1747282 1 0.4939 0.880 0.892 0.108
#> SRR1747283 1 0.9815 0.145 0.580 0.420
#> SRR1747284 1 0.9815 0.145 0.580 0.420
#> SRR1747285 2 0.4939 0.843 0.108 0.892
#> SRR1747286 2 0.4939 0.843 0.108 0.892
#> SRR1747287 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747288 2 0.5629 0.860 0.132 0.868
#> SRR1747290 2 0.2423 0.863 0.040 0.960
#> SRR1747289 2 0.2423 0.863 0.040 0.960
#> SRR1747291 2 0.7528 0.797 0.216 0.784
#> SRR1747293 2 0.2043 0.871 0.032 0.968
#> SRR1747294 2 0.2043 0.871 0.032 0.968
#> SRR1747292 2 0.7528 0.797 0.216 0.784
#> SRR1747295 2 0.3274 0.848 0.060 0.940
#> SRR1747296 2 0.3274 0.848 0.060 0.940
#> SRR1747297 2 0.2948 0.871 0.052 0.948
#> SRR1747298 2 0.2948 0.871 0.052 0.948
#> SRR1747299 2 0.2948 0.872 0.052 0.948
#> SRR1747300 2 0.2948 0.872 0.052 0.948
#> SRR1747301 2 0.1414 0.856 0.020 0.980
#> SRR1747302 2 0.1414 0.856 0.020 0.980
#> SRR1747303 2 0.4815 0.868 0.104 0.896
#> SRR1747304 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747305 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> SRR1747306 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> SRR1747307 2 0.5946 0.840 0.144 0.856
#> SRR1747308 2 0.5946 0.840 0.144 0.856
#> SRR1747309 1 0.2948 0.907 0.948 0.052
#> SRR1747310 1 0.2778 0.907 0.952 0.048
#> SRR1747311 2 0.9522 0.582 0.372 0.628
#> SRR1747313 2 0.8267 0.748 0.260 0.740
#> SRR1747312 1 0.2423 0.908 0.960 0.040
#> SRR1747314 1 0.4161 0.894 0.916 0.084
#> SRR1747315 2 0.3733 0.872 0.072 0.928
#> SRR1747316 2 0.3733 0.872 0.072 0.928
#> SRR1747318 2 0.4161 0.859 0.084 0.916
#> SRR1747317 2 0.4161 0.859 0.084 0.916
#> SRR1747319 2 1.0000 0.179 0.496 0.504
#> SRR1747320 2 1.0000 0.179 0.496 0.504
#> SRR1747322 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747321 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747323 2 0.0938 0.864 0.012 0.988
#> SRR1747324 2 0.0938 0.864 0.012 0.988
#> SRR1747326 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.6148 0.848 0.152 0.848
#> SRR1747328 2 0.6148 0.848 0.152 0.848
#> SRR1747330 2 0.2948 0.873 0.052 0.948
#> SRR1747329 2 0.2948 0.873 0.052 0.948
#> SRR1747332 2 0.9552 0.601 0.376 0.624
#> SRR1747331 2 0.9552 0.601 0.376 0.624
#> SRR1747333 2 0.2423 0.871 0.040 0.960
#> SRR1747334 2 0.2423 0.871 0.040 0.960
#> SRR1747335 2 0.9983 0.335 0.476 0.524
#> SRR1747336 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747337 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747338 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747339 2 0.6343 0.843 0.160 0.840
#> SRR1747340 2 0.6343 0.843 0.160 0.840
#> SRR1747341 2 0.1414 0.856 0.020 0.980
#> SRR1747342 2 0.1414 0.856 0.020 0.980
#> SRR1747343 2 0.0938 0.864 0.012 0.988
#> SRR1747344 2 0.0938 0.864 0.012 0.988
#> SRR1747345 2 0.8499 0.705 0.276 0.724
#> SRR1747346 2 0.5946 0.846 0.144 0.856
#> SRR1747347 2 0.0376 0.858 0.004 0.996
#> SRR1747348 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747349 1 0.9286 0.434 0.656 0.344
#> SRR1747351 2 0.4022 0.872 0.080 0.920
#> SRR1747350 2 0.8081 0.776 0.248 0.752
#> SRR1747352 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747353 2 0.5737 0.859 0.136 0.864
#> SRR1747354 2 0.5737 0.859 0.136 0.864
#> SRR1747355 2 0.8267 0.754 0.260 0.740
#> SRR1747356 2 0.8267 0.754 0.260 0.740
#> SRR1747357 2 0.8813 0.712 0.300 0.700
#> SRR1747358 2 0.8813 0.712 0.300 0.700
#> SRR1747359 1 0.8955 0.600 0.688 0.312
#> SRR1747360 2 0.4939 0.864 0.108 0.892
#> SRR1747361 2 0.5737 0.858 0.136 0.864
#> SRR1747362 2 0.5737 0.858 0.136 0.864
#> SRR1747363 2 0.9970 0.317 0.468 0.532
#> SRR1747364 2 0.9970 0.317 0.468 0.532
#> SRR1747365 2 0.5629 0.857 0.132 0.868
#> SRR1747366 2 0.5629 0.857 0.132 0.868
#> SRR1747367 2 0.9970 0.317 0.468 0.532
#> SRR1747369 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR1747368 2 0.7950 0.772 0.240 0.760
#> SRR1747370 2 0.5946 0.852 0.144 0.856
#> SRR1747372 1 0.2948 0.906 0.948 0.052
#> SRR1747371 1 0.2948 0.906 0.948 0.052
#> SRR1747373 2 0.0672 0.857 0.008 0.992
#> SRR1747374 2 0.0672 0.857 0.008 0.992
#> SRR1747375 2 0.2236 0.870 0.036 0.964
#> SRR1747376 2 0.2236 0.870 0.036 0.964
#> SRR1747377 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747378 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747379 2 0.4939 0.866 0.108 0.892
#> SRR1747380 2 0.5946 0.846 0.144 0.856
#> SRR1747381 1 0.3879 0.899 0.924 0.076
#> SRR1747382 1 0.3879 0.899 0.924 0.076
#> SRR1747383 2 0.5294 0.866 0.120 0.880
#> SRR1747384 2 0.5294 0.866 0.120 0.880
#> SRR1747385 2 0.4431 0.870 0.092 0.908
#> SRR1747386 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747387 2 0.2043 0.843 0.032 0.968
#> SRR1747388 2 0.2043 0.843 0.032 0.968
#> SRR1747390 2 0.5842 0.856 0.140 0.860
#> SRR1747389 2 0.5842 0.856 0.140 0.860
#> SRR1747391 2 0.1633 0.868 0.024 0.976
#> SRR1747392 2 0.1633 0.868 0.024 0.976
#> SRR1747393 2 0.7219 0.815 0.200 0.800
#> SRR1747394 2 0.9522 0.582 0.372 0.628
#> SRR1747395 2 0.0938 0.862 0.012 0.988
#> SRR1747396 2 0.0938 0.862 0.012 0.988
#> SRR1747398 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1747397 2 0.1843 0.858 0.028 0.972
#> SRR1747399 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
#> SRR1747400 1 0.2236 0.907 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.4095 0.8359 0.880 0.064 0.056
#> SRR1747214 1 0.4095 0.8359 0.880 0.064 0.056
#> SRR1747215 2 0.0829 0.6775 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747216 2 0.0829 0.6775 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747217 2 0.7658 0.3331 0.056 0.588 0.356
#> SRR1747218 2 0.7658 0.3331 0.056 0.588 0.356
#> SRR1747219 3 0.9137 0.6361 0.276 0.188 0.536
#> SRR1747220 3 0.9137 0.6361 0.276 0.188 0.536
#> SRR1747221 3 0.9292 0.6108 0.332 0.176 0.492
#> SRR1747222 3 0.8576 0.6230 0.240 0.160 0.600
#> SRR1747223 3 0.9339 0.6133 0.316 0.188 0.496
#> SRR1747224 3 0.9339 0.6133 0.316 0.188 0.496
#> SRR1747225 2 0.1999 0.6843 0.012 0.952 0.036
#> SRR1747226 2 0.1999 0.6843 0.012 0.952 0.036
#> SRR1747227 2 0.6981 0.5604 0.136 0.732 0.132
#> SRR1747228 2 0.6981 0.5604 0.136 0.732 0.132
#> SRR1747229 2 0.5325 0.6212 0.004 0.748 0.248
#> SRR1747230 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747231 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747232 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747233 3 0.7829 0.5911 0.164 0.164 0.672
#> SRR1747234 3 0.6318 0.5771 0.068 0.172 0.760
#> SRR1747235 1 0.3155 0.8586 0.916 0.044 0.040
#> SRR1747236 2 0.7903 0.4087 0.068 0.576 0.356
#> SRR1747237 2 0.6672 0.2772 0.008 0.520 0.472
#> SRR1747238 2 0.6672 0.2772 0.008 0.520 0.472
#> SRR1747239 2 0.2537 0.6761 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747240 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747241 3 0.9009 0.4521 0.404 0.132 0.464
#> SRR1747242 1 0.3039 0.8596 0.920 0.044 0.036
#> SRR1747243 2 0.7911 0.3905 0.096 0.632 0.272
#> SRR1747244 2 0.7911 0.3905 0.096 0.632 0.272
#> SRR1747245 2 0.3155 0.6810 0.040 0.916 0.044
#> SRR1747246 2 0.3155 0.6810 0.040 0.916 0.044
#> SRR1747247 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747248 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747249 3 0.8603 0.6227 0.168 0.232 0.600
#> SRR1747250 3 0.8603 0.6227 0.168 0.232 0.600
#> SRR1747252 3 0.9083 0.6376 0.280 0.180 0.540
#> SRR1747253 3 0.4165 0.5254 0.076 0.048 0.876
#> SRR1747254 3 0.7513 0.0472 0.052 0.344 0.604
#> SRR1747255 1 0.7128 0.4642 0.684 0.064 0.252
#> SRR1747256 1 0.7128 0.4642 0.684 0.064 0.252
#> SRR1747257 3 0.8843 0.2439 0.116 0.436 0.448
#> SRR1747258 3 0.8843 0.2439 0.116 0.436 0.448
#> SRR1747259 3 0.3941 0.3926 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747260 3 0.3941 0.3926 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747261 2 0.8754 0.0740 0.124 0.532 0.344
#> SRR1747262 2 0.8754 0.0740 0.124 0.532 0.344
#> SRR1747263 2 0.4868 0.6507 0.100 0.844 0.056
#> SRR1747264 1 0.3415 0.8399 0.900 0.080 0.020
#> SRR1747265 3 0.9072 0.5436 0.168 0.300 0.532
#> SRR1747266 3 0.9072 0.5436 0.168 0.300 0.532
#> SRR1747267 3 0.8925 0.6169 0.180 0.256 0.564
#> SRR1747268 2 0.9172 -0.1889 0.148 0.456 0.396
#> SRR1747269 2 0.8202 0.3564 0.080 0.544 0.376
#> SRR1747270 2 0.8202 0.3564 0.080 0.544 0.376
#> SRR1747271 3 0.5551 0.4919 0.016 0.224 0.760
#> SRR1747272 3 0.5551 0.4919 0.016 0.224 0.760
#> SRR1747273 1 0.5835 0.6678 0.784 0.052 0.164
#> SRR1747274 3 0.9872 0.3598 0.256 0.372 0.372
#> SRR1747275 1 0.4015 0.8020 0.876 0.096 0.028
#> SRR1747276 1 0.4015 0.8020 0.876 0.096 0.028
#> SRR1747277 2 0.4634 0.6353 0.012 0.824 0.164
#> SRR1747278 2 0.4634 0.6353 0.012 0.824 0.164
#> SRR1747280 1 0.0424 0.8810 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747279 1 0.0848 0.8803 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747281 2 0.6063 0.6088 0.132 0.784 0.084
#> SRR1747282 1 0.3272 0.8341 0.904 0.080 0.016
#> SRR1747283 1 0.7948 -0.1381 0.520 0.060 0.420
#> SRR1747284 1 0.7948 -0.1381 0.520 0.060 0.420
#> SRR1747285 3 0.1643 0.4644 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747286 3 0.1643 0.4644 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747287 2 0.8963 -0.1085 0.128 0.468 0.404
#> SRR1747288 2 0.8963 -0.1085 0.128 0.468 0.404
#> SRR1747290 2 0.6896 0.4200 0.020 0.588 0.392
#> SRR1747289 2 0.6896 0.4200 0.020 0.588 0.392
#> SRR1747291 3 0.9120 0.5232 0.156 0.340 0.504
#> SRR1747293 2 0.6935 0.3027 0.024 0.604 0.372
#> SRR1747294 2 0.6935 0.3027 0.024 0.604 0.372
#> SRR1747292 3 0.9120 0.5232 0.156 0.340 0.504
#> SRR1747295 3 0.3941 0.3926 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747296 3 0.3941 0.3926 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747297 2 0.3009 0.6729 0.052 0.920 0.028
#> SRR1747298 2 0.3009 0.6729 0.052 0.920 0.028
#> SRR1747299 2 0.2982 0.6782 0.056 0.920 0.024
#> SRR1747300 2 0.2982 0.6782 0.056 0.920 0.024
#> SRR1747301 2 0.2384 0.6762 0.008 0.936 0.056
#> SRR1747302 2 0.2384 0.6762 0.008 0.936 0.056
#> SRR1747303 2 0.6583 0.6002 0.108 0.756 0.136
#> SRR1747304 1 0.0424 0.8810 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747305 2 0.0829 0.6775 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747306 2 0.0829 0.6775 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747307 3 0.4475 0.5407 0.064 0.072 0.864
#> SRR1747308 3 0.4475 0.5407 0.064 0.072 0.864
#> SRR1747309 1 0.1781 0.8769 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747310 1 0.1636 0.8781 0.964 0.020 0.016
#> SRR1747311 3 0.9286 0.6180 0.312 0.184 0.504
#> SRR1747313 3 0.9485 0.5598 0.212 0.304 0.484
#> SRR1747312 1 0.0424 0.8810 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747314 1 0.2446 0.8583 0.936 0.052 0.012
#> SRR1747315 2 0.6933 0.5444 0.076 0.716 0.208
#> SRR1747316 2 0.6933 0.5444 0.076 0.716 0.208
#> SRR1747318 3 0.5726 0.5126 0.024 0.216 0.760
#> SRR1747317 3 0.5726 0.5126 0.024 0.216 0.760
#> SRR1747319 3 0.8935 0.3884 0.424 0.124 0.452
#> SRR1747320 3 0.8935 0.3884 0.424 0.124 0.452
#> SRR1747322 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747321 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747323 2 0.1453 0.6819 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747324 2 0.1453 0.6819 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747326 2 0.1163 0.6766 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747325 2 0.1163 0.6766 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747327 2 0.8616 0.2924 0.148 0.588 0.264
#> SRR1747328 2 0.8616 0.2924 0.148 0.588 0.264
#> SRR1747330 2 0.6465 0.5233 0.044 0.724 0.232
#> SRR1747329 2 0.6465 0.5233 0.044 0.724 0.232
#> SRR1747332 3 0.8872 0.6290 0.324 0.140 0.536
#> SRR1747331 3 0.8872 0.6290 0.324 0.140 0.536
#> SRR1747333 2 0.3921 0.6732 0.036 0.884 0.080
#> SRR1747334 2 0.3921 0.6732 0.036 0.884 0.080
#> SRR1747335 3 0.7793 0.4557 0.424 0.052 0.524
#> SRR1747336 1 0.0475 0.8801 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747337 2 0.5058 0.5987 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747338 2 0.5058 0.5987 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747339 2 0.9172 -0.1889 0.148 0.456 0.396
#> SRR1747340 2 0.9172 -0.1889 0.148 0.456 0.396
#> SRR1747341 2 0.3030 0.6551 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747342 2 0.3030 0.6551 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747343 2 0.1453 0.6819 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747344 2 0.1453 0.6819 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747345 3 0.9268 0.5993 0.188 0.300 0.512
#> SRR1747346 3 0.7775 0.5527 0.076 0.304 0.620
#> SRR1747347 2 0.6215 0.3488 0.000 0.572 0.428
#> SRR1747348 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747349 1 0.7980 0.3049 0.660 0.172 0.168
#> SRR1747351 2 0.7599 0.4761 0.084 0.656 0.260
#> SRR1747350 2 0.9836 -0.2824 0.252 0.404 0.344
#> SRR1747352 1 0.0661 0.8797 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747353 3 0.8889 0.2403 0.120 0.428 0.452
#> SRR1747354 3 0.8889 0.2403 0.120 0.428 0.452
#> SRR1747355 3 0.8711 0.6296 0.184 0.224 0.592
#> SRR1747356 3 0.8711 0.6296 0.184 0.224 0.592
#> SRR1747357 3 0.9106 0.6336 0.244 0.208 0.548
#> SRR1747358 3 0.9106 0.6336 0.244 0.208 0.548
#> SRR1747359 1 0.7421 0.4755 0.676 0.240 0.084
#> SRR1747360 2 0.6309 0.5977 0.100 0.772 0.128
#> SRR1747361 2 0.9014 -0.1511 0.132 0.460 0.408
#> SRR1747362 2 0.9014 -0.1511 0.132 0.460 0.408
#> SRR1747363 3 0.9136 0.4830 0.400 0.144 0.456
#> SRR1747364 3 0.9136 0.4830 0.400 0.144 0.456
#> SRR1747365 3 0.8865 0.3383 0.120 0.404 0.476
#> SRR1747366 3 0.8865 0.3383 0.120 0.404 0.476
#> SRR1747367 3 0.9136 0.4830 0.400 0.144 0.456
#> SRR1747369 2 0.6111 0.4411 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747368 3 0.8576 0.6209 0.160 0.240 0.600
#> SRR1747370 2 0.9014 -0.2009 0.132 0.460 0.408
#> SRR1747372 1 0.1170 0.8792 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747371 1 0.1170 0.8792 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747373 2 0.3030 0.6628 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747374 2 0.3030 0.6628 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747375 2 0.6988 0.3878 0.036 0.644 0.320
#> SRR1747376 2 0.6988 0.3878 0.036 0.644 0.320
#> SRR1747377 2 0.2537 0.6705 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747378 2 0.2537 0.6705 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747379 2 0.7345 0.5281 0.108 0.700 0.192
#> SRR1747380 3 0.7775 0.5527 0.076 0.304 0.620
#> SRR1747381 1 0.2383 0.8669 0.940 0.044 0.016
#> SRR1747382 1 0.2383 0.8669 0.940 0.044 0.016
#> SRR1747383 3 0.8737 0.1949 0.108 0.428 0.464
#> SRR1747384 3 0.8737 0.1949 0.108 0.428 0.464
#> SRR1747385 2 0.6250 0.6258 0.104 0.776 0.120
#> SRR1747386 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747387 2 0.1989 0.6595 0.004 0.948 0.048
#> SRR1747388 2 0.1989 0.6595 0.004 0.948 0.048
#> SRR1747390 3 0.8844 0.3388 0.120 0.392 0.488
#> SRR1747389 3 0.8844 0.3388 0.120 0.392 0.488
#> SRR1747391 2 0.1905 0.6801 0.016 0.956 0.028
#> SRR1747392 2 0.1905 0.6801 0.016 0.956 0.028
#> SRR1747393 3 0.7692 0.6018 0.136 0.184 0.680
#> SRR1747394 3 0.9286 0.6180 0.312 0.184 0.504
#> SRR1747395 2 0.1525 0.6785 0.004 0.964 0.032
#> SRR1747396 2 0.1525 0.6785 0.004 0.964 0.032
#> SRR1747398 2 0.5254 0.5799 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747397 2 0.5785 0.5191 0.000 0.668 0.332
#> SRR1747399 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747400 1 0.0237 0.8803 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.4148 0.8234 0.816 0.012 0.156 0.016
#> SRR1747214 1 0.4148 0.8234 0.816 0.012 0.156 0.016
#> SRR1747215 2 0.1398 0.7183 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747216 2 0.1398 0.7183 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747217 2 0.7104 0.1025 0.012 0.468 0.432 0.088
#> SRR1747218 2 0.7104 0.1025 0.012 0.468 0.432 0.088
#> SRR1747219 3 0.4052 0.5637 0.124 0.012 0.836 0.028
#> SRR1747220 3 0.4052 0.5637 0.124 0.012 0.836 0.028
#> SRR1747221 3 0.4882 0.5446 0.208 0.028 0.756 0.008
#> SRR1747222 3 0.7867 0.3887 0.160 0.056 0.584 0.200
#> SRR1747223 3 0.4335 0.5608 0.184 0.016 0.792 0.008
#> SRR1747224 3 0.4335 0.5608 0.184 0.016 0.792 0.008
#> SRR1747225 2 0.2797 0.7230 0.000 0.900 0.068 0.032
#> SRR1747226 2 0.2797 0.7230 0.000 0.900 0.068 0.032
#> SRR1747227 2 0.6393 0.3912 0.048 0.572 0.368 0.012
#> SRR1747228 2 0.6393 0.3912 0.048 0.572 0.368 0.012
#> SRR1747229 2 0.5646 0.6168 0.000 0.708 0.204 0.088
#> SRR1747230 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747231 1 0.0469 0.8760 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747232 1 0.0469 0.8760 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747233 3 0.7900 0.2811 0.108 0.072 0.572 0.248
#> SRR1747234 3 0.6762 0.2353 0.012 0.084 0.588 0.316
#> SRR1747235 1 0.3626 0.8427 0.844 0.004 0.136 0.016
#> SRR1747236 2 0.7270 0.3047 0.012 0.536 0.120 0.332
#> SRR1747237 2 0.7450 0.1466 0.004 0.488 0.160 0.348
#> SRR1747238 2 0.7450 0.1466 0.004 0.488 0.160 0.348
#> SRR1747239 2 0.2483 0.7040 0.000 0.916 0.032 0.052
#> SRR1747240 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747241 3 0.6456 0.4094 0.320 0.036 0.612 0.032
#> SRR1747242 1 0.3161 0.8500 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1747243 3 0.6384 -0.0919 0.028 0.472 0.480 0.020
#> SRR1747244 3 0.6384 -0.0919 0.028 0.472 0.480 0.020
#> SRR1747245 2 0.3544 0.7161 0.008 0.852 0.128 0.012
#> SRR1747246 2 0.3544 0.7161 0.008 0.852 0.128 0.012
#> SRR1747247 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747248 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747249 3 0.2719 0.5752 0.020 0.024 0.916 0.040
#> SRR1747250 3 0.2719 0.5752 0.020 0.024 0.916 0.040
#> SRR1747252 3 0.3965 0.5585 0.120 0.008 0.840 0.032
#> SRR1747253 4 0.6103 0.1829 0.016 0.020 0.452 0.512
#> SRR1747254 4 0.6187 0.4171 0.008 0.312 0.056 0.624
#> SRR1747255 1 0.4991 0.4221 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR1747256 1 0.4991 0.4221 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR1747257 3 0.7691 0.3767 0.012 0.260 0.524 0.204
#> SRR1747258 3 0.7691 0.3767 0.012 0.260 0.524 0.204
#> SRR1747259 4 0.5812 0.7390 0.000 0.156 0.136 0.708
#> SRR1747260 4 0.5812 0.7390 0.000 0.156 0.136 0.708
#> SRR1747261 3 0.6357 0.3508 0.028 0.336 0.604 0.032
#> SRR1747262 3 0.6357 0.3508 0.028 0.336 0.604 0.032
#> SRR1747263 2 0.5285 0.6669 0.052 0.752 0.184 0.012
#> SRR1747264 1 0.3497 0.8402 0.852 0.024 0.124 0.000
#> SRR1747265 3 0.4140 0.5910 0.032 0.088 0.848 0.032
#> SRR1747266 3 0.4140 0.5910 0.032 0.088 0.848 0.032
#> SRR1747267 3 0.4401 0.5935 0.060 0.080 0.836 0.024
#> SRR1747268 3 0.6041 0.4979 0.048 0.256 0.676 0.020
#> SRR1747269 2 0.8106 0.2985 0.020 0.480 0.248 0.252
#> SRR1747270 2 0.8106 0.2985 0.020 0.480 0.248 0.252
#> SRR1747271 3 0.7474 -0.1303 0.000 0.176 0.424 0.400
#> SRR1747272 3 0.7474 -0.1303 0.000 0.176 0.424 0.400
#> SRR1747273 1 0.5012 0.5798 0.668 0.008 0.320 0.004
#> SRR1747274 3 0.7233 0.5347 0.128 0.220 0.620 0.032
#> SRR1747275 1 0.3836 0.8022 0.816 0.016 0.168 0.000
#> SRR1747276 1 0.3836 0.8022 0.816 0.016 0.168 0.000
#> SRR1747277 2 0.4857 0.6230 0.004 0.740 0.232 0.024
#> SRR1747278 2 0.4857 0.6230 0.004 0.740 0.232 0.024
#> SRR1747280 1 0.0817 0.8792 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747279 1 0.1022 0.8796 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747281 2 0.6380 0.5212 0.060 0.632 0.292 0.016
#> SRR1747282 1 0.3479 0.8226 0.840 0.012 0.148 0.000
#> SRR1747283 3 0.5706 0.1503 0.420 0.004 0.556 0.020
#> SRR1747284 3 0.5706 0.1503 0.420 0.004 0.556 0.020
#> SRR1747285 4 0.2207 0.6774 0.004 0.040 0.024 0.932
#> SRR1747286 4 0.2207 0.6774 0.004 0.040 0.024 0.932
#> SRR1747287 3 0.6445 0.4438 0.016 0.260 0.648 0.076
#> SRR1747288 3 0.6445 0.4438 0.016 0.260 0.648 0.076
#> SRR1747290 2 0.5756 0.2598 0.000 0.568 0.032 0.400
#> SRR1747289 2 0.5756 0.2598 0.000 0.568 0.032 0.400
#> SRR1747291 3 0.4982 0.5859 0.044 0.160 0.780 0.016
#> SRR1747293 2 0.6666 0.1572 0.000 0.508 0.404 0.088
#> SRR1747294 2 0.6666 0.1572 0.000 0.508 0.404 0.088
#> SRR1747292 3 0.4982 0.5859 0.044 0.160 0.780 0.016
#> SRR1747295 4 0.5714 0.7446 0.000 0.156 0.128 0.716
#> SRR1747296 4 0.5714 0.7446 0.000 0.156 0.128 0.716
#> SRR1747297 2 0.3606 0.7115 0.020 0.872 0.080 0.028
#> SRR1747298 2 0.3606 0.7115 0.020 0.872 0.080 0.028
#> SRR1747299 2 0.3445 0.7191 0.012 0.864 0.112 0.012
#> SRR1747300 2 0.3445 0.7191 0.012 0.864 0.112 0.012
#> SRR1747301 2 0.2032 0.7070 0.000 0.936 0.028 0.036
#> SRR1747302 2 0.2032 0.7070 0.000 0.936 0.028 0.036
#> SRR1747303 2 0.6223 0.5516 0.052 0.656 0.272 0.020
#> SRR1747304 1 0.0817 0.8796 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747305 2 0.1398 0.7183 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747306 2 0.1398 0.7183 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747307 3 0.5899 -0.1646 0.008 0.020 0.500 0.472
#> SRR1747308 3 0.5899 -0.1646 0.008 0.020 0.500 0.472
#> SRR1747309 1 0.2593 0.8609 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1747310 1 0.2530 0.8630 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1747311 3 0.4088 0.5643 0.172 0.012 0.808 0.008
#> SRR1747313 3 0.6315 0.5456 0.128 0.184 0.680 0.008
#> SRR1747312 1 0.0469 0.8764 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747314 1 0.2888 0.8421 0.872 0.004 0.124 0.000
#> SRR1747315 2 0.5787 0.3686 0.016 0.580 0.392 0.012
#> SRR1747316 2 0.5787 0.3686 0.016 0.580 0.392 0.012
#> SRR1747318 3 0.7319 -0.0410 0.000 0.156 0.460 0.384
#> SRR1747317 3 0.7319 -0.0410 0.000 0.156 0.460 0.384
#> SRR1747319 3 0.5954 0.3882 0.312 0.016 0.640 0.032
#> SRR1747320 3 0.5954 0.3882 0.312 0.016 0.640 0.032
#> SRR1747322 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747321 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747323 2 0.2101 0.7211 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1747324 2 0.2101 0.7211 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1747326 2 0.2021 0.7132 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1747325 2 0.2021 0.7132 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1747327 3 0.6562 0.1924 0.044 0.380 0.556 0.020
#> SRR1747328 3 0.6562 0.1924 0.044 0.380 0.556 0.020
#> SRR1747330 2 0.5536 0.3642 0.000 0.592 0.384 0.024
#> SRR1747329 2 0.5536 0.3642 0.000 0.592 0.384 0.024
#> SRR1747332 3 0.4434 0.5060 0.208 0.004 0.772 0.016
#> SRR1747331 3 0.4434 0.5060 0.208 0.004 0.772 0.016
#> SRR1747333 2 0.4232 0.6942 0.004 0.804 0.168 0.024
#> SRR1747334 2 0.4232 0.6942 0.004 0.804 0.168 0.024
#> SRR1747335 3 0.5175 0.4237 0.328 0.004 0.656 0.012
#> SRR1747336 1 0.1978 0.8656 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1747337 2 0.4434 0.5521 0.000 0.756 0.016 0.228
#> SRR1747338 2 0.4434 0.5521 0.000 0.756 0.016 0.228
#> SRR1747339 3 0.6041 0.4979 0.048 0.256 0.676 0.020
#> SRR1747340 3 0.6041 0.4979 0.048 0.256 0.676 0.020
#> SRR1747341 2 0.2450 0.6934 0.000 0.912 0.016 0.072
#> SRR1747342 2 0.2450 0.6934 0.000 0.912 0.016 0.072
#> SRR1747343 2 0.2101 0.7211 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1747344 2 0.2101 0.7211 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1747345 3 0.5095 0.5723 0.084 0.120 0.784 0.012
#> SRR1747346 3 0.6732 0.3872 0.000 0.168 0.612 0.220
#> SRR1747347 2 0.6031 0.1257 0.000 0.536 0.044 0.420
#> SRR1747348 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747349 1 0.5703 0.1723 0.500 0.008 0.480 0.012
#> SRR1747351 2 0.7172 0.4943 0.012 0.572 0.288 0.128
#> SRR1747350 3 0.7260 0.4951 0.092 0.232 0.624 0.052
#> SRR1747352 1 0.2125 0.8619 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1747353 3 0.7630 0.4070 0.016 0.240 0.548 0.196
#> SRR1747354 3 0.7630 0.4070 0.016 0.240 0.548 0.196
#> SRR1747355 3 0.2828 0.5780 0.036 0.020 0.912 0.032
#> SRR1747356 3 0.2828 0.5780 0.036 0.020 0.912 0.032
#> SRR1747357 3 0.4423 0.5797 0.100 0.032 0.832 0.036
#> SRR1747358 3 0.4423 0.5797 0.100 0.032 0.832 0.036
#> SRR1747359 1 0.6555 0.4351 0.576 0.080 0.340 0.004
#> SRR1747360 2 0.5487 0.4002 0.000 0.580 0.400 0.020
#> SRR1747361 3 0.7248 0.4006 0.044 0.304 0.580 0.072
#> SRR1747362 3 0.7248 0.4006 0.044 0.304 0.580 0.072
#> SRR1747363 3 0.5252 0.4621 0.280 0.008 0.692 0.020
#> SRR1747364 3 0.5252 0.4621 0.280 0.008 0.692 0.020
#> SRR1747365 3 0.7356 0.4211 0.016 0.200 0.588 0.196
#> SRR1747366 3 0.7356 0.4211 0.016 0.200 0.588 0.196
#> SRR1747367 3 0.5252 0.4621 0.280 0.008 0.692 0.020
#> SRR1747369 2 0.5313 0.3032 0.000 0.608 0.016 0.376
#> SRR1747368 3 0.2901 0.5768 0.016 0.036 0.908 0.040
#> SRR1747370 3 0.5750 0.4969 0.028 0.260 0.688 0.024
#> SRR1747372 1 0.1389 0.8782 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747371 1 0.1389 0.8782 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747373 2 0.2670 0.6884 0.000 0.904 0.024 0.072
#> SRR1747374 2 0.2670 0.6884 0.000 0.904 0.024 0.072
#> SRR1747375 2 0.6200 0.2011 0.008 0.524 0.432 0.036
#> SRR1747376 2 0.6200 0.2011 0.008 0.524 0.432 0.036
#> SRR1747377 2 0.2282 0.6975 0.000 0.924 0.024 0.052
#> SRR1747378 2 0.2282 0.6975 0.000 0.924 0.024 0.052
#> SRR1747379 2 0.6511 0.2728 0.032 0.524 0.420 0.024
#> SRR1747380 3 0.6732 0.3872 0.000 0.168 0.612 0.220
#> SRR1747381 1 0.2542 0.8667 0.904 0.012 0.084 0.000
#> SRR1747382 1 0.2542 0.8667 0.904 0.012 0.084 0.000
#> SRR1747383 3 0.7978 0.3859 0.044 0.284 0.532 0.140
#> SRR1747384 3 0.7978 0.3859 0.044 0.284 0.532 0.140
#> SRR1747385 2 0.6174 0.6169 0.056 0.688 0.228 0.028
#> SRR1747386 1 0.0336 0.8754 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747387 2 0.1833 0.7057 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1747388 2 0.1833 0.7057 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1747390 3 0.7768 0.3593 0.020 0.228 0.540 0.212
#> SRR1747389 3 0.7768 0.3593 0.020 0.228 0.540 0.212
#> SRR1747391 2 0.2981 0.7209 0.004 0.888 0.092 0.016
#> SRR1747392 2 0.2981 0.7209 0.004 0.888 0.092 0.016
#> SRR1747393 3 0.6346 0.3744 0.020 0.072 0.668 0.240
#> SRR1747394 3 0.4088 0.5643 0.172 0.012 0.808 0.008
#> SRR1747395 2 0.2214 0.7185 0.000 0.928 0.044 0.028
#> SRR1747396 2 0.2214 0.7185 0.000 0.928 0.044 0.028
#> SRR1747398 2 0.4567 0.5313 0.000 0.740 0.016 0.244
#> SRR1747397 2 0.6231 0.5024 0.000 0.668 0.184 0.148
#> SRR1747399 1 0.0469 0.8760 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747400 1 0.0469 0.8760 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 1 0.4351 0.7787 0.784 0.000 0.104 0.104 0.008
#> SRR1747214 1 0.4351 0.7787 0.784 0.000 0.104 0.104 0.008
#> SRR1747215 2 0.1960 0.7129 0.000 0.928 0.048 0.020 0.004
#> SRR1747216 2 0.1960 0.7129 0.000 0.928 0.048 0.020 0.004
#> SRR1747217 3 0.6415 0.4274 0.008 0.248 0.616 0.076 0.052
#> SRR1747218 3 0.6415 0.4274 0.008 0.248 0.616 0.076 0.052
#> SRR1747219 4 0.6074 0.4552 0.064 0.004 0.428 0.488 0.016
#> SRR1747220 4 0.6074 0.4552 0.064 0.004 0.428 0.488 0.016
#> SRR1747221 4 0.6746 0.5770 0.152 0.008 0.360 0.472 0.008
#> SRR1747222 4 0.8458 0.4224 0.136 0.012 0.276 0.388 0.188
#> SRR1747223 4 0.6480 0.5456 0.124 0.004 0.404 0.460 0.008
#> SRR1747224 4 0.6480 0.5456 0.124 0.004 0.404 0.460 0.008
#> SRR1747225 2 0.3869 0.7064 0.000 0.832 0.084 0.056 0.028
#> SRR1747226 2 0.3869 0.7064 0.000 0.832 0.084 0.056 0.028
#> SRR1747227 3 0.6049 0.2007 0.040 0.368 0.544 0.048 0.000
#> SRR1747228 3 0.6049 0.2007 0.040 0.368 0.544 0.048 0.000
#> SRR1747229 2 0.6294 0.4442 0.000 0.572 0.308 0.040 0.080
#> SRR1747230 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0579 0.8496 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747232 1 0.0579 0.8496 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747233 4 0.8714 0.2379 0.096 0.036 0.268 0.372 0.228
#> SRR1747234 4 0.7695 0.0621 0.004 0.040 0.292 0.368 0.296
#> SRR1747235 1 0.4887 0.7494 0.740 0.004 0.068 0.176 0.012
#> SRR1747236 2 0.7530 0.3272 0.004 0.464 0.088 0.120 0.324
#> SRR1747237 2 0.7466 0.0259 0.000 0.372 0.252 0.036 0.340
#> SRR1747238 2 0.7466 0.0259 0.000 0.372 0.252 0.036 0.340
#> SRR1747239 2 0.3175 0.7031 0.000 0.872 0.044 0.020 0.064
#> SRR1747240 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747241 4 0.7373 0.5007 0.220 0.008 0.312 0.436 0.024
#> SRR1747242 1 0.4123 0.7811 0.796 0.000 0.092 0.108 0.004
#> SRR1747243 3 0.5302 0.4793 0.024 0.220 0.692 0.064 0.000
#> SRR1747244 3 0.5302 0.4793 0.024 0.220 0.692 0.064 0.000
#> SRR1747245 2 0.5090 0.5711 0.004 0.668 0.264 0.064 0.000
#> SRR1747246 2 0.5090 0.5711 0.004 0.668 0.264 0.064 0.000
#> SRR1747247 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.5297 -0.3181 0.008 0.000 0.552 0.404 0.036
#> SRR1747250 3 0.5297 -0.3181 0.008 0.000 0.552 0.404 0.036
#> SRR1747252 4 0.6222 0.4675 0.064 0.004 0.416 0.492 0.024
#> SRR1747253 5 0.6237 0.2378 0.008 0.008 0.084 0.440 0.460
#> SRR1747254 5 0.6497 0.2059 0.000 0.276 0.032 0.124 0.568
#> SRR1747255 1 0.6114 0.1741 0.536 0.000 0.152 0.312 0.000
#> SRR1747256 1 0.6114 0.1741 0.536 0.000 0.152 0.312 0.000
#> SRR1747257 3 0.5610 0.4595 0.004 0.096 0.692 0.024 0.184
#> SRR1747258 3 0.5610 0.4595 0.004 0.096 0.692 0.024 0.184
#> SRR1747259 5 0.4820 0.5569 0.000 0.052 0.232 0.008 0.708
#> SRR1747260 5 0.4820 0.5569 0.000 0.052 0.232 0.008 0.708
#> SRR1747261 3 0.4082 0.5011 0.020 0.124 0.812 0.040 0.004
#> SRR1747262 3 0.4082 0.5011 0.020 0.124 0.812 0.040 0.004
#> SRR1747263 2 0.6569 0.3850 0.040 0.516 0.352 0.092 0.000
#> SRR1747264 1 0.3400 0.8025 0.840 0.004 0.116 0.040 0.000
#> SRR1747265 3 0.5072 0.0463 0.016 0.012 0.688 0.260 0.024
#> SRR1747266 3 0.5072 0.0463 0.016 0.012 0.688 0.260 0.024
#> SRR1747267 3 0.6602 -0.3348 0.040 0.044 0.472 0.424 0.020
#> SRR1747268 3 0.5113 0.4282 0.036 0.092 0.764 0.096 0.012
#> SRR1747269 2 0.8302 0.0586 0.008 0.340 0.336 0.104 0.212
#> SRR1747270 2 0.8302 0.0586 0.008 0.340 0.336 0.104 0.212
#> SRR1747271 5 0.8096 0.3866 0.000 0.112 0.212 0.300 0.376
#> SRR1747272 5 0.8096 0.3866 0.000 0.112 0.212 0.300 0.376
#> SRR1747273 1 0.6158 0.4007 0.580 0.000 0.204 0.212 0.004
#> SRR1747274 3 0.5728 0.3034 0.092 0.044 0.700 0.160 0.004
#> SRR1747275 1 0.4086 0.7488 0.788 0.004 0.152 0.056 0.000
#> SRR1747276 1 0.4086 0.7488 0.788 0.004 0.152 0.056 0.000
#> SRR1747277 2 0.6322 0.2421 0.004 0.500 0.368 0.124 0.004
#> SRR1747278 2 0.6322 0.2421 0.004 0.500 0.368 0.124 0.004
#> SRR1747280 1 0.0807 0.8516 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1747279 1 0.1018 0.8516 0.968 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR1747281 2 0.6271 0.1680 0.048 0.456 0.448 0.048 0.000
#> SRR1747282 1 0.3236 0.7729 0.828 0.000 0.152 0.020 0.000
#> SRR1747283 4 0.6731 0.5207 0.304 0.000 0.180 0.500 0.016
#> SRR1747284 4 0.6731 0.5207 0.304 0.000 0.180 0.500 0.016
#> SRR1747285 5 0.1815 0.5424 0.000 0.020 0.024 0.016 0.940
#> SRR1747286 5 0.1815 0.5424 0.000 0.020 0.024 0.016 0.940
#> SRR1747287 3 0.3585 0.4886 0.004 0.064 0.856 0.028 0.048
#> SRR1747288 3 0.3585 0.4886 0.004 0.064 0.856 0.028 0.048
#> SRR1747290 2 0.6561 0.3070 0.000 0.476 0.028 0.104 0.392
#> SRR1747289 2 0.6561 0.3070 0.000 0.476 0.028 0.104 0.392
#> SRR1747291 3 0.6469 -0.0638 0.020 0.092 0.528 0.352 0.008
#> SRR1747293 3 0.6803 0.3311 0.000 0.296 0.544 0.088 0.072
#> SRR1747294 3 0.6803 0.3311 0.000 0.296 0.544 0.088 0.072
#> SRR1747292 3 0.6469 -0.0638 0.020 0.092 0.528 0.352 0.008
#> SRR1747295 5 0.4764 0.5610 0.000 0.052 0.224 0.008 0.716
#> SRR1747296 5 0.4764 0.5610 0.000 0.052 0.224 0.008 0.716
#> SRR1747297 2 0.4700 0.6709 0.008 0.760 0.144 0.084 0.004
#> SRR1747298 2 0.4700 0.6709 0.008 0.760 0.144 0.084 0.004
#> SRR1747299 2 0.3595 0.6926 0.008 0.836 0.124 0.020 0.012
#> SRR1747300 2 0.3595 0.6926 0.008 0.836 0.124 0.020 0.012
#> SRR1747301 2 0.2673 0.7079 0.000 0.900 0.036 0.020 0.044
#> SRR1747302 2 0.2673 0.7079 0.000 0.900 0.036 0.020 0.044
#> SRR1747303 2 0.6399 0.1654 0.040 0.472 0.428 0.056 0.004
#> SRR1747304 1 0.0912 0.8525 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1747305 2 0.2125 0.7138 0.000 0.920 0.052 0.024 0.004
#> SRR1747306 2 0.2125 0.7138 0.000 0.920 0.052 0.024 0.004
#> SRR1747307 4 0.6596 -0.3029 0.000 0.008 0.160 0.416 0.416
#> SRR1747308 5 0.6596 0.2146 0.000 0.008 0.160 0.416 0.416
#> SRR1747309 1 0.3386 0.8030 0.832 0.000 0.040 0.128 0.000
#> SRR1747310 1 0.3339 0.8055 0.836 0.000 0.040 0.124 0.000
#> SRR1747311 4 0.6241 0.5352 0.112 0.000 0.412 0.468 0.008
#> SRR1747313 4 0.7683 0.3237 0.080 0.128 0.368 0.416 0.008
#> SRR1747312 1 0.0451 0.8515 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1747314 1 0.2900 0.7982 0.864 0.000 0.108 0.028 0.000
#> SRR1747315 3 0.5611 0.3289 0.012 0.328 0.596 0.064 0.000
#> SRR1747316 3 0.5611 0.3289 0.012 0.328 0.596 0.064 0.000
#> SRR1747318 5 0.8082 0.3379 0.000 0.100 0.236 0.304 0.360
#> SRR1747317 5 0.8082 0.3379 0.000 0.100 0.236 0.304 0.360
#> SRR1747319 4 0.7305 0.5735 0.220 0.008 0.264 0.480 0.028
#> SRR1747320 4 0.7305 0.5735 0.220 0.008 0.264 0.480 0.028
#> SRR1747322 1 0.0566 0.8511 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1747321 1 0.0566 0.8511 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1747323 2 0.2476 0.7124 0.000 0.904 0.064 0.020 0.012
#> SRR1747324 2 0.2476 0.7124 0.000 0.904 0.064 0.020 0.012
#> SRR1747326 2 0.3698 0.7021 0.000 0.844 0.064 0.064 0.028
#> SRR1747325 2 0.3698 0.7021 0.000 0.844 0.064 0.064 0.028
#> SRR1747327 3 0.4561 0.4898 0.036 0.176 0.760 0.028 0.000
#> SRR1747328 3 0.4561 0.4898 0.036 0.176 0.760 0.028 0.000
#> SRR1747330 3 0.5806 0.2678 0.000 0.332 0.568 0.096 0.004
#> SRR1747329 3 0.5806 0.2678 0.000 0.332 0.568 0.096 0.004
#> SRR1747332 4 0.6519 0.4810 0.152 0.000 0.328 0.508 0.012
#> SRR1747331 4 0.6519 0.4810 0.152 0.000 0.328 0.508 0.012
#> SRR1747333 2 0.5249 0.5603 0.000 0.676 0.244 0.068 0.012
#> SRR1747334 2 0.5249 0.5603 0.000 0.676 0.244 0.068 0.012
#> SRR1747335 4 0.6731 0.4956 0.280 0.000 0.228 0.484 0.008
#> SRR1747336 1 0.2505 0.8122 0.888 0.000 0.020 0.092 0.000
#> SRR1747337 2 0.5270 0.5707 0.000 0.684 0.028 0.048 0.240
#> SRR1747338 2 0.5270 0.5707 0.000 0.684 0.028 0.048 0.240
#> SRR1747339 3 0.5113 0.4282 0.036 0.092 0.764 0.096 0.012
#> SRR1747340 3 0.5113 0.4282 0.036 0.092 0.764 0.096 0.012
#> SRR1747341 2 0.3339 0.6967 0.000 0.860 0.024 0.032 0.084
#> SRR1747342 2 0.3339 0.6967 0.000 0.860 0.024 0.032 0.084
#> SRR1747343 2 0.2476 0.7124 0.000 0.904 0.064 0.020 0.012
#> SRR1747344 2 0.2476 0.7124 0.000 0.904 0.064 0.020 0.012
#> SRR1747345 4 0.6948 0.4066 0.040 0.088 0.392 0.468 0.012
#> SRR1747346 3 0.7858 -0.0965 0.000 0.088 0.396 0.320 0.196
#> SRR1747347 2 0.6451 0.1854 0.000 0.480 0.044 0.068 0.408
#> SRR1747348 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.6740 -0.0248 0.452 0.004 0.352 0.188 0.004
#> SRR1747351 2 0.6618 0.1687 0.000 0.432 0.428 0.024 0.116
#> SRR1747350 3 0.6744 0.3231 0.044 0.104 0.620 0.208 0.024
#> SRR1747352 1 0.2824 0.8009 0.864 0.000 0.020 0.116 0.000
#> SRR1747353 3 0.5291 0.4558 0.004 0.076 0.724 0.028 0.168
#> SRR1747354 3 0.5291 0.4558 0.004 0.076 0.724 0.028 0.168
#> SRR1747355 3 0.5423 -0.3300 0.020 0.000 0.552 0.400 0.028
#> SRR1747356 3 0.5423 -0.3300 0.020 0.000 0.552 0.400 0.028
#> SRR1747357 3 0.5840 -0.4068 0.052 0.004 0.484 0.448 0.012
#> SRR1747358 3 0.5840 -0.4068 0.052 0.004 0.484 0.448 0.012
#> SRR1747359 1 0.6525 0.3479 0.560 0.056 0.304 0.080 0.000
#> SRR1747360 2 0.5996 0.0830 0.000 0.468 0.432 0.096 0.004
#> SRR1747361 3 0.6074 0.4610 0.040 0.084 0.708 0.124 0.044
#> SRR1747362 3 0.6074 0.4610 0.040 0.084 0.708 0.124 0.044
#> SRR1747363 4 0.6876 0.5889 0.184 0.004 0.296 0.500 0.016
#> SRR1747364 4 0.6876 0.5889 0.184 0.004 0.296 0.500 0.016
#> SRR1747365 3 0.5164 0.4341 0.004 0.044 0.732 0.044 0.176
#> SRR1747366 3 0.5164 0.4341 0.004 0.044 0.732 0.044 0.176
#> SRR1747367 4 0.6876 0.5889 0.184 0.004 0.296 0.500 0.016
#> SRR1747369 2 0.5750 0.4002 0.000 0.544 0.024 0.044 0.388
#> SRR1747368 3 0.5839 -0.3220 0.012 0.016 0.536 0.400 0.036
#> SRR1747370 3 0.5185 0.4280 0.020 0.104 0.752 0.108 0.016
#> SRR1747372 1 0.1648 0.8456 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1747371 1 0.1648 0.8456 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1747373 2 0.3641 0.6899 0.000 0.844 0.020 0.060 0.076
#> SRR1747374 2 0.3641 0.6899 0.000 0.844 0.020 0.060 0.076
#> SRR1747375 3 0.5350 0.4048 0.000 0.292 0.632 0.072 0.004
#> SRR1747376 3 0.5350 0.4048 0.000 0.292 0.632 0.072 0.004
#> SRR1747377 2 0.2857 0.6970 0.000 0.888 0.028 0.020 0.064
#> SRR1747378 2 0.2857 0.6970 0.000 0.888 0.028 0.020 0.064
#> SRR1747379 3 0.5724 0.3272 0.024 0.328 0.600 0.044 0.004
#> SRR1747380 3 0.7858 -0.0965 0.000 0.088 0.396 0.320 0.196
#> SRR1747381 1 0.2853 0.8316 0.876 0.000 0.072 0.052 0.000
#> SRR1747382 1 0.2853 0.8316 0.876 0.000 0.072 0.052 0.000
#> SRR1747383 3 0.6879 0.4518 0.032 0.100 0.648 0.112 0.108
#> SRR1747384 3 0.6879 0.4518 0.032 0.100 0.648 0.112 0.108
#> SRR1747385 2 0.6936 0.3496 0.044 0.492 0.352 0.108 0.004
#> SRR1747386 1 0.0162 0.8504 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.3821 0.6898 0.000 0.836 0.044 0.084 0.036
#> SRR1747388 2 0.3821 0.6898 0.000 0.836 0.044 0.084 0.036
#> SRR1747390 3 0.6221 0.4020 0.004 0.060 0.656 0.092 0.188
#> SRR1747389 3 0.6221 0.4020 0.004 0.060 0.656 0.092 0.188
#> SRR1747391 2 0.4935 0.6343 0.004 0.724 0.188 0.080 0.004
#> SRR1747392 2 0.4935 0.6343 0.004 0.724 0.188 0.080 0.004
#> SRR1747393 4 0.7548 0.2432 0.008 0.036 0.360 0.396 0.200
#> SRR1747394 4 0.6241 0.5352 0.112 0.000 0.412 0.468 0.008
#> SRR1747395 2 0.3691 0.7095 0.000 0.844 0.056 0.072 0.028
#> SRR1747396 2 0.3691 0.7095 0.000 0.844 0.056 0.072 0.028
#> SRR1747398 2 0.5599 0.5455 0.000 0.660 0.036 0.056 0.248
#> SRR1747397 2 0.7430 0.3993 0.000 0.536 0.180 0.128 0.156
#> SRR1747399 1 0.0579 0.8496 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747400 1 0.0579 0.8496 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.4689 0.76374 0.036 0.000 0.144 0.744 0.068 0.008
#> SRR1747214 4 0.4689 0.76374 0.036 0.000 0.144 0.744 0.068 0.008
#> SRR1747215 2 0.2070 0.57496 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747216 2 0.2070 0.57496 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747217 5 0.6457 0.39708 0.096 0.216 0.048 0.008 0.600 0.032
#> SRR1747218 5 0.6457 0.39708 0.096 0.216 0.048 0.008 0.600 0.032
#> SRR1747219 3 0.4946 0.49946 0.012 0.004 0.632 0.036 0.308 0.008
#> SRR1747220 3 0.4946 0.49946 0.012 0.004 0.632 0.036 0.308 0.008
#> SRR1747221 3 0.6745 0.54097 0.108 0.008 0.524 0.112 0.248 0.000
#> SRR1747222 3 0.7895 0.44586 0.040 0.012 0.452 0.104 0.204 0.188
#> SRR1747223 3 0.6748 0.51738 0.108 0.008 0.500 0.096 0.288 0.000
#> SRR1747224 3 0.6748 0.51738 0.108 0.008 0.500 0.096 0.288 0.000
#> SRR1747225 2 0.4680 0.44196 0.200 0.700 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1747226 2 0.4680 0.44196 0.200 0.700 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1747227 5 0.6430 0.35199 0.108 0.272 0.024 0.036 0.556 0.004
#> SRR1747228 5 0.6430 0.35199 0.108 0.272 0.024 0.036 0.556 0.004
#> SRR1747229 2 0.6494 0.14901 0.108 0.520 0.012 0.000 0.300 0.060
#> SRR1747230 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0508 0.83624 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747232 4 0.0508 0.83624 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747233 3 0.8441 0.28024 0.068 0.032 0.404 0.080 0.188 0.228
#> SRR1747234 3 0.7484 0.17547 0.064 0.032 0.400 0.000 0.212 0.292
#> SRR1747235 4 0.5750 0.65810 0.148 0.000 0.180 0.632 0.032 0.008
#> SRR1747236 1 0.7601 0.82106 0.352 0.312 0.060 0.000 0.036 0.240
#> SRR1747237 6 0.7438 0.05244 0.056 0.324 0.024 0.000 0.260 0.336
#> SRR1747238 6 0.7438 0.05244 0.056 0.324 0.024 0.000 0.260 0.336
#> SRR1747239 2 0.3408 0.49358 0.072 0.844 0.004 0.000 0.032 0.048
#> SRR1747240 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.7320 0.44965 0.140 0.004 0.488 0.112 0.236 0.020
#> SRR1747242 4 0.5011 0.72725 0.084 0.000 0.144 0.712 0.060 0.000
#> SRR1747243 5 0.5653 0.48927 0.088 0.184 0.044 0.020 0.664 0.000
#> SRR1747244 5 0.5653 0.48927 0.088 0.184 0.044 0.020 0.664 0.000
#> SRR1747245 2 0.5670 0.45414 0.148 0.572 0.008 0.004 0.268 0.000
#> SRR1747246 2 0.5670 0.45414 0.148 0.572 0.008 0.004 0.268 0.000
#> SRR1747247 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 5 0.5113 -0.35788 0.016 0.000 0.456 0.004 0.488 0.036
#> SRR1747250 5 0.5113 -0.35788 0.016 0.000 0.456 0.004 0.488 0.036
#> SRR1747252 3 0.5549 0.49858 0.048 0.004 0.612 0.040 0.288 0.008
#> SRR1747253 3 0.6350 -0.02208 0.112 0.008 0.452 0.008 0.024 0.396
#> SRR1747254 6 0.6886 -0.31277 0.264 0.168 0.084 0.000 0.004 0.480
#> SRR1747255 4 0.6227 0.14470 0.040 0.000 0.348 0.480 0.132 0.000
#> SRR1747256 4 0.6227 0.14470 0.040 0.000 0.348 0.480 0.132 0.000
#> SRR1747257 5 0.5258 0.44492 0.036 0.064 0.016 0.004 0.700 0.180
#> SRR1747258 5 0.5258 0.44492 0.036 0.064 0.016 0.004 0.700 0.180
#> SRR1747259 6 0.4380 0.51200 0.004 0.040 0.012 0.000 0.232 0.712
#> SRR1747260 6 0.4380 0.51200 0.004 0.040 0.012 0.000 0.232 0.712
#> SRR1747261 5 0.3952 0.50277 0.032 0.084 0.048 0.020 0.816 0.000
#> SRR1747262 5 0.3952 0.50277 0.032 0.084 0.048 0.020 0.816 0.000
#> SRR1747263 2 0.7354 0.17508 0.176 0.396 0.048 0.032 0.344 0.004
#> SRR1747264 4 0.3485 0.78836 0.008 0.004 0.060 0.824 0.104 0.000
#> SRR1747265 5 0.4848 0.05534 0.040 0.000 0.288 0.004 0.648 0.020
#> SRR1747266 5 0.4848 0.05534 0.040 0.000 0.288 0.004 0.648 0.020
#> SRR1747267 3 0.6088 0.36286 0.020 0.036 0.484 0.032 0.412 0.016
#> SRR1747268 5 0.4853 0.43652 0.060 0.052 0.104 0.028 0.756 0.000
#> SRR1747269 5 0.8294 -0.17111 0.112 0.300 0.088 0.000 0.332 0.168
#> SRR1747270 5 0.8294 -0.17111 0.112 0.300 0.088 0.000 0.332 0.168
#> SRR1747271 6 0.7886 0.16743 0.056 0.096 0.328 0.000 0.160 0.360
#> SRR1747272 6 0.7886 0.16743 0.056 0.096 0.328 0.000 0.160 0.360
#> SRR1747273 4 0.6604 0.33505 0.052 0.000 0.264 0.512 0.164 0.008
#> SRR1747274 5 0.5443 0.27479 0.016 0.020 0.212 0.084 0.664 0.004
#> SRR1747275 4 0.4346 0.71748 0.004 0.004 0.104 0.744 0.144 0.000
#> SRR1747276 4 0.4346 0.71748 0.004 0.004 0.104 0.744 0.144 0.000
#> SRR1747277 2 0.6538 0.08006 0.256 0.384 0.016 0.000 0.340 0.004
#> SRR1747278 2 0.6538 0.08006 0.256 0.384 0.016 0.000 0.340 0.004
#> SRR1747280 4 0.0806 0.83944 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1747279 4 0.1116 0.83952 0.004 0.000 0.028 0.960 0.008 0.000
#> SRR1747281 5 0.6724 -0.00976 0.124 0.380 0.020 0.044 0.432 0.000
#> SRR1747282 4 0.3309 0.75492 0.004 0.004 0.028 0.816 0.148 0.000
#> SRR1747283 3 0.6867 0.48705 0.084 0.000 0.532 0.228 0.136 0.020
#> SRR1747284 3 0.6867 0.48705 0.084 0.000 0.532 0.228 0.136 0.020
#> SRR1747285 6 0.1508 0.31427 0.016 0.012 0.004 0.000 0.020 0.948
#> SRR1747286 6 0.1508 0.31427 0.016 0.012 0.004 0.000 0.020 0.948
#> SRR1747287 5 0.3456 0.48369 0.028 0.028 0.032 0.004 0.856 0.052
#> SRR1747288 5 0.3456 0.48369 0.028 0.028 0.032 0.004 0.856 0.052
#> SRR1747290 1 0.6890 0.91216 0.336 0.324 0.036 0.000 0.004 0.300
#> SRR1747289 1 0.6890 0.91216 0.336 0.324 0.036 0.000 0.004 0.300
#> SRR1747291 5 0.6758 -0.14146 0.072 0.084 0.364 0.016 0.460 0.004
#> SRR1747293 5 0.6863 0.31238 0.092 0.232 0.052 0.000 0.552 0.072
#> SRR1747294 5 0.6863 0.31238 0.092 0.232 0.052 0.000 0.552 0.072
#> SRR1747292 5 0.6758 -0.14146 0.072 0.084 0.364 0.016 0.460 0.004
#> SRR1747295 6 0.4259 0.50971 0.004 0.040 0.008 0.000 0.228 0.720
#> SRR1747296 6 0.4259 0.50971 0.004 0.040 0.008 0.000 0.228 0.720
#> SRR1747297 2 0.5522 0.49818 0.192 0.640 0.024 0.000 0.140 0.004
#> SRR1747298 2 0.5522 0.49818 0.192 0.640 0.024 0.000 0.140 0.004
#> SRR1747299 2 0.3189 0.54871 0.020 0.844 0.016 0.008 0.112 0.000
#> SRR1747300 2 0.3189 0.54871 0.020 0.844 0.016 0.008 0.112 0.000
#> SRR1747301 2 0.2972 0.49995 0.108 0.852 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1747302 2 0.2972 0.49995 0.108 0.852 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1747303 5 0.6816 0.00499 0.124 0.388 0.024 0.036 0.424 0.004
#> SRR1747304 4 0.1148 0.83890 0.004 0.000 0.016 0.960 0.020 0.000
#> SRR1747305 2 0.2070 0.57262 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747306 2 0.2070 0.57262 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747307 3 0.6859 0.00187 0.108 0.008 0.432 0.000 0.092 0.360
#> SRR1747308 3 0.6859 0.00187 0.108 0.008 0.432 0.000 0.092 0.360
#> SRR1747309 4 0.3537 0.78215 0.016 0.000 0.164 0.796 0.024 0.000
#> SRR1747310 4 0.3502 0.78472 0.016 0.000 0.160 0.800 0.024 0.000
#> SRR1747311 3 0.6601 0.51436 0.104 0.004 0.504 0.092 0.296 0.000
#> SRR1747313 3 0.7916 0.36175 0.136 0.104 0.408 0.072 0.280 0.000
#> SRR1747312 4 0.0363 0.83931 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.2776 0.78431 0.000 0.004 0.032 0.860 0.104 0.000
#> SRR1747315 5 0.5819 0.42294 0.112 0.244 0.032 0.008 0.604 0.000
#> SRR1747316 5 0.5819 0.42294 0.112 0.244 0.032 0.008 0.604 0.000
#> SRR1747318 3 0.7735 -0.19838 0.044 0.084 0.348 0.000 0.176 0.348
#> SRR1747317 6 0.7735 0.09818 0.044 0.084 0.348 0.000 0.176 0.348
#> SRR1747319 3 0.7308 0.52284 0.076 0.004 0.496 0.164 0.228 0.032
#> SRR1747320 3 0.7308 0.52284 0.076 0.004 0.496 0.164 0.228 0.032
#> SRR1747322 4 0.0717 0.83886 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0717 0.83886 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.2189 0.56143 0.032 0.904 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747324 2 0.2189 0.56143 0.032 0.904 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747326 2 0.4546 0.53314 0.156 0.748 0.008 0.000 0.060 0.028
#> SRR1747325 2 0.4546 0.53314 0.156 0.748 0.008 0.000 0.060 0.028
#> SRR1747327 5 0.4647 0.50116 0.048 0.112 0.036 0.028 0.772 0.004
#> SRR1747328 5 0.4647 0.50116 0.048 0.112 0.036 0.028 0.772 0.004
#> SRR1747330 5 0.6065 0.32307 0.156 0.272 0.024 0.000 0.544 0.004
#> SRR1747329 5 0.6065 0.32307 0.156 0.272 0.024 0.000 0.544 0.004
#> SRR1747332 3 0.5340 0.49271 0.024 0.000 0.652 0.104 0.216 0.004
#> SRR1747331 3 0.5340 0.49271 0.024 0.000 0.652 0.104 0.216 0.004
#> SRR1747333 2 0.5754 0.32374 0.200 0.552 0.008 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747334 2 0.5754 0.32374 0.200 0.552 0.008 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747335 3 0.5625 0.46831 0.024 0.000 0.616 0.232 0.124 0.004
#> SRR1747336 4 0.2734 0.78163 0.008 0.000 0.148 0.840 0.004 0.000
#> SRR1747337 2 0.6197 -0.41720 0.244 0.540 0.012 0.000 0.016 0.188
#> SRR1747338 2 0.6197 -0.41720 0.244 0.540 0.012 0.000 0.016 0.188
#> SRR1747339 5 0.4853 0.43652 0.060 0.052 0.104 0.028 0.756 0.000
#> SRR1747340 5 0.4853 0.43652 0.060 0.052 0.104 0.028 0.756 0.000
#> SRR1747341 2 0.3659 0.47841 0.116 0.812 0.004 0.000 0.012 0.056
#> SRR1747342 2 0.3659 0.47841 0.116 0.812 0.004 0.000 0.012 0.056
#> SRR1747343 2 0.2189 0.56143 0.032 0.904 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747344 2 0.2189 0.56143 0.032 0.904 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747345 3 0.7288 0.44449 0.128 0.080 0.460 0.028 0.300 0.004
#> SRR1747346 5 0.7772 -0.20266 0.044 0.080 0.340 0.000 0.340 0.196
#> SRR1747347 2 0.6992 -0.37419 0.156 0.404 0.040 0.000 0.028 0.372
#> SRR1747348 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.6427 0.03198 0.012 0.004 0.288 0.424 0.272 0.000
#> SRR1747351 5 0.6695 0.03351 0.072 0.388 0.008 0.000 0.424 0.108
#> SRR1747350 5 0.6288 0.25655 0.024 0.080 0.308 0.020 0.552 0.016
#> SRR1747352 4 0.2955 0.76923 0.008 0.000 0.172 0.816 0.004 0.000
#> SRR1747353 5 0.4950 0.45192 0.032 0.048 0.020 0.004 0.728 0.168
#> SRR1747354 5 0.4950 0.45192 0.032 0.048 0.020 0.004 0.728 0.168
#> SRR1747355 5 0.5178 -0.36294 0.016 0.000 0.460 0.012 0.484 0.028
#> SRR1747356 5 0.5178 -0.36294 0.016 0.000 0.460 0.012 0.484 0.028
#> SRR1747357 3 0.5028 0.46375 0.008 0.004 0.584 0.036 0.360 0.008
#> SRR1747358 3 0.5028 0.46375 0.008 0.004 0.584 0.036 0.360 0.008
#> SRR1747359 4 0.6395 0.39093 0.040 0.052 0.064 0.552 0.292 0.000
#> SRR1747360 5 0.6640 0.02462 0.172 0.364 0.052 0.000 0.412 0.000
#> SRR1747361 5 0.5950 0.45068 0.056 0.052 0.132 0.028 0.692 0.040
#> SRR1747362 5 0.5950 0.45068 0.056 0.052 0.132 0.028 0.692 0.040
#> SRR1747363 3 0.6804 0.53011 0.084 0.000 0.524 0.124 0.252 0.016
#> SRR1747364 3 0.6804 0.53011 0.084 0.000 0.524 0.124 0.252 0.016
#> SRR1747365 5 0.4906 0.43642 0.012 0.032 0.048 0.004 0.720 0.184
#> SRR1747366 5 0.4906 0.43642 0.012 0.032 0.048 0.004 0.720 0.184
#> SRR1747367 3 0.6804 0.53011 0.084 0.000 0.524 0.124 0.252 0.016
#> SRR1747369 2 0.5992 -0.48138 0.164 0.464 0.000 0.000 0.012 0.360
#> SRR1747368 3 0.5440 0.33703 0.008 0.016 0.468 0.008 0.464 0.036
#> SRR1747370 5 0.5020 0.43437 0.056 0.072 0.108 0.016 0.744 0.004
#> SRR1747372 4 0.1789 0.83046 0.000 0.000 0.044 0.924 0.032 0.000
#> SRR1747371 4 0.1789 0.83046 0.000 0.000 0.044 0.924 0.032 0.000
#> SRR1747373 2 0.4041 0.42646 0.156 0.776 0.012 0.000 0.008 0.048
#> SRR1747374 2 0.4041 0.42646 0.156 0.776 0.012 0.000 0.008 0.048
#> SRR1747375 5 0.5479 0.42573 0.108 0.232 0.032 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747376 5 0.5479 0.42573 0.108 0.232 0.032 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747377 2 0.3130 0.48021 0.080 0.856 0.004 0.000 0.016 0.044
#> SRR1747378 2 0.3130 0.48021 0.080 0.856 0.004 0.000 0.016 0.044
#> SRR1747379 5 0.6008 0.42836 0.112 0.232 0.024 0.020 0.608 0.004
#> SRR1747380 5 0.7772 -0.20266 0.044 0.080 0.340 0.000 0.340 0.196
#> SRR1747381 4 0.2880 0.82090 0.024 0.000 0.048 0.872 0.056 0.000
#> SRR1747382 4 0.2880 0.82090 0.024 0.000 0.048 0.872 0.056 0.000
#> SRR1747383 5 0.6726 0.43530 0.052 0.068 0.124 0.024 0.632 0.100
#> SRR1747384 5 0.6726 0.43530 0.052 0.068 0.124 0.024 0.632 0.100
#> SRR1747385 2 0.7378 0.19089 0.160 0.404 0.052 0.036 0.344 0.004
#> SRR1747386 4 0.0000 0.83753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.4522 0.48475 0.236 0.704 0.004 0.000 0.028 0.028
#> SRR1747388 2 0.4522 0.48475 0.236 0.704 0.004 0.000 0.028 0.028
#> SRR1747390 5 0.5911 0.37745 0.016 0.048 0.104 0.000 0.632 0.200
#> SRR1747389 5 0.5911 0.37745 0.016 0.048 0.104 0.000 0.632 0.200
#> SRR1747391 2 0.5473 0.50135 0.184 0.624 0.004 0.004 0.180 0.004
#> SRR1747392 2 0.5473 0.50135 0.184 0.624 0.004 0.004 0.180 0.004
#> SRR1747393 3 0.7365 0.31827 0.088 0.024 0.432 0.000 0.296 0.160
#> SRR1747394 3 0.6601 0.51436 0.104 0.004 0.504 0.092 0.296 0.000
#> SRR1747395 2 0.4500 0.43591 0.228 0.704 0.004 0.000 0.056 0.008
#> SRR1747396 2 0.4500 0.43591 0.228 0.704 0.004 0.000 0.056 0.008
#> SRR1747398 2 0.6281 -0.54676 0.288 0.500 0.012 0.000 0.012 0.188
#> SRR1747397 2 0.7968 -0.32244 0.236 0.424 0.072 0.000 0.160 0.108
#> SRR1747399 4 0.0508 0.83624 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747400 4 0.0508 0.83624 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.912 0.923 0.968 0.4722 0.526 0.526
#> 3 3 0.534 0.752 0.844 0.3774 0.695 0.481
#> 4 4 0.541 0.559 0.742 0.1312 0.862 0.627
#> 5 5 0.587 0.507 0.687 0.0713 0.840 0.483
#> 6 6 0.620 0.486 0.684 0.0429 0.920 0.654
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> SRR1747218 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.6801 0.779 0.820 0.180
#> SRR1747223 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.8499 0.619 0.276 0.724
#> SRR1747229 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.2603 0.934 0.044 0.956
#> SRR1747242 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.9963 0.137 0.536 0.464
#> SRR1747244 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.4562 0.878 0.096 0.904
#> SRR1747262 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747266 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1747267 2 0.9209 0.477 0.336 0.664
#> SRR1747268 2 0.6438 0.794 0.164 0.836
#> SRR1747269 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.2423 0.939 0.040 0.960
#> SRR1747275 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> SRR1747280 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1747284 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.9635 0.414 0.612 0.388
#> SRR1747290 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747313 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747317 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747319 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> SRR1747320 1 0.6623 0.788 0.828 0.172
#> SRR1747322 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.9954 0.145 0.460 0.540
#> SRR1747330 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.7219 0.742 0.200 0.800
#> SRR1747333 2 0.1184 0.962 0.016 0.984
#> SRR1747334 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.9866 0.256 0.568 0.432
#> SRR1747340 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.4161 0.881 0.916 0.084
#> SRR1747346 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.6148 0.810 0.152 0.848
#> SRR1747357 2 0.9427 0.438 0.360 0.640
#> SRR1747358 2 0.4022 0.899 0.080 0.920
#> SRR1747359 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.2236 0.924 0.964 0.036
#> SRR1747362 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.9087 0.556 0.676 0.324
#> SRR1747364 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1747366 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.9754 0.363 0.592 0.408
#> SRR1747369 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.9922 0.125 0.448 0.552
#> SRR1747370 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.0376 0.950 0.996 0.004
#> SRR1747385 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0376 0.972 0.004 0.996
#> SRR1747394 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.8955 0.580 0.688 0.312
#> SRR1747399 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.3412 0.8490 0.876 0.000 0.124
#> SRR1747214 1 0.3482 0.8230 0.872 0.000 0.128
#> SRR1747215 2 0.0237 0.8495 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747216 2 0.2165 0.8393 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747217 3 0.5517 0.6561 0.004 0.268 0.728
#> SRR1747218 2 0.3482 0.8141 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747219 3 0.3816 0.7012 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747220 3 0.5016 0.6062 0.240 0.000 0.760
#> SRR1747221 3 0.6205 0.4866 0.336 0.008 0.656
#> SRR1747222 3 0.4865 0.6773 0.136 0.032 0.832
#> SRR1747223 3 0.6322 0.5732 0.276 0.024 0.700
#> SRR1747224 3 0.5588 0.6485 0.004 0.276 0.720
#> SRR1747225 2 0.4351 0.7826 0.004 0.828 0.168
#> SRR1747226 2 0.0424 0.8495 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747227 2 0.3116 0.8224 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747228 2 0.5737 0.6524 0.012 0.732 0.256
#> SRR1747229 2 0.1031 0.8492 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747230 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747231 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747232 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747233 1 0.2200 0.9083 0.940 0.004 0.056
#> SRR1747234 3 0.4178 0.6859 0.000 0.172 0.828
#> SRR1747235 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747236 2 0.1860 0.8322 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747237 2 0.5465 0.5911 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747238 3 0.6225 0.2033 0.000 0.432 0.568
#> SRR1747239 2 0.0237 0.8489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.2796 0.7444 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747242 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747243 3 0.6217 0.6551 0.024 0.264 0.712
#> SRR1747244 2 0.4178 0.7816 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747245 2 0.3879 0.7965 0.000 0.848 0.152
#> SRR1747246 2 0.1163 0.8485 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747247 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747248 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747249 1 0.4099 0.8250 0.852 0.008 0.140
#> SRR1747250 3 0.2625 0.7339 0.000 0.084 0.916
#> SRR1747252 3 0.3879 0.6966 0.152 0.000 0.848
#> SRR1747253 3 0.4121 0.6741 0.168 0.000 0.832
#> SRR1747254 2 0.5058 0.6431 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747255 1 0.3192 0.8648 0.888 0.000 0.112
#> SRR1747256 1 0.6490 0.3767 0.628 0.012 0.360
#> SRR1747257 2 0.0424 0.8486 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747258 3 0.5397 0.6463 0.000 0.280 0.720
#> SRR1747259 2 0.5431 0.5964 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747260 3 0.3412 0.7185 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747261 3 0.5797 0.6427 0.008 0.280 0.712
#> SRR1747262 2 0.4521 0.7694 0.004 0.816 0.180
#> SRR1747263 2 0.1753 0.8377 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.6326 0.5663 0.292 0.020 0.688
#> SRR1747266 3 0.5754 0.6260 0.004 0.296 0.700
#> SRR1747267 3 0.3349 0.7424 0.004 0.108 0.888
#> SRR1747268 3 0.5797 0.6427 0.008 0.280 0.712
#> SRR1747269 2 0.5363 0.6119 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747270 2 0.5254 0.6201 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747271 2 0.5254 0.6222 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747272 3 0.3752 0.7030 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747273 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747274 3 0.5690 0.6356 0.004 0.288 0.708
#> SRR1747275 1 0.1964 0.9110 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747276 1 0.2261 0.9029 0.932 0.000 0.068
#> SRR1747277 2 0.2356 0.8367 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747278 2 0.4589 0.7762 0.008 0.820 0.172
#> SRR1747280 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747279 1 0.0892 0.9312 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747281 2 0.4047 0.7959 0.004 0.848 0.148
#> SRR1747282 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747283 3 0.7896 0.5117 0.324 0.076 0.600
#> SRR1747284 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747285 3 0.4178 0.6859 0.000 0.172 0.828
#> SRR1747286 3 0.4178 0.6859 0.000 0.172 0.828
#> SRR1747287 2 0.1031 0.8497 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747288 3 0.4409 0.7181 0.004 0.172 0.824
#> SRR1747290 2 0.5397 0.5987 0.000 0.720 0.280
#> SRR1747289 2 0.5465 0.5897 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747291 2 0.4178 0.7817 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747293 3 0.5926 0.5300 0.000 0.356 0.644
#> SRR1747294 2 0.5397 0.6014 0.000 0.720 0.280
#> SRR1747292 1 0.1411 0.9203 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747295 3 0.5016 0.6173 0.000 0.240 0.760
#> SRR1747296 3 0.4931 0.6277 0.000 0.232 0.768
#> SRR1747297 2 0.1289 0.8480 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747298 2 0.1289 0.8480 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747299 2 0.2066 0.8407 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747300 2 0.1964 0.8418 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747301 2 0.1753 0.8327 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747302 2 0.1753 0.8327 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747303 2 0.3879 0.7965 0.000 0.848 0.152
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1753 0.8447 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747306 2 0.0000 0.8493 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.4235 0.6711 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747308 3 0.4931 0.6227 0.000 0.232 0.768
#> SRR1747309 3 0.6008 0.4967 0.332 0.004 0.664
#> SRR1747310 1 0.3340 0.8316 0.880 0.000 0.120
#> SRR1747311 3 0.6521 0.6077 0.248 0.040 0.712
#> SRR1747313 3 0.5690 0.6356 0.004 0.288 0.708
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747315 2 0.4235 0.7775 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747316 3 0.2356 0.7428 0.000 0.072 0.928
#> SRR1747318 3 0.3482 0.7126 0.000 0.128 0.872
#> SRR1747317 3 0.3482 0.7126 0.000 0.128 0.872
#> SRR1747319 3 0.8436 0.6299 0.224 0.160 0.616
#> SRR1747320 1 0.8973 0.0510 0.500 0.136 0.364
#> SRR1747322 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747321 1 0.0892 0.9291 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747323 2 0.0424 0.8483 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747324 2 0.4002 0.7926 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747326 2 0.0000 0.8493 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.2448 0.8153 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747327 2 0.2796 0.8298 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747328 3 0.7216 0.6714 0.176 0.112 0.712
#> SRR1747330 3 0.6104 0.5399 0.004 0.348 0.648
#> SRR1747329 2 0.4121 0.7850 0.000 0.832 0.168
#> SRR1747332 3 0.4842 0.6362 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747331 3 0.2703 0.7426 0.056 0.016 0.928
#> SRR1747333 2 0.4700 0.7666 0.008 0.812 0.180
#> SRR1747334 2 0.3340 0.8148 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747335 3 0.3879 0.6988 0.152 0.000 0.848
#> SRR1747336 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747337 2 0.1860 0.8305 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747338 2 0.1031 0.8439 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747339 3 0.6217 0.6548 0.024 0.264 0.712
#> SRR1747340 2 0.4465 0.7741 0.004 0.820 0.176
#> SRR1747341 2 0.1411 0.8381 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747342 2 0.1411 0.8381 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747343 2 0.0424 0.8483 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747344 2 0.4002 0.7926 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747345 3 0.6521 0.6641 0.040 0.248 0.712
#> SRR1747346 3 0.3619 0.7100 0.000 0.136 0.864
#> SRR1747347 2 0.5363 0.6067 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747351 2 0.0424 0.8486 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747350 3 0.6421 0.0563 0.004 0.424 0.572
#> SRR1747352 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747353 2 0.5465 0.6190 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747354 3 0.5363 0.6503 0.000 0.276 0.724
#> SRR1747355 1 0.5560 0.5362 0.700 0.000 0.300
#> SRR1747356 3 0.2749 0.7510 0.012 0.064 0.924
#> SRR1747357 3 0.4725 0.7480 0.060 0.088 0.852
#> SRR1747358 3 0.2384 0.7508 0.008 0.056 0.936
#> SRR1747359 1 0.1411 0.9230 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747360 2 0.3412 0.8169 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747361 3 0.3112 0.7220 0.096 0.004 0.900
#> SRR1747362 2 0.3551 0.8254 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747363 3 0.6452 0.6621 0.036 0.252 0.712
#> SRR1747364 1 0.4920 0.8122 0.840 0.052 0.108
#> SRR1747365 3 0.4281 0.7548 0.056 0.072 0.872
#> SRR1747366 3 0.6225 0.2287 0.000 0.432 0.568
#> SRR1747367 3 0.6301 0.6575 0.028 0.260 0.712
#> SRR1747369 2 0.5291 0.6169 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747368 3 0.1964 0.7504 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747370 3 0.5656 0.6399 0.004 0.284 0.712
#> SRR1747372 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747371 1 0.2625 0.8829 0.916 0.000 0.084
#> SRR1747373 2 0.1964 0.8281 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747374 2 0.5216 0.6276 0.000 0.740 0.260
#> SRR1747375 3 0.7157 0.6863 0.100 0.188 0.712
#> SRR1747376 2 0.3412 0.8130 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747377 2 0.0237 0.8489 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747378 2 0.3686 0.8040 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747379 2 0.4291 0.7733 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747380 3 0.3619 0.7100 0.000 0.136 0.864
#> SRR1747381 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747382 1 0.0237 0.9371 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747383 2 0.0237 0.8491 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747384 3 0.4293 0.6789 0.164 0.004 0.832
#> SRR1747385 2 0.3941 0.8002 0.000 0.844 0.156
#> SRR1747386 1 0.0237 0.9348 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747387 2 0.0747 0.8463 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747388 2 0.0747 0.8463 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747390 3 0.2625 0.7426 0.000 0.084 0.916
#> SRR1747389 3 0.4974 0.6190 0.000 0.236 0.764
#> SRR1747391 2 0.2261 0.8379 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747392 2 0.1643 0.8456 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747393 3 0.2496 0.7454 0.004 0.068 0.928
#> SRR1747394 3 0.3879 0.6985 0.152 0.000 0.848
#> SRR1747395 2 0.5948 0.1853 0.000 0.640 0.360
#> SRR1747396 2 0.0424 0.8483 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747398 2 0.1031 0.8437 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747397 3 0.5992 0.6543 0.016 0.268 0.716
#> SRR1747399 1 0.0424 0.9335 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9363 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.5964 0.40770 0.536 0.000 0.040 0.424
#> SRR1747214 1 0.4586 0.72189 0.796 0.000 0.136 0.068
#> SRR1747215 2 0.1151 0.74430 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1747216 2 0.1474 0.73732 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747217 4 0.4784 0.63647 0.000 0.112 0.100 0.788
#> SRR1747218 2 0.6383 0.36635 0.000 0.568 0.076 0.356
#> SRR1747219 3 0.5917 0.41332 0.036 0.000 0.520 0.444
#> SRR1747220 3 0.6727 0.45540 0.096 0.000 0.520 0.384
#> SRR1747221 4 0.4844 0.56449 0.148 0.004 0.064 0.784
#> SRR1747222 3 0.3539 0.65089 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1747223 4 0.4984 0.57821 0.132 0.012 0.068 0.788
#> SRR1747224 4 0.4424 0.64515 0.000 0.100 0.088 0.812
#> SRR1747225 2 0.6207 0.22321 0.000 0.496 0.052 0.452
#> SRR1747226 2 0.1635 0.74328 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1747227 2 0.4535 0.54794 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR1747228 4 0.5427 0.51280 0.028 0.244 0.016 0.712
#> SRR1747229 2 0.3667 0.72893 0.000 0.856 0.088 0.056
#> SRR1747230 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.1743 0.83476 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1747232 1 0.1209 0.83379 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1747233 1 0.4699 0.61902 0.676 0.000 0.004 0.320
#> SRR1747234 3 0.1938 0.67935 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1747235 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.3999 0.68142 0.000 0.824 0.140 0.036
#> SRR1747237 3 0.5698 0.25942 0.000 0.356 0.608 0.036
#> SRR1747238 3 0.4700 0.60896 0.000 0.124 0.792 0.084
#> SRR1747239 2 0.1635 0.74328 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1747240 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6488 0.55094 0.000 0.128 0.628 0.244
#> SRR1747242 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4265 0.64537 0.032 0.116 0.020 0.832
#> SRR1747244 2 0.5776 0.18220 0.000 0.504 0.028 0.468
#> SRR1747245 2 0.5643 0.28031 0.000 0.548 0.024 0.428
#> SRR1747246 2 0.1624 0.74399 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1747247 1 0.0895 0.83992 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747248 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.6237 0.34930 0.504 0.004 0.044 0.448
#> SRR1747250 3 0.2888 0.67583 0.000 0.004 0.872 0.124
#> SRR1747252 3 0.5915 0.49808 0.040 0.000 0.560 0.400
#> SRR1747253 3 0.5424 0.61724 0.032 0.004 0.680 0.284
#> SRR1747254 2 0.5073 0.58699 0.000 0.744 0.200 0.056
#> SRR1747255 1 0.5428 0.50391 0.600 0.000 0.020 0.380
#> SRR1747256 1 0.6775 0.22933 0.468 0.004 0.080 0.448
#> SRR1747257 2 0.2408 0.73453 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR1747258 4 0.6192 0.50851 0.000 0.104 0.244 0.652
#> SRR1747259 3 0.5632 0.23698 0.000 0.340 0.624 0.036
#> SRR1747260 3 0.3245 0.67464 0.000 0.028 0.872 0.100
#> SRR1747261 4 0.5212 0.65401 0.012 0.124 0.088 0.776
#> SRR1747262 4 0.5764 -0.01054 0.000 0.452 0.028 0.520
#> SRR1747263 2 0.3970 0.71516 0.000 0.840 0.084 0.076
#> SRR1747264 1 0.0336 0.84663 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747265 4 0.7154 0.13761 0.124 0.008 0.320 0.548
#> SRR1747266 4 0.6049 0.53868 0.000 0.132 0.184 0.684
#> SRR1747267 4 0.5730 0.15262 0.000 0.040 0.344 0.616
#> SRR1747268 4 0.4213 0.64032 0.012 0.136 0.028 0.824
#> SRR1747269 2 0.6717 0.35118 0.000 0.560 0.332 0.108
#> SRR1747270 2 0.6627 0.38996 0.000 0.588 0.300 0.112
#> SRR1747271 3 0.5147 -0.06695 0.000 0.460 0.536 0.004
#> SRR1747272 3 0.2334 0.68053 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1747273 1 0.0707 0.84551 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747274 4 0.5280 0.62835 0.000 0.156 0.096 0.748
#> SRR1747275 1 0.4699 0.62033 0.676 0.000 0.004 0.320
#> SRR1747276 1 0.5024 0.55948 0.632 0.000 0.008 0.360
#> SRR1747277 2 0.7349 0.42031 0.000 0.528 0.236 0.236
#> SRR1747278 2 0.5851 0.19778 0.004 0.516 0.024 0.456
#> SRR1747280 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4053 0.71534 0.768 0.000 0.004 0.228
#> SRR1747281 2 0.5183 0.35069 0.000 0.584 0.008 0.408
#> SRR1747282 1 0.0707 0.84408 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747283 4 0.8125 0.21935 0.264 0.024 0.224 0.488
#> SRR1747284 1 0.0592 0.84626 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747285 3 0.2227 0.67494 0.000 0.036 0.928 0.036
#> SRR1747286 3 0.2943 0.67099 0.000 0.032 0.892 0.076
#> SRR1747287 2 0.1975 0.74198 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1747288 4 0.6324 0.17641 0.000 0.072 0.356 0.572
#> SRR1747290 2 0.6200 0.09939 0.000 0.504 0.444 0.052
#> SRR1747289 2 0.6451 0.03173 0.000 0.476 0.456 0.068
#> SRR1747291 2 0.5663 0.23937 0.000 0.536 0.024 0.440
#> SRR1747293 4 0.6120 0.36890 0.000 0.296 0.076 0.628
#> SRR1747294 3 0.6163 0.17122 0.000 0.364 0.576 0.060
#> SRR1747292 1 0.3726 0.73472 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1747295 3 0.2675 0.65009 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR1747296 3 0.2660 0.65849 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1747297 2 0.2011 0.72639 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747298 2 0.2011 0.72639 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747299 2 0.1211 0.73940 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747300 2 0.2032 0.74217 0.000 0.936 0.028 0.036
#> SRR1747301 2 0.3392 0.73175 0.000 0.856 0.124 0.020
#> SRR1747302 2 0.2593 0.72869 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1747303 2 0.5482 0.40027 0.000 0.608 0.024 0.368
#> SRR1747304 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1474 0.74189 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747306 2 0.1042 0.74388 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1747307 3 0.6181 0.51930 0.048 0.004 0.568 0.380
#> SRR1747308 3 0.2131 0.65837 0.000 0.032 0.932 0.036
#> SRR1747309 4 0.4636 0.56694 0.140 0.000 0.068 0.792
#> SRR1747310 1 0.4312 0.72900 0.812 0.000 0.132 0.056
#> SRR1747311 4 0.4903 0.59694 0.100 0.020 0.076 0.804
#> SRR1747313 4 0.4921 0.65094 0.004 0.132 0.080 0.784
#> SRR1747312 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 4 0.5678 -0.00714 0.000 0.452 0.024 0.524
#> SRR1747316 3 0.4656 0.60686 0.000 0.072 0.792 0.136
#> SRR1747318 3 0.2149 0.68010 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747317 3 0.2011 0.68097 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747319 4 0.8461 0.21978 0.148 0.076 0.264 0.512
#> SRR1747320 4 0.7814 0.00807 0.372 0.048 0.092 0.488
#> SRR1747322 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.3172 0.77374 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747323 2 0.1854 0.74350 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR1747324 2 0.6039 0.41436 0.000 0.596 0.056 0.348
#> SRR1747326 2 0.1211 0.74051 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747325 2 0.3257 0.68239 0.000 0.844 0.152 0.004
#> SRR1747327 2 0.3219 0.67788 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1747328 4 0.4650 0.60870 0.116 0.040 0.028 0.816
#> SRR1747330 4 0.5666 0.31105 0.000 0.348 0.036 0.616
#> SRR1747329 2 0.6008 0.17833 0.000 0.496 0.040 0.464
#> SRR1747332 3 0.7012 0.45468 0.124 0.000 0.504 0.372
#> SRR1747331 3 0.5272 0.60898 0.032 0.000 0.680 0.288
#> SRR1747333 4 0.6333 -0.00883 0.004 0.416 0.052 0.528
#> SRR1747334 2 0.4808 0.60573 0.000 0.736 0.028 0.236
#> SRR1747335 3 0.5924 0.49273 0.040 0.000 0.556 0.404
#> SRR1747336 1 0.1022 0.83597 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747337 2 0.2530 0.72792 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1747338 2 0.2053 0.73757 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1747339 4 0.5097 0.65414 0.028 0.104 0.072 0.796
#> SRR1747340 4 0.6176 -0.02324 0.000 0.424 0.052 0.524
#> SRR1747341 2 0.1398 0.74199 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747342 2 0.1398 0.74199 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747343 2 0.1722 0.74291 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1747344 2 0.6039 0.41436 0.000 0.596 0.056 0.348
#> SRR1747345 4 0.5470 0.64714 0.044 0.096 0.080 0.780
#> SRR1747346 3 0.2266 0.68063 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR1747347 3 0.5000 -0.13908 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.1474 0.83485 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747351 2 0.2385 0.73848 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1747350 3 0.6984 0.49885 0.000 0.184 0.580 0.236
#> SRR1747352 1 0.3144 0.78274 0.884 0.000 0.044 0.072
#> SRR1747353 4 0.6881 -0.02276 0.000 0.428 0.104 0.468
#> SRR1747354 4 0.6054 0.47607 0.000 0.088 0.256 0.656
#> SRR1747355 1 0.6310 0.31994 0.512 0.000 0.060 0.428
#> SRR1747356 4 0.5764 -0.17735 0.000 0.028 0.452 0.520
#> SRR1747357 4 0.4827 0.43661 0.008 0.020 0.224 0.748
#> SRR1747358 3 0.5607 0.29154 0.000 0.020 0.492 0.488
#> SRR1747359 1 0.4483 0.66345 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR1747360 2 0.5901 0.53657 0.000 0.652 0.068 0.280
#> SRR1747361 3 0.4990 0.54721 0.008 0.000 0.640 0.352
#> SRR1747362 2 0.5990 0.52974 0.000 0.644 0.072 0.284
#> SRR1747363 4 0.5350 0.64992 0.036 0.104 0.076 0.784
#> SRR1747364 1 0.6355 0.34291 0.520 0.020 0.028 0.432
#> SRR1747365 4 0.6213 -0.25040 0.000 0.052 0.464 0.484
#> SRR1747366 3 0.6862 0.45353 0.000 0.176 0.596 0.228
#> SRR1747367 4 0.5260 0.65053 0.032 0.104 0.076 0.788
#> SRR1747369 2 0.5928 0.15673 0.000 0.508 0.456 0.036
#> SRR1747368 3 0.5673 0.27036 0.000 0.024 0.528 0.448
#> SRR1747370 4 0.4746 0.64621 0.004 0.140 0.064 0.792
#> SRR1747372 1 0.0188 0.84668 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747371 1 0.5206 0.60053 0.668 0.000 0.024 0.308
#> SRR1747373 2 0.2542 0.73144 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR1747374 2 0.4313 0.55639 0.000 0.736 0.260 0.004
#> SRR1747375 4 0.5329 0.63827 0.060 0.072 0.076 0.792
#> SRR1747376 2 0.4775 0.60760 0.000 0.740 0.028 0.232
#> SRR1747377 2 0.1661 0.74165 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1747378 2 0.6163 0.31292 0.000 0.532 0.052 0.416
#> SRR1747379 4 0.5682 -0.02037 0.000 0.456 0.024 0.520
#> SRR1747380 3 0.2266 0.68063 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR1747381 1 0.0592 0.84626 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747382 1 0.1209 0.84196 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1747383 2 0.1398 0.74145 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1747384 3 0.5883 0.51042 0.040 0.000 0.572 0.388
#> SRR1747385 2 0.6770 0.45420 0.000 0.580 0.128 0.292
#> SRR1747386 1 0.0000 0.84724 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2227 0.73713 0.000 0.928 0.036 0.036
#> SRR1747388 2 0.2319 0.73352 0.000 0.924 0.040 0.036
#> SRR1747390 3 0.4932 0.63977 0.000 0.032 0.728 0.240
#> SRR1747389 3 0.3286 0.66661 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR1747391 2 0.2589 0.71084 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747392 2 0.2469 0.71549 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1747393 3 0.5489 0.60871 0.000 0.040 0.664 0.296
#> SRR1747394 3 0.5935 0.38086 0.036 0.000 0.496 0.468
#> SRR1747395 2 0.7346 0.33277 0.000 0.520 0.200 0.280
#> SRR1747396 2 0.1938 0.74403 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1747398 2 0.2473 0.73342 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1747397 4 0.5017 0.65167 0.012 0.124 0.076 0.788
#> SRR1747399 1 0.1118 0.83690 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747400 1 0.0921 0.84058 0.972 0.000 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.4708 0.5279 0.208 0.000 0.008 0.728 0.056
#> SRR1747214 1 0.6445 0.5872 0.612 0.000 0.184 0.164 0.040
#> SRR1747215 2 0.4096 0.7034 0.000 0.772 0.000 0.052 0.176
#> SRR1747216 2 0.4576 0.6297 0.000 0.692 0.000 0.040 0.268
#> SRR1747217 5 0.5745 0.0453 0.000 0.056 0.012 0.440 0.492
#> SRR1747218 2 0.5124 -0.1699 0.000 0.488 0.004 0.028 0.480
#> SRR1747219 4 0.6299 0.1716 0.020 0.008 0.340 0.552 0.080
#> SRR1747220 4 0.6552 0.1651 0.040 0.008 0.336 0.544 0.072
#> SRR1747221 4 0.5593 0.3969 0.068 0.000 0.008 0.588 0.336
#> SRR1747222 3 0.4668 0.4024 0.000 0.008 0.688 0.276 0.028
#> SRR1747223 4 0.5528 0.2523 0.048 0.000 0.008 0.512 0.432
#> SRR1747224 5 0.4531 0.0975 0.000 0.004 0.004 0.424 0.568
#> SRR1747225 5 0.3812 0.6364 0.000 0.204 0.000 0.024 0.772
#> SRR1747226 2 0.1764 0.7353 0.000 0.928 0.008 0.000 0.064
#> SRR1747227 5 0.4645 0.4233 0.000 0.268 0.000 0.044 0.688
#> SRR1747228 5 0.3353 0.6224 0.020 0.024 0.000 0.104 0.852
#> SRR1747229 2 0.4053 0.6631 0.000 0.816 0.024 0.056 0.104
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4056 0.7478 0.768 0.000 0.008 0.200 0.024
#> SRR1747232 1 0.1988 0.8438 0.928 0.000 0.008 0.048 0.016
#> SRR1747233 4 0.5779 0.2441 0.400 0.000 0.000 0.508 0.092
#> SRR1747234 3 0.1800 0.6912 0.000 0.020 0.932 0.048 0.000
#> SRR1747235 1 0.0162 0.8750 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747236 2 0.2243 0.7084 0.000 0.916 0.056 0.016 0.012
#> SRR1747237 3 0.5317 0.5643 0.000 0.172 0.708 0.100 0.020
#> SRR1747238 3 0.5374 0.6437 0.000 0.128 0.696 0.164 0.012
#> SRR1747239 2 0.1717 0.7346 0.000 0.936 0.008 0.004 0.052
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.7296 0.1650 0.000 0.172 0.400 0.384 0.044
#> SRR1747242 1 0.0162 0.8750 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747243 5 0.4067 0.4701 0.020 0.004 0.000 0.228 0.748
#> SRR1747244 5 0.3241 0.6646 0.000 0.144 0.000 0.024 0.832
#> SRR1747245 5 0.3359 0.6304 0.000 0.164 0.000 0.020 0.816
#> SRR1747246 2 0.1662 0.7348 0.000 0.936 0.004 0.004 0.056
#> SRR1747247 1 0.0912 0.8668 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4903 0.5393 0.192 0.004 0.012 0.732 0.060
#> SRR1747250 3 0.3659 0.6556 0.000 0.000 0.768 0.220 0.012
#> SRR1747252 4 0.6556 0.0789 0.024 0.008 0.376 0.504 0.088
#> SRR1747253 3 0.6709 0.1397 0.020 0.020 0.464 0.416 0.080
#> SRR1747254 2 0.2149 0.7070 0.000 0.924 0.036 0.028 0.012
#> SRR1747255 4 0.5639 0.3787 0.340 0.000 0.000 0.568 0.092
#> SRR1747256 4 0.4777 0.5456 0.188 0.000 0.012 0.736 0.064
#> SRR1747257 2 0.4955 0.6902 0.000 0.732 0.008 0.132 0.128
#> SRR1747258 4 0.6615 0.1432 0.000 0.020 0.132 0.484 0.364
#> SRR1747259 3 0.4850 0.5360 0.000 0.232 0.696 0.072 0.000
#> SRR1747260 3 0.3771 0.6756 0.000 0.040 0.796 0.164 0.000
#> SRR1747261 5 0.4922 0.0666 0.000 0.020 0.004 0.424 0.552
#> SRR1747262 5 0.3090 0.6782 0.000 0.104 0.000 0.040 0.856
#> SRR1747263 2 0.6754 0.3228 0.000 0.472 0.092 0.048 0.388
#> SRR1747264 1 0.1043 0.8665 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747265 4 0.4901 0.4834 0.012 0.004 0.124 0.752 0.108
#> SRR1747266 5 0.6744 0.0826 0.000 0.032 0.116 0.400 0.452
#> SRR1747267 4 0.6333 0.4440 0.000 0.008 0.192 0.564 0.236
#> SRR1747268 5 0.3597 0.5396 0.008 0.012 0.000 0.180 0.800
#> SRR1747269 2 0.6643 0.2299 0.000 0.572 0.272 0.092 0.064
#> SRR1747270 2 0.6102 0.3871 0.000 0.632 0.228 0.104 0.036
#> SRR1747271 3 0.3816 0.4517 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1747272 3 0.2011 0.6782 0.000 0.020 0.928 0.044 0.008
#> SRR1747273 1 0.2068 0.8405 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1747274 5 0.4404 0.5378 0.000 0.040 0.008 0.204 0.748
#> SRR1747275 4 0.5742 0.2379 0.404 0.000 0.000 0.508 0.088
#> SRR1747276 4 0.5751 0.3304 0.364 0.000 0.000 0.540 0.096
#> SRR1747277 5 0.6869 0.3471 0.000 0.152 0.236 0.052 0.560
#> SRR1747278 5 0.3124 0.6569 0.000 0.136 0.004 0.016 0.844
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4968 0.0497 0.516 0.000 0.000 0.456 0.028
#> SRR1747281 5 0.3930 0.6204 0.000 0.152 0.000 0.056 0.792
#> SRR1747282 1 0.1774 0.8558 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR1747283 4 0.5447 0.5609 0.156 0.000 0.020 0.700 0.124
#> SRR1747284 1 0.2249 0.8383 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1747285 3 0.2740 0.6884 0.000 0.064 0.888 0.044 0.004
#> SRR1747286 3 0.3527 0.6814 0.000 0.028 0.820 0.148 0.004
#> SRR1747287 2 0.4376 0.7077 0.000 0.764 0.000 0.092 0.144
#> SRR1747288 4 0.5481 0.4087 0.000 0.008 0.184 0.676 0.132
#> SRR1747290 2 0.5782 0.0578 0.000 0.536 0.388 0.064 0.012
#> SRR1747289 2 0.5793 0.0375 0.000 0.528 0.392 0.072 0.008
#> SRR1747291 5 0.2674 0.6541 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1747293 5 0.4054 0.6111 0.000 0.040 0.016 0.144 0.800
#> SRR1747294 3 0.7005 0.3430 0.000 0.128 0.536 0.064 0.272
#> SRR1747292 1 0.5622 0.0779 0.508 0.000 0.000 0.416 0.076
#> SRR1747295 3 0.3264 0.6823 0.000 0.020 0.836 0.140 0.004
#> SRR1747296 3 0.3213 0.6820 0.000 0.016 0.836 0.144 0.004
#> SRR1747297 2 0.4905 0.5101 0.000 0.624 0.000 0.040 0.336
#> SRR1747298 2 0.4921 0.5035 0.000 0.620 0.000 0.040 0.340
#> SRR1747299 2 0.3847 0.7029 0.000 0.784 0.000 0.036 0.180
#> SRR1747300 2 0.2389 0.7217 0.000 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1747301 2 0.3621 0.6432 0.000 0.788 0.020 0.000 0.192
#> SRR1747302 2 0.1403 0.7329 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR1747303 5 0.3810 0.6005 0.000 0.168 0.000 0.040 0.792
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.4234 0.6972 0.000 0.760 0.000 0.056 0.184
#> SRR1747306 2 0.4021 0.7079 0.000 0.780 0.000 0.052 0.168
#> SRR1747307 4 0.6734 0.0581 0.028 0.016 0.380 0.496 0.080
#> SRR1747308 3 0.1493 0.6840 0.000 0.028 0.948 0.024 0.000
#> SRR1747309 4 0.5478 0.3903 0.056 0.000 0.008 0.584 0.352
#> SRR1747310 1 0.6107 0.6081 0.648 0.000 0.188 0.124 0.040
#> SRR1747311 4 0.5202 0.3381 0.032 0.000 0.008 0.568 0.392
#> SRR1747313 5 0.5201 0.0254 0.000 0.028 0.008 0.432 0.532
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.2932 0.6680 0.000 0.104 0.000 0.032 0.864
#> SRR1747316 5 0.5856 -0.1483 0.000 0.012 0.460 0.064 0.464
#> SRR1747318 3 0.1731 0.6794 0.000 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR1747317 3 0.1731 0.6794 0.000 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR1747319 4 0.4532 0.5328 0.064 0.008 0.044 0.804 0.080
#> SRR1747320 4 0.4630 0.5486 0.132 0.008 0.012 0.776 0.072
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4624 0.4187 0.636 0.000 0.000 0.340 0.024
#> SRR1747323 2 0.1798 0.7363 0.000 0.928 0.004 0.004 0.064
#> SRR1747324 5 0.5094 0.2442 0.000 0.436 0.004 0.028 0.532
#> SRR1747326 2 0.4039 0.7049 0.000 0.776 0.004 0.036 0.184
#> SRR1747325 2 0.4639 0.6885 0.000 0.772 0.140 0.032 0.056
#> SRR1747327 5 0.5286 -0.1326 0.000 0.448 0.000 0.048 0.504
#> SRR1747328 5 0.3734 0.5204 0.036 0.000 0.000 0.168 0.796
#> SRR1747330 5 0.2859 0.6707 0.000 0.060 0.016 0.036 0.888
#> SRR1747329 5 0.3173 0.6656 0.000 0.112 0.016 0.016 0.856
#> SRR1747332 4 0.7041 0.0866 0.064 0.008 0.356 0.492 0.080
#> SRR1747331 3 0.6913 0.3687 0.020 0.016 0.540 0.280 0.144
#> SRR1747333 5 0.3821 0.6733 0.000 0.148 0.000 0.052 0.800
#> SRR1747334 2 0.4599 0.3315 0.000 0.624 0.000 0.020 0.356
#> SRR1747335 4 0.6622 0.0800 0.028 0.008 0.372 0.504 0.088
#> SRR1747336 1 0.1836 0.8490 0.936 0.000 0.008 0.040 0.016
#> SRR1747337 2 0.1267 0.7315 0.000 0.960 0.024 0.004 0.012
#> SRR1747338 2 0.1074 0.7333 0.000 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1747339 5 0.5072 0.0895 0.012 0.008 0.008 0.400 0.572
#> SRR1747340 5 0.3608 0.6725 0.000 0.148 0.000 0.040 0.812
#> SRR1747341 2 0.2616 0.7344 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1747342 2 0.2616 0.7344 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1747343 2 0.1798 0.7363 0.000 0.928 0.004 0.004 0.064
#> SRR1747344 5 0.5094 0.2442 0.000 0.436 0.004 0.028 0.532
#> SRR1747345 4 0.5225 0.1727 0.020 0.004 0.008 0.500 0.468
#> SRR1747346 3 0.1731 0.6794 0.000 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR1747347 3 0.4350 0.2053 0.000 0.408 0.588 0.004 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.3095 0.8367 0.868 0.004 0.008 0.096 0.024
#> SRR1747351 2 0.4633 0.7027 0.000 0.760 0.008 0.104 0.128
#> SRR1747350 3 0.7423 0.3574 0.000 0.040 0.428 0.244 0.288
#> SRR1747352 1 0.4868 0.7390 0.772 0.004 0.056 0.120 0.048
#> SRR1747353 5 0.6691 0.4061 0.000 0.072 0.076 0.304 0.548
#> SRR1747354 4 0.6379 0.2146 0.000 0.008 0.148 0.520 0.324
#> SRR1747355 4 0.5733 0.3902 0.332 0.000 0.012 0.584 0.072
#> SRR1747356 4 0.6344 0.2145 0.000 0.008 0.260 0.556 0.176
#> SRR1747357 4 0.5863 0.2959 0.000 0.016 0.076 0.580 0.328
#> SRR1747358 4 0.6426 0.2711 0.000 0.016 0.228 0.572 0.184
#> SRR1747359 4 0.5604 0.0725 0.460 0.000 0.000 0.468 0.072
#> SRR1747360 2 0.5834 -0.0237 0.000 0.500 0.008 0.072 0.420
#> SRR1747361 3 0.5734 0.0507 0.000 0.000 0.472 0.444 0.084
#> SRR1747362 5 0.6366 0.4617 0.000 0.168 0.032 0.188 0.612
#> SRR1747363 4 0.5124 0.3211 0.016 0.012 0.004 0.580 0.388
#> SRR1747364 4 0.5864 0.4287 0.300 0.000 0.000 0.572 0.128
#> SRR1747365 4 0.4811 0.4186 0.000 0.008 0.184 0.732 0.076
#> SRR1747366 3 0.7425 0.2811 0.000 0.044 0.416 0.332 0.208
#> SRR1747367 4 0.5183 0.2717 0.016 0.012 0.004 0.552 0.416
#> SRR1747369 2 0.4450 0.0329 0.000 0.508 0.488 0.004 0.000
#> SRR1747368 4 0.5666 0.2574 0.000 0.004 0.296 0.604 0.096
#> SRR1747370 5 0.4359 0.4112 0.000 0.020 0.004 0.272 0.704
#> SRR1747372 1 0.0404 0.8713 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747371 4 0.4787 0.2059 0.432 0.000 0.000 0.548 0.020
#> SRR1747373 2 0.0579 0.7324 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1747374 2 0.4821 0.5882 0.000 0.716 0.228 0.024 0.032
#> SRR1747375 4 0.5267 0.1553 0.028 0.004 0.004 0.492 0.472
#> SRR1747376 2 0.4467 0.3748 0.000 0.640 0.000 0.016 0.344
#> SRR1747377 2 0.1644 0.7352 0.000 0.940 0.008 0.004 0.048
#> SRR1747378 5 0.4058 0.6050 0.000 0.236 0.000 0.024 0.740
#> SRR1747379 5 0.2773 0.6716 0.000 0.112 0.000 0.020 0.868
#> SRR1747380 3 0.1731 0.6794 0.000 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR1747381 1 0.2136 0.8428 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1747382 1 0.2942 0.8030 0.856 0.000 0.008 0.128 0.008
#> SRR1747383 2 0.4503 0.6282 0.000 0.696 0.000 0.036 0.268
#> SRR1747384 4 0.6453 0.1427 0.016 0.020 0.344 0.544 0.076
#> SRR1747385 5 0.5566 0.5238 0.000 0.196 0.064 0.048 0.692
#> SRR1747386 1 0.0162 0.8748 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747387 2 0.4654 0.7067 0.000 0.764 0.012 0.108 0.116
#> SRR1747388 2 0.4654 0.7067 0.000 0.764 0.012 0.108 0.116
#> SRR1747390 3 0.5891 0.4828 0.000 0.028 0.556 0.364 0.052
#> SRR1747389 3 0.3768 0.6539 0.000 0.004 0.760 0.228 0.008
#> SRR1747391 2 0.5496 0.2186 0.000 0.476 0.004 0.052 0.468
#> SRR1747392 2 0.5466 0.3372 0.000 0.520 0.004 0.052 0.424
#> SRR1747393 3 0.6950 0.3869 0.000 0.040 0.492 0.328 0.140
#> SRR1747394 4 0.5863 0.2978 0.016 0.008 0.268 0.632 0.076
#> SRR1747395 5 0.6489 0.1863 0.000 0.412 0.076 0.040 0.472
#> SRR1747396 2 0.1757 0.7365 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048
#> SRR1747398 2 0.0740 0.7304 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1747397 4 0.5289 0.1513 0.000 0.032 0.008 0.512 0.448
#> SRR1747399 1 0.2554 0.8466 0.896 0.000 0.008 0.076 0.020
#> SRR1747400 1 0.1648 0.8673 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.4250 0.37731 0.108 0.000 0.016 0.776 0.008 0.092
#> SRR1747214 1 0.6498 0.35988 0.480 0.000 0.048 0.144 0.004 0.324
#> SRR1747215 2 0.5364 0.56779 0.000 0.628 0.008 0.016 0.260 0.088
#> SRR1747216 2 0.5434 0.32600 0.000 0.488 0.008 0.000 0.412 0.092
#> SRR1747217 4 0.7088 0.16393 0.000 0.068 0.020 0.408 0.364 0.140
#> SRR1747218 2 0.6535 -0.00671 0.000 0.448 0.016 0.080 0.392 0.064
#> SRR1747219 6 0.4643 0.79447 0.008 0.000 0.068 0.248 0.000 0.676
#> SRR1747220 6 0.4737 0.76748 0.008 0.000 0.064 0.276 0.000 0.652
#> SRR1747221 4 0.4918 0.48803 0.060 0.000 0.000 0.704 0.184 0.052
#> SRR1747222 3 0.5818 0.06662 0.000 0.004 0.492 0.176 0.000 0.328
#> SRR1747223 4 0.5189 0.43081 0.036 0.000 0.000 0.628 0.280 0.056
#> SRR1747224 4 0.5341 0.22243 0.000 0.004 0.008 0.520 0.396 0.072
#> SRR1747225 5 0.4297 0.61520 0.000 0.068 0.000 0.116 0.772 0.044
#> SRR1747226 2 0.2988 0.66862 0.000 0.852 0.004 0.000 0.084 0.060
#> SRR1747227 5 0.4809 0.45800 0.000 0.156 0.008 0.028 0.728 0.080
#> SRR1747228 5 0.3232 0.60302 0.000 0.004 0.004 0.140 0.824 0.028
#> SRR1747229 2 0.5456 0.56312 0.000 0.712 0.092 0.028 0.084 0.084
#> SRR1747230 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4427 0.71742 0.716 0.000 0.000 0.148 0.000 0.136
#> SRR1747232 1 0.1556 0.83033 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747233 4 0.4811 0.43885 0.272 0.000 0.000 0.652 0.064 0.012
#> SRR1747234 3 0.2174 0.59587 0.000 0.008 0.896 0.008 0.000 0.088
#> SRR1747235 1 0.0291 0.86750 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747236 2 0.4182 0.61308 0.000 0.792 0.088 0.008 0.032 0.080
#> SRR1747237 3 0.4410 0.56738 0.000 0.076 0.784 0.024 0.028 0.088
#> SRR1747238 3 0.5162 0.50992 0.000 0.072 0.712 0.144 0.008 0.064
#> SRR1747239 2 0.2617 0.67198 0.000 0.876 0.004 0.000 0.080 0.040
#> SRR1747240 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.7990 -0.17874 0.000 0.160 0.328 0.300 0.028 0.184
#> SRR1747242 1 0.0146 0.86774 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 5 0.3767 0.48647 0.004 0.000 0.000 0.260 0.720 0.016
#> SRR1747244 5 0.3606 0.64061 0.000 0.052 0.004 0.088 0.828 0.028
#> SRR1747245 5 0.2257 0.65726 0.000 0.048 0.000 0.040 0.904 0.008
#> SRR1747246 2 0.2350 0.67454 0.000 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR1747247 1 0.0260 0.86750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747248 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4289 0.37388 0.104 0.000 0.020 0.776 0.008 0.092
#> SRR1747250 3 0.5540 0.36185 0.000 0.004 0.608 0.172 0.008 0.208
#> SRR1747252 6 0.4598 0.80147 0.008 0.000 0.080 0.216 0.000 0.696
#> SRR1747253 6 0.4796 0.76836 0.008 0.000 0.128 0.172 0.000 0.692
#> SRR1747254 2 0.2930 0.64793 0.000 0.868 0.044 0.004 0.012 0.072
#> SRR1747255 4 0.4312 0.43030 0.264 0.000 0.000 0.692 0.028 0.016
#> SRR1747256 4 0.3915 0.38992 0.096 0.000 0.024 0.804 0.004 0.072
#> SRR1747257 2 0.7992 0.46096 0.000 0.464 0.124 0.140 0.148 0.124
#> SRR1747258 4 0.7643 0.09208 0.000 0.004 0.204 0.372 0.216 0.204
#> SRR1747259 3 0.1970 0.60153 0.000 0.092 0.900 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.3821 0.53507 0.000 0.004 0.776 0.156 0.000 0.064
#> SRR1747261 4 0.5040 0.20962 0.000 0.004 0.004 0.516 0.424 0.052
#> SRR1747262 5 0.3416 0.62416 0.000 0.008 0.004 0.140 0.816 0.032
#> SRR1747263 5 0.6587 0.12572 0.000 0.264 0.108 0.008 0.532 0.088
#> SRR1747264 1 0.1625 0.84668 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR1747265 4 0.4159 0.25972 0.004 0.000 0.056 0.752 0.008 0.180
#> SRR1747266 4 0.7865 0.10561 0.000 0.020 0.148 0.352 0.272 0.208
#> SRR1747267 4 0.7020 0.02467 0.000 0.000 0.096 0.420 0.176 0.308
#> SRR1747268 5 0.3592 0.49544 0.000 0.000 0.000 0.240 0.740 0.020
#> SRR1747269 2 0.6276 0.33834 0.000 0.576 0.252 0.020 0.048 0.104
#> SRR1747270 2 0.6188 0.37682 0.000 0.588 0.204 0.024 0.024 0.160
#> SRR1747271 3 0.4257 0.54414 0.000 0.216 0.724 0.004 0.004 0.052
#> SRR1747272 3 0.4212 0.48722 0.000 0.012 0.700 0.020 0.004 0.264
#> SRR1747273 1 0.3625 0.76220 0.796 0.004 0.000 0.152 0.004 0.044
#> SRR1747274 5 0.5680 0.33104 0.000 0.016 0.012 0.256 0.604 0.112
#> SRR1747275 4 0.4797 0.42639 0.280 0.000 0.000 0.648 0.060 0.012
#> SRR1747276 4 0.4729 0.44476 0.256 0.000 0.000 0.668 0.064 0.012
#> SRR1747277 5 0.5959 0.42320 0.000 0.092 0.248 0.020 0.604 0.036
#> SRR1747278 5 0.3202 0.64728 0.004 0.020 0.004 0.084 0.856 0.032
#> SRR1747280 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.4648 0.13894 0.408 0.000 0.000 0.548 0.000 0.044
#> SRR1747281 5 0.3327 0.59415 0.000 0.060 0.004 0.024 0.848 0.064
#> SRR1747282 1 0.1757 0.84221 0.916 0.000 0.000 0.076 0.000 0.008
#> SRR1747283 4 0.5812 0.44035 0.108 0.004 0.028 0.688 0.080 0.092
#> SRR1747284 1 0.3803 0.74125 0.772 0.004 0.000 0.180 0.004 0.040
#> SRR1747285 3 0.2611 0.59682 0.000 0.028 0.880 0.012 0.000 0.080
#> SRR1747286 3 0.3251 0.56405 0.000 0.008 0.828 0.124 0.000 0.040
#> SRR1747287 2 0.6538 0.55529 0.000 0.576 0.020 0.096 0.216 0.092
#> SRR1747288 4 0.6080 0.05452 0.000 0.004 0.204 0.548 0.020 0.224
#> SRR1747290 2 0.5881 0.06565 0.000 0.496 0.368 0.016 0.004 0.116
#> SRR1747289 2 0.5795 0.07744 0.000 0.504 0.376 0.020 0.004 0.096
#> SRR1747291 5 0.2556 0.65300 0.000 0.028 0.000 0.076 0.884 0.012
#> SRR1747293 5 0.3803 0.59000 0.000 0.004 0.020 0.160 0.788 0.028
#> SRR1747294 3 0.5995 0.32484 0.000 0.068 0.568 0.004 0.288 0.072
#> SRR1747292 4 0.5474 0.25736 0.360 0.000 0.000 0.540 0.080 0.020
#> SRR1747295 3 0.2487 0.59355 0.000 0.008 0.892 0.068 0.004 0.028
#> SRR1747296 3 0.2487 0.59355 0.000 0.008 0.892 0.068 0.004 0.028
#> SRR1747297 5 0.5364 -0.12649 0.000 0.420 0.008 0.000 0.488 0.084
#> SRR1747298 5 0.5364 -0.12649 0.000 0.420 0.008 0.000 0.488 0.084
#> SRR1747299 2 0.5206 0.55951 0.000 0.624 0.008 0.004 0.268 0.096
#> SRR1747300 2 0.3854 0.62179 0.000 0.760 0.000 0.004 0.188 0.048
#> SRR1747301 2 0.4580 0.50431 0.000 0.692 0.036 0.004 0.248 0.020
#> SRR1747302 2 0.2684 0.67394 0.000 0.888 0.032 0.004 0.052 0.024
#> SRR1747303 5 0.2078 0.62252 0.000 0.044 0.000 0.004 0.912 0.040
#> SRR1747304 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.6111 0.53948 0.000 0.576 0.016 0.044 0.272 0.092
#> SRR1747306 2 0.5698 0.56881 0.000 0.616 0.016 0.024 0.252 0.092
#> SRR1747307 6 0.4735 0.80854 0.012 0.000 0.088 0.208 0.000 0.692
#> SRR1747308 3 0.3610 0.54361 0.000 0.028 0.768 0.004 0.000 0.200
#> SRR1747309 4 0.5005 0.48647 0.052 0.000 0.000 0.692 0.196 0.060
#> SRR1747310 1 0.5463 0.43067 0.568 0.000 0.044 0.052 0.000 0.336
#> SRR1747311 4 0.4823 0.48033 0.020 0.004 0.000 0.692 0.220 0.064
#> SRR1747313 4 0.5290 0.30415 0.000 0.016 0.000 0.560 0.352 0.072
#> SRR1747312 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.1945 0.64852 0.000 0.004 0.004 0.056 0.920 0.016
#> SRR1747316 5 0.5697 0.22914 0.000 0.004 0.292 0.012 0.564 0.128
#> SRR1747318 3 0.4163 0.49550 0.000 0.008 0.700 0.016 0.008 0.268
#> SRR1747317 3 0.4163 0.49550 0.000 0.008 0.700 0.016 0.008 0.268
#> SRR1747319 4 0.4395 0.31933 0.028 0.000 0.068 0.768 0.008 0.128
#> SRR1747320 4 0.4670 0.35670 0.076 0.000 0.060 0.760 0.008 0.096
#> SRR1747322 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4636 0.04346 0.484 0.000 0.000 0.484 0.008 0.024
#> SRR1747323 2 0.2651 0.67696 0.000 0.872 0.004 0.000 0.088 0.036
#> SRR1747324 5 0.6240 0.11667 0.000 0.388 0.020 0.044 0.480 0.068
#> SRR1747326 2 0.5021 0.51922 0.000 0.608 0.008 0.000 0.308 0.076
#> SRR1747325 2 0.5948 0.57658 0.000 0.628 0.176 0.004 0.116 0.076
#> SRR1747327 5 0.5228 0.25332 0.000 0.268 0.008 0.012 0.632 0.080
#> SRR1747328 5 0.4046 0.50110 0.028 0.000 0.000 0.208 0.744 0.020
#> SRR1747330 5 0.3044 0.64449 0.000 0.012 0.008 0.088 0.860 0.032
#> SRR1747329 5 0.2811 0.64940 0.000 0.012 0.008 0.076 0.876 0.028
#> SRR1747332 6 0.4775 0.80928 0.016 0.000 0.084 0.208 0.000 0.692
#> SRR1747331 6 0.5356 0.55674 0.008 0.000 0.204 0.052 0.064 0.672
#> SRR1747333 5 0.4559 0.58404 0.004 0.052 0.000 0.152 0.748 0.044
#> SRR1747334 2 0.5599 0.30830 0.000 0.564 0.000 0.048 0.328 0.060
#> SRR1747335 6 0.4731 0.80894 0.008 0.000 0.084 0.208 0.004 0.696
#> SRR1747336 1 0.1444 0.83538 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747337 2 0.1794 0.67655 0.000 0.932 0.028 0.000 0.016 0.024
#> SRR1747338 2 0.1802 0.67763 0.000 0.932 0.020 0.000 0.024 0.024
#> SRR1747339 4 0.5075 0.14031 0.000 0.004 0.000 0.480 0.452 0.064
#> SRR1747340 5 0.4498 0.58428 0.000 0.044 0.004 0.152 0.752 0.048
#> SRR1747341 2 0.3592 0.65651 0.000 0.808 0.008 0.000 0.116 0.068
#> SRR1747342 2 0.3592 0.65651 0.000 0.808 0.008 0.000 0.116 0.068
#> SRR1747343 2 0.2651 0.67696 0.000 0.872 0.004 0.000 0.088 0.036
#> SRR1747344 5 0.6240 0.11667 0.000 0.388 0.020 0.044 0.480 0.068
#> SRR1747345 4 0.4886 0.38399 0.004 0.004 0.000 0.616 0.316 0.060
#> SRR1747346 3 0.4117 0.49570 0.000 0.008 0.704 0.020 0.004 0.264
#> SRR1747347 3 0.4662 0.42967 0.000 0.288 0.652 0.004 0.004 0.052
#> SRR1747348 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.3746 0.78238 0.780 0.000 0.000 0.080 0.000 0.140
#> SRR1747351 2 0.7099 0.53400 0.000 0.544 0.044 0.124 0.188 0.100
#> SRR1747350 6 0.6782 0.21140 0.000 0.024 0.248 0.032 0.200 0.496
#> SRR1747352 1 0.4028 0.59390 0.668 0.000 0.000 0.024 0.000 0.308
#> SRR1747353 5 0.7632 0.08764 0.000 0.008 0.196 0.240 0.388 0.168
#> SRR1747354 4 0.7561 0.07778 0.000 0.004 0.216 0.392 0.176 0.212
#> SRR1747355 4 0.4617 0.40647 0.272 0.000 0.000 0.668 0.016 0.044
#> SRR1747356 4 0.7538 -0.07363 0.000 0.008 0.264 0.364 0.112 0.252
#> SRR1747357 4 0.7224 0.13083 0.000 0.012 0.096 0.452 0.176 0.264
#> SRR1747358 4 0.7607 -0.04292 0.000 0.016 0.200 0.384 0.116 0.284
#> SRR1747359 4 0.5166 0.34730 0.316 0.000 0.000 0.604 0.036 0.044
#> SRR1747360 2 0.7213 0.16146 0.000 0.448 0.040 0.100 0.328 0.084
#> SRR1747361 6 0.5200 0.78524 0.004 0.000 0.124 0.216 0.008 0.648
#> SRR1747362 5 0.6206 0.43212 0.000 0.068 0.040 0.156 0.640 0.096
#> SRR1747363 4 0.4325 0.48816 0.008 0.008 0.008 0.744 0.196 0.036
#> SRR1747364 4 0.5167 0.45984 0.188 0.004 0.000 0.684 0.092 0.032
#> SRR1747365 4 0.5734 0.05057 0.000 0.008 0.224 0.588 0.008 0.172
#> SRR1747366 3 0.7724 0.16965 0.000 0.040 0.428 0.224 0.100 0.208
#> SRR1747367 4 0.4690 0.48830 0.008 0.008 0.008 0.712 0.212 0.052
#> SRR1747369 3 0.4343 0.26499 0.000 0.384 0.592 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747368 4 0.6062 -0.16116 0.000 0.000 0.204 0.512 0.016 0.268
#> SRR1747370 5 0.5258 0.13367 0.000 0.004 0.004 0.360 0.552 0.080
#> SRR1747372 1 0.0363 0.86501 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.4518 0.30386 0.348 0.000 0.000 0.612 0.004 0.036
#> SRR1747373 2 0.1546 0.67864 0.000 0.944 0.020 0.000 0.020 0.016
#> SRR1747374 2 0.5904 0.43753 0.000 0.584 0.272 0.004 0.052 0.088
#> SRR1747375 4 0.5058 0.35391 0.008 0.004 0.000 0.592 0.336 0.060
#> SRR1747376 2 0.5507 0.29287 0.000 0.540 0.000 0.032 0.364 0.064
#> SRR1747377 2 0.2123 0.67950 0.000 0.908 0.008 0.000 0.064 0.020
#> SRR1747378 5 0.5056 0.59850 0.000 0.132 0.000 0.108 0.708 0.052
#> SRR1747379 5 0.2110 0.64449 0.000 0.000 0.004 0.084 0.900 0.012
#> SRR1747380 3 0.4117 0.49570 0.000 0.008 0.704 0.020 0.004 0.264
#> SRR1747381 1 0.3492 0.76018 0.796 0.000 0.000 0.160 0.004 0.040
#> SRR1747382 1 0.4024 0.68368 0.732 0.000 0.000 0.220 0.004 0.044
#> SRR1747383 2 0.5217 0.47115 0.000 0.568 0.008 0.000 0.340 0.084
#> SRR1747384 6 0.5071 0.75797 0.012 0.000 0.084 0.276 0.000 0.628
#> SRR1747385 5 0.4565 0.56358 0.000 0.068 0.072 0.016 0.776 0.068
#> SRR1747386 1 0.0000 0.86862 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.6595 0.57656 0.000 0.600 0.048 0.076 0.180 0.096
#> SRR1747388 2 0.6589 0.58679 0.000 0.612 0.056 0.080 0.152 0.100
#> SRR1747390 3 0.6546 0.16221 0.000 0.012 0.500 0.204 0.028 0.256
#> SRR1747389 3 0.5174 0.42911 0.000 0.012 0.668 0.148 0.004 0.168
#> SRR1747391 5 0.5206 0.24630 0.000 0.268 0.004 0.008 0.624 0.096
#> SRR1747392 5 0.5198 0.16953 0.000 0.300 0.004 0.004 0.600 0.092
#> SRR1747393 6 0.6475 0.31412 0.000 0.032 0.308 0.060 0.068 0.532
#> SRR1747394 6 0.4658 0.66058 0.008 0.000 0.040 0.340 0.000 0.612
#> SRR1747395 5 0.7782 0.10689 0.000 0.356 0.116 0.092 0.364 0.072
#> SRR1747396 2 0.2828 0.67091 0.000 0.864 0.004 0.000 0.072 0.060
#> SRR1747398 2 0.3274 0.65451 0.000 0.856 0.032 0.008 0.040 0.064
#> SRR1747397 4 0.5402 0.37875 0.000 0.040 0.000 0.596 0.304 0.060
#> SRR1747399 1 0.2301 0.83193 0.884 0.000 0.000 0.020 0.000 0.096
#> SRR1747400 1 0.1682 0.85579 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.922 0.938 0.974 0.4973 0.504 0.504
#> 3 3 0.771 0.847 0.930 0.3006 0.812 0.641
#> 4 4 0.562 0.606 0.792 0.1137 0.862 0.649
#> 5 5 0.585 0.474 0.680 0.0670 0.891 0.665
#> 6 6 0.596 0.463 0.683 0.0434 0.895 0.621
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.4161 0.893 0.916 0.084
#> SRR1747218 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.4298 0.890 0.912 0.088
#> SRR1747223 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.7056 0.763 0.808 0.192
#> SRR1747225 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.9833 0.280 0.424 0.576
#> SRR1747229 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747241 1 0.7453 0.734 0.788 0.212
#> SRR1747242 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.2948 0.925 0.052 0.948
#> SRR1747261 1 0.0938 0.963 0.988 0.012
#> SRR1747262 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747266 2 0.6887 0.774 0.184 0.816
#> SRR1747267 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.9608 0.364 0.616 0.384
#> SRR1747269 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.9248 0.474 0.340 0.660
#> SRR1747273 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.9710 0.350 0.400 0.600
#> SRR1747275 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.5519 0.845 0.128 0.872
#> SRR1747280 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0938 0.963 0.988 0.012
#> SRR1747290 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.8955 0.554 0.688 0.312
#> SRR1747312 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.6801 0.770 0.180 0.820
#> SRR1747317 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747319 1 0.0672 0.966 0.992 0.008
#> SRR1747320 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747328 1 0.6148 0.810 0.848 0.152
#> SRR1747330 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1747329 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.7376 0.739 0.208 0.792
#> SRR1747333 2 0.6887 0.774 0.184 0.816
#> SRR1747334 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747346 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0376 0.970 0.004 0.996
#> SRR1747352 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1747355 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.9608 0.393 0.384 0.616
#> SRR1747357 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747358 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.1184 0.960 0.984 0.016
#> SRR1747364 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.1184 0.960 0.984 0.016
#> SRR1747369 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.7219 0.752 0.800 0.200
#> SRR1747370 1 0.9963 0.125 0.536 0.464
#> SRR1747372 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.5408 0.850 0.124 0.876
#> SRR1747394 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.4399 0.7663 0.812 0.000 0.188
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 1 0.6427 0.4344 0.640 0.348 0.012
#> SRR1747218 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747219 1 0.4504 0.7564 0.804 0.000 0.196
#> SRR1747220 1 0.4346 0.7693 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747221 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.6274 0.2315 0.544 0.000 0.456
#> SRR1747223 1 0.0237 0.9141 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747224 1 0.6625 0.2748 0.552 0.440 0.008
#> SRR1747225 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747226 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.4504 0.7317 0.196 0.804 0.000
#> SRR1747229 2 0.2165 0.9098 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 3 0.6307 0.0917 0.000 0.488 0.512
#> SRR1747237 3 0.1163 0.8837 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747238 3 0.0424 0.8866 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747239 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4784 0.6921 0.200 0.004 0.796
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.1753 0.8842 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747244 2 0.2448 0.8914 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747245 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.5529 0.6205 0.704 0.000 0.296
#> SRR1747253 3 0.6267 0.0691 0.452 0.000 0.548
#> SRR1747254 3 0.5678 0.5788 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0747 0.9402 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747258 2 0.4452 0.7562 0.000 0.808 0.192
#> SRR1747259 3 0.0892 0.8855 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747260 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747261 1 0.3619 0.8100 0.864 0.136 0.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.2066 0.9082 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.0237 0.9143 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747266 2 0.7031 0.6441 0.088 0.716 0.196
#> SRR1747267 1 0.5291 0.6708 0.732 0.000 0.268
#> SRR1747268 2 0.4399 0.7429 0.188 0.812 0.000
#> SRR1747269 3 0.4504 0.7565 0.000 0.196 0.804
#> SRR1747270 3 0.5291 0.6623 0.000 0.268 0.732
#> SRR1747271 3 0.3116 0.8393 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747272 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.1643 0.9125 0.044 0.956 0.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.4291 0.7702 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747278 2 0.0237 0.9421 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747286 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747288 1 0.4618 0.8067 0.840 0.024 0.136
#> SRR1747290 3 0.2356 0.8634 0.000 0.072 0.928
#> SRR1747289 3 0.0592 0.8863 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 2 0.2537 0.8833 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747294 3 0.5948 0.4814 0.000 0.360 0.640
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747296 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.2878 0.8798 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747302 2 0.1411 0.9288 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0237 0.9429 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747307 1 0.5098 0.6942 0.752 0.000 0.248
#> SRR1747308 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.4178 0.7819 0.828 0.000 0.172
#> SRR1747311 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747313 2 0.6126 0.2681 0.400 0.600 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 3 0.5178 0.6762 0.000 0.256 0.744
#> SRR1747318 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 1 0.0892 0.9051 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747320 1 0.0592 0.9097 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747324 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.1753 0.9218 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 1 0.5760 0.4879 0.672 0.328 0.000
#> SRR1747330 2 0.0475 0.9416 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747329 2 0.0747 0.9384 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747332 1 0.4178 0.7859 0.828 0.000 0.172
#> SRR1747331 3 0.1585 0.8823 0.008 0.028 0.964
#> SRR1747333 2 0.0747 0.9352 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 1 0.4974 0.7123 0.764 0.000 0.236
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.1289 0.9321 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747338 2 0.0747 0.9400 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747339 1 0.1529 0.8924 0.960 0.040 0.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747341 2 0.0424 0.9421 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747342 2 0.0424 0.9421 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747343 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747344 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747345 1 0.0747 0.9079 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 3 0.2711 0.8529 0.000 0.088 0.912
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747350 3 0.5058 0.6963 0.000 0.244 0.756
#> SRR1747352 1 0.0237 0.9142 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747353 2 0.3192 0.8603 0.000 0.888 0.112
#> SRR1747354 2 0.5785 0.5623 0.004 0.696 0.300
#> SRR1747355 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.3832 0.8365 0.076 0.036 0.888
#> SRR1747357 1 0.2356 0.8714 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747358 3 0.2796 0.8221 0.092 0.000 0.908
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0424 0.9424 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747361 1 0.6204 0.3386 0.576 0.000 0.424
#> SRR1747362 2 0.4235 0.7623 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747363 1 0.4002 0.7826 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747364 1 0.0424 0.9121 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747365 1 0.5785 0.5459 0.668 0.000 0.332
#> SRR1747366 3 0.3412 0.8264 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747367 1 0.4002 0.7826 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747369 3 0.1529 0.8788 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747368 3 0.5810 0.4083 0.336 0.000 0.664
#> SRR1747370 2 0.1289 0.9227 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1860 0.9184 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747374 2 0.6215 0.1926 0.000 0.572 0.428
#> SRR1747375 1 0.0424 0.9122 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747378 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0237 0.9429 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747384 1 0.4887 0.7180 0.772 0.000 0.228
#> SRR1747385 2 0.4452 0.7432 0.000 0.808 0.192
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747388 2 0.0592 0.9415 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747390 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747389 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.1289 0.8818 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747394 1 0.4235 0.7778 0.824 0.000 0.176
#> SRR1747395 2 0.2356 0.9028 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9433 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0892 0.9382 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747397 1 0.2165 0.8747 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9160 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.1792 0.81610 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1747214 1 0.4868 0.62786 0.720 0.000 0.256 0.024
#> SRR1747215 2 0.1022 0.77284 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747216 2 0.2281 0.75605 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747217 4 0.7551 0.46581 0.288 0.228 0.000 0.484
#> SRR1747218 2 0.2125 0.76732 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1747219 1 0.5716 0.56791 0.668 0.000 0.272 0.060
#> SRR1747220 1 0.5579 0.59288 0.688 0.000 0.252 0.060
#> SRR1747221 1 0.4655 0.38931 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR1747222 3 0.5088 0.07062 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1747223 4 0.5119 0.33204 0.440 0.004 0.000 0.556
#> SRR1747224 4 0.4535 0.53553 0.104 0.080 0.004 0.812
#> SRR1747225 2 0.4193 0.62627 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1747226 2 0.0927 0.77382 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1747227 2 0.3400 0.71371 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1747228 2 0.7313 -0.04534 0.152 0.432 0.000 0.416
#> SRR1747229 2 0.4199 0.69507 0.000 0.804 0.032 0.164
#> SRR1747230 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.1452 0.83445 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1747232 1 0.1256 0.83830 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1747233 1 0.0336 0.84626 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747234 3 0.0817 0.66082 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747235 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.5199 0.64276 0.000 0.756 0.144 0.100
#> SRR1747237 3 0.6313 0.57704 0.000 0.220 0.652 0.128
#> SRR1747238 3 0.7088 0.52932 0.000 0.204 0.568 0.228
#> SRR1747239 2 0.0937 0.77265 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1747240 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6097 0.33117 0.324 0.036 0.624 0.016
#> SRR1747242 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.5574 0.55163 0.284 0.048 0.000 0.668
#> SRR1747244 2 0.6031 0.64202 0.000 0.676 0.108 0.216
#> SRR1747245 2 0.4008 0.65657 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1747246 2 0.0657 0.77267 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1747247 1 0.1256 0.83830 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1747248 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.2704 0.76737 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1747250 3 0.3172 0.63730 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747252 1 0.7468 0.20909 0.464 0.000 0.352 0.184
#> SRR1747253 3 0.6337 -0.14357 0.464 0.000 0.476 0.060
#> SRR1747254 2 0.5292 0.63177 0.000 0.744 0.168 0.088
#> SRR1747255 1 0.0592 0.84319 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747256 1 0.2149 0.79713 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747257 2 0.3444 0.69217 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747258 2 0.6520 0.34533 0.000 0.552 0.084 0.364
#> SRR1747259 3 0.6104 0.59369 0.000 0.180 0.680 0.140
#> SRR1747260 3 0.4998 0.62191 0.000 0.052 0.748 0.200
#> SRR1747261 1 0.6350 0.32415 0.636 0.112 0.000 0.252
#> SRR1747262 2 0.3486 0.71176 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1747263 2 0.6078 0.66424 0.000 0.684 0.152 0.164
#> SRR1747264 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.3172 0.74394 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747266 4 0.5986 0.28301 0.004 0.276 0.064 0.656
#> SRR1747267 4 0.7890 0.11905 0.312 0.000 0.308 0.380
#> SRR1747268 4 0.5906 0.55348 0.148 0.152 0.000 0.700
#> SRR1747269 2 0.6805 0.36300 0.000 0.592 0.260 0.148
#> SRR1747270 2 0.6770 0.40259 0.000 0.604 0.236 0.160
#> SRR1747271 3 0.4746 0.51337 0.000 0.304 0.688 0.008
#> SRR1747272 3 0.0804 0.65404 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.5645 0.42794 0.032 0.604 0.000 0.364
#> SRR1747275 1 0.0592 0.84193 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747276 1 0.0707 0.83979 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747277 2 0.6221 0.58325 0.000 0.644 0.256 0.100
#> SRR1747278 2 0.5517 0.57823 0.040 0.684 0.004 0.272
#> SRR1747280 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.4103 0.64652 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747282 1 0.0336 0.84626 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747283 1 0.0336 0.84757 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747284 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.2670 0.66227 0.000 0.072 0.904 0.024
#> SRR1747286 3 0.4669 0.62865 0.000 0.036 0.764 0.200
#> SRR1747287 2 0.2704 0.74937 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1747288 4 0.7742 0.24476 0.320 0.020 0.152 0.508
#> SRR1747290 2 0.7187 -0.15417 0.000 0.440 0.424 0.136
#> SRR1747289 3 0.7068 0.48364 0.000 0.296 0.548 0.156
#> SRR1747291 2 0.3907 0.67027 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747293 4 0.5698 0.15381 0.000 0.320 0.044 0.636
#> SRR1747294 3 0.6125 0.08252 0.000 0.436 0.516 0.048
#> SRR1747292 1 0.0336 0.84626 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747295 3 0.4335 0.64464 0.000 0.036 0.796 0.168
#> SRR1747296 3 0.3881 0.63984 0.000 0.016 0.812 0.172
#> SRR1747297 2 0.3355 0.72808 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1747298 2 0.3306 0.72797 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1747299 2 0.1022 0.77052 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747300 2 0.0817 0.77117 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747301 2 0.3105 0.74427 0.000 0.868 0.120 0.012
#> SRR1747302 2 0.2480 0.75644 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1747303 2 0.3528 0.71187 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1747304 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1867 0.77430 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747306 2 0.0707 0.77276 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747307 1 0.5926 0.51676 0.632 0.000 0.308 0.060
#> SRR1747308 3 0.0336 0.65808 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747309 1 0.4356 0.44329 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1747310 1 0.5050 0.61095 0.704 0.000 0.268 0.028
#> SRR1747311 1 0.4961 -0.04062 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1747313 4 0.6896 0.50752 0.140 0.292 0.000 0.568
#> SRR1747312 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4776 0.46947 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1747316 3 0.5784 0.46769 0.000 0.200 0.700 0.100
#> SRR1747318 3 0.0000 0.65683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.65683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.3853 0.71558 0.820 0.020 0.000 0.160
#> SRR1747320 1 0.3428 0.73738 0.844 0.012 0.000 0.144
#> SRR1747322 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0336 0.84626 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747323 2 0.0937 0.77380 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1747324 2 0.1305 0.77340 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1747326 2 0.1109 0.77425 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747325 2 0.2593 0.75143 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1747327 2 0.3649 0.70702 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1747328 4 0.6013 0.54447 0.312 0.064 0.000 0.624
#> SRR1747330 4 0.6524 0.26698 0.012 0.316 0.068 0.604
#> SRR1747329 2 0.6615 0.32948 0.000 0.512 0.084 0.404
#> SRR1747332 1 0.5994 0.52235 0.636 0.000 0.296 0.068
#> SRR1747331 3 0.5918 0.57126 0.032 0.108 0.744 0.116
#> SRR1747333 4 0.5921 -0.00689 0.036 0.448 0.000 0.516
#> SRR1747334 2 0.2530 0.74875 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1747335 1 0.6215 0.46675 0.600 0.000 0.328 0.072
#> SRR1747336 1 0.0921 0.84121 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747337 2 0.2101 0.76566 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1747338 2 0.1520 0.76920 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1747339 4 0.5898 0.52510 0.316 0.056 0.000 0.628
#> SRR1747340 4 0.4955 0.03119 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1747341 2 0.1297 0.77079 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1747342 2 0.1411 0.76986 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747343 2 0.0937 0.77380 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1747344 2 0.1398 0.77317 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1747345 4 0.6055 0.45356 0.372 0.052 0.000 0.576
#> SRR1747346 3 0.0000 0.65683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747347 3 0.4836 0.47744 0.000 0.320 0.672 0.008
#> SRR1747348 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.1118 0.83819 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747351 2 0.3052 0.72759 0.000 0.860 0.004 0.136
#> SRR1747350 2 0.7397 -0.08136 0.000 0.428 0.408 0.164
#> SRR1747352 1 0.3587 0.76345 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR1747353 2 0.6340 0.44870 0.000 0.580 0.076 0.344
#> SRR1747354 4 0.6522 0.24576 0.004 0.192 0.152 0.652
#> SRR1747355 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 4 0.7115 -0.22299 0.016 0.084 0.396 0.504
#> SRR1747357 4 0.5628 0.43770 0.236 0.008 0.052 0.704
#> SRR1747358 4 0.7293 -0.07430 0.108 0.016 0.348 0.528
#> SRR1747359 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4155 0.66086 0.000 0.756 0.004 0.240
#> SRR1747361 3 0.6130 -0.05138 0.440 0.000 0.512 0.048
#> SRR1747362 2 0.4914 0.69772 0.000 0.748 0.044 0.208
#> SRR1747363 1 0.5551 0.53852 0.728 0.112 0.000 0.160
#> SRR1747364 1 0.1520 0.82624 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR1747365 1 0.6055 0.52219 0.668 0.004 0.080 0.248
#> SRR1747366 2 0.7830 -0.18564 0.000 0.400 0.332 0.268
#> SRR1747367 1 0.6245 0.35930 0.648 0.108 0.000 0.244
#> SRR1747369 3 0.6116 0.47490 0.000 0.320 0.612 0.068
#> SRR1747368 3 0.6439 0.43197 0.176 0.000 0.648 0.176
#> SRR1747370 4 0.5292 0.49044 0.060 0.216 0.000 0.724
#> SRR1747372 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0336 0.84767 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747373 2 0.2385 0.76377 0.000 0.920 0.052 0.028
#> SRR1747374 2 0.4372 0.60676 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR1747375 4 0.5781 0.22828 0.480 0.028 0.000 0.492
#> SRR1747376 2 0.2149 0.75808 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747377 2 0.1174 0.77138 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1747378 2 0.3266 0.72261 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1747379 2 0.4564 0.55488 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1747380 3 0.0000 0.65683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0707 0.77313 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747384 1 0.5392 0.58485 0.680 0.000 0.280 0.040
#> SRR1747385 2 0.6790 0.57076 0.000 0.604 0.228 0.168
#> SRR1747386 1 0.0000 0.84928 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2589 0.74890 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747388 2 0.3105 0.72295 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR1747390 3 0.5524 0.58898 0.000 0.048 0.676 0.276
#> SRR1747389 3 0.4655 0.63775 0.000 0.032 0.760 0.208
#> SRR1747391 2 0.3751 0.70005 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1747392 2 0.3695 0.73153 0.000 0.828 0.016 0.156
#> SRR1747393 3 0.6714 0.54040 0.000 0.176 0.616 0.208
#> SRR1747394 1 0.5417 0.61352 0.704 0.000 0.240 0.056
#> SRR1747395 2 0.6381 0.53317 0.000 0.652 0.196 0.152
#> SRR1747396 2 0.1042 0.77389 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747398 2 0.2816 0.75620 0.000 0.900 0.036 0.064
#> SRR1747397 4 0.6529 0.41910 0.388 0.080 0.000 0.532
#> SRR1747399 1 0.0921 0.84121 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747400 1 0.0921 0.84121 0.972 0.000 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.3506 0.71266 0.036 0.000 0.084 0.852 0.028
#> SRR1747214 4 0.4838 0.48129 0.232 0.000 0.036 0.712 0.020
#> SRR1747215 2 0.3250 0.66879 0.004 0.820 0.008 0.000 0.168
#> SRR1747216 2 0.4029 0.54889 0.004 0.680 0.000 0.000 0.316
#> SRR1747217 1 0.9607 -0.08973 0.276 0.208 0.092 0.160 0.264
#> SRR1747218 2 0.2674 0.68129 0.032 0.896 0.012 0.000 0.060
#> SRR1747219 1 0.4542 0.23897 0.536 0.000 0.008 0.456 0.000
#> SRR1747220 4 0.4448 -0.12931 0.480 0.000 0.004 0.516 0.000
#> SRR1747221 4 0.5737 0.34089 0.120 0.000 0.000 0.592 0.288
#> SRR1747222 1 0.7809 0.24763 0.352 0.008 0.288 0.312 0.040
#> SRR1747223 4 0.6190 -0.07886 0.136 0.000 0.000 0.444 0.420
#> SRR1747224 5 0.7087 0.22395 0.236 0.024 0.184 0.016 0.540
#> SRR1747225 2 0.4734 0.40165 0.024 0.604 0.000 0.000 0.372
#> SRR1747226 2 0.1356 0.69400 0.012 0.956 0.004 0.000 0.028
#> SRR1747227 2 0.4446 0.30296 0.004 0.520 0.000 0.000 0.476
#> SRR1747228 5 0.4571 0.45888 0.000 0.188 0.000 0.076 0.736
#> SRR1747229 2 0.4503 0.62313 0.052 0.788 0.120 0.000 0.040
#> SRR1747230 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.1965 0.75996 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1747232 4 0.1851 0.76722 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1747233 4 0.1012 0.80487 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> SRR1747234 3 0.4749 0.37018 0.252 0.008 0.700 0.000 0.040
#> SRR1747235 4 0.0404 0.81289 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747236 2 0.4017 0.62398 0.072 0.816 0.096 0.000 0.016
#> SRR1747237 3 0.6012 0.39029 0.060 0.252 0.632 0.000 0.056
#> SRR1747238 3 0.5059 0.38993 0.072 0.196 0.716 0.000 0.016
#> SRR1747239 2 0.1059 0.69576 0.008 0.968 0.004 0.000 0.020
#> SRR1747240 4 0.0290 0.81238 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747241 3 0.8435 -0.01001 0.256 0.064 0.420 0.216 0.044
#> SRR1747242 4 0.0162 0.81277 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747243 5 0.4109 0.47505 0.048 0.004 0.000 0.168 0.780
#> SRR1747244 2 0.5877 0.36862 0.036 0.548 0.040 0.000 0.376
#> SRR1747245 2 0.4291 0.26463 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1747246 2 0.1041 0.69795 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747247 4 0.1121 0.79728 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4482 0.62489 0.040 0.000 0.144 0.780 0.036
#> SRR1747250 3 0.3111 0.41454 0.144 0.004 0.840 0.000 0.012
#> SRR1747252 1 0.4860 0.50644 0.708 0.000 0.048 0.232 0.012
#> SRR1747253 1 0.5290 0.51805 0.624 0.000 0.076 0.300 0.000
#> SRR1747254 2 0.4147 0.62096 0.092 0.804 0.092 0.000 0.012
#> SRR1747255 4 0.0324 0.81251 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1747256 4 0.3804 0.68921 0.040 0.000 0.100 0.832 0.028
#> SRR1747257 2 0.5516 0.56400 0.020 0.676 0.216 0.000 0.088
#> SRR1747258 3 0.7938 0.23930 0.168 0.268 0.436 0.000 0.128
#> SRR1747259 3 0.4799 0.43266 0.048 0.188 0.740 0.000 0.024
#> SRR1747260 3 0.2429 0.43097 0.076 0.004 0.900 0.000 0.020
#> SRR1747261 4 0.6777 0.23957 0.112 0.036 0.004 0.524 0.324
#> SRR1747262 2 0.4390 0.39367 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747263 2 0.6599 0.29138 0.048 0.472 0.076 0.000 0.404
#> SRR1747264 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.6088 0.44391 0.104 0.000 0.188 0.656 0.052
#> SRR1747266 3 0.8332 0.18945 0.220 0.184 0.384 0.000 0.212
#> SRR1747267 1 0.6943 0.40556 0.592 0.000 0.116 0.172 0.120
#> SRR1747268 5 0.4032 0.52148 0.068 0.024 0.000 0.088 0.820
#> SRR1747269 2 0.5512 0.48614 0.116 0.676 0.196 0.000 0.012
#> SRR1747270 2 0.5630 0.48743 0.188 0.660 0.144 0.000 0.008
#> SRR1747271 3 0.6767 0.30862 0.116 0.336 0.508 0.000 0.040
#> SRR1747272 3 0.5542 0.26033 0.424 0.008 0.524 0.004 0.040
#> SRR1747273 4 0.0609 0.81129 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1747274 2 0.7018 0.04500 0.160 0.432 0.012 0.012 0.384
#> SRR1747275 4 0.1041 0.80193 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> SRR1747276 4 0.1251 0.79781 0.008 0.000 0.000 0.956 0.036
#> SRR1747277 2 0.7404 0.27294 0.048 0.460 0.264 0.000 0.228
#> SRR1747278 5 0.5229 0.08425 0.000 0.404 0.000 0.048 0.548
#> SRR1747280 4 0.0162 0.81277 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747279 4 0.0510 0.81056 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747281 5 0.4415 -0.14812 0.000 0.444 0.000 0.004 0.552
#> SRR1747282 4 0.0609 0.80790 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747283 4 0.1442 0.80059 0.032 0.004 0.000 0.952 0.012
#> SRR1747284 4 0.0510 0.81228 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747285 3 0.6113 0.38446 0.200 0.116 0.644 0.000 0.040
#> SRR1747286 3 0.1412 0.44285 0.036 0.004 0.952 0.000 0.008
#> SRR1747287 2 0.4487 0.65811 0.008 0.772 0.096 0.000 0.124
#> SRR1747288 3 0.7728 0.05726 0.304 0.004 0.456 0.100 0.136
#> SRR1747290 2 0.6086 0.36140 0.116 0.608 0.256 0.000 0.020
#> SRR1747289 2 0.6254 0.06885 0.108 0.504 0.376 0.000 0.012
#> SRR1747291 2 0.4302 0.25383 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1747293 5 0.6015 0.37165 0.036 0.180 0.128 0.000 0.656
#> SRR1747294 3 0.7947 0.05351 0.104 0.344 0.372 0.000 0.180
#> SRR1747292 4 0.0798 0.80800 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1747295 3 0.1153 0.45051 0.024 0.008 0.964 0.000 0.004
#> SRR1747296 3 0.0865 0.44849 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.4425 0.42520 0.008 0.600 0.000 0.000 0.392
#> SRR1747298 2 0.4126 0.44507 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1747299 2 0.2329 0.68525 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1747300 2 0.1892 0.69344 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747301 2 0.3584 0.66501 0.020 0.848 0.068 0.000 0.064
#> SRR1747302 2 0.2591 0.68195 0.020 0.904 0.032 0.000 0.044
#> SRR1747303 2 0.4604 0.36851 0.012 0.560 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747304 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.4220 0.65357 0.004 0.768 0.048 0.000 0.180
#> SRR1747306 2 0.2575 0.69350 0.004 0.884 0.012 0.000 0.100
#> SRR1747307 1 0.4800 0.47462 0.604 0.000 0.028 0.368 0.000
#> SRR1747308 3 0.5396 0.28258 0.404 0.012 0.548 0.000 0.036
#> SRR1747309 4 0.5532 0.37660 0.104 0.000 0.000 0.616 0.280
#> SRR1747310 4 0.5340 0.24994 0.324 0.000 0.036 0.620 0.020
#> SRR1747311 4 0.6494 -0.01534 0.192 0.000 0.000 0.444 0.364
#> SRR1747313 5 0.7726 0.37606 0.156 0.204 0.004 0.128 0.508
#> SRR1747312 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0162 0.81247 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747315 5 0.4066 0.21809 0.004 0.324 0.000 0.000 0.672
#> SRR1747316 5 0.8095 -0.18153 0.260 0.096 0.296 0.000 0.348
#> SRR1747318 3 0.5384 0.27489 0.416 0.008 0.536 0.000 0.040
#> SRR1747317 3 0.5384 0.27489 0.416 0.008 0.536 0.000 0.040
#> SRR1747319 4 0.5862 0.50107 0.072 0.004 0.176 0.688 0.060
#> SRR1747320 4 0.5586 0.52851 0.064 0.004 0.172 0.708 0.052
#> SRR1747322 4 0.0162 0.81247 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747321 4 0.0404 0.81061 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747323 2 0.1205 0.69841 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1747324 2 0.2349 0.69066 0.012 0.900 0.004 0.000 0.084
#> SRR1747326 2 0.2763 0.67650 0.000 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1747325 2 0.4191 0.65825 0.016 0.804 0.084 0.000 0.096
#> SRR1747327 2 0.4562 0.34598 0.004 0.548 0.004 0.000 0.444
#> SRR1747328 5 0.5273 0.43616 0.064 0.024 0.000 0.216 0.696
#> SRR1747330 5 0.3668 0.50240 0.028 0.108 0.028 0.000 0.836
#> SRR1747329 5 0.5073 0.35716 0.032 0.220 0.040 0.000 0.708
#> SRR1747332 1 0.4538 0.48127 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1747331 1 0.5790 0.21313 0.716 0.060 0.152 0.028 0.044
#> SRR1747333 5 0.5374 0.47416 0.040 0.232 0.000 0.044 0.684
#> SRR1747334 2 0.3197 0.65950 0.024 0.836 0.000 0.000 0.140
#> SRR1747335 1 0.4592 0.52658 0.644 0.000 0.024 0.332 0.000
#> SRR1747336 4 0.1410 0.78788 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1747337 2 0.1012 0.69531 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1747338 2 0.0566 0.69557 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747339 5 0.6454 0.31650 0.192 0.012 0.000 0.240 0.556
#> SRR1747340 5 0.5384 0.39725 0.076 0.288 0.000 0.004 0.632
#> SRR1747341 2 0.1591 0.69929 0.004 0.940 0.004 0.000 0.052
#> SRR1747342 2 0.1443 0.69982 0.004 0.948 0.004 0.000 0.044
#> SRR1747343 2 0.1041 0.69880 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1747344 2 0.2452 0.68962 0.016 0.896 0.004 0.000 0.084
#> SRR1747345 5 0.6361 0.24419 0.156 0.004 0.000 0.336 0.504
#> SRR1747346 3 0.5384 0.27489 0.416 0.008 0.536 0.000 0.040
#> SRR1747347 3 0.6759 0.22058 0.100 0.376 0.480 0.000 0.044
#> SRR1747348 4 0.0290 0.81238 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747349 4 0.1851 0.76677 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1747351 2 0.4396 0.64110 0.008 0.772 0.152 0.000 0.068
#> SRR1747350 1 0.7511 -0.09953 0.404 0.344 0.200 0.000 0.052
#> SRR1747352 4 0.3452 0.56274 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1747353 3 0.7942 0.17906 0.104 0.260 0.424 0.000 0.212
#> SRR1747354 3 0.7614 0.20334 0.268 0.080 0.464 0.000 0.188
#> SRR1747355 4 0.0290 0.81226 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747356 3 0.6288 0.17043 0.392 0.032 0.504 0.000 0.072
#> SRR1747357 1 0.7269 0.04044 0.512 0.004 0.264 0.052 0.168
#> SRR1747358 1 0.6168 -0.04552 0.532 0.004 0.364 0.012 0.088
#> SRR1747359 4 0.0609 0.80845 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747360 2 0.4960 0.61904 0.052 0.764 0.088 0.000 0.096
#> SRR1747361 1 0.6462 0.41310 0.600 0.000 0.148 0.216 0.036
#> SRR1747362 2 0.6708 0.44050 0.020 0.532 0.192 0.000 0.256
#> SRR1747363 4 0.5861 0.46685 0.096 0.028 0.000 0.648 0.228
#> SRR1747364 4 0.2548 0.76157 0.028 0.000 0.004 0.896 0.072
#> SRR1747365 3 0.7259 -0.17435 0.120 0.004 0.428 0.392 0.056
#> SRR1747366 3 0.7182 0.28932 0.160 0.232 0.536 0.000 0.072
#> SRR1747367 4 0.6479 0.33891 0.132 0.028 0.000 0.568 0.272
#> SRR1747369 2 0.6210 -0.08061 0.052 0.456 0.452 0.000 0.040
#> SRR1747368 3 0.6052 0.20132 0.308 0.004 0.592 0.072 0.024
#> SRR1747370 5 0.6018 0.47843 0.176 0.084 0.016 0.040 0.684
#> SRR1747372 4 0.0000 0.81283 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0703 0.80835 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1747373 2 0.1806 0.69232 0.016 0.940 0.028 0.000 0.016
#> SRR1747374 2 0.6017 0.50271 0.072 0.660 0.200 0.000 0.068
#> SRR1747375 5 0.6411 0.12103 0.148 0.004 0.000 0.408 0.440
#> SRR1747376 2 0.3183 0.66094 0.016 0.828 0.000 0.000 0.156
#> SRR1747377 2 0.0960 0.69605 0.004 0.972 0.008 0.000 0.016
#> SRR1747378 2 0.4221 0.57602 0.032 0.732 0.000 0.000 0.236
#> SRR1747379 5 0.4264 0.07959 0.004 0.376 0.000 0.000 0.620
#> SRR1747380 3 0.5384 0.27489 0.416 0.008 0.536 0.000 0.040
#> SRR1747381 4 0.0609 0.81129 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1747382 4 0.0703 0.81009 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1747383 2 0.2233 0.69166 0.000 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1747384 4 0.5098 0.06735 0.404 0.000 0.020 0.564 0.012
#> SRR1747385 2 0.7297 0.17016 0.108 0.408 0.080 0.000 0.404
#> SRR1747386 4 0.0510 0.81056 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747387 2 0.4702 0.64396 0.004 0.748 0.120 0.000 0.128
#> SRR1747388 2 0.4019 0.64839 0.004 0.792 0.152 0.000 0.052
#> SRR1747390 3 0.5743 0.28451 0.276 0.060 0.632 0.000 0.032
#> SRR1747389 3 0.3685 0.42804 0.112 0.040 0.832 0.000 0.016
#> SRR1747391 2 0.4440 0.31637 0.004 0.528 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747392 2 0.4871 0.37573 0.012 0.548 0.008 0.000 0.432
#> SRR1747393 1 0.6559 -0.00716 0.532 0.148 0.304 0.004 0.012
#> SRR1747394 4 0.4907 -0.12009 0.468 0.000 0.012 0.512 0.008
#> SRR1747395 2 0.7033 0.33138 0.088 0.572 0.196 0.000 0.144
#> SRR1747396 2 0.1200 0.69351 0.012 0.964 0.008 0.000 0.016
#> SRR1747398 2 0.2610 0.67635 0.036 0.904 0.036 0.000 0.024
#> SRR1747397 5 0.8124 0.15799 0.204 0.088 0.008 0.312 0.388
#> SRR1747399 4 0.1671 0.77633 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1747400 4 0.1270 0.79313 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2859 0.7105 0.000 0.000 0.156 0.828 0.000 0.016
#> SRR1747214 4 0.4789 0.5905 0.124 0.000 0.008 0.692 0.000 0.176
#> SRR1747215 2 0.4054 0.4791 0.004 0.688 0.024 0.000 0.284 0.000
#> SRR1747216 2 0.4300 0.0917 0.000 0.548 0.020 0.000 0.432 0.000
#> SRR1747217 6 0.8580 0.1113 0.020 0.264 0.152 0.084 0.112 0.368
#> SRR1747218 2 0.3992 0.5979 0.008 0.780 0.008 0.000 0.056 0.148
#> SRR1747219 4 0.6892 0.0573 0.172 0.000 0.080 0.420 0.000 0.328
#> SRR1747220 4 0.6109 0.2994 0.152 0.000 0.032 0.524 0.000 0.292
#> SRR1747221 4 0.5863 -0.2062 0.004 0.000 0.004 0.436 0.144 0.412
#> SRR1747222 1 0.4548 0.1633 0.632 0.000 0.000 0.312 0.000 0.056
#> SRR1747223 6 0.6312 0.3830 0.004 0.000 0.016 0.252 0.244 0.484
#> SRR1747224 6 0.6410 0.1671 0.000 0.020 0.272 0.000 0.272 0.436
#> SRR1747225 2 0.6037 -0.1431 0.000 0.440 0.012 0.000 0.380 0.168
#> SRR1747226 2 0.2321 0.6717 0.004 0.904 0.008 0.000 0.032 0.052
#> SRR1747227 5 0.4202 0.5147 0.000 0.328 0.012 0.000 0.648 0.012
#> SRR1747228 5 0.4390 0.5322 0.004 0.072 0.020 0.052 0.796 0.056
#> SRR1747229 2 0.3301 0.6550 0.000 0.844 0.064 0.000 0.024 0.068
#> SRR1747230 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.2513 0.7411 0.008 0.000 0.000 0.852 0.000 0.140
#> SRR1747232 4 0.2346 0.7520 0.008 0.000 0.000 0.868 0.000 0.124
#> SRR1747233 4 0.1370 0.7840 0.004 0.000 0.000 0.948 0.012 0.036
#> SRR1747234 1 0.2431 0.4362 0.860 0.008 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747235 4 0.0508 0.7995 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1747236 2 0.3511 0.6451 0.024 0.844 0.056 0.000 0.016 0.060
#> SRR1747237 1 0.7116 0.2016 0.436 0.268 0.204 0.000 0.088 0.004
#> SRR1747238 3 0.6427 0.3468 0.216 0.244 0.508 0.000 0.016 0.016
#> SRR1747239 2 0.1483 0.6765 0.000 0.944 0.008 0.000 0.012 0.036
#> SRR1747240 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 1 0.8342 0.1343 0.424 0.092 0.084 0.240 0.024 0.136
#> SRR1747242 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 5 0.5522 0.0756 0.008 0.008 0.012 0.096 0.632 0.244
#> SRR1747244 2 0.6760 -0.1904 0.116 0.408 0.012 0.000 0.400 0.064
#> SRR1747245 5 0.3725 0.5532 0.008 0.316 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1747246 2 0.1807 0.6750 0.000 0.920 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR1747247 4 0.1908 0.7693 0.004 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096
#> SRR1747248 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.3405 0.5895 0.000 0.000 0.272 0.724 0.000 0.004
#> SRR1747250 3 0.4015 0.3737 0.396 0.000 0.596 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747252 6 0.7463 0.2357 0.260 0.000 0.168 0.196 0.000 0.376
#> SRR1747253 6 0.7251 0.2120 0.320 0.000 0.096 0.240 0.000 0.344
#> SRR1747254 2 0.3254 0.6513 0.040 0.860 0.032 0.000 0.012 0.056
#> SRR1747255 4 0.1524 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1747256 4 0.3088 0.6891 0.000 0.000 0.172 0.808 0.000 0.020
#> SRR1747257 2 0.5377 0.4585 0.016 0.596 0.288 0.000 0.100 0.000
#> SRR1747258 3 0.4607 0.5793 0.012 0.152 0.748 0.000 0.028 0.060
#> SRR1747259 1 0.5567 0.3669 0.612 0.212 0.156 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747260 3 0.4091 0.4522 0.340 0.004 0.644 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747261 4 0.7586 -0.3142 0.016 0.008 0.060 0.324 0.288 0.304
#> SRR1747262 5 0.6080 0.3034 0.004 0.364 0.032 0.000 0.492 0.108
#> SRR1747263 5 0.5940 0.4031 0.200 0.288 0.008 0.000 0.504 0.000
#> SRR1747264 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.4506 0.4495 0.004 0.000 0.344 0.616 0.000 0.036
#> SRR1747266 3 0.4896 0.5362 0.000 0.120 0.728 0.000 0.076 0.076
#> SRR1747267 6 0.8353 0.1145 0.168 0.004 0.292 0.108 0.084 0.344
#> SRR1747268 5 0.5020 0.2004 0.008 0.000 0.028 0.056 0.680 0.228
#> SRR1747269 2 0.4776 0.5814 0.048 0.756 0.100 0.000 0.016 0.080
#> SRR1747270 2 0.5202 0.5587 0.036 0.712 0.116 0.000 0.016 0.120
#> SRR1747271 1 0.3665 0.4452 0.696 0.296 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747272 1 0.1245 0.4980 0.952 0.016 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747273 4 0.0858 0.7993 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1747274 6 0.7333 -0.2136 0.004 0.308 0.084 0.000 0.276 0.328
#> SRR1747275 4 0.1391 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1747276 4 0.1549 0.7754 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1747277 1 0.6454 0.0454 0.412 0.292 0.004 0.000 0.280 0.012
#> SRR1747278 5 0.5571 0.5807 0.012 0.176 0.016 0.020 0.676 0.100
#> SRR1747280 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.1010 0.7948 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1747281 5 0.3584 0.5863 0.000 0.244 0.012 0.000 0.740 0.004
#> SRR1747282 4 0.0260 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747283 4 0.3181 0.7219 0.012 0.004 0.024 0.852 0.008 0.100
#> SRR1747284 4 0.0777 0.7997 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1747285 1 0.3800 0.4722 0.780 0.164 0.044 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747286 3 0.4420 0.3980 0.380 0.008 0.596 0.000 0.008 0.008
#> SRR1747287 2 0.5273 0.4749 0.004 0.620 0.168 0.000 0.208 0.000
#> SRR1747288 3 0.2900 0.5748 0.008 0.000 0.876 0.044 0.016 0.056
#> SRR1747290 2 0.5942 0.4791 0.124 0.660 0.112 0.000 0.020 0.084
#> SRR1747289 2 0.6244 0.3829 0.156 0.612 0.152 0.000 0.016 0.064
#> SRR1747291 5 0.4806 0.4266 0.000 0.380 0.000 0.000 0.560 0.060
#> SRR1747293 5 0.5422 0.4278 0.036 0.048 0.212 0.000 0.672 0.032
#> SRR1747294 1 0.6157 0.2094 0.492 0.268 0.016 0.000 0.224 0.000
#> SRR1747292 4 0.0748 0.7957 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR1747295 1 0.4513 -0.1309 0.532 0.024 0.440 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747296 1 0.4374 -0.1499 0.532 0.016 0.448 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747297 5 0.4181 0.2786 0.000 0.476 0.000 0.000 0.512 0.012
#> SRR1747298 5 0.4095 0.2748 0.000 0.480 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1747299 2 0.3284 0.6025 0.000 0.784 0.000 0.000 0.196 0.020
#> SRR1747300 2 0.2706 0.6573 0.000 0.860 0.000 0.000 0.104 0.036
#> SRR1747301 2 0.4098 0.6023 0.168 0.764 0.004 0.000 0.052 0.012
#> SRR1747302 2 0.2567 0.6609 0.100 0.876 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1747303 5 0.4432 0.4747 0.000 0.352 0.008 0.000 0.616 0.024
#> SRR1747304 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.4676 0.3532 0.004 0.616 0.040 0.000 0.336 0.004
#> SRR1747306 2 0.4057 0.5851 0.004 0.744 0.036 0.000 0.208 0.008
#> SRR1747307 6 0.7392 0.2302 0.264 0.004 0.096 0.288 0.000 0.348
#> SRR1747308 1 0.1750 0.5053 0.932 0.040 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747309 4 0.5831 -0.2103 0.004 0.000 0.008 0.436 0.124 0.428
#> SRR1747310 4 0.5285 0.4759 0.188 0.000 0.004 0.620 0.000 0.188
#> SRR1747311 6 0.6182 0.4067 0.012 0.000 0.020 0.240 0.176 0.552
#> SRR1747313 6 0.6186 0.2854 0.004 0.068 0.020 0.056 0.264 0.588
#> SRR1747312 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.2779 0.6116 0.004 0.120 0.016 0.000 0.856 0.004
#> SRR1747316 1 0.6204 0.0141 0.440 0.044 0.056 0.000 0.436 0.024
#> SRR1747318 1 0.1599 0.4906 0.940 0.008 0.028 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747317 1 0.1764 0.4935 0.936 0.012 0.024 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747319 4 0.4833 0.3876 0.004 0.000 0.376 0.576 0.008 0.036
#> SRR1747320 4 0.4780 0.4216 0.004 0.000 0.356 0.596 0.008 0.036
#> SRR1747322 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0363 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747323 2 0.2338 0.6756 0.012 0.900 0.004 0.000 0.068 0.016
#> SRR1747324 2 0.3853 0.6465 0.012 0.808 0.016 0.000 0.112 0.052
#> SRR1747326 2 0.3650 0.4945 0.008 0.716 0.004 0.000 0.272 0.000
#> SRR1747325 2 0.4723 0.5064 0.232 0.664 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1747327 5 0.4241 0.4642 0.000 0.368 0.024 0.000 0.608 0.000
#> SRR1747328 5 0.5463 0.2745 0.008 0.012 0.052 0.172 0.692 0.064
#> SRR1747330 5 0.4602 0.4198 0.108 0.024 0.012 0.004 0.764 0.088
#> SRR1747329 5 0.5265 0.4854 0.180 0.072 0.012 0.000 0.692 0.044
#> SRR1747332 6 0.7591 0.2429 0.268 0.000 0.116 0.264 0.008 0.344
#> SRR1747331 6 0.8039 0.0240 0.316 0.064 0.224 0.012 0.048 0.336
#> SRR1747333 5 0.6727 0.2704 0.008 0.192 0.024 0.016 0.504 0.256
#> SRR1747334 2 0.4853 0.5331 0.000 0.700 0.016 0.000 0.152 0.132
#> SRR1747335 6 0.7865 0.2272 0.272 0.000 0.160 0.212 0.016 0.340
#> SRR1747336 4 0.2146 0.7588 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000 0.116
#> SRR1747337 2 0.2177 0.6749 0.060 0.908 0.004 0.000 0.024 0.004
#> SRR1747338 2 0.1377 0.6776 0.016 0.952 0.004 0.000 0.024 0.004
#> SRR1747339 6 0.6409 0.2792 0.000 0.008 0.068 0.084 0.356 0.484
#> SRR1747340 5 0.6485 0.1949 0.004 0.172 0.040 0.000 0.492 0.292
#> SRR1747341 2 0.2600 0.6406 0.008 0.860 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1747342 2 0.2373 0.6530 0.008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR1747343 2 0.2338 0.6756 0.012 0.900 0.004 0.000 0.068 0.016
#> SRR1747344 2 0.3727 0.6502 0.012 0.816 0.016 0.000 0.112 0.044
#> SRR1747345 6 0.6729 0.3531 0.024 0.012 0.008 0.192 0.280 0.484
#> SRR1747346 1 0.1536 0.4984 0.944 0.012 0.020 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747347 1 0.4337 0.4196 0.648 0.320 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747348 4 0.0146 0.8000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747349 4 0.2833 0.7295 0.012 0.000 0.004 0.836 0.000 0.148
#> SRR1747351 2 0.5038 0.5492 0.016 0.676 0.180 0.000 0.128 0.000
#> SRR1747350 2 0.8652 -0.1213 0.120 0.280 0.192 0.000 0.132 0.276
#> SRR1747352 4 0.4286 0.6128 0.068 0.000 0.004 0.720 0.000 0.208
#> SRR1747353 3 0.4841 0.4942 0.004 0.184 0.688 0.000 0.120 0.004
#> SRR1747354 3 0.2924 0.6004 0.004 0.036 0.876 0.000 0.044 0.040
#> SRR1747355 4 0.0632 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747356 3 0.2265 0.5775 0.004 0.008 0.896 0.000 0.008 0.084
#> SRR1747357 6 0.5664 -0.0134 0.004 0.008 0.396 0.028 0.048 0.516
#> SRR1747358 6 0.6204 -0.1566 0.044 0.028 0.436 0.012 0.028 0.452
#> SRR1747359 4 0.0603 0.7967 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1747360 2 0.5172 0.5604 0.000 0.704 0.116 0.000 0.072 0.108
#> SRR1747361 1 0.7669 -0.1093 0.444 0.000 0.120 0.128 0.048 0.260
#> SRR1747362 2 0.6491 0.1140 0.012 0.448 0.224 0.000 0.304 0.012
#> SRR1747363 4 0.6717 -0.2077 0.012 0.008 0.016 0.400 0.184 0.380
#> SRR1747364 4 0.3674 0.6825 0.004 0.000 0.012 0.812 0.060 0.112
#> SRR1747365 3 0.4161 0.3523 0.004 0.000 0.716 0.240 0.004 0.036
#> SRR1747366 3 0.3556 0.5943 0.024 0.148 0.804 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747367 6 0.6689 0.2946 0.008 0.008 0.020 0.340 0.188 0.436
#> SRR1747369 1 0.4403 0.1187 0.508 0.468 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.5966 0.2179 0.424 0.000 0.448 0.044 0.000 0.084
#> SRR1747370 6 0.5831 0.1418 0.000 0.020 0.076 0.012 0.412 0.480
#> SRR1747372 4 0.0000 0.7999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.1219 0.7911 0.004 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR1747373 2 0.1743 0.6763 0.024 0.936 0.004 0.000 0.028 0.008
#> SRR1747374 2 0.4795 0.4198 0.324 0.604 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747375 6 0.6295 0.3909 0.000 0.004 0.016 0.276 0.220 0.484
#> SRR1747376 2 0.4345 0.5744 0.000 0.732 0.012 0.000 0.188 0.068
#> SRR1747377 2 0.1268 0.6791 0.000 0.952 0.004 0.000 0.036 0.008
#> SRR1747378 2 0.5415 0.4245 0.000 0.624 0.020 0.000 0.232 0.124
#> SRR1747379 5 0.3825 0.6019 0.008 0.200 0.016 0.000 0.764 0.012
#> SRR1747380 1 0.1536 0.4984 0.944 0.012 0.020 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747381 4 0.0858 0.7987 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1747382 4 0.1010 0.7967 0.000 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR1747383 2 0.3187 0.5849 0.012 0.796 0.004 0.000 0.188 0.000
#> SRR1747384 4 0.6035 0.3544 0.176 0.000 0.028 0.548 0.000 0.248
#> SRR1747385 5 0.6149 0.4251 0.252 0.224 0.004 0.000 0.508 0.012
#> SRR1747386 4 0.0632 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747387 2 0.5396 0.4650 0.012 0.620 0.152 0.000 0.216 0.000
#> SRR1747388 2 0.4909 0.5382 0.012 0.664 0.236 0.000 0.088 0.000
#> SRR1747390 3 0.5206 0.5663 0.104 0.044 0.720 0.000 0.020 0.112
#> SRR1747389 3 0.5874 0.4278 0.304 0.048 0.580 0.000 0.028 0.040
#> SRR1747391 5 0.4229 0.5267 0.012 0.324 0.008 0.000 0.652 0.004
#> SRR1747392 5 0.4759 0.3998 0.044 0.396 0.004 0.000 0.556 0.000
#> SRR1747393 3 0.8210 0.1112 0.192 0.192 0.300 0.000 0.036 0.280
#> SRR1747394 4 0.6581 0.1419 0.172 0.000 0.052 0.456 0.000 0.320
#> SRR1747395 2 0.6892 0.0410 0.336 0.452 0.012 0.000 0.080 0.120
#> SRR1747396 2 0.2316 0.6764 0.020 0.908 0.004 0.000 0.024 0.044
#> SRR1747398 2 0.2571 0.6642 0.004 0.892 0.024 0.000 0.020 0.060
#> SRR1747397 6 0.7772 0.3470 0.004 0.104 0.104 0.144 0.140 0.504
#> SRR1747399 4 0.2320 0.7493 0.004 0.000 0.000 0.864 0.000 0.132
#> SRR1747400 4 0.2100 0.7617 0.004 0.000 0.000 0.884 0.000 0.112
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.583 0.861 0.922 0.4959 0.498 0.498
#> 3 3 0.427 0.769 0.814 0.2233 0.888 0.780
#> 4 4 0.454 0.613 0.736 0.1719 0.862 0.672
#> 5 5 0.489 0.543 0.709 0.0880 0.890 0.660
#> 6 6 0.619 0.599 0.746 0.0459 0.925 0.710
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0376 0.9089 0.996 0.004
#> SRR1747214 1 0.4562 0.8875 0.904 0.096
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.7139 0.8076 0.804 0.196
#> SRR1747218 2 0.1843 0.9298 0.028 0.972
#> SRR1747219 1 0.2603 0.9067 0.956 0.044
#> SRR1747220 1 0.2778 0.9053 0.952 0.048
#> SRR1747221 1 0.1184 0.9098 0.984 0.016
#> SRR1747222 1 0.5519 0.8684 0.872 0.128
#> SRR1747223 1 0.1843 0.9094 0.972 0.028
#> SRR1747224 1 0.8267 0.7356 0.740 0.260
#> SRR1747225 2 0.2043 0.9237 0.032 0.968
#> SRR1747226 2 0.0376 0.9325 0.004 0.996
#> SRR1747227 2 0.0376 0.9325 0.004 0.996
#> SRR1747228 2 0.7815 0.7438 0.232 0.768
#> SRR1747229 2 0.5294 0.8689 0.120 0.880
#> SRR1747230 1 0.0376 0.9091 0.996 0.004
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.1184 0.9092 0.984 0.016
#> SRR1747234 2 0.7950 0.7156 0.240 0.760
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1843 0.9301 0.028 0.972
#> SRR1747237 2 0.1184 0.9291 0.016 0.984
#> SRR1747238 2 0.2043 0.9286 0.032 0.968
#> SRR1747239 2 0.0938 0.9332 0.012 0.988
#> SRR1747240 1 0.0376 0.9081 0.996 0.004
#> SRR1747241 1 0.6623 0.8331 0.828 0.172
#> SRR1747242 1 0.0376 0.9091 0.996 0.004
#> SRR1747243 1 0.5408 0.8577 0.876 0.124
#> SRR1747244 2 0.3431 0.9130 0.064 0.936
#> SRR1747245 2 0.4161 0.9020 0.084 0.916
#> SRR1747246 2 0.1633 0.9295 0.024 0.976
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0376 0.9081 0.996 0.004
#> SRR1747249 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> SRR1747250 1 0.8763 0.6606 0.704 0.296
#> SRR1747252 1 0.3431 0.9008 0.936 0.064
#> SRR1747253 1 0.2948 0.9041 0.948 0.052
#> SRR1747254 2 0.1414 0.9317 0.020 0.980
#> SRR1747255 1 0.1184 0.9092 0.984 0.016
#> SRR1747256 1 0.1633 0.9107 0.976 0.024
#> SRR1747257 2 0.0376 0.9330 0.004 0.996
#> SRR1747258 1 0.7815 0.7713 0.768 0.232
#> SRR1747259 2 0.1633 0.9304 0.024 0.976
#> SRR1747260 1 0.7219 0.8179 0.800 0.200
#> SRR1747261 2 0.9933 0.0946 0.452 0.548
#> SRR1747262 2 0.0672 0.9335 0.008 0.992
#> SRR1747263 2 0.1184 0.9299 0.016 0.984
#> SRR1747264 1 0.0938 0.9092 0.988 0.012
#> SRR1747265 1 0.4562 0.8908 0.904 0.096
#> SRR1747266 2 0.9933 0.1385 0.452 0.548
#> SRR1747267 1 0.3274 0.9018 0.940 0.060
#> SRR1747268 1 0.7376 0.7765 0.792 0.208
#> SRR1747269 2 0.2236 0.9280 0.036 0.964
#> SRR1747270 2 0.4939 0.8905 0.108 0.892
#> SRR1747271 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747272 1 0.6623 0.8383 0.828 0.172
#> SRR1747273 1 0.0376 0.9088 0.996 0.004
#> SRR1747274 1 0.9944 0.2241 0.544 0.456
#> SRR1747275 1 0.2043 0.9083 0.968 0.032
#> SRR1747276 1 0.1414 0.9115 0.980 0.020
#> SRR1747277 2 0.1414 0.9306 0.020 0.980
#> SRR1747278 1 0.9983 0.0457 0.524 0.476
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0938 0.9332 0.012 0.988
#> SRR1747282 1 0.0938 0.9092 0.988 0.012
#> SRR1747283 1 0.4431 0.8953 0.908 0.092
#> SRR1747284 1 0.0672 0.9100 0.992 0.008
#> SRR1747285 2 0.4939 0.8744 0.108 0.892
#> SRR1747286 1 0.9775 0.4433 0.588 0.412
#> SRR1747287 2 0.0672 0.9329 0.008 0.992
#> SRR1747288 1 0.5178 0.8832 0.884 0.116
#> SRR1747290 2 0.5294 0.8761 0.120 0.880
#> SRR1747289 2 0.3879 0.9089 0.076 0.924
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.9491 0.4109 0.368 0.632
#> SRR1747294 2 0.1843 0.9282 0.028 0.972
#> SRR1747292 1 0.0938 0.9098 0.988 0.012
#> SRR1747295 2 0.4939 0.8724 0.108 0.892
#> SRR1747296 2 0.5178 0.8674 0.116 0.884
#> SRR1747297 2 0.1414 0.9326 0.020 0.980
#> SRR1747298 2 0.0376 0.9325 0.004 0.996
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0376 0.9330 0.004 0.996
#> SRR1747301 2 0.6712 0.8139 0.176 0.824
#> SRR1747302 2 0.0672 0.9329 0.008 0.992
#> SRR1747303 2 0.2603 0.9251 0.044 0.956
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.1184 0.9107 0.984 0.016
#> SRR1747308 2 0.2778 0.9235 0.048 0.952
#> SRR1747309 1 0.1184 0.9106 0.984 0.016
#> SRR1747310 1 0.1843 0.9095 0.972 0.028
#> SRR1747311 1 0.1414 0.9090 0.980 0.020
#> SRR1747313 1 0.6531 0.8209 0.832 0.168
#> SRR1747312 1 0.0672 0.9089 0.992 0.008
#> SRR1747314 1 0.1184 0.9092 0.984 0.016
#> SRR1747315 2 0.0672 0.9332 0.008 0.992
#> SRR1747316 2 0.4431 0.8967 0.092 0.908
#> SRR1747318 1 0.5059 0.8794 0.888 0.112
#> SRR1747317 1 0.9922 0.2689 0.552 0.448
#> SRR1747319 1 0.6623 0.8446 0.828 0.172
#> SRR1747320 1 0.5294 0.8813 0.880 0.120
#> SRR1747322 1 0.1184 0.9092 0.984 0.016
#> SRR1747321 1 0.1414 0.9090 0.980 0.020
#> SRR1747323 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747324 2 0.0672 0.9331 0.008 0.992
#> SRR1747326 2 0.0376 0.9330 0.004 0.996
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.2778 0.9201 0.048 0.952
#> SRR1747328 1 0.2778 0.9040 0.952 0.048
#> SRR1747330 1 0.8955 0.6367 0.688 0.312
#> SRR1747329 2 0.6048 0.8455 0.148 0.852
#> SRR1747332 1 0.2236 0.9086 0.964 0.036
#> SRR1747331 1 0.8813 0.6231 0.700 0.300
#> SRR1747333 2 0.8555 0.6678 0.280 0.720
#> SRR1747334 2 0.0938 0.9336 0.012 0.988
#> SRR1747335 1 0.3274 0.9027 0.940 0.060
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.3431 0.9054 0.936 0.064
#> SRR1747340 2 0.8909 0.5819 0.308 0.692
#> SRR1747341 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747342 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.1414 0.9317 0.020 0.980
#> SRR1747345 1 0.2043 0.9091 0.968 0.032
#> SRR1747346 1 0.6247 0.8489 0.844 0.156
#> SRR1747347 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747348 1 0.0376 0.9091 0.996 0.004
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.8386 0.6762 0.268 0.732
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.6343 0.8159 0.160 0.840
#> SRR1747354 1 0.6148 0.8596 0.848 0.152
#> SRR1747355 1 0.0376 0.9081 0.996 0.004
#> SRR1747356 1 0.4431 0.8907 0.908 0.092
#> SRR1747357 1 0.3584 0.9018 0.932 0.068
#> SRR1747358 1 0.5178 0.8792 0.884 0.116
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.3733 0.9096 0.072 0.928
#> SRR1747361 1 0.7528 0.7685 0.784 0.216
#> SRR1747362 2 0.0672 0.9331 0.008 0.992
#> SRR1747363 1 0.3879 0.9031 0.924 0.076
#> SRR1747364 1 0.3431 0.9061 0.936 0.064
#> SRR1747365 1 0.3584 0.9005 0.932 0.068
#> SRR1747366 2 0.5294 0.8759 0.120 0.880
#> SRR1747367 1 0.4161 0.8990 0.916 0.084
#> SRR1747369 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747368 1 0.6438 0.8485 0.836 0.164
#> SRR1747370 1 0.4562 0.8951 0.904 0.096
#> SRR1747372 1 0.1184 0.9092 0.984 0.016
#> SRR1747371 1 0.0938 0.9104 0.988 0.012
#> SRR1747373 2 0.0938 0.9331 0.012 0.988
#> SRR1747374 2 0.1184 0.9291 0.016 0.984
#> SRR1747375 1 0.2236 0.9085 0.964 0.036
#> SRR1747376 2 0.2603 0.9224 0.044 0.956
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.3584 0.9114 0.068 0.932
#> SRR1747379 2 0.3431 0.9113 0.064 0.936
#> SRR1747380 1 0.8661 0.6828 0.712 0.288
#> SRR1747381 1 0.0376 0.9081 0.996 0.004
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0672 0.9334 0.008 0.992
#> SRR1747384 2 0.8081 0.7196 0.248 0.752
#> SRR1747385 2 0.5629 0.8702 0.132 0.868
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747390 1 0.9323 0.5538 0.652 0.348
#> SRR1747389 2 0.3274 0.9173 0.060 0.940
#> SRR1747391 2 0.0672 0.9323 0.008 0.992
#> SRR1747392 2 0.0376 0.9325 0.004 0.996
#> SRR1747393 1 0.9815 0.3880 0.580 0.420
#> SRR1747394 1 0.3733 0.8979 0.928 0.072
#> SRR1747395 2 0.5946 0.8228 0.144 0.856
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR1747397 1 0.3879 0.9023 0.924 0.076
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.4346 0.71524 0.184 0.000 0.816
#> SRR1747214 3 0.4233 0.71556 0.160 0.004 0.836
#> SRR1747215 2 0.1129 0.88631 0.004 0.976 0.020
#> SRR1747216 2 0.0848 0.88612 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747217 3 0.5119 0.72099 0.028 0.160 0.812
#> SRR1747218 2 0.1585 0.88971 0.008 0.964 0.028
#> SRR1747219 3 0.3670 0.74499 0.092 0.020 0.888
#> SRR1747220 3 0.3129 0.73893 0.088 0.008 0.904
#> SRR1747221 3 0.3715 0.72298 0.128 0.004 0.868
#> SRR1747222 3 0.5659 0.60739 0.248 0.012 0.740
#> SRR1747223 3 0.4449 0.75049 0.100 0.040 0.860
#> SRR1747224 3 0.6597 0.59123 0.036 0.268 0.696
#> SRR1747225 2 0.2564 0.88186 0.036 0.936 0.028
#> SRR1747226 2 0.1765 0.88421 0.040 0.956 0.004
#> SRR1747227 2 0.0747 0.88864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747228 2 0.6699 0.72809 0.092 0.744 0.164
#> SRR1747229 2 0.4531 0.82505 0.008 0.824 0.168
#> SRR1747230 1 0.5058 0.90794 0.756 0.000 0.244
#> SRR1747231 3 0.1964 0.74252 0.056 0.000 0.944
#> SRR1747232 1 0.5621 0.86780 0.692 0.000 0.308
#> SRR1747233 3 0.4692 0.71498 0.168 0.012 0.820
#> SRR1747234 2 0.8924 0.61904 0.268 0.560 0.172
#> SRR1747235 1 0.5016 0.90736 0.760 0.000 0.240
#> SRR1747236 2 0.2689 0.88931 0.036 0.932 0.032
#> SRR1747237 2 0.6208 0.82394 0.152 0.772 0.076
#> SRR1747238 2 0.5166 0.85950 0.056 0.828 0.116
#> SRR1747239 2 0.2269 0.89146 0.040 0.944 0.016
#> SRR1747240 1 0.5497 0.89529 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747241 3 0.5722 0.72263 0.112 0.084 0.804
#> SRR1747242 1 0.4974 0.90467 0.764 0.000 0.236
#> SRR1747243 3 0.5608 0.73719 0.120 0.072 0.808
#> SRR1747244 2 0.3683 0.88720 0.044 0.896 0.060
#> SRR1747245 2 0.3589 0.88415 0.048 0.900 0.052
#> SRR1747246 2 0.2031 0.88557 0.032 0.952 0.016
#> SRR1747247 1 0.5968 0.85029 0.636 0.000 0.364
#> SRR1747248 1 0.5178 0.90849 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747249 3 0.4261 0.73489 0.140 0.012 0.848
#> SRR1747250 3 0.8569 0.49102 0.196 0.196 0.608
#> SRR1747252 3 0.3359 0.74503 0.084 0.016 0.900
#> SRR1747253 3 0.2116 0.75500 0.040 0.012 0.948
#> SRR1747254 2 0.3669 0.88633 0.064 0.896 0.040
#> SRR1747255 3 0.3267 0.71885 0.116 0.000 0.884
#> SRR1747256 3 0.3618 0.75007 0.104 0.012 0.884
#> SRR1747257 2 0.1585 0.88697 0.008 0.964 0.028
#> SRR1747258 3 0.5778 0.66166 0.032 0.200 0.768
#> SRR1747259 2 0.5136 0.85811 0.132 0.824 0.044
#> SRR1747260 3 0.7474 0.63610 0.176 0.128 0.696
#> SRR1747261 2 0.7876 0.00536 0.056 0.520 0.424
#> SRR1747262 2 0.1765 0.88990 0.004 0.956 0.040
#> SRR1747263 2 0.2550 0.89000 0.040 0.936 0.024
#> SRR1747264 3 0.3752 0.70139 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747265 3 0.4058 0.75253 0.076 0.044 0.880
#> SRR1747266 3 0.7493 -0.07865 0.036 0.476 0.488
#> SRR1747267 3 0.2806 0.76529 0.032 0.040 0.928
#> SRR1747268 3 0.5355 0.70772 0.036 0.160 0.804
#> SRR1747269 2 0.4676 0.87191 0.040 0.848 0.112
#> SRR1747270 2 0.5269 0.80752 0.016 0.784 0.200
#> SRR1747271 2 0.4861 0.83922 0.180 0.808 0.012
#> SRR1747272 3 0.6678 0.60527 0.216 0.060 0.724
#> SRR1747273 3 0.4351 0.70917 0.168 0.004 0.828
#> SRR1747274 3 0.7690 0.26916 0.048 0.416 0.536
#> SRR1747275 3 0.4636 0.74839 0.116 0.036 0.848
#> SRR1747276 3 0.4295 0.74860 0.104 0.032 0.864
#> SRR1747277 2 0.4677 0.86597 0.132 0.840 0.028
#> SRR1747278 2 0.7841 0.02835 0.052 0.476 0.472
#> SRR1747280 1 0.4974 0.90565 0.764 0.000 0.236
#> SRR1747279 3 0.2448 0.73901 0.076 0.000 0.924
#> SRR1747281 2 0.2651 0.88652 0.012 0.928 0.060
#> SRR1747282 1 0.6228 0.78623 0.624 0.004 0.372
#> SRR1747283 3 0.4768 0.76077 0.052 0.100 0.848
#> SRR1747284 1 0.5722 0.89403 0.704 0.004 0.292
#> SRR1747285 2 0.6562 0.80105 0.184 0.744 0.072
#> SRR1747286 3 0.9182 0.42666 0.204 0.260 0.536
#> SRR1747287 2 0.2443 0.88814 0.032 0.940 0.028
#> SRR1747288 3 0.5263 0.74732 0.084 0.088 0.828
#> SRR1747290 2 0.5202 0.84971 0.044 0.820 0.136
#> SRR1747289 2 0.5117 0.86236 0.060 0.832 0.108
#> SRR1747291 2 0.1751 0.88703 0.012 0.960 0.028
#> SRR1747293 2 0.7102 0.34529 0.024 0.556 0.420
#> SRR1747294 2 0.5334 0.85395 0.120 0.820 0.060
#> SRR1747292 3 0.4110 0.71192 0.152 0.004 0.844
#> SRR1747295 2 0.7304 0.76047 0.228 0.688 0.084
#> SRR1747296 2 0.8094 0.70253 0.240 0.636 0.124
#> SRR1747297 2 0.1647 0.89012 0.004 0.960 0.036
#> SRR1747298 2 0.1015 0.88599 0.012 0.980 0.008
#> SRR1747299 2 0.0661 0.88566 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747300 2 0.0848 0.88648 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747301 2 0.5466 0.82354 0.040 0.800 0.160
#> SRR1747302 2 0.2955 0.87910 0.080 0.912 0.008
#> SRR1747303 2 0.1999 0.88727 0.012 0.952 0.036
#> SRR1747304 1 0.5529 0.89168 0.704 0.000 0.296
#> SRR1747305 2 0.1832 0.88684 0.008 0.956 0.036
#> SRR1747306 2 0.2031 0.88765 0.016 0.952 0.032
#> SRR1747307 3 0.2096 0.74920 0.052 0.004 0.944
#> SRR1747308 2 0.7431 0.76398 0.212 0.688 0.100
#> SRR1747309 3 0.3644 0.72037 0.124 0.004 0.872
#> SRR1747310 1 0.6330 0.46737 0.600 0.004 0.396
#> SRR1747311 3 0.3850 0.74422 0.088 0.028 0.884
#> SRR1747313 3 0.6850 0.68305 0.140 0.120 0.740
#> SRR1747312 1 0.5465 0.89930 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747314 1 0.5098 0.90628 0.752 0.000 0.248
#> SRR1747315 2 0.2414 0.88455 0.020 0.940 0.040
#> SRR1747316 2 0.7548 0.75035 0.204 0.684 0.112
#> SRR1747318 3 0.5956 0.59718 0.264 0.016 0.720
#> SRR1747317 3 0.9400 0.28202 0.228 0.264 0.508
#> SRR1747319 3 0.5625 0.73981 0.076 0.116 0.808
#> SRR1747320 3 0.5497 0.75119 0.124 0.064 0.812
#> SRR1747322 1 0.5621 0.88443 0.692 0.000 0.308
#> SRR1747321 3 0.3965 0.71542 0.132 0.008 0.860
#> SRR1747323 2 0.2269 0.88868 0.040 0.944 0.016
#> SRR1747324 2 0.2056 0.89098 0.024 0.952 0.024
#> SRR1747326 2 0.2383 0.88734 0.044 0.940 0.016
#> SRR1747325 2 0.4679 0.85888 0.148 0.832 0.020
#> SRR1747327 2 0.2749 0.88803 0.012 0.924 0.064
#> SRR1747328 3 0.3791 0.76460 0.060 0.048 0.892
#> SRR1747330 3 0.6379 0.56818 0.032 0.256 0.712
#> SRR1747329 2 0.6783 0.82780 0.176 0.736 0.088
#> SRR1747332 3 0.2492 0.75352 0.048 0.016 0.936
#> SRR1747331 3 0.6158 0.60561 0.052 0.188 0.760
#> SRR1747333 2 0.6423 0.72139 0.044 0.728 0.228
#> SRR1747334 2 0.2806 0.88398 0.032 0.928 0.040
#> SRR1747335 3 0.2663 0.75603 0.044 0.024 0.932
#> SRR1747336 1 0.5497 0.89291 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747337 2 0.2356 0.87997 0.072 0.928 0.000
#> SRR1747338 2 0.1753 0.88308 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747339 3 0.4505 0.74625 0.048 0.092 0.860
#> SRR1747340 2 0.6684 0.61769 0.032 0.676 0.292
#> SRR1747341 2 0.1482 0.88625 0.020 0.968 0.012
#> SRR1747342 2 0.1482 0.88694 0.020 0.968 0.012
#> SRR1747343 2 0.2584 0.88377 0.064 0.928 0.008
#> SRR1747344 2 0.2903 0.89115 0.028 0.924 0.048
#> SRR1747345 3 0.6446 0.68943 0.212 0.052 0.736
#> SRR1747346 3 0.5992 0.59277 0.268 0.016 0.716
#> SRR1747347 2 0.5526 0.83684 0.172 0.792 0.036
#> SRR1747348 1 0.5058 0.90762 0.756 0.000 0.244
#> SRR1747349 3 0.3686 0.71310 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747351 2 0.2229 0.88715 0.012 0.944 0.044
#> SRR1747350 2 0.7424 0.63968 0.064 0.648 0.288
#> SRR1747352 3 0.2448 0.73845 0.076 0.000 0.924
#> SRR1747353 2 0.5874 0.77553 0.032 0.760 0.208
#> SRR1747354 3 0.5222 0.71115 0.040 0.144 0.816
#> SRR1747355 3 0.3686 0.72338 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747356 3 0.3683 0.75332 0.044 0.060 0.896
#> SRR1747357 3 0.4339 0.75866 0.084 0.048 0.868
#> SRR1747358 3 0.4339 0.75003 0.084 0.048 0.868
#> SRR1747359 3 0.3941 0.72141 0.156 0.000 0.844
#> SRR1747360 2 0.4544 0.86823 0.084 0.860 0.056
#> SRR1747361 3 0.5875 0.64811 0.056 0.160 0.784
#> SRR1747362 2 0.2229 0.88741 0.012 0.944 0.044
#> SRR1747363 3 0.4384 0.75664 0.064 0.068 0.868
#> SRR1747364 3 0.6735 0.46418 0.260 0.044 0.696
#> SRR1747365 3 0.3263 0.76447 0.040 0.048 0.912
#> SRR1747366 2 0.4930 0.85526 0.044 0.836 0.120
#> SRR1747367 3 0.4196 0.74835 0.024 0.112 0.864
#> SRR1747369 2 0.5627 0.83456 0.188 0.780 0.032
#> SRR1747368 3 0.6590 0.70625 0.132 0.112 0.756
#> SRR1747370 3 0.5307 0.73132 0.048 0.136 0.816
#> SRR1747372 3 0.3551 0.70761 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747371 3 0.2682 0.74186 0.076 0.004 0.920
#> SRR1747373 2 0.3112 0.88476 0.056 0.916 0.028
#> SRR1747374 2 0.6057 0.81835 0.196 0.760 0.044
#> SRR1747375 3 0.4591 0.73936 0.120 0.032 0.848
#> SRR1747376 2 0.2689 0.88127 0.032 0.932 0.036
#> SRR1747377 2 0.1015 0.88633 0.008 0.980 0.012
#> SRR1747378 2 0.3234 0.87356 0.020 0.908 0.072
#> SRR1747379 2 0.3213 0.88259 0.028 0.912 0.060
#> SRR1747380 3 0.6904 0.56789 0.268 0.048 0.684
#> SRR1747381 1 0.5517 0.89542 0.728 0.004 0.268
#> SRR1747382 3 0.3116 0.73324 0.108 0.000 0.892
#> SRR1747383 2 0.1170 0.88950 0.008 0.976 0.016
#> SRR1747384 2 0.7012 0.60937 0.040 0.652 0.308
#> SRR1747385 2 0.5787 0.84085 0.068 0.796 0.136
#> SRR1747386 1 0.5016 0.90956 0.760 0.000 0.240
#> SRR1747387 2 0.1877 0.88555 0.012 0.956 0.032
#> SRR1747388 2 0.2569 0.88673 0.032 0.936 0.032
#> SRR1747390 3 0.6211 0.56173 0.036 0.228 0.736
#> SRR1747389 2 0.6460 0.81964 0.124 0.764 0.112
#> SRR1747391 2 0.1170 0.88805 0.008 0.976 0.016
#> SRR1747392 2 0.2810 0.89113 0.036 0.928 0.036
#> SRR1747393 3 0.6589 0.49382 0.032 0.280 0.688
#> SRR1747394 3 0.3091 0.74973 0.072 0.016 0.912
#> SRR1747395 2 0.6918 0.76849 0.136 0.736 0.128
#> SRR1747396 2 0.2096 0.88529 0.052 0.944 0.004
#> SRR1747398 2 0.2297 0.88912 0.036 0.944 0.020
#> SRR1747397 3 0.4914 0.74946 0.068 0.088 0.844
#> SRR1747399 1 0.6204 0.73457 0.576 0.000 0.424
#> SRR1747400 1 0.5650 0.89032 0.688 0.000 0.312
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.433 0.6975 0.244 0.000 0.008 0.748
#> SRR1747214 4 0.424 0.6954 0.152 0.000 0.040 0.808
#> SRR1747215 2 0.413 0.6924 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1747216 2 0.434 0.6974 0.004 0.752 0.240 0.004
#> SRR1747217 4 0.563 0.7138 0.032 0.108 0.096 0.764
#> SRR1747218 2 0.449 0.7112 0.000 0.772 0.200 0.028
#> SRR1747219 4 0.180 0.7510 0.032 0.004 0.016 0.948
#> SRR1747220 4 0.182 0.7487 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1747221 4 0.413 0.7381 0.176 0.008 0.012 0.804
#> SRR1747222 4 0.581 0.5997 0.040 0.040 0.192 0.728
#> SRR1747223 4 0.473 0.7591 0.072 0.048 0.056 0.824
#> SRR1747224 4 0.631 0.4846 0.012 0.064 0.288 0.636
#> SRR1747225 2 0.486 0.6933 0.008 0.744 0.228 0.020
#> SRR1747226 2 0.182 0.6836 0.008 0.944 0.044 0.004
#> SRR1747227 2 0.427 0.7061 0.004 0.772 0.216 0.008
#> SRR1747228 2 0.850 0.4854 0.156 0.552 0.156 0.136
#> SRR1747229 2 0.683 0.5534 0.000 0.572 0.296 0.132
#> SRR1747230 1 0.112 0.8946 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747231 4 0.121 0.7533 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1747232 1 0.428 0.7608 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1747233 4 0.477 0.6634 0.280 0.008 0.004 0.708
#> SRR1747234 3 0.700 0.4232 0.028 0.172 0.648 0.152
#> SRR1747235 1 0.158 0.8925 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1747236 2 0.549 -0.3150 0.000 0.532 0.452 0.016
#> SRR1747237 3 0.509 0.5526 0.012 0.152 0.776 0.060
#> SRR1747238 3 0.479 0.5556 0.008 0.180 0.776 0.036
#> SRR1747239 2 0.410 0.7044 0.012 0.820 0.152 0.016
#> SRR1747240 1 0.164 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747241 4 0.635 0.5684 0.028 0.188 0.088 0.696
#> SRR1747242 1 0.149 0.8925 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1747243 4 0.544 0.7521 0.112 0.052 0.056 0.780
#> SRR1747244 3 0.595 0.1691 0.012 0.356 0.604 0.028
#> SRR1747245 2 0.338 0.6852 0.008 0.876 0.088 0.028
#> SRR1747246 2 0.352 0.7149 0.008 0.848 0.136 0.008
#> SRR1747247 1 0.481 0.6774 0.676 0.000 0.008 0.316
#> SRR1747248 1 0.121 0.8945 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747249 4 0.422 0.7619 0.112 0.004 0.056 0.828
#> SRR1747250 3 0.422 0.6013 0.024 0.012 0.820 0.144
#> SRR1747252 4 0.209 0.7509 0.048 0.000 0.020 0.932
#> SRR1747253 4 0.141 0.7513 0.024 0.000 0.016 0.960
#> SRR1747254 2 0.343 0.6669 0.008 0.860 0.120 0.012
#> SRR1747255 4 0.322 0.7391 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1747256 4 0.428 0.7642 0.092 0.008 0.068 0.832
#> SRR1747257 2 0.436 0.6728 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1747258 3 0.589 0.5022 0.008 0.040 0.640 0.312
#> SRR1747259 2 0.463 0.5965 0.008 0.728 0.260 0.004
#> SRR1747260 3 0.554 0.5844 0.028 0.052 0.752 0.168
#> SRR1747261 2 0.785 0.0266 0.056 0.452 0.080 0.412
#> SRR1747262 2 0.512 0.6996 0.012 0.724 0.244 0.020
#> SRR1747263 2 0.440 0.6982 0.004 0.724 0.272 0.000
#> SRR1747264 4 0.456 0.6158 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1747265 4 0.331 0.7541 0.028 0.008 0.084 0.880
#> SRR1747266 3 0.532 0.6060 0.004 0.052 0.728 0.216
#> SRR1747267 4 0.305 0.7591 0.016 0.012 0.080 0.892
#> SRR1747268 4 0.507 0.7231 0.024 0.100 0.080 0.796
#> SRR1747269 2 0.616 0.6797 0.008 0.652 0.272 0.068
#> SRR1747270 2 0.722 0.5825 0.008 0.584 0.216 0.192
#> SRR1747271 2 0.478 0.5084 0.016 0.732 0.248 0.004
#> SRR1747272 4 0.780 0.3567 0.024 0.200 0.232 0.544
#> SRR1747273 4 0.463 0.6417 0.244 0.004 0.012 0.740
#> SRR1747274 3 0.687 0.4803 0.004 0.108 0.560 0.328
#> SRR1747275 4 0.433 0.7517 0.148 0.032 0.008 0.812
#> SRR1747276 4 0.449 0.7600 0.132 0.028 0.024 0.816
#> SRR1747277 2 0.469 0.6329 0.016 0.780 0.184 0.020
#> SRR1747278 2 0.723 0.1140 0.036 0.496 0.060 0.408
#> SRR1747280 1 0.166 0.8935 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1747279 4 0.220 0.7627 0.080 0.000 0.004 0.916
#> SRR1747281 2 0.542 0.6852 0.008 0.688 0.276 0.028
#> SRR1747282 1 0.316 0.8064 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1747283 4 0.474 0.7696 0.068 0.052 0.056 0.824
#> SRR1747284 1 0.363 0.8389 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1747285 2 0.457 0.5876 0.016 0.796 0.164 0.024
#> SRR1747286 3 0.428 0.6005 0.028 0.076 0.844 0.052
#> SRR1747287 3 0.494 0.0225 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1747288 3 0.624 0.3335 0.028 0.020 0.572 0.380
#> SRR1747290 2 0.553 0.5718 0.004 0.732 0.180 0.084
#> SRR1747289 3 0.620 0.4828 0.000 0.340 0.592 0.068
#> SRR1747291 2 0.453 0.6998 0.008 0.764 0.216 0.012
#> SRR1747293 4 0.814 -0.3022 0.008 0.344 0.276 0.372
#> SRR1747294 2 0.645 0.6385 0.016 0.608 0.320 0.056
#> SRR1747292 4 0.465 0.6592 0.288 0.008 0.000 0.704
#> SRR1747295 3 0.316 0.5916 0.036 0.052 0.896 0.016
#> SRR1747296 3 0.581 0.5229 0.036 0.144 0.748 0.072
#> SRR1747297 2 0.453 0.7050 0.008 0.764 0.216 0.012
#> SRR1747298 2 0.381 0.7093 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1747299 2 0.401 0.7053 0.004 0.788 0.204 0.004
#> SRR1747300 2 0.399 0.7040 0.008 0.800 0.188 0.004
#> SRR1747301 2 0.513 0.5966 0.004 0.772 0.100 0.124
#> SRR1747302 2 0.216 0.6684 0.004 0.924 0.068 0.004
#> SRR1747303 2 0.506 0.7063 0.012 0.752 0.204 0.032
#> SRR1747304 1 0.164 0.8891 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747305 2 0.436 0.6733 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1747306 2 0.493 0.4271 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1747307 4 0.119 0.7533 0.024 0.004 0.004 0.968
#> SRR1747308 2 0.712 0.3612 0.024 0.616 0.236 0.124
#> SRR1747309 4 0.446 0.6789 0.256 0.004 0.004 0.736
#> SRR1747310 1 0.705 0.2238 0.448 0.004 0.104 0.444
#> SRR1747311 4 0.445 0.7597 0.096 0.036 0.036 0.832
#> SRR1747313 4 0.704 0.6159 0.276 0.068 0.044 0.612
#> SRR1747312 1 0.147 0.8925 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747314 1 0.112 0.8946 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747315 2 0.528 0.6820 0.012 0.712 0.252 0.024
#> SRR1747316 3 0.789 -0.2542 0.024 0.372 0.460 0.144
#> SRR1747318 4 0.767 0.3760 0.028 0.172 0.232 0.568
#> SRR1747317 4 0.835 0.0271 0.024 0.344 0.224 0.408
#> SRR1747319 4 0.506 0.7107 0.024 0.040 0.156 0.780
#> SRR1747320 4 0.577 0.7434 0.140 0.016 0.104 0.740
#> SRR1747322 1 0.205 0.8839 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1747321 4 0.437 0.6729 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR1747323 2 0.455 0.7141 0.008 0.752 0.232 0.008
#> SRR1747324 2 0.588 0.5034 0.016 0.608 0.356 0.020
#> SRR1747326 2 0.179 0.6750 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1747325 2 0.464 0.5823 0.024 0.764 0.208 0.004
#> SRR1747327 2 0.538 0.6720 0.008 0.684 0.284 0.024
#> SRR1747328 4 0.250 0.7639 0.020 0.016 0.040 0.924
#> SRR1747330 4 0.598 0.5503 0.016 0.052 0.252 0.680
#> SRR1747329 2 0.609 0.5812 0.020 0.568 0.392 0.020
#> SRR1747332 4 0.141 0.7513 0.024 0.000 0.016 0.960
#> SRR1747331 4 0.609 -0.2112 0.024 0.012 0.452 0.512
#> SRR1747333 2 0.770 0.4926 0.020 0.548 0.240 0.192
#> SRR1747334 2 0.522 0.6794 0.012 0.728 0.232 0.028
#> SRR1747335 4 0.183 0.7544 0.024 0.000 0.032 0.944
#> SRR1747336 1 0.194 0.8857 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747337 2 0.255 0.6517 0.008 0.900 0.092 0.000
#> SRR1747338 2 0.144 0.6805 0.004 0.960 0.028 0.008
#> SRR1747339 4 0.491 0.7398 0.036 0.076 0.076 0.812
#> SRR1747340 2 0.746 0.4110 0.012 0.560 0.188 0.240
#> SRR1747341 2 0.336 0.7128 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747342 2 0.340 0.7156 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747343 2 0.382 0.6951 0.008 0.816 0.172 0.004
#> SRR1747344 2 0.524 0.7118 0.016 0.728 0.232 0.024
#> SRR1747345 4 0.672 0.6806 0.080 0.044 0.204 0.672
#> SRR1747346 4 0.771 0.3753 0.028 0.180 0.228 0.564
#> SRR1747347 2 0.471 0.5571 0.024 0.768 0.200 0.008
#> SRR1747348 1 0.140 0.8935 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1747349 4 0.428 0.6664 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1747351 3 0.445 0.4347 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1747350 3 0.693 0.5967 0.032 0.072 0.608 0.288
#> SRR1747352 4 0.168 0.7521 0.040 0.000 0.012 0.948
#> SRR1747353 3 0.530 0.6027 0.000 0.104 0.748 0.148
#> SRR1747354 3 0.553 0.4558 0.000 0.032 0.632 0.336
#> SRR1747355 4 0.428 0.6889 0.256 0.000 0.004 0.740
#> SRR1747356 3 0.551 0.3405 0.012 0.004 0.560 0.424
#> SRR1747357 4 0.456 0.7585 0.044 0.048 0.076 0.832
#> SRR1747358 4 0.622 0.4575 0.040 0.040 0.240 0.680
#> SRR1747359 4 0.422 0.6954 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1747360 3 0.528 0.5217 0.008 0.256 0.708 0.028
#> SRR1747361 4 0.458 0.5841 0.020 0.000 0.232 0.748
#> SRR1747362 3 0.527 0.0427 0.000 0.456 0.536 0.008
#> SRR1747363 4 0.459 0.7629 0.048 0.064 0.056 0.832
#> SRR1747364 4 0.647 0.4804 0.324 0.016 0.056 0.604
#> SRR1747365 3 0.546 0.2063 0.008 0.004 0.496 0.492
#> SRR1747366 3 0.525 0.5383 0.000 0.228 0.720 0.052
#> SRR1747367 4 0.408 0.7425 0.004 0.108 0.052 0.836
#> SRR1747369 2 0.548 0.3881 0.020 0.628 0.348 0.004
#> SRR1747368 4 0.583 0.7012 0.032 0.056 0.180 0.732
#> SRR1747370 4 0.539 0.7101 0.024 0.100 0.100 0.776
#> SRR1747372 4 0.375 0.7277 0.196 0.000 0.004 0.800
#> SRR1747371 4 0.266 0.7661 0.072 0.008 0.012 0.908
#> SRR1747373 2 0.220 0.6607 0.004 0.916 0.080 0.000
#> SRR1747374 2 0.551 0.5096 0.024 0.720 0.228 0.028
#> SRR1747375 4 0.480 0.7560 0.096 0.040 0.048 0.816
#> SRR1747376 2 0.621 0.3535 0.012 0.540 0.416 0.032
#> SRR1747377 2 0.343 0.7116 0.012 0.860 0.120 0.008
#> SRR1747378 2 0.574 0.6893 0.016 0.720 0.204 0.060
#> SRR1747379 2 0.587 0.6348 0.012 0.624 0.336 0.028
#> SRR1747380 4 0.785 0.3446 0.024 0.188 0.256 0.532
#> SRR1747381 1 0.253 0.8767 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1747382 4 0.158 0.7540 0.036 0.000 0.012 0.952
#> SRR1747383 2 0.398 0.7078 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1747384 2 0.572 0.3137 0.012 0.568 0.012 0.408
#> SRR1747385 2 0.479 0.6157 0.004 0.796 0.104 0.096
#> SRR1747386 1 0.112 0.8946 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747387 3 0.441 0.4530 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1747388 3 0.413 0.4962 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1747390 3 0.531 0.5898 0.004 0.024 0.676 0.296
#> SRR1747389 3 0.588 0.5880 0.024 0.132 0.740 0.104
#> SRR1747391 2 0.434 0.7049 0.008 0.764 0.224 0.004
#> SRR1747392 2 0.489 0.7026 0.008 0.720 0.260 0.012
#> SRR1747393 4 0.665 0.4201 0.020 0.092 0.240 0.648
#> SRR1747394 4 0.193 0.7522 0.024 0.000 0.036 0.940
#> SRR1747395 2 0.372 0.6206 0.016 0.844 0.132 0.008
#> SRR1747396 2 0.386 0.7202 0.008 0.812 0.176 0.004
#> SRR1747398 3 0.551 0.4022 0.012 0.376 0.604 0.008
#> SRR1747397 4 0.468 0.7487 0.032 0.072 0.072 0.824
#> SRR1747399 1 0.474 0.6376 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1747400 1 0.281 0.8556 0.868 0.000 0.000 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.3635 0.6913 0.248 0.000 0.000 0.748 0.004
#> SRR1747214 4 0.3342 0.7106 0.100 0.000 0.048 0.848 0.004
#> SRR1747215 2 0.4249 0.4541 0.000 0.688 0.016 0.000 0.296
#> SRR1747216 2 0.3098 0.5834 0.000 0.836 0.016 0.000 0.148
#> SRR1747217 4 0.5974 0.5680 0.024 0.268 0.012 0.632 0.064
#> SRR1747218 2 0.2708 0.6045 0.000 0.892 0.016 0.020 0.072
#> SRR1747219 4 0.1173 0.7337 0.020 0.004 0.012 0.964 0.000
#> SRR1747220 4 0.1012 0.7324 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR1747221 4 0.4721 0.7290 0.168 0.032 0.016 0.764 0.020
#> SRR1747222 4 0.4084 0.5178 0.004 0.000 0.328 0.668 0.000
#> SRR1747223 4 0.5446 0.7243 0.052 0.100 0.056 0.756 0.036
#> SRR1747224 4 0.8197 0.1050 0.000 0.160 0.160 0.356 0.324
#> SRR1747225 2 0.5203 0.5384 0.000 0.708 0.140 0.008 0.144
#> SRR1747226 2 0.5125 0.5150 0.000 0.696 0.156 0.000 0.148
#> SRR1747227 2 0.3558 0.5861 0.000 0.816 0.020 0.008 0.156
#> SRR1747228 2 0.6265 0.4596 0.152 0.664 0.004 0.112 0.068
#> SRR1747229 2 0.5775 0.4076 0.000 0.628 0.016 0.092 0.264
#> SRR1747230 1 0.0162 0.9091 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747231 4 0.0992 0.7365 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1747232 1 0.3720 0.7369 0.760 0.000 0.012 0.228 0.000
#> SRR1747233 4 0.4533 0.6621 0.288 0.012 0.004 0.688 0.008
#> SRR1747234 3 0.4376 0.4835 0.000 0.000 0.764 0.092 0.144
#> SRR1747235 1 0.0404 0.9067 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747236 2 0.6639 0.3085 0.000 0.472 0.180 0.008 0.340
#> SRR1747237 5 0.5880 0.6547 0.000 0.160 0.112 0.048 0.680
#> SRR1747238 5 0.2339 0.6586 0.000 0.100 0.004 0.004 0.892
#> SRR1747239 2 0.6120 0.4588 0.000 0.580 0.172 0.004 0.244
#> SRR1747240 1 0.0510 0.9067 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747241 4 0.6690 -0.1264 0.016 0.040 0.428 0.460 0.056
#> SRR1747242 1 0.0290 0.9067 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747243 4 0.6284 0.7043 0.096 0.144 0.044 0.684 0.032
#> SRR1747244 5 0.6415 0.2744 0.000 0.260 0.172 0.012 0.556
#> SRR1747245 2 0.6077 0.3631 0.000 0.572 0.328 0.032 0.068
#> SRR1747246 2 0.3359 0.5808 0.000 0.840 0.108 0.000 0.052
#> SRR1747247 1 0.4088 0.6598 0.688 0.000 0.008 0.304 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4107 0.7453 0.112 0.008 0.004 0.808 0.068
#> SRR1747250 5 0.6159 0.6371 0.000 0.092 0.148 0.092 0.668
#> SRR1747252 4 0.1701 0.7323 0.028 0.000 0.012 0.944 0.016
#> SRR1747253 4 0.1364 0.7326 0.012 0.000 0.036 0.952 0.000
#> SRR1747254 3 0.6757 0.1631 0.000 0.320 0.400 0.000 0.280
#> SRR1747255 4 0.3123 0.7203 0.184 0.004 0.000 0.812 0.000
#> SRR1747256 4 0.4270 0.7301 0.048 0.024 0.004 0.804 0.120
#> SRR1747257 2 0.4397 0.0400 0.000 0.564 0.004 0.000 0.432
#> SRR1747258 5 0.4494 0.6428 0.004 0.084 0.020 0.100 0.792
#> SRR1747259 3 0.6239 0.5193 0.000 0.268 0.556 0.004 0.172
#> SRR1747260 5 0.5762 0.6221 0.016 0.028 0.112 0.136 0.708
#> SRR1747261 2 0.6414 -0.1328 0.020 0.468 0.028 0.440 0.044
#> SRR1747262 2 0.2952 0.6069 0.000 0.872 0.036 0.004 0.088
#> SRR1747263 2 0.5827 0.0960 0.000 0.576 0.300 0.000 0.124
#> SRR1747264 4 0.4114 0.5690 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1747265 4 0.3192 0.7417 0.028 0.016 0.016 0.880 0.060
#> SRR1747266 5 0.5385 0.5979 0.000 0.144 0.048 0.084 0.724
#> SRR1747267 4 0.2371 0.7391 0.008 0.020 0.008 0.916 0.048
#> SRR1747268 4 0.5660 0.6003 0.000 0.256 0.048 0.652 0.044
#> SRR1747269 2 0.7603 -0.1864 0.000 0.380 0.344 0.052 0.224
#> SRR1747270 5 0.6839 0.1693 0.000 0.340 0.044 0.116 0.500
#> SRR1747271 3 0.3160 0.6202 0.000 0.188 0.808 0.000 0.004
#> SRR1747272 3 0.3048 0.5493 0.000 0.004 0.820 0.176 0.000
#> SRR1747273 4 0.3989 0.6464 0.260 0.004 0.008 0.728 0.000
#> SRR1747274 5 0.7442 0.1868 0.000 0.356 0.036 0.240 0.368
#> SRR1747275 4 0.4082 0.7364 0.160 0.044 0.008 0.788 0.000
#> SRR1747276 4 0.4151 0.7413 0.144 0.032 0.020 0.800 0.004
#> SRR1747277 3 0.5543 0.3089 0.000 0.448 0.492 0.004 0.056
#> SRR1747278 2 0.8613 0.2582 0.020 0.392 0.256 0.140 0.192
#> SRR1747280 1 0.0703 0.9068 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747279 4 0.1671 0.7470 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1747281 2 0.4178 0.5895 0.000 0.788 0.040 0.016 0.156
#> SRR1747282 1 0.2286 0.8181 0.888 0.004 0.000 0.108 0.000
#> SRR1747283 4 0.4944 0.7435 0.052 0.060 0.024 0.788 0.076
#> SRR1747284 1 0.3170 0.8245 0.828 0.000 0.004 0.160 0.008
#> SRR1747285 3 0.5494 0.5778 0.008 0.296 0.640 0.024 0.032
#> SRR1747286 5 0.5505 0.6603 0.012 0.076 0.136 0.044 0.732
#> SRR1747287 5 0.5895 0.1700 0.000 0.444 0.100 0.000 0.456
#> SRR1747288 5 0.5089 0.5062 0.012 0.024 0.008 0.300 0.656
#> SRR1747290 2 0.7546 -0.2507 0.000 0.404 0.380 0.104 0.112
#> SRR1747289 5 0.6240 0.5901 0.000 0.080 0.148 0.112 0.660
#> SRR1747291 2 0.2654 0.6110 0.000 0.896 0.040 0.008 0.056
#> SRR1747293 2 0.7003 0.2185 0.000 0.500 0.040 0.304 0.156
#> SRR1747294 3 0.6522 0.2978 0.000 0.408 0.452 0.016 0.124
#> SRR1747292 4 0.4029 0.6445 0.316 0.004 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747295 5 0.5215 0.5968 0.000 0.096 0.240 0.000 0.664
#> SRR1747296 5 0.4863 0.4006 0.000 0.016 0.384 0.008 0.592
#> SRR1747297 2 0.2906 0.5947 0.000 0.880 0.028 0.012 0.080
#> SRR1747298 2 0.1997 0.5866 0.000 0.924 0.040 0.000 0.036
#> SRR1747299 2 0.1915 0.5970 0.000 0.928 0.032 0.000 0.040
#> SRR1747300 2 0.3165 0.5696 0.000 0.848 0.036 0.000 0.116
#> SRR1747301 3 0.7294 0.3387 0.000 0.376 0.436 0.100 0.088
#> SRR1747302 2 0.5172 0.1327 0.000 0.616 0.324 0.000 0.060
#> SRR1747303 2 0.3368 0.6014 0.000 0.844 0.016 0.020 0.120
#> SRR1747304 1 0.0510 0.9067 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747305 2 0.3630 0.5357 0.000 0.780 0.016 0.000 0.204
#> SRR1747306 2 0.4674 0.0422 0.000 0.568 0.016 0.000 0.416
#> SRR1747307 4 0.0693 0.7333 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR1747308 3 0.2701 0.6062 0.000 0.044 0.896 0.048 0.012
#> SRR1747309 4 0.4359 0.6754 0.272 0.020 0.004 0.704 0.000
#> SRR1747310 4 0.6110 -0.1211 0.396 0.000 0.128 0.476 0.000
#> SRR1747311 4 0.4578 0.7467 0.084 0.068 0.040 0.800 0.008
#> SRR1747313 4 0.9513 0.1929 0.288 0.168 0.108 0.300 0.136
#> SRR1747312 1 0.0609 0.9063 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.3646 0.5963 0.000 0.828 0.044 0.008 0.120
#> SRR1747316 3 0.8329 0.2627 0.000 0.252 0.372 0.164 0.212
#> SRR1747318 3 0.3728 0.4922 0.000 0.000 0.748 0.244 0.008
#> SRR1747317 3 0.3578 0.5954 0.000 0.048 0.820 0.132 0.000
#> SRR1747319 4 0.4768 0.6527 0.016 0.032 0.004 0.724 0.224
#> SRR1747320 4 0.5229 0.7215 0.132 0.008 0.008 0.724 0.128
#> SRR1747322 1 0.0771 0.9041 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747321 4 0.4165 0.6360 0.320 0.008 0.000 0.672 0.000
#> SRR1747323 3 0.6760 0.0903 0.000 0.316 0.400 0.000 0.284
#> SRR1747324 2 0.6589 0.3990 0.000 0.480 0.172 0.008 0.340
#> SRR1747326 2 0.3694 0.4761 0.000 0.796 0.172 0.000 0.032
#> SRR1747325 3 0.5066 0.5348 0.000 0.344 0.608 0.000 0.048
#> SRR1747327 2 0.3513 0.5878 0.000 0.800 0.020 0.000 0.180
#> SRR1747328 4 0.5221 0.6706 0.028 0.100 0.056 0.768 0.048
#> SRR1747330 4 0.7264 0.4288 0.004 0.224 0.096 0.552 0.124
#> SRR1747329 3 0.6055 0.3696 0.000 0.184 0.608 0.008 0.200
#> SRR1747332 4 0.0807 0.7325 0.012 0.000 0.012 0.976 0.000
#> SRR1747331 4 0.6686 -0.2237 0.012 0.100 0.020 0.500 0.368
#> SRR1747333 2 0.6997 0.4609 0.000 0.572 0.164 0.076 0.188
#> SRR1747334 2 0.6325 0.4368 0.000 0.560 0.176 0.008 0.256
#> SRR1747335 4 0.1700 0.7321 0.012 0.008 0.012 0.948 0.020
#> SRR1747336 1 0.1410 0.8945 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747337 2 0.5557 -0.2908 0.000 0.468 0.464 0.000 0.068
#> SRR1747338 2 0.5429 -0.0578 0.000 0.564 0.368 0.000 0.068
#> SRR1747339 4 0.6340 0.4634 0.008 0.320 0.060 0.572 0.040
#> SRR1747340 2 0.7330 0.4211 0.000 0.532 0.176 0.088 0.204
#> SRR1747341 2 0.2632 0.5612 0.000 0.888 0.072 0.000 0.040
#> SRR1747342 2 0.2946 0.5618 0.000 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR1747343 3 0.6695 0.1385 0.000 0.308 0.428 0.000 0.264
#> SRR1747344 2 0.6879 0.3447 0.000 0.436 0.240 0.008 0.316
#> SRR1747345 4 0.6146 0.5429 0.012 0.108 0.332 0.548 0.000
#> SRR1747346 3 0.2561 0.5678 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747347 3 0.4065 0.5980 0.000 0.264 0.720 0.000 0.016
#> SRR1747348 1 0.0290 0.9089 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747349 4 0.3730 0.6604 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1747351 5 0.3885 0.5986 0.000 0.268 0.008 0.000 0.724
#> SRR1747350 5 0.7032 0.5659 0.016 0.192 0.012 0.268 0.512
#> SRR1747352 4 0.1364 0.7378 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1747353 5 0.4214 0.6753 0.000 0.152 0.004 0.064 0.780
#> SRR1747354 5 0.3604 0.6418 0.000 0.056 0.008 0.100 0.836
#> SRR1747355 4 0.3636 0.6778 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1747356 5 0.4661 0.5478 0.000 0.032 0.000 0.312 0.656
#> SRR1747357 4 0.5884 0.5692 0.024 0.228 0.004 0.652 0.092
#> SRR1747358 4 0.6690 0.3835 0.020 0.120 0.024 0.592 0.244
#> SRR1747359 4 0.3715 0.6888 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> SRR1747360 2 0.6120 0.4483 0.000 0.580 0.172 0.004 0.244
#> SRR1747361 4 0.5073 0.5899 0.012 0.096 0.024 0.760 0.108
#> SRR1747362 5 0.4151 0.5071 0.000 0.344 0.004 0.000 0.652
#> SRR1747363 4 0.4850 0.7424 0.044 0.092 0.032 0.792 0.040
#> SRR1747364 4 0.6074 0.5409 0.316 0.040 0.016 0.596 0.032
#> SRR1747365 5 0.4419 0.4645 0.008 0.000 0.004 0.344 0.644
#> SRR1747366 5 0.4010 0.6569 0.000 0.208 0.000 0.032 0.760
#> SRR1747367 4 0.4147 0.7221 0.000 0.128 0.040 0.804 0.028
#> SRR1747369 3 0.4159 0.6218 0.000 0.156 0.776 0.000 0.068
#> SRR1747368 4 0.5690 0.6941 0.016 0.052 0.092 0.728 0.112
#> SRR1747370 4 0.6464 0.3410 0.000 0.372 0.052 0.512 0.064
#> SRR1747372 4 0.3534 0.6893 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1747371 4 0.2841 0.7537 0.056 0.020 0.016 0.896 0.012
#> SRR1747373 2 0.5559 -0.1078 0.000 0.544 0.380 0.000 0.076
#> SRR1747374 3 0.3480 0.6070 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.5933 0.7151 0.072 0.108 0.044 0.724 0.052
#> SRR1747376 2 0.6690 0.4424 0.000 0.544 0.180 0.024 0.252
#> SRR1747377 2 0.3710 0.5685 0.000 0.784 0.024 0.000 0.192
#> SRR1747378 2 0.4203 0.5941 0.008 0.824 0.052 0.040 0.076
#> SRR1747379 2 0.6818 0.3777 0.000 0.456 0.160 0.020 0.364
#> SRR1747380 3 0.1768 0.5833 0.000 0.004 0.924 0.072 0.000
#> SRR1747381 1 0.2020 0.8662 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1747382 4 0.1444 0.7397 0.040 0.000 0.012 0.948 0.000
#> SRR1747383 2 0.3558 0.5775 0.000 0.828 0.064 0.000 0.108
#> SRR1747384 4 0.4491 0.4397 0.008 0.300 0.008 0.680 0.004
#> SRR1747385 3 0.6744 0.4608 0.000 0.324 0.512 0.132 0.032
#> SRR1747386 1 0.0290 0.9085 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747387 5 0.4232 0.5506 0.000 0.312 0.012 0.000 0.676
#> SRR1747388 5 0.3424 0.6301 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1747390 5 0.4816 0.6769 0.000 0.096 0.004 0.168 0.732
#> SRR1747389 5 0.6475 0.6577 0.008 0.148 0.088 0.100 0.656
#> SRR1747391 2 0.2777 0.5919 0.000 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1747392 2 0.5282 0.5146 0.000 0.700 0.144 0.008 0.148
#> SRR1747393 4 0.6475 0.3839 0.012 0.216 0.012 0.596 0.164
#> SRR1747394 4 0.1419 0.7326 0.016 0.000 0.012 0.956 0.016
#> SRR1747395 3 0.4371 0.5486 0.000 0.344 0.644 0.000 0.012
#> SRR1747396 2 0.3176 0.6011 0.000 0.856 0.080 0.000 0.064
#> SRR1747398 2 0.6269 0.3494 0.000 0.444 0.148 0.000 0.408
#> SRR1747397 4 0.5038 0.7075 0.016 0.144 0.044 0.760 0.036
#> SRR1747399 1 0.4047 0.6065 0.676 0.000 0.004 0.320 0.000
#> SRR1747400 1 0.2179 0.8642 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.3259 0.7240 0.216 0.000 0.012 0.772 0.000 0.000
#> SRR1747214 4 0.2414 0.7390 0.056 0.000 0.012 0.896 0.000 0.036
#> SRR1747215 2 0.4884 0.4630 0.000 0.652 0.128 0.000 0.220 0.000
#> SRR1747216 2 0.3405 0.6023 0.000 0.812 0.076 0.000 0.112 0.000
#> SRR1747217 4 0.5114 0.5552 0.020 0.312 0.028 0.620 0.020 0.000
#> SRR1747218 2 0.4315 0.5567 0.000 0.772 0.020 0.016 0.140 0.052
#> SRR1747219 4 0.0653 0.7454 0.004 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR1747220 4 0.0653 0.7454 0.004 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR1747221 4 0.4426 0.7503 0.128 0.028 0.004 0.768 0.068 0.004
#> SRR1747222 4 0.3996 0.4516 0.004 0.000 0.004 0.604 0.000 0.388
#> SRR1747223 4 0.4693 0.7234 0.032 0.080 0.004 0.748 0.132 0.004
#> SRR1747224 5 0.5760 0.4014 0.000 0.084 0.068 0.236 0.612 0.000
#> SRR1747225 2 0.4252 0.2642 0.000 0.588 0.004 0.008 0.396 0.004
#> SRR1747226 2 0.3934 0.2292 0.000 0.616 0.000 0.000 0.376 0.008
#> SRR1747227 2 0.4838 0.5005 0.000 0.644 0.072 0.008 0.276 0.000
#> SRR1747228 2 0.6685 0.2991 0.160 0.568 0.012 0.124 0.136 0.000
#> SRR1747229 2 0.6225 0.1388 0.000 0.476 0.364 0.052 0.108 0.000
#> SRR1747230 1 0.0146 0.9131 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0696 0.7476 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004 0.004
#> SRR1747232 1 0.3357 0.7204 0.764 0.000 0.008 0.224 0.000 0.004
#> SRR1747233 4 0.4236 0.7086 0.240 0.012 0.008 0.720 0.016 0.004
#> SRR1747234 6 0.1391 0.6898 0.000 0.000 0.016 0.040 0.000 0.944
#> SRR1747235 1 0.0260 0.9125 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.5795 0.0693 0.000 0.496 0.172 0.000 0.328 0.004
#> SRR1747237 3 0.2800 0.8001 0.000 0.020 0.876 0.052 0.000 0.052
#> SRR1747238 3 0.1003 0.8345 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747239 2 0.4165 -0.1971 0.000 0.536 0.012 0.000 0.452 0.000
#> SRR1747240 1 0.0260 0.9127 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747241 6 0.5661 0.3183 0.004 0.024 0.044 0.420 0.012 0.496
#> SRR1747242 1 0.0146 0.9126 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.6338 0.6253 0.080 0.140 0.004 0.596 0.176 0.004
#> SRR1747244 5 0.5702 0.4174 0.000 0.156 0.272 0.000 0.560 0.012
#> SRR1747245 2 0.5175 0.4647 0.000 0.672 0.004 0.016 0.180 0.128
#> SRR1747246 2 0.2312 0.5943 0.000 0.876 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR1747247 1 0.3565 0.6632 0.716 0.000 0.004 0.276 0.000 0.004
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9134 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.3941 0.7518 0.076 0.004 0.108 0.796 0.016 0.000
#> SRR1747250 3 0.2069 0.8146 0.000 0.004 0.908 0.068 0.000 0.020
#> SRR1747252 4 0.0951 0.7450 0.008 0.000 0.020 0.968 0.000 0.004
#> SRR1747253 4 0.1194 0.7451 0.004 0.000 0.008 0.956 0.000 0.032
#> SRR1747254 5 0.5002 0.4164 0.000 0.232 0.040 0.000 0.672 0.056
#> SRR1747255 4 0.3134 0.7257 0.208 0.004 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR1747256 4 0.3856 0.7283 0.028 0.004 0.176 0.776 0.016 0.000
#> SRR1747257 3 0.3672 0.4623 0.000 0.304 0.688 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747258 3 0.2265 0.8148 0.000 0.008 0.900 0.024 0.068 0.000
#> SRR1747259 6 0.5176 0.5909 0.000 0.128 0.248 0.000 0.004 0.620
#> SRR1747260 3 0.1562 0.8310 0.004 0.024 0.940 0.032 0.000 0.000
#> SRR1747261 4 0.5969 0.2618 0.008 0.396 0.008 0.456 0.132 0.000
#> SRR1747262 2 0.4109 0.5405 0.000 0.700 0.024 0.004 0.268 0.004
#> SRR1747263 2 0.6004 0.3367 0.000 0.564 0.040 0.000 0.140 0.256
#> SRR1747264 4 0.3634 0.6136 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.2854 0.7591 0.016 0.004 0.060 0.880 0.036 0.004
#> SRR1747266 3 0.3774 0.7339 0.000 0.072 0.808 0.024 0.096 0.000
#> SRR1747267 4 0.1976 0.7557 0.004 0.032 0.032 0.924 0.008 0.000
#> SRR1747268 4 0.5729 0.5516 0.000 0.164 0.012 0.584 0.236 0.004
#> SRR1747269 6 0.7943 0.2578 0.000 0.232 0.096 0.048 0.248 0.376
#> SRR1747270 5 0.7397 0.1901 0.000 0.240 0.304 0.120 0.336 0.000
#> SRR1747271 6 0.1421 0.7112 0.000 0.028 0.000 0.000 0.028 0.944
#> SRR1747272 6 0.0146 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747273 4 0.3797 0.6838 0.232 0.004 0.008 0.744 0.008 0.004
#> SRR1747274 3 0.7109 0.1293 0.000 0.220 0.448 0.216 0.116 0.000
#> SRR1747275 4 0.4113 0.7512 0.144 0.016 0.004 0.780 0.052 0.004
#> SRR1747276 4 0.4178 0.7501 0.148 0.012 0.004 0.772 0.060 0.004
#> SRR1747277 6 0.5073 0.4426 0.000 0.336 0.016 0.004 0.048 0.596
#> SRR1747278 5 0.4699 0.4493 0.004 0.236 0.000 0.060 0.688 0.012
#> SRR1747280 1 0.0547 0.9101 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.2044 0.7629 0.076 0.000 0.004 0.908 0.008 0.004
#> SRR1747281 2 0.3768 0.5733 0.000 0.780 0.044 0.004 0.168 0.004
#> SRR1747282 1 0.1958 0.8194 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1747283 4 0.4392 0.7451 0.044 0.028 0.024 0.776 0.128 0.000
#> SRR1747284 1 0.2726 0.8285 0.844 0.004 0.004 0.144 0.004 0.000
#> SRR1747285 6 0.4018 0.6882 0.000 0.168 0.012 0.008 0.040 0.772
#> SRR1747286 3 0.0725 0.8352 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747287 2 0.6054 0.1614 0.000 0.444 0.324 0.000 0.228 0.004
#> SRR1747288 3 0.1562 0.8328 0.000 0.032 0.940 0.024 0.004 0.000
#> SRR1747290 6 0.7102 0.3536 0.000 0.312 0.124 0.088 0.020 0.456
#> SRR1747289 3 0.1515 0.8349 0.000 0.028 0.944 0.020 0.000 0.008
#> SRR1747291 2 0.2744 0.5805 0.000 0.840 0.016 0.000 0.144 0.000
#> SRR1747293 4 0.7037 0.1538 0.000 0.344 0.092 0.408 0.152 0.004
#> SRR1747294 6 0.5113 0.6523 0.000 0.184 0.084 0.020 0.016 0.696
#> SRR1747292 4 0.3646 0.6789 0.292 0.004 0.000 0.700 0.004 0.000
#> SRR1747295 3 0.3405 0.6353 0.000 0.004 0.724 0.000 0.000 0.272
#> SRR1747296 3 0.3684 0.6041 0.000 0.004 0.692 0.004 0.000 0.300
#> SRR1747297 2 0.1245 0.6147 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747298 2 0.2163 0.6131 0.000 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1747299 2 0.2630 0.6087 0.000 0.872 0.032 0.004 0.092 0.000
#> SRR1747300 2 0.3136 0.5762 0.000 0.768 0.004 0.000 0.228 0.000
#> SRR1747301 6 0.7148 0.4530 0.000 0.228 0.016 0.104 0.160 0.492
#> SRR1747302 2 0.5886 0.3134 0.000 0.520 0.008 0.000 0.200 0.272
#> SRR1747303 2 0.3745 0.4696 0.000 0.732 0.028 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747304 1 0.0146 0.9129 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3612 0.5780 0.000 0.780 0.168 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747306 2 0.5122 0.3548 0.000 0.576 0.320 0.000 0.104 0.000
#> SRR1747307 4 0.0436 0.7459 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1747308 6 0.0146 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747309 4 0.4222 0.7026 0.252 0.012 0.004 0.708 0.024 0.000
#> SRR1747310 4 0.5603 -0.0766 0.380 0.000 0.008 0.496 0.000 0.116
#> SRR1747311 4 0.4268 0.7511 0.084 0.020 0.004 0.780 0.108 0.004
#> SRR1747313 5 0.7398 0.2261 0.276 0.136 0.000 0.216 0.372 0.000
#> SRR1747312 1 0.0260 0.9124 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9134 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.3627 0.5507 0.000 0.752 0.020 0.000 0.224 0.004
#> SRR1747316 6 0.8575 0.2246 0.000 0.112 0.132 0.196 0.232 0.328
#> SRR1747318 6 0.1700 0.6705 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000 0.916
#> SRR1747317 6 0.0146 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747319 4 0.4492 0.6727 0.004 0.044 0.240 0.700 0.012 0.000
#> SRR1747320 4 0.5126 0.7438 0.120 0.020 0.108 0.724 0.024 0.004
#> SRR1747322 1 0.0405 0.9109 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1747321 4 0.3809 0.6669 0.304 0.004 0.000 0.684 0.008 0.000
#> SRR1747323 5 0.3473 0.4802 0.000 0.144 0.004 0.000 0.804 0.048
#> SRR1747324 5 0.3155 0.5049 0.000 0.088 0.068 0.000 0.840 0.004
#> SRR1747326 2 0.3207 0.5866 0.000 0.828 0.000 0.004 0.044 0.124
#> SRR1747325 6 0.4694 0.6097 0.000 0.248 0.072 0.000 0.008 0.672
#> SRR1747327 2 0.3782 0.5854 0.000 0.780 0.096 0.000 0.124 0.000
#> SRR1747328 4 0.5433 0.5149 0.016 0.116 0.008 0.640 0.220 0.000
#> SRR1747330 4 0.6757 0.4993 0.000 0.192 0.040 0.544 0.188 0.036
#> SRR1747329 6 0.5344 0.4697 0.000 0.096 0.024 0.000 0.256 0.624
#> SRR1747332 4 0.0551 0.7451 0.004 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004
#> SRR1747331 4 0.4833 -0.0908 0.004 0.024 0.440 0.520 0.000 0.012
#> SRR1747333 5 0.4820 0.3397 0.000 0.428 0.012 0.024 0.532 0.004
#> SRR1747334 5 0.3634 0.4262 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1747335 4 0.1147 0.7455 0.004 0.000 0.028 0.960 0.004 0.004
#> SRR1747336 1 0.0935 0.9033 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1747337 6 0.6191 0.0641 0.000 0.360 0.004 0.000 0.264 0.372
#> SRR1747338 2 0.5510 0.3658 0.000 0.568 0.004 0.000 0.272 0.156
#> SRR1747339 4 0.5722 0.3992 0.000 0.328 0.008 0.532 0.128 0.004
#> SRR1747340 5 0.4602 0.3351 0.000 0.444 0.004 0.016 0.528 0.008
#> SRR1747341 2 0.2325 0.6141 0.000 0.900 0.008 0.000 0.048 0.044
#> SRR1747342 2 0.3149 0.6115 0.000 0.852 0.020 0.000 0.052 0.076
#> SRR1747343 5 0.3536 0.4806 0.000 0.132 0.004 0.000 0.804 0.060
#> SRR1747344 5 0.3075 0.5088 0.000 0.092 0.016 0.000 0.852 0.040
#> SRR1747345 4 0.5847 0.4297 0.004 0.040 0.000 0.500 0.068 0.388
#> SRR1747346 6 0.0146 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747347 6 0.2389 0.7085 0.000 0.128 0.000 0.000 0.008 0.864
#> SRR1747348 1 0.0146 0.9126 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.3337 0.6979 0.260 0.000 0.000 0.736 0.004 0.000
#> SRR1747351 3 0.1265 0.8271 0.000 0.044 0.948 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747350 3 0.5835 0.4216 0.004 0.140 0.552 0.292 0.008 0.004
#> SRR1747352 4 0.1036 0.7486 0.024 0.000 0.008 0.964 0.000 0.004
#> SRR1747353 3 0.0891 0.8342 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747354 3 0.1737 0.8306 0.000 0.040 0.932 0.008 0.020 0.000
#> SRR1747355 4 0.3290 0.7036 0.252 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.1116 0.8339 0.000 0.004 0.960 0.028 0.008 0.000
#> SRR1747357 4 0.5712 0.5251 0.008 0.256 0.060 0.616 0.060 0.000
#> SRR1747358 4 0.6376 0.3087 0.004 0.104 0.256 0.552 0.084 0.000
#> SRR1747359 4 0.3429 0.7055 0.252 0.004 0.000 0.740 0.004 0.000
#> SRR1747360 2 0.5461 0.0700 0.000 0.568 0.080 0.000 0.328 0.024
#> SRR1747361 4 0.1979 0.7417 0.004 0.008 0.048 0.924 0.004 0.012
#> SRR1747362 3 0.2384 0.7973 0.000 0.064 0.888 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747363 4 0.4198 0.7361 0.028 0.044 0.004 0.768 0.156 0.000
#> SRR1747364 4 0.5668 0.5258 0.336 0.020 0.016 0.568 0.056 0.004
#> SRR1747365 3 0.1285 0.8284 0.000 0.004 0.944 0.052 0.000 0.000
#> SRR1747366 3 0.0405 0.8342 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747367 4 0.3943 0.7251 0.000 0.068 0.004 0.776 0.148 0.004
#> SRR1747369 6 0.1970 0.7157 0.000 0.044 0.028 0.000 0.008 0.920
#> SRR1747368 4 0.5522 0.6905 0.004 0.028 0.092 0.704 0.044 0.128
#> SRR1747370 4 0.6000 0.2588 0.000 0.388 0.016 0.464 0.128 0.004
#> SRR1747372 4 0.3448 0.6894 0.280 0.000 0.000 0.716 0.004 0.000
#> SRR1747371 4 0.2644 0.7623 0.040 0.012 0.004 0.892 0.048 0.004
#> SRR1747373 2 0.6175 0.2314 0.000 0.472 0.012 0.000 0.264 0.252
#> SRR1747374 6 0.2706 0.7023 0.000 0.160 0.000 0.000 0.008 0.832
#> SRR1747375 4 0.5432 0.6686 0.032 0.140 0.004 0.676 0.144 0.004
#> SRR1747376 5 0.4214 0.4211 0.000 0.380 0.008 0.004 0.604 0.004
#> SRR1747377 2 0.3485 0.5484 0.000 0.800 0.044 0.000 0.152 0.004
#> SRR1747378 2 0.3608 0.5090 0.004 0.780 0.012 0.008 0.192 0.004
#> SRR1747379 5 0.4593 0.4216 0.000 0.276 0.044 0.004 0.668 0.008
#> SRR1747380 6 0.0146 0.7043 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747381 1 0.1714 0.8689 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0862 0.7494 0.016 0.000 0.008 0.972 0.000 0.004
#> SRR1747383 2 0.4532 0.5189 0.000 0.620 0.032 0.000 0.340 0.008
#> SRR1747384 4 0.3116 0.6675 0.004 0.148 0.012 0.828 0.004 0.004
#> SRR1747385 6 0.6243 0.5487 0.000 0.232 0.012 0.136 0.044 0.576
#> SRR1747386 1 0.0146 0.9134 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747387 3 0.4964 0.1897 0.000 0.388 0.540 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747388 3 0.1074 0.8334 0.000 0.028 0.960 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747390 3 0.0858 0.8328 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> SRR1747389 3 0.2573 0.7640 0.000 0.008 0.856 0.132 0.000 0.004
#> SRR1747391 2 0.4161 0.5413 0.000 0.696 0.036 0.004 0.264 0.000
#> SRR1747392 2 0.4589 0.5865 0.000 0.752 0.052 0.000 0.108 0.088
#> SRR1747393 4 0.5089 0.6460 0.004 0.140 0.108 0.712 0.032 0.004
#> SRR1747394 4 0.0748 0.7457 0.004 0.000 0.016 0.976 0.000 0.004
#> SRR1747395 6 0.3588 0.6916 0.000 0.152 0.000 0.000 0.060 0.788
#> SRR1747396 2 0.3492 0.6007 0.000 0.788 0.004 0.000 0.176 0.032
#> SRR1747398 5 0.5011 0.3513 0.000 0.420 0.072 0.000 0.508 0.000
#> SRR1747397 4 0.4987 0.6713 0.008 0.184 0.016 0.704 0.084 0.004
#> SRR1747399 1 0.3601 0.6223 0.684 0.000 0.000 0.312 0.004 0.000
#> SRR1747400 1 0.1644 0.8775 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.201 0.719 0.832 0.4609 0.500 0.500
#> 3 3 0.175 0.573 0.700 0.2775 0.828 0.670
#> 4 4 0.384 0.416 0.668 0.1767 0.889 0.736
#> 5 5 0.464 0.340 0.619 0.0813 0.803 0.516
#> 6 6 0.556 0.410 0.681 0.0666 0.818 0.420
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.6048 0.7202 0.852 0.148
#> SRR1747214 1 0.0376 0.7188 0.996 0.004
#> SRR1747215 2 0.1843 0.8656 0.028 0.972
#> SRR1747216 2 0.1184 0.8636 0.016 0.984
#> SRR1747217 1 0.9993 0.3015 0.516 0.484
#> SRR1747218 2 0.3114 0.8655 0.056 0.944
#> SRR1747219 1 0.6531 0.7400 0.832 0.168
#> SRR1747220 1 0.0938 0.7228 0.988 0.012
#> SRR1747221 2 0.9170 0.5207 0.332 0.668
#> SRR1747222 1 0.4022 0.7434 0.920 0.080
#> SRR1747223 2 0.8443 0.6201 0.272 0.728
#> SRR1747224 2 0.7453 0.7382 0.212 0.788
#> SRR1747225 2 0.2423 0.8694 0.040 0.960
#> SRR1747226 2 0.0938 0.8645 0.012 0.988
#> SRR1747227 2 0.1414 0.8678 0.020 0.980
#> SRR1747228 2 0.2778 0.8691 0.048 0.952
#> SRR1747229 2 0.6623 0.7313 0.172 0.828
#> SRR1747230 1 0.6531 0.7059 0.832 0.168
#> SRR1747231 1 0.1184 0.7232 0.984 0.016
#> SRR1747232 1 0.0000 0.7165 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.7602 0.6582 0.780 0.220
#> SRR1747234 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747235 1 0.6148 0.7156 0.848 0.152
#> SRR1747236 2 0.9993 -0.3541 0.484 0.516
#> SRR1747237 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747238 1 0.9248 0.6494 0.660 0.340
#> SRR1747239 2 0.1633 0.8665 0.024 0.976
#> SRR1747240 1 0.6343 0.7108 0.840 0.160
#> SRR1747241 1 0.8861 0.6779 0.696 0.304
#> SRR1747242 1 0.6438 0.7085 0.836 0.164
#> SRR1747243 2 0.5842 0.8068 0.140 0.860
#> SRR1747244 2 0.3879 0.8618 0.076 0.924
#> SRR1747245 2 0.2236 0.8675 0.036 0.964
#> SRR1747246 2 0.1414 0.8655 0.020 0.980
#> SRR1747247 1 0.0000 0.7165 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.6531 0.7059 0.832 0.168
#> SRR1747249 1 0.6048 0.7202 0.852 0.148
#> SRR1747250 1 0.8909 0.6654 0.692 0.308
#> SRR1747252 1 0.5842 0.7418 0.860 0.140
#> SRR1747253 1 0.4562 0.7410 0.904 0.096
#> SRR1747254 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747255 1 0.9754 0.2339 0.592 0.408
#> SRR1747256 1 0.6801 0.7233 0.820 0.180
#> SRR1747257 2 0.3879 0.8384 0.076 0.924
#> SRR1747258 2 0.9922 -0.1086 0.448 0.552
#> SRR1747259 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747260 1 0.8443 0.7103 0.728 0.272
#> SRR1747261 2 0.6247 0.7787 0.156 0.844
#> SRR1747262 2 0.2778 0.8666 0.048 0.952
#> SRR1747263 2 0.4562 0.8320 0.096 0.904
#> SRR1747264 1 0.6148 0.7156 0.848 0.152
#> SRR1747265 1 0.8144 0.7138 0.748 0.252
#> SRR1747266 2 0.6438 0.7837 0.164 0.836
#> SRR1747267 1 0.8713 0.6867 0.708 0.292
#> SRR1747268 2 0.4815 0.8346 0.104 0.896
#> SRR1747269 1 0.9580 0.6195 0.620 0.380
#> SRR1747270 1 0.9170 0.6545 0.668 0.332
#> SRR1747271 1 0.9323 0.6160 0.652 0.348
#> SRR1747272 1 0.7745 0.7159 0.772 0.228
#> SRR1747273 1 0.6048 0.7172 0.852 0.148
#> SRR1747274 2 0.6048 0.8261 0.148 0.852
#> SRR1747275 1 0.7376 0.6704 0.792 0.208
#> SRR1747276 1 0.9732 0.2581 0.596 0.404
#> SRR1747277 2 0.7453 0.6595 0.212 0.788
#> SRR1747278 2 0.2043 0.8676 0.032 0.968
#> SRR1747280 1 0.6148 0.7153 0.848 0.152
#> SRR1747279 1 0.5178 0.7287 0.884 0.116
#> SRR1747281 2 0.1633 0.8673 0.024 0.976
#> SRR1747282 1 0.9248 0.4424 0.660 0.340
#> SRR1747283 1 0.9286 0.6418 0.656 0.344
#> SRR1747284 1 0.5842 0.7209 0.860 0.140
#> SRR1747285 1 0.8909 0.6654 0.692 0.308
#> SRR1747286 1 0.9044 0.6589 0.680 0.320
#> SRR1747287 2 0.2603 0.8653 0.044 0.956
#> SRR1747288 1 0.9170 0.6537 0.668 0.332
#> SRR1747290 1 0.9087 0.6580 0.676 0.324
#> SRR1747289 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747291 2 0.2423 0.8694 0.040 0.960
#> SRR1747293 2 0.5294 0.8083 0.120 0.880
#> SRR1747294 1 0.9000 0.6577 0.684 0.316
#> SRR1747292 1 0.9608 0.3333 0.616 0.384
#> SRR1747295 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747296 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747297 2 0.4161 0.8407 0.084 0.916
#> SRR1747298 2 0.3431 0.8531 0.064 0.936
#> SRR1747299 2 0.0376 0.8603 0.004 0.996
#> SRR1747300 2 0.0938 0.8627 0.012 0.988
#> SRR1747301 2 0.7299 0.6950 0.204 0.796
#> SRR1747302 2 0.4562 0.8444 0.096 0.904
#> SRR1747303 2 0.2778 0.8632 0.048 0.952
#> SRR1747304 1 0.6531 0.7059 0.832 0.168
#> SRR1747305 2 0.1843 0.8669 0.028 0.972
#> SRR1747306 2 0.1843 0.8656 0.028 0.972
#> SRR1747307 1 0.5946 0.7411 0.856 0.144
#> SRR1747308 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747309 2 0.9850 0.2739 0.428 0.572
#> SRR1747310 1 0.0000 0.7165 1.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.9732 0.2556 0.404 0.596
#> SRR1747313 2 0.6148 0.7836 0.152 0.848
#> SRR1747312 1 0.6343 0.7108 0.840 0.160
#> SRR1747314 1 0.6531 0.7059 0.832 0.168
#> SRR1747315 2 0.1633 0.8673 0.024 0.976
#> SRR1747316 1 0.9552 0.6216 0.624 0.376
#> SRR1747318 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747317 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747319 1 0.9129 0.6585 0.672 0.328
#> SRR1747320 1 0.7056 0.7194 0.808 0.192
#> SRR1747322 1 0.6623 0.7031 0.828 0.172
#> SRR1747321 1 0.9754 0.2593 0.592 0.408
#> SRR1747323 2 0.1633 0.8665 0.024 0.976
#> SRR1747324 2 0.1633 0.8639 0.024 0.976
#> SRR1747326 2 0.2043 0.8676 0.032 0.968
#> SRR1747325 2 0.8081 0.6192 0.248 0.752
#> SRR1747327 2 0.1633 0.8673 0.024 0.976
#> SRR1747328 2 0.5408 0.8257 0.124 0.876
#> SRR1747330 2 0.2423 0.8665 0.040 0.960
#> SRR1747329 2 0.3114 0.8619 0.056 0.944
#> SRR1747332 1 0.4431 0.7445 0.908 0.092
#> SRR1747331 1 0.8443 0.6904 0.728 0.272
#> SRR1747333 2 0.1633 0.8673 0.024 0.976
#> SRR1747334 2 0.1184 0.8661 0.016 0.984
#> SRR1747335 1 0.6712 0.7337 0.824 0.176
#> SRR1747336 1 0.3274 0.7329 0.940 0.060
#> SRR1747337 2 0.6801 0.7132 0.180 0.820
#> SRR1747338 2 0.1633 0.8665 0.024 0.976
#> SRR1747339 2 0.6247 0.7787 0.156 0.844
#> SRR1747340 2 0.2236 0.8695 0.036 0.964
#> SRR1747341 2 0.4022 0.8498 0.080 0.920
#> SRR1747342 2 0.4161 0.8489 0.084 0.916
#> SRR1747343 2 0.1414 0.8655 0.020 0.980
#> SRR1747344 2 0.2603 0.8617 0.044 0.956
#> SRR1747345 2 0.6531 0.7745 0.168 0.832
#> SRR1747346 1 0.8909 0.6653 0.692 0.308
#> SRR1747347 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747348 1 0.1414 0.7246 0.980 0.020
#> SRR1747349 1 0.3431 0.7335 0.936 0.064
#> SRR1747351 2 0.3431 0.8559 0.064 0.936
#> SRR1747350 1 0.9000 0.6629 0.684 0.316
#> SRR1747352 1 0.0000 0.7165 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.6623 0.7353 0.172 0.828
#> SRR1747354 2 0.9881 0.0181 0.436 0.564
#> SRR1747355 1 0.6343 0.7205 0.840 0.160
#> SRR1747356 1 0.9170 0.6587 0.668 0.332
#> SRR1747357 1 0.9323 0.6269 0.652 0.348
#> SRR1747358 1 0.8713 0.6890 0.708 0.292
#> SRR1747359 1 0.6623 0.7031 0.828 0.172
#> SRR1747360 2 0.2423 0.8663 0.040 0.960
#> SRR1747361 1 0.6887 0.7300 0.816 0.184
#> SRR1747362 2 0.5842 0.7980 0.140 0.860
#> SRR1747363 2 0.7299 0.7289 0.204 0.796
#> SRR1747364 1 0.7602 0.6706 0.780 0.220
#> SRR1747365 1 0.8327 0.7092 0.736 0.264
#> SRR1747366 1 0.9866 0.5645 0.568 0.432
#> SRR1747367 2 0.6438 0.7734 0.164 0.836
#> SRR1747369 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747368 1 0.8327 0.7077 0.736 0.264
#> SRR1747370 2 0.5294 0.8188 0.120 0.880
#> SRR1747372 1 0.6148 0.7153 0.848 0.152
#> SRR1747371 1 0.5519 0.7253 0.872 0.128
#> SRR1747373 2 0.4431 0.8208 0.092 0.908
#> SRR1747374 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747375 2 0.6438 0.7721 0.164 0.836
#> SRR1747376 2 0.0376 0.8609 0.004 0.996
#> SRR1747377 2 0.1184 0.8636 0.016 0.984
#> SRR1747378 2 0.1414 0.8671 0.020 0.980
#> SRR1747379 2 0.2423 0.8694 0.040 0.960
#> SRR1747380 1 0.8909 0.6653 0.692 0.308
#> SRR1747381 1 0.3879 0.7337 0.924 0.076
#> SRR1747382 1 0.2948 0.7323 0.948 0.052
#> SRR1747383 2 0.1184 0.8634 0.016 0.984
#> SRR1747384 1 0.6438 0.7359 0.836 0.164
#> SRR1747385 2 0.8443 0.5786 0.272 0.728
#> SRR1747386 1 0.0672 0.7200 0.992 0.008
#> SRR1747387 2 0.3431 0.8667 0.064 0.936
#> SRR1747388 2 0.5178 0.8146 0.116 0.884
#> SRR1747390 1 0.8955 0.6651 0.688 0.312
#> SRR1747389 1 0.8955 0.6614 0.688 0.312
#> SRR1747391 2 0.2236 0.8670 0.036 0.964
#> SRR1747392 2 0.2236 0.8670 0.036 0.964
#> SRR1747393 1 0.8081 0.7134 0.752 0.248
#> SRR1747394 1 0.4431 0.7455 0.908 0.092
#> SRR1747395 2 0.7528 0.7194 0.216 0.784
#> SRR1747396 2 0.1414 0.8662 0.020 0.980
#> SRR1747398 2 0.4298 0.8386 0.088 0.912
#> SRR1747397 2 0.7299 0.7294 0.204 0.796
#> SRR1747399 1 0.1633 0.7258 0.976 0.024
#> SRR1747400 1 0.4562 0.7323 0.904 0.096
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.5730 0.5588 0.796 0.060 0.144
#> SRR1747214 3 0.6204 0.4760 0.424 0.000 0.576
#> SRR1747215 2 0.3499 0.7760 0.072 0.900 0.028
#> SRR1747216 2 0.2939 0.7780 0.072 0.916 0.012
#> SRR1747217 2 0.8291 0.4164 0.280 0.604 0.116
#> SRR1747218 2 0.2261 0.7807 0.068 0.932 0.000
#> SRR1747219 3 0.7395 0.2636 0.476 0.032 0.492
#> SRR1747220 3 0.6180 0.5551 0.332 0.008 0.660
#> SRR1747221 2 0.8676 0.2019 0.352 0.532 0.116
#> SRR1747222 3 0.5585 0.6576 0.204 0.024 0.772
#> SRR1747223 2 0.8511 0.5661 0.152 0.604 0.244
#> SRR1747224 2 0.5710 0.7018 0.080 0.804 0.116
#> SRR1747225 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747226 2 0.3310 0.7746 0.064 0.908 0.028
#> SRR1747227 2 0.2165 0.7818 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747228 2 0.5939 0.7586 0.072 0.788 0.140
#> SRR1747229 2 0.3370 0.7477 0.072 0.904 0.024
#> SRR1747230 1 0.5816 0.6078 0.788 0.156 0.056
#> SRR1747231 1 0.4842 0.2816 0.776 0.000 0.224
#> SRR1747232 3 0.6291 0.3033 0.468 0.000 0.532
#> SRR1747233 1 0.7731 0.5889 0.664 0.228 0.108
#> SRR1747234 3 0.7113 0.7041 0.168 0.112 0.720
#> SRR1747235 1 0.5981 0.6088 0.788 0.132 0.080
#> SRR1747236 2 0.8718 -0.0384 0.364 0.520 0.116
#> SRR1747237 3 0.9063 0.6570 0.200 0.248 0.552
#> SRR1747238 1 0.9624 -0.2033 0.468 0.292 0.240
#> SRR1747239 2 0.1163 0.7701 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747240 1 0.6151 0.6055 0.764 0.180 0.056
#> SRR1747241 1 0.9364 0.4179 0.512 0.220 0.268
#> SRR1747242 1 0.5939 0.6103 0.788 0.140 0.072
#> SRR1747243 2 0.7880 0.6286 0.108 0.648 0.244
#> SRR1747244 2 0.2879 0.7697 0.024 0.924 0.052
#> SRR1747245 2 0.4615 0.7390 0.020 0.836 0.144
#> SRR1747246 2 0.3112 0.7766 0.056 0.916 0.028
#> SRR1747247 3 0.6215 0.3876 0.428 0.000 0.572
#> SRR1747248 1 0.5816 0.6080 0.788 0.156 0.056
#> SRR1747249 1 0.5760 0.5627 0.796 0.064 0.140
#> SRR1747250 3 0.7530 0.6636 0.252 0.084 0.664
#> SRR1747252 3 0.6570 0.6104 0.308 0.024 0.668
#> SRR1747253 3 0.6026 0.6569 0.244 0.024 0.732
#> SRR1747254 3 0.9292 0.6392 0.208 0.272 0.520
#> SRR1747255 1 0.8737 0.1862 0.464 0.428 0.108
#> SRR1747256 1 0.6109 0.5624 0.780 0.080 0.140
#> SRR1747257 2 0.4618 0.7518 0.136 0.840 0.024
#> SRR1747258 2 0.8567 0.3575 0.296 0.576 0.128
#> SRR1747259 3 0.9513 0.6174 0.256 0.252 0.492
#> SRR1747260 1 0.9241 -0.2462 0.456 0.156 0.388
#> SRR1747261 2 0.6823 0.6346 0.152 0.740 0.108
#> SRR1747262 2 0.2261 0.7807 0.068 0.932 0.000
#> SRR1747263 2 0.5111 0.7249 0.024 0.808 0.168
#> SRR1747264 1 0.4291 0.6159 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747265 1 0.6567 0.5380 0.752 0.088 0.160
#> SRR1747266 2 0.5521 0.7052 0.180 0.788 0.032
#> SRR1747267 1 0.9561 0.3424 0.428 0.376 0.196
#> SRR1747268 2 0.7222 0.6726 0.072 0.684 0.244
#> SRR1747269 2 0.9266 -0.2374 0.420 0.424 0.156
#> SRR1747270 2 0.9865 -0.4513 0.268 0.408 0.324
#> SRR1747271 3 0.8386 0.6676 0.156 0.224 0.620
#> SRR1747272 3 0.6174 0.6970 0.168 0.064 0.768
#> SRR1747273 1 0.4677 0.6184 0.840 0.132 0.028
#> SRR1747274 2 0.5566 0.7057 0.080 0.812 0.108
#> SRR1747275 1 0.8054 0.4553 0.580 0.340 0.080
#> SRR1747276 1 0.8720 0.2458 0.480 0.412 0.108
#> SRR1747277 2 0.4634 0.6883 0.164 0.824 0.012
#> SRR1747278 2 0.4865 0.7518 0.032 0.832 0.136
#> SRR1747280 1 0.6231 0.6119 0.772 0.148 0.080
#> SRR1747279 1 0.6243 0.6050 0.776 0.124 0.100
#> SRR1747281 2 0.4982 0.7627 0.036 0.828 0.136
#> SRR1747282 1 0.5948 0.4217 0.640 0.360 0.000
#> SRR1747283 1 0.8473 0.5588 0.616 0.208 0.176
#> SRR1747284 1 0.4413 0.6051 0.860 0.104 0.036
#> SRR1747285 3 0.7545 0.6959 0.172 0.136 0.692
#> SRR1747286 3 0.8650 0.6292 0.276 0.144 0.580
#> SRR1747287 2 0.2806 0.7710 0.032 0.928 0.040
#> SRR1747288 1 0.8421 0.4586 0.608 0.252 0.140
#> SRR1747290 3 0.9846 0.5454 0.304 0.276 0.420
#> SRR1747289 3 0.9383 0.6462 0.236 0.252 0.512
#> SRR1747291 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747293 2 0.5178 0.7352 0.028 0.808 0.164
#> SRR1747294 3 0.9350 0.5659 0.184 0.328 0.488
#> SRR1747292 1 0.8684 0.3318 0.500 0.392 0.108
#> SRR1747295 3 0.9536 0.6143 0.260 0.252 0.488
#> SRR1747296 3 0.9489 0.6225 0.252 0.252 0.496
#> SRR1747297 2 0.4934 0.7302 0.024 0.820 0.156
#> SRR1747298 2 0.4411 0.7475 0.016 0.844 0.140
#> SRR1747299 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747300 2 0.2400 0.7811 0.064 0.932 0.004
#> SRR1747301 2 0.4862 0.6827 0.160 0.820 0.020
#> SRR1747302 2 0.3583 0.7481 0.056 0.900 0.044
#> SRR1747303 2 0.4261 0.7499 0.012 0.848 0.140
#> SRR1747304 1 0.6630 0.5907 0.724 0.220 0.056
#> SRR1747305 2 0.3499 0.7760 0.072 0.900 0.028
#> SRR1747306 2 0.3590 0.7746 0.076 0.896 0.028
#> SRR1747307 3 0.6066 0.6570 0.248 0.024 0.728
#> SRR1747308 3 0.8016 0.6886 0.156 0.188 0.656
#> SRR1747309 2 0.8701 0.0389 0.400 0.492 0.108
#> SRR1747310 3 0.6204 0.4760 0.424 0.000 0.576
#> SRR1747311 2 0.8262 0.4192 0.276 0.608 0.116
#> SRR1747313 2 0.5393 0.7060 0.072 0.820 0.108
#> SRR1747312 1 0.6151 0.6055 0.764 0.180 0.056
#> SRR1747314 1 0.6151 0.6055 0.764 0.180 0.056
#> SRR1747315 2 0.5696 0.7615 0.064 0.800 0.136
#> SRR1747316 2 0.8984 0.1530 0.224 0.564 0.212
#> SRR1747318 3 0.6231 0.7037 0.148 0.080 0.772
#> SRR1747317 3 0.6252 0.7062 0.144 0.084 0.772
#> SRR1747319 1 0.7217 0.5590 0.716 0.132 0.152
#> SRR1747320 1 0.6850 0.5625 0.740 0.120 0.140
#> SRR1747322 1 0.7022 0.5651 0.684 0.260 0.056
#> SRR1747321 1 0.7250 0.3318 0.572 0.396 0.032
#> SRR1747323 2 0.2050 0.7684 0.020 0.952 0.028
#> SRR1747324 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747326 2 0.4063 0.7535 0.020 0.868 0.112
#> SRR1747325 2 0.6488 0.5833 0.192 0.744 0.064
#> SRR1747327 2 0.4033 0.7479 0.008 0.856 0.136
#> SRR1747328 2 0.7458 0.6660 0.084 0.672 0.244
#> SRR1747330 2 0.5486 0.7218 0.024 0.780 0.196
#> SRR1747329 2 0.4811 0.7357 0.024 0.828 0.148
#> SRR1747332 3 0.6796 0.5629 0.344 0.024 0.632
#> SRR1747331 3 0.8067 0.7032 0.188 0.160 0.652
#> SRR1747333 2 0.5538 0.7642 0.060 0.808 0.132
#> SRR1747334 2 0.2165 0.7824 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747335 3 0.6986 0.6511 0.256 0.056 0.688
#> SRR1747336 1 0.5315 0.4088 0.772 0.012 0.216
#> SRR1747337 2 0.3918 0.7340 0.120 0.868 0.012
#> SRR1747338 2 0.2903 0.7752 0.048 0.924 0.028
#> SRR1747339 2 0.6775 0.6271 0.144 0.744 0.112
#> SRR1747340 2 0.4384 0.7817 0.064 0.868 0.068
#> SRR1747341 2 0.2806 0.7778 0.040 0.928 0.032
#> SRR1747342 2 0.2918 0.7750 0.032 0.924 0.044
#> SRR1747343 2 0.2050 0.7644 0.020 0.952 0.028
#> SRR1747344 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747345 2 0.8245 0.5873 0.132 0.624 0.244
#> SRR1747346 3 0.6171 0.7044 0.144 0.080 0.776
#> SRR1747347 3 0.7909 0.6886 0.148 0.188 0.664
#> SRR1747348 1 0.7107 0.2161 0.624 0.036 0.340
#> SRR1747349 1 0.4539 0.4472 0.836 0.016 0.148
#> SRR1747351 2 0.3234 0.7787 0.072 0.908 0.020
#> SRR1747350 3 0.9717 0.4634 0.220 0.384 0.396
#> SRR1747352 1 0.6308 -0.3990 0.508 0.000 0.492
#> SRR1747353 2 0.5627 0.6811 0.188 0.780 0.032
#> SRR1747354 2 0.8955 0.2344 0.344 0.516 0.140
#> SRR1747355 1 0.7797 0.5985 0.672 0.188 0.140
#> SRR1747356 1 0.8985 0.3487 0.544 0.292 0.164
#> SRR1747357 1 0.8939 0.3453 0.520 0.340 0.140
#> SRR1747358 1 0.8948 0.3401 0.568 0.208 0.224
#> SRR1747359 1 0.4702 0.6091 0.788 0.212 0.000
#> SRR1747360 2 0.1877 0.7835 0.032 0.956 0.012
#> SRR1747361 3 0.7457 0.6331 0.208 0.104 0.688
#> SRR1747362 2 0.4174 0.7598 0.092 0.872 0.036
#> SRR1747363 2 0.7731 0.5182 0.228 0.664 0.108
#> SRR1747364 1 0.8610 0.4941 0.548 0.336 0.116
#> SRR1747365 1 0.7665 0.3868 0.648 0.084 0.268
#> SRR1747366 1 0.8524 0.1436 0.456 0.452 0.092
#> SRR1747367 2 0.7731 0.5182 0.228 0.664 0.108
#> SRR1747369 3 0.9055 0.6515 0.196 0.252 0.552
#> SRR1747368 1 0.8169 0.0389 0.536 0.076 0.388
#> SRR1747370 2 0.5304 0.7097 0.068 0.824 0.108
#> SRR1747372 1 0.5874 0.6021 0.796 0.116 0.088
#> SRR1747371 1 0.7508 0.5968 0.696 0.148 0.156
#> SRR1747373 2 0.4189 0.7283 0.068 0.876 0.056
#> SRR1747374 3 0.8427 0.6540 0.148 0.240 0.612
#> SRR1747375 2 0.7437 0.5654 0.200 0.692 0.108
#> SRR1747376 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747377 2 0.3678 0.7760 0.080 0.892 0.028
#> SRR1747378 2 0.2165 0.7816 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747379 2 0.5497 0.7657 0.064 0.812 0.124
#> SRR1747380 3 0.6171 0.7044 0.144 0.080 0.776
#> SRR1747381 1 0.4189 0.5480 0.876 0.056 0.068
#> SRR1747382 1 0.3856 0.5352 0.888 0.040 0.072
#> SRR1747383 2 0.0661 0.7727 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747384 3 0.6026 0.6531 0.244 0.024 0.732
#> SRR1747385 2 0.7053 0.5914 0.064 0.692 0.244
#> SRR1747386 1 0.6267 -0.1516 0.548 0.000 0.452
#> SRR1747387 2 0.4007 0.7766 0.084 0.880 0.036
#> SRR1747388 2 0.5947 0.6903 0.172 0.776 0.052
#> SRR1747390 1 0.9802 -0.4853 0.400 0.240 0.360
#> SRR1747389 3 0.9003 0.6659 0.200 0.240 0.560
#> SRR1747391 2 0.4551 0.7407 0.020 0.840 0.140
#> SRR1747392 2 0.4679 0.7372 0.020 0.832 0.148
#> SRR1747393 3 0.9758 0.4506 0.304 0.256 0.440
#> SRR1747394 3 0.7030 0.4626 0.396 0.024 0.580
#> SRR1747395 2 0.5554 0.7057 0.112 0.812 0.076
#> SRR1747396 2 0.2681 0.7786 0.040 0.932 0.028
#> SRR1747398 2 0.5414 0.6627 0.212 0.772 0.016
#> SRR1747397 2 0.7692 0.5251 0.224 0.668 0.108
#> SRR1747399 1 0.4931 0.2750 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747400 1 0.4565 0.5560 0.860 0.064 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.5693 0.5871 0.712 0.028 0.032 0.228
#> SRR1747214 3 0.4509 0.4890 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR1747215 2 0.3196 0.5421 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1747216 2 0.3681 0.5372 0.008 0.816 0.000 0.176
#> SRR1747217 2 0.5758 0.3205 0.060 0.732 0.024 0.184
#> SRR1747218 2 0.1139 0.5650 0.008 0.972 0.012 0.008
#> SRR1747219 3 0.7711 0.4576 0.184 0.016 0.528 0.272
#> SRR1747220 3 0.6469 0.4436 0.192 0.000 0.644 0.164
#> SRR1747221 1 0.7968 -0.1451 0.404 0.332 0.004 0.260
#> SRR1747222 3 0.5159 0.5784 0.088 0.000 0.756 0.156
#> SRR1747223 4 0.7892 0.1965 0.252 0.308 0.004 0.436
#> SRR1747224 2 0.4827 0.3199 0.020 0.748 0.008 0.224
#> SRR1747225 2 0.2597 0.5406 0.008 0.904 0.004 0.084
#> SRR1747226 2 0.0921 0.5676 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747227 2 0.3545 0.5136 0.008 0.828 0.000 0.164
#> SRR1747228 2 0.5537 0.1845 0.016 0.588 0.004 0.392
#> SRR1747229 2 0.3525 0.5467 0.028 0.880 0.028 0.064
#> SRR1747230 1 0.4270 0.6670 0.836 0.048 0.100 0.016
#> SRR1747231 1 0.5292 0.5550 0.724 0.000 0.216 0.060
#> SRR1747232 3 0.5435 -0.0419 0.420 0.000 0.564 0.016
#> SRR1747233 1 0.6749 0.5197 0.656 0.168 0.016 0.160
#> SRR1747234 3 0.4934 0.6489 0.004 0.084 0.784 0.128
#> SRR1747235 1 0.4131 0.6701 0.840 0.036 0.108 0.016
#> SRR1747236 2 0.7375 0.2160 0.028 0.596 0.240 0.136
#> SRR1747237 3 0.7867 0.5567 0.020 0.192 0.516 0.272
#> SRR1747238 3 0.8224 0.5201 0.060 0.136 0.516 0.288
#> SRR1747239 2 0.2814 0.5481 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1747240 1 0.4581 0.6671 0.820 0.052 0.108 0.020
#> SRR1747241 3 0.9756 -0.0777 0.148 0.272 0.316 0.264
#> SRR1747242 1 0.4212 0.6696 0.836 0.048 0.104 0.012
#> SRR1747243 2 0.5864 -0.2021 0.024 0.488 0.004 0.484
#> SRR1747244 2 0.3326 0.5594 0.004 0.856 0.008 0.132
#> SRR1747245 2 0.4843 0.3386 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1747246 2 0.1716 0.5719 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1747247 3 0.5295 -0.0147 0.488 0.000 0.504 0.008
#> SRR1747248 1 0.4152 0.6682 0.840 0.048 0.100 0.012
#> SRR1747249 1 0.6037 0.5752 0.696 0.044 0.032 0.228
#> SRR1747250 3 0.7060 0.6150 0.036 0.088 0.620 0.256
#> SRR1747252 3 0.7250 0.4716 0.148 0.040 0.636 0.176
#> SRR1747253 3 0.3570 0.6078 0.092 0.000 0.860 0.048
#> SRR1747254 3 0.7467 0.4771 0.000 0.284 0.500 0.216
#> SRR1747255 1 0.7173 0.3001 0.556 0.228 0.000 0.216
#> SRR1747256 1 0.6413 0.5532 0.672 0.056 0.036 0.236
#> SRR1747257 2 0.4219 0.5212 0.056 0.844 0.020 0.080
#> SRR1747258 2 0.6338 0.2873 0.072 0.692 0.032 0.204
#> SRR1747259 3 0.7180 0.6070 0.036 0.088 0.600 0.276
#> SRR1747260 3 0.8159 0.5430 0.072 0.108 0.520 0.300
#> SRR1747261 2 0.5537 0.2734 0.056 0.720 0.008 0.216
#> SRR1747262 2 0.2164 0.5459 0.004 0.924 0.004 0.068
#> SRR1747263 2 0.5888 0.2677 0.000 0.540 0.036 0.424
#> SRR1747264 1 0.2287 0.6769 0.924 0.060 0.004 0.012
#> SRR1747265 1 0.6505 0.5455 0.668 0.048 0.048 0.236
#> SRR1747266 2 0.4493 0.5025 0.060 0.828 0.020 0.092
#> SRR1747267 2 0.9429 -0.2747 0.308 0.368 0.116 0.208
#> SRR1747268 2 0.5576 -0.1699 0.012 0.500 0.004 0.484
#> SRR1747269 2 0.7877 -0.0427 0.020 0.484 0.332 0.164
#> SRR1747270 3 0.8004 0.3586 0.008 0.344 0.416 0.232
#> SRR1747271 3 0.5326 0.6468 0.000 0.116 0.748 0.136
#> SRR1747272 3 0.3051 0.6472 0.000 0.088 0.884 0.028
#> SRR1747273 1 0.2977 0.6817 0.904 0.052 0.024 0.020
#> SRR1747274 2 0.4198 0.3393 0.004 0.768 0.004 0.224
#> SRR1747275 1 0.6816 0.3994 0.604 0.212 0.000 0.184
#> SRR1747276 1 0.7271 0.2636 0.540 0.244 0.000 0.216
#> SRR1747277 2 0.5793 0.4310 0.004 0.712 0.096 0.188
#> SRR1747278 2 0.5361 0.3381 0.016 0.636 0.004 0.344
#> SRR1747280 1 0.3587 0.6694 0.860 0.032 0.104 0.004
#> SRR1747279 1 0.5074 0.6347 0.780 0.028 0.036 0.156
#> SRR1747281 2 0.4877 0.3484 0.008 0.664 0.000 0.328
#> SRR1747282 1 0.5102 0.5180 0.748 0.188 0.000 0.064
#> SRR1747283 1 0.9335 -0.1313 0.348 0.344 0.104 0.204
#> SRR1747284 1 0.3387 0.6769 0.888 0.040 0.048 0.024
#> SRR1747285 3 0.6110 0.6324 0.000 0.100 0.660 0.240
#> SRR1747286 3 0.7371 0.6014 0.036 0.096 0.576 0.292
#> SRR1747287 2 0.3056 0.5604 0.032 0.892 0.004 0.072
#> SRR1747288 2 0.9123 -0.2283 0.300 0.364 0.068 0.268
#> SRR1747290 3 0.6648 0.6221 0.008 0.120 0.636 0.236
#> SRR1747289 3 0.6181 0.6361 0.008 0.096 0.680 0.216
#> SRR1747291 2 0.2589 0.5380 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747293 2 0.6047 0.3297 0.028 0.604 0.016 0.352
#> SRR1747294 3 0.7714 0.4604 0.004 0.276 0.484 0.236
#> SRR1747292 1 0.7389 0.2054 0.516 0.272 0.000 0.212
#> SRR1747295 3 0.7288 0.6025 0.036 0.096 0.592 0.276
#> SRR1747296 3 0.7101 0.6089 0.036 0.084 0.608 0.272
#> SRR1747297 2 0.5800 0.3299 0.000 0.548 0.032 0.420
#> SRR1747298 2 0.4991 0.3576 0.000 0.608 0.004 0.388
#> SRR1747299 2 0.1557 0.5554 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747300 2 0.1637 0.5606 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1747301 2 0.5094 0.4751 0.004 0.744 0.044 0.208
#> SRR1747302 2 0.4240 0.5219 0.004 0.784 0.012 0.200
#> SRR1747303 2 0.4477 0.4180 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1747304 1 0.4491 0.6550 0.832 0.056 0.084 0.028
#> SRR1747305 2 0.3047 0.5461 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR1747306 2 0.2737 0.5445 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1747307 3 0.5837 0.5417 0.092 0.012 0.724 0.172
#> SRR1747308 3 0.2662 0.6478 0.000 0.084 0.900 0.016
#> SRR1747309 1 0.7724 0.0879 0.480 0.284 0.004 0.232
#> SRR1747310 3 0.4819 0.3997 0.344 0.000 0.652 0.004
#> SRR1747311 2 0.7606 -0.0562 0.204 0.564 0.020 0.212
#> SRR1747313 2 0.5187 0.2783 0.040 0.728 0.004 0.228
#> SRR1747312 1 0.4351 0.6667 0.832 0.052 0.100 0.016
#> SRR1747314 1 0.4105 0.6685 0.840 0.052 0.100 0.008
#> SRR1747315 2 0.4877 0.3500 0.008 0.664 0.000 0.328
#> SRR1747316 2 0.8069 -0.2743 0.004 0.356 0.308 0.332
#> SRR1747318 3 0.3439 0.6481 0.000 0.084 0.868 0.048
#> SRR1747317 3 0.3505 0.6476 0.000 0.088 0.864 0.048
#> SRR1747319 1 0.7376 0.4636 0.604 0.096 0.048 0.252
#> SRR1747320 1 0.7580 0.4374 0.588 0.132 0.040 0.240
#> SRR1747322 1 0.4643 0.6513 0.824 0.064 0.084 0.028
#> SRR1747321 1 0.7289 0.2518 0.536 0.252 0.000 0.212
#> SRR1747323 2 0.3444 0.5333 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747324 2 0.0895 0.5623 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1747326 2 0.4584 0.4250 0.004 0.696 0.000 0.300
#> SRR1747325 2 0.7764 0.1661 0.004 0.456 0.216 0.324
#> SRR1747327 2 0.4643 0.3631 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1747328 4 0.6187 -0.1408 0.028 0.476 0.012 0.484
#> SRR1747330 2 0.5857 0.2133 0.004 0.508 0.024 0.464
#> SRR1747329 2 0.5771 0.2395 0.004 0.504 0.020 0.472
#> SRR1747332 3 0.6683 0.4213 0.204 0.000 0.620 0.176
#> SRR1747331 3 0.4221 0.6374 0.008 0.132 0.824 0.036
#> SRR1747333 2 0.4535 0.3854 0.004 0.704 0.000 0.292
#> SRR1747334 2 0.1661 0.5528 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1747335 3 0.6152 0.5458 0.072 0.032 0.712 0.184
#> SRR1747336 1 0.4535 0.5969 0.744 0.000 0.240 0.016
#> SRR1747337 2 0.7010 0.3357 0.000 0.576 0.184 0.240
#> SRR1747338 2 0.3266 0.5378 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1747339 2 0.6550 0.0689 0.104 0.620 0.004 0.272
#> SRR1747340 2 0.3668 0.4869 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1747341 2 0.4137 0.5239 0.000 0.780 0.012 0.208
#> SRR1747342 2 0.4348 0.5207 0.000 0.780 0.024 0.196
#> SRR1747343 2 0.3649 0.5298 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1747344 2 0.0188 0.5651 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747345 2 0.6805 -0.1867 0.076 0.512 0.008 0.404
#> SRR1747346 3 0.3587 0.6480 0.000 0.088 0.860 0.052
#> SRR1747347 3 0.3716 0.6482 0.000 0.096 0.852 0.052
#> SRR1747348 1 0.5024 0.4721 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR1747349 1 0.3708 0.6226 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR1747351 2 0.3850 0.5542 0.032 0.848 0.008 0.112
#> SRR1747350 3 0.7710 0.4043 0.004 0.340 0.456 0.200
#> SRR1747352 3 0.5600 0.0671 0.468 0.000 0.512 0.020
#> SRR1747353 2 0.4928 0.4828 0.068 0.804 0.024 0.104
#> SRR1747354 2 0.7225 0.1809 0.096 0.612 0.040 0.252
#> SRR1747355 1 0.5562 0.6166 0.748 0.064 0.020 0.168
#> SRR1747356 2 0.9461 -0.2308 0.108 0.344 0.236 0.312
#> SRR1747357 2 0.8533 -0.0968 0.232 0.464 0.044 0.260
#> SRR1747358 2 0.9639 -0.2513 0.132 0.332 0.240 0.296
#> SRR1747359 1 0.4781 0.6421 0.796 0.088 0.004 0.112
#> SRR1747360 2 0.1786 0.5639 0.008 0.948 0.008 0.036
#> SRR1747361 3 0.5828 0.5454 0.008 0.084 0.712 0.196
#> SRR1747362 2 0.3777 0.5490 0.052 0.868 0.020 0.060
#> SRR1747363 2 0.7176 0.0233 0.180 0.600 0.012 0.208
#> SRR1747364 1 0.7968 -0.0239 0.436 0.368 0.016 0.180
#> SRR1747365 3 0.9507 0.1195 0.208 0.124 0.336 0.332
#> SRR1747366 2 0.8405 0.1133 0.068 0.528 0.216 0.188
#> SRR1747367 2 0.6773 0.0978 0.136 0.640 0.012 0.212
#> SRR1747369 3 0.7736 0.5385 0.008 0.220 0.500 0.272
#> SRR1747368 4 0.9631 -0.3624 0.160 0.184 0.312 0.344
#> SRR1747370 2 0.4442 0.3200 0.008 0.752 0.004 0.236
#> SRR1747372 1 0.3662 0.6669 0.860 0.024 0.104 0.012
#> SRR1747371 1 0.6163 0.6215 0.720 0.056 0.052 0.172
#> SRR1747373 2 0.5500 0.4672 0.000 0.708 0.068 0.224
#> SRR1747374 3 0.6463 0.5414 0.000 0.196 0.644 0.160
#> SRR1747375 2 0.7370 -0.0642 0.188 0.560 0.008 0.244
#> SRR1747376 2 0.1661 0.5528 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1747377 2 0.3047 0.5435 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR1747378 2 0.1978 0.5475 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR1747379 2 0.4331 0.4065 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747380 3 0.3587 0.6480 0.000 0.088 0.860 0.052
#> SRR1747381 1 0.3521 0.6599 0.880 0.024 0.032 0.064
#> SRR1747382 1 0.4607 0.6450 0.820 0.016 0.076 0.088
#> SRR1747383 2 0.2546 0.5693 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1747384 3 0.5997 0.5402 0.100 0.004 0.692 0.204
#> SRR1747385 2 0.7722 0.0966 0.004 0.440 0.196 0.360
#> SRR1747386 1 0.5172 0.4093 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR1747387 2 0.4285 0.5376 0.028 0.804 0.004 0.164
#> SRR1747388 2 0.5361 0.4762 0.056 0.748 0.012 0.184
#> SRR1747390 3 0.7374 0.6034 0.040 0.100 0.592 0.268
#> SRR1747389 3 0.6822 0.6243 0.024 0.088 0.628 0.260
#> SRR1747391 2 0.5074 0.3501 0.004 0.656 0.008 0.332
#> SRR1747392 2 0.5601 0.3646 0.004 0.596 0.020 0.380
#> SRR1747393 3 0.7615 0.5241 0.008 0.216 0.524 0.252
#> SRR1747394 3 0.7394 0.3917 0.236 0.000 0.520 0.244
#> SRR1747395 2 0.4345 0.5136 0.004 0.788 0.020 0.188
#> SRR1747396 2 0.2011 0.5702 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747398 2 0.4428 0.5029 0.004 0.816 0.116 0.064
#> SRR1747397 2 0.6607 0.1109 0.132 0.648 0.008 0.212
#> SRR1747399 1 0.4212 0.5618 0.772 0.000 0.216 0.012
#> SRR1747400 1 0.3255 0.6635 0.880 0.012 0.092 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 1 0.6285 0.61451 0.552 0.288 0.000 0.008 0.152
#> SRR1747214 3 0.4138 0.49881 0.200 0.004 0.768 0.016 0.012
#> SRR1747215 2 0.5571 0.34990 0.000 0.568 0.000 0.348 0.084
#> SRR1747216 2 0.3990 0.32933 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1747217 2 0.3150 0.38756 0.016 0.864 0.000 0.024 0.096
#> SRR1747218 2 0.5197 0.28429 0.000 0.680 0.000 0.204 0.116
#> SRR1747219 2 0.8690 -0.40622 0.260 0.336 0.152 0.012 0.240
#> SRR1747220 3 0.4830 0.53723 0.020 0.188 0.748 0.020 0.024
#> SRR1747221 2 0.6541 -0.16394 0.212 0.504 0.000 0.280 0.004
#> SRR1747222 3 0.3873 0.54746 0.008 0.172 0.796 0.004 0.020
#> SRR1747223 2 0.5874 -0.21986 0.084 0.476 0.000 0.436 0.004
#> SRR1747224 2 0.2304 0.38627 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR1747225 2 0.5150 0.19929 0.000 0.692 0.000 0.136 0.172
#> SRR1747226 2 0.4268 0.32655 0.000 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR1747227 2 0.5575 0.09231 0.000 0.644 0.000 0.188 0.168
#> SRR1747228 2 0.6309 -0.37409 0.000 0.492 0.000 0.340 0.168
#> SRR1747229 2 0.6442 0.34140 0.004 0.504 0.008 0.356 0.128
#> SRR1747230 1 0.0579 0.69080 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747231 1 0.6819 0.62428 0.632 0.164 0.116 0.020 0.068
#> SRR1747232 1 0.5531 0.20286 0.560 0.000 0.384 0.020 0.036
#> SRR1747233 1 0.4576 0.57645 0.536 0.456 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747234 3 0.3398 0.32325 0.000 0.004 0.780 0.000 0.216
#> SRR1747235 1 0.1197 0.69657 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747236 5 0.6998 0.33012 0.008 0.148 0.032 0.284 0.528
#> SRR1747237 5 0.6468 0.29856 0.000 0.004 0.380 0.160 0.456
#> SRR1747238 5 0.5391 0.57768 0.004 0.104 0.192 0.008 0.692
#> SRR1747239 2 0.4622 0.27977 0.000 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1747240 1 0.0798 0.68982 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747241 2 0.7833 -0.16122 0.036 0.432 0.188 0.028 0.316
#> SRR1747242 1 0.0703 0.69447 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747243 4 0.6463 0.36909 0.008 0.408 0.000 0.444 0.140
#> SRR1747244 4 0.6600 0.09203 0.004 0.408 0.000 0.408 0.180
#> SRR1747245 4 0.5268 0.54364 0.004 0.136 0.000 0.692 0.168
#> SRR1747246 2 0.4455 0.29791 0.000 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR1747247 1 0.5218 0.00935 0.512 0.004 0.456 0.020 0.008
#> SRR1747248 1 0.0451 0.69077 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747249 1 0.6359 0.60036 0.532 0.308 0.000 0.008 0.152
#> SRR1747250 3 0.4383 -0.16342 0.000 0.000 0.572 0.004 0.424
#> SRR1747252 3 0.6385 0.49826 0.048 0.208 0.648 0.020 0.076
#> SRR1747253 3 0.4483 0.55468 0.012 0.148 0.784 0.016 0.040
#> SRR1747254 5 0.7076 0.46687 0.000 0.072 0.152 0.224 0.552
#> SRR1747255 1 0.5446 0.59888 0.576 0.360 0.000 0.060 0.004
#> SRR1747256 1 0.6341 0.57250 0.504 0.340 0.000 0.004 0.152
#> SRR1747257 2 0.6334 0.35950 0.004 0.536 0.008 0.328 0.124
#> SRR1747258 2 0.4245 0.38581 0.016 0.792 0.012 0.024 0.156
#> SRR1747259 5 0.4524 0.42696 0.000 0.004 0.420 0.004 0.572
#> SRR1747260 5 0.5759 0.57827 0.004 0.116 0.224 0.008 0.648
#> SRR1747261 2 0.0162 0.36270 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747262 2 0.4901 0.23095 0.000 0.716 0.000 0.116 0.168
#> SRR1747263 4 0.4780 0.53120 0.000 0.072 0.016 0.748 0.164
#> SRR1747264 1 0.0955 0.69988 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747265 1 0.6397 0.58736 0.520 0.320 0.000 0.008 0.152
#> SRR1747266 2 0.6465 0.32117 0.004 0.524 0.000 0.216 0.256
#> SRR1747267 2 0.6082 0.28865 0.112 0.660 0.012 0.024 0.192
#> SRR1747268 2 0.6362 -0.39430 0.000 0.464 0.000 0.368 0.168
#> SRR1747269 2 0.8201 -0.16645 0.008 0.384 0.248 0.088 0.272
#> SRR1747270 5 0.8291 0.20244 0.000 0.268 0.128 0.264 0.340
#> SRR1747271 3 0.5332 0.22898 0.000 0.012 0.700 0.124 0.164
#> SRR1747272 3 0.0579 0.53577 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747273 1 0.4703 0.69829 0.752 0.144 0.000 0.008 0.096
#> SRR1747274 2 0.3241 0.30306 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR1747275 1 0.4623 0.63739 0.640 0.340 0.000 0.012 0.008
#> SRR1747276 1 0.4875 0.60211 0.576 0.400 0.000 0.020 0.004
#> SRR1747277 2 0.7558 0.04466 0.000 0.420 0.056 0.316 0.208
#> SRR1747278 4 0.5949 0.53259 0.004 0.220 0.000 0.608 0.168
#> SRR1747280 1 0.1478 0.69616 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747279 1 0.5869 0.66255 0.640 0.216 0.004 0.008 0.132
#> SRR1747281 4 0.6372 0.45554 0.000 0.376 0.000 0.456 0.168
#> SRR1747282 1 0.4316 0.67647 0.748 0.208 0.000 0.040 0.004
#> SRR1747283 2 0.5379 0.22485 0.208 0.672 0.004 0.000 0.116
#> SRR1747284 1 0.3190 0.68498 0.840 0.012 0.000 0.008 0.140
#> SRR1747285 3 0.4706 -0.29785 0.000 0.004 0.496 0.008 0.492
#> SRR1747286 5 0.3762 0.54155 0.004 0.004 0.244 0.000 0.748
#> SRR1747287 2 0.6047 0.35753 0.000 0.532 0.000 0.332 0.136
#> SRR1747288 2 0.4551 0.35832 0.056 0.768 0.004 0.012 0.160
#> SRR1747290 5 0.6237 0.52584 0.000 0.088 0.304 0.032 0.576
#> SRR1747289 5 0.4775 0.45861 0.000 0.004 0.304 0.032 0.660
#> SRR1747291 2 0.5195 0.19260 0.000 0.688 0.000 0.144 0.168
#> SRR1747293 4 0.5880 0.47462 0.004 0.116 0.000 0.584 0.296
#> SRR1747294 3 0.6229 0.11336 0.000 0.016 0.588 0.140 0.256
#> SRR1747292 2 0.4803 -0.53948 0.492 0.492 0.000 0.012 0.004
#> SRR1747295 5 0.4162 0.52428 0.000 0.004 0.312 0.004 0.680
#> SRR1747296 5 0.4531 0.42046 0.000 0.004 0.424 0.004 0.568
#> SRR1747297 4 0.2230 0.46569 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1747298 4 0.4269 0.48391 0.000 0.188 0.000 0.756 0.056
#> SRR1747299 2 0.3796 0.32635 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747300 2 0.4088 0.33014 0.000 0.688 0.000 0.304 0.008
#> SRR1747301 2 0.7061 0.03133 0.004 0.388 0.012 0.388 0.208
#> SRR1747302 2 0.4557 0.24377 0.000 0.516 0.000 0.476 0.008
#> SRR1747303 4 0.5886 0.51872 0.000 0.224 0.000 0.600 0.176
#> SRR1747304 1 0.0992 0.68804 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747305 2 0.5878 0.35905 0.000 0.548 0.000 0.336 0.116
#> SRR1747306 2 0.5218 0.35303 0.000 0.604 0.000 0.336 0.060
#> SRR1747307 3 0.5861 0.51601 0.016 0.204 0.672 0.016 0.092
#> SRR1747308 3 0.1857 0.50686 0.000 0.004 0.928 0.008 0.060
#> SRR1747309 1 0.6115 0.50705 0.488 0.396 0.000 0.112 0.004
#> SRR1747310 3 0.3875 0.49393 0.208 0.004 0.772 0.012 0.004
#> SRR1747311 2 0.3866 0.32850 0.096 0.820 0.000 0.008 0.076
#> SRR1747313 2 0.0566 0.35761 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1747312 1 0.0693 0.69047 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747314 1 0.0798 0.68982 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747315 4 0.6384 0.44806 0.000 0.388 0.000 0.444 0.168
#> SRR1747316 5 0.8195 0.09273 0.000 0.164 0.268 0.172 0.396
#> SRR1747318 3 0.0932 0.53263 0.000 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR1747317 3 0.0833 0.53363 0.000 0.004 0.976 0.004 0.016
#> SRR1747319 2 0.6665 -0.30277 0.360 0.472 0.004 0.008 0.156
#> SRR1747320 1 0.6294 0.49757 0.444 0.404 0.000 0.000 0.152
#> SRR1747322 1 0.1243 0.68663 0.960 0.028 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747321 1 0.5736 0.57379 0.544 0.372 0.000 0.080 0.004
#> SRR1747323 2 0.4552 0.25208 0.000 0.524 0.000 0.468 0.008
#> SRR1747324 2 0.5177 0.28501 0.000 0.676 0.000 0.220 0.104
#> SRR1747326 4 0.5024 0.20248 0.004 0.396 0.000 0.572 0.028
#> SRR1747325 4 0.8015 -0.00875 0.000 0.172 0.216 0.448 0.164
#> SRR1747327 4 0.4402 0.37858 0.000 0.352 0.000 0.636 0.012
#> SRR1747328 4 0.7636 0.38713 0.080 0.320 0.000 0.432 0.168
#> SRR1747330 4 0.5460 0.53152 0.000 0.156 0.004 0.672 0.168
#> SRR1747329 4 0.4610 0.53354 0.000 0.092 0.000 0.740 0.168
#> SRR1747332 3 0.6494 0.49778 0.080 0.180 0.652 0.016 0.072
#> SRR1747331 3 0.3543 0.49897 0.004 0.044 0.852 0.016 0.084
#> SRR1747333 4 0.6384 0.44806 0.000 0.388 0.000 0.444 0.168
#> SRR1747334 2 0.3796 0.32635 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747335 3 0.5556 0.53376 0.012 0.184 0.700 0.016 0.088
#> SRR1747336 1 0.4148 0.60552 0.796 0.000 0.144 0.020 0.040
#> SRR1747337 4 0.6345 -0.17607 0.004 0.408 0.008 0.472 0.108
#> SRR1747338 2 0.4538 0.26682 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1747339 2 0.1430 0.31999 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1747340 2 0.5918 -0.05507 0.000 0.592 0.000 0.240 0.168
#> SRR1747341 4 0.4560 -0.24035 0.000 0.484 0.000 0.508 0.008
#> SRR1747342 4 0.4562 -0.25172 0.000 0.492 0.000 0.500 0.008
#> SRR1747343 2 0.4552 0.25208 0.000 0.524 0.000 0.468 0.008
#> SRR1747344 2 0.5322 0.25900 0.000 0.672 0.000 0.188 0.140
#> SRR1747345 2 0.4390 -0.20926 0.004 0.568 0.000 0.428 0.000
#> SRR1747346 3 0.0771 0.53289 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1747347 3 0.2597 0.45597 0.000 0.004 0.872 0.004 0.120
#> SRR1747348 1 0.4241 0.48112 0.716 0.000 0.264 0.008 0.012
#> SRR1747349 1 0.5721 0.62844 0.720 0.080 0.140 0.020 0.040
#> SRR1747351 2 0.6047 0.35753 0.000 0.532 0.000 0.332 0.136
#> SRR1747350 3 0.8591 -0.28363 0.004 0.236 0.308 0.168 0.284
#> SRR1747352 3 0.5686 0.17293 0.428 0.004 0.516 0.020 0.032
#> SRR1747353 2 0.6440 0.34936 0.004 0.520 0.000 0.284 0.192
#> SRR1747354 2 0.4310 0.38339 0.016 0.792 0.020 0.020 0.152
#> SRR1747355 1 0.5895 0.63826 0.592 0.292 0.000 0.008 0.108
#> SRR1747356 2 0.5481 0.34097 0.028 0.696 0.048 0.012 0.216
#> SRR1747357 2 0.4082 0.36682 0.044 0.788 0.000 0.008 0.160
#> SRR1747358 2 0.5934 0.31003 0.032 0.652 0.060 0.012 0.244
#> SRR1747359 1 0.3554 0.68901 0.776 0.216 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747360 2 0.6000 0.35736 0.000 0.532 0.000 0.340 0.128
#> SRR1747361 3 0.3612 0.54945 0.000 0.184 0.796 0.004 0.016
#> SRR1747362 2 0.6323 0.31822 0.000 0.528 0.000 0.220 0.252
#> SRR1747363 2 0.0451 0.36148 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747364 2 0.4950 -0.23821 0.348 0.612 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747365 2 0.6173 -0.17585 0.056 0.460 0.020 0.008 0.456
#> SRR1747366 2 0.7549 0.05989 0.012 0.440 0.164 0.044 0.340
#> SRR1747367 2 0.0162 0.36270 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747369 5 0.5912 0.52057 0.000 0.016 0.160 0.180 0.644
#> SRR1747368 2 0.5913 0.15817 0.040 0.616 0.032 0.012 0.300
#> SRR1747370 2 0.2825 0.29766 0.000 0.860 0.000 0.016 0.124
#> SRR1747372 1 0.2074 0.69136 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1747371 1 0.5992 0.63413 0.588 0.300 0.004 0.008 0.100
#> SRR1747373 4 0.4913 -0.24385 0.000 0.484 0.008 0.496 0.012
#> SRR1747374 3 0.6155 0.12916 0.000 0.004 0.556 0.292 0.148
#> SRR1747375 2 0.1569 0.32616 0.008 0.944 0.000 0.044 0.004
#> SRR1747376 2 0.3796 0.32635 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747377 2 0.5382 0.35715 0.000 0.592 0.000 0.336 0.072
#> SRR1747378 2 0.5079 0.21479 0.000 0.700 0.000 0.136 0.164
#> SRR1747379 2 0.6392 -0.41238 0.000 0.432 0.000 0.400 0.168
#> SRR1747380 3 0.0955 0.52971 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747381 1 0.2956 0.67908 0.848 0.004 0.000 0.008 0.140
#> SRR1747382 1 0.5652 0.67182 0.672 0.172 0.004 0.008 0.144
#> SRR1747383 2 0.5932 0.19560 0.000 0.528 0.000 0.356 0.116
#> SRR1747384 3 0.5723 0.51221 0.012 0.200 0.672 0.008 0.108
#> SRR1747385 4 0.6302 0.43269 0.000 0.052 0.140 0.640 0.168
#> SRR1747386 1 0.4540 0.42868 0.676 0.000 0.300 0.016 0.008
#> SRR1747387 2 0.5975 0.35038 0.000 0.532 0.000 0.344 0.124
#> SRR1747388 2 0.6193 0.35793 0.004 0.528 0.000 0.332 0.136
#> SRR1747390 5 0.6302 0.55368 0.000 0.156 0.244 0.016 0.584
#> SRR1747389 3 0.4490 -0.08723 0.004 0.004 0.588 0.000 0.404
#> SRR1747391 4 0.6172 0.52436 0.004 0.260 0.000 0.568 0.168
#> SRR1747392 4 0.2690 0.48012 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1747393 3 0.8078 -0.33300 0.000 0.328 0.344 0.100 0.228
#> SRR1747394 3 0.8678 0.11456 0.216 0.256 0.364 0.016 0.148
#> SRR1747395 4 0.6478 0.10860 0.000 0.396 0.000 0.420 0.184
#> SRR1747396 2 0.4436 0.30303 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008
#> SRR1747398 2 0.5630 0.28304 0.000 0.504 0.012 0.436 0.048
#> SRR1747397 2 0.0854 0.36664 0.004 0.976 0.000 0.008 0.012
#> SRR1747399 1 0.4234 0.59898 0.792 0.004 0.152 0.020 0.032
#> SRR1747400 1 0.4240 0.68343 0.820 0.020 0.056 0.016 0.088
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2355 0.46418 0.112 0.004 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR1747214 6 0.5866 0.52863 0.112 0.000 0.016 0.220 0.032 0.620
#> SRR1747215 2 0.2172 0.66410 0.000 0.912 0.020 0.044 0.024 0.000
#> SRR1747216 2 0.2420 0.62654 0.000 0.864 0.004 0.004 0.128 0.000
#> SRR1747217 2 0.6913 0.05444 0.000 0.376 0.196 0.368 0.056 0.004
#> SRR1747218 2 0.6234 0.48675 0.000 0.616 0.164 0.036 0.148 0.036
#> SRR1747219 4 0.4405 0.38394 0.008 0.004 0.056 0.772 0.028 0.132
#> SRR1747220 6 0.5256 0.52800 0.024 0.000 0.020 0.312 0.032 0.612
#> SRR1747221 4 0.6702 0.15842 0.108 0.036 0.032 0.416 0.408 0.000
#> SRR1747222 6 0.4103 0.55392 0.016 0.000 0.016 0.244 0.004 0.720
#> SRR1747223 5 0.6402 0.16679 0.036 0.036 0.072 0.312 0.540 0.004
#> SRR1747224 2 0.7321 0.17219 0.000 0.392 0.200 0.296 0.108 0.004
#> SRR1747225 5 0.5796 -0.03229 0.000 0.428 0.108 0.012 0.448 0.004
#> SRR1747226 2 0.1674 0.65130 0.000 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR1747227 5 0.4452 0.13330 0.000 0.428 0.008 0.016 0.548 0.000
#> SRR1747228 5 0.2822 0.68930 0.000 0.076 0.000 0.056 0.864 0.004
#> SRR1747229 2 0.3377 0.64809 0.000 0.844 0.016 0.088 0.012 0.040
#> SRR1747230 1 0.0692 0.71828 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1747231 4 0.6058 -0.05272 0.328 0.000 0.024 0.540 0.024 0.084
#> SRR1747232 1 0.5526 0.26222 0.584 0.000 0.032 0.028 0.028 0.328
#> SRR1747233 4 0.6269 0.18179 0.308 0.040 0.008 0.524 0.120 0.000
#> SRR1747234 6 0.4110 -0.22364 0.000 0.000 0.376 0.016 0.000 0.608
#> SRR1747235 1 0.3756 0.33974 0.644 0.000 0.000 0.352 0.004 0.000
#> SRR1747236 3 0.6165 0.45981 0.000 0.320 0.528 0.104 0.008 0.040
#> SRR1747237 6 0.6382 -0.41735 0.000 0.120 0.408 0.044 0.004 0.424
#> SRR1747238 3 0.6126 0.63307 0.000 0.044 0.560 0.164 0.000 0.232
#> SRR1747239 2 0.0260 0.65153 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747240 1 0.0291 0.71987 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1747241 4 0.5457 0.21521 0.000 0.084 0.024 0.652 0.016 0.224
#> SRR1747242 1 0.0777 0.71762 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1747243 5 0.2656 0.68075 0.008 0.044 0.000 0.060 0.884 0.004
#> SRR1747244 5 0.4606 0.25553 0.000 0.448 0.008 0.016 0.524 0.004
#> SRR1747245 5 0.2768 0.69591 0.000 0.156 0.000 0.012 0.832 0.000
#> SRR1747246 2 0.1080 0.65460 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032 0.000
#> SRR1747247 1 0.6193 0.17586 0.516 0.000 0.052 0.060 0.020 0.352
#> SRR1747248 1 0.0692 0.71828 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1747249 4 0.1882 0.49431 0.060 0.012 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1747250 6 0.4886 -0.10146 0.000 0.000 0.300 0.076 0.004 0.620
#> SRR1747252 6 0.6057 0.49023 0.016 0.000 0.100 0.284 0.032 0.568
#> SRR1747253 6 0.4452 0.55517 0.000 0.000 0.024 0.248 0.032 0.696
#> SRR1747254 3 0.6124 0.43666 0.000 0.284 0.528 0.012 0.012 0.164
#> SRR1747255 4 0.5795 -0.05357 0.440 0.012 0.008 0.444 0.096 0.000
#> SRR1747256 4 0.1173 0.51192 0.016 0.016 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR1747257 2 0.3363 0.65163 0.000 0.840 0.012 0.100 0.012 0.036
#> SRR1747258 4 0.6814 0.10174 0.000 0.304 0.200 0.440 0.052 0.004
#> SRR1747259 3 0.5149 0.50282 0.000 0.000 0.496 0.072 0.004 0.428
#> SRR1747260 3 0.6325 0.60381 0.000 0.024 0.476 0.224 0.000 0.276
#> SRR1747261 2 0.7582 0.14653 0.000 0.372 0.200 0.260 0.164 0.004
#> SRR1747262 2 0.6479 0.11163 0.000 0.432 0.128 0.048 0.388 0.004
#> SRR1747263 5 0.4024 0.63279 0.000 0.216 0.008 0.012 0.744 0.020
#> SRR1747264 1 0.3415 0.57839 0.760 0.000 0.004 0.228 0.004 0.004
#> SRR1747265 4 0.1382 0.50268 0.036 0.008 0.000 0.948 0.008 0.000
#> SRR1747266 2 0.7513 0.33890 0.000 0.456 0.172 0.204 0.148 0.020
#> SRR1747267 4 0.7091 0.11649 0.036 0.320 0.176 0.440 0.012 0.016
#> SRR1747268 5 0.3499 0.67502 0.000 0.064 0.040 0.052 0.840 0.004
#> SRR1747269 2 0.7779 -0.27016 0.000 0.348 0.272 0.132 0.016 0.232
#> SRR1747270 2 0.6156 0.16182 0.000 0.548 0.256 0.024 0.008 0.164
#> SRR1747271 6 0.4225 0.30076 0.000 0.048 0.152 0.004 0.028 0.768
#> SRR1747272 6 0.0551 0.48974 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008 0.984
#> SRR1747273 4 0.3767 0.25885 0.268 0.004 0.000 0.716 0.008 0.004
#> SRR1747274 2 0.7443 0.25737 0.000 0.420 0.200 0.164 0.212 0.004
#> SRR1747275 1 0.5603 0.01245 0.456 0.008 0.008 0.444 0.084 0.000
#> SRR1747276 4 0.6105 -0.00651 0.416 0.024 0.008 0.444 0.108 0.000
#> SRR1747277 2 0.5407 0.38718 0.000 0.636 0.012 0.004 0.196 0.152
#> SRR1747278 5 0.2722 0.70716 0.004 0.088 0.000 0.032 0.872 0.004
#> SRR1747280 1 0.1152 0.70935 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1747279 1 0.4082 0.27626 0.560 0.000 0.004 0.432 0.000 0.004
#> SRR1747281 5 0.2558 0.69918 0.000 0.104 0.000 0.028 0.868 0.000
#> SRR1747282 1 0.4490 0.51825 0.692 0.004 0.004 0.244 0.056 0.000
#> SRR1747283 4 0.4381 0.51831 0.004 0.032 0.148 0.760 0.056 0.000
#> SRR1747284 4 0.3104 0.34165 0.204 0.000 0.000 0.788 0.004 0.004
#> SRR1747285 6 0.4478 -0.39542 0.000 0.000 0.452 0.016 0.008 0.524
#> SRR1747286 3 0.4855 0.63569 0.000 0.000 0.640 0.104 0.000 0.256
#> SRR1747287 2 0.2112 0.65898 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> SRR1747288 4 0.4197 0.47578 0.000 0.044 0.196 0.744 0.012 0.004
#> SRR1747290 3 0.5266 0.57760 0.000 0.008 0.576 0.052 0.016 0.348
#> SRR1747289 3 0.4303 0.56876 0.000 0.000 0.652 0.024 0.008 0.316
#> SRR1747291 5 0.4507 0.12604 0.000 0.432 0.012 0.008 0.544 0.004
#> SRR1747293 5 0.4594 0.63603 0.000 0.160 0.008 0.104 0.724 0.004
#> SRR1747294 6 0.5643 0.23333 0.000 0.116 0.120 0.020 0.060 0.684
#> SRR1747292 4 0.6485 0.07024 0.372 0.036 0.008 0.444 0.140 0.000
#> SRR1747295 3 0.4948 0.61930 0.000 0.000 0.604 0.076 0.004 0.316
#> SRR1747296 3 0.5160 0.54238 0.000 0.000 0.520 0.076 0.004 0.400
#> SRR1747297 5 0.4333 0.33425 0.000 0.468 0.020 0.000 0.512 0.000
#> SRR1747298 5 0.3668 0.58871 0.000 0.328 0.004 0.000 0.668 0.000
#> SRR1747299 2 0.3206 0.59902 0.000 0.808 0.008 0.008 0.172 0.004
#> SRR1747300 2 0.2785 0.62233 0.000 0.852 0.008 0.008 0.128 0.004
#> SRR1747301 2 0.4033 0.51786 0.000 0.756 0.012 0.008 0.196 0.028
#> SRR1747302 2 0.1364 0.62702 0.000 0.944 0.000 0.004 0.048 0.004
#> SRR1747303 5 0.2980 0.69675 0.000 0.192 0.000 0.008 0.800 0.000
#> SRR1747304 1 0.0291 0.71987 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1747305 2 0.2195 0.66205 0.000 0.904 0.012 0.068 0.016 0.000
#> SRR1747306 2 0.2172 0.66410 0.000 0.912 0.020 0.044 0.024 0.000
#> SRR1747307 6 0.5744 0.51480 0.020 0.000 0.056 0.312 0.032 0.580
#> SRR1747308 6 0.2308 0.39871 0.000 0.000 0.108 0.004 0.008 0.880
#> SRR1747309 4 0.6530 0.04190 0.384 0.020 0.020 0.428 0.148 0.000
#> SRR1747310 6 0.5764 0.52946 0.104 0.000 0.016 0.216 0.032 0.632
#> SRR1747311 4 0.7756 0.09063 0.032 0.304 0.180 0.388 0.092 0.004
#> SRR1747313 2 0.7562 0.21349 0.000 0.392 0.200 0.224 0.180 0.004
#> SRR1747312 1 0.0291 0.71987 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1747314 1 0.0717 0.71802 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1747315 5 0.2623 0.69174 0.000 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> SRR1747316 5 0.7721 0.02579 0.000 0.184 0.060 0.060 0.360 0.336
#> SRR1747318 6 0.0837 0.48531 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004 0.972
#> SRR1747317 6 0.0862 0.48568 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008 0.972
#> SRR1747319 4 0.1332 0.51618 0.008 0.028 0.000 0.952 0.012 0.000
#> SRR1747320 4 0.1262 0.51514 0.008 0.020 0.000 0.956 0.016 0.000
#> SRR1747322 1 0.0291 0.71987 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1747321 1 0.6028 0.03221 0.444 0.016 0.008 0.416 0.116 0.000
#> SRR1747323 2 0.0632 0.64013 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747324 2 0.4122 0.53213 0.000 0.720 0.016 0.008 0.244 0.012
#> SRR1747326 5 0.3862 0.31463 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1747325 2 0.5417 0.30900 0.000 0.648 0.020 0.036 0.048 0.248
#> SRR1747327 5 0.3769 0.50823 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR1747328 5 0.3054 0.67613 0.032 0.036 0.004 0.052 0.872 0.004
#> SRR1747330 5 0.2859 0.69560 0.000 0.108 0.000 0.028 0.856 0.008
#> SRR1747329 5 0.2700 0.67952 0.000 0.156 0.004 0.004 0.836 0.000
#> SRR1747332 6 0.5052 0.53704 0.004 0.000 0.036 0.300 0.032 0.628
#> SRR1747331 6 0.2563 0.49503 0.000 0.000 0.044 0.028 0.036 0.892
#> SRR1747333 5 0.2752 0.69543 0.000 0.096 0.000 0.036 0.864 0.004
#> SRR1747334 2 0.3234 0.60558 0.000 0.812 0.004 0.008 0.164 0.012
#> SRR1747335 6 0.5065 0.54262 0.000 0.000 0.048 0.292 0.032 0.628
#> SRR1747336 1 0.2832 0.69206 0.880 0.000 0.056 0.016 0.008 0.040
#> SRR1747337 2 0.1950 0.62788 0.000 0.924 0.008 0.004 0.044 0.020
#> SRR1747338 2 0.0260 0.65114 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747339 2 0.7766 0.06031 0.000 0.316 0.196 0.256 0.228 0.004
#> SRR1747340 5 0.3840 0.54686 0.000 0.264 0.004 0.012 0.716 0.004
#> SRR1747341 2 0.1196 0.63256 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747342 2 0.1320 0.63364 0.000 0.948 0.016 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747343 2 0.0713 0.63846 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747344 2 0.4964 0.44939 0.000 0.648 0.048 0.012 0.280 0.012
#> SRR1747345 5 0.6042 0.37541 0.000 0.052 0.164 0.176 0.604 0.004
#> SRR1747346 6 0.0837 0.48531 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004 0.972
#> SRR1747347 6 0.2615 0.36845 0.000 0.000 0.136 0.004 0.008 0.852
#> SRR1747348 1 0.2939 0.68758 0.868 0.000 0.048 0.012 0.004 0.068
#> SRR1747349 1 0.5458 0.55348 0.644 0.000 0.064 0.240 0.008 0.044
#> SRR1747351 2 0.2203 0.65930 0.000 0.896 0.004 0.084 0.016 0.000
#> SRR1747350 2 0.7005 -0.18989 0.000 0.396 0.208 0.016 0.040 0.340
#> SRR1747352 6 0.7040 0.20309 0.264 0.000 0.028 0.232 0.032 0.444
#> SRR1747353 2 0.4455 0.62279 0.000 0.772 0.024 0.128 0.048 0.028
#> SRR1747354 4 0.6400 0.15462 0.000 0.288 0.204 0.480 0.024 0.004
#> SRR1747355 4 0.4096 -0.10827 0.484 0.000 0.000 0.508 0.008 0.000
#> SRR1747356 4 0.5297 0.40736 0.000 0.060 0.212 0.672 0.008 0.048
#> SRR1747357 4 0.5599 0.42005 0.000 0.160 0.200 0.620 0.012 0.008
#> SRR1747358 4 0.4524 0.44173 0.000 0.028 0.188 0.732 0.004 0.048
#> SRR1747359 1 0.4345 0.41354 0.640 0.004 0.008 0.332 0.016 0.000
#> SRR1747360 2 0.2894 0.65706 0.000 0.864 0.000 0.088 0.020 0.028
#> SRR1747361 6 0.4072 0.55306 0.000 0.000 0.004 0.260 0.032 0.704
#> SRR1747362 2 0.4744 0.56635 0.000 0.716 0.008 0.108 0.160 0.008
#> SRR1747363 4 0.7635 -0.01176 0.000 0.304 0.200 0.328 0.164 0.004
#> SRR1747364 4 0.3758 0.48801 0.008 0.068 0.000 0.792 0.132 0.000
#> SRR1747365 4 0.3870 0.47131 0.000 0.032 0.068 0.816 0.008 0.076
#> SRR1747366 4 0.7680 -0.35816 0.000 0.296 0.228 0.312 0.004 0.160
#> SRR1747367 2 0.7638 0.01535 0.000 0.320 0.200 0.312 0.164 0.004
#> SRR1747369 3 0.6524 0.50173 0.000 0.244 0.548 0.052 0.016 0.140
#> SRR1747368 4 0.4695 0.47043 0.000 0.036 0.208 0.716 0.016 0.024
#> SRR1747370 2 0.7524 0.23561 0.000 0.396 0.200 0.164 0.236 0.004
#> SRR1747372 1 0.2520 0.63620 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004 0.000
#> SRR1747371 4 0.4538 -0.06959 0.468 0.004 0.000 0.508 0.012 0.008
#> SRR1747373 2 0.1889 0.61913 0.000 0.920 0.020 0.000 0.056 0.004
#> SRR1747374 6 0.5171 0.16376 0.000 0.312 0.076 0.004 0.008 0.600
#> SRR1747375 4 0.7848 0.03208 0.004 0.276 0.168 0.300 0.248 0.004
#> SRR1747376 2 0.3135 0.60347 0.000 0.816 0.008 0.008 0.164 0.004
#> SRR1747377 2 0.2115 0.66322 0.000 0.916 0.020 0.032 0.032 0.000
#> SRR1747378 2 0.4552 0.23220 0.000 0.564 0.016 0.008 0.408 0.004
#> SRR1747379 5 0.2848 0.68257 0.000 0.160 0.000 0.008 0.828 0.004
#> SRR1747380 6 0.1615 0.45231 0.000 0.000 0.064 0.004 0.004 0.928
#> SRR1747381 4 0.3819 0.10292 0.340 0.000 0.000 0.652 0.000 0.008
#> SRR1747382 4 0.3099 0.40174 0.160 0.004 0.000 0.820 0.008 0.008
#> SRR1747383 2 0.3301 0.48523 0.000 0.772 0.000 0.008 0.216 0.004
#> SRR1747384 6 0.5464 0.52559 0.016 0.004 0.032 0.316 0.032 0.600
#> SRR1747385 5 0.4462 0.61205 0.000 0.104 0.008 0.024 0.764 0.100
#> SRR1747386 1 0.3291 0.67622 0.848 0.000 0.060 0.012 0.008 0.072
#> SRR1747387 2 0.2224 0.66201 0.000 0.904 0.020 0.064 0.012 0.000
#> SRR1747388 2 0.2492 0.64978 0.000 0.876 0.020 0.100 0.004 0.000
#> SRR1747390 3 0.6467 0.61014 0.000 0.032 0.484 0.192 0.004 0.288
#> SRR1747389 6 0.4697 -0.33603 0.000 0.000 0.432 0.036 0.004 0.528
#> SRR1747391 5 0.2261 0.70622 0.000 0.104 0.004 0.008 0.884 0.000
#> SRR1747392 5 0.3991 0.33735 0.000 0.472 0.000 0.004 0.524 0.000
#> SRR1747393 3 0.7374 0.20513 0.000 0.256 0.356 0.064 0.016 0.308
#> SRR1747394 4 0.5953 -0.31648 0.028 0.000 0.044 0.464 0.032 0.432
#> SRR1747395 2 0.5482 -0.06148 0.000 0.496 0.084 0.008 0.408 0.004
#> SRR1747396 2 0.1080 0.65523 0.000 0.960 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR1747398 2 0.2628 0.65160 0.000 0.896 0.032 0.024 0.012 0.036
#> SRR1747397 2 0.7519 0.14935 0.000 0.380 0.200 0.268 0.148 0.004
#> SRR1747399 1 0.5549 0.54303 0.628 0.000 0.060 0.256 0.008 0.048
#> SRR1747400 4 0.4985 -0.19766 0.436 0.000 0.024 0.516 0.004 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.901 0.935 0.973 0.4418 0.562 0.562
#> 3 3 0.781 0.848 0.928 0.4268 0.758 0.582
#> 4 4 0.680 0.758 0.878 0.1294 0.873 0.670
#> 5 5 0.601 0.627 0.785 0.0885 0.866 0.584
#> 6 6 0.699 0.561 0.769 0.0521 0.894 0.585
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.0376 0.9611 0.996 0.004
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.7056 0.7616 0.808 0.192
#> SRR1747223 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.7453 0.7357 0.788 0.212
#> SRR1747234 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.0938 0.9653 0.012 0.988
#> SRR1747244 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0376 0.9611 0.996 0.004
#> SRR1747250 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.9815 0.2663 0.420 0.580
#> SRR1747266 2 0.2603 0.9357 0.044 0.956
#> SRR1747267 2 0.6531 0.7988 0.168 0.832
#> SRR1747268 2 0.0672 0.9686 0.008 0.992
#> SRR1747269 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.6343 0.8065 0.160 0.840
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.2236 0.9349 0.964 0.036
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.0376 0.9717 0.004 0.996
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.6623 0.7881 0.172 0.828
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747288 2 0.8267 0.6438 0.260 0.740
#> SRR1747290 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0672 0.9580 0.992 0.008
#> SRR1747295 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747313 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747317 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747319 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.8555 0.6237 0.720 0.280
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.9129 0.5242 0.328 0.672
#> SRR1747330 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.9522 0.4210 0.372 0.628
#> SRR1747333 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.5178 0.8529 0.884 0.116
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.0938 0.9652 0.012 0.988
#> SRR1747340 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.5178 0.8615 0.116 0.884
#> SRR1747346 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0672 0.9685 0.008 0.992
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.8327 0.6504 0.264 0.736
#> SRR1747357 2 0.8443 0.6360 0.272 0.728
#> SRR1747358 2 0.6623 0.7922 0.172 0.828
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.9795 0.2739 0.584 0.416
#> SRR1747362 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.4022 0.8935 0.920 0.080
#> SRR1747365 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747367 2 0.0376 0.9717 0.004 0.996
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.6887 0.7680 0.816 0.184
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 1.0000 -0.0252 0.500 0.500
#> SRR1747385 2 0.0672 0.9685 0.008 0.992
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.7139 0.7566 0.196 0.804
#> SRR1747394 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.2603 0.9359 0.044 0.956
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9640 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 3 0.1289 0.805 0.032 0.000 0.968
#> SRR1747215 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 2 0.0592 0.958 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747218 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747219 3 0.6260 0.140 0.448 0.000 0.552
#> SRR1747220 1 0.6291 0.209 0.532 0.000 0.468
#> SRR1747221 1 0.4399 0.724 0.812 0.188 0.000
#> SRR1747222 3 0.0237 0.820 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747223 1 0.1964 0.876 0.944 0.056 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.0237 0.962 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747229 2 0.1860 0.926 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747230 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.4555 0.699 0.800 0.200 0.000
#> SRR1747234 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 3 0.6154 0.457 0.000 0.408 0.592
#> SRR1747237 3 0.1289 0.828 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747238 3 0.2796 0.814 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747239 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4654 0.757 0.000 0.208 0.792
#> SRR1747242 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.0592 0.956 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.1163 0.901 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747248 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747250 3 0.0892 0.827 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747252 1 0.5138 0.668 0.748 0.000 0.252
#> SRR1747253 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747254 3 0.1964 0.825 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747255 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.1411 0.941 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747258 2 0.1031 0.950 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747259 3 0.2537 0.818 0.000 0.080 0.920
#> SRR1747260 3 0.3941 0.785 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747261 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747264 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.8620 0.384 0.352 0.112 0.536
#> SRR1747266 2 0.0747 0.953 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747267 2 0.5502 0.645 0.248 0.744 0.008
#> SRR1747268 2 0.0424 0.959 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747269 3 0.6026 0.509 0.000 0.376 0.624
#> SRR1747270 3 0.5465 0.636 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747271 3 0.6192 0.421 0.000 0.420 0.580
#> SRR1747272 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.1860 0.880 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747274 2 0.2878 0.866 0.096 0.904 0.000
#> SRR1747275 1 0.0592 0.910 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747276 1 0.3482 0.799 0.872 0.128 0.000
#> SRR1747277 2 0.1753 0.930 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747278 2 0.0237 0.962 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.9346 0.496 0.224 0.260 0.516
#> SRR1747284 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.1411 0.828 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747286 3 0.1411 0.828 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747287 2 0.1031 0.950 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747288 1 0.8375 0.298 0.540 0.368 0.092
#> SRR1747290 3 0.0892 0.827 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747289 3 0.0424 0.825 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747291 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747294 2 0.4750 0.696 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747292 1 0.2066 0.872 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747295 3 0.1860 0.825 0.000 0.052 0.948
#> SRR1747296 3 0.0424 0.825 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747297 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.1031 0.951 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747302 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747303 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.1163 0.809 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747308 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747310 1 0.5529 0.601 0.704 0.000 0.296
#> SRR1747311 1 0.0424 0.912 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747313 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.3116 0.864 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747318 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 3 0.5882 0.575 0.000 0.348 0.652
#> SRR1747320 1 0.8907 0.344 0.572 0.200 0.228
#> SRR1747322 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.1163 0.899 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747327 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.5465 0.590 0.288 0.712 0.000
#> SRR1747330 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747332 1 0.2356 0.870 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747331 3 0.1643 0.820 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747333 2 0.0237 0.962 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 1 0.6247 0.433 0.620 0.004 0.376
#> SRR1747336 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2066 0.917 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747338 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747339 2 0.0747 0.953 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747341 2 0.0592 0.959 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747342 2 0.0592 0.959 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747343 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747344 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 2 0.2711 0.879 0.088 0.912 0.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 3 0.0747 0.827 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747348 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0424 0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747350 3 0.5968 0.478 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747352 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747353 2 0.0592 0.958 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747354 2 0.1163 0.947 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747355 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.9178 0.529 0.220 0.240 0.540
#> SRR1747357 2 0.5659 0.652 0.248 0.740 0.012
#> SRR1747358 3 0.6710 0.734 0.072 0.196 0.732
#> SRR1747359 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747361 3 0.9092 0.343 0.296 0.172 0.532
#> SRR1747362 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747363 2 0.0237 0.962 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747364 1 0.3752 0.775 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747365 3 0.3551 0.797 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747366 3 0.6215 0.408 0.000 0.428 0.572
#> SRR1747367 2 0.1163 0.944 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747369 3 0.4750 0.751 0.000 0.216 0.784
#> SRR1747368 3 0.4504 0.763 0.000 0.196 0.804
#> SRR1747370 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.2261 0.911 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747374 2 0.6204 0.186 0.000 0.576 0.424
#> SRR1747375 1 0.6244 0.240 0.560 0.440 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0592 0.958 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747378 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.1031 0.904 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747382 1 0.0237 0.914 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747383 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.3030 0.872 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747386 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0237 0.962 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747388 2 0.1529 0.937 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747390 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747389 3 0.0000 0.822 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.4654 0.741 0.000 0.208 0.792
#> SRR1747394 1 0.2878 0.849 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747395 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.1753 0.930 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747397 2 0.4062 0.774 0.164 0.836 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.4193 0.749948 0.796 0.004 0.184 0.016
#> SRR1747214 4 0.1022 0.826334 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747215 2 0.0657 0.904511 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747216 2 0.0376 0.903603 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747217 3 0.5070 0.398924 0.008 0.372 0.620 0.000
#> SRR1747218 3 0.4776 0.413357 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1747219 1 0.5280 0.712074 0.748 0.000 0.096 0.156
#> SRR1747220 4 0.3450 0.722609 0.156 0.000 0.008 0.836
#> SRR1747221 1 0.5030 0.475813 0.640 0.352 0.004 0.004
#> SRR1747222 4 0.1118 0.825616 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747223 1 0.4894 0.609235 0.720 0.260 0.008 0.012
#> SRR1747224 2 0.3257 0.826693 0.012 0.872 0.108 0.008
#> SRR1747225 2 0.1004 0.904434 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR1747226 2 0.3975 0.697079 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1747227 2 0.0524 0.904199 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747228 2 0.0895 0.898989 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1747229 3 0.5000 0.000202 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.1004 0.886990 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747232 1 0.1305 0.882681 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1747233 1 0.3377 0.775560 0.848 0.140 0.012 0.000
#> SRR1747234 4 0.3907 0.653727 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1747235 1 0.0469 0.890221 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747236 3 0.3024 0.682475 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1747237 3 0.6232 0.357838 0.000 0.072 0.596 0.332
#> SRR1747238 3 0.0657 0.728140 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1747239 2 0.1557 0.898832 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1747240 1 0.0336 0.890692 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747241 3 0.2882 0.720713 0.000 0.084 0.892 0.024
#> SRR1747242 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.1339 0.892856 0.024 0.964 0.008 0.004
#> SRR1747244 2 0.0336 0.902146 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747245 2 0.0336 0.902146 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747246 2 0.2081 0.882434 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1747247 1 0.4746 0.438726 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1747248 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.3774 0.771058 0.820 0.004 0.168 0.008
#> SRR1747250 4 0.4679 0.460027 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1747252 1 0.4746 0.606357 0.688 0.000 0.008 0.304
#> SRR1747253 4 0.0707 0.824431 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747254 3 0.5127 0.393635 0.000 0.012 0.632 0.356
#> SRR1747255 1 0.0469 0.890242 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.3448 0.776748 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR1747257 3 0.2197 0.727489 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR1747258 3 0.1994 0.732172 0.008 0.052 0.936 0.004
#> SRR1747259 3 0.2704 0.687982 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747260 3 0.1305 0.722121 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1747261 2 0.2899 0.856524 0.004 0.880 0.112 0.004
#> SRR1747262 2 0.1305 0.902446 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1747263 2 0.0524 0.902455 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747264 1 0.0336 0.890692 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747265 3 0.7465 0.005709 0.424 0.016 0.448 0.112
#> SRR1747266 2 0.4885 0.717441 0.056 0.784 0.152 0.008
#> SRR1747267 2 0.6765 0.190084 0.396 0.532 0.048 0.024
#> SRR1747268 2 0.0469 0.902075 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1747269 3 0.2224 0.730526 0.000 0.032 0.928 0.040
#> SRR1747270 3 0.7706 0.213798 0.000 0.236 0.436 0.328
#> SRR1747271 4 0.6375 0.414312 0.000 0.272 0.104 0.624
#> SRR1747272 4 0.0817 0.826366 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747273 1 0.3249 0.804317 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1747274 2 0.3914 0.809618 0.120 0.840 0.036 0.004
#> SRR1747275 1 0.2011 0.846966 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.3123 0.764196 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.1305 0.903617 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1747278 2 0.0672 0.903494 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0804 0.889929 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1747281 2 0.0376 0.902896 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1747282 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.1911 0.730442 0.032 0.020 0.944 0.004
#> SRR1747284 1 0.3172 0.784404 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1747285 3 0.3751 0.624508 0.000 0.004 0.800 0.196
#> SRR1747286 3 0.1389 0.716433 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747287 2 0.2593 0.859574 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1747288 3 0.6522 0.232691 0.384 0.028 0.556 0.032
#> SRR1747290 3 0.4137 0.610738 0.000 0.012 0.780 0.208
#> SRR1747289 3 0.3498 0.664557 0.000 0.008 0.832 0.160
#> SRR1747291 2 0.0188 0.903726 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747293 2 0.1229 0.898305 0.004 0.968 0.020 0.008
#> SRR1747294 2 0.3707 0.799047 0.000 0.840 0.028 0.132
#> SRR1747292 1 0.3444 0.731780 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.2081 0.702132 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747296 3 0.4679 0.335771 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1747297 2 0.0376 0.903744 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747298 2 0.0336 0.904065 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747299 2 0.1302 0.899560 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747300 2 0.2081 0.881132 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1747301 2 0.1398 0.901916 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1747302 2 0.2469 0.864576 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1747303 2 0.0188 0.903002 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747304 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1004 0.900234 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1747306 2 0.1305 0.902026 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1747307 4 0.2546 0.798578 0.060 0.000 0.028 0.912
#> SRR1747308 4 0.1211 0.826308 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747309 1 0.1082 0.887101 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1747310 4 0.3757 0.730385 0.152 0.000 0.020 0.828
#> SRR1747311 1 0.0712 0.890584 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR1747313 2 0.5021 0.632474 0.240 0.724 0.036 0.000
#> SRR1747312 1 0.0188 0.890694 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747314 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0524 0.901948 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747316 2 0.3464 0.812635 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR1747318 4 0.1022 0.825757 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747317 4 0.1209 0.825361 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1747319 3 0.1388 0.731803 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR1747320 3 0.2402 0.709612 0.076 0.012 0.912 0.000
#> SRR1747322 1 0.0188 0.890924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747321 1 0.1771 0.876986 0.948 0.036 0.004 0.012
#> SRR1747323 2 0.2216 0.877168 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1747324 2 0.2345 0.869534 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1747326 2 0.0188 0.903726 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747325 2 0.0707 0.905409 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747327 2 0.0376 0.903603 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747328 2 0.4074 0.708811 0.196 0.792 0.008 0.004
#> SRR1747330 2 0.1007 0.898994 0.008 0.976 0.008 0.008
#> SRR1747329 2 0.0672 0.901241 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747332 1 0.5126 0.269647 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR1747331 4 0.1575 0.821719 0.004 0.012 0.028 0.956
#> SRR1747333 2 0.0992 0.900689 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR1747334 2 0.1940 0.886206 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1747335 4 0.3315 0.766731 0.104 0.008 0.016 0.872
#> SRR1747336 1 0.1004 0.886495 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747337 2 0.4855 0.340190 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1747338 2 0.4624 0.501464 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1747339 2 0.2310 0.869085 0.068 0.920 0.008 0.004
#> SRR1747340 2 0.0859 0.901629 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1747341 2 0.1389 0.899591 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747342 2 0.1302 0.900669 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747343 2 0.2081 0.882830 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1747344 2 0.2011 0.883707 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747345 2 0.2125 0.878985 0.052 0.932 0.012 0.004
#> SRR1747346 4 0.1211 0.825614 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747347 4 0.2542 0.801030 0.000 0.012 0.084 0.904
#> SRR1747348 1 0.0336 0.890692 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747349 1 0.1004 0.886495 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747351 2 0.2814 0.841882 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1747350 4 0.5189 0.363201 0.000 0.372 0.012 0.616
#> SRR1747352 1 0.2999 0.818991 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1747353 2 0.4655 0.515471 0.000 0.684 0.312 0.004
#> SRR1747354 3 0.2899 0.715092 0.004 0.112 0.880 0.004
#> SRR1747355 1 0.0927 0.889106 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1747356 3 0.3210 0.717473 0.036 0.024 0.896 0.044
#> SRR1747357 3 0.7136 0.493929 0.172 0.212 0.604 0.012
#> SRR1747358 3 0.0992 0.727879 0.004 0.008 0.976 0.012
#> SRR1747359 1 0.0992 0.889790 0.976 0.004 0.008 0.012
#> SRR1747360 2 0.2010 0.898804 0.004 0.932 0.060 0.004
#> SRR1747361 4 0.2297 0.807680 0.024 0.032 0.012 0.932
#> SRR1747362 2 0.2654 0.832409 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1747363 3 0.6234 0.447479 0.068 0.348 0.584 0.000
#> SRR1747364 1 0.1610 0.881060 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR1747365 3 0.2048 0.710337 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1747366 3 0.1724 0.730409 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1747367 3 0.7717 0.351353 0.304 0.252 0.444 0.000
#> SRR1747369 3 0.3521 0.711453 0.000 0.084 0.864 0.052
#> SRR1747368 3 0.3890 0.648044 0.028 0.004 0.836 0.132
#> SRR1747370 2 0.0779 0.904933 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.890848 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0188 0.890694 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747373 2 0.4228 0.701676 0.000 0.760 0.232 0.008
#> SRR1747374 2 0.5693 0.014233 0.000 0.504 0.024 0.472
#> SRR1747375 1 0.3102 0.810326 0.872 0.116 0.008 0.004
#> SRR1747376 2 0.1302 0.900291 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747377 2 0.4564 0.525018 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1747378 2 0.0921 0.903453 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747379 2 0.0376 0.902754 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747380 4 0.1211 0.825614 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747381 1 0.3390 0.805933 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR1747382 1 0.1109 0.884714 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747383 2 0.0817 0.903907 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747384 4 0.0592 0.825798 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747385 2 0.2384 0.863178 0.004 0.916 0.008 0.072
#> SRR1747386 1 0.0592 0.889671 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747387 2 0.0817 0.904256 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747388 3 0.3726 0.641640 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1747390 3 0.2704 0.675446 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747389 4 0.4585 0.506461 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1747391 2 0.0000 0.902969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.902969 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747393 4 0.8191 -0.024564 0.012 0.260 0.328 0.400
#> SRR1747394 1 0.2593 0.849854 0.904 0.000 0.016 0.080
#> SRR1747395 2 0.1576 0.901115 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR1747396 2 0.1389 0.898990 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747398 3 0.4040 0.601270 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1747397 1 0.5262 0.532228 0.672 0.304 0.020 0.004
#> SRR1747399 1 0.1004 0.886562 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747400 1 0.0804 0.890044 0.980 0.000 0.012 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 3 0.4441 0.5251 0.000 0.012 0.696 0.280 0.012
#> SRR1747214 1 0.0609 0.7966 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1747215 5 0.0451 0.8079 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1747216 5 0.0162 0.8071 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747217 2 0.6272 0.6374 0.000 0.576 0.256 0.012 0.156
#> SRR1747218 2 0.5430 0.6831 0.000 0.660 0.192 0.000 0.148
#> SRR1747219 3 0.7463 0.3620 0.080 0.148 0.508 0.260 0.004
#> SRR1747220 1 0.5929 0.6588 0.692 0.108 0.112 0.088 0.000
#> SRR1747221 4 0.6333 0.4657 0.004 0.144 0.008 0.564 0.280
#> SRR1747222 1 0.0404 0.7980 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.6913 0.4130 0.012 0.180 0.012 0.516 0.280
#> SRR1747224 5 0.5296 0.5980 0.000 0.176 0.132 0.004 0.688
#> SRR1747225 5 0.3044 0.7401 0.000 0.148 0.004 0.008 0.840
#> SRR1747226 2 0.5489 0.7076 0.000 0.648 0.136 0.000 0.216
#> SRR1747227 5 0.0162 0.8080 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747228 5 0.0703 0.8055 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747229 2 0.5440 0.6900 0.000 0.660 0.184 0.000 0.156
#> SRR1747230 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.4762 0.6802 0.008 0.140 0.104 0.748 0.000
#> SRR1747232 4 0.0854 0.8014 0.012 0.008 0.004 0.976 0.000
#> SRR1747233 4 0.3035 0.7661 0.000 0.112 0.000 0.856 0.032
#> SRR1747234 1 0.1444 0.7880 0.948 0.012 0.040 0.000 0.000
#> SRR1747235 4 0.2172 0.7800 0.000 0.016 0.076 0.908 0.000
#> SRR1747236 2 0.5666 0.5939 0.004 0.604 0.296 0.000 0.096
#> SRR1747237 3 0.6206 0.3722 0.200 0.000 0.548 0.000 0.252
#> SRR1747238 3 0.3715 0.4697 0.004 0.260 0.736 0.000 0.000
#> SRR1747239 5 0.4560 0.1428 0.000 0.484 0.008 0.000 0.508
#> SRR1747240 4 0.0510 0.8035 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747241 3 0.5611 -0.1363 0.008 0.408 0.528 0.000 0.056
#> SRR1747242 4 0.0324 0.8032 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1747243 5 0.1914 0.7816 0.000 0.016 0.000 0.060 0.924
#> SRR1747244 5 0.0963 0.8049 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1747245 5 0.0609 0.8071 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747246 2 0.4898 0.5714 0.000 0.592 0.032 0.000 0.376
#> SRR1747247 4 0.3957 0.5628 0.280 0.008 0.000 0.712 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.4182 0.4176 0.000 0.004 0.644 0.352 0.000
#> SRR1747250 3 0.4752 0.5098 0.272 0.004 0.684 0.000 0.040
#> SRR1747252 4 0.8162 -0.1554 0.296 0.296 0.100 0.308 0.000
#> SRR1747253 1 0.4157 0.7313 0.784 0.164 0.012 0.040 0.000
#> SRR1747254 2 0.4078 0.5728 0.040 0.792 0.156 0.000 0.012
#> SRR1747255 4 0.0703 0.8026 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747256 4 0.2471 0.7425 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1747257 3 0.4119 0.5977 0.000 0.068 0.780 0.000 0.152
#> SRR1747258 3 0.1549 0.7180 0.000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR1747259 2 0.6011 0.3693 0.128 0.528 0.344 0.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.2017 0.6948 0.008 0.080 0.912 0.000 0.000
#> SRR1747261 5 0.2562 0.7857 0.000 0.032 0.060 0.008 0.900
#> SRR1747262 5 0.0510 0.8081 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747263 5 0.0566 0.8086 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747264 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.4345 0.6740 0.028 0.072 0.812 0.080 0.008
#> SRR1747266 5 0.6882 0.2129 0.004 0.208 0.316 0.008 0.464
#> SRR1747267 5 0.8002 0.1977 0.020 0.192 0.240 0.076 0.472
#> SRR1747268 5 0.0798 0.8067 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> SRR1747269 2 0.4178 0.5247 0.004 0.696 0.292 0.000 0.008
#> SRR1747270 2 0.7830 0.2786 0.180 0.464 0.236 0.000 0.120
#> SRR1747271 2 0.5736 0.3667 0.372 0.544 0.004 0.000 0.080
#> SRR1747272 1 0.1041 0.7919 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747273 4 0.4800 0.3747 0.000 0.028 0.368 0.604 0.000
#> SRR1747274 5 0.4454 0.6890 0.000 0.092 0.016 0.108 0.784
#> SRR1747275 4 0.2074 0.7746 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747276 4 0.2561 0.7480 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747277 5 0.4014 0.5211 0.016 0.256 0.000 0.000 0.728
#> SRR1747278 5 0.2452 0.7814 0.004 0.084 0.000 0.016 0.896
#> SRR1747280 4 0.0290 0.8038 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747279 4 0.0727 0.8052 0.012 0.000 0.004 0.980 0.004
#> SRR1747281 5 0.0290 0.8072 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747282 4 0.1478 0.7913 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747283 3 0.5083 -0.0209 0.000 0.428 0.540 0.028 0.004
#> SRR1747284 4 0.4206 0.5465 0.000 0.016 0.288 0.696 0.000
#> SRR1747285 2 0.5610 0.5551 0.176 0.640 0.184 0.000 0.000
#> SRR1747286 3 0.1892 0.6965 0.004 0.080 0.916 0.000 0.000
#> SRR1747287 5 0.2389 0.7517 0.000 0.004 0.116 0.000 0.880
#> SRR1747288 3 0.3262 0.6916 0.000 0.020 0.856 0.104 0.020
#> SRR1747290 2 0.4491 0.5361 0.008 0.708 0.260 0.000 0.024
#> SRR1747289 2 0.4435 0.4819 0.008 0.664 0.320 0.000 0.008
#> SRR1747291 5 0.1270 0.7984 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1747293 5 0.2478 0.7810 0.000 0.060 0.028 0.008 0.904
#> SRR1747294 5 0.4218 0.4778 0.332 0.008 0.000 0.000 0.660
#> SRR1747292 4 0.2338 0.7681 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR1747295 3 0.2464 0.6796 0.016 0.096 0.888 0.000 0.000
#> SRR1747296 3 0.3741 0.5591 0.264 0.004 0.732 0.000 0.000
#> SRR1747297 5 0.0703 0.8063 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1747298 5 0.1197 0.7947 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1747299 5 0.2020 0.7613 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747300 5 0.4659 -0.3462 0.000 0.492 0.012 0.000 0.496
#> SRR1747301 2 0.4977 0.4187 0.016 0.532 0.008 0.000 0.444
#> SRR1747302 2 0.5219 0.6600 0.004 0.636 0.060 0.000 0.300
#> SRR1747303 5 0.0404 0.8087 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1747304 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.0912 0.8081 0.000 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1747306 5 0.0671 0.8074 0.000 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR1747307 1 0.6601 0.5852 0.548 0.292 0.032 0.128 0.000
#> SRR1747308 1 0.0566 0.7986 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1747309 4 0.5172 0.6890 0.012 0.176 0.012 0.728 0.072
#> SRR1747310 1 0.1644 0.7859 0.940 0.004 0.008 0.048 0.000
#> SRR1747311 4 0.5121 0.6708 0.004 0.220 0.012 0.704 0.060
#> SRR1747313 4 0.7049 0.0305 0.000 0.320 0.008 0.360 0.312
#> SRR1747312 4 0.0290 0.8025 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.0955 0.8055 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR1747316 5 0.4156 0.6705 0.152 0.020 0.036 0.000 0.792
#> SRR1747318 1 0.0162 0.7987 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0324 0.7983 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747319 3 0.1331 0.7187 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR1747320 3 0.2580 0.7165 0.000 0.044 0.892 0.064 0.000
#> SRR1747322 4 0.1356 0.8003 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
#> SRR1747321 4 0.3056 0.7837 0.012 0.044 0.008 0.884 0.052
#> SRR1747323 2 0.4779 0.5472 0.004 0.584 0.016 0.000 0.396
#> SRR1747324 2 0.5654 0.5779 0.000 0.536 0.084 0.000 0.380
#> SRR1747326 5 0.2536 0.7403 0.004 0.128 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747325 5 0.2723 0.7435 0.012 0.124 0.000 0.000 0.864
#> SRR1747327 5 0.0290 0.8084 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747328 5 0.2067 0.7848 0.000 0.032 0.000 0.048 0.920
#> SRR1747330 5 0.1554 0.8068 0.012 0.024 0.004 0.008 0.952
#> SRR1747329 5 0.1990 0.8014 0.012 0.052 0.004 0.004 0.928
#> SRR1747332 1 0.7587 0.1606 0.388 0.164 0.072 0.376 0.000
#> SRR1747331 1 0.6228 0.6806 0.680 0.164 0.088 0.032 0.036
#> SRR1747333 5 0.4164 0.6695 0.008 0.228 0.008 0.008 0.748
#> SRR1747334 2 0.4656 -0.0229 0.000 0.508 0.012 0.000 0.480
#> SRR1747335 1 0.6903 0.6537 0.640 0.164 0.080 0.072 0.044
#> SRR1747336 4 0.2964 0.7428 0.004 0.152 0.004 0.840 0.000
#> SRR1747337 2 0.5456 0.6962 0.008 0.648 0.084 0.000 0.260
#> SRR1747338 2 0.5343 0.6993 0.004 0.656 0.088 0.000 0.252
#> SRR1747339 5 0.5885 0.5265 0.000 0.208 0.008 0.156 0.628
#> SRR1747340 5 0.4130 0.6646 0.004 0.240 0.008 0.008 0.740
#> SRR1747341 5 0.3774 0.4348 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1747342 5 0.3424 0.5809 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1747343 2 0.4722 0.5168 0.004 0.572 0.012 0.000 0.412
#> SRR1747344 2 0.5461 0.5124 0.000 0.528 0.064 0.000 0.408
#> SRR1747345 5 0.6969 0.2421 0.012 0.188 0.008 0.312 0.480
#> SRR1747346 1 0.0324 0.7988 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747347 1 0.4194 0.4837 0.708 0.276 0.004 0.000 0.012
#> SRR1747348 4 0.1243 0.8020 0.008 0.028 0.004 0.960 0.000
#> SRR1747349 4 0.3632 0.7220 0.004 0.176 0.020 0.800 0.000
#> SRR1747351 5 0.3176 0.7571 0.000 0.064 0.080 0.000 0.856
#> SRR1747350 1 0.7958 0.2853 0.364 0.216 0.064 0.008 0.348
#> SRR1747352 4 0.4138 0.6946 0.072 0.148 0.000 0.780 0.000
#> SRR1747353 3 0.4644 0.1530 0.000 0.012 0.528 0.000 0.460
#> SRR1747354 3 0.1399 0.7277 0.000 0.020 0.952 0.000 0.028
#> SRR1747355 4 0.3961 0.6698 0.000 0.000 0.028 0.760 0.212
#> SRR1747356 3 0.1978 0.7284 0.000 0.044 0.928 0.024 0.004
#> SRR1747357 3 0.4080 0.6496 0.000 0.212 0.760 0.012 0.016
#> SRR1747358 3 0.1764 0.7266 0.000 0.064 0.928 0.008 0.000
#> SRR1747359 4 0.4896 0.7061 0.016 0.176 0.012 0.748 0.048
#> SRR1747360 5 0.4521 0.5751 0.008 0.316 0.012 0.000 0.664
#> SRR1747361 1 0.3436 0.7337 0.844 0.020 0.008 0.008 0.120
#> SRR1747362 5 0.1831 0.7802 0.000 0.004 0.076 0.000 0.920
#> SRR1747363 2 0.7776 0.5349 0.000 0.488 0.152 0.160 0.200
#> SRR1747364 4 0.3285 0.7691 0.000 0.008 0.092 0.856 0.044
#> SRR1747365 3 0.0613 0.7273 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747366 3 0.0451 0.7262 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1747367 4 0.7448 -0.1342 0.000 0.396 0.108 0.400 0.096
#> SRR1747369 2 0.6101 0.5703 0.176 0.628 0.176 0.000 0.020
#> SRR1747368 3 0.1573 0.7285 0.036 0.008 0.948 0.004 0.004
#> SRR1747370 5 0.3740 0.7030 0.000 0.196 0.012 0.008 0.784
#> SRR1747372 4 0.0000 0.8037 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0451 0.8023 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1747373 2 0.5295 0.6727 0.004 0.636 0.068 0.000 0.292
#> SRR1747374 1 0.5530 0.3866 0.632 0.096 0.004 0.000 0.268
#> SRR1747375 4 0.5154 0.6686 0.012 0.220 0.012 0.708 0.048
#> SRR1747376 5 0.3727 0.6791 0.000 0.216 0.016 0.000 0.768
#> SRR1747377 2 0.5466 0.7027 0.000 0.656 0.152 0.000 0.192
#> SRR1747378 5 0.3885 0.6092 0.000 0.268 0.008 0.000 0.724
#> SRR1747379 5 0.0290 0.8084 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747380 1 0.0566 0.7978 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747381 3 0.4450 0.0354 0.004 0.000 0.508 0.488 0.000
#> SRR1747382 4 0.3274 0.6512 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1747383 5 0.3123 0.6664 0.004 0.184 0.000 0.000 0.812
#> SRR1747384 1 0.1569 0.7970 0.948 0.032 0.012 0.008 0.000
#> SRR1747385 5 0.3099 0.7453 0.124 0.028 0.000 0.000 0.848
#> SRR1747386 4 0.0740 0.8036 0.008 0.008 0.004 0.980 0.000
#> SRR1747387 5 0.1943 0.7890 0.000 0.020 0.056 0.000 0.924
#> SRR1747388 3 0.5268 0.3317 0.000 0.068 0.612 0.000 0.320
#> SRR1747390 3 0.2067 0.7169 0.032 0.048 0.920 0.000 0.000
#> SRR1747389 3 0.5122 0.5446 0.228 0.028 0.700 0.000 0.044
#> SRR1747391 5 0.0324 0.8076 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1747392 5 0.0290 0.8067 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747393 2 0.9043 -0.1636 0.280 0.340 0.220 0.060 0.100
#> SRR1747394 4 0.5276 0.6823 0.108 0.148 0.024 0.720 0.000
#> SRR1747395 2 0.4587 0.5788 0.008 0.660 0.008 0.004 0.320
#> SRR1747396 2 0.4302 0.4966 0.004 0.648 0.004 0.000 0.344
#> SRR1747398 2 0.5284 0.6632 0.000 0.668 0.216 0.000 0.116
#> SRR1747397 4 0.6820 0.3262 0.012 0.360 0.012 0.480 0.136
#> SRR1747399 4 0.3219 0.7441 0.004 0.136 0.020 0.840 0.000
#> SRR1747400 4 0.2879 0.7607 0.000 0.032 0.100 0.868 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 3 0.4644 0.6295 0.000 0.000 0.524 0.032 0.004 0.440
#> SRR1747214 1 0.0291 0.8413 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747215 5 0.0291 0.7777 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1747216 5 0.0000 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 2 0.2084 0.8155 0.000 0.916 0.016 0.000 0.024 0.044
#> SRR1747218 2 0.0436 0.8187 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1747219 3 0.4099 0.4464 0.020 0.000 0.748 0.036 0.000 0.196
#> SRR1747220 1 0.4552 0.5400 0.636 0.000 0.320 0.032 0.000 0.012
#> SRR1747221 6 0.6101 0.3817 0.000 0.004 0.000 0.364 0.228 0.404
#> SRR1747222 1 0.0260 0.8436 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 6 0.5753 0.4817 0.000 0.000 0.000 0.252 0.236 0.512
#> SRR1747224 6 0.3923 0.2384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.416 0.580
#> SRR1747225 5 0.5650 0.2938 0.000 0.152 0.000 0.016 0.584 0.248
#> SRR1747226 2 0.1003 0.8222 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1747227 5 0.0551 0.7777 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR1747228 5 0.0000 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.3172 0.7356 0.000 0.820 0.016 0.000 0.012 0.152
#> SRR1747230 4 0.0405 0.8259 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1747231 4 0.4051 0.4986 0.008 0.000 0.432 0.560 0.000 0.000
#> SRR1747232 4 0.1668 0.8148 0.008 0.000 0.060 0.928 0.000 0.004
#> SRR1747233 4 0.1564 0.8104 0.000 0.040 0.000 0.936 0.000 0.024
#> SRR1747234 1 0.0692 0.8389 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747235 4 0.2302 0.8041 0.000 0.008 0.060 0.900 0.000 0.032
#> SRR1747236 2 0.0820 0.8171 0.000 0.972 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747237 5 0.7668 -0.1890 0.180 0.008 0.168 0.000 0.352 0.292
#> SRR1747238 2 0.5988 -0.0984 0.004 0.440 0.200 0.000 0.000 0.356
#> SRR1747239 6 0.5911 0.2112 0.000 0.180 0.004 0.000 0.372 0.444
#> SRR1747240 4 0.1408 0.8184 0.000 0.000 0.036 0.944 0.000 0.020
#> SRR1747241 2 0.4252 0.6927 0.000 0.768 0.128 0.028 0.000 0.076
#> SRR1747242 4 0.0405 0.8245 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1747243 5 0.0914 0.7721 0.000 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR1747244 5 0.1866 0.7328 0.000 0.008 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1747245 5 0.0146 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747246 2 0.1719 0.8147 0.000 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR1747247 4 0.3509 0.6539 0.240 0.000 0.016 0.744 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0291 0.8248 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1747249 3 0.4933 0.6120 0.000 0.000 0.504 0.064 0.000 0.432
#> SRR1747250 3 0.5806 0.5957 0.044 0.000 0.464 0.000 0.068 0.424
#> SRR1747252 3 0.5163 -0.1820 0.044 0.000 0.492 0.020 0.000 0.444
#> SRR1747253 1 0.4649 0.4437 0.556 0.004 0.412 0.012 0.000 0.016
#> SRR1747254 2 0.3250 0.7233 0.012 0.788 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747255 4 0.0622 0.8207 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1747256 4 0.1401 0.8148 0.000 0.004 0.020 0.948 0.000 0.028
#> SRR1747257 6 0.6616 -0.2918 0.000 0.040 0.212 0.000 0.320 0.428
#> SRR1747258 3 0.4574 0.6308 0.000 0.036 0.524 0.000 0.000 0.440
#> SRR1747259 2 0.5282 0.5516 0.220 0.656 0.040 0.000 0.000 0.084
#> SRR1747260 3 0.5064 0.6160 0.000 0.076 0.492 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747261 5 0.3592 0.7094 0.000 0.072 0.024 0.024 0.840 0.040
#> SRR1747262 5 0.1579 0.7689 0.000 0.024 0.008 0.004 0.944 0.020
#> SRR1747263 5 0.0777 0.7749 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747264 4 0.0508 0.8255 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1747265 3 0.3961 0.6391 0.004 0.000 0.556 0.000 0.000 0.440
#> SRR1747266 6 0.4002 0.2793 0.000 0.000 0.068 0.000 0.188 0.744
#> SRR1747267 5 0.6070 -0.1250 0.008 0.000 0.400 0.004 0.424 0.164
#> SRR1747268 5 0.0260 0.7765 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747269 2 0.3318 0.7409 0.000 0.796 0.172 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747270 3 0.6900 -0.0928 0.080 0.288 0.504 0.000 0.100 0.028
#> SRR1747271 2 0.4002 0.3674 0.404 0.588 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747272 1 0.0632 0.8386 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747273 4 0.5000 0.5732 0.000 0.036 0.264 0.652 0.000 0.048
#> SRR1747274 5 0.6194 0.3132 0.000 0.032 0.300 0.032 0.556 0.080
#> SRR1747275 4 0.1608 0.8102 0.000 0.004 0.004 0.940 0.016 0.036
#> SRR1747276 4 0.2113 0.7969 0.000 0.004 0.008 0.916 0.028 0.044
#> SRR1747277 5 0.4786 0.4181 0.036 0.344 0.000 0.000 0.604 0.016
#> SRR1747278 5 0.2933 0.7138 0.000 0.056 0.000 0.076 0.860 0.008
#> SRR1747280 4 0.0717 0.8247 0.000 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1747279 4 0.0964 0.8266 0.004 0.000 0.012 0.968 0.000 0.016
#> SRR1747281 5 0.0000 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.0146 0.8245 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747283 2 0.3850 0.7301 0.000 0.808 0.080 0.036 0.000 0.076
#> SRR1747284 4 0.3029 0.7716 0.000 0.008 0.088 0.852 0.000 0.052
#> SRR1747285 2 0.2165 0.7808 0.108 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747286 3 0.5322 0.5991 0.000 0.104 0.472 0.000 0.000 0.424
#> SRR1747287 5 0.2265 0.7293 0.000 0.008 0.024 0.000 0.900 0.068
#> SRR1747288 3 0.3955 0.6386 0.000 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR1747290 2 0.1226 0.8147 0.004 0.952 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747289 2 0.0665 0.8159 0.008 0.980 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747291 5 0.1003 0.7745 0.000 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020
#> SRR1747293 5 0.1265 0.7608 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> SRR1747294 5 0.4177 0.0743 0.468 0.012 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1747292 4 0.0912 0.8239 0.000 0.004 0.004 0.972 0.008 0.012
#> SRR1747295 3 0.5488 0.6192 0.028 0.060 0.484 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747296 3 0.5421 0.6138 0.100 0.004 0.464 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747297 5 0.0000 0.7767 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 5 0.0146 0.7775 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747299 5 0.2553 0.6977 0.000 0.144 0.000 0.000 0.848 0.008
#> SRR1747300 2 0.3398 0.6506 0.000 0.740 0.000 0.000 0.252 0.008
#> SRR1747301 2 0.2730 0.7533 0.012 0.836 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1747302 2 0.1349 0.8164 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1747303 5 0.0260 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747304 4 0.0260 0.8256 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.0622 0.7748 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1747306 5 0.0767 0.7772 0.000 0.012 0.004 0.000 0.976 0.008
#> SRR1747307 3 0.6621 -0.3284 0.372 0.036 0.440 0.016 0.000 0.136
#> SRR1747308 1 0.0146 0.8441 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747309 6 0.5552 0.4032 0.000 0.000 0.004 0.328 0.136 0.532
#> SRR1747310 1 0.1010 0.8226 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747311 6 0.5708 0.3624 0.000 0.012 0.024 0.332 0.072 0.560
#> SRR1747313 6 0.6265 0.2832 0.000 0.084 0.004 0.388 0.060 0.464
#> SRR1747312 4 0.0993 0.8229 0.000 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR1747314 4 0.0000 0.8250 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.1049 0.7678 0.000 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1747316 5 0.4223 0.5885 0.192 0.000 0.028 0.000 0.744 0.036
#> SRR1747318 1 0.0000 0.8435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0000 0.8435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747319 3 0.4620 0.6347 0.000 0.040 0.532 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747320 6 0.6305 -0.5138 0.000 0.024 0.352 0.184 0.000 0.440
#> SRR1747322 4 0.1168 0.8216 0.000 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1747321 4 0.1624 0.8132 0.000 0.000 0.012 0.936 0.008 0.044
#> SRR1747323 2 0.2994 0.7043 0.000 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> SRR1747324 2 0.4188 0.6322 0.000 0.712 0.004 0.000 0.236 0.048
#> SRR1747326 5 0.1957 0.7312 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1747325 5 0.2826 0.7216 0.052 0.092 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1747327 5 0.0146 0.7771 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747328 5 0.0520 0.7777 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1747330 5 0.0713 0.7717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747329 5 0.2003 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1747332 3 0.6141 -0.1595 0.256 0.000 0.528 0.188 0.000 0.028
#> SRR1747331 3 0.5048 -0.2613 0.376 0.004 0.572 0.008 0.020 0.020
#> SRR1747333 5 0.4184 -0.1358 0.000 0.012 0.000 0.000 0.500 0.488
#> SRR1747334 6 0.6024 0.2237 0.000 0.308 0.000 0.000 0.268 0.424
#> SRR1747335 3 0.6293 -0.2314 0.304 0.000 0.520 0.036 0.132 0.008
#> SRR1747336 4 0.4444 0.4937 0.004 0.000 0.396 0.576 0.000 0.024
#> SRR1747337 2 0.0632 0.8222 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747338 2 0.0547 0.8209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747339 6 0.4957 0.2760 0.000 0.000 0.000 0.068 0.412 0.520
#> SRR1747340 6 0.4264 0.1109 0.000 0.016 0.000 0.000 0.484 0.500
#> SRR1747341 5 0.3819 0.4233 0.000 0.372 0.004 0.000 0.624 0.000
#> SRR1747342 5 0.3619 0.5162 0.000 0.316 0.004 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747343 2 0.3052 0.6997 0.000 0.780 0.000 0.000 0.216 0.004
#> SRR1747344 2 0.4454 0.6019 0.000 0.684 0.004 0.000 0.252 0.060
#> SRR1747345 6 0.5355 0.2043 0.000 0.004 0.000 0.092 0.452 0.452
#> SRR1747346 1 0.0146 0.8441 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747347 1 0.3244 0.5415 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 4 0.0914 0.8243 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1747349 4 0.5027 0.3979 0.008 0.000 0.444 0.496 0.000 0.052
#> SRR1747351 5 0.3185 0.6866 0.000 0.048 0.004 0.000 0.832 0.116
#> SRR1747350 3 0.6376 -0.0385 0.144 0.004 0.556 0.000 0.232 0.064
#> SRR1747352 4 0.4946 0.4836 0.048 0.000 0.368 0.572 0.000 0.012
#> SRR1747353 6 0.6012 -0.4217 0.000 0.000 0.348 0.000 0.244 0.408
#> SRR1747354 3 0.3961 0.6381 0.000 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440
#> SRR1747355 4 0.4064 0.6172 0.000 0.000 0.036 0.764 0.172 0.028
#> SRR1747356 3 0.3828 0.6355 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1747357 6 0.3582 -0.1097 0.000 0.000 0.252 0.000 0.016 0.732
#> SRR1747358 6 0.4234 -0.4958 0.000 0.016 0.440 0.000 0.000 0.544
#> SRR1747359 6 0.4453 0.1412 0.000 0.000 0.028 0.444 0.000 0.528
#> SRR1747360 6 0.4995 0.2462 0.000 0.040 0.016 0.000 0.408 0.536
#> SRR1747361 1 0.3882 0.5712 0.716 0.000 0.012 0.012 0.260 0.000
#> SRR1747362 5 0.1196 0.7617 0.000 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040
#> SRR1747363 4 0.5191 0.0354 0.000 0.464 0.008 0.476 0.012 0.040
#> SRR1747364 4 0.1908 0.8106 0.000 0.012 0.020 0.924 0.000 0.044
#> SRR1747365 3 0.4152 0.6396 0.000 0.012 0.548 0.000 0.000 0.440
#> SRR1747366 3 0.4189 0.6391 0.000 0.008 0.552 0.000 0.004 0.436
#> SRR1747367 4 0.4251 0.5481 0.000 0.256 0.012 0.700 0.000 0.032
#> SRR1747369 2 0.2562 0.7320 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.4393 0.6311 0.012 0.000 0.532 0.008 0.000 0.448
#> SRR1747370 5 0.3866 -0.1081 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1747372 4 0.0146 0.8248 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747371 4 0.1049 0.8230 0.000 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR1747373 2 0.0858 0.8216 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747374 1 0.4654 0.5069 0.652 0.080 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1747375 6 0.4852 0.2006 0.000 0.012 0.016 0.420 0.012 0.540
#> SRR1747376 5 0.5442 0.0865 0.000 0.136 0.000 0.000 0.528 0.336
#> SRR1747377 2 0.0520 0.8209 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1747378 5 0.6023 -0.0520 0.000 0.260 0.000 0.000 0.420 0.320
#> SRR1747379 5 0.0458 0.7756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747380 1 0.0405 0.8435 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747381 4 0.6027 -0.1641 0.004 0.000 0.388 0.404 0.000 0.204
#> SRR1747382 4 0.3914 0.6638 0.000 0.000 0.128 0.768 0.000 0.104
#> SRR1747383 5 0.2912 0.6368 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1747384 1 0.2921 0.7443 0.828 0.008 0.156 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747385 5 0.3071 0.6509 0.180 0.016 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1747386 4 0.0993 0.8236 0.000 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR1747387 5 0.1049 0.7702 0.000 0.008 0.000 0.000 0.960 0.032
#> SRR1747388 5 0.6205 -0.0934 0.000 0.040 0.120 0.000 0.428 0.412
#> SRR1747390 3 0.3923 0.6400 0.000 0.000 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1747389 3 0.5938 0.5960 0.044 0.004 0.448 0.000 0.068 0.436
#> SRR1747391 5 0.0146 0.7769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747392 5 0.0458 0.7772 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747393 3 0.6603 -0.0809 0.192 0.124 0.596 0.012 0.028 0.048
#> SRR1747394 6 0.7113 0.2438 0.204 0.000 0.104 0.264 0.000 0.428
#> SRR1747395 2 0.3070 0.8003 0.028 0.868 0.000 0.008 0.036 0.060
#> SRR1747396 2 0.4252 0.6417 0.000 0.724 0.000 0.000 0.088 0.188
#> SRR1747398 2 0.1007 0.8158 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747397 6 0.6245 0.3337 0.000 0.240 0.032 0.184 0.004 0.540
#> SRR1747399 4 0.3819 0.5554 0.000 0.000 0.372 0.624 0.000 0.004
#> SRR1747400 4 0.3245 0.7174 0.000 0.000 0.228 0.764 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.597 0.855 0.925 0.3625 0.638 0.638
#> 3 3 0.574 0.757 0.875 0.7243 0.689 0.523
#> 4 4 0.586 0.658 0.809 0.1081 0.954 0.871
#> 5 5 0.580 0.552 0.774 0.0590 0.962 0.882
#> 6 6 0.592 0.519 0.708 0.0412 0.948 0.824
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 2 0.9686 0.3807 0.396 0.604
#> SRR1747214 1 0.3879 0.8476 0.924 0.076
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.2778 0.9164 0.048 0.952
#> SRR1747218 2 0.2778 0.9164 0.048 0.952
#> SRR1747219 2 0.7602 0.7617 0.220 0.780
#> SRR1747220 2 0.7602 0.7617 0.220 0.780
#> SRR1747221 1 0.8763 0.6353 0.704 0.296
#> SRR1747222 1 0.7815 0.7289 0.768 0.232
#> SRR1747223 2 0.5946 0.8557 0.144 0.856
#> SRR1747224 2 0.5737 0.8628 0.136 0.864
#> SRR1747225 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0938 0.9268 0.012 0.988
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.8016 0.7032 0.756 0.244
#> SRR1747232 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.9933 0.2227 0.548 0.452
#> SRR1747234 2 0.4815 0.8903 0.104 0.896
#> SRR1747235 1 0.0376 0.8684 0.996 0.004
#> SRR1747236 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.5842 0.8591 0.140 0.860
#> SRR1747244 2 0.5842 0.8591 0.140 0.860
#> SRR1747245 2 0.0938 0.9267 0.012 0.988
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.9460 0.4656 0.636 0.364
#> SRR1747250 2 0.4562 0.8957 0.096 0.904
#> SRR1747252 2 0.9552 0.4370 0.376 0.624
#> SRR1747253 1 0.9552 0.4564 0.624 0.376
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.5842 0.8189 0.860 0.140
#> SRR1747256 1 0.5842 0.8189 0.860 0.140
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0376 0.9273 0.004 0.996
#> SRR1747259 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.1414 0.9249 0.020 0.980
#> SRR1747262 2 0.1414 0.9249 0.020 0.980
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.6801 0.8137 0.180 0.820
#> SRR1747266 2 0.2423 0.9199 0.040 0.960
#> SRR1747267 2 0.6887 0.8089 0.184 0.816
#> SRR1747268 2 0.4562 0.8935 0.096 0.904
#> SRR1747269 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.4161 0.9013 0.084 0.916
#> SRR1747272 2 0.4161 0.9013 0.084 0.916
#> SRR1747273 1 0.0672 0.8680 0.992 0.008
#> SRR1747274 2 0.1843 0.9230 0.028 0.972
#> SRR1747275 1 0.6048 0.8144 0.852 0.148
#> SRR1747276 1 0.6048 0.8144 0.852 0.148
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.5059 0.8827 0.112 0.888
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.5946 0.8173 0.856 0.144
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.9087 0.5672 0.324 0.676
#> SRR1747284 1 1.0000 -0.0047 0.500 0.500
#> SRR1747285 2 0.3431 0.9101 0.064 0.936
#> SRR1747286 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747288 2 0.7883 0.7360 0.236 0.764
#> SRR1747290 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.2043 0.9229 0.032 0.968
#> SRR1747293 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.8813 0.6265 0.700 0.300
#> SRR1747295 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.4161 0.9009 0.084 0.916
#> SRR1747308 2 0.4161 0.9009 0.084 0.916
#> SRR1747309 1 0.9977 0.1373 0.528 0.472
#> SRR1747310 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.5737 0.8626 0.136 0.864
#> SRR1747313 2 0.5842 0.8593 0.140 0.860
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0376 0.9273 0.004 0.996
#> SRR1747316 2 0.0376 0.9273 0.004 0.996
#> SRR1747318 2 0.5519 0.8698 0.128 0.872
#> SRR1747317 2 0.5519 0.8698 0.128 0.872
#> SRR1747319 2 0.8499 0.6695 0.276 0.724
#> SRR1747320 2 0.8499 0.6695 0.276 0.724
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.2603 0.8607 0.956 0.044
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.3733 0.9071 0.072 0.928
#> SRR1747330 2 0.5519 0.8700 0.128 0.872
#> SRR1747329 2 0.5519 0.8700 0.128 0.872
#> SRR1747332 2 0.4298 0.8982 0.088 0.912
#> SRR1747331 2 0.4298 0.8982 0.088 0.912
#> SRR1747333 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.7219 0.7882 0.200 0.800
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.4690 0.8908 0.100 0.900
#> SRR1747340 2 0.4690 0.8908 0.100 0.900
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.5294 0.8766 0.120 0.880
#> SRR1747346 2 0.5946 0.8568 0.144 0.856
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.6343 0.8051 0.840 0.160
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0376 0.9273 0.004 0.996
#> SRR1747352 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.2043 0.9220 0.032 0.968
#> SRR1747354 2 0.2043 0.9220 0.032 0.968
#> SRR1747355 2 0.9000 0.5904 0.316 0.684
#> SRR1747356 2 0.2948 0.9168 0.052 0.948
#> SRR1747357 2 0.4431 0.8975 0.092 0.908
#> SRR1747358 2 0.4431 0.8975 0.092 0.908
#> SRR1747359 1 0.3584 0.8538 0.932 0.068
#> SRR1747360 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.6438 0.8334 0.164 0.836
#> SRR1747362 2 0.0938 0.9267 0.012 0.988
#> SRR1747363 2 0.9286 0.5260 0.344 0.656
#> SRR1747364 2 0.9635 0.4056 0.388 0.612
#> SRR1747365 2 0.3584 0.9097 0.068 0.932
#> SRR1747366 2 0.1184 0.9261 0.016 0.984
#> SRR1747367 2 0.9286 0.5260 0.344 0.656
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.6343 0.8386 0.160 0.840
#> SRR1747370 2 0.4562 0.8936 0.096 0.904
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.5946 0.8173 0.856 0.144
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747375 2 0.5737 0.8631 0.136 0.864
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0376 0.9274 0.004 0.996
#> SRR1747379 2 0.1633 0.9239 0.024 0.976
#> SRR1747380 2 0.5946 0.8568 0.144 0.856
#> SRR1747381 1 0.1414 0.8664 0.980 0.020
#> SRR1747382 1 0.1414 0.8664 0.980 0.020
#> SRR1747383 2 0.0376 0.9274 0.004 0.996
#> SRR1747384 2 0.3879 0.9065 0.076 0.924
#> SRR1747385 2 0.5294 0.8763 0.120 0.880
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8685 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.1843 0.9232 0.028 0.972
#> SRR1747389 2 0.1843 0.9232 0.028 0.972
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.2043 0.9225 0.032 0.968
#> SRR1747394 2 0.5737 0.8626 0.136 0.864
#> SRR1747395 2 0.1843 0.9235 0.028 0.972
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9275 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.5294 0.8763 0.120 0.880
#> SRR1747399 1 0.8081 0.6934 0.752 0.248
#> SRR1747400 1 0.8081 0.6934 0.752 0.248
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.4931 0.5267 0.232 0.000 0.768
#> SRR1747214 1 0.3192 0.8195 0.888 0.000 0.112
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.5948 0.5228 0.000 0.360 0.640
#> SRR1747218 3 0.5948 0.5228 0.000 0.360 0.640
#> SRR1747219 3 0.2096 0.7321 0.052 0.004 0.944
#> SRR1747220 3 0.2096 0.7321 0.052 0.004 0.944
#> SRR1747221 1 0.6587 0.4595 0.568 0.008 0.424
#> SRR1747222 1 0.5988 0.6001 0.632 0.000 0.368
#> SRR1747223 3 0.1647 0.7774 0.004 0.036 0.960
#> SRR1747224 3 0.1643 0.7811 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747225 2 0.1031 0.9149 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747226 2 0.1031 0.9149 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747227 2 0.1643 0.9096 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747228 2 0.4178 0.8009 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747229 2 0.1163 0.9114 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.6026 0.5487 0.624 0.000 0.376
#> SRR1747232 1 0.0424 0.8505 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747233 3 0.6140 0.0138 0.404 0.000 0.596
#> SRR1747234 3 0.5903 0.7118 0.024 0.232 0.744
#> SRR1747235 1 0.1529 0.8485 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747236 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.1860 0.9050 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747238 2 0.1860 0.9050 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.2537 0.8894 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.1765 0.7794 0.004 0.040 0.956
#> SRR1747244 3 0.1765 0.7794 0.004 0.040 0.956
#> SRR1747245 2 0.4235 0.7908 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747246 2 0.1289 0.9134 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.6308 0.2567 0.508 0.000 0.492
#> SRR1747250 3 0.4840 0.7586 0.016 0.168 0.816
#> SRR1747252 3 0.5070 0.5481 0.224 0.004 0.772
#> SRR1747253 3 0.6678 -0.2294 0.480 0.008 0.512
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.5291 0.7303 0.732 0.000 0.268
#> SRR1747256 1 0.5291 0.7303 0.732 0.000 0.268
#> SRR1747257 2 0.2165 0.8976 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747258 2 0.4178 0.7891 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747259 2 0.1964 0.8975 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747260 2 0.1964 0.8975 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747261 2 0.4654 0.7361 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747262 2 0.4654 0.7361 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747263 2 0.1529 0.9108 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747264 1 0.0747 0.8514 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747265 3 0.2187 0.7632 0.024 0.028 0.948
#> SRR1747266 3 0.5905 0.5196 0.000 0.352 0.648
#> SRR1747267 3 0.1905 0.7530 0.028 0.016 0.956
#> SRR1747268 3 0.3752 0.7756 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747269 2 0.1289 0.9131 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747270 2 0.1289 0.9131 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747271 3 0.3879 0.7698 0.000 0.152 0.848
#> SRR1747272 3 0.3879 0.7698 0.000 0.152 0.848
#> SRR1747273 1 0.1643 0.8479 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747274 2 0.6180 0.2301 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747275 1 0.5363 0.7213 0.724 0.000 0.276
#> SRR1747276 1 0.5363 0.7213 0.724 0.000 0.276
#> SRR1747277 2 0.2537 0.8894 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747278 3 0.2356 0.7875 0.000 0.072 0.928
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.5327 0.7254 0.728 0.000 0.272
#> SRR1747281 2 0.1289 0.9137 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747282 1 0.0747 0.8514 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747283 3 0.5581 0.6407 0.176 0.036 0.788
#> SRR1747284 3 0.5882 0.2674 0.348 0.000 0.652
#> SRR1747285 3 0.5835 0.5801 0.000 0.340 0.660
#> SRR1747286 2 0.4291 0.7688 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747287 2 0.4452 0.7681 0.000 0.808 0.192
#> SRR1747288 3 0.2939 0.7264 0.072 0.012 0.916
#> SRR1747290 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.5650 0.5625 0.000 0.688 0.312
#> SRR1747293 2 0.1163 0.9142 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747294 2 0.1163 0.9142 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747292 1 0.6451 0.4535 0.560 0.004 0.436
#> SRR1747295 2 0.1753 0.9031 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747296 2 0.1753 0.9031 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747297 2 0.1163 0.9143 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747298 2 0.1163 0.9143 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747299 2 0.0237 0.9152 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747300 2 0.0237 0.9152 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747301 2 0.0237 0.9151 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747302 2 0.0237 0.9151 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747303 2 0.2356 0.8950 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747304 1 0.0424 0.8510 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.4291 0.7574 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747308 3 0.4291 0.7574 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747309 3 0.7156 0.1635 0.400 0.028 0.572
#> SRR1747310 1 0.0747 0.8514 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747311 3 0.1529 0.7794 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747313 3 0.2486 0.7862 0.008 0.060 0.932
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2796 0.8799 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747316 2 0.2796 0.8799 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747318 3 0.2682 0.7889 0.004 0.076 0.920
#> SRR1747317 3 0.2682 0.7889 0.004 0.076 0.920
#> SRR1747319 3 0.3272 0.6950 0.104 0.004 0.892
#> SRR1747320 3 0.3272 0.6950 0.104 0.004 0.892
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.3941 0.8048 0.844 0.000 0.156
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.4931 0.7076 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747328 3 0.6062 0.4583 0.000 0.384 0.616
#> SRR1747330 3 0.1753 0.7828 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747329 3 0.1753 0.7828 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747332 3 0.2796 0.7883 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747331 3 0.2796 0.7883 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747333 2 0.1031 0.9147 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747334 2 0.1031 0.9147 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747335 3 0.2269 0.7482 0.040 0.016 0.944
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.3192 0.7849 0.000 0.112 0.888
#> SRR1747340 3 0.3192 0.7849 0.000 0.112 0.888
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.2165 0.7872 0.000 0.064 0.936
#> SRR1747346 3 0.2173 0.7815 0.008 0.048 0.944
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.5465 0.7100 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.4887 0.7103 0.000 0.772 0.228
#> SRR1747352 1 0.3116 0.8265 0.892 0.000 0.108
#> SRR1747353 3 0.6309 0.1305 0.000 0.496 0.504
#> SRR1747354 3 0.6309 0.1305 0.000 0.496 0.504
#> SRR1747355 3 0.3879 0.6418 0.152 0.000 0.848
#> SRR1747356 3 0.6318 0.5111 0.008 0.356 0.636
#> SRR1747357 3 0.4887 0.7207 0.000 0.228 0.772
#> SRR1747358 3 0.4887 0.7207 0.000 0.228 0.772
#> SRR1747359 1 0.4346 0.7917 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747360 2 0.1289 0.9141 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747361 3 0.2152 0.7722 0.016 0.036 0.948
#> SRR1747362 3 0.6299 0.1656 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747363 3 0.4235 0.6144 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747364 3 0.4796 0.5452 0.220 0.000 0.780
#> SRR1747365 3 0.6148 0.5363 0.004 0.356 0.640
#> SRR1747366 2 0.6204 0.1871 0.000 0.576 0.424
#> SRR1747367 3 0.4235 0.6144 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.1751 0.7682 0.012 0.028 0.960
#> SRR1747370 3 0.3551 0.7797 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.5327 0.7254 0.728 0.000 0.272
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.3213 0.7878 0.008 0.092 0.900
#> SRR1747376 2 0.2625 0.8829 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.1643 0.9073 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747379 2 0.5098 0.6752 0.000 0.752 0.248
#> SRR1747380 3 0.2173 0.7815 0.008 0.048 0.944
#> SRR1747381 1 0.1860 0.8466 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747382 1 0.1860 0.8466 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747383 2 0.5465 0.5855 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747384 3 0.5733 0.5905 0.000 0.324 0.676
#> SRR1747385 3 0.3482 0.7786 0.000 0.128 0.872
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 2 0.5835 0.4392 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747389 2 0.5835 0.4392 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747391 2 0.1163 0.9143 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747392 2 0.1163 0.9143 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747393 3 0.6308 0.1186 0.000 0.492 0.508
#> SRR1747394 3 0.1529 0.7794 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747395 2 0.5058 0.6764 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747396 2 0.1964 0.9048 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.2356 0.7881 0.000 0.072 0.928
#> SRR1747399 1 0.5988 0.5458 0.632 0.000 0.368
#> SRR1747400 1 0.5988 0.5458 0.632 0.000 0.368
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.6366 0.7346 0.120 0.000 0.240 0.640
#> SRR1747214 1 0.4158 0.7044 0.768 0.000 0.008 0.224
#> SRR1747215 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747216 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747217 3 0.5446 0.4805 0.000 0.276 0.680 0.044
#> SRR1747218 3 0.5446 0.4805 0.000 0.276 0.680 0.044
#> SRR1747219 4 0.5137 0.5177 0.004 0.000 0.452 0.544
#> SRR1747220 4 0.5137 0.5177 0.004 0.000 0.452 0.544
#> SRR1747221 1 0.6911 0.3427 0.504 0.000 0.112 0.384
#> SRR1747222 1 0.6264 0.4992 0.560 0.000 0.064 0.376
#> SRR1747223 3 0.3907 0.4451 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747224 3 0.3649 0.4826 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1747225 2 0.1284 0.8854 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1747226 2 0.1284 0.8854 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1747227 2 0.1722 0.8801 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1747228 2 0.4035 0.7707 0.000 0.804 0.176 0.020
#> SRR1747229 2 0.2319 0.8826 0.000 0.924 0.040 0.036
#> SRR1747230 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.6409 0.4294 0.560 0.000 0.076 0.364
#> SRR1747232 1 0.1118 0.7894 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747233 4 0.7568 0.2370 0.340 0.000 0.204 0.456
#> SRR1747234 3 0.6798 0.3708 0.000 0.172 0.604 0.224
#> SRR1747235 1 0.3172 0.7564 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747236 2 0.1545 0.8853 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1747237 2 0.3156 0.8596 0.000 0.884 0.068 0.048
#> SRR1747238 2 0.3156 0.8596 0.000 0.884 0.068 0.048
#> SRR1747239 2 0.1022 0.8856 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747240 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.4856 0.7857 0.000 0.780 0.084 0.136
#> SRR1747242 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.3400 0.5048 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747244 3 0.3400 0.5048 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747245 2 0.4194 0.7576 0.000 0.800 0.172 0.028
#> SRR1747246 2 0.1356 0.8835 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1747247 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.7506 -0.0137 0.440 0.000 0.184 0.376
#> SRR1747250 3 0.5988 0.4184 0.000 0.100 0.676 0.224
#> SRR1747252 4 0.7045 0.6918 0.148 0.000 0.308 0.544
#> SRR1747253 1 0.7775 -0.0939 0.404 0.000 0.244 0.352
#> SRR1747254 2 0.1022 0.8856 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747255 1 0.5577 0.6245 0.636 0.000 0.036 0.328
#> SRR1747256 1 0.5577 0.6245 0.636 0.000 0.036 0.328
#> SRR1747257 2 0.2450 0.8685 0.000 0.912 0.072 0.016
#> SRR1747258 2 0.4677 0.7409 0.000 0.768 0.192 0.040
#> SRR1747259 2 0.4586 0.7985 0.000 0.796 0.068 0.136
#> SRR1747260 2 0.4586 0.7985 0.000 0.796 0.068 0.136
#> SRR1747261 2 0.4284 0.7142 0.000 0.764 0.224 0.012
#> SRR1747262 2 0.4284 0.7142 0.000 0.764 0.224 0.012
#> SRR1747263 2 0.1635 0.8807 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1747264 1 0.1302 0.7902 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747265 3 0.5444 -0.1825 0.000 0.016 0.560 0.424
#> SRR1747266 3 0.5471 0.4736 0.000 0.268 0.684 0.048
#> SRR1747267 3 0.5273 -0.2937 0.000 0.008 0.536 0.456
#> SRR1747268 3 0.3693 0.5932 0.000 0.072 0.856 0.072
#> SRR1747269 2 0.2411 0.8792 0.000 0.920 0.040 0.040
#> SRR1747270 2 0.2411 0.8792 0.000 0.920 0.040 0.040
#> SRR1747271 3 0.3004 0.5899 0.000 0.060 0.892 0.048
#> SRR1747272 3 0.3004 0.5899 0.000 0.060 0.892 0.048
#> SRR1747273 1 0.3219 0.7542 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747274 2 0.5917 0.1340 0.000 0.520 0.444 0.036
#> SRR1747275 1 0.5250 0.6427 0.660 0.000 0.024 0.316
#> SRR1747276 1 0.5250 0.6427 0.660 0.000 0.024 0.316
#> SRR1747277 2 0.4856 0.7857 0.000 0.780 0.084 0.136
#> SRR1747278 3 0.2831 0.5548 0.000 0.004 0.876 0.120
#> SRR1747280 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.5228 0.6461 0.664 0.000 0.024 0.312
#> SRR1747281 2 0.1209 0.8836 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1747282 1 0.1004 0.7904 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1747283 4 0.5366 0.6987 0.024 0.012 0.264 0.700
#> SRR1747284 4 0.6058 0.5800 0.180 0.000 0.136 0.684
#> SRR1747285 3 0.5631 0.5032 0.000 0.224 0.700 0.076
#> SRR1747286 2 0.6391 0.5688 0.000 0.604 0.092 0.304
#> SRR1747287 2 0.4204 0.7555 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1747288 4 0.5384 0.5750 0.008 0.004 0.420 0.568
#> SRR1747290 2 0.1545 0.8853 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1747289 2 0.1545 0.8853 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1747291 2 0.5623 0.5561 0.000 0.660 0.292 0.048
#> SRR1747293 2 0.1452 0.8839 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1747294 2 0.1452 0.8839 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1747292 1 0.7191 0.3220 0.500 0.000 0.148 0.352
#> SRR1747295 2 0.3935 0.8335 0.000 0.840 0.060 0.100
#> SRR1747296 2 0.3935 0.8335 0.000 0.840 0.060 0.100
#> SRR1747297 2 0.1256 0.8839 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1747298 2 0.1256 0.8839 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1747299 2 0.1256 0.8879 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1747300 2 0.1256 0.8879 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1747301 2 0.1109 0.8871 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747302 2 0.1109 0.8871 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1747303 2 0.2124 0.8720 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1747304 1 0.0592 0.7899 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747305 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747306 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747307 3 0.3486 0.5860 0.000 0.092 0.864 0.044
#> SRR1747308 3 0.3486 0.5860 0.000 0.092 0.864 0.044
#> SRR1747309 3 0.7803 -0.3165 0.352 0.000 0.396 0.252
#> SRR1747310 1 0.1716 0.7887 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747311 3 0.3356 0.5039 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747313 3 0.4175 0.4721 0.000 0.012 0.776 0.212
#> SRR1747312 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2530 0.8556 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1747316 2 0.2530 0.8556 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1747318 3 0.3161 0.5514 0.000 0.012 0.864 0.124
#> SRR1747317 3 0.3161 0.5514 0.000 0.012 0.864 0.124
#> SRR1747319 4 0.4868 0.7388 0.012 0.000 0.304 0.684
#> SRR1747320 4 0.4868 0.7388 0.012 0.000 0.304 0.684
#> SRR1747322 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.3945 0.7309 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1747323 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747324 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747326 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747325 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747327 2 0.4567 0.6823 0.000 0.740 0.244 0.016
#> SRR1747328 3 0.5898 0.4258 0.000 0.316 0.628 0.056
#> SRR1747330 3 0.2921 0.5339 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747329 3 0.2921 0.5339 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747332 3 0.2125 0.5696 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR1747331 3 0.2125 0.5696 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR1747333 2 0.1004 0.8849 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1747334 2 0.1004 0.8849 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1747335 3 0.5112 -0.2550 0.000 0.004 0.560 0.436
#> SRR1747336 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747338 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747339 3 0.2546 0.5880 0.000 0.028 0.912 0.060
#> SRR1747340 3 0.2546 0.5880 0.000 0.028 0.912 0.060
#> SRR1747341 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747342 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747343 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747344 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747345 3 0.3351 0.5393 0.000 0.008 0.844 0.148
#> SRR1747346 3 0.4353 0.4008 0.000 0.012 0.756 0.232
#> SRR1747347 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747348 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.5473 0.6247 0.644 0.000 0.032 0.324
#> SRR1747351 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747350 2 0.5227 0.6425 0.000 0.704 0.256 0.040
#> SRR1747352 1 0.3024 0.7634 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747353 3 0.5716 0.2320 0.000 0.420 0.552 0.028
#> SRR1747354 3 0.5716 0.2320 0.000 0.420 0.552 0.028
#> SRR1747355 4 0.6221 0.7323 0.076 0.000 0.316 0.608
#> SRR1747356 3 0.6522 0.4427 0.000 0.280 0.608 0.112
#> SRR1747357 3 0.5944 0.5166 0.000 0.164 0.696 0.140
#> SRR1747358 3 0.5944 0.5166 0.000 0.164 0.696 0.140
#> SRR1747359 1 0.4535 0.7145 0.744 0.000 0.016 0.240
#> SRR1747360 2 0.2021 0.8817 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1747361 3 0.4957 0.1848 0.000 0.012 0.668 0.320
#> SRR1747362 3 0.5989 0.2622 0.000 0.400 0.556 0.044
#> SRR1747363 4 0.4744 0.7551 0.024 0.000 0.240 0.736
#> SRR1747364 4 0.4920 0.7435 0.052 0.000 0.192 0.756
#> SRR1747365 3 0.6566 0.4535 0.000 0.288 0.600 0.112
#> SRR1747366 2 0.5933 0.0665 0.000 0.500 0.464 0.036
#> SRR1747367 4 0.4744 0.7551 0.024 0.000 0.240 0.736
#> SRR1747369 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747368 3 0.5253 0.0684 0.000 0.016 0.624 0.360
#> SRR1747370 3 0.2675 0.5951 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR1747372 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.5228 0.6461 0.664 0.000 0.024 0.312
#> SRR1747373 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747374 2 0.0817 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747375 3 0.4914 0.4996 0.000 0.044 0.748 0.208
#> SRR1747376 2 0.2861 0.8601 0.000 0.888 0.096 0.016
#> SRR1747377 2 0.0921 0.8864 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747378 2 0.2578 0.8802 0.000 0.912 0.052 0.036
#> SRR1747379 2 0.4539 0.6533 0.000 0.720 0.272 0.008
#> SRR1747380 3 0.4353 0.4008 0.000 0.012 0.756 0.232
#> SRR1747381 1 0.3219 0.7559 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747382 1 0.3219 0.7559 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747383 2 0.4769 0.5513 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1747384 3 0.5416 0.4997 0.000 0.260 0.692 0.048
#> SRR1747385 3 0.4163 0.5812 0.000 0.076 0.828 0.096
#> SRR1747386 1 0.0000 0.7890 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.1022 0.8856 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747388 2 0.1022 0.8856 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747390 2 0.5723 0.3198 0.000 0.580 0.388 0.032
#> SRR1747389 2 0.5723 0.3198 0.000 0.580 0.388 0.032
#> SRR1747391 2 0.1256 0.8839 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1747392 2 0.1256 0.8839 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1747393 3 0.6031 0.2087 0.000 0.420 0.536 0.044
#> SRR1747394 3 0.3356 0.5039 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747395 2 0.5083 0.6344 0.000 0.716 0.248 0.036
#> SRR1747396 2 0.2542 0.8679 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR1747398 2 0.1118 0.8860 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747397 3 0.2976 0.5573 0.000 0.008 0.872 0.120
#> SRR1747399 1 0.6439 0.4291 0.576 0.000 0.084 0.340
#> SRR1747400 1 0.6439 0.4291 0.576 0.000 0.084 0.340
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.4228 0.68365 0.100 0.000 0.108 0.788 0.004
#> SRR1747214 1 0.3988 0.67325 0.732 0.000 0.000 0.252 0.016
#> SRR1747215 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747216 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747217 3 0.6321 0.48152 0.000 0.156 0.592 0.020 0.232
#> SRR1747218 3 0.6321 0.48152 0.000 0.156 0.592 0.020 0.232
#> SRR1747219 4 0.4385 0.56125 0.004 0.000 0.312 0.672 0.012
#> SRR1747220 4 0.4385 0.56125 0.004 0.000 0.312 0.672 0.012
#> SRR1747221 1 0.6111 0.31443 0.496 0.000 0.100 0.396 0.008
#> SRR1747222 1 0.5441 0.45679 0.536 0.000 0.044 0.412 0.008
#> SRR1747223 3 0.3957 0.45163 0.000 0.000 0.712 0.280 0.008
#> SRR1747224 3 0.3530 0.52636 0.000 0.000 0.784 0.204 0.012
#> SRR1747225 2 0.2561 0.71047 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747226 2 0.2561 0.71047 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747227 2 0.3155 0.70629 0.000 0.852 0.020 0.008 0.120
#> SRR1747228 2 0.5370 0.49179 0.000 0.708 0.148 0.020 0.124
#> SRR1747229 2 0.2012 0.71074 0.000 0.920 0.020 0.000 0.060
#> SRR1747230 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4641 0.39954 0.532 0.000 0.012 0.456 0.000
#> SRR1747232 1 0.1478 0.78792 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747233 4 0.6388 0.26237 0.316 0.000 0.140 0.532 0.012
#> SRR1747234 3 0.7490 0.35162 0.000 0.088 0.496 0.252 0.164
#> SRR1747235 1 0.3419 0.73895 0.804 0.000 0.000 0.180 0.016
#> SRR1747236 2 0.2690 0.64134 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1747237 2 0.4335 0.51680 0.000 0.740 0.036 0.004 0.220
#> SRR1747238 2 0.4335 0.51680 0.000 0.740 0.036 0.004 0.220
#> SRR1747239 2 0.0510 0.73486 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747240 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.4706 0.36590 0.000 0.488 0.008 0.004 0.500
#> SRR1747242 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.3132 0.55395 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1747244 3 0.3132 0.55395 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1747245 2 0.5374 0.47302 0.000 0.708 0.144 0.020 0.128
#> SRR1747246 2 0.2733 0.71655 0.000 0.872 0.012 0.004 0.112
#> SRR1747247 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.6066 0.00279 0.424 0.000 0.120 0.456 0.000
#> SRR1747250 3 0.6789 0.38909 0.000 0.040 0.548 0.264 0.148
#> SRR1747252 4 0.5381 0.66627 0.132 0.000 0.172 0.688 0.008
#> SRR1747253 4 0.6889 0.05073 0.388 0.000 0.200 0.400 0.012
#> SRR1747254 2 0.0510 0.73486 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747255 1 0.4517 0.59632 0.616 0.000 0.008 0.372 0.004
#> SRR1747256 1 0.4517 0.59632 0.616 0.000 0.008 0.372 0.004
#> SRR1747257 2 0.3735 0.66855 0.000 0.816 0.048 0.004 0.132
#> SRR1747258 2 0.5788 0.27254 0.000 0.628 0.152 0.004 0.216
#> SRR1747259 2 0.4430 -0.44800 0.000 0.540 0.004 0.000 0.456
#> SRR1747260 2 0.4430 -0.44800 0.000 0.540 0.004 0.000 0.456
#> SRR1747261 2 0.5435 0.40323 0.000 0.672 0.188 0.004 0.136
#> SRR1747262 2 0.5435 0.40323 0.000 0.672 0.188 0.004 0.136
#> SRR1747263 2 0.3010 0.71026 0.000 0.860 0.016 0.008 0.116
#> SRR1747264 1 0.1121 0.79126 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747265 4 0.4953 0.31258 0.000 0.000 0.440 0.532 0.028
#> SRR1747266 3 0.6181 0.47923 0.000 0.196 0.632 0.032 0.140
#> SRR1747267 4 0.4649 0.39959 0.000 0.000 0.404 0.580 0.016
#> SRR1747268 3 0.3515 0.63043 0.000 0.032 0.856 0.052 0.060
#> SRR1747269 2 0.3745 0.61293 0.000 0.780 0.024 0.000 0.196
#> SRR1747270 2 0.3745 0.61293 0.000 0.780 0.024 0.000 0.196
#> SRR1747271 3 0.3380 0.62257 0.000 0.008 0.840 0.028 0.124
#> SRR1747272 3 0.3380 0.62257 0.000 0.008 0.840 0.028 0.124
#> SRR1747273 1 0.3456 0.73615 0.800 0.000 0.000 0.184 0.016
#> SRR1747274 2 0.6906 -0.15903 0.000 0.400 0.384 0.012 0.204
#> SRR1747275 1 0.4807 0.61395 0.632 0.000 0.020 0.340 0.008
#> SRR1747276 1 0.4807 0.61395 0.632 0.000 0.020 0.340 0.008
#> SRR1747277 5 0.4706 0.36590 0.000 0.488 0.008 0.004 0.500
#> SRR1747278 3 0.2866 0.60256 0.000 0.004 0.872 0.100 0.024
#> SRR1747280 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4775 0.61988 0.640 0.000 0.020 0.332 0.008
#> SRR1747281 2 0.2731 0.71804 0.000 0.876 0.016 0.004 0.104
#> SRR1747282 1 0.0794 0.79130 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747283 4 0.4155 0.65451 0.008 0.004 0.116 0.804 0.068
#> SRR1747284 4 0.3459 0.54600 0.136 0.000 0.016 0.832 0.016
#> SRR1747285 3 0.5921 0.56135 0.000 0.116 0.636 0.020 0.228
#> SRR1747286 5 0.3379 0.16518 0.000 0.148 0.008 0.016 0.828
#> SRR1747287 2 0.4636 0.53869 0.000 0.756 0.172 0.020 0.052
#> SRR1747288 4 0.3790 0.60801 0.000 0.000 0.272 0.724 0.004
#> SRR1747290 2 0.2773 0.63037 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747289 2 0.2773 0.63037 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747291 2 0.6125 0.24863 0.000 0.624 0.252 0.056 0.068
#> SRR1747293 2 0.2753 0.70950 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR1747294 2 0.2753 0.70950 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR1747292 1 0.6358 0.26861 0.472 0.000 0.128 0.392 0.008
#> SRR1747295 2 0.4402 0.00495 0.000 0.636 0.012 0.000 0.352
#> SRR1747296 2 0.4402 0.00495 0.000 0.636 0.012 0.000 0.352
#> SRR1747297 2 0.2699 0.71892 0.000 0.880 0.012 0.008 0.100
#> SRR1747298 2 0.2699 0.71892 0.000 0.880 0.012 0.008 0.100
#> SRR1747299 2 0.1197 0.73754 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747300 2 0.1197 0.73754 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747301 2 0.0290 0.73958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747302 2 0.0290 0.73958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747303 2 0.3441 0.70399 0.000 0.848 0.056 0.008 0.088
#> SRR1747304 1 0.0510 0.79108 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747305 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747306 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747307 3 0.3849 0.61815 0.000 0.020 0.800 0.016 0.164
#> SRR1747308 3 0.3849 0.61815 0.000 0.020 0.800 0.016 0.164
#> SRR1747309 3 0.7029 -0.25223 0.352 0.000 0.356 0.284 0.008
#> SRR1747310 1 0.1908 0.78632 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1747311 3 0.3789 0.51262 0.000 0.000 0.760 0.224 0.016
#> SRR1747313 3 0.3940 0.51280 0.000 0.000 0.756 0.220 0.024
#> SRR1747312 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4293 0.65142 0.000 0.788 0.068 0.012 0.132
#> SRR1747316 2 0.4293 0.65142 0.000 0.788 0.068 0.012 0.132
#> SRR1747318 3 0.3115 0.59688 0.000 0.000 0.852 0.112 0.036
#> SRR1747317 3 0.3115 0.59688 0.000 0.000 0.852 0.112 0.036
#> SRR1747319 4 0.2516 0.69752 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1747320 4 0.2516 0.69752 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.3395 0.71992 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1747323 2 0.0290 0.73813 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747324 2 0.0290 0.73813 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747326 2 0.0404 0.73752 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747325 2 0.0404 0.73752 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747327 2 0.5001 0.45164 0.000 0.712 0.216 0.020 0.052
#> SRR1747328 3 0.6074 0.31168 0.000 0.284 0.604 0.036 0.076
#> SRR1747330 3 0.2612 0.58314 0.000 0.000 0.868 0.124 0.008
#> SRR1747329 3 0.2612 0.58314 0.000 0.000 0.868 0.124 0.008
#> SRR1747332 3 0.2754 0.61671 0.000 0.000 0.880 0.040 0.080
#> SRR1747331 3 0.2754 0.61671 0.000 0.000 0.880 0.040 0.080
#> SRR1747333 2 0.2127 0.72184 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1747334 2 0.2127 0.72184 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1747335 4 0.4604 0.37326 0.000 0.000 0.428 0.560 0.012
#> SRR1747336 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0162 0.73794 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747338 2 0.0162 0.73794 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747339 3 0.2696 0.62901 0.000 0.012 0.896 0.040 0.052
#> SRR1747340 3 0.2696 0.62901 0.000 0.012 0.896 0.040 0.052
#> SRR1747341 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747342 2 0.0290 0.73667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747343 2 0.0290 0.73813 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747344 2 0.0290 0.73813 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747345 3 0.3925 0.56242 0.000 0.004 0.784 0.180 0.032
#> SRR1747346 3 0.4715 0.36901 0.000 0.004 0.672 0.292 0.032
#> SRR1747347 2 0.0404 0.73752 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747348 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4851 0.59636 0.620 0.000 0.020 0.352 0.008
#> SRR1747351 2 0.0404 0.73775 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747350 2 0.6531 0.05977 0.000 0.544 0.204 0.012 0.240
#> SRR1747352 1 0.2773 0.75749 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1747353 3 0.6569 0.17477 0.000 0.312 0.500 0.008 0.180
#> SRR1747354 3 0.6569 0.17477 0.000 0.312 0.500 0.008 0.180
#> SRR1747355 4 0.4308 0.69589 0.060 0.000 0.168 0.768 0.004
#> SRR1747356 3 0.7276 0.44692 0.000 0.204 0.548 0.116 0.132
#> SRR1747357 3 0.6832 0.52414 0.000 0.088 0.600 0.148 0.164
#> SRR1747358 3 0.6832 0.52414 0.000 0.088 0.600 0.148 0.164
#> SRR1747359 1 0.3766 0.69980 0.728 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR1747360 2 0.3123 0.68278 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1747361 3 0.4717 0.08342 0.000 0.000 0.584 0.396 0.020
#> SRR1747362 3 0.6565 0.12247 0.000 0.328 0.516 0.020 0.136
#> SRR1747363 4 0.2753 0.69790 0.008 0.000 0.104 0.876 0.012
#> SRR1747364 4 0.2140 0.68004 0.024 0.000 0.040 0.924 0.012
#> SRR1747365 3 0.7559 0.46105 0.000 0.168 0.512 0.116 0.204
#> SRR1747366 3 0.6892 -0.08292 0.000 0.356 0.408 0.008 0.228
#> SRR1747367 4 0.2753 0.69790 0.008 0.000 0.104 0.876 0.012
#> SRR1747369 2 0.0162 0.73794 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747368 3 0.4977 -0.14677 0.000 0.000 0.500 0.472 0.028
#> SRR1747370 3 0.3086 0.63391 0.000 0.020 0.876 0.036 0.068
#> SRR1747372 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.4775 0.61988 0.640 0.000 0.020 0.332 0.008
#> SRR1747373 2 0.0162 0.73794 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747374 2 0.0162 0.73794 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747375 3 0.4580 0.53424 0.000 0.008 0.740 0.200 0.052
#> SRR1747376 2 0.3338 0.69791 0.000 0.852 0.076 0.004 0.068
#> SRR1747377 2 0.0794 0.73779 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747378 2 0.2932 0.70694 0.000 0.864 0.032 0.000 0.104
#> SRR1747379 2 0.5727 0.33828 0.000 0.636 0.236 0.008 0.120
#> SRR1747380 3 0.4715 0.36901 0.000 0.004 0.672 0.292 0.032
#> SRR1747381 1 0.3391 0.73783 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1747382 1 0.3391 0.73783 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1747383 2 0.6191 0.11766 0.000 0.564 0.264 0.004 0.168
#> SRR1747384 3 0.6463 0.53361 0.000 0.128 0.604 0.044 0.224
#> SRR1747385 3 0.3629 0.61937 0.000 0.028 0.848 0.056 0.068
#> SRR1747386 1 0.0000 0.79038 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0703 0.73119 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747388 2 0.0703 0.73119 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747390 2 0.6745 -0.16525 0.000 0.436 0.336 0.004 0.224
#> SRR1747389 2 0.6745 -0.16525 0.000 0.436 0.336 0.004 0.224
#> SRR1747391 2 0.2629 0.71874 0.000 0.880 0.012 0.004 0.104
#> SRR1747392 2 0.2629 0.71874 0.000 0.880 0.012 0.004 0.104
#> SRR1747393 3 0.6835 0.13576 0.000 0.332 0.484 0.024 0.160
#> SRR1747394 3 0.3789 0.51262 0.000 0.000 0.760 0.224 0.016
#> SRR1747395 2 0.5995 0.24324 0.000 0.624 0.228 0.016 0.132
#> SRR1747396 2 0.3821 0.66743 0.000 0.800 0.052 0.000 0.148
#> SRR1747398 2 0.0963 0.73092 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747397 3 0.2623 0.59837 0.000 0.004 0.884 0.096 0.016
#> SRR1747399 1 0.4420 0.41723 0.548 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1747400 1 0.4420 0.41723 0.548 0.000 0.000 0.448 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.4805 0.6230 0.052 0.000 0.048 0.744 0.016 0.140
#> SRR1747214 1 0.6012 0.4881 0.544 0.000 0.100 0.304 0.052 0.000
#> SRR1747215 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747216 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747217 3 0.5719 0.4904 0.000 0.108 0.552 0.012 0.008 0.320
#> SRR1747218 3 0.5719 0.4904 0.000 0.108 0.552 0.012 0.008 0.320
#> SRR1747219 4 0.4891 0.4667 0.000 0.000 0.064 0.616 0.008 0.312
#> SRR1747220 4 0.4891 0.4667 0.000 0.000 0.064 0.616 0.008 0.312
#> SRR1747221 1 0.6759 0.2436 0.448 0.000 0.036 0.344 0.020 0.152
#> SRR1747222 1 0.6238 0.3571 0.476 0.000 0.040 0.388 0.016 0.080
#> SRR1747223 6 0.3246 0.5404 0.000 0.000 0.016 0.160 0.012 0.812
#> SRR1747224 6 0.3249 0.6191 0.000 0.000 0.060 0.096 0.008 0.836
#> SRR1747225 2 0.3412 0.7166 0.000 0.808 0.128 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747226 2 0.3412 0.7166 0.000 0.808 0.128 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747227 2 0.3947 0.6542 0.000 0.732 0.228 0.000 0.036 0.004
#> SRR1747228 2 0.5650 0.3968 0.000 0.588 0.284 0.000 0.040 0.088
#> SRR1747229 2 0.2133 0.7314 0.000 0.912 0.052 0.000 0.020 0.016
#> SRR1747230 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.5254 -0.1859 0.424 0.000 0.040 0.512 0.012 0.012
#> SRR1747232 1 0.2784 0.7189 0.848 0.000 0.012 0.132 0.008 0.000
#> SRR1747233 4 0.6718 0.2766 0.260 0.000 0.056 0.524 0.020 0.140
#> SRR1747234 6 0.7844 0.0196 0.000 0.056 0.308 0.252 0.060 0.324
#> SRR1747235 1 0.5741 0.5853 0.612 0.000 0.104 0.232 0.052 0.000
#> SRR1747236 2 0.3602 0.6595 0.000 0.792 0.072 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747237 2 0.4774 0.5078 0.000 0.672 0.192 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747238 2 0.4774 0.5078 0.000 0.672 0.192 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747239 2 0.0622 0.7510 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747240 1 0.0622 0.7434 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747241 5 0.6075 0.4998 0.000 0.360 0.268 0.000 0.372 0.000
#> SRR1747242 1 0.0508 0.7429 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747243 6 0.1982 0.6160 0.000 0.000 0.016 0.068 0.004 0.912
#> SRR1747244 6 0.1982 0.6160 0.000 0.000 0.016 0.068 0.004 0.912
#> SRR1747245 2 0.5587 0.4315 0.000 0.616 0.240 0.000 0.036 0.108
#> SRR1747246 2 0.3090 0.7243 0.000 0.828 0.140 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747247 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.6836 0.0920 0.344 0.000 0.068 0.468 0.028 0.092
#> SRR1747250 6 0.7163 0.1038 0.000 0.036 0.324 0.268 0.020 0.352
#> SRR1747252 4 0.5520 0.5888 0.100 0.000 0.036 0.672 0.016 0.176
#> SRR1747253 4 0.7428 0.0732 0.340 0.000 0.072 0.356 0.020 0.212
#> SRR1747254 2 0.0622 0.7510 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747255 1 0.5858 0.4799 0.532 0.000 0.048 0.364 0.028 0.028
#> SRR1747256 1 0.5858 0.4799 0.532 0.000 0.048 0.364 0.028 0.028
#> SRR1747257 2 0.4172 0.6459 0.000 0.736 0.200 0.000 0.056 0.008
#> SRR1747258 2 0.5695 0.2466 0.000 0.548 0.328 0.000 0.096 0.028
#> SRR1747259 2 0.5826 -0.5006 0.000 0.436 0.188 0.000 0.376 0.000
#> SRR1747260 2 0.5826 -0.5006 0.000 0.436 0.188 0.000 0.376 0.000
#> SRR1747261 2 0.5514 0.3837 0.000 0.592 0.292 0.000 0.032 0.084
#> SRR1747262 2 0.5514 0.3837 0.000 0.592 0.292 0.000 0.032 0.084
#> SRR1747263 2 0.3316 0.7157 0.000 0.804 0.164 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747264 1 0.1838 0.7413 0.916 0.000 0.016 0.068 0.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.6203 0.2528 0.000 0.000 0.152 0.460 0.028 0.360
#> SRR1747266 3 0.6712 0.5023 0.000 0.168 0.444 0.008 0.044 0.336
#> SRR1747267 4 0.5785 0.3194 0.000 0.000 0.124 0.508 0.016 0.352
#> SRR1747268 6 0.4129 0.5063 0.000 0.008 0.240 0.004 0.028 0.720
#> SRR1747269 2 0.4369 0.6110 0.000 0.720 0.164 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747270 2 0.4369 0.6110 0.000 0.720 0.164 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747271 6 0.4539 0.3440 0.000 0.004 0.368 0.020 0.008 0.600
#> SRR1747272 6 0.4539 0.3440 0.000 0.004 0.368 0.020 0.008 0.600
#> SRR1747273 1 0.5795 0.5815 0.608 0.000 0.104 0.232 0.056 0.000
#> SRR1747274 3 0.6475 0.3891 0.000 0.348 0.440 0.000 0.040 0.172
#> SRR1747275 1 0.5574 0.5139 0.568 0.000 0.040 0.340 0.012 0.040
#> SRR1747276 1 0.5574 0.5139 0.568 0.000 0.040 0.340 0.012 0.040
#> SRR1747277 5 0.6075 0.4998 0.000 0.360 0.268 0.000 0.372 0.000
#> SRR1747278 6 0.3343 0.5987 0.000 0.000 0.128 0.032 0.016 0.824
#> SRR1747280 1 0.0363 0.7435 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.5653 0.5258 0.580 0.000 0.044 0.320 0.016 0.040
#> SRR1747281 2 0.2890 0.7309 0.000 0.844 0.128 0.000 0.024 0.004
#> SRR1747282 1 0.1668 0.7436 0.928 0.000 0.008 0.060 0.004 0.000
#> SRR1747283 4 0.4143 0.5693 0.000 0.004 0.104 0.780 0.016 0.096
#> SRR1747284 4 0.2433 0.5756 0.060 0.000 0.016 0.900 0.012 0.012
#> SRR1747285 3 0.6390 0.1686 0.000 0.064 0.440 0.012 0.072 0.412
#> SRR1747286 5 0.3464 0.1290 0.000 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR1747287 2 0.5053 0.5702 0.000 0.700 0.160 0.000 0.044 0.096
#> SRR1747288 4 0.5187 0.5112 0.000 0.000 0.068 0.648 0.036 0.248
#> SRR1747290 2 0.3707 0.6513 0.000 0.784 0.080 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747289 2 0.3707 0.6513 0.000 0.784 0.080 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747291 2 0.6362 0.2279 0.000 0.544 0.212 0.024 0.016 0.204
#> SRR1747293 2 0.3268 0.7163 0.000 0.812 0.144 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747294 2 0.3268 0.7163 0.000 0.812 0.144 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747292 1 0.6882 0.1918 0.416 0.000 0.040 0.352 0.016 0.176
#> SRR1747295 2 0.5711 -0.0419 0.000 0.540 0.192 0.000 0.264 0.004
#> SRR1747296 2 0.5711 -0.0419 0.000 0.540 0.192 0.000 0.264 0.004
#> SRR1747297 2 0.2882 0.7331 0.000 0.848 0.120 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747298 2 0.2882 0.7331 0.000 0.848 0.120 0.000 0.028 0.004
#> SRR1747299 2 0.1480 0.7542 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747300 2 0.1480 0.7542 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747301 2 0.0622 0.7555 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747302 2 0.0622 0.7555 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747303 2 0.3479 0.7191 0.000 0.812 0.140 0.000 0.024 0.024
#> SRR1747304 1 0.1036 0.7448 0.964 0.000 0.008 0.024 0.004 0.000
#> SRR1747305 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747306 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747307 6 0.4400 0.2065 0.000 0.004 0.428 0.004 0.012 0.552
#> SRR1747308 6 0.4400 0.2065 0.000 0.004 0.428 0.004 0.012 0.552
#> SRR1747309 6 0.6341 -0.1907 0.340 0.000 0.004 0.216 0.012 0.428
#> SRR1747310 1 0.3128 0.7148 0.812 0.000 0.012 0.168 0.008 0.000
#> SRR1747311 6 0.3462 0.5809 0.000 0.000 0.044 0.112 0.020 0.824
#> SRR1747313 6 0.3745 0.6108 0.000 0.000 0.060 0.108 0.024 0.808
#> SRR1747312 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4595 0.5881 0.000 0.676 0.264 0.000 0.040 0.020
#> SRR1747316 2 0.4595 0.5881 0.000 0.676 0.264 0.000 0.040 0.020
#> SRR1747318 6 0.4012 0.5831 0.000 0.000 0.172 0.060 0.008 0.760
#> SRR1747317 6 0.4012 0.5831 0.000 0.000 0.172 0.060 0.008 0.760
#> SRR1747319 4 0.3231 0.6106 0.000 0.000 0.012 0.800 0.008 0.180
#> SRR1747320 4 0.3231 0.6106 0.000 0.000 0.012 0.800 0.008 0.180
#> SRR1747322 1 0.0520 0.7434 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4779 0.6321 0.676 0.000 0.048 0.248 0.028 0.000
#> SRR1747323 2 0.0146 0.7541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0146 0.7541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0520 0.7517 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747325 2 0.0520 0.7517 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747327 2 0.5599 0.4085 0.000 0.612 0.256 0.000 0.048 0.084
#> SRR1747328 3 0.6704 0.4281 0.000 0.184 0.452 0.000 0.060 0.304
#> SRR1747330 6 0.1933 0.6138 0.000 0.000 0.044 0.032 0.004 0.920
#> SRR1747329 6 0.1933 0.6138 0.000 0.000 0.044 0.032 0.004 0.920
#> SRR1747332 6 0.5260 0.2816 0.000 0.000 0.460 0.012 0.064 0.464
#> SRR1747331 6 0.5260 0.2816 0.000 0.000 0.460 0.012 0.064 0.464
#> SRR1747333 2 0.2527 0.7400 0.000 0.876 0.084 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747334 2 0.2527 0.7400 0.000 0.876 0.084 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747335 4 0.5743 0.2712 0.000 0.000 0.112 0.488 0.016 0.384
#> SRR1747336 1 0.0622 0.7434 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747337 2 0.0146 0.7528 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747338 2 0.0146 0.7528 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747339 6 0.3840 0.5202 0.000 0.000 0.228 0.008 0.024 0.740
#> SRR1747340 6 0.3840 0.5202 0.000 0.000 0.228 0.008 0.024 0.740
#> SRR1747341 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747342 2 0.0405 0.7507 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747343 2 0.0146 0.7541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0146 0.7541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 6 0.4002 0.6095 0.000 0.000 0.100 0.080 0.028 0.792
#> SRR1747346 6 0.5301 0.4792 0.000 0.000 0.136 0.208 0.016 0.640
#> SRR1747347 2 0.0717 0.7527 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747348 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.5791 0.5014 0.556 0.000 0.044 0.340 0.020 0.040
#> SRR1747351 2 0.0520 0.7519 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747350 2 0.6263 0.0738 0.000 0.492 0.344 0.000 0.100 0.064
#> SRR1747352 1 0.4162 0.6834 0.760 0.000 0.044 0.168 0.028 0.000
#> SRR1747353 3 0.6674 0.5742 0.000 0.272 0.452 0.000 0.048 0.228
#> SRR1747354 3 0.6674 0.5742 0.000 0.272 0.452 0.000 0.048 0.228
#> SRR1747355 4 0.4692 0.6039 0.012 0.000 0.064 0.716 0.012 0.196
#> SRR1747356 3 0.7441 0.4992 0.000 0.176 0.416 0.096 0.020 0.292
#> SRR1747357 3 0.6841 0.2180 0.000 0.064 0.456 0.124 0.016 0.340
#> SRR1747358 3 0.6841 0.2180 0.000 0.064 0.456 0.124 0.016 0.340
#> SRR1747359 1 0.5307 0.6089 0.636 0.000 0.056 0.268 0.032 0.008
#> SRR1747360 2 0.4050 0.6796 0.000 0.752 0.152 0.000 0.096 0.000
#> SRR1747361 6 0.6146 0.1888 0.000 0.000 0.164 0.324 0.024 0.488
#> SRR1747362 6 0.7192 -0.5075 0.000 0.304 0.292 0.000 0.080 0.324
#> SRR1747363 4 0.3196 0.6170 0.000 0.000 0.020 0.816 0.008 0.156
#> SRR1747364 4 0.2508 0.6227 0.000 0.000 0.016 0.884 0.016 0.084
#> SRR1747365 3 0.7280 0.4022 0.000 0.112 0.452 0.084 0.040 0.312
#> SRR1747366 3 0.6802 0.4477 0.000 0.300 0.452 0.000 0.076 0.172
#> SRR1747367 4 0.3196 0.6170 0.000 0.000 0.020 0.816 0.008 0.156
#> SRR1747369 2 0.0146 0.7528 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747368 6 0.6163 -0.0822 0.000 0.000 0.176 0.404 0.016 0.404
#> SRR1747370 6 0.4289 0.4651 0.000 0.008 0.268 0.004 0.028 0.692
#> SRR1747372 1 0.0363 0.7435 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.5653 0.5258 0.580 0.000 0.044 0.320 0.016 0.040
#> SRR1747373 2 0.0291 0.7522 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747374 2 0.0291 0.7522 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747375 6 0.4448 0.5929 0.000 0.000 0.100 0.112 0.032 0.756
#> SRR1747376 2 0.3351 0.7220 0.000 0.840 0.084 0.000 0.028 0.048
#> SRR1747377 2 0.0725 0.7547 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747378 2 0.3290 0.7273 0.000 0.840 0.084 0.000 0.060 0.016
#> SRR1747379 2 0.5989 0.3128 0.000 0.552 0.284 0.000 0.040 0.124
#> SRR1747380 6 0.5301 0.4792 0.000 0.000 0.136 0.208 0.016 0.640
#> SRR1747381 1 0.5687 0.5843 0.612 0.000 0.100 0.240 0.048 0.000
#> SRR1747382 1 0.5687 0.5843 0.612 0.000 0.100 0.240 0.048 0.000
#> SRR1747383 2 0.5908 0.0976 0.000 0.508 0.328 0.000 0.016 0.148
#> SRR1747384 3 0.6027 0.3463 0.000 0.076 0.492 0.024 0.020 0.388
#> SRR1747385 6 0.3172 0.5424 0.000 0.012 0.152 0.000 0.016 0.820
#> SRR1747386 1 0.0260 0.7434 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0806 0.7485 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747388 2 0.0806 0.7485 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747390 3 0.6600 0.3197 0.000 0.384 0.416 0.000 0.068 0.132
#> SRR1747389 3 0.6600 0.3197 0.000 0.384 0.416 0.000 0.068 0.132
#> SRR1747391 2 0.2890 0.7322 0.000 0.844 0.128 0.000 0.024 0.004
#> SRR1747392 2 0.2890 0.7322 0.000 0.844 0.128 0.000 0.024 0.004
#> SRR1747393 3 0.6844 0.5282 0.000 0.292 0.384 0.004 0.036 0.284
#> SRR1747394 6 0.3462 0.5809 0.000 0.000 0.044 0.112 0.020 0.824
#> SRR1747395 2 0.6290 0.2167 0.000 0.548 0.204 0.000 0.052 0.196
#> SRR1747396 2 0.4325 0.6472 0.000 0.724 0.208 0.000 0.056 0.012
#> SRR1747398 2 0.1074 0.7480 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747397 6 0.2752 0.6092 0.000 0.000 0.104 0.020 0.012 0.864
#> SRR1747399 4 0.4786 -0.2004 0.468 0.000 0.016 0.496 0.016 0.004
#> SRR1747400 4 0.4786 -0.2004 0.468 0.000 0.016 0.496 0.016 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.901 0.947 0.976 0.4683 0.538 0.538
#> 3 3 0.953 0.938 0.974 0.3964 0.680 0.467
#> 4 4 0.689 0.708 0.861 0.1176 0.752 0.421
#> 5 5 0.639 0.658 0.775 0.0705 0.871 0.570
#> 6 6 0.675 0.574 0.717 0.0495 0.934 0.709
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.8555 0.642 0.280 0.720
#> SRR1747220 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.7602 0.737 0.220 0.780
#> SRR1747266 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.9522 0.456 0.372 0.628
#> SRR1747268 2 0.6801 0.790 0.180 0.820
#> SRR1747269 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0938 0.973 0.988 0.012
#> SRR1747273 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.4161 0.895 0.084 0.916
#> SRR1747280 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.7883 0.713 0.236 0.764
#> SRR1747284 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.1633 0.962 0.976 0.024
#> SRR1747308 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.6623 0.789 0.828 0.172
#> SRR1747313 1 0.6801 0.778 0.820 0.180
#> SRR1747312 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.8861 0.598 0.304 0.696
#> SRR1747317 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1747319 1 0.8327 0.646 0.736 0.264
#> SRR1747320 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.8813 0.608 0.300 0.700
#> SRR1747330 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.6048 0.819 0.852 0.148
#> SRR1747336 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.8661 0.629 0.288 0.712
#> SRR1747340 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.8207 0.683 0.256 0.744
#> SRR1747346 2 0.7528 0.742 0.216 0.784
#> SRR1747347 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.5737 0.841 0.136 0.864
#> SRR1747366 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.6247 0.818 0.156 0.844
#> SRR1747370 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.7528 0.742 0.216 0.784
#> SRR1747381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.8661 0.628 0.288 0.712
#> SRR1747385 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.7056 0.761 0.808 0.192
#> SRR1747399 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.0424 0.958 0.008 0.000 0.992
#> SRR1747214 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747218 3 0.6111 0.364 0.000 0.396 0.604
#> SRR1747219 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747220 1 0.5968 0.444 0.636 0.000 0.364
#> SRR1747221 3 0.3752 0.815 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747222 1 0.3941 0.825 0.844 0.000 0.156
#> SRR1747223 3 0.3116 0.859 0.108 0.000 0.892
#> SRR1747224 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747225 3 0.1289 0.938 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747226 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.3267 0.864 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747232 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.3686 0.844 0.860 0.000 0.140
#> SRR1747234 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.1643 0.925 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747242 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.0424 0.958 0.008 0.000 0.992
#> SRR1747244 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747245 3 0.4452 0.750 0.000 0.192 0.808
#> SRR1747246 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.3267 0.870 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747250 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 3 0.1289 0.939 0.032 0.000 0.968
#> SRR1747253 1 0.6280 0.200 0.540 0.000 0.460
#> SRR1747254 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0892 0.950 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747256 1 0.0747 0.952 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747257 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747259 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747261 3 0.0424 0.958 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747262 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747266 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747267 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747274 3 0.0892 0.949 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747275 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747276 1 0.2448 0.907 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747277 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747278 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747281 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747286 3 0.6225 0.267 0.000 0.432 0.568
#> SRR1747287 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.1289 0.958 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747293 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747294 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747295 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747296 2 0.1860 0.937 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747297 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.2356 0.914 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747304 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747308 3 0.3340 0.842 0.000 0.120 0.880
#> SRR1747309 3 0.1860 0.920 0.052 0.000 0.948
#> SRR1747310 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747313 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.1529 0.949 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747316 3 0.0747 0.952 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747318 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.3551 0.853 0.868 0.000 0.132
#> SRR1747322 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747329 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747332 3 0.1411 0.935 0.036 0.000 0.964
#> SRR1747331 2 0.5138 0.660 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747333 2 0.6252 0.196 0.000 0.556 0.444
#> SRR1747334 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747340 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747341 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0747 0.972 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747352 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0747 0.972 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747354 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747355 3 0.1411 0.935 0.036 0.000 0.964
#> SRR1747356 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747360 2 0.0592 0.975 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747361 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.2066 0.919 0.940 0.000 0.060
#> SRR1747365 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747367 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 3 0.5291 0.615 0.268 0.000 0.732
#> SRR1747373 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747379 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747380 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 3 0.0237 0.961 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747386 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.5016 0.690 0.000 0.240 0.760
#> SRR1747389 2 0.1031 0.965 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747391 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747394 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.1211 0.73625 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747214 1 0.4985 0.28583 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747215 2 0.0336 0.95591 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747216 2 0.0188 0.95599 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747217 3 0.4605 0.24866 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747218 3 0.0707 0.74935 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747219 3 0.4843 0.05536 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747220 4 0.3224 0.67380 0.120 0.000 0.016 0.864
#> SRR1747221 4 0.0657 0.73349 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1747222 4 0.1940 0.70684 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1747223 4 0.0657 0.73349 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1747224 3 0.4855 0.19400 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1747225 3 0.2222 0.74105 0.000 0.016 0.924 0.060
#> SRR1747226 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747227 2 0.1042 0.95099 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747228 3 0.2530 0.71104 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1747229 2 0.4877 0.43183 0.000 0.664 0.328 0.008
#> SRR1747230 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3626 0.60741 0.184 0.000 0.004 0.812
#> SRR1747232 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.3444 0.60868 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1747234 3 0.1022 0.74339 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747235 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.4040 0.61405 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1747237 2 0.1042 0.95101 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747238 3 0.3123 0.70851 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1747239 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747240 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0336 0.74701 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747242 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0592 0.73454 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747244 3 0.3172 0.67433 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747245 3 0.2589 0.71767 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1747246 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.3569 0.59374 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1747250 3 0.1389 0.73680 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747252 4 0.0817 0.73631 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747253 4 0.1209 0.72730 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1747254 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747255 4 0.1867 0.70817 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1747256 4 0.2345 0.68978 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747257 2 0.1042 0.95101 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747258 3 0.0188 0.74707 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747259 2 0.1256 0.94464 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1747260 3 0.1557 0.73404 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747261 3 0.0188 0.74707 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747262 3 0.4697 0.46684 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1747263 2 0.1356 0.94389 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1747264 1 0.1211 0.90284 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747265 3 0.1792 0.72839 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747266 3 0.1389 0.74426 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747267 4 0.4866 0.48968 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1747268 4 0.4933 0.37584 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1747269 3 0.4866 0.37644 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1747270 3 0.5244 0.27256 0.000 0.436 0.556 0.008
#> SRR1747271 3 0.3311 0.70898 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1747272 4 0.4500 0.58445 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747273 4 0.3443 0.65571 0.136 0.000 0.016 0.848
#> SRR1747274 3 0.0336 0.74699 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747275 4 0.3975 0.52974 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1747276 4 0.2081 0.70083 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1747277 3 0.5236 0.27598 0.000 0.432 0.560 0.008
#> SRR1747278 3 0.3942 0.60299 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747280 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.4040 0.51701 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1747281 2 0.1118 0.94169 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747282 1 0.3266 0.81401 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747283 3 0.4830 0.05526 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1747284 1 0.3123 0.82491 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1747285 3 0.1118 0.74140 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747286 3 0.2530 0.73020 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1747287 2 0.4643 0.42343 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1747288 4 0.3569 0.71035 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1747290 3 0.4989 0.19343 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1747289 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747291 3 0.2480 0.73827 0.000 0.088 0.904 0.008
#> SRR1747293 3 0.1302 0.74435 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747294 2 0.2124 0.91374 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1747292 4 0.4222 0.47354 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1747295 3 0.4103 0.62274 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1747296 3 0.1356 0.74836 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1747297 2 0.0707 0.94928 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747298 2 0.1118 0.94113 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747299 2 0.0336 0.95520 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.95650 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.4973 0.37310 0.000 0.644 0.348 0.008
#> SRR1747302 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747303 3 0.5294 0.13753 0.000 0.484 0.508 0.008
#> SRR1747304 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0524 0.95559 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747306 2 0.0188 0.95599 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747307 4 0.4730 0.55482 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747308 3 0.0817 0.74868 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747309 4 0.0469 0.73443 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747310 1 0.0188 0.91960 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747311 4 0.4382 0.61386 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1747313 4 0.4331 0.62227 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747312 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.4453 0.62377 0.000 0.244 0.744 0.012
#> SRR1747316 3 0.0336 0.74699 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747318 4 0.4746 0.51330 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1747317 4 0.4761 0.51072 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1747319 4 0.4955 0.44173 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1747320 4 0.2081 0.70239 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1747322 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.4996 -0.17485 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1747323 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747324 3 0.4948 0.31219 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1747326 2 0.0469 0.95369 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747325 2 0.0336 0.95591 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747327 2 0.1042 0.94949 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747328 3 0.4331 0.48459 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747330 4 0.3219 0.71485 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1747329 3 0.2921 0.68948 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1747332 4 0.2868 0.74010 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1747331 3 0.2198 0.74075 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1747333 3 0.2706 0.73949 0.000 0.020 0.900 0.080
#> SRR1747334 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747335 4 0.4543 0.60043 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1747336 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.95650 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.95650 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 4 0.4746 0.51723 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1747340 3 0.2704 0.70548 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747341 2 0.0336 0.95591 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747342 2 0.0336 0.95591 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747343 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747344 3 0.5183 0.37406 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR1747345 4 0.4776 0.50628 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1747346 4 0.4877 0.46910 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1747347 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747348 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4790 0.49308 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1747351 2 0.0524 0.95559 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747350 3 0.4624 0.48006 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1747352 1 0.0707 0.91288 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747353 3 0.4356 0.56277 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1747354 3 0.1474 0.73590 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747355 4 0.1211 0.73625 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747356 3 0.1557 0.73375 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747357 3 0.1474 0.73578 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747358 3 0.1211 0.74091 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747359 4 0.3942 0.53631 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1747360 3 0.4679 0.46932 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1747361 4 0.2760 0.73354 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1747362 3 0.4898 0.32983 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1747363 4 0.1389 0.73837 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747364 4 0.3024 0.64611 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1747365 3 0.4866 0.00936 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1747366 3 0.4804 0.41740 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1747367 4 0.2973 0.73576 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1747369 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747368 3 0.4564 0.29488 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747370 3 0.1792 0.73699 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747372 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.1305 0.72551 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1747373 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747374 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747375 4 0.1637 0.74096 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747376 2 0.0000 0.95650 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0524 0.95578 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747378 3 0.4535 0.56950 0.000 0.292 0.704 0.004
#> SRR1747379 3 0.1792 0.73745 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747380 4 0.4877 0.46910 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1747381 1 0.3311 0.81106 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747382 4 0.4955 -0.03333 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1747383 2 0.1042 0.95099 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747384 4 0.4855 0.49703 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1747385 3 0.2760 0.70063 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747386 1 0.0000 0.92102 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0336 0.95591 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747388 2 0.0000 0.95650 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.0188 0.74798 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747389 3 0.2081 0.73537 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1747391 2 0.1118 0.94169 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747392 2 0.0707 0.94928 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747393 3 0.0817 0.74479 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747394 4 0.2704 0.74113 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747395 3 0.4972 -0.01346 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1747396 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747398 2 0.0188 0.95658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747397 4 0.4331 0.62227 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747399 1 0.3123 0.82456 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1747400 1 0.4522 0.60802 0.680 0.000 0.000 0.320
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0955 0.8305 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1747214 4 0.3968 0.7344 0.112 0.000 0.016 0.816 0.056
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0693 0.8630 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1747217 3 0.5006 0.5575 0.000 0.000 0.624 0.048 0.328
#> SRR1747218 5 0.2964 0.6252 0.000 0.004 0.152 0.004 0.840
#> SRR1747219 3 0.5086 0.5727 0.000 0.000 0.636 0.060 0.304
#> SRR1747220 4 0.2721 0.8140 0.016 0.000 0.036 0.896 0.052
#> SRR1747221 4 0.1671 0.8047 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1747222 4 0.0486 0.8327 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004
#> SRR1747223 4 0.2813 0.7207 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1747224 3 0.4049 0.6337 0.000 0.000 0.792 0.084 0.124
#> SRR1747225 5 0.4225 0.5656 0.000 0.004 0.364 0.000 0.632
#> SRR1747226 2 0.3033 0.8547 0.000 0.864 0.084 0.000 0.052
#> SRR1747227 2 0.3794 0.7517 0.000 0.800 0.048 0.000 0.152
#> SRR1747228 5 0.4648 0.4077 0.000 0.000 0.464 0.012 0.524
#> SRR1747229 2 0.5351 0.0931 0.000 0.484 0.052 0.000 0.464
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3152 0.7998 0.044 0.000 0.028 0.876 0.052
#> SRR1747232 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.1285 0.8262 0.036 0.000 0.004 0.956 0.004
#> SRR1747234 3 0.4437 0.3324 0.000 0.000 0.532 0.004 0.464
#> SRR1747235 1 0.3081 0.8205 0.868 0.000 0.004 0.072 0.056
#> SRR1747236 2 0.5725 0.2023 0.000 0.488 0.084 0.000 0.428
#> SRR1747237 2 0.2416 0.8277 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1747238 5 0.3460 0.6380 0.000 0.044 0.128 0.000 0.828
#> SRR1747239 2 0.2362 0.8653 0.000 0.900 0.076 0.000 0.024
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.3838 0.5047 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.1851 0.7966 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1747244 3 0.5002 0.1155 0.000 0.000 0.596 0.040 0.364
#> SRR1747245 5 0.4666 0.4891 0.000 0.000 0.412 0.016 0.572
#> SRR1747246 2 0.2482 0.8635 0.000 0.892 0.084 0.000 0.024
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1251 0.8272 0.036 0.000 0.008 0.956 0.000
#> SRR1747250 3 0.4359 0.4339 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR1747252 4 0.5119 0.2767 0.000 0.000 0.360 0.592 0.048
#> SRR1747253 4 0.1041 0.8298 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR1747254 2 0.2511 0.8638 0.000 0.892 0.080 0.000 0.028
#> SRR1747255 4 0.0451 0.8321 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1747256 4 0.1285 0.8306 0.004 0.000 0.004 0.956 0.036
#> SRR1747257 2 0.2305 0.8327 0.000 0.896 0.012 0.000 0.092
#> SRR1747258 5 0.3741 0.4914 0.000 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR1747259 2 0.4674 0.6745 0.000 0.708 0.060 0.000 0.232
#> SRR1747260 3 0.4350 0.4584 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408
#> SRR1747261 5 0.3969 0.4416 0.000 0.000 0.304 0.004 0.692
#> SRR1747262 5 0.3616 0.6713 0.000 0.164 0.032 0.000 0.804
#> SRR1747263 2 0.3667 0.7643 0.000 0.812 0.048 0.000 0.140
#> SRR1747264 1 0.3684 0.6342 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1747265 3 0.4430 0.5066 0.000 0.000 0.628 0.012 0.360
#> SRR1747266 5 0.4138 0.3995 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1747267 3 0.4479 0.6883 0.000 0.000 0.744 0.184 0.072
#> SRR1747268 3 0.4203 0.6378 0.000 0.000 0.780 0.128 0.092
#> SRR1747269 5 0.4031 0.6473 0.000 0.184 0.044 0.000 0.772
#> SRR1747270 5 0.4180 0.6134 0.000 0.220 0.036 0.000 0.744
#> SRR1747271 5 0.4588 0.6587 0.000 0.060 0.220 0.000 0.720
#> SRR1747272 3 0.3789 0.6548 0.000 0.000 0.760 0.224 0.016
#> SRR1747273 4 0.2688 0.8128 0.012 0.000 0.036 0.896 0.056
#> SRR1747274 5 0.3048 0.6279 0.000 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1747275 4 0.1443 0.8230 0.044 0.000 0.004 0.948 0.004
#> SRR1747276 4 0.0613 0.8327 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004
#> SRR1747277 5 0.4333 0.6331 0.000 0.188 0.060 0.000 0.752
#> SRR1747278 3 0.4479 0.5533 0.000 0.000 0.744 0.072 0.184
#> SRR1747280 1 0.0324 0.8847 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747279 4 0.1331 0.8254 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR1747281 2 0.4490 0.6660 0.000 0.724 0.052 0.000 0.224
#> SRR1747282 1 0.5028 0.3711 0.564 0.000 0.000 0.400 0.036
#> SRR1747283 3 0.5519 0.5393 0.000 0.000 0.584 0.084 0.332
#> SRR1747284 4 0.5657 -0.1472 0.456 0.000 0.008 0.480 0.056
#> SRR1747285 3 0.4434 0.3630 0.000 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR1747286 5 0.4479 0.4980 0.000 0.036 0.240 0.004 0.720
#> SRR1747287 5 0.4622 0.5033 0.000 0.276 0.040 0.000 0.684
#> SRR1747288 3 0.5213 0.4277 0.000 0.000 0.556 0.396 0.048
#> SRR1747290 5 0.4605 0.6098 0.000 0.192 0.076 0.000 0.732
#> SRR1747289 2 0.3301 0.8475 0.000 0.848 0.080 0.000 0.072
#> SRR1747291 5 0.4620 0.6107 0.000 0.028 0.320 0.000 0.652
#> SRR1747293 5 0.4150 0.5386 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1747294 2 0.5036 0.4728 0.000 0.628 0.052 0.000 0.320
#> SRR1747292 4 0.1282 0.8227 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1747295 5 0.3579 0.6477 0.000 0.072 0.100 0.000 0.828
#> SRR1747296 5 0.3317 0.6112 0.000 0.004 0.188 0.004 0.804
#> SRR1747297 2 0.1725 0.8509 0.000 0.936 0.020 0.000 0.044
#> SRR1747298 2 0.4295 0.6796 0.000 0.740 0.044 0.000 0.216
#> SRR1747299 2 0.1818 0.8671 0.000 0.932 0.044 0.000 0.024
#> SRR1747300 2 0.3593 0.8392 0.000 0.828 0.084 0.000 0.088
#> SRR1747301 5 0.5678 0.2516 0.000 0.392 0.084 0.000 0.524
#> SRR1747302 2 0.2390 0.8642 0.000 0.896 0.084 0.000 0.020
#> SRR1747303 5 0.5958 0.5999 0.000 0.200 0.208 0.000 0.592
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0693 0.8630 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1747306 2 0.1195 0.8663 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1747307 3 0.4985 0.6567 0.000 0.000 0.680 0.244 0.076
#> SRR1747308 5 0.3963 0.5532 0.000 0.008 0.256 0.004 0.732
#> SRR1747309 4 0.2377 0.7632 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1747310 1 0.3270 0.8040 0.852 0.000 0.004 0.100 0.044
#> SRR1747311 3 0.4026 0.6351 0.000 0.000 0.736 0.244 0.020
#> SRR1747313 3 0.4040 0.6244 0.000 0.000 0.724 0.260 0.016
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5450 0.6221 0.000 0.124 0.228 0.000 0.648
#> SRR1747316 5 0.3579 0.6103 0.000 0.000 0.240 0.004 0.756
#> SRR1747318 3 0.3724 0.6735 0.000 0.000 0.776 0.204 0.020
#> SRR1747317 3 0.3710 0.6742 0.000 0.000 0.784 0.192 0.024
#> SRR1747319 3 0.5656 0.6060 0.000 0.000 0.624 0.140 0.236
#> SRR1747320 4 0.0613 0.8332 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.2304 0.7763 0.100 0.000 0.008 0.892 0.000
#> SRR1747323 2 0.1725 0.8688 0.000 0.936 0.044 0.000 0.020
#> SRR1747324 5 0.4644 0.5142 0.000 0.280 0.040 0.000 0.680
#> SRR1747326 2 0.1668 0.8549 0.000 0.940 0.028 0.000 0.032
#> SRR1747325 2 0.0324 0.8652 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747327 2 0.1818 0.8501 0.000 0.932 0.024 0.000 0.044
#> SRR1747328 3 0.4350 0.6106 0.000 0.000 0.764 0.084 0.152
#> SRR1747330 3 0.4348 0.5222 0.000 0.000 0.668 0.316 0.016
#> SRR1747329 5 0.4818 0.4037 0.000 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR1747332 4 0.5509 -0.1632 0.000 0.000 0.464 0.472 0.064
#> SRR1747331 5 0.2763 0.6406 0.000 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1747333 5 0.4389 0.5623 0.000 0.004 0.368 0.004 0.624
#> SRR1747334 2 0.3857 0.8268 0.000 0.808 0.084 0.000 0.108
#> SRR1747335 3 0.5274 0.5526 0.000 0.000 0.600 0.336 0.064
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2270 0.8660 0.000 0.904 0.076 0.000 0.020
#> SRR1747338 2 0.2270 0.8660 0.000 0.904 0.076 0.000 0.020
#> SRR1747339 3 0.3656 0.6700 0.000 0.000 0.784 0.196 0.020
#> SRR1747340 5 0.4818 0.3855 0.000 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.1725 0.8688 0.000 0.936 0.044 0.000 0.020
#> SRR1747344 5 0.4777 0.5370 0.000 0.268 0.052 0.000 0.680
#> SRR1747345 3 0.4059 0.6616 0.000 0.000 0.776 0.172 0.052
#> SRR1747346 3 0.4479 0.6878 0.000 0.000 0.744 0.184 0.072
#> SRR1747347 2 0.1386 0.8698 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.3398 0.6313 0.216 0.000 0.004 0.780 0.000
#> SRR1747351 2 0.0693 0.8630 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1747350 5 0.3236 0.6759 0.000 0.152 0.020 0.000 0.828
#> SRR1747352 1 0.4503 0.6362 0.704 0.000 0.000 0.256 0.040
#> SRR1747353 5 0.3647 0.6836 0.000 0.132 0.052 0.000 0.816
#> SRR1747354 3 0.4350 0.4293 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408
#> SRR1747355 4 0.2763 0.7219 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR1747356 3 0.4359 0.4292 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR1747357 3 0.4341 0.4416 0.000 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1747358 3 0.4434 0.3452 0.000 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR1747359 4 0.1251 0.8266 0.036 0.000 0.008 0.956 0.000
#> SRR1747360 5 0.4098 0.6587 0.000 0.156 0.064 0.000 0.780
#> SRR1747361 3 0.4448 0.2360 0.000 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR1747362 5 0.3655 0.6711 0.000 0.160 0.036 0.000 0.804
#> SRR1747363 4 0.3318 0.6450 0.000 0.000 0.192 0.800 0.008
#> SRR1747364 4 0.2625 0.8161 0.016 0.000 0.028 0.900 0.056
#> SRR1747365 3 0.5538 0.5438 0.000 0.000 0.588 0.088 0.324
#> SRR1747366 5 0.3846 0.6617 0.000 0.144 0.056 0.000 0.800
#> SRR1747367 4 0.4425 -0.0797 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1747369 2 0.2482 0.8635 0.000 0.892 0.084 0.000 0.024
#> SRR1747368 3 0.4817 0.5747 0.000 0.000 0.656 0.044 0.300
#> SRR1747370 3 0.3636 0.5178 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0451 0.8321 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1747373 2 0.2331 0.8652 0.000 0.900 0.080 0.000 0.020
#> SRR1747374 2 0.1894 0.8688 0.000 0.920 0.072 0.000 0.008
#> SRR1747375 3 0.4446 0.1966 0.000 0.000 0.520 0.476 0.004
#> SRR1747376 2 0.3857 0.8268 0.000 0.808 0.084 0.000 0.108
#> SRR1747377 2 0.2012 0.8676 0.000 0.920 0.060 0.000 0.020
#> SRR1747378 5 0.5102 0.6349 0.000 0.100 0.216 0.000 0.684
#> SRR1747379 5 0.4470 0.5393 0.000 0.000 0.372 0.012 0.616
#> SRR1747380 3 0.4479 0.6878 0.000 0.000 0.744 0.184 0.072
#> SRR1747381 4 0.5525 0.1682 0.368 0.000 0.008 0.568 0.056
#> SRR1747382 4 0.3479 0.7787 0.076 0.000 0.016 0.852 0.056
#> SRR1747383 2 0.3958 0.7354 0.000 0.780 0.044 0.000 0.176
#> SRR1747384 3 0.5082 0.6832 0.000 0.000 0.684 0.220 0.096
#> SRR1747385 5 0.4811 0.4112 0.000 0.000 0.452 0.020 0.528
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0693 0.8630 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1747388 2 0.3056 0.8607 0.000 0.864 0.068 0.000 0.068
#> SRR1747390 5 0.3086 0.6040 0.000 0.000 0.180 0.004 0.816
#> SRR1747389 5 0.2953 0.6336 0.000 0.012 0.144 0.000 0.844
#> SRR1747391 2 0.4519 0.6644 0.000 0.720 0.052 0.000 0.228
#> SRR1747392 2 0.3375 0.8240 0.000 0.840 0.056 0.000 0.104
#> SRR1747393 5 0.4225 0.2608 0.000 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR1747394 3 0.4410 0.3406 0.000 0.000 0.556 0.440 0.004
#> SRR1747395 3 0.4096 0.5915 0.000 0.000 0.784 0.072 0.144
#> SRR1747396 2 0.3806 0.8299 0.000 0.812 0.084 0.000 0.104
#> SRR1747398 2 0.3479 0.8417 0.000 0.836 0.084 0.000 0.080
#> SRR1747397 3 0.4065 0.6206 0.000 0.000 0.720 0.264 0.016
#> SRR1747399 1 0.5411 0.3630 0.552 0.000 0.004 0.392 0.052
#> SRR1747400 1 0.5577 0.2915 0.516 0.000 0.008 0.424 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.3291 0.7686 0.000 0.000 0.004 0.828 0.064 0.104
#> SRR1747214 4 0.3724 0.7564 0.020 0.000 0.000 0.780 0.176 0.024
#> SRR1747215 2 0.1501 0.8130 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747216 2 0.2783 0.8126 0.000 0.836 0.016 0.000 0.148 0.000
#> SRR1747217 6 0.4157 0.5263 0.000 0.000 0.276 0.004 0.032 0.688
#> SRR1747218 3 0.2579 0.5432 0.000 0.000 0.872 0.000 0.040 0.088
#> SRR1747219 6 0.3593 0.5403 0.000 0.000 0.228 0.000 0.024 0.748
#> SRR1747220 4 0.4125 0.7458 0.000 0.000 0.000 0.736 0.184 0.080
#> SRR1747221 4 0.3419 0.6847 0.000 0.000 0.000 0.812 0.104 0.084
#> SRR1747222 4 0.0436 0.8075 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1747223 4 0.4595 0.5411 0.000 0.000 0.000 0.696 0.136 0.168
#> SRR1747224 6 0.3987 0.5229 0.000 0.000 0.012 0.024 0.236 0.728
#> SRR1747225 5 0.5949 0.5685 0.000 0.000 0.364 0.000 0.416 0.220
#> SRR1747226 2 0.3193 0.8013 0.000 0.844 0.068 0.004 0.080 0.004
#> SRR1747227 2 0.4585 0.5816 0.000 0.632 0.060 0.000 0.308 0.000
#> SRR1747228 5 0.5676 0.6100 0.000 0.000 0.284 0.000 0.520 0.196
#> SRR1747229 3 0.5408 0.1597 0.000 0.408 0.476 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.4664 0.7403 0.020 0.000 0.004 0.724 0.176 0.076
#> SRR1747232 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0405 0.8072 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747234 3 0.4097 -0.2271 0.000 0.000 0.504 0.000 0.008 0.488
#> SRR1747235 1 0.4435 0.6771 0.720 0.000 0.000 0.100 0.176 0.004
#> SRR1747236 3 0.5342 0.1431 0.000 0.380 0.528 0.004 0.084 0.004
#> SRR1747237 2 0.4121 0.7336 0.000 0.748 0.116 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747238 3 0.1866 0.5489 0.000 0.000 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1747239 2 0.1003 0.8150 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747240 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4557 0.3997 0.000 0.000 0.660 0.000 0.072 0.268
#> SRR1747242 1 0.0291 0.9134 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747243 4 0.3502 0.6901 0.000 0.000 0.004 0.812 0.108 0.076
#> SRR1747244 5 0.6533 0.3840 0.000 0.000 0.192 0.036 0.404 0.368
#> SRR1747245 5 0.5848 0.6190 0.000 0.000 0.296 0.000 0.480 0.224
#> SRR1747246 2 0.2803 0.8084 0.000 0.864 0.048 0.000 0.084 0.004
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.1223 0.8073 0.008 0.000 0.004 0.960 0.012 0.016
#> SRR1747250 6 0.4012 0.4463 0.000 0.000 0.344 0.000 0.016 0.640
#> SRR1747252 6 0.5578 0.2124 0.000 0.000 0.000 0.360 0.148 0.492
#> SRR1747253 4 0.2001 0.7787 0.000 0.000 0.004 0.900 0.004 0.092
#> SRR1747254 2 0.1232 0.8146 0.000 0.956 0.016 0.004 0.024 0.000
#> SRR1747255 4 0.0436 0.8073 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1747256 4 0.1225 0.8085 0.004 0.000 0.004 0.956 0.032 0.004
#> SRR1747257 2 0.3862 0.7513 0.000 0.772 0.096 0.000 0.132 0.000
#> SRR1747258 3 0.3996 0.4905 0.000 0.000 0.752 0.000 0.080 0.168
#> SRR1747259 2 0.4476 0.5296 0.000 0.664 0.272 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747260 6 0.3872 0.4135 0.000 0.000 0.392 0.000 0.004 0.604
#> SRR1747261 3 0.5259 0.2724 0.000 0.000 0.536 0.000 0.108 0.356
#> SRR1747262 3 0.4436 0.3684 0.000 0.044 0.676 0.000 0.272 0.008
#> SRR1747263 2 0.4393 0.5942 0.000 0.640 0.044 0.000 0.316 0.000
#> SRR1747264 1 0.3996 0.0364 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR1747265 6 0.3812 0.5101 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024 0.712
#> SRR1747266 3 0.5254 0.1861 0.000 0.000 0.564 0.000 0.120 0.316
#> SRR1747267 6 0.2515 0.6226 0.000 0.000 0.040 0.052 0.016 0.892
#> SRR1747268 6 0.4825 0.4133 0.000 0.000 0.016 0.044 0.320 0.620
#> SRR1747269 3 0.2442 0.5359 0.000 0.068 0.884 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747270 3 0.3534 0.5296 0.000 0.092 0.824 0.000 0.064 0.020
#> SRR1747271 3 0.5662 -0.0434 0.000 0.020 0.576 0.000 0.276 0.128
#> SRR1747272 6 0.3857 0.5854 0.000 0.000 0.004 0.072 0.148 0.776
#> SRR1747273 4 0.4402 0.7408 0.000 0.000 0.008 0.724 0.188 0.080
#> SRR1747274 3 0.4461 0.4103 0.000 0.000 0.704 0.000 0.192 0.104
#> SRR1747275 4 0.0520 0.8076 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1747276 4 0.0551 0.8081 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1747277 3 0.4151 0.4533 0.000 0.076 0.744 0.000 0.176 0.004
#> SRR1747278 6 0.5744 0.1490 0.000 0.000 0.060 0.048 0.396 0.496
#> SRR1747280 1 0.0748 0.9046 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR1747279 4 0.0405 0.8080 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747281 5 0.5658 -0.3360 0.000 0.416 0.152 0.000 0.432 0.000
#> SRR1747282 4 0.4561 0.1760 0.428 0.000 0.000 0.536 0.036 0.000
#> SRR1747283 6 0.4688 0.4264 0.000 0.000 0.340 0.012 0.036 0.612
#> SRR1747284 4 0.5954 0.3515 0.308 0.000 0.000 0.504 0.176 0.012
#> SRR1747285 6 0.4181 0.2331 0.000 0.000 0.476 0.000 0.012 0.512
#> SRR1747286 3 0.3287 0.4736 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012 0.220
#> SRR1747287 3 0.5484 0.3328 0.000 0.136 0.608 0.000 0.240 0.016
#> SRR1747288 6 0.4959 0.5605 0.000 0.000 0.040 0.208 0.064 0.688
#> SRR1747290 3 0.3380 0.5324 0.000 0.060 0.840 0.004 0.080 0.016
#> SRR1747289 2 0.3767 0.7668 0.000 0.788 0.128 0.004 0.080 0.000
#> SRR1747291 5 0.5940 0.5332 0.000 0.008 0.368 0.000 0.456 0.168
#> SRR1747293 5 0.5845 0.6042 0.000 0.000 0.316 0.000 0.472 0.212
#> SRR1747294 2 0.5915 0.2984 0.000 0.468 0.264 0.000 0.268 0.000
#> SRR1747292 4 0.0622 0.8081 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR1747295 3 0.1983 0.5591 0.000 0.012 0.916 0.000 0.012 0.060
#> SRR1747296 3 0.3612 0.5002 0.000 0.000 0.780 0.000 0.052 0.168
#> SRR1747297 2 0.3534 0.7637 0.000 0.740 0.016 0.000 0.244 0.000
#> SRR1747298 2 0.5681 0.2668 0.000 0.428 0.156 0.000 0.416 0.000
#> SRR1747299 2 0.3912 0.8028 0.000 0.748 0.044 0.000 0.204 0.004
#> SRR1747300 2 0.4153 0.7400 0.000 0.752 0.148 0.000 0.096 0.004
#> SRR1747301 3 0.6481 -0.0812 0.000 0.320 0.356 0.000 0.308 0.016
#> SRR1747302 2 0.2631 0.8096 0.000 0.876 0.044 0.004 0.076 0.000
#> SRR1747303 5 0.6709 0.3130 0.000 0.092 0.376 0.000 0.416 0.116
#> SRR1747304 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1957 0.8032 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1747306 2 0.2925 0.8143 0.000 0.832 0.016 0.004 0.148 0.000
#> SRR1747307 6 0.3368 0.6201 0.000 0.000 0.108 0.052 0.012 0.828
#> SRR1747308 3 0.4755 0.4551 0.000 0.016 0.680 0.000 0.068 0.236
#> SRR1747309 4 0.4165 0.6115 0.000 0.000 0.000 0.740 0.100 0.160
#> SRR1747310 1 0.4018 0.7194 0.768 0.000 0.000 0.116 0.112 0.004
#> SRR1747311 6 0.4624 0.5434 0.000 0.000 0.004 0.096 0.208 0.692
#> SRR1747313 6 0.4956 0.5214 0.000 0.000 0.004 0.116 0.228 0.652
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5431 0.3902 0.000 0.036 0.348 0.000 0.560 0.056
#> SRR1747316 5 0.5737 0.1915 0.000 0.000 0.392 0.000 0.440 0.168
#> SRR1747318 6 0.4170 0.5571 0.000 0.000 0.008 0.060 0.192 0.740
#> SRR1747317 6 0.4443 0.5290 0.000 0.000 0.008 0.060 0.232 0.700
#> SRR1747319 6 0.4217 0.5218 0.000 0.000 0.260 0.024 0.016 0.700
#> SRR1747320 4 0.1109 0.8081 0.004 0.000 0.004 0.964 0.012 0.016
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0837 0.8049 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004 0.000
#> SRR1747323 2 0.0508 0.8157 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747324 3 0.5708 0.2545 0.000 0.184 0.584 0.000 0.216 0.016
#> SRR1747326 2 0.3841 0.7838 0.000 0.724 0.032 0.000 0.244 0.000
#> SRR1747325 2 0.1765 0.8089 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1747327 2 0.3348 0.7399 0.000 0.768 0.016 0.000 0.216 0.000
#> SRR1747328 6 0.5201 0.3631 0.000 0.000 0.072 0.044 0.220 0.664
#> SRR1747330 6 0.5976 0.3237 0.000 0.000 0.008 0.192 0.316 0.484
#> SRR1747329 5 0.5942 0.5935 0.000 0.000 0.236 0.004 0.492 0.268
#> SRR1747332 6 0.5102 0.4395 0.000 0.000 0.000 0.240 0.140 0.620
#> SRR1747331 3 0.4067 0.4556 0.000 0.004 0.752 0.000 0.172 0.072
#> SRR1747333 5 0.5905 0.6168 0.000 0.000 0.288 0.000 0.468 0.244
#> SRR1747334 2 0.4348 0.7225 0.000 0.732 0.160 0.000 0.104 0.004
#> SRR1747335 6 0.4148 0.5895 0.000 0.000 0.056 0.184 0.012 0.748
#> SRR1747336 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2451 0.8130 0.000 0.888 0.040 0.004 0.068 0.000
#> SRR1747338 2 0.2451 0.8130 0.000 0.888 0.040 0.004 0.068 0.000
#> SRR1747339 6 0.4525 0.5264 0.000 0.000 0.008 0.068 0.228 0.696
#> SRR1747340 5 0.6056 0.5542 0.000 0.000 0.276 0.000 0.408 0.316
#> SRR1747341 2 0.1327 0.8149 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747342 2 0.1141 0.8165 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1747343 2 0.0508 0.8157 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747344 3 0.5655 0.2618 0.000 0.176 0.592 0.000 0.216 0.016
#> SRR1747345 6 0.4548 0.5043 0.000 0.000 0.008 0.056 0.260 0.676
#> SRR1747346 6 0.2699 0.6070 0.000 0.000 0.028 0.048 0.040 0.884
#> SRR1747347 2 0.1196 0.8130 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.2744 0.7212 0.144 0.000 0.000 0.840 0.016 0.000
#> SRR1747351 2 0.1957 0.8032 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1747350 3 0.3791 0.5099 0.000 0.044 0.800 0.000 0.128 0.028
#> SRR1747352 1 0.4834 0.3360 0.596 0.000 0.004 0.340 0.060 0.000
#> SRR1747353 3 0.4957 0.3134 0.000 0.036 0.644 0.000 0.280 0.040
#> SRR1747354 6 0.4153 0.4326 0.000 0.000 0.340 0.000 0.024 0.636
#> SRR1747355 4 0.4072 0.5622 0.000 0.000 0.004 0.704 0.032 0.260
#> SRR1747356 6 0.4252 0.3933 0.000 0.000 0.372 0.000 0.024 0.604
#> SRR1747357 6 0.4150 0.4578 0.000 0.000 0.320 0.000 0.028 0.652
#> SRR1747358 6 0.4389 0.2538 0.000 0.000 0.448 0.000 0.024 0.528
#> SRR1747359 4 0.0405 0.8077 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1747360 3 0.5267 0.4256 0.000 0.076 0.672 0.000 0.196 0.056
#> SRR1747361 6 0.4974 0.4034 0.000 0.000 0.000 0.324 0.088 0.588
#> SRR1747362 3 0.4791 0.2439 0.000 0.052 0.612 0.000 0.328 0.008
#> SRR1747363 4 0.4659 0.3840 0.000 0.000 0.004 0.612 0.048 0.336
#> SRR1747364 4 0.3852 0.7577 0.000 0.000 0.000 0.760 0.176 0.064
#> SRR1747365 6 0.4453 0.4507 0.000 0.000 0.328 0.016 0.020 0.636
#> SRR1747366 3 0.2100 0.5586 0.000 0.016 0.916 0.000 0.032 0.036
#> SRR1747367 6 0.5622 0.2706 0.000 0.000 0.004 0.376 0.132 0.488
#> SRR1747369 2 0.2750 0.8081 0.000 0.868 0.048 0.004 0.080 0.000
#> SRR1747368 6 0.3348 0.5578 0.000 0.000 0.216 0.000 0.016 0.768
#> SRR1747370 6 0.4447 0.4683 0.000 0.000 0.100 0.000 0.196 0.704
#> SRR1747372 1 0.0146 0.9150 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0717 0.8061 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1747373 2 0.2380 0.8140 0.000 0.892 0.036 0.004 0.068 0.000
#> SRR1747374 2 0.2547 0.8167 0.000 0.880 0.036 0.004 0.080 0.000
#> SRR1747375 6 0.5655 0.3665 0.000 0.000 0.000 0.324 0.172 0.504
#> SRR1747376 2 0.4838 0.6636 0.000 0.676 0.192 0.000 0.128 0.004
#> SRR1747377 2 0.0622 0.8151 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747378 3 0.6276 -0.2677 0.000 0.040 0.476 0.000 0.344 0.140
#> SRR1747379 5 0.5867 0.5915 0.000 0.000 0.336 0.000 0.456 0.208
#> SRR1747380 6 0.2699 0.6070 0.000 0.000 0.028 0.048 0.040 0.884
#> SRR1747381 4 0.5354 0.5422 0.212 0.000 0.000 0.608 0.176 0.004
#> SRR1747382 4 0.3724 0.7564 0.020 0.000 0.000 0.780 0.176 0.024
#> SRR1747383 2 0.4929 0.5539 0.000 0.608 0.092 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747384 6 0.3150 0.6161 0.000 0.000 0.112 0.036 0.012 0.840
#> SRR1747385 5 0.5942 0.5941 0.000 0.000 0.236 0.004 0.492 0.268
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2100 0.8029 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1747388 2 0.4540 0.7888 0.000 0.712 0.116 0.000 0.168 0.004
#> SRR1747390 3 0.2821 0.5249 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1747389 3 0.2209 0.5477 0.000 0.004 0.904 0.000 0.040 0.052
#> SRR1747391 5 0.5617 -0.2816 0.000 0.396 0.128 0.000 0.472 0.004
#> SRR1747392 2 0.4900 0.6697 0.000 0.592 0.080 0.000 0.328 0.000
#> SRR1747393 3 0.4673 0.3887 0.000 0.000 0.648 0.000 0.080 0.272
#> SRR1747394 6 0.4911 0.4764 0.000 0.000 0.000 0.276 0.100 0.624
#> SRR1747395 6 0.4710 0.3584 0.000 0.000 0.024 0.020 0.360 0.596
#> SRR1747396 2 0.4243 0.7356 0.000 0.744 0.148 0.000 0.104 0.004
#> SRR1747398 2 0.3958 0.7611 0.000 0.780 0.128 0.004 0.084 0.004
#> SRR1747397 6 0.4812 0.5251 0.000 0.000 0.004 0.104 0.224 0.668
#> SRR1747399 4 0.5869 0.1941 0.372 0.000 0.000 0.452 0.172 0.004
#> SRR1747400 4 0.6496 0.1875 0.364 0.000 0.000 0.416 0.184 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.990 0.4991 0.503 0.503
#> 3 3 0.773 0.826 0.917 0.2058 0.887 0.780
#> 4 4 0.867 0.837 0.929 0.1242 0.897 0.755
#> 5 5 0.717 0.638 0.806 0.0930 0.967 0.900
#> 6 6 0.692 0.547 0.750 0.0393 0.927 0.770
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR1747225 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.6801 0.778 0.180 0.820
#> SRR1747245 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.9635 0.371 0.388 0.612
#> SRR1747261 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747266 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747267 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.9393 0.455 0.356 0.644
#> SRR1747280 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.1184 0.979 0.984 0.016
#> SRR1747319 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747328 1 0.9732 0.301 0.596 0.404
#> SRR1747330 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747346 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.4022 0.905 0.080 0.920
#> SRR1747358 2 0.4022 0.905 0.080 0.920
#> SRR1747359 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747380 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.9850 0.258 0.428 0.572
#> SRR1747396 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 1 0.3752 0.7572 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747218 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.5733 0.5609 0.324 0.000 0.676
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.1031 0.8941 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.5431 0.6423 0.716 0.000 0.284
#> SRR1747224 1 0.6140 0.4674 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747225 2 0.2356 0.8750 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.1031 0.9206 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.5497 0.6635 0.000 0.292 0.708
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.2959 0.8475 0.000 0.900 0.100
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6095 0.5200 0.000 0.392 0.608
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.3038 0.8274 0.896 0.000 0.104
#> SRR1747244 2 0.7453 0.4644 0.064 0.644 0.292
#> SRR1747245 2 0.3412 0.8178 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.5397 0.6746 0.000 0.280 0.720
#> SRR1747252 1 0.0424 0.9047 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 2 0.4062 0.7672 0.000 0.836 0.164
#> SRR1747259 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.5692 0.6860 0.008 0.268 0.724
#> SRR1747261 2 0.3941 0.7601 0.000 0.844 0.156
#> SRR1747262 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.5363 0.6094 0.276 0.000 0.724
#> SRR1747266 2 0.6140 0.3865 0.000 0.596 0.404
#> SRR1747267 3 0.6260 0.3136 0.448 0.000 0.552
#> SRR1747268 1 0.5497 0.6331 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747269 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 1 0.1289 0.8871 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747278 2 0.8350 0.3636 0.120 0.600 0.280
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.6095 0.4555 0.392 0.000 0.608
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.6302 0.3072 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747286 3 0.5497 0.6635 0.000 0.292 0.708
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 1 0.3340 0.7925 0.880 0.000 0.120
#> SRR1747290 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 2 0.5859 0.5067 0.000 0.656 0.344
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.5926 0.3383 0.000 0.644 0.356
#> SRR1747296 3 0.5621 0.6439 0.000 0.308 0.692
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747309 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.5560 0.6238 0.700 0.000 0.300
#> SRR1747313 1 0.5397 0.6471 0.720 0.000 0.280
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.1289 0.9139 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747318 1 0.6045 0.5096 0.620 0.000 0.380
#> SRR1747317 1 0.5988 0.5289 0.632 0.000 0.368
#> SRR1747319 1 0.6305 -0.1299 0.516 0.000 0.484
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 1 0.6973 0.0523 0.564 0.416 0.020
#> SRR1747330 1 0.5465 0.6374 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747329 2 0.5465 0.5838 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747333 2 0.5363 0.6031 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 1 0.0424 0.9040 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 1 0.5497 0.6331 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747340 2 0.5497 0.5773 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 1 0.5560 0.6238 0.700 0.000 0.300
#> SRR1747346 3 0.4235 0.5986 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0747 0.9276 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.2261 0.8799 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747354 3 0.4887 0.7030 0.000 0.228 0.772
#> SRR1747355 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.4099 0.7087 0.008 0.140 0.852
#> SRR1747357 3 0.3253 0.6978 0.052 0.036 0.912
#> SRR1747358 3 0.7180 0.7343 0.116 0.168 0.716
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747361 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.5706 0.5651 0.320 0.000 0.680
#> SRR1747366 2 0.3482 0.8143 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747367 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.4974 0.6377 0.236 0.000 0.764
#> SRR1747370 3 0.3551 0.6612 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 1 0.5178 0.6731 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 2 0.3340 0.8225 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747380 3 0.4235 0.5986 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.5431 0.5903 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 2 0.3879 0.7829 0.000 0.848 0.152
#> SRR1747389 2 0.3619 0.8040 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 2 0.2537 0.8679 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747394 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.9793 0.0371 0.436 0.280 0.284
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 1 0.5497 0.6331 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9103 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 1 0.5754 0.4006 0.636 0.000 0.316 0.048
#> SRR1747218 2 0.1706 0.9248 0.000 0.948 0.016 0.036
#> SRR1747219 3 0.3219 0.6099 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1747220 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747221 1 0.3311 0.7663 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.3528 0.7010 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1747224 4 0.1545 0.8024 0.040 0.000 0.008 0.952
#> SRR1747225 2 0.2216 0.8973 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1747226 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.1557 0.9014 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747229 2 0.0188 0.9379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.0524 0.7088 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747235 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747236 2 0.1452 0.9280 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.5453 0.5483 0.000 0.660 0.304 0.036
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4250 0.4847 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4843 0.4368 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1747244 4 0.1867 0.7614 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1747245 2 0.3610 0.7361 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1747246 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0336 0.7080 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747252 1 0.0188 0.9701 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0188 0.9383 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 2 0.6139 0.2792 0.000 0.544 0.404 0.052
#> SRR1747259 2 0.0469 0.9356 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747260 3 0.0188 0.7085 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747261 2 0.3074 0.7994 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1747262 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747263 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0376 0.7082 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1747266 2 0.7922 -0.2594 0.000 0.340 0.340 0.320
#> SRR1747267 3 0.5137 0.1869 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1747268 4 0.1302 0.8044 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747269 2 0.1929 0.9197 0.000 0.940 0.024 0.036
#> SRR1747270 2 0.0707 0.9320 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747271 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747272 1 0.2469 0.8541 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1747273 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747274 2 0.1489 0.9264 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747278 4 0.0524 0.7773 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.4522 0.4601 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.6270 0.2527 0.000 0.404 0.536 0.060
#> SRR1747286 3 0.1488 0.7009 0.000 0.012 0.956 0.032
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 1 0.4262 0.6471 0.756 0.000 0.236 0.008
#> SRR1747290 2 0.1452 0.9280 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1747289 2 0.1452 0.9280 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1747291 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747293 4 0.5689 0.5124 0.000 0.184 0.104 0.712
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.5917 0.0375 0.000 0.444 0.520 0.036
#> SRR1747296 3 0.1474 0.6895 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1747297 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747298 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747299 2 0.0921 0.9335 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747300 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747303 2 0.0188 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0469 0.9374 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747307 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747308 2 0.0336 0.9371 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747309 1 0.0336 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.2976 0.7674 0.120 0.000 0.008 0.872
#> SRR1747313 4 0.3801 0.6685 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0336 0.9359 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747316 2 0.2124 0.8876 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1747318 4 0.1902 0.8021 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR1747317 4 0.1576 0.8046 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR1747319 3 0.4746 0.3954 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 1 0.6881 0.2418 0.580 0.328 0.024 0.068
#> SRR1747330 4 0.1557 0.8050 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1747329 4 0.1940 0.7590 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.1452 0.9283 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR1747333 4 0.4877 0.2694 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1747334 2 0.1211 0.9296 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747335 1 0.1118 0.9382 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747338 2 0.0707 0.9358 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747339 4 0.1489 0.8041 0.044 0.000 0.004 0.952
#> SRR1747340 4 0.0707 0.7685 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 4 0.2053 0.7994 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR1747346 3 0.5279 0.1742 0.012 0.000 0.588 0.400
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.2408 0.9048 0.000 0.920 0.044 0.036
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.3123 0.7956 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1747354 3 0.0336 0.7080 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747355 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747356 3 0.5410 0.5350 0.000 0.080 0.728 0.192
#> SRR1747357 3 0.1302 0.6990 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747358 3 0.0000 0.7086 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.1398 0.9281 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1747361 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.1022 0.9323 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747363 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.3219 0.6122 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1747366 2 0.5577 0.5004 0.000 0.636 0.328 0.036
#> SRR1747367 1 0.0336 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747369 2 0.1022 0.9322 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747368 3 0.0524 0.7082 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747370 4 0.4630 0.5109 0.000 0.016 0.252 0.732
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747374 2 0.0336 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747375 4 0.4925 0.3652 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1747376 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.1302 0.9292 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747379 2 0.2530 0.8464 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1747380 3 0.5279 0.1742 0.012 0.000 0.588 0.400
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 1 0.0188 0.9707 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747385 4 0.1867 0.7614 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9383 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.1118 0.9306 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747390 2 0.5050 0.3320 0.000 0.588 0.408 0.004
#> SRR1747389 2 0.5174 0.4303 0.000 0.620 0.368 0.012
#> SRR1747391 2 0.0469 0.9350 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747392 2 0.1211 0.9312 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747393 2 0.4793 0.7125 0.000 0.756 0.204 0.040
#> SRR1747394 1 0.0592 0.9596 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747395 4 0.1398 0.8038 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1747396 2 0.1211 0.9296 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747398 2 0.1305 0.9293 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1747397 4 0.2593 0.7814 0.104 0.000 0.004 0.892
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0566 0.9482 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1747214 4 0.0162 0.9543 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747215 2 0.2732 0.6362 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747216 2 0.2424 0.6491 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1747217 4 0.6480 0.0644 0.068 0.004 0.372 0.516 0.040
#> SRR1747218 2 0.4988 0.2940 0.000 0.656 0.060 0.000 0.284
#> SRR1747219 3 0.3339 0.6659 0.000 0.000 0.840 0.112 0.048
#> SRR1747220 4 0.0579 0.9479 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747221 4 0.4210 0.2942 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.2488 0.7178 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004
#> SRR1747224 1 0.1243 0.7765 0.960 0.000 0.008 0.004 0.028
#> SRR1747225 2 0.4599 0.3517 0.020 0.624 0.000 0.000 0.356
#> SRR1747226 2 0.3039 0.5233 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1747227 2 0.3913 0.5094 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1747228 2 0.5509 0.2182 0.064 0.472 0.000 0.000 0.464
#> SRR1747229 2 0.1671 0.6527 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747230 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0451 0.9498 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747232 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.2074 0.7006 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1747235 4 0.0671 0.9456 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1747236 2 0.4306 0.2867 0.000 0.660 0.012 0.000 0.328
#> SRR1747237 2 0.3333 0.6298 0.000 0.788 0.004 0.000 0.208
#> SRR1747238 2 0.5928 -0.1998 0.000 0.500 0.108 0.000 0.392
#> SRR1747239 2 0.0000 0.6578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4361 0.5257 0.000 0.124 0.768 0.000 0.108
#> SRR1747242 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.4313 0.4074 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008
#> SRR1747244 1 0.4863 0.6230 0.708 0.088 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747245 2 0.5752 0.2750 0.092 0.524 0.000 0.000 0.384
#> SRR1747246 2 0.0794 0.6524 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747247 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.2230 0.7020 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1747252 4 0.0451 0.9495 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1747253 4 0.0162 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747254 2 0.1043 0.6515 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747255 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.2561 0.6496 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747258 5 0.6346 0.4981 0.004 0.236 0.212 0.000 0.548
#> SRR1747259 2 0.2921 0.6270 0.000 0.856 0.020 0.000 0.124
#> SRR1747260 3 0.2338 0.7032 0.004 0.000 0.884 0.000 0.112
#> SRR1747261 2 0.5748 0.4318 0.000 0.608 0.140 0.000 0.252
#> SRR1747262 2 0.3966 0.4752 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1747263 2 0.4114 0.4525 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1747264 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.1270 0.7095 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747266 5 0.7266 0.4343 0.056 0.212 0.224 0.000 0.508
#> SRR1747267 3 0.5514 0.4652 0.016 0.000 0.628 0.296 0.060
#> SRR1747268 1 0.1952 0.7751 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1747269 2 0.4540 0.2820 0.000 0.656 0.024 0.000 0.320
#> SRR1747270 2 0.1877 0.6362 0.000 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR1747271 2 0.1270 0.6466 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747272 4 0.4511 0.5963 0.260 0.000 0.012 0.708 0.020
#> SRR1747273 4 0.2006 0.8925 0.000 0.000 0.072 0.916 0.012
#> SRR1747274 2 0.4256 0.2340 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747275 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.3146 0.6418 0.000 0.844 0.028 0.000 0.128
#> SRR1747278 1 0.1965 0.7636 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1747280 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.4030 0.4713 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1747282 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.4168 0.5893 0.000 0.000 0.756 0.200 0.044
#> SRR1747284 4 0.0290 0.9522 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747285 5 0.7147 0.4265 0.016 0.336 0.260 0.000 0.388
#> SRR1747286 3 0.4418 0.4530 0.000 0.016 0.652 0.000 0.332
#> SRR1747287 2 0.2813 0.6460 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747288 4 0.5030 0.5319 0.004 0.000 0.236 0.688 0.072
#> SRR1747290 2 0.4401 0.2802 0.000 0.656 0.016 0.000 0.328
#> SRR1747289 2 0.4288 0.2968 0.000 0.664 0.012 0.000 0.324
#> SRR1747291 2 0.3612 0.5376 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1747293 5 0.7123 0.0794 0.184 0.240 0.052 0.000 0.524
#> SRR1747294 2 0.3353 0.6286 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1747292 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747295 5 0.6740 0.4832 0.000 0.304 0.284 0.000 0.412
#> SRR1747296 3 0.3536 0.6627 0.000 0.032 0.812 0.000 0.156
#> SRR1747297 2 0.3876 0.5129 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1747298 2 0.3895 0.5085 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1747299 2 0.2605 0.6455 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747300 2 0.3109 0.5096 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1747301 2 0.1732 0.6518 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747302 2 0.1121 0.6470 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747303 2 0.3932 0.4990 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1747304 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.2648 0.6390 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1747306 2 0.2561 0.6491 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747307 4 0.1739 0.9172 0.004 0.000 0.032 0.940 0.024
#> SRR1747308 2 0.3134 0.6101 0.000 0.848 0.032 0.000 0.120
#> SRR1747309 4 0.2773 0.7952 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1747310 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.2869 0.7574 0.888 0.000 0.016 0.056 0.040
#> SRR1747313 1 0.2536 0.7135 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR1747312 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4278 0.3527 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1747316 2 0.5933 0.1838 0.000 0.452 0.104 0.000 0.444
#> SRR1747318 1 0.1518 0.7788 0.952 0.000 0.016 0.012 0.020
#> SRR1747317 1 0.0932 0.7784 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1747319 3 0.4925 0.4379 0.000 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1747320 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747322 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.6578 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.3305 0.4797 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747326 2 0.2280 0.6564 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1747325 2 0.2561 0.6417 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747327 2 0.4045 0.4811 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1747328 5 0.8422 0.0334 0.044 0.216 0.060 0.268 0.412
#> SRR1747330 1 0.1341 0.7755 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747329 1 0.5404 0.5519 0.636 0.100 0.000 0.000 0.264
#> SRR1747332 4 0.1211 0.9319 0.000 0.000 0.024 0.960 0.016
#> SRR1747331 5 0.4533 -0.0606 0.000 0.448 0.008 0.000 0.544
#> SRR1747333 2 0.6783 -0.1044 0.348 0.372 0.000 0.000 0.280
#> SRR1747334 2 0.3305 0.4830 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747335 4 0.3134 0.8117 0.000 0.000 0.120 0.848 0.032
#> SRR1747336 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.1043 0.6486 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747338 2 0.1341 0.6413 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747339 1 0.0771 0.7791 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747340 1 0.4133 0.6834 0.768 0.052 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747341 2 0.2074 0.6534 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1747342 2 0.0609 0.6616 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747343 2 0.1197 0.6572 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747344 2 0.0794 0.6572 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747345 1 0.2568 0.7668 0.904 0.000 0.016 0.032 0.048
#> SRR1747346 3 0.5368 0.3052 0.356 0.000 0.592 0.016 0.036
#> SRR1747347 2 0.1851 0.6515 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747348 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.2230 0.6497 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1747350 2 0.4768 0.3718 0.000 0.592 0.024 0.000 0.384
#> SRR1747352 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.5192 0.4353 0.000 0.664 0.092 0.000 0.244
#> SRR1747354 3 0.3519 0.6577 0.008 0.000 0.776 0.000 0.216
#> SRR1747355 4 0.0324 0.9522 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747356 5 0.6972 0.1365 0.052 0.112 0.368 0.000 0.468
#> SRR1747357 3 0.4613 0.3966 0.020 0.000 0.620 0.000 0.360
#> SRR1747358 3 0.1792 0.7076 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1747359 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4135 0.2720 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340
#> SRR1747361 4 0.0162 0.9544 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747362 2 0.3305 0.6213 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747363 4 0.1281 0.9288 0.000 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1747364 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.3420 0.6925 0.000 0.000 0.840 0.076 0.084
#> SRR1747366 5 0.6409 0.4002 0.000 0.352 0.180 0.000 0.468
#> SRR1747367 4 0.2266 0.8879 0.064 0.000 0.016 0.912 0.008
#> SRR1747369 2 0.2605 0.5754 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747368 3 0.2166 0.7097 0.012 0.000 0.912 0.004 0.072
#> SRR1747370 1 0.6969 0.0734 0.432 0.060 0.096 0.000 0.412
#> SRR1747372 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1043 0.6496 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747374 2 0.0794 0.6524 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747375 1 0.3636 0.5282 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1747376 2 0.3143 0.5072 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747377 2 0.0162 0.6573 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747378 2 0.3395 0.4854 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1747379 2 0.4867 0.3433 0.024 0.544 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747380 3 0.5368 0.3052 0.356 0.000 0.592 0.016 0.036
#> SRR1747381 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.2516 0.6433 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1747384 4 0.1018 0.9373 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR1747385 1 0.5357 0.5639 0.640 0.096 0.000 0.000 0.264
#> SRR1747386 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2813 0.6345 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747388 2 0.3561 0.5406 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1747390 2 0.6724 -0.3838 0.000 0.420 0.284 0.000 0.296
#> SRR1747389 2 0.6532 -0.3003 0.000 0.448 0.204 0.000 0.348
#> SRR1747391 2 0.4182 0.4119 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1747392 2 0.3983 0.5308 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1747393 2 0.5396 -0.1994 0.000 0.500 0.056 0.000 0.444
#> SRR1747394 4 0.3422 0.7359 0.200 0.000 0.004 0.792 0.004
#> SRR1747395 1 0.1041 0.7792 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747396 2 0.3210 0.4997 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1747398 2 0.3752 0.3766 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1747397 1 0.1924 0.7635 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR1747399 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.0000 0.9562 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.2206 0.87422 0.064 0.000 0.008 0.904 0.024 0.000
#> SRR1747214 4 0.0725 0.91643 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000
#> SRR1747215 2 0.3244 0.47157 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1747216 2 0.2838 0.55871 0.004 0.808 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1747217 1 0.7972 -0.10626 0.364 0.000 0.204 0.284 0.052 0.096
#> SRR1747218 2 0.4488 0.49087 0.304 0.652 0.032 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747219 3 0.5909 0.26450 0.404 0.000 0.480 0.040 0.072 0.004
#> SRR1747220 4 0.2123 0.87646 0.064 0.000 0.008 0.908 0.020 0.000
#> SRR1747221 4 0.4097 -0.00519 0.008 0.000 0.000 0.500 0.000 0.492
#> SRR1747222 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 6 0.2500 0.67755 0.012 0.000 0.000 0.116 0.004 0.868
#> SRR1747224 6 0.2592 0.70081 0.056 0.000 0.024 0.004 0.024 0.892
#> SRR1747225 2 0.5590 0.36784 0.156 0.608 0.000 0.000 0.216 0.020
#> SRR1747226 2 0.2389 0.62628 0.128 0.864 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747227 2 0.3867 -0.19958 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1747228 5 0.2877 0.56407 0.012 0.168 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1747229 2 0.2191 0.60702 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1747230 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.1594 0.88978 0.052 0.000 0.000 0.932 0.016 0.000
#> SRR1747232 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0547 0.91778 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3679 0.33354 0.260 0.000 0.724 0.000 0.012 0.004
#> SRR1747235 4 0.1528 0.89313 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000
#> SRR1747236 2 0.3589 0.57044 0.228 0.752 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747237 2 0.3903 0.42267 0.012 0.680 0.004 0.000 0.304 0.000
#> SRR1747238 2 0.5917 0.15808 0.328 0.488 0.176 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747239 2 0.1267 0.63577 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747240 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.5939 0.24045 0.420 0.048 0.456 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747242 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 6 0.6206 0.31007 0.036 0.000 0.000 0.372 0.132 0.460
#> SRR1747244 6 0.5184 0.40348 0.028 0.036 0.000 0.000 0.440 0.496
#> SRR1747245 5 0.4754 0.58071 0.016 0.276 0.000 0.000 0.656 0.052
#> SRR1747246 2 0.0520 0.65150 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747247 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0665 0.91877 0.008 0.000 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1747250 3 0.1528 0.34045 0.016 0.000 0.944 0.000 0.028 0.012
#> SRR1747252 4 0.1628 0.89344 0.036 0.000 0.012 0.940 0.008 0.004
#> SRR1747253 4 0.0665 0.91647 0.008 0.000 0.000 0.980 0.008 0.004
#> SRR1747254 2 0.0972 0.65002 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747255 4 0.0405 0.92007 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.3668 0.49622 0.008 0.728 0.008 0.000 0.256 0.000
#> SRR1747258 1 0.7076 0.17079 0.388 0.140 0.364 0.000 0.104 0.004
#> SRR1747259 2 0.3910 0.57035 0.044 0.788 0.028 0.000 0.140 0.000
#> SRR1747260 3 0.2110 0.34044 0.084 0.000 0.900 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747261 2 0.6801 -0.08086 0.096 0.428 0.128 0.000 0.348 0.000
#> SRR1747262 2 0.4892 0.54965 0.176 0.660 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1747263 5 0.3727 0.49503 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1747264 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.4797 0.31606 0.356 0.000 0.580 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747266 1 0.6837 0.16430 0.424 0.120 0.384 0.000 0.036 0.036
#> SRR1747267 3 0.7685 0.18499 0.312 0.000 0.412 0.120 0.096 0.060
#> SRR1747268 6 0.4390 0.66030 0.048 0.000 0.004 0.000 0.272 0.676
#> SRR1747269 2 0.3721 0.56104 0.252 0.728 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747270 2 0.2774 0.63456 0.040 0.872 0.012 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747271 2 0.0725 0.65189 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747272 4 0.5184 0.41563 0.060 0.000 0.004 0.616 0.020 0.300
#> SRR1747273 4 0.3425 0.76988 0.164 0.000 0.008 0.800 0.028 0.000
#> SRR1747274 2 0.5966 0.34337 0.308 0.496 0.004 0.000 0.188 0.004
#> SRR1747275 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.4449 0.55271 0.092 0.752 0.028 0.000 0.128 0.000
#> SRR1747278 6 0.4127 0.64490 0.036 0.000 0.000 0.000 0.284 0.680
#> SRR1747280 4 0.0146 0.92131 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747279 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747281 5 0.3866 0.36014 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.6416 -0.31585 0.424 0.000 0.404 0.100 0.072 0.000
#> SRR1747284 4 0.1003 0.90892 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000
#> SRR1747285 1 0.6863 0.07984 0.468 0.248 0.232 0.000 0.024 0.028
#> SRR1747286 3 0.4713 0.12339 0.364 0.028 0.592 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747287 2 0.3121 0.57839 0.012 0.804 0.004 0.000 0.180 0.000
#> SRR1747288 4 0.5707 0.06707 0.100 0.000 0.388 0.496 0.008 0.008
#> SRR1747290 2 0.3512 0.56963 0.248 0.740 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747289 2 0.3134 0.59358 0.208 0.784 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747291 2 0.3881 0.03344 0.004 0.600 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747293 5 0.5489 0.35700 0.040 0.088 0.060 0.000 0.712 0.100
#> SRR1747294 2 0.4183 0.43861 0.036 0.692 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR1747292 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.6296 -0.21532 0.320 0.284 0.388 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747296 3 0.4937 0.24373 0.160 0.052 0.712 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747297 5 0.3867 0.32052 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1747298 5 0.3860 0.35488 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1747299 2 0.2979 0.62377 0.044 0.840 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747300 2 0.2730 0.61695 0.152 0.836 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747301 2 0.2378 0.57252 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1747302 2 0.0458 0.65156 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 5 0.3866 0.34963 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1747304 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3448 0.44756 0.004 0.716 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1747306 2 0.2783 0.59214 0.016 0.836 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1747307 4 0.5182 0.65176 0.180 0.000 0.044 0.704 0.048 0.024
#> SRR1747308 2 0.4661 0.53814 0.072 0.756 0.048 0.000 0.116 0.008
#> SRR1747309 4 0.4153 0.43426 0.024 0.000 0.000 0.636 0.000 0.340
#> SRR1747310 4 0.0146 0.92131 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747311 6 0.3970 0.64083 0.108 0.000 0.024 0.036 0.024 0.808
#> SRR1747313 6 0.2750 0.65571 0.020 0.000 0.000 0.136 0.000 0.844
#> SRR1747312 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.3499 0.56368 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747316 5 0.4624 0.56767 0.008 0.264 0.060 0.000 0.668 0.000
#> SRR1747318 6 0.4064 0.68773 0.044 0.000 0.072 0.012 0.064 0.808
#> SRR1747317 6 0.3008 0.70921 0.036 0.000 0.032 0.000 0.068 0.864
#> SRR1747319 3 0.6538 0.00429 0.196 0.000 0.416 0.352 0.036 0.000
#> SRR1747320 4 0.0405 0.92013 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1747322 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0508 0.91892 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747323 2 0.1444 0.62993 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747324 2 0.2778 0.61105 0.168 0.824 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747326 2 0.2762 0.56015 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1747325 2 0.3221 0.47566 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1747327 5 0.3851 0.34901 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1747328 5 0.6503 0.14538 0.104 0.064 0.040 0.120 0.648 0.024
#> SRR1747330 6 0.3810 0.68791 0.036 0.000 0.000 0.004 0.208 0.752
#> SRR1747329 5 0.5363 -0.37066 0.036 0.040 0.000 0.000 0.484 0.440
#> SRR1747332 4 0.3318 0.82428 0.072 0.000 0.024 0.848 0.052 0.004
#> SRR1747331 2 0.6611 0.15345 0.336 0.376 0.028 0.000 0.260 0.000
#> SRR1747333 5 0.6173 0.06578 0.032 0.156 0.000 0.000 0.508 0.304
#> SRR1747334 2 0.3017 0.60678 0.164 0.816 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747335 4 0.5650 0.59962 0.144 0.000 0.084 0.672 0.092 0.008
#> SRR1747336 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0363 0.65151 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0713 0.65115 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 6 0.3306 0.72482 0.032 0.000 0.004 0.020 0.104 0.840
#> SRR1747340 6 0.5873 0.50319 0.092 0.040 0.000 0.000 0.340 0.528
#> SRR1747341 2 0.2664 0.56083 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1747342 2 0.2003 0.61578 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747343 2 0.1863 0.61125 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1747344 2 0.2331 0.64186 0.032 0.888 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1747345 6 0.3462 0.66561 0.096 0.000 0.008 0.020 0.040 0.836
#> SRR1747346 3 0.6842 0.17326 0.180 0.000 0.396 0.000 0.068 0.356
#> SRR1747347 2 0.2669 0.57040 0.008 0.836 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1747348 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.3163 0.51879 0.004 0.764 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1747350 2 0.5694 0.50149 0.216 0.600 0.024 0.000 0.160 0.000
#> SRR1747352 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.6660 0.09195 0.072 0.496 0.180 0.000 0.252 0.000
#> SRR1747354 3 0.3810 0.19886 0.220 0.000 0.748 0.000 0.016 0.016
#> SRR1747355 4 0.1829 0.88299 0.056 0.000 0.000 0.920 0.024 0.000
#> SRR1747356 3 0.5850 -0.17775 0.392 0.044 0.508 0.000 0.032 0.024
#> SRR1747357 1 0.4944 -0.10137 0.596 0.000 0.344 0.000 0.032 0.028
#> SRR1747358 3 0.4692 0.29229 0.444 0.000 0.512 0.000 0.044 0.000
#> SRR1747359 4 0.0260 0.92085 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4449 0.51821 0.260 0.688 0.024 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747361 4 0.1434 0.90438 0.020 0.000 0.000 0.948 0.024 0.008
#> SRR1747362 2 0.4235 0.56644 0.084 0.724 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1747363 4 0.3032 0.83063 0.096 0.000 0.012 0.852 0.040 0.000
#> SRR1747364 4 0.0520 0.91905 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1747365 3 0.5305 0.27680 0.240 0.000 0.644 0.076 0.040 0.000
#> SRR1747366 2 0.7216 -0.07786 0.268 0.356 0.288 0.000 0.088 0.000
#> SRR1747367 4 0.3075 0.81052 0.032 0.000 0.004 0.848 0.008 0.108
#> SRR1747369 2 0.1267 0.64930 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.4523 0.33625 0.180 0.000 0.732 0.000 0.036 0.052
#> SRR1747370 1 0.7511 0.08932 0.404 0.052 0.180 0.000 0.052 0.312
#> SRR1747372 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0146 0.92143 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0260 0.65039 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747374 2 0.0790 0.64921 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747375 6 0.3721 0.51298 0.016 0.000 0.000 0.252 0.004 0.728
#> SRR1747376 2 0.2805 0.61504 0.160 0.828 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747377 2 0.1387 0.63196 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1747378 2 0.3928 0.58266 0.160 0.760 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1747379 5 0.4190 0.57690 0.016 0.304 0.000 0.000 0.668 0.012
#> SRR1747380 3 0.6842 0.17326 0.180 0.000 0.396 0.000 0.068 0.356
#> SRR1747381 4 0.0508 0.91859 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1747382 4 0.0508 0.91920 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747383 2 0.3101 0.49734 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1747384 4 0.3525 0.81455 0.092 0.000 0.024 0.836 0.036 0.012
#> SRR1747385 5 0.5333 -0.31363 0.036 0.040 0.000 0.000 0.516 0.408
#> SRR1747386 4 0.0000 0.92190 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.3508 0.42876 0.004 0.704 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747388 2 0.3894 0.62704 0.120 0.784 0.008 0.000 0.088 0.000
#> SRR1747390 2 0.7013 -0.16058 0.232 0.352 0.348 0.000 0.068 0.000
#> SRR1747389 2 0.6973 0.01435 0.224 0.412 0.292 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747391 5 0.3774 0.48760 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1747392 2 0.4838 0.02723 0.060 0.544 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747393 2 0.5927 0.14721 0.368 0.488 0.120 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747394 4 0.5591 0.16168 0.072 0.000 0.008 0.520 0.016 0.384
#> SRR1747395 6 0.2487 0.71962 0.032 0.000 0.000 0.000 0.092 0.876
#> SRR1747396 2 0.2945 0.60927 0.156 0.824 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747398 2 0.3110 0.59390 0.196 0.792 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747397 6 0.2384 0.69383 0.032 0.000 0.000 0.084 0.000 0.884
#> SRR1747399 4 0.0146 0.92131 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747400 4 0.0520 0.91863 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.872 0.937 0.969 0.4996 0.499 0.499
#> 3 3 0.506 0.609 0.761 0.2488 0.783 0.598
#> 4 4 0.651 0.728 0.864 0.1552 0.768 0.466
#> 5 5 0.638 0.544 0.731 0.0881 0.902 0.662
#> 6 6 0.694 0.560 0.780 0.0482 0.866 0.483
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.3733 0.899 0.928 0.072
#> SRR1747218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.1184 0.937 0.984 0.016
#> SRR1747220 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.7745 0.750 0.772 0.228
#> SRR1747225 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.7883 0.656 0.236 0.764
#> SRR1747229 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747234 1 0.8555 0.676 0.720 0.280
#> SRR1747235 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.1184 0.976 0.016 0.984
#> SRR1747242 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747244 1 0.8499 0.682 0.724 0.276
#> SRR1747245 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747250 1 0.7815 0.745 0.768 0.232
#> SRR1747252 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.9129 0.452 0.328 0.672
#> SRR1747259 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747260 1 0.7950 0.735 0.760 0.240
#> SRR1747261 1 0.9944 0.273 0.544 0.456
#> SRR1747262 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.7056 0.791 0.808 0.192
#> SRR1747266 2 0.0376 0.989 0.004 0.996
#> SRR1747267 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747278 1 0.3274 0.905 0.940 0.060
#> SRR1747280 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747283 1 0.6048 0.836 0.852 0.148
#> SRR1747284 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747285 1 0.7883 0.741 0.764 0.236
#> SRR1747286 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0376 0.989 0.004 0.996
#> SRR1747294 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.7056 0.791 0.808 0.192
#> SRR1747320 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747328 1 0.0672 0.942 0.992 0.008
#> SRR1747330 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0938 0.981 0.012 0.988
#> SRR1747332 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.0672 0.985 0.008 0.992
#> SRR1747341 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747346 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747354 1 0.8267 0.707 0.740 0.260
#> SRR1747355 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747356 1 0.2778 0.917 0.952 0.048
#> SRR1747357 1 0.7815 0.745 0.768 0.232
#> SRR1747358 1 0.8386 0.695 0.732 0.268
#> SRR1747359 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.7815 0.745 0.768 0.232
#> SRR1747362 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.6973 0.795 0.812 0.188
#> SRR1747366 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.4939 0.871 0.892 0.108
#> SRR1747370 1 0.7815 0.745 0.768 0.232
#> SRR1747372 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747380 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.2778 0.914 0.952 0.048
#> SRR1747385 1 0.9754 0.378 0.592 0.408
#> SRR1747386 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747393 1 0.8555 0.676 0.720 0.280
#> SRR1747394 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.7139 0.789 0.804 0.196
#> SRR1747396 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.946 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.5465 0.4433 0.288 0.000 0.712
#> SRR1747214 1 0.6111 0.4838 0.604 0.000 0.396
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0747 0.8725 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747217 3 0.4540 0.6471 0.124 0.028 0.848
#> SRR1747218 2 0.6286 0.4460 0.000 0.536 0.464
#> SRR1747219 3 0.3845 0.6466 0.116 0.012 0.872
#> SRR1747220 3 0.6299 -0.1353 0.476 0.000 0.524
#> SRR1747221 3 0.6180 0.0956 0.416 0.000 0.584
#> SRR1747222 3 0.6180 0.0962 0.416 0.000 0.584
#> SRR1747223 3 0.5216 0.4819 0.260 0.000 0.740
#> SRR1747224 3 0.3141 0.6181 0.020 0.068 0.912
#> SRR1747225 2 0.6154 0.5321 0.000 0.592 0.408
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.1163 0.8726 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747228 3 0.6302 -0.2968 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747229 2 0.1860 0.8633 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747230 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.6302 0.2640 0.520 0.000 0.480
#> SRR1747232 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 3 0.6252 -0.0204 0.444 0.000 0.556
#> SRR1747234 3 0.3207 0.6066 0.012 0.084 0.904
#> SRR1747235 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1031 0.8733 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747237 2 0.2959 0.8671 0.000 0.900 0.100
#> SRR1747238 2 0.6079 0.6157 0.000 0.612 0.388
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.6267 0.4849 0.000 0.548 0.452
#> SRR1747242 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747244 3 0.2774 0.6116 0.008 0.072 0.920
#> SRR1747245 2 0.6180 0.5440 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747246 2 0.0592 0.8729 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747247 1 0.0424 0.7601 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747248 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.6225 0.0310 0.432 0.000 0.568
#> SRR1747250 3 0.2590 0.6093 0.004 0.072 0.924
#> SRR1747252 3 0.5397 0.4492 0.280 0.000 0.720
#> SRR1747253 3 0.6126 0.1477 0.400 0.000 0.600
#> SRR1747254 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 3 0.6095 0.1723 0.392 0.000 0.608
#> SRR1747256 3 0.6168 0.1103 0.412 0.000 0.588
#> SRR1747257 2 0.1289 0.8733 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747258 3 0.6045 0.0517 0.000 0.380 0.620
#> SRR1747259 2 0.4654 0.8086 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747260 3 0.2261 0.6100 0.000 0.068 0.932
#> SRR1747261 3 0.5216 0.4148 0.000 0.260 0.740
#> SRR1747262 2 0.5138 0.7875 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747263 2 0.1163 0.8726 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747264 1 0.3340 0.7201 0.880 0.000 0.120
#> SRR1747265 3 0.4288 0.6356 0.068 0.060 0.872
#> SRR1747266 3 0.6192 -0.1441 0.000 0.420 0.580
#> SRR1747267 3 0.3686 0.6387 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747268 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747269 2 0.5621 0.7381 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747270 2 0.3619 0.8162 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747271 2 0.6026 0.6429 0.000 0.624 0.376
#> SRR1747272 3 0.3816 0.6346 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747273 3 0.6252 -0.0165 0.444 0.000 0.556
#> SRR1747274 2 0.6045 0.6264 0.000 0.620 0.380
#> SRR1747275 1 0.6140 0.4696 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747276 3 0.6305 -0.1687 0.484 0.000 0.516
#> SRR1747277 2 0.3482 0.8605 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747278 3 0.4139 0.6444 0.124 0.016 0.860
#> SRR1747280 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.6307 0.2377 0.512 0.000 0.488
#> SRR1747281 2 0.3551 0.8583 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747282 1 0.4399 0.6720 0.812 0.000 0.188
#> SRR1747283 3 0.6037 0.6101 0.100 0.112 0.788
#> SRR1747284 1 0.5216 0.6112 0.740 0.000 0.260
#> SRR1747285 3 0.5467 0.5481 0.032 0.176 0.792
#> SRR1747286 2 0.6180 0.5555 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747287 2 0.3482 0.8597 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747288 3 0.5178 0.4905 0.256 0.000 0.744
#> SRR1747290 2 0.1860 0.8740 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747289 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.5810 0.7037 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747293 3 0.6204 -0.1736 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747294 2 0.3116 0.8652 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747292 1 0.6126 0.4769 0.600 0.000 0.400
#> SRR1747295 2 0.5431 0.7381 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747296 3 0.6295 -0.3147 0.000 0.472 0.528
#> SRR1747297 2 0.0892 0.8726 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747298 2 0.2711 0.8698 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747299 2 0.1289 0.8733 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747300 2 0.1411 0.8739 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747301 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.5254 0.7732 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747304 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0747 0.8726 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747306 2 0.0892 0.8726 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747307 3 0.3816 0.6346 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747308 3 0.6252 -0.1672 0.000 0.444 0.556
#> SRR1747309 3 0.5138 0.4974 0.252 0.000 0.748
#> SRR1747310 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 3 0.3619 0.6402 0.136 0.000 0.864
#> SRR1747313 3 0.3551 0.6413 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747312 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.5760 0.7149 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747316 3 0.6168 -0.1344 0.000 0.412 0.588
#> SRR1747318 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747317 3 0.3686 0.6387 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747319 3 0.5020 0.6436 0.108 0.056 0.836
#> SRR1747320 3 0.6307 -0.1867 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747322 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.6095 0.4877 0.608 0.000 0.392
#> SRR1747323 2 0.0424 0.8713 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747324 2 0.4555 0.8210 0.000 0.800 0.200
#> SRR1747326 2 0.2165 0.8728 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.3116 0.6447 0.108 0.000 0.892
#> SRR1747330 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747329 3 0.6140 -0.1128 0.000 0.404 0.596
#> SRR1747332 3 0.5397 0.4629 0.280 0.000 0.720
#> SRR1747331 2 0.5431 0.7621 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747333 2 0.6168 0.5569 0.000 0.588 0.412
#> SRR1747334 2 0.2625 0.8686 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747335 3 0.4062 0.6228 0.164 0.000 0.836
#> SRR1747336 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.3482 0.6419 0.128 0.000 0.872
#> SRR1747340 3 0.6168 -0.1369 0.000 0.412 0.588
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0424 0.8713 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747344 2 0.5098 0.7786 0.000 0.752 0.248
#> SRR1747345 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747346 3 0.3551 0.6411 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.6111 0.4838 0.604 0.000 0.396
#> SRR1747351 2 0.1289 0.8733 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747350 2 0.4291 0.8392 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747352 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.5291 0.7797 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747354 3 0.2448 0.6057 0.000 0.076 0.924
#> SRR1747355 3 0.4654 0.5746 0.208 0.000 0.792
#> SRR1747356 3 0.3587 0.6458 0.088 0.020 0.892
#> SRR1747357 3 0.2774 0.6122 0.008 0.072 0.920
#> SRR1747358 3 0.2537 0.6036 0.000 0.080 0.920
#> SRR1747359 1 0.6215 0.4159 0.572 0.000 0.428
#> SRR1747360 2 0.3412 0.8612 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747361 3 0.4075 0.6227 0.048 0.072 0.880
#> SRR1747362 2 0.4796 0.8124 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747363 3 0.3816 0.6346 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747364 1 0.6302 0.2640 0.520 0.000 0.480
#> SRR1747365 3 0.5020 0.6430 0.108 0.056 0.836
#> SRR1747366 2 0.4346 0.8356 0.000 0.816 0.184
#> SRR1747367 3 0.3816 0.6346 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.3889 0.6456 0.084 0.032 0.884
#> SRR1747370 3 0.2261 0.6100 0.000 0.068 0.932
#> SRR1747372 1 0.1964 0.7463 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747371 3 0.6260 -0.0248 0.448 0.000 0.552
#> SRR1747373 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747376 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.4555 0.8286 0.000 0.800 0.200
#> SRR1747379 3 0.6286 -0.2954 0.000 0.464 0.536
#> SRR1747380 3 0.3619 0.6400 0.136 0.000 0.864
#> SRR1747381 1 0.3412 0.7136 0.876 0.000 0.124
#> SRR1747382 1 0.6126 0.4767 0.600 0.000 0.400
#> SRR1747383 2 0.3412 0.8607 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747384 3 0.3965 0.6438 0.132 0.008 0.860
#> SRR1747385 3 0.6183 0.4797 0.032 0.236 0.732
#> SRR1747386 1 0.0000 0.7617 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.3038 0.8661 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747390 3 0.6267 -0.2630 0.000 0.452 0.548
#> SRR1747389 2 0.5859 0.6836 0.000 0.656 0.344
#> SRR1747391 2 0.4002 0.8489 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747392 2 0.3116 0.8655 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747393 3 0.2866 0.6083 0.008 0.076 0.916
#> SRR1747394 3 0.3816 0.6346 0.148 0.000 0.852
#> SRR1747395 3 0.3993 0.6379 0.064 0.052 0.884
#> SRR1747396 2 0.0747 0.8731 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747398 2 0.0000 0.8699 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.3752 0.6368 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747399 1 0.6111 0.4838 0.604 0.000 0.396
#> SRR1747400 1 0.6274 0.3369 0.544 0.000 0.456
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.1722 0.8739 0.008 0.000 0.048 0.944
#> SRR1747214 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.2408 0.8186 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1747217 3 0.4877 0.3835 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1747218 3 0.3280 0.7373 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1747219 3 0.4543 0.4784 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1747220 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747221 4 0.1022 0.8863 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1747222 4 0.0592 0.8873 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747223 4 0.0817 0.8780 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747224 3 0.2408 0.7718 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747225 3 0.4661 0.6496 0.000 0.256 0.728 0.016
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.3074 0.8001 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1747228 3 0.2610 0.7588 0.000 0.088 0.900 0.012
#> SRR1747229 2 0.4994 -0.1177 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0336 0.8863 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747234 3 0.1398 0.7814 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1302 0.8202 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747237 2 0.4382 0.7212 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1747238 3 0.2101 0.7664 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.1854 0.7709 0.000 0.048 0.940 0.012
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.1022 0.8750 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747244 3 0.2081 0.7787 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747245 3 0.4370 0.7267 0.000 0.156 0.800 0.044
#> SRR1747246 2 0.0817 0.8258 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747247 1 0.1557 0.8894 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0779 0.8854 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1747250 3 0.0524 0.7755 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747252 4 0.0657 0.8878 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1747253 4 0.0592 0.8873 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747254 2 0.0817 0.8156 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747255 4 0.0592 0.8873 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747256 4 0.0804 0.8872 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1747257 2 0.3219 0.7972 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1747258 3 0.1022 0.7728 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747259 3 0.4431 0.5552 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1747260 3 0.0336 0.7770 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747261 3 0.1716 0.7679 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1747262 3 0.2868 0.7244 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1747263 2 0.3074 0.8009 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1747264 1 0.4522 0.5036 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1747265 3 0.3024 0.7199 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747266 3 0.4283 0.4579 0.000 0.256 0.740 0.004
#> SRR1747267 4 0.4898 0.2455 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1747268 4 0.0921 0.8766 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747269 3 0.3306 0.6912 0.000 0.156 0.840 0.004
#> SRR1747270 2 0.3907 0.7507 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1747271 3 0.3763 0.7194 0.000 0.144 0.832 0.024
#> SRR1747272 4 0.0000 0.8842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 4 0.1545 0.8844 0.040 0.000 0.008 0.952
#> SRR1747274 3 0.2987 0.7484 0.000 0.104 0.880 0.016
#> SRR1747275 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747276 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747277 2 0.4522 0.6810 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1747278 4 0.5506 -0.0343 0.000 0.016 0.472 0.512
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747281 2 0.4643 0.6545 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1747282 1 0.4898 0.3069 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1747283 3 0.4464 0.6628 0.000 0.024 0.768 0.208
#> SRR1747284 4 0.4888 0.2430 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1747285 3 0.4907 0.7293 0.000 0.060 0.764 0.176
#> SRR1747286 3 0.1118 0.7710 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1747287 2 0.4697 0.6404 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1747288 4 0.1557 0.8659 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747290 2 0.3873 0.7623 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1747289 2 0.0707 0.8255 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747291 3 0.3552 0.7357 0.000 0.128 0.848 0.024
#> SRR1747293 3 0.1452 0.7796 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR1747294 2 0.4382 0.7080 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1747292 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747295 2 0.4961 0.3615 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1747296 3 0.2081 0.7532 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1747297 2 0.2216 0.8216 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1747298 2 0.4103 0.7443 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1747299 2 0.2921 0.8057 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1747300 2 0.2868 0.8091 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1747301 2 0.1629 0.8031 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.5897 0.5777 0.000 0.588 0.368 0.044
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.2281 0.8214 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1747306 2 0.2011 0.8233 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747307 4 0.4804 0.3611 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1747308 3 0.3647 0.7158 0.000 0.152 0.832 0.016
#> SRR1747309 4 0.0188 0.8838 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.1389 0.8662 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747313 4 0.3400 0.7215 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.3384 0.7375 0.000 0.116 0.860 0.024
#> SRR1747316 3 0.1406 0.7792 0.000 0.024 0.960 0.016
#> SRR1747318 4 0.1118 0.8735 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747317 4 0.4830 0.2872 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1747319 3 0.4193 0.5871 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747320 4 0.0895 0.8875 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.1389 0.8808 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1747323 2 0.0469 0.8227 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747324 2 0.5090 0.6273 0.000 0.660 0.324 0.016
#> SRR1747326 2 0.3610 0.7830 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0817 0.8257 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747328 3 0.4605 0.4827 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747330 4 0.1022 0.8750 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747329 3 0.2385 0.7785 0.000 0.028 0.920 0.052
#> SRR1747332 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747331 3 0.4888 -0.0977 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1747333 3 0.4914 0.6633 0.000 0.208 0.748 0.044
#> SRR1747334 2 0.3219 0.7747 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1747335 4 0.4103 0.6461 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.4907 0.2606 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1747340 3 0.2197 0.7788 0.000 0.024 0.928 0.048
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0469 0.8227 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747344 3 0.5110 0.5346 0.000 0.328 0.656 0.016
#> SRR1747345 4 0.0921 0.8766 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747346 3 0.4907 0.2602 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747351 2 0.2814 0.8071 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1747350 2 0.5028 0.5985 0.000 0.596 0.400 0.004
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.4907 -0.1789 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1747354 3 0.0188 0.7752 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747355 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747356 3 0.4564 0.4875 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747357 3 0.0592 0.7785 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747358 3 0.0592 0.7779 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747359 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747360 2 0.4431 0.6681 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1747361 4 0.4331 0.4685 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747362 2 0.5444 0.4802 0.000 0.560 0.424 0.016
#> SRR1747363 4 0.2704 0.7848 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747364 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747365 3 0.4008 0.6215 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747366 3 0.4998 -0.3721 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1747367 4 0.0188 0.8838 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.3764 0.6456 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747370 3 0.1576 0.7817 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR1747372 1 0.3311 0.7642 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747371 4 0.1211 0.8848 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747373 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.1022 0.8750 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747376 2 0.3649 0.7500 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8220 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.5414 0.5819 0.000 0.604 0.376 0.020
#> SRR1747379 3 0.2124 0.7778 0.000 0.028 0.932 0.040
#> SRR1747380 3 0.4916 0.2485 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1747381 1 0.4277 0.6123 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1747382 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747383 2 0.4564 0.6722 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1747384 4 0.5000 -0.1389 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747385 3 0.4104 0.7471 0.000 0.028 0.808 0.164
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9312 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0469 0.8245 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747388 2 0.4406 0.7043 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1747390 3 0.0817 0.7732 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747389 3 0.4761 0.0658 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1747391 2 0.5220 0.6259 0.000 0.632 0.352 0.016
#> SRR1747392 2 0.4406 0.7041 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1747393 3 0.1867 0.7817 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747394 4 0.0000 0.8842 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 3 0.5062 0.5836 0.000 0.020 0.680 0.300
#> SRR1747396 2 0.1389 0.8227 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747398 2 0.0336 0.8206 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747397 4 0.1022 0.8750 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747399 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1747400 4 0.1302 0.8830 0.044 0.000 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.1965 0.82202 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1747214 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747215 2 0.3508 0.56322 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1747216 2 0.3143 0.56246 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747217 3 0.5635 0.31011 0.000 0.000 0.496 0.428 0.076
#> SRR1747218 5 0.5587 -0.14546 0.000 0.072 0.428 0.000 0.500
#> SRR1747219 3 0.4458 0.60199 0.000 0.000 0.760 0.120 0.120
#> SRR1747220 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747221 4 0.0162 0.87313 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.2648 0.79259 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1747224 3 0.1549 0.62413 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1747225 3 0.5210 0.43851 0.000 0.132 0.684 0.000 0.184
#> SRR1747226 2 0.0000 0.62970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.4300 0.48789 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1747228 3 0.5142 0.31961 0.000 0.052 0.600 0.000 0.348
#> SRR1747229 2 0.4653 0.35396 0.000 0.516 0.012 0.000 0.472
#> SRR1747230 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.4009 0.56859 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1747235 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.3143 0.51679 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747237 5 0.4637 -0.38128 0.000 0.452 0.012 0.000 0.536
#> SRR1747238 5 0.4101 0.02909 0.000 0.004 0.332 0.000 0.664
#> SRR1747239 2 0.3508 0.56322 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1747240 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4341 0.47359 0.000 0.004 0.592 0.000 0.404
#> SRR1747242 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.2732 0.78784 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1747244 3 0.5028 0.25961 0.000 0.000 0.564 0.036 0.400
#> SRR1747245 3 0.4440 0.50713 0.000 0.072 0.776 0.012 0.140
#> SRR1747246 2 0.1121 0.63030 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747247 1 0.1410 0.87541 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0510 0.86933 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747250 3 0.3861 0.58648 0.000 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR1747252 4 0.0771 0.86814 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.3752 0.53768 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1747255 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.3586 0.49528 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1747258 3 0.4451 0.51766 0.000 0.016 0.644 0.000 0.340
#> SRR1747259 5 0.5063 0.06751 0.000 0.312 0.056 0.000 0.632
#> SRR1747260 3 0.3109 0.61410 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1747261 3 0.4836 0.51650 0.000 0.044 0.652 0.000 0.304
#> SRR1747262 5 0.5378 0.03540 0.000 0.060 0.392 0.000 0.548
#> SRR1747263 2 0.4256 0.50811 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1747264 1 0.3999 0.49205 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1747265 3 0.1851 0.63450 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747266 3 0.4916 0.40928 0.000 0.124 0.716 0.000 0.160
#> SRR1747267 3 0.3730 0.49518 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1747268 4 0.3398 0.73223 0.000 0.000 0.216 0.780 0.004
#> SRR1747269 5 0.5570 0.12096 0.000 0.104 0.288 0.000 0.608
#> SRR1747270 5 0.4659 -0.20465 0.000 0.488 0.012 0.000 0.500
#> SRR1747271 5 0.5249 0.07323 0.000 0.032 0.416 0.008 0.544
#> SRR1747272 4 0.2377 0.80678 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1747273 4 0.0566 0.87214 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1747274 5 0.5019 0.17407 0.000 0.052 0.316 0.000 0.632
#> SRR1747275 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747276 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747277 2 0.4757 -0.02112 0.000 0.596 0.024 0.000 0.380
#> SRR1747278 3 0.5668 0.40845 0.000 0.000 0.624 0.144 0.232
#> SRR1747280 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747281 5 0.5019 0.39123 0.000 0.316 0.052 0.000 0.632
#> SRR1747282 1 0.4219 0.26847 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1747283 3 0.4204 0.61488 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196
#> SRR1747284 4 0.4210 0.28875 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1747285 3 0.7075 0.34268 0.000 0.040 0.496 0.172 0.292
#> SRR1747286 3 0.4126 0.51352 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1747287 5 0.3857 0.40343 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1747288 4 0.3895 0.52013 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1747290 2 0.3932 0.39636 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1747289 2 0.2732 0.59933 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747291 5 0.5702 -0.00140 0.000 0.060 0.440 0.008 0.492
#> SRR1747293 3 0.5003 0.29225 0.000 0.016 0.572 0.012 0.400
#> SRR1747294 5 0.3741 -0.00683 0.000 0.264 0.004 0.000 0.732
#> SRR1747292 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747295 5 0.6729 0.32579 0.000 0.372 0.252 0.000 0.376
#> SRR1747296 3 0.4054 0.59290 0.000 0.020 0.732 0.000 0.248
#> SRR1747297 2 0.3003 0.56829 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1747298 2 0.3966 0.36364 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1747299 2 0.3177 0.55276 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1747300 2 0.4192 0.24236 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1747301 2 0.1877 0.60243 0.000 0.924 0.064 0.000 0.012
#> SRR1747302 2 0.0510 0.63084 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747303 5 0.6316 0.41349 0.000 0.272 0.152 0.012 0.564
#> SRR1747304 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.2732 0.58396 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747306 2 0.3177 0.55818 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1747307 4 0.5238 -0.08474 0.000 0.000 0.472 0.484 0.044
#> SRR1747308 3 0.5798 0.46463 0.000 0.148 0.604 0.000 0.248
#> SRR1747309 4 0.0404 0.87071 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.2929 0.77856 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1747313 4 0.3452 0.70159 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.6164 0.04527 0.000 0.116 0.408 0.004 0.472
#> SRR1747316 3 0.4692 0.57221 0.000 0.024 0.688 0.012 0.276
#> SRR1747318 4 0.3999 0.61061 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1747317 3 0.3983 0.30242 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1747319 3 0.4589 0.60576 0.000 0.000 0.724 0.064 0.212
#> SRR1747320 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0510 0.87163 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747323 2 0.4150 0.46622 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1747324 5 0.2813 0.25630 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1747326 2 0.4201 0.20004 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1747325 2 0.3561 0.55933 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1747327 2 0.2471 0.62774 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1747328 3 0.4289 0.58897 0.000 0.000 0.760 0.176 0.064
#> SRR1747330 4 0.3336 0.72439 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1747329 3 0.5617 0.28310 0.000 0.044 0.592 0.024 0.340
#> SRR1747332 4 0.1809 0.84547 0.012 0.000 0.060 0.928 0.000
#> SRR1747331 5 0.4350 0.44890 0.000 0.268 0.028 0.000 0.704
#> SRR1747333 3 0.6256 0.07940 0.000 0.104 0.480 0.012 0.404
#> SRR1747334 2 0.4161 0.00426 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1747335 4 0.5235 0.38705 0.000 0.000 0.312 0.620 0.068
#> SRR1747336 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.3983 0.57276 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1747338 2 0.2377 0.62135 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747339 3 0.1608 0.61522 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1747340 3 0.3942 0.45956 0.000 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR1747341 2 0.3857 0.56813 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1747342 2 0.0404 0.63311 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747343 2 0.4150 0.46622 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1747344 5 0.5345 0.13501 0.000 0.280 0.088 0.000 0.632
#> SRR1747345 4 0.3983 0.61109 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1747346 3 0.0404 0.61723 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747347 2 0.3561 0.55933 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1747348 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747351 2 0.3999 0.56582 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1747350 5 0.5234 0.18828 0.000 0.460 0.044 0.000 0.496
#> SRR1747352 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 5 0.6785 0.28559 0.000 0.280 0.356 0.000 0.364
#> SRR1747354 3 0.2127 0.63277 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1747355 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747356 3 0.5909 0.53637 0.000 0.000 0.592 0.164 0.244
#> SRR1747357 3 0.1965 0.62925 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747358 3 0.3636 0.59014 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1747359 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747360 2 0.6292 -0.28851 0.000 0.448 0.152 0.000 0.400
#> SRR1747361 4 0.4060 0.41423 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1747362 5 0.4067 0.41319 0.000 0.300 0.008 0.000 0.692
#> SRR1747363 4 0.2852 0.73870 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1747364 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747365 3 0.4678 0.60048 0.000 0.000 0.712 0.064 0.224
#> SRR1747366 5 0.5791 0.44917 0.000 0.260 0.140 0.000 0.600
#> SRR1747367 4 0.0290 0.87174 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747369 2 0.0963 0.63235 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747368 3 0.2011 0.63158 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747370 3 0.0693 0.61887 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1747372 1 0.3003 0.75507 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1747371 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747373 2 0.2329 0.61977 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1747374 2 0.0963 0.63150 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747375 4 0.2852 0.77849 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1747376 2 0.4227 -0.08960 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1747377 2 0.3534 0.56145 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1747378 5 0.6326 0.37396 0.000 0.268 0.208 0.000 0.524
#> SRR1747379 3 0.4517 0.30233 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR1747380 3 0.0609 0.61694 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747381 1 0.3684 0.59618 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1747382 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747383 5 0.4060 0.00690 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1747384 4 0.4528 0.00778 0.000 0.000 0.444 0.548 0.008
#> SRR1747385 3 0.5378 0.24294 0.000 0.000 0.548 0.060 0.392
#> SRR1747386 1 0.0000 0.92059 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.3796 0.56583 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1747388 2 0.4302 -0.06758 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1747390 3 0.4350 0.45598 0.000 0.004 0.588 0.000 0.408
#> SRR1747389 5 0.5632 0.47850 0.000 0.232 0.140 0.000 0.628
#> SRR1747391 5 0.5063 0.39540 0.000 0.312 0.056 0.000 0.632
#> SRR1747392 5 0.4283 0.15441 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1747393 5 0.4849 -0.10997 0.000 0.000 0.360 0.032 0.608
#> SRR1747394 4 0.0000 0.87288 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747395 3 0.4630 0.48488 0.000 0.000 0.736 0.176 0.088
#> SRR1747396 2 0.3885 0.32196 0.000 0.724 0.008 0.000 0.268
#> SRR1747398 2 0.1270 0.61964 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747397 4 0.2471 0.80631 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1747399 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1747400 4 0.0404 0.87287 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.0937 0.8633 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1747214 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.5576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 5 0.3659 0.2946 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1747217 4 0.5842 -0.0914 0.000 0.000 0.424 0.432 0.012 0.132
#> SRR1747218 5 0.5965 -0.2794 0.000 0.004 0.368 0.000 0.436 0.192
#> SRR1747219 3 0.2555 0.6677 0.000 0.000 0.888 0.032 0.016 0.064
#> SRR1747220 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.2664 0.7380 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747224 6 0.2100 0.7356 0.000 0.000 0.112 0.000 0.004 0.884
#> SRR1747225 6 0.5107 0.4420 0.000 0.040 0.036 0.000 0.316 0.608
#> SRR1747226 2 0.3868 -0.1098 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1747227 2 0.3807 0.2529 0.000 0.628 0.004 0.000 0.368 0.000
#> SRR1747228 6 0.5209 0.3105 0.000 0.000 0.092 0.000 0.416 0.492
#> SRR1747229 3 0.5473 0.1532 0.000 0.456 0.460 0.000 0.036 0.048
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3045 0.6881 0.000 0.000 0.840 0.000 0.060 0.100
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 5 0.4313 0.3520 0.000 0.172 0.004 0.000 0.732 0.092
#> SRR1747237 2 0.5279 0.2837 0.000 0.604 0.196 0.000 0.200 0.000
#> SRR1747238 3 0.4200 0.6646 0.000 0.000 0.720 0.000 0.208 0.072
#> SRR1747239 2 0.0146 0.5572 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4620 0.6366 0.000 0.000 0.692 0.000 0.176 0.132
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.3244 0.6479 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1747244 6 0.2302 0.7397 0.000 0.000 0.008 0.000 0.120 0.872
#> SRR1747245 6 0.0935 0.7328 0.000 0.000 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1747246 2 0.4062 0.0360 0.000 0.552 0.008 0.000 0.440 0.000
#> SRR1747247 1 0.1387 0.8579 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.1701 0.6974 0.000 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR1747252 4 0.0632 0.8732 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.5576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.3956 0.3829 0.000 0.292 0.024 0.000 0.684 0.000
#> SRR1747258 3 0.5705 0.3938 0.000 0.000 0.516 0.000 0.280 0.204
#> SRR1747259 2 0.4245 0.3358 0.000 0.696 0.044 0.000 0.256 0.004
#> SRR1747260 3 0.0937 0.6725 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747261 3 0.4881 0.5609 0.000 0.000 0.588 0.000 0.336 0.076
#> SRR1747262 5 0.1807 0.4632 0.000 0.000 0.020 0.000 0.920 0.060
#> SRR1747263 2 0.3961 0.1119 0.000 0.556 0.004 0.000 0.440 0.000
#> SRR1747264 1 0.3634 0.4639 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.2632 0.5730 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1747266 6 0.3758 0.6192 0.000 0.000 0.284 0.000 0.016 0.700
#> SRR1747267 4 0.5227 0.1163 0.000 0.000 0.452 0.456 0.000 0.092
#> SRR1747268 6 0.2631 0.6658 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1747269 3 0.6790 0.3715 0.000 0.072 0.404 0.000 0.364 0.160
#> SRR1747270 3 0.6630 0.4207 0.000 0.244 0.516 0.000 0.148 0.092
#> SRR1747271 6 0.4662 0.3613 0.000 0.004 0.032 0.000 0.468 0.496
#> SRR1747272 4 0.3254 0.7761 0.000 0.000 0.124 0.820 0.000 0.056
#> SRR1747273 4 0.2092 0.7959 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1747274 5 0.5779 -0.1928 0.000 0.000 0.312 0.000 0.488 0.200
#> SRR1747275 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 5 0.4536 0.3916 0.000 0.180 0.120 0.000 0.700 0.000
#> SRR1747278 6 0.1938 0.7425 0.000 0.000 0.052 0.008 0.020 0.920
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 5 0.0717 0.4771 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1747282 1 0.3789 0.2755 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.2209 0.6762 0.000 0.000 0.900 0.004 0.024 0.072
#> SRR1747284 4 0.3782 0.2777 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1747285 6 0.7464 0.3090 0.000 0.000 0.192 0.188 0.232 0.388
#> SRR1747286 3 0.1444 0.6960 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747287 5 0.0972 0.4736 0.000 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1747288 4 0.3244 0.6275 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1747290 5 0.2793 0.4524 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747289 5 0.4463 0.2696 0.000 0.376 0.036 0.000 0.588 0.000
#> SRR1747291 5 0.4423 -0.0572 0.000 0.000 0.028 0.000 0.552 0.420
#> SRR1747293 6 0.3418 0.6964 0.000 0.000 0.032 0.000 0.184 0.784
#> SRR1747294 2 0.4269 0.2186 0.000 0.568 0.020 0.000 0.412 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.3370 0.6869 0.000 0.048 0.804 0.000 0.148 0.000
#> SRR1747296 3 0.1867 0.7003 0.000 0.004 0.924 0.000 0.036 0.036
#> SRR1747297 5 0.4129 0.2295 0.000 0.424 0.012 0.000 0.564 0.000
#> SRR1747298 5 0.3398 0.4228 0.000 0.252 0.008 0.000 0.740 0.000
#> SRR1747299 5 0.3707 0.3632 0.000 0.312 0.008 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747300 5 0.3284 0.4301 0.000 0.168 0.000 0.000 0.800 0.032
#> SRR1747301 2 0.5328 -0.0355 0.000 0.488 0.008 0.000 0.424 0.080
#> SRR1747302 2 0.3266 0.3580 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1747303 5 0.3905 0.2501 0.000 0.000 0.016 0.000 0.668 0.316
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.4224 0.2157 0.000 0.432 0.016 0.000 0.552 0.000
#> SRR1747306 5 0.3647 0.3005 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1747307 4 0.4517 0.2178 0.000 0.000 0.444 0.524 0.000 0.032
#> SRR1747308 3 0.5272 0.5973 0.000 0.064 0.660 0.000 0.056 0.220
#> SRR1747309 4 0.0363 0.8780 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.3217 0.6940 0.000 0.000 0.008 0.768 0.000 0.224
#> SRR1747313 4 0.3684 0.5277 0.000 0.000 0.004 0.664 0.000 0.332
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 6 0.4823 0.6170 0.000 0.040 0.028 0.000 0.280 0.652
#> SRR1747316 3 0.4849 0.6336 0.000 0.000 0.648 0.000 0.240 0.112
#> SRR1747318 4 0.5425 0.2511 0.000 0.000 0.124 0.504 0.000 0.372
#> SRR1747317 6 0.2282 0.7299 0.000 0.000 0.088 0.024 0.000 0.888
#> SRR1747319 3 0.4984 0.2027 0.000 0.000 0.552 0.392 0.036 0.020
#> SRR1747320 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0146 0.8811 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.3424 0.4682 0.000 0.812 0.000 0.000 0.096 0.092
#> SRR1747324 2 0.5117 0.2480 0.000 0.548 0.000 0.000 0.360 0.092
#> SRR1747326 5 0.3323 0.4248 0.000 0.240 0.008 0.000 0.752 0.000
#> SRR1747325 2 0.0632 0.5569 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747327 2 0.4101 0.0894 0.000 0.580 0.012 0.000 0.408 0.000
#> SRR1747328 3 0.6413 0.4547 0.000 0.000 0.540 0.184 0.064 0.212
#> SRR1747330 6 0.2416 0.6800 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1747329 6 0.2494 0.7403 0.000 0.000 0.016 0.000 0.120 0.864
#> SRR1747332 4 0.1588 0.8401 0.000 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004
#> SRR1747331 3 0.5139 0.4021 0.000 0.000 0.492 0.000 0.424 0.084
#> SRR1747333 6 0.2214 0.7427 0.000 0.000 0.016 0.000 0.096 0.888
#> SRR1747334 5 0.4762 -0.1445 0.000 0.472 0.008 0.000 0.488 0.032
#> SRR1747335 3 0.4389 0.1488 0.000 0.000 0.528 0.448 0.000 0.024
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2340 0.5169 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1747338 2 0.3851 0.0683 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1747339 6 0.3388 0.6993 0.000 0.000 0.172 0.036 0.000 0.792
#> SRR1747340 6 0.2445 0.7427 0.000 0.000 0.020 0.000 0.108 0.872
#> SRR1747341 2 0.2823 0.4732 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1747342 5 0.3868 0.0636 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1747343 2 0.3376 0.4683 0.000 0.816 0.000 0.000 0.092 0.092
#> SRR1747344 2 0.4886 0.3110 0.000 0.648 0.004 0.000 0.252 0.096
#> SRR1747345 6 0.4461 0.6086 0.000 0.000 0.104 0.192 0.000 0.704
#> SRR1747346 6 0.3727 0.4835 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747347 2 0.0146 0.5573 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.3862 0.0359 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747350 5 0.6692 0.0470 0.000 0.060 0.204 0.000 0.472 0.264
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.5306 0.4287 0.000 0.004 0.596 0.000 0.132 0.268
#> SRR1747354 3 0.2631 0.6194 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1747355 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.3977 0.6469 0.000 0.000 0.796 0.064 0.036 0.104
#> SRR1747357 6 0.4444 0.3959 0.000 0.000 0.436 0.000 0.028 0.536
#> SRR1747358 3 0.2325 0.6926 0.000 0.000 0.892 0.000 0.060 0.048
#> SRR1747359 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 5 0.5944 -0.0827 0.000 0.136 0.016 0.000 0.432 0.416
#> SRR1747361 4 0.3088 0.7173 0.000 0.000 0.020 0.808 0.172 0.000
#> SRR1747362 5 0.1501 0.4630 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1747363 4 0.2623 0.7913 0.000 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1747364 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.2001 0.6915 0.000 0.000 0.912 0.048 0.040 0.000
#> SRR1747366 3 0.3841 0.5292 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380 0.004
#> SRR1747367 4 0.0260 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747369 2 0.3309 0.3640 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1747368 3 0.2048 0.6314 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1747370 6 0.2948 0.6966 0.000 0.000 0.188 0.000 0.008 0.804
#> SRR1747372 1 0.2793 0.7193 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 5 0.3868 0.0117 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1747374 5 0.3867 0.0866 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1747375 4 0.2854 0.7153 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1747376 5 0.4032 0.3613 0.000 0.140 0.004 0.000 0.764 0.092
#> SRR1747377 2 0.0146 0.5572 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747378 6 0.3398 0.6823 0.000 0.000 0.008 0.000 0.252 0.740
#> SRR1747379 6 0.2768 0.6780 0.000 0.000 0.012 0.000 0.156 0.832
#> SRR1747380 6 0.3984 0.4645 0.000 0.000 0.396 0.008 0.000 0.596
#> SRR1747381 1 0.3309 0.5996 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 5 0.3490 0.3055 0.000 0.268 0.008 0.000 0.724 0.000
#> SRR1747384 4 0.2237 0.8224 0.000 0.000 0.080 0.896 0.004 0.020
#> SRR1747385 6 0.2600 0.7398 0.000 0.000 0.008 0.008 0.124 0.860
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2706 0.5214 0.000 0.852 0.024 0.000 0.124 0.000
#> SRR1747388 5 0.4148 0.4354 0.000 0.208 0.068 0.000 0.724 0.000
#> SRR1747390 3 0.2618 0.7002 0.000 0.000 0.872 0.000 0.076 0.052
#> SRR1747389 3 0.3955 0.4523 0.000 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1747391 5 0.2494 0.4638 0.000 0.000 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR1747392 5 0.2667 0.4785 0.000 0.128 0.020 0.000 0.852 0.000
#> SRR1747393 3 0.5989 0.5090 0.000 0.000 0.544 0.020 0.208 0.228
#> SRR1747394 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747395 6 0.2540 0.7278 0.000 0.000 0.104 0.020 0.004 0.872
#> SRR1747396 2 0.4856 0.1166 0.000 0.480 0.000 0.000 0.464 0.056
#> SRR1747398 2 0.3489 0.3469 0.000 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1747397 4 0.2491 0.7619 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1747399 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.0000 0.8826 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.292 0.817 0.822 0.3807 0.592 0.592
#> 3 3 0.379 0.362 0.745 0.4455 0.915 0.860
#> 4 4 0.873 0.892 0.942 0.2765 0.692 0.460
#> 5 5 0.701 0.563 0.819 0.0745 0.924 0.774
#> 6 6 0.647 0.404 0.733 0.0414 0.902 0.699
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.6712 0.952 0.824 0.176
#> SRR1747214 1 0.6531 0.973 0.832 0.168
#> SRR1747215 2 0.1414 0.768 0.020 0.980
#> SRR1747216 2 0.2236 0.758 0.036 0.964
#> SRR1747217 2 0.8144 0.778 0.252 0.748
#> SRR1747218 2 0.7056 0.805 0.192 0.808
#> SRR1747219 2 0.8327 0.779 0.264 0.736
#> SRR1747220 1 0.6438 0.958 0.836 0.164
#> SRR1747221 1 0.6712 0.970 0.824 0.176
#> SRR1747222 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747223 1 0.6623 0.970 0.828 0.172
#> SRR1747224 2 0.8144 0.782 0.252 0.748
#> SRR1747225 2 0.6148 0.810 0.152 0.848
#> SRR1747226 2 0.5737 0.666 0.136 0.864
#> SRR1747227 2 0.4022 0.788 0.080 0.920
#> SRR1747228 2 0.8207 0.786 0.256 0.744
#> SRR1747229 2 0.2423 0.759 0.040 0.960
#> SRR1747230 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747231 1 0.6531 0.959 0.832 0.168
#> SRR1747232 1 0.6343 0.973 0.840 0.160
#> SRR1747233 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747234 2 0.8267 0.776 0.260 0.740
#> SRR1747235 1 0.6801 0.964 0.820 0.180
#> SRR1747236 2 0.6887 0.808 0.184 0.816
#> SRR1747237 2 0.3879 0.799 0.076 0.924
#> SRR1747238 2 0.7528 0.800 0.216 0.784
#> SRR1747239 2 0.2423 0.770 0.040 0.960
#> SRR1747240 1 0.6438 0.974 0.836 0.164
#> SRR1747241 2 0.8267 0.776 0.260 0.740
#> SRR1747242 1 0.6438 0.973 0.836 0.164
#> SRR1747243 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747244 2 0.8144 0.782 0.252 0.748
#> SRR1747245 2 0.7299 0.804 0.204 0.796
#> SRR1747246 2 0.5946 0.659 0.144 0.856
#> SRR1747247 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747248 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747249 1 0.6343 0.973 0.840 0.160
#> SRR1747250 2 0.8267 0.783 0.260 0.740
#> SRR1747252 1 0.6887 0.948 0.816 0.184
#> SRR1747253 1 0.6438 0.974 0.836 0.164
#> SRR1747254 2 0.2423 0.770 0.040 0.960
#> SRR1747255 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747256 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747257 2 0.2236 0.791 0.036 0.964
#> SRR1747258 2 0.7745 0.799 0.228 0.772
#> SRR1747259 2 0.3733 0.801 0.072 0.928
#> SRR1747260 2 0.8144 0.782 0.252 0.748
#> SRR1747261 2 0.8016 0.784 0.244 0.756
#> SRR1747262 2 0.3879 0.805 0.076 0.924
#> SRR1747263 2 0.4298 0.791 0.088 0.912
#> SRR1747264 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747265 2 0.8443 0.778 0.272 0.728
#> SRR1747266 2 0.7376 0.806 0.208 0.792
#> SRR1747267 2 0.8386 0.779 0.268 0.732
#> SRR1747268 2 0.8499 0.766 0.276 0.724
#> SRR1747269 2 0.5629 0.810 0.132 0.868
#> SRR1747270 2 0.4298 0.800 0.088 0.912
#> SRR1747271 2 0.5059 0.809 0.112 0.888
#> SRR1747272 2 0.8207 0.775 0.256 0.744
#> SRR1747273 1 0.6801 0.964 0.820 0.180
#> SRR1747274 2 0.7602 0.797 0.220 0.780
#> SRR1747275 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747276 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747277 2 0.6048 0.810 0.148 0.852
#> SRR1747278 2 0.8386 0.765 0.268 0.732
#> SRR1747280 1 0.6247 0.969 0.844 0.156
#> SRR1747279 1 0.6247 0.970 0.844 0.156
#> SRR1747281 2 0.2948 0.793 0.052 0.948
#> SRR1747282 1 0.6438 0.974 0.836 0.164
#> SRR1747283 2 0.8267 0.776 0.260 0.740
#> SRR1747284 1 0.6801 0.964 0.820 0.180
#> SRR1747285 2 0.7883 0.789 0.236 0.764
#> SRR1747286 2 0.8207 0.779 0.256 0.744
#> SRR1747287 2 0.3879 0.786 0.076 0.924
#> SRR1747288 2 0.8555 0.768 0.280 0.720
#> SRR1747290 2 0.6343 0.810 0.160 0.840
#> SRR1747289 2 0.5842 0.810 0.140 0.860
#> SRR1747291 2 0.4815 0.808 0.104 0.896
#> SRR1747293 2 0.8144 0.790 0.252 0.748
#> SRR1747294 2 0.3879 0.795 0.076 0.924
#> SRR1747292 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747295 2 0.5519 0.810 0.128 0.872
#> SRR1747296 2 0.8081 0.791 0.248 0.752
#> SRR1747297 2 0.2778 0.778 0.048 0.952
#> SRR1747298 2 0.1843 0.782 0.028 0.972
#> SRR1747299 2 0.5737 0.667 0.136 0.864
#> SRR1747300 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747301 2 0.6247 0.702 0.156 0.844
#> SRR1747302 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747303 2 0.3114 0.797 0.056 0.944
#> SRR1747304 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747305 2 0.2778 0.771 0.048 0.952
#> SRR1747306 2 0.2236 0.758 0.036 0.964
#> SRR1747307 2 0.8207 0.778 0.256 0.744
#> SRR1747308 2 0.7139 0.805 0.196 0.804
#> SRR1747309 1 0.6887 0.951 0.816 0.184
#> SRR1747310 1 0.6247 0.970 0.844 0.156
#> SRR1747311 2 0.8327 0.773 0.264 0.736
#> SRR1747313 2 0.8386 0.765 0.268 0.732
#> SRR1747312 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747314 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747315 2 0.5178 0.807 0.116 0.884
#> SRR1747316 2 0.7815 0.799 0.232 0.768
#> SRR1747318 2 0.8327 0.773 0.264 0.736
#> SRR1747317 2 0.8443 0.765 0.272 0.728
#> SRR1747319 2 0.8267 0.779 0.260 0.740
#> SRR1747320 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747322 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747321 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747323 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747324 2 0.4815 0.795 0.104 0.896
#> SRR1747326 2 0.6148 0.785 0.152 0.848
#> SRR1747325 2 0.2603 0.792 0.044 0.956
#> SRR1747327 2 0.3114 0.773 0.056 0.944
#> SRR1747328 2 0.8327 0.782 0.264 0.736
#> SRR1747330 2 0.9896 0.350 0.440 0.560
#> SRR1747329 2 0.8207 0.778 0.256 0.744
#> SRR1747332 2 0.9732 0.505 0.404 0.596
#> SRR1747331 2 0.6623 0.809 0.172 0.828
#> SRR1747333 2 0.7745 0.796 0.228 0.772
#> SRR1747334 2 0.5737 0.680 0.136 0.864
#> SRR1747335 2 0.8443 0.776 0.272 0.728
#> SRR1747336 1 0.6247 0.970 0.844 0.156
#> SRR1747337 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747338 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747339 2 0.8386 0.769 0.268 0.732
#> SRR1747340 2 0.8144 0.782 0.252 0.748
#> SRR1747341 2 0.5059 0.702 0.112 0.888
#> SRR1747342 2 0.2948 0.741 0.052 0.948
#> SRR1747343 2 0.5842 0.663 0.140 0.860
#> SRR1747344 2 0.4431 0.799 0.092 0.908
#> SRR1747345 2 0.8555 0.765 0.280 0.720
#> SRR1747346 2 0.8081 0.781 0.248 0.752
#> SRR1747347 2 0.6247 0.732 0.156 0.844
#> SRR1747348 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747349 1 0.6247 0.970 0.844 0.156
#> SRR1747351 2 0.2236 0.753 0.036 0.964
#> SRR1747350 2 0.3879 0.784 0.076 0.924
#> SRR1747352 1 0.6438 0.974 0.836 0.164
#> SRR1747353 2 0.4562 0.798 0.096 0.904
#> SRR1747354 2 0.8081 0.791 0.248 0.752
#> SRR1747355 1 0.8861 0.698 0.696 0.304
#> SRR1747356 2 0.8327 0.782 0.264 0.736
#> SRR1747357 2 0.8267 0.782 0.260 0.740
#> SRR1747358 2 0.8267 0.779 0.260 0.740
#> SRR1747359 1 0.6247 0.970 0.844 0.156
#> SRR1747360 2 0.3733 0.802 0.072 0.928
#> SRR1747361 2 0.8909 0.731 0.308 0.692
#> SRR1747362 2 0.3584 0.786 0.068 0.932
#> SRR1747363 2 0.8661 0.735 0.288 0.712
#> SRR1747364 1 0.6887 0.963 0.816 0.184
#> SRR1747365 2 0.8386 0.773 0.268 0.732
#> SRR1747366 2 0.4939 0.807 0.108 0.892
#> SRR1747367 2 0.8267 0.772 0.260 0.740
#> SRR1747369 2 0.3114 0.744 0.056 0.944
#> SRR1747368 2 0.8081 0.781 0.248 0.752
#> SRR1747370 2 0.8144 0.782 0.252 0.748
#> SRR1747372 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747371 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747373 2 0.6048 0.655 0.148 0.852
#> SRR1747374 2 0.5519 0.675 0.128 0.872
#> SRR1747375 1 0.9881 0.254 0.564 0.436
#> SRR1747376 2 0.0672 0.774 0.008 0.992
#> SRR1747377 2 0.6048 0.659 0.148 0.852
#> SRR1747378 2 0.4690 0.808 0.100 0.900
#> SRR1747379 2 0.7056 0.807 0.192 0.808
#> SRR1747380 2 0.8081 0.781 0.248 0.752
#> SRR1747381 1 0.6438 0.973 0.836 0.164
#> SRR1747382 1 0.6801 0.967 0.820 0.180
#> SRR1747383 2 0.5629 0.690 0.132 0.868
#> SRR1747384 2 0.8144 0.778 0.252 0.748
#> SRR1747385 2 0.8386 0.765 0.268 0.732
#> SRR1747386 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747387 2 0.2236 0.783 0.036 0.964
#> SRR1747388 2 0.2423 0.770 0.040 0.960
#> SRR1747390 2 0.7815 0.799 0.232 0.768
#> SRR1747389 2 0.5059 0.807 0.112 0.888
#> SRR1747391 2 0.7815 0.794 0.232 0.768
#> SRR1747392 2 0.3733 0.804 0.072 0.928
#> SRR1747393 2 0.7674 0.796 0.224 0.776
#> SRR1747394 2 0.8499 0.757 0.276 0.724
#> SRR1747395 2 0.8386 0.765 0.268 0.732
#> SRR1747396 2 0.5737 0.686 0.136 0.864
#> SRR1747398 2 0.5519 0.756 0.128 0.872
#> SRR1747397 2 0.8555 0.755 0.280 0.720
#> SRR1747399 1 0.6531 0.976 0.832 0.168
#> SRR1747400 1 0.6623 0.955 0.828 0.172
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.9409 4.90e-01 0.460 0.360 0.180
#> SRR1747214 1 0.5253 7.93e-01 0.792 0.020 0.188
#> SRR1747215 3 0.6307 7.13e-01 0.000 0.488 0.512
#> SRR1747216 2 0.5882 4.59e-02 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747217 2 0.5093 3.71e-01 0.088 0.836 0.076
#> SRR1747218 2 0.5016 2.36e-01 0.000 0.760 0.240
#> SRR1747219 2 0.5585 3.34e-01 0.096 0.812 0.092
#> SRR1747220 1 0.8466 6.99e-01 0.616 0.212 0.172
#> SRR1747221 1 0.8610 6.54e-01 0.556 0.324 0.120
#> SRR1747222 1 0.7287 7.66e-01 0.696 0.212 0.092
#> SRR1747223 1 0.8646 6.54e-01 0.556 0.320 0.124
#> SRR1747224 2 0.3850 3.90e-01 0.088 0.884 0.028
#> SRR1747225 2 0.5016 2.61e-01 0.000 0.760 0.240
#> SRR1747226 2 0.5760 8.57e-02 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747227 3 0.6505 7.33e-01 0.004 0.468 0.528
#> SRR1747228 2 0.3826 3.29e-01 0.008 0.868 0.124
#> SRR1747229 2 0.5706 6.74e-02 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747230 1 0.2945 8.17e-01 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747231 1 0.5371 8.09e-01 0.812 0.048 0.140
#> SRR1747232 1 0.2796 8.16e-01 0.908 0.000 0.092
#> SRR1747233 1 0.7739 7.58e-01 0.672 0.204 0.124
#> SRR1747234 2 0.7801 6.93e-02 0.088 0.636 0.276
#> SRR1747235 1 0.5253 7.93e-01 0.792 0.020 0.188
#> SRR1747236 2 0.5690 2.11e-01 0.004 0.708 0.288
#> SRR1747237 3 0.6302 7.16e-01 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747238 2 0.5363 2.08e-01 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747239 2 0.5785 7.80e-02 0.000 0.668 0.332
#> SRR1747240 1 0.2711 8.17e-01 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747241 3 0.8465 5.46e-02 0.088 0.452 0.460
#> SRR1747242 1 0.2878 8.16e-01 0.904 0.000 0.096
#> SRR1747243 1 0.8872 6.67e-01 0.556 0.288 0.156
#> SRR1747244 2 0.0661 4.01e-01 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747245 2 0.5873 -1.14e-01 0.004 0.684 0.312
#> SRR1747246 2 0.5810 5.71e-02 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747247 1 0.3722 8.24e-01 0.888 0.024 0.088
#> SRR1747248 1 0.2945 8.17e-01 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747249 1 0.6882 7.90e-01 0.732 0.172 0.096
#> SRR1747250 2 0.4786 3.43e-01 0.044 0.844 0.112
#> SRR1747252 1 0.6950 5.28e-01 0.572 0.408 0.020
#> SRR1747253 1 0.7250 7.12e-01 0.656 0.288 0.056
#> SRR1747254 2 0.6126 7.00e-03 0.004 0.644 0.352
#> SRR1747255 1 0.7495 7.71e-01 0.692 0.188 0.120
#> SRR1747256 1 0.2400 8.38e-01 0.932 0.064 0.004
#> SRR1747257 2 0.6180 -3.45e-01 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747258 2 0.3112 3.87e-01 0.004 0.900 0.096
#> SRR1747259 3 0.6520 7.36e-01 0.004 0.488 0.508
#> SRR1747260 2 0.4007 3.98e-01 0.084 0.880 0.036
#> SRR1747261 2 0.2682 3.66e-01 0.004 0.920 0.076
#> SRR1747262 2 0.5397 2.26e-01 0.000 0.720 0.280
#> SRR1747263 2 0.6516 -7.09e-01 0.004 0.516 0.480
#> SRR1747264 1 0.3886 8.35e-01 0.880 0.024 0.096
#> SRR1747265 2 0.6363 2.88e-01 0.096 0.768 0.136
#> SRR1747266 2 0.3425 3.78e-01 0.004 0.884 0.112
#> SRR1747267 2 0.4399 3.80e-01 0.092 0.864 0.044
#> SRR1747268 2 0.4914 3.68e-01 0.088 0.844 0.068
#> SRR1747269 2 0.5431 2.13e-01 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747270 2 0.5722 1.86e-01 0.004 0.704 0.292
#> SRR1747271 2 0.5254 2.17e-01 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747272 2 0.4092 3.91e-01 0.088 0.876 0.036
#> SRR1747273 1 0.8758 6.90e-01 0.588 0.220 0.192
#> SRR1747274 2 0.2682 3.83e-01 0.004 0.920 0.076
#> SRR1747275 1 0.4859 8.31e-01 0.840 0.044 0.116
#> SRR1747276 1 0.7588 7.66e-01 0.684 0.196 0.120
#> SRR1747277 2 0.6476 -5.97e-01 0.004 0.548 0.448
#> SRR1747278 2 0.5093 3.74e-01 0.088 0.836 0.076
#> SRR1747280 1 0.2959 8.15e-01 0.900 0.000 0.100
#> SRR1747279 1 0.4742 8.33e-01 0.848 0.048 0.104
#> SRR1747281 2 0.5621 1.81e-01 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747282 1 0.3181 8.38e-01 0.912 0.024 0.064
#> SRR1747283 2 0.8362 -2.32e-02 0.096 0.556 0.348
#> SRR1747284 1 0.4349 8.17e-01 0.852 0.020 0.128
#> SRR1747285 2 0.2339 3.89e-01 0.012 0.940 0.048
#> SRR1747286 2 0.5896 1.65e-01 0.008 0.700 0.292
#> SRR1747287 2 0.5873 1.89e-01 0.004 0.684 0.312
#> SRR1747288 2 0.4636 3.73e-01 0.116 0.848 0.036
#> SRR1747290 2 0.5291 2.24e-01 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747289 2 0.5656 2.04e-01 0.004 0.712 0.284
#> SRR1747291 2 0.5465 1.22e-01 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747293 2 0.4172 3.37e-01 0.004 0.840 0.156
#> SRR1747294 3 0.6309 7.41e-01 0.000 0.496 0.504
#> SRR1747292 1 0.5075 8.30e-01 0.836 0.068 0.096
#> SRR1747295 2 0.5397 2.11e-01 0.000 0.720 0.280
#> SRR1747296 2 0.6483 -5.89e-01 0.004 0.544 0.452
#> SRR1747297 2 0.6008 1.16e-01 0.004 0.664 0.332
#> SRR1747298 2 0.5859 7.26e-02 0.000 0.656 0.344
#> SRR1747299 2 0.5882 2.69e-02 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747300 2 0.5733 9.93e-02 0.000 0.676 0.324
#> SRR1747301 2 0.5678 1.83e-02 0.000 0.684 0.316
#> SRR1747302 2 0.5835 4.44e-02 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747303 2 0.5363 2.17e-01 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747304 1 0.2945 8.18e-01 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747305 2 0.6111 -1.15e-01 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747306 2 0.5882 5.61e-02 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747307 2 0.4015 3.86e-01 0.096 0.876 0.028
#> SRR1747308 2 0.6047 -6.20e-02 0.008 0.680 0.312
#> SRR1747309 1 0.8872 6.34e-01 0.536 0.324 0.140
#> SRR1747310 1 0.1919 8.37e-01 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747311 2 0.5075 3.74e-01 0.096 0.836 0.068
#> SRR1747313 2 0.4295 3.82e-01 0.104 0.864 0.032
#> SRR1747312 1 0.2860 8.18e-01 0.912 0.004 0.084
#> SRR1747314 1 0.2860 8.18e-01 0.912 0.004 0.084
#> SRR1747315 2 0.5497 1.76e-01 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747316 2 0.5156 1.96e-01 0.008 0.776 0.216
#> SRR1747318 2 0.4137 3.84e-01 0.096 0.872 0.032
#> SRR1747317 2 0.4217 3.70e-01 0.100 0.868 0.032
#> SRR1747319 2 0.5889 3.23e-01 0.096 0.796 0.108
#> SRR1747320 1 0.5360 7.70e-01 0.768 0.220 0.012
#> SRR1747322 1 0.4047 8.16e-01 0.848 0.004 0.148
#> SRR1747321 1 0.4931 8.31e-01 0.828 0.032 0.140
#> SRR1747323 2 0.6062 -1.16e-01 0.000 0.616 0.384
#> SRR1747324 2 0.5291 2.30e-01 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747326 2 0.5929 1.03e-01 0.004 0.676 0.320
#> SRR1747325 3 0.6309 7.09e-01 0.000 0.496 0.504
#> SRR1747327 2 0.6460 -4.41e-01 0.004 0.556 0.440
#> SRR1747328 2 0.4370 3.84e-01 0.076 0.868 0.056
#> SRR1747330 2 0.7160 2.18e-01 0.132 0.720 0.148
#> SRR1747329 2 0.4692 2.26e-01 0.012 0.820 0.168
#> SRR1747332 2 0.6000 2.74e-01 0.200 0.760 0.040
#> SRR1747331 2 0.4465 3.39e-01 0.004 0.820 0.176
#> SRR1747333 2 0.4834 2.63e-01 0.004 0.792 0.204
#> SRR1747334 2 0.5760 9.61e-02 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747335 2 0.5662 3.29e-01 0.100 0.808 0.092
#> SRR1747336 1 0.2711 8.17e-01 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747337 2 0.5926 -8.65e-05 0.000 0.644 0.356
#> SRR1747338 2 0.5810 6.31e-02 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747339 2 0.4316 3.80e-01 0.088 0.868 0.044
#> SRR1747340 2 0.2301 3.97e-01 0.004 0.936 0.060
#> SRR1747341 3 0.6302 6.88e-01 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747342 2 0.6111 -1.70e-01 0.000 0.604 0.396
#> SRR1747343 2 0.6126 -2.23e-01 0.000 0.600 0.400
#> SRR1747344 2 0.5254 2.25e-01 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747345 2 0.5582 3.59e-01 0.088 0.812 0.100
#> SRR1747346 2 0.3293 3.93e-01 0.088 0.900 0.012
#> SRR1747347 3 0.6495 7.19e-01 0.004 0.460 0.536
#> SRR1747348 1 0.2945 8.18e-01 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747349 1 0.3722 8.36e-01 0.888 0.024 0.088
#> SRR1747351 2 0.6008 -9.41e-02 0.000 0.628 0.372
#> SRR1747350 2 0.5517 2.46e-01 0.004 0.728 0.268
#> SRR1747352 1 0.2297 8.40e-01 0.944 0.020 0.036
#> SRR1747353 2 0.5291 2.46e-01 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747354 2 0.1950 3.99e-01 0.008 0.952 0.040
#> SRR1747355 2 0.8755 -2.07e-01 0.400 0.488 0.112
#> SRR1747356 2 0.2845 3.97e-01 0.012 0.920 0.068
#> SRR1747357 2 0.4357 3.95e-01 0.080 0.868 0.052
#> SRR1747358 2 0.3921 3.89e-01 0.080 0.884 0.036
#> SRR1747359 1 0.4586 8.34e-01 0.856 0.048 0.096
#> SRR1747360 2 0.5325 2.59e-01 0.004 0.748 0.248
#> SRR1747361 2 0.6148 2.99e-01 0.148 0.776 0.076
#> SRR1747362 2 0.5497 2.06e-01 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747363 2 0.9268 -1.12e-02 0.268 0.524 0.208
#> SRR1747364 1 0.5167 7.92e-01 0.792 0.192 0.016
#> SRR1747365 2 0.8472 -4.42e-02 0.100 0.540 0.360
#> SRR1747366 2 0.5690 2.41e-01 0.004 0.708 0.288
#> SRR1747367 2 0.4399 3.88e-01 0.092 0.864 0.044
#> SRR1747369 2 0.5882 3.93e-02 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747368 2 0.3973 3.90e-01 0.088 0.880 0.032
#> SRR1747370 2 0.2918 4.05e-01 0.032 0.924 0.044
#> SRR1747372 1 0.2945 8.17e-01 0.908 0.004 0.088
#> SRR1747371 1 0.8067 7.01e-01 0.616 0.284 0.100
#> SRR1747373 2 0.5905 1.25e-02 0.000 0.648 0.352
#> SRR1747374 2 0.5882 2.68e-02 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747375 2 0.8700 -7.74e-02 0.320 0.552 0.128
#> SRR1747376 2 0.5591 1.46e-01 0.000 0.696 0.304
#> SRR1747377 2 0.6062 -1.16e-01 0.000 0.616 0.384
#> SRR1747378 2 0.5254 2.36e-01 0.000 0.736 0.264
#> SRR1747379 2 0.3551 3.55e-01 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747380 2 0.3129 3.93e-01 0.088 0.904 0.008
#> SRR1747381 1 0.4280 8.18e-01 0.856 0.020 0.124
#> SRR1747382 1 0.2031 8.38e-01 0.952 0.032 0.016
#> SRR1747383 2 0.6062 -2.36e-01 0.000 0.616 0.384
#> SRR1747384 2 0.4709 3.67e-01 0.092 0.852 0.056
#> SRR1747385 2 0.5111 3.07e-01 0.036 0.820 0.144
#> SRR1747386 1 0.3112 8.18e-01 0.900 0.004 0.096
#> SRR1747387 2 0.6235 -3.90e-01 0.000 0.564 0.436
#> SRR1747388 2 0.5835 9.00e-02 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747390 2 0.5618 2.28e-01 0.008 0.732 0.260
#> SRR1747389 2 0.5404 2.60e-01 0.004 0.740 0.256
#> SRR1747391 2 0.5656 1.89e-01 0.004 0.712 0.284
#> SRR1747392 2 0.5650 1.56e-01 0.000 0.688 0.312
#> SRR1747393 2 0.1267 4.00e-01 0.004 0.972 0.024
#> SRR1747394 2 0.4741 3.43e-01 0.152 0.828 0.020
#> SRR1747395 2 0.4423 3.85e-01 0.088 0.864 0.048
#> SRR1747396 2 0.5760 9.61e-02 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747398 2 0.6081 6.30e-02 0.004 0.652 0.344
#> SRR1747397 2 0.4295 3.71e-01 0.104 0.864 0.032
#> SRR1747399 1 0.1129 8.38e-01 0.976 0.020 0.004
#> SRR1747400 1 0.2550 8.37e-01 0.932 0.056 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.0921 0.940 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1747214 4 0.0469 0.944 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1747215 2 0.0524 0.931 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747216 2 0.0657 0.931 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747217 3 0.0376 0.937 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747218 3 0.0921 0.925 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747219 3 0.0707 0.932 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747220 4 0.0657 0.949 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1747221 4 0.0707 0.948 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747222 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747223 4 0.0707 0.948 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747224 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747225 3 0.0707 0.930 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747226 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747227 2 0.0921 0.933 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747230 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747231 4 0.0524 0.949 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1747232 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747233 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747234 3 0.1114 0.928 0.016 0.008 0.972 0.004
#> SRR1747235 1 0.3688 0.749 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1747236 2 0.1677 0.929 0.012 0.948 0.040 0.000
#> SRR1747237 2 0.1389 0.930 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747238 3 0.3730 0.794 0.016 0.144 0.836 0.004
#> SRR1747239 2 0.0672 0.930 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747240 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747241 3 0.1114 0.928 0.016 0.008 0.972 0.004
#> SRR1747242 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747243 4 0.0707 0.948 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747244 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747245 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747246 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747247 1 0.0707 0.942 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747248 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747249 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747250 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747252 4 0.0817 0.945 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747253 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747254 2 0.0376 0.930 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747255 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747256 4 0.0524 0.949 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1747257 2 0.1118 0.932 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1747258 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747259 2 0.1059 0.932 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1747260 3 0.0859 0.932 0.008 0.008 0.980 0.004
#> SRR1747261 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747262 2 0.2760 0.875 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1747263 2 0.1389 0.929 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747264 4 0.3024 0.808 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1747265 3 0.0707 0.932 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747266 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747267 3 0.0921 0.927 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747268 3 0.0707 0.932 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747269 2 0.1635 0.929 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR1747270 2 0.2216 0.907 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1747271 3 0.4585 0.471 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1747272 3 0.2401 0.876 0.000 0.004 0.904 0.092
#> SRR1747273 4 0.0779 0.949 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1747274 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747275 4 0.0469 0.951 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747276 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747277 2 0.1635 0.929 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR1747278 3 0.1004 0.930 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1747280 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747279 4 0.0524 0.949 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1747281 2 0.2921 0.866 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1747282 4 0.3219 0.787 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1747283 3 0.0672 0.935 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1747284 4 0.1211 0.924 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747285 3 0.0336 0.936 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747286 3 0.3626 0.804 0.016 0.136 0.844 0.004
#> SRR1747287 2 0.1637 0.926 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747288 3 0.2973 0.824 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747290 2 0.3113 0.885 0.012 0.876 0.108 0.004
#> SRR1747289 2 0.1488 0.931 0.012 0.956 0.032 0.000
#> SRR1747291 2 0.4999 0.158 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1747293 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747294 2 0.1004 0.933 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR1747292 4 0.0469 0.951 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747295 2 0.1635 0.929 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR1747296 2 0.4841 0.681 0.012 0.712 0.272 0.004
#> SRR1747297 2 0.1474 0.929 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747298 2 0.3219 0.843 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1747299 2 0.0592 0.932 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747300 2 0.0524 0.931 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747301 2 0.1474 0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747302 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747303 2 0.3400 0.822 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747304 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747305 2 0.0657 0.931 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747306 2 0.0657 0.931 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747307 3 0.1209 0.924 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1747308 3 0.0707 0.930 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747309 4 0.0817 0.944 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747310 1 0.3942 0.708 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1747311 3 0.0895 0.932 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1747313 3 0.0895 0.932 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1747312 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747314 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747315 2 0.3444 0.821 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747316 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747318 3 0.0592 0.933 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747317 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747320 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747322 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747321 4 0.0524 0.947 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1747323 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747324 2 0.1557 0.926 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1747326 2 0.1389 0.929 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747325 2 0.0524 0.931 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747327 2 0.1557 0.927 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1747328 3 0.1022 0.924 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747330 3 0.3306 0.813 0.000 0.004 0.840 0.156
#> SRR1747329 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747332 3 0.4761 0.448 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1747331 3 0.1867 0.877 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1747333 3 0.4679 0.388 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1747334 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747335 3 0.1557 0.906 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747336 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747337 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747338 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747339 3 0.1109 0.928 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1747340 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747341 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747342 2 0.0188 0.929 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747343 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747344 2 0.2760 0.876 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1747345 3 0.1004 0.930 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1747346 3 0.0779 0.934 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1747347 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747348 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747349 4 0.0707 0.939 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747351 2 0.0188 0.929 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747350 2 0.3400 0.826 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747352 1 0.4989 0.137 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747353 2 0.3400 0.826 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747354 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747355 4 0.1389 0.919 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747356 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.0376 0.936 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1747359 4 0.0524 0.947 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1747360 2 0.1474 0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747361 3 0.4522 0.560 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747362 2 0.1940 0.917 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1747363 3 0.4950 0.441 0.000 0.004 0.620 0.376
#> SRR1747364 4 0.0469 0.951 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747365 3 0.0000 0.937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.1716 0.924 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1747367 3 0.2530 0.870 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR1747369 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747368 3 0.0336 0.936 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747370 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747372 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747371 4 0.0592 0.951 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747373 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747374 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747375 4 0.4819 0.459 0.000 0.004 0.344 0.652
#> SRR1747376 2 0.0921 0.933 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747377 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747378 2 0.4697 0.550 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1747379 3 0.0336 0.935 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747380 3 0.0779 0.934 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1747381 4 0.3356 0.770 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1747382 4 0.0524 0.947 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1747383 2 0.0707 0.932 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747384 3 0.0895 0.932 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1747385 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747386 1 0.0592 0.945 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747387 2 0.0657 0.931 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747388 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747390 3 0.0712 0.932 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR1747389 2 0.4356 0.681 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1747391 2 0.2216 0.904 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1747392 2 0.1302 0.930 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747393 3 0.0469 0.935 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747394 3 0.3688 0.749 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747395 3 0.0188 0.937 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747396 2 0.0188 0.929 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747398 2 0.0336 0.927 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747397 3 0.0895 0.932 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1747399 4 0.3266 0.785 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1747400 4 0.1716 0.905 0.064 0.000 0.000 0.936
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0162 0.94227 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747214 4 0.0290 0.94273 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747215 2 0.4552 -0.04757 0.000 0.524 0.008 0.000 0.468
#> SRR1747216 2 0.4446 -0.06039 0.000 0.520 0.004 0.000 0.476
#> SRR1747217 3 0.2305 0.74712 0.000 0.012 0.896 0.000 0.092
#> SRR1747218 2 0.6615 -0.23319 0.000 0.424 0.220 0.000 0.356
#> SRR1747219 3 0.3767 0.69829 0.004 0.004 0.776 0.008 0.208
#> SRR1747220 4 0.0451 0.94160 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747221 4 0.0510 0.93647 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.1043 0.91599 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1747224 3 0.0798 0.74903 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1747225 3 0.4989 0.15456 0.000 0.416 0.552 0.000 0.032
#> SRR1747226 2 0.0963 0.59493 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747227 2 0.1608 0.58717 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747228 3 0.2848 0.68610 0.000 0.104 0.868 0.000 0.028
#> SRR1747229 2 0.0162 0.60315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747230 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747231 4 0.0290 0.94273 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747232 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.5868 0.42330 0.000 0.104 0.516 0.000 0.380
#> SRR1747235 4 0.4380 0.38137 0.376 0.000 0.000 0.616 0.008
#> SRR1747236 2 0.1270 0.59226 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747237 2 0.1197 0.59486 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1747238 2 0.5959 -0.10969 0.000 0.472 0.108 0.000 0.420
#> SRR1747239 2 0.4294 -0.03860 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747240 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747241 2 0.6554 -0.25828 0.000 0.404 0.200 0.000 0.396
#> SRR1747242 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747243 4 0.0880 0.92303 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747244 3 0.1168 0.74876 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1747245 3 0.5044 0.05393 0.000 0.464 0.504 0.000 0.032
#> SRR1747246 2 0.2020 0.55277 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1747247 1 0.2732 0.78112 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1747248 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.4608 0.64259 0.004 0.036 0.700 0.000 0.260
#> SRR1747252 4 0.0727 0.93440 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> SRR1747253 4 0.0162 0.94249 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747254 2 0.4297 -0.04700 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747255 4 0.0162 0.94249 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0703 0.60056 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747258 3 0.4933 0.65039 0.004 0.084 0.712 0.000 0.200
#> SRR1747259 2 0.0880 0.59890 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747260 3 0.5119 0.53146 0.000 0.048 0.592 0.000 0.360
#> SRR1747261 3 0.4096 0.69596 0.000 0.052 0.772 0.000 0.176
#> SRR1747262 2 0.2189 0.56776 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1747263 2 0.1608 0.58717 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747264 4 0.2605 0.80758 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1747265 3 0.3893 0.68745 0.004 0.004 0.760 0.008 0.224
#> SRR1747266 3 0.5095 0.24118 0.004 0.368 0.592 0.000 0.036
#> SRR1747267 3 0.1877 0.75361 0.004 0.004 0.932 0.008 0.052
#> SRR1747268 3 0.1285 0.74495 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1747269 2 0.2127 0.56047 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1747270 2 0.2011 0.56188 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747271 2 0.3056 0.52693 0.000 0.864 0.068 0.000 0.068
#> SRR1747272 3 0.1356 0.74875 0.000 0.004 0.956 0.012 0.028
#> SRR1747273 4 0.0290 0.94273 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747274 3 0.3237 0.72983 0.000 0.048 0.848 0.000 0.104
#> SRR1747275 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0162 0.94249 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747277 2 0.0510 0.60282 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747278 3 0.1285 0.74551 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1747280 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.1410 0.57846 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.2732 0.79362 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1747283 3 0.4789 0.54507 0.000 0.020 0.608 0.004 0.368
#> SRR1747284 4 0.0451 0.94101 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747285 3 0.3163 0.72142 0.000 0.012 0.824 0.000 0.164
#> SRR1747286 5 0.6757 -0.32214 0.000 0.320 0.280 0.000 0.400
#> SRR1747287 2 0.0162 0.60373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747288 3 0.4305 0.62083 0.004 0.000 0.744 0.216 0.036
#> SRR1747290 2 0.4015 0.25701 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1747289 2 0.0162 0.60384 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747291 2 0.4413 0.32735 0.000 0.724 0.232 0.000 0.044
#> SRR1747293 3 0.5303 0.10527 0.004 0.440 0.516 0.000 0.040
#> SRR1747294 2 0.0880 0.59890 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747292 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.2813 0.50699 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747296 2 0.5803 -0.07557 0.000 0.488 0.092 0.000 0.420
#> SRR1747297 2 0.4268 0.00212 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1747298 2 0.2305 0.55075 0.000 0.896 0.092 0.000 0.012
#> SRR1747299 2 0.0290 0.60352 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747300 2 0.0162 0.60359 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747301 2 0.0404 0.60266 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747302 2 0.4297 -0.04480 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747303 2 0.3003 0.43902 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747305 2 0.4450 -0.08520 0.000 0.508 0.004 0.000 0.488
#> SRR1747306 2 0.4446 -0.06039 0.000 0.520 0.004 0.000 0.476
#> SRR1747307 3 0.2729 0.74884 0.004 0.000 0.884 0.028 0.084
#> SRR1747308 2 0.6616 -0.17937 0.000 0.456 0.252 0.000 0.292
#> SRR1747309 4 0.1043 0.91497 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1747310 1 0.4304 0.00284 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1747311 3 0.1329 0.74626 0.000 0.004 0.956 0.008 0.032
#> SRR1747313 3 0.1285 0.74495 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1747312 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747314 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747315 2 0.3048 0.45239 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> SRR1747316 3 0.6441 0.02583 0.004 0.420 0.424 0.000 0.152
#> SRR1747318 3 0.1277 0.74736 0.004 0.004 0.960 0.004 0.028
#> SRR1747317 3 0.1251 0.74555 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1747319 3 0.4287 0.63691 0.004 0.008 0.700 0.004 0.284
#> SRR1747320 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.4304 -0.06671 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1747324 2 0.1270 0.59109 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1747326 2 0.0290 0.60315 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747325 2 0.2930 0.51344 0.000 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1747327 2 0.2966 0.47863 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1747328 3 0.1016 0.75177 0.004 0.004 0.972 0.008 0.012
#> SRR1747330 3 0.3691 0.65924 0.000 0.000 0.804 0.156 0.040
#> SRR1747329 3 0.5071 0.13576 0.000 0.424 0.540 0.000 0.036
#> SRR1747332 3 0.5024 0.26200 0.004 0.000 0.532 0.440 0.024
#> SRR1747331 2 0.6202 0.06978 0.004 0.564 0.260 0.000 0.172
#> SRR1747333 2 0.4996 0.02890 0.000 0.548 0.420 0.000 0.032
#> SRR1747334 2 0.0290 0.60341 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747335 3 0.1914 0.75293 0.004 0.000 0.932 0.032 0.032
#> SRR1747336 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747337 2 0.4294 -0.03860 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747338 2 0.3774 0.29327 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1747339 3 0.1116 0.74663 0.000 0.004 0.964 0.004 0.028
#> SRR1747340 3 0.4977 0.26293 0.000 0.356 0.604 0.000 0.040
#> SRR1747341 5 0.4450 -0.42811 0.000 0.488 0.004 0.000 0.508
#> SRR1747342 2 0.4305 -0.07474 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1747343 2 0.4450 -0.08841 0.000 0.508 0.004 0.000 0.488
#> SRR1747344 2 0.1478 0.58490 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747345 3 0.1285 0.74495 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1747346 3 0.1518 0.75312 0.000 0.004 0.944 0.004 0.048
#> SRR1747347 2 0.1732 0.58421 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747348 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747349 4 0.0162 0.94225 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747351 2 0.3003 0.46121 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1747350 2 0.3823 0.47129 0.004 0.808 0.048 0.000 0.140
#> SRR1747352 4 0.4227 0.26508 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1747353 2 0.2983 0.52187 0.004 0.868 0.096 0.000 0.032
#> SRR1747354 3 0.3111 0.72949 0.004 0.012 0.840 0.000 0.144
#> SRR1747355 4 0.3333 0.67168 0.004 0.000 0.208 0.788 0.000
#> SRR1747356 3 0.2733 0.74052 0.004 0.012 0.872 0.000 0.112
#> SRR1747357 3 0.2733 0.73968 0.004 0.012 0.872 0.000 0.112
#> SRR1747358 3 0.4835 0.53323 0.000 0.028 0.592 0.000 0.380
#> SRR1747359 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0703 0.60082 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747361 3 0.3396 0.68875 0.004 0.000 0.832 0.136 0.028
#> SRR1747362 2 0.0404 0.60278 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747363 3 0.5261 0.29197 0.000 0.000 0.528 0.424 0.048
#> SRR1747364 4 0.0290 0.94273 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747365 3 0.4787 0.54535 0.000 0.028 0.608 0.000 0.364
#> SRR1747366 2 0.3607 0.41001 0.004 0.752 0.000 0.000 0.244
#> SRR1747367 3 0.2793 0.72456 0.000 0.000 0.876 0.088 0.036
#> SRR1747369 2 0.4287 -0.02812 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1747368 3 0.2575 0.74422 0.004 0.012 0.884 0.000 0.100
#> SRR1747370 3 0.1012 0.75133 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR1747372 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.94379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.4045 0.18249 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1747374 2 0.4297 -0.04480 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747375 3 0.3495 0.64391 0.000 0.000 0.812 0.160 0.028
#> SRR1747376 2 0.0000 0.60313 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.4305 -0.07474 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1747378 2 0.4555 0.33522 0.000 0.720 0.224 0.000 0.056
#> SRR1747379 3 0.5059 0.14872 0.000 0.416 0.548 0.000 0.036
#> SRR1747380 3 0.1518 0.75312 0.000 0.004 0.944 0.004 0.048
#> SRR1747381 4 0.2929 0.79847 0.152 0.000 0.000 0.840 0.008
#> SRR1747382 4 0.0290 0.94273 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747383 2 0.0404 0.60266 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747384 3 0.1857 0.75299 0.000 0.004 0.928 0.008 0.060
#> SRR1747385 3 0.5077 0.13698 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036
#> SRR1747386 1 0.0162 0.95232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747387 2 0.4562 -0.11790 0.000 0.496 0.008 0.000 0.496
#> SRR1747388 2 0.2329 0.52512 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1747390 2 0.6529 -0.18929 0.004 0.436 0.168 0.000 0.392
#> SRR1747389 2 0.4283 0.32052 0.004 0.692 0.012 0.000 0.292
#> SRR1747391 2 0.1270 0.58468 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.60313 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.2037 0.75138 0.004 0.012 0.920 0.000 0.064
#> SRR1747394 3 0.3897 0.63142 0.000 0.000 0.768 0.204 0.028
#> SRR1747395 3 0.1836 0.74469 0.000 0.032 0.932 0.000 0.036
#> SRR1747396 2 0.0404 0.60385 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747398 2 0.0290 0.60341 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747397 3 0.1285 0.74495 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1747399 4 0.0898 0.93169 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1747400 4 0.0451 0.94156 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.1003 0.90733 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1747214 4 0.1605 0.90221 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044 0.004
#> SRR1747215 2 0.5774 -0.73503 0.000 0.484 0.136 0.004 0.372 0.004
#> SRR1747216 2 0.4128 -0.97651 0.000 0.500 0.000 0.004 0.492 0.004
#> SRR1747217 6 0.3967 0.10385 0.000 0.000 0.356 0.012 0.000 0.632
#> SRR1747218 2 0.7484 -0.23604 0.000 0.340 0.308 0.000 0.172 0.180
#> SRR1747219 3 0.4550 0.31406 0.000 0.000 0.524 0.008 0.020 0.448
#> SRR1747220 4 0.1605 0.90221 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044 0.004
#> SRR1747221 4 0.1858 0.87118 0.000 0.000 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR1747222 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747223 4 0.2613 0.81296 0.000 0.000 0.000 0.848 0.012 0.140
#> SRR1747224 6 0.1299 0.52606 0.000 0.004 0.036 0.004 0.004 0.952
#> SRR1747225 2 0.7006 -0.00414 0.004 0.396 0.092 0.000 0.144 0.364
#> SRR1747226 2 0.0891 0.45489 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747227 2 0.3493 0.32300 0.000 0.800 0.136 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747228 6 0.6464 0.17603 0.004 0.228 0.076 0.000 0.140 0.552
#> SRR1747229 2 0.1225 0.47851 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747230 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.1605 0.90221 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044 0.004
#> SRR1747232 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747234 3 0.5876 0.49989 0.000 0.036 0.560 0.000 0.116 0.288
#> SRR1747235 4 0.4555 0.60190 0.260 0.000 0.016 0.680 0.044 0.000
#> SRR1747236 2 0.3167 0.50618 0.000 0.832 0.096 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747237 2 0.2815 0.38656 0.000 0.848 0.120 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747238 2 0.5958 0.19283 0.000 0.484 0.340 0.000 0.164 0.012
#> SRR1747239 2 0.3868 -0.95730 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1747240 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.7124 0.28925 0.000 0.292 0.420 0.000 0.116 0.172
#> SRR1747242 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.2613 0.81214 0.000 0.000 0.000 0.848 0.012 0.140
#> SRR1747244 6 0.4001 0.44498 0.004 0.084 0.028 0.000 0.084 0.800
#> SRR1747245 2 0.7222 0.10813 0.004 0.412 0.100 0.000 0.192 0.292
#> SRR1747246 2 0.2871 0.05247 0.000 0.804 0.004 0.000 0.192 0.000
#> SRR1747247 1 0.2597 0.74966 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0405 0.90808 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1747250 3 0.4697 0.41510 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020 0.396
#> SRR1747252 4 0.2263 0.84952 0.000 0.000 0.000 0.884 0.016 0.100
#> SRR1747253 4 0.0520 0.90869 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747254 5 0.3869 0.96727 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1747255 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747256 4 0.0767 0.90831 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR1747257 2 0.1074 0.46274 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747258 6 0.6904 -0.15360 0.000 0.252 0.300 0.000 0.056 0.392
#> SRR1747259 2 0.1480 0.45450 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747260 3 0.5108 0.52250 0.000 0.004 0.584 0.000 0.088 0.324
#> SRR1747261 3 0.5259 0.30331 0.000 0.064 0.472 0.000 0.012 0.452
#> SRR1747262 2 0.4253 0.50867 0.000 0.756 0.132 0.000 0.100 0.012
#> SRR1747263 2 0.3694 0.32915 0.000 0.784 0.140 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747264 4 0.1765 0.85457 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.4699 0.34503 0.000 0.000 0.536 0.016 0.020 0.428
#> SRR1747266 6 0.7154 -0.08185 0.000 0.340 0.192 0.000 0.100 0.368
#> SRR1747267 6 0.4535 -0.07398 0.000 0.000 0.424 0.012 0.016 0.548
#> SRR1747268 6 0.1476 0.52838 0.004 0.000 0.012 0.008 0.028 0.948
#> SRR1747269 2 0.4039 0.48737 0.000 0.752 0.156 0.000 0.092 0.000
#> SRR1747270 2 0.2918 0.51669 0.000 0.856 0.088 0.000 0.052 0.004
#> SRR1747271 2 0.3952 0.51131 0.000 0.780 0.104 0.000 0.108 0.008
#> SRR1747272 6 0.1944 0.51915 0.000 0.000 0.036 0.024 0.016 0.924
#> SRR1747273 4 0.1605 0.90221 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044 0.004
#> SRR1747274 6 0.6758 -0.06353 0.000 0.240 0.228 0.000 0.064 0.468
#> SRR1747275 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747276 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747277 2 0.2586 0.50402 0.000 0.868 0.100 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747278 6 0.2926 0.48903 0.000 0.000 0.024 0.012 0.112 0.852
#> SRR1747280 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0146 0.90785 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747281 2 0.2713 0.50931 0.004 0.884 0.024 0.000 0.064 0.024
#> SRR1747282 4 0.2378 0.79613 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.5431 0.50250 0.000 0.000 0.560 0.008 0.112 0.320
#> SRR1747284 4 0.1605 0.90063 0.004 0.000 0.016 0.936 0.044 0.000
#> SRR1747285 6 0.4433 0.23578 0.000 0.004 0.236 0.008 0.048 0.704
#> SRR1747286 3 0.7352 0.28973 0.000 0.284 0.376 0.000 0.128 0.212
#> SRR1747287 2 0.2007 0.50541 0.000 0.916 0.036 0.000 0.044 0.004
#> SRR1747288 6 0.4492 0.37772 0.000 0.000 0.148 0.080 0.028 0.744
#> SRR1747290 2 0.5586 0.34843 0.000 0.532 0.292 0.000 0.176 0.000
#> SRR1747289 2 0.0806 0.47139 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747291 2 0.5252 0.49572 0.004 0.696 0.100 0.000 0.148 0.052
#> SRR1747293 2 0.7464 -0.02243 0.000 0.380 0.168 0.000 0.204 0.248
#> SRR1747294 2 0.1765 0.44613 0.000 0.924 0.052 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747292 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747295 2 0.4871 0.45437 0.000 0.656 0.212 0.000 0.132 0.000
#> SRR1747296 2 0.6154 0.16026 0.000 0.452 0.372 0.000 0.152 0.024
#> SRR1747297 2 0.3995 -0.87862 0.000 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004
#> SRR1747298 2 0.2688 0.50821 0.004 0.884 0.020 0.000 0.068 0.024
#> SRR1747299 2 0.1049 0.44054 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747300 2 0.0622 0.46064 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747301 2 0.1908 0.49746 0.000 0.916 0.028 0.000 0.056 0.000
#> SRR1747302 2 0.3998 -0.96610 0.000 0.504 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR1747303 2 0.4873 0.48051 0.004 0.732 0.044 0.000 0.104 0.116
#> SRR1747304 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.4128 0.97545 0.000 0.488 0.000 0.004 0.504 0.004
#> SRR1747306 2 0.4128 -0.97651 0.000 0.500 0.000 0.004 0.492 0.004
#> SRR1747307 6 0.4636 0.11498 0.000 0.000 0.336 0.024 0.020 0.620
#> SRR1747308 2 0.7140 -0.02548 0.000 0.416 0.296 0.000 0.120 0.168
#> SRR1747309 4 0.2613 0.81624 0.000 0.000 0.000 0.848 0.012 0.140
#> SRR1747310 1 0.4315 -0.08914 0.496 0.000 0.012 0.488 0.004 0.000
#> SRR1747311 6 0.0665 0.53050 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004 0.980
#> SRR1747313 6 0.1167 0.53058 0.000 0.000 0.008 0.012 0.020 0.960
#> SRR1747312 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4853 0.49350 0.000 0.728 0.100 0.000 0.120 0.052
#> SRR1747316 2 0.7404 -0.19934 0.000 0.344 0.312 0.000 0.132 0.212
#> SRR1747318 6 0.1382 0.52610 0.000 0.000 0.036 0.008 0.008 0.948
#> SRR1747317 6 0.2296 0.50572 0.004 0.004 0.024 0.000 0.068 0.900
#> SRR1747319 3 0.4251 0.29432 0.000 0.004 0.520 0.004 0.004 0.468
#> SRR1747320 4 0.0837 0.90776 0.000 0.000 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR1747322 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747323 5 0.3999 0.97857 0.000 0.496 0.004 0.000 0.500 0.000
#> SRR1747324 2 0.3159 0.51601 0.004 0.836 0.052 0.000 0.108 0.000
#> SRR1747326 2 0.0291 0.46637 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747325 2 0.4965 -0.12983 0.000 0.664 0.156 0.000 0.176 0.004
#> SRR1747327 2 0.4653 -0.06789 0.000 0.696 0.112 0.000 0.188 0.004
#> SRR1747328 6 0.2944 0.46861 0.000 0.000 0.148 0.008 0.012 0.832
#> SRR1747330 6 0.3939 0.44676 0.000 0.000 0.016 0.080 0.116 0.788
#> SRR1747329 6 0.6880 0.06562 0.004 0.328 0.068 0.000 0.168 0.432
#> SRR1747332 6 0.5230 0.10671 0.000 0.000 0.064 0.412 0.012 0.512
#> SRR1747331 2 0.6434 0.29454 0.000 0.532 0.260 0.000 0.124 0.084
#> SRR1747333 2 0.6853 0.22934 0.004 0.464 0.064 0.000 0.196 0.272
#> SRR1747334 2 0.0717 0.46146 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747335 6 0.4897 -0.08621 0.000 0.000 0.416 0.028 0.020 0.536
#> SRR1747336 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.3996 -0.95872 0.000 0.512 0.004 0.000 0.484 0.000
#> SRR1747338 2 0.3636 -0.50350 0.000 0.676 0.004 0.000 0.320 0.000
#> SRR1747339 6 0.0767 0.53176 0.004 0.000 0.000 0.008 0.012 0.976
#> SRR1747340 6 0.6429 0.11766 0.004 0.288 0.044 0.000 0.156 0.508
#> SRR1747341 2 0.5537 -0.76098 0.000 0.476 0.136 0.000 0.388 0.000
#> SRR1747342 5 0.3868 0.98232 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1747343 2 0.5509 -0.79885 0.000 0.496 0.136 0.000 0.368 0.000
#> SRR1747344 2 0.3337 0.51600 0.004 0.824 0.064 0.000 0.108 0.000
#> SRR1747345 6 0.1078 0.53183 0.000 0.000 0.008 0.012 0.016 0.964
#> SRR1747346 6 0.3802 0.20680 0.000 0.000 0.312 0.012 0.000 0.676
#> SRR1747347 2 0.3641 0.30246 0.000 0.788 0.140 0.000 0.072 0.000
#> SRR1747348 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0508 0.90501 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1747351 2 0.3052 -0.08284 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216 0.000
#> SRR1747350 2 0.4506 0.48996 0.000 0.728 0.180 0.000 0.072 0.020
#> SRR1747352 4 0.3915 0.30869 0.412 0.000 0.004 0.584 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.4212 0.50692 0.000 0.772 0.096 0.000 0.108 0.024
#> SRR1747354 6 0.4961 -0.23609 0.000 0.012 0.456 0.000 0.040 0.492
#> SRR1747355 4 0.3213 0.66186 0.000 0.000 0.008 0.784 0.004 0.204
#> SRR1747356 6 0.4493 0.33344 0.000 0.044 0.192 0.000 0.036 0.728
#> SRR1747357 6 0.4015 0.29485 0.000 0.008 0.244 0.000 0.028 0.720
#> SRR1747358 3 0.5077 0.52150 0.000 0.004 0.592 0.004 0.072 0.328
#> SRR1747359 4 0.0291 0.90790 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1747360 2 0.2474 0.51445 0.000 0.884 0.032 0.000 0.080 0.004
#> SRR1747361 6 0.2791 0.46669 0.000 0.000 0.008 0.124 0.016 0.852
#> SRR1747362 2 0.2510 0.51505 0.000 0.884 0.028 0.000 0.080 0.008
#> SRR1747363 4 0.5693 0.06606 0.000 0.000 0.116 0.528 0.016 0.340
#> SRR1747364 4 0.1536 0.90317 0.000 0.000 0.016 0.940 0.040 0.004
#> SRR1747365 3 0.5186 0.51513 0.000 0.008 0.592 0.008 0.064 0.328
#> SRR1747366 2 0.5061 0.45319 0.000 0.636 0.240 0.000 0.120 0.004
#> SRR1747367 6 0.2713 0.50100 0.000 0.000 0.052 0.052 0.016 0.880
#> SRR1747369 2 0.3867 -0.95684 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1747368 6 0.4380 -0.10160 0.000 0.000 0.436 0.008 0.012 0.544
#> SRR1747370 6 0.2637 0.48878 0.000 0.012 0.088 0.000 0.024 0.876
#> SRR1747372 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0508 0.90740 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1747373 2 0.3841 -0.70752 0.000 0.616 0.004 0.000 0.380 0.000
#> SRR1747374 2 0.3999 -0.97560 0.000 0.500 0.004 0.000 0.496 0.000
#> SRR1747375 6 0.2664 0.45258 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016 0.848
#> SRR1747376 2 0.0964 0.47671 0.004 0.968 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747377 5 0.3866 0.97908 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1747378 2 0.5649 0.45917 0.004 0.652 0.048 0.000 0.144 0.152
#> SRR1747379 2 0.7185 0.02142 0.004 0.404 0.120 0.000 0.144 0.328
#> SRR1747380 6 0.3802 0.20680 0.000 0.000 0.312 0.012 0.000 0.676
#> SRR1747381 4 0.2384 0.88161 0.040 0.000 0.016 0.900 0.044 0.000
#> SRR1747382 4 0.1605 0.90221 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044 0.004
#> SRR1747383 2 0.0972 0.46820 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747384 6 0.3852 0.18104 0.000 0.000 0.324 0.012 0.000 0.664
#> SRR1747385 6 0.6825 0.07709 0.000 0.320 0.064 0.004 0.168 0.444
#> SRR1747386 1 0.0146 0.94603 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.5780 -0.76709 0.000 0.480 0.136 0.004 0.376 0.004
#> SRR1747388 2 0.2357 0.29238 0.000 0.872 0.012 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747390 3 0.6355 -0.03537 0.000 0.408 0.428 0.000 0.076 0.088
#> SRR1747389 2 0.5252 0.41560 0.000 0.584 0.312 0.000 0.096 0.008
#> SRR1747391 2 0.3327 0.50572 0.004 0.836 0.024 0.000 0.112 0.024
#> SRR1747392 2 0.0837 0.47310 0.004 0.972 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747393 6 0.5871 0.12805 0.000 0.192 0.160 0.000 0.044 0.604
#> SRR1747394 6 0.3880 0.38884 0.000 0.000 0.024 0.176 0.028 0.772
#> SRR1747395 6 0.3121 0.48478 0.000 0.004 0.032 0.008 0.112 0.844
#> SRR1747396 2 0.0717 0.46146 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747398 2 0.0777 0.46158 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747397 6 0.1121 0.53136 0.004 0.000 0.008 0.008 0.016 0.964
#> SRR1747399 4 0.1820 0.89655 0.012 0.000 0.016 0.928 0.044 0.000
#> SRR1747400 4 0.1820 0.89830 0.012 0.000 0.016 0.928 0.044 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.892 0.928 0.970 0.4293 0.578 0.578
#> 3 3 0.548 0.680 0.853 0.3327 0.841 0.733
#> 4 4 0.449 0.453 0.735 0.2053 0.721 0.453
#> 5 5 0.526 0.433 0.695 0.1032 0.749 0.341
#> 6 6 0.593 0.484 0.714 0.0413 0.891 0.599
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.4939 0.865 0.892 0.108
#> SRR1747214 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.3879 0.901 0.076 0.924
#> SRR1747220 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.7815 0.703 0.768 0.232
#> SRR1747244 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.2603 0.931 0.044 0.956
#> SRR1747266 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.6887 0.773 0.184 0.816
#> SRR1747268 2 0.3879 0.901 0.076 0.924
#> SRR1747269 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.9358 0.469 0.352 0.648
#> SRR1747273 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.4815 0.872 0.104 0.896
#> SRR1747280 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.8443 0.632 0.728 0.272
#> SRR1747290 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.9661 0.370 0.392 0.608
#> SRR1747308 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747311 2 0.4815 0.872 0.104 0.896
#> SRR1747313 2 0.3114 0.921 0.056 0.944
#> SRR1747312 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> SRR1747317 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747319 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.6247 0.810 0.156 0.844
#> SRR1747330 2 0.9358 0.469 0.352 0.648
#> SRR1747329 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.7883 0.696 0.764 0.236
#> SRR1747331 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.8555 0.618 0.280 0.720
#> SRR1747336 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.6048 0.821 0.148 0.852
#> SRR1747340 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> SRR1747346 2 0.0376 0.965 0.004 0.996
#> SRR1747347 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.9427 0.437 0.640 0.360
#> SRR1747356 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.9795 0.302 0.416 0.584
#> SRR1747362 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.9983 0.104 0.476 0.524
#> SRR1747364 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747367 2 0.9954 0.161 0.460 0.540
#> SRR1747369 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.7139 0.756 0.804 0.196
#> SRR1747376 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.3274 0.917 0.060 0.940
#> SRR1747385 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.7950 0.690 0.760 0.240
#> SRR1747395 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.6973 0.767 0.188 0.812
#> SRR1747399 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.3987 0.7814 0.872 0.020 0.108
#> SRR1747214 1 0.0592 0.8733 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747215 2 0.2261 0.8153 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747216 2 0.1643 0.8182 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747217 2 0.6910 0.6752 0.120 0.736 0.144
#> SRR1747218 2 0.4931 0.7137 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747219 3 0.3155 0.6232 0.044 0.040 0.916
#> SRR1747220 1 0.5497 0.6058 0.708 0.000 0.292
#> SRR1747221 1 0.2636 0.8344 0.932 0.048 0.020
#> SRR1747222 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.2879 0.8283 0.924 0.052 0.024
#> SRR1747224 2 0.1289 0.8081 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747225 2 0.1411 0.8086 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747226 2 0.2796 0.8024 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747227 2 0.2796 0.8137 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747228 2 0.1964 0.8080 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747229 2 0.2796 0.8123 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4002 0.7637 0.840 0.000 0.160
#> SRR1747232 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747233 1 0.0848 0.8712 0.984 0.008 0.008
#> SRR1747234 3 0.6307 -0.1363 0.000 0.488 0.512
#> SRR1747235 1 0.6302 0.2699 0.520 0.000 0.480
#> SRR1747236 3 0.4346 0.6162 0.000 0.184 0.816
#> SRR1747237 2 0.5621 0.6201 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747238 2 0.6305 0.1685 0.000 0.516 0.484
#> SRR1747239 2 0.1753 0.8196 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747240 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747241 3 0.3551 0.6336 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.6449 0.5718 0.740 0.204 0.056
#> SRR1747244 2 0.1753 0.8069 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747245 2 0.2165 0.8063 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747246 2 0.1411 0.8162 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.5733 0.5911 0.000 0.676 0.324
#> SRR1747252 1 0.2031 0.8518 0.952 0.016 0.032
#> SRR1747253 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.5058 0.7002 0.000 0.756 0.244
#> SRR1747255 1 0.0661 0.8733 0.988 0.004 0.008
#> SRR1747256 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.5098 0.7015 0.000 0.752 0.248
#> SRR1747258 2 0.6095 0.4040 0.000 0.608 0.392
#> SRR1747259 2 0.5760 0.5888 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747260 3 0.5591 0.4444 0.000 0.304 0.696
#> SRR1747261 2 0.3619 0.7950 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747262 2 0.3551 0.7808 0.000 0.868 0.132
#> SRR1747263 2 0.2261 0.8108 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747264 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3375 0.6221 0.048 0.044 0.908
#> SRR1747266 2 0.1860 0.8131 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747267 2 0.9955 -0.1857 0.316 0.380 0.304
#> SRR1747268 2 0.4094 0.7332 0.100 0.872 0.028
#> SRR1747269 2 0.6299 0.1568 0.000 0.524 0.476
#> SRR1747270 2 0.5968 0.5212 0.000 0.636 0.364
#> SRR1747271 2 0.1529 0.8205 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747272 1 0.7396 -0.0832 0.488 0.480 0.032
#> SRR1747273 3 0.3482 0.5328 0.128 0.000 0.872
#> SRR1747274 2 0.4178 0.7559 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747275 1 0.0424 0.8749 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747276 1 0.0237 0.8765 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747277 2 0.6062 0.4670 0.000 0.616 0.384
#> SRR1747278 2 0.3406 0.7669 0.068 0.904 0.028
#> SRR1747280 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747279 1 0.0237 0.8765 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747281 2 0.1163 0.8092 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747282 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.1529 0.6451 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747284 1 0.6299 0.2684 0.524 0.000 0.476
#> SRR1747285 2 0.5202 0.7037 0.008 0.772 0.220
#> SRR1747286 3 0.1643 0.6431 0.000 0.044 0.956
#> SRR1747287 2 0.4974 0.7098 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747288 1 0.6854 0.6004 0.740 0.124 0.136
#> SRR1747290 2 0.6126 0.4149 0.000 0.600 0.400
#> SRR1747289 2 0.6299 0.1695 0.000 0.524 0.476
#> SRR1747291 2 0.1860 0.8081 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747293 2 0.1031 0.8066 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747294 2 0.2959 0.8098 0.000 0.900 0.100
#> SRR1747292 1 0.0237 0.8765 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747295 2 0.6235 0.3261 0.000 0.564 0.436
#> SRR1747296 3 0.6280 -0.0207 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747297 2 0.0592 0.8135 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747298 2 0.1753 0.8128 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747299 2 0.1964 0.8155 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747300 2 0.1163 0.8157 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747301 2 0.1860 0.8151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747302 2 0.1289 0.8161 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747303 2 0.0892 0.8130 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3116 0.8066 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747306 2 0.3482 0.7879 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747307 3 0.6688 0.2689 0.308 0.028 0.664
#> SRR1747308 2 0.4654 0.7411 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747309 1 0.0747 0.8706 0.984 0.000 0.016
#> SRR1747310 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747311 2 0.7218 0.4203 0.296 0.652 0.052
#> SRR1747313 2 0.5681 0.5677 0.236 0.748 0.016
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.1289 0.8094 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747316 2 0.2165 0.8168 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747318 2 0.6523 0.5773 0.228 0.724 0.048
#> SRR1747317 2 0.1860 0.8072 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747319 3 0.5138 0.5209 0.000 0.252 0.748
#> SRR1747320 1 0.0237 0.8762 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0424 0.8749 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747323 2 0.1289 0.8169 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747324 2 0.1289 0.8155 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747326 2 0.0892 0.8081 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747325 2 0.1753 0.8118 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747327 2 0.1964 0.8161 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747328 2 0.5852 0.6661 0.152 0.788 0.060
#> SRR1747330 2 0.6056 0.5286 0.224 0.744 0.032
#> SRR1747329 2 0.1964 0.8067 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747332 3 0.7372 -0.1385 0.448 0.032 0.520
#> SRR1747331 3 0.5968 0.3911 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747333 2 0.1643 0.8066 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747334 2 0.1163 0.8114 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747335 2 0.8362 0.1898 0.384 0.528 0.088
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2537 0.8140 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747338 2 0.1643 0.8176 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747339 2 0.4873 0.6729 0.152 0.824 0.024
#> SRR1747340 2 0.1289 0.8049 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747341 2 0.3116 0.8055 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747342 2 0.3038 0.8073 0.000 0.896 0.104
#> SRR1747343 2 0.1529 0.8124 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747344 2 0.2066 0.8189 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747345 2 0.1878 0.8052 0.004 0.952 0.044
#> SRR1747346 2 0.5744 0.7469 0.072 0.800 0.128
#> SRR1747347 2 0.2711 0.8116 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.2537 0.8143 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747350 2 0.5216 0.6658 0.000 0.740 0.260
#> SRR1747352 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.1753 0.8201 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747354 2 0.6295 0.2049 0.000 0.528 0.472
#> SRR1747355 1 0.6154 0.5417 0.752 0.204 0.044
#> SRR1747356 2 0.6169 0.4802 0.004 0.636 0.360
#> SRR1747357 2 0.6608 0.2676 0.008 0.560 0.432
#> SRR1747358 3 0.1753 0.6476 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747359 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.3116 0.7908 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747361 1 0.7382 0.0182 0.512 0.456 0.032
#> SRR1747362 2 0.2261 0.8149 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747363 1 0.7567 0.1545 0.576 0.376 0.048
#> SRR1747364 1 0.3038 0.8122 0.896 0.000 0.104
#> SRR1747365 3 0.6299 -0.0593 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747366 2 0.6260 0.2563 0.000 0.552 0.448
#> SRR1747367 1 0.6975 0.2496 0.616 0.356 0.028
#> SRR1747369 2 0.4002 0.7713 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747368 2 0.8719 0.2517 0.128 0.548 0.324
#> SRR1747370 2 0.1860 0.8137 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1860 0.8178 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747374 2 0.1529 0.8179 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747375 1 0.2947 0.8139 0.920 0.060 0.020
#> SRR1747376 2 0.1411 0.8157 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747377 2 0.1860 0.8189 0.000 0.948 0.052
#> SRR1747378 2 0.1163 0.8092 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747379 2 0.1964 0.8067 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747380 2 0.5944 0.7343 0.088 0.792 0.120
#> SRR1747381 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747382 1 0.0592 0.8734 0.988 0.000 0.012
#> SRR1747383 2 0.2066 0.8162 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747384 2 0.7788 0.4349 0.284 0.632 0.084
#> SRR1747385 2 0.1643 0.8084 0.000 0.956 0.044
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8777 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2448 0.8150 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747388 2 0.4750 0.7153 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747390 3 0.6299 -0.0740 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747389 2 0.6154 0.4048 0.000 0.592 0.408
#> SRR1747391 2 0.0892 0.8081 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747392 2 0.1289 0.8077 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747393 2 0.4178 0.7595 0.000 0.828 0.172
#> SRR1747394 1 0.4937 0.6837 0.824 0.148 0.028
#> SRR1747395 2 0.0892 0.8081 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747396 2 0.1411 0.8087 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747398 2 0.4750 0.7147 0.000 0.784 0.216
#> SRR1747397 1 0.7295 -0.0477 0.488 0.484 0.028
#> SRR1747399 1 0.0237 0.8768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747400 3 0.6678 -0.2174 0.480 0.008 0.512
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 3 0.7732 -0.2965 0.228 0.000 0.392 0.380
#> SRR1747214 1 0.2480 0.8003 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1747215 3 0.3942 0.4365 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1747216 2 0.4761 0.4727 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1747217 3 0.2489 0.5085 0.068 0.020 0.912 0.000
#> SRR1747218 3 0.3942 0.3167 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1747219 4 0.1118 0.6484 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747220 4 0.5628 0.6082 0.216 0.000 0.080 0.704
#> SRR1747221 1 0.4382 0.4428 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.3975 0.5701 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.3257 0.5805 0.004 0.844 0.152 0.000
#> SRR1747225 2 0.3356 0.5935 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747226 3 0.4981 -0.1979 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1747227 3 0.2345 0.5132 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1747228 3 0.5204 0.2679 0.012 0.376 0.612 0.000
#> SRR1747229 3 0.3172 0.4705 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1747230 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747231 1 0.7456 0.0497 0.508 0.000 0.256 0.236
#> SRR1747232 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747233 1 0.0592 0.8692 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747234 3 0.3219 0.4113 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1747235 4 0.4193 0.5563 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1747236 2 0.7396 0.0822 0.000 0.432 0.404 0.164
#> SRR1747237 3 0.3286 0.5145 0.000 0.080 0.876 0.044
#> SRR1747238 3 0.4485 0.4277 0.000 0.152 0.796 0.052
#> SRR1747239 2 0.4605 0.4402 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1747240 1 0.0376 0.8783 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747241 3 0.4222 0.2205 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747242 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747243 1 0.5088 0.2015 0.572 0.004 0.424 0.000
#> SRR1747244 2 0.5884 0.4090 0.052 0.620 0.328 0.000
#> SRR1747245 3 0.4866 0.2763 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1747246 2 0.4679 0.4947 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1747247 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747248 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747249 1 0.3529 0.6994 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR1747250 3 0.6084 0.4278 0.000 0.120 0.676 0.204
#> SRR1747252 1 0.7264 0.0902 0.512 0.320 0.000 0.168
#> SRR1747253 1 0.0592 0.8732 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747254 3 0.3486 0.4100 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747257 3 0.1807 0.5200 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR1747258 2 0.5907 0.4232 0.000 0.680 0.092 0.228
#> SRR1747259 3 0.1661 0.5089 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1747260 4 0.5968 0.4750 0.000 0.084 0.252 0.664
#> SRR1747261 3 0.3024 0.4925 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1747262 2 0.4500 0.5304 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1747263 3 0.3942 0.4311 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.1970 0.6464 0.000 0.008 0.060 0.932
#> SRR1747266 2 0.1520 0.5353 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1747267 4 0.8007 0.1514 0.004 0.280 0.320 0.396
#> SRR1747268 2 0.4898 0.5799 0.072 0.772 0.156 0.000
#> SRR1747269 2 0.7561 0.2049 0.000 0.452 0.348 0.200
#> SRR1747270 3 0.5836 0.4645 0.000 0.112 0.700 0.188
#> SRR1747271 3 0.4866 -0.0601 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1747272 2 0.6491 0.1275 0.440 0.496 0.060 0.004
#> SRR1747273 4 0.5077 0.6595 0.160 0.000 0.080 0.760
#> SRR1747274 2 0.3982 0.5720 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1747275 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 3 0.4054 0.3735 0.000 0.016 0.796 0.188
#> SRR1747278 2 0.7067 0.3947 0.288 0.552 0.160 0.000
#> SRR1747280 1 0.0592 0.8727 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747279 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.3688 0.5735 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.4193 0.1999 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747284 4 0.5080 0.2633 0.420 0.000 0.004 0.576
#> SRR1747285 3 0.4855 -0.0764 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1747286 4 0.6232 0.4001 0.000 0.072 0.332 0.596
#> SRR1747287 3 0.5269 0.2305 0.000 0.364 0.620 0.016
#> SRR1747288 4 0.7700 0.3161 0.220 0.384 0.000 0.396
#> SRR1747290 3 0.5323 0.0445 0.000 0.352 0.628 0.020
#> SRR1747289 3 0.5573 0.0160 0.000 0.368 0.604 0.028
#> SRR1747291 3 0.4985 0.0813 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747293 2 0.4088 0.5476 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR1747294 3 0.1474 0.5186 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.6248 0.2661 0.000 0.252 0.644 0.104
#> SRR1747296 3 0.4643 0.1728 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1747297 2 0.4072 0.5411 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1747298 2 0.4866 0.3395 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1747299 2 0.4888 0.4135 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1747300 2 0.5143 0.3205 0.000 0.540 0.456 0.004
#> SRR1747301 3 0.2469 0.5051 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1747302 2 0.5000 0.2528 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1747303 2 0.4193 0.5226 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1747304 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747305 3 0.5183 0.1406 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR1747306 2 0.5039 0.4172 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR1747307 4 0.6429 0.6382 0.200 0.048 0.060 0.692
#> SRR1747308 3 0.1398 0.5098 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1747309 1 0.1661 0.8358 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR1747310 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747311 2 0.2521 0.4896 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR1747313 1 0.7180 -0.1513 0.504 0.348 0.148 0.000
#> SRR1747312 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747314 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747315 2 0.4193 0.5124 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1747316 3 0.5217 0.2888 0.000 0.380 0.608 0.012
#> SRR1747318 3 0.7739 0.1911 0.208 0.332 0.456 0.004
#> SRR1747317 2 0.6926 0.1733 0.100 0.520 0.376 0.004
#> SRR1747319 3 0.4967 -0.0467 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1747320 1 0.0657 0.8731 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.1389 0.8397 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747323 3 0.4916 -0.0895 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1747324 2 0.4220 0.5758 0.000 0.748 0.248 0.004
#> SRR1747326 2 0.4790 0.4668 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1747325 3 0.4008 0.4338 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747327 3 0.4877 0.2648 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1747328 3 0.5577 0.1531 0.004 0.492 0.492 0.012
#> SRR1747330 2 0.6439 0.4564 0.180 0.648 0.172 0.000
#> SRR1747329 3 0.4989 0.1589 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1747332 4 0.6202 0.6281 0.172 0.156 0.000 0.672
#> SRR1747331 2 0.4343 0.2892 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR1747333 2 0.4372 0.5029 0.004 0.728 0.268 0.000
#> SRR1747334 2 0.4535 0.5169 0.000 0.704 0.292 0.004
#> SRR1747335 3 0.7811 0.3141 0.024 0.280 0.528 0.168
#> SRR1747336 1 0.0376 0.8783 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1747337 3 0.4843 -0.0476 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1747338 3 0.4981 -0.2015 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1747339 2 0.5874 0.5430 0.124 0.700 0.176 0.000
#> SRR1747340 2 0.3311 0.5820 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1747341 3 0.2216 0.5059 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1747342 3 0.4164 0.3084 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1747343 3 0.4134 0.3472 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1747344 2 0.5000 0.1027 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747345 2 0.0859 0.5248 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1747346 3 0.7335 0.3297 0.216 0.192 0.580 0.012
#> SRR1747347 3 0.0592 0.5151 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747348 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747349 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 3 0.4356 0.2269 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1747350 2 0.6724 0.5208 0.000 0.616 0.192 0.192
#> SRR1747352 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747353 2 0.5057 0.4320 0.000 0.648 0.340 0.012
#> SRR1747354 4 0.7093 0.1737 0.000 0.272 0.172 0.556
#> SRR1747355 1 0.5893 0.1181 0.528 0.016 0.444 0.012
#> SRR1747356 2 0.5137 0.4304 0.000 0.716 0.040 0.244
#> SRR1747357 2 0.5300 0.3328 0.000 0.664 0.028 0.308
#> SRR1747358 4 0.1557 0.6455 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1747359 1 0.0188 0.8773 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.1489 0.5524 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1747361 1 0.7426 -0.0647 0.452 0.172 0.376 0.000
#> SRR1747362 2 0.4792 0.5375 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1747363 3 0.6277 0.0378 0.360 0.000 0.572 0.068
#> SRR1747364 1 0.2530 0.7987 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1747365 3 0.4134 0.3251 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1747366 2 0.7558 0.2572 0.000 0.428 0.380 0.192
#> SRR1747367 2 0.6024 0.0460 0.464 0.500 0.032 0.004
#> SRR1747369 3 0.4855 -0.0665 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1747368 4 0.8262 0.4649 0.132 0.180 0.116 0.572
#> SRR1747370 2 0.1576 0.5541 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR1747372 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747371 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747373 3 0.4907 -0.1060 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1747374 2 0.4746 0.4703 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1747375 1 0.0657 0.8707 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1747376 2 0.3668 0.5952 0.000 0.808 0.188 0.004
#> SRR1747377 3 0.4776 0.1105 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1747378 2 0.3400 0.5954 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747379 2 0.4830 0.2313 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1747380 3 0.7471 0.3167 0.220 0.192 0.572 0.016
#> SRR1747381 1 0.2149 0.8076 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1747382 1 0.1022 0.8619 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747383 3 0.3528 0.4595 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1747384 3 0.4883 0.3017 0.288 0.016 0.696 0.000
#> SRR1747385 3 0.6799 -0.1405 0.096 0.440 0.464 0.000
#> SRR1747386 1 0.0188 0.8794 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747387 3 0.4677 0.3143 0.000 0.316 0.680 0.004
#> SRR1747388 3 0.5600 -0.2235 0.000 0.468 0.512 0.020
#> SRR1747390 3 0.5193 0.1504 0.000 0.008 0.580 0.412
#> SRR1747389 2 0.7667 0.2899 0.000 0.440 0.336 0.224
#> SRR1747391 2 0.4331 0.5587 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1747392 2 0.3486 0.5939 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1747393 2 0.6921 0.4930 0.012 0.584 0.304 0.100
#> SRR1747394 2 0.5738 -0.0259 0.432 0.540 0.000 0.028
#> SRR1747395 2 0.6506 0.2755 0.072 0.472 0.456 0.000
#> SRR1747396 2 0.3791 0.5822 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1747398 2 0.5080 0.2781 0.000 0.576 0.420 0.004
#> SRR1747397 2 0.6194 0.1576 0.428 0.528 0.036 0.008
#> SRR1747399 1 0.0469 0.8748 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747400 4 0.6127 0.5839 0.228 0.108 0.000 0.664
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 3 0.6260 0.43430 0.012 0.016 0.500 0.064 0.408
#> SRR1747214 4 0.3996 0.65892 0.008 0.004 0.196 0.776 0.016
#> SRR1747215 5 0.3430 0.43231 0.004 0.220 0.000 0.000 0.776
#> SRR1747216 5 0.5795 0.22739 0.268 0.136 0.000 0.000 0.596
#> SRR1747217 2 0.7054 0.24474 0.004 0.524 0.032 0.200 0.240
#> SRR1747218 2 0.0290 0.67203 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747219 3 0.1701 0.57761 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1747220 3 0.4014 0.60775 0.020 0.000 0.816 0.056 0.108
#> SRR1747221 4 0.5209 0.28981 0.368 0.008 0.000 0.588 0.036
#> SRR1747222 4 0.0290 0.86668 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747223 4 0.5216 0.53440 0.248 0.004 0.000 0.668 0.080
#> SRR1747224 1 0.5014 0.21254 0.536 0.032 0.000 0.000 0.432
#> SRR1747225 5 0.5557 -0.23302 0.464 0.068 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747226 2 0.3620 0.62537 0.108 0.824 0.000 0.000 0.068
#> SRR1747227 5 0.4291 0.40491 0.004 0.188 0.048 0.000 0.760
#> SRR1747228 5 0.1646 0.47528 0.020 0.032 0.000 0.004 0.944
#> SRR1747229 2 0.1095 0.67391 0.008 0.968 0.012 0.000 0.012
#> SRR1747230 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.7077 0.30942 0.012 0.000 0.368 0.360 0.260
#> SRR1747232 4 0.0451 0.86512 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1747233 4 0.0451 0.86591 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1747234 2 0.5998 0.10795 0.004 0.520 0.372 0.000 0.104
#> SRR1747235 3 0.4194 0.48062 0.016 0.004 0.720 0.260 0.000
#> SRR1747236 2 0.1544 0.66059 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747237 5 0.5713 0.26188 0.004 0.200 0.156 0.000 0.640
#> SRR1747238 2 0.1043 0.65098 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.6510 0.03305 0.224 0.480 0.000 0.000 0.296
#> SRR1747240 4 0.0579 0.86434 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> SRR1747241 3 0.6324 0.48667 0.004 0.168 0.532 0.000 0.296
#> SRR1747242 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747243 5 0.4747 -0.19222 0.016 0.000 0.000 0.484 0.500
#> SRR1747244 5 0.5803 0.31600 0.224 0.040 0.000 0.076 0.660
#> SRR1747245 5 0.1413 0.46175 0.020 0.012 0.012 0.000 0.956
#> SRR1747246 2 0.6316 -0.08767 0.356 0.480 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747247 4 0.0162 0.86731 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747248 4 0.0290 0.86604 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747249 4 0.4645 0.65734 0.012 0.004 0.088 0.772 0.124
#> SRR1747250 5 0.5209 -0.09746 0.008 0.036 0.368 0.000 0.588
#> SRR1747252 1 0.6777 -0.08996 0.436 0.008 0.136 0.408 0.012
#> SRR1747253 4 0.2471 0.76952 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1747254 2 0.0898 0.67106 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747255 4 0.1195 0.85402 0.012 0.000 0.000 0.960 0.028
#> SRR1747256 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.5090 0.31329 0.004 0.264 0.064 0.000 0.668
#> SRR1747258 1 0.6742 0.49438 0.620 0.080 0.160 0.004 0.136
#> SRR1747259 2 0.6323 0.18897 0.004 0.544 0.268 0.000 0.184
#> SRR1747260 2 0.4962 0.10630 0.008 0.544 0.432 0.000 0.016
#> SRR1747261 5 0.4456 0.26000 0.000 0.320 0.020 0.000 0.660
#> SRR1747262 5 0.6447 -0.09236 0.380 0.180 0.000 0.000 0.440
#> SRR1747263 5 0.2723 0.46549 0.000 0.124 0.012 0.000 0.864
#> SRR1747264 4 0.0162 0.86731 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747265 3 0.2722 0.59879 0.020 0.000 0.872 0.000 0.108
#> SRR1747266 1 0.5053 0.49744 0.668 0.060 0.004 0.000 0.268
#> SRR1747267 5 0.5188 -0.27236 0.044 0.000 0.416 0.000 0.540
#> SRR1747268 5 0.5578 -0.01889 0.376 0.040 0.000 0.020 0.564
#> SRR1747269 2 0.3648 0.64208 0.092 0.824 0.084 0.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.7555 0.23530 0.088 0.452 0.144 0.000 0.316
#> SRR1747271 2 0.2012 0.66957 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747272 4 0.6510 0.02038 0.296 0.224 0.000 0.480 0.000
#> SRR1747273 3 0.3935 0.58428 0.016 0.028 0.824 0.120 0.012
#> SRR1747274 1 0.6036 0.43214 0.596 0.132 0.004 0.004 0.264
#> SRR1747275 4 0.0290 0.86668 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747276 4 0.0162 0.86731 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747277 3 0.6816 0.37695 0.004 0.240 0.412 0.000 0.344
#> SRR1747278 1 0.8001 0.26307 0.376 0.112 0.000 0.332 0.180
#> SRR1747280 4 0.0566 0.86398 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1747279 4 0.1059 0.85774 0.008 0.000 0.004 0.968 0.020
#> SRR1747281 5 0.4562 0.25363 0.292 0.032 0.000 0.000 0.676
#> SRR1747282 4 0.0162 0.86705 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747283 3 0.7048 0.27145 0.004 0.344 0.408 0.008 0.236
#> SRR1747284 3 0.4830 -0.04072 0.020 0.000 0.492 0.488 0.000
#> SRR1747285 2 0.1557 0.66745 0.052 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747286 2 0.4193 0.45284 0.024 0.720 0.256 0.000 0.000
#> SRR1747287 5 0.4639 0.45970 0.096 0.104 0.024 0.000 0.776
#> SRR1747288 3 0.7758 0.18821 0.272 0.016 0.412 0.268 0.032
#> SRR1747290 2 0.0740 0.67307 0.008 0.980 0.004 0.000 0.008
#> SRR1747289 2 0.0854 0.67275 0.012 0.976 0.004 0.000 0.008
#> SRR1747291 5 0.3409 0.46051 0.112 0.052 0.000 0.000 0.836
#> SRR1747293 5 0.4428 0.24774 0.284 0.020 0.004 0.000 0.692
#> SRR1747294 5 0.5586 -0.02162 0.004 0.396 0.064 0.000 0.536
#> SRR1747292 4 0.0290 0.86668 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747295 2 0.3989 0.45636 0.004 0.728 0.260 0.000 0.008
#> SRR1747296 3 0.6536 0.41611 0.004 0.184 0.480 0.000 0.332
#> SRR1747297 5 0.4522 0.32844 0.248 0.044 0.000 0.000 0.708
#> SRR1747298 5 0.4581 0.39135 0.196 0.072 0.000 0.000 0.732
#> SRR1747299 5 0.6802 -0.12915 0.336 0.296 0.000 0.000 0.368
#> SRR1747300 2 0.5459 0.15343 0.360 0.568 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747301 2 0.4928 0.31153 0.008 0.564 0.016 0.000 0.412
#> SRR1747302 2 0.4096 0.54418 0.200 0.760 0.000 0.000 0.040
#> SRR1747303 5 0.4325 0.33829 0.240 0.036 0.000 0.000 0.724
#> SRR1747304 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.4294 0.45400 0.112 0.092 0.008 0.000 0.788
#> SRR1747306 5 0.6736 0.05864 0.284 0.252 0.004 0.000 0.460
#> SRR1747307 3 0.6760 0.42016 0.360 0.124 0.484 0.032 0.000
#> SRR1747308 2 0.3497 0.59599 0.008 0.840 0.044 0.000 0.108
#> SRR1747309 4 0.2708 0.80757 0.072 0.000 0.000 0.884 0.044
#> SRR1747310 4 0.0290 0.86604 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747311 1 0.3610 0.49332 0.844 0.048 0.000 0.020 0.088
#> SRR1747313 4 0.3051 0.75960 0.060 0.076 0.000 0.864 0.000
#> SRR1747312 4 0.0162 0.86738 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.3300 0.38213 0.204 0.004 0.000 0.000 0.792
#> SRR1747316 5 0.1341 0.45009 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1747318 4 0.6934 0.35098 0.112 0.036 0.020 0.568 0.264
#> SRR1747317 4 0.7267 0.25868 0.220 0.056 0.000 0.508 0.216
#> SRR1747319 3 0.6409 0.52934 0.020 0.116 0.604 0.012 0.248
#> SRR1747320 4 0.0324 0.86709 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1747322 4 0.0290 0.86668 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747321 4 0.2997 0.73743 0.012 0.000 0.000 0.840 0.148
#> SRR1747323 2 0.2989 0.65367 0.060 0.868 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747324 1 0.6068 0.17604 0.452 0.428 0.000 0.000 0.120
#> SRR1747326 5 0.6581 0.06840 0.280 0.252 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747325 5 0.3264 0.45499 0.004 0.140 0.020 0.000 0.836
#> SRR1747327 5 0.1195 0.47378 0.012 0.028 0.000 0.000 0.960
#> SRR1747328 5 0.1357 0.46458 0.048 0.004 0.000 0.000 0.948
#> SRR1747330 5 0.6495 0.06782 0.276 0.008 0.000 0.188 0.528
#> SRR1747329 5 0.1430 0.46040 0.052 0.000 0.000 0.004 0.944
#> SRR1747332 3 0.6113 0.41946 0.356 0.000 0.528 0.108 0.008
#> SRR1747331 1 0.4852 0.43426 0.740 0.008 0.144 0.000 0.108
#> SRR1747333 5 0.4880 0.19304 0.348 0.036 0.000 0.000 0.616
#> SRR1747334 2 0.5601 -0.09078 0.448 0.480 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747335 5 0.4897 0.19274 0.112 0.000 0.156 0.004 0.728
#> SRR1747336 4 0.0992 0.85702 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> SRR1747337 2 0.1918 0.67319 0.036 0.928 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747338 2 0.2850 0.65373 0.092 0.872 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747339 5 0.7006 -0.15591 0.356 0.016 0.000 0.212 0.416
#> SRR1747340 5 0.5168 -0.16738 0.452 0.040 0.000 0.000 0.508
#> SRR1747341 2 0.4297 0.19563 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747342 2 0.4152 0.50017 0.012 0.692 0.000 0.000 0.296
#> SRR1747343 2 0.2953 0.65330 0.012 0.844 0.000 0.000 0.144
#> SRR1747344 2 0.5181 0.50788 0.080 0.652 0.000 0.000 0.268
#> SRR1747345 1 0.4940 0.37410 0.576 0.032 0.000 0.000 0.392
#> SRR1747346 5 0.9376 -0.26329 0.176 0.144 0.132 0.156 0.392
#> SRR1747347 2 0.4898 0.39941 0.004 0.632 0.032 0.000 0.332
#> SRR1747348 4 0.0162 0.86738 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.4141 0.52649 0.024 0.728 0.000 0.000 0.248
#> SRR1747350 5 0.7118 -0.08427 0.372 0.072 0.100 0.000 0.456
#> SRR1747352 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747353 5 0.5458 0.31842 0.236 0.080 0.016 0.000 0.668
#> SRR1747354 3 0.4583 0.42707 0.036 0.004 0.704 0.000 0.256
#> SRR1747355 5 0.5186 0.00164 0.004 0.000 0.052 0.320 0.624
#> SRR1747356 1 0.6595 0.48275 0.620 0.064 0.200 0.004 0.112
#> SRR1747357 1 0.5861 0.45695 0.648 0.024 0.240 0.004 0.084
#> SRR1747358 3 0.1012 0.57834 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.3177 0.77499 0.016 0.004 0.012 0.860 0.108
#> SRR1747360 1 0.5117 0.49282 0.652 0.072 0.000 0.000 0.276
#> SRR1747361 5 0.3639 0.34659 0.024 0.000 0.000 0.184 0.792
#> SRR1747362 5 0.6177 0.02097 0.352 0.128 0.004 0.000 0.516
#> SRR1747363 4 0.7510 -0.16366 0.004 0.064 0.144 0.424 0.364
#> SRR1747364 4 0.1697 0.83411 0.008 0.000 0.060 0.932 0.000
#> SRR1747365 3 0.7182 0.35356 0.012 0.148 0.428 0.024 0.388
#> SRR1747366 2 0.8229 -0.02651 0.260 0.380 0.224 0.000 0.136
#> SRR1747367 4 0.5785 0.23169 0.320 0.112 0.000 0.568 0.000
#> SRR1747369 2 0.1251 0.67101 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747368 3 0.3913 0.56212 0.060 0.020 0.844 0.056 0.020
#> SRR1747370 1 0.5233 0.48737 0.636 0.076 0.000 0.000 0.288
#> SRR1747372 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.86753 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.2012 0.66927 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747374 2 0.6802 -0.31849 0.352 0.356 0.000 0.000 0.292
#> SRR1747375 4 0.0865 0.86079 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1747376 1 0.6569 0.33151 0.464 0.232 0.000 0.000 0.304
#> SRR1747377 2 0.2171 0.67048 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747378 1 0.6413 0.22749 0.432 0.172 0.000 0.000 0.396
#> SRR1747379 5 0.2997 0.43283 0.148 0.012 0.000 0.000 0.840
#> SRR1747380 5 0.9525 -0.28047 0.184 0.156 0.132 0.164 0.364
#> SRR1747381 4 0.3421 0.67234 0.000 0.000 0.204 0.788 0.008
#> SRR1747382 4 0.2074 0.80020 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1747383 5 0.4613 0.22385 0.020 0.360 0.000 0.000 0.620
#> SRR1747384 5 0.7635 -0.11368 0.004 0.280 0.036 0.308 0.372
#> SRR1747385 5 0.5418 0.41513 0.176 0.080 0.000 0.036 0.708
#> SRR1747386 4 0.0162 0.86738 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747387 5 0.5261 0.35767 0.044 0.316 0.012 0.000 0.628
#> SRR1747388 2 0.6193 0.50950 0.116 0.664 0.076 0.000 0.144
#> SRR1747390 3 0.7295 0.38960 0.076 0.116 0.444 0.000 0.364
#> SRR1747389 5 0.8164 0.09504 0.256 0.132 0.216 0.000 0.396
#> SRR1747391 5 0.5290 0.18318 0.300 0.076 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747392 5 0.5639 -0.07274 0.396 0.080 0.000 0.000 0.524
#> SRR1747393 1 0.6071 0.17923 0.524 0.388 0.016 0.004 0.068
#> SRR1747394 1 0.5302 0.17083 0.572 0.020 0.004 0.388 0.016
#> SRR1747395 2 0.6460 0.26855 0.288 0.576 0.000 0.080 0.056
#> SRR1747396 1 0.6519 0.36234 0.456 0.340 0.000 0.000 0.204
#> SRR1747398 2 0.3835 0.51343 0.260 0.732 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747397 4 0.5613 0.17469 0.412 0.064 0.000 0.520 0.004
#> SRR1747399 4 0.0451 0.86512 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1747400 3 0.6100 0.43523 0.308 0.000 0.540 0.152 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 3 0.4983 0.5462 0.032 0.000 0.688 0.020 0.228 0.032
#> SRR1747214 3 0.4037 0.2556 0.000 0.000 0.608 0.380 0.000 0.012
#> SRR1747215 5 0.3587 0.5995 0.000 0.140 0.068 0.000 0.792 0.000
#> SRR1747216 5 0.3897 0.6106 0.020 0.084 0.000 0.000 0.796 0.100
#> SRR1747217 2 0.6721 0.2822 0.000 0.516 0.136 0.228 0.120 0.000
#> SRR1747218 2 0.0870 0.7050 0.004 0.972 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747219 3 0.2294 0.5814 0.072 0.000 0.892 0.000 0.000 0.036
#> SRR1747220 3 0.3609 0.5746 0.100 0.000 0.828 0.040 0.020 0.012
#> SRR1747221 4 0.5161 0.0319 0.036 0.000 0.000 0.520 0.028 0.416
#> SRR1747222 4 0.0260 0.8099 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747223 6 0.5065 0.3340 0.012 0.000 0.012 0.356 0.036 0.584
#> SRR1747224 6 0.3513 0.3323 0.008 0.000 0.020 0.004 0.176 0.792
#> SRR1747225 5 0.6526 0.2398 0.128 0.084 0.000 0.000 0.512 0.276
#> SRR1747226 2 0.1471 0.7067 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1747227 5 0.4077 0.5425 0.000 0.060 0.180 0.000 0.752 0.008
#> SRR1747228 5 0.1109 0.6334 0.000 0.012 0.016 0.004 0.964 0.004
#> SRR1747229 2 0.1410 0.6972 0.000 0.944 0.044 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747230 4 0.0146 0.8112 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.7275 0.0258 0.132 0.000 0.304 0.420 0.136 0.008
#> SRR1747232 4 0.0935 0.8052 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1747233 4 0.0260 0.8110 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3744 0.5006 0.000 0.256 0.724 0.000 0.016 0.004
#> SRR1747235 3 0.5534 0.3545 0.216 0.000 0.592 0.184 0.000 0.008
#> SRR1747236 2 0.0622 0.6991 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747237 5 0.4492 0.5031 0.000 0.080 0.216 0.000 0.700 0.004
#> SRR1747238 2 0.0777 0.7021 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747239 2 0.4636 0.6043 0.000 0.716 0.016 0.000 0.176 0.092
#> SRR1747240 4 0.1471 0.7939 0.064 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1747241 3 0.3847 0.5967 0.028 0.076 0.812 0.000 0.080 0.004
#> SRR1747242 4 0.0291 0.8111 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.6087 0.1927 0.000 0.000 0.136 0.508 0.324 0.032
#> SRR1747244 5 0.4568 0.5506 0.000 0.012 0.012 0.116 0.748 0.112
#> SRR1747245 5 0.3828 0.5326 0.000 0.012 0.160 0.000 0.780 0.048
#> SRR1747246 2 0.5299 0.4787 0.024 0.640 0.000 0.000 0.232 0.104
#> SRR1747247 4 0.0260 0.8102 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747248 4 0.0547 0.8090 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.5036 0.2571 0.000 0.000 0.388 0.552 0.020 0.040
#> SRR1747250 3 0.4941 0.4106 0.020 0.000 0.572 0.000 0.372 0.036
#> SRR1747252 6 0.6597 0.2397 0.216 0.000 0.044 0.280 0.000 0.460
#> SRR1747253 4 0.3920 0.6550 0.148 0.004 0.012 0.784 0.000 0.052
#> SRR1747254 2 0.0820 0.7048 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747255 4 0.0984 0.8027 0.000 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1747256 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 5 0.4018 0.5875 0.000 0.112 0.116 0.000 0.768 0.004
#> SRR1747258 1 0.7262 0.2057 0.412 0.052 0.024 0.000 0.292 0.220
#> SRR1747259 3 0.4674 0.4344 0.004 0.312 0.640 0.000 0.028 0.016
#> SRR1747260 3 0.3802 0.5099 0.000 0.208 0.748 0.000 0.000 0.044
#> SRR1747261 5 0.4992 0.4482 0.000 0.260 0.116 0.000 0.624 0.000
#> SRR1747262 5 0.5400 0.5263 0.076 0.088 0.000 0.000 0.676 0.160
#> SRR1747263 5 0.2703 0.6221 0.000 0.052 0.064 0.000 0.876 0.008
#> SRR1747264 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3233 0.5660 0.132 0.000 0.828 0.000 0.024 0.016
#> SRR1747266 6 0.6836 0.0598 0.248 0.036 0.012 0.000 0.252 0.452
#> SRR1747267 3 0.5884 0.3898 0.040 0.000 0.544 0.000 0.316 0.100
#> SRR1747268 5 0.4732 0.5072 0.040 0.012 0.000 0.032 0.720 0.196
#> SRR1747269 2 0.4379 0.5687 0.000 0.732 0.124 0.000 0.004 0.140
#> SRR1747270 2 0.7380 0.2404 0.176 0.420 0.148 0.000 0.252 0.004
#> SRR1747271 2 0.1007 0.7092 0.004 0.968 0.004 0.000 0.016 0.008
#> SRR1747272 4 0.6637 0.0279 0.064 0.352 0.000 0.460 0.008 0.116
#> SRR1747273 3 0.4432 0.4844 0.192 0.000 0.720 0.080 0.000 0.008
#> SRR1747274 1 0.6901 0.1475 0.428 0.096 0.000 0.000 0.328 0.148
#> SRR1747275 4 0.0146 0.8111 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0603 0.8055 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1747277 3 0.2817 0.6119 0.004 0.040 0.872 0.000 0.076 0.008
#> SRR1747278 4 0.7628 -0.2911 0.044 0.068 0.000 0.356 0.348 0.184
#> SRR1747280 4 0.1642 0.7950 0.032 0.000 0.028 0.936 0.000 0.004
#> SRR1747279 4 0.0858 0.8011 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1747281 5 0.3240 0.5818 0.028 0.008 0.000 0.000 0.820 0.144
#> SRR1747282 4 0.0458 0.8099 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.6434 0.2494 0.068 0.340 0.476 0.000 0.116 0.000
#> SRR1747284 4 0.5026 0.4937 0.252 0.000 0.124 0.624 0.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0551 0.7031 0.004 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747286 2 0.3950 0.4341 0.004 0.708 0.264 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747287 5 0.1552 0.6447 0.000 0.036 0.004 0.000 0.940 0.020
#> SRR1747288 3 0.8254 0.0687 0.176 0.008 0.360 0.272 0.044 0.140
#> SRR1747290 2 0.1225 0.7088 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747289 2 0.0665 0.7038 0.004 0.980 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747291 5 0.4720 0.5942 0.000 0.064 0.100 0.000 0.744 0.092
#> SRR1747293 5 0.5212 0.2430 0.020 0.000 0.060 0.000 0.572 0.348
#> SRR1747294 5 0.6144 0.2768 0.000 0.268 0.240 0.000 0.480 0.012
#> SRR1747292 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.4677 0.1768 0.004 0.580 0.380 0.000 0.004 0.032
#> SRR1747296 3 0.4143 0.5979 0.008 0.044 0.788 0.000 0.124 0.036
#> SRR1747297 5 0.2682 0.6216 0.020 0.020 0.000 0.000 0.876 0.084
#> SRR1747298 5 0.2287 0.6434 0.012 0.048 0.000 0.000 0.904 0.036
#> SRR1747299 5 0.5783 0.4813 0.044 0.220 0.000 0.000 0.608 0.128
#> SRR1747300 2 0.5658 0.4655 0.056 0.644 0.000 0.000 0.156 0.144
#> SRR1747301 2 0.5329 0.4625 0.004 0.620 0.140 0.000 0.232 0.004
#> SRR1747302 2 0.2051 0.6974 0.008 0.916 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1747303 5 0.2449 0.6305 0.012 0.020 0.000 0.000 0.888 0.080
#> SRR1747304 4 0.0458 0.8099 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.1837 0.6452 0.004 0.044 0.004 0.000 0.928 0.020
#> SRR1747306 5 0.4868 0.5570 0.020 0.184 0.000 0.000 0.696 0.100
#> SRR1747307 1 0.6789 0.1686 0.544 0.084 0.192 0.008 0.004 0.168
#> SRR1747308 2 0.4383 0.5339 0.004 0.708 0.240 0.000 0.016 0.032
#> SRR1747309 4 0.4376 0.3176 0.000 0.000 0.012 0.592 0.012 0.384
#> SRR1747310 4 0.1577 0.7994 0.036 0.000 0.016 0.940 0.000 0.008
#> SRR1747311 6 0.2843 0.2685 0.104 0.004 0.000 0.004 0.028 0.860
#> SRR1747313 4 0.4426 0.4331 0.000 0.052 0.000 0.652 0.000 0.296
#> SRR1747312 4 0.0146 0.8112 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0146 0.8112 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.2572 0.6084 0.000 0.000 0.012 0.000 0.852 0.136
#> SRR1747316 5 0.2912 0.5352 0.000 0.000 0.172 0.000 0.816 0.012
#> SRR1747318 6 0.6574 0.2718 0.008 0.000 0.168 0.172 0.088 0.564
#> SRR1747317 6 0.5381 0.2722 0.020 0.004 0.072 0.156 0.044 0.704
#> SRR1747319 3 0.4389 0.6017 0.060 0.032 0.788 0.000 0.092 0.028
#> SRR1747320 4 0.0260 0.8113 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1747322 4 0.0146 0.8105 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747321 4 0.3181 0.6808 0.000 0.000 0.144 0.824 0.020 0.012
#> SRR1747323 2 0.1327 0.7068 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1747324 2 0.6122 0.4335 0.108 0.608 0.000 0.000 0.136 0.148
#> SRR1747326 5 0.5417 0.4961 0.024 0.232 0.000 0.000 0.628 0.116
#> SRR1747325 5 0.4614 0.5443 0.000 0.120 0.148 0.000 0.720 0.012
#> SRR1747327 5 0.1882 0.6163 0.000 0.008 0.060 0.000 0.920 0.012
#> SRR1747328 5 0.1630 0.6220 0.020 0.000 0.024 0.000 0.940 0.016
#> SRR1747330 5 0.6180 -0.0317 0.004 0.000 0.008 0.276 0.480 0.232
#> SRR1747329 5 0.5223 0.3568 0.000 0.000 0.152 0.004 0.624 0.220
#> SRR1747332 1 0.2901 0.3808 0.868 0.000 0.080 0.036 0.004 0.012
#> SRR1747331 1 0.3531 0.4222 0.820 0.008 0.004 0.000 0.108 0.060
#> SRR1747333 6 0.5101 0.2131 0.004 0.036 0.020 0.000 0.384 0.556
#> SRR1747334 2 0.5685 0.3749 0.064 0.592 0.000 0.000 0.064 0.280
#> SRR1747335 5 0.5842 0.2708 0.248 0.004 0.160 0.000 0.572 0.016
#> SRR1747336 4 0.1285 0.7971 0.052 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1747337 2 0.0891 0.7087 0.008 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1747338 2 0.1511 0.7042 0.012 0.940 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1747339 6 0.5893 0.3481 0.000 0.000 0.024 0.312 0.132 0.532
#> SRR1747340 6 0.4670 0.1664 0.036 0.004 0.000 0.000 0.412 0.548
#> SRR1747341 5 0.4319 0.2321 0.000 0.400 0.024 0.000 0.576 0.000
#> SRR1747342 2 0.3966 0.1572 0.000 0.552 0.004 0.000 0.444 0.000
#> SRR1747343 2 0.2039 0.6978 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747344 2 0.4323 0.5997 0.000 0.724 0.048 0.000 0.212 0.016
#> SRR1747345 6 0.5203 0.2277 0.096 0.004 0.000 0.000 0.328 0.572
#> SRR1747346 6 0.7224 -0.0877 0.012 0.072 0.308 0.024 0.112 0.472
#> SRR1747347 2 0.5164 0.4675 0.004 0.652 0.176 0.000 0.164 0.004
#> SRR1747348 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0508 0.8104 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1747351 5 0.4226 0.0580 0.008 0.484 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1747350 5 0.5085 0.5136 0.048 0.048 0.012 0.000 0.700 0.192
#> SRR1747352 4 0.0820 0.8079 0.012 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1747353 5 0.2958 0.6301 0.004 0.024 0.020 0.000 0.864 0.088
#> SRR1747354 3 0.6629 0.2433 0.316 0.000 0.436 0.000 0.204 0.044
#> SRR1747355 5 0.5649 0.1585 0.004 0.000 0.128 0.304 0.556 0.008
#> SRR1747356 1 0.7661 0.2241 0.432 0.044 0.088 0.000 0.184 0.252
#> SRR1747357 6 0.6940 -0.1115 0.388 0.016 0.120 0.000 0.072 0.404
#> SRR1747358 3 0.2655 0.5506 0.140 0.004 0.848 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747359 4 0.4737 0.5794 0.000 0.000 0.152 0.712 0.016 0.120
#> SRR1747360 6 0.5557 0.2009 0.172 0.028 0.008 0.000 0.140 0.652
#> SRR1747361 5 0.3531 0.5295 0.004 0.000 0.028 0.140 0.812 0.016
#> SRR1747362 5 0.4828 0.5424 0.036 0.072 0.000 0.000 0.708 0.184
#> SRR1747363 4 0.6729 -0.0444 0.008 0.024 0.328 0.428 0.208 0.004
#> SRR1747364 4 0.2541 0.7664 0.080 0.004 0.028 0.884 0.000 0.004
#> SRR1747365 3 0.5598 0.5405 0.036 0.052 0.660 0.004 0.220 0.028
#> SRR1747366 5 0.7776 0.2248 0.096 0.228 0.116 0.000 0.464 0.096
#> SRR1747367 4 0.5874 0.3940 0.072 0.068 0.004 0.660 0.020 0.176
#> SRR1747369 2 0.0665 0.7035 0.004 0.980 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747368 3 0.6184 0.3971 0.256 0.012 0.596 0.028 0.024 0.084
#> SRR1747370 6 0.6499 0.0846 0.228 0.048 0.000 0.000 0.224 0.500
#> SRR1747372 4 0.0146 0.8112 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.1333 0.7065 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747374 2 0.6112 -0.0675 0.028 0.440 0.000 0.000 0.400 0.132
#> SRR1747375 4 0.3373 0.5818 0.000 0.000 0.008 0.744 0.000 0.248
#> SRR1747376 5 0.7121 0.1166 0.100 0.336 0.000 0.000 0.380 0.184
#> SRR1747377 2 0.0767 0.7061 0.000 0.976 0.008 0.000 0.012 0.004
#> SRR1747378 5 0.6822 0.2561 0.076 0.220 0.000 0.000 0.472 0.232
#> SRR1747379 5 0.1636 0.6331 0.000 0.004 0.024 0.000 0.936 0.036
#> SRR1747380 6 0.7377 -0.0583 0.020 0.076 0.296 0.032 0.096 0.480
#> SRR1747381 4 0.3979 0.2063 0.004 0.000 0.456 0.540 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.4138 0.3952 0.004 0.000 0.368 0.616 0.000 0.012
#> SRR1747383 5 0.4264 0.3898 0.000 0.332 0.032 0.000 0.636 0.000
#> SRR1747384 2 0.8159 -0.0672 0.036 0.308 0.180 0.292 0.184 0.000
#> SRR1747385 5 0.3559 0.6421 0.000 0.056 0.008 0.044 0.840 0.052
#> SRR1747386 4 0.0000 0.8110 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 5 0.3081 0.6266 0.000 0.152 0.012 0.000 0.824 0.012
#> SRR1747388 2 0.7404 0.2117 0.032 0.484 0.124 0.000 0.224 0.136
#> SRR1747390 3 0.7173 0.4174 0.160 0.072 0.480 0.000 0.260 0.028
#> SRR1747389 5 0.6990 0.3949 0.064 0.060 0.156 0.000 0.560 0.160
#> SRR1747391 5 0.4268 0.5660 0.032 0.044 0.000 0.000 0.752 0.172
#> SRR1747392 5 0.5192 0.4796 0.052 0.064 0.000 0.000 0.668 0.216
#> SRR1747393 2 0.6732 0.1868 0.308 0.468 0.000 0.000 0.096 0.128
#> SRR1747394 6 0.5176 0.3376 0.088 0.000 0.004 0.280 0.008 0.620
#> SRR1747395 2 0.5209 0.3502 0.000 0.572 0.004 0.048 0.020 0.356
#> SRR1747396 2 0.6638 0.1420 0.068 0.444 0.000 0.000 0.144 0.344
#> SRR1747398 2 0.2510 0.6565 0.028 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1747397 6 0.5487 0.1571 0.036 0.040 0.000 0.432 0.004 0.488
#> SRR1747399 4 0.1082 0.8028 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.2625 0.3753 0.872 0.000 0.072 0.056 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.584 0.841 0.919 0.4255 0.544 0.544
#> 3 3 0.529 0.587 0.833 0.3564 0.762 0.598
#> 4 4 0.601 0.666 0.836 0.2407 0.772 0.492
#> 5 5 0.662 0.679 0.798 0.0498 0.944 0.805
#> 6 6 0.686 0.655 0.738 0.0382 0.929 0.726
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.9286 0.620 0.656 0.344
#> SRR1747214 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.5178 0.852 0.116 0.884
#> SRR1747218 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> SRR1747219 2 0.7528 0.725 0.216 0.784
#> SRR1747220 1 0.4815 0.821 0.896 0.104
#> SRR1747221 1 0.8443 0.711 0.728 0.272
#> SRR1747222 1 0.3879 0.833 0.924 0.076
#> SRR1747223 1 0.8443 0.711 0.728 0.272
#> SRR1747224 2 0.8327 0.636 0.264 0.736
#> SRR1747225 2 0.1414 0.928 0.020 0.980
#> SRR1747226 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0938 0.933 0.012 0.988
#> SRR1747229 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.9286 0.620 0.656 0.344
#> SRR1747232 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.1843 0.842 0.972 0.028
#> SRR1747234 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747235 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0672 0.934 0.008 0.992
#> SRR1747242 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.9170 0.641 0.668 0.332
#> SRR1747244 2 0.2423 0.917 0.040 0.960
#> SRR1747245 2 0.0672 0.934 0.008 0.992
#> SRR1747246 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.1414 0.842 0.980 0.020
#> SRR1747250 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747252 1 0.8661 0.697 0.712 0.288
#> SRR1747253 1 0.4431 0.827 0.908 0.092
#> SRR1747254 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.4431 0.827 0.908 0.092
#> SRR1747256 1 0.3114 0.840 0.944 0.056
#> SRR1747257 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR1747259 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747261 2 0.0672 0.935 0.008 0.992
#> SRR1747262 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747266 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR1747267 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747268 2 0.9775 0.182 0.412 0.588
#> SRR1747269 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.9686 0.514 0.604 0.396
#> SRR1747273 1 0.3274 0.839 0.940 0.060
#> SRR1747274 2 0.1414 0.928 0.020 0.980
#> SRR1747275 1 0.2948 0.841 0.948 0.052
#> SRR1747276 1 0.2948 0.841 0.948 0.052
#> SRR1747277 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.5059 0.858 0.112 0.888
#> SRR1747280 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.1843 0.842 0.972 0.028
#> SRR1747281 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.2948 0.841 0.948 0.052
#> SRR1747283 2 0.6887 0.774 0.184 0.816
#> SRR1747284 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.7528 0.725 0.216 0.784
#> SRR1747286 2 0.1633 0.926 0.024 0.976
#> SRR1747287 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.9087 0.653 0.676 0.324
#> SRR1747290 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.2778 0.911 0.048 0.952
#> SRR1747294 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.1843 0.842 0.972 0.028
#> SRR1747295 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.8267 0.645 0.260 0.740
#> SRR1747308 2 0.0672 0.935 0.008 0.992
#> SRR1747309 1 0.8443 0.711 0.728 0.272
#> SRR1747310 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.9044 0.659 0.680 0.320
#> SRR1747313 1 0.9427 0.590 0.640 0.360
#> SRR1747312 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.8661 0.585 0.288 0.712
#> SRR1747317 2 0.8661 0.585 0.288 0.712
#> SRR1747319 2 0.8267 0.645 0.260 0.740
#> SRR1747320 1 0.2043 0.842 0.968 0.032
#> SRR1747322 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0376 0.840 0.996 0.004
#> SRR1747323 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.2043 0.922 0.032 0.968
#> SRR1747330 1 0.9393 0.598 0.644 0.356
#> SRR1747329 2 0.0938 0.933 0.012 0.988
#> SRR1747332 1 0.9000 0.664 0.684 0.316
#> SRR1747331 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0938 0.933 0.012 0.988
#> SRR1747334 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.7056 0.763 0.192 0.808
#> SRR1747336 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.8555 0.602 0.280 0.720
#> SRR1747340 2 0.2236 0.919 0.036 0.964
#> SRR1747341 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.9248 0.628 0.660 0.340
#> SRR1747346 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747347 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.1843 0.842 0.972 0.028
#> SRR1747351 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747355 1 0.9491 0.573 0.632 0.368
#> SRR1747356 2 0.5408 0.844 0.124 0.876
#> SRR1747357 2 0.5519 0.841 0.128 0.872
#> SRR1747358 2 0.5294 0.848 0.120 0.880
#> SRR1747359 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 1.0000 0.190 0.504 0.496
#> SRR1747362 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1747364 1 0.8713 0.693 0.708 0.292
#> SRR1747365 2 0.7056 0.763 0.192 0.808
#> SRR1747366 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.9323 0.613 0.652 0.348
#> SRR1747369 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747370 2 0.2236 0.919 0.036 0.964
#> SRR1747372 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.8813 0.684 0.700 0.300
#> SRR1747373 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.9044 0.659 0.680 0.320
#> SRR1747376 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0938 0.933 0.012 0.988
#> SRR1747380 2 0.6712 0.785 0.176 0.824
#> SRR1747381 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.2948 0.841 0.948 0.052
#> SRR1747383 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.7219 0.751 0.200 0.800
#> SRR1747385 2 0.2778 0.911 0.048 0.952
#> SRR1747386 1 0.0000 0.839 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.5408 0.844 0.124 0.876
#> SRR1747394 1 0.8955 0.669 0.688 0.312
#> SRR1747395 1 0.9977 0.291 0.528 0.472
#> SRR1747396 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.937 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.9044 0.659 0.680 0.320
#> SRR1747399 1 0.2948 0.841 0.948 0.052
#> SRR1747400 1 0.8713 0.693 0.708 0.292
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.0237 0.5331 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747214 1 0.1964 0.8706 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 2 0.6252 0.2591 0.000 0.556 0.444
#> SRR1747218 2 0.5397 0.6428 0.000 0.720 0.280
#> SRR1747219 3 0.6235 0.1497 0.000 0.436 0.564
#> SRR1747220 3 0.6168 -0.1831 0.412 0.000 0.588
#> SRR1747221 3 0.3192 0.4447 0.112 0.000 0.888
#> SRR1747222 3 0.6260 -0.2773 0.448 0.000 0.552
#> SRR1747223 3 0.3192 0.4447 0.112 0.000 0.888
#> SRR1747224 3 0.6079 0.2664 0.000 0.388 0.612
#> SRR1747225 2 0.5706 0.5759 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.5529 0.6171 0.000 0.704 0.296
#> SRR1747229 2 0.1529 0.8352 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.0237 0.5331 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747232 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.6180 0.5255 0.584 0.000 0.416
#> SRR1747234 3 0.6302 0.0128 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747235 1 0.1411 0.8758 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747236 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.3412 0.8001 0.000 0.876 0.124
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.5138 0.6793 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.1031 0.5256 0.024 0.000 0.976
#> SRR1747244 2 0.5926 0.5070 0.000 0.644 0.356
#> SRR1747245 2 0.4796 0.7169 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747246 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.6062 0.5728 0.616 0.000 0.384
#> SRR1747250 3 0.6302 0.0128 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747252 3 0.2356 0.4867 0.072 0.000 0.928
#> SRR1747253 3 0.6215 -0.2247 0.428 0.000 0.572
#> SRR1747254 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 3 0.6215 -0.2258 0.428 0.000 0.572
#> SRR1747256 3 0.6295 -0.3386 0.472 0.000 0.528
#> SRR1747257 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 2 0.5760 0.5621 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747259 2 0.0237 0.8451 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747260 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747261 2 0.5327 0.6529 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747262 2 0.2165 0.8294 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747263 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747266 2 0.5760 0.5621 0.000 0.672 0.328
#> SRR1747267 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747268 3 0.5016 0.4888 0.000 0.240 0.760
#> SRR1747269 2 0.3941 0.7772 0.000 0.844 0.156
#> SRR1747270 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.4002 0.7751 0.000 0.840 0.160
#> SRR1747272 3 0.2096 0.5469 0.004 0.052 0.944
#> SRR1747273 3 0.6291 -0.3275 0.468 0.000 0.532
#> SRR1747274 2 0.5650 0.5904 0.000 0.688 0.312
#> SRR1747275 3 0.6302 -0.3489 0.480 0.000 0.520
#> SRR1747276 3 0.6302 -0.3489 0.480 0.000 0.520
#> SRR1747277 2 0.0237 0.8451 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747278 2 0.6267 0.2430 0.000 0.548 0.452
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.6180 0.5255 0.584 0.000 0.416
#> SRR1747281 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 3 0.6299 -0.3424 0.476 0.000 0.524
#> SRR1747283 3 0.6305 -0.0228 0.000 0.484 0.516
#> SRR1747284 1 0.2959 0.8479 0.900 0.000 0.100
#> SRR1747285 3 0.6235 0.1506 0.000 0.436 0.564
#> SRR1747286 2 0.5497 0.6223 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747287 2 0.0237 0.8451 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747288 3 0.1031 0.5241 0.024 0.000 0.976
#> SRR1747290 2 0.2537 0.8227 0.000 0.920 0.080
#> SRR1747289 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.4555 0.7372 0.000 0.800 0.200
#> SRR1747293 2 0.5988 0.4795 0.000 0.632 0.368
#> SRR1747294 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.6204 0.5123 0.576 0.000 0.424
#> SRR1747295 2 0.2625 0.8209 0.000 0.916 0.084
#> SRR1747296 2 0.1411 0.8391 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747297 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747301 2 0.0747 0.8434 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0237 0.8451 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.6095 0.2560 0.000 0.392 0.608
#> SRR1747308 2 0.5291 0.6581 0.000 0.732 0.268
#> SRR1747309 3 0.3192 0.4447 0.112 0.000 0.888
#> SRR1747310 1 0.1860 0.8714 0.948 0.000 0.052
#> SRR1747311 3 0.1163 0.5196 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747313 3 0.0592 0.5398 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4654 0.7283 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747316 2 0.4654 0.7283 0.000 0.792 0.208
#> SRR1747318 3 0.5968 0.3106 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747317 3 0.5968 0.3106 0.000 0.364 0.636
#> SRR1747319 3 0.6095 0.2560 0.000 0.392 0.608
#> SRR1747320 1 0.6260 0.4727 0.552 0.000 0.448
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4346 0.7873 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747323 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.2796 0.8171 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747326 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.5810 0.5457 0.000 0.664 0.336
#> SRR1747330 3 0.0424 0.5383 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747329 2 0.5363 0.6467 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747332 3 0.1289 0.5181 0.032 0.000 0.968
#> SRR1747331 2 0.3941 0.7772 0.000 0.844 0.156
#> SRR1747333 2 0.5497 0.6236 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747334 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747335 3 0.6295 0.0248 0.000 0.472 0.528
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.6008 0.2969 0.000 0.372 0.628
#> SRR1747340 2 0.5882 0.5229 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.2796 0.8171 0.000 0.908 0.092
#> SRR1747345 3 0.0829 0.5314 0.012 0.004 0.984
#> SRR1747346 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.6180 0.5255 0.584 0.000 0.416
#> SRR1747351 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.2165 0.8294 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747352 1 0.1964 0.8706 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747353 2 0.3116 0.8090 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747354 3 0.6302 0.0128 0.000 0.480 0.520
#> SRR1747355 3 0.1267 0.5434 0.004 0.024 0.972
#> SRR1747356 2 0.6274 0.2202 0.000 0.544 0.456
#> SRR1747357 2 0.6286 0.1951 0.000 0.536 0.464
#> SRR1747358 2 0.6274 0.2218 0.000 0.544 0.456
#> SRR1747359 1 0.4121 0.8006 0.832 0.000 0.168
#> SRR1747360 2 0.2165 0.8294 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747361 3 0.3816 0.5619 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747362 2 0.2165 0.8294 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747363 3 0.6267 0.0909 0.000 0.452 0.548
#> SRR1747364 3 0.2165 0.4933 0.064 0.000 0.936
#> SRR1747365 3 0.6299 0.0087 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747366 2 0.2165 0.8294 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747367 3 0.0848 0.5369 0.008 0.008 0.984
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747370 2 0.5905 0.5133 0.000 0.648 0.352
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 3 0.1964 0.5021 0.056 0.000 0.944
#> SRR1747373 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.1163 0.5220 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747376 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.3752 0.7864 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747379 2 0.5529 0.6171 0.000 0.704 0.296
#> SRR1747380 3 0.6299 0.0278 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747381 1 0.1964 0.8706 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747382 3 0.6308 -0.3681 0.492 0.000 0.508
#> SRR1747383 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.6280 0.0677 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747385 2 0.6008 0.4697 0.000 0.628 0.372
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8828 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.8451 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747390 2 0.3816 0.7833 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747389 2 0.3816 0.7833 0.000 0.852 0.148
#> SRR1747391 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747392 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747393 2 0.6267 0.2341 0.000 0.548 0.452
#> SRR1747394 3 0.1529 0.5140 0.040 0.000 0.960
#> SRR1747395 3 0.3412 0.5578 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747396 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747398 2 0.0237 0.8453 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747397 3 0.1163 0.5220 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747399 3 0.6307 -0.3616 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747400 3 0.2165 0.4933 0.064 0.000 0.936
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.3074 0.7006 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1747214 1 0.2011 0.8241 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.3266 0.7652 0.000 0.024 0.868 0.108
#> SRR1747218 3 0.3529 0.7180 0.000 0.152 0.836 0.012
#> SRR1747219 3 0.3801 0.6943 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747220 4 0.4889 0.3551 0.360 0.000 0.004 0.636
#> SRR1747221 4 0.2300 0.6990 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR1747222 4 0.5016 0.2867 0.396 0.000 0.004 0.600
#> SRR1747223 4 0.2300 0.6990 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR1747224 3 0.4304 0.6205 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1747225 3 0.2271 0.7682 0.000 0.076 0.916 0.008
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.2654 0.7496 0.000 0.108 0.888 0.004
#> SRR1747229 2 0.4454 0.6076 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3074 0.7006 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1747232 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.4989 0.1047 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747234 3 0.3356 0.7318 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747235 1 0.1637 0.8332 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1747236 2 0.3219 0.7878 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 3 0.4972 0.0204 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.3726 0.6660 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.2654 0.7160 0.004 0.000 0.108 0.888
#> SRR1747244 3 0.2089 0.7752 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1747245 3 0.4164 0.5922 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1747246 2 0.0921 0.8504 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.4925 0.2261 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1747250 3 0.3356 0.7318 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747252 4 0.2131 0.7194 0.036 0.000 0.032 0.932
#> SRR1747253 4 0.4950 0.3259 0.376 0.000 0.004 0.620
#> SRR1747254 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.4936 0.3327 0.372 0.000 0.004 0.624
#> SRR1747256 4 0.5080 0.2271 0.420 0.000 0.004 0.576
#> SRR1747257 2 0.0817 0.8507 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1747258 3 0.2179 0.7737 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1747259 2 0.3400 0.7721 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747260 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747261 3 0.2944 0.7352 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1747262 2 0.4925 0.3603 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747266 3 0.2179 0.7737 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1747267 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747268 3 0.4998 0.1066 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1747269 3 0.4564 0.4152 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1747270 2 0.1792 0.8414 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1747271 3 0.4697 0.3558 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1747272 4 0.3975 0.6114 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1747273 4 0.5070 0.2348 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1747274 3 0.2412 0.7652 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR1747275 4 0.4907 0.2244 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1747276 4 0.4907 0.2244 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1747277 2 0.3400 0.7721 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747278 3 0.2714 0.7587 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1747280 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4989 0.1047 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747281 2 0.1637 0.8435 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1747282 4 0.4898 0.2347 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1747283 3 0.3725 0.7240 0.000 0.008 0.812 0.180
#> SRR1747284 1 0.2760 0.7857 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747285 3 0.3907 0.6823 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747286 3 0.2081 0.7621 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1747287 2 0.1389 0.8465 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1747288 4 0.1792 0.7269 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1747290 2 0.4992 0.2278 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1747289 2 0.0469 0.8517 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747291 3 0.3907 0.6119 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1747293 3 0.2670 0.7772 0.000 0.052 0.908 0.040
#> SRR1747294 2 0.2081 0.8343 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1747292 1 0.4994 0.0820 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1747295 2 0.4994 0.2102 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747296 2 0.4382 0.6162 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.1302 0.8476 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1747299 2 0.0921 0.8501 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1747300 2 0.2973 0.8008 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747301 2 0.3172 0.7872 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.2011 0.8368 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.4250 0.6409 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747308 3 0.2999 0.7319 0.000 0.132 0.864 0.004
#> SRR1747309 4 0.2300 0.6990 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR1747310 1 0.1940 0.8255 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747311 4 0.1211 0.7239 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747313 4 0.3123 0.6951 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.4008 0.5984 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747316 3 0.4008 0.5984 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747318 3 0.4522 0.5762 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747317 3 0.4522 0.5762 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1747319 3 0.4250 0.6409 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1747320 4 0.5000 -0.0533 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.3801 0.6816 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1747323 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.4994 0.2104 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747326 2 0.2530 0.8213 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.2060 0.7741 0.000 0.052 0.932 0.016
#> SRR1747330 4 0.3024 0.7023 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747329 3 0.3052 0.7288 0.000 0.136 0.860 0.004
#> SRR1747332 4 0.1118 0.7239 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1747331 3 0.4564 0.4152 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1747333 3 0.2773 0.7448 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1747334 2 0.3444 0.7697 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747335 3 0.3710 0.7146 0.000 0.004 0.804 0.192
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.4454 0.5887 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1747340 3 0.2797 0.7779 0.000 0.068 0.900 0.032
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.4994 0.2104 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747345 4 0.1792 0.7261 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1747346 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4989 0.1047 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1747351 2 0.0469 0.8514 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747350 2 0.4916 0.3688 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1747352 1 0.2011 0.8241 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747353 2 0.4994 0.2013 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1747354 3 0.3356 0.7318 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1747355 4 0.3356 0.6708 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1747356 3 0.3384 0.7638 0.000 0.024 0.860 0.116
#> SRR1747357 3 0.3497 0.7619 0.000 0.024 0.852 0.124
#> SRR1747358 3 0.3384 0.7639 0.000 0.024 0.860 0.116
#> SRR1747359 1 0.3528 0.7082 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1747360 2 0.4916 0.3688 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1747361 4 0.4855 0.2276 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1747362 2 0.4948 0.3274 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1747363 3 0.4018 0.6840 0.000 0.004 0.772 0.224
#> SRR1747364 4 0.1936 0.7215 0.028 0.000 0.032 0.940
#> SRR1747365 3 0.3668 0.7164 0.000 0.004 0.808 0.188
#> SRR1747366 2 0.4941 0.3414 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1747367 4 0.2704 0.7113 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747370 3 0.1798 0.7717 0.000 0.040 0.944 0.016
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.2060 0.7289 0.016 0.000 0.052 0.932
#> SRR1747373 2 0.0188 0.8516 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.1716 0.7276 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1747376 2 0.2469 0.8208 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 3 0.4830 0.2464 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1747379 3 0.2654 0.7496 0.000 0.108 0.888 0.004
#> SRR1747380 3 0.3400 0.7295 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1747381 1 0.2011 0.8241 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1747382 4 0.4933 0.1930 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1747383 2 0.1474 0.8456 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1747384 3 0.3831 0.7094 0.000 0.004 0.792 0.204
#> SRR1747385 3 0.2759 0.7772 0.000 0.052 0.904 0.044
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8529 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.8516 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.3444 0.7697 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747390 3 0.4855 0.2326 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1747389 3 0.4855 0.2326 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1747391 2 0.3356 0.7778 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747392 2 0.3356 0.7778 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747393 3 0.3325 0.7644 0.000 0.024 0.864 0.112
#> SRR1747394 4 0.1743 0.7280 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR1747395 4 0.4605 0.4300 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1747396 2 0.3444 0.7697 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747398 2 0.3444 0.7697 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747397 4 0.1716 0.7276 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1747399 4 0.4925 0.2041 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1747400 4 0.1936 0.7215 0.028 0.000 0.032 0.940
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 5 0.2511 0.7625 0.000 0.000 0.080 0.028 0.892
#> SRR1747214 4 0.4294 0.2726 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.3081 0.6978 0.000 0.000 0.832 0.012 0.156
#> SRR1747218 3 0.3301 0.6976 0.000 0.088 0.856 0.048 0.008
#> SRR1747219 3 0.4109 0.6145 0.000 0.000 0.700 0.012 0.288
#> SRR1747220 4 0.4444 0.5527 0.012 0.000 0.000 0.624 0.364
#> SRR1747221 5 0.3837 0.5111 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1747222 4 0.4473 0.6130 0.020 0.000 0.000 0.656 0.324
#> SRR1747223 5 0.3837 0.5111 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1747224 3 0.4313 0.5238 0.000 0.000 0.636 0.008 0.356
#> SRR1747225 3 0.1799 0.7197 0.000 0.020 0.940 0.028 0.012
#> SRR1747226 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0162 0.8498 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.1992 0.7116 0.000 0.044 0.924 0.032 0.000
#> SRR1747229 2 0.4972 0.5348 0.000 0.620 0.336 0.044 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 5 0.2511 0.7625 0.000 0.000 0.080 0.028 0.892
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.4832 0.7064 0.088 0.000 0.000 0.712 0.200
#> SRR1747234 3 0.3835 0.6607 0.000 0.000 0.744 0.012 0.244
#> SRR1747235 4 0.4306 0.2182 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1747236 2 0.4127 0.7775 0.000 0.784 0.136 0.080 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 3 0.5766 0.0293 0.000 0.392 0.516 0.092 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.3544 0.6754 0.000 0.164 0.812 0.016 0.008
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 5 0.2654 0.7614 0.000 0.000 0.048 0.064 0.888
#> SRR1747244 3 0.1787 0.7260 0.000 0.016 0.940 0.012 0.032
#> SRR1747245 3 0.4004 0.6159 0.000 0.216 0.760 0.016 0.008
#> SRR1747246 2 0.1668 0.8468 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1747247 1 0.0510 0.9791 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.5144 0.6997 0.132 0.000 0.000 0.692 0.176
#> SRR1747250 3 0.3835 0.6607 0.000 0.000 0.744 0.012 0.244
#> SRR1747252 5 0.3242 0.6684 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1747253 4 0.4387 0.5803 0.012 0.000 0.000 0.640 0.348
#> SRR1747254 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.4402 0.5756 0.012 0.000 0.000 0.636 0.352
#> SRR1747256 4 0.4360 0.6403 0.020 0.000 0.000 0.680 0.300
#> SRR1747257 2 0.0992 0.8500 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1747258 3 0.1893 0.7229 0.000 0.012 0.936 0.024 0.028
#> SRR1747259 2 0.4136 0.7447 0.000 0.764 0.188 0.048 0.000
#> SRR1747260 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747261 3 0.2597 0.7090 0.000 0.060 0.896 0.040 0.004
#> SRR1747262 2 0.5821 0.3283 0.000 0.504 0.400 0.096 0.000
#> SRR1747263 2 0.0162 0.8498 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747266 3 0.1893 0.7229 0.000 0.012 0.936 0.024 0.028
#> SRR1747267 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747268 5 0.4390 0.0736 0.000 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1747269 3 0.5263 0.4368 0.000 0.240 0.660 0.100 0.000
#> SRR1747270 2 0.2110 0.8381 0.000 0.912 0.072 0.016 0.000
#> SRR1747271 3 0.5554 0.3503 0.000 0.292 0.616 0.088 0.004
#> SRR1747272 5 0.3368 0.7022 0.000 0.000 0.156 0.024 0.820
#> SRR1747273 4 0.4380 0.6376 0.020 0.000 0.000 0.676 0.304
#> SRR1747274 3 0.1978 0.7192 0.000 0.024 0.932 0.032 0.012
#> SRR1747275 4 0.4863 0.6478 0.048 0.000 0.000 0.656 0.296
#> SRR1747276 4 0.4863 0.6478 0.048 0.000 0.000 0.656 0.296
#> SRR1747277 2 0.4136 0.7447 0.000 0.764 0.188 0.048 0.000
#> SRR1747278 3 0.3123 0.7029 0.000 0.000 0.828 0.012 0.160
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.4832 0.7064 0.088 0.000 0.000 0.712 0.200
#> SRR1747281 2 0.2304 0.8397 0.000 0.908 0.048 0.044 0.000
#> SRR1747282 4 0.4883 0.6442 0.048 0.000 0.000 0.652 0.300
#> SRR1747283 3 0.4014 0.6414 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256
#> SRR1747284 4 0.4872 0.3568 0.436 0.000 0.000 0.540 0.024
#> SRR1747285 3 0.4025 0.6091 0.000 0.000 0.700 0.008 0.292
#> SRR1747286 3 0.2349 0.7084 0.000 0.012 0.900 0.084 0.004
#> SRR1747287 2 0.1965 0.8425 0.000 0.924 0.052 0.024 0.000
#> SRR1747288 5 0.2110 0.7675 0.000 0.000 0.016 0.072 0.912
#> SRR1747290 3 0.5858 -0.2123 0.000 0.452 0.452 0.096 0.000
#> SRR1747289 2 0.0912 0.8506 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1747291 3 0.3835 0.6324 0.000 0.156 0.796 0.048 0.000
#> SRR1747293 3 0.2513 0.7255 0.000 0.020 0.904 0.016 0.060
#> SRR1747294 2 0.2707 0.8216 0.000 0.876 0.100 0.024 0.000
#> SRR1747292 4 0.4757 0.7047 0.080 0.000 0.000 0.716 0.204
#> SRR1747295 2 0.5779 0.1738 0.000 0.456 0.456 0.088 0.000
#> SRR1747296 2 0.4770 0.5583 0.000 0.644 0.320 0.036 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.1648 0.8467 0.000 0.940 0.040 0.020 0.000
#> SRR1747299 2 0.1750 0.8461 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000
#> SRR1747300 2 0.3844 0.7871 0.000 0.804 0.132 0.064 0.000
#> SRR1747301 2 0.3656 0.7689 0.000 0.800 0.168 0.032 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.2535 0.8333 0.000 0.892 0.076 0.032 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.4283 0.5481 0.000 0.000 0.644 0.008 0.348
#> SRR1747308 3 0.2664 0.7075 0.000 0.064 0.892 0.040 0.004
#> SRR1747309 5 0.3837 0.5111 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1747310 4 0.4297 0.2689 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1747311 5 0.3177 0.7096 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1747313 5 0.1704 0.7598 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.3953 0.6200 0.000 0.168 0.784 0.048 0.000
#> SRR1747316 3 0.3953 0.6200 0.000 0.168 0.784 0.048 0.000
#> SRR1747318 3 0.4425 0.4660 0.000 0.000 0.600 0.008 0.392
#> SRR1747317 3 0.4425 0.4660 0.000 0.000 0.600 0.008 0.392
#> SRR1747319 3 0.4283 0.5481 0.000 0.000 0.644 0.008 0.348
#> SRR1747320 4 0.4588 0.6972 0.060 0.000 0.000 0.720 0.220
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.4546 0.5292 0.304 0.000 0.000 0.668 0.028
#> SRR1747323 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.5858 0.1780 0.000 0.452 0.452 0.096 0.000
#> SRR1747326 2 0.3390 0.8108 0.000 0.840 0.100 0.060 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.1405 0.7234 0.000 0.008 0.956 0.016 0.020
#> SRR1747330 5 0.1981 0.7609 0.000 0.000 0.064 0.016 0.920
#> SRR1747329 3 0.2491 0.7027 0.000 0.068 0.896 0.036 0.000
#> SRR1747332 5 0.2674 0.7344 0.000 0.000 0.004 0.140 0.856
#> SRR1747331 3 0.5263 0.4368 0.000 0.240 0.660 0.100 0.000
#> SRR1747333 3 0.2149 0.7099 0.000 0.048 0.916 0.036 0.000
#> SRR1747334 2 0.4428 0.7590 0.000 0.760 0.144 0.096 0.000
#> SRR1747335 3 0.3992 0.6283 0.000 0.000 0.720 0.012 0.268
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.4380 0.4871 0.000 0.000 0.616 0.008 0.376
#> SRR1747340 3 0.2684 0.7261 0.000 0.024 0.900 0.032 0.044
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.5858 0.1780 0.000 0.452 0.452 0.096 0.000
#> SRR1747345 5 0.3280 0.7227 0.000 0.000 0.012 0.176 0.812
#> SRR1747346 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.4832 0.7064 0.088 0.000 0.000 0.712 0.200
#> SRR1747351 2 0.0579 0.8510 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747350 2 0.5815 0.3371 0.000 0.508 0.396 0.096 0.000
#> SRR1747352 4 0.4294 0.2726 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1747353 3 0.5604 -0.1860 0.000 0.460 0.468 0.072 0.000
#> SRR1747354 3 0.3835 0.6607 0.000 0.000 0.744 0.012 0.244
#> SRR1747355 5 0.2848 0.7477 0.000 0.000 0.104 0.028 0.868
#> SRR1747356 3 0.2890 0.7008 0.000 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1747357 3 0.2970 0.6986 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1747358 3 0.2890 0.7012 0.000 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1747359 4 0.4671 0.5031 0.332 0.000 0.000 0.640 0.028
#> SRR1747360 2 0.5815 0.3371 0.000 0.508 0.396 0.096 0.000
#> SRR1747361 5 0.4029 0.4144 0.000 0.000 0.316 0.004 0.680
#> SRR1747362 2 0.5836 0.2945 0.000 0.492 0.412 0.096 0.000
#> SRR1747363 3 0.4173 0.5877 0.000 0.000 0.688 0.012 0.300
#> SRR1747364 5 0.2966 0.6956 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1747365 3 0.3967 0.6311 0.000 0.000 0.724 0.012 0.264
#> SRR1747366 2 0.5831 0.3087 0.000 0.496 0.408 0.096 0.000
#> SRR1747367 5 0.1830 0.7714 0.000 0.000 0.040 0.028 0.932
#> SRR1747369 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747370 3 0.1412 0.7204 0.000 0.004 0.952 0.008 0.036
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 5 0.2286 0.7500 0.000 0.000 0.004 0.108 0.888
#> SRR1747373 2 0.0579 0.8511 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1747374 2 0.0162 0.8511 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747375 5 0.1956 0.7641 0.000 0.000 0.008 0.076 0.916
#> SRR1747376 2 0.2889 0.8235 0.000 0.872 0.084 0.044 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 3 0.5443 0.3039 0.000 0.312 0.604 0.084 0.000
#> SRR1747379 3 0.1992 0.7116 0.000 0.044 0.924 0.032 0.000
#> SRR1747380 3 0.3863 0.6576 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR1747381 4 0.4294 0.2726 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1747382 4 0.4887 0.6516 0.052 0.000 0.000 0.660 0.288
#> SRR1747383 2 0.1872 0.8423 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000
#> SRR1747384 3 0.4063 0.6184 0.000 0.000 0.708 0.012 0.280
#> SRR1747385 3 0.2580 0.7252 0.000 0.020 0.900 0.016 0.064
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.8510 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.4428 0.7590 0.000 0.760 0.144 0.096 0.000
#> SRR1747390 3 0.5434 0.2437 0.000 0.336 0.588 0.076 0.000
#> SRR1747389 3 0.5434 0.2437 0.000 0.336 0.588 0.076 0.000
#> SRR1747391 2 0.4280 0.7688 0.000 0.772 0.140 0.088 0.000
#> SRR1747392 2 0.4280 0.7688 0.000 0.772 0.140 0.088 0.000
#> SRR1747393 3 0.2848 0.7017 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1747394 5 0.2124 0.7585 0.000 0.000 0.004 0.096 0.900
#> SRR1747395 5 0.3728 0.5856 0.000 0.000 0.244 0.008 0.748
#> SRR1747396 2 0.4428 0.7590 0.000 0.760 0.144 0.096 0.000
#> SRR1747398 2 0.4428 0.7590 0.000 0.760 0.144 0.096 0.000
#> SRR1747397 5 0.1956 0.7641 0.000 0.000 0.008 0.076 0.916
#> SRR1747399 4 0.4907 0.6501 0.052 0.000 0.000 0.656 0.292
#> SRR1747400 5 0.3109 0.6824 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 6 0.5013 0.6580 0.000 0.000 0.256 0.016 0.080 0.648
#> SRR1747214 4 0.4384 0.4345 0.348 0.000 0.000 0.616 0.036 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.2162 0.7123 0.000 0.000 0.896 0.004 0.088 0.012
#> SRR1747218 3 0.4994 0.2010 0.000 0.060 0.524 0.000 0.412 0.004
#> SRR1747219 3 0.1398 0.6881 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1747220 4 0.4126 0.5654 0.000 0.000 0.008 0.624 0.008 0.360
#> SRR1747221 6 0.5063 0.2897 0.000 0.000 0.000 0.284 0.112 0.604
#> SRR1747222 4 0.3984 0.6207 0.000 0.000 0.008 0.664 0.008 0.320
#> SRR1747223 6 0.5063 0.2897 0.000 0.000 0.000 0.284 0.112 0.604
#> SRR1747224 3 0.2536 0.6292 0.000 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR1747225 3 0.3862 0.4663 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388 0.000
#> SRR1747226 2 0.0260 0.8519 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747227 2 0.1053 0.8340 0.000 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> SRR1747228 3 0.4262 0.3692 0.000 0.012 0.560 0.000 0.424 0.004
#> SRR1747229 2 0.5451 -0.0337 0.000 0.564 0.136 0.004 0.296 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 6 0.5013 0.6580 0.000 0.000 0.256 0.016 0.080 0.648
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.3896 0.7074 0.052 0.000 0.000 0.744 0.000 0.204
#> SRR1747234 3 0.0692 0.7155 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747235 4 0.4453 0.3949 0.372 0.000 0.000 0.592 0.036 0.000
#> SRR1747236 2 0.3494 0.6211 0.000 0.736 0.012 0.000 0.252 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 5 0.5900 0.7296 0.000 0.336 0.216 0.000 0.448 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6115 0.2243 0.000 0.112 0.520 0.020 0.332 0.016
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 6 0.5733 0.6474 0.000 0.000 0.252 0.056 0.088 0.604
#> SRR1747244 3 0.3702 0.6167 0.000 0.004 0.720 0.000 0.264 0.012
#> SRR1747245 3 0.6443 0.0256 0.000 0.164 0.488 0.020 0.312 0.016
#> SRR1747246 2 0.1610 0.8287 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747247 1 0.0458 0.9804 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4422 0.6983 0.096 0.000 0.000 0.720 0.004 0.180
#> SRR1747250 3 0.0806 0.7160 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1747252 6 0.4796 0.4754 0.000 0.000 0.024 0.176 0.092 0.708
#> SRR1747253 4 0.4074 0.5927 0.000 0.000 0.008 0.640 0.008 0.344
#> SRR1747254 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.3996 0.5865 0.000 0.000 0.004 0.636 0.008 0.352
#> SRR1747256 4 0.3703 0.6464 0.000 0.000 0.004 0.688 0.004 0.304
#> SRR1747257 2 0.1075 0.8435 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747258 3 0.3620 0.5313 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1747259 2 0.4072 0.5393 0.000 0.704 0.032 0.004 0.260 0.000
#> SRR1747260 3 0.0547 0.7150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747261 3 0.4435 0.3979 0.000 0.024 0.580 0.004 0.392 0.000
#> SRR1747262 5 0.5479 0.6082 0.000 0.428 0.124 0.000 0.448 0.000
#> SRR1747263 2 0.1053 0.8340 0.000 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> SRR1747264 1 0.0146 0.9942 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0547 0.7150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747266 3 0.3620 0.5313 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1747267 3 0.0547 0.7150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747268 3 0.4497 0.1108 0.000 0.000 0.624 0.000 0.048 0.328
#> SRR1747269 5 0.5549 0.5786 0.000 0.168 0.296 0.000 0.536 0.000
#> SRR1747270 2 0.2540 0.7987 0.000 0.872 0.020 0.004 0.104 0.000
#> SRR1747271 5 0.5865 0.6457 0.000 0.228 0.296 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747272 6 0.4810 0.6049 0.000 0.000 0.352 0.016 0.036 0.596
#> SRR1747273 4 0.3809 0.6402 0.000 0.000 0.008 0.684 0.004 0.304
#> SRR1747274 3 0.3881 0.4521 0.000 0.004 0.600 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747275 4 0.4217 0.6569 0.024 0.000 0.000 0.672 0.008 0.296
#> SRR1747276 4 0.4217 0.6569 0.024 0.000 0.000 0.672 0.008 0.296
#> SRR1747277 2 0.4072 0.5393 0.000 0.704 0.032 0.004 0.260 0.000
#> SRR1747278 3 0.3062 0.6980 0.000 0.000 0.824 0.000 0.144 0.032
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.3896 0.7074 0.052 0.000 0.000 0.744 0.000 0.204
#> SRR1747281 2 0.2191 0.8037 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120 0.000
#> SRR1747282 4 0.4235 0.6536 0.024 0.000 0.000 0.668 0.008 0.300
#> SRR1747283 3 0.3875 0.6696 0.000 0.000 0.780 0.008 0.144 0.068
#> SRR1747284 4 0.4528 0.4882 0.328 0.000 0.000 0.632 0.024 0.016
#> SRR1747285 3 0.2554 0.6933 0.000 0.000 0.876 0.000 0.048 0.076
#> SRR1747286 3 0.4178 0.4267 0.000 0.000 0.560 0.004 0.428 0.008
#> SRR1747287 2 0.1918 0.8216 0.000 0.904 0.008 0.000 0.088 0.000
#> SRR1747288 6 0.3578 0.6785 0.000 0.000 0.152 0.032 0.016 0.800
#> SRR1747290 5 0.5603 0.6966 0.000 0.376 0.148 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747289 2 0.0865 0.8470 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1747291 5 0.5295 0.1062 0.000 0.100 0.440 0.000 0.460 0.000
#> SRR1747293 3 0.3476 0.6166 0.000 0.004 0.732 0.000 0.260 0.004
#> SRR1747294 2 0.2744 0.7607 0.000 0.840 0.016 0.000 0.144 0.000
#> SRR1747292 4 0.3802 0.7057 0.044 0.000 0.000 0.748 0.000 0.208
#> SRR1747295 5 0.5633 0.6969 0.000 0.380 0.152 0.000 0.468 0.000
#> SRR1747296 2 0.5252 0.0333 0.000 0.580 0.108 0.004 0.308 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.1714 0.8255 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1747299 2 0.1663 0.8265 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1747300 2 0.3323 0.6381 0.000 0.752 0.008 0.000 0.240 0.000
#> SRR1747301 2 0.3766 0.6230 0.000 0.748 0.040 0.000 0.212 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.2572 0.7833 0.000 0.852 0.012 0.000 0.136 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.2436 0.6451 0.000 0.000 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR1747308 3 0.4498 0.3132 0.000 0.024 0.544 0.004 0.428 0.000
#> SRR1747309 6 0.5063 0.2897 0.000 0.000 0.000 0.284 0.112 0.604
#> SRR1747310 4 0.4396 0.4320 0.352 0.000 0.000 0.612 0.036 0.000
#> SRR1747311 6 0.5571 0.4316 0.000 0.000 0.016 0.164 0.216 0.604
#> SRR1747313 6 0.4799 0.6602 0.000 0.000 0.268 0.008 0.072 0.652
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.5357 0.1637 0.000 0.108 0.428 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747316 5 0.5357 0.1637 0.000 0.108 0.428 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747318 3 0.2942 0.5960 0.000 0.000 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1747317 3 0.2942 0.5960 0.000 0.000 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR1747319 3 0.2436 0.6451 0.000 0.000 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR1747320 4 0.3753 0.6988 0.028 0.000 0.004 0.748 0.000 0.220
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.3955 0.6164 0.188 0.000 0.000 0.760 0.036 0.016
#> SRR1747323 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.5678 0.6996 0.000 0.376 0.160 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747326 2 0.2964 0.7122 0.000 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.3586 0.6105 0.000 0.000 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1747330 6 0.5107 0.6484 0.000 0.000 0.284 0.012 0.084 0.620
#> SRR1747329 3 0.4421 0.3465 0.000 0.020 0.552 0.000 0.424 0.004
#> SRR1747332 6 0.4223 0.5682 0.000 0.000 0.032 0.092 0.100 0.776
#> SRR1747331 5 0.5549 0.5786 0.000 0.168 0.296 0.000 0.536 0.000
#> SRR1747333 3 0.4279 0.3457 0.000 0.012 0.548 0.000 0.436 0.004
#> SRR1747334 2 0.3615 0.5478 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747335 3 0.3905 0.6645 0.000 0.000 0.780 0.008 0.136 0.076
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0146 0.8517 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747338 2 0.0146 0.8517 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747339 3 0.2826 0.6083 0.000 0.000 0.844 0.000 0.028 0.128
#> SRR1747340 3 0.3905 0.5120 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356 0.004
#> SRR1747341 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.5678 0.6996 0.000 0.376 0.160 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747345 6 0.5891 0.5177 0.000 0.000 0.072 0.140 0.164 0.624
#> SRR1747346 3 0.0547 0.7150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747347 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.3896 0.7074 0.052 0.000 0.000 0.744 0.000 0.204
#> SRR1747351 2 0.0547 0.8501 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747350 5 0.5452 0.5915 0.000 0.436 0.120 0.000 0.444 0.000
#> SRR1747352 4 0.4384 0.4345 0.348 0.000 0.000 0.616 0.036 0.000
#> SRR1747353 5 0.5777 0.6608 0.000 0.388 0.176 0.000 0.436 0.000
#> SRR1747354 3 0.0806 0.7160 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1747355 6 0.5129 0.6470 0.000 0.000 0.280 0.016 0.080 0.624
#> SRR1747356 3 0.1910 0.7068 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1747357 3 0.2218 0.7109 0.000 0.000 0.884 0.000 0.104 0.012
#> SRR1747358 3 0.2053 0.7082 0.000 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1747359 4 0.4091 0.6019 0.216 0.000 0.000 0.736 0.032 0.016
#> SRR1747360 5 0.5452 0.5915 0.000 0.436 0.120 0.000 0.444 0.000
#> SRR1747361 3 0.4763 -0.2073 0.000 0.000 0.536 0.000 0.052 0.412
#> SRR1747362 5 0.5560 0.6354 0.000 0.420 0.136 0.000 0.444 0.000
#> SRR1747363 3 0.4201 0.6348 0.000 0.000 0.756 0.008 0.132 0.104
#> SRR1747364 6 0.4842 0.5090 0.000 0.000 0.040 0.148 0.092 0.720
#> SRR1747365 3 0.3943 0.6655 0.000 0.000 0.776 0.008 0.140 0.076
#> SRR1747366 5 0.5505 0.6266 0.000 0.420 0.128 0.000 0.452 0.000
#> SRR1747367 6 0.4107 0.6775 0.000 0.000 0.228 0.020 0.024 0.728
#> SRR1747369 2 0.0146 0.8517 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747368 3 0.0692 0.7155 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747370 3 0.3175 0.6254 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 6 0.3595 0.6510 0.000 0.000 0.120 0.084 0.000 0.796
#> SRR1747373 2 0.0790 0.8477 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1747374 2 0.0458 0.8510 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1747375 6 0.3123 0.6731 0.000 0.000 0.136 0.040 0.000 0.824
#> SRR1747376 2 0.2631 0.7616 0.000 0.840 0.008 0.000 0.152 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.5882 0.6451 0.000 0.244 0.280 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747379 3 0.4262 0.3692 0.000 0.012 0.560 0.000 0.424 0.004
#> SRR1747380 3 0.0547 0.7150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747381 4 0.4384 0.4345 0.348 0.000 0.000 0.616 0.036 0.000
#> SRR1747382 4 0.4470 0.6577 0.028 0.000 0.000 0.660 0.016 0.296
#> SRR1747383 2 0.1866 0.8235 0.000 0.908 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747384 3 0.3836 0.6605 0.000 0.000 0.788 0.008 0.124 0.080
#> SRR1747385 3 0.3429 0.6229 0.000 0.004 0.740 0.000 0.252 0.004
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.3615 0.5478 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747390 5 0.5940 0.7034 0.000 0.272 0.268 0.000 0.460 0.000
#> SRR1747389 5 0.5940 0.7034 0.000 0.272 0.268 0.000 0.460 0.000
#> SRR1747391 2 0.3629 0.5739 0.000 0.712 0.012 0.000 0.276 0.000
#> SRR1747392 2 0.3629 0.5739 0.000 0.712 0.012 0.000 0.276 0.000
#> SRR1747393 3 0.1910 0.7065 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1747394 6 0.3716 0.6588 0.000 0.000 0.128 0.076 0.004 0.792
#> SRR1747395 6 0.4874 0.3952 0.000 0.000 0.456 0.008 0.040 0.496
#> SRR1747396 2 0.3615 0.5478 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747398 2 0.3615 0.5478 0.000 0.700 0.008 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747397 6 0.3123 0.6731 0.000 0.000 0.136 0.040 0.000 0.824
#> SRR1747399 4 0.4384 0.6573 0.028 0.000 0.000 0.664 0.012 0.296
#> SRR1747400 6 0.4712 0.4848 0.000 0.000 0.024 0.160 0.096 0.720
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.4532 0.544 0.544
#> 3 3 0.939 0.922 0.970 0.4383 0.683 0.475
#> 4 4 0.772 0.649 0.855 0.1197 0.784 0.474
#> 5 5 0.875 0.837 0.915 0.0725 0.780 0.367
#> 6 6 0.785 0.674 0.808 0.0516 0.901 0.595
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747266 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747268 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.4161 0.8982 0.916 0.084
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.3879 0.9151 0.076 0.924
#> SRR1747308 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.9996 0.0668 0.512 0.488
#> SRR1747317 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747319 1 0.8713 0.5968 0.708 0.292
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747330 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.8813 0.5817 0.700 0.300
#> SRR1747346 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.3114 0.9279 0.944 0.056
#> SRR1747356 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.6887 0.7693 0.184 0.816
#> SRR1747362 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0938 0.9857 0.012 0.988
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9977 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747218 3 0.4555 0.72061 0.000 0.200 0.800
#> SRR1747219 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747220 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747221 1 0.6274 0.16645 0.544 0.000 0.456
#> SRR1747222 1 0.4346 0.76731 0.816 0.000 0.184
#> SRR1747223 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747224 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747225 3 0.1031 0.92416 0.000 0.024 0.976
#> SRR1747226 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.4842 0.69084 0.000 0.224 0.776
#> SRR1747229 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.5254 0.62860 0.000 0.264 0.736
#> SRR1747242 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747244 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.3267 0.86087 0.000 0.884 0.116
#> SRR1747246 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 3 0.6307 0.00858 0.488 0.000 0.512
#> SRR1747253 3 0.5785 0.47390 0.332 0.000 0.668
#> SRR1747254 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.3752 0.81797 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747256 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747261 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747266 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747267 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.5882 0.46776 0.000 0.652 0.348
#> SRR1747272 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.4452 0.75616 0.808 0.000 0.192
#> SRR1747274 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747278 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747286 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747308 2 0.5968 0.43007 0.000 0.636 0.364
#> SRR1747309 3 0.6008 0.37917 0.372 0.000 0.628
#> SRR1747310 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747313 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.3340 0.85619 0.000 0.880 0.120
#> SRR1747318 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747329 3 0.1289 0.91590 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747332 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747331 2 0.0747 0.97001 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747333 2 0.0237 0.98196 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747334 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747340 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747354 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747355 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747356 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747361 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747362 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747364 3 0.5706 0.49977 0.320 0.000 0.680
#> SRR1747365 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747367 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 3 0.5926 0.41841 0.356 0.000 0.644
#> SRR1747373 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 3 0.6309 -0.01212 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747380 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747394 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.98580 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 3 0.0000 0.94757 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.96280 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.6291 0.12488 0.532 0.000 0.468
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747214 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747215 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.3907 0.43371 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1747218 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.5000 -0.33843 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747220 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747221 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747223 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747224 4 0.4996 0.34956 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1747225 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747229 3 0.5000 -0.09993 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.4996 0.62792 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1747234 3 0.0188 0.75311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747235 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 3 0.2408 0.68750 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747244 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747245 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747250 3 0.0188 0.75311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747252 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747256 4 0.0336 0.66476 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747257 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747259 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747260 3 0.5000 -0.33843 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747261 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747262 3 0.4985 0.01258 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.5000 -0.33843 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747266 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747267 4 0.5000 0.31040 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747268 4 0.5000 0.31040 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747269 3 0.1389 0.73103 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747270 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747271 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 4 0.4977 0.39640 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747273 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747274 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747275 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747276 4 0.3123 0.38218 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1747277 2 0.5000 0.06686 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747278 3 0.0188 0.75311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747280 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747281 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747283 3 0.0188 0.75311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747284 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747285 3 0.4331 0.30249 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1747286 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 4 0.2281 0.67770 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1747290 3 0.4989 -0.00176 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747291 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747294 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747292 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747295 3 0.4134 0.52556 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1747296 3 0.4985 0.01258 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747301 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747308 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747309 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747310 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747311 4 0.1474 0.67755 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1747313 4 0.2921 0.67405 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1747312 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 3 0.4985 0.01258 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747316 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747318 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747317 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747319 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747320 4 0.0336 0.66476 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747322 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747323 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 3 0.4454 0.43724 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1747326 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747330 4 0.4008 0.62592 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1747329 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747332 4 0.2530 0.67697 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1747331 3 0.1389 0.73103 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747333 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747334 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747335 3 0.5000 -0.33843 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747336 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747340 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.5000 0.06686 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747345 4 0.4907 0.44750 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1747346 3 0.5000 -0.32867 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1747347 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747351 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.5000 0.06686 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.4985 0.01258 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747354 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747355 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747356 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747357 3 0.4382 0.28212 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1747358 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747359 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747360 2 0.5000 0.06686 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1747361 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747362 3 0.4277 0.49080 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1747363 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747364 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747365 3 0.4989 -0.26938 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1747366 3 0.4985 0.01258 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1747367 4 0.3649 0.65804 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1747369 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 4 0.5000 0.31040 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747370 3 0.0188 0.75311 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747372 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 3 0.1389 0.73103 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747379 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.4998 -0.30945 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1747381 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747382 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747383 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.5000 -0.33843 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1747385 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.77296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747390 3 0.1389 0.73103 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747389 3 0.1389 0.73103 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1747391 2 0.4382 0.55802 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1747392 2 0.0188 0.94164 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.75593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747394 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 4 0.4985 0.38512 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1747396 2 0.4193 0.60703 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.94353 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747397 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747399 1 0.4985 0.65094 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1747400 4 0.0000 0.67486 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.2516 0.8831 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1747214 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747218 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747219 3 0.0703 0.8772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747220 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747221 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747222 4 0.0609 0.9517 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747223 4 0.0510 0.9526 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747224 3 0.0609 0.8760 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747225 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0162 0.9944 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747228 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747229 5 0.1768 0.7922 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.4015 0.3373 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747234 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747235 1 0.1671 0.9180 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1747236 5 0.3635 0.6746 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 5 0.2488 0.6889 0.000 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.3039 0.8234 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1747244 3 0.3395 0.7671 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1747245 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747246 2 0.0609 0.9753 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747250 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747252 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747253 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0794 0.9498 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747256 4 0.0162 0.9534 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.4138 0.5741 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1747259 5 0.4135 0.5810 0.000 0.340 0.000 0.004 0.656
#> SRR1747260 3 0.0963 0.8791 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747261 3 0.4114 0.5867 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1747262 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0609 0.9632 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747265 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747266 5 0.4060 0.1724 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1747267 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747268 3 0.0703 0.8772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747269 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747270 5 0.4066 0.5998 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672
#> SRR1747271 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747272 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747273 4 0.0510 0.9524 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747274 5 0.3424 0.4902 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1747275 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747276 4 0.0162 0.9534 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747277 5 0.1831 0.7906 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR1747278 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747281 5 0.4306 0.2819 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1747282 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747283 3 0.1831 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1747284 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747285 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747286 5 0.4171 0.0525 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1747287 2 0.0609 0.9753 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747288 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747290 5 0.0451 0.8056 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1747289 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747291 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747293 3 0.4138 0.5736 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1747294 5 0.4238 0.5450 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628
#> SRR1747292 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747295 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747296 5 0.0771 0.8043 0.000 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 5 0.4300 0.3260 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 5 0.4161 0.5116 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747301 5 0.4225 0.5504 0.000 0.364 0.000 0.004 0.632
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 5 0.4238 0.5450 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747308 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747309 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747310 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747311 3 0.4283 -0.0368 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1747313 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.0290 0.8058 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1747316 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747318 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747317 3 0.0703 0.8772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747319 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747320 4 0.0162 0.9534 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747326 5 0.4150 0.5179 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.4182 0.5442 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1747330 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747329 5 0.3876 0.3073 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1747332 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747333 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747334 5 0.4150 0.5183 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747335 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0290 0.8720 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1747340 3 0.4150 0.5666 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.1571 0.7957 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936
#> SRR1747345 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747346 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 5 0.1671 0.7914 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1747352 1 0.3932 0.5475 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1747353 5 0.0566 0.8054 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1747354 3 0.3366 0.7713 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747355 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747356 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747357 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747358 3 0.3242 0.7860 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1747359 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747360 5 0.1671 0.7914 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1747361 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747363 3 0.0703 0.8772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747364 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747365 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747366 5 0.0609 0.8046 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747367 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747370 3 0.1732 0.8809 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.2020 0.9186 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1747376 5 0.4182 0.4964 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747379 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747380 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747381 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747382 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747383 5 0.4310 0.5087 0.000 0.392 0.000 0.004 0.604
#> SRR1747384 3 0.1671 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747385 3 0.4138 0.5736 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9763 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.4161 0.5116 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747390 5 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747389 5 0.0000 0.8052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747391 5 0.1671 0.7914 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1747392 5 0.4161 0.5116 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747393 3 0.3480 0.7544 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1747394 4 0.2813 0.8535 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1747395 3 0.0000 0.8691 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747396 5 0.2074 0.7810 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1747398 5 0.4161 0.5116 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747397 4 0.3109 0.8150 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1747399 4 0.0162 0.9534 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747400 4 0.1732 0.9331 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 6 0.3996 -0.4167 0.000 0.000 0.004 0.484 0.000 0.512
#> SRR1747214 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747215 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 6 0.3756 0.6534 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1747218 3 0.2969 0.5084 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1747219 6 0.3390 0.7070 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1747220 4 0.3563 0.7184 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1747221 4 0.3151 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1747222 4 0.1556 0.8674 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1747223 4 0.3023 0.8103 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747224 6 0.3266 0.7087 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1747225 3 0.3023 0.5631 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1747226 2 0.3578 0.5607 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1747227 2 0.1643 0.8665 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747228 3 0.2562 0.5680 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1747229 5 0.2996 0.7029 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 6 0.3312 0.4334 0.000 0.000 0.028 0.180 0.000 0.792
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.3838 -0.3423 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1747235 1 0.3271 0.7390 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008 0.000
#> SRR1747236 5 0.0713 0.7678 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1747237 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747238 5 0.3833 0.2072 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.2118 0.6111 0.000 0.000 0.888 0.000 0.104 0.008
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 6 0.3823 -0.2809 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1747244 3 0.2595 0.4978 0.000 0.000 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR1747245 3 0.3446 0.3452 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1747246 5 0.3979 0.2939 0.000 0.360 0.012 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747247 1 0.0790 0.9560 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747250 3 0.3797 -0.2660 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1747252 4 0.3126 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1747253 4 0.3175 0.7957 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.2260 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1747256 4 0.0713 0.8789 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747257 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747258 3 0.3967 0.6006 0.000 0.000 0.760 0.000 0.148 0.092
#> SRR1747259 5 0.3821 0.7391 0.000 0.080 0.148 0.000 0.772 0.000
#> SRR1747260 6 0.3634 0.6883 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1747261 3 0.2402 0.5247 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1747262 5 0.2491 0.6941 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1747263 2 0.1265 0.8871 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747264 1 0.2003 0.8839 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1747265 6 0.3695 0.6784 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747266 3 0.3802 0.6149 0.000 0.000 0.748 0.000 0.208 0.044
#> SRR1747267 6 0.3695 0.6784 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747268 6 0.3578 0.6884 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1747269 5 0.3446 0.4866 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1747270 5 0.2988 0.7518 0.000 0.028 0.144 0.000 0.828 0.000
#> SRR1747271 3 0.3857 0.0312 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1747272 6 0.0790 0.6501 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1747273 4 0.1584 0.8722 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1747274 3 0.2877 0.6269 0.000 0.000 0.820 0.000 0.168 0.012
#> SRR1747275 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 5 0.2491 0.7395 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1747278 6 0.3727 0.6331 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 5 0.2572 0.7138 0.000 0.136 0.012 0.000 0.852 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.3330 0.1982 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1747284 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747285 6 0.3607 0.6871 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1747286 3 0.3210 0.6280 0.000 0.000 0.804 0.000 0.168 0.028
#> SRR1747287 2 0.4185 0.1120 0.000 0.496 0.012 0.000 0.492 0.000
#> SRR1747288 6 0.0146 0.6375 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747290 5 0.1501 0.7615 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1747289 2 0.3351 0.6486 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1747291 3 0.3727 0.1461 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1747293 3 0.3585 0.5592 0.000 0.000 0.780 0.000 0.048 0.172
#> SRR1747294 5 0.3732 0.7429 0.000 0.076 0.144 0.000 0.780 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 5 0.3175 0.6118 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1747296 5 0.3864 0.2957 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 5 0.3493 0.7095 0.000 0.136 0.064 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747299 2 0.3309 0.6601 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1747300 5 0.1444 0.7603 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1747301 5 0.3841 0.7356 0.000 0.068 0.168 0.000 0.764 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 5 0.3315 0.7451 0.000 0.076 0.104 0.000 0.820 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 6 0.3175 0.7116 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1747308 3 0.3409 0.3804 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1747309 4 0.3351 0.7695 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747310 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747311 6 0.2178 0.5216 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747313 6 0.0146 0.6375 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.3672 0.5356 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747316 3 0.3578 0.2871 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1747318 6 0.2697 0.7041 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1747317 6 0.3244 0.7095 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1747319 6 0.3101 0.7111 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1747320 4 0.0713 0.8789 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.2823 0.6528 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1747326 5 0.1387 0.7610 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1747325 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747327 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747328 3 0.1549 0.6374 0.000 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR1747330 6 0.0547 0.6451 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747329 3 0.2006 0.6328 0.000 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016
#> SRR1747332 6 0.0000 0.6367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747331 5 0.3727 0.2901 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1747333 3 0.3747 0.1202 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747334 5 0.1267 0.7636 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1747335 6 0.3727 0.6676 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.3198 0.6866 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR1747339 6 0.3175 0.7108 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1747340 3 0.3821 0.5872 0.000 0.000 0.772 0.000 0.080 0.148
#> SRR1747341 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.3151 0.6830 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1747345 6 0.0146 0.6375 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747346 6 0.3695 0.6762 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747347 2 0.0291 0.9161 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 5 0.0547 0.7656 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1747352 4 0.4010 0.1334 0.408 0.000 0.000 0.584 0.008 0.000
#> SRR1747353 5 0.3684 0.5243 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747354 3 0.2772 0.4652 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1747355 6 0.1814 0.6678 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1747356 3 0.3804 -0.2240 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1747357 6 0.3607 0.6871 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1747358 3 0.2664 0.4511 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1747359 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747360 5 0.0458 0.7655 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747361 6 0.2793 0.7071 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1747362 5 0.3221 0.5701 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1747363 6 0.3684 0.6820 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1747364 4 0.3266 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1747365 6 0.3727 0.6676 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1747366 5 0.2178 0.7201 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1747367 6 0.0146 0.6375 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747369 2 0.0146 0.9167 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747368 6 0.3684 0.6814 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1747370 6 0.3737 0.6358 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.3175 0.7964 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747373 2 0.3747 0.4488 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.3810 0.5776 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1747376 5 0.1444 0.7603 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.3672 0.3457 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747379 3 0.3351 0.4035 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1747380 6 0.3695 0.6762 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747381 4 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 5 0.3985 0.7296 0.000 0.100 0.140 0.000 0.760 0.000
#> SRR1747384 6 0.3695 0.6784 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747385 3 0.3612 0.5659 0.000 0.000 0.780 0.000 0.052 0.168
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.1444 0.7603 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1747390 3 0.3737 0.1334 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1747389 3 0.3854 0.0241 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747391 5 0.0458 0.7655 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747392 5 0.1444 0.7603 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1747393 3 0.2703 0.4865 0.000 0.000 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR1747394 6 0.3828 -0.3269 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1747395 6 0.2823 0.7077 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1747396 5 0.0508 0.7659 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747398 5 0.1501 0.7583 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1747397 6 0.3737 -0.1934 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1747399 4 0.0000 0.8812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.3126 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.997 0.4995 0.501 0.501
#> 3 3 0.998 0.964 0.979 0.1396 0.922 0.845
#> 4 4 0.891 0.910 0.961 0.1034 0.946 0.874
#> 5 5 0.774 0.716 0.849 0.0830 0.978 0.942
#> 6 6 0.758 0.687 0.846 0.0522 0.890 0.708
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747217 1 0.795 0.686 0.760 0.240
#> SRR1747218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747219 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747220 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747260 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747265 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747267 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747268 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747269 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747285 1 0.802 0.680 0.756 0.244
#> SRR1747286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747307 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747308 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747318 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747320 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747335 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747339 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747345 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747346 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747358 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747361 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747363 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747364 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747365 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747368 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747370 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747380 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747384 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747385 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747396 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0237 0.991 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747217 3 0.3375 0.871 0.044 0.048 0.908
#> SRR1747218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.5760 0.496 0.328 0.000 0.672
#> SRR1747220 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747225 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747226 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.5926 0.439 0.644 0.000 0.356
#> SRR1747232 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.5098 0.728 0.000 0.248 0.752
#> SRR1747235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747237 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.5138 0.725 0.000 0.252 0.748
#> SRR1747242 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747247 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.5465 0.671 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747252 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 2 0.1753 0.962 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747259 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 1 0.4504 0.752 0.804 0.000 0.196
#> SRR1747261 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747262 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747263 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.1411 0.883 0.036 0.000 0.964
#> SRR1747266 2 0.1529 0.970 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747267 3 0.1529 0.884 0.040 0.000 0.960
#> SRR1747268 1 0.1163 0.958 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747269 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747270 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.0592 0.989 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747272 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747278 2 0.1753 0.962 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747280 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747282 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.1753 0.868 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747284 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 1 0.5618 0.685 0.796 0.156 0.048
#> SRR1747286 2 0.0892 0.986 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747287 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747289 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747291 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 2 0.1411 0.973 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747294 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747296 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747300 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747301 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747303 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747307 1 0.2711 0.896 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747308 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.2711 0.896 0.912 0.000 0.088
#> SRR1747320 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747326 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747325 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747330 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747333 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747334 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747335 3 0.1753 0.882 0.048 0.000 0.952
#> SRR1747336 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747339 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747340 2 0.1411 0.973 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747341 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747346 3 0.1529 0.884 0.040 0.000 0.960
#> SRR1747347 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747352 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747354 2 0.0892 0.977 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747355 1 0.2356 0.914 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747356 2 0.1753 0.962 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747357 1 0.1753 0.938 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747358 3 0.5465 0.673 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747359 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747361 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747363 3 0.1753 0.882 0.048 0.000 0.952
#> SRR1747364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.1753 0.882 0.048 0.000 0.952
#> SRR1747366 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747367 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747368 3 0.1411 0.883 0.036 0.000 0.964
#> SRR1747370 2 0.1753 0.962 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747374 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747375 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747379 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.1529 0.884 0.040 0.000 0.960
#> SRR1747381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.1753 0.882 0.048 0.000 0.952
#> SRR1747385 2 0.1411 0.973 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747386 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747390 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747389 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747391 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747392 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747393 2 0.1289 0.976 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747394 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747396 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747398 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747397 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.2489 0.7129 0.020 0.068 0.912 0.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.4673 0.3686 0.292 0.000 0.700 0.008
#> SRR1747220 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747224 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747225 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.4500 0.5581 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.4008 0.5187 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.1118 0.9451 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4500 0.4475 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0188 0.9550 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747245 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.5355 0.3648 0.000 0.360 0.620 0.020
#> SRR1747252 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 4 0.0188 0.8381 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747259 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747260 1 0.3801 0.7276 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747262 2 0.1302 0.9408 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.1118 0.7593 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747266 4 0.1022 0.8271 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1747267 3 0.0469 0.7693 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747268 4 0.3219 0.6086 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1747269 2 0.3074 0.8600 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1747270 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.2216 0.9095 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1747272 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.3024 0.8641 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747275 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747278 4 0.0336 0.8384 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0921 0.9486 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747282 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.7719 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 4 0.0592 0.8282 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747286 2 0.3400 0.8290 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1747287 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0817 0.9502 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747289 2 0.0817 0.9502 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747291 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747293 4 0.3356 0.6834 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747294 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.1557 0.9337 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747296 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747300 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747301 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747303 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747307 1 0.2216 0.8970 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.1022 0.9561 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747313 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747318 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747317 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747319 1 0.2081 0.9054 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747326 2 0.1302 0.9408 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747330 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.3024 0.8641 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747333 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747334 2 0.2973 0.8680 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747335 3 0.0000 0.7719 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0817 0.9502 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747339 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747340 4 0.3311 0.6870 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 1 0.2704 0.8593 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1747346 3 0.0000 0.7719 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.2647 0.8884 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1747352 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747354 2 0.1174 0.9454 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1747355 1 0.2345 0.8896 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1747356 4 0.0000 0.8358 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 4 0.0469 0.8317 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1747358 3 0.4804 0.3558 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747361 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747363 3 0.0336 0.7677 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.7719 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.2345 0.9041 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1747367 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0817 0.9502 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1747368 3 0.1211 0.7571 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747370 4 0.0000 0.8358 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747374 2 0.0707 0.9515 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1747375 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.1022 0.9470 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.2973 0.8680 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747379 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.7719 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0188 0.7704 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747385 4 0.3907 0.6036 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.2814 0.8789 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1747390 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747389 2 0.0921 0.9486 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1747391 2 0.2814 0.8788 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1747392 2 0.2868 0.8755 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1747393 2 0.4999 0.0912 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1747394 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747395 1 0.2760 0.8545 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747396 2 0.2973 0.8680 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1747398 2 0.2921 0.8718 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1747397 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0703 0.9457 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747214 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0290 0.7027 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.5352 0.3289 0.224 0.028 0.688 0.060 0.000
#> SRR1747218 2 0.3636 0.7485 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.5755 0.3717 0.252 0.000 0.636 0.096 0.016
#> SRR1747220 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.0865 0.9459 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1747222 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.0865 0.9459 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1747224 4 0.2735 0.8732 0.084 0.000 0.000 0.880 0.036
#> SRR1747225 2 0.4535 0.5021 0.092 0.748 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747226 2 0.1197 0.7133 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747230 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.4273 0.0869 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1747232 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747234 1 0.6416 0.1116 0.468 0.136 0.388 0.000 0.008
#> SRR1747235 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.2011 0.6512 0.088 0.908 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747237 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.1544 0.6893 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.6039 -0.1852 0.148 0.300 0.552 0.000 0.000
#> SRR1747242 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.4219 0.7411 0.260 0.716 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747245 2 0.3715 0.7517 0.260 0.736 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0162 0.6991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747247 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747250 1 0.6953 0.2602 0.496 0.212 0.268 0.000 0.024
#> SRR1747252 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 5 0.5137 0.5315 0.096 0.228 0.000 0.000 0.676
#> SRR1747259 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747260 1 0.6605 -0.0867 0.552 0.000 0.188 0.240 0.020
#> SRR1747261 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747262 2 0.2628 0.6343 0.088 0.884 0.000 0.000 0.028
#> SRR1747263 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3769 0.5136 0.180 0.000 0.788 0.000 0.032
#> SRR1747266 5 0.5164 0.5291 0.096 0.232 0.000 0.000 0.672
#> SRR1747267 3 0.2890 0.5380 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1747268 5 0.3565 0.4307 0.040 0.000 0.000 0.144 0.816
#> SRR1747269 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747270 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747271 2 0.2473 0.6441 0.072 0.896 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747272 4 0.1668 0.9234 0.032 0.000 0.000 0.940 0.028
#> SRR1747273 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747275 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747278 5 0.0898 0.6320 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR1747280 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0510 0.6942 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.5898 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747284 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747285 5 0.3560 0.5538 0.160 0.004 0.012 0.008 0.816
#> SRR1747286 2 0.6191 -0.2324 0.400 0.476 0.004 0.000 0.120
#> SRR1747287 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0404 0.6960 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.1544 0.6665 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747291 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747293 5 0.4168 0.5564 0.044 0.200 0.000 0.000 0.756
#> SRR1747294 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.2769 0.6275 0.092 0.876 0.000 0.000 0.032
#> SRR1747296 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747297 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0162 0.6991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.4535 0.5017 0.092 0.748 0.000 0.000 0.160
#> SRR1747301 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.7003 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747304 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0162 0.6991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 4 0.4010 0.7308 0.056 0.000 0.160 0.784 0.000
#> SRR1747308 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747309 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747310 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.4982 0.6203 0.088 0.000 0.000 0.692 0.220
#> SRR1747313 4 0.0992 0.9436 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR1747312 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747318 4 0.2124 0.8915 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1747317 4 0.2439 0.8686 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR1747319 4 0.3309 0.8024 0.036 0.000 0.128 0.836 0.000
#> SRR1747320 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747322 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.3424 0.7551 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 2 0.4610 0.4901 0.092 0.740 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747326 2 0.2300 0.6494 0.072 0.904 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747325 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.3715 0.7517 0.260 0.736 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747330 4 0.0771 0.9485 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1747329 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747332 4 0.0290 0.9580 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1747331 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747333 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747334 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747335 3 0.0000 0.5898 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747336 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0963 0.7101 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.1410 0.6713 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 4 0.2068 0.8930 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> SRR1747340 5 0.5285 0.4698 0.080 0.288 0.000 0.000 0.632
#> SRR1747341 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 4 0.5210 0.5509 0.084 0.000 0.000 0.652 0.264
#> SRR1747346 3 0.4359 0.1753 0.412 0.000 0.584 0.000 0.004
#> SRR1747347 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.3452 0.7556 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.3916 0.5647 0.092 0.804 0.000 0.000 0.104
#> SRR1747352 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747354 1 0.5598 0.1134 0.524 0.420 0.020 0.000 0.036
#> SRR1747355 4 0.4126 0.3632 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1747356 5 0.1386 0.6398 0.016 0.032 0.000 0.000 0.952
#> SRR1747357 5 0.2929 0.5660 0.152 0.000 0.000 0.008 0.840
#> SRR1747358 2 0.6555 0.2121 0.196 0.488 0.312 0.000 0.004
#> SRR1747359 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.4496 0.5074 0.092 0.752 0.000 0.000 0.156
#> SRR1747361 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747362 2 0.4573 0.4958 0.092 0.744 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747363 3 0.0404 0.5872 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747364 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.5898 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747366 2 0.3759 0.5757 0.092 0.816 0.000 0.000 0.092
#> SRR1747367 4 0.2221 0.8996 0.036 0.000 0.000 0.912 0.052
#> SRR1747369 2 0.1121 0.6803 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 1 0.5178 -0.3243 0.484 0.000 0.476 0.000 0.040
#> SRR1747370 5 0.0671 0.6343 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747372 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0162 0.6991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0162 0.6991 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.2193 0.6458 0.092 0.900 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747377 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747379 2 0.3561 0.7547 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.4359 0.1753 0.412 0.000 0.584 0.000 0.004
#> SRR1747381 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0671 0.5876 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR1747385 5 0.5493 0.2739 0.112 0.256 0.000 0.000 0.632
#> SRR1747386 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.4457 0.5128 0.092 0.756 0.000 0.000 0.152
#> SRR1747390 2 0.3534 0.7570 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747389 2 0.0794 0.6888 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747391 2 0.4226 0.5361 0.084 0.776 0.000 0.000 0.140
#> SRR1747392 2 0.4573 0.4958 0.092 0.744 0.000 0.000 0.164
#> SRR1747393 2 0.5626 0.0477 0.092 0.572 0.000 0.000 0.336
#> SRR1747394 4 0.0955 0.9437 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR1747395 4 0.5265 0.5201 0.080 0.000 0.000 0.636 0.284
#> SRR1747396 2 0.4647 0.4836 0.092 0.736 0.000 0.000 0.172
#> SRR1747398 2 0.4610 0.4901 0.092 0.740 0.000 0.000 0.168
#> SRR1747397 4 0.0510 0.9533 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747399 4 0.0000 0.9623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.0162 0.9602 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.1714 0.85610 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1747214 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.3371 0.44322 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1747217 3 0.5638 -0.04339 0.356 0.004 0.552 0.052 0.008 0.028
#> SRR1747218 2 0.1410 0.79980 0.008 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1747219 3 0.6277 0.29801 0.244 0.000 0.504 0.028 0.000 0.224
#> SRR1747220 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.3432 0.74802 0.052 0.000 0.000 0.800 0.000 0.148
#> SRR1747222 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.3356 0.75827 0.052 0.000 0.000 0.808 0.000 0.140
#> SRR1747224 4 0.4592 0.51679 0.080 0.000 0.000 0.664 0.000 0.256
#> SRR1747225 5 0.3330 0.74542 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1747226 2 0.2996 0.56318 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1747227 2 0.1053 0.80969 0.012 0.964 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747228 2 0.1350 0.80219 0.020 0.952 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1747229 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747230 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.3782 0.08785 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1747232 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 1 0.3865 0.66139 0.792 0.056 0.136 0.000 0.012 0.004
#> SRR1747235 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.3868 -0.33576 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.3607 0.28424 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4323 0.07617 0.012 0.364 0.612 0.000 0.000 0.012
#> SRR1747242 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0146 0.93623 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.2556 0.74466 0.028 0.892 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1747245 2 0.1381 0.80187 0.020 0.952 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747246 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747247 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 1 0.4570 0.61601 0.760 0.108 0.080 0.000 0.048 0.004
#> SRR1747252 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 5 0.2100 0.20574 0.004 0.000 0.000 0.000 0.884 0.112
#> SRR1747259 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747260 1 0.3861 0.52857 0.804 0.000 0.032 0.064 0.000 0.100
#> SRR1747261 2 0.0260 0.82789 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747262 5 0.3843 0.47116 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1747263 2 0.0508 0.82295 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747264 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.4431 0.45187 0.236 0.000 0.688 0.000 0.000 0.076
#> SRR1747266 5 0.1753 0.24322 0.004 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1747267 3 0.4203 0.47375 0.216 0.000 0.716 0.000 0.000 0.068
#> SRR1747268 6 0.4680 0.48877 0.012 0.000 0.000 0.088 0.200 0.700
#> SRR1747269 5 0.3126 0.73876 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747271 5 0.3868 0.34020 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1747272 4 0.2867 0.80798 0.040 0.000 0.000 0.848 0.000 0.112
#> SRR1747273 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 5 0.3198 0.74418 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1747275 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747278 6 0.4109 0.39622 0.012 0.000 0.000 0.000 0.412 0.576
#> SRR1747280 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.3672 0.21692 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0405 0.60112 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747284 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 6 0.3493 0.42091 0.064 0.000 0.000 0.000 0.136 0.800
#> SRR1747286 5 0.5470 0.39502 0.260 0.144 0.000 0.000 0.588 0.008
#> SRR1747287 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.3531 0.34902 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1747289 2 0.3789 0.00703 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1747291 2 0.0603 0.82059 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747293 5 0.5082 -0.07410 0.016 0.076 0.000 0.000 0.628 0.280
#> SRR1747294 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 5 0.3851 0.45238 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1747296 2 0.0653 0.82055 0.004 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1747297 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747300 5 0.3482 0.72856 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1747301 2 0.0260 0.82788 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747302 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747304 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747307 4 0.3969 0.73609 0.084 0.000 0.076 0.800 0.000 0.040
#> SRR1747308 2 0.0146 0.82957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747309 4 0.1245 0.90517 0.016 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032
#> SRR1747310 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 6 0.4948 0.36879 0.076 0.000 0.000 0.360 0.000 0.564
#> SRR1747313 4 0.3578 0.72557 0.052 0.000 0.000 0.784 0.000 0.164
#> SRR1747312 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0665 0.82375 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1747316 2 0.0862 0.81759 0.008 0.972 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747318 4 0.4369 0.62997 0.116 0.000 0.000 0.720 0.000 0.164
#> SRR1747317 4 0.5005 0.47492 0.164 0.000 0.000 0.644 0.000 0.192
#> SRR1747319 4 0.3299 0.79263 0.048 0.000 0.080 0.844 0.000 0.028
#> SRR1747320 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0146 0.93623 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0363 0.82442 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1747324 5 0.3309 0.74667 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1747326 2 0.3862 -0.26809 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 2 0.1887 0.78209 0.024 0.932 0.016 0.000 0.008 0.020
#> SRR1747330 4 0.2586 0.82795 0.032 0.000 0.000 0.868 0.000 0.100
#> SRR1747329 2 0.1148 0.80920 0.016 0.960 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747332 4 0.0820 0.92072 0.012 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1747331 5 0.3244 0.74638 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1747333 2 0.1167 0.81048 0.020 0.960 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1747334 5 0.3266 0.74743 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1747335 3 0.0363 0.59821 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747336 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.3221 0.49914 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1747338 2 0.3828 -0.10982 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1747339 4 0.4154 0.65976 0.096 0.000 0.000 0.740 0.000 0.164
#> SRR1747340 5 0.3834 0.18045 0.012 0.044 0.000 0.000 0.776 0.168
#> SRR1747341 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 6 0.4933 0.41261 0.076 0.000 0.000 0.312 0.004 0.608
#> SRR1747346 1 0.3448 0.61643 0.716 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747347 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0146 0.82929 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747350 5 0.3620 0.68300 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1747352 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747354 1 0.5808 0.36314 0.576 0.220 0.020 0.000 0.184 0.000
#> SRR1747355 4 0.3869 -0.04204 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1747356 5 0.4097 -0.55055 0.008 0.000 0.000 0.000 0.500 0.492
#> SRR1747357 6 0.4215 0.42024 0.080 0.000 0.000 0.000 0.196 0.724
#> SRR1747358 2 0.5190 0.39230 0.080 0.652 0.244 0.000 0.008 0.016
#> SRR1747359 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 5 0.3499 0.72449 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1747361 4 0.0146 0.93642 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747362 5 0.3482 0.72856 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1747363 3 0.0260 0.60388 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747364 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0291 0.60231 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747366 5 0.3672 0.65778 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1747367 4 0.4011 0.63906 0.056 0.000 0.000 0.732 0.000 0.212
#> SRR1747369 2 0.3634 0.26018 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1747368 1 0.4202 0.52102 0.712 0.000 0.224 0.000 0.000 0.064
#> SRR1747370 6 0.3971 0.36997 0.004 0.000 0.000 0.000 0.448 0.548
#> SRR1747372 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747374 2 0.3390 0.43456 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1747375 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747376 5 0.3862 0.40090 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.3288 0.74759 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1747379 2 0.1148 0.80880 0.020 0.960 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1747380 1 0.3448 0.61643 0.716 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747381 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0972 0.59942 0.028 0.000 0.964 0.008 0.000 0.000
#> SRR1747385 5 0.6593 0.07407 0.028 0.284 0.000 0.000 0.404 0.284
#> SRR1747386 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.83129 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.3464 0.73108 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1747390 2 0.0146 0.82957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747389 2 0.3659 0.23106 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1747391 5 0.3607 0.69193 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1747392 5 0.3482 0.72856 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1747393 5 0.3284 0.63507 0.000 0.168 0.000 0.000 0.800 0.032
#> SRR1747394 4 0.2542 0.83817 0.044 0.000 0.000 0.876 0.000 0.080
#> SRR1747395 6 0.4880 0.43917 0.076 0.000 0.000 0.256 0.012 0.656
#> SRR1747396 5 0.3266 0.74743 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1747398 5 0.3309 0.74678 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1747397 4 0.0146 0.93643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1747399 4 0.0000 0.93886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 4 0.0508 0.92830 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.4475 0.554 0.554
#> 3 3 0.954 0.933 0.972 0.4745 0.715 0.516
#> 4 4 1.000 0.973 0.990 0.0837 0.905 0.735
#> 5 5 0.890 0.901 0.953 0.0957 0.820 0.472
#> 6 6 0.805 0.741 0.871 0.0358 0.956 0.805
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747214 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747220 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747221 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747231 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747234 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747244 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747250 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747266 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747268 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747272 1 0.1843 0.970 0.972 0.028
#> SRR1747273 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747283 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747288 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747290 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747295 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747308 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747313 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747317 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747319 2 0.9393 0.446 0.356 0.644
#> SRR1747320 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747330 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747329 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747332 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747331 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747340 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.6801 0.780 0.180 0.820
#> SRR1747346 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747355 1 0.5629 0.847 0.868 0.132
#> SRR1747356 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.0376 0.992 0.004 0.996
#> SRR1747362 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747365 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747367 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1747397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747399 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.5760 0.539 0.672 0.000 0.328
#> SRR1747214 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747218 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747219 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747220 1 0.4842 0.721 0.776 0.000 0.224
#> SRR1747221 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747222 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747223 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747224 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747225 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747234 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747238 3 0.4605 0.742 0.000 0.204 0.796
#> SRR1747239 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.3752 0.795 0.144 0.000 0.856
#> SRR1747244 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747245 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747252 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747253 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747255 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747256 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747261 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747262 3 0.5733 0.554 0.000 0.324 0.676
#> SRR1747263 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747266 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747267 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747269 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747271 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747272 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747273 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747274 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747275 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747276 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747277 2 0.0592 0.980 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747278 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747286 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747288 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747290 3 0.5810 0.531 0.000 0.336 0.664
#> SRR1747289 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747291 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747293 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747292 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 3 0.5465 0.617 0.000 0.288 0.712
#> SRR1747296 3 0.5905 0.498 0.000 0.352 0.648
#> SRR1747297 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747308 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747309 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747311 1 0.6308 0.106 0.508 0.000 0.492
#> SRR1747313 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.5785 0.460 0.000 0.668 0.332
#> SRR1747316 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747318 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747320 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747324 3 0.5678 0.569 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747326 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747329 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747332 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747331 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747333 3 0.1529 0.922 0.000 0.040 0.960
#> SRR1747334 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747340 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747345 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747352 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747353 3 0.5882 0.507 0.000 0.348 0.652
#> SRR1747354 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747355 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747356 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747359 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747360 2 0.0237 0.989 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747361 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747362 3 0.5678 0.569 0.000 0.316 0.684
#> SRR1747363 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747364 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747366 3 0.6280 0.213 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747367 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747375 1 0.1289 0.937 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747376 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747378 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747379 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747389 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747394 1 0.5678 0.574 0.684 0.000 0.316
#> SRR1747395 3 0.0000 0.956 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 1 0.5678 0.574 0.684 0.000 0.316
#> SRR1747399 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747400 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747214 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747218 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747219 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747220 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747221 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747223 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747224 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747225 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747229 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747234 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747235 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 3 0.0188 0.977 0.00 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747244 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747245 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747246 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747247 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747252 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747256 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747257 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747259 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747260 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747261 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747262 3 0.3311 0.772 0.00 0.172 0.828 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747266 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747267 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747269 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747271 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747273 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747274 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747275 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747276 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747277 2 0.1211 0.939 0.00 0.960 0.040 0.000
#> SRR1747278 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747281 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747284 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747285 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747286 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747287 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747288 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747290 3 0.1022 0.948 0.00 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747289 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747291 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747294 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747295 3 0.0188 0.977 0.00 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747296 3 0.1211 0.939 0.00 0.040 0.960 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747308 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747309 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747310 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747311 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747313 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747312 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4925 0.231 0.00 0.572 0.428 0.000
#> SRR1747316 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747318 4 0.3907 0.650 0.00 0.000 0.232 0.768
#> SRR1747317 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747320 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 3 0.0188 0.977 0.00 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747326 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747330 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747329 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747332 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747331 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747333 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747334 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747340 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747341 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747345 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747346 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747352 1 0.0707 0.980 0.98 0.000 0.000 0.020
#> SRR1747353 3 0.3688 0.721 0.00 0.208 0.792 0.000
#> SRR1747354 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747355 3 0.4222 0.625 0.00 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747356 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747360 2 0.0188 0.984 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR1747361 3 0.0336 0.973 0.00 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747362 3 0.0188 0.977 0.00 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747363 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747364 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747366 3 0.4713 0.450 0.00 0.360 0.640 0.000
#> SRR1747367 4 0.0188 0.989 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1747369 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747381 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747382 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747383 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747385 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.999 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747390 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747389 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747394 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747395 3 0.0000 0.980 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747396 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.989 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747397 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747399 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747400 4 0.0000 0.992 0.00 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.0404 0.9615 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747214 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747215 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747218 5 0.2891 0.7962 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1747219 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747220 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747221 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747222 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747223 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747224 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747225 5 0.2424 0.8293 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747226 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 5 0.2377 0.8326 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1747229 5 0.3274 0.7512 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3336 0.6954 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747234 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747235 1 0.0510 0.9737 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747236 5 0.3336 0.7421 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1747237 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747239 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0162 0.9390 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.0404 0.9615 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747244 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747245 5 0.0794 0.9029 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747246 5 0.4060 0.4434 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1747247 1 0.0510 0.9737 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747250 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747252 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747253 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747254 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747256 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747257 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.3966 0.4775 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1747259 5 0.3336 0.7421 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1747260 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747261 3 0.0880 0.9134 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747262 5 0.0566 0.9074 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1747263 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 1 0.0510 0.9737 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747265 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747266 5 0.3177 0.7507 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1747267 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747268 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747269 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747270 5 0.3366 0.7371 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1747271 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747272 3 0.2424 0.8241 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1747273 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747274 5 0.2424 0.8293 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747275 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747276 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747277 5 0.0609 0.9060 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1747278 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747281 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747282 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747283 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747284 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747285 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747286 3 0.4278 0.0750 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1747287 2 0.4101 0.3421 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1747288 3 0.3177 0.7403 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1747290 5 0.0566 0.9076 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1747289 2 0.0162 0.9613 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747291 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747293 5 0.3039 0.7692 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1747294 5 0.1792 0.8742 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1747292 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747295 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747296 5 0.3696 0.7531 0.000 0.212 0.016 0.000 0.772
#> SRR1747297 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 5 0.3508 0.7109 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1747299 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747301 5 0.3366 0.7371 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1747302 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747308 5 0.0609 0.9057 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747309 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747310 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747311 4 0.2773 0.7806 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1747313 3 0.3177 0.7406 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747316 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747318 3 0.0510 0.9303 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747317 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747319 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747320 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747323 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747326 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747325 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747330 4 0.3336 0.6954 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1747329 5 0.2516 0.8236 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747332 3 0.3305 0.7171 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1747331 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747333 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747334 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747335 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747340 5 0.3534 0.6808 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1747341 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.3336 0.7421 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1747345 3 0.2424 0.8241 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1747346 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747351 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747352 1 0.3906 0.6750 0.744 0.000 0.000 0.240 0.016
#> SRR1747353 5 0.0566 0.9076 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1747354 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747355 3 0.0404 0.9334 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1747356 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747357 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747360 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747361 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747362 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747363 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747364 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747366 5 0.0566 0.9076 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1747367 3 0.2424 0.8241 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1747369 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747370 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747373 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747376 5 0.3336 0.7421 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1747377 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747379 5 0.1608 0.8753 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1747380 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747381 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747382 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747383 2 0.4273 0.0896 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1747384 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747385 3 0.3508 0.6504 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.9659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747390 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747389 5 0.0510 0.9070 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747391 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747392 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747393 3 0.0162 0.9392 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747394 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747395 3 0.0510 0.9303 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1747396 5 0.0510 0.9071 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1747398 5 0.2471 0.8331 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1747397 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747399 4 0.0510 0.9709 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747400 4 0.0162 0.9706 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 6 0.2941 0.61867 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1747214 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747217 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747218 5 0.3797 0.45010 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1747219 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747220 6 0.2969 0.61769 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747221 6 0.2996 0.61339 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1747222 6 0.3175 0.57699 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1747223 6 0.2996 0.61339 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1747224 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747225 5 0.2378 0.76807 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1747226 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747227 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747228 5 0.3684 0.53722 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1747229 5 0.2762 0.74280 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 6 0.4996 0.44289 0.000 0.000 0.200 0.156 0.000 0.644
#> SRR1747232 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.3151 0.51438 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1747234 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747235 4 0.3101 0.44277 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1747236 5 0.2793 0.73878 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747237 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747238 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747239 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0146 0.84191 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 6 0.3774 0.27200 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1747244 3 0.2969 0.79404 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747245 5 0.3101 0.71426 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1747246 5 0.3607 0.46385 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1747247 1 0.3866 0.04059 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747250 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747252 6 0.2996 0.61339 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1747253 6 0.2969 0.61769 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747254 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 6 0.3023 0.60951 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1747256 4 0.3867 0.17624 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1747257 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747258 3 0.3737 0.40594 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1747259 5 0.2793 0.73878 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747260 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747261 3 0.0713 0.82329 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1747262 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747263 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747264 4 0.3854 0.01676 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747266 5 0.2823 0.71115 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1747267 3 0.0632 0.84404 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1747268 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747269 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 5 0.2823 0.73440 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1747271 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747272 3 0.3695 0.60106 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1747273 6 0.3198 0.57055 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1747274 5 0.3695 0.53000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1747275 4 0.3023 0.65566 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1747276 4 0.3823 0.34480 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1747277 5 0.0146 0.86734 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1747278 3 0.2969 0.79404 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747280 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.2912 0.66712 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1747281 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747282 4 0.3175 0.63479 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1747283 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747284 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747285 3 0.2135 0.82491 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1747286 3 0.3782 0.24983 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1747287 2 0.3727 0.27788 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1747288 6 0.3737 -0.05281 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1747290 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747289 2 0.0146 0.95914 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747291 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747293 5 0.5302 0.46112 0.000 0.000 0.192 0.000 0.600 0.208
#> SRR1747294 5 0.1267 0.84429 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1747292 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747295 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747296 5 0.3803 0.73260 0.000 0.184 0.056 0.000 0.760 0.000
#> SRR1747297 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747298 5 0.2941 0.71595 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1747299 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747300 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 5 0.2823 0.73440 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1747302 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747303 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747307 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747308 5 0.2996 0.72639 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1747309 6 0.2969 0.61769 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747310 4 0.2340 0.70295 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1747311 6 0.0713 0.55777 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1747313 6 0.3695 -0.00346 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1747312 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 5 0.2762 0.75252 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1747318 3 0.3515 0.68686 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1747317 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747319 3 0.3221 0.76023 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1747320 4 0.3288 0.46359 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1747322 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747323 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747324 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747325 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747330 6 0.0146 0.53800 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747329 5 0.5138 0.53545 0.000 0.000 0.208 0.000 0.624 0.168
#> SRR1747332 6 0.3684 0.01012 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1747331 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747333 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747334 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747339 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747340 5 0.5488 0.39317 0.000 0.000 0.212 0.000 0.568 0.220
#> SRR1747341 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.2793 0.73878 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747345 6 0.3851 -0.26896 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1747346 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747347 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747350 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747352 4 0.2219 0.61897 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1747353 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747354 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747355 3 0.2361 0.80737 0.000 0.000 0.884 0.028 0.000 0.088
#> SRR1747356 3 0.1444 0.83768 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1747357 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747359 4 0.0146 0.73976 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1747360 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747361 3 0.2996 0.79259 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1747362 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747363 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747364 6 0.2969 0.61769 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747365 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747366 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747367 6 0.3851 -0.26896 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1747369 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747368 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747370 3 0.2969 0.79404 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1747372 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 6 0.2969 0.61769 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1747373 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747375 6 0.2178 0.61135 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1747376 5 0.2793 0.73878 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747379 5 0.3409 0.64918 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1747380 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747381 4 0.0000 0.74073 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747382 4 0.3198 0.63081 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1747383 2 0.3854 0.00891 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1747384 3 0.0000 0.84449 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747385 3 0.5571 0.55673 0.000 0.000 0.552 0.000 0.228 0.220
#> SRR1747386 1 0.0000 0.96169 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.96365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747390 5 0.0458 0.86338 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1747389 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747391 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 3 0.0692 0.84426 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1747394 6 0.2260 0.61404 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1747395 3 0.3833 0.48323 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1747396 5 0.0000 0.86876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 5 0.2003 0.80906 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1747397 6 0.2454 0.61788 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1747399 4 0.3198 0.63081 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1747400 4 0.3857 0.20078 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.762 0.940 0.953 0.408 0.601 0.601
#> 3 3 0.685 0.830 0.904 0.380 0.689 0.535
#> 4 4 0.352 0.568 0.750 0.133 0.826 0.640
#> 5 5 0.487 0.462 0.715 0.114 0.845 0.618
#> 6 6 0.577 0.558 0.755 0.063 0.897 0.674
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 1 0.9000 0.478 0.684 0.316
#> SRR1747214 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747215 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.4939 0.926 0.108 0.892
#> SRR1747218 2 0.3274 0.944 0.060 0.940
#> SRR1747219 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747220 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747221 1 0.2043 0.969 0.968 0.032
#> SRR1747222 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747223 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747224 2 0.4562 0.932 0.096 0.904
#> SRR1747225 2 0.1414 0.946 0.020 0.980
#> SRR1747226 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.3584 0.937 0.068 0.932
#> SRR1747228 2 0.3431 0.943 0.064 0.936
#> SRR1747229 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747231 2 0.7528 0.819 0.216 0.784
#> SRR1747232 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747233 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747234 2 0.3114 0.944 0.056 0.944
#> SRR1747235 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747236 2 0.3114 0.944 0.056 0.944
#> SRR1747237 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.0938 0.945 0.012 0.988
#> SRR1747239 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747242 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747243 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747244 2 0.4161 0.936 0.084 0.916
#> SRR1747245 2 0.3879 0.936 0.076 0.924
#> SRR1747246 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747248 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747249 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747250 2 0.2778 0.945 0.048 0.952
#> SRR1747252 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747253 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747254 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747255 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747256 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747257 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.5059 0.924 0.112 0.888
#> SRR1747259 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747260 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747261 2 0.2778 0.945 0.048 0.952
#> SRR1747262 2 0.1414 0.946 0.020 0.980
#> SRR1747263 2 0.0938 0.946 0.012 0.988
#> SRR1747264 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747265 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747266 2 0.3733 0.941 0.072 0.928
#> SRR1747267 2 0.5519 0.914 0.128 0.872
#> SRR1747268 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747269 2 0.4562 0.931 0.096 0.904
#> SRR1747270 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.1843 0.947 0.028 0.972
#> SRR1747272 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747273 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747274 2 0.1843 0.947 0.028 0.972
#> SRR1747275 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747276 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747277 2 0.2778 0.946 0.048 0.952
#> SRR1747278 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747280 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747279 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747281 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747282 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747283 2 0.5519 0.914 0.128 0.872
#> SRR1747284 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747285 2 0.5059 0.924 0.112 0.888
#> SRR1747286 2 0.4022 0.938 0.080 0.920
#> SRR1747287 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747288 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747290 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> SRR1747289 2 0.1414 0.947 0.020 0.980
#> SRR1747291 2 0.1184 0.946 0.016 0.984
#> SRR1747293 2 0.2423 0.946 0.040 0.960
#> SRR1747294 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747292 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747295 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747296 2 0.3879 0.938 0.076 0.924
#> SRR1747297 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.1184 0.946 0.016 0.984
#> SRR1747299 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR1747301 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR1747302 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747308 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747309 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747310 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747311 2 0.6343 0.885 0.160 0.840
#> SRR1747313 2 0.5842 0.905 0.140 0.860
#> SRR1747312 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.0938 0.946 0.012 0.988
#> SRR1747316 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747318 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747317 2 0.4298 0.935 0.088 0.912
#> SRR1747319 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747320 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747322 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747321 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747323 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.0938 0.945 0.012 0.988
#> SRR1747326 2 0.2043 0.947 0.032 0.968
#> SRR1747325 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.4022 0.938 0.080 0.920
#> SRR1747330 2 0.9977 0.257 0.472 0.528
#> SRR1747329 2 0.2236 0.947 0.036 0.964
#> SRR1747332 2 0.5842 0.905 0.140 0.860
#> SRR1747331 2 0.5059 0.924 0.112 0.888
#> SRR1747333 2 0.4690 0.930 0.100 0.900
#> SRR1747334 2 0.3584 0.940 0.068 0.932
#> SRR1747335 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747336 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.4815 0.928 0.104 0.896
#> SRR1747340 2 0.3733 0.941 0.072 0.928
#> SRR1747341 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747346 2 0.4298 0.935 0.088 0.912
#> SRR1747347 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR1747348 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747351 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747353 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.2948 0.944 0.052 0.948
#> SRR1747355 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747356 2 0.3274 0.943 0.060 0.940
#> SRR1747357 2 0.5178 0.922 0.116 0.884
#> SRR1747358 2 0.3431 0.942 0.064 0.936
#> SRR1747359 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747360 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747361 2 0.5294 0.919 0.120 0.880
#> SRR1747362 2 0.0938 0.945 0.012 0.988
#> SRR1747363 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747364 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> SRR1747365 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747366 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> SRR1747367 2 0.5629 0.911 0.132 0.868
#> SRR1747369 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.4431 0.934 0.092 0.908
#> SRR1747370 2 0.4815 0.928 0.104 0.896
#> SRR1747372 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747371 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747373 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747375 1 0.1633 0.977 0.976 0.024
#> SRR1747376 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.1633 0.947 0.024 0.976
#> SRR1747379 2 0.1184 0.946 0.016 0.984
#> SRR1747380 2 0.4939 0.926 0.108 0.892
#> SRR1747381 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747382 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747383 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.5294 0.919 0.120 0.880
#> SRR1747385 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747386 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0000 0.942 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR1747390 2 0.1414 0.946 0.020 0.980
#> SRR1747389 2 0.2043 0.947 0.032 0.968
#> SRR1747391 2 0.1184 0.946 0.016 0.984
#> SRR1747392 2 0.0938 0.946 0.012 0.988
#> SRR1747393 2 0.2423 0.946 0.040 0.960
#> SRR1747394 2 0.9427 0.564 0.360 0.640
#> SRR1747395 2 0.5408 0.917 0.124 0.876
#> SRR1747396 2 0.4298 0.934 0.088 0.912
#> SRR1747398 2 0.3114 0.941 0.056 0.944
#> SRR1747397 2 0.6887 0.859 0.184 0.816
#> SRR1747399 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1747400 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 1 0.2152 0.8857 0.948 0.036 0.016
#> SRR1747214 1 0.1129 0.8884 0.976 0.020 0.004
#> SRR1747215 3 0.3116 0.9322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747216 3 0.4178 0.9204 0.000 0.172 0.828
#> SRR1747217 2 0.5461 0.6718 0.244 0.748 0.008
#> SRR1747218 2 0.1289 0.9027 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747219 1 0.6307 0.5342 0.660 0.328 0.012
#> SRR1747220 1 0.1877 0.8862 0.956 0.032 0.012
#> SRR1747221 1 0.1919 0.8877 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747222 1 0.1315 0.8884 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747223 1 0.1781 0.8887 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747224 2 0.6617 0.3472 0.388 0.600 0.012
#> SRR1747225 2 0.1163 0.9033 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747226 2 0.0747 0.8884 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747227 2 0.3009 0.8661 0.028 0.920 0.052
#> SRR1747228 2 0.3028 0.8877 0.048 0.920 0.032
#> SRR1747229 2 0.0747 0.8947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747230 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747231 1 0.2689 0.8786 0.932 0.036 0.032
#> SRR1747232 1 0.1337 0.8851 0.972 0.016 0.012
#> SRR1747233 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747234 2 0.2116 0.8955 0.040 0.948 0.012
#> SRR1747235 1 0.1315 0.8886 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747236 2 0.1163 0.9033 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747237 2 0.3752 0.7775 0.000 0.856 0.144
#> SRR1747238 2 0.0592 0.9032 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747239 2 0.5138 0.5674 0.000 0.748 0.252
#> SRR1747240 1 0.2165 0.8410 0.936 0.000 0.064
#> SRR1747241 2 0.4676 0.8310 0.112 0.848 0.040
#> SRR1747242 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747243 1 0.2050 0.8888 0.952 0.020 0.028
#> SRR1747244 2 0.2625 0.8722 0.084 0.916 0.000
#> SRR1747245 2 0.3042 0.8805 0.040 0.920 0.040
#> SRR1747246 2 0.0592 0.8916 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747247 1 0.1170 0.8860 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747248 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747249 1 0.1781 0.8887 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747250 2 0.1999 0.8975 0.036 0.952 0.012
#> SRR1747252 1 0.2031 0.8850 0.952 0.032 0.016
#> SRR1747253 1 0.1482 0.8881 0.968 0.020 0.012
#> SRR1747254 3 0.5621 0.7366 0.000 0.308 0.692
#> SRR1747255 1 0.1781 0.8887 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747256 1 0.1129 0.8890 0.976 0.020 0.004
#> SRR1747257 2 0.2448 0.8509 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747258 2 0.2446 0.8867 0.052 0.936 0.012
#> SRR1747259 2 0.1905 0.9025 0.028 0.956 0.016
#> SRR1747260 2 0.6632 0.3421 0.392 0.596 0.012
#> SRR1747261 2 0.1950 0.8983 0.040 0.952 0.008
#> SRR1747262 2 0.0592 0.9032 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747263 2 0.2356 0.8555 0.000 0.928 0.072
#> SRR1747264 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747265 1 0.6825 0.0179 0.496 0.492 0.012
#> SRR1747266 2 0.1399 0.9029 0.028 0.968 0.004
#> SRR1747267 2 0.6566 0.4041 0.376 0.612 0.012
#> SRR1747268 1 0.6735 0.2889 0.564 0.424 0.012
#> SRR1747269 2 0.1647 0.9007 0.036 0.960 0.004
#> SRR1747270 2 0.1411 0.8822 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747271 2 0.1163 0.9033 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747272 1 0.4575 0.7845 0.828 0.160 0.012
#> SRR1747273 1 0.1482 0.8881 0.968 0.020 0.012
#> SRR1747274 2 0.1399 0.9029 0.028 0.968 0.004
#> SRR1747275 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747276 1 0.1636 0.8892 0.964 0.020 0.016
#> SRR1747277 2 0.1585 0.9040 0.028 0.964 0.008
#> SRR1747278 2 0.2939 0.8717 0.072 0.916 0.012
#> SRR1747280 1 0.1170 0.8864 0.976 0.016 0.008
#> SRR1747279 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747281 2 0.0592 0.8916 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747282 1 0.1781 0.8887 0.960 0.020 0.020
#> SRR1747283 2 0.5618 0.7727 0.156 0.796 0.048
#> SRR1747284 1 0.1315 0.8886 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747285 2 0.2749 0.8788 0.064 0.924 0.012
#> SRR1747286 2 0.6357 0.4867 0.336 0.652 0.012
#> SRR1747287 2 0.2066 0.8642 0.000 0.940 0.060
#> SRR1747288 1 0.3293 0.8539 0.900 0.088 0.012
#> SRR1747290 2 0.0424 0.9023 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747289 2 0.0592 0.9032 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747291 2 0.1129 0.9047 0.020 0.976 0.004
#> SRR1747293 2 0.1289 0.9027 0.032 0.968 0.000
#> SRR1747294 2 0.1163 0.8877 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747292 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747295 2 0.1163 0.9033 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747296 2 0.3042 0.8781 0.040 0.920 0.040
#> SRR1747297 3 0.3816 0.9318 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747298 2 0.0661 0.9027 0.008 0.988 0.004
#> SRR1747299 2 0.0747 0.8884 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747300 2 0.0000 0.8992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747301 2 0.2261 0.8601 0.000 0.932 0.068
#> SRR1747302 3 0.4121 0.9225 0.000 0.168 0.832
#> SRR1747303 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747304 1 0.2356 0.8356 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747305 3 0.3340 0.9368 0.000 0.120 0.880
#> SRR1747306 3 0.5178 0.8383 0.000 0.256 0.744
#> SRR1747307 1 0.3918 0.8244 0.868 0.120 0.012
#> SRR1747308 2 0.2031 0.9020 0.032 0.952 0.016
#> SRR1747309 1 0.1919 0.8879 0.956 0.024 0.020
#> SRR1747310 1 0.1315 0.8886 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747311 1 0.4261 0.8053 0.848 0.140 0.012
#> SRR1747313 1 0.3359 0.8573 0.900 0.084 0.016
#> SRR1747312 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747314 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747315 2 0.0000 0.8992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747316 2 0.1711 0.9034 0.032 0.960 0.008
#> SRR1747318 1 0.5450 0.7001 0.760 0.228 0.012
#> SRR1747317 1 0.6823 0.0813 0.504 0.484 0.012
#> SRR1747319 1 0.3459 0.8465 0.892 0.096 0.012
#> SRR1747320 1 0.1315 0.8881 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747322 1 0.2356 0.8356 0.928 0.000 0.072
#> SRR1747321 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747323 3 0.3941 0.9289 0.000 0.156 0.844
#> SRR1747324 2 0.0237 0.9009 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747326 2 0.0592 0.9032 0.012 0.988 0.000
#> SRR1747325 3 0.3116 0.9322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747327 3 0.3412 0.9336 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747328 2 0.3356 0.8805 0.056 0.908 0.036
#> SRR1747330 1 0.3406 0.8668 0.904 0.068 0.028
#> SRR1747329 2 0.2703 0.8915 0.056 0.928 0.016
#> SRR1747332 1 0.3183 0.8613 0.908 0.076 0.016
#> SRR1747331 2 0.1989 0.8958 0.048 0.948 0.004
#> SRR1747333 2 0.1643 0.9001 0.044 0.956 0.000
#> SRR1747334 2 0.0424 0.9023 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747335 2 0.6348 0.6982 0.212 0.740 0.048
#> SRR1747336 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747337 2 0.3482 0.7779 0.000 0.872 0.128
#> SRR1747338 2 0.0747 0.8884 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747339 1 0.6333 0.5418 0.656 0.332 0.012
#> SRR1747340 2 0.1399 0.9029 0.028 0.968 0.004
#> SRR1747341 3 0.3116 0.9322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747342 3 0.3412 0.9376 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747343 3 0.3116 0.9322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747344 2 0.0892 0.8931 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747345 2 0.6809 0.0870 0.464 0.524 0.012
#> SRR1747346 2 0.5406 0.6975 0.224 0.764 0.012
#> SRR1747347 3 0.3116 0.9322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1747348 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747349 1 0.1919 0.8885 0.956 0.020 0.024
#> SRR1747351 2 0.0892 0.8896 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747350 2 0.0237 0.8969 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747352 1 0.1315 0.8881 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747353 2 0.0000 0.8992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747354 2 0.1999 0.8975 0.036 0.952 0.012
#> SRR1747355 1 0.3889 0.8464 0.884 0.084 0.032
#> SRR1747356 2 0.2116 0.8950 0.040 0.948 0.012
#> SRR1747357 2 0.2845 0.8738 0.068 0.920 0.012
#> SRR1747358 2 0.2280 0.8917 0.052 0.940 0.008
#> SRR1747359 1 0.1129 0.8884 0.976 0.020 0.004
#> SRR1747360 2 0.0747 0.9037 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747361 1 0.5072 0.7437 0.792 0.196 0.012
#> SRR1747362 2 0.0424 0.9023 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747363 1 0.7740 0.1167 0.508 0.444 0.048
#> SRR1747364 1 0.1905 0.8862 0.956 0.028 0.016
#> SRR1747365 2 0.6869 0.6196 0.264 0.688 0.048
#> SRR1747366 2 0.0237 0.9009 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747367 1 0.4514 0.7904 0.832 0.156 0.012
#> SRR1747369 2 0.0237 0.8969 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747368 2 0.5619 0.6640 0.244 0.744 0.012
#> SRR1747370 2 0.2550 0.8835 0.056 0.932 0.012
#> SRR1747372 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747371 1 0.1919 0.8879 0.956 0.024 0.020
#> SRR1747373 2 0.0747 0.8884 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747374 3 0.6062 0.6259 0.000 0.384 0.616
#> SRR1747375 1 0.2050 0.8880 0.952 0.020 0.028
#> SRR1747376 2 0.0592 0.8916 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747377 3 0.3619 0.9365 0.000 0.136 0.864
#> SRR1747378 2 0.0892 0.9039 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747379 2 0.0892 0.9042 0.020 0.980 0.000
#> SRR1747380 2 0.5619 0.6695 0.244 0.744 0.012
#> SRR1747381 1 0.1315 0.8886 0.972 0.020 0.008
#> SRR1747382 1 0.0892 0.8889 0.980 0.020 0.000
#> SRR1747383 2 0.2165 0.8613 0.000 0.936 0.064
#> SRR1747384 2 0.6082 0.5923 0.296 0.692 0.012
#> SRR1747385 1 0.6769 0.3912 0.592 0.392 0.016
#> SRR1747386 1 0.2448 0.8336 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747387 3 0.3551 0.9374 0.000 0.132 0.868
#> SRR1747388 2 0.0237 0.8969 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747390 2 0.1482 0.9037 0.020 0.968 0.012
#> SRR1747389 2 0.1163 0.9033 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747391 2 0.0000 0.8992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747392 2 0.0237 0.8969 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747393 2 0.1999 0.8975 0.036 0.952 0.012
#> SRR1747394 1 0.3120 0.8589 0.908 0.080 0.012
#> SRR1747395 1 0.6566 0.4340 0.612 0.376 0.012
#> SRR1747396 2 0.1031 0.9038 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.8992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 1 0.3434 0.8680 0.904 0.064 0.032
#> SRR1747399 1 0.1129 0.8884 0.976 0.020 0.004
#> SRR1747400 1 0.2804 0.8707 0.924 0.060 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.4485 0.5249 0.124 0.028 0.028 0.820
#> SRR1747214 4 0.4655 0.3637 0.312 0.004 0.000 0.684
#> SRR1747215 2 0.3356 0.8818 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747216 3 0.4663 0.4184 0.012 0.272 0.716 0.000
#> SRR1747217 4 0.5535 0.2385 0.000 0.020 0.420 0.560
#> SRR1747218 3 0.2861 0.7355 0.000 0.016 0.888 0.096
#> SRR1747219 4 0.7255 0.4796 0.124 0.016 0.292 0.568
#> SRR1747220 4 0.5037 0.5976 0.052 0.068 0.072 0.808
#> SRR1747221 4 0.4274 0.6040 0.008 0.064 0.096 0.832
#> SRR1747222 4 0.5282 0.4956 0.188 0.064 0.004 0.744
#> SRR1747223 4 0.5475 0.5782 0.028 0.112 0.088 0.772
#> SRR1747224 3 0.4917 0.4451 0.000 0.008 0.656 0.336
#> SRR1747225 3 0.0524 0.7503 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1747226 3 0.1940 0.7127 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1747227 3 0.7600 0.0870 0.012 0.140 0.456 0.392
#> SRR1747228 3 0.6367 0.4179 0.000 0.080 0.584 0.336
#> SRR1747229 3 0.4262 0.5143 0.000 0.236 0.756 0.008
#> SRR1747230 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747231 4 0.5474 0.5288 0.092 0.084 0.044 0.780
#> SRR1747232 1 0.4977 0.4096 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1747233 4 0.5706 0.4441 0.168 0.104 0.004 0.724
#> SRR1747234 3 0.6458 0.5828 0.104 0.016 0.672 0.208
#> SRR1747235 4 0.4267 0.4388 0.188 0.024 0.000 0.788
#> SRR1747236 3 0.1743 0.7419 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR1747237 2 0.4697 0.7006 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1747238 3 0.1151 0.7514 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747239 2 0.4585 0.7434 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1747240 1 0.4072 0.8565 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1747241 4 0.7967 0.4192 0.068 0.128 0.232 0.572
#> SRR1747242 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747243 4 0.4801 0.4845 0.084 0.108 0.008 0.800
#> SRR1747244 3 0.5783 0.4080 0.012 0.020 0.608 0.360
#> SRR1747245 3 0.7472 0.0336 0.008 0.136 0.444 0.412
#> SRR1747246 3 0.0921 0.7404 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1747247 4 0.4996 -0.2828 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1747248 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747249 4 0.5082 0.4722 0.112 0.108 0.004 0.776
#> SRR1747250 3 0.3945 0.6673 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1747252 4 0.3249 0.6168 0.000 0.008 0.140 0.852
#> SRR1747253 4 0.4959 0.5820 0.060 0.076 0.052 0.812
#> SRR1747254 2 0.3764 0.8741 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1747255 4 0.5427 0.4714 0.148 0.100 0.004 0.748
#> SRR1747256 4 0.5055 0.5032 0.180 0.056 0.004 0.760
#> SRR1747257 2 0.4877 0.5918 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1747258 3 0.1675 0.7479 0.004 0.004 0.948 0.044
#> SRR1747259 3 0.3999 0.6556 0.000 0.140 0.824 0.036
#> SRR1747260 3 0.5297 0.1507 0.004 0.004 0.548 0.444
#> SRR1747261 3 0.3391 0.7120 0.004 0.004 0.844 0.148
#> SRR1747262 3 0.0376 0.7479 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747263 3 0.7487 -0.1774 0.008 0.352 0.492 0.148
#> SRR1747264 4 0.5803 0.4385 0.172 0.108 0.004 0.716
#> SRR1747265 4 0.7488 0.4125 0.124 0.020 0.324 0.532
#> SRR1747266 3 0.1617 0.7508 0.008 0.012 0.956 0.024
#> SRR1747267 4 0.7749 0.3992 0.124 0.032 0.324 0.520
#> SRR1747268 4 0.6177 0.1731 0.024 0.016 0.436 0.524
#> SRR1747269 3 0.0779 0.7509 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1747270 3 0.4522 0.3027 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1747271 3 0.0657 0.7492 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747272 4 0.4995 0.5004 0.004 0.004 0.344 0.648
#> SRR1747273 4 0.4234 0.4798 0.132 0.052 0.000 0.816
#> SRR1747274 3 0.1824 0.7449 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1747275 4 0.5843 0.4390 0.176 0.108 0.004 0.712
#> SRR1747276 4 0.5260 0.4958 0.144 0.092 0.004 0.760
#> SRR1747277 3 0.3999 0.7005 0.000 0.036 0.824 0.140
#> SRR1747278 3 0.5800 0.5156 0.028 0.016 0.656 0.300
#> SRR1747280 4 0.4999 -0.2699 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1747279 4 0.5788 0.4385 0.176 0.104 0.004 0.716
#> SRR1747281 3 0.1624 0.7396 0.028 0.020 0.952 0.000
#> SRR1747282 4 0.6121 0.4294 0.212 0.104 0.004 0.680
#> SRR1747283 4 0.6875 0.5156 0.068 0.128 0.116 0.688
#> SRR1747284 4 0.4267 0.4388 0.188 0.024 0.000 0.788
#> SRR1747285 3 0.4034 0.6680 0.004 0.008 0.796 0.192
#> SRR1747286 3 0.5292 -0.0350 0.000 0.008 0.512 0.480
#> SRR1747287 3 0.4999 -0.3301 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1747288 4 0.4502 0.6003 0.000 0.016 0.236 0.748
#> SRR1747290 3 0.0657 0.7463 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1747289 3 0.0672 0.7477 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747291 3 0.4194 0.6421 0.000 0.172 0.800 0.028
#> SRR1747293 3 0.3533 0.7239 0.024 0.008 0.864 0.104
#> SRR1747294 3 0.5097 -0.1012 0.004 0.428 0.568 0.000
#> SRR1747292 4 0.5747 0.4414 0.172 0.104 0.004 0.720
#> SRR1747295 3 0.0376 0.7479 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1747296 3 0.7719 0.1210 0.024 0.120 0.440 0.416
#> SRR1747297 2 0.4088 0.8483 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR1747298 3 0.4213 0.6680 0.012 0.136 0.824 0.028
#> SRR1747299 3 0.2081 0.7060 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1747300 3 0.1821 0.7431 0.032 0.012 0.948 0.008
#> SRR1747301 3 0.5295 -0.3151 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1747302 3 0.4483 0.3870 0.004 0.284 0.712 0.000
#> SRR1747303 3 0.4012 0.5901 0.004 0.204 0.788 0.004
#> SRR1747304 1 0.3764 0.9101 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1747305 2 0.3400 0.8857 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747306 3 0.4018 0.5209 0.004 0.224 0.772 0.000
#> SRR1747307 4 0.7521 0.5088 0.124 0.032 0.272 0.572
#> SRR1747308 3 0.4579 0.6756 0.000 0.032 0.768 0.200
#> SRR1747309 4 0.3948 0.6194 0.000 0.036 0.136 0.828
#> SRR1747310 4 0.4744 0.4167 0.240 0.024 0.000 0.736
#> SRR1747311 4 0.4302 0.6028 0.004 0.004 0.236 0.756
#> SRR1747313 4 0.5150 0.6036 0.012 0.028 0.224 0.736
#> SRR1747312 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747314 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747315 3 0.1762 0.7460 0.020 0.016 0.952 0.012
#> SRR1747316 3 0.4057 0.6653 0.000 0.152 0.816 0.032
#> SRR1747318 4 0.5323 0.4030 0.004 0.008 0.396 0.592
#> SRR1747317 3 0.5296 -0.0193 0.000 0.008 0.500 0.492
#> SRR1747319 4 0.7130 0.5448 0.124 0.028 0.224 0.624
#> SRR1747320 4 0.5539 0.4538 0.224 0.060 0.004 0.712
#> SRR1747322 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747321 4 0.4787 0.4731 0.092 0.108 0.004 0.796
#> SRR1747323 2 0.3801 0.8673 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1747324 3 0.0672 0.7497 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747326 3 0.1590 0.7449 0.028 0.008 0.956 0.008
#> SRR1747325 2 0.3356 0.8818 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747327 2 0.3356 0.8818 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1747328 4 0.6965 -0.1363 0.004 0.096 0.440 0.460
#> SRR1747330 4 0.5241 0.6055 0.024 0.064 0.132 0.780
#> SRR1747329 3 0.6474 0.2799 0.000 0.076 0.536 0.388
#> SRR1747332 4 0.4194 0.6077 0.000 0.008 0.228 0.764
#> SRR1747331 3 0.0817 0.7512 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747333 3 0.4808 0.6605 0.020 0.016 0.768 0.196
#> SRR1747334 3 0.1917 0.7415 0.036 0.012 0.944 0.008
#> SRR1747335 4 0.7256 0.5110 0.068 0.140 0.136 0.656
#> SRR1747336 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747337 3 0.2973 0.6380 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1747338 3 0.0779 0.7447 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1747339 4 0.5161 0.3467 0.000 0.008 0.400 0.592
#> SRR1747340 3 0.3629 0.7290 0.028 0.016 0.868 0.088
#> SRR1747341 2 0.3400 0.8857 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747342 2 0.3400 0.8857 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747343 2 0.3400 0.8857 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1747344 3 0.4328 0.4940 0.000 0.244 0.748 0.008
#> SRR1747345 4 0.5190 0.3952 0.004 0.004 0.396 0.596
#> SRR1747346 3 0.7811 0.0481 0.124 0.028 0.464 0.384
#> SRR1747347 2 0.6375 0.7288 0.004 0.668 0.176 0.152
#> SRR1747348 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747349 4 0.5788 0.4385 0.176 0.104 0.004 0.716
#> SRR1747351 3 0.4837 0.2553 0.004 0.348 0.648 0.000
#> SRR1747350 3 0.0188 0.7474 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747352 4 0.5033 0.3470 0.324 0.008 0.004 0.664
#> SRR1747353 3 0.1970 0.7306 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1747354 3 0.5163 0.6767 0.080 0.008 0.772 0.140
#> SRR1747355 4 0.4724 0.5977 0.012 0.044 0.148 0.796
#> SRR1747356 3 0.2839 0.7214 0.004 0.004 0.884 0.108
#> SRR1747357 3 0.4153 0.6600 0.004 0.008 0.784 0.204
#> SRR1747358 3 0.6384 0.6162 0.124 0.016 0.688 0.172
#> SRR1747359 4 0.4827 0.4797 0.124 0.092 0.000 0.784
#> SRR1747360 3 0.0336 0.7491 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747361 4 0.4917 0.5016 0.000 0.008 0.336 0.656
#> SRR1747362 3 0.1262 0.7480 0.016 0.008 0.968 0.008
#> SRR1747363 4 0.7118 0.5171 0.068 0.136 0.128 0.668
#> SRR1747364 4 0.3681 0.6150 0.024 0.004 0.124 0.848
#> SRR1747365 4 0.7647 0.4858 0.068 0.132 0.184 0.616
#> SRR1747366 3 0.0188 0.7474 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1747367 4 0.5349 0.4513 0.004 0.012 0.368 0.616
#> SRR1747369 3 0.0592 0.7445 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1747368 3 0.6715 0.3719 0.076 0.012 0.580 0.332
#> SRR1747370 3 0.3182 0.7132 0.004 0.004 0.860 0.132
#> SRR1747372 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747371 4 0.5355 0.6047 0.028 0.084 0.108 0.780
#> SRR1747373 3 0.1510 0.7384 0.016 0.028 0.956 0.000
#> SRR1747374 3 0.3831 0.5562 0.004 0.204 0.792 0.000
#> SRR1747375 4 0.4637 0.6145 0.020 0.032 0.144 0.804
#> SRR1747376 3 0.0336 0.7465 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1747377 2 0.3444 0.8858 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747378 3 0.1617 0.7452 0.024 0.012 0.956 0.008
#> SRR1747379 3 0.4599 0.6872 0.000 0.088 0.800 0.112
#> SRR1747380 3 0.7820 0.0134 0.124 0.028 0.456 0.392
#> SRR1747381 4 0.4267 0.4419 0.188 0.024 0.000 0.788
#> SRR1747382 4 0.5142 0.5049 0.168 0.060 0.008 0.764
#> SRR1747383 2 0.5168 0.3213 0.004 0.500 0.496 0.000
#> SRR1747384 4 0.7210 0.1721 0.068 0.028 0.428 0.476
#> SRR1747385 4 0.6188 0.2847 0.024 0.020 0.392 0.564
#> SRR1747386 1 0.3400 0.9502 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747387 2 0.3444 0.8858 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1747388 3 0.1271 0.7477 0.012 0.012 0.968 0.008
#> SRR1747390 3 0.4462 0.6908 0.000 0.044 0.792 0.164
#> SRR1747389 3 0.0657 0.7492 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1747391 3 0.1975 0.7461 0.028 0.016 0.944 0.012
#> SRR1747392 3 0.1917 0.7415 0.036 0.012 0.944 0.008
#> SRR1747393 3 0.3236 0.7092 0.004 0.004 0.856 0.136
#> SRR1747394 4 0.3908 0.6085 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR1747395 4 0.5776 0.4026 0.012 0.016 0.388 0.584
#> SRR1747396 3 0.2049 0.7433 0.036 0.012 0.940 0.012
#> SRR1747398 3 0.0937 0.7499 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1747397 4 0.5283 0.6102 0.012 0.044 0.200 0.744
#> SRR1747399 4 0.5386 0.4202 0.236 0.056 0.000 0.708
#> SRR1747400 4 0.4524 0.6121 0.052 0.012 0.120 0.816
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 4 0.3684 0.5214 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1747214 4 0.4158 0.6800 0.124 0.000 0.092 0.784 0.000
#> SRR1747215 2 0.0000 0.7403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.5026 0.4240 0.000 0.588 0.040 0.000 0.372
#> SRR1747217 4 0.7148 -0.5745 0.000 0.012 0.328 0.332 0.328
#> SRR1747218 5 0.3519 0.5654 0.000 0.008 0.136 0.028 0.828
#> SRR1747219 3 0.6150 0.5760 0.000 0.004 0.576 0.176 0.244
#> SRR1747220 4 0.4428 0.6588 0.084 0.000 0.160 0.756 0.000
#> SRR1747221 4 0.3002 0.6422 0.000 0.000 0.028 0.856 0.116
#> SRR1747222 4 0.3946 0.6851 0.120 0.000 0.080 0.800 0.000
#> SRR1747223 4 0.3282 0.6572 0.024 0.000 0.024 0.860 0.092
#> SRR1747224 5 0.6354 -0.1086 0.000 0.000 0.264 0.216 0.520
#> SRR1747225 5 0.3127 0.5575 0.000 0.004 0.128 0.020 0.848
#> SRR1747226 5 0.4292 0.3082 0.000 0.272 0.024 0.000 0.704
#> SRR1747227 5 0.7505 -0.1791 0.000 0.048 0.308 0.224 0.420
#> SRR1747228 5 0.6753 0.0604 0.000 0.044 0.132 0.272 0.552
#> SRR1747229 5 0.3292 0.5741 0.000 0.140 0.016 0.008 0.836
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.3913 0.4655 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1747232 1 0.4009 0.6064 0.684 0.000 0.004 0.312 0.000
#> SRR1747233 4 0.4104 0.6372 0.124 0.000 0.088 0.788 0.000
#> SRR1747234 3 0.5440 0.2060 0.000 0.004 0.480 0.048 0.468
#> SRR1747235 4 0.3659 0.5734 0.012 0.000 0.220 0.768 0.000
#> SRR1747236 5 0.0932 0.6292 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1747237 2 0.2605 0.7160 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1747238 5 0.2122 0.6268 0.000 0.032 0.036 0.008 0.924
#> SRR1747239 2 0.2536 0.7227 0.000 0.868 0.004 0.000 0.128
#> SRR1747240 1 0.2424 0.8057 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1747241 3 0.6775 0.3531 0.000 0.004 0.412 0.360 0.224
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.4623 0.5352 0.032 0.000 0.304 0.664 0.000
#> SRR1747244 5 0.6592 -0.0548 0.000 0.008 0.276 0.204 0.512
#> SRR1747245 5 0.7554 -0.3128 0.000 0.040 0.336 0.268 0.356
#> SRR1747246 5 0.2927 0.5841 0.000 0.092 0.040 0.000 0.868
#> SRR1747247 1 0.4350 0.3846 0.588 0.000 0.004 0.408 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.3847 0.6425 0.036 0.000 0.180 0.784 0.000
#> SRR1747250 5 0.6096 0.1534 0.000 0.016 0.252 0.128 0.604
#> SRR1747252 4 0.3507 0.6366 0.000 0.000 0.052 0.828 0.120
#> SRR1747253 4 0.4612 0.6797 0.084 0.000 0.108 0.780 0.028
#> SRR1747254 2 0.0510 0.7466 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1747255 4 0.2856 0.6815 0.104 0.000 0.016 0.872 0.008
#> SRR1747256 4 0.3170 0.6811 0.124 0.000 0.024 0.848 0.004
#> SRR1747257 2 0.2929 0.7014 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747258 5 0.4224 0.4042 0.000 0.000 0.216 0.040 0.744
#> SRR1747259 5 0.3728 0.5439 0.000 0.164 0.024 0.008 0.804
#> SRR1747260 5 0.6292 -0.1157 0.000 0.000 0.260 0.208 0.532
#> SRR1747261 5 0.4622 0.3568 0.000 0.004 0.240 0.044 0.712
#> SRR1747262 5 0.0162 0.6301 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747263 2 0.6643 0.3334 0.000 0.440 0.036 0.096 0.428
#> SRR1747264 4 0.3669 0.6550 0.128 0.000 0.056 0.816 0.000
#> SRR1747265 3 0.5920 0.5189 0.000 0.004 0.560 0.108 0.328
#> SRR1747266 5 0.4276 0.4072 0.000 0.000 0.256 0.028 0.716
#> SRR1747267 3 0.5602 0.5527 0.000 0.004 0.612 0.092 0.292
#> SRR1747268 5 0.6496 -0.1315 0.000 0.000 0.280 0.232 0.488
#> SRR1747269 5 0.1106 0.6266 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1747270 5 0.4538 0.2067 0.000 0.348 0.012 0.004 0.636
#> SRR1747271 5 0.1329 0.6240 0.000 0.004 0.032 0.008 0.956
#> SRR1747272 4 0.6775 -0.3796 0.000 0.000 0.276 0.376 0.348
#> SRR1747273 4 0.3398 0.5811 0.004 0.000 0.216 0.780 0.000
#> SRR1747274 5 0.4181 0.4034 0.000 0.004 0.244 0.020 0.732
#> SRR1747275 4 0.4094 0.6363 0.128 0.000 0.084 0.788 0.000
#> SRR1747276 4 0.3406 0.6798 0.084 0.000 0.020 0.856 0.040
#> SRR1747277 5 0.2897 0.6087 0.000 0.072 0.024 0.020 0.884
#> SRR1747278 5 0.6303 -0.0323 0.000 0.000 0.280 0.196 0.524
#> SRR1747280 1 0.4416 0.5028 0.632 0.000 0.012 0.356 0.000
#> SRR1747279 4 0.4049 0.6402 0.124 0.000 0.084 0.792 0.000
#> SRR1747281 5 0.1787 0.6244 0.000 0.044 0.016 0.004 0.936
#> SRR1747282 4 0.3218 0.6635 0.128 0.000 0.024 0.844 0.004
#> SRR1747283 3 0.5794 0.3632 0.000 0.000 0.520 0.384 0.096
#> SRR1747284 4 0.4066 0.6213 0.044 0.000 0.188 0.768 0.000
#> SRR1747285 5 0.5535 0.1559 0.000 0.000 0.272 0.108 0.620
#> SRR1747286 3 0.6593 0.4990 0.000 0.000 0.432 0.216 0.352
#> SRR1747287 2 0.4664 0.4085 0.000 0.552 0.008 0.004 0.436
#> SRR1747288 4 0.6220 0.0799 0.000 0.000 0.308 0.524 0.168
#> SRR1747290 5 0.1651 0.6297 0.000 0.036 0.012 0.008 0.944
#> SRR1747289 5 0.1106 0.6304 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1747291 5 0.3693 0.5814 0.000 0.124 0.044 0.008 0.824
#> SRR1747293 5 0.5167 0.2525 0.000 0.000 0.248 0.088 0.664
#> SRR1747294 5 0.4874 -0.1637 0.000 0.452 0.016 0.004 0.528
#> SRR1747292 4 0.4149 0.6362 0.128 0.000 0.088 0.784 0.000
#> SRR1747295 5 0.0609 0.6288 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747296 5 0.7348 -0.1609 0.000 0.040 0.320 0.208 0.432
#> SRR1747297 2 0.0898 0.7442 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1747298 5 0.4380 0.4466 0.000 0.240 0.020 0.012 0.728
#> SRR1747299 5 0.4622 0.2753 0.000 0.276 0.040 0.000 0.684
#> SRR1747300 5 0.1571 0.6235 0.000 0.000 0.060 0.004 0.936
#> SRR1747301 2 0.5242 0.3156 0.000 0.516 0.036 0.004 0.444
#> SRR1747302 2 0.5014 0.4291 0.000 0.592 0.040 0.000 0.368
#> SRR1747303 5 0.3861 0.4063 0.000 0.264 0.008 0.000 0.728
#> SRR1747304 1 0.2011 0.8416 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.7403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 2 0.5175 0.3455 0.000 0.548 0.044 0.000 0.408
#> SRR1747307 3 0.4866 0.4831 0.000 0.004 0.732 0.148 0.116
#> SRR1747308 5 0.4110 0.5720 0.000 0.092 0.064 0.028 0.816
#> SRR1747309 4 0.3110 0.6482 0.004 0.000 0.028 0.856 0.112
#> SRR1747310 4 0.4768 0.6407 0.096 0.000 0.180 0.724 0.000
#> SRR1747311 4 0.5681 0.3343 0.000 0.000 0.268 0.608 0.124
#> SRR1747313 4 0.5748 0.2560 0.000 0.000 0.252 0.608 0.140
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.1948 0.6286 0.000 0.036 0.024 0.008 0.932
#> SRR1747316 5 0.3272 0.5896 0.000 0.100 0.032 0.012 0.856
#> SRR1747318 5 0.6626 -0.2624 0.000 0.000 0.272 0.272 0.456
#> SRR1747317 5 0.6602 -0.1634 0.000 0.004 0.260 0.240 0.496
#> SRR1747319 3 0.4799 0.3367 0.000 0.004 0.708 0.228 0.060
#> SRR1747320 4 0.3921 0.6706 0.128 0.000 0.072 0.800 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.4679 0.5311 0.032 0.000 0.316 0.652 0.000
#> SRR1747323 2 0.1251 0.7429 0.000 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1747324 5 0.1012 0.6302 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1747326 5 0.1357 0.6266 0.000 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1747325 2 0.0000 0.7403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0290 0.7440 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747328 3 0.7628 0.4645 0.000 0.044 0.344 0.284 0.328
#> SRR1747330 4 0.5838 0.2699 0.000 0.000 0.336 0.552 0.112
#> SRR1747329 5 0.7569 -0.3344 0.000 0.048 0.272 0.268 0.412
#> SRR1747332 4 0.6150 0.0437 0.000 0.000 0.404 0.464 0.132
#> SRR1747331 5 0.1211 0.6248 0.000 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR1747333 5 0.3533 0.5703 0.000 0.004 0.104 0.056 0.836
#> SRR1747334 5 0.1638 0.6227 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR1747335 3 0.6510 0.4003 0.000 0.032 0.520 0.348 0.100
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 5 0.4867 -0.0237 0.000 0.432 0.024 0.000 0.544
#> SRR1747338 5 0.2234 0.6178 0.000 0.044 0.036 0.004 0.916
#> SRR1747339 5 0.6584 -0.2278 0.000 0.000 0.260 0.272 0.468
#> SRR1747340 5 0.5331 0.2770 0.000 0.000 0.268 0.092 0.640
#> SRR1747341 2 0.0290 0.7449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747342 2 0.0290 0.7449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747343 2 0.0290 0.7449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747344 5 0.3252 0.5646 0.000 0.156 0.008 0.008 0.828
#> SRR1747345 4 0.6762 -0.3846 0.000 0.000 0.268 0.376 0.356
#> SRR1747346 3 0.5353 0.4493 0.000 0.004 0.576 0.052 0.368
#> SRR1747347 2 0.2305 0.6626 0.000 0.896 0.012 0.092 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.4149 0.6338 0.128 0.000 0.088 0.784 0.000
#> SRR1747351 2 0.4537 0.4725 0.000 0.592 0.012 0.000 0.396
#> SRR1747350 5 0.1106 0.6292 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1747352 4 0.4764 0.6754 0.128 0.000 0.140 0.732 0.000
#> SRR1747353 5 0.2952 0.6003 0.000 0.104 0.020 0.008 0.868
#> SRR1747354 5 0.5388 0.0713 0.000 0.004 0.360 0.056 0.580
#> SRR1747355 4 0.5322 -0.1245 0.000 0.004 0.476 0.480 0.040
#> SRR1747356 5 0.5264 0.2271 0.000 0.000 0.256 0.092 0.652
#> SRR1747357 5 0.5620 0.1543 0.000 0.000 0.264 0.120 0.616
#> SRR1747358 3 0.5024 0.2615 0.000 0.004 0.532 0.024 0.440
#> SRR1747359 4 0.3274 0.5833 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1747360 5 0.0451 0.6302 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1747361 5 0.6712 -0.3237 0.000 0.000 0.260 0.324 0.416
#> SRR1747362 5 0.0613 0.6314 0.000 0.008 0.004 0.004 0.984
#> SRR1747363 3 0.6464 0.3695 0.000 0.032 0.512 0.364 0.092
#> SRR1747364 4 0.5018 0.5840 0.004 0.000 0.164 0.716 0.116
#> SRR1747365 3 0.6590 0.4092 0.000 0.032 0.512 0.348 0.108
#> SRR1747366 5 0.0162 0.6309 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1747367 4 0.6673 -0.2580 0.000 0.000 0.276 0.440 0.284
#> SRR1747369 5 0.3690 0.5211 0.000 0.200 0.020 0.000 0.780
#> SRR1747368 5 0.5696 -0.1127 0.000 0.004 0.400 0.072 0.524
#> SRR1747370 5 0.5554 0.1757 0.000 0.000 0.252 0.120 0.628
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.3319 0.6834 0.064 0.000 0.020 0.864 0.052
#> SRR1747373 5 0.2871 0.5874 0.000 0.088 0.040 0.000 0.872
#> SRR1747374 5 0.5227 -0.1071 0.000 0.448 0.044 0.000 0.508
#> SRR1747375 4 0.3566 0.6570 0.032 0.000 0.032 0.848 0.088
#> SRR1747376 5 0.1386 0.6254 0.000 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR1747377 2 0.0290 0.7449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747378 5 0.1740 0.6256 0.000 0.000 0.056 0.012 0.932
#> SRR1747379 5 0.4065 0.5781 0.000 0.120 0.056 0.016 0.808
#> SRR1747380 3 0.5261 0.4259 0.000 0.004 0.572 0.044 0.380
#> SRR1747381 4 0.3462 0.5929 0.012 0.000 0.196 0.792 0.000
#> SRR1747382 4 0.3841 0.6810 0.060 0.000 0.032 0.836 0.072
#> SRR1747383 2 0.4510 0.4262 0.000 0.560 0.008 0.000 0.432
#> SRR1747384 3 0.6407 0.5709 0.000 0.004 0.516 0.176 0.304
#> SRR1747385 5 0.6657 -0.3353 0.000 0.000 0.340 0.236 0.424
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0290 0.7449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1747388 5 0.1502 0.6245 0.000 0.000 0.056 0.004 0.940
#> SRR1747390 5 0.4011 0.5761 0.000 0.124 0.056 0.012 0.808
#> SRR1747389 5 0.1267 0.6253 0.000 0.004 0.024 0.012 0.960
#> SRR1747391 5 0.1484 0.6268 0.000 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1747392 5 0.1638 0.6227 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR1747393 5 0.5162 0.2784 0.000 0.004 0.248 0.076 0.672
#> SRR1747394 4 0.4364 0.5916 0.000 0.000 0.112 0.768 0.120
#> SRR1747395 5 0.6661 -0.2298 0.000 0.000 0.284 0.272 0.444
#> SRR1747396 5 0.1638 0.6227 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR1747398 5 0.0771 0.6292 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1747397 4 0.3644 0.6321 0.000 0.000 0.080 0.824 0.096
#> SRR1747399 4 0.2575 0.6822 0.100 0.000 0.012 0.884 0.004
#> SRR1747400 4 0.5294 0.5534 0.004 0.000 0.244 0.664 0.088
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 3 0.4620 0.35750 0.000 0.000 0.532 0.428 0.000 0.040
#> SRR1747214 4 0.3384 0.48448 0.008 0.000 0.228 0.760 0.000 0.004
#> SRR1747215 2 0.0260 0.77850 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747216 2 0.5845 0.08780 0.012 0.452 0.076 0.000 0.440 0.020
#> SRR1747217 3 0.7236 -0.10761 0.000 0.004 0.360 0.076 0.304 0.256
#> SRR1747218 5 0.3934 0.65241 0.000 0.004 0.060 0.016 0.792 0.128
#> SRR1747219 6 0.4021 0.82082 0.000 0.000 0.044 0.032 0.144 0.780
#> SRR1747220 4 0.3307 0.61119 0.000 0.000 0.148 0.808 0.000 0.044
#> SRR1747221 4 0.1693 0.67885 0.000 0.000 0.020 0.932 0.044 0.004
#> SRR1747222 4 0.1554 0.66864 0.008 0.000 0.044 0.940 0.004 0.004
#> SRR1747223 4 0.1155 0.68035 0.004 0.000 0.000 0.956 0.036 0.004
#> SRR1747224 5 0.5163 0.35244 0.000 0.000 0.016 0.088 0.628 0.268
#> SRR1747225 5 0.3606 0.63541 0.000 0.000 0.052 0.008 0.800 0.140
#> SRR1747226 5 0.4568 0.35734 0.000 0.300 0.028 0.000 0.652 0.020
#> SRR1747227 3 0.5264 0.40354 0.000 0.032 0.676 0.048 0.220 0.024
#> SRR1747228 5 0.6432 0.29573 0.000 0.028 0.300 0.044 0.536 0.092
#> SRR1747229 5 0.3480 0.61425 0.000 0.196 0.016 0.004 0.780 0.004
#> SRR1747230 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.5119 0.39124 0.000 0.000 0.552 0.372 0.008 0.068
#> SRR1747232 1 0.4911 0.58945 0.624 0.000 0.100 0.276 0.000 0.000
#> SRR1747233 4 0.1956 0.65343 0.004 0.000 0.080 0.908 0.000 0.008
#> SRR1747234 6 0.3533 0.79914 0.000 0.000 0.004 0.012 0.236 0.748
#> SRR1747235 3 0.3944 0.33429 0.000 0.000 0.568 0.428 0.000 0.004
#> SRR1747236 5 0.0405 0.71886 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747237 2 0.1434 0.77731 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048 0.000
#> SRR1747238 5 0.1835 0.71857 0.000 0.016 0.036 0.008 0.932 0.008
#> SRR1747239 2 0.0806 0.78234 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747240 1 0.3213 0.78561 0.808 0.000 0.032 0.160 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4951 0.44617 0.000 0.000 0.720 0.056 0.124 0.100
#> SRR1747242 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.4224 0.30492 0.004 0.000 0.512 0.476 0.000 0.008
#> SRR1747244 5 0.5362 0.44597 0.000 0.000 0.052 0.068 0.644 0.236
#> SRR1747245 3 0.5254 0.41346 0.000 0.016 0.684 0.052 0.204 0.044
#> SRR1747246 5 0.3887 0.61832 0.012 0.124 0.036 0.000 0.804 0.024
#> SRR1747247 1 0.5104 0.53359 0.588 0.000 0.108 0.304 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.4082 -0.10026 0.004 0.000 0.432 0.560 0.000 0.004
#> SRR1747250 5 0.4487 0.46078 0.000 0.000 0.020 0.036 0.688 0.256
#> SRR1747252 4 0.2278 0.67448 0.000 0.000 0.052 0.900 0.044 0.004
#> SRR1747253 4 0.2089 0.66335 0.004 0.000 0.072 0.908 0.012 0.004
#> SRR1747254 2 0.0146 0.78024 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747255 4 0.1121 0.67363 0.008 0.000 0.016 0.964 0.008 0.004
#> SRR1747256 4 0.1413 0.67203 0.008 0.000 0.036 0.948 0.004 0.004
#> SRR1747257 2 0.2149 0.75501 0.000 0.888 0.004 0.000 0.104 0.004
#> SRR1747258 5 0.4000 0.57121 0.000 0.000 0.032 0.020 0.756 0.192
#> SRR1747259 5 0.3869 0.55318 0.000 0.236 0.016 0.008 0.736 0.004
#> SRR1747260 5 0.4648 0.41616 0.000 0.000 0.012 0.052 0.664 0.272
#> SRR1747261 5 0.4280 0.52016 0.000 0.000 0.044 0.012 0.716 0.228
#> SRR1747262 5 0.0260 0.71869 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747263 2 0.5772 0.54150 0.000 0.568 0.184 0.004 0.236 0.008
#> SRR1747264 4 0.1707 0.66671 0.012 0.000 0.056 0.928 0.000 0.004
#> SRR1747265 6 0.4022 0.82940 0.000 0.000 0.044 0.028 0.152 0.776
#> SRR1747266 5 0.4145 0.58529 0.000 0.000 0.044 0.012 0.736 0.208
#> SRR1747267 6 0.4085 0.82869 0.000 0.000 0.048 0.028 0.152 0.772
#> SRR1747268 5 0.6141 0.17646 0.000 0.000 0.032 0.180 0.536 0.252
#> SRR1747269 5 0.0862 0.71702 0.000 0.000 0.004 0.008 0.972 0.016
#> SRR1747270 2 0.4446 0.33644 0.000 0.532 0.020 0.004 0.444 0.000
#> SRR1747271 5 0.2078 0.70464 0.000 0.000 0.040 0.004 0.912 0.044
#> SRR1747272 4 0.6371 0.09640 0.000 0.000 0.032 0.492 0.224 0.252
#> SRR1747273 3 0.4057 0.33343 0.000 0.000 0.556 0.436 0.000 0.008
#> SRR1747274 5 0.3837 0.59339 0.000 0.000 0.044 0.008 0.768 0.180
#> SRR1747275 4 0.1841 0.65693 0.008 0.000 0.064 0.920 0.000 0.008
#> SRR1747276 4 0.1282 0.67982 0.004 0.000 0.012 0.956 0.024 0.004
#> SRR1747277 5 0.2928 0.68023 0.000 0.100 0.024 0.012 0.860 0.004
#> SRR1747278 5 0.4884 0.47774 0.000 0.000 0.032 0.052 0.672 0.244
#> SRR1747280 1 0.4955 0.55664 0.608 0.000 0.096 0.296 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.1590 0.66350 0.008 0.000 0.048 0.936 0.000 0.008
#> SRR1747281 5 0.2224 0.69302 0.000 0.064 0.020 0.000 0.904 0.012
#> SRR1747282 4 0.1096 0.67111 0.008 0.000 0.020 0.964 0.004 0.004
#> SRR1747283 3 0.5196 0.42565 0.000 0.000 0.692 0.056 0.096 0.156
#> SRR1747284 4 0.3982 -0.11892 0.000 0.000 0.460 0.536 0.000 0.004
#> SRR1747285 5 0.3833 0.48153 0.000 0.000 0.016 0.004 0.708 0.272
#> SRR1747286 5 0.6163 0.09990 0.000 0.000 0.292 0.032 0.516 0.160
#> SRR1747287 2 0.3861 0.61814 0.000 0.672 0.008 0.000 0.316 0.004
#> SRR1747288 4 0.5413 0.44308 0.000 0.000 0.044 0.644 0.088 0.224
#> SRR1747290 5 0.0551 0.71762 0.000 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR1747289 5 0.1599 0.71405 0.000 0.024 0.028 0.000 0.940 0.008
#> SRR1747291 5 0.4387 0.64948 0.000 0.136 0.052 0.008 0.768 0.036
#> SRR1747293 5 0.4031 0.54301 0.000 0.000 0.048 0.004 0.736 0.212
#> SRR1747294 2 0.4323 0.50457 0.000 0.600 0.020 0.000 0.376 0.004
#> SRR1747292 4 0.1957 0.65510 0.008 0.000 0.072 0.912 0.000 0.008
#> SRR1747295 5 0.0405 0.71890 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1747296 3 0.5001 0.39592 0.000 0.016 0.680 0.044 0.236 0.024
#> SRR1747297 2 0.0405 0.78121 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747298 5 0.4192 0.51322 0.000 0.256 0.008 0.012 0.708 0.016
#> SRR1747299 5 0.5027 0.39117 0.012 0.256 0.044 0.000 0.664 0.024
#> SRR1747300 5 0.1913 0.70037 0.000 0.000 0.012 0.000 0.908 0.080
#> SRR1747301 2 0.5329 0.48423 0.000 0.560 0.096 0.000 0.336 0.008
#> SRR1747302 2 0.5831 0.17589 0.012 0.480 0.076 0.000 0.412 0.020
#> SRR1747303 5 0.4037 0.21254 0.000 0.380 0.012 0.000 0.608 0.000
#> SRR1747304 1 0.1866 0.85864 0.908 0.000 0.008 0.084 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.0000 0.78017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747306 5 0.5891 0.14573 0.012 0.360 0.076 0.000 0.524 0.028
#> SRR1747307 6 0.3985 0.78381 0.000 0.000 0.044 0.044 0.120 0.792
#> SRR1747308 5 0.5076 0.63028 0.000 0.088 0.084 0.016 0.736 0.076
#> SRR1747309 4 0.1720 0.67914 0.000 0.000 0.032 0.928 0.040 0.000
#> SRR1747310 4 0.3955 -0.02984 0.000 0.000 0.436 0.560 0.000 0.004
#> SRR1747311 4 0.5459 0.53485 0.012 0.000 0.088 0.696 0.076 0.128
#> SRR1747313 4 0.4790 0.50812 0.000 0.000 0.032 0.708 0.072 0.188
#> SRR1747312 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747315 5 0.1065 0.71927 0.000 0.000 0.020 0.008 0.964 0.008
#> SRR1747316 5 0.4294 0.65562 0.000 0.120 0.052 0.008 0.780 0.040
#> SRR1747318 4 0.6337 -0.00146 0.000 0.000 0.020 0.460 0.248 0.272
#> SRR1747317 5 0.6480 -0.23244 0.000 0.000 0.020 0.312 0.400 0.268
#> SRR1747319 6 0.4729 0.69502 0.000 0.000 0.096 0.068 0.092 0.744
#> SRR1747320 4 0.1845 0.66305 0.008 0.000 0.072 0.916 0.000 0.004
#> SRR1747322 1 0.0937 0.89065 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1747321 3 0.4217 0.30900 0.004 0.000 0.524 0.464 0.000 0.008
#> SRR1747323 2 0.1086 0.77744 0.000 0.964 0.012 0.000 0.012 0.012
#> SRR1747324 5 0.0520 0.71855 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1747326 5 0.1265 0.71436 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> SRR1747325 2 0.0260 0.77850 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747327 2 0.0806 0.78241 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1747328 3 0.6909 0.08423 0.000 0.020 0.476 0.052 0.292 0.160
#> SRR1747330 4 0.3771 0.61147 0.000 0.000 0.032 0.800 0.036 0.132
#> SRR1747329 5 0.6766 0.16830 0.000 0.028 0.320 0.044 0.484 0.124
#> SRR1747332 4 0.6333 0.37493 0.000 0.000 0.132 0.568 0.092 0.208
#> SRR1747331 5 0.1148 0.71649 0.000 0.000 0.004 0.020 0.960 0.016
#> SRR1747333 5 0.3777 0.67756 0.000 0.000 0.084 0.032 0.812 0.072
#> SRR1747334 5 0.3025 0.65874 0.012 0.000 0.012 0.004 0.840 0.132
#> SRR1747335 3 0.6404 0.35589 0.000 0.016 0.584 0.076 0.108 0.216
#> SRR1747336 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747337 5 0.4986 0.00560 0.000 0.464 0.036 0.000 0.484 0.016
#> SRR1747338 5 0.3707 0.64965 0.004 0.084 0.040 0.000 0.824 0.048
#> SRR1747339 4 0.6470 -0.14435 0.000 0.000 0.020 0.408 0.300 0.272
#> SRR1747340 5 0.4292 0.58321 0.000 0.000 0.048 0.020 0.736 0.196
#> SRR1747341 2 0.0260 0.77850 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747342 2 0.0000 0.78017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747343 2 0.0000 0.78017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747344 5 0.3654 0.60041 0.000 0.208 0.020 0.004 0.764 0.004
#> SRR1747345 4 0.6623 0.02051 0.000 0.000 0.044 0.456 0.272 0.228
#> SRR1747346 6 0.3386 0.83536 0.000 0.000 0.016 0.012 0.176 0.796
#> SRR1747347 2 0.2146 0.69892 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747349 4 0.1900 0.65505 0.008 0.000 0.068 0.916 0.000 0.008
#> SRR1747351 2 0.3534 0.65933 0.000 0.716 0.008 0.000 0.276 0.000
#> SRR1747350 5 0.0551 0.71781 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1747352 4 0.3942 0.05961 0.004 0.000 0.368 0.624 0.000 0.004
#> SRR1747353 5 0.2468 0.69776 0.000 0.092 0.012 0.008 0.884 0.004
#> SRR1747354 6 0.4410 0.21242 0.000 0.000 0.008 0.012 0.472 0.508
#> SRR1747355 3 0.6543 0.36835 0.000 0.000 0.516 0.152 0.076 0.256
#> SRR1747356 5 0.3746 0.48662 0.000 0.000 0.012 0.004 0.712 0.272
#> SRR1747357 5 0.4035 0.47548 0.000 0.000 0.012 0.016 0.700 0.272
#> SRR1747358 6 0.3426 0.83075 0.000 0.000 0.012 0.012 0.192 0.784
#> SRR1747359 3 0.3971 0.32169 0.000 0.000 0.548 0.448 0.000 0.004
#> SRR1747360 5 0.0665 0.71763 0.000 0.000 0.008 0.004 0.980 0.008
#> SRR1747361 4 0.6286 0.05976 0.000 0.000 0.024 0.488 0.224 0.264
#> SRR1747362 5 0.0551 0.71934 0.000 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> SRR1747363 3 0.6783 0.37440 0.000 0.016 0.540 0.120 0.096 0.228
#> SRR1747364 4 0.3588 0.64827 0.000 0.000 0.092 0.824 0.052 0.032
#> SRR1747365 3 0.6407 0.33738 0.000 0.016 0.580 0.068 0.116 0.220
#> SRR1747366 5 0.0520 0.71726 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1747367 4 0.6085 0.29994 0.000 0.000 0.044 0.568 0.164 0.224
#> SRR1747369 5 0.3817 0.63473 0.000 0.140 0.048 0.000 0.792 0.020
#> SRR1747368 6 0.3541 0.77684 0.000 0.000 0.000 0.012 0.260 0.728
#> SRR1747370 5 0.4100 0.50238 0.000 0.000 0.024 0.016 0.720 0.240
#> SRR1747372 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.1908 0.67470 0.000 0.000 0.056 0.916 0.028 0.000
#> SRR1747373 5 0.3844 0.61655 0.012 0.136 0.036 0.000 0.800 0.016
#> SRR1747374 5 0.5564 0.39251 0.012 0.264 0.076 0.000 0.620 0.028
#> SRR1747375 4 0.1710 0.67921 0.004 0.000 0.028 0.936 0.028 0.004
#> SRR1747376 5 0.1262 0.71401 0.000 0.016 0.020 0.000 0.956 0.008
#> SRR1747377 2 0.0146 0.78024 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747378 5 0.1483 0.71867 0.000 0.000 0.012 0.008 0.944 0.036
#> SRR1747379 5 0.5081 0.63395 0.000 0.120 0.064 0.012 0.728 0.076
#> SRR1747380 6 0.3386 0.83536 0.000 0.000 0.016 0.012 0.176 0.796
#> SRR1747381 3 0.3955 0.32729 0.000 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> SRR1747382 4 0.2617 0.66584 0.000 0.000 0.080 0.876 0.040 0.004
#> SRR1747383 2 0.4088 0.61844 0.000 0.668 0.020 0.000 0.308 0.004
#> SRR1747384 6 0.5811 0.66616 0.000 0.000 0.144 0.040 0.212 0.604
#> SRR1747385 5 0.6620 0.23482 0.000 0.000 0.232 0.088 0.520 0.160
#> SRR1747386 1 0.0865 0.89261 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.0146 0.78024 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747388 5 0.1701 0.70376 0.000 0.000 0.008 0.000 0.920 0.072
#> SRR1747390 5 0.4344 0.65175 0.000 0.120 0.060 0.008 0.776 0.036
#> SRR1747389 5 0.1262 0.71688 0.000 0.000 0.020 0.008 0.956 0.016
#> SRR1747391 5 0.1757 0.70915 0.000 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1747392 5 0.2806 0.66127 0.004 0.000 0.016 0.000 0.844 0.136
#> SRR1747393 5 0.4162 0.47959 0.000 0.000 0.020 0.016 0.700 0.264
#> SRR1747394 4 0.3667 0.63709 0.000 0.000 0.064 0.824 0.064 0.048
#> SRR1747395 4 0.6526 -0.15537 0.000 0.000 0.024 0.404 0.312 0.260
#> SRR1747396 5 0.3025 0.65874 0.012 0.000 0.012 0.004 0.840 0.132
#> SRR1747398 5 0.0458 0.71841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747397 4 0.2816 0.66549 0.000 0.000 0.028 0.876 0.036 0.060
#> SRR1747399 4 0.2101 0.64877 0.004 0.000 0.100 0.892 0.000 0.004
#> SRR1747400 4 0.5094 0.40081 0.012 0.000 0.280 0.644 0.036 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15627 rows and 187 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.989 0.936 0.977 0.2180 0.800 0.800
#> 3 3 0.669 0.802 0.914 1.6723 0.571 0.475
#> 4 4 0.466 0.582 0.769 0.2094 0.744 0.461
#> 5 5 0.512 0.534 0.742 0.0856 0.782 0.404
#> 6 6 0.538 0.450 0.673 0.0608 0.888 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1747213 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747214 1 0.981 0.2880 0.580 0.420
#> SRR1747215 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747217 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747218 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747219 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747220 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747221 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747222 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747223 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747224 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747225 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747226 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747227 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747228 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747229 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747230 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747231 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747233 2 0.430 0.8879 0.088 0.912
#> SRR1747234 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747235 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747237 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747239 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747240 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747241 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747244 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747245 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747247 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747249 2 0.482 0.8691 0.104 0.896
#> SRR1747250 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747252 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747253 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747254 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747255 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747256 2 0.163 0.9559 0.024 0.976
#> SRR1747257 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747258 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747259 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747260 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747261 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747262 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747263 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747265 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747266 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747267 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747268 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747269 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747270 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747271 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747272 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747273 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747274 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747275 2 0.996 0.0864 0.464 0.536
#> SRR1747276 2 0.204 0.9480 0.032 0.968
#> SRR1747277 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747278 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747280 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747279 2 0.430 0.8879 0.088 0.912
#> SRR1747281 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747282 2 0.995 0.1013 0.460 0.540
#> SRR1747283 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747284 2 0.456 0.8787 0.096 0.904
#> SRR1747285 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747286 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747287 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747288 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747290 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747289 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747291 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747293 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747294 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747292 2 0.469 0.8741 0.100 0.900
#> SRR1747295 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747296 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747298 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747299 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747300 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747301 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747303 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747304 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747306 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747307 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747308 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747309 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747310 1 0.689 0.7537 0.816 0.184
#> SRR1747311 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747313 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747312 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747316 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747318 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747317 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747319 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747320 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747322 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747321 2 0.917 0.4780 0.332 0.668
#> SRR1747323 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747324 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747326 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747325 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747327 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747328 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747330 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747329 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747332 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747331 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747333 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747334 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747335 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747338 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747339 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747340 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747341 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747342 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747343 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747344 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747345 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747346 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747347 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747349 2 0.981 0.2381 0.420 0.580
#> SRR1747351 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747350 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747352 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747353 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747354 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747355 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747356 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747357 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747358 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747359 2 0.456 0.8787 0.096 0.904
#> SRR1747360 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747361 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747362 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747363 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747364 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747365 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747367 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747369 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747368 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747370 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747372 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747371 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747373 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747374 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747375 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747376 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747377 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747378 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747379 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747380 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747381 1 0.993 0.1883 0.548 0.452
#> SRR1747382 2 1.000 -0.0420 0.496 0.504
#> SRR1747383 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747384 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747386 1 0.000 0.9447 1.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747388 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747390 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747389 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747391 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747392 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747393 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747394 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747395 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747396 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747398 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747397 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
#> SRR1747399 2 0.998 0.0556 0.472 0.528
#> SRR1747400 2 0.000 0.9788 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1747213 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747214 3 0.5397 0.5448 0.280 0.000 0.720
#> SRR1747215 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747216 2 0.1163 0.8998 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747217 3 0.0747 0.8636 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747218 2 0.6095 0.3769 0.000 0.608 0.392
#> SRR1747219 2 0.6299 0.0719 0.000 0.524 0.476
#> SRR1747220 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747221 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747222 3 0.6543 0.7018 0.176 0.076 0.748
#> SRR1747223 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747224 2 0.0592 0.9054 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747225 2 0.0592 0.9054 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747226 2 0.4796 0.7165 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747227 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747228 3 0.0747 0.8635 0.000 0.016 0.984
#> SRR1747229 3 0.6008 0.4386 0.000 0.372 0.628
#> SRR1747230 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747232 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 1 0.8055 0.5221 0.612 0.292 0.096
#> SRR1747234 3 0.6204 0.2947 0.000 0.424 0.576
#> SRR1747235 3 0.3340 0.7673 0.120 0.000 0.880
#> SRR1747236 2 0.0892 0.9029 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747237 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747238 2 0.5497 0.6001 0.000 0.708 0.292
#> SRR1747239 3 0.6280 0.1633 0.000 0.460 0.540
#> SRR1747240 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747242 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747244 2 0.5988 0.4389 0.000 0.632 0.368
#> SRR1747245 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747246 2 0.1411 0.8959 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747247 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747248 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747250 2 0.5968 0.4489 0.000 0.636 0.364
#> SRR1747252 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747253 3 0.0424 0.8640 0.000 0.008 0.992
#> SRR1747254 3 0.5016 0.7031 0.000 0.240 0.760
#> SRR1747255 3 0.4838 0.7948 0.076 0.076 0.848
#> SRR1747256 2 0.8071 0.2345 0.380 0.548 0.072
#> SRR1747257 3 0.0592 0.8638 0.000 0.012 0.988
#> SRR1747258 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747259 3 0.2878 0.8313 0.000 0.096 0.904
#> SRR1747260 2 0.0592 0.9051 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747261 2 0.6260 0.1943 0.000 0.552 0.448
#> SRR1747262 2 0.0592 0.9056 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747263 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747264 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 3 0.3412 0.8164 0.000 0.124 0.876
#> SRR1747266 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747267 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747268 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747269 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747270 3 0.4178 0.7747 0.000 0.172 0.828
#> SRR1747271 2 0.0747 0.9040 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747272 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747273 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747274 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747275 1 0.5443 0.6517 0.736 0.260 0.004
#> SRR1747276 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747277 3 0.1753 0.8541 0.000 0.048 0.952
#> SRR1747278 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747280 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 1 0.6298 0.3193 0.608 0.004 0.388
#> SRR1747281 2 0.0747 0.9044 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747282 1 0.4931 0.6960 0.768 0.232 0.000
#> SRR1747283 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747284 3 0.2796 0.8044 0.092 0.000 0.908
#> SRR1747285 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747286 2 0.1753 0.8888 0.000 0.952 0.048
#> SRR1747287 3 0.3686 0.8007 0.000 0.140 0.860
#> SRR1747288 2 0.0592 0.9054 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747290 2 0.5327 0.6351 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747289 2 0.0892 0.9033 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747291 3 0.4504 0.7514 0.000 0.196 0.804
#> SRR1747293 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747294 3 0.5650 0.5759 0.000 0.312 0.688
#> SRR1747292 3 0.6252 0.2132 0.444 0.000 0.556
#> SRR1747295 2 0.0237 0.9058 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747296 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747297 2 0.5327 0.6350 0.000 0.728 0.272
#> SRR1747298 2 0.5835 0.5033 0.000 0.660 0.340
#> SRR1747299 2 0.2448 0.8687 0.000 0.924 0.076
#> SRR1747300 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747301 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747302 2 0.1163 0.8998 0.000 0.972 0.028
#> SRR1747303 2 0.6180 0.3047 0.000 0.584 0.416
#> SRR1747304 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 3 0.5058 0.6977 0.000 0.244 0.756
#> SRR1747306 2 0.0747 0.9044 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747307 3 0.4002 0.7872 0.000 0.160 0.840
#> SRR1747308 3 0.0892 0.8628 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747309 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747310 1 0.3192 0.8170 0.888 0.000 0.112
#> SRR1747311 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747313 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747312 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.2878 0.8533 0.000 0.904 0.096
#> SRR1747316 3 0.2356 0.8441 0.000 0.072 0.928
#> SRR1747318 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747317 2 0.2711 0.8606 0.000 0.912 0.088
#> SRR1747319 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747320 3 0.5115 0.6695 0.228 0.004 0.768
#> SRR1747322 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747323 2 0.4796 0.7163 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747324 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747326 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747325 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747327 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747328 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747330 2 0.0424 0.9058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747329 3 0.1289 0.8600 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747332 2 0.1964 0.8825 0.000 0.944 0.056
#> SRR1747331 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747333 2 0.3619 0.8159 0.000 0.864 0.136
#> SRR1747334 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747335 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747336 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.4796 0.7158 0.000 0.780 0.220
#> SRR1747338 2 0.0424 0.9060 0.000 0.992 0.008
#> SRR1747339 2 0.1411 0.8960 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747340 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747341 3 0.1289 0.8597 0.000 0.032 0.968
#> SRR1747342 3 0.6079 0.3966 0.000 0.388 0.612
#> SRR1747343 3 0.4796 0.7264 0.000 0.220 0.780
#> SRR1747344 3 0.4452 0.7557 0.000 0.192 0.808
#> SRR1747345 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747346 3 0.2066 0.8491 0.000 0.060 0.940
#> SRR1747347 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.1529 0.8834 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747351 2 0.4605 0.7378 0.000 0.796 0.204
#> SRR1747350 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747352 1 0.6079 0.3884 0.612 0.000 0.388
#> SRR1747353 2 0.6026 0.4188 0.000 0.624 0.376
#> SRR1747354 2 0.6062 0.3973 0.000 0.616 0.384
#> SRR1747355 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747356 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747357 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747358 3 0.3619 0.8039 0.000 0.136 0.864
#> SRR1747359 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747360 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747361 2 0.0747 0.9047 0.000 0.984 0.016
#> SRR1747362 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747363 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747364 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747365 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747366 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747367 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747369 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747368 2 0.4555 0.7418 0.000 0.800 0.200
#> SRR1747370 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747372 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 2 0.3983 0.8048 0.004 0.852 0.144
#> SRR1747373 2 0.1031 0.9015 0.000 0.976 0.024
#> SRR1747374 2 0.0592 0.9054 0.000 0.988 0.012
#> SRR1747375 2 0.1289 0.8982 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747376 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747377 3 0.6299 0.0996 0.000 0.476 0.524
#> SRR1747378 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747379 3 0.4235 0.7705 0.000 0.176 0.824
#> SRR1747380 3 0.2796 0.8325 0.000 0.092 0.908
#> SRR1747381 3 0.0237 0.8616 0.004 0.000 0.996
#> SRR1747382 2 0.1031 0.8870 0.024 0.976 0.000
#> SRR1747383 3 0.3816 0.7958 0.000 0.148 0.852
#> SRR1747384 3 0.0000 0.8642 0.000 0.000 1.000
#> SRR1747385 2 0.0892 0.9035 0.000 0.980 0.020
#> SRR1747386 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.6140 0.3421 0.000 0.596 0.404
#> SRR1747388 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747390 3 0.0892 0.8628 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747389 2 0.1289 0.8982 0.000 0.968 0.032
#> SRR1747391 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747392 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747393 2 0.1529 0.8932 0.000 0.960 0.040
#> SRR1747394 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747395 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747396 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747398 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
#> SRR1747397 2 0.0237 0.9062 0.000 0.996 0.004
#> SRR1747399 1 0.1529 0.8835 0.960 0.000 0.040
#> SRR1747400 2 0.0000 0.9051 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1747213 4 0.4830 0.53582 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1747214 1 0.6031 0.21539 0.564 0.048 0.000 0.388
#> SRR1747215 2 0.2814 0.59443 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1747216 2 0.5353 -0.06614 0.000 0.556 0.432 0.012
#> SRR1747217 2 0.1151 0.66998 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1747218 2 0.2799 0.66624 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1747219 4 0.1940 0.62338 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1747220 4 0.0592 0.69608 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1747221 3 0.1452 0.75671 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1747222 1 0.7869 0.12335 0.444 0.376 0.016 0.164
#> SRR1747223 3 0.2125 0.75939 0.012 0.052 0.932 0.004
#> SRR1747224 3 0.3945 0.71441 0.000 0.216 0.780 0.004
#> SRR1747225 3 0.4967 0.38795 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1747226 2 0.4764 0.52732 0.000 0.748 0.220 0.032
#> SRR1747227 2 0.4866 -0.02873 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1747228 2 0.1022 0.66427 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1747229 2 0.1004 0.67801 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1747230 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 4 0.4103 0.68575 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1747232 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747233 2 0.2860 0.67107 0.044 0.904 0.048 0.004
#> SRR1747234 2 0.6148 0.17974 0.000 0.540 0.052 0.408
#> SRR1747235 4 0.2675 0.65939 0.100 0.008 0.000 0.892
#> SRR1747236 3 0.6039 0.44432 0.000 0.056 0.596 0.348
#> SRR1747237 2 0.4961 -0.17183 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1747238 2 0.5604 0.57022 0.000 0.724 0.160 0.116
#> SRR1747239 2 0.2411 0.67713 0.000 0.920 0.040 0.040
#> SRR1747240 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 4 0.4477 0.63536 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1747242 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 2 0.1940 0.64037 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1747244 2 0.2928 0.67126 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR1747245 2 0.4543 0.24362 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1747246 3 0.5326 0.51114 0.000 0.380 0.604 0.016
#> SRR1747247 1 0.0188 0.88267 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1747248 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 2 0.5631 0.34782 0.072 0.696 0.000 0.232
#> SRR1747250 2 0.4389 0.65291 0.000 0.812 0.116 0.072
#> SRR1747252 3 0.1510 0.75532 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR1747253 4 0.5523 0.53015 0.024 0.380 0.000 0.596
#> SRR1747254 2 0.2714 0.64389 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1747255 2 0.7788 0.08615 0.264 0.520 0.016 0.200
#> SRR1747256 1 0.6114 0.61831 0.708 0.148 0.132 0.012
#> SRR1747257 2 0.4331 0.35387 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1747258 3 0.1388 0.75033 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1747259 4 0.5762 0.51657 0.000 0.352 0.040 0.608
#> SRR1747260 3 0.5645 0.42811 0.000 0.032 0.604 0.364
#> SRR1747261 4 0.7067 0.26016 0.000 0.288 0.160 0.552
#> SRR1747262 3 0.3745 0.75969 0.000 0.088 0.852 0.060
#> SRR1747263 2 0.3219 0.55213 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1747264 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747265 4 0.0707 0.67104 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1747266 3 0.3196 0.75953 0.000 0.136 0.856 0.008
#> SRR1747267 4 0.0707 0.69854 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1747268 3 0.4933 0.41543 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1747269 3 0.1297 0.75419 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR1747270 2 0.1576 0.66941 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1747271 3 0.3647 0.69318 0.000 0.016 0.832 0.152
#> SRR1747272 3 0.3982 0.61705 0.000 0.004 0.776 0.220
#> SRR1747273 4 0.3074 0.72928 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1747274 3 0.4248 0.72913 0.000 0.220 0.768 0.012
#> SRR1747275 1 0.6084 0.54295 0.656 0.252 0.092 0.000
#> SRR1747276 3 0.3366 0.73672 0.096 0.028 0.872 0.004
#> SRR1747277 4 0.2011 0.72862 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1747278 3 0.4008 0.70646 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1747280 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 2 0.5937 0.32357 0.340 0.608 0.000 0.052
#> SRR1747281 3 0.4137 0.72078 0.000 0.208 0.780 0.012
#> SRR1747282 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 4 0.4164 0.68012 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1747284 4 0.1629 0.69804 0.024 0.024 0.000 0.952
#> SRR1747285 3 0.2469 0.71154 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1747286 3 0.7023 0.45394 0.000 0.144 0.544 0.312
#> SRR1747287 2 0.4431 0.38190 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1747288 3 0.4248 0.72715 0.000 0.220 0.768 0.012
#> SRR1747290 2 0.7921 -0.10058 0.000 0.348 0.320 0.332
#> SRR1747289 3 0.5825 0.57053 0.000 0.068 0.664 0.268
#> SRR1747291 2 0.2654 0.62602 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1747293 3 0.3668 0.72700 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR1747294 2 0.0779 0.67637 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1747292 2 0.3052 0.60539 0.136 0.860 0.004 0.000
#> SRR1747295 3 0.5169 0.55743 0.000 0.032 0.696 0.272
#> SRR1747296 4 0.4933 0.46129 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1747297 2 0.3972 0.58469 0.000 0.788 0.204 0.008
#> SRR1747298 2 0.2868 0.65555 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1747299 3 0.5506 0.30048 0.000 0.472 0.512 0.016
#> SRR1747300 3 0.4220 0.71156 0.000 0.248 0.748 0.004
#> SRR1747301 2 0.4008 0.43239 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1747302 3 0.5388 0.37516 0.000 0.456 0.532 0.012
#> SRR1747303 2 0.4174 0.66612 0.000 0.816 0.140 0.044
#> SRR1747304 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 2 0.1743 0.66079 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1747306 3 0.4910 0.67878 0.000 0.276 0.704 0.020
#> SRR1747307 4 0.1406 0.68422 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR1747308 4 0.3636 0.72554 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1747309 3 0.2610 0.76051 0.000 0.088 0.900 0.012
#> SRR1747310 4 0.2814 0.58990 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1747311 3 0.1118 0.74025 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1747313 3 0.4898 0.45314 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1747312 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 2 0.4855 0.36153 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1747316 2 0.5364 0.15260 0.000 0.592 0.016 0.392
#> SRR1747318 3 0.3081 0.76310 0.000 0.064 0.888 0.048
#> SRR1747317 2 0.5508 -0.14606 0.000 0.508 0.476 0.016
#> SRR1747319 4 0.2647 0.73214 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1747320 2 0.2611 0.63997 0.096 0.896 0.008 0.000
#> SRR1747322 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 2 0.5091 0.45414 0.068 0.752 0.000 0.180
#> SRR1747323 2 0.3937 0.58389 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR1747324 3 0.3529 0.75676 0.000 0.152 0.836 0.012
#> SRR1747326 2 0.4916 0.00401 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1747325 2 0.3356 0.53882 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1747327 2 0.4406 0.31885 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1747328 2 0.3311 0.54839 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1747330 2 0.4679 0.31514 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1747329 2 0.2654 0.62111 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1747332 4 0.5168 -0.16408 0.000 0.004 0.496 0.500
#> SRR1747331 3 0.3942 0.59910 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1747333 2 0.2973 0.64768 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1747334 3 0.3219 0.75438 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1747335 4 0.4985 0.38783 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1747336 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.5309 0.44806 0.000 0.700 0.256 0.044
#> SRR1747338 3 0.5279 0.50422 0.000 0.400 0.588 0.012
#> SRR1747339 3 0.5460 0.52183 0.000 0.340 0.632 0.028
#> SRR1747340 3 0.4250 0.67042 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1747341 2 0.1389 0.65968 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1747342 2 0.1452 0.67873 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1747343 2 0.1297 0.67549 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1747344 2 0.2737 0.64544 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR1747345 3 0.0779 0.74710 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1747346 4 0.3801 0.68982 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1747347 2 0.4877 -0.03080 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1747348 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4072 0.63133 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1747351 2 0.3494 0.61110 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1747350 3 0.3448 0.75210 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR1747352 1 0.5578 0.59433 0.728 0.128 0.000 0.144
#> SRR1747353 2 0.3547 0.66308 0.000 0.840 0.144 0.016
#> SRR1747354 4 0.7599 0.02250 0.000 0.376 0.200 0.424
#> SRR1747355 4 0.3311 0.72319 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1747356 3 0.1209 0.74832 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1747357 3 0.1151 0.75078 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1747358 4 0.2593 0.71796 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR1747359 4 0.5189 0.55935 0.012 0.372 0.000 0.616
#> SRR1747360 3 0.1913 0.75888 0.000 0.040 0.940 0.020
#> SRR1747361 3 0.5212 0.40554 0.000 0.420 0.572 0.008
#> SRR1747362 3 0.3123 0.75232 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1747363 4 0.4994 0.35966 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1747364 3 0.5582 0.36493 0.000 0.024 0.576 0.400
#> SRR1747365 2 0.4998 -0.30643 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1747366 3 0.3217 0.76078 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1747367 3 0.1059 0.75403 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1747369 3 0.3523 0.76371 0.000 0.112 0.856 0.032
#> SRR1747368 3 0.6079 0.20240 0.000 0.044 0.492 0.464
#> SRR1747370 3 0.1807 0.76098 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR1747372 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 3 0.7451 0.44021 0.128 0.032 0.588 0.252
#> SRR1747373 2 0.4992 -0.18555 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1747374 3 0.4456 0.66893 0.000 0.280 0.716 0.004
#> SRR1747375 2 0.4790 0.26127 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1747376 3 0.4546 0.70543 0.000 0.256 0.732 0.012
#> SRR1747377 2 0.2060 0.67770 0.000 0.932 0.052 0.016
#> SRR1747378 3 0.4331 0.67489 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1747379 2 0.1557 0.65943 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1747380 4 0.3172 0.71006 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1747381 4 0.5902 0.64862 0.140 0.160 0.000 0.700
#> SRR1747382 3 0.5165 0.56025 0.168 0.000 0.752 0.080
#> SRR1747383 2 0.2125 0.64615 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1747384 4 0.3873 0.69961 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1747385 2 0.4193 0.49296 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1747386 1 0.0000 0.88504 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.2530 0.66736 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1747388 3 0.4391 0.70899 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR1747390 4 0.4817 0.52087 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1747389 3 0.4995 0.61082 0.000 0.032 0.720 0.248
#> SRR1747391 3 0.3942 0.69805 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1747392 3 0.2973 0.75667 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1747393 3 0.5010 0.67931 0.000 0.276 0.700 0.024
#> SRR1747394 3 0.2589 0.69900 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1747395 3 0.3649 0.71856 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1747396 3 0.3123 0.75627 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1747398 3 0.2048 0.76204 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR1747397 3 0.4304 0.66903 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1747399 1 0.3400 0.74458 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1747400 3 0.4981 0.21631 0.000 0.000 0.536 0.464
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1747213 5 0.4708 -0.07013 0.000 0.000 0.436 0.016 0.548
#> SRR1747214 1 0.6282 0.09565 0.496 0.000 0.340 0.000 0.164
#> SRR1747215 5 0.5182 0.41709 0.000 0.300 0.068 0.000 0.632
#> SRR1747216 2 0.3909 0.70894 0.000 0.808 0.004 0.064 0.124
#> SRR1747217 2 0.4880 0.45066 0.000 0.616 0.036 0.000 0.348
#> SRR1747218 2 0.3574 0.68027 0.000 0.804 0.028 0.000 0.168
#> SRR1747219 3 0.3750 0.50995 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR1747220 3 0.2304 0.62757 0.000 0.000 0.908 0.048 0.044
#> SRR1747221 4 0.1630 0.70263 0.000 0.004 0.016 0.944 0.036
#> SRR1747222 2 0.6695 0.50494 0.164 0.600 0.176 0.000 0.060
#> SRR1747223 4 0.1805 0.70360 0.004 0.004 0.008 0.936 0.048
#> SRR1747224 4 0.3601 0.72689 0.000 0.128 0.000 0.820 0.052
#> SRR1747225 2 0.4316 0.68747 0.000 0.772 0.000 0.108 0.120
#> SRR1747226 2 0.3390 0.70077 0.000 0.840 0.060 0.000 0.100
#> SRR1747227 5 0.3081 0.51157 0.000 0.012 0.156 0.000 0.832
#> SRR1747228 5 0.2280 0.59516 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1747229 2 0.4597 0.59040 0.000 0.696 0.044 0.000 0.260
#> SRR1747230 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.4262 0.28591 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1747232 1 0.0510 0.84811 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1747233 5 0.4006 0.53886 0.116 0.028 0.000 0.040 0.816
#> SRR1747234 2 0.5013 0.58297 0.000 0.680 0.240 0.000 0.080
#> SRR1747235 3 0.2844 0.63648 0.064 0.032 0.888 0.000 0.016
#> SRR1747236 2 0.4268 0.55838 0.000 0.728 0.244 0.024 0.004
#> SRR1747237 5 0.3934 0.41202 0.000 0.016 0.244 0.000 0.740
#> SRR1747238 2 0.3291 0.69470 0.000 0.848 0.088 0.000 0.064
#> SRR1747239 2 0.4226 0.66525 0.000 0.764 0.060 0.000 0.176
#> SRR1747240 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4294 0.22460 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1747242 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 5 0.1173 0.59495 0.000 0.020 0.004 0.012 0.964
#> SRR1747244 5 0.4064 0.55328 0.000 0.116 0.000 0.092 0.792
#> SRR1747245 5 0.2833 0.52852 0.000 0.004 0.120 0.012 0.864
#> SRR1747246 2 0.6554 0.34893 0.000 0.484 0.004 0.320 0.192
#> SRR1747247 1 0.2381 0.80192 0.908 0.000 0.036 0.052 0.004
#> SRR1747248 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 5 0.3337 0.54527 0.072 0.008 0.064 0.000 0.856
#> SRR1747250 2 0.4910 0.64356 0.000 0.712 0.080 0.004 0.204
#> SRR1747252 2 0.5223 -0.20713 0.008 0.504 0.020 0.464 0.004
#> SRR1747253 3 0.7313 -0.05945 0.060 0.396 0.404 0.000 0.140
#> SRR1747254 2 0.4406 0.67069 0.000 0.764 0.108 0.000 0.128
#> SRR1747255 5 0.5419 0.28662 0.012 0.000 0.060 0.296 0.632
#> SRR1747256 1 0.5490 -0.07526 0.484 0.464 0.044 0.000 0.008
#> SRR1747257 5 0.6459 0.25502 0.000 0.244 0.256 0.000 0.500
#> SRR1747258 4 0.5099 0.36984 0.000 0.440 0.028 0.528 0.004
#> SRR1747259 3 0.5786 0.43094 0.000 0.112 0.600 0.004 0.284
#> SRR1747260 2 0.5456 0.42979 0.000 0.608 0.316 0.072 0.004
#> SRR1747261 3 0.6080 0.44109 0.000 0.000 0.568 0.248 0.184
#> SRR1747262 2 0.3244 0.67460 0.000 0.860 0.048 0.084 0.008
#> SRR1747263 5 0.1300 0.59096 0.000 0.016 0.028 0.000 0.956
#> SRR1747264 1 0.0451 0.85081 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1747265 3 0.2952 0.60468 0.000 0.008 0.868 0.104 0.020
#> SRR1747266 2 0.2930 0.61291 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1747267 3 0.3372 0.62362 0.000 0.008 0.852 0.052 0.088
#> SRR1747268 4 0.5711 0.53839 0.000 0.252 0.000 0.612 0.136
#> SRR1747269 4 0.4474 0.59334 0.000 0.332 0.012 0.652 0.004
#> SRR1747270 2 0.4444 0.65518 0.000 0.748 0.072 0.000 0.180
#> SRR1747271 4 0.5596 0.64539 0.000 0.216 0.120 0.656 0.008
#> SRR1747272 4 0.5041 0.65442 0.000 0.148 0.132 0.716 0.004
#> SRR1747273 3 0.3255 0.63751 0.000 0.052 0.848 0.000 0.100
#> SRR1747274 2 0.1788 0.69960 0.000 0.932 0.004 0.056 0.008
#> SRR1747275 1 0.6517 0.29548 0.468 0.000 0.000 0.212 0.320
#> SRR1747276 4 0.3359 0.65569 0.164 0.020 0.000 0.816 0.000
#> SRR1747277 3 0.3267 0.63752 0.000 0.044 0.844 0.000 0.112
#> SRR1747278 4 0.5203 0.50390 0.000 0.332 0.000 0.608 0.060
#> SRR1747280 1 0.0162 0.85470 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1747279 5 0.4533 0.44563 0.060 0.000 0.020 0.148 0.772
#> SRR1747281 4 0.4588 0.71251 0.000 0.128 0.012 0.768 0.092
#> SRR1747282 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747283 3 0.4090 0.54503 0.000 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR1747284 3 0.3399 0.63238 0.080 0.048 0.856 0.000 0.016
#> SRR1747285 4 0.1798 0.69158 0.000 0.004 0.064 0.928 0.004
#> SRR1747286 2 0.3516 0.65325 0.000 0.812 0.164 0.004 0.020
#> SRR1747287 5 0.6765 0.10508 0.000 0.304 0.296 0.000 0.400
#> SRR1747288 2 0.1967 0.70554 0.000 0.932 0.020 0.036 0.012
#> SRR1747290 2 0.4722 0.59632 0.000 0.716 0.232 0.012 0.040
#> SRR1747289 2 0.3689 0.66470 0.000 0.816 0.144 0.032 0.008
#> SRR1747291 5 0.1405 0.59061 0.000 0.016 0.008 0.020 0.956
#> SRR1747293 4 0.2166 0.70651 0.000 0.012 0.004 0.912 0.072
#> SRR1747294 5 0.4965 -0.02532 0.000 0.452 0.000 0.028 0.520
#> SRR1747292 5 0.5461 0.29336 0.344 0.076 0.000 0.000 0.580
#> SRR1747295 2 0.5213 0.56220 0.000 0.680 0.224 0.092 0.004
#> SRR1747296 3 0.5484 0.31118 0.000 0.068 0.540 0.000 0.392
#> SRR1747297 5 0.6282 -0.00752 0.000 0.368 0.000 0.156 0.476
#> SRR1747298 2 0.4026 0.62649 0.000 0.736 0.000 0.020 0.244
#> SRR1747299 2 0.5481 0.63037 0.000 0.668 0.004 0.184 0.144
#> SRR1747300 2 0.2722 0.67123 0.000 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1747301 5 0.2390 0.56982 0.000 0.020 0.084 0.000 0.896
#> SRR1747302 2 0.3357 0.71916 0.000 0.852 0.008 0.048 0.092
#> SRR1747303 5 0.3770 0.56801 0.000 0.040 0.024 0.104 0.832
#> SRR1747304 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 5 0.3748 0.57381 0.000 0.164 0.012 0.020 0.804
#> SRR1747306 2 0.4332 0.65968 0.000 0.768 0.004 0.164 0.064
#> SRR1747307 3 0.3895 0.49433 0.000 0.264 0.728 0.004 0.004
#> SRR1747308 3 0.4457 0.59292 0.000 0.116 0.760 0.000 0.124
#> SRR1747309 4 0.2388 0.71673 0.004 0.028 0.012 0.916 0.040
#> SRR1747310 3 0.2886 0.58252 0.148 0.008 0.844 0.000 0.000
#> SRR1747311 4 0.1830 0.68758 0.000 0.000 0.068 0.924 0.008
#> SRR1747313 2 0.5932 0.03194 0.000 0.456 0.000 0.440 0.104
#> SRR1747312 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 4 0.4909 0.31929 0.000 0.028 0.000 0.560 0.412
#> SRR1747316 5 0.5289 0.26434 0.000 0.072 0.312 0.000 0.616
#> SRR1747318 4 0.5392 0.23985 0.000 0.456 0.032 0.500 0.012
#> SRR1747317 2 0.6929 0.37062 0.000 0.472 0.016 0.284 0.228
#> SRR1747319 3 0.3918 0.61175 0.000 0.100 0.804 0.000 0.096
#> SRR1747320 2 0.5146 0.64236 0.080 0.724 0.024 0.000 0.172
#> SRR1747322 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 5 0.2244 0.58098 0.040 0.016 0.024 0.000 0.920
#> SRR1747323 2 0.3456 0.67419 0.000 0.800 0.016 0.000 0.184
#> SRR1747324 2 0.2116 0.68135 0.000 0.912 0.008 0.076 0.004
#> SRR1747326 2 0.5148 0.64289 0.000 0.688 0.000 0.120 0.192
#> SRR1747325 5 0.5067 0.45849 0.000 0.288 0.064 0.000 0.648
#> SRR1747327 5 0.4835 0.50711 0.000 0.120 0.156 0.000 0.724
#> SRR1747328 5 0.5359 0.42686 0.000 0.304 0.080 0.000 0.616
#> SRR1747330 4 0.5713 0.29133 0.000 0.084 0.000 0.500 0.416
#> SRR1747329 5 0.2300 0.54634 0.000 0.000 0.024 0.072 0.904
#> SRR1747332 3 0.5191 0.36224 0.000 0.080 0.672 0.244 0.004
#> SRR1747331 4 0.5315 0.64179 0.000 0.160 0.148 0.688 0.004
#> SRR1747333 5 0.5818 -0.13034 0.000 0.448 0.000 0.092 0.460
#> SRR1747334 2 0.3355 0.60070 0.000 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1747335 5 0.4663 0.12881 0.000 0.020 0.376 0.000 0.604
#> SRR1747336 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.3476 0.69446 0.000 0.836 0.088 0.000 0.076
#> SRR1747338 2 0.1670 0.72183 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1747339 4 0.4663 0.68985 0.000 0.072 0.016 0.760 0.152
#> SRR1747340 4 0.4898 0.62443 0.000 0.248 0.000 0.684 0.068
#> SRR1747341 2 0.5068 0.41569 0.000 0.592 0.044 0.000 0.364
#> SRR1747342 2 0.4453 0.62629 0.000 0.724 0.048 0.000 0.228
#> SRR1747343 2 0.4885 0.56479 0.000 0.668 0.056 0.000 0.276
#> SRR1747344 2 0.4630 0.65823 0.000 0.744 0.116 0.000 0.140
#> SRR1747345 4 0.1365 0.70020 0.000 0.004 0.040 0.952 0.004
#> SRR1747346 2 0.5378 0.31268 0.000 0.548 0.392 0.000 0.060
#> SRR1747347 5 0.5307 0.46431 0.000 0.156 0.168 0.000 0.676
#> SRR1747348 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.4537 0.38593 0.592 0.000 0.000 0.012 0.396
#> SRR1747351 2 0.3909 0.65388 0.000 0.760 0.000 0.024 0.216
#> SRR1747350 2 0.3999 0.54696 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> SRR1747352 1 0.5492 0.15789 0.504 0.000 0.064 0.000 0.432
#> SRR1747353 5 0.4883 0.50045 0.000 0.200 0.000 0.092 0.708
#> SRR1747354 2 0.4548 0.58661 0.000 0.716 0.232 0.000 0.052
#> SRR1747355 3 0.5550 0.30593 0.000 0.000 0.528 0.072 0.400
#> SRR1747356 4 0.4001 0.70227 0.000 0.208 0.024 0.764 0.004
#> SRR1747357 4 0.3435 0.72599 0.000 0.156 0.020 0.820 0.004
#> SRR1747358 3 0.4677 0.41935 0.000 0.300 0.664 0.000 0.036
#> SRR1747359 5 0.5157 -0.10162 0.016 0.000 0.436 0.016 0.532
#> SRR1747360 2 0.3850 0.60121 0.000 0.792 0.032 0.172 0.004
#> SRR1747361 4 0.6718 0.03754 0.000 0.368 0.000 0.384 0.248
#> SRR1747362 4 0.4602 0.65157 0.000 0.240 0.000 0.708 0.052
#> SRR1747363 5 0.4444 0.15884 0.000 0.012 0.364 0.000 0.624
#> SRR1747364 2 0.6958 0.08028 0.032 0.420 0.420 0.124 0.004
#> SRR1747365 5 0.3790 0.34964 0.000 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR1747366 2 0.2520 0.67006 0.000 0.888 0.012 0.096 0.004
#> SRR1747367 4 0.3910 0.68519 0.000 0.248 0.008 0.740 0.004
#> SRR1747369 2 0.3089 0.68508 0.000 0.872 0.040 0.076 0.012
#> SRR1747368 2 0.5709 0.26435 0.000 0.524 0.408 0.056 0.012
#> SRR1747370 2 0.4630 -0.00738 0.000 0.572 0.008 0.416 0.004
#> SRR1747372 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 4 0.5067 0.54486 0.016 0.000 0.160 0.728 0.096
#> SRR1747373 2 0.5460 0.62838 0.000 0.656 0.000 0.148 0.196
#> SRR1747374 2 0.5379 0.56483 0.000 0.648 0.000 0.244 0.108
#> SRR1747375 4 0.5080 0.45376 0.000 0.048 0.000 0.604 0.348
#> SRR1747376 2 0.2193 0.71128 0.000 0.920 0.008 0.044 0.028
#> SRR1747377 2 0.4364 0.64021 0.000 0.736 0.048 0.000 0.216
#> SRR1747378 2 0.4234 0.62066 0.000 0.760 0.000 0.184 0.056
#> SRR1747379 5 0.4526 0.43844 0.000 0.300 0.028 0.000 0.672
#> SRR1747380 2 0.5284 0.34532 0.000 0.568 0.376 0.000 0.056
#> SRR1747381 3 0.5841 0.29861 0.060 0.000 0.524 0.016 0.400
#> SRR1747382 4 0.4252 0.61217 0.144 0.008 0.064 0.784 0.000
#> SRR1747383 5 0.1605 0.59944 0.000 0.040 0.012 0.004 0.944
#> SRR1747384 3 0.4206 0.52107 0.000 0.016 0.696 0.000 0.288
#> SRR1747385 5 0.5404 0.31836 0.000 0.100 0.000 0.264 0.636
#> SRR1747386 1 0.0000 0.85659 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.4339 0.56504 0.000 0.684 0.000 0.020 0.296
#> SRR1747388 2 0.1701 0.70569 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1747390 3 0.6204 0.30591 0.000 0.288 0.536 0.000 0.176
#> SRR1747389 4 0.4453 0.66064 0.000 0.064 0.164 0.764 0.008
#> SRR1747391 4 0.3119 0.72727 0.000 0.068 0.000 0.860 0.072
#> SRR1747392 4 0.4761 0.53131 0.000 0.356 0.000 0.616 0.028
#> SRR1747393 2 0.4088 0.67376 0.000 0.792 0.004 0.140 0.064
#> SRR1747394 4 0.1965 0.67401 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1747395 4 0.2853 0.72147 0.000 0.052 0.000 0.876 0.072
#> SRR1747396 2 0.3242 0.61544 0.000 0.816 0.000 0.172 0.012
#> SRR1747398 2 0.3289 0.60089 0.000 0.816 0.008 0.172 0.004
#> SRR1747397 4 0.5304 0.55301 0.000 0.292 0.000 0.628 0.080
#> SRR1747399 1 0.4747 0.64578 0.732 0.000 0.184 0.080 0.004
#> SRR1747400 4 0.5854 0.30348 0.000 0.088 0.384 0.524 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1747213 4 0.4252 0.1171 0.000 0.008 0.344 0.632 0.000 0.016
#> SRR1747214 1 0.6631 -0.0953 0.432 0.004 0.344 0.188 0.004 0.028
#> SRR1747215 4 0.5081 0.3563 0.000 0.348 0.040 0.584 0.028 0.000
#> SRR1747216 5 0.5371 0.3455 0.000 0.264 0.012 0.072 0.632 0.020
#> SRR1747217 2 0.4411 0.4916 0.000 0.704 0.020 0.248 0.012 0.016
#> SRR1747218 2 0.2662 0.6864 0.000 0.884 0.008 0.056 0.048 0.004
#> SRR1747219 3 0.3564 0.4257 0.000 0.004 0.768 0.024 0.000 0.204
#> SRR1747220 3 0.4260 0.5464 0.000 0.036 0.772 0.120 0.000 0.072
#> SRR1747221 6 0.2939 0.6903 0.000 0.004 0.036 0.016 0.076 0.868
#> SRR1747222 2 0.5266 0.5704 0.060 0.740 0.084 0.064 0.004 0.048
#> SRR1747223 6 0.2960 0.6911 0.000 0.004 0.028 0.024 0.076 0.868
#> SRR1747224 6 0.4004 0.6553 0.000 0.044 0.004 0.032 0.128 0.792
#> SRR1747225 5 0.5896 -0.1008 0.000 0.416 0.000 0.048 0.464 0.072
#> SRR1747226 2 0.3491 0.6755 0.000 0.820 0.012 0.040 0.124 0.004
#> SRR1747227 4 0.3893 0.4151 0.000 0.080 0.156 0.764 0.000 0.000
#> SRR1747228 4 0.3990 0.5243 0.000 0.128 0.000 0.784 0.068 0.020
#> SRR1747229 2 0.3284 0.6506 0.000 0.844 0.016 0.100 0.008 0.032
#> SRR1747230 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747231 3 0.4553 0.2196 0.000 0.020 0.520 0.452 0.000 0.008
#> SRR1747232 1 0.1010 0.8053 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1747233 4 0.6388 0.3222 0.192 0.060 0.000 0.580 0.012 0.156
#> SRR1747234 2 0.3644 0.6499 0.000 0.832 0.076 0.048 0.008 0.036
#> SRR1747235 3 0.3413 0.5563 0.052 0.104 0.828 0.016 0.000 0.000
#> SRR1747236 2 0.3953 0.6501 0.000 0.800 0.080 0.000 0.084 0.036
#> SRR1747237 4 0.5001 0.1695 0.000 0.096 0.308 0.596 0.000 0.000
#> SRR1747238 2 0.2375 0.6848 0.000 0.904 0.008 0.036 0.044 0.008
#> SRR1747239 2 0.3050 0.6793 0.000 0.860 0.008 0.080 0.044 0.008
#> SRR1747240 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747241 3 0.4561 0.2136 0.000 0.020 0.508 0.464 0.000 0.008
#> SRR1747242 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747243 4 0.1736 0.5277 0.000 0.032 0.004 0.936 0.008 0.020
#> SRR1747244 4 0.4912 0.3157 0.000 0.028 0.000 0.632 0.300 0.040
#> SRR1747245 4 0.1340 0.5124 0.000 0.004 0.040 0.948 0.000 0.008
#> SRR1747246 5 0.4917 0.5745 0.000 0.052 0.016 0.112 0.744 0.076
#> SRR1747247 1 0.3567 0.7259 0.824 0.004 0.104 0.008 0.004 0.056
#> SRR1747248 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747249 4 0.3507 0.4873 0.072 0.052 0.028 0.840 0.000 0.008
#> SRR1747250 2 0.6664 0.4292 0.000 0.500 0.084 0.124 0.288 0.004
#> SRR1747252 5 0.6800 0.4203 0.048 0.152 0.020 0.004 0.524 0.252
#> SRR1747253 2 0.6448 0.2251 0.036 0.572 0.220 0.148 0.004 0.020
#> SRR1747254 2 0.2165 0.6753 0.000 0.912 0.024 0.052 0.004 0.008
#> SRR1747255 4 0.5745 0.1876 0.008 0.004 0.092 0.548 0.012 0.336
#> SRR1747256 1 0.4948 0.5423 0.700 0.108 0.028 0.000 0.164 0.000
#> SRR1747257 4 0.6032 0.3012 0.000 0.164 0.236 0.568 0.028 0.004
#> SRR1747258 5 0.5126 0.5356 0.000 0.100 0.036 0.000 0.684 0.180
#> SRR1747259 3 0.7104 0.3166 0.000 0.152 0.420 0.320 0.004 0.104
#> SRR1747260 2 0.4655 0.5950 0.000 0.732 0.100 0.000 0.028 0.140
#> SRR1747261 3 0.6261 0.2774 0.000 0.008 0.436 0.220 0.004 0.332
#> SRR1747262 2 0.6105 0.5128 0.000 0.596 0.068 0.008 0.232 0.096
#> SRR1747263 4 0.1490 0.5294 0.000 0.024 0.004 0.948 0.016 0.008
#> SRR1747264 1 0.2353 0.7649 0.896 0.004 0.000 0.024 0.072 0.004
#> SRR1747265 3 0.4065 0.4226 0.000 0.008 0.776 0.032 0.160 0.024
#> SRR1747266 5 0.3877 0.5464 0.000 0.208 0.000 0.004 0.748 0.040
#> SRR1747267 3 0.4030 0.4896 0.000 0.016 0.800 0.104 0.064 0.016
#> SRR1747268 5 0.5158 0.4939 0.000 0.032 0.000 0.140 0.684 0.144
#> SRR1747269 6 0.3917 0.6116 0.000 0.132 0.008 0.000 0.080 0.780
#> SRR1747270 2 0.3552 0.6749 0.000 0.832 0.024 0.076 0.064 0.004
#> SRR1747271 5 0.7004 0.2310 0.000 0.064 0.236 0.004 0.428 0.268
#> SRR1747272 5 0.6488 0.2473 0.000 0.036 0.280 0.000 0.468 0.216
#> SRR1747273 3 0.4218 0.5361 0.000 0.108 0.736 0.156 0.000 0.000
#> SRR1747274 2 0.4938 0.3501 0.000 0.528 0.012 0.012 0.428 0.020
#> SRR1747275 1 0.7216 0.2141 0.424 0.008 0.000 0.292 0.184 0.092
#> SRR1747276 6 0.6905 0.3199 0.296 0.004 0.036 0.004 0.252 0.408
#> SRR1747277 3 0.3660 0.5574 0.000 0.100 0.800 0.096 0.004 0.000
#> SRR1747278 5 0.5117 0.4728 0.000 0.096 0.000 0.020 0.656 0.228
#> SRR1747280 1 0.0146 0.8195 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747279 4 0.4510 0.4543 0.056 0.004 0.000 0.768 0.088 0.084
#> SRR1747281 5 0.4680 0.5140 0.000 0.004 0.052 0.084 0.752 0.108
#> SRR1747282 1 0.5126 0.4148 0.588 0.000 0.012 0.036 0.348 0.016
#> SRR1747283 3 0.4908 0.3898 0.000 0.064 0.584 0.348 0.000 0.004
#> SRR1747284 3 0.4670 0.5403 0.112 0.088 0.756 0.028 0.016 0.000
#> SRR1747285 6 0.5673 0.5834 0.000 0.024 0.188 0.016 0.128 0.644
#> SRR1747286 2 0.3217 0.6675 0.000 0.848 0.020 0.008 0.100 0.024
#> SRR1747287 4 0.7366 0.1647 0.000 0.104 0.248 0.416 0.224 0.008
#> SRR1747288 5 0.4579 -0.2305 0.000 0.476 0.016 0.000 0.496 0.012
#> SRR1747290 2 0.6498 0.2733 0.000 0.456 0.164 0.024 0.344 0.012
#> SRR1747289 2 0.5418 0.5295 0.000 0.632 0.096 0.004 0.244 0.024
#> SRR1747291 4 0.3581 0.5109 0.000 0.032 0.052 0.836 0.008 0.072
#> SRR1747293 6 0.5184 0.5755 0.000 0.004 0.036 0.076 0.208 0.676
#> SRR1747294 2 0.5469 0.1825 0.000 0.508 0.004 0.412 0.040 0.036
#> SRR1747292 1 0.5792 0.1467 0.480 0.144 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR1747295 2 0.4913 0.5976 0.000 0.720 0.076 0.000 0.060 0.144
#> SRR1747296 4 0.5737 -0.1166 0.000 0.168 0.392 0.440 0.000 0.000
#> SRR1747297 5 0.5693 0.2057 0.000 0.056 0.008 0.392 0.512 0.032
#> SRR1747298 2 0.6182 0.2907 0.000 0.456 0.000 0.220 0.312 0.012
#> SRR1747299 5 0.3787 0.5913 0.000 0.052 0.012 0.080 0.824 0.032
#> SRR1747300 2 0.5004 0.2527 0.000 0.516 0.000 0.004 0.420 0.060
#> SRR1747301 4 0.2152 0.5197 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012 0.000
#> SRR1747302 2 0.4879 0.5110 0.000 0.644 0.004 0.024 0.292 0.036
#> SRR1747303 4 0.5198 0.1471 0.000 0.012 0.024 0.540 0.400 0.024
#> SRR1747304 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747305 4 0.5122 0.3538 0.000 0.056 0.008 0.628 0.292 0.016
#> SRR1747306 5 0.6039 0.4617 0.000 0.232 0.020 0.044 0.608 0.096
#> SRR1747307 3 0.5234 0.2653 0.000 0.396 0.532 0.048 0.000 0.024
#> SRR1747308 3 0.7229 0.3457 0.000 0.212 0.424 0.260 0.004 0.100
#> SRR1747309 6 0.2885 0.6876 0.004 0.024 0.024 0.028 0.032 0.888
#> SRR1747310 3 0.2959 0.5248 0.124 0.024 0.844 0.000 0.008 0.000
#> SRR1747311 6 0.3064 0.6866 0.000 0.004 0.056 0.012 0.068 0.860
#> SRR1747313 6 0.4136 0.5373 0.000 0.232 0.008 0.016 0.016 0.728
#> SRR1747312 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747314 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747315 6 0.5822 0.3618 0.000 0.008 0.004 0.344 0.136 0.508
#> SRR1747316 4 0.6271 0.2958 0.000 0.084 0.288 0.552 0.064 0.012
#> SRR1747318 6 0.4780 0.5539 0.000 0.180 0.024 0.000 0.088 0.708
#> SRR1747317 6 0.5286 0.4999 0.000 0.232 0.020 0.072 0.016 0.660
#> SRR1747319 3 0.6040 0.4304 0.000 0.212 0.556 0.208 0.004 0.020
#> SRR1747320 2 0.3916 0.6673 0.068 0.820 0.008 0.072 0.024 0.008
#> SRR1747322 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747321 4 0.1508 0.5229 0.004 0.048 0.004 0.940 0.000 0.004
#> SRR1747323 2 0.3248 0.6750 0.000 0.848 0.004 0.048 0.084 0.016
#> SRR1747324 2 0.4862 0.2251 0.000 0.484 0.016 0.004 0.476 0.020
#> SRR1747326 2 0.6076 0.2468 0.000 0.512 0.000 0.072 0.344 0.072
#> SRR1747325 4 0.5465 0.2640 0.000 0.376 0.112 0.508 0.004 0.000
#> SRR1747327 4 0.5936 0.4051 0.000 0.180 0.160 0.616 0.032 0.012
#> SRR1747328 4 0.6190 0.3837 0.000 0.272 0.024 0.552 0.136 0.016
#> SRR1747330 6 0.6592 0.2313 0.000 0.024 0.004 0.276 0.264 0.432
#> SRR1747329 4 0.3444 0.4879 0.000 0.008 0.024 0.828 0.020 0.120
#> SRR1747332 3 0.5689 0.1099 0.000 0.028 0.604 0.004 0.252 0.112
#> SRR1747331 5 0.5983 0.3425 0.000 0.020 0.256 0.004 0.556 0.164
#> SRR1747333 4 0.7061 -0.0871 0.000 0.356 0.004 0.384 0.176 0.080
#> SRR1747334 2 0.5788 0.1597 0.000 0.484 0.000 0.000 0.316 0.200
#> SRR1747335 4 0.5162 0.1773 0.000 0.080 0.336 0.576 0.000 0.008
#> SRR1747336 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747337 2 0.2731 0.6829 0.000 0.880 0.008 0.032 0.072 0.008
#> SRR1747338 2 0.3393 0.6500 0.000 0.828 0.008 0.004 0.112 0.048
#> SRR1747339 6 0.3540 0.6761 0.000 0.016 0.012 0.064 0.072 0.836
#> SRR1747340 5 0.5869 0.2833 0.000 0.072 0.000 0.056 0.536 0.336
#> SRR1747341 2 0.4867 0.4474 0.000 0.640 0.024 0.292 0.044 0.000
#> SRR1747342 2 0.2882 0.6831 0.000 0.860 0.000 0.076 0.060 0.004
#> SRR1747343 2 0.3075 0.6664 0.000 0.844 0.004 0.120 0.020 0.012
#> SRR1747344 2 0.3830 0.6685 0.000 0.816 0.040 0.084 0.056 0.004
#> SRR1747345 6 0.3207 0.6829 0.000 0.008 0.048 0.004 0.096 0.844
#> SRR1747346 2 0.5462 0.3827 0.000 0.608 0.288 0.064 0.036 0.004
#> SRR1747347 4 0.5850 0.1244 0.000 0.348 0.200 0.452 0.000 0.000
#> SRR1747348 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747349 1 0.3798 0.6435 0.748 0.000 0.000 0.216 0.004 0.032
#> SRR1747351 2 0.3590 0.6763 0.000 0.836 0.008 0.064 0.060 0.032
#> SRR1747350 5 0.6118 0.1503 0.000 0.376 0.000 0.004 0.388 0.232
#> SRR1747352 1 0.4361 0.2399 0.552 0.000 0.024 0.424 0.000 0.000
#> SRR1747353 4 0.4637 0.4129 0.000 0.048 0.000 0.692 0.236 0.024
#> SRR1747354 2 0.5456 0.6056 0.000 0.664 0.132 0.028 0.168 0.008
#> SRR1747355 3 0.4807 0.2545 0.000 0.004 0.524 0.428 0.000 0.044
#> SRR1747356 5 0.4046 0.5306 0.000 0.016 0.068 0.004 0.784 0.128
#> SRR1747357 5 0.5373 0.2646 0.000 0.024 0.048 0.008 0.568 0.352
#> SRR1747358 3 0.5362 0.4442 0.000 0.236 0.644 0.052 0.068 0.000
#> SRR1747359 4 0.4560 -0.0108 0.004 0.004 0.388 0.580 0.000 0.024
#> SRR1747360 5 0.4704 0.5463 0.000 0.172 0.060 0.000 0.724 0.044
#> SRR1747361 5 0.5540 0.4541 0.000 0.024 0.004 0.200 0.636 0.136
#> SRR1747362 5 0.3827 0.5455 0.000 0.032 0.004 0.016 0.784 0.164
#> SRR1747363 4 0.5315 0.0598 0.000 0.104 0.340 0.552 0.000 0.004
#> SRR1747364 5 0.5696 0.3667 0.028 0.032 0.340 0.004 0.568 0.028
#> SRR1747365 4 0.4599 0.2125 0.000 0.056 0.292 0.648 0.000 0.004
#> SRR1747366 2 0.5014 0.5006 0.000 0.636 0.020 0.000 0.280 0.064
#> SRR1747367 6 0.4370 0.5191 0.000 0.048 0.004 0.000 0.268 0.680
#> SRR1747369 2 0.4082 0.6309 0.000 0.780 0.012 0.004 0.084 0.120
#> SRR1747368 5 0.5892 0.2320 0.000 0.124 0.388 0.012 0.472 0.004
#> SRR1747370 5 0.4052 0.5760 0.000 0.076 0.016 0.000 0.776 0.132
#> SRR1747372 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747371 6 0.8462 0.2015 0.040 0.004 0.252 0.212 0.232 0.260
#> SRR1747373 5 0.6593 0.1901 0.000 0.352 0.000 0.092 0.452 0.104
#> SRR1747374 5 0.5105 0.5943 0.000 0.152 0.004 0.052 0.708 0.084
#> SRR1747375 4 0.6611 -0.2265 0.008 0.020 0.000 0.396 0.220 0.356
#> SRR1747376 2 0.4787 0.3351 0.000 0.524 0.016 0.008 0.440 0.012
#> SRR1747377 2 0.2641 0.6845 0.000 0.876 0.000 0.072 0.048 0.004
#> SRR1747378 5 0.3730 0.5975 0.000 0.160 0.000 0.008 0.784 0.048
#> SRR1747379 4 0.5469 0.4701 0.000 0.180 0.020 0.668 0.112 0.020
#> SRR1747380 2 0.5374 0.4410 0.000 0.624 0.276 0.052 0.044 0.004
#> SRR1747381 3 0.4973 0.3396 0.028 0.004 0.564 0.384 0.000 0.020
#> SRR1747382 6 0.6634 0.4715 0.156 0.000 0.096 0.000 0.224 0.524
#> SRR1747383 4 0.4407 0.5007 0.000 0.112 0.052 0.772 0.004 0.060
#> SRR1747384 3 0.5455 0.4202 0.000 0.080 0.588 0.308 0.004 0.020
#> SRR1747385 4 0.5928 0.1579 0.000 0.028 0.000 0.544 0.292 0.136
#> SRR1747386 1 0.0000 0.8214 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1747387 2 0.6477 0.2544 0.000 0.448 0.000 0.280 0.244 0.028
#> SRR1747388 2 0.4477 0.4059 0.000 0.588 0.000 0.004 0.380 0.028
#> SRR1747390 3 0.6320 0.2577 0.000 0.276 0.464 0.240 0.020 0.000
#> SRR1747389 5 0.6104 0.3054 0.000 0.004 0.280 0.020 0.528 0.168
#> SRR1747391 6 0.5381 0.3319 0.000 0.012 0.000 0.088 0.352 0.548
#> SRR1747392 5 0.4226 0.5180 0.000 0.052 0.000 0.008 0.724 0.216
#> SRR1747393 5 0.3944 0.6000 0.000 0.112 0.032 0.024 0.808 0.024
#> SRR1747394 6 0.3982 0.6613 0.000 0.004 0.100 0.004 0.112 0.780
#> SRR1747395 6 0.2271 0.6809 0.000 0.032 0.000 0.036 0.024 0.908
#> SRR1747396 2 0.5032 0.4569 0.000 0.620 0.008 0.000 0.084 0.288
#> SRR1747398 2 0.5503 0.4533 0.000 0.596 0.008 0.000 0.176 0.220
#> SRR1747397 5 0.4823 0.5041 0.000 0.084 0.000 0.024 0.700 0.192
#> SRR1747399 1 0.5955 0.5158 0.600 0.004 0.252 0.024 0.104 0.016
#> SRR1747400 3 0.5506 -0.2069 0.000 0.008 0.480 0.000 0.412 0.100
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0