Date: 2019-12-26 01:03:41 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 10838 200
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:mclust | 4 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | 3 |
| MAD:skmeans | 5 | 1.000 | 0.975 | 0.980 | ** | 4 |
| ATC:mclust | 6 | 1.000 | 0.978 | 0.988 | ** | 3,4,5 |
| ATC:NMF | 3 | 1.000 | 0.996 | 0.998 | ** | 2 |
| ATC:skmeans | 5 | 0.990 | 0.947 | 0.968 | ** | 2,3 |
| SD:skmeans | 5 | 0.990 | 0.961 | 0.975 | ** | 3 |
| ATC:pam | 6 | 0.973 | 0.927 | 0.971 | ** | 2,3,4 |
| CV:NMF | 6 | 0.961 | 0.933 | 0.949 | ** | 2,3,5 |
| MAD:pam | 6 | 0.960 | 0.870 | 0.949 | ** | 2,3,4,5 |
| SD:NMF | 6 | 0.951 | 0.937 | 0.955 | ** | 3 |
| SD:pam | 6 | 0.951 | 0.913 | 0.946 | ** | 2,3,4 |
| MAD:NMF | 6 | 0.931 | 0.913 | 0.930 | * | |
| SD:mclust | 6 | 0.926 | 0.908 | 0.954 | * | 3,5 |
| MAD:mclust | 6 | 0.911 | 0.880 | 0.929 | * | 3,4,5 |
| CV:skmeans | 6 | 0.908 | 0.910 | 0.908 | * | 3,4,5 |
| CV:pam | 6 | 0.902 | 0.875 | 0.936 | * | 2,3,4 |
| CV:kmeans | 4 | 0.898 | 0.934 | 0.916 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.881 | 0.879 | 0.930 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.880 | 0.965 | 0.974 | ||
| SD:kmeans | 4 | 0.828 | 0.937 | 0.896 | ||
| ATC:hclust | 4 | 0.825 | 0.777 | 0.899 | ||
| MAD:hclust | 5 | 0.786 | 0.817 | 0.899 | ||
| MAD:kmeans | 4 | 0.772 | 0.906 | 0.885 | ||
| ATC:kmeans | 3 | 0.681 | 0.949 | 0.887 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.582 0.835 0.902 0.444 0.578 0.578
#> CV:NMF 2 1.000 0.998 0.998 0.406 0.595 0.595
#> MAD:NMF 2 0.399 0.671 0.857 0.472 0.534 0.534
#> ATC:NMF 2 1.000 0.985 0.981 0.409 0.590 0.590
#> SD:skmeans 2 0.553 0.949 0.963 0.496 0.501 0.501
#> CV:skmeans 2 0.546 0.707 0.853 0.482 0.531 0.531
#> MAD:skmeans 2 0.551 0.714 0.852 0.486 0.500 0.500
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.995 0.995 0.499 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.842 0.950 0.968 0.450 0.534 0.534
#> CV:mclust 2 0.549 0.690 0.831 0.481 0.500 0.500
#> MAD:mclust 2 0.844 0.903 0.956 0.437 0.534 0.534
#> ATC:mclust 2 0.442 0.872 0.906 0.436 0.537 0.537
#> SD:kmeans 2 0.288 0.465 0.684 0.436 0.531 0.531
#> CV:kmeans 2 0.291 0.665 0.715 0.420 0.590 0.590
#> MAD:kmeans 2 0.292 0.528 0.636 0.429 0.534 0.534
#> ATC:kmeans 2 0.358 0.513 0.658 0.441 0.613 0.613
#> SD:pam 2 1.000 0.995 0.997 0.408 0.595 0.595
#> CV:pam 2 0.972 0.945 0.974 0.426 0.586 0.586
#> MAD:pam 2 0.924 0.969 0.983 0.417 0.595 0.595
#> ATC:pam 2 1.000 0.989 0.995 0.401 0.595 0.595
#> SD:hclust 2 0.526 0.888 0.919 0.413 0.526 0.526
#> CV:hclust 2 0.501 0.821 0.894 0.459 0.531 0.531
#> MAD:hclust 2 0.631 0.901 0.915 0.397 0.526 0.526
#> ATC:hclust 2 0.525 0.782 0.843 0.385 0.501 0.501
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.997 0.999 0.455 0.762 0.594
#> CV:NMF 3 1.000 0.995 0.998 0.588 0.762 0.599
#> MAD:NMF 3 0.767 0.919 0.927 0.374 0.764 0.581
#> ATC:NMF 3 1.000 0.996 0.998 0.578 0.759 0.593
#> SD:skmeans 3 1.000 0.994 0.997 0.302 0.854 0.708
#> CV:skmeans 3 1.000 0.996 0.998 0.341 0.690 0.481
#> MAD:skmeans 3 0.887 0.958 0.978 0.335 0.849 0.700
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.999 0.999 0.295 0.854 0.708
#> SD:mclust 3 1.000 0.994 0.998 0.433 0.692 0.485
#> CV:mclust 3 1.000 0.981 0.990 0.345 0.849 0.700
#> MAD:mclust 3 1.000 0.982 0.992 0.471 0.692 0.485
#> ATC:mclust 3 1.000 0.989 0.995 0.443 0.657 0.453
#> SD:kmeans 3 0.560 0.796 0.848 0.456 0.803 0.631
#> CV:kmeans 3 0.633 0.893 0.866 0.453 0.757 0.591
#> MAD:kmeans 3 0.630 0.857 0.866 0.492 0.692 0.487
#> ATC:kmeans 3 0.681 0.949 0.887 0.387 0.734 0.569
#> SD:pam 3 1.000 1.000 1.000 0.579 0.762 0.599
#> CV:pam 3 1.000 0.996 0.998 0.516 0.763 0.598
#> MAD:pam 3 1.000 0.998 0.999 0.544 0.762 0.599
#> ATC:pam 3 1.000 0.963 0.983 0.605 0.760 0.596
#> SD:hclust 3 0.385 0.612 0.713 0.281 0.996 0.993
#> CV:hclust 3 0.880 0.965 0.974 0.426 0.809 0.641
#> MAD:hclust 3 0.506 0.830 0.772 0.503 0.814 0.647
#> ATC:hclust 3 0.649 0.781 0.832 0.613 0.742 0.529
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.872 0.688 0.926 0.0667 0.995 0.987
#> CV:NMF 4 0.889 0.884 0.928 0.1501 0.892 0.696
#> MAD:NMF 4 0.808 0.844 0.897 0.0681 0.997 0.992
#> ATC:NMF 4 0.843 0.877 0.919 0.1169 0.936 0.819
#> SD:skmeans 4 0.881 0.857 0.915 0.1347 0.903 0.734
#> CV:skmeans 4 0.981 0.954 0.981 0.1135 0.909 0.749
#> MAD:skmeans 4 1.000 0.987 0.992 0.1119 0.903 0.734
#> ATC:skmeans 4 0.898 0.934 0.956 0.1168 0.936 0.819
#> SD:mclust 4 0.821 0.830 0.876 0.1238 0.913 0.761
#> CV:mclust 4 1.000 0.997 0.999 0.1161 0.903 0.734
#> MAD:mclust 4 0.952 0.964 0.972 0.1213 0.906 0.742
#> ATC:mclust 4 0.906 0.937 0.954 0.1578 0.907 0.752
#> SD:kmeans 4 0.828 0.937 0.896 0.1363 0.845 0.586
#> CV:kmeans 4 0.898 0.934 0.916 0.1463 0.935 0.818
#> MAD:kmeans 4 0.772 0.906 0.885 0.1348 0.898 0.714
#> ATC:kmeans 4 0.835 0.895 0.873 0.1584 0.901 0.721
#> SD:pam 4 0.923 0.953 0.973 0.1495 0.892 0.700
#> CV:pam 4 0.912 0.914 0.956 0.0881 0.959 0.884
#> MAD:pam 4 0.970 0.932 0.971 0.1470 0.899 0.719
#> ATC:pam 4 0.905 0.878 0.944 0.1511 0.894 0.704
#> SD:hclust 4 0.514 0.761 0.815 0.2463 0.814 0.644
#> CV:hclust 4 0.865 0.801 0.878 0.1038 0.950 0.852
#> MAD:hclust 4 0.480 0.744 0.792 0.0992 0.996 0.989
#> ATC:hclust 4 0.825 0.777 0.899 0.1317 0.967 0.903
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.852 0.785 0.842 0.0940 0.858 0.604
#> CV:NMF 5 0.992 0.958 0.981 0.0617 0.942 0.776
#> MAD:NMF 5 0.851 0.705 0.875 0.0875 0.904 0.733
#> ATC:NMF 5 0.880 0.878 0.921 0.0749 0.906 0.685
#> SD:skmeans 5 0.990 0.961 0.975 0.0754 0.928 0.741
#> CV:skmeans 5 0.964 0.921 0.964 0.0869 0.935 0.768
#> MAD:skmeans 5 1.000 0.975 0.980 0.0954 0.927 0.740
#> ATC:skmeans 5 0.990 0.947 0.968 0.0828 0.926 0.745
#> SD:mclust 5 0.940 0.939 0.964 0.0834 0.921 0.724
#> CV:mclust 5 0.925 0.953 0.965 0.0226 0.990 0.964
#> MAD:mclust 5 0.966 0.954 0.976 0.0927 0.929 0.748
#> ATC:mclust 5 1.000 0.980 0.989 0.0875 0.922 0.726
#> SD:kmeans 5 0.800 0.878 0.887 0.0612 1.000 1.000
#> CV:kmeans 5 0.878 0.850 0.879 0.0645 1.000 1.000
#> MAD:kmeans 5 0.799 0.838 0.837 0.0564 1.000 1.000
#> ATC:kmeans 5 0.786 0.827 0.871 0.0572 0.994 0.976
#> SD:pam 5 0.898 0.843 0.907 0.0391 0.944 0.790
#> CV:pam 5 0.875 0.893 0.933 0.0243 0.987 0.959
#> MAD:pam 5 0.935 0.933 0.957 0.0433 0.950 0.815
#> ATC:pam 5 0.873 0.808 0.851 0.0345 0.924 0.745
#> SD:hclust 5 0.881 0.879 0.930 0.1007 0.931 0.796
#> CV:hclust 5 0.876 0.942 0.928 0.0610 0.911 0.701
#> MAD:hclust 5 0.786 0.817 0.899 0.1083 0.933 0.801
#> ATC:hclust 5 0.865 0.714 0.874 0.0192 0.945 0.835
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.951 0.937 0.955 0.0447 0.956 0.815
#> CV:NMF 6 0.961 0.933 0.949 0.0176 0.986 0.934
#> MAD:NMF 6 0.931 0.913 0.930 0.0481 0.930 0.746
#> ATC:NMF 6 0.932 0.877 0.939 0.0220 0.990 0.954
#> SD:skmeans 6 0.904 0.899 0.919 0.0243 1.000 1.000
#> CV:skmeans 6 0.908 0.910 0.908 0.0295 0.983 0.921
#> MAD:skmeans 6 0.927 0.915 0.921 0.0266 1.000 1.000
#> ATC:skmeans 6 0.962 0.904 0.941 0.0214 1.000 1.000
#> SD:mclust 6 0.926 0.908 0.954 0.0231 0.965 0.840
#> CV:mclust 6 0.900 0.698 0.901 0.0526 0.959 0.847
#> MAD:mclust 6 0.911 0.880 0.929 0.0163 0.971 0.866
#> ATC:mclust 6 1.000 0.978 0.988 0.0137 0.977 0.895
#> SD:kmeans 6 0.851 0.778 0.830 0.0374 0.960 0.842
#> CV:kmeans 6 0.823 0.862 0.843 0.0505 0.937 0.785
#> MAD:kmeans 6 0.841 0.750 0.824 0.0403 0.922 0.701
#> ATC:kmeans 6 0.874 0.865 0.862 0.0415 0.962 0.854
#> SD:pam 6 0.951 0.913 0.946 0.0265 0.967 0.856
#> CV:pam 6 0.902 0.875 0.936 0.0497 0.948 0.833
#> MAD:pam 6 0.960 0.870 0.949 0.0236 0.982 0.922
#> ATC:pam 6 0.973 0.927 0.971 0.0380 0.925 0.725
#> SD:hclust 6 0.900 0.891 0.953 0.0236 0.995 0.980
#> CV:hclust 6 0.926 0.896 0.934 0.0362 0.997 0.988
#> MAD:hclust 6 0.859 0.922 0.890 0.0444 0.932 0.750
#> ATC:hclust 6 0.836 0.853 0.925 0.0442 0.893 0.677
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.526 0.888 0.919 0.4129 0.526 0.526
#> 3 3 0.385 0.612 0.713 0.2808 0.996 0.993
#> 4 4 0.514 0.761 0.815 0.2463 0.814 0.644
#> 5 5 0.881 0.879 0.930 0.1007 0.931 0.796
#> 6 6 0.900 0.891 0.953 0.0236 0.995 0.980
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049362 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049361 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049360 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049359 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049358 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049357 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049356 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049355 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049354 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049353 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049352 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049351 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049350 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049349 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049348 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049347 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049346 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049345 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049344 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049343 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049342 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049341 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049340 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049339 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049539 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049538 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049537 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049536 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049535 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049480 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049475 1 0.3879 0.790 0.924 0.076
#> SRR2049476 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049478 1 0.8909 0.761 0.692 0.308
#> SRR2049474 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049473 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049472 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049471 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049470 1 0.4161 0.791 0.916 0.084
#> SRR2049469 1 0.8955 0.760 0.688 0.312
#> SRR2049468 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049467 1 0.9209 0.752 0.664 0.336
#> SRR2049466 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049464 1 0.5519 0.779 0.872 0.128
#> SRR2049463 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049461 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049462 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049460 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049459 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049455 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049456 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.9087 0.756 0.676 0.324
#> SRR2049454 1 0.8386 0.770 0.732 0.268
#> SRR2049452 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049453 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0376 0.785 0.996 0.004
#> SRR2049450 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049449 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049447 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049446 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049445 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049443 1 0.3274 0.790 0.940 0.060
#> SRR2049442 1 0.2423 0.788 0.960 0.040
#> SRR2049444 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049441 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049440 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049438 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049436 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049437 1 0.4939 0.790 0.892 0.108
#> SRR2049439 1 0.6801 0.783 0.820 0.180
#> SRR2049435 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049434 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049432 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049433 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049431 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049430 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049429 1 0.4690 0.789 0.900 0.100
#> SRR2049428 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.7674 0.778 0.776 0.224
#> SRR2049420 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049419 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049411 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049413 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049409 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049408 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049407 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049399 1 0.9323 0.746 0.652 0.348
#> SRR2049398 1 0.9286 0.749 0.656 0.344
#> SRR2049397 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049396 1 0.0000 0.785 1.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049393 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049392 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049388 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049389 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049391 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049390 2 0.5059 0.852 0.112 0.888
#> SRR2049387 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049386 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049385 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049384 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049382 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049383 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049381 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049380 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049379 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049378 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049376 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049377 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049375 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049374 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049373 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049372 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049371 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049370 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049369 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049368 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049366 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049367 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049365 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2049364 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 2 0.5138 0.75718 0.000 0.748 0.252
#> SRR2049539 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049538 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049537 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049536 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049535 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049534 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049533 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049532 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049531 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049530 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049529 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049528 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049527 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049526 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049525 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049524 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049523 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049522 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049521 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049520 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049519 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049518 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049517 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049516 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049515 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049514 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049513 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049512 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049511 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049510 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049509 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049508 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049507 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049506 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049505 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049504 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049503 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049502 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049501 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049500 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049499 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049498 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049497 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049496 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049495 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049494 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049493 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049491 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049490 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049492 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049489 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049488 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049487 2 0.6154 0.76315 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049486 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049485 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049484 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049483 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049482 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049481 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049479 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049480 2 0.6026 0.76526 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049477 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049475 1 0.5285 0.38606 0.824 0.064 0.112
#> SRR2049476 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049478 1 0.8573 0.56605 0.584 0.280 0.136
#> SRR2049474 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049473 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049472 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049471 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049470 1 0.4281 0.36888 0.872 0.072 0.056
#> SRR2049469 1 0.8600 0.56810 0.580 0.284 0.136
#> SRR2049468 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049467 1 0.8985 0.58427 0.544 0.292 0.164
#> SRR2049466 1 0.4796 -0.26004 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049465 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049464 3 0.6521 0.00000 0.340 0.016 0.644
#> SRR2049463 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049461 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049462 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049460 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049459 1 0.4796 -0.26004 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049457 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049455 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049456 1 0.4796 -0.26004 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049458 1 0.8848 0.57833 0.560 0.284 0.156
#> SRR2049454 1 0.8278 0.54500 0.620 0.248 0.132
#> SRR2049452 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049453 1 0.4750 -0.24992 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049451 1 0.1964 0.31048 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049450 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049449 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049447 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049446 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049445 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049443 1 0.4742 0.36673 0.848 0.048 0.104
#> SRR2049442 1 0.2187 0.32402 0.948 0.028 0.024
#> SRR2049444 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049441 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049440 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049438 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049436 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049437 1 0.6168 0.41284 0.780 0.096 0.124
#> SRR2049439 1 0.7256 0.47454 0.712 0.164 0.124
#> SRR2049435 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049434 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049432 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049433 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049431 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049430 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049429 1 0.4556 0.35070 0.860 0.060 0.080
#> SRR2049428 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0747 0.27151 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049426 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0892 0.26384 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049424 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.1031 0.25570 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049422 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.7558 0.49678 0.688 0.188 0.124
#> SRR2049420 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049419 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.3340 -0.00388 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049417 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0747 0.27151 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049414 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049411 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049413 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049409 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049408 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049407 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0747 0.27151 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049405 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.1031 0.25570 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049402 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049399 1 0.9092 0.58667 0.532 0.296 0.172
#> SRR2049398 1 0.9070 0.58722 0.536 0.292 0.172
#> SRR2049397 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049396 1 0.0000 0.29760 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049393 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049392 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049388 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049390 2 0.7970 0.69434 0.080 0.596 0.324
#> SRR2049387 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 2 0.0000 0.70847 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049362 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049361 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049360 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049359 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049358 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049357 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049356 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049355 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049354 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049353 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049352 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049351 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049350 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049349 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049348 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049347 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049346 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049345 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049344 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049343 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049342 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049341 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049340 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049339 2 0.430 0.650 0.000 0.752 0.240 0.008
#> SRR2049539 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049538 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049537 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049536 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049535 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.909 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049485 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049484 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049483 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049482 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049481 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049479 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049480 2 0.155 0.879 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049477 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049475 1 0.517 0.535 0.740 0.004 0.048 0.208
#> SRR2049476 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049478 1 0.786 0.633 0.472 0.008 0.228 0.292
#> SRR2049474 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049473 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049472 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049471 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049470 1 0.428 0.508 0.824 0.004 0.056 0.116
#> SRR2049469 1 0.787 0.635 0.468 0.008 0.228 0.296
#> SRR2049468 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049467 1 0.796 0.646 0.428 0.008 0.224 0.340
#> SRR2049466 1 0.468 -0.165 0.680 0.000 0.004 0.316
#> SRR2049465 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049464 4 0.656 0.000 0.060 0.096 0.136 0.708
#> SRR2049463 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049461 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049462 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049460 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049459 1 0.468 -0.165 0.680 0.000 0.004 0.316
#> SRR2049457 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049455 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049456 1 0.468 -0.165 0.680 0.000 0.004 0.316
#> SRR2049458 1 0.793 0.643 0.444 0.008 0.224 0.324
#> SRR2049454 1 0.767 0.624 0.508 0.008 0.204 0.280
#> SRR2049452 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049453 1 0.458 -0.126 0.696 0.000 0.004 0.300
#> SRR2049451 1 0.247 0.474 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049450 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049449 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049447 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049446 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049445 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049443 1 0.476 0.523 0.764 0.004 0.032 0.200
#> SRR2049442 1 0.179 0.461 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049444 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049441 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049440 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049438 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049436 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049437 1 0.590 0.556 0.688 0.004 0.080 0.228
#> SRR2049439 1 0.682 0.587 0.612 0.004 0.148 0.236
#> SRR2049435 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049434 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049432 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049433 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049431 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049430 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049429 1 0.372 0.480 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR2049428 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.130 0.387 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049426 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.139 0.382 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049424 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.147 0.376 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049422 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.699 0.596 0.592 0.008 0.132 0.268
#> SRR2049420 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049419 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.357 0.106 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049417 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.130 0.387 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049414 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049411 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049413 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049409 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049408 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049407 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.130 0.387 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049405 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.147 0.376 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049402 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049399 1 0.799 0.647 0.416 0.008 0.228 0.348
#> SRR2049398 1 0.797 0.647 0.420 0.008 0.224 0.348
#> SRR2049397 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049396 1 0.000 0.439 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049393 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049392 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049388 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049389 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049391 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049390 2 0.567 0.710 0.052 0.752 0.040 0.156
#> SRR2049387 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049386 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049385 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049384 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049382 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049383 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049381 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049380 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049379 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049378 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049376 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049377 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049375 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049374 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049373 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049372 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049371 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049370 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049369 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049368 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049366 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049367 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049365 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049364 3 0.287 1.000 0.000 0.136 0.864 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 2 0.3878 0.6595 0.016 0.748 0.236 0.000 0.000
#> SRR2049539 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049538 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049537 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049536 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.1469 0.8860 0.016 0.948 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.4201 0.2109 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049476 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.3119 0.8738 0.860 0.000 0.072 0.000 0.068
#> SRR2049474 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049470 5 0.4249 0.3471 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049469 1 0.3055 0.8783 0.864 0.000 0.072 0.000 0.064
#> SRR2049468 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.1942 0.9319 0.920 0.000 0.068 0.000 0.012
#> SRR2049466 5 0.4540 0.4249 0.024 0.000 0.000 0.320 0.656
#> SRR2049465 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.1544 0.0000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR2049463 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.4540 0.4249 0.024 0.000 0.000 0.320 0.656
#> SRR2049457 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.4540 0.4249 0.024 0.000 0.000 0.320 0.656
#> SRR2049458 1 0.2325 0.9169 0.904 0.000 0.068 0.000 0.028
#> SRR2049454 1 0.3493 0.8269 0.832 0.000 0.060 0.000 0.108
#> SRR2049452 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.4249 0.4740 0.016 0.000 0.000 0.296 0.688
#> SRR2049451 5 0.3857 0.5819 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2049450 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.4278 0.0439 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2049442 5 0.2852 0.7596 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049444 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049440 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.3969 0.4959 0.692 0.000 0.004 0.000 0.304
#> SRR2049439 1 0.3496 0.6939 0.788 0.000 0.012 0.000 0.200
#> SRR2049435 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049434 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049432 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049433 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049431 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049430 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.4219 0.3884 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2049428 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049427 5 0.0963 0.8387 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049426 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049425 5 0.1124 0.8377 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2049424 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049423 5 0.1041 0.8337 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR2049422 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049421 1 0.4419 0.4862 0.668 0.000 0.020 0.000 0.312
#> SRR2049420 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049419 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049418 5 0.3953 0.7058 0.048 0.000 0.000 0.168 0.784
#> SRR2049417 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049416 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049415 5 0.0963 0.8387 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049414 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049412 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049413 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049410 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049409 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049407 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049406 5 0.0963 0.8387 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049405 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049404 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049403 5 0.1041 0.8337 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR2049402 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049401 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049400 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.1608 0.9394 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.1704 0.9376 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049397 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049395 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.1732 0.8664 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049394 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049393 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049392 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049390 2 0.4150 0.7297 0.216 0.748 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049339 2 0.3766 0.667 0.040 0.748 0.212 0.000 0.000 0
#> SRR2049539 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049538 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049537 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049536 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049535 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049534 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049533 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049532 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049531 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049530 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049529 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049528 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049527 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049526 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049525 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049524 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049523 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049522 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049521 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049520 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049519 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049518 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049517 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049516 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049515 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049514 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049513 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049512 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049511 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049510 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049509 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049508 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049507 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049506 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049505 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049504 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049503 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049502 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049501 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049500 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049499 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049498 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049497 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049496 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049495 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049494 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049493 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049491 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049490 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049492 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049489 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049488 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049487 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049486 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049485 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049484 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049483 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049482 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049481 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049479 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049480 2 0.1297 0.890 0.040 0.948 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049477 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049475 1 0.5501 0.252 0.520 0.000 0.000 0.144 0.336 0
#> SRR2049476 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049478 1 0.1889 0.873 0.920 0.000 0.004 0.056 0.020 0
#> SRR2049474 1 0.0291 0.935 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR2049473 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049472 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049471 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049470 5 0.4808 0.294 0.360 0.000 0.000 0.064 0.576 0
#> SRR2049469 1 0.1826 0.877 0.924 0.000 0.004 0.052 0.020 0
#> SRR2049468 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049467 1 0.0520 0.926 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0
#> SRR2049466 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049465 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049464 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049463 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049461 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049462 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049460 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049459 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049457 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049455 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049456 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049458 1 0.0632 0.917 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0
#> SRR2049454 1 0.2875 0.800 0.852 0.000 0.000 0.096 0.052 0
#> SRR2049452 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049453 4 0.0937 0.906 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0
#> SRR2049451 5 0.5025 0.429 0.232 0.000 0.000 0.136 0.632 0
#> SRR2049450 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049449 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049447 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049446 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049445 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049443 1 0.5582 0.107 0.476 0.000 0.000 0.144 0.380 0
#> SRR2049442 5 0.2609 0.759 0.096 0.000 0.000 0.036 0.868 0
#> SRR2049444 1 0.0291 0.935 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR2049441 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049440 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049438 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049436 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049437 1 0.5059 0.468 0.628 0.000 0.000 0.140 0.232 0
#> SRR2049439 1 0.4154 0.660 0.744 0.000 0.000 0.144 0.112 0
#> SRR2049435 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049434 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049432 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049433 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049431 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049430 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049429 5 0.3841 0.334 0.380 0.000 0.000 0.004 0.616 0
#> SRR2049428 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049427 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0
#> SRR2049426 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049425 5 0.1007 0.877 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0
#> SRR2049424 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049423 5 0.1075 0.874 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0
#> SRR2049422 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049421 1 0.4210 0.512 0.672 0.000 0.000 0.040 0.288 0
#> SRR2049420 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049419 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049418 5 0.3819 0.443 0.004 0.000 0.000 0.372 0.624 0
#> SRR2049417 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049416 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049415 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0
#> SRR2049414 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049412 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049411 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049413 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049410 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049409 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049408 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049407 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049406 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0
#> SRR2049405 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049404 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049403 5 0.1075 0.874 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0
#> SRR2049402 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049401 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049400 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049399 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR2049398 1 0.0000 0.935 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049397 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049395 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049396 5 0.0146 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0
#> SRR2049394 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049393 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049392 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049391 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049390 2 0.3420 0.730 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.288 0.465 0.684 0.4361 0.531 0.531
#> 3 3 0.560 0.796 0.848 0.4563 0.803 0.631
#> 4 4 0.828 0.937 0.896 0.1363 0.845 0.586
#> 5 5 0.800 0.878 0.887 0.0612 1.000 1.000
#> 6 6 0.851 0.778 0.830 0.0374 0.960 0.842
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049362 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049361 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049360 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049359 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049358 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049357 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049356 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049355 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049354 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049353 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049352 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049351 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049350 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049349 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049348 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049347 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049346 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049345 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049344 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049343 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049342 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049341 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049340 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049339 2 1.000 0.04381 0.488 0.512
#> SRR2049539 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049538 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049537 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049536 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049535 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049480 2 0.000 0.86380 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049475 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049476 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049478 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049474 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049473 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049472 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049471 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049470 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049469 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049468 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049467 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049466 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049465 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049464 1 0.991 0.31350 0.556 0.444
#> SRR2049463 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049461 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049462 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049460 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049459 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049457 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049455 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049456 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049458 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049454 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049452 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049453 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049451 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049450 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049449 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049447 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049446 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049445 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049443 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049442 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049444 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049441 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049440 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049438 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049436 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049437 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049439 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049435 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049434 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049432 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049433 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049431 2 0.963 0.19751 0.388 0.612
#> SRR2049430 2 0.963 0.19751 0.388 0.612
#> SRR2049429 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049428 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049427 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049426 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049425 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049424 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049423 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049422 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049421 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049420 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049419 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049418 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049417 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049416 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049415 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049414 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049412 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049411 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049413 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049410 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049409 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049408 1 0.909 0.49174 0.676 0.324
#> SRR2049407 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049406 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049405 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049404 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049403 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049402 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049401 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049400 1 0.917 0.48839 0.668 0.332
#> SRR2049399 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049398 1 0.921 0.48659 0.664 0.336
#> SRR2049397 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049395 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049396 1 0.904 0.49328 0.680 0.320
#> SRR2049394 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049393 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049392 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049388 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049389 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049391 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049390 2 0.881 0.44730 0.300 0.700
#> SRR2049387 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049386 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049385 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049384 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049382 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049383 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049381 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049380 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049379 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049378 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049376 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049377 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049375 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049374 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049373 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049372 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049371 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049370 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049369 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049368 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049366 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049367 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049365 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
#> SRR2049364 1 0.999 0.00796 0.516 0.484
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049362 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049361 3 0.1182 0.991 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049360 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049359 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049358 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049357 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049356 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049355 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049354 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049353 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049352 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049351 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049350 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049349 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049348 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049347 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049346 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049345 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049344 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049343 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049342 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049341 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049340 3 0.0829 0.993 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049339 3 0.1482 0.980 0.012 0.020 0.968
#> SRR2049539 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049538 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049537 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049536 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049535 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049534 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049533 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049532 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049531 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049530 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049529 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049528 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049527 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049526 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049525 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049524 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049523 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049522 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049521 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049520 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049519 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049518 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049517 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049516 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049515 2 0.5119 0.799 0.028 0.812 0.160
#> SRR2049514 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049513 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049512 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049511 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049510 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049509 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049508 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049507 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049506 2 0.5236 0.796 0.028 0.804 0.168
#> SRR2049505 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049504 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049503 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049502 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049501 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049500 2 0.5178 0.798 0.028 0.808 0.164
#> SRR2049499 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049498 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049497 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049496 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049495 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049494 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049493 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049491 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049490 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049492 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049489 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049488 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049487 2 0.5060 0.800 0.028 0.816 0.156
#> SRR2049486 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049485 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049484 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049483 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049482 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049481 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049479 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049480 2 0.4615 0.789 0.020 0.836 0.144
#> SRR2049477 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049475 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.4475 0.880 0.840 0.144 0.016
#> SRR2049478 1 0.3752 0.880 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049474 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049473 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049472 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049471 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049470 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.3752 0.880 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049468 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049467 1 0.3752 0.880 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049464 1 0.1751 0.863 0.960 0.012 0.028
#> SRR2049463 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049461 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049462 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049460 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049459 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049455 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049456 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.6087 0.870 0.780 0.144 0.076
#> SRR2049454 1 0.3412 0.882 0.876 0.124 0.000
#> SRR2049452 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049453 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049449 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049447 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049446 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049445 1 0.6252 0.868 0.772 0.144 0.084
#> SRR2049443 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.3752 0.880 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049441 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049440 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049438 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049436 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049437 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049434 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049432 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049433 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049431 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049430 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049429 1 0.4164 0.881 0.848 0.144 0.008
#> SRR2049428 1 0.3752 0.880 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.5823 0.874 0.792 0.144 0.064
#> SRR2049419 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049411 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049413 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.5222 0.878 0.816 0.144 0.040
#> SRR2049409 1 0.5330 0.878 0.812 0.144 0.044
#> SRR2049408 1 0.4615 0.880 0.836 0.144 0.020
#> SRR2049407 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.5330 0.878 0.812 0.144 0.044
#> SRR2049399 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049398 1 0.6486 0.864 0.760 0.144 0.096
#> SRR2049397 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049396 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049393 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049392 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049388 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049389 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049391 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049390 2 0.9377 -0.148 0.380 0.448 0.172
#> SRR2049387 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049386 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049385 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049384 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049382 3 0.1482 0.990 0.012 0.020 0.968
#> SRR2049383 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049381 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049380 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049379 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049378 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049376 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049377 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049375 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049374 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049373 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049372 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049371 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049370 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
#> SRR2049369 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049368 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049366 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049367 3 0.1337 0.990 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049365 3 0.0592 0.994 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049364 3 0.0829 0.994 0.012 0.004 0.984
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049361 3 0.2408 0.935 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2049360 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.2868 0.923 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.1867 0.945 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0188 0.964 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.1637 0.949 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049339 3 0.2142 0.916 0.000 0.016 0.928 0.056
#> SRR2049539 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049538 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049537 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049536 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049535 2 0.2521 0.973 0.020 0.916 0.060 0.004
#> SRR2049534 2 0.3640 0.958 0.036 0.876 0.060 0.028
#> SRR2049533 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049532 2 0.3444 0.962 0.032 0.884 0.060 0.024
#> SRR2049531 2 0.3432 0.962 0.036 0.884 0.060 0.020
#> SRR2049530 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049529 2 0.3444 0.962 0.032 0.884 0.060 0.024
#> SRR2049528 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049527 2 0.3444 0.962 0.032 0.884 0.060 0.024
#> SRR2049526 2 0.1824 0.978 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR2049525 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049524 2 0.3538 0.960 0.036 0.880 0.060 0.024
#> SRR2049523 2 0.3538 0.960 0.036 0.880 0.060 0.024
#> SRR2049522 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049521 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049520 2 0.1824 0.978 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR2049519 2 0.3640 0.958 0.036 0.876 0.060 0.028
#> SRR2049518 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049517 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049516 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049515 2 0.2731 0.971 0.028 0.908 0.060 0.004
#> SRR2049514 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049513 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049512 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049511 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049510 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049509 2 0.3244 0.965 0.024 0.892 0.060 0.024
#> SRR2049508 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049507 2 0.3538 0.960 0.036 0.880 0.060 0.024
#> SRR2049506 2 0.3640 0.958 0.036 0.876 0.060 0.028
#> SRR2049505 2 0.3244 0.965 0.024 0.892 0.060 0.024
#> SRR2049504 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049503 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049502 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049501 2 0.3244 0.965 0.024 0.892 0.060 0.024
#> SRR2049500 2 0.3337 0.964 0.032 0.888 0.060 0.020
#> SRR2049499 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049498 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049497 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049496 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049495 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049494 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049493 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049491 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049490 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049492 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049489 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049488 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049487 2 0.1637 0.979 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049486 2 0.2586 0.938 0.000 0.912 0.040 0.048
#> SRR2049485 2 0.1211 0.966 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049484 2 0.2983 0.923 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR2049483 2 0.2983 0.923 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR2049482 2 0.2983 0.923 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR2049481 2 0.2983 0.923 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR2049479 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049480 2 0.2983 0.923 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR2049477 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049475 1 0.3668 0.980 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR2049476 4 0.2918 0.889 0.116 0.000 0.008 0.876
#> SRR2049478 4 0.2704 0.879 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049474 4 0.3245 0.907 0.100 0.000 0.028 0.872
#> SRR2049473 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049472 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049471 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049470 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049469 4 0.2831 0.884 0.120 0.000 0.004 0.876
#> SRR2049468 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049467 4 0.2704 0.879 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049466 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049465 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049464 1 0.3093 0.796 0.892 0.040 0.004 0.064
#> SRR2049463 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049461 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049462 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049460 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049459 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049457 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049455 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049456 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049458 4 0.3245 0.907 0.100 0.000 0.028 0.872
#> SRR2049454 4 0.4164 0.643 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR2049452 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049453 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049451 1 0.3668 0.980 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR2049450 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049449 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049447 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049446 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049445 4 0.3143 0.904 0.100 0.000 0.024 0.876
#> SRR2049443 1 0.3668 0.980 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR2049442 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049444 4 0.2831 0.884 0.120 0.000 0.004 0.876
#> SRR2049441 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049440 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049438 4 0.3245 0.907 0.100 0.000 0.028 0.872
#> SRR2049436 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049437 1 0.3791 0.973 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR2049439 1 0.3831 0.969 0.792 0.004 0.000 0.204
#> SRR2049435 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049434 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049432 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049433 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049431 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049430 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049429 4 0.2988 0.894 0.112 0.000 0.012 0.876
#> SRR2049428 4 0.2760 0.876 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR2049427 1 0.4121 0.975 0.796 0.020 0.000 0.184
#> SRR2049426 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049425 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049424 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049423 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049422 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049421 1 0.3908 0.958 0.784 0.004 0.000 0.212
#> SRR2049420 4 0.3160 0.901 0.108 0.000 0.020 0.872
#> SRR2049419 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049418 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049417 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049416 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049415 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049414 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049412 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049411 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049413 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049410 4 0.3048 0.898 0.108 0.000 0.016 0.876
#> SRR2049409 4 0.3048 0.898 0.108 0.000 0.016 0.876
#> SRR2049408 4 0.2988 0.894 0.112 0.000 0.012 0.876
#> SRR2049407 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049406 1 0.4418 0.971 0.784 0.032 0.000 0.184
#> SRR2049405 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049404 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049403 1 0.4595 0.968 0.776 0.040 0.000 0.184
#> SRR2049402 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049401 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049400 4 0.3048 0.898 0.108 0.000 0.016 0.876
#> SRR2049399 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049398 4 0.3279 0.909 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR2049397 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049395 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049396 1 0.3486 0.981 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049394 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049393 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049392 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049388 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049390 4 0.3082 0.816 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR2049387 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049382 3 0.2704 0.927 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049383 3 0.2973 0.919 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049373 3 0.2973 0.919 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049372 3 0.2973 0.919 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049371 3 0.0188 0.964 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.3024 0.917 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049368 3 0.2973 0.919 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.2704 0.927 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049362 3 0.4912 0.815 0.000 0.008 0.688 NA 0.048
#> SRR2049361 3 0.3758 0.884 0.000 0.008 0.824 NA 0.056
#> SRR2049360 3 0.5001 0.813 0.000 0.008 0.680 NA 0.052
#> SRR2049359 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049358 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049357 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049356 3 0.4602 0.825 0.000 0.008 0.708 NA 0.032
#> SRR2049355 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049354 3 0.0740 0.918 0.000 0.008 0.980 NA 0.004
#> SRR2049353 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049352 3 0.1153 0.917 0.000 0.008 0.964 NA 0.024
#> SRR2049351 3 0.1483 0.916 0.000 0.008 0.952 NA 0.028
#> SRR2049350 3 0.4847 0.816 0.000 0.008 0.684 NA 0.040
#> SRR2049349 3 0.1153 0.917 0.000 0.008 0.964 NA 0.024
#> SRR2049348 3 0.0981 0.918 0.000 0.008 0.972 NA 0.012
#> SRR2049347 3 0.0740 0.918 0.000 0.008 0.980 NA 0.004
#> SRR2049346 3 0.3597 0.885 0.000 0.008 0.832 NA 0.044
#> SRR2049345 3 0.0579 0.918 0.000 0.008 0.984 NA 0.000
#> SRR2049344 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049343 3 0.0981 0.917 0.000 0.008 0.972 NA 0.012
#> SRR2049342 3 0.1153 0.916 0.000 0.008 0.964 NA 0.004
#> SRR2049341 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049340 3 0.3599 0.870 0.000 0.008 0.812 NA 0.020
#> SRR2049339 3 0.2852 0.793 0.000 0.000 0.828 NA 0.000
#> SRR2049539 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049538 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049537 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049536 1 0.4670 0.713 0.648 0.016 0.000 NA 0.008
#> SRR2049535 2 0.1410 0.927 0.000 0.940 0.000 NA 0.000
#> SRR2049534 2 0.3649 0.869 0.000 0.808 0.000 NA 0.040
#> SRR2049533 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049532 2 0.2864 0.899 0.000 0.864 0.000 NA 0.024
#> SRR2049531 2 0.2727 0.901 0.000 0.868 0.000 NA 0.016
#> SRR2049530 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049529 2 0.3012 0.893 0.000 0.852 0.000 NA 0.024
#> SRR2049528 2 0.0290 0.941 0.000 0.992 0.000 NA 0.008
#> SRR2049527 2 0.2722 0.902 0.000 0.872 0.000 NA 0.020
#> SRR2049526 2 0.1043 0.932 0.000 0.960 0.000 NA 0.000
#> SRR2049525 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049524 2 0.3241 0.882 0.000 0.832 0.000 NA 0.024
#> SRR2049523 2 0.3241 0.882 0.000 0.832 0.000 NA 0.024
#> SRR2049522 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049520 2 0.1043 0.932 0.000 0.960 0.000 NA 0.000
#> SRR2049519 2 0.3649 0.869 0.000 0.808 0.000 NA 0.040
#> SRR2049518 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049517 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049516 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049515 2 0.1671 0.923 0.000 0.924 0.000 NA 0.000
#> SRR2049514 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049513 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049512 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049511 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049510 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049509 2 0.2813 0.900 0.000 0.868 0.000 NA 0.024
#> SRR2049508 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049507 2 0.3241 0.882 0.000 0.832 0.000 NA 0.024
#> SRR2049506 2 0.3649 0.869 0.000 0.808 0.000 NA 0.040
#> SRR2049505 2 0.2813 0.900 0.000 0.868 0.000 NA 0.024
#> SRR2049504 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049503 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049502 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049501 2 0.2519 0.907 0.000 0.884 0.000 NA 0.016
#> SRR2049500 2 0.2124 0.913 0.000 0.900 0.000 NA 0.004
#> SRR2049499 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049498 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049497 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049496 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049495 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049494 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049493 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049491 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049490 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049492 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049489 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> SRR2049488 2 0.0324 0.941 0.000 0.992 0.000 NA 0.004
#> SRR2049487 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049486 2 0.3462 0.806 0.000 0.792 0.000 NA 0.012
#> SRR2049485 2 0.1522 0.920 0.000 0.944 0.000 NA 0.012
#> SRR2049484 2 0.3779 0.771 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> SRR2049483 2 0.3779 0.771 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> SRR2049482 2 0.3779 0.771 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> SRR2049481 2 0.3779 0.771 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> SRR2049479 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049480 2 0.3779 0.771 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> SRR2049477 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049475 5 0.3327 0.925 0.144 0.000 0.000 NA 0.828
#> SRR2049476 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049478 1 0.0451 0.873 0.988 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR2049474 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049471 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049470 5 0.2719 0.929 0.144 0.000 0.000 NA 0.852
#> SRR2049469 1 0.0290 0.876 0.992 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049467 1 0.0404 0.873 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049466 5 0.5786 0.865 0.148 0.000 0.008 NA 0.640
#> SRR2049465 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049464 5 0.5502 0.721 0.056 0.000 0.008 NA 0.576
#> SRR2049463 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049462 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049459 5 0.5786 0.865 0.148 0.000 0.008 NA 0.640
#> SRR2049457 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049456 5 0.5786 0.865 0.148 0.000 0.008 NA 0.640
#> SRR2049458 1 0.0510 0.870 0.984 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049454 1 0.2616 0.747 0.880 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR2049452 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049453 5 0.5786 0.865 0.148 0.000 0.008 NA 0.640
#> SRR2049451 5 0.3327 0.925 0.144 0.000 0.000 NA 0.828
#> SRR2049450 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049443 5 0.3327 0.925 0.144 0.000 0.000 NA 0.828
#> SRR2049442 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049444 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049436 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049437 5 0.4250 0.836 0.252 0.000 0.000 NA 0.720
#> SRR2049439 5 0.4849 0.679 0.360 0.000 0.000 NA 0.608
#> SRR2049435 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049434 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049432 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049433 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049431 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049430 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049429 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049428 1 0.0609 0.869 0.980 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR2049427 5 0.3708 0.923 0.136 0.000 0.004 NA 0.816
#> SRR2049426 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049425 5 0.5387 0.880 0.136 0.000 0.008 NA 0.688
#> SRR2049424 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049423 5 0.5553 0.872 0.136 0.000 0.008 NA 0.668
#> SRR2049422 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049421 5 0.4475 0.807 0.276 0.000 0.000 NA 0.692
#> SRR2049420 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049419 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049418 5 0.5822 0.863 0.152 0.000 0.008 NA 0.636
#> SRR2049417 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049416 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049415 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049414 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049412 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049413 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049410 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049409 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049407 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049406 5 0.4393 0.910 0.136 0.000 0.004 NA 0.772
#> SRR2049405 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049404 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049403 5 0.5584 0.871 0.136 0.000 0.008 NA 0.664
#> SRR2049402 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049401 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049400 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049397 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049395 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049396 5 0.2471 0.932 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
#> SRR2049394 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049393 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049392 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049388 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049389 3 0.0740 0.918 0.000 0.008 0.980 NA 0.004
#> SRR2049391 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049390 1 0.4774 0.711 0.644 0.016 0.000 NA 0.012
#> SRR2049387 3 0.4912 0.815 0.000 0.008 0.688 NA 0.048
#> SRR2049386 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049385 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049384 3 0.4912 0.815 0.000 0.008 0.688 NA 0.048
#> SRR2049382 3 0.4697 0.835 0.000 0.008 0.720 NA 0.048
#> SRR2049383 3 0.4677 0.822 0.000 0.008 0.704 NA 0.036
#> SRR2049381 3 0.1483 0.916 0.000 0.008 0.952 NA 0.028
#> SRR2049380 3 0.0740 0.917 0.000 0.008 0.980 NA 0.004
#> SRR2049379 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049378 3 0.0981 0.917 0.000 0.008 0.972 NA 0.008
#> SRR2049376 3 0.0740 0.918 0.000 0.008 0.980 NA 0.004
#> SRR2049377 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049375 3 0.0854 0.917 0.000 0.008 0.976 NA 0.004
#> SRR2049374 3 0.4912 0.816 0.000 0.008 0.688 NA 0.048
#> SRR2049373 3 0.4677 0.822 0.000 0.008 0.704 NA 0.036
#> SRR2049372 3 0.4901 0.829 0.000 0.008 0.696 NA 0.052
#> SRR2049371 3 0.1153 0.916 0.000 0.008 0.964 NA 0.004
#> SRR2049370 3 0.0451 0.917 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049369 3 0.4912 0.815 0.000 0.008 0.688 NA 0.048
#> SRR2049368 3 0.4677 0.822 0.000 0.008 0.704 NA 0.036
#> SRR2049366 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049367 3 0.4612 0.849 0.000 0.008 0.736 NA 0.052
#> SRR2049365 3 0.1369 0.916 0.000 0.008 0.956 NA 0.028
#> SRR2049364 3 0.1186 0.917 0.000 0.008 0.964 NA 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049362 3 0.5355 0.613 0.000 0.004 0.536 0.104 0.000 0.356
#> SRR2049361 3 0.4753 0.766 0.000 0.008 0.728 0.088 0.020 0.156
#> SRR2049360 3 0.5442 0.611 0.000 0.004 0.532 0.116 0.000 0.348
#> SRR2049359 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049358 3 0.0984 0.844 0.000 0.008 0.968 0.012 0.000 0.012
#> SRR2049357 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049356 3 0.5488 0.631 0.000 0.008 0.540 0.112 0.000 0.340
#> SRR2049355 3 0.1659 0.844 0.000 0.008 0.940 0.028 0.020 0.004
#> SRR2049354 3 0.1129 0.844 0.000 0.008 0.964 0.012 0.004 0.012
#> SRR2049353 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049352 3 0.1874 0.844 0.000 0.008 0.932 0.028 0.020 0.012
#> SRR2049351 3 0.2479 0.840 0.000 0.008 0.896 0.064 0.020 0.012
#> SRR2049350 3 0.5630 0.621 0.000 0.008 0.532 0.112 0.004 0.344
#> SRR2049349 3 0.1592 0.843 0.000 0.008 0.940 0.032 0.020 0.000
#> SRR2049348 3 0.1078 0.846 0.000 0.008 0.964 0.016 0.000 0.012
#> SRR2049347 3 0.1223 0.845 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049346 3 0.4281 0.788 0.000 0.008 0.772 0.084 0.016 0.120
#> SRR2049345 3 0.1129 0.844 0.000 0.008 0.964 0.012 0.004 0.012
#> SRR2049344 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049343 3 0.1533 0.844 0.000 0.008 0.948 0.016 0.016 0.012
#> SRR2049342 3 0.1579 0.843 0.000 0.008 0.944 0.020 0.004 0.024
#> SRR2049341 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049340 3 0.4194 0.764 0.000 0.008 0.756 0.068 0.004 0.164
#> SRR2049339 3 0.3442 0.640 0.000 0.004 0.756 0.232 0.004 0.004
#> SRR2049539 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049538 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049537 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049536 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049535 2 0.2209 0.848 0.000 0.900 0.000 0.072 0.004 0.024
#> SRR2049534 2 0.5178 0.689 0.000 0.656 0.000 0.200 0.016 0.128
#> SRR2049533 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.4602 0.734 0.000 0.704 0.000 0.196 0.008 0.092
#> SRR2049531 2 0.3978 0.773 0.000 0.764 0.000 0.168 0.008 0.060
#> SRR2049530 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.4691 0.728 0.000 0.696 0.000 0.196 0.008 0.100
#> SRR2049528 2 0.1151 0.870 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR2049527 2 0.4402 0.744 0.000 0.716 0.000 0.196 0.004 0.084
#> SRR2049526 2 0.0951 0.872 0.000 0.968 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR2049525 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.4856 0.717 0.000 0.684 0.000 0.200 0.012 0.104
#> SRR2049523 2 0.4883 0.714 0.000 0.680 0.000 0.204 0.012 0.104
#> SRR2049522 2 0.0146 0.877 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0405 0.877 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049520 2 0.1053 0.871 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012
#> SRR2049519 2 0.5156 0.691 0.000 0.656 0.000 0.208 0.016 0.120
#> SRR2049518 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0146 0.877 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049516 2 0.0260 0.877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.2152 0.848 0.000 0.904 0.000 0.068 0.004 0.024
#> SRR2049514 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0622 0.876 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR2049510 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.4422 0.745 0.000 0.720 0.000 0.180 0.004 0.096
#> SRR2049508 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.4789 0.718 0.000 0.684 0.000 0.204 0.008 0.104
#> SRR2049506 2 0.5178 0.689 0.000 0.656 0.000 0.200 0.016 0.128
#> SRR2049505 2 0.4422 0.745 0.000 0.720 0.000 0.180 0.004 0.096
#> SRR2049504 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0291 0.877 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049501 2 0.4301 0.755 0.000 0.732 0.000 0.188 0.008 0.072
#> SRR2049500 2 0.3730 0.785 0.000 0.784 0.000 0.160 0.008 0.048
#> SRR2049499 2 0.0405 0.877 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049498 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0806 0.874 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2049494 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0520 0.876 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2049490 2 0.0146 0.877 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0260 0.877 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0972 0.873 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR2049487 2 0.0146 0.877 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4009 0.599 0.000 0.684 0.000 0.288 0.000 0.028
#> SRR2049485 2 0.2106 0.835 0.000 0.904 0.000 0.064 0.000 0.032
#> SRR2049484 2 0.4166 0.553 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR2049483 2 0.4166 0.553 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR2049482 2 0.4166 0.553 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR2049481 2 0.4166 0.553 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR2049479 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4166 0.553 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR2049477 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.2144 0.720 0.048 0.000 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR2049476 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.1003 0.906 0.964 0.000 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049474 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.1364 0.746 0.048 0.000 0.004 0.000 0.944 0.004
#> SRR2049469 1 0.0858 0.912 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049468 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0858 0.912 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049466 5 0.4807 -0.249 0.052 0.000 0.000 0.000 0.484 0.464
#> SRR2049465 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.5293 0.000 0.012 0.000 0.004 0.080 0.308 0.596
#> SRR2049463 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.4756 -0.238 0.048 0.000 0.000 0.000 0.488 0.464
#> SRR2049457 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.4756 -0.238 0.048 0.000 0.000 0.000 0.488 0.464
#> SRR2049458 1 0.0858 0.910 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049454 1 0.2547 0.741 0.880 0.000 0.004 0.000 0.080 0.036
#> SRR2049452 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.4756 -0.238 0.048 0.000 0.000 0.000 0.488 0.464
#> SRR2049451 5 0.2144 0.720 0.048 0.000 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR2049450 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.2144 0.720 0.048 0.000 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR2049442 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049437 5 0.4136 0.376 0.248 0.000 0.004 0.000 0.708 0.040
#> SRR2049439 1 0.4778 -0.204 0.492 0.000 0.004 0.000 0.464 0.040
#> SRR2049435 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049434 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049432 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049433 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049431 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049430 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049429 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049428 1 0.2482 0.667 0.848 0.000 0.000 0.000 0.148 0.004
#> SRR2049427 5 0.3000 0.664 0.044 0.000 0.000 0.012 0.856 0.088
#> SRR2049426 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049425 5 0.4970 -0.126 0.044 0.000 0.000 0.012 0.536 0.408
#> SRR2049424 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049423 5 0.4991 -0.168 0.044 0.000 0.000 0.012 0.520 0.424
#> SRR2049422 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049421 5 0.4528 0.236 0.316 0.000 0.004 0.000 0.636 0.044
#> SRR2049420 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049419 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049418 5 0.4936 -0.260 0.052 0.000 0.000 0.004 0.480 0.464
#> SRR2049417 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049416 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049415 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049414 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049412 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049411 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049413 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049410 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049409 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049407 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049406 5 0.4330 0.408 0.044 0.000 0.000 0.012 0.708 0.236
#> SRR2049405 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049404 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049403 5 0.4991 -0.168 0.044 0.000 0.000 0.012 0.520 0.424
#> SRR2049402 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049401 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049400 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049398 1 0.0146 0.952 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049397 5 0.1152 0.753 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR2049395 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049396 5 0.1007 0.753 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049394 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049393 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049392 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049388 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049389 3 0.1129 0.844 0.000 0.008 0.964 0.012 0.004 0.012
#> SRR2049391 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049390 4 0.4111 1.000 0.456 0.004 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR2049387 3 0.5455 0.619 0.000 0.008 0.532 0.104 0.000 0.356
#> SRR2049386 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049385 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049384 3 0.5355 0.613 0.000 0.004 0.536 0.104 0.000 0.356
#> SRR2049382 3 0.5486 0.696 0.000 0.008 0.608 0.120 0.008 0.256
#> SRR2049383 3 0.5610 0.631 0.000 0.008 0.540 0.112 0.004 0.336
#> SRR2049381 3 0.2479 0.840 0.000 0.008 0.896 0.064 0.020 0.012
#> SRR2049380 3 0.1520 0.843 0.000 0.008 0.948 0.020 0.008 0.016
#> SRR2049379 3 0.0984 0.844 0.000 0.008 0.968 0.012 0.000 0.012
#> SRR2049378 3 0.1425 0.843 0.000 0.008 0.952 0.020 0.008 0.012
#> SRR2049376 3 0.1129 0.844 0.000 0.008 0.964 0.012 0.004 0.012
#> SRR2049377 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049375 3 0.1223 0.842 0.000 0.008 0.960 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049374 3 0.5482 0.617 0.000 0.008 0.532 0.108 0.000 0.352
#> SRR2049373 3 0.5610 0.631 0.000 0.008 0.540 0.112 0.004 0.336
#> SRR2049372 3 0.5457 0.675 0.000 0.008 0.596 0.120 0.004 0.272
#> SRR2049371 3 0.1647 0.842 0.000 0.008 0.940 0.032 0.004 0.016
#> SRR2049370 3 0.0881 0.844 0.000 0.008 0.972 0.008 0.000 0.012
#> SRR2049369 3 0.5355 0.613 0.000 0.004 0.536 0.104 0.000 0.356
#> SRR2049368 3 0.5610 0.631 0.000 0.008 0.540 0.112 0.004 0.336
#> SRR2049366 3 0.1736 0.843 0.000 0.008 0.936 0.032 0.020 0.004
#> SRR2049367 3 0.5181 0.716 0.000 0.008 0.644 0.112 0.004 0.232
#> SRR2049365 3 0.1647 0.844 0.000 0.008 0.940 0.032 0.016 0.004
#> SRR2049364 3 0.1140 0.846 0.000 0.008 0.964 0.008 0.012 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.553 0.949 0.963 0.4964 0.501 0.501
#> 3 3 1.000 0.994 0.997 0.3020 0.854 0.708
#> 4 4 0.881 0.857 0.915 0.1347 0.903 0.734
#> 5 5 0.990 0.961 0.975 0.0754 0.928 0.741
#> 6 6 0.904 0.899 0.919 0.0243 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049362 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049361 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049360 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049359 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049358 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049357 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049356 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049355 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049354 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049353 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049352 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049351 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049350 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049349 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049348 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049347 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049346 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049345 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049344 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049343 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049342 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049341 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049340 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049339 2 0.0376 0.943 0.004 0.996
#> SRR2049539 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049538 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049537 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049536 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049535 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.8713 0.694 0.292 0.708
#> SRR2049463 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049437 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049434 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049432 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049433 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049431 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049430 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049429 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.4939 0.898 0.892 0.108
#> SRR2049396 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049393 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049392 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049388 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049389 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049391 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049390 1 0.4815 0.902 0.896 0.104
#> SRR2049387 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049386 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049385 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049384 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049382 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049383 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049381 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049380 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049379 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049378 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049376 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049377 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049375 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049374 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049373 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049372 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049371 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049370 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049369 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049368 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049366 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049367 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049365 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
#> SRR2049364 2 0.4939 0.934 0.108 0.892
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049538 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049537 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049536 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.461 0.832 0.028 0.128 0.844
#> SRR2049463 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049437 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049434 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049432 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049433 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049431 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049430 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049429 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049396 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049393 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049392 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049390 1 0.116 0.976 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.997 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.4907 0.159 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR2049539 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049538 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049537 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049536 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.4955 0.298 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR2049485 4 0.4972 0.267 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2049484 4 0.4907 0.353 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049483 4 0.4907 0.353 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049482 4 0.4907 0.353 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049481 4 0.4907 0.353 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049479 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.4907 0.353 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049477 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049476 1 0.1557 0.697 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049478 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049474 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0188 0.666 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049471 1 0.0469 0.678 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049470 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049469 1 0.4356 0.771 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049468 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.4866 0.794 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049466 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049465 1 0.0336 0.661 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049464 1 0.5050 0.791 0.588 0.000 0.004 0.408
#> SRR2049463 1 0.0336 0.661 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049461 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0188 0.673 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049460 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049457 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049458 1 0.4431 0.776 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049454 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049452 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049451 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049450 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0188 0.666 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049446 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049442 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049444 1 0.3649 0.750 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049441 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049437 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049439 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049435 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049434 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049432 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049433 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049431 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049430 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049429 1 0.3688 0.751 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049428 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049427 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049426 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049425 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049424 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049423 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049422 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049421 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049420 1 0.0817 0.684 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049419 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049418 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049417 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049416 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049415 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049414 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049412 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049410 1 0.0817 0.684 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049409 1 0.3726 0.752 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049408 1 0.3688 0.751 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049407 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049406 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049405 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049404 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049403 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049402 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049401 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049400 1 0.0707 0.682 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049399 1 0.0921 0.686 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049398 1 0.0000 0.671 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049395 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049396 1 0.4877 0.794 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049394 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049393 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049392 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049390 4 0.4877 0.797 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0693 0.990 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2049361 3 0.0290 0.994 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049360 3 0.0566 0.990 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049359 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049358 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0290 0.994 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049355 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049354 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049352 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049351 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0404 0.992 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049349 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049348 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0324 0.995 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049345 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049342 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0290 0.994 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049339 4 0.3612 0.616 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR2049539 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049538 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049537 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049536 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049535 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049534 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049531 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049523 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049506 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049505 2 0.0290 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049500 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.4565 0.432 0.000 0.408 0.000 0.580 0.012
#> SRR2049485 4 0.4597 0.392 0.000 0.424 0.000 0.564 0.012
#> SRR2049484 4 0.3835 0.727 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR2049483 4 0.3835 0.727 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR2049482 4 0.3835 0.727 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR2049481 4 0.3835 0.727 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR2049479 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.3835 0.727 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR2049477 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049476 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049478 1 0.2127 0.872 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049474 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049470 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049469 1 0.0510 0.966 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049468 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0703 0.959 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049466 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049465 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 5 0.0693 0.976 0.012 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR2049463 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049457 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049458 1 0.0404 0.969 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049454 1 0.3336 0.710 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049452 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049451 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049450 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049442 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049444 1 0.0510 0.966 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049441 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049437 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049439 5 0.2852 0.812 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049435 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049434 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049432 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049433 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049431 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049430 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049429 1 0.3949 0.499 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049428 5 0.0703 0.987 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049427 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049426 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049425 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049424 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049423 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049422 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049421 5 0.2179 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049420 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049419 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049418 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049417 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049416 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049415 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049414 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049412 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049410 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049409 1 0.0703 0.960 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049408 1 0.0963 0.949 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049407 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049406 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049405 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049404 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049403 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049402 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049401 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049400 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.0290 0.972 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049398 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049395 4 0.0609 0.885 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049396 5 0.0609 0.991 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049394 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049393 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049392 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049390 4 0.0794 0.889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049387 3 0.0566 0.990 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049386 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049385 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049384 3 0.0566 0.990 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049382 3 0.0451 0.992 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049383 3 0.0404 0.992 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049381 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049376 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049375 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0566 0.990 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049373 3 0.0404 0.992 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049372 3 0.0451 0.994 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049371 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0693 0.990 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2049368 3 0.0566 0.990 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049366 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049367 3 0.0290 0.994 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049365 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049364 3 0.0162 0.995 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0260 0.960 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.2527 0.904 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.1663 0.947 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.2527 0.902 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.0713 0.958 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0260 0.959 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.0363 0.960 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.2048 0.926 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.0146 0.959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0363 0.959 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0632 0.959 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.0146 0.959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.0790 0.956 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.2340 0.912 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.0713 0.958 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.0363 0.958 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0458 0.960 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.1501 0.950 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.0458 0.959 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.0146 0.959 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.0458 0.959 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.0937 0.955 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.0260 0.959 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.1814 0.936 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 NA
#> SRR2049339 4 0.3634 0.423 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049538 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049537 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049536 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049535 2 0.0713 0.965 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.2048 0.921 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0458 0.966 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.1814 0.934 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.1501 0.950 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.1957 0.927 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0937 0.962 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.1556 0.944 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0363 0.967 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.1204 0.939 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.1863 0.931 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.2003 0.923 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0363 0.965 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0260 0.967 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0632 0.967 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.2048 0.921 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049515 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049514 2 0.0260 0.966 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0363 0.965 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0632 0.966 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0363 0.965 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.1765 0.936 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.1957 0.926 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049506 2 0.2048 0.921 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.1714 0.938 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0260 0.966 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0632 0.967 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.1444 0.948 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.1327 0.952 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.0713 0.965 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0632 0.965 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049489 2 0.0458 0.966 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0713 0.965 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0458 0.967 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049486 4 0.5735 0.466 0.000 0.352 0.000 0.472 0.000 NA
#> SRR2049485 4 0.5767 0.411 0.000 0.376 0.000 0.448 0.000 NA
#> SRR2049484 4 0.5464 0.631 0.000 0.260 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR2049483 4 0.5464 0.631 0.000 0.260 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR2049482 4 0.5464 0.631 0.000 0.260 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR2049481 4 0.5464 0.631 0.000 0.260 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR2049479 1 0.0458 0.941 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 4 0.5464 0.631 0.000 0.260 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR2049477 1 0.0632 0.939 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 5 0.2597 0.866 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR2049476 1 0.1007 0.933 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049478 1 0.3637 0.794 0.792 0.000 0.000 0.000 0.124 NA
#> SRR2049474 1 0.0363 0.941 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.0458 0.940 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.0363 0.940 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.0790 0.940 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049470 5 0.1814 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR2049469 1 0.1714 0.909 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.0458 0.939 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049467 1 0.1700 0.911 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049466 5 0.3717 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 NA
#> SRR2049465 1 0.0547 0.941 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 5 0.3804 0.749 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> SRR2049463 1 0.0260 0.940 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049461 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.0865 0.937 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.0458 0.940 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 5 0.3747 0.774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 NA
#> SRR2049457 1 0.0458 0.941 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049456 5 0.3717 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 NA
#> SRR2049458 1 0.1863 0.906 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.5176 0.546 0.620 0.000 0.000 0.000 0.188 NA
#> SRR2049452 1 0.0146 0.941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 5 0.3607 0.799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 NA
#> SRR2049451 5 0.2762 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA
#> SRR2049450 1 0.0458 0.941 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049449 1 0.0146 0.941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.0260 0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.0363 0.941 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.0260 0.941 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049443 5 0.2664 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR2049442 5 0.0146 0.891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049444 1 0.0713 0.939 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049441 1 0.0713 0.938 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.0260 0.940 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.0790 0.940 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049437 5 0.3081 0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.776 NA
#> SRR2049439 5 0.5563 0.619 0.192 0.000 0.000 0.000 0.548 NA
#> SRR2049435 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049434 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049432 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049433 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049431 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049430 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049429 1 0.5257 0.378 0.556 0.000 0.000 0.000 0.328 NA
#> SRR2049428 5 0.0790 0.878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2049427 5 0.1714 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR2049426 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049425 5 0.2969 0.850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA
#> SRR2049424 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049423 5 0.3244 0.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732 NA
#> SRR2049422 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049421 5 0.4386 0.794 0.048 0.000 0.000 0.000 0.652 NA
#> SRR2049420 1 0.1957 0.907 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049418 5 0.3672 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 NA
#> SRR2049417 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049416 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049415 5 0.0547 0.891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049414 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049412 1 0.1663 0.917 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049411 1 0.1714 0.913 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049413 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049410 1 0.1863 0.908 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049409 1 0.2968 0.858 0.816 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049408 1 0.3869 0.801 0.772 0.000 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR2049407 5 0.0260 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049406 5 0.2300 0.874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 NA
#> SRR2049405 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049404 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049403 5 0.3330 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2049402 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049401 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049400 1 0.1863 0.908 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049399 1 0.2146 0.903 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049398 1 0.1765 0.911 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049397 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049395 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049396 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049394 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049393 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049392 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049388 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0363 0.959 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049390 4 0.0000 0.853 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049387 3 0.2491 0.904 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0937 0.958 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0632 0.957 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.2454 0.904 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 NA
#> SRR2049382 3 0.1910 0.934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.2178 0.921 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.0713 0.957 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.0260 0.960 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.0363 0.958 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0547 0.959 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.0632 0.957 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.0260 0.959 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.2491 0.903 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.2135 0.923 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.2048 0.933 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.0547 0.960 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.2527 0.904 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.2048 0.927 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.0632 0.957 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.1765 0.941 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0458 0.960 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.0260 0.958 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.997 0.4079 0.595 0.595
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5788 0.762 0.599
#> 4 4 0.923 0.953 0.973 0.1495 0.892 0.700
#> 5 5 0.898 0.843 0.907 0.0391 0.944 0.790
#> 6 6 0.951 0.913 0.946 0.0265 0.967 0.856
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0938 0.988 0.988 0.012
#> SRR2049362 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049361 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049360 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049359 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049358 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049357 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049352 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049351 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049350 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> SRR2049347 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049345 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049342 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.5946 0.839 0.856 0.144
#> SRR2049463 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049388 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049387 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049383 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049380 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049379 1 0.1184 0.985 0.984 0.016
#> SRR2049378 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2049376 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR2049375 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049373 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049371 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR2049370 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2049368 1 0.0672 0.990 0.992 0.008
#> SRR2049366 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> SRR2049367 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> SRR2049365 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049539 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049538 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049537 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049536 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049479 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.00 1.00 0
#> SRR2049477 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049475 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049476 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049478 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049474 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049473 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049472 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049471 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049470 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049469 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049468 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049467 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049466 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049465 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049464 1 0.0892 0.979 0.98 0.02 0
#> SRR2049463 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049461 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049462 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049460 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049459 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049457 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049455 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049456 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049458 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049454 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049452 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049453 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049451 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049450 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049449 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049447 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049446 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049445 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049443 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049442 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049444 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049441 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049440 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049438 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049436 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049437 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049439 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049435 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049434 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049432 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049433 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049431 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049430 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049429 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049428 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049427 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049426 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049425 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049424 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049423 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049422 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049421 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049420 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049419 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049418 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049417 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049416 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049415 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049414 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049412 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049411 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049413 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049410 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049409 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049408 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049407 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049406 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049405 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049404 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049403 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049402 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049401 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049400 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049399 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049398 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049397 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049395 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049396 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049394 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049393 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049392 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049391 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049390 1 0.0000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.00 0.00 1
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049479 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049477 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049475 1 0.3172 0.906 0.840 0.000 0 0.160
#> SRR2049476 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049478 1 0.4697 0.596 0.644 0.000 0 0.356
#> SRR2049474 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049473 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049472 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049471 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049470 1 0.2921 0.923 0.860 0.000 0 0.140
#> SRR2049469 4 0.1792 0.894 0.068 0.000 0 0.932
#> SRR2049468 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049467 4 0.5000 -0.208 0.500 0.000 0 0.500
#> SRR2049466 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049465 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049464 2 0.3907 0.780 0.044 0.836 0 0.120
#> SRR2049463 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049461 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049462 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049460 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049457 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049455 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049458 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049454 4 0.4992 -0.119 0.476 0.000 0 0.524
#> SRR2049452 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049451 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049450 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049449 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049447 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049446 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049445 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049443 1 0.3123 0.910 0.844 0.000 0 0.156
#> SRR2049442 1 0.3266 0.898 0.832 0.000 0 0.168
#> SRR2049444 4 0.4925 0.106 0.428 0.000 0 0.572
#> SRR2049441 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049440 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049438 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049437 1 0.3266 0.898 0.832 0.000 0 0.168
#> SRR2049439 1 0.3123 0.910 0.844 0.000 0 0.156
#> SRR2049435 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049429 4 0.2281 0.866 0.096 0.000 0 0.904
#> SRR2049428 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049426 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049425 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049424 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049423 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049422 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049421 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049420 4 0.2281 0.866 0.096 0.000 0 0.904
#> SRR2049419 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049418 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049417 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049416 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049415 1 0.1118 0.906 0.964 0.000 0 0.036
#> SRR2049414 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049412 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049411 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049413 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049410 4 0.0707 0.945 0.020 0.000 0 0.980
#> SRR2049409 4 0.2281 0.866 0.096 0.000 0 0.904
#> SRR2049408 4 0.1557 0.910 0.056 0.000 0 0.944
#> SRR2049407 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049406 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049405 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049404 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049403 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049402 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049401 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049400 4 0.0469 0.952 0.012 0.000 0 0.988
#> SRR2049399 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049398 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049397 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049395 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049396 1 0.2647 0.938 0.880 0.000 0 0.120
#> SRR2049394 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0880 0.8763 0.032 0.000 0 0.968 0.000
#> SRR2049537 4 0.2179 0.7692 0.112 0.000 0 0.888 0.000
#> SRR2049536 4 0.3109 0.6709 0.200 0.000 0 0.800 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.9908 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049475 1 0.4304 -0.6963 0.516 0.000 0 0.000 0.484
#> SRR2049476 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049478 1 0.4987 -0.3768 0.616 0.000 0 0.044 0.340
#> SRR2049474 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049473 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049472 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049471 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049470 5 0.4304 0.7198 0.484 0.000 0 0.000 0.516
#> SRR2049469 1 0.3752 0.8028 0.708 0.000 0 0.292 0.000
#> SRR2049468 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049467 1 0.2719 0.6380 0.852 0.000 0 0.144 0.004
#> SRR2049466 5 0.4219 0.1205 0.416 0.000 0 0.000 0.584
#> SRR2049465 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049464 2 0.6584 0.1319 0.272 0.468 0 0.000 0.260
#> SRR2049463 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049461 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049462 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049460 1 0.3949 0.7535 0.668 0.000 0 0.332 0.000
#> SRR2049459 5 0.4192 0.1630 0.404 0.000 0 0.000 0.596
#> SRR2049457 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049455 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049456 5 0.3612 0.4197 0.268 0.000 0 0.000 0.732
#> SRR2049458 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049454 1 0.5447 0.4383 0.660 0.000 0 0.168 0.172
#> SRR2049452 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049453 5 0.0510 0.6486 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR2049451 5 0.4201 0.8000 0.408 0.000 0 0.000 0.592
#> SRR2049450 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049449 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049447 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049446 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049445 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049443 1 0.4300 -0.6832 0.524 0.000 0 0.000 0.476
#> SRR2049442 5 0.5369 0.7742 0.388 0.000 0 0.060 0.552
#> SRR2049444 1 0.1892 0.5665 0.916 0.000 0 0.080 0.004
#> SRR2049441 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049440 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049438 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049436 4 0.2561 0.7615 0.144 0.000 0 0.856 0.000
#> SRR2049437 1 0.4437 -0.6635 0.532 0.000 0 0.004 0.464
#> SRR2049439 1 0.4283 -0.6566 0.544 0.000 0 0.000 0.456
#> SRR2049435 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.4735 0.7415 0.680 0.000 0 0.272 0.048
#> SRR2049428 4 0.3932 0.3269 0.328 0.000 0 0.672 0.000
#> SRR2049427 5 0.1197 0.6752 0.048 0.000 0 0.000 0.952
#> SRR2049426 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049425 5 0.0703 0.6461 0.024 0.000 0 0.000 0.976
#> SRR2049424 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049423 5 0.0162 0.6509 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> SRR2049422 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049421 1 0.2561 0.0873 0.856 0.000 0 0.000 0.144
#> SRR2049420 1 0.4016 0.7784 0.716 0.000 0 0.272 0.012
#> SRR2049419 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049418 5 0.4219 0.1205 0.416 0.000 0 0.000 0.584
#> SRR2049417 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049416 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049415 5 0.3752 0.7738 0.292 0.000 0 0.000 0.708
#> SRR2049414 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049412 1 0.3774 0.8051 0.704 0.000 0 0.296 0.000
#> SRR2049411 1 0.3796 0.8005 0.700 0.000 0 0.300 0.000
#> SRR2049413 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049410 1 0.4666 0.7611 0.676 0.000 0 0.284 0.040
#> SRR2049409 1 0.4735 0.7415 0.680 0.000 0 0.272 0.048
#> SRR2049408 1 0.3684 0.7942 0.720 0.000 0 0.280 0.000
#> SRR2049407 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049406 5 0.0162 0.6541 0.004 0.000 0 0.000 0.996
#> SRR2049405 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049404 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049403 5 0.0510 0.6486 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR2049402 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049401 5 0.4990 0.7908 0.384 0.000 0 0.036 0.580
#> SRR2049400 1 0.3707 0.7973 0.716 0.000 0 0.284 0.000
#> SRR2049399 1 0.4130 0.7945 0.696 0.000 0 0.292 0.012
#> SRR2049398 1 0.3928 0.8025 0.700 0.000 0 0.296 0.004
#> SRR2049397 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049395 4 0.3730 0.4490 0.288 0.000 0 0.712 0.000
#> SRR2049396 5 0.4138 0.8094 0.384 0.000 0 0.000 0.616
#> SRR2049394 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.3843 -0.190 0.548 0.000 0 0.452 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049524 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0405 0.983 0.000 0.988 0 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0146 0.988 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049493 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049485 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049484 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049483 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049482 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049481 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049479 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.1549 0.944 0.000 0.936 0 0.020 0.000 0.044
#> SRR2049477 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.3002 0.764 0.136 0.000 0 0.008 0.836 0.020
#> SRR2049476 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 5 0.3774 0.323 0.408 0.000 0 0.000 0.592 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0260 0.915 0.992 0.000 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.3024 0.777 0.116 0.000 0 0.008 0.844 0.032
#> SRR2049469 1 0.0146 0.915 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.2277 0.847 0.892 0.000 0 0.032 0.076 0.000
#> SRR2049466 6 0.2070 0.775 0.092 0.000 0 0.012 0.000 0.896
#> SRR2049465 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.5579 0.330 0.004 0.388 0 0.108 0.004 0.496
#> SRR2049463 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0260 0.915 0.992 0.000 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0937 0.882 0.960 0.000 0 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049459 6 0.3608 0.775 0.048 0.000 0 0.024 0.112 0.816
#> SRR2049457 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 6 0.1426 0.831 0.016 0.000 0 0.008 0.028 0.948
#> SRR2049458 1 0.1141 0.896 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.4142 0.629 0.712 0.000 0 0.056 0.232 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 6 0.1285 0.832 0.000 0.000 0 0.004 0.052 0.944
#> SRR2049451 5 0.1049 0.871 0.000 0.000 0 0.008 0.960 0.032
#> SRR2049450 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.3120 0.763 0.132 0.000 0 0.008 0.832 0.028
#> SRR2049442 5 0.1285 0.858 0.004 0.000 0 0.052 0.944 0.000
#> SRR2049444 1 0.2760 0.837 0.868 0.000 0 0.076 0.052 0.004
#> SRR2049441 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.3706 0.625 0.380 0.000 0 0.620 0.000 0.000
#> SRR2049437 5 0.3390 0.730 0.160 0.000 0 0.008 0.804 0.028
#> SRR2049439 5 0.4522 0.588 0.236 0.000 0 0.036 0.700 0.028
#> SRR2049435 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.2609 0.845 0.868 0.000 0 0.096 0.000 0.036
#> SRR2049428 1 0.3862 -0.150 0.524 0.000 0 0.476 0.000 0.000
#> SRR2049427 6 0.3782 0.407 0.000 0.000 0 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049426 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049425 6 0.2448 0.821 0.000 0.000 0 0.064 0.052 0.884
#> SRR2049424 5 0.0937 0.868 0.000 0.000 0 0.040 0.960 0.000
#> SRR2049423 6 0.1267 0.831 0.000 0.000 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR2049422 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.5787 0.317 0.552 0.000 0 0.104 0.312 0.032
#> SRR2049420 1 0.1686 0.884 0.924 0.000 0 0.064 0.000 0.012
#> SRR2049419 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 6 0.1152 0.812 0.044 0.000 0 0.004 0.000 0.952
#> SRR2049417 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049415 5 0.3012 0.648 0.000 0.000 0 0.008 0.796 0.196
#> SRR2049414 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0790 0.904 0.968 0.000 0 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.1141 0.896 0.948 0.000 0 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0146 0.890 0.000 0.000 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049410 1 0.2309 0.862 0.888 0.000 0 0.084 0.000 0.028
#> SRR2049409 1 0.2633 0.842 0.864 0.000 0 0.104 0.000 0.032
#> SRR2049408 1 0.1814 0.867 0.900 0.000 0 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049407 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049406 6 0.2969 0.717 0.000 0.000 0 0.000 0.224 0.776
#> SRR2049405 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049404 5 0.0146 0.890 0.000 0.000 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049403 6 0.1141 0.832 0.000 0.000 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR2049402 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.1501 0.884 0.924 0.000 0 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.1700 0.880 0.916 0.000 0 0.080 0.000 0.004
#> SRR2049398 1 0.1152 0.899 0.952 0.000 0 0.044 0.000 0.004
#> SRR2049397 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.3868 0.313 0.496 0.000 0 0.504 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.0000 0.892 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.2416 0.943 0.156 0.000 0 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.842 0.950 0.968 0.4503 0.534 0.534
#> 3 3 1.000 0.994 0.998 0.4333 0.692 0.485
#> 4 4 0.821 0.830 0.876 0.1238 0.913 0.761
#> 5 5 0.940 0.939 0.964 0.0834 0.921 0.724
#> 6 6 0.926 0.908 0.954 0.0231 0.965 0.840
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 5
There is also optional best \(k\) = 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049362 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049361 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049360 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049359 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049358 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049357 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049352 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049351 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049350 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049347 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049345 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049342 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> SRR2049539 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049538 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049537 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049536 2 0.9933 0.250 0.452 0.548
#> SRR2049535 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049480 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049475 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049476 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049478 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049474 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049473 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049472 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049471 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049470 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049469 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049468 1 0.2236 0.981 0.964 0.036
#> SRR2049467 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049466 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049465 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049464 1 0.5946 0.853 0.856 0.144
#> SRR2049463 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049461 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049462 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049460 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049459 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049457 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049455 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049456 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049458 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049454 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049452 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049453 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049451 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049450 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049449 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049447 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049446 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049445 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049443 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049442 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049444 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049441 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049440 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049438 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049436 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049437 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049439 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049435 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049434 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049432 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049433 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049431 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049430 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049429 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049428 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049427 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049426 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049425 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049424 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049423 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049422 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049421 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049420 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049419 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049418 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049417 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049416 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049415 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049414 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049412 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049411 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049413 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049410 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049409 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049408 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049407 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049406 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049405 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049404 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049403 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049402 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049401 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049400 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049399 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049398 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049397 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049395 2 0.7453 0.776 0.212 0.788
#> SRR2049396 1 0.2043 0.985 0.968 0.032
#> SRR2049394 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049393 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049392 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049388 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049390 2 0.7528 0.772 0.216 0.784
#> SRR2049387 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049383 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049380 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049379 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049378 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049376 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049375 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049373 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049371 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049370 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049368 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049366 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049367 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049365 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049362 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049361 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049360 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049359 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049358 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049357 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049356 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049355 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049354 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049353 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049352 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049351 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049350 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049349 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049348 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049347 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049346 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049345 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049344 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049343 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049342 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049341 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049340 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049339 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049539 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049538 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049537 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049536 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049479 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.00 1 0.00
#> SRR2049477 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049475 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049476 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049478 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049474 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049473 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049472 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049471 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049470 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049469 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049468 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049467 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049466 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049465 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049464 3 0.583 0.483 0.34 0 0.66
#> SRR2049463 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049461 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049462 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049460 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049459 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049457 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049455 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049456 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049458 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049454 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049452 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049453 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049451 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049450 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049449 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049447 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049446 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049445 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049443 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049442 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049444 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049441 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049440 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049438 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049436 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049437 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049439 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049435 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049434 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049432 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049433 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049431 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049430 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049429 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049428 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049427 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049426 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049425 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049424 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049423 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049422 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049421 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049420 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049419 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049418 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049417 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049416 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049415 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049414 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049412 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049411 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049413 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049410 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049409 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049408 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049407 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049406 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049405 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049404 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049403 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049402 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049401 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049400 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049399 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049398 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049397 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049395 1 0.296 0.888 0.90 0 0.10
#> SRR2049396 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049394 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049393 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049392 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049388 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049389 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049391 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049390 1 0.000 0.999 1.00 0 0.00
#> SRR2049387 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049386 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049385 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049384 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049382 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049383 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049381 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049380 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049379 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049378 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049376 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049377 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049375 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049374 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049373 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049372 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049371 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049370 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049369 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049368 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049366 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049367 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049365 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
#> SRR2049364 3 0.000 0.992 0.00 0 1.00
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.7846 -0.203 0.336 0.000 0.392 0.272
#> SRR2049539 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049538 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049537 4 0.3649 0.700 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2049536 1 0.4992 0.363 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2049535 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.2868 0.882 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049533 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049528 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049524 2 0.2469 0.908 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049523 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049522 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049518 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.1389 0.948 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049514 2 0.0469 0.969 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049513 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0469 0.970 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049509 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049508 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.2149 0.922 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049506 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049505 2 0.2589 0.902 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049504 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049503 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049494 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049487 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049485 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049484 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049483 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049482 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049481 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049479 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049480 4 0.4406 0.482 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049477 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049475 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049476 1 0.3528 0.801 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049478 1 0.2345 0.787 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049474 1 0.3942 0.795 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049473 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049472 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049471 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049470 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049469 1 0.3311 0.798 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049468 1 0.3688 0.795 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049467 1 0.3123 0.798 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049466 1 0.4925 0.408 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049465 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049464 1 0.7543 -0.103 0.420 0.000 0.188 0.392
#> SRR2049463 1 0.4072 0.793 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049461 1 0.3873 0.796 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049462 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049460 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049459 1 0.4877 0.413 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049457 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049455 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049456 1 0.4877 0.414 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049458 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049454 1 0.3486 0.801 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049452 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049453 1 0.4193 0.394 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049451 1 0.0707 0.763 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049450 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049449 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049447 1 0.4072 0.793 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049446 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049445 1 0.3975 0.795 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049443 1 0.0707 0.767 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049442 1 0.1211 0.746 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049444 1 0.3219 0.798 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049441 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049440 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049438 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049436 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049437 1 0.1022 0.772 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049439 1 0.1022 0.772 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049435 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049434 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049432 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049433 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049431 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049430 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049429 1 0.3649 0.801 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049428 1 0.3311 0.797 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049427 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049426 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049425 1 0.4406 0.352 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2049424 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049423 1 0.4277 0.379 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049422 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049421 1 0.2704 0.795 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049420 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049419 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049418 1 0.4933 0.408 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2049417 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049416 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049415 1 0.3400 0.595 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049414 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049412 1 0.3219 0.797 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049411 1 0.4072 0.793 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049413 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049410 1 0.3610 0.794 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049409 1 0.4103 0.793 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049408 1 0.3356 0.800 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049407 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049406 1 0.4277 0.379 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049405 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049404 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049403 1 0.4193 0.394 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049402 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049401 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049400 1 0.4040 0.794 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049399 1 0.4193 0.768 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049398 1 0.3942 0.795 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049397 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049395 1 0.5000 0.215 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049396 1 0.1118 0.748 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049394 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049393 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049392 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049388 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049390 4 0.3356 0.755 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049387 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.3980 0.5922 0.000 0.000 0.284 0.708 0.008
#> SRR2049539 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049538 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049537 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049536 4 0.3093 0.7506 0.168 0.000 0.000 0.824 0.008
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0404 0.9896 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0794 0.9678 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049524 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049523 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049506 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049505 2 0.0290 0.9930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9976 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049485 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049484 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049483 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049482 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049481 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049479 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.3967 0.7203 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR2049477 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.5048 0.4017 0.580 0.000 0.000 0.040 0.380
#> SRR2049476 1 0.0794 0.9315 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049478 1 0.3432 0.8323 0.828 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR2049474 1 0.0510 0.9355 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049471 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049470 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049469 1 0.0794 0.9317 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049468 1 0.0963 0.9274 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049467 1 0.2077 0.9065 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR2049466 5 0.3037 0.8615 0.100 0.000 0.000 0.040 0.860
#> SRR2049465 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 5 0.4811 0.7385 0.012 0.000 0.084 0.160 0.744
#> SRR2049463 1 0.0290 0.9369 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049461 1 0.0865 0.9324 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049462 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.3037 0.8615 0.100 0.000 0.000 0.040 0.860
#> SRR2049457 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.2927 0.8696 0.092 0.000 0.000 0.040 0.868
#> SRR2049458 1 0.0290 0.9358 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049454 1 0.1493 0.9231 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR2049452 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.1043 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2049451 5 0.1830 0.9358 0.028 0.000 0.000 0.040 0.932
#> SRR2049450 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049447 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0671 0.9351 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2049443 1 0.4666 0.6143 0.676 0.000 0.000 0.040 0.284
#> SRR2049442 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049444 1 0.1997 0.9099 0.924 0.000 0.000 0.036 0.040
#> SRR2049441 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049436 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049437 1 0.3922 0.7756 0.780 0.000 0.000 0.040 0.180
#> SRR2049439 1 0.3691 0.8046 0.804 0.000 0.000 0.040 0.156
#> SRR2049435 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049434 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049432 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049433 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049431 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049430 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049429 1 0.0510 0.9354 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049428 1 0.3291 0.8416 0.840 0.000 0.000 0.040 0.120
#> SRR2049427 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049426 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049425 5 0.0404 0.9583 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049424 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049423 5 0.1205 0.9416 0.004 0.000 0.000 0.040 0.956
#> SRR2049422 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049421 1 0.3574 0.7946 0.804 0.000 0.000 0.028 0.168
#> SRR2049420 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049418 5 0.3112 0.8584 0.100 0.000 0.000 0.044 0.856
#> SRR2049417 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049416 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049415 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049414 5 0.0671 0.9598 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR2049412 1 0.2074 0.9082 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR2049411 1 0.0162 0.9372 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049413 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049410 1 0.1830 0.9140 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> SRR2049409 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0865 0.9325 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049407 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049406 5 0.1124 0.9437 0.004 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR2049405 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049404 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049403 5 0.1043 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2049402 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049401 5 0.1300 0.9505 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> SRR2049400 1 0.0451 0.9371 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049399 1 0.2270 0.8916 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR2049398 1 0.0510 0.9357 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049397 5 0.0510 0.9608 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049395 1 0.6659 0.0954 0.396 0.000 0.000 0.376 0.228
#> SRR2049396 5 0.1117 0.9541 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964
#> SRR2049394 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049393 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049392 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049390 4 0.0609 0.8721 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0937 0.973 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049361 3 0.0713 0.980 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049360 3 0.1204 0.962 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049359 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0363 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049356 3 0.0260 0.988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049355 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0937 0.973 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049349 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0458 0.985 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049345 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049343 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049341 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0363 0.987 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049339 6 0.4290 0.463 0.000 0.000 0.296 0.028 0.008 0.668
#> SRR2049539 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.2658 0.808 0.000 0.000 0.000 0.864 0.100 0.036
#> SRR2049536 4 0.5267 0.556 0.200 0.000 0.000 0.664 0.100 0.036
#> SRR2049535 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 6 0.2597 0.837 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049533 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0363 0.926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049531 2 0.0363 0.926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049530 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.3578 0.522 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049528 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0458 0.923 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049526 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.2823 0.744 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049524 2 0.3126 0.691 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049523 2 0.3531 0.548 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049522 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.3717 0.412 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049518 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.2562 0.780 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049514 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049513 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049509 2 0.3101 0.697 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049508 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.2883 0.740 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049506 2 0.3288 0.647 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049505 2 0.3101 0.697 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049504 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049503 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049494 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0865 0.909 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049487 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049485 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049484 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049483 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049482 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049481 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049479 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 6 0.2826 0.906 0.000 0.128 0.000 0.028 0.000 0.844
#> SRR2049477 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.0937 0.919 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.3634 0.460 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.2762 0.738 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049466 5 0.1958 0.876 0.100 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR2049465 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.1769 0.734 0.004 0.000 0.012 0.000 0.060 0.924
#> SRR2049463 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.1267 0.892 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.1958 0.876 0.100 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR2049457 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.1958 0.876 0.100 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR2049458 1 0.0260 0.934 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049454 1 0.2454 0.780 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049451 5 0.0713 0.928 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049450 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.1501 0.896 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR2049442 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.3810 0.228 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 5 0.1910 0.870 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR2049439 5 0.2260 0.837 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 5 0.3717 0.393 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR2049427 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049424 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049423 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049422 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 5 0.2300 0.833 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 5 0.1958 0.876 0.100 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR2049417 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049415 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049414 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.2631 0.764 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.1700 0.873 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR2049409 1 0.0547 0.925 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049408 1 0.0146 0.936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049407 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049406 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049405 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049403 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.3765 0.306 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049398 1 0.1007 0.906 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 5 0.5454 0.523 0.024 0.000 0.000 0.120 0.624 0.232
#> SRR2049396 5 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049389 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049391 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0937 0.973 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049386 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.1327 0.955 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049382 3 0.0632 0.982 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049383 3 0.0260 0.988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049381 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049374 3 0.0937 0.973 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049373 3 0.0865 0.976 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049372 3 0.0790 0.978 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049371 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.1141 0.965 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049368 3 0.0713 0.980 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049366 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0865 0.976 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049365 3 0.0260 0.988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049364 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.582 0.835 0.902 0.4440 0.578 0.578
#> 3 3 1.000 0.997 0.999 0.4553 0.762 0.594
#> 4 4 0.872 0.688 0.926 0.0667 0.995 0.987
#> 5 5 0.852 0.785 0.842 0.0940 0.858 0.604
#> 6 6 0.951 0.937 0.955 0.0447 0.956 0.815
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.8813 0.7065 0.700 0.300
#> SRR2049362 1 0.7528 0.7838 0.784 0.216
#> SRR2049361 1 0.8955 0.6922 0.688 0.312
#> SRR2049360 1 0.9460 0.6152 0.636 0.364
#> SRR2049359 1 0.9933 0.4316 0.548 0.452
#> SRR2049358 1 0.8443 0.7372 0.728 0.272
#> SRR2049357 1 0.7453 0.7866 0.788 0.212
#> SRR2049356 1 0.7376 0.7891 0.792 0.208
#> SRR2049355 1 0.8555 0.7292 0.720 0.280
#> SRR2049354 1 0.9552 0.5937 0.624 0.376
#> SRR2049353 1 0.9286 0.6465 0.656 0.344
#> SRR2049352 1 0.9983 0.3672 0.524 0.476
#> SRR2049351 2 0.9710 0.0819 0.400 0.600
#> SRR2049350 1 0.7376 0.7891 0.792 0.208
#> SRR2049349 1 0.8443 0.7376 0.728 0.272
#> SRR2049348 1 0.9993 0.3438 0.516 0.484
#> SRR2049347 1 0.9358 0.6351 0.648 0.352
#> SRR2049346 1 0.9635 0.5719 0.612 0.388
#> SRR2049345 1 0.8443 0.7370 0.728 0.272
#> SRR2049344 1 0.7745 0.7751 0.772 0.228
#> SRR2049343 1 0.8861 0.7013 0.696 0.304
#> SRR2049342 1 0.7815 0.7723 0.768 0.232
#> SRR2049341 1 0.8144 0.7560 0.748 0.252
#> SRR2049340 1 0.7376 0.7891 0.792 0.208
#> SRR2049339 1 0.8861 0.7016 0.696 0.304
#> SRR2049539 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0938 0.8849 0.988 0.012
#> SRR2049535 2 0.4022 0.9319 0.080 0.920
#> SRR2049534 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049533 2 0.0672 0.9068 0.008 0.992
#> SRR2049532 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049531 2 0.4298 0.9306 0.088 0.912
#> SRR2049530 2 0.2043 0.9207 0.032 0.968
#> SRR2049529 2 0.6531 0.8480 0.168 0.832
#> SRR2049528 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049527 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049526 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0376 0.9035 0.004 0.996
#> SRR2049524 2 0.4562 0.9271 0.096 0.904
#> SRR2049523 2 0.6343 0.8585 0.160 0.840
#> SRR2049522 2 0.1184 0.9124 0.016 0.984
#> SRR2049521 2 0.4298 0.9305 0.088 0.912
#> SRR2049520 2 0.1843 0.9185 0.028 0.972
#> SRR2049519 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049518 2 0.3274 0.9305 0.060 0.940
#> SRR2049517 2 0.4562 0.9268 0.096 0.904
#> SRR2049516 2 0.0376 0.9035 0.004 0.996
#> SRR2049515 2 0.0376 0.9035 0.004 0.996
#> SRR2049514 2 0.3274 0.9305 0.060 0.940
#> SRR2049513 2 0.0376 0.9035 0.004 0.996
#> SRR2049512 2 0.2043 0.9207 0.032 0.968
#> SRR2049511 2 0.4022 0.9320 0.080 0.920
#> SRR2049510 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.5842 0.8825 0.140 0.860
#> SRR2049508 2 0.2778 0.9269 0.048 0.952
#> SRR2049507 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049506 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049505 2 0.6247 0.8635 0.156 0.844
#> SRR2049504 2 0.3584 0.9318 0.068 0.932
#> SRR2049503 2 0.1414 0.9147 0.020 0.980
#> SRR2049502 2 0.4562 0.9268 0.096 0.904
#> SRR2049501 2 0.4022 0.9319 0.080 0.920
#> SRR2049500 2 0.3584 0.9317 0.068 0.932
#> SRR2049499 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049498 2 0.0376 0.9035 0.004 0.996
#> SRR2049497 2 0.3274 0.9306 0.060 0.940
#> SRR2049496 2 0.1184 0.9124 0.016 0.984
#> SRR2049495 2 0.4690 0.9246 0.100 0.900
#> SRR2049494 2 0.2603 0.9256 0.044 0.956
#> SRR2049493 2 0.0938 0.9098 0.012 0.988
#> SRR2049491 2 0.4562 0.9271 0.096 0.904
#> SRR2049490 2 0.1184 0.9122 0.016 0.984
#> SRR2049492 2 0.0672 0.9068 0.008 0.992
#> SRR2049489 2 0.3431 0.9314 0.064 0.936
#> SRR2049488 2 0.4562 0.9271 0.096 0.904
#> SRR2049487 2 0.4298 0.9305 0.088 0.912
#> SRR2049486 2 0.3431 0.9314 0.064 0.936
#> SRR2049485 2 0.4298 0.9304 0.088 0.912
#> SRR2049484 2 0.4022 0.9319 0.080 0.920
#> SRR2049483 2 0.4298 0.9304 0.088 0.912
#> SRR2049482 2 0.3879 0.9321 0.076 0.924
#> SRR2049481 2 0.4161 0.9313 0.084 0.916
#> SRR2049479 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4298 0.9304 0.088 0.912
#> SRR2049477 1 0.0376 0.8875 0.996 0.004
#> SRR2049475 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0376 0.8875 0.996 0.004
#> SRR2049472 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.1184 0.8832 0.984 0.016
#> SRR2049470 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0938 0.8849 0.988 0.012
#> SRR2049464 2 0.0938 0.9085 0.012 0.988
#> SRR2049463 1 0.0376 0.8876 0.996 0.004
#> SRR2049461 1 0.0672 0.8863 0.992 0.008
#> SRR2049462 1 0.0672 0.8862 0.992 0.008
#> SRR2049460 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.1184 0.8832 0.984 0.016
#> SRR2049455 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.1184 0.8832 0.984 0.016
#> SRR2049438 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0376 0.8865 0.996 0.004
#> SRR2049434 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0376 0.8865 0.996 0.004
#> SRR2049424 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.1184 0.8832 0.984 0.016
#> SRR2049419 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0938 0.8849 0.988 0.012
#> SRR2049417 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0938 0.8811 0.988 0.012
#> SRR2049414 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0672 0.8840 0.992 0.008
#> SRR2049400 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.3114 0.8448 0.944 0.056
#> SRR2049396 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049388 1 0.7453 0.7865 0.788 0.212
#> SRR2049389 1 0.7602 0.7810 0.780 0.220
#> SRR2049391 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> SRR2049387 1 0.8813 0.7065 0.700 0.300
#> SRR2049386 1 0.8144 0.7565 0.748 0.252
#> SRR2049385 1 0.8144 0.7558 0.748 0.252
#> SRR2049384 1 0.7299 0.7914 0.796 0.204
#> SRR2049382 1 0.9977 0.3779 0.528 0.472
#> SRR2049383 1 0.8861 0.7019 0.696 0.304
#> SRR2049381 2 0.9635 0.1303 0.388 0.612
#> SRR2049380 1 0.9866 0.4801 0.568 0.432
#> SRR2049379 1 0.9522 0.6010 0.628 0.372
#> SRR2049378 1 0.9286 0.6463 0.656 0.344
#> SRR2049376 1 0.8861 0.7017 0.696 0.304
#> SRR2049377 1 0.9944 0.4217 0.544 0.456
#> SRR2049375 1 0.7528 0.7843 0.784 0.216
#> SRR2049374 1 0.9933 0.4320 0.548 0.452
#> SRR2049373 1 0.9000 0.6871 0.684 0.316
#> SRR2049372 1 0.7745 0.7753 0.772 0.228
#> SRR2049371 2 0.9427 0.2342 0.360 0.640
#> SRR2049370 1 0.7602 0.7810 0.780 0.220
#> SRR2049369 1 0.7453 0.7870 0.788 0.212
#> SRR2049368 1 0.8386 0.7409 0.732 0.268
#> SRR2049366 1 0.9732 0.5400 0.596 0.404
#> SRR2049367 1 0.8144 0.7574 0.748 0.252
#> SRR2049365 1 0.7299 0.7914 0.796 0.204
#> SRR2049364 1 0.8608 0.7246 0.716 0.284
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049475 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049472 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.1529 0.961 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049470 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049467 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049464 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049463 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049461 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049462 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049460 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049459 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.1643 0.957 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049455 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049447 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.1411 0.965 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049438 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.2448 0.922 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049419 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0747 0.984 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049417 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0237 0.994 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049362 3 0.0921 0.9801 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049361 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049360 3 0.0817 0.9831 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049359 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0336 0.9936 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049350 3 0.0817 0.9831 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049349 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049348 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049341 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049340 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049339 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049539 1 0.4331 0.3276 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049538 1 0.3610 0.4088 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049537 1 0.2408 0.4499 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049536 1 0.5080 -0.4048 0.576 0.000 0.004 0.420
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0336 0.9887 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0188 0.9920 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9952 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0469 0.9875 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049485 2 0.0592 0.9852 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049484 2 0.0592 0.9852 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049483 2 0.0592 0.9852 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049482 2 0.0592 0.9852 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049481 2 0.0469 0.9875 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049479 1 0.4543 0.1470 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049480 2 0.0592 0.9852 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049477 1 0.4776 -0.2131 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049475 1 0.1302 0.5481 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049476 1 0.3801 0.4731 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049478 1 0.3444 0.5005 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049474 1 0.4072 0.4147 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049473 1 0.4585 0.0992 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049472 1 0.4843 -0.3126 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049471 4 0.4989 0.0000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR2049470 1 0.0469 0.5487 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049469 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049468 1 0.4382 0.2808 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049467 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049466 1 0.4277 0.3361 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049465 1 0.4679 -0.0366 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049464 2 0.4381 0.8034 0.008 0.780 0.012 0.200
#> SRR2049463 1 0.4277 0.3373 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049461 1 0.4500 0.1908 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2049462 1 0.4817 -0.3063 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049460 1 0.4605 0.1014 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049459 1 0.3907 0.4557 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049457 1 0.4985 -0.7487 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR2049455 1 0.4134 0.3948 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049456 1 0.3907 0.4557 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049458 1 0.4888 -0.4427 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR2049454 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049452 1 0.4406 0.2643 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2049453 1 0.0336 0.5483 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049451 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049450 1 0.4500 0.1910 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR2049449 1 0.4605 0.0726 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049447 1 0.4331 0.3102 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049446 1 0.4477 0.2099 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2049445 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049443 1 0.0592 0.5482 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049442 1 0.0921 0.5429 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049444 1 0.3764 0.4766 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049441 1 0.4713 -0.1039 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049440 1 0.4977 -0.7154 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2049438 1 0.4730 -0.1022 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2049436 1 0.4746 -0.0368 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049437 1 0.2921 0.5233 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049439 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049435 1 0.1118 0.5257 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049434 1 0.4277 0.3023 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049432 1 0.3528 0.4148 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049433 1 0.1637 0.5103 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049431 1 0.0921 0.5313 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049430 1 0.0707 0.5383 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049429 1 0.2081 0.5434 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049428 1 0.0336 0.5483 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049427 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049426 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049425 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049424 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049423 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049422 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049421 1 0.2814 0.5254 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049420 1 0.4989 -0.7598 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049419 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049418 1 0.3975 0.4405 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049417 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049416 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049415 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049414 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049412 1 0.3801 0.4731 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049411 1 0.4008 0.4325 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049413 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049410 1 0.3801 0.4728 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049409 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049408 1 0.3219 0.5112 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049407 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049406 1 0.1118 0.5375 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049405 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049404 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049403 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049402 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049401 1 0.1118 0.5375 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049400 1 0.3873 0.4628 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049399 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049398 1 0.3837 0.4687 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049397 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049395 1 0.1833 0.5017 0.944 0.024 0.000 0.032
#> SRR2049396 1 0.1022 0.5413 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049394 1 0.3610 0.4213 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049393 1 0.4585 0.1811 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049392 1 0.4522 0.2234 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049388 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.4585 0.1811 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049390 1 0.4543 0.2055 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049387 3 0.0707 0.9860 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049386 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049385 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049384 3 0.0921 0.9801 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049381 3 0.0336 0.9926 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049380 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049378 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049375 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049374 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049373 3 0.0336 0.9936 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049372 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049371 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049370 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049369 3 0.0921 0.9801 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049368 3 0.0336 0.9936 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049366 3 0.0188 0.9951 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049367 3 0.0336 0.9936 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0188 0.9946 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049361 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049360 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0451 0.9866 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049350 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049349 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049348 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049341 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049340 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049339 3 0.3366 0.6980 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR2049539 4 0.5076 0.7597 0.068 0.004 0.000 0.676 0.252
#> SRR2049538 4 0.4983 0.7623 0.060 0.004 0.000 0.680 0.256
#> SRR2049537 4 0.5040 0.7630 0.056 0.008 0.000 0.680 0.256
#> SRR2049536 4 0.4890 0.6076 0.216 0.004 0.000 0.708 0.072
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049533 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049532 2 0.0404 0.9799 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049531 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049530 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049529 2 0.0703 0.9690 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0510 0.9774 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049523 2 0.0404 0.9787 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0609 0.9746 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049518 2 0.0510 0.9775 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0609 0.9746 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0404 0.9787 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049508 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049507 2 0.0290 0.9809 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049506 2 0.0162 0.9824 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049505 2 0.0510 0.9759 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049500 2 0.0290 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0404 0.9799 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049492 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9834 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0162 0.9828 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049486 2 0.4304 -0.1838 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049485 4 0.4262 0.3668 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049484 4 0.4219 0.4229 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049483 4 0.4150 0.4717 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR2049482 4 0.4201 0.4384 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2049481 4 0.4227 0.4144 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR2049479 1 0.1965 0.7071 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049480 4 0.4171 0.4593 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR2049477 1 0.3109 0.6347 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049475 1 0.3582 0.2332 0.768 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR2049476 1 0.1012 0.6964 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2049478 1 0.1557 0.6653 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR2049474 1 0.0162 0.7104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049473 1 0.2068 0.7084 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2049472 1 0.2825 0.6855 0.860 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR2049471 1 0.3906 0.5817 0.744 0.000 0.000 0.016 0.240
#> SRR2049470 1 0.4101 -0.3173 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> SRR2049469 1 0.0807 0.7072 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2049468 1 0.1410 0.7162 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049467 1 0.0807 0.7072 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2049466 1 0.0880 0.7173 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049465 1 0.2674 0.6839 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR2049464 4 0.6102 0.3521 0.016 0.408 0.004 0.504 0.068
#> SRR2049463 1 0.1041 0.7172 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2049461 1 0.2230 0.6986 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049462 1 0.3003 0.6457 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049460 1 0.2625 0.6957 0.876 0.000 0.000 0.016 0.108
#> SRR2049459 1 0.0162 0.7118 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049457 1 0.3783 0.5737 0.740 0.000 0.000 0.008 0.252
#> SRR2049455 1 0.0404 0.7144 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049456 1 0.0703 0.7149 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049458 1 0.3961 0.5725 0.736 0.000 0.000 0.016 0.248
#> SRR2049454 1 0.1106 0.6996 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2049452 1 0.1671 0.7124 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049453 1 0.4166 -0.3840 0.648 0.000 0.000 0.004 0.348
#> SRR2049451 1 0.4084 -0.2968 0.668 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR2049450 1 0.1571 0.7160 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049449 1 0.2439 0.6960 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR2049447 1 0.1341 0.7163 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049446 1 0.1965 0.7068 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049445 1 0.0566 0.7042 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049443 1 0.3969 -0.1723 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR2049442 1 0.4410 -0.7644 0.556 0.000 0.000 0.004 0.440
#> SRR2049444 1 0.0955 0.6923 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049441 1 0.2471 0.6863 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049440 1 0.3752 0.5364 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049438 1 0.3013 0.6661 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR2049436 4 0.5347 0.6976 0.144 0.004 0.000 0.684 0.168
#> SRR2049437 1 0.2411 0.5927 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR2049439 1 0.1082 0.6974 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049435 4 0.4910 0.7492 0.048 0.004 0.000 0.672 0.276
#> SRR2049434 4 0.5018 0.7628 0.064 0.004 0.000 0.680 0.252
#> SRR2049432 4 0.4983 0.7623 0.060 0.004 0.000 0.680 0.256
#> SRR2049433 4 0.4969 0.7583 0.056 0.004 0.000 0.676 0.264
#> SRR2049431 4 0.4844 0.7368 0.052 0.000 0.000 0.668 0.280
#> SRR2049430 4 0.4885 0.7398 0.056 0.000 0.000 0.668 0.276
#> SRR2049429 1 0.4225 -0.4956 0.632 0.000 0.000 0.004 0.364
#> SRR2049428 5 0.4560 0.9563 0.484 0.000 0.000 0.008 0.508
#> SRR2049427 5 0.4446 0.9684 0.476 0.000 0.000 0.004 0.520
#> SRR2049426 1 0.4306 -0.9057 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2049425 5 0.4448 0.9645 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR2049424 5 0.4650 0.9696 0.468 0.000 0.000 0.012 0.520
#> SRR2049423 5 0.4304 0.9587 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2049422 5 0.4818 0.9623 0.460 0.000 0.000 0.020 0.520
#> SRR2049421 1 0.2439 0.5604 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR2049420 1 0.3224 0.6595 0.824 0.000 0.000 0.016 0.160
#> SRR2049419 5 0.4555 0.9701 0.472 0.000 0.000 0.008 0.520
#> SRR2049418 1 0.2873 0.5398 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR2049417 5 0.4307 0.9329 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049416 5 0.4650 0.9696 0.468 0.000 0.000 0.012 0.520
#> SRR2049415 5 0.4897 0.9605 0.460 0.000 0.000 0.024 0.516
#> SRR2049414 5 0.4818 0.9623 0.460 0.000 0.000 0.020 0.520
#> SRR2049412 1 0.2462 0.5671 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR2049411 1 0.0451 0.7082 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049413 5 0.4451 0.9402 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504
#> SRR2049410 1 0.3039 0.4615 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR2049409 1 0.0771 0.6995 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049408 1 0.3814 -0.0599 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276
#> SRR2049407 1 0.4450 -0.9027 0.508 0.000 0.000 0.004 0.488
#> SRR2049406 5 0.4965 0.9545 0.452 0.000 0.000 0.028 0.520
#> SRR2049405 5 0.4446 0.9685 0.476 0.000 0.000 0.004 0.520
#> SRR2049404 5 0.4738 0.9668 0.464 0.000 0.000 0.016 0.520
#> SRR2049403 5 0.4560 0.9564 0.484 0.000 0.000 0.008 0.508
#> SRR2049402 1 0.4307 -0.9163 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049401 5 0.5096 0.9296 0.444 0.000 0.000 0.036 0.520
#> SRR2049400 1 0.1012 0.6965 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2049399 1 0.2516 0.5103 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049398 1 0.0703 0.7042 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049397 5 0.4555 0.9702 0.472 0.000 0.000 0.008 0.520
#> SRR2049395 4 0.5241 0.7478 0.016 0.056 0.000 0.672 0.256
#> SRR2049396 5 0.4894 0.9587 0.456 0.000 0.000 0.024 0.520
#> SRR2049394 4 0.4946 0.7605 0.056 0.004 0.000 0.680 0.260
#> SRR2049393 4 0.4993 0.7630 0.064 0.004 0.000 0.684 0.248
#> SRR2049392 4 0.5018 0.7628 0.064 0.004 0.000 0.680 0.252
#> SRR2049388 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.5026 0.7611 0.068 0.004 0.000 0.684 0.244
#> SRR2049390 4 0.4993 0.7630 0.064 0.004 0.000 0.684 0.248
#> SRR2049387 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049386 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049385 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049384 3 0.0324 0.9898 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049381 3 0.0290 0.9895 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049380 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049379 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049378 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9927 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049375 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049374 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049373 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049372 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049371 3 0.0451 0.9866 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049370 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049369 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049368 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049366 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049367 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049365 3 0.0162 0.9923 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049364 3 0.0162 0.9915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.0603 0.983 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.0405 0.986 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.0692 0.982 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.0146 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0520 0.987 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.0146 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.0692 0.984 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0363 0.985 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.0603 0.984 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0520 0.984 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.0405 0.986 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.0363 0.986 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.0146 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.0508 0.985 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.0508 0.986 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049339 3 0.3531 0.520 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.2066 0.913 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052 NA
#> SRR2049538 4 0.1970 0.913 0.028 0.000 0.000 0.912 0.060 NA
#> SRR2049537 4 0.2011 0.912 0.020 0.004 0.000 0.912 0.064 NA
#> SRR2049536 4 0.1701 0.888 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR2049535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.0291 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.0291 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.0291 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.0291 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049515 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0363 0.991 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049506 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.0291 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049486 4 0.3409 0.654 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 NA
#> SRR2049485 4 0.2416 0.848 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 NA
#> SRR2049484 4 0.2378 0.852 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 NA
#> SRR2049483 4 0.2178 0.864 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 NA
#> SRR2049482 4 0.2340 0.855 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 NA
#> SRR2049481 4 0.2340 0.855 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 NA
#> SRR2049479 1 0.0363 0.955 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049480 4 0.2219 0.862 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 NA
#> SRR2049477 1 0.0260 0.953 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 1 0.2384 0.900 0.888 0.000 0.000 0.000 0.064 NA
#> SRR2049476 1 0.0777 0.953 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR2049478 1 0.1341 0.945 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049474 1 0.0508 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049473 1 0.0260 0.955 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049472 1 0.0653 0.955 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR2049471 1 0.0405 0.953 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049470 1 0.2989 0.807 0.812 0.000 0.000 0.004 0.176 NA
#> SRR2049469 1 0.0520 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049468 1 0.0922 0.953 0.968 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR2049467 1 0.0520 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049466 1 0.1649 0.939 0.932 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR2049465 1 0.0508 0.953 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049464 4 0.4774 0.764 0.024 0.180 0.000 0.716 0.004 NA
#> SRR2049463 1 0.1155 0.946 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR2049461 1 0.0508 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049462 1 0.0405 0.953 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049460 1 0.0603 0.955 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR2049459 1 0.1421 0.945 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2049457 1 0.0405 0.949 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049455 1 0.0692 0.954 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR2049456 1 0.1856 0.929 0.920 0.000 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2049458 1 0.0363 0.951 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.0937 0.941 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049452 1 0.0508 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049453 5 0.3426 0.652 0.276 0.000 0.000 0.004 0.720 NA
#> SRR2049451 1 0.3112 0.858 0.836 0.000 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR2049450 1 0.1036 0.953 0.964 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR2049449 1 0.0405 0.955 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049447 1 0.0508 0.955 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR2049446 1 0.0363 0.955 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049445 1 0.1411 0.932 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR2049443 1 0.2587 0.875 0.868 0.000 0.000 0.004 0.108 NA
#> SRR2049442 5 0.2810 0.822 0.156 0.000 0.000 0.008 0.832 NA
#> SRR2049444 1 0.1958 0.897 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100 NA
#> SRR2049441 1 0.0291 0.954 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049440 1 0.0260 0.951 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.0291 0.954 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049436 4 0.1867 0.896 0.064 0.000 0.000 0.916 0.020 NA
#> SRR2049437 1 0.1779 0.924 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049439 1 0.0520 0.955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049435 4 0.2068 0.903 0.008 0.008 0.000 0.904 0.080 NA
#> SRR2049434 4 0.2066 0.913 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052 NA
#> SRR2049432 4 0.2030 0.912 0.028 0.000 0.000 0.908 0.064 NA
#> SRR2049433 4 0.2011 0.912 0.020 0.004 0.000 0.912 0.064 NA
#> SRR2049431 4 0.2039 0.907 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076 NA
#> SRR2049430 4 0.1983 0.909 0.020 0.000 0.000 0.908 0.072 NA
#> SRR2049429 5 0.1411 0.898 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936 NA
#> SRR2049428 5 0.0777 0.915 0.024 0.000 0.000 0.004 0.972 NA
#> SRR2049427 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049426 5 0.0547 0.916 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049425 5 0.0692 0.916 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049424 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049423 5 0.0692 0.916 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049422 5 0.0603 0.916 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 NA
#> SRR2049421 5 0.4076 0.300 0.428 0.000 0.000 0.004 0.564 NA
#> SRR2049420 1 0.1148 0.952 0.960 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR2049419 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049418 5 0.3689 0.825 0.120 0.000 0.000 0.008 0.800 NA
#> SRR2049417 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049416 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049415 5 0.0603 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049414 5 0.0363 0.914 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2049412 5 0.3198 0.798 0.188 0.000 0.000 0.008 0.796 NA
#> SRR2049411 1 0.1268 0.947 0.952 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR2049413 5 0.0632 0.916 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049410 5 0.3121 0.805 0.180 0.000 0.000 0.004 0.804 NA
#> SRR2049409 5 0.4315 0.104 0.488 0.000 0.000 0.004 0.496 NA
#> SRR2049408 5 0.2062 0.877 0.088 0.000 0.000 0.008 0.900 NA
#> SRR2049407 5 0.0713 0.914 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR2049406 5 0.0363 0.914 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2049405 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049404 5 0.0603 0.916 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 NA
#> SRR2049403 5 0.0458 0.915 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049402 5 0.0777 0.915 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR2049401 5 0.0820 0.911 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972 NA
#> SRR2049400 1 0.3089 0.771 0.800 0.000 0.000 0.004 0.188 NA
#> SRR2049399 5 0.3219 0.794 0.192 0.000 0.000 0.004 0.792 NA
#> SRR2049398 1 0.4074 0.479 0.656 0.000 0.000 0.004 0.324 NA
#> SRR2049397 5 0.0458 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049395 4 0.2046 0.908 0.008 0.032 0.000 0.916 0.044 NA
#> SRR2049396 5 0.0363 0.914 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2049394 4 0.2009 0.910 0.024 0.000 0.000 0.908 0.068 NA
#> SRR2049393 4 0.2066 0.913 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052 NA
#> SRR2049392 4 0.2066 0.913 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052 NA
#> SRR2049388 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.2001 0.912 0.040 0.000 0.000 0.912 0.048 NA
#> SRR2049390 4 0.2066 0.913 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052 NA
#> SRR2049387 3 0.0458 0.984 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0146 0.987 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0146 0.986 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.0692 0.982 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049382 3 0.0725 0.982 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.0508 0.985 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.0291 0.986 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0405 0.986 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.0146 0.986 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.0508 0.984 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.0508 0.985 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.0508 0.985 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.0363 0.986 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.0260 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.0405 0.985 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.0603 0.983 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.0405 0.986 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.0520 0.986 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0508 0.983 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.501 0.821 0.894 0.4590 0.531 0.531
#> 3 3 0.880 0.965 0.974 0.4261 0.809 0.641
#> 4 4 0.865 0.801 0.878 0.1038 0.950 0.852
#> 5 5 0.876 0.942 0.928 0.0610 0.911 0.701
#> 6 6 0.926 0.896 0.934 0.0362 0.997 0.988
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049362 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049361 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049360 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049359 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049358 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049357 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049356 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049355 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049354 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049353 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049352 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049351 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049350 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049349 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049348 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049347 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049346 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049345 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049344 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049343 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049342 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049341 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049340 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049339 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049539 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049538 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049537 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049536 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049535 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049534 2 0.1843 0.926 0.028 0.972
#> SRR2049533 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049532 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049531 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049530 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049529 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049528 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049527 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049526 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049525 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049524 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049523 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049522 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049521 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049520 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049519 2 0.1633 0.930 0.024 0.976
#> SRR2049518 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049517 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049516 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049515 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049514 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049513 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049512 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049511 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049510 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049509 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049508 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049507 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049506 2 0.1843 0.926 0.028 0.972
#> SRR2049505 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049504 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049503 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049502 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049501 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049500 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049499 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049498 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049497 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049496 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049495 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049494 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049493 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049491 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049490 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049492 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049489 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049488 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049487 2 0.0672 0.940 0.008 0.992
#> SRR2049486 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049480 2 0.0000 0.935 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049475 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049476 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049478 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049474 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049473 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049472 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049471 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049470 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049469 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049468 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049467 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049466 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049465 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049464 1 0.4939 0.798 0.892 0.108
#> SRR2049463 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049461 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049462 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049460 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049459 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049457 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049455 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049456 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049458 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049454 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049452 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049453 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049451 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049450 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049449 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049447 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049446 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049445 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049443 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049442 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049444 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049441 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049440 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049438 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049436 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049437 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049439 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049435 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049434 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049432 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049433 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049431 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049430 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049429 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049428 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049427 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049426 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049425 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049424 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049423 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049422 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049421 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049420 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049419 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049418 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049417 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049416 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049415 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049414 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049412 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049411 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049413 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049410 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049409 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049408 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049407 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049406 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049405 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049404 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049403 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049402 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049401 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049400 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049399 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049398 1 0.1184 0.838 0.984 0.016
#> SRR2049397 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049395 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049396 1 0.1414 0.838 0.980 0.020
#> SRR2049394 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049393 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049392 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049388 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049389 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049391 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049390 2 0.6887 0.779 0.184 0.816
#> SRR2049387 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049386 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049385 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049384 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049382 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049383 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049381 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049380 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049379 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049378 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049376 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049377 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049375 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049374 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049373 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049372 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049371 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049370 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049369 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049368 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049366 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049367 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049365 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
#> SRR2049364 1 0.9044 0.682 0.680 0.320
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049362 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049361 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049360 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049359 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049358 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049357 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049356 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049355 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049354 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049353 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049352 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049351 3 0.0892 0.996 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049350 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049349 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049348 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049347 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049346 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049345 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049344 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049343 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049342 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049341 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049340 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049339 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049539 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049538 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049537 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049536 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049535 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0892 0.932 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0747 0.934 0.016 0.984 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0892 0.932 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049485 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049484 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049483 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049482 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049481 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049479 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.1267 0.932 0.004 0.972 0.024
#> SRR2049477 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049476 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049470 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049469 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049466 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049465 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.3030 0.891 0.904 0.092 0.004
#> SRR2049463 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049460 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049457 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049456 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049458 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049454 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049452 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049451 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049450 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049442 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049440 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049437 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049439 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049435 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049434 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049432 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049433 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049431 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049430 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049429 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049428 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049426 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049424 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049422 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049420 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049419 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049417 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049415 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049414 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049413 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049409 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049407 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049405 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049404 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049402 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049396 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049393 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049392 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049388 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049389 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049391 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049390 2 0.5384 0.814 0.188 0.788 0.024
#> SRR2049387 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049386 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049385 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049384 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049382 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049383 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049381 3 0.0892 0.996 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049380 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049379 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049378 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049376 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049377 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049375 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049374 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049373 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049372 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049371 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049370 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049369 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049368 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049366 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049367 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049365 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049364 3 0.0747 1.000 0.016 0.000 0.984
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049362 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049359 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049358 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049357 3 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049356 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049354 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049352 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049351 3 0.0524 0.993 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049350 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049348 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049347 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049345 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049343 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049342 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049340 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049539 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049538 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049537 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049536 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049535 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0895 0.854 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR2049533 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0779 0.857 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR2049518 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0895 0.854 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR2049505 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.867 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049485 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049484 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049483 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049482 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049481 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049479 1 0.0469 0.828 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049480 2 0.4454 0.749 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049477 1 0.0592 0.825 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049475 1 0.1389 0.795 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049476 1 0.0469 0.827 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049478 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049474 1 0.0469 0.828 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049473 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049472 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049471 1 0.0188 0.824 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049470 1 0.2408 0.721 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049469 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049468 1 0.0336 0.827 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049467 1 0.0707 0.822 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049466 1 0.0921 0.816 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049465 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049464 1 0.3587 0.617 0.860 0.088 0.000 0.052
#> SRR2049463 1 0.0469 0.828 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049461 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049462 1 0.0336 0.825 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049460 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049459 1 0.0921 0.816 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049457 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049455 1 0.0469 0.827 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049456 1 0.0921 0.816 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049458 1 0.0336 0.825 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049454 1 0.0921 0.815 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049452 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049453 1 0.3266 0.554 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049451 1 0.2921 0.643 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049450 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049449 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049447 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049446 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049445 1 0.0336 0.827 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049443 1 0.2868 0.651 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049442 4 0.4992 0.931 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2049444 1 0.0707 0.827 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049441 1 0.0336 0.825 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049440 1 0.0592 0.827 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049438 1 0.0469 0.824 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049436 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049437 1 0.0707 0.820 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049439 1 0.0921 0.816 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049435 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049434 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049432 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049433 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049431 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049430 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049429 1 0.4989 -0.800 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049428 4 0.4977 0.965 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR2049427 1 0.4985 -0.789 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR2049426 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049425 1 0.4989 -0.800 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049424 4 0.4977 0.965 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR2049423 1 0.4925 -0.661 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049422 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049421 1 0.3444 0.523 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049420 1 0.0336 0.826 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049419 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049418 1 0.4941 -0.687 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049417 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049416 4 0.4961 0.977 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049415 1 0.4948 -0.703 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049414 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049412 1 0.1940 0.759 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049411 1 0.1022 0.809 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049413 4 0.4961 0.979 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049410 1 0.2081 0.741 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049409 1 0.0592 0.825 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049408 1 0.2760 0.650 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049407 4 0.4981 0.958 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR2049406 1 0.4925 -0.661 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049405 4 0.4972 0.972 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2049404 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049403 1 0.4941 -0.687 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049402 4 0.4981 0.958 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR2049401 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049400 1 0.0592 0.825 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049399 1 0.1867 0.766 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049398 1 0.1211 0.800 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049397 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049395 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049396 4 0.4955 0.981 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049394 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049393 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049392 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049388 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049389 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049390 2 0.4999 0.641 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049387 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049385 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049384 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049383 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0524 0.993 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049380 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049379 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049378 3 0.0336 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049376 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049375 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049374 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049371 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049369 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049367 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049364 3 0.0188 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049359 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049358 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049357 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049352 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049351 3 0.0451 0.993 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049348 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049343 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049539 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049538 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049537 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049536 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049535 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049534 2 0.1211 0.948 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR2049533 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.1117 0.954 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2049518 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.1211 0.948 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR2049505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049485 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049484 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049483 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049482 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049481 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049479 1 0.0671 0.935 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049480 4 0.4256 0.756 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049477 1 0.1041 0.917 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2049475 1 0.1877 0.908 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2049476 1 0.0865 0.935 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049478 1 0.0671 0.934 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049474 1 0.0693 0.936 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049473 1 0.0324 0.933 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049472 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049471 1 0.0451 0.935 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049470 1 0.3016 0.842 0.848 0.000 0.000 0.020 0.132
#> SRR2049469 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049468 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049467 1 0.0794 0.933 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049466 1 0.1836 0.916 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR2049465 1 0.0324 0.933 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049464 1 0.6372 0.539 0.604 0.072 0.000 0.256 0.068
#> SRR2049463 1 0.0566 0.935 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049461 1 0.0798 0.936 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR2049462 1 0.0510 0.934 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049460 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049459 1 0.1836 0.916 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR2049457 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049455 1 0.0451 0.936 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049456 1 0.1915 0.916 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> SRR2049458 1 0.0671 0.934 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049454 1 0.1444 0.923 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR2049452 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049453 1 0.4565 0.491 0.664 0.000 0.000 0.028 0.308
#> SRR2049451 1 0.3779 0.743 0.776 0.000 0.000 0.024 0.200
#> SRR2049450 1 0.0955 0.934 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049449 1 0.0693 0.935 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049447 1 0.0324 0.933 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049446 1 0.0566 0.935 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049445 1 0.0451 0.934 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049443 1 0.3745 0.748 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR2049442 5 0.2127 0.910 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2049444 1 0.1082 0.933 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049441 1 0.0671 0.934 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049440 1 0.0693 0.935 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049438 1 0.0579 0.933 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049436 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049437 1 0.1195 0.927 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR2049439 1 0.1549 0.922 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR2049435 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049434 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049432 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049433 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049431 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049430 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049429 5 0.3359 0.883 0.164 0.000 0.000 0.020 0.816
#> SRR2049428 5 0.1792 0.928 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2049427 5 0.3399 0.880 0.168 0.000 0.000 0.020 0.812
#> SRR2049426 5 0.1410 0.927 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049425 5 0.3359 0.883 0.164 0.000 0.000 0.020 0.816
#> SRR2049424 5 0.1792 0.928 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2049423 5 0.3929 0.835 0.208 0.000 0.000 0.028 0.764
#> SRR2049422 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049421 1 0.4301 0.634 0.712 0.000 0.000 0.028 0.260
#> SRR2049420 1 0.0290 0.935 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049419 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049418 5 0.3845 0.838 0.208 0.000 0.000 0.024 0.768
#> SRR2049417 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049416 5 0.1410 0.927 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049415 5 0.3621 0.859 0.192 0.000 0.000 0.020 0.788
#> SRR2049414 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049412 1 0.2389 0.862 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR2049411 1 0.1341 0.917 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049413 5 0.1851 0.926 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2049410 1 0.2707 0.837 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR2049409 1 0.0609 0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049408 1 0.3885 0.617 0.724 0.000 0.000 0.008 0.268
#> SRR2049407 5 0.2179 0.917 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049406 5 0.3929 0.834 0.208 0.000 0.000 0.028 0.764
#> SRR2049405 5 0.1544 0.928 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049404 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049403 5 0.3845 0.838 0.208 0.000 0.000 0.024 0.768
#> SRR2049402 5 0.1965 0.924 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2049401 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049400 1 0.0609 0.933 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049399 1 0.2124 0.883 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR2049398 1 0.1478 0.911 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049397 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049395 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049396 5 0.1121 0.923 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049394 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049393 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049392 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049388 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049390 4 0.3662 0.926 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR2049387 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049385 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0451 0.993 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR2049380 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049379 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049378 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049375 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049364 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.1196 0.964 0.000 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR2049362 3 0.1572 0.961 0.000 0.000 0.936 0.028 0.000 0.036
#> SRR2049361 3 0.0632 0.970 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049360 3 0.1265 0.963 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR2049359 3 0.0972 0.971 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR2049358 3 0.0993 0.970 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR2049357 3 0.1753 0.946 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049356 3 0.1498 0.961 0.000 0.000 0.940 0.032 0.000 0.028
#> SRR2049355 3 0.0858 0.971 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2049354 3 0.1225 0.967 0.000 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR2049353 3 0.0777 0.969 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049352 3 0.1196 0.964 0.000 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR2049351 3 0.1812 0.946 0.000 0.000 0.912 0.008 0.000 0.080
#> SRR2049350 3 0.1245 0.965 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR2049349 3 0.0972 0.971 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR2049348 3 0.0935 0.971 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049347 3 0.1196 0.965 0.000 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR2049346 3 0.1152 0.961 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR2049345 3 0.0993 0.970 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR2049344 3 0.1049 0.966 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR2049343 3 0.1701 0.951 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR2049342 3 0.0993 0.968 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR2049341 3 0.0520 0.969 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR2049340 3 0.1074 0.969 0.000 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR2049339 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0146 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049534 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049533 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.1387 0.932 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049518 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0146 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049506 2 0.1610 0.916 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049505 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049485 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049484 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049483 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049482 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049481 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0603 0.855 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049480 4 0.3023 0.766 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.1714 0.814 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049475 1 0.3107 0.791 0.832 0.000 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR2049476 1 0.1367 0.855 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2049478 1 0.1719 0.863 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR2049474 1 0.1524 0.858 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2049473 1 0.0865 0.850 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049472 1 0.0632 0.856 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049471 1 0.1753 0.850 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR2049470 1 0.4159 0.675 0.744 0.000 0.000 0.000 0.116 0.140
#> SRR2049469 1 0.0713 0.859 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049468 1 0.0547 0.854 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049467 1 0.1686 0.856 0.924 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2049466 1 0.3156 0.757 0.800 0.000 0.000 0.000 0.020 0.180
#> SRR2049465 1 0.0790 0.850 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049464 6 0.3109 0.000 0.168 0.000 0.000 0.004 0.016 0.812
#> SRR2049463 1 0.0777 0.854 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049461 1 0.1049 0.863 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2049462 1 0.1701 0.851 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2049460 1 0.0632 0.858 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049459 1 0.3189 0.752 0.796 0.000 0.000 0.000 0.020 0.184
#> SRR2049457 1 0.0713 0.855 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049455 1 0.1082 0.862 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049456 1 0.3312 0.751 0.792 0.000 0.000 0.000 0.028 0.180
#> SRR2049458 1 0.1701 0.850 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2049454 1 0.2784 0.810 0.848 0.000 0.000 0.000 0.028 0.124
#> SRR2049452 1 0.1082 0.862 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049453 1 0.5322 0.123 0.556 0.000 0.000 0.000 0.316 0.128
#> SRR2049451 1 0.5461 0.294 0.568 0.000 0.000 0.000 0.184 0.248
#> SRR2049450 1 0.1657 0.856 0.928 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR2049449 1 0.0858 0.859 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049447 1 0.0632 0.856 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049446 1 0.1471 0.860 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2049445 1 0.0865 0.851 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049443 1 0.5417 0.317 0.576 0.000 0.000 0.000 0.180 0.244
#> SRR2049442 5 0.1584 0.860 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008
#> SRR2049444 1 0.1807 0.856 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR2049441 1 0.1701 0.850 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2049440 1 0.0777 0.859 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049438 1 0.1267 0.856 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049436 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.2432 0.831 0.876 0.000 0.000 0.000 0.024 0.100
#> SRR2049439 1 0.2872 0.795 0.836 0.000 0.000 0.000 0.024 0.140
#> SRR2049435 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.2923 0.855 0.052 0.000 0.000 0.000 0.848 0.100
#> SRR2049428 5 0.1261 0.907 0.024 0.000 0.000 0.000 0.952 0.024
#> SRR2049427 5 0.2971 0.854 0.052 0.000 0.000 0.000 0.844 0.104
#> SRR2049426 5 0.0508 0.907 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR2049425 5 0.2923 0.855 0.052 0.000 0.000 0.000 0.848 0.100
#> SRR2049424 5 0.1261 0.907 0.024 0.000 0.000 0.000 0.952 0.024
#> SRR2049423 5 0.3663 0.799 0.068 0.000 0.000 0.000 0.784 0.148
#> SRR2049422 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.5557 0.227 0.552 0.000 0.000 0.000 0.248 0.200
#> SRR2049420 1 0.1524 0.854 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2049419 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 5 0.3602 0.805 0.072 0.000 0.000 0.000 0.792 0.136
#> SRR2049417 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0520 0.908 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR2049415 5 0.3163 0.842 0.040 0.000 0.000 0.000 0.820 0.140
#> SRR2049414 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.3227 0.741 0.824 0.000 0.000 0.000 0.116 0.060
#> SRR2049411 1 0.2263 0.830 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR2049413 5 0.1480 0.900 0.040 0.000 0.000 0.000 0.940 0.020
#> SRR2049410 1 0.3587 0.709 0.792 0.000 0.000 0.000 0.140 0.068
#> SRR2049409 1 0.1807 0.850 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR2049408 1 0.4634 0.375 0.644 0.000 0.000 0.000 0.284 0.072
#> SRR2049407 5 0.1765 0.888 0.052 0.000 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR2049406 5 0.3587 0.805 0.068 0.000 0.000 0.000 0.792 0.140
#> SRR2049405 5 0.0717 0.909 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR2049404 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049403 5 0.3587 0.807 0.068 0.000 0.000 0.000 0.792 0.140
#> SRR2049402 5 0.1408 0.902 0.036 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR2049401 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.1807 0.850 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR2049399 1 0.2937 0.775 0.848 0.000 0.000 0.000 0.096 0.056
#> SRR2049398 1 0.2328 0.825 0.892 0.000 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR2049397 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0806 0.969 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR2049389 3 0.0972 0.969 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR2049391 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.1075 0.911 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.1789 0.953 0.000 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> SRR2049386 3 0.1010 0.968 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR2049385 3 0.0935 0.968 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049384 3 0.2134 0.939 0.000 0.000 0.904 0.044 0.000 0.052
#> SRR2049382 3 0.1349 0.959 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR2049383 3 0.1528 0.960 0.000 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR2049381 3 0.1812 0.946 0.000 0.000 0.912 0.008 0.000 0.080
#> SRR2049380 3 0.1010 0.967 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR2049379 3 0.0891 0.971 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR2049378 3 0.1462 0.960 0.000 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR2049376 3 0.0972 0.969 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR2049377 3 0.0858 0.970 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2049375 3 0.1082 0.965 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR2049374 3 0.2436 0.928 0.000 0.000 0.880 0.032 0.000 0.088
#> SRR2049373 3 0.1088 0.969 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR2049372 3 0.0777 0.969 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049371 3 0.1444 0.953 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049370 3 0.0891 0.971 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR2049369 3 0.1049 0.967 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR2049368 3 0.0622 0.971 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR2049366 3 0.0777 0.971 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049367 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049365 3 0.0692 0.969 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049364 3 0.0777 0.969 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.291 0.665 0.715 0.4197 0.590 0.590
#> 3 3 0.633 0.893 0.866 0.4527 0.757 0.591
#> 4 4 0.898 0.934 0.916 0.1463 0.935 0.818
#> 5 5 0.878 0.850 0.879 0.0645 1.000 1.000
#> 6 6 0.823 0.862 0.843 0.0505 0.937 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049362 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049361 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049360 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049359 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049358 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049357 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049356 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049355 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049354 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049353 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049352 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049351 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049350 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049349 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049348 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049347 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049346 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049345 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049344 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049343 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049342 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049341 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049340 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049339 1 0.921 0.247 0.664 0.336
#> SRR2049539 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049538 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049537 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049536 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049535 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049485 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049484 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049483 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049482 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049481 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049479 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049480 2 0.311 0.893 0.056 0.944
#> SRR2049477 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049475 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049476 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049478 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049474 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049473 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049472 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049471 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049470 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049469 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049468 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049467 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049466 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049465 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049464 2 1.000 -0.488 0.496 0.504
#> SRR2049463 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049461 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049462 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049460 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049459 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049457 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049455 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049456 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049458 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049454 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049452 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049453 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049451 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049450 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049449 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049447 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049446 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049445 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049443 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049442 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049444 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049441 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049440 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049438 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049436 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049437 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049439 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049435 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049434 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049432 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049433 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049431 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049430 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049429 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049428 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049427 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049426 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049425 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049424 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049423 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049422 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049421 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049420 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049419 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049418 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049417 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049416 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049415 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049414 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049412 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049411 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049413 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049410 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049409 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049408 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049407 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049406 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049405 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049404 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049403 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049402 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049401 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049400 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049399 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049398 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049397 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049395 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049396 1 0.917 0.671 0.668 0.332
#> SRR2049394 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049393 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049392 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049388 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049389 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049391 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049390 1 0.990 0.413 0.560 0.440
#> SRR2049387 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049386 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049385 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049384 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049382 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049383 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049381 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049380 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049379 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049378 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049376 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049377 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049375 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049374 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049373 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049372 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049371 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049370 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049369 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049368 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049366 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049367 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049365 1 0.900 0.439 0.684 0.316
#> SRR2049364 1 0.900 0.439 0.684 0.316
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049362 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049361 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049360 3 0.5875 0.983 0.160 0.056 0.784
#> SRR2049359 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049358 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049357 3 0.5466 0.985 0.160 0.040 0.800
#> SRR2049356 3 0.5677 0.984 0.160 0.048 0.792
#> SRR2049355 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049354 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049353 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049352 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049351 3 0.5466 0.985 0.160 0.040 0.800
#> SRR2049350 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049349 3 0.5466 0.986 0.160 0.040 0.800
#> SRR2049348 3 0.4994 0.987 0.160 0.024 0.816
#> SRR2049347 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049346 3 0.5777 0.983 0.160 0.052 0.788
#> SRR2049345 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049344 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049343 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049342 3 0.5355 0.986 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049341 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049340 3 0.5355 0.986 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049339 3 0.4209 0.721 0.016 0.128 0.856
#> SRR2049539 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049538 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049537 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049536 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049535 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049534 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049533 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049532 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049531 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049530 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049529 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049528 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049527 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049526 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049525 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049524 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049523 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049522 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049521 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049520 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049519 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049518 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049517 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049516 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049515 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049514 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049513 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049512 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049511 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049510 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049509 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049508 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049507 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049506 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049505 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049504 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049503 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049502 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049501 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049500 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049499 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049498 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049497 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049496 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049495 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049494 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049493 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049491 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049490 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049492 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049489 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049488 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049487 2 0.4544 0.980 0.084 0.860 0.056
#> SRR2049486 2 0.2152 0.884 0.036 0.948 0.016
#> SRR2049485 2 0.2152 0.884 0.036 0.948 0.016
#> SRR2049484 2 0.3742 0.843 0.036 0.892 0.072
#> SRR2049483 2 0.3742 0.843 0.036 0.892 0.072
#> SRR2049482 2 0.3742 0.843 0.036 0.892 0.072
#> SRR2049481 2 0.3742 0.843 0.036 0.892 0.072
#> SRR2049479 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.3742 0.843 0.036 0.892 0.072
#> SRR2049477 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.0592 0.884 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049463 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049444 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049437 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049434 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049432 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049433 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049431 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049430 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049429 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049428 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049427 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049426 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049425 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049424 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049423 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049422 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049421 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049418 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049416 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049415 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049414 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049412 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049410 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049406 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049405 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049404 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049403 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049402 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049401 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049400 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049395 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049396 1 0.0747 0.890 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049394 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049393 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049392 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049388 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049389 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049391 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049390 1 0.9565 0.400 0.476 0.296 0.228
#> SRR2049387 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049386 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049385 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049384 3 0.5677 0.984 0.160 0.048 0.792
#> SRR2049382 3 0.5875 0.983 0.160 0.056 0.784
#> SRR2049383 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049381 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049380 3 0.5777 0.983 0.160 0.052 0.788
#> SRR2049379 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049378 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049376 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049377 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049375 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049374 3 0.5777 0.983 0.160 0.052 0.788
#> SRR2049373 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049372 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049371 3 0.5573 0.985 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049370 3 0.5355 0.985 0.160 0.036 0.804
#> SRR2049369 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049368 3 0.5573 0.984 0.160 0.044 0.796
#> SRR2049366 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049367 3 0.5677 0.984 0.160 0.048 0.792
#> SRR2049365 3 0.5119 0.986 0.160 0.028 0.812
#> SRR2049364 3 0.5239 0.986 0.160 0.032 0.808
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.3432 0.922 0.020 0.012 0.872 0.096
#> SRR2049362 3 0.3869 0.922 0.020 0.028 0.856 0.096
#> SRR2049361 3 0.3465 0.931 0.020 0.028 0.880 0.072
#> SRR2049360 3 0.4770 0.911 0.020 0.024 0.784 0.172
#> SRR2049359 3 0.2329 0.941 0.020 0.024 0.932 0.024
#> SRR2049358 3 0.1762 0.939 0.020 0.012 0.952 0.016
#> SRR2049357 3 0.3432 0.922 0.020 0.012 0.872 0.096
#> SRR2049356 3 0.3993 0.925 0.020 0.028 0.848 0.104
#> SRR2049355 3 0.1631 0.940 0.020 0.016 0.956 0.008
#> SRR2049354 3 0.1877 0.939 0.020 0.012 0.948 0.020
#> SRR2049353 3 0.2107 0.940 0.020 0.024 0.940 0.016
#> SRR2049352 3 0.2636 0.935 0.020 0.012 0.916 0.052
#> SRR2049351 3 0.3853 0.921 0.020 0.016 0.848 0.116
#> SRR2049350 3 0.3705 0.924 0.020 0.024 0.864 0.092
#> SRR2049349 3 0.3953 0.932 0.020 0.024 0.848 0.108
#> SRR2049348 3 0.1762 0.939 0.020 0.012 0.952 0.016
#> SRR2049347 3 0.2284 0.939 0.020 0.012 0.932 0.036
#> SRR2049346 3 0.4770 0.911 0.020 0.024 0.784 0.172
#> SRR2049345 3 0.2284 0.942 0.020 0.012 0.932 0.036
#> SRR2049344 3 0.2636 0.936 0.020 0.012 0.916 0.052
#> SRR2049343 3 0.3495 0.921 0.020 0.012 0.868 0.100
#> SRR2049342 3 0.2552 0.936 0.020 0.012 0.920 0.048
#> SRR2049341 3 0.2636 0.935 0.020 0.012 0.916 0.052
#> SRR2049340 3 0.2636 0.936 0.020 0.012 0.916 0.052
#> SRR2049339 3 0.4830 0.416 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR2049539 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049538 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049537 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049536 4 0.6685 0.994 0.196 0.088 0.040 0.676
#> SRR2049535 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049534 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049533 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049531 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049530 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0927 0.953 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2049526 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049525 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049523 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049522 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049519 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049518 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049514 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049506 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049505 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0927 0.953 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2049500 2 0.1059 0.952 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049499 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0927 0.953 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2049492 2 0.0927 0.953 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2049489 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0592 0.955 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.2597 0.877 0.004 0.904 0.008 0.084
#> SRR2049485 2 0.2597 0.877 0.004 0.904 0.008 0.084
#> SRR2049484 2 0.5286 0.392 0.004 0.604 0.008 0.384
#> SRR2049483 2 0.5286 0.392 0.004 0.604 0.008 0.384
#> SRR2049482 2 0.5286 0.392 0.004 0.604 0.008 0.384
#> SRR2049481 2 0.5286 0.392 0.004 0.604 0.008 0.384
#> SRR2049479 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.5286 0.392 0.004 0.604 0.008 0.384
#> SRR2049477 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.1211 0.928 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049463 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0376 0.963 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049451 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049444 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.6685 0.994 0.196 0.088 0.040 0.676
#> SRR2049437 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049434 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049432 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049433 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049431 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049430 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049429 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049428 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049427 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049426 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049425 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049424 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049423 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049422 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049421 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049418 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049416 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049415 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049414 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049412 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049410 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0469 0.961 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049407 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049406 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049405 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049404 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049403 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049402 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049401 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049400 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049395 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049396 1 0.2473 0.926 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR2049394 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049393 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049392 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049388 3 0.3432 0.923 0.020 0.012 0.872 0.096
#> SRR2049389 3 0.1985 0.938 0.020 0.012 0.944 0.024
#> SRR2049391 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049390 4 0.6707 0.999 0.192 0.092 0.040 0.676
#> SRR2049387 3 0.3806 0.923 0.020 0.028 0.860 0.092
#> SRR2049386 3 0.2221 0.940 0.020 0.024 0.936 0.020
#> SRR2049385 3 0.2221 0.940 0.020 0.024 0.936 0.020
#> SRR2049384 3 0.3806 0.923 0.020 0.028 0.860 0.092
#> SRR2049382 3 0.4681 0.912 0.020 0.024 0.792 0.164
#> SRR2049383 3 0.3599 0.925 0.020 0.020 0.868 0.092
#> SRR2049381 3 0.3795 0.921 0.020 0.016 0.852 0.112
#> SRR2049380 3 0.3910 0.922 0.020 0.016 0.844 0.120
#> SRR2049379 3 0.2188 0.938 0.020 0.012 0.936 0.032
#> SRR2049378 3 0.2376 0.937 0.020 0.012 0.928 0.040
#> SRR2049376 3 0.2188 0.937 0.020 0.012 0.936 0.032
#> SRR2049377 3 0.1998 0.941 0.020 0.020 0.944 0.016
#> SRR2049375 3 0.2718 0.934 0.020 0.012 0.912 0.056
#> SRR2049374 3 0.4898 0.911 0.020 0.024 0.772 0.184
#> SRR2049373 3 0.3599 0.925 0.020 0.020 0.868 0.092
#> SRR2049372 3 0.3869 0.922 0.020 0.028 0.856 0.096
#> SRR2049371 3 0.3734 0.921 0.020 0.012 0.852 0.116
#> SRR2049370 3 0.2089 0.938 0.020 0.012 0.940 0.028
#> SRR2049369 3 0.3869 0.922 0.020 0.028 0.856 0.096
#> SRR2049368 3 0.3906 0.925 0.020 0.020 0.848 0.112
#> SRR2049366 3 0.1762 0.940 0.020 0.012 0.952 0.016
#> SRR2049367 3 0.4226 0.928 0.020 0.028 0.832 0.120
#> SRR2049365 3 0.1362 0.939 0.020 0.012 0.964 0.004
#> SRR2049364 3 0.2465 0.937 0.020 0.012 0.924 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.3668 0.886 0.008 0.004 0.828 0.032 NA
#> SRR2049362 3 0.3823 0.884 0.008 0.004 0.820 0.040 NA
#> SRR2049361 3 0.3096 0.902 0.008 0.004 0.872 0.032 NA
#> SRR2049360 3 0.4541 0.869 0.008 0.004 0.728 0.028 NA
#> SRR2049359 3 0.2187 0.909 0.008 0.004 0.924 0.024 NA
#> SRR2049358 3 0.2116 0.907 0.008 0.004 0.924 0.012 NA
#> SRR2049357 3 0.3793 0.885 0.008 0.004 0.820 0.036 NA
#> SRR2049356 3 0.4309 0.887 0.008 0.008 0.788 0.048 NA
#> SRR2049355 3 0.1467 0.907 0.008 0.004 0.956 0.016 NA
#> SRR2049354 3 0.2148 0.904 0.008 0.004 0.924 0.016 NA
#> SRR2049353 3 0.1758 0.908 0.008 0.004 0.944 0.020 NA
#> SRR2049352 3 0.3291 0.899 0.008 0.004 0.860 0.036 NA
#> SRR2049351 3 0.4243 0.877 0.008 0.004 0.776 0.036 NA
#> SRR2049350 3 0.3704 0.883 0.008 0.008 0.836 0.040 NA
#> SRR2049349 3 0.3930 0.889 0.008 0.004 0.800 0.028 NA
#> SRR2049348 3 0.1565 0.908 0.008 0.004 0.952 0.016 NA
#> SRR2049347 3 0.2443 0.900 0.008 0.008 0.912 0.020 NA
#> SRR2049346 3 0.4579 0.871 0.008 0.004 0.736 0.036 NA
#> SRR2049345 3 0.2481 0.905 0.008 0.004 0.908 0.024 NA
#> SRR2049344 3 0.2806 0.906 0.008 0.004 0.888 0.024 NA
#> SRR2049343 3 0.3805 0.880 0.008 0.004 0.808 0.024 NA
#> SRR2049342 3 0.3078 0.896 0.008 0.008 0.876 0.028 NA
#> SRR2049341 3 0.2916 0.902 0.008 0.004 0.884 0.032 NA
#> SRR2049340 3 0.3137 0.895 0.008 0.008 0.872 0.028 NA
#> SRR2049339 3 0.5256 0.304 0.000 0.000 0.532 0.420 NA
#> SRR2049539 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049538 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049537 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049536 4 0.3426 0.988 0.068 0.044 0.016 0.864 NA
#> SRR2049535 2 0.0902 0.930 0.004 0.976 0.008 0.004 NA
#> SRR2049534 2 0.1404 0.920 0.004 0.956 0.008 0.004 NA
#> SRR2049533 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.0740 0.931 0.004 0.980 0.008 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.1220 0.925 0.004 0.964 0.008 0.004 NA
#> SRR2049530 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049529 2 0.0486 0.933 0.004 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.0613 0.932 0.004 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0902 0.930 0.004 0.976 0.008 0.004 NA
#> SRR2049525 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049524 2 0.1220 0.925 0.004 0.964 0.008 0.004 NA
#> SRR2049523 2 0.0854 0.929 0.004 0.976 0.008 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0486 0.934 0.004 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR2049521 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0902 0.930 0.004 0.976 0.008 0.004 NA
#> SRR2049519 2 0.1404 0.920 0.004 0.956 0.008 0.004 NA
#> SRR2049518 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049517 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049515 2 0.1220 0.925 0.004 0.964 0.008 0.004 NA
#> SRR2049514 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.1220 0.925 0.004 0.964 0.008 0.004 NA
#> SRR2049506 2 0.1404 0.920 0.004 0.956 0.008 0.004 NA
#> SRR2049505 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.0740 0.931 0.004 0.980 0.008 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049497 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049495 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049491 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0324 0.934 0.004 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR2049492 2 0.0648 0.933 0.004 0.984 0.004 0.004 NA
#> SRR2049489 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0162 0.935 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0486 0.933 0.004 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049486 2 0.4468 0.652 0.004 0.696 0.000 0.024 NA
#> SRR2049485 2 0.4468 0.652 0.004 0.696 0.000 0.024 NA
#> SRR2049484 2 0.6780 0.155 0.004 0.448 0.000 0.272 NA
#> SRR2049483 2 0.6780 0.155 0.004 0.448 0.000 0.272 NA
#> SRR2049482 2 0.6780 0.155 0.004 0.448 0.000 0.272 NA
#> SRR2049481 2 0.6780 0.155 0.004 0.448 0.000 0.272 NA
#> SRR2049479 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 2 0.6780 0.155 0.004 0.448 0.000 0.272 NA
#> SRR2049477 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049476 1 0.4341 0.857 0.592 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049478 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049474 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049470 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049469 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049467 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049466 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049465 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 1 0.4841 0.830 0.560 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049463 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049461 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049457 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049456 1 0.4686 0.853 0.596 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049458 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.4446 0.856 0.592 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049452 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 1 0.4734 0.850 0.604 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049451 1 0.4675 0.853 0.600 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049450 1 0.4341 0.857 0.592 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049449 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049443 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049442 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049444 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049441 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.3426 0.988 0.068 0.044 0.016 0.864 NA
#> SRR2049437 1 0.4446 0.856 0.592 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049439 1 0.4697 0.854 0.592 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2049435 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049434 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049432 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049433 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049431 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049430 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049429 1 0.0290 0.664 0.992 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049428 1 0.0324 0.663 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049427 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049426 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049425 1 0.0290 0.664 0.992 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049424 1 0.0324 0.663 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049423 1 0.0404 0.664 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049422 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049421 1 0.4746 0.851 0.600 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049420 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049418 1 0.4527 0.855 0.596 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049417 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049416 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049415 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049414 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049412 1 0.4310 0.855 0.604 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049411 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049413 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049410 1 0.4192 0.857 0.596 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049409 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049408 1 0.3969 0.817 0.692 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049407 1 0.0000 0.663 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049406 1 0.0404 0.664 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049405 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049404 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049403 1 0.0404 0.664 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049402 1 0.0000 0.663 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049401 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049400 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049399 1 0.4331 0.857 0.596 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049398 1 0.4201 0.858 0.592 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049397 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049395 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049396 1 0.0162 0.663 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049394 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049393 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049392 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049388 3 0.3554 0.887 0.008 0.004 0.840 0.036 NA
#> SRR2049389 3 0.2443 0.902 0.008 0.008 0.912 0.020 NA
#> SRR2049391 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049390 4 0.3287 0.998 0.068 0.052 0.016 0.864 NA
#> SRR2049387 3 0.3804 0.882 0.008 0.008 0.828 0.040 NA
#> SRR2049386 3 0.1847 0.908 0.008 0.004 0.940 0.020 NA
#> SRR2049385 3 0.1758 0.908 0.008 0.004 0.944 0.020 NA
#> SRR2049384 3 0.3804 0.882 0.008 0.008 0.828 0.040 NA
#> SRR2049382 3 0.4453 0.872 0.008 0.004 0.740 0.028 NA
#> SRR2049383 3 0.3754 0.884 0.008 0.008 0.832 0.040 NA
#> SRR2049381 3 0.4166 0.877 0.008 0.004 0.780 0.032 NA
#> SRR2049380 3 0.3958 0.889 0.008 0.004 0.808 0.040 NA
#> SRR2049379 3 0.2318 0.908 0.008 0.004 0.916 0.020 NA
#> SRR2049378 3 0.2881 0.904 0.008 0.004 0.888 0.040 NA
#> SRR2049376 3 0.2679 0.899 0.008 0.008 0.896 0.016 NA
#> SRR2049377 3 0.2029 0.910 0.008 0.004 0.932 0.028 NA
#> SRR2049375 3 0.2977 0.900 0.008 0.004 0.880 0.032 NA
#> SRR2049374 3 0.4851 0.867 0.008 0.004 0.704 0.040 NA
#> SRR2049373 3 0.3778 0.885 0.008 0.008 0.832 0.044 NA
#> SRR2049372 3 0.3700 0.888 0.008 0.004 0.828 0.036 NA
#> SRR2049371 3 0.3849 0.880 0.008 0.004 0.808 0.028 NA
#> SRR2049370 3 0.2388 0.906 0.008 0.004 0.912 0.020 NA
#> SRR2049369 3 0.3869 0.884 0.008 0.004 0.816 0.040 NA
#> SRR2049368 3 0.4309 0.885 0.008 0.008 0.788 0.048 NA
#> SRR2049366 3 0.1851 0.908 0.008 0.004 0.940 0.024 NA
#> SRR2049367 3 0.4171 0.897 0.008 0.004 0.796 0.052 NA
#> SRR2049365 3 0.1847 0.908 0.008 0.004 0.940 0.028 NA
#> SRR2049364 3 0.2769 0.908 0.008 0.004 0.892 0.028 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.3565 0.8277 0.000 0.000 0.796 0.008 0.040 NA
#> SRR2049362 3 0.3828 0.8280 0.000 0.000 0.724 0.008 0.016 NA
#> SRR2049361 3 0.4146 0.8428 0.000 0.000 0.752 0.016 0.052 NA
#> SRR2049360 3 0.4810 0.8026 0.000 0.000 0.596 0.016 0.036 NA
#> SRR2049359 3 0.3238 0.8635 0.000 0.000 0.844 0.016 0.060 NA
#> SRR2049358 3 0.2108 0.8641 0.000 0.000 0.912 0.016 0.016 NA
#> SRR2049357 3 0.3667 0.8270 0.000 0.000 0.788 0.008 0.044 NA
#> SRR2049356 3 0.3543 0.8372 0.000 0.000 0.720 0.004 0.004 NA
#> SRR2049355 3 0.2495 0.8635 0.000 0.000 0.892 0.016 0.060 NA
#> SRR2049354 3 0.2151 0.8642 0.000 0.000 0.904 0.016 0.008 NA
#> SRR2049353 3 0.2711 0.8616 0.000 0.000 0.880 0.016 0.056 NA
#> SRR2049352 3 0.3140 0.8536 0.000 0.000 0.844 0.008 0.056 NA
#> SRR2049351 3 0.4696 0.8192 0.000 0.000 0.680 0.016 0.060 NA
#> SRR2049350 3 0.3545 0.8314 0.000 0.000 0.748 0.008 0.008 NA
#> SRR2049349 3 0.4406 0.8434 0.000 0.000 0.712 0.012 0.056 NA
#> SRR2049348 3 0.1577 0.8638 0.000 0.000 0.940 0.008 0.036 NA
#> SRR2049347 3 0.2402 0.8564 0.000 0.000 0.868 0.012 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.5017 0.8033 0.000 0.000 0.596 0.020 0.048 NA
#> SRR2049345 3 0.2449 0.8652 0.000 0.000 0.888 0.012 0.020 NA
#> SRR2049344 3 0.2604 0.8557 0.000 0.000 0.880 0.008 0.036 NA
#> SRR2049343 3 0.3897 0.8223 0.000 0.000 0.756 0.008 0.040 NA
#> SRR2049342 3 0.2431 0.8536 0.000 0.000 0.860 0.008 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.2811 0.8515 0.000 0.000 0.868 0.012 0.036 NA
#> SRR2049340 3 0.2845 0.8511 0.000 0.000 0.836 0.008 0.008 NA
#> SRR2049339 3 0.5300 0.2985 0.000 0.000 0.516 0.404 0.016 NA
#> SRR2049539 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049538 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049537 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049536 4 0.1864 0.9931 0.040 0.032 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR2049535 2 0.2462 0.8755 0.000 0.876 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2049534 2 0.3172 0.8487 0.000 0.824 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2049533 2 0.0291 0.8958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049532 2 0.2237 0.8795 0.000 0.896 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR2049531 2 0.2934 0.8573 0.000 0.844 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2049530 2 0.0713 0.8953 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.1088 0.8944 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049528 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049527 2 0.1780 0.8884 0.000 0.924 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2049526 2 0.2333 0.8753 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049525 2 0.0632 0.8958 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.2979 0.8570 0.000 0.840 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2049523 2 0.2527 0.8762 0.000 0.876 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2049522 2 0.0937 0.8943 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049520 2 0.2333 0.8751 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049519 2 0.3172 0.8487 0.000 0.824 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2049518 2 0.1007 0.8935 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049516 2 0.1285 0.8925 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049515 2 0.2728 0.8647 0.000 0.860 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2049514 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0547 0.8968 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0458 0.8959 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0622 0.8957 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049510 2 0.0146 0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049508 2 0.0260 0.8951 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049507 2 0.3023 0.8548 0.000 0.836 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2049506 2 0.3172 0.8487 0.000 0.824 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2049505 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049504 2 0.0146 0.8950 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049503 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049501 2 0.1644 0.8922 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2049500 2 0.1845 0.8879 0.000 0.920 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2049499 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049498 2 0.0865 0.8942 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0458 0.8964 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0937 0.8936 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049494 2 0.0146 0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0547 0.8959 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049490 2 0.1524 0.8894 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049492 2 0.1895 0.8844 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049489 2 0.0508 0.8949 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049488 2 0.0405 0.8955 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049487 2 0.0820 0.8968 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049486 2 0.5763 0.5772 0.000 0.616 0.000 0.040 0.168 NA
#> SRR2049485 2 0.5763 0.5772 0.000 0.616 0.000 0.040 0.168 NA
#> SRR2049484 2 0.7427 -0.0552 0.000 0.344 0.000 0.320 0.160 NA
#> SRR2049483 2 0.7427 -0.0552 0.000 0.344 0.000 0.320 0.160 NA
#> SRR2049482 2 0.7427 -0.0552 0.000 0.344 0.000 0.320 0.160 NA
#> SRR2049481 2 0.7427 -0.0552 0.000 0.344 0.000 0.320 0.160 NA
#> SRR2049479 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 2 0.7427 -0.0552 0.000 0.344 0.000 0.320 0.160 NA
#> SRR2049477 1 0.0547 0.9101 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 1 0.2743 0.8342 0.828 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049476 1 0.0260 0.9088 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049478 1 0.1349 0.9015 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049474 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.2053 0.8759 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049470 1 0.2848 0.8243 0.816 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049469 1 0.1082 0.9048 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049467 1 0.1908 0.8831 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049466 1 0.2848 0.8256 0.816 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049465 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 1 0.4354 0.6970 0.708 0.000 0.000 0.016 0.040 NA
#> SRR2049463 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049461 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.1556 0.8923 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 1 0.2814 0.8272 0.820 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049457 1 0.0458 0.9098 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049456 1 0.3089 0.8126 0.800 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049458 1 0.2100 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.2520 0.8463 0.844 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049452 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 1 0.3449 0.7899 0.780 0.000 0.000 0.008 0.016 NA
#> SRR2049451 1 0.3089 0.8120 0.800 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049450 1 0.0363 0.9101 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049449 1 0.0000 0.9084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.0363 0.9100 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049443 1 0.2814 0.8272 0.820 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049442 5 0.4105 0.9762 0.348 0.000 0.000 0.000 0.632 NA
#> SRR2049444 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049441 1 0.1204 0.9018 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.0146 0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.0865 0.9077 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.1864 0.9931 0.040 0.032 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR2049437 1 0.2482 0.8517 0.848 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049439 1 0.2669 0.8405 0.836 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049435 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049434 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049432 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049433 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049431 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049430 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049429 5 0.4684 0.9613 0.348 0.000 0.000 0.008 0.604 NA
#> SRR2049428 5 0.3742 0.9781 0.348 0.000 0.000 0.000 0.648 NA
#> SRR2049427 5 0.4446 0.9625 0.348 0.000 0.000 0.000 0.612 NA
#> SRR2049426 5 0.3847 0.9786 0.348 0.000 0.000 0.000 0.644 NA
#> SRR2049425 5 0.4684 0.9613 0.348 0.000 0.000 0.008 0.604 NA
#> SRR2049424 5 0.3742 0.9781 0.348 0.000 0.000 0.000 0.648 NA
#> SRR2049423 5 0.4580 0.9598 0.348 0.000 0.000 0.004 0.608 NA
#> SRR2049422 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049421 1 0.3564 0.7837 0.772 0.000 0.000 0.008 0.020 NA
#> SRR2049420 1 0.1556 0.8959 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049418 1 0.2039 0.8753 0.908 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR2049417 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049416 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049415 5 0.4251 0.9689 0.348 0.000 0.000 0.000 0.624 NA
#> SRR2049414 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049412 1 0.1713 0.8543 0.928 0.000 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2049411 1 0.0363 0.9079 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049413 5 0.3607 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 NA
#> SRR2049410 1 0.0717 0.9000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049409 1 0.0632 0.9092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049408 1 0.3586 0.4271 0.756 0.000 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR2049407 5 0.3847 0.9769 0.348 0.000 0.000 0.000 0.644 NA
#> SRR2049406 5 0.4580 0.9598 0.348 0.000 0.000 0.004 0.608 NA
#> SRR2049405 5 0.3607 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652 NA
#> SRR2049404 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049403 5 0.4580 0.9598 0.348 0.000 0.000 0.004 0.608 NA
#> SRR2049402 5 0.3847 0.9769 0.348 0.000 0.000 0.000 0.644 NA
#> SRR2049401 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049400 1 0.0632 0.9092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049399 1 0.1245 0.8868 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049398 1 0.0508 0.9044 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049397 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049395 4 0.1723 0.9971 0.036 0.036 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2049396 5 0.4026 0.9784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049394 4 0.1980 0.9956 0.036 0.036 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR2049393 4 0.2123 0.9945 0.036 0.036 0.000 0.916 0.004 NA
#> SRR2049392 4 0.2123 0.9945 0.036 0.036 0.000 0.916 0.004 NA
#> SRR2049388 3 0.3519 0.8323 0.000 0.000 0.804 0.008 0.044 NA
#> SRR2049389 3 0.1901 0.8590 0.000 0.000 0.912 0.008 0.004 NA
#> SRR2049391 4 0.2123 0.9945 0.036 0.036 0.000 0.916 0.004 NA
#> SRR2049390 4 0.2123 0.9945 0.036 0.036 0.000 0.916 0.004 NA
#> SRR2049387 3 0.3512 0.8294 0.000 0.000 0.740 0.004 0.008 NA
#> SRR2049386 3 0.2898 0.8616 0.000 0.000 0.868 0.016 0.056 NA
#> SRR2049385 3 0.2711 0.8616 0.000 0.000 0.880 0.016 0.056 NA
#> SRR2049384 3 0.3560 0.8283 0.000 0.000 0.732 0.004 0.008 NA
#> SRR2049382 3 0.4881 0.8039 0.000 0.000 0.604 0.016 0.044 NA
#> SRR2049383 3 0.3411 0.8322 0.000 0.000 0.756 0.008 0.004 NA
#> SRR2049381 3 0.4629 0.8190 0.000 0.000 0.696 0.016 0.064 NA
#> SRR2049380 3 0.3954 0.8387 0.000 0.000 0.764 0.008 0.056 NA
#> SRR2049379 3 0.2663 0.8599 0.000 0.000 0.876 0.012 0.028 NA
#> SRR2049378 3 0.2591 0.8593 0.000 0.000 0.880 0.004 0.052 NA
#> SRR2049376 3 0.2355 0.8558 0.000 0.000 0.876 0.008 0.004 NA
#> SRR2049377 3 0.2860 0.8651 0.000 0.000 0.868 0.012 0.068 NA
#> SRR2049375 3 0.2763 0.8521 0.000 0.000 0.868 0.008 0.036 NA
#> SRR2049374 3 0.4184 0.8057 0.000 0.000 0.576 0.000 0.016 NA
#> SRR2049373 3 0.3357 0.8339 0.000 0.000 0.764 0.004 0.008 NA
#> SRR2049372 3 0.4159 0.8336 0.000 0.000 0.732 0.016 0.036 NA
#> SRR2049371 3 0.3927 0.8209 0.000 0.000 0.752 0.008 0.040 NA
#> SRR2049370 3 0.2515 0.8549 0.000 0.000 0.888 0.016 0.024 NA
#> SRR2049369 3 0.3887 0.8285 0.000 0.000 0.724 0.008 0.020 NA
#> SRR2049368 3 0.3512 0.8356 0.000 0.000 0.720 0.000 0.008 NA
#> SRR2049366 3 0.2649 0.8634 0.000 0.000 0.880 0.012 0.072 NA
#> SRR2049367 3 0.4323 0.8486 0.000 0.000 0.724 0.016 0.048 NA
#> SRR2049365 3 0.2133 0.8645 0.000 0.000 0.912 0.016 0.052 NA
#> SRR2049364 3 0.2711 0.8607 0.000 0.000 0.872 0.008 0.036 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.546 0.707 0.853 0.4820 0.531 0.531
#> 3 3 1.000 0.996 0.998 0.3406 0.690 0.481
#> 4 4 0.981 0.954 0.981 0.1135 0.909 0.749
#> 5 5 0.964 0.921 0.964 0.0869 0.935 0.768
#> 6 6 0.908 0.910 0.908 0.0295 0.983 0.921
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049362 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049361 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049360 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049359 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049358 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049357 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049356 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049355 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049354 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049353 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049352 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049351 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049350 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049349 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049348 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049347 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049346 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049345 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049344 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049343 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049342 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049341 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049340 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049339 2 0.0672 0.850 0.008 0.992
#> SRR2049539 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049538 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049537 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049536 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049535 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.7815 0.653 0.768 0.232
#> SRR2049463 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049437 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049435 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049434 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049432 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049433 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049431 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049430 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049429 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049396 1 0.0000 0.770 1.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049393 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049392 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049388 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049389 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049391 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049390 2 0.9896 0.404 0.440 0.560
#> SRR2049387 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049386 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049385 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049384 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049382 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049383 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049381 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049380 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049379 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049378 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049376 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049377 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049375 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049374 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049373 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049372 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049371 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049370 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049369 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049368 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049366 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049367 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049365 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
#> SRR2049364 1 0.9866 0.544 0.568 0.432
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049339 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049539 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049538 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049537 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049536 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049464 3 0.271 0.898 0.088 0.00 0.912
#> SRR2049463 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049436 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049437 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049435 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049434 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049432 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049433 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049431 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049430 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049429 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049395 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049396 1 0.000 0.996 1.000 0.00 0.000
#> SRR2049394 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049393 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049392 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049388 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049391 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049390 1 0.113 0.981 0.976 0.02 0.004
#> SRR2049387 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.998 0.000 0.00 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.3610 0.7102 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR2049539 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4992 -0.0595 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049485 2 0.4994 -0.0750 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR2049484 4 0.4564 0.5822 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049483 4 0.4564 0.5822 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049482 4 0.4564 0.5822 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049481 4 0.4564 0.5822 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049479 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.4564 0.5822 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049477 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.1302 0.9405 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049463 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.3528 0.7866 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049444 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.1474 0.9421 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049427 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.3123 0.8318 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049421 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.3266 0.8174 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049418 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0469 0.9769 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049416 1 0.0336 0.9801 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049415 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.1118 0.9566 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049403 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.3444 0.7972 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049400 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.9863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049396 1 0.3444 0.7972 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049394 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.9105 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049359 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049358 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049356 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.3109 0.694 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049534 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049533 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049532 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049531 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049530 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049529 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049528 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049527 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049525 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049524 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049523 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049522 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049521 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049520 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049519 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049518 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049517 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049516 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049515 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049514 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049513 2 0.0290 0.972 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049512 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049511 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049510 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049509 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049508 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049507 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049506 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049505 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049504 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049503 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049502 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049501 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049500 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049499 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049498 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049496 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0404 0.970 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049494 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049493 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049491 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049490 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049492 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049489 2 0.0290 0.971 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049488 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0162 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049486 2 0.5049 -0.159 0.000 0.488 0.000 0.480 0.032
#> SRR2049485 2 0.5049 -0.159 0.000 0.488 0.000 0.480 0.032
#> SRR2049484 4 0.4779 0.536 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR2049483 4 0.4779 0.536 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR2049482 4 0.4779 0.536 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR2049481 4 0.4779 0.536 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR2049479 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.4779 0.536 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR2049477 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0290 0.947 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049476 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.2280 0.843 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049469 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0162 0.949 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049466 1 0.0162 0.949 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049465 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.2395 0.881 0.904 0.008 0.016 0.000 0.072
#> SRR2049463 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0162 0.949 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049457 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049458 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.4192 0.317 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049451 1 0.3983 0.480 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049450 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0794 0.932 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049442 5 0.3134 0.855 0.032 0.000 0.000 0.120 0.848
#> SRR2049444 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049428 5 0.1124 0.967 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2049427 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049426 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049425 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049424 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049423 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049422 5 0.1168 0.963 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960
#> SRR2049421 1 0.4294 0.095 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR2049420 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.1124 0.967 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2049418 1 0.2966 0.760 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049417 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049416 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049415 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049414 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049412 5 0.4242 0.282 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2049411 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049410 1 0.1671 0.889 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049409 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 5 0.2471 0.865 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2049407 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049406 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049405 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049404 5 0.1124 0.967 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2049403 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049402 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049401 5 0.1168 0.963 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960
#> SRR2049400 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.4300 0.035 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2049398 1 0.0404 0.943 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049397 5 0.1043 0.969 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049395 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.1168 0.963 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960
#> SRR2049394 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049365 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.1204 0.9662 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049362 3 0.1267 0.9702 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049361 3 0.1141 0.9725 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049360 3 0.1814 0.9590 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049359 3 0.1007 0.9754 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049358 3 0.0458 0.9746 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049357 3 0.1204 0.9669 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049356 3 0.1007 0.9751 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049355 3 0.0458 0.9737 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049354 3 0.1007 0.9761 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049353 3 0.0713 0.9749 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049352 3 0.1007 0.9701 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049351 3 0.1501 0.9634 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049350 3 0.1387 0.9652 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049349 3 0.1007 0.9749 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049348 3 0.0547 0.9756 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049347 3 0.0790 0.9736 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049346 3 0.1444 0.9694 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049345 3 0.0632 0.9750 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049344 3 0.1007 0.9709 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049343 3 0.1501 0.9624 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049342 3 0.0865 0.9735 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049341 3 0.0865 0.9727 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049340 3 0.1007 0.9720 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049339 4 0.2902 0.5177 0.000 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR2049539 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0790 0.9400 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049534 2 0.1204 0.9271 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049533 2 0.1075 0.9483 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049532 2 0.0865 0.9516 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049531 2 0.1327 0.9234 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049530 2 0.0363 0.9509 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049529 2 0.1387 0.9460 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049528 2 0.1765 0.9174 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049527 2 0.1267 0.9493 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049526 2 0.0790 0.9411 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049525 2 0.1267 0.9429 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049524 2 0.1141 0.9303 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049523 2 0.0547 0.9519 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049522 2 0.0547 0.9504 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049521 2 0.1141 0.9444 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049520 2 0.0937 0.9364 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049519 2 0.1204 0.9276 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049518 2 0.0632 0.9506 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049517 2 0.1814 0.9137 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049516 2 0.0547 0.9479 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049515 2 0.0547 0.9451 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049514 2 0.0790 0.9496 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049513 2 0.1075 0.9508 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049512 2 0.0713 0.9517 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049511 2 0.1910 0.9202 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049510 2 0.1556 0.9338 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049509 2 0.1814 0.9138 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049508 2 0.1267 0.9441 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049507 2 0.0865 0.9413 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049506 2 0.1501 0.9346 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049505 2 0.1765 0.9168 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049504 2 0.1267 0.9422 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049503 2 0.0713 0.9503 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049502 2 0.1910 0.9095 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049501 2 0.0865 0.9467 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049500 2 0.0790 0.9469 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049499 2 0.1863 0.9102 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049498 2 0.0547 0.9513 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049497 2 0.0458 0.9510 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049496 2 0.0632 0.9480 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049495 2 0.1863 0.9097 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049494 2 0.0937 0.9485 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049493 2 0.0547 0.9519 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049491 2 0.1556 0.9283 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049490 2 0.0547 0.9460 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049492 2 0.0790 0.9478 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049489 2 0.1765 0.9197 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049488 2 0.1075 0.9465 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049487 2 0.0458 0.9489 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049486 6 0.6029 0.8475 0.000 0.276 0.000 0.300 0.000 0.424
#> SRR2049485 6 0.6029 0.8475 0.000 0.276 0.000 0.300 0.000 0.424
#> SRR2049484 6 0.5850 0.9298 0.000 0.192 0.000 0.384 0.000 0.424
#> SRR2049483 6 0.5850 0.9298 0.000 0.192 0.000 0.384 0.000 0.424
#> SRR2049482 6 0.5850 0.9298 0.000 0.192 0.000 0.384 0.000 0.424
#> SRR2049481 6 0.5850 0.9298 0.000 0.192 0.000 0.384 0.000 0.424
#> SRR2049479 1 0.1556 0.9041 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049480 6 0.5850 0.9298 0.000 0.192 0.000 0.384 0.000 0.424
#> SRR2049477 1 0.1007 0.9057 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049475 1 0.2821 0.8747 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016 0.152
#> SRR2049476 1 0.1908 0.9074 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR2049478 1 0.1588 0.9084 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2049474 1 0.1663 0.9090 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049473 1 0.1556 0.8976 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049472 1 0.1501 0.9040 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049471 1 0.2003 0.9004 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049470 1 0.4915 0.7148 0.656 0.000 0.000 0.000 0.156 0.188
#> SRR2049469 1 0.1204 0.9075 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049468 1 0.1663 0.9014 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049467 1 0.2092 0.8990 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049466 1 0.2697 0.8724 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049465 1 0.1663 0.9046 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049464 1 0.4971 0.7231 0.632 0.000 0.016 0.000 0.064 0.288
#> SRR2049463 1 0.1863 0.8927 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049461 1 0.1714 0.8979 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049462 1 0.1444 0.9037 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049460 1 0.1444 0.9044 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049459 1 0.2491 0.8732 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049457 1 0.1141 0.9081 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049455 1 0.1663 0.8954 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049456 1 0.2882 0.8629 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.180
#> SRR2049458 1 0.1957 0.8952 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049454 1 0.1910 0.8964 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049452 1 0.1858 0.9063 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2049453 1 0.5738 0.3832 0.496 0.000 0.000 0.000 0.312 0.192
#> SRR2049451 1 0.5480 0.5506 0.564 0.000 0.000 0.000 0.252 0.184
#> SRR2049450 1 0.1957 0.9089 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049449 1 0.1327 0.9052 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049447 1 0.1444 0.9019 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049446 1 0.1141 0.9067 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049445 1 0.2146 0.8921 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR2049443 1 0.3445 0.8522 0.796 0.000 0.000 0.000 0.048 0.156
#> SRR2049442 5 0.2146 0.8058 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR2049444 1 0.1967 0.9057 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR2049441 1 0.1556 0.9070 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049440 1 0.1556 0.9002 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049438 1 0.2234 0.9026 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR2049436 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.1957 0.9008 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049439 1 0.2260 0.8890 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049435 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.0777 0.9056 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR2049428 5 0.0291 0.9102 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR2049427 5 0.0547 0.9064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049426 5 0.0405 0.9100 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049425 5 0.0692 0.9069 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR2049424 5 0.0291 0.9102 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR2049423 5 0.1082 0.8990 0.004 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040
#> SRR2049422 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049421 5 0.5659 -0.1079 0.420 0.000 0.000 0.000 0.428 0.152
#> SRR2049420 1 0.2442 0.8958 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR2049419 5 0.0000 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.5421 0.6034 0.580 0.000 0.000 0.000 0.208 0.212
#> SRR2049417 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049416 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049415 5 0.0603 0.9084 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR2049414 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049412 5 0.5590 0.2688 0.328 0.000 0.000 0.000 0.512 0.160
#> SRR2049411 1 0.2003 0.9030 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049413 5 0.0291 0.9102 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR2049410 1 0.4535 0.7531 0.704 0.000 0.000 0.000 0.144 0.152
#> SRR2049409 1 0.3023 0.8886 0.828 0.000 0.000 0.000 0.032 0.140
#> SRR2049408 5 0.3678 0.7381 0.128 0.000 0.000 0.000 0.788 0.084
#> SRR2049407 5 0.0547 0.9063 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049406 5 0.1411 0.8882 0.004 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060
#> SRR2049405 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049404 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049403 5 0.1219 0.8959 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048
#> SRR2049402 5 0.0603 0.9087 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR2049401 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049400 1 0.2048 0.9047 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049399 5 0.5959 0.0191 0.360 0.000 0.000 0.000 0.416 0.224
#> SRR2049398 1 0.3123 0.8619 0.824 0.000 0.000 0.000 0.040 0.136
#> SRR2049397 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049395 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.0146 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.1204 0.9679 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049389 3 0.0713 0.9753 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049391 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.1267 0.9714 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049386 3 0.0713 0.9745 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049385 3 0.0713 0.9753 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049384 3 0.1327 0.9683 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049382 3 0.1814 0.9602 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049383 3 0.1007 0.9712 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049381 3 0.1444 0.9606 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049380 3 0.1444 0.9694 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049379 3 0.0790 0.9753 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049378 3 0.0363 0.9734 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049376 3 0.0937 0.9756 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049377 3 0.0547 0.9745 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049375 3 0.1007 0.9752 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049374 3 0.1957 0.9587 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049373 3 0.1141 0.9704 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049372 3 0.0937 0.9728 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049371 3 0.1556 0.9613 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049370 3 0.0458 0.9738 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049369 3 0.1556 0.9641 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049368 3 0.1327 0.9688 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049366 3 0.0458 0.9747 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049367 3 0.1387 0.9714 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049365 3 0.0260 0.9734 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049364 3 0.0790 0.9726 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.972 0.945 0.974 0.4256 0.586 0.586
#> 3 3 1.000 0.996 0.998 0.5159 0.763 0.598
#> 4 4 0.912 0.914 0.956 0.0881 0.959 0.884
#> 5 5 0.875 0.893 0.933 0.0243 0.987 0.959
#> 6 6 0.902 0.875 0.936 0.0497 0.948 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.2603 0.9452 0.956 0.044
#> SRR2049362 1 0.5294 0.8771 0.880 0.120
#> SRR2049361 1 0.4690 0.8981 0.900 0.100
#> SRR2049360 2 0.9993 -0.0196 0.484 0.516
#> SRR2049359 1 0.3584 0.9271 0.932 0.068
#> SRR2049358 1 0.0376 0.9676 0.996 0.004
#> SRR2049357 1 0.0376 0.9676 0.996 0.004
#> SRR2049356 1 0.1843 0.9555 0.972 0.028
#> SRR2049355 1 0.2043 0.9531 0.968 0.032
#> SRR2049354 1 0.4161 0.9132 0.916 0.084
#> SRR2049353 1 0.3584 0.9273 0.932 0.068
#> SRR2049352 1 0.9323 0.5161 0.652 0.348
#> SRR2049351 1 0.7745 0.7395 0.772 0.228
#> SRR2049350 1 0.4022 0.9167 0.920 0.080
#> SRR2049349 1 0.0938 0.9640 0.988 0.012
#> SRR2049348 1 0.4298 0.9097 0.912 0.088
#> SRR2049347 1 0.3733 0.9237 0.928 0.072
#> SRR2049346 1 0.7139 0.7855 0.804 0.196
#> SRR2049345 1 0.1633 0.9577 0.976 0.024
#> SRR2049344 1 0.2778 0.9424 0.952 0.048
#> SRR2049343 1 0.3114 0.9368 0.944 0.056
#> SRR2049342 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.9858 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.8608 0.5773 0.284 0.716
#> SRR2049463 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.1633 0.9577 0.976 0.024
#> SRR2049458 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0376 0.9676 0.996 0.004
#> SRR2049405 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.1633 0.9577 0.976 0.024
#> SRR2049402 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049388 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.1184 0.9621 0.984 0.016
#> SRR2049391 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049387 1 0.9993 0.1224 0.516 0.484
#> SRR2049386 1 0.2948 0.9396 0.948 0.052
#> SRR2049385 1 0.2948 0.9395 0.948 0.052
#> SRR2049384 1 0.2043 0.9531 0.968 0.032
#> SRR2049382 1 0.9358 0.5094 0.648 0.352
#> SRR2049383 1 0.3274 0.9343 0.940 0.060
#> SRR2049381 1 0.3431 0.9308 0.936 0.064
#> SRR2049380 1 0.1414 0.9605 0.980 0.020
#> SRR2049379 1 0.3274 0.9334 0.940 0.060
#> SRR2049378 1 0.1184 0.9621 0.984 0.016
#> SRR2049376 1 0.2423 0.9480 0.960 0.040
#> SRR2049377 1 0.1184 0.9620 0.984 0.016
#> SRR2049375 1 0.2423 0.9479 0.960 0.040
#> SRR2049374 1 0.8499 0.6613 0.724 0.276
#> SRR2049373 1 0.7745 0.7395 0.772 0.228
#> SRR2049372 1 0.3431 0.9302 0.936 0.064
#> SRR2049371 1 0.3584 0.9273 0.932 0.068
#> SRR2049370 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.9209 0.5393 0.664 0.336
#> SRR2049368 1 0.3114 0.9368 0.944 0.056
#> SRR2049366 1 0.2236 0.9507 0.964 0.036
#> SRR2049367 1 0.7745 0.7388 0.772 0.228
#> SRR2049365 1 0.0000 0.9694 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.1184 0.9621 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049339 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049539 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049538 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049537 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049536 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049535 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049534 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049533 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049532 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049531 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049530 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049529 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049528 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049527 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049526 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049525 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049524 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049523 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049522 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049521 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049520 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049519 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049518 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049517 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049516 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049515 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049514 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049513 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049512 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049511 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049510 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049509 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049508 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049507 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049506 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049505 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049504 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049503 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049502 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049501 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049500 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049499 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049498 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049497 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049496 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049495 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049494 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049493 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049491 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049490 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049492 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049489 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049488 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049487 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049486 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049485 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049484 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049483 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049482 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049481 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049479 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049480 2 0.000 0.993 0.00 1.00 0
#> SRR2049477 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049475 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049476 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049478 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049474 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049473 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049472 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049471 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049470 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049469 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049468 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049467 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049466 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049465 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049464 2 0.571 0.529 0.32 0.68 0
#> SRR2049463 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049461 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049462 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049460 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049459 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049457 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049455 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049456 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049458 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049454 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049452 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049453 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049451 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049450 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049449 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049447 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049446 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049445 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049443 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049442 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049444 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049441 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049440 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049438 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049436 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049437 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049439 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049435 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049434 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049432 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049433 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049431 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049430 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049429 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049428 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049427 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049426 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049425 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049424 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049423 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049422 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049421 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049420 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049419 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049418 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049417 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049416 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049415 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049414 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049412 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049411 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049413 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049410 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049409 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049408 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049407 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049406 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049405 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049404 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049403 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049402 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049401 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049400 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049399 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049398 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049397 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049395 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049396 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049394 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049393 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049392 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049391 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049390 1 0.000 1.000 1.00 0.00 0
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0469 0.986 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049359 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0707 0.977 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0188 0.901 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049475 1 0.3610 0.801 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049476 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.2216 0.876 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049473 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.1211 0.895 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049471 1 0.3024 0.843 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049470 1 0.2973 0.849 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049469 1 0.0336 0.900 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049468 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.3074 0.841 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049466 1 0.4431 0.667 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049465 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.6398 0.233 0.080 0.576 0.000 0.344
#> SRR2049463 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.1557 0.888 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049462 1 0.3486 0.813 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049460 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.4961 0.335 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2049457 1 0.0188 0.901 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049455 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 4 0.3569 0.676 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2049458 1 0.3764 0.784 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049454 1 0.2408 0.867 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049452 1 0.2814 0.855 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049453 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049451 1 0.4356 0.681 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049450 1 0.1302 0.894 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049449 1 0.0188 0.901 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049447 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.2345 0.873 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049445 1 0.0336 0.900 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049443 1 0.3311 0.826 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049442 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.1389 0.892 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049441 1 0.3649 0.797 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049440 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.3649 0.797 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049436 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.3219 0.831 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049439 1 0.3311 0.822 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049435 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 4 0.4624 0.539 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049428 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049426 1 0.4605 0.601 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049425 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049424 1 0.4008 0.736 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049423 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049422 1 0.1474 0.873 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049421 1 0.4008 0.753 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049420 1 0.3610 0.801 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049419 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 4 0.4998 -0.198 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR2049417 1 0.2149 0.861 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049416 1 0.4996 0.145 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049415 4 0.1867 0.817 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2049414 1 0.3569 0.744 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049412 1 0.3356 0.824 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049411 1 0.0707 0.898 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049413 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.3610 0.801 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049409 1 0.2149 0.879 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049408 1 0.1716 0.885 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049407 1 0.4624 0.602 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049406 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049405 1 0.3726 0.770 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049404 1 0.0336 0.900 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049403 4 0.0000 0.857 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049402 1 0.2589 0.866 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049401 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.1940 0.881 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049399 1 0.3219 0.833 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049398 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.3764 0.734 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049395 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.901 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0404 0.9852 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049359 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0510 0.9805 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.3013 0.8130 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR2049538 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049537 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049536 1 0.1082 0.8634 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.2813 0.8225 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049476 1 0.0162 0.8679 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049478 1 0.0162 0.8683 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049474 1 0.1410 0.8672 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049473 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0609 0.8698 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049471 1 0.2424 0.8410 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049470 1 0.2179 0.8554 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049469 1 0.0162 0.8686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049468 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.2471 0.8426 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049466 1 0.3612 0.7390 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049465 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.5683 0.2606 0.108 0.588 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049463 1 0.0162 0.8680 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049461 1 0.0963 0.8694 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049462 1 0.2690 0.8306 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049460 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.4210 0.5058 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2049457 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0290 0.8679 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049456 5 0.3461 0.3867 0.224 0.000 0.000 0.004 0.772
#> SRR2049458 1 0.3003 0.8088 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049454 1 0.2074 0.8515 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049452 1 0.2127 0.8543 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049453 5 0.0794 0.7547 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049451 1 0.3635 0.7600 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR2049450 1 0.0880 0.8707 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049449 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.8679 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.1732 0.8638 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049445 1 0.0290 0.8693 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049443 1 0.2605 0.8349 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049442 1 0.1168 0.8632 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2049444 1 0.1124 0.8722 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2049441 1 0.2852 0.8197 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049440 1 0.0162 0.8680 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049438 1 0.2813 0.8213 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049436 1 0.1082 0.8634 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2049437 1 0.2471 0.8376 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049439 1 0.2732 0.8236 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049435 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049434 1 0.3013 0.8130 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR2049432 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049433 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049431 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049430 1 0.3053 0.8112 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR2049429 5 0.3949 0.2567 0.300 0.000 0.000 0.004 0.696
#> SRR2049428 4 0.3106 0.6621 0.140 0.000 0.000 0.840 0.020
#> SRR2049427 5 0.2193 0.5716 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> SRR2049426 1 0.5790 0.6047 0.616 0.000 0.000 0.200 0.184
#> SRR2049425 5 0.0771 0.7537 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR2049424 4 0.3389 0.7369 0.048 0.000 0.000 0.836 0.116
#> SRR2049423 5 0.0510 0.7501 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049422 1 0.2983 0.8388 0.868 0.000 0.000 0.056 0.076
#> SRR2049421 1 0.3305 0.7916 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049420 1 0.2813 0.8224 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049419 1 0.4054 0.7606 0.732 0.000 0.000 0.248 0.020
#> SRR2049418 1 0.4304 0.3132 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049417 1 0.4779 0.7123 0.716 0.000 0.000 0.200 0.084
#> SRR2049416 1 0.6137 0.2056 0.476 0.000 0.000 0.132 0.392
#> SRR2049415 4 0.4029 0.5455 0.004 0.000 0.000 0.680 0.316
#> SRR2049414 1 0.3944 0.7496 0.768 0.000 0.000 0.032 0.200
#> SRR2049412 1 0.3828 0.8217 0.808 0.000 0.000 0.120 0.072
#> SRR2049411 1 0.0609 0.8702 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049413 1 0.4083 0.7312 0.744 0.000 0.000 0.228 0.028
#> SRR2049410 1 0.2852 0.8219 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049409 1 0.1608 0.8682 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049408 1 0.2144 0.8676 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> SRR2049407 1 0.5466 0.6420 0.640 0.000 0.000 0.116 0.244
#> SRR2049406 5 0.1082 0.7529 0.028 0.000 0.000 0.008 0.964
#> SRR2049405 1 0.5379 0.6821 0.668 0.000 0.000 0.164 0.168
#> SRR2049404 1 0.1082 0.8665 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049403 5 0.0703 0.7565 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049402 1 0.4138 0.7938 0.780 0.000 0.000 0.148 0.072
#> SRR2049401 1 0.1557 0.8595 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR2049400 1 0.1544 0.8653 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049399 1 0.2389 0.8523 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR2049398 1 0.0898 0.8671 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2049397 1 0.6158 0.0777 0.452 0.000 0.000 0.416 0.132
#> SRR2049395 1 0.2843 0.8194 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR2049396 1 0.3586 0.8046 0.792 0.000 0.000 0.188 0.020
#> SRR2049394 1 0.3013 0.8130 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> SRR2049393 1 0.1697 0.8602 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR2049392 1 0.1830 0.8589 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR2049388 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.1082 0.8634 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2049390 1 0.1408 0.8626 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR2049387 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.9993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0508 0.98501 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049359 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0692 0.97606 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR2049345 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.0865 0.88529 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.1863 0.83400 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0260 0.86251 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.99205 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.86031 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.2527 0.83115 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2049476 1 0.0146 0.86151 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.86031 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.1007 0.86788 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049473 1 0.0146 0.86187 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049472 1 0.0458 0.86464 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049471 1 0.2260 0.84847 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049470 1 0.2135 0.85521 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049469 1 0.0458 0.86472 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049468 1 0.0363 0.86423 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049467 1 0.1957 0.85712 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049466 1 0.3351 0.72732 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.86031 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.5154 0.28743 0.084 0.588 0.000 0.008 0.320 0.000
#> SRR2049463 1 0.0146 0.86127 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049461 1 0.0865 0.86662 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049462 1 0.1957 0.85623 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049460 1 0.0405 0.86339 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049459 1 0.3797 0.46451 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR2049457 1 0.0260 0.86251 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049455 1 0.0146 0.86151 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049456 5 0.2823 0.42932 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049458 1 0.2454 0.83490 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049454 1 0.1765 0.86025 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049452 1 0.1556 0.86706 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049453 5 0.0260 0.68689 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049451 1 0.3215 0.76882 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR2049450 1 0.1610 0.86796 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049449 1 0.0547 0.86534 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.86031 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.1765 0.86496 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049445 1 0.1265 0.86672 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR2049443 1 0.2664 0.82926 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2049442 1 0.1957 0.83074 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.1007 0.86712 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049441 1 0.2454 0.83642 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.86031 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.2631 0.83087 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049436 1 0.1863 0.83400 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.1765 0.86064 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049439 1 0.2300 0.83908 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2049435 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0865 0.88529 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0713 0.89032 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.4109 0.43252 0.196 0.000 0.000 0.024 0.748 0.032
#> SRR2049428 6 0.0000 0.54857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049427 5 0.2432 0.55291 0.000 0.000 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR2049426 1 0.5110 0.48247 0.592 0.000 0.000 0.008 0.080 0.320
#> SRR2049425 5 0.0632 0.68416 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2049424 6 0.0000 0.54857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049423 5 0.0146 0.68960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049422 1 0.4734 0.71312 0.744 0.000 0.000 0.096 0.072 0.088
#> SRR2049421 1 0.3076 0.78846 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR2049420 1 0.2562 0.83352 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049419 4 0.3618 0.66994 0.040 0.000 0.000 0.768 0.000 0.192
#> SRR2049418 5 0.3998 -0.32081 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504 0.000
#> SRR2049417 1 0.4514 0.60369 0.660 0.000 0.000 0.008 0.044 0.288
#> SRR2049416 1 0.6210 0.13612 0.468 0.000 0.000 0.028 0.348 0.156
#> SRR2049415 6 0.3445 0.29970 0.000 0.000 0.000 0.008 0.260 0.732
#> SRR2049414 1 0.4763 0.66135 0.696 0.000 0.000 0.024 0.212 0.068
#> SRR2049412 1 0.3168 0.83020 0.828 0.000 0.000 0.000 0.056 0.116
#> SRR2049411 1 0.0993 0.86751 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049413 1 0.3911 0.52558 0.624 0.000 0.000 0.008 0.000 0.368
#> SRR2049410 1 0.2527 0.83693 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR2049409 1 0.1471 0.86818 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2049408 1 0.2384 0.86073 0.888 0.000 0.000 0.000 0.064 0.048
#> SRR2049407 1 0.5319 0.61050 0.616 0.000 0.000 0.008 0.236 0.140
#> SRR2049406 5 0.0622 0.68724 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR2049405 1 0.5046 0.66015 0.668 0.000 0.000 0.012 0.132 0.188
#> SRR2049404 1 0.2365 0.84900 0.896 0.000 0.000 0.012 0.024 0.068
#> SRR2049403 5 0.0000 0.68934 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.4002 0.73818 0.736 0.000 0.000 0.008 0.036 0.220
#> SRR2049401 1 0.3866 0.00906 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.1765 0.86457 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049399 1 0.2100 0.86119 0.884 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR2049398 1 0.0972 0.86191 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049397 6 0.4726 -0.07118 0.424 0.000 0.000 0.008 0.032 0.536
#> SRR2049395 4 0.3706 0.23715 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR2049396 4 0.4499 0.60343 0.140 0.000 0.000 0.708 0.000 0.152
#> SRR2049394 4 0.0865 0.88529 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.2762 0.78071 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.2854 0.77136 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.1863 0.83400 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.2340 0.81181 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0146 0.99706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.99770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.549 0.690 0.831 0.4808 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.981 0.990 0.3451 0.849 0.700
#> 4 4 1.000 0.997 0.999 0.1161 0.903 0.734
#> 5 5 0.925 0.953 0.965 0.0226 0.990 0.964
#> 6 6 0.900 0.698 0.901 0.0526 0.959 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049362 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049361 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049360 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049359 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049358 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049357 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049356 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049355 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049354 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049353 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049352 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049351 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049350 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049349 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049348 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049347 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049346 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049345 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049344 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049343 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049342 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049341 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049340 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049339 2 0.224 0.502 0.036 0.964
#> SRR2049539 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049534 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049533 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049532 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049531 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049530 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049529 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049528 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049527 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049526 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049525 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049524 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049523 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049522 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049521 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049520 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049519 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049518 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049517 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049516 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049515 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049514 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049513 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049512 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049511 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049510 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049509 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049508 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049507 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049506 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049505 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049504 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049503 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049502 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049501 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049500 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049499 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049498 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049497 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049496 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049495 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049494 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049493 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049491 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049490 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049492 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049489 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049488 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049487 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049486 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049485 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049484 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049483 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049482 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049481 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049479 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049480 2 1.000 0.695 0.492 0.508
#> SRR2049477 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049475 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049476 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049478 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049474 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049473 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049472 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049471 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049470 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049469 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049468 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049467 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049466 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049465 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049464 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049463 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049461 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049462 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049460 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049459 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049457 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049455 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049456 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049458 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049454 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049452 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049453 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049451 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049450 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049449 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049447 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049446 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049445 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049443 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049442 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049444 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049441 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049440 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049438 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049436 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049439 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049435 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049428 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049427 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049426 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049425 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049424 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049423 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049422 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049421 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049420 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049419 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049418 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049417 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049416 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049415 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049414 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049412 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049411 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049413 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049410 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049409 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049408 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049407 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049406 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049405 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049404 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049403 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049402 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049401 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049400 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049399 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049398 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049397 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049395 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.994 0.872 0.544 0.456
#> SRR2049394 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049388 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049389 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.000 0.308 1.000 0.000
#> SRR2049387 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049386 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049385 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049384 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049382 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049383 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049381 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049380 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049379 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049378 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049376 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049377 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049375 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049374 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049373 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049372 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049371 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049370 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049369 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049368 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049366 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049367 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049365 2 0.000 0.540 0.000 1.000
#> SRR2049364 2 0.000 0.540 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.280 0.886 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049539 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049538 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049537 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049536 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.796 0.485 0.288 0.092 0.620
#> SRR2049463 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049437 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049434 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049432 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049433 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049431 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049430 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049429 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049396 1 0.000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049393 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049392 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049390 1 0.280 0.916 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.990 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.401 0.677 0.000 0 0.756 0.244
#> SRR2049356 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049539 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049485 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049484 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049483 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049482 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049481 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.130 0.954 0.956 0 0.000 0.044
#> SRR2049463 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049396 1 0.000 0.999 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.000 1.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.995 0.000 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 5 0.4025 0.491 0.000 0 0.292 0.008 0.700
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 5 0.3507 0.833 0.000 0 0.052 0.120 0.828
#> SRR2049539 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.3003 0.713 0.000 0 0.000 0.812 0.188
#> SRR2049536 4 0.4307 -0.189 0.000 0 0.000 0.500 0.500
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049485 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049484 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049483 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049482 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049481 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049479 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049480 5 0.2280 0.892 0.000 0 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049477 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049475 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049476 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049478 1 0.1197 0.942 0.952 0 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049474 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049473 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049472 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049471 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049470 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049469 1 0.0703 0.938 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049468 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049467 1 0.1851 0.943 0.912 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049466 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049465 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049464 1 0.2966 0.865 0.816 0 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049463 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049461 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049462 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049460 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049459 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049457 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049455 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049456 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049458 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049454 1 0.1544 0.942 0.932 0 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049452 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049453 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049451 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049450 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049449 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049447 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049446 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049445 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049443 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049442 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049444 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049441 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049440 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049438 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049436 4 0.3336 0.648 0.000 0 0.000 0.772 0.228
#> SRR2049437 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049439 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049435 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049428 1 0.0880 0.940 0.968 0 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049427 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049426 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049425 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049424 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049423 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049422 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049421 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049420 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049419 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049418 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049417 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049416 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049415 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049414 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049412 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049411 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049413 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049410 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049409 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049408 1 0.0510 0.938 0.984 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049407 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049406 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049405 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049404 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049403 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049402 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049401 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049400 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049399 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049398 1 0.0794 0.937 0.972 0 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049397 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049395 5 0.3999 0.558 0.000 0 0.000 0.344 0.656
#> SRR2049396 1 0.1908 0.943 0.908 0 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049394 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.926 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0290 0.992 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 6 0.3531 0.523 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 6 0.3043 0.673 0.000 0.000 0.200 0.000 0.008 0.792
#> SRR2049539 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.1267 0.925 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049536 4 0.3323 0.674 0.000 0.000 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR2049535 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0260 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0260 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0260 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049509 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0260 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049485 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049484 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049483 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049482 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049481 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0547 0.586 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049480 6 0.0000 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.1910 0.524 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049475 1 0.3851 -0.408 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049476 1 0.0713 0.585 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049478 1 0.2416 0.429 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2049474 1 0.0260 0.586 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049473 1 0.1387 0.558 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049472 1 0.1141 0.572 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049471 1 0.1141 0.571 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049470 1 0.3838 -0.380 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049469 1 0.0458 0.586 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049468 1 0.0458 0.586 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049467 1 0.3706 -0.205 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2049466 5 0.3817 0.624 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR2049465 1 0.1501 0.554 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049464 5 0.2536 0.397 0.116 0.000 0.000 0.000 0.864 0.020
#> SRR2049463 1 0.0260 0.586 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049461 1 0.2664 0.441 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2049462 1 0.1765 0.535 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049460 1 0.1075 0.571 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049459 1 0.3866 -0.524 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049457 1 0.1075 0.572 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049455 1 0.0146 0.585 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049456 5 0.2912 0.563 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR2049458 1 0.0363 0.585 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049454 1 0.3659 -0.169 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049452 1 0.0547 0.584 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049453 5 0.3515 0.640 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049451 5 0.3804 0.615 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR2049450 1 0.1556 0.550 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049449 1 0.0547 0.584 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049447 1 0.0547 0.581 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049446 1 0.0865 0.576 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049445 1 0.0713 0.579 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049443 1 0.3804 -0.326 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR2049442 1 0.3866 -0.439 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049444 1 0.3782 -0.280 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR2049441 1 0.0632 0.584 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049440 1 0.1141 0.568 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049438 1 0.0937 0.575 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049436 4 0.1444 0.914 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049437 1 0.3833 -0.369 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049439 1 0.3833 -0.391 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.3175 0.237 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049428 1 0.2762 0.425 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049427 1 0.3869 -0.545 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR2049426 1 0.3838 -0.374 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049425 5 0.3823 0.644 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049424 5 0.3866 0.480 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049423 5 0.3868 0.517 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049422 1 0.3866 -0.453 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049421 1 0.3782 -0.298 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR2049420 1 0.1204 0.565 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049419 5 0.3868 0.439 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049418 5 0.3727 0.594 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR2049417 1 0.3864 -0.451 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR2049416 1 0.3843 -0.383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049415 5 0.3828 0.638 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049414 1 0.3833 -0.366 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049412 1 0.2491 0.462 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049411 1 0.0458 0.585 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049413 1 0.3857 -0.422 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR2049410 1 0.1075 0.567 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049409 1 0.1141 0.570 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049408 1 0.2178 0.534 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049407 1 0.3838 -0.385 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049406 5 0.3737 0.671 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR2049405 1 0.3833 -0.366 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049404 1 0.3860 -0.430 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR2049403 5 0.3531 0.664 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR2049402 1 0.3838 -0.374 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049401 1 0.3828 -0.318 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR2049400 1 0.0632 0.581 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049399 1 0.2631 0.442 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049398 1 0.0632 0.582 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049397 1 0.3847 -0.395 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049395 6 0.3861 0.378 0.000 0.000 0.000 0.352 0.008 0.640
#> SRR2049396 1 0.3765 -0.203 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0146 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.998 0.4060 0.595 0.595
#> 3 3 1.000 0.995 0.998 0.5881 0.762 0.599
#> 4 4 0.889 0.884 0.928 0.1501 0.892 0.696
#> 5 5 0.992 0.958 0.981 0.0617 0.942 0.776
#> 6 6 0.961 0.933 0.949 0.0176 0.986 0.934
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049362 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049361 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049360 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049359 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049358 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049357 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049352 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049351 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049350 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049347 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049345 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049342 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049538 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049537 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049536 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049475 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049476 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049478 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049474 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049473 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049472 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049471 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049470 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049469 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049468 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049467 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049466 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049465 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049464 1 0.2778 0.954 0.952 0.048
#> SRR2049463 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049461 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049462 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049460 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049459 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049457 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049455 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049456 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049458 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049454 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049452 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049453 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049451 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049450 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049449 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049447 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049446 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049445 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049443 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049442 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049444 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049441 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049440 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049438 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049436 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049437 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049439 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049435 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049434 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049432 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049433 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049431 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049430 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049429 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049428 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049427 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049426 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049425 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049424 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049423 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049422 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049421 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049420 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049419 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049418 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049417 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049416 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049415 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049414 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049412 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049411 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049413 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049410 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049409 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049408 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049407 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049406 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049405 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049404 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049403 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049402 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049401 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049400 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049399 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049398 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049397 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049395 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049396 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049394 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049393 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049392 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049388 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049390 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR2049387 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> SRR2049383 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049380 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049379 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049378 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049376 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049375 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049373 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049371 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049370 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049368 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049366 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049367 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049365 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.885 0.409 0.572 0.252 0.176
#> SRR2049463 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.1211 0.6865 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049538 4 0.0817 0.6874 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049537 4 0.0592 0.6876 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049536 4 0.4907 0.1391 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.2973 0.8637 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049485 2 0.3024 0.8601 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049484 2 0.3266 0.8413 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049483 2 0.3649 0.8038 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR2049482 2 0.3444 0.8252 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049481 2 0.3266 0.8413 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049479 1 0.0336 0.9347 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049480 2 0.3610 0.8083 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049477 1 0.0592 0.9315 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049475 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049476 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049474 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0336 0.9347 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049472 1 0.1389 0.9051 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049471 1 0.2408 0.8329 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049470 1 0.1637 0.8844 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049469 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049468 1 0.0921 0.9237 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049467 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049466 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049465 1 0.0469 0.9333 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049464 4 0.7645 0.3461 0.064 0.228 0.108 0.600
#> SRR2049463 1 0.0336 0.9347 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049461 1 0.0592 0.9316 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049462 1 0.0469 0.9333 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049460 1 0.1940 0.8711 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049459 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049457 1 0.1474 0.9006 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049455 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049458 1 0.1302 0.9092 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049454 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049452 1 0.0188 0.9354 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049453 1 0.4843 -0.0487 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049451 1 0.3837 0.5773 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049450 1 0.0188 0.9353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049449 1 0.0921 0.9235 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049447 1 0.0592 0.9317 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049446 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049443 1 0.0921 0.9183 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049442 4 0.4817 0.6657 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2049444 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049441 1 0.0921 0.9235 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049440 1 0.0707 0.9291 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049438 1 0.1302 0.9092 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049436 4 0.4877 0.1713 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049437 1 0.0188 0.9349 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049439 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049435 4 0.0336 0.6891 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049434 4 0.1118 0.6847 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049432 4 0.0817 0.6874 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049433 4 0.0707 0.6896 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049431 4 0.0592 0.6895 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049430 4 0.0707 0.6896 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049429 4 0.4776 0.6846 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049428 4 0.4730 0.7022 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2049427 4 0.4624 0.7301 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049426 4 0.4643 0.7267 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2049425 4 0.4661 0.7227 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2049424 4 0.4605 0.7328 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2049423 4 0.4661 0.7227 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2049422 4 0.4522 0.7367 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2049421 4 0.4994 0.4806 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2049420 1 0.2469 0.8271 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049419 4 0.4564 0.7359 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049418 1 0.3975 0.5233 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049417 4 0.4585 0.7347 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2049416 4 0.4543 0.7365 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2049415 4 0.4585 0.7347 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2049414 4 0.4564 0.7359 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049412 1 0.4661 0.1560 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049411 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 4 0.4643 0.7267 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR2049410 1 0.1302 0.9007 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049409 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 4 0.4955 0.5641 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049407 4 0.4661 0.7227 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2049406 4 0.4522 0.7367 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2049405 4 0.4585 0.7348 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2049404 4 0.4624 0.7301 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049403 4 0.4624 0.7302 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049402 4 0.4713 0.7076 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2049401 4 0.4543 0.7365 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2049400 1 0.0000 0.9358 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.1716 0.8800 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049398 1 0.0336 0.9326 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049397 4 0.4605 0.7328 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2049395 4 0.0469 0.6893 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049396 4 0.4605 0.7328 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR2049394 4 0.0817 0.6874 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049393 4 0.2281 0.6573 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR2049392 4 0.1557 0.6780 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.2704 0.6377 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049390 4 0.1792 0.6728 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049356 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049351 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0703 0.978 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049539 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049538 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049537 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049536 4 0.0451 0.922 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.4101 0.491 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR2049485 4 0.3424 0.737 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR2049484 4 0.3210 0.774 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR2049483 4 0.1478 0.891 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2049482 4 0.2732 0.820 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049481 4 0.3305 0.759 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.2230 0.855 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0290 0.970 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049476 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049478 1 0.0290 0.970 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049474 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.3452 0.672 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049469 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.0740 0.921 0.008 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR2049463 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.2970 0.777 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828
#> SRR2049451 5 0.4088 0.426 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2049450 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.1671 0.905 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049442 5 0.0162 0.950 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049444 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049441 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0451 0.925 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049437 1 0.0162 0.973 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049439 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0510 0.926 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049434 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049432 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049433 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049431 4 0.0510 0.926 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049430 4 0.0510 0.926 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049429 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049428 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049427 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049424 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049423 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049422 5 0.0290 0.950 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049421 5 0.1544 0.893 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049420 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049418 1 0.3774 0.577 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049417 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049416 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049415 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049414 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049412 5 0.4182 0.327 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR2049411 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049410 1 0.1965 0.882 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049409 1 0.0290 0.970 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049408 5 0.1197 0.912 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049407 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049406 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049405 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049404 5 0.0162 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049403 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049401 5 0.0290 0.950 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049400 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.3774 0.580 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049398 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049395 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049396 5 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049394 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049393 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049392 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049388 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049390 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049387 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049380 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.2562 0.915 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.0260 0.933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.0790 0.938 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.2793 0.905 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.2178 0.928 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0547 0.937 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.2631 0.911 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.1444 0.939 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.1204 0.939 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0146 0.934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0547 0.936 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.2378 0.922 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.2969 0.889 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.0458 0.931 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.2562 0.917 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.1610 0.938 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0458 0.931 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.2664 0.909 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.0790 0.937 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.1957 0.933 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.2664 0.909 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.0458 0.931 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.1765 0.936 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.0363 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049339 3 0.3819 0.493 0.000 0.000 0.652 0.340 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049538 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049537 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049536 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049535 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.1387 0.957 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.0790 0.977 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0260 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.0790 0.979 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.1267 0.962 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.0632 0.980 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.0790 0.977 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0458 0.983 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.1327 0.960 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0363 0.986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049515 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049514 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0865 0.975 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.1204 0.964 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.0632 0.980 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049506 2 0.1444 0.954 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.1267 0.962 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0937 0.973 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.0260 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.0260 0.985 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0363 0.986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.1075 0.969 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0363 0.986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0260 0.986 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049489 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0146 0.986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049486 4 0.2883 0.752 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049485 4 0.1700 0.906 0.000 0.080 0.000 0.916 0.000 NA
#> SRR2049484 4 0.1411 0.925 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 NA
#> SRR2049483 4 0.0458 0.959 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 NA
#> SRR2049482 4 0.1082 0.942 0.000 0.040 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2049481 4 0.1858 0.894 0.000 0.092 0.000 0.904 0.000 NA
#> SRR2049479 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 4 0.0632 0.954 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 NA
#> SRR2049477 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 1 0.1196 0.950 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049476 1 0.0935 0.956 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049478 1 0.0713 0.956 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049474 1 0.0458 0.959 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.0363 0.960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.0458 0.959 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049470 1 0.2586 0.871 0.868 0.000 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR2049469 1 0.0790 0.955 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.0291 0.960 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049467 1 0.0713 0.956 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049466 1 0.1007 0.953 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049465 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 4 0.3729 0.810 0.008 0.004 0.012 0.764 0.004 NA
#> SRR2049463 1 0.0405 0.960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049461 1 0.0547 0.958 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.0458 0.960 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 1 0.1007 0.953 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049457 1 0.0363 0.960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.0291 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049456 1 0.1267 0.947 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049458 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.0713 0.958 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049452 1 0.0547 0.958 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 5 0.4670 0.534 0.292 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049451 1 0.4316 0.720 0.728 0.000 0.000 0.000 0.144 NA
#> SRR2049450 1 0.1010 0.952 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049449 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.0260 0.960 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.0291 0.960 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049443 1 0.1779 0.930 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2049442 5 0.0508 0.930 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049444 1 0.0692 0.960 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049441 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049437 1 0.0937 0.953 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049439 1 0.0865 0.954 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049435 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049434 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049432 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049433 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049431 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049430 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049429 5 0.0713 0.930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR2049428 5 0.0632 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049427 5 0.0547 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049426 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049425 5 0.0790 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2049424 5 0.0547 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049423 5 0.0865 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 NA
#> SRR2049422 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049421 5 0.2221 0.891 0.032 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR2049420 1 0.1910 0.905 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 5 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049418 5 0.4760 0.673 0.212 0.000 0.000 0.000 0.668 NA
#> SRR2049417 5 0.0363 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR2049416 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049415 5 0.0547 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049414 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049412 5 0.2859 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.828 NA
#> SRR2049411 1 0.1196 0.947 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049413 5 0.0458 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049410 5 0.4921 0.249 0.420 0.000 0.000 0.000 0.516 NA
#> SRR2049409 1 0.4946 0.445 0.616 0.000 0.000 0.000 0.284 NA
#> SRR2049408 5 0.1245 0.914 0.032 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR2049407 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049406 5 0.0547 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049405 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049404 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049403 5 0.1007 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2049402 5 0.0632 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049401 5 0.0260 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049400 1 0.1010 0.951 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049399 5 0.4089 0.643 0.264 0.000 0.000 0.000 0.696 NA
#> SRR2049398 1 0.4043 0.741 0.756 0.000 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR2049397 5 0.0260 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049395 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049396 5 0.0146 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049394 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049393 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049392 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049388 3 0.2597 0.913 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0458 0.931 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049390 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049387 3 0.0260 0.933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0146 0.934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0146 0.934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.0363 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049382 3 0.2664 0.909 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.0260 0.933 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.3076 0.878 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.2454 0.921 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.1910 0.934 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.2416 0.921 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0363 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.1204 0.939 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.1663 0.936 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.2416 0.921 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.0363 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.0000 0.934 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.2762 0.904 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.1663 0.937 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.0458 0.933 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.0458 0.935 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.1007 0.939 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.1765 0.935 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0146 0.934 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.1814 0.935 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.631 0.901 0.915 0.3967 0.526 0.526
#> 3 3 0.506 0.830 0.772 0.5030 0.814 0.647
#> 4 4 0.480 0.744 0.792 0.0992 0.996 0.989
#> 5 5 0.786 0.817 0.899 0.1083 0.933 0.801
#> 6 6 0.859 0.922 0.890 0.0444 0.932 0.750
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049362 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049361 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049360 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049359 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049358 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049357 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049356 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049355 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049354 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049353 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049352 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049351 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049350 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049349 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049348 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049347 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049346 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049345 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049344 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049343 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049342 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049341 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049340 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049339 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049539 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049538 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049537 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049536 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049480 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049475 1 0.6712 0.769 0.824 0.176
#> SRR2049476 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049478 1 0.9580 0.733 0.620 0.380
#> SRR2049474 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049473 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049472 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049471 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049470 1 0.6623 0.769 0.828 0.172
#> SRR2049469 1 0.9580 0.733 0.620 0.380
#> SRR2049468 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049467 1 0.9580 0.733 0.620 0.380
#> SRR2049466 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049464 1 0.6801 0.757 0.820 0.180
#> SRR2049463 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049461 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049462 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049460 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049459 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049455 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049456 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049454 1 0.9248 0.744 0.660 0.340
#> SRR2049452 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049453 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.5294 0.768 0.880 0.120
#> SRR2049450 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049449 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049447 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049446 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049445 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049443 1 0.6712 0.769 0.824 0.176
#> SRR2049442 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049444 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049441 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049440 1 0.9635 0.728 0.612 0.388
#> SRR2049438 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049436 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.6712 0.769 0.824 0.176
#> SRR2049439 1 0.8144 0.761 0.748 0.252
#> SRR2049435 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049434 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049432 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049433 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049431 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049430 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049427 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049425 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049423 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0938 0.760 0.988 0.012
#> SRR2049421 1 0.8499 0.757 0.724 0.276
#> SRR2049420 1 0.9552 0.735 0.624 0.376
#> SRR2049419 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049418 1 0.0938 0.759 0.988 0.012
#> SRR2049417 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049416 1 0.0938 0.760 0.988 0.012
#> SRR2049415 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049412 1 0.9686 0.714 0.604 0.396
#> SRR2049411 1 0.9552 0.735 0.624 0.376
#> SRR2049413 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049410 1 0.9608 0.730 0.616 0.384
#> SRR2049409 1 0.9552 0.735 0.624 0.376
#> SRR2049408 1 0.9608 0.730 0.616 0.384
#> SRR2049407 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049406 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0938 0.760 0.988 0.012
#> SRR2049404 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049403 1 0.0000 0.754 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049401 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049400 1 0.9552 0.735 0.624 0.376
#> SRR2049399 1 0.9686 0.714 0.604 0.396
#> SRR2049398 1 0.9608 0.731 0.616 0.384
#> SRR2049397 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049395 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049396 1 0.1184 0.762 0.984 0.016
#> SRR2049394 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049393 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049392 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049388 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049389 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049391 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049390 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2049387 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049386 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049385 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049384 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049382 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049383 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049381 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049380 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049379 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049378 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049376 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049377 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049375 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049374 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049373 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049372 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049371 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049370 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049369 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049368 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049366 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049367 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049365 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR2049364 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049539 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049538 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049537 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049536 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049535 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049534 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049533 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049532 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049531 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049530 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049529 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049528 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049527 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049526 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049525 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049524 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049523 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049522 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049521 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049520 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049519 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049518 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049517 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049516 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049515 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049514 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049513 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049512 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049511 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049510 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049509 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049508 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049507 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049506 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049505 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049504 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049503 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049502 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049501 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049500 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049499 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049498 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049497 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049496 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049495 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049494 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049493 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049491 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049490 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049492 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049489 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049488 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049487 2 0.568 0.841 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049486 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049485 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049484 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049483 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049482 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049481 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049479 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049480 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049477 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049475 1 0.129 0.788 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049476 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049478 1 0.502 0.783 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049474 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049473 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049472 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049471 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049470 1 0.153 0.787 0.964 0.004 0.032
#> SRR2049469 1 0.502 0.783 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049468 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049467 1 0.502 0.783 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049466 1 0.394 0.761 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049465 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049464 1 0.747 0.632 0.612 0.336 0.052
#> SRR2049463 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049461 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049462 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049460 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049459 1 0.394 0.761 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049457 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049455 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049456 1 0.394 0.761 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049458 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049454 1 0.455 0.786 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049452 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049453 1 0.394 0.761 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049451 1 0.103 0.781 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049450 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049449 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049447 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049446 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049445 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049443 1 0.129 0.788 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049442 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049444 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049441 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049440 1 0.510 0.779 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049438 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049436 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049437 1 0.129 0.788 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049439 1 0.319 0.790 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049435 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049434 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049432 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049433 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049431 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049430 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049429 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049428 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049427 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049426 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049425 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049424 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049423 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049422 1 0.355 0.769 0.868 0.132 0.000
#> SRR2049421 1 0.362 0.789 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049420 1 0.497 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049419 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049418 1 0.398 0.766 0.852 0.144 0.004
#> SRR2049417 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049416 1 0.355 0.769 0.868 0.132 0.000
#> SRR2049415 1 0.382 0.763 0.852 0.148 0.000
#> SRR2049414 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049412 1 0.518 0.768 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049411 1 0.497 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049413 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049410 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049409 1 0.497 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049408 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049407 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049406 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049405 1 0.355 0.769 0.868 0.132 0.000
#> SRR2049404 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049403 1 0.388 0.761 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049402 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049401 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049400 1 0.497 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049399 1 0.518 0.768 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049398 1 0.506 0.781 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049397 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049395 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049396 1 0.348 0.771 0.872 0.128 0.000
#> SRR2049394 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049393 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049392 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049390 2 0.904 0.642 0.144 0.500 0.356
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049539 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049538 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049537 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049536 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049535 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049534 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049533 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049532 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049531 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049530 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049529 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049528 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049527 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049526 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049525 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049524 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049523 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049522 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049521 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049520 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049519 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049518 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049517 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049516 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049515 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049514 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049513 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049512 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049511 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049510 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049509 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049508 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049507 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049506 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049505 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049504 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049503 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049502 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049501 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049500 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049499 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049498 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049497 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049496 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049495 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049494 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049493 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049491 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049490 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049492 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049489 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049488 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049487 2 0.322 0.814 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049486 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049485 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049484 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049483 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049482 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049481 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049479 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049480 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049477 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049475 1 0.205 0.589 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR2049476 1 0.397 0.688 0.788 0.000 0.204 0.008
#> SRR2049478 1 0.393 0.689 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR2049474 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049473 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049472 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049471 1 0.361 0.689 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049470 1 0.205 0.589 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR2049469 1 0.393 0.689 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR2049468 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049467 1 0.393 0.689 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR2049466 1 0.466 0.395 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049465 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049464 4 0.462 0.000 0.052 0.164 0.000 0.784
#> SRR2049463 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049461 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049462 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049460 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049459 1 0.464 0.398 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2049457 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049455 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049456 1 0.466 0.395 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049458 1 0.361 0.689 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049454 1 0.405 0.676 0.808 0.000 0.168 0.024
#> SRR2049452 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049453 1 0.485 0.361 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049451 1 0.297 0.559 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049450 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049449 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049447 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049446 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049445 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049443 1 0.220 0.587 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049442 1 0.452 0.474 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049444 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049441 1 0.361 0.689 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049440 1 0.365 0.688 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049438 1 0.361 0.689 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049436 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049437 1 0.158 0.595 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049439 1 0.318 0.639 0.880 0.000 0.084 0.036
#> SRR2049435 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049434 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049432 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049433 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049431 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049430 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049429 1 0.445 0.466 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049428 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049427 1 0.473 0.432 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2049426 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049425 1 0.445 0.466 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049424 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049423 1 0.475 0.427 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049422 1 0.464 0.459 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2049421 1 0.392 0.645 0.840 0.000 0.104 0.056
#> SRR2049420 1 0.353 0.688 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049419 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049418 1 0.463 0.464 0.688 0.000 0.004 0.308
#> SRR2049417 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049416 1 0.464 0.459 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2049415 1 0.471 0.437 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049414 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049412 1 0.397 0.680 0.788 0.008 0.204 0.000
#> SRR2049411 1 0.353 0.688 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049413 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049410 1 0.375 0.687 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR2049409 1 0.353 0.688 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049408 1 0.375 0.687 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR2049407 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049406 1 0.473 0.432 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR2049405 1 0.464 0.459 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2049404 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049403 1 0.475 0.427 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049402 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049401 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049400 1 0.353 0.688 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049399 1 0.397 0.680 0.788 0.008 0.204 0.000
#> SRR2049398 1 0.361 0.689 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049397 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049395 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049396 1 0.462 0.464 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049394 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049393 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049392 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049390 2 0.704 0.593 0.188 0.572 0.240 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049539 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049538 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049537 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049536 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049535 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0162 0.7933 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049485 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049484 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049483 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049482 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049481 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049479 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049477 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.4088 0.3928 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049476 1 0.1557 0.9224 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR2049478 1 0.1484 0.9214 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2049474 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.1197 0.9241 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.4297 0.0763 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049469 1 0.1484 0.9214 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2049468 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.1484 0.9214 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR2049466 5 0.6375 0.1851 0.396 0.004 0.000 0.144 0.456
#> SRR2049465 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.1211 0.0000 0.016 0.000 0.000 0.960 0.024
#> SRR2049463 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.6350 0.1860 0.400 0.004 0.000 0.140 0.456
#> SRR2049457 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.6375 0.1851 0.396 0.004 0.000 0.144 0.456
#> SRR2049458 1 0.1197 0.9241 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.3003 0.8439 0.864 0.000 0.044 0.000 0.092
#> SRR2049452 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.5416 0.5254 0.196 0.004 0.000 0.128 0.672
#> SRR2049451 1 0.4304 -0.0095 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049450 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.4060 0.4120 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049442 5 0.1478 0.8606 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2049444 1 0.1430 0.9240 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR2049441 1 0.1197 0.9241 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.1270 0.9253 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.1197 0.9241 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049437 1 0.3837 0.5211 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049439 1 0.3691 0.7543 0.804 0.000 0.028 0.004 0.164
#> SRR2049435 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049434 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049432 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049433 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049431 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049430 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049429 5 0.3039 0.7332 0.152 0.000 0.000 0.012 0.836
#> SRR2049428 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049427 5 0.0510 0.8517 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049426 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049425 5 0.3039 0.7332 0.152 0.000 0.000 0.012 0.836
#> SRR2049424 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049423 5 0.0671 0.8506 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR2049422 5 0.1043 0.8734 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049421 1 0.4325 0.6635 0.724 0.000 0.036 0.000 0.240
#> SRR2049420 1 0.1331 0.9183 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049419 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049418 5 0.3812 0.6620 0.196 0.004 0.000 0.020 0.780
#> SRR2049417 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049416 5 0.1043 0.8734 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049415 5 0.0609 0.8555 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049414 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049412 1 0.1557 0.9178 0.940 0.008 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.1331 0.9183 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049413 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049410 1 0.1569 0.9202 0.944 0.004 0.044 0.000 0.008
#> SRR2049409 1 0.1331 0.9183 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049408 1 0.1569 0.9202 0.944 0.004 0.044 0.000 0.008
#> SRR2049407 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049406 5 0.0510 0.8517 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049405 5 0.1043 0.8734 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049404 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049403 5 0.0833 0.8492 0.016 0.004 0.000 0.004 0.976
#> SRR2049402 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049401 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049400 1 0.1331 0.9183 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049399 1 0.1557 0.9178 0.940 0.008 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.1197 0.9241 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049395 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049396 5 0.1121 0.8755 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049394 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049393 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049392 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049390 2 0.7127 0.5419 0.248 0.536 0.168 0.040 0.008
#> SRR2049387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049534 2 0.0632 0.9744 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049528 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049527 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0458 0.9833 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049523 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0146 0.9933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049519 2 0.0632 0.9744 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0146 0.9912 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0146 0.9933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0458 0.9833 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049506 2 0.0632 0.9744 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049505 2 0.0146 0.9933 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049500 2 0.0260 0.9909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0146 0.9932 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049485 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049484 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049483 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049482 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049481 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.4433 0.2283 0.616 0.000 0.000 0.000 0.344 0.040
#> SRR2049476 1 0.0260 0.9012 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049478 1 0.0508 0.8971 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049474 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049470 1 0.4258 -0.0305 0.516 0.000 0.000 0.000 0.468 0.016
#> SRR2049469 1 0.0508 0.8971 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049468 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0508 0.8971 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049466 6 0.4118 0.8733 0.312 0.000 0.000 0.000 0.028 0.660
#> SRR2049465 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.3672 -0.5057 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049463 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 6 0.4134 0.8691 0.316 0.000 0.000 0.000 0.028 0.656
#> SRR2049457 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 6 0.4118 0.8733 0.312 0.000 0.000 0.000 0.028 0.660
#> SRR2049458 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049454 1 0.2039 0.8000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020
#> SRR2049452 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 6 0.5009 0.5428 0.120 0.000 0.000 0.000 0.256 0.624
#> SRR2049451 1 0.4646 -0.0850 0.500 0.000 0.000 0.000 0.460 0.040
#> SRR2049450 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.4344 0.2552 0.628 0.000 0.000 0.000 0.336 0.036
#> SRR2049442 5 0.1075 0.9227 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049444 1 0.0260 0.9014 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049441 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049440 1 0.0000 0.9049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049436 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.4146 0.3580 0.676 0.000 0.000 0.000 0.288 0.036
#> SRR2049439 1 0.3172 0.6731 0.824 0.000 0.000 0.000 0.128 0.048
#> SRR2049435 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049429 5 0.3394 0.6710 0.144 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052
#> SRR2049428 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049427 5 0.0000 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049426 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049425 5 0.3394 0.6710 0.144 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052
#> SRR2049424 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049423 5 0.0146 0.9177 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049422 5 0.0632 0.9422 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049421 1 0.3727 0.5357 0.748 0.000 0.000 0.000 0.216 0.036
#> SRR2049420 1 0.0405 0.8982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049419 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049418 5 0.5095 0.3243 0.184 0.000 0.000 0.000 0.632 0.184
#> SRR2049417 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049416 5 0.0632 0.9422 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049415 5 0.0146 0.9231 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049414 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049412 1 0.0260 0.8953 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0405 0.8982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049413 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049410 1 0.0405 0.8992 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049409 1 0.0405 0.8982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049408 1 0.0405 0.8992 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049407 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049406 5 0.0000 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049405 5 0.0632 0.9422 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049404 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049403 5 0.1141 0.8864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049402 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049401 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049400 1 0.0405 0.8982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049399 1 0.0260 0.8953 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0146 0.9034 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049397 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049395 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.0713 0.9445 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049394 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.7119 0.9601 0.276 0.280 0.076 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0146 0.9979 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.9975 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.292 0.528 0.636 0.4287 0.534 0.534
#> 3 3 0.630 0.857 0.866 0.4917 0.692 0.487
#> 4 4 0.772 0.906 0.885 0.1348 0.898 0.714
#> 5 5 0.799 0.838 0.837 0.0564 1.000 1.000
#> 6 6 0.841 0.750 0.824 0.0403 0.922 0.701
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049362 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049361 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049360 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049359 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049358 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049357 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049356 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049355 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049354 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049353 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049352 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049351 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049350 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049349 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049348 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049347 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049346 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049345 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049344 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049343 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049342 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049341 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049340 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049339 1 0.987 0.0935 0.568 0.432
#> SRR2049539 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049538 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049537 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049536 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049535 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049480 2 0.000 0.8819 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049475 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049476 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049478 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049474 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049473 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049472 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049471 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049470 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049469 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049468 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049467 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049466 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049465 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049464 1 0.991 0.3695 0.556 0.444
#> SRR2049463 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049461 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049462 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049460 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049459 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049457 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049455 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049456 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049458 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049454 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049452 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049453 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049451 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049450 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049449 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049447 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049446 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049445 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049443 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049442 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049444 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049441 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049440 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049438 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049436 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049437 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049439 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049435 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049434 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049432 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049433 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049431 2 0.881 0.4223 0.300 0.700
#> SRR2049430 2 0.881 0.4223 0.300 0.700
#> SRR2049429 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049428 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049427 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049426 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049425 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049424 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049423 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049422 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049421 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049420 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049419 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049418 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049417 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049416 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049415 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049414 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049412 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049411 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049413 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049410 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049409 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049408 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049407 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049406 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049405 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049404 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049403 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049402 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049401 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049400 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049399 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049398 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049397 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049395 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049396 1 0.958 0.4774 0.620 0.380
#> SRR2049394 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049393 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049392 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049388 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049389 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049391 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049390 2 0.855 0.4716 0.280 0.720
#> SRR2049387 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049386 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049385 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049384 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049382 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049383 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049381 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049380 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049379 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049378 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049376 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049377 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049375 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049374 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049373 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049372 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049371 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049370 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049369 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049368 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049366 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049367 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049365 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
#> SRR2049364 1 0.943 0.2415 0.640 0.360
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049362 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049361 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049360 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049359 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049358 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049357 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049356 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049355 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049354 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049353 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049352 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049351 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049350 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049349 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049348 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049347 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049346 3 0.4172 0.9811 0.004 0.156 0.840
#> SRR2049345 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049344 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049343 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049342 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049341 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049340 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049339 3 0.3573 0.9878 0.004 0.120 0.876
#> SRR2049539 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049538 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049537 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049536 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049535 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049534 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049533 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049532 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049531 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049530 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049529 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049528 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049527 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049526 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049525 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049524 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049523 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049522 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049521 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049520 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049519 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049518 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049517 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049516 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049515 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049514 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049513 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049512 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049511 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049510 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049509 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049508 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049507 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049506 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049505 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049504 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049503 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049502 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049501 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049500 2 0.1647 0.9974 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049499 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049498 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049497 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049496 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049495 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049494 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049493 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049491 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049490 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049492 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049489 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049488 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049487 2 0.1411 0.9984 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049486 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049485 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049484 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049483 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049482 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049481 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049479 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049480 2 0.1647 0.9954 0.036 0.960 0.004
#> SRR2049477 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049475 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049476 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049473 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049472 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049471 1 0.0892 0.8425 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049470 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049469 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049467 1 0.0592 0.8426 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049466 1 0.3267 0.8342 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049465 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049464 1 0.4708 0.8080 0.844 0.036 0.120
#> SRR2049463 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049461 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049462 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049460 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049459 1 0.3267 0.8342 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049457 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049455 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049456 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049458 1 0.0747 0.8430 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049454 1 0.1643 0.8410 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049452 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049453 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049451 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049450 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049449 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049447 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049446 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049445 1 0.0892 0.8426 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049443 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049442 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049444 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049440 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049438 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049436 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049437 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049439 1 0.3267 0.8342 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049435 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049434 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049432 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049433 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049431 1 0.9293 0.1025 0.440 0.400 0.160
#> SRR2049430 1 0.9293 0.1025 0.440 0.400 0.160
#> SRR2049429 1 0.0424 0.8430 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049428 1 0.0237 0.8426 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049427 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049426 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049425 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049424 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049423 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049422 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049421 1 0.3267 0.8342 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049420 1 0.0892 0.8425 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049419 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049418 1 0.3267 0.8342 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049417 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049416 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049415 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049414 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049412 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049411 1 0.0892 0.8425 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049413 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049410 1 0.0592 0.8431 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049409 1 0.0747 0.8429 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049408 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049406 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049405 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049404 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049403 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049402 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049401 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049400 1 0.0892 0.8425 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049399 1 0.0892 0.8426 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049398 1 0.1031 0.8417 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049397 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049395 1 0.9217 0.1140 0.448 0.400 0.152
#> SRR2049396 1 0.3340 0.8338 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049394 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049393 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049392 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049388 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049389 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049391 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049390 1 0.9398 0.0841 0.428 0.400 0.172
#> SRR2049387 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049386 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049385 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049384 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049382 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049383 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049381 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049380 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049379 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049378 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049376 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049377 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049375 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049374 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049373 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049372 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049371 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049370 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049369 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049368 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049366 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049367 3 0.4233 0.9798 0.004 0.160 0.836
#> SRR2049365 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
#> SRR2049364 3 0.3644 0.9908 0.004 0.124 0.872
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.1059 0.9597 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049362 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049361 3 0.3335 0.9280 0.128 0.016 0.856 0.000
#> SRR2049360 3 0.3547 0.9214 0.144 0.016 0.840 0.000
#> SRR2049359 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049358 3 0.0779 0.9604 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2049357 3 0.1059 0.9597 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049356 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049355 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049354 3 0.0927 0.9604 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049353 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049352 3 0.1059 0.9598 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049351 3 0.1182 0.9593 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049350 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049349 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049348 3 0.1059 0.9598 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049347 3 0.0927 0.9604 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049346 3 0.3224 0.9302 0.120 0.016 0.864 0.000
#> SRR2049345 3 0.0927 0.9604 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049344 3 0.1059 0.9597 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049343 3 0.1182 0.9594 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049342 3 0.1182 0.9596 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049341 3 0.1182 0.9593 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049340 3 0.1182 0.9586 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049339 3 0.4057 0.8434 0.152 0.032 0.816 0.000
#> SRR2049539 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049538 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049537 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049536 4 0.6243 0.7007 0.144 0.100 0.036 0.720
#> SRR2049535 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049534 2 0.2300 0.9578 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR2049533 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049532 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049531 2 0.2300 0.9578 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR2049530 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049529 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049528 2 0.1297 0.9690 0.020 0.964 0.016 0.000
#> SRR2049527 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049526 2 0.1182 0.9703 0.016 0.968 0.016 0.000
#> SRR2049525 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049524 2 0.2300 0.9578 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR2049523 2 0.2222 0.9580 0.060 0.924 0.016 0.000
#> SRR2049522 2 0.0779 0.9710 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049521 2 0.1059 0.9702 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR2049520 2 0.1297 0.9693 0.020 0.964 0.016 0.000
#> SRR2049519 2 0.2222 0.9580 0.060 0.924 0.016 0.000
#> SRR2049518 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049517 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049516 2 0.0779 0.9710 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049515 2 0.1888 0.9644 0.044 0.940 0.016 0.000
#> SRR2049514 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049513 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049512 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049511 2 0.0779 0.9711 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049510 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049509 2 0.1888 0.9634 0.044 0.940 0.016 0.000
#> SRR2049508 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049507 2 0.2222 0.9580 0.060 0.924 0.016 0.000
#> SRR2049506 2 0.2222 0.9580 0.060 0.924 0.016 0.000
#> SRR2049505 2 0.1888 0.9634 0.044 0.940 0.016 0.000
#> SRR2049504 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049503 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049502 2 0.0779 0.9707 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049501 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049500 2 0.2060 0.9610 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2049499 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049498 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049497 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049496 2 0.0779 0.9710 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049495 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049494 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049493 2 0.0927 0.9707 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2049491 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049490 2 0.0779 0.9710 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049492 2 0.0779 0.9710 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049489 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049488 2 0.1510 0.9673 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR2049487 2 0.0592 0.9711 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049486 2 0.2408 0.8980 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.2011 0.9158 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.2704 0.8822 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.2704 0.8822 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.2704 0.8822 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.2704 0.8822 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049479 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049480 2 0.2704 0.8822 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049477 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049475 1 0.4920 0.9739 0.628 0.000 0.004 0.368
#> SRR2049476 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049478 4 0.1716 0.7491 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2049474 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049473 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049472 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049471 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049470 1 0.4889 0.9790 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR2049469 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049468 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049467 4 0.2345 0.6809 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049466 1 0.5339 0.9565 0.600 0.000 0.016 0.384
#> SRR2049465 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049464 1 0.4711 0.7898 0.740 0.000 0.024 0.236
#> SRR2049463 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049461 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049462 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049460 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049459 1 0.5326 0.9606 0.604 0.000 0.016 0.380
#> SRR2049457 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049455 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049456 1 0.5326 0.9606 0.604 0.000 0.016 0.380
#> SRR2049458 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049454 4 0.4250 0.0943 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2049452 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049453 1 0.5284 0.9704 0.616 0.000 0.016 0.368
#> SRR2049451 1 0.4905 0.9768 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR2049450 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049449 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049447 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049446 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049445 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049443 1 0.4905 0.9768 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR2049442 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049444 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049441 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049440 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049438 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049436 4 0.6243 0.7007 0.144 0.100 0.036 0.720
#> SRR2049437 1 0.4920 0.9739 0.628 0.000 0.004 0.368
#> SRR2049439 1 0.5028 0.9404 0.596 0.000 0.004 0.400
#> SRR2049435 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049434 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049432 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049433 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049431 4 0.6374 0.6952 0.144 0.116 0.032 0.708
#> SRR2049430 4 0.6374 0.6952 0.144 0.116 0.032 0.708
#> SRR2049429 4 0.0188 0.8408 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049428 4 0.0707 0.8278 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049427 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049426 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049425 1 0.5127 0.9772 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR2049424 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049423 1 0.5127 0.9772 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR2049422 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049421 1 0.4978 0.9604 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR2049420 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049419 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049418 1 0.5339 0.9565 0.600 0.000 0.016 0.384
#> SRR2049417 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049416 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049415 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049414 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049412 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049411 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049413 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049410 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049409 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049408 4 0.0188 0.8382 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049407 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049406 1 0.5007 0.9788 0.636 0.000 0.008 0.356
#> SRR2049405 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049404 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049403 1 0.5127 0.9772 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR2049402 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049401 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049400 4 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049399 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049398 4 0.0188 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049397 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049395 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049396 1 0.4697 0.9811 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049394 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049393 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049392 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049388 3 0.1059 0.9597 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR2049389 3 0.0779 0.9604 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2049391 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049390 4 0.6461 0.6934 0.144 0.116 0.036 0.704
#> SRR2049387 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049386 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049385 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049384 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049382 3 0.3547 0.9214 0.144 0.016 0.840 0.000
#> SRR2049383 3 0.3280 0.9274 0.124 0.016 0.860 0.000
#> SRR2049381 3 0.1182 0.9593 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049380 3 0.1182 0.9598 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049379 3 0.0779 0.9604 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2049378 3 0.1297 0.9586 0.020 0.016 0.964 0.000
#> SRR2049376 3 0.0927 0.9604 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049377 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049375 3 0.1297 0.9586 0.020 0.016 0.964 0.000
#> SRR2049374 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049373 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049372 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049371 3 0.1297 0.9596 0.020 0.016 0.964 0.000
#> SRR2049370 3 0.0779 0.9604 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2049369 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049368 3 0.3443 0.9225 0.136 0.016 0.848 0.000
#> SRR2049366 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049367 3 0.3390 0.9253 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR2049365 3 0.0927 0.9603 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR2049364 3 0.1059 0.9598 0.012 0.016 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0451 0.899 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049362 3 0.4839 0.806 0.000 0.004 0.668 NA 0.040
#> SRR2049361 3 0.4781 0.844 0.000 0.004 0.728 NA 0.080
#> SRR2049360 3 0.4860 0.807 0.000 0.004 0.664 NA 0.040
#> SRR2049359 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049358 3 0.0324 0.899 0.000 0.004 0.992 NA 0.004
#> SRR2049357 3 0.0451 0.899 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049356 3 0.4821 0.812 0.000 0.004 0.680 NA 0.044
#> SRR2049355 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049354 3 0.0486 0.899 0.000 0.004 0.988 NA 0.004
#> SRR2049353 3 0.2141 0.896 0.000 0.004 0.916 NA 0.064
#> SRR2049352 3 0.1970 0.897 0.000 0.004 0.924 NA 0.060
#> SRR2049351 3 0.2206 0.896 0.000 0.004 0.912 NA 0.068
#> SRR2049350 3 0.4865 0.808 0.000 0.004 0.672 NA 0.044
#> SRR2049349 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049348 3 0.1059 0.899 0.000 0.004 0.968 NA 0.020
#> SRR2049347 3 0.0486 0.899 0.000 0.004 0.988 NA 0.004
#> SRR2049346 3 0.4575 0.849 0.000 0.004 0.744 NA 0.068
#> SRR2049345 3 0.0486 0.899 0.000 0.004 0.988 NA 0.004
#> SRR2049344 3 0.0451 0.899 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049343 3 0.0833 0.900 0.000 0.004 0.976 NA 0.016
#> SRR2049342 3 0.1202 0.898 0.000 0.004 0.960 NA 0.004
#> SRR2049341 3 0.0451 0.899 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049340 3 0.2490 0.882 0.000 0.004 0.896 NA 0.020
#> SRR2049339 3 0.4211 0.565 0.000 0.004 0.636 NA 0.000
#> SRR2049539 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049538 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049537 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049536 1 0.6034 0.590 0.536 0.060 0.004 NA 0.020
#> SRR2049535 2 0.2570 0.899 0.004 0.880 0.000 NA 0.008
#> SRR2049534 2 0.3823 0.868 0.004 0.808 0.000 NA 0.048
#> SRR2049533 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049532 2 0.3160 0.888 0.004 0.852 0.000 NA 0.028
#> SRR2049531 2 0.3433 0.879 0.004 0.832 0.000 NA 0.032
#> SRR2049530 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049529 2 0.3209 0.887 0.004 0.848 0.000 NA 0.028
#> SRR2049528 2 0.1682 0.916 0.004 0.940 0.000 NA 0.012
#> SRR2049527 2 0.2681 0.897 0.004 0.876 0.000 NA 0.012
#> SRR2049526 2 0.1282 0.919 0.004 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR2049525 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049524 2 0.3602 0.873 0.004 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR2049523 2 0.3558 0.875 0.004 0.824 0.000 NA 0.036
#> SRR2049522 2 0.0324 0.926 0.004 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR2049521 2 0.0740 0.925 0.004 0.980 0.000 NA 0.008
#> SRR2049520 2 0.1569 0.918 0.004 0.944 0.000 NA 0.008
#> SRR2049519 2 0.3823 0.868 0.004 0.808 0.000 NA 0.048
#> SRR2049518 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049517 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049516 2 0.0451 0.926 0.004 0.988 0.000 NA 0.000
#> SRR2049515 2 0.1731 0.915 0.004 0.932 0.000 NA 0.004
#> SRR2049514 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049513 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049512 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049511 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049510 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049509 2 0.2787 0.900 0.004 0.880 0.000 NA 0.028
#> SRR2049508 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049507 2 0.3513 0.878 0.004 0.828 0.000 NA 0.036
#> SRR2049506 2 0.3823 0.868 0.004 0.808 0.000 NA 0.048
#> SRR2049505 2 0.2787 0.900 0.004 0.880 0.000 NA 0.028
#> SRR2049504 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049503 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049502 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049501 2 0.2972 0.894 0.004 0.864 0.000 NA 0.024
#> SRR2049500 2 0.3160 0.888 0.004 0.852 0.000 NA 0.028
#> SRR2049499 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049498 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049497 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049496 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049495 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049494 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049493 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049491 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049490 2 0.0324 0.926 0.004 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR2049492 2 0.0324 0.926 0.004 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR2049489 2 0.0162 0.926 0.004 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR2049488 2 0.2037 0.911 0.004 0.920 0.000 NA 0.012
#> SRR2049487 2 0.0324 0.926 0.004 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR2049486 2 0.4134 0.712 0.004 0.704 0.000 NA 0.008
#> SRR2049485 2 0.3826 0.757 0.004 0.752 0.000 NA 0.008
#> SRR2049484 2 0.4260 0.688 0.004 0.680 0.000 NA 0.008
#> SRR2049483 2 0.4260 0.688 0.004 0.680 0.000 NA 0.008
#> SRR2049482 2 0.4260 0.688 0.004 0.680 0.000 NA 0.008
#> SRR2049481 2 0.4260 0.688 0.004 0.680 0.000 NA 0.008
#> SRR2049479 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049480 2 0.4260 0.688 0.004 0.680 0.000 NA 0.008
#> SRR2049477 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049475 5 0.3548 0.911 0.188 0.000 0.004 NA 0.796
#> SRR2049476 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049478 1 0.1121 0.775 0.956 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR2049474 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049471 1 0.0404 0.813 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049470 5 0.3086 0.918 0.180 0.000 0.000 NA 0.816
#> SRR2049469 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049467 1 0.1877 0.737 0.924 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR2049466 5 0.6302 0.780 0.276 0.000 0.004 NA 0.544
#> SRR2049465 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049464 5 0.5907 0.665 0.096 0.000 0.004 NA 0.532
#> SRR2049463 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049459 5 0.6268 0.789 0.268 0.000 0.004 NA 0.552
#> SRR2049457 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049456 5 0.6211 0.801 0.256 0.000 0.004 NA 0.564
#> SRR2049458 1 0.0404 0.813 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049454 1 0.3320 0.561 0.820 0.000 0.004 NA 0.164
#> SRR2049452 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049453 5 0.5791 0.853 0.188 0.000 0.004 NA 0.632
#> SRR2049451 5 0.3612 0.914 0.184 0.000 0.004 NA 0.796
#> SRR2049450 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049443 5 0.3511 0.913 0.184 0.000 0.004 NA 0.800
#> SRR2049442 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049444 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049436 1 0.6034 0.590 0.536 0.060 0.004 NA 0.020
#> SRR2049437 5 0.3751 0.897 0.212 0.000 0.004 NA 0.772
#> SRR2049439 5 0.4870 0.573 0.448 0.000 0.004 NA 0.532
#> SRR2049435 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049434 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049432 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049433 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049431 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049430 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049429 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049428 1 0.0963 0.797 0.964 0.000 0.000 NA 0.036
#> SRR2049427 5 0.3093 0.921 0.168 0.000 0.000 NA 0.824
#> SRR2049426 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049425 5 0.5195 0.873 0.168 0.000 0.000 NA 0.688
#> SRR2049424 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049423 5 0.5423 0.868 0.168 0.000 0.004 NA 0.676
#> SRR2049422 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049421 5 0.4789 0.720 0.368 0.000 0.004 NA 0.608
#> SRR2049420 1 0.0404 0.813 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049419 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049418 5 0.6335 0.771 0.284 0.000 0.004 NA 0.536
#> SRR2049417 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049416 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049415 5 0.2970 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.828
#> SRR2049414 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049412 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049413 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049410 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049409 1 0.0404 0.813 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049407 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049406 5 0.5115 0.876 0.168 0.000 0.000 NA 0.696
#> SRR2049405 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049404 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049403 5 0.5423 0.868 0.168 0.000 0.004 NA 0.676
#> SRR2049402 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049401 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049400 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.821 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2049397 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049395 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049396 5 0.2813 0.922 0.168 0.000 0.000 NA 0.832
#> SRR2049394 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049393 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049392 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049388 3 0.0451 0.899 0.000 0.008 0.988 NA 0.000
#> SRR2049389 3 0.0324 0.899 0.000 0.004 0.992 NA 0.004
#> SRR2049391 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049390 1 0.6139 0.586 0.528 0.068 0.004 NA 0.020
#> SRR2049387 3 0.4887 0.807 0.000 0.004 0.668 NA 0.044
#> SRR2049386 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049385 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049384 3 0.4839 0.806 0.000 0.004 0.668 NA 0.040
#> SRR2049382 3 0.4887 0.809 0.000 0.004 0.668 NA 0.044
#> SRR2049383 3 0.4409 0.832 0.000 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR2049381 3 0.2206 0.896 0.000 0.004 0.912 NA 0.068
#> SRR2049380 3 0.0740 0.899 0.000 0.004 0.980 NA 0.008
#> SRR2049379 3 0.0324 0.899 0.000 0.004 0.992 NA 0.000
#> SRR2049378 3 0.1186 0.899 0.000 0.008 0.964 NA 0.020
#> SRR2049376 3 0.0486 0.899 0.000 0.004 0.988 NA 0.004
#> SRR2049377 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049375 3 0.1280 0.899 0.000 0.008 0.960 NA 0.024
#> SRR2049374 3 0.4865 0.808 0.000 0.004 0.672 NA 0.044
#> SRR2049373 3 0.4798 0.812 0.000 0.004 0.684 NA 0.044
#> SRR2049372 3 0.4887 0.809 0.000 0.004 0.668 NA 0.044
#> SRR2049371 3 0.1059 0.899 0.000 0.004 0.968 NA 0.008
#> SRR2049370 3 0.0324 0.899 0.000 0.004 0.992 NA 0.000
#> SRR2049369 3 0.4839 0.806 0.000 0.004 0.668 NA 0.040
#> SRR2049368 3 0.4843 0.810 0.000 0.004 0.676 NA 0.044
#> SRR2049366 3 0.2037 0.897 0.000 0.004 0.920 NA 0.064
#> SRR2049367 3 0.4750 0.823 0.000 0.004 0.692 NA 0.044
#> SRR2049365 3 0.1924 0.897 0.000 0.004 0.924 NA 0.064
#> SRR2049364 3 0.1717 0.897 0.000 0.004 0.936 NA 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0696 0.7485 0.004 0.008 0.980 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049362 6 0.4224 0.7519 0.004 0.008 0.476 0.000 0.000 0.512
#> SRR2049361 3 0.5369 -0.1042 0.056 0.008 0.596 0.000 0.024 0.316
#> SRR2049360 6 0.4224 0.7519 0.004 0.008 0.476 0.000 0.000 0.512
#> SRR2049359 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049358 3 0.0551 0.7472 0.004 0.008 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049357 3 0.0551 0.7492 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.4639 -0.7366 0.012 0.008 0.500 0.000 0.008 0.472
#> SRR2049355 3 0.2911 0.7338 0.076 0.008 0.872 0.000 0.024 0.020
#> SRR2049354 3 0.1406 0.7306 0.020 0.008 0.952 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049353 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049352 3 0.2883 0.7358 0.080 0.008 0.872 0.000 0.020 0.020
#> SRR2049351 3 0.3190 0.7309 0.080 0.008 0.860 0.004 0.024 0.024
#> SRR2049350 3 0.4696 -0.7538 0.020 0.008 0.484 0.000 0.004 0.484
#> SRR2049349 3 0.3047 0.7316 0.080 0.008 0.864 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049348 3 0.1323 0.7536 0.020 0.008 0.956 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049347 3 0.1312 0.7335 0.020 0.008 0.956 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049346 3 0.5301 -0.1494 0.048 0.008 0.592 0.000 0.024 0.328
#> SRR2049345 3 0.1396 0.7301 0.012 0.008 0.952 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049344 3 0.0551 0.7492 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.1368 0.7530 0.012 0.008 0.956 0.004 0.016 0.004
#> SRR2049342 3 0.2082 0.6926 0.020 0.008 0.916 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049341 3 0.0551 0.7492 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.3373 0.4787 0.020 0.008 0.808 0.000 0.004 0.160
#> SRR2049339 4 0.3961 0.1307 0.004 0.000 0.440 0.556 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.2095 0.8963 0.076 0.904 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049534 2 0.4865 0.7568 0.104 0.704 0.000 0.000 0.024 0.168
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.2803 0.8778 0.084 0.864 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049531 2 0.3150 0.8676 0.088 0.844 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.3204 0.8617 0.092 0.836 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2049528 2 0.1176 0.9158 0.020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049527 2 0.2563 0.8870 0.076 0.880 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049526 2 0.0790 0.9187 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.4217 0.8103 0.096 0.764 0.000 0.000 0.016 0.124
#> SRR2049523 2 0.4129 0.8168 0.092 0.772 0.000 0.000 0.016 0.120
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0405 0.9242 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049520 2 0.1152 0.9147 0.044 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049519 2 0.4865 0.7568 0.104 0.704 0.000 0.000 0.024 0.168
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0146 0.9256 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.1364 0.9122 0.048 0.944 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0146 0.9256 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.2585 0.8867 0.068 0.880 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.4087 0.8199 0.092 0.776 0.000 0.000 0.016 0.116
#> SRR2049506 2 0.4865 0.7568 0.104 0.704 0.000 0.000 0.024 0.168
#> SRR2049505 2 0.2585 0.8867 0.068 0.880 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.2527 0.8862 0.084 0.880 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2049500 2 0.2452 0.8880 0.084 0.884 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0291 0.9249 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0146 0.9256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.1572 0.9091 0.036 0.936 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049487 2 0.0146 0.9256 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049486 2 0.4757 -0.0360 0.004 0.508 0.000 0.456 0.008 0.024
#> SRR2049485 2 0.4671 0.1885 0.004 0.572 0.000 0.392 0.008 0.024
#> SRR2049484 4 0.4761 0.1313 0.004 0.464 0.000 0.500 0.008 0.024
#> SRR2049483 4 0.4761 0.1313 0.004 0.464 0.000 0.500 0.008 0.024
#> SRR2049482 4 0.4761 0.1313 0.004 0.464 0.000 0.500 0.008 0.024
#> SRR2049481 4 0.4761 0.1313 0.004 0.464 0.000 0.500 0.008 0.024
#> SRR2049479 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.4761 0.1313 0.004 0.464 0.000 0.500 0.008 0.024
#> SRR2049477 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.3170 0.8581 0.072 0.000 0.008 0.012 0.856 0.052
#> SRR2049476 1 0.3592 0.9684 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.4214 0.9402 0.652 0.000 0.004 0.320 0.024 0.000
#> SRR2049474 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.3699 0.9630 0.660 0.000 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR2049470 5 0.2239 0.8739 0.060 0.000 0.008 0.012 0.908 0.012
#> SRR2049469 1 0.3714 0.9649 0.656 0.000 0.004 0.340 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.4237 0.9268 0.660 0.000 0.004 0.308 0.028 0.000
#> SRR2049466 5 0.6341 0.5967 0.316 0.000 0.000 0.012 0.404 0.268
#> SRR2049465 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.5113 -0.2625 0.144 0.000 0.000 0.000 0.236 0.620
#> SRR2049463 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.3578 0.9668 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.6335 0.6006 0.312 0.000 0.000 0.012 0.408 0.268
#> SRR2049457 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.6227 0.6428 0.264 0.000 0.000 0.012 0.456 0.268
#> SRR2049458 1 0.3805 0.9497 0.664 0.000 0.004 0.328 0.000 0.004
#> SRR2049454 1 0.5744 0.7363 0.628 0.000 0.008 0.212 0.116 0.036
#> SRR2049452 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.5845 0.6991 0.180 0.000 0.000 0.012 0.540 0.268
#> SRR2049451 5 0.3286 0.8564 0.076 0.000 0.008 0.012 0.848 0.056
#> SRR2049450 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.3170 0.8581 0.072 0.000 0.008 0.012 0.856 0.052
#> SRR2049442 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049444 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049441 1 0.3592 0.9684 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.3607 0.9689 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.3592 0.9684 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049437 5 0.3915 0.8222 0.136 0.000 0.008 0.012 0.792 0.052
#> SRR2049439 1 0.5442 -0.0294 0.540 0.000 0.008 0.012 0.372 0.068
#> SRR2049435 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049428 1 0.4373 0.9391 0.624 0.000 0.000 0.344 0.028 0.004
#> SRR2049427 5 0.1745 0.8745 0.068 0.000 0.000 0.012 0.920 0.000
#> SRR2049426 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049425 5 0.5287 0.7517 0.172 0.000 0.000 0.012 0.640 0.176
#> SRR2049424 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049423 5 0.5370 0.7468 0.172 0.000 0.000 0.012 0.628 0.188
#> SRR2049422 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049421 5 0.5347 0.2662 0.464 0.000 0.008 0.012 0.464 0.052
#> SRR2049420 1 0.3699 0.9630 0.660 0.000 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR2049419 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049418 5 0.6365 0.5691 0.340 0.000 0.000 0.012 0.380 0.268
#> SRR2049417 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049416 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049415 5 0.1563 0.8771 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049414 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049412 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049411 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049413 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049410 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049409 1 0.3699 0.9630 0.660 0.000 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049407 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049406 5 0.5105 0.7629 0.164 0.000 0.000 0.012 0.664 0.160
#> SRR2049405 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049404 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049403 5 0.5370 0.7468 0.172 0.000 0.000 0.012 0.628 0.188
#> SRR2049402 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049401 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049400 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049398 1 0.3728 0.9679 0.652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR2049397 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049395 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.1563 0.8791 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR2049394 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0696 0.7485 0.004 0.008 0.980 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049389 3 0.1096 0.7386 0.020 0.008 0.964 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049391 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0146 0.7742 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049387 6 0.4542 0.7422 0.012 0.008 0.480 0.000 0.004 0.496
#> SRR2049386 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049385 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049384 6 0.4325 0.7487 0.008 0.008 0.480 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049382 6 0.4486 0.7359 0.004 0.008 0.480 0.004 0.004 0.500
#> SRR2049383 3 0.4629 -0.5715 0.020 0.008 0.560 0.000 0.004 0.408
#> SRR2049381 3 0.3190 0.7309 0.080 0.008 0.860 0.004 0.024 0.024
#> SRR2049380 3 0.1540 0.7349 0.024 0.008 0.948 0.004 0.004 0.012
#> SRR2049379 3 0.0405 0.7493 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.1836 0.7508 0.028 0.008 0.936 0.004 0.012 0.012
#> SRR2049376 3 0.1495 0.7272 0.020 0.008 0.948 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049377 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049375 3 0.1654 0.7515 0.024 0.008 0.944 0.004 0.008 0.012
#> SRR2049374 6 0.4543 0.7289 0.012 0.008 0.484 0.000 0.004 0.492
#> SRR2049373 3 0.4695 -0.7417 0.020 0.008 0.492 0.000 0.004 0.476
#> SRR2049372 6 0.4411 0.7206 0.000 0.008 0.476 0.000 0.012 0.504
#> SRR2049371 3 0.2288 0.6851 0.012 0.008 0.904 0.004 0.004 0.068
#> SRR2049370 3 0.0405 0.7493 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 6 0.4224 0.7519 0.004 0.008 0.476 0.000 0.000 0.512
#> SRR2049368 3 0.4622 -0.7468 0.016 0.008 0.492 0.000 0.004 0.480
#> SRR2049366 3 0.2994 0.7318 0.076 0.008 0.868 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049367 3 0.4833 -0.6218 0.016 0.008 0.520 0.004 0.008 0.444
#> SRR2049365 3 0.2911 0.7338 0.076 0.008 0.872 0.000 0.024 0.020
#> SRR2049364 3 0.2594 0.7401 0.072 0.008 0.888 0.000 0.020 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.551 0.714 0.852 0.4865 0.500 0.500
#> 3 3 0.887 0.958 0.978 0.3353 0.849 0.700
#> 4 4 1.000 0.987 0.992 0.1119 0.903 0.734
#> 5 5 1.000 0.975 0.980 0.0954 0.927 0.740
#> 6 6 0.927 0.915 0.921 0.0266 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049362 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049361 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049360 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049359 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049358 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049357 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049356 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049355 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049354 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049353 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049352 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049351 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049350 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049349 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049348 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049347 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049346 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049345 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049344 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049343 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049342 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049341 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049340 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049339 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049538 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049537 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049536 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049535 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 0.732 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.991 -0.307 0.556 0.444
#> SRR2049463 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049437 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049434 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049432 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049433 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049431 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049430 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049429 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049396 1 0.000 0.878 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049393 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049392 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049388 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049389 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049391 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049390 1 0.988 0.373 0.564 0.436
#> SRR2049387 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049386 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049385 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049384 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049382 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049383 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049381 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049380 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049379 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049378 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049376 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049377 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049375 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049374 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049373 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049372 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049371 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049370 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049369 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049368 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049366 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049367 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049365 2 0.988 0.584 0.436 0.564
#> SRR2049364 2 0.988 0.584 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049538 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049537 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049536 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049535 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.00 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.51 0.686 0.248 0.000 0.752
#> SRR2049463 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049437 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049434 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049432 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049433 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049431 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049430 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049429 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049396 1 0.00 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049393 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049392 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049388 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049390 1 0.52 0.741 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049387 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.00 0.995 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.1211 0.944 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR2049539 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.3123 0.835 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR2049485 4 0.3172 0.830 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR2049484 4 0.1211 0.954 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049483 4 0.1211 0.954 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049482 4 0.1211 0.954 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049481 4 0.1211 0.954 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049479 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049480 4 0.1211 0.954 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049477 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049475 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049473 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049472 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049471 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049470 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049467 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049464 1 0.2760 0.840 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049463 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049461 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049462 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049460 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049459 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049455 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049456 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049454 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049453 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049449 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049447 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049446 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049445 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049443 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049441 1 0.1022 0.976 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049440 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049438 1 0.0921 0.978 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049436 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049428 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0592 0.982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049419 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0592 0.982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049411 1 0.0817 0.980 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049413 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0592 0.982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049409 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049408 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0592 0.982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049399 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049398 1 0.1118 0.975 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049397 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049361 3 0.0510 0.991 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049360 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049359 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049358 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0609 0.988 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049355 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049354 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049353 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049352 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049351 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049349 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049348 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049347 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0404 0.992 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049345 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049344 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049342 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049341 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0290 0.992 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049339 4 0.0290 0.977 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2049539 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049538 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049537 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049536 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049535 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049534 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049533 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049532 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049531 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049530 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049529 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0162 0.995 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049526 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049525 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049524 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049523 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049522 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049519 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049518 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049517 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049516 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049515 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049514 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049513 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049512 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049509 2 0.0162 0.995 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049506 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049505 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049504 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049503 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049502 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049501 2 0.0324 0.994 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049500 2 0.0162 0.995 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049499 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049498 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049497 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049496 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049493 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049492 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0162 0.995 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.2753 0.846 0.000 0.136 0.000 0.856 0.008
#> SRR2049485 4 0.2843 0.836 0.000 0.144 0.000 0.848 0.008
#> SRR2049484 4 0.0451 0.978 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049483 4 0.0451 0.978 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049482 4 0.0451 0.978 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049481 4 0.0451 0.978 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049479 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.0451 0.978 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049477 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049476 1 0.0404 0.971 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049478 1 0.2852 0.776 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049474 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049470 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049469 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049468 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049466 5 0.1270 0.976 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049465 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 5 0.0566 0.947 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR2049463 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.1197 0.979 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049457 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049458 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049454 5 0.4304 0.117 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2049452 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049451 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049450 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049442 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049444 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049437 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049439 5 0.1608 0.956 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2049435 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049434 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049432 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049433 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049431 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049430 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049429 1 0.4256 0.148 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049428 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049427 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049426 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049425 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049424 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049423 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049422 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049421 5 0.1965 0.931 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2049420 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049418 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049417 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049416 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049415 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049414 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049412 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049410 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0290 0.974 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049408 1 0.0404 0.971 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049407 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049406 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049405 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049404 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049403 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049402 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049401 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049400 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0162 0.977 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049398 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049395 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049396 5 0.1121 0.982 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049394 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049393 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049392 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049391 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049390 4 0.0290 0.984 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049387 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049386 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049385 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049384 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049382 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049383 3 0.0404 0.991 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049381 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0290 0.992 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049379 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049378 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049376 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049377 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049375 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049373 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049372 3 0.0794 0.987 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049371 3 0.0404 0.992 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049370 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049368 3 0.0703 0.987 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049366 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049367 3 0.0609 0.988 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049365 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049364 3 0.0162 0.993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0458 0.946 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.2823 0.886 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.2178 0.925 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.2854 0.887 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.0632 0.945 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0632 0.948 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.0632 0.947 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.2562 0.904 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.0632 0.947 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0790 0.947 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0790 0.944 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.0790 0.946 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.0790 0.944 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.2697 0.901 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.0458 0.947 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.0260 0.947 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0713 0.947 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.1714 0.937 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.1007 0.945 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.0547 0.946 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.0458 0.947 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.1444 0.940 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.0458 0.946 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.1765 0.933 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2049339 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049538 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049537 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049536 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049535 2 0.0790 0.978 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.1387 0.963 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.1075 0.973 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.1075 0.975 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.1267 0.967 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0790 0.978 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.1007 0.975 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0363 0.983 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.1204 0.952 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.1444 0.964 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.1387 0.963 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.1387 0.963 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049515 2 0.0363 0.982 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049514 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0363 0.983 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.1007 0.974 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.1387 0.963 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049506 2 0.1387 0.963 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.1075 0.973 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.1007 0.975 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.1007 0.974 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.0458 0.982 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049489 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.1007 0.974 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0260 0.983 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049486 4 0.4026 0.828 0.000 0.088 0.000 0.752 0.000 NA
#> SRR2049485 4 0.4295 0.801 0.000 0.112 0.000 0.728 0.000 NA
#> SRR2049484 4 0.2706 0.894 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 NA
#> SRR2049483 4 0.2706 0.894 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 NA
#> SRR2049482 4 0.2706 0.894 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 NA
#> SRR2049481 4 0.2706 0.894 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 NA
#> SRR2049479 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 4 0.2706 0.894 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 NA
#> SRR2049477 1 0.0865 0.933 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 5 0.3288 0.826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 NA
#> SRR2049476 1 0.2191 0.890 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049478 1 0.4949 0.587 0.648 0.000 0.000 0.000 0.208 NA
#> SRR2049474 1 0.0146 0.935 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.0363 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.1141 0.932 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049470 5 0.2300 0.863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 NA
#> SRR2049469 1 0.2092 0.884 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.0458 0.935 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049467 1 0.4215 0.743 0.724 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR2049466 5 0.4184 0.767 0.016 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> SRR2049465 1 0.0458 0.935 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 5 0.3866 0.723 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 NA
#> SRR2049463 1 0.0146 0.935 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049461 1 0.0146 0.935 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.1007 0.932 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.0458 0.936 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 5 0.3789 0.771 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 NA
#> SRR2049457 1 0.0790 0.936 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049456 5 0.3765 0.777 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 NA
#> SRR2049458 1 0.2562 0.861 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 5 0.6099 0.300 0.316 0.000 0.000 0.000 0.384 NA
#> SRR2049452 1 0.0363 0.935 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 5 0.3659 0.797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 NA
#> SRR2049451 5 0.3266 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 NA
#> SRR2049450 1 0.0458 0.936 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049449 1 0.0146 0.936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.0146 0.935 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.0363 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049443 5 0.3309 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720 NA
#> SRR2049442 5 0.0260 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049444 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049441 1 0.0865 0.933 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.0363 0.935 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.1007 0.934 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049437 5 0.3448 0.822 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716 NA
#> SRR2049439 5 0.5070 0.728 0.096 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> SRR2049435 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049434 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049432 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049433 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049431 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049430 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049429 1 0.5478 0.279 0.512 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> SRR2049428 5 0.0972 0.860 0.008 0.000 0.000 0.000 0.964 NA
#> SRR2049427 5 0.1910 0.865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR2049426 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049425 5 0.2762 0.850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA
#> SRR2049424 5 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049423 5 0.2912 0.846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 NA
#> SRR2049422 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049421 5 0.4856 0.750 0.068 0.000 0.000 0.000 0.572 NA
#> SRR2049420 1 0.2048 0.907 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049418 5 0.3789 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 NA
#> SRR2049417 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049416 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049415 5 0.1075 0.870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR2049414 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049412 1 0.1814 0.913 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049411 1 0.1765 0.912 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049413 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049410 1 0.2191 0.901 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049409 1 0.2632 0.879 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049408 1 0.4240 0.766 0.736 0.000 0.000 0.000 0.140 NA
#> SRR2049407 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049406 5 0.2454 0.857 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 NA
#> SRR2049405 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049404 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049403 5 0.2969 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 NA
#> SRR2049402 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049401 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049400 1 0.1814 0.911 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049399 1 0.2831 0.885 0.840 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2049398 1 0.1663 0.913 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049397 5 0.0000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049395 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049396 5 0.0146 0.871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049394 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049393 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049392 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049388 3 0.0713 0.947 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0458 0.948 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049390 4 0.0000 0.958 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049387 3 0.2823 0.889 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0865 0.945 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0790 0.945 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.2823 0.886 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 NA
#> SRR2049382 3 0.2527 0.912 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.2178 0.922 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.0790 0.943 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.1075 0.947 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.0632 0.948 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.0632 0.945 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0865 0.947 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.0790 0.945 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.0632 0.944 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.2664 0.897 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.2631 0.898 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.2631 0.902 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.1444 0.943 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.0363 0.946 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.2823 0.886 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.2664 0.899 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.0713 0.944 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.2260 0.923 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0632 0.944 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.0632 0.945 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.924 0.969 0.983 0.4173 0.595 0.595
#> 3 3 1.000 0.998 0.999 0.5437 0.762 0.599
#> 4 4 0.970 0.932 0.971 0.1470 0.899 0.719
#> 5 5 0.935 0.933 0.957 0.0433 0.950 0.815
#> 6 6 0.960 0.870 0.949 0.0236 0.982 0.922
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR2049362 1 0.2948 0.942 0.948 0.052
#> SRR2049361 1 0.6801 0.812 0.820 0.180
#> SRR2049360 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049359 1 0.5519 0.872 0.872 0.128
#> SRR2049358 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR2049357 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.2043 0.957 0.968 0.032
#> SRR2049355 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR2049353 1 0.5059 0.889 0.888 0.112
#> SRR2049352 1 0.2778 0.945 0.952 0.048
#> SRR2049351 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049350 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.2778 0.945 0.952 0.048
#> SRR2049347 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR2049346 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049345 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> SRR2049343 1 0.0376 0.975 0.996 0.004
#> SRR2049342 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> SRR2049340 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049463 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049388 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.1633 0.962 0.976 0.024
#> SRR2049391 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049387 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> SRR2049386 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> SRR2049385 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.7056 0.797 0.808 0.192
#> SRR2049383 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.5408 0.877 0.876 0.124
#> SRR2049380 1 0.4815 0.897 0.896 0.104
#> SRR2049379 1 0.4690 0.901 0.900 0.100
#> SRR2049378 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> SRR2049376 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> SRR2049377 1 0.7056 0.797 0.808 0.192
#> SRR2049375 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.4690 0.900 0.900 0.100
#> SRR2049373 1 0.6438 0.832 0.836 0.164
#> SRR2049372 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049371 1 0.7219 0.787 0.800 0.200
#> SRR2049370 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.5519 0.873 0.872 0.128
#> SRR2049368 1 0.3114 0.939 0.944 0.056
#> SRR2049366 1 0.4815 0.897 0.896 0.104
#> SRR2049367 1 0.4562 0.904 0.904 0.096
#> SRR2049365 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049339 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049539 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049538 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049537 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049536 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049479 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049477 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049475 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049476 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049478 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049474 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049473 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049472 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049471 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049470 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049469 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049468 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049467 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049466 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049465 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049464 1 0.418 0.792 0.828 0.172 0
#> SRR2049463 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049461 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049462 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049460 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049459 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049457 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049455 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049456 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049458 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049454 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049452 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049453 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049451 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049450 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049449 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049447 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049446 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049445 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049443 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049442 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049444 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049441 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049440 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049438 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049436 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049437 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049439 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049435 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049434 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049432 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049433 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049431 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049430 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049429 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049428 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049427 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049426 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049425 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049424 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049423 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049422 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049421 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049420 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049419 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049418 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049417 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049416 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049415 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049414 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049412 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049411 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049413 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049410 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049409 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049408 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049407 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049406 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049405 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049404 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049403 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049402 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049401 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049400 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049399 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049398 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049397 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049395 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049396 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049394 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049393 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049392 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049391 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049390 1 0.000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049539 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049538 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049537 4 0.0469 0.937 0.012 0.000 0 0.988
#> SRR2049536 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049535 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049479 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049480 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR2049477 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049475 4 0.4967 0.156 0.452 0.000 0 0.548
#> SRR2049476 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049478 4 0.4888 0.279 0.412 0.000 0 0.588
#> SRR2049474 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049473 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049472 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049471 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049470 1 0.4907 0.288 0.580 0.000 0 0.420
#> SRR2049469 4 0.3400 0.749 0.180 0.000 0 0.820
#> SRR2049468 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049467 4 0.4713 0.419 0.360 0.000 0 0.640
#> SRR2049466 1 0.2973 0.835 0.856 0.000 0 0.144
#> SRR2049465 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049464 2 0.3377 0.792 0.012 0.848 0 0.140
#> SRR2049463 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049461 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049462 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049460 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049459 1 0.2973 0.835 0.856 0.000 0 0.144
#> SRR2049457 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049455 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049456 1 0.2281 0.877 0.904 0.000 0 0.096
#> SRR2049458 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049454 4 0.4564 0.491 0.328 0.000 0 0.672
#> SRR2049452 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049453 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049451 1 0.0707 0.922 0.980 0.000 0 0.020
#> SRR2049450 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049449 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049447 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049446 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049445 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049443 4 0.4996 0.030 0.484 0.000 0 0.516
#> SRR2049442 1 0.3074 0.828 0.848 0.000 0 0.152
#> SRR2049444 4 0.0592 0.934 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR2049441 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049440 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049438 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049436 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049437 4 0.4955 0.181 0.444 0.000 0 0.556
#> SRR2049439 4 0.4933 0.223 0.432 0.000 0 0.568
#> SRR2049435 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049434 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049432 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049433 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049431 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049430 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049429 4 0.0921 0.925 0.028 0.000 0 0.972
#> SRR2049428 4 0.0469 0.937 0.012 0.000 0 0.988
#> SRR2049427 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049426 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049425 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049424 1 0.2814 0.847 0.868 0.000 0 0.132
#> SRR2049423 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049422 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049421 1 0.4967 0.180 0.548 0.000 0 0.452
#> SRR2049420 4 0.0707 0.931 0.020 0.000 0 0.980
#> SRR2049419 1 0.1716 0.898 0.936 0.000 0 0.064
#> SRR2049418 1 0.3982 0.735 0.776 0.004 0 0.220
#> SRR2049417 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049416 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049415 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049414 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049412 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049411 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049413 1 0.0921 0.919 0.972 0.000 0 0.028
#> SRR2049410 4 0.0469 0.936 0.012 0.000 0 0.988
#> SRR2049409 4 0.1211 0.915 0.040 0.000 0 0.960
#> SRR2049408 4 0.0921 0.924 0.028 0.000 0 0.972
#> SRR2049407 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049406 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049405 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049404 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049403 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049402 1 0.0336 0.926 0.992 0.000 0 0.008
#> SRR2049401 1 0.1474 0.905 0.948 0.000 0 0.052
#> SRR2049400 4 0.0469 0.936 0.012 0.000 0 0.988
#> SRR2049399 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049398 4 0.0336 0.938 0.008 0.000 0 0.992
#> SRR2049397 1 0.0188 0.927 0.996 0.000 0 0.004
#> SRR2049395 4 0.0657 0.935 0.012 0.004 0 0.984
#> SRR2049396 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2049394 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049393 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049392 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049391 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049390 4 0.0188 0.934 0.004 0.000 0 0.996
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049538 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049537 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049536 1 0.3336 0.62503 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.3969 0.62278 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR2049476 1 0.0324 0.89977 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049478 1 0.3534 0.69461 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049474 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0162 0.90137 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049472 1 0.0162 0.90063 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.4425 0.00809 0.452 0.000 0.000 0.004 0.544
#> SRR2049469 1 0.1410 0.86652 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049468 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.3388 0.74945 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR2049466 1 0.5594 0.51960 0.632 0.000 0.000 0.136 0.232
#> SRR2049465 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.3085 0.84073 0.032 0.852 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049463 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0290 0.89843 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049459 1 0.5109 0.64316 0.696 0.000 0.000 0.132 0.172
#> SRR2049457 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.5680 0.59356 0.228 0.000 0.000 0.148 0.624
#> SRR2049458 1 0.0290 0.90016 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049454 1 0.3419 0.76491 0.804 0.000 0.000 0.016 0.180
#> SRR2049452 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.2798 0.86254 0.008 0.000 0.000 0.140 0.852
#> SRR2049451 5 0.2727 0.79309 0.116 0.000 0.000 0.016 0.868
#> SRR2049450 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0162 0.90051 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.4366 0.58361 0.664 0.000 0.000 0.016 0.320
#> SRR2049442 5 0.2540 0.83845 0.024 0.000 0.000 0.088 0.888
#> SRR2049444 1 0.0510 0.89688 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.3730 0.79665 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049437 1 0.4206 0.63732 0.696 0.000 0.000 0.016 0.288
#> SRR2049439 1 0.4275 0.63976 0.696 0.000 0.000 0.020 0.284
#> SRR2049435 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049434 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049432 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049433 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049431 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049430 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049429 1 0.1043 0.88328 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049428 1 0.2707 0.76713 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR2049427 5 0.2230 0.87302 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR2049426 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049425 5 0.2605 0.86185 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR2049424 5 0.0404 0.90829 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049423 5 0.2377 0.86905 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR2049422 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049421 1 0.3476 0.76224 0.804 0.000 0.000 0.020 0.176
#> SRR2049420 1 0.0510 0.89702 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049419 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049418 1 0.5519 0.54060 0.648 0.000 0.000 0.148 0.204
#> SRR2049417 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049415 5 0.1792 0.88751 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR2049414 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0404 0.89907 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049410 1 0.0510 0.89688 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049409 1 0.0609 0.89489 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049408 1 0.0404 0.89874 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049407 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049406 5 0.2377 0.86905 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR2049405 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049403 5 0.2424 0.86789 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2049402 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049400 1 0.0510 0.89853 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.90234 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049395 1 0.3949 0.38928 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR2049396 5 0.0000 0.91628 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049394 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049393 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049392 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049390 4 0.2605 0.98725 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0162 0.99572 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049382 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.99991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.2823 0.68991 0.796 0.000 0 0.204 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049532 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049529 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049525 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049524 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049521 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049519 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049517 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049515 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049514 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049512 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049511 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049510 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049509 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049505 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049502 2 0.0363 0.98411 0.000 0.988 0 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049501 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049497 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049496 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049494 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049493 2 0.0146 0.98809 0.000 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049491 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.98846 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049485 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049484 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049483 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049482 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049481 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049479 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0547 0.97924 0.000 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049477 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.4544 0.26570 0.548 0.000 0 0.000 0.416 0.036
#> SRR2049476 1 0.0291 0.88875 0.992 0.000 0 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049478 1 0.3563 0.48123 0.664 0.000 0 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0146 0.89059 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.5648 0.00418 0.372 0.000 0 0.000 0.472 0.156
#> SRR2049469 1 0.1327 0.84490 0.936 0.000 0 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.2178 0.77704 0.868 0.000 0 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049466 6 0.3073 0.59817 0.204 0.000 0 0.000 0.008 0.788
#> SRR2049465 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.4362 0.31290 0.020 0.584 0 0.004 0.000 0.392
#> SRR2049463 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0146 0.89059 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049459 6 0.2350 0.66412 0.036 0.000 0 0.000 0.076 0.888
#> SRR2049457 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 6 0.0713 0.66756 0.028 0.000 0 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049458 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.2340 0.75858 0.852 0.000 0 0.000 0.148 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 6 0.2996 0.52190 0.000 0.000 0 0.000 0.228 0.772
#> SRR2049451 5 0.3756 0.27955 0.004 0.000 0 0.000 0.644 0.352
#> SRR2049450 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.5357 0.09410 0.464 0.000 0 0.000 0.428 0.108
#> SRR2049442 5 0.1918 0.69513 0.008 0.000 0 0.088 0.904 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.3198 0.54172 0.260 0.000 0 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.5091 0.18515 0.504 0.000 0 0.000 0.416 0.080
#> SRR2049439 5 0.5939 -0.08466 0.372 0.000 0 0.000 0.412 0.216
#> SRR2049435 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.3765 0.27051 0.596 0.000 0 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049428 1 0.2218 0.79832 0.884 0.000 0 0.104 0.012 0.000
#> SRR2049427 5 0.3727 0.20940 0.000 0.000 0 0.000 0.612 0.388
#> SRR2049426 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049425 6 0.2597 0.60856 0.000 0.000 0 0.000 0.176 0.824
#> SRR2049424 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049423 5 0.3869 -0.09054 0.000 0.000 0 0.000 0.500 0.500
#> SRR2049422 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 6 0.6026 0.22781 0.376 0.000 0 0.000 0.244 0.380
#> SRR2049420 1 0.1663 0.82237 0.912 0.000 0 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049419 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 6 0.3055 0.66850 0.096 0.000 0 0.000 0.064 0.840
#> SRR2049417 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049415 5 0.3578 0.31693 0.000 0.000 0 0.000 0.660 0.340
#> SRR2049414 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0146 0.89033 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.2491 0.73843 0.836 0.000 0 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049409 1 0.3706 0.32919 0.620 0.000 0 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049408 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049406 5 0.3823 0.09189 0.000 0.000 0 0.000 0.564 0.436
#> SRR2049405 5 0.1007 0.74935 0.000 0.000 0 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049404 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049403 6 0.3737 0.25598 0.000 0.000 0 0.000 0.392 0.608
#> SRR2049402 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0790 0.87080 0.968 0.000 0 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049399 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.89264 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.3833 0.24261 0.556 0.000 0 0.444 0.000 0.000
#> SRR2049396 5 0.0000 0.78485 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0146 0.97142 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.844 0.903 0.956 0.4369 0.534 0.534
#> 3 3 1.000 0.982 0.992 0.4707 0.692 0.485
#> 4 4 0.952 0.964 0.972 0.1213 0.906 0.742
#> 5 5 0.966 0.954 0.976 0.0927 0.929 0.748
#> 6 6 0.911 0.880 0.929 0.0163 0.971 0.866
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049362 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049361 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049360 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049359 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049358 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049357 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049352 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049351 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049350 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049347 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049345 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049342 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049539 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049538 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049537 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049536 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049535 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049480 2 0.0000 0.882 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049475 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049476 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049478 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049474 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049473 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049472 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049471 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049470 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049469 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049468 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049467 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049466 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049465 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049464 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049463 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049461 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049462 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049460 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049459 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049457 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049455 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049456 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049458 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049454 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049452 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049453 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049451 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049450 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049449 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049447 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049446 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049445 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049443 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049442 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049444 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049441 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049440 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049438 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049436 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049437 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049439 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049435 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049434 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049432 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049433 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049431 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049430 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049429 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049428 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049427 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049426 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049425 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049424 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049423 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049422 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049421 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049420 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049419 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049418 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049417 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049416 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049415 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049414 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049412 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049411 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049413 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049410 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049409 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049408 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049407 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049406 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049405 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049404 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049403 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049402 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049401 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049400 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049399 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049398 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049397 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049395 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049396 1 0.0672 0.996 0.992 0.008
#> SRR2049394 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049393 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049392 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049388 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049390 2 0.9983 0.284 0.476 0.524
#> SRR2049387 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049383 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049380 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049379 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049378 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049376 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049375 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049373 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049371 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049370 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049368 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049366 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049367 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049365 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.4121 0.784 0.168 0.000 0.832
#> SRR2049539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049485 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049484 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049483 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049482 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049481 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4121 0.810 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.4887 0.706 0.228 0.000 0.772
#> SRR2049463 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049396 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0188 0.995 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.6673 0.582 0.252 0.000 0.140 0.608
#> SRR2049539 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049538 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049537 4 0.1211 0.920 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049536 4 0.3975 0.670 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR2049535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.1302 0.950 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049533 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049524 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049523 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049518 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049505 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049504 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049485 4 0.2760 0.862 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR2049484 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049483 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049482 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049481 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049479 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049480 4 0.2704 0.866 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049477 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049475 1 0.0817 0.952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049476 1 0.0592 0.959 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049478 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049473 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049472 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049471 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049470 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049469 1 0.0592 0.959 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049468 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049467 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049466 1 0.2704 0.897 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049465 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049464 1 0.5293 0.724 0.748 0.000 0.152 0.100
#> SRR2049463 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049461 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049462 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049460 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049459 1 0.2469 0.901 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049457 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049455 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049456 1 0.2868 0.892 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049458 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049454 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049452 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049453 1 0.2530 0.896 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049451 1 0.0921 0.952 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049450 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049449 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049447 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049446 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049445 1 0.0921 0.960 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049443 1 0.0707 0.954 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049442 1 0.1118 0.949 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049444 1 0.0592 0.958 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049441 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049440 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049438 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049436 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049437 1 0.0188 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049439 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049434 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049432 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049433 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049431 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049430 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049429 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049428 1 0.1022 0.960 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049427 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049426 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049425 1 0.2530 0.896 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049424 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049423 1 0.2530 0.896 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049422 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049421 1 0.0336 0.955 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049420 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049419 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049418 1 0.2814 0.892 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049417 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049416 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049415 1 0.2469 0.900 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049414 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049412 1 0.1302 0.957 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049411 1 0.1118 0.958 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049413 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049410 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049409 1 0.1118 0.959 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049408 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049407 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049406 1 0.2530 0.896 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049405 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049404 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049403 1 0.2530 0.896 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049402 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049401 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049400 1 0.1022 0.959 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049399 1 0.1474 0.955 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049398 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049397 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049395 1 0.3873 0.780 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049396 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049394 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049393 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049392 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049390 4 0.0817 0.931 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.3210 0.718 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.1121 0.949 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049485 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049484 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049483 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049482 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049481 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.3109 0.812 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.3857 0.596 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2049476 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.1671 0.911 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049474 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.0162 0.951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049469 1 0.0404 0.956 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049468 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.1121 0.936 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049466 5 0.3353 0.776 0.196 0.000 0.000 0.008 0.796
#> SRR2049465 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 5 0.5539 0.706 0.172 0.000 0.048 0.076 0.704
#> SRR2049463 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.3353 0.776 0.196 0.000 0.000 0.008 0.796
#> SRR2049457 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.3231 0.778 0.196 0.000 0.000 0.004 0.800
#> SRR2049458 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.1197 0.932 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049452 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0510 0.943 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049451 5 0.1270 0.914 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049450 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.3143 0.769 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049442 5 0.0162 0.951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049444 1 0.1121 0.937 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049441 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.2329 0.864 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049439 1 0.1908 0.894 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049435 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0162 0.959 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049428 1 0.1965 0.897 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049427 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049424 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049423 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049422 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049421 1 0.2690 0.829 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049420 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049418 5 0.3988 0.756 0.196 0.000 0.000 0.036 0.768
#> SRR2049417 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049415 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049414 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049412 1 0.1106 0.944 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2049411 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0955 0.945 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049408 1 0.0510 0.954 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049407 5 0.0162 0.951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049406 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049405 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049403 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049401 5 0.0162 0.951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049400 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.1725 0.926 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR2049398 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049395 1 0.5855 0.353 0.536 0.000 0.000 0.356 0.108
#> SRR2049396 5 0.0162 0.951 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049394 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049362 3 0.2969 0.839 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049361 3 0.2527 0.875 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049360 3 0.3499 0.745 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049359 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0777 0.932 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049356 3 0.2300 0.888 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049355 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049354 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0260 0.936 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049352 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.2912 0.845 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049349 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0790 0.932 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049347 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049346 3 0.2491 0.878 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049345 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0458 0.935 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049342 3 0.0458 0.936 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049341 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.1814 0.907 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049339 6 0.5823 0.293 0.000 0.000 0.296 0.192 0.004 0.508
#> SRR2049539 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.3867 -0.324 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR2049533 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049531 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049530 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.2454 0.759 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049528 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0146 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049526 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.1141 0.919 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049523 2 0.2260 0.794 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049522 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.2003 0.833 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049518 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0937 0.933 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049508 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0865 0.937 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049506 2 0.1007 0.929 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049505 2 0.0632 0.949 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049504 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 6 0.5743 0.831 0.000 0.292 0.000 0.204 0.000 0.504
#> SRR2049485 6 0.5743 0.831 0.000 0.292 0.000 0.204 0.000 0.504
#> SRR2049484 6 0.5751 0.833 0.000 0.288 0.000 0.208 0.000 0.504
#> SRR2049483 6 0.5751 0.833 0.000 0.288 0.000 0.208 0.000 0.504
#> SRR2049482 6 0.5751 0.833 0.000 0.288 0.000 0.208 0.000 0.504
#> SRR2049481 6 0.5751 0.833 0.000 0.288 0.000 0.208 0.000 0.504
#> SRR2049479 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 6 0.5751 0.833 0.000 0.288 0.000 0.208 0.000 0.504
#> SRR2049477 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.3464 0.586 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.1714 0.877 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.1814 0.863 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049466 5 0.3351 0.631 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.3830 0.356 0.036 0.000 0.008 0.000 0.196 0.760
#> SRR2049463 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0260 0.952 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049462 1 0.0146 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.3351 0.631 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.3351 0.631 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.1204 0.911 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0260 0.852 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049451 5 0.0713 0.839 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.3578 0.538 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR2049442 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.3672 0.316 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049437 5 0.3843 0.281 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049439 5 0.3864 0.196 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.0260 0.952 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049428 1 0.3868 -0.136 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR2049427 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049424 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049423 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049422 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 5 0.3854 0.246 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 5 0.3351 0.631 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049417 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049415 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049414 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.1714 0.872 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0146 0.954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049409 1 0.1204 0.911 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049408 1 0.1007 0.925 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049407 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049406 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049405 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049403 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.2491 0.769 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 5 0.7275 0.120 0.168 0.000 0.000 0.320 0.376 0.136
#> SRR2049396 5 0.0000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049389 3 0.0458 0.936 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049391 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.2762 0.860 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049386 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.3634 0.702 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049382 3 0.2562 0.874 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049383 3 0.0865 0.930 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049381 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049379 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0363 0.936 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049377 3 0.0260 0.936 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049375 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.2597 0.872 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049373 3 0.2527 0.876 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049372 3 0.2730 0.862 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049371 3 0.0547 0.935 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049370 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.3647 0.697 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049368 3 0.2597 0.872 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049366 3 0.0000 0.936 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.2664 0.867 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049365 3 0.1267 0.923 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049364 3 0.0146 0.936 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.399 0.671 0.857 0.4718 0.534 0.534
#> 3 3 0.767 0.919 0.927 0.3741 0.764 0.581
#> 4 4 0.808 0.844 0.897 0.0681 0.997 0.992
#> 5 5 0.851 0.705 0.875 0.0875 0.904 0.733
#> 6 6 0.931 0.913 0.930 0.0481 0.930 0.746
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.9552 0.4507 0.624 0.376
#> SRR2049362 1 0.8555 0.5908 0.720 0.280
#> SRR2049361 2 0.9552 0.3377 0.376 0.624
#> SRR2049360 1 0.9983 0.1665 0.524 0.476
#> SRR2049359 2 0.9661 0.2943 0.392 0.608
#> SRR2049358 1 0.9795 0.3581 0.584 0.416
#> SRR2049357 1 0.8955 0.5521 0.688 0.312
#> SRR2049356 1 0.8909 0.5574 0.692 0.308
#> SRR2049355 1 0.9635 0.4266 0.612 0.388
#> SRR2049354 2 0.9988 -0.0160 0.480 0.520
#> SRR2049353 2 0.9944 0.0852 0.456 0.544
#> SRR2049352 2 0.9552 0.3371 0.376 0.624
#> SRR2049351 2 0.9522 0.3470 0.372 0.628
#> SRR2049350 1 0.8555 0.5908 0.720 0.280
#> SRR2049349 1 0.9815 0.3489 0.580 0.420
#> SRR2049348 2 0.9129 0.4406 0.328 0.672
#> SRR2049347 2 0.9286 0.4098 0.344 0.656
#> SRR2049346 2 0.9954 0.0676 0.460 0.540
#> SRR2049345 1 0.9608 0.4345 0.616 0.384
#> SRR2049344 1 0.9248 0.5130 0.660 0.340
#> SRR2049343 1 0.9460 0.4734 0.636 0.364
#> SRR2049342 1 0.9248 0.5129 0.660 0.340
#> SRR2049341 1 0.9427 0.4804 0.640 0.360
#> SRR2049340 1 0.8661 0.5817 0.712 0.288
#> SRR2049339 2 0.9661 0.2946 0.392 0.608
#> SRR2049539 1 0.2778 0.7975 0.952 0.048
#> SRR2049538 1 0.4298 0.7736 0.912 0.088
#> SRR2049537 1 0.6343 0.7003 0.840 0.160
#> SRR2049536 1 0.4161 0.7743 0.916 0.084
#> SRR2049535 2 0.1184 0.7963 0.016 0.984
#> SRR2049534 2 0.5737 0.7339 0.136 0.864
#> SRR2049533 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.7815 0.6463 0.232 0.768
#> SRR2049531 2 0.3274 0.7819 0.060 0.940
#> SRR2049530 2 0.0938 0.7969 0.012 0.988
#> SRR2049529 2 0.8555 0.5860 0.280 0.720
#> SRR2049528 2 0.8267 0.6132 0.260 0.740
#> SRR2049527 2 0.8386 0.6024 0.268 0.732
#> SRR2049526 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.7453 0.6686 0.212 0.788
#> SRR2049523 2 0.8555 0.5860 0.280 0.720
#> SRR2049522 2 0.0672 0.7971 0.008 0.992
#> SRR2049521 2 0.3114 0.7834 0.056 0.944
#> SRR2049520 2 0.0672 0.7971 0.008 0.992
#> SRR2049519 2 0.8555 0.5860 0.280 0.720
#> SRR2049518 2 0.4431 0.7633 0.092 0.908
#> SRR2049517 2 0.6887 0.6946 0.184 0.816
#> SRR2049516 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049513 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049511 2 0.2603 0.7884 0.044 0.956
#> SRR2049510 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.8555 0.5860 0.280 0.720
#> SRR2049508 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049507 2 0.8499 0.5918 0.276 0.724
#> SRR2049506 2 0.7139 0.6843 0.196 0.804
#> SRR2049505 2 0.8555 0.5860 0.280 0.720
#> SRR2049504 2 0.0672 0.7972 0.008 0.992
#> SRR2049503 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.6712 0.7017 0.176 0.824
#> SRR2049501 2 0.3431 0.7795 0.064 0.936
#> SRR2049500 2 0.0672 0.7971 0.008 0.992
#> SRR2049499 2 0.7602 0.6589 0.220 0.780
#> SRR2049498 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049496 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.8499 0.5918 0.276 0.724
#> SRR2049494 2 0.0938 0.7969 0.012 0.988
#> SRR2049493 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.4161 0.7684 0.084 0.916
#> SRR2049490 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.7957 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.1414 0.7954 0.020 0.980
#> SRR2049488 2 0.8386 0.6024 0.268 0.732
#> SRR2049487 2 0.2423 0.7897 0.040 0.960
#> SRR2049486 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049485 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049484 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049483 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049482 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049481 2 0.0376 0.7971 0.004 0.996
#> SRR2049479 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.1184 0.7963 0.016 0.984
#> SRR2049477 1 0.3274 0.7897 0.940 0.060
#> SRR2049475 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0938 0.8105 0.988 0.012
#> SRR2049472 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0672 0.8115 0.992 0.008
#> SRR2049470 1 0.2423 0.8011 0.960 0.040
#> SRR2049469 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.2778 0.7962 0.952 0.048
#> SRR2049464 2 0.2236 0.7842 0.036 0.964
#> SRR2049463 1 0.0376 0.8120 0.996 0.004
#> SRR2049461 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.1414 0.8080 0.980 0.020
#> SRR2049460 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.3114 0.7918 0.944 0.056
#> SRR2049455 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0672 0.8114 0.992 0.008
#> SRR2049453 1 0.2948 0.7958 0.948 0.052
#> SRR2049451 1 0.0376 0.8123 0.996 0.004
#> SRR2049450 1 0.2236 0.8018 0.964 0.036
#> SRR2049449 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.3879 0.7819 0.924 0.076
#> SRR2049444 1 0.0672 0.8116 0.992 0.008
#> SRR2049441 1 0.0376 0.8120 0.996 0.004
#> SRR2049440 1 0.4562 0.7656 0.904 0.096
#> SRR2049438 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.7745 0.5980 0.772 0.228
#> SRR2049434 1 0.2948 0.7958 0.948 0.052
#> SRR2049432 1 0.5178 0.7491 0.884 0.116
#> SRR2049433 1 0.6531 0.6899 0.832 0.168
#> SRR2049431 1 0.4562 0.7673 0.904 0.096
#> SRR2049430 1 0.3584 0.7868 0.932 0.068
#> SRR2049429 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.2236 0.8029 0.964 0.036
#> SRR2049427 1 0.5178 0.7488 0.884 0.116
#> SRR2049426 1 0.6343 0.7003 0.840 0.160
#> SRR2049425 1 0.6438 0.6951 0.836 0.164
#> SRR2049424 1 0.6343 0.7003 0.840 0.160
#> SRR2049423 1 0.4690 0.7649 0.900 0.100
#> SRR2049422 1 0.5842 0.7236 0.860 0.140
#> SRR2049421 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.1184 0.8093 0.984 0.016
#> SRR2049419 1 0.6801 0.6733 0.820 0.180
#> SRR2049418 1 0.0672 0.8115 0.992 0.008
#> SRR2049417 1 0.2948 0.7958 0.948 0.052
#> SRR2049416 1 0.4022 0.7793 0.920 0.080
#> SRR2049415 1 0.7674 0.6049 0.776 0.224
#> SRR2049414 1 0.5408 0.7418 0.876 0.124
#> SRR2049412 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.4562 0.7673 0.904 0.096
#> SRR2049410 1 0.0672 0.8116 0.992 0.008
#> SRR2049409 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0376 0.8123 0.996 0.004
#> SRR2049407 1 0.4562 0.7670 0.904 0.096
#> SRR2049406 1 0.7056 0.6558 0.808 0.192
#> SRR2049405 1 0.2603 0.7998 0.956 0.044
#> SRR2049404 1 0.3274 0.7915 0.940 0.060
#> SRR2049403 1 0.4161 0.7765 0.916 0.084
#> SRR2049402 1 0.4562 0.7673 0.904 0.096
#> SRR2049401 1 0.7674 0.6049 0.776 0.224
#> SRR2049400 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.8128 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.5519 0.7368 0.872 0.128
#> SRR2049395 1 0.8144 0.5541 0.748 0.252
#> SRR2049396 1 0.5519 0.7367 0.872 0.128
#> SRR2049394 1 0.3274 0.7915 0.940 0.060
#> SRR2049393 1 0.1843 0.8059 0.972 0.028
#> SRR2049392 1 0.2043 0.8045 0.968 0.032
#> SRR2049388 1 0.9323 0.5006 0.652 0.348
#> SRR2049389 1 0.9286 0.5073 0.656 0.344
#> SRR2049391 1 0.0938 0.8106 0.988 0.012
#> SRR2049390 1 0.0938 0.8106 0.988 0.012
#> SRR2049387 1 0.9358 0.4958 0.648 0.352
#> SRR2049386 1 0.9580 0.4430 0.620 0.380
#> SRR2049385 1 0.9775 0.3714 0.588 0.412
#> SRR2049384 1 0.8555 0.5908 0.720 0.280
#> SRR2049382 1 0.9944 0.2400 0.544 0.456
#> SRR2049383 1 0.9661 0.4183 0.608 0.392
#> SRR2049381 1 0.9983 0.1713 0.524 0.476
#> SRR2049380 2 0.9427 0.3766 0.360 0.640
#> SRR2049379 1 0.9833 0.3368 0.576 0.424
#> SRR2049378 2 0.9896 0.1409 0.440 0.560
#> SRR2049376 1 0.9710 0.3984 0.600 0.400
#> SRR2049377 2 0.8499 0.5283 0.276 0.724
#> SRR2049375 1 0.9491 0.4658 0.632 0.368
#> SRR2049374 2 0.9977 0.0176 0.472 0.528
#> SRR2049373 1 0.9850 0.3272 0.572 0.428
#> SRR2049372 1 0.9427 0.4826 0.640 0.360
#> SRR2049371 2 0.9286 0.4098 0.344 0.656
#> SRR2049370 1 0.9286 0.5068 0.656 0.344
#> SRR2049369 1 0.9044 0.5445 0.680 0.320
#> SRR2049368 1 0.9661 0.4167 0.608 0.392
#> SRR2049366 2 0.9963 0.0530 0.464 0.536
#> SRR2049367 1 0.9661 0.4173 0.608 0.392
#> SRR2049365 1 0.8608 0.5863 0.716 0.284
#> SRR2049364 1 0.9393 0.4871 0.644 0.356
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049362 3 0.1643 0.941 0.044 0.000 0.956
#> SRR2049361 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049360 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049359 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049358 3 0.0475 0.980 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049357 3 0.0592 0.975 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049356 3 0.0892 0.968 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049355 3 0.0237 0.980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049354 3 0.0424 0.979 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049353 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049352 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049351 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049350 3 0.2625 0.893 0.084 0.000 0.916
#> SRR2049349 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049348 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049347 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049346 3 0.0424 0.979 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049345 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049344 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049343 3 0.0892 0.968 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049342 3 0.0424 0.978 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049341 3 0.0237 0.980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049340 3 0.2066 0.923 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049339 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049539 1 0.0848 0.930 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049538 1 0.0892 0.927 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049537 1 0.3112 0.901 0.900 0.096 0.004
#> SRR2049536 1 0.4931 0.703 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049535 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049534 2 0.2625 0.933 0.000 0.916 0.084
#> SRR2049533 2 0.3941 0.927 0.000 0.844 0.156
#> SRR2049532 2 0.1411 0.902 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049531 2 0.3038 0.942 0.000 0.896 0.104
#> SRR2049530 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049529 2 0.0661 0.860 0.008 0.988 0.004
#> SRR2049528 2 0.1643 0.908 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049527 2 0.1163 0.895 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049526 2 0.4235 0.911 0.000 0.824 0.176
#> SRR2049525 2 0.4605 0.881 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049524 2 0.2165 0.922 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049523 2 0.0661 0.860 0.008 0.988 0.004
#> SRR2049522 2 0.3752 0.935 0.000 0.856 0.144
#> SRR2049521 2 0.3116 0.943 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049520 2 0.3619 0.939 0.000 0.864 0.136
#> SRR2049519 2 0.1289 0.898 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049518 2 0.3192 0.944 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049517 2 0.2878 0.939 0.000 0.904 0.096
#> SRR2049516 2 0.4504 0.890 0.000 0.804 0.196
#> SRR2049515 2 0.4399 0.900 0.000 0.812 0.188
#> SRR2049514 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049513 2 0.4399 0.899 0.000 0.812 0.188
#> SRR2049512 2 0.3816 0.933 0.000 0.852 0.148
#> SRR2049511 2 0.3192 0.944 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049510 2 0.4605 0.882 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049509 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.3551 0.941 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049507 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049506 2 0.2066 0.919 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049505 2 0.0475 0.863 0.004 0.992 0.004
#> SRR2049504 2 0.3412 0.944 0.000 0.876 0.124
#> SRR2049503 2 0.4002 0.924 0.000 0.840 0.160
#> SRR2049502 2 0.2711 0.935 0.000 0.912 0.088
#> SRR2049501 2 0.3267 0.944 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049500 2 0.3482 0.942 0.000 0.872 0.128
#> SRR2049499 2 0.2878 0.939 0.000 0.904 0.096
#> SRR2049498 2 0.4452 0.894 0.000 0.808 0.192
#> SRR2049497 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049496 2 0.3752 0.935 0.000 0.856 0.144
#> SRR2049495 2 0.1860 0.914 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049494 2 0.3267 0.944 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049493 2 0.3879 0.930 0.000 0.848 0.152
#> SRR2049491 2 0.3116 0.943 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049490 2 0.4346 0.903 0.000 0.816 0.184
#> SRR2049492 2 0.4002 0.924 0.000 0.840 0.160
#> SRR2049489 2 0.3116 0.943 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049488 2 0.1643 0.908 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049487 2 0.3038 0.942 0.000 0.896 0.104
#> SRR2049486 2 0.3551 0.941 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049485 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049484 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049483 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049482 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049481 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049479 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049480 2 0.3340 0.945 0.000 0.880 0.120
#> SRR2049477 1 0.2959 0.870 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049475 1 0.0424 0.929 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049476 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049478 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049474 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049473 1 0.1860 0.910 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049472 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049471 1 0.1163 0.924 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049470 1 0.4047 0.880 0.848 0.148 0.004
#> SRR2049469 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049468 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049467 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049466 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049465 1 0.3619 0.833 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049464 2 0.6483 0.360 0.004 0.544 0.452
#> SRR2049463 1 0.0747 0.929 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049461 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049462 1 0.1753 0.912 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049460 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049459 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049457 1 0.4504 0.757 0.804 0.000 0.196
#> SRR2049455 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049456 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049458 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049454 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049452 1 0.1163 0.924 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049453 1 0.1765 0.921 0.956 0.040 0.004
#> SRR2049451 1 0.2590 0.911 0.924 0.072 0.004
#> SRR2049450 1 0.1964 0.907 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049449 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049447 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049446 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049445 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049443 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.3851 0.885 0.860 0.136 0.004
#> SRR2049444 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049441 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049440 1 0.5733 0.529 0.676 0.000 0.324
#> SRR2049438 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049436 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049437 1 0.0475 0.930 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049439 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049435 1 0.5244 0.807 0.756 0.240 0.004
#> SRR2049434 1 0.1015 0.930 0.980 0.012 0.008
#> SRR2049432 1 0.1267 0.925 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049433 1 0.3193 0.900 0.896 0.100 0.004
#> SRR2049431 1 0.3030 0.904 0.904 0.092 0.004
#> SRR2049430 1 0.2772 0.909 0.916 0.080 0.004
#> SRR2049429 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049428 1 0.0475 0.928 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049427 1 0.4629 0.855 0.808 0.188 0.004
#> SRR2049426 1 0.4978 0.831 0.780 0.216 0.004
#> SRR2049425 1 0.4575 0.858 0.812 0.184 0.004
#> SRR2049424 1 0.4931 0.835 0.784 0.212 0.004
#> SRR2049423 1 0.4351 0.869 0.828 0.168 0.004
#> SRR2049422 1 0.4682 0.852 0.804 0.192 0.004
#> SRR2049421 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049420 1 0.2711 0.881 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049419 1 0.4931 0.835 0.784 0.212 0.004
#> SRR2049418 1 0.1411 0.920 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049417 1 0.4293 0.871 0.832 0.164 0.004
#> SRR2049416 1 0.4629 0.855 0.808 0.188 0.004
#> SRR2049415 1 0.5158 0.815 0.764 0.232 0.004
#> SRR2049414 1 0.4682 0.852 0.804 0.192 0.004
#> SRR2049412 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049411 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049413 1 0.4465 0.864 0.820 0.176 0.004
#> SRR2049410 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049409 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049408 1 0.0424 0.930 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049407 1 0.4465 0.864 0.820 0.176 0.004
#> SRR2049406 1 0.5115 0.819 0.768 0.228 0.004
#> SRR2049405 1 0.3272 0.899 0.892 0.104 0.004
#> SRR2049404 1 0.4682 0.852 0.804 0.192 0.004
#> SRR2049403 1 0.4047 0.880 0.848 0.148 0.004
#> SRR2049402 1 0.4233 0.873 0.836 0.160 0.004
#> SRR2049401 1 0.5201 0.811 0.760 0.236 0.004
#> SRR2049400 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049399 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049398 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049397 1 0.4409 0.866 0.824 0.172 0.004
#> SRR2049395 1 0.5404 0.788 0.740 0.256 0.004
#> SRR2049396 1 0.4883 0.838 0.788 0.208 0.004
#> SRR2049394 1 0.0661 0.930 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049393 1 0.0661 0.930 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049392 1 0.0661 0.930 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049388 3 0.0237 0.980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049389 3 0.0592 0.975 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049391 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049390 1 0.0592 0.931 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049387 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049386 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049385 3 0.0237 0.980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049384 3 0.3686 0.828 0.140 0.000 0.860
#> SRR2049382 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049383 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049381 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049380 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049379 3 0.0424 0.978 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049378 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049376 3 0.0475 0.980 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049377 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049375 3 0.0592 0.975 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049374 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049373 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049372 3 0.0424 0.978 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049371 3 0.0592 0.976 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049370 3 0.0892 0.968 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049369 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049368 3 0.0475 0.980 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049366 3 0.0237 0.981 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049367 3 0.0475 0.980 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049365 3 0.3116 0.862 0.108 0.000 0.892
#> SRR2049364 3 0.0424 0.978 0.008 0.000 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0707 0.955 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049362 3 0.2921 0.871 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049361 3 0.1557 0.938 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049360 3 0.2469 0.903 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049359 3 0.0336 0.957 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049358 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049357 3 0.0469 0.957 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049356 3 0.1637 0.937 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049355 3 0.0707 0.955 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049354 3 0.0592 0.956 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049353 3 0.0817 0.953 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049352 3 0.0469 0.958 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049351 3 0.1022 0.950 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049350 3 0.2530 0.898 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049349 3 0.0592 0.954 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049348 3 0.0592 0.957 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049347 3 0.0707 0.953 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049346 3 0.0707 0.957 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049345 3 0.0336 0.958 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049344 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049343 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049342 3 0.1022 0.949 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049341 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049340 3 0.1389 0.944 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049339 3 0.1743 0.930 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR2049539 1 0.4478 0.742 0.812 0.048 0.008 0.132
#> SRR2049538 1 0.5230 0.676 0.752 0.068 0.004 0.176
#> SRR2049537 1 0.5143 0.693 0.752 0.076 0.000 0.172
#> SRR2049536 1 0.7083 0.340 0.520 0.016 0.084 0.380
#> SRR2049535 2 0.0469 0.935 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049534 2 0.0895 0.924 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2049533 2 0.1302 0.917 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049532 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049531 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049530 2 0.0707 0.934 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049529 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049528 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.1978 0.886 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049525 2 0.2342 0.862 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR2049524 2 0.1388 0.914 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR2049523 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049522 2 0.1356 0.927 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2049521 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049520 2 0.1256 0.931 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR2049519 2 0.0376 0.931 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049518 2 0.0336 0.934 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049517 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049516 2 0.1940 0.872 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049515 2 0.1824 0.896 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR2049514 2 0.0895 0.934 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2049513 2 0.2048 0.889 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR2049512 2 0.0921 0.931 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049511 2 0.0469 0.935 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049510 2 0.2412 0.855 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR2049509 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049508 2 0.0592 0.935 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049507 2 0.1109 0.914 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR2049506 2 0.0657 0.933 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049505 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049504 2 0.0707 0.934 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049503 2 0.1109 0.930 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049502 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0592 0.935 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049500 2 0.0657 0.934 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049499 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049498 2 0.1902 0.891 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR2049497 2 0.1004 0.932 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049496 2 0.1305 0.924 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2049495 2 0.0188 0.930 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049494 2 0.0895 0.933 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2049493 2 0.1305 0.924 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2049491 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049490 2 0.1978 0.884 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049492 2 0.1489 0.916 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR2049489 2 0.0376 0.932 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049488 2 0.0188 0.930 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049487 2 0.0376 0.932 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049486 2 0.3465 0.813 0.028 0.880 0.020 0.072
#> SRR2049485 2 0.3436 0.787 0.036 0.876 0.008 0.080
#> SRR2049484 2 0.3565 0.787 0.036 0.872 0.012 0.080
#> SRR2049483 2 0.3633 0.779 0.036 0.868 0.012 0.084
#> SRR2049482 2 0.3684 0.784 0.036 0.868 0.016 0.080
#> SRR2049481 2 0.3495 0.794 0.036 0.876 0.012 0.076
#> SRR2049479 1 0.3107 0.796 0.884 0.000 0.036 0.080
#> SRR2049480 2 0.3103 0.817 0.028 0.892 0.008 0.072
#> SRR2049477 1 0.5077 0.712 0.760 0.000 0.080 0.160
#> SRR2049475 1 0.3356 0.794 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049476 1 0.0188 0.825 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049478 1 0.2589 0.816 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049474 1 0.0592 0.822 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049473 1 0.3176 0.794 0.880 0.000 0.036 0.084
#> SRR2049472 1 0.4916 0.722 0.760 0.000 0.056 0.184
#> SRR2049471 1 0.5690 0.657 0.700 0.000 0.084 0.216
#> SRR2049470 1 0.4105 0.793 0.812 0.032 0.000 0.156
#> SRR2049469 1 0.0817 0.826 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049468 1 0.3749 0.784 0.840 0.000 0.032 0.128
#> SRR2049467 1 0.1389 0.826 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049466 1 0.2670 0.819 0.904 0.000 0.024 0.072
#> SRR2049465 1 0.4849 0.727 0.772 0.000 0.064 0.164
#> SRR2049464 4 0.8542 0.000 0.112 0.344 0.088 0.456
#> SRR2049463 1 0.3464 0.791 0.860 0.000 0.032 0.108
#> SRR2049461 1 0.3523 0.788 0.856 0.000 0.032 0.112
#> SRR2049462 1 0.3634 0.782 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR2049460 1 0.4436 0.751 0.800 0.000 0.052 0.148
#> SRR2049459 1 0.1398 0.827 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049457 1 0.5787 0.633 0.680 0.000 0.076 0.244
#> SRR2049455 1 0.1724 0.818 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR2049456 1 0.1209 0.827 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2049458 1 0.5033 0.714 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR2049454 1 0.1557 0.826 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049452 1 0.3587 0.784 0.856 0.000 0.040 0.104
#> SRR2049453 1 0.3400 0.792 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049451 1 0.3400 0.792 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049450 1 0.4541 0.745 0.796 0.000 0.060 0.144
#> SRR2049449 1 0.3435 0.789 0.864 0.000 0.036 0.100
#> SRR2049447 1 0.2813 0.804 0.896 0.000 0.024 0.080
#> SRR2049446 1 0.3734 0.779 0.848 0.000 0.044 0.108
#> SRR2049445 1 0.0188 0.824 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049443 1 0.3400 0.792 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049442 1 0.3900 0.793 0.816 0.020 0.000 0.164
#> SRR2049444 1 0.0707 0.826 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049441 1 0.3634 0.784 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR2049440 1 0.5759 0.640 0.688 0.000 0.080 0.232
#> SRR2049438 1 0.4322 0.757 0.804 0.000 0.044 0.152
#> SRR2049436 1 0.6977 0.467 0.584 0.036 0.060 0.320
#> SRR2049437 1 0.3311 0.796 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049439 1 0.1474 0.825 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049435 1 0.4940 0.758 0.776 0.096 0.000 0.128
#> SRR2049434 1 0.5626 0.645 0.724 0.060 0.012 0.204
#> SRR2049432 1 0.5479 0.663 0.740 0.072 0.008 0.180
#> SRR2049433 1 0.4586 0.743 0.796 0.068 0.000 0.136
#> SRR2049431 1 0.3037 0.823 0.880 0.020 0.000 0.100
#> SRR2049430 1 0.2924 0.824 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR2049429 1 0.2408 0.817 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049428 1 0.3105 0.809 0.856 0.004 0.000 0.140
#> SRR2049427 1 0.3962 0.793 0.820 0.028 0.000 0.152
#> SRR2049426 1 0.4608 0.771 0.800 0.104 0.000 0.096
#> SRR2049425 1 0.4234 0.791 0.816 0.052 0.000 0.132
#> SRR2049424 1 0.4535 0.771 0.804 0.112 0.000 0.084
#> SRR2049423 1 0.4428 0.787 0.808 0.068 0.000 0.124
#> SRR2049422 1 0.4010 0.793 0.816 0.028 0.000 0.156
#> SRR2049421 1 0.1940 0.823 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049420 1 0.5558 0.669 0.712 0.000 0.080 0.208
#> SRR2049419 1 0.4458 0.782 0.808 0.076 0.000 0.116
#> SRR2049418 1 0.1510 0.820 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR2049417 1 0.3958 0.793 0.816 0.024 0.000 0.160
#> SRR2049416 1 0.4139 0.793 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR2049415 1 0.4662 0.765 0.796 0.112 0.000 0.092
#> SRR2049414 1 0.4415 0.786 0.804 0.056 0.000 0.140
#> SRR2049412 1 0.0000 0.824 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.1398 0.819 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049413 1 0.4174 0.793 0.816 0.044 0.000 0.140
#> SRR2049410 1 0.0524 0.824 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049409 1 0.0657 0.824 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049408 1 0.0895 0.827 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049407 1 0.4139 0.793 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR2049406 1 0.4542 0.777 0.804 0.088 0.000 0.108
#> SRR2049405 1 0.3636 0.793 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR2049404 1 0.4282 0.788 0.816 0.060 0.000 0.124
#> SRR2049403 1 0.3681 0.791 0.816 0.008 0.000 0.176
#> SRR2049402 1 0.3853 0.794 0.820 0.020 0.000 0.160
#> SRR2049401 1 0.4636 0.752 0.792 0.140 0.000 0.068
#> SRR2049400 1 0.0817 0.822 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049399 1 0.0000 0.824 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0672 0.824 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049397 1 0.3790 0.793 0.820 0.016 0.000 0.164
#> SRR2049395 1 0.6075 0.624 0.680 0.192 0.000 0.128
#> SRR2049396 1 0.4259 0.788 0.816 0.056 0.000 0.128
#> SRR2049394 1 0.5352 0.678 0.752 0.060 0.012 0.176
#> SRR2049393 1 0.5984 0.602 0.684 0.048 0.020 0.248
#> SRR2049392 1 0.5665 0.646 0.720 0.052 0.016 0.212
#> SRR2049388 3 0.0817 0.953 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049389 3 0.0592 0.956 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049391 1 0.6190 0.595 0.676 0.044 0.032 0.248
#> SRR2049390 1 0.5915 0.619 0.696 0.044 0.024 0.236
#> SRR2049387 3 0.2530 0.899 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049386 3 0.1302 0.945 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049385 3 0.0592 0.956 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049384 3 0.3933 0.799 0.004 0.004 0.796 0.196
#> SRR2049382 3 0.0921 0.955 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049383 3 0.1474 0.940 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049381 3 0.1557 0.932 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049380 3 0.0592 0.954 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049379 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049378 3 0.0707 0.957 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049376 3 0.0592 0.956 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049377 3 0.0336 0.957 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049375 3 0.1022 0.950 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049374 3 0.1792 0.930 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR2049373 3 0.1716 0.933 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049372 3 0.1389 0.942 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049371 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049370 3 0.0921 0.952 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049369 3 0.3448 0.839 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR2049368 3 0.1637 0.935 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049366 3 0.0336 0.957 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049367 3 0.1211 0.946 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049365 3 0.1109 0.950 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR2049364 3 0.0817 0.953 0.000 0.000 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0162 0.9781 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049362 3 0.1628 0.9510 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR2049361 3 0.0451 0.9757 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049360 3 0.1670 0.9483 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052
#> SRR2049359 3 0.0324 0.9780 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049358 3 0.0324 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049357 3 0.0290 0.9778 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049356 3 0.1168 0.9663 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049355 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049354 3 0.0324 0.9781 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049353 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049352 3 0.0162 0.9781 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049351 3 0.0798 0.9725 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2049350 3 0.1484 0.9566 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR2049349 3 0.0324 0.9769 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049348 3 0.0162 0.9781 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0162 0.9782 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049345 3 0.0162 0.9782 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049344 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049343 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049342 3 0.0451 0.9776 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049341 3 0.0898 0.9696 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049340 3 0.0404 0.9777 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049339 3 0.4067 0.5752 0.000 0.000 0.692 0.300 0.008
#> SRR2049539 4 0.2404 0.8563 0.040 0.024 0.004 0.916 0.016
#> SRR2049538 4 0.2234 0.8591 0.036 0.024 0.008 0.924 0.008
#> SRR2049537 4 0.1901 0.8577 0.040 0.024 0.004 0.932 0.000
#> SRR2049536 4 0.5714 0.7076 0.040 0.008 0.032 0.640 0.280
#> SRR2049535 2 0.0162 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049534 2 0.0798 0.9813 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2049533 2 0.0566 0.9820 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049532 2 0.0404 0.9767 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049531 2 0.0290 0.9826 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049530 2 0.0324 0.9815 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049529 2 0.1469 0.9594 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR2049528 2 0.0955 0.9771 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2049527 2 0.0865 0.9794 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049526 2 0.0727 0.9816 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR2049525 2 0.2103 0.9379 0.000 0.920 0.020 0.056 0.004
#> SRR2049524 2 0.0671 0.9745 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR2049523 2 0.1469 0.9579 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR2049522 2 0.0963 0.9722 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049521 2 0.0162 0.9822 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049520 2 0.0671 0.9826 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2049519 2 0.0324 0.9799 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049518 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049517 2 0.0162 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049516 2 0.0968 0.9773 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004
#> SRR2049515 2 0.0981 0.9763 0.000 0.972 0.008 0.008 0.012
#> SRR2049514 2 0.0290 0.9826 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049513 2 0.1018 0.9736 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049512 2 0.0451 0.9806 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049511 2 0.1124 0.9736 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR2049510 2 0.1386 0.9643 0.000 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR2049509 2 0.1211 0.9679 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR2049508 2 0.0162 0.9805 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049507 2 0.1117 0.9734 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2049506 2 0.1757 0.9579 0.000 0.936 0.004 0.048 0.012
#> SRR2049505 2 0.1117 0.9696 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2049504 2 0.0324 0.9815 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049503 2 0.0451 0.9821 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049502 2 0.0794 0.9789 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049501 2 0.0566 0.9823 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049500 2 0.0566 0.9823 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049499 2 0.0609 0.9814 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049498 2 0.0968 0.9773 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004
#> SRR2049497 2 0.0290 0.9826 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049496 2 0.0566 0.9820 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049495 2 0.1121 0.9695 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049494 2 0.0510 0.9826 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049493 2 0.0566 0.9820 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049491 2 0.0510 0.9822 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049490 2 0.0290 0.9791 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049492 2 0.0579 0.9820 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049489 2 0.0703 0.9806 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049488 2 0.0609 0.9814 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049487 2 0.0510 0.9820 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049486 4 0.3612 0.7085 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2049485 4 0.3424 0.7486 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR2049484 4 0.3607 0.7425 0.000 0.244 0.000 0.752 0.004
#> SRR2049483 4 0.3366 0.7764 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR2049482 4 0.3521 0.7572 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR2049481 4 0.3491 0.7618 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR2049479 1 0.5086 -0.0743 0.652 0.004 0.024 0.016 0.304
#> SRR2049480 4 0.3333 0.7801 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR2049477 1 0.5133 -0.4326 0.584 0.000 0.020 0.016 0.380
#> SRR2049475 1 0.1195 0.5620 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049476 1 0.2563 0.5082 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR2049478 1 0.1956 0.5402 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR2049474 1 0.3280 0.4352 0.812 0.000 0.000 0.012 0.176
#> SRR2049473 1 0.4774 -0.0512 0.660 0.000 0.020 0.012 0.308
#> SRR2049472 1 0.5667 -0.3184 0.604 0.004 0.028 0.036 0.328
#> SRR2049471 1 0.6228 -0.7706 0.480 0.004 0.036 0.048 0.432
#> SRR2049470 1 0.2103 0.5636 0.920 0.020 0.000 0.056 0.004
#> SRR2049469 1 0.2818 0.4938 0.856 0.000 0.000 0.012 0.132
#> SRR2049468 1 0.5165 -0.0580 0.656 0.008 0.016 0.024 0.296
#> SRR2049467 1 0.2563 0.5082 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR2049466 1 0.4064 0.1828 0.716 0.000 0.004 0.008 0.272
#> SRR2049465 1 0.5384 -0.3767 0.592 0.004 0.028 0.016 0.360
#> SRR2049464 4 0.6710 0.7065 0.004 0.108 0.064 0.600 0.224
#> SRR2049463 1 0.4845 0.0850 0.684 0.004 0.012 0.024 0.276
#> SRR2049461 1 0.5260 -0.1159 0.644 0.004 0.024 0.024 0.304
#> SRR2049462 1 0.5079 -0.1360 0.640 0.000 0.024 0.020 0.316
#> SRR2049460 1 0.5552 -0.1676 0.632 0.004 0.032 0.032 0.300
#> SRR2049459 1 0.3551 0.3516 0.772 0.000 0.000 0.008 0.220
#> SRR2049457 5 0.5611 0.7960 0.392 0.004 0.036 0.016 0.552
#> SRR2049455 1 0.4054 0.2771 0.744 0.000 0.008 0.012 0.236
#> SRR2049456 1 0.3333 0.3862 0.788 0.000 0.000 0.004 0.208
#> SRR2049458 1 0.5687 -0.4599 0.576 0.000 0.036 0.032 0.356
#> SRR2049454 1 0.2522 0.5159 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108
#> SRR2049452 1 0.5158 -0.1532 0.636 0.004 0.024 0.016 0.320
#> SRR2049453 1 0.1518 0.5670 0.944 0.004 0.000 0.048 0.004
#> SRR2049451 1 0.1725 0.5649 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR2049450 1 0.5024 -0.0938 0.652 0.000 0.024 0.020 0.304
#> SRR2049449 1 0.5128 -0.1221 0.644 0.004 0.020 0.020 0.312
#> SRR2049447 1 0.4414 0.1987 0.716 0.004 0.004 0.020 0.256
#> SRR2049446 1 0.5002 -0.0669 0.656 0.004 0.020 0.016 0.304
#> SRR2049445 1 0.2763 0.4880 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR2049443 1 0.1800 0.5646 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR2049442 1 0.2490 0.5624 0.896 0.004 0.000 0.080 0.020
#> SRR2049444 1 0.2488 0.5098 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR2049441 1 0.4972 -0.1000 0.648 0.000 0.024 0.016 0.312
#> SRR2049440 5 0.5711 0.7621 0.468 0.004 0.032 0.020 0.476
#> SRR2049438 1 0.5363 -0.4474 0.576 0.004 0.024 0.016 0.380
#> SRR2049436 4 0.4883 0.7882 0.032 0.016 0.024 0.752 0.176
#> SRR2049437 1 0.1310 0.5561 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024
#> SRR2049439 1 0.2624 0.5089 0.872 0.000 0.000 0.012 0.116
#> SRR2049435 4 0.2548 0.8398 0.072 0.028 0.000 0.896 0.004
#> SRR2049434 4 0.2026 0.8590 0.032 0.024 0.004 0.932 0.008
#> SRR2049432 4 0.2108 0.8587 0.036 0.024 0.004 0.928 0.008
#> SRR2049433 4 0.2053 0.8550 0.048 0.024 0.004 0.924 0.000
#> SRR2049431 4 0.2784 0.8012 0.108 0.016 0.000 0.872 0.004
#> SRR2049430 4 0.2672 0.7895 0.116 0.008 0.000 0.872 0.004
#> SRR2049429 1 0.1894 0.5690 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR2049428 1 0.2068 0.5642 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR2049427 1 0.3284 0.5235 0.828 0.000 0.000 0.148 0.024
#> SRR2049426 1 0.2856 0.5550 0.872 0.016 0.000 0.104 0.008
#> SRR2049425 1 0.2982 0.5486 0.860 0.004 0.000 0.116 0.020
#> SRR2049424 1 0.3583 0.5007 0.808 0.016 0.000 0.168 0.008
#> SRR2049423 1 0.3155 0.5422 0.848 0.008 0.000 0.128 0.016
#> SRR2049422 1 0.3060 0.5411 0.848 0.000 0.000 0.128 0.024
#> SRR2049421 1 0.1892 0.5342 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049420 1 0.5891 -0.6787 0.516 0.004 0.036 0.028 0.416
#> SRR2049419 1 0.3312 0.5402 0.840 0.012 0.000 0.132 0.016
#> SRR2049418 1 0.3777 0.4406 0.784 0.000 0.004 0.020 0.192
#> SRR2049417 1 0.3031 0.5499 0.856 0.004 0.000 0.120 0.020
#> SRR2049416 1 0.3639 0.5079 0.808 0.008 0.000 0.164 0.020
#> SRR2049415 1 0.3730 0.4982 0.800 0.028 0.000 0.168 0.004
#> SRR2049414 1 0.4064 0.4385 0.756 0.004 0.000 0.216 0.024
#> SRR2049412 1 0.3011 0.5009 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> SRR2049411 1 0.3438 0.4331 0.808 0.000 0.000 0.020 0.172
#> SRR2049413 1 0.2756 0.5583 0.880 0.012 0.000 0.096 0.012
#> SRR2049410 1 0.3669 0.5335 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128
#> SRR2049409 1 0.2997 0.4801 0.840 0.000 0.000 0.012 0.148
#> SRR2049408 1 0.3526 0.5536 0.832 0.000 0.000 0.072 0.096
#> SRR2049407 1 0.2802 0.5556 0.876 0.008 0.000 0.100 0.016
#> SRR2049406 1 0.4301 0.3975 0.728 0.008 0.000 0.244 0.020
#> SRR2049405 1 0.3197 0.5298 0.836 0.000 0.000 0.140 0.024
#> SRR2049404 1 0.3565 0.4914 0.800 0.000 0.000 0.176 0.024
#> SRR2049403 1 0.2864 0.5530 0.864 0.000 0.000 0.112 0.024
#> SRR2049402 1 0.2813 0.5535 0.868 0.000 0.000 0.108 0.024
#> SRR2049401 1 0.4538 0.3328 0.692 0.016 0.000 0.280 0.012
#> SRR2049400 1 0.2953 0.4856 0.844 0.000 0.000 0.012 0.144
#> SRR2049399 1 0.3622 0.5222 0.816 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR2049398 1 0.3047 0.4705 0.832 0.004 0.000 0.004 0.160
#> SRR2049397 1 0.2915 0.5509 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR2049395 4 0.2955 0.8342 0.060 0.060 0.000 0.876 0.004
#> SRR2049396 1 0.3602 0.4932 0.796 0.000 0.000 0.180 0.024
#> SRR2049394 4 0.2187 0.8578 0.040 0.024 0.004 0.924 0.008
#> SRR2049393 4 0.2578 0.8556 0.032 0.020 0.012 0.912 0.024
#> SRR2049392 4 0.2388 0.8569 0.032 0.020 0.012 0.920 0.016
#> SRR2049388 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049389 3 0.0404 0.9768 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049391 4 0.2994 0.8468 0.032 0.016 0.016 0.892 0.044
#> SRR2049390 4 0.2585 0.8531 0.032 0.016 0.016 0.912 0.024
#> SRR2049387 3 0.1628 0.9478 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR2049386 3 0.0324 0.9769 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049385 3 0.0162 0.9783 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049384 3 0.2005 0.9394 0.004 0.000 0.924 0.016 0.056
#> SRR2049382 3 0.0609 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049383 3 0.0898 0.9690 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049381 3 0.0992 0.9668 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2049380 3 0.0162 0.9781 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049379 3 0.0451 0.9777 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049378 3 0.0404 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049376 3 0.0579 0.9771 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049377 3 0.0000 0.9781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0579 0.9768 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049374 3 0.1195 0.9635 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR2049373 3 0.0898 0.9707 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049372 3 0.0451 0.9770 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049371 3 0.0798 0.9735 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2049370 3 0.0451 0.9777 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049369 3 0.1740 0.9453 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> SRR2049368 3 0.0798 0.9706 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2049366 3 0.0290 0.9776 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049367 3 0.0451 0.9758 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049365 3 0.0671 0.9726 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR2049364 3 0.0451 0.9774 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0508 0.979 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.1223 0.969 0.012 0.004 0.960 0.008 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.0291 0.978 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.0665 0.974 0.000 0.004 0.980 0.008 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.0713 0.973 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0806 0.976 0.020 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.0146 0.979 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.0748 0.978 0.016 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.0717 0.978 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0405 0.979 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.1218 0.972 0.012 0.000 0.956 0.004 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.0665 0.978 0.008 0.000 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.0146 0.978 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.0363 0.978 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0260 0.978 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.0508 0.979 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.0603 0.978 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.0717 0.978 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.0622 0.979 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.0551 0.979 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.0909 0.976 0.020 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.0748 0.978 0.016 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049339 3 0.3975 0.173 0.000 0.000 0.544 0.452 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.1937 0.953 0.016 0.004 0.008 0.928 0.040 NA
#> SRR2049538 4 0.1885 0.955 0.012 0.008 0.008 0.932 0.036 NA
#> SRR2049537 4 0.1801 0.956 0.012 0.012 0.004 0.932 0.040 NA
#> SRR2049536 4 0.2345 0.911 0.072 0.004 0.012 0.900 0.008 NA
#> SRR2049535 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.1003 0.979 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.0146 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049531 2 0.0291 0.987 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0893 0.982 0.004 0.972 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049529 2 0.0951 0.982 0.000 0.968 0.000 0.020 0.008 NA
#> SRR2049528 2 0.0603 0.984 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR2049527 2 0.0551 0.987 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049526 2 0.0458 0.985 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.0862 0.984 0.004 0.972 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.1138 0.974 0.004 0.960 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.1078 0.981 0.000 0.964 0.000 0.016 0.012 NA
#> SRR2049522 2 0.0777 0.981 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0363 0.986 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.0405 0.986 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0767 0.982 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049517 2 0.0291 0.987 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049516 2 0.0653 0.987 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049515 2 0.1628 0.963 0.004 0.940 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR2049514 2 0.0146 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0964 0.985 0.000 0.968 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2049512 2 0.0912 0.981 0.004 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049511 2 0.0653 0.984 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2049510 2 0.0508 0.986 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.1078 0.980 0.000 0.964 0.000 0.012 0.016 NA
#> SRR2049508 2 0.0405 0.986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049507 2 0.0665 0.985 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049506 2 0.1320 0.965 0.000 0.948 0.000 0.036 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.1149 0.978 0.000 0.960 0.000 0.024 0.008 NA
#> SRR2049504 2 0.0767 0.982 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049503 2 0.0405 0.987 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0551 0.985 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2049501 2 0.0291 0.987 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.0291 0.987 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0436 0.987 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049498 2 0.0692 0.983 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0551 0.986 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049496 2 0.0653 0.984 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049495 2 0.0748 0.983 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR2049494 2 0.0665 0.987 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2049493 2 0.0508 0.985 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049491 2 0.0146 0.987 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0405 0.986 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0837 0.982 0.004 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049489 2 0.0363 0.986 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0622 0.985 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0653 0.987 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2049486 4 0.1858 0.909 0.000 0.092 0.000 0.904 0.004 NA
#> SRR2049485 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049484 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049483 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049482 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049481 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049479 1 0.1588 0.899 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR2049480 4 0.1471 0.935 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2049477 1 0.0551 0.881 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049475 1 0.3144 0.843 0.808 0.000 0.000 0.004 0.172 NA
#> SRR2049476 1 0.2455 0.887 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 NA
#> SRR2049478 1 0.2702 0.891 0.868 0.000 0.000 0.004 0.092 NA
#> SRR2049474 1 0.2056 0.897 0.904 0.000 0.000 0.004 0.080 NA
#> SRR2049473 1 0.1367 0.900 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2049472 1 0.1873 0.899 0.924 0.000 0.000 0.008 0.048 NA
#> SRR2049471 1 0.2015 0.873 0.916 0.000 0.000 0.016 0.012 NA
#> SRR2049470 1 0.3606 0.738 0.724 0.000 0.000 0.004 0.264 NA
#> SRR2049469 1 0.2138 0.897 0.908 0.000 0.000 0.004 0.052 NA
#> SRR2049468 1 0.2457 0.893 0.880 0.000 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR2049467 1 0.2221 0.898 0.896 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR2049466 1 0.3225 0.873 0.828 0.000 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR2049465 1 0.1232 0.878 0.956 0.000 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR2049464 4 0.4556 0.848 0.060 0.068 0.044 0.792 0.012 NA
#> SRR2049463 1 0.2361 0.893 0.884 0.000 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR2049461 1 0.1923 0.899 0.916 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR2049462 1 0.1225 0.897 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR2049460 1 0.2177 0.900 0.908 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> SRR2049459 1 0.2512 0.888 0.880 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR2049457 1 0.1080 0.879 0.960 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2049455 1 0.1970 0.894 0.900 0.000 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR2049456 1 0.3464 0.860 0.808 0.000 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR2049458 1 0.1405 0.872 0.948 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR2049454 1 0.2400 0.892 0.900 0.000 0.004 0.008 0.040 NA
#> SRR2049452 1 0.2353 0.897 0.896 0.004 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR2049453 5 0.4367 0.425 0.364 0.000 0.000 0.000 0.604 NA
#> SRR2049451 1 0.4001 0.754 0.724 0.000 0.004 0.008 0.244 NA
#> SRR2049450 1 0.1914 0.901 0.920 0.000 0.000 0.008 0.056 NA
#> SRR2049449 1 0.1483 0.897 0.944 0.000 0.000 0.008 0.036 NA
#> SRR2049447 1 0.1781 0.900 0.924 0.000 0.000 0.008 0.060 NA
#> SRR2049446 1 0.1340 0.898 0.948 0.000 0.000 0.004 0.040 NA
#> SRR2049445 1 0.2831 0.870 0.840 0.000 0.000 0.000 0.136 NA
#> SRR2049443 1 0.3919 0.760 0.728 0.000 0.008 0.004 0.244 NA
#> SRR2049442 5 0.2964 0.759 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 NA
#> SRR2049444 1 0.3014 0.830 0.804 0.000 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR2049441 1 0.1536 0.875 0.944 0.000 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR2049440 1 0.0806 0.877 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.1370 0.897 0.948 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR2049436 4 0.1855 0.939 0.040 0.004 0.008 0.932 0.008 NA
#> SRR2049437 1 0.3425 0.875 0.832 0.008 0.004 0.004 0.108 NA
#> SRR2049439 1 0.2213 0.894 0.904 0.000 0.000 0.004 0.048 NA
#> SRR2049435 4 0.2237 0.937 0.000 0.020 0.004 0.896 0.080 NA
#> SRR2049434 4 0.1835 0.955 0.016 0.008 0.008 0.932 0.036 NA
#> SRR2049432 4 0.1741 0.955 0.012 0.008 0.008 0.936 0.036 NA
#> SRR2049433 4 0.1768 0.955 0.012 0.008 0.004 0.932 0.044 NA
#> SRR2049431 4 0.2144 0.944 0.012 0.008 0.004 0.908 0.068 NA
#> SRR2049430 4 0.2026 0.948 0.012 0.008 0.004 0.916 0.060 NA
#> SRR2049429 5 0.2482 0.828 0.148 0.000 0.000 0.000 0.848 NA
#> SRR2049428 5 0.1814 0.867 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR2049427 5 0.0858 0.889 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2049426 5 0.1007 0.891 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2049425 5 0.0935 0.890 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 NA
#> SRR2049424 5 0.1075 0.890 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR2049423 5 0.1297 0.891 0.040 0.000 0.000 0.000 0.948 NA
#> SRR2049422 5 0.0790 0.890 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR2049421 1 0.4002 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000 0.404 NA
#> SRR2049420 1 0.3411 0.861 0.828 0.000 0.004 0.008 0.052 NA
#> SRR2049419 5 0.0937 0.891 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR2049418 5 0.5253 0.641 0.200 0.000 0.000 0.000 0.608 NA
#> SRR2049417 5 0.1141 0.890 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 NA
#> SRR2049416 5 0.0632 0.888 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049415 5 0.0653 0.879 0.012 0.004 0.000 0.004 0.980 NA
#> SRR2049414 5 0.0551 0.875 0.008 0.004 0.000 0.004 0.984 NA
#> SRR2049412 5 0.4292 0.511 0.340 0.000 0.000 0.000 0.628 NA
#> SRR2049411 1 0.3521 0.837 0.796 0.000 0.004 0.000 0.156 NA
#> SRR2049413 5 0.1610 0.877 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR2049410 5 0.3614 0.739 0.220 0.000 0.000 0.000 0.752 NA
#> SRR2049409 5 0.5063 0.166 0.432 0.000 0.004 0.000 0.500 NA
#> SRR2049408 5 0.2378 0.830 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 NA
#> SRR2049407 5 0.1444 0.883 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> SRR2049406 5 0.0665 0.874 0.008 0.004 0.000 0.008 0.980 NA
#> SRR2049405 5 0.0937 0.891 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR2049404 5 0.0632 0.888 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR2049403 5 0.1116 0.887 0.028 0.000 0.000 0.004 0.960 NA
#> SRR2049402 5 0.1610 0.877 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR2049401 5 0.0665 0.872 0.008 0.004 0.000 0.008 0.980 NA
#> SRR2049400 1 0.4780 0.290 0.544 0.000 0.004 0.000 0.408 NA
#> SRR2049399 5 0.4306 0.580 0.308 0.000 0.004 0.000 0.656 NA
#> SRR2049398 1 0.5018 0.439 0.588 0.004 0.004 0.000 0.340 NA
#> SRR2049397 5 0.0713 0.889 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR2049395 4 0.1844 0.951 0.000 0.024 0.004 0.924 0.048 NA
#> SRR2049396 5 0.0547 0.886 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR2049394 4 0.1956 0.953 0.012 0.004 0.008 0.928 0.040 NA
#> SRR2049393 4 0.1828 0.955 0.016 0.008 0.008 0.936 0.028 NA
#> SRR2049392 4 0.1937 0.953 0.016 0.004 0.008 0.928 0.040 NA
#> SRR2049388 3 0.0622 0.979 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0820 0.978 0.012 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.1993 0.954 0.020 0.008 0.008 0.928 0.032 NA
#> SRR2049390 4 0.1905 0.955 0.016 0.008 0.008 0.932 0.032 NA
#> SRR2049387 3 0.0767 0.972 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0405 0.978 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0547 0.976 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.0912 0.970 0.000 0.004 0.972 0.008 0.004 NA
#> SRR2049382 3 0.0508 0.979 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.0551 0.978 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.1218 0.972 0.012 0.000 0.956 0.004 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.0405 0.979 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.0458 0.978 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.0260 0.978 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0622 0.979 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.0260 0.978 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.0725 0.978 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.0508 0.977 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.0767 0.979 0.008 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.0291 0.979 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.0748 0.979 0.016 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.0717 0.978 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.0881 0.969 0.000 0.008 0.972 0.008 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.0547 0.976 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.0291 0.979 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0972 0.974 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.0622 0.979 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.525 0.782 0.843 0.3851 0.501 0.501
#> 3 3 0.649 0.781 0.832 0.6131 0.742 0.529
#> 4 4 0.825 0.777 0.899 0.1317 0.967 0.903
#> 5 5 0.865 0.714 0.874 0.0192 0.945 0.835
#> 6 6 0.836 0.853 0.925 0.0442 0.893 0.677
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049362 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049361 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049360 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049359 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049358 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049357 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049356 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049355 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049354 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049353 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049352 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049351 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049350 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049349 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049348 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049347 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049346 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049345 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049344 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049343 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049342 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049341 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049340 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049339 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049539 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049538 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049537 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049536 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049535 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049534 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049533 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049532 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049531 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049530 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049529 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049528 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049527 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049526 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049525 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049524 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049523 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049522 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049521 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049520 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049519 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049518 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049517 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049516 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049515 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049514 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049513 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049512 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049511 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049510 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049509 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049508 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049507 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049506 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049505 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049504 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049503 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049502 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049501 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049500 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049499 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049498 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049497 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049496 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049495 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049494 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049493 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049491 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049490 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049492 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049489 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049488 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049487 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049486 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049485 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049484 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049483 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049482 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049481 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049479 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049477 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0376 0.6574 0.996 0.004
#> SRR2049469 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049465 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049463 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049457 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049458 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049451 1 0.6973 0.6295 0.812 0.188
#> SRR2049450 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049444 1 0.1184 0.6560 0.984 0.016
#> SRR2049441 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049437 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049434 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049432 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049433 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049431 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049430 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049429 1 0.9866 0.6072 0.568 0.432
#> SRR2049428 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049427 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049426 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049425 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049424 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049423 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049422 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049421 1 0.1414 0.6554 0.980 0.020
#> SRR2049420 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049418 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049417 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049416 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049415 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049414 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049412 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049410 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049406 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049405 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049404 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049403 1 0.9881 0.6057 0.564 0.436
#> SRR2049402 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049401 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049400 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.6577 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049395 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049396 1 0.9866 0.6077 0.568 0.432
#> SRR2049394 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049393 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049392 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049388 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049389 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049391 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049390 1 0.7950 0.0324 0.760 0.240
#> SRR2049387 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049386 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049385 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049384 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049382 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049383 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049381 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049380 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049379 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049378 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049376 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049377 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049375 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049374 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049373 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049372 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049371 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049370 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049369 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049368 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049366 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049367 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049365 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
#> SRR2049364 2 0.9881 1.0000 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.4555 0.664 0.000 0.200 0.800
#> SRR2049539 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049538 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049537 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049536 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049535 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049534 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049533 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049532 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049531 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049530 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049529 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049528 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049527 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049526 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049525 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049524 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049523 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049522 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049521 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049520 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049519 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049518 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049517 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049516 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049515 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049514 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049513 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049512 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049511 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049510 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049509 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049508 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049507 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049506 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049505 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049504 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049503 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049502 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049501 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049500 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049499 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049498 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049497 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049496 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049495 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049494 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049493 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049491 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049490 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049492 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049489 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049488 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049487 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049486 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049485 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049484 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049483 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049482 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049481 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049479 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049480 2 0.2448 0.873 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049477 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049475 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049476 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049478 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049474 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049473 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049472 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049471 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049470 1 0.6225 0.691 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049469 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049468 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049467 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049466 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049465 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049464 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049463 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049461 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049462 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049460 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049459 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049457 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049455 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049456 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049458 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049454 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049452 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049453 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049451 1 0.5098 0.664 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049450 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049449 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049447 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049446 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049445 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049443 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049442 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049444 1 0.6192 0.690 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049441 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049440 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049438 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049436 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049437 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049439 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049435 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049434 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049432 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049433 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049431 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049430 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049429 1 0.2496 0.620 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049428 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049427 1 0.2356 0.616 0.928 0.072 0.000
#> SRR2049426 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049425 1 0.2356 0.616 0.928 0.072 0.000
#> SRR2049424 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049423 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049422 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049421 1 0.6180 0.689 0.584 0.000 0.416
#> SRR2049420 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049419 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049418 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049417 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049416 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049415 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049414 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049412 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049411 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049413 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049410 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049409 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049408 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049407 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049406 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049405 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049404 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049403 1 0.2448 0.614 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049402 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049401 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049400 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049399 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049398 1 0.6235 0.692 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049397 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049395 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049396 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049394 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049393 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049392 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049388 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049390 2 0.8967 0.324 0.324 0.528 0.148
#> SRR2049387 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.361 0.687 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2049539 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049538 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049537 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049536 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 0.856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049475 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049476 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049478 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049474 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049473 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049472 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049471 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049470 1 0.149 0.819 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR2049469 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049468 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049467 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049466 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049465 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049464 3 0.130 0.941 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049463 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049461 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049462 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049460 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049459 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049457 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049455 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049456 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049458 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049454 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049452 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049453 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049451 1 0.384 0.616 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049450 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049449 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049447 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049446 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049445 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049443 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049442 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049444 1 0.171 0.810 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR2049441 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049440 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049438 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049436 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049437 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049439 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049435 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049434 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049432 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049433 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049431 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049430 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049429 4 0.410 0.598 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049428 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049427 4 0.436 0.502 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2049426 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049425 4 0.287 0.788 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2049424 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049423 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049422 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049421 1 0.182 0.808 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR2049420 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049419 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049418 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049417 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049416 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049415 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049414 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049412 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049411 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049413 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049410 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049409 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049408 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049407 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049406 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049405 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049404 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049403 4 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049402 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049401 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049400 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049399 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049398 1 0.130 0.821 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049397 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049395 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049396 1 0.499 0.276 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049394 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049393 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049392 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049390 2 0.539 0.306 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.3109 0.3657 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049538 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049537 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049536 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.8965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049485 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049484 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049483 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049482 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049481 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049479 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.1478 0.8543 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049477 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.1124 0.7332 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR2049469 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049466 5 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049465 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.4150 0.0000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR2049463 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049457 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049458 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049451 1 0.4127 0.5203 0.784 0.000 0.000 0.136 0.080
#> SRR2049450 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049444 1 0.1116 0.7255 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR2049441 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049437 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049434 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049432 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049433 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049431 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049430 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049429 5 0.6466 0.5274 0.204 0.000 0.000 0.316 0.480
#> SRR2049428 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049427 5 0.6623 0.4713 0.236 0.000 0.000 0.320 0.444
#> SRR2049426 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049425 5 0.5459 0.6040 0.084 0.000 0.000 0.316 0.600
#> SRR2049424 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049423 5 0.2079 0.7577 0.020 0.000 0.000 0.064 0.916
#> SRR2049422 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049421 1 0.1243 0.7230 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008
#> SRR2049420 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049418 5 0.1872 0.7607 0.020 0.000 0.000 0.052 0.928
#> SRR2049417 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049416 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049415 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049414 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049412 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049410 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049406 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049405 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049404 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049403 5 0.1872 0.7607 0.020 0.000 0.000 0.052 0.928
#> SRR2049402 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049401 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049400 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0963 0.7353 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049395 1 0.5761 -0.0533 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049396 1 0.6506 0.1436 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR2049394 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049393 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049392 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049390 2 0.5761 0.0252 0.464 0.464 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.9899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.2902 0.629 0.000 0.196 0.800 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049539 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049538 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049537 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049536 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049535 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049485 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049484 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049483 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049482 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049481 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049479 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.2454 0.823 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049477 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0260 0.790 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0363 0.787 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0146 0.793 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049466 4 0.0632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.3106 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024 0.120 0.840
#> SRR2049463 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0146 0.793 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 4 0.0632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 4 0.0632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0146 0.793 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 4 0.0632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049451 5 0.3868 0.315 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0260 0.790 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049442 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049444 1 0.0632 0.777 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049437 1 0.0146 0.793 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049439 1 0.0260 0.790 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049435 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049434 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049432 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049433 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049431 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049430 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049429 5 0.5103 0.355 0.120 0.000 0.000 0.276 0.604 0.000
#> SRR2049428 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049427 5 0.3189 0.557 0.004 0.000 0.000 0.236 0.760 0.000
#> SRR2049426 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049425 5 0.3747 0.193 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR2049424 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049423 4 0.2631 0.791 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR2049422 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049421 1 0.0865 0.764 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049418 4 0.2416 0.825 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049417 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049416 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049415 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049414 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049406 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049405 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049404 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049403 4 0.2416 0.825 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049402 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049401 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049395 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049396 5 0.2048 0.915 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049394 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049393 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049392 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049388 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049390 1 0.5667 0.365 0.472 0.368 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049387 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.358 0.513 0.658 0.4412 0.613 0.613
#> 3 3 0.681 0.949 0.887 0.3875 0.734 0.569
#> 4 4 0.835 0.895 0.873 0.1584 0.901 0.721
#> 5 5 0.786 0.827 0.871 0.0572 0.994 0.976
#> 6 6 0.874 0.865 0.862 0.0415 0.962 0.854
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049362 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049361 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049360 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049359 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049358 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049357 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049352 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049351 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049350 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049347 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049345 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049342 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.0938 0.9678 0.988 0.012
#> SRR2049539 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049538 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049537 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049536 2 0.8861 0.5206 0.304 0.696
#> SRR2049535 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049534 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049533 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049532 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049531 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049530 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049529 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049528 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049527 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049526 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049525 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049524 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049523 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049522 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049521 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049520 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049519 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049518 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049517 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049516 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049515 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049514 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049513 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049512 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049511 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049510 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049509 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049508 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049507 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049506 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049505 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049504 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049503 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049502 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049501 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049500 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049499 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049498 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049497 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049496 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049495 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049494 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049493 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049491 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049490 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049492 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049489 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049488 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049487 2 0.9866 0.0424 0.432 0.568
#> SRR2049486 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049485 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049484 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049483 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049482 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049481 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049479 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049480 2 0.9815 0.0376 0.420 0.580
#> SRR2049477 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049475 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049476 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049478 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049474 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049473 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049472 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049471 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049470 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049469 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049468 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049467 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049466 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049465 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049464 1 0.7674 0.4215 0.776 0.224
#> SRR2049463 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049461 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049462 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049460 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049459 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049457 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049455 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049456 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049458 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049454 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049452 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049453 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049451 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049450 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049449 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049447 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049446 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049445 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049443 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049442 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049444 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049441 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049440 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049438 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049436 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049437 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049439 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049435 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049434 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049432 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049433 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049431 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049430 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049429 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049428 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049427 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049426 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049425 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049424 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049423 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049422 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049421 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049420 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049419 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049418 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049417 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049416 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049415 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049414 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049412 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049411 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049413 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049410 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049409 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049408 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049407 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049406 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049405 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049404 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049403 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049402 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049401 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049400 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049399 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049398 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049397 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049395 2 0.9087 0.5273 0.324 0.676
#> SRR2049396 2 0.9393 0.5397 0.356 0.644
#> SRR2049394 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049393 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049392 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049388 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049391 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049390 2 0.8661 0.5147 0.288 0.712
#> SRR2049387 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049383 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049380 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049379 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049378 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049376 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049375 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049373 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049371 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049370 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049368 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049366 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049367 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049365 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.0000 0.9908 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049362 3 0.6398 0.978 0.060 0.192 0.748
#> SRR2049361 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049360 3 0.6678 0.971 0.060 0.216 0.724
#> SRR2049359 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049358 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049357 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049356 3 0.6138 0.984 0.060 0.172 0.768
#> SRR2049355 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049354 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049353 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049352 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
#> SRR2049351 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049350 3 0.6398 0.976 0.060 0.192 0.748
#> SRR2049349 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049348 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
#> SRR2049347 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049346 3 0.6192 0.985 0.060 0.176 0.764
#> SRR2049345 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049344 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049343 3 0.6297 0.983 0.060 0.184 0.756
#> SRR2049342 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049341 3 0.6297 0.983 0.060 0.184 0.756
#> SRR2049340 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
#> SRR2049339 3 0.5413 0.956 0.036 0.164 0.800
#> SRR2049539 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049538 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049537 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049536 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049535 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049534 2 0.2939 0.982 0.072 0.916 0.012
#> SRR2049533 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049532 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049531 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049530 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049529 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049528 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049527 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049526 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049525 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049524 2 0.2939 0.982 0.072 0.916 0.012
#> SRR2049523 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049522 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049521 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049520 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049519 2 0.2939 0.982 0.072 0.916 0.012
#> SRR2049518 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049517 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049516 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049515 2 0.2590 0.985 0.072 0.924 0.004
#> SRR2049514 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049513 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049512 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049511 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049510 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049509 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049508 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049507 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049506 2 0.2939 0.982 0.072 0.916 0.012
#> SRR2049505 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049504 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049503 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049502 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049501 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049500 2 0.2774 0.984 0.072 0.920 0.008
#> SRR2049499 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049498 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049497 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049496 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049495 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049494 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049493 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049491 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049490 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049492 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049489 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049488 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049487 2 0.2356 0.986 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049486 2 0.4379 0.921 0.060 0.868 0.072
#> SRR2049485 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049484 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049483 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049482 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049481 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049479 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4469 0.918 0.060 0.864 0.076
#> SRR2049477 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.1289 0.934 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049476 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.3340 0.914 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049469 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049465 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.8029 0.465 0.656 0.172 0.172
#> SRR2049463 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049457 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049458 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049451 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049450 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.1411 0.933 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049442 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049444 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049437 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049439 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049434 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049432 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049433 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049431 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049430 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049429 1 0.2165 0.928 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049428 1 0.2711 0.922 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049427 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049426 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049425 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049424 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049423 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049422 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049421 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049420 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049418 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049417 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049416 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049415 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049414 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049412 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049410 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049406 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049405 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049404 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049403 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049402 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049401 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049400 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049395 1 0.3875 0.884 0.888 0.044 0.068
#> SRR2049396 1 0.3412 0.913 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049394 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049393 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049392 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049388 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049389 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049391 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049390 1 0.4087 0.879 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049387 3 0.6398 0.976 0.060 0.192 0.748
#> SRR2049386 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049385 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049384 3 0.6447 0.976 0.060 0.196 0.744
#> SRR2049382 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049383 3 0.6348 0.978 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049381 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049380 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049379 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
#> SRR2049378 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049376 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049377 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049375 3 0.6297 0.983 0.060 0.184 0.756
#> SRR2049374 3 0.6447 0.976 0.060 0.196 0.744
#> SRR2049373 3 0.6398 0.978 0.060 0.192 0.748
#> SRR2049372 3 0.6138 0.986 0.060 0.172 0.768
#> SRR2049371 3 0.6348 0.982 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049370 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
#> SRR2049369 3 0.6447 0.976 0.060 0.196 0.744
#> SRR2049368 3 0.6348 0.980 0.060 0.188 0.752
#> SRR2049366 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049367 3 0.6297 0.983 0.060 0.184 0.756
#> SRR2049365 3 0.5970 0.987 0.060 0.160 0.780
#> SRR2049364 3 0.6027 0.987 0.060 0.164 0.776
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049362 3 0.2408 0.955 0.060 0.016 0.920 0.004
#> SRR2049361 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049360 3 0.3829 0.904 0.152 0.016 0.828 0.004
#> SRR2049359 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049358 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049357 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049356 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049355 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049354 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049353 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049352 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049351 3 0.2275 0.966 0.048 0.020 0.928 0.004
#> SRR2049350 3 0.2981 0.936 0.092 0.016 0.888 0.004
#> SRR2049349 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049348 3 0.1114 0.977 0.008 0.016 0.972 0.004
#> SRR2049347 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049346 3 0.1593 0.974 0.024 0.016 0.956 0.004
#> SRR2049345 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049344 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049343 3 0.1697 0.974 0.028 0.016 0.952 0.004
#> SRR2049342 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049341 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049340 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049339 3 0.2215 0.960 0.016 0.024 0.936 0.024
#> SRR2049539 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049538 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049537 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049536 4 0.0895 0.676 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR2049535 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049534 2 0.2161 0.957 0.048 0.932 0.016 0.004
#> SRR2049533 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049532 2 0.1124 0.975 0.012 0.972 0.012 0.004
#> SRR2049531 2 0.0992 0.976 0.008 0.976 0.012 0.004
#> SRR2049530 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049529 2 0.1362 0.972 0.020 0.964 0.012 0.004
#> SRR2049528 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049527 2 0.1124 0.975 0.012 0.972 0.012 0.004
#> SRR2049526 2 0.0844 0.977 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2049525 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049524 2 0.1575 0.969 0.028 0.956 0.012 0.004
#> SRR2049523 2 0.1471 0.970 0.024 0.960 0.012 0.004
#> SRR2049522 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049521 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049520 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049519 2 0.2161 0.957 0.048 0.932 0.016 0.004
#> SRR2049518 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049517 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049516 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049515 2 0.1114 0.975 0.008 0.972 0.016 0.004
#> SRR2049514 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049513 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049512 2 0.0844 0.977 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2049511 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049510 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049509 2 0.1247 0.973 0.016 0.968 0.012 0.004
#> SRR2049508 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049507 2 0.1575 0.969 0.028 0.956 0.012 0.004
#> SRR2049506 2 0.2161 0.957 0.048 0.932 0.016 0.004
#> SRR2049505 2 0.1247 0.973 0.016 0.968 0.012 0.004
#> SRR2049504 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049503 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049502 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049501 2 0.0844 0.977 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2049500 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049499 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049498 2 0.0844 0.977 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2049497 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049496 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049495 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049494 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049493 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049491 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049490 2 0.0844 0.977 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2049492 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049489 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049488 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049487 2 0.0657 0.978 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049486 2 0.3716 0.879 0.052 0.852 0.000 0.096
#> SRR2049485 2 0.3840 0.873 0.052 0.844 0.000 0.104
#> SRR2049484 2 0.3958 0.867 0.052 0.836 0.000 0.112
#> SRR2049483 2 0.3958 0.867 0.052 0.836 0.000 0.112
#> SRR2049482 2 0.3958 0.867 0.052 0.836 0.000 0.112
#> SRR2049481 2 0.3958 0.867 0.052 0.836 0.000 0.112
#> SRR2049479 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049480 2 0.3958 0.867 0.052 0.836 0.000 0.112
#> SRR2049477 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049475 4 0.5638 0.314 0.388 0.000 0.028 0.584
#> SRR2049476 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049478 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049474 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049473 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049472 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049471 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049470 1 0.5050 0.910 0.704 0.000 0.028 0.268
#> SRR2049469 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049468 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049467 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049466 1 0.5249 0.929 0.708 0.000 0.044 0.248
#> SRR2049465 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049464 1 0.7048 -0.107 0.484 0.016 0.424 0.076
#> SRR2049463 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049461 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049462 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049460 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049459 1 0.5249 0.929 0.708 0.000 0.044 0.248
#> SRR2049457 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049455 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049456 1 0.5249 0.929 0.708 0.000 0.044 0.248
#> SRR2049458 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049454 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049452 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049453 1 0.5188 0.935 0.716 0.000 0.044 0.240
#> SRR2049451 1 0.4903 0.933 0.724 0.000 0.028 0.248
#> SRR2049450 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049449 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049447 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049446 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049445 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049443 4 0.5638 0.314 0.388 0.000 0.028 0.584
#> SRR2049442 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049444 4 0.4706 0.793 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR2049441 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049440 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049438 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049436 4 0.1174 0.674 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR2049437 4 0.4840 0.765 0.240 0.000 0.028 0.732
#> SRR2049439 4 0.4446 0.839 0.196 0.000 0.028 0.776
#> SRR2049435 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049434 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049432 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049433 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049431 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049430 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049429 1 0.5764 0.380 0.520 0.000 0.028 0.452
#> SRR2049428 1 0.5254 0.840 0.672 0.000 0.028 0.300
#> SRR2049427 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049426 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049425 1 0.5156 0.936 0.720 0.000 0.044 0.236
#> SRR2049424 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049423 1 0.5156 0.936 0.720 0.000 0.044 0.236
#> SRR2049422 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049421 1 0.5050 0.908 0.704 0.000 0.028 0.268
#> SRR2049420 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049419 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049418 1 0.5249 0.929 0.708 0.000 0.044 0.248
#> SRR2049417 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049416 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049415 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049414 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049412 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049411 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049413 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049410 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049409 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049408 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049407 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049406 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049405 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049404 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049403 1 0.5156 0.936 0.720 0.000 0.044 0.236
#> SRR2049402 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049401 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049400 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049399 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049398 4 0.4406 0.844 0.192 0.000 0.028 0.780
#> SRR2049397 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049395 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049396 1 0.4808 0.943 0.736 0.000 0.028 0.236
#> SRR2049394 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049393 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049392 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049388 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049389 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049391 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049390 4 0.1520 0.670 0.024 0.020 0.000 0.956
#> SRR2049387 3 0.2561 0.951 0.068 0.016 0.912 0.004
#> SRR2049386 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049385 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049384 3 0.3350 0.920 0.116 0.016 0.864 0.004
#> SRR2049382 3 0.2275 0.966 0.048 0.020 0.928 0.004
#> SRR2049383 3 0.1985 0.964 0.040 0.016 0.940 0.004
#> SRR2049381 3 0.2275 0.966 0.048 0.020 0.928 0.004
#> SRR2049380 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049379 3 0.1247 0.977 0.012 0.016 0.968 0.004
#> SRR2049378 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049376 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049377 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049375 3 0.1707 0.974 0.024 0.020 0.952 0.004
#> SRR2049374 3 0.3573 0.913 0.132 0.016 0.848 0.004
#> SRR2049373 3 0.2246 0.959 0.052 0.016 0.928 0.004
#> SRR2049372 3 0.1114 0.976 0.008 0.016 0.972 0.004
#> SRR2049371 3 0.2275 0.966 0.048 0.020 0.928 0.004
#> SRR2049370 3 0.1247 0.977 0.012 0.016 0.968 0.004
#> SRR2049369 3 0.3464 0.916 0.124 0.016 0.856 0.004
#> SRR2049368 3 0.1985 0.964 0.040 0.016 0.940 0.004
#> SRR2049366 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049367 3 0.1811 0.973 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR2049365 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2049364 3 0.0779 0.978 0.000 0.016 0.980 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.2869 0.889 0.000 0.016 0.888 0.040 0.056
#> SRR2049362 3 0.3386 0.834 0.000 0.020 0.856 0.088 0.036
#> SRR2049361 3 0.0912 0.918 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR2049360 3 0.5576 0.643 0.000 0.020 0.676 0.204 0.100
#> SRR2049359 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049358 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049357 3 0.2869 0.889 0.000 0.016 0.888 0.040 0.056
#> SRR2049356 3 0.1200 0.914 0.000 0.016 0.964 0.012 0.008
#> SRR2049355 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049354 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049353 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049352 3 0.0912 0.918 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR2049351 3 0.3399 0.872 0.000 0.016 0.856 0.048 0.080
#> SRR2049350 3 0.3996 0.787 0.000 0.020 0.816 0.112 0.052
#> SRR2049349 3 0.0912 0.918 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR2049348 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR2049347 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049346 3 0.2072 0.909 0.000 0.016 0.928 0.020 0.036
#> SRR2049345 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049344 3 0.2869 0.889 0.000 0.016 0.888 0.040 0.056
#> SRR2049343 3 0.2625 0.899 0.000 0.016 0.900 0.028 0.056
#> SRR2049342 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049341 3 0.2869 0.889 0.000 0.016 0.888 0.040 0.056
#> SRR2049340 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049339 3 0.2072 0.906 0.000 0.016 0.928 0.020 0.036
#> SRR2049539 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049538 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049537 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049536 1 0.4645 0.473 0.564 0.008 0.000 0.424 0.004
#> SRR2049535 2 0.0613 0.941 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049534 2 0.4118 0.797 0.004 0.796 0.000 0.112 0.088
#> SRR2049533 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.1743 0.922 0.004 0.940 0.000 0.028 0.028
#> SRR2049531 2 0.1356 0.926 0.004 0.956 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049530 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.1828 0.920 0.004 0.936 0.000 0.032 0.028
#> SRR2049528 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049527 2 0.1743 0.922 0.004 0.940 0.000 0.028 0.028
#> SRR2049526 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049525 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.1990 0.911 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> SRR2049523 2 0.1996 0.915 0.004 0.928 0.000 0.036 0.032
#> SRR2049522 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049520 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.4118 0.797 0.004 0.796 0.000 0.112 0.088
#> SRR2049518 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049516 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0727 0.937 0.004 0.980 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049514 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049513 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049512 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049511 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049510 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049509 2 0.1743 0.922 0.004 0.940 0.000 0.028 0.028
#> SRR2049508 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049507 2 0.1901 0.913 0.004 0.932 0.000 0.040 0.024
#> SRR2049506 2 0.4118 0.797 0.004 0.796 0.000 0.112 0.088
#> SRR2049505 2 0.1828 0.920 0.004 0.936 0.000 0.032 0.028
#> SRR2049504 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049503 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049502 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049501 2 0.0854 0.938 0.004 0.976 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049500 2 0.0740 0.940 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049499 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049498 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049497 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049494 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0162 0.941 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049490 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049492 2 0.0324 0.941 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049489 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049488 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049487 2 0.0451 0.941 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049486 2 0.3809 0.717 0.000 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR2049485 2 0.3885 0.703 0.000 0.724 0.000 0.268 0.008
#> SRR2049484 2 0.4003 0.678 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049483 2 0.4003 0.678 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049482 2 0.4003 0.678 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049481 2 0.4003 0.678 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049479 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4003 0.678 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049477 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.2561 0.608 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049476 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.4201 0.737 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049469 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 5 0.5797 0.881 0.260 0.000 0.012 0.104 0.624
#> SRR2049465 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 4 0.8771 0.000 0.296 0.012 0.196 0.304 0.192
#> SRR2049463 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.5797 0.881 0.260 0.000 0.012 0.104 0.624
#> SRR2049457 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.5797 0.881 0.260 0.000 0.012 0.104 0.624
#> SRR2049458 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.5797 0.881 0.260 0.000 0.012 0.104 0.624
#> SRR2049451 5 0.3684 0.917 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2049450 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.2605 0.601 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049442 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049444 1 0.0794 0.771 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049441 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.4645 0.473 0.564 0.008 0.000 0.424 0.004
#> SRR2049437 1 0.1608 0.717 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049439 1 0.0880 0.767 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049435 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049434 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049432 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049433 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049431 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049430 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049429 1 0.3395 0.382 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049428 5 0.4302 0.589 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2049427 5 0.3689 0.936 0.256 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR2049426 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049425 5 0.5716 0.883 0.256 0.000 0.008 0.108 0.628
#> SRR2049424 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049423 5 0.5716 0.883 0.256 0.000 0.008 0.108 0.628
#> SRR2049422 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049421 5 0.4182 0.750 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR2049420 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049418 5 0.5738 0.881 0.260 0.000 0.008 0.108 0.624
#> SRR2049417 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049416 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049415 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049414 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049412 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049410 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049406 5 0.3689 0.936 0.256 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR2049405 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049404 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049403 5 0.5716 0.883 0.256 0.000 0.008 0.108 0.628
#> SRR2049402 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049401 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049400 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.801 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049395 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049396 5 0.3534 0.937 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049394 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049393 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049392 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049388 3 0.2869 0.889 0.000 0.016 0.888 0.040 0.056
#> SRR2049389 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049391 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049390 1 0.4758 0.472 0.560 0.008 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049387 3 0.3519 0.826 0.000 0.020 0.848 0.092 0.040
#> SRR2049386 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049385 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049384 3 0.4715 0.714 0.000 0.020 0.756 0.160 0.064
#> SRR2049382 3 0.3279 0.873 0.000 0.016 0.864 0.048 0.072
#> SRR2049383 3 0.2833 0.862 0.000 0.020 0.888 0.068 0.024
#> SRR2049381 3 0.3399 0.872 0.000 0.016 0.856 0.048 0.080
#> SRR2049380 3 0.2791 0.891 0.000 0.016 0.892 0.036 0.056
#> SRR2049379 3 0.1419 0.915 0.000 0.016 0.956 0.016 0.012
#> SRR2049378 3 0.2710 0.893 0.000 0.016 0.896 0.032 0.056
#> SRR2049376 3 0.0671 0.918 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049377 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049375 3 0.2640 0.895 0.000 0.016 0.900 0.032 0.052
#> SRR2049374 3 0.5148 0.679 0.000 0.020 0.720 0.176 0.084
#> SRR2049373 3 0.3210 0.844 0.000 0.020 0.868 0.076 0.036
#> SRR2049372 3 0.1623 0.911 0.000 0.020 0.948 0.016 0.016
#> SRR2049371 3 0.3279 0.873 0.000 0.016 0.864 0.048 0.072
#> SRR2049370 3 0.1306 0.916 0.000 0.016 0.960 0.016 0.008
#> SRR2049369 3 0.4715 0.714 0.000 0.020 0.756 0.160 0.064
#> SRR2049368 3 0.2769 0.866 0.000 0.020 0.892 0.064 0.024
#> SRR2049366 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049367 3 0.2859 0.891 0.000 0.016 0.888 0.036 0.060
#> SRR2049365 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049364 3 0.0798 0.918 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.3052 0.851 0.000 0.004 0.848 0.080 0.000 0.068
#> SRR2049362 3 0.2848 0.799 0.000 0.004 0.828 0.008 0.000 0.160
#> SRR2049361 3 0.1015 0.896 0.000 0.004 0.968 0.012 0.004 0.012
#> SRR2049360 3 0.4284 0.641 0.000 0.004 0.664 0.024 0.004 0.304
#> SRR2049359 3 0.0798 0.897 0.000 0.004 0.976 0.012 0.004 0.004
#> SRR2049358 3 0.0551 0.897 0.000 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049357 3 0.3104 0.850 0.000 0.004 0.844 0.084 0.000 0.068
#> SRR2049356 3 0.0837 0.892 0.000 0.004 0.972 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049355 3 0.0810 0.897 0.000 0.004 0.976 0.008 0.004 0.008
#> SRR2049354 3 0.0436 0.896 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049353 3 0.1007 0.897 0.000 0.004 0.968 0.016 0.004 0.008
#> SRR2049352 3 0.1282 0.898 0.000 0.004 0.956 0.024 0.004 0.012
#> SRR2049351 3 0.3670 0.839 0.000 0.004 0.812 0.088 0.008 0.088
#> SRR2049350 3 0.3011 0.761 0.000 0.004 0.800 0.004 0.000 0.192
#> SRR2049349 3 0.1007 0.897 0.000 0.004 0.968 0.016 0.004 0.008
#> SRR2049348 3 0.1053 0.895 0.000 0.004 0.964 0.020 0.000 0.012
#> SRR2049347 3 0.0436 0.896 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049346 3 0.2429 0.882 0.000 0.004 0.896 0.028 0.008 0.064
#> SRR2049345 3 0.0291 0.896 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.3052 0.851 0.000 0.004 0.848 0.080 0.000 0.068
#> SRR2049343 3 0.2910 0.869 0.000 0.004 0.864 0.056 0.004 0.072
#> SRR2049342 3 0.0291 0.896 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.3052 0.851 0.000 0.004 0.848 0.080 0.000 0.068
#> SRR2049340 3 0.0291 0.896 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.1889 0.885 0.000 0.004 0.920 0.056 0.000 0.020
#> SRR2049539 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049538 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049537 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049536 4 0.3872 0.992 0.392 0.000 0.000 0.604 0.004 0.000
#> SRR2049535 2 0.0820 0.916 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2049534 2 0.4465 0.724 0.000 0.740 0.000 0.048 0.040 0.172
#> SRR2049533 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.1922 0.896 0.000 0.924 0.000 0.012 0.024 0.040
#> SRR2049531 2 0.1251 0.905 0.000 0.956 0.000 0.012 0.008 0.024
#> SRR2049530 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.2071 0.892 0.000 0.916 0.000 0.012 0.028 0.044
#> SRR2049528 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049527 2 0.1922 0.896 0.000 0.924 0.000 0.012 0.024 0.040
#> SRR2049526 2 0.0405 0.917 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049525 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.1913 0.888 0.000 0.924 0.000 0.016 0.016 0.044
#> SRR2049523 2 0.2137 0.889 0.000 0.912 0.000 0.012 0.028 0.048
#> SRR2049522 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049520 2 0.0260 0.918 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049519 2 0.4465 0.724 0.000 0.740 0.000 0.048 0.040 0.172
#> SRR2049518 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049516 2 0.0260 0.918 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049515 2 0.0984 0.911 0.000 0.968 0.000 0.012 0.012 0.008
#> SRR2049514 2 0.0146 0.918 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049513 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049510 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.1890 0.896 0.000 0.924 0.000 0.008 0.024 0.044
#> SRR2049508 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049507 2 0.1820 0.890 0.000 0.928 0.000 0.012 0.016 0.044
#> SRR2049506 2 0.4465 0.724 0.000 0.740 0.000 0.048 0.040 0.172
#> SRR2049505 2 0.1991 0.894 0.000 0.920 0.000 0.012 0.024 0.044
#> SRR2049504 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049502 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049501 2 0.1078 0.914 0.000 0.964 0.000 0.008 0.016 0.012
#> SRR2049500 2 0.0870 0.916 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR2049499 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049498 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049494 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049490 2 0.0405 0.917 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049492 2 0.0000 0.918 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0508 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049488 2 0.0405 0.918 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049487 2 0.0520 0.918 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049486 2 0.5269 0.531 0.000 0.604 0.000 0.292 0.016 0.088
#> SRR2049485 2 0.5300 0.520 0.000 0.596 0.000 0.300 0.016 0.088
#> SRR2049484 2 0.5344 0.502 0.000 0.584 0.000 0.312 0.016 0.088
#> SRR2049483 2 0.5344 0.502 0.000 0.584 0.000 0.312 0.016 0.088
#> SRR2049482 2 0.5344 0.502 0.000 0.584 0.000 0.312 0.016 0.088
#> SRR2049481 2 0.5344 0.502 0.000 0.584 0.000 0.312 0.016 0.088
#> SRR2049479 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.5344 0.502 0.000 0.584 0.000 0.312 0.016 0.088
#> SRR2049477 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.2882 0.750 0.848 0.000 0.004 0.000 0.120 0.028
#> SRR2049476 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0260 0.957 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049474 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049470 5 0.4493 0.294 0.424 0.000 0.004 0.000 0.548 0.024
#> SRR2049469 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 5 0.5573 0.681 0.088 0.000 0.000 0.032 0.584 0.296
#> SRR2049465 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 6 0.7278 0.000 0.252 0.004 0.136 0.076 0.036 0.496
#> SRR2049463 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.5573 0.681 0.088 0.000 0.000 0.032 0.584 0.296
#> SRR2049457 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.5573 0.681 0.088 0.000 0.000 0.032 0.584 0.296
#> SRR2049458 1 0.0146 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049454 1 0.0603 0.948 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049452 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.5573 0.681 0.088 0.000 0.000 0.032 0.584 0.296
#> SRR2049451 5 0.3042 0.801 0.128 0.000 0.004 0.000 0.836 0.032
#> SRR2049450 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.2968 0.733 0.840 0.000 0.004 0.000 0.128 0.028
#> SRR2049442 5 0.1967 0.850 0.084 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR2049444 1 0.1232 0.923 0.956 0.000 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR2049441 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.3872 0.992 0.392 0.000 0.000 0.604 0.004 0.000
#> SRR2049437 1 0.2288 0.835 0.896 0.000 0.004 0.000 0.072 0.028
#> SRR2049439 1 0.1693 0.886 0.932 0.000 0.004 0.000 0.044 0.020
#> SRR2049435 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049434 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049432 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049433 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049431 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049430 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049429 1 0.3614 0.530 0.752 0.000 0.000 0.000 0.220 0.028
#> SRR2049428 5 0.4117 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.672 0.032
#> SRR2049427 5 0.2060 0.851 0.084 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016
#> SRR2049426 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049425 5 0.5301 0.684 0.084 0.000 0.000 0.016 0.588 0.312
#> SRR2049424 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049423 5 0.5301 0.684 0.084 0.000 0.000 0.016 0.588 0.312
#> SRR2049422 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049421 5 0.4741 0.289 0.420 0.000 0.004 0.000 0.536 0.040
#> SRR2049420 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049419 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049418 5 0.5344 0.681 0.088 0.000 0.000 0.016 0.584 0.312
#> SRR2049417 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049416 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049415 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049414 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049412 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049411 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049413 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049410 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049409 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049408 1 0.0777 0.946 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049407 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049406 5 0.1753 0.855 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR2049405 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049404 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049403 5 0.5301 0.684 0.084 0.000 0.000 0.016 0.588 0.312
#> SRR2049402 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049401 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049400 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049399 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049398 1 0.0632 0.949 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049397 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049395 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049396 5 0.1610 0.857 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049394 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049393 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049392 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049388 3 0.3052 0.851 0.000 0.004 0.848 0.080 0.000 0.068
#> SRR2049389 3 0.0291 0.896 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049390 4 0.3965 0.999 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008 0.000
#> SRR2049387 3 0.2700 0.800 0.000 0.004 0.836 0.004 0.000 0.156
#> SRR2049386 3 0.0912 0.897 0.000 0.004 0.972 0.012 0.004 0.008
#> SRR2049385 3 0.0912 0.897 0.000 0.004 0.972 0.012 0.004 0.008
#> SRR2049384 3 0.3463 0.702 0.000 0.004 0.748 0.008 0.000 0.240
#> SRR2049382 3 0.3719 0.838 0.000 0.004 0.808 0.088 0.008 0.092
#> SRR2049383 3 0.2288 0.831 0.000 0.004 0.876 0.004 0.000 0.116
#> SRR2049381 3 0.3670 0.839 0.000 0.004 0.812 0.088 0.008 0.088
#> SRR2049380 3 0.3104 0.850 0.000 0.004 0.844 0.084 0.000 0.068
#> SRR2049379 3 0.1237 0.893 0.000 0.004 0.956 0.020 0.000 0.020
#> SRR2049378 3 0.3098 0.856 0.000 0.004 0.844 0.088 0.000 0.064
#> SRR2049376 3 0.0405 0.897 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0810 0.897 0.000 0.004 0.976 0.008 0.004 0.008
#> SRR2049375 3 0.2979 0.858 0.000 0.004 0.852 0.088 0.000 0.056
#> SRR2049374 3 0.3767 0.674 0.000 0.004 0.708 0.012 0.000 0.276
#> SRR2049373 3 0.2377 0.825 0.000 0.004 0.868 0.004 0.000 0.124
#> SRR2049372 3 0.1534 0.890 0.000 0.004 0.944 0.016 0.004 0.032
#> SRR2049371 3 0.3568 0.839 0.000 0.004 0.820 0.080 0.008 0.088
#> SRR2049370 3 0.1148 0.894 0.000 0.004 0.960 0.020 0.000 0.016
#> SRR2049369 3 0.3488 0.701 0.000 0.004 0.744 0.008 0.000 0.244
#> SRR2049368 3 0.2400 0.830 0.000 0.004 0.872 0.008 0.000 0.116
#> SRR2049366 3 0.0810 0.897 0.000 0.004 0.976 0.008 0.004 0.008
#> SRR2049367 3 0.2866 0.869 0.000 0.004 0.860 0.084 0.000 0.052
#> SRR2049365 3 0.0798 0.897 0.000 0.004 0.976 0.012 0.004 0.004
#> SRR2049364 3 0.1198 0.898 0.000 0.004 0.960 0.020 0.004 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.995 0.4989 0.501 0.501
#> 3 3 1.000 0.999 0.999 0.2951 0.854 0.708
#> 4 4 0.898 0.934 0.956 0.1168 0.936 0.819
#> 5 5 0.990 0.947 0.968 0.0828 0.926 0.745
#> 6 6 0.962 0.904 0.941 0.0214 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049362 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049361 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049360 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049359 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049358 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049357 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049356 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049355 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049354 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049353 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049352 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049351 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049350 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049349 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049348 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049347 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049346 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049345 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049344 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049343 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049342 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049341 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049340 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049339 2 0.0938 0.992 0.012 0.988
#> SRR2049539 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049538 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049537 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049536 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049535 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049484 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049483 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049482 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049481 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049464 2 0.1633 0.985 0.024 0.976
#> SRR2049463 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049437 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049434 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049432 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049433 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049431 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049430 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049429 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049396 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049393 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049392 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049388 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049389 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049391 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049390 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> SRR2049387 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049386 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049385 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049384 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049382 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049383 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049381 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049380 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049379 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049378 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049376 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049377 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049375 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049374 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049373 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049372 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049371 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049370 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049369 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049368 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049366 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049367 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049365 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
#> SRR2049364 2 0.1184 0.992 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049539 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049538 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049537 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049536 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0
#> SRR2049477 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049475 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049476 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049478 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049474 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049473 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049472 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049471 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049470 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049469 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049468 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049465 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049464 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049463 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049460 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049459 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049458 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049454 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049452 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049453 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049449 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049442 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049444 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049441 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049440 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049438 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049436 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049437 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049439 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049435 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049434 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049432 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049433 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049431 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049430 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049429 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049428 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049427 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049426 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049425 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049424 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049423 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049421 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049419 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049417 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049416 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049415 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049414 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049411 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049413 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049409 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049408 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049407 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049406 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049404 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049402 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049401 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049399 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049398 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049395 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049396 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0
#> SRR2049394 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049393 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049392 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049391 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049390 1 0.0424 0.993 0.992 0.008 0
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.0336 0.985 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049535 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4500 0.592 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049485 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049484 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049483 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049482 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049481 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049479 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049480 2 0.4522 0.586 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049477 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049475 1 0.1637 0.905 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049476 1 0.3356 0.880 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049478 1 0.3266 0.883 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049474 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049473 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049472 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049471 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049470 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049469 1 0.3311 0.881 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049468 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049467 1 0.3219 0.884 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049466 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049465 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049464 3 0.1389 0.942 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049463 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049461 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049462 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049460 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049459 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049457 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049455 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049456 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049458 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049454 1 0.3266 0.883 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049452 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049453 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049451 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049450 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049449 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049447 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049446 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049445 1 0.3311 0.881 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049443 1 0.0707 0.907 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049442 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049444 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049441 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049440 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049438 1 0.3444 0.876 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049436 4 0.0336 0.985 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049437 1 0.0921 0.907 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049439 1 0.1637 0.905 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049435 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049428 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049427 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049426 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049425 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049424 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049423 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049422 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049421 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049420 1 0.3266 0.883 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049419 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049418 1 0.0336 0.906 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049417 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049416 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049415 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049414 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049412 1 0.2704 0.893 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049411 1 0.3311 0.881 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049413 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049410 1 0.1118 0.907 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049409 1 0.1211 0.906 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049408 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049406 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049405 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049404 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049403 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049402 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049401 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049400 1 0.1867 0.903 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049399 1 0.1792 0.904 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049398 1 0.0817 0.908 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049397 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049395 4 0.2011 0.905 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049396 1 0.0469 0.906 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049394 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049362 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049361 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049360 3 0.0404 0.994 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049359 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049356 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049355 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049349 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049348 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049346 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049345 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049343 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049342 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049341 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049340 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049539 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049538 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049537 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049536 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.4752 0.536 0.000 0.648 0.000 0.316 0.036
#> SRR2049485 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049484 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049483 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049482 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049481 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049479 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.4770 0.529 0.000 0.644 0.000 0.320 0.036
#> SRR2049477 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 5 0.4268 0.281 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049476 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0162 0.978 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049474 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049469 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049465 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 5 0.4637 0.154 0.000 0.000 0.452 0.012 0.536
#> SRR2049463 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049457 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049458 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049451 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049450 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 5 0.3586 0.689 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2049442 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049444 1 0.3534 0.640 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049441 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049437 1 0.3561 0.622 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049439 1 0.0404 0.973 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049435 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049434 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049432 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049433 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049431 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049430 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049429 5 0.1357 0.957 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR2049428 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049427 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049426 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049425 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049424 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049423 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049422 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049421 5 0.1357 0.957 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR2049420 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049418 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049417 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049416 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049415 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049414 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049412 1 0.0162 0.978 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049411 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049410 1 0.0510 0.969 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049409 1 0.0566 0.970 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049408 1 0.1671 0.909 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049407 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049406 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049405 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049404 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049403 5 0.1597 0.954 0.048 0.000 0.000 0.012 0.940
#> SRR2049402 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049401 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049400 1 0.0290 0.975 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049399 1 0.0404 0.972 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049398 1 0.0510 0.969 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049397 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049395 4 0.0290 0.983 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049396 5 0.1197 0.958 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049394 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049393 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049392 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049388 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049389 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049390 4 0.0510 0.999 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049387 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049386 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049382 3 0.0290 0.996 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049383 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049381 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0290 0.996 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049379 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0290 0.996 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049376 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049374 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049373 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049372 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049371 3 0.0290 0.996 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049370 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0290 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049368 3 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049366 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0290 0.996 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049365 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0458 0.986 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049362 3 0.0632 0.985 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049361 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049360 3 0.1327 0.964 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> SRR2049359 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049358 3 0.0260 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049357 3 0.0547 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049356 3 0.0363 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049355 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049354 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049353 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049352 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049351 3 0.0790 0.981 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049350 3 0.0713 0.982 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2049349 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049348 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049347 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049346 3 0.0632 0.986 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2049345 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049344 3 0.0547 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049343 3 0.0363 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049342 3 0.0260 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049341 3 0.0458 0.986 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049340 3 0.0260 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049339 3 0.0520 0.986 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 NA
#> SRR2049539 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049538 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049537 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049536 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049535 2 0.0146 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049534 2 0.0363 0.927 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049533 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049532 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049531 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049530 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049529 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049528 2 0.0146 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049527 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049526 2 0.0363 0.929 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049525 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049524 2 0.0363 0.929 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049523 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049522 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049521 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049520 2 0.0260 0.930 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049519 2 0.0363 0.927 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049518 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049517 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049516 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049515 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049514 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049513 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049512 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049511 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049510 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049509 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049508 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049507 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049506 2 0.0363 0.927 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049505 2 0.0146 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049504 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049503 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049502 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049501 2 0.0146 0.930 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049500 2 0.0260 0.929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049499 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049498 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049497 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049496 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049495 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049494 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049493 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049491 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049490 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049492 2 0.0146 0.931 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049489 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049488 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049487 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049486 2 0.5624 0.297 0.000 0.456 0.000 0.148 0.000 NA
#> SRR2049485 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049484 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049483 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049482 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049481 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049479 1 0.0363 0.930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049480 2 0.5718 0.264 0.000 0.440 0.000 0.164 0.000 NA
#> SRR2049477 1 0.0146 0.929 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049475 5 0.4957 0.229 0.384 0.000 0.000 0.000 0.544 NA
#> SRR2049476 1 0.1007 0.926 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049478 1 0.1267 0.918 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049474 1 0.0458 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049473 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049472 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049471 1 0.0363 0.930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049470 5 0.1204 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> SRR2049469 1 0.1007 0.925 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049468 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049467 1 0.1075 0.923 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049466 5 0.2823 0.841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 NA
#> SRR2049465 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049464 5 0.6116 0.262 0.000 0.000 0.332 0.000 0.364 NA
#> SRR2049463 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049461 1 0.0458 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049462 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049460 1 0.0260 0.929 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049459 5 0.2823 0.841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 NA
#> SRR2049457 1 0.0458 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049455 1 0.0458 0.929 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049456 5 0.2793 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 NA
#> SRR2049458 1 0.0632 0.928 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049454 1 0.1387 0.917 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049452 1 0.0363 0.930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049453 5 0.2793 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 NA
#> SRR2049451 5 0.1075 0.899 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR2049450 1 0.0363 0.930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049449 1 0.0146 0.930 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049447 1 0.0363 0.931 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049446 1 0.0363 0.930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049445 1 0.0865 0.927 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049443 5 0.4431 0.596 0.236 0.000 0.000 0.000 0.688 NA
#> SRR2049442 5 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049444 1 0.4370 0.624 0.684 0.000 0.000 0.000 0.252 NA
#> SRR2049441 1 0.0260 0.929 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049440 1 0.0260 0.930 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049438 1 0.0146 0.929 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049436 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049437 1 0.4495 0.608 0.672 0.000 0.000 0.000 0.256 NA
#> SRR2049439 1 0.1753 0.909 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2049435 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049434 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049432 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049433 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049431 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049430 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049429 5 0.2491 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 NA
#> SRR2049428 5 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049427 5 0.0260 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR2049426 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049425 5 0.2697 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 NA
#> SRR2049424 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049423 5 0.2730 0.846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 NA
#> SRR2049422 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049421 5 0.1957 0.883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 NA
#> SRR2049420 1 0.2854 0.848 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049419 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049418 5 0.2793 0.842 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 NA
#> SRR2049417 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049416 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049415 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049414 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049412 1 0.2969 0.839 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049411 1 0.2854 0.846 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049413 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049410 1 0.3766 0.812 0.736 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2049409 1 0.3518 0.810 0.732 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2049408 1 0.5303 0.658 0.596 0.000 0.000 0.000 0.172 NA
#> SRR2049407 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049406 5 0.0146 0.910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR2049405 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049404 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049403 5 0.2762 0.845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 NA
#> SRR2049402 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049401 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049400 1 0.2969 0.838 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049399 1 0.2996 0.836 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049398 1 0.3161 0.838 0.776 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2049397 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049395 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049396 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049394 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049393 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049392 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049388 3 0.0547 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049389 3 0.0260 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049391 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049390 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049387 3 0.0363 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049386 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049385 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049384 3 0.0937 0.974 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2049382 3 0.0790 0.981 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049383 3 0.0363 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049381 3 0.0790 0.981 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049380 3 0.0363 0.988 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049379 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049378 3 0.0458 0.986 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049376 3 0.0260 0.989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049377 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049375 3 0.0458 0.986 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049374 3 0.0937 0.977 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2049373 3 0.0547 0.986 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049372 3 0.0146 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2049371 3 0.0790 0.981 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2049370 3 0.0260 0.990 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2049369 3 0.1007 0.972 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2049368 3 0.0458 0.987 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049366 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049367 3 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049365 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2049364 3 0.0000 0.989 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.995 0.4007 0.595 0.595
#> 3 3 1.000 0.963 0.983 0.6045 0.760 0.596
#> 4 4 0.905 0.878 0.944 0.1511 0.894 0.704
#> 5 5 0.873 0.808 0.851 0.0345 0.924 0.745
#> 6 6 0.973 0.927 0.971 0.0380 0.925 0.725
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049539 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049534 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049531 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049529 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049528 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049527 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049526 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049522 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049521 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049520 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049518 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049517 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049516 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049514 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049513 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049511 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049510 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049508 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049507 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049506 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049505 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049504 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049503 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049502 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049501 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049499 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049498 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049497 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049496 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049495 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049494 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049493 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049490 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049489 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049488 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049487 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049486 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR2049485 2 0.518 0.872 0.116 0.884
#> SRR2049484 2 0.714 0.777 0.196 0.804
#> SRR2049483 2 0.738 0.759 0.208 0.792
#> SRR2049482 2 0.689 0.792 0.184 0.816
#> SRR2049481 2 0.706 0.782 0.192 0.808
#> SRR2049479 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.722 0.771 0.200 0.800
#> SRR2049477 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049463 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.1753 0.937 0.048 0.000 0.952
#> SRR2049539 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049538 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049537 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049536 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049535 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.2066 0.902 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049485 2 0.3686 0.818 0.140 0.860 0.000
#> SRR2049484 2 0.5785 0.538 0.332 0.668 0.000
#> SRR2049483 2 0.5926 0.485 0.356 0.644 0.000
#> SRR2049482 2 0.5785 0.538 0.332 0.668 0.000
#> SRR2049481 2 0.5785 0.538 0.332 0.668 0.000
#> SRR2049479 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.5760 0.545 0.328 0.672 0.000
#> SRR2049477 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0237 0.984 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049465 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.7800 0.604 0.204 0.128 0.668
#> SRR2049463 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049437 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049434 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049432 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049433 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049431 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049430 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049429 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049396 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049393 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049392 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049388 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049390 1 0.2261 0.940 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049387 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.1557 0.943 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049539 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.3123 0.816 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049485 2 0.3764 0.751 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049484 2 0.4941 0.429 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049483 2 0.4967 0.394 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049482 2 0.4888 0.473 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2049481 2 0.4907 0.458 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049479 4 0.4679 0.606 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2049480 2 0.4933 0.437 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049477 4 0.4967 0.418 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2049475 1 0.3356 0.728 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049476 4 0.4967 0.416 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2049478 1 0.3486 0.709 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049474 1 0.4134 0.554 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049473 4 0.4713 0.598 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2049472 4 0.2814 0.744 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049471 4 0.4624 0.619 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049470 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 4 0.4679 0.606 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR2049467 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049465 4 0.4624 0.619 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049464 1 0.3311 0.717 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049463 4 0.4697 0.602 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2049461 4 0.2216 0.764 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049462 1 0.0336 0.935 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049460 4 0.1474 0.776 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049459 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049457 4 0.4972 0.407 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2049455 1 0.1389 0.896 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049456 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.4543 0.391 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049454 1 0.4776 0.215 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049452 4 0.4830 0.545 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049453 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049450 4 0.4730 0.591 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2049449 4 0.4746 0.586 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2049447 1 0.4967 -0.136 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2049446 4 0.4941 0.457 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049445 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049443 1 0.3172 0.753 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049442 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.3400 0.722 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049440 4 0.4955 0.437 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049438 4 0.4888 0.508 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2049436 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.3569 0.685 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049419 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049413 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049395 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049396 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.787 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.1341 0.9365 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2049539 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 5 0.4934 0.8832 0.000 0.364 0.000 0.036 0.600
#> SRR2049485 5 0.5094 0.9025 0.000 0.352 0.000 0.048 0.600
#> SRR2049484 5 0.5655 0.9621 0.000 0.288 0.000 0.112 0.600
#> SRR2049483 5 0.5655 0.9621 0.000 0.288 0.000 0.112 0.600
#> SRR2049482 5 0.5655 0.9621 0.000 0.288 0.000 0.112 0.600
#> SRR2049481 5 0.5655 0.9621 0.000 0.288 0.000 0.112 0.600
#> SRR2049479 1 0.4201 0.0709 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049480 5 0.5655 0.9621 0.000 0.288 0.000 0.112 0.600
#> SRR2049477 1 0.4126 0.1435 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2049475 1 0.1549 0.6361 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR2049476 1 0.4138 0.1340 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2049478 1 0.1410 0.6147 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049474 1 0.2605 0.5319 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2049473 1 0.4201 0.0709 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049472 4 0.4273 0.3541 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR2049471 1 0.4227 0.0315 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR2049470 1 0.3305 0.6904 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049469 1 0.0162 0.6470 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049468 1 0.4201 0.0700 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.6485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.3913 0.6823 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049465 1 0.4235 0.0171 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR2049464 1 0.4509 0.6492 0.752 0.000 0.096 0.000 0.152
#> SRR2049463 1 0.4210 0.0583 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR2049461 4 0.4262 0.3686 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049462 1 0.0963 0.6304 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049460 4 0.4219 0.4221 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049459 1 0.1121 0.6635 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049457 1 0.4161 0.1152 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049455 1 0.1478 0.6116 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049456 1 0.4171 0.6635 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049458 1 0.2230 0.5660 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049454 1 0.2516 0.5413 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049452 1 0.4182 0.0939 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR2049453 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049451 1 0.3395 0.6878 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049450 1 0.4201 0.0709 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049449 1 0.4182 0.0939 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR2049447 1 0.4074 0.1743 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049446 1 0.4161 0.1152 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049445 1 0.0290 0.6453 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049443 1 0.1043 0.6282 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049442 1 0.4030 0.6756 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049444 1 0.1121 0.6643 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049441 1 0.1671 0.6020 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049440 1 0.4161 0.1152 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049438 1 0.4126 0.1433 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.1965 0.6757 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049439 1 0.0000 0.6485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049435 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.3752 0.6873 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049428 1 0.3837 0.6850 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049427 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049426 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049425 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049424 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049423 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049422 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049421 1 0.3730 0.6880 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049420 1 0.3003 0.4793 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2049419 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049418 1 0.3837 0.6851 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049417 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049416 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049415 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049414 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049412 1 0.2424 0.6834 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049411 1 0.0162 0.6472 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049413 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049410 1 0.3508 0.6911 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049409 1 0.2561 0.6839 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049408 1 0.3730 0.6880 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049407 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049406 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049405 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049404 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049403 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049402 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049401 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049400 1 0.1478 0.6698 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049399 1 0.2074 0.6771 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049398 1 0.2516 0.6832 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049397 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049395 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.4182 0.6625 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049394 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.9016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.9988 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049362 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049361 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049360 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049359 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049358 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049357 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049356 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049355 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049354 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049353 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049352 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049351 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049350 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049349 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049348 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049347 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049346 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049345 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049344 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049343 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049342 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049341 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049340 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049339 3 0.1267 0.932 0.000 0 0.94 0.06 0.000 0
#> SRR2049539 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049538 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049537 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049536 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049486 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049485 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049484 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049483 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049482 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049481 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049479 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049480 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 0.00 0.000 1
#> SRR2049477 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049475 1 0.1327 0.888 0.936 0 0.00 0.00 0.064 0
#> SRR2049476 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049478 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049474 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049473 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049472 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049471 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049470 5 0.3868 0.101 0.492 0 0.00 0.00 0.508 0
#> SRR2049469 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049468 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049467 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049466 5 0.2969 0.686 0.224 0 0.00 0.00 0.776 0
#> SRR2049465 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049464 1 0.5113 -0.130 0.472 0 0.08 0.00 0.448 0
#> SRR2049463 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049461 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049462 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049460 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049459 1 0.1910 0.853 0.892 0 0.00 0.00 0.108 0
#> SRR2049457 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049455 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049456 5 0.0363 0.844 0.012 0 0.00 0.00 0.988 0
#> SRR2049458 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049454 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049452 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049453 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049451 5 0.3756 0.412 0.400 0 0.00 0.00 0.600 0
#> SRR2049450 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049449 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049447 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049446 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049445 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049443 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049442 5 0.3126 0.667 0.248 0 0.00 0.00 0.752 0
#> SRR2049444 1 0.1327 0.888 0.936 0 0.00 0.00 0.064 0
#> SRR2049441 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049440 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049438 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049436 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049437 1 0.2048 0.830 0.880 0 0.00 0.00 0.120 0
#> SRR2049439 1 0.0000 0.932 1.000 0 0.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049435 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049434 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049432 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049433 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049431 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049430 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049429 5 0.3695 0.455 0.376 0 0.00 0.00 0.624 0
#> SRR2049428 5 0.3578 0.526 0.340 0 0.00 0.00 0.660 0
#> SRR2049427 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049426 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049425 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049424 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049423 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049422 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049421 5 0.3706 0.446 0.380 0 0.00 0.00 0.620 0
#> SRR2049420 1 0.1204 0.894 0.944 0 0.00 0.00 0.056 0
#> SRR2049419 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049418 5 0.3592 0.518 0.344 0 0.00 0.00 0.656 0
#> SRR2049417 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049416 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049415 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049414 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049412 1 0.3578 0.433 0.660 0 0.00 0.00 0.340 0
#> SRR2049411 1 0.1327 0.888 0.936 0 0.00 0.00 0.064 0
#> SRR2049413 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049410 1 0.3810 0.158 0.572 0 0.00 0.00 0.428 0
#> SRR2049409 1 0.3266 0.610 0.728 0 0.00 0.00 0.272 0
#> SRR2049408 5 0.3706 0.446 0.380 0 0.00 0.00 0.620 0
#> SRR2049407 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049406 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049405 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049404 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049403 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049402 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049401 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049400 1 0.2260 0.816 0.860 0 0.00 0.00 0.140 0
#> SRR2049399 1 0.2178 0.817 0.868 0 0.00 0.00 0.132 0
#> SRR2049398 1 0.2664 0.751 0.816 0 0.00 0.00 0.184 0
#> SRR2049397 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049395 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049396 5 0.0000 0.853 0.000 0 0.00 0.00 1.000 0
#> SRR2049394 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049393 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049392 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049388 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049389 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049391 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049390 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.00 1.00 0.000 0
#> SRR2049387 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049386 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049385 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049384 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049382 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049383 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049381 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049380 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049379 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049378 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049376 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049377 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049375 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049374 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049373 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049372 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049371 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049370 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049369 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049368 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049366 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049367 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049365 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
#> SRR2049364 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.00 0.00 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.442 0.872 0.906 0.4355 0.537 0.537
#> 3 3 1.000 0.989 0.995 0.4428 0.657 0.453
#> 4 4 0.906 0.937 0.954 0.1578 0.907 0.752
#> 5 5 1.000 0.980 0.989 0.0875 0.922 0.726
#> 6 6 1.000 0.978 0.988 0.0137 0.977 0.895
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049362 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049361 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049360 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049359 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049358 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049357 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049356 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049355 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049354 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049353 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049352 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049351 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049350 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049349 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049348 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049347 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049346 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049345 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049344 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049343 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049342 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049341 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049340 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049339 1 0.4431 0.873 0.908 0.092
#> SRR2049539 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049538 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049537 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049536 1 0.9833 -0.289 0.576 0.424
#> SRR2049535 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049534 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049533 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049532 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049531 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049530 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049529 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049528 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049527 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049526 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049525 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049524 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049523 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049522 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049521 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049520 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049519 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049518 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049517 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049516 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049515 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049514 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049513 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049512 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049511 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049510 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049509 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049508 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049507 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049506 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049505 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049504 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049503 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049502 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049501 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049500 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049499 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049498 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049497 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049496 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049495 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049494 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049493 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049491 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049490 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049492 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049489 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049488 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049487 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049486 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049485 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049484 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049483 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049482 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049481 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049479 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.6973 0.934 0.188 0.812
#> SRR2049477 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049464 1 0.0938 0.882 0.988 0.012
#> SRR2049463 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049436 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049437 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049435 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049434 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049432 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049433 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049431 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049430 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049429 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049395 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049396 1 0.0000 0.894 1.000 0.000
#> SRR2049394 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049393 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049392 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049388 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049389 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049391 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049390 2 0.9833 0.689 0.424 0.576
#> SRR2049387 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049386 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049385 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049384 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049382 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049383 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049381 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049380 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049379 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049378 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049376 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049377 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049375 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049374 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049373 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049372 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049371 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049370 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049369 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049368 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049366 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049367 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049365 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
#> SRR2049364 1 0.6973 0.853 0.812 0.188
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049362 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049361 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049360 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049359 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049358 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049357 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049356 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049355 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049354 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049353 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049352 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049351 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049350 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049349 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049348 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049347 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049346 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049345 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049344 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049343 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049342 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049341 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049340 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049339 1 0.334 0.869 0.88 0.00 0.12
#> SRR2049539 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049538 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049537 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049536 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0.00 1.00 0.00
#> SRR2049486 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049485 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049484 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049483 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049482 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049481 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049479 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049480 1 0.334 0.873 0.88 0.12 0.00
#> SRR2049477 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049475 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049476 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049478 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049474 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049473 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049472 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049471 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049470 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049469 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049468 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049467 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049466 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049465 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049464 1 0.334 0.869 0.88 0.00 0.12
#> SRR2049463 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049461 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049462 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049460 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049459 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049457 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049455 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049456 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049458 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049454 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049452 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049453 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049451 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049450 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049449 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049447 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049446 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049445 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049443 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049442 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049444 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049441 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049440 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049438 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049436 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049437 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049439 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049435 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049434 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049432 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049433 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049431 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049430 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049429 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049428 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049427 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049426 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049425 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049424 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049423 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049422 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049421 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049420 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049419 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049418 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049417 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049416 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049415 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049414 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049412 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049411 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049413 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049410 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049409 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049408 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049407 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049406 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049405 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049404 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049403 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049402 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049401 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049400 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049399 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049398 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049397 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049395 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049396 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049394 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049393 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049392 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049388 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049389 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049391 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049390 1 0.000 0.989 1.00 0.00 0.00
#> SRR2049387 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049386 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049385 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049384 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049382 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049383 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049381 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049380 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049379 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049378 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049376 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049377 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049375 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049374 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049373 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049372 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049371 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049370 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049369 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049368 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049366 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049367 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049365 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
#> SRR2049364 3 0.000 1.000 0.00 0.00 1.00
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 1 0.7088 0.141 0.480 0.000 0.128 0.392
#> SRR2049539 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049536 4 0.2704 0.821 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049485 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049484 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049483 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049482 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049481 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049479 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049480 4 0.2704 0.878 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049477 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049475 1 0.1637 0.914 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049476 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049478 1 0.1940 0.916 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049474 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049473 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049472 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049471 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049470 1 0.1211 0.890 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049469 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049468 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049467 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049466 1 0.4040 0.673 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049465 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049464 4 0.5228 0.781 0.124 0.000 0.120 0.756
#> SRR2049463 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049461 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049462 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049460 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049459 1 0.4040 0.673 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049457 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049455 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049456 1 0.4040 0.673 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049458 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049454 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049452 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049453 1 0.4304 0.642 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2049451 1 0.1716 0.909 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049450 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049449 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049447 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049446 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049445 1 0.2011 0.913 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049443 1 0.1118 0.909 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049442 1 0.1867 0.879 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049444 1 0.1118 0.891 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049441 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049440 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049438 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049436 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049437 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049439 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049435 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049429 1 0.1637 0.914 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049428 1 0.0469 0.898 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049427 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049426 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049425 1 0.3123 0.812 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049424 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049423 1 0.4193 0.669 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049422 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049421 1 0.0921 0.894 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049420 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049419 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049418 1 0.4040 0.673 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049417 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049416 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049415 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049414 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049412 1 0.2589 0.899 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049411 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049413 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049410 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049409 1 0.2408 0.905 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049408 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049407 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049406 1 0.3764 0.742 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049405 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049404 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049403 1 0.4277 0.646 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049402 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049401 1 0.2814 0.835 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049400 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049399 1 0.1940 0.915 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049398 1 0.1867 0.916 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049397 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049395 1 0.4989 0.330 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049396 1 0.1557 0.887 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049394 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 4 0.0671 0.979 0.000 0 0.004 0.980 0.016
#> SRR2049539 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049536 4 0.0324 0.980 0.004 0 0.000 0.992 0.004
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049485 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049484 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049483 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049482 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049481 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049479 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049480 4 0.0510 0.981 0.000 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049477 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.1792 0.913 0.916 0 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049476 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.0162 0.972 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049474 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.2929 0.790 0.180 0 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049469 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.0162 0.972 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049466 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049465 1 0.0566 0.967 0.984 0 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049464 4 0.2605 0.843 0.000 0 0.000 0.852 0.148
#> SRR2049463 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0162 0.972 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049460 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049459 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049457 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049456 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049458 1 0.0290 0.971 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049454 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049453 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049451 5 0.0880 0.961 0.032 0 0.000 0.000 0.968
#> SRR2049450 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.0290 0.971 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049443 1 0.2230 0.881 0.884 0 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049442 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049444 1 0.3074 0.778 0.804 0 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049441 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049436 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.0609 0.965 0.980 0 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049439 1 0.0510 0.967 0.984 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049435 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.2127 0.887 0.892 0 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049428 1 0.3730 0.621 0.712 0 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049427 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049426 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049425 5 0.0290 0.980 0.008 0 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049424 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049423 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049422 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049421 5 0.3109 0.758 0.200 0 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049420 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049419 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049418 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049417 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049416 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049415 5 0.0290 0.980 0.008 0 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049414 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049412 1 0.2723 0.867 0.864 0 0.000 0.012 0.124
#> SRR2049411 1 0.0000 0.973 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049410 1 0.0290 0.971 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049409 1 0.0771 0.963 0.976 0 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049408 1 0.0703 0.962 0.976 0 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049407 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049406 5 0.0290 0.980 0.008 0 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049405 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049404 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049403 5 0.0162 0.978 0.004 0 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049402 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049401 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049400 1 0.0162 0.972 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049399 1 0.1965 0.900 0.904 0 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049398 1 0.0510 0.967 0.984 0 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049397 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049395 4 0.2719 0.840 0.004 0 0.000 0.852 0.144
#> SRR2049396 5 0.0404 0.982 0.012 0 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049394 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 0.984 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0547 0.980 0.000 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> SRR2049356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049339 6 0.0692 0.950 0.000 0.000 0.004 0.02 0.000 0.976
#> SRR2049539 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049538 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049537 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049536 6 0.3071 0.786 0.000 0.000 0.000 0.18 0.016 0.804
#> SRR2049535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0260 0.992 0.000 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008
#> SRR2049505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049486 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049485 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049484 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049483 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049482 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049481 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049479 1 0.0146 0.967 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR2049480 6 0.0547 0.954 0.000 0.000 0.000 0.02 0.000 0.980
#> SRR2049477 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049475 5 0.2948 0.733 0.188 0.000 0.000 0.00 0.804 0.008
#> SRR2049476 1 0.0508 0.966 0.984 0.000 0.000 0.00 0.004 0.012
#> SRR2049478 1 0.0717 0.958 0.976 0.000 0.000 0.00 0.016 0.008
#> SRR2049474 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049472 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049471 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049470 5 0.0717 0.965 0.016 0.000 0.000 0.00 0.976 0.008
#> SRR2049469 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049467 1 0.0520 0.962 0.984 0.000 0.000 0.00 0.008 0.008
#> SRR2049466 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.0520 0.962 0.984 0.000 0.000 0.00 0.008 0.008
#> SRR2049464 6 0.0692 0.951 0.000 0.000 0.000 0.02 0.004 0.976
#> SRR2049463 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049461 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.0146 0.966 0.996 0.000 0.000 0.00 0.004 0.000
#> SRR2049460 1 0.0260 0.966 0.992 0.000 0.000 0.00 0.000 0.008
#> SRR2049459 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049455 1 0.0146 0.966 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR2049456 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.0622 0.965 0.980 0.000 0.000 0.00 0.008 0.012
#> SRR2049454 1 0.0146 0.966 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR2049452 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049453 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049451 5 0.0622 0.968 0.012 0.000 0.000 0.00 0.980 0.008
#> SRR2049450 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049449 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049447 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049445 1 0.0717 0.958 0.976 0.000 0.000 0.00 0.016 0.008
#> SRR2049443 5 0.2669 0.782 0.156 0.000 0.000 0.00 0.836 0.008
#> SRR2049442 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049444 5 0.0717 0.965 0.016 0.000 0.000 0.00 0.976 0.008
#> SRR2049441 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049440 1 0.0363 0.966 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049438 1 0.0363 0.967 0.988 0.000 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2049436 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.3298 0.676 0.756 0.000 0.000 0.00 0.236 0.008
#> SRR2049439 1 0.3217 0.695 0.768 0.000 0.000 0.00 0.224 0.008
#> SRR2049435 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049434 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049432 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049433 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049431 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049430 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.3398 0.653 0.740 0.000 0.000 0.00 0.252 0.008
#> SRR2049428 5 0.0891 0.957 0.024 0.000 0.000 0.00 0.968 0.008
#> SRR2049427 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049424 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049423 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049422 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049421 5 0.0405 0.974 0.004 0.000 0.000 0.00 0.988 0.008
#> SRR2049420 1 0.0146 0.965 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR2049419 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049418 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049417 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049416 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049415 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049414 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.0909 0.953 0.968 0.000 0.000 0.00 0.020 0.012
#> SRR2049411 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049413 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.0806 0.955 0.972 0.000 0.000 0.00 0.020 0.008
#> SRR2049409 1 0.0622 0.960 0.980 0.000 0.000 0.00 0.012 0.008
#> SRR2049408 1 0.0806 0.955 0.972 0.000 0.000 0.00 0.020 0.008
#> SRR2049407 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049406 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049405 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049403 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049401 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.0717 0.958 0.976 0.000 0.000 0.00 0.016 0.008
#> SRR2049399 1 0.0622 0.960 0.980 0.000 0.000 0.00 0.012 0.008
#> SRR2049398 1 0.0717 0.958 0.976 0.000 0.000 0.00 0.016 0.008
#> SRR2049397 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049395 6 0.3942 0.714 0.176 0.000 0.000 0.02 0.036 0.768
#> SRR2049396 5 0.0000 0.983 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2049394 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049393 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049392 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049390 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 10838 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.981 0.4094 0.590 0.590
#> 3 3 1.000 0.996 0.998 0.5778 0.759 0.593
#> 4 4 0.843 0.877 0.919 0.1169 0.936 0.819
#> 5 5 0.880 0.878 0.921 0.0749 0.906 0.685
#> 6 6 0.932 0.877 0.939 0.0220 0.990 0.954
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049363 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049362 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049361 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049360 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049359 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049358 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049357 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049356 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049355 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049354 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049353 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049352 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR2049351 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> SRR2049350 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049349 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049348 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049347 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049346 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049345 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049344 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049343 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049342 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049341 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049340 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049339 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049539 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049538 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049537 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049536 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049535 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049534 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049532 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049531 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049530 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049529 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049528 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049527 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049526 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049524 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049523 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049522 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049521 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049520 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049519 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049518 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049517 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049515 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049514 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049513 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049512 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049511 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049510 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049509 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049508 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049507 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049506 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049505 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049504 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049503 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049502 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049500 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049499 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049498 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049497 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049496 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049495 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049494 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049493 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049491 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2049492 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049489 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049488 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049487 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049486 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049485 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049484 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049483 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049482 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049481 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049479 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049480 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> SRR2049477 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049475 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049476 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049478 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049474 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049473 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049472 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049471 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049470 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049469 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049468 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049467 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049466 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049465 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049464 2 0.4431 0.922 0.092 0.908
#> SRR2049463 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049461 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049462 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049460 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049459 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049457 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049455 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049456 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049458 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049454 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049452 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049453 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049451 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049450 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049449 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049447 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049446 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049445 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049443 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049442 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049444 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049441 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049440 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049438 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049436 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049437 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049439 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049435 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049434 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049432 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049433 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049431 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049430 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049429 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049428 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049427 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049426 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049425 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049424 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049423 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049422 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049421 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049420 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049419 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049418 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049417 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049416 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049415 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049414 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049412 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049411 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049413 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049410 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049409 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049408 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049407 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049406 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049405 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049404 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049403 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049402 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049401 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049400 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049399 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049398 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049397 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049395 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049396 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049394 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049393 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049392 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049388 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049389 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049391 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049390 1 0.2236 0.985 0.964 0.036
#> SRR2049387 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049386 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049385 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049384 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049382 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049383 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049381 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049380 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049379 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049378 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049376 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049377 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049375 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049374 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049373 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049372 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049371 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR2049370 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049369 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049368 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049366 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049367 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049365 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR2049364 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049363 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049362 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049361 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049360 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049359 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049358 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049357 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049356 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049355 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049354 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049353 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049352 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049351 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049350 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049349 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049348 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049347 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049346 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049345 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049344 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049343 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049342 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049341 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049340 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049339 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049539 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049538 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049537 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049536 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049535 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049533 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049523 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049485 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049484 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049483 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049482 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049481 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049479 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049480 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR2049477 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049475 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049476 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049478 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049474 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049473 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049472 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049471 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049470 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049469 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049468 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049467 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049466 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049465 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049464 3 0.573 0.521 0 0.324 0.676
#> SRR2049463 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049461 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049462 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049460 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049459 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049457 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049455 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049456 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049458 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049452 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049453 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049451 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049450 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049449 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049447 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049446 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049445 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049443 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049442 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049444 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049441 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049440 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049436 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049437 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049439 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049435 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049434 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049432 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049433 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049431 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049430 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049429 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049428 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049427 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049426 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049425 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049424 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049423 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049422 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049421 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049420 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049419 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049418 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049416 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049415 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049414 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049412 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049411 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049413 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049410 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049409 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049408 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049407 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049406 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049405 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049404 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049403 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049402 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049401 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049400 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049399 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049398 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049397 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049395 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049396 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049394 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049393 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049392 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049388 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049389 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049391 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049390 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2049387 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049386 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049385 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049384 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049382 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049383 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049381 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049380 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049379 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049378 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049376 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049377 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049375 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049374 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049373 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049372 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049371 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049370 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049369 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049368 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049366 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049367 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049365 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
#> SRR2049364 3 0.000 0.994 0 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049363 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049362 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049361 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0336 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049359 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049357 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049356 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049354 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049351 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049350 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049349 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049347 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049346 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049345 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049342 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049341 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049340 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.2868 0.849 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR2049539 4 0.3400 0.985 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049538 4 0.3400 0.985 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049537 4 0.3583 0.985 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR2049536 4 0.3498 0.957 0.160 0.000 0.008 0.832
#> SRR2049535 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049533 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049523 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049506 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.2704 0.858 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049485 2 0.4040 0.719 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049484 2 0.4356 0.659 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2049483 2 0.4454 0.634 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049482 2 0.4331 0.665 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2049481 2 0.4331 0.665 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2049479 1 0.4431 0.613 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049480 2 0.4331 0.665 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2049477 1 0.4522 0.586 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049475 1 0.1302 0.822 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049476 1 0.3172 0.769 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049478 1 0.2281 0.804 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049474 1 0.3610 0.738 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049473 1 0.4040 0.693 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049472 1 0.4103 0.681 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049471 1 0.4967 0.215 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR2049470 1 0.0592 0.825 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049469 1 0.3074 0.775 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049468 1 0.4605 0.549 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049467 1 0.1940 0.813 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049466 1 0.0336 0.825 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049465 1 0.4103 0.679 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049464 3 0.4692 0.691 0.000 0.212 0.756 0.032
#> SRR2049463 1 0.3975 0.698 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049461 1 0.4585 0.558 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049462 1 0.3528 0.748 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049460 1 0.4948 0.249 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049459 1 0.0817 0.825 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049457 1 0.4304 0.645 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR2049455 1 0.3266 0.764 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049456 1 0.0188 0.825 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049458 1 0.4661 0.541 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049454 1 0.3444 0.752 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049452 1 0.4661 0.522 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049453 1 0.1474 0.808 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049451 1 0.2469 0.778 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049450 1 0.4543 0.578 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049449 1 0.4356 0.630 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049447 1 0.3873 0.712 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049446 1 0.4072 0.688 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049445 1 0.2760 0.788 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049443 1 0.1302 0.824 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049442 1 0.0469 0.822 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049444 1 0.0707 0.825 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049441 1 0.4454 0.607 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049440 1 0.4564 0.574 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049438 1 0.4679 0.515 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049436 4 0.3494 0.972 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR2049437 1 0.0921 0.827 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049439 1 0.1211 0.823 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049435 4 0.3626 0.982 0.184 0.004 0.000 0.812
#> SRR2049434 4 0.3539 0.984 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR2049432 4 0.3583 0.985 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR2049433 4 0.3444 0.984 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2049431 4 0.3528 0.979 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR2049430 4 0.3528 0.979 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR2049429 1 0.0336 0.823 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049428 1 0.0469 0.822 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049427 1 0.2647 0.756 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049426 1 0.2345 0.774 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049425 1 0.1389 0.810 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049424 1 0.0707 0.820 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049423 1 0.2469 0.767 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049422 1 0.0707 0.820 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049421 1 0.0188 0.825 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049420 1 0.3610 0.742 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049419 1 0.1302 0.811 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049418 1 0.0000 0.824 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049417 1 0.2345 0.774 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049416 1 0.2704 0.752 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049415 1 0.2868 0.740 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049414 1 0.2281 0.777 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049412 1 0.0592 0.826 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049411 1 0.3074 0.774 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049413 1 0.1867 0.795 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049410 1 0.0921 0.825 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049409 1 0.0921 0.825 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049408 1 0.0188 0.825 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049407 1 0.1474 0.807 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049406 1 0.2868 0.740 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049405 1 0.1557 0.805 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049404 1 0.0921 0.817 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049403 1 0.1637 0.803 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049402 1 0.1637 0.803 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049401 1 0.0469 0.822 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049400 1 0.2081 0.810 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049399 1 0.0469 0.826 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049398 1 0.0592 0.826 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049397 1 0.2469 0.767 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049395 4 0.3791 0.968 0.200 0.004 0.000 0.796
#> SRR2049396 1 0.1211 0.814 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049394 4 0.3444 0.984 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2049393 4 0.3583 0.979 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR2049392 4 0.3400 0.985 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049388 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049389 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049391 4 0.3539 0.977 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR2049390 4 0.3583 0.979 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR2049387 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049384 3 0.0336 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049382 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049383 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049380 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049379 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049378 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049376 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049375 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049374 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049373 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049372 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049371 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049369 3 0.0336 0.986 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049368 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049365 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049364 3 0.0188 0.990 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049363 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049359 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049350 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049345 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.2773 0.797 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049539 4 0.3934 0.822 0.076 0.000 0.000 0.800 0.124
#> SRR2049538 4 0.3934 0.822 0.076 0.000 0.000 0.800 0.124
#> SRR2049537 4 0.3888 0.817 0.064 0.000 0.000 0.800 0.136
#> SRR2049536 4 0.3487 0.712 0.212 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR2049535 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049533 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049523 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0162 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 2 0.3999 0.353 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2049485 4 0.4287 0.300 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049484 4 0.4060 0.536 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR2049483 4 0.4030 0.548 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR2049482 4 0.4138 0.491 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2049481 4 0.4114 0.507 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR2049479 1 0.1341 0.836 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049480 4 0.4060 0.536 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR2049477 1 0.0609 0.823 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049475 1 0.4455 0.575 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> SRR2049476 1 0.3534 0.794 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049478 1 0.3816 0.749 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049474 1 0.2329 0.838 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049473 1 0.1478 0.837 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049472 1 0.1270 0.835 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049471 1 0.0000 0.805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049470 5 0.2522 0.802 0.108 0.000 0.000 0.012 0.880
#> SRR2049469 1 0.3210 0.818 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049468 1 0.1341 0.836 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049467 1 0.3305 0.812 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049466 1 0.4262 0.497 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049465 1 0.0703 0.825 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049464 2 0.7346 0.131 0.084 0.440 0.364 0.112 0.000
#> SRR2049463 1 0.2074 0.839 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049461 1 0.0703 0.825 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049462 1 0.0703 0.825 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049460 1 0.1270 0.835 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049459 1 0.3707 0.771 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR2049457 1 0.0404 0.816 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049455 1 0.2966 0.826 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049456 5 0.4268 -0.144 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049458 1 0.0000 0.805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049454 1 0.3210 0.818 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049452 1 0.0963 0.830 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049453 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049451 5 0.4519 0.677 0.148 0.000 0.000 0.100 0.752
#> SRR2049450 1 0.2329 0.838 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049449 1 0.0794 0.827 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049447 1 0.2471 0.837 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049446 1 0.1608 0.838 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049445 1 0.3636 0.782 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2049443 1 0.4449 0.364 0.512 0.000 0.000 0.004 0.484
#> SRR2049442 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049444 1 0.4045 0.677 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049441 1 0.0510 0.820 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049440 1 0.0000 0.805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049438 1 0.0703 0.825 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049436 4 0.3492 0.733 0.188 0.000 0.000 0.796 0.016
#> SRR2049437 1 0.4283 0.683 0.644 0.000 0.000 0.008 0.348
#> SRR2049439 1 0.3661 0.779 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049435 4 0.3868 0.813 0.060 0.000 0.000 0.800 0.140
#> SRR2049434 4 0.3946 0.821 0.080 0.000 0.000 0.800 0.120
#> SRR2049432 4 0.3934 0.822 0.076 0.000 0.000 0.800 0.124
#> SRR2049433 4 0.3921 0.821 0.072 0.000 0.000 0.800 0.128
#> SRR2049431 4 0.3888 0.817 0.064 0.000 0.000 0.800 0.136
#> SRR2049430 4 0.3888 0.817 0.064 0.000 0.000 0.800 0.136
#> SRR2049429 5 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049428 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049427 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049426 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049425 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049424 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049423 5 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049422 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049421 5 0.3635 0.560 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR2049420 1 0.0794 0.827 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049419 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049418 5 0.3534 0.541 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049417 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049416 5 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049415 5 0.0290 0.921 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049414 5 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049412 1 0.4184 0.762 0.700 0.000 0.000 0.016 0.284
#> SRR2049411 1 0.3242 0.816 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049413 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049410 1 0.4088 0.656 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049409 1 0.3561 0.792 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049408 5 0.4101 0.183 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049407 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049406 5 0.0609 0.914 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2049405 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049404 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049403 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049402 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049401 5 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049400 1 0.3561 0.791 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049399 1 0.4086 0.768 0.704 0.000 0.000 0.012 0.284
#> SRR2049398 1 0.3730 0.767 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049397 5 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049395 4 0.3846 0.809 0.056 0.000 0.000 0.800 0.144
#> SRR2049396 5 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049394 4 0.3921 0.821 0.072 0.000 0.000 0.800 0.128
#> SRR2049393 4 0.3946 0.808 0.120 0.000 0.000 0.800 0.080
#> SRR2049392 4 0.3970 0.815 0.104 0.000 0.000 0.800 0.096
#> SRR2049388 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.3946 0.808 0.120 0.000 0.000 0.800 0.080
#> SRR2049390 4 0.3946 0.808 0.120 0.000 0.000 0.800 0.080
#> SRR2049387 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0162 0.993 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049380 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049370 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049363 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049362 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049361 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049360 3 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049359 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049358 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049357 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049356 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049355 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049354 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049353 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049352 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049351 3 0.0146 0.9906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049350 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049349 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049348 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049347 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049346 3 0.0146 0.9906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049345 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049344 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049343 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049342 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049341 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049340 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049339 3 0.2823 0.6672 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR2049539 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049538 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049537 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049536 4 0.1411 0.8226 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> SRR2049535 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049534 2 0.0146 0.9953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049533 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049532 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049531 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049530 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049529 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049528 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049527 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049526 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049525 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049524 2 0.0146 0.9953 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049523 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049522 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049521 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049520 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049519 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049518 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049517 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049516 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049515 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049514 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049513 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049512 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049511 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049510 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049509 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049508 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049507 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049506 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049505 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049504 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049503 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049502 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049501 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049500 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049499 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049498 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049497 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049496 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049495 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049494 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049493 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049491 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049490 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049492 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049489 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049488 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049487 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049486 4 0.3797 0.2984 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR2049485 4 0.3240 0.6218 0.000 0.244 0.000 0.752 0.000 0.004
#> SRR2049484 4 0.3337 0.6024 0.000 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004
#> SRR2049483 4 0.3136 0.6386 0.000 0.228 0.000 0.768 0.000 0.004
#> SRR2049482 4 0.3383 0.5892 0.000 0.268 0.000 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049481 4 0.3337 0.6025 0.000 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004
#> SRR2049479 1 0.0508 0.8584 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2049480 4 0.3337 0.6025 0.000 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004
#> SRR2049477 1 0.0713 0.8582 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049475 1 0.3800 0.7360 0.776 0.000 0.000 0.004 0.060 0.160
#> SRR2049476 1 0.1970 0.8454 0.920 0.000 0.000 0.008 0.044 0.028
#> SRR2049478 1 0.2201 0.8359 0.904 0.000 0.000 0.004 0.056 0.036
#> SRR2049474 1 0.0806 0.8605 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2049473 1 0.0363 0.8574 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049472 1 0.0713 0.8582 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049471 1 0.2070 0.8295 0.892 0.000 0.000 0.008 0.000 0.100
#> SRR2049470 5 0.4776 0.0332 0.460 0.000 0.000 0.004 0.496 0.040
#> SRR2049469 1 0.1477 0.8541 0.940 0.000 0.000 0.004 0.008 0.048
#> SRR2049468 1 0.1296 0.8575 0.948 0.000 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR2049467 1 0.1265 0.8558 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2049466 1 0.5586 0.3295 0.564 0.000 0.000 0.008 0.280 0.148
#> SRR2049465 1 0.1398 0.8531 0.940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR2049464 6 0.6225 0.0000 0.088 0.128 0.108 0.008 0.020 0.648
#> SRR2049463 1 0.1053 0.8613 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR2049461 1 0.0777 0.8582 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049462 1 0.0260 0.8590 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049460 1 0.1297 0.8568 0.948 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR2049459 1 0.5063 0.5132 0.660 0.000 0.000 0.008 0.184 0.148
#> SRR2049457 1 0.1387 0.8468 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049455 1 0.1003 0.8582 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR2049456 1 0.5646 0.2459 0.524 0.000 0.000 0.004 0.320 0.152
#> SRR2049458 1 0.1958 0.8314 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR2049454 1 0.1719 0.8516 0.928 0.000 0.000 0.008 0.008 0.056
#> SRR2049452 1 0.1010 0.8588 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2049453 5 0.4422 0.5725 0.212 0.000 0.000 0.000 0.700 0.088
#> SRR2049451 5 0.6135 0.0155 0.308 0.000 0.000 0.008 0.452 0.232
#> SRR2049450 1 0.1167 0.8605 0.960 0.000 0.000 0.008 0.012 0.020
#> SRR2049449 1 0.0508 0.8591 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2049447 1 0.0806 0.8586 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2049446 1 0.0508 0.8582 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049445 1 0.2189 0.8367 0.904 0.000 0.000 0.004 0.060 0.032
#> SRR2049443 1 0.4432 0.6397 0.720 0.000 0.000 0.008 0.192 0.080
#> SRR2049442 5 0.1036 0.8794 0.008 0.000 0.000 0.004 0.964 0.024
#> SRR2049444 1 0.3041 0.7757 0.832 0.000 0.000 0.000 0.128 0.040
#> SRR2049441 1 0.0937 0.8573 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049440 1 0.1075 0.8532 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049438 1 0.0632 0.8586 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049436 4 0.1333 0.8373 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR2049437 1 0.3480 0.7360 0.776 0.000 0.000 0.008 0.016 0.200
#> SRR2049439 1 0.2199 0.8353 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR2049435 4 0.1480 0.8457 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020 0.000
#> SRR2049434 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049432 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049433 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049431 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049430 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049429 5 0.1268 0.8746 0.008 0.000 0.000 0.004 0.952 0.036
#> SRR2049428 5 0.0922 0.8801 0.004 0.000 0.000 0.004 0.968 0.024
#> SRR2049427 5 0.0748 0.8830 0.004 0.000 0.000 0.004 0.976 0.016
#> SRR2049426 5 0.0146 0.8846 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049425 5 0.1226 0.8745 0.004 0.000 0.000 0.004 0.952 0.040
#> SRR2049424 5 0.0508 0.8836 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR2049423 5 0.1226 0.8746 0.004 0.000 0.000 0.004 0.952 0.040
#> SRR2049422 5 0.0603 0.8822 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR2049421 5 0.3593 0.6108 0.228 0.000 0.000 0.000 0.748 0.024
#> SRR2049420 1 0.2219 0.8064 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049419 5 0.0508 0.8836 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR2049418 5 0.4127 0.6385 0.172 0.000 0.000 0.000 0.740 0.088
#> SRR2049417 5 0.0436 0.8849 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004
#> SRR2049416 5 0.0291 0.8848 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR2049415 5 0.0748 0.8788 0.004 0.000 0.000 0.004 0.976 0.016
#> SRR2049414 5 0.0767 0.8829 0.004 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012
#> SRR2049412 1 0.6008 0.1912 0.488 0.000 0.000 0.012 0.180 0.320
#> SRR2049411 1 0.3196 0.7919 0.816 0.000 0.000 0.008 0.020 0.156
#> SRR2049413 5 0.0146 0.8846 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049410 1 0.4555 0.4567 0.616 0.000 0.000 0.004 0.340 0.040
#> SRR2049409 1 0.2997 0.8041 0.844 0.000 0.000 0.000 0.096 0.060
#> SRR2049408 5 0.5422 0.3028 0.280 0.000 0.000 0.004 0.576 0.140
#> SRR2049407 5 0.0291 0.8848 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR2049406 5 0.1155 0.8668 0.004 0.000 0.000 0.004 0.956 0.036
#> SRR2049405 5 0.0291 0.8848 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR2049404 5 0.1059 0.8767 0.004 0.000 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR2049403 5 0.1364 0.8700 0.004 0.000 0.000 0.004 0.944 0.048
#> SRR2049402 5 0.0779 0.8831 0.008 0.000 0.000 0.008 0.976 0.008
#> SRR2049401 5 0.0837 0.8790 0.004 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004
#> SRR2049400 1 0.2579 0.8367 0.884 0.000 0.000 0.008 0.060 0.048
#> SRR2049399 1 0.5681 0.3920 0.560 0.000 0.000 0.008 0.256 0.176
#> SRR2049398 1 0.4301 0.6035 0.696 0.000 0.000 0.000 0.240 0.064
#> SRR2049397 5 0.0551 0.8843 0.004 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR2049395 4 0.1480 0.8457 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020 0.000
#> SRR2049396 5 0.0551 0.8851 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984 0.004
#> SRR2049394 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049393 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049392 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049388 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049389 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049391 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049390 4 0.1391 0.8483 0.040 0.000 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR2049387 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049386 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049385 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049384 3 0.0260 0.9867 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049382 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049383 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049381 3 0.0146 0.9906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049380 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049379 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049378 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049376 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049377 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049375 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049374 3 0.0146 0.9905 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049373 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049372 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049371 3 0.0146 0.9906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049370 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049369 3 0.0146 0.9905 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049368 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049366 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049367 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049365 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049364 3 0.0000 0.9937 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0